Date: 2019-12-25 20:40:44 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 37635 202
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:kmeans | 4 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | 3 |
| ATC:skmeans | 4 | 0.985 | 0.931 | 0.969 | ** | 2,3 |
| SD:skmeans | 2 | 0.939 | 0.937 | 0.975 | * | |
| MAD:skmeans | 2 | 0.928 | 0.921 | 0.969 | * | |
| ATC:pam | 4 | 0.919 | 0.855 | 0.943 | * | 2 |
| ATC:hclust | 2 | 0.907 | 0.956 | 0.976 | * | |
| CV:skmeans | 2 | 0.789 | 0.905 | 0.957 | ||
| CV:pam | 3 | 0.777 | 0.841 | 0.906 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.759 | 0.856 | 0.942 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.747 | 0.871 | 0.944 | ||
| SD:kmeans | 4 | 0.730 | 0.811 | 0.899 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.724 | 0.873 | 0.936 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.722 | 0.855 | 0.941 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.688 | 0.834 | 0.933 | ||
| SD:pam | 2 | 0.639 | 0.842 | 0.930 | ||
| MAD:mclust | 3 | 0.623 | 0.700 | 0.871 | ||
| CV:NMF | 3 | 0.613 | 0.735 | 0.887 | ||
| CV:kmeans | 4 | 0.555 | 0.749 | 0.840 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.550 | 0.864 | 0.916 | ||
| SD:mclust | 3 | 0.464 | 0.717 | 0.858 | ||
| SD:hclust | 5 | 0.412 | 0.547 | 0.726 | ||
| ATC:mclust | 2 | 0.379 | 0.853 | 0.888 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.371 | 0.624 | 0.810 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.281 | 0.724 | 0.806 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.688 0.834 0.933 0.457 0.539 0.539
#> CV:NMF 2 0.642 0.838 0.931 0.418 0.589 0.589
#> MAD:NMF 2 0.722 0.855 0.941 0.465 0.533 0.533
#> ATC:NMF 2 0.759 0.856 0.942 0.482 0.510 0.510
#> SD:skmeans 2 0.939 0.937 0.975 0.499 0.503 0.503
#> CV:skmeans 2 0.789 0.905 0.957 0.500 0.501 0.501
#> MAD:skmeans 2 0.928 0.921 0.969 0.502 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.972 0.989 0.489 0.513 0.513
#> SD:mclust 2 0.404 0.714 0.834 0.441 0.502 0.502
#> CV:mclust 2 0.550 0.864 0.916 0.417 0.548 0.548
#> MAD:mclust 2 0.276 0.627 0.820 0.460 0.502 0.502
#> ATC:mclust 2 0.379 0.853 0.888 0.434 0.536 0.536
#> SD:kmeans 2 0.708 0.851 0.934 0.369 0.675 0.675
#> CV:kmeans 2 0.335 0.703 0.811 0.406 0.621 0.621
#> MAD:kmeans 2 0.747 0.871 0.944 0.471 0.521 0.521
#> ATC:kmeans 2 0.835 0.909 0.963 0.341 0.699 0.699
#> SD:pam 2 0.639 0.842 0.930 0.490 0.510 0.510
#> CV:pam 2 0.320 0.721 0.824 0.433 0.565 0.565
#> MAD:pam 2 0.724 0.873 0.936 0.495 0.506 0.506
#> ATC:pam 2 1.000 0.990 0.994 0.254 0.753 0.753
#> SD:hclust 2 0.691 0.855 0.930 0.250 0.790 0.790
#> CV:hclust 2 0.376 0.665 0.856 0.327 0.739 0.739
#> MAD:hclust 2 0.745 0.877 0.934 0.261 0.775 0.775
#> ATC:hclust 2 0.907 0.956 0.976 0.294 0.732 0.732
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.681 0.810 0.887 0.417 0.695 0.490
#> CV:NMF 3 0.613 0.735 0.887 0.465 0.682 0.514
#> MAD:NMF 3 0.797 0.852 0.936 0.422 0.699 0.486
#> ATC:NMF 3 0.461 0.638 0.799 0.266 0.833 0.697
#> SD:skmeans 3 0.604 0.829 0.889 0.320 0.785 0.596
#> CV:skmeans 3 0.702 0.776 0.885 0.328 0.671 0.436
#> MAD:skmeans 3 0.646 0.698 0.816 0.314 0.759 0.556
#> ATC:skmeans 3 1.000 0.943 0.977 0.145 0.921 0.847
#> SD:mclust 3 0.464 0.717 0.858 0.334 0.858 0.738
#> CV:mclust 3 0.474 0.758 0.873 0.192 0.792 0.676
#> MAD:mclust 3 0.623 0.700 0.871 0.259 0.862 0.743
#> ATC:mclust 3 0.760 0.783 0.912 0.421 0.738 0.555
#> SD:kmeans 3 0.424 0.665 0.845 0.631 0.665 0.525
#> CV:kmeans 3 0.467 0.692 0.837 0.436 0.597 0.442
#> MAD:kmeans 3 0.357 0.573 0.793 0.327 0.605 0.392
#> ATC:kmeans 3 0.930 0.919 0.968 0.789 0.624 0.484
#> SD:pam 3 0.656 0.783 0.909 0.196 0.620 0.417
#> CV:pam 3 0.777 0.841 0.906 0.499 0.519 0.306
#> MAD:pam 3 0.596 0.769 0.888 0.196 0.662 0.460
#> ATC:pam 3 0.883 0.938 0.976 1.323 0.584 0.474
#> SD:hclust 3 0.263 0.528 0.734 1.031 0.693 0.611
#> CV:hclust 3 0.281 0.724 0.806 0.592 0.734 0.649
#> MAD:hclust 3 0.371 0.624 0.810 1.107 0.686 0.595
#> ATC:hclust 3 0.624 0.870 0.912 0.968 0.658 0.533
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.522 0.563 0.782 0.1258 0.816 0.545
#> CV:NMF 4 0.509 0.629 0.809 0.1483 0.849 0.643
#> MAD:NMF 4 0.496 0.488 0.702 0.1119 0.885 0.682
#> ATC:NMF 4 0.447 0.500 0.740 0.1166 0.855 0.693
#> SD:skmeans 4 0.789 0.841 0.924 0.1340 0.820 0.536
#> CV:skmeans 4 0.673 0.761 0.845 0.1237 0.802 0.495
#> MAD:skmeans 4 0.791 0.816 0.916 0.1324 0.830 0.558
#> ATC:skmeans 4 0.985 0.931 0.969 0.0963 0.951 0.891
#> SD:mclust 4 0.586 0.682 0.845 0.1288 0.893 0.763
#> CV:mclust 4 0.347 0.466 0.712 0.2270 0.732 0.520
#> MAD:mclust 4 0.501 0.539 0.787 0.1784 0.840 0.650
#> ATC:mclust 4 0.801 0.761 0.817 0.1177 0.883 0.721
#> SD:kmeans 4 0.730 0.811 0.899 0.1817 0.741 0.452
#> CV:kmeans 4 0.555 0.749 0.840 0.1998 0.747 0.471
#> MAD:kmeans 4 0.733 0.805 0.892 0.1395 0.741 0.444
#> ATC:kmeans 4 1.000 0.985 0.994 0.1589 0.789 0.524
#> SD:pam 4 0.655 0.694 0.867 0.2129 0.798 0.555
#> CV:pam 4 0.573 0.626 0.777 0.0959 0.852 0.613
#> MAD:pam 4 0.562 0.686 0.837 0.2041 0.816 0.579
#> ATC:pam 4 0.919 0.855 0.943 0.2208 0.765 0.496
#> SD:hclust 4 0.328 0.469 0.698 0.2109 0.936 0.870
#> CV:hclust 4 0.312 0.623 0.721 0.1363 0.971 0.943
#> MAD:hclust 4 0.379 0.491 0.753 0.1696 0.794 0.600
#> ATC:hclust 4 0.612 0.860 0.918 0.0690 0.988 0.968
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.545 0.516 0.733 0.0721 0.796 0.408
#> CV:NMF 5 0.507 0.536 0.691 0.0843 0.814 0.464
#> MAD:NMF 5 0.590 0.577 0.772 0.0698 0.775 0.364
#> ATC:NMF 5 0.579 0.562 0.762 0.1145 0.783 0.477
#> SD:skmeans 5 0.775 0.715 0.867 0.0716 0.903 0.647
#> CV:skmeans 5 0.811 0.751 0.895 0.0685 0.895 0.621
#> MAD:skmeans 5 0.749 0.686 0.860 0.0715 0.849 0.501
#> ATC:skmeans 5 0.844 0.726 0.853 0.0960 0.964 0.911
#> SD:mclust 5 0.544 0.607 0.771 0.0523 0.974 0.931
#> CV:mclust 5 0.474 0.664 0.801 0.1046 0.744 0.417
#> MAD:mclust 5 0.520 0.471 0.730 0.0592 0.955 0.868
#> ATC:mclust 5 0.744 0.688 0.821 0.0719 0.912 0.748
#> SD:kmeans 5 0.608 0.569 0.765 0.0734 0.933 0.787
#> CV:kmeans 5 0.631 0.650 0.796 0.0837 0.922 0.741
#> MAD:kmeans 5 0.609 0.562 0.741 0.0816 0.935 0.789
#> ATC:kmeans 5 0.866 0.834 0.923 0.0796 0.830 0.515
#> SD:pam 5 0.788 0.796 0.889 0.0999 0.879 0.615
#> CV:pam 5 0.763 0.728 0.875 0.0900 0.869 0.587
#> MAD:pam 5 0.741 0.765 0.851 0.1006 0.871 0.589
#> ATC:pam 5 0.873 0.871 0.943 0.0494 0.882 0.635
#> SD:hclust 5 0.412 0.547 0.726 0.0794 0.896 0.772
#> CV:hclust 5 0.366 0.554 0.725 0.1515 0.854 0.703
#> MAD:hclust 5 0.454 0.493 0.729 0.0787 0.925 0.800
#> ATC:hclust 5 0.700 0.765 0.874 0.1277 0.924 0.802
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.561 0.435 0.681 0.0329 0.939 0.746
#> CV:NMF 6 0.601 0.588 0.755 0.0468 0.895 0.598
#> MAD:NMF 6 0.563 0.388 0.646 0.0361 0.902 0.605
#> ATC:NMF 6 0.616 0.504 0.744 0.0404 0.911 0.671
#> SD:skmeans 6 0.796 0.754 0.859 0.0401 0.878 0.499
#> CV:skmeans 6 0.808 0.780 0.870 0.0374 0.934 0.703
#> MAD:skmeans 6 0.800 0.753 0.854 0.0400 0.904 0.585
#> ATC:skmeans 6 0.834 0.841 0.907 0.0639 0.881 0.682
#> SD:mclust 6 0.539 0.451 0.717 0.0745 0.928 0.803
#> CV:mclust 6 0.525 0.547 0.766 0.0986 0.884 0.664
#> MAD:mclust 6 0.557 0.474 0.695 0.0405 0.825 0.513
#> ATC:mclust 6 0.759 0.750 0.845 0.0446 0.941 0.790
#> SD:kmeans 6 0.613 0.495 0.687 0.0503 0.898 0.655
#> CV:kmeans 6 0.667 0.597 0.757 0.0520 0.963 0.852
#> MAD:kmeans 6 0.637 0.495 0.676 0.0477 0.858 0.525
#> ATC:kmeans 6 0.755 0.572 0.775 0.0573 0.835 0.443
#> SD:pam 6 0.828 0.751 0.862 0.0291 0.972 0.878
#> CV:pam 6 0.737 0.668 0.843 0.0271 0.968 0.861
#> MAD:pam 6 0.759 0.643 0.765 0.0376 0.901 0.593
#> ATC:pam 6 0.815 0.540 0.769 0.0677 0.937 0.759
#> SD:hclust 6 0.443 0.484 0.713 0.0450 0.961 0.896
#> CV:hclust 6 0.425 0.530 0.704 0.0593 0.925 0.796
#> MAD:hclust 6 0.462 0.442 0.686 0.0376 0.966 0.894
#> ATC:hclust 6 0.702 0.708 0.820 0.0240 0.989 0.965
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:NMF 183 1.0000 2.42e-01 4.45e-03 2
#> CV:NMF 188 0.3466 6.35e-02 6.16e-01 2
#> MAD:NMF 189 0.9006 9.37e-02 1.87e-03 2
#> ATC:NMF 183 0.8601 3.86e-03 3.93e-05 2
#> SD:skmeans 195 0.9569 3.81e-02 3.71e-04 2
#> CV:skmeans 197 0.2504 5.24e-01 3.22e-06 2
#> MAD:skmeans 193 0.1530 2.63e-01 1.11e-05 2
#> ATC:skmeans 198 0.7856 1.99e-02 5.16e-03 2
#> SD:mclust 181 0.5289 6.16e-02 2.84e-07 2
#> CV:mclust 190 0.1584 1.08e-01 6.92e-07 2
#> MAD:mclust 161 0.2829 5.32e-03 2.30e-06 2
#> ATC:mclust 191 0.9471 4.71e-04 7.47e-08 2
#> SD:kmeans 186 0.4973 1.00e+00 4.46e-01 2
#> CV:kmeans 178 0.4094 3.50e-01 4.45e-01 2
#> MAD:kmeans 188 0.4728 3.68e-01 7.48e-05 2
#> ATC:kmeans 186 0.1246 4.37e-01 2.42e-01 2
#> SD:pam 186 0.7001 2.56e-01 9.48e-06 2
#> CV:pam 192 0.1841 1.93e-05 7.95e-05 2
#> MAD:pam 191 0.9162 2.33e-01 4.40e-07 2
#> ATC:pam 202 0.0375 4.23e-01 3.98e-01 2
#> SD:hclust 188 0.1609 1.77e-01 4.22e-01 2
#> CV:hclust 155 0.2247 1.13e-01 1.12e-01 2
#> MAD:hclust 193 0.4507 6.24e-01 5.89e-01 2
#> ATC:hclust 200 0.0437 7.00e-01 2.36e-01 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:NMF 187 0.13323 1.84e-04 4.84e-04 3
#> CV:NMF 167 0.14292 3.43e-02 1.33e-03 3
#> MAD:NMF 185 0.34704 9.36e-04 1.33e-04 3
#> ATC:NMF 160 0.08721 6.03e-03 7.50e-04 3
#> SD:skmeans 191 0.02375 9.08e-06 1.17e-05 3
#> CV:skmeans 180 0.39175 3.84e-04 5.73e-06 3
#> MAD:skmeans 171 0.04503 2.29e-08 4.35e-05 3
#> ATC:skmeans 195 0.87279 3.65e-04 2.28e-03 3
#> SD:mclust 169 0.65760 1.08e-02 2.86e-05 3
#> CV:mclust 189 0.23234 1.88e-01 1.75e-06 3
#> MAD:mclust 159 0.49046 2.75e-03 8.12e-07 3
#> ATC:mclust 179 0.18517 4.61e-03 7.82e-09 3
#> SD:kmeans 167 0.08502 3.85e-01 7.30e-04 3
#> CV:kmeans 169 0.18826 5.28e-01 7.53e-06 3
#> MAD:kmeans 139 0.02433 2.11e-01 7.04e-03 3
#> ATC:kmeans 190 0.05855 2.45e-02 3.24e-04 3
#> SD:pam 181 0.15819 2.03e-04 8.86e-07 3
#> CV:pam 188 0.00296 1.56e-09 4.38e-07 3
#> MAD:pam 178 0.62858 1.97e-03 4.14e-08 3
#> ATC:pam 198 0.07638 1.26e-02 9.16e-05 3
#> SD:hclust 137 0.03522 5.35e-01 3.27e-05 3
#> CV:hclust 191 0.03751 2.47e-02 3.50e-06 3
#> MAD:hclust 152 0.02154 4.14e-01 5.56e-03 3
#> ATC:hclust 199 0.03353 3.09e-02 3.17e-02 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:NMF 143 0.269475 1.07e-04 7.07e-06 4
#> CV:NMF 157 0.030034 2.95e-04 5.80e-10 4
#> MAD:NMF 125 0.549592 1.28e-03 1.96e-05 4
#> ATC:NMF 131 0.920900 3.24e-02 1.18e-03 4
#> SD:skmeans 191 0.018359 1.08e-07 1.66e-07 4
#> CV:skmeans 183 0.303112 3.37e-04 1.10e-11 4
#> MAD:skmeans 187 0.014588 2.58e-07 5.52e-07 4
#> ATC:skmeans 197 0.119145 1.09e-03 5.68e-03 4
#> SD:mclust 159 0.224641 4.45e-05 1.85e-06 4
#> CV:mclust 105 0.523842 8.16e-02 3.91e-05 4
#> MAD:mclust 137 0.052198 1.56e-04 1.21e-08 4
#> ATC:mclust 178 0.783794 3.67e-03 1.24e-06 4
#> SD:kmeans 193 0.006918 3.40e-06 5.82e-09 4
#> CV:kmeans 185 0.051277 6.00e-03 7.61e-08 4
#> MAD:kmeans 198 0.012348 5.10e-06 9.86e-10 4
#> ATC:kmeans 199 0.184558 3.41e-02 7.55e-05 4
#> SD:pam 160 0.000534 4.51e-08 3.34e-10 4
#> CV:pam 152 0.001288 3.88e-10 1.03e-09 4
#> MAD:pam 165 0.010484 2.98e-07 9.61e-11 4
#> ATC:pam 176 0.202054 2.88e-02 2.03e-04 4
#> SD:hclust 131 0.025321 3.76e-04 1.13e-04 4
#> CV:hclust 166 0.013176 1.04e-05 3.27e-08 4
#> MAD:hclust 115 0.059213 4.53e-03 1.00e-01 4
#> ATC:hclust 198 0.089188 2.28e-02 1.85e-03 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:NMF 128 0.02775 8.43e-06 2.27e-13 5
#> CV:NMF 134 0.02438 2.90e-05 1.41e-11 5
#> MAD:NMF 146 0.06445 9.07e-05 9.95e-10 5
#> ATC:NMF 138 0.39284 1.08e-03 9.14e-06 5
#> SD:skmeans 163 0.10981 8.26e-08 1.73e-16 5
#> CV:skmeans 174 0.01482 6.33e-09 8.76e-12 5
#> MAD:skmeans 159 0.02021 1.54e-09 1.01e-12 5
#> ATC:skmeans 163 0.07227 2.39e-05 3.70e-06 5
#> SD:mclust 144 0.06664 1.58e-05 2.64e-06 5
#> CV:mclust 168 0.02949 6.97e-06 2.19e-04 5
#> MAD:mclust 124 0.87050 5.40e-02 1.07e-07 5
#> ATC:mclust 166 0.11292 5.93e-03 2.57e-05 5
#> SD:kmeans 148 0.00780 9.65e-10 2.80e-17 5
#> CV:kmeans 154 0.06632 6.83e-06 3.52e-08 5
#> MAD:kmeans 147 0.00632 2.10e-09 1.38e-20 5
#> ATC:kmeans 188 0.46508 2.47e-03 9.02e-04 5
#> SD:pam 187 0.00452 3.31e-07 5.99e-25 5
#> CV:pam 168 0.01131 4.52e-08 4.84e-14 5
#> MAD:pam 193 0.02585 8.08e-08 1.10e-25 5
#> ATC:pam 187 0.23974 1.96e-02 6.75e-04 5
#> SD:hclust 143 0.02375 1.27e-06 2.25e-05 5
#> CV:hclust 154 0.02524 3.50e-08 2.15e-06 5
#> MAD:hclust 125 0.00250 1.39e-07 2.14e-06 5
#> ATC:hclust 190 0.12638 4.43e-02 3.36e-04 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:NMF 99 0.000259 8.73e-07 8.69e-29 6
#> CV:NMF 151 0.018235 3.00e-05 2.37e-40 6
#> MAD:NMF 75 0.002061 4.12e-04 2.56e-18 6
#> ATC:NMF 126 0.063663 2.07e-04 5.15e-13 6
#> SD:skmeans 182 0.031724 7.45e-11 8.71e-21 6
#> CV:skmeans 185 0.187771 3.68e-08 1.46e-14 6
#> MAD:skmeans 183 0.030103 8.79e-10 5.55e-18 6
#> ATC:skmeans 184 0.052579 1.19e-05 1.55e-06 6
#> SD:mclust 86 0.160895 4.59e-07 2.22e-10 6
#> CV:mclust 148 0.061976 1.02e-05 2.54e-05 6
#> MAD:mclust 110 0.005021 1.13e-05 8.28e-06 6
#> ATC:mclust 183 0.086302 2.83e-02 8.96e-09 6
#> SD:kmeans 129 0.005171 5.55e-09 1.87e-13 6
#> CV:kmeans 150 0.045842 3.02e-07 3.34e-12 6
#> MAD:kmeans 120 0.181617 9.30e-04 1.06e-23 6
#> ATC:kmeans 144 0.170175 1.42e-02 3.47e-03 6
#> SD:pam 183 0.001004 4.11e-09 1.76e-47 6
#> CV:pam 165 0.023725 8.55e-10 2.56e-31 6
#> MAD:pam 162 0.021132 5.17e-09 7.59e-23 6
#> ATC:pam 120 0.773703 1.57e-01 2.21e-03 6
#> SD:hclust 119 0.016100 6.72e-07 3.30e-07 6
#> CV:hclust 143 0.038859 8.62e-08 1.98e-06 6
#> MAD:hclust 107 0.000405 1.41e-06 5.07e-19 6
#> ATC:hclust 181 0.155133 4.19e-02 1.78e-03 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.691 0.855 0.930 0.2501 0.790 0.790
#> 3 3 0.263 0.528 0.734 1.0312 0.693 0.611
#> 4 4 0.328 0.469 0.698 0.2109 0.936 0.870
#> 5 5 0.412 0.547 0.726 0.0794 0.896 0.772
#> 6 6 0.443 0.484 0.713 0.0450 0.961 0.896
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282856 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282857 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282858 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282859 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282860 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282861 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> GSM282862 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282863 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282864 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.2236 0.924 0.036 0.964
#> GSM282870 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM282871 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282904 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM282910 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> GSM282913 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> GSM282915 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282921 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> GSM282927 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM282873 2 0.7299 0.750 0.204 0.796
#> GSM282874 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282875 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282905 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282914 2 0.7299 0.750 0.204 0.796
#> GSM282918 2 0.7299 0.750 0.204 0.796
#> GSM282876 2 0.3584 0.905 0.068 0.932
#> GSM282877 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282878 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282879 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282880 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282881 2 0.3584 0.905 0.068 0.932
#> GSM282882 1 0.9795 0.378 0.584 0.416
#> GSM282883 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.9795 0.378 0.584 0.416
#> GSM282885 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282886 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282887 1 0.9795 0.378 0.584 0.416
#> GSM282888 2 0.2948 0.916 0.052 0.948
#> GSM282889 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282890 2 0.9850 0.214 0.428 0.572
#> GSM282902 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282903 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> GSM282907 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282909 2 0.1633 0.928 0.024 0.976
#> GSM282912 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282920 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> GSM282924 2 0.0938 0.932 0.012 0.988
#> GSM282891 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM282892 2 0.3584 0.906 0.068 0.932
#> GSM282893 2 0.3274 0.910 0.060 0.940
#> GSM282894 2 0.9661 0.339 0.392 0.608
#> GSM282895 2 0.1184 0.929 0.016 0.984
#> GSM282896 2 0.3274 0.910 0.060 0.940
#> GSM282897 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282898 2 0.2778 0.917 0.048 0.952
#> GSM282899 2 0.3114 0.913 0.056 0.944
#> GSM282900 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM282901 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282906 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282908 1 0.5059 0.787 0.888 0.112
#> GSM282911 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282916 2 0.6623 0.804 0.172 0.828
#> GSM282919 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282923 2 0.4939 0.872 0.108 0.892
#> GSM282917 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282922 2 0.8016 0.697 0.244 0.756
#> GSM282926 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM282925 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM282935 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282938 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282940 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282941 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282943 1 0.9833 0.353 0.576 0.424
#> GSM282944 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282946 2 0.3584 0.905 0.068 0.932
#> GSM282947 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> GSM282948 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.6623 0.741 0.828 0.172
#> GSM282959 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282966 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283016 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283021 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283024 2 0.9775 0.275 0.412 0.588
#> GSM283041 1 0.0000 0.841 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM282957 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282958 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282960 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283015 2 0.7299 0.750 0.204 0.796
#> GSM282962 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282963 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282977 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282978 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282988 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282989 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282990 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282992 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282993 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282994 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282995 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283020 1 0.1184 0.841 0.984 0.016
#> GSM283023 2 0.9775 0.275 0.412 0.588
#> GSM282931 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282939 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282981 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282983 2 0.1184 0.929 0.016 0.984
#> GSM282985 2 0.0938 0.932 0.012 0.988
#> GSM283000 2 0.0938 0.932 0.012 0.988
#> GSM283001 1 0.9460 0.490 0.636 0.364
#> GSM283002 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283003 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM283004 2 0.1184 0.929 0.016 0.984
#> GSM283005 2 0.9608 0.363 0.384 0.616
#> GSM283006 2 0.9635 0.351 0.388 0.612
#> GSM283007 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM283008 2 0.2948 0.915 0.052 0.948
#> GSM283009 2 0.4690 0.880 0.100 0.900
#> GSM283010 2 0.6148 0.815 0.152 0.848
#> GSM283011 2 0.9608 0.363 0.384 0.616
#> GSM283022 2 0.9087 0.515 0.324 0.676
#> GSM283034 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM283049 2 0.2423 0.921 0.040 0.960
#> GSM283051 1 0.9661 0.427 0.608 0.392
#> GSM282929 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282933 2 0.8327 0.650 0.264 0.736
#> GSM282936 2 0.8608 0.614 0.284 0.716
#> GSM282937 1 0.0000 0.841 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282945 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282954 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.8386 0.641 0.268 0.732
#> GSM282965 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM282967 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM282969 2 0.8327 0.650 0.264 0.736
#> GSM282970 2 0.8327 0.650 0.264 0.736
#> GSM282972 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282973 2 0.0000 0.931 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282996 1 0.0000 0.841 1.000 0.000
#> GSM282999 2 0.4939 0.874 0.108 0.892
#> GSM283014 1 0.0000 0.841 1.000 0.000
#> GSM283019 2 0.5408 0.858 0.124 0.876
#> GSM283026 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM283029 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283030 2 0.8016 0.697 0.244 0.756
#> GSM283033 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM283035 2 0.5946 0.830 0.144 0.856
#> GSM283036 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM283038 2 0.2236 0.924 0.036 0.964
#> GSM283046 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM283050 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283053 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283055 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM283056 2 0.2236 0.924 0.036 0.964
#> GSM282928 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282930 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282932 2 0.2603 0.920 0.044 0.956
#> GSM282934 1 0.0000 0.841 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282979 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM282998 2 0.8144 0.672 0.252 0.748
#> GSM283013 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283017 2 0.2603 0.920 0.044 0.956
#> GSM283018 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM283025 2 0.6247 0.818 0.156 0.844
#> GSM283028 2 0.2236 0.924 0.036 0.964
#> GSM283032 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM283037 2 0.2236 0.924 0.036 0.964
#> GSM283040 1 0.9661 0.427 0.608 0.392
#> GSM283042 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM283045 2 0.5946 0.830 0.144 0.856
#> GSM283048 2 0.2778 0.918 0.048 0.952
#> GSM283052 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283054 2 0.8499 0.625 0.276 0.724
#> GSM282980 2 0.6973 0.783 0.188 0.812
#> GSM282982 2 0.2603 0.920 0.044 0.956
#> GSM282984 2 0.4939 0.872 0.108 0.892
#> GSM282986 2 0.8327 0.650 0.264 0.736
#> GSM282997 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283012 1 0.0672 0.843 0.992 0.008
#> GSM283027 2 0.2236 0.924 0.036 0.964
#> GSM283031 2 0.1414 0.929 0.020 0.980
#> GSM283039 2 0.7376 0.755 0.208 0.792
#> GSM283044 2 0.0672 0.931 0.008 0.992
#> GSM283047 2 0.0938 0.932 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.6111 4.73e-02 0.000 0.396 0.604
#> GSM282856 3 0.5529 3.47e-01 0.000 0.296 0.704
#> GSM282857 3 0.5291 4.09e-01 0.000 0.268 0.732
#> GSM282858 2 0.6111 7.07e-01 0.000 0.604 0.396
#> GSM282859 2 0.6062 7.24e-01 0.000 0.616 0.384
#> GSM282860 2 0.6062 7.25e-01 0.000 0.616 0.384
#> GSM282861 3 0.6204 -7.67e-02 0.000 0.424 0.576
#> GSM282862 2 0.6045 7.28e-01 0.000 0.620 0.380
#> GSM282863 3 0.5948 1.99e-01 0.000 0.360 0.640
#> GSM282864 3 0.5835 2.38e-01 0.000 0.340 0.660
#> GSM282865 3 0.5835 2.38e-01 0.000 0.340 0.660
#> GSM282866 3 0.5810 2.48e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282867 3 0.5810 2.50e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282868 3 0.5835 2.38e-01 0.000 0.340 0.660
#> GSM282869 3 0.1905 6.77e-01 0.016 0.028 0.956
#> GSM282870 3 0.3532 6.48e-01 0.008 0.108 0.884
#> GSM282871 3 0.5785 2.59e-01 0.000 0.332 0.668
#> GSM282872 3 0.2301 6.67e-01 0.004 0.060 0.936
#> GSM282904 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM282910 3 0.5988 1.37e-01 0.000 0.368 0.632
#> GSM282913 3 0.6274 -2.79e-01 0.000 0.456 0.544
#> GSM282915 3 0.5291 4.09e-01 0.000 0.268 0.732
#> GSM282921 3 0.4660 6.42e-01 0.072 0.072 0.856
#> GSM282927 3 0.2845 6.67e-01 0.012 0.068 0.920
#> GSM282873 3 0.6679 4.64e-01 0.152 0.100 0.748
#> GSM282874 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282875 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282905 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282914 3 0.6679 4.64e-01 0.152 0.100 0.748
#> GSM282918 3 0.6679 4.64e-01 0.152 0.100 0.748
#> GSM282876 3 0.3713 6.48e-01 0.032 0.076 0.892
#> GSM282877 3 0.5810 2.70e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282878 2 0.6095 7.14e-01 0.000 0.608 0.392
#> GSM282879 2 0.6286 5.53e-01 0.000 0.536 0.464
#> GSM282880 2 0.6126 7.01e-01 0.000 0.600 0.400
#> GSM282881 3 0.3713 6.48e-01 0.032 0.076 0.892
#> GSM282882 1 0.7329 4.41e-01 0.544 0.032 0.424
#> GSM282883 3 0.4178 5.76e-01 0.000 0.172 0.828
#> GSM282884 1 0.7329 4.41e-01 0.544 0.032 0.424
#> GSM282885 3 0.5760 2.94e-01 0.000 0.328 0.672
#> GSM282886 3 0.2165 6.63e-01 0.000 0.064 0.936
#> GSM282887 1 0.7329 4.41e-01 0.544 0.032 0.424
#> GSM282888 3 0.3359 6.62e-01 0.016 0.084 0.900
#> GSM282889 2 0.6252 6.10e-01 0.000 0.556 0.444
#> GSM282890 3 0.8270 -1.19e-01 0.376 0.084 0.540
#> GSM282902 2 0.6280 5.80e-01 0.000 0.540 0.460
#> GSM282903 3 0.1399 6.73e-01 0.004 0.028 0.968
#> GSM282907 3 0.1411 6.71e-01 0.000 0.036 0.964
#> GSM282909 3 0.1129 6.74e-01 0.004 0.020 0.976
#> GSM282912 3 0.1031 6.74e-01 0.000 0.024 0.976
#> GSM282920 3 0.4660 6.42e-01 0.072 0.072 0.856
#> GSM282924 3 0.4842 5.11e-01 0.000 0.224 0.776
#> GSM282891 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM282892 3 0.3310 6.59e-01 0.028 0.064 0.908
#> GSM282893 3 0.2663 6.61e-01 0.024 0.044 0.932
#> GSM282894 3 0.8327 -2.91e-02 0.340 0.096 0.564
#> GSM282895 3 0.0592 6.74e-01 0.000 0.012 0.988
#> GSM282896 3 0.2663 6.61e-01 0.024 0.044 0.932
#> GSM282897 3 0.0892 6.74e-01 0.000 0.020 0.980
#> GSM282898 3 0.2599 6.64e-01 0.016 0.052 0.932
#> GSM282899 3 0.2902 6.61e-01 0.016 0.064 0.920
#> GSM282900 3 0.2584 6.67e-01 0.008 0.064 0.928
#> GSM282901 3 0.2301 6.67e-01 0.004 0.060 0.936
#> GSM282906 3 0.1411 6.71e-01 0.000 0.036 0.964
#> GSM282908 1 0.4423 7.60e-01 0.864 0.048 0.088
#> GSM282911 3 0.1031 6.74e-01 0.000 0.024 0.976
#> GSM282916 3 0.5831 5.85e-01 0.128 0.076 0.796
#> GSM282919 3 0.3340 6.34e-01 0.000 0.120 0.880
#> GSM282923 3 0.4544 6.17e-01 0.056 0.084 0.860
#> GSM282917 3 0.1411 6.68e-01 0.000 0.036 0.964
#> GSM282922 3 0.7058 5.02e-01 0.180 0.100 0.720
#> GSM282926 3 0.2845 6.67e-01 0.012 0.068 0.920
#> GSM282925 3 0.2845 6.67e-01 0.012 0.068 0.920
#> GSM282935 2 0.6280 5.80e-01 0.000 0.540 0.460
#> GSM282938 2 0.6280 5.80e-01 0.000 0.540 0.460
#> GSM282940 2 0.6045 7.28e-01 0.000 0.620 0.380
#> GSM282941 2 0.6045 7.28e-01 0.000 0.620 0.380
#> GSM282943 1 0.7329 4.34e-01 0.544 0.032 0.424
#> GSM282944 3 0.5948 1.99e-01 0.000 0.360 0.640
#> GSM282946 3 0.3713 6.48e-01 0.032 0.076 0.892
#> GSM282947 3 0.5988 1.38e-01 0.000 0.368 0.632
#> GSM282948 3 0.5650 3.19e-01 0.000 0.312 0.688
#> GSM282949 3 0.5810 2.48e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282950 3 0.5733 2.84e-01 0.000 0.324 0.676
#> GSM282951 3 0.5810 2.50e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282952 3 0.5810 2.50e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282953 3 0.5678 3.11e-01 0.000 0.316 0.684
#> GSM282955 3 0.5810 2.48e-01 0.000 0.336 0.664
#> GSM282956 1 0.5598 7.29e-01 0.800 0.052 0.148
#> GSM282959 3 0.5859 2.45e-01 0.000 0.344 0.656
#> GSM282966 3 0.4002 6.03e-01 0.000 0.160 0.840
#> GSM282968 3 0.5835 2.38e-01 0.000 0.340 0.660
#> GSM282974 2 0.5706 7.41e-01 0.000 0.680 0.320
#> GSM283016 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM283021 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM283024 3 0.8346 -7.43e-02 0.360 0.092 0.548
#> GSM283041 1 0.4796 7.24e-01 0.780 0.220 0.000
#> GSM283043 3 0.2939 6.66e-01 0.012 0.072 0.916
#> GSM282957 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282958 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282960 3 0.5560 3.53e-01 0.000 0.300 0.700
#> GSM282971 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM283015 3 0.6679 4.64e-01 0.152 0.100 0.748
#> GSM282962 2 0.6045 7.28e-01 0.000 0.620 0.380
#> GSM282963 3 0.5785 2.81e-01 0.000 0.332 0.668
#> GSM282977 3 0.5859 2.42e-01 0.000 0.344 0.656
#> GSM282978 3 0.2165 6.63e-01 0.000 0.064 0.936
#> GSM282987 3 0.5835 2.57e-01 0.000 0.340 0.660
#> GSM282988 3 0.5760 2.94e-01 0.000 0.328 0.672
#> GSM282989 3 0.5859 2.44e-01 0.000 0.344 0.656
#> GSM282990 3 0.3686 6.10e-01 0.000 0.140 0.860
#> GSM282991 3 0.5859 2.42e-01 0.000 0.344 0.656
#> GSM282992 2 0.6286 5.53e-01 0.000 0.536 0.464
#> GSM282993 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282994 3 0.5733 3.05e-01 0.000 0.324 0.676
#> GSM282995 2 0.6045 7.28e-01 0.000 0.620 0.380
#> GSM283020 1 0.1315 7.97e-01 0.972 0.008 0.020
#> GSM283023 3 0.8346 -7.43e-02 0.360 0.092 0.548
#> GSM282931 2 0.6154 6.73e-01 0.000 0.592 0.408
#> GSM282939 2 0.6045 7.28e-01 0.000 0.620 0.380
#> GSM282981 3 0.4912 5.48e-01 0.008 0.196 0.796
#> GSM282983 3 0.0747 6.74e-01 0.000 0.016 0.984
#> GSM282985 3 0.6302 -3.95e-01 0.000 0.480 0.520
#> GSM283000 3 0.6302 -3.95e-01 0.000 0.480 0.520
#> GSM283001 1 0.6879 5.51e-01 0.616 0.024 0.360
#> GSM283002 3 0.2625 6.60e-01 0.000 0.084 0.916
#> GSM283003 3 0.0592 6.74e-01 0.000 0.012 0.988
#> GSM283004 3 0.0592 6.74e-01 0.000 0.012 0.988
#> GSM283005 3 0.8288 -3.21e-05 0.332 0.096 0.572
#> GSM283006 3 0.8105 1.21e-02 0.336 0.084 0.580
#> GSM283007 3 0.4912 5.48e-01 0.008 0.196 0.796
#> GSM283008 3 0.2703 6.64e-01 0.016 0.056 0.928
#> GSM283009 3 0.4269 6.27e-01 0.052 0.076 0.872
#> GSM283010 3 0.6462 5.80e-01 0.120 0.116 0.764
#> GSM283011 3 0.8288 -3.21e-05 0.332 0.096 0.572
#> GSM283022 3 0.7576 2.34e-01 0.276 0.076 0.648
#> GSM283034 3 0.0661 6.74e-01 0.004 0.008 0.988
#> GSM283049 3 0.1905 6.75e-01 0.016 0.028 0.956
#> GSM283051 1 0.7853 5.10e-01 0.556 0.060 0.384
#> GSM282929 2 0.5706 7.41e-01 0.000 0.680 0.320
#> GSM282933 2 0.2550 4.60e-01 0.012 0.932 0.056
#> GSM282936 2 0.3134 4.28e-01 0.032 0.916 0.052
#> GSM282937 1 0.4796 7.24e-01 0.780 0.220 0.000
#> GSM282942 3 0.6111 4.73e-02 0.000 0.396 0.604
#> GSM282945 3 0.4235 5.97e-01 0.000 0.176 0.824
#> GSM282954 3 0.5835 2.38e-01 0.000 0.340 0.660
#> GSM282961 3 0.2165 6.63e-01 0.000 0.064 0.936
#> GSM282964 2 0.3434 4.66e-01 0.032 0.904 0.064
#> GSM282965 3 0.5291 4.09e-01 0.000 0.268 0.732
#> GSM282967 3 0.1525 6.74e-01 0.004 0.032 0.964
#> GSM282969 2 0.2651 4.66e-01 0.012 0.928 0.060
#> GSM282970 2 0.2550 4.60e-01 0.012 0.932 0.056
#> GSM282972 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282973 3 0.2165 6.63e-01 0.000 0.064 0.936
#> GSM282975 2 0.5835 7.47e-01 0.000 0.660 0.340
#> GSM282996 1 0.4796 7.24e-01 0.780 0.220 0.000
#> GSM282999 3 0.4477 6.49e-01 0.068 0.068 0.864
#> GSM283014 1 0.4796 7.24e-01 0.780 0.220 0.000
#> GSM283019 3 0.4838 6.37e-01 0.076 0.076 0.848
#> GSM283026 3 0.4345 6.47e-01 0.016 0.136 0.848
#> GSM283029 1 0.1491 7.97e-01 0.968 0.016 0.016
#> GSM283030 3 0.7267 5.06e-01 0.180 0.112 0.708
#> GSM283033 3 0.0661 6.74e-01 0.004 0.008 0.988
#> GSM283035 2 0.5493 5.87e-01 0.012 0.756 0.232
#> GSM283036 3 0.2845 6.67e-01 0.012 0.068 0.920
#> GSM283038 2 0.5591 6.69e-01 0.000 0.696 0.304
#> GSM283046 3 0.4345 6.47e-01 0.016 0.136 0.848
#> GSM283050 1 0.1491 7.97e-01 0.968 0.016 0.016
#> GSM283053 3 0.4235 5.97e-01 0.000 0.176 0.824
#> GSM283055 3 0.2939 6.66e-01 0.012 0.072 0.916
#> GSM283056 2 0.5327 6.80e-01 0.000 0.728 0.272
#> GSM282928 2 0.6062 7.25e-01 0.000 0.616 0.384
#> GSM282930 2 0.6225 6.41e-01 0.000 0.568 0.432
#> GSM282932 3 0.1877 6.71e-01 0.012 0.032 0.956
#> GSM282934 1 0.5115 7.24e-01 0.768 0.228 0.004
#> GSM282976 3 0.5785 2.81e-01 0.000 0.332 0.668
#> GSM282979 2 0.6204 6.59e-01 0.000 0.576 0.424
#> GSM282998 2 0.2845 4.82e-01 0.012 0.920 0.068
#> GSM283013 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM283017 3 0.1877 6.71e-01 0.012 0.032 0.956
#> GSM283018 3 0.4912 5.48e-01 0.008 0.196 0.796
#> GSM283025 2 0.4634 5.99e-01 0.012 0.824 0.164
#> GSM283028 2 0.5591 6.69e-01 0.000 0.696 0.304
#> GSM283032 3 0.0661 6.74e-01 0.004 0.008 0.988
#> GSM283037 2 0.5591 6.69e-01 0.000 0.696 0.304
#> GSM283040 1 0.7853 5.10e-01 0.556 0.060 0.384
#> GSM283042 3 0.2939 6.66e-01 0.012 0.072 0.916
#> GSM283045 2 0.5659 5.77e-01 0.012 0.740 0.248
#> GSM283048 3 0.4345 6.47e-01 0.016 0.136 0.848
#> GSM283052 3 0.4235 5.97e-01 0.000 0.176 0.824
#> GSM283054 2 0.3134 4.43e-01 0.032 0.916 0.052
#> GSM282980 3 0.6128 5.69e-01 0.136 0.084 0.780
#> GSM282982 3 0.1877 6.71e-01 0.012 0.032 0.956
#> GSM282984 3 0.4544 6.17e-01 0.056 0.084 0.860
#> GSM282986 2 0.2550 4.60e-01 0.012 0.932 0.056
#> GSM282997 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM283012 1 0.1015 7.98e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM283027 2 0.5591 6.69e-01 0.000 0.696 0.304
#> GSM283031 3 0.0661 6.74e-01 0.004 0.008 0.988
#> GSM283039 3 0.6679 5.46e-01 0.152 0.100 0.748
#> GSM283044 3 0.4702 5.13e-01 0.000 0.212 0.788
#> GSM283047 3 0.4887 5.05e-01 0.000 0.228 0.772
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.4996 0.0541 0.000 0.516 0.484 0.000
#> GSM282856 3 0.4866 0.2626 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM282857 3 0.4713 0.3534 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM282858 2 0.3539 0.7371 0.000 0.820 0.176 0.004
#> GSM282859 2 0.3764 0.7375 0.000 0.816 0.172 0.012
#> GSM282860 2 0.3718 0.7358 0.000 0.820 0.168 0.012
#> GSM282861 3 0.5937 -0.1615 0.000 0.472 0.492 0.036
#> GSM282862 2 0.3925 0.7380 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM282863 3 0.4985 0.1047 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM282864 3 0.4981 0.1238 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM282865 3 0.4981 0.1238 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM282866 3 0.4967 0.1549 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM282867 3 0.4977 0.1340 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM282868 3 0.4981 0.1238 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM282869 3 0.3069 0.6496 0.008 0.036 0.896 0.060
#> GSM282870 3 0.5126 0.6090 0.008 0.148 0.772 0.072
#> GSM282871 3 0.4961 0.1656 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM282872 3 0.3439 0.6397 0.000 0.084 0.868 0.048
#> GSM282904 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.5161 0.1052 0.000 0.520 0.476 0.004
#> GSM282913 2 0.5099 0.4250 0.000 0.612 0.380 0.008
#> GSM282915 3 0.4713 0.3534 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM282921 3 0.4679 0.6200 0.056 0.036 0.824 0.084
#> GSM282927 3 0.2317 0.6457 0.012 0.012 0.928 0.048
#> GSM282873 3 0.7156 -0.0562 0.120 0.004 0.496 0.380
#> GSM282874 2 0.2843 0.6709 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM282875 2 0.2843 0.6709 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM282905 2 0.2843 0.6709 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM282914 3 0.7156 -0.0562 0.120 0.004 0.496 0.380
#> GSM282918 3 0.7156 -0.0562 0.120 0.004 0.496 0.380
#> GSM282876 3 0.2982 0.6330 0.024 0.012 0.900 0.064
#> GSM282877 3 0.4948 0.1964 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM282878 2 0.3852 0.7373 0.000 0.808 0.180 0.012
#> GSM282879 2 0.4428 0.6325 0.000 0.720 0.276 0.004
#> GSM282880 2 0.3400 0.7353 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282881 3 0.2982 0.6330 0.024 0.012 0.900 0.064
#> GSM282882 1 0.7274 0.5548 0.540 0.000 0.240 0.220
#> GSM282883 3 0.4122 0.5330 0.000 0.236 0.760 0.004
#> GSM282884 1 0.7274 0.5548 0.540 0.000 0.240 0.220
#> GSM282885 3 0.4933 0.2172 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM282886 3 0.2918 0.6315 0.000 0.116 0.876 0.008
#> GSM282887 1 0.7274 0.5548 0.540 0.000 0.240 0.220
#> GSM282888 3 0.3169 0.6412 0.004 0.028 0.884 0.084
#> GSM282889 2 0.3907 0.7007 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM282890 3 0.7811 -0.3876 0.368 0.000 0.380 0.252
#> GSM282902 2 0.4434 0.7080 0.000 0.756 0.228 0.016
#> GSM282903 3 0.1837 0.6518 0.000 0.028 0.944 0.028
#> GSM282907 3 0.2329 0.6469 0.000 0.072 0.916 0.012
#> GSM282909 3 0.1510 0.6522 0.000 0.028 0.956 0.016
#> GSM282912 3 0.2255 0.6478 0.000 0.068 0.920 0.012
#> GSM282920 3 0.4744 0.6179 0.056 0.036 0.820 0.088
#> GSM282924 3 0.4936 0.4102 0.000 0.340 0.652 0.008
#> GSM282891 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.2911 0.6373 0.016 0.012 0.900 0.072
#> GSM282893 3 0.2891 0.6356 0.004 0.020 0.896 0.080
#> GSM282894 3 0.7864 -0.3363 0.320 0.000 0.392 0.288
#> GSM282895 3 0.1356 0.6511 0.000 0.032 0.960 0.008
#> GSM282896 3 0.2891 0.6356 0.004 0.020 0.896 0.080
#> GSM282897 3 0.1722 0.6500 0.000 0.048 0.944 0.008
#> GSM282898 3 0.2782 0.6419 0.004 0.024 0.904 0.068
#> GSM282899 3 0.2234 0.6391 0.004 0.008 0.924 0.064
#> GSM282900 3 0.3861 0.6415 0.008 0.080 0.856 0.056
#> GSM282901 3 0.3286 0.6411 0.000 0.080 0.876 0.044
#> GSM282906 3 0.2329 0.6469 0.000 0.072 0.916 0.012
#> GSM282908 1 0.3542 0.7028 0.864 0.000 0.076 0.060
#> GSM282911 3 0.2255 0.6478 0.000 0.068 0.920 0.012
#> GSM282916 3 0.5672 0.5357 0.104 0.024 0.756 0.116
#> GSM282919 3 0.4353 0.5551 0.000 0.232 0.756 0.012
#> GSM282923 3 0.3856 0.5701 0.032 0.000 0.832 0.136
#> GSM282917 3 0.2053 0.6450 0.000 0.072 0.924 0.004
#> GSM282922 3 0.7621 0.3305 0.160 0.044 0.600 0.196
#> GSM282926 3 0.2317 0.6457 0.012 0.012 0.928 0.048
#> GSM282925 3 0.2317 0.6457 0.012 0.012 0.928 0.048
#> GSM282935 2 0.4434 0.7080 0.000 0.756 0.228 0.016
#> GSM282938 2 0.4434 0.7080 0.000 0.756 0.228 0.016
#> GSM282940 2 0.3925 0.7380 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM282941 2 0.3925 0.7380 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM282943 1 0.7301 0.5536 0.536 0.000 0.236 0.228
#> GSM282944 3 0.4985 0.1047 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM282946 3 0.2982 0.6330 0.024 0.012 0.900 0.064
#> GSM282947 3 0.5296 0.0117 0.000 0.492 0.500 0.008
#> GSM282948 3 0.4925 0.2206 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM282949 3 0.4972 0.1432 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM282950 3 0.4948 0.1888 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM282951 3 0.4977 0.1340 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM282952 3 0.4977 0.1340 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM282953 3 0.4948 0.1942 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM282955 3 0.4967 0.1549 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM282956 1 0.4608 0.6837 0.800 0.000 0.096 0.104
#> GSM282959 3 0.4955 0.1892 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM282966 3 0.5328 0.5513 0.000 0.212 0.724 0.064
#> GSM282968 3 0.4981 0.1238 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM282974 2 0.4106 0.5947 0.000 0.832 0.084 0.084
#> GSM283016 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.7880 -0.3670 0.344 0.000 0.372 0.284
#> GSM283041 1 0.4353 0.5794 0.756 0.012 0.000 0.232
#> GSM283043 3 0.2402 0.6449 0.012 0.012 0.924 0.052
#> GSM282957 2 0.2843 0.6709 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM282958 2 0.2843 0.6709 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM282960 3 0.4830 0.3048 0.000 0.392 0.608 0.000
#> GSM282971 2 0.2843 0.6709 0.000 0.892 0.088 0.020
#> GSM283015 3 0.7156 -0.0562 0.120 0.004 0.496 0.380
#> GSM282962 2 0.3925 0.7380 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM282963 3 0.4941 0.2071 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM282977 3 0.4961 0.1733 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM282978 3 0.2918 0.6315 0.000 0.116 0.876 0.008
#> GSM282987 3 0.4955 0.1854 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM282988 3 0.4933 0.2172 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM282989 3 0.4955 0.1849 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM282990 3 0.3751 0.5732 0.000 0.196 0.800 0.004
#> GSM282991 3 0.4961 0.1733 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM282992 2 0.4428 0.6325 0.000 0.720 0.276 0.004
#> GSM282993 2 0.4300 0.6043 0.000 0.820 0.092 0.088
#> GSM282994 3 0.4916 0.2364 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM282995 2 0.3925 0.7380 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM283020 1 0.0376 0.7436 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283023 3 0.7880 -0.3670 0.344 0.000 0.372 0.284
#> GSM282931 2 0.4636 0.7210 0.000 0.772 0.188 0.040
#> GSM282939 2 0.3925 0.7380 0.000 0.808 0.176 0.016
#> GSM282981 3 0.5297 0.4728 0.000 0.292 0.676 0.032
#> GSM282983 3 0.1356 0.6507 0.000 0.032 0.960 0.008
#> GSM282985 2 0.5306 0.4856 0.000 0.632 0.348 0.020
#> GSM283000 2 0.5306 0.4856 0.000 0.632 0.348 0.020
#> GSM283001 1 0.6555 0.5961 0.632 0.000 0.212 0.156
#> GSM283002 3 0.3529 0.6186 0.000 0.152 0.836 0.012
#> GSM283003 3 0.1489 0.6492 0.000 0.044 0.952 0.004
#> GSM283004 3 0.1209 0.6504 0.000 0.032 0.964 0.004
#> GSM283005 3 0.7860 -0.3265 0.312 0.000 0.396 0.292
#> GSM283006 3 0.8002 -0.3174 0.324 0.004 0.396 0.276
#> GSM283007 3 0.5297 0.4728 0.000 0.292 0.676 0.032
#> GSM283008 3 0.1994 0.6430 0.004 0.008 0.936 0.052
#> GSM283009 3 0.3598 0.5900 0.028 0.000 0.848 0.124
#> GSM283010 3 0.8109 0.4631 0.104 0.128 0.584 0.184
#> GSM283011 3 0.7860 -0.3265 0.312 0.000 0.396 0.292
#> GSM283022 3 0.7869 -0.1200 0.264 0.008 0.476 0.252
#> GSM283034 3 0.1388 0.6513 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM283049 3 0.2685 0.6523 0.004 0.044 0.912 0.040
#> GSM283051 1 0.7692 0.5595 0.528 0.012 0.228 0.232
#> GSM282929 2 0.4106 0.5947 0.000 0.832 0.084 0.084
#> GSM282933 4 0.4855 0.9614 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM282936 4 0.4964 0.9442 0.004 0.380 0.000 0.616
#> GSM282937 1 0.4353 0.5794 0.756 0.012 0.000 0.232
#> GSM282942 2 0.4996 0.0541 0.000 0.516 0.484 0.000
#> GSM282945 3 0.5473 0.5477 0.000 0.192 0.724 0.084
#> GSM282954 3 0.4981 0.1238 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM282961 3 0.2918 0.6315 0.000 0.116 0.876 0.008
#> GSM282964 4 0.5451 0.8177 0.004 0.464 0.008 0.524
#> GSM282965 3 0.4713 0.3534 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM282967 3 0.1661 0.6507 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM282969 4 0.5016 0.9594 0.000 0.396 0.004 0.600
#> GSM282970 4 0.4855 0.9614 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM282972 2 0.3885 0.6351 0.000 0.844 0.092 0.064
#> GSM282973 3 0.2918 0.6315 0.000 0.116 0.876 0.008
#> GSM282975 2 0.3885 0.6351 0.000 0.844 0.092 0.064
#> GSM282996 1 0.4353 0.5794 0.756 0.012 0.000 0.232
#> GSM282999 3 0.4689 0.6226 0.052 0.040 0.824 0.084
#> GSM283014 1 0.4353 0.5794 0.756 0.012 0.000 0.232
#> GSM283019 3 0.4946 0.6121 0.060 0.036 0.808 0.096
#> GSM283026 3 0.4405 0.6256 0.016 0.080 0.832 0.072
#> GSM283029 1 0.1059 0.7412 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM283030 3 0.8028 0.3302 0.160 0.064 0.572 0.204
#> GSM283033 3 0.1388 0.6513 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM283035 2 0.6228 -0.5412 0.000 0.572 0.064 0.364
#> GSM283036 3 0.2317 0.6457 0.012 0.012 0.928 0.048
#> GSM283038 2 0.5394 0.0474 0.000 0.712 0.060 0.228
#> GSM283046 3 0.4405 0.6256 0.016 0.080 0.832 0.072
#> GSM283050 1 0.1059 0.7412 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM283053 3 0.5473 0.5477 0.000 0.192 0.724 0.084
#> GSM283055 3 0.2402 0.6449 0.012 0.012 0.924 0.052
#> GSM283056 2 0.4776 -0.0793 0.000 0.732 0.024 0.244
#> GSM282928 2 0.3764 0.7374 0.000 0.816 0.172 0.012
#> GSM282930 2 0.3764 0.7212 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM282932 3 0.1721 0.6506 0.008 0.012 0.952 0.028
#> GSM282934 1 0.4798 0.5800 0.744 0.012 0.012 0.232
#> GSM282976 3 0.4941 0.2071 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM282979 2 0.3908 0.7249 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM282998 4 0.4925 0.9386 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM283013 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.1721 0.6506 0.008 0.012 0.952 0.028
#> GSM283018 3 0.5297 0.4728 0.000 0.292 0.676 0.032
#> GSM283025 2 0.4907 -0.7077 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM283028 2 0.5394 0.0474 0.000 0.712 0.060 0.228
#> GSM283032 3 0.1510 0.6518 0.000 0.028 0.956 0.016
#> GSM283037 2 0.5394 0.0474 0.000 0.712 0.060 0.228
#> GSM283040 1 0.7692 0.5595 0.528 0.012 0.228 0.232
#> GSM283042 3 0.2402 0.6449 0.012 0.012 0.924 0.052
#> GSM283045 2 0.6453 -0.5196 0.000 0.560 0.080 0.360
#> GSM283048 3 0.4405 0.6256 0.016 0.080 0.832 0.072
#> GSM283052 3 0.5473 0.5477 0.000 0.192 0.724 0.084
#> GSM283054 4 0.5152 0.9514 0.004 0.384 0.004 0.608
#> GSM282980 3 0.5889 0.5151 0.112 0.024 0.740 0.124
#> GSM282982 3 0.1721 0.6506 0.008 0.012 0.952 0.028
#> GSM282984 3 0.3856 0.5701 0.032 0.000 0.832 0.136
#> GSM282986 4 0.4855 0.9614 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM282997 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.7435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.5361 0.0600 0.000 0.716 0.060 0.224
#> GSM283031 3 0.1510 0.6518 0.000 0.028 0.956 0.016
#> GSM283039 3 0.7434 0.4054 0.128 0.052 0.624 0.196
#> GSM283044 3 0.4917 0.4106 0.000 0.336 0.656 0.008
#> GSM283047 3 0.4955 0.4035 0.000 0.344 0.648 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 3 0.4803 0.14446 0.000 0.488 0.496 0.004 0.012
#> GSM282856 3 0.4430 0.43938 0.000 0.360 0.628 0.000 0.012
#> GSM282857 3 0.4251 0.50734 0.000 0.316 0.672 0.000 0.012
#> GSM282858 2 0.2516 0.76001 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.2488 0.76224 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004
#> GSM282860 2 0.2074 0.75674 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.5770 -0.02178 0.000 0.480 0.456 0.024 0.040
#> GSM282862 2 0.2286 0.75942 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM282863 3 0.4622 0.30328 0.000 0.440 0.548 0.000 0.012
#> GSM282864 3 0.4630 0.33986 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> GSM282865 3 0.4630 0.33986 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> GSM282866 3 0.4565 0.36086 0.000 0.408 0.580 0.000 0.012
#> GSM282867 3 0.4621 0.34766 0.000 0.412 0.576 0.004 0.008
#> GSM282868 3 0.4630 0.33986 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> GSM282869 3 0.2681 0.67763 0.004 0.012 0.876 0.000 0.108
#> GSM282870 3 0.4464 0.68421 0.004 0.096 0.800 0.068 0.032
#> GSM282871 3 0.4557 0.36819 0.000 0.404 0.584 0.000 0.012
#> GSM282872 3 0.2827 0.70640 0.000 0.044 0.892 0.044 0.020
#> GSM282904 1 0.1121 0.68639 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282910 2 0.4815 -0.00426 0.000 0.504 0.480 0.008 0.008
#> GSM282913 2 0.4668 0.33157 0.000 0.600 0.384 0.008 0.008
#> GSM282915 3 0.4251 0.50734 0.000 0.316 0.672 0.000 0.012
#> GSM282921 3 0.4843 0.62997 0.036 0.020 0.788 0.060 0.096
#> GSM282927 3 0.2694 0.67886 0.008 0.000 0.892 0.032 0.068
#> GSM282873 5 0.2806 0.62176 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM282874 2 0.0162 0.68071 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282875 2 0.0162 0.68071 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282905 2 0.0162 0.68071 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282914 5 0.2806 0.62176 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM282918 5 0.2806 0.62176 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM282876 3 0.3250 0.64716 0.020 0.000 0.844 0.008 0.128
#> GSM282877 3 0.4537 0.39841 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> GSM282878 2 0.2389 0.76039 0.000 0.880 0.116 0.000 0.004
#> GSM282879 2 0.3715 0.61158 0.000 0.736 0.260 0.000 0.004
#> GSM282880 2 0.2488 0.76069 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004
#> GSM282881 3 0.3250 0.64716 0.020 0.000 0.844 0.008 0.128
#> GSM282882 1 0.5159 -0.16999 0.496 0.000 0.024 0.008 0.472
#> GSM282883 3 0.3475 0.64416 0.000 0.180 0.804 0.004 0.012
#> GSM282884 1 0.5159 -0.16999 0.496 0.000 0.024 0.008 0.472
#> GSM282885 3 0.4505 0.41923 0.000 0.384 0.604 0.000 0.012
#> GSM282886 3 0.2095 0.70047 0.000 0.060 0.920 0.008 0.012
#> GSM282887 1 0.5159 -0.16999 0.496 0.000 0.024 0.008 0.472
#> GSM282888 3 0.3361 0.65589 0.004 0.008 0.844 0.020 0.124
#> GSM282889 2 0.3551 0.67965 0.000 0.772 0.220 0.000 0.008
#> GSM282890 5 0.6477 0.54492 0.364 0.000 0.136 0.012 0.488
#> GSM282902 2 0.3909 0.69531 0.000 0.760 0.216 0.024 0.000
#> GSM282903 3 0.1644 0.69638 0.000 0.004 0.940 0.008 0.048
#> GSM282907 3 0.2201 0.71038 0.000 0.040 0.920 0.008 0.032
#> GSM282909 3 0.1365 0.70006 0.000 0.004 0.952 0.004 0.040
#> GSM282912 3 0.1299 0.70856 0.000 0.020 0.960 0.008 0.012
#> GSM282920 3 0.4895 0.62533 0.036 0.020 0.784 0.060 0.100
#> GSM282924 3 0.4269 0.52763 0.000 0.300 0.684 0.016 0.000
#> GSM282891 1 0.1121 0.68639 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282892 3 0.3376 0.65388 0.016 0.004 0.852 0.020 0.108
#> GSM282893 3 0.2439 0.64953 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> GSM282894 5 0.5678 0.66550 0.284 0.000 0.116 0.000 0.600
#> GSM282895 3 0.0955 0.70286 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM282896 3 0.2439 0.64953 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> GSM282897 3 0.1278 0.70839 0.000 0.016 0.960 0.004 0.020
#> GSM282898 3 0.2408 0.66533 0.004 0.000 0.892 0.008 0.096
#> GSM282899 3 0.2625 0.65811 0.000 0.000 0.876 0.016 0.108
#> GSM282900 3 0.3251 0.70510 0.004 0.036 0.876 0.048 0.036
#> GSM282901 3 0.2675 0.70716 0.000 0.040 0.900 0.040 0.020
#> GSM282906 3 0.2201 0.71038 0.000 0.040 0.920 0.008 0.032
#> GSM282908 1 0.3806 0.55823 0.804 0.000 0.040 0.004 0.152
#> GSM282911 3 0.1299 0.70856 0.000 0.020 0.960 0.008 0.012
#> GSM282916 3 0.6066 0.39990 0.068 0.012 0.656 0.040 0.224
#> GSM282919 3 0.3948 0.63498 0.000 0.208 0.768 0.012 0.012
#> GSM282923 3 0.4000 0.48765 0.024 0.000 0.748 0.000 0.228
#> GSM282917 3 0.1818 0.70846 0.000 0.044 0.932 0.000 0.024
#> GSM282922 3 0.7576 -0.32235 0.108 0.020 0.408 0.060 0.404
#> GSM282926 3 0.2694 0.67886 0.008 0.000 0.892 0.032 0.068
#> GSM282925 3 0.2694 0.67886 0.008 0.000 0.892 0.032 0.068
#> GSM282935 2 0.3909 0.69531 0.000 0.760 0.216 0.024 0.000
#> GSM282938 2 0.3909 0.69531 0.000 0.760 0.216 0.024 0.000
#> GSM282940 2 0.2536 0.76127 0.000 0.868 0.128 0.000 0.004
#> GSM282941 2 0.2488 0.76179 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004
#> GSM282943 1 0.4648 -0.19559 0.524 0.000 0.012 0.000 0.464
#> GSM282944 3 0.4622 0.30328 0.000 0.440 0.548 0.000 0.012
#> GSM282946 3 0.3250 0.64716 0.020 0.000 0.844 0.008 0.128
#> GSM282947 3 0.4981 0.23997 0.000 0.448 0.528 0.016 0.008
#> GSM282948 3 0.4505 0.40824 0.000 0.384 0.604 0.000 0.012
#> GSM282949 3 0.4574 0.35148 0.000 0.412 0.576 0.000 0.012
#> GSM282950 3 0.4537 0.38488 0.000 0.396 0.592 0.000 0.012
#> GSM282951 3 0.4621 0.34766 0.000 0.412 0.576 0.004 0.008
#> GSM282952 3 0.4621 0.34766 0.000 0.412 0.576 0.004 0.008
#> GSM282953 3 0.4676 0.39042 0.000 0.392 0.592 0.004 0.012
#> GSM282955 3 0.4565 0.36086 0.000 0.408 0.580 0.000 0.012
#> GSM282956 1 0.4409 0.47137 0.736 0.000 0.040 0.004 0.220
#> GSM282959 3 0.4557 0.38635 0.000 0.404 0.584 0.000 0.012
#> GSM282966 3 0.4355 0.64410 0.000 0.164 0.760 0.076 0.000
#> GSM282968 3 0.4630 0.33986 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> GSM282974 2 0.1732 0.61002 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM283016 1 0.0162 0.68801 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283021 1 0.1043 0.68721 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM283024 5 0.5516 0.64740 0.296 0.000 0.096 0.000 0.608
#> GSM283041 1 0.5140 0.54944 0.664 0.000 0.000 0.252 0.084
#> GSM283043 3 0.2819 0.67509 0.008 0.000 0.884 0.032 0.076
#> GSM282957 2 0.0162 0.68071 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282958 2 0.0162 0.68071 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282960 3 0.4283 0.47456 0.000 0.348 0.644 0.000 0.008
#> GSM282971 2 0.0162 0.68071 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283015 5 0.2806 0.62176 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM282962 2 0.2488 0.76179 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004
#> GSM282963 3 0.4517 0.41221 0.000 0.388 0.600 0.000 0.012
#> GSM282977 3 0.4547 0.38857 0.000 0.400 0.588 0.000 0.012
#> GSM282978 3 0.2095 0.70047 0.000 0.060 0.920 0.008 0.012
#> GSM282987 3 0.4582 0.36351 0.000 0.416 0.572 0.000 0.012
#> GSM282988 3 0.4505 0.41923 0.000 0.384 0.604 0.000 0.012
#> GSM282989 3 0.4547 0.39100 0.000 0.400 0.588 0.000 0.012
#> GSM282990 3 0.3067 0.66929 0.000 0.140 0.844 0.004 0.012
#> GSM282991 3 0.4547 0.38857 0.000 0.400 0.588 0.000 0.012
#> GSM282992 2 0.3579 0.64107 0.000 0.756 0.240 0.000 0.004
#> GSM282993 2 0.2574 0.58622 0.000 0.876 0.012 0.112 0.000
#> GSM282994 3 0.4482 0.43304 0.000 0.376 0.612 0.000 0.012
#> GSM282995 2 0.2286 0.75942 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM283020 1 0.0404 0.68678 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283023 5 0.5516 0.64740 0.296 0.000 0.096 0.000 0.608
#> GSM282931 2 0.3647 0.73987 0.000 0.816 0.132 0.052 0.000
#> GSM282939 2 0.2536 0.76127 0.000 0.868 0.128 0.000 0.004
#> GSM282981 3 0.4649 0.58490 0.000 0.252 0.708 0.020 0.020
#> GSM282983 3 0.1026 0.70173 0.000 0.004 0.968 0.004 0.024
#> GSM282985 2 0.4682 0.40061 0.000 0.620 0.356 0.024 0.000
#> GSM283000 2 0.4682 0.40061 0.000 0.620 0.356 0.024 0.000
#> GSM283001 1 0.4354 0.06458 0.624 0.000 0.008 0.000 0.368
#> GSM283002 3 0.3272 0.69436 0.000 0.120 0.848 0.016 0.016
#> GSM283003 3 0.1278 0.70732 0.000 0.016 0.960 0.004 0.020
#> GSM283004 3 0.0955 0.70258 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM283005 5 0.5661 0.67245 0.272 0.000 0.120 0.000 0.608
#> GSM283006 5 0.5778 0.66511 0.280 0.000 0.128 0.000 0.592
#> GSM283007 3 0.4649 0.58490 0.000 0.252 0.708 0.020 0.020
#> GSM283008 3 0.2464 0.66437 0.000 0.000 0.888 0.016 0.096
#> GSM283009 3 0.3821 0.51179 0.020 0.000 0.764 0.000 0.216
#> GSM283010 3 0.7975 0.00387 0.072 0.088 0.448 0.052 0.340
#> GSM283011 5 0.5661 0.67245 0.272 0.000 0.120 0.000 0.608
#> GSM283022 5 0.6157 0.61064 0.220 0.000 0.220 0.000 0.560
#> GSM283034 3 0.1202 0.70128 0.000 0.004 0.960 0.004 0.032
#> GSM283049 3 0.2367 0.69715 0.004 0.020 0.904 0.000 0.072
#> GSM283051 5 0.5803 0.11922 0.448 0.000 0.012 0.060 0.480
#> GSM282929 2 0.1732 0.61002 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM282933 4 0.1341 0.81637 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM282936 4 0.1597 0.80277 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> GSM282937 1 0.5140 0.54944 0.664 0.000 0.000 0.252 0.084
#> GSM282942 3 0.4803 0.14446 0.000 0.488 0.496 0.004 0.012
#> GSM282945 3 0.4478 0.63667 0.000 0.144 0.756 0.100 0.000
#> GSM282954 3 0.4630 0.33986 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> GSM282961 3 0.2095 0.70047 0.000 0.060 0.920 0.008 0.012
#> GSM282964 4 0.3750 0.73203 0.000 0.232 0.000 0.756 0.012
#> GSM282965 3 0.4251 0.50734 0.000 0.316 0.672 0.000 0.012
#> GSM282967 3 0.1582 0.71109 0.000 0.028 0.944 0.000 0.028
#> GSM282969 4 0.1502 0.81664 0.000 0.056 0.004 0.940 0.000
#> GSM282970 4 0.1341 0.81637 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM282972 2 0.1670 0.65335 0.000 0.936 0.012 0.052 0.000
#> GSM282973 3 0.2095 0.70047 0.000 0.060 0.920 0.008 0.012
#> GSM282975 2 0.1670 0.65335 0.000 0.936 0.012 0.052 0.000
#> GSM282996 1 0.5140 0.54944 0.664 0.000 0.000 0.252 0.084
#> GSM282999 3 0.4825 0.63271 0.032 0.024 0.788 0.052 0.104
#> GSM283014 1 0.5140 0.54944 0.664 0.000 0.000 0.252 0.084
#> GSM283019 3 0.5043 0.61200 0.036 0.020 0.772 0.060 0.112
#> GSM283026 3 0.4188 0.67859 0.004 0.036 0.820 0.084 0.056
#> GSM283029 1 0.2006 0.67367 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> GSM283030 5 0.7975 0.25742 0.108 0.036 0.384 0.072 0.400
#> GSM283033 3 0.1202 0.70128 0.000 0.004 0.960 0.004 0.032
#> GSM283035 4 0.5425 0.56283 0.000 0.320 0.080 0.600 0.000
#> GSM283036 3 0.2694 0.67886 0.008 0.000 0.892 0.032 0.068
#> GSM283038 2 0.5304 0.03871 0.000 0.560 0.056 0.384 0.000
#> GSM283046 3 0.4188 0.67859 0.004 0.036 0.820 0.084 0.056
#> GSM283050 1 0.2006 0.67367 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> GSM283053 3 0.4478 0.63667 0.000 0.144 0.756 0.100 0.000
#> GSM283055 3 0.2819 0.67509 0.008 0.000 0.884 0.032 0.076
#> GSM283056 2 0.4574 -0.05744 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> GSM282928 2 0.2179 0.76012 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.3318 0.71694 0.000 0.800 0.192 0.000 0.008
#> GSM282932 3 0.2170 0.68370 0.000 0.004 0.904 0.004 0.088
#> GSM282934 1 0.5336 0.54495 0.648 0.000 0.000 0.252 0.100
#> GSM282976 3 0.4517 0.41221 0.000 0.388 0.600 0.000 0.012
#> GSM282979 2 0.2773 0.74759 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.1851 0.81821 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM283013 1 0.1043 0.68721 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM283017 3 0.2170 0.68370 0.000 0.004 0.904 0.004 0.088
#> GSM283018 3 0.4649 0.58490 0.000 0.252 0.708 0.020 0.020
#> GSM283025 4 0.3816 0.69073 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM283028 2 0.5304 0.03871 0.000 0.560 0.056 0.384 0.000
#> GSM283032 3 0.1285 0.70022 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> GSM283037 2 0.5304 0.03871 0.000 0.560 0.056 0.384 0.000
#> GSM283040 5 0.5803 0.11922 0.448 0.000 0.012 0.060 0.480
#> GSM283042 3 0.2819 0.67509 0.008 0.000 0.884 0.032 0.076
#> GSM283045 4 0.5615 0.54187 0.000 0.320 0.096 0.584 0.000
#> GSM283048 3 0.4188 0.67859 0.004 0.036 0.820 0.084 0.056
#> GSM283052 3 0.4478 0.63667 0.000 0.144 0.756 0.100 0.000
#> GSM283054 4 0.2189 0.81205 0.000 0.084 0.000 0.904 0.012
#> GSM282980 3 0.6309 0.36344 0.076 0.012 0.640 0.048 0.224
#> GSM282982 3 0.2170 0.68370 0.000 0.004 0.904 0.004 0.088
#> GSM282984 3 0.4000 0.48765 0.024 0.000 0.748 0.000 0.228
#> GSM282986 4 0.1341 0.81637 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM282997 1 0.0162 0.68801 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283012 1 0.1121 0.68639 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM283027 2 0.5284 0.06340 0.000 0.568 0.056 0.376 0.000
#> GSM283031 3 0.1285 0.70022 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> GSM283039 3 0.7506 -0.18057 0.088 0.024 0.440 0.064 0.384
#> GSM283044 3 0.4260 0.52077 0.000 0.308 0.680 0.008 0.004
#> GSM283047 3 0.4290 0.52181 0.000 0.304 0.680 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.4384 -0.1527 0.000 0.520 0.460 0.004 0.000 0.016
#> GSM282856 3 0.4255 0.4274 0.000 0.380 0.600 0.000 0.004 0.016
#> GSM282857 3 0.4119 0.4926 0.000 0.336 0.644 0.000 0.004 0.016
#> GSM282858 2 0.2868 0.6664 0.000 0.852 0.112 0.000 0.032 0.004
#> GSM282859 2 0.2163 0.6677 0.000 0.892 0.096 0.000 0.008 0.004
#> GSM282860 2 0.2238 0.6574 0.000 0.900 0.076 0.004 0.016 0.004
#> GSM282861 2 0.5930 -0.0350 0.000 0.484 0.404 0.024 0.016 0.072
#> GSM282862 2 0.2349 0.6595 0.000 0.892 0.080 0.000 0.020 0.008
#> GSM282863 3 0.4389 0.2852 0.000 0.468 0.512 0.000 0.004 0.016
#> GSM282864 3 0.4400 0.3419 0.000 0.428 0.552 0.004 0.004 0.012
#> GSM282865 3 0.4400 0.3419 0.000 0.428 0.552 0.004 0.004 0.012
#> GSM282866 3 0.4338 0.3611 0.000 0.420 0.560 0.000 0.004 0.016
#> GSM282867 3 0.4395 0.3485 0.000 0.424 0.556 0.004 0.004 0.012
#> GSM282868 3 0.4400 0.3419 0.000 0.428 0.552 0.004 0.004 0.012
#> GSM282869 3 0.2763 0.6886 0.000 0.008 0.868 0.000 0.036 0.088
#> GSM282870 3 0.4519 0.6729 0.004 0.088 0.784 0.064 0.020 0.040
#> GSM282871 3 0.4332 0.3654 0.000 0.416 0.564 0.000 0.004 0.016
#> GSM282872 3 0.2847 0.6979 0.000 0.048 0.876 0.036 0.000 0.040
#> GSM282904 5 0.3857 -0.1225 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM282910 2 0.4891 -0.0137 0.000 0.496 0.464 0.012 0.012 0.016
#> GSM282913 2 0.5107 0.2909 0.000 0.576 0.364 0.012 0.032 0.016
#> GSM282915 3 0.4119 0.4926 0.000 0.336 0.644 0.000 0.004 0.016
#> GSM282921 3 0.4564 0.6560 0.044 0.008 0.788 0.028 0.048 0.084
#> GSM282927 3 0.3093 0.6863 0.008 0.008 0.864 0.024 0.012 0.084
#> GSM282873 6 0.1674 0.5389 0.004 0.000 0.068 0.000 0.004 0.924
#> GSM282874 2 0.4389 0.2494 0.004 0.660 0.000 0.008 0.304 0.024
#> GSM282875 2 0.4389 0.2494 0.004 0.660 0.000 0.008 0.304 0.024
#> GSM282905 2 0.4389 0.2494 0.004 0.660 0.000 0.008 0.304 0.024
#> GSM282914 6 0.1674 0.5389 0.004 0.000 0.068 0.000 0.004 0.924
#> GSM282918 6 0.1674 0.5389 0.004 0.000 0.068 0.000 0.004 0.924
#> GSM282876 3 0.3662 0.6620 0.000 0.012 0.804 0.000 0.060 0.124
#> GSM282877 3 0.4474 0.3812 0.000 0.412 0.560 0.000 0.004 0.024
#> GSM282878 2 0.2222 0.6635 0.000 0.896 0.084 0.000 0.012 0.008
#> GSM282879 2 0.3562 0.5765 0.000 0.756 0.224 0.000 0.008 0.012
#> GSM282880 2 0.1949 0.6666 0.000 0.904 0.088 0.000 0.004 0.004
#> GSM282881 3 0.3662 0.6620 0.000 0.012 0.804 0.000 0.060 0.124
#> GSM282882 5 0.4401 0.2239 0.012 0.000 0.028 0.000 0.660 0.300
#> GSM282883 3 0.3518 0.6308 0.000 0.184 0.784 0.000 0.008 0.024
#> GSM282884 5 0.4401 0.2239 0.012 0.000 0.028 0.000 0.660 0.300
#> GSM282885 3 0.4444 0.4079 0.000 0.396 0.576 0.000 0.004 0.024
#> GSM282886 3 0.2216 0.6911 0.000 0.052 0.908 0.000 0.016 0.024
#> GSM282887 5 0.4401 0.2239 0.012 0.000 0.028 0.000 0.660 0.300
#> GSM282888 3 0.4209 0.6687 0.000 0.028 0.788 0.016 0.048 0.120
#> GSM282889 2 0.2980 0.6184 0.000 0.800 0.192 0.000 0.000 0.008
#> GSM282890 5 0.5295 -0.3380 0.000 0.000 0.104 0.000 0.500 0.396
#> GSM282902 2 0.4214 0.6212 0.000 0.740 0.200 0.028 0.032 0.000
#> GSM282903 3 0.1500 0.6969 0.000 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> GSM282907 3 0.1495 0.7013 0.000 0.020 0.948 0.004 0.008 0.020
#> GSM282909 3 0.1265 0.6984 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM282912 3 0.1251 0.6996 0.000 0.008 0.956 0.000 0.012 0.024
#> GSM282920 3 0.4613 0.6530 0.044 0.008 0.784 0.028 0.048 0.088
#> GSM282924 3 0.4072 0.5262 0.000 0.292 0.684 0.016 0.004 0.004
#> GSM282891 5 0.3857 -0.1225 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM282892 3 0.3100 0.6747 0.000 0.000 0.836 0.012 0.024 0.128
#> GSM282893 3 0.2389 0.6776 0.000 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM282894 6 0.4911 0.5656 0.000 0.000 0.068 0.000 0.384 0.548
#> GSM282895 3 0.0935 0.6984 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM282896 3 0.2389 0.6776 0.000 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM282897 3 0.0862 0.6992 0.000 0.004 0.972 0.000 0.008 0.016
#> GSM282898 3 0.2358 0.6805 0.000 0.000 0.876 0.000 0.016 0.108
#> GSM282899 3 0.2841 0.6759 0.000 0.000 0.848 0.012 0.012 0.128
#> GSM282900 3 0.3348 0.6958 0.004 0.040 0.860 0.040 0.012 0.044
#> GSM282901 3 0.2777 0.6988 0.000 0.044 0.880 0.032 0.000 0.044
#> GSM282906 3 0.1495 0.7013 0.000 0.020 0.948 0.004 0.008 0.020
#> GSM282908 1 0.5592 0.1677 0.484 0.000 0.008 0.000 0.396 0.112
#> GSM282911 3 0.1251 0.6996 0.000 0.008 0.956 0.000 0.012 0.024
#> GSM282916 3 0.6032 0.4754 0.044 0.012 0.640 0.020 0.080 0.204
#> GSM282919 3 0.3620 0.6228 0.000 0.200 0.772 0.004 0.008 0.016
#> GSM282923 3 0.4134 0.5185 0.000 0.000 0.708 0.000 0.052 0.240
#> GSM282917 3 0.1321 0.6996 0.000 0.024 0.952 0.000 0.004 0.020
#> GSM282922 3 0.7750 -0.2236 0.072 0.024 0.376 0.020 0.164 0.344
#> GSM282926 3 0.3045 0.6860 0.008 0.008 0.864 0.024 0.008 0.088
#> GSM282925 3 0.3045 0.6860 0.008 0.008 0.864 0.024 0.008 0.088
#> GSM282935 2 0.4242 0.6186 0.000 0.736 0.204 0.028 0.032 0.000
#> GSM282938 2 0.4214 0.6212 0.000 0.740 0.200 0.028 0.032 0.000
#> GSM282940 2 0.2604 0.6689 0.000 0.872 0.100 0.000 0.020 0.008
#> GSM282941 2 0.2604 0.6686 0.000 0.872 0.100 0.000 0.020 0.008
#> GSM282943 5 0.5285 0.1448 0.072 0.000 0.020 0.000 0.584 0.324
#> GSM282944 3 0.4389 0.2852 0.000 0.468 0.512 0.000 0.004 0.016
#> GSM282946 3 0.3662 0.6620 0.000 0.012 0.804 0.000 0.060 0.124
#> GSM282947 3 0.4538 0.2473 0.000 0.468 0.508 0.012 0.004 0.008
#> GSM282948 3 0.4293 0.4005 0.000 0.396 0.584 0.000 0.004 0.016
#> GSM282949 3 0.4344 0.3524 0.000 0.424 0.556 0.000 0.004 0.016
#> GSM282950 3 0.4317 0.3798 0.000 0.408 0.572 0.000 0.004 0.016
#> GSM282951 3 0.4395 0.3485 0.000 0.424 0.556 0.004 0.004 0.012
#> GSM282952 3 0.4395 0.3485 0.000 0.424 0.556 0.004 0.004 0.012
#> GSM282953 3 0.4443 0.3837 0.000 0.404 0.572 0.004 0.004 0.016
#> GSM282955 3 0.4338 0.3611 0.000 0.420 0.560 0.000 0.004 0.016
#> GSM282956 1 0.5924 0.0211 0.424 0.000 0.008 0.000 0.408 0.160
#> GSM282959 3 0.4415 0.3786 0.000 0.420 0.556 0.000 0.004 0.020
#> GSM282966 3 0.4119 0.6370 0.000 0.148 0.760 0.084 0.008 0.000
#> GSM282968 3 0.4400 0.3419 0.000 0.428 0.552 0.004 0.004 0.012
#> GSM282974 2 0.4926 0.2471 0.000 0.688 0.000 0.100 0.192 0.020
#> GSM283016 1 0.3860 0.1477 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM283021 5 0.3862 -0.1438 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM283024 6 0.4936 0.5390 0.008 0.000 0.048 0.000 0.408 0.536
#> GSM283041 1 0.0260 0.5638 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.3095 0.6848 0.008 0.008 0.860 0.024 0.008 0.092
#> GSM282957 2 0.4389 0.2494 0.004 0.660 0.000 0.008 0.304 0.024
#> GSM282958 2 0.4389 0.2494 0.004 0.660 0.000 0.008 0.304 0.024
#> GSM282960 3 0.4115 0.4657 0.000 0.360 0.624 0.000 0.004 0.012
#> GSM282971 2 0.4389 0.2494 0.004 0.660 0.000 0.008 0.304 0.024
#> GSM283015 6 0.1674 0.5389 0.004 0.000 0.068 0.000 0.004 0.924
#> GSM282962 2 0.2604 0.6686 0.000 0.872 0.100 0.000 0.020 0.008
#> GSM282963 3 0.4452 0.4010 0.000 0.400 0.572 0.000 0.004 0.024
#> GSM282977 3 0.4474 0.3788 0.000 0.412 0.560 0.000 0.004 0.024
#> GSM282978 3 0.2216 0.6911 0.000 0.052 0.908 0.000 0.016 0.024
#> GSM282987 3 0.4450 0.3179 0.000 0.448 0.528 0.000 0.004 0.020
#> GSM282988 3 0.4444 0.4079 0.000 0.396 0.576 0.000 0.004 0.024
#> GSM282989 3 0.4481 0.3740 0.000 0.416 0.556 0.000 0.004 0.024
#> GSM282990 3 0.3163 0.6566 0.000 0.144 0.824 0.000 0.008 0.024
#> GSM282991 3 0.4474 0.3788 0.000 0.412 0.560 0.000 0.004 0.024
#> GSM282992 2 0.3691 0.6109 0.000 0.764 0.204 0.000 0.012 0.020
#> GSM282993 2 0.5353 0.2048 0.000 0.664 0.008 0.124 0.184 0.020
#> GSM282994 3 0.4426 0.4210 0.000 0.388 0.584 0.000 0.004 0.024
#> GSM282995 2 0.2349 0.6595 0.000 0.892 0.080 0.000 0.020 0.008
#> GSM283020 1 0.3993 0.1296 0.520 0.000 0.000 0.000 0.476 0.004
#> GSM283023 6 0.4936 0.5390 0.008 0.000 0.048 0.000 0.408 0.536
#> GSM282931 2 0.3940 0.6276 0.000 0.804 0.104 0.064 0.012 0.016
#> GSM282939 2 0.2604 0.6689 0.000 0.872 0.100 0.000 0.020 0.008
#> GSM282981 3 0.4514 0.5792 0.000 0.244 0.700 0.016 0.008 0.032
#> GSM282983 3 0.0972 0.6974 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM282985 2 0.4546 0.3413 0.000 0.624 0.340 0.020 0.012 0.004
#> GSM283000 2 0.4546 0.3413 0.000 0.624 0.340 0.020 0.012 0.004
#> GSM283001 5 0.5924 0.2681 0.160 0.000 0.016 0.000 0.520 0.304
#> GSM283002 3 0.2727 0.6864 0.000 0.104 0.868 0.008 0.008 0.012
#> GSM283003 3 0.0717 0.6986 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM283004 3 0.0935 0.6980 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM283005 6 0.4932 0.5759 0.000 0.000 0.072 0.000 0.372 0.556
#> GSM283006 6 0.5277 0.5603 0.008 0.000 0.080 0.000 0.384 0.528
#> GSM283007 3 0.4514 0.5792 0.000 0.244 0.700 0.016 0.008 0.032
#> GSM283008 3 0.2711 0.6793 0.000 0.000 0.860 0.012 0.012 0.116
#> GSM283009 3 0.4000 0.5401 0.000 0.000 0.724 0.000 0.048 0.228
#> GSM283010 3 0.7585 0.0985 0.036 0.072 0.456 0.024 0.108 0.304
#> GSM283011 6 0.4932 0.5759 0.000 0.000 0.072 0.000 0.372 0.556
#> GSM283022 6 0.5875 0.4757 0.008 0.000 0.172 0.000 0.320 0.500
#> GSM283034 3 0.1007 0.6982 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM283049 3 0.1787 0.6962 0.000 0.004 0.920 0.000 0.008 0.068
#> GSM283051 6 0.6533 0.1031 0.308 0.000 0.012 0.004 0.324 0.352
#> GSM282929 2 0.4926 0.2471 0.000 0.688 0.000 0.100 0.192 0.020
#> GSM282933 4 0.0146 0.6679 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0777 0.6543 0.024 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM282937 1 0.0260 0.5638 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.4384 -0.1527 0.000 0.520 0.460 0.004 0.000 0.016
#> GSM282945 3 0.4162 0.6299 0.000 0.144 0.752 0.100 0.000 0.004
#> GSM282954 3 0.4400 0.3419 0.000 0.428 0.552 0.004 0.004 0.012
#> GSM282961 3 0.2151 0.6911 0.000 0.048 0.912 0.000 0.016 0.024
#> GSM282964 4 0.4080 0.6724 0.024 0.056 0.000 0.784 0.132 0.004
#> GSM282965 3 0.4119 0.4926 0.000 0.336 0.644 0.000 0.004 0.016
#> GSM282967 3 0.1434 0.7023 0.000 0.020 0.948 0.000 0.008 0.024
#> GSM282969 4 0.0291 0.6684 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0146 0.6679 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM282972 2 0.4767 0.3098 0.000 0.712 0.008 0.064 0.196 0.020
#> GSM282973 3 0.2151 0.6911 0.000 0.048 0.912 0.000 0.016 0.024
#> GSM282975 2 0.4767 0.3098 0.000 0.712 0.008 0.064 0.196 0.020
#> GSM282996 1 0.0260 0.5638 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4508 0.6601 0.032 0.012 0.792 0.028 0.048 0.088
#> GSM283014 1 0.0260 0.5638 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.4755 0.6449 0.044 0.008 0.772 0.028 0.048 0.100
#> GSM283026 3 0.4810 0.6710 0.012 0.056 0.768 0.072 0.012 0.080
#> GSM283029 1 0.3742 0.3987 0.648 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004
#> GSM283030 3 0.8038 -0.2174 0.072 0.032 0.368 0.032 0.164 0.332
#> GSM283033 3 0.1007 0.6982 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM283035 4 0.5470 0.6769 0.000 0.204 0.060 0.652 0.084 0.000
#> GSM283036 3 0.3093 0.6863 0.008 0.008 0.864 0.024 0.012 0.084
#> GSM283038 4 0.6592 0.4997 0.000 0.356 0.052 0.428 0.164 0.000
#> GSM283046 3 0.4810 0.6710 0.012 0.056 0.768 0.072 0.012 0.080
#> GSM283050 1 0.3742 0.3987 0.648 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004
#> GSM283053 3 0.4162 0.6299 0.000 0.144 0.752 0.100 0.000 0.004
#> GSM283055 3 0.3095 0.6848 0.008 0.008 0.860 0.024 0.008 0.092
#> GSM283056 4 0.6026 0.5187 0.000 0.352 0.012 0.464 0.172 0.000
#> GSM282928 2 0.2458 0.6614 0.000 0.888 0.084 0.004 0.016 0.008
#> GSM282930 2 0.2946 0.6529 0.000 0.824 0.160 0.000 0.004 0.012
#> GSM282932 3 0.2361 0.6902 0.000 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088
#> GSM282934 1 0.0862 0.5541 0.972 0.000 0.000 0.008 0.016 0.004
#> GSM282976 3 0.4452 0.4010 0.000 0.400 0.572 0.000 0.004 0.024
#> GSM282979 2 0.3202 0.6603 0.000 0.832 0.132 0.004 0.012 0.020
#> GSM282998 4 0.0820 0.6784 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016 0.000
#> GSM283013 5 0.3860 -0.1329 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> GSM283017 3 0.2309 0.6910 0.000 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> GSM283018 3 0.4514 0.5792 0.000 0.244 0.700 0.016 0.008 0.032
#> GSM283025 4 0.3978 0.6896 0.000 0.160 0.000 0.756 0.084 0.000
#> GSM283028 4 0.6592 0.4997 0.000 0.356 0.052 0.428 0.164 0.000
#> GSM283032 3 0.1075 0.6981 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM283037 4 0.6592 0.4997 0.000 0.356 0.052 0.428 0.164 0.000
#> GSM283040 6 0.6533 0.1031 0.308 0.000 0.012 0.004 0.324 0.352
#> GSM283042 3 0.3095 0.6848 0.008 0.008 0.860 0.024 0.008 0.092
#> GSM283045 4 0.5671 0.6666 0.000 0.204 0.076 0.636 0.084 0.000
#> GSM283048 3 0.4810 0.6710 0.012 0.056 0.768 0.072 0.012 0.080
#> GSM283052 3 0.4162 0.6299 0.000 0.144 0.752 0.100 0.000 0.004
#> GSM283054 4 0.1743 0.6710 0.024 0.028 0.000 0.936 0.008 0.004
#> GSM282980 3 0.6247 0.4448 0.056 0.012 0.624 0.020 0.084 0.204
#> GSM282982 3 0.2309 0.6910 0.000 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> GSM282984 3 0.4134 0.5185 0.000 0.000 0.708 0.000 0.052 0.240
#> GSM282986 4 0.0146 0.6679 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.3860 0.1477 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM283012 5 0.3857 -0.1225 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM283027 4 0.6599 0.4845 0.000 0.364 0.052 0.420 0.164 0.000
#> GSM283031 3 0.1075 0.6981 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM283039 3 0.7573 -0.0598 0.060 0.020 0.428 0.032 0.136 0.324
#> GSM283044 3 0.4144 0.5113 0.000 0.308 0.668 0.004 0.004 0.016
#> GSM283047 3 0.4091 0.5209 0.000 0.296 0.680 0.016 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:hclust 188 0.1609 1.77e-01 4.22e-01 2
#> SD:hclust 137 0.0352 5.35e-01 3.27e-05 3
#> SD:hclust 131 0.0253 3.76e-04 1.13e-04 4
#> SD:hclust 143 0.0238 1.27e-06 2.25e-05 5
#> SD:hclust 119 0.0161 6.72e-07 3.30e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.708 0.851 0.934 0.3686 0.675 0.675
#> 3 3 0.424 0.665 0.845 0.6309 0.665 0.525
#> 4 4 0.730 0.811 0.899 0.1817 0.741 0.452
#> 5 5 0.608 0.569 0.765 0.0734 0.933 0.787
#> 6 6 0.613 0.495 0.687 0.0503 0.898 0.655
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282860 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282861 2 0.1184 0.9175 0.016 0.984
#> GSM282862 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282863 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.9580 0.4713 0.380 0.620
#> GSM282870 2 0.5178 0.8476 0.116 0.884
#> GSM282871 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282910 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282915 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282921 2 0.5737 0.8302 0.136 0.864
#> GSM282927 2 0.9896 0.3264 0.440 0.560
#> GSM282873 2 0.4161 0.8641 0.084 0.916
#> GSM282874 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282875 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282905 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282914 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282918 1 0.0672 0.9501 0.992 0.008
#> GSM282876 2 0.9754 0.4059 0.408 0.592
#> GSM282877 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282879 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282880 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282881 2 0.9754 0.4059 0.408 0.592
#> GSM282882 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282883 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282885 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282887 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282888 2 0.2043 0.9061 0.032 0.968
#> GSM282889 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282902 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282903 2 0.0376 0.9217 0.004 0.996
#> GSM282907 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.9427 0.5112 0.360 0.640
#> GSM282912 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282892 2 0.9209 0.5612 0.336 0.664
#> GSM282893 2 0.7453 0.7431 0.212 0.788
#> GSM282894 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282895 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.5059 0.8475 0.112 0.888
#> GSM282897 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.7299 0.7522 0.204 0.796
#> GSM282899 2 0.9833 0.3688 0.424 0.576
#> GSM282900 2 0.5059 0.8508 0.112 0.888
#> GSM282901 2 0.8443 0.6647 0.272 0.728
#> GSM282906 2 0.6887 0.7737 0.184 0.816
#> GSM282908 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282911 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282916 2 0.9922 0.3142 0.448 0.552
#> GSM282919 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.9909 0.3152 0.444 0.556
#> GSM282917 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282922 2 0.9922 0.3142 0.448 0.552
#> GSM282926 2 0.8955 0.5972 0.312 0.688
#> GSM282925 2 0.9358 0.5305 0.352 0.648
#> GSM282935 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282938 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282940 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282941 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282943 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.8081 0.6894 0.248 0.752
#> GSM282947 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282959 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282968 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283016 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283024 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283041 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0672 0.9198 0.008 0.992
#> GSM282957 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282958 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282960 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283015 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282963 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282994 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283020 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM282931 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282939 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282981 2 0.0376 0.9217 0.004 0.996
#> GSM282983 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283000 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283001 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0376 0.9217 0.004 0.996
#> GSM283004 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM283005 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283006 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283007 2 0.0376 0.9217 0.004 0.996
#> GSM283008 2 0.8443 0.6647 0.272 0.728
#> GSM283009 1 0.9963 -0.0165 0.536 0.464
#> GSM283010 2 0.1184 0.9177 0.016 0.984
#> GSM283011 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283022 1 0.6438 0.7631 0.836 0.164
#> GSM283034 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM283049 2 0.6712 0.7828 0.176 0.824
#> GSM283051 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282933 2 0.6148 0.8151 0.152 0.848
#> GSM282936 2 0.9170 0.5663 0.332 0.668
#> GSM282937 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282945 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282954 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.3114 0.8925 0.056 0.944
#> GSM282965 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282969 2 0.2236 0.9064 0.036 0.964
#> GSM282970 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282972 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282973 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282996 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.9970 -0.0478 0.532 0.468
#> GSM283014 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.3114 0.8929 0.056 0.944
#> GSM283029 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283030 2 0.8499 0.6642 0.276 0.724
#> GSM283033 2 0.0376 0.9217 0.004 0.996
#> GSM283035 2 0.2236 0.9062 0.036 0.964
#> GSM283036 2 0.1414 0.9135 0.020 0.980
#> GSM283038 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283046 2 0.9881 0.3471 0.436 0.564
#> GSM283050 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283055 1 0.9933 0.0325 0.548 0.452
#> GSM283056 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282928 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282930 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.4690 0.8572 0.100 0.900
#> GSM282934 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9228 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM282998 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283013 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283017 2 0.4690 0.8572 0.100 0.900
#> GSM283018 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283025 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283028 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283032 2 0.4431 0.8634 0.092 0.908
#> GSM283037 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283040 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283042 2 0.9896 0.3259 0.440 0.560
#> GSM283045 2 0.6247 0.8112 0.156 0.844
#> GSM283048 2 0.5737 0.8306 0.136 0.864
#> GSM283052 2 0.1843 0.9109 0.028 0.972
#> GSM283054 2 0.8763 0.6271 0.296 0.704
#> GSM282980 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM282982 2 0.9909 0.3152 0.444 0.556
#> GSM282984 2 0.9963 0.2549 0.464 0.536
#> GSM282986 2 0.5737 0.8310 0.136 0.864
#> GSM282997 1 0.0000 0.9528 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0376 0.9529 0.996 0.004
#> GSM283027 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283031 2 0.7376 0.7480 0.208 0.792
#> GSM283039 2 0.9909 0.3253 0.444 0.556
#> GSM283044 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
#> GSM283047 2 0.0376 0.9224 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.6008 0.3827 0.000 0.372 0.628
#> GSM282856 3 0.4291 0.6764 0.000 0.180 0.820
#> GSM282857 3 0.3267 0.7220 0.000 0.116 0.884
#> GSM282858 2 0.4235 0.7275 0.000 0.824 0.176
#> GSM282859 2 0.3879 0.7424 0.000 0.848 0.152
#> GSM282860 2 0.0424 0.7744 0.000 0.992 0.008
#> GSM282861 2 0.5785 0.5633 0.000 0.668 0.332
#> GSM282862 2 0.3941 0.7403 0.000 0.844 0.156
#> GSM282863 3 0.6302 0.1423 0.000 0.480 0.520
#> GSM282864 2 0.5621 0.5431 0.000 0.692 0.308
#> GSM282865 3 0.6295 0.1689 0.000 0.472 0.528
#> GSM282866 3 0.4974 0.6159 0.000 0.236 0.764
#> GSM282867 2 0.5560 0.5593 0.000 0.700 0.300
#> GSM282868 2 0.5529 0.5667 0.000 0.704 0.296
#> GSM282869 3 0.1170 0.7790 0.016 0.008 0.976
#> GSM282870 3 0.6169 0.3456 0.004 0.360 0.636
#> GSM282871 3 0.5431 0.5480 0.000 0.284 0.716
#> GSM282872 3 0.1129 0.7788 0.004 0.020 0.976
#> GSM282904 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282910 3 0.6286 0.1893 0.000 0.464 0.536
#> GSM282913 2 0.5254 0.6070 0.000 0.736 0.264
#> GSM282915 3 0.0424 0.7808 0.000 0.008 0.992
#> GSM282921 3 0.6298 0.2641 0.004 0.388 0.608
#> GSM282927 3 0.2774 0.7517 0.072 0.008 0.920
#> GSM282873 3 0.1015 0.7819 0.008 0.012 0.980
#> GSM282874 2 0.0892 0.7728 0.000 0.980 0.020
#> GSM282875 2 0.0237 0.7727 0.000 0.996 0.004
#> GSM282905 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM282914 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282918 3 0.3454 0.7201 0.104 0.008 0.888
#> GSM282876 3 0.1015 0.7822 0.012 0.008 0.980
#> GSM282877 3 0.6299 0.1556 0.000 0.476 0.524
#> GSM282878 2 0.4002 0.7379 0.000 0.840 0.160
#> GSM282879 2 0.6079 0.3052 0.000 0.612 0.388
#> GSM282880 2 0.4178 0.7306 0.000 0.828 0.172
#> GSM282881 3 0.1015 0.7822 0.012 0.008 0.980
#> GSM282882 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282883 3 0.5760 0.4934 0.000 0.328 0.672
#> GSM282884 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282885 3 0.6295 0.1680 0.000 0.472 0.528
#> GSM282886 3 0.4178 0.6749 0.000 0.172 0.828
#> GSM282887 1 0.3752 0.8024 0.856 0.000 0.144
#> GSM282888 3 0.0747 0.7811 0.000 0.016 0.984
#> GSM282889 2 0.5497 0.5742 0.000 0.708 0.292
#> GSM282890 1 0.3816 0.7994 0.852 0.000 0.148
#> GSM282902 2 0.4002 0.7379 0.000 0.840 0.160
#> GSM282903 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM282907 3 0.0237 0.7814 0.000 0.004 0.996
#> GSM282909 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM282912 3 0.4887 0.6240 0.000 0.228 0.772
#> GSM282920 1 0.6804 0.3309 0.528 0.012 0.460
#> GSM282924 3 0.2625 0.7406 0.000 0.084 0.916
#> GSM282891 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282892 3 0.3377 0.7435 0.092 0.012 0.896
#> GSM282893 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM282894 1 0.2165 0.8536 0.936 0.000 0.064
#> GSM282895 3 0.0000 0.7819 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM282897 3 0.0237 0.7814 0.000 0.004 0.996
#> GSM282898 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM282899 3 0.1620 0.7748 0.024 0.012 0.964
#> GSM282900 3 0.2590 0.7514 0.004 0.072 0.924
#> GSM282901 3 0.1774 0.7750 0.024 0.016 0.960
#> GSM282906 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM282908 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282911 3 0.0000 0.7819 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.2939 0.7520 0.072 0.012 0.916
#> GSM282919 3 0.0747 0.7814 0.000 0.016 0.984
#> GSM282923 3 0.1585 0.7746 0.028 0.008 0.964
#> GSM282917 3 0.0000 0.7819 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.6438 0.6148 0.100 0.136 0.764
#> GSM282926 3 0.1482 0.7770 0.020 0.012 0.968
#> GSM282925 3 0.3445 0.7430 0.088 0.016 0.896
#> GSM282935 2 0.0424 0.7744 0.000 0.992 0.008
#> GSM282938 2 0.4605 0.7279 0.000 0.796 0.204
#> GSM282940 2 0.4346 0.7197 0.000 0.816 0.184
#> GSM282941 2 0.4178 0.7306 0.000 0.828 0.172
#> GSM282943 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM282944 3 0.5859 0.4627 0.000 0.344 0.656
#> GSM282946 3 0.2384 0.7631 0.008 0.056 0.936
#> GSM282947 2 0.6126 0.3912 0.000 0.600 0.400
#> GSM282948 3 0.1860 0.7637 0.000 0.052 0.948
#> GSM282949 3 0.5431 0.5480 0.000 0.284 0.716
#> GSM282950 3 0.2261 0.7576 0.000 0.068 0.932
#> GSM282951 3 0.6302 0.1423 0.000 0.480 0.520
#> GSM282952 3 0.6095 0.3720 0.000 0.392 0.608
#> GSM282953 3 0.5363 0.5594 0.000 0.276 0.724
#> GSM282955 3 0.3879 0.6960 0.000 0.152 0.848
#> GSM282956 1 0.3752 0.7988 0.856 0.000 0.144
#> GSM282959 3 0.6302 0.1423 0.000 0.480 0.520
#> GSM282966 2 0.3482 0.7511 0.000 0.872 0.128
#> GSM282968 2 0.5560 0.5593 0.000 0.700 0.300
#> GSM282974 2 0.0424 0.7744 0.000 0.992 0.008
#> GSM283016 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283021 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283024 1 0.4002 0.7879 0.840 0.000 0.160
#> GSM283041 1 0.0424 0.8775 0.992 0.008 0.000
#> GSM283043 3 0.0424 0.7818 0.000 0.008 0.992
#> GSM282957 2 0.0592 0.7745 0.000 0.988 0.012
#> GSM282958 2 0.0892 0.7728 0.000 0.980 0.020
#> GSM282960 3 0.6286 0.1927 0.000 0.464 0.536
#> GSM282971 2 0.0592 0.7745 0.000 0.988 0.012
#> GSM283015 1 0.6701 0.4357 0.576 0.012 0.412
#> GSM282962 2 0.4178 0.7306 0.000 0.828 0.172
#> GSM282963 3 0.6252 0.2475 0.000 0.444 0.556
#> GSM282977 3 0.6299 0.1556 0.000 0.476 0.524
#> GSM282978 3 0.4750 0.6355 0.000 0.216 0.784
#> GSM282987 3 0.6299 0.1556 0.000 0.476 0.524
#> GSM282988 3 0.6252 0.2475 0.000 0.444 0.556
#> GSM282989 3 0.6307 0.1129 0.000 0.488 0.512
#> GSM282990 3 0.4974 0.6156 0.000 0.236 0.764
#> GSM282991 2 0.6309 -0.0925 0.000 0.500 0.500
#> GSM282992 3 0.6307 0.1150 0.000 0.488 0.512
#> GSM282993 2 0.0237 0.7731 0.000 0.996 0.004
#> GSM282994 3 0.6252 0.2475 0.000 0.444 0.556
#> GSM282995 2 0.4178 0.7306 0.000 0.828 0.172
#> GSM283020 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283023 1 0.4002 0.7879 0.840 0.000 0.160
#> GSM282931 2 0.0424 0.7744 0.000 0.992 0.008
#> GSM282939 2 0.4346 0.7197 0.000 0.816 0.184
#> GSM282981 3 0.1015 0.7805 0.008 0.012 0.980
#> GSM282983 3 0.0237 0.7814 0.000 0.004 0.996
#> GSM282985 3 0.6280 0.0117 0.000 0.460 0.540
#> GSM283000 3 0.5431 0.5007 0.000 0.284 0.716
#> GSM283001 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283002 3 0.0000 0.7819 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0424 0.7818 0.008 0.000 0.992
#> GSM283004 3 0.0424 0.7808 0.000 0.008 0.992
#> GSM283005 1 0.6244 0.3955 0.560 0.000 0.440
#> GSM283006 1 0.6280 0.3510 0.540 0.000 0.460
#> GSM283007 3 0.0829 0.7807 0.004 0.012 0.984
#> GSM283008 3 0.1337 0.7778 0.016 0.012 0.972
#> GSM283009 3 0.2680 0.7541 0.068 0.008 0.924
#> GSM283010 3 0.6359 0.2246 0.004 0.404 0.592
#> GSM283011 3 0.3619 0.6918 0.136 0.000 0.864
#> GSM283022 3 0.3989 0.6948 0.124 0.012 0.864
#> GSM283034 3 0.0829 0.7807 0.004 0.012 0.984
#> GSM283049 3 0.0848 0.7809 0.008 0.008 0.984
#> GSM283051 1 0.0000 0.8815 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0424 0.7744 0.000 0.992 0.008
#> GSM282933 2 0.5201 0.6476 0.004 0.760 0.236
#> GSM282936 2 0.6693 0.6373 0.148 0.748 0.104
#> GSM282937 1 0.0424 0.8775 0.992 0.008 0.000
#> GSM282942 3 0.5678 0.4712 0.000 0.316 0.684
#> GSM282945 3 0.1129 0.7788 0.004 0.020 0.976
#> GSM282954 3 0.4796 0.6153 0.000 0.220 0.780
#> GSM282961 3 0.4555 0.6531 0.000 0.200 0.800
#> GSM282964 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM282965 3 0.0000 0.7819 0.000 0.000 1.000
#> GSM282967 3 0.0000 0.7819 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 2 0.4883 0.6836 0.004 0.788 0.208
#> GSM282970 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM282972 2 0.0592 0.7745 0.000 0.988 0.012
#> GSM282973 3 0.1031 0.7764 0.000 0.024 0.976
#> GSM282975 2 0.1529 0.7732 0.000 0.960 0.040
#> GSM282996 1 0.0424 0.8775 0.992 0.008 0.000
#> GSM282999 3 0.7775 0.4782 0.156 0.168 0.676
#> GSM283014 1 0.0661 0.8793 0.988 0.008 0.004
#> GSM283019 1 0.5690 0.6513 0.708 0.004 0.288
#> GSM283026 2 0.5285 0.6369 0.004 0.752 0.244
#> GSM283029 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283030 3 0.5690 0.4821 0.004 0.288 0.708
#> GSM283033 3 0.0424 0.7818 0.000 0.008 0.992
#> GSM283035 2 0.4931 0.6789 0.004 0.784 0.212
#> GSM283036 3 0.0829 0.7807 0.004 0.012 0.984
#> GSM283038 2 0.5024 0.6693 0.004 0.776 0.220
#> GSM283046 3 0.4966 0.6864 0.060 0.100 0.840
#> GSM283050 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283053 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM283055 3 0.5958 0.4931 0.300 0.008 0.692
#> GSM283056 2 0.2200 0.7680 0.004 0.940 0.056
#> GSM282928 2 0.0424 0.7744 0.000 0.992 0.008
#> GSM282930 2 0.4346 0.7197 0.000 0.816 0.184
#> GSM282932 3 0.0848 0.7809 0.008 0.008 0.984
#> GSM282934 1 0.0592 0.8757 0.988 0.012 0.000
#> GSM282976 3 0.6252 0.2475 0.000 0.444 0.556
#> GSM282979 2 0.2066 0.7713 0.000 0.940 0.060
#> GSM282998 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM283013 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283017 3 0.0848 0.7809 0.008 0.008 0.984
#> GSM283018 3 0.3112 0.7422 0.004 0.096 0.900
#> GSM283025 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM283028 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM283032 3 0.0848 0.7809 0.008 0.008 0.984
#> GSM283037 2 0.4409 0.7203 0.004 0.824 0.172
#> GSM283040 1 0.0000 0.8815 1.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.4413 0.7008 0.160 0.008 0.832
#> GSM283045 2 0.5024 0.6693 0.004 0.776 0.220
#> GSM283048 3 0.5158 0.5724 0.004 0.232 0.764
#> GSM283052 3 0.4978 0.5951 0.004 0.216 0.780
#> GSM283054 2 0.6634 0.6428 0.144 0.752 0.104
#> GSM282980 1 0.6062 0.5140 0.616 0.000 0.384
#> GSM282982 3 0.1711 0.7730 0.032 0.008 0.960
#> GSM282984 3 0.1585 0.7746 0.028 0.008 0.964
#> GSM282986 2 0.5285 0.6361 0.004 0.752 0.244
#> GSM282997 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283012 1 0.0237 0.8832 0.996 0.000 0.004
#> GSM283027 2 0.4521 0.7223 0.004 0.816 0.180
#> GSM283031 3 0.1015 0.7798 0.008 0.012 0.980
#> GSM283039 3 0.2599 0.7624 0.052 0.016 0.932
#> GSM283044 3 0.2301 0.7613 0.004 0.060 0.936
#> GSM283047 3 0.1989 0.7669 0.004 0.048 0.948
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.1211 0.8706 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282856 2 0.3907 0.7325 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM282857 2 0.4477 0.6527 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM282858 2 0.0779 0.8693 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM282859 2 0.1118 0.8576 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282860 4 0.4250 0.7332 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282861 2 0.3037 0.8277 0.000 0.880 0.100 0.020
#> GSM282862 2 0.1022 0.8602 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282863 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282864 2 0.1059 0.8740 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM282865 2 0.1209 0.8733 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM282866 2 0.4220 0.7199 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM282867 2 0.0937 0.8730 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM282868 2 0.0927 0.8711 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM282869 3 0.0524 0.8965 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM282870 4 0.4872 0.2812 0.000 0.004 0.356 0.640
#> GSM282871 2 0.4155 0.7273 0.000 0.756 0.240 0.004
#> GSM282872 3 0.2831 0.8484 0.000 0.004 0.876 0.120
#> GSM282904 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282910 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282913 2 0.1042 0.8693 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM282915 3 0.1867 0.8534 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM282921 3 0.4535 0.6903 0.000 0.004 0.704 0.292
#> GSM282927 3 0.0376 0.8966 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM282873 3 0.1229 0.8856 0.004 0.020 0.968 0.008
#> GSM282874 4 0.4608 0.7132 0.000 0.304 0.004 0.692
#> GSM282875 4 0.4456 0.7376 0.000 0.280 0.004 0.716
#> GSM282905 4 0.1114 0.8245 0.004 0.016 0.008 0.972
#> GSM282914 1 0.0376 0.9163 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM282918 3 0.0967 0.8892 0.004 0.016 0.976 0.004
#> GSM282876 3 0.1042 0.8886 0.008 0.020 0.972 0.000
#> GSM282877 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282878 2 0.1022 0.8602 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282879 2 0.1042 0.8741 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM282880 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282881 3 0.1209 0.8829 0.004 0.032 0.964 0.000
#> GSM282882 1 0.0469 0.9138 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282883 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282884 1 0.0469 0.9138 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282885 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282886 2 0.4999 0.2141 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM282887 1 0.4989 0.0152 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM282888 3 0.2530 0.8405 0.000 0.100 0.896 0.004
#> GSM282889 2 0.0804 0.8733 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM282890 3 0.4977 0.1995 0.460 0.000 0.540 0.000
#> GSM282902 2 0.2149 0.8122 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM282903 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282907 3 0.0336 0.8967 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282909 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282912 2 0.3649 0.7589 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM282920 3 0.4898 0.7741 0.072 0.000 0.772 0.156
#> GSM282924 2 0.5163 0.2820 0.000 0.516 0.480 0.004
#> GSM282891 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282892 3 0.3355 0.8205 0.004 0.000 0.836 0.160
#> GSM282893 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282894 1 0.3219 0.7746 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM282895 3 0.0336 0.8967 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282896 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282897 3 0.0336 0.8967 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282898 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282899 3 0.0188 0.8967 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282900 3 0.3172 0.8238 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM282901 3 0.0524 0.8972 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM282906 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282908 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM282911 3 0.0336 0.8967 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282916 3 0.2714 0.8503 0.004 0.000 0.884 0.112
#> GSM282919 3 0.0336 0.8967 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282923 3 0.0188 0.8967 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282917 3 0.0524 0.8962 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM282922 3 0.4607 0.7051 0.004 0.004 0.716 0.276
#> GSM282926 3 0.1191 0.8929 0.004 0.004 0.968 0.024
#> GSM282925 3 0.4551 0.7172 0.004 0.004 0.724 0.268
#> GSM282935 4 0.4585 0.6465 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM282938 2 0.4164 0.6223 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM282940 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282941 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282943 1 0.0469 0.9138 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282944 2 0.1867 0.8538 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282946 3 0.3982 0.6401 0.004 0.220 0.776 0.000
#> GSM282947 2 0.1890 0.8601 0.000 0.936 0.056 0.008
#> GSM282948 2 0.5016 0.4962 0.000 0.600 0.396 0.004
#> GSM282949 2 0.4188 0.7236 0.000 0.752 0.244 0.004
#> GSM282950 2 0.5028 0.4873 0.000 0.596 0.400 0.004
#> GSM282951 2 0.0895 0.8748 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM282952 2 0.1576 0.8668 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM282953 2 0.4220 0.7199 0.000 0.748 0.248 0.004
#> GSM282955 2 0.4920 0.5531 0.000 0.628 0.368 0.004
#> GSM282956 1 0.3791 0.7353 0.796 0.000 0.200 0.004
#> GSM282959 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282966 4 0.0927 0.8350 0.000 0.016 0.008 0.976
#> GSM282968 2 0.0927 0.8711 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM282974 4 0.4250 0.7332 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM283016 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283021 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283024 1 0.4624 0.5317 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM283041 1 0.0188 0.9146 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283043 3 0.1305 0.8813 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM282957 4 0.4483 0.7341 0.000 0.284 0.004 0.712
#> GSM282958 4 0.4608 0.7132 0.000 0.304 0.004 0.692
#> GSM282960 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282971 4 0.4483 0.7341 0.000 0.284 0.004 0.712
#> GSM283015 3 0.5635 0.7456 0.072 0.016 0.740 0.172
#> GSM282962 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282963 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282977 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282978 2 0.2973 0.8017 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM282987 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282988 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282989 2 0.0707 0.8755 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282990 2 0.1118 0.8729 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM282991 2 0.0895 0.8748 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM282992 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282993 4 0.4193 0.7401 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM282994 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282995 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM283020 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283023 1 0.4624 0.5317 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM282931 4 0.4103 0.7485 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM282939 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282981 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282983 3 0.0592 0.8936 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282985 2 0.6958 0.4637 0.000 0.584 0.184 0.232
#> GSM283000 2 0.4483 0.6542 0.000 0.712 0.284 0.004
#> GSM283001 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283002 3 0.0592 0.8936 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM283003 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283004 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283005 3 0.0921 0.8869 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM283006 3 0.0921 0.8869 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM283007 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283008 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283009 3 0.0336 0.8959 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM283010 3 0.4608 0.6743 0.000 0.004 0.692 0.304
#> GSM283011 3 0.0469 0.8944 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM283022 3 0.0376 0.8965 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM283034 3 0.0524 0.8962 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM283049 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283051 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM282929 4 0.4250 0.7332 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282933 4 0.0657 0.8358 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM282936 4 0.0524 0.8330 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM282937 1 0.0188 0.9146 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282942 2 0.4203 0.7775 0.000 0.824 0.068 0.108
#> GSM282945 3 0.2944 0.8435 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM282954 2 0.4535 0.6749 0.000 0.704 0.292 0.004
#> GSM282961 3 0.4992 0.0460 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM282964 4 0.0657 0.8358 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM282965 3 0.3074 0.7633 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM282967 3 0.0336 0.8968 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282969 4 0.0524 0.8351 0.004 0.000 0.008 0.988
#> GSM282970 4 0.0524 0.8351 0.004 0.000 0.008 0.988
#> GSM282972 4 0.4250 0.7332 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282973 3 0.2704 0.7998 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM282975 2 0.1109 0.8651 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM282996 1 0.0188 0.9146 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282999 3 0.4607 0.7051 0.004 0.004 0.716 0.276
#> GSM283014 1 0.0188 0.9146 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283019 3 0.5624 0.7141 0.148 0.000 0.724 0.128
#> GSM283026 4 0.0657 0.8345 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM283029 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283030 3 0.4608 0.6703 0.000 0.004 0.692 0.304
#> GSM283033 3 0.0524 0.8962 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM283035 4 0.0657 0.8358 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM283036 3 0.1356 0.8910 0.000 0.008 0.960 0.032
#> GSM283038 4 0.0657 0.8345 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM283046 3 0.4522 0.7193 0.004 0.004 0.728 0.264
#> GSM283050 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283053 4 0.0657 0.8345 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM283055 3 0.3870 0.7363 0.208 0.004 0.788 0.000
#> GSM283056 4 0.0524 0.8365 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM282928 4 0.4250 0.7332 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282930 2 0.0895 0.8680 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM282932 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282934 1 0.2814 0.7896 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM282976 2 0.0817 0.8758 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282979 2 0.1004 0.8661 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282998 4 0.0657 0.8358 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM283013 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283017 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283018 3 0.3172 0.8254 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM283025 4 0.0657 0.8358 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM283028 4 0.0469 0.8358 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM283032 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283037 4 0.0469 0.8358 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM283040 1 0.0469 0.9138 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283042 3 0.1716 0.8709 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM283045 4 0.0657 0.8358 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM283048 3 0.4483 0.7003 0.000 0.004 0.712 0.284
#> GSM283052 3 0.4560 0.6844 0.000 0.004 0.700 0.296
#> GSM283054 4 0.0672 0.8348 0.008 0.000 0.008 0.984
#> GSM282980 3 0.3852 0.7608 0.180 0.000 0.808 0.012
#> GSM282982 3 0.0188 0.8967 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282984 3 0.0188 0.8967 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282986 4 0.0524 0.8351 0.004 0.000 0.008 0.988
#> GSM282997 1 0.0376 0.9171 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283012 1 0.0188 0.9171 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283027 4 0.0657 0.8357 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM283031 3 0.0188 0.8974 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283039 3 0.2999 0.8388 0.004 0.000 0.864 0.132
#> GSM283044 3 0.3300 0.8340 0.000 0.008 0.848 0.144
#> GSM283047 3 0.3208 0.8316 0.000 0.004 0.848 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.3081 0.6624 0.000 0.832 0.012 0.000 0.156
#> GSM282856 2 0.4748 0.6137 0.000 0.728 0.100 0.000 0.172
#> GSM282857 2 0.5544 0.5572 0.000 0.648 0.168 0.000 0.184
#> GSM282858 2 0.3336 0.4946 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM282859 2 0.3890 0.4392 0.000 0.736 0.000 0.012 0.252
#> GSM282860 4 0.6533 -0.6491 0.000 0.224 0.000 0.472 0.304
#> GSM282861 2 0.4639 0.5843 0.000 0.632 0.024 0.000 0.344
#> GSM282862 2 0.3607 0.4613 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> GSM282863 2 0.1671 0.6690 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM282864 2 0.4086 0.6142 0.000 0.704 0.012 0.000 0.284
#> GSM282865 2 0.4243 0.6168 0.000 0.712 0.024 0.000 0.264
#> GSM282866 2 0.6034 0.5242 0.000 0.572 0.172 0.000 0.256
#> GSM282867 2 0.3424 0.6286 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM282868 2 0.3636 0.6161 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM282869 3 0.2377 0.7656 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM282870 4 0.6562 0.2118 0.000 0.000 0.308 0.464 0.228
#> GSM282871 2 0.6054 0.5235 0.000 0.568 0.172 0.000 0.260
#> GSM282872 3 0.5657 0.6496 0.000 0.024 0.664 0.088 0.224
#> GSM282904 1 0.0404 0.9057 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282910 2 0.3152 0.6633 0.000 0.840 0.024 0.000 0.136
#> GSM282913 2 0.4711 0.4950 0.000 0.640 0.012 0.012 0.336
#> GSM282915 3 0.6285 0.3916 0.000 0.244 0.536 0.000 0.220
#> GSM282921 4 0.6080 0.2120 0.000 0.000 0.332 0.528 0.140
#> GSM282927 3 0.3438 0.7473 0.000 0.000 0.808 0.020 0.172
#> GSM282873 3 0.4484 0.6152 0.000 0.024 0.668 0.000 0.308
#> GSM282874 5 0.6387 0.8498 0.000 0.196 0.000 0.304 0.500
#> GSM282875 5 0.6327 0.8450 0.000 0.168 0.000 0.348 0.484
#> GSM282905 4 0.3816 0.1601 0.000 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM282914 1 0.3229 0.8377 0.840 0.000 0.032 0.000 0.128
#> GSM282918 3 0.2471 0.7491 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM282876 3 0.4537 0.7018 0.000 0.076 0.740 0.000 0.184
#> GSM282877 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282878 2 0.3461 0.4685 0.000 0.772 0.000 0.004 0.224
#> GSM282879 2 0.3196 0.5185 0.000 0.804 0.000 0.004 0.192
#> GSM282880 2 0.3521 0.4687 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> GSM282881 3 0.4803 0.6866 0.000 0.096 0.720 0.000 0.184
#> GSM282882 1 0.4025 0.7945 0.792 0.000 0.076 0.000 0.132
#> GSM282883 2 0.1557 0.6602 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052
#> GSM282884 1 0.4254 0.7785 0.772 0.000 0.080 0.000 0.148
#> GSM282885 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282886 2 0.5714 0.3630 0.000 0.580 0.312 0.000 0.108
#> GSM282887 3 0.6373 0.0166 0.412 0.000 0.424 0.000 0.164
#> GSM282888 3 0.4887 0.6995 0.000 0.132 0.720 0.000 0.148
#> GSM282889 2 0.1478 0.6247 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM282890 3 0.6254 0.1887 0.368 0.000 0.480 0.000 0.152
#> GSM282902 2 0.4969 0.3773 0.000 0.652 0.000 0.056 0.292
#> GSM282903 3 0.1270 0.7783 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282907 3 0.2362 0.7689 0.000 0.024 0.900 0.000 0.076
#> GSM282909 3 0.1270 0.7792 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282912 2 0.4307 0.6294 0.000 0.772 0.100 0.000 0.128
#> GSM282920 3 0.4584 0.7100 0.004 0.000 0.752 0.084 0.160
#> GSM282924 2 0.7076 0.1159 0.000 0.372 0.356 0.012 0.260
#> GSM282891 1 0.0510 0.9051 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM282892 3 0.3593 0.7406 0.000 0.000 0.824 0.060 0.116
#> GSM282893 3 0.1270 0.7776 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282894 1 0.5858 0.4575 0.568 0.000 0.308 0.000 0.124
#> GSM282895 3 0.2036 0.7713 0.000 0.024 0.920 0.000 0.056
#> GSM282896 3 0.1341 0.7777 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282897 3 0.2754 0.7608 0.000 0.040 0.880 0.000 0.080
#> GSM282898 3 0.1341 0.7777 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282899 3 0.1608 0.7757 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM282900 3 0.4548 0.6890 0.000 0.000 0.752 0.128 0.120
#> GSM282901 3 0.1768 0.7751 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM282906 3 0.0510 0.7800 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282908 1 0.1444 0.9023 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> GSM282911 3 0.2491 0.7684 0.000 0.036 0.896 0.000 0.068
#> GSM282916 3 0.3064 0.7541 0.000 0.000 0.856 0.036 0.108
#> GSM282919 3 0.2866 0.7676 0.000 0.024 0.872 0.004 0.100
#> GSM282923 3 0.1341 0.7729 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282917 3 0.4495 0.6738 0.000 0.064 0.736 0.000 0.200
#> GSM282922 3 0.5739 0.4767 0.000 0.000 0.596 0.280 0.124
#> GSM282926 3 0.3958 0.7275 0.000 0.000 0.776 0.040 0.184
#> GSM282925 3 0.6001 0.4980 0.000 0.000 0.580 0.244 0.176
#> GSM282935 5 0.6957 0.5211 0.000 0.320 0.004 0.328 0.348
#> GSM282938 2 0.6607 0.1968 0.000 0.496 0.008 0.188 0.308
#> GSM282940 2 0.3521 0.4687 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> GSM282941 2 0.3607 0.4613 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> GSM282943 1 0.3375 0.8279 0.840 0.000 0.056 0.000 0.104
#> GSM282944 2 0.3368 0.6570 0.000 0.820 0.024 0.000 0.156
#> GSM282946 3 0.5939 0.3480 0.000 0.344 0.536 0.000 0.120
#> GSM282947 2 0.5379 0.5774 0.000 0.640 0.036 0.028 0.296
#> GSM282948 2 0.6647 0.3706 0.000 0.444 0.304 0.000 0.252
#> GSM282949 2 0.6054 0.5235 0.000 0.568 0.172 0.000 0.260
#> GSM282950 2 0.6647 0.3706 0.000 0.444 0.304 0.000 0.252
#> GSM282951 2 0.3835 0.6218 0.000 0.732 0.008 0.000 0.260
#> GSM282952 2 0.4681 0.6078 0.000 0.696 0.052 0.000 0.252
#> GSM282953 2 0.6023 0.5273 0.000 0.572 0.168 0.000 0.260
#> GSM282955 2 0.6596 0.4032 0.000 0.464 0.280 0.000 0.256
#> GSM282956 1 0.4028 0.7194 0.768 0.000 0.192 0.000 0.040
#> GSM282959 2 0.0290 0.6598 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282966 4 0.4880 0.2807 0.000 0.036 0.012 0.684 0.268
#> GSM282968 2 0.3636 0.6161 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM282974 4 0.6362 -0.6267 0.000 0.184 0.000 0.496 0.320
#> GSM283016 1 0.0794 0.9050 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM283021 1 0.0290 0.9063 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM283024 3 0.6064 -0.0246 0.420 0.000 0.460 0.000 0.120
#> GSM283041 1 0.1043 0.9029 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM283043 3 0.6233 0.5799 0.000 0.136 0.584 0.016 0.264
#> GSM282957 5 0.6344 0.8510 0.000 0.172 0.000 0.344 0.484
#> GSM282958 5 0.6385 0.8428 0.000 0.200 0.000 0.296 0.504
#> GSM282960 2 0.1043 0.6663 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM282971 5 0.6344 0.8510 0.000 0.172 0.000 0.344 0.484
#> GSM283015 3 0.4968 0.6981 0.016 0.000 0.724 0.068 0.192
#> GSM282962 2 0.3521 0.4687 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> GSM282963 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282977 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282978 2 0.3291 0.6448 0.000 0.848 0.064 0.000 0.088
#> GSM282987 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282988 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282989 2 0.0510 0.6591 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282990 2 0.2409 0.6578 0.000 0.900 0.032 0.000 0.068
#> GSM282991 2 0.1608 0.6339 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM282992 2 0.1671 0.6340 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM282993 4 0.6244 -0.5760 0.000 0.200 0.000 0.540 0.260
#> GSM282994 2 0.0963 0.6575 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM282995 2 0.3521 0.4687 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> GSM283020 1 0.0162 0.9065 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283023 3 0.6066 -0.0383 0.424 0.000 0.456 0.000 0.120
#> GSM282931 4 0.6275 -0.5723 0.000 0.180 0.000 0.520 0.300
#> GSM282939 2 0.3521 0.4687 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> GSM282981 3 0.1704 0.7764 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM282983 3 0.3019 0.7536 0.000 0.048 0.864 0.000 0.088
#> GSM282985 3 0.8294 -0.0713 0.000 0.316 0.320 0.132 0.232
#> GSM283000 3 0.7032 -0.0733 0.000 0.400 0.412 0.032 0.156
#> GSM283001 1 0.0162 0.9065 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283002 3 0.2504 0.7661 0.000 0.040 0.896 0.000 0.064
#> GSM283003 3 0.0703 0.7800 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM283004 3 0.1408 0.7818 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> GSM283005 3 0.3051 0.7398 0.028 0.000 0.852 0.000 0.120
#> GSM283006 3 0.3002 0.7419 0.028 0.000 0.856 0.000 0.116
#> GSM283007 3 0.1544 0.7769 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM283008 3 0.1478 0.7763 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM283009 3 0.1478 0.7723 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM283010 3 0.5730 0.4490 0.000 0.000 0.576 0.316 0.108
#> GSM283011 3 0.2127 0.7563 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM283022 3 0.1965 0.7665 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM283034 3 0.3876 0.7315 0.000 0.024 0.796 0.012 0.168
#> GSM283049 3 0.0609 0.7801 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM283051 1 0.1557 0.8972 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> GSM282929 4 0.6248 -0.6002 0.000 0.172 0.000 0.520 0.308
#> GSM282933 4 0.0324 0.5515 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM282936 4 0.1124 0.5405 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> GSM282937 1 0.1043 0.9029 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282942 2 0.5218 0.5894 0.000 0.660 0.036 0.024 0.280
#> GSM282945 3 0.6774 0.5792 0.000 0.088 0.572 0.084 0.256
#> GSM282954 2 0.6474 0.4430 0.000 0.496 0.240 0.000 0.264
#> GSM282961 2 0.6289 0.2480 0.000 0.484 0.356 0.000 0.160
#> GSM282964 4 0.0963 0.5402 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282965 3 0.6132 0.4197 0.000 0.224 0.564 0.000 0.212
#> GSM282967 3 0.5162 0.6163 0.000 0.148 0.692 0.000 0.160
#> GSM282969 4 0.0671 0.5471 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM282970 4 0.0609 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM282972 4 0.6476 -0.6671 0.000 0.208 0.000 0.480 0.312
#> GSM282973 3 0.6038 0.4568 0.000 0.240 0.576 0.000 0.184
#> GSM282975 2 0.3906 0.4167 0.000 0.704 0.000 0.004 0.292
#> GSM282996 1 0.0963 0.9037 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM282999 4 0.5967 -0.0788 0.000 0.000 0.436 0.456 0.108
#> GSM283014 1 0.0963 0.9037 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM283019 3 0.6168 0.6462 0.084 0.000 0.664 0.092 0.160
#> GSM283026 4 0.3061 0.5087 0.000 0.000 0.020 0.844 0.136
#> GSM283029 1 0.0794 0.9050 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM283030 4 0.5956 -0.0291 0.000 0.000 0.416 0.476 0.108
#> GSM283033 3 0.4007 0.7213 0.000 0.020 0.776 0.012 0.192
#> GSM283035 4 0.0771 0.5520 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM283036 3 0.4676 0.7104 0.000 0.020 0.744 0.044 0.192
#> GSM283038 4 0.3409 0.4982 0.000 0.000 0.052 0.836 0.112
#> GSM283046 3 0.5951 0.3071 0.000 0.000 0.520 0.364 0.116
#> GSM283050 1 0.0794 0.9050 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM283053 4 0.2249 0.5276 0.000 0.000 0.008 0.896 0.096
#> GSM283055 3 0.5348 0.6859 0.140 0.000 0.700 0.012 0.148
#> GSM283056 4 0.0609 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM282928 4 0.6475 -0.6352 0.000 0.212 0.000 0.484 0.304
#> GSM282930 2 0.3039 0.5182 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM282932 3 0.0963 0.7802 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282934 1 0.3736 0.7708 0.808 0.000 0.000 0.140 0.052
#> GSM282976 2 0.0794 0.6580 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282979 2 0.3550 0.4610 0.000 0.760 0.000 0.004 0.236
#> GSM282998 4 0.0609 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM283013 1 0.0290 0.9063 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM283017 3 0.0703 0.7803 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM283018 3 0.5724 0.6488 0.000 0.024 0.676 0.132 0.168
#> GSM283025 4 0.0609 0.5379 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM283028 4 0.0771 0.5498 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM283032 3 0.0703 0.7801 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM283037 4 0.0510 0.5472 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM283040 1 0.3464 0.8272 0.836 0.000 0.068 0.000 0.096
#> GSM283042 3 0.3215 0.7633 0.056 0.000 0.852 0.000 0.092
#> GSM283045 4 0.1041 0.5506 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> GSM283048 4 0.6164 0.1084 0.000 0.000 0.368 0.492 0.140
#> GSM283052 4 0.5960 0.1150 0.000 0.000 0.368 0.516 0.116
#> GSM283054 4 0.1205 0.5394 0.004 0.000 0.000 0.956 0.040
#> GSM282980 3 0.4503 0.7168 0.060 0.000 0.756 0.008 0.176
#> GSM282982 3 0.1410 0.7721 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM282984 3 0.1410 0.7721 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM282986 4 0.0162 0.5508 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282997 1 0.0794 0.9050 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM283012 1 0.0404 0.9057 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283027 4 0.3584 0.4827 0.000 0.020 0.012 0.820 0.148
#> GSM283031 3 0.0162 0.7799 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM283039 3 0.3719 0.7338 0.000 0.000 0.816 0.068 0.116
#> GSM283044 3 0.5873 0.6552 0.000 0.044 0.676 0.108 0.172
#> GSM283047 3 0.5899 0.6460 0.000 0.036 0.668 0.120 0.176
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.4925 0.15874 0.000 0.504 0.004 0.000 0.440 0.052
#> GSM282856 5 0.4468 0.37339 0.000 0.364 0.024 0.000 0.604 0.008
#> GSM282857 5 0.5273 0.43988 0.000 0.296 0.104 0.000 0.592 0.008
#> GSM282858 2 0.3514 0.62152 0.000 0.804 0.000 0.000 0.088 0.108
#> GSM282859 2 0.3435 0.60087 0.000 0.804 0.000 0.000 0.060 0.136
#> GSM282860 2 0.7063 -0.19762 0.000 0.376 0.000 0.344 0.088 0.192
#> GSM282861 5 0.5634 0.36353 0.000 0.276 0.012 0.004 0.580 0.128
#> GSM282862 2 0.3295 0.60813 0.000 0.816 0.000 0.000 0.056 0.128
#> GSM282863 2 0.3672 0.38908 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> GSM282864 5 0.3452 0.49967 0.000 0.256 0.004 0.000 0.736 0.004
#> GSM282865 5 0.3189 0.52864 0.000 0.236 0.004 0.000 0.760 0.000
#> GSM282866 5 0.3672 0.59855 0.000 0.168 0.056 0.000 0.776 0.000
#> GSM282867 5 0.3707 0.39461 0.000 0.312 0.000 0.000 0.680 0.008
#> GSM282868 5 0.3595 0.44052 0.000 0.288 0.000 0.000 0.704 0.008
#> GSM282869 3 0.4977 0.51008 0.000 0.000 0.648 0.000 0.164 0.188
#> GSM282870 5 0.7157 -0.03612 0.000 0.000 0.236 0.276 0.396 0.092
#> GSM282871 5 0.3672 0.59855 0.000 0.168 0.056 0.000 0.776 0.000
#> GSM282872 3 0.5997 0.26692 0.000 0.000 0.444 0.056 0.428 0.072
#> GSM282904 1 0.1588 0.84981 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> GSM282910 2 0.5352 0.27085 0.000 0.532 0.016 0.000 0.380 0.072
#> GSM282913 2 0.7112 0.15915 0.000 0.488 0.064 0.040 0.280 0.128
#> GSM282915 5 0.5153 0.32599 0.000 0.064 0.368 0.000 0.556 0.012
#> GSM282921 4 0.6363 0.31510 0.000 0.000 0.248 0.548 0.112 0.092
#> GSM282927 3 0.5423 0.61410 0.000 0.000 0.664 0.048 0.168 0.120
#> GSM282873 6 0.5656 -0.11386 0.000 0.000 0.408 0.000 0.152 0.440
#> GSM282874 6 0.7069 0.46969 0.000 0.240 0.000 0.168 0.132 0.460
#> GSM282875 6 0.7089 0.46740 0.000 0.228 0.000 0.180 0.132 0.460
#> GSM282905 4 0.5913 -0.04062 0.000 0.064 0.000 0.452 0.056 0.428
#> GSM282914 1 0.5598 0.55143 0.576 0.000 0.104 0.000 0.024 0.296
#> GSM282918 3 0.3909 0.52423 0.000 0.000 0.720 0.000 0.036 0.244
#> GSM282876 3 0.6071 0.35741 0.000 0.084 0.556 0.000 0.076 0.284
#> GSM282877 2 0.2697 0.60805 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM282878 2 0.2771 0.62559 0.000 0.852 0.000 0.000 0.032 0.116
#> GSM282879 2 0.0692 0.63475 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM282880 2 0.2558 0.63037 0.000 0.868 0.000 0.000 0.028 0.104
#> GSM282881 3 0.6494 0.29020 0.000 0.100 0.516 0.000 0.104 0.280
#> GSM282882 1 0.5158 0.52058 0.556 0.000 0.084 0.000 0.004 0.356
#> GSM282883 2 0.3215 0.55778 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240 0.004
#> GSM282884 1 0.5688 0.45853 0.512 0.000 0.100 0.000 0.020 0.368
#> GSM282885 2 0.2697 0.60805 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM282886 2 0.7141 -0.02438 0.000 0.400 0.228 0.000 0.280 0.092
#> GSM282887 6 0.6941 -0.08847 0.280 0.008 0.300 0.000 0.036 0.376
#> GSM282888 3 0.7173 0.44588 0.000 0.160 0.508 0.016 0.144 0.172
#> GSM282889 2 0.3088 0.62504 0.000 0.808 0.000 0.000 0.172 0.020
#> GSM282890 6 0.6665 -0.07692 0.232 0.000 0.360 0.000 0.036 0.372
#> GSM282902 2 0.4709 0.54841 0.000 0.724 0.000 0.024 0.112 0.140
#> GSM282903 3 0.2697 0.66617 0.000 0.000 0.864 0.000 0.092 0.044
#> GSM282907 3 0.3551 0.65541 0.000 0.012 0.804 0.000 0.144 0.040
#> GSM282909 3 0.2740 0.66682 0.000 0.000 0.864 0.000 0.076 0.060
#> GSM282912 2 0.4623 0.20616 0.000 0.564 0.028 0.000 0.400 0.008
#> GSM282920 3 0.6001 0.54036 0.008 0.000 0.580 0.072 0.064 0.276
#> GSM282924 5 0.5795 0.31709 0.000 0.044 0.284 0.016 0.596 0.060
#> GSM282891 1 0.1644 0.84857 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> GSM282892 3 0.4674 0.63256 0.000 0.000 0.744 0.052 0.088 0.116
#> GSM282893 3 0.2745 0.65626 0.000 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> GSM282894 3 0.6182 0.01897 0.292 0.000 0.408 0.000 0.004 0.296
#> GSM282895 3 0.2525 0.67305 0.000 0.012 0.876 0.000 0.100 0.012
#> GSM282896 3 0.2801 0.65623 0.000 0.000 0.860 0.000 0.072 0.068
#> GSM282897 3 0.3525 0.63186 0.000 0.032 0.800 0.000 0.156 0.012
#> GSM282898 3 0.2801 0.65564 0.000 0.000 0.860 0.000 0.068 0.072
#> GSM282899 3 0.2263 0.68099 0.000 0.000 0.896 0.000 0.048 0.056
#> GSM282900 3 0.5678 0.59446 0.000 0.000 0.656 0.116 0.136 0.092
#> GSM282901 3 0.2644 0.67842 0.000 0.000 0.880 0.008 0.052 0.060
#> GSM282906 3 0.2106 0.67410 0.000 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> GSM282908 1 0.2259 0.83089 0.904 0.000 0.044 0.000 0.008 0.044
#> GSM282911 3 0.3369 0.65605 0.000 0.032 0.832 0.000 0.108 0.028
#> GSM282916 3 0.3625 0.66819 0.000 0.000 0.816 0.024 0.052 0.108
#> GSM282919 3 0.4203 0.65931 0.000 0.012 0.768 0.008 0.148 0.064
#> GSM282923 3 0.1471 0.66250 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM282917 3 0.5066 0.12705 0.000 0.012 0.504 0.008 0.444 0.032
#> GSM282922 3 0.6642 0.44240 0.000 0.000 0.528 0.224 0.124 0.124
#> GSM282926 3 0.5914 0.56718 0.000 0.000 0.608 0.076 0.216 0.100
#> GSM282925 3 0.6896 0.41486 0.000 0.000 0.492 0.216 0.176 0.116
#> GSM282935 2 0.7671 -0.04873 0.000 0.384 0.016 0.276 0.188 0.136
#> GSM282938 2 0.7832 0.12883 0.000 0.428 0.044 0.164 0.232 0.132
#> GSM282940 2 0.2822 0.62852 0.000 0.852 0.000 0.000 0.040 0.108
#> GSM282941 2 0.3168 0.61473 0.000 0.828 0.000 0.000 0.056 0.116
#> GSM282943 1 0.4635 0.61867 0.648 0.000 0.060 0.000 0.004 0.288
#> GSM282944 5 0.4093 0.00988 0.000 0.476 0.000 0.000 0.516 0.008
#> GSM282946 3 0.7250 0.17348 0.004 0.212 0.452 0.000 0.200 0.132
#> GSM282947 5 0.4684 0.56076 0.000 0.196 0.028 0.016 0.724 0.036
#> GSM282948 5 0.3930 0.60282 0.000 0.092 0.144 0.000 0.764 0.000
#> GSM282949 5 0.3637 0.59941 0.000 0.164 0.056 0.000 0.780 0.000
#> GSM282950 5 0.3940 0.60394 0.000 0.096 0.140 0.000 0.764 0.000
#> GSM282951 5 0.3309 0.46685 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM282952 5 0.3133 0.55599 0.000 0.212 0.008 0.000 0.780 0.000
#> GSM282953 5 0.3612 0.59670 0.000 0.168 0.052 0.000 0.780 0.000
#> GSM282955 5 0.3790 0.60892 0.000 0.116 0.104 0.000 0.780 0.000
#> GSM282956 1 0.3580 0.64298 0.772 0.000 0.196 0.000 0.004 0.028
#> GSM282959 2 0.2969 0.59082 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM282966 5 0.5306 0.06061 0.000 0.008 0.016 0.388 0.540 0.048
#> GSM282968 5 0.3615 0.43375 0.000 0.292 0.000 0.000 0.700 0.008
#> GSM282974 4 0.7099 -0.16738 0.000 0.332 0.000 0.352 0.076 0.240
#> GSM283016 1 0.0260 0.85308 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM283021 1 0.1219 0.85386 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM283024 3 0.5955 0.17078 0.224 0.000 0.484 0.000 0.004 0.288
#> GSM283041 1 0.1088 0.84535 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM283043 5 0.6220 -0.13674 0.000 0.012 0.380 0.032 0.476 0.100
#> GSM282957 6 0.7089 0.46740 0.000 0.228 0.000 0.180 0.132 0.460
#> GSM282958 6 0.7069 0.46969 0.000 0.240 0.000 0.168 0.132 0.460
#> GSM282960 2 0.3409 0.49495 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM282971 6 0.7089 0.46740 0.000 0.228 0.000 0.180 0.132 0.460
#> GSM283015 3 0.6119 0.48503 0.016 0.000 0.564 0.048 0.080 0.292
#> GSM282962 2 0.2558 0.63037 0.000 0.868 0.000 0.000 0.028 0.104
#> GSM282963 2 0.2854 0.59646 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM282977 2 0.2697 0.60805 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM282978 2 0.4724 0.41181 0.000 0.648 0.052 0.000 0.288 0.012
#> GSM282987 2 0.2631 0.61264 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> GSM282988 2 0.2854 0.59646 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM282989 2 0.2664 0.60826 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM282990 2 0.3836 0.52503 0.000 0.724 0.012 0.000 0.252 0.012
#> GSM282991 2 0.2300 0.62623 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM282992 2 0.2300 0.62650 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM282993 4 0.5994 -0.04293 0.000 0.336 0.000 0.452 0.004 0.208
#> GSM282994 2 0.2994 0.59381 0.000 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004
#> GSM282995 2 0.2558 0.63037 0.000 0.868 0.000 0.000 0.028 0.104
#> GSM283020 1 0.1082 0.85465 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM283023 3 0.5955 0.17078 0.224 0.000 0.484 0.000 0.004 0.288
#> GSM282931 4 0.6940 -0.06080 0.000 0.312 0.000 0.416 0.076 0.196
#> GSM282939 2 0.2680 0.62967 0.000 0.860 0.000 0.000 0.032 0.108
#> GSM282981 3 0.3775 0.67099 0.000 0.000 0.796 0.012 0.124 0.068
#> GSM282983 3 0.3317 0.63594 0.000 0.016 0.804 0.000 0.168 0.012
#> GSM282985 3 0.8451 0.07018 0.000 0.164 0.324 0.116 0.284 0.112
#> GSM283000 3 0.7492 0.04850 0.000 0.240 0.412 0.020 0.240 0.088
#> GSM283001 1 0.1082 0.85465 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM283002 3 0.3227 0.66491 0.000 0.016 0.832 0.000 0.124 0.028
#> GSM283003 3 0.2282 0.67349 0.000 0.000 0.888 0.000 0.088 0.024
#> GSM283004 3 0.2653 0.67213 0.000 0.004 0.868 0.000 0.100 0.028
#> GSM283005 3 0.3895 0.49330 0.012 0.000 0.700 0.000 0.008 0.280
#> GSM283006 3 0.3724 0.51357 0.012 0.000 0.716 0.000 0.004 0.268
#> GSM283007 3 0.3384 0.67382 0.000 0.000 0.812 0.000 0.120 0.068
#> GSM283008 3 0.2499 0.67741 0.000 0.000 0.880 0.000 0.048 0.072
#> GSM283009 3 0.2346 0.63565 0.000 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124
#> GSM283010 3 0.6618 0.42453 0.000 0.000 0.516 0.244 0.152 0.088
#> GSM283011 3 0.3103 0.56513 0.000 0.000 0.784 0.000 0.008 0.208
#> GSM283022 3 0.2948 0.59889 0.000 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> GSM283034 3 0.4584 0.60134 0.000 0.000 0.692 0.020 0.240 0.048
#> GSM283049 3 0.2129 0.67423 0.000 0.000 0.904 0.000 0.056 0.040
#> GSM283051 1 0.1196 0.85199 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM282929 4 0.7095 -0.15924 0.000 0.324 0.000 0.360 0.076 0.240
#> GSM282933 4 0.0291 0.64056 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM282936 4 0.1900 0.61174 0.008 0.000 0.000 0.916 0.008 0.068
#> GSM282937 1 0.1088 0.84535 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM282942 5 0.6025 0.43442 0.000 0.264 0.028 0.020 0.584 0.104
#> GSM282945 5 0.6827 -0.22035 0.000 0.020 0.400 0.068 0.412 0.100
#> GSM282954 5 0.3822 0.60839 0.000 0.128 0.096 0.000 0.776 0.000
#> GSM282961 5 0.5996 0.40199 0.000 0.232 0.260 0.000 0.500 0.008
#> GSM282964 4 0.1285 0.62491 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM282965 5 0.4543 0.39834 0.000 0.028 0.336 0.000 0.624 0.012
#> GSM282967 5 0.4147 0.18356 0.000 0.000 0.436 0.000 0.552 0.012
#> GSM282969 4 0.1010 0.63392 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM282970 4 0.1075 0.62818 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM282972 4 0.7255 -0.17975 0.000 0.324 0.000 0.360 0.108 0.208
#> GSM282973 5 0.5983 0.30955 0.000 0.132 0.348 0.000 0.496 0.024
#> GSM282975 2 0.3815 0.57201 0.000 0.776 0.000 0.000 0.092 0.132
#> GSM282996 1 0.1088 0.84535 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM282999 4 0.6495 0.18809 0.000 0.000 0.308 0.496 0.084 0.112
#> GSM283014 1 0.1088 0.84535 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM283019 3 0.6391 0.47298 0.032 0.000 0.532 0.072 0.048 0.316
#> GSM283026 4 0.3918 0.56924 0.000 0.000 0.048 0.804 0.092 0.056
#> GSM283029 1 0.0260 0.85308 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM283030 4 0.6617 0.04870 0.000 0.000 0.344 0.456 0.096 0.104
#> GSM283033 3 0.4640 0.48654 0.000 0.000 0.604 0.004 0.348 0.044
#> GSM283035 4 0.0603 0.63973 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM283036 3 0.6130 0.52730 0.000 0.000 0.572 0.084 0.248 0.096
#> GSM283038 4 0.4128 0.55629 0.000 0.000 0.072 0.788 0.096 0.044
#> GSM283046 3 0.6711 0.21966 0.000 0.000 0.444 0.344 0.116 0.096
#> GSM283050 1 0.0622 0.85370 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM283053 4 0.3020 0.60142 0.000 0.000 0.040 0.864 0.064 0.032
#> GSM283055 3 0.6671 0.53162 0.076 0.000 0.576 0.036 0.104 0.208
#> GSM283056 4 0.1007 0.62976 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM282928 2 0.7066 -0.20914 0.000 0.368 0.000 0.352 0.088 0.192
#> GSM282930 2 0.2776 0.63828 0.000 0.860 0.000 0.000 0.052 0.088
#> GSM282932 3 0.2179 0.68797 0.000 0.000 0.900 0.000 0.064 0.036
#> GSM282934 1 0.3682 0.69907 0.796 0.000 0.004 0.156 0.016 0.028
#> GSM282976 2 0.2854 0.59646 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM282979 2 0.2536 0.62367 0.000 0.864 0.000 0.000 0.020 0.116
#> GSM282998 4 0.1007 0.62976 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM283013 1 0.1219 0.85386 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM283017 3 0.1327 0.68537 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM283018 3 0.6438 0.49575 0.000 0.012 0.552 0.096 0.264 0.076
#> GSM283025 4 0.1007 0.62976 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM283028 4 0.0767 0.64030 0.000 0.000 0.004 0.976 0.012 0.008
#> GSM283032 3 0.1610 0.68517 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM283037 4 0.0862 0.64016 0.000 0.000 0.004 0.972 0.008 0.016
#> GSM283040 1 0.4615 0.64229 0.676 0.000 0.076 0.000 0.004 0.244
#> GSM283042 3 0.4467 0.63059 0.036 0.000 0.760 0.004 0.068 0.132
#> GSM283045 4 0.0951 0.63719 0.000 0.000 0.008 0.968 0.020 0.004
#> GSM283048 4 0.6618 0.14523 0.000 0.000 0.316 0.476 0.120 0.088
#> GSM283052 4 0.6119 0.25454 0.000 0.000 0.288 0.544 0.112 0.056
#> GSM283054 4 0.1668 0.61971 0.008 0.000 0.000 0.928 0.004 0.060
#> GSM282980 3 0.4949 0.52647 0.012 0.000 0.624 0.008 0.044 0.312
#> GSM282982 3 0.1588 0.65986 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM282984 3 0.2121 0.64876 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> GSM282986 4 0.0692 0.63958 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM282997 1 0.0363 0.85333 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM283012 1 0.1588 0.84981 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> GSM283027 4 0.4951 0.53933 0.000 0.004 0.060 0.728 0.128 0.080
#> GSM283031 3 0.1007 0.68459 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM283039 3 0.4632 0.63601 0.000 0.000 0.752 0.072 0.076 0.100
#> GSM283044 3 0.6317 0.50885 0.000 0.012 0.564 0.080 0.264 0.080
#> GSM283047 3 0.6514 0.48332 0.000 0.012 0.544 0.104 0.264 0.076
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:kmeans 186 0.49729 1.00e+00 4.46e-01 2
#> SD:kmeans 167 0.08502 3.85e-01 7.30e-04 3
#> SD:kmeans 193 0.00692 3.40e-06 5.82e-09 4
#> SD:kmeans 148 0.00780 9.65e-10 2.80e-17 5
#> SD:kmeans 129 0.00517 5.55e-09 1.87e-13 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.939 0.937 0.975 0.4986 0.503 0.503
#> 3 3 0.604 0.829 0.889 0.3201 0.785 0.596
#> 4 4 0.789 0.841 0.924 0.1340 0.820 0.536
#> 5 5 0.775 0.715 0.867 0.0716 0.903 0.647
#> 6 6 0.796 0.754 0.859 0.0401 0.878 0.499
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.5946 0.8193 0.144 0.856
#> GSM282862 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282870 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0672 0.9613 0.008 0.992
#> GSM282904 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282921 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282873 1 0.8267 0.6528 0.740 0.260
#> GSM282874 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282888 1 0.7299 0.7377 0.796 0.204
#> GSM282889 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282903 1 0.2236 0.9483 0.964 0.036
#> GSM282907 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282909 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.6623 0.7828 0.172 0.828
#> GSM282896 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282897 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282898 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282899 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282900 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282901 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0672 0.9614 0.008 0.992
#> GSM282916 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282919 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282923 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282917 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282922 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282926 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282925 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282935 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.9710 0.3613 0.400 0.600
#> GSM282947 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.7219 0.7456 0.200 0.800
#> GSM282957 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.6623 0.7901 0.828 0.172
#> GSM282983 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283003 1 0.2236 0.9483 0.964 0.036
#> GSM283004 1 0.9286 0.4816 0.656 0.344
#> GSM283005 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.3879 0.9077 0.924 0.076
#> GSM283008 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.7056 0.7616 0.808 0.192
#> GSM283011 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.9323 0.4806 0.348 0.652
#> GSM283049 1 0.2236 0.9483 0.964 0.036
#> GSM283051 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282936 1 0.0938 0.9699 0.988 0.012
#> GSM282937 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0672 0.9613 0.008 0.992
#> GSM282945 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.7219 0.7456 0.200 0.800
#> GSM282965 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.9983 0.0699 0.476 0.524
#> GSM282969 1 0.0672 0.9734 0.992 0.008
#> GSM282970 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.1633 0.9466 0.024 0.976
#> GSM282975 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.9983 0.1328 0.476 0.524
#> GSM283029 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283033 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283035 2 0.9993 0.1039 0.484 0.516
#> GSM283036 1 0.8909 0.5349 0.692 0.308
#> GSM283038 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283018 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283032 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283045 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283048 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283052 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283054 2 0.9977 0.1466 0.472 0.528
#> GSM282980 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0000 0.9801 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.9682 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.3482 0.8773 0.000 0.872 0.128
#> GSM282856 2 0.0892 0.8546 0.000 0.980 0.020
#> GSM282857 2 0.0237 0.8438 0.004 0.996 0.000
#> GSM282858 2 0.4750 0.8237 0.000 0.784 0.216
#> GSM282859 2 0.5216 0.7811 0.000 0.740 0.260
#> GSM282860 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282861 2 0.8926 0.4107 0.192 0.568 0.240
#> GSM282862 2 0.5058 0.7983 0.000 0.756 0.244
#> GSM282863 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282864 2 0.3482 0.8779 0.000 0.872 0.128
#> GSM282865 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282866 2 0.0000 0.8458 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282868 2 0.3482 0.8779 0.000 0.872 0.128
#> GSM282869 1 0.4235 0.8557 0.824 0.176 0.000
#> GSM282870 3 0.4931 0.7218 0.232 0.000 0.768
#> GSM282871 2 0.0237 0.8463 0.000 0.996 0.004
#> GSM282872 3 0.4099 0.7885 0.008 0.140 0.852
#> GSM282904 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282910 2 0.4291 0.8484 0.000 0.820 0.180
#> GSM282913 3 0.5431 0.4837 0.000 0.284 0.716
#> GSM282915 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282921 3 0.4750 0.7413 0.216 0.000 0.784
#> GSM282927 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282873 1 0.5016 0.8032 0.760 0.240 0.000
#> GSM282874 3 0.0892 0.8696 0.000 0.020 0.980
#> GSM282875 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282905 3 0.0000 0.8762 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282918 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM282876 1 0.1031 0.9029 0.976 0.024 0.000
#> GSM282877 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282878 2 0.5178 0.7858 0.000 0.744 0.256
#> GSM282879 2 0.4750 0.8226 0.000 0.784 0.216
#> GSM282880 2 0.4842 0.8169 0.000 0.776 0.224
#> GSM282881 1 0.3816 0.8749 0.852 0.148 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282884 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282885 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282886 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.8477 0.3596 0.380 0.524 0.096
#> GSM282889 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282890 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000
#> GSM282902 3 0.6045 0.2179 0.000 0.380 0.620
#> GSM282903 1 0.5859 0.6579 0.656 0.344 0.000
#> GSM282907 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282909 1 0.3879 0.8730 0.848 0.152 0.000
#> GSM282912 2 0.0592 0.8515 0.000 0.988 0.012
#> GSM282920 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282924 2 0.3192 0.8794 0.000 0.888 0.112
#> GSM282891 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282892 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282893 1 0.4887 0.8143 0.772 0.228 0.000
#> GSM282894 1 0.3192 0.8891 0.888 0.112 0.000
#> GSM282895 2 0.0747 0.8366 0.016 0.984 0.000
#> GSM282896 1 0.4974 0.8068 0.764 0.236 0.000
#> GSM282897 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282898 1 0.4931 0.8106 0.768 0.232 0.000
#> GSM282899 1 0.3425 0.8898 0.884 0.112 0.004
#> GSM282900 3 0.4887 0.7267 0.228 0.000 0.772
#> GSM282901 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM282906 1 0.4452 0.8435 0.808 0.192 0.000
#> GSM282908 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282911 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282916 1 0.0237 0.9093 0.996 0.000 0.004
#> GSM282919 2 0.4963 0.6666 0.008 0.792 0.200
#> GSM282923 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM282917 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282922 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282926 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282925 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282935 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282938 3 0.6026 0.2321 0.000 0.376 0.624
#> GSM282940 2 0.4842 0.8161 0.000 0.776 0.224
#> GSM282941 2 0.4887 0.8132 0.000 0.772 0.228
#> GSM282943 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282944 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282946 2 0.4654 0.7357 0.208 0.792 0.000
#> GSM282947 2 0.5016 0.8040 0.000 0.760 0.240
#> GSM282948 2 0.0237 0.8438 0.004 0.996 0.000
#> GSM282949 2 0.2796 0.8761 0.000 0.908 0.092
#> GSM282950 2 0.0237 0.8438 0.004 0.996 0.000
#> GSM282951 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282952 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282953 2 0.2711 0.8756 0.000 0.912 0.088
#> GSM282955 2 0.0237 0.8463 0.000 0.996 0.004
#> GSM282956 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282959 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282966 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282968 2 0.3482 0.8779 0.000 0.872 0.128
#> GSM282974 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM283016 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283021 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283024 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM283041 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283043 2 0.4555 0.7392 0.200 0.800 0.000
#> GSM282957 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282958 3 0.1031 0.8671 0.000 0.024 0.976
#> GSM282960 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282971 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM283015 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282962 2 0.4796 0.8196 0.000 0.780 0.220
#> GSM282963 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282977 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282978 2 0.0848 0.8458 0.008 0.984 0.008
#> GSM282987 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282988 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282989 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282990 2 0.0892 0.8545 0.000 0.980 0.020
#> GSM282991 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282992 2 0.3619 0.8738 0.000 0.864 0.136
#> GSM282993 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282994 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282995 2 0.4887 0.8132 0.000 0.772 0.228
#> GSM283020 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283023 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM282931 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282939 2 0.4842 0.8161 0.000 0.776 0.224
#> GSM282981 1 0.5413 0.8439 0.800 0.164 0.036
#> GSM282983 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282985 3 0.5760 0.3849 0.000 0.328 0.672
#> GSM283000 2 0.5363 0.7621 0.000 0.724 0.276
#> GSM283001 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283002 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM283003 1 0.4974 0.8068 0.764 0.236 0.000
#> GSM283004 2 0.6168 0.0113 0.412 0.588 0.000
#> GSM283005 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM283006 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM283007 1 0.4682 0.8420 0.804 0.192 0.004
#> GSM283008 1 0.3573 0.8877 0.876 0.120 0.004
#> GSM283009 1 0.3192 0.8891 0.888 0.112 0.000
#> GSM283010 3 0.0848 0.8726 0.008 0.008 0.984
#> GSM283011 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM283022 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM283034 3 0.5659 0.6976 0.012 0.248 0.740
#> GSM283049 1 0.4504 0.8405 0.804 0.196 0.000
#> GSM283051 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282929 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282933 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM282936 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM282937 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282942 2 0.6322 0.7560 0.120 0.772 0.108
#> GSM282945 2 0.5560 0.7218 0.000 0.700 0.300
#> GSM282954 2 0.2261 0.8623 0.000 0.932 0.068
#> GSM282961 2 0.3573 0.8798 0.004 0.876 0.120
#> GSM282964 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM282965 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282967 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282969 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM282970 3 0.0000 0.8762 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282973 2 0.0424 0.8416 0.008 0.992 0.000
#> GSM282975 2 0.5178 0.7878 0.000 0.744 0.256
#> GSM282996 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282999 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283014 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283019 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283026 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM283029 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283030 1 0.6079 0.2874 0.612 0.000 0.388
#> GSM283033 1 0.4842 0.8177 0.776 0.224 0.000
#> GSM283035 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM283036 1 0.8943 -0.0969 0.480 0.128 0.392
#> GSM283038 3 0.0237 0.8766 0.000 0.004 0.996
#> GSM283046 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283050 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283053 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM283055 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283056 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282928 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM282930 2 0.3619 0.8740 0.000 0.864 0.136
#> GSM282932 1 0.3619 0.8798 0.864 0.136 0.000
#> GSM282934 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282976 2 0.3340 0.8800 0.000 0.880 0.120
#> GSM282979 2 0.6215 0.4935 0.000 0.572 0.428
#> GSM282998 3 0.0000 0.8762 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283017 1 0.4121 0.8612 0.832 0.168 0.000
#> GSM283018 3 0.3816 0.7395 0.000 0.148 0.852
#> GSM283025 3 0.0000 0.8762 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 3 0.0237 0.8766 0.000 0.004 0.996
#> GSM283032 1 0.4062 0.8642 0.836 0.164 0.000
#> GSM283037 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM283040 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283042 1 0.0000 0.9090 1.000 0.000 0.000
#> GSM283045 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM283048 3 0.4842 0.7316 0.224 0.000 0.776
#> GSM283052 3 0.4164 0.8128 0.144 0.008 0.848
#> GSM283054 3 0.3482 0.8269 0.128 0.000 0.872
#> GSM282980 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM282982 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM282984 1 0.3340 0.8868 0.880 0.120 0.000
#> GSM282986 3 0.3340 0.8318 0.120 0.000 0.880
#> GSM282997 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283012 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283027 3 0.0424 0.8766 0.000 0.008 0.992
#> GSM283031 1 0.3551 0.8817 0.868 0.132 0.000
#> GSM283039 1 0.0424 0.9096 0.992 0.000 0.008
#> GSM283044 3 0.5529 0.4870 0.000 0.296 0.704
#> GSM283047 3 0.3879 0.7442 0.000 0.152 0.848
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.1940 0.8752 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282857 2 0.3801 0.7437 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0707 0.9068 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282860 4 0.4134 0.7237 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM282861 2 0.3311 0.7767 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.3400 0.7900 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282869 3 0.4925 0.3079 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM282870 4 0.2281 0.8363 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM282871 2 0.3400 0.7900 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282872 4 0.1022 0.8831 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM282904 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282913 2 0.0592 0.9092 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282915 3 0.2345 0.8265 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM282921 4 0.1022 0.8840 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM282927 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282873 3 0.2530 0.8303 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM282874 2 0.4804 0.2749 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM282875 4 0.3801 0.7729 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM282905 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.2589 0.8279 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM282876 3 0.3907 0.6959 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0336 0.9143 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282879 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.3801 0.7108 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.2973 0.7882 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 1 0.9094 -0.0732 0.356 0.244 0.332 0.068
#> GSM282889 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.1940 0.8588 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282903 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282909 3 0.0188 0.8959 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282912 2 0.4008 0.7181 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 2 0.3958 0.8067 0.000 0.824 0.144 0.032
#> GSM282891 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 1 0.2973 0.7957 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.1022 0.9200 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282899 3 0.5000 0.1258 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM282900 4 0.0817 0.8885 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM282901 3 0.1398 0.8740 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM282906 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282916 1 0.3528 0.7235 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM282919 3 0.0817 0.8846 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM282923 3 0.0188 0.8959 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282917 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282922 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282926 1 0.1488 0.9183 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM282925 1 0.1022 0.9244 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282935 4 0.3801 0.7712 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM282938 2 0.4730 0.4309 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM282940 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 3 0.5292 0.6886 0.208 0.064 0.728 0.000
#> GSM282947 2 0.0592 0.9095 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282948 2 0.4134 0.6854 0.000 0.740 0.260 0.000
#> GSM282949 2 0.3172 0.8099 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM282950 2 0.3528 0.7762 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282953 2 0.3123 0.8138 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM282955 2 0.3400 0.7900 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282966 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282974 4 0.3764 0.7767 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM283016 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.2149 0.8653 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4849 0.7169 0.200 0.760 0.036 0.004
#> GSM282957 4 0.3801 0.7729 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM282958 2 0.2345 0.8344 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM282960 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282971 4 0.3801 0.7729 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM283015 1 0.0469 0.9372 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM282962 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.4679 0.4593 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0817 0.9059 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.3764 0.7764 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM282994 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.2281 0.8573 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM282931 4 0.1118 0.8871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM282939 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0592 0.8892 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM282983 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282985 4 0.4908 0.5900 0.000 0.292 0.016 0.692
#> GSM283000 2 0.3082 0.8451 0.000 0.884 0.032 0.084
#> GSM283001 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283005 3 0.2216 0.8469 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM283006 3 0.4985 0.1915 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283008 3 0.4933 0.2999 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM283009 3 0.3726 0.7363 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM283010 4 0.2281 0.8334 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM283011 3 0.0188 0.8959 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM283022 3 0.3123 0.7884 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM283034 3 0.4072 0.6205 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM283049 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.3764 0.7767 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM282933 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282936 4 0.0469 0.8938 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282937 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.1211 0.8947 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM282945 4 0.5564 0.1686 0.000 0.436 0.020 0.544
#> GSM282954 2 0.3400 0.7900 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282961 2 0.4933 0.2439 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM282964 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282965 3 0.2216 0.8289 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282967 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282969 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 4 0.3801 0.7729 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM282973 3 0.1716 0.8555 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.2589 0.8585 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM283014 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0469 0.9372 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM283026 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.4431 0.5983 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM283033 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283035 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 1 0.4815 0.7588 0.796 0.136 0.012 0.056
#> GSM283038 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.3172 0.8145 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM283050 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282928 4 0.3907 0.7599 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM282930 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.2345 0.8696 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM282976 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9189 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283018 4 0.3024 0.7852 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM283025 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283037 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.4855 0.3785 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 4 0.1022 0.8840 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM283052 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 4 0.1716 0.8642 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM282980 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.2081 0.8477 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM282984 3 0.0188 0.8959 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9436 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.8981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283031 3 0.0000 0.8969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.4467 0.7663 0.788 0.000 0.040 0.172
#> GSM283044 4 0.3895 0.7895 0.000 0.036 0.132 0.832
#> GSM283047 4 0.2924 0.8293 0.000 0.016 0.100 0.884
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0609 0.8360 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282856 5 0.2891 0.7496 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM282857 5 0.2813 0.7593 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM282858 2 0.0880 0.8321 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282859 2 0.0880 0.8321 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282860 4 0.5293 0.2713 0.000 0.460 0.000 0.492 0.048
#> GSM282861 5 0.8052 0.0609 0.192 0.332 0.000 0.112 0.364
#> GSM282862 2 0.0880 0.8321 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282863 2 0.4126 0.4357 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM282864 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282865 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282866 5 0.0451 0.8706 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM282867 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282868 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282869 1 0.6742 0.1030 0.412 0.000 0.296 0.000 0.292
#> GSM282870 4 0.3779 0.6604 0.052 0.000 0.000 0.804 0.144
#> GSM282871 5 0.0451 0.8706 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM282872 5 0.4227 0.5305 0.000 0.000 0.016 0.292 0.692
#> GSM282904 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0794 0.8333 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282913 2 0.1469 0.8225 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM282915 5 0.3578 0.7905 0.000 0.048 0.132 0.000 0.820
#> GSM282921 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.0162 0.8829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282873 3 0.6370 0.2636 0.344 0.000 0.480 0.000 0.176
#> GSM282874 2 0.5505 0.2614 0.000 0.604 0.000 0.304 0.092
#> GSM282875 4 0.5713 0.3420 0.000 0.416 0.000 0.500 0.084
#> GSM282905 4 0.0290 0.7920 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.3561 0.6107 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM282876 3 0.5591 0.4800 0.280 0.096 0.620 0.000 0.004
#> GSM282877 2 0.1197 0.8273 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM282878 2 0.0162 0.8337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282879 2 0.0000 0.8333 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0880 0.8321 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282881 3 0.5672 0.5099 0.256 0.104 0.632 0.000 0.008
#> GSM282882 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.3039 0.7310 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM282884 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0963 0.8315 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM282886 3 0.6568 -0.1006 0.000 0.384 0.412 0.000 0.204
#> GSM282887 1 0.0162 0.8828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282888 2 0.3616 0.6513 0.224 0.768 0.004 0.000 0.004
#> GSM282889 2 0.0609 0.8362 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282890 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.2793 0.7568 0.000 0.876 0.000 0.088 0.036
#> GSM282903 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0404 0.8586 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282909 3 0.0162 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282912 2 0.5816 0.4378 0.000 0.588 0.132 0.000 0.280
#> GSM282920 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 5 0.1731 0.8381 0.000 0.060 0.004 0.004 0.932
#> GSM282891 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 1 0.4262 0.1210 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.3274 0.6595 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282897 3 0.0162 0.8642 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282898 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.3109 0.6974 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282901 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282916 1 0.4306 -0.0673 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.0162 0.8644 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282917 5 0.2605 0.7967 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM282922 1 0.1197 0.8565 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM282926 1 0.3630 0.7027 0.780 0.000 0.000 0.204 0.016
#> GSM282925 1 0.3421 0.7078 0.788 0.000 0.000 0.204 0.008
#> GSM282935 4 0.5036 0.3988 0.000 0.404 0.000 0.560 0.036
#> GSM282938 2 0.4054 0.6250 0.000 0.760 0.000 0.204 0.036
#> GSM282940 2 0.0794 0.8333 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282941 2 0.0880 0.8321 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282943 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.4201 0.3738 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM282946 2 0.7486 0.3219 0.220 0.476 0.240 0.000 0.064
#> GSM282947 5 0.1965 0.8034 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> GSM282948 5 0.0579 0.8696 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> GSM282949 5 0.0451 0.8706 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM282950 5 0.0579 0.8696 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> GSM282951 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282952 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282953 5 0.0451 0.8706 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM282955 5 0.0451 0.8706 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM282956 1 0.0162 0.8825 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.3424 0.7079 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM282966 4 0.4088 0.3814 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM282968 5 0.0404 0.8698 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282974 4 0.5708 0.3493 0.000 0.412 0.000 0.504 0.084
#> GSM283016 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.3109 0.6862 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.4779 0.7106 0.148 0.096 0.004 0.004 0.748
#> GSM282957 4 0.5713 0.3420 0.000 0.416 0.000 0.500 0.084
#> GSM282958 2 0.5167 0.4374 0.000 0.668 0.000 0.240 0.092
#> GSM282960 2 0.4294 0.2532 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM282971 4 0.5713 0.3420 0.000 0.416 0.000 0.500 0.084
#> GSM283015 1 0.1952 0.8313 0.912 0.000 0.004 0.084 0.000
#> GSM282962 2 0.0794 0.8333 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282963 2 0.2966 0.7370 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282977 2 0.1608 0.8165 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM282978 2 0.5673 0.4966 0.000 0.616 0.132 0.000 0.252
#> GSM282987 2 0.0963 0.8320 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM282988 2 0.2966 0.7370 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282989 2 0.1043 0.8303 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM282990 2 0.4054 0.6879 0.000 0.760 0.036 0.000 0.204
#> GSM282991 2 0.0703 0.8342 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM282992 2 0.0000 0.8333 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.4533 0.3477 0.000 0.448 0.000 0.544 0.008
#> GSM282994 2 0.3003 0.7351 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM282995 2 0.0794 0.8333 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM283020 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.3395 0.6355 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.4734 0.4545 0.000 0.372 0.000 0.604 0.024
#> GSM282939 2 0.0794 0.8333 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282981 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282985 2 0.4558 0.5425 0.000 0.712 0.016 0.252 0.020
#> GSM283000 2 0.1461 0.8271 0.000 0.952 0.028 0.004 0.016
#> GSM283001 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0162 0.8647 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM283003 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0451 0.8606 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM283005 3 0.1792 0.8147 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.4304 0.0591 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283008 3 0.4074 0.4059 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM283009 3 0.1792 0.8158 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM283010 4 0.1341 0.7594 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM283011 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.1732 0.8171 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM283034 3 0.4066 0.4753 0.000 0.000 0.672 0.004 0.324
#> GSM283049 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.5668 0.3458 0.000 0.416 0.000 0.504 0.080
#> GSM282933 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.3934 0.7305 0.076 0.800 0.000 0.000 0.124
#> GSM282945 5 0.6477 0.4374 0.000 0.248 0.000 0.256 0.496
#> GSM282954 5 0.0451 0.8706 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM282961 5 0.4555 0.7076 0.000 0.068 0.200 0.000 0.732
#> GSM282964 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 5 0.2390 0.8346 0.000 0.020 0.084 0.000 0.896
#> GSM282967 5 0.2074 0.8299 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM282969 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282972 4 0.5713 0.3420 0.000 0.416 0.000 0.500 0.084
#> GSM282973 5 0.4134 0.6930 0.000 0.032 0.224 0.000 0.744
#> GSM282975 2 0.1851 0.8048 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM282996 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.4161 0.4392 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.1341 0.8523 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM283026 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283029 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.4434 -0.0969 0.460 0.000 0.000 0.536 0.004
#> GSM283033 5 0.3837 0.5233 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM283035 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283036 1 0.5955 0.4380 0.584 0.020 0.000 0.316 0.080
#> GSM283038 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283046 1 0.4383 0.3668 0.572 0.000 0.000 0.424 0.004
#> GSM283050 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283055 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 4 0.5112 0.2661 0.000 0.468 0.000 0.496 0.036
#> GSM282930 2 0.0162 0.8337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282932 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.2471 0.7857 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM282976 2 0.2966 0.7370 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282979 2 0.0290 0.8339 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282998 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.4317 0.4230 0.000 0.004 0.320 0.668 0.008
#> GSM283025 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283032 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283037 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.4227 0.2667 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283048 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283052 4 0.0162 0.7937 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283054 4 0.1121 0.7685 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0162 0.8647 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.7942 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.8849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0290 0.7922 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM283031 3 0.0000 0.8664 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283039 1 0.6331 0.2618 0.508 0.000 0.336 0.152 0.004
#> GSM283044 3 0.5001 0.0439 0.000 0.016 0.496 0.480 0.008
#> GSM283047 4 0.3632 0.6282 0.000 0.004 0.176 0.800 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.2841 0.699 0.000 0.824 0.000 0.000 0.012 0.164
#> GSM282856 5 0.3868 -0.215 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> GSM282857 2 0.3531 0.581 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM282858 6 0.3330 0.744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM282859 6 0.3126 0.762 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM282860 6 0.2128 0.780 0.000 0.032 0.000 0.056 0.004 0.908
#> GSM282861 6 0.7045 0.433 0.100 0.164 0.000 0.016 0.208 0.512
#> GSM282862 6 0.3198 0.757 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM282863 2 0.3023 0.739 0.000 0.784 0.000 0.000 0.212 0.004
#> GSM282864 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 5 0.6034 0.156 0.340 0.004 0.216 0.000 0.440 0.000
#> GSM282870 5 0.6163 -0.111 0.028 0.004 0.000 0.424 0.424 0.120
#> GSM282871 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 5 0.3360 0.720 0.000 0.016 0.004 0.168 0.804 0.008
#> GSM282904 1 0.0146 0.925 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 6 0.3288 0.733 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> GSM282913 6 0.2219 0.785 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> GSM282915 2 0.4294 0.595 0.000 0.672 0.048 0.000 0.280 0.000
#> GSM282921 4 0.2714 0.834 0.012 0.004 0.000 0.848 0.000 0.136
#> GSM282927 1 0.2976 0.804 0.844 0.020 0.000 0.124 0.000 0.012
#> GSM282873 1 0.6699 0.268 0.496 0.044 0.320 0.000 0.108 0.032
#> GSM282874 6 0.1755 0.780 0.000 0.028 0.000 0.032 0.008 0.932
#> GSM282875 6 0.1785 0.774 0.000 0.016 0.000 0.048 0.008 0.928
#> GSM282905 6 0.4238 -0.168 0.000 0.016 0.000 0.444 0.000 0.540
#> GSM282914 1 0.0363 0.923 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.4310 0.235 0.404 0.004 0.576 0.000 0.000 0.016
#> GSM282876 2 0.4686 0.529 0.092 0.660 0.248 0.000 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.1866 0.795 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> GSM282878 6 0.3330 0.744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM282879 2 0.3221 0.543 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM282880 6 0.3330 0.744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM282881 2 0.4377 0.558 0.068 0.688 0.244 0.000 0.000 0.000
#> GSM282882 1 0.1049 0.912 0.960 0.032 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.1564 0.809 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> GSM282884 1 0.0935 0.913 0.964 0.032 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.1806 0.792 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> GSM282886 2 0.3042 0.733 0.000 0.836 0.128 0.000 0.032 0.004
#> GSM282887 1 0.1333 0.902 0.944 0.048 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.1367 0.787 0.044 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282889 2 0.2562 0.708 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM282890 1 0.1049 0.912 0.960 0.032 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 6 0.2964 0.763 0.000 0.204 0.000 0.004 0.000 0.792
#> GSM282903 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.2950 0.822 0.000 0.036 0.868 0.000 0.032 0.064
#> GSM282909 3 0.1075 0.861 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.3147 0.768 0.000 0.816 0.008 0.000 0.160 0.016
#> GSM282920 1 0.0405 0.923 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282924 5 0.3845 0.761 0.000 0.032 0.000 0.120 0.800 0.048
#> GSM282891 1 0.0146 0.925 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.3982 0.223 0.460 0.000 0.536 0.000 0.000 0.004
#> GSM282893 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.3052 0.715 0.780 0.004 0.216 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0508 0.875 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM282896 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282897 3 0.1003 0.872 0.000 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> GSM282898 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.1806 0.823 0.088 0.004 0.908 0.000 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.1644 0.842 0.012 0.004 0.000 0.932 0.000 0.052
#> GSM282901 3 0.0405 0.875 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM282906 3 0.0622 0.874 0.000 0.012 0.980 0.000 0.000 0.008
#> GSM282908 1 0.0458 0.921 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0622 0.875 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> GSM282916 3 0.3986 0.404 0.384 0.004 0.608 0.004 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.1793 0.856 0.000 0.032 0.928 0.004 0.000 0.036
#> GSM282923 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282917 5 0.3114 0.806 0.000 0.008 0.032 0.068 0.864 0.028
#> GSM282922 1 0.2848 0.779 0.828 0.004 0.000 0.160 0.000 0.008
#> GSM282926 4 0.5064 0.335 0.368 0.024 0.000 0.568 0.000 0.040
#> GSM282925 4 0.5100 0.292 0.384 0.024 0.000 0.552 0.000 0.040
#> GSM282935 6 0.1575 0.759 0.000 0.032 0.000 0.032 0.000 0.936
#> GSM282938 6 0.3867 0.679 0.000 0.052 0.000 0.200 0.000 0.748
#> GSM282940 6 0.3330 0.744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM282941 6 0.3198 0.757 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM282943 1 0.0363 0.922 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.2053 0.792 0.000 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> GSM282946 2 0.3014 0.717 0.132 0.832 0.036 0.000 0.000 0.000
#> GSM282947 5 0.1924 0.834 0.000 0.028 0.000 0.004 0.920 0.048
#> GSM282948 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 1 0.0692 0.918 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.2201 0.808 0.000 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052
#> GSM282966 5 0.4045 0.664 0.000 0.000 0.000 0.124 0.756 0.120
#> GSM282968 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 6 0.2146 0.776 0.000 0.024 0.000 0.060 0.008 0.908
#> GSM283016 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0146 0.925 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.2964 0.728 0.792 0.004 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0405 0.923 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.6181 0.616 0.088 0.068 0.000 0.164 0.640 0.040
#> GSM282957 6 0.1785 0.774 0.000 0.016 0.000 0.048 0.008 0.928
#> GSM282958 6 0.1755 0.780 0.000 0.028 0.000 0.032 0.008 0.932
#> GSM282960 2 0.3312 0.762 0.000 0.792 0.000 0.000 0.180 0.028
#> GSM282971 6 0.1785 0.774 0.000 0.016 0.000 0.048 0.008 0.928
#> GSM283015 1 0.1917 0.893 0.928 0.004 0.016 0.036 0.000 0.016
#> GSM282962 6 0.3309 0.747 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> GSM282963 2 0.1995 0.808 0.000 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052
#> GSM282977 2 0.1866 0.795 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> GSM282978 2 0.1882 0.805 0.000 0.920 0.008 0.000 0.060 0.012
#> GSM282987 2 0.1610 0.793 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM282988 2 0.1984 0.807 0.000 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> GSM282989 2 0.1806 0.792 0.000 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> GSM282990 2 0.1564 0.809 0.000 0.936 0.000 0.000 0.040 0.024
#> GSM282991 2 0.2003 0.772 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM282992 2 0.2048 0.769 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM282993 6 0.2506 0.775 0.000 0.052 0.000 0.068 0.000 0.880
#> GSM282994 2 0.1723 0.809 0.000 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036
#> GSM282995 6 0.3330 0.744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM283020 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.3109 0.703 0.772 0.004 0.224 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 6 0.2462 0.718 0.000 0.028 0.000 0.096 0.000 0.876
#> GSM282939 6 0.3330 0.744 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> GSM282981 3 0.1498 0.862 0.000 0.032 0.940 0.000 0.000 0.028
#> GSM282983 3 0.1237 0.870 0.000 0.020 0.956 0.000 0.004 0.020
#> GSM282985 6 0.4024 0.738 0.000 0.196 0.008 0.048 0.000 0.748
#> GSM283000 6 0.3906 0.730 0.000 0.216 0.032 0.008 0.000 0.744
#> GSM283001 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.1970 0.850 0.000 0.028 0.912 0.000 0.000 0.060
#> GSM283003 3 0.0725 0.873 0.000 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> GSM283004 3 0.3405 0.584 0.000 0.272 0.724 0.000 0.004 0.000
#> GSM283005 3 0.0858 0.864 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.3986 0.146 0.532 0.004 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.1498 0.862 0.000 0.032 0.940 0.000 0.000 0.028
#> GSM283008 3 0.3728 0.430 0.344 0.004 0.652 0.000 0.000 0.000
#> GSM283009 3 0.1010 0.860 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM283010 4 0.5893 0.657 0.172 0.032 0.000 0.584 0.000 0.212
#> GSM283011 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0551 0.876 0.004 0.008 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM283034 3 0.5038 0.359 0.000 0.020 0.584 0.012 0.360 0.024
#> GSM283049 3 0.0508 0.875 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM283051 1 0.0405 0.923 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282929 6 0.2146 0.776 0.000 0.024 0.000 0.060 0.008 0.908
#> GSM282933 4 0.2178 0.835 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM282936 4 0.2584 0.831 0.004 0.004 0.000 0.848 0.000 0.144
#> GSM282937 1 0.0405 0.923 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.5791 0.150 0.052 0.560 0.000 0.000 0.076 0.312
#> GSM282945 2 0.5521 0.363 0.000 0.528 0.000 0.340 0.128 0.004
#> GSM282954 5 0.0000 0.875 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 2 0.4781 0.539 0.000 0.624 0.080 0.000 0.296 0.000
#> GSM282964 4 0.2520 0.829 0.000 0.004 0.000 0.844 0.000 0.152
#> GSM282965 5 0.0692 0.862 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> GSM282967 5 0.0260 0.871 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM282969 4 0.2520 0.828 0.000 0.004 0.000 0.844 0.000 0.152
#> GSM282970 4 0.2416 0.827 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM282972 6 0.2063 0.774 0.000 0.020 0.000 0.060 0.008 0.912
#> GSM282973 2 0.4680 0.562 0.000 0.652 0.084 0.000 0.264 0.000
#> GSM282975 6 0.3398 0.761 0.000 0.252 0.000 0.000 0.008 0.740
#> GSM282996 1 0.0291 0.924 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282999 4 0.3426 0.637 0.276 0.004 0.000 0.720 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.1285 0.893 0.944 0.004 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0508 0.830 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM283029 1 0.0146 0.925 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.1788 0.792 0.076 0.004 0.000 0.916 0.000 0.004
#> GSM283033 5 0.2520 0.754 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844 0.000
#> GSM283035 4 0.1075 0.840 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM283036 4 0.5122 0.622 0.204 0.040 0.000 0.688 0.008 0.060
#> GSM283038 4 0.0547 0.831 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM283046 4 0.1958 0.779 0.100 0.004 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0790 0.835 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM283055 1 0.1074 0.912 0.960 0.028 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.2378 0.829 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM282928 6 0.2128 0.780 0.000 0.032 0.000 0.056 0.004 0.908
#> GSM282930 6 0.3804 0.488 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM282932 3 0.1480 0.863 0.000 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> GSM282934 1 0.2278 0.811 0.868 0.004 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.1995 0.808 0.000 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052
#> GSM282979 6 0.3371 0.737 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM282998 4 0.2378 0.829 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM283013 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0405 0.875 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM283018 4 0.6175 0.209 0.000 0.036 0.336 0.492 0.000 0.136
#> GSM283025 4 0.2378 0.829 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM283028 4 0.1267 0.840 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM283032 3 0.0508 0.873 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> GSM283037 4 0.2092 0.836 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM283040 1 0.0146 0.925 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.5444 0.313 0.376 0.036 0.536 0.052 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.1285 0.841 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> GSM283048 4 0.0508 0.824 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.825 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283054 4 0.3473 0.819 0.048 0.004 0.000 0.804 0.000 0.144
#> GSM282980 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0146 0.875 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.2300 0.831 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282997 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.2624 0.781 0.000 0.020 0.000 0.856 0.000 0.124
#> GSM283031 3 0.0146 0.875 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283039 3 0.5610 0.510 0.128 0.016 0.600 0.252 0.000 0.004
#> GSM283044 3 0.5952 0.330 0.000 0.036 0.520 0.336 0.000 0.108
#> GSM283047 4 0.4919 0.626 0.000 0.032 0.152 0.708 0.000 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:skmeans 195 0.9569 3.81e-02 3.71e-04 2
#> SD:skmeans 191 0.0238 9.08e-06 1.17e-05 3
#> SD:skmeans 191 0.0184 1.08e-07 1.66e-07 4
#> SD:skmeans 163 0.1098 8.26e-08 1.73e-16 5
#> SD:skmeans 182 0.0317 7.45e-11 8.71e-21 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.639 0.842 0.930 0.4899 0.510 0.510
#> 3 3 0.656 0.783 0.909 0.1964 0.620 0.417
#> 4 4 0.655 0.694 0.867 0.2129 0.798 0.555
#> 5 5 0.788 0.796 0.889 0.0999 0.879 0.615
#> 6 6 0.828 0.751 0.862 0.0291 0.972 0.878
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.4562 0.865 0.096 0.904
#> GSM282862 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282867 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.8861 0.516 0.696 0.304
#> GSM282870 1 0.4431 0.854 0.908 0.092
#> GSM282871 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282872 1 0.9866 0.167 0.568 0.432
#> GSM282904 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282915 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282921 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.8813 0.535 0.700 0.300
#> GSM282873 2 0.9661 0.364 0.392 0.608
#> GSM282874 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.2236 0.901 0.036 0.964
#> GSM282905 1 0.9686 0.297 0.604 0.396
#> GSM282914 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.4690 0.848 0.900 0.100
#> GSM282877 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.5178 0.830 0.116 0.884
#> GSM282880 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.6712 0.769 0.824 0.176
#> GSM282882 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.0938 0.909 0.012 0.988
#> GSM282887 1 0.2423 0.902 0.960 0.040
#> GSM282888 1 0.7056 0.743 0.808 0.192
#> GSM282889 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282903 2 0.4939 0.843 0.108 0.892
#> GSM282907 2 0.4815 0.852 0.104 0.896
#> GSM282909 1 0.8813 0.535 0.700 0.300
#> GSM282912 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.2423 0.900 0.040 0.960
#> GSM282891 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.9996 0.140 0.488 0.512
#> GSM282896 1 0.3584 0.879 0.932 0.068
#> GSM282897 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282898 1 0.6438 0.782 0.836 0.164
#> GSM282899 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282900 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282901 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.4939 0.843 0.108 0.892
#> GSM282916 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282919 1 0.8555 0.604 0.720 0.280
#> GSM282923 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282917 2 0.2423 0.900 0.040 0.960
#> GSM282922 1 0.5946 0.795 0.856 0.144
#> GSM282926 2 0.9129 0.574 0.328 0.672
#> GSM282925 2 0.9635 0.445 0.388 0.612
#> GSM282935 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282938 2 0.2423 0.900 0.040 0.960
#> GSM282940 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.6801 0.768 0.180 0.820
#> GSM282947 2 0.1843 0.905 0.028 0.972
#> GSM282948 2 0.0938 0.910 0.012 0.988
#> GSM282949 2 0.2423 0.900 0.040 0.960
#> GSM282950 2 0.1843 0.905 0.028 0.972
#> GSM282951 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282955 2 0.2236 0.901 0.036 0.964
#> GSM282956 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.2423 0.900 0.040 0.960
#> GSM282968 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> GSM282957 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.3584 0.883 0.068 0.932
#> GSM282994 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282939 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM282983 2 0.0938 0.910 0.012 0.988
#> GSM282985 2 0.3431 0.886 0.064 0.936
#> GSM283000 2 0.3114 0.891 0.056 0.944
#> GSM283001 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.3584 0.884 0.068 0.932
#> GSM283003 2 0.9944 0.254 0.456 0.544
#> GSM283004 2 0.9963 0.112 0.464 0.536
#> GSM283005 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.0376 0.930 0.996 0.004
#> GSM283008 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.9635 0.444 0.388 0.612
#> GSM283049 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282936 1 0.5294 0.824 0.880 0.120
#> GSM282937 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.4562 0.867 0.096 0.904
#> GSM282945 2 0.8443 0.663 0.272 0.728
#> GSM282954 2 0.2423 0.900 0.040 0.960
#> GSM282961 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.9170 0.565 0.332 0.668
#> GSM282965 2 0.0376 0.912 0.004 0.996
#> GSM282967 2 0.9732 0.307 0.404 0.596
#> GSM282969 2 0.8608 0.646 0.284 0.716
#> GSM282970 2 0.9686 0.426 0.396 0.604
#> GSM282972 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.9635 0.445 0.388 0.612
#> GSM283029 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283033 1 0.9087 0.472 0.676 0.324
#> GSM283035 2 0.9732 0.406 0.404 0.596
#> GSM283036 2 0.6048 0.823 0.148 0.852
#> GSM283038 2 0.5519 0.840 0.128 0.872
#> GSM283046 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> GSM283055 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> GSM282928 2 0.2236 0.901 0.036 0.964
#> GSM282930 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.9635 0.446 0.388 0.612
#> GSM282934 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.913 0.000 1.000
#> GSM282998 1 0.9732 0.274 0.596 0.404
#> GSM283013 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.9000 0.491 0.684 0.316
#> GSM283018 2 0.6801 0.789 0.180 0.820
#> GSM283025 2 0.8661 0.640 0.288 0.712
#> GSM283028 2 0.7883 0.718 0.236 0.764
#> GSM283032 2 0.8386 0.675 0.268 0.732
#> GSM283037 2 0.5294 0.847 0.120 0.880
#> GSM283040 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283045 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283048 1 0.8443 0.593 0.728 0.272
#> GSM283052 1 0.4815 0.841 0.896 0.104
#> GSM283054 1 0.8861 0.528 0.696 0.304
#> GSM282980 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> GSM283031 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0000 0.933 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.4690 0.863 0.100 0.900
#> GSM283047 2 0.5519 0.840 0.128 0.872
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.3619 0.7591 0.000 0.864 0.136
#> GSM282856 2 0.0237 0.8264 0.004 0.996 0.000
#> GSM282857 2 0.2860 0.7868 0.004 0.912 0.084
#> GSM282858 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0237 0.8263 0.000 0.996 0.004
#> GSM282862 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 2 0.4654 0.6741 0.000 0.792 0.208
#> GSM282867 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 3 0.2200 0.8672 0.004 0.056 0.940
#> GSM282870 3 0.5431 0.5817 0.000 0.284 0.716
#> GSM282871 2 0.0424 0.8250 0.000 0.992 0.008
#> GSM282872 3 0.1964 0.8673 0.000 0.056 0.944
#> GSM282904 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.5722 0.6236 0.004 0.704 0.292
#> GSM282913 3 0.4702 0.6809 0.000 0.212 0.788
#> GSM282915 2 0.5244 0.6670 0.004 0.756 0.240
#> GSM282921 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282927 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282873 3 0.4883 0.6985 0.004 0.208 0.788
#> GSM282874 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282875 2 0.2537 0.7858 0.000 0.920 0.080
#> GSM282905 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282876 2 0.6432 0.3559 0.004 0.568 0.428
#> GSM282877 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.2261 0.7942 0.000 0.932 0.068
#> GSM282879 2 0.5465 0.6235 0.000 0.712 0.288
#> GSM282880 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 2 0.5815 0.6000 0.004 0.692 0.304
#> GSM282882 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0237 0.8264 0.004 0.996 0.000
#> GSM282884 3 0.6045 0.3941 0.380 0.000 0.620
#> GSM282885 2 0.5058 0.6687 0.000 0.756 0.244
#> GSM282886 2 0.5754 0.6112 0.004 0.700 0.296
#> GSM282887 2 0.9738 0.2158 0.232 0.424 0.344
#> GSM282888 2 0.6140 0.4209 0.000 0.596 0.404
#> GSM282889 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 3 0.7874 0.3974 0.320 0.076 0.604
#> GSM282902 2 0.5363 0.5813 0.000 0.724 0.276
#> GSM282903 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282907 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282909 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282912 2 0.5244 0.6670 0.004 0.756 0.240
#> GSM282920 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282924 3 0.1411 0.8871 0.000 0.036 0.964
#> GSM282891 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282893 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282894 3 0.5497 0.5880 0.292 0.000 0.708
#> GSM282895 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282896 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282897 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282898 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282899 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282900 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282901 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282906 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282908 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282916 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282919 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282923 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282917 3 0.5722 0.5395 0.004 0.292 0.704
#> GSM282922 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282926 3 0.3816 0.7728 0.000 0.148 0.852
#> GSM282925 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282935 3 0.0747 0.9006 0.000 0.016 0.984
#> GSM282938 3 0.5678 0.5203 0.000 0.316 0.684
#> GSM282940 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 1 0.6935 0.3527 0.604 0.024 0.372
#> GSM282944 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.5244 0.6691 0.004 0.756 0.240
#> GSM282947 3 0.6126 0.3380 0.000 0.400 0.600
#> GSM282948 2 0.6505 0.0806 0.004 0.528 0.468
#> GSM282949 2 0.6295 0.0719 0.000 0.528 0.472
#> GSM282950 2 0.6489 0.1202 0.004 0.540 0.456
#> GSM282951 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 2 0.6267 0.1407 0.000 0.548 0.452
#> GSM282955 2 0.5138 0.6178 0.000 0.748 0.252
#> GSM282956 1 0.4654 0.7181 0.792 0.000 0.208
#> GSM282959 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 2 0.6280 0.1189 0.000 0.540 0.460
#> GSM282968 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283021 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283041 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283043 3 0.5621 0.5060 0.000 0.308 0.692
#> GSM282957 2 0.0237 0.8265 0.000 0.996 0.004
#> GSM282958 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0592 0.8230 0.000 0.988 0.012
#> GSM282978 2 0.5158 0.6730 0.004 0.764 0.232
#> GSM282987 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.4452 0.7105 0.000 0.808 0.192
#> GSM282989 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.2590 0.7936 0.004 0.924 0.072
#> GSM282991 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.6062 0.4597 0.000 0.616 0.384
#> GSM282993 2 0.1860 0.8007 0.000 0.948 0.052
#> GSM282994 2 0.0592 0.8240 0.000 0.988 0.012
#> GSM282995 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282931 3 0.5016 0.6469 0.000 0.240 0.760
#> GSM282939 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282983 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282985 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283000 3 0.0237 0.9075 0.000 0.004 0.996
#> GSM283001 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283002 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283003 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283004 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283005 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283006 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283007 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283008 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283009 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283010 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283011 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283022 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283034 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283051 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM282929 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282936 3 0.4605 0.7140 0.204 0.000 0.796
#> GSM282937 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM282942 2 0.6274 0.1271 0.000 0.544 0.456
#> GSM282945 3 0.5529 0.5318 0.000 0.296 0.704
#> GSM282954 3 0.6267 0.1848 0.000 0.452 0.548
#> GSM282961 2 0.4465 0.7217 0.004 0.820 0.176
#> GSM282964 3 0.5859 0.4616 0.000 0.344 0.656
#> GSM282965 2 0.6460 0.1782 0.004 0.556 0.440
#> GSM282967 3 0.6421 0.2737 0.004 0.424 0.572
#> GSM282969 3 0.5529 0.5623 0.000 0.296 0.704
#> GSM282970 3 0.5216 0.6177 0.000 0.260 0.740
#> GSM282972 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 2 0.4110 0.7454 0.004 0.844 0.152
#> GSM282975 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM282999 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283014 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283019 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283026 3 0.1964 0.8673 0.000 0.056 0.944
#> GSM283029 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283030 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283033 3 0.0237 0.9068 0.000 0.004 0.996
#> GSM283035 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 3 0.0424 0.9047 0.000 0.008 0.992
#> GSM283038 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283053 3 0.3686 0.7892 0.000 0.140 0.860
#> GSM283055 3 0.4555 0.7189 0.200 0.000 0.800
#> GSM283056 3 0.5882 0.4601 0.000 0.348 0.652
#> GSM282928 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282934 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM282976 2 0.0000 0.8279 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.5497 0.6198 0.000 0.708 0.292
#> GSM282998 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283018 3 0.0237 0.9075 0.000 0.004 0.996
#> GSM283025 3 0.0424 0.9045 0.000 0.008 0.992
#> GSM283028 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283037 3 0.4931 0.6551 0.000 0.232 0.768
#> GSM283040 3 0.6111 0.3418 0.396 0.000 0.604
#> GSM283042 3 0.4589 0.7531 0.172 0.008 0.820
#> GSM283045 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 3 0.8944 0.4335 0.204 0.228 0.568
#> GSM282980 3 0.1031 0.8968 0.024 0.000 0.976
#> GSM282982 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282984 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM282986 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM282997 1 0.0237 0.9634 0.996 0.000 0.004
#> GSM283012 1 0.0000 0.9629 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 3 0.0747 0.8993 0.000 0.016 0.984
#> GSM283031 3 0.0237 0.9083 0.004 0.000 0.996
#> GSM283039 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283044 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.4608 0.5838 0.000 0.692 0.304 0.004
#> GSM282856 2 0.4560 0.5898 0.000 0.700 0.296 0.004
#> GSM282857 2 0.2760 0.7589 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.4713 0.3415 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM282861 2 0.2610 0.7591 0.000 0.900 0.012 0.088
#> GSM282862 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282865 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282866 2 0.4978 0.4126 0.000 0.612 0.384 0.004
#> GSM282867 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282868 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282869 3 0.0188 0.8141 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282870 4 0.2988 0.7959 0.000 0.012 0.112 0.876
#> GSM282871 2 0.4372 0.6098 0.000 0.728 0.268 0.004
#> GSM282872 3 0.6235 0.2863 0.000 0.056 0.524 0.420
#> GSM282904 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.4888 0.4290 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM282913 3 0.6277 0.3445 0.000 0.360 0.572 0.068
#> GSM282915 2 0.5060 0.4277 0.000 0.584 0.412 0.004
#> GSM282921 3 0.4996 0.2177 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM282927 3 0.2081 0.7837 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM282873 3 0.1398 0.7968 0.000 0.040 0.956 0.004
#> GSM282874 2 0.4543 0.3720 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM282875 4 0.1940 0.8564 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM282905 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282914 1 0.4877 0.3669 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282876 3 0.3528 0.6118 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.1867 0.7826 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 2 0.4998 0.2602 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM282882 1 0.4277 0.6062 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM282883 2 0.2647 0.7634 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM282884 3 0.1302 0.7974 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM282885 2 0.1867 0.7826 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282886 2 0.3486 0.7249 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM282887 3 0.6089 0.2665 0.064 0.328 0.608 0.000
#> GSM282888 3 0.6468 0.3235 0.000 0.348 0.568 0.084
#> GSM282889 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.1474 0.7931 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM282902 4 0.4643 0.5047 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM282903 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282907 3 0.1867 0.7755 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.2760 0.7589 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM282920 3 0.2081 0.7837 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM282924 3 0.6463 0.5791 0.000 0.196 0.644 0.160
#> GSM282891 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.2081 0.7837 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM282893 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282894 3 0.3528 0.6318 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282897 3 0.0188 0.8148 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282899 3 0.2081 0.7837 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM282900 3 0.4925 0.3371 0.000 0.000 0.572 0.428
#> GSM282901 3 0.0188 0.8152 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282906 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.3311 0.7657 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282916 3 0.0188 0.8152 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282919 3 0.2944 0.7397 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM282923 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282917 3 0.4964 0.1682 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM282922 4 0.4790 0.2988 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM282926 3 0.6206 0.4066 0.000 0.280 0.632 0.088
#> GSM282925 4 0.4955 0.1337 0.000 0.000 0.444 0.556
#> GSM282935 4 0.1978 0.8621 0.000 0.068 0.004 0.928
#> GSM282938 4 0.1637 0.8647 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM282940 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.6379 0.0583 0.484 0.052 0.460 0.004
#> GSM282944 2 0.2714 0.7596 0.000 0.884 0.112 0.004
#> GSM282946 2 0.5165 0.2695 0.000 0.512 0.484 0.004
#> GSM282947 2 0.7231 0.3412 0.000 0.540 0.192 0.268
#> GSM282948 3 0.5165 -0.1134 0.000 0.484 0.512 0.004
#> GSM282949 2 0.5147 0.2112 0.000 0.536 0.460 0.004
#> GSM282950 3 0.5165 -0.1134 0.000 0.484 0.512 0.004
#> GSM282951 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282952 2 0.0376 0.7993 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM282953 2 0.4655 0.5151 0.000 0.684 0.312 0.004
#> GSM282955 2 0.6319 0.1828 0.000 0.504 0.436 0.060
#> GSM282956 1 0.5279 0.6517 0.716 0.000 0.232 0.052
#> GSM282959 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282966 4 0.3311 0.7683 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM282968 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282974 4 0.2760 0.8248 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM283016 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.6652 0.0802 0.000 0.396 0.516 0.088
#> GSM282957 4 0.3123 0.7953 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM282958 2 0.4713 0.2894 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM282960 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282971 4 0.2704 0.8287 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM283015 3 0.2704 0.7623 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM282962 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.2760 0.7589 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM282987 2 0.1022 0.7941 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282988 2 0.1940 0.7818 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.2760 0.7589 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.4817 0.3152 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM282993 4 0.3726 0.7221 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM282994 2 0.1940 0.7818 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282931 4 0.2266 0.8528 0.000 0.084 0.004 0.912
#> GSM282939 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0592 0.8129 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM282983 3 0.2530 0.7451 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM282985 3 0.7353 0.3302 0.000 0.196 0.516 0.288
#> GSM283000 3 0.4978 0.4597 0.000 0.324 0.664 0.012
#> GSM283001 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0188 0.8152 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283008 3 0.2081 0.7837 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM283009 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283010 3 0.4996 0.2177 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM283011 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283034 3 0.3674 0.7496 0.000 0.036 0.848 0.116
#> GSM283049 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.2760 0.8248 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM282933 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282936 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282937 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.5143 0.2187 0.000 0.540 0.456 0.004
#> GSM282945 2 0.7587 0.0800 0.000 0.412 0.392 0.196
#> GSM282954 3 0.7205 0.3095 0.000 0.344 0.504 0.152
#> GSM282961 2 0.3448 0.7402 0.000 0.828 0.168 0.004
#> GSM282964 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282965 2 0.5168 0.1722 0.000 0.500 0.496 0.004
#> GSM282967 3 0.1489 0.7945 0.000 0.044 0.952 0.004
#> GSM282969 4 0.0000 0.8909 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.8909 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 4 0.2921 0.8160 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM282973 2 0.5112 0.3790 0.000 0.560 0.436 0.004
#> GSM282975 2 0.0188 0.7991 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282996 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4998 0.2067 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM283014 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.2149 0.7821 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM283026 4 0.0000 0.8909 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283033 3 0.2011 0.7858 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM283035 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283036 4 0.4564 0.4383 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM283038 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283046 4 0.2149 0.8256 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM283050 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8909 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 3 0.2081 0.7837 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM283056 4 0.0000 0.8909 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282928 4 0.2760 0.8248 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM282930 2 0.0000 0.7995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.2921 0.7587 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM282976 2 0.1940 0.7818 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282979 2 0.4661 0.3659 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM282998 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283013 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0188 0.8151 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283018 3 0.5503 0.2205 0.000 0.016 0.516 0.468
#> GSM283025 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283028 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283032 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283037 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283040 3 0.5793 0.3614 0.360 0.000 0.600 0.040
#> GSM283042 3 0.0336 0.8128 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283045 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283048 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283052 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283054 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282980 3 0.0817 0.8071 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282997 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.8979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0188 0.8922 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283031 3 0.0000 0.8156 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283039 3 0.4500 0.5483 0.000 0.000 0.684 0.316
#> GSM283044 3 0.5163 0.2213 0.000 0.004 0.516 0.480
#> GSM283047 3 0.4996 0.2177 0.000 0.000 0.516 0.484
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 5 0.3215 0.83932 0.000 0.092 0.056 0.000 0.852
#> GSM282856 5 0.0404 0.85338 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282857 2 0.1732 0.86283 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM282858 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0162 0.88984 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282860 4 0.3636 0.66557 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM282861 5 0.3333 0.73857 0.000 0.208 0.004 0.000 0.788
#> GSM282862 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 5 0.4294 0.16708 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM282864 5 0.1732 0.85059 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM282865 5 0.1671 0.85212 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM282866 5 0.1571 0.85699 0.000 0.060 0.004 0.000 0.936
#> GSM282867 5 0.1792 0.84978 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM282868 5 0.1732 0.85059 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM282869 5 0.3274 0.66389 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM282870 5 0.5309 0.65547 0.000 0.000 0.164 0.160 0.676
#> GSM282871 5 0.1410 0.85691 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM282872 5 0.2763 0.77639 0.000 0.000 0.148 0.004 0.848
#> GSM282904 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3865 0.75575 0.000 0.808 0.092 0.000 0.100
#> GSM282913 3 0.4804 0.45181 0.000 0.364 0.612 0.008 0.016
#> GSM282915 5 0.2408 0.79452 0.000 0.016 0.092 0.000 0.892
#> GSM282921 3 0.3895 0.55467 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM282927 3 0.1768 0.86192 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM282873 5 0.1478 0.81516 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM282874 2 0.4029 0.42852 0.000 0.680 0.000 0.004 0.316
#> GSM282875 4 0.1943 0.86906 0.000 0.056 0.000 0.924 0.020
#> GSM282905 4 0.1357 0.87468 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM282914 1 0.5096 0.55586 0.656 0.000 0.272 0.000 0.072
#> GSM282918 3 0.1671 0.86127 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282876 2 0.5876 0.23488 0.000 0.512 0.384 0.000 0.104
#> GSM282877 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282878 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 2 0.4967 0.63443 0.000 0.704 0.192 0.000 0.104
#> GSM282882 1 0.2588 0.83335 0.892 0.000 0.060 0.000 0.048
#> GSM282883 2 0.1671 0.86575 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM282884 3 0.2983 0.84125 0.056 0.000 0.868 0.000 0.076
#> GSM282885 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282886 2 0.2448 0.84438 0.000 0.892 0.020 0.000 0.088
#> GSM282887 2 0.7013 0.48346 0.128 0.580 0.188 0.000 0.104
#> GSM282888 2 0.3861 0.76513 0.000 0.816 0.092 0.004 0.088
#> GSM282889 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.3915 0.80556 0.096 0.000 0.812 0.004 0.088
#> GSM282902 4 0.5505 0.64426 0.000 0.220 0.012 0.668 0.100
#> GSM282903 3 0.1671 0.86127 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282907 3 0.3123 0.78810 0.000 0.004 0.812 0.000 0.184
#> GSM282909 3 0.1671 0.86127 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282912 2 0.2280 0.83989 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM282920 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282924 3 0.4118 0.52263 0.000 0.004 0.660 0.000 0.336
#> GSM282891 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282893 3 0.1671 0.86127 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282894 3 0.4877 0.59242 0.236 0.000 0.692 0.000 0.072
#> GSM282895 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.1671 0.86234 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282897 3 0.0671 0.86336 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM282898 3 0.2074 0.84757 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM282899 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282900 3 0.2732 0.76683 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0404 0.86760 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282908 1 0.3488 0.76404 0.808 0.000 0.168 0.000 0.024
#> GSM282911 3 0.2074 0.84757 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM282916 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.2179 0.81152 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM282923 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282917 5 0.0324 0.84871 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM282922 4 0.4734 0.34221 0.000 0.000 0.372 0.604 0.024
#> GSM282926 5 0.4182 0.44493 0.000 0.000 0.352 0.004 0.644
#> GSM282925 4 0.5500 0.29487 0.000 0.000 0.376 0.552 0.072
#> GSM282935 4 0.1943 0.87056 0.000 0.056 0.020 0.924 0.000
#> GSM282938 4 0.1671 0.86779 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.4900 0.14540 0.564 0.000 0.412 0.004 0.020
#> GSM282944 5 0.2824 0.84180 0.000 0.096 0.032 0.000 0.872
#> GSM282946 5 0.6816 -0.00189 0.000 0.324 0.316 0.000 0.360
#> GSM282947 5 0.2110 0.83217 0.000 0.016 0.072 0.000 0.912
#> GSM282948 5 0.0404 0.85338 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282949 5 0.1981 0.85332 0.000 0.064 0.016 0.000 0.920
#> GSM282950 5 0.0404 0.85338 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282951 5 0.1732 0.85059 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM282952 5 0.1671 0.85212 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM282953 5 0.1914 0.85436 0.000 0.060 0.016 0.000 0.924
#> GSM282955 5 0.0404 0.85338 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282956 1 0.4298 0.71834 0.756 0.000 0.184 0.000 0.060
#> GSM282959 2 0.4182 0.24722 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM282966 5 0.2361 0.81715 0.000 0.012 0.000 0.096 0.892
#> GSM282968 5 0.2127 0.83928 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM282974 4 0.2654 0.83396 0.000 0.032 0.000 0.884 0.084
#> GSM283016 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.1608 0.86218 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM283041 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.1731 0.82302 0.000 0.004 0.060 0.004 0.932
#> GSM282957 4 0.3196 0.77141 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM282958 5 0.4201 0.41333 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM282960 2 0.4235 0.16681 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM282971 4 0.2773 0.83750 0.000 0.112 0.000 0.868 0.020
#> GSM283015 3 0.0290 0.86577 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282977 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282978 2 0.1732 0.86283 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM282987 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282988 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282989 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282990 2 0.1732 0.86283 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM282991 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282993 4 0.3586 0.65183 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM282994 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282995 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.1608 0.86218 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM282931 4 0.0794 0.88801 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0771 0.86169 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM282983 3 0.3321 0.78262 0.000 0.032 0.832 0.000 0.136
#> GSM282985 3 0.4898 0.60306 0.000 0.068 0.684 0.248 0.000
#> GSM283000 3 0.3838 0.59887 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> GSM283001 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.1792 0.86249 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM283005 3 0.1608 0.86218 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM283006 3 0.1341 0.86548 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM283007 3 0.2648 0.78403 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM283008 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283009 3 0.1671 0.86127 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM283010 3 0.4269 0.57277 0.000 0.000 0.684 0.300 0.016
#> GSM283011 3 0.1608 0.86218 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM283022 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283034 3 0.2966 0.74583 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM283049 3 0.0510 0.86345 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM283051 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.0794 0.88801 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM282933 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.2769 0.84740 0.000 0.092 0.032 0.000 0.876
#> GSM282945 5 0.1281 0.84987 0.000 0.012 0.000 0.032 0.956
#> GSM282954 5 0.1942 0.83558 0.000 0.012 0.068 0.000 0.920
#> GSM282961 5 0.1043 0.85511 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM282964 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 5 0.0404 0.85338 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282967 5 0.0162 0.84777 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282969 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282972 4 0.4016 0.77082 0.000 0.092 0.000 0.796 0.112
#> GSM282973 5 0.2068 0.79536 0.000 0.004 0.092 0.000 0.904
#> GSM282975 5 0.4262 0.34698 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM282996 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.3857 0.61845 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.1197 0.87496 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283033 3 0.4029 0.56144 0.000 0.000 0.680 0.004 0.316
#> GSM283035 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 4 0.5766 0.52058 0.000 0.000 0.220 0.616 0.164
#> GSM283038 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 4 0.3766 0.64811 0.000 0.000 0.268 0.728 0.004
#> GSM283050 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 3 0.1831 0.86074 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM283056 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 4 0.1732 0.86536 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.1965 0.85880 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM282934 1 0.2561 0.77656 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> GSM282976 2 0.0794 0.89040 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282979 2 0.0000 0.89158 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.86650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.4339 0.57626 0.000 0.000 0.684 0.296 0.020
#> GSM283025 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 3 0.2011 0.85607 0.000 0.000 0.908 0.004 0.088
#> GSM283037 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 3 0.4299 0.44095 0.388 0.000 0.608 0.004 0.000
#> GSM283042 3 0.2179 0.84914 0.000 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM283045 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 4 0.1197 0.87496 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 3 0.0609 0.86290 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.1608 0.86218 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM282984 3 0.1608 0.86218 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM282986 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.91769 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.89684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.0880 0.86747 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM283039 3 0.1732 0.82734 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM283044 3 0.3876 0.55926 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM283047 3 0.4029 0.55824 0.000 0.000 0.680 0.316 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 5 0.3592 0.6700 0.000 0.020 0.240 0.000 0.740 0.000
#> GSM282856 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282857 2 0.0458 0.8892 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0146 0.8921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282860 4 0.2730 0.6322 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM282861 5 0.2553 0.7352 0.000 0.144 0.008 0.000 0.848 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 5 0.3765 0.2536 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> GSM282864 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282865 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282866 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282867 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282868 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282869 5 0.3684 0.5205 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM282870 5 0.4822 0.5961 0.000 0.000 0.024 0.100 0.708 0.168
#> GSM282871 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282872 5 0.3953 0.5967 0.000 0.000 0.060 0.000 0.744 0.196
#> GSM282904 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3795 0.4037 0.000 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> GSM282913 3 0.5278 0.6667 0.000 0.172 0.632 0.008 0.000 0.188
#> GSM282915 5 0.3659 0.5301 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM282921 3 0.4538 0.7576 0.000 0.000 0.612 0.048 0.000 0.340
#> GSM282927 3 0.0260 0.7132 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM282873 6 0.4950 0.5210 0.000 0.000 0.164 0.000 0.184 0.652
#> GSM282874 6 0.3867 0.5366 0.000 0.328 0.000 0.000 0.012 0.660
#> GSM282875 6 0.3867 0.6298 0.000 0.000 0.000 0.328 0.012 0.660
#> GSM282905 6 0.3867 0.6298 0.000 0.000 0.000 0.328 0.012 0.660
#> GSM282914 1 0.3695 0.4388 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282876 3 0.4039 -0.1068 0.000 0.424 0.568 0.000 0.008 0.000
#> GSM282877 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 2 0.3934 0.3860 0.000 0.616 0.376 0.000 0.008 0.000
#> GSM282882 1 0.2527 0.7159 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282884 3 0.0363 0.7108 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282886 2 0.1970 0.7915 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008 0.000
#> GSM282887 2 0.4161 0.3821 0.008 0.612 0.372 0.000 0.008 0.000
#> GSM282888 2 0.3575 0.5156 0.000 0.708 0.284 0.008 0.000 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.0767 0.7032 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000 0.000
#> GSM282902 4 0.6002 0.3918 0.000 0.148 0.004 0.632 0.104 0.112
#> GSM282903 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.3190 0.7689 0.000 0.000 0.772 0.000 0.008 0.220
#> GSM282909 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.1075 0.8567 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM282920 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282924 3 0.4835 0.7396 0.000 0.000 0.592 0.000 0.072 0.336
#> GSM282891 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.3531 0.7838 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM282893 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282894 3 0.3050 0.4030 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282896 3 0.1010 0.7277 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM282897 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282898 3 0.0260 0.7122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282899 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282900 3 0.4292 0.7682 0.000 0.000 0.628 0.032 0.000 0.340
#> GSM282901 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282906 3 0.3446 0.7832 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM282908 1 0.2454 0.7266 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0260 0.7122 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282916 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282919 3 0.4153 0.7701 0.000 0.000 0.636 0.000 0.024 0.340
#> GSM282923 3 0.3515 0.7840 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM282917 5 0.0363 0.8463 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282922 3 0.5498 0.1891 0.000 0.000 0.488 0.380 0.000 0.132
#> GSM282926 5 0.3984 0.4812 0.000 0.000 0.396 0.008 0.596 0.000
#> GSM282925 4 0.3838 0.2144 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM282935 4 0.3043 0.6933 0.000 0.008 0.020 0.832 0.000 0.140
#> GSM282938 4 0.0806 0.8769 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.4072 0.0808 0.544 0.000 0.448 0.008 0.000 0.000
#> GSM282944 5 0.2896 0.7453 0.000 0.016 0.160 0.000 0.824 0.000
#> GSM282946 3 0.6084 -0.2943 0.000 0.344 0.380 0.000 0.276 0.000
#> GSM282947 5 0.0777 0.8364 0.000 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM282948 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282949 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282950 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282951 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282952 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282953 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282955 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282956 1 0.3126 0.6163 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.3756 0.2479 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM282966 5 0.1074 0.8346 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000
#> GSM282968 5 0.0547 0.8478 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM282974 4 0.1866 0.7935 0.000 0.008 0.000 0.908 0.084 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.3103 0.7014 0.000 0.000 0.208 0.008 0.784 0.000
#> GSM282957 6 0.5057 0.7043 0.000 0.116 0.000 0.212 0.012 0.660
#> GSM282958 6 0.3867 0.5366 0.000 0.328 0.000 0.000 0.012 0.660
#> GSM282960 2 0.3804 0.1719 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM282971 6 0.4546 0.6748 0.000 0.040 0.000 0.288 0.012 0.660
#> GSM283015 3 0.3819 0.7811 0.000 0.000 0.652 0.008 0.000 0.340
#> GSM282962 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282977 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282978 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282987 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282988 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282989 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282990 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282993 4 0.3076 0.5372 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.0260 0.8903 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM282983 3 0.3714 0.7812 0.000 0.000 0.656 0.000 0.004 0.340
#> GSM282985 3 0.4556 0.7624 0.000 0.012 0.620 0.028 0.000 0.340
#> GSM283000 3 0.4357 0.7620 0.000 0.036 0.624 0.000 0.000 0.340
#> GSM283001 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283003 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283004 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.1556 0.7391 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM283007 3 0.3819 0.7800 0.000 0.000 0.652 0.000 0.008 0.340
#> GSM283008 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283009 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283010 3 0.4420 0.7605 0.000 0.000 0.620 0.040 0.000 0.340
#> GSM283011 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283034 3 0.4292 0.7654 0.000 0.000 0.628 0.000 0.032 0.340
#> GSM283049 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283051 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.0260 0.8903 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM282933 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.3088 0.7345 0.000 0.020 0.172 0.000 0.808 0.000
#> GSM282945 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282954 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282961 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282964 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282965 5 0.0363 0.8535 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM282967 5 0.0363 0.8463 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282969 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282972 4 0.2740 0.7205 0.000 0.028 0.000 0.852 0.120 0.000
#> GSM282973 5 0.3659 0.5301 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM282975 5 0.3797 0.3319 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4057 0.4287 0.000 0.000 0.600 0.388 0.000 0.012
#> GSM283014 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283026 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.0547 0.8770 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM283033 3 0.5699 0.6279 0.000 0.000 0.564 0.008 0.224 0.204
#> GSM283035 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283036 4 0.4582 0.3109 0.000 0.000 0.356 0.604 0.008 0.032
#> GSM283038 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283046 4 0.2308 0.7876 0.000 0.000 0.068 0.892 0.000 0.040
#> GSM283050 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283055 3 0.0260 0.7132 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282928 4 0.0260 0.8903 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.2260 0.7210 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0260 0.8953 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.8950 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.3578 0.7822 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM283018 3 0.4532 0.7625 0.000 0.000 0.620 0.032 0.008 0.340
#> GSM283025 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283032 3 0.0291 0.7131 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM283037 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283040 3 0.3984 0.4305 0.396 0.000 0.596 0.008 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.0260 0.7132 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0547 0.8770 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282980 3 0.3175 0.7775 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM282982 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.7171 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.8886 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283031 3 0.3151 0.7762 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM283039 3 0.3912 0.7769 0.000 0.000 0.648 0.012 0.000 0.340
#> GSM283044 3 0.4420 0.7605 0.000 0.000 0.620 0.040 0.000 0.340
#> GSM283047 3 0.4538 0.7576 0.000 0.000 0.612 0.048 0.000 0.340
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:pam 186 0.700068 2.56e-01 9.48e-06 2
#> SD:pam 181 0.158192 2.03e-04 8.86e-07 3
#> SD:pam 160 0.000534 4.51e-08 3.34e-10 4
#> SD:pam 187 0.004516 3.31e-07 5.99e-25 5
#> SD:pam 183 0.001004 4.11e-09 1.76e-47 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.404 0.714 0.834 0.4406 0.502 0.502
#> 3 3 0.464 0.717 0.858 0.3338 0.858 0.738
#> 4 4 0.586 0.682 0.845 0.1288 0.893 0.763
#> 5 5 0.544 0.607 0.771 0.0523 0.974 0.931
#> 6 6 0.539 0.451 0.717 0.0745 0.928 0.803
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282856 2 0.9460 0.00113 0.364 0.636
#> GSM282857 2 0.9866 -0.29848 0.432 0.568
#> GSM282858 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282859 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282860 1 0.9000 0.73062 0.684 0.316
#> GSM282861 1 0.9044 0.73130 0.680 0.320
#> GSM282862 1 0.9635 0.73343 0.612 0.388
#> GSM282863 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282864 2 0.2778 0.83789 0.048 0.952
#> GSM282865 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282866 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282867 1 0.9944 0.60976 0.544 0.456
#> GSM282868 2 0.7299 0.57478 0.204 0.796
#> GSM282869 2 0.8327 0.58448 0.264 0.736
#> GSM282870 2 0.8608 0.55644 0.284 0.716
#> GSM282871 2 0.0938 0.86608 0.012 0.988
#> GSM282872 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282910 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282913 1 0.9686 0.72943 0.604 0.396
#> GSM282915 2 0.9710 -0.21003 0.400 0.600
#> GSM282921 2 0.0376 0.87216 0.004 0.996
#> GSM282927 2 0.9710 -0.21003 0.400 0.600
#> GSM282873 2 0.9998 0.21079 0.492 0.508
#> GSM282874 1 0.4939 0.68657 0.892 0.108
#> GSM282875 1 0.4939 0.68657 0.892 0.108
#> GSM282905 2 0.9580 0.41287 0.380 0.620
#> GSM282914 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282918 2 0.9358 0.46603 0.352 0.648
#> GSM282876 1 0.9087 0.73330 0.676 0.324
#> GSM282877 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282878 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282879 1 0.9552 0.73735 0.624 0.376
#> GSM282880 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282881 1 0.9044 0.73268 0.680 0.320
#> GSM282882 1 0.1414 0.65769 0.980 0.020
#> GSM282883 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282884 1 0.1414 0.65769 0.980 0.020
#> GSM282885 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282886 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM282887 1 0.3274 0.67325 0.940 0.060
#> GSM282888 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM282889 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282890 1 0.7056 0.70853 0.808 0.192
#> GSM282902 2 0.7674 0.48717 0.224 0.776
#> GSM282903 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282907 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.9209 0.08134 0.336 0.664
#> GSM282912 2 0.0938 0.86608 0.012 0.988
#> GSM282920 2 0.4022 0.81230 0.080 0.920
#> GSM282924 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282892 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM282893 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.9686 0.05599 0.604 0.396
#> GSM282895 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282897 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282899 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282900 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282901 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282906 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.8081 0.40130 0.752 0.248
#> GSM282911 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282916 2 0.0376 0.87180 0.004 0.996
#> GSM282919 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282917 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282922 1 0.9983 0.44853 0.524 0.476
#> GSM282926 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282925 2 0.9866 -0.33012 0.432 0.568
#> GSM282935 2 0.0938 0.86590 0.012 0.988
#> GSM282938 2 0.1633 0.85501 0.024 0.976
#> GSM282940 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282941 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282943 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282944 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282946 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM282947 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282948 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282949 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282950 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282951 2 0.2948 0.83358 0.052 0.948
#> GSM282952 2 0.2423 0.84610 0.040 0.960
#> GSM282953 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282955 2 0.0938 0.86608 0.012 0.988
#> GSM282956 1 0.9922 -0.10239 0.552 0.448
#> GSM282959 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282966 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.3114 0.82890 0.056 0.944
#> GSM282974 1 0.9286 0.73338 0.656 0.344
#> GSM283016 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283021 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283024 2 0.9358 0.46670 0.352 0.648
#> GSM283041 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283043 2 0.8555 0.31157 0.280 0.720
#> GSM282957 1 0.4939 0.68657 0.892 0.108
#> GSM282958 1 0.4939 0.68657 0.892 0.108
#> GSM282960 1 0.9977 0.57092 0.528 0.472
#> GSM282971 1 0.4939 0.68657 0.892 0.108
#> GSM283015 2 0.9358 0.46603 0.352 0.648
#> GSM282962 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282963 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282977 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282978 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM282987 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282988 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282989 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282990 1 0.9661 0.73159 0.608 0.392
#> GSM282991 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282992 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282993 1 0.9000 0.73062 0.684 0.316
#> GSM282994 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282995 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM283020 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283023 2 0.9522 0.43784 0.372 0.628
#> GSM282931 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282939 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282981 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282983 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283002 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283004 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM283005 2 0.5842 0.75220 0.140 0.860
#> GSM283006 2 0.6247 0.73332 0.156 0.844
#> GSM283007 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283008 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283009 2 0.2236 0.84285 0.036 0.964
#> GSM283010 2 0.5178 0.77613 0.116 0.884
#> GSM283011 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283022 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283034 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283049 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282929 1 0.9000 0.73062 0.684 0.316
#> GSM282933 2 0.4022 0.81230 0.080 0.920
#> GSM282936 1 0.5178 0.68839 0.884 0.116
#> GSM282937 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282942 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282945 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.1184 0.86293 0.016 0.984
#> GSM282961 2 0.7056 0.58243 0.192 0.808
#> GSM282964 1 0.8861 0.73024 0.696 0.304
#> GSM282965 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282969 2 0.9460 0.44286 0.364 0.636
#> GSM282970 2 0.8661 0.55069 0.288 0.712
#> GSM282972 1 0.6048 0.69650 0.852 0.148
#> GSM282973 1 0.9710 0.72708 0.600 0.400
#> GSM282975 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282996 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM282999 2 0.2236 0.84952 0.036 0.964
#> GSM283014 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283019 2 0.4161 0.80825 0.084 0.916
#> GSM283026 2 0.0938 0.86592 0.012 0.988
#> GSM283029 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283030 2 0.3584 0.82338 0.068 0.932
#> GSM283033 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283035 2 0.4022 0.81230 0.080 0.920
#> GSM283036 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283046 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283053 2 0.0672 0.86986 0.008 0.992
#> GSM283055 1 0.9460 0.73376 0.636 0.364
#> GSM283056 2 0.4022 0.81230 0.080 0.920
#> GSM282928 1 0.9286 0.73338 0.656 0.344
#> GSM282930 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282932 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.7674 0.44220 0.776 0.224
#> GSM282976 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282979 1 0.9608 0.73532 0.616 0.384
#> GSM282998 2 0.4161 0.80825 0.084 0.916
#> GSM283013 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283017 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283018 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.4161 0.80825 0.084 0.916
#> GSM283028 2 0.3733 0.81954 0.072 0.928
#> GSM283032 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.3879 0.81606 0.076 0.924
#> GSM283040 1 0.2423 0.66528 0.960 0.040
#> GSM283042 2 0.9896 -0.35771 0.440 0.560
#> GSM283045 2 0.4161 0.80825 0.084 0.916
#> GSM283048 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283052 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283054 1 0.8955 0.73067 0.688 0.312
#> GSM282980 1 0.9286 0.70887 0.656 0.344
#> GSM282982 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282984 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM282986 2 0.8608 0.55611 0.284 0.716
#> GSM282997 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283012 1 0.1184 0.65587 0.984 0.016
#> GSM283027 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283039 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.87421 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282856 3 0.5859 0.5626 0.000 0.344 0.656
#> GSM282857 3 0.6280 0.3110 0.000 0.460 0.540
#> GSM282858 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282859 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282860 2 0.2301 0.8073 0.060 0.936 0.004
#> GSM282861 2 0.2063 0.8277 0.044 0.948 0.008
#> GSM282862 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282863 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282864 3 0.6111 0.4387 0.000 0.396 0.604
#> GSM282865 3 0.6079 0.4502 0.000 0.388 0.612
#> GSM282866 3 0.5988 0.4894 0.000 0.368 0.632
#> GSM282867 2 0.6140 0.1037 0.000 0.596 0.404
#> GSM282868 3 0.6235 0.3644 0.000 0.436 0.564
#> GSM282869 3 0.5138 0.6333 0.252 0.000 0.748
#> GSM282870 3 0.5517 0.6131 0.268 0.004 0.728
#> GSM282871 3 0.6079 0.4502 0.000 0.388 0.612
#> GSM282872 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM282910 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282913 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282915 3 0.3816 0.7361 0.000 0.148 0.852
#> GSM282921 3 0.1860 0.8043 0.000 0.052 0.948
#> GSM282927 3 0.3752 0.7390 0.000 0.144 0.856
#> GSM282873 3 0.8817 0.3907 0.272 0.160 0.568
#> GSM282874 2 0.5291 0.4845 0.268 0.732 0.000
#> GSM282875 2 0.5291 0.4845 0.268 0.732 0.000
#> GSM282905 3 0.9062 0.2779 0.412 0.136 0.452
#> GSM282914 1 0.7372 0.7317 0.704 0.128 0.168
#> GSM282918 3 0.5754 0.5692 0.296 0.004 0.700
#> GSM282876 2 0.9083 0.1650 0.256 0.548 0.196
#> GSM282877 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282878 2 0.0983 0.8551 0.004 0.980 0.016
#> GSM282879 2 0.0661 0.8591 0.004 0.988 0.008
#> GSM282880 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282881 2 0.9284 0.0514 0.296 0.512 0.192
#> GSM282882 1 0.6561 0.8142 0.756 0.144 0.100
#> GSM282883 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282884 1 0.6087 0.8355 0.780 0.144 0.076
#> GSM282885 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282886 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282887 1 0.6705 0.8064 0.748 0.144 0.108
#> GSM282888 2 0.5158 0.5460 0.004 0.764 0.232
#> GSM282889 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282890 1 0.8030 0.6890 0.652 0.144 0.204
#> GSM282902 3 0.6302 0.2843 0.000 0.480 0.520
#> GSM282903 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.3686 0.7427 0.000 0.140 0.860
#> GSM282912 3 0.5327 0.6307 0.000 0.272 0.728
#> GSM282920 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM282924 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM282892 3 0.7607 0.3148 0.052 0.364 0.584
#> GSM282893 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 3 0.6291 0.1449 0.468 0.000 0.532
#> GSM282895 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM282900 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM282901 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.5785 0.5389 0.696 0.004 0.300
#> GSM282911 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.2066 0.8002 0.000 0.060 0.940
#> GSM282919 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282917 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.4228 0.7314 0.008 0.148 0.844
#> GSM282926 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM282925 3 0.4937 0.7119 0.028 0.148 0.824
#> GSM282935 3 0.5098 0.6787 0.000 0.248 0.752
#> GSM282938 3 0.3752 0.7390 0.000 0.144 0.856
#> GSM282940 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282941 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282943 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM282944 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282946 2 0.1170 0.8529 0.008 0.976 0.016
#> GSM282947 3 0.5905 0.5181 0.000 0.352 0.648
#> GSM282948 3 0.5216 0.6512 0.000 0.260 0.740
#> GSM282949 3 0.5968 0.4969 0.000 0.364 0.636
#> GSM282950 3 0.5397 0.6268 0.000 0.280 0.720
#> GSM282951 3 0.6079 0.4502 0.000 0.388 0.612
#> GSM282952 3 0.6079 0.4502 0.000 0.388 0.612
#> GSM282953 3 0.4931 0.6789 0.000 0.232 0.768
#> GSM282955 3 0.5905 0.5183 0.000 0.352 0.648
#> GSM282956 3 0.6521 0.1008 0.492 0.004 0.504
#> GSM282959 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282966 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM282968 3 0.6079 0.4502 0.000 0.388 0.612
#> GSM282974 2 0.4291 0.6290 0.000 0.820 0.180
#> GSM283016 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283021 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283024 3 0.4887 0.6594 0.228 0.000 0.772
#> GSM283041 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283043 3 0.3752 0.7390 0.000 0.144 0.856
#> GSM282957 2 0.5291 0.4845 0.268 0.732 0.000
#> GSM282958 2 0.5291 0.4845 0.268 0.732 0.000
#> GSM282960 2 0.6204 0.0197 0.000 0.576 0.424
#> GSM282971 2 0.5291 0.4845 0.268 0.732 0.000
#> GSM283015 3 0.6209 0.4506 0.368 0.004 0.628
#> GSM282962 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282963 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282977 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282978 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282987 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282988 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282989 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282990 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282991 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282992 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282993 2 0.2774 0.7938 0.072 0.920 0.008
#> GSM282994 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282995 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM283020 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283023 3 0.5621 0.5512 0.308 0.000 0.692
#> GSM282931 3 0.3918 0.7667 0.140 0.004 0.856
#> GSM282939 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282981 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283000 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283001 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.4887 0.6898 0.000 0.228 0.772
#> GSM283005 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283006 3 0.0237 0.8210 0.004 0.000 0.996
#> GSM283007 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283009 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283010 3 0.4521 0.7122 0.180 0.004 0.816
#> GSM283011 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283034 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.6171 0.8258 0.776 0.144 0.080
#> GSM282929 2 0.2774 0.7975 0.072 0.920 0.008
#> GSM282933 3 0.4700 0.7466 0.180 0.008 0.812
#> GSM282936 1 0.9267 0.5407 0.528 0.224 0.248
#> GSM282937 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM282942 2 0.0892 0.8527 0.000 0.980 0.020
#> GSM282945 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM282954 3 0.5016 0.6722 0.000 0.240 0.760
#> GSM282961 3 0.6267 0.3564 0.000 0.452 0.548
#> GSM282964 2 0.9110 0.1423 0.196 0.544 0.260
#> GSM282965 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282967 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 3 0.7129 0.4834 0.392 0.028 0.580
#> GSM282970 3 0.6498 0.5148 0.396 0.008 0.596
#> GSM282972 2 0.4575 0.6437 0.184 0.812 0.004
#> GSM282973 2 0.5948 0.2578 0.000 0.640 0.360
#> GSM282975 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282996 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM282999 3 0.3752 0.7390 0.000 0.144 0.856
#> GSM283014 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283019 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283026 3 0.3752 0.7390 0.000 0.144 0.856
#> GSM283029 1 0.5536 0.8501 0.804 0.144 0.052
#> GSM283030 3 0.3851 0.7690 0.136 0.004 0.860
#> GSM283033 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283035 3 0.4164 0.7618 0.144 0.008 0.848
#> GSM283036 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283038 3 0.3918 0.7667 0.140 0.004 0.856
#> GSM283046 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283050 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283053 3 0.4099 0.7642 0.140 0.008 0.852
#> GSM283055 3 0.8955 0.0516 0.332 0.144 0.524
#> GSM283056 3 0.4164 0.7618 0.144 0.008 0.848
#> GSM282928 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282930 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282932 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.4228 0.6793 0.844 0.008 0.148
#> GSM282976 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282979 2 0.0424 0.8628 0.000 0.992 0.008
#> GSM282998 3 0.5012 0.7313 0.204 0.008 0.788
#> GSM283013 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 3 0.5061 0.7285 0.208 0.008 0.784
#> GSM283028 3 0.4164 0.7618 0.144 0.008 0.848
#> GSM283032 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283037 3 0.4164 0.7618 0.144 0.008 0.848
#> GSM283040 1 0.8230 0.6704 0.632 0.144 0.224
#> GSM283042 3 0.8504 0.3588 0.172 0.216 0.612
#> GSM283045 3 0.4228 0.7605 0.148 0.008 0.844
#> GSM283048 3 0.0237 0.8228 0.000 0.004 0.996
#> GSM283052 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 2 0.9850 -0.1513 0.264 0.412 0.324
#> GSM282980 3 0.3918 0.7383 0.004 0.140 0.856
#> GSM282982 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM282986 3 0.6129 0.6189 0.324 0.008 0.668
#> GSM282997 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283012 1 0.3752 0.8816 0.856 0.144 0.000
#> GSM283027 3 0.3851 0.7690 0.136 0.004 0.860
#> GSM283031 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283044 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 3 0.0000 0.8231 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282856 3 0.5386 0.5168 0.000 0.344 0.632 0.024
#> GSM282857 3 0.5444 0.4131 0.000 0.424 0.560 0.016
#> GSM282858 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282859 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282860 2 0.2805 0.8095 0.000 0.888 0.012 0.100
#> GSM282861 2 0.2246 0.8480 0.004 0.928 0.016 0.052
#> GSM282862 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282863 2 0.1182 0.8700 0.000 0.968 0.016 0.016
#> GSM282864 3 0.5638 0.4555 0.000 0.388 0.584 0.028
#> GSM282865 3 0.5523 0.4688 0.000 0.380 0.596 0.024
#> GSM282866 3 0.5284 0.4868 0.000 0.368 0.616 0.016
#> GSM282867 2 0.4307 0.6226 0.000 0.784 0.192 0.024
#> GSM282868 2 0.5750 -0.0876 0.000 0.532 0.440 0.028
#> GSM282869 3 0.6034 0.5396 0.252 0.024 0.680 0.044
#> GSM282870 3 0.7386 0.4709 0.196 0.036 0.616 0.152
#> GSM282871 3 0.5428 0.4694 0.000 0.380 0.600 0.020
#> GSM282872 3 0.0000 0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.8176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282913 2 0.0779 0.8792 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM282915 3 0.2142 0.7527 0.000 0.056 0.928 0.016
#> GSM282921 3 0.1867 0.7532 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM282927 3 0.1118 0.7654 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282873 3 0.8106 0.3333 0.240 0.080 0.560 0.120
#> GSM282874 2 0.6429 0.4816 0.192 0.648 0.000 0.160
#> GSM282875 2 0.6388 0.4860 0.192 0.652 0.000 0.156
#> GSM282905 4 0.7628 0.5525 0.192 0.060 0.136 0.612
#> GSM282914 1 0.3238 0.7744 0.880 0.008 0.020 0.092
#> GSM282918 3 0.6753 0.4461 0.272 0.016 0.620 0.092
#> GSM282876 1 0.7787 0.1738 0.472 0.396 0.060 0.072
#> GSM282877 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282878 2 0.0779 0.8800 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM282879 2 0.0779 0.8800 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM282880 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282881 1 0.6830 0.4886 0.656 0.224 0.048 0.072
#> GSM282882 1 0.1452 0.7979 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM282883 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282884 1 0.1256 0.8044 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM282885 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282886 2 0.2300 0.8383 0.000 0.920 0.016 0.064
#> GSM282887 1 0.2844 0.7676 0.900 0.000 0.048 0.052
#> GSM282888 2 0.5326 0.6026 0.004 0.736 0.200 0.060
#> GSM282889 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282890 1 0.2706 0.7518 0.900 0.000 0.080 0.020
#> GSM282902 2 0.6494 0.2389 0.000 0.572 0.340 0.088
#> GSM282903 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282907 3 0.1004 0.7684 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM282909 3 0.1004 0.7696 0.000 0.004 0.972 0.024
#> GSM282912 3 0.4814 0.5483 0.000 0.316 0.676 0.008
#> GSM282920 3 0.1118 0.7654 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282924 3 0.0336 0.7704 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282891 1 0.1389 0.8096 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM282892 3 0.7330 0.0845 0.200 0.244 0.552 0.004
#> GSM282893 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282894 1 0.6595 0.0144 0.492 0.000 0.428 0.080
#> GSM282895 3 0.0188 0.7705 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282896 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282897 3 0.0000 0.7704 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0657 0.7694 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM282899 3 0.1022 0.7664 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM282900 3 0.1118 0.7654 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282901 3 0.0592 0.7692 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM282906 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282908 1 0.5346 0.4949 0.732 0.000 0.192 0.076
#> GSM282911 3 0.1174 0.7669 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM282916 3 0.1118 0.7654 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282919 3 0.0336 0.7698 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282923 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282917 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282922 3 0.4466 0.5699 0.180 0.000 0.784 0.036
#> GSM282926 3 0.0921 0.7676 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM282925 3 0.5062 0.5106 0.212 0.016 0.748 0.024
#> GSM282935 3 0.6637 0.5063 0.000 0.240 0.616 0.144
#> GSM282938 3 0.4485 0.6096 0.000 0.012 0.740 0.248
#> GSM282940 2 0.0779 0.8800 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM282941 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282943 1 0.0779 0.8168 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM282944 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282946 2 0.4214 0.6782 0.204 0.780 0.016 0.000
#> GSM282947 3 0.5386 0.4849 0.000 0.368 0.612 0.020
#> GSM282948 3 0.4908 0.5736 0.000 0.292 0.692 0.016
#> GSM282949 3 0.5055 0.4877 0.000 0.368 0.624 0.008
#> GSM282950 3 0.4868 0.5641 0.000 0.304 0.684 0.012
#> GSM282951 3 0.5660 0.4441 0.000 0.396 0.576 0.028
#> GSM282952 3 0.5613 0.4667 0.000 0.380 0.592 0.028
#> GSM282953 3 0.4673 0.5731 0.000 0.292 0.700 0.008
#> GSM282955 3 0.5452 0.4947 0.000 0.360 0.616 0.024
#> GSM282956 1 0.6306 0.1020 0.544 0.000 0.392 0.064
#> GSM282959 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282966 3 0.6157 0.5424 0.000 0.108 0.660 0.232
#> GSM282968 3 0.5671 0.4381 0.000 0.400 0.572 0.028
#> GSM282974 2 0.4513 0.7338 0.004 0.796 0.040 0.160
#> GSM283016 1 0.0188 0.8185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283021 1 0.0188 0.8185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283024 3 0.5830 0.4577 0.332 0.000 0.620 0.048
#> GSM283041 1 0.0524 0.8178 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM283043 3 0.0921 0.7674 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM282957 2 0.6388 0.4860 0.192 0.652 0.000 0.156
#> GSM282958 2 0.6508 0.4717 0.192 0.640 0.000 0.168
#> GSM282960 2 0.4675 0.5323 0.000 0.736 0.244 0.020
#> GSM282971 2 0.6388 0.4860 0.192 0.652 0.000 0.156
#> GSM283015 3 0.6156 0.4097 0.344 0.000 0.592 0.064
#> GSM282962 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282963 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282977 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282978 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282987 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282988 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282989 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282990 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282991 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282992 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282993 2 0.3488 0.7943 0.020 0.864 0.008 0.108
#> GSM282994 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282995 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM283020 1 0.0188 0.8185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283023 3 0.6121 0.4041 0.352 0.000 0.588 0.060
#> GSM282931 3 0.5130 0.4715 0.000 0.016 0.652 0.332
#> GSM282939 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282981 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282983 3 0.0188 0.7702 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282985 3 0.1211 0.7671 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM283000 3 0.0921 0.7687 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM283001 1 0.0188 0.8185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283002 3 0.0376 0.7716 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM283003 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM283004 3 0.5133 0.5980 0.004 0.268 0.704 0.024
#> GSM283005 3 0.5486 0.5810 0.200 0.000 0.720 0.080
#> GSM283006 3 0.5083 0.5820 0.248 0.000 0.716 0.036
#> GSM283007 3 0.0188 0.7705 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283008 3 0.1118 0.7686 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM283009 3 0.1022 0.7664 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM283010 3 0.7107 0.5025 0.188 0.032 0.640 0.140
#> GSM283011 3 0.1305 0.7689 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM283022 3 0.0592 0.7692 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM283034 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM283049 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM283051 1 0.1661 0.8092 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM282929 2 0.6016 0.5936 0.164 0.708 0.008 0.120
#> GSM282933 4 0.2530 0.8456 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM282936 1 0.6545 0.4440 0.644 0.024 0.068 0.264
#> GSM282937 1 0.0672 0.8180 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM282942 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282945 3 0.1022 0.7675 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM282954 3 0.4599 0.6129 0.000 0.248 0.736 0.016
#> GSM282961 3 0.5576 0.3673 0.000 0.444 0.536 0.020
#> GSM282964 1 0.8597 0.1093 0.420 0.260 0.036 0.284
#> GSM282965 3 0.1059 0.7680 0.000 0.016 0.972 0.012
#> GSM282967 3 0.3345 0.7151 0.004 0.124 0.860 0.012
#> GSM282969 3 0.8379 -0.2084 0.192 0.032 0.396 0.380
#> GSM282970 4 0.5763 0.6543 0.160 0.016 0.088 0.736
#> GSM282972 2 0.5262 0.6813 0.096 0.768 0.008 0.128
#> GSM282973 2 0.6055 0.4755 0.004 0.668 0.248 0.080
#> GSM282975 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282996 1 0.0524 0.8178 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM282999 3 0.3444 0.6818 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM283014 1 0.0524 0.8178 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM283019 3 0.3143 0.7245 0.024 0.000 0.876 0.100
#> GSM283026 3 0.3764 0.6521 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM283029 1 0.1743 0.8077 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM283030 3 0.1118 0.7654 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM283033 3 0.0804 0.7693 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM283035 4 0.2589 0.8471 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM283036 3 0.1118 0.7654 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM283038 3 0.4661 0.4622 0.000 0.000 0.652 0.348
#> GSM283046 3 0.3356 0.6911 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM283050 1 0.1474 0.8098 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM283053 4 0.4977 0.1442 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM283055 3 0.5588 -0.0953 0.476 0.008 0.508 0.008
#> GSM283056 4 0.2647 0.8453 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM282928 2 0.2542 0.8235 0.000 0.904 0.012 0.084
#> GSM282930 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282932 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282934 1 0.2433 0.8004 0.920 0.008 0.012 0.060
#> GSM282976 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282979 2 0.0592 0.8820 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282998 4 0.2469 0.8450 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM283013 1 0.0188 0.8185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283017 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM283018 3 0.0469 0.7703 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM283025 4 0.2469 0.8450 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM283028 4 0.3074 0.8383 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM283032 3 0.1059 0.7680 0.000 0.016 0.972 0.012
#> GSM283037 4 0.3172 0.8360 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM283040 1 0.3013 0.7593 0.888 0.000 0.080 0.032
#> GSM283042 3 0.6099 0.1591 0.360 0.040 0.592 0.008
#> GSM283045 4 0.3726 0.7832 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM283048 3 0.2704 0.7283 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM283052 3 0.4585 0.4765 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM283054 1 0.8265 0.1124 0.456 0.148 0.044 0.352
#> GSM282980 3 0.1302 0.7642 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM282982 3 0.0817 0.7682 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM282984 3 0.0921 0.7702 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM282986 4 0.3674 0.8271 0.036 0.000 0.116 0.848
#> GSM282997 1 0.0188 0.8185 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283012 1 0.0592 0.8169 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM283027 3 0.4543 0.5000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM283031 3 0.0469 0.7690 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM283039 3 0.1022 0.7664 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM283044 3 0.2760 0.7140 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM283047 3 0.0336 0.7704 0.000 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0451 0.85205 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM282856 3 0.6290 0.24005 0.000 0.440 0.452 0.020 0.088
#> GSM282857 2 0.5868 -0.19277 0.000 0.472 0.456 0.020 0.052
#> GSM282858 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.2408 0.80573 0.000 0.892 0.004 0.008 0.096
#> GSM282860 2 0.0727 0.84916 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM282861 2 0.0727 0.84993 0.004 0.980 0.004 0.012 0.000
#> GSM282862 2 0.0324 0.85115 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM282863 2 0.0693 0.85138 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> GSM282864 3 0.6431 0.28639 0.000 0.396 0.448 0.004 0.152
#> GSM282865 3 0.6427 0.29660 0.000 0.392 0.452 0.004 0.152
#> GSM282866 3 0.6157 0.35792 0.000 0.376 0.500 0.004 0.120
#> GSM282867 2 0.5075 0.29889 0.000 0.628 0.324 0.004 0.044
#> GSM282868 3 0.6179 0.21516 0.000 0.436 0.444 0.004 0.116
#> GSM282869 3 0.5479 0.50548 0.216 0.004 0.660 0.000 0.120
#> GSM282870 3 0.6099 0.53646 0.176 0.088 0.680 0.032 0.024
#> GSM282871 3 0.6244 0.33178 0.000 0.388 0.480 0.004 0.128
#> GSM282872 3 0.1357 0.69143 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM282904 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0693 0.84852 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> GSM282913 2 0.1153 0.83983 0.000 0.964 0.024 0.004 0.008
#> GSM282915 3 0.3164 0.68025 0.000 0.068 0.872 0.020 0.040
#> GSM282921 3 0.1469 0.68944 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> GSM282927 3 0.1965 0.68460 0.000 0.000 0.924 0.024 0.052
#> GSM282873 3 0.6669 0.30796 0.116 0.040 0.540 0.000 0.304
#> GSM282874 2 0.5219 0.37676 0.016 0.544 0.000 0.020 0.420
#> GSM282875 2 0.5068 0.41423 0.016 0.580 0.000 0.016 0.388
#> GSM282905 4 0.8290 0.48735 0.116 0.036 0.140 0.480 0.228
#> GSM282914 1 0.6127 0.56731 0.620 0.000 0.128 0.024 0.228
#> GSM282918 3 0.6433 0.25909 0.312 0.000 0.488 0.000 0.200
#> GSM282876 2 0.8235 -0.22205 0.376 0.380 0.112 0.036 0.096
#> GSM282877 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282878 2 0.0451 0.85122 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0727 0.85254 0.004 0.980 0.004 0.000 0.012
#> GSM282880 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282881 1 0.7803 0.36362 0.516 0.260 0.092 0.036 0.096
#> GSM282882 1 0.3154 0.76776 0.860 0.000 0.012 0.024 0.104
#> GSM282883 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282884 1 0.3941 0.74947 0.824 0.000 0.036 0.036 0.104
#> GSM282885 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282886 2 0.2102 0.83532 0.000 0.916 0.004 0.012 0.068
#> GSM282887 1 0.4666 0.70679 0.780 0.000 0.080 0.036 0.104
#> GSM282888 2 0.4993 0.54285 0.020 0.720 0.220 0.016 0.024
#> GSM282889 2 0.0955 0.85154 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282890 1 0.5439 0.62658 0.716 0.000 0.136 0.036 0.112
#> GSM282902 2 0.6048 -0.05637 0.000 0.516 0.400 0.036 0.048
#> GSM282903 3 0.0880 0.69326 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282907 3 0.2624 0.67111 0.000 0.012 0.872 0.000 0.116
#> GSM282909 3 0.1893 0.68986 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM282912 3 0.6142 0.37409 0.000 0.368 0.508 0.004 0.120
#> GSM282920 3 0.2813 0.66287 0.000 0.000 0.868 0.024 0.108
#> GSM282924 3 0.2908 0.66568 0.000 0.016 0.868 0.008 0.108
#> GSM282891 1 0.2230 0.78790 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM282892 3 0.6751 0.19627 0.216 0.204 0.556 0.016 0.008
#> GSM282893 3 0.1851 0.68130 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM282894 1 0.7323 0.19595 0.380 0.000 0.292 0.024 0.304
#> GSM282895 3 0.1831 0.68598 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM282896 3 0.1410 0.68985 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM282897 3 0.2329 0.66945 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM282898 3 0.2233 0.67424 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM282899 3 0.1893 0.68625 0.000 0.000 0.928 0.024 0.048
#> GSM282900 3 0.0703 0.69022 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282901 3 0.1768 0.68207 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM282906 3 0.1544 0.68648 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM282908 1 0.6092 0.52148 0.632 0.000 0.144 0.024 0.200
#> GSM282911 3 0.0880 0.69409 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282916 3 0.2300 0.67743 0.000 0.000 0.904 0.024 0.072
#> GSM282919 3 0.2127 0.67370 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM282923 3 0.2230 0.66174 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM282917 3 0.1270 0.69193 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282922 3 0.4421 0.51483 0.208 0.000 0.748 0.024 0.020
#> GSM282926 3 0.1403 0.68997 0.000 0.000 0.952 0.024 0.024
#> GSM282925 3 0.4536 0.47551 0.228 0.024 0.732 0.012 0.004
#> GSM282935 3 0.7105 0.38726 0.000 0.320 0.500 0.080 0.100
#> GSM282938 3 0.7022 0.42623 0.000 0.104 0.568 0.220 0.108
#> GSM282940 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.1518 0.83528 0.000 0.944 0.004 0.004 0.048
#> GSM282943 1 0.3693 0.75709 0.836 0.000 0.024 0.036 0.104
#> GSM282944 2 0.1205 0.85023 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> GSM282946 2 0.5311 0.64087 0.176 0.724 0.016 0.016 0.068
#> GSM282947 3 0.6113 0.37405 0.000 0.372 0.508 0.004 0.116
#> GSM282948 3 0.5880 0.45646 0.000 0.304 0.568 0.000 0.128
#> GSM282949 3 0.6157 0.35733 0.000 0.376 0.500 0.004 0.120
#> GSM282950 3 0.5916 0.42751 0.000 0.336 0.544 0.000 0.120
#> GSM282951 3 0.6403 0.29100 0.000 0.396 0.452 0.004 0.148
#> GSM282952 3 0.6451 0.29667 0.000 0.388 0.452 0.004 0.156
#> GSM282953 3 0.5929 0.44915 0.000 0.308 0.572 0.004 0.116
#> GSM282955 3 0.6325 0.39614 0.000 0.356 0.512 0.012 0.120
#> GSM282956 1 0.7217 0.22620 0.428 0.000 0.288 0.024 0.260
#> GSM282959 2 0.1205 0.85023 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> GSM282966 3 0.7262 0.42613 0.000 0.168 0.552 0.176 0.104
#> GSM282968 3 0.6379 0.28535 0.000 0.400 0.452 0.004 0.144
#> GSM282974 2 0.5683 0.61226 0.000 0.712 0.104 0.080 0.104
#> GSM283016 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.6811 0.14970 0.332 0.000 0.444 0.008 0.216
#> GSM283041 1 0.0510 0.81064 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM283043 3 0.1818 0.69033 0.000 0.000 0.932 0.024 0.044
#> GSM282957 2 0.5219 0.37676 0.016 0.544 0.000 0.020 0.420
#> GSM282958 2 0.5219 0.37676 0.016 0.544 0.000 0.020 0.420
#> GSM282960 2 0.5140 0.29001 0.000 0.624 0.324 0.004 0.048
#> GSM282971 2 0.5219 0.37676 0.016 0.544 0.000 0.020 0.420
#> GSM283015 3 0.6930 0.23564 0.340 0.000 0.464 0.024 0.172
#> GSM282962 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282977 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282978 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282987 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282988 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282989 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282990 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282991 2 0.1282 0.84963 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> GSM282992 2 0.0451 0.85205 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM282993 2 0.1471 0.83699 0.024 0.952 0.000 0.004 0.020
#> GSM282994 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282995 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0162 0.81144 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283023 3 0.6958 -0.00797 0.344 0.000 0.396 0.008 0.252
#> GSM282931 3 0.6877 0.13966 0.000 0.064 0.468 0.384 0.084
#> GSM282939 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0510 0.69311 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282983 3 0.2338 0.66997 0.000 0.004 0.884 0.000 0.112
#> GSM282985 3 0.4454 0.63522 0.000 0.016 0.784 0.092 0.108
#> GSM283000 3 0.4171 0.64810 0.000 0.052 0.808 0.028 0.112
#> GSM283001 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.3166 0.67201 0.000 0.016 0.860 0.020 0.104
#> GSM283003 3 0.0703 0.69218 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM283004 3 0.4910 0.47297 0.000 0.340 0.628 0.020 0.012
#> GSM283005 3 0.6224 0.44834 0.192 0.000 0.604 0.016 0.188
#> GSM283006 3 0.5640 0.47424 0.176 0.000 0.636 0.000 0.188
#> GSM283007 3 0.0451 0.69288 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM283008 3 0.1197 0.68920 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM283009 3 0.2864 0.66065 0.000 0.000 0.864 0.024 0.112
#> GSM283010 3 0.3688 0.66218 0.080 0.036 0.844 0.040 0.000
#> GSM283011 3 0.2806 0.64181 0.004 0.000 0.844 0.000 0.152
#> GSM283022 3 0.2280 0.65945 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM283034 3 0.1124 0.69333 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM283049 3 0.1270 0.68817 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM283051 1 0.2818 0.78441 0.856 0.000 0.012 0.000 0.132
#> GSM282929 2 0.3218 0.77925 0.016 0.856 0.000 0.020 0.108
#> GSM282933 4 0.1851 0.73813 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM282936 4 0.4965 0.16693 0.404 0.000 0.024 0.568 0.004
#> GSM282937 1 0.0703 0.80974 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM282942 2 0.0566 0.85089 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM282945 3 0.2795 0.67342 0.000 0.000 0.872 0.028 0.100
#> GSM282954 3 0.5716 0.49996 0.000 0.256 0.628 0.008 0.108
#> GSM282961 3 0.6253 0.38675 0.000 0.356 0.504 0.004 0.136
#> GSM282964 4 0.7180 0.21264 0.276 0.256 0.008 0.448 0.012
#> GSM282965 3 0.2674 0.67583 0.000 0.012 0.868 0.000 0.120
#> GSM282967 3 0.3035 0.66373 0.000 0.112 0.856 0.000 0.032
#> GSM282969 3 0.7888 -0.15284 0.168 0.076 0.384 0.364 0.008
#> GSM282970 4 0.3315 0.71213 0.052 0.008 0.084 0.856 0.000
#> GSM282972 2 0.3229 0.78287 0.012 0.856 0.004 0.016 0.112
#> GSM282973 2 0.4329 0.38387 0.000 0.672 0.312 0.000 0.016
#> GSM282975 2 0.0740 0.84929 0.000 0.980 0.004 0.008 0.008
#> GSM282996 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4069 0.62752 0.000 0.000 0.788 0.136 0.076
#> GSM283014 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.3602 0.62419 0.000 0.000 0.796 0.024 0.180
#> GSM283026 3 0.4138 0.30981 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM283029 1 0.2873 0.77872 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> GSM283030 3 0.1753 0.68888 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> GSM283033 3 0.0566 0.69384 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM283035 4 0.2773 0.74774 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM283036 3 0.0703 0.69022 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM283038 3 0.5473 0.18339 0.000 0.000 0.520 0.416 0.064
#> GSM283046 3 0.4179 0.61890 0.000 0.000 0.776 0.152 0.072
#> GSM283050 1 0.2230 0.78790 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM283053 4 0.4736 0.25315 0.000 0.000 0.404 0.576 0.020
#> GSM283055 3 0.4965 0.22302 0.384 0.000 0.588 0.016 0.012
#> GSM283056 4 0.2605 0.75106 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM282928 2 0.0727 0.84924 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM282930 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0510 0.69252 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282934 1 0.3857 0.75817 0.812 0.000 0.008 0.048 0.132
#> GSM282976 2 0.1357 0.84894 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM282979 2 0.0162 0.85154 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.1732 0.73404 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0794 0.69179 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM283018 3 0.2358 0.67256 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104
#> GSM283025 4 0.1732 0.73404 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM283028 4 0.2929 0.73950 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM283032 3 0.0955 0.69340 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM283037 4 0.2891 0.74136 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM283040 1 0.5514 0.60526 0.652 0.000 0.172 0.000 0.176
#> GSM283042 3 0.4829 0.25130 0.372 0.000 0.604 0.016 0.008
#> GSM283045 4 0.3550 0.66608 0.000 0.000 0.236 0.760 0.004
#> GSM283048 3 0.2110 0.68407 0.000 0.000 0.912 0.072 0.016
#> GSM283052 3 0.4610 0.28742 0.000 0.000 0.596 0.388 0.016
#> GSM283054 4 0.6595 0.14666 0.384 0.116 0.008 0.480 0.012
#> GSM282980 3 0.4339 0.61757 0.048 0.000 0.788 0.024 0.140
#> GSM282982 3 0.2864 0.66149 0.000 0.000 0.864 0.024 0.112
#> GSM282984 3 0.2612 0.65682 0.000 0.000 0.868 0.008 0.124
#> GSM282986 4 0.2629 0.74596 0.012 0.000 0.104 0.880 0.004
#> GSM282997 1 0.0000 0.81152 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.2020 0.79323 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM283027 3 0.5616 0.18221 0.000 0.000 0.512 0.412 0.076
#> GSM283031 3 0.1851 0.67643 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM283039 3 0.2653 0.66930 0.000 0.000 0.880 0.024 0.096
#> GSM283044 3 0.5120 0.53616 0.000 0.004 0.700 0.192 0.104
#> GSM283047 3 0.2519 0.67114 0.000 0.000 0.884 0.016 0.100
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.0363 0.70403 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282856 3 0.6249 0.23443 0.000 0.360 0.476 0.020 0.132 0.012
#> GSM282857 2 0.6360 -0.10482 0.000 0.420 0.412 0.024 0.132 0.012
#> GSM282858 2 0.1219 0.69585 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM282859 2 0.4831 0.28925 0.000 0.636 0.000 0.000 0.096 0.268
#> GSM282860 2 0.4041 0.54803 0.000 0.764 0.000 0.004 0.096 0.136
#> GSM282861 2 0.2468 0.68695 0.004 0.888 0.000 0.000 0.048 0.060
#> GSM282862 2 0.3325 0.61637 0.000 0.820 0.000 0.000 0.096 0.084
#> GSM282863 2 0.3645 0.62040 0.000 0.796 0.052 0.000 0.144 0.008
#> GSM282864 3 0.6765 0.07206 0.000 0.336 0.396 0.004 0.228 0.036
#> GSM282865 3 0.6603 0.08599 0.000 0.368 0.404 0.004 0.192 0.032
#> GSM282866 3 0.5760 0.23132 0.000 0.384 0.492 0.004 0.108 0.012
#> GSM282867 2 0.6149 0.24589 0.000 0.524 0.280 0.000 0.164 0.032
#> GSM282868 2 0.6701 0.04323 0.000 0.384 0.360 0.004 0.220 0.032
#> GSM282869 5 0.6050 0.60536 0.124 0.008 0.412 0.008 0.444 0.004
#> GSM282870 3 0.7109 0.11957 0.116 0.060 0.600 0.088 0.112 0.024
#> GSM282871 3 0.5925 0.19587 0.000 0.392 0.464 0.004 0.128 0.012
#> GSM282872 3 0.1644 0.47050 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.80441 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.1515 0.70192 0.000 0.944 0.008 0.000 0.020 0.028
#> GSM282913 2 0.3293 0.57301 0.000 0.824 0.128 0.000 0.008 0.040
#> GSM282915 3 0.3616 0.47497 0.000 0.048 0.824 0.040 0.088 0.000
#> GSM282921 3 0.4291 0.39851 0.000 0.000 0.764 0.132 0.076 0.028
#> GSM282927 3 0.4251 0.37732 0.004 0.000 0.776 0.084 0.112 0.024
#> GSM282873 3 0.7779 -0.27785 0.084 0.044 0.464 0.012 0.176 0.220
#> GSM282874 6 0.3578 0.98439 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM282875 6 0.3578 0.97594 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM282905 4 0.6263 0.35505 0.076 0.048 0.028 0.564 0.000 0.284
#> GSM282914 1 0.6616 0.40912 0.516 0.000 0.076 0.076 0.308 0.024
#> GSM282918 5 0.5874 0.73594 0.140 0.000 0.264 0.012 0.572 0.012
#> GSM282876 2 0.8141 -0.34907 0.296 0.300 0.044 0.000 0.236 0.124
#> GSM282877 2 0.1010 0.69927 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM282878 2 0.2875 0.64644 0.000 0.852 0.000 0.000 0.096 0.052
#> GSM282879 2 0.0603 0.70369 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM282880 2 0.2812 0.64604 0.000 0.856 0.000 0.000 0.096 0.048
#> GSM282881 1 0.7906 0.26937 0.376 0.232 0.032 0.000 0.236 0.124
#> GSM282882 1 0.4895 0.63181 0.636 0.000 0.000 0.000 0.256 0.108
#> GSM282883 2 0.1297 0.69653 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM282884 1 0.5046 0.62310 0.620 0.000 0.000 0.000 0.256 0.124
#> GSM282885 2 0.1010 0.69927 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM282886 2 0.1901 0.68297 0.008 0.924 0.000 0.000 0.028 0.040
#> GSM282887 1 0.5284 0.61587 0.612 0.000 0.008 0.000 0.256 0.124
#> GSM282888 2 0.4907 0.14788 0.028 0.672 0.256 0.000 0.012 0.032
#> GSM282889 2 0.0146 0.70416 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282890 1 0.5711 0.59360 0.596 0.000 0.032 0.000 0.248 0.124
#> GSM282902 3 0.7238 0.07895 0.000 0.340 0.388 0.052 0.196 0.024
#> GSM282903 3 0.2738 0.40155 0.000 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> GSM282907 3 0.2548 0.48064 0.000 0.016 0.876 0.004 0.100 0.004
#> GSM282909 3 0.3678 0.40303 0.000 0.000 0.788 0.084 0.128 0.000
#> GSM282912 3 0.6054 0.23781 0.000 0.368 0.488 0.008 0.116 0.020
#> GSM282920 3 0.4793 0.26533 0.000 0.000 0.704 0.084 0.188 0.024
#> GSM282924 3 0.2253 0.48435 0.000 0.004 0.896 0.004 0.084 0.012
#> GSM282891 1 0.1367 0.79364 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM282892 3 0.6704 -0.10880 0.308 0.076 0.524 0.008 0.048 0.036
#> GSM282893 3 0.3189 0.32627 0.000 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM282894 5 0.6835 0.62353 0.224 0.000 0.156 0.084 0.524 0.012
#> GSM282895 3 0.1644 0.49005 0.000 0.000 0.932 0.012 0.052 0.004
#> GSM282896 3 0.3189 0.32511 0.000 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM282897 3 0.2163 0.48342 0.000 0.000 0.892 0.004 0.096 0.008
#> GSM282898 3 0.3426 0.26095 0.000 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> GSM282899 3 0.4116 0.37534 0.000 0.000 0.776 0.084 0.120 0.020
#> GSM282900 3 0.3072 0.44978 0.000 0.000 0.856 0.084 0.036 0.024
#> GSM282901 3 0.3460 0.32838 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220 0.000
#> GSM282906 3 0.3290 0.29119 0.000 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> GSM282908 1 0.5598 0.42533 0.668 0.000 0.064 0.076 0.180 0.012
#> GSM282911 3 0.2520 0.42405 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM282916 3 0.4277 0.36464 0.000 0.000 0.764 0.084 0.128 0.024
#> GSM282919 3 0.1958 0.47907 0.000 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> GSM282923 3 0.3729 0.17635 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296 0.000
#> GSM282917 3 0.2191 0.43603 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> GSM282922 3 0.6132 0.16924 0.128 0.000 0.648 0.088 0.108 0.028
#> GSM282926 3 0.3623 0.41084 0.000 0.000 0.808 0.084 0.100 0.008
#> GSM282925 3 0.6122 0.00949 0.264 0.000 0.592 0.044 0.060 0.040
#> GSM282935 3 0.7252 0.25023 0.000 0.216 0.488 0.108 0.168 0.020
#> GSM282938 3 0.6020 0.34259 0.000 0.040 0.624 0.188 0.128 0.020
#> GSM282940 2 0.2383 0.66191 0.000 0.880 0.000 0.000 0.096 0.024
#> GSM282941 2 0.4154 0.51809 0.000 0.740 0.000 0.000 0.096 0.164
#> GSM282943 1 0.5061 0.62358 0.620 0.000 0.000 0.000 0.252 0.128
#> GSM282944 2 0.0363 0.70381 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282946 2 0.3996 0.46775 0.164 0.772 0.000 0.000 0.036 0.028
#> GSM282947 3 0.6245 0.22592 0.000 0.364 0.480 0.016 0.120 0.020
#> GSM282948 3 0.5738 0.25850 0.000 0.316 0.528 0.004 0.148 0.004
#> GSM282949 3 0.5577 0.23250 0.000 0.384 0.512 0.004 0.088 0.012
#> GSM282950 3 0.5788 0.25300 0.000 0.324 0.516 0.004 0.152 0.004
#> GSM282951 3 0.6558 0.07491 0.000 0.392 0.400 0.004 0.168 0.036
#> GSM282952 3 0.6503 0.08405 0.000 0.392 0.404 0.004 0.168 0.032
#> GSM282953 3 0.5578 0.27930 0.000 0.332 0.552 0.004 0.100 0.012
#> GSM282955 3 0.5980 0.25301 0.000 0.372 0.504 0.016 0.088 0.020
#> GSM282956 1 0.6980 -0.47361 0.392 0.000 0.140 0.080 0.380 0.008
#> GSM282959 2 0.1285 0.69500 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> GSM282966 3 0.6439 0.32751 0.000 0.092 0.600 0.152 0.140 0.016
#> GSM282968 3 0.6804 0.09313 0.000 0.304 0.400 0.004 0.256 0.036
#> GSM282974 2 0.5716 0.20083 0.000 0.592 0.012 0.016 0.108 0.272
#> GSM283016 1 0.0000 0.80441 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.80441 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 5 0.6412 0.79879 0.148 0.000 0.264 0.064 0.524 0.000
#> GSM283041 1 0.0692 0.80257 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM283043 3 0.2987 0.47543 0.000 0.008 0.856 0.080 0.056 0.000
#> GSM282957 6 0.3547 0.98495 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM282958 6 0.3592 0.98013 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM282960 2 0.6184 0.20331 0.000 0.504 0.308 0.000 0.156 0.032
#> GSM282971 6 0.3547 0.98495 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> GSM283015 5 0.6876 0.67905 0.148 0.000 0.304 0.084 0.460 0.004
#> GSM282962 2 0.2812 0.64604 0.000 0.856 0.000 0.000 0.096 0.048
#> GSM282963 2 0.2053 0.65847 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> GSM282977 2 0.2053 0.65847 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> GSM282978 2 0.1480 0.69122 0.000 0.940 0.000 0.000 0.020 0.040
#> GSM282987 2 0.0935 0.70116 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM282988 2 0.2358 0.64807 0.000 0.876 0.000 0.000 0.016 0.108
#> GSM282989 2 0.0935 0.70016 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM282990 2 0.1549 0.69045 0.000 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM282991 2 0.0909 0.70655 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM282992 2 0.0146 0.70370 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282993 2 0.4542 0.55794 0.032 0.756 0.000 0.004 0.096 0.112
#> GSM282994 2 0.1391 0.69387 0.000 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> GSM282995 2 0.2875 0.64644 0.000 0.852 0.000 0.000 0.096 0.052
#> GSM283020 1 0.0260 0.80394 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM283023 5 0.6443 0.79164 0.176 0.000 0.228 0.064 0.532 0.000
#> GSM282931 3 0.5993 -0.00591 0.000 0.020 0.452 0.432 0.076 0.020
#> GSM282939 2 0.1950 0.68483 0.000 0.912 0.000 0.000 0.064 0.024
#> GSM282981 3 0.1663 0.45832 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM282983 3 0.2213 0.48266 0.000 0.000 0.888 0.004 0.100 0.008
#> GSM282985 3 0.3803 0.46675 0.000 0.004 0.808 0.076 0.096 0.016
#> GSM283000 3 0.3618 0.47263 0.000 0.008 0.824 0.052 0.100 0.016
#> GSM283001 1 0.0000 0.80441 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.2828 0.48735 0.000 0.004 0.872 0.032 0.080 0.012
#> GSM283003 3 0.2772 0.38021 0.000 0.000 0.816 0.000 0.180 0.004
#> GSM283004 3 0.5472 0.34133 0.000 0.224 0.640 0.088 0.048 0.000
#> GSM283005 5 0.6445 0.67727 0.112 0.000 0.368 0.068 0.452 0.000
#> GSM283006 5 0.5993 0.76728 0.112 0.000 0.316 0.040 0.532 0.000
#> GSM283007 3 0.0891 0.48906 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> GSM283008 3 0.3974 0.31516 0.000 0.000 0.728 0.048 0.224 0.000
#> GSM283009 3 0.4349 0.26412 0.000 0.000 0.708 0.084 0.208 0.000
#> GSM283010 3 0.5273 0.32479 0.096 0.020 0.728 0.092 0.060 0.004
#> GSM283011 3 0.4420 -0.03541 0.000 0.000 0.604 0.036 0.360 0.000
#> GSM283022 3 0.3938 0.11325 0.000 0.000 0.660 0.016 0.324 0.000
#> GSM283034 3 0.2191 0.44190 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> GSM283049 3 0.3302 0.30903 0.000 0.000 0.760 0.004 0.232 0.004
#> GSM283051 1 0.2280 0.78286 0.904 0.000 0.016 0.004 0.064 0.012
#> GSM282929 2 0.5090 0.19001 0.000 0.604 0.000 0.004 0.096 0.296
#> GSM282933 4 0.0909 0.68406 0.000 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM282936 4 0.4524 0.19545 0.376 0.000 0.000 0.584 0.000 0.040
#> GSM282937 1 0.0806 0.80191 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM282942 2 0.1196 0.70245 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> GSM282945 3 0.3270 0.47317 0.000 0.000 0.836 0.084 0.072 0.008
#> GSM282954 3 0.5525 0.32221 0.000 0.236 0.612 0.008 0.136 0.008
#> GSM282961 3 0.6456 0.19250 0.000 0.352 0.440 0.004 0.176 0.028
#> GSM282964 4 0.6735 0.15277 0.340 0.076 0.004 0.452 0.000 0.128
#> GSM282965 3 0.2520 0.44397 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM282967 3 0.4391 0.36150 0.000 0.108 0.728 0.000 0.160 0.004
#> GSM282969 4 0.6973 0.21722 0.116 0.056 0.252 0.536 0.020 0.020
#> GSM282970 4 0.2909 0.63341 0.096 0.008 0.020 0.864 0.000 0.012
#> GSM282972 2 0.5037 0.22914 0.024 0.628 0.000 0.000 0.056 0.292
#> GSM282973 2 0.4794 0.29183 0.000 0.608 0.328 0.004 0.060 0.000
#> GSM282975 2 0.3822 0.57049 0.000 0.776 0.000 0.000 0.096 0.128
#> GSM282996 1 0.0146 0.80388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282999 3 0.5316 0.26715 0.000 0.000 0.652 0.192 0.132 0.024
#> GSM283014 1 0.0146 0.80388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283019 3 0.5380 0.03501 0.028 0.000 0.612 0.084 0.276 0.000
#> GSM283026 3 0.4951 0.19397 0.000 0.000 0.572 0.372 0.032 0.024
#> GSM283029 1 0.2508 0.76674 0.900 0.000 0.016 0.024 0.048 0.012
#> GSM283030 3 0.3832 0.38442 0.000 0.000 0.776 0.104 0.120 0.000
#> GSM283033 3 0.2234 0.43143 0.000 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> GSM283035 4 0.0632 0.68729 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM283036 3 0.2764 0.46093 0.000 0.000 0.872 0.084 0.024 0.020
#> GSM283038 4 0.4664 -0.04474 0.000 0.000 0.476 0.488 0.032 0.004
#> GSM283046 3 0.4902 0.29888 0.000 0.000 0.668 0.196 0.132 0.004
#> GSM283050 1 0.1367 0.79364 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM283053 4 0.4331 0.29191 0.000 0.000 0.332 0.636 0.028 0.004
#> GSM283055 3 0.6168 -0.23990 0.376 0.000 0.476 0.008 0.112 0.028
#> GSM283056 4 0.1958 0.67382 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> GSM282928 2 0.4117 0.54049 0.000 0.756 0.000 0.004 0.096 0.144
#> GSM282930 2 0.2537 0.65587 0.000 0.872 0.000 0.000 0.096 0.032
#> GSM282932 3 0.2668 0.39849 0.000 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004
#> GSM282934 1 0.4031 0.67909 0.812 0.000 0.052 0.044 0.076 0.016
#> GSM282976 2 0.2053 0.65847 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> GSM282979 2 0.1856 0.68826 0.000 0.920 0.000 0.000 0.032 0.048
#> GSM282998 4 0.0603 0.68592 0.000 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM283013 1 0.0000 0.80441 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.2902 0.36232 0.000 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM283018 3 0.2237 0.48875 0.000 0.000 0.896 0.020 0.080 0.004
#> GSM283025 4 0.0458 0.68619 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM283028 4 0.2118 0.66938 0.000 0.000 0.104 0.888 0.008 0.000
#> GSM283032 3 0.3212 0.38700 0.000 0.016 0.800 0.000 0.180 0.004
#> GSM283037 4 0.2212 0.66217 0.000 0.000 0.112 0.880 0.008 0.000
#> GSM283040 1 0.5290 0.51842 0.640 0.000 0.132 0.000 0.212 0.016
#> GSM283042 3 0.6357 -0.12115 0.324 0.008 0.536 0.040 0.068 0.024
#> GSM283045 4 0.2834 0.63213 0.000 0.000 0.128 0.848 0.016 0.008
#> GSM283048 3 0.4053 0.41453 0.000 0.000 0.776 0.140 0.064 0.020
#> GSM283052 3 0.5037 0.13169 0.000 0.000 0.540 0.380 0.080 0.000
#> GSM283054 4 0.6010 0.15099 0.364 0.036 0.000 0.492 0.000 0.108
#> GSM282980 3 0.6135 0.01647 0.100 0.000 0.620 0.084 0.184 0.012
#> GSM282982 3 0.4522 0.19914 0.000 0.000 0.672 0.076 0.252 0.000
#> GSM282984 3 0.4028 0.12289 0.000 0.000 0.668 0.024 0.308 0.000
#> GSM282986 4 0.1390 0.68720 0.016 0.000 0.032 0.948 0.000 0.004
#> GSM282997 1 0.0000 0.80441 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.1074 0.79810 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM283027 3 0.5144 0.06888 0.000 0.004 0.508 0.428 0.052 0.008
#> GSM283031 3 0.3404 0.27993 0.000 0.000 0.744 0.004 0.248 0.004
#> GSM283039 3 0.4402 0.29826 0.000 0.000 0.700 0.084 0.216 0.000
#> GSM283044 3 0.3563 0.45149 0.000 0.000 0.808 0.100 0.088 0.004
#> GSM283047 3 0.2398 0.48373 0.000 0.000 0.888 0.028 0.080 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:mclust 181 0.5289 6.16e-02 2.84e-07 2
#> SD:mclust 169 0.6576 1.08e-02 2.86e-05 3
#> SD:mclust 159 0.2246 4.45e-05 1.85e-06 4
#> SD:mclust 144 0.0666 1.58e-05 2.64e-06 5
#> SD:mclust 86 0.1609 4.59e-07 2.22e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.688 0.834 0.933 0.4568 0.539 0.539
#> 3 3 0.681 0.810 0.887 0.4172 0.695 0.490
#> 4 4 0.522 0.563 0.782 0.1258 0.816 0.545
#> 5 5 0.545 0.516 0.733 0.0721 0.796 0.408
#> 6 6 0.561 0.435 0.681 0.0329 0.939 0.746
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0938 0.9297 0.012 0.988
#> GSM282858 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.6973 0.7492 0.188 0.812
#> GSM282862 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282870 1 0.6531 0.7635 0.832 0.168
#> GSM282871 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.7219 0.7328 0.200 0.800
#> GSM282921 1 0.9954 0.2040 0.540 0.460
#> GSM282927 1 0.5178 0.8093 0.884 0.116
#> GSM282873 2 0.9580 0.3369 0.380 0.620
#> GSM282874 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.7815 0.6766 0.768 0.232
#> GSM282877 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.9732 0.3439 0.596 0.404
#> GSM282882 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.7219 0.7328 0.200 0.800
#> GSM282887 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282888 2 0.7139 0.7384 0.196 0.804
#> GSM282889 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.9710 0.3224 0.400 0.600
#> GSM282907 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282909 1 0.9983 0.1126 0.524 0.476
#> GSM282912 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.9988 0.0478 0.480 0.520
#> GSM282893 1 0.9795 0.3113 0.584 0.416
#> GSM282894 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.6887 0.7541 0.184 0.816
#> GSM282896 1 0.9988 0.0974 0.520 0.480
#> GSM282897 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282898 1 0.9850 0.2759 0.572 0.428
#> GSM282899 1 0.0376 0.8929 0.996 0.004
#> GSM282900 2 0.8713 0.5701 0.292 0.708
#> GSM282901 1 0.5059 0.8129 0.888 0.112
#> GSM282906 1 0.9850 0.2868 0.572 0.428
#> GSM282908 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.7139 0.7385 0.196 0.804
#> GSM282916 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282919 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282923 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282917 2 0.3274 0.8902 0.060 0.940
#> GSM282922 1 0.0376 0.8928 0.996 0.004
#> GSM282926 1 0.9775 0.3223 0.588 0.412
#> GSM282925 1 0.7674 0.6874 0.776 0.224
#> GSM282935 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.9661 0.3452 0.392 0.608
#> GSM282947 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0376 0.9354 0.004 0.996
#> GSM282956 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4562 0.8549 0.096 0.904
#> GSM282957 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0376 0.9354 0.004 0.996
#> GSM282991 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282983 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0672 0.9326 0.008 0.992
#> GSM283003 2 0.9209 0.4807 0.336 0.664
#> GSM283004 2 0.7299 0.7272 0.204 0.796
#> GSM283005 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283007 2 0.0672 0.9329 0.008 0.992
#> GSM283008 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283010 2 0.7453 0.6887 0.212 0.788
#> GSM283011 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.1633 0.9210 0.024 0.976
#> GSM283049 1 0.5178 0.8073 0.884 0.116
#> GSM283051 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.9710 0.3676 0.600 0.400
#> GSM282936 1 0.7815 0.6771 0.768 0.232
#> GSM282937 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.1843 0.9171 0.028 0.972
#> GSM282967 2 0.9000 0.5279 0.316 0.684
#> GSM282969 1 0.9954 0.2138 0.540 0.460
#> GSM282970 2 0.0376 0.9351 0.004 0.996
#> GSM282972 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.7219 0.7328 0.200 0.800
#> GSM282975 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0376 0.9354 0.004 0.996
#> GSM283029 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.7139 0.7206 0.804 0.196
#> GSM283033 2 0.9710 0.3219 0.400 0.600
#> GSM283035 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283036 2 0.1184 0.9266 0.016 0.984
#> GSM283038 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.0376 0.8929 0.996 0.004
#> GSM283050 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.8081 0.6505 0.248 0.752
#> GSM282934 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.9977 0.0805 0.472 0.528
#> GSM283018 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.9866 0.2245 0.432 0.568
#> GSM283037 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.9323 0.4751 0.652 0.348
#> GSM283045 2 0.8207 0.6104 0.256 0.744
#> GSM283048 2 0.8955 0.5290 0.312 0.688
#> GSM283052 2 0.2778 0.8988 0.048 0.952
#> GSM283054 2 0.5629 0.8176 0.132 0.868
#> GSM282980 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.7299 0.7116 0.796 0.204
#> GSM282997 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.8861 0.5609 0.696 0.304
#> GSM283039 1 0.0938 0.8878 0.988 0.012
#> GSM283044 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.9380 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282856 3 0.1753 0.8703 0.000 0.048 0.952
#> GSM282857 3 0.1753 0.8703 0.000 0.048 0.952
#> GSM282858 3 0.4974 0.7038 0.000 0.236 0.764
#> GSM282859 2 0.2356 0.9014 0.000 0.928 0.072
#> GSM282860 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282861 2 0.7205 0.6943 0.192 0.708 0.100
#> GSM282862 2 0.3619 0.8463 0.000 0.864 0.136
#> GSM282863 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282864 2 0.5560 0.6062 0.000 0.700 0.300
#> GSM282865 3 0.2165 0.8699 0.000 0.064 0.936
#> GSM282866 3 0.1753 0.8703 0.000 0.048 0.952
#> GSM282867 3 0.3551 0.8240 0.000 0.132 0.868
#> GSM282868 2 0.2165 0.9071 0.000 0.936 0.064
#> GSM282869 1 0.3310 0.9022 0.908 0.028 0.064
#> GSM282870 2 0.6054 0.6606 0.180 0.768 0.052
#> GSM282871 3 0.4291 0.7563 0.000 0.180 0.820
#> GSM282872 2 0.6680 -0.0339 0.008 0.508 0.484
#> GSM282904 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM282910 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282913 2 0.2796 0.8859 0.000 0.908 0.092
#> GSM282915 3 0.2774 0.8494 0.072 0.008 0.920
#> GSM282921 2 0.5222 0.7318 0.144 0.816 0.040
#> GSM282927 1 0.1289 0.9080 0.968 0.000 0.032
#> GSM282873 3 0.5115 0.6970 0.188 0.016 0.796
#> GSM282874 2 0.1643 0.9166 0.000 0.956 0.044
#> GSM282875 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282905 2 0.1163 0.9203 0.000 0.972 0.028
#> GSM282914 1 0.1529 0.9090 0.960 0.000 0.040
#> GSM282918 1 0.3112 0.9048 0.916 0.028 0.056
#> GSM282876 3 0.4351 0.7999 0.168 0.004 0.828
#> GSM282877 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282878 3 0.6295 0.1857 0.000 0.472 0.528
#> GSM282879 3 0.2261 0.8685 0.000 0.068 0.932
#> GSM282880 3 0.6274 0.1787 0.000 0.456 0.544
#> GSM282881 3 0.3918 0.8204 0.140 0.004 0.856
#> GSM282882 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM282883 3 0.3253 0.8588 0.052 0.036 0.912
#> GSM282884 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM282885 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282886 3 0.2860 0.8449 0.084 0.004 0.912
#> GSM282887 1 0.0983 0.8972 0.980 0.004 0.016
#> GSM282888 3 0.4682 0.7777 0.192 0.004 0.804
#> GSM282889 3 0.2165 0.8694 0.000 0.064 0.936
#> GSM282890 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM282902 2 0.1643 0.9176 0.000 0.956 0.044
#> GSM282903 3 0.2903 0.8323 0.048 0.028 0.924
#> GSM282907 3 0.1753 0.8703 0.000 0.048 0.952
#> GSM282909 3 0.4110 0.7922 0.152 0.004 0.844
#> GSM282912 3 0.1753 0.8703 0.000 0.048 0.952
#> GSM282920 1 0.2793 0.9071 0.928 0.028 0.044
#> GSM282924 3 0.3116 0.8507 0.000 0.108 0.892
#> GSM282891 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM282892 1 0.5623 0.5503 0.716 0.004 0.280
#> GSM282893 3 0.4128 0.7819 0.132 0.012 0.856
#> GSM282894 1 0.2229 0.9092 0.944 0.012 0.044
#> GSM282895 3 0.4015 0.7975 0.096 0.028 0.876
#> GSM282896 3 0.4196 0.7873 0.112 0.024 0.864
#> GSM282897 3 0.1643 0.8703 0.000 0.044 0.956
#> GSM282898 3 0.3686 0.7909 0.140 0.000 0.860
#> GSM282899 1 0.3213 0.9040 0.912 0.028 0.060
#> GSM282900 1 0.9872 0.2322 0.408 0.320 0.272
#> GSM282901 1 0.6852 0.6026 0.664 0.036 0.300
#> GSM282906 3 0.5660 0.6749 0.200 0.028 0.772
#> GSM282908 1 0.2793 0.9071 0.928 0.028 0.044
#> GSM282911 3 0.1453 0.8492 0.008 0.024 0.968
#> GSM282916 1 0.2918 0.9065 0.924 0.032 0.044
#> GSM282919 3 0.3682 0.8180 0.008 0.116 0.876
#> GSM282923 1 0.6677 0.5600 0.652 0.024 0.324
#> GSM282917 3 0.1751 0.8465 0.012 0.028 0.960
#> GSM282922 1 0.3028 0.9043 0.920 0.048 0.032
#> GSM282926 1 0.7169 0.3625 0.568 0.028 0.404
#> GSM282925 1 0.0475 0.9012 0.992 0.004 0.004
#> GSM282935 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282938 2 0.2356 0.9006 0.000 0.928 0.072
#> GSM282940 3 0.2356 0.8672 0.000 0.072 0.928
#> GSM282941 2 0.5650 0.5627 0.000 0.688 0.312
#> GSM282943 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM282944 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282946 3 0.4409 0.7963 0.172 0.004 0.824
#> GSM282947 2 0.1964 0.9114 0.000 0.944 0.056
#> GSM282948 3 0.0848 0.8619 0.008 0.008 0.984
#> GSM282949 3 0.3267 0.8449 0.000 0.116 0.884
#> GSM282950 3 0.1015 0.8622 0.008 0.012 0.980
#> GSM282951 3 0.2165 0.8691 0.000 0.064 0.936
#> GSM282952 3 0.1964 0.8702 0.000 0.056 0.944
#> GSM282953 3 0.1860 0.8707 0.000 0.052 0.948
#> GSM282955 3 0.2261 0.8605 0.000 0.068 0.932
#> GSM282956 1 0.3009 0.9058 0.920 0.028 0.052
#> GSM282959 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282966 2 0.1411 0.9202 0.000 0.964 0.036
#> GSM282968 3 0.6309 0.0518 0.000 0.500 0.500
#> GSM282974 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283016 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283021 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283024 1 0.3112 0.9048 0.916 0.028 0.056
#> GSM283041 1 0.1399 0.9073 0.968 0.028 0.004
#> GSM283043 3 0.2846 0.8712 0.020 0.056 0.924
#> GSM282957 2 0.1411 0.9197 0.000 0.964 0.036
#> GSM282958 2 0.1753 0.9147 0.000 0.952 0.048
#> GSM282960 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282971 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283015 1 0.3472 0.9008 0.904 0.040 0.056
#> GSM282962 3 0.2448 0.8657 0.000 0.076 0.924
#> GSM282963 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282977 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282978 3 0.3028 0.8675 0.032 0.048 0.920
#> GSM282987 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282988 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282989 3 0.2165 0.8694 0.000 0.064 0.936
#> GSM282990 3 0.3237 0.8572 0.056 0.032 0.912
#> GSM282991 3 0.2165 0.8694 0.000 0.064 0.936
#> GSM282992 3 0.2537 0.8653 0.000 0.080 0.920
#> GSM282993 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282994 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282995 3 0.2448 0.8657 0.000 0.076 0.924
#> GSM283020 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283023 1 0.2982 0.9059 0.920 0.024 0.056
#> GSM282931 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282939 3 0.2356 0.8672 0.000 0.072 0.928
#> GSM282981 3 0.5334 0.7750 0.060 0.120 0.820
#> GSM282983 3 0.1163 0.8685 0.000 0.028 0.972
#> GSM282985 3 0.6235 0.3651 0.000 0.436 0.564
#> GSM283000 3 0.2448 0.8671 0.000 0.076 0.924
#> GSM283001 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283002 3 0.1399 0.8678 0.004 0.028 0.968
#> GSM283003 3 0.3009 0.8295 0.052 0.028 0.920
#> GSM283004 3 0.3134 0.8602 0.052 0.032 0.916
#> GSM283005 1 0.1753 0.9083 0.952 0.000 0.048
#> GSM283006 1 0.3112 0.9048 0.916 0.028 0.056
#> GSM283007 3 0.4665 0.8058 0.048 0.100 0.852
#> GSM283008 1 0.3112 0.9048 0.916 0.028 0.056
#> GSM283009 1 0.2096 0.9054 0.944 0.004 0.052
#> GSM283010 2 0.1950 0.8797 0.008 0.952 0.040
#> GSM283011 1 0.2165 0.9070 0.936 0.000 0.064
#> GSM283022 1 0.3434 0.9010 0.904 0.032 0.064
#> GSM283034 3 0.8298 0.5521 0.152 0.220 0.628
#> GSM283049 3 0.7386 -0.0491 0.460 0.032 0.508
#> GSM283051 1 0.2918 0.9065 0.924 0.032 0.044
#> GSM282929 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282933 2 0.1170 0.8939 0.008 0.976 0.016
#> GSM282936 2 0.0983 0.9001 0.016 0.980 0.004
#> GSM282937 1 0.1711 0.9073 0.960 0.032 0.008
#> GSM282942 3 0.3183 0.8663 0.016 0.076 0.908
#> GSM282945 3 0.4002 0.8172 0.000 0.160 0.840
#> GSM282954 2 0.5058 0.7009 0.000 0.756 0.244
#> GSM282961 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282964 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282965 3 0.0848 0.8561 0.008 0.008 0.984
#> GSM282967 3 0.1751 0.8465 0.012 0.028 0.960
#> GSM282969 2 0.0475 0.9062 0.004 0.992 0.004
#> GSM282970 2 0.0475 0.9062 0.004 0.992 0.004
#> GSM282972 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282973 3 0.2590 0.8482 0.072 0.004 0.924
#> GSM282975 2 0.4062 0.8172 0.000 0.836 0.164
#> GSM282996 1 0.1711 0.9059 0.960 0.032 0.008
#> GSM282999 1 0.3267 0.9023 0.912 0.044 0.044
#> GSM283014 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283019 1 0.3134 0.9050 0.916 0.032 0.052
#> GSM283026 2 0.0661 0.9049 0.008 0.988 0.004
#> GSM283029 1 0.2681 0.9078 0.932 0.028 0.040
#> GSM283030 1 0.7402 0.5200 0.624 0.324 0.052
#> GSM283033 3 0.7310 0.3281 0.360 0.040 0.600
#> GSM283035 2 0.0475 0.9062 0.004 0.992 0.004
#> GSM283036 3 0.3456 0.8572 0.060 0.036 0.904
#> GSM283038 2 0.1163 0.9186 0.000 0.972 0.028
#> GSM283046 1 0.3237 0.9037 0.912 0.032 0.056
#> GSM283050 1 0.1781 0.9095 0.960 0.020 0.020
#> GSM283053 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283055 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283056 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282928 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM282930 3 0.2448 0.8657 0.000 0.076 0.924
#> GSM282932 3 0.2050 0.8446 0.020 0.028 0.952
#> GSM282934 1 0.3967 0.8829 0.884 0.072 0.044
#> GSM282976 3 0.2066 0.8700 0.000 0.060 0.940
#> GSM282979 2 0.4555 0.7745 0.000 0.800 0.200
#> GSM282998 2 0.0892 0.9179 0.000 0.980 0.020
#> GSM283013 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283017 3 0.6025 0.6272 0.232 0.028 0.740
#> GSM283018 3 0.6140 0.4338 0.000 0.404 0.596
#> GSM283025 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283028 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283032 3 0.6264 0.5845 0.256 0.028 0.716
#> GSM283037 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283040 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283042 3 0.6359 0.4297 0.404 0.004 0.592
#> GSM283045 2 0.0475 0.9062 0.004 0.992 0.004
#> GSM283048 2 0.6685 0.5475 0.244 0.708 0.048
#> GSM283052 2 0.3669 0.8345 0.040 0.896 0.064
#> GSM283054 2 0.2384 0.8860 0.056 0.936 0.008
#> GSM282980 1 0.2793 0.9071 0.928 0.028 0.044
#> GSM282982 1 0.6661 0.3767 0.588 0.012 0.400
#> GSM282984 1 0.6724 0.3188 0.568 0.012 0.420
#> GSM282986 2 0.2173 0.8633 0.008 0.944 0.048
#> GSM282997 1 0.1170 0.9057 0.976 0.016 0.008
#> GSM283012 1 0.0475 0.8998 0.992 0.004 0.004
#> GSM283027 2 0.1289 0.9211 0.000 0.968 0.032
#> GSM283031 3 0.7223 0.1411 0.424 0.028 0.548
#> GSM283039 1 0.4095 0.8850 0.880 0.064 0.056
#> GSM283044 3 0.5678 0.6091 0.000 0.316 0.684
#> GSM283047 3 0.6111 0.4453 0.000 0.396 0.604
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.1706 0.72727 0.000 0.948 0.036 0.016
#> GSM282856 2 0.2704 0.70691 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM282857 2 0.1557 0.72681 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM282858 2 0.4986 0.59926 0.000 0.740 0.044 0.216
#> GSM282859 4 0.3612 0.76660 0.000 0.100 0.044 0.856
#> GSM282860 4 0.2282 0.80539 0.000 0.024 0.052 0.924
#> GSM282861 1 0.9624 -0.15893 0.324 0.220 0.136 0.320
#> GSM282862 4 0.5123 0.61165 0.000 0.232 0.044 0.724
#> GSM282863 2 0.1940 0.72249 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282864 2 0.6133 0.60680 0.000 0.676 0.188 0.136
#> GSM282865 2 0.3626 0.67615 0.000 0.812 0.184 0.004
#> GSM282866 2 0.3649 0.66900 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM282867 2 0.4614 0.68052 0.000 0.792 0.144 0.064
#> GSM282868 2 0.7510 0.13590 0.000 0.436 0.184 0.380
#> GSM282869 3 0.5025 0.50037 0.252 0.032 0.716 0.000
#> GSM282870 4 0.5991 0.15385 0.008 0.024 0.480 0.488
#> GSM282871 2 0.5073 0.65518 0.000 0.744 0.200 0.056
#> GSM282872 3 0.1677 0.61689 0.000 0.040 0.948 0.012
#> GSM282904 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.1211 0.72717 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282913 4 0.1389 0.80643 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM282915 2 0.1716 0.72610 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM282921 3 0.5909 -0.27071 0.012 0.016 0.512 0.460
#> GSM282927 1 0.7039 0.21074 0.540 0.144 0.316 0.000
#> GSM282873 2 0.7633 0.09716 0.116 0.516 0.340 0.028
#> GSM282874 4 0.0524 0.81527 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM282875 4 0.0188 0.81540 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282905 4 0.0000 0.81505 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.4164 0.55574 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM282918 3 0.6084 0.53650 0.244 0.096 0.660 0.000
#> GSM282876 1 0.5744 0.11463 0.536 0.436 0.028 0.000
#> GSM282877 2 0.0376 0.72549 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM282878 4 0.4776 0.41383 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM282879 2 0.5678 0.06357 0.008 0.532 0.012 0.448
#> GSM282880 4 0.5713 0.42657 0.000 0.340 0.040 0.620
#> GSM282881 2 0.5750 0.15398 0.440 0.532 0.028 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0188 0.72506 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0657 0.72445 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM282886 2 0.1109 0.71987 0.004 0.968 0.028 0.000
#> GSM282887 1 0.2197 0.71871 0.916 0.080 0.004 0.000
#> GSM282888 2 0.5972 0.12638 0.448 0.520 0.024 0.008
#> GSM282889 2 0.3051 0.70355 0.000 0.884 0.028 0.088
#> GSM282890 1 0.1635 0.74830 0.948 0.044 0.008 0.000
#> GSM282902 4 0.4203 0.78105 0.000 0.068 0.108 0.824
#> GSM282903 2 0.4193 0.49509 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282907 2 0.4500 0.40809 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM282909 2 0.1474 0.71224 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM282912 2 0.0817 0.72110 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282920 3 0.4343 0.47902 0.264 0.000 0.732 0.004
#> GSM282924 2 0.4996 0.27914 0.000 0.516 0.484 0.000
#> GSM282891 1 0.0707 0.77994 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM282892 1 0.5923 0.48097 0.704 0.224 0.032 0.040
#> GSM282893 2 0.4955 0.01990 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM282894 1 0.4564 0.43884 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM282895 2 0.4843 0.18620 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM282896 2 0.4477 0.41248 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM282897 2 0.3764 0.56382 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM282898 2 0.4522 0.39291 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM282899 3 0.6848 0.55486 0.248 0.160 0.592 0.000
#> GSM282900 3 0.5593 0.59910 0.076 0.060 0.776 0.088
#> GSM282901 3 0.5250 0.62134 0.068 0.196 0.736 0.000
#> GSM282906 3 0.4843 0.41762 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM282908 1 0.4454 0.48684 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM282911 2 0.3486 0.60419 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM282916 3 0.5669 0.56708 0.200 0.092 0.708 0.000
#> GSM282919 3 0.4907 0.31951 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM282923 3 0.6194 0.59324 0.096 0.260 0.644 0.000
#> GSM282917 2 0.4961 0.34490 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM282922 3 0.7448 -0.00212 0.400 0.000 0.428 0.172
#> GSM282926 3 0.3324 0.60356 0.012 0.136 0.852 0.000
#> GSM282925 1 0.6365 0.27875 0.532 0.040 0.416 0.012
#> GSM282935 4 0.1637 0.80888 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM282938 4 0.6916 0.52049 0.000 0.176 0.236 0.588
#> GSM282940 2 0.3948 0.67972 0.000 0.828 0.036 0.136
#> GSM282941 4 0.6038 0.18635 0.000 0.424 0.044 0.532
#> GSM282943 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.1661 0.72641 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM282946 2 0.4253 0.58845 0.208 0.776 0.016 0.000
#> GSM282947 2 0.7737 0.15959 0.000 0.408 0.232 0.360
#> GSM282948 2 0.3764 0.66319 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM282949 2 0.5986 0.50396 0.000 0.620 0.320 0.060
#> GSM282950 2 0.4804 0.46693 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM282951 2 0.3306 0.69167 0.000 0.840 0.156 0.004
#> GSM282952 2 0.3157 0.69768 0.000 0.852 0.144 0.004
#> GSM282953 2 0.4008 0.64626 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM282955 2 0.4801 0.66197 0.000 0.764 0.188 0.048
#> GSM282956 1 0.4776 0.37681 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM282959 2 0.1610 0.72583 0.000 0.952 0.016 0.032
#> GSM282966 4 0.4934 0.71930 0.000 0.028 0.252 0.720
#> GSM282968 2 0.4756 0.66695 0.000 0.772 0.176 0.052
#> GSM282974 4 0.0188 0.81540 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283016 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.4697 0.38729 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM283041 1 0.0376 0.78546 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM283043 2 0.3528 0.67587 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM282957 4 0.0376 0.81520 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM282958 4 0.0657 0.81476 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM282960 2 0.0921 0.72777 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282971 4 0.0188 0.81540 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283015 3 0.5099 0.31220 0.380 0.000 0.612 0.008
#> GSM282962 2 0.4477 0.46136 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM282963 2 0.0469 0.72411 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282977 2 0.0469 0.72411 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282978 2 0.0921 0.71998 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282987 2 0.0804 0.72494 0.000 0.980 0.008 0.012
#> GSM282988 2 0.0707 0.72237 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282989 2 0.2401 0.70036 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM282990 2 0.0707 0.72239 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282991 2 0.1004 0.72623 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM282992 2 0.5329 0.18401 0.000 0.568 0.012 0.420
#> GSM282993 4 0.0707 0.81418 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM282994 2 0.0469 0.72393 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282995 2 0.5512 -0.07939 0.000 0.496 0.016 0.488
#> GSM283020 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.4761 0.36501 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM282931 4 0.1902 0.80925 0.000 0.004 0.064 0.932
#> GSM282939 2 0.3975 0.58842 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM282981 3 0.4304 0.56387 0.000 0.284 0.716 0.000
#> GSM282983 2 0.4776 0.27554 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM282985 4 0.7591 0.07995 0.000 0.352 0.204 0.444
#> GSM283000 2 0.4951 0.55166 0.000 0.744 0.212 0.044
#> GSM283001 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 2 0.3123 0.63732 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM283003 3 0.4989 0.23142 0.000 0.472 0.528 0.000
#> GSM283004 2 0.0921 0.71998 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM283005 3 0.5698 0.39434 0.356 0.036 0.608 0.000
#> GSM283006 3 0.4643 0.40330 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM283007 3 0.4877 0.40191 0.000 0.408 0.592 0.000
#> GSM283008 3 0.3074 0.57805 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM283009 1 0.6840 -0.17208 0.468 0.100 0.432 0.000
#> GSM283010 3 0.4961 0.11089 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM283011 3 0.6587 0.54139 0.252 0.132 0.616 0.000
#> GSM283022 3 0.5170 0.53503 0.228 0.048 0.724 0.000
#> GSM283034 3 0.1302 0.62378 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM283049 3 0.4361 0.63026 0.020 0.208 0.772 0.000
#> GSM283051 1 0.4401 0.53958 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM282929 4 0.0336 0.81558 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM282933 4 0.3569 0.76173 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM282936 4 0.2011 0.80280 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM282937 1 0.0657 0.78215 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM282942 2 0.6103 0.57129 0.008 0.680 0.084 0.228
#> GSM282945 2 0.6393 0.52450 0.000 0.616 0.284 0.100
#> GSM282954 3 0.6207 -0.20192 0.000 0.452 0.496 0.052
#> GSM282961 2 0.1022 0.71985 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282964 4 0.0188 0.81540 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282965 2 0.3801 0.66430 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM282967 2 0.4981 0.29837 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM282969 4 0.0707 0.81689 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM282970 4 0.1867 0.80611 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM282972 4 0.0779 0.81510 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM282973 2 0.0817 0.72130 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282975 4 0.4932 0.60548 0.000 0.240 0.032 0.728
#> GSM282996 1 0.0188 0.78646 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282999 3 0.5320 0.03005 0.416 0.000 0.572 0.012
#> GSM283014 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.4406 0.45149 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM283026 4 0.4963 0.70653 0.000 0.020 0.284 0.696
#> GSM283029 1 0.3801 0.60299 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM283030 3 0.4378 0.54864 0.164 0.000 0.796 0.040
#> GSM283033 3 0.2281 0.62767 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM283035 4 0.3907 0.74034 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM283036 2 0.5000 0.24600 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM283038 3 0.5294 -0.38272 0.000 0.008 0.508 0.484
#> GSM283046 3 0.2053 0.59696 0.072 0.000 0.924 0.004
#> GSM283050 1 0.1118 0.77119 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM283053 4 0.4769 0.68775 0.000 0.008 0.308 0.684
#> GSM283055 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.4283 0.73173 0.000 0.004 0.256 0.740
#> GSM282928 4 0.2021 0.80775 0.000 0.024 0.040 0.936
#> GSM282930 2 0.4285 0.66577 0.000 0.804 0.040 0.156
#> GSM282932 2 0.4888 0.15920 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM282934 1 0.5050 0.33880 0.588 0.000 0.408 0.004
#> GSM282976 2 0.0592 0.72323 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282979 4 0.4040 0.60458 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM282998 4 0.2408 0.79421 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM283013 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.4277 0.50678 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM283018 3 0.6490 0.44135 0.000 0.204 0.640 0.156
#> GSM283025 4 0.2345 0.79615 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM283028 4 0.3801 0.74820 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM283032 3 0.3873 0.55141 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM283037 4 0.4594 0.71256 0.000 0.008 0.280 0.712
#> GSM283040 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 2 0.7179 0.22561 0.408 0.456 0.136 0.000
#> GSM283045 4 0.2530 0.79184 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM283048 3 0.4295 0.34988 0.000 0.008 0.752 0.240
#> GSM283052 3 0.1174 0.60385 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM283054 4 0.1305 0.81473 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM282980 1 0.4277 0.53284 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM282982 3 0.5775 0.38845 0.032 0.408 0.560 0.000
#> GSM282984 3 0.6078 0.54234 0.068 0.312 0.620 0.000
#> GSM282986 4 0.3074 0.77243 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM282997 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.78747 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.5182 0.68543 0.000 0.028 0.288 0.684
#> GSM283031 3 0.4248 0.61700 0.012 0.220 0.768 0.000
#> GSM283039 3 0.3926 0.56823 0.160 0.016 0.820 0.004
#> GSM283044 3 0.4188 0.44332 0.000 0.244 0.752 0.004
#> GSM283047 3 0.3172 0.56006 0.000 0.160 0.840 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.2032 0.71168 0.000 0.924 0.052 0.020 0.004
#> GSM282856 2 0.2790 0.70302 0.000 0.880 0.052 0.000 0.068
#> GSM282857 2 0.1502 0.71116 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004
#> GSM282858 2 0.2359 0.71051 0.000 0.912 0.036 0.044 0.008
#> GSM282859 2 0.2929 0.65844 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM282860 2 0.5948 0.10626 0.000 0.484 0.000 0.408 0.108
#> GSM282861 2 0.4967 0.59834 0.064 0.728 0.000 0.020 0.188
#> GSM282862 2 0.3318 0.65705 0.000 0.808 0.012 0.180 0.000
#> GSM282863 2 0.1430 0.70965 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> GSM282864 2 0.3548 0.64083 0.000 0.796 0.004 0.012 0.188
#> GSM282865 2 0.2770 0.67858 0.000 0.864 0.008 0.004 0.124
#> GSM282866 2 0.2722 0.67571 0.000 0.868 0.004 0.008 0.120
#> GSM282867 2 0.2464 0.68225 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> GSM282868 2 0.3326 0.65917 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> GSM282869 5 0.6904 0.38008 0.204 0.152 0.068 0.000 0.576
#> GSM282870 5 0.7003 0.31897 0.156 0.304 0.000 0.040 0.500
#> GSM282871 2 0.3304 0.64855 0.000 0.816 0.000 0.016 0.168
#> GSM282872 5 0.3693 0.55149 0.000 0.080 0.072 0.012 0.836
#> GSM282904 1 0.0162 0.76250 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3123 0.67324 0.000 0.812 0.184 0.004 0.000
#> GSM282913 4 0.3671 0.62458 0.000 0.236 0.008 0.756 0.000
#> GSM282915 2 0.1965 0.70422 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM282921 5 0.5963 0.45621 0.024 0.212 0.004 0.108 0.652
#> GSM282927 1 0.6924 0.18571 0.484 0.132 0.040 0.000 0.344
#> GSM282873 3 0.5539 0.54567 0.012 0.072 0.740 0.076 0.100
#> GSM282874 4 0.3835 0.70685 0.000 0.080 0.036 0.836 0.048
#> GSM282875 4 0.3541 0.71285 0.000 0.076 0.028 0.852 0.044
#> GSM282905 4 0.3011 0.72038 0.000 0.048 0.036 0.884 0.032
#> GSM282914 1 0.5661 0.58644 0.672 0.024 0.204 0.000 0.100
#> GSM282918 3 0.4445 0.57365 0.040 0.032 0.780 0.000 0.148
#> GSM282876 3 0.6394 0.12027 0.404 0.168 0.428 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.3003 0.67048 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM282878 4 0.5401 0.18765 0.000 0.404 0.060 0.536 0.000
#> GSM282879 4 0.6931 0.20364 0.012 0.272 0.260 0.456 0.000
#> GSM282880 2 0.3321 0.67951 0.000 0.832 0.032 0.136 0.000
#> GSM282881 1 0.6386 -0.00855 0.460 0.172 0.368 0.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.76144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.3039 0.66770 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.76144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.4126 0.40082 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.5252 0.39813 0.076 0.292 0.632 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.1195 0.74269 0.960 0.028 0.012 0.000 0.000
#> GSM282888 1 0.6365 0.18928 0.520 0.252 0.228 0.000 0.000
#> GSM282889 2 0.2920 0.69452 0.000 0.852 0.132 0.016 0.000
#> GSM282890 1 0.0671 0.75574 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> GSM282902 4 0.4675 0.40325 0.000 0.336 0.004 0.640 0.020
#> GSM282903 3 0.3291 0.64791 0.000 0.040 0.840 0.000 0.120
#> GSM282907 3 0.1943 0.66220 0.000 0.020 0.924 0.000 0.056
#> GSM282909 3 0.3961 0.59678 0.004 0.160 0.792 0.000 0.044
#> GSM282912 3 0.3837 0.41092 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000
#> GSM282920 5 0.7046 0.13909 0.296 0.000 0.212 0.024 0.468
#> GSM282924 2 0.5736 0.23152 0.000 0.512 0.088 0.000 0.400
#> GSM282891 1 0.2983 0.71248 0.864 0.000 0.096 0.000 0.040
#> GSM282892 3 0.7660 0.27660 0.288 0.084 0.488 0.128 0.012
#> GSM282893 3 0.2438 0.66517 0.000 0.040 0.900 0.000 0.060
#> GSM282894 1 0.6303 0.32540 0.528 0.000 0.204 0.000 0.268
#> GSM282895 3 0.2514 0.66202 0.000 0.060 0.896 0.000 0.044
#> GSM282896 3 0.4648 0.62088 0.000 0.156 0.740 0.000 0.104
#> GSM282897 3 0.1732 0.64521 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.1836 0.66354 0.000 0.032 0.932 0.000 0.036
#> GSM282899 5 0.7602 0.32211 0.228 0.080 0.216 0.000 0.476
#> GSM282900 5 0.6290 0.36621 0.000 0.012 0.216 0.188 0.584
#> GSM282901 3 0.3282 0.61150 0.000 0.000 0.804 0.008 0.188
#> GSM282906 3 0.2732 0.63537 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM282908 1 0.5355 0.48156 0.624 0.000 0.084 0.000 0.292
#> GSM282911 3 0.1638 0.65437 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004
#> GSM282916 3 0.3304 0.62462 0.004 0.000 0.840 0.028 0.128
#> GSM282919 3 0.3527 0.60487 0.000 0.016 0.792 0.000 0.192
#> GSM282923 3 0.4415 0.38615 0.000 0.008 0.604 0.000 0.388
#> GSM282917 2 0.6047 0.12996 0.000 0.480 0.120 0.000 0.400
#> GSM282922 4 0.7457 0.17263 0.116 0.000 0.148 0.524 0.212
#> GSM282926 5 0.5663 0.04898 0.000 0.412 0.080 0.000 0.508
#> GSM282925 2 0.7808 -0.04977 0.268 0.396 0.028 0.020 0.288
#> GSM282935 4 0.1216 0.73965 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM282938 2 0.6784 0.36320 0.000 0.528 0.044 0.120 0.308
#> GSM282940 2 0.3477 0.69650 0.000 0.832 0.112 0.056 0.000
#> GSM282941 2 0.2880 0.69542 0.000 0.868 0.020 0.108 0.004
#> GSM282943 1 0.0000 0.76144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.1408 0.71064 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008
#> GSM282946 2 0.6721 0.14337 0.340 0.404 0.256 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.5506 0.49093 0.000 0.656 0.004 0.120 0.220
#> GSM282948 2 0.3527 0.64567 0.000 0.792 0.016 0.000 0.192
#> GSM282949 2 0.3213 0.65965 0.000 0.836 0.004 0.016 0.144
#> GSM282950 2 0.4132 0.57236 0.000 0.720 0.020 0.000 0.260
#> GSM282951 2 0.2625 0.67717 0.000 0.876 0.000 0.016 0.108
#> GSM282952 2 0.2470 0.68035 0.000 0.884 0.000 0.012 0.104
#> GSM282953 2 0.3293 0.66057 0.000 0.824 0.008 0.008 0.160
#> GSM282955 2 0.3509 0.63342 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196
#> GSM282956 1 0.4752 0.40223 0.568 0.000 0.020 0.000 0.412
#> GSM282959 2 0.3164 0.70070 0.000 0.868 0.084 0.028 0.020
#> GSM282966 2 0.5530 0.32152 0.000 0.556 0.000 0.076 0.368
#> GSM282968 2 0.2783 0.67941 0.000 0.868 0.004 0.012 0.116
#> GSM282974 4 0.1386 0.74123 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM283016 1 0.0000 0.76144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.76144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 5 0.6734 0.14130 0.292 0.000 0.292 0.000 0.416
#> GSM283041 1 0.1444 0.75988 0.948 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM283043 2 0.4769 0.57859 0.000 0.688 0.056 0.000 0.256
#> GSM282957 4 0.3776 0.70771 0.000 0.076 0.036 0.840 0.048
#> GSM282958 4 0.4113 0.69972 0.000 0.084 0.044 0.820 0.052
#> GSM282960 2 0.4165 0.52395 0.000 0.672 0.320 0.000 0.008
#> GSM282971 4 0.3541 0.71285 0.000 0.076 0.028 0.852 0.044
#> GSM283015 5 0.8476 0.05278 0.284 0.024 0.252 0.080 0.360
#> GSM282962 2 0.5227 0.58252 0.000 0.676 0.116 0.208 0.000
#> GSM282963 2 0.3636 0.58424 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.4030 0.44978 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM282978 3 0.4015 0.33397 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.3707 0.57453 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM282988 3 0.4015 0.33325 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.3152 0.69306 0.000 0.840 0.136 0.024 0.000
#> GSM282990 2 0.4273 0.23423 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.3419 0.67229 0.000 0.804 0.180 0.016 0.000
#> GSM282992 4 0.6418 -0.04808 0.000 0.408 0.172 0.420 0.000
#> GSM282993 4 0.2573 0.72565 0.000 0.104 0.000 0.880 0.016
#> GSM282994 2 0.3816 0.54176 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.4098 0.66984 0.000 0.780 0.064 0.156 0.000
#> GSM283020 1 0.1568 0.75736 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> GSM283023 3 0.6809 -0.10249 0.304 0.000 0.364 0.000 0.332
#> GSM282931 4 0.1197 0.73750 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM282939 2 0.6300 0.22919 0.000 0.488 0.164 0.348 0.000
#> GSM282981 3 0.4415 0.37514 0.000 0.008 0.604 0.000 0.388
#> GSM282983 3 0.2520 0.66123 0.000 0.048 0.896 0.000 0.056
#> GSM282985 3 0.7162 0.04401 0.000 0.036 0.404 0.392 0.168
#> GSM283000 3 0.2943 0.64096 0.000 0.060 0.880 0.052 0.008
#> GSM283001 1 0.0290 0.76318 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.1942 0.65375 0.000 0.068 0.920 0.000 0.012
#> GSM283003 3 0.2909 0.64335 0.000 0.012 0.848 0.000 0.140
#> GSM283004 3 0.3430 0.55056 0.004 0.220 0.776 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.4444 0.56111 0.088 0.000 0.756 0.000 0.156
#> GSM283006 3 0.6442 0.13837 0.196 0.000 0.480 0.000 0.324
#> GSM283007 3 0.3612 0.59448 0.000 0.008 0.764 0.000 0.228
#> GSM283008 5 0.4636 0.49627 0.036 0.044 0.152 0.000 0.768
#> GSM283009 1 0.7151 0.11428 0.436 0.032 0.184 0.000 0.348
#> GSM283010 4 0.5222 0.43569 0.000 0.000 0.196 0.680 0.124
#> GSM283011 3 0.3655 0.61619 0.036 0.000 0.804 0.000 0.160
#> GSM283022 3 0.4318 0.50578 0.020 0.000 0.688 0.000 0.292
#> GSM283034 5 0.3757 0.43464 0.000 0.020 0.208 0.000 0.772
#> GSM283049 3 0.4074 0.38688 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM283051 1 0.6309 0.47400 0.600 0.000 0.108 0.036 0.256
#> GSM282929 4 0.1965 0.74111 0.000 0.052 0.000 0.924 0.024
#> GSM282933 4 0.3395 0.66338 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM282936 4 0.2329 0.72952 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM282937 1 0.1809 0.74587 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> GSM282942 2 0.3385 0.70297 0.000 0.856 0.044 0.016 0.084
#> GSM282945 2 0.5295 0.52735 0.000 0.628 0.064 0.004 0.304
#> GSM282954 2 0.5310 0.21486 0.000 0.532 0.024 0.016 0.428
#> GSM282961 3 0.5069 0.33842 0.000 0.328 0.620 0.000 0.052
#> GSM282964 4 0.1768 0.73991 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> GSM282965 2 0.4490 0.61415 0.000 0.724 0.052 0.000 0.224
#> GSM282967 5 0.6019 0.19088 0.000 0.380 0.120 0.000 0.500
#> GSM282969 4 0.4813 0.63385 0.016 0.048 0.000 0.724 0.212
#> GSM282970 4 0.2605 0.72134 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM282972 4 0.4453 0.62535 0.000 0.228 0.000 0.724 0.048
#> GSM282973 2 0.4404 0.54632 0.000 0.684 0.292 0.000 0.024
#> GSM282975 2 0.3819 0.58401 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016
#> GSM282996 1 0.0963 0.75405 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM282999 5 0.4750 0.48476 0.140 0.036 0.012 0.036 0.776
#> GSM283014 1 0.0290 0.76108 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM283019 5 0.6612 0.25363 0.252 0.000 0.208 0.012 0.528
#> GSM283026 5 0.6462 0.10477 0.000 0.356 0.000 0.188 0.456
#> GSM283029 1 0.3667 0.68150 0.812 0.000 0.048 0.000 0.140
#> GSM283030 5 0.6160 0.36982 0.008 0.000 0.184 0.216 0.592
#> GSM283033 5 0.4254 0.53792 0.000 0.148 0.080 0.000 0.772
#> GSM283035 4 0.4367 0.48992 0.000 0.008 0.000 0.620 0.372
#> GSM283036 2 0.5834 0.33868 0.000 0.588 0.136 0.000 0.276
#> GSM283038 5 0.6718 0.31515 0.000 0.264 0.032 0.156 0.548
#> GSM283046 5 0.3418 0.55454 0.000 0.072 0.056 0.016 0.856
#> GSM283050 1 0.1121 0.76089 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM283053 5 0.6702 0.23951 0.000 0.248 0.012 0.228 0.512
#> GSM283055 1 0.2514 0.71313 0.896 0.044 0.000 0.000 0.060
#> GSM283056 4 0.4793 0.59449 0.000 0.068 0.000 0.700 0.232
#> GSM282928 2 0.5744 0.33921 0.000 0.564 0.000 0.332 0.104
#> GSM282930 2 0.3085 0.69764 0.000 0.852 0.116 0.032 0.000
#> GSM282932 3 0.3123 0.63641 0.000 0.012 0.828 0.000 0.160
#> GSM282934 1 0.4934 0.36519 0.544 0.000 0.004 0.020 0.432
#> GSM282976 2 0.4302 0.15010 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000
#> GSM282979 4 0.4010 0.62883 0.000 0.208 0.032 0.760 0.000
#> GSM282998 4 0.2074 0.73293 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM283013 1 0.0000 0.76144 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 5 0.4467 0.23896 0.000 0.016 0.344 0.000 0.640
#> GSM283018 3 0.6801 -0.02696 0.000 0.008 0.424 0.204 0.364
#> GSM283025 4 0.2020 0.73375 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM283028 4 0.2773 0.71635 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM283032 5 0.5058 0.22322 0.000 0.040 0.384 0.000 0.576
#> GSM283037 5 0.6191 -0.13628 0.000 0.136 0.000 0.428 0.436
#> GSM283040 1 0.4268 0.64456 0.772 0.000 0.172 0.008 0.048
#> GSM283042 1 0.7434 0.11289 0.476 0.304 0.088 0.000 0.132
#> GSM283045 4 0.2127 0.73224 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM283048 5 0.3178 0.54844 0.000 0.036 0.024 0.068 0.872
#> GSM283052 5 0.3223 0.55222 0.000 0.052 0.064 0.016 0.868
#> GSM283054 4 0.3934 0.70434 0.036 0.008 0.000 0.796 0.160
#> GSM282980 1 0.6186 0.40050 0.572 0.000 0.184 0.004 0.240
#> GSM282982 3 0.2997 0.64472 0.000 0.012 0.840 0.000 0.148
#> GSM282984 3 0.3582 0.59967 0.000 0.008 0.768 0.000 0.224
#> GSM282986 4 0.2813 0.71105 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM282997 1 0.1251 0.76077 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> GSM283012 1 0.1965 0.74883 0.924 0.000 0.052 0.000 0.024
#> GSM283027 4 0.5061 0.40210 0.000 0.012 0.020 0.580 0.388
#> GSM283031 3 0.4300 0.19853 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM283039 5 0.4552 0.20534 0.012 0.000 0.352 0.004 0.632
#> GSM283044 3 0.4961 0.33278 0.000 0.028 0.596 0.004 0.372
#> GSM283047 5 0.5167 -0.04024 0.000 0.012 0.452 0.020 0.516
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.2799 0.56723 0.000 0.852 0.012 0.000 0.012 0.124
#> GSM282856 2 0.2738 0.55476 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176 0.000
#> GSM282857 2 0.1398 0.58091 0.000 0.940 0.008 0.000 0.052 0.000
#> GSM282858 2 0.3097 0.55330 0.000 0.828 0.008 0.008 0.008 0.148
#> GSM282859 2 0.3799 0.55177 0.000 0.804 0.008 0.068 0.008 0.112
#> GSM282860 2 0.6144 0.39331 0.000 0.572 0.000 0.200 0.176 0.052
#> GSM282861 2 0.4563 0.48955 0.052 0.688 0.000 0.008 0.248 0.004
#> GSM282862 2 0.3475 0.56470 0.000 0.828 0.008 0.104 0.008 0.052
#> GSM282863 2 0.1349 0.58040 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056 0.000
#> GSM282864 2 0.3734 0.50265 0.000 0.716 0.000 0.000 0.264 0.020
#> GSM282865 2 0.3606 0.50822 0.000 0.728 0.000 0.000 0.256 0.016
#> GSM282866 2 0.4875 0.45877 0.000 0.636 0.000 0.000 0.260 0.104
#> GSM282867 2 0.3978 0.52566 0.000 0.744 0.000 0.000 0.192 0.064
#> GSM282868 2 0.3881 0.50716 0.000 0.720 0.000 0.004 0.252 0.024
#> GSM282869 5 0.5846 0.17245 0.040 0.124 0.012 0.000 0.632 0.192
#> GSM282870 5 0.7331 0.08192 0.064 0.280 0.000 0.048 0.464 0.144
#> GSM282871 2 0.4946 0.44273 0.000 0.616 0.000 0.000 0.284 0.100
#> GSM282872 5 0.5024 0.34711 0.000 0.072 0.036 0.212 0.680 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.72075 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3936 0.52284 0.000 0.772 0.140 0.000 0.004 0.084
#> GSM282913 4 0.6199 0.23689 0.000 0.292 0.004 0.448 0.004 0.252
#> GSM282915 2 0.1845 0.57878 0.000 0.920 0.052 0.000 0.028 0.000
#> GSM282921 5 0.6277 0.27632 0.012 0.196 0.000 0.252 0.524 0.016
#> GSM282927 1 0.7163 0.09995 0.416 0.188 0.032 0.008 0.332 0.024
#> GSM282873 6 0.2902 0.74914 0.008 0.004 0.064 0.008 0.040 0.876
#> GSM282874 6 0.1349 0.76636 0.000 0.004 0.000 0.056 0.000 0.940
#> GSM282875 6 0.1556 0.75865 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM282905 6 0.1663 0.74836 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> GSM282914 6 0.5273 0.58061 0.132 0.000 0.056 0.000 0.124 0.688
#> GSM282918 6 0.4804 0.60009 0.012 0.000 0.140 0.000 0.148 0.700
#> GSM282876 3 0.5918 0.28313 0.308 0.204 0.484 0.000 0.000 0.004
#> GSM282877 2 0.2883 0.48701 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 4 0.6313 0.24459 0.000 0.352 0.064 0.480 0.000 0.104
#> GSM282879 2 0.7679 -0.05754 0.012 0.328 0.288 0.116 0.000 0.256
#> GSM282880 2 0.3496 0.53532 0.000 0.804 0.004 0.140 0.000 0.052
#> GSM282881 1 0.6044 -0.00182 0.440 0.220 0.336 0.000 0.000 0.004
#> GSM282882 1 0.0260 0.71890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282883 2 0.3101 0.45518 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0260 0.71890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282885 2 0.4234 0.00126 0.000 0.544 0.440 0.000 0.000 0.016
#> GSM282886 3 0.3887 0.37668 0.008 0.360 0.632 0.000 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.2400 0.63555 0.872 0.116 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM282888 1 0.7074 0.00101 0.396 0.272 0.272 0.052 0.000 0.008
#> GSM282889 2 0.2726 0.55087 0.000 0.856 0.112 0.000 0.000 0.032
#> GSM282890 1 0.0767 0.71463 0.976 0.012 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM282902 2 0.6158 -0.01014 0.000 0.424 0.008 0.424 0.020 0.124
#> GSM282903 3 0.2009 0.64997 0.000 0.024 0.908 0.000 0.068 0.000
#> GSM282907 3 0.2672 0.64394 0.000 0.020 0.884 0.000 0.048 0.048
#> GSM282909 3 0.4179 0.58394 0.004 0.216 0.732 0.000 0.040 0.008
#> GSM282912 3 0.3636 0.44005 0.000 0.320 0.676 0.000 0.000 0.004
#> GSM282920 5 0.7848 0.17239 0.200 0.000 0.308 0.120 0.344 0.028
#> GSM282924 2 0.4647 0.32615 0.000 0.568 0.012 0.008 0.400 0.012
#> GSM282891 1 0.4278 0.60915 0.748 0.000 0.140 0.000 0.104 0.008
#> GSM282892 3 0.6412 0.51196 0.056 0.204 0.596 0.120 0.020 0.004
#> GSM282893 3 0.2164 0.65249 0.000 0.068 0.900 0.000 0.032 0.000
#> GSM282894 1 0.6315 0.17891 0.416 0.000 0.312 0.000 0.260 0.012
#> GSM282895 3 0.2843 0.64099 0.000 0.116 0.848 0.000 0.036 0.000
#> GSM282896 3 0.4283 0.61188 0.000 0.180 0.724 0.000 0.096 0.000
#> GSM282897 3 0.2482 0.61905 0.000 0.148 0.848 0.000 0.004 0.000
#> GSM282898 3 0.0820 0.65127 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016 0.000
#> GSM282899 3 0.7752 -0.06024 0.156 0.064 0.416 0.064 0.296 0.004
#> GSM282900 5 0.6915 0.22059 0.000 0.008 0.316 0.288 0.356 0.032
#> GSM282901 3 0.3865 0.59291 0.000 0.004 0.792 0.056 0.136 0.012
#> GSM282906 3 0.3441 0.57857 0.004 0.000 0.784 0.000 0.188 0.024
#> GSM282908 1 0.5763 0.43523 0.540 0.000 0.112 0.000 0.324 0.024
#> GSM282911 3 0.2146 0.63519 0.000 0.116 0.880 0.000 0.004 0.000
#> GSM282916 3 0.3499 0.60735 0.004 0.000 0.820 0.024 0.128 0.024
#> GSM282919 3 0.2587 0.63102 0.000 0.004 0.864 0.008 0.120 0.004
#> GSM282923 3 0.3265 0.56616 0.000 0.000 0.748 0.000 0.248 0.004
#> GSM282917 2 0.4185 0.23228 0.000 0.496 0.012 0.000 0.492 0.000
#> GSM282922 4 0.8442 0.12576 0.072 0.004 0.196 0.364 0.148 0.216
#> GSM282926 5 0.4606 -0.17931 0.000 0.448 0.004 0.016 0.524 0.008
#> GSM282925 2 0.6612 0.15952 0.152 0.472 0.000 0.028 0.328 0.020
#> GSM282935 4 0.3426 0.56049 0.000 0.012 0.000 0.764 0.004 0.220
#> GSM282938 2 0.6405 0.33682 0.000 0.524 0.028 0.104 0.312 0.032
#> GSM282940 2 0.4004 0.53921 0.000 0.796 0.084 0.036 0.000 0.084
#> GSM282941 2 0.3047 0.56501 0.000 0.848 0.000 0.084 0.004 0.064
#> GSM282943 1 0.0363 0.71951 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282944 2 0.1265 0.58090 0.000 0.948 0.008 0.000 0.044 0.000
#> GSM282946 2 0.6169 0.00518 0.320 0.408 0.268 0.000 0.000 0.004
#> GSM282947 6 0.5935 -0.00809 0.000 0.324 0.000 0.004 0.200 0.472
#> GSM282948 2 0.4740 0.45624 0.000 0.632 0.004 0.000 0.300 0.064
#> GSM282949 2 0.5851 0.30949 0.000 0.484 0.000 0.000 0.236 0.280
#> GSM282950 2 0.5426 0.33324 0.000 0.516 0.000 0.000 0.356 0.128
#> GSM282951 2 0.4760 0.48323 0.000 0.668 0.000 0.000 0.212 0.120
#> GSM282952 2 0.4386 0.50534 0.000 0.708 0.000 0.000 0.200 0.092
#> GSM282953 2 0.4801 0.45275 0.000 0.632 0.000 0.000 0.280 0.088
#> GSM282955 2 0.4236 0.46811 0.000 0.656 0.000 0.000 0.308 0.036
#> GSM282956 1 0.5471 0.37011 0.472 0.000 0.036 0.000 0.444 0.048
#> GSM282959 2 0.5190 0.21616 0.000 0.528 0.096 0.000 0.000 0.376
#> GSM282966 2 0.5561 0.23096 0.000 0.484 0.000 0.080 0.416 0.020
#> GSM282968 2 0.3566 0.51759 0.000 0.744 0.000 0.000 0.236 0.020
#> GSM282974 4 0.3189 0.63698 0.000 0.056 0.000 0.840 0.008 0.096
#> GSM283016 1 0.0547 0.72242 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM283021 1 0.0000 0.72075 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 5 0.6529 0.09847 0.212 0.000 0.336 0.000 0.420 0.032
#> GSM283041 1 0.3493 0.69691 0.840 0.000 0.004 0.060 0.060 0.036
#> GSM283043 2 0.4096 0.47732 0.000 0.672 0.008 0.016 0.304 0.000
#> GSM282957 6 0.1444 0.76365 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM282958 6 0.1429 0.76702 0.000 0.004 0.004 0.052 0.000 0.940
#> GSM282960 2 0.4325 0.35859 0.000 0.660 0.304 0.008 0.000 0.028
#> GSM282971 6 0.1556 0.75937 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM283015 6 0.3477 0.71481 0.032 0.000 0.036 0.008 0.084 0.840
#> GSM282962 2 0.6233 0.37571 0.000 0.592 0.100 0.152 0.000 0.156
#> GSM282963 2 0.3804 0.06636 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.3843 -0.02044 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 3 0.3727 0.33940 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.4018 0.09463 0.000 0.580 0.412 0.000 0.000 0.008
#> GSM282988 3 0.3765 0.31889 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.3062 0.53444 0.000 0.824 0.144 0.000 0.000 0.032
#> GSM282990 3 0.3860 0.17658 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.3766 0.34113 0.000 0.684 0.304 0.000 0.000 0.012
#> GSM282992 2 0.7408 0.06286 0.000 0.388 0.264 0.180 0.000 0.168
#> GSM282993 4 0.3610 0.61357 0.000 0.104 0.004 0.804 0.000 0.088
#> GSM282994 2 0.3774 0.11838 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.4690 0.49855 0.000 0.736 0.044 0.080 0.000 0.140
#> GSM283020 1 0.2231 0.71980 0.908 0.000 0.048 0.000 0.028 0.016
#> GSM283023 5 0.6578 0.05041 0.220 0.000 0.364 0.000 0.384 0.032
#> GSM282931 4 0.0858 0.69305 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> GSM282939 2 0.6385 0.28105 0.000 0.532 0.272 0.088 0.000 0.108
#> GSM282981 3 0.3893 0.56892 0.000 0.000 0.744 0.016 0.220 0.020
#> GSM282983 3 0.2129 0.65025 0.000 0.040 0.904 0.000 0.056 0.000
#> GSM282985 3 0.5678 0.39516 0.000 0.032 0.612 0.244 0.108 0.004
#> GSM283000 3 0.3020 0.64306 0.000 0.100 0.856 0.004 0.016 0.024
#> GSM283001 1 0.1053 0.72710 0.964 0.000 0.020 0.000 0.004 0.012
#> GSM283002 3 0.2313 0.64459 0.000 0.100 0.884 0.000 0.012 0.004
#> GSM283003 3 0.2378 0.62430 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM283004 3 0.3309 0.50253 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.4020 0.53116 0.044 0.000 0.744 0.000 0.204 0.008
#> GSM283006 3 0.5312 0.38260 0.108 0.000 0.620 0.000 0.256 0.016
#> GSM283007 3 0.3933 0.54948 0.000 0.000 0.716 0.000 0.248 0.036
#> GSM283008 5 0.6270 0.44373 0.076 0.072 0.164 0.052 0.636 0.000
#> GSM283009 1 0.6666 0.14933 0.400 0.020 0.248 0.008 0.324 0.000
#> GSM283010 4 0.7189 0.17625 0.004 0.000 0.256 0.420 0.088 0.232
#> GSM283011 3 0.3243 0.56342 0.004 0.000 0.780 0.000 0.208 0.008
#> GSM283022 3 0.3818 0.51970 0.004 0.000 0.720 0.004 0.260 0.012
#> GSM283034 5 0.4781 0.32588 0.000 0.036 0.248 0.020 0.684 0.012
#> GSM283049 3 0.3592 0.44855 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM283051 1 0.7504 0.41643 0.520 0.000 0.152 0.092 0.144 0.092
#> GSM282929 4 0.4175 0.60808 0.000 0.072 0.000 0.780 0.036 0.112
#> GSM282933 4 0.1493 0.68571 0.000 0.004 0.000 0.936 0.056 0.004
#> GSM282936 4 0.1401 0.69550 0.000 0.004 0.000 0.948 0.028 0.020
#> GSM282937 1 0.3423 0.67996 0.832 0.000 0.000 0.096 0.048 0.024
#> GSM282942 2 0.2442 0.56713 0.000 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM282945 2 0.6387 0.27667 0.000 0.496 0.040 0.184 0.280 0.000
#> GSM282954 2 0.5990 0.30858 0.000 0.500 0.004 0.016 0.344 0.136
#> GSM282961 6 0.5971 0.45779 0.000 0.196 0.244 0.004 0.012 0.544
#> GSM282964 4 0.1003 0.69599 0.000 0.004 0.000 0.964 0.028 0.004
#> GSM282965 2 0.3972 0.46710 0.000 0.664 0.012 0.004 0.320 0.000
#> GSM282967 5 0.4546 -0.09453 0.000 0.388 0.012 0.000 0.580 0.020
#> GSM282969 4 0.6232 0.47272 0.080 0.032 0.000 0.608 0.220 0.060
#> GSM282970 4 0.1946 0.68712 0.000 0.004 0.000 0.912 0.072 0.012
#> GSM282972 4 0.7284 0.11059 0.000 0.260 0.000 0.372 0.104 0.264
#> GSM282973 2 0.6175 0.17553 0.000 0.488 0.192 0.000 0.020 0.300
#> GSM282975 2 0.5917 0.29087 0.000 0.520 0.004 0.200 0.004 0.272
#> GSM282996 1 0.2103 0.70936 0.912 0.000 0.000 0.056 0.012 0.020
#> GSM282999 5 0.6801 0.23395 0.224 0.024 0.028 0.240 0.484 0.000
#> GSM283014 1 0.0622 0.72183 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM283019 5 0.7663 0.20201 0.192 0.000 0.296 0.116 0.376 0.020
#> GSM283026 5 0.6058 0.14440 0.000 0.304 0.000 0.240 0.452 0.004
#> GSM283029 1 0.4606 0.63871 0.732 0.000 0.044 0.004 0.180 0.040
#> GSM283030 5 0.6760 0.29442 0.008 0.000 0.240 0.220 0.484 0.048
#> GSM283033 5 0.3969 0.22286 0.000 0.276 0.012 0.000 0.700 0.012
#> GSM283035 4 0.3018 0.60398 0.000 0.012 0.000 0.816 0.168 0.004
#> GSM283036 2 0.5481 0.17407 0.004 0.472 0.048 0.000 0.448 0.028
#> GSM283038 5 0.6070 0.15517 0.000 0.164 0.016 0.360 0.460 0.000
#> GSM283046 5 0.4971 0.36765 0.000 0.064 0.048 0.192 0.696 0.000
#> GSM283050 1 0.2405 0.71517 0.892 0.000 0.008 0.004 0.080 0.016
#> GSM283053 5 0.6049 0.06857 0.000 0.168 0.012 0.408 0.412 0.000
#> GSM283055 1 0.3289 0.63710 0.836 0.092 0.000 0.004 0.064 0.004
#> GSM283056 4 0.4167 0.45743 0.000 0.056 0.000 0.708 0.236 0.000
#> GSM282928 2 0.5757 0.40296 0.000 0.596 0.000 0.220 0.156 0.028
#> GSM282930 2 0.3304 0.55610 0.000 0.836 0.100 0.048 0.000 0.016
#> GSM282932 3 0.3159 0.63179 0.004 0.016 0.844 0.000 0.112 0.024
#> GSM282934 1 0.6502 0.37242 0.500 0.000 0.016 0.124 0.320 0.040
#> GSM282976 3 0.3867 0.14107 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 4 0.5737 0.38750 0.000 0.248 0.016 0.572 0.000 0.164
#> GSM282998 4 0.0837 0.69483 0.000 0.004 0.000 0.972 0.020 0.004
#> GSM283013 1 0.0146 0.72157 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283017 5 0.3997 -0.17850 0.000 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004
#> GSM283018 3 0.5613 0.37198 0.000 0.000 0.588 0.116 0.272 0.024
#> GSM283025 4 0.0891 0.69429 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM283028 4 0.1769 0.68650 0.000 0.004 0.000 0.924 0.060 0.012
#> GSM283032 5 0.6419 0.00658 0.008 0.004 0.272 0.000 0.368 0.348
#> GSM283037 4 0.5509 0.09239 0.000 0.120 0.004 0.512 0.364 0.000
#> GSM283040 1 0.5785 0.52369 0.632 0.000 0.208 0.004 0.080 0.076
#> GSM283042 1 0.7498 0.08501 0.404 0.296 0.184 0.012 0.100 0.004
#> GSM283045 4 0.0993 0.69268 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM283048 5 0.5057 0.34520 0.000 0.060 0.020 0.220 0.684 0.016
#> GSM283052 5 0.5820 0.34430 0.000 0.044 0.120 0.240 0.596 0.000
#> GSM283054 4 0.2876 0.65073 0.008 0.024 0.000 0.860 0.104 0.004
#> GSM282980 3 0.6440 -0.09972 0.392 0.000 0.400 0.004 0.180 0.024
#> GSM282982 3 0.1970 0.63848 0.000 0.000 0.900 0.000 0.092 0.008
#> GSM282984 3 0.2340 0.62520 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM282986 4 0.1657 0.68299 0.000 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM282997 1 0.1679 0.72491 0.936 0.000 0.028 0.000 0.028 0.008
#> GSM283012 1 0.2752 0.69540 0.864 0.000 0.096 0.000 0.036 0.004
#> GSM283027 4 0.4614 0.38293 0.000 0.016 0.040 0.660 0.284 0.000
#> GSM283031 3 0.3819 0.41476 0.000 0.000 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM283039 5 0.5105 -0.04364 0.004 0.000 0.420 0.028 0.524 0.024
#> GSM283044 3 0.5256 0.41336 0.000 0.012 0.648 0.120 0.216 0.004
#> GSM283047 3 0.5631 0.37286 0.000 0.008 0.592 0.056 0.300 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> SD:NMF 183 1.000000 2.42e-01 4.45e-03 2
#> SD:NMF 187 0.133228 1.84e-04 4.84e-04 3
#> SD:NMF 143 0.269475 1.07e-04 7.07e-06 4
#> SD:NMF 128 0.027749 8.43e-06 2.27e-13 5
#> SD:NMF 99 0.000259 8.73e-07 8.69e-29 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.376 0.665 0.856 0.3273 0.739 0.739
#> 3 3 0.281 0.724 0.806 0.5922 0.734 0.649
#> 4 4 0.312 0.623 0.721 0.1363 0.971 0.943
#> 5 5 0.366 0.554 0.725 0.1515 0.854 0.703
#> 6 6 0.425 0.530 0.704 0.0593 0.925 0.796
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0672 0.8201 0.008 0.992
#> GSM282858 2 0.2948 0.8070 0.052 0.948
#> GSM282859 2 0.2948 0.8070 0.052 0.948
#> GSM282860 2 0.9427 0.3359 0.360 0.640
#> GSM282861 2 0.9427 0.3359 0.360 0.640
#> GSM282862 2 0.2778 0.8090 0.048 0.952
#> GSM282863 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.9427 0.3385 0.360 0.640
#> GSM282865 2 0.9393 0.3474 0.356 0.644
#> GSM282866 2 0.9427 0.3385 0.360 0.640
#> GSM282867 2 0.9358 0.3586 0.352 0.648
#> GSM282868 2 0.9661 0.2456 0.392 0.608
#> GSM282869 1 0.8661 0.5537 0.712 0.288
#> GSM282870 1 0.9866 0.3203 0.568 0.432
#> GSM282871 2 0.9661 0.2456 0.392 0.608
#> GSM282872 2 0.3431 0.8180 0.064 0.936
#> GSM282904 1 0.4562 0.7057 0.904 0.096
#> GSM282910 2 0.1843 0.8196 0.028 0.972
#> GSM282913 2 0.1843 0.8196 0.028 0.972
#> GSM282915 2 0.1414 0.8213 0.020 0.980
#> GSM282921 2 0.4431 0.8026 0.092 0.908
#> GSM282927 2 0.4690 0.7948 0.100 0.900
#> GSM282873 2 0.5629 0.7580 0.132 0.868
#> GSM282874 2 0.9580 0.2819 0.380 0.620
#> GSM282875 2 0.9580 0.2819 0.380 0.620
#> GSM282905 2 0.9580 0.2819 0.380 0.620
#> GSM282914 2 0.7528 0.6966 0.216 0.784
#> GSM282918 2 0.7528 0.6966 0.216 0.784
#> GSM282876 2 0.1843 0.8207 0.028 0.972
#> GSM282877 2 0.0672 0.8196 0.008 0.992
#> GSM282878 2 0.1633 0.8203 0.024 0.976
#> GSM282879 2 0.0938 0.8195 0.012 0.988
#> GSM282880 2 0.8861 0.4659 0.304 0.696
#> GSM282881 2 0.1843 0.8207 0.028 0.972
#> GSM282882 2 0.6438 0.7511 0.164 0.836
#> GSM282883 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282884 2 0.6438 0.7511 0.164 0.836
#> GSM282885 2 0.0938 0.8195 0.012 0.988
#> GSM282886 2 0.0938 0.8212 0.012 0.988
#> GSM282887 2 0.6438 0.7511 0.164 0.836
#> GSM282888 2 0.4939 0.7905 0.108 0.892
#> GSM282889 2 0.1414 0.8195 0.020 0.980
#> GSM282890 2 0.5519 0.7763 0.128 0.872
#> GSM282902 2 0.2603 0.8132 0.044 0.956
#> GSM282903 2 0.0938 0.8208 0.012 0.988
#> GSM282907 2 0.0672 0.8204 0.008 0.992
#> GSM282909 2 0.1184 0.8210 0.016 0.984
#> GSM282912 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282920 2 0.4298 0.8022 0.088 0.912
#> GSM282924 2 0.2236 0.8226 0.036 0.964
#> GSM282891 1 0.4562 0.7057 0.904 0.096
#> GSM282892 2 0.4690 0.8029 0.100 0.900
#> GSM282893 2 0.1633 0.8217 0.024 0.976
#> GSM282894 2 0.9896 0.1028 0.440 0.560
#> GSM282895 2 0.1633 0.8217 0.024 0.976
#> GSM282896 2 0.1633 0.8217 0.024 0.976
#> GSM282897 2 0.0672 0.8202 0.008 0.992
#> GSM282898 2 0.0672 0.8204 0.008 0.992
#> GSM282899 2 0.4298 0.8018 0.088 0.912
#> GSM282900 2 0.4022 0.8051 0.080 0.920
#> GSM282901 2 0.4298 0.7985 0.088 0.912
#> GSM282906 2 0.0672 0.8204 0.008 0.992
#> GSM282908 1 0.0376 0.7123 0.996 0.004
#> GSM282911 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282916 2 0.4161 0.8001 0.084 0.916
#> GSM282919 2 0.1184 0.8210 0.016 0.984
#> GSM282923 2 0.4161 0.8014 0.084 0.916
#> GSM282917 2 0.3879 0.8034 0.076 0.924
#> GSM282922 2 0.6531 0.7551 0.168 0.832
#> GSM282926 2 0.4431 0.7942 0.092 0.908
#> GSM282925 2 0.4431 0.7942 0.092 0.908
#> GSM282935 2 0.2778 0.8126 0.048 0.952
#> GSM282938 2 0.0938 0.8218 0.012 0.988
#> GSM282940 2 0.2603 0.8114 0.044 0.956
#> GSM282941 2 0.2778 0.8090 0.048 0.952
#> GSM282943 1 0.9732 0.3491 0.596 0.404
#> GSM282944 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.7883 0.5894 0.236 0.764
#> GSM282948 2 0.8443 0.5262 0.272 0.728
#> GSM282949 2 0.9427 0.3385 0.360 0.640
#> GSM282950 2 0.9661 0.2456 0.392 0.608
#> GSM282951 2 0.3114 0.8060 0.056 0.944
#> GSM282952 2 0.3114 0.8060 0.056 0.944
#> GSM282953 2 0.7883 0.5894 0.236 0.764
#> GSM282955 2 0.9427 0.3385 0.360 0.640
#> GSM282956 1 0.3274 0.7103 0.940 0.060
#> GSM282959 2 0.1843 0.8184 0.028 0.972
#> GSM282966 2 0.9491 0.3299 0.368 0.632
#> GSM282968 2 0.9358 0.3586 0.352 0.648
#> GSM282974 2 0.9491 0.3152 0.368 0.632
#> GSM283016 1 0.1633 0.7171 0.976 0.024
#> GSM283021 1 0.4815 0.7026 0.896 0.104
#> GSM283024 2 0.5178 0.7818 0.116 0.884
#> GSM283041 1 0.0376 0.7123 0.996 0.004
#> GSM283043 2 0.4161 0.8002 0.084 0.916
#> GSM282957 2 0.9580 0.2819 0.380 0.620
#> GSM282958 2 0.9580 0.2819 0.380 0.620
#> GSM282960 2 0.1633 0.8193 0.024 0.976
#> GSM282971 2 0.9580 0.2819 0.380 0.620
#> GSM283015 2 0.7528 0.6966 0.216 0.784
#> GSM282962 2 0.2603 0.8114 0.044 0.956
#> GSM282963 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282977 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282978 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282987 2 0.0672 0.8196 0.008 0.992
#> GSM282988 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282989 2 0.0938 0.8195 0.012 0.988
#> GSM282990 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282991 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282992 2 0.0938 0.8195 0.012 0.988
#> GSM282993 2 0.9460 0.3255 0.364 0.636
#> GSM282994 2 0.0376 0.8196 0.004 0.996
#> GSM282995 2 0.2603 0.8114 0.044 0.956
#> GSM283020 1 0.4815 0.7026 0.896 0.104
#> GSM283023 2 0.5178 0.7818 0.116 0.884
#> GSM282931 2 0.2423 0.8156 0.040 0.960
#> GSM282939 2 0.2603 0.8114 0.044 0.956
#> GSM282981 2 0.1184 0.8210 0.016 0.984
#> GSM282983 2 0.0376 0.8205 0.004 0.996
#> GSM282985 2 0.2423 0.8156 0.040 0.960
#> GSM283000 2 0.2423 0.8156 0.040 0.960
#> GSM283001 1 0.9732 0.3491 0.596 0.404
#> GSM283002 2 0.0672 0.8202 0.008 0.992
#> GSM283003 2 0.0672 0.8202 0.008 0.992
#> GSM283004 2 0.0938 0.8216 0.012 0.988
#> GSM283005 2 0.4939 0.7877 0.108 0.892
#> GSM283006 2 0.4939 0.7877 0.108 0.892
#> GSM283007 2 0.3584 0.8092 0.068 0.932
#> GSM283008 2 0.4431 0.7991 0.092 0.908
#> GSM283009 2 0.4431 0.7991 0.092 0.908
#> GSM283010 2 0.4815 0.7983 0.104 0.896
#> GSM283011 2 0.4939 0.7877 0.108 0.892
#> GSM283022 2 0.4939 0.7877 0.108 0.892
#> GSM283034 2 0.9754 0.2215 0.408 0.592
#> GSM283049 2 0.0938 0.8191 0.012 0.988
#> GSM283051 2 0.9754 0.2381 0.408 0.592
#> GSM282929 2 0.9491 0.3152 0.368 0.632
#> GSM282933 2 0.9491 0.4124 0.368 0.632
#> GSM282936 1 0.9775 0.3235 0.588 0.412
#> GSM282937 1 0.0376 0.7123 0.996 0.004
#> GSM282942 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.8194 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.7950 0.5834 0.240 0.760
#> GSM282961 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282964 1 0.9922 0.2276 0.552 0.448
#> GSM282965 2 0.0672 0.8201 0.008 0.992
#> GSM282967 2 0.8608 0.5227 0.284 0.716
#> GSM282969 1 0.9795 0.3189 0.584 0.416
#> GSM282970 1 0.9775 0.3235 0.588 0.412
#> GSM282972 2 0.9393 0.3480 0.356 0.644
#> GSM282973 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282975 2 0.1633 0.8193 0.024 0.976
#> GSM282996 1 0.0376 0.7123 0.996 0.004
#> GSM282999 2 0.6531 0.7365 0.168 0.832
#> GSM283014 1 0.0376 0.7123 0.996 0.004
#> GSM283019 2 0.6048 0.7515 0.148 0.852
#> GSM283026 1 0.9993 0.0798 0.516 0.484
#> GSM283029 1 0.1633 0.7171 0.976 0.024
#> GSM283030 2 0.5408 0.7818 0.124 0.876
#> GSM283033 2 0.9754 0.2215 0.408 0.592
#> GSM283035 2 0.9833 0.2321 0.424 0.576
#> GSM283036 2 0.4161 0.8001 0.084 0.916
#> GSM283038 2 0.9988 0.0298 0.480 0.520
#> GSM283046 2 0.6973 0.7147 0.188 0.812
#> GSM283050 1 0.1633 0.7171 0.976 0.024
#> GSM283053 2 0.6973 0.7147 0.188 0.812
#> GSM283055 2 0.4690 0.7933 0.100 0.900
#> GSM283056 1 0.9922 0.2275 0.552 0.448
#> GSM282928 2 0.9427 0.3359 0.360 0.640
#> GSM282930 2 0.1414 0.8195 0.020 0.980
#> GSM282932 2 0.3431 0.8095 0.064 0.936
#> GSM282934 1 0.0376 0.7123 0.996 0.004
#> GSM282976 2 0.0376 0.8192 0.004 0.996
#> GSM282979 2 0.0938 0.8195 0.012 0.988
#> GSM282998 1 0.9933 0.2199 0.548 0.452
#> GSM283013 1 0.4562 0.7057 0.904 0.096
#> GSM283017 2 0.3431 0.8095 0.064 0.936
#> GSM283018 2 0.3733 0.8084 0.072 0.928
#> GSM283025 1 0.9922 0.2275 0.552 0.448
#> GSM283028 2 0.8499 0.6063 0.276 0.724
#> GSM283032 2 0.2043 0.8226 0.032 0.968
#> GSM283037 2 0.9988 0.0298 0.480 0.520
#> GSM283040 2 0.9358 0.4043 0.352 0.648
#> GSM283042 2 0.4161 0.8002 0.084 0.916
#> GSM283045 2 0.7056 0.7108 0.192 0.808
#> GSM283048 2 0.6973 0.7147 0.188 0.812
#> GSM283052 2 0.6973 0.7147 0.188 0.812
#> GSM283054 1 0.9850 0.2880 0.572 0.428
#> GSM282980 2 0.4161 0.8001 0.084 0.916
#> GSM282982 2 0.3431 0.8095 0.064 0.936
#> GSM282984 2 0.3584 0.8065 0.068 0.932
#> GSM282986 1 0.9754 0.3327 0.592 0.408
#> GSM282997 1 0.0938 0.7134 0.988 0.012
#> GSM283012 1 0.4562 0.7057 0.904 0.096
#> GSM283027 2 0.8443 0.6131 0.272 0.728
#> GSM283031 2 0.2043 0.8226 0.032 0.968
#> GSM283039 2 0.5408 0.7818 0.124 0.876
#> GSM283044 2 0.2043 0.8222 0.032 0.968
#> GSM283047 2 0.2043 0.8222 0.032 0.968
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.455 0.7820 0.000 0.200 0.800
#> GSM282856 3 0.460 0.7812 0.000 0.204 0.796
#> GSM282857 3 0.475 0.7898 0.008 0.184 0.808
#> GSM282858 3 0.621 0.5476 0.000 0.428 0.572
#> GSM282859 3 0.621 0.5476 0.000 0.428 0.572
#> GSM282860 2 0.280 0.8211 0.000 0.908 0.092
#> GSM282861 2 0.280 0.8211 0.000 0.908 0.092
#> GSM282862 3 0.624 0.5212 0.000 0.440 0.560
#> GSM282863 3 0.506 0.7638 0.000 0.244 0.756
#> GSM282864 2 0.303 0.8192 0.004 0.904 0.092
#> GSM282865 2 0.311 0.8190 0.004 0.900 0.096
#> GSM282866 2 0.343 0.8116 0.004 0.884 0.112
#> GSM282867 2 0.398 0.7886 0.004 0.852 0.144
#> GSM282868 2 0.234 0.8152 0.012 0.940 0.048
#> GSM282869 2 0.863 0.0816 0.432 0.468 0.100
#> GSM282870 2 0.753 0.4898 0.316 0.624 0.060
#> GSM282871 2 0.234 0.8152 0.012 0.940 0.048
#> GSM282872 3 0.610 0.6663 0.016 0.280 0.704
#> GSM282904 1 0.382 0.8413 0.852 0.000 0.148
#> GSM282910 3 0.588 0.6769 0.000 0.348 0.652
#> GSM282913 3 0.588 0.6769 0.000 0.348 0.652
#> GSM282915 3 0.334 0.8090 0.000 0.120 0.880
#> GSM282921 3 0.336 0.8021 0.016 0.084 0.900
#> GSM282927 3 0.353 0.7964 0.032 0.068 0.900
#> GSM282873 3 0.713 0.7239 0.104 0.180 0.716
#> GSM282874 2 0.141 0.8119 0.000 0.964 0.036
#> GSM282875 2 0.141 0.8119 0.000 0.964 0.036
#> GSM282905 2 0.141 0.8119 0.000 0.964 0.036
#> GSM282914 3 0.487 0.6735 0.136 0.032 0.832
#> GSM282918 3 0.487 0.6735 0.136 0.032 0.832
#> GSM282876 3 0.327 0.8021 0.016 0.080 0.904
#> GSM282877 3 0.529 0.7447 0.000 0.268 0.732
#> GSM282878 3 0.622 0.5374 0.000 0.432 0.568
#> GSM282879 3 0.583 0.6812 0.000 0.340 0.660
#> GSM282880 2 0.480 0.6737 0.000 0.780 0.220
#> GSM282881 3 0.327 0.8021 0.016 0.080 0.904
#> GSM282882 3 0.345 0.7172 0.104 0.008 0.888
#> GSM282883 3 0.506 0.7597 0.000 0.244 0.756
#> GSM282884 3 0.345 0.7172 0.104 0.008 0.888
#> GSM282885 3 0.543 0.7326 0.000 0.284 0.716
#> GSM282886 3 0.295 0.8041 0.004 0.088 0.908
#> GSM282887 3 0.345 0.7172 0.104 0.008 0.888
#> GSM282888 3 0.217 0.7573 0.048 0.008 0.944
#> GSM282889 3 0.603 0.6364 0.000 0.376 0.624
#> GSM282890 3 0.268 0.7443 0.068 0.008 0.924
#> GSM282902 3 0.620 0.5596 0.000 0.424 0.576
#> GSM282903 3 0.250 0.8046 0.004 0.068 0.928
#> GSM282907 3 0.268 0.8054 0.004 0.076 0.920
#> GSM282909 3 0.277 0.8080 0.004 0.080 0.916
#> GSM282912 3 0.271 0.8056 0.000 0.088 0.912
#> GSM282920 3 0.327 0.8025 0.016 0.080 0.904
#> GSM282924 3 0.484 0.7967 0.016 0.168 0.816
#> GSM282891 1 0.382 0.8413 0.852 0.000 0.148
#> GSM282892 3 0.249 0.7982 0.016 0.048 0.936
#> GSM282893 3 0.296 0.8078 0.008 0.080 0.912
#> GSM282894 3 0.623 0.2043 0.372 0.004 0.624
#> GSM282895 3 0.296 0.8078 0.008 0.080 0.912
#> GSM282896 3 0.304 0.8083 0.008 0.084 0.908
#> GSM282897 3 0.319 0.8072 0.000 0.112 0.888
#> GSM282898 3 0.259 0.8049 0.004 0.072 0.924
#> GSM282899 3 0.203 0.7947 0.016 0.032 0.952
#> GSM282900 3 0.359 0.8050 0.020 0.088 0.892
#> GSM282901 3 0.192 0.7907 0.020 0.024 0.956
#> GSM282906 3 0.268 0.8054 0.004 0.076 0.920
#> GSM282908 1 0.141 0.8600 0.964 0.000 0.036
#> GSM282911 3 0.271 0.8056 0.000 0.088 0.912
#> GSM282916 3 0.191 0.7932 0.016 0.028 0.956
#> GSM282919 3 0.296 0.8090 0.000 0.100 0.900
#> GSM282923 3 0.177 0.7932 0.016 0.024 0.960
#> GSM282917 3 0.270 0.8007 0.016 0.056 0.928
#> GSM282922 3 0.327 0.7388 0.104 0.004 0.892
#> GSM282926 3 0.313 0.7962 0.032 0.052 0.916
#> GSM282925 3 0.313 0.7962 0.032 0.052 0.916
#> GSM282935 3 0.613 0.6042 0.000 0.400 0.600
#> GSM282938 3 0.579 0.6932 0.000 0.332 0.668
#> GSM282940 3 0.621 0.5473 0.000 0.428 0.572
#> GSM282941 3 0.624 0.5212 0.000 0.440 0.560
#> GSM282943 1 0.628 0.2876 0.540 0.000 0.460
#> GSM282944 3 0.506 0.7638 0.000 0.244 0.756
#> GSM282946 3 0.455 0.7820 0.000 0.200 0.800
#> GSM282947 2 0.533 0.6150 0.004 0.748 0.248
#> GSM282948 2 0.493 0.6914 0.004 0.784 0.212
#> GSM282949 2 0.350 0.8119 0.004 0.880 0.116
#> GSM282950 2 0.234 0.8152 0.012 0.940 0.048
#> GSM282951 3 0.618 0.5675 0.000 0.416 0.584
#> GSM282952 3 0.618 0.5675 0.000 0.416 0.584
#> GSM282953 2 0.533 0.6170 0.004 0.748 0.248
#> GSM282955 2 0.319 0.8194 0.004 0.896 0.100
#> GSM282956 1 0.485 0.7569 0.836 0.128 0.036
#> GSM282959 3 0.583 0.6830 0.000 0.340 0.660
#> GSM282966 2 0.383 0.8154 0.008 0.868 0.124
#> GSM282968 2 0.319 0.8172 0.004 0.896 0.100
#> GSM282974 2 0.250 0.8227 0.004 0.928 0.068
#> GSM283016 1 0.196 0.8655 0.944 0.000 0.056
#> GSM283021 1 0.394 0.8332 0.844 0.000 0.156
#> GSM283024 3 0.210 0.7620 0.052 0.004 0.944
#> GSM283041 1 0.141 0.8600 0.964 0.000 0.036
#> GSM283043 3 0.311 0.8007 0.028 0.056 0.916
#> GSM282957 2 0.141 0.8119 0.000 0.964 0.036
#> GSM282958 2 0.141 0.8119 0.000 0.964 0.036
#> GSM282960 3 0.573 0.6976 0.000 0.324 0.676
#> GSM282971 2 0.141 0.8119 0.000 0.964 0.036
#> GSM283015 3 0.487 0.6735 0.136 0.032 0.832
#> GSM282962 3 0.621 0.5473 0.000 0.428 0.572
#> GSM282963 3 0.510 0.7572 0.000 0.248 0.752
#> GSM282977 3 0.510 0.7572 0.000 0.248 0.752
#> GSM282978 3 0.364 0.8010 0.004 0.124 0.872
#> GSM282987 3 0.533 0.7414 0.000 0.272 0.728
#> GSM282988 3 0.510 0.7572 0.000 0.248 0.752
#> GSM282989 3 0.536 0.7384 0.000 0.276 0.724
#> GSM282990 3 0.510 0.7572 0.000 0.248 0.752
#> GSM282991 3 0.510 0.7572 0.000 0.248 0.752
#> GSM282992 3 0.614 0.5867 0.000 0.404 0.596
#> GSM282993 2 0.353 0.8212 0.016 0.892 0.092
#> GSM282994 3 0.529 0.7444 0.000 0.268 0.732
#> GSM282995 3 0.621 0.5473 0.000 0.428 0.572
#> GSM283020 1 0.394 0.8332 0.844 0.000 0.156
#> GSM283023 3 0.210 0.7620 0.052 0.004 0.944
#> GSM282931 3 0.613 0.6041 0.000 0.400 0.600
#> GSM282939 3 0.621 0.5473 0.000 0.428 0.572
#> GSM282981 3 0.296 0.8090 0.000 0.100 0.900
#> GSM282983 3 0.334 0.8062 0.000 0.120 0.880
#> GSM282985 3 0.611 0.6095 0.000 0.396 0.604
#> GSM283000 3 0.603 0.6407 0.000 0.376 0.624
#> GSM283001 1 0.628 0.2876 0.540 0.000 0.460
#> GSM283002 3 0.304 0.8083 0.000 0.104 0.896
#> GSM283003 3 0.268 0.8051 0.004 0.076 0.920
#> GSM283004 3 0.296 0.8073 0.000 0.100 0.900
#> GSM283005 3 0.176 0.7629 0.040 0.004 0.956
#> GSM283006 3 0.176 0.7629 0.040 0.004 0.956
#> GSM283007 3 0.259 0.8070 0.004 0.072 0.924
#> GSM283008 3 0.218 0.7929 0.020 0.032 0.948
#> GSM283009 3 0.218 0.7929 0.020 0.032 0.948
#> GSM283010 3 0.383 0.7960 0.020 0.100 0.880
#> GSM283011 3 0.176 0.7629 0.040 0.004 0.956
#> GSM283022 3 0.176 0.7629 0.040 0.004 0.956
#> GSM283034 2 0.472 0.7887 0.016 0.824 0.160
#> GSM283049 3 0.321 0.8072 0.008 0.092 0.900
#> GSM283051 3 0.593 0.3204 0.356 0.000 0.644
#> GSM282929 2 0.250 0.8227 0.004 0.928 0.068
#> GSM282933 3 0.911 -0.1384 0.140 0.428 0.432
#> GSM282936 2 0.549 0.6239 0.196 0.780 0.024
#> GSM282937 1 0.141 0.8600 0.964 0.000 0.036
#> GSM282942 3 0.455 0.7820 0.000 0.200 0.800
#> GSM282945 3 0.455 0.7820 0.000 0.200 0.800
#> GSM282954 2 0.524 0.6330 0.004 0.756 0.240
#> GSM282961 3 0.327 0.8029 0.004 0.104 0.892
#> GSM282964 2 0.623 0.6704 0.172 0.764 0.064
#> GSM282965 3 0.475 0.7898 0.008 0.184 0.808
#> GSM282967 2 0.544 0.6688 0.004 0.736 0.260
#> GSM282969 2 0.544 0.6300 0.192 0.784 0.024
#> GSM282970 2 0.549 0.6239 0.196 0.780 0.024
#> GSM282972 2 0.245 0.8230 0.000 0.924 0.076
#> GSM282973 3 0.327 0.8029 0.004 0.104 0.892
#> GSM282975 3 0.608 0.6214 0.000 0.388 0.612
#> GSM282996 1 0.141 0.8600 0.964 0.000 0.036
#> GSM282999 3 0.600 0.7148 0.072 0.144 0.784
#> GSM283014 1 0.141 0.8600 0.964 0.000 0.036
#> GSM283019 3 0.362 0.7669 0.072 0.032 0.896
#> GSM283026 2 0.704 0.6928 0.128 0.728 0.144
#> GSM283029 1 0.196 0.8655 0.944 0.000 0.056
#> GSM283030 3 0.220 0.7698 0.056 0.004 0.940
#> GSM283033 2 0.472 0.7887 0.016 0.824 0.160
#> GSM283035 2 0.811 0.6142 0.116 0.628 0.256
#> GSM283036 3 0.311 0.7996 0.028 0.056 0.916
#> GSM283038 2 0.752 0.6703 0.116 0.688 0.196
#> GSM283046 3 0.755 0.6341 0.112 0.204 0.684
#> GSM283050 1 0.196 0.8655 0.944 0.000 0.056
#> GSM283053 3 0.768 0.6147 0.112 0.216 0.672
#> GSM283055 3 0.230 0.7888 0.036 0.020 0.944
#> GSM283056 2 0.583 0.6838 0.164 0.784 0.052
#> GSM282928 2 0.280 0.8211 0.000 0.908 0.092
#> GSM282930 3 0.626 0.4996 0.000 0.448 0.552
#> GSM282932 3 0.148 0.7865 0.012 0.020 0.968
#> GSM282934 1 0.141 0.8600 0.964 0.000 0.036
#> GSM282976 3 0.510 0.7572 0.000 0.248 0.752
#> GSM282979 3 0.586 0.6765 0.000 0.344 0.656
#> GSM282998 2 0.641 0.6755 0.172 0.756 0.072
#> GSM283013 1 0.382 0.8413 0.852 0.000 0.148
#> GSM283017 3 0.148 0.7865 0.012 0.020 0.968
#> GSM283018 3 0.210 0.8048 0.004 0.052 0.944
#> GSM283025 2 0.573 0.6842 0.164 0.788 0.048
#> GSM283028 3 0.857 0.3442 0.112 0.340 0.548
#> GSM283032 3 0.426 0.8064 0.012 0.140 0.848
#> GSM283037 2 0.752 0.6703 0.116 0.688 0.196
#> GSM283040 3 0.550 0.4891 0.292 0.000 0.708
#> GSM283042 3 0.311 0.8007 0.028 0.056 0.916
#> GSM283045 3 0.768 0.6168 0.112 0.216 0.672
#> GSM283048 3 0.755 0.6341 0.112 0.204 0.684
#> GSM283052 3 0.768 0.6147 0.112 0.216 0.672
#> GSM283054 2 0.601 0.6519 0.192 0.764 0.044
#> GSM282980 3 0.191 0.7932 0.016 0.028 0.956
#> GSM282982 3 0.148 0.7865 0.012 0.020 0.968
#> GSM282984 3 0.134 0.7897 0.012 0.016 0.972
#> GSM282986 2 0.554 0.6205 0.200 0.776 0.024
#> GSM282997 1 0.164 0.8633 0.956 0.000 0.044
#> GSM283012 1 0.382 0.8413 0.852 0.000 0.148
#> GSM283027 3 0.852 0.3775 0.112 0.328 0.560
#> GSM283031 3 0.426 0.8064 0.012 0.140 0.848
#> GSM283039 3 0.220 0.7698 0.056 0.004 0.940
#> GSM283044 3 0.448 0.8033 0.016 0.144 0.840
#> GSM283047 3 0.466 0.8002 0.016 0.156 0.828
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 3 0.3945 0.6978 0.000 0.216 0.780 0.004
#> GSM282856 3 0.3982 0.6972 0.000 0.220 0.776 0.004
#> GSM282857 3 0.4175 0.7082 0.000 0.200 0.784 0.016
#> GSM282858 3 0.5366 0.4374 0.000 0.440 0.548 0.012
#> GSM282859 3 0.5366 0.4374 0.000 0.440 0.548 0.012
#> GSM282860 2 0.4740 0.6320 0.000 0.788 0.080 0.132
#> GSM282861 2 0.4740 0.6320 0.000 0.788 0.080 0.132
#> GSM282862 3 0.5273 0.4039 0.000 0.456 0.536 0.008
#> GSM282863 3 0.4343 0.6754 0.000 0.264 0.732 0.004
#> GSM282864 2 0.2596 0.7254 0.000 0.908 0.068 0.024
#> GSM282865 2 0.2670 0.7268 0.000 0.904 0.072 0.024
#> GSM282866 2 0.3082 0.7231 0.000 0.884 0.084 0.032
#> GSM282867 2 0.3108 0.7100 0.000 0.872 0.112 0.016
#> GSM282868 2 0.3342 0.6814 0.000 0.868 0.032 0.100
#> GSM282869 1 0.8319 0.0141 0.428 0.396 0.068 0.108
#> GSM282870 2 0.7719 0.2666 0.292 0.552 0.044 0.112
#> GSM282871 2 0.3342 0.6814 0.000 0.868 0.032 0.100
#> GSM282872 3 0.5442 0.5880 0.000 0.288 0.672 0.040
#> GSM282904 1 0.4188 0.7913 0.812 0.000 0.040 0.148
#> GSM282910 3 0.5253 0.5727 0.000 0.360 0.624 0.016
#> GSM282913 3 0.5253 0.5727 0.000 0.360 0.624 0.016
#> GSM282915 3 0.3485 0.7417 0.000 0.116 0.856 0.028
#> GSM282921 3 0.3805 0.7292 0.004 0.072 0.856 0.068
#> GSM282927 3 0.2670 0.7301 0.000 0.052 0.908 0.040
#> GSM282873 3 0.7940 0.5079 0.024 0.180 0.508 0.288
#> GSM282874 2 0.2797 0.6931 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM282875 2 0.2797 0.6931 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM282905 2 0.2797 0.6931 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM282914 3 0.5886 0.4786 0.028 0.016 0.640 0.316
#> GSM282918 3 0.5886 0.4786 0.028 0.016 0.640 0.316
#> GSM282876 3 0.4841 0.7146 0.000 0.080 0.780 0.140
#> GSM282877 3 0.4535 0.6491 0.000 0.292 0.704 0.004
#> GSM282878 3 0.6262 0.4289 0.000 0.400 0.540 0.060
#> GSM282879 3 0.4905 0.5773 0.000 0.364 0.632 0.004
#> GSM282880 2 0.5911 0.5609 0.000 0.692 0.196 0.112
#> GSM282881 3 0.4841 0.7146 0.000 0.080 0.780 0.140
#> GSM282882 3 0.5361 0.5721 0.060 0.000 0.716 0.224
#> GSM282883 3 0.4511 0.6683 0.000 0.268 0.724 0.008
#> GSM282884 3 0.5361 0.5721 0.060 0.000 0.716 0.224
#> GSM282885 3 0.4632 0.6360 0.000 0.308 0.688 0.004
#> GSM282886 3 0.4426 0.7323 0.000 0.092 0.812 0.096
#> GSM282887 3 0.5361 0.5721 0.060 0.000 0.716 0.224
#> GSM282888 3 0.4137 0.6288 0.012 0.000 0.780 0.208
#> GSM282889 3 0.5138 0.5338 0.000 0.392 0.600 0.008
#> GSM282890 3 0.4692 0.6124 0.032 0.000 0.756 0.212
#> GSM282902 3 0.5257 0.4380 0.000 0.444 0.548 0.008
#> GSM282903 3 0.3617 0.7367 0.000 0.076 0.860 0.064
#> GSM282907 3 0.3082 0.7389 0.000 0.084 0.884 0.032
#> GSM282909 3 0.3215 0.7405 0.000 0.092 0.876 0.032
#> GSM282912 3 0.3182 0.7380 0.000 0.096 0.876 0.028
#> GSM282920 3 0.3732 0.7297 0.004 0.068 0.860 0.068
#> GSM282924 3 0.4467 0.7203 0.000 0.172 0.788 0.040
#> GSM282891 1 0.4188 0.7913 0.812 0.000 0.040 0.148
#> GSM282892 3 0.2949 0.7194 0.000 0.024 0.888 0.088
#> GSM282893 3 0.3617 0.7370 0.000 0.076 0.860 0.064
#> GSM282894 3 0.7603 0.0240 0.280 0.000 0.476 0.244
#> GSM282895 3 0.3617 0.7370 0.000 0.076 0.860 0.064
#> GSM282896 3 0.3611 0.7382 0.000 0.080 0.860 0.060
#> GSM282897 3 0.3749 0.7367 0.000 0.128 0.840 0.032
#> GSM282898 3 0.3687 0.7375 0.000 0.080 0.856 0.064
#> GSM282899 3 0.2730 0.7149 0.000 0.016 0.896 0.088
#> GSM282900 3 0.3216 0.7368 0.000 0.076 0.880 0.044
#> GSM282901 3 0.3047 0.7017 0.000 0.012 0.872 0.116
#> GSM282906 3 0.3082 0.7389 0.000 0.084 0.884 0.032
#> GSM282908 1 0.1109 0.8121 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282911 3 0.3182 0.7380 0.000 0.096 0.876 0.028
#> GSM282916 3 0.2928 0.7052 0.000 0.012 0.880 0.108
#> GSM282919 3 0.3581 0.7394 0.000 0.116 0.852 0.032
#> GSM282923 3 0.2662 0.7169 0.000 0.016 0.900 0.084
#> GSM282917 3 0.1975 0.7340 0.000 0.048 0.936 0.016
#> GSM282922 3 0.5142 0.6344 0.060 0.008 0.764 0.168
#> GSM282926 3 0.2313 0.7302 0.000 0.044 0.924 0.032
#> GSM282925 3 0.2313 0.7302 0.000 0.044 0.924 0.032
#> GSM282935 3 0.5592 0.4916 0.000 0.404 0.572 0.024
#> GSM282938 3 0.4973 0.5927 0.000 0.348 0.644 0.008
#> GSM282940 3 0.5137 0.4228 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM282941 3 0.5273 0.4039 0.000 0.456 0.536 0.008
#> GSM282943 1 0.7505 0.3610 0.476 0.000 0.324 0.200
#> GSM282944 3 0.4343 0.6754 0.000 0.264 0.732 0.004
#> GSM282946 3 0.3945 0.6978 0.000 0.216 0.780 0.004
#> GSM282947 2 0.4399 0.5824 0.000 0.760 0.224 0.016
#> GSM282948 2 0.4079 0.6401 0.000 0.800 0.180 0.020
#> GSM282949 2 0.3149 0.7228 0.000 0.880 0.088 0.032
#> GSM282950 2 0.3342 0.6814 0.000 0.868 0.032 0.100
#> GSM282951 3 0.4941 0.4678 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM282952 3 0.4941 0.4678 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM282953 2 0.4436 0.5936 0.000 0.764 0.216 0.020
#> GSM282955 2 0.2773 0.7257 0.000 0.900 0.072 0.028
#> GSM282956 1 0.4114 0.7270 0.828 0.060 0.000 0.112
#> GSM282959 3 0.4889 0.5812 0.000 0.360 0.636 0.004
#> GSM282966 2 0.3463 0.7168 0.000 0.864 0.096 0.040
#> GSM282968 2 0.2742 0.7263 0.000 0.900 0.076 0.024
#> GSM282974 2 0.5648 0.3978 0.000 0.684 0.064 0.252
#> GSM283016 1 0.0707 0.8175 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM283021 1 0.4285 0.7867 0.804 0.000 0.040 0.156
#> GSM283024 3 0.4245 0.6377 0.020 0.000 0.784 0.196
#> GSM283041 1 0.1109 0.8122 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM283043 3 0.2578 0.7330 0.000 0.052 0.912 0.036
#> GSM282957 2 0.2797 0.6931 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM282958 2 0.2797 0.6931 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM282960 3 0.4973 0.5983 0.000 0.348 0.644 0.008
#> GSM282971 2 0.2797 0.6931 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM283015 3 0.5886 0.4786 0.028 0.016 0.640 0.316
#> GSM282962 3 0.5137 0.4228 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM282963 3 0.4539 0.6653 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM282977 3 0.4539 0.6653 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM282978 3 0.4656 0.7332 0.000 0.136 0.792 0.072
#> GSM282987 3 0.4560 0.6451 0.000 0.296 0.700 0.004
#> GSM282988 3 0.4539 0.6653 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM282989 3 0.4584 0.6416 0.000 0.300 0.696 0.004
#> GSM282990 3 0.4539 0.6653 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM282991 3 0.4539 0.6653 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM282992 3 0.5959 0.4721 0.000 0.388 0.568 0.044
#> GSM282993 2 0.6423 0.1931 0.000 0.580 0.084 0.336
#> GSM282994 3 0.4535 0.6486 0.000 0.292 0.704 0.004
#> GSM282995 3 0.5137 0.4228 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM283020 1 0.4285 0.7867 0.804 0.000 0.040 0.156
#> GSM283023 3 0.4245 0.6377 0.020 0.000 0.784 0.196
#> GSM282931 3 0.5088 0.4862 0.000 0.424 0.572 0.004
#> GSM282939 3 0.5137 0.4228 0.000 0.452 0.544 0.004
#> GSM282981 3 0.3581 0.7394 0.000 0.116 0.852 0.032
#> GSM282983 3 0.3856 0.7355 0.000 0.136 0.832 0.032
#> GSM282985 3 0.5080 0.4915 0.000 0.420 0.576 0.004
#> GSM283000 3 0.5028 0.5270 0.000 0.400 0.596 0.004
#> GSM283001 1 0.7505 0.3610 0.476 0.000 0.324 0.200
#> GSM283002 3 0.3542 0.7375 0.000 0.120 0.852 0.028
#> GSM283003 3 0.3333 0.7396 0.000 0.088 0.872 0.040
#> GSM283004 3 0.3634 0.7406 0.000 0.096 0.856 0.048
#> GSM283005 3 0.3852 0.6426 0.008 0.000 0.800 0.192
#> GSM283006 3 0.3852 0.6426 0.008 0.000 0.800 0.192
#> GSM283007 3 0.3037 0.7420 0.000 0.076 0.888 0.036
#> GSM283008 3 0.2542 0.7143 0.000 0.012 0.904 0.084
#> GSM283009 3 0.2542 0.7143 0.000 0.012 0.904 0.084
#> GSM283010 3 0.4068 0.7232 0.004 0.092 0.840 0.064
#> GSM283011 3 0.3852 0.6426 0.008 0.000 0.800 0.192
#> GSM283022 3 0.3893 0.6391 0.008 0.000 0.796 0.196
#> GSM283034 2 0.5160 0.6109 0.000 0.760 0.136 0.104
#> GSM283049 3 0.3652 0.7391 0.000 0.092 0.856 0.052
#> GSM283051 3 0.7479 0.1246 0.324 0.000 0.480 0.196
#> GSM282929 2 0.5648 0.3978 0.000 0.684 0.064 0.252
#> GSM282933 4 0.7289 0.2334 0.012 0.116 0.352 0.520
#> GSM282936 4 0.5286 0.7313 0.008 0.384 0.004 0.604
#> GSM282937 1 0.1109 0.8122 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282942 3 0.3945 0.6978 0.000 0.216 0.780 0.004
#> GSM282945 3 0.3945 0.6978 0.000 0.216 0.780 0.004
#> GSM282954 2 0.4464 0.6031 0.000 0.768 0.208 0.024
#> GSM282961 3 0.5321 0.7196 0.000 0.112 0.748 0.140
#> GSM282964 4 0.6032 0.7423 0.004 0.380 0.040 0.576
#> GSM282965 3 0.4175 0.7082 0.000 0.200 0.784 0.016
#> GSM282967 2 0.4542 0.5994 0.000 0.752 0.228 0.020
#> GSM282969 4 0.5299 0.7306 0.008 0.388 0.004 0.600
#> GSM282970 4 0.5286 0.7313 0.008 0.384 0.004 0.604
#> GSM282972 2 0.4482 0.6402 0.000 0.804 0.068 0.128
#> GSM282973 3 0.5272 0.7214 0.000 0.112 0.752 0.136
#> GSM282975 3 0.5638 0.5310 0.000 0.388 0.584 0.028
#> GSM282996 1 0.1109 0.8122 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282999 3 0.5410 0.6020 0.016 0.036 0.728 0.220
#> GSM283014 1 0.1109 0.8122 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM283019 3 0.4737 0.6486 0.016 0.012 0.760 0.212
#> GSM283026 4 0.7221 0.5513 0.000 0.428 0.140 0.432
#> GSM283029 1 0.0707 0.8175 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM283030 3 0.3933 0.6808 0.024 0.008 0.836 0.132
#> GSM283033 2 0.5160 0.6109 0.000 0.760 0.136 0.104
#> GSM283035 4 0.7776 0.3544 0.000 0.340 0.248 0.412
#> GSM283036 3 0.2197 0.7337 0.000 0.048 0.928 0.024
#> GSM283038 2 0.7568 -0.4793 0.000 0.408 0.192 0.400
#> GSM283046 3 0.5900 0.5558 0.000 0.076 0.664 0.260
#> GSM283050 1 0.0707 0.8175 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM283053 3 0.6054 0.5394 0.000 0.088 0.656 0.256
#> GSM283055 3 0.3158 0.7144 0.004 0.020 0.880 0.096
#> GSM283056 4 0.6003 0.6828 0.000 0.456 0.040 0.504
#> GSM282928 2 0.4740 0.6320 0.000 0.788 0.080 0.132
#> GSM282930 3 0.6108 0.3874 0.000 0.424 0.528 0.048
#> GSM282932 3 0.3836 0.6726 0.000 0.016 0.816 0.168
#> GSM282934 1 0.1109 0.8122 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282976 3 0.4539 0.6653 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM282979 3 0.4920 0.5718 0.000 0.368 0.628 0.004
#> GSM282998 4 0.6189 0.7255 0.000 0.372 0.060 0.568
#> GSM283013 1 0.4188 0.7913 0.812 0.000 0.040 0.148
#> GSM283017 3 0.3836 0.6726 0.000 0.016 0.816 0.168
#> GSM283018 3 0.3071 0.7416 0.000 0.068 0.888 0.044
#> GSM283025 4 0.5931 0.6795 0.000 0.460 0.036 0.504
#> GSM283028 3 0.7261 0.2891 0.000 0.196 0.536 0.268
#> GSM283032 3 0.4008 0.7358 0.000 0.148 0.820 0.032
#> GSM283037 2 0.7568 -0.4793 0.000 0.408 0.192 0.400
#> GSM283040 3 0.7216 0.3089 0.284 0.000 0.536 0.180
#> GSM283042 3 0.2578 0.7330 0.000 0.052 0.912 0.036
#> GSM283045 3 0.6049 0.5384 0.000 0.084 0.652 0.264
#> GSM283048 3 0.5900 0.5558 0.000 0.076 0.664 0.260
#> GSM283052 3 0.6054 0.5394 0.000 0.088 0.656 0.256
#> GSM283054 4 0.5723 0.7442 0.000 0.388 0.032 0.580
#> GSM282980 3 0.3113 0.7058 0.004 0.012 0.876 0.108
#> GSM282982 3 0.3836 0.6726 0.000 0.016 0.816 0.168
#> GSM282984 3 0.3280 0.7006 0.000 0.016 0.860 0.124
#> GSM282986 4 0.5272 0.7289 0.008 0.380 0.004 0.608
#> GSM282997 1 0.1902 0.8143 0.932 0.004 0.000 0.064
#> GSM283012 1 0.4188 0.7913 0.812 0.000 0.040 0.148
#> GSM283027 3 0.7180 0.3241 0.000 0.188 0.548 0.264
#> GSM283031 3 0.4008 0.7358 0.000 0.148 0.820 0.032
#> GSM283039 3 0.3933 0.6808 0.024 0.008 0.836 0.132
#> GSM283044 3 0.4149 0.7290 0.000 0.152 0.812 0.036
#> GSM283047 3 0.4378 0.7253 0.000 0.164 0.796 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.1372 0.65485 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> GSM282856 2 0.1471 0.65527 0.000 0.952 0.024 0.004 0.020
#> GSM282857 2 0.2144 0.65025 0.000 0.912 0.068 0.000 0.020
#> GSM282858 2 0.4249 0.51694 0.000 0.688 0.000 0.016 0.296
#> GSM282859 2 0.4249 0.51694 0.000 0.688 0.000 0.016 0.296
#> GSM282860 5 0.5373 0.47037 0.000 0.112 0.000 0.236 0.652
#> GSM282861 5 0.5373 0.47037 0.000 0.112 0.000 0.236 0.652
#> GSM282862 2 0.4232 0.49746 0.000 0.676 0.000 0.012 0.312
#> GSM282863 2 0.2270 0.65752 0.000 0.908 0.016 0.004 0.072
#> GSM282864 5 0.2074 0.72460 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM282865 5 0.2127 0.72558 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM282866 5 0.2818 0.72250 0.000 0.132 0.000 0.012 0.856
#> GSM282867 5 0.3210 0.66076 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM282868 5 0.3362 0.68322 0.000 0.064 0.032 0.040 0.864
#> GSM282869 1 0.7943 0.03462 0.404 0.048 0.100 0.060 0.388
#> GSM282870 5 0.7447 0.34456 0.272 0.056 0.064 0.064 0.544
#> GSM282871 5 0.3426 0.68471 0.000 0.068 0.032 0.040 0.860
#> GSM282872 2 0.6570 0.45822 0.000 0.560 0.196 0.020 0.224
#> GSM282904 1 0.4166 0.82362 0.780 0.000 0.160 0.056 0.004
#> GSM282910 2 0.4469 0.58660 0.000 0.704 0.012 0.016 0.268
#> GSM282913 2 0.4469 0.58660 0.000 0.704 0.012 0.016 0.268
#> GSM282915 2 0.3422 0.60132 0.000 0.792 0.200 0.004 0.004
#> GSM282921 2 0.4658 0.53018 0.000 0.684 0.284 0.016 0.016
#> GSM282927 2 0.4495 0.56603 0.000 0.724 0.236 0.032 0.008
#> GSM282873 3 0.5815 0.44595 0.004 0.052 0.680 0.064 0.200
#> GSM282874 5 0.2542 0.67207 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM282875 5 0.2542 0.67207 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM282905 5 0.2542 0.67207 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM282914 3 0.3450 0.61859 0.004 0.056 0.860 0.064 0.016
#> GSM282918 3 0.3450 0.61859 0.004 0.056 0.860 0.064 0.016
#> GSM282876 2 0.4451 -0.16036 0.000 0.504 0.492 0.004 0.000
#> GSM282877 2 0.2392 0.65062 0.000 0.888 0.004 0.004 0.104
#> GSM282878 2 0.5181 0.52959 0.000 0.676 0.012 0.060 0.252
#> GSM282879 2 0.3266 0.62376 0.000 0.796 0.000 0.004 0.200
#> GSM282880 5 0.6388 0.33338 0.000 0.312 0.000 0.192 0.496
#> GSM282881 2 0.4451 -0.16036 0.000 0.504 0.492 0.004 0.000
#> GSM282882 3 0.4038 0.70900 0.056 0.136 0.800 0.008 0.000
#> GSM282883 2 0.2349 0.65430 0.000 0.900 0.012 0.004 0.084
#> GSM282884 3 0.4038 0.70900 0.056 0.136 0.800 0.008 0.000
#> GSM282885 2 0.2597 0.64667 0.000 0.872 0.004 0.004 0.120
#> GSM282886 2 0.4009 0.43594 0.000 0.684 0.312 0.004 0.000
#> GSM282887 3 0.4038 0.70900 0.056 0.136 0.800 0.008 0.000
#> GSM282888 3 0.3840 0.68556 0.012 0.208 0.772 0.008 0.000
#> GSM282889 2 0.3906 0.59125 0.000 0.744 0.000 0.016 0.240
#> GSM282890 3 0.4037 0.69776 0.028 0.188 0.776 0.008 0.000
#> GSM282902 2 0.4371 0.45884 0.000 0.644 0.000 0.012 0.344
#> GSM282903 2 0.3884 0.49008 0.000 0.708 0.288 0.004 0.000
#> GSM282907 2 0.3398 0.57756 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM282909 2 0.3300 0.59050 0.000 0.792 0.204 0.004 0.000
#> GSM282912 2 0.3177 0.58440 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM282920 2 0.4684 0.50001 0.000 0.664 0.308 0.016 0.012
#> GSM282924 2 0.3744 0.64962 0.000 0.832 0.108 0.024 0.036
#> GSM282891 1 0.4166 0.82362 0.780 0.000 0.160 0.056 0.004
#> GSM282892 2 0.4789 0.31631 0.000 0.580 0.400 0.016 0.004
#> GSM282893 2 0.3752 0.50442 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM282894 3 0.5945 0.38054 0.252 0.064 0.636 0.048 0.000
#> GSM282895 2 0.3752 0.50442 0.000 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM282896 2 0.3707 0.51560 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM282897 2 0.3318 0.60291 0.000 0.800 0.192 0.000 0.008
#> GSM282898 2 0.3969 0.46404 0.000 0.692 0.304 0.004 0.000
#> GSM282899 2 0.4517 0.23191 0.000 0.556 0.436 0.008 0.000
#> GSM282900 2 0.4622 0.56075 0.000 0.700 0.264 0.012 0.024
#> GSM282901 2 0.4446 0.10826 0.000 0.520 0.476 0.004 0.000
#> GSM282906 2 0.3398 0.57756 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM282908 1 0.1124 0.85921 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM282911 2 0.3177 0.58440 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> GSM282916 2 0.4452 0.05832 0.000 0.500 0.496 0.004 0.000
#> GSM282919 2 0.3530 0.59756 0.000 0.784 0.204 0.000 0.012
#> GSM282923 2 0.4415 0.21309 0.000 0.552 0.444 0.004 0.000
#> GSM282917 2 0.3845 0.58716 0.000 0.760 0.224 0.012 0.004
#> GSM282922 3 0.6022 0.59092 0.056 0.304 0.596 0.044 0.000
#> GSM282926 2 0.4184 0.57263 0.000 0.740 0.232 0.024 0.004
#> GSM282925 2 0.4184 0.57263 0.000 0.740 0.232 0.024 0.004
#> GSM282935 2 0.4465 0.51959 0.000 0.672 0.000 0.024 0.304
#> GSM282938 2 0.4430 0.60657 0.000 0.708 0.020 0.008 0.264
#> GSM282940 2 0.3949 0.51634 0.000 0.696 0.000 0.004 0.300
#> GSM282941 2 0.4232 0.49746 0.000 0.676 0.000 0.012 0.312
#> GSM282943 3 0.6100 -0.21835 0.444 0.028 0.476 0.048 0.004
#> GSM282944 2 0.2141 0.65730 0.000 0.916 0.016 0.004 0.064
#> GSM282946 2 0.1372 0.65485 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> GSM282947 5 0.4156 0.57551 0.000 0.288 0.004 0.008 0.700
#> GSM282948 5 0.3750 0.64141 0.000 0.232 0.012 0.000 0.756
#> GSM282949 5 0.2976 0.72147 0.000 0.132 0.004 0.012 0.852
#> GSM282950 5 0.3426 0.68471 0.000 0.068 0.032 0.040 0.860
#> GSM282951 2 0.4059 0.54424 0.000 0.700 0.004 0.004 0.292
#> GSM282952 2 0.4059 0.54424 0.000 0.700 0.004 0.004 0.292
#> GSM282953 5 0.3992 0.59553 0.000 0.268 0.012 0.000 0.720
#> GSM282955 5 0.2411 0.72470 0.000 0.108 0.008 0.000 0.884
#> GSM282956 1 0.4329 0.77369 0.808 0.000 0.048 0.076 0.068
#> GSM282959 2 0.3707 0.62095 0.000 0.768 0.008 0.004 0.220
#> GSM282966 5 0.3870 0.70743 0.000 0.132 0.024 0.028 0.816
#> GSM282968 5 0.2179 0.72604 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM282974 5 0.5281 0.02512 0.000 0.052 0.000 0.400 0.548
#> GSM283016 1 0.0609 0.86890 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.4243 0.81648 0.772 0.000 0.168 0.056 0.004
#> GSM283024 3 0.4565 0.67642 0.012 0.232 0.728 0.024 0.004
#> GSM283041 1 0.0703 0.86443 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM283043 2 0.4086 0.56017 0.000 0.736 0.240 0.024 0.000
#> GSM282957 5 0.2542 0.67207 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM282958 5 0.2542 0.67207 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM282960 2 0.3719 0.62517 0.000 0.776 0.012 0.004 0.208
#> GSM282971 5 0.2542 0.67207 0.000 0.020 0.020 0.056 0.904
#> GSM283015 3 0.3450 0.61859 0.004 0.056 0.860 0.064 0.016
#> GSM282962 2 0.3949 0.51634 0.000 0.696 0.000 0.004 0.300
#> GSM282963 2 0.2407 0.65412 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> GSM282977 2 0.2407 0.65412 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> GSM282978 2 0.3845 0.55346 0.000 0.760 0.224 0.004 0.012
#> GSM282987 2 0.2445 0.64952 0.000 0.884 0.004 0.004 0.108
#> GSM282988 2 0.2407 0.65412 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> GSM282989 2 0.2497 0.64864 0.000 0.880 0.004 0.004 0.112
#> GSM282990 2 0.2407 0.65412 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> GSM282991 2 0.2407 0.65412 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> GSM282992 2 0.4519 0.55343 0.000 0.720 0.000 0.052 0.228
#> GSM282993 4 0.6259 0.27974 0.000 0.132 0.004 0.488 0.376
#> GSM282994 2 0.2392 0.65037 0.000 0.888 0.004 0.004 0.104
#> GSM282995 2 0.3928 0.51982 0.000 0.700 0.000 0.004 0.296
#> GSM283020 1 0.4243 0.81648 0.772 0.000 0.168 0.056 0.004
#> GSM283023 3 0.4565 0.67642 0.012 0.232 0.728 0.024 0.004
#> GSM282931 2 0.4084 0.50922 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> GSM282939 2 0.3949 0.51634 0.000 0.696 0.000 0.004 0.300
#> GSM282981 2 0.3530 0.59756 0.000 0.784 0.204 0.000 0.012
#> GSM282983 2 0.3171 0.61299 0.000 0.816 0.176 0.000 0.008
#> GSM282985 2 0.4066 0.51562 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324
#> GSM283000 2 0.3949 0.55061 0.000 0.696 0.000 0.004 0.300
#> GSM283001 3 0.6100 -0.21835 0.444 0.028 0.476 0.048 0.004
#> GSM283002 2 0.3353 0.60113 0.000 0.796 0.196 0.000 0.008
#> GSM283003 2 0.3461 0.57666 0.000 0.772 0.224 0.004 0.000
#> GSM283004 2 0.3424 0.56783 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.3990 0.66505 0.004 0.244 0.740 0.012 0.000
#> GSM283006 3 0.3934 0.67097 0.004 0.236 0.748 0.012 0.000
#> GSM283007 2 0.4054 0.58515 0.000 0.744 0.236 0.008 0.012
#> GSM283008 2 0.4489 0.27987 0.000 0.572 0.420 0.008 0.000
#> GSM283009 2 0.4489 0.27987 0.000 0.572 0.420 0.008 0.000
#> GSM283010 2 0.5126 0.52926 0.000 0.668 0.276 0.028 0.028
#> GSM283011 3 0.3962 0.66852 0.004 0.240 0.744 0.012 0.000
#> GSM283022 3 0.4240 0.67017 0.004 0.240 0.732 0.024 0.000
#> GSM283034 5 0.5467 0.60188 0.000 0.156 0.092 0.040 0.712
#> GSM283049 2 0.3636 0.52226 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM283051 3 0.6390 0.33223 0.312 0.080 0.568 0.036 0.004
#> GSM282929 5 0.5281 0.02512 0.000 0.052 0.000 0.400 0.548
#> GSM282933 4 0.6553 0.29244 0.012 0.216 0.188 0.576 0.008
#> GSM282936 4 0.2956 0.70984 0.008 0.000 0.004 0.848 0.140
#> GSM282937 1 0.0703 0.86443 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM282942 2 0.1372 0.65485 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> GSM282945 2 0.1372 0.65485 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> GSM282954 5 0.3861 0.60493 0.000 0.264 0.008 0.000 0.728
#> GSM282961 2 0.5049 -0.01492 0.000 0.560 0.408 0.028 0.004
#> GSM282964 4 0.4354 0.73983 0.004 0.044 0.008 0.772 0.172
#> GSM282965 2 0.2144 0.65025 0.000 0.912 0.068 0.000 0.020
#> GSM282967 5 0.4666 0.59690 0.000 0.240 0.056 0.000 0.704
#> GSM282969 4 0.3001 0.70898 0.008 0.000 0.004 0.844 0.144
#> GSM282970 4 0.2956 0.70984 0.008 0.000 0.004 0.848 0.140
#> GSM282972 5 0.4238 0.58031 0.000 0.068 0.000 0.164 0.768
#> GSM282973 2 0.5041 0.00544 0.000 0.564 0.404 0.028 0.004
#> GSM282975 2 0.4865 0.50956 0.000 0.640 0.004 0.032 0.324
#> GSM282996 1 0.0703 0.86443 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM282999 2 0.6916 0.02108 0.016 0.452 0.332 0.200 0.000
#> GSM283014 1 0.0703 0.86443 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM283019 3 0.6107 0.55749 0.016 0.296 0.580 0.108 0.000
#> GSM283026 4 0.6417 0.65798 0.000 0.100 0.052 0.604 0.244
#> GSM283029 1 0.0609 0.86890 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.5470 0.42478 0.020 0.388 0.560 0.032 0.000
#> GSM283033 5 0.5467 0.60188 0.000 0.156 0.092 0.040 0.712
#> GSM283035 4 0.6981 0.55518 0.000 0.200 0.064 0.564 0.172
#> GSM283036 2 0.4095 0.58533 0.000 0.752 0.220 0.024 0.004
#> GSM283038 4 0.6895 0.61264 0.000 0.148 0.056 0.560 0.236
#> GSM283046 2 0.5685 0.43833 0.000 0.616 0.108 0.272 0.004
#> GSM283050 1 0.0609 0.86890 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.5772 0.43587 0.000 0.608 0.100 0.284 0.008
#> GSM283055 2 0.5284 0.12705 0.004 0.532 0.424 0.040 0.000
#> GSM283056 4 0.4522 0.70247 0.000 0.044 0.000 0.708 0.248
#> GSM282928 5 0.5373 0.47037 0.000 0.112 0.000 0.236 0.652
#> GSM282930 2 0.4967 0.48639 0.000 0.660 0.000 0.060 0.280
#> GSM282932 3 0.4613 0.52069 0.000 0.360 0.620 0.020 0.000
#> GSM282934 1 0.0703 0.86443 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM282976 2 0.2407 0.65412 0.000 0.896 0.012 0.004 0.088
#> GSM282979 2 0.3300 0.62694 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> GSM282998 4 0.4214 0.74171 0.000 0.064 0.004 0.780 0.152
#> GSM283013 1 0.4166 0.82362 0.780 0.000 0.160 0.056 0.004
#> GSM283017 3 0.4613 0.52069 0.000 0.360 0.620 0.020 0.000
#> GSM283018 2 0.4265 0.55425 0.000 0.712 0.268 0.008 0.012
#> GSM283025 4 0.4425 0.70380 0.000 0.040 0.000 0.716 0.244
#> GSM283028 2 0.7249 0.27116 0.000 0.492 0.088 0.312 0.108
#> GSM283032 2 0.4369 0.60194 0.000 0.740 0.208 0.000 0.052
#> GSM283037 4 0.6895 0.61264 0.000 0.148 0.056 0.560 0.236
#> GSM283040 3 0.6316 0.48676 0.272 0.108 0.592 0.024 0.004
#> GSM283042 2 0.4086 0.56017 0.000 0.736 0.240 0.024 0.000
#> GSM283045 2 0.5859 0.42349 0.000 0.600 0.108 0.284 0.008
#> GSM283048 2 0.5685 0.43833 0.000 0.616 0.108 0.272 0.004
#> GSM283052 2 0.5772 0.43587 0.000 0.608 0.100 0.284 0.008
#> GSM283054 4 0.3812 0.73865 0.004 0.036 0.000 0.800 0.160
#> GSM282980 2 0.4596 0.05807 0.004 0.500 0.492 0.004 0.000
#> GSM282982 3 0.4570 0.53510 0.000 0.348 0.632 0.020 0.000
#> GSM282984 2 0.4451 0.04733 0.000 0.504 0.492 0.004 0.000
#> GSM282986 4 0.2911 0.70760 0.008 0.000 0.004 0.852 0.136
#> GSM282997 1 0.2193 0.86212 0.912 0.000 0.028 0.060 0.000
#> GSM283012 1 0.4166 0.82362 0.780 0.000 0.160 0.056 0.004
#> GSM283027 2 0.7173 0.30906 0.000 0.508 0.088 0.300 0.104
#> GSM283031 2 0.4369 0.60194 0.000 0.740 0.208 0.000 0.052
#> GSM283039 3 0.5470 0.42478 0.020 0.388 0.560 0.032 0.000
#> GSM283044 2 0.3314 0.64524 0.000 0.852 0.108 0.020 0.020
#> GSM283047 2 0.3522 0.64864 0.000 0.844 0.104 0.020 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.170 0.6475 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024 0.000
#> GSM282856 2 0.178 0.6480 0.000 0.924 0.048 0.000 0.028 0.000
#> GSM282857 2 0.260 0.6320 0.000 0.872 0.096 0.000 0.028 0.004
#> GSM282858 2 0.450 0.5472 0.000 0.696 0.000 0.032 0.244 0.028
#> GSM282859 2 0.450 0.5472 0.000 0.696 0.000 0.032 0.244 0.028
#> GSM282860 5 0.590 0.1888 0.000 0.112 0.000 0.324 0.532 0.032
#> GSM282861 5 0.590 0.1888 0.000 0.112 0.000 0.324 0.532 0.032
#> GSM282862 2 0.448 0.5291 0.000 0.692 0.000 0.028 0.252 0.028
#> GSM282863 2 0.186 0.6589 0.000 0.920 0.016 0.004 0.060 0.000
#> GSM282864 5 0.175 0.7112 0.000 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> GSM282865 5 0.192 0.7127 0.000 0.088 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM282866 5 0.245 0.7105 0.000 0.112 0.000 0.004 0.872 0.012
#> GSM282867 5 0.360 0.6347 0.000 0.220 0.000 0.004 0.756 0.020
#> GSM282868 5 0.288 0.6837 0.000 0.044 0.000 0.024 0.872 0.060
#> GSM282869 5 0.793 0.0857 0.332 0.036 0.048 0.040 0.384 0.160
#> GSM282870 5 0.702 0.4049 0.228 0.040 0.016 0.044 0.548 0.124
#> GSM282871 5 0.288 0.6849 0.000 0.048 0.000 0.024 0.872 0.056
#> GSM282872 2 0.682 0.4092 0.000 0.524 0.188 0.028 0.216 0.044
#> GSM282904 1 0.460 0.8010 0.668 0.000 0.084 0.000 0.000 0.248
#> GSM282910 2 0.469 0.6026 0.000 0.696 0.020 0.020 0.240 0.024
#> GSM282913 2 0.469 0.6026 0.000 0.696 0.020 0.020 0.240 0.024
#> GSM282915 2 0.395 0.5243 0.000 0.716 0.256 0.000 0.016 0.012
#> GSM282921 2 0.529 0.4950 0.000 0.628 0.276 0.008 0.020 0.068
#> GSM282927 2 0.502 0.5300 0.000 0.668 0.244 0.020 0.008 0.060
#> GSM282873 3 0.561 0.2566 0.000 0.004 0.496 0.000 0.132 0.368
#> GSM282874 5 0.322 0.6304 0.000 0.008 0.000 0.052 0.836 0.104
#> GSM282875 5 0.322 0.6304 0.000 0.008 0.000 0.052 0.836 0.104
#> GSM282905 5 0.322 0.6304 0.000 0.008 0.000 0.052 0.836 0.104
#> GSM282914 3 0.370 0.3870 0.000 0.000 0.660 0.000 0.004 0.336
#> GSM282918 3 0.370 0.3870 0.000 0.000 0.660 0.000 0.004 0.336
#> GSM282876 3 0.505 0.3808 0.000 0.384 0.548 0.000 0.008 0.060
#> GSM282877 2 0.218 0.6524 0.000 0.908 0.004 0.004 0.060 0.024
#> GSM282878 2 0.538 0.5561 0.000 0.680 0.012 0.092 0.180 0.036
#> GSM282879 2 0.339 0.6333 0.000 0.808 0.000 0.008 0.152 0.032
#> GSM282880 5 0.673 0.1318 0.000 0.320 0.000 0.272 0.372 0.036
#> GSM282881 3 0.505 0.3808 0.000 0.384 0.548 0.000 0.008 0.060
#> GSM282882 3 0.422 0.5803 0.032 0.068 0.772 0.000 0.000 0.128
#> GSM282883 2 0.200 0.6554 0.000 0.920 0.016 0.000 0.044 0.020
#> GSM282884 3 0.422 0.5803 0.032 0.068 0.772 0.000 0.000 0.128
#> GSM282885 2 0.243 0.6496 0.000 0.892 0.004 0.004 0.072 0.028
#> GSM282886 2 0.468 0.2884 0.000 0.604 0.348 0.000 0.008 0.040
#> GSM282887 3 0.422 0.5803 0.032 0.068 0.772 0.000 0.000 0.128
#> GSM282888 3 0.405 0.6266 0.004 0.128 0.764 0.000 0.000 0.104
#> GSM282889 2 0.408 0.6113 0.000 0.752 0.000 0.024 0.192 0.032
#> GSM282890 3 0.427 0.6241 0.016 0.116 0.760 0.000 0.000 0.108
#> GSM282902 2 0.464 0.4930 0.000 0.648 0.000 0.024 0.300 0.028
#> GSM282903 2 0.431 0.3402 0.000 0.616 0.360 0.000 0.012 0.012
#> GSM282907 2 0.381 0.5014 0.000 0.716 0.264 0.000 0.008 0.012
#> GSM282909 2 0.363 0.5215 0.000 0.732 0.252 0.000 0.004 0.012
#> GSM282912 2 0.392 0.5140 0.000 0.720 0.252 0.000 0.016 0.012
#> GSM282920 2 0.537 0.4615 0.000 0.608 0.296 0.008 0.020 0.068
#> GSM282924 2 0.447 0.6354 0.000 0.772 0.124 0.020 0.052 0.032
#> GSM282891 1 0.460 0.8010 0.668 0.000 0.084 0.000 0.000 0.248
#> GSM282892 2 0.534 0.1357 0.000 0.488 0.440 0.012 0.008 0.052
#> GSM282893 2 0.416 0.3989 0.000 0.632 0.348 0.000 0.016 0.004
#> GSM282894 3 0.614 0.2162 0.168 0.036 0.540 0.000 0.000 0.256
#> GSM282895 2 0.416 0.3989 0.000 0.632 0.348 0.000 0.016 0.004
#> GSM282896 2 0.412 0.4202 0.000 0.644 0.336 0.000 0.016 0.004
#> GSM282897 2 0.404 0.5545 0.000 0.728 0.232 0.000 0.028 0.012
#> GSM282898 2 0.448 0.2807 0.000 0.600 0.368 0.000 0.008 0.024
#> GSM282899 3 0.495 -0.0741 0.000 0.472 0.480 0.004 0.008 0.036
#> GSM282900 2 0.522 0.5145 0.000 0.636 0.276 0.008 0.028 0.052
#> GSM282901 3 0.482 0.0409 0.000 0.444 0.508 0.000 0.004 0.044
#> GSM282906 2 0.381 0.5014 0.000 0.716 0.264 0.000 0.008 0.012
#> GSM282908 1 0.226 0.8052 0.892 0.000 0.000 0.028 0.000 0.080
#> GSM282911 2 0.392 0.5140 0.000 0.720 0.252 0.000 0.016 0.012
#> GSM282916 3 0.469 0.1063 0.000 0.424 0.536 0.000 0.004 0.036
#> GSM282919 2 0.426 0.5485 0.000 0.712 0.240 0.000 0.028 0.020
#> GSM282923 3 0.470 -0.0205 0.000 0.468 0.496 0.000 0.008 0.028
#> GSM282917 2 0.437 0.5516 0.000 0.708 0.236 0.004 0.008 0.044
#> GSM282922 3 0.609 0.5718 0.036 0.208 0.596 0.012 0.000 0.148
#> GSM282926 2 0.476 0.5286 0.000 0.680 0.248 0.012 0.008 0.052
#> GSM282925 2 0.476 0.5286 0.000 0.680 0.248 0.012 0.008 0.052
#> GSM282935 2 0.477 0.5414 0.000 0.668 0.004 0.032 0.268 0.028
#> GSM282938 2 0.500 0.6157 0.000 0.676 0.048 0.012 0.240 0.024
#> GSM282940 2 0.417 0.5476 0.000 0.716 0.000 0.016 0.240 0.028
#> GSM282941 2 0.448 0.5291 0.000 0.692 0.000 0.028 0.252 0.028
#> GSM282943 3 0.658 -0.3190 0.348 0.024 0.352 0.000 0.000 0.276
#> GSM282944 2 0.186 0.6584 0.000 0.920 0.016 0.004 0.060 0.000
#> GSM282946 2 0.170 0.6475 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024 0.000
#> GSM282947 5 0.408 0.5747 0.000 0.272 0.004 0.016 0.700 0.008
#> GSM282948 5 0.358 0.6406 0.000 0.212 0.012 0.000 0.764 0.012
#> GSM282949 5 0.260 0.7105 0.000 0.112 0.004 0.004 0.868 0.012
#> GSM282950 5 0.288 0.6849 0.000 0.048 0.000 0.024 0.872 0.056
#> GSM282951 2 0.415 0.5732 0.000 0.708 0.008 0.004 0.256 0.024
#> GSM282952 2 0.415 0.5732 0.000 0.708 0.008 0.004 0.256 0.024
#> GSM282953 5 0.381 0.6027 0.000 0.248 0.012 0.000 0.728 0.012
#> GSM282955 5 0.206 0.7124 0.000 0.088 0.008 0.000 0.900 0.004
#> GSM282956 1 0.480 0.7008 0.740 0.000 0.008 0.052 0.060 0.140
#> GSM282959 2 0.356 0.6322 0.000 0.788 0.012 0.004 0.180 0.016
#> GSM282966 5 0.375 0.6903 0.000 0.112 0.016 0.040 0.816 0.016
#> GSM282968 5 0.186 0.7129 0.000 0.092 0.000 0.000 0.904 0.004
#> GSM282974 4 0.540 0.2632 0.000 0.072 0.000 0.500 0.412 0.016
#> GSM283016 1 0.162 0.8527 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000 0.048
#> GSM283021 1 0.466 0.7963 0.660 0.000 0.088 0.000 0.000 0.252
#> GSM283024 3 0.396 0.6046 0.000 0.080 0.756 0.000 0.000 0.164
#> GSM283041 1 0.100 0.8420 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM283043 2 0.464 0.5145 0.000 0.680 0.256 0.012 0.004 0.048
#> GSM282957 5 0.322 0.6304 0.000 0.008 0.000 0.052 0.836 0.104
#> GSM282958 5 0.322 0.6304 0.000 0.008 0.000 0.052 0.836 0.104
#> GSM282960 2 0.364 0.6358 0.000 0.784 0.020 0.004 0.180 0.012
#> GSM282971 5 0.322 0.6304 0.000 0.008 0.000 0.052 0.836 0.104
#> GSM283015 3 0.370 0.3870 0.000 0.000 0.660 0.000 0.004 0.336
#> GSM282962 2 0.417 0.5476 0.000 0.716 0.000 0.016 0.240 0.028
#> GSM282963 2 0.207 0.6555 0.000 0.916 0.016 0.000 0.048 0.020
#> GSM282977 2 0.207 0.6555 0.000 0.916 0.016 0.000 0.048 0.020
#> GSM282978 2 0.435 0.4557 0.000 0.684 0.272 0.000 0.016 0.028
#> GSM282987 2 0.224 0.6515 0.000 0.904 0.004 0.004 0.064 0.024
#> GSM282988 2 0.207 0.6555 0.000 0.916 0.016 0.000 0.048 0.020
#> GSM282989 2 0.232 0.6507 0.000 0.900 0.004 0.004 0.064 0.028
#> GSM282990 2 0.207 0.6555 0.000 0.916 0.016 0.000 0.048 0.020
#> GSM282991 2 0.207 0.6555 0.000 0.916 0.016 0.000 0.048 0.020
#> GSM282992 2 0.470 0.5872 0.000 0.732 0.000 0.092 0.140 0.036
#> GSM282993 4 0.601 0.4719 0.000 0.136 0.000 0.576 0.240 0.048
#> GSM282994 2 0.215 0.6522 0.000 0.908 0.004 0.004 0.064 0.020
#> GSM282995 2 0.415 0.5508 0.000 0.720 0.000 0.016 0.236 0.028
#> GSM283020 1 0.466 0.7963 0.660 0.000 0.088 0.000 0.000 0.252
#> GSM283023 3 0.396 0.6046 0.000 0.080 0.756 0.000 0.000 0.164
#> GSM282931 2 0.442 0.5377 0.000 0.684 0.004 0.016 0.272 0.024
#> GSM282939 2 0.417 0.5476 0.000 0.716 0.000 0.016 0.240 0.028
#> GSM282981 2 0.426 0.5485 0.000 0.712 0.240 0.000 0.028 0.020
#> GSM282983 2 0.378 0.5759 0.000 0.756 0.208 0.000 0.028 0.008
#> GSM282985 2 0.447 0.5400 0.000 0.684 0.004 0.016 0.268 0.028
#> GSM283000 2 0.434 0.5706 0.000 0.708 0.004 0.016 0.244 0.028
#> GSM283001 3 0.658 -0.3190 0.348 0.024 0.352 0.000 0.000 0.276
#> GSM283002 2 0.415 0.5479 0.000 0.720 0.236 0.000 0.028 0.016
#> GSM283003 2 0.410 0.5145 0.000 0.700 0.268 0.000 0.016 0.016
#> GSM283004 2 0.395 0.4876 0.000 0.684 0.296 0.000 0.016 0.004
#> GSM283005 3 0.366 0.6314 0.000 0.100 0.792 0.000 0.000 0.108
#> GSM283006 3 0.351 0.6243 0.000 0.084 0.804 0.000 0.000 0.112
#> GSM283007 2 0.480 0.5041 0.000 0.648 0.292 0.004 0.020 0.036
#> GSM283008 2 0.500 0.1227 0.000 0.492 0.456 0.004 0.008 0.040
#> GSM283009 2 0.500 0.1227 0.000 0.492 0.456 0.004 0.008 0.040
#> GSM283010 2 0.568 0.4916 0.000 0.616 0.260 0.020 0.024 0.080
#> GSM283011 3 0.361 0.6304 0.000 0.096 0.796 0.000 0.000 0.108
#> GSM283022 3 0.392 0.6135 0.000 0.088 0.764 0.000 0.000 0.148
#> GSM283034 5 0.516 0.6173 0.000 0.132 0.044 0.024 0.724 0.076
#> GSM283049 2 0.437 0.4093 0.000 0.640 0.328 0.000 0.020 0.012
#> GSM283051 3 0.631 0.0915 0.248 0.028 0.496 0.000 0.000 0.228
#> GSM282929 4 0.540 0.2632 0.000 0.072 0.000 0.500 0.412 0.016
#> GSM282933 4 0.675 0.4083 0.004 0.096 0.192 0.528 0.000 0.180
#> GSM282936 4 0.200 0.6930 0.008 0.000 0.000 0.916 0.020 0.056
#> GSM282937 1 0.100 0.8420 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM282942 2 0.170 0.6475 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024 0.000
#> GSM282945 2 0.170 0.6475 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024 0.000
#> GSM282954 5 0.360 0.6089 0.000 0.244 0.008 0.000 0.740 0.008
#> GSM282961 3 0.556 0.3748 0.000 0.396 0.488 0.000 0.008 0.108
#> GSM282964 4 0.289 0.7326 0.000 0.032 0.000 0.872 0.060 0.036
#> GSM282965 2 0.260 0.6320 0.000 0.872 0.096 0.000 0.028 0.004
#> GSM282967 5 0.445 0.6127 0.000 0.216 0.044 0.000 0.716 0.024
#> GSM282969 4 0.208 0.6941 0.008 0.000 0.000 0.912 0.024 0.056
#> GSM282970 4 0.200 0.6930 0.008 0.000 0.000 0.916 0.020 0.056
#> GSM282972 5 0.475 0.4889 0.000 0.080 0.000 0.200 0.700 0.020
#> GSM282973 3 0.556 0.3659 0.000 0.400 0.484 0.000 0.008 0.108
#> GSM282975 2 0.490 0.5299 0.000 0.648 0.012 0.036 0.288 0.016
#> GSM282996 1 0.100 0.8420 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM282999 2 0.743 -0.0953 0.004 0.364 0.324 0.160 0.000 0.148
#> GSM283014 1 0.100 0.8420 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM283019 3 0.614 0.5537 0.004 0.152 0.592 0.056 0.000 0.196
#> GSM283026 4 0.582 0.6800 0.000 0.080 0.024 0.672 0.140 0.084
#> GSM283029 1 0.162 0.8527 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000 0.048
#> GSM283030 3 0.560 0.4745 0.008 0.296 0.580 0.012 0.000 0.104
#> GSM283033 5 0.516 0.6173 0.000 0.132 0.044 0.024 0.724 0.076
#> GSM283035 4 0.627 0.6029 0.000 0.168 0.028 0.624 0.072 0.108
#> GSM283036 2 0.475 0.5440 0.000 0.688 0.236 0.012 0.008 0.056
#> GSM283038 4 0.633 0.6456 0.000 0.120 0.024 0.624 0.136 0.096
#> GSM283046 2 0.654 0.3908 0.000 0.540 0.100 0.248 0.004 0.108
#> GSM283050 1 0.162 0.8527 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000 0.048
#> GSM283053 2 0.647 0.3895 0.000 0.540 0.092 0.260 0.004 0.104
#> GSM283055 3 0.559 0.0849 0.000 0.436 0.464 0.012 0.004 0.084
#> GSM283056 4 0.364 0.7150 0.000 0.048 0.000 0.800 0.140 0.012
#> GSM282928 5 0.590 0.1888 0.000 0.112 0.000 0.324 0.532 0.032
#> GSM282930 2 0.518 0.5235 0.000 0.668 0.000 0.096 0.204 0.032
#> GSM282932 3 0.462 0.5824 0.000 0.216 0.680 0.000 0.000 0.104
#> GSM282934 1 0.100 0.8420 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM282976 2 0.207 0.6555 0.000 0.916 0.016 0.000 0.048 0.020
#> GSM282979 2 0.355 0.6366 0.000 0.804 0.000 0.012 0.144 0.040
#> GSM282998 4 0.307 0.7355 0.000 0.060 0.000 0.860 0.056 0.024
#> GSM283013 1 0.460 0.8010 0.668 0.000 0.084 0.000 0.000 0.248
#> GSM283017 3 0.462 0.5824 0.000 0.216 0.680 0.000 0.000 0.104
#> GSM283018 2 0.488 0.4893 0.000 0.640 0.296 0.004 0.020 0.040
#> GSM283025 4 0.369 0.7167 0.000 0.048 0.000 0.800 0.136 0.016
#> GSM283028 2 0.764 0.2243 0.000 0.436 0.080 0.296 0.096 0.092
#> GSM283032 2 0.499 0.5494 0.000 0.664 0.240 0.000 0.072 0.024
#> GSM283037 4 0.633 0.6456 0.000 0.120 0.024 0.624 0.136 0.096
#> GSM283040 3 0.608 0.2800 0.212 0.036 0.560 0.000 0.000 0.192
#> GSM283042 2 0.464 0.5145 0.000 0.680 0.256 0.012 0.004 0.048
#> GSM283045 2 0.669 0.3751 0.000 0.524 0.100 0.260 0.008 0.108
#> GSM283048 2 0.654 0.3908 0.000 0.540 0.100 0.248 0.004 0.108
#> GSM283052 2 0.647 0.3895 0.000 0.540 0.092 0.260 0.004 0.104
#> GSM283054 4 0.323 0.7274 0.008 0.036 0.000 0.860 0.052 0.044
#> GSM282980 3 0.482 0.1065 0.004 0.424 0.532 0.000 0.004 0.036
#> GSM282982 3 0.455 0.5890 0.000 0.204 0.692 0.000 0.000 0.104
#> GSM282984 3 0.451 0.0981 0.000 0.440 0.532 0.000 0.004 0.024
#> GSM282986 4 0.201 0.6887 0.012 0.000 0.000 0.916 0.016 0.056
#> GSM282997 1 0.270 0.8414 0.860 0.000 0.008 0.016 0.000 0.116
#> GSM283012 1 0.460 0.8010 0.668 0.000 0.084 0.000 0.000 0.248
#> GSM283027 2 0.758 0.2612 0.000 0.452 0.080 0.284 0.092 0.092
#> GSM283031 2 0.499 0.5494 0.000 0.664 0.240 0.000 0.072 0.024
#> GSM283039 3 0.560 0.4745 0.008 0.296 0.580 0.012 0.000 0.104
#> GSM283044 2 0.409 0.6279 0.000 0.792 0.128 0.016 0.040 0.024
#> GSM283047 2 0.424 0.6321 0.000 0.784 0.124 0.016 0.052 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> CV:hclust 155 0.2247 1.13e-01 1.12e-01 2
#> CV:hclust 191 0.0375 2.47e-02 3.50e-06 3
#> CV:hclust 166 0.0132 1.04e-05 3.27e-08 4
#> CV:hclust 154 0.0252 3.50e-08 2.15e-06 5
#> CV:hclust 143 0.0389 8.62e-08 1.98e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.335 0.703 0.811 0.4061 0.621 0.621
#> 3 3 0.467 0.692 0.837 0.4365 0.597 0.442
#> 4 4 0.555 0.749 0.840 0.1998 0.747 0.471
#> 5 5 0.631 0.650 0.796 0.0837 0.922 0.741
#> 6 6 0.667 0.597 0.757 0.0520 0.963 0.852
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282856 2 0.2043 0.8227 0.032 0.968
#> GSM282857 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282858 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282861 2 0.4562 0.7834 0.096 0.904
#> GSM282862 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.4690 0.7806 0.100 0.900
#> GSM282865 2 0.2043 0.8145 0.032 0.968
#> GSM282866 2 0.4562 0.7832 0.096 0.904
#> GSM282867 2 0.4431 0.7858 0.092 0.908
#> GSM282868 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282869 1 0.5629 0.7337 0.868 0.132
#> GSM282870 2 0.9323 0.4898 0.348 0.652
#> GSM282871 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282872 2 0.0672 0.8250 0.008 0.992
#> GSM282904 1 0.3879 0.8007 0.924 0.076
#> GSM282910 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.1184 0.8250 0.016 0.984
#> GSM282915 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282921 2 0.8608 0.5991 0.284 0.716
#> GSM282927 2 0.7815 0.6424 0.232 0.768
#> GSM282873 2 0.9815 0.2587 0.420 0.580
#> GSM282874 2 0.4939 0.7754 0.108 0.892
#> GSM282875 2 0.6438 0.7290 0.164 0.836
#> GSM282905 2 0.6438 0.7290 0.164 0.836
#> GSM282914 1 0.1843 0.7889 0.972 0.028
#> GSM282918 1 0.9358 0.5917 0.648 0.352
#> GSM282876 2 0.9983 -0.1013 0.476 0.524
#> GSM282877 2 0.1633 0.8241 0.024 0.976
#> GSM282878 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282879 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282880 2 0.2043 0.8147 0.032 0.968
#> GSM282881 2 0.9732 0.2006 0.404 0.596
#> GSM282882 1 0.5842 0.7963 0.860 0.140
#> GSM282883 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282884 1 0.5842 0.7963 0.860 0.140
#> GSM282885 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282886 2 0.8499 0.5599 0.276 0.724
#> GSM282887 1 0.6343 0.7908 0.840 0.160
#> GSM282888 2 0.8207 0.5954 0.256 0.744
#> GSM282889 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282890 1 0.5946 0.7956 0.856 0.144
#> GSM282902 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.8443 0.5674 0.272 0.728
#> GSM282907 2 0.8016 0.6154 0.244 0.756
#> GSM282909 2 0.8499 0.5599 0.276 0.724
#> GSM282912 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282920 1 0.9460 0.5719 0.636 0.364
#> GSM282924 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282891 1 0.3879 0.8007 0.924 0.076
#> GSM282892 2 0.9754 0.2320 0.408 0.592
#> GSM282893 2 0.8443 0.5674 0.272 0.728
#> GSM282894 1 0.5842 0.7963 0.860 0.140
#> GSM282895 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282896 2 0.3274 0.8145 0.060 0.940
#> GSM282897 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282898 2 0.8499 0.5599 0.276 0.724
#> GSM282899 1 0.9795 0.4603 0.584 0.416
#> GSM282900 2 0.3584 0.8042 0.068 0.932
#> GSM282901 2 0.9775 0.2155 0.412 0.588
#> GSM282906 2 0.8661 0.5360 0.288 0.712
#> GSM282908 1 0.1633 0.7616 0.976 0.024
#> GSM282911 2 0.8016 0.6147 0.244 0.756
#> GSM282916 1 0.9815 0.4499 0.580 0.420
#> GSM282919 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282923 1 0.9896 0.3919 0.560 0.440
#> GSM282917 2 0.5408 0.7660 0.124 0.876
#> GSM282922 1 0.9963 0.3030 0.536 0.464
#> GSM282926 2 0.9608 0.3121 0.384 0.616
#> GSM282925 2 0.9754 0.2291 0.408 0.592
#> GSM282935 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282938 2 0.1184 0.8250 0.016 0.984
#> GSM282940 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.3584 0.8000 0.932 0.068
#> GSM282944 2 0.1633 0.8241 0.024 0.976
#> GSM282946 2 0.8207 0.5954 0.256 0.744
#> GSM282947 2 0.1843 0.8160 0.028 0.972
#> GSM282948 2 0.2423 0.8121 0.040 0.960
#> GSM282949 2 0.5294 0.7670 0.120 0.880
#> GSM282950 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282951 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282952 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282956 1 0.3114 0.7391 0.944 0.056
#> GSM282959 2 0.1633 0.8241 0.024 0.976
#> GSM282966 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282968 2 0.4431 0.7858 0.092 0.908
#> GSM282974 2 0.3584 0.7977 0.068 0.932
#> GSM283016 1 0.0000 0.7745 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.3584 0.8000 0.932 0.068
#> GSM283024 1 0.6343 0.7908 0.840 0.160
#> GSM283041 1 0.1843 0.7595 0.972 0.028
#> GSM283043 2 0.2778 0.8189 0.048 0.952
#> GSM282957 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282958 2 0.3733 0.7960 0.072 0.928
#> GSM282960 2 0.1843 0.8234 0.028 0.972
#> GSM282971 2 0.5842 0.7508 0.140 0.860
#> GSM283015 1 0.1843 0.7889 0.972 0.028
#> GSM282962 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282977 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282978 2 0.3274 0.8145 0.060 0.940
#> GSM282987 2 0.1843 0.8234 0.028 0.972
#> GSM282988 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282989 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282991 2 0.1633 0.8241 0.024 0.976
#> GSM282992 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282993 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282994 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282995 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.4690 0.7996 0.900 0.100
#> GSM283023 1 0.6343 0.7908 0.840 0.160
#> GSM282931 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.8443 0.5674 0.272 0.728
#> GSM282983 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282985 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM283000 2 0.1633 0.8241 0.024 0.976
#> GSM283001 1 0.0938 0.7815 0.988 0.012
#> GSM283002 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM283003 2 0.8443 0.5674 0.272 0.728
#> GSM283004 2 0.8081 0.6085 0.248 0.752
#> GSM283005 1 0.6623 0.7837 0.828 0.172
#> GSM283006 1 0.6343 0.7908 0.840 0.160
#> GSM283007 2 0.8081 0.6085 0.248 0.752
#> GSM283008 2 0.9866 0.1518 0.432 0.568
#> GSM283009 1 0.9815 0.4499 0.580 0.420
#> GSM283010 2 0.6148 0.7708 0.152 0.848
#> GSM283011 1 0.8661 0.6823 0.712 0.288
#> GSM283022 1 0.8499 0.6958 0.724 0.276
#> GSM283034 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM283049 2 0.8443 0.5674 0.272 0.728
#> GSM283051 1 0.3114 0.7976 0.944 0.056
#> GSM282929 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282933 1 0.9833 0.3771 0.576 0.424
#> GSM282936 2 0.9909 0.2453 0.444 0.556
#> GSM282937 1 0.1843 0.7595 0.972 0.028
#> GSM282942 2 0.0376 0.8247 0.004 0.996
#> GSM282945 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282954 2 0.4431 0.7858 0.092 0.908
#> GSM282961 2 0.8713 0.5277 0.292 0.708
#> GSM282964 2 0.8955 0.5550 0.312 0.688
#> GSM282965 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282967 2 0.4161 0.8186 0.084 0.916
#> GSM282969 2 0.9393 0.4728 0.356 0.644
#> GSM282970 2 0.9393 0.4728 0.356 0.644
#> GSM282972 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282973 2 0.8499 0.5599 0.276 0.724
#> GSM282975 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282996 1 0.3114 0.7391 0.944 0.056
#> GSM282999 1 0.9580 0.5427 0.620 0.380
#> GSM283014 1 0.2043 0.7570 0.968 0.032
#> GSM283019 1 0.6343 0.7908 0.840 0.160
#> GSM283026 2 0.7299 0.7060 0.204 0.796
#> GSM283029 1 0.0938 0.7815 0.988 0.012
#> GSM283030 1 0.9608 0.5349 0.616 0.384
#> GSM283033 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM283035 2 0.6973 0.6939 0.188 0.812
#> GSM283036 2 0.5737 0.7544 0.136 0.864
#> GSM283038 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM283046 2 0.9909 0.0877 0.444 0.556
#> GSM283050 1 0.0000 0.7745 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0376 0.8247 0.004 0.996
#> GSM283055 1 0.9552 0.5504 0.624 0.376
#> GSM283056 2 0.5629 0.7579 0.132 0.868
#> GSM282928 2 0.3879 0.7940 0.076 0.924
#> GSM282930 2 0.0000 0.8242 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.8861 0.5015 0.304 0.696
#> GSM282934 1 0.1184 0.7670 0.984 0.016
#> GSM282976 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM282979 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM282998 2 0.8555 0.6087 0.280 0.720
#> GSM283013 1 0.2778 0.7955 0.952 0.048
#> GSM283017 2 0.8499 0.5599 0.276 0.724
#> GSM283018 2 0.3114 0.8164 0.056 0.944
#> GSM283025 2 0.5842 0.7508 0.140 0.860
#> GSM283028 2 0.2603 0.8097 0.044 0.956
#> GSM283032 2 0.4161 0.8186 0.084 0.916
#> GSM283037 2 0.3879 0.7940 0.076 0.924
#> GSM283040 1 0.5842 0.7963 0.860 0.140
#> GSM283042 2 0.9661 0.2868 0.392 0.608
#> GSM283045 2 0.8955 0.5530 0.312 0.688
#> GSM283048 2 0.5946 0.7276 0.144 0.856
#> GSM283052 2 0.9358 0.4055 0.352 0.648
#> GSM283054 2 0.9248 0.5051 0.340 0.660
#> GSM282980 1 0.5946 0.7956 0.856 0.144
#> GSM282982 1 0.9881 0.4052 0.564 0.436
#> GSM282984 1 0.9850 0.4287 0.572 0.428
#> GSM282986 2 0.9323 0.4892 0.348 0.652
#> GSM282997 1 0.0000 0.7745 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.3584 0.8000 0.932 0.068
#> GSM283027 2 0.0938 0.8251 0.012 0.988
#> GSM283031 2 0.8207 0.5954 0.256 0.744
#> GSM283039 1 0.9635 0.5266 0.612 0.388
#> GSM283044 2 0.1184 0.8250 0.016 0.984
#> GSM283047 2 0.1633 0.8241 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282856 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282857 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282858 2 0.6154 0.3813 0.000 0.592 0.408
#> GSM282859 2 0.6154 0.3813 0.000 0.592 0.408
#> GSM282860 2 0.0592 0.7695 0.000 0.988 0.012
#> GSM282861 2 0.2165 0.7806 0.000 0.936 0.064
#> GSM282862 2 0.6140 0.3921 0.000 0.596 0.404
#> GSM282863 2 0.6235 0.2978 0.000 0.564 0.436
#> GSM282864 2 0.2261 0.7803 0.000 0.932 0.068
#> GSM282865 2 0.2537 0.7799 0.000 0.920 0.080
#> GSM282866 2 0.2261 0.7820 0.000 0.932 0.068
#> GSM282867 2 0.2625 0.7784 0.000 0.916 0.084
#> GSM282868 2 0.1031 0.7732 0.000 0.976 0.024
#> GSM282869 2 0.7095 0.5337 0.048 0.660 0.292
#> GSM282870 2 0.4744 0.7051 0.028 0.836 0.136
#> GSM282871 2 0.1031 0.7732 0.000 0.976 0.024
#> GSM282872 3 0.6204 0.0853 0.000 0.424 0.576
#> GSM282904 1 0.1620 0.8916 0.964 0.012 0.024
#> GSM282910 3 0.6260 0.1680 0.000 0.448 0.552
#> GSM282913 3 0.5397 0.6035 0.000 0.280 0.720
#> GSM282915 3 0.0892 0.8066 0.000 0.020 0.980
#> GSM282921 2 0.4700 0.7102 0.008 0.812 0.180
#> GSM282927 3 0.2152 0.8092 0.036 0.016 0.948
#> GSM282873 3 0.4033 0.7460 0.136 0.008 0.856
#> GSM282874 2 0.2229 0.7761 0.012 0.944 0.044
#> GSM282875 2 0.1411 0.7509 0.036 0.964 0.000
#> GSM282905 2 0.4007 0.7421 0.036 0.880 0.084
#> GSM282914 1 0.0592 0.8905 0.988 0.000 0.012
#> GSM282918 3 0.4353 0.7268 0.156 0.008 0.836
#> GSM282876 3 0.1753 0.8078 0.048 0.000 0.952
#> GSM282877 3 0.4346 0.7244 0.000 0.184 0.816
#> GSM282878 3 0.5465 0.5902 0.000 0.288 0.712
#> GSM282879 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282880 2 0.4178 0.7339 0.000 0.828 0.172
#> GSM282881 3 0.1753 0.8078 0.048 0.000 0.952
#> GSM282882 1 0.2165 0.8665 0.936 0.000 0.064
#> GSM282883 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282884 1 0.2066 0.8694 0.940 0.000 0.060
#> GSM282885 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282886 3 0.4121 0.7896 0.040 0.084 0.876
#> GSM282887 3 0.5785 0.4587 0.332 0.000 0.668
#> GSM282888 3 0.1289 0.8110 0.032 0.000 0.968
#> GSM282889 3 0.5431 0.5966 0.000 0.284 0.716
#> GSM282890 3 0.6286 0.0353 0.464 0.000 0.536
#> GSM282902 2 0.6180 0.3590 0.000 0.584 0.416
#> GSM282903 3 0.1643 0.8090 0.044 0.000 0.956
#> GSM282907 3 0.0237 0.8113 0.004 0.000 0.996
#> GSM282909 3 0.1643 0.8090 0.044 0.000 0.956
#> GSM282912 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282920 3 0.2772 0.7944 0.080 0.004 0.916
#> GSM282924 3 0.5138 0.5506 0.000 0.252 0.748
#> GSM282891 1 0.1620 0.8916 0.964 0.012 0.024
#> GSM282892 3 0.2173 0.8066 0.048 0.008 0.944
#> GSM282893 3 0.1878 0.8085 0.044 0.004 0.952
#> GSM282894 1 0.2448 0.8581 0.924 0.000 0.076
#> GSM282895 3 0.0424 0.8102 0.000 0.008 0.992
#> GSM282896 3 0.0424 0.8102 0.000 0.008 0.992
#> GSM282897 3 0.0000 0.8108 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.1643 0.8090 0.044 0.000 0.956
#> GSM282899 3 0.2866 0.7953 0.076 0.008 0.916
#> GSM282900 3 0.4702 0.6433 0.000 0.212 0.788
#> GSM282901 3 0.1989 0.8073 0.048 0.004 0.948
#> GSM282906 3 0.1643 0.8090 0.044 0.000 0.956
#> GSM282908 1 0.1860 0.8719 0.948 0.052 0.000
#> GSM282911 3 0.0237 0.8113 0.004 0.000 0.996
#> GSM282916 3 0.2682 0.7968 0.076 0.004 0.920
#> GSM282919 3 0.0237 0.8107 0.000 0.004 0.996
#> GSM282923 3 0.2496 0.8001 0.068 0.004 0.928
#> GSM282917 3 0.1267 0.8077 0.004 0.024 0.972
#> GSM282922 3 0.2866 0.7953 0.076 0.008 0.916
#> GSM282926 3 0.2031 0.8105 0.032 0.016 0.952
#> GSM282925 3 0.2269 0.8090 0.040 0.016 0.944
#> GSM282935 3 0.6215 0.2616 0.000 0.428 0.572
#> GSM282938 3 0.4654 0.6725 0.000 0.208 0.792
#> GSM282940 2 0.5497 0.5891 0.000 0.708 0.292
#> GSM282941 2 0.6126 0.4013 0.000 0.600 0.400
#> GSM282943 1 0.1751 0.8901 0.960 0.012 0.028
#> GSM282944 3 0.4291 0.7279 0.000 0.180 0.820
#> GSM282946 3 0.0592 0.8118 0.012 0.000 0.988
#> GSM282947 2 0.2625 0.7816 0.000 0.916 0.084
#> GSM282948 2 0.3116 0.7849 0.000 0.892 0.108
#> GSM282949 2 0.1643 0.7794 0.000 0.956 0.044
#> GSM282950 2 0.1860 0.7799 0.000 0.948 0.052
#> GSM282951 3 0.6204 0.2511 0.000 0.424 0.576
#> GSM282952 2 0.6111 0.4086 0.000 0.604 0.396
#> GSM282953 2 0.6252 0.3091 0.000 0.556 0.444
#> GSM282955 2 0.1860 0.7799 0.000 0.948 0.052
#> GSM282956 1 0.2066 0.8680 0.940 0.060 0.000
#> GSM282959 3 0.5397 0.6033 0.000 0.280 0.720
#> GSM282966 2 0.2261 0.7646 0.000 0.932 0.068
#> GSM282968 2 0.2448 0.7803 0.000 0.924 0.076
#> GSM282974 2 0.2165 0.7811 0.000 0.936 0.064
#> GSM283016 1 0.0592 0.8910 0.988 0.012 0.000
#> GSM283021 1 0.1482 0.8923 0.968 0.012 0.020
#> GSM283024 1 0.6286 0.1880 0.536 0.000 0.464
#> GSM283041 1 0.2066 0.8680 0.940 0.060 0.000
#> GSM283043 3 0.1163 0.8056 0.000 0.028 0.972
#> GSM282957 2 0.1129 0.7622 0.020 0.976 0.004
#> GSM282958 2 0.2749 0.7769 0.012 0.924 0.064
#> GSM282960 3 0.4504 0.7134 0.000 0.196 0.804
#> GSM282971 2 0.1525 0.7553 0.032 0.964 0.004
#> GSM283015 1 0.6062 0.4081 0.616 0.000 0.384
#> GSM282962 2 0.6126 0.4013 0.000 0.600 0.400
#> GSM282963 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282977 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282978 3 0.3816 0.7460 0.000 0.148 0.852
#> GSM282987 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282988 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282989 2 0.6168 0.3708 0.000 0.588 0.412
#> GSM282990 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282991 3 0.4974 0.6677 0.000 0.236 0.764
#> GSM282992 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282993 2 0.0424 0.7678 0.000 0.992 0.008
#> GSM282994 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282995 2 0.6140 0.3921 0.000 0.596 0.404
#> GSM283020 1 0.1620 0.8916 0.964 0.012 0.024
#> GSM283023 1 0.6302 0.1357 0.520 0.000 0.480
#> GSM282931 2 0.5560 0.5623 0.000 0.700 0.300
#> GSM282939 2 0.6140 0.3914 0.000 0.596 0.404
#> GSM282981 3 0.1765 0.8097 0.040 0.004 0.956
#> GSM282983 3 0.1031 0.8055 0.000 0.024 0.976
#> GSM282985 3 0.5138 0.6327 0.000 0.252 0.748
#> GSM283000 3 0.4002 0.7438 0.000 0.160 0.840
#> GSM283001 1 0.0592 0.8910 0.988 0.012 0.000
#> GSM283002 3 0.0424 0.8095 0.000 0.008 0.992
#> GSM283003 3 0.1643 0.8090 0.044 0.000 0.956
#> GSM283004 3 0.0237 0.8113 0.004 0.000 0.996
#> GSM283005 3 0.3941 0.7289 0.156 0.000 0.844
#> GSM283006 3 0.6244 0.0784 0.440 0.000 0.560
#> GSM283007 3 0.0829 0.8114 0.012 0.004 0.984
#> GSM283008 3 0.4982 0.7555 0.064 0.096 0.840
#> GSM283009 3 0.2682 0.7968 0.076 0.004 0.920
#> GSM283010 3 0.6451 0.0965 0.004 0.436 0.560
#> GSM283011 3 0.2537 0.7959 0.080 0.000 0.920
#> GSM283022 3 0.2625 0.7937 0.084 0.000 0.916
#> GSM283034 2 0.4235 0.7241 0.000 0.824 0.176
#> GSM283049 3 0.1765 0.8095 0.040 0.004 0.956
#> GSM283051 1 0.1337 0.8927 0.972 0.012 0.016
#> GSM282929 2 0.0592 0.7695 0.000 0.988 0.012
#> GSM282933 3 0.7128 0.3796 0.036 0.344 0.620
#> GSM282936 2 0.5319 0.6747 0.104 0.824 0.072
#> GSM282937 1 0.2066 0.8680 0.940 0.060 0.000
#> GSM282942 3 0.6204 0.0440 0.000 0.424 0.576
#> GSM282945 3 0.1163 0.8056 0.000 0.028 0.972
#> GSM282954 2 0.3038 0.7854 0.000 0.896 0.104
#> GSM282961 3 0.4121 0.7896 0.040 0.084 0.876
#> GSM282964 2 0.4249 0.7279 0.028 0.864 0.108
#> GSM282965 3 0.1163 0.8056 0.000 0.028 0.972
#> GSM282967 3 0.4796 0.6219 0.000 0.220 0.780
#> GSM282969 2 0.4790 0.7121 0.056 0.848 0.096
#> GSM282970 2 0.4790 0.7121 0.056 0.848 0.096
#> GSM282972 2 0.0424 0.7678 0.000 0.992 0.008
#> GSM282973 3 0.4121 0.7896 0.040 0.084 0.876
#> GSM282975 3 0.6280 0.1209 0.000 0.460 0.540
#> GSM282996 1 0.2066 0.8680 0.940 0.060 0.000
#> GSM282999 3 0.3091 0.7939 0.072 0.016 0.912
#> GSM283014 1 0.2066 0.8680 0.940 0.060 0.000
#> GSM283019 3 0.6111 0.2719 0.396 0.000 0.604
#> GSM283026 2 0.3879 0.7147 0.000 0.848 0.152
#> GSM283029 1 0.0592 0.8910 0.988 0.012 0.000
#> GSM283030 3 0.2866 0.7953 0.076 0.008 0.916
#> GSM283033 2 0.4399 0.7164 0.000 0.812 0.188
#> GSM283035 3 0.6513 0.2026 0.008 0.400 0.592
#> GSM283036 3 0.0661 0.8109 0.004 0.008 0.988
#> GSM283038 3 0.6095 0.2351 0.000 0.392 0.608
#> GSM283046 3 0.2866 0.7953 0.076 0.008 0.916
#> GSM283050 1 0.0747 0.8897 0.984 0.016 0.000
#> GSM283053 3 0.6111 0.2208 0.000 0.396 0.604
#> GSM283055 3 0.2866 0.7953 0.076 0.008 0.916
#> GSM283056 2 0.2165 0.7657 0.000 0.936 0.064
#> GSM282928 2 0.2066 0.7810 0.000 0.940 0.060
#> GSM282930 2 0.5948 0.4830 0.000 0.640 0.360
#> GSM282932 3 0.1643 0.8090 0.044 0.000 0.956
#> GSM282934 1 0.2066 0.8680 0.940 0.060 0.000
#> GSM282976 3 0.4178 0.7346 0.000 0.172 0.828
#> GSM282979 3 0.5431 0.5966 0.000 0.284 0.716
#> GSM282998 2 0.4609 0.7127 0.028 0.844 0.128
#> GSM283013 1 0.1337 0.8927 0.972 0.012 0.016
#> GSM283017 3 0.1878 0.8085 0.044 0.004 0.952
#> GSM283018 3 0.1163 0.8056 0.000 0.028 0.972
#> GSM283025 2 0.3886 0.7400 0.024 0.880 0.096
#> GSM283028 2 0.5882 0.5788 0.000 0.652 0.348
#> GSM283032 3 0.2878 0.7756 0.000 0.096 0.904
#> GSM283037 2 0.3267 0.7644 0.000 0.884 0.116
#> GSM283040 1 0.5650 0.5276 0.688 0.000 0.312
#> GSM283042 3 0.1878 0.8089 0.044 0.004 0.952
#> GSM283045 2 0.6090 0.6458 0.020 0.716 0.264
#> GSM283048 3 0.3619 0.7426 0.000 0.136 0.864
#> GSM283052 3 0.1832 0.8073 0.008 0.036 0.956
#> GSM283054 2 0.4749 0.7124 0.040 0.844 0.116
#> GSM282980 3 0.6095 0.2393 0.392 0.000 0.608
#> GSM282982 3 0.2066 0.8036 0.060 0.000 0.940
#> GSM282984 3 0.2590 0.7986 0.072 0.004 0.924
#> GSM282986 2 0.4892 0.7081 0.048 0.840 0.112
#> GSM282997 1 0.1031 0.8866 0.976 0.024 0.000
#> GSM283012 1 0.1620 0.8916 0.964 0.012 0.024
#> GSM283027 3 0.5678 0.4446 0.000 0.316 0.684
#> GSM283031 3 0.1765 0.8095 0.040 0.004 0.956
#> GSM283039 3 0.2866 0.7953 0.076 0.008 0.916
#> GSM283044 3 0.2066 0.7941 0.000 0.060 0.940
#> GSM283047 3 0.1163 0.8056 0.000 0.028 0.972
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.2921 0.8386 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM282856 2 0.2868 0.8392 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282857 2 0.2973 0.8375 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM282858 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282859 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282860 4 0.3428 0.8008 0.000 0.144 0.012 0.844
#> GSM282861 2 0.5850 -0.3131 0.000 0.512 0.032 0.456
#> GSM282862 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282863 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282864 4 0.4632 0.7322 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM282865 2 0.5126 -0.2412 0.000 0.552 0.004 0.444
#> GSM282866 4 0.4655 0.7282 0.000 0.312 0.004 0.684
#> GSM282867 4 0.4985 0.4856 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM282868 4 0.4655 0.7293 0.000 0.312 0.004 0.684
#> GSM282869 4 0.7015 0.3597 0.008 0.100 0.360 0.532
#> GSM282870 4 0.2480 0.7843 0.000 0.088 0.008 0.904
#> GSM282871 4 0.4632 0.7322 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM282872 3 0.7784 0.0636 0.000 0.292 0.428 0.280
#> GSM282904 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282910 2 0.2300 0.8267 0.000 0.920 0.064 0.016
#> GSM282913 2 0.3149 0.8292 0.000 0.880 0.088 0.032
#> GSM282915 2 0.4713 0.5840 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM282921 4 0.5001 0.6959 0.012 0.180 0.040 0.768
#> GSM282927 3 0.5235 0.6058 0.000 0.236 0.716 0.048
#> GSM282873 3 0.2956 0.8286 0.012 0.036 0.904 0.048
#> GSM282874 4 0.4134 0.7412 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM282875 4 0.2760 0.7824 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM282905 4 0.1716 0.7646 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM282914 1 0.1993 0.9004 0.944 0.024 0.016 0.016
#> GSM282918 3 0.2797 0.8452 0.012 0.060 0.908 0.020
#> GSM282876 3 0.1118 0.8721 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282877 2 0.2760 0.8408 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM282878 2 0.3047 0.8404 0.000 0.872 0.116 0.012
#> GSM282879 2 0.3266 0.8295 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM282880 2 0.2563 0.7442 0.000 0.908 0.020 0.072
#> GSM282881 3 0.1118 0.8721 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282882 1 0.4994 0.1064 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM282883 2 0.3219 0.8311 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM282884 1 0.4992 0.1206 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM282885 2 0.3356 0.8252 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282886 3 0.3123 0.7829 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM282887 3 0.2329 0.8327 0.072 0.012 0.916 0.000
#> GSM282888 3 0.1302 0.8729 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282889 2 0.2345 0.8378 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM282890 3 0.2530 0.7936 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM282902 2 0.2335 0.8248 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282903 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282907 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282909 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282912 2 0.3356 0.8252 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282920 3 0.0376 0.8620 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM282924 2 0.5354 0.6970 0.000 0.712 0.232 0.056
#> GSM282891 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282892 3 0.1022 0.8728 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282893 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282894 3 0.4543 0.4767 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM282895 3 0.3123 0.7803 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM282896 3 0.3219 0.7702 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM282897 3 0.3569 0.7260 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM282898 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282899 3 0.0707 0.8700 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM282900 3 0.5966 0.6004 0.004 0.228 0.684 0.084
#> GSM282901 3 0.1211 0.8731 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM282906 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282908 1 0.0564 0.9166 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM282911 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282916 3 0.0921 0.8719 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282919 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282923 3 0.1022 0.8723 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282917 3 0.2999 0.8149 0.000 0.132 0.864 0.004
#> GSM282922 3 0.2256 0.8315 0.000 0.020 0.924 0.056
#> GSM282926 3 0.4514 0.7387 0.000 0.148 0.796 0.056
#> GSM282925 3 0.4562 0.7308 0.000 0.152 0.792 0.056
#> GSM282935 2 0.3959 0.7980 0.000 0.840 0.092 0.068
#> GSM282938 2 0.3796 0.8062 0.000 0.848 0.096 0.056
#> GSM282940 2 0.2411 0.8016 0.000 0.920 0.040 0.040
#> GSM282941 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282943 1 0.3837 0.6975 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM282944 2 0.2530 0.8375 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM282946 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282947 4 0.4936 0.6535 0.000 0.372 0.004 0.624
#> GSM282948 4 0.5028 0.6062 0.000 0.400 0.004 0.596
#> GSM282949 4 0.4632 0.7322 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM282950 4 0.4632 0.7322 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM282951 2 0.2142 0.8196 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM282952 2 0.2871 0.7443 0.000 0.896 0.032 0.072
#> GSM282953 2 0.4547 0.7048 0.000 0.804 0.092 0.104
#> GSM282955 4 0.4632 0.7322 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM282956 1 0.1042 0.9075 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM282959 2 0.2530 0.8368 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM282966 4 0.2593 0.7897 0.000 0.104 0.004 0.892
#> GSM282968 4 0.4655 0.7293 0.000 0.312 0.004 0.684
#> GSM282974 4 0.3401 0.8006 0.000 0.152 0.008 0.840
#> GSM283016 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283021 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283024 3 0.2814 0.7747 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM283041 1 0.0779 0.9104 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM283043 2 0.6069 0.5042 0.000 0.588 0.356 0.056
#> GSM282957 4 0.2868 0.7860 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM282958 4 0.4605 0.6749 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM282960 2 0.2868 0.8394 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282971 4 0.2868 0.7841 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM283015 3 0.4071 0.7629 0.104 0.036 0.844 0.016
#> GSM282962 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282963 2 0.3356 0.8252 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282977 2 0.3219 0.8313 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM282978 2 0.3569 0.8098 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM282987 2 0.2814 0.8404 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM282988 2 0.3311 0.8276 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM282989 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282990 2 0.3356 0.8252 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282991 2 0.2704 0.8407 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM282992 2 0.3266 0.8296 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM282993 4 0.4295 0.7972 0.012 0.128 0.036 0.824
#> GSM282994 2 0.3311 0.8276 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM282995 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM283020 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283023 3 0.2814 0.7747 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM282931 2 0.6150 0.2972 0.000 0.580 0.060 0.360
#> GSM282939 2 0.2335 0.8216 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM282981 3 0.1302 0.8727 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282983 2 0.4713 0.5832 0.000 0.640 0.360 0.000
#> GSM282985 2 0.3166 0.8389 0.000 0.868 0.116 0.016
#> GSM283000 2 0.3335 0.8386 0.000 0.856 0.128 0.016
#> GSM283001 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283002 3 0.4996 -0.1270 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM283003 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283004 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283005 3 0.1510 0.8675 0.016 0.028 0.956 0.000
#> GSM283006 3 0.2814 0.7747 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM283007 3 0.1302 0.8727 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM283008 3 0.1733 0.8436 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM283009 3 0.1022 0.8714 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM283010 3 0.6656 0.4541 0.000 0.136 0.608 0.256
#> GSM283011 3 0.1356 0.8702 0.008 0.032 0.960 0.000
#> GSM283022 3 0.1356 0.8702 0.008 0.032 0.960 0.000
#> GSM283034 4 0.5716 0.7363 0.000 0.212 0.088 0.700
#> GSM283049 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283051 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282929 4 0.3052 0.7998 0.000 0.136 0.004 0.860
#> GSM282933 3 0.6552 0.0335 0.012 0.048 0.480 0.460
#> GSM282936 4 0.2901 0.7535 0.016 0.040 0.036 0.908
#> GSM282937 1 0.0779 0.9104 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM282942 2 0.4274 0.7720 0.000 0.808 0.148 0.044
#> GSM282945 3 0.1661 0.8715 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM282954 4 0.4632 0.7322 0.000 0.308 0.004 0.688
#> GSM282961 3 0.2408 0.8370 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282964 4 0.2873 0.7606 0.012 0.040 0.040 0.908
#> GSM282965 2 0.4720 0.6345 0.000 0.672 0.324 0.004
#> GSM282967 3 0.6538 0.4826 0.000 0.140 0.628 0.232
#> GSM282969 4 0.2222 0.7792 0.008 0.056 0.008 0.928
#> GSM282970 4 0.2076 0.7789 0.008 0.056 0.004 0.932
#> GSM282972 4 0.3052 0.7975 0.000 0.136 0.004 0.860
#> GSM282973 3 0.1867 0.8600 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM282975 2 0.2300 0.8238 0.000 0.920 0.064 0.016
#> GSM282996 1 0.0779 0.9104 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM282999 3 0.3221 0.7990 0.004 0.020 0.876 0.100
#> GSM283014 1 0.0779 0.9104 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM283019 3 0.2530 0.8028 0.100 0.004 0.896 0.000
#> GSM283026 4 0.3290 0.7590 0.012 0.060 0.040 0.888
#> GSM283029 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283030 3 0.2142 0.8304 0.000 0.016 0.928 0.056
#> GSM283033 4 0.6563 0.6595 0.000 0.208 0.160 0.632
#> GSM283035 4 0.7982 0.2471 0.012 0.256 0.260 0.472
#> GSM283036 3 0.4636 0.7188 0.000 0.188 0.772 0.040
#> GSM283038 2 0.7246 0.0907 0.004 0.448 0.124 0.424
#> GSM283046 3 0.2652 0.8293 0.004 0.028 0.912 0.056
#> GSM283050 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283053 2 0.7283 0.0633 0.004 0.440 0.128 0.428
#> GSM283055 3 0.1624 0.8439 0.000 0.020 0.952 0.028
#> GSM283056 4 0.3105 0.7661 0.012 0.060 0.032 0.896
#> GSM282928 4 0.5728 0.5547 0.000 0.364 0.036 0.600
#> GSM282930 2 0.2408 0.7979 0.000 0.920 0.036 0.044
#> GSM282932 3 0.1389 0.8721 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282934 1 0.0657 0.9121 0.984 0.004 0.000 0.012
#> GSM282976 2 0.3356 0.8252 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282979 2 0.3047 0.8404 0.000 0.872 0.116 0.012
#> GSM282998 4 0.3130 0.7530 0.012 0.052 0.040 0.896
#> GSM283013 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283017 3 0.1302 0.8727 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM283018 3 0.4356 0.5557 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM283025 4 0.3130 0.7530 0.012 0.052 0.040 0.896
#> GSM283028 4 0.6175 0.5449 0.004 0.240 0.092 0.664
#> GSM283032 3 0.5913 0.6468 0.000 0.124 0.696 0.180
#> GSM283037 4 0.4827 0.7119 0.012 0.164 0.040 0.784
#> GSM283040 3 0.4372 0.5893 0.268 0.004 0.728 0.000
#> GSM283042 3 0.1389 0.8729 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283045 4 0.4937 0.7065 0.012 0.100 0.092 0.796
#> GSM283048 3 0.5904 0.5908 0.004 0.236 0.684 0.076
#> GSM283052 3 0.3342 0.8049 0.000 0.032 0.868 0.100
#> GSM283054 4 0.2961 0.7536 0.012 0.044 0.040 0.904
#> GSM282980 3 0.2530 0.7936 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM282982 3 0.1302 0.8726 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282984 3 0.1022 0.8723 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282986 4 0.1985 0.7671 0.012 0.024 0.020 0.944
#> GSM282997 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283012 1 0.0469 0.9216 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283027 2 0.6248 0.5443 0.000 0.640 0.100 0.260
#> GSM283031 3 0.1302 0.8727 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM283039 3 0.1042 0.8603 0.000 0.020 0.972 0.008
#> GSM283044 2 0.5936 0.5554 0.000 0.620 0.324 0.056
#> GSM283047 2 0.6168 0.4184 0.000 0.556 0.388 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.2930 0.80927 0.000 0.880 0.032 0.012 0.076
#> GSM282856 2 0.3134 0.79818 0.000 0.864 0.028 0.012 0.096
#> GSM282857 2 0.3053 0.79633 0.000 0.872 0.044 0.008 0.076
#> GSM282858 2 0.2012 0.80412 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060
#> GSM282859 2 0.2171 0.80287 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> GSM282860 4 0.6316 0.15461 0.000 0.164 0.000 0.480 0.356
#> GSM282861 2 0.6538 -0.10617 0.000 0.452 0.000 0.208 0.340
#> GSM282862 2 0.2171 0.80287 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> GSM282863 2 0.1970 0.80935 0.000 0.924 0.004 0.012 0.060
#> GSM282864 5 0.4199 0.66951 0.000 0.160 0.000 0.068 0.772
#> GSM282865 5 0.4496 0.63028 0.000 0.216 0.000 0.056 0.728
#> GSM282866 5 0.4114 0.66967 0.000 0.164 0.000 0.060 0.776
#> GSM282867 5 0.4169 0.62232 0.000 0.240 0.000 0.028 0.732
#> GSM282868 5 0.4177 0.66576 0.000 0.164 0.000 0.064 0.772
#> GSM282869 5 0.5664 0.41258 0.000 0.044 0.236 0.056 0.664
#> GSM282870 5 0.3849 0.47192 0.000 0.016 0.000 0.232 0.752
#> GSM282871 5 0.4058 0.66993 0.000 0.152 0.000 0.064 0.784
#> GSM282872 5 0.7218 0.22428 0.000 0.064 0.152 0.276 0.508
#> GSM282904 1 0.2965 0.90271 0.876 0.000 0.028 0.084 0.012
#> GSM282910 2 0.2079 0.80809 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> GSM282913 2 0.2766 0.81435 0.000 0.892 0.012 0.040 0.056
#> GSM282915 2 0.5498 0.43917 0.000 0.600 0.336 0.016 0.048
#> GSM282921 4 0.3891 0.57233 0.000 0.060 0.004 0.808 0.128
#> GSM282927 3 0.6169 0.42041 0.000 0.108 0.564 0.312 0.016
#> GSM282873 3 0.5738 0.57130 0.012 0.000 0.644 0.116 0.228
#> GSM282874 5 0.5152 0.36501 0.004 0.068 0.004 0.240 0.684
#> GSM282875 5 0.4758 0.34249 0.004 0.032 0.004 0.272 0.688
#> GSM282905 5 0.4347 0.20564 0.004 0.000 0.004 0.356 0.636
#> GSM282914 1 0.5742 0.77415 0.696 0.000 0.052 0.148 0.104
#> GSM282918 3 0.5049 0.69754 0.016 0.004 0.744 0.116 0.120
#> GSM282876 3 0.2949 0.80042 0.000 0.028 0.880 0.076 0.016
#> GSM282877 2 0.0510 0.81693 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.1306 0.81690 0.000 0.960 0.008 0.016 0.016
#> GSM282879 2 0.1341 0.80717 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.1549 0.80653 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM282881 3 0.3114 0.79944 0.000 0.036 0.872 0.076 0.016
#> GSM282882 3 0.6148 0.33354 0.308 0.000 0.576 0.092 0.024
#> GSM282883 2 0.1197 0.80995 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.6148 0.33354 0.308 0.000 0.576 0.092 0.024
#> GSM282885 2 0.1410 0.80529 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.3355 0.74630 0.000 0.184 0.804 0.000 0.012
#> GSM282887 3 0.3473 0.77812 0.020 0.008 0.856 0.092 0.024
#> GSM282888 3 0.2835 0.82058 0.000 0.080 0.880 0.036 0.004
#> GSM282889 2 0.0960 0.81630 0.000 0.972 0.004 0.008 0.016
#> GSM282890 3 0.3191 0.77965 0.020 0.000 0.864 0.092 0.024
#> GSM282902 2 0.2409 0.80162 0.000 0.900 0.000 0.032 0.068
#> GSM282903 3 0.1740 0.82458 0.000 0.056 0.932 0.000 0.012
#> GSM282907 3 0.1914 0.82291 0.000 0.060 0.924 0.000 0.016
#> GSM282909 3 0.1740 0.82458 0.000 0.056 0.932 0.000 0.012
#> GSM282912 2 0.1942 0.79884 0.000 0.920 0.068 0.000 0.012
#> GSM282920 3 0.2289 0.81228 0.004 0.000 0.904 0.080 0.012
#> GSM282924 2 0.7348 0.24102 0.000 0.476 0.112 0.320 0.092
#> GSM282891 1 0.3278 0.89228 0.860 0.000 0.028 0.092 0.020
#> GSM282892 3 0.1579 0.82653 0.000 0.024 0.944 0.032 0.000
#> GSM282893 3 0.1670 0.82505 0.000 0.052 0.936 0.000 0.012
#> GSM282894 3 0.4548 0.69771 0.108 0.000 0.780 0.092 0.020
#> GSM282895 3 0.2331 0.81889 0.000 0.068 0.908 0.008 0.016
#> GSM282896 3 0.2674 0.81056 0.000 0.084 0.888 0.008 0.020
#> GSM282897 3 0.3010 0.79028 0.000 0.116 0.860 0.008 0.016
#> GSM282898 3 0.1740 0.82458 0.000 0.056 0.932 0.000 0.012
#> GSM282899 3 0.1026 0.82448 0.000 0.004 0.968 0.024 0.004
#> GSM282900 4 0.6423 -0.01296 0.000 0.088 0.412 0.472 0.028
#> GSM282901 3 0.1082 0.82698 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> GSM282906 3 0.1597 0.82587 0.000 0.048 0.940 0.000 0.012
#> GSM282908 1 0.0613 0.91769 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> GSM282911 3 0.1914 0.82291 0.000 0.060 0.924 0.000 0.016
#> GSM282916 3 0.0833 0.82433 0.000 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM282919 3 0.1956 0.82442 0.000 0.052 0.928 0.008 0.012
#> GSM282923 3 0.0854 0.82493 0.000 0.008 0.976 0.012 0.004
#> GSM282917 3 0.4814 0.71709 0.000 0.068 0.748 0.164 0.020
#> GSM282922 3 0.4288 0.56456 0.000 0.012 0.664 0.324 0.000
#> GSM282926 3 0.5530 0.49399 0.000 0.052 0.604 0.328 0.016
#> GSM282925 3 0.5555 0.48161 0.000 0.060 0.600 0.328 0.012
#> GSM282935 2 0.5229 0.60464 0.000 0.684 0.008 0.224 0.084
#> GSM282938 2 0.5944 0.44097 0.000 0.592 0.028 0.312 0.068
#> GSM282940 2 0.2171 0.80287 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> GSM282941 2 0.2171 0.80287 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> GSM282943 1 0.5771 0.59083 0.636 0.000 0.256 0.088 0.020
#> GSM282944 2 0.2291 0.80972 0.000 0.908 0.008 0.012 0.072
#> GSM282946 3 0.2012 0.82296 0.000 0.060 0.920 0.000 0.020
#> GSM282947 5 0.4269 0.65378 0.000 0.188 0.000 0.056 0.756
#> GSM282948 5 0.4743 0.64730 0.000 0.184 0.012 0.064 0.740
#> GSM282949 5 0.4075 0.67050 0.000 0.160 0.000 0.060 0.780
#> GSM282950 5 0.4098 0.67045 0.000 0.156 0.000 0.064 0.780
#> GSM282951 2 0.3255 0.76739 0.000 0.840 0.012 0.012 0.136
#> GSM282952 2 0.4740 0.03744 0.000 0.516 0.000 0.016 0.468
#> GSM282953 5 0.5651 0.19305 0.000 0.428 0.016 0.044 0.512
#> GSM282955 5 0.4098 0.67045 0.000 0.156 0.000 0.064 0.780
#> GSM282956 1 0.0693 0.91469 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM282959 2 0.2069 0.81450 0.000 0.924 0.012 0.012 0.052
#> GSM282966 5 0.4029 0.48177 0.000 0.024 0.000 0.232 0.744
#> GSM282968 5 0.4263 0.66322 0.000 0.180 0.000 0.060 0.760
#> GSM282974 5 0.6111 -0.04119 0.000 0.108 0.004 0.444 0.444
#> GSM283016 1 0.0451 0.91935 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM283021 1 0.2429 0.90988 0.900 0.000 0.020 0.076 0.004
#> GSM283024 3 0.3003 0.78186 0.016 0.000 0.872 0.092 0.020
#> GSM283041 1 0.0671 0.91506 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM283043 2 0.7540 -0.02711 0.000 0.336 0.320 0.308 0.036
#> GSM282957 5 0.4855 0.34082 0.004 0.036 0.004 0.276 0.680
#> GSM282958 5 0.5170 0.40868 0.004 0.088 0.004 0.204 0.700
#> GSM282960 2 0.2606 0.81605 0.000 0.900 0.032 0.012 0.056
#> GSM282971 5 0.4758 0.34249 0.004 0.032 0.004 0.272 0.688
#> GSM283015 3 0.5331 0.68033 0.020 0.000 0.712 0.144 0.124
#> GSM282962 2 0.1549 0.80859 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM282963 2 0.1410 0.80529 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.1341 0.80723 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.2280 0.75534 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0794 0.81439 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.1410 0.80529 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.1267 0.81279 0.000 0.960 0.004 0.012 0.024
#> GSM282990 2 0.1410 0.80529 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0510 0.81693 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.1197 0.81021 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.5997 0.37472 0.000 0.120 0.004 0.560 0.316
#> GSM282994 2 0.1410 0.80529 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.1549 0.80859 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM283020 1 0.2965 0.90271 0.876 0.000 0.028 0.084 0.012
#> GSM283023 3 0.3003 0.78186 0.016 0.000 0.872 0.092 0.020
#> GSM282931 4 0.6002 0.01848 0.000 0.436 0.000 0.452 0.112
#> GSM282939 2 0.2171 0.80287 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> GSM282981 3 0.1455 0.82645 0.000 0.032 0.952 0.008 0.008
#> GSM282983 2 0.4938 0.48247 0.000 0.632 0.332 0.008 0.028
#> GSM282985 2 0.3805 0.79127 0.000 0.840 0.044 0.048 0.068
#> GSM283000 2 0.3530 0.79528 0.000 0.856 0.040 0.044 0.060
#> GSM283001 1 0.2674 0.90674 0.888 0.000 0.020 0.084 0.008
#> GSM283002 3 0.4789 0.28350 0.000 0.400 0.580 0.004 0.016
#> GSM283003 3 0.1670 0.82505 0.000 0.052 0.936 0.000 0.012
#> GSM283004 3 0.2026 0.82410 0.000 0.056 0.924 0.008 0.012
#> GSM283005 3 0.2692 0.78807 0.008 0.000 0.884 0.092 0.016
#> GSM283006 3 0.2907 0.78399 0.016 0.000 0.876 0.092 0.016
#> GSM283007 3 0.1569 0.82621 0.000 0.032 0.948 0.008 0.012
#> GSM283008 3 0.2861 0.80052 0.000 0.016 0.884 0.076 0.024
#> GSM283009 3 0.1059 0.82421 0.000 0.004 0.968 0.020 0.008
#> GSM283010 3 0.6369 0.35420 0.000 0.048 0.532 0.356 0.064
#> GSM283011 3 0.2084 0.80615 0.004 0.004 0.920 0.064 0.008
#> GSM283022 3 0.1956 0.80801 0.008 0.000 0.928 0.052 0.012
#> GSM283034 5 0.5281 0.61117 0.000 0.104 0.056 0.100 0.740
#> GSM283049 3 0.1862 0.82472 0.000 0.048 0.932 0.004 0.016
#> GSM283051 1 0.2965 0.90271 0.876 0.000 0.028 0.084 0.012
#> GSM282929 5 0.5917 -0.03661 0.000 0.088 0.004 0.436 0.472
#> GSM282933 4 0.4159 0.53052 0.004 0.024 0.144 0.800 0.028
#> GSM282936 4 0.4831 0.47396 0.016 0.020 0.000 0.664 0.300
#> GSM282937 1 0.0671 0.91506 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM282942 2 0.5412 0.66047 0.000 0.720 0.060 0.064 0.156
#> GSM282945 3 0.5113 0.72969 0.000 0.092 0.752 0.104 0.052
#> GSM282954 5 0.4098 0.67045 0.000 0.156 0.000 0.064 0.780
#> GSM282961 3 0.2825 0.79626 0.000 0.124 0.860 0.000 0.016
#> GSM282964 4 0.4617 0.48357 0.004 0.024 0.000 0.668 0.304
#> GSM282965 2 0.5554 0.61087 0.000 0.692 0.180 0.028 0.100
#> GSM282967 5 0.6088 0.34237 0.000 0.112 0.304 0.012 0.572
#> GSM282969 4 0.5096 0.04016 0.016 0.012 0.000 0.500 0.472
#> GSM282970 4 0.4889 0.06275 0.016 0.004 0.000 0.504 0.476
#> GSM282972 5 0.5363 0.34026 0.000 0.064 0.004 0.320 0.612
#> GSM282973 3 0.2830 0.81034 0.000 0.080 0.876 0.000 0.044
#> GSM282975 2 0.2460 0.80365 0.000 0.900 0.004 0.024 0.072
#> GSM282996 1 0.0671 0.91506 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM282999 3 0.4730 0.41754 0.000 0.012 0.568 0.416 0.004
#> GSM283014 1 0.0671 0.91506 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM283019 3 0.2792 0.79698 0.016 0.000 0.884 0.084 0.016
#> GSM283026 4 0.3602 0.57141 0.000 0.036 0.004 0.820 0.140
#> GSM283029 1 0.0290 0.91950 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.3814 0.63609 0.000 0.004 0.720 0.276 0.000
#> GSM283033 5 0.5882 0.57365 0.000 0.116 0.096 0.092 0.696
#> GSM283035 4 0.3951 0.56697 0.000 0.056 0.084 0.828 0.032
#> GSM283036 3 0.5412 0.54509 0.000 0.052 0.632 0.300 0.016
#> GSM283038 4 0.5212 0.50444 0.000 0.148 0.084 0.732 0.036
#> GSM283046 3 0.4642 0.54645 0.000 0.020 0.648 0.328 0.004
#> GSM283050 1 0.0324 0.91906 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM283053 4 0.4943 0.53880 0.000 0.108 0.076 0.764 0.052
#> GSM283055 3 0.3280 0.75000 0.000 0.000 0.812 0.176 0.012
#> GSM283056 4 0.4546 0.48585 0.000 0.028 0.000 0.668 0.304
#> GSM282928 4 0.6483 0.17017 0.000 0.300 0.000 0.484 0.216
#> GSM282930 2 0.1469 0.80711 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM282932 3 0.0880 0.82707 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0671 0.91506 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM282976 2 0.1410 0.80529 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.1405 0.81637 0.000 0.956 0.020 0.016 0.008
#> GSM282998 4 0.4321 0.53152 0.004 0.024 0.000 0.720 0.252
#> GSM283013 1 0.2103 0.91360 0.920 0.000 0.020 0.056 0.004
#> GSM283017 3 0.1168 0.82687 0.000 0.032 0.960 0.000 0.008
#> GSM283018 3 0.5477 0.65877 0.000 0.132 0.692 0.160 0.016
#> GSM283025 4 0.4295 0.53399 0.004 0.024 0.000 0.724 0.248
#> GSM283028 4 0.4015 0.57321 0.000 0.056 0.068 0.828 0.048
#> GSM283032 3 0.6521 0.18855 0.000 0.076 0.492 0.044 0.388
#> GSM283037 4 0.3649 0.57145 0.000 0.040 0.000 0.808 0.152
#> GSM283040 3 0.4797 0.69067 0.116 0.000 0.760 0.104 0.020
#> GSM283042 3 0.2424 0.81868 0.000 0.032 0.908 0.052 0.008
#> GSM283045 4 0.4081 0.57441 0.004 0.036 0.068 0.828 0.064
#> GSM283048 4 0.6135 -0.03619 0.000 0.068 0.424 0.484 0.024
#> GSM283052 3 0.5136 0.33088 0.000 0.024 0.528 0.440 0.008
#> GSM283054 4 0.4617 0.48357 0.004 0.024 0.000 0.668 0.304
#> GSM282980 3 0.3003 0.78186 0.016 0.000 0.872 0.092 0.020
#> GSM282982 3 0.0771 0.82683 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> GSM282984 3 0.0867 0.82390 0.000 0.008 0.976 0.008 0.008
#> GSM282986 4 0.4604 0.20523 0.012 0.000 0.000 0.560 0.428
#> GSM282997 1 0.0324 0.91906 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM283012 1 0.2965 0.90271 0.876 0.000 0.028 0.084 0.012
#> GSM283027 4 0.6376 0.33353 0.000 0.292 0.072 0.580 0.056
#> GSM283031 3 0.1651 0.82621 0.000 0.036 0.944 0.008 0.012
#> GSM283039 3 0.1357 0.82220 0.000 0.004 0.948 0.048 0.000
#> GSM283044 2 0.7618 0.00466 0.000 0.360 0.284 0.312 0.044
#> GSM283047 2 0.7363 -0.02700 0.000 0.336 0.328 0.312 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.4486 0.77930 0.000 0.752 0.040 0.000 0.136 0.072
#> GSM282856 2 0.4652 0.76345 0.000 0.728 0.032 0.000 0.164 0.076
#> GSM282857 2 0.4474 0.74835 0.000 0.760 0.072 0.000 0.116 0.052
#> GSM282858 2 0.4013 0.77665 0.000 0.768 0.000 0.004 0.124 0.104
#> GSM282859 2 0.4434 0.76707 0.000 0.744 0.000 0.016 0.128 0.112
#> GSM282860 4 0.5849 0.31676 0.000 0.108 0.000 0.620 0.200 0.072
#> GSM282861 5 0.7136 -0.03182 0.000 0.340 0.000 0.180 0.376 0.104
#> GSM282862 2 0.4434 0.76707 0.000 0.744 0.000 0.016 0.128 0.112
#> GSM282863 2 0.3886 0.77737 0.000 0.776 0.000 0.004 0.140 0.080
#> GSM282864 5 0.2095 0.77583 0.000 0.040 0.000 0.016 0.916 0.028
#> GSM282865 5 0.2321 0.76324 0.000 0.052 0.000 0.008 0.900 0.040
#> GSM282866 5 0.1245 0.78491 0.000 0.032 0.000 0.016 0.952 0.000
#> GSM282867 5 0.1692 0.77330 0.000 0.048 0.000 0.012 0.932 0.008
#> GSM282868 5 0.1749 0.77536 0.000 0.036 0.000 0.024 0.932 0.008
#> GSM282869 5 0.3789 0.62956 0.000 0.004 0.128 0.024 0.804 0.040
#> GSM282870 5 0.2527 0.64630 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM282871 5 0.1421 0.78251 0.000 0.028 0.000 0.028 0.944 0.000
#> GSM282872 5 0.6517 0.37116 0.000 0.012 0.144 0.096 0.584 0.164
#> GSM282904 1 0.2883 0.83165 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM282910 2 0.3830 0.79126 0.000 0.796 0.004 0.008 0.120 0.072
#> GSM282913 2 0.3869 0.79715 0.000 0.804 0.008 0.012 0.100 0.076
#> GSM282915 2 0.6069 0.28079 0.000 0.520 0.344 0.004 0.072 0.060
#> GSM282921 4 0.4798 0.53618 0.000 0.020 0.016 0.692 0.036 0.236
#> GSM282927 3 0.6843 0.24209 0.000 0.048 0.464 0.184 0.012 0.292
#> GSM282873 6 0.5881 -0.13166 0.004 0.000 0.436 0.020 0.100 0.440
#> GSM282874 6 0.6478 0.26921 0.000 0.016 0.000 0.312 0.312 0.360
#> GSM282875 6 0.6418 0.26699 0.000 0.012 0.000 0.320 0.324 0.344
#> GSM282905 4 0.6203 -0.28123 0.000 0.004 0.000 0.388 0.280 0.328
#> GSM282914 1 0.5476 0.54608 0.484 0.000 0.044 0.020 0.012 0.440
#> GSM282918 3 0.4692 0.39925 0.004 0.000 0.600 0.020 0.016 0.360
#> GSM282876 3 0.2662 0.68479 0.000 0.024 0.856 0.000 0.000 0.120
#> GSM282877 2 0.0748 0.79493 0.000 0.976 0.016 0.000 0.004 0.004
#> GSM282878 2 0.2645 0.79471 0.000 0.884 0.000 0.016 0.044 0.056
#> GSM282879 2 0.1080 0.79037 0.000 0.960 0.032 0.000 0.004 0.004
#> GSM282880 2 0.2680 0.79578 0.000 0.880 0.000 0.012 0.060 0.048
#> GSM282881 3 0.3088 0.67501 0.000 0.048 0.832 0.000 0.000 0.120
#> GSM282882 3 0.5697 0.31544 0.200 0.000 0.516 0.000 0.000 0.284
#> GSM282883 2 0.1226 0.78557 0.000 0.952 0.040 0.000 0.004 0.004
#> GSM282884 3 0.5697 0.31616 0.200 0.000 0.516 0.000 0.000 0.284
#> GSM282885 2 0.1155 0.78741 0.000 0.956 0.036 0.000 0.004 0.004
#> GSM282886 3 0.3667 0.56946 0.000 0.240 0.740 0.000 0.012 0.008
#> GSM282887 3 0.4197 0.56341 0.032 0.004 0.680 0.000 0.000 0.284
#> GSM282888 3 0.4478 0.62634 0.000 0.168 0.732 0.016 0.000 0.084
#> GSM282889 2 0.1536 0.79960 0.000 0.940 0.000 0.004 0.040 0.016
#> GSM282890 3 0.4060 0.56622 0.032 0.000 0.684 0.000 0.000 0.284
#> GSM282902 2 0.4247 0.77501 0.000 0.764 0.000 0.020 0.128 0.088
#> GSM282903 3 0.2015 0.70895 0.000 0.056 0.916 0.000 0.016 0.012
#> GSM282907 3 0.2317 0.70367 0.000 0.064 0.900 0.000 0.020 0.016
#> GSM282909 3 0.2015 0.70992 0.000 0.056 0.916 0.000 0.016 0.012
#> GSM282912 2 0.3078 0.76099 0.000 0.856 0.084 0.000 0.028 0.032
#> GSM282920 3 0.3387 0.68443 0.000 0.000 0.796 0.040 0.000 0.164
#> GSM282924 2 0.8494 -0.03605 0.000 0.304 0.088 0.176 0.148 0.284
#> GSM282891 1 0.3109 0.82209 0.772 0.000 0.004 0.000 0.000 0.224
#> GSM282892 3 0.1895 0.71327 0.000 0.000 0.912 0.016 0.000 0.072
#> GSM282893 3 0.2239 0.70995 0.000 0.048 0.908 0.000 0.020 0.024
#> GSM282894 3 0.4495 0.53287 0.064 0.000 0.660 0.000 0.000 0.276
#> GSM282895 3 0.2923 0.70331 0.000 0.060 0.868 0.000 0.020 0.052
#> GSM282896 3 0.3095 0.69959 0.000 0.072 0.856 0.000 0.020 0.052
#> GSM282897 3 0.3243 0.69046 0.000 0.088 0.844 0.000 0.020 0.048
#> GSM282898 3 0.2015 0.70895 0.000 0.056 0.916 0.000 0.016 0.012
#> GSM282899 3 0.1918 0.71416 0.000 0.000 0.904 0.008 0.000 0.088
#> GSM282900 4 0.6799 0.08450 0.000 0.020 0.308 0.380 0.012 0.280
#> GSM282901 3 0.0790 0.72039 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282906 3 0.1952 0.71066 0.000 0.052 0.920 0.000 0.016 0.012
#> GSM282908 1 0.0820 0.84581 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> GSM282911 3 0.2519 0.70028 0.000 0.072 0.888 0.000 0.020 0.020
#> GSM282916 3 0.1556 0.71746 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM282919 3 0.2736 0.70566 0.000 0.052 0.880 0.000 0.020 0.048
#> GSM282923 3 0.1471 0.71864 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> GSM282917 3 0.6117 0.43989 0.000 0.072 0.584 0.056 0.020 0.268
#> GSM282922 3 0.5931 0.32567 0.000 0.012 0.524 0.192 0.000 0.272
#> GSM282926 3 0.6666 0.25381 0.000 0.040 0.480 0.196 0.008 0.276
#> GSM282925 3 0.6451 0.26039 0.000 0.040 0.484 0.196 0.000 0.280
#> GSM282935 2 0.6958 0.45143 0.000 0.504 0.004 0.140 0.140 0.212
#> GSM282938 2 0.7869 0.19185 0.000 0.392 0.052 0.188 0.092 0.276
#> GSM282940 2 0.4434 0.76707 0.000 0.744 0.000 0.016 0.128 0.112
#> GSM282941 2 0.4434 0.76707 0.000 0.744 0.000 0.016 0.128 0.112
#> GSM282943 1 0.5867 0.43235 0.480 0.000 0.240 0.000 0.000 0.280
#> GSM282944 2 0.3840 0.77776 0.000 0.776 0.004 0.000 0.152 0.068
#> GSM282946 3 0.2432 0.70185 0.000 0.072 0.892 0.000 0.020 0.016
#> GSM282947 5 0.2147 0.77225 0.000 0.044 0.000 0.012 0.912 0.032
#> GSM282948 5 0.1965 0.77789 0.000 0.040 0.004 0.008 0.924 0.024
#> GSM282949 5 0.1418 0.78358 0.000 0.032 0.000 0.024 0.944 0.000
#> GSM282950 5 0.1565 0.78261 0.000 0.028 0.000 0.028 0.940 0.004
#> GSM282951 2 0.4780 0.69143 0.000 0.672 0.008 0.004 0.248 0.068
#> GSM282952 5 0.3760 0.60773 0.000 0.184 0.000 0.004 0.768 0.044
#> GSM282953 5 0.3859 0.66515 0.000 0.124 0.020 0.004 0.800 0.052
#> GSM282955 5 0.1565 0.78261 0.000 0.028 0.000 0.028 0.940 0.004
#> GSM282956 1 0.1448 0.83641 0.948 0.000 0.000 0.016 0.012 0.024
#> GSM282959 2 0.3638 0.80103 0.000 0.820 0.016 0.004 0.096 0.064
#> GSM282966 5 0.2632 0.65374 0.000 0.004 0.000 0.164 0.832 0.000
#> GSM282968 5 0.2095 0.77214 0.000 0.040 0.000 0.016 0.916 0.028
#> GSM282974 4 0.5732 0.33294 0.000 0.064 0.000 0.612 0.240 0.084
#> GSM283016 1 0.0458 0.85237 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM283021 1 0.2823 0.83469 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM283024 3 0.3608 0.58728 0.012 0.000 0.716 0.000 0.000 0.272
#> GSM283041 1 0.1088 0.84259 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM283043 6 0.8325 0.06515 0.000 0.200 0.272 0.180 0.048 0.300
#> GSM282957 6 0.6407 0.26049 0.000 0.012 0.000 0.332 0.300 0.356
#> GSM282958 6 0.6513 0.25871 0.000 0.020 0.000 0.280 0.320 0.380
#> GSM282960 2 0.3825 0.79317 0.000 0.812 0.044 0.000 0.072 0.072
#> GSM282971 6 0.6418 0.26699 0.000 0.012 0.000 0.320 0.324 0.344
#> GSM283015 3 0.4920 0.33019 0.004 0.000 0.508 0.024 0.016 0.448
#> GSM282962 2 0.3185 0.79037 0.000 0.848 0.000 0.016 0.060 0.076
#> GSM282963 2 0.1296 0.78348 0.000 0.948 0.044 0.000 0.004 0.004
#> GSM282977 2 0.1155 0.78741 0.000 0.956 0.036 0.000 0.004 0.004
#> GSM282978 2 0.2462 0.70895 0.000 0.860 0.132 0.000 0.004 0.004
#> GSM282987 2 0.0922 0.79145 0.000 0.968 0.024 0.000 0.004 0.004
#> GSM282988 2 0.1296 0.78348 0.000 0.948 0.044 0.000 0.004 0.004
#> GSM282989 2 0.1578 0.79908 0.000 0.936 0.000 0.004 0.048 0.012
#> GSM282990 2 0.1410 0.78174 0.000 0.944 0.044 0.000 0.008 0.004
#> GSM282991 2 0.1096 0.79536 0.000 0.964 0.020 0.004 0.008 0.004
#> GSM282992 2 0.1155 0.78741 0.000 0.956 0.036 0.000 0.004 0.004
#> GSM282993 4 0.4562 0.45403 0.000 0.112 0.000 0.748 0.104 0.036
#> GSM282994 2 0.1155 0.78741 0.000 0.956 0.036 0.000 0.004 0.004
#> GSM282995 2 0.3074 0.79105 0.000 0.856 0.000 0.016 0.060 0.068
#> GSM283020 1 0.3136 0.82035 0.768 0.000 0.004 0.000 0.000 0.228
#> GSM283023 3 0.3541 0.59374 0.012 0.000 0.728 0.000 0.000 0.260
#> GSM282931 4 0.7274 0.18792 0.000 0.284 0.000 0.384 0.112 0.220
#> GSM282939 2 0.4306 0.77094 0.000 0.752 0.000 0.012 0.124 0.112
#> GSM282981 3 0.1785 0.71736 0.000 0.016 0.928 0.000 0.008 0.048
#> GSM282983 2 0.5716 0.27848 0.000 0.524 0.372 0.004 0.036 0.064
#> GSM282985 2 0.5390 0.73361 0.000 0.712 0.076 0.020 0.092 0.100
#> GSM283000 2 0.5266 0.74098 0.000 0.720 0.080 0.016 0.088 0.096
#> GSM283001 1 0.2883 0.83217 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM283002 3 0.5142 0.28463 0.000 0.352 0.580 0.004 0.020 0.044
#> GSM283003 3 0.2045 0.70992 0.000 0.052 0.916 0.000 0.016 0.016
#> GSM283004 3 0.2918 0.70437 0.000 0.064 0.868 0.000 0.020 0.048
#> GSM283005 3 0.2631 0.65261 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM283006 3 0.3342 0.61778 0.012 0.000 0.760 0.000 0.000 0.228
#> GSM283007 3 0.1952 0.71606 0.000 0.012 0.920 0.000 0.016 0.052
#> GSM283008 3 0.2834 0.70465 0.000 0.000 0.852 0.020 0.008 0.120
#> GSM283009 3 0.1765 0.71690 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM283010 3 0.7006 0.22015 0.000 0.032 0.448 0.212 0.028 0.280
#> GSM283011 3 0.1714 0.69837 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM283022 3 0.1765 0.69786 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM283034 5 0.2925 0.74247 0.000 0.012 0.040 0.036 0.880 0.032
#> GSM283049 3 0.2318 0.70959 0.000 0.048 0.904 0.000 0.020 0.028
#> GSM283051 1 0.2854 0.83349 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM282929 4 0.5072 0.34076 0.000 0.036 0.000 0.652 0.256 0.056
#> GSM282933 4 0.4435 0.51827 0.000 0.012 0.056 0.724 0.004 0.204
#> GSM282936 4 0.3061 0.51127 0.016 0.008 0.000 0.860 0.088 0.028
#> GSM282937 1 0.1088 0.84259 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM282942 2 0.6204 0.55162 0.000 0.564 0.036 0.016 0.268 0.116
#> GSM282945 3 0.5893 0.55293 0.000 0.056 0.656 0.032 0.080 0.176
#> GSM282954 5 0.1245 0.78491 0.000 0.032 0.000 0.016 0.952 0.000
#> GSM282961 3 0.3219 0.65728 0.000 0.148 0.820 0.000 0.012 0.020
#> GSM282964 4 0.2070 0.53239 0.000 0.012 0.000 0.896 0.092 0.000
#> GSM282965 2 0.6374 0.53597 0.000 0.572 0.148 0.004 0.200 0.076
#> GSM282967 5 0.3745 0.63229 0.000 0.032 0.144 0.000 0.796 0.028
#> GSM282969 4 0.4414 0.30811 0.016 0.000 0.000 0.672 0.284 0.028
#> GSM282970 4 0.4312 0.33322 0.016 0.000 0.000 0.692 0.264 0.028
#> GSM282972 5 0.4984 0.06552 0.000 0.020 0.000 0.436 0.512 0.032
#> GSM282973 3 0.3470 0.66813 0.000 0.100 0.828 0.000 0.048 0.024
#> GSM282975 2 0.4342 0.76844 0.000 0.752 0.000 0.016 0.132 0.100
#> GSM282996 1 0.1088 0.84259 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM282999 3 0.6264 0.10743 0.000 0.008 0.400 0.328 0.000 0.264
#> GSM283014 1 0.1088 0.84259 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM283019 3 0.3298 0.64479 0.000 0.000 0.756 0.008 0.000 0.236
#> GSM283026 4 0.3840 0.54320 0.000 0.008 0.000 0.740 0.024 0.228
#> GSM283029 1 0.0458 0.85237 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM283030 3 0.5498 0.40088 0.000 0.004 0.568 0.152 0.000 0.276
#> GSM283033 5 0.3395 0.71551 0.000 0.016 0.064 0.036 0.852 0.032
#> GSM283035 4 0.4248 0.52849 0.000 0.012 0.032 0.732 0.008 0.216
#> GSM283036 3 0.7000 0.25292 0.000 0.060 0.468 0.180 0.016 0.276
#> GSM283038 4 0.5116 0.46380 0.000 0.020 0.064 0.656 0.008 0.252
#> GSM283046 3 0.5872 0.32680 0.000 0.008 0.524 0.200 0.000 0.268
#> GSM283050 1 0.0363 0.85205 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283053 4 0.4820 0.48333 0.000 0.012 0.056 0.676 0.008 0.248
#> GSM283055 3 0.5148 0.46373 0.000 0.000 0.588 0.116 0.000 0.296
#> GSM283056 4 0.2070 0.53324 0.000 0.012 0.000 0.896 0.092 0.000
#> GSM282928 4 0.6881 0.21773 0.000 0.284 0.000 0.460 0.160 0.096
#> GSM282930 2 0.1952 0.79745 0.000 0.920 0.000 0.012 0.052 0.016
#> GSM282932 3 0.0820 0.72072 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012
#> GSM282934 1 0.0993 0.84426 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM282976 2 0.1296 0.78348 0.000 0.948 0.044 0.000 0.004 0.004
#> GSM282979 2 0.1231 0.79443 0.000 0.960 0.004 0.012 0.012 0.012
#> GSM282998 4 0.1745 0.54183 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> GSM283013 1 0.2697 0.83791 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM283017 3 0.0767 0.71952 0.000 0.012 0.976 0.000 0.008 0.004
#> GSM283018 3 0.6414 0.39493 0.000 0.100 0.556 0.056 0.020 0.268
#> GSM283025 4 0.1745 0.54183 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> GSM283028 4 0.3968 0.54171 0.000 0.012 0.008 0.744 0.016 0.220
#> GSM283032 5 0.5912 0.06858 0.000 0.028 0.400 0.012 0.488 0.072
#> GSM283037 4 0.3928 0.55127 0.000 0.020 0.000 0.760 0.028 0.192
#> GSM283040 3 0.4515 0.54781 0.064 0.000 0.656 0.000 0.000 0.280
#> GSM283042 3 0.3780 0.59953 0.000 0.000 0.744 0.028 0.004 0.224
#> GSM283045 4 0.3941 0.54273 0.000 0.012 0.008 0.748 0.016 0.216
#> GSM283048 4 0.6682 0.12432 0.000 0.016 0.288 0.412 0.012 0.272
#> GSM283052 3 0.6268 0.00371 0.000 0.008 0.372 0.364 0.000 0.256
#> GSM283054 4 0.2113 0.53106 0.000 0.008 0.000 0.896 0.092 0.004
#> GSM282980 3 0.3690 0.60032 0.012 0.000 0.700 0.000 0.000 0.288
#> GSM282982 3 0.0790 0.71550 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282984 3 0.0937 0.71355 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM282986 4 0.3550 0.44117 0.012 0.000 0.000 0.788 0.176 0.024
#> GSM282997 1 0.0260 0.84969 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.2854 0.83349 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM283027 4 0.7300 0.26496 0.000 0.112 0.100 0.468 0.036 0.284
#> GSM283031 3 0.2364 0.71402 0.000 0.020 0.904 0.004 0.020 0.052
#> GSM283039 3 0.2664 0.69759 0.000 0.000 0.848 0.016 0.000 0.136
#> GSM283044 6 0.8279 0.06453 0.000 0.208 0.276 0.188 0.040 0.288
#> GSM283047 6 0.8113 0.06364 0.000 0.212 0.292 0.176 0.028 0.292
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> CV:kmeans 178 0.4094 3.50e-01 4.45e-01 2
#> CV:kmeans 169 0.1883 5.28e-01 7.53e-06 3
#> CV:kmeans 185 0.0513 6.00e-03 7.61e-08 4
#> CV:kmeans 154 0.0663 6.83e-06 3.52e-08 5
#> CV:kmeans 150 0.0458 3.02e-07 3.34e-12 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.789 0.905 0.957 0.5001 0.501 0.501
#> 3 3 0.702 0.776 0.885 0.3283 0.671 0.436
#> 4 4 0.673 0.761 0.845 0.1237 0.802 0.495
#> 5 5 0.811 0.751 0.895 0.0685 0.895 0.621
#> 6 6 0.808 0.780 0.870 0.0374 0.934 0.703
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.1184 0.945 0.016 0.984
#> GSM282856 2 0.1184 0.945 0.016 0.984
#> GSM282857 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282858 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.1184 0.943 0.984 0.016
#> GSM282870 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282871 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.2423 0.927 0.040 0.960
#> GSM282921 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282927 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> GSM282873 1 0.6531 0.805 0.832 0.168
#> GSM282874 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0376 0.951 0.004 0.996
#> GSM282914 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282880 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282884 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282886 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282887 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282888 1 0.7056 0.779 0.808 0.192
#> GSM282889 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282903 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM282907 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282909 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> GSM282912 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282920 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM282894 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282895 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282896 1 0.8713 0.633 0.708 0.292
#> GSM282897 1 0.7299 0.765 0.796 0.204
#> GSM282898 1 0.0938 0.947 0.988 0.012
#> GSM282899 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282900 2 0.9732 0.377 0.404 0.596
#> GSM282901 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> GSM282911 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282916 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282919 1 0.7299 0.765 0.796 0.204
#> GSM282923 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282917 1 0.0938 0.947 0.988 0.012
#> GSM282922 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282926 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282925 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282935 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282946 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282947 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.1414 0.940 0.980 0.020
#> GSM282959 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.1184 0.943 0.984 0.016
#> GSM283043 2 0.0672 0.950 0.008 0.992
#> GSM282957 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0672 0.950 0.008 0.992
#> GSM282971 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282977 2 0.1184 0.945 0.016 0.984
#> GSM282978 1 0.9248 0.535 0.660 0.340
#> GSM282987 2 0.0938 0.948 0.012 0.988
#> GSM282988 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282989 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282991 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282993 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282995 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282983 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282985 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283002 1 0.8813 0.615 0.700 0.300
#> GSM283003 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM283004 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM283005 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283008 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM283009 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.1843 0.935 0.972 0.028
#> GSM283011 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283049 1 0.0672 0.949 0.992 0.008
#> GSM283051 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.1414 0.940 0.980 0.020
#> GSM282936 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282937 1 0.1184 0.943 0.984 0.016
#> GSM282942 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.1843 0.937 0.028 0.972
#> GSM282954 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282961 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282964 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282965 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282967 2 0.9866 0.184 0.432 0.568
#> GSM282969 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282970 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282972 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282973 1 0.7219 0.770 0.800 0.200
#> GSM282975 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.1414 0.940 0.980 0.020
#> GSM282999 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.1184 0.943 0.984 0.016
#> GSM283019 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM283029 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283033 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM283035 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM283036 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0376 0.951 0.996 0.004
#> GSM282976 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282979 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM283013 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283018 2 0.9833 0.211 0.424 0.576
#> GSM283025 2 0.0376 0.951 0.004 0.996
#> GSM283028 2 0.0672 0.949 0.008 0.992
#> GSM283032 1 0.9881 0.169 0.564 0.436
#> GSM283037 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283045 2 0.9087 0.561 0.324 0.676
#> GSM283048 2 0.9944 0.225 0.456 0.544
#> GSM283052 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283054 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282980 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM282986 2 0.7219 0.759 0.200 0.800
#> GSM282997 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0000 0.953 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0376 0.951 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282856 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282857 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282858 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282859 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282860 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282863 3 0.3482 0.8204 0.000 0.128 0.872
#> GSM282864 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0747 0.8838 0.000 0.984 0.016
#> GSM282868 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 2 0.6274 0.2872 0.456 0.544 0.000
#> GSM282870 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 2 0.2443 0.8784 0.028 0.940 0.032
#> GSM282904 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 3 0.4002 0.8007 0.000 0.160 0.840
#> GSM282913 3 0.3686 0.8132 0.000 0.140 0.860
#> GSM282915 3 0.2537 0.8349 0.000 0.080 0.920
#> GSM282921 2 0.2711 0.8684 0.088 0.912 0.000
#> GSM282927 1 0.4605 0.6812 0.796 0.000 0.204
#> GSM282873 1 0.2945 0.9000 0.908 0.004 0.088
#> GSM282874 2 0.0237 0.8915 0.000 0.996 0.004
#> GSM282875 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 2 0.2537 0.8732 0.080 0.920 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282918 1 0.2625 0.9012 0.916 0.000 0.084
#> GSM282876 1 0.5138 0.7352 0.748 0.000 0.252
#> GSM282877 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282878 3 0.3412 0.8222 0.000 0.124 0.876
#> GSM282879 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282880 2 0.6307 -0.1069 0.000 0.512 0.488
#> GSM282881 1 0.5363 0.6959 0.724 0.000 0.276
#> GSM282882 1 0.1031 0.9209 0.976 0.000 0.024
#> GSM282883 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282884 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282885 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282886 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282887 1 0.2165 0.9100 0.936 0.000 0.064
#> GSM282888 3 0.6309 -0.1444 0.496 0.000 0.504
#> GSM282889 3 0.3116 0.8282 0.000 0.108 0.892
#> GSM282890 1 0.2165 0.9100 0.936 0.000 0.064
#> GSM282902 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282903 3 0.5968 0.3330 0.364 0.000 0.636
#> GSM282907 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.6045 0.2934 0.380 0.000 0.620
#> GSM282912 3 0.2537 0.8349 0.000 0.080 0.920
#> GSM282920 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282924 3 0.4504 0.7727 0.000 0.196 0.804
#> GSM282891 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 1 0.2711 0.9009 0.912 0.000 0.088
#> GSM282893 3 0.6026 0.3034 0.376 0.000 0.624
#> GSM282894 1 0.2165 0.9100 0.936 0.000 0.064
#> GSM282895 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.0747 0.8040 0.016 0.000 0.984
#> GSM282897 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.6008 0.3136 0.372 0.000 0.628
#> GSM282899 1 0.1529 0.9171 0.960 0.000 0.040
#> GSM282900 2 0.5024 0.7370 0.220 0.776 0.004
#> GSM282901 1 0.4002 0.8476 0.840 0.000 0.160
#> GSM282906 3 0.6260 0.0931 0.448 0.000 0.552
#> GSM282908 1 0.0747 0.9152 0.984 0.016 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 1 0.2537 0.9034 0.920 0.000 0.080
#> GSM282919 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 1 0.3686 0.8652 0.860 0.000 0.140
#> GSM282917 3 0.2625 0.7642 0.084 0.000 0.916
#> GSM282922 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282926 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282925 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282935 3 0.4605 0.7656 0.000 0.204 0.796
#> GSM282938 3 0.3340 0.8239 0.000 0.120 0.880
#> GSM282940 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282941 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282943 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282944 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282946 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 3 0.3752 0.8118 0.000 0.144 0.856
#> GSM282952 3 0.5926 0.5603 0.000 0.356 0.644
#> GSM282953 2 0.6154 0.1020 0.000 0.592 0.408
#> GSM282955 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 2 0.6274 0.2872 0.456 0.544 0.000
#> GSM282959 3 0.2796 0.8334 0.000 0.092 0.908
#> GSM282966 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.2537 0.9034 0.920 0.000 0.080
#> GSM283041 1 0.2261 0.8706 0.932 0.068 0.000
#> GSM283043 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282957 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0747 0.8836 0.000 0.984 0.016
#> GSM282960 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282971 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282962 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282963 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282977 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282978 3 0.2448 0.8343 0.000 0.076 0.924
#> GSM282987 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282988 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282989 3 0.3941 0.8034 0.000 0.156 0.844
#> GSM282990 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282991 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282992 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282993 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282995 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM283020 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.2625 0.9012 0.916 0.000 0.084
#> GSM282931 2 0.6126 0.1882 0.000 0.600 0.400
#> GSM282939 3 0.4121 0.7951 0.000 0.168 0.832
#> GSM282981 3 0.6307 -0.0542 0.488 0.000 0.512
#> GSM282983 3 0.1529 0.8246 0.000 0.040 0.960
#> GSM282985 3 0.3340 0.8239 0.000 0.120 0.880
#> GSM283000 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM283001 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.3267 0.7298 0.116 0.000 0.884
#> GSM283004 3 0.5254 0.5302 0.264 0.000 0.736
#> GSM283005 1 0.3482 0.8746 0.872 0.000 0.128
#> GSM283006 1 0.2537 0.9034 0.920 0.000 0.080
#> GSM283007 3 0.6307 -0.0542 0.488 0.000 0.512
#> GSM283008 1 0.3192 0.8225 0.888 0.112 0.000
#> GSM283009 1 0.2448 0.9052 0.924 0.000 0.076
#> GSM283010 2 0.6180 0.3681 0.416 0.584 0.000
#> GSM283011 1 0.3686 0.8652 0.860 0.000 0.140
#> GSM283022 1 0.3482 0.8747 0.872 0.000 0.128
#> GSM283034 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM283049 3 0.6079 0.2733 0.388 0.000 0.612
#> GSM283051 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 1 0.4452 0.7233 0.808 0.192 0.000
#> GSM282936 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282937 1 0.0747 0.9152 0.984 0.016 0.000
#> GSM282942 2 0.0892 0.8807 0.000 0.980 0.020
#> GSM282945 3 0.7099 0.3996 0.028 0.384 0.588
#> GSM282954 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 3 0.6008 0.3131 0.372 0.000 0.628
#> GSM282964 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282965 3 0.2356 0.8334 0.000 0.072 0.928
#> GSM282967 2 0.4346 0.7584 0.000 0.816 0.184
#> GSM282969 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282970 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 3 0.6247 0.3088 0.376 0.004 0.620
#> GSM282975 3 0.5621 0.6161 0.000 0.308 0.692
#> GSM282996 1 0.5465 0.5225 0.712 0.288 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.3340 0.8107 0.880 0.120 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283026 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283033 2 0.1267 0.8894 0.024 0.972 0.004
#> GSM283035 2 0.2945 0.8693 0.088 0.908 0.004
#> GSM283036 3 0.3879 0.6971 0.152 0.000 0.848
#> GSM283038 2 0.6348 0.7065 0.060 0.752 0.188
#> GSM283046 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.1860 0.8829 0.052 0.948 0.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 3 0.4399 0.7784 0.000 0.188 0.812
#> GSM282932 3 0.6307 -0.0542 0.488 0.000 0.512
#> GSM282934 1 0.0424 0.9204 0.992 0.008 0.000
#> GSM282976 3 0.2625 0.8355 0.000 0.084 0.916
#> GSM282979 3 0.3192 0.8268 0.000 0.112 0.888
#> GSM282998 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.6307 -0.0542 0.488 0.000 0.512
#> GSM283018 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM283028 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM283032 2 0.8264 0.3994 0.088 0.556 0.356
#> GSM283037 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283042 1 0.4002 0.8476 0.840 0.000 0.160
#> GSM283045 2 0.3412 0.8395 0.124 0.876 0.000
#> GSM283048 2 0.5016 0.7119 0.240 0.760 0.000
#> GSM283052 1 0.6096 0.6785 0.752 0.208 0.040
#> GSM283054 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM282982 1 0.4178 0.8353 0.828 0.000 0.172
#> GSM282984 1 0.3941 0.8514 0.844 0.000 0.156
#> GSM282986 2 0.2625 0.8712 0.084 0.916 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 3 0.6274 0.3058 0.000 0.456 0.544
#> GSM283031 1 0.5810 0.5636 0.664 0.000 0.336
#> GSM283039 1 0.2537 0.9034 0.920 0.000 0.080
#> GSM283044 3 0.3941 0.7714 0.000 0.156 0.844
#> GSM283047 3 0.0237 0.8119 0.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.1474 0.8889 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM282856 2 0.1792 0.8883 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM282857 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282860 4 0.3486 0.7955 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM282861 4 0.4331 0.7408 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM282862 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282865 4 0.4431 0.6992 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM282866 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282867 4 0.4776 0.5823 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM282868 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282869 1 0.5467 0.3699 0.612 0.024 0.000 0.364
#> GSM282870 4 0.1302 0.7974 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282871 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282872 4 0.1302 0.7974 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282904 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM282910 2 0.0469 0.8839 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282913 2 0.1488 0.8863 0.000 0.956 0.032 0.012
#> GSM282915 2 0.3266 0.8007 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM282921 4 0.3325 0.7520 0.112 0.024 0.000 0.864
#> GSM282927 1 0.2002 0.8039 0.936 0.020 0.000 0.044
#> GSM282873 3 0.4584 0.5029 0.300 0.000 0.696 0.004
#> GSM282874 4 0.3837 0.7691 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM282875 4 0.3172 0.7947 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM282905 4 0.1302 0.7974 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282914 1 0.2281 0.9251 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM282918 3 0.2011 0.7799 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM282876 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.1792 0.8883 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM282878 2 0.1302 0.8886 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282879 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282880 2 0.0469 0.8721 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282881 3 0.0188 0.8248 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282882 1 0.2760 0.9008 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM282883 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282884 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM282885 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282886 3 0.2345 0.7835 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM282887 1 0.2760 0.9008 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM282888 3 0.6323 0.6324 0.176 0.164 0.660 0.000
#> GSM282889 2 0.1211 0.8886 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282890 1 0.2760 0.9008 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282903 3 0.0336 0.8244 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282907 3 0.2216 0.7877 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.3726 0.7399 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM282920 1 0.2281 0.9251 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM282924 2 0.3885 0.7746 0.092 0.844 0.000 0.064
#> GSM282891 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM282892 3 0.4274 0.7081 0.148 0.000 0.808 0.044
#> GSM282893 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.2760 0.9008 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM282895 3 0.2216 0.7877 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282896 3 0.2216 0.7877 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282897 3 0.2281 0.7848 0.000 0.096 0.904 0.000
#> GSM282898 3 0.0336 0.8244 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282899 3 0.4948 0.1467 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM282900 4 0.3940 0.7437 0.116 0.028 0.012 0.844
#> GSM282901 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282911 3 0.2216 0.7877 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282916 3 0.3311 0.7016 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM282919 3 0.2216 0.7877 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282923 3 0.1389 0.8015 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM282917 3 0.5352 0.6437 0.092 0.168 0.740 0.000
#> GSM282922 1 0.1211 0.8234 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM282926 1 0.2443 0.7879 0.916 0.024 0.000 0.060
#> GSM282925 1 0.2111 0.8004 0.932 0.024 0.000 0.044
#> GSM282935 2 0.3959 0.7697 0.092 0.840 0.000 0.068
#> GSM282938 2 0.3885 0.7748 0.092 0.844 0.000 0.064
#> GSM282940 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282944 2 0.0817 0.8842 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282946 3 0.2345 0.7835 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM282947 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282948 4 0.4277 0.7298 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282949 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282950 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282951 2 0.1022 0.8639 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282952 2 0.3486 0.6632 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM282953 2 0.4855 0.1046 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM282955 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282956 1 0.3486 0.7491 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM282959 2 0.1022 0.8854 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282966 4 0.1302 0.7974 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282968 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282974 4 0.3444 0.7962 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM283016 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283021 1 0.2281 0.9251 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM283024 3 0.4624 0.4379 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM283041 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283043 2 0.5338 0.7352 0.092 0.784 0.032 0.092
#> GSM282957 4 0.3172 0.7947 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM282958 4 0.4331 0.7227 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM282960 2 0.1637 0.8891 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM282971 4 0.3172 0.7947 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM283015 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282977 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282978 3 0.4967 0.1361 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM282987 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282988 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282991 2 0.1867 0.8878 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282992 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282993 4 0.3486 0.7953 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM282994 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM283023 3 0.3975 0.6165 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM282931 4 0.6716 0.3343 0.092 0.404 0.000 0.504
#> GSM282939 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282983 2 0.4804 0.4209 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM282985 2 0.2081 0.8747 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM283000 2 0.2814 0.8340 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM283001 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283002 3 0.4193 0.5764 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM283003 3 0.0336 0.8244 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283004 3 0.0188 0.8248 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283005 3 0.1637 0.7940 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM283006 3 0.4356 0.5329 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283008 1 0.5454 0.7537 0.732 0.000 0.096 0.172
#> GSM283009 3 0.4948 0.1467 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM283010 1 0.4999 0.3613 0.660 0.000 0.012 0.328
#> GSM283011 3 0.1557 0.7967 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM283022 3 0.1716 0.7921 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM283034 4 0.1389 0.7978 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM283049 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282929 4 0.3444 0.7962 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM282933 4 0.5366 0.2348 0.440 0.012 0.000 0.548
#> GSM282936 4 0.3205 0.7571 0.104 0.024 0.000 0.872
#> GSM282937 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282942 2 0.4877 0.0666 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM282945 3 0.7023 0.5045 0.000 0.232 0.576 0.192
#> GSM282954 4 0.4250 0.7343 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM282961 3 0.1118 0.8182 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282964 4 0.1970 0.7953 0.008 0.060 0.000 0.932
#> GSM282965 2 0.3172 0.8101 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM282967 3 0.7421 -0.0559 0.000 0.168 0.432 0.400
#> GSM282969 4 0.1302 0.7974 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282970 4 0.1302 0.7974 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282972 4 0.3172 0.7947 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM282973 3 0.2149 0.7929 0.000 0.088 0.912 0.000
#> GSM282975 2 0.0188 0.8773 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282996 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282999 1 0.4591 0.8328 0.800 0.000 0.084 0.116
#> GSM283014 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283019 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM283026 4 0.3143 0.7593 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM283029 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283030 1 0.2699 0.8885 0.904 0.000 0.068 0.028
#> GSM283033 4 0.2760 0.7915 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM283035 4 0.5113 0.5454 0.292 0.024 0.000 0.684
#> GSM283036 3 0.8587 0.3612 0.264 0.240 0.452 0.044
#> GSM283038 4 0.4669 0.7105 0.100 0.104 0.000 0.796
#> GSM283046 1 0.5594 0.5945 0.724 0.000 0.112 0.164
#> GSM283050 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283053 4 0.3143 0.7593 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM283055 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283056 4 0.3015 0.7624 0.092 0.024 0.000 0.884
#> GSM282928 4 0.3486 0.7955 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM282930 2 0.0000 0.8799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM282976 2 0.1940 0.8874 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM282979 2 0.1389 0.8886 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM282998 4 0.3143 0.7593 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM283013 1 0.2281 0.9251 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283018 3 0.4718 0.7091 0.092 0.116 0.792 0.000
#> GSM283025 4 0.3143 0.7593 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM283028 4 0.3143 0.7593 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM283032 3 0.5897 0.3047 0.000 0.044 0.588 0.368
#> GSM283037 4 0.3080 0.7609 0.096 0.024 0.000 0.880
#> GSM283040 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM283042 3 0.4988 0.6940 0.236 0.000 0.728 0.036
#> GSM283045 4 0.5137 0.5391 0.296 0.024 0.000 0.680
#> GSM283048 4 0.5510 0.3905 0.376 0.024 0.000 0.600
#> GSM283052 3 0.7627 0.2948 0.116 0.024 0.488 0.372
#> GSM283054 4 0.3143 0.7593 0.100 0.024 0.000 0.876
#> GSM282980 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8249 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 4 0.1211 0.7969 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM282997 1 0.2216 0.9258 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM283012 1 0.2345 0.9236 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM283027 4 0.6626 0.2644 0.092 0.364 0.000 0.544
#> GSM283031 3 0.0188 0.8235 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM283039 3 0.4248 0.6393 0.220 0.000 0.768 0.012
#> GSM283044 2 0.8651 0.2143 0.092 0.464 0.320 0.124
#> GSM283047 2 0.7801 0.3612 0.092 0.544 0.304 0.060
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.2773 0.77227 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM282857 2 0.2813 0.76877 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM282858 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.6813 -0.29588 0.000 0.356 0.000 0.304 0.340
#> GSM282861 5 0.5304 0.46124 0.000 0.292 0.000 0.080 0.628
#> GSM282862 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282864 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282869 5 0.0404 0.82618 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM282870 5 0.0703 0.82373 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM282871 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282872 5 0.0510 0.82774 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM282904 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282915 2 0.4469 0.71134 0.000 0.756 0.096 0.000 0.148
#> GSM282921 4 0.0290 0.74557 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282927 1 0.4201 0.30077 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM282873 1 0.6503 0.21046 0.464 0.000 0.332 0.000 0.204
#> GSM282874 5 0.5714 0.55327 0.000 0.164 0.000 0.212 0.624
#> GSM282875 5 0.5531 0.55857 0.000 0.120 0.000 0.248 0.632
#> GSM282905 5 0.4138 0.46404 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM282914 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.1197 0.88440 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM282876 3 0.0510 0.90580 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.0510 0.90580 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.0510 0.90580 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 3 0.5779 0.55090 0.148 0.220 0.628 0.004 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282903 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.2280 0.81238 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 4 0.6428 0.21647 0.000 0.364 0.000 0.456 0.180
#> GSM282891 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.2193 0.86160 0.060 0.000 0.912 0.028 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.0609 0.90232 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282897 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.3913 0.53760 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282916 3 0.0963 0.89337 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282917 3 0.4782 0.71918 0.000 0.112 0.772 0.076 0.040
#> GSM282922 1 0.3636 0.59051 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM282926 4 0.4201 0.20175 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM282925 4 0.4242 0.14774 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> GSM282935 2 0.4235 0.38693 0.000 0.656 0.000 0.336 0.008
#> GSM282938 4 0.4287 0.17162 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 3 0.0510 0.90580 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM282947 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282948 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282949 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282950 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.3586 0.64634 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM282952 5 0.0290 0.82898 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM282953 5 0.0162 0.83166 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282955 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.2516 0.77481 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM282959 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282966 5 0.2773 0.72797 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM282968 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282974 4 0.6273 -0.14336 0.000 0.148 0.000 0.436 0.416
#> GSM283016 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.4126 0.41809 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.4649 0.28874 0.000 0.404 0.000 0.580 0.016
#> GSM282957 5 0.5642 0.55019 0.000 0.136 0.000 0.240 0.624
#> GSM282958 5 0.5733 0.55088 0.000 0.188 0.000 0.188 0.624
#> GSM282960 2 0.0324 0.92180 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM282971 5 0.5549 0.55888 0.000 0.124 0.000 0.244 0.632
#> GSM283015 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 3 0.4297 0.13510 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.6071 0.22689 0.000 0.160 0.000 0.556 0.284
#> GSM282994 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.3305 0.70541 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.3242 0.63177 0.000 0.172 0.000 0.816 0.012
#> GSM282939 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282983 2 0.4273 0.20994 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM282985 2 0.1671 0.85876 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM283000 2 0.1671 0.85938 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0510 0.90389 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.4307 -0.08597 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283008 1 0.3183 0.75815 0.828 0.000 0.016 0.000 0.156
#> GSM283009 3 0.4045 0.46891 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> GSM283010 1 0.4430 0.54623 0.708 0.000 0.000 0.256 0.036
#> GSM283011 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283034 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.6132 -0.17127 0.000 0.128 0.000 0.440 0.432
#> GSM282933 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0290 0.74557 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282937 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.4161 0.26382 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM282945 3 0.7417 0.17357 0.000 0.156 0.440 0.064 0.340
#> GSM282954 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282961 3 0.1043 0.88924 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM282964 4 0.2966 0.55710 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM282965 2 0.4339 0.50132 0.000 0.652 0.012 0.000 0.336
#> GSM282967 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 5 0.4114 0.47831 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM282970 5 0.4227 0.39693 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM282972 5 0.5549 0.55888 0.000 0.124 0.000 0.244 0.632
#> GSM282973 3 0.2932 0.81723 0.000 0.032 0.864 0.000 0.104
#> GSM282975 2 0.0162 0.92357 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282996 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.4307 0.04333 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0404 0.89951 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.4088 0.53257 0.688 0.000 0.008 0.304 0.000
#> GSM283033 5 0.0000 0.83417 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283035 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 4 0.6040 0.17313 0.008 0.092 0.404 0.496 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 4 0.3779 0.52300 0.236 0.000 0.012 0.752 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 1 0.0290 0.90382 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM283056 4 0.0290 0.74557 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282928 4 0.4982 0.27619 0.000 0.412 0.000 0.556 0.032
#> GSM282930 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.92679 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0162 0.74731 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283013 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.0880 0.89253 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM283025 4 0.0162 0.74731 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283028 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 5 0.3508 0.59825 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM283037 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.4930 0.66070 0.144 0.000 0.716 0.140 0.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0162 0.74713 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM283052 4 0.0794 0.73412 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM283054 4 0.0290 0.74557 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282980 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.4227 0.00418 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> GSM282997 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.90942 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.74846 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.0000 0.91244 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283039 3 0.1557 0.87982 0.052 0.000 0.940 0.008 0.000
#> GSM283044 4 0.5464 0.54455 0.000 0.128 0.224 0.648 0.000
#> GSM283047 4 0.6370 0.28480 0.000 0.344 0.176 0.480 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.1610 0.8586 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM282856 2 0.3017 0.8195 0.000 0.844 0.000 0.000 0.084 0.072
#> GSM282857 2 0.2471 0.8343 0.000 0.888 0.004 0.000 0.052 0.056
#> GSM282858 2 0.3161 0.8228 0.000 0.776 0.000 0.008 0.000 0.216
#> GSM282859 2 0.3539 0.8159 0.000 0.756 0.000 0.024 0.000 0.220
#> GSM282860 6 0.2445 0.7241 0.000 0.008 0.000 0.060 0.040 0.892
#> GSM282861 6 0.3763 0.6074 0.000 0.012 0.000 0.012 0.240 0.736
#> GSM282862 2 0.3539 0.8159 0.000 0.756 0.000 0.024 0.000 0.220
#> GSM282863 2 0.1663 0.8588 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM282864 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282870 5 0.1957 0.8215 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM282871 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 5 0.0363 0.9357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282904 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3877 0.8078 0.000 0.764 0.000 0.076 0.000 0.160
#> GSM282913 2 0.3732 0.8136 0.000 0.780 0.000 0.076 0.000 0.144
#> GSM282915 2 0.2151 0.8292 0.000 0.912 0.024 0.016 0.048 0.000
#> GSM282921 6 0.3619 0.6641 0.000 0.000 0.000 0.316 0.004 0.680
#> GSM282927 4 0.3727 0.3869 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM282873 1 0.6926 0.4215 0.560 0.060 0.204 0.000 0.068 0.108
#> GSM282874 6 0.2848 0.6970 0.000 0.008 0.000 0.000 0.176 0.816
#> GSM282875 6 0.2979 0.6936 0.000 0.004 0.000 0.004 0.188 0.804
#> GSM282905 6 0.3248 0.7179 0.000 0.000 0.000 0.032 0.164 0.804
#> GSM282914 1 0.1267 0.9057 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM282918 3 0.3017 0.7807 0.084 0.000 0.844 0.000 0.000 0.072
#> GSM282876 3 0.2520 0.7930 0.000 0.152 0.844 0.004 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.2768 0.8329 0.000 0.832 0.000 0.012 0.000 0.156
#> GSM282879 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.2948 0.8201 0.000 0.804 0.000 0.008 0.000 0.188
#> GSM282881 3 0.2558 0.7900 0.000 0.156 0.840 0.004 0.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.2664 0.7690 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.0291 0.9462 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM282888 3 0.5468 0.3950 0.068 0.388 0.520 0.024 0.000 0.000
#> GSM282889 2 0.0260 0.8655 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282890 1 0.0291 0.9462 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.3806 0.8105 0.000 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> GSM282903 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0260 0.8740 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.1074 0.8584 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000
#> GSM282920 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282924 4 0.3895 0.5983 0.000 0.052 0.000 0.768 0.172 0.008
#> GSM282891 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.1176 0.8617 0.020 0.000 0.956 0.024 0.000 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.0291 0.9462 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0146 0.8752 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.3629 0.6090 0.000 0.016 0.724 0.000 0.260 0.000
#> GSM282897 3 0.0405 0.8734 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.3290 0.6660 0.252 0.000 0.744 0.004 0.000 0.000
#> GSM282900 6 0.3819 0.5867 0.000 0.000 0.004 0.372 0.000 0.624
#> GSM282901 3 0.0146 0.8754 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0146 0.8752 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282916 3 0.0508 0.8718 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.0146 0.8752 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282923 3 0.0146 0.8754 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282917 4 0.4177 0.5116 0.000 0.020 0.304 0.668 0.008 0.000
#> GSM282922 4 0.3727 0.3891 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM282926 4 0.1863 0.7057 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000
#> GSM282925 4 0.2260 0.6903 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> GSM282935 2 0.5731 0.4944 0.000 0.512 0.000 0.276 0.000 0.212
#> GSM282938 4 0.3196 0.6221 0.000 0.064 0.000 0.828 0.000 0.108
#> GSM282940 2 0.3539 0.8159 0.000 0.756 0.000 0.024 0.000 0.220
#> GSM282941 2 0.3539 0.8159 0.000 0.756 0.000 0.024 0.000 0.220
#> GSM282943 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.1501 0.8578 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM282946 3 0.3003 0.7698 0.000 0.172 0.812 0.000 0.000 0.016
#> GSM282947 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 2 0.5287 0.2817 0.000 0.492 0.000 0.008 0.424 0.076
#> GSM282952 5 0.0260 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282953 5 0.0260 0.9391 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282955 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 1 0.1556 0.8749 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM282959 2 0.1802 0.8589 0.000 0.916 0.000 0.012 0.000 0.072
#> GSM282966 5 0.3584 0.4390 0.000 0.000 0.000 0.004 0.688 0.308
#> GSM282968 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 6 0.2763 0.7239 0.000 0.008 0.000 0.088 0.036 0.868
#> GSM283016 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.3468 0.6271 0.284 0.000 0.712 0.004 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.1531 0.6905 0.000 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> GSM282957 6 0.2814 0.7002 0.000 0.008 0.000 0.000 0.172 0.820
#> GSM282958 6 0.3367 0.6854 0.000 0.020 0.000 0.012 0.164 0.804
#> GSM282960 2 0.1781 0.8576 0.000 0.924 0.000 0.008 0.008 0.060
#> GSM282971 6 0.2838 0.6917 0.000 0.004 0.000 0.000 0.188 0.808
#> GSM283015 1 0.1444 0.8950 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM282962 2 0.3098 0.8280 0.000 0.812 0.000 0.024 0.000 0.164
#> GSM282963 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.3390 0.4716 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0146 0.8653 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282990 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282993 6 0.3396 0.7374 0.000 0.016 0.000 0.108 0.048 0.828
#> GSM282994 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.3017 0.8292 0.000 0.816 0.000 0.020 0.000 0.164
#> GSM283020 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.2632 0.7603 0.164 0.000 0.832 0.004 0.000 0.000
#> GSM282931 6 0.3003 0.6923 0.000 0.016 0.000 0.172 0.000 0.812
#> GSM282939 2 0.3539 0.8159 0.000 0.756 0.000 0.024 0.000 0.220
#> GSM282981 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282983 2 0.4327 0.6155 0.000 0.680 0.264 0.056 0.000 0.000
#> GSM282985 2 0.4256 0.8006 0.000 0.748 0.012 0.076 0.000 0.164
#> GSM283000 2 0.4160 0.8023 0.000 0.752 0.008 0.076 0.000 0.164
#> GSM283001 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.1584 0.8411 0.000 0.008 0.928 0.064 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0146 0.8752 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.1610 0.8404 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.0146 0.8754 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.3769 0.4949 0.356 0.000 0.640 0.004 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283008 1 0.3673 0.6576 0.736 0.000 0.016 0.004 0.244 0.000
#> GSM283009 3 0.3782 0.4798 0.360 0.000 0.636 0.004 0.000 0.000
#> GSM283010 6 0.4611 0.3046 0.380 0.000 0.000 0.016 0.020 0.584
#> GSM283011 3 0.0146 0.8754 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0146 0.8754 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283034 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283049 3 0.0146 0.8752 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 6 0.2888 0.7404 0.000 0.004 0.000 0.068 0.068 0.860
#> GSM282933 4 0.2527 0.6492 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282936 6 0.3636 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.320 0.004 0.676
#> GSM282937 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.4172 0.6081 0.000 0.204 0.000 0.000 0.724 0.072
#> GSM282945 3 0.7577 0.1242 0.000 0.120 0.412 0.068 0.328 0.072
#> GSM282954 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 3 0.2631 0.7712 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM282964 6 0.4060 0.6843 0.000 0.000 0.000 0.284 0.032 0.684
#> GSM282965 2 0.4696 0.4557 0.000 0.588 0.000 0.000 0.356 0.056
#> GSM282967 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282969 6 0.5133 0.6877 0.000 0.000 0.000 0.164 0.212 0.624
#> GSM282970 6 0.5058 0.7026 0.000 0.000 0.000 0.200 0.164 0.636
#> GSM282972 6 0.3755 0.6683 0.000 0.004 0.000 0.020 0.244 0.732
#> GSM282973 3 0.3352 0.7557 0.000 0.176 0.792 0.000 0.032 0.000
#> GSM282975 2 0.3876 0.7698 0.000 0.700 0.000 0.024 0.000 0.276
#> GSM282996 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 4 0.4880 0.4875 0.288 0.000 0.000 0.620 0.000 0.092
#> GSM283014 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.1411 0.8875 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.3634 0.2094 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM283029 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.3445 0.6173 0.260 0.000 0.008 0.732 0.000 0.000
#> GSM283033 5 0.0000 0.9457 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283035 4 0.2092 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM283036 4 0.2921 0.6644 0.008 0.008 0.156 0.828 0.000 0.000
#> GSM283038 4 0.2092 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM283046 4 0.1787 0.7153 0.008 0.000 0.004 0.920 0.000 0.068
#> GSM283050 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.2092 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM283055 1 0.3860 -0.0158 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000
#> GSM283056 6 0.3636 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.320 0.004 0.676
#> GSM282928 6 0.1926 0.7088 0.000 0.020 0.000 0.068 0.000 0.912
#> GSM282930 2 0.1349 0.8651 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM282932 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.8651 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.1411 0.8633 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> GSM282998 6 0.3636 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.320 0.004 0.676
#> GSM283013 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.2300 0.7791 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM283025 6 0.3515 0.6560 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM283028 4 0.2092 0.6960 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM283032 5 0.3198 0.6104 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM283037 6 0.3684 0.5893 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM283040 1 0.0146 0.9474 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM283042 4 0.5442 0.3434 0.136 0.000 0.336 0.528 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.2178 0.6893 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM283048 4 0.1610 0.7099 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM283052 4 0.1958 0.7070 0.000 0.000 0.004 0.896 0.000 0.100
#> GSM283054 6 0.3636 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.320 0.004 0.676
#> GSM282980 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8758 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0146 0.8754 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282986 6 0.4520 0.7068 0.000 0.000 0.000 0.220 0.092 0.688
#> GSM282997 1 0.0000 0.9494 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0146 0.9485 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.1501 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM283031 3 0.2048 0.7973 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM283039 3 0.3409 0.5070 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000
#> GSM283044 4 0.4173 0.6109 0.000 0.012 0.212 0.732 0.000 0.044
#> GSM283047 4 0.3792 0.6343 0.000 0.052 0.160 0.780 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> CV:skmeans 197 0.2504 5.24e-01 3.22e-06 2
#> CV:skmeans 180 0.3917 3.84e-04 5.73e-06 3
#> CV:skmeans 183 0.3031 3.37e-04 1.10e-11 4
#> CV:skmeans 174 0.0148 6.33e-09 8.76e-12 5
#> CV:skmeans 185 0.1878 3.68e-08 1.46e-14 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.320 0.721 0.824 0.4334 0.565 0.565
#> 3 3 0.777 0.841 0.906 0.4987 0.519 0.306
#> 4 4 0.573 0.626 0.777 0.0959 0.852 0.613
#> 5 5 0.763 0.728 0.875 0.0900 0.869 0.587
#> 6 6 0.737 0.668 0.843 0.0271 0.968 0.861
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282856 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282857 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282858 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282859 1 0.8016 0.7881 0.756 0.244
#> GSM282860 2 0.2423 0.7358 0.040 0.960
#> GSM282861 2 0.8207 0.6480 0.256 0.744
#> GSM282862 2 0.9710 0.1427 0.400 0.600
#> GSM282863 1 0.9896 0.4511 0.560 0.440
#> GSM282864 2 0.7602 0.6264 0.220 0.780
#> GSM282865 1 0.8016 0.7878 0.756 0.244
#> GSM282866 2 0.9522 0.3494 0.372 0.628
#> GSM282867 2 0.7376 0.6371 0.208 0.792
#> GSM282868 2 0.7453 0.6342 0.212 0.788
#> GSM282869 1 0.9491 -0.1919 0.632 0.368
#> GSM282870 2 0.8555 0.7390 0.280 0.720
#> GSM282871 2 0.7602 0.6330 0.220 0.780
#> GSM282872 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM282904 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM282910 2 0.7376 0.6371 0.208 0.792
#> GSM282913 1 0.8144 0.7832 0.748 0.252
#> GSM282915 1 0.7815 0.7919 0.768 0.232
#> GSM282921 2 0.9209 0.7248 0.336 0.664
#> GSM282927 1 0.8499 0.2631 0.724 0.276
#> GSM282873 1 0.3879 0.7996 0.924 0.076
#> GSM282874 1 0.8207 0.7806 0.744 0.256
#> GSM282875 2 0.5408 0.7630 0.124 0.876
#> GSM282905 2 0.8443 0.7431 0.272 0.728
#> GSM282914 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM282918 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.2603 0.7879 0.956 0.044
#> GSM282877 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282878 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282879 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282880 2 0.7453 0.6336 0.212 0.788
#> GSM282881 1 0.2603 0.7879 0.956 0.044
#> GSM282882 1 0.0672 0.7783 0.992 0.008
#> GSM282883 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282884 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282885 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282886 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282887 1 0.2423 0.7874 0.960 0.040
#> GSM282888 1 0.3274 0.7950 0.940 0.060
#> GSM282889 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282890 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282902 1 0.9833 0.5134 0.576 0.424
#> GSM282903 1 0.7219 0.7936 0.800 0.200
#> GSM282907 1 0.7815 0.7919 0.768 0.232
#> GSM282909 1 0.6531 0.7984 0.832 0.168
#> GSM282912 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282920 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282924 1 0.7674 0.7805 0.776 0.224
#> GSM282891 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM282892 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM282894 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282895 1 0.2043 0.7945 0.968 0.032
#> GSM282896 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM282897 1 0.7745 0.7924 0.772 0.228
#> GSM282898 1 0.4298 0.7972 0.912 0.088
#> GSM282899 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282900 2 0.9087 0.7296 0.324 0.676
#> GSM282901 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM282908 2 0.9393 0.6433 0.356 0.644
#> GSM282911 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282916 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282919 1 0.0938 0.7878 0.988 0.012
#> GSM282923 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282917 1 0.7139 0.7938 0.804 0.196
#> GSM282922 1 0.6712 0.5547 0.824 0.176
#> GSM282926 2 0.7674 0.6892 0.224 0.776
#> GSM282925 2 0.6343 0.7647 0.160 0.840
#> GSM282935 1 0.8081 0.7856 0.752 0.248
#> GSM282938 1 0.9522 0.5774 0.628 0.372
#> GSM282940 2 0.9815 0.0848 0.420 0.580
#> GSM282941 1 0.8267 0.7775 0.740 0.260
#> GSM282943 1 0.2948 0.7375 0.948 0.052
#> GSM282944 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282946 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282947 1 0.7219 0.7936 0.800 0.200
#> GSM282948 1 0.7299 0.7925 0.796 0.204
#> GSM282949 2 0.8327 0.6371 0.264 0.736
#> GSM282950 2 0.8267 0.6428 0.260 0.740
#> GSM282951 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282952 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282953 1 0.7219 0.7936 0.800 0.200
#> GSM282955 2 0.8327 0.6441 0.264 0.736
#> GSM282956 2 0.8081 0.7225 0.248 0.752
#> GSM282959 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282966 2 0.5842 0.7400 0.140 0.860
#> GSM282968 2 0.7883 0.6040 0.236 0.764
#> GSM282974 2 0.2423 0.7358 0.040 0.960
#> GSM283016 1 0.7376 0.5171 0.792 0.208
#> GSM283021 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM283024 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283041 2 0.7950 0.7227 0.240 0.760
#> GSM283043 1 0.7602 0.7841 0.780 0.220
#> GSM282957 1 0.9833 0.5810 0.576 0.424
#> GSM282958 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282960 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282971 2 0.2423 0.7358 0.040 0.960
#> GSM283015 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282962 1 0.9393 0.6465 0.644 0.356
#> GSM282963 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282977 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282978 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282987 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282988 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282989 2 0.8763 0.4850 0.296 0.704
#> GSM282990 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282991 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282992 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282993 2 0.3274 0.7451 0.060 0.940
#> GSM282994 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282995 2 0.9323 0.3419 0.348 0.652
#> GSM283020 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM283023 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282931 1 0.8144 0.7832 0.748 0.252
#> GSM282939 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282981 1 0.0938 0.7878 0.988 0.012
#> GSM282983 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282985 1 0.8016 0.7881 0.756 0.244
#> GSM283000 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM283001 1 0.7056 0.5474 0.808 0.192
#> GSM283002 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM283003 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM283004 1 0.5519 0.8006 0.872 0.128
#> GSM283005 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.0938 0.7878 0.988 0.012
#> GSM283008 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.9552 0.6949 0.376 0.624
#> GSM283049 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM283051 1 0.7376 0.5171 0.792 0.208
#> GSM282929 2 0.2423 0.7358 0.040 0.960
#> GSM282933 1 0.6887 0.5422 0.816 0.184
#> GSM282936 2 0.7950 0.7227 0.240 0.760
#> GSM282937 2 0.7950 0.7227 0.240 0.760
#> GSM282942 1 0.6973 0.7962 0.812 0.188
#> GSM282945 1 0.7219 0.7936 0.800 0.200
#> GSM282954 2 0.8861 0.5733 0.304 0.696
#> GSM282961 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282964 2 0.8144 0.7507 0.252 0.748
#> GSM282965 1 0.7219 0.7936 0.800 0.200
#> GSM282967 1 0.2423 0.7971 0.960 0.040
#> GSM282969 2 0.8555 0.7390 0.280 0.720
#> GSM282970 2 0.8555 0.7390 0.280 0.720
#> GSM282972 2 0.2948 0.7424 0.052 0.948
#> GSM282973 1 0.7883 0.7908 0.764 0.236
#> GSM282975 1 0.8016 0.7881 0.756 0.244
#> GSM282996 2 0.7950 0.7227 0.240 0.760
#> GSM282999 1 0.6712 0.5534 0.824 0.176
#> GSM283014 2 0.8016 0.7228 0.244 0.756
#> GSM283019 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.7453 0.7595 0.212 0.788
#> GSM283029 2 0.9323 0.6506 0.348 0.652
#> GSM283030 1 0.6801 0.5491 0.820 0.180
#> GSM283033 2 0.9044 0.6527 0.320 0.680
#> GSM283035 2 0.8443 0.7423 0.272 0.728
#> GSM283036 1 0.8555 0.7174 0.720 0.280
#> GSM283038 2 0.4298 0.7565 0.088 0.912
#> GSM283046 2 0.8555 0.7390 0.280 0.720
#> GSM283050 2 0.8081 0.7224 0.248 0.752
#> GSM283053 2 0.4161 0.7552 0.084 0.916
#> GSM283055 1 0.0376 0.7813 0.996 0.004
#> GSM283056 2 0.4161 0.7552 0.084 0.916
#> GSM282928 2 0.4022 0.7537 0.080 0.920
#> GSM282930 2 0.7528 0.6306 0.216 0.784
#> GSM282932 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM282934 2 0.7950 0.7227 0.240 0.760
#> GSM282976 1 0.7950 0.7901 0.760 0.240
#> GSM282979 1 0.9393 0.6724 0.644 0.356
#> GSM282998 2 0.8499 0.7409 0.276 0.724
#> GSM283013 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM283017 1 0.1633 0.7924 0.976 0.024
#> GSM283018 1 0.2043 0.7944 0.968 0.032
#> GSM283025 2 0.6343 0.7647 0.160 0.840
#> GSM283028 2 0.5294 0.7631 0.120 0.880
#> GSM283032 2 0.9732 0.3299 0.404 0.596
#> GSM283037 2 0.4161 0.7552 0.084 0.916
#> GSM283040 1 0.6531 0.5652 0.832 0.168
#> GSM283042 1 0.1414 0.7921 0.980 0.020
#> GSM283045 2 0.8555 0.7390 0.280 0.720
#> GSM283048 2 0.8499 0.7409 0.276 0.724
#> GSM283052 1 0.6973 0.5451 0.812 0.188
#> GSM283054 2 0.8555 0.7390 0.280 0.720
#> GSM282980 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM282986 2 0.8499 0.7409 0.276 0.724
#> GSM282997 1 0.9393 0.1210 0.644 0.356
#> GSM283012 1 0.2423 0.7541 0.960 0.040
#> GSM283027 2 0.4161 0.7552 0.084 0.916
#> GSM283031 1 0.1843 0.7915 0.972 0.028
#> GSM283039 1 0.0000 0.7830 1.000 0.000
#> GSM283044 1 0.7528 0.7885 0.784 0.216
#> GSM283047 1 0.7376 0.7909 0.792 0.208
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0983 0.9021 0.004 0.980 0.016
#> GSM282856 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282857 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282858 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282859 2 0.0829 0.9018 0.004 0.984 0.012
#> GSM282860 2 0.2356 0.8633 0.000 0.928 0.072
#> GSM282861 2 0.2590 0.8761 0.004 0.924 0.072
#> GSM282862 2 0.1399 0.8898 0.004 0.968 0.028
#> GSM282863 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0892 0.8992 0.000 0.980 0.020
#> GSM282865 2 0.0592 0.9012 0.000 0.988 0.012
#> GSM282866 2 0.1163 0.8975 0.000 0.972 0.028
#> GSM282867 2 0.1529 0.8864 0.000 0.960 0.040
#> GSM282868 2 0.1529 0.8864 0.000 0.960 0.040
#> GSM282869 1 0.3583 0.9273 0.900 0.044 0.056
#> GSM282870 1 0.4121 0.9010 0.868 0.024 0.108
#> GSM282871 2 0.1529 0.8892 0.000 0.960 0.040
#> GSM282872 3 0.6793 0.4197 0.292 0.036 0.672
#> GSM282904 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.1525 0.8911 0.004 0.964 0.032
#> GSM282913 2 0.5845 0.5257 0.004 0.688 0.308
#> GSM282915 2 0.0661 0.9031 0.004 0.988 0.008
#> GSM282921 1 0.5397 0.7163 0.720 0.000 0.280
#> GSM282927 3 0.9764 0.2742 0.252 0.312 0.436
#> GSM282873 1 0.6325 0.8465 0.772 0.112 0.116
#> GSM282874 3 0.3112 0.8604 0.004 0.096 0.900
#> GSM282875 3 0.1031 0.8953 0.000 0.024 0.976
#> GSM282905 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0424 0.9066 0.992 0.000 0.008
#> GSM282918 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282876 1 0.3369 0.9256 0.908 0.052 0.040
#> GSM282877 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282878 2 0.0983 0.9011 0.004 0.980 0.016
#> GSM282879 2 0.1267 0.8953 0.004 0.972 0.024
#> GSM282880 2 0.1399 0.8898 0.004 0.968 0.028
#> GSM282881 1 0.3112 0.9032 0.900 0.096 0.004
#> GSM282882 1 0.2681 0.9263 0.932 0.028 0.040
#> GSM282883 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282884 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282885 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282886 2 0.1129 0.8976 0.004 0.976 0.020
#> GSM282887 1 0.3183 0.9144 0.908 0.076 0.016
#> GSM282888 1 0.5497 0.8766 0.812 0.124 0.064
#> GSM282889 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282890 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282902 2 0.3425 0.8180 0.004 0.884 0.112
#> GSM282903 2 0.8190 0.0386 0.432 0.496 0.072
#> GSM282907 2 0.7901 0.4004 0.312 0.608 0.080
#> GSM282909 1 0.7673 0.6828 0.664 0.236 0.100
#> GSM282912 2 0.1129 0.8966 0.004 0.976 0.020
#> GSM282920 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282924 3 0.5656 0.5939 0.004 0.284 0.712
#> GSM282891 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282893 1 0.4384 0.9147 0.868 0.068 0.064
#> GSM282894 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282895 1 0.5319 0.8926 0.824 0.072 0.104
#> GSM282896 1 0.4384 0.9147 0.868 0.068 0.064
#> GSM282897 1 0.8288 0.2887 0.512 0.408 0.080
#> GSM282898 1 0.5757 0.8430 0.792 0.152 0.056
#> GSM282899 1 0.4172 0.9134 0.868 0.028 0.104
#> GSM282900 3 0.1289 0.8868 0.032 0.000 0.968
#> GSM282901 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282906 1 0.4194 0.9192 0.876 0.060 0.064
#> GSM282908 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM282911 2 0.4790 0.7865 0.096 0.848 0.056
#> GSM282916 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282919 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282923 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282917 3 0.6345 0.3239 0.004 0.400 0.596
#> GSM282922 3 0.4618 0.7628 0.136 0.024 0.840
#> GSM282926 3 0.6529 0.4270 0.012 0.368 0.620
#> GSM282925 3 0.2845 0.8741 0.012 0.068 0.920
#> GSM282935 3 0.1878 0.8837 0.004 0.044 0.952
#> GSM282938 3 0.2200 0.8765 0.004 0.056 0.940
#> GSM282940 2 0.0000 0.9017 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.1399 0.8898 0.004 0.968 0.028
#> GSM282943 1 0.2955 0.9102 0.912 0.080 0.008
#> GSM282944 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282946 2 0.0661 0.9032 0.004 0.988 0.008
#> GSM282947 2 0.2165 0.8780 0.000 0.936 0.064
#> GSM282948 2 0.1964 0.8816 0.000 0.944 0.056
#> GSM282949 2 0.2261 0.8763 0.000 0.932 0.068
#> GSM282950 2 0.2066 0.8792 0.000 0.940 0.060
#> GSM282951 2 0.0592 0.9012 0.000 0.988 0.012
#> GSM282952 2 0.0592 0.9012 0.000 0.988 0.012
#> GSM282953 2 0.2796 0.8594 0.000 0.908 0.092
#> GSM282955 2 0.2496 0.8748 0.004 0.928 0.068
#> GSM282956 1 0.0237 0.9019 0.996 0.004 0.000
#> GSM282959 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282966 3 0.1031 0.8953 0.000 0.024 0.976
#> GSM282968 2 0.0592 0.9012 0.000 0.988 0.012
#> GSM282974 3 0.2959 0.8605 0.000 0.100 0.900
#> GSM283016 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM283021 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283041 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM283043 3 0.6509 0.0956 0.004 0.472 0.524
#> GSM282957 3 0.2261 0.8779 0.000 0.068 0.932
#> GSM282958 3 0.5929 0.5766 0.004 0.320 0.676
#> GSM282960 2 0.2096 0.8733 0.004 0.944 0.052
#> GSM282971 3 0.2356 0.8772 0.000 0.072 0.928
#> GSM283015 1 0.4094 0.9157 0.872 0.028 0.100
#> GSM282962 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282963 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282977 2 0.1129 0.8966 0.004 0.976 0.020
#> GSM282978 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282987 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282988 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282989 2 0.1399 0.8898 0.004 0.968 0.028
#> GSM282990 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282991 2 0.0661 0.9024 0.004 0.988 0.008
#> GSM282992 2 0.6402 0.6097 0.236 0.724 0.040
#> GSM282993 3 0.3340 0.8462 0.000 0.120 0.880
#> GSM282994 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282995 2 0.1399 0.8898 0.004 0.968 0.028
#> GSM283020 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282931 3 0.2096 0.8816 0.004 0.052 0.944
#> GSM282939 2 0.0237 0.9025 0.004 0.996 0.000
#> GSM282981 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282983 2 0.2982 0.8576 0.024 0.920 0.056
#> GSM282985 3 0.5024 0.7306 0.004 0.220 0.776
#> GSM283000 2 0.6282 0.3423 0.004 0.612 0.384
#> GSM283001 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM283002 2 0.2200 0.8713 0.004 0.940 0.056
#> GSM283003 1 0.5229 0.8954 0.828 0.068 0.104
#> GSM283004 1 0.6920 0.7947 0.732 0.164 0.104
#> GSM283005 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283006 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283007 1 0.4249 0.9123 0.864 0.028 0.108
#> GSM283008 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283009 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283010 3 0.1751 0.8824 0.012 0.028 0.960
#> GSM283011 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283022 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283034 1 0.3850 0.9080 0.884 0.028 0.088
#> GSM283049 1 0.4477 0.9139 0.864 0.068 0.068
#> GSM283051 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM282929 3 0.3038 0.8524 0.000 0.104 0.896
#> GSM282933 3 0.0592 0.8956 0.012 0.000 0.988
#> GSM282936 3 0.2261 0.8713 0.068 0.000 0.932
#> GSM282937 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM282942 2 0.2486 0.8799 0.008 0.932 0.060
#> GSM282945 2 0.2400 0.8794 0.004 0.932 0.064
#> GSM282954 2 0.7478 0.6207 0.116 0.692 0.192
#> GSM282961 2 0.7301 0.4523 0.308 0.640 0.052
#> GSM282964 3 0.0747 0.8968 0.000 0.016 0.984
#> GSM282965 2 0.2301 0.8817 0.004 0.936 0.060
#> GSM282967 1 0.5207 0.8763 0.824 0.124 0.052
#> GSM282969 3 0.0892 0.8956 0.000 0.020 0.980
#> GSM282970 3 0.0237 0.8981 0.000 0.004 0.996
#> GSM282972 3 0.2261 0.8809 0.000 0.068 0.932
#> GSM282973 2 0.7757 0.1545 0.408 0.540 0.052
#> GSM282975 3 0.5785 0.6164 0.004 0.300 0.696
#> GSM282996 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM282999 1 0.3851 0.8974 0.860 0.004 0.136
#> GSM283014 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM283019 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM283026 3 0.2550 0.8790 0.012 0.056 0.932
#> GSM283029 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM283030 3 0.0592 0.8956 0.012 0.000 0.988
#> GSM283033 1 0.7553 0.5383 0.620 0.320 0.060
#> GSM283035 3 0.0424 0.8969 0.008 0.000 0.992
#> GSM283036 3 0.1878 0.8845 0.004 0.044 0.952
#> GSM283038 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 3 0.0592 0.8956 0.012 0.000 0.988
#> GSM283050 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM283053 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.4289 0.9136 0.868 0.040 0.092
#> GSM283056 3 0.1753 0.8822 0.000 0.048 0.952
#> GSM282928 2 0.6180 0.2743 0.000 0.584 0.416
#> GSM282930 2 0.0424 0.9001 0.000 0.992 0.008
#> GSM282932 1 0.4945 0.9034 0.840 0.056 0.104
#> GSM282934 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM282976 2 0.0475 0.9028 0.004 0.992 0.004
#> GSM282979 2 0.5905 0.4244 0.000 0.648 0.352
#> GSM282998 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 1 0.5304 0.8942 0.824 0.068 0.108
#> GSM283018 3 0.1399 0.8838 0.004 0.028 0.968
#> GSM283025 3 0.0237 0.8981 0.000 0.004 0.996
#> GSM283028 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.8066 0.1630 0.404 0.528 0.068
#> GSM283037 3 0.0237 0.8981 0.000 0.004 0.996
#> GSM283040 1 0.3406 0.9283 0.904 0.028 0.068
#> GSM283042 1 0.5650 0.8677 0.808 0.108 0.084
#> GSM283045 3 0.0592 0.8956 0.012 0.000 0.988
#> GSM283048 3 0.0592 0.8956 0.012 0.000 0.988
#> GSM283052 3 0.0592 0.8956 0.012 0.000 0.988
#> GSM283054 3 0.0829 0.8962 0.012 0.004 0.984
#> GSM282980 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282982 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282984 1 0.3310 0.9293 0.908 0.028 0.064
#> GSM282986 3 0.0237 0.8981 0.000 0.004 0.996
#> GSM282997 1 0.0237 0.9021 0.996 0.000 0.004
#> GSM283012 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 3 0.0000 0.8984 0.000 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.4475 0.9152 0.864 0.064 0.072
#> GSM283039 1 0.4172 0.9134 0.868 0.028 0.104
#> GSM283044 3 0.0237 0.8981 0.004 0.000 0.996
#> GSM283047 3 0.0237 0.8981 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.3219 0.7087 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM282856 2 0.4530 0.7177 0.048 0.808 0.136 0.008
#> GSM282857 2 0.2814 0.7205 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM282858 2 0.2944 0.7214 0.000 0.868 0.128 0.004
#> GSM282859 2 0.3367 0.7217 0.000 0.864 0.108 0.028
#> GSM282860 2 0.3550 0.6543 0.096 0.860 0.000 0.044
#> GSM282861 2 0.5799 0.6169 0.048 0.728 0.032 0.192
#> GSM282862 2 0.2868 0.6549 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM282863 2 0.0000 0.6974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.5944 0.5059 0.412 0.556 0.016 0.016
#> GSM282865 2 0.5417 0.5120 0.412 0.572 0.000 0.016
#> GSM282866 2 0.6136 0.5008 0.412 0.548 0.024 0.016
#> GSM282867 2 0.5417 0.5120 0.412 0.572 0.000 0.016
#> GSM282868 2 0.5417 0.5120 0.412 0.572 0.000 0.016
#> GSM282869 1 0.8122 -0.2977 0.412 0.364 0.208 0.016
#> GSM282870 4 0.7939 0.3229 0.412 0.136 0.028 0.424
#> GSM282871 2 0.5417 0.5120 0.412 0.572 0.000 0.016
#> GSM282872 3 0.6114 0.4308 0.184 0.008 0.696 0.112
#> GSM282904 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM282910 2 0.2868 0.6549 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM282913 2 0.4661 0.3825 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM282915 2 0.5122 0.6902 0.048 0.756 0.188 0.008
#> GSM282921 3 0.4761 0.1256 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM282927 4 0.7769 0.0693 0.000 0.296 0.272 0.432
#> GSM282873 3 0.2186 0.7097 0.048 0.008 0.932 0.012
#> GSM282874 4 0.2542 0.7739 0.000 0.084 0.012 0.904
#> GSM282875 4 0.6865 0.4372 0.364 0.112 0.000 0.524
#> GSM282905 4 0.0469 0.8199 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282914 1 0.5105 0.8089 0.564 0.000 0.432 0.004
#> GSM282918 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282876 3 0.1474 0.7213 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM282877 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282878 2 0.3494 0.6947 0.000 0.824 0.172 0.004
#> GSM282879 2 0.3907 0.6321 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM282880 2 0.2944 0.6608 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM282881 3 0.4730 0.2882 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM282882 3 0.3649 0.3975 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM282883 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282884 3 0.0188 0.7657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282885 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282886 2 0.4103 0.6010 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282887 3 0.4661 0.3030 0.000 0.348 0.652 0.000
#> GSM282888 3 0.3569 0.5746 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM282889 2 0.2999 0.7204 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM282890 3 0.0188 0.7657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282902 2 0.3649 0.5857 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM282903 3 0.0927 0.7547 0.016 0.008 0.976 0.000
#> GSM282907 3 0.2530 0.6693 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM282909 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282912 2 0.4804 0.3555 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM282920 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282924 4 0.6657 0.4840 0.040 0.044 0.296 0.620
#> GSM282891 1 0.4898 0.8354 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM282892 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282893 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282894 3 0.0469 0.7522 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282895 3 0.0376 0.7656 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM282896 3 0.0524 0.7631 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM282897 3 0.2011 0.7022 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM282898 3 0.0336 0.7648 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282899 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282900 4 0.2973 0.7241 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM282901 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282908 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM282911 3 0.4697 0.3586 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282919 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282917 4 0.8602 0.0949 0.048 0.256 0.236 0.460
#> GSM282922 4 0.3074 0.7100 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM282926 4 0.4567 0.5103 0.000 0.276 0.008 0.716
#> GSM282925 4 0.1510 0.8097 0.000 0.028 0.016 0.956
#> GSM282935 4 0.0779 0.8150 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM282938 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM282940 2 0.0000 0.6974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.2868 0.6549 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM282943 3 0.5212 0.1736 0.004 0.404 0.588 0.004
#> GSM282944 2 0.2589 0.7245 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM282946 2 0.3907 0.6550 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM282947 2 0.6387 0.4924 0.412 0.536 0.036 0.016
#> GSM282948 2 0.6234 0.4982 0.412 0.544 0.024 0.020
#> GSM282949 2 0.6234 0.4982 0.412 0.544 0.024 0.020
#> GSM282950 2 0.6234 0.4982 0.412 0.544 0.024 0.020
#> GSM282951 2 0.4627 0.6634 0.128 0.812 0.024 0.036
#> GSM282952 2 0.5417 0.5120 0.412 0.572 0.000 0.016
#> GSM282953 2 0.6899 0.4699 0.412 0.508 0.060 0.020
#> GSM282955 2 0.6234 0.4982 0.412 0.544 0.024 0.020
#> GSM282956 1 0.1854 0.3996 0.940 0.012 0.048 0.000
#> GSM282959 2 0.2814 0.7205 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM282966 4 0.7182 0.3521 0.412 0.136 0.000 0.452
#> GSM282968 2 0.5417 0.5120 0.412 0.572 0.000 0.016
#> GSM282974 4 0.2469 0.7625 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM283016 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283021 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283024 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283043 4 0.5400 0.2640 0.000 0.372 0.020 0.608
#> GSM282957 4 0.0469 0.8151 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM282958 4 0.7485 0.3057 0.016 0.260 0.164 0.560
#> GSM282960 2 0.5372 0.2066 0.012 0.544 0.444 0.000
#> GSM282971 4 0.7111 0.4110 0.364 0.136 0.000 0.500
#> GSM283015 3 0.0336 0.7629 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282962 2 0.3088 0.7210 0.000 0.864 0.128 0.008
#> GSM282963 2 0.3172 0.7039 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM282977 2 0.4830 0.3363 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM282978 2 0.3486 0.6803 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM282987 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282988 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282989 2 0.2814 0.6574 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM282990 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282991 2 0.3074 0.7113 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM282992 2 0.4916 0.2847 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM282993 4 0.2216 0.7745 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM282994 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282995 2 0.2868 0.6549 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM283020 3 0.4985 -0.5898 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM283023 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282931 4 0.0779 0.8155 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM282939 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282983 3 0.4933 0.1606 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM282985 3 0.7481 0.2053 0.000 0.204 0.488 0.308
#> GSM283000 3 0.6407 0.1710 0.000 0.384 0.544 0.072
#> GSM283001 1 0.4898 0.8354 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM283002 3 0.4907 0.1762 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM283003 3 0.0707 0.7570 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283004 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283008 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283009 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283010 3 0.5000 -0.0576 0.000 0.000 0.504 0.496
#> GSM283011 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283034 1 0.9238 -0.0124 0.412 0.168 0.300 0.120
#> GSM283049 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283051 1 0.6094 0.7789 0.536 0.000 0.416 0.048
#> GSM282929 4 0.0469 0.8151 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM282933 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM282936 4 0.0469 0.8199 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282937 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM282942 2 0.5922 0.6166 0.060 0.676 0.256 0.008
#> GSM282945 2 0.5907 0.6025 0.048 0.672 0.268 0.012
#> GSM282954 2 0.7108 0.4601 0.412 0.500 0.036 0.052
#> GSM282961 3 0.5925 0.3511 0.044 0.304 0.644 0.008
#> GSM282964 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM282965 2 0.4901 0.7079 0.048 0.784 0.156 0.012
#> GSM282967 2 0.7034 0.4556 0.412 0.496 0.076 0.016
#> GSM282969 4 0.6737 0.4460 0.368 0.100 0.000 0.532
#> GSM282970 4 0.6054 0.5068 0.352 0.056 0.000 0.592
#> GSM282972 4 0.6179 0.4704 0.392 0.056 0.000 0.552
#> GSM282973 3 0.6429 0.1332 0.048 0.380 0.560 0.012
#> GSM282975 4 0.7215 0.2897 0.004 0.276 0.164 0.556
#> GSM282996 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM282999 3 0.5000 -0.0729 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM283014 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283019 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0188 0.8170 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM283029 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283030 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283033 2 0.7041 0.4660 0.412 0.504 0.036 0.048
#> GSM283035 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283036 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283038 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283046 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283050 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283053 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283055 3 0.4244 0.5162 0.000 0.160 0.804 0.036
#> GSM283056 4 0.0188 0.8170 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282928 4 0.5161 0.2904 0.000 0.400 0.008 0.592
#> GSM282930 2 0.0188 0.6994 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282932 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282934 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM282976 2 0.2868 0.7191 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282979 2 0.7249 0.3644 0.000 0.540 0.260 0.200
#> GSM282998 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283013 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283017 3 0.0336 0.7657 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283018 3 0.4898 0.1951 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM283025 4 0.0469 0.8199 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM283028 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283032 2 0.7467 0.4178 0.412 0.468 0.096 0.024
#> GSM283037 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283040 3 0.0188 0.7657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283042 3 0.4483 0.3701 0.000 0.284 0.712 0.004
#> GSM283045 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283048 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283052 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283054 4 0.0469 0.8199 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282980 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.7677 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0469 0.8199 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282997 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283012 1 0.4888 0.8393 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM283027 4 0.0592 0.8205 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM283031 3 0.0188 0.7672 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283039 3 0.0188 0.7657 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283044 4 0.4164 0.5821 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM283047 4 0.0817 0.8169 0.000 0.000 0.024 0.976
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.3809 0.5528 0.000 0.736 0.256 0.000 0.008
#> GSM282856 2 0.6054 0.2842 0.000 0.548 0.148 0.000 0.304
#> GSM282857 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.5953 0.1602 0.000 0.540 0.000 0.124 0.336
#> GSM282861 2 0.4880 0.4004 0.000 0.664 0.028 0.012 0.296
#> GSM282862 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282864 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282869 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282870 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282871 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282872 3 0.4371 0.6081 0.012 0.000 0.708 0.012 0.268
#> GSM282904 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282913 2 0.3728 0.5427 0.000 0.748 0.008 0.244 0.000
#> GSM282915 3 0.6586 0.2149 0.000 0.240 0.500 0.004 0.256
#> GSM282921 3 0.5752 0.2947 0.092 0.000 0.524 0.384 0.000
#> GSM282927 3 0.5289 0.1357 0.000 0.040 0.528 0.428 0.004
#> GSM282873 3 0.5486 0.6218 0.096 0.000 0.640 0.004 0.260
#> GSM282874 4 0.3718 0.6976 0.000 0.196 0.016 0.784 0.004
#> GSM282875 5 0.4219 0.3199 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM282905 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282914 1 0.1012 0.9213 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> GSM282918 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM282876 2 0.5831 0.2095 0.096 0.496 0.408 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.3857 0.5576 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.3508 0.6207 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 2 0.5836 0.1947 0.096 0.492 0.412 0.000 0.000
#> GSM282882 3 0.4415 0.3483 0.444 0.000 0.552 0.004 0.000
#> GSM282883 2 0.0510 0.7539 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.2361 0.8546 0.096 0.000 0.892 0.012 0.000
#> GSM282885 2 0.0510 0.7539 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282886 2 0.4235 0.4181 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM282887 2 0.5644 0.3962 0.096 0.576 0.328 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.4876 0.4089 0.028 0.576 0.396 0.000 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.2249 0.8557 0.096 0.000 0.896 0.008 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282903 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282909 3 0.1608 0.8611 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.4101 0.5049 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> GSM282920 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM282924 4 0.4298 0.4619 0.000 0.000 0.352 0.640 0.008
#> GSM282891 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.1043 0.8622 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282894 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.1270 0.8637 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.1792 0.8614 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.3424 0.6725 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM282901 3 0.0703 0.8597 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0510 0.8578 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.3003 0.6177 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM282916 3 0.1792 0.8614 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282923 3 0.0703 0.8597 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM282917 3 0.5701 0.5450 0.000 0.024 0.644 0.076 0.256
#> GSM282922 4 0.3305 0.6598 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM282926 4 0.2054 0.8300 0.000 0.052 0.028 0.920 0.000
#> GSM282925 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282935 4 0.0451 0.8691 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM282938 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 3 0.7032 0.1333 0.252 0.328 0.408 0.012 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.3837 0.4738 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM282947 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282948 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282949 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282950 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282951 5 0.4235 0.2338 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM282952 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282953 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282955 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.3336 0.6507 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM282959 2 0.0162 0.7551 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282966 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282968 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282974 4 0.3109 0.7024 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.3241 0.7415 0.000 0.024 0.144 0.832 0.000
#> GSM282957 4 0.0451 0.8684 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM282958 4 0.8079 0.2189 0.000 0.252 0.172 0.424 0.152
#> GSM282960 3 0.4796 0.5688 0.000 0.152 0.728 0.000 0.120
#> GSM282971 5 0.3949 0.4989 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM283015 3 0.2464 0.8536 0.096 0.000 0.888 0.016 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.1792 0.7340 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.4171 0.4488 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.4210 0.4403 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0404 0.7548 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.1043 0.7469 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0404 0.7548 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.5128 0.5292 0.076 0.656 0.268 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.3039 0.7129 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.3424 0.5938 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.3242 0.7442 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.1809 0.8340 0.000 0.012 0.060 0.928 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0703 0.8597 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM282983 3 0.4268 -0.1013 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> GSM282985 2 0.4297 0.3193 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM283000 2 0.4249 0.4038 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0162 0.8509 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.1608 0.8629 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0703 0.8597 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM283008 3 0.1792 0.8614 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM283009 3 0.1792 0.8614 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM283010 3 0.3366 0.6603 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM283011 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.1043 0.8622 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM283034 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.1197 0.8623 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.3906 0.5428 0.704 0.000 0.004 0.292 0.000
#> GSM282929 4 0.0404 0.8671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282933 4 0.0794 0.8573 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.6637 0.0862 0.000 0.424 0.228 0.000 0.348
#> GSM282945 2 0.6828 0.1058 0.000 0.424 0.376 0.012 0.188
#> GSM282954 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282961 3 0.3656 0.6921 0.000 0.032 0.800 0.000 0.168
#> GSM282964 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 2 0.4321 0.2309 0.000 0.600 0.000 0.004 0.396
#> GSM282967 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 5 0.4171 0.3698 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM282970 4 0.4291 0.0111 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM282972 5 0.3913 0.5107 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM282973 2 0.8116 0.0307 0.096 0.328 0.308 0.000 0.268
#> GSM282975 4 0.6717 0.4045 0.000 0.176 0.264 0.536 0.024
#> GSM282996 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 4 0.5684 0.2241 0.096 0.000 0.340 0.564 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.2077 0.8610 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283033 5 0.0000 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283035 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 3 0.5600 0.4346 0.096 0.000 0.588 0.316 0.000
#> GSM283056 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 4 0.4201 0.3294 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.7565 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.1544 0.7377 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.4435 0.5048 0.000 0.648 0.336 0.016 0.000
#> GSM282998 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.0794 0.8491 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 5 0.3242 0.6872 0.000 0.000 0.172 0.012 0.816
#> GSM283037 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 3 0.2361 0.8546 0.096 0.000 0.892 0.012 0.000
#> GSM283042 3 0.1942 0.8627 0.068 0.000 0.920 0.012 0.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 3 0.1965 0.8571 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8526 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0703 0.8597 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.8747 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.1892 0.8620 0.080 0.000 0.916 0.004 0.000
#> GSM283039 3 0.2361 0.8546 0.096 0.000 0.892 0.012 0.000
#> GSM283044 4 0.3366 0.6848 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> GSM283047 4 0.0162 0.8728 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.3187 0.6034 0.000 0.796 0.188 0.000 0.012 0.004
#> GSM282856 2 0.5305 0.2753 0.000 0.564 0.108 0.000 0.324 0.004
#> GSM282857 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282858 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282859 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282860 2 0.5468 0.2570 0.000 0.564 0.000 0.140 0.292 0.004
#> GSM282861 2 0.5007 0.4167 0.000 0.652 0.024 0.052 0.268 0.004
#> GSM282862 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282863 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282864 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282870 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282871 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 3 0.4154 0.4979 0.000 0.000 0.676 0.016 0.296 0.012
#> GSM282904 1 0.3266 0.7575 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM282910 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282913 2 0.3488 0.5088 0.000 0.744 0.008 0.244 0.000 0.004
#> GSM282915 3 0.6158 0.0234 0.000 0.288 0.420 0.000 0.288 0.004
#> GSM282921 4 0.6053 -0.0611 0.000 0.000 0.320 0.408 0.000 0.272
#> GSM282927 4 0.5139 0.1357 0.000 0.060 0.424 0.508 0.004 0.004
#> GSM282873 6 0.0291 0.4066 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM282874 6 0.3543 0.7381 0.000 0.004 0.000 0.272 0.004 0.720
#> GSM282875 6 0.3426 0.5389 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276 0.720
#> GSM282905 6 0.3309 0.7305 0.000 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282914 1 0.4996 0.6755 0.640 0.000 0.020 0.064 0.000 0.276
#> GSM282918 3 0.3266 0.7209 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM282876 2 0.5974 0.1320 0.000 0.448 0.276 0.000 0.000 0.276
#> GSM282877 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.3446 0.5699 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.3221 0.6061 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 2 0.5939 0.1626 0.000 0.460 0.264 0.000 0.000 0.276
#> GSM282882 3 0.6014 0.3518 0.248 0.000 0.472 0.004 0.000 0.276
#> GSM282883 2 0.0458 0.7540 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.4495 0.6843 0.000 0.000 0.660 0.064 0.000 0.276
#> GSM282885 2 0.0458 0.7540 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 2 0.3828 0.3876 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> GSM282887 2 0.5477 0.3851 0.000 0.556 0.168 0.000 0.000 0.276
#> GSM282888 2 0.4726 0.3355 0.000 0.536 0.424 0.008 0.000 0.032
#> GSM282889 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.4087 0.7031 0.000 0.000 0.688 0.036 0.000 0.276
#> GSM282902 2 0.0291 0.7552 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM282903 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282909 3 0.2697 0.7626 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM282912 2 0.3756 0.4599 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> GSM282920 3 0.3266 0.7231 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM282924 4 0.3725 0.4073 0.000 0.000 0.316 0.676 0.008 0.000
#> GSM282891 1 0.3288 0.7548 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM282892 3 0.1075 0.7989 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM282893 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282894 3 0.3288 0.7199 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM282895 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.2762 0.7609 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM282897 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.1714 0.7978 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM282900 4 0.2664 0.6339 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM282901 3 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282906 3 0.0458 0.7942 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282908 1 0.3266 0.7575 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM282911 3 0.2178 0.6696 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> GSM282916 3 0.1714 0.7978 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM282919 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282923 3 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282917 3 0.6117 0.3271 0.000 0.044 0.556 0.152 0.248 0.000
#> GSM282922 4 0.2562 0.6171 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM282926 4 0.1983 0.7410 0.000 0.072 0.020 0.908 0.000 0.000
#> GSM282925 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282935 4 0.1549 0.7608 0.000 0.044 0.020 0.936 0.000 0.000
#> GSM282938 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282940 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282941 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282943 3 0.8284 0.1606 0.148 0.172 0.336 0.064 0.000 0.280
#> GSM282944 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282946 2 0.3314 0.5405 0.000 0.740 0.256 0.000 0.000 0.004
#> GSM282947 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 5 0.3966 0.1763 0.000 0.444 0.000 0.000 0.552 0.004
#> GSM282952 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 1 0.0713 0.7453 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM282959 2 0.0291 0.7552 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282966 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 4 0.2793 0.5766 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.3266 0.7575 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM283024 3 0.3288 0.7199 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM283041 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.2984 0.6749 0.000 0.044 0.104 0.848 0.000 0.004
#> GSM282957 6 0.3426 0.7355 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004 0.720
#> GSM282958 6 0.3543 0.7381 0.000 0.004 0.000 0.272 0.004 0.720
#> GSM282960 3 0.4569 0.5006 0.000 0.156 0.700 0.000 0.144 0.000
#> GSM282971 6 0.3426 0.5389 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276 0.720
#> GSM283015 3 0.4495 0.6843 0.000 0.000 0.660 0.064 0.000 0.276
#> GSM282962 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.1765 0.7218 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.3782 0.4214 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.3797 0.4275 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0363 0.7551 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.1007 0.7435 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0363 0.7551 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.5022 0.5236 0.000 0.640 0.204 0.000 0.000 0.156
#> GSM282993 4 0.2730 0.5893 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.5587 0.4967 0.540 0.000 0.188 0.000 0.000 0.272
#> GSM283023 3 0.3876 0.7001 0.024 0.000 0.700 0.000 0.000 0.276
#> GSM282931 4 0.2571 0.7109 0.000 0.064 0.060 0.876 0.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0146 0.7566 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282981 3 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282983 3 0.3797 -0.0310 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> GSM282985 3 0.3860 -0.2005 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM283000 2 0.3847 0.3574 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000 0.000
#> GSM283001 1 0.3288 0.7548 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM283002 3 0.0146 0.7883 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.1610 0.7995 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM283005 3 0.3221 0.7285 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM283006 3 0.3288 0.7199 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM283007 3 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM283008 3 0.1714 0.7978 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM283009 3 0.1714 0.7978 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM283010 3 0.3330 0.5114 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> GSM283011 3 0.3288 0.7199 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM283022 3 0.1075 0.7989 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM283034 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283049 3 0.1387 0.7989 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM283051 1 0.5237 0.6293 0.600 0.000 0.004 0.120 0.000 0.276
#> GSM282929 4 0.2191 0.7016 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM282933 4 0.0713 0.7926 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.5956 0.0652 0.000 0.444 0.192 0.000 0.360 0.004
#> GSM282945 2 0.6661 0.0923 0.000 0.444 0.356 0.064 0.132 0.004
#> GSM282954 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 3 0.3424 0.6420 0.000 0.036 0.800 0.000 0.160 0.004
#> GSM282964 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.3872 0.2467 0.000 0.604 0.000 0.000 0.392 0.004
#> GSM282967 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282969 5 0.3717 0.2428 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM282970 4 0.3847 0.0890 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM282972 5 0.3499 0.3773 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM282973 5 0.7631 -0.1288 0.000 0.172 0.256 0.000 0.296 0.276
#> GSM282975 4 0.5771 0.3485 0.000 0.176 0.188 0.608 0.024 0.004
#> GSM282996 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 4 0.5422 0.2189 0.000 0.000 0.160 0.564 0.000 0.276
#> GSM283014 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.2726 0.7893 0.000 0.000 0.856 0.032 0.000 0.112
#> GSM283026 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283033 5 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283035 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283036 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283046 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283055 3 0.5757 0.5178 0.000 0.004 0.528 0.192 0.000 0.276
#> GSM283056 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282928 4 0.3915 0.2200 0.000 0.412 0.000 0.584 0.000 0.004
#> GSM282930 2 0.0000 0.7568 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.1444 0.7317 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.4118 0.4842 0.000 0.628 0.352 0.020 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283013 1 0.3266 0.7575 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM283017 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.0865 0.7824 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283032 5 0.3593 0.6007 0.000 0.004 0.132 0.064 0.800 0.000
#> GSM283037 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283040 3 0.4495 0.6843 0.000 0.000 0.660 0.064 0.000 0.276
#> GSM283042 3 0.3047 0.7770 0.000 0.004 0.848 0.064 0.000 0.084
#> GSM283045 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282980 3 0.3288 0.7199 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM282982 3 0.0000 0.7899 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282986 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.7691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.3266 0.7575 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM283027 4 0.0000 0.8131 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283031 3 0.3314 0.7291 0.000 0.000 0.740 0.004 0.000 0.256
#> GSM283039 3 0.3752 0.7594 0.000 0.000 0.772 0.064 0.000 0.164
#> GSM283044 4 0.3351 0.4771 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM283047 4 0.0146 0.8105 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> CV:pam 192 0.18409 1.93e-05 7.95e-05 2
#> CV:pam 188 0.00296 1.56e-09 4.38e-07 3
#> CV:pam 152 0.00129 3.88e-10 1.03e-09 4
#> CV:pam 168 0.01131 4.52e-08 4.84e-14 5
#> CV:pam 165 0.02372 8.55e-10 2.56e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.550 0.864 0.916 0.4169 0.548 0.548
#> 3 3 0.474 0.758 0.873 0.1916 0.792 0.676
#> 4 4 0.347 0.466 0.712 0.2270 0.732 0.520
#> 5 5 0.474 0.664 0.801 0.1046 0.744 0.417
#> 6 6 0.525 0.547 0.766 0.0986 0.884 0.664
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0376 0.947 0.004 0.996
#> GSM282856 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0376 0.947 0.004 0.996
#> GSM282858 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282859 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282860 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282861 2 0.9954 -0.103 0.460 0.540
#> GSM282862 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282863 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282864 1 0.7453 0.862 0.788 0.212
#> GSM282865 2 0.9087 0.367 0.324 0.676
#> GSM282866 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM282867 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> GSM282868 1 0.6973 0.867 0.812 0.188
#> GSM282869 1 0.7139 0.866 0.804 0.196
#> GSM282870 1 0.6973 0.867 0.812 0.188
#> GSM282871 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM282872 2 0.5842 0.782 0.140 0.860
#> GSM282904 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282913 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282915 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282921 1 0.9881 0.491 0.564 0.436
#> GSM282927 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282873 1 0.8608 0.767 0.716 0.284
#> GSM282874 1 0.8813 0.746 0.700 0.300
#> GSM282875 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282905 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282914 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282918 1 1.0000 0.315 0.500 0.500
#> GSM282876 2 0.1843 0.940 0.028 0.972
#> GSM282877 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282878 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282879 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282880 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282881 2 0.2236 0.934 0.036 0.964
#> GSM282882 1 0.6247 0.757 0.844 0.156
#> GSM282883 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282884 1 0.9732 0.299 0.596 0.404
#> GSM282885 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282886 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282887 2 0.7139 0.734 0.196 0.804
#> GSM282888 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282889 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282890 2 0.7950 0.685 0.240 0.760
#> GSM282902 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282907 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282920 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282893 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.5519 0.776 0.872 0.128
#> GSM282895 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.0938 0.941 0.012 0.988
#> GSM282897 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282899 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282900 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282901 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282906 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282916 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282919 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282917 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282922 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282926 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282925 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282935 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282941 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282943 1 0.5946 0.777 0.856 0.144
#> GSM282944 2 0.1414 0.943 0.020 0.980
#> GSM282946 2 0.0672 0.946 0.008 0.992
#> GSM282947 2 0.8608 0.483 0.284 0.716
#> GSM282948 1 0.8016 0.836 0.756 0.244
#> GSM282949 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM282950 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM282951 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.8144 0.572 0.252 0.748
#> GSM282953 2 0.2043 0.924 0.032 0.968
#> GSM282955 1 0.6973 0.867 0.812 0.188
#> GSM282956 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282966 1 0.7453 0.862 0.788 0.212
#> GSM282968 1 0.8207 0.824 0.744 0.256
#> GSM282974 2 0.9358 0.339 0.352 0.648
#> GSM283016 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283024 2 0.6247 0.795 0.156 0.844
#> GSM283041 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282957 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282958 2 0.9170 0.397 0.332 0.668
#> GSM282960 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282971 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM283015 1 0.8016 0.821 0.756 0.244
#> GSM282962 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282963 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282977 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282978 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282987 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282988 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282989 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282990 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282991 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282992 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282993 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282994 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282995 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM283020 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283023 2 0.3114 0.903 0.056 0.944
#> GSM282931 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282981 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282983 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283004 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM283005 2 0.0376 0.946 0.004 0.996
#> GSM283006 2 0.3431 0.898 0.064 0.936
#> GSM283007 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283008 2 0.8909 0.415 0.308 0.692
#> GSM283009 2 0.4022 0.869 0.080 0.920
#> GSM283010 2 0.8327 0.536 0.264 0.736
#> GSM283011 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283022 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283034 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM283049 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282929 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282933 1 0.7453 0.862 0.788 0.212
#> GSM282936 1 0.5842 0.860 0.860 0.140
#> GSM282937 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.1843 0.941 0.028 0.972
#> GSM282945 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282954 1 0.8713 0.780 0.708 0.292
#> GSM282961 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282964 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282965 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282967 1 0.7453 0.862 0.788 0.212
#> GSM282969 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282970 1 0.7219 0.866 0.800 0.200
#> GSM282972 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282973 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282975 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282996 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282999 2 0.4161 0.867 0.084 0.916
#> GSM283014 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283019 2 0.4562 0.864 0.096 0.904
#> GSM283026 1 0.7674 0.853 0.776 0.224
#> GSM283029 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283030 2 0.0376 0.946 0.004 0.996
#> GSM283033 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM283035 1 0.8661 0.785 0.712 0.288
#> GSM283036 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283046 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283055 2 0.0376 0.947 0.004 0.996
#> GSM283056 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM282928 2 0.9170 0.410 0.332 0.668
#> GSM282930 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282932 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282979 2 0.1633 0.942 0.024 0.976
#> GSM282998 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM283013 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283018 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283025 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM283028 2 0.7056 0.700 0.192 0.808
#> GSM283032 1 0.9993 0.382 0.516 0.484
#> GSM283037 1 0.9944 0.438 0.544 0.456
#> GSM283040 2 0.6247 0.803 0.156 0.844
#> GSM283042 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283045 1 0.8016 0.835 0.756 0.244
#> GSM283048 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283052 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283054 1 0.6887 0.867 0.816 0.184
#> GSM282980 2 0.4939 0.868 0.108 0.892
#> GSM282982 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282984 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM282986 1 0.7376 0.864 0.792 0.208
#> GSM282997 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.818 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283039 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.948 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.3686 0.814 0.000 0.140 0.860
#> GSM282856 3 0.2711 0.835 0.000 0.088 0.912
#> GSM282857 3 0.4555 0.788 0.000 0.200 0.800
#> GSM282858 3 0.4654 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM282859 3 0.4682 0.790 0.004 0.192 0.804
#> GSM282860 2 0.2846 0.731 0.020 0.924 0.056
#> GSM282861 2 0.3610 0.727 0.016 0.888 0.096
#> GSM282862 3 0.4883 0.781 0.004 0.208 0.788
#> GSM282863 3 0.4555 0.787 0.000 0.200 0.800
#> GSM282864 2 0.2173 0.742 0.008 0.944 0.048
#> GSM282865 2 0.3295 0.753 0.008 0.896 0.096
#> GSM282866 2 0.3375 0.762 0.008 0.892 0.100
#> GSM282867 2 0.1711 0.724 0.008 0.960 0.032
#> GSM282868 2 0.1015 0.712 0.008 0.980 0.012
#> GSM282869 2 0.6895 0.715 0.072 0.716 0.212
#> GSM282870 2 0.4799 0.744 0.032 0.836 0.132
#> GSM282871 2 0.2280 0.745 0.008 0.940 0.052
#> GSM282872 3 0.2173 0.830 0.008 0.048 0.944
#> GSM282904 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM282910 3 0.4452 0.790 0.000 0.192 0.808
#> GSM282913 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282915 3 0.2356 0.840 0.000 0.072 0.928
#> GSM282921 3 0.7021 -0.251 0.020 0.436 0.544
#> GSM282927 3 0.0747 0.849 0.000 0.016 0.984
#> GSM282873 3 0.7152 0.363 0.024 0.444 0.532
#> GSM282874 2 0.2492 0.730 0.016 0.936 0.048
#> GSM282875 2 0.1289 0.689 0.032 0.968 0.000
#> GSM282905 2 0.4121 0.751 0.024 0.868 0.108
#> GSM282914 1 0.5220 0.631 0.780 0.012 0.208
#> GSM282918 3 0.2703 0.820 0.016 0.056 0.928
#> GSM282876 3 0.4555 0.788 0.000 0.200 0.800
#> GSM282877 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282878 3 0.5061 0.780 0.008 0.208 0.784
#> GSM282879 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282880 3 0.6140 0.472 0.000 0.404 0.596
#> GSM282881 3 0.4555 0.788 0.000 0.200 0.800
#> GSM282882 3 0.7056 0.370 0.404 0.024 0.572
#> GSM282883 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282884 3 0.6195 0.634 0.276 0.020 0.704
#> GSM282885 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282886 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282887 3 0.5852 0.745 0.180 0.044 0.776
#> GSM282888 3 0.4931 0.785 0.004 0.212 0.784
#> GSM282889 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282890 3 0.5305 0.741 0.192 0.020 0.788
#> GSM282902 3 0.1647 0.851 0.004 0.036 0.960
#> GSM282903 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 3 0.1643 0.847 0.000 0.044 0.956
#> GSM282920 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM282924 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0592 0.923 0.988 0.012 0.000
#> GSM282892 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM282893 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 3 0.6627 0.532 0.336 0.020 0.644
#> GSM282895 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.2063 0.843 0.008 0.044 0.948
#> GSM282897 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0747 0.849 0.000 0.016 0.984
#> GSM282900 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM282901 3 0.0237 0.852 0.000 0.004 0.996
#> GSM282906 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0661 0.923 0.988 0.008 0.004
#> GSM282911 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0747 0.849 0.000 0.016 0.984
#> GSM282919 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.0592 0.851 0.000 0.012 0.988
#> GSM282917 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM282926 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM282925 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM282935 3 0.1950 0.831 0.008 0.040 0.952
#> GSM282938 3 0.0848 0.850 0.008 0.008 0.984
#> GSM282940 3 0.4605 0.783 0.000 0.204 0.796
#> GSM282941 3 0.4834 0.783 0.004 0.204 0.792
#> GSM282943 3 0.6501 0.568 0.316 0.020 0.664
#> GSM282944 3 0.4605 0.784 0.000 0.204 0.796
#> GSM282946 3 0.3192 0.826 0.000 0.112 0.888
#> GSM282947 2 0.5928 0.724 0.008 0.696 0.296
#> GSM282948 2 0.4353 0.763 0.008 0.836 0.156
#> GSM282949 2 0.3375 0.762 0.008 0.892 0.100
#> GSM282950 2 0.4099 0.761 0.008 0.852 0.140
#> GSM282951 3 0.4504 0.789 0.000 0.196 0.804
#> GSM282952 2 0.6669 -0.078 0.008 0.524 0.468
#> GSM282953 3 0.2537 0.827 0.000 0.080 0.920
#> GSM282955 2 0.2584 0.751 0.008 0.928 0.064
#> GSM282956 1 0.4452 0.741 0.808 0.192 0.000
#> GSM282959 3 0.4654 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM282966 2 0.5774 0.737 0.020 0.748 0.232
#> GSM282968 2 0.2063 0.737 0.008 0.948 0.044
#> GSM282974 2 0.6169 0.380 0.004 0.636 0.360
#> GSM283016 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283021 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283024 3 0.0829 0.852 0.004 0.012 0.984
#> GSM283041 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283043 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.1636 0.715 0.020 0.964 0.016
#> GSM282958 2 0.2955 0.723 0.008 0.912 0.080
#> GSM282960 3 0.4654 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM282971 2 0.1031 0.696 0.024 0.976 0.000
#> GSM283015 3 0.2056 0.836 0.024 0.024 0.952
#> GSM282962 3 0.4834 0.783 0.004 0.204 0.792
#> GSM282963 3 0.4654 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM282977 3 0.4605 0.783 0.000 0.204 0.796
#> GSM282978 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282987 3 0.4605 0.783 0.000 0.204 0.796
#> GSM282988 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282989 3 0.4750 0.776 0.000 0.216 0.784
#> GSM282990 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282991 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282992 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282993 2 0.4682 0.667 0.004 0.804 0.192
#> GSM282994 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282995 3 0.4883 0.781 0.004 0.208 0.788
#> GSM283020 1 0.1751 0.895 0.960 0.012 0.028
#> GSM283023 3 0.0829 0.851 0.004 0.012 0.984
#> GSM282931 3 0.2955 0.797 0.008 0.080 0.912
#> GSM282939 3 0.4784 0.784 0.004 0.200 0.796
#> GSM282981 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.0237 0.853 0.000 0.004 0.996
#> GSM282985 3 0.0475 0.852 0.004 0.004 0.992
#> GSM283000 3 0.0237 0.852 0.004 0.000 0.996
#> GSM283001 1 0.6075 0.438 0.676 0.008 0.316
#> GSM283002 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.2537 0.838 0.000 0.080 0.920
#> GSM283005 3 0.0592 0.851 0.000 0.012 0.988
#> GSM283006 3 0.0747 0.849 0.000 0.016 0.984
#> GSM283007 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.2269 0.830 0.016 0.040 0.944
#> GSM283009 3 0.1337 0.847 0.012 0.016 0.972
#> GSM283010 3 0.1751 0.840 0.012 0.028 0.960
#> GSM283011 3 0.0592 0.851 0.000 0.012 0.988
#> GSM283022 3 0.0592 0.851 0.000 0.012 0.988
#> GSM283034 2 0.5109 0.729 0.008 0.780 0.212
#> GSM283049 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.4228 0.733 0.844 0.008 0.148
#> GSM282929 2 0.3120 0.727 0.012 0.908 0.080
#> GSM282933 3 0.5480 0.466 0.004 0.264 0.732
#> GSM282936 2 0.7885 0.658 0.072 0.592 0.336
#> GSM282937 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM282942 3 0.4531 0.807 0.008 0.168 0.824
#> GSM282945 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.5109 0.742 0.008 0.780 0.212
#> GSM282961 3 0.3267 0.824 0.000 0.116 0.884
#> GSM282964 2 0.6451 0.643 0.008 0.608 0.384
#> GSM282965 3 0.1031 0.851 0.000 0.024 0.976
#> GSM282967 2 0.5864 0.709 0.008 0.704 0.288
#> GSM282969 2 0.5635 0.721 0.036 0.784 0.180
#> GSM282970 2 0.5940 0.708 0.036 0.760 0.204
#> GSM282972 2 0.1636 0.715 0.020 0.964 0.016
#> GSM282973 3 0.4605 0.784 0.000 0.204 0.796
#> GSM282975 3 0.4784 0.784 0.004 0.200 0.796
#> GSM282996 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM282999 3 0.1585 0.843 0.008 0.028 0.964
#> GSM283014 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283019 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM283026 2 0.6432 0.562 0.004 0.568 0.428
#> GSM283029 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283030 3 0.1129 0.848 0.004 0.020 0.976
#> GSM283033 2 0.5109 0.733 0.008 0.780 0.212
#> GSM283035 3 0.6476 -0.240 0.004 0.448 0.548
#> GSM283036 3 0.0237 0.852 0.000 0.004 0.996
#> GSM283038 3 0.4413 0.685 0.008 0.160 0.832
#> GSM283046 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM283050 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283053 3 0.3375 0.777 0.008 0.100 0.892
#> GSM283055 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM283056 2 0.6282 0.642 0.004 0.612 0.384
#> GSM282928 2 0.5873 0.483 0.004 0.684 0.312
#> GSM282930 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282932 3 0.0237 0.852 0.000 0.004 0.996
#> GSM282934 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM282976 3 0.4555 0.785 0.000 0.200 0.800
#> GSM282979 3 0.4963 0.783 0.008 0.200 0.792
#> GSM282998 2 0.6282 0.642 0.004 0.612 0.384
#> GSM283013 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.6282 0.642 0.004 0.612 0.384
#> GSM283028 3 0.6625 -0.223 0.008 0.440 0.552
#> GSM283032 3 0.3454 0.776 0.008 0.104 0.888
#> GSM283037 3 0.6682 -0.374 0.008 0.488 0.504
#> GSM283040 3 0.1129 0.847 0.004 0.020 0.976
#> GSM283042 3 0.0237 0.852 0.000 0.004 0.996
#> GSM283045 3 0.6633 -0.236 0.008 0.444 0.548
#> GSM283048 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM283052 3 0.1267 0.846 0.004 0.024 0.972
#> GSM283054 2 0.7050 0.653 0.028 0.600 0.372
#> GSM282980 3 0.1315 0.846 0.008 0.020 0.972
#> GSM282982 3 0.0237 0.852 0.000 0.004 0.996
#> GSM282984 3 0.0237 0.852 0.000 0.004 0.996
#> GSM282986 2 0.5826 0.709 0.032 0.764 0.204
#> GSM282997 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283012 1 0.0424 0.926 0.992 0.008 0.000
#> GSM283027 3 0.2280 0.822 0.008 0.052 0.940
#> GSM283031 3 0.0592 0.851 0.000 0.012 0.988
#> GSM283039 3 0.0983 0.849 0.004 0.016 0.980
#> GSM283044 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 3 0.0000 0.852 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.6323 0.4456 0.000 0.500 0.440 0.060
#> GSM282856 2 0.5696 0.3030 0.000 0.496 0.480 0.024
#> GSM282857 2 0.6602 0.4961 0.000 0.552 0.356 0.092
#> GSM282858 2 0.5269 0.5192 0.000 0.620 0.364 0.016
#> GSM282859 2 0.6367 0.4961 0.000 0.540 0.392 0.068
#> GSM282860 4 0.6998 0.4021 0.000 0.416 0.116 0.468
#> GSM282861 2 0.7659 0.2176 0.000 0.444 0.224 0.332
#> GSM282862 2 0.6264 0.5053 0.000 0.560 0.376 0.064
#> GSM282863 2 0.6240 0.5081 0.000 0.568 0.368 0.064
#> GSM282864 4 0.3626 0.7238 0.000 0.184 0.004 0.812
#> GSM282865 2 0.7345 0.2776 0.000 0.484 0.168 0.348
#> GSM282866 4 0.4244 0.7359 0.000 0.168 0.032 0.800
#> GSM282867 4 0.3486 0.7156 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM282868 4 0.3400 0.7160 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM282869 4 0.4638 0.6823 0.000 0.044 0.180 0.776
#> GSM282870 4 0.4535 0.7271 0.000 0.084 0.112 0.804
#> GSM282871 4 0.3764 0.7270 0.000 0.172 0.012 0.816
#> GSM282872 3 0.5039 0.1018 0.000 0.404 0.592 0.004
#> GSM282904 1 0.0336 0.9552 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.6376 0.4957 0.000 0.536 0.396 0.068
#> GSM282913 2 0.6222 0.4795 0.000 0.532 0.412 0.056
#> GSM282915 3 0.5112 -0.0437 0.000 0.436 0.560 0.004
#> GSM282921 3 0.7085 0.1411 0.000 0.232 0.568 0.200
#> GSM282927 3 0.4248 0.5234 0.000 0.220 0.768 0.012
#> GSM282873 3 0.7820 -0.3608 0.000 0.256 0.384 0.360
#> GSM282874 4 0.6798 0.3261 0.000 0.396 0.100 0.504
#> GSM282875 4 0.3837 0.6989 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM282905 4 0.4508 0.7087 0.000 0.184 0.036 0.780
#> GSM282914 1 0.2271 0.9078 0.928 0.008 0.052 0.012
#> GSM282918 3 0.2670 0.5708 0.000 0.040 0.908 0.052
#> GSM282876 3 0.3764 0.4405 0.000 0.172 0.816 0.012
#> GSM282877 2 0.5080 0.4711 0.000 0.576 0.420 0.004
#> GSM282878 2 0.4605 0.4987 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM282879 2 0.4916 0.4681 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM282880 2 0.4991 0.5059 0.000 0.608 0.388 0.004
#> GSM282881 3 0.3852 0.4226 0.000 0.180 0.808 0.012
#> GSM282882 3 0.5349 0.2570 0.336 0.008 0.644 0.012
#> GSM282883 2 0.5088 0.4637 0.000 0.572 0.424 0.004
#> GSM282884 3 0.4673 0.3839 0.232 0.008 0.748 0.012
#> GSM282885 2 0.5126 0.4375 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM282886 3 0.4103 0.3762 0.000 0.256 0.744 0.000
#> GSM282887 3 0.4825 0.4511 0.120 0.068 0.800 0.012
#> GSM282888 3 0.4776 0.1820 0.000 0.376 0.624 0.000
#> GSM282889 2 0.4855 0.4932 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM282890 3 0.4114 0.4601 0.164 0.008 0.812 0.016
#> GSM282902 2 0.6434 0.3874 0.000 0.500 0.432 0.068
#> GSM282903 3 0.1716 0.6367 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282907 3 0.2868 0.5984 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM282909 3 0.1004 0.6375 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM282912 3 0.5498 -0.0135 0.000 0.404 0.576 0.020
#> GSM282920 3 0.1406 0.6323 0.000 0.024 0.960 0.016
#> GSM282924 3 0.5050 0.0959 0.000 0.408 0.588 0.004
#> GSM282891 1 0.1229 0.9410 0.968 0.008 0.020 0.004
#> GSM282892 3 0.1792 0.6366 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM282893 3 0.1978 0.6366 0.000 0.068 0.928 0.004
#> GSM282894 3 0.5172 0.3207 0.284 0.008 0.692 0.016
#> GSM282895 3 0.4713 0.1963 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM282896 3 0.5546 0.3849 0.000 0.292 0.664 0.044
#> GSM282897 3 0.4643 0.2364 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM282898 3 0.1209 0.6383 0.000 0.032 0.964 0.004
#> GSM282899 3 0.0657 0.6354 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM282900 3 0.4991 0.1463 0.000 0.388 0.608 0.004
#> GSM282901 3 0.1211 0.6379 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM282906 3 0.0921 0.6378 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282908 1 0.0469 0.9464 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282911 3 0.2921 0.5949 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM282916 3 0.0524 0.6341 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM282919 3 0.4406 0.3513 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.6313 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282917 3 0.3975 0.4731 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM282922 3 0.3450 0.5922 0.000 0.156 0.836 0.008
#> GSM282926 3 0.3688 0.5342 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM282925 3 0.3791 0.5463 0.000 0.200 0.796 0.004
#> GSM282935 3 0.6187 -0.1085 0.000 0.432 0.516 0.052
#> GSM282938 3 0.5388 -0.0140 0.000 0.456 0.532 0.012
#> GSM282940 2 0.6357 0.5028 0.000 0.544 0.388 0.068
#> GSM282941 2 0.6306 0.4976 0.000 0.544 0.392 0.064
#> GSM282943 3 0.4318 0.4173 0.208 0.004 0.776 0.012
#> GSM282944 2 0.6453 0.5053 0.000 0.560 0.360 0.080
#> GSM282946 3 0.4248 0.4881 0.000 0.220 0.768 0.012
#> GSM282947 2 0.7414 0.3075 0.000 0.480 0.340 0.180
#> GSM282948 4 0.6394 0.6478 0.000 0.244 0.120 0.636
#> GSM282949 4 0.4378 0.7379 0.000 0.164 0.040 0.796
#> GSM282950 4 0.5222 0.7347 0.000 0.132 0.112 0.756
#> GSM282951 2 0.6599 0.5016 0.000 0.564 0.340 0.096
#> GSM282952 2 0.7023 0.4139 0.000 0.564 0.164 0.272
#> GSM282953 3 0.6395 -0.1797 0.000 0.464 0.472 0.064
#> GSM282955 4 0.3925 0.7293 0.000 0.176 0.016 0.808
#> GSM282956 1 0.3907 0.6884 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM282959 2 0.5527 0.5043 0.000 0.616 0.356 0.028
#> GSM282966 4 0.6516 0.4943 0.000 0.100 0.308 0.592
#> GSM282968 4 0.3486 0.7176 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM282974 2 0.7117 0.1714 0.000 0.556 0.180 0.264
#> GSM283016 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0336 0.9552 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.1114 0.6208 0.004 0.008 0.972 0.016
#> GSM283041 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.5004 0.1359 0.000 0.392 0.604 0.004
#> GSM282957 4 0.4819 0.6640 0.000 0.344 0.004 0.652
#> GSM282958 2 0.7054 0.2653 0.000 0.536 0.144 0.320
#> GSM282960 2 0.6079 0.5069 0.000 0.568 0.380 0.052
#> GSM282971 4 0.3975 0.7016 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM283015 3 0.1174 0.6275 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM282962 2 0.5004 0.5004 0.000 0.604 0.392 0.004
#> GSM282963 2 0.5300 0.4646 0.000 0.580 0.408 0.012
#> GSM282977 2 0.5119 0.4429 0.000 0.556 0.440 0.004
#> GSM282978 3 0.4978 0.1330 0.000 0.384 0.612 0.004
#> GSM282987 2 0.5028 0.4892 0.000 0.596 0.400 0.004
#> GSM282988 2 0.5126 0.4368 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM282989 2 0.5558 0.5073 0.000 0.640 0.324 0.036
#> GSM282990 2 0.5119 0.4428 0.000 0.556 0.440 0.004
#> GSM282991 2 0.5080 0.4711 0.000 0.576 0.420 0.004
#> GSM282992 2 0.4877 0.4826 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM282993 2 0.4792 -0.4672 0.000 0.680 0.008 0.312
#> GSM282994 2 0.5112 0.4484 0.000 0.560 0.436 0.004
#> GSM282995 2 0.4817 0.5025 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM283020 1 0.3351 0.8228 0.844 0.008 0.148 0.000
#> GSM283023 3 0.0927 0.6229 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM282931 2 0.5337 0.1647 0.000 0.564 0.424 0.012
#> GSM282939 2 0.6315 0.4971 0.000 0.540 0.396 0.064
#> GSM282981 3 0.2408 0.6186 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282983 3 0.4936 0.1662 0.000 0.372 0.624 0.004
#> GSM282985 3 0.5050 0.0959 0.000 0.408 0.588 0.004
#> GSM283000 3 0.5028 0.1123 0.000 0.400 0.596 0.004
#> GSM283001 1 0.1635 0.9230 0.948 0.008 0.044 0.000
#> GSM283002 3 0.4431 0.3419 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM283003 3 0.2345 0.6243 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM283004 3 0.3933 0.5379 0.000 0.200 0.792 0.008
#> GSM283005 3 0.0927 0.6229 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM283006 3 0.0927 0.6229 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM283007 3 0.3311 0.5602 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM283008 3 0.3196 0.6010 0.000 0.136 0.856 0.008
#> GSM283009 3 0.1059 0.6336 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM283010 3 0.5867 0.4025 0.000 0.216 0.688 0.096
#> GSM283011 3 0.0804 0.6246 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM283022 3 0.0672 0.6256 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM283034 4 0.4998 0.6775 0.000 0.052 0.200 0.748
#> GSM283049 3 0.1867 0.6354 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM283051 1 0.3494 0.8355 0.860 0.008 0.116 0.016
#> GSM282929 2 0.5936 -0.4694 0.000 0.576 0.044 0.380
#> GSM282933 2 0.7297 -0.2703 0.000 0.532 0.204 0.264
#> GSM282936 4 0.6777 0.4838 0.004 0.456 0.080 0.460
#> GSM282937 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.6347 0.4674 0.000 0.524 0.412 0.064
#> GSM282945 3 0.4964 0.1504 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM282954 4 0.7283 0.3423 0.000 0.184 0.292 0.524
#> GSM282961 3 0.3587 0.5509 0.000 0.104 0.856 0.040
#> GSM282964 4 0.6661 0.4811 0.000 0.456 0.084 0.460
#> GSM282965 3 0.5815 -0.0225 0.000 0.428 0.540 0.032
#> GSM282967 4 0.6653 0.6033 0.000 0.196 0.180 0.624
#> GSM282969 4 0.3725 0.6847 0.004 0.060 0.076 0.860
#> GSM282970 4 0.3944 0.6603 0.004 0.068 0.080 0.848
#> GSM282972 4 0.5723 0.6915 0.000 0.220 0.084 0.696
#> GSM282973 3 0.4744 0.3497 0.000 0.240 0.736 0.024
#> GSM282975 2 0.6243 0.4990 0.000 0.548 0.392 0.060
#> GSM282996 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.3377 0.5945 0.000 0.140 0.848 0.012
#> GSM283014 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.1059 0.6227 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM283026 2 0.7671 -0.0639 0.000 0.456 0.300 0.244
#> GSM283029 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.1109 0.6324 0.000 0.028 0.968 0.004
#> GSM283033 4 0.5062 0.6904 0.000 0.064 0.184 0.752
#> GSM283035 2 0.7098 -0.2164 0.000 0.564 0.192 0.244
#> GSM283036 3 0.3801 0.5179 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM283038 2 0.5636 0.1657 0.000 0.552 0.424 0.024
#> GSM283046 3 0.3219 0.5834 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.5440 0.1933 0.000 0.596 0.384 0.020
#> GSM283055 3 0.1059 0.6304 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM283056 2 0.7226 -0.4639 0.000 0.468 0.144 0.388
#> GSM282928 2 0.7748 0.3580 0.000 0.436 0.304 0.260
#> GSM282930 2 0.4991 0.5050 0.000 0.608 0.388 0.004
#> GSM282932 3 0.1902 0.6315 0.000 0.064 0.932 0.004
#> GSM282934 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.5119 0.4411 0.000 0.556 0.440 0.004
#> GSM282979 2 0.4843 0.4971 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM282998 2 0.6919 -0.3624 0.000 0.528 0.120 0.352
#> GSM283013 1 0.0188 0.9560 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.1716 0.6353 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM283018 3 0.4509 0.3954 0.000 0.288 0.708 0.004
#> GSM283025 2 0.6867 -0.4186 0.000 0.508 0.108 0.384
#> GSM283028 2 0.7117 -0.1099 0.000 0.564 0.228 0.208
#> GSM283032 3 0.7113 0.0738 0.000 0.152 0.532 0.316
#> GSM283037 2 0.7231 -0.2534 0.000 0.540 0.192 0.268
#> GSM283040 3 0.1059 0.6227 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM283042 3 0.2773 0.6139 0.000 0.116 0.880 0.004
#> GSM283045 2 0.7227 -0.1431 0.000 0.548 0.228 0.224
#> GSM283048 3 0.6113 0.2619 0.000 0.284 0.636 0.080
#> GSM283052 3 0.4353 0.5098 0.000 0.232 0.756 0.012
#> GSM283054 4 0.6777 0.4838 0.004 0.456 0.080 0.460
#> GSM282980 3 0.0779 0.6253 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM282982 3 0.0188 0.6296 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282984 3 0.0188 0.6307 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282986 4 0.6584 0.5094 0.004 0.348 0.080 0.568
#> GSM282997 1 0.0000 0.9566 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0336 0.9552 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.5478 0.1439 0.000 0.540 0.444 0.016
#> GSM283031 3 0.2773 0.6148 0.000 0.116 0.880 0.004
#> GSM283039 3 0.0188 0.6314 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283044 3 0.4877 0.1052 0.000 0.408 0.592 0.000
#> GSM283047 3 0.4855 0.1267 0.000 0.400 0.600 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.3164 0.7875 0.000 0.852 0.044 0.000 0.104
#> GSM282856 2 0.3060 0.7795 0.000 0.848 0.128 0.000 0.024
#> GSM282857 2 0.2573 0.7860 0.000 0.880 0.016 0.000 0.104
#> GSM282858 2 0.2074 0.7775 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM282859 2 0.2997 0.7761 0.000 0.840 0.012 0.000 0.148
#> GSM282860 4 0.6568 0.3043 0.000 0.276 0.012 0.528 0.184
#> GSM282861 2 0.4063 0.5785 0.000 0.708 0.012 0.000 0.280
#> GSM282862 2 0.2953 0.7762 0.000 0.844 0.012 0.000 0.144
#> GSM282863 2 0.2605 0.7746 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM282864 5 0.1043 0.7209 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM282865 2 0.4088 0.5044 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM282866 5 0.1626 0.7305 0.000 0.044 0.016 0.000 0.940
#> GSM282867 5 0.1270 0.7203 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM282868 5 0.1043 0.7193 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM282869 5 0.3289 0.6186 0.000 0.008 0.172 0.004 0.816
#> GSM282870 5 0.3123 0.6810 0.012 0.004 0.040 0.068 0.876
#> GSM282871 5 0.1124 0.7233 0.000 0.036 0.004 0.000 0.960
#> GSM282872 2 0.3544 0.7509 0.000 0.788 0.200 0.004 0.008
#> GSM282904 1 0.2648 0.8926 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.2997 0.7761 0.000 0.840 0.012 0.000 0.148
#> GSM282913 2 0.2771 0.7774 0.000 0.860 0.012 0.000 0.128
#> GSM282915 2 0.3194 0.7724 0.000 0.832 0.148 0.000 0.020
#> GSM282921 2 0.5633 0.4733 0.000 0.580 0.336 0.080 0.004
#> GSM282927 2 0.4446 0.2069 0.000 0.520 0.476 0.004 0.000
#> GSM282873 5 0.6570 0.1799 0.000 0.204 0.388 0.000 0.408
#> GSM282874 2 0.4135 0.3971 0.000 0.656 0.000 0.004 0.340
#> GSM282875 5 0.2352 0.7003 0.008 0.092 0.000 0.004 0.896
#> GSM282905 4 0.5229 0.1404 0.012 0.012 0.008 0.536 0.432
#> GSM282914 1 0.2929 0.8893 0.840 0.000 0.152 0.000 0.008
#> GSM282918 3 0.3197 0.7824 0.000 0.152 0.832 0.004 0.012
#> GSM282876 3 0.4306 0.6398 0.000 0.328 0.660 0.000 0.012
#> GSM282877 2 0.0794 0.7732 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282878 2 0.2305 0.7794 0.000 0.896 0.012 0.000 0.092
#> GSM282879 2 0.0566 0.7685 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM282880 2 0.2189 0.7788 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084
#> GSM282881 3 0.4497 0.6189 0.000 0.352 0.632 0.000 0.016
#> GSM282882 3 0.3427 0.3358 0.192 0.000 0.796 0.000 0.012
#> GSM282883 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282884 3 0.3511 0.3486 0.184 0.004 0.800 0.000 0.012
#> GSM282885 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282886 2 0.4375 -0.2967 0.000 0.576 0.420 0.000 0.004
#> GSM282887 3 0.4817 0.5540 0.052 0.204 0.728 0.000 0.016
#> GSM282888 2 0.3861 0.3580 0.000 0.712 0.284 0.000 0.004
#> GSM282889 2 0.1704 0.7782 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> GSM282890 3 0.3883 0.4405 0.160 0.028 0.800 0.000 0.012
#> GSM282902 2 0.3141 0.7785 0.000 0.832 0.016 0.000 0.152
#> GSM282903 3 0.4621 0.3942 0.000 0.412 0.576 0.004 0.008
#> GSM282907 2 0.4651 0.2126 0.000 0.560 0.428 0.004 0.008
#> GSM282909 3 0.3642 0.7360 0.000 0.232 0.760 0.000 0.008
#> GSM282912 2 0.3194 0.7727 0.000 0.832 0.148 0.000 0.020
#> GSM282920 3 0.2964 0.7852 0.000 0.152 0.840 0.004 0.004
#> GSM282924 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM282891 1 0.2890 0.8859 0.836 0.000 0.160 0.000 0.004
#> GSM282892 3 0.4025 0.6261 0.000 0.292 0.700 0.000 0.008
#> GSM282893 3 0.4165 0.6134 0.000 0.320 0.672 0.000 0.008
#> GSM282894 3 0.3328 0.3748 0.176 0.000 0.812 0.004 0.008
#> GSM282895 2 0.3318 0.7533 0.000 0.800 0.192 0.000 0.008
#> GSM282896 2 0.3724 0.7463 0.000 0.776 0.204 0.000 0.020
#> GSM282897 2 0.3511 0.7556 0.000 0.800 0.184 0.004 0.012
#> GSM282898 3 0.4201 0.5976 0.000 0.328 0.664 0.000 0.008
#> GSM282899 3 0.2806 0.7853 0.000 0.152 0.844 0.004 0.000
#> GSM282900 2 0.3910 0.6809 0.000 0.720 0.272 0.000 0.008
#> GSM282901 3 0.3402 0.7671 0.000 0.184 0.804 0.004 0.008
#> GSM282906 3 0.4111 0.6762 0.000 0.280 0.708 0.004 0.008
#> GSM282908 1 0.0324 0.9062 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM282911 2 0.4387 0.5248 0.000 0.652 0.336 0.004 0.008
#> GSM282916 3 0.2806 0.7853 0.000 0.152 0.844 0.004 0.000
#> GSM282919 2 0.3544 0.7509 0.000 0.788 0.200 0.004 0.008
#> GSM282923 3 0.2773 0.7834 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM282917 2 0.3578 0.7482 0.000 0.784 0.204 0.004 0.008
#> GSM282922 3 0.3790 0.6554 0.000 0.272 0.724 0.004 0.000
#> GSM282926 2 0.4268 0.3235 0.000 0.556 0.444 0.000 0.000
#> GSM282925 2 0.4305 0.1694 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM282935 2 0.4194 0.7768 0.000 0.788 0.128 0.004 0.080
#> GSM282938 2 0.3778 0.7562 0.000 0.788 0.188 0.012 0.012
#> GSM282940 2 0.2719 0.7756 0.000 0.852 0.004 0.000 0.144
#> GSM282941 2 0.2953 0.7762 0.000 0.844 0.012 0.000 0.144
#> GSM282943 3 0.3548 0.3544 0.188 0.004 0.796 0.000 0.012
#> GSM282944 2 0.2561 0.7747 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM282946 2 0.3967 0.6173 0.000 0.724 0.264 0.000 0.012
#> GSM282947 2 0.4083 0.7710 0.000 0.788 0.132 0.000 0.080
#> GSM282948 5 0.5739 0.3163 0.000 0.344 0.100 0.000 0.556
#> GSM282949 5 0.1725 0.7305 0.000 0.044 0.020 0.000 0.936
#> GSM282950 5 0.2900 0.6840 0.000 0.028 0.108 0.000 0.864
#> GSM282951 2 0.2605 0.7746 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM282952 2 0.4045 0.5310 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM282953 2 0.3163 0.7663 0.000 0.824 0.164 0.000 0.012
#> GSM282955 5 0.1597 0.7290 0.000 0.048 0.012 0.000 0.940
#> GSM282956 1 0.0290 0.9045 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282959 2 0.1851 0.7767 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM282966 5 0.4501 0.5990 0.000 0.128 0.116 0.000 0.756
#> GSM282968 5 0.1410 0.7201 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM282974 2 0.3920 0.7564 0.000 0.804 0.012 0.036 0.148
#> GSM283016 1 0.0290 0.9073 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.2648 0.8926 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.0854 0.6478 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> GSM283041 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM282957 5 0.6185 0.1987 0.000 0.148 0.000 0.348 0.504
#> GSM282958 2 0.3424 0.6388 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM282960 2 0.2377 0.7764 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM282971 5 0.2420 0.7009 0.008 0.088 0.000 0.008 0.896
#> GSM283015 3 0.1699 0.6739 0.008 0.036 0.944 0.004 0.008
#> GSM282962 2 0.2361 0.7791 0.000 0.892 0.012 0.000 0.096
#> GSM282963 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282977 2 0.0000 0.7671 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.0324 0.7655 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM282987 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282988 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282989 2 0.0324 0.7695 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM282990 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282991 2 0.1671 0.7777 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM282992 2 0.0404 0.7698 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.4267 0.5878 0.000 0.120 0.004 0.784 0.092
#> GSM282994 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282995 2 0.2189 0.7788 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084
#> GSM283020 1 0.4294 0.4604 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.1059 0.6593 0.000 0.020 0.968 0.004 0.008
#> GSM282931 2 0.4052 0.7610 0.000 0.784 0.176 0.024 0.016
#> GSM282939 2 0.2561 0.7747 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM282981 3 0.4651 0.2842 0.000 0.428 0.560 0.004 0.008
#> GSM282983 2 0.3475 0.7578 0.000 0.804 0.180 0.004 0.012
#> GSM282985 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM283000 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM283001 1 0.2648 0.8926 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM283002 2 0.3511 0.7556 0.000 0.800 0.184 0.004 0.012
#> GSM283003 3 0.4595 0.4101 0.000 0.400 0.588 0.004 0.008
#> GSM283004 2 0.4157 0.6730 0.000 0.716 0.264 0.000 0.020
#> GSM283005 3 0.2911 0.7762 0.000 0.136 0.852 0.004 0.008
#> GSM283006 3 0.1059 0.6593 0.000 0.020 0.968 0.004 0.008
#> GSM283007 2 0.3980 0.6631 0.000 0.708 0.284 0.000 0.008
#> GSM283008 2 0.4451 0.1411 0.000 0.504 0.492 0.004 0.000
#> GSM283009 3 0.2964 0.7852 0.000 0.152 0.840 0.004 0.004
#> GSM283010 2 0.4585 0.4344 0.000 0.592 0.396 0.004 0.008
#> GSM283011 3 0.2674 0.7810 0.000 0.140 0.856 0.000 0.004
#> GSM283022 3 0.2561 0.7834 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM283034 5 0.3246 0.6048 0.000 0.008 0.184 0.000 0.808
#> GSM283049 3 0.4621 0.3983 0.000 0.412 0.576 0.004 0.008
#> GSM283051 1 0.2890 0.8866 0.836 0.000 0.160 0.004 0.000
#> GSM282929 4 0.4883 0.5568 0.000 0.104 0.008 0.736 0.152
#> GSM282933 4 0.5906 0.4274 0.000 0.140 0.284 0.576 0.000
#> GSM282936 4 0.0451 0.6774 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.3182 0.7843 0.000 0.844 0.032 0.000 0.124
#> GSM282945 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM282954 5 0.5555 0.4589 0.000 0.204 0.152 0.000 0.644
#> GSM282961 3 0.5096 0.3202 0.000 0.444 0.520 0.000 0.036
#> GSM282964 4 0.0290 0.6804 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282965 2 0.3242 0.7632 0.000 0.816 0.172 0.000 0.012
#> GSM282967 5 0.5740 0.4389 0.000 0.216 0.164 0.000 0.620
#> GSM282969 5 0.4810 0.2839 0.012 0.000 0.008 0.400 0.580
#> GSM282970 4 0.3652 0.5279 0.012 0.000 0.004 0.784 0.200
#> GSM282972 5 0.2699 0.7005 0.000 0.100 0.012 0.008 0.880
#> GSM282973 2 0.4547 -0.2414 0.000 0.588 0.400 0.000 0.012
#> GSM282975 2 0.2818 0.7773 0.000 0.856 0.012 0.000 0.132
#> GSM282996 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.3264 0.7821 0.000 0.164 0.820 0.016 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.3001 0.7808 0.000 0.144 0.844 0.004 0.008
#> GSM283026 4 0.4404 0.5769 0.000 0.040 0.204 0.748 0.008
#> GSM283029 1 0.1270 0.9055 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.2848 0.7854 0.000 0.156 0.840 0.004 0.000
#> GSM283033 5 0.3381 0.6153 0.000 0.016 0.176 0.000 0.808
#> GSM283035 4 0.5676 0.4407 0.000 0.228 0.120 0.644 0.008
#> GSM283036 2 0.4088 0.6321 0.000 0.688 0.304 0.000 0.008
#> GSM283038 2 0.3928 0.7591 0.000 0.788 0.176 0.028 0.008
#> GSM283046 3 0.4420 0.0915 0.000 0.448 0.548 0.004 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.4336 0.7539 0.000 0.768 0.172 0.052 0.008
#> GSM283055 3 0.2964 0.7852 0.000 0.152 0.840 0.004 0.004
#> GSM283056 4 0.2228 0.6908 0.000 0.008 0.068 0.912 0.012
#> GSM282928 2 0.3265 0.7725 0.000 0.844 0.012 0.016 0.128
#> GSM282930 2 0.2248 0.7791 0.000 0.900 0.012 0.000 0.088
#> GSM282932 3 0.3544 0.7543 0.000 0.200 0.788 0.004 0.008
#> GSM282934 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0162 0.7660 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282979 2 0.2189 0.7788 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084
#> GSM282998 4 0.1197 0.6941 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM283013 1 0.2648 0.8926 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.4111 0.6611 0.000 0.280 0.708 0.004 0.008
#> GSM283018 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM283025 4 0.0794 0.6918 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM283028 4 0.6576 0.0389 0.000 0.380 0.160 0.452 0.008
#> GSM283032 2 0.4462 0.7300 0.000 0.740 0.196 0.000 0.064
#> GSM283037 4 0.2914 0.6744 0.000 0.016 0.100 0.872 0.012
#> GSM283040 3 0.1329 0.6746 0.000 0.032 0.956 0.004 0.008
#> GSM283042 3 0.3857 0.5926 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.3735 0.6431 0.000 0.048 0.132 0.816 0.004
#> GSM283048 2 0.4268 0.5643 0.000 0.648 0.344 0.000 0.008
#> GSM283052 2 0.4329 0.7191 0.000 0.740 0.224 0.028 0.008
#> GSM283054 4 0.0162 0.6782 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282980 3 0.2463 0.7462 0.000 0.100 0.888 0.004 0.008
#> GSM282982 3 0.2813 0.7813 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.2732 0.7850 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.1314 0.6836 0.012 0.000 0.016 0.960 0.012
#> GSM282997 1 0.0000 0.9068 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.2648 0.8926 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.4000 0.7604 0.000 0.788 0.172 0.028 0.012
#> GSM283031 2 0.4464 0.5251 0.000 0.632 0.356 0.004 0.008
#> GSM283039 3 0.2848 0.7853 0.000 0.156 0.840 0.004 0.000
#> GSM283044 2 0.3618 0.7533 0.000 0.788 0.196 0.004 0.012
#> GSM283047 2 0.3544 0.7509 0.000 0.788 0.200 0.004 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.2619 0.65013 0.000 0.880 0.040 0.000 0.072 0.008
#> GSM282856 2 0.3000 0.63980 0.000 0.856 0.088 0.000 0.044 0.012
#> GSM282857 2 0.2415 0.64437 0.000 0.888 0.016 0.000 0.084 0.012
#> GSM282858 2 0.2009 0.64086 0.000 0.908 0.000 0.000 0.068 0.024
#> GSM282859 2 0.4030 0.53495 0.000 0.756 0.000 0.000 0.104 0.140
#> GSM282860 4 0.6593 0.33255 0.000 0.176 0.000 0.548 0.128 0.148
#> GSM282861 2 0.3608 0.38277 0.000 0.716 0.000 0.000 0.272 0.012
#> GSM282862 2 0.4067 0.52961 0.000 0.752 0.000 0.000 0.104 0.144
#> GSM282863 2 0.2604 0.63660 0.000 0.872 0.004 0.000 0.096 0.028
#> GSM282864 5 0.2260 0.72367 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> GSM282865 2 0.3684 0.33455 0.000 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> GSM282866 5 0.2163 0.76164 0.000 0.092 0.016 0.000 0.892 0.000
#> GSM282867 5 0.2006 0.74850 0.000 0.104 0.000 0.000 0.892 0.004
#> GSM282868 5 0.1556 0.75234 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM282869 5 0.3353 0.64008 0.000 0.004 0.160 0.000 0.804 0.032
#> GSM282870 5 0.2933 0.66967 0.000 0.020 0.012 0.120 0.848 0.000
#> GSM282871 5 0.1501 0.75214 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM282872 2 0.3266 0.47712 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> GSM282904 1 0.0632 0.81230 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.2118 0.63845 0.000 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008
#> GSM282913 2 0.2425 0.64403 0.000 0.880 0.012 0.000 0.100 0.008
#> GSM282915 2 0.3883 0.54216 0.000 0.744 0.220 0.000 0.024 0.012
#> GSM282921 3 0.7339 -0.43091 0.000 0.232 0.412 0.152 0.000 0.204
#> GSM282927 3 0.5360 0.34164 0.000 0.204 0.608 0.000 0.004 0.184
#> GSM282873 3 0.6310 0.39296 0.000 0.124 0.560 0.000 0.232 0.084
#> GSM282874 2 0.4864 -0.03041 0.000 0.552 0.000 0.000 0.384 0.064
#> GSM282875 5 0.3674 0.68844 0.000 0.092 0.004 0.044 0.824 0.036
#> GSM282905 4 0.4883 0.37887 0.000 0.024 0.004 0.600 0.348 0.024
#> GSM282914 1 0.2804 0.75364 0.852 0.000 0.024 0.000 0.004 0.120
#> GSM282918 3 0.2527 0.69616 0.000 0.032 0.880 0.000 0.004 0.084
#> GSM282876 3 0.4218 0.63740 0.000 0.128 0.772 0.000 0.032 0.068
#> GSM282877 2 0.0837 0.63977 0.000 0.972 0.004 0.000 0.004 0.020
#> GSM282878 2 0.3254 0.54885 0.000 0.816 0.000 0.000 0.048 0.136
#> GSM282879 2 0.1957 0.61920 0.000 0.920 0.008 0.000 0.024 0.048
#> GSM282880 2 0.3172 0.54094 0.000 0.816 0.000 0.000 0.036 0.148
#> GSM282881 3 0.4350 0.62752 0.000 0.140 0.760 0.000 0.036 0.064
#> GSM282882 3 0.5771 -0.00989 0.396 0.000 0.468 0.000 0.012 0.124
#> GSM282883 2 0.1909 0.61760 0.000 0.920 0.004 0.000 0.024 0.052
#> GSM282884 3 0.5678 0.14378 0.340 0.000 0.524 0.000 0.012 0.124
#> GSM282885 2 0.1957 0.61920 0.000 0.920 0.008 0.000 0.024 0.048
#> GSM282886 3 0.4964 0.53679 0.000 0.316 0.616 0.000 0.024 0.044
#> GSM282887 3 0.4878 0.59957 0.016 0.096 0.740 0.000 0.032 0.116
#> GSM282888 3 0.4295 0.60422 0.000 0.224 0.720 0.000 0.020 0.036
#> GSM282889 2 0.1049 0.64006 0.000 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM282890 3 0.4918 0.52938 0.132 0.008 0.712 0.000 0.016 0.132
#> GSM282902 2 0.4233 0.53978 0.000 0.752 0.008 0.000 0.100 0.140
#> GSM282903 3 0.2838 0.64823 0.000 0.188 0.808 0.000 0.000 0.004
#> GSM282907 3 0.3337 0.57290 0.000 0.260 0.736 0.000 0.000 0.004
#> GSM282909 3 0.2703 0.66260 0.000 0.172 0.824 0.000 0.000 0.004
#> GSM282912 2 0.3209 0.59841 0.000 0.816 0.156 0.000 0.016 0.012
#> GSM282920 3 0.2189 0.70243 0.000 0.032 0.904 0.000 0.004 0.060
#> GSM282924 2 0.2902 0.56986 0.000 0.800 0.196 0.000 0.000 0.004
#> GSM282891 1 0.1789 0.79728 0.924 0.000 0.032 0.000 0.000 0.044
#> GSM282892 3 0.1349 0.69928 0.000 0.056 0.940 0.000 0.000 0.004
#> GSM282893 3 0.2805 0.65134 0.000 0.184 0.812 0.000 0.000 0.004
#> GSM282894 3 0.5854 -0.07894 0.392 0.000 0.416 0.000 0.000 0.192
#> GSM282895 2 0.3847 0.36520 0.000 0.644 0.348 0.000 0.000 0.008
#> GSM282896 2 0.4169 0.17240 0.000 0.532 0.456 0.000 0.000 0.012
#> GSM282897 2 0.4037 0.29884 0.000 0.608 0.380 0.000 0.000 0.012
#> GSM282898 3 0.2805 0.65445 0.000 0.184 0.812 0.000 0.000 0.004
#> GSM282899 3 0.1296 0.70490 0.000 0.032 0.952 0.000 0.004 0.012
#> GSM282900 2 0.4091 0.12779 0.000 0.520 0.472 0.008 0.000 0.000
#> GSM282901 3 0.1007 0.70141 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.2805 0.65445 0.000 0.184 0.812 0.000 0.000 0.004
#> GSM282908 1 0.3547 0.78838 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM282911 3 0.3468 0.56293 0.000 0.264 0.728 0.000 0.000 0.008
#> GSM282916 3 0.1390 0.70486 0.000 0.032 0.948 0.000 0.004 0.016
#> GSM282919 2 0.3847 0.36697 0.000 0.644 0.348 0.000 0.000 0.008
#> GSM282923 3 0.1196 0.70390 0.000 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> GSM282917 2 0.3923 0.32366 0.000 0.620 0.372 0.000 0.000 0.008
#> GSM282922 3 0.3447 0.63531 0.000 0.044 0.804 0.000 0.004 0.148
#> GSM282926 3 0.4312 0.38147 0.000 0.272 0.676 0.000 0.000 0.052
#> GSM282925 3 0.4599 0.52094 0.000 0.104 0.700 0.000 0.004 0.192
#> GSM282935 2 0.5900 0.32736 0.000 0.608 0.092 0.000 0.080 0.220
#> GSM282938 2 0.4928 0.47465 0.000 0.668 0.180 0.004 0.000 0.148
#> GSM282940 2 0.3419 0.59666 0.000 0.812 0.000 0.000 0.104 0.084
#> GSM282941 2 0.4030 0.53495 0.000 0.756 0.000 0.000 0.104 0.140
#> GSM282943 3 0.4972 0.45008 0.188 0.000 0.676 0.000 0.012 0.124
#> GSM282944 2 0.2051 0.64177 0.000 0.896 0.004 0.000 0.096 0.004
#> GSM282946 3 0.4868 0.52591 0.000 0.296 0.636 0.000 0.048 0.020
#> GSM282947 2 0.4486 0.53144 0.000 0.728 0.124 0.000 0.140 0.008
#> GSM282948 5 0.4628 0.54974 0.000 0.204 0.112 0.000 0.684 0.000
#> GSM282949 5 0.2176 0.76246 0.000 0.080 0.024 0.000 0.896 0.000
#> GSM282950 5 0.2948 0.73409 0.000 0.060 0.092 0.000 0.848 0.000
#> GSM282951 2 0.2454 0.63819 0.000 0.876 0.004 0.000 0.104 0.016
#> GSM282952 2 0.3265 0.49514 0.000 0.748 0.000 0.000 0.248 0.004
#> GSM282953 2 0.3197 0.58699 0.000 0.804 0.176 0.000 0.008 0.012
#> GSM282955 5 0.1556 0.75234 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM282956 1 0.3565 0.79968 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> GSM282959 2 0.1218 0.64638 0.000 0.956 0.004 0.000 0.028 0.012
#> GSM282966 5 0.3815 0.72505 0.000 0.084 0.096 0.012 0.804 0.004
#> GSM282968 5 0.2632 0.70010 0.000 0.164 0.000 0.000 0.832 0.004
#> GSM282974 2 0.5442 0.39381 0.000 0.676 0.000 0.076 0.104 0.144
#> GSM283016 1 0.0713 0.81631 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM283021 1 0.0632 0.81230 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.3121 0.63198 0.004 0.008 0.796 0.000 0.000 0.192
#> GSM283041 1 0.3446 0.79979 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM283043 2 0.2964 0.56371 0.000 0.792 0.204 0.000 0.000 0.004
#> GSM282957 5 0.6629 -0.00752 0.000 0.164 0.000 0.348 0.432 0.056
#> GSM282958 2 0.4168 0.38780 0.000 0.696 0.000 0.000 0.256 0.048
#> GSM282960 2 0.2113 0.64252 0.000 0.896 0.004 0.000 0.092 0.008
#> GSM282971 5 0.3790 0.68203 0.000 0.092 0.004 0.056 0.816 0.032
#> GSM283015 3 0.3023 0.63354 0.008 0.000 0.808 0.000 0.004 0.180
#> GSM282962 2 0.3416 0.54555 0.000 0.804 0.000 0.000 0.056 0.140
#> GSM282963 2 0.2239 0.61416 0.000 0.908 0.020 0.000 0.024 0.048
#> GSM282977 2 0.1003 0.63752 0.000 0.964 0.004 0.000 0.004 0.028
#> GSM282978 2 0.4871 0.19314 0.000 0.656 0.268 0.000 0.024 0.052
#> GSM282987 2 0.1844 0.62062 0.000 0.924 0.004 0.000 0.024 0.048
#> GSM282988 2 0.2022 0.61658 0.000 0.916 0.008 0.000 0.024 0.052
#> GSM282989 2 0.1693 0.62403 0.000 0.932 0.004 0.000 0.020 0.044
#> GSM282990 2 0.2685 0.59282 0.000 0.884 0.040 0.000 0.024 0.052
#> GSM282991 2 0.1401 0.64189 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM282992 2 0.3341 0.54338 0.000 0.836 0.096 0.000 0.020 0.048
#> GSM282993 4 0.6108 0.38462 0.000 0.196 0.000 0.592 0.072 0.140
#> GSM282994 2 0.2022 0.61642 0.000 0.916 0.008 0.000 0.024 0.052
#> GSM282995 2 0.3268 0.54151 0.000 0.812 0.000 0.000 0.044 0.144
#> GSM283020 1 0.4176 0.54798 0.720 0.000 0.212 0.000 0.000 0.068
#> GSM283023 3 0.3328 0.62775 0.012 0.008 0.788 0.000 0.000 0.192
#> GSM282931 2 0.5494 0.48594 0.000 0.668 0.140 0.012 0.028 0.152
#> GSM282939 2 0.3612 0.58208 0.000 0.796 0.000 0.000 0.104 0.100
#> GSM282981 3 0.2703 0.66120 0.000 0.172 0.824 0.000 0.000 0.004
#> GSM282983 2 0.3043 0.56707 0.000 0.792 0.200 0.000 0.000 0.008
#> GSM282985 2 0.4801 0.48165 0.000 0.668 0.196 0.000 0.000 0.136
#> GSM283000 2 0.3470 0.56315 0.000 0.772 0.200 0.000 0.000 0.028
#> GSM283001 1 0.2122 0.77769 0.900 0.000 0.024 0.000 0.000 0.076
#> GSM283002 2 0.3420 0.52718 0.000 0.748 0.240 0.000 0.000 0.012
#> GSM283003 3 0.2697 0.65032 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.4901 0.34405 0.000 0.388 0.556 0.000 0.048 0.008
#> GSM283005 3 0.3481 0.65267 0.000 0.032 0.776 0.000 0.000 0.192
#> GSM283006 3 0.2980 0.63457 0.000 0.008 0.800 0.000 0.000 0.192
#> GSM283007 3 0.3714 0.43970 0.000 0.340 0.656 0.000 0.000 0.004
#> GSM283008 3 0.4118 0.10607 0.000 0.396 0.592 0.000 0.004 0.008
#> GSM283009 3 0.2000 0.70440 0.000 0.032 0.916 0.000 0.004 0.048
#> GSM283010 3 0.5584 -0.06770 0.000 0.316 0.520 0.000 0.000 0.164
#> GSM283011 3 0.2384 0.69917 0.000 0.032 0.884 0.000 0.000 0.084
#> GSM283022 3 0.1856 0.70457 0.000 0.032 0.920 0.000 0.000 0.048
#> GSM283034 5 0.2902 0.61587 0.000 0.004 0.196 0.000 0.800 0.000
#> GSM283049 3 0.2871 0.64547 0.000 0.192 0.804 0.000 0.000 0.004
#> GSM283051 1 0.2618 0.76075 0.860 0.000 0.024 0.000 0.000 0.116
#> GSM282929 4 0.6398 0.34357 0.000 0.152 0.000 0.576 0.128 0.144
#> GSM282933 4 0.5889 0.28516 0.000 0.040 0.140 0.588 0.000 0.232
#> GSM282936 4 0.1049 0.65155 0.000 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> GSM282937 1 0.3446 0.79979 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM282942 2 0.3785 0.58897 0.000 0.788 0.120 0.000 0.088 0.004
#> GSM282945 2 0.3595 0.45603 0.000 0.704 0.288 0.000 0.000 0.008
#> GSM282954 5 0.5046 0.43653 0.000 0.192 0.152 0.000 0.652 0.004
#> GSM282961 3 0.4138 0.61903 0.000 0.228 0.720 0.000 0.048 0.004
#> GSM282964 4 0.0260 0.65677 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.3012 0.57203 0.000 0.796 0.196 0.000 0.000 0.008
#> GSM282967 5 0.5562 0.22836 0.000 0.236 0.188 0.000 0.572 0.004
#> GSM282969 4 0.4615 0.50596 0.000 0.000 0.016 0.676 0.260 0.048
#> GSM282970 4 0.3160 0.64063 0.000 0.000 0.008 0.840 0.104 0.048
#> GSM282972 5 0.3930 0.70488 0.000 0.104 0.000 0.056 0.800 0.040
#> GSM282973 3 0.5292 0.54045 0.000 0.288 0.616 0.000 0.052 0.044
#> GSM282975 2 0.4030 0.53495 0.000 0.756 0.000 0.000 0.104 0.140
#> GSM282996 1 0.3446 0.79979 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM282999 3 0.4103 0.56399 0.000 0.012 0.752 0.040 0.004 0.192
#> GSM283014 1 0.3446 0.79979 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM283019 3 0.2726 0.68827 0.000 0.032 0.856 0.000 0.000 0.112
#> GSM283026 4 0.4495 0.35007 0.000 0.060 0.200 0.720 0.000 0.020
#> GSM283029 1 0.0000 0.81412 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.1320 0.70407 0.000 0.036 0.948 0.000 0.000 0.016
#> GSM283033 5 0.3104 0.63328 0.000 0.016 0.184 0.000 0.800 0.000
#> GSM283035 4 0.6385 -0.00917 0.000 0.112 0.104 0.556 0.000 0.228
#> GSM283036 3 0.5257 0.31685 0.000 0.280 0.584 0.000 0.000 0.136
#> GSM283038 2 0.6527 -0.27780 0.000 0.484 0.164 0.056 0.000 0.296
#> GSM283046 3 0.4136 0.57335 0.000 0.080 0.748 0.004 0.000 0.168
#> GSM283050 1 0.3409 0.80138 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM283053 2 0.5890 0.34993 0.000 0.628 0.136 0.080 0.000 0.156
#> GSM283055 3 0.2474 0.69718 0.000 0.032 0.884 0.000 0.004 0.080
#> GSM283056 4 0.5161 0.45957 0.000 0.088 0.060 0.696 0.000 0.156
#> GSM282928 2 0.5341 0.39810 0.000 0.684 0.000 0.068 0.104 0.144
#> GSM282930 2 0.2697 0.60012 0.000 0.864 0.000 0.000 0.044 0.092
#> GSM282932 3 0.1219 0.70208 0.000 0.048 0.948 0.000 0.000 0.004
#> GSM282934 1 0.3446 0.79979 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> GSM282976 2 0.1693 0.62471 0.000 0.932 0.004 0.000 0.020 0.044
#> GSM282979 2 0.3196 0.55046 0.000 0.824 0.004 0.000 0.036 0.136
#> GSM282998 4 0.1528 0.64141 0.000 0.000 0.048 0.936 0.000 0.016
#> GSM283013 1 0.0632 0.81230 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.2135 0.68338 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> GSM283018 2 0.3349 0.51508 0.000 0.748 0.244 0.000 0.000 0.008
#> GSM283025 4 0.1151 0.65083 0.000 0.000 0.032 0.956 0.000 0.012
#> GSM283028 6 0.7431 0.00000 0.000 0.300 0.124 0.248 0.000 0.328
#> GSM283032 2 0.4799 0.39715 0.000 0.652 0.268 0.000 0.072 0.008
#> GSM283037 4 0.5863 0.34135 0.000 0.092 0.100 0.628 0.000 0.180
#> GSM283040 3 0.2980 0.63457 0.000 0.008 0.800 0.000 0.000 0.192
#> GSM283042 3 0.1398 0.70160 0.000 0.052 0.940 0.000 0.000 0.008
#> GSM283045 4 0.5129 0.38518 0.000 0.016 0.112 0.656 0.000 0.216
#> GSM283048 3 0.6063 -0.16664 0.000 0.308 0.484 0.012 0.000 0.196
#> GSM283052 3 0.6410 -0.28029 0.000 0.376 0.416 0.032 0.000 0.176
#> GSM283054 4 0.0508 0.65697 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM282980 3 0.3089 0.63478 0.000 0.008 0.800 0.000 0.004 0.188
#> GSM282982 3 0.1480 0.70576 0.000 0.040 0.940 0.000 0.000 0.020
#> GSM282984 3 0.1794 0.70701 0.000 0.040 0.924 0.000 0.000 0.036
#> GSM282986 4 0.2325 0.65320 0.000 0.000 0.008 0.900 0.044 0.048
#> GSM282997 1 0.3409 0.80138 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM283012 1 0.0632 0.81230 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.5208 0.46514 0.000 0.664 0.160 0.020 0.000 0.156
#> GSM283031 3 0.3699 0.44588 0.000 0.336 0.660 0.000 0.000 0.004
#> GSM283039 3 0.1245 0.70457 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> GSM283044 2 0.3154 0.57317 0.000 0.800 0.184 0.004 0.000 0.012
#> GSM283047 2 0.3012 0.56577 0.000 0.796 0.196 0.000 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> CV:mclust 190 0.1584 1.08e-01 6.92e-07 2
#> CV:mclust 189 0.2323 1.88e-01 1.75e-06 3
#> CV:mclust 105 0.5238 8.16e-02 3.91e-05 4
#> CV:mclust 168 0.0295 6.97e-06 2.19e-04 5
#> CV:mclust 148 0.0620 1.02e-05 2.54e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.642 0.838 0.931 0.4178 0.589 0.589
#> 3 3 0.613 0.735 0.887 0.4646 0.682 0.514
#> 4 4 0.509 0.629 0.809 0.1483 0.849 0.643
#> 5 5 0.507 0.536 0.691 0.0843 0.814 0.464
#> 6 6 0.601 0.588 0.755 0.0468 0.895 0.598
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282870 1 0.7219 0.7395 0.800 0.200
#> GSM282871 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.2423 0.9021 0.040 0.960
#> GSM282904 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282921 1 0.9754 0.3695 0.592 0.408
#> GSM282927 2 0.9608 0.3242 0.384 0.616
#> GSM282873 2 0.9580 0.3449 0.380 0.620
#> GSM282874 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.8909 0.4935 0.308 0.692
#> GSM282905 2 0.9983 0.0173 0.476 0.524
#> GSM282914 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.9000 0.5580 0.684 0.316
#> GSM282876 2 0.7883 0.6626 0.236 0.764
#> GSM282877 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282881 2 0.7674 0.6816 0.224 0.776
#> GSM282882 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.2043 0.9082 0.032 0.968
#> GSM282887 1 0.0376 0.8852 0.996 0.004
#> GSM282888 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282907 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.7056 0.7286 0.192 0.808
#> GSM282912 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.9087 0.5254 0.324 0.676
#> GSM282893 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282897 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.3274 0.8833 0.060 0.940
#> GSM282899 1 0.7950 0.6877 0.760 0.240
#> GSM282900 2 0.7219 0.7191 0.200 0.800
#> GSM282901 2 0.8386 0.6270 0.268 0.732
#> GSM282906 2 0.7139 0.7228 0.196 0.804
#> GSM282908 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282916 1 0.9323 0.4965 0.652 0.348
#> GSM282919 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.9850 0.2544 0.428 0.572
#> GSM282917 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282922 1 0.6247 0.7823 0.844 0.156
#> GSM282926 2 0.7219 0.7191 0.200 0.800
#> GSM282925 2 0.8499 0.6085 0.276 0.724
#> GSM282935 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.2603 0.8987 0.044 0.956
#> GSM282951 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0672 0.9273 0.008 0.992
#> GSM282956 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0938 0.9244 0.012 0.988
#> GSM282968 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0672 0.8835 0.992 0.008
#> GSM283041 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.3584 0.8493 0.932 0.068
#> GSM282931 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.0376 0.9301 0.004 0.996
#> GSM282983 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0376 0.9301 0.004 0.996
#> GSM283004 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283005 1 0.7376 0.7260 0.792 0.208
#> GSM283006 1 0.0376 0.8852 0.996 0.004
#> GSM283007 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283008 1 0.9129 0.5648 0.672 0.328
#> GSM283009 1 0.7528 0.7185 0.784 0.216
#> GSM283010 2 0.8081 0.6471 0.248 0.752
#> GSM283011 1 0.9732 0.3470 0.596 0.404
#> GSM283022 1 0.9710 0.3577 0.600 0.400
#> GSM283034 2 0.7219 0.7191 0.200 0.800
#> GSM283049 2 0.0376 0.9301 0.004 0.996
#> GSM283051 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282936 1 0.7219 0.7395 0.800 0.200
#> GSM282937 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.5737 0.8024 0.136 0.864
#> GSM282964 1 0.9686 0.3987 0.604 0.396
#> GSM282965 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282969 1 0.7219 0.7395 0.800 0.200
#> GSM282970 1 0.7219 0.7395 0.800 0.200
#> GSM282972 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.1633 0.9148 0.024 0.976
#> GSM282975 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.8713 0.5608 0.292 0.708
#> GSM283029 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.7950 0.6857 0.760 0.240
#> GSM283033 2 0.7219 0.7191 0.200 0.800
#> GSM283035 2 0.7219 0.7191 0.200 0.800
#> GSM283036 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283046 2 0.9983 0.0628 0.476 0.524
#> GSM283050 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0672 0.8835 0.992 0.008
#> GSM283056 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.7219 0.7170 0.200 0.800
#> GSM282934 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.9686 0.3026 0.396 0.604
#> GSM283013 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.4939 0.8345 0.108 0.892
#> GSM283018 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.8207 0.6342 0.256 0.744
#> GSM283028 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283042 2 0.5294 0.8221 0.120 0.880
#> GSM283045 1 0.8608 0.6314 0.716 0.284
#> GSM283048 2 0.7219 0.7191 0.200 0.800
#> GSM283052 2 0.7056 0.7307 0.192 0.808
#> GSM283054 1 0.8661 0.6239 0.712 0.288
#> GSM282980 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM282982 2 0.7528 0.6955 0.216 0.784
#> GSM282984 2 0.9815 0.2780 0.420 0.580
#> GSM282986 1 0.7219 0.7395 0.800 0.200
#> GSM282997 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.2948 0.8914 0.052 0.948
#> GSM283039 1 0.9608 0.4014 0.616 0.384
#> GSM283044 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.9328 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.1031 0.8297 0.000 0.024 0.976
#> GSM282856 3 0.0424 0.8351 0.000 0.008 0.992
#> GSM282857 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
#> GSM282858 3 0.6062 0.3637 0.000 0.384 0.616
#> GSM282859 2 0.5678 0.4998 0.000 0.684 0.316
#> GSM282860 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.5327 0.5906 0.000 0.728 0.272
#> GSM282862 2 0.5650 0.5115 0.000 0.688 0.312
#> GSM282863 3 0.5254 0.5953 0.000 0.264 0.736
#> GSM282864 2 0.2878 0.7876 0.000 0.904 0.096
#> GSM282865 3 0.6140 0.3109 0.000 0.404 0.596
#> GSM282866 3 0.6168 0.2901 0.000 0.412 0.588
#> GSM282867 2 0.6215 0.2592 0.000 0.572 0.428
#> GSM282868 2 0.2066 0.8092 0.000 0.940 0.060
#> GSM282869 1 0.0475 0.9628 0.992 0.004 0.004
#> GSM282870 2 0.6204 0.2983 0.424 0.576 0.000
#> GSM282871 2 0.6126 0.3414 0.000 0.600 0.400
#> GSM282872 3 0.6865 0.3610 0.020 0.384 0.596
#> GSM282904 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 3 0.5216 0.6015 0.000 0.260 0.740
#> GSM282913 3 0.1753 0.8187 0.000 0.048 0.952
#> GSM282915 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282921 2 0.5948 0.4298 0.360 0.640 0.000
#> GSM282927 3 0.6675 0.2901 0.404 0.012 0.584
#> GSM282873 3 0.2537 0.7980 0.080 0.000 0.920
#> GSM282874 2 0.0237 0.8299 0.000 0.996 0.004
#> GSM282875 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.5810 0.4642 0.336 0.000 0.664
#> GSM282876 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282877 3 0.1031 0.8297 0.000 0.024 0.976
#> GSM282878 3 0.2625 0.7992 0.000 0.084 0.916
#> GSM282879 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.6095 0.3591 0.000 0.608 0.392
#> GSM282881 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282882 1 0.0747 0.9573 0.984 0.000 0.016
#> GSM282883 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
#> GSM282884 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282885 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282886 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282887 3 0.6154 0.2665 0.408 0.000 0.592
#> GSM282888 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282889 3 0.1289 0.8261 0.000 0.032 0.968
#> GSM282890 1 0.2625 0.8935 0.916 0.000 0.084
#> GSM282902 2 0.2878 0.7866 0.000 0.904 0.096
#> GSM282903 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0592 0.9602 0.988 0.000 0.012
#> GSM282924 3 0.5327 0.5829 0.000 0.272 0.728
#> GSM282891 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.3686 0.7391 0.140 0.000 0.860
#> GSM282893 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
#> GSM282897 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.6095 0.3231 0.392 0.000 0.608
#> GSM282900 2 0.8638 0.5537 0.216 0.600 0.184
#> GSM282901 3 0.0592 0.8321 0.012 0.000 0.988
#> GSM282906 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.5810 0.4543 0.336 0.000 0.664
#> GSM282919 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.4399 0.6927 0.188 0.000 0.812
#> GSM282917 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 1 0.2537 0.8839 0.920 0.000 0.080
#> GSM282926 3 0.4555 0.6805 0.200 0.000 0.800
#> GSM282925 3 0.5835 0.4487 0.340 0.000 0.660
#> GSM282935 2 0.5465 0.5293 0.000 0.712 0.288
#> GSM282938 3 0.5465 0.5408 0.000 0.288 0.712
#> GSM282940 3 0.6154 0.3037 0.000 0.408 0.592
#> GSM282941 2 0.6252 0.1861 0.000 0.556 0.444
#> GSM282943 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282944 3 0.1964 0.8124 0.000 0.056 0.944
#> GSM282946 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282947 3 0.6295 0.1039 0.000 0.472 0.528
#> GSM282948 3 0.6079 0.3513 0.000 0.388 0.612
#> GSM282949 2 0.6274 0.1766 0.000 0.544 0.456
#> GSM282950 3 0.6509 0.0765 0.004 0.472 0.524
#> GSM282951 3 0.3192 0.7709 0.000 0.112 0.888
#> GSM282952 3 0.5016 0.6299 0.000 0.240 0.760
#> GSM282953 3 0.5291 0.5896 0.000 0.268 0.732
#> GSM282955 2 0.6771 0.2132 0.012 0.548 0.440
#> GSM282956 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282959 3 0.1031 0.8297 0.000 0.024 0.976
#> GSM282966 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.4887 0.6532 0.000 0.772 0.228
#> GSM282974 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.4178 0.7899 0.828 0.000 0.172
#> GSM283041 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
#> GSM282957 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.1643 0.8171 0.000 0.956 0.044
#> GSM282960 3 0.1163 0.8280 0.000 0.028 0.972
#> GSM282971 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282962 3 0.6095 0.3409 0.000 0.392 0.608
#> GSM282963 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282977 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
#> GSM282978 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282987 3 0.1031 0.8297 0.000 0.024 0.976
#> GSM282988 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
#> GSM282989 3 0.5882 0.4415 0.000 0.348 0.652
#> GSM282990 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282991 3 0.1643 0.8197 0.000 0.044 0.956
#> GSM282992 3 0.1163 0.8281 0.000 0.028 0.972
#> GSM282993 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282995 3 0.6045 0.3724 0.000 0.380 0.620
#> GSM283020 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.4291 0.7766 0.820 0.000 0.180
#> GSM282931 2 0.0592 0.8273 0.000 0.988 0.012
#> GSM282939 3 0.6062 0.3630 0.000 0.384 0.616
#> GSM282981 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 3 0.1411 0.8262 0.000 0.036 0.964
#> GSM283000 3 0.0424 0.8351 0.000 0.008 0.992
#> GSM283001 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 3 0.5591 0.5259 0.304 0.000 0.696
#> GSM283006 1 0.1163 0.9469 0.972 0.000 0.028
#> GSM283007 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 1 0.3752 0.8010 0.856 0.000 0.144
#> GSM283009 3 0.6168 0.2653 0.412 0.000 0.588
#> GSM283010 2 0.8590 0.4125 0.320 0.560 0.120
#> GSM283011 3 0.3038 0.7704 0.104 0.000 0.896
#> GSM283022 3 0.4702 0.6689 0.212 0.000 0.788
#> GSM283034 2 0.8650 0.5528 0.200 0.600 0.200
#> GSM283049 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 2 0.6126 0.1812 0.400 0.600 0.000
#> GSM282936 2 0.0237 0.8279 0.004 0.996 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 3 0.5397 0.5708 0.000 0.280 0.720
#> GSM282945 3 0.0592 0.8339 0.000 0.012 0.988
#> GSM282954 3 0.6244 0.2061 0.000 0.440 0.560
#> GSM282961 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 3 0.0892 0.8312 0.000 0.020 0.980
#> GSM282967 3 0.4178 0.7128 0.000 0.172 0.828
#> GSM282969 2 0.0592 0.8223 0.012 0.988 0.000
#> GSM282970 2 0.0237 0.8279 0.004 0.996 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282975 3 0.5397 0.5935 0.000 0.280 0.720
#> GSM282996 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.1643 0.9335 0.956 0.000 0.044
#> GSM283026 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.4002 0.7743 0.840 0.000 0.160
#> GSM283033 3 0.9522 -0.0241 0.188 0.400 0.412
#> GSM283035 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0747 0.8259 0.000 0.984 0.016
#> GSM283046 3 0.6215 0.2422 0.428 0.000 0.572
#> GSM283050 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 3 0.6095 0.3402 0.000 0.392 0.608
#> GSM282932 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282979 3 0.3267 0.7675 0.000 0.116 0.884
#> GSM282998 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 3 0.5254 0.5965 0.000 0.264 0.736
#> GSM283037 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.0424 0.8339 0.008 0.000 0.992
#> GSM283045 2 0.0747 0.8203 0.016 0.984 0.000
#> GSM283048 2 0.8848 0.4733 0.284 0.560 0.156
#> GSM283052 3 0.5965 0.6861 0.108 0.100 0.792
#> GSM283054 2 0.0000 0.8305 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.1529 0.8155 0.040 0.000 0.960
#> GSM282986 2 0.0424 0.8265 0.008 0.992 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.1289 0.8207 0.000 0.968 0.032
#> GSM283031 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.5678 0.5106 0.316 0.000 0.684
#> GSM283044 3 0.3267 0.7673 0.000 0.116 0.884
#> GSM283047 3 0.0237 0.8361 0.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 3 0.2469 0.74033 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM282856 3 0.4972 0.00141 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM282857 3 0.4961 -0.13757 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM282858 2 0.5781 0.33999 0.000 0.492 0.480 0.028
#> GSM282859 4 0.7557 0.11556 0.000 0.232 0.284 0.484
#> GSM282860 4 0.3610 0.64730 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM282861 2 0.6932 0.53912 0.020 0.640 0.140 0.200
#> GSM282862 4 0.6193 0.50443 0.000 0.180 0.148 0.672
#> GSM282863 2 0.4917 0.65932 0.000 0.656 0.336 0.008
#> GSM282864 2 0.3821 0.74749 0.000 0.840 0.120 0.040
#> GSM282865 2 0.3266 0.77080 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM282866 2 0.2868 0.77166 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM282867 2 0.3486 0.76549 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM282868 2 0.4017 0.75154 0.000 0.828 0.128 0.044
#> GSM282869 2 0.3649 0.43976 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM282870 2 0.4955 0.34803 0.268 0.708 0.000 0.024
#> GSM282871 2 0.3219 0.75790 0.000 0.868 0.112 0.020
#> GSM282872 2 0.3443 0.72954 0.000 0.848 0.136 0.016
#> GSM282904 1 0.0188 0.85068 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282910 3 0.4980 0.38461 0.000 0.304 0.680 0.016
#> GSM282913 3 0.3931 0.69256 0.000 0.040 0.832 0.128
#> GSM282915 3 0.4040 0.56152 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM282921 4 0.7761 0.31022 0.332 0.212 0.004 0.452
#> GSM282927 1 0.8911 0.12812 0.424 0.072 0.308 0.196
#> GSM282873 3 0.5815 0.60263 0.140 0.152 0.708 0.000
#> GSM282874 4 0.5088 0.33482 0.000 0.424 0.004 0.572
#> GSM282875 4 0.5137 0.24491 0.004 0.452 0.000 0.544
#> GSM282905 4 0.2011 0.70573 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM282914 1 0.2593 0.81112 0.904 0.080 0.016 0.000
#> GSM282918 3 0.4948 0.68772 0.100 0.124 0.776 0.000
#> GSM282876 3 0.1940 0.75573 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM282877 3 0.1557 0.77213 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM282878 3 0.4711 0.58948 0.000 0.024 0.740 0.236
#> GSM282879 3 0.0592 0.78674 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282880 4 0.7325 0.29372 0.000 0.208 0.264 0.528
#> GSM282881 3 0.2011 0.75125 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM282882 1 0.1211 0.83900 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM282883 3 0.1389 0.77556 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282884 1 0.0188 0.85059 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282885 3 0.0336 0.78645 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282886 3 0.0000 0.78663 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282887 3 0.4040 0.60565 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM282888 3 0.2402 0.75049 0.076 0.012 0.912 0.000
#> GSM282889 3 0.3392 0.70072 0.000 0.124 0.856 0.020
#> GSM282890 1 0.4643 0.50366 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM282902 4 0.7156 0.24701 0.000 0.328 0.152 0.520
#> GSM282903 3 0.2081 0.77855 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282907 3 0.1302 0.78828 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.78663 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282912 3 0.0921 0.78942 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282920 1 0.3761 0.78951 0.852 0.068 0.080 0.000
#> GSM282924 2 0.7595 0.26549 0.000 0.428 0.372 0.200
#> GSM282891 1 0.0188 0.85068 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282892 3 0.3749 0.72737 0.128 0.032 0.840 0.000
#> GSM282893 3 0.1211 0.78853 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM282894 1 0.1824 0.82409 0.936 0.004 0.060 0.000
#> GSM282895 3 0.1302 0.78935 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282896 3 0.4925 0.06311 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM282897 3 0.1118 0.78876 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282898 3 0.1118 0.78862 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282899 3 0.5085 0.52756 0.304 0.020 0.676 0.000
#> GSM282900 4 0.8196 0.49205 0.188 0.120 0.116 0.576
#> GSM282901 3 0.2255 0.78295 0.012 0.068 0.920 0.000
#> GSM282906 3 0.1637 0.78590 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM282908 1 0.1211 0.83705 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.1118 0.78888 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282916 3 0.4462 0.68565 0.164 0.044 0.792 0.000
#> GSM282919 3 0.2469 0.76733 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM282923 3 0.3471 0.75948 0.060 0.072 0.868 0.000
#> GSM282917 3 0.4866 0.26572 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM282922 1 0.5427 0.73314 0.780 0.072 0.108 0.040
#> GSM282926 3 0.5383 0.16582 0.012 0.452 0.536 0.000
#> GSM282925 3 0.9629 -0.17336 0.148 0.312 0.340 0.200
#> GSM282935 4 0.2032 0.71017 0.000 0.028 0.036 0.936
#> GSM282938 4 0.7856 -0.05304 0.000 0.336 0.276 0.388
#> GSM282940 2 0.5417 0.51203 0.000 0.572 0.412 0.016
#> GSM282941 2 0.7654 0.42675 0.000 0.464 0.252 0.284
#> GSM282943 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 3 0.4877 0.07590 0.000 0.408 0.592 0.000
#> GSM282946 3 0.0336 0.78733 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282947 2 0.3280 0.76680 0.000 0.860 0.124 0.016
#> GSM282948 2 0.2921 0.77294 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM282949 2 0.2999 0.77148 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM282950 2 0.2647 0.76502 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM282951 2 0.4661 0.58191 0.000 0.652 0.348 0.000
#> GSM282952 2 0.3610 0.76396 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM282953 2 0.2973 0.77353 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM282955 2 0.3172 0.77032 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM282956 1 0.2281 0.81214 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM282959 3 0.2469 0.75341 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM282966 2 0.3311 0.52675 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM282968 2 0.3862 0.76660 0.000 0.824 0.152 0.024
#> GSM282974 4 0.0921 0.71599 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM283016 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.5881 0.24328 0.544 0.036 0.420 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.5386 0.27393 0.000 0.368 0.612 0.020
#> GSM282957 4 0.2011 0.70566 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM282958 4 0.5138 0.38905 0.000 0.392 0.008 0.600
#> GSM282960 3 0.2011 0.77461 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM282971 4 0.4967 0.24501 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM283015 1 0.5490 0.72692 0.748 0.180 0.048 0.024
#> GSM282962 3 0.6936 0.10663 0.000 0.284 0.568 0.148
#> GSM282963 3 0.0469 0.78623 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM282977 3 0.0707 0.78459 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM282978 3 0.0000 0.78663 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282987 3 0.1474 0.77466 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM282988 3 0.0336 0.78693 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282989 2 0.5296 0.29155 0.000 0.500 0.492 0.008
#> GSM282990 3 0.0336 0.78686 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282991 3 0.1716 0.76896 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282992 3 0.1302 0.78272 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282993 4 0.0336 0.71711 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM282994 3 0.0469 0.78617 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM282995 3 0.7020 0.15246 0.000 0.136 0.532 0.332
#> GSM283020 1 0.0336 0.85003 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM283023 1 0.6038 0.21772 0.532 0.044 0.424 0.000
#> GSM282931 4 0.0657 0.71911 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM282939 3 0.5189 0.13343 0.000 0.372 0.616 0.012
#> GSM282981 3 0.1867 0.78302 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM282983 3 0.1716 0.78875 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282985 3 0.2739 0.78151 0.000 0.060 0.904 0.036
#> GSM283000 3 0.1209 0.79045 0.000 0.032 0.964 0.004
#> GSM283001 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0592 0.78920 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM283003 3 0.1637 0.78588 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM283004 3 0.0336 0.78724 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283005 3 0.4123 0.71478 0.136 0.044 0.820 0.000
#> GSM283006 1 0.6134 0.60846 0.660 0.104 0.236 0.000
#> GSM283007 3 0.1716 0.78551 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM283008 1 0.4642 0.67459 0.740 0.240 0.020 0.000
#> GSM283009 3 0.5859 0.09715 0.472 0.032 0.496 0.000
#> GSM283010 4 0.8262 0.42867 0.228 0.148 0.076 0.548
#> GSM283011 3 0.2844 0.77251 0.048 0.052 0.900 0.000
#> GSM283022 3 0.4245 0.71964 0.116 0.064 0.820 0.000
#> GSM283034 2 0.2636 0.65022 0.012 0.916 0.052 0.020
#> GSM283049 3 0.2081 0.77875 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283051 1 0.0188 0.85068 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282929 4 0.0336 0.71758 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM282933 4 0.0895 0.71906 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM282936 4 0.0000 0.71704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282937 1 0.0188 0.84966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282942 2 0.4072 0.73745 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM282945 3 0.4356 0.55438 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM282954 2 0.2888 0.76842 0.000 0.872 0.124 0.004
#> GSM282961 3 0.1716 0.78391 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282964 4 0.0000 0.71704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.4624 0.59977 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM282967 2 0.3024 0.77176 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM282969 1 0.7824 -0.02874 0.392 0.348 0.000 0.260
#> GSM282970 4 0.3450 0.64026 0.008 0.156 0.000 0.836
#> GSM282972 2 0.4992 -0.08219 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM282973 3 0.0921 0.79084 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282975 3 0.6638 0.18099 0.000 0.084 0.496 0.420
#> GSM282996 1 0.0188 0.84966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282999 1 0.2727 0.80866 0.900 0.084 0.004 0.012
#> GSM283014 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.5113 0.56899 0.684 0.024 0.292 0.000
#> GSM283026 4 0.5088 0.44388 0.004 0.424 0.000 0.572
#> GSM283029 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.7156 0.53664 0.576 0.184 0.236 0.004
#> GSM283033 2 0.2611 0.74364 0.008 0.896 0.096 0.000
#> GSM283035 4 0.2281 0.70702 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM283036 3 0.5222 0.50528 0.000 0.280 0.688 0.032
#> GSM283038 4 0.5950 0.39614 0.000 0.416 0.040 0.544
#> GSM283046 3 0.8297 0.10895 0.272 0.312 0.400 0.016
#> GSM283050 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.5203 0.45542 0.000 0.416 0.008 0.576
#> GSM283055 1 0.1520 0.83836 0.956 0.020 0.024 0.000
#> GSM283056 4 0.3528 0.65983 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM282928 4 0.3123 0.67196 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM282930 2 0.5483 0.43519 0.000 0.536 0.448 0.016
#> GSM282932 3 0.1389 0.78805 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 3 0.0469 0.78639 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM282979 3 0.3529 0.69128 0.000 0.012 0.836 0.152
#> GSM282998 4 0.0000 0.71704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.2647 0.75783 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM283018 3 0.3444 0.70991 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.71704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 4 0.2704 0.69654 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM283032 2 0.3908 0.73424 0.004 0.784 0.212 0.000
#> GSM283037 4 0.4431 0.56753 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM283040 1 0.2921 0.76077 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM283042 3 0.3279 0.74764 0.032 0.096 0.872 0.000
#> GSM283045 4 0.1510 0.71615 0.028 0.016 0.000 0.956
#> GSM283048 4 0.8048 0.34843 0.104 0.396 0.052 0.448
#> GSM283052 3 0.5957 0.34071 0.000 0.420 0.540 0.040
#> GSM283054 4 0.0188 0.71754 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282980 1 0.0469 0.84904 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282982 3 0.1489 0.78839 0.004 0.044 0.952 0.000
#> GSM282984 3 0.1798 0.78804 0.016 0.040 0.944 0.000
#> GSM282986 4 0.4039 0.67874 0.084 0.080 0.000 0.836
#> GSM282997 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.85081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.6172 0.47255 0.000 0.284 0.084 0.632
#> GSM283031 3 0.4343 0.62588 0.004 0.264 0.732 0.000
#> GSM283039 3 0.5842 0.61798 0.128 0.168 0.704 0.000
#> GSM283044 3 0.5312 0.56966 0.000 0.268 0.692 0.040
#> GSM283047 3 0.6674 0.39559 0.000 0.300 0.584 0.116
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.4193 0.67502 0.000 0.720 0.256 0.000 0.024
#> GSM282856 2 0.4914 0.59114 0.000 0.704 0.092 0.000 0.204
#> GSM282857 2 0.5778 0.44687 0.000 0.592 0.128 0.000 0.280
#> GSM282858 2 0.4637 0.68310 0.000 0.740 0.160 0.000 0.100
#> GSM282859 2 0.5468 0.67272 0.000 0.724 0.132 0.072 0.072
#> GSM282860 2 0.5177 -0.06546 0.000 0.488 0.000 0.472 0.040
#> GSM282861 2 0.4772 0.47147 0.016 0.708 0.024 0.004 0.248
#> GSM282862 2 0.5252 0.66241 0.000 0.724 0.128 0.124 0.024
#> GSM282863 2 0.4724 0.63455 0.000 0.732 0.104 0.000 0.164
#> GSM282864 5 0.4624 0.67603 0.000 0.296 0.016 0.012 0.676
#> GSM282865 5 0.4642 0.65822 0.000 0.308 0.032 0.000 0.660
#> GSM282866 5 0.4204 0.75224 0.000 0.196 0.048 0.000 0.756
#> GSM282867 5 0.4025 0.68081 0.000 0.292 0.008 0.000 0.700
#> GSM282868 5 0.4394 0.71987 0.000 0.256 0.016 0.012 0.716
#> GSM282869 5 0.3256 0.63668 0.064 0.012 0.060 0.000 0.864
#> GSM282870 5 0.4407 0.47716 0.232 0.012 0.008 0.012 0.736
#> GSM282871 5 0.4168 0.75190 0.000 0.200 0.044 0.000 0.756
#> GSM282872 5 0.4215 0.57380 0.000 0.052 0.172 0.004 0.772
#> GSM282904 1 0.0162 0.85345 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.4254 0.68769 0.000 0.740 0.220 0.000 0.040
#> GSM282913 2 0.3814 0.66169 0.000 0.720 0.276 0.004 0.000
#> GSM282915 2 0.4297 0.68104 0.000 0.728 0.236 0.000 0.036
#> GSM282921 2 0.7242 0.01967 0.384 0.428 0.004 0.140 0.044
#> GSM282927 2 0.6819 0.39509 0.324 0.532 0.100 0.028 0.016
#> GSM282873 3 0.6310 0.33200 0.004 0.252 0.568 0.004 0.172
#> GSM282874 4 0.7514 0.21371 0.000 0.252 0.040 0.380 0.328
#> GSM282875 5 0.6889 -0.12130 0.000 0.232 0.008 0.340 0.420
#> GSM282905 4 0.6013 0.54064 0.000 0.236 0.020 0.624 0.120
#> GSM282914 1 0.7375 0.44905 0.520 0.220 0.176 0.000 0.084
#> GSM282918 3 0.5167 0.42940 0.000 0.240 0.668 0.000 0.092
#> GSM282876 3 0.5449 0.34269 0.104 0.264 0.632 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.3861 0.66060 0.000 0.712 0.284 0.000 0.004
#> GSM282878 2 0.4924 0.64545 0.000 0.668 0.272 0.060 0.000
#> GSM282879 2 0.4192 0.50539 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.5066 0.68008 0.000 0.748 0.136 0.072 0.044
#> GSM282881 3 0.5538 0.23336 0.092 0.312 0.596 0.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0912 0.84722 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.3980 0.66056 0.000 0.708 0.284 0.000 0.008
#> GSM282884 1 0.1544 0.81656 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.4171 0.52205 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.3730 0.38145 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.6660 -0.15079 0.444 0.288 0.268 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.5979 0.43708 0.120 0.520 0.360 0.000 0.000
#> GSM282889 2 0.3612 0.66810 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.3736 0.72208 0.808 0.052 0.140 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.7107 0.47632 0.000 0.564 0.104 0.208 0.124
#> GSM282903 3 0.2228 0.65047 0.000 0.040 0.912 0.000 0.048
#> GSM282907 3 0.1117 0.65327 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> GSM282909 3 0.3109 0.52803 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM282912 3 0.3305 0.49010 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM282920 1 0.4149 0.74508 0.784 0.000 0.128 0.000 0.088
#> GSM282924 2 0.6828 0.26169 0.000 0.504 0.124 0.040 0.332
#> GSM282891 1 0.0865 0.84869 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM282892 3 0.3222 0.63672 0.096 0.036 0.860 0.004 0.004
#> GSM282893 3 0.2020 0.61807 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.3039 0.77086 0.836 0.000 0.152 0.000 0.012
#> GSM282895 3 0.3689 0.41520 0.000 0.256 0.740 0.000 0.004
#> GSM282896 3 0.6121 -0.13048 0.000 0.380 0.488 0.000 0.132
#> GSM282897 3 0.3013 0.56707 0.000 0.160 0.832 0.000 0.008
#> GSM282898 3 0.0963 0.64485 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.6146 0.22786 0.380 0.016 0.516 0.000 0.088
#> GSM282900 2 0.9376 -0.03202 0.072 0.300 0.176 0.292 0.160
#> GSM282901 3 0.1757 0.65698 0.012 0.012 0.944 0.004 0.028
#> GSM282906 3 0.1579 0.65104 0.000 0.024 0.944 0.000 0.032
#> GSM282908 1 0.1991 0.82888 0.916 0.000 0.004 0.004 0.076
#> GSM282911 3 0.1270 0.64121 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM282916 3 0.2868 0.64654 0.072 0.032 0.884 0.000 0.012
#> GSM282919 3 0.2899 0.64716 0.000 0.028 0.872 0.004 0.096
#> GSM282923 3 0.2937 0.65237 0.016 0.040 0.884 0.000 0.060
#> GSM282917 3 0.6897 0.06670 0.000 0.280 0.396 0.004 0.320
#> GSM282922 1 0.5671 0.67066 0.716 0.008 0.080 0.144 0.052
#> GSM282926 2 0.6880 0.47101 0.016 0.556 0.184 0.016 0.228
#> GSM282925 2 0.8775 0.40625 0.200 0.448 0.144 0.148 0.060
#> GSM282935 4 0.3507 0.66631 0.000 0.096 0.032 0.848 0.024
#> GSM282938 4 0.8317 -0.01029 0.000 0.284 0.164 0.360 0.192
#> GSM282940 2 0.4915 0.68211 0.000 0.724 0.168 0.004 0.104
#> GSM282941 2 0.5477 0.65019 0.000 0.720 0.108 0.048 0.124
#> GSM282943 1 0.0162 0.85285 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.4748 0.68235 0.000 0.728 0.172 0.000 0.100
#> GSM282946 3 0.4211 0.20973 0.000 0.360 0.636 0.000 0.004
#> GSM282947 5 0.3846 0.74505 0.000 0.144 0.056 0.000 0.800
#> GSM282948 5 0.4233 0.75083 0.000 0.208 0.044 0.000 0.748
#> GSM282949 5 0.3848 0.75025 0.000 0.172 0.040 0.000 0.788
#> GSM282950 5 0.3803 0.74436 0.000 0.140 0.056 0.000 0.804
#> GSM282951 5 0.6657 0.29725 0.000 0.340 0.236 0.000 0.424
#> GSM282952 5 0.4213 0.67094 0.000 0.308 0.012 0.000 0.680
#> GSM282953 5 0.4264 0.74998 0.000 0.212 0.044 0.000 0.744
#> GSM282955 5 0.4113 0.74136 0.000 0.232 0.028 0.000 0.740
#> GSM282956 1 0.3398 0.72910 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> GSM282959 2 0.4789 -0.14724 0.000 0.584 0.392 0.000 0.024
#> GSM282966 5 0.4156 0.69960 0.000 0.120 0.012 0.068 0.800
#> GSM282968 5 0.4181 0.71371 0.000 0.268 0.020 0.000 0.712
#> GSM282974 4 0.1117 0.70528 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM283016 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.4895 0.20100 0.376 0.004 0.596 0.000 0.024
#> GSM283041 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.5604 0.63071 0.000 0.680 0.184 0.020 0.116
#> GSM282957 4 0.5976 0.53475 0.000 0.252 0.016 0.616 0.116
#> GSM282958 4 0.8300 0.23063 0.000 0.252 0.132 0.344 0.272
#> GSM282960 3 0.4295 0.58141 0.000 0.216 0.740 0.000 0.044
#> GSM282971 5 0.6874 -0.17154 0.000 0.220 0.008 0.376 0.396
#> GSM283015 3 0.8652 -0.04124 0.276 0.232 0.364 0.028 0.100
#> GSM282962 2 0.4690 0.68892 0.000 0.724 0.224 0.016 0.036
#> GSM282963 2 0.4101 0.56025 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.4101 0.56044 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> GSM282978 3 0.4171 0.08410 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.4193 0.64539 0.000 0.684 0.304 0.000 0.012
#> GSM282988 2 0.4446 0.32206 0.000 0.520 0.476 0.000 0.004
#> GSM282989 2 0.4693 0.68873 0.000 0.724 0.196 0.000 0.080
#> GSM282990 2 0.4235 0.46692 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.4063 0.66434 0.000 0.708 0.280 0.000 0.012
#> GSM282992 2 0.4339 0.61316 0.000 0.652 0.336 0.000 0.012
#> GSM282993 4 0.3756 0.54806 0.000 0.248 0.000 0.744 0.008
#> GSM282994 2 0.4114 0.55764 0.000 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.4483 0.68973 0.000 0.740 0.216 0.020 0.024
#> GSM283020 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.3783 0.50269 0.216 0.004 0.768 0.000 0.012
#> GSM282931 4 0.0912 0.71113 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016
#> GSM282939 2 0.5115 0.68593 0.000 0.696 0.224 0.012 0.068
#> GSM282981 3 0.2580 0.64779 0.000 0.044 0.892 0.000 0.064
#> GSM282983 3 0.4969 0.05828 0.000 0.376 0.588 0.000 0.036
#> GSM282985 3 0.6246 0.17611 0.000 0.316 0.572 0.048 0.064
#> GSM283000 3 0.4435 0.23773 0.000 0.336 0.648 0.000 0.016
#> GSM283001 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.3039 0.53084 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.2067 0.65382 0.000 0.032 0.920 0.000 0.048
#> GSM283004 3 0.3796 0.36192 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.1670 0.64828 0.052 0.012 0.936 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.4636 0.32836 0.308 0.004 0.664 0.000 0.024
#> GSM283007 3 0.2769 0.64637 0.000 0.032 0.876 0.000 0.092
#> GSM283008 1 0.7008 0.37685 0.528 0.076 0.104 0.000 0.292
#> GSM283009 1 0.6919 0.32418 0.552 0.172 0.228 0.000 0.048
#> GSM283010 4 0.8040 0.49940 0.052 0.144 0.184 0.532 0.088
#> GSM283011 3 0.1618 0.65083 0.040 0.008 0.944 0.000 0.008
#> GSM283022 3 0.2654 0.64633 0.044 0.016 0.904 0.004 0.032
#> GSM283034 5 0.3142 0.64395 0.000 0.032 0.108 0.004 0.856
#> GSM283049 3 0.2228 0.65139 0.000 0.012 0.908 0.004 0.076
#> GSM283051 1 0.0912 0.84970 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> GSM282929 4 0.1012 0.70612 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM282933 4 0.2003 0.70775 0.004 0.008 0.008 0.928 0.052
#> GSM282936 4 0.0740 0.70929 0.008 0.008 0.000 0.980 0.004
#> GSM282937 1 0.0162 0.85293 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282942 2 0.4876 0.56027 0.000 0.700 0.080 0.000 0.220
#> GSM282945 3 0.6321 0.34977 0.000 0.192 0.548 0.004 0.256
#> GSM282954 5 0.3953 0.74377 0.000 0.148 0.060 0.000 0.792
#> GSM282961 3 0.4815 0.52110 0.000 0.244 0.692 0.000 0.064
#> GSM282964 4 0.0566 0.70788 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM282965 2 0.5467 0.16437 0.000 0.548 0.068 0.000 0.384
#> GSM282967 5 0.3888 0.73472 0.000 0.120 0.076 0.000 0.804
#> GSM282969 5 0.6933 0.00289 0.248 0.008 0.000 0.332 0.412
#> GSM282970 4 0.4030 0.49888 0.008 0.008 0.000 0.736 0.248
#> GSM282972 5 0.5364 0.28200 0.000 0.064 0.000 0.364 0.572
#> GSM282973 3 0.4318 0.51849 0.000 0.292 0.688 0.000 0.020
#> GSM282975 2 0.7209 -0.18298 0.000 0.444 0.356 0.152 0.048
#> GSM282996 1 0.0324 0.85189 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282999 1 0.5081 0.73715 0.760 0.008 0.052 0.052 0.128
#> GSM283014 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.5935 0.44368 0.576 0.000 0.312 0.008 0.104
#> GSM283026 4 0.7127 0.20760 0.016 0.228 0.004 0.448 0.304
#> GSM283029 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.7617 0.29789 0.208 0.008 0.468 0.052 0.264
#> GSM283033 5 0.3608 0.72567 0.000 0.112 0.064 0.000 0.824
#> GSM283035 4 0.2396 0.70087 0.004 0.008 0.004 0.900 0.084
#> GSM283036 3 0.7302 -0.03677 0.000 0.368 0.428 0.056 0.148
#> GSM283038 4 0.7870 0.22650 0.000 0.212 0.096 0.432 0.260
#> GSM283046 3 0.8211 0.28174 0.128 0.072 0.444 0.048 0.308
#> GSM283050 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.7319 0.32277 0.000 0.140 0.080 0.504 0.276
#> GSM283055 1 0.3089 0.79614 0.880 0.068 0.032 0.008 0.012
#> GSM283056 4 0.3343 0.64327 0.000 0.016 0.000 0.812 0.172
#> GSM282928 2 0.4746 0.25745 0.000 0.600 0.000 0.376 0.024
#> GSM282930 2 0.4522 0.69025 0.000 0.736 0.196 0.000 0.068
#> GSM282932 3 0.1356 0.65360 0.000 0.028 0.956 0.004 0.012
#> GSM282934 1 0.0566 0.85086 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM282976 3 0.4306 -0.25707 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.5543 0.48722 0.000 0.556 0.376 0.064 0.004
#> GSM282998 4 0.0324 0.71076 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM283013 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.3759 0.60838 0.000 0.024 0.792 0.004 0.180
#> GSM283018 3 0.4610 0.58765 0.000 0.068 0.740 0.004 0.188
#> GSM283025 4 0.0324 0.71009 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM283028 4 0.3210 0.66468 0.000 0.008 0.008 0.832 0.152
#> GSM283032 5 0.4203 0.62694 0.000 0.052 0.188 0.000 0.760
#> GSM283037 4 0.5065 0.55589 0.000 0.068 0.008 0.692 0.232
#> GSM283040 1 0.4446 0.34832 0.592 0.000 0.400 0.000 0.008
#> GSM283042 3 0.5570 -0.18774 0.020 0.468 0.484 0.004 0.024
#> GSM283045 4 0.2026 0.70934 0.024 0.008 0.004 0.932 0.032
#> GSM283048 4 0.8589 0.22555 0.036 0.140 0.128 0.408 0.288
#> GSM283052 3 0.7003 0.37677 0.000 0.128 0.516 0.056 0.300
#> GSM283054 4 0.1525 0.70679 0.036 0.012 0.000 0.948 0.004
#> GSM282980 1 0.1764 0.83036 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> GSM282982 3 0.0671 0.64964 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM282984 3 0.2204 0.65282 0.008 0.036 0.920 0.000 0.036
#> GSM282986 4 0.2598 0.70126 0.044 0.008 0.004 0.904 0.040
#> GSM282997 1 0.0000 0.85365 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0404 0.85230 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.6543 0.45036 0.000 0.064 0.092 0.592 0.252
#> GSM283031 3 0.4613 0.40028 0.000 0.020 0.620 0.000 0.360
#> GSM283039 3 0.4721 0.60226 0.088 0.008 0.772 0.012 0.120
#> GSM283044 3 0.5497 0.53991 0.000 0.068 0.676 0.028 0.228
#> GSM283047 3 0.7393 0.37494 0.000 0.132 0.516 0.104 0.248
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.2356 0.6551 0.000 0.884 0.004 0.000 0.096 0.016
#> GSM282856 2 0.3359 0.5427 0.000 0.784 0.012 0.000 0.196 0.008
#> GSM282857 2 0.3805 0.4759 0.000 0.728 0.016 0.000 0.248 0.008
#> GSM282858 2 0.1910 0.6411 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM282859 2 0.3223 0.5956 0.000 0.824 0.004 0.020 0.144 0.008
#> GSM282860 2 0.5071 0.0232 0.000 0.488 0.000 0.444 0.064 0.004
#> GSM282861 2 0.2871 0.5514 0.000 0.804 0.000 0.004 0.192 0.000
#> GSM282862 2 0.2648 0.6469 0.000 0.876 0.008 0.020 0.092 0.004
#> GSM282863 2 0.2584 0.6109 0.000 0.848 0.004 0.000 0.144 0.004
#> GSM282864 5 0.3398 0.7650 0.000 0.252 0.000 0.000 0.740 0.008
#> GSM282865 5 0.3711 0.7585 0.000 0.260 0.000 0.000 0.720 0.020
#> GSM282866 5 0.2969 0.7751 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> GSM282867 5 0.3314 0.7610 0.000 0.256 0.000 0.000 0.740 0.004
#> GSM282868 5 0.3151 0.7656 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM282869 5 0.2195 0.6277 0.036 0.028 0.024 0.000 0.912 0.000
#> GSM282870 5 0.2896 0.5055 0.160 0.016 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM282871 5 0.2823 0.7767 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM282872 5 0.5303 -0.1510 0.000 0.000 0.452 0.012 0.468 0.068
#> GSM282904 1 0.0436 0.8436 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM282910 2 0.1657 0.6778 0.000 0.928 0.016 0.000 0.056 0.000
#> GSM282913 2 0.1261 0.7016 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024 0.000
#> GSM282915 2 0.1956 0.6637 0.000 0.908 0.008 0.000 0.080 0.004
#> GSM282921 2 0.6931 0.2021 0.324 0.484 0.028 0.088 0.072 0.004
#> GSM282927 2 0.5763 0.4828 0.224 0.652 0.012 0.036 0.048 0.028
#> GSM282873 6 0.2255 0.7218 0.000 0.004 0.088 0.000 0.016 0.892
#> GSM282874 6 0.2641 0.7292 0.000 0.004 0.000 0.072 0.048 0.876
#> GSM282875 6 0.3946 0.6833 0.000 0.004 0.000 0.076 0.152 0.768
#> GSM282905 6 0.3043 0.6740 0.004 0.000 0.000 0.196 0.004 0.796
#> GSM282914 6 0.3455 0.6167 0.200 0.000 0.020 0.000 0.004 0.776
#> GSM282918 6 0.2420 0.7016 0.004 0.000 0.128 0.000 0.004 0.864
#> GSM282876 2 0.6181 0.3620 0.080 0.548 0.300 0.000 0.008 0.064
#> GSM282877 2 0.2212 0.7076 0.000 0.880 0.112 0.000 0.000 0.008
#> GSM282878 2 0.3658 0.6393 0.000 0.780 0.024 0.184 0.004 0.008
#> GSM282879 2 0.3457 0.6722 0.008 0.808 0.152 0.000 0.004 0.028
#> GSM282880 2 0.1829 0.6682 0.000 0.920 0.000 0.024 0.056 0.000
#> GSM282881 2 0.5638 0.5043 0.088 0.632 0.232 0.000 0.008 0.040
#> GSM282882 1 0.1970 0.8090 0.920 0.044 0.000 0.000 0.008 0.028
#> GSM282883 2 0.2346 0.7026 0.000 0.868 0.124 0.000 0.000 0.008
#> GSM282884 1 0.3702 0.6129 0.760 0.208 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM282885 2 0.3073 0.6698 0.000 0.816 0.164 0.000 0.004 0.016
#> GSM282886 2 0.5079 0.3685 0.004 0.580 0.344 0.000 0.004 0.068
#> GSM282887 2 0.4749 0.3708 0.368 0.588 0.004 0.000 0.008 0.032
#> GSM282888 2 0.4949 0.5810 0.072 0.700 0.196 0.000 0.008 0.024
#> GSM282889 2 0.1464 0.6901 0.000 0.944 0.016 0.000 0.036 0.004
#> GSM282890 1 0.2854 0.7655 0.868 0.084 0.004 0.000 0.008 0.036
#> GSM282902 2 0.5729 0.3036 0.000 0.544 0.028 0.356 0.056 0.016
#> GSM282903 3 0.2691 0.6964 0.000 0.088 0.872 0.000 0.008 0.032
#> GSM282907 3 0.2965 0.6839 0.000 0.080 0.848 0.000 0.000 0.072
#> GSM282909 3 0.4794 0.3599 0.000 0.344 0.596 0.000 0.004 0.056
#> GSM282912 3 0.4532 0.0134 0.000 0.468 0.500 0.000 0.000 0.032
#> GSM282920 1 0.4724 0.5076 0.640 0.012 0.312 0.004 0.028 0.004
#> GSM282924 5 0.7983 0.1951 0.000 0.324 0.204 0.088 0.328 0.056
#> GSM282891 1 0.2544 0.7786 0.864 0.000 0.120 0.000 0.004 0.012
#> GSM282892 3 0.3789 0.6871 0.012 0.112 0.816 0.008 0.008 0.044
#> GSM282893 3 0.3388 0.6670 0.004 0.156 0.804 0.000 0.000 0.036
#> GSM282894 1 0.3362 0.7410 0.812 0.008 0.156 0.000 0.008 0.016
#> GSM282895 3 0.3881 0.5809 0.000 0.252 0.720 0.000 0.004 0.024
#> GSM282896 3 0.6043 0.3390 0.000 0.264 0.488 0.000 0.240 0.008
#> GSM282897 3 0.2520 0.6854 0.000 0.152 0.844 0.000 0.000 0.004
#> GSM282898 3 0.3213 0.6735 0.000 0.132 0.820 0.000 0.000 0.048
#> GSM282899 3 0.4308 0.6387 0.168 0.056 0.756 0.004 0.008 0.008
#> GSM282900 3 0.7218 0.2489 0.020 0.156 0.460 0.300 0.052 0.012
#> GSM282901 3 0.1718 0.7008 0.000 0.044 0.932 0.000 0.008 0.016
#> GSM282906 3 0.2058 0.6899 0.000 0.036 0.908 0.000 0.000 0.056
#> GSM282908 1 0.2935 0.7898 0.852 0.004 0.028 0.000 0.112 0.004
#> GSM282911 3 0.3229 0.6716 0.000 0.140 0.816 0.000 0.000 0.044
#> GSM282916 3 0.2755 0.6912 0.016 0.068 0.876 0.000 0.000 0.040
#> GSM282919 3 0.1370 0.6989 0.000 0.036 0.948 0.000 0.004 0.012
#> GSM282923 3 0.2898 0.6961 0.000 0.052 0.872 0.008 0.008 0.060
#> GSM282917 3 0.7213 -0.1022 0.000 0.264 0.396 0.016 0.272 0.052
#> GSM282922 1 0.6427 0.5225 0.592 0.004 0.220 0.096 0.068 0.020
#> GSM282926 2 0.7771 0.0430 0.004 0.440 0.204 0.076 0.224 0.052
#> GSM282925 2 0.8414 0.2323 0.172 0.460 0.116 0.140 0.060 0.052
#> GSM282935 4 0.2231 0.7829 0.000 0.048 0.020 0.912 0.012 0.008
#> GSM282938 4 0.8292 -0.0251 0.000 0.272 0.204 0.300 0.180 0.044
#> GSM282940 2 0.1594 0.6886 0.000 0.932 0.016 0.000 0.052 0.000
#> GSM282941 2 0.4388 0.5906 0.000 0.780 0.020 0.028 0.112 0.060
#> GSM282943 1 0.1269 0.8319 0.956 0.020 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM282944 2 0.2377 0.6286 0.000 0.868 0.004 0.000 0.124 0.004
#> GSM282946 2 0.5250 0.4099 0.000 0.580 0.336 0.000 0.024 0.060
#> GSM282947 5 0.3966 0.7651 0.000 0.184 0.012 0.000 0.760 0.044
#> GSM282948 5 0.3023 0.7777 0.000 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004
#> GSM282949 5 0.3073 0.7757 0.000 0.204 0.000 0.000 0.788 0.008
#> GSM282950 5 0.2597 0.7703 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM282951 5 0.7129 0.4499 0.000 0.292 0.200 0.000 0.408 0.100
#> GSM282952 5 0.3744 0.7585 0.000 0.256 0.004 0.000 0.724 0.016
#> GSM282953 5 0.4295 0.7612 0.000 0.224 0.020 0.000 0.720 0.036
#> GSM282955 5 0.2912 0.7757 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM282956 1 0.3582 0.6817 0.732 0.000 0.016 0.000 0.252 0.000
#> GSM282959 6 0.6203 0.1786 0.000 0.380 0.092 0.000 0.060 0.468
#> GSM282966 5 0.3037 0.7489 0.000 0.132 0.008 0.008 0.840 0.012
#> GSM282968 5 0.3468 0.7576 0.000 0.264 0.000 0.000 0.728 0.008
#> GSM282974 4 0.1493 0.7914 0.000 0.004 0.004 0.936 0.000 0.056
#> GSM283016 1 0.0665 0.8432 0.980 0.008 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM283021 1 0.0146 0.8437 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.5870 0.3582 0.284 0.008 0.584 0.000 0.048 0.076
#> GSM283041 1 0.0405 0.8437 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM283043 2 0.6898 0.2909 0.000 0.568 0.160 0.072 0.152 0.048
#> GSM282957 6 0.2877 0.6939 0.000 0.000 0.000 0.168 0.012 0.820
#> GSM282958 6 0.2575 0.7318 0.000 0.004 0.016 0.072 0.020 0.888
#> GSM282960 3 0.6099 0.0847 0.000 0.108 0.464 0.000 0.040 0.388
#> GSM282971 6 0.4357 0.6667 0.000 0.004 0.000 0.108 0.156 0.732
#> GSM283015 6 0.2635 0.7200 0.076 0.000 0.036 0.004 0.004 0.880
#> GSM282962 2 0.3076 0.7013 0.000 0.840 0.112 0.044 0.004 0.000
#> GSM282963 2 0.2841 0.6728 0.000 0.824 0.164 0.000 0.000 0.012
#> GSM282977 2 0.2946 0.6633 0.000 0.812 0.176 0.000 0.000 0.012
#> GSM282978 2 0.4209 0.5518 0.004 0.700 0.260 0.000 0.004 0.032
#> GSM282987 2 0.2070 0.7124 0.000 0.892 0.100 0.000 0.000 0.008
#> GSM282988 2 0.3500 0.6303 0.000 0.768 0.204 0.000 0.000 0.028
#> GSM282989 2 0.1448 0.6987 0.000 0.948 0.016 0.000 0.012 0.024
#> GSM282990 2 0.3449 0.6605 0.004 0.796 0.172 0.000 0.004 0.024
#> GSM282991 2 0.2416 0.6812 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.2986 0.7022 0.012 0.852 0.112 0.000 0.004 0.020
#> GSM282993 4 0.3504 0.5983 0.000 0.196 0.000 0.776 0.004 0.024
#> GSM282994 2 0.2804 0.6989 0.000 0.852 0.120 0.000 0.004 0.024
#> GSM282995 2 0.1777 0.7046 0.000 0.932 0.024 0.032 0.012 0.000
#> GSM283020 1 0.0291 0.8432 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM283023 3 0.3518 0.6441 0.084 0.008 0.824 0.000 0.004 0.080
#> GSM282931 4 0.1668 0.7994 0.000 0.008 0.060 0.928 0.000 0.004
#> GSM282939 2 0.3600 0.7047 0.000 0.824 0.096 0.012 0.008 0.060
#> GSM282981 3 0.1578 0.7017 0.000 0.048 0.936 0.000 0.012 0.004
#> GSM282983 3 0.3797 0.2457 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000 0.000
#> GSM282985 3 0.4897 0.6563 0.000 0.108 0.736 0.104 0.008 0.044
#> GSM283000 3 0.4105 0.4303 0.000 0.348 0.632 0.020 0.000 0.000
#> GSM283001 1 0.0291 0.8431 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283002 3 0.4092 0.4159 0.000 0.344 0.636 0.000 0.000 0.020
#> GSM283003 3 0.1364 0.7004 0.000 0.048 0.944 0.000 0.004 0.004
#> GSM283004 2 0.4289 0.4392 0.004 0.632 0.340 0.000 0.000 0.024
#> GSM283005 3 0.3000 0.6885 0.016 0.076 0.860 0.000 0.000 0.048
#> GSM283006 3 0.3475 0.6282 0.132 0.004 0.816 0.000 0.008 0.040
#> GSM283007 3 0.1307 0.6984 0.000 0.032 0.952 0.000 0.008 0.008
#> GSM283008 3 0.6395 0.2421 0.120 0.004 0.484 0.004 0.348 0.040
#> GSM283009 3 0.5508 0.0875 0.432 0.036 0.492 0.000 0.024 0.016
#> GSM283010 6 0.5645 0.3298 0.020 0.004 0.080 0.380 0.000 0.516
#> GSM283011 3 0.2344 0.6911 0.004 0.048 0.896 0.000 0.000 0.052
#> GSM283022 3 0.0837 0.6891 0.004 0.000 0.972 0.000 0.004 0.020
#> GSM283034 5 0.3746 0.4119 0.000 0.000 0.272 0.004 0.712 0.012
#> GSM283049 3 0.2067 0.6937 0.000 0.028 0.916 0.004 0.004 0.048
#> GSM283051 1 0.2037 0.8264 0.924 0.004 0.036 0.004 0.024 0.008
#> GSM282929 4 0.1265 0.7819 0.000 0.008 0.000 0.948 0.000 0.044
#> GSM282933 4 0.2734 0.7205 0.000 0.000 0.148 0.840 0.008 0.004
#> GSM282936 4 0.0837 0.7980 0.000 0.004 0.000 0.972 0.004 0.020
#> GSM282937 1 0.0405 0.8437 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM282942 2 0.2920 0.5890 0.000 0.820 0.004 0.000 0.168 0.008
#> GSM282945 3 0.5575 0.4738 0.000 0.088 0.628 0.008 0.244 0.032
#> GSM282954 5 0.3460 0.7585 0.000 0.164 0.036 0.004 0.796 0.000
#> GSM282961 6 0.4687 0.0434 0.000 0.028 0.448 0.000 0.008 0.516
#> GSM282964 4 0.0790 0.7943 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282965 2 0.4573 -0.0140 0.000 0.556 0.012 0.004 0.416 0.012
#> GSM282967 5 0.3319 0.7559 0.000 0.164 0.036 0.000 0.800 0.000
#> GSM282969 5 0.6074 0.1529 0.304 0.004 0.000 0.176 0.504 0.012
#> GSM282970 4 0.4448 0.4845 0.012 0.004 0.000 0.664 0.296 0.024
#> GSM282972 5 0.5796 0.6157 0.000 0.124 0.000 0.096 0.644 0.136
#> GSM282973 3 0.7272 0.1223 0.000 0.244 0.416 0.000 0.132 0.208
#> GSM282975 6 0.6477 0.5811 0.000 0.136 0.064 0.128 0.052 0.620
#> GSM282996 1 0.0858 0.8402 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM282999 1 0.7006 0.3174 0.468 0.000 0.288 0.152 0.080 0.012
#> GSM283014 1 0.0405 0.8437 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM283019 3 0.5267 0.2809 0.332 0.000 0.588 0.024 0.052 0.004
#> GSM283026 4 0.7343 0.3286 0.008 0.124 0.056 0.500 0.256 0.056
#> GSM283029 1 0.0291 0.8438 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.5499 0.5281 0.048 0.004 0.684 0.068 0.180 0.016
#> GSM283033 5 0.3170 0.7056 0.000 0.104 0.040 0.004 0.844 0.008
#> GSM283035 4 0.2476 0.7782 0.000 0.000 0.072 0.888 0.008 0.032
#> GSM283036 2 0.7590 0.0902 0.000 0.412 0.304 0.080 0.160 0.044
#> GSM283038 3 0.7184 -0.0268 0.000 0.036 0.392 0.380 0.136 0.056
#> GSM283046 3 0.6347 0.4457 0.008 0.004 0.576 0.108 0.240 0.064
#> GSM283050 1 0.0291 0.8437 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM283053 3 0.6748 0.2516 0.000 0.016 0.492 0.300 0.136 0.056
#> GSM283055 1 0.6848 0.4088 0.552 0.084 0.260 0.016 0.048 0.040
#> GSM283056 4 0.1936 0.8027 0.000 0.008 0.012 0.928 0.016 0.036
#> GSM282928 2 0.4462 0.5012 0.000 0.712 0.000 0.152 0.136 0.000
#> GSM282930 2 0.1707 0.7096 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012 0.000
#> GSM282932 3 0.2325 0.6951 0.000 0.060 0.892 0.000 0.000 0.048
#> GSM282934 1 0.1053 0.8390 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012 0.000
#> GSM282976 2 0.3617 0.5898 0.000 0.736 0.244 0.000 0.000 0.020
#> GSM282979 2 0.4256 0.6006 0.000 0.728 0.220 0.016 0.004 0.032
#> GSM282998 4 0.0405 0.8062 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM283013 1 0.0146 0.8437 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.1932 0.6903 0.000 0.024 0.928 0.008 0.032 0.008
#> GSM283018 3 0.3012 0.6786 0.000 0.024 0.876 0.020 0.048 0.032
#> GSM283025 4 0.0291 0.8072 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM283028 4 0.2880 0.7768 0.000 0.000 0.056 0.872 0.048 0.024
#> GSM283032 5 0.5033 0.4513 0.000 0.032 0.216 0.000 0.676 0.076
#> GSM283037 4 0.4123 0.7340 0.000 0.024 0.076 0.808 0.036 0.056
#> GSM283040 1 0.4424 0.2967 0.564 0.008 0.416 0.004 0.004 0.004
#> GSM283042 3 0.6323 0.1397 0.024 0.424 0.456 0.020 0.024 0.052
#> GSM283045 4 0.1340 0.8062 0.004 0.000 0.040 0.948 0.008 0.000
#> GSM283048 3 0.8230 -0.1052 0.032 0.036 0.304 0.300 0.268 0.060
#> GSM283052 3 0.5601 0.5248 0.000 0.004 0.664 0.108 0.160 0.064
#> GSM283054 4 0.0405 0.8064 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM282980 1 0.3488 0.6453 0.744 0.008 0.244 0.000 0.000 0.004
#> GSM282982 3 0.2712 0.6892 0.000 0.088 0.864 0.000 0.000 0.048
#> GSM282984 3 0.2122 0.7003 0.000 0.084 0.900 0.000 0.008 0.008
#> GSM282986 4 0.1937 0.7986 0.004 0.004 0.040 0.928 0.008 0.016
#> GSM282997 1 0.0146 0.8438 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0291 0.8441 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM283027 3 0.6562 0.1924 0.000 0.020 0.472 0.364 0.088 0.056
#> GSM283031 3 0.4077 0.6107 0.000 0.008 0.752 0.000 0.180 0.060
#> GSM283039 3 0.2571 0.6687 0.008 0.004 0.900 0.032 0.040 0.016
#> GSM283044 3 0.4227 0.6542 0.000 0.040 0.796 0.092 0.016 0.056
#> GSM283047 3 0.5713 0.5887 0.000 0.036 0.688 0.104 0.116 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> CV:NMF 188 0.3466 0.063486 6.16e-01 2
#> CV:NMF 167 0.1429 0.034305 1.33e-03 3
#> CV:NMF 157 0.0300 0.000295 5.80e-10 4
#> CV:NMF 134 0.0244 0.000029 1.41e-11 5
#> CV:NMF 151 0.0182 0.000030 2.37e-40 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.745 0.877 0.934 0.2605 0.775 0.775
#> 3 3 0.371 0.624 0.810 1.1067 0.686 0.595
#> 4 4 0.379 0.491 0.753 0.1696 0.794 0.600
#> 5 5 0.454 0.493 0.729 0.0787 0.925 0.800
#> 6 6 0.462 0.442 0.686 0.0376 0.966 0.894
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0938 0.9405 0.012 0.988
#> GSM282856 2 0.0672 0.9408 0.008 0.992
#> GSM282857 2 0.1633 0.9393 0.024 0.976
#> GSM282858 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282859 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282860 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282861 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282863 2 0.0376 0.9393 0.004 0.996
#> GSM282864 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.4431 0.8988 0.092 0.908
#> GSM282870 2 0.0938 0.9401 0.012 0.988
#> GSM282871 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.2043 0.9361 0.032 0.968
#> GSM282904 1 0.1843 0.8777 0.972 0.028
#> GSM282910 2 0.1843 0.9390 0.028 0.972
#> GSM282913 2 0.1843 0.9390 0.028 0.972
#> GSM282915 2 0.1633 0.9393 0.024 0.976
#> GSM282921 2 0.4022 0.9122 0.080 0.920
#> GSM282927 2 0.1633 0.9388 0.024 0.976
#> GSM282873 2 0.5737 0.8513 0.136 0.864
#> GSM282874 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282875 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282905 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282914 2 0.5737 0.8513 0.136 0.864
#> GSM282918 2 0.5737 0.8513 0.136 0.864
#> GSM282876 2 0.1633 0.9389 0.024 0.976
#> GSM282877 2 0.1184 0.9375 0.016 0.984
#> GSM282878 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282879 2 0.2043 0.9351 0.032 0.968
#> GSM282880 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282881 2 0.1633 0.9389 0.024 0.976
#> GSM282882 1 0.9248 0.5932 0.660 0.340
#> GSM282883 2 0.0672 0.9402 0.008 0.992
#> GSM282884 1 0.9248 0.5932 0.660 0.340
#> GSM282885 2 0.0938 0.9385 0.012 0.988
#> GSM282886 2 0.1414 0.9387 0.020 0.980
#> GSM282887 1 0.9248 0.5932 0.660 0.340
#> GSM282888 2 0.2236 0.9351 0.036 0.964
#> GSM282889 2 0.1633 0.9351 0.024 0.976
#> GSM282890 1 0.9358 0.5674 0.648 0.352
#> GSM282902 2 0.1633 0.9351 0.024 0.976
#> GSM282903 2 0.2778 0.9304 0.048 0.952
#> GSM282907 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM282909 2 0.2603 0.9324 0.044 0.956
#> GSM282912 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM282920 2 0.4022 0.9122 0.080 0.920
#> GSM282924 2 0.2236 0.9403 0.036 0.964
#> GSM282891 1 0.1843 0.8777 0.972 0.028
#> GSM282892 2 0.3584 0.9237 0.068 0.932
#> GSM282893 2 0.3879 0.9116 0.076 0.924
#> GSM282894 1 0.9866 0.3357 0.568 0.432
#> GSM282895 2 0.2423 0.9334 0.040 0.960
#> GSM282896 2 0.3879 0.9116 0.076 0.924
#> GSM282897 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM282898 2 0.3584 0.9178 0.068 0.932
#> GSM282899 2 0.3114 0.9257 0.056 0.944
#> GSM282900 2 0.2236 0.9351 0.036 0.964
#> GSM282901 2 0.2236 0.9349 0.036 0.964
#> GSM282906 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM282908 1 0.3584 0.8665 0.932 0.068
#> GSM282911 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM282916 2 0.6801 0.8025 0.180 0.820
#> GSM282919 2 0.2043 0.9406 0.032 0.968
#> GSM282923 2 0.4690 0.8907 0.100 0.900
#> GSM282917 2 0.1843 0.9379 0.028 0.972
#> GSM282922 2 0.9248 0.4922 0.340 0.660
#> GSM282926 2 0.1633 0.9388 0.024 0.976
#> GSM282925 2 0.1633 0.9388 0.024 0.976
#> GSM282935 2 0.1633 0.9351 0.024 0.976
#> GSM282938 2 0.1633 0.9381 0.024 0.976
#> GSM282940 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282941 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282943 1 0.8267 0.7099 0.740 0.260
#> GSM282944 2 0.0376 0.9393 0.004 0.996
#> GSM282946 2 0.1633 0.9389 0.024 0.976
#> GSM282947 2 0.1184 0.9378 0.016 0.984
#> GSM282948 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.3879 0.8629 0.924 0.076
#> GSM282959 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282966 2 0.0938 0.9401 0.012 0.988
#> GSM282968 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM283016 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> GSM283021 1 0.1843 0.8777 0.972 0.028
#> GSM283024 2 0.9996 -0.0648 0.488 0.512
#> GSM283041 1 0.0000 0.8702 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.1633 0.9388 0.024 0.976
#> GSM282957 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282958 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282960 2 0.0672 0.9401 0.008 0.992
#> GSM282971 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM283015 2 0.5737 0.8513 0.136 0.864
#> GSM282962 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282963 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282977 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282978 2 0.1414 0.9387 0.020 0.980
#> GSM282987 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282988 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282989 2 0.1184 0.9375 0.016 0.984
#> GSM282990 2 0.0938 0.9401 0.012 0.988
#> GSM282991 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282992 2 0.2043 0.9351 0.032 0.968
#> GSM282993 2 0.2043 0.9333 0.032 0.968
#> GSM282994 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282995 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM283020 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> GSM283023 2 0.9996 -0.0648 0.488 0.512
#> GSM282931 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282939 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282981 2 0.0938 0.9400 0.012 0.988
#> GSM282983 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM282985 2 0.1414 0.9367 0.020 0.980
#> GSM283000 2 0.1184 0.9379 0.016 0.984
#> GSM283001 1 0.6623 0.8017 0.828 0.172
#> GSM283002 2 0.1843 0.9400 0.028 0.972
#> GSM283003 2 0.1843 0.9372 0.028 0.972
#> GSM283004 2 0.2043 0.9366 0.032 0.968
#> GSM283005 2 0.9775 0.2509 0.412 0.588
#> GSM283006 2 0.9993 -0.0467 0.484 0.516
#> GSM283007 2 0.0938 0.9400 0.012 0.988
#> GSM283008 2 0.2948 0.9282 0.052 0.948
#> GSM283009 2 0.4298 0.9018 0.088 0.912
#> GSM283010 2 0.6623 0.8124 0.172 0.828
#> GSM283011 2 0.9775 0.2509 0.412 0.588
#> GSM283022 2 0.9993 -0.0467 0.484 0.516
#> GSM283034 2 0.2423 0.9333 0.040 0.960
#> GSM283049 2 0.3733 0.9148 0.072 0.928
#> GSM283051 1 0.7219 0.7601 0.800 0.200
#> GSM282929 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282933 2 0.6048 0.8595 0.148 0.852
#> GSM282936 2 0.6247 0.8502 0.156 0.844
#> GSM282937 1 0.0000 0.8702 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0938 0.9405 0.012 0.988
#> GSM282945 2 0.1633 0.9399 0.024 0.976
#> GSM282954 2 0.0000 0.9394 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.1414 0.9387 0.020 0.980
#> GSM282964 2 0.4815 0.9007 0.104 0.896
#> GSM282965 2 0.1633 0.9393 0.024 0.976
#> GSM282967 2 0.2603 0.9314 0.044 0.956
#> GSM282969 2 0.6048 0.8595 0.148 0.852
#> GSM282970 2 0.6048 0.8595 0.148 0.852
#> GSM282972 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282973 2 0.1414 0.9387 0.020 0.980
#> GSM282975 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282996 1 0.0000 0.8702 1.000 0.000
#> GSM282999 2 0.4298 0.9056 0.088 0.912
#> GSM283014 1 0.0000 0.8702 1.000 0.000
#> GSM283019 2 0.4298 0.9056 0.088 0.912
#> GSM283026 2 0.2043 0.9376 0.032 0.968
#> GSM283029 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> GSM283030 2 0.9248 0.4922 0.340 0.660
#> GSM283033 2 0.2423 0.9333 0.040 0.960
#> GSM283035 2 0.2948 0.9271 0.052 0.948
#> GSM283036 2 0.1633 0.9398 0.024 0.976
#> GSM283038 2 0.2603 0.9287 0.044 0.956
#> GSM283046 2 0.2043 0.9376 0.032 0.968
#> GSM283050 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> GSM283053 2 0.1633 0.9399 0.024 0.976
#> GSM283055 2 0.1633 0.9388 0.024 0.976
#> GSM283056 2 0.2603 0.9287 0.044 0.956
#> GSM282928 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282930 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282932 2 0.1843 0.9380 0.028 0.972
#> GSM282934 1 0.0000 0.8702 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0672 0.9391 0.008 0.992
#> GSM282979 2 0.1843 0.9335 0.028 0.972
#> GSM282998 2 0.6048 0.8595 0.148 0.852
#> GSM283013 1 0.1843 0.8777 0.972 0.028
#> GSM283017 2 0.1843 0.9380 0.028 0.972
#> GSM283018 2 0.0938 0.9400 0.012 0.988
#> GSM283025 2 0.3733 0.9162 0.072 0.928
#> GSM283028 2 0.2603 0.9287 0.044 0.956
#> GSM283032 2 0.2423 0.9333 0.040 0.960
#> GSM283037 2 0.2603 0.9287 0.044 0.956
#> GSM283040 1 0.7219 0.7601 0.800 0.200
#> GSM283042 2 0.1633 0.9388 0.024 0.976
#> GSM283045 2 0.3733 0.9162 0.072 0.928
#> GSM283048 2 0.2043 0.9376 0.032 0.968
#> GSM283052 2 0.1633 0.9399 0.024 0.976
#> GSM283054 2 0.5629 0.8759 0.132 0.868
#> GSM282980 2 0.6801 0.8025 0.180 0.820
#> GSM282982 2 0.1843 0.9380 0.028 0.972
#> GSM282984 2 0.4690 0.8907 0.100 0.900
#> GSM282986 2 0.6048 0.8595 0.148 0.852
#> GSM282997 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> GSM283012 1 0.1843 0.8777 0.972 0.028
#> GSM283027 2 0.2423 0.9307 0.040 0.960
#> GSM283031 2 0.2423 0.9333 0.040 0.960
#> GSM283039 2 0.8016 0.6870 0.244 0.756
#> GSM283044 2 0.1184 0.9412 0.016 0.984
#> GSM283047 2 0.1843 0.9404 0.028 0.972
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.6309 0.02790 0.000 0.496 0.504
#> GSM282856 3 0.6264 0.37410 0.004 0.380 0.616
#> GSM282857 3 0.4473 0.67580 0.008 0.164 0.828
#> GSM282858 2 0.4002 0.84336 0.000 0.840 0.160
#> GSM282859 2 0.3879 0.84604 0.000 0.848 0.152
#> GSM282860 2 0.3482 0.85218 0.000 0.872 0.128
#> GSM282861 2 0.6280 0.13465 0.000 0.540 0.460
#> GSM282862 2 0.4291 0.82884 0.000 0.820 0.180
#> GSM282863 3 0.6280 0.17605 0.000 0.460 0.540
#> GSM282864 3 0.6274 0.18923 0.000 0.456 0.544
#> GSM282865 3 0.6274 0.18923 0.000 0.456 0.544
#> GSM282866 3 0.6252 0.22372 0.000 0.444 0.556
#> GSM282867 3 0.6244 0.22295 0.000 0.440 0.560
#> GSM282868 3 0.6274 0.18923 0.000 0.456 0.544
#> GSM282869 3 0.2165 0.71906 0.064 0.000 0.936
#> GSM282870 3 0.4291 0.67597 0.000 0.180 0.820
#> GSM282871 3 0.6252 0.22372 0.000 0.444 0.556
#> GSM282872 3 0.1525 0.74993 0.004 0.032 0.964
#> GSM282904 1 0.1860 0.85776 0.948 0.000 0.052
#> GSM282910 3 0.6274 0.11393 0.000 0.456 0.544
#> GSM282913 3 0.6274 0.11393 0.000 0.456 0.544
#> GSM282915 3 0.4473 0.67580 0.008 0.164 0.828
#> GSM282921 3 0.2550 0.73091 0.056 0.012 0.932
#> GSM282927 3 0.2096 0.74636 0.004 0.052 0.944
#> GSM282873 3 0.3116 0.65482 0.108 0.000 0.892
#> GSM282874 2 0.3038 0.85676 0.000 0.896 0.104
#> GSM282875 2 0.3038 0.85676 0.000 0.896 0.104
#> GSM282905 2 0.3038 0.85676 0.000 0.896 0.104
#> GSM282914 3 0.3116 0.65482 0.108 0.000 0.892
#> GSM282918 3 0.3116 0.65482 0.108 0.000 0.892
#> GSM282876 3 0.0661 0.74924 0.004 0.008 0.988
#> GSM282877 3 0.6168 0.30186 0.000 0.412 0.588
#> GSM282878 2 0.4235 0.83172 0.000 0.824 0.176
#> GSM282879 2 0.5016 0.75878 0.000 0.760 0.240
#> GSM282880 2 0.4235 0.83251 0.000 0.824 0.176
#> GSM282881 3 0.0661 0.74924 0.004 0.008 0.988
#> GSM282882 1 0.5988 0.61003 0.632 0.000 0.368
#> GSM282883 3 0.4062 0.67554 0.000 0.164 0.836
#> GSM282884 1 0.5988 0.61003 0.632 0.000 0.368
#> GSM282885 3 0.6045 0.37589 0.000 0.380 0.620
#> GSM282886 3 0.0424 0.74922 0.000 0.008 0.992
#> GSM282887 1 0.5988 0.61003 0.632 0.000 0.368
#> GSM282888 3 0.1832 0.75066 0.008 0.036 0.956
#> GSM282889 2 0.5968 0.48788 0.000 0.636 0.364
#> GSM282890 1 0.6045 0.58796 0.620 0.000 0.380
#> GSM282902 2 0.5497 0.67673 0.000 0.708 0.292
#> GSM282903 3 0.0892 0.74018 0.020 0.000 0.980
#> GSM282907 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0747 0.74180 0.016 0.000 0.984
#> GSM282912 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM282920 3 0.2550 0.73091 0.056 0.012 0.932
#> GSM282924 3 0.4702 0.62832 0.000 0.212 0.788
#> GSM282891 1 0.1964 0.85793 0.944 0.000 0.056
#> GSM282892 3 0.1950 0.73555 0.040 0.008 0.952
#> GSM282893 3 0.1753 0.72114 0.048 0.000 0.952
#> GSM282894 1 0.6280 0.30503 0.540 0.000 0.460
#> GSM282895 3 0.0592 0.74302 0.012 0.000 0.988
#> GSM282896 3 0.1753 0.72114 0.048 0.000 0.952
#> GSM282897 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.1529 0.72725 0.040 0.000 0.960
#> GSM282899 3 0.1399 0.73817 0.028 0.004 0.968
#> GSM282900 3 0.1950 0.75002 0.008 0.040 0.952
#> GSM282901 3 0.0424 0.74417 0.008 0.000 0.992
#> GSM282906 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.2796 0.84519 0.908 0.000 0.092
#> GSM282911 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.4539 0.63787 0.148 0.016 0.836
#> GSM282919 3 0.2066 0.74261 0.000 0.060 0.940
#> GSM282923 3 0.2356 0.70380 0.072 0.000 0.928
#> GSM282917 3 0.0829 0.75035 0.004 0.012 0.984
#> GSM282922 3 0.7588 0.33075 0.312 0.064 0.624
#> GSM282926 3 0.1647 0.74919 0.004 0.036 0.960
#> GSM282925 3 0.1647 0.74919 0.004 0.036 0.960
#> GSM282935 2 0.5497 0.67673 0.000 0.708 0.292
#> GSM282938 2 0.6244 0.28524 0.000 0.560 0.440
#> GSM282940 2 0.4504 0.81371 0.000 0.804 0.196
#> GSM282941 2 0.4291 0.82910 0.000 0.820 0.180
#> GSM282943 1 0.6229 0.71322 0.700 0.020 0.280
#> GSM282944 3 0.6280 0.17605 0.000 0.460 0.540
#> GSM282946 3 0.0661 0.74924 0.004 0.008 0.988
#> GSM282947 2 0.6280 0.13073 0.000 0.540 0.460
#> GSM282948 3 0.6252 0.22372 0.000 0.444 0.556
#> GSM282949 3 0.6280 0.17720 0.000 0.460 0.540
#> GSM282950 3 0.6252 0.22372 0.000 0.444 0.556
#> GSM282951 3 0.6244 0.22295 0.000 0.440 0.560
#> GSM282952 3 0.6244 0.22295 0.000 0.440 0.560
#> GSM282953 3 0.6274 0.18923 0.000 0.456 0.544
#> GSM282955 3 0.6252 0.22372 0.000 0.444 0.556
#> GSM282956 1 0.2959 0.84140 0.900 0.000 0.100
#> GSM282959 3 0.6168 0.30071 0.000 0.412 0.588
#> GSM282966 3 0.4452 0.66707 0.000 0.192 0.808
#> GSM282968 3 0.6274 0.18923 0.000 0.456 0.544
#> GSM282974 2 0.2796 0.85433 0.000 0.908 0.092
#> GSM283016 1 0.1753 0.85691 0.952 0.000 0.048
#> GSM283021 1 0.1860 0.85776 0.948 0.000 0.052
#> GSM283024 3 0.6280 -0.07333 0.460 0.000 0.540
#> GSM283041 1 0.2165 0.80961 0.936 0.064 0.000
#> GSM283043 3 0.1129 0.75035 0.004 0.020 0.976
#> GSM282957 2 0.3038 0.85676 0.000 0.896 0.104
#> GSM282958 2 0.3038 0.85676 0.000 0.896 0.104
#> GSM282960 3 0.5926 0.41993 0.000 0.356 0.644
#> GSM282971 2 0.3038 0.85676 0.000 0.896 0.104
#> GSM283015 3 0.3116 0.65482 0.108 0.000 0.892
#> GSM282962 2 0.4291 0.82910 0.000 0.820 0.180
#> GSM282963 3 0.6008 0.39421 0.000 0.372 0.628
#> GSM282977 3 0.6111 0.34103 0.000 0.396 0.604
#> GSM282978 3 0.0424 0.74922 0.000 0.008 0.992
#> GSM282987 3 0.6126 0.33176 0.000 0.400 0.600
#> GSM282988 3 0.5882 0.43939 0.000 0.348 0.652
#> GSM282989 3 0.6299 0.09439 0.000 0.476 0.524
#> GSM282990 3 0.3340 0.70730 0.000 0.120 0.880
#> GSM282991 3 0.6111 0.34103 0.000 0.396 0.604
#> GSM282992 2 0.4974 0.76481 0.000 0.764 0.236
#> GSM282993 2 0.2711 0.85275 0.000 0.912 0.088
#> GSM282994 3 0.6111 0.34103 0.000 0.396 0.604
#> GSM282995 2 0.4291 0.82884 0.000 0.820 0.180
#> GSM283020 1 0.1753 0.85691 0.952 0.000 0.048
#> GSM283023 3 0.6280 -0.07333 0.460 0.000 0.540
#> GSM282931 2 0.5098 0.74925 0.000 0.752 0.248
#> GSM282939 2 0.4504 0.81371 0.000 0.804 0.196
#> GSM282981 3 0.4931 0.61181 0.000 0.232 0.768
#> GSM282983 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.6286 0.17340 0.000 0.536 0.464
#> GSM283000 3 0.6308 -0.00101 0.000 0.492 0.508
#> GSM283001 1 0.4555 0.79333 0.800 0.000 0.200
#> GSM283002 3 0.2711 0.73170 0.000 0.088 0.912
#> GSM283003 3 0.0000 0.74679 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.0237 0.74614 0.004 0.000 0.996
#> GSM283005 3 0.6062 0.19166 0.384 0.000 0.616
#> GSM283006 3 0.6274 -0.05768 0.456 0.000 0.544
#> GSM283007 3 0.4931 0.61181 0.000 0.232 0.768
#> GSM283008 3 0.1267 0.74004 0.024 0.004 0.972
#> GSM283009 3 0.2066 0.71284 0.060 0.000 0.940
#> GSM283010 3 0.6349 0.62483 0.140 0.092 0.768
#> GSM283011 3 0.6062 0.19166 0.384 0.000 0.616
#> GSM283022 3 0.6274 -0.05768 0.456 0.000 0.544
#> GSM283034 3 0.0592 0.74329 0.012 0.000 0.988
#> GSM283049 3 0.1643 0.72607 0.044 0.000 0.956
#> GSM283051 1 0.5772 0.76987 0.756 0.024 0.220
#> GSM282929 2 0.2796 0.85433 0.000 0.908 0.092
#> GSM282933 2 0.1753 0.74843 0.048 0.952 0.000
#> GSM282936 2 0.2165 0.73855 0.064 0.936 0.000
#> GSM282937 1 0.2165 0.80961 0.936 0.064 0.000
#> GSM282942 3 0.6309 0.02790 0.000 0.496 0.504
#> GSM282945 3 0.2537 0.73405 0.000 0.080 0.920
#> GSM282954 3 0.6274 0.18923 0.000 0.456 0.544
#> GSM282961 3 0.0424 0.74922 0.000 0.008 0.992
#> GSM282964 2 0.3369 0.80178 0.052 0.908 0.040
#> GSM282965 3 0.4473 0.67580 0.008 0.164 0.828
#> GSM282967 3 0.1170 0.74624 0.016 0.008 0.976
#> GSM282969 2 0.1753 0.74843 0.048 0.952 0.000
#> GSM282970 2 0.1753 0.74843 0.048 0.952 0.000
#> GSM282972 2 0.2796 0.85433 0.000 0.908 0.092
#> GSM282973 3 0.0424 0.74922 0.000 0.008 0.992
#> GSM282975 2 0.2796 0.85433 0.000 0.908 0.092
#> GSM282996 1 0.2165 0.80961 0.936 0.064 0.000
#> GSM282999 3 0.2902 0.72599 0.064 0.016 0.920
#> GSM283014 1 0.2165 0.80961 0.936 0.064 0.000
#> GSM283019 3 0.2749 0.72509 0.064 0.012 0.924
#> GSM283026 3 0.2116 0.74787 0.012 0.040 0.948
#> GSM283029 1 0.1753 0.85691 0.952 0.000 0.048
#> GSM283030 3 0.7588 0.33075 0.312 0.064 0.624
#> GSM283033 3 0.0592 0.74329 0.012 0.000 0.988
#> GSM283035 2 0.3415 0.84431 0.020 0.900 0.080
#> GSM283036 3 0.3482 0.71001 0.000 0.128 0.872
#> GSM283038 2 0.3293 0.84910 0.012 0.900 0.088
#> GSM283046 3 0.2116 0.74787 0.012 0.040 0.948
#> GSM283050 1 0.1753 0.85691 0.952 0.000 0.048
#> GSM283053 3 0.2537 0.73405 0.000 0.080 0.920
#> GSM283055 3 0.1129 0.75035 0.004 0.020 0.976
#> GSM283056 2 0.3207 0.84877 0.012 0.904 0.084
#> GSM282928 2 0.3482 0.85218 0.000 0.872 0.128
#> GSM282930 2 0.5178 0.72729 0.000 0.744 0.256
#> GSM282932 3 0.0661 0.74951 0.004 0.008 0.988
#> GSM282934 1 0.2165 0.80961 0.936 0.064 0.000
#> GSM282976 3 0.6045 0.37740 0.000 0.380 0.620
#> GSM282979 2 0.3816 0.84756 0.000 0.852 0.148
#> GSM282998 2 0.1753 0.74843 0.048 0.952 0.000
#> GSM283013 1 0.1860 0.85776 0.948 0.000 0.052
#> GSM283017 3 0.0661 0.74951 0.004 0.008 0.988
#> GSM283018 3 0.4931 0.61181 0.000 0.232 0.768
#> GSM283025 2 0.2879 0.82520 0.024 0.924 0.052
#> GSM283028 2 0.3989 0.84827 0.012 0.864 0.124
#> GSM283032 3 0.0592 0.74329 0.012 0.000 0.988
#> GSM283037 2 0.3293 0.84910 0.012 0.900 0.088
#> GSM283040 1 0.5772 0.76987 0.756 0.024 0.220
#> GSM283042 3 0.1129 0.75035 0.004 0.020 0.976
#> GSM283045 2 0.2982 0.82555 0.024 0.920 0.056
#> GSM283048 3 0.2116 0.74787 0.012 0.040 0.948
#> GSM283052 3 0.2537 0.73405 0.000 0.080 0.920
#> GSM283054 2 0.2947 0.77122 0.060 0.920 0.020
#> GSM282980 3 0.4539 0.63787 0.148 0.016 0.836
#> GSM282982 3 0.0661 0.74951 0.004 0.008 0.988
#> GSM282984 3 0.2356 0.70380 0.072 0.000 0.928
#> GSM282986 2 0.1753 0.74843 0.048 0.952 0.000
#> GSM282997 1 0.1753 0.85691 0.952 0.000 0.048
#> GSM283012 1 0.1964 0.85793 0.944 0.000 0.056
#> GSM283027 2 0.4128 0.84695 0.012 0.856 0.132
#> GSM283031 3 0.0592 0.74329 0.012 0.000 0.988
#> GSM283039 3 0.5849 0.55843 0.216 0.028 0.756
#> GSM283044 3 0.5397 0.55124 0.000 0.280 0.720
#> GSM283047 3 0.5760 0.47134 0.000 0.328 0.672
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.5444 0.4147 0.000 0.560 0.424 0.016
#> GSM282856 3 0.5751 -0.1665 0.004 0.448 0.528 0.020
#> GSM282857 3 0.4742 0.5517 0.004 0.208 0.760 0.028
#> GSM282858 2 0.2443 0.4468 0.000 0.916 0.060 0.024
#> GSM282859 2 0.2313 0.4439 0.000 0.924 0.044 0.032
#> GSM282860 2 0.1733 0.4227 0.000 0.948 0.028 0.024
#> GSM282861 2 0.5284 0.4897 0.000 0.616 0.368 0.016
#> GSM282862 2 0.2142 0.4716 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM282863 2 0.5590 0.3564 0.000 0.524 0.456 0.020
#> GSM282864 2 0.5277 0.3576 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM282865 2 0.5277 0.3576 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM282866 2 0.5288 0.3364 0.000 0.520 0.472 0.008
#> GSM282867 2 0.5685 0.3398 0.000 0.516 0.460 0.024
#> GSM282868 2 0.5277 0.3576 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM282869 3 0.3833 0.7465 0.048 0.008 0.856 0.088
#> GSM282870 3 0.4175 0.6015 0.000 0.200 0.784 0.016
#> GSM282871 2 0.5288 0.3364 0.000 0.520 0.472 0.008
#> GSM282872 3 0.2578 0.7599 0.000 0.036 0.912 0.052
#> GSM282904 1 0.1022 0.7389 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282910 3 0.5780 -0.1441 0.000 0.476 0.496 0.028
#> GSM282913 3 0.5780 -0.1441 0.000 0.476 0.496 0.028
#> GSM282915 3 0.4742 0.5517 0.004 0.208 0.760 0.028
#> GSM282921 3 0.3304 0.7509 0.048 0.012 0.888 0.052
#> GSM282927 3 0.2587 0.7451 0.008 0.056 0.916 0.020
#> GSM282873 3 0.5791 0.4886 0.060 0.000 0.656 0.284
#> GSM282874 2 0.1452 0.3660 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM282875 2 0.1452 0.3660 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM282905 2 0.1545 0.3641 0.000 0.952 0.008 0.040
#> GSM282914 3 0.5791 0.4886 0.060 0.000 0.656 0.284
#> GSM282918 3 0.5791 0.4886 0.060 0.000 0.656 0.284
#> GSM282876 3 0.2364 0.7489 0.008 0.028 0.928 0.036
#> GSM282877 2 0.5781 0.2352 0.000 0.488 0.484 0.028
#> GSM282878 2 0.2443 0.4711 0.000 0.916 0.060 0.024
#> GSM282879 2 0.3913 0.5267 0.000 0.824 0.148 0.028
#> GSM282880 2 0.2174 0.4683 0.000 0.928 0.052 0.020
#> GSM282881 3 0.2364 0.7489 0.008 0.028 0.928 0.036
#> GSM282882 1 0.6402 0.6298 0.624 0.000 0.268 0.108
#> GSM282883 3 0.4590 0.5761 0.000 0.192 0.772 0.036
#> GSM282884 1 0.6402 0.6298 0.624 0.000 0.268 0.108
#> GSM282885 3 0.5768 -0.1737 0.000 0.456 0.516 0.028
#> GSM282886 3 0.2364 0.7466 0.008 0.028 0.928 0.036
#> GSM282887 1 0.6402 0.6298 0.624 0.000 0.268 0.108
#> GSM282888 3 0.2594 0.7623 0.004 0.036 0.916 0.044
#> GSM282889 2 0.4675 0.5572 0.000 0.736 0.244 0.020
#> GSM282890 1 0.6525 0.6236 0.612 0.000 0.272 0.116
#> GSM282902 2 0.4707 0.4992 0.000 0.760 0.204 0.036
#> GSM282903 3 0.3088 0.7410 0.008 0.000 0.864 0.128
#> GSM282907 3 0.1743 0.7593 0.000 0.004 0.940 0.056
#> GSM282909 3 0.2918 0.7459 0.008 0.000 0.876 0.116
#> GSM282912 3 0.1489 0.7574 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM282920 3 0.3304 0.7509 0.048 0.012 0.888 0.052
#> GSM282924 3 0.4295 0.5855 0.000 0.240 0.752 0.008
#> GSM282891 1 0.1305 0.7404 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM282892 3 0.3279 0.7524 0.024 0.008 0.880 0.088
#> GSM282893 3 0.4139 0.6801 0.024 0.000 0.800 0.176
#> GSM282894 1 0.7337 0.5304 0.524 0.000 0.272 0.204
#> GSM282895 3 0.2714 0.7478 0.004 0.000 0.884 0.112
#> GSM282896 3 0.4139 0.6801 0.024 0.000 0.800 0.176
#> GSM282897 3 0.1824 0.7588 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM282898 3 0.3900 0.7008 0.020 0.000 0.816 0.164
#> GSM282899 3 0.2796 0.7531 0.008 0.004 0.892 0.096
#> GSM282900 3 0.2409 0.7600 0.004 0.040 0.924 0.032
#> GSM282901 3 0.1824 0.7575 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM282906 3 0.1743 0.7593 0.000 0.004 0.940 0.056
#> GSM282908 1 0.2111 0.7395 0.932 0.000 0.024 0.044
#> GSM282911 3 0.1489 0.7574 0.000 0.004 0.952 0.044
#> GSM282916 3 0.5121 0.6620 0.128 0.004 0.772 0.096
#> GSM282919 3 0.3156 0.7508 0.000 0.068 0.884 0.048
#> GSM282923 3 0.4755 0.6349 0.040 0.000 0.760 0.200
#> GSM282917 3 0.2123 0.7504 0.004 0.032 0.936 0.028
#> GSM282922 3 0.7713 0.3190 0.276 0.048 0.564 0.112
#> GSM282926 3 0.2039 0.7524 0.008 0.036 0.940 0.016
#> GSM282925 3 0.2039 0.7524 0.008 0.036 0.940 0.016
#> GSM282935 2 0.4707 0.4992 0.000 0.760 0.204 0.036
#> GSM282938 2 0.5793 0.4511 0.000 0.600 0.360 0.040
#> GSM282940 2 0.2450 0.4852 0.000 0.912 0.072 0.016
#> GSM282941 2 0.2142 0.4713 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM282943 1 0.5910 0.6715 0.688 0.000 0.208 0.104
#> GSM282944 2 0.5590 0.3564 0.000 0.524 0.456 0.020
#> GSM282946 3 0.2364 0.7489 0.008 0.028 0.928 0.036
#> GSM282947 2 0.4964 0.4566 0.000 0.616 0.380 0.004
#> GSM282948 2 0.5290 0.3266 0.000 0.516 0.476 0.008
#> GSM282949 2 0.5273 0.3633 0.000 0.536 0.456 0.008
#> GSM282950 2 0.5288 0.3364 0.000 0.520 0.472 0.008
#> GSM282951 2 0.5685 0.3398 0.000 0.516 0.460 0.024
#> GSM282952 2 0.5685 0.3398 0.000 0.516 0.460 0.024
#> GSM282953 2 0.5281 0.3492 0.000 0.528 0.464 0.008
#> GSM282955 2 0.5288 0.3364 0.000 0.520 0.472 0.008
#> GSM282956 1 0.2313 0.7375 0.924 0.000 0.032 0.044
#> GSM282959 2 0.5781 0.2589 0.000 0.488 0.484 0.028
#> GSM282966 3 0.4253 0.5899 0.000 0.208 0.776 0.016
#> GSM282968 2 0.5277 0.3576 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM282974 2 0.3933 -0.0341 0.000 0.792 0.008 0.200
#> GSM283016 1 0.0336 0.7371 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283021 1 0.0188 0.7391 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283024 1 0.7698 0.4073 0.440 0.000 0.324 0.236
#> GSM283041 1 0.2814 0.6857 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM283043 3 0.1739 0.7553 0.008 0.024 0.952 0.016
#> GSM282957 2 0.1452 0.3660 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM282958 2 0.1452 0.3660 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM282960 3 0.5716 -0.0831 0.000 0.420 0.552 0.028
#> GSM282971 2 0.1452 0.3660 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM283015 3 0.5791 0.4886 0.060 0.000 0.656 0.284
#> GSM282962 2 0.2142 0.4713 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM282963 3 0.5760 -0.1502 0.000 0.448 0.524 0.028
#> GSM282977 3 0.5778 -0.2271 0.000 0.472 0.500 0.028
#> GSM282978 3 0.2032 0.7450 0.000 0.028 0.936 0.036
#> GSM282987 3 0.5780 -0.2350 0.000 0.476 0.496 0.028
#> GSM282988 3 0.5716 -0.0550 0.000 0.420 0.552 0.028
#> GSM282989 2 0.5716 0.3811 0.000 0.552 0.420 0.028
#> GSM282990 3 0.4050 0.6443 0.000 0.144 0.820 0.036
#> GSM282991 3 0.5778 -0.2271 0.000 0.472 0.500 0.028
#> GSM282992 2 0.3812 0.5221 0.000 0.832 0.140 0.028
#> GSM282993 2 0.3982 -0.1213 0.000 0.776 0.004 0.220
#> GSM282994 3 0.5778 -0.2271 0.000 0.472 0.500 0.028
#> GSM282995 2 0.2142 0.4716 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM283020 1 0.0336 0.7371 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283023 1 0.7698 0.4073 0.440 0.000 0.324 0.236
#> GSM282931 2 0.4105 0.5011 0.000 0.812 0.156 0.032
#> GSM282939 2 0.2450 0.4852 0.000 0.912 0.072 0.016
#> GSM282981 3 0.5312 0.5017 0.000 0.268 0.692 0.040
#> GSM282983 3 0.2345 0.7544 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM282985 2 0.5204 0.4404 0.000 0.612 0.376 0.012
#> GSM283000 2 0.5517 0.3774 0.000 0.568 0.412 0.020
#> GSM283001 1 0.4227 0.7220 0.820 0.000 0.120 0.060
#> GSM283002 3 0.3991 0.7123 0.000 0.120 0.832 0.048
#> GSM283003 3 0.2345 0.7544 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM283004 3 0.2737 0.7590 0.000 0.008 0.888 0.104
#> GSM283005 3 0.7796 -0.2346 0.360 0.000 0.392 0.248
#> GSM283006 1 0.7704 0.3849 0.432 0.000 0.336 0.232
#> GSM283007 3 0.5312 0.5017 0.000 0.268 0.692 0.040
#> GSM283008 3 0.2731 0.7543 0.008 0.004 0.896 0.092
#> GSM283009 3 0.4508 0.6576 0.036 0.000 0.780 0.184
#> GSM283010 3 0.6988 0.6175 0.116 0.088 0.684 0.112
#> GSM283011 3 0.7796 -0.2346 0.360 0.000 0.392 0.248
#> GSM283022 1 0.7681 0.3721 0.432 0.000 0.344 0.224
#> GSM283034 3 0.2466 0.7522 0.004 0.000 0.900 0.096
#> GSM283049 3 0.3495 0.7214 0.016 0.000 0.844 0.140
#> GSM283051 1 0.5770 0.6955 0.712 0.000 0.148 0.140
#> GSM282929 2 0.3933 -0.0341 0.000 0.792 0.008 0.200
#> GSM282933 4 0.4624 0.9546 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM282936 4 0.4699 0.9348 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM282937 1 0.2814 0.6857 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM282942 2 0.5444 0.4147 0.000 0.560 0.424 0.016
#> GSM282945 3 0.2401 0.7321 0.000 0.092 0.904 0.004
#> GSM282954 2 0.5277 0.3576 0.000 0.532 0.460 0.008
#> GSM282961 3 0.1624 0.7437 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM282964 4 0.5155 0.7518 0.004 0.468 0.000 0.528
#> GSM282965 3 0.4644 0.5511 0.004 0.208 0.764 0.024
#> GSM282967 3 0.2441 0.7616 0.004 0.020 0.920 0.056
#> GSM282969 4 0.4624 0.9546 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM282970 4 0.4624 0.9546 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM282972 2 0.3933 -0.0341 0.000 0.792 0.008 0.200
#> GSM282973 3 0.1624 0.7437 0.000 0.028 0.952 0.020
#> GSM282975 2 0.3933 -0.0341 0.000 0.792 0.008 0.200
#> GSM282996 1 0.2814 0.6857 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM282999 3 0.3583 0.7480 0.048 0.016 0.876 0.060
#> GSM283014 1 0.2814 0.6857 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM283019 3 0.3463 0.7485 0.048 0.012 0.880 0.060
#> GSM283026 3 0.2262 0.7499 0.016 0.040 0.932 0.012
#> GSM283029 1 0.0000 0.7384 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.7713 0.3190 0.276 0.048 0.564 0.112
#> GSM283033 3 0.2466 0.7522 0.004 0.000 0.900 0.096
#> GSM283035 2 0.5570 -0.5720 0.000 0.540 0.020 0.440
#> GSM283036 3 0.3736 0.6930 0.004 0.128 0.844 0.024
#> GSM283038 2 0.5582 -0.4835 0.000 0.576 0.024 0.400
#> GSM283046 3 0.2262 0.7499 0.016 0.040 0.932 0.012
#> GSM283050 1 0.0000 0.7384 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 3 0.2401 0.7321 0.000 0.092 0.904 0.004
#> GSM283055 3 0.1739 0.7553 0.008 0.024 0.952 0.016
#> GSM283056 2 0.5508 -0.4985 0.000 0.572 0.020 0.408
#> GSM282928 2 0.1733 0.4227 0.000 0.948 0.028 0.024
#> GSM282930 2 0.3443 0.5287 0.000 0.848 0.136 0.016
#> GSM282932 3 0.2795 0.7592 0.004 0.012 0.896 0.088
#> GSM282934 1 0.2814 0.6857 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM282976 3 0.5768 -0.1765 0.000 0.456 0.516 0.028
#> GSM282979 2 0.2224 0.4382 0.000 0.928 0.040 0.032
#> GSM282998 4 0.4624 0.9546 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM283013 1 0.0188 0.7391 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283017 3 0.2861 0.7587 0.004 0.012 0.892 0.092
#> GSM283018 3 0.5312 0.5017 0.000 0.268 0.692 0.040
#> GSM283025 2 0.5155 -0.6382 0.000 0.528 0.004 0.468
#> GSM283028 2 0.6240 -0.3535 0.000 0.568 0.064 0.368
#> GSM283032 3 0.2530 0.7509 0.004 0.000 0.896 0.100
#> GSM283037 2 0.5582 -0.4835 0.000 0.576 0.024 0.400
#> GSM283040 1 0.5770 0.6955 0.712 0.000 0.148 0.140
#> GSM283042 3 0.1739 0.7553 0.008 0.024 0.952 0.016
#> GSM283045 2 0.5277 -0.6260 0.000 0.532 0.008 0.460
#> GSM283048 3 0.2262 0.7499 0.016 0.040 0.932 0.012
#> GSM283052 3 0.2401 0.7321 0.000 0.092 0.904 0.004
#> GSM283054 4 0.4950 0.9095 0.004 0.376 0.000 0.620
#> GSM282980 3 0.5201 0.6649 0.128 0.008 0.772 0.092
#> GSM282982 3 0.2861 0.7587 0.004 0.012 0.892 0.092
#> GSM282984 3 0.4716 0.6405 0.040 0.000 0.764 0.196
#> GSM282986 4 0.4624 0.9546 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM282997 1 0.0336 0.7371 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283012 1 0.1305 0.7404 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM283027 2 0.6324 -0.3163 0.000 0.572 0.072 0.356
#> GSM283031 3 0.2530 0.7509 0.004 0.000 0.896 0.100
#> GSM283039 3 0.6298 0.5657 0.196 0.016 0.688 0.100
#> GSM283044 3 0.5453 0.3913 0.000 0.320 0.648 0.032
#> GSM283047 3 0.5055 0.3217 0.000 0.368 0.624 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.4597 0.4866 0.000 0.564 0.424 0.000 0.012
#> GSM282856 3 0.5227 -0.2594 0.000 0.448 0.508 0.000 0.044
#> GSM282857 3 0.4587 0.4868 0.000 0.204 0.728 0.000 0.068
#> GSM282858 2 0.1408 0.5385 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008
#> GSM282859 2 0.1211 0.5365 0.000 0.960 0.024 0.000 0.016
#> GSM282860 2 0.0854 0.5222 0.000 0.976 0.012 0.004 0.008
#> GSM282861 2 0.4607 0.5502 0.000 0.616 0.368 0.004 0.012
#> GSM282862 2 0.1522 0.5611 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM282863 2 0.4644 0.4381 0.000 0.528 0.460 0.000 0.012
#> GSM282864 2 0.4698 0.4355 0.000 0.520 0.468 0.004 0.008
#> GSM282865 2 0.4698 0.4355 0.000 0.520 0.468 0.004 0.008
#> GSM282866 2 0.4800 0.4188 0.000 0.508 0.476 0.004 0.012
#> GSM282867 2 0.4744 0.4144 0.000 0.508 0.476 0.000 0.016
#> GSM282868 2 0.4698 0.4355 0.000 0.520 0.468 0.004 0.008
#> GSM282869 3 0.4150 0.5926 0.044 0.000 0.772 0.004 0.180
#> GSM282870 3 0.3828 0.5500 0.000 0.184 0.788 0.020 0.008
#> GSM282871 2 0.4800 0.4188 0.000 0.508 0.476 0.004 0.012
#> GSM282872 3 0.3242 0.6831 0.000 0.040 0.844 0.000 0.116
#> GSM282904 1 0.2424 0.7152 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM282910 3 0.5482 -0.1155 0.000 0.448 0.500 0.044 0.008
#> GSM282913 3 0.5482 -0.1155 0.000 0.448 0.500 0.044 0.008
#> GSM282915 3 0.4527 0.4872 0.000 0.204 0.732 0.000 0.064
#> GSM282921 3 0.4243 0.6267 0.040 0.004 0.780 0.008 0.168
#> GSM282927 3 0.3005 0.6886 0.004 0.052 0.884 0.012 0.048
#> GSM282873 5 0.3890 0.6342 0.000 0.000 0.252 0.012 0.736
#> GSM282874 2 0.1648 0.4515 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM282875 2 0.1648 0.4515 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM282905 2 0.1741 0.4496 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> GSM282914 5 0.3890 0.6342 0.000 0.000 0.252 0.012 0.736
#> GSM282918 5 0.3890 0.6342 0.000 0.000 0.252 0.012 0.736
#> GSM282876 3 0.1779 0.6844 0.008 0.008 0.940 0.004 0.040
#> GSM282877 3 0.4826 -0.3185 0.000 0.472 0.508 0.000 0.020
#> GSM282878 2 0.1522 0.5592 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM282879 2 0.2909 0.6035 0.000 0.848 0.140 0.000 0.012
#> GSM282880 2 0.1522 0.5593 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM282881 3 0.1779 0.6844 0.008 0.008 0.940 0.004 0.040
#> GSM282882 1 0.6125 0.1515 0.480 0.000 0.112 0.004 0.404
#> GSM282883 3 0.4041 0.5341 0.000 0.176 0.780 0.004 0.040
#> GSM282884 1 0.6125 0.1515 0.480 0.000 0.112 0.004 0.404
#> GSM282885 3 0.4798 -0.2545 0.000 0.440 0.540 0.000 0.020
#> GSM282886 3 0.1892 0.6838 0.008 0.012 0.936 0.004 0.040
#> GSM282887 1 0.6125 0.1515 0.480 0.000 0.112 0.004 0.404
#> GSM282888 3 0.3164 0.6870 0.000 0.044 0.852 0.000 0.104
#> GSM282889 2 0.4054 0.6187 0.000 0.732 0.248 0.000 0.020
#> GSM282890 1 0.6168 0.1062 0.468 0.000 0.116 0.004 0.412
#> GSM282902 2 0.4545 0.5530 0.000 0.740 0.204 0.048 0.008
#> GSM282903 3 0.3452 0.5603 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM282907 3 0.2179 0.6695 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM282909 3 0.3366 0.5723 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> GSM282912 3 0.2074 0.6715 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM282920 3 0.4243 0.6267 0.040 0.004 0.780 0.008 0.168
#> GSM282924 3 0.4033 0.5617 0.000 0.212 0.760 0.024 0.004
#> GSM282891 1 0.2605 0.7067 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM282892 3 0.4060 0.6084 0.012 0.008 0.760 0.004 0.216
#> GSM282893 3 0.4211 0.3612 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> GSM282894 5 0.5103 0.3563 0.404 0.000 0.040 0.000 0.556
#> GSM282895 3 0.3662 0.5650 0.000 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM282896 3 0.4211 0.3612 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> GSM282897 3 0.2488 0.6631 0.000 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM282898 3 0.3857 0.4376 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM282899 3 0.3647 0.6061 0.000 0.004 0.764 0.004 0.228
#> GSM282900 3 0.3075 0.6897 0.000 0.048 0.860 0.000 0.092
#> GSM282901 3 0.2813 0.6506 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282906 3 0.2179 0.6695 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM282908 1 0.1831 0.7315 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> GSM282911 3 0.2074 0.6715 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM282916 3 0.5827 0.4553 0.112 0.000 0.656 0.024 0.208
#> GSM282919 3 0.3599 0.6802 0.000 0.060 0.832 0.004 0.104
#> GSM282923 3 0.4758 0.1502 0.012 0.000 0.552 0.004 0.432
#> GSM282917 3 0.1981 0.6883 0.000 0.016 0.920 0.000 0.064
#> GSM282922 3 0.7833 -0.0207 0.220 0.024 0.476 0.048 0.232
#> GSM282926 3 0.2512 0.6885 0.004 0.032 0.908 0.008 0.048
#> GSM282925 3 0.2512 0.6885 0.004 0.032 0.908 0.008 0.048
#> GSM282935 2 0.4545 0.5530 0.000 0.740 0.204 0.048 0.008
#> GSM282938 2 0.5626 0.4626 0.000 0.564 0.364 0.064 0.008
#> GSM282940 2 0.1809 0.5708 0.000 0.928 0.060 0.000 0.012
#> GSM282941 2 0.1522 0.5608 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM282943 1 0.5959 0.4262 0.632 0.000 0.080 0.036 0.252
#> GSM282944 2 0.4644 0.4381 0.000 0.528 0.460 0.000 0.012
#> GSM282946 3 0.1779 0.6844 0.008 0.008 0.940 0.004 0.040
#> GSM282947 2 0.4759 0.5084 0.000 0.592 0.388 0.016 0.004
#> GSM282948 2 0.4802 0.4092 0.000 0.504 0.480 0.004 0.012
#> GSM282949 2 0.4695 0.4405 0.000 0.524 0.464 0.004 0.008
#> GSM282950 2 0.4800 0.4188 0.000 0.508 0.476 0.004 0.012
#> GSM282951 2 0.4744 0.4144 0.000 0.508 0.476 0.000 0.016
#> GSM282952 2 0.4744 0.4144 0.000 0.508 0.476 0.000 0.016
#> GSM282953 2 0.4700 0.4273 0.000 0.516 0.472 0.004 0.008
#> GSM282955 2 0.4800 0.4188 0.000 0.508 0.476 0.004 0.012
#> GSM282956 1 0.1952 0.7256 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> GSM282959 3 0.4829 -0.3560 0.000 0.480 0.500 0.000 0.020
#> GSM282966 3 0.3760 0.5403 0.000 0.188 0.784 0.028 0.000
#> GSM282968 2 0.4698 0.4355 0.000 0.520 0.468 0.004 0.008
#> GSM282974 2 0.3961 0.0380 0.000 0.760 0.000 0.212 0.028
#> GSM283016 1 0.0162 0.7551 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM283021 1 0.0290 0.7548 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM283024 5 0.5245 0.5822 0.328 0.000 0.064 0.000 0.608
#> GSM283041 1 0.3946 0.7000 0.800 0.000 0.000 0.120 0.080
#> GSM283043 3 0.2192 0.6871 0.004 0.020 0.920 0.004 0.052
#> GSM282957 2 0.1648 0.4515 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM282958 2 0.1648 0.4515 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM282960 3 0.4833 -0.1658 0.000 0.412 0.564 0.000 0.024
#> GSM282971 2 0.1648 0.4515 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM283015 5 0.3890 0.6342 0.000 0.000 0.252 0.012 0.736
#> GSM282962 2 0.1522 0.5608 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM282963 3 0.4872 -0.2466 0.000 0.436 0.540 0.000 0.024
#> GSM282977 3 0.4821 -0.3126 0.000 0.464 0.516 0.000 0.020
#> GSM282978 3 0.1605 0.6840 0.000 0.012 0.944 0.004 0.040
#> GSM282987 3 0.4824 -0.3193 0.000 0.468 0.512 0.000 0.020
#> GSM282988 3 0.4817 -0.1559 0.000 0.404 0.572 0.000 0.024
#> GSM282989 2 0.4793 0.4371 0.000 0.544 0.436 0.000 0.020
#> GSM282990 3 0.3543 0.6043 0.000 0.128 0.828 0.004 0.040
#> GSM282991 3 0.4821 -0.3126 0.000 0.464 0.516 0.000 0.020
#> GSM282992 2 0.2818 0.6003 0.000 0.856 0.132 0.000 0.012
#> GSM282993 2 0.4197 -0.0776 0.000 0.728 0.000 0.244 0.028
#> GSM282994 3 0.4821 -0.3126 0.000 0.464 0.516 0.000 0.020
#> GSM282995 2 0.1522 0.5611 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> GSM283020 1 0.0451 0.7547 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM283023 5 0.5245 0.5822 0.328 0.000 0.064 0.000 0.608
#> GSM282931 2 0.3608 0.5712 0.000 0.812 0.148 0.040 0.000
#> GSM282939 2 0.1809 0.5708 0.000 0.928 0.060 0.000 0.012
#> GSM282981 3 0.5210 0.4776 0.000 0.264 0.652 0.000 0.084
#> GSM282983 3 0.3333 0.5991 0.000 0.000 0.788 0.004 0.208
#> GSM282985 2 0.5241 0.4669 0.000 0.596 0.356 0.008 0.040
#> GSM283000 2 0.5304 0.4135 0.000 0.560 0.384 0.000 0.056
#> GSM283001 1 0.3402 0.6536 0.804 0.000 0.004 0.008 0.184
#> GSM283002 3 0.4228 0.6712 0.000 0.108 0.788 0.004 0.100
#> GSM283003 3 0.3333 0.5991 0.000 0.000 0.788 0.004 0.208
#> GSM283004 3 0.2930 0.6478 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> GSM283005 5 0.5265 0.6556 0.248 0.000 0.096 0.000 0.656
#> GSM283006 5 0.5322 0.5940 0.320 0.000 0.072 0.000 0.608
#> GSM283007 3 0.5210 0.4776 0.000 0.264 0.652 0.000 0.084
#> GSM283008 3 0.3616 0.6086 0.000 0.004 0.768 0.004 0.224
#> GSM283009 3 0.4705 0.2262 0.012 0.000 0.580 0.004 0.404
#> GSM283010 3 0.7376 0.3706 0.104 0.064 0.584 0.044 0.204
#> GSM283011 5 0.5265 0.6556 0.248 0.000 0.096 0.000 0.656
#> GSM283022 5 0.5425 0.5921 0.320 0.000 0.080 0.000 0.600
#> GSM283034 3 0.3607 0.5721 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM283049 3 0.4009 0.4813 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> GSM283051 1 0.5465 0.4963 0.612 0.000 0.012 0.056 0.320
#> GSM282929 2 0.3961 0.0380 0.000 0.760 0.000 0.212 0.028
#> GSM282933 4 0.1043 0.7054 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM282936 4 0.0771 0.6811 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM282937 1 0.3946 0.7000 0.800 0.000 0.000 0.120 0.080
#> GSM282942 2 0.4597 0.4866 0.000 0.564 0.424 0.000 0.012
#> GSM282945 3 0.2264 0.6829 0.000 0.060 0.912 0.024 0.004
#> GSM282954 2 0.4698 0.4355 0.000 0.520 0.468 0.004 0.008
#> GSM282961 3 0.1012 0.6833 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> GSM282964 4 0.3851 0.7641 0.004 0.212 0.000 0.768 0.016
#> GSM282965 3 0.4587 0.4893 0.000 0.204 0.728 0.000 0.068
#> GSM282967 3 0.3067 0.6657 0.000 0.012 0.844 0.004 0.140
#> GSM282969 4 0.1043 0.7054 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM282970 4 0.1043 0.7054 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM282972 2 0.3961 0.0380 0.000 0.760 0.000 0.212 0.028
#> GSM282973 3 0.1106 0.6842 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024
#> GSM282975 2 0.3961 0.0380 0.000 0.760 0.000 0.212 0.028
#> GSM282996 1 0.3946 0.7000 0.800 0.000 0.000 0.120 0.080
#> GSM282999 3 0.4439 0.6227 0.040 0.008 0.768 0.008 0.176
#> GSM283014 1 0.3946 0.7000 0.800 0.000 0.000 0.120 0.080
#> GSM283019 3 0.4318 0.6224 0.040 0.004 0.772 0.008 0.176
#> GSM283026 3 0.2711 0.6880 0.012 0.032 0.904 0.012 0.040
#> GSM283029 1 0.0290 0.7555 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM283030 3 0.7833 -0.0207 0.220 0.024 0.476 0.048 0.232
#> GSM283033 3 0.3607 0.5721 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM283035 4 0.4941 0.7374 0.000 0.324 0.016 0.640 0.020
#> GSM283036 3 0.3921 0.6537 0.004 0.116 0.824 0.024 0.032
#> GSM283038 4 0.5231 0.7049 0.000 0.356 0.024 0.600 0.020
#> GSM283046 3 0.2711 0.6880 0.012 0.032 0.904 0.012 0.040
#> GSM283050 1 0.0290 0.7555 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM283053 3 0.2264 0.6829 0.000 0.060 0.912 0.024 0.004
#> GSM283055 3 0.2192 0.6871 0.004 0.020 0.920 0.004 0.052
#> GSM283056 4 0.5136 0.7102 0.000 0.352 0.020 0.608 0.020
#> GSM282928 2 0.0854 0.5222 0.000 0.976 0.012 0.004 0.008
#> GSM282930 2 0.3011 0.6055 0.000 0.844 0.140 0.000 0.016
#> GSM282932 3 0.2970 0.6383 0.000 0.004 0.828 0.000 0.168
#> GSM282934 1 0.3946 0.7000 0.800 0.000 0.000 0.120 0.080
#> GSM282976 3 0.4886 -0.2742 0.000 0.448 0.528 0.000 0.024
#> GSM282979 2 0.1216 0.5296 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> GSM282998 4 0.1043 0.7054 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM283013 1 0.0404 0.7544 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283017 3 0.3010 0.6351 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172
#> GSM283018 3 0.5210 0.4776 0.000 0.264 0.652 0.000 0.084
#> GSM283025 4 0.4318 0.7607 0.000 0.292 0.000 0.688 0.020
#> GSM283028 4 0.5949 0.5999 0.000 0.384 0.064 0.532 0.020
#> GSM283032 3 0.3662 0.5623 0.000 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM283037 4 0.5231 0.7049 0.000 0.356 0.024 0.600 0.020
#> GSM283040 1 0.5465 0.4963 0.612 0.000 0.012 0.056 0.320
#> GSM283042 3 0.2192 0.6871 0.004 0.020 0.920 0.004 0.052
#> GSM283045 4 0.4492 0.7591 0.000 0.296 0.004 0.680 0.020
#> GSM283048 3 0.2711 0.6880 0.012 0.032 0.904 0.012 0.040
#> GSM283052 3 0.2264 0.6829 0.000 0.060 0.912 0.024 0.004
#> GSM283054 4 0.2488 0.7384 0.004 0.124 0.000 0.872 0.000
#> GSM282980 3 0.5769 0.4628 0.112 0.000 0.664 0.024 0.200
#> GSM282982 3 0.3010 0.6351 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172
#> GSM282984 3 0.4745 0.1781 0.012 0.000 0.560 0.004 0.424
#> GSM282986 4 0.1043 0.7054 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM282997 1 0.0451 0.7547 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM283012 1 0.2605 0.7067 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM283027 4 0.6065 0.5693 0.000 0.392 0.072 0.516 0.020
#> GSM283031 3 0.3662 0.5623 0.000 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM283039 3 0.6733 0.3123 0.152 0.008 0.576 0.028 0.236
#> GSM283044 3 0.5521 0.3694 0.000 0.304 0.616 0.008 0.072
#> GSM283047 3 0.5020 0.3100 0.000 0.344 0.620 0.016 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.4433 0.4414 0.000 0.560 0.416 0.008 0.000 0.016
#> GSM282856 3 0.4589 -0.2344 0.000 0.460 0.504 0.000 0.000 0.036
#> GSM282857 3 0.4233 0.4742 0.000 0.216 0.720 0.000 0.004 0.060
#> GSM282858 2 0.2411 0.4776 0.000 0.900 0.044 0.032 0.000 0.024
#> GSM282859 2 0.2042 0.4731 0.000 0.920 0.024 0.024 0.000 0.032
#> GSM282860 2 0.2078 0.4537 0.000 0.916 0.012 0.040 0.000 0.032
#> GSM282861 2 0.5113 0.5006 0.000 0.572 0.360 0.040 0.000 0.028
#> GSM282862 2 0.1605 0.5109 0.000 0.936 0.044 0.004 0.000 0.016
#> GSM282863 2 0.4308 0.3947 0.000 0.532 0.452 0.008 0.000 0.008
#> GSM282864 2 0.4459 0.3942 0.000 0.516 0.460 0.020 0.000 0.004
#> GSM282865 2 0.4459 0.3942 0.000 0.516 0.460 0.020 0.000 0.004
#> GSM282866 2 0.4563 0.3788 0.000 0.504 0.468 0.020 0.000 0.008
#> GSM282867 2 0.4089 0.3756 0.000 0.524 0.468 0.000 0.000 0.008
#> GSM282868 2 0.4459 0.3942 0.000 0.516 0.460 0.020 0.000 0.004
#> GSM282869 3 0.4209 0.5695 0.004 0.004 0.756 0.000 0.092 0.144
#> GSM282870 3 0.3889 0.5455 0.000 0.164 0.776 0.044 0.000 0.016
#> GSM282871 2 0.4563 0.3788 0.000 0.504 0.468 0.020 0.000 0.008
#> GSM282872 3 0.3496 0.6600 0.000 0.040 0.824 0.004 0.016 0.116
#> GSM282904 5 0.3266 -0.0705 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM282910 3 0.5188 -0.0824 0.000 0.424 0.496 0.076 0.000 0.004
#> GSM282913 3 0.5188 -0.0824 0.000 0.424 0.496 0.076 0.000 0.004
#> GSM282915 3 0.4177 0.4749 0.000 0.216 0.724 0.000 0.004 0.056
#> GSM282921 3 0.4747 0.6042 0.048 0.008 0.764 0.008 0.084 0.088
#> GSM282927 3 0.2932 0.6700 0.000 0.056 0.876 0.012 0.016 0.040
#> GSM282873 6 0.5093 1.0000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.192 0.632
#> GSM282874 2 0.5365 0.0456 0.008 0.624 0.000 0.132 0.004 0.232
#> GSM282875 2 0.5365 0.0456 0.008 0.624 0.000 0.132 0.004 0.232
#> GSM282905 2 0.5433 0.0348 0.008 0.616 0.000 0.140 0.004 0.232
#> GSM282914 6 0.5093 1.0000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.192 0.632
#> GSM282918 6 0.5093 1.0000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.192 0.632
#> GSM282876 3 0.2389 0.6613 0.008 0.016 0.904 0.000 0.020 0.052
#> GSM282877 2 0.4696 0.2697 0.008 0.488 0.480 0.000 0.004 0.020
#> GSM282878 2 0.2084 0.5032 0.000 0.916 0.044 0.016 0.000 0.024
#> GSM282879 2 0.3482 0.5540 0.008 0.828 0.116 0.024 0.000 0.024
#> GSM282880 2 0.1194 0.5089 0.000 0.956 0.032 0.004 0.000 0.008
#> GSM282881 3 0.2389 0.6613 0.008 0.016 0.904 0.000 0.020 0.052
#> GSM282882 5 0.4352 0.4088 0.020 0.000 0.084 0.000 0.752 0.144
#> GSM282883 3 0.4017 0.5118 0.008 0.188 0.760 0.000 0.008 0.036
#> GSM282884 5 0.4352 0.4088 0.020 0.000 0.084 0.000 0.752 0.144
#> GSM282885 3 0.4687 -0.2373 0.008 0.456 0.512 0.000 0.004 0.020
#> GSM282886 3 0.2472 0.6602 0.008 0.024 0.900 0.000 0.016 0.052
#> GSM282887 5 0.4352 0.4088 0.020 0.000 0.084 0.000 0.752 0.144
#> GSM282888 3 0.3283 0.6677 0.000 0.040 0.848 0.004 0.024 0.084
#> GSM282889 2 0.3874 0.5602 0.008 0.744 0.224 0.004 0.000 0.020
#> GSM282890 5 0.4472 0.3953 0.020 0.000 0.088 0.000 0.740 0.152
#> GSM282902 2 0.5011 0.4953 0.000 0.672 0.204 0.108 0.000 0.016
#> GSM282903 3 0.3743 0.5089 0.000 0.000 0.724 0.000 0.024 0.252
#> GSM282907 3 0.2402 0.6493 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> GSM282909 3 0.3592 0.5259 0.000 0.000 0.740 0.000 0.020 0.240
#> GSM282912 3 0.2135 0.6514 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM282920 3 0.4747 0.6042 0.048 0.008 0.764 0.008 0.084 0.088
#> GSM282924 3 0.3849 0.5508 0.000 0.208 0.752 0.032 0.000 0.008
#> GSM282891 5 0.3175 -0.0244 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM282892 3 0.4466 0.5790 0.016 0.008 0.752 0.000 0.080 0.144
#> GSM282893 3 0.4683 0.2704 0.000 0.000 0.616 0.000 0.064 0.320
#> GSM282894 5 0.4393 0.4368 0.044 0.000 0.016 0.000 0.708 0.232
#> GSM282895 3 0.3909 0.5168 0.000 0.000 0.720 0.000 0.036 0.244
#> GSM282896 3 0.4683 0.2704 0.000 0.000 0.616 0.000 0.064 0.320
#> GSM282897 3 0.2402 0.6408 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM282898 3 0.4265 0.3597 0.000 0.000 0.660 0.000 0.040 0.300
#> GSM282899 3 0.4151 0.5709 0.000 0.004 0.748 0.000 0.084 0.164
#> GSM282900 3 0.3163 0.6706 0.000 0.044 0.856 0.004 0.020 0.076
#> GSM282901 3 0.3295 0.6246 0.000 0.000 0.816 0.000 0.056 0.128
#> GSM282906 3 0.2402 0.6493 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> GSM282908 1 0.4735 0.6181 0.568 0.000 0.004 0.000 0.384 0.044
#> GSM282911 3 0.2135 0.6514 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM282916 3 0.6146 0.4113 0.108 0.000 0.632 0.012 0.124 0.124
#> GSM282919 3 0.3291 0.6619 0.000 0.064 0.828 0.000 0.004 0.104
#> GSM282923 3 0.5471 -0.0221 0.000 0.000 0.524 0.000 0.140 0.336
#> GSM282917 3 0.2122 0.6700 0.000 0.024 0.900 0.000 0.000 0.076
#> GSM282922 3 0.7608 -0.0260 0.196 0.024 0.464 0.036 0.236 0.044
#> GSM282926 3 0.2501 0.6707 0.000 0.036 0.900 0.008 0.016 0.040
#> GSM282925 3 0.2501 0.6707 0.000 0.036 0.900 0.008 0.016 0.040
#> GSM282935 2 0.5011 0.4953 0.000 0.672 0.204 0.108 0.000 0.016
#> GSM282938 2 0.5713 0.3981 0.000 0.508 0.356 0.124 0.000 0.012
#> GSM282940 2 0.1863 0.5216 0.000 0.920 0.060 0.004 0.000 0.016
#> GSM282941 2 0.1605 0.5106 0.000 0.936 0.044 0.004 0.000 0.016
#> GSM282943 5 0.5723 0.1601 0.368 0.000 0.080 0.008 0.524 0.020
#> GSM282944 2 0.4308 0.3947 0.000 0.532 0.452 0.008 0.000 0.008
#> GSM282946 3 0.2389 0.6613 0.008 0.016 0.904 0.000 0.020 0.052
#> GSM282947 2 0.4409 0.4531 0.000 0.588 0.380 0.032 0.000 0.000
#> GSM282948 2 0.4564 0.3701 0.000 0.500 0.472 0.020 0.000 0.008
#> GSM282949 2 0.4456 0.3971 0.000 0.520 0.456 0.020 0.000 0.004
#> GSM282950 2 0.4563 0.3788 0.000 0.504 0.468 0.020 0.000 0.008
#> GSM282951 2 0.4089 0.3756 0.000 0.524 0.468 0.000 0.000 0.008
#> GSM282952 2 0.4089 0.3756 0.000 0.524 0.468 0.000 0.000 0.008
#> GSM282953 2 0.4461 0.3868 0.000 0.512 0.464 0.020 0.000 0.004
#> GSM282955 2 0.4563 0.3788 0.000 0.504 0.468 0.020 0.000 0.008
#> GSM282956 1 0.4827 0.6092 0.568 0.000 0.004 0.000 0.376 0.052
#> GSM282959 2 0.4694 0.3086 0.008 0.496 0.472 0.000 0.004 0.020
#> GSM282966 3 0.3752 0.5350 0.000 0.168 0.776 0.052 0.000 0.004
#> GSM282968 2 0.4459 0.3942 0.000 0.516 0.460 0.020 0.000 0.004
#> GSM282974 2 0.4905 -0.2019 0.000 0.580 0.000 0.344 0.000 0.076
#> GSM283016 1 0.3634 0.7085 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> GSM283021 1 0.3828 0.6677 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000
#> GSM283024 5 0.4375 0.3511 0.016 0.000 0.028 0.000 0.680 0.276
#> GSM283041 1 0.0547 0.6388 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.2228 0.6700 0.000 0.024 0.912 0.004 0.016 0.044
#> GSM282957 2 0.5365 0.0456 0.008 0.624 0.000 0.132 0.004 0.232
#> GSM282958 2 0.5365 0.0456 0.008 0.624 0.000 0.132 0.004 0.232
#> GSM282960 3 0.4654 -0.1510 0.008 0.424 0.544 0.000 0.004 0.020
#> GSM282971 2 0.5365 0.0456 0.008 0.624 0.000 0.132 0.004 0.232
#> GSM283015 6 0.5093 1.0000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.192 0.632
#> GSM282962 2 0.1605 0.5106 0.000 0.936 0.044 0.004 0.000 0.016
#> GSM282963 3 0.4784 -0.2278 0.008 0.452 0.512 0.000 0.008 0.020
#> GSM282977 3 0.4696 -0.2874 0.008 0.480 0.488 0.000 0.004 0.020
#> GSM282978 3 0.2278 0.6611 0.008 0.024 0.908 0.000 0.008 0.052
#> GSM282987 2 0.4696 0.2736 0.008 0.484 0.484 0.000 0.004 0.020
#> GSM282988 3 0.4750 -0.1486 0.008 0.420 0.544 0.000 0.008 0.020
#> GSM282989 2 0.4629 0.3897 0.008 0.560 0.408 0.000 0.004 0.020
#> GSM282990 3 0.3665 0.5856 0.008 0.140 0.804 0.000 0.008 0.040
#> GSM282991 3 0.4696 -0.2874 0.008 0.480 0.488 0.000 0.004 0.020
#> GSM282992 2 0.3392 0.5493 0.008 0.836 0.108 0.024 0.000 0.024
#> GSM282993 2 0.4828 -0.2538 0.000 0.568 0.000 0.368 0.000 0.064
#> GSM282994 3 0.4696 -0.2874 0.008 0.480 0.488 0.000 0.004 0.020
#> GSM282995 2 0.1605 0.5109 0.000 0.936 0.044 0.004 0.000 0.016
#> GSM283020 1 0.3578 0.7085 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM283023 5 0.4375 0.3511 0.016 0.000 0.028 0.000 0.680 0.276
#> GSM282931 2 0.4436 0.5125 0.000 0.744 0.148 0.088 0.000 0.020
#> GSM282939 2 0.1863 0.5216 0.000 0.920 0.060 0.004 0.000 0.016
#> GSM282981 3 0.5062 0.4806 0.000 0.248 0.648 0.016 0.000 0.088
#> GSM282983 3 0.3314 0.5565 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> GSM282985 2 0.5246 0.4061 0.000 0.568 0.360 0.040 0.004 0.028
#> GSM283000 2 0.5429 0.3570 0.000 0.532 0.388 0.032 0.004 0.044
#> GSM283001 5 0.4128 -0.4203 0.488 0.000 0.004 0.000 0.504 0.004
#> GSM283002 3 0.4093 0.6491 0.000 0.112 0.772 0.000 0.012 0.104
#> GSM283003 3 0.3314 0.5565 0.000 0.000 0.764 0.000 0.012 0.224
#> GSM283004 3 0.2981 0.6243 0.000 0.000 0.820 0.000 0.020 0.160
#> GSM283005 5 0.4867 0.0702 0.004 0.000 0.068 0.000 0.608 0.320
#> GSM283006 5 0.4511 0.3364 0.016 0.000 0.036 0.000 0.672 0.276
#> GSM283007 3 0.5062 0.4806 0.000 0.248 0.648 0.016 0.000 0.088
#> GSM283008 3 0.4102 0.5736 0.000 0.004 0.752 0.000 0.080 0.164
#> GSM283009 3 0.5232 0.1055 0.000 0.000 0.564 0.000 0.116 0.320
#> GSM283010 3 0.7492 0.3179 0.104 0.064 0.564 0.036 0.152 0.080
#> GSM283011 5 0.4867 0.0702 0.004 0.000 0.068 0.000 0.608 0.320
#> GSM283022 5 0.4656 0.3240 0.016 0.000 0.048 0.000 0.668 0.268
#> GSM283034 3 0.3791 0.5277 0.000 0.000 0.732 0.000 0.032 0.236
#> GSM283049 3 0.4704 0.4210 0.000 0.000 0.664 0.000 0.100 0.236
#> GSM283051 5 0.4678 0.1301 0.432 0.000 0.004 0.012 0.536 0.016
#> GSM282929 2 0.4905 -0.2019 0.000 0.580 0.000 0.344 0.000 0.076
#> GSM282933 4 0.2907 0.7366 0.028 0.008 0.000 0.860 0.004 0.100
#> GSM282936 4 0.2870 0.7204 0.040 0.000 0.000 0.856 0.004 0.100
#> GSM282937 1 0.0547 0.6388 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.4433 0.4414 0.000 0.560 0.416 0.008 0.000 0.016
#> GSM282945 3 0.2369 0.6662 0.000 0.060 0.900 0.028 0.004 0.008
#> GSM282954 2 0.4459 0.3942 0.000 0.516 0.460 0.020 0.000 0.004
#> GSM282961 3 0.1950 0.6622 0.008 0.020 0.928 0.000 0.012 0.032
#> GSM282964 4 0.3876 0.7824 0.020 0.112 0.000 0.796 0.000 0.072
#> GSM282965 3 0.4233 0.4769 0.000 0.216 0.720 0.000 0.004 0.060
#> GSM282967 3 0.3355 0.6470 0.000 0.016 0.828 0.000 0.040 0.116
#> GSM282969 4 0.2907 0.7366 0.028 0.008 0.000 0.860 0.004 0.100
#> GSM282970 4 0.2907 0.7366 0.028 0.008 0.000 0.860 0.004 0.100
#> GSM282972 2 0.4835 -0.1853 0.000 0.592 0.000 0.336 0.000 0.072
#> GSM282973 3 0.2024 0.6626 0.008 0.020 0.924 0.000 0.012 0.036
#> GSM282975 2 0.4835 -0.1853 0.000 0.592 0.000 0.336 0.000 0.072
#> GSM282996 1 0.0547 0.6388 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4940 0.5996 0.048 0.012 0.752 0.008 0.092 0.088
#> GSM283014 1 0.0547 0.6388 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.4844 0.5996 0.048 0.008 0.756 0.008 0.092 0.088
#> GSM283026 3 0.2793 0.6702 0.012 0.036 0.892 0.012 0.012 0.036
#> GSM283029 1 0.3765 0.6961 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM283030 3 0.7608 -0.0260 0.196 0.024 0.464 0.036 0.236 0.044
#> GSM283033 3 0.3791 0.5277 0.000 0.000 0.732 0.000 0.032 0.236
#> GSM283035 4 0.3168 0.7802 0.000 0.192 0.016 0.792 0.000 0.000
#> GSM283036 3 0.3810 0.6468 0.000 0.112 0.812 0.032 0.008 0.036
#> GSM283038 4 0.3759 0.7655 0.000 0.216 0.024 0.752 0.000 0.008
#> GSM283046 3 0.2793 0.6702 0.012 0.036 0.892 0.012 0.012 0.036
#> GSM283050 1 0.3765 0.6961 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM283053 3 0.2369 0.6662 0.000 0.060 0.900 0.028 0.004 0.008
#> GSM283055 3 0.2228 0.6700 0.000 0.024 0.912 0.004 0.016 0.044
#> GSM283056 4 0.3652 0.7685 0.000 0.212 0.020 0.760 0.000 0.008
#> GSM282928 2 0.2078 0.4537 0.000 0.916 0.012 0.040 0.000 0.032
#> GSM282930 2 0.2846 0.5606 0.008 0.856 0.116 0.004 0.000 0.016
#> GSM282932 3 0.3263 0.6031 0.000 0.004 0.800 0.000 0.020 0.176
#> GSM282934 1 0.0547 0.6388 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282976 3 0.4791 -0.2541 0.008 0.464 0.500 0.000 0.008 0.020
#> GSM282979 2 0.2471 0.4462 0.000 0.896 0.020 0.040 0.000 0.044
#> GSM282998 4 0.2907 0.7366 0.028 0.008 0.000 0.860 0.004 0.100
#> GSM283013 1 0.3833 0.6624 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> GSM283017 3 0.3296 0.5990 0.000 0.004 0.796 0.000 0.020 0.180
#> GSM283018 3 0.5062 0.4806 0.000 0.248 0.648 0.016 0.000 0.088
#> GSM283025 4 0.2558 0.7912 0.000 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> GSM283028 4 0.4568 0.6929 0.000 0.244 0.064 0.684 0.000 0.008
#> GSM283032 3 0.3841 0.5156 0.000 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244
#> GSM283037 4 0.3759 0.7655 0.000 0.216 0.024 0.752 0.000 0.008
#> GSM283040 5 0.4678 0.1301 0.432 0.000 0.004 0.012 0.536 0.016
#> GSM283042 3 0.2228 0.6700 0.000 0.024 0.912 0.004 0.016 0.044
#> GSM283045 4 0.2737 0.7913 0.000 0.160 0.004 0.832 0.000 0.004
#> GSM283048 3 0.2886 0.6704 0.012 0.036 0.888 0.012 0.016 0.036
#> GSM283052 3 0.2369 0.6662 0.000 0.060 0.900 0.028 0.004 0.008
#> GSM283054 4 0.4042 0.7698 0.036 0.084 0.000 0.800 0.004 0.076
#> GSM282980 3 0.6244 0.4208 0.108 0.004 0.632 0.012 0.124 0.120
#> GSM282982 3 0.3296 0.5990 0.000 0.004 0.796 0.000 0.020 0.180
#> GSM282984 3 0.5451 0.0161 0.000 0.000 0.532 0.000 0.140 0.328
#> GSM282986 4 0.2907 0.7366 0.028 0.008 0.000 0.860 0.004 0.100
#> GSM282997 1 0.3578 0.7085 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000
#> GSM283012 5 0.3175 -0.0244 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM283027 4 0.4716 0.6679 0.000 0.252 0.072 0.668 0.000 0.008
#> GSM283031 3 0.3841 0.5156 0.000 0.000 0.724 0.000 0.032 0.244
#> GSM283039 3 0.6917 0.2777 0.124 0.008 0.564 0.016 0.172 0.116
#> GSM283044 3 0.5142 0.3747 0.000 0.292 0.620 0.024 0.000 0.064
#> GSM283047 3 0.4802 0.3065 0.000 0.328 0.620 0.032 0.004 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> MAD:hclust 193 0.450656 6.24e-01 5.89e-01 2
#> MAD:hclust 152 0.021541 4.14e-01 5.56e-03 3
#> MAD:hclust 115 0.059213 4.53e-03 1.00e-01 4
#> MAD:hclust 125 0.002503 1.39e-07 2.14e-06 5
#> MAD:hclust 107 0.000405 1.41e-06 5.07e-19 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.747 0.871 0.944 0.4713 0.521 0.521
#> 3 3 0.357 0.573 0.793 0.3269 0.605 0.392
#> 4 4 0.733 0.805 0.892 0.1395 0.741 0.444
#> 5 5 0.609 0.562 0.741 0.0816 0.935 0.789
#> 6 6 0.637 0.495 0.676 0.0477 0.858 0.525
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282870 2 0.9491 0.4015 0.368 0.632
#> GSM282871 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0376 0.9483 0.004 0.996
#> GSM282904 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.7056 0.7382 0.192 0.808
#> GSM282921 2 0.8081 0.6543 0.248 0.752
#> GSM282927 1 0.5294 0.8635 0.880 0.120
#> GSM282873 1 0.4562 0.8843 0.904 0.096
#> GSM282874 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.4161 0.8897 0.916 0.084
#> GSM282877 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.4690 0.8793 0.900 0.100
#> GSM282882 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.8267 0.6298 0.260 0.740
#> GSM282887 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282888 2 0.7453 0.7098 0.212 0.788
#> GSM282889 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282903 1 0.6148 0.8336 0.848 0.152
#> GSM282907 2 0.0376 0.9483 0.004 0.996
#> GSM282909 1 0.4690 0.8793 0.900 0.100
#> GSM282912 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.7139 0.7812 0.804 0.196
#> GSM282893 1 0.4690 0.8793 0.900 0.100
#> GSM282894 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.8661 0.5781 0.288 0.712
#> GSM282896 1 0.6247 0.8293 0.844 0.156
#> GSM282897 2 0.0376 0.9483 0.004 0.996
#> GSM282898 1 0.4690 0.8793 0.900 0.100
#> GSM282899 1 0.2948 0.9055 0.948 0.052
#> GSM282900 2 0.9815 0.2503 0.420 0.580
#> GSM282901 1 0.2603 0.9089 0.956 0.044
#> GSM282906 1 0.4298 0.8871 0.912 0.088
#> GSM282908 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.9754 0.2828 0.408 0.592
#> GSM282916 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM282919 2 0.0376 0.9483 0.004 0.996
#> GSM282923 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM282917 2 0.6247 0.7891 0.156 0.844
#> GSM282922 1 0.2043 0.9135 0.968 0.032
#> GSM282926 1 0.6973 0.7915 0.812 0.188
#> GSM282925 1 0.7056 0.7864 0.808 0.192
#> GSM282935 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.9460 0.4077 0.364 0.636
#> GSM282947 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0938 0.9420 0.012 0.988
#> GSM282957 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.9998 0.1512 0.508 0.492
#> GSM282983 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.4562 0.8603 0.096 0.904
#> GSM283003 1 0.6343 0.8256 0.840 0.160
#> GSM283004 1 0.9754 0.3725 0.592 0.408
#> GSM283005 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.9996 0.1519 0.512 0.488
#> GSM283008 1 0.2043 0.9135 0.968 0.032
#> GSM283009 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283010 2 0.9580 0.3071 0.380 0.620
#> GSM283011 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.2043 0.9249 0.032 0.968
#> GSM283049 1 0.2236 0.9124 0.964 0.036
#> GSM283051 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.9998 0.1208 0.508 0.492
#> GSM282936 2 0.3431 0.8936 0.064 0.936
#> GSM282937 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.5294 0.8326 0.120 0.880
#> GSM282967 2 0.9998 -0.0439 0.492 0.508
#> GSM282969 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282970 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.8386 0.6154 0.268 0.732
#> GSM282975 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM283014 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0672 0.9452 0.008 0.992
#> GSM283029 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.7745 0.7192 0.772 0.228
#> GSM283033 2 0.9833 0.2369 0.424 0.576
#> GSM283035 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283036 2 0.1414 0.9359 0.020 0.980
#> GSM283038 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.4161 0.8896 0.916 0.084
#> GSM283050 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM283056 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.5178 0.8674 0.884 0.116
#> GSM282934 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.5946 0.8416 0.856 0.144
#> GSM283018 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283032 1 0.6343 0.8250 0.840 0.160
#> GSM283037 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.5946 0.8416 0.856 0.144
#> GSM283045 2 0.3733 0.8841 0.072 0.928
#> GSM283048 2 0.9635 0.3474 0.388 0.612
#> GSM283052 1 0.9988 0.1925 0.520 0.480
#> GSM283054 2 0.0938 0.9422 0.012 0.988
#> GSM282980 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM282984 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM282986 1 0.9850 0.3099 0.572 0.428
#> GSM282997 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9189 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.4161 0.8896 0.916 0.084
#> GSM283039 1 0.1843 0.9147 0.972 0.028
#> GSM283044 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.9512 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.6215 0.1979 0.000 0.428 0.572
#> GSM282856 3 0.4887 0.5487 0.000 0.228 0.772
#> GSM282857 3 0.3941 0.6113 0.000 0.156 0.844
#> GSM282858 2 0.5216 0.6407 0.000 0.740 0.260
#> GSM282859 2 0.4842 0.6784 0.000 0.776 0.224
#> GSM282860 2 0.2165 0.7415 0.000 0.936 0.064
#> GSM282861 2 0.5138 0.6349 0.000 0.748 0.252
#> GSM282862 2 0.4887 0.6754 0.000 0.772 0.228
#> GSM282863 3 0.6215 0.1910 0.000 0.428 0.572
#> GSM282864 2 0.6111 0.4103 0.000 0.604 0.396
#> GSM282865 3 0.6204 0.2030 0.000 0.424 0.576
#> GSM282866 3 0.5988 0.3395 0.000 0.368 0.632
#> GSM282867 2 0.6079 0.4285 0.000 0.612 0.388
#> GSM282868 2 0.6045 0.4461 0.000 0.620 0.380
#> GSM282869 3 0.5178 0.4265 0.256 0.000 0.744
#> GSM282870 2 0.8367 0.4690 0.136 0.612 0.252
#> GSM282871 3 0.6140 0.2523 0.000 0.404 0.596
#> GSM282872 3 0.2496 0.6649 0.004 0.068 0.928
#> GSM282904 1 0.2448 0.8665 0.924 0.000 0.076
#> GSM282910 3 0.6111 0.2863 0.000 0.396 0.604
#> GSM282913 2 0.5016 0.6637 0.000 0.760 0.240
#> GSM282915 3 0.0475 0.6786 0.004 0.004 0.992
#> GSM282921 2 0.8880 0.3243 0.168 0.564 0.268
#> GSM282927 3 0.6047 0.3687 0.312 0.008 0.680
#> GSM282873 3 0.3500 0.6282 0.116 0.004 0.880
#> GSM282874 2 0.2261 0.7410 0.000 0.932 0.068
#> GSM282875 2 0.1031 0.7353 0.000 0.976 0.024
#> GSM282905 2 0.5042 0.6797 0.060 0.836 0.104
#> GSM282914 1 0.2625 0.8640 0.916 0.000 0.084
#> GSM282918 3 0.5859 0.2443 0.344 0.000 0.656
#> GSM282876 3 0.2448 0.6591 0.076 0.000 0.924
#> GSM282877 3 0.6026 0.3279 0.000 0.376 0.624
#> GSM282878 2 0.4931 0.6721 0.000 0.768 0.232
#> GSM282879 2 0.5905 0.4852 0.000 0.648 0.352
#> GSM282880 2 0.4931 0.6721 0.000 0.768 0.232
#> GSM282881 3 0.2774 0.6642 0.072 0.008 0.920
#> GSM282882 1 0.2878 0.8588 0.904 0.000 0.096
#> GSM282883 3 0.5098 0.5276 0.000 0.248 0.752
#> GSM282884 1 0.2878 0.8588 0.904 0.000 0.096
#> GSM282885 3 0.6008 0.3363 0.000 0.372 0.628
#> GSM282886 3 0.2590 0.6609 0.004 0.072 0.924
#> GSM282887 1 0.5988 0.5320 0.632 0.000 0.368
#> GSM282888 3 0.0747 0.6803 0.016 0.000 0.984
#> GSM282889 2 0.6095 0.4188 0.000 0.608 0.392
#> GSM282890 1 0.5497 0.6776 0.708 0.000 0.292
#> GSM282902 2 0.4750 0.6817 0.000 0.784 0.216
#> GSM282903 3 0.2537 0.6548 0.080 0.000 0.920
#> GSM282907 3 0.1860 0.6649 0.000 0.052 0.948
#> GSM282909 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM282912 3 0.4291 0.5944 0.000 0.180 0.820
#> GSM282920 1 0.5254 0.6689 0.736 0.000 0.264
#> GSM282924 3 0.3816 0.6098 0.000 0.148 0.852
#> GSM282891 1 0.2448 0.8665 0.924 0.000 0.076
#> GSM282892 3 0.6396 0.4138 0.320 0.016 0.664
#> GSM282893 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM282894 1 0.2878 0.8588 0.904 0.000 0.096
#> GSM282895 3 0.0592 0.6791 0.012 0.000 0.988
#> GSM282896 3 0.2711 0.6494 0.088 0.000 0.912
#> GSM282897 3 0.1163 0.6720 0.000 0.028 0.972
#> GSM282898 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM282899 3 0.5948 0.2082 0.360 0.000 0.640
#> GSM282900 3 0.7102 0.5156 0.132 0.144 0.724
#> GSM282901 3 0.5905 0.2297 0.352 0.000 0.648
#> GSM282906 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM282908 1 0.2261 0.8675 0.932 0.000 0.068
#> GSM282911 3 0.0892 0.6794 0.020 0.000 0.980
#> GSM282916 3 0.6280 -0.0624 0.460 0.000 0.540
#> GSM282919 3 0.1964 0.6654 0.000 0.056 0.944
#> GSM282923 3 0.5948 0.2082 0.360 0.000 0.640
#> GSM282917 3 0.0661 0.6788 0.008 0.004 0.988
#> GSM282922 1 0.7901 0.3204 0.540 0.060 0.400
#> GSM282926 3 0.5455 0.5245 0.204 0.020 0.776
#> GSM282925 3 0.7504 0.3759 0.312 0.060 0.628
#> GSM282935 2 0.2165 0.7418 0.000 0.936 0.064
#> GSM282938 2 0.4750 0.6836 0.000 0.784 0.216
#> GSM282940 2 0.5291 0.6304 0.000 0.732 0.268
#> GSM282941 2 0.4931 0.6721 0.000 0.768 0.232
#> GSM282943 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM282944 3 0.6045 0.3186 0.000 0.380 0.620
#> GSM282946 3 0.2599 0.6710 0.016 0.052 0.932
#> GSM282947 2 0.5529 0.5923 0.000 0.704 0.296
#> GSM282948 3 0.3816 0.6165 0.000 0.148 0.852
#> GSM282949 3 0.6168 0.2328 0.000 0.412 0.588
#> GSM282950 3 0.4702 0.5575 0.000 0.212 0.788
#> GSM282951 3 0.6215 0.1910 0.000 0.428 0.572
#> GSM282952 3 0.6026 0.3274 0.000 0.376 0.624
#> GSM282953 3 0.6045 0.3151 0.000 0.380 0.620
#> GSM282955 3 0.5835 0.3562 0.000 0.340 0.660
#> GSM282956 1 0.2165 0.8681 0.936 0.000 0.064
#> GSM282959 3 0.6154 0.2492 0.000 0.408 0.592
#> GSM282966 2 0.2878 0.7372 0.000 0.904 0.096
#> GSM282968 2 0.6045 0.4461 0.000 0.620 0.380
#> GSM282974 2 0.2261 0.7410 0.000 0.932 0.068
#> GSM283016 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM283021 1 0.2165 0.8682 0.936 0.000 0.064
#> GSM283024 1 0.2878 0.8588 0.904 0.000 0.096
#> GSM283041 1 0.2165 0.8057 0.936 0.064 0.000
#> GSM283043 3 0.1643 0.6700 0.000 0.044 0.956
#> GSM282957 2 0.1964 0.7416 0.000 0.944 0.056
#> GSM282958 2 0.2261 0.7410 0.000 0.932 0.068
#> GSM282960 3 0.5968 0.3514 0.000 0.364 0.636
#> GSM282971 2 0.1964 0.7416 0.000 0.944 0.056
#> GSM283015 1 0.4452 0.7578 0.808 0.000 0.192
#> GSM282962 2 0.4931 0.6721 0.000 0.768 0.232
#> GSM282963 3 0.5621 0.4493 0.000 0.308 0.692
#> GSM282977 3 0.6026 0.3279 0.000 0.376 0.624
#> GSM282978 3 0.3879 0.6139 0.000 0.152 0.848
#> GSM282987 3 0.6026 0.3279 0.000 0.376 0.624
#> GSM282988 3 0.5529 0.4670 0.000 0.296 0.704
#> GSM282989 3 0.6244 0.1519 0.000 0.440 0.560
#> GSM282990 3 0.4002 0.6085 0.000 0.160 0.840
#> GSM282991 3 0.6291 0.0570 0.000 0.468 0.532
#> GSM282992 3 0.6204 0.2089 0.000 0.424 0.576
#> GSM282993 2 0.2339 0.7389 0.012 0.940 0.048
#> GSM282994 3 0.5621 0.4493 0.000 0.308 0.692
#> GSM282995 2 0.4931 0.6721 0.000 0.768 0.232
#> GSM283020 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM283023 1 0.2878 0.8588 0.904 0.000 0.096
#> GSM282931 2 0.2165 0.7418 0.000 0.936 0.064
#> GSM282939 2 0.5291 0.6304 0.000 0.732 0.268
#> GSM282981 3 0.4092 0.6711 0.088 0.036 0.876
#> GSM282983 3 0.1529 0.6682 0.000 0.040 0.960
#> GSM282985 3 0.6062 0.2542 0.000 0.384 0.616
#> GSM283000 3 0.3551 0.6262 0.000 0.132 0.868
#> GSM283001 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM283002 3 0.0237 0.6773 0.000 0.004 0.996
#> GSM283003 3 0.2625 0.6522 0.084 0.000 0.916
#> GSM283004 3 0.2066 0.6664 0.060 0.000 0.940
#> GSM283005 1 0.5327 0.7081 0.728 0.000 0.272
#> GSM283006 1 0.5058 0.7425 0.756 0.000 0.244
#> GSM283007 3 0.3120 0.6622 0.080 0.012 0.908
#> GSM283008 3 0.5497 0.3602 0.292 0.000 0.708
#> GSM283009 3 0.6079 0.1273 0.388 0.000 0.612
#> GSM283010 2 0.7889 0.3938 0.088 0.624 0.288
#> GSM283011 3 0.6192 0.0343 0.420 0.000 0.580
#> GSM283022 3 0.5926 0.2139 0.356 0.000 0.644
#> GSM283034 3 0.1315 0.6767 0.008 0.020 0.972
#> GSM283049 3 0.4750 0.4948 0.216 0.000 0.784
#> GSM283051 1 0.1031 0.8323 0.976 0.024 0.000
#> GSM282929 2 0.1964 0.7416 0.000 0.944 0.056
#> GSM282933 2 0.5961 0.6513 0.096 0.792 0.112
#> GSM282936 2 0.5815 0.6595 0.096 0.800 0.104
#> GSM282937 1 0.2165 0.8057 0.936 0.064 0.000
#> GSM282942 2 0.6225 0.3037 0.000 0.568 0.432
#> GSM282945 3 0.2261 0.6571 0.000 0.068 0.932
#> GSM282954 3 0.6154 0.1885 0.000 0.408 0.592
#> GSM282961 3 0.2796 0.6498 0.000 0.092 0.908
#> GSM282964 2 0.4505 0.6893 0.092 0.860 0.048
#> GSM282965 3 0.0237 0.6784 0.004 0.000 0.996
#> GSM282967 3 0.2165 0.6641 0.064 0.000 0.936
#> GSM282969 2 0.5737 0.6622 0.092 0.804 0.104
#> GSM282970 2 0.5737 0.6622 0.092 0.804 0.104
#> GSM282972 2 0.1964 0.7416 0.000 0.944 0.056
#> GSM282973 3 0.1182 0.6796 0.012 0.012 0.976
#> GSM282975 2 0.3267 0.7288 0.000 0.884 0.116
#> GSM282996 1 0.2165 0.8057 0.936 0.064 0.000
#> GSM282999 1 0.7996 0.3726 0.552 0.068 0.380
#> GSM283014 1 0.2165 0.8057 0.936 0.064 0.000
#> GSM283019 1 0.2537 0.8498 0.920 0.000 0.080
#> GSM283026 2 0.5815 0.6595 0.096 0.800 0.104
#> GSM283029 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM283030 3 0.9762 -0.0956 0.360 0.232 0.408
#> GSM283033 3 0.1878 0.6760 0.044 0.004 0.952
#> GSM283035 2 0.5815 0.6595 0.096 0.800 0.104
#> GSM283036 3 0.3484 0.6582 0.048 0.048 0.904
#> GSM283038 2 0.4945 0.6813 0.056 0.840 0.104
#> GSM283046 3 0.8157 0.0269 0.412 0.072 0.516
#> GSM283050 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM283053 2 0.4742 0.6845 0.048 0.848 0.104
#> GSM283055 1 0.6305 0.2511 0.516 0.000 0.484
#> GSM283056 2 0.2663 0.7135 0.044 0.932 0.024
#> GSM282928 2 0.2165 0.7415 0.000 0.936 0.064
#> GSM282930 2 0.5988 0.4709 0.000 0.632 0.368
#> GSM282932 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM282934 1 0.2400 0.8049 0.932 0.064 0.004
#> GSM282976 3 0.5621 0.4493 0.000 0.308 0.692
#> GSM282979 2 0.4346 0.7022 0.000 0.816 0.184
#> GSM282998 2 0.5737 0.6622 0.092 0.804 0.104
#> GSM283013 1 0.2165 0.8682 0.936 0.000 0.064
#> GSM283017 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM283018 3 0.5158 0.5349 0.004 0.232 0.764
#> GSM283025 2 0.5492 0.6690 0.080 0.816 0.104
#> GSM283028 2 0.5137 0.6775 0.064 0.832 0.104
#> GSM283032 3 0.3116 0.6340 0.108 0.000 0.892
#> GSM283037 2 0.4742 0.6845 0.048 0.848 0.104
#> GSM283040 1 0.0592 0.8525 0.988 0.000 0.012
#> GSM283042 3 0.5363 0.4246 0.276 0.000 0.724
#> GSM283045 2 0.5815 0.6595 0.096 0.800 0.104
#> GSM283048 3 0.9390 0.1934 0.184 0.340 0.476
#> GSM283052 3 0.7997 0.2709 0.072 0.360 0.568
#> GSM283054 2 0.5815 0.6595 0.096 0.800 0.104
#> GSM282980 1 0.5363 0.6881 0.724 0.000 0.276
#> GSM282982 3 0.5948 0.2082 0.360 0.000 0.640
#> GSM282984 3 0.5968 0.2018 0.364 0.000 0.636
#> GSM282986 2 0.5889 0.6556 0.096 0.796 0.108
#> GSM282997 1 0.1643 0.8673 0.956 0.000 0.044
#> GSM283012 1 0.2448 0.8665 0.924 0.000 0.076
#> GSM283027 2 0.4692 0.7086 0.012 0.820 0.168
#> GSM283031 3 0.3192 0.6301 0.112 0.000 0.888
#> GSM283039 3 0.6509 -0.0369 0.472 0.004 0.524
#> GSM283044 3 0.3983 0.6271 0.004 0.144 0.852
#> GSM283047 3 0.4465 0.5997 0.004 0.176 0.820
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0592 0.90151 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282856 2 0.3710 0.75976 0.000 0.804 0.192 0.004
#> GSM282857 2 0.4584 0.63077 0.000 0.696 0.300 0.004
#> GSM282858 2 0.0657 0.89471 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM282859 2 0.1637 0.86609 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM282860 4 0.4585 0.65587 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM282861 2 0.0937 0.90018 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM282862 2 0.1557 0.86925 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282863 2 0.0592 0.90151 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282864 2 0.0937 0.90018 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM282865 2 0.0779 0.90121 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM282866 2 0.3355 0.79596 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM282867 2 0.0804 0.89962 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM282868 2 0.0937 0.90018 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM282869 3 0.0672 0.87414 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM282870 4 0.4996 0.55714 0.020 0.016 0.216 0.748
#> GSM282871 2 0.3355 0.79596 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM282872 3 0.2385 0.86246 0.000 0.028 0.920 0.052
#> GSM282904 1 0.0817 0.93326 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282910 2 0.0779 0.90121 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM282913 2 0.2011 0.85547 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM282915 3 0.1743 0.85906 0.000 0.056 0.940 0.004
#> GSM282921 3 0.6085 0.36186 0.020 0.016 0.528 0.436
#> GSM282927 3 0.2924 0.85223 0.036 0.004 0.900 0.060
#> GSM282873 3 0.1174 0.87390 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM282874 4 0.5013 0.61708 0.004 0.348 0.004 0.644
#> GSM282875 4 0.4876 0.65864 0.004 0.320 0.004 0.672
#> GSM282905 4 0.1247 0.79867 0.012 0.016 0.004 0.968
#> GSM282914 1 0.2197 0.89673 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM282918 3 0.0895 0.86998 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM282876 3 0.0672 0.87343 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM282877 2 0.0817 0.90122 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282878 2 0.1557 0.86925 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282879 2 0.1256 0.89069 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM282880 2 0.0817 0.88933 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM282881 3 0.0672 0.87343 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM282882 1 0.1637 0.91506 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM282883 2 0.1792 0.87685 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM282884 1 0.1792 0.90905 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM282885 2 0.0817 0.90122 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282886 3 0.3356 0.74687 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM282887 3 0.4406 0.58723 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM282888 3 0.1191 0.87380 0.004 0.024 0.968 0.004
#> GSM282889 2 0.0524 0.89655 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM282890 3 0.4500 0.55907 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM282902 2 0.2868 0.77775 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM282903 3 0.0469 0.87402 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM282907 3 0.0921 0.87158 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282909 3 0.0524 0.87392 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM282912 2 0.4632 0.60974 0.000 0.688 0.308 0.004
#> GSM282920 3 0.5091 0.71920 0.180 0.000 0.752 0.068
#> GSM282924 3 0.6392 -0.00794 0.000 0.452 0.484 0.064
#> GSM282891 1 0.0817 0.93326 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282892 3 0.3080 0.83330 0.024 0.000 0.880 0.096
#> GSM282893 3 0.0524 0.87392 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM282894 1 0.2921 0.84083 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM282895 3 0.0707 0.87323 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM282896 3 0.0524 0.87392 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM282897 3 0.0921 0.87158 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282898 3 0.0524 0.87392 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM282899 3 0.0469 0.87219 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282900 3 0.3988 0.79744 0.020 0.004 0.820 0.156
#> GSM282901 3 0.0657 0.87252 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM282906 3 0.0469 0.87402 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM282908 1 0.0707 0.93427 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM282911 3 0.0707 0.87323 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM282916 3 0.2124 0.85883 0.028 0.000 0.932 0.040
#> GSM282919 3 0.1004 0.87218 0.000 0.024 0.972 0.004
#> GSM282923 3 0.0592 0.87083 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM282917 3 0.1398 0.86857 0.000 0.040 0.956 0.004
#> GSM282922 3 0.6028 0.50874 0.052 0.000 0.584 0.364
#> GSM282926 3 0.3264 0.83840 0.024 0.004 0.876 0.096
#> GSM282925 3 0.5786 0.61050 0.036 0.008 0.648 0.308
#> GSM282935 4 0.4193 0.70978 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM282938 2 0.4356 0.56253 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM282940 2 0.1211 0.88097 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM282941 2 0.1302 0.87863 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM282943 1 0.0188 0.93610 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282944 2 0.0779 0.90121 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM282946 3 0.3636 0.74610 0.008 0.172 0.820 0.000
#> GSM282947 2 0.1584 0.89124 0.000 0.952 0.012 0.036
#> GSM282948 2 0.4741 0.57525 0.000 0.668 0.328 0.004
#> GSM282949 2 0.3105 0.81389 0.000 0.856 0.140 0.004
#> GSM282950 2 0.4632 0.61371 0.000 0.688 0.308 0.004
#> GSM282951 2 0.0779 0.90121 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM282952 2 0.1743 0.88094 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM282953 2 0.2999 0.81950 0.000 0.864 0.132 0.004
#> GSM282955 2 0.3908 0.73879 0.000 0.784 0.212 0.004
#> GSM282956 1 0.3400 0.78756 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM282959 2 0.0592 0.90151 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282966 4 0.1545 0.80202 0.000 0.040 0.008 0.952
#> GSM282968 2 0.0937 0.90018 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM282974 4 0.4741 0.65971 0.004 0.328 0.000 0.668
#> GSM283016 1 0.0188 0.93610 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283021 1 0.0707 0.93427 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM283024 1 0.4477 0.59955 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM283041 1 0.0469 0.93045 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM283043 3 0.2983 0.84979 0.000 0.040 0.892 0.068
#> GSM282957 4 0.4876 0.65864 0.004 0.320 0.004 0.672
#> GSM282958 4 0.5110 0.57184 0.004 0.372 0.004 0.620
#> GSM282960 2 0.0817 0.90122 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282971 4 0.4876 0.65864 0.004 0.320 0.004 0.672
#> GSM283015 3 0.5890 0.58784 0.268 0.000 0.660 0.072
#> GSM282962 2 0.1302 0.87863 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM282963 2 0.0921 0.89982 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282977 2 0.0817 0.90122 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282978 2 0.4543 0.58226 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM282987 2 0.0817 0.90122 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282988 2 0.0921 0.89982 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282989 2 0.0592 0.90151 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282990 2 0.3266 0.79174 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM282991 2 0.0469 0.90066 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282992 2 0.0707 0.90137 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282993 4 0.4720 0.66426 0.004 0.324 0.000 0.672
#> GSM282994 2 0.0921 0.89982 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282995 2 0.1302 0.87863 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM283020 1 0.0336 0.93619 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM283023 1 0.4454 0.60794 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM282931 4 0.4431 0.68419 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM282939 2 0.1302 0.87863 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM282981 3 0.0592 0.87426 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282983 3 0.1109 0.87120 0.000 0.028 0.968 0.004
#> GSM282985 3 0.6754 0.55011 0.000 0.184 0.612 0.204
#> GSM283000 3 0.4914 0.53956 0.000 0.312 0.676 0.012
#> GSM283001 1 0.0188 0.93610 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283002 3 0.1109 0.87120 0.000 0.028 0.968 0.004
#> GSM283003 3 0.0469 0.87402 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM283004 3 0.0921 0.87158 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM283005 3 0.0921 0.86681 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM283006 3 0.1211 0.86200 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM283007 3 0.0707 0.87364 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283008 3 0.0336 0.87325 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM283009 3 0.0592 0.87083 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM283010 4 0.5787 0.06802 0.012 0.016 0.392 0.580
#> GSM283011 3 0.0707 0.86989 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM283022 3 0.0469 0.87219 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM283034 3 0.2124 0.86482 0.000 0.028 0.932 0.040
#> GSM283049 3 0.0336 0.87464 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283051 1 0.0524 0.93303 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM282929 4 0.4741 0.65971 0.004 0.328 0.000 0.668
#> GSM282933 4 0.1247 0.80165 0.016 0.012 0.004 0.968
#> GSM282936 4 0.1471 0.79675 0.024 0.012 0.004 0.960
#> GSM282937 1 0.0469 0.93045 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM282942 2 0.0804 0.90056 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM282945 3 0.1510 0.87184 0.000 0.028 0.956 0.016
#> GSM282954 2 0.3355 0.79582 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM282961 3 0.4103 0.64178 0.000 0.256 0.744 0.000
#> GSM282964 4 0.0779 0.80639 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM282965 3 0.3626 0.73858 0.000 0.184 0.812 0.004
#> GSM282967 3 0.1302 0.86593 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282969 4 0.1114 0.80584 0.008 0.016 0.004 0.972
#> GSM282970 4 0.1114 0.80584 0.008 0.016 0.004 0.972
#> GSM282972 4 0.4741 0.65971 0.004 0.328 0.000 0.668
#> GSM282973 3 0.1792 0.85219 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM282975 2 0.1302 0.87863 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM282996 1 0.0469 0.93045 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM282999 3 0.5847 0.58312 0.052 0.000 0.628 0.320
#> GSM283014 1 0.0336 0.93241 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283019 3 0.5993 0.52405 0.308 0.000 0.628 0.064
#> GSM283026 4 0.1484 0.79621 0.020 0.016 0.004 0.960
#> GSM283029 1 0.0188 0.93610 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283030 3 0.5968 0.35691 0.024 0.008 0.524 0.444
#> GSM283033 3 0.1256 0.87205 0.000 0.028 0.964 0.008
#> GSM283035 4 0.1124 0.80271 0.012 0.012 0.004 0.972
#> GSM283036 3 0.4376 0.77915 0.016 0.012 0.796 0.176
#> GSM283038 4 0.1082 0.80539 0.004 0.020 0.004 0.972
#> GSM283046 3 0.5519 0.61160 0.028 0.004 0.652 0.316
#> GSM283050 1 0.0336 0.93608 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM283053 4 0.0895 0.80632 0.000 0.020 0.004 0.976
#> GSM283055 3 0.4149 0.77290 0.168 0.000 0.804 0.028
#> GSM283056 4 0.0707 0.80658 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM282928 4 0.4585 0.65587 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM282930 2 0.0779 0.89344 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM282932 3 0.0336 0.87464 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282934 1 0.1716 0.88891 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM282976 2 0.0921 0.89982 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282979 2 0.1302 0.87863 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM282998 4 0.1114 0.80584 0.008 0.016 0.004 0.972
#> GSM283013 1 0.0707 0.93427 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM283017 3 0.0336 0.87464 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283018 3 0.4464 0.74862 0.000 0.024 0.768 0.208
#> GSM283025 4 0.0967 0.80641 0.004 0.016 0.004 0.976
#> GSM283028 4 0.0967 0.80641 0.004 0.016 0.004 0.976
#> GSM283032 3 0.0336 0.87464 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283037 4 0.0779 0.80690 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM283040 1 0.0895 0.93115 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM283042 3 0.0707 0.87035 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM283045 4 0.1471 0.79675 0.024 0.012 0.004 0.960
#> GSM283048 3 0.5678 0.57274 0.024 0.008 0.628 0.340
#> GSM283052 3 0.5250 0.58513 0.012 0.004 0.640 0.344
#> GSM283054 4 0.1471 0.79675 0.024 0.012 0.004 0.960
#> GSM282980 3 0.4134 0.66900 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM282982 3 0.0592 0.87083 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM282984 3 0.0779 0.87109 0.016 0.004 0.980 0.000
#> GSM282986 4 0.1247 0.80165 0.016 0.012 0.004 0.968
#> GSM282997 1 0.0188 0.93610 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283012 1 0.0817 0.93326 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM283027 4 0.1004 0.80684 0.000 0.024 0.004 0.972
#> GSM283031 3 0.0188 0.87415 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM283039 3 0.3342 0.82733 0.032 0.000 0.868 0.100
#> GSM283044 3 0.3497 0.82482 0.000 0.024 0.852 0.124
#> GSM283047 3 0.4004 0.79582 0.000 0.024 0.812 0.164
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.2377 0.697 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM282856 2 0.3983 0.643 0.000 0.784 0.052 0.000 0.164
#> GSM282857 2 0.4849 0.562 0.000 0.724 0.136 0.000 0.140
#> GSM282858 2 0.4135 0.494 0.000 0.656 0.000 0.004 0.340
#> GSM282859 2 0.4508 0.472 0.000 0.648 0.000 0.020 0.332
#> GSM282860 4 0.6530 -0.594 0.000 0.196 0.000 0.424 0.380
#> GSM282861 2 0.4457 0.607 0.000 0.620 0.000 0.012 0.368
#> GSM282862 2 0.4418 0.477 0.000 0.652 0.000 0.016 0.332
#> GSM282863 2 0.1908 0.696 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM282864 2 0.4402 0.611 0.000 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM282865 2 0.4862 0.608 0.000 0.640 0.020 0.012 0.328
#> GSM282866 2 0.5933 0.554 0.000 0.576 0.092 0.012 0.320
#> GSM282867 2 0.4356 0.620 0.000 0.648 0.000 0.012 0.340
#> GSM282868 2 0.4402 0.612 0.000 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM282869 3 0.2516 0.735 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM282870 4 0.5863 0.358 0.004 0.000 0.116 0.588 0.292
#> GSM282871 2 0.6022 0.546 0.000 0.568 0.100 0.012 0.320
#> GSM282872 3 0.6026 0.571 0.000 0.016 0.572 0.092 0.320
#> GSM282904 1 0.1502 0.890 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM282910 2 0.2890 0.691 0.000 0.836 0.004 0.000 0.160
#> GSM282913 2 0.5778 0.181 0.000 0.464 0.000 0.088 0.448
#> GSM282915 3 0.6024 0.416 0.000 0.296 0.556 0.000 0.148
#> GSM282921 4 0.6214 0.436 0.012 0.000 0.168 0.592 0.228
#> GSM282927 3 0.5298 0.640 0.012 0.000 0.668 0.068 0.252
#> GSM282873 3 0.2536 0.738 0.000 0.004 0.868 0.000 0.128
#> GSM282874 5 0.6247 0.588 0.000 0.152 0.000 0.364 0.484
#> GSM282875 5 0.6158 0.572 0.000 0.132 0.000 0.416 0.452
#> GSM282905 4 0.3003 0.313 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM282914 1 0.5322 0.682 0.660 0.000 0.228 0.000 0.112
#> GSM282918 3 0.1671 0.748 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM282876 3 0.4123 0.687 0.000 0.108 0.788 0.000 0.104
#> GSM282877 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.4229 0.482 0.000 0.704 0.000 0.020 0.276
#> GSM282879 2 0.3388 0.534 0.000 0.792 0.000 0.008 0.200
#> GSM282880 2 0.3949 0.504 0.000 0.696 0.000 0.004 0.300
#> GSM282881 3 0.4266 0.680 0.000 0.120 0.776 0.000 0.104
#> GSM282882 1 0.5339 0.675 0.660 0.000 0.224 0.000 0.116
#> GSM282883 2 0.1485 0.677 0.000 0.948 0.020 0.000 0.032
#> GSM282884 1 0.5459 0.653 0.644 0.000 0.236 0.000 0.120
#> GSM282885 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.5114 0.170 0.000 0.472 0.492 0.000 0.036
#> GSM282887 3 0.5993 0.493 0.208 0.028 0.644 0.000 0.120
#> GSM282888 3 0.5336 0.711 0.000 0.132 0.712 0.020 0.136
#> GSM282889 2 0.1121 0.686 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM282890 3 0.5355 0.504 0.220 0.000 0.660 0.000 0.120
#> GSM282902 2 0.5154 0.412 0.000 0.580 0.000 0.048 0.372
#> GSM282903 3 0.0404 0.763 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282907 3 0.2813 0.758 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> GSM282909 3 0.0510 0.763 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282912 2 0.3667 0.586 0.000 0.812 0.140 0.000 0.048
#> GSM282920 3 0.5593 0.687 0.064 0.000 0.700 0.060 0.176
#> GSM282924 5 0.7714 -0.154 0.000 0.288 0.272 0.056 0.384
#> GSM282891 1 0.1502 0.890 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM282892 3 0.4706 0.700 0.012 0.000 0.756 0.088 0.144
#> GSM282893 3 0.0609 0.762 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282894 1 0.5836 0.384 0.516 0.000 0.384 0.000 0.100
#> GSM282895 3 0.2046 0.765 0.000 0.016 0.916 0.000 0.068
#> GSM282896 3 0.0510 0.762 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282897 3 0.2260 0.765 0.000 0.028 0.908 0.000 0.064
#> GSM282898 3 0.0510 0.762 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282899 3 0.1851 0.767 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM282900 3 0.5913 0.556 0.004 0.000 0.608 0.152 0.236
#> GSM282901 3 0.2304 0.761 0.000 0.000 0.892 0.008 0.100
#> GSM282906 3 0.0290 0.764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282908 1 0.1282 0.890 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM282911 3 0.1012 0.764 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> GSM282916 3 0.3405 0.748 0.012 0.000 0.848 0.036 0.104
#> GSM282919 3 0.3407 0.747 0.000 0.020 0.836 0.012 0.132
#> GSM282923 3 0.0794 0.760 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM282917 3 0.5811 0.587 0.000 0.140 0.596 0.000 0.264
#> GSM282922 4 0.7145 0.258 0.028 0.000 0.280 0.464 0.228
#> GSM282926 3 0.5999 0.536 0.004 0.000 0.584 0.140 0.272
#> GSM282925 4 0.6897 0.251 0.012 0.000 0.280 0.464 0.244
#> GSM282935 5 0.6356 0.403 0.000 0.164 0.000 0.384 0.452
#> GSM282938 5 0.6671 0.168 0.000 0.292 0.000 0.268 0.440
#> GSM282940 2 0.4329 0.488 0.000 0.672 0.000 0.016 0.312
#> GSM282941 2 0.4418 0.477 0.000 0.652 0.000 0.016 0.332
#> GSM282943 1 0.2300 0.866 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072
#> GSM282944 2 0.2707 0.683 0.000 0.860 0.008 0.000 0.132
#> GSM282946 3 0.5066 0.453 0.000 0.344 0.608 0.000 0.048
#> GSM282947 2 0.5366 0.532 0.000 0.528 0.012 0.032 0.428
#> GSM282948 2 0.6433 0.477 0.000 0.520 0.160 0.008 0.312
#> GSM282949 2 0.5840 0.561 0.000 0.584 0.084 0.012 0.320
#> GSM282950 2 0.6471 0.485 0.000 0.524 0.152 0.012 0.312
#> GSM282951 2 0.4213 0.626 0.000 0.680 0.000 0.012 0.308
#> GSM282952 2 0.5244 0.598 0.000 0.632 0.044 0.012 0.312
#> GSM282953 2 0.5741 0.568 0.000 0.592 0.076 0.012 0.320
#> GSM282955 2 0.6261 0.518 0.000 0.544 0.124 0.012 0.320
#> GSM282956 1 0.3612 0.752 0.800 0.000 0.172 0.000 0.028
#> GSM282959 2 0.1851 0.695 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM282966 4 0.4780 0.178 0.000 0.048 0.000 0.672 0.280
#> GSM282968 2 0.4402 0.612 0.000 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM282974 4 0.6273 -0.606 0.000 0.148 0.000 0.436 0.416
#> GSM283016 1 0.0000 0.892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.1502 0.890 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM283024 3 0.5856 -0.188 0.440 0.000 0.464 0.000 0.096
#> GSM283041 1 0.0404 0.890 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283043 3 0.7561 0.383 0.000 0.184 0.424 0.064 0.328
#> GSM282957 5 0.6158 0.572 0.000 0.132 0.000 0.416 0.452
#> GSM282958 5 0.6240 0.587 0.000 0.152 0.000 0.360 0.488
#> GSM282960 2 0.2471 0.690 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM282971 5 0.6158 0.572 0.000 0.132 0.000 0.416 0.452
#> GSM283015 3 0.6379 0.594 0.176 0.000 0.616 0.036 0.172
#> GSM282962 2 0.4269 0.485 0.000 0.684 0.000 0.016 0.300
#> GSM282963 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.3616 0.561 0.000 0.804 0.164 0.000 0.032
#> GSM282987 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0162 0.686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282989 2 0.0000 0.686 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.2344 0.653 0.000 0.904 0.064 0.000 0.032
#> GSM282991 2 0.0880 0.676 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM282992 2 0.1478 0.660 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM282993 4 0.6148 -0.485 0.000 0.160 0.000 0.536 0.304
#> GSM282994 2 0.0162 0.685 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282995 2 0.4269 0.485 0.000 0.684 0.000 0.016 0.300
#> GSM283020 1 0.0404 0.893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283023 3 0.5895 -0.197 0.440 0.000 0.460 0.000 0.100
#> GSM282931 4 0.6166 -0.533 0.000 0.148 0.000 0.512 0.340
#> GSM282939 2 0.4269 0.485 0.000 0.684 0.000 0.016 0.300
#> GSM282981 3 0.3067 0.746 0.000 0.004 0.844 0.012 0.140
#> GSM282983 3 0.3002 0.754 0.000 0.028 0.856 0.000 0.116
#> GSM282985 3 0.7193 0.451 0.000 0.060 0.500 0.148 0.292
#> GSM283000 3 0.6656 0.514 0.000 0.184 0.540 0.020 0.256
#> GSM283001 1 0.0404 0.893 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283002 3 0.2740 0.759 0.000 0.028 0.876 0.000 0.096
#> GSM283003 3 0.0404 0.764 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM283004 3 0.0566 0.764 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM283005 3 0.2470 0.730 0.012 0.000 0.884 0.000 0.104
#> GSM283006 3 0.2249 0.736 0.008 0.000 0.896 0.000 0.096
#> GSM283007 3 0.3067 0.746 0.000 0.004 0.844 0.012 0.140
#> GSM283008 3 0.1732 0.767 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM283009 3 0.1478 0.752 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM283010 4 0.6417 0.326 0.000 0.000 0.264 0.508 0.228
#> GSM283011 3 0.2020 0.738 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM283022 3 0.1732 0.762 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM283034 3 0.5196 0.633 0.000 0.012 0.652 0.048 0.288
#> GSM283049 3 0.0510 0.764 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM283051 1 0.0404 0.891 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282929 4 0.6261 -0.594 0.000 0.148 0.000 0.456 0.396
#> GSM282933 4 0.0963 0.522 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282936 4 0.1106 0.507 0.024 0.000 0.000 0.964 0.012
#> GSM282937 1 0.0404 0.890 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282942 2 0.3861 0.663 0.000 0.728 0.000 0.008 0.264
#> GSM282945 3 0.7127 0.522 0.000 0.164 0.512 0.052 0.272
#> GSM282954 2 0.5978 0.550 0.000 0.572 0.096 0.012 0.320
#> GSM282961 3 0.5670 0.304 0.000 0.388 0.528 0.000 0.084
#> GSM282964 4 0.0290 0.508 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282965 3 0.6288 0.299 0.000 0.304 0.516 0.000 0.180
#> GSM282967 3 0.4879 0.608 0.000 0.156 0.720 0.000 0.124
#> GSM282969 4 0.0404 0.505 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM282970 4 0.0510 0.501 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM282972 4 0.6261 -0.594 0.000 0.148 0.000 0.456 0.396
#> GSM282973 3 0.5422 0.470 0.000 0.296 0.616 0.000 0.088
#> GSM282975 2 0.4958 0.388 0.000 0.568 0.000 0.032 0.400
#> GSM282996 1 0.0404 0.890 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282999 4 0.6693 0.368 0.016 0.000 0.236 0.528 0.220
#> GSM283014 1 0.0404 0.890 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283019 3 0.7268 0.437 0.248 0.000 0.516 0.068 0.168
#> GSM283026 4 0.3612 0.499 0.008 0.000 0.000 0.764 0.228
#> GSM283029 1 0.0000 0.892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.6674 0.380 0.016 0.000 0.228 0.532 0.224
#> GSM283033 3 0.4422 0.663 0.000 0.016 0.680 0.004 0.300
#> GSM283035 4 0.1544 0.525 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM283036 3 0.6885 0.285 0.004 0.004 0.456 0.268 0.268
#> GSM283038 4 0.3759 0.496 0.000 0.000 0.016 0.764 0.220
#> GSM283046 4 0.6766 0.305 0.012 0.000 0.268 0.496 0.224
#> GSM283050 1 0.0510 0.893 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM283053 4 0.2929 0.510 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM283055 3 0.6152 0.630 0.152 0.000 0.608 0.016 0.224
#> GSM283056 4 0.0162 0.509 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282928 4 0.6478 -0.590 0.000 0.188 0.000 0.444 0.368
#> GSM282930 2 0.3336 0.568 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM282932 3 0.2074 0.762 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM282934 1 0.2674 0.790 0.868 0.000 0.000 0.120 0.012
#> GSM282976 2 0.0162 0.686 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282979 2 0.4206 0.473 0.000 0.696 0.000 0.016 0.288
#> GSM282998 4 0.0290 0.508 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM283013 1 0.1502 0.890 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM283017 3 0.1732 0.764 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM283018 3 0.6318 0.537 0.000 0.016 0.576 0.148 0.260
#> GSM283025 4 0.0162 0.509 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283028 4 0.1544 0.525 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM283032 3 0.2179 0.760 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM283037 4 0.0609 0.519 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM283040 1 0.2863 0.846 0.876 0.000 0.060 0.000 0.064
#> GSM283042 3 0.2629 0.765 0.004 0.000 0.860 0.000 0.136
#> GSM283045 4 0.1894 0.526 0.008 0.000 0.000 0.920 0.072
#> GSM283048 4 0.6276 0.432 0.012 0.000 0.176 0.584 0.228
#> GSM283052 4 0.6268 0.384 0.000 0.000 0.232 0.540 0.228
#> GSM283054 4 0.0898 0.509 0.020 0.000 0.000 0.972 0.008
#> GSM282980 3 0.4686 0.700 0.104 0.000 0.736 0.000 0.160
#> GSM282982 3 0.0609 0.761 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282984 3 0.1341 0.755 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282986 4 0.0609 0.517 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM282997 1 0.0000 0.892 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.1502 0.890 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM283027 4 0.3421 0.499 0.000 0.000 0.008 0.788 0.204
#> GSM283031 3 0.0794 0.766 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM283039 3 0.4684 0.689 0.012 0.000 0.732 0.048 0.208
#> GSM283044 3 0.6193 0.555 0.000 0.016 0.592 0.136 0.256
#> GSM283047 3 0.6584 0.418 0.000 0.008 0.520 0.224 0.248
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 5 0.4801 -0.41220 0.000 0.480 0.000 0.024 0.480 0.016
#> GSM282856 5 0.3850 0.33196 0.000 0.260 0.020 0.000 0.716 0.004
#> GSM282857 5 0.4792 0.30871 0.000 0.288 0.064 0.000 0.640 0.008
#> GSM282858 2 0.5356 0.47938 0.000 0.584 0.000 0.000 0.248 0.168
#> GSM282859 2 0.5309 0.44974 0.000 0.596 0.000 0.000 0.228 0.176
#> GSM282860 6 0.6399 0.73167 0.000 0.304 0.000 0.036 0.184 0.476
#> GSM282861 5 0.2630 0.51798 0.000 0.092 0.000 0.004 0.872 0.032
#> GSM282862 2 0.5282 0.45752 0.000 0.600 0.000 0.000 0.228 0.172
#> GSM282863 2 0.4185 0.39667 0.000 0.496 0.000 0.000 0.492 0.012
#> GSM282864 5 0.1219 0.57359 0.000 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> GSM282865 5 0.1075 0.58029 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM282866 5 0.1010 0.61490 0.000 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000
#> GSM282867 5 0.1411 0.55683 0.000 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> GSM282868 5 0.1285 0.56975 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> GSM282869 3 0.4656 0.40350 0.000 0.012 0.640 0.004 0.312 0.032
#> GSM282870 5 0.5839 0.07518 0.000 0.000 0.068 0.400 0.484 0.048
#> GSM282871 5 0.1082 0.61555 0.000 0.004 0.040 0.000 0.956 0.000
#> GSM282872 5 0.6089 -0.08520 0.000 0.000 0.324 0.288 0.388 0.000
#> GSM282904 1 0.3400 0.83124 0.832 0.024 0.020 0.008 0.000 0.116
#> GSM282910 5 0.5986 -0.25102 0.000 0.408 0.004 0.124 0.448 0.016
#> GSM282913 4 0.7373 -0.15291 0.000 0.240 0.008 0.348 0.320 0.084
#> GSM282915 5 0.6448 0.18006 0.000 0.100 0.376 0.056 0.460 0.008
#> GSM282921 4 0.2213 0.53036 0.000 0.000 0.048 0.908 0.032 0.012
#> GSM282927 4 0.5707 -0.16943 0.000 0.008 0.420 0.460 0.108 0.004
#> GSM282873 3 0.4578 0.63325 0.000 0.044 0.756 0.008 0.056 0.136
#> GSM282874 6 0.5750 0.82755 0.000 0.264 0.000 0.024 0.136 0.576
#> GSM282875 6 0.5693 0.83779 0.000 0.244 0.000 0.028 0.132 0.596
#> GSM282905 6 0.5119 0.26678 0.000 0.092 0.000 0.288 0.008 0.612
#> GSM282914 1 0.7007 0.58039 0.512 0.052 0.240 0.020 0.008 0.168
#> GSM282918 3 0.2960 0.68419 0.004 0.032 0.876 0.012 0.012 0.064
#> GSM282876 3 0.5121 0.53144 0.004 0.216 0.676 0.012 0.008 0.084
#> GSM282877 2 0.3309 0.64346 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM282878 2 0.4892 0.50559 0.000 0.660 0.000 0.000 0.176 0.164
#> GSM282879 2 0.2750 0.63541 0.000 0.844 0.000 0.000 0.136 0.020
#> GSM282880 2 0.5027 0.50179 0.000 0.640 0.000 0.000 0.200 0.160
#> GSM282881 3 0.5398 0.50059 0.004 0.232 0.652 0.012 0.016 0.084
#> GSM282882 1 0.6908 0.31662 0.404 0.036 0.364 0.020 0.000 0.176
#> GSM282883 2 0.3954 0.60860 0.000 0.688 0.008 0.000 0.292 0.012
#> GSM282884 1 0.6913 0.28393 0.392 0.036 0.376 0.020 0.000 0.176
#> GSM282885 2 0.3288 0.64547 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM282886 3 0.6477 0.04445 0.004 0.404 0.416 0.004 0.140 0.032
#> GSM282887 3 0.6908 0.31865 0.136 0.116 0.548 0.020 0.000 0.180
#> GSM282888 3 0.6660 0.45472 0.000 0.244 0.476 0.240 0.012 0.028
#> GSM282889 2 0.3871 0.64649 0.000 0.676 0.000 0.000 0.308 0.016
#> GSM282890 3 0.6039 0.41011 0.144 0.036 0.620 0.020 0.000 0.180
#> GSM282902 2 0.5522 0.38735 0.000 0.556 0.000 0.000 0.256 0.188
#> GSM282903 3 0.1294 0.70983 0.000 0.008 0.956 0.004 0.024 0.008
#> GSM282907 3 0.3933 0.63774 0.000 0.008 0.740 0.220 0.032 0.000
#> GSM282909 3 0.1570 0.70908 0.004 0.012 0.948 0.008 0.020 0.008
#> GSM282912 2 0.5038 0.44453 0.000 0.576 0.076 0.000 0.344 0.004
#> GSM282920 3 0.5517 0.55363 0.016 0.012 0.600 0.308 0.008 0.056
#> GSM282924 5 0.5700 0.05470 0.000 0.000 0.160 0.404 0.436 0.000
#> GSM282891 1 0.3907 0.81702 0.800 0.028 0.036 0.008 0.000 0.128
#> GSM282892 3 0.3774 0.56069 0.000 0.000 0.664 0.328 0.008 0.000
#> GSM282893 3 0.1241 0.70984 0.004 0.008 0.960 0.004 0.020 0.004
#> GSM282894 3 0.6481 -0.00875 0.304 0.028 0.500 0.016 0.000 0.152
#> GSM282895 3 0.2959 0.69669 0.000 0.008 0.844 0.124 0.024 0.000
#> GSM282896 3 0.1241 0.70984 0.004 0.008 0.960 0.004 0.020 0.004
#> GSM282897 3 0.3526 0.69798 0.000 0.028 0.824 0.116 0.028 0.004
#> GSM282898 3 0.1210 0.70882 0.004 0.008 0.960 0.000 0.020 0.008
#> GSM282899 3 0.2196 0.71061 0.000 0.000 0.884 0.108 0.004 0.004
#> GSM282900 4 0.4472 -0.20414 0.000 0.000 0.476 0.496 0.028 0.000
#> GSM282901 3 0.2597 0.68159 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.1666 0.71440 0.000 0.008 0.936 0.036 0.020 0.000
#> GSM282908 1 0.2973 0.83467 0.864 0.016 0.032 0.004 0.000 0.084
#> GSM282911 3 0.1760 0.71050 0.000 0.020 0.936 0.012 0.028 0.004
#> GSM282916 3 0.2902 0.66997 0.000 0.000 0.800 0.196 0.004 0.000
#> GSM282919 3 0.3780 0.62000 0.000 0.004 0.728 0.248 0.020 0.000
#> GSM282923 3 0.0893 0.71105 0.004 0.004 0.972 0.016 0.000 0.004
#> GSM282917 5 0.6252 -0.03618 0.000 0.012 0.364 0.220 0.404 0.000
#> GSM282922 4 0.3950 0.45938 0.036 0.008 0.140 0.792 0.024 0.000
#> GSM282926 4 0.5970 0.06011 0.000 0.008 0.316 0.504 0.168 0.004
#> GSM282925 4 0.4261 0.40884 0.000 0.008 0.172 0.748 0.068 0.004
#> GSM282935 4 0.7636 -0.41280 0.000 0.232 0.000 0.332 0.204 0.232
#> GSM282938 4 0.6842 0.03018 0.000 0.172 0.000 0.476 0.260 0.092
#> GSM282940 2 0.5096 0.49686 0.000 0.628 0.000 0.000 0.216 0.156
#> GSM282941 2 0.5282 0.45752 0.000 0.600 0.000 0.000 0.228 0.172
#> GSM282943 1 0.3763 0.81733 0.828 0.016 0.048 0.032 0.000 0.076
#> GSM282944 5 0.3975 -0.09369 0.000 0.392 0.000 0.000 0.600 0.008
#> GSM282946 3 0.6197 0.29438 0.004 0.340 0.524 0.008 0.068 0.056
#> GSM282947 5 0.2658 0.53561 0.000 0.080 0.000 0.036 0.876 0.008
#> GSM282948 5 0.1812 0.60628 0.000 0.008 0.080 0.000 0.912 0.000
#> GSM282949 5 0.0865 0.61577 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM282950 5 0.1531 0.61130 0.000 0.004 0.068 0.000 0.928 0.000
#> GSM282951 5 0.1007 0.57680 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM282952 5 0.1049 0.59781 0.000 0.032 0.008 0.000 0.960 0.000
#> GSM282953 5 0.0972 0.61208 0.000 0.008 0.028 0.000 0.964 0.000
#> GSM282955 5 0.1152 0.61567 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952 0.000
#> GSM282956 1 0.3197 0.73333 0.800 0.000 0.184 0.004 0.004 0.008
#> GSM282959 2 0.3774 0.54536 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM282966 5 0.4929 0.28821 0.000 0.004 0.000 0.200 0.664 0.132
#> GSM282968 5 0.1285 0.56975 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944 0.004
#> GSM282974 6 0.6269 0.83617 0.000 0.252 0.000 0.044 0.172 0.532
#> GSM283016 1 0.0260 0.84851 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.3133 0.83601 0.848 0.024 0.012 0.008 0.000 0.108
#> GSM283024 3 0.6119 0.18304 0.268 0.024 0.568 0.020 0.000 0.120
#> GSM283041 1 0.1065 0.84211 0.964 0.008 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM283043 4 0.6221 0.08117 0.000 0.004 0.248 0.436 0.308 0.004
#> GSM282957 6 0.5693 0.83779 0.000 0.244 0.000 0.028 0.132 0.596
#> GSM282958 6 0.5709 0.82485 0.000 0.264 0.000 0.020 0.140 0.576
#> GSM282960 5 0.3756 -0.07121 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> GSM282971 6 0.5693 0.83779 0.000 0.244 0.000 0.028 0.132 0.596
#> GSM283015 3 0.7080 0.51596 0.092 0.036 0.544 0.240 0.016 0.072
#> GSM282962 2 0.4977 0.50100 0.000 0.648 0.000 0.000 0.188 0.164
#> GSM282963 2 0.3489 0.63243 0.000 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> GSM282977 2 0.3309 0.64346 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM282978 2 0.5225 0.46002 0.000 0.608 0.084 0.000 0.292 0.016
#> GSM282987 2 0.3266 0.64712 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM282988 2 0.3489 0.63243 0.000 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> GSM282989 2 0.3309 0.64346 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM282990 2 0.4702 0.53675 0.000 0.640 0.040 0.000 0.304 0.016
#> GSM282991 2 0.3215 0.65927 0.000 0.756 0.000 0.000 0.240 0.004
#> GSM282992 2 0.2912 0.66119 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM282993 6 0.6172 0.75895 0.000 0.304 0.000 0.112 0.056 0.528
#> GSM282994 2 0.3489 0.63243 0.000 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> GSM282995 2 0.5005 0.49763 0.000 0.644 0.000 0.000 0.192 0.164
#> GSM283020 1 0.1628 0.85023 0.940 0.008 0.004 0.012 0.000 0.036
#> GSM283023 3 0.6187 0.16811 0.268 0.024 0.560 0.020 0.000 0.128
#> GSM282931 6 0.6760 0.78630 0.000 0.260 0.000 0.120 0.124 0.496
#> GSM282939 2 0.4942 0.50722 0.000 0.652 0.000 0.000 0.192 0.156
#> GSM282981 3 0.3734 0.60799 0.000 0.000 0.716 0.264 0.020 0.000
#> GSM282983 3 0.4153 0.66042 0.000 0.024 0.756 0.176 0.044 0.000
#> GSM282985 4 0.6439 -0.04001 0.000 0.024 0.372 0.452 0.136 0.016
#> GSM283000 3 0.7111 0.19327 0.000 0.088 0.412 0.336 0.156 0.008
#> GSM283001 1 0.1503 0.85072 0.944 0.008 0.000 0.016 0.000 0.032
#> GSM283002 3 0.3958 0.66093 0.000 0.016 0.764 0.180 0.040 0.000
#> GSM283003 3 0.1873 0.71372 0.000 0.008 0.924 0.048 0.020 0.000
#> GSM283004 3 0.2146 0.71203 0.000 0.008 0.908 0.060 0.024 0.000
#> GSM283005 3 0.3906 0.61230 0.016 0.028 0.792 0.016 0.000 0.148
#> GSM283006 3 0.3356 0.64948 0.008 0.024 0.836 0.020 0.000 0.112
#> GSM283007 3 0.3872 0.60651 0.000 0.004 0.712 0.264 0.020 0.000
#> GSM283008 3 0.2445 0.70552 0.000 0.000 0.868 0.120 0.004 0.008
#> GSM283009 3 0.2097 0.69144 0.008 0.008 0.912 0.008 0.000 0.064
#> GSM283010 4 0.3970 0.41514 0.000 0.004 0.196 0.756 0.036 0.008
#> GSM283011 3 0.2579 0.67144 0.008 0.008 0.876 0.008 0.000 0.100
#> GSM283022 3 0.2619 0.71015 0.000 0.008 0.880 0.072 0.000 0.040
#> GSM283034 3 0.5750 0.20351 0.000 0.000 0.448 0.380 0.172 0.000
#> GSM283049 3 0.1605 0.71471 0.000 0.004 0.936 0.044 0.016 0.000
#> GSM283051 1 0.0862 0.84698 0.972 0.004 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM282929 6 0.6226 0.84107 0.000 0.248 0.000 0.052 0.152 0.548
#> GSM282933 4 0.3607 0.36356 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM282936 4 0.4344 0.27875 0.012 0.008 0.000 0.568 0.000 0.412
#> GSM282937 1 0.1065 0.84211 0.964 0.008 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM282942 5 0.4387 0.43482 0.000 0.168 0.004 0.060 0.748 0.020
#> GSM282945 5 0.6683 -0.02443 0.000 0.024 0.304 0.280 0.388 0.004
#> GSM282954 5 0.0865 0.61577 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM282961 5 0.6456 0.21480 0.000 0.220 0.344 0.008 0.416 0.012
#> GSM282964 4 0.3838 0.26096 0.000 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM282965 5 0.4586 0.41904 0.000 0.024 0.308 0.016 0.648 0.004
#> GSM282967 5 0.4141 0.19610 0.000 0.012 0.432 0.000 0.556 0.000
#> GSM282969 4 0.3961 0.26672 0.000 0.004 0.000 0.556 0.000 0.440
#> GSM282970 4 0.3966 0.26107 0.000 0.004 0.000 0.552 0.000 0.444
#> GSM282972 6 0.6307 0.83985 0.000 0.248 0.000 0.048 0.172 0.532
#> GSM282973 3 0.6262 0.02380 0.000 0.184 0.464 0.004 0.332 0.016
#> GSM282975 2 0.5783 0.11308 0.000 0.496 0.000 0.000 0.292 0.212
#> GSM282996 1 0.1065 0.84211 0.964 0.008 0.000 0.020 0.000 0.008
#> GSM282999 4 0.2408 0.53253 0.000 0.004 0.068 0.896 0.024 0.008
#> GSM283014 1 0.0862 0.84416 0.972 0.008 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM283019 3 0.7102 0.45117 0.140 0.016 0.492 0.272 0.008 0.072
#> GSM283026 4 0.2573 0.49107 0.000 0.000 0.000 0.864 0.024 0.112
#> GSM283029 1 0.0260 0.84851 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.2839 0.52911 0.000 0.008 0.084 0.872 0.024 0.012
#> GSM283033 3 0.6195 0.19948 0.000 0.004 0.400 0.292 0.304 0.000
#> GSM283035 4 0.3499 0.38615 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> GSM283036 4 0.5827 0.17352 0.000 0.008 0.272 0.548 0.168 0.004
#> GSM283038 4 0.2480 0.49589 0.000 0.000 0.000 0.872 0.024 0.104
#> GSM283046 4 0.3161 0.47476 0.000 0.008 0.136 0.828 0.028 0.000
#> GSM283050 1 0.0767 0.85037 0.976 0.008 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM283053 4 0.3487 0.43962 0.000 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> GSM283055 3 0.7117 0.28403 0.104 0.012 0.428 0.368 0.016 0.072
#> GSM283056 4 0.3955 0.26855 0.000 0.004 0.000 0.560 0.000 0.436
#> GSM282928 6 0.6434 0.73718 0.000 0.304 0.000 0.040 0.180 0.476
#> GSM282930 2 0.4910 0.60375 0.000 0.640 0.000 0.000 0.244 0.116
#> GSM282932 3 0.3813 0.63077 0.000 0.008 0.736 0.236 0.020 0.000
#> GSM282934 1 0.2833 0.77046 0.864 0.008 0.000 0.088 0.000 0.040
#> GSM282976 2 0.3489 0.63243 0.000 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> GSM282979 2 0.4781 0.46157 0.000 0.672 0.000 0.000 0.140 0.188
#> GSM282998 4 0.3833 0.26877 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM283013 1 0.3034 0.83706 0.852 0.024 0.008 0.008 0.000 0.108
#> GSM283017 3 0.3144 0.67638 0.000 0.004 0.808 0.172 0.016 0.000
#> GSM283018 4 0.5437 -0.10821 0.000 0.004 0.424 0.480 0.088 0.004
#> GSM283025 4 0.3828 0.27228 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM283028 4 0.3531 0.38121 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM283032 3 0.3599 0.64262 0.000 0.004 0.756 0.220 0.020 0.000
#> GSM283037 4 0.3659 0.35268 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM283040 1 0.4343 0.79062 0.788 0.016 0.092 0.040 0.000 0.064
#> GSM283042 3 0.4912 0.65237 0.016 0.012 0.716 0.188 0.008 0.060
#> GSM283045 4 0.3482 0.38749 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM283048 4 0.2046 0.52980 0.000 0.000 0.044 0.916 0.032 0.008
#> GSM283052 4 0.2898 0.53472 0.000 0.004 0.084 0.868 0.028 0.016
#> GSM283054 4 0.4249 0.28199 0.012 0.004 0.000 0.568 0.000 0.416
#> GSM282980 3 0.5416 0.63742 0.044 0.016 0.676 0.196 0.000 0.068
#> GSM282982 3 0.0893 0.71161 0.004 0.004 0.972 0.016 0.000 0.004
#> GSM282984 3 0.1598 0.70070 0.004 0.008 0.940 0.008 0.000 0.040
#> GSM282986 4 0.3872 0.32164 0.000 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> GSM282997 1 0.0146 0.84898 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.3478 0.82973 0.828 0.028 0.020 0.008 0.000 0.116
#> GSM283027 4 0.2558 0.49094 0.000 0.000 0.000 0.868 0.028 0.104
#> GSM283031 3 0.2070 0.70837 0.000 0.000 0.892 0.100 0.008 0.000
#> GSM283039 3 0.4158 0.40523 0.000 0.004 0.572 0.416 0.008 0.000
#> GSM283044 4 0.5318 -0.15768 0.000 0.000 0.448 0.460 0.088 0.004
#> GSM283047 4 0.5478 -0.02537 0.000 0.004 0.392 0.504 0.096 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> MAD:kmeans 188 0.47282 3.68e-01 7.48e-05 2
#> MAD:kmeans 139 0.02433 2.11e-01 7.04e-03 3
#> MAD:kmeans 198 0.01235 5.10e-06 9.86e-10 4
#> MAD:kmeans 147 0.00632 2.10e-09 1.38e-20 5
#> MAD:kmeans 120 0.18162 9.30e-04 1.06e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.928 0.921 0.969 0.5018 0.499 0.499
#> 3 3 0.646 0.698 0.816 0.3145 0.759 0.556
#> 4 4 0.791 0.816 0.916 0.1324 0.830 0.558
#> 5 5 0.749 0.686 0.860 0.0715 0.849 0.501
#> 6 6 0.800 0.753 0.854 0.0400 0.904 0.585
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.2603 0.9275 0.044 0.956
#> GSM282858 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282870 1 0.1414 0.9514 0.980 0.020
#> GSM282871 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282872 1 0.8386 0.6394 0.732 0.268
#> GSM282904 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.9608 0.3992 0.384 0.616
#> GSM282921 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282873 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282886 1 0.9983 0.0443 0.524 0.476
#> GSM282887 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282888 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282903 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282907 1 0.7376 0.7340 0.792 0.208
#> GSM282909 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282895 1 0.3274 0.9123 0.940 0.060
#> GSM282896 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282897 2 0.9866 0.2620 0.432 0.568
#> GSM282898 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282899 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282900 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282901 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282911 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282916 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282919 2 0.8608 0.5982 0.284 0.716
#> GSM282923 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282917 1 0.0376 0.9655 0.996 0.004
#> GSM282922 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282926 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282925 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282935 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282946 1 0.9954 0.1065 0.540 0.460
#> GSM282947 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.1184 0.9527 0.016 0.984
#> GSM282949 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.7219 0.7433 0.200 0.800
#> GSM282957 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.2423 0.9313 0.040 0.960
#> GSM282987 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.2423 0.9313 0.040 0.960
#> GSM282991 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.0376 0.9655 0.996 0.004
#> GSM282983 2 0.5629 0.8336 0.132 0.868
#> GSM282985 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.9732 0.3476 0.404 0.596
#> GSM283003 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283004 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283008 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.7528 0.7215 0.784 0.216
#> GSM283011 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.9993 0.0938 0.484 0.516
#> GSM283049 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.8555 0.6146 0.720 0.280
#> GSM282936 2 0.0672 0.9593 0.008 0.992
#> GSM282937 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.6973 0.7528 0.188 0.812
#> GSM282964 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.9580 0.4091 0.380 0.620
#> GSM282967 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282969 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282970 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282973 1 0.0672 0.9621 0.992 0.008
#> GSM282975 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.1843 0.9419 0.028 0.972
#> GSM283029 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.3274 0.9140 0.940 0.060
#> GSM283033 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283035 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283036 2 0.9580 0.4056 0.380 0.620
#> GSM283038 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283018 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283032 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283045 1 0.9988 0.0950 0.520 0.480
#> GSM283048 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283052 1 0.3114 0.9181 0.944 0.056
#> GSM283054 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.7602 0.7154 0.780 0.220
#> GSM282997 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0000 0.9687 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.1860 0.803 0.000 0.948 0.052
#> GSM282856 2 0.0237 0.825 0.004 0.996 0.000
#> GSM282857 2 0.3116 0.762 0.108 0.892 0.000
#> GSM282858 2 0.2537 0.787 0.000 0.920 0.080
#> GSM282859 2 0.2625 0.784 0.000 0.916 0.084
#> GSM282860 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282861 2 0.4796 0.589 0.000 0.780 0.220
#> GSM282862 2 0.2625 0.784 0.000 0.916 0.084
#> GSM282863 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0424 0.824 0.000 0.992 0.008
#> GSM282865 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282866 2 0.0475 0.825 0.004 0.992 0.004
#> GSM282867 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282868 2 0.0424 0.824 0.000 0.992 0.008
#> GSM282869 1 0.1753 0.803 0.952 0.048 0.000
#> GSM282870 3 0.2448 0.658 0.076 0.000 0.924
#> GSM282871 2 0.0475 0.825 0.004 0.992 0.004
#> GSM282872 3 0.5588 0.697 0.068 0.124 0.808
#> GSM282904 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM282910 2 0.2356 0.792 0.000 0.928 0.072
#> GSM282913 3 0.6204 0.474 0.000 0.424 0.576
#> GSM282915 2 0.6045 0.481 0.380 0.620 0.000
#> GSM282921 3 0.1860 0.689 0.052 0.000 0.948
#> GSM282927 1 0.5905 0.657 0.648 0.000 0.352
#> GSM282873 1 0.2448 0.783 0.924 0.076 0.000
#> GSM282874 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282875 3 0.6062 0.534 0.000 0.384 0.616
#> GSM282905 3 0.0237 0.742 0.000 0.004 0.996
#> GSM282914 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM282918 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282876 1 0.0424 0.824 0.992 0.008 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.2537 0.786 0.000 0.920 0.080
#> GSM282879 2 0.2448 0.789 0.000 0.924 0.076
#> GSM282880 2 0.2625 0.784 0.000 0.916 0.084
#> GSM282881 1 0.0424 0.824 0.992 0.008 0.000
#> GSM282882 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM282883 2 0.0237 0.825 0.004 0.996 0.000
#> GSM282884 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM282885 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.6095 0.459 0.392 0.608 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282888 1 0.7748 0.523 0.652 0.252 0.096
#> GSM282889 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM282902 2 0.5760 0.329 0.000 0.672 0.328
#> GSM282903 1 0.2625 0.777 0.916 0.084 0.000
#> GSM282907 2 0.5733 0.553 0.324 0.676 0.000
#> GSM282909 1 0.0424 0.824 0.992 0.008 0.000
#> GSM282912 2 0.0237 0.825 0.004 0.996 0.000
#> GSM282920 1 0.5859 0.664 0.656 0.000 0.344
#> GSM282924 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282891 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM282892 1 0.5926 0.651 0.644 0.000 0.356
#> GSM282893 1 0.1860 0.801 0.948 0.052 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282895 2 0.6235 0.375 0.436 0.564 0.000
#> GSM282896 1 0.2165 0.793 0.936 0.064 0.000
#> GSM282897 2 0.6111 0.451 0.396 0.604 0.000
#> GSM282898 1 0.2165 0.793 0.936 0.064 0.000
#> GSM282899 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282900 3 0.2448 0.658 0.076 0.000 0.924
#> GSM282901 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 1 0.1860 0.800 0.948 0.052 0.000
#> GSM282908 1 0.2165 0.814 0.936 0.000 0.064
#> GSM282911 2 0.6168 0.419 0.412 0.588 0.000
#> GSM282916 1 0.3340 0.792 0.880 0.000 0.120
#> GSM282919 2 0.7284 0.520 0.336 0.620 0.044
#> GSM282923 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282917 2 0.6168 0.419 0.412 0.588 0.000
#> GSM282922 1 0.6204 0.571 0.576 0.000 0.424
#> GSM282926 1 0.6111 0.607 0.604 0.000 0.396
#> GSM282925 1 0.6180 0.582 0.584 0.000 0.416
#> GSM282935 3 0.6111 0.520 0.000 0.396 0.604
#> GSM282938 2 0.6026 0.173 0.000 0.624 0.376
#> GSM282940 2 0.2448 0.789 0.000 0.924 0.076
#> GSM282941 2 0.2625 0.784 0.000 0.916 0.084
#> GSM282943 1 0.5678 0.688 0.684 0.000 0.316
#> GSM282944 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.6274 0.366 0.456 0.544 0.000
#> GSM282947 2 0.2959 0.769 0.000 0.900 0.100
#> GSM282948 2 0.3349 0.763 0.108 0.888 0.004
#> GSM282949 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282950 2 0.2496 0.792 0.068 0.928 0.004
#> GSM282951 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282952 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282955 2 0.3572 0.784 0.060 0.900 0.040
#> GSM282956 1 0.4750 0.744 0.784 0.000 0.216
#> GSM282959 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 3 0.5926 0.561 0.000 0.356 0.644
#> GSM282968 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282974 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM283016 1 0.5678 0.688 0.684 0.000 0.316
#> GSM283021 1 0.2165 0.814 0.936 0.000 0.064
#> GSM283024 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM283043 2 0.5519 0.705 0.120 0.812 0.068
#> GSM282957 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282958 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282960 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282971 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM283015 1 0.5905 0.656 0.648 0.000 0.352
#> GSM282962 2 0.2448 0.789 0.000 0.924 0.076
#> GSM282963 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.4121 0.712 0.168 0.832 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.3116 0.762 0.108 0.892 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0592 0.822 0.000 0.988 0.012
#> GSM282993 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282994 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282995 2 0.2448 0.789 0.000 0.924 0.076
#> GSM283020 1 0.5678 0.688 0.684 0.000 0.316
#> GSM283023 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282931 3 0.6154 0.504 0.000 0.408 0.592
#> GSM282939 2 0.2448 0.789 0.000 0.924 0.076
#> GSM282981 1 0.3445 0.784 0.896 0.016 0.088
#> GSM282983 2 0.6026 0.487 0.376 0.624 0.000
#> GSM282985 2 0.5968 0.223 0.000 0.636 0.364
#> GSM283000 2 0.2448 0.789 0.000 0.924 0.076
#> GSM283001 1 0.5678 0.688 0.684 0.000 0.316
#> GSM283002 2 0.6062 0.473 0.384 0.616 0.000
#> GSM283003 1 0.2165 0.793 0.936 0.064 0.000
#> GSM283004 1 0.2796 0.770 0.908 0.092 0.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283007 1 0.1399 0.822 0.968 0.004 0.028
#> GSM283008 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283010 3 0.0475 0.739 0.004 0.004 0.992
#> GSM283011 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283034 3 0.7622 0.378 0.332 0.060 0.608
#> GSM283049 1 0.1964 0.797 0.944 0.056 0.000
#> GSM283051 1 0.6126 0.603 0.600 0.000 0.400
#> GSM282929 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282933 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM282936 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM282937 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM282942 2 0.2537 0.787 0.000 0.920 0.080
#> GSM282945 2 0.2682 0.794 0.004 0.920 0.076
#> GSM282954 2 0.5178 0.476 0.000 0.744 0.256
#> GSM282961 2 0.2261 0.791 0.068 0.932 0.000
#> GSM282964 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.6062 0.473 0.384 0.616 0.000
#> GSM282967 1 0.6305 -0.158 0.516 0.484 0.000
#> GSM282969 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM282970 3 0.0237 0.742 0.000 0.004 0.996
#> GSM282972 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282973 2 0.6168 0.419 0.412 0.588 0.000
#> GSM282975 2 0.4654 0.620 0.000 0.792 0.208
#> GSM282996 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM282999 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM283014 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM283019 1 0.5785 0.675 0.668 0.000 0.332
#> GSM283026 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.5678 0.688 0.684 0.000 0.316
#> GSM283030 3 0.6095 -0.175 0.392 0.000 0.608
#> GSM283033 1 0.3406 0.787 0.904 0.028 0.068
#> GSM283035 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 3 0.1753 0.694 0.048 0.000 0.952
#> GSM283038 3 0.0237 0.742 0.000 0.004 0.996
#> GSM283046 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM283050 1 0.5621 0.693 0.692 0.000 0.308
#> GSM283053 3 0.2066 0.746 0.000 0.060 0.940
#> GSM283055 1 0.5560 0.698 0.700 0.000 0.300
#> GSM283056 3 0.4178 0.700 0.000 0.172 0.828
#> GSM282928 3 0.6168 0.499 0.000 0.412 0.588
#> GSM282930 2 0.0237 0.825 0.000 0.996 0.004
#> GSM282932 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.6168 0.588 0.588 0.000 0.412
#> GSM282976 2 0.0000 0.826 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.5591 0.409 0.000 0.696 0.304
#> GSM282998 3 0.0237 0.742 0.000 0.004 0.996
#> GSM283013 1 0.2165 0.814 0.936 0.000 0.064
#> GSM283017 1 0.1411 0.810 0.964 0.036 0.000
#> GSM283018 3 0.6008 0.537 0.000 0.372 0.628
#> GSM283025 3 0.0237 0.742 0.000 0.004 0.996
#> GSM283028 3 0.0237 0.742 0.000 0.004 0.996
#> GSM283032 1 0.0237 0.825 0.996 0.004 0.000
#> GSM283037 3 0.1964 0.746 0.000 0.056 0.944
#> GSM283040 1 0.5859 0.664 0.656 0.000 0.344
#> GSM283042 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM283045 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 3 0.2261 0.669 0.068 0.000 0.932
#> GSM283052 3 0.0424 0.733 0.008 0.000 0.992
#> GSM283054 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM282980 1 0.3551 0.787 0.868 0.000 0.132
#> GSM282982 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM282986 3 0.0000 0.740 0.000 0.000 1.000
#> GSM282997 1 0.5678 0.688 0.684 0.000 0.316
#> GSM283012 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM283027 3 0.5621 0.602 0.000 0.308 0.692
#> GSM283031 1 0.0000 0.826 1.000 0.000 0.000
#> GSM283039 1 0.6045 0.626 0.620 0.000 0.380
#> GSM283044 3 0.6302 0.297 0.000 0.480 0.520
#> GSM283047 3 0.3686 0.716 0.000 0.140 0.860
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0469 0.9136 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282857 2 0.3074 0.7840 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM282858 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282859 2 0.3266 0.7804 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282860 4 0.4624 0.5368 0.000 0.340 0.000 0.660
#> GSM282861 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.1474 0.8935 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282863 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0336 0.9159 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282869 1 0.4925 0.3128 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM282870 4 0.3942 0.6291 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM282871 2 0.0336 0.9159 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282872 4 0.0188 0.8585 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282904 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282910 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282913 2 0.3266 0.7804 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282915 3 0.1716 0.8919 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282921 4 0.3528 0.6799 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM282927 1 0.0336 0.8882 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282873 3 0.1576 0.9042 0.048 0.004 0.948 0.000
#> GSM282874 2 0.4624 0.4783 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM282875 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282905 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282918 3 0.1211 0.9094 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM282876 3 0.0707 0.9239 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.2973 0.8077 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282879 2 0.1118 0.9039 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282880 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282881 3 0.0592 0.9264 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM282882 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282883 2 0.0336 0.9162 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282884 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 3 0.0921 0.9197 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282887 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282888 3 0.5300 0.2641 0.408 0.012 0.580 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282902 2 0.3569 0.7437 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM282903 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0336 0.9300 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.4406 0.5485 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 2 0.3975 0.6579 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM282891 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282892 1 0.3873 0.6716 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.4605 0.5123 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282897 3 0.0188 0.9317 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282899 1 0.4907 0.3332 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM282900 4 0.3649 0.6647 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM282901 3 0.0817 0.9222 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282916 1 0.3444 0.7276 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM282919 3 0.0188 0.9314 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282923 3 0.0336 0.9302 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM282917 3 0.1211 0.9112 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM282922 1 0.0336 0.8882 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282926 1 0.4040 0.6567 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM282925 1 0.4040 0.6567 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM282935 4 0.3024 0.7828 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM282938 2 0.5000 0.0671 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM282940 2 0.1118 0.9039 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282941 2 0.1118 0.9039 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282943 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 3 0.1724 0.9076 0.020 0.032 0.948 0.000
#> GSM282947 2 0.3356 0.7707 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM282948 2 0.1867 0.8666 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282950 2 0.0817 0.9059 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0188 0.9174 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282955 2 0.0336 0.9159 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282956 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282966 4 0.0336 0.8579 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM282968 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282974 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM283016 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.3649 0.7128 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.6814 0.4117 0.124 0.596 0.004 0.276
#> GSM282957 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282958 2 0.3486 0.7546 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM282960 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282971 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM283015 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.1118 0.9039 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282963 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 3 0.4679 0.4620 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0336 0.9162 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.3356 0.7557 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282993 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282994 2 0.0188 0.9175 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282995 2 0.1118 0.9039 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM283020 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.4500 0.5486 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM282931 4 0.2921 0.7887 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM282939 2 0.1118 0.9039 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM282981 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282985 4 0.5816 0.6460 0.000 0.224 0.088 0.688
#> GSM283000 2 0.6586 0.5661 0.000 0.632 0.184 0.184
#> GSM283001 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283005 3 0.1940 0.8771 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM283006 1 0.4948 0.2766 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM283007 3 0.0188 0.9319 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM283008 1 0.4877 0.3611 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM283009 3 0.2408 0.8475 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM283010 4 0.3569 0.7009 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM283011 3 0.0336 0.9302 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM283022 3 0.2345 0.8518 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM283034 4 0.4843 0.2834 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM283049 3 0.0336 0.9302 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282933 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282936 4 0.0336 0.8561 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM282937 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0336 0.9167 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282945 2 0.7175 0.1499 0.000 0.496 0.144 0.360
#> GSM282954 2 0.0817 0.9079 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM282961 3 0.4624 0.4900 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM282964 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282965 3 0.2921 0.8123 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM282967 3 0.0592 0.9264 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282969 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 4 0.4277 0.6458 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM282973 3 0.1557 0.8988 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM282975 2 0.1474 0.8934 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282996 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.2589 0.8051 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM283014 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.1022 0.8418 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM283029 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.4730 0.4553 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM283033 3 0.5106 0.6334 0.040 0.000 0.720 0.240
#> GSM283035 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 1 0.4679 0.4814 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM283038 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.4277 0.6110 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM283050 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282928 4 0.4585 0.5533 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM282930 2 0.0000 0.9186 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0336 0.9162 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282979 2 0.1474 0.8934 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM282998 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283018 4 0.3726 0.6880 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM283025 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283037 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.4804 0.3406 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM283045 4 0.0336 0.8561 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM283048 4 0.3569 0.6744 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM283052 4 0.0336 0.8561 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM283054 4 0.0707 0.8497 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM282980 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0188 0.9319 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.8922 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0336 0.8908 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.8593 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283031 3 0.0000 0.9329 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0188 0.8913 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283044 4 0.1716 0.8300 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM283047 4 0.0921 0.8478 0.000 0.000 0.028 0.972
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0162 0.7495 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282856 5 0.3876 0.4495 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM282857 5 0.4009 0.4549 0.000 0.312 0.004 0.000 0.684
#> GSM282858 2 0.0794 0.7472 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282859 2 0.1300 0.7442 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> GSM282860 2 0.6253 0.2768 0.000 0.492 0.000 0.352 0.156
#> GSM282861 5 0.5095 0.1412 0.000 0.400 0.000 0.040 0.560
#> GSM282862 2 0.0794 0.7472 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282863 2 0.3774 0.5172 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM282864 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282865 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282866 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282867 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282868 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282869 5 0.6413 0.3527 0.268 0.000 0.224 0.000 0.508
#> GSM282870 4 0.5256 0.2257 0.048 0.000 0.000 0.532 0.420
#> GSM282871 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282872 5 0.3774 0.4582 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM282904 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0290 0.7500 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282913 2 0.2900 0.7018 0.000 0.864 0.000 0.108 0.028
#> GSM282915 5 0.5215 0.4318 0.000 0.056 0.352 0.000 0.592
#> GSM282921 4 0.0703 0.8494 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM282927 1 0.1430 0.8655 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> GSM282873 3 0.3410 0.7737 0.092 0.000 0.840 0.000 0.068
#> GSM282874 2 0.5841 0.4959 0.000 0.608 0.000 0.180 0.212
#> GSM282875 2 0.6581 0.2106 0.000 0.432 0.000 0.356 0.212
#> GSM282905 4 0.1310 0.8396 0.000 0.020 0.000 0.956 0.024
#> GSM282914 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.1410 0.8417 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM282876 3 0.3875 0.7047 0.160 0.048 0.792 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.2852 0.6662 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM282878 2 0.0162 0.7495 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282879 2 0.0000 0.7488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0609 0.7486 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282881 3 0.3904 0.7058 0.156 0.052 0.792 0.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.3003 0.6519 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM282884 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.1270 0.7361 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM282886 3 0.5102 0.5021 0.000 0.128 0.696 0.000 0.176
#> GSM282887 1 0.0162 0.9049 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.3318 0.6174 0.192 0.800 0.008 0.000 0.000
#> GSM282889 2 0.1197 0.7420 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM282890 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.2325 0.7244 0.000 0.904 0.000 0.068 0.028
#> GSM282903 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.6303 0.2788 0.000 0.524 0.280 0.000 0.196
#> GSM282920 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 5 0.3455 0.6336 0.000 0.008 0.000 0.208 0.784
#> GSM282891 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 1 0.4201 0.2448 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.3876 0.5097 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.4114 0.3730 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.1121 0.8366 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282916 1 0.4192 0.2532 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282917 5 0.4015 0.4729 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM282922 1 0.2179 0.8200 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> GSM282926 1 0.4331 0.3046 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004
#> GSM282925 1 0.4321 0.3153 0.600 0.000 0.000 0.396 0.004
#> GSM282935 4 0.4909 0.2291 0.000 0.380 0.000 0.588 0.032
#> GSM282938 4 0.4641 0.0989 0.000 0.456 0.000 0.532 0.012
#> GSM282940 2 0.0290 0.7500 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282941 2 0.0794 0.7472 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282943 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.4114 0.3631 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM282946 3 0.6772 0.0443 0.160 0.404 0.420 0.000 0.016
#> GSM282947 5 0.3391 0.5802 0.000 0.188 0.000 0.012 0.800
#> GSM282948 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282949 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282950 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282951 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282952 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282953 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282955 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282956 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.3730 0.5963 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM282966 5 0.4268 0.0907 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> GSM282968 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282974 2 0.6581 0.2106 0.000 0.432 0.000 0.356 0.212
#> GSM283016 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.3143 0.6977 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.4777 0.5573 0.016 0.028 0.000 0.260 0.696
#> GSM282957 2 0.6581 0.2106 0.000 0.432 0.000 0.356 0.212
#> GSM282958 2 0.5747 0.5071 0.000 0.620 0.000 0.168 0.212
#> GSM282960 2 0.4268 0.3386 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM282971 2 0.6581 0.2106 0.000 0.432 0.000 0.356 0.212
#> GSM283015 1 0.0162 0.9048 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0404 0.7498 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM282963 2 0.2966 0.6560 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282977 2 0.2852 0.6662 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM282978 2 0.6294 0.2784 0.000 0.524 0.284 0.000 0.192
#> GSM282987 2 0.0609 0.7463 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282988 2 0.2966 0.6560 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282989 2 0.2852 0.6662 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM282990 2 0.4303 0.6011 0.000 0.752 0.056 0.000 0.192
#> GSM282991 2 0.0000 0.7488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.7488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282993 2 0.4525 0.4005 0.000 0.624 0.000 0.360 0.016
#> GSM282994 2 0.2966 0.6560 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282995 2 0.0404 0.7498 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM283020 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.3876 0.5100 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.4924 0.1061 0.000 0.420 0.000 0.552 0.028
#> GSM282939 2 0.0290 0.7500 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282981 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282985 2 0.4668 0.6265 0.000 0.736 0.072 0.188 0.004
#> GSM283000 2 0.2408 0.7071 0.000 0.892 0.096 0.008 0.004
#> GSM283001 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0290 0.8759 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.1197 0.8501 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.4268 0.1833 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283008 3 0.4304 0.0451 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM283009 3 0.1908 0.8143 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM283010 4 0.2648 0.7402 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM283011 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.1121 0.8529 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM283034 3 0.6494 -0.0141 0.000 0.000 0.444 0.192 0.364
#> GSM283049 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.6581 0.2106 0.000 0.432 0.000 0.356 0.212
#> GSM282933 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.2561 0.6788 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM282945 5 0.6657 0.1886 0.000 0.372 0.000 0.228 0.400
#> GSM282954 5 0.0162 0.7712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282961 5 0.5103 0.2191 0.000 0.036 0.452 0.000 0.512
#> GSM282964 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 5 0.4035 0.6823 0.000 0.060 0.156 0.000 0.784
#> GSM282967 5 0.3003 0.6776 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM282969 4 0.1197 0.8307 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM282970 4 0.0794 0.8461 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM282972 2 0.6581 0.2106 0.000 0.432 0.000 0.356 0.212
#> GSM282973 5 0.4821 0.1994 0.000 0.020 0.464 0.000 0.516
#> GSM282975 2 0.3210 0.6276 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM282996 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.4138 0.3734 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.4264 0.3217 0.376 0.000 0.000 0.620 0.004
#> GSM283033 5 0.4394 0.5960 0.000 0.000 0.220 0.048 0.732
#> GSM283035 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 4 0.4196 0.4041 0.356 0.000 0.000 0.640 0.004
#> GSM283038 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 4 0.4288 0.3001 0.384 0.000 0.000 0.612 0.004
#> GSM283050 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 1 0.0162 0.9050 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283056 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 2 0.5804 0.3318 0.000 0.544 0.000 0.352 0.104
#> GSM282930 2 0.0290 0.7500 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282932 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.2648 0.7638 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM282976 2 0.2966 0.6560 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM282979 2 0.0290 0.7500 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282998 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.3274 0.6496 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 3 0.0162 0.8791 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM283037 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.4341 0.3165 0.404 0.000 0.592 0.000 0.004
#> GSM283045 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0865 0.8483 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> GSM283052 4 0.0162 0.8607 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM283054 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8812 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.8623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.0162 0.8791 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM283039 1 0.4123 0.7520 0.792 0.000 0.132 0.072 0.004
#> GSM283044 4 0.3010 0.7098 0.000 0.000 0.172 0.824 0.004
#> GSM283047 4 0.0865 0.8467 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 6 0.3997 0.3770 0.000 0.488 0.000 0.000 0.004 0.508
#> GSM282856 2 0.3838 0.3324 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM282857 2 0.2664 0.7461 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM282858 6 0.3595 0.7448 0.000 0.288 0.000 0.000 0.008 0.704
#> GSM282859 6 0.3575 0.7469 0.000 0.284 0.000 0.000 0.008 0.708
#> GSM282860 6 0.2375 0.7467 0.000 0.012 0.000 0.088 0.012 0.888
#> GSM282861 6 0.4932 0.5490 0.000 0.088 0.000 0.012 0.240 0.660
#> GSM282862 6 0.3575 0.7469 0.000 0.284 0.000 0.000 0.008 0.708
#> GSM282863 2 0.2877 0.7497 0.000 0.820 0.000 0.000 0.168 0.012
#> GSM282864 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 5 0.4545 0.6351 0.112 0.000 0.192 0.000 0.696 0.000
#> GSM282870 5 0.5896 0.3206 0.104 0.000 0.000 0.308 0.548 0.040
#> GSM282871 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 5 0.3154 0.7263 0.000 0.004 0.000 0.184 0.800 0.012
#> GSM282904 1 0.1080 0.9291 0.960 0.004 0.032 0.000 0.000 0.004
#> GSM282910 6 0.3426 0.7314 0.000 0.276 0.000 0.000 0.004 0.720
#> GSM282913 6 0.1588 0.7702 0.000 0.072 0.000 0.000 0.004 0.924
#> GSM282915 2 0.4628 0.6652 0.000 0.708 0.108 0.000 0.176 0.008
#> GSM282921 4 0.3176 0.7921 0.032 0.000 0.000 0.812 0.000 0.156
#> GSM282927 1 0.3134 0.7450 0.808 0.000 0.000 0.168 0.000 0.024
#> GSM282873 3 0.5217 0.6099 0.216 0.032 0.668 0.000 0.080 0.004
#> GSM282874 6 0.2589 0.7569 0.000 0.024 0.000 0.060 0.028 0.888
#> GSM282875 6 0.2537 0.7399 0.000 0.008 0.000 0.088 0.024 0.880
#> GSM282905 4 0.4222 0.2930 0.000 0.008 0.000 0.516 0.004 0.472
#> GSM282914 1 0.1155 0.9281 0.956 0.004 0.036 0.000 0.000 0.004
#> GSM282918 3 0.0603 0.8600 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004
#> GSM282876 2 0.3878 0.5462 0.008 0.688 0.296 0.000 0.000 0.008
#> GSM282877 2 0.1088 0.8063 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM282878 6 0.3446 0.7328 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> GSM282879 2 0.3695 0.0713 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> GSM282880 6 0.3565 0.7355 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> GSM282881 2 0.3878 0.5462 0.008 0.688 0.296 0.000 0.000 0.008
#> GSM282882 1 0.1806 0.9135 0.928 0.020 0.044 0.000 0.000 0.008
#> GSM282883 2 0.0806 0.8098 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM282884 1 0.1806 0.9135 0.928 0.020 0.044 0.000 0.000 0.008
#> GSM282885 2 0.0937 0.7956 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282886 2 0.3583 0.6155 0.000 0.728 0.260 0.000 0.008 0.004
#> GSM282887 1 0.2742 0.8677 0.872 0.076 0.044 0.000 0.000 0.008
#> GSM282888 2 0.1483 0.7934 0.036 0.944 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM282889 2 0.3221 0.4611 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM282890 1 0.1806 0.9135 0.928 0.020 0.044 0.000 0.000 0.008
#> GSM282902 6 0.3610 0.7596 0.000 0.200 0.000 0.028 0.004 0.768
#> GSM282903 3 0.0146 0.8651 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.1616 0.8574 0.000 0.020 0.932 0.000 0.000 0.048
#> GSM282909 3 0.0632 0.8599 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.1930 0.7999 0.000 0.924 0.012 0.000 0.028 0.036
#> GSM282920 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 5 0.4601 0.6677 0.000 0.012 0.004 0.212 0.708 0.064
#> GSM282891 1 0.1226 0.9256 0.952 0.004 0.040 0.000 0.000 0.004
#> GSM282892 3 0.4222 0.1796 0.472 0.000 0.516 0.004 0.000 0.008
#> GSM282893 3 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282894 1 0.3665 0.5749 0.696 0.004 0.296 0.000 0.000 0.004
#> GSM282895 3 0.1151 0.8644 0.000 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> GSM282896 3 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282897 3 0.1245 0.8639 0.000 0.016 0.952 0.000 0.000 0.032
#> GSM282898 3 0.0146 0.8651 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282899 3 0.3074 0.6952 0.200 0.004 0.792 0.000 0.000 0.004
#> GSM282900 4 0.2509 0.7761 0.088 0.000 0.000 0.876 0.000 0.036
#> GSM282901 3 0.1049 0.8659 0.000 0.008 0.960 0.000 0.000 0.032
#> GSM282906 3 0.1151 0.8644 0.000 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> GSM282908 1 0.0935 0.9302 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.1151 0.8644 0.000 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> GSM282916 3 0.3965 0.4123 0.388 0.000 0.604 0.000 0.000 0.008
#> GSM282919 3 0.1408 0.8619 0.000 0.020 0.944 0.000 0.000 0.036
#> GSM282923 3 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282917 5 0.5251 0.6614 0.000 0.004 0.160 0.096 0.692 0.048
#> GSM282922 1 0.3236 0.7292 0.796 0.000 0.000 0.180 0.000 0.024
#> GSM282926 4 0.4578 0.4787 0.320 0.000 0.000 0.624 0.000 0.056
#> GSM282925 4 0.4578 0.4787 0.320 0.000 0.000 0.624 0.000 0.056
#> GSM282935 6 0.1524 0.7374 0.000 0.008 0.000 0.060 0.000 0.932
#> GSM282938 6 0.3653 0.6500 0.000 0.020 0.000 0.228 0.004 0.748
#> GSM282940 6 0.3565 0.7355 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> GSM282941 6 0.3575 0.7469 0.000 0.284 0.000 0.000 0.008 0.708
#> GSM282943 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.1757 0.7988 0.000 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> GSM282946 2 0.1477 0.7908 0.008 0.940 0.048 0.000 0.000 0.004
#> GSM282947 5 0.2600 0.7845 0.000 0.008 0.000 0.008 0.860 0.124
#> GSM282948 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 1 0.0458 0.9361 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.2669 0.7634 0.000 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> GSM282966 5 0.3991 0.6878 0.000 0.000 0.000 0.156 0.756 0.088
#> GSM282968 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 6 0.2274 0.7438 0.000 0.008 0.000 0.088 0.012 0.892
#> GSM283016 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0858 0.9317 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.2912 0.7196 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.5636 0.3625 0.008 0.020 0.004 0.372 0.536 0.060
#> GSM282957 6 0.2537 0.7399 0.000 0.008 0.000 0.088 0.024 0.880
#> GSM282958 6 0.2604 0.7580 0.000 0.024 0.000 0.056 0.032 0.888
#> GSM282960 2 0.3534 0.6591 0.000 0.716 0.000 0.000 0.276 0.008
#> GSM282971 6 0.2537 0.7399 0.000 0.008 0.000 0.088 0.024 0.880
#> GSM283015 1 0.0146 0.9375 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM282962 6 0.3565 0.7355 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> GSM282963 2 0.1088 0.8094 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM282977 2 0.1092 0.8081 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> GSM282978 2 0.0909 0.8091 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020 0.000
#> GSM282987 2 0.0937 0.7956 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282988 2 0.1088 0.8094 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM282989 2 0.1088 0.8063 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM282990 2 0.0547 0.8098 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM282991 2 0.2092 0.7168 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM282992 2 0.1863 0.7413 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM282993 6 0.2311 0.7393 0.000 0.016 0.000 0.104 0.000 0.880
#> GSM282994 2 0.0806 0.8098 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> GSM282995 6 0.3565 0.7355 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> GSM283020 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.3528 0.5778 0.700 0.000 0.296 0.000 0.000 0.004
#> GSM282931 6 0.2572 0.6876 0.000 0.012 0.000 0.136 0.000 0.852
#> GSM282939 6 0.3565 0.7355 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> GSM282981 3 0.1320 0.8628 0.000 0.016 0.948 0.000 0.000 0.036
#> GSM282983 3 0.1320 0.8633 0.000 0.016 0.948 0.000 0.000 0.036
#> GSM282985 6 0.4993 0.6812 0.000 0.200 0.036 0.076 0.000 0.688
#> GSM283000 6 0.4683 0.6476 0.000 0.204 0.104 0.004 0.000 0.688
#> GSM283001 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.1838 0.8489 0.000 0.016 0.916 0.000 0.000 0.068
#> GSM283003 3 0.1151 0.8644 0.000 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> GSM283004 3 0.2762 0.6852 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283006 3 0.3881 0.3264 0.396 0.000 0.600 0.000 0.000 0.004
#> GSM283007 3 0.1320 0.8628 0.000 0.016 0.948 0.000 0.000 0.036
#> GSM283008 3 0.3915 0.2842 0.412 0.000 0.584 0.000 0.000 0.004
#> GSM283009 3 0.1555 0.8328 0.060 0.004 0.932 0.000 0.000 0.004
#> GSM283010 4 0.5607 0.6381 0.196 0.012 0.000 0.592 0.000 0.200
#> GSM283011 3 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283022 3 0.1049 0.8659 0.000 0.008 0.960 0.000 0.000 0.032
#> GSM283034 3 0.5901 0.0716 0.000 0.008 0.468 0.052 0.424 0.048
#> GSM283049 3 0.1049 0.8659 0.000 0.008 0.960 0.000 0.000 0.032
#> GSM283051 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 6 0.2225 0.7422 0.000 0.008 0.000 0.092 0.008 0.892
#> GSM282933 4 0.2454 0.7870 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM282936 4 0.2912 0.7859 0.012 0.000 0.000 0.816 0.000 0.172
#> GSM282937 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 6 0.4319 0.6586 0.000 0.348 0.000 0.000 0.032 0.620
#> GSM282945 2 0.4904 0.5776 0.000 0.644 0.000 0.236 0.120 0.000
#> GSM282954 5 0.0000 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 2 0.5492 0.5052 0.000 0.564 0.192 0.000 0.244 0.000
#> GSM282964 4 0.2762 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM282965 5 0.1075 0.8527 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM282967 5 0.0363 0.8814 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282969 4 0.2871 0.7683 0.000 0.000 0.000 0.804 0.004 0.192
#> GSM282970 4 0.2697 0.7730 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM282972 6 0.2537 0.7399 0.000 0.008 0.000 0.088 0.024 0.880
#> GSM282973 2 0.5073 0.5865 0.000 0.648 0.196 0.000 0.152 0.004
#> GSM282975 6 0.3156 0.7705 0.000 0.180 0.000 0.000 0.020 0.800
#> GSM282996 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 4 0.3833 0.3261 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0508 0.7905 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM283029 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.1951 0.7606 0.076 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016
#> GSM283033 5 0.3147 0.7544 0.000 0.000 0.160 0.016 0.816 0.008
#> GSM283035 4 0.0458 0.7947 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM283036 4 0.4367 0.6310 0.220 0.008 0.000 0.712 0.000 0.060
#> GSM283038 4 0.0000 0.7907 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283046 4 0.3190 0.6594 0.220 0.000 0.000 0.772 0.000 0.008
#> GSM283050 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0146 0.7917 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM283055 1 0.1442 0.9064 0.944 0.004 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM283056 4 0.2527 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282928 6 0.2326 0.7442 0.000 0.012 0.000 0.092 0.008 0.888
#> GSM282930 6 0.3706 0.6342 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM282932 3 0.1367 0.8622 0.000 0.012 0.944 0.000 0.000 0.044
#> GSM282934 1 0.0865 0.9154 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.1088 0.8094 0.000 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM282979 6 0.3351 0.7466 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> GSM282998 4 0.2562 0.7822 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM283013 1 0.0692 0.9343 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0146 0.8657 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283018 4 0.5543 0.3679 0.000 0.020 0.312 0.568 0.000 0.100
#> GSM283025 4 0.2527 0.7840 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM283028 4 0.0547 0.7954 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM283032 3 0.0972 0.8535 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> GSM283037 4 0.2260 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM283040 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.5946 0.2682 0.356 0.020 0.516 0.096 0.000 0.012
#> GSM283045 4 0.0547 0.7954 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM283048 4 0.1124 0.7798 0.036 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008
#> GSM283052 4 0.0260 0.7886 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM283054 4 0.2877 0.7874 0.012 0.000 0.000 0.820 0.000 0.168
#> GSM282980 1 0.0291 0.9372 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM282982 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282986 4 0.2562 0.7822 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM282997 1 0.0000 0.9384 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.1155 0.9276 0.956 0.004 0.036 0.000 0.000 0.004
#> GSM283027 4 0.1462 0.7720 0.000 0.008 0.000 0.936 0.000 0.056
#> GSM283031 3 0.0972 0.8655 0.000 0.008 0.964 0.000 0.000 0.028
#> GSM283039 3 0.6283 0.1581 0.384 0.008 0.424 0.172 0.000 0.012
#> GSM283044 4 0.5716 -0.0335 0.000 0.020 0.424 0.460 0.000 0.096
#> GSM283047 4 0.2665 0.7385 0.000 0.016 0.012 0.868 0.000 0.104
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> MAD:skmeans 193 0.1530 2.63e-01 1.11e-05 2
#> MAD:skmeans 171 0.0450 2.29e-08 4.35e-05 3
#> MAD:skmeans 187 0.0146 2.58e-07 5.52e-07 4
#> MAD:skmeans 159 0.0202 1.54e-09 1.01e-12 5
#> MAD:skmeans 183 0.0301 8.79e-10 5.55e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.724 0.873 0.936 0.4955 0.506 0.506
#> 3 3 0.596 0.769 0.888 0.1956 0.662 0.460
#> 4 4 0.562 0.686 0.837 0.2041 0.816 0.579
#> 5 5 0.741 0.765 0.851 0.1006 0.871 0.589
#> 6 6 0.759 0.643 0.765 0.0376 0.901 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0938 0.907 0.012 0.988
#> GSM282856 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282857 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282858 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.2236 0.897 0.036 0.964
#> GSM282862 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282867 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.9522 0.543 0.372 0.628
#> GSM282870 2 0.9933 0.366 0.452 0.548
#> GSM282871 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282872 2 0.9427 0.570 0.360 0.640
#> GSM282904 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282913 2 0.3584 0.885 0.068 0.932
#> GSM282915 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282921 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.2423 0.934 0.960 0.040
#> GSM282873 2 0.7674 0.752 0.224 0.776
#> GSM282874 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.3879 0.878 0.076 0.924
#> GSM282905 1 0.5059 0.861 0.888 0.112
#> GSM282914 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.4431 0.883 0.908 0.092
#> GSM282877 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282879 1 0.9710 0.365 0.600 0.400
#> GSM282880 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.8207 0.651 0.744 0.256
#> GSM282882 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282884 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.4022 0.872 0.080 0.920
#> GSM282887 1 0.1184 0.954 0.984 0.016
#> GSM282888 1 0.3114 0.924 0.944 0.056
#> GSM282889 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.6623 0.804 0.172 0.828
#> GSM282907 1 0.6148 0.815 0.848 0.152
#> GSM282909 1 0.2423 0.934 0.960 0.040
#> GSM282912 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282920 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282891 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM282894 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282895 1 0.1184 0.954 0.984 0.016
#> GSM282896 1 0.2043 0.941 0.968 0.032
#> GSM282897 1 0.9881 0.207 0.564 0.436
#> GSM282898 1 0.4562 0.875 0.904 0.096
#> GSM282899 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282900 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282901 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.5842 0.831 0.140 0.860
#> GSM282916 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282919 1 0.1633 0.947 0.976 0.024
#> GSM282923 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282917 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282922 1 0.1414 0.951 0.980 0.020
#> GSM282926 2 0.8555 0.694 0.280 0.720
#> GSM282925 2 0.9393 0.572 0.356 0.644
#> GSM282935 2 0.1184 0.907 0.016 0.984
#> GSM282938 2 0.1184 0.907 0.016 0.984
#> GSM282940 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.5178 0.850 0.116 0.884
#> GSM282947 2 0.0938 0.907 0.012 0.988
#> GSM282948 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282949 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282950 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282951 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282953 2 0.0938 0.907 0.012 0.988
#> GSM282955 2 0.1414 0.906 0.020 0.980
#> GSM282956 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0938 0.907 0.012 0.988
#> GSM282968 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4161 0.876 0.084 0.916
#> GSM282957 2 0.1633 0.903 0.024 0.976
#> GSM282958 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282987 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282989 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282991 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.1184 0.905 0.016 0.984
#> GSM282993 2 0.3431 0.882 0.064 0.936
#> GSM282994 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282995 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0938 0.907 0.012 0.988
#> GSM282939 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282983 2 0.7745 0.745 0.228 0.772
#> GSM282985 2 0.6438 0.811 0.164 0.836
#> GSM283000 2 0.5946 0.832 0.144 0.856
#> GSM283001 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.8144 0.725 0.252 0.748
#> GSM283003 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283004 1 0.5519 0.843 0.872 0.128
#> GSM283005 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283008 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0672 0.960 0.992 0.008
#> GSM283011 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.9866 0.416 0.432 0.568
#> GSM283049 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.0672 0.960 0.992 0.008
#> GSM282936 1 0.1633 0.950 0.976 0.024
#> GSM282937 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.1184 0.907 0.016 0.984
#> GSM282945 2 0.6247 0.820 0.156 0.844
#> GSM282954 2 0.0938 0.907 0.012 0.988
#> GSM282961 2 0.1184 0.907 0.016 0.984
#> GSM282964 2 0.9608 0.488 0.384 0.616
#> GSM282965 2 0.1184 0.907 0.016 0.984
#> GSM282967 2 0.6887 0.795 0.184 0.816
#> GSM282969 2 0.8713 0.662 0.292 0.708
#> GSM282970 2 0.9044 0.622 0.320 0.680
#> GSM282972 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.3274 0.887 0.060 0.940
#> GSM282975 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.9427 0.559 0.360 0.640
#> GSM283029 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283033 2 0.9909 0.388 0.444 0.556
#> GSM283035 2 0.9686 0.485 0.396 0.604
#> GSM283036 2 0.6801 0.805 0.180 0.820
#> GSM283038 2 0.8144 0.725 0.252 0.748
#> GSM283046 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.3879 0.878 0.076 0.924
#> GSM283055 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.3879 0.878 0.076 0.924
#> GSM282928 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.9087 0.444 0.676 0.324
#> GSM282934 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0672 0.908 0.008 0.992
#> GSM282979 2 0.0000 0.908 0.000 1.000
#> GSM282998 1 0.3274 0.919 0.940 0.060
#> GSM283013 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.9909 0.388 0.444 0.556
#> GSM283018 1 0.3274 0.918 0.940 0.060
#> GSM283025 2 0.9933 0.304 0.452 0.548
#> GSM283028 2 0.8661 0.669 0.288 0.712
#> GSM283032 2 0.9833 0.436 0.424 0.576
#> GSM283037 2 0.6148 0.821 0.152 0.848
#> GSM283040 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283045 1 0.0672 0.960 0.992 0.008
#> GSM283048 1 0.1633 0.948 0.976 0.024
#> GSM283052 1 0.1414 0.950 0.980 0.020
#> GSM283054 1 0.8861 0.516 0.696 0.304
#> GSM282980 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0672 0.960 0.992 0.008
#> GSM282997 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.3879 0.878 0.076 0.924
#> GSM283031 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0000 0.965 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.8386 0.704 0.268 0.732
#> GSM283047 2 0.8861 0.659 0.304 0.696
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.3412 0.7827 0.000 0.876 0.124
#> GSM282856 2 0.0747 0.8192 0.000 0.984 0.016
#> GSM282857 2 0.2878 0.7987 0.000 0.904 0.096
#> GSM282858 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.1753 0.8091 0.048 0.952 0.000
#> GSM282861 2 0.0592 0.8196 0.012 0.988 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0424 0.8206 0.000 0.992 0.008
#> GSM282866 2 0.4178 0.7587 0.000 0.828 0.172
#> GSM282867 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 3 0.4235 0.7110 0.000 0.176 0.824
#> GSM282870 3 0.7694 0.4348 0.068 0.316 0.616
#> GSM282871 2 0.0592 0.8198 0.000 0.988 0.012
#> GSM282872 3 0.6159 0.6771 0.048 0.196 0.756
#> GSM282904 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM282910 2 0.5058 0.7009 0.000 0.756 0.244
#> GSM282913 3 0.4808 0.7346 0.008 0.188 0.804
#> GSM282915 2 0.4750 0.7225 0.000 0.784 0.216
#> GSM282921 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM282927 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM282873 3 0.5291 0.5665 0.000 0.268 0.732
#> GSM282874 2 0.2280 0.8069 0.052 0.940 0.008
#> GSM282875 2 0.7159 0.5630 0.052 0.660 0.288
#> GSM282905 3 0.2496 0.8698 0.068 0.004 0.928
#> GSM282914 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM282918 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282876 3 0.5988 0.3186 0.000 0.368 0.632
#> GSM282877 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.4504 0.7005 0.000 0.804 0.196
#> GSM282879 2 0.6062 0.4257 0.000 0.616 0.384
#> GSM282880 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 2 0.6309 0.1655 0.000 0.504 0.496
#> GSM282882 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM282883 2 0.1163 0.8176 0.000 0.972 0.028
#> GSM282884 3 0.4121 0.7329 0.168 0.000 0.832
#> GSM282885 2 0.5529 0.5939 0.000 0.704 0.296
#> GSM282886 2 0.6192 0.3933 0.000 0.580 0.420
#> GSM282887 3 0.9017 0.1446 0.148 0.336 0.516
#> GSM282888 3 0.6427 0.3768 0.012 0.348 0.640
#> GSM282889 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 3 0.4452 0.6990 0.192 0.000 0.808
#> GSM282902 2 0.5276 0.7421 0.052 0.820 0.128
#> GSM282903 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.4399 0.7412 0.000 0.812 0.188
#> GSM282920 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM282924 3 0.2550 0.8657 0.012 0.056 0.932
#> GSM282891 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM282892 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM282893 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM282895 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0592 0.8835 0.012 0.000 0.988
#> GSM282900 3 0.1163 0.8818 0.028 0.000 0.972
#> GSM282901 3 0.0237 0.8845 0.004 0.000 0.996
#> GSM282906 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM282911 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0237 0.8845 0.004 0.000 0.996
#> GSM282919 3 0.0892 0.8821 0.000 0.020 0.980
#> GSM282923 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282917 3 0.6307 -0.1310 0.000 0.488 0.512
#> GSM282922 3 0.2165 0.8723 0.064 0.000 0.936
#> GSM282926 3 0.6422 0.4291 0.016 0.324 0.660
#> GSM282925 3 0.1636 0.8798 0.016 0.020 0.964
#> GSM282935 3 0.3694 0.8481 0.052 0.052 0.896
#> GSM282938 2 0.7600 0.4959 0.056 0.600 0.344
#> GSM282940 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 1 0.8743 0.1586 0.452 0.108 0.440
#> GSM282944 2 0.0237 0.8199 0.000 0.996 0.004
#> GSM282946 2 0.5810 0.6008 0.000 0.664 0.336
#> GSM282947 2 0.6451 0.2518 0.004 0.560 0.436
#> GSM282948 2 0.5098 0.6889 0.000 0.752 0.248
#> GSM282949 2 0.5254 0.6661 0.000 0.736 0.264
#> GSM282950 2 0.5016 0.6977 0.000 0.760 0.240
#> GSM282951 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 2 0.1163 0.8181 0.000 0.972 0.028
#> GSM282953 2 0.4702 0.7180 0.000 0.788 0.212
#> GSM282955 2 0.4861 0.7473 0.012 0.808 0.180
#> GSM282956 1 0.4291 0.8243 0.820 0.000 0.180
#> GSM282959 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 2 0.4963 0.7226 0.008 0.792 0.200
#> GSM282968 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.1860 0.8077 0.052 0.948 0.000
#> GSM283016 1 0.2165 0.9456 0.936 0.000 0.064
#> GSM283021 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM283024 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9111 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.6753 0.4521 0.016 0.596 0.388
#> GSM282957 2 0.4269 0.7866 0.052 0.872 0.076
#> GSM282958 2 0.1289 0.8140 0.032 0.968 0.000
#> GSM282960 2 0.1529 0.8183 0.000 0.960 0.040
#> GSM282971 2 0.2096 0.8076 0.052 0.944 0.004
#> GSM283015 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM282962 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.4178 0.7164 0.000 0.828 0.172
#> GSM282978 2 0.5291 0.6632 0.000 0.732 0.268
#> GSM282987 2 0.0237 0.8199 0.000 0.996 0.004
#> GSM282988 2 0.4399 0.7379 0.000 0.812 0.188
#> GSM282989 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.4235 0.7518 0.000 0.824 0.176
#> GSM282991 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 3 0.6308 -0.0417 0.000 0.492 0.508
#> GSM282993 2 0.3998 0.7893 0.056 0.884 0.060
#> GSM282994 2 0.2165 0.8089 0.000 0.936 0.064
#> GSM282995 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM283023 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282931 3 0.6054 0.6996 0.052 0.180 0.768
#> GSM282939 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0237 0.8846 0.000 0.004 0.996
#> GSM282983 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 3 0.2550 0.8706 0.056 0.012 0.932
#> GSM283000 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.1860 0.9436 0.948 0.000 0.052
#> GSM283002 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283007 3 0.0424 0.8842 0.008 0.000 0.992
#> GSM283008 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM283009 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283010 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283011 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283034 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM283049 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9111 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.1860 0.8077 0.052 0.948 0.000
#> GSM282933 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM282936 3 0.4979 0.7943 0.168 0.020 0.812
#> GSM282937 1 0.0000 0.9111 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.4784 0.7254 0.004 0.796 0.200
#> GSM282945 2 0.6704 0.4695 0.016 0.608 0.376
#> GSM282954 2 0.6566 0.4218 0.012 0.612 0.376
#> GSM282961 2 0.5058 0.7117 0.000 0.756 0.244
#> GSM282964 2 0.8069 0.0668 0.064 0.476 0.460
#> GSM282965 2 0.4291 0.7615 0.000 0.820 0.180
#> GSM282967 3 0.6307 -0.0517 0.000 0.488 0.512
#> GSM282969 3 0.7847 0.3769 0.068 0.344 0.588
#> GSM282970 3 0.7828 0.3876 0.068 0.340 0.592
#> GSM282972 2 0.1860 0.8077 0.052 0.948 0.000
#> GSM282973 2 0.5733 0.6149 0.000 0.676 0.324
#> GSM282975 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0237 0.9143 0.996 0.000 0.004
#> GSM282999 3 0.1411 0.8802 0.036 0.000 0.964
#> GSM283014 1 0.1643 0.9404 0.956 0.000 0.044
#> GSM283019 3 0.0747 0.8829 0.016 0.000 0.984
#> GSM283026 3 0.7828 0.3478 0.068 0.340 0.592
#> GSM283029 1 0.1860 0.9436 0.948 0.000 0.052
#> GSM283030 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283033 3 0.4953 0.7127 0.016 0.176 0.808
#> GSM283035 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283036 3 0.2918 0.8661 0.032 0.044 0.924
#> GSM283038 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283046 3 0.1031 0.8824 0.024 0.000 0.976
#> GSM283050 1 0.1860 0.9436 0.948 0.000 0.052
#> GSM283053 3 0.7644 0.4595 0.068 0.308 0.624
#> GSM283055 3 0.3690 0.8144 0.016 0.100 0.884
#> GSM283056 2 0.8022 0.3071 0.068 0.544 0.388
#> GSM282928 2 0.1860 0.8077 0.052 0.948 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.8202 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9111 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0424 0.8196 0.000 0.992 0.008
#> GSM282979 2 0.5902 0.5523 0.004 0.680 0.316
#> GSM282998 3 0.2845 0.8655 0.068 0.012 0.920
#> GSM283013 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM283017 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.2400 0.8709 0.064 0.004 0.932
#> GSM283025 3 0.3649 0.8520 0.068 0.036 0.896
#> GSM283028 3 0.2845 0.8655 0.068 0.012 0.920
#> GSM283032 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283037 3 0.6151 0.7157 0.068 0.160 0.772
#> GSM283040 3 0.5859 0.4215 0.344 0.000 0.656
#> GSM283042 3 0.1643 0.8619 0.000 0.044 0.956
#> GSM283045 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283048 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283052 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM283054 3 0.6372 0.6951 0.068 0.176 0.756
#> GSM282980 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM282986 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
#> GSM282997 1 0.1860 0.9436 0.948 0.000 0.052
#> GSM283012 1 0.2261 0.9458 0.932 0.000 0.068
#> GSM283027 3 0.2496 0.8693 0.068 0.004 0.928
#> GSM283031 3 0.0000 0.8847 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.1529 0.8792 0.040 0.000 0.960
#> GSM283044 3 0.2400 0.8709 0.064 0.004 0.932
#> GSM283047 3 0.2261 0.8707 0.068 0.000 0.932
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.5736 0.74601 0.004 0.708 0.080 0.208
#> GSM282856 2 0.4867 0.75937 0.004 0.784 0.068 0.144
#> GSM282857 2 0.2281 0.76091 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM282858 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282859 2 0.1792 0.76904 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM282860 2 0.4843 0.26175 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM282861 2 0.3257 0.76442 0.004 0.844 0.000 0.152
#> GSM282862 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282863 2 0.1398 0.78379 0.004 0.956 0.000 0.040
#> GSM282864 2 0.3157 0.76392 0.004 0.852 0.000 0.144
#> GSM282865 2 0.3157 0.76392 0.004 0.852 0.000 0.144
#> GSM282866 2 0.6125 0.69878 0.004 0.692 0.160 0.144
#> GSM282867 2 0.3751 0.74810 0.004 0.800 0.000 0.196
#> GSM282868 2 0.3208 0.76359 0.004 0.848 0.000 0.148
#> GSM282869 3 0.4796 0.65047 0.004 0.064 0.788 0.144
#> GSM282870 4 0.3657 0.73966 0.016 0.024 0.096 0.864
#> GSM282871 2 0.5260 0.74251 0.004 0.760 0.092 0.144
#> GSM282872 4 0.7126 0.00217 0.004 0.112 0.420 0.464
#> GSM282904 1 0.0592 0.90003 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282910 2 0.6340 0.35648 0.000 0.528 0.408 0.064
#> GSM282913 4 0.7575 0.43783 0.000 0.264 0.252 0.484
#> GSM282915 2 0.7411 0.32384 0.004 0.444 0.408 0.144
#> GSM282921 3 0.5320 0.17450 0.012 0.000 0.572 0.416
#> GSM282927 3 0.1637 0.79439 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM282873 3 0.4796 0.65047 0.004 0.064 0.788 0.144
#> GSM282874 4 0.4406 0.41683 0.000 0.300 0.000 0.700
#> GSM282875 4 0.1637 0.73188 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM282905 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM282914 1 0.4925 0.33551 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282876 3 0.4500 0.47805 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM282877 2 0.0188 0.77743 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282878 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282879 2 0.3429 0.76452 0.004 0.876 0.056 0.064
#> GSM282880 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282881 2 0.4933 0.28932 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM282882 1 0.4898 0.36264 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM282883 2 0.2149 0.76557 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM282884 3 0.1824 0.79523 0.004 0.060 0.936 0.000
#> GSM282885 2 0.1743 0.77372 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM282886 2 0.4643 0.45735 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM282887 3 0.4955 0.12350 0.000 0.444 0.556 0.000
#> GSM282888 3 0.6020 0.35421 0.000 0.384 0.568 0.048
#> GSM282889 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282890 3 0.2335 0.79462 0.020 0.060 0.920 0.000
#> GSM282902 4 0.4008 0.50262 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM282903 3 0.0779 0.81809 0.004 0.016 0.980 0.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282909 3 0.0707 0.81707 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM282912 2 0.3024 0.73050 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM282920 3 0.2101 0.79151 0.012 0.000 0.928 0.060
#> GSM282924 3 0.6711 0.39168 0.004 0.292 0.596 0.108
#> GSM282891 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282892 3 0.2101 0.79151 0.012 0.000 0.928 0.060
#> GSM282893 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.4907 0.34474 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282896 3 0.1118 0.80976 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282897 3 0.0188 0.82178 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282898 3 0.1637 0.79594 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM282899 3 0.1824 0.79359 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM282900 3 0.5018 0.39432 0.012 0.000 0.656 0.332
#> GSM282901 3 0.0469 0.82012 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0592 0.90131 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282911 3 0.1716 0.79483 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282916 3 0.0469 0.82012 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282919 3 0.3271 0.72462 0.012 0.132 0.856 0.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282917 3 0.6727 0.34479 0.004 0.228 0.624 0.144
#> GSM282922 4 0.4086 0.73534 0.008 0.000 0.216 0.776
#> GSM282926 3 0.7163 0.38164 0.004 0.188 0.576 0.232
#> GSM282925 3 0.4955 0.04666 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM282935 4 0.4541 0.76859 0.000 0.060 0.144 0.796
#> GSM282938 4 0.1211 0.74127 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM282940 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282941 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282943 3 0.6587 0.33957 0.324 0.100 0.576 0.000
#> GSM282944 2 0.3679 0.77011 0.004 0.840 0.016 0.140
#> GSM282946 2 0.6319 0.27463 0.000 0.504 0.436 0.060
#> GSM282947 2 0.6529 0.57966 0.004 0.592 0.084 0.320
#> GSM282948 2 0.6605 0.66490 0.004 0.640 0.212 0.144
#> GSM282949 2 0.6370 0.67874 0.004 0.668 0.180 0.148
#> GSM282950 2 0.6605 0.66490 0.004 0.640 0.212 0.144
#> GSM282951 2 0.3157 0.76392 0.004 0.852 0.000 0.144
#> GSM282952 2 0.3612 0.76624 0.004 0.840 0.012 0.144
#> GSM282953 2 0.5602 0.72091 0.004 0.736 0.116 0.144
#> GSM282955 2 0.6178 0.69239 0.004 0.684 0.128 0.184
#> GSM282956 1 0.3528 0.72984 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM282959 2 0.2973 0.76520 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282966 4 0.4741 0.27777 0.004 0.328 0.000 0.668
#> GSM282968 2 0.3831 0.74409 0.004 0.792 0.000 0.204
#> GSM282974 4 0.2345 0.70505 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM283016 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283021 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283024 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283043 2 0.7404 0.56531 0.004 0.540 0.252 0.204
#> GSM282957 4 0.1637 0.73188 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM282958 4 0.4781 0.31016 0.004 0.336 0.000 0.660
#> GSM282960 2 0.3863 0.76437 0.000 0.828 0.028 0.144
#> GSM282971 4 0.2281 0.70848 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM283015 3 0.2179 0.78925 0.012 0.000 0.924 0.064
#> GSM282962 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282963 2 0.0376 0.77808 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM282977 2 0.0188 0.77743 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282978 2 0.2973 0.73350 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM282987 2 0.1576 0.77564 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM282988 2 0.1978 0.77172 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM282989 2 0.0188 0.77743 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282990 2 0.4431 0.53143 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM282991 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282992 2 0.4677 0.45641 0.000 0.680 0.316 0.004
#> GSM282993 4 0.3975 0.63693 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM282994 2 0.1978 0.77172 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM282995 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM283020 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283023 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282931 4 0.4541 0.76859 0.000 0.060 0.144 0.796
#> GSM282939 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282981 3 0.0657 0.81941 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM282983 3 0.2011 0.77795 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM282985 3 0.6851 0.22449 0.000 0.132 0.568 0.300
#> GSM283000 3 0.1867 0.78461 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM283001 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283002 3 0.0188 0.82178 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283004 3 0.0336 0.82106 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0657 0.81957 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM283008 3 0.2287 0.79017 0.012 0.004 0.924 0.060
#> GSM283009 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283010 3 0.5088 0.16207 0.004 0.000 0.572 0.424
#> GSM283011 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283034 3 0.3302 0.77054 0.016 0.032 0.888 0.064
#> GSM283049 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282929 4 0.2281 0.70848 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM282933 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM282936 4 0.2973 0.77323 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM282937 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282942 2 0.6852 0.66662 0.004 0.616 0.172 0.208
#> GSM282945 2 0.7120 0.62327 0.004 0.584 0.208 0.204
#> GSM282954 2 0.7750 0.38190 0.004 0.476 0.240 0.280
#> GSM282961 2 0.6573 0.68980 0.004 0.644 0.208 0.144
#> GSM282964 4 0.1256 0.76418 0.000 0.008 0.028 0.964
#> GSM282965 2 0.6697 0.66966 0.004 0.628 0.224 0.144
#> GSM282967 3 0.5199 0.62213 0.004 0.088 0.764 0.144
#> GSM282969 4 0.0188 0.75068 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282970 4 0.0000 0.75145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 4 0.2466 0.70618 0.004 0.096 0.000 0.900
#> GSM282973 3 0.7417 -0.29588 0.004 0.424 0.428 0.144
#> GSM282975 2 0.3870 0.74338 0.004 0.788 0.000 0.208
#> GSM282996 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282999 3 0.5244 0.25438 0.012 0.000 0.600 0.388
#> GSM283014 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283019 3 0.2101 0.79151 0.012 0.000 0.928 0.060
#> GSM283026 4 0.1824 0.75595 0.000 0.004 0.060 0.936
#> GSM283029 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283030 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283033 3 0.4240 0.68708 0.012 0.004 0.784 0.200
#> GSM283035 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283036 4 0.4830 0.44786 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM283038 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283046 4 0.5159 0.49858 0.012 0.000 0.364 0.624
#> GSM283050 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283053 4 0.0657 0.75415 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM283055 3 0.2222 0.79606 0.000 0.016 0.924 0.060
#> GSM283056 4 0.0000 0.75145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282928 4 0.4103 0.47349 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM282930 2 0.1716 0.76854 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282932 3 0.0188 0.82184 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282934 1 0.1209 0.88097 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM282976 2 0.2011 0.76854 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM282979 2 0.3649 0.65850 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM282998 4 0.3311 0.76493 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM283013 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283017 3 0.0524 0.82084 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM283018 3 0.5088 0.15506 0.000 0.004 0.572 0.424
#> GSM283025 4 0.2973 0.77323 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM283028 4 0.3356 0.76299 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM283032 3 0.1743 0.79753 0.004 0.056 0.940 0.000
#> GSM283037 4 0.2973 0.77323 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM283040 3 0.4932 0.60109 0.240 0.000 0.728 0.032
#> GSM283042 3 0.2179 0.79681 0.000 0.064 0.924 0.012
#> GSM283045 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283048 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283052 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283054 4 0.2973 0.77323 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM282980 3 0.0469 0.82012 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM282997 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283012 1 0.0188 0.90969 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283027 4 0.3688 0.74643 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM283031 3 0.0000 0.82240 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283039 3 0.5110 0.34912 0.012 0.000 0.636 0.352
#> GSM283044 3 0.4933 0.14499 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM283047 3 0.4941 0.13221 0.000 0.000 0.564 0.436
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 5 0.2230 0.7237 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM282856 5 0.0162 0.7896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282857 2 0.4045 0.7592 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM282858 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282859 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282860 4 0.4687 0.5359 0.000 0.336 0.000 0.636 0.028
#> GSM282861 5 0.0880 0.7750 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM282862 2 0.3452 0.7915 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM282863 5 0.3983 0.0372 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM282864 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282867 5 0.1608 0.7536 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM282868 5 0.0404 0.7873 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282869 5 0.4930 0.5783 0.000 0.220 0.084 0.000 0.696
#> GSM282870 5 0.4983 0.5638 0.000 0.004 0.060 0.256 0.680
#> GSM282871 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282872 5 0.3913 0.5561 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> GSM282904 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.2074 0.5647 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM282913 4 0.7312 0.4014 0.000 0.260 0.136 0.516 0.088
#> GSM282915 5 0.5177 0.5604 0.000 0.220 0.104 0.000 0.676
#> GSM282921 3 0.3151 0.7556 0.020 0.000 0.836 0.144 0.000
#> GSM282927 3 0.5030 0.7847 0.020 0.220 0.708 0.052 0.000
#> GSM282873 5 0.5664 0.5139 0.000 0.220 0.152 0.000 0.628
#> GSM282874 2 0.6587 -0.1601 0.000 0.404 0.000 0.208 0.388
#> GSM282875 4 0.1571 0.8802 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004
#> GSM282905 4 0.0162 0.9022 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM282914 1 0.5082 0.6418 0.684 0.220 0.096 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.3274 0.7993 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM282876 2 0.4226 0.5159 0.000 0.776 0.140 0.000 0.084
#> GSM282877 2 0.3816 0.7998 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM282878 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282879 2 0.3690 0.7965 0.000 0.780 0.020 0.000 0.200
#> GSM282880 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282881 2 0.3857 0.5498 0.000 0.808 0.108 0.000 0.084
#> GSM282882 1 0.5177 0.6310 0.676 0.220 0.104 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.4603 0.7892 0.000 0.668 0.032 0.000 0.300
#> GSM282884 3 0.5810 0.7230 0.036 0.220 0.660 0.000 0.084
#> GSM282885 2 0.3816 0.7998 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM282886 2 0.2735 0.6220 0.000 0.880 0.036 0.000 0.084
#> GSM282887 2 0.4439 0.5340 0.020 0.788 0.108 0.000 0.084
#> GSM282888 2 0.3596 0.5935 0.000 0.852 0.036 0.052 0.060
#> GSM282889 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282890 3 0.6421 0.6833 0.076 0.220 0.620 0.000 0.084
#> GSM282902 4 0.5676 0.5637 0.000 0.120 0.008 0.644 0.228
#> GSM282903 3 0.3852 0.7905 0.000 0.220 0.760 0.000 0.020
#> GSM282907 3 0.0609 0.8349 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM282909 3 0.3940 0.7881 0.000 0.220 0.756 0.000 0.024
#> GSM282912 2 0.4452 0.7800 0.000 0.696 0.032 0.000 0.272
#> GSM282920 3 0.1485 0.8241 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> GSM282924 3 0.3386 0.7457 0.000 0.000 0.832 0.040 0.128
#> GSM282891 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.1399 0.8255 0.020 0.000 0.952 0.028 0.000
#> GSM282893 3 0.3274 0.7993 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM282894 1 0.5516 0.5812 0.644 0.220 0.136 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0000 0.8324 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 3 0.4337 0.7803 0.000 0.204 0.744 0.000 0.052
#> GSM282897 3 0.0000 0.8324 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.4930 0.7413 0.000 0.220 0.696 0.000 0.084
#> GSM282899 3 0.0880 0.8263 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282900 3 0.3016 0.7681 0.020 0.000 0.848 0.132 0.000
#> GSM282901 3 0.0609 0.8309 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0609 0.8349 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.4930 0.7413 0.000 0.220 0.696 0.000 0.084
#> GSM282916 3 0.0609 0.8309 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.1341 0.8103 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM282923 3 0.0162 0.8336 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM282917 5 0.4007 0.6344 0.000 0.220 0.020 0.004 0.756
#> GSM282922 4 0.0324 0.9008 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM282926 5 0.6403 0.5465 0.000 0.220 0.112 0.052 0.616
#> GSM282925 4 0.4736 0.5870 0.000 0.216 0.072 0.712 0.000
#> GSM282935 4 0.1731 0.8803 0.000 0.060 0.004 0.932 0.004
#> GSM282938 4 0.1892 0.8718 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004
#> GSM282940 2 0.3452 0.7915 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM282941 2 0.3452 0.7915 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM282943 3 0.5562 0.2212 0.452 0.032 0.496 0.020 0.000
#> GSM282944 5 0.0880 0.7744 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM282946 2 0.5744 0.1423 0.000 0.572 0.108 0.000 0.320
#> GSM282947 5 0.4901 0.6186 0.000 0.084 0.216 0.000 0.700
#> GSM282948 5 0.0162 0.7896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282949 5 0.0510 0.7886 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282950 5 0.0162 0.7896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282951 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282952 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282953 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282955 5 0.0000 0.7896 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.3109 0.7624 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 5 0.3395 0.4204 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM282966 5 0.2069 0.7535 0.000 0.012 0.000 0.076 0.912
#> GSM282968 5 0.1792 0.7440 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM282974 4 0.5932 0.2524 0.000 0.116 0.000 0.528 0.356
#> GSM283016 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.3852 0.7951 0.020 0.220 0.760 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.2522 0.7596 0.000 0.052 0.000 0.052 0.896
#> GSM282957 4 0.2389 0.8523 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM282958 5 0.4711 0.6415 0.000 0.116 0.000 0.148 0.736
#> GSM282960 5 0.3074 0.5194 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> GSM282971 4 0.2389 0.8523 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM283015 3 0.1872 0.8202 0.020 0.000 0.928 0.052 0.000
#> GSM282962 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282963 2 0.3816 0.7998 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM282977 2 0.3816 0.7998 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM282978 2 0.4428 0.7780 0.000 0.700 0.032 0.000 0.268
#> GSM282987 2 0.3816 0.7998 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM282988 2 0.4623 0.7906 0.000 0.664 0.032 0.000 0.304
#> GSM282989 2 0.3816 0.7998 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM282990 2 0.2824 0.6367 0.000 0.872 0.032 0.000 0.096
#> GSM282991 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282992 2 0.4067 0.8001 0.000 0.692 0.008 0.000 0.300
#> GSM282993 4 0.3143 0.7795 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM282994 2 0.4623 0.7906 0.000 0.664 0.032 0.000 0.304
#> GSM282995 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM283020 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.3852 0.7951 0.020 0.220 0.760 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.2230 0.8543 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM282939 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282981 3 0.0000 0.8324 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282983 3 0.0963 0.8216 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM282985 3 0.2721 0.7858 0.000 0.068 0.892 0.028 0.012
#> GSM283000 3 0.1270 0.8128 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0290 0.8344 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8324 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283004 3 0.3551 0.7963 0.000 0.220 0.772 0.000 0.008
#> GSM283005 3 0.3274 0.7993 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.3659 0.7973 0.012 0.220 0.768 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0404 0.8310 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM283008 3 0.1668 0.8170 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028
#> GSM283009 3 0.3109 0.8065 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM283010 3 0.2806 0.7523 0.004 0.000 0.844 0.152 0.000
#> GSM283011 3 0.3274 0.7993 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.8324 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283034 3 0.2361 0.7797 0.000 0.000 0.892 0.012 0.096
#> GSM283049 3 0.0000 0.8324 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0162 0.9322 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282929 4 0.2230 0.8543 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM282933 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.2230 0.7237 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM282945 5 0.0771 0.7853 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM282954 5 0.0807 0.7882 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976
#> GSM282961 5 0.1012 0.7803 0.000 0.012 0.020 0.000 0.968
#> GSM282964 4 0.1270 0.8839 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM282965 5 0.0162 0.7896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282967 5 0.3274 0.6460 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM282969 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282972 5 0.5825 0.3684 0.000 0.116 0.000 0.320 0.564
#> GSM282973 5 0.5032 0.5720 0.000 0.220 0.092 0.000 0.688
#> GSM282975 5 0.3039 0.6468 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM282996 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4968 0.5325 0.020 0.012 0.612 0.356 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.1485 0.8241 0.020 0.000 0.948 0.032 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.0162 0.9022 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283033 5 0.5095 0.4349 0.000 0.004 0.368 0.036 0.592
#> GSM283035 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 4 0.3300 0.6983 0.000 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 4 0.3081 0.7531 0.000 0.156 0.012 0.832 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 3 0.6247 0.7544 0.020 0.220 0.652 0.052 0.056
#> GSM283056 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 4 0.2389 0.8523 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM282930 2 0.3274 0.8056 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM282932 3 0.3274 0.7993 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0880 0.9088 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM282976 2 0.4603 0.7892 0.000 0.668 0.032 0.000 0.300
#> GSM282979 2 0.3398 0.8038 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> GSM282998 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.2690 0.8197 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.2358 0.7836 0.000 0.000 0.888 0.104 0.008
#> GSM283025 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 3 0.5156 0.7536 0.000 0.220 0.700 0.020 0.060
#> GSM283037 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 3 0.5161 0.5384 0.336 0.020 0.620 0.024 0.000
#> GSM283042 3 0.6301 0.7425 0.020 0.220 0.648 0.048 0.064
#> GSM283045 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0162 0.9022 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 3 0.0609 0.8309 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM282982 3 0.3274 0.7993 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.3177 0.8039 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM282986 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9349 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0000 0.9038 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.2732 0.8194 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM283039 3 0.2669 0.7823 0.020 0.000 0.876 0.104 0.000
#> GSM283044 3 0.2127 0.7837 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM283047 3 0.2891 0.7387 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 5 0.3634 0.5427 0.000 0.296 0.008 0.000 0.696 0.000
#> GSM282856 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282857 2 0.4095 0.2991 0.000 0.512 0.000 0.000 0.480 0.008
#> GSM282858 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282859 2 0.2070 0.6305 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100 0.000
#> GSM282860 2 0.3971 -0.2822 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004 0.000
#> GSM282861 5 0.3695 0.6013 0.000 0.244 0.000 0.024 0.732 0.000
#> GSM282862 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282863 5 0.3695 0.3316 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM282864 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 3 0.3868 -0.1173 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM282870 5 0.4053 0.6821 0.000 0.000 0.004 0.128 0.764 0.104
#> GSM282871 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 5 0.2969 0.6620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM282904 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 3 0.5702 0.0330 0.000 0.196 0.512 0.000 0.000 0.292
#> GSM282913 4 0.6708 0.4161 0.000 0.292 0.024 0.508 0.048 0.128
#> GSM282915 3 0.3866 -0.0888 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM282921 6 0.4260 0.9723 0.000 0.000 0.472 0.016 0.000 0.512
#> GSM282927 3 0.0935 0.5373 0.000 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> GSM282873 3 0.5682 0.1474 0.000 0.000 0.512 0.000 0.300 0.188
#> GSM282874 2 0.3533 0.3842 0.000 0.776 0.000 0.008 0.020 0.196
#> GSM282875 4 0.5373 0.6069 0.000 0.216 0.000 0.588 0.000 0.196
#> GSM282905 4 0.4475 0.6770 0.000 0.100 0.000 0.700 0.000 0.200
#> GSM282914 3 0.3868 -0.1079 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282876 3 0.5536 0.1085 0.000 0.168 0.540 0.000 0.000 0.292
#> GSM282877 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282878 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282879 2 0.4929 0.7059 0.000 0.608 0.000 0.000 0.092 0.300
#> GSM282880 2 0.2586 0.6467 0.000 0.868 0.000 0.000 0.100 0.032
#> GSM282881 3 0.5702 0.0330 0.000 0.196 0.512 0.000 0.000 0.292
#> GSM282882 3 0.3868 -0.1070 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.5788 0.7114 0.000 0.516 0.004 0.000 0.188 0.292
#> GSM282884 3 0.0146 0.5474 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282886 2 0.5763 0.5581 0.000 0.500 0.208 0.000 0.000 0.292
#> GSM282887 3 0.5662 0.0568 0.000 0.196 0.524 0.000 0.000 0.280
#> GSM282888 2 0.5980 0.4792 0.000 0.444 0.264 0.000 0.000 0.292
#> GSM282889 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282890 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 4 0.6546 0.3630 0.000 0.384 0.000 0.416 0.144 0.056
#> GSM282903 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282907 3 0.2793 -0.0183 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM282909 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282912 2 0.6298 0.6998 0.000 0.500 0.036 0.000 0.172 0.292
#> GSM282920 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM282924 6 0.5132 0.9121 0.000 0.000 0.456 0.032 0.028 0.484
#> GSM282891 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM282893 3 0.0363 0.5348 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM282894 3 0.3862 -0.0686 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282896 3 0.3309 -0.3333 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM282897 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282898 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282899 6 0.3996 0.9806 0.000 0.000 0.484 0.004 0.000 0.512
#> GSM282900 6 0.4526 0.9469 0.000 0.000 0.456 0.032 0.000 0.512
#> GSM282901 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282906 3 0.2793 -0.0183 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM282908 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282916 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282919 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282923 6 0.3868 0.9768 0.000 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM282917 5 0.2730 0.6737 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM282922 4 0.1765 0.8127 0.000 0.000 0.052 0.924 0.000 0.024
#> GSM282926 3 0.4526 -0.0535 0.000 0.000 0.512 0.032 0.456 0.000
#> GSM282925 4 0.3817 0.2915 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM282935 4 0.3689 0.7637 0.000 0.120 0.008 0.800 0.000 0.072
#> GSM282938 4 0.3909 0.7196 0.000 0.148 0.000 0.772 0.076 0.004
#> GSM282940 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282941 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282943 3 0.3834 0.3293 0.268 0.000 0.708 0.024 0.000 0.000
#> GSM282944 5 0.0547 0.8256 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM282946 3 0.6676 0.1430 0.000 0.108 0.512 0.000 0.132 0.248
#> GSM282947 5 0.2697 0.6915 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM282948 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 5 0.0260 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282950 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 1 0.2793 0.7108 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 5 0.3383 0.4621 0.000 0.268 0.000 0.000 0.728 0.004
#> GSM282966 5 0.1501 0.7869 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM282968 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 4 0.5810 0.3504 0.000 0.380 0.000 0.436 0.184 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0146 0.9813 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM283043 5 0.1984 0.7918 0.000 0.000 0.056 0.032 0.912 0.000
#> GSM282957 2 0.5831 -0.3448 0.000 0.456 0.000 0.348 0.000 0.196
#> GSM282958 2 0.5977 -0.1297 0.000 0.488 0.000 0.008 0.308 0.196
#> GSM282960 5 0.2912 0.5747 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM282971 2 0.5778 -0.3047 0.000 0.484 0.000 0.320 0.000 0.196
#> GSM283015 6 0.4465 0.9537 0.000 0.000 0.460 0.028 0.000 0.512
#> GSM282962 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282963 2 0.5680 0.7100 0.000 0.516 0.000 0.000 0.192 0.292
#> GSM282977 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282978 2 0.6084 0.7044 0.000 0.516 0.024 0.000 0.168 0.292
#> GSM282987 2 0.5788 0.7114 0.000 0.516 0.004 0.000 0.188 0.292
#> GSM282988 2 0.5788 0.7114 0.000 0.516 0.004 0.000 0.188 0.292
#> GSM282989 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282990 2 0.5866 0.5882 0.000 0.516 0.184 0.000 0.008 0.292
#> GSM282991 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282992 2 0.5647 0.7119 0.000 0.520 0.000 0.000 0.184 0.296
#> GSM282993 4 0.3854 0.4272 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.5788 0.7114 0.000 0.516 0.004 0.000 0.188 0.292
#> GSM282995 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.3653 0.6335 0.000 0.300 0.008 0.692 0.000 0.000
#> GSM282939 2 0.1814 0.6355 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282981 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282983 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM282985 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283000 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283001 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 6 0.3868 0.9708 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM283003 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283004 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283007 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283008 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283009 3 0.3446 -0.4304 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM283010 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM283011 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283022 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283034 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM283049 3 0.3868 -0.9609 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> GSM283051 1 0.0260 0.9782 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282929 4 0.3945 0.5593 0.000 0.380 0.000 0.612 0.000 0.008
#> GSM282933 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0146 0.9813 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.3428 0.5389 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM282945 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282954 5 0.0146 0.8335 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282961 5 0.0260 0.8319 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM282964 4 0.0632 0.8364 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM282965 5 0.0000 0.8350 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282967 5 0.2697 0.6764 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM282969 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282972 5 0.5922 0.2447 0.000 0.340 0.000 0.220 0.440 0.000
#> GSM282973 5 0.3737 0.3532 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM282975 5 0.3371 0.5589 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.5919 -0.5322 0.000 0.000 0.464 0.248 0.000 0.288
#> GSM283014 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM283026 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 4 0.1501 0.8062 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM283033 5 0.5408 0.4538 0.000 0.000 0.076 0.032 0.604 0.288
#> GSM283035 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283036 4 0.2823 0.6939 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283046 4 0.2743 0.7294 0.000 0.000 0.164 0.828 0.000 0.008
#> GSM283050 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0146 0.8458 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283055 3 0.0790 0.5398 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282928 4 0.3717 0.5614 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.5658 0.7125 0.000 0.520 0.000 0.000 0.188 0.292
#> GSM282932 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0713 0.9602 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.5680 0.7100 0.000 0.516 0.000 0.000 0.192 0.292
#> GSM282979 2 0.5073 0.7068 0.000 0.608 0.000 0.004 0.096 0.292
#> GSM282998 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.3634 -0.5949 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM283018 6 0.3867 0.9812 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM283025 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283032 3 0.0713 0.5421 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM283037 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283040 3 0.3808 0.2793 0.228 0.000 0.736 0.036 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.0790 0.5398 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283048 4 0.1501 0.8062 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM283052 4 0.0146 0.8458 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282980 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM282982 3 0.0000 0.5498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.2135 0.2827 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM282986 4 0.0000 0.8470 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.0146 0.8458 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM283031 3 0.1501 0.4164 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM283039 6 0.4181 0.9776 0.000 0.000 0.476 0.012 0.000 0.512
#> GSM283044 6 0.4095 0.9794 0.000 0.000 0.480 0.008 0.000 0.512
#> GSM283047 6 0.4526 0.9469 0.000 0.000 0.456 0.032 0.000 0.512
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> MAD:pam 191 0.9162 2.33e-01 4.40e-07 2
#> MAD:pam 178 0.6286 1.97e-03 4.14e-08 3
#> MAD:pam 165 0.0105 2.98e-07 9.61e-11 4
#> MAD:pam 193 0.0258 8.08e-08 1.10e-25 5
#> MAD:pam 162 0.0211 5.17e-09 7.59e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.276 0.627 0.820 0.4603 0.502 0.502
#> 3 3 0.623 0.700 0.871 0.2589 0.862 0.743
#> 4 4 0.501 0.539 0.787 0.1784 0.840 0.650
#> 5 5 0.520 0.471 0.730 0.0592 0.955 0.868
#> 6 6 0.557 0.474 0.695 0.0405 0.825 0.513
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282856 1 0.9393 0.2745 0.644 0.356
#> GSM282857 1 0.7950 0.5494 0.760 0.240
#> GSM282858 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282859 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282860 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282861 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282862 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282863 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282864 1 0.9954 -0.0697 0.540 0.460
#> GSM282865 2 0.9635 0.3504 0.388 0.612
#> GSM282866 2 0.9608 0.3536 0.384 0.616
#> GSM282867 1 0.9954 -0.0716 0.540 0.460
#> GSM282868 1 0.9909 -0.0119 0.556 0.444
#> GSM282869 2 0.3584 0.7700 0.068 0.932
#> GSM282870 2 0.6973 0.6898 0.188 0.812
#> GSM282871 2 0.9608 0.3536 0.384 0.616
#> GSM282872 2 0.1633 0.7845 0.024 0.976
#> GSM282904 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282910 1 0.7602 0.6786 0.780 0.220
#> GSM282913 1 0.8763 0.6204 0.704 0.296
#> GSM282915 2 1.0000 -0.1263 0.496 0.504
#> GSM282921 2 0.5519 0.7436 0.128 0.872
#> GSM282927 2 0.9815 0.0131 0.420 0.580
#> GSM282873 2 0.9710 0.3294 0.400 0.600
#> GSM282874 1 0.4815 0.7313 0.896 0.104
#> GSM282875 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282905 2 0.7528 0.6495 0.216 0.784
#> GSM282914 1 0.9686 0.4148 0.604 0.396
#> GSM282918 2 0.3584 0.7700 0.068 0.932
#> GSM282876 1 0.9170 0.5853 0.668 0.332
#> GSM282877 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282878 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282879 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282880 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282881 1 0.5946 0.7053 0.856 0.144
#> GSM282882 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282883 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282884 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282885 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282886 1 0.4431 0.7468 0.908 0.092
#> GSM282887 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282888 1 0.9710 0.5058 0.600 0.400
#> GSM282889 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282890 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282902 2 0.6343 0.7128 0.160 0.840
#> GSM282903 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282907 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.9635 0.1236 0.388 0.612
#> GSM282912 2 0.8608 0.5130 0.284 0.716
#> GSM282920 2 0.5519 0.7438 0.128 0.872
#> GSM282924 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282892 1 0.9988 0.3664 0.520 0.480
#> GSM282893 2 0.0376 0.7873 0.004 0.996
#> GSM282894 1 0.9988 0.2105 0.520 0.480
#> GSM282895 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.2603 0.7784 0.044 0.956
#> GSM282897 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282899 2 0.4690 0.7679 0.100 0.900
#> GSM282900 2 0.3584 0.7800 0.068 0.932
#> GSM282901 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282906 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.9815 0.3582 0.580 0.420
#> GSM282911 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282916 2 0.9044 0.3480 0.320 0.680
#> GSM282919 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282917 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282922 2 1.0000 -0.3104 0.496 0.504
#> GSM282926 2 0.5178 0.7551 0.116 0.884
#> GSM282925 2 0.9710 0.0666 0.400 0.600
#> GSM282935 2 0.5178 0.7546 0.116 0.884
#> GSM282938 2 0.5842 0.7310 0.140 0.860
#> GSM282940 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282941 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282943 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282944 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282946 1 0.4161 0.7496 0.916 0.084
#> GSM282947 2 0.9460 0.3887 0.364 0.636
#> GSM282948 2 0.9552 0.3683 0.376 0.624
#> GSM282949 2 0.9580 0.3611 0.380 0.620
#> GSM282950 2 0.9552 0.3683 0.376 0.624
#> GSM282951 2 0.9983 0.2342 0.476 0.524
#> GSM282952 2 0.9795 0.3227 0.416 0.584
#> GSM282953 2 0.9358 0.4090 0.352 0.648
#> GSM282955 2 0.9580 0.3611 0.380 0.620
#> GSM282956 2 0.8207 0.5585 0.256 0.744
#> GSM282959 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282966 2 0.7299 0.6631 0.204 0.796
#> GSM282968 2 0.9993 0.2188 0.484 0.516
#> GSM282974 1 0.8207 0.6279 0.744 0.256
#> GSM283016 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283021 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283024 2 0.3584 0.7700 0.068 0.932
#> GSM283041 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283043 2 0.7219 0.6463 0.200 0.800
#> GSM282957 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282958 1 0.5519 0.7087 0.872 0.128
#> GSM282960 2 0.9881 0.2984 0.436 0.564
#> GSM282971 1 0.4562 0.7378 0.904 0.096
#> GSM283015 2 0.3584 0.7700 0.068 0.932
#> GSM282962 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282963 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282977 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282978 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282987 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282988 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282989 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282990 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282991 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282992 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282993 1 0.4022 0.7510 0.920 0.080
#> GSM282994 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282995 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM283020 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283023 2 0.3584 0.7700 0.068 0.932
#> GSM282931 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM282939 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282981 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282983 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.4161 0.7743 0.084 0.916
#> GSM283000 2 0.4690 0.7676 0.100 0.900
#> GSM283001 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283002 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283004 1 0.9754 0.4936 0.592 0.408
#> GSM283005 2 0.4815 0.7750 0.104 0.896
#> GSM283006 2 0.3584 0.7700 0.068 0.932
#> GSM283007 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283008 2 0.2778 0.7768 0.048 0.952
#> GSM283009 2 0.7299 0.6677 0.204 0.796
#> GSM283010 2 0.3584 0.7839 0.068 0.932
#> GSM283011 2 0.1184 0.7862 0.016 0.984
#> GSM283022 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283034 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283049 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.9491 0.4927 0.632 0.368
#> GSM282929 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282933 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM282936 1 0.9944 0.4223 0.544 0.456
#> GSM282937 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282942 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282945 2 0.5294 0.7618 0.120 0.880
#> GSM282954 2 0.8909 0.4805 0.308 0.692
#> GSM282961 2 0.7883 0.5872 0.236 0.764
#> GSM282964 1 0.9754 0.4936 0.592 0.408
#> GSM282965 2 0.8443 0.5334 0.272 0.728
#> GSM282967 2 0.7815 0.5948 0.232 0.768
#> GSM282969 2 0.9661 0.1651 0.392 0.608
#> GSM282970 2 0.6247 0.7302 0.156 0.844
#> GSM282972 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282973 1 0.6343 0.7134 0.840 0.160
#> GSM282975 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282996 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM282999 2 0.5519 0.7436 0.128 0.872
#> GSM283014 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283019 2 0.2948 0.7835 0.052 0.948
#> GSM283026 2 0.5629 0.7394 0.132 0.868
#> GSM283029 1 0.9661 0.4240 0.608 0.392
#> GSM283030 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283033 2 0.2603 0.7784 0.044 0.956
#> GSM283035 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283036 2 0.5737 0.7350 0.136 0.864
#> GSM283038 2 0.3733 0.7785 0.072 0.928
#> GSM283046 2 0.4161 0.7742 0.084 0.916
#> GSM283050 1 0.9286 0.5159 0.656 0.344
#> GSM283053 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283055 1 0.9896 0.4495 0.560 0.440
#> GSM283056 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM282928 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282930 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282932 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.9850 0.3395 0.572 0.428
#> GSM282976 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282979 1 0.3879 0.7521 0.924 0.076
#> GSM282998 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283013 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283017 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283018 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283028 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283032 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283040 1 0.9710 0.4682 0.600 0.400
#> GSM283042 2 0.9710 0.0668 0.400 0.600
#> GSM283045 2 0.5519 0.7436 0.128 0.872
#> GSM283048 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283052 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283054 1 0.9933 0.4300 0.548 0.452
#> GSM282980 2 1.0000 -0.3063 0.500 0.500
#> GSM282982 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282984 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM282986 2 0.4939 0.7633 0.108 0.892
#> GSM282997 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283012 1 0.9170 0.5332 0.668 0.332
#> GSM283027 2 0.4815 0.7643 0.104 0.896
#> GSM283031 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283039 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.7874 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282856 2 0.6126 0.19018 0.000 0.600 0.400
#> GSM282857 2 0.6299 -0.06100 0.000 0.524 0.476
#> GSM282858 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.1289 0.83743 0.000 0.968 0.032
#> GSM282864 2 0.6952 -0.09149 0.016 0.504 0.480
#> GSM282865 3 0.6540 0.34099 0.008 0.408 0.584
#> GSM282866 3 0.6126 0.36054 0.000 0.400 0.600
#> GSM282867 2 0.7069 -0.04989 0.020 0.508 0.472
#> GSM282868 2 0.7059 0.00346 0.020 0.520 0.460
#> GSM282869 3 0.6721 0.36175 0.380 0.016 0.604
#> GSM282870 3 0.7464 0.34932 0.040 0.400 0.560
#> GSM282871 3 0.6154 0.34180 0.000 0.408 0.592
#> GSM282872 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282913 2 0.1163 0.84210 0.000 0.972 0.028
#> GSM282915 2 0.6309 -0.15653 0.000 0.500 0.500
#> GSM282921 3 0.2636 0.81055 0.048 0.020 0.932
#> GSM282927 3 0.2261 0.79449 0.000 0.068 0.932
#> GSM282873 3 0.6192 0.31143 0.000 0.420 0.580
#> GSM282874 2 0.4859 0.73733 0.044 0.840 0.116
#> GSM282875 2 0.3377 0.78204 0.012 0.896 0.092
#> GSM282905 3 0.8056 0.32871 0.068 0.400 0.532
#> GSM282914 1 0.6209 0.39030 0.628 0.004 0.368
#> GSM282918 3 0.5254 0.58468 0.264 0.000 0.736
#> GSM282876 2 0.0237 0.85904 0.004 0.996 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 2 0.0237 0.85904 0.004 0.996 0.000
#> GSM282882 1 0.2356 0.90007 0.928 0.072 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282884 1 0.2356 0.90007 0.928 0.072 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282887 1 0.3116 0.87036 0.892 0.108 0.000
#> GSM282888 2 0.3752 0.68973 0.000 0.856 0.144
#> GSM282889 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 1 0.2682 0.89626 0.920 0.076 0.004
#> GSM282902 3 0.4095 0.79548 0.064 0.056 0.880
#> GSM282903 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.2261 0.79449 0.000 0.068 0.932
#> GSM282912 3 0.3879 0.73074 0.000 0.152 0.848
#> GSM282920 3 0.2492 0.81223 0.048 0.016 0.936
#> GSM282924 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM282892 3 0.7842 0.33851 0.072 0.328 0.600
#> GSM282893 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 3 0.6305 0.07890 0.484 0.000 0.516
#> GSM282895 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.2261 0.79243 0.000 0.068 0.932
#> GSM282897 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0829 0.81906 0.012 0.004 0.984
#> GSM282900 3 0.1643 0.81596 0.044 0.000 0.956
#> GSM282901 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.6330 0.31319 0.600 0.004 0.396
#> GSM282911 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.2599 0.80204 0.016 0.052 0.932
#> GSM282919 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282917 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.5010 0.71043 0.084 0.076 0.840
#> GSM282926 3 0.1774 0.81758 0.024 0.016 0.960
#> GSM282925 3 0.5863 0.66141 0.084 0.120 0.796
#> GSM282935 3 0.2584 0.81199 0.064 0.008 0.928
#> GSM282938 3 0.2492 0.81234 0.048 0.016 0.936
#> GSM282940 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 1 0.2356 0.90007 0.928 0.072 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 3 0.6924 0.35678 0.020 0.400 0.580
#> GSM282948 3 0.6126 0.36054 0.000 0.400 0.600
#> GSM282949 3 0.6126 0.36054 0.000 0.400 0.600
#> GSM282950 3 0.6126 0.36054 0.000 0.400 0.600
#> GSM282951 3 0.6701 0.33041 0.012 0.412 0.576
#> GSM282952 3 0.6373 0.34156 0.004 0.408 0.588
#> GSM282953 3 0.6111 0.36943 0.000 0.396 0.604
#> GSM282955 3 0.6154 0.34188 0.000 0.408 0.592
#> GSM282956 3 0.6309 0.03379 0.496 0.000 0.504
#> GSM282959 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 3 0.7610 0.37317 0.048 0.388 0.564
#> GSM282968 3 0.6973 0.31708 0.020 0.416 0.564
#> GSM282974 2 0.8045 -0.01188 0.064 0.504 0.432
#> GSM283016 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283021 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283024 3 0.4555 0.66675 0.200 0.000 0.800
#> GSM283041 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283043 3 0.2537 0.78717 0.000 0.080 0.920
#> GSM282957 2 0.4015 0.76917 0.028 0.876 0.096
#> GSM282958 2 0.5105 0.72587 0.048 0.828 0.124
#> GSM282960 3 0.6421 0.29961 0.004 0.424 0.572
#> GSM282971 2 0.5497 0.71424 0.064 0.812 0.124
#> GSM283015 3 0.4974 0.67559 0.236 0.000 0.764
#> GSM282962 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283023 3 0.5016 0.61777 0.240 0.000 0.760
#> GSM282931 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM282939 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 3 0.1753 0.81527 0.048 0.000 0.952
#> GSM283000 3 0.1529 0.81659 0.040 0.000 0.960
#> GSM283001 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283002 3 0.0237 0.81864 0.004 0.000 0.996
#> GSM283003 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.6291 0.23579 0.000 0.468 0.532
#> GSM283005 3 0.0237 0.81769 0.004 0.000 0.996
#> GSM283006 3 0.3879 0.71737 0.152 0.000 0.848
#> GSM283007 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.0237 0.81832 0.000 0.004 0.996
#> GSM283009 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283010 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM283011 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283034 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 3 0.7549 0.03628 0.436 0.040 0.524
#> GSM282929 2 0.3805 0.77537 0.024 0.884 0.092
#> GSM282933 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM282936 3 0.8399 0.34445 0.136 0.256 0.608
#> GSM282937 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282945 3 0.1711 0.81787 0.032 0.008 0.960
#> GSM282954 3 0.6095 0.37802 0.000 0.392 0.608
#> GSM282961 3 0.5650 0.52485 0.000 0.312 0.688
#> GSM282964 2 0.6567 0.58624 0.088 0.752 0.160
#> GSM282965 3 0.5859 0.46948 0.000 0.344 0.656
#> GSM282967 3 0.6026 0.41065 0.000 0.376 0.624
#> GSM282969 3 0.7990 0.32526 0.064 0.404 0.532
#> GSM282970 3 0.7920 0.41867 0.068 0.360 0.572
#> GSM282972 2 0.3832 0.76981 0.020 0.880 0.100
#> GSM282973 2 0.6309 -0.14862 0.000 0.504 0.496
#> GSM282975 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM282999 3 0.2663 0.81001 0.044 0.024 0.932
#> GSM283014 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283019 3 0.1643 0.81596 0.044 0.000 0.956
#> GSM283026 3 0.2550 0.81113 0.056 0.012 0.932
#> GSM283029 1 0.3583 0.85440 0.900 0.056 0.044
#> GSM283030 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM283033 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283035 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM283036 3 0.2527 0.80589 0.020 0.044 0.936
#> GSM283038 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM283046 3 0.1643 0.81596 0.044 0.000 0.956
#> GSM283050 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283053 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM283055 3 0.7797 0.26715 0.320 0.072 0.608
#> GSM283056 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM282928 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.5982 0.35780 0.668 0.004 0.328
#> GSM282976 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.86189 0.000 1.000 0.000
#> GSM282998 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM283013 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.1031 0.81821 0.024 0.000 0.976
#> GSM283025 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM283028 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM283032 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283037 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM283040 1 0.8132 0.23733 0.488 0.068 0.444
#> GSM283042 3 0.5889 0.65884 0.108 0.096 0.796
#> GSM283045 3 0.2400 0.81075 0.064 0.004 0.932
#> GSM283048 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM283052 3 0.1643 0.81596 0.044 0.000 0.956
#> GSM283054 2 0.8437 0.15118 0.092 0.520 0.388
#> GSM282980 3 0.2550 0.80039 0.012 0.056 0.932
#> GSM282982 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM282986 3 0.2261 0.81047 0.068 0.000 0.932
#> GSM282997 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283012 1 0.2261 0.90209 0.932 0.068 0.000
#> GSM283027 3 0.2165 0.81160 0.064 0.000 0.936
#> GSM283031 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.1643 0.81596 0.044 0.000 0.956
#> GSM283044 3 0.0000 0.81856 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 3 0.0592 0.81856 0.012 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.6390 0.314432 0.000 0.644 0.224 0.132
#> GSM282857 2 0.6640 0.156654 0.000 0.552 0.352 0.096
#> GSM282858 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282859 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282860 2 0.2081 0.765189 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM282861 2 0.2799 0.744836 0.008 0.884 0.000 0.108
#> GSM282862 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0672 0.801508 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM282864 2 0.7516 0.043517 0.000 0.496 0.264 0.240
#> GSM282865 2 0.7543 -0.139688 0.000 0.420 0.392 0.188
#> GSM282866 3 0.7332 0.047306 0.000 0.396 0.448 0.156
#> GSM282867 2 0.7459 0.084576 0.000 0.508 0.248 0.244
#> GSM282868 2 0.7625 0.039520 0.000 0.472 0.252 0.276
#> GSM282869 3 0.6815 0.227059 0.296 0.008 0.592 0.104
#> GSM282870 3 0.8380 0.051063 0.028 0.260 0.448 0.264
#> GSM282871 3 0.8006 0.006106 0.008 0.304 0.436 0.252
#> GSM282872 3 0.2973 0.569748 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM282904 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0336 0.805069 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282913 2 0.1637 0.784663 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM282915 3 0.6817 0.091222 0.000 0.408 0.492 0.100
#> GSM282921 3 0.4164 0.438194 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM282927 3 0.4789 0.454282 0.172 0.000 0.772 0.056
#> GSM282873 3 0.8079 0.164546 0.064 0.240 0.556 0.140
#> GSM282874 2 0.4891 0.580900 0.012 0.680 0.000 0.308
#> GSM282875 2 0.5152 0.565948 0.020 0.664 0.000 0.316
#> GSM282905 4 0.7070 0.302524 0.032 0.292 0.080 0.596
#> GSM282914 1 0.6708 0.495976 0.592 0.000 0.280 0.128
#> GSM282918 3 0.4193 0.541998 0.100 0.004 0.832 0.064
#> GSM282876 2 0.4928 0.695994 0.076 0.812 0.040 0.072
#> GSM282877 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0188 0.808132 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 2 0.6286 0.559542 0.224 0.680 0.020 0.076
#> GSM282882 1 0.2011 0.832939 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM282883 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.2197 0.832352 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM282885 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.2382 0.829995 0.912 0.004 0.004 0.080
#> GSM282888 2 0.3852 0.590804 0.000 0.800 0.192 0.008
#> GSM282889 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.3919 0.764394 0.840 0.000 0.104 0.056
#> GSM282902 4 0.7006 0.548974 0.000 0.136 0.328 0.536
#> GSM282903 3 0.0817 0.630592 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM282907 3 0.2704 0.587742 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM282909 3 0.2408 0.614249 0.016 0.004 0.920 0.060
#> GSM282912 3 0.6031 0.386754 0.000 0.168 0.688 0.144
#> GSM282920 3 0.3123 0.559764 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM282924 3 0.4164 0.418294 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM282891 1 0.1474 0.846904 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM282892 3 0.7865 0.182629 0.200 0.184 0.572 0.044
#> GSM282893 3 0.0707 0.624880 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM282894 3 0.6780 -0.048122 0.416 0.000 0.488 0.096
#> GSM282895 3 0.2345 0.607993 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM282896 3 0.0895 0.631299 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM282897 3 0.2704 0.587742 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM282898 3 0.0817 0.623446 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM282899 3 0.1557 0.620863 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM282900 3 0.3444 0.560950 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM282901 3 0.0188 0.629894 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM282906 3 0.0336 0.630391 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282908 1 0.6148 0.514453 0.636 0.000 0.280 0.084
#> GSM282911 3 0.2011 0.616451 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM282916 3 0.2973 0.567092 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM282919 3 0.2973 0.569748 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM282923 3 0.0921 0.624012 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM282917 3 0.2589 0.594186 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM282922 3 0.5397 0.371559 0.220 0.000 0.716 0.064
#> GSM282926 3 0.2216 0.619747 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM282925 3 0.5240 0.442340 0.192 0.008 0.748 0.052
#> GSM282935 4 0.6163 0.502105 0.000 0.052 0.416 0.532
#> GSM282938 4 0.4679 0.628580 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM282940 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282943 1 0.2197 0.832352 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM282944 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0188 0.807168 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282947 2 0.7824 -0.204507 0.000 0.400 0.336 0.264
#> GSM282948 3 0.7269 0.060926 0.000 0.396 0.456 0.148
#> GSM282949 3 0.7446 0.027558 0.000 0.396 0.432 0.172
#> GSM282950 3 0.7537 0.055595 0.000 0.348 0.456 0.196
#> GSM282951 2 0.7706 -0.139721 0.000 0.424 0.348 0.228
#> GSM282952 3 0.7476 -0.000296 0.000 0.412 0.412 0.176
#> GSM282953 3 0.7421 0.027972 0.000 0.400 0.432 0.168
#> GSM282955 3 0.7728 0.023480 0.000 0.308 0.440 0.252
#> GSM282956 1 0.7113 0.183682 0.456 0.000 0.416 0.128
#> GSM282959 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282966 4 0.7806 0.269045 0.000 0.332 0.260 0.408
#> GSM282968 2 0.7760 -0.120834 0.000 0.436 0.288 0.276
#> GSM282974 2 0.6645 0.115054 0.004 0.504 0.072 0.420
#> GSM283016 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.4297 0.537023 0.096 0.000 0.820 0.084
#> GSM283041 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.6149 0.377165 0.000 0.144 0.676 0.180
#> GSM282957 2 0.5069 0.565747 0.016 0.664 0.000 0.320
#> GSM282958 2 0.4969 0.574137 0.008 0.676 0.004 0.312
#> GSM282960 2 0.7480 -0.083603 0.000 0.444 0.376 0.180
#> GSM282971 2 0.5069 0.565747 0.016 0.664 0.000 0.320
#> GSM283015 3 0.3919 0.563905 0.104 0.000 0.840 0.056
#> GSM282962 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282977 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282978 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282987 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282989 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282990 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282992 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282993 2 0.1452 0.790811 0.008 0.956 0.000 0.036
#> GSM282994 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.4542 0.521303 0.108 0.000 0.804 0.088
#> GSM282931 4 0.4543 0.655186 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM282939 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.2149 0.612678 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM282983 3 0.2973 0.569748 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM282985 4 0.4981 0.369082 0.000 0.000 0.464 0.536
#> GSM283000 3 0.4431 0.350812 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM283001 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.2814 0.585265 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM283003 3 0.1716 0.622868 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM283004 3 0.5628 0.133722 0.000 0.420 0.556 0.024
#> GSM283005 3 0.3716 0.563647 0.052 0.000 0.852 0.096
#> GSM283006 3 0.3071 0.592600 0.068 0.000 0.888 0.044
#> GSM283007 3 0.2149 0.614535 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM283008 3 0.0921 0.623996 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM283009 3 0.1940 0.600702 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM283010 3 0.4718 0.408912 0.012 0.000 0.708 0.280
#> GSM283011 3 0.1302 0.619004 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM283022 3 0.0817 0.623446 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM283034 3 0.2973 0.569748 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM283049 3 0.0921 0.630199 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM283051 1 0.6286 0.342441 0.552 0.000 0.384 0.064
#> GSM282929 2 0.4746 0.585078 0.008 0.688 0.000 0.304
#> GSM282933 4 0.3801 0.690706 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM282936 4 0.8860 0.190448 0.292 0.112 0.132 0.464
#> GSM282937 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282945 3 0.3649 0.515424 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM282954 3 0.7416 0.034842 0.000 0.392 0.440 0.168
#> GSM282961 3 0.6753 0.281136 0.000 0.228 0.608 0.164
#> GSM282964 2 0.7595 0.431707 0.248 0.592 0.056 0.104
#> GSM282965 3 0.6897 0.181961 0.000 0.332 0.544 0.124
#> GSM282967 3 0.6618 0.256718 0.000 0.272 0.604 0.124
#> GSM282969 4 0.7508 0.389448 0.060 0.240 0.096 0.604
#> GSM282970 4 0.6864 0.388787 0.036 0.244 0.080 0.640
#> GSM282972 2 0.4677 0.580566 0.004 0.680 0.000 0.316
#> GSM282973 2 0.6139 0.142656 0.000 0.544 0.404 0.052
#> GSM282975 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282996 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.4590 0.475069 0.060 0.000 0.792 0.148
#> GSM283014 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.1637 0.617820 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM283026 4 0.4996 0.294579 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM283029 1 0.1743 0.844286 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM283030 3 0.4697 0.189658 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM283033 3 0.2676 0.611120 0.000 0.012 0.896 0.092
#> GSM283035 4 0.3726 0.690878 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM283036 3 0.4252 0.470355 0.000 0.004 0.744 0.252
#> GSM283038 4 0.4761 0.593749 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM283046 3 0.2589 0.607144 0.000 0.000 0.884 0.116
#> GSM283050 1 0.1389 0.847869 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM283053 4 0.4679 0.628580 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM283055 3 0.6160 0.228838 0.316 0.000 0.612 0.072
#> GSM283056 4 0.3837 0.688705 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM282928 2 0.0188 0.807886 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282930 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282932 3 0.1557 0.626433 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM282934 1 0.5309 0.681588 0.744 0.000 0.092 0.164
#> GSM282976 2 0.0188 0.808665 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282979 2 0.0000 0.808900 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.3649 0.686515 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM283013 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.1637 0.624066 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM283018 3 0.4331 0.381486 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM283025 4 0.3649 0.686515 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM283028 4 0.3837 0.694200 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM283032 3 0.1716 0.622868 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM283037 4 0.4008 0.692974 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM283040 1 0.5396 0.162021 0.524 0.000 0.464 0.012
#> GSM283042 3 0.5360 0.408059 0.196 0.004 0.736 0.064
#> GSM283045 4 0.3907 0.693955 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM283048 3 0.4830 0.158321 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM283052 3 0.4941 -0.062169 0.000 0.000 0.564 0.436
#> GSM283054 2 0.9335 0.017724 0.272 0.408 0.116 0.204
#> GSM282980 3 0.5574 0.421627 0.148 0.000 0.728 0.124
#> GSM282982 3 0.1389 0.616844 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM282984 3 0.0921 0.624012 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM282986 4 0.5548 0.489557 0.024 0.000 0.388 0.588
#> GSM282997 1 0.0000 0.860940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0188 0.860155 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283027 4 0.4679 0.628580 0.000 0.000 0.352 0.648
#> GSM283031 3 0.0336 0.630391 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM283039 3 0.1118 0.627380 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM283044 3 0.4961 -0.101024 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM283047 3 0.4916 -0.010564 0.000 0.000 0.576 0.424
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0000 0.7325 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.6957 0.3295 0.000 0.580 0.204 0.096 0.120
#> GSM282857 2 0.6131 0.3042 0.000 0.580 0.292 0.016 0.112
#> GSM282858 2 0.2286 0.7268 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM282859 2 0.2488 0.7221 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM282860 2 0.2813 0.6012 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM282861 2 0.3424 0.5045 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> GSM282862 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282863 2 0.2612 0.7216 0.000 0.868 0.008 0.000 0.124
#> GSM282864 2 0.7300 0.2220 0.000 0.532 0.232 0.140 0.096
#> GSM282865 2 0.7227 -0.0834 0.000 0.416 0.380 0.160 0.044
#> GSM282866 3 0.7055 -0.0820 0.000 0.396 0.412 0.160 0.032
#> GSM282867 2 0.6532 0.1930 0.000 0.564 0.268 0.140 0.028
#> GSM282868 2 0.7433 0.1445 0.000 0.512 0.244 0.144 0.100
#> GSM282869 3 0.7413 0.1164 0.256 0.000 0.508 0.096 0.140
#> GSM282870 3 0.6793 -0.0513 0.000 0.080 0.528 0.072 0.320
#> GSM282871 3 0.8213 -0.2110 0.000 0.260 0.396 0.160 0.184
#> GSM282872 3 0.1270 0.5988 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0703 0.7355 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM282913 2 0.2932 0.7194 0.000 0.864 0.020 0.004 0.112
#> GSM282915 3 0.6598 -0.0463 0.000 0.392 0.472 0.028 0.108
#> GSM282921 3 0.3109 0.5675 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM282927 3 0.4527 0.5403 0.064 0.000 0.732 0.204 0.000
#> GSM282873 3 0.7513 0.0919 0.056 0.112 0.548 0.040 0.244
#> GSM282874 2 0.5152 0.4905 0.000 0.632 0.004 0.052 0.312
#> GSM282875 2 0.5288 0.3371 0.000 0.544 0.000 0.052 0.404
#> GSM282905 5 0.8262 0.5605 0.000 0.176 0.220 0.204 0.400
#> GSM282914 1 0.7116 0.5581 0.564 0.000 0.088 0.180 0.168
#> GSM282918 3 0.6512 0.4017 0.132 0.000 0.640 0.112 0.116
#> GSM282876 2 0.6649 0.1762 0.204 0.568 0.020 0.004 0.204
#> GSM282877 2 0.1544 0.7350 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM282878 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282879 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282880 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282881 2 0.6346 0.1435 0.236 0.548 0.000 0.004 0.212
#> GSM282882 1 0.3585 0.7170 0.772 0.004 0.000 0.004 0.220
#> GSM282883 2 0.0290 0.7309 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282884 1 0.3585 0.7170 0.772 0.004 0.000 0.004 0.220
#> GSM282885 2 0.0510 0.7343 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282886 2 0.0794 0.7255 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM282887 1 0.3585 0.7170 0.772 0.004 0.000 0.004 0.220
#> GSM282888 2 0.3574 0.5040 0.000 0.804 0.168 0.000 0.028
#> GSM282889 2 0.0000 0.7325 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.4459 0.6980 0.740 0.004 0.036 0.004 0.216
#> GSM282902 4 0.8073 -0.1300 0.000 0.220 0.240 0.416 0.124
#> GSM282903 3 0.0290 0.6200 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282907 3 0.2171 0.5816 0.000 0.000 0.912 0.064 0.024
#> GSM282909 3 0.4485 0.5564 0.036 0.004 0.748 0.204 0.008
#> GSM282912 3 0.6818 0.0604 0.000 0.300 0.512 0.160 0.028
#> GSM282920 3 0.4016 0.5283 0.000 0.000 0.716 0.272 0.012
#> GSM282924 3 0.3639 0.4541 0.000 0.000 0.792 0.184 0.024
#> GSM282891 1 0.3106 0.7413 0.844 0.000 0.000 0.132 0.024
#> GSM282892 3 0.6763 0.2705 0.148 0.196 0.604 0.040 0.012
#> GSM282893 3 0.1981 0.6204 0.000 0.000 0.920 0.064 0.016
#> GSM282894 1 0.7426 0.3552 0.488 0.000 0.172 0.268 0.072
#> GSM282895 3 0.0955 0.6074 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM282896 3 0.1808 0.6255 0.000 0.012 0.936 0.044 0.008
#> GSM282897 3 0.2423 0.5690 0.000 0.000 0.896 0.080 0.024
#> GSM282898 3 0.1942 0.6201 0.000 0.000 0.920 0.068 0.012
#> GSM282899 3 0.3210 0.5729 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM282900 3 0.2852 0.5836 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM282901 3 0.1197 0.6236 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM282906 3 0.1205 0.6232 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM282908 1 0.5341 0.6357 0.712 0.000 0.072 0.180 0.036
#> GSM282911 3 0.0609 0.6117 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM282916 3 0.3534 0.5534 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282919 3 0.3039 0.5010 0.000 0.000 0.836 0.152 0.012
#> GSM282923 3 0.2769 0.6101 0.000 0.000 0.876 0.092 0.032
#> GSM282917 3 0.0955 0.6076 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM282922 3 0.6006 0.4033 0.164 0.000 0.612 0.216 0.008
#> GSM282926 3 0.2890 0.5862 0.004 0.000 0.836 0.160 0.000
#> GSM282925 3 0.5162 0.5219 0.084 0.104 0.756 0.052 0.004
#> GSM282935 3 0.5368 -0.1235 0.000 0.048 0.548 0.400 0.004
#> GSM282938 4 0.6244 0.2843 0.000 0.028 0.272 0.592 0.108
#> GSM282940 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282941 2 0.2439 0.7233 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM282943 1 0.3522 0.7201 0.780 0.004 0.000 0.004 0.212
#> GSM282944 2 0.0000 0.7325 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.1893 0.6986 0.024 0.928 0.000 0.000 0.048
#> GSM282947 2 0.6781 -0.1232 0.000 0.400 0.396 0.196 0.008
#> GSM282948 3 0.7054 -0.0777 0.000 0.392 0.416 0.160 0.032
#> GSM282949 3 0.7055 -0.0820 0.000 0.396 0.412 0.160 0.032
#> GSM282950 3 0.7227 -0.0857 0.000 0.380 0.416 0.160 0.044
#> GSM282951 2 0.7104 -0.0303 0.000 0.448 0.352 0.164 0.036
#> GSM282952 2 0.7280 -0.0806 0.000 0.416 0.376 0.160 0.048
#> GSM282953 3 0.6990 -0.0746 0.000 0.396 0.416 0.160 0.028
#> GSM282955 3 0.8027 -0.1583 0.000 0.300 0.404 0.160 0.136
#> GSM282956 1 0.7660 0.0728 0.408 0.000 0.360 0.124 0.108
#> GSM282959 2 0.2280 0.7252 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM282966 3 0.6847 -0.1307 0.000 0.388 0.392 0.212 0.008
#> GSM282968 2 0.7076 -0.0268 0.000 0.452 0.344 0.172 0.032
#> GSM282974 2 0.6026 0.5429 0.000 0.680 0.076 0.108 0.136
#> GSM283016 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.5568 0.5103 0.084 0.000 0.708 0.156 0.052
#> GSM283041 1 0.0162 0.7993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283043 3 0.4936 0.5370 0.000 0.068 0.756 0.136 0.040
#> GSM282957 2 0.5420 0.3414 0.000 0.548 0.004 0.052 0.396
#> GSM282958 2 0.5171 0.5398 0.000 0.664 0.008 0.060 0.268
#> GSM282960 2 0.6994 0.0148 0.000 0.472 0.348 0.140 0.040
#> GSM282971 2 0.5524 0.3379 0.000 0.548 0.008 0.052 0.392
#> GSM283015 3 0.4965 0.5411 0.112 0.000 0.736 0.140 0.012
#> GSM282962 2 0.1197 0.7359 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM282963 2 0.2179 0.7284 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM282977 2 0.2127 0.7284 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM282978 2 0.2286 0.7280 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM282987 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282988 2 0.2179 0.7284 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM282989 2 0.2127 0.7284 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM282990 2 0.0290 0.7330 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282991 2 0.2127 0.7284 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM282992 2 0.1478 0.7353 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM282993 2 0.1502 0.7069 0.004 0.940 0.000 0.000 0.056
#> GSM282994 2 0.0290 0.7309 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282995 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283020 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.6213 0.4445 0.128 0.000 0.652 0.164 0.056
#> GSM282931 4 0.4030 0.4346 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> GSM282939 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282981 3 0.0880 0.6070 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282983 3 0.3319 0.4851 0.000 0.000 0.820 0.160 0.020
#> GSM282985 4 0.4528 0.3763 0.000 0.000 0.444 0.548 0.008
#> GSM283000 3 0.4129 0.4442 0.000 0.000 0.756 0.204 0.040
#> GSM283001 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.1877 0.5891 0.000 0.000 0.924 0.064 0.012
#> GSM283003 3 0.0510 0.6132 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM283004 3 0.6198 0.1079 0.000 0.320 0.556 0.016 0.108
#> GSM283005 3 0.5360 0.5181 0.052 0.000 0.720 0.164 0.064
#> GSM283006 3 0.4755 0.5625 0.052 0.000 0.768 0.136 0.044
#> GSM283007 3 0.0865 0.6119 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM283008 3 0.1965 0.6186 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> GSM283009 3 0.4451 0.5141 0.000 0.000 0.712 0.248 0.040
#> GSM283010 3 0.2074 0.5972 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM283011 3 0.3551 0.5879 0.000 0.000 0.820 0.136 0.044
#> GSM283022 3 0.2136 0.6157 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM283034 3 0.1270 0.5979 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM283049 3 0.1121 0.6232 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283051 1 0.7134 0.2642 0.472 0.000 0.308 0.184 0.036
#> GSM282929 2 0.4854 0.5644 0.000 0.680 0.000 0.060 0.260
#> GSM282933 4 0.4930 0.1164 0.000 0.000 0.084 0.696 0.220
#> GSM282936 4 0.6912 -0.0430 0.340 0.004 0.024 0.484 0.148
#> GSM282937 1 0.0162 0.7993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282942 2 0.0162 0.7318 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282945 3 0.2928 0.5736 0.000 0.004 0.872 0.092 0.032
#> GSM282954 3 0.6816 -0.0718 0.000 0.396 0.420 0.168 0.016
#> GSM282961 3 0.6980 0.0392 0.000 0.308 0.496 0.160 0.036
#> GSM282964 2 0.7767 0.0747 0.088 0.560 0.044 0.172 0.136
#> GSM282965 3 0.5695 0.1078 0.000 0.360 0.568 0.056 0.016
#> GSM282967 3 0.4602 0.1875 0.000 0.340 0.640 0.016 0.004
#> GSM282969 5 0.7311 0.5448 0.000 0.100 0.104 0.304 0.492
#> GSM282970 5 0.7530 0.5906 0.000 0.072 0.220 0.228 0.480
#> GSM282972 2 0.5284 0.3831 0.000 0.568 0.000 0.056 0.376
#> GSM282973 2 0.6440 0.0717 0.000 0.476 0.392 0.016 0.116
#> GSM282975 2 0.2439 0.7233 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM282996 1 0.0162 0.7993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282999 3 0.4276 0.5376 0.028 0.000 0.716 0.256 0.000
#> GSM283014 1 0.0162 0.7993 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283019 3 0.3849 0.5554 0.000 0.000 0.752 0.232 0.016
#> GSM283026 3 0.4878 0.0742 0.000 0.000 0.536 0.440 0.024
#> GSM283029 1 0.3310 0.7378 0.836 0.000 0.004 0.136 0.024
#> GSM283030 3 0.3636 0.4248 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM283033 3 0.0794 0.6081 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM283035 4 0.4959 0.1974 0.000 0.000 0.128 0.712 0.160
#> GSM283036 3 0.3421 0.5646 0.000 0.008 0.788 0.204 0.000
#> GSM283038 4 0.4517 0.4289 0.000 0.000 0.388 0.600 0.012
#> GSM283046 3 0.3636 0.5337 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM283050 1 0.3106 0.7413 0.844 0.000 0.000 0.132 0.024
#> GSM283053 4 0.4779 0.4369 0.000 0.000 0.340 0.628 0.032
#> GSM283055 3 0.6923 0.1933 0.324 0.012 0.516 0.120 0.028
#> GSM283056 4 0.5778 0.3595 0.000 0.000 0.272 0.596 0.132
#> GSM282928 2 0.0609 0.7293 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282930 2 0.2127 0.7284 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM282932 3 0.0290 0.6160 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282934 1 0.3881 0.7056 0.788 0.000 0.008 0.180 0.024
#> GSM282976 2 0.2179 0.7284 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM282979 2 0.1732 0.7335 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM282998 4 0.5824 0.1978 0.000 0.000 0.168 0.608 0.224
#> GSM283013 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0290 0.6160 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM283018 3 0.3353 0.4565 0.000 0.000 0.796 0.196 0.008
#> GSM283025 4 0.5158 0.1338 0.000 0.000 0.100 0.676 0.224
#> GSM283028 4 0.5920 0.3672 0.000 0.000 0.272 0.580 0.148
#> GSM283032 3 0.0404 0.6147 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM283037 4 0.5814 0.3790 0.000 0.000 0.288 0.584 0.128
#> GSM283040 1 0.5935 0.1568 0.492 0.000 0.424 0.072 0.012
#> GSM283042 3 0.6150 0.4855 0.092 0.084 0.692 0.120 0.012
#> GSM283045 4 0.4832 0.1554 0.000 0.000 0.104 0.720 0.176
#> GSM283048 3 0.4138 0.3087 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> GSM283052 3 0.4278 -0.3061 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM283054 4 0.9011 -0.1971 0.316 0.140 0.056 0.340 0.148
#> GSM282980 3 0.5793 0.4337 0.068 0.000 0.636 0.264 0.032
#> GSM282982 3 0.3745 0.5739 0.000 0.000 0.780 0.196 0.024
#> GSM282984 3 0.3064 0.6024 0.000 0.000 0.856 0.108 0.036
#> GSM282986 4 0.6497 0.1897 0.000 0.000 0.312 0.476 0.212
#> GSM282997 1 0.0000 0.7997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0566 0.7965 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM283027 4 0.4101 0.4334 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM283031 3 0.1357 0.6237 0.000 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283039 3 0.2516 0.6106 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM283044 4 0.4249 0.3974 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM283047 4 0.4268 0.3880 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.1644 0.79089 0.000 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> GSM282856 2 0.4564 0.25739 0.000 0.628 0.012 0.012 0.336 0.012
#> GSM282857 2 0.5762 -0.05636 0.000 0.520 0.056 0.012 0.380 0.032
#> GSM282858 2 0.0508 0.79110 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM282859 2 0.1364 0.78429 0.000 0.952 0.000 0.016 0.012 0.020
#> GSM282860 2 0.4111 0.60882 0.000 0.740 0.000 0.000 0.176 0.084
#> GSM282861 2 0.5061 0.49465 0.004 0.636 0.000 0.000 0.240 0.120
#> GSM282862 2 0.1007 0.79045 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282863 2 0.1636 0.78672 0.000 0.936 0.000 0.004 0.036 0.024
#> GSM282864 2 0.5207 -0.00394 0.000 0.512 0.020 0.032 0.428 0.008
#> GSM282865 5 0.4872 0.33193 0.000 0.416 0.028 0.012 0.540 0.004
#> GSM282866 5 0.4569 0.39841 0.000 0.396 0.040 0.000 0.564 0.000
#> GSM282867 2 0.4777 0.23569 0.000 0.592 0.016 0.024 0.364 0.004
#> GSM282868 2 0.4917 0.04253 0.000 0.512 0.016 0.024 0.444 0.004
#> GSM282869 3 0.6818 0.13935 0.084 0.008 0.476 0.000 0.124 0.308
#> GSM282870 5 0.6694 0.05199 0.008 0.044 0.244 0.020 0.548 0.136
#> GSM282871 5 0.4199 0.41277 0.000 0.248 0.044 0.004 0.704 0.000
#> GSM282872 5 0.3944 0.10156 0.000 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> GSM282904 1 0.0291 0.90348 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM282910 2 0.1938 0.78358 0.000 0.920 0.000 0.008 0.052 0.020
#> GSM282913 2 0.2611 0.74222 0.000 0.876 0.004 0.016 0.096 0.008
#> GSM282915 2 0.6403 -0.29997 0.000 0.436 0.184 0.012 0.356 0.012
#> GSM282921 3 0.4938 0.39425 0.000 0.000 0.596 0.024 0.344 0.036
#> GSM282927 3 0.4431 0.63265 0.076 0.004 0.776 0.008 0.108 0.028
#> GSM282873 5 0.7209 0.08711 0.028 0.044 0.204 0.000 0.408 0.316
#> GSM282874 2 0.6349 0.39411 0.000 0.552 0.000 0.108 0.244 0.096
#> GSM282875 2 0.6573 0.30169 0.000 0.504 0.000 0.096 0.284 0.116
#> GSM282905 5 0.6050 -0.52767 0.000 0.052 0.028 0.424 0.464 0.032
#> GSM282914 3 0.6529 -0.43745 0.296 0.000 0.372 0.020 0.000 0.312
#> GSM282918 3 0.5530 0.41314 0.028 0.004 0.624 0.000 0.100 0.244
#> GSM282876 6 0.4686 0.57505 0.084 0.184 0.020 0.000 0.000 0.712
#> GSM282877 2 0.1141 0.79180 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM282878 2 0.1531 0.78649 0.004 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM282879 2 0.2100 0.77941 0.004 0.884 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM282880 2 0.1007 0.79045 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282881 6 0.4209 0.61381 0.104 0.160 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM282882 6 0.3672 0.76907 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM282883 2 0.1765 0.78543 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM282884 6 0.3672 0.76907 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM282885 2 0.1387 0.79062 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM282886 2 0.2597 0.74693 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM282887 6 0.3769 0.77153 0.356 0.004 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM282888 2 0.6158 0.37517 0.004 0.572 0.180 0.000 0.040 0.204
#> GSM282889 2 0.0865 0.79495 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM282890 6 0.4224 0.74249 0.340 0.000 0.028 0.000 0.000 0.632
#> GSM282902 5 0.7505 0.14317 0.000 0.236 0.040 0.240 0.424 0.060
#> GSM282903 3 0.3756 0.34990 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM282907 5 0.3782 0.14280 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM282909 3 0.3817 0.59330 0.016 0.008 0.744 0.004 0.228 0.000
#> GSM282912 5 0.5734 0.49061 0.000 0.324 0.120 0.012 0.540 0.004
#> GSM282920 3 0.2186 0.63798 0.000 0.000 0.908 0.008 0.048 0.036
#> GSM282924 5 0.4064 0.20613 0.000 0.000 0.360 0.016 0.624 0.000
#> GSM282891 1 0.2365 0.84481 0.896 0.000 0.068 0.024 0.000 0.012
#> GSM282892 3 0.7927 0.45030 0.092 0.108 0.512 0.036 0.180 0.072
#> GSM282893 3 0.2969 0.61748 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM282894 3 0.4997 -0.06289 0.372 0.000 0.572 0.004 0.016 0.036
#> GSM282895 5 0.3847 0.04075 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM282896 3 0.3725 0.50457 0.000 0.008 0.676 0.000 0.316 0.000
#> GSM282897 5 0.3774 0.14684 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM282898 3 0.3198 0.58063 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM282899 3 0.3166 0.64075 0.000 0.000 0.816 0.004 0.156 0.024
#> GSM282900 3 0.4779 0.32890 0.000 0.000 0.568 0.008 0.384 0.040
#> GSM282901 3 0.2996 0.62305 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM282906 3 0.3330 0.57524 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM282908 1 0.4117 0.50340 0.696 0.000 0.272 0.020 0.000 0.012
#> GSM282911 5 0.3868 -0.05969 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM282916 3 0.3095 0.64696 0.000 0.000 0.840 0.008 0.116 0.036
#> GSM282919 5 0.3747 0.16363 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM282923 3 0.2278 0.65059 0.000 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM282917 5 0.3828 0.09316 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM282922 3 0.5670 0.57954 0.104 0.004 0.700 0.052 0.104 0.036
#> GSM282926 3 0.4023 0.55890 0.000 0.000 0.704 0.004 0.264 0.028
#> GSM282925 3 0.6774 0.55809 0.100 0.040 0.600 0.012 0.176 0.072
#> GSM282935 5 0.6547 0.27009 0.000 0.056 0.132 0.272 0.528 0.012
#> GSM282938 5 0.5525 -0.04463 0.000 0.044 0.036 0.412 0.504 0.004
#> GSM282940 2 0.0937 0.79093 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282941 2 0.0870 0.78934 0.000 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> GSM282943 6 0.3672 0.76907 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM282944 2 0.1556 0.78917 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM282946 2 0.4265 0.57480 0.040 0.660 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM282947 5 0.4516 0.39195 0.000 0.400 0.036 0.000 0.564 0.000
#> GSM282948 5 0.5011 0.40869 0.000 0.392 0.064 0.000 0.540 0.004
#> GSM282949 5 0.4508 0.39687 0.000 0.396 0.036 0.000 0.568 0.000
#> GSM282950 5 0.4963 0.41227 0.000 0.392 0.060 0.000 0.544 0.004
#> GSM282951 5 0.4980 0.25998 0.000 0.440 0.028 0.016 0.512 0.004
#> GSM282952 5 0.4866 0.34459 0.000 0.412 0.028 0.012 0.544 0.004
#> GSM282953 5 0.4649 0.38960 0.000 0.400 0.036 0.004 0.560 0.000
#> GSM282955 5 0.4449 0.44158 0.000 0.272 0.052 0.004 0.672 0.000
#> GSM282956 3 0.7093 -0.03135 0.308 0.000 0.424 0.004 0.092 0.172
#> GSM282959 2 0.1124 0.79378 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> GSM282966 5 0.4873 0.42369 0.000 0.376 0.036 0.016 0.572 0.000
#> GSM282968 5 0.4857 0.17021 0.000 0.460 0.016 0.020 0.500 0.004
#> GSM282974 2 0.5005 0.63782 0.000 0.720 0.000 0.104 0.104 0.072
#> GSM283016 1 0.0146 0.90415 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283021 1 0.0146 0.90415 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283024 3 0.2361 0.62276 0.008 0.000 0.896 0.000 0.064 0.032
#> GSM283041 1 0.1225 0.89277 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> GSM283043 5 0.5331 0.06579 0.000 0.092 0.408 0.004 0.496 0.000
#> GSM282957 2 0.6679 0.28948 0.000 0.492 0.000 0.108 0.284 0.116
#> GSM282958 2 0.6082 0.46828 0.000 0.592 0.000 0.108 0.216 0.084
#> GSM282960 2 0.5097 -0.05976 0.000 0.512 0.036 0.016 0.432 0.004
#> GSM282971 2 0.6679 0.28948 0.000 0.492 0.000 0.108 0.284 0.116
#> GSM283015 3 0.3749 0.63752 0.020 0.000 0.804 0.004 0.132 0.040
#> GSM282962 2 0.0363 0.79321 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282963 2 0.1204 0.79147 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM282977 2 0.1007 0.79311 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282978 2 0.1327 0.78981 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM282987 2 0.1714 0.78640 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM282988 2 0.1327 0.78981 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM282989 2 0.1007 0.79311 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282990 2 0.1444 0.78956 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM282991 2 0.0632 0.79356 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM282992 2 0.1075 0.79232 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM282993 2 0.2420 0.76605 0.004 0.888 0.000 0.000 0.032 0.076
#> GSM282994 2 0.1765 0.78543 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM282995 2 0.1007 0.79045 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM283020 1 0.0146 0.90415 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283023 3 0.3216 0.59853 0.052 0.000 0.852 0.000 0.064 0.032
#> GSM282931 5 0.4256 -0.09456 0.000 0.000 0.016 0.464 0.520 0.000
#> GSM282939 2 0.0937 0.79093 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282981 5 0.3854 -0.03039 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM282983 5 0.3765 0.16014 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM282985 5 0.5051 0.27533 0.000 0.000 0.104 0.300 0.596 0.000
#> GSM283000 5 0.4560 0.18315 0.000 0.008 0.376 0.020 0.592 0.004
#> GSM283001 1 0.0146 0.90415 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283002 5 0.3907 0.15099 0.000 0.000 0.408 0.004 0.588 0.000
#> GSM283003 3 0.3860 0.16833 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM283004 3 0.6606 -0.11535 0.000 0.288 0.364 0.012 0.328 0.008
#> GSM283005 3 0.2065 0.62546 0.000 0.000 0.912 0.004 0.052 0.032
#> GSM283006 3 0.2412 0.63429 0.000 0.000 0.880 0.000 0.092 0.028
#> GSM283007 5 0.3971 0.03630 0.000 0.000 0.448 0.004 0.548 0.000
#> GSM283008 3 0.2883 0.62830 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM283009 3 0.1410 0.64231 0.000 0.000 0.944 0.004 0.044 0.008
#> GSM283010 3 0.4964 0.28849 0.000 0.000 0.540 0.044 0.404 0.012
#> GSM283011 3 0.1866 0.64077 0.000 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM283022 3 0.2260 0.64358 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM283034 5 0.3955 0.06952 0.000 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004
#> GSM283049 3 0.3244 0.57552 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM283051 3 0.5774 -0.09999 0.448 0.000 0.460 0.036 0.020 0.036
#> GSM282929 2 0.5155 0.61293 0.000 0.708 0.000 0.108 0.088 0.096
#> GSM282933 4 0.3032 0.66129 0.000 0.000 0.056 0.840 0.104 0.000
#> GSM282936 4 0.4398 0.32398 0.184 0.000 0.000 0.736 0.056 0.024
#> GSM282937 1 0.1225 0.89277 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> GSM282942 2 0.1610 0.78746 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM282945 5 0.4852 0.15267 0.000 0.028 0.404 0.012 0.552 0.004
#> GSM282954 5 0.4773 0.41987 0.000 0.388 0.056 0.000 0.556 0.000
#> GSM282961 5 0.5867 0.47745 0.000 0.288 0.152 0.012 0.544 0.004
#> GSM282964 4 0.8454 0.04739 0.096 0.220 0.004 0.380 0.168 0.132
#> GSM282965 5 0.5547 0.48046 0.000 0.344 0.148 0.000 0.508 0.000
#> GSM282967 5 0.6487 0.43822 0.000 0.300 0.204 0.000 0.460 0.036
#> GSM282969 4 0.6508 0.33285 0.000 0.020 0.084 0.452 0.392 0.052
#> GSM282970 5 0.5522 -0.55302 0.000 0.020 0.020 0.452 0.472 0.036
#> GSM282972 2 0.6455 0.35495 0.000 0.532 0.000 0.100 0.260 0.108
#> GSM282973 2 0.6225 -0.12283 0.000 0.500 0.136 0.012 0.332 0.020
#> GSM282975 2 0.1180 0.78664 0.000 0.960 0.000 0.016 0.012 0.012
#> GSM282996 1 0.1225 0.89277 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> GSM282999 3 0.3594 0.64257 0.012 0.000 0.832 0.024 0.092 0.040
#> GSM283014 1 0.1225 0.89277 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> GSM283019 3 0.1888 0.64295 0.000 0.000 0.916 0.004 0.068 0.012
#> GSM283026 5 0.6452 0.01037 0.000 0.000 0.240 0.356 0.384 0.020
#> GSM283029 1 0.2485 0.83260 0.884 0.000 0.084 0.024 0.000 0.008
#> GSM283030 3 0.5359 0.52646 0.000 0.000 0.604 0.164 0.228 0.004
#> GSM283033 3 0.3833 0.23031 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM283035 4 0.2997 0.65677 0.000 0.000 0.060 0.844 0.096 0.000
#> GSM283036 3 0.4794 0.02925 0.000 0.004 0.484 0.004 0.476 0.032
#> GSM283038 5 0.4405 -0.08974 0.000 0.000 0.024 0.472 0.504 0.000
#> GSM283046 3 0.4108 0.63003 0.000 0.000 0.768 0.060 0.152 0.020
#> GSM283050 1 0.2458 0.84746 0.892 0.000 0.068 0.024 0.000 0.016
#> GSM283053 4 0.3989 0.18616 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> GSM283055 3 0.5238 0.56399 0.172 0.008 0.708 0.012 0.052 0.048
#> GSM283056 4 0.3668 0.51680 0.000 0.000 0.004 0.668 0.328 0.000
#> GSM282928 2 0.1542 0.78729 0.000 0.936 0.000 0.004 0.008 0.052
#> GSM282930 2 0.0260 0.79205 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282932 3 0.3872 0.41501 0.000 0.000 0.604 0.004 0.392 0.000
#> GSM282934 1 0.3575 0.78493 0.824 0.000 0.092 0.056 0.000 0.028
#> GSM282976 2 0.1204 0.79147 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM282979 2 0.0146 0.79245 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282998 4 0.3009 0.66152 0.000 0.000 0.040 0.844 0.112 0.004
#> GSM283013 1 0.0146 0.90415 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283017 3 0.3659 0.45028 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM283018 5 0.3830 0.18565 0.000 0.000 0.376 0.004 0.620 0.000
#> GSM283025 4 0.3049 0.66002 0.000 0.000 0.048 0.844 0.104 0.004
#> GSM283028 4 0.3710 0.55670 0.000 0.000 0.012 0.696 0.292 0.000
#> GSM283032 3 0.3634 0.43765 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM283037 4 0.3852 0.40207 0.000 0.000 0.004 0.612 0.384 0.000
#> GSM283040 3 0.5532 0.11455 0.436 0.000 0.488 0.024 0.028 0.024
#> GSM283042 3 0.5988 0.58250 0.132 0.020 0.656 0.004 0.132 0.056
#> GSM283045 4 0.4099 0.63771 0.036 0.000 0.080 0.788 0.096 0.000
#> GSM283048 3 0.6404 0.10366 0.000 0.000 0.440 0.180 0.348 0.032
#> GSM283052 5 0.5855 0.00982 0.000 0.000 0.192 0.396 0.412 0.000
#> GSM283054 4 0.7461 0.24108 0.148 0.096 0.020 0.560 0.100 0.076
#> GSM282980 3 0.2677 0.61207 0.052 0.000 0.888 0.008 0.012 0.040
#> GSM282982 3 0.2051 0.65534 0.000 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM282984 3 0.1958 0.64971 0.000 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM282986 4 0.4889 0.54849 0.000 0.000 0.184 0.672 0.140 0.004
#> GSM282997 1 0.0363 0.90225 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM283012 1 0.0405 0.90323 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM283027 5 0.3996 -0.14050 0.000 0.000 0.004 0.484 0.512 0.000
#> GSM283031 3 0.3198 0.59670 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM283039 3 0.3652 0.63760 0.000 0.000 0.768 0.044 0.188 0.000
#> GSM283044 5 0.4847 0.21009 0.000 0.000 0.072 0.340 0.588 0.000
#> GSM283047 5 0.5016 0.23727 0.000 0.000 0.092 0.324 0.584 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> MAD:mclust 161 0.28288 5.32e-03 2.30e-06 2
#> MAD:mclust 159 0.49046 2.75e-03 8.12e-07 3
#> MAD:mclust 137 0.05220 1.56e-04 1.21e-08 4
#> MAD:mclust 124 0.87050 5.40e-02 1.07e-07 5
#> MAD:mclust 110 0.00502 1.13e-05 8.28e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.722 0.855 0.941 0.4645 0.533 0.533
#> 3 3 0.797 0.852 0.936 0.4225 0.699 0.486
#> 4 4 0.496 0.488 0.702 0.1119 0.885 0.682
#> 5 5 0.590 0.577 0.772 0.0698 0.775 0.364
#> 6 6 0.563 0.388 0.646 0.0361 0.902 0.605
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282870 2 0.9993 -0.0214 0.484 0.516
#> GSM282871 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.7219 0.7296 0.200 0.800
#> GSM282921 2 0.9460 0.3861 0.364 0.636
#> GSM282927 1 0.1843 0.8961 0.972 0.028
#> GSM282873 2 0.8909 0.5299 0.308 0.692
#> GSM282874 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.7883 0.6889 0.764 0.236
#> GSM282877 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.9933 0.2035 0.548 0.452
#> GSM282882 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.7219 0.7296 0.200 0.800
#> GSM282887 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282888 2 0.6531 0.7730 0.168 0.832
#> GSM282889 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.9944 0.1390 0.456 0.544
#> GSM282907 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282909 1 0.7745 0.6995 0.772 0.228
#> GSM282912 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.9775 0.3304 0.588 0.412
#> GSM282893 1 0.9087 0.5405 0.676 0.324
#> GSM282894 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.7299 0.7248 0.204 0.796
#> GSM282896 1 0.9775 0.3299 0.588 0.412
#> GSM282897 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282898 1 0.9129 0.5326 0.672 0.328
#> GSM282899 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282900 2 0.8327 0.6254 0.264 0.736
#> GSM282901 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.1633 0.8989 0.976 0.024
#> GSM282908 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.8955 0.5393 0.312 0.688
#> GSM282916 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282919 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282923 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282917 2 0.4690 0.8563 0.100 0.900
#> GSM282922 1 0.2778 0.8799 0.952 0.048
#> GSM282926 1 0.8443 0.6340 0.728 0.272
#> GSM282925 1 0.4939 0.8312 0.892 0.108
#> GSM282935 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.8813 0.5636 0.300 0.700
#> GSM282947 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.1184 0.9314 0.016 0.984
#> GSM282957 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0672 0.9377 0.008 0.992
#> GSM282991 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.4431 0.8598 0.092 0.908
#> GSM282983 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.1843 0.9214 0.028 0.972
#> GSM283003 2 0.9933 0.1534 0.452 0.548
#> GSM283004 2 0.7299 0.7243 0.204 0.796
#> GSM283005 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283007 2 0.1633 0.9248 0.024 0.976
#> GSM283008 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283010 2 0.9044 0.4931 0.320 0.680
#> GSM283011 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.0938 0.9346 0.012 0.988
#> GSM283049 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.8608 0.6028 0.716 0.284
#> GSM282936 1 0.9881 0.2796 0.564 0.436
#> GSM282937 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.4939 0.8445 0.108 0.892
#> GSM282967 2 0.9686 0.3313 0.396 0.604
#> GSM282969 2 0.6048 0.7941 0.148 0.852
#> GSM282970 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.7219 0.7296 0.200 0.800
#> GSM282975 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.7219 0.7246 0.800 0.200
#> GSM283033 2 0.9815 0.2600 0.420 0.580
#> GSM283035 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283036 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.9000 0.5685 0.684 0.316
#> GSM282934 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.8608 0.6143 0.716 0.284
#> GSM283018 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283032 1 0.9710 0.3630 0.600 0.400
#> GSM283037 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.7602 0.7104 0.780 0.220
#> GSM283045 2 0.7602 0.6893 0.220 0.780
#> GSM283048 2 0.9044 0.5081 0.320 0.680
#> GSM283052 1 0.9977 0.1869 0.528 0.472
#> GSM283054 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.7219 0.7246 0.800 0.200
#> GSM282997 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.0000 0.9141 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0376 0.9116 0.996 0.004
#> GSM283044 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.9438 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282856 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282857 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.4931 0.7138 0.000 0.768 0.232
#> GSM282859 2 0.0747 0.9241 0.000 0.984 0.016
#> GSM282860 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.3941 0.8072 0.000 0.844 0.156
#> GSM282862 2 0.1031 0.9204 0.000 0.976 0.024
#> GSM282863 3 0.0237 0.9238 0.000 0.004 0.996
#> GSM282864 2 0.3816 0.8163 0.000 0.852 0.148
#> GSM282865 3 0.2356 0.8723 0.000 0.072 0.928
#> GSM282866 3 0.0424 0.9219 0.000 0.008 0.992
#> GSM282867 2 0.5529 0.6073 0.000 0.704 0.296
#> GSM282868 2 0.0424 0.9268 0.000 0.992 0.008
#> GSM282869 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282870 2 0.1031 0.9142 0.024 0.976 0.000
#> GSM282871 3 0.6192 0.2007 0.000 0.420 0.580
#> GSM282872 2 0.1989 0.9017 0.004 0.948 0.048
#> GSM282904 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 3 0.0237 0.9238 0.000 0.004 0.996
#> GSM282913 2 0.0424 0.9269 0.000 0.992 0.008
#> GSM282915 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282921 2 0.1289 0.9083 0.032 0.968 0.000
#> GSM282927 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282873 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282874 2 0.0592 0.9255 0.000 0.988 0.012
#> GSM282875 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282918 1 0.1643 0.9122 0.956 0.000 0.044
#> GSM282876 3 0.0424 0.9221 0.008 0.000 0.992
#> GSM282877 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.5650 0.5364 0.000 0.688 0.312
#> GSM282879 3 0.1289 0.9081 0.000 0.032 0.968
#> GSM282880 2 0.4121 0.7957 0.000 0.832 0.168
#> GSM282881 3 0.0237 0.9237 0.004 0.000 0.996
#> GSM282882 1 0.0237 0.9381 0.996 0.000 0.004
#> GSM282883 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282885 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282886 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282887 3 0.6095 0.3572 0.392 0.000 0.608
#> GSM282888 3 0.4555 0.7346 0.200 0.000 0.800
#> GSM282889 3 0.0237 0.9238 0.000 0.004 0.996
#> GSM282890 1 0.0237 0.9381 0.996 0.000 0.004
#> GSM282902 2 0.0424 0.9268 0.000 0.992 0.008
#> GSM282903 3 0.0237 0.9237 0.004 0.000 0.996
#> GSM282907 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.1643 0.9000 0.044 0.000 0.956
#> GSM282912 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282924 3 0.1163 0.9117 0.000 0.028 0.972
#> GSM282891 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 1 0.3686 0.8198 0.860 0.000 0.140
#> GSM282893 3 0.4555 0.7350 0.200 0.000 0.800
#> GSM282894 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282895 3 0.0892 0.9157 0.020 0.000 0.980
#> GSM282896 3 0.3038 0.8481 0.104 0.000 0.896
#> GSM282897 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0747 0.9175 0.016 0.000 0.984
#> GSM282899 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282900 2 0.7757 0.0336 0.464 0.488 0.048
#> GSM282901 1 0.3482 0.8341 0.872 0.000 0.128
#> GSM282906 3 0.2261 0.8812 0.068 0.000 0.932
#> GSM282908 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282919 3 0.4235 0.7715 0.000 0.176 0.824
#> GSM282923 1 0.4452 0.7525 0.808 0.000 0.192
#> GSM282917 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 1 0.2066 0.8935 0.940 0.060 0.000
#> GSM282926 1 0.3412 0.8374 0.876 0.000 0.124
#> GSM282925 1 0.0237 0.9378 0.996 0.000 0.004
#> GSM282935 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282938 2 0.0592 0.9255 0.000 0.988 0.012
#> GSM282940 3 0.0592 0.9200 0.000 0.012 0.988
#> GSM282941 2 0.1753 0.9056 0.000 0.952 0.048
#> GSM282943 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282944 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282946 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0424 0.9268 0.000 0.992 0.008
#> GSM282948 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.6267 0.2235 0.000 0.548 0.452
#> GSM282950 3 0.0747 0.9174 0.000 0.016 0.984
#> GSM282951 3 0.1289 0.9062 0.000 0.032 0.968
#> GSM282952 3 0.0237 0.9238 0.000 0.004 0.996
#> GSM282953 3 0.0237 0.9238 0.000 0.004 0.996
#> GSM282955 3 0.6280 0.0595 0.000 0.460 0.540
#> GSM282956 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282959 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.2165 0.8948 0.000 0.936 0.064
#> GSM282974 2 0.0237 0.9277 0.000 0.996 0.004
#> GSM283016 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0592 0.9338 0.988 0.012 0.000
#> GSM283043 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0747 0.9241 0.000 0.984 0.016
#> GSM282960 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282962 3 0.1753 0.8949 0.000 0.048 0.952
#> GSM282963 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282977 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282978 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282987 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282988 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282989 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282990 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282991 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282992 3 0.2625 0.8682 0.000 0.084 0.916
#> GSM282993 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282995 3 0.3816 0.7897 0.000 0.148 0.852
#> GSM283020 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0237 0.9277 0.000 0.996 0.004
#> GSM282939 3 0.0237 0.9238 0.000 0.004 0.996
#> GSM282981 3 0.6470 0.7321 0.092 0.148 0.760
#> GSM282983 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 3 0.6244 0.2467 0.000 0.440 0.560
#> GSM283000 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283002 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0424 0.9219 0.008 0.000 0.992
#> GSM283004 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 1 0.0237 0.9381 0.996 0.000 0.004
#> GSM283006 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.5804 0.7806 0.088 0.112 0.800
#> GSM283008 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283009 1 0.1753 0.9089 0.952 0.000 0.048
#> GSM283010 2 0.0237 0.9262 0.004 0.996 0.000
#> GSM283011 1 0.1529 0.9153 0.960 0.000 0.040
#> GSM283022 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283034 2 0.6332 0.7399 0.144 0.768 0.088
#> GSM283049 1 0.3192 0.8533 0.888 0.000 0.112
#> GSM283051 1 0.0237 0.9377 0.996 0.004 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 2 0.0237 0.9262 0.004 0.996 0.000
#> GSM282936 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0747 0.9313 0.984 0.016 0.000
#> GSM282942 2 0.6291 0.1299 0.000 0.532 0.468
#> GSM282945 3 0.3551 0.8207 0.000 0.132 0.868
#> GSM282954 2 0.2356 0.8882 0.000 0.928 0.072
#> GSM282961 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282967 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282970 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.1031 0.9204 0.000 0.976 0.024
#> GSM282996 1 0.0747 0.9313 0.984 0.016 0.000
#> GSM282999 1 0.0592 0.9337 0.988 0.012 0.000
#> GSM283014 1 0.0424 0.9361 0.992 0.008 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.5216 0.6253 0.740 0.260 0.000
#> GSM283033 1 0.7306 0.4294 0.616 0.044 0.340
#> GSM283035 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 3 0.5740 0.7812 0.100 0.096 0.804
#> GSM283038 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 3 0.0747 0.9180 0.000 0.016 0.984
#> GSM282932 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.1163 0.9224 0.972 0.028 0.000
#> GSM282976 3 0.0000 0.9252 0.000 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.1411 0.9139 0.000 0.964 0.036
#> GSM282998 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.3879 0.7973 0.152 0.000 0.848
#> GSM283018 3 0.6274 0.2012 0.000 0.456 0.544
#> GSM283025 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 3 0.6026 0.4011 0.376 0.000 0.624
#> GSM283037 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.6111 0.3482 0.396 0.000 0.604
#> GSM283045 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 2 0.4654 0.7065 0.208 0.792 0.000
#> GSM283052 1 0.5948 0.4251 0.640 0.360 0.000
#> GSM283054 2 0.0000 0.9282 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM282982 1 0.5968 0.4288 0.636 0.000 0.364
#> GSM282984 1 0.6252 0.1983 0.556 0.000 0.444
#> GSM282986 2 0.0237 0.9262 0.004 0.996 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0237 0.9277 0.000 0.996 0.004
#> GSM283031 1 0.6180 0.2878 0.584 0.000 0.416
#> GSM283039 1 0.0000 0.9398 1.000 0.000 0.000
#> GSM283044 3 0.5882 0.4862 0.000 0.348 0.652
#> GSM283047 2 0.6062 0.3430 0.000 0.616 0.384
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.4621 0.59346 0.000 0.708 0.008 0.284
#> GSM282856 2 0.5944 0.58550 0.000 0.684 0.104 0.212
#> GSM282857 2 0.4745 0.61891 0.000 0.756 0.036 0.208
#> GSM282858 4 0.5453 0.06273 0.000 0.388 0.020 0.592
#> GSM282859 4 0.1624 0.67493 0.000 0.028 0.020 0.952
#> GSM282860 4 0.0657 0.68610 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM282861 4 0.8370 0.32408 0.220 0.132 0.100 0.548
#> GSM282862 4 0.3037 0.62640 0.000 0.100 0.020 0.880
#> GSM282863 2 0.5361 0.60538 0.000 0.716 0.060 0.224
#> GSM282864 4 0.6808 0.14000 0.000 0.300 0.128 0.572
#> GSM282865 2 0.6641 0.52403 0.000 0.600 0.124 0.276
#> GSM282866 2 0.6673 0.54958 0.000 0.608 0.140 0.252
#> GSM282867 2 0.6851 0.35729 0.000 0.496 0.104 0.400
#> GSM282868 4 0.4581 0.59001 0.000 0.080 0.120 0.800
#> GSM282869 3 0.6667 0.09745 0.412 0.032 0.524 0.032
#> GSM282870 4 0.5307 0.55442 0.076 0.000 0.188 0.736
#> GSM282871 2 0.7286 0.37709 0.000 0.480 0.156 0.364
#> GSM282872 3 0.4833 0.44273 0.000 0.032 0.740 0.228
#> GSM282904 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3710 0.63277 0.000 0.804 0.004 0.192
#> GSM282913 4 0.3649 0.69991 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM282915 2 0.4054 0.63090 0.000 0.796 0.016 0.188
#> GSM282921 4 0.6708 0.52504 0.128 0.000 0.280 0.592
#> GSM282927 1 0.4663 0.60818 0.716 0.012 0.272 0.000
#> GSM282873 2 0.5110 0.46976 0.132 0.764 0.104 0.000
#> GSM282874 4 0.3528 0.70160 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM282875 4 0.3610 0.70072 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM282905 4 0.3837 0.69673 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM282914 1 0.3649 0.66308 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM282918 3 0.7415 0.46549 0.216 0.272 0.512 0.000
#> GSM282876 2 0.5026 0.30291 0.312 0.672 0.016 0.000
#> GSM282877 2 0.1489 0.64412 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM282878 4 0.6634 0.46628 0.000 0.312 0.108 0.580
#> GSM282879 2 0.5112 0.20806 0.000 0.608 0.008 0.384
#> GSM282880 4 0.3982 0.47848 0.000 0.220 0.004 0.776
#> GSM282881 2 0.4452 0.39447 0.260 0.732 0.008 0.000
#> GSM282882 1 0.0524 0.74723 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM282883 2 0.1022 0.64307 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282884 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0524 0.63456 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM282886 2 0.0336 0.63310 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282887 1 0.4990 0.26634 0.640 0.352 0.008 0.000
#> GSM282888 2 0.5406 0.18904 0.380 0.604 0.008 0.008
#> GSM282889 2 0.4632 0.57344 0.000 0.688 0.004 0.308
#> GSM282890 1 0.4136 0.48461 0.788 0.196 0.016 0.000
#> GSM282902 4 0.3160 0.68851 0.000 0.020 0.108 0.872
#> GSM282903 2 0.3726 0.45673 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM282907 2 0.4250 0.34938 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM282909 2 0.0921 0.62326 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282912 2 0.0469 0.63747 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282920 3 0.4925 0.04973 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM282924 3 0.7581 -0.19974 0.000 0.360 0.440 0.200
#> GSM282891 1 0.1867 0.73620 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM282892 1 0.8650 -0.04666 0.420 0.340 0.052 0.188
#> GSM282893 2 0.4072 0.37420 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM282894 1 0.4584 0.52326 0.696 0.004 0.300 0.000
#> GSM282895 2 0.3726 0.46027 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM282896 2 0.2861 0.59583 0.000 0.888 0.096 0.016
#> GSM282897 2 0.3444 0.49378 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM282898 2 0.3982 0.43648 0.004 0.776 0.220 0.000
#> GSM282899 1 0.6611 -0.12913 0.460 0.080 0.460 0.000
#> GSM282900 3 0.8259 0.06964 0.176 0.040 0.488 0.296
#> GSM282901 3 0.6170 0.53023 0.068 0.332 0.600 0.000
#> GSM282906 2 0.5105 -0.09313 0.004 0.564 0.432 0.000
#> GSM282908 1 0.3569 0.66759 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM282911 2 0.2921 0.54673 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM282916 3 0.7446 0.49259 0.180 0.248 0.560 0.012
#> GSM282919 2 0.4961 -0.09943 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM282923 3 0.7282 0.51799 0.164 0.336 0.500 0.000
#> GSM282917 2 0.7410 0.37203 0.000 0.488 0.328 0.184
#> GSM282922 1 0.7803 0.07443 0.404 0.000 0.340 0.256
#> GSM282926 3 0.7083 0.45306 0.096 0.096 0.676 0.132
#> GSM282925 1 0.5364 0.47349 0.652 0.000 0.320 0.028
#> GSM282935 4 0.4331 0.67815 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM282938 4 0.5927 0.58509 0.000 0.076 0.264 0.660
#> GSM282940 2 0.4905 0.50744 0.000 0.632 0.004 0.364
#> GSM282941 4 0.4019 0.50906 0.000 0.196 0.012 0.792
#> GSM282943 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.5168 0.60350 0.000 0.712 0.040 0.248
#> GSM282946 2 0.1007 0.63497 0.008 0.976 0.008 0.008
#> GSM282947 4 0.5188 0.55545 0.000 0.096 0.148 0.756
#> GSM282948 2 0.6465 0.56594 0.000 0.636 0.136 0.228
#> GSM282949 4 0.7589 -0.29525 0.000 0.396 0.196 0.408
#> GSM282950 2 0.7706 0.41010 0.000 0.448 0.300 0.252
#> GSM282951 2 0.6377 0.55220 0.000 0.632 0.112 0.256
#> GSM282952 2 0.6273 0.56165 0.000 0.644 0.108 0.248
#> GSM282953 2 0.6769 0.55041 0.000 0.608 0.172 0.220
#> GSM282955 2 0.6991 0.44421 0.000 0.540 0.136 0.324
#> GSM282956 1 0.4250 0.58263 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM282959 2 0.4372 0.60812 0.000 0.728 0.004 0.268
#> GSM282966 4 0.3479 0.63069 0.000 0.012 0.148 0.840
#> GSM282968 4 0.6979 -0.11643 0.000 0.376 0.120 0.504
#> GSM282974 4 0.2408 0.70852 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM283016 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 3 0.4999 -0.02732 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM283041 1 0.1211 0.74720 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM283043 2 0.6683 0.54994 0.000 0.620 0.176 0.204
#> GSM282957 4 0.3649 0.69991 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM282958 4 0.3444 0.70216 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM282960 2 0.4194 0.62272 0.000 0.764 0.008 0.228
#> GSM282971 4 0.3610 0.70072 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM283015 1 0.5000 0.03320 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM282962 2 0.6265 0.17342 0.000 0.500 0.056 0.444
#> GSM282963 2 0.0376 0.63881 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM282977 2 0.0524 0.63980 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM282978 2 0.0336 0.63310 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282987 2 0.1452 0.64076 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM282988 2 0.0336 0.63310 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282989 2 0.3945 0.62220 0.000 0.780 0.004 0.216
#> GSM282990 2 0.0336 0.63310 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282991 2 0.3448 0.63906 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM282992 2 0.5070 0.27361 0.000 0.620 0.008 0.372
#> GSM282993 4 0.3649 0.69991 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM282994 2 0.0927 0.63853 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM282995 4 0.5659 0.20093 0.000 0.368 0.032 0.600
#> GSM283020 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 3 0.5165 -0.00733 0.484 0.004 0.512 0.000
#> GSM282931 4 0.4331 0.67960 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM282939 2 0.4372 0.59031 0.000 0.728 0.004 0.268
#> GSM282981 3 0.5050 0.40400 0.004 0.408 0.588 0.000
#> GSM282983 2 0.3942 0.42558 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM282985 2 0.7304 0.04418 0.000 0.492 0.164 0.344
#> GSM283000 2 0.4004 0.50567 0.000 0.812 0.164 0.024
#> GSM283001 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 2 0.2814 0.55140 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM283003 2 0.4866 0.01457 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM283004 2 0.0592 0.62882 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM283005 3 0.7375 0.30998 0.348 0.172 0.480 0.000
#> GSM283006 3 0.5768 0.07799 0.456 0.028 0.516 0.000
#> GSM283007 2 0.5126 -0.12110 0.004 0.552 0.444 0.000
#> GSM283008 3 0.4790 0.20488 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM283009 1 0.6298 0.39908 0.632 0.100 0.268 0.000
#> GSM283010 4 0.4817 0.62455 0.000 0.000 0.388 0.612
#> GSM283011 3 0.7587 0.45885 0.232 0.292 0.476 0.000
#> GSM283022 3 0.6828 0.52058 0.148 0.264 0.588 0.000
#> GSM283034 3 0.4240 0.46592 0.004 0.012 0.784 0.200
#> GSM283049 3 0.5926 0.54825 0.060 0.308 0.632 0.000
#> GSM283051 1 0.4428 0.61164 0.720 0.000 0.276 0.004
#> GSM282929 4 0.3024 0.70668 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM282933 4 0.4790 0.64233 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM282936 4 0.4331 0.67781 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM282937 1 0.1792 0.73898 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM282942 4 0.6171 0.14674 0.000 0.348 0.064 0.588
#> GSM282945 2 0.6378 0.56009 0.000 0.628 0.108 0.264
#> GSM282954 4 0.7863 -0.16482 0.000 0.276 0.344 0.380
#> GSM282961 2 0.0592 0.63346 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282964 4 0.3764 0.69766 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM282965 2 0.6215 0.57605 0.000 0.664 0.128 0.208
#> GSM282967 2 0.7568 0.44571 0.004 0.508 0.280 0.208
#> GSM282969 4 0.3791 0.70147 0.004 0.000 0.200 0.796
#> GSM282970 4 0.4331 0.68856 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM282972 4 0.1118 0.69750 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM282973 2 0.0188 0.63771 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282975 4 0.2197 0.65119 0.000 0.080 0.004 0.916
#> GSM282996 1 0.0336 0.75085 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282999 1 0.5901 0.31440 0.532 0.000 0.432 0.036
#> GSM283014 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.4948 0.08602 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM283026 4 0.5060 0.60294 0.016 0.004 0.288 0.692
#> GSM283029 1 0.3172 0.69225 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM283030 3 0.5836 0.32579 0.188 0.000 0.700 0.112
#> GSM283033 3 0.5047 0.46017 0.004 0.040 0.744 0.212
#> GSM283035 4 0.4888 0.63927 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM283036 2 0.7898 0.28459 0.020 0.452 0.372 0.156
#> GSM283038 4 0.5070 0.54991 0.000 0.008 0.372 0.620
#> GSM283046 3 0.4103 0.35843 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM283050 1 0.3486 0.67737 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM283053 4 0.4897 0.59229 0.000 0.008 0.332 0.660
#> GSM283055 1 0.0707 0.74706 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM283056 4 0.4304 0.66841 0.000 0.000 0.284 0.716
#> GSM282928 4 0.0672 0.68538 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM282930 2 0.5040 0.50591 0.000 0.628 0.008 0.364
#> GSM282932 2 0.4304 0.33456 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM282934 1 0.5227 0.59341 0.704 0.000 0.256 0.040
#> GSM282976 2 0.0336 0.63310 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282979 4 0.6490 0.63737 0.000 0.156 0.204 0.640
#> GSM282998 4 0.4543 0.66509 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM283013 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.5697 0.19186 0.024 0.488 0.488 0.000
#> GSM283018 3 0.7277 0.27472 0.000 0.360 0.484 0.156
#> GSM283025 4 0.4431 0.67433 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM283028 4 0.4790 0.64951 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM283032 3 0.6059 0.47338 0.052 0.328 0.616 0.004
#> GSM283037 4 0.4632 0.62526 0.000 0.004 0.308 0.688
#> GSM283040 1 0.2611 0.70667 0.896 0.008 0.096 0.000
#> GSM283042 2 0.7558 0.00521 0.424 0.452 0.096 0.028
#> GSM283045 4 0.4643 0.65835 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM283048 3 0.7205 0.03656 0.168 0.000 0.528 0.304
#> GSM283052 3 0.3862 0.43707 0.152 0.000 0.824 0.024
#> GSM283054 4 0.4228 0.69374 0.008 0.000 0.232 0.760
#> GSM282980 1 0.3942 0.63685 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM282982 2 0.6366 -0.23557 0.064 0.512 0.424 0.000
#> GSM282984 3 0.6609 0.35974 0.080 0.448 0.472 0.000
#> GSM282986 4 0.4746 0.64253 0.000 0.000 0.368 0.632
#> GSM282997 1 0.0000 0.75207 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0188 0.75229 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM283027 4 0.4872 0.61042 0.000 0.004 0.356 0.640
#> GSM283031 3 0.5913 0.50241 0.048 0.352 0.600 0.000
#> GSM283039 3 0.5907 0.43560 0.228 0.092 0.680 0.000
#> GSM283044 3 0.6452 0.38168 0.000 0.268 0.620 0.112
#> GSM283047 3 0.5558 0.48137 0.000 0.208 0.712 0.080
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.2067 0.74474 0.000 0.920 0.048 0.032 0.000
#> GSM282856 2 0.1341 0.74111 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM282857 2 0.1251 0.74747 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008
#> GSM282858 2 0.2067 0.74616 0.000 0.920 0.032 0.048 0.000
#> GSM282859 2 0.2798 0.71971 0.000 0.852 0.008 0.140 0.000
#> GSM282860 2 0.4840 0.57246 0.000 0.688 0.000 0.248 0.064
#> GSM282861 2 0.2286 0.72425 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM282862 2 0.1571 0.74782 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> GSM282863 2 0.0579 0.74816 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM282864 2 0.2127 0.72348 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM282865 2 0.1965 0.72815 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM282866 2 0.2338 0.72231 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112
#> GSM282867 2 0.1831 0.73562 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> GSM282868 2 0.2127 0.72348 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM282869 5 0.6899 0.00141 0.324 0.200 0.016 0.000 0.460
#> GSM282870 2 0.5876 0.26209 0.084 0.544 0.000 0.008 0.364
#> GSM282871 2 0.2806 0.69488 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> GSM282872 5 0.3758 0.58066 0.000 0.084 0.020 0.060 0.836
#> GSM282904 1 0.0290 0.77580 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3521 0.70666 0.000 0.820 0.140 0.040 0.000
#> GSM282913 4 0.0865 0.81143 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM282915 2 0.1877 0.74191 0.000 0.924 0.064 0.000 0.012
#> GSM282921 5 0.5408 0.54901 0.056 0.200 0.000 0.044 0.700
#> GSM282927 1 0.5815 0.30173 0.508 0.096 0.000 0.000 0.396
#> GSM282873 3 0.3016 0.71447 0.020 0.024 0.892 0.044 0.020
#> GSM282874 4 0.1329 0.80921 0.000 0.032 0.004 0.956 0.008
#> GSM282875 4 0.0992 0.81061 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM282905 4 0.0290 0.81069 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM282914 1 0.3875 0.74853 0.804 0.000 0.072 0.000 0.124
#> GSM282918 3 0.2951 0.68952 0.028 0.000 0.860 0.000 0.112
#> GSM282876 3 0.5045 0.60520 0.172 0.112 0.712 0.000 0.004
#> GSM282877 2 0.3048 0.68841 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> GSM282878 4 0.5853 0.09356 0.000 0.412 0.084 0.500 0.004
#> GSM282879 3 0.6554 0.09833 0.000 0.172 0.428 0.396 0.004
#> GSM282880 2 0.2238 0.74407 0.000 0.912 0.020 0.064 0.004
#> GSM282881 3 0.6097 0.47711 0.264 0.156 0.576 0.000 0.004
#> GSM282882 1 0.0162 0.77224 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282883 2 0.3231 0.67553 0.000 0.800 0.196 0.000 0.004
#> GSM282884 1 0.0451 0.76885 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM282885 3 0.4347 0.39295 0.000 0.356 0.636 0.004 0.004
#> GSM282886 3 0.3048 0.65290 0.000 0.176 0.820 0.000 0.004
#> GSM282887 1 0.2227 0.72756 0.916 0.032 0.048 0.000 0.004
#> GSM282888 3 0.6320 0.25990 0.400 0.136 0.460 0.000 0.004
#> GSM282889 2 0.2983 0.72645 0.000 0.868 0.096 0.032 0.004
#> GSM282890 1 0.1704 0.73953 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> GSM282902 4 0.4836 0.36538 0.000 0.336 0.000 0.628 0.036
#> GSM282903 3 0.2189 0.72170 0.000 0.012 0.904 0.000 0.084
#> GSM282907 3 0.1197 0.72474 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM282909 3 0.1857 0.71492 0.004 0.060 0.928 0.000 0.008
#> GSM282912 3 0.2605 0.66908 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM282920 1 0.6528 0.39097 0.444 0.000 0.136 0.012 0.408
#> GSM282924 5 0.4420 0.22575 0.000 0.448 0.004 0.000 0.548
#> GSM282891 1 0.2659 0.77186 0.888 0.000 0.060 0.000 0.052
#> GSM282892 3 0.6736 0.37854 0.108 0.032 0.564 0.284 0.012
#> GSM282893 3 0.0898 0.72988 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> GSM282894 1 0.5759 0.60778 0.616 0.000 0.160 0.000 0.224
#> GSM282895 3 0.1124 0.73002 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM282896 3 0.3401 0.70710 0.000 0.096 0.840 0.000 0.064
#> GSM282897 3 0.0693 0.72870 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM282898 3 0.0404 0.72896 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282899 5 0.6979 -0.29597 0.372 0.012 0.224 0.000 0.392
#> GSM282900 5 0.6316 0.22104 0.008 0.000 0.136 0.336 0.520
#> GSM282901 3 0.3554 0.62995 0.004 0.000 0.776 0.004 0.216
#> GSM282906 3 0.2020 0.70995 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM282908 1 0.4468 0.69663 0.716 0.000 0.044 0.000 0.240
#> GSM282911 3 0.0693 0.72830 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM282916 3 0.4449 0.65603 0.032 0.000 0.792 0.064 0.112
#> GSM282919 3 0.3209 0.65335 0.000 0.000 0.812 0.008 0.180
#> GSM282923 3 0.4375 0.27688 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> GSM282917 5 0.4861 0.28241 0.000 0.428 0.024 0.000 0.548
#> GSM282922 4 0.5817 0.60922 0.140 0.004 0.052 0.700 0.104
#> GSM282926 5 0.4392 0.35536 0.000 0.380 0.008 0.000 0.612
#> GSM282925 5 0.7040 0.36755 0.248 0.312 0.008 0.004 0.428
#> GSM282935 4 0.1205 0.81371 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> GSM282938 5 0.6202 0.18464 0.000 0.424 0.016 0.088 0.472
#> GSM282940 2 0.3924 0.70123 0.000 0.808 0.068 0.120 0.004
#> GSM282941 2 0.2006 0.74363 0.000 0.916 0.012 0.072 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.77300 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0510 0.74800 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282946 3 0.6253 0.28327 0.136 0.356 0.504 0.000 0.004
#> GSM282947 2 0.5198 0.57902 0.000 0.688 0.000 0.164 0.148
#> GSM282948 2 0.2674 0.70754 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140
#> GSM282949 2 0.2770 0.71502 0.000 0.864 0.004 0.008 0.124
#> GSM282950 2 0.2929 0.67160 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM282951 2 0.2011 0.73125 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM282952 2 0.1768 0.73767 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> GSM282953 2 0.2516 0.70272 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM282955 2 0.2852 0.67943 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM282956 1 0.3983 0.64897 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> GSM282959 2 0.3173 0.72990 0.000 0.856 0.112 0.016 0.016
#> GSM282966 2 0.3906 0.58043 0.000 0.744 0.000 0.016 0.240
#> GSM282968 2 0.2020 0.72647 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM282974 4 0.2707 0.75097 0.000 0.132 0.000 0.860 0.008
#> GSM283016 1 0.0000 0.77300 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0162 0.77394 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283024 1 0.6536 0.32342 0.412 0.000 0.196 0.000 0.392
#> GSM283041 1 0.1697 0.78048 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> GSM283043 2 0.4030 0.34411 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM282957 4 0.0898 0.81080 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM282958 4 0.1644 0.80496 0.000 0.048 0.004 0.940 0.008
#> GSM282960 2 0.3863 0.62617 0.000 0.740 0.248 0.000 0.012
#> GSM282971 4 0.0992 0.81061 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM283015 1 0.6949 0.40675 0.448 0.000 0.136 0.036 0.380
#> GSM282962 2 0.4990 0.62899 0.000 0.712 0.096 0.188 0.004
#> GSM282963 2 0.4425 0.17216 0.000 0.544 0.452 0.000 0.004
#> GSM282977 2 0.4450 0.05166 0.000 0.508 0.488 0.000 0.004
#> GSM282978 3 0.3266 0.63981 0.000 0.200 0.796 0.000 0.004
#> GSM282987 2 0.4437 0.13385 0.000 0.532 0.464 0.000 0.004
#> GSM282988 3 0.3231 0.64193 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM282989 2 0.3496 0.71135 0.000 0.832 0.124 0.040 0.004
#> GSM282990 3 0.3814 0.55440 0.000 0.276 0.720 0.000 0.004
#> GSM282991 2 0.3352 0.67627 0.000 0.800 0.192 0.004 0.004
#> GSM282992 2 0.6820 0.15757 0.000 0.416 0.244 0.336 0.004
#> GSM282993 4 0.2136 0.78110 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> GSM282994 2 0.4403 0.22321 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004
#> GSM282995 2 0.3439 0.72618 0.000 0.844 0.060 0.092 0.004
#> GSM283020 1 0.1901 0.78076 0.932 0.000 0.040 0.004 0.024
#> GSM283023 1 0.6680 0.31122 0.428 0.000 0.320 0.000 0.252
#> GSM282931 4 0.1043 0.81053 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM282939 2 0.6046 0.50829 0.000 0.596 0.216 0.184 0.004
#> GSM282981 3 0.4135 0.43160 0.000 0.000 0.656 0.004 0.340
#> GSM282983 3 0.1792 0.71831 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM282985 3 0.6482 0.15704 0.000 0.000 0.492 0.232 0.276
#> GSM283000 3 0.2378 0.72719 0.000 0.012 0.908 0.016 0.064
#> GSM283001 1 0.1356 0.78149 0.956 0.000 0.028 0.004 0.012
#> GSM283002 3 0.1211 0.73034 0.000 0.016 0.960 0.000 0.024
#> GSM283003 3 0.2471 0.69002 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM283004 3 0.2280 0.68516 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM283005 3 0.4591 0.61123 0.120 0.000 0.748 0.000 0.132
#> GSM283006 3 0.6500 0.15464 0.276 0.000 0.488 0.000 0.236
#> GSM283007 3 0.3010 0.66396 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172
#> GSM283008 5 0.5741 0.33221 0.200 0.068 0.044 0.004 0.684
#> GSM283009 1 0.5890 0.53839 0.552 0.008 0.088 0.000 0.352
#> GSM283010 4 0.3130 0.73351 0.000 0.000 0.096 0.856 0.048
#> GSM283011 3 0.2825 0.69401 0.016 0.000 0.860 0.000 0.124
#> GSM283022 3 0.3762 0.59830 0.004 0.000 0.748 0.004 0.244
#> GSM283034 5 0.3400 0.54290 0.000 0.040 0.116 0.004 0.840
#> GSM283049 3 0.4451 0.04453 0.000 0.000 0.504 0.004 0.492
#> GSM283051 1 0.6727 0.50320 0.584 0.000 0.076 0.240 0.100
#> GSM282929 4 0.2777 0.75964 0.000 0.120 0.000 0.864 0.016
#> GSM282933 4 0.3550 0.68736 0.000 0.004 0.000 0.760 0.236
#> GSM282936 4 0.1768 0.81035 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> GSM282937 1 0.2233 0.77322 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> GSM282942 2 0.1682 0.74887 0.000 0.940 0.004 0.012 0.044
#> GSM282945 2 0.3193 0.71644 0.000 0.840 0.028 0.000 0.132
#> GSM282954 2 0.4118 0.41201 0.000 0.660 0.000 0.004 0.336
#> GSM282961 3 0.4181 0.57280 0.000 0.268 0.712 0.000 0.020
#> GSM282964 4 0.1195 0.81490 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> GSM282965 2 0.3086 0.66973 0.000 0.816 0.004 0.000 0.180
#> GSM282967 2 0.4744 -0.01301 0.000 0.508 0.016 0.000 0.476
#> GSM282969 4 0.5212 0.68396 0.084 0.036 0.000 0.732 0.148
#> GSM282970 4 0.2629 0.78758 0.000 0.004 0.000 0.860 0.136
#> GSM282972 2 0.5272 0.30731 0.000 0.552 0.000 0.396 0.052
#> GSM282973 2 0.4538 0.14006 0.000 0.540 0.452 0.000 0.008
#> GSM282975 2 0.3044 0.71599 0.000 0.840 0.008 0.148 0.004
#> GSM282996 1 0.1357 0.77099 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> GSM282999 5 0.4732 0.40734 0.180 0.032 0.012 0.020 0.756
#> GSM283014 1 0.0162 0.77348 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283019 5 0.6149 -0.08659 0.308 0.000 0.140 0.004 0.548
#> GSM283026 5 0.5077 0.22307 0.000 0.428 0.000 0.036 0.536
#> GSM283029 1 0.2886 0.76165 0.844 0.000 0.008 0.000 0.148
#> GSM283030 4 0.5998 0.07516 0.004 0.000 0.096 0.464 0.436
#> GSM283033 5 0.2583 0.57784 0.000 0.132 0.004 0.000 0.864
#> GSM283035 4 0.4383 0.35815 0.000 0.004 0.000 0.572 0.424
#> GSM283036 5 0.5344 0.21149 0.000 0.448 0.052 0.000 0.500
#> GSM283038 5 0.4656 0.54870 0.000 0.180 0.004 0.076 0.740
#> GSM283046 5 0.2173 0.57668 0.012 0.052 0.016 0.000 0.920
#> GSM283050 1 0.2329 0.77001 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM283053 5 0.5474 0.49939 0.000 0.228 0.004 0.112 0.656
#> GSM283055 1 0.3608 0.69037 0.824 0.112 0.000 0.000 0.064
#> GSM283056 4 0.5538 0.42669 0.000 0.088 0.000 0.588 0.324
#> GSM282928 2 0.4078 0.68256 0.000 0.784 0.000 0.148 0.068
#> GSM282930 2 0.2928 0.72819 0.000 0.872 0.092 0.032 0.004
#> GSM282932 3 0.2488 0.70854 0.000 0.004 0.872 0.000 0.124
#> GSM282934 1 0.4348 0.65909 0.668 0.000 0.000 0.016 0.316
#> GSM282976 3 0.3884 0.53374 0.000 0.288 0.708 0.000 0.004
#> GSM282979 4 0.3516 0.71221 0.000 0.108 0.052 0.836 0.004
#> GSM282998 4 0.1831 0.80801 0.000 0.004 0.000 0.920 0.076
#> GSM283013 1 0.0000 0.77300 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 5 0.4016 0.40878 0.000 0.012 0.272 0.000 0.716
#> GSM283018 5 0.6301 0.31228 0.000 0.000 0.308 0.180 0.512
#> GSM283025 4 0.1768 0.80931 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> GSM283028 4 0.3048 0.74721 0.000 0.004 0.000 0.820 0.176
#> GSM283032 5 0.4054 0.47023 0.000 0.028 0.224 0.000 0.748
#> GSM283037 5 0.5975 0.15003 0.000 0.124 0.000 0.344 0.532
#> GSM283040 1 0.5195 0.66000 0.720 0.000 0.144 0.016 0.120
#> GSM283042 1 0.7002 0.13206 0.536 0.108 0.076 0.000 0.280
#> GSM283045 4 0.1952 0.80617 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084
#> GSM283048 5 0.1588 0.57060 0.000 0.016 0.008 0.028 0.948
#> GSM283052 5 0.2619 0.57337 0.004 0.040 0.052 0.004 0.900
#> GSM283054 4 0.3372 0.79187 0.052 0.008 0.000 0.852 0.088
#> GSM282980 1 0.6119 0.57254 0.584 0.000 0.184 0.004 0.228
#> GSM282982 3 0.2074 0.71004 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM282984 3 0.3282 0.66080 0.008 0.000 0.804 0.000 0.188
#> GSM282986 4 0.2280 0.79322 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM282997 1 0.1124 0.78068 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM283012 1 0.2514 0.77312 0.896 0.000 0.060 0.000 0.044
#> GSM283027 5 0.5364 -0.08808 0.000 0.008 0.036 0.460 0.496
#> GSM283031 5 0.4420 0.05939 0.000 0.000 0.448 0.004 0.548
#> GSM283039 5 0.3910 0.42399 0.004 0.000 0.248 0.008 0.740
#> GSM283044 5 0.4696 0.14611 0.000 0.000 0.428 0.016 0.556
#> GSM283047 5 0.5551 0.35439 0.000 0.000 0.304 0.096 0.600
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.3606 0.45255 0.000 0.708 0.004 0.000 0.004 0.284
#> GSM282856 2 0.2909 0.52422 0.000 0.836 0.000 0.000 0.136 0.028
#> GSM282857 2 0.3860 0.48767 0.000 0.756 0.008 0.000 0.036 0.200
#> GSM282858 2 0.4035 0.45725 0.000 0.708 0.004 0.016 0.008 0.264
#> GSM282859 2 0.4688 0.45860 0.000 0.720 0.000 0.104 0.020 0.156
#> GSM282860 2 0.6315 0.27861 0.000 0.532 0.000 0.284 0.100 0.084
#> GSM282861 2 0.4136 0.49902 0.000 0.748 0.000 0.004 0.168 0.080
#> GSM282862 2 0.2999 0.52448 0.000 0.860 0.000 0.032 0.024 0.084
#> GSM282863 2 0.2685 0.52945 0.000 0.868 0.000 0.000 0.060 0.072
#> GSM282864 2 0.5095 0.43564 0.000 0.632 0.000 0.000 0.180 0.188
#> GSM282865 2 0.5095 0.43604 0.000 0.632 0.000 0.000 0.188 0.180
#> GSM282866 2 0.5184 0.36720 0.000 0.584 0.000 0.000 0.120 0.296
#> GSM282867 2 0.4801 0.39955 0.000 0.632 0.000 0.000 0.088 0.280
#> GSM282868 2 0.5066 0.43969 0.000 0.636 0.000 0.000 0.188 0.176
#> GSM282869 5 0.6294 -0.08163 0.044 0.132 0.000 0.000 0.468 0.356
#> GSM282870 5 0.8082 0.03336 0.152 0.196 0.000 0.040 0.364 0.248
#> GSM282871 2 0.5335 0.36727 0.000 0.568 0.000 0.000 0.140 0.292
#> GSM282872 5 0.4880 0.39695 0.000 0.028 0.040 0.192 0.716 0.024
#> GSM282904 1 0.0951 0.75984 0.968 0.000 0.004 0.000 0.020 0.008
#> GSM282910 2 0.3715 0.47263 0.000 0.800 0.052 0.016 0.000 0.132
#> GSM282913 4 0.4979 0.42586 0.004 0.096 0.004 0.652 0.000 0.244
#> GSM282915 2 0.2170 0.51397 0.000 0.908 0.060 0.000 0.016 0.016
#> GSM282921 5 0.6467 0.11383 0.004 0.176 0.008 0.344 0.452 0.016
#> GSM282927 1 0.7051 0.04843 0.388 0.132 0.000 0.012 0.384 0.084
#> GSM282873 6 0.3819 0.44542 0.008 0.008 0.164 0.000 0.036 0.784
#> GSM282874 6 0.2831 0.50459 0.000 0.024 0.000 0.136 0.000 0.840
#> GSM282875 6 0.3050 0.44070 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM282905 6 0.3971 0.06922 0.004 0.000 0.000 0.448 0.000 0.548
#> GSM282914 6 0.6071 -0.00153 0.320 0.000 0.040 0.000 0.120 0.520
#> GSM282918 6 0.5736 0.19021 0.012 0.000 0.352 0.000 0.128 0.508
#> GSM282876 3 0.5966 0.43705 0.192 0.260 0.532 0.000 0.000 0.016
#> GSM282877 2 0.3245 0.45206 0.000 0.796 0.184 0.004 0.000 0.016
#> GSM282878 4 0.6496 0.19202 0.000 0.400 0.084 0.420 0.000 0.096
#> GSM282879 2 0.7597 -0.10002 0.000 0.344 0.248 0.196 0.000 0.212
#> GSM282880 2 0.2568 0.50730 0.000 0.888 0.016 0.060 0.000 0.036
#> GSM282881 3 0.6457 0.26513 0.300 0.304 0.380 0.000 0.000 0.016
#> GSM282882 1 0.0260 0.75321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282883 2 0.3259 0.42865 0.000 0.772 0.216 0.000 0.000 0.012
#> GSM282884 1 0.0260 0.75321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM282885 2 0.4856 -0.24576 0.000 0.472 0.472 0.000 0.000 0.056
#> GSM282886 3 0.3998 0.47325 0.000 0.340 0.644 0.000 0.000 0.016
#> GSM282887 1 0.4305 0.46877 0.712 0.232 0.044 0.000 0.000 0.012
#> GSM282888 2 0.7549 -0.19949 0.312 0.324 0.288 0.044 0.008 0.024
#> GSM282889 2 0.2313 0.51166 0.000 0.904 0.044 0.016 0.000 0.036
#> GSM282890 1 0.3565 0.61849 0.816 0.100 0.072 0.000 0.000 0.012
#> GSM282902 4 0.6189 -0.04839 0.000 0.408 0.004 0.424 0.020 0.144
#> GSM282903 3 0.1967 0.61851 0.000 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> GSM282907 3 0.4195 0.57744 0.000 0.024 0.776 0.004 0.064 0.132
#> GSM282909 3 0.4230 0.61949 0.004 0.108 0.784 0.000 0.040 0.064
#> GSM282912 3 0.4041 0.58622 0.000 0.216 0.736 0.000 0.008 0.040
#> GSM282920 5 0.7839 -0.10135 0.340 0.000 0.148 0.124 0.348 0.040
#> GSM282924 2 0.4844 0.06419 0.000 0.500 0.000 0.012 0.456 0.032
#> GSM282891 1 0.2860 0.73557 0.868 0.000 0.052 0.000 0.068 0.012
#> GSM282892 3 0.7081 0.35007 0.044 0.240 0.440 0.260 0.008 0.008
#> GSM282893 3 0.3121 0.61336 0.000 0.180 0.804 0.000 0.012 0.004
#> GSM282894 1 0.6170 0.40519 0.516 0.000 0.276 0.000 0.180 0.028
#> GSM282895 3 0.3905 0.58066 0.000 0.256 0.716 0.000 0.024 0.004
#> GSM282896 3 0.4617 0.50908 0.000 0.328 0.624 0.000 0.040 0.008
#> GSM282897 3 0.3194 0.61529 0.000 0.168 0.808 0.000 0.020 0.004
#> GSM282898 3 0.1426 0.63105 0.000 0.008 0.948 0.000 0.028 0.016
#> GSM282899 3 0.8867 -0.08957 0.188 0.152 0.288 0.096 0.264 0.012
#> GSM282900 4 0.7321 0.02660 0.000 0.104 0.144 0.444 0.288 0.020
#> GSM282901 3 0.4545 0.52323 0.000 0.008 0.744 0.104 0.132 0.012
#> GSM282906 3 0.3602 0.56571 0.000 0.000 0.792 0.000 0.136 0.072
#> GSM282908 1 0.4609 0.60375 0.648 0.000 0.008 0.000 0.296 0.048
#> GSM282911 3 0.2084 0.63651 0.000 0.044 0.916 0.000 0.016 0.024
#> GSM282916 3 0.3989 0.60274 0.012 0.008 0.816 0.044 0.092 0.028
#> GSM282919 3 0.3468 0.56516 0.000 0.012 0.784 0.008 0.192 0.004
#> GSM282923 3 0.3772 0.49704 0.000 0.004 0.692 0.000 0.296 0.008
#> GSM282917 5 0.4902 -0.04311 0.000 0.452 0.012 0.000 0.500 0.036
#> GSM282922 4 0.8098 0.19811 0.112 0.008 0.148 0.432 0.068 0.232
#> GSM282926 5 0.5232 0.09174 0.008 0.404 0.004 0.016 0.536 0.032
#> GSM282925 5 0.7172 0.12747 0.148 0.388 0.020 0.028 0.392 0.024
#> GSM282935 4 0.3676 0.54480 0.004 0.020 0.000 0.780 0.012 0.184
#> GSM282938 2 0.6821 0.05363 0.000 0.444 0.024 0.060 0.368 0.104
#> GSM282940 2 0.4019 0.45706 0.000 0.796 0.040 0.088 0.000 0.076
#> GSM282941 2 0.3728 0.49685 0.000 0.784 0.000 0.060 0.004 0.152
#> GSM282943 1 0.0000 0.75493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.2911 0.51231 0.000 0.832 0.000 0.000 0.024 0.144
#> GSM282946 2 0.6470 -0.24310 0.204 0.392 0.376 0.000 0.000 0.028
#> GSM282947 6 0.5089 0.19669 0.000 0.280 0.000 0.012 0.084 0.624
#> GSM282948 2 0.5370 0.40792 0.000 0.588 0.000 0.000 0.192 0.220
#> GSM282949 6 0.5217 -0.04586 0.000 0.392 0.000 0.000 0.096 0.512
#> GSM282950 2 0.5647 0.32241 0.000 0.520 0.000 0.000 0.184 0.296
#> GSM282951 2 0.5098 0.30686 0.000 0.556 0.000 0.000 0.092 0.352
#> GSM282952 2 0.4902 0.37203 0.000 0.608 0.000 0.000 0.088 0.304
#> GSM282953 2 0.5364 0.39500 0.000 0.584 0.000 0.000 0.172 0.244
#> GSM282955 2 0.5225 0.42178 0.000 0.612 0.000 0.000 0.184 0.204
#> GSM282956 1 0.4983 0.51868 0.564 0.000 0.000 0.000 0.356 0.080
#> GSM282959 6 0.4852 -0.14202 0.000 0.452 0.056 0.000 0.000 0.492
#> GSM282966 2 0.6587 0.30236 0.000 0.496 0.000 0.076 0.284 0.144
#> GSM282968 2 0.4982 0.44374 0.000 0.648 0.000 0.000 0.176 0.176
#> GSM282974 4 0.3269 0.58956 0.000 0.052 0.000 0.832 0.008 0.108
#> GSM283016 1 0.1088 0.75794 0.960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.024
#> GSM283021 1 0.0405 0.75667 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM283024 5 0.6985 0.03739 0.232 0.000 0.268 0.000 0.424 0.076
#> GSM283041 1 0.3291 0.73448 0.848 0.000 0.000 0.056 0.060 0.036
#> GSM283043 2 0.4833 0.27622 0.000 0.596 0.004 0.020 0.356 0.024
#> GSM282957 6 0.3023 0.43619 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM282958 6 0.2771 0.51155 0.000 0.032 0.000 0.116 0.000 0.852
#> GSM282960 2 0.5648 0.29994 0.000 0.572 0.308 0.016 0.008 0.096
#> GSM282971 6 0.3101 0.43508 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM283015 6 0.6446 0.25260 0.164 0.000 0.108 0.008 0.132 0.588
#> GSM282962 2 0.5910 0.29338 0.000 0.612 0.064 0.196 0.000 0.128
#> GSM282963 2 0.4262 -0.20970 0.000 0.508 0.476 0.000 0.000 0.016
#> GSM282977 3 0.4337 0.24614 0.000 0.480 0.500 0.000 0.000 0.020
#> GSM282978 3 0.4026 0.46497 0.000 0.348 0.636 0.000 0.000 0.016
#> GSM282987 2 0.4405 -0.20393 0.000 0.504 0.472 0.000 0.000 0.024
#> GSM282988 3 0.4306 0.46398 0.000 0.344 0.624 0.000 0.000 0.032
#> GSM282989 2 0.2504 0.50143 0.000 0.880 0.088 0.004 0.000 0.028
#> GSM282990 3 0.4168 0.39204 0.000 0.400 0.584 0.000 0.000 0.016
#> GSM282991 2 0.4284 0.23771 0.000 0.664 0.304 0.004 0.004 0.024
#> GSM282992 2 0.7188 -0.05041 0.000 0.404 0.276 0.216 0.000 0.104
#> GSM282993 4 0.4442 0.53926 0.000 0.144 0.000 0.732 0.008 0.116
#> GSM282994 2 0.4301 0.02457 0.000 0.584 0.392 0.000 0.000 0.024
#> GSM282995 2 0.3201 0.48850 0.000 0.848 0.028 0.036 0.000 0.088
#> GSM283020 1 0.1370 0.75899 0.948 0.000 0.004 0.000 0.036 0.012
#> GSM283023 3 0.7410 -0.09810 0.252 0.000 0.336 0.000 0.292 0.120
#> GSM282931 4 0.1124 0.65816 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM282939 2 0.6376 0.28742 0.000 0.572 0.188 0.116 0.000 0.124
#> GSM282981 3 0.4199 0.50837 0.000 0.004 0.712 0.012 0.248 0.024
#> GSM282983 3 0.3790 0.61711 0.000 0.104 0.780 0.000 0.116 0.000
#> GSM282985 3 0.6853 0.12008 0.000 0.068 0.448 0.260 0.224 0.000
#> GSM283000 3 0.3358 0.63772 0.000 0.052 0.848 0.004 0.064 0.032
#> GSM283001 1 0.0603 0.75938 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM283002 3 0.2335 0.63832 0.000 0.044 0.904 0.000 0.028 0.024
#> GSM283003 3 0.2431 0.59761 0.000 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008
#> GSM283004 3 0.3679 0.59185 0.000 0.200 0.760 0.000 0.000 0.040
#> GSM283005 3 0.3798 0.56755 0.076 0.000 0.796 0.000 0.116 0.012
#> GSM283006 3 0.5747 0.37623 0.132 0.000 0.616 0.000 0.208 0.044
#> GSM283007 3 0.4424 0.51243 0.000 0.004 0.708 0.004 0.224 0.060
#> GSM283008 5 0.6510 0.33517 0.192 0.052 0.068 0.064 0.616 0.008
#> GSM283009 1 0.7258 0.28370 0.436 0.064 0.224 0.008 0.260 0.008
#> GSM283010 4 0.5388 0.42028 0.004 0.000 0.140 0.624 0.008 0.224
#> GSM283011 3 0.2959 0.59067 0.008 0.000 0.844 0.000 0.124 0.024
#> GSM283022 3 0.4026 0.49389 0.000 0.000 0.712 0.004 0.252 0.032
#> GSM283034 5 0.4609 0.46006 0.000 0.008 0.124 0.088 0.752 0.028
#> GSM283049 3 0.4315 0.38214 0.000 0.000 0.624 0.004 0.348 0.024
#> GSM283051 1 0.7824 0.27224 0.428 0.000 0.116 0.276 0.088 0.092
#> GSM282929 4 0.4463 0.53134 0.000 0.060 0.000 0.752 0.044 0.144
#> GSM282933 4 0.2362 0.61872 0.000 0.004 0.000 0.860 0.136 0.000
#> GSM282936 4 0.0837 0.66037 0.000 0.004 0.000 0.972 0.004 0.020
#> GSM282937 1 0.2905 0.71566 0.856 0.000 0.000 0.092 0.048 0.004
#> GSM282942 2 0.2688 0.53133 0.000 0.868 0.000 0.000 0.064 0.068
#> GSM282945 2 0.5962 0.30011 0.000 0.600 0.032 0.152 0.208 0.008
#> GSM282954 2 0.5708 0.33918 0.000 0.520 0.000 0.000 0.216 0.264
#> GSM282961 6 0.6472 0.18234 0.000 0.188 0.380 0.004 0.024 0.404
#> GSM282964 4 0.0653 0.66654 0.000 0.004 0.000 0.980 0.012 0.004
#> GSM282965 2 0.4118 0.38612 0.000 0.660 0.000 0.000 0.312 0.028
#> GSM282967 5 0.5674 0.03627 0.000 0.320 0.004 0.000 0.520 0.156
#> GSM282969 4 0.6284 0.43684 0.124 0.012 0.000 0.616 0.108 0.140
#> GSM282970 4 0.1391 0.66606 0.000 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> GSM282972 6 0.6983 0.11449 0.000 0.256 0.000 0.332 0.060 0.352
#> GSM282973 2 0.6332 -0.04558 0.000 0.392 0.200 0.000 0.020 0.388
#> GSM282975 2 0.5701 0.21314 0.000 0.496 0.000 0.132 0.008 0.364
#> GSM282996 1 0.2065 0.74394 0.912 0.000 0.000 0.052 0.032 0.004
#> GSM282999 5 0.6402 0.32259 0.212 0.008 0.024 0.200 0.548 0.008
#> GSM283014 1 0.0291 0.75643 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM283019 5 0.7636 0.20116 0.216 0.000 0.180 0.116 0.452 0.036
#> GSM283026 5 0.6315 0.25335 0.004 0.300 0.000 0.228 0.456 0.012
#> GSM283029 1 0.3858 0.70191 0.776 0.000 0.004 0.004 0.164 0.052
#> GSM283030 5 0.7307 0.20835 0.008 0.000 0.164 0.280 0.428 0.120
#> GSM283033 5 0.3324 0.41345 0.000 0.112 0.000 0.004 0.824 0.060
#> GSM283035 4 0.3601 0.43064 0.000 0.004 0.000 0.684 0.312 0.000
#> GSM283036 5 0.7639 0.17410 0.008 0.328 0.148 0.008 0.368 0.140
#> GSM283038 5 0.5700 0.21542 0.000 0.116 0.012 0.324 0.544 0.004
#> GSM283046 5 0.3767 0.42570 0.000 0.012 0.040 0.152 0.792 0.004
#> GSM283050 1 0.2605 0.74255 0.864 0.000 0.000 0.000 0.108 0.028
#> GSM283053 5 0.5595 0.14276 0.000 0.132 0.000 0.360 0.504 0.004
#> GSM283055 1 0.3360 0.68864 0.836 0.072 0.000 0.008 0.080 0.004
#> GSM283056 4 0.4177 0.41196 0.000 0.020 0.000 0.668 0.304 0.008
#> GSM282928 2 0.5701 0.33278 0.000 0.588 0.000 0.272 0.104 0.036
#> GSM282930 2 0.3106 0.49911 0.000 0.864 0.064 0.044 0.008 0.020
#> GSM282932 3 0.4678 0.53384 0.000 0.028 0.720 0.000 0.176 0.076
#> GSM282934 1 0.5524 0.54710 0.616 0.000 0.000 0.104 0.248 0.032
#> GSM282976 3 0.4084 0.39406 0.000 0.400 0.588 0.000 0.000 0.012
#> GSM282979 4 0.5839 0.37432 0.000 0.264 0.040 0.580 0.000 0.116
#> GSM282998 4 0.0632 0.66852 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM283013 1 0.0891 0.75963 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM283017 5 0.4641 0.13214 0.000 0.012 0.372 0.004 0.592 0.020
#> GSM283018 3 0.6539 -0.02725 0.000 0.004 0.420 0.212 0.340 0.024
#> GSM283025 4 0.0909 0.66826 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM283028 4 0.2553 0.61129 0.000 0.000 0.000 0.848 0.144 0.008
#> GSM283032 5 0.6527 0.19264 0.008 0.016 0.236 0.000 0.436 0.304
#> GSM283037 4 0.5367 0.08191 0.000 0.084 0.000 0.484 0.424 0.008
#> GSM283040 1 0.6809 0.37896 0.524 0.000 0.248 0.016 0.080 0.132
#> GSM283042 1 0.8241 -0.15590 0.320 0.196 0.184 0.024 0.268 0.008
#> GSM283045 4 0.1124 0.66854 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> GSM283048 5 0.4844 0.39081 0.008 0.024 0.032 0.204 0.716 0.016
#> GSM283052 5 0.4703 0.41101 0.000 0.020 0.088 0.180 0.712 0.000
#> GSM283054 4 0.2567 0.63789 0.012 0.008 0.000 0.876 0.100 0.004
#> GSM282980 1 0.6870 0.33523 0.480 0.000 0.304 0.028 0.144 0.044
#> GSM282982 3 0.2457 0.60710 0.000 0.000 0.880 0.000 0.084 0.036
#> GSM282984 3 0.3413 0.62653 0.000 0.052 0.824 0.000 0.112 0.012
#> GSM282986 4 0.1693 0.66409 0.004 0.000 0.000 0.932 0.044 0.020
#> GSM282997 1 0.0820 0.76034 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM283012 1 0.2468 0.74139 0.888 0.000 0.048 0.000 0.060 0.004
#> GSM283027 4 0.5295 0.16898 0.000 0.036 0.040 0.540 0.384 0.000
#> GSM283031 3 0.4731 0.22685 0.000 0.000 0.532 0.008 0.428 0.032
#> GSM283039 5 0.5772 0.21264 0.008 0.000 0.304 0.028 0.572 0.088
#> GSM283044 5 0.6359 0.07174 0.000 0.032 0.400 0.164 0.404 0.000
#> GSM283047 5 0.7077 0.09348 0.000 0.008 0.364 0.152 0.392 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> MAD:NMF 189 0.90061 9.37e-02 1.87e-03 2
#> MAD:NMF 185 0.34704 9.36e-04 1.33e-04 3
#> MAD:NMF 125 0.54959 1.28e-03 1.96e-05 4
#> MAD:NMF 146 0.06445 9.07e-05 9.95e-10 5
#> MAD:NMF 75 0.00206 4.12e-04 2.56e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.907 0.956 0.976 0.294 0.732 0.732
#> 3 3 0.624 0.870 0.912 0.968 0.658 0.533
#> 4 4 0.612 0.860 0.918 0.069 0.988 0.968
#> 5 5 0.700 0.765 0.874 0.128 0.924 0.802
#> 6 6 0.702 0.708 0.820 0.024 0.989 0.965
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.3584 0.928 0.068 0.932
#> GSM282870 2 0.1633 0.960 0.024 0.976
#> GSM282871 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282904 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282921 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282927 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282873 2 0.3879 0.921 0.076 0.924
#> GSM282874 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282918 2 0.4690 0.901 0.100 0.900
#> GSM282876 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> GSM282877 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282881 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> GSM282882 2 0.9522 0.480 0.372 0.628
#> GSM282883 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282884 2 0.8955 0.607 0.312 0.688
#> GSM282885 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282887 2 0.6148 0.849 0.152 0.848
#> GSM282888 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282890 2 0.8955 0.607 0.312 0.688
#> GSM282902 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282907 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282909 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282912 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM282924 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282893 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282894 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM282895 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282897 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> GSM282899 2 0.4431 0.908 0.092 0.908
#> GSM282900 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282901 2 0.4431 0.908 0.092 0.908
#> GSM282906 2 0.0938 0.968 0.012 0.988
#> GSM282908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282916 2 0.3431 0.931 0.064 0.936
#> GSM282919 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.6247 0.844 0.156 0.844
#> GSM282917 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282922 2 0.6247 0.844 0.156 0.844
#> GSM282926 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282925 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM282935 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282938 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282943 2 0.3431 0.931 0.064 0.936
#> GSM282944 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282956 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM282962 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.3431 0.931 0.064 0.936
#> GSM282983 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0672 0.993 0.992 0.008
#> GSM283002 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283004 2 0.0938 0.967 0.012 0.988
#> GSM283005 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM283006 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM283007 2 0.3274 0.934 0.060 0.940
#> GSM283008 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> GSM283009 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> GSM283010 2 0.5408 0.878 0.124 0.876
#> GSM283011 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM283022 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM283034 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283049 2 0.6247 0.844 0.156 0.844
#> GSM283051 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282933 2 0.5946 0.858 0.144 0.856
#> GSM282936 2 0.4562 0.904 0.096 0.904
#> GSM282937 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.1184 0.965 0.016 0.984
#> GSM282964 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282969 2 0.4562 0.904 0.096 0.904
#> GSM282970 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM282975 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282999 2 0.5946 0.858 0.144 0.856
#> GSM283014 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0376 0.997 0.996 0.004
#> GSM283026 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283030 2 0.5519 0.874 0.128 0.872
#> GSM283033 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283035 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283036 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283038 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283046 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283050 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283055 2 0.5519 0.874 0.128 0.872
#> GSM283056 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.5946 0.858 0.144 0.856
#> GSM282934 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.5519 0.874 0.128 0.872
#> GSM283018 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283025 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283042 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283045 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283048 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283052 2 0.0672 0.970 0.008 0.992
#> GSM283054 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM282980 2 0.9522 0.480 0.372 0.628
#> GSM282982 2 0.5519 0.874 0.128 0.872
#> GSM282984 2 0.5519 0.874 0.128 0.872
#> GSM282986 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.0376 0.971 0.004 0.996
#> GSM283039 2 0.5519 0.874 0.128 0.872
#> GSM283044 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.973 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 3 0.2537 0.832 0.000 0.080 0.920
#> GSM282870 3 0.3879 0.846 0.000 0.152 0.848
#> GSM282871 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 3 0.4931 0.826 0.000 0.232 0.768
#> GSM282904 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM282913 2 0.3879 0.835 0.000 0.848 0.152
#> GSM282915 2 0.3412 0.869 0.000 0.876 0.124
#> GSM282921 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM282927 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM282873 3 0.2356 0.828 0.000 0.072 0.928
#> GSM282874 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282875 2 0.1411 0.929 0.000 0.964 0.036
#> GSM282905 3 0.5529 0.753 0.000 0.296 0.704
#> GSM282914 1 0.3816 0.925 0.852 0.000 0.148
#> GSM282918 3 0.1753 0.815 0.000 0.048 0.952
#> GSM282876 3 0.4235 0.850 0.000 0.176 0.824
#> GSM282877 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 3 0.4235 0.850 0.000 0.176 0.824
#> GSM282882 3 0.4842 0.471 0.224 0.000 0.776
#> GSM282883 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282884 3 0.4062 0.573 0.164 0.000 0.836
#> GSM282885 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.4178 0.801 0.000 0.828 0.172
#> GSM282887 3 0.0237 0.770 0.004 0.000 0.996
#> GSM282888 2 0.5291 0.620 0.000 0.732 0.268
#> GSM282889 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 3 0.4062 0.573 0.164 0.000 0.836
#> GSM282902 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM282903 3 0.5216 0.798 0.000 0.260 0.740
#> GSM282907 3 0.5327 0.785 0.000 0.272 0.728
#> GSM282909 3 0.5327 0.785 0.000 0.272 0.728
#> GSM282912 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM282920 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM282924 2 0.2448 0.908 0.000 0.924 0.076
#> GSM282891 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.5254 0.794 0.000 0.264 0.736
#> GSM282893 3 0.5291 0.789 0.000 0.268 0.732
#> GSM282894 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM282895 2 0.3412 0.869 0.000 0.876 0.124
#> GSM282896 3 0.5291 0.789 0.000 0.268 0.732
#> GSM282897 2 0.3551 0.860 0.000 0.868 0.132
#> GSM282898 3 0.4235 0.850 0.000 0.176 0.824
#> GSM282899 3 0.1964 0.820 0.000 0.056 0.944
#> GSM282900 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM282901 3 0.1964 0.820 0.000 0.056 0.944
#> GSM282906 3 0.4605 0.845 0.000 0.204 0.796
#> GSM282908 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 2 0.5926 0.371 0.000 0.644 0.356
#> GSM282916 3 0.2711 0.834 0.000 0.088 0.912
#> GSM282919 2 0.3412 0.869 0.000 0.876 0.124
#> GSM282923 3 0.0424 0.766 0.008 0.000 0.992
#> GSM282917 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM282922 3 0.0424 0.766 0.008 0.000 0.992
#> GSM282926 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM282925 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM282935 3 0.5497 0.759 0.000 0.292 0.708
#> GSM282938 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM282940 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 3 0.2625 0.833 0.000 0.084 0.916
#> GSM282944 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 2 0.4235 0.796 0.000 0.824 0.176
#> GSM282949 2 0.4235 0.796 0.000 0.824 0.176
#> GSM282950 2 0.4235 0.796 0.000 0.824 0.176
#> GSM282951 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 3 0.6111 0.552 0.000 0.396 0.604
#> GSM282956 1 0.3116 0.932 0.892 0.000 0.108
#> GSM282959 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 2 0.4235 0.796 0.000 0.824 0.176
#> GSM282968 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.3267 0.877 0.000 0.884 0.116
#> GSM282957 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM282962 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.1411 0.929 0.000 0.964 0.036
#> GSM282987 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.5291 0.620 0.000 0.732 0.268
#> GSM282993 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 2 0.1289 0.930 0.000 0.968 0.032
#> GSM282995 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM282939 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.2711 0.834 0.000 0.088 0.912
#> GSM282983 2 0.3340 0.873 0.000 0.880 0.120
#> GSM282985 2 0.2625 0.902 0.000 0.916 0.084
#> GSM283000 2 0.3340 0.873 0.000 0.880 0.120
#> GSM283001 1 0.3941 0.920 0.844 0.000 0.156
#> GSM283002 2 0.4974 0.691 0.000 0.764 0.236
#> GSM283003 3 0.5058 0.815 0.000 0.244 0.756
#> GSM283004 3 0.4235 0.850 0.000 0.176 0.824
#> GSM283005 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM283006 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM283007 3 0.2796 0.835 0.000 0.092 0.908
#> GSM283008 3 0.1031 0.798 0.000 0.024 0.976
#> GSM283009 3 0.1031 0.798 0.000 0.024 0.976
#> GSM283010 3 0.1031 0.798 0.000 0.024 0.976
#> GSM283011 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM283022 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM283034 2 0.3340 0.874 0.000 0.880 0.120
#> GSM283049 3 0.0424 0.766 0.008 0.000 0.992
#> GSM283051 1 0.3816 0.925 0.852 0.000 0.148
#> GSM282929 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0237 0.777 0.000 0.004 0.996
#> GSM282936 3 0.2448 0.827 0.000 0.076 0.924
#> GSM282937 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282954 2 0.4235 0.796 0.000 0.824 0.176
#> GSM282961 3 0.4002 0.848 0.000 0.160 0.840
#> GSM282964 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282967 3 0.6095 0.562 0.000 0.392 0.608
#> GSM282969 3 0.1860 0.817 0.000 0.052 0.948
#> GSM282970 3 0.5497 0.758 0.000 0.292 0.708
#> GSM282972 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 3 0.5621 0.727 0.000 0.308 0.692
#> GSM282975 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0237 0.777 0.000 0.004 0.996
#> GSM283014 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.3879 0.923 0.848 0.000 0.152
#> GSM283026 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> GSM283029 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0892 0.794 0.000 0.020 0.980
#> GSM283033 2 0.3340 0.874 0.000 0.880 0.120
#> GSM283035 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283036 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283038 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> GSM283046 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283050 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> GSM283055 3 0.0892 0.794 0.000 0.020 0.980
#> GSM283056 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM282928 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0237 0.777 0.000 0.004 0.996
#> GSM282934 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.941 0.000 1.000 0.000
#> GSM282998 3 0.5529 0.753 0.000 0.296 0.704
#> GSM283013 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0892 0.794 0.000 0.020 0.980
#> GSM283018 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283025 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> GSM283028 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> GSM283032 2 0.3340 0.874 0.000 0.880 0.120
#> GSM283037 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM283040 1 0.3816 0.925 0.852 0.000 0.148
#> GSM283042 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283045 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283048 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283052 3 0.4702 0.842 0.000 0.212 0.788
#> GSM283054 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> GSM282980 3 0.4842 0.471 0.224 0.000 0.776
#> GSM282982 3 0.0892 0.794 0.000 0.020 0.980
#> GSM282984 3 0.0892 0.794 0.000 0.020 0.980
#> GSM282986 1 0.3816 0.925 0.852 0.000 0.148
#> GSM282997 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.946 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.1964 0.919 0.000 0.944 0.056
#> GSM283031 3 0.5254 0.794 0.000 0.264 0.736
#> GSM283039 3 0.0892 0.794 0.000 0.020 0.980
#> GSM283044 2 0.2261 0.913 0.000 0.932 0.068
#> GSM283047 2 0.3267 0.877 0.000 0.884 0.116
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0336 0.914 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282866 2 0.0336 0.914 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282869 3 0.1022 0.827 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM282870 3 0.1302 0.845 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282872 3 0.2704 0.835 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM282913 2 0.3726 0.798 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM282915 2 0.3400 0.835 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282921 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282927 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282873 3 0.1118 0.825 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM282874 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282875 2 0.2216 0.895 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM282905 3 0.3486 0.779 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM282914 4 0.0336 0.965 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM282918 3 0.1792 0.813 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM282876 3 0.1792 0.849 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.1792 0.849 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM282882 3 0.4679 0.452 0.000 0.000 0.648 0.352
#> GSM282883 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.4356 0.562 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM282885 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 2 0.3942 0.762 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM282887 3 0.2814 0.784 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM282888 2 0.4746 0.510 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.4356 0.562 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM282902 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM282903 3 0.3074 0.813 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM282907 3 0.3219 0.804 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM282909 3 0.3219 0.804 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM282912 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM282920 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282924 2 0.2814 0.873 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.3123 0.810 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM282893 3 0.3172 0.807 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM282894 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282895 2 0.3400 0.835 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282896 3 0.3172 0.807 0.000 0.160 0.840 0.000
#> GSM282897 2 0.3486 0.827 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM282898 3 0.1792 0.849 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM282899 3 0.1557 0.824 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM282900 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282901 3 0.1557 0.824 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM282906 3 0.2530 0.848 0.000 0.100 0.896 0.004
#> GSM282908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 2 0.4933 0.310 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM282916 3 0.1584 0.835 0.000 0.012 0.952 0.036
#> GSM282919 2 0.3400 0.835 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM282923 3 0.2760 0.783 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM282917 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282922 3 0.2760 0.783 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM282926 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282925 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM282935 3 0.3444 0.784 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM282938 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 3 0.0817 0.828 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM282944 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282948 2 0.4103 0.734 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282949 2 0.4103 0.734 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282950 2 0.4103 0.734 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282951 2 0.1302 0.907 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282952 2 0.1302 0.907 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282953 2 0.0469 0.914 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282955 3 0.4406 0.603 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM282956 4 0.4877 0.324 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM282959 2 0.1211 0.908 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282966 2 0.4103 0.734 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0188 0.996 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.3311 0.843 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.1211 0.908 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283015 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282962 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.2149 0.895 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.4746 0.510 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.2011 0.898 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0188 0.996 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282931 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.1584 0.835 0.000 0.012 0.952 0.036
#> GSM282983 2 0.3356 0.839 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM282985 2 0.2921 0.867 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM283000 2 0.3356 0.839 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM283001 4 0.0376 0.962 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM283002 2 0.4431 0.647 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM283003 3 0.2868 0.827 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM283004 3 0.1792 0.849 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM283005 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283006 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283007 3 0.1488 0.836 0.000 0.012 0.956 0.032
#> GSM283008 3 0.2216 0.806 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM283009 3 0.2216 0.806 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM283010 3 0.2216 0.806 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM283011 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283022 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283034 2 0.3400 0.836 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM283049 3 0.2760 0.783 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM283051 4 0.0336 0.965 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM282929 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282933 3 0.2530 0.795 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM282936 3 0.2699 0.828 0.000 0.028 0.904 0.068
#> GSM282937 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282954 2 0.4103 0.734 0.000 0.744 0.256 0.000
#> GSM282961 3 0.1474 0.847 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282967 3 0.4382 0.612 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM282969 3 0.1637 0.816 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM282970 3 0.3444 0.784 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282973 3 0.3649 0.752 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.2530 0.795 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM283014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 4 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283026 2 0.3024 0.861 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.2281 0.804 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM283033 2 0.3400 0.836 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM283035 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283036 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283038 2 0.3024 0.861 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM283046 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.3024 0.861 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM283055 3 0.2281 0.804 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM283056 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.2530 0.795 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM282934 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.915 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282998 3 0.3486 0.779 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.2281 0.804 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM283018 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283025 2 0.3024 0.861 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM283028 2 0.3024 0.861 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM283032 2 0.3400 0.836 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM283037 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM283040 4 0.0336 0.965 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM283042 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283045 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283048 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283052 3 0.2408 0.847 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283054 2 0.3024 0.861 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM282980 3 0.4679 0.452 0.000 0.000 0.648 0.352
#> GSM282982 3 0.2281 0.804 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM282984 3 0.2281 0.804 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM282986 4 0.0336 0.965 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM282997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.2408 0.888 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM283031 3 0.3123 0.810 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM283039 3 0.2281 0.804 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM283044 2 0.2704 0.877 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM283047 2 0.3311 0.843 0.000 0.828 0.172 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282865 2 0.0703 0.8413 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282866 2 0.0703 0.8413 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282869 3 0.4300 0.2104 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM282870 4 0.4138 0.2396 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM282871 2 0.0162 0.8443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282872 4 0.1478 0.8105 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3661 0.7412 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM282913 2 0.4171 0.6120 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM282915 2 0.4074 0.6605 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM282921 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282927 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282873 3 0.4305 0.1760 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282875 2 0.3336 0.7689 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM282905 4 0.0579 0.7842 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM282914 5 0.0162 0.9533 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282918 3 0.3143 0.7259 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM282876 4 0.3586 0.5756 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 4 0.3586 0.5756 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> GSM282882 3 0.3395 0.5760 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM282883 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.2813 0.6576 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282885 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 2 0.4201 0.5842 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM282887 3 0.0693 0.8008 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM282888 4 0.4273 -0.2364 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.2813 0.6576 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM282902 2 0.3684 0.7387 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM282903 4 0.1357 0.8026 0.000 0.004 0.048 0.948 0.000
#> GSM282907 4 0.0955 0.7995 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM282909 4 0.0955 0.7995 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM282912 2 0.3661 0.7412 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM282920 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM282924 2 0.3857 0.7137 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 4 0.1484 0.8016 0.000 0.008 0.048 0.944 0.000
#> GSM282893 4 0.1522 0.8007 0.000 0.012 0.044 0.944 0.000
#> GSM282894 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM282895 2 0.4074 0.6605 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM282896 4 0.1522 0.8007 0.000 0.012 0.044 0.944 0.000
#> GSM282897 2 0.4101 0.6497 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM282898 4 0.2377 0.7666 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM282899 3 0.2329 0.7965 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM282900 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282901 3 0.2329 0.7965 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM282906 4 0.2127 0.7968 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.4425 0.0108 0.000 0.392 0.008 0.600 0.000
#> GSM282916 3 0.4045 0.5128 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM282919 2 0.4074 0.6605 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM282923 3 0.1041 0.8118 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM282917 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282922 3 0.1041 0.8118 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM282926 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282925 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM282935 4 0.1018 0.7876 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000
#> GSM282938 2 0.3684 0.7387 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 4 0.4305 -0.1400 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282947 2 0.0880 0.8394 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM282948 2 0.4256 0.5317 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282949 2 0.4256 0.5317 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282950 2 0.4256 0.5317 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282951 2 0.2516 0.8059 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM282952 2 0.2516 0.8059 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM282953 2 0.0794 0.8403 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM282955 4 0.2920 0.6542 0.000 0.132 0.016 0.852 0.000
#> GSM282956 5 0.4331 0.3201 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> GSM282959 2 0.2516 0.8060 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM282966 2 0.4256 0.5317 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0162 0.9960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283041 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4045 0.6708 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.2516 0.8060 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283015 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM282962 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.3508 0.7564 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282992 4 0.4273 -0.2364 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.3452 0.7607 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0162 0.9960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282931 2 0.3684 0.7387 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.4045 0.5128 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM282983 2 0.4060 0.6657 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM282985 2 0.3876 0.7102 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM283000 2 0.4045 0.6719 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM283001 5 0.0703 0.9572 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM283002 2 0.4305 0.4089 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM283003 4 0.1270 0.8092 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM283004 4 0.2377 0.7666 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM283005 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM283006 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM283007 3 0.4074 0.4940 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> GSM283008 3 0.2929 0.7640 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM283009 3 0.2929 0.7640 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM283010 3 0.2773 0.7755 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> GSM283011 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM283022 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM283034 2 0.4060 0.6652 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM283049 3 0.1041 0.8118 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> GSM283051 5 0.0162 0.9533 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282929 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0794 0.8132 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282936 4 0.4302 -0.0943 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282945 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282954 2 0.4256 0.5317 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282961 4 0.3612 0.5570 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM282964 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282965 2 0.0290 0.8442 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282967 4 0.2873 0.6591 0.000 0.128 0.016 0.856 0.000
#> GSM282969 3 0.4192 0.4098 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM282970 4 0.0693 0.7873 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM282972 2 0.0162 0.8444 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282973 4 0.4514 0.6322 0.000 0.072 0.188 0.740 0.000
#> GSM282975 2 0.0162 0.8444 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0794 0.8132 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 5 0.0609 0.9610 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM283026 2 0.3932 0.6992 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.1121 0.8196 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283033 2 0.4060 0.6652 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM283035 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283036 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283038 2 0.3932 0.6992 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM283046 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.3932 0.6992 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM283055 3 0.1121 0.8196 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283056 2 0.3684 0.7387 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0794 0.8132 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.8444 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0579 0.7842 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.1121 0.8196 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283018 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283025 2 0.3932 0.6992 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM283028 2 0.3932 0.6992 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM283032 2 0.4060 0.6652 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM283037 2 0.3684 0.7387 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM283040 5 0.0162 0.9533 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283042 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283045 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283048 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283052 4 0.1792 0.8116 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM283054 2 0.3932 0.6992 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM282980 3 0.3395 0.5760 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM282982 3 0.1121 0.8196 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282984 3 0.1121 0.8196 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282986 5 0.0510 0.9481 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282997 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.3684 0.7387 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM283031 4 0.1484 0.8016 0.000 0.008 0.048 0.944 0.000
#> GSM283039 3 0.1121 0.8196 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283044 2 0.3816 0.7199 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM283047 2 0.4045 0.6708 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282856 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282857 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282858 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282859 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282860 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282861 2 0.0972 0.7828 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM282862 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282863 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282864 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282865 2 0.0777 0.7850 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM282866 2 0.0777 0.7850 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM282867 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282868 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282869 3 0.4574 0.2581 0.000 0.000 0.524 0.440 0.036 0.000
#> GSM282870 4 0.4524 0.2047 0.000 0.000 0.376 0.584 0.040 0.000
#> GSM282871 2 0.0291 0.7851 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM282872 4 0.2030 0.8010 0.000 0.000 0.064 0.908 0.028 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.4481 0.6624 0.000 0.656 0.000 0.284 0.060 0.000
#> GSM282913 2 0.4970 0.5215 0.000 0.540 0.004 0.396 0.060 0.000
#> GSM282915 2 0.4838 0.5668 0.000 0.564 0.000 0.372 0.064 0.000
#> GSM282921 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM282927 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM282873 3 0.4642 0.2180 0.000 0.000 0.508 0.452 0.040 0.000
#> GSM282874 2 0.0405 0.7853 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM282875 2 0.3860 0.7047 0.000 0.728 0.000 0.236 0.036 0.000
#> GSM282905 4 0.0622 0.7823 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> GSM282914 6 0.2260 0.7557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM282918 3 0.3122 0.6720 0.000 0.000 0.804 0.176 0.020 0.000
#> GSM282876 4 0.4044 0.5532 0.000 0.000 0.256 0.704 0.040 0.000
#> GSM282877 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282878 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282879 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282880 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282881 4 0.4044 0.5532 0.000 0.000 0.256 0.704 0.040 0.000
#> GSM282882 3 0.3240 0.4987 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> GSM282883 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282884 3 0.2738 0.5837 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM282885 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282886 2 0.4916 0.4789 0.000 0.520 0.000 0.416 0.064 0.000
#> GSM282887 3 0.0603 0.7389 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM282888 4 0.4675 -0.1115 0.000 0.392 0.000 0.560 0.048 0.000
#> GSM282889 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282890 3 0.2738 0.5837 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM282902 2 0.4499 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.288 0.060 0.000
#> GSM282903 4 0.1649 0.7935 0.000 0.000 0.036 0.932 0.032 0.000
#> GSM282907 4 0.0858 0.7937 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> GSM282909 4 0.0858 0.7937 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> GSM282912 2 0.4481 0.6624 0.000 0.656 0.000 0.284 0.060 0.000
#> GSM282920 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282924 2 0.4683 0.6285 0.000 0.616 0.000 0.320 0.064 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 4 0.1723 0.7925 0.000 0.000 0.036 0.928 0.036 0.000
#> GSM282893 4 0.1793 0.7920 0.000 0.004 0.032 0.928 0.036 0.000
#> GSM282894 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282895 2 0.4838 0.5668 0.000 0.564 0.000 0.372 0.064 0.000
#> GSM282896 4 0.1793 0.7920 0.000 0.004 0.032 0.928 0.036 0.000
#> GSM282897 2 0.4806 0.5581 0.000 0.560 0.000 0.380 0.060 0.000
#> GSM282898 4 0.2912 0.7558 0.000 0.000 0.116 0.844 0.040 0.000
#> GSM282899 3 0.1814 0.7406 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM282901 3 0.1814 0.7406 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM282906 4 0.2212 0.7881 0.000 0.000 0.112 0.880 0.008 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.4726 0.1074 0.000 0.352 0.012 0.600 0.036 0.000
#> GSM282916 3 0.3728 0.5097 0.000 0.000 0.652 0.344 0.004 0.000
#> GSM282919 2 0.4838 0.5668 0.000 0.564 0.000 0.372 0.064 0.000
#> GSM282923 3 0.0964 0.7499 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM282917 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM282922 3 0.0964 0.7499 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM282926 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM282925 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM282935 4 0.0964 0.7828 0.000 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> GSM282938 2 0.4499 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.288 0.060 0.000
#> GSM282940 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282941 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282943 3 0.4651 0.1422 0.000 0.000 0.484 0.476 0.040 0.000
#> GSM282944 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282946 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282947 2 0.1010 0.7833 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000
#> GSM282948 2 0.4847 0.4332 0.000 0.500 0.000 0.444 0.056 0.000
#> GSM282949 2 0.4847 0.4332 0.000 0.500 0.000 0.444 0.056 0.000
#> GSM282950 2 0.4847 0.4332 0.000 0.500 0.000 0.444 0.056 0.000
#> GSM282951 2 0.2950 0.7518 0.000 0.828 0.000 0.148 0.024 0.000
#> GSM282952 2 0.2950 0.7518 0.000 0.828 0.000 0.148 0.024 0.000
#> GSM282953 2 0.0935 0.7840 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> GSM282955 4 0.3165 0.6683 0.000 0.072 0.008 0.844 0.076 0.000
#> GSM282956 6 0.5575 -0.0276 0.400 0.000 0.000 0.000 0.140 0.460
#> GSM282959 2 0.2950 0.7518 0.000 0.828 0.000 0.148 0.024 0.000
#> GSM282966 2 0.4847 0.4332 0.000 0.500 0.000 0.444 0.056 0.000
#> GSM282968 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282974 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0146 0.9960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4818 0.5787 0.000 0.572 0.000 0.364 0.064 0.000
#> GSM282957 2 0.0405 0.7853 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM282958 2 0.0405 0.7853 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM282960 2 0.2950 0.7518 0.000 0.828 0.000 0.148 0.024 0.000
#> GSM282971 2 0.0405 0.7853 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM283015 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM282962 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282963 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282977 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282978 2 0.4414 0.6779 0.000 0.676 0.000 0.260 0.064 0.000
#> GSM282987 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282988 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282989 2 0.1007 0.7797 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM282990 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282991 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282992 4 0.4675 -0.1115 0.000 0.392 0.000 0.560 0.048 0.000
#> GSM282993 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282994 2 0.4370 0.6831 0.000 0.684 0.000 0.252 0.064 0.000
#> GSM282995 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0146 0.9960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282931 2 0.4499 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.288 0.060 0.000
#> GSM282939 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282981 3 0.3728 0.5097 0.000 0.000 0.652 0.344 0.004 0.000
#> GSM282983 2 0.4828 0.5728 0.000 0.568 0.000 0.368 0.064 0.000
#> GSM282985 2 0.4697 0.6246 0.000 0.612 0.000 0.324 0.064 0.000
#> GSM283000 2 0.4818 0.5796 0.000 0.572 0.000 0.364 0.064 0.000
#> GSM283001 6 0.0508 0.8642 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM283002 4 0.4934 -0.3279 0.000 0.456 0.004 0.488 0.052 0.000
#> GSM283003 4 0.1411 0.8023 0.000 0.000 0.060 0.936 0.004 0.000
#> GSM283004 4 0.2912 0.7558 0.000 0.000 0.116 0.844 0.040 0.000
#> GSM283005 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM283006 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM283007 3 0.3756 0.4921 0.000 0.000 0.644 0.352 0.004 0.000
#> GSM283008 3 0.2454 0.7180 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM283009 3 0.2454 0.7180 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> GSM283010 3 0.2300 0.7262 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM283011 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM283022 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM283034 2 0.4828 0.5719 0.000 0.568 0.000 0.368 0.064 0.000
#> GSM283049 3 0.0964 0.7499 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM283051 6 0.2260 0.7557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM282929 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282933 3 0.0146 0.7546 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.3869 -0.1526 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282945 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282954 2 0.4847 0.4332 0.000 0.500 0.000 0.444 0.056 0.000
#> GSM282961 4 0.4044 0.5397 0.000 0.000 0.256 0.704 0.040 0.000
#> GSM282964 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282965 2 0.0405 0.7855 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM282967 4 0.3109 0.6730 0.000 0.068 0.008 0.848 0.076 0.000
#> GSM282969 3 0.4443 0.4329 0.000 0.000 0.596 0.368 0.036 0.000
#> GSM282970 4 0.0717 0.7849 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> GSM282972 2 0.0622 0.7854 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM282973 4 0.4679 0.6243 0.000 0.056 0.176 0.724 0.044 0.000
#> GSM282975 2 0.0622 0.7854 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0291 0.7527 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 6 0.0363 0.8682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM283026 2 0.4738 0.6119 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0547 0.7628 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM283033 2 0.4828 0.5719 0.000 0.568 0.000 0.368 0.064 0.000
#> GSM283035 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283036 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283038 2 0.4738 0.6119 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064 0.000
#> GSM283046 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.4738 0.6119 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064 0.000
#> GSM283055 3 0.0547 0.7628 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.4499 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.288 0.060 0.000
#> GSM282928 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282930 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282932 3 0.0146 0.7546 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0937 0.7794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM282979 2 0.0508 0.7855 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM282998 4 0.0622 0.7823 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0547 0.7628 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283025 2 0.4738 0.6119 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064 0.000
#> GSM283028 2 0.4738 0.6119 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064 0.000
#> GSM283032 2 0.4828 0.5719 0.000 0.568 0.000 0.368 0.064 0.000
#> GSM283037 2 0.4499 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.288 0.060 0.000
#> GSM283040 6 0.2260 0.7557 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM283042 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283045 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283048 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283052 4 0.1858 0.8024 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM283054 2 0.4738 0.6119 0.000 0.600 0.000 0.336 0.064 0.000
#> GSM282980 3 0.3240 0.4987 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> GSM282982 3 0.0547 0.7628 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0547 0.7628 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM282986 5 0.3266 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM282997 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9995 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.4499 0.6596 0.000 0.652 0.000 0.288 0.060 0.000
#> GSM283031 4 0.1723 0.7925 0.000 0.000 0.036 0.928 0.036 0.000
#> GSM283039 3 0.0547 0.7628 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM283044 2 0.4652 0.6359 0.000 0.624 0.000 0.312 0.064 0.000
#> GSM283047 2 0.4818 0.5787 0.000 0.572 0.000 0.364 0.064 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> ATC:hclust 200 0.0437 0.6998 0.236233 2
#> ATC:hclust 199 0.0335 0.0309 0.031725 3
#> ATC:hclust 198 0.0892 0.0228 0.001846 4
#> ATC:hclust 190 0.1264 0.0443 0.000336 5
#> ATC:hclust 181 0.1551 0.0419 0.001781 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.835 0.909 0.963 0.3408 0.699 0.699
#> 3 3 0.930 0.919 0.968 0.7891 0.624 0.484
#> 4 4 1.000 0.985 0.994 0.1589 0.789 0.524
#> 5 5 0.866 0.834 0.923 0.0796 0.830 0.515
#> 6 6 0.755 0.572 0.775 0.0573 0.835 0.443
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.9795 0.354 0.416 0.584
#> GSM282870 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282921 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282927 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282873 2 0.8443 0.633 0.272 0.728
#> GSM282874 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282918 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282876 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282881 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282887 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282888 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.2603 0.951 0.956 0.044
#> GSM282902 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282907 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282893 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282897 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282899 2 0.7453 0.722 0.212 0.788
#> GSM282900 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282901 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282906 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282916 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282919 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282917 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282922 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282926 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282925 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282935 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282943 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282983 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283004 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283007 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283008 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM283009 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM283010 2 0.0938 0.943 0.012 0.988
#> GSM283011 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283049 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM283051 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.2603 0.951 0.956 0.044
#> GSM282936 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282969 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282970 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282999 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM283014 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283030 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM283033 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283035 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283036 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283046 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283055 2 0.9833 0.335 0.424 0.576
#> GSM283056 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282934 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283018 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283042 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283045 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283048 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283052 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283054 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282982 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM282984 2 0.9833 0.335 0.424 0.576
#> GSM282986 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283039 2 0.9850 0.325 0.428 0.572
#> GSM283044 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.953 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282870 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282913 3 0.6126 0.419 0.000 0.400 0.600
#> GSM282915 3 0.6192 0.369 0.000 0.420 0.580
#> GSM282921 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282927 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282873 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 3 0.6168 0.390 0.000 0.412 0.588
#> GSM282914 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282876 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282882 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282884 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282887 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282888 3 0.5678 0.572 0.000 0.316 0.684
#> GSM282889 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282903 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282920 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.0592 0.944 0.988 0.000 0.012
#> GSM282895 3 0.6095 0.437 0.000 0.392 0.608
#> GSM282896 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 3 0.0747 0.908 0.000 0.016 0.984
#> GSM282898 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282900 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282919 3 0.6045 0.463 0.000 0.380 0.620
#> GSM282923 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282917 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282926 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282925 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282935 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 3 0.4235 0.744 0.000 0.176 0.824
#> GSM282956 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.5529 0.600 0.000 0.296 0.704
#> GSM282957 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 1 0.6079 0.457 0.612 0.000 0.388
#> GSM282962 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.6079 0.446 0.000 0.388 0.612
#> GSM282985 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283001 1 0.6079 0.457 0.612 0.000 0.388
#> GSM283002 3 0.3686 0.784 0.000 0.140 0.860
#> GSM283003 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 1 0.6079 0.457 0.612 0.000 0.388
#> GSM283006 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283007 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283009 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283010 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283011 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283022 3 0.1411 0.889 0.036 0.000 0.964
#> GSM283034 3 0.6095 0.437 0.000 0.392 0.608
#> GSM283049 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282936 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282967 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282970 3 0.0592 0.912 0.000 0.012 0.988
#> GSM282972 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 3 0.1860 0.874 0.000 0.052 0.948
#> GSM282975 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0892 0.939 0.980 0.000 0.020
#> GSM283026 3 0.3619 0.789 0.000 0.136 0.864
#> GSM283029 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283033 2 0.4605 0.713 0.000 0.796 0.204
#> GSM283035 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM283046 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM282998 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 3 0.6299 0.205 0.000 0.476 0.524
#> GSM283037 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 1 0.2711 0.884 0.912 0.000 0.088
#> GSM283042 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283045 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 3 0.6111 0.428 0.000 0.396 0.604
#> GSM282980 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM282986 1 0.2537 0.892 0.920 0.000 0.080
#> GSM282997 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.951 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.0000 0.922 0.000 0.000 1.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> GSM283047 3 0.3619 0.789 0.000 0.136 0.864
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282869 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282870 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282872 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282913 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282915 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282921 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282927 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282873 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282875 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282905 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282876 4 0.0921 0.969 0 0.000 0.028 0.972
#> GSM282877 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282882 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282887 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282888 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282903 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282920 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282924 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282893 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282895 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282900 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282901 3 0.4624 0.487 0 0.000 0.660 0.340
#> GSM282906 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282919 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282917 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282926 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282925 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282935 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 3 0.4585 0.499 0 0.000 0.668 0.332
#> GSM282944 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282948 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282950 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282955 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282966 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM283015 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.4730 0.425 0 0.636 0.000 0.364
#> GSM282987 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283000 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283001 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283002 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283007 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283009 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283010 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283011 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283034 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 4 0.1389 0.945 0 0.000 0.048 0.952
#> GSM282937 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282954 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282961 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282967 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282970 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282973 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283033 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283035 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283018 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM283040 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283042 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM282980 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.993 0 1.000 0.000 0.000
#> GSM283031 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.0000 0.976 0 0.000 1.000 0.000
#> GSM283044 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 4 0.0000 0.999 0 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0162 0.968330 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0162 0.968330 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282865 2 0.0510 0.963176 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282866 2 0.0510 0.963176 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282869 3 0.2424 0.792519 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM282870 3 0.4304 0.142893 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000
#> GSM282871 2 0.0404 0.965333 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282872 3 0.4297 0.182835 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 4 0.0510 0.868756 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282913 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282915 4 0.0794 0.869774 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM282921 3 0.1341 0.828592 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM282927 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282873 3 0.2127 0.803334 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM282874 2 0.0162 0.968330 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282875 4 0.0000 0.864849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282914 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282918 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282876 3 0.0566 0.836988 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM282877 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282878 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282879 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282880 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282881 3 0.1410 0.833101 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM282882 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282883 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282884 5 0.0609 0.949299 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM282885 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282886 4 0.0510 0.856019 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM282887 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282888 4 0.1341 0.848205 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM282889 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282890 5 0.3424 0.690135 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM282902 4 0.3857 0.521809 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM282903 3 0.4126 0.378474 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM282907 4 0.4235 0.228265 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> GSM282909 3 0.1121 0.833180 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282912 4 0.4290 0.511421 0.000 0.304 0.000 0.680 0.016
#> GSM282920 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282924 4 0.0510 0.868756 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.4273 0.207771 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM282893 4 0.3932 0.490754 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM282894 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282895 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282896 4 0.2561 0.789385 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM282897 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282898 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282899 3 0.0880 0.828657 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282900 4 0.4219 0.252176 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM282901 3 0.0609 0.832138 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282906 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.2561 0.789385 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM282916 3 0.0609 0.832138 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282919 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282923 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282917 3 0.2127 0.792488 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM282922 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282926 3 0.1121 0.833180 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM282925 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282935 3 0.4273 0.202935 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM282938 2 0.4306 0.000989 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 3 0.0609 0.832138 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM282944 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0290 0.967121 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282947 2 0.3895 0.518685 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM282948 4 0.0000 0.864849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 4 0.0880 0.843765 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM282950 4 0.0000 0.864849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 2 0.0510 0.963176 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282952 4 0.0794 0.846926 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM282953 2 0.3707 0.594254 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM282955 4 0.0510 0.867357 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM282956 5 0.2732 0.751796 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM282959 2 0.0671 0.963768 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM282966 4 0.0000 0.864849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.3661 0.614878 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM283041 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282957 2 0.0290 0.967122 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282958 2 0.0162 0.968330 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282960 2 0.0671 0.963768 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM282971 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283015 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282962 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282963 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282977 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282978 4 0.1386 0.838684 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016
#> GSM282987 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282988 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282989 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282990 2 0.0671 0.966162 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM282991 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282992 4 0.0000 0.864849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282994 2 0.1549 0.941202 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016
#> GSM282995 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM283020 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.3039 0.686580 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282983 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282985 4 0.0510 0.868756 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM283000 4 0.0609 0.869629 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283001 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM283002 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM283003 3 0.0963 0.835015 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM283004 3 0.1121 0.833180 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283005 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM283006 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM283007 3 0.1121 0.833180 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283008 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283009 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283010 3 0.0880 0.828657 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM283011 5 0.1121 0.929924 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM283022 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM283034 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM283049 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283051 5 0.2230 0.819666 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> GSM282929 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282933 3 0.3534 0.651138 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM282936 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0404 0.965333 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282945 2 0.0510 0.963176 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282954 4 0.0000 0.864849 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 3 0.1608 0.829201 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282964 2 0.0963 0.945894 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM282965 4 0.4306 0.028270 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM282967 4 0.3480 0.624143 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM282969 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282970 4 0.2516 0.779532 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM282972 2 0.0510 0.963176 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282973 4 0.2329 0.795830 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM282975 2 0.0162 0.968330 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283014 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM283026 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283033 4 0.0404 0.868384 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM283035 3 0.1671 0.816969 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM283036 3 0.1671 0.816969 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM283038 4 0.0609 0.869629 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283046 3 0.0510 0.837598 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0609 0.869629 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283055 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283056 4 0.4302 0.073161 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.968981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282932 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282934 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0510 0.966284 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM282979 2 0.0912 0.963812 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM282998 4 0.2561 0.789385 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0609 0.832138 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM283018 3 0.3305 0.677903 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM283025 4 0.0609 0.869629 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283028 4 0.0609 0.869629 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283032 4 0.0609 0.868394 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM283037 4 0.4302 0.073161 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM283040 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM283042 3 0.1341 0.828300 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM283045 3 0.1671 0.816969 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM283048 3 0.3895 0.523417 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> GSM283052 3 0.1121 0.833180 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM283054 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM282980 5 0.2230 0.854179 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM282982 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282984 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM282986 5 0.0510 0.951928 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM282997 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.983352 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.4256 0.218869 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM283031 3 0.4297 0.126770 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> GSM283039 3 0.2561 0.786455 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM283044 4 0.0510 0.868756 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM283047 4 0.0880 0.869504 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.3727 0.47175 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM282856 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282857 2 0.3810 0.37524 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> GSM282858 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282859 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282860 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282861 2 0.3737 0.46323 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM282862 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282863 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282864 5 0.4097 -0.12930 0.000 0.488 0.000 0.000 0.504 0.008
#> GSM282865 5 0.3847 0.25275 0.000 0.348 0.000 0.000 0.644 0.008
#> GSM282866 5 0.3934 0.19793 0.000 0.376 0.000 0.000 0.616 0.008
#> GSM282867 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282868 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282869 3 0.0405 0.85479 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM282870 4 0.1773 0.65170 0.000 0.000 0.036 0.932 0.016 0.016
#> GSM282871 5 0.4096 -0.11577 0.000 0.484 0.000 0.000 0.508 0.008
#> GSM282872 4 0.1773 0.65170 0.000 0.000 0.036 0.932 0.016 0.016
#> GSM282904 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 5 0.3706 0.10457 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM282913 4 0.3428 0.52725 0.000 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> GSM282915 4 0.3266 0.56093 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM282921 4 0.3838 0.03498 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> GSM282927 3 0.3499 0.55974 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM282873 3 0.0405 0.85479 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM282874 2 0.4072 0.35258 0.000 0.544 0.000 0.000 0.448 0.008
#> GSM282875 5 0.3617 0.35582 0.000 0.000 0.000 0.244 0.736 0.020
#> GSM282905 4 0.3652 0.49923 0.000 0.000 0.000 0.672 0.324 0.004
#> GSM282914 6 0.1682 0.91938 0.000 0.000 0.052 0.000 0.020 0.928
#> GSM282918 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282876 3 0.3398 0.65680 0.000 0.000 0.740 0.252 0.000 0.008
#> GSM282877 2 0.3566 0.70720 0.000 0.744 0.000 0.000 0.236 0.020
#> GSM282878 2 0.3592 0.70375 0.000 0.740 0.000 0.000 0.240 0.020
#> GSM282879 2 0.4199 0.51711 0.000 0.600 0.000 0.000 0.380 0.020
#> GSM282880 2 0.3221 0.73268 0.000 0.792 0.000 0.000 0.188 0.020
#> GSM282881 4 0.4478 -0.01633 0.000 0.000 0.452 0.524 0.016 0.008
#> GSM282882 6 0.1462 0.92151 0.000 0.000 0.056 0.000 0.008 0.936
#> GSM282883 2 0.3541 0.70988 0.000 0.748 0.000 0.000 0.232 0.020
#> GSM282884 6 0.3758 0.65415 0.000 0.000 0.324 0.000 0.008 0.668
#> GSM282885 2 0.4219 0.50242 0.000 0.592 0.000 0.000 0.388 0.020
#> GSM282886 5 0.3158 0.44456 0.000 0.004 0.000 0.164 0.812 0.020
#> GSM282887 3 0.0653 0.85013 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM282888 4 0.2592 0.63017 0.000 0.000 0.004 0.864 0.116 0.016
#> GSM282889 2 0.3541 0.70988 0.000 0.748 0.000 0.000 0.232 0.020
#> GSM282890 3 0.3298 0.49110 0.000 0.000 0.756 0.000 0.008 0.236
#> GSM282902 5 0.1984 0.57368 0.000 0.056 0.000 0.032 0.912 0.000
#> GSM282903 4 0.2773 0.55722 0.000 0.000 0.164 0.828 0.004 0.004
#> GSM282907 4 0.1152 0.65276 0.000 0.000 0.044 0.952 0.000 0.004
#> GSM282909 4 0.3944 0.08827 0.000 0.000 0.428 0.568 0.000 0.004
#> GSM282912 5 0.1434 0.56637 0.000 0.048 0.000 0.012 0.940 0.000
#> GSM282920 6 0.2778 0.83543 0.000 0.000 0.168 0.000 0.008 0.824
#> GSM282924 5 0.3817 -0.02486 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 4 0.2101 0.61782 0.000 0.000 0.100 0.892 0.004 0.004
#> GSM282893 4 0.1155 0.65483 0.000 0.000 0.036 0.956 0.004 0.004
#> GSM282894 6 0.1594 0.92081 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016 0.932
#> GSM282895 4 0.3244 0.56422 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282896 4 0.0767 0.65765 0.000 0.000 0.008 0.976 0.012 0.004
#> GSM282897 4 0.0713 0.65587 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282898 3 0.3991 0.18664 0.000 0.000 0.524 0.472 0.000 0.004
#> GSM282899 3 0.0260 0.85281 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.0909 0.65927 0.000 0.000 0.020 0.968 0.012 0.000
#> GSM282901 3 0.1714 0.80867 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.3489 0.61031 0.000 0.000 0.708 0.288 0.000 0.004
#> GSM282908 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.0692 0.65740 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> GSM282916 3 0.0458 0.84988 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282919 4 0.3244 0.56422 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282923 3 0.0405 0.85437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM282917 4 0.3151 0.44151 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> GSM282922 3 0.0405 0.85437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM282926 4 0.3851 -0.00621 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM282925 3 0.3309 0.62473 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000
#> GSM282935 4 0.1225 0.65805 0.000 0.000 0.036 0.952 0.012 0.000
#> GSM282938 5 0.1970 0.57297 0.000 0.060 0.000 0.028 0.912 0.000
#> GSM282940 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282941 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282943 3 0.1219 0.83532 0.000 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> GSM282944 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282946 5 0.3868 -0.14501 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> GSM282947 5 0.2468 0.55444 0.000 0.096 0.000 0.016 0.880 0.008
#> GSM282948 5 0.4393 -0.09556 0.000 0.000 0.000 0.452 0.524 0.024
#> GSM282949 5 0.1967 0.56208 0.000 0.000 0.000 0.084 0.904 0.012
#> GSM282950 5 0.4393 -0.09556 0.000 0.000 0.000 0.452 0.524 0.024
#> GSM282951 5 0.3774 0.25918 0.000 0.328 0.000 0.000 0.664 0.008
#> GSM282952 5 0.1913 0.56542 0.000 0.000 0.000 0.080 0.908 0.012
#> GSM282953 5 0.2468 0.55444 0.000 0.096 0.000 0.016 0.880 0.008
#> GSM282955 4 0.3629 0.56054 0.000 0.000 0.000 0.724 0.260 0.016
#> GSM282956 6 0.1807 0.85718 0.060 0.000 0.000 0.000 0.020 0.920
#> GSM282959 5 0.3833 0.21440 0.000 0.344 0.000 0.000 0.648 0.008
#> GSM282966 5 0.4393 -0.09556 0.000 0.000 0.000 0.452 0.524 0.024
#> GSM282968 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282974 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM283016 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.4310 0.18972 0.540 0.000 0.000 0.000 0.020 0.440
#> GSM283041 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.3244 0.56422 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282957 5 0.4089 -0.13101 0.000 0.468 0.000 0.000 0.524 0.008
#> GSM282958 2 0.4057 0.38575 0.000 0.556 0.000 0.000 0.436 0.008
#> GSM282960 5 0.3887 0.17919 0.000 0.360 0.000 0.000 0.632 0.008
#> GSM282971 2 0.2146 0.76484 0.000 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004
#> GSM283015 6 0.1398 0.92294 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> GSM282962 2 0.0291 0.78850 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282963 2 0.3592 0.70355 0.000 0.740 0.000 0.000 0.240 0.020
#> GSM282977 2 0.1334 0.77593 0.000 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM282978 5 0.3068 0.51138 0.000 0.016 0.000 0.124 0.840 0.020
#> GSM282987 2 0.1334 0.77593 0.000 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM282988 2 0.4209 0.51017 0.000 0.596 0.000 0.000 0.384 0.020
#> GSM282989 2 0.4209 0.51017 0.000 0.596 0.000 0.000 0.384 0.020
#> GSM282990 5 0.4335 -0.20238 0.000 0.472 0.000 0.000 0.508 0.020
#> GSM282991 2 0.0508 0.78566 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM282992 5 0.4570 -0.05903 0.000 0.000 0.000 0.436 0.528 0.036
#> GSM282993 2 0.3819 0.66088 0.000 0.700 0.000 0.000 0.280 0.020
#> GSM282994 5 0.3253 0.43485 0.000 0.192 0.000 0.000 0.788 0.020
#> GSM282995 2 0.0291 0.78850 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM283020 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0547 0.95673 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM282931 5 0.2003 0.57387 0.000 0.044 0.000 0.044 0.912 0.000
#> GSM282939 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282981 3 0.3592 0.52179 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM282983 4 0.3244 0.56422 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282985 4 0.3868 0.19430 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492 0.000
#> GSM283000 4 0.3774 0.38909 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM283001 6 0.1398 0.92294 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> GSM283002 4 0.3101 0.57820 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM283003 4 0.3851 -0.00621 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM283004 4 0.3982 -0.00819 0.000 0.000 0.460 0.536 0.000 0.004
#> GSM283005 6 0.1398 0.92294 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> GSM283006 6 0.1594 0.92081 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016 0.932
#> GSM283007 4 0.3833 0.04675 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000 0.000
#> GSM283008 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283009 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283010 3 0.0260 0.85281 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM283011 6 0.4002 0.50661 0.000 0.000 0.404 0.000 0.008 0.588
#> GSM283022 6 0.1398 0.92294 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> GSM283034 4 0.3266 0.56093 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM283049 3 0.0405 0.85437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM283051 6 0.1889 0.86224 0.056 0.000 0.004 0.000 0.020 0.920
#> GSM282929 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282933 3 0.1049 0.83053 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM282936 3 0.3309 0.60954 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 5 0.3866 -0.11790 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM282945 5 0.3828 0.02403 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM282954 5 0.4393 -0.09556 0.000 0.000 0.000 0.452 0.524 0.024
#> GSM282961 4 0.4617 0.05989 0.000 0.000 0.424 0.544 0.016 0.016
#> GSM282964 5 0.4015 0.19905 0.000 0.372 0.000 0.012 0.616 0.000
#> GSM282965 5 0.1807 0.57112 0.000 0.060 0.000 0.020 0.920 0.000
#> GSM282967 4 0.1542 0.65463 0.000 0.000 0.024 0.944 0.016 0.016
#> GSM282969 3 0.0405 0.85479 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM282970 4 0.2094 0.64502 0.000 0.000 0.008 0.908 0.068 0.016
#> GSM282972 5 0.4051 -0.01286 0.000 0.432 0.000 0.000 0.560 0.008
#> GSM282973 4 0.2149 0.64195 0.000 0.000 0.004 0.900 0.080 0.016
#> GSM282975 5 0.4089 -0.13101 0.000 0.468 0.000 0.000 0.524 0.008
#> GSM282996 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0622 0.84894 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM283014 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 6 0.1141 0.92288 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM283026 4 0.3126 0.57614 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283033 4 0.4150 0.39893 0.000 0.000 0.000 0.592 0.392 0.016
#> GSM283035 4 0.3823 0.07063 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> GSM283036 4 0.3817 0.08059 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM283038 4 0.3747 0.40903 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM283046 3 0.3578 0.52862 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.3774 0.38909 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM283055 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283056 5 0.1970 0.57297 0.000 0.060 0.000 0.028 0.912 0.000
#> GSM282928 2 0.0291 0.79143 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM282930 2 0.3487 0.71472 0.000 0.756 0.000 0.000 0.224 0.020
#> GSM282932 3 0.0405 0.85437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM282934 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.3541 0.70988 0.000 0.748 0.000 0.000 0.232 0.020
#> GSM282979 5 0.4498 -0.07210 0.000 0.428 0.000 0.004 0.544 0.024
#> GSM282998 4 0.0622 0.65766 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0458 0.84993 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.2135 0.59381 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM283025 4 0.3765 0.39588 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM283028 4 0.3774 0.38909 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM283032 4 0.3852 0.50009 0.000 0.000 0.000 0.664 0.324 0.012
#> GSM283037 5 0.1970 0.57297 0.000 0.060 0.000 0.028 0.912 0.000
#> GSM283040 6 0.1594 0.92081 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016 0.932
#> GSM283042 4 0.3817 0.08059 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM283045 4 0.3817 0.08059 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000
#> GSM283048 4 0.1531 0.64205 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004 0.000
#> GSM283052 4 0.3851 -0.00621 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> GSM283054 4 0.3244 0.56422 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282980 3 0.4025 -0.09045 0.000 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416
#> GSM282982 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282984 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM282986 6 0.1285 0.92277 0.000 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> GSM282997 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.97176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 5 0.1984 0.57368 0.000 0.056 0.000 0.032 0.912 0.000
#> GSM283031 4 0.2213 0.61784 0.000 0.000 0.100 0.888 0.004 0.008
#> GSM283039 3 0.0260 0.85589 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM283044 5 0.3634 0.15696 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> GSM283047 4 0.3151 0.57396 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> ATC:kmeans 186 0.1246 0.43651 2.42e-01 2
#> ATC:kmeans 190 0.0585 0.02452 3.24e-04 3
#> ATC:kmeans 199 0.1846 0.03414 7.55e-05 4
#> ATC:kmeans 188 0.4651 0.00247 9.02e-04 5
#> ATC:kmeans 144 0.1702 0.01423 3.47e-03 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.972 0.989 0.4890 0.513 0.513
#> 3 3 1.000 0.943 0.977 0.1453 0.921 0.847
#> 4 4 0.985 0.931 0.969 0.0963 0.951 0.891
#> 5 5 0.844 0.726 0.853 0.0960 0.964 0.911
#> 6 6 0.834 0.841 0.907 0.0639 0.881 0.682
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282870 2 0.689 0.771 0.184 0.816
#> GSM282871 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.141 0.966 0.020 0.980
#> GSM282904 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282921 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282873 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282874 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282882 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282887 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282888 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282903 1 0.971 0.319 0.600 0.400
#> GSM282907 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282909 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.963 0.371 0.388 0.612
#> GSM282893 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282897 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282898 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282899 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282900 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282901 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282916 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282919 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282923 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282917 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282922 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282926 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282925 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282935 2 0.416 0.900 0.084 0.916
#> GSM282938 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282983 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283002 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283003 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283004 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283005 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283008 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283011 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283034 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283049 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282936 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282961 1 0.506 0.868 0.888 0.112
#> GSM282964 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282969 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282970 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283033 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283035 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283036 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283038 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283046 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283055 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283018 2 0.973 0.331 0.404 0.596
#> GSM283025 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283045 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283048 2 0.781 0.698 0.232 0.768
#> GSM283052 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283054 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM282980 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.971 0.338 0.400 0.600
#> GSM283039 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.000 0.985 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.000 0.985 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282870 2 0.6579 0.4209 0.328 0.652 0.020
#> GSM282871 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 3 0.5859 0.4944 0.000 0.344 0.656
#> GSM282904 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282915 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM282921 1 0.6295 0.0513 0.528 0.000 0.472
#> GSM282927 3 0.2625 0.8824 0.084 0.000 0.916
#> GSM282873 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282876 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 1 0.0892 0.9579 0.980 0.000 0.020
#> GSM282882 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282903 1 0.9481 -0.0635 0.432 0.384 0.184
#> GSM282907 2 0.1411 0.9578 0.000 0.964 0.036
#> GSM282909 1 0.0892 0.9579 0.980 0.000 0.020
#> GSM282912 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282924 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM282891 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 2 0.8984 0.0690 0.368 0.496 0.136
#> GSM282893 2 0.0892 0.9673 0.000 0.980 0.020
#> GSM282894 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282895 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282896 2 0.0592 0.9766 0.000 0.988 0.012
#> GSM282897 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM282898 1 0.0237 0.9734 0.996 0.000 0.004
#> GSM282899 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282900 3 0.3116 0.8318 0.000 0.108 0.892
#> GSM282901 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0892 0.9710 0.000 0.980 0.020
#> GSM282916 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282919 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM282923 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282917 3 0.0892 0.9131 0.020 0.000 0.980
#> GSM282922 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282926 3 0.1411 0.9103 0.036 0.000 0.964
#> GSM282925 3 0.2959 0.8668 0.100 0.000 0.900
#> GSM282935 3 0.1015 0.9062 0.008 0.012 0.980
#> GSM282938 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM282940 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 2 0.0747 0.9707 0.000 0.984 0.016
#> GSM282956 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM282957 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282983 2 0.0237 0.9803 0.000 0.996 0.004
#> GSM282985 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM283000 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283001 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283002 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283003 3 0.1860 0.9047 0.052 0.000 0.948
#> GSM283004 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283007 1 0.4504 0.7295 0.804 0.000 0.196
#> GSM283008 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283034 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283049 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282936 3 0.2448 0.8890 0.076 0.000 0.924
#> GSM282937 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 1 0.3234 0.8529 0.908 0.072 0.020
#> GSM282964 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282967 2 0.0892 0.9673 0.000 0.980 0.020
#> GSM282969 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282970 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 2 0.0892 0.9673 0.000 0.980 0.020
#> GSM282975 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283029 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283033 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM283035 3 0.0892 0.9131 0.020 0.000 0.980
#> GSM283036 3 0.0892 0.9131 0.020 0.000 0.980
#> GSM283038 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283046 3 0.1860 0.9046 0.052 0.000 0.948
#> GSM283050 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283055 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM282928 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM282998 2 0.6307 -0.0289 0.000 0.512 0.488
#> GSM283013 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 3 0.1267 0.9129 0.024 0.004 0.972
#> GSM283025 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283028 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM283032 2 0.0000 0.9824 0.000 1.000 0.000
#> GSM283037 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM283040 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283042 3 0.0892 0.9131 0.020 0.000 0.980
#> GSM283045 3 0.0892 0.9131 0.020 0.000 0.980
#> GSM283048 3 0.1015 0.9092 0.012 0.008 0.980
#> GSM283052 3 0.1411 0.9103 0.036 0.000 0.964
#> GSM283054 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
#> GSM282980 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM283031 3 0.8762 0.2929 0.112 0.404 0.484
#> GSM283039 1 0.0000 0.9771 1.000 0.000 0.000
#> GSM283044 2 0.0592 0.9759 0.000 0.988 0.012
#> GSM283047 2 0.0747 0.9734 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282870 3 0.1661 0.8568 0.004 0.052 0.944 0.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282872 3 0.2593 0.8060 0.000 0.016 0.904 0.080
#> GSM282904 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0921 0.9568 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282913 2 0.0336 0.9657 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282915 2 0.1398 0.9486 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM282921 1 0.4996 0.0256 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM282927 4 0.1474 0.9101 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM282873 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282905 2 0.0336 0.9661 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282876 1 0.1302 0.9378 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.2408 0.7930 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.0188 0.9668 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0921 0.9568 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282903 3 0.1489 0.8306 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM282907 3 0.2814 0.7641 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM282909 3 0.3074 0.7299 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM282891 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.2872 0.8321 0.008 0.084 0.896 0.012
#> GSM282893 3 0.2868 0.7618 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 2 0.1211 0.9507 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282896 2 0.4978 0.3974 0.000 0.612 0.384 0.004
#> GSM282897 2 0.1398 0.9486 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM282898 1 0.4967 0.1349 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM282899 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.4015 0.6770 0.000 0.116 0.052 0.832
#> GSM282901 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 2 0.3486 0.7876 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM282916 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282919 2 0.1211 0.9507 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282923 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282917 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282922 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282926 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282925 4 0.2011 0.8736 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM282935 4 0.1209 0.9186 0.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM282938 2 0.1398 0.9486 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM282940 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282948 2 0.1022 0.9501 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282949 2 0.0592 0.9599 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282950 2 0.0921 0.9528 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282955 2 0.4961 0.1409 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282966 2 0.0921 0.9528 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM282957 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0817 0.9586 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282983 2 0.1398 0.9486 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM282985 2 0.1118 0.9527 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM283000 2 0.1489 0.9467 0.000 0.952 0.044 0.004
#> GSM283001 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 2 0.1661 0.9416 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM283003 4 0.2329 0.8773 0.072 0.000 0.012 0.916
#> GSM283004 1 0.1792 0.9116 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283007 1 0.3266 0.7845 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM283008 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283034 2 0.2266 0.9180 0.000 0.912 0.084 0.004
#> GSM283049 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.1792 0.8917 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM282937 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282954 2 0.1022 0.9499 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282961 3 0.2522 0.8272 0.076 0.016 0.908 0.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282967 3 0.1557 0.8557 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM282969 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282970 2 0.3528 0.7590 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282973 3 0.1716 0.8542 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283026 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283029 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283033 2 0.1637 0.9355 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM283035 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283036 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283038 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283046 4 0.0817 0.9323 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM283050 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283055 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM282928 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9688 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282998 2 0.6334 0.0318 0.000 0.484 0.060 0.456
#> GSM283013 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.1833 0.9208 0.032 0.000 0.024 0.944
#> GSM283025 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283028 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283032 2 0.1792 0.9298 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM283037 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283040 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283045 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283048 4 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 4 0.0188 0.9400 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283054 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM282980 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283031 3 0.2984 0.8271 0.000 0.084 0.888 0.028
#> GSM283039 1 0.0000 0.9804 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283044 2 0.1576 0.9446 0.000 0.948 0.048 0.004
#> GSM283047 2 0.1722 0.9421 0.000 0.944 0.048 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0162 0.80274 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0162 0.80274 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0510 0.79636 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0162 0.80274 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0162 0.80274 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282870 3 0.1831 0.61918 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076
#> GSM282871 2 0.0703 0.79013 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM282872 3 0.3282 0.57752 0.000 0.024 0.860 0.024 0.092
#> GSM282904 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.3857 0.35307 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM282913 2 0.0963 0.79648 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM282915 2 0.4114 0.18104 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM282921 1 0.4800 0.32353 0.604 0.000 0.000 0.368 0.028
#> GSM282927 4 0.1341 0.85423 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM282873 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM282875 2 0.1012 0.79888 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> GSM282905 2 0.1608 0.76890 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM282914 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282876 1 0.1992 0.91100 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> GSM282877 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282878 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282879 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282880 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282881 3 0.5087 0.68227 0.064 0.000 0.644 0.000 0.292
#> GSM282882 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282884 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282886 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282887 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282889 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282890 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.3366 0.50160 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM282903 3 0.4666 0.68172 0.016 0.000 0.572 0.000 0.412
#> GSM282907 3 0.4747 0.64885 0.000 0.016 0.500 0.000 0.484
#> GSM282909 3 0.5330 0.66407 0.056 0.000 0.548 0.000 0.396
#> GSM282912 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282920 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 2 0.4192 0.05764 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM282891 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.5410 0.66978 0.000 0.040 0.516 0.008 0.436
#> GSM282893 3 0.5876 0.59735 0.000 0.104 0.512 0.000 0.384
#> GSM282894 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 2 0.4101 0.19509 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM282896 5 0.5661 0.47815 0.000 0.272 0.120 0.000 0.608
#> GSM282897 2 0.4235 0.00913 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM282898 3 0.6957 0.33614 0.340 0.000 0.340 0.004 0.316
#> GSM282899 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282900 5 0.5249 0.09458 0.000 0.052 0.004 0.336 0.608
#> GSM282901 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282906 1 0.1121 0.94661 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282908 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 5 0.4501 0.19541 0.000 0.128 0.116 0.000 0.756
#> GSM282916 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282919 2 0.4126 0.15830 0.000 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM282923 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282917 4 0.1341 0.87041 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM282922 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282926 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282925 4 0.1732 0.82814 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM282935 4 0.4299 0.55132 0.000 0.000 0.004 0.608 0.388
#> GSM282938 2 0.4114 0.14674 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM282940 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0510 0.79636 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282948 2 0.3913 0.33063 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM282949 2 0.3636 0.42888 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM282950 2 0.3895 0.33903 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM282951 2 0.0324 0.80343 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM282952 2 0.0771 0.79437 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM282953 2 0.0510 0.79636 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM282955 3 0.4161 0.00546 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM282966 2 0.3895 0.33903 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0162 0.80274 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 2 0.4350 0.02687 0.000 0.588 0.000 0.004 0.408
#> GSM282957 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM282958 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM282960 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM282971 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM283015 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282963 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282977 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282978 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282987 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282988 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282989 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282990 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282991 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282992 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282993 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282994 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282995 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM283020 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.3707 0.39146 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM282939 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 1 0.0162 0.98404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282983 2 0.4114 0.18104 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM282985 2 0.4060 0.21711 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM283000 2 0.4294 -0.19012 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM283001 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 5 0.4302 0.23976 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM283003 4 0.5487 0.60914 0.148 0.000 0.004 0.668 0.180
#> GSM283004 1 0.2139 0.90244 0.916 0.000 0.032 0.000 0.052
#> GSM283005 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283007 1 0.3011 0.80774 0.844 0.000 0.000 0.140 0.016
#> GSM283008 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283034 5 0.5650 0.29040 0.000 0.460 0.076 0.000 0.464
#> GSM283049 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282936 4 0.2020 0.80040 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282954 2 0.3895 0.33903 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM282961 3 0.4193 0.69635 0.012 0.000 0.684 0.000 0.304
#> GSM282964 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282967 3 0.0162 0.63098 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM282969 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282970 2 0.6245 -0.19423 0.000 0.440 0.416 0.000 0.144
#> GSM282972 2 0.0451 0.80346 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM282973 3 0.3671 0.70043 0.000 0.008 0.756 0.000 0.236
#> GSM282975 2 0.0771 0.80295 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM282996 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283026 2 0.4425 -0.15659 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> GSM283029 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283033 2 0.4449 0.50790 0.000 0.752 0.080 0.000 0.168
#> GSM283035 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283036 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283038 2 0.4201 0.04269 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM283046 4 0.0404 0.88652 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.4210 0.02720 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM283055 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 2 0.4192 0.05764 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM282928 2 0.0000 0.80361 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282932 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282979 2 0.0609 0.80412 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282998 5 0.5513 0.49156 0.000 0.180 0.000 0.168 0.652
#> GSM283013 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.4119 0.74332 0.036 0.000 0.000 0.752 0.212
#> GSM283025 2 0.4210 0.02720 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM283028 2 0.4210 0.02720 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM283032 2 0.4714 0.45442 0.000 0.724 0.084 0.000 0.192
#> GSM283037 2 0.4192 0.05764 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM283040 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283045 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283048 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283052 4 0.0000 0.89085 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283054 2 0.4430 -0.17238 0.000 0.540 0.000 0.004 0.456
#> GSM282980 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.4192 0.05764 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM283031 3 0.5384 0.64840 0.000 0.044 0.564 0.008 0.384
#> GSM283039 1 0.0000 0.98761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283044 2 0.4192 0.05764 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM283047 2 0.4375 -0.02671 0.000 0.576 0.000 0.004 0.420
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0458 0.9514 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0363 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0692 0.9487 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM282867 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282870 5 0.1501 0.1928 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM282871 2 0.0806 0.9459 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> GSM282872 5 0.1413 0.2207 0.000 0.004 0.036 0.008 0.948 0.004
#> GSM282904 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.4039 -0.2111 0.000 0.568 0.008 0.424 0.000 0.000
#> GSM282913 2 0.0653 0.9414 0.000 0.980 0.004 0.012 0.004 0.000
#> GSM282915 4 0.3615 0.7967 0.000 0.292 0.008 0.700 0.000 0.000
#> GSM282921 1 0.5086 0.5283 0.672 0.000 0.004 0.048 0.044 0.232
#> GSM282927 6 0.1267 0.8243 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM282873 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282875 2 0.0260 0.9475 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282905 2 0.2250 0.8364 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040 0.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282876 1 0.3221 0.6357 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282878 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282879 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282880 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282881 3 0.4151 0.7364 0.052 0.000 0.744 0.012 0.192 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282886 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282887 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 2 0.0405 0.9462 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM282889 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282902 2 0.3672 0.1211 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> GSM282903 3 0.1605 0.7498 0.000 0.000 0.936 0.016 0.044 0.004
#> GSM282907 3 0.2060 0.7016 0.000 0.000 0.900 0.084 0.016 0.000
#> GSM282909 3 0.1262 0.7370 0.020 0.000 0.956 0.008 0.016 0.000
#> GSM282912 2 0.0436 0.9476 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282924 4 0.3383 0.8118 0.000 0.268 0.004 0.728 0.000 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.5770 0.6906 0.000 0.020 0.612 0.168 0.192 0.008
#> GSM282893 3 0.6310 0.6012 0.000 0.088 0.572 0.140 0.200 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282895 4 0.3874 0.7043 0.000 0.356 0.008 0.636 0.000 0.000
#> GSM282896 4 0.5628 0.3699 0.000 0.072 0.168 0.652 0.108 0.000
#> GSM282897 4 0.3357 0.7884 0.000 0.224 0.008 0.764 0.004 0.000
#> GSM282898 3 0.2814 0.5901 0.172 0.000 0.820 0.000 0.008 0.000
#> GSM282899 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.2252 0.3912 0.000 0.000 0.016 0.900 0.072 0.012
#> GSM282901 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282906 1 0.2883 0.7319 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.4600 -0.0423 0.000 0.028 0.468 0.500 0.004 0.000
#> GSM282916 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282919 4 0.3575 0.8007 0.000 0.284 0.008 0.708 0.000 0.000
#> GSM282923 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282917 6 0.2828 0.8022 0.000 0.000 0.036 0.072 0.020 0.872
#> GSM282922 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282926 6 0.0146 0.8703 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM282925 6 0.1556 0.7990 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> GSM282935 4 0.6744 -0.2449 0.000 0.000 0.224 0.452 0.056 0.268
#> GSM282938 4 0.3371 0.7952 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> GSM282940 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0692 0.9487 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM282948 5 0.3847 0.6047 0.000 0.348 0.000 0.008 0.644 0.000
#> GSM282949 5 0.4096 0.4144 0.000 0.484 0.000 0.008 0.508 0.000
#> GSM282950 5 0.3911 0.6066 0.000 0.368 0.000 0.008 0.624 0.000
#> GSM282951 2 0.0260 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0622 0.9454 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM282953 2 0.0692 0.9487 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> GSM282955 5 0.3043 0.4480 0.000 0.132 0.024 0.008 0.836 0.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282966 5 0.3911 0.6066 0.000 0.368 0.000 0.008 0.624 0.000
#> GSM282968 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.3314 0.8133 0.000 0.256 0.004 0.740 0.000 0.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0291 0.9526 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM282963 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282977 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282978 2 0.0551 0.9443 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM282987 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282988 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282989 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282990 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282991 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282992 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282993 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282994 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282995 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.3869 0.4003 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282981 1 0.0547 0.9632 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282983 4 0.3653 0.7918 0.000 0.300 0.008 0.692 0.000 0.000
#> GSM282985 4 0.3758 0.7507 0.000 0.324 0.008 0.668 0.000 0.000
#> GSM283000 4 0.4205 0.7339 0.000 0.204 0.064 0.728 0.004 0.000
#> GSM283001 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283002 4 0.3703 0.6564 0.000 0.132 0.072 0.792 0.004 0.000
#> GSM283003 6 0.7943 0.2332 0.132 0.000 0.268 0.148 0.052 0.400
#> GSM283004 1 0.3398 0.6462 0.740 0.000 0.252 0.000 0.008 0.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283007 1 0.2177 0.8898 0.908 0.000 0.004 0.024 0.004 0.060
#> GSM283008 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283034 4 0.4113 0.6653 0.000 0.132 0.012 0.768 0.088 0.000
#> GSM283049 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0458 0.9514 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282936 6 0.2456 0.7631 0.100 0.000 0.004 0.004 0.012 0.880
#> GSM282937 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282954 5 0.3923 0.6030 0.000 0.372 0.000 0.008 0.620 0.000
#> GSM282961 3 0.2912 0.7397 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM282964 2 0.0806 0.9454 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> GSM282965 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282967 5 0.1957 0.1682 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM282969 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282970 5 0.3049 0.4046 0.000 0.104 0.004 0.048 0.844 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282973 3 0.4417 0.5726 0.000 0.028 0.556 0.000 0.416 0.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.9524 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283026 4 0.3154 0.7614 0.000 0.184 0.004 0.800 0.012 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283033 2 0.5485 0.1325 0.000 0.560 0.012 0.320 0.108 0.000
#> GSM283035 6 0.0000 0.8696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 6 0.0146 0.8703 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283038 4 0.3541 0.8137 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012 0.000
#> GSM283046 6 0.0405 0.8672 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988
#> GSM283050 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.3494 0.8113 0.000 0.252 0.000 0.736 0.012 0.000
#> GSM283055 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.3541 0.8137 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012 0.000
#> GSM282928 2 0.0547 0.9505 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282979 2 0.0146 0.9520 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282998 4 0.3900 0.3814 0.000 0.020 0.076 0.808 0.088 0.008
#> GSM283013 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283018 6 0.6447 0.4683 0.028 0.000 0.104 0.272 0.044 0.552
#> GSM283025 4 0.3541 0.8137 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012 0.000
#> GSM283028 4 0.3541 0.8137 0.000 0.260 0.000 0.728 0.012 0.000
#> GSM283032 2 0.5587 0.0209 0.000 0.532 0.012 0.344 0.112 0.000
#> GSM283037 4 0.3564 0.8129 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012 0.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283042 6 0.0146 0.8703 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283045 6 0.0146 0.8703 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283048 6 0.0000 0.8696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 6 0.0146 0.8703 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM283054 4 0.3154 0.7614 0.000 0.184 0.004 0.800 0.012 0.000
#> GSM282980 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.3608 0.8099 0.000 0.272 0.000 0.716 0.012 0.000
#> GSM283031 3 0.6152 0.6215 0.000 0.004 0.520 0.208 0.252 0.016
#> GSM283039 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283044 4 0.3383 0.8118 0.000 0.268 0.004 0.728 0.000 0.000
#> GSM283047 4 0.3023 0.7922 0.000 0.212 0.004 0.784 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> ATC:skmeans 198 0.7856 1.99e-02 5.16e-03 2
#> ATC:skmeans 195 0.8728 3.65e-04 2.28e-03 3
#> ATC:skmeans 197 0.1191 1.09e-03 5.68e-03 4
#> ATC:skmeans 163 0.0723 2.39e-05 3.70e-06 5
#> ATC:skmeans 184 0.0526 1.19e-05 1.55e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.994 0.2536 0.753 0.753
#> 3 3 0.883 0.938 0.976 1.3230 0.584 0.474
#> 4 4 0.919 0.855 0.943 0.2208 0.765 0.496
#> 5 5 0.873 0.871 0.943 0.0494 0.882 0.635
#> 6 6 0.815 0.540 0.769 0.0677 0.937 0.759
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282869 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282870 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282872 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282913 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282915 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282921 2 0.0672 0.989 0.008 0.992
#> GSM282927 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282873 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282874 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282905 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282914 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282918 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282876 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282877 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282881 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282882 2 0.7056 0.772 0.192 0.808
#> GSM282883 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282884 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282885 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282887 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282888 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282890 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282902 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282903 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282907 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282909 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282920 2 0.3584 0.933 0.068 0.932
#> GSM282924 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282892 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282893 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282895 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282896 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282897 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282898 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282899 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282900 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282901 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282906 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282908 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282911 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282916 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282919 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282923 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282917 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282922 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282926 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282925 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282935 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282943 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282944 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282949 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282955 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.1414 0.981 0.980 0.020
#> GSM282962 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282981 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282983 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282985 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283000 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.1633 0.977 0.976 0.024
#> GSM283002 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283003 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283004 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283005 1 0.1414 0.981 0.980 0.020
#> GSM283006 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283007 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283008 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283009 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283010 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283011 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283022 2 0.8144 0.675 0.252 0.748
#> GSM283034 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283049 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283051 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282933 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282936 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282937 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282961 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282967 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282969 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282970 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282973 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282999 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283014 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283026 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283030 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283033 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283035 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283036 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283038 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283046 2 0.0938 0.987 0.012 0.988
#> GSM283050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283055 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283056 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282932 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282934 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282998 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283017 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283018 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283025 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283042 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283045 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283048 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283052 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283054 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM282980 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282982 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282984 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM282986 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283031 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283039 2 0.1184 0.984 0.016 0.984
#> GSM283044 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM283047 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282870 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282872 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282913 3 0.5785 0.537 0.000 0.332 0.668
#> GSM282915 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM282921 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282927 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282873 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282875 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282905 3 0.4121 0.759 0.000 0.168 0.832
#> GSM282914 3 0.6225 0.237 0.432 0.000 0.568
#> GSM282918 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282876 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282882 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282884 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282887 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282888 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282902 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282903 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282920 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282924 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282893 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282894 3 0.5810 0.484 0.336 0.000 0.664
#> GSM282895 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM282896 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282899 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282900 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282919 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282917 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282926 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282925 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282935 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282938 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282948 2 0.0237 0.978 0.000 0.996 0.004
#> GSM282949 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282952 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282953 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282955 3 0.4974 0.683 0.000 0.236 0.764
#> GSM282956 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282966 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM282957 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM283015 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282995 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282931 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.5098 0.667 0.000 0.248 0.752
#> GSM282985 2 0.3412 0.826 0.000 0.876 0.124
#> GSM283000 2 0.3412 0.826 0.000 0.876 0.124
#> GSM283001 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283002 3 0.0237 0.948 0.000 0.004 0.996
#> GSM283003 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283006 3 0.3267 0.837 0.116 0.000 0.884
#> GSM283007 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283009 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283010 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283011 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283034 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM283049 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282936 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282937 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282954 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282967 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282970 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282973 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.1163 0.928 0.028 0.000 0.972
#> GSM283026 3 0.1411 0.917 0.000 0.036 0.964
#> GSM283029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283033 2 0.3267 0.838 0.000 0.884 0.116
#> GSM283035 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283036 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283038 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM283046 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 2 0.5835 0.466 0.000 0.660 0.340
#> GSM283055 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282934 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM282998 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM283028 2 0.2066 0.911 0.000 0.940 0.060
#> GSM283032 2 0.6126 0.304 0.000 0.600 0.400
#> GSM283037 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM283040 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283042 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283045 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM282980 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282986 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM282997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM283031 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283039 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
#> GSM283044 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM283047 3 0.0000 0.952 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282869 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282870 4 0.4916 0.367 0.000 0.000 0.424 0.576
#> GSM282871 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282872 4 0.4925 0.359 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM282904 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282913 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282915 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282921 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM282927 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282873 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282875 4 0.0188 0.836 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282905 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282914 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282918 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282876 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282881 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM282882 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282886 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282887 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282888 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.4855 0.378 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM282903 4 0.4907 0.375 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM282907 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282909 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM282912 4 0.4933 0.135 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM282920 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282924 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 4 0.4866 0.405 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM282893 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282894 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282895 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 4 0.4999 0.187 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM282899 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282900 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282901 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282919 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282917 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282922 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282926 4 0.5000 0.173 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM282925 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282935 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM282938 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282940 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282948 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282949 4 0.4925 0.148 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM282950 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282951 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282952 4 0.4916 0.160 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM282953 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282955 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282956 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282966 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282971 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283015 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282978 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282992 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.4933 0.301 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM282995 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282931 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.4585 0.392 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM282983 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283000 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283001 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283002 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM283004 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM283005 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283006 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283007 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM283008 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283009 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283010 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283011 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283022 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283034 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0817 0.976 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282933 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282936 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282954 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282961 4 0.0592 0.832 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM282964 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.0469 0.957 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM282967 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282969 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282970 4 0.4830 0.427 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM282972 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282973 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283026 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283033 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283035 3 0.4898 0.155 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM283036 4 0.2281 0.774 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM283038 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.4933 0.301 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM282928 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.967 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM283013 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283018 4 0.0469 0.834 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM283025 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283037 2 0.4907 0.331 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM283040 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283042 4 0.1211 0.818 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM283045 4 0.4933 0.351 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM283048 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 4 0.4985 0.257 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM283054 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282980 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282982 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282986 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.4933 0.135 0.000 0.432 0.000 0.568
#> GSM283031 4 0.4830 0.427 0.000 0.000 0.392 0.608
#> GSM283039 3 0.0000 0.980 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283044 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 4 0.0000 0.839 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282857 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282860 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282861 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282863 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282864 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282865 2 0.0703 0.963 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282868 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282869 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282870 3 0.4030 0.495 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282872 3 0.3274 0.685 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282913 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282915 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282921 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282927 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282873 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282875 4 0.0162 0.873 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM282905 4 0.0290 0.872 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282914 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282918 3 0.0510 0.888 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282876 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.0703 0.881 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282882 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282883 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.3612 0.649 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM282885 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282887 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282888 4 0.0290 0.872 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.3074 0.742 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM282902 4 0.4114 0.439 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM282903 3 0.4088 0.463 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM282907 4 0.2179 0.799 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM282909 3 0.0880 0.875 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM282912 4 0.4045 0.482 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM282920 3 0.4273 0.298 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM282924 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.4201 0.364 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM282893 4 0.2127 0.802 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM282894 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282895 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282896 4 0.0963 0.855 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM282897 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282898 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282899 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.2230 0.796 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282919 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282923 3 0.2773 0.775 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM282917 4 0.3612 0.651 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM282922 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282926 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282925 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282935 4 0.3480 0.677 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> GSM282938 2 0.2179 0.873 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM282940 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282941 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282943 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282947 2 0.2074 0.882 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM282948 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282949 4 0.4045 0.482 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM282950 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282951 2 0.2074 0.882 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM282952 4 0.4015 0.498 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM282953 2 0.2074 0.882 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM282955 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282956 5 0.1608 0.906 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM282959 2 0.1851 0.899 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM282966 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282968 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283016 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 5 0.3109 0.731 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> GSM283041 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283043 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282957 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282960 2 0.2074 0.882 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283015 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282962 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282963 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282978 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282992 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282994 4 0.4088 0.459 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM282995 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM283020 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0404 0.988 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM282931 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282939 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282981 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282983 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282985 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283000 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283001 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283002 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283004 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283005 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283006 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283007 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283008 3 0.2020 0.829 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM283009 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283010 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283011 3 0.3774 0.609 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM283022 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283034 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283049 3 0.2516 0.797 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM283051 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282929 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282933 3 0.3074 0.742 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM282936 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282954 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282961 4 0.3586 0.656 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282965 2 0.2074 0.882 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM282967 4 0.1908 0.815 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM282969 3 0.0703 0.882 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM282970 3 0.4307 0.112 0.000 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282973 4 0.0290 0.872 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283026 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM283033 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283035 3 0.1792 0.822 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM283036 4 0.3949 0.547 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283046 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283055 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283056 4 0.4074 0.466 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM282928 2 0.0162 0.983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282930 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.2280 0.817 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM282934 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.2074 0.805 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM283013 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283018 4 0.2852 0.753 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283032 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283037 4 0.4182 0.381 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM283040 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM283042 4 0.4304 0.180 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM283045 3 0.0290 0.891 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM283048 4 0.3612 0.651 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM283052 3 0.0162 0.893 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283054 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM282980 3 0.3074 0.742 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM282982 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282984 3 0.0000 0.894 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282986 5 0.0162 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM282997 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 4 0.4074 0.466 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM283031 3 0.4300 0.163 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM283039 3 0.0290 0.892 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM283044 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM283047 4 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282860 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282863 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282864 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282865 1 0.5844 0.0510 0.476 0.308 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM282866 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282867 2 0.4684 0.5470 0.372 0.576 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM282868 2 0.4594 0.4224 0.476 0.488 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM282869 3 0.0547 0.7153 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282870 3 0.5478 -0.5723 0.000 0.000 0.452 0.124 0.424 0.000
#> GSM282871 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282872 3 0.5353 -0.5129 0.000 0.000 0.472 0.108 0.420 0.000
#> GSM282904 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM282910 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282913 4 0.0363 0.6855 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM282915 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282921 3 0.3565 0.4007 0.000 0.000 0.692 0.004 0.304 0.000
#> GSM282927 3 0.3823 -0.0148 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282873 3 0.0363 0.7194 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282874 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282875 4 0.0260 0.6852 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM282905 4 0.1444 0.6572 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282914 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282918 3 0.0632 0.7136 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM282876 3 0.2762 0.5772 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.4206 0.1964 0.000 0.000 0.620 0.024 0.356 0.000
#> GSM282882 6 0.1075 0.9459 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM282883 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.1327 0.6896 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM282885 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282886 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282887 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282888 4 0.3446 0.4067 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM282889 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.1141 0.6979 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM282902 1 0.4903 0.2147 0.476 0.060 0.000 0.464 0.000 0.000
#> GSM282903 3 0.5449 -0.4090 0.000 0.000 0.504 0.128 0.368 0.000
#> GSM282907 4 0.4224 0.0927 0.000 0.000 0.016 0.552 0.432 0.000
#> GSM282909 3 0.3955 -0.0369 0.000 0.000 0.560 0.004 0.436 0.000
#> GSM282912 1 0.4903 0.2142 0.476 0.060 0.000 0.464 0.000 0.000
#> GSM282920 3 0.3390 0.4754 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM282924 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282891 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM282892 5 0.5657 0.6220 0.000 0.000 0.412 0.152 0.436 0.000
#> GSM282893 4 0.4141 0.1075 0.000 0.000 0.012 0.556 0.432 0.000
#> GSM282894 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282895 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282896 4 0.4051 0.1203 0.000 0.000 0.008 0.560 0.432 0.000
#> GSM282897 4 0.3076 0.5005 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM282898 3 0.3390 0.4205 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM282899 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282900 4 0.4229 0.0824 0.000 0.000 0.016 0.548 0.436 0.000
#> GSM282901 3 0.1501 0.6900 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM282906 3 0.2762 0.5772 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM282908 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM282911 4 0.3482 0.3910 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> GSM282916 3 0.0363 0.7194 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM282919 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282923 3 0.1075 0.7008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM282917 4 0.4685 -0.0156 0.000 0.000 0.044 0.520 0.436 0.000
#> GSM282922 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282926 3 0.3823 -0.0148 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM282925 3 0.3428 0.3973 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM282935 4 0.4570 0.0128 0.000 0.000 0.036 0.528 0.436 0.000
#> GSM282938 1 0.5073 0.2413 0.476 0.076 0.000 0.448 0.000 0.000
#> GSM282940 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282941 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282943 3 0.1556 0.6877 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282947 1 0.5319 0.2597 0.476 0.104 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM282948 4 0.3862 -0.1242 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> GSM282949 1 0.5073 0.2413 0.476 0.076 0.000 0.448 0.000 0.000
#> GSM282950 4 0.3857 -0.1086 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000
#> GSM282951 1 0.5319 0.2597 0.476 0.104 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM282952 1 0.5033 0.2354 0.476 0.072 0.000 0.452 0.000 0.000
#> GSM282953 1 0.5319 0.2597 0.476 0.104 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM282955 4 0.3244 0.4684 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> GSM282956 6 0.0909 0.9631 0.012 0.000 0.000 0.000 0.020 0.968
#> GSM282959 1 0.5488 0.2603 0.476 0.128 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM282966 4 0.3862 -0.1242 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> GSM282968 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282974 2 0.4293 0.7097 0.200 0.716 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM283016 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283021 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283024 6 0.1334 0.9443 0.032 0.000 0.000 0.000 0.020 0.948
#> GSM283041 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283043 4 0.1444 0.6548 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM282957 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282958 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282960 1 0.5350 0.2603 0.476 0.108 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283015 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282962 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282963 2 0.0458 0.8419 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.1327 0.8263 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM282978 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282987 2 0.0260 0.8465 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282991 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282992 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282993 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282994 4 0.3693 0.4479 0.120 0.092 0.000 0.788 0.000 0.000
#> GSM282995 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM283020 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283023 1 0.4175 0.4118 0.524 0.000 0.000 0.000 0.464 0.012
#> GSM282931 4 0.3862 -0.1242 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> GSM282939 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282981 3 0.2762 0.5772 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM282983 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282985 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283000 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283001 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283002 4 0.2092 0.6153 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> GSM283003 3 0.3050 0.5209 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM283004 3 0.3737 0.1580 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM283005 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283006 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283007 3 0.3684 0.2261 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM283008 3 0.1151 0.7137 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM283009 3 0.0725 0.7200 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM283010 3 0.0363 0.7194 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283011 3 0.1556 0.6786 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM283022 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283034 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283049 3 0.0937 0.7055 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM283051 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282929 2 0.2706 0.7501 0.160 0.832 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM282933 3 0.1141 0.6979 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM282936 3 0.2491 0.6145 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> GSM282937 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282954 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282961 4 0.5223 -0.2140 0.000 0.000 0.092 0.472 0.436 0.000
#> GSM282964 2 0.3464 0.6064 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282965 1 0.5319 0.2597 0.476 0.104 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM282967 4 0.4141 0.1075 0.000 0.000 0.012 0.556 0.432 0.000
#> GSM282969 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282970 5 0.5903 0.6985 0.000 0.000 0.364 0.208 0.428 0.000
#> GSM282972 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282973 4 0.1910 0.6347 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM282975 2 0.3862 0.4318 0.476 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282996 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM282999 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283014 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283019 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283026 4 0.3804 0.1672 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM283029 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283030 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283033 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283035 3 0.5108 -0.4089 0.000 0.000 0.484 0.080 0.436 0.000
#> GSM283036 4 0.5067 -0.1467 0.000 0.000 0.076 0.488 0.436 0.000
#> GSM283038 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283046 3 0.3823 -0.0148 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM283050 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283053 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283055 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283056 1 0.5033 0.2358 0.476 0.072 0.000 0.452 0.000 0.000
#> GSM282928 2 0.1663 0.8160 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.1007 0.7034 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM282934 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.8488 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282998 4 0.4141 0.1075 0.000 0.000 0.012 0.556 0.432 0.000
#> GSM283013 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283017 3 0.0363 0.7194 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM283018 4 0.4444 0.0419 0.000 0.000 0.028 0.536 0.436 0.000
#> GSM283025 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283028 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283032 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283037 1 0.5073 0.2413 0.476 0.076 0.000 0.448 0.000 0.000
#> GSM283040 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM283042 5 0.5679 0.2436 0.000 0.000 0.156 0.408 0.436 0.000
#> GSM283045 3 0.4057 -0.0617 0.000 0.000 0.556 0.008 0.436 0.000
#> GSM283048 4 0.4889 -0.0818 0.000 0.000 0.060 0.504 0.436 0.000
#> GSM283052 3 0.3823 -0.0148 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM283054 4 0.3727 0.2511 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM282980 3 0.1141 0.6979 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM282982 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282986 6 0.0000 0.9892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM282997 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283012 1 0.3862 0.4220 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM283027 1 0.5073 0.2413 0.476 0.076 0.000 0.448 0.000 0.000
#> GSM283031 5 0.5813 0.6980 0.000 0.000 0.384 0.184 0.432 0.000
#> GSM283039 3 0.0000 0.7209 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283044 4 0.0000 0.6896 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283047 4 0.2664 0.5606 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> ATC:pam 202 0.0375 0.4227 3.98e-01 2
#> ATC:pam 198 0.0764 0.0126 9.16e-05 3
#> ATC:pam 176 0.2021 0.0288 2.03e-04 4
#> ATC:pam 187 0.2397 0.0196 6.75e-04 5
#> ATC:pam 120 0.7737 0.1567 2.21e-03 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.379 0.853 0.888 0.4339 0.536 0.536
#> 3 3 0.760 0.783 0.912 0.4209 0.738 0.555
#> 4 4 0.801 0.761 0.817 0.1177 0.883 0.721
#> 5 5 0.744 0.688 0.821 0.0719 0.912 0.748
#> 6 6 0.759 0.750 0.845 0.0446 0.941 0.790
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> GSM282857 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282860 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282861 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.1633 0.927 0.024 0.976
#> GSM282863 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282864 2 0.5629 0.828 0.132 0.868
#> GSM282865 2 0.4939 0.855 0.108 0.892
#> GSM282866 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.9044 0.423 0.680 0.320
#> GSM282870 2 0.8955 0.485 0.312 0.688
#> GSM282871 2 0.1184 0.930 0.016 0.984
#> GSM282872 1 0.6148 0.908 0.848 0.152
#> GSM282904 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282910 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282913 1 0.6887 0.880 0.816 0.184
#> GSM282915 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282921 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282927 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282873 1 0.9000 0.434 0.684 0.316
#> GSM282874 2 0.2423 0.915 0.040 0.960
#> GSM282875 2 0.6973 0.753 0.188 0.812
#> GSM282905 1 0.9686 0.553 0.604 0.396
#> GSM282914 1 0.0376 0.824 0.996 0.004
#> GSM282918 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282876 1 0.8327 0.565 0.736 0.264
#> GSM282877 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.9209 0.391 0.664 0.336
#> GSM282882 1 0.5294 0.767 0.880 0.120
#> GSM282883 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.5519 0.752 0.872 0.128
#> GSM282885 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.5408 0.841 0.124 0.876
#> GSM282887 1 0.8267 0.563 0.740 0.260
#> GSM282888 2 0.7950 0.660 0.240 0.760
#> GSM282889 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.6623 0.712 0.828 0.172
#> GSM282902 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282903 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282907 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282909 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282912 1 0.6343 0.901 0.840 0.160
#> GSM282920 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM282924 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282891 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.8207 0.799 0.744 0.256
#> GSM282893 1 0.8386 0.783 0.732 0.268
#> GSM282894 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282895 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282896 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282897 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282898 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282899 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282900 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282901 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282906 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282908 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282911 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282916 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282919 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282923 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282917 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282922 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282926 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282925 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282935 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282938 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282940 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282941 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282943 1 0.9896 0.442 0.560 0.440
#> GSM282944 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.4939 0.855 0.108 0.892
#> GSM282948 2 0.7602 0.699 0.220 0.780
#> GSM282949 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282950 2 0.6343 0.795 0.160 0.840
#> GSM282951 2 0.0376 0.933 0.004 0.996
#> GSM282952 2 0.2236 0.919 0.036 0.964
#> GSM282953 2 0.4939 0.855 0.108 0.892
#> GSM282955 2 0.8443 0.589 0.272 0.728
#> GSM282956 1 0.4939 0.760 0.892 0.108
#> GSM282959 2 0.1414 0.928 0.020 0.980
#> GSM282966 2 0.7056 0.747 0.192 0.808
#> GSM282968 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283043 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282957 2 0.3584 0.895 0.068 0.932
#> GSM282958 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.1633 0.926 0.024 0.976
#> GSM282971 2 0.2603 0.913 0.044 0.956
#> GSM283015 1 0.3274 0.860 0.940 0.060
#> GSM282962 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282963 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282978 1 0.9170 0.683 0.668 0.332
#> GSM282987 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> GSM282990 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> GSM282992 2 0.3114 0.905 0.056 0.944
#> GSM282993 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.6148 0.795 0.152 0.848
#> GSM282995 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM283020 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282931 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282939 2 0.1184 0.931 0.016 0.984
#> GSM282981 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282983 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282985 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283000 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283001 1 0.1843 0.840 0.972 0.028
#> GSM283002 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283003 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283004 1 0.6148 0.908 0.848 0.152
#> GSM283005 1 0.1184 0.832 0.984 0.016
#> GSM283006 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283008 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283009 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283010 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283011 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283022 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM283034 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283049 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283051 1 0.0376 0.824 0.996 0.004
#> GSM282929 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM282936 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM282937 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.6148 0.805 0.152 0.848
#> GSM282961 1 0.9129 0.413 0.672 0.328
#> GSM282964 2 0.7950 0.655 0.240 0.760
#> GSM282965 2 0.8861 0.497 0.304 0.696
#> GSM282967 2 0.8955 0.485 0.312 0.688
#> GSM282969 1 0.8608 0.761 0.716 0.284
#> GSM282970 1 0.9977 0.346 0.528 0.472
#> GSM282972 2 0.0938 0.931 0.012 0.988
#> GSM282973 1 0.9988 -0.163 0.520 0.480
#> GSM282975 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM283014 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.5737 0.904 0.864 0.136
#> GSM283026 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283029 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283033 1 0.9954 0.384 0.540 0.460
#> GSM283035 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283036 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283038 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283046 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283050 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283053 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283055 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283056 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282928 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282934 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM282998 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM283013 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283018 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283025 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283028 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283032 1 0.9710 0.544 0.600 0.400
#> GSM283037 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283040 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM283042 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283045 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283048 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283052 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283054 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282980 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282982 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282984 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM282986 1 0.5946 0.909 0.856 0.144
#> GSM282997 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.822 1.000 0.000
#> GSM283027 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283031 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283039 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283044 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
#> GSM283047 1 0.6048 0.910 0.852 0.148
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM282865 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM282866 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282869 2 0.6927 0.6346 0.240 0.700 0.060
#> GSM282870 2 0.6588 0.6785 0.208 0.732 0.060
#> GSM282871 2 0.0424 0.9113 0.000 0.992 0.008
#> GSM282872 3 0.1482 0.8745 0.020 0.012 0.968
#> GSM282904 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM282910 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282913 3 0.4062 0.6698 0.000 0.164 0.836
#> GSM282915 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282921 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282927 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282873 2 0.6875 0.6342 0.244 0.700 0.056
#> GSM282874 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM282875 2 0.5852 0.7316 0.180 0.776 0.044
#> GSM282905 2 0.9852 -0.0307 0.312 0.416 0.272
#> GSM282914 1 0.6180 0.3799 0.584 0.000 0.416
#> GSM282918 3 0.0892 0.8823 0.020 0.000 0.980
#> GSM282876 2 0.6965 0.6289 0.244 0.696 0.060
#> GSM282877 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282881 2 0.6875 0.6342 0.244 0.700 0.056
#> GSM282882 3 0.9588 -0.0661 0.324 0.216 0.460
#> GSM282883 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282884 2 0.9991 -0.2022 0.316 0.352 0.332
#> GSM282885 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282886 2 0.1525 0.8957 0.004 0.964 0.032
#> GSM282887 2 0.7222 0.6116 0.244 0.684 0.072
#> GSM282888 2 0.3780 0.8458 0.064 0.892 0.044
#> GSM282889 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282890 2 0.9877 -0.0488 0.296 0.412 0.292
#> GSM282902 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282903 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282907 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282909 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282912 3 0.4178 0.6659 0.000 0.172 0.828
#> GSM282920 1 0.6309 0.1631 0.500 0.000 0.500
#> GSM282924 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282891 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM282892 3 0.5363 0.4861 0.000 0.276 0.724
#> GSM282893 3 0.6516 0.0439 0.004 0.480 0.516
#> GSM282894 1 0.4605 0.7086 0.796 0.000 0.204
#> GSM282895 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282896 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282898 3 0.3816 0.7353 0.148 0.000 0.852
#> GSM282899 3 0.0424 0.8923 0.008 0.000 0.992
#> GSM282900 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282901 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282906 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282916 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282919 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282923 3 0.5497 0.4863 0.292 0.000 0.708
#> GSM282917 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282922 3 0.4002 0.7182 0.160 0.000 0.840
#> GSM282926 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282925 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282935 3 0.0237 0.8954 0.004 0.000 0.996
#> GSM282938 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 2 0.6927 0.6346 0.240 0.700 0.060
#> GSM282944 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM282948 2 0.1529 0.8916 0.000 0.960 0.040
#> GSM282949 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282950 2 0.1163 0.9009 0.000 0.972 0.028
#> GSM282951 2 0.0237 0.9122 0.000 0.996 0.004
#> GSM282952 2 0.0424 0.9114 0.000 0.992 0.008
#> GSM282953 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM282955 2 0.4558 0.8147 0.100 0.856 0.044
#> GSM282956 1 0.5581 0.7219 0.792 0.040 0.168
#> GSM282959 2 0.1031 0.9024 0.000 0.976 0.024
#> GSM282966 2 0.1031 0.9035 0.000 0.976 0.024
#> GSM282968 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283024 1 0.2959 0.7762 0.900 0.000 0.100
#> GSM283041 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283043 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282957 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM282958 2 0.0424 0.9113 0.000 0.992 0.008
#> GSM282960 2 0.1031 0.9024 0.000 0.976 0.024
#> GSM282971 2 0.0592 0.9100 0.000 0.988 0.012
#> GSM283015 1 0.6308 0.1901 0.508 0.000 0.492
#> GSM282962 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282963 2 0.0747 0.9072 0.000 0.984 0.016
#> GSM282977 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282978 2 0.8105 0.5608 0.196 0.648 0.156
#> GSM282987 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282989 2 0.0237 0.9122 0.000 0.996 0.004
#> GSM282990 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282992 2 0.0747 0.9081 0.000 0.984 0.016
#> GSM282993 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282994 2 0.2793 0.8733 0.044 0.928 0.028
#> GSM282995 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283023 1 0.2165 0.7927 0.936 0.000 0.064
#> GSM282931 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282983 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282985 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283000 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283001 1 0.4605 0.7079 0.796 0.000 0.204
#> GSM283002 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283003 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283004 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283005 3 0.5706 0.4186 0.320 0.000 0.680
#> GSM283006 1 0.5678 0.5718 0.684 0.000 0.316
#> GSM283007 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283008 3 0.5397 0.5092 0.280 0.000 0.720
#> GSM283009 3 0.1411 0.8669 0.036 0.000 0.964
#> GSM283010 3 0.5529 0.4752 0.296 0.000 0.704
#> GSM283011 3 0.5016 0.5876 0.240 0.000 0.760
#> GSM283022 1 0.6309 0.1764 0.504 0.000 0.496
#> GSM283034 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283049 3 0.5016 0.5883 0.240 0.000 0.760
#> GSM283051 1 0.6286 0.2677 0.536 0.000 0.464
#> GSM282929 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282933 1 0.6309 0.1631 0.500 0.000 0.500
#> GSM282936 3 0.6286 -0.0656 0.464 0.000 0.536
#> GSM282937 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282954 2 0.0892 0.9059 0.000 0.980 0.020
#> GSM282961 2 0.6875 0.6342 0.244 0.700 0.056
#> GSM282964 2 0.6578 0.6675 0.224 0.724 0.052
#> GSM282965 2 0.0892 0.9063 0.000 0.980 0.020
#> GSM282967 2 0.5558 0.7590 0.152 0.800 0.048
#> GSM282969 3 0.9795 -0.1134 0.316 0.256 0.428
#> GSM282970 2 0.7529 0.4971 0.316 0.624 0.060
#> GSM282972 2 0.0424 0.9113 0.000 0.992 0.008
#> GSM282973 2 0.6565 0.6619 0.232 0.720 0.048
#> GSM282975 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM282999 3 0.6274 -0.0306 0.456 0.000 0.544
#> GSM283014 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283019 1 0.6008 0.4889 0.628 0.000 0.372
#> GSM283026 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283029 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283033 2 0.1989 0.8848 0.004 0.948 0.048
#> GSM283035 3 0.0424 0.8923 0.008 0.000 0.992
#> GSM283036 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283038 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283046 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283053 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283055 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283056 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282932 3 0.2711 0.8162 0.088 0.000 0.912
#> GSM282934 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9129 0.000 1.000 0.000
#> GSM282998 3 0.6045 0.2567 0.380 0.000 0.620
#> GSM283013 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283017 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283018 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283025 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283028 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283032 2 0.5737 0.6181 0.012 0.732 0.256
#> GSM283037 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283040 3 0.5621 0.4496 0.308 0.000 0.692
#> GSM283042 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283045 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283048 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283052 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283054 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282980 3 0.4796 0.6218 0.220 0.000 0.780
#> GSM282982 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282984 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM282986 1 0.6026 0.4816 0.624 0.000 0.376
#> GSM282997 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.8141 1.000 0.000 0.000
#> GSM283027 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283031 3 0.0424 0.8914 0.000 0.008 0.992
#> GSM283039 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283044 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
#> GSM283047 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.0336 0.9496 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282856 2 0.0336 0.9504 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282857 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282858 2 0.0188 0.9499 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM282859 2 0.0188 0.9504 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM282860 2 0.0336 0.9504 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282861 2 0.0469 0.9487 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282862 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282863 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282864 2 0.0927 0.9450 0.000 0.976 0.008 NA
#> GSM282865 2 0.0524 0.9489 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM282866 2 0.0188 0.9502 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM282867 2 0.0336 0.9500 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282868 2 0.0188 0.9502 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM282869 1 0.5396 0.6008 0.524 0.000 0.012 NA
#> GSM282870 1 0.7675 0.5010 0.524 0.196 0.012 NA
#> GSM282871 2 0.1474 0.9308 0.000 0.948 0.000 NA
#> GSM282872 3 0.2456 0.8437 0.068 0.008 0.916 NA
#> GSM282904 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM282910 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282913 3 0.1635 0.8496 0.000 0.044 0.948 NA
#> GSM282915 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282921 3 0.0817 0.8833 0.024 0.000 0.976 NA
#> GSM282927 3 0.0524 0.8903 0.008 0.000 0.988 NA
#> GSM282873 1 0.5558 0.6018 0.528 0.004 0.012 NA
#> GSM282874 2 0.1004 0.9456 0.000 0.972 0.004 NA
#> GSM282875 1 0.7694 0.4807 0.508 0.216 0.008 NA
#> GSM282905 1 0.8753 0.4012 0.468 0.280 0.176 NA
#> GSM282914 1 0.1109 0.6354 0.968 0.000 0.028 NA
#> GSM282918 3 0.5137 0.2521 0.452 0.000 0.544 NA
#> GSM282876 1 0.5558 0.6018 0.528 0.004 0.012 NA
#> GSM282877 2 0.0336 0.9500 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282878 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282879 2 0.0188 0.9499 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM282880 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282881 1 0.5802 0.6005 0.520 0.012 0.012 NA
#> GSM282882 1 0.5478 0.6033 0.540 0.000 0.016 NA
#> GSM282883 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282884 1 0.5392 0.6013 0.528 0.000 0.012 NA
#> GSM282885 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282886 2 0.3529 0.8691 0.068 0.876 0.012 NA
#> GSM282887 1 0.5558 0.6018 0.528 0.004 0.012 NA
#> GSM282888 2 0.7708 0.2673 0.248 0.524 0.012 NA
#> GSM282889 2 0.0469 0.9500 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282890 1 0.5392 0.6013 0.528 0.000 0.012 NA
#> GSM282902 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282903 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM282907 3 0.0188 0.8924 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM282909 3 0.0804 0.8874 0.012 0.000 0.980 NA
#> GSM282912 3 0.2976 0.7536 0.000 0.120 0.872 NA
#> GSM282920 1 0.4454 0.3734 0.692 0.000 0.308 NA
#> GSM282924 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM282891 1 0.4985 0.5774 0.532 0.000 0.000 NA
#> GSM282892 3 0.6912 0.5456 0.132 0.132 0.680 NA
#> GSM282893 3 0.9085 0.1221 0.176 0.172 0.484 NA
#> GSM282894 1 0.0927 0.6381 0.976 0.000 0.016 NA
#> GSM282895 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282896 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM282897 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282898 3 0.4356 0.5812 0.292 0.000 0.708 NA
#> GSM282899 3 0.5236 0.2972 0.432 0.000 0.560 NA
#> GSM282900 3 0.0188 0.8924 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM282901 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM282906 3 0.0469 0.8912 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM282908 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM282911 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282916 3 0.0469 0.8912 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM282919 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM282923 3 0.5080 0.3374 0.420 0.000 0.576 NA
#> GSM282917 3 0.0376 0.8921 0.004 0.000 0.992 NA
#> GSM282922 3 0.4677 0.5432 0.316 0.000 0.680 NA
#> GSM282926 3 0.0469 0.8912 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM282925 3 0.0376 0.8921 0.004 0.000 0.992 NA
#> GSM282935 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM282938 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM282940 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282941 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282943 1 0.7587 0.5276 0.524 0.168 0.012 NA
#> GSM282944 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282946 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282947 2 0.0657 0.9476 0.000 0.984 0.004 NA
#> GSM282948 2 0.1822 0.9351 0.004 0.944 0.008 NA
#> GSM282949 2 0.0895 0.9464 0.000 0.976 0.004 NA
#> GSM282950 2 0.1807 0.9272 0.000 0.940 0.008 NA
#> GSM282951 2 0.0895 0.9497 0.000 0.976 0.004 NA
#> GSM282952 2 0.1109 0.9479 0.000 0.968 0.004 NA
#> GSM282953 2 0.0524 0.9489 0.000 0.988 0.004 NA
#> GSM282955 2 0.7152 0.4139 0.216 0.592 0.008 NA
#> GSM282956 1 0.4769 0.6279 0.684 0.000 0.008 NA
#> GSM282959 2 0.1545 0.9396 0.008 0.952 0.000 NA
#> GSM282966 2 0.1722 0.9296 0.000 0.944 0.008 NA
#> GSM282968 2 0.0469 0.9505 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282974 2 0.0188 0.9502 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM283016 1 0.4985 0.5774 0.532 0.000 0.000 NA
#> GSM283021 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM283024 1 0.1635 0.6362 0.948 0.000 0.008 NA
#> GSM283041 1 0.4985 0.5774 0.532 0.000 0.000 NA
#> GSM283043 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM282957 2 0.3560 0.8353 0.012 0.844 0.004 NA
#> GSM282958 2 0.0592 0.9501 0.000 0.984 0.000 NA
#> GSM282960 2 0.1488 0.9404 0.012 0.956 0.000 NA
#> GSM282971 2 0.2053 0.9127 0.000 0.924 0.004 NA
#> GSM283015 1 0.3764 0.5067 0.784 0.000 0.216 NA
#> GSM282962 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282963 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282977 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282978 1 0.8355 0.2997 0.468 0.184 0.308 NA
#> GSM282987 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282988 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282989 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282990 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282991 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282992 2 0.2599 0.9034 0.020 0.912 0.004 NA
#> GSM282993 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282994 2 0.4932 0.7687 0.068 0.792 0.012 NA
#> GSM282995 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM283020 1 0.4103 0.6157 0.744 0.000 0.000 NA
#> GSM283023 1 0.4072 0.6163 0.748 0.000 0.000 NA
#> GSM282931 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282939 2 0.0469 0.9502 0.000 0.988 0.000 NA
#> GSM282981 3 0.0469 0.8912 0.000 0.000 0.988 NA
#> GSM282983 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282985 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283000 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283001 1 0.3801 0.5020 0.780 0.000 0.220 NA
#> GSM283002 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283003 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283004 3 0.2742 0.8289 0.084 0.008 0.900 NA
#> GSM283005 1 0.2053 0.6208 0.924 0.000 0.072 NA
#> GSM283006 1 0.1004 0.6353 0.972 0.000 0.024 NA
#> GSM283007 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM283008 3 0.5050 0.3637 0.408 0.000 0.588 NA
#> GSM283009 3 0.4454 0.5566 0.308 0.000 0.692 NA
#> GSM283010 3 0.5060 0.3546 0.412 0.000 0.584 NA
#> GSM283011 1 0.5161 -0.0783 0.520 0.000 0.476 NA
#> GSM283022 1 0.4382 0.3945 0.704 0.000 0.296 NA
#> GSM283034 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM283049 3 0.4888 0.3594 0.412 0.000 0.588 NA
#> GSM283051 1 0.2266 0.6159 0.912 0.000 0.084 NA
#> GSM282929 2 0.0336 0.9507 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282933 1 0.4564 0.3359 0.672 0.000 0.328 NA
#> GSM282936 3 0.4898 0.3512 0.416 0.000 0.584 NA
#> GSM282937 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM282942 2 0.0188 0.9502 0.000 0.996 0.000 NA
#> GSM282945 2 0.0921 0.9442 0.000 0.972 0.000 NA
#> GSM282954 2 0.1356 0.9387 0.000 0.960 0.008 NA
#> GSM282961 1 0.5802 0.6005 0.520 0.012 0.012 NA
#> GSM282964 2 0.7889 -0.1212 0.392 0.416 0.012 NA
#> GSM282965 2 0.1042 0.9435 0.000 0.972 0.008 NA
#> GSM282967 1 0.7713 0.5013 0.516 0.196 0.012 NA
#> GSM282969 1 0.8568 0.5285 0.524 0.180 0.088 NA
#> GSM282970 1 0.7788 0.4186 0.520 0.264 0.016 NA
#> GSM282972 2 0.1557 0.9278 0.000 0.944 0.000 NA
#> GSM282973 1 0.5802 0.6005 0.520 0.012 0.012 NA
#> GSM282975 2 0.0707 0.9496 0.000 0.980 0.000 NA
#> GSM282996 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM282999 3 0.4898 0.3546 0.416 0.000 0.584 NA
#> GSM283014 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM283019 1 0.4356 0.4012 0.708 0.000 0.292 NA
#> GSM283026 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM283029 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM283030 3 0.4456 0.6000 0.280 0.000 0.716 NA
#> GSM283033 2 0.4441 0.8188 0.048 0.828 0.020 NA
#> GSM283035 3 0.0188 0.8924 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM283036 3 0.0376 0.8903 0.004 0.000 0.992 NA
#> GSM283038 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283046 3 0.0524 0.8909 0.004 0.000 0.988 NA
#> GSM283050 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM283053 3 0.0188 0.8924 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM283055 3 0.4194 0.6703 0.228 0.000 0.764 NA
#> GSM283056 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM282928 2 0.0000 0.9502 0.000 1.000 0.000 NA
#> GSM282930 2 0.0336 0.9500 0.000 0.992 0.000 NA
#> GSM282932 3 0.1890 0.8619 0.056 0.000 0.936 NA
#> GSM282934 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM282976 2 0.0817 0.9470 0.000 0.976 0.000 NA
#> GSM282979 2 0.0657 0.9476 0.000 0.984 0.004 NA
#> GSM282998 3 0.4898 0.3509 0.416 0.000 0.584 NA
#> GSM283013 1 0.4992 0.5754 0.524 0.000 0.000 NA
#> GSM283017 3 0.0376 0.8921 0.004 0.000 0.992 NA
#> GSM283018 3 0.0336 0.8921 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM283025 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM283028 3 0.0188 0.8924 0.000 0.000 0.996 NA
#> GSM283032 2 0.7157 0.5787 0.068 0.660 0.104 NA
#> GSM283037 3 0.0000 0.8928 0.000 0.000 1.000 NA
#> GSM283040 1 0.3306 0.5689 0.840 0.000 0.156 NA
#> GSM283042 3 0.0592 0.8885 0.016 0.000 0.984 NA
#> GSM283045 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM283048 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283052 3 0.0524 0.8916 0.004 0.000 0.988 NA
#> GSM283054 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 NA
#> GSM282980 1 0.4996 -0.0950 0.516 0.000 0.484 NA
#> GSM282982 3 0.1854 0.8637 0.048 0.000 0.940 NA
#> GSM282984 3 0.1489 0.8699 0.044 0.000 0.952 NA
#> GSM282986 1 0.4454 0.3734 0.692 0.000 0.308 NA
#> GSM282997 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM283012 1 0.5000 0.5701 0.504 0.000 0.000 NA
#> GSM283027 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283031 3 0.0927 0.8797 0.000 0.016 0.976 NA
#> GSM283039 3 0.1398 0.8727 0.040 0.000 0.956 NA
#> GSM283044 3 0.0188 0.8918 0.004 0.000 0.996 NA
#> GSM283047 3 0.0376 0.8903 0.004 0.000 0.992 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0000 0.88676 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.0963 0.88550 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM282857 2 0.0162 0.88645 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282858 2 0.0290 0.88605 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM282859 2 0.0703 0.88716 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282860 2 0.0162 0.88700 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282861 2 0.0162 0.88645 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282862 2 0.2127 0.86985 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM282863 2 0.2127 0.86985 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM282864 2 0.0671 0.88620 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM282865 2 0.0912 0.88801 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM282866 2 0.0771 0.88401 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM282867 2 0.1282 0.88489 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM282868 2 0.0000 0.88676 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282869 5 0.0290 0.51871 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM282870 5 0.1544 0.51938 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM282871 2 0.1493 0.87590 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM282872 3 0.2351 0.81800 0.000 0.000 0.896 0.016 0.088
#> GSM282904 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282910 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282913 3 0.0671 0.88033 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM282915 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282921 3 0.1478 0.84879 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM282927 3 0.1478 0.86358 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM282873 5 0.0162 0.51646 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282874 2 0.0992 0.88356 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM282875 5 0.2824 0.49498 0.000 0.116 0.000 0.020 0.864
#> GSM282905 5 0.4631 0.40810 0.008 0.100 0.092 0.016 0.784
#> GSM282914 5 0.6640 -0.51406 0.152 0.000 0.012 0.416 0.420
#> GSM282918 3 0.5123 0.14002 0.000 0.000 0.572 0.044 0.384
#> GSM282876 5 0.0162 0.51646 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282877 2 0.2124 0.87096 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM282878 2 0.0510 0.88495 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282879 2 0.0566 0.88688 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM282880 2 0.0510 0.88739 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282881 5 0.0162 0.51646 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282882 5 0.4271 -0.02401 0.012 0.000 0.012 0.252 0.724
#> GSM282883 2 0.3814 0.75924 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> GSM282884 5 0.0794 0.49584 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM282885 2 0.3969 0.73866 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> GSM282886 5 0.5742 0.03846 0.000 0.404 0.000 0.088 0.508
#> GSM282887 5 0.0290 0.51442 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM282888 5 0.3421 0.42954 0.000 0.204 0.000 0.008 0.788
#> GSM282889 2 0.3398 0.80256 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM282890 5 0.0794 0.49981 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM282902 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282903 3 0.0955 0.88228 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM282907 3 0.0703 0.88412 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282909 3 0.1251 0.87729 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> GSM282912 3 0.4479 0.54030 0.000 0.036 0.700 0.000 0.264
#> GSM282920 4 0.7095 0.70833 0.092 0.000 0.076 0.452 0.380
#> GSM282924 3 0.0290 0.88718 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282891 1 0.1965 0.91788 0.924 0.000 0.000 0.052 0.024
#> GSM282892 3 0.4581 0.51976 0.000 0.032 0.696 0.004 0.268
#> GSM282893 3 0.5381 0.00138 0.000 0.044 0.484 0.004 0.468
#> GSM282894 5 0.6668 -0.48624 0.172 0.000 0.012 0.332 0.484
#> GSM282895 3 0.0510 0.88557 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282896 3 0.0510 0.88557 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282897 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282898 3 0.5394 0.27979 0.004 0.000 0.604 0.064 0.328
#> GSM282899 3 0.4823 0.36838 0.000 0.000 0.644 0.040 0.316
#> GSM282900 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282901 3 0.1043 0.87778 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282906 3 0.1043 0.87778 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282908 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282911 3 0.0510 0.88744 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282916 3 0.1270 0.87434 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM282919 3 0.0162 0.88827 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282923 4 0.6164 0.63104 0.008 0.000 0.108 0.504 0.380
#> GSM282917 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282922 4 0.6786 0.37716 0.004 0.000 0.384 0.388 0.224
#> GSM282926 3 0.0290 0.88853 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM282925 3 0.0703 0.88282 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM282935 3 0.0162 0.88840 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282938 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282940 2 0.2074 0.87104 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM282941 2 0.2127 0.86985 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM282943 5 0.1197 0.52238 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM282944 2 0.0880 0.88638 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM282946 2 0.0162 0.88645 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282947 2 0.1106 0.88169 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> GSM282948 2 0.3812 0.72536 0.000 0.772 0.000 0.024 0.204
#> GSM282949 2 0.1579 0.87502 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM282950 2 0.3710 0.73231 0.000 0.784 0.000 0.024 0.192
#> GSM282951 2 0.2286 0.86923 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM282952 2 0.1579 0.88573 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM282953 2 0.0807 0.88513 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM282955 5 0.4029 0.35002 0.000 0.316 0.000 0.004 0.680
#> GSM282956 5 0.4788 -0.05645 0.064 0.000 0.000 0.240 0.696
#> GSM282959 2 0.4863 0.71261 0.000 0.656 0.000 0.296 0.048
#> GSM282966 2 0.4000 0.68299 0.000 0.748 0.000 0.024 0.228
#> GSM282968 2 0.0880 0.88615 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM282974 2 0.0703 0.88716 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM283016 1 0.1893 0.92071 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM283021 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283024 5 0.7209 -0.39830 0.332 0.000 0.016 0.296 0.356
#> GSM283041 1 0.2228 0.90738 0.912 0.000 0.000 0.048 0.040
#> GSM283043 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282957 2 0.3639 0.74762 0.000 0.792 0.000 0.024 0.184
#> GSM282958 2 0.1205 0.88606 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM282960 2 0.4863 0.71130 0.000 0.656 0.000 0.296 0.048
#> GSM282971 2 0.2171 0.85755 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> GSM283015 4 0.7099 0.67743 0.112 0.000 0.060 0.440 0.388
#> GSM282962 2 0.2020 0.87279 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM282963 2 0.3990 0.73528 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> GSM282977 2 0.3990 0.73528 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> GSM282978 5 0.5033 0.26777 0.004 0.064 0.168 0.024 0.740
#> GSM282987 2 0.3969 0.73866 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> GSM282988 2 0.3990 0.73528 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> GSM282989 2 0.3990 0.73528 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> GSM282990 2 0.3990 0.73528 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> GSM282991 2 0.2338 0.86947 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM282992 2 0.4040 0.63098 0.000 0.712 0.000 0.012 0.276
#> GSM282993 2 0.0510 0.88495 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM282994 2 0.6642 0.37855 0.004 0.480 0.000 0.224 0.292
#> GSM282995 2 0.2020 0.87279 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM283020 1 0.3413 0.78846 0.832 0.000 0.000 0.044 0.124
#> GSM283023 1 0.4238 0.64749 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> GSM282931 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282939 2 0.2127 0.86985 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM282981 3 0.1043 0.87932 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM282983 3 0.0162 0.88824 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM282985 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283000 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283001 5 0.7278 -0.68201 0.128 0.000 0.064 0.404 0.404
#> GSM283002 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283003 3 0.0880 0.88088 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM283004 3 0.2740 0.80037 0.000 0.000 0.876 0.028 0.096
#> GSM283005 5 0.6821 -0.64955 0.072 0.000 0.068 0.420 0.440
#> GSM283006 5 0.6849 -0.51549 0.180 0.000 0.016 0.356 0.448
#> GSM283007 3 0.0771 0.88460 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM283008 3 0.6620 -0.28981 0.004 0.000 0.452 0.192 0.352
#> GSM283009 3 0.4413 0.56708 0.000 0.000 0.724 0.044 0.232
#> GSM283010 3 0.6011 0.06297 0.008 0.000 0.544 0.100 0.348
#> GSM283011 5 0.6346 -0.63226 0.000 0.000 0.160 0.404 0.436
#> GSM283022 4 0.7100 0.70663 0.092 0.000 0.076 0.448 0.384
#> GSM283034 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283049 4 0.6387 0.61006 0.008 0.000 0.136 0.488 0.368
#> GSM283051 4 0.6360 0.56720 0.076 0.000 0.032 0.480 0.412
#> GSM282929 2 0.0880 0.88615 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM282933 4 0.7222 0.68703 0.092 0.000 0.088 0.440 0.380
#> GSM282936 4 0.7030 0.60703 0.020 0.000 0.196 0.404 0.380
#> GSM282937 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282942 2 0.0609 0.88411 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM282945 2 0.1579 0.87462 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM282954 2 0.3284 0.78279 0.000 0.828 0.000 0.024 0.148
#> GSM282961 5 0.0162 0.51646 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM282964 5 0.3353 0.44481 0.000 0.196 0.000 0.008 0.796
#> GSM282965 2 0.1579 0.87524 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM282967 5 0.1544 0.52069 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM282969 5 0.2696 0.44036 0.000 0.012 0.072 0.024 0.892
#> GSM282970 5 0.2574 0.49568 0.000 0.112 0.000 0.012 0.876
#> GSM282972 2 0.1893 0.86719 0.000 0.928 0.000 0.024 0.048
#> GSM282973 5 0.0451 0.51991 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> GSM282975 2 0.1484 0.88795 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM282996 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282999 4 0.7169 0.50694 0.020 0.000 0.280 0.424 0.276
#> GSM283014 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283019 4 0.7095 0.70833 0.092 0.000 0.076 0.452 0.380
#> GSM283026 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283029 1 0.1124 0.93614 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM283030 3 0.5253 0.48888 0.000 0.000 0.676 0.124 0.200
#> GSM283033 2 0.4757 0.40048 0.000 0.596 0.000 0.024 0.380
#> GSM283035 3 0.3636 0.56618 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM283036 3 0.0794 0.88334 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM283038 3 0.0290 0.88718 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM283046 3 0.0703 0.88282 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM283050 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283053 3 0.0290 0.88718 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM283055 3 0.3477 0.73874 0.000 0.000 0.824 0.040 0.136
#> GSM283056 3 0.0898 0.87969 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM282928 2 0.0000 0.88676 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.1341 0.88140 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM282932 3 0.4835 0.25911 0.004 0.000 0.592 0.384 0.020
#> GSM282934 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM282976 2 0.3969 0.73866 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> GSM282979 2 0.0703 0.88337 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM282998 5 0.7286 -0.47035 0.020 0.000 0.328 0.300 0.352
#> GSM283013 1 0.1568 0.92939 0.944 0.000 0.000 0.036 0.020
#> GSM283017 3 0.1908 0.83742 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM283018 3 0.0162 0.88843 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283025 3 0.0609 0.88150 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM283028 3 0.0290 0.88718 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM283032 5 0.5811 0.28897 0.000 0.340 0.076 0.012 0.572
#> GSM283037 3 0.0609 0.88150 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM283040 4 0.6434 0.58100 0.072 0.000 0.040 0.484 0.404
#> GSM283042 3 0.0955 0.88154 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM283045 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283048 3 0.0000 0.88816 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM283052 3 0.0162 0.88811 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283054 3 0.0510 0.88370 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM282980 5 0.6726 -0.58093 0.004 0.000 0.212 0.360 0.424
#> GSM282982 3 0.2570 0.83064 0.000 0.000 0.888 0.084 0.028
#> GSM282984 3 0.4451 0.42964 0.000 0.000 0.644 0.340 0.016
#> GSM282986 4 0.7004 0.68015 0.092 0.000 0.068 0.460 0.380
#> GSM282997 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283012 1 0.0162 0.94789 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM283027 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283031 3 0.0960 0.88290 0.000 0.004 0.972 0.016 0.008
#> GSM283039 3 0.4348 0.47924 0.000 0.000 0.668 0.316 0.016
#> GSM283044 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM283047 3 0.0162 0.88819 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.0000 0.7983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282856 2 0.1387 0.7708 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM282857 2 0.0000 0.7983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0146 0.7983 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM282859 2 0.0937 0.7913 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282860 2 0.0405 0.7994 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM282861 2 0.0458 0.7973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM282862 2 0.3432 0.5696 0.000 0.764 0.000 0.020 0.000 0.216
#> GSM282863 2 0.3432 0.5696 0.000 0.764 0.000 0.020 0.000 0.216
#> GSM282864 2 0.1152 0.7875 0.000 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM282865 2 0.0820 0.8005 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM282866 2 0.1059 0.7928 0.000 0.964 0.000 0.004 0.016 0.016
#> GSM282867 2 0.2100 0.7300 0.000 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112
#> GSM282868 2 0.0603 0.7985 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM282869 5 0.1155 0.7652 0.000 0.004 0.000 0.036 0.956 0.004
#> GSM282870 5 0.1906 0.7686 0.000 0.036 0.000 0.032 0.924 0.008
#> GSM282871 2 0.1536 0.7822 0.000 0.940 0.000 0.004 0.040 0.016
#> GSM282872 3 0.1976 0.8698 0.000 0.000 0.916 0.016 0.060 0.008
#> GSM282904 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282910 3 0.0993 0.8962 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> GSM282913 3 0.0777 0.8949 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> GSM282915 3 0.0632 0.8956 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM282921 3 0.1549 0.8898 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> GSM282927 3 0.2712 0.8529 0.000 0.000 0.864 0.048 0.000 0.088
#> GSM282873 5 0.0508 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM282874 2 0.1237 0.7935 0.000 0.956 0.000 0.004 0.020 0.020
#> GSM282875 5 0.1745 0.7598 0.000 0.068 0.000 0.000 0.920 0.012
#> GSM282905 5 0.4312 0.6582 0.000 0.040 0.096 0.072 0.784 0.008
#> GSM282914 4 0.4821 0.7623 0.020 0.000 0.000 0.696 0.196 0.088
#> GSM282918 3 0.4182 0.7407 0.000 0.000 0.768 0.032 0.148 0.052
#> GSM282876 5 0.0508 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM282877 2 0.2664 0.5959 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM282878 2 0.0000 0.7983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.0146 0.7986 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.0790 0.7930 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM282881 5 0.0508 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM282882 5 0.3993 -0.0245 0.000 0.000 0.000 0.400 0.592 0.008
#> GSM282883 6 0.3851 0.8425 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM282884 5 0.2278 0.6906 0.000 0.000 0.000 0.128 0.868 0.004
#> GSM282885 6 0.3747 0.9744 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM282886 5 0.5652 0.2454 0.000 0.260 0.000 0.012 0.572 0.156
#> GSM282887 5 0.0692 0.7651 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM282888 5 0.3107 0.7179 0.000 0.136 0.000 0.016 0.832 0.016
#> GSM282889 2 0.3756 -0.3565 0.000 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM282890 5 0.1471 0.7455 0.000 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> GSM282902 3 0.1391 0.8901 0.000 0.000 0.944 0.040 0.000 0.016
#> GSM282903 3 0.0777 0.8949 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM282907 3 0.0922 0.8950 0.000 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024
#> GSM282909 3 0.0922 0.8950 0.000 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024
#> GSM282912 3 0.4637 0.2279 0.000 0.016 0.528 0.000 0.440 0.016
#> GSM282920 4 0.3353 0.7832 0.012 0.000 0.008 0.824 0.136 0.020
#> GSM282924 3 0.1196 0.8910 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM282891 1 0.2778 0.8423 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008 0.000
#> GSM282892 3 0.3441 0.7392 0.000 0.004 0.784 0.000 0.188 0.024
#> GSM282893 3 0.4341 0.4440 0.000 0.004 0.616 0.000 0.356 0.024
#> GSM282894 4 0.4067 0.7702 0.024 0.000 0.000 0.748 0.200 0.028
#> GSM282895 3 0.0858 0.8949 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282896 3 0.0777 0.8949 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM282897 3 0.0291 0.8968 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM282898 3 0.3633 0.7637 0.000 0.000 0.800 0.024 0.148 0.028
#> GSM282899 3 0.3290 0.8019 0.000 0.000 0.820 0.004 0.132 0.044
#> GSM282900 3 0.0547 0.8957 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM282901 3 0.1152 0.8910 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> GSM282906 3 0.1152 0.8910 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> GSM282908 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282911 3 0.1065 0.8963 0.000 0.000 0.964 0.008 0.020 0.008
#> GSM282916 3 0.1606 0.8887 0.000 0.000 0.932 0.008 0.004 0.056
#> GSM282919 3 0.0858 0.8949 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282923 4 0.5678 0.6996 0.000 0.000 0.060 0.644 0.140 0.156
#> GSM282917 3 0.1007 0.8913 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM282922 4 0.6583 0.5228 0.000 0.000 0.240 0.516 0.076 0.168
#> GSM282926 3 0.1007 0.8913 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM282925 3 0.2066 0.8759 0.000 0.000 0.904 0.024 0.000 0.072
#> GSM282935 3 0.1616 0.8941 0.000 0.000 0.932 0.020 0.000 0.048
#> GSM282938 3 0.1297 0.8904 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012
#> GSM282940 2 0.3432 0.5696 0.000 0.764 0.000 0.020 0.000 0.216
#> GSM282941 2 0.3432 0.5696 0.000 0.764 0.000 0.020 0.000 0.216
#> GSM282943 5 0.1080 0.7667 0.000 0.004 0.000 0.032 0.960 0.004
#> GSM282944 2 0.1007 0.7848 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM282946 2 0.0603 0.7960 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM282947 2 0.1268 0.7896 0.000 0.952 0.000 0.004 0.036 0.008
#> GSM282948 2 0.4457 0.2187 0.000 0.596 0.004 0.004 0.376 0.020
#> GSM282949 2 0.1672 0.7778 0.000 0.932 0.000 0.004 0.048 0.016
#> GSM282950 2 0.3935 0.3891 0.000 0.688 0.000 0.004 0.292 0.016
#> GSM282951 2 0.3101 0.4640 0.000 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM282952 2 0.1924 0.7750 0.000 0.920 0.000 0.004 0.048 0.028
#> GSM282953 2 0.1036 0.7955 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024 0.008
#> GSM282955 5 0.2692 0.7028 0.000 0.148 0.000 0.000 0.840 0.012
#> GSM282956 5 0.4492 -0.3171 0.016 0.000 0.000 0.480 0.496 0.008
#> GSM282959 6 0.4333 0.9323 0.000 0.376 0.000 0.000 0.028 0.596
#> GSM282966 2 0.4187 0.2758 0.000 0.624 0.000 0.004 0.356 0.016
#> GSM282968 2 0.1204 0.7816 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM282974 2 0.1007 0.7867 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM283016 1 0.2948 0.8207 0.804 0.000 0.000 0.188 0.008 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283024 4 0.5138 0.5196 0.276 0.000 0.000 0.600 0.124 0.000
#> GSM283041 1 0.2473 0.8689 0.856 0.000 0.000 0.136 0.008 0.000
#> GSM283043 3 0.0972 0.8963 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> GSM282957 2 0.3570 0.5198 0.000 0.752 0.000 0.004 0.228 0.016
#> GSM282958 2 0.1908 0.7484 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096
#> GSM282960 6 0.4141 0.9540 0.000 0.388 0.000 0.000 0.016 0.596
#> GSM282971 2 0.1982 0.7614 0.000 0.912 0.000 0.004 0.068 0.016
#> GSM283015 4 0.3350 0.7835 0.016 0.000 0.004 0.812 0.156 0.012
#> GSM282962 2 0.3345 0.5848 0.000 0.776 0.000 0.020 0.000 0.204
#> GSM282963 6 0.3747 0.9744 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM282977 6 0.3756 0.9719 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM282978 5 0.4470 0.5139 0.000 0.028 0.192 0.036 0.736 0.008
#> GSM282987 6 0.3756 0.9719 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM282988 6 0.3747 0.9744 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM282989 6 0.3747 0.9744 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM282990 6 0.3747 0.9744 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM282991 2 0.3403 0.5732 0.000 0.768 0.000 0.020 0.000 0.212
#> GSM282992 2 0.4358 0.1881 0.000 0.624 0.000 0.012 0.348 0.016
#> GSM282993 2 0.0146 0.7986 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM282994 5 0.6163 -0.2467 0.000 0.216 0.000 0.008 0.388 0.388
#> GSM282995 2 0.3374 0.5818 0.000 0.772 0.000 0.020 0.000 0.208
#> GSM283020 1 0.3588 0.7943 0.788 0.000 0.000 0.152 0.060 0.000
#> GSM283023 1 0.4002 0.7285 0.744 0.000 0.000 0.188 0.068 0.000
#> GSM282931 3 0.1297 0.8904 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012
#> GSM282939 2 0.3432 0.5696 0.000 0.764 0.000 0.020 0.000 0.216
#> GSM282981 3 0.1285 0.8906 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM282983 3 0.0858 0.8949 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM282985 3 0.1074 0.8936 0.000 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> GSM283000 3 0.0891 0.8949 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> GSM283001 4 0.3733 0.7841 0.020 0.000 0.012 0.796 0.156 0.016
#> GSM283002 3 0.1176 0.8984 0.000 0.000 0.956 0.020 0.000 0.024
#> GSM283003 3 0.2145 0.8736 0.000 0.000 0.900 0.028 0.000 0.072
#> GSM283004 3 0.1321 0.8918 0.000 0.000 0.952 0.004 0.020 0.024
#> GSM283005 4 0.4435 0.7724 0.004 0.000 0.012 0.724 0.204 0.056
#> GSM283006 4 0.4195 0.7712 0.020 0.000 0.000 0.740 0.200 0.040
#> GSM283007 3 0.0653 0.8973 0.000 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> GSM283008 3 0.6538 0.0540 0.000 0.000 0.480 0.300 0.164 0.056
#> GSM283009 3 0.2900 0.8373 0.000 0.000 0.860 0.008 0.088 0.044
#> GSM283010 3 0.6077 0.3701 0.000 0.000 0.576 0.212 0.164 0.048
#> GSM283011 4 0.4274 0.7772 0.000 0.000 0.024 0.736 0.200 0.040
#> GSM283022 4 0.3347 0.7850 0.012 0.000 0.008 0.820 0.144 0.016
#> GSM283034 3 0.0632 0.8952 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM283049 4 0.6130 0.6660 0.000 0.000 0.116 0.608 0.128 0.148
#> GSM283051 4 0.5060 0.7533 0.012 0.000 0.004 0.676 0.192 0.116
#> GSM282929 2 0.0937 0.7854 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM282933 4 0.3546 0.7733 0.012 0.000 0.004 0.812 0.136 0.036
#> GSM282936 4 0.4672 0.7471 0.004 0.000 0.084 0.744 0.132 0.036
#> GSM282937 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0458 0.7973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM282945 2 0.1464 0.7845 0.000 0.944 0.000 0.004 0.036 0.016
#> GSM282954 2 0.3697 0.4632 0.000 0.732 0.000 0.004 0.248 0.016
#> GSM282961 5 0.0508 0.7682 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM282964 5 0.3351 0.6829 0.000 0.168 0.000 0.028 0.800 0.004
#> GSM282965 2 0.1814 0.7205 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM282967 5 0.1349 0.7649 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004
#> GSM282969 5 0.2237 0.7452 0.000 0.004 0.024 0.064 0.904 0.004
#> GSM282970 5 0.2658 0.7566 0.000 0.036 0.000 0.080 0.876 0.008
#> GSM282972 2 0.1801 0.7708 0.000 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> GSM282973 5 0.0653 0.7699 0.000 0.004 0.000 0.012 0.980 0.004
#> GSM282975 2 0.1753 0.7626 0.000 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> GSM282996 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282999 4 0.5420 0.6228 0.004 0.000 0.216 0.644 0.112 0.024
#> GSM283014 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283019 4 0.3353 0.7832 0.012 0.000 0.008 0.824 0.136 0.020
#> GSM283026 3 0.0603 0.8964 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM283029 1 0.1714 0.8945 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM283030 3 0.4447 0.7364 0.000 0.000 0.764 0.108 0.072 0.056
#> GSM283033 5 0.4241 0.3650 0.000 0.348 0.000 0.004 0.628 0.020
#> GSM283035 3 0.4626 0.5213 0.000 0.000 0.652 0.296 0.024 0.028
#> GSM283036 3 0.1719 0.8860 0.000 0.000 0.924 0.016 0.000 0.060
#> GSM283038 3 0.1265 0.8900 0.000 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008
#> GSM283046 3 0.1285 0.8899 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM283050 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283053 3 0.1196 0.8910 0.000 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM283055 3 0.2519 0.8589 0.000 0.000 0.884 0.004 0.068 0.044
#> GSM283056 3 0.1398 0.8873 0.000 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM282928 2 0.0405 0.7991 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM282930 2 0.2454 0.6471 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM282932 4 0.4450 0.4898 0.000 0.000 0.328 0.632 0.004 0.036
#> GSM282934 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282976 6 0.3756 0.9719 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM282979 2 0.0748 0.7969 0.000 0.976 0.000 0.004 0.016 0.004
#> GSM282998 4 0.5905 0.5121 0.004 0.000 0.284 0.548 0.148 0.016
#> GSM283013 1 0.2100 0.8843 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004 0.000
#> GSM283017 3 0.3118 0.8274 0.000 0.000 0.836 0.092 0.000 0.072
#> GSM283018 3 0.0937 0.8924 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM283025 3 0.1500 0.8885 0.000 0.000 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM283028 3 0.1297 0.8904 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012
#> GSM283032 5 0.3869 0.6622 0.000 0.180 0.040 0.000 0.768 0.012
#> GSM283037 3 0.1398 0.8873 0.000 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM283040 4 0.5014 0.7498 0.008 0.000 0.004 0.676 0.188 0.124
#> GSM283042 3 0.1926 0.8813 0.000 0.000 0.912 0.020 0.000 0.068
#> GSM283045 3 0.1007 0.8913 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM283048 3 0.1007 0.8913 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM283052 3 0.1007 0.8913 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM283054 3 0.1333 0.8893 0.000 0.000 0.944 0.048 0.000 0.008
#> GSM282980 4 0.6130 0.6691 0.000 0.000 0.152 0.584 0.200 0.064
#> GSM282982 3 0.4157 0.7537 0.000 0.000 0.772 0.124 0.020 0.084
#> GSM282984 3 0.5458 0.1866 0.000 0.000 0.512 0.372 0.004 0.112
#> GSM282986 4 0.3546 0.7733 0.012 0.000 0.004 0.812 0.136 0.036
#> GSM282997 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283027 3 0.1297 0.8904 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012
#> GSM283031 3 0.1036 0.8947 0.000 0.000 0.964 0.004 0.008 0.024
#> GSM283039 3 0.5408 0.1680 0.000 0.000 0.508 0.384 0.004 0.104
#> GSM283044 3 0.1391 0.8902 0.000 0.000 0.944 0.040 0.000 0.016
#> GSM283047 3 0.0993 0.8966 0.000 0.000 0.964 0.024 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> ATC:mclust 191 0.9471 0.000471 7.47e-08 2
#> ATC:mclust 179 0.1852 0.004612 7.82e-09 3
#> ATC:mclust 178 0.7838 0.003673 1.24e-06 4
#> ATC:mclust 166 0.1129 0.005928 2.57e-05 5
#> ATC:mclust 183 0.0863 0.028345 8.96e-09 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 37635 rows and 202 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.759 0.856 0.942 0.4820 0.510 0.510
#> 3 3 0.461 0.638 0.799 0.2664 0.833 0.697
#> 4 4 0.447 0.500 0.740 0.1166 0.855 0.693
#> 5 5 0.579 0.562 0.762 0.1145 0.783 0.477
#> 6 6 0.616 0.504 0.744 0.0404 0.911 0.671
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM282855 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282856 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282860 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282864 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282865 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282866 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282867 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282868 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282869 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282870 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282871 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282872 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282904 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282910 2 0.7219 0.7406 0.200 0.800
#> GSM282913 1 0.8713 0.5716 0.708 0.292
#> GSM282915 1 0.9970 0.0867 0.532 0.468
#> GSM282921 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282927 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282873 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282874 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282875 2 0.9732 0.3635 0.404 0.596
#> GSM282905 1 0.7139 0.7283 0.804 0.196
#> GSM282914 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282918 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282876 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282877 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282878 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282879 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282880 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282881 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282882 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282883 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282884 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282885 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282886 2 0.9000 0.5611 0.316 0.684
#> GSM282887 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282888 1 0.1414 0.9245 0.980 0.020
#> GSM282889 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282890 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282902 2 0.0938 0.9158 0.012 0.988
#> GSM282903 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282907 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282909 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282912 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282920 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282924 2 0.7219 0.7406 0.200 0.800
#> GSM282891 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282892 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282893 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282894 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282895 1 0.9522 0.3943 0.628 0.372
#> GSM282896 1 0.0376 0.9384 0.996 0.004
#> GSM282897 1 0.7219 0.7227 0.800 0.200
#> GSM282898 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282899 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282900 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282901 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282906 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282908 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282911 1 0.6247 0.7808 0.844 0.156
#> GSM282916 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282919 1 0.8713 0.5716 0.708 0.292
#> GSM282923 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282917 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282922 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282926 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282925 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282935 1 0.0376 0.9384 0.996 0.004
#> GSM282938 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282943 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282944 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282947 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282948 2 0.9522 0.4446 0.372 0.628
#> GSM282949 2 0.6343 0.7858 0.160 0.840
#> GSM282950 2 0.8713 0.6039 0.292 0.708
#> GSM282951 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282952 2 0.7139 0.7456 0.196 0.804
#> GSM282953 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282955 1 0.8608 0.5866 0.716 0.284
#> GSM282956 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282959 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282966 2 0.9248 0.5145 0.340 0.660
#> GSM282968 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM283016 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283021 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283024 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283041 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283043 1 0.9970 0.0867 0.532 0.468
#> GSM282957 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282958 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282960 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282971 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM283015 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282962 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282963 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282977 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282978 2 0.7139 0.7456 0.196 0.804
#> GSM282987 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282988 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282989 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282990 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282991 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282992 1 0.9983 0.0546 0.524 0.476
#> GSM282993 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282994 2 0.0672 0.9186 0.008 0.992
#> GSM282995 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM283020 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283023 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282931 2 0.3879 0.8656 0.076 0.924
#> GSM282939 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282981 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282983 1 0.9608 0.3627 0.616 0.384
#> GSM282985 2 0.9427 0.4721 0.360 0.640
#> GSM283000 2 0.9393 0.4809 0.356 0.644
#> GSM283001 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283002 1 0.9635 0.3518 0.612 0.388
#> GSM283003 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283004 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283005 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283006 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283007 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283008 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283009 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283010 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283011 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283022 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283034 1 0.9427 0.4243 0.640 0.360
#> GSM283049 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283051 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282929 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282933 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282936 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282937 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282942 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282945 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282954 2 0.9608 0.4156 0.384 0.616
#> GSM282961 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282964 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282965 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282967 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282969 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282970 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282972 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282973 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282975 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282996 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282999 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283014 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283019 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283026 1 0.8499 0.6011 0.724 0.276
#> GSM283029 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283030 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283033 1 0.9732 0.3055 0.596 0.404
#> GSM283035 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283036 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283038 2 0.9850 0.2922 0.428 0.572
#> GSM283046 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283050 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283053 2 0.9732 0.3635 0.404 0.596
#> GSM283055 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283056 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282928 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282930 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282932 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282934 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282976 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282979 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM282998 1 0.0376 0.9384 0.996 0.004
#> GSM283013 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283017 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283018 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283025 2 0.9775 0.3407 0.412 0.588
#> GSM283028 2 0.9710 0.3743 0.400 0.600
#> GSM283032 1 0.6712 0.7554 0.824 0.176
#> GSM283037 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM283040 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283042 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283045 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283048 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283052 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283054 1 0.9635 0.3518 0.612 0.388
#> GSM282980 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282982 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282984 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282986 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM282997 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283012 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283027 2 0.0000 0.9240 0.000 1.000
#> GSM283031 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283039 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> GSM283044 2 0.7056 0.7503 0.192 0.808
#> GSM283047 1 0.9286 0.4622 0.656 0.344
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM282855 2 0.0592 0.8183 0.012 0.988 0.000
#> GSM282856 2 0.0237 0.8190 0.004 0.996 0.000
#> GSM282857 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282858 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0237 0.8190 0.004 0.996 0.000
#> GSM282861 2 0.0424 0.8188 0.008 0.992 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282864 2 0.2356 0.8029 0.072 0.928 0.000
#> GSM282865 2 0.1031 0.8178 0.024 0.976 0.000
#> GSM282866 2 0.1860 0.8104 0.052 0.948 0.000
#> GSM282867 2 0.0892 0.8198 0.020 0.980 0.000
#> GSM282868 2 0.1289 0.8163 0.032 0.968 0.000
#> GSM282869 3 0.3816 0.7183 0.148 0.000 0.852
#> GSM282870 3 0.4178 0.6762 0.172 0.000 0.828
#> GSM282871 2 0.2165 0.8061 0.064 0.936 0.000
#> GSM282872 3 0.6848 0.5898 0.164 0.100 0.736
#> GSM282904 3 0.3551 0.7168 0.132 0.000 0.868
#> GSM282910 2 0.1015 0.8188 0.008 0.980 0.012
#> GSM282913 2 0.8717 0.2910 0.188 0.592 0.220
#> GSM282915 2 0.6778 0.5676 0.080 0.732 0.188
#> GSM282921 3 0.4399 0.6573 0.188 0.000 0.812
#> GSM282927 3 0.6008 0.3355 0.372 0.000 0.628
#> GSM282873 1 0.5178 0.6564 0.744 0.000 0.256
#> GSM282874 2 0.5254 0.6580 0.264 0.736 0.000
#> GSM282875 1 0.6937 0.4478 0.680 0.272 0.048
#> GSM282905 3 0.8756 0.1985 0.128 0.332 0.540
#> GSM282914 3 0.6280 0.0248 0.460 0.000 0.540
#> GSM282918 3 0.1643 0.7497 0.044 0.000 0.956
#> GSM282876 1 0.6008 0.5287 0.628 0.000 0.372
#> GSM282877 2 0.0892 0.8174 0.020 0.980 0.000
#> GSM282878 2 0.0592 0.8186 0.012 0.988 0.000
#> GSM282879 2 0.1643 0.8108 0.044 0.956 0.000
#> GSM282880 2 0.1411 0.8145 0.036 0.964 0.000
#> GSM282881 1 0.5835 0.5851 0.660 0.000 0.340
#> GSM282882 3 0.3686 0.7121 0.140 0.000 0.860
#> GSM282883 2 0.2356 0.8008 0.072 0.928 0.000
#> GSM282884 3 0.4504 0.6592 0.196 0.000 0.804
#> GSM282885 2 0.5178 0.6618 0.256 0.744 0.000
#> GSM282886 1 0.7634 0.0247 0.524 0.432 0.044
#> GSM282887 1 0.6180 0.4146 0.584 0.000 0.416
#> GSM282888 1 0.6678 0.6727 0.724 0.060 0.216
#> GSM282889 2 0.4399 0.7271 0.188 0.812 0.000
#> GSM282890 1 0.5926 0.5573 0.644 0.000 0.356
#> GSM282902 2 0.0237 0.8190 0.004 0.996 0.000
#> GSM282903 3 0.4413 0.7221 0.124 0.024 0.852
#> GSM282907 1 0.7234 0.6183 0.640 0.048 0.312
#> GSM282909 3 0.6225 0.1410 0.432 0.000 0.568
#> GSM282912 2 0.4974 0.6867 0.236 0.764 0.000
#> GSM282920 3 0.2625 0.7287 0.084 0.000 0.916
#> GSM282924 2 0.1774 0.8146 0.024 0.960 0.016
#> GSM282891 3 0.2448 0.7428 0.076 0.000 0.924
#> GSM282892 3 0.2926 0.7312 0.040 0.036 0.924
#> GSM282893 3 0.4749 0.6749 0.040 0.116 0.844
#> GSM282894 3 0.3482 0.7210 0.128 0.000 0.872
#> GSM282895 2 0.7482 0.4877 0.108 0.688 0.204
#> GSM282896 3 0.4228 0.6433 0.008 0.148 0.844
#> GSM282897 2 0.9536 -0.0617 0.252 0.488 0.260
#> GSM282898 1 0.6295 0.2257 0.528 0.000 0.472
#> GSM282899 3 0.3482 0.7180 0.128 0.000 0.872
#> GSM282900 3 0.4565 0.6896 0.064 0.076 0.860
#> GSM282901 3 0.1860 0.7498 0.052 0.000 0.948
#> GSM282906 3 0.4654 0.6458 0.208 0.000 0.792
#> GSM282908 3 0.2448 0.7421 0.076 0.000 0.924
#> GSM282911 1 0.8118 0.6233 0.648 0.188 0.164
#> GSM282916 3 0.1964 0.7378 0.056 0.000 0.944
#> GSM282919 2 0.7080 0.2407 0.024 0.564 0.412
#> GSM282923 3 0.5926 0.3741 0.356 0.000 0.644
#> GSM282917 3 0.4526 0.6871 0.040 0.104 0.856
#> GSM282922 3 0.4504 0.6549 0.196 0.000 0.804
#> GSM282926 3 0.3412 0.7080 0.124 0.000 0.876
#> GSM282925 3 0.2261 0.7357 0.068 0.000 0.932
#> GSM282935 3 0.5719 0.6163 0.052 0.156 0.792
#> GSM282938 2 0.1163 0.8161 0.028 0.972 0.000
#> GSM282940 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282943 3 0.2625 0.7288 0.084 0.000 0.916
#> GSM282944 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282947 2 0.2261 0.8045 0.068 0.932 0.000
#> GSM282948 2 0.6297 0.6988 0.184 0.756 0.060
#> GSM282949 2 0.3412 0.7985 0.124 0.876 0.000
#> GSM282950 2 0.6728 0.6690 0.128 0.748 0.124
#> GSM282951 2 0.3752 0.7726 0.144 0.856 0.000
#> GSM282952 2 0.6398 0.5084 0.372 0.620 0.008
#> GSM282953 2 0.2066 0.8077 0.060 0.940 0.000
#> GSM282955 2 0.8602 0.1457 0.408 0.492 0.100
#> GSM282956 3 0.6235 0.1364 0.436 0.000 0.564
#> GSM282959 2 0.6798 0.4310 0.400 0.584 0.016
#> GSM282966 2 0.6176 0.6974 0.100 0.780 0.120
#> GSM282968 2 0.0592 0.8190 0.012 0.988 0.000
#> GSM282974 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM283016 3 0.4887 0.6172 0.228 0.000 0.772
#> GSM283021 3 0.2878 0.7347 0.096 0.000 0.904
#> GSM283024 3 0.2165 0.7455 0.064 0.000 0.936
#> GSM283041 3 0.4062 0.6882 0.164 0.000 0.836
#> GSM283043 2 0.7058 0.5614 0.100 0.720 0.180
#> GSM282957 2 0.5291 0.6555 0.268 0.732 0.000
#> GSM282958 2 0.5216 0.6630 0.260 0.740 0.000
#> GSM282960 2 0.6298 0.4810 0.388 0.608 0.004
#> GSM282971 2 0.3192 0.7875 0.112 0.888 0.000
#> GSM283015 3 0.2796 0.7385 0.092 0.000 0.908
#> GSM282962 2 0.0592 0.8186 0.012 0.988 0.000
#> GSM282963 2 0.5178 0.6618 0.256 0.744 0.000
#> GSM282977 2 0.3619 0.7685 0.136 0.864 0.000
#> GSM282978 1 0.7319 0.0671 0.548 0.420 0.032
#> GSM282987 2 0.2959 0.7896 0.100 0.900 0.000
#> GSM282988 2 0.5178 0.6618 0.256 0.744 0.000
#> GSM282989 2 0.5178 0.6618 0.256 0.744 0.000
#> GSM282990 2 0.5291 0.6512 0.268 0.732 0.000
#> GSM282991 2 0.0892 0.8174 0.020 0.980 0.000
#> GSM282992 1 0.8022 0.1860 0.544 0.388 0.068
#> GSM282993 2 0.0892 0.8174 0.020 0.980 0.000
#> GSM282994 2 0.7056 0.3892 0.404 0.572 0.024
#> GSM282995 2 0.0592 0.8186 0.012 0.988 0.000
#> GSM283020 3 0.1753 0.7487 0.048 0.000 0.952
#> GSM283023 3 0.2448 0.7428 0.076 0.000 0.924
#> GSM282931 2 0.0237 0.8190 0.004 0.996 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282981 3 0.1529 0.7513 0.040 0.000 0.960
#> GSM282983 2 0.7259 0.4600 0.072 0.680 0.248
#> GSM282985 2 0.4645 0.6880 0.008 0.816 0.176
#> GSM283000 2 0.4128 0.7280 0.012 0.856 0.132
#> GSM283001 3 0.1964 0.7379 0.056 0.000 0.944
#> GSM283002 2 0.7710 0.4927 0.144 0.680 0.176
#> GSM283003 3 0.4692 0.6912 0.168 0.012 0.820
#> GSM283004 3 0.6062 0.3003 0.384 0.000 0.616
#> GSM283005 3 0.5882 0.4025 0.348 0.000 0.652
#> GSM283006 3 0.3340 0.7228 0.120 0.000 0.880
#> GSM283007 3 0.2926 0.7313 0.040 0.036 0.924
#> GSM283008 3 0.2537 0.7299 0.080 0.000 0.920
#> GSM283009 3 0.2537 0.7299 0.080 0.000 0.920
#> GSM283010 3 0.1411 0.7432 0.036 0.000 0.964
#> GSM283011 3 0.0892 0.7499 0.020 0.000 0.980
#> GSM283022 3 0.0424 0.7487 0.008 0.000 0.992
#> GSM283034 3 0.9286 0.1892 0.184 0.312 0.504
#> GSM283049 3 0.6291 -0.0109 0.468 0.000 0.532
#> GSM283051 3 0.6008 0.3357 0.372 0.000 0.628
#> GSM282929 2 0.1289 0.8178 0.032 0.968 0.000
#> GSM282933 3 0.4346 0.6609 0.184 0.000 0.816
#> GSM282936 3 0.4750 0.6289 0.216 0.000 0.784
#> GSM282937 3 0.2878 0.7347 0.096 0.000 0.904
#> GSM282942 2 0.0424 0.8188 0.008 0.992 0.000
#> GSM282945 2 0.2066 0.8057 0.060 0.940 0.000
#> GSM282954 2 0.6662 0.6715 0.120 0.752 0.128
#> GSM282961 1 0.5138 0.6579 0.748 0.000 0.252
#> GSM282964 2 0.7680 0.5778 0.188 0.680 0.132
#> GSM282965 2 0.2066 0.8060 0.060 0.940 0.000
#> GSM282967 1 0.6853 0.6580 0.712 0.064 0.224
#> GSM282969 3 0.3816 0.6953 0.148 0.000 0.852
#> GSM282970 3 0.5517 0.5685 0.268 0.004 0.728
#> GSM282972 2 0.3752 0.7724 0.144 0.856 0.000
#> GSM282973 1 0.5578 0.6633 0.748 0.012 0.240
#> GSM282975 2 0.5254 0.6580 0.264 0.736 0.000
#> GSM282996 3 0.1163 0.7501 0.028 0.000 0.972
#> GSM282999 3 0.2448 0.7321 0.076 0.000 0.924
#> GSM283014 3 0.1289 0.7497 0.032 0.000 0.968
#> GSM283019 3 0.0892 0.7456 0.020 0.000 0.980
#> GSM283026 3 0.8661 0.1956 0.116 0.348 0.536
#> GSM283029 3 0.4931 0.6133 0.232 0.000 0.768
#> GSM283030 3 0.1163 0.7479 0.028 0.000 0.972
#> GSM283033 3 0.9355 0.1702 0.188 0.320 0.492
#> GSM283035 3 0.5277 0.6415 0.180 0.024 0.796
#> GSM283036 3 0.7576 0.4704 0.276 0.076 0.648
#> GSM283038 2 0.8357 0.4661 0.148 0.620 0.232
#> GSM283046 3 0.2448 0.7334 0.076 0.000 0.924
#> GSM283050 3 0.3412 0.7202 0.124 0.000 0.876
#> GSM283053 2 0.9287 0.2687 0.188 0.508 0.304
#> GSM283055 3 0.2711 0.7385 0.088 0.000 0.912
#> GSM283056 2 0.4473 0.7316 0.164 0.828 0.008
#> GSM282928 2 0.0000 0.8192 0.000 1.000 0.000
#> GSM282930 2 0.3686 0.7658 0.140 0.860 0.000
#> GSM282932 3 0.6079 0.3101 0.388 0.000 0.612
#> GSM282934 3 0.1860 0.7475 0.052 0.000 0.948
#> GSM282976 2 0.3551 0.7699 0.132 0.868 0.000
#> GSM282979 2 0.1411 0.8156 0.036 0.964 0.000
#> GSM282998 3 0.6187 0.5639 0.248 0.028 0.724
#> GSM283013 3 0.1031 0.7503 0.024 0.000 0.976
#> GSM283017 3 0.3941 0.7014 0.156 0.000 0.844
#> GSM283018 3 0.8137 0.4213 0.220 0.140 0.640
#> GSM283025 2 0.9379 0.1819 0.180 0.472 0.348
#> GSM283028 2 0.8603 0.4437 0.168 0.600 0.232
#> GSM283032 3 0.8241 0.4118 0.204 0.160 0.636
#> GSM283037 2 0.4047 0.7446 0.148 0.848 0.004
#> GSM283040 3 0.6140 0.2401 0.404 0.000 0.596
#> GSM283042 3 0.6452 0.6341 0.152 0.088 0.760
#> GSM283045 3 0.3213 0.7292 0.060 0.028 0.912
#> GSM283048 3 0.4731 0.6542 0.032 0.128 0.840
#> GSM283052 3 0.4555 0.6463 0.200 0.000 0.800
#> GSM283054 3 0.9153 0.2132 0.172 0.308 0.520
#> GSM282980 3 0.3816 0.7002 0.148 0.000 0.852
#> GSM282982 3 0.5678 0.4739 0.316 0.000 0.684
#> GSM282984 3 0.5785 0.4374 0.332 0.000 0.668
#> GSM282986 3 0.2448 0.7330 0.076 0.000 0.924
#> GSM282997 3 0.2711 0.7379 0.088 0.000 0.912
#> GSM283012 3 0.2356 0.7437 0.072 0.000 0.928
#> GSM283027 2 0.1964 0.8065 0.056 0.944 0.000
#> GSM283031 3 0.3686 0.6982 0.140 0.000 0.860
#> GSM283039 3 0.1753 0.7505 0.048 0.000 0.952
#> GSM283044 2 0.1751 0.8146 0.028 0.960 0.012
#> GSM283047 2 0.8605 0.3799 0.188 0.604 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM282855 2 0.1004 0.67417 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM282856 2 0.0592 0.67736 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282857 2 0.0592 0.67721 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282858 2 0.0336 0.67835 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282859 2 0.0188 0.67868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282860 2 0.0336 0.67835 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282861 2 0.0592 0.67717 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM282862 2 0.0000 0.67887 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.67887 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.5745 0.36254 0.056 0.656 0.000 0.288
#> GSM282865 2 0.7073 0.17070 0.180 0.564 0.000 0.256
#> GSM282866 2 0.7724 -0.15617 0.240 0.432 0.000 0.328
#> GSM282867 2 0.3754 0.59945 0.084 0.852 0.000 0.064
#> GSM282868 2 0.4244 0.55098 0.036 0.804 0.000 0.160
#> GSM282869 1 0.7451 -0.22665 0.420 0.000 0.172 0.408
#> GSM282870 4 0.7262 0.28263 0.248 0.008 0.172 0.572
#> GSM282871 2 0.6371 0.27509 0.092 0.608 0.000 0.300
#> GSM282872 4 0.7693 0.27066 0.300 0.036 0.120 0.544
#> GSM282904 3 0.1913 0.77549 0.040 0.000 0.940 0.020
#> GSM282910 2 0.5227 0.56331 0.148 0.772 0.064 0.016
#> GSM282913 2 0.8395 0.07046 0.268 0.444 0.260 0.028
#> GSM282915 2 0.6181 0.44561 0.076 0.700 0.200 0.024
#> GSM282921 3 0.4927 0.60554 0.000 0.024 0.712 0.264
#> GSM282927 3 0.5798 0.70545 0.208 0.000 0.696 0.096
#> GSM282873 1 0.3088 0.23429 0.888 0.000 0.052 0.060
#> GSM282874 2 0.5292 -0.01331 0.480 0.512 0.000 0.008
#> GSM282875 1 0.6372 0.22170 0.676 0.180 0.008 0.136
#> GSM282905 3 0.8055 0.12180 0.008 0.248 0.408 0.336
#> GSM282914 3 0.4175 0.68781 0.212 0.000 0.776 0.012
#> GSM282918 3 0.3570 0.76498 0.048 0.000 0.860 0.092
#> GSM282876 3 0.4713 0.60233 0.292 0.004 0.700 0.004
#> GSM282877 2 0.0921 0.67612 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM282878 2 0.0707 0.67764 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM282879 2 0.1557 0.66888 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM282880 2 0.1211 0.67333 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM282881 3 0.5045 0.56656 0.304 0.012 0.680 0.004
#> GSM282882 3 0.2089 0.77608 0.048 0.000 0.932 0.020
#> GSM282883 2 0.1940 0.66272 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM282884 3 0.2089 0.77324 0.048 0.000 0.932 0.020
#> GSM282885 2 0.3257 0.62177 0.152 0.844 0.004 0.000
#> GSM282886 1 0.7135 0.06384 0.468 0.400 0.132 0.000
#> GSM282887 3 0.4567 0.62031 0.276 0.000 0.716 0.008
#> GSM282888 1 0.7161 0.28047 0.592 0.200 0.200 0.008
#> GSM282889 2 0.2345 0.65173 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM282890 3 0.5189 0.46087 0.372 0.000 0.616 0.012
#> GSM282902 2 0.1305 0.67591 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM282903 3 0.5166 0.71275 0.216 0.004 0.736 0.044
#> GSM282907 1 0.6483 -0.26118 0.488 0.044 0.456 0.012
#> GSM282909 3 0.5623 0.48819 0.428 0.004 0.552 0.016
#> GSM282912 2 0.4522 0.46262 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM282920 3 0.3528 0.69688 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM282924 2 0.4808 0.56649 0.016 0.768 0.020 0.196
#> GSM282891 3 0.1624 0.77851 0.020 0.000 0.952 0.028
#> GSM282892 3 0.2675 0.75709 0.000 0.008 0.892 0.100
#> GSM282893 3 0.6273 0.69042 0.064 0.108 0.732 0.096
#> GSM282894 3 0.1807 0.77909 0.052 0.000 0.940 0.008
#> GSM282895 2 0.7894 0.21764 0.188 0.536 0.248 0.028
#> GSM282896 3 0.5476 0.54201 0.004 0.244 0.704 0.048
#> GSM282897 2 0.8379 -0.12536 0.332 0.348 0.304 0.016
#> GSM282898 3 0.5080 0.51442 0.420 0.004 0.576 0.000
#> GSM282899 3 0.2546 0.78043 0.092 0.000 0.900 0.008
#> GSM282900 3 0.5374 0.66587 0.000 0.052 0.704 0.244
#> GSM282901 3 0.4491 0.75169 0.140 0.000 0.800 0.060
#> GSM282906 3 0.4538 0.72646 0.216 0.000 0.760 0.024
#> GSM282908 3 0.1635 0.77447 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM282911 1 0.7524 0.24477 0.548 0.184 0.256 0.012
#> GSM282916 3 0.3801 0.72697 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM282919 2 0.8441 0.13539 0.044 0.444 0.336 0.176
#> GSM282923 3 0.4795 0.68266 0.292 0.000 0.696 0.012
#> GSM282917 3 0.6344 0.69201 0.076 0.036 0.700 0.188
#> GSM282922 3 0.4336 0.76234 0.128 0.000 0.812 0.060
#> GSM282926 3 0.4608 0.66161 0.000 0.004 0.692 0.304
#> GSM282925 3 0.4011 0.72698 0.008 0.000 0.784 0.208
#> GSM282935 3 0.6783 0.65841 0.064 0.088 0.688 0.160
#> GSM282938 2 0.3257 0.64185 0.008 0.872 0.012 0.108
#> GSM282940 2 0.0188 0.67868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282941 2 0.0000 0.67887 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282943 3 0.5298 0.39979 0.016 0.000 0.612 0.372
#> GSM282944 2 0.0336 0.67835 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM282946 2 0.1022 0.67242 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM282947 2 0.7453 -0.01144 0.192 0.484 0.000 0.324
#> GSM282948 1 0.7863 -0.08825 0.424 0.228 0.004 0.344
#> GSM282949 1 0.7785 -0.03388 0.428 0.288 0.000 0.284
#> GSM282950 4 0.8069 0.12042 0.288 0.252 0.012 0.448
#> GSM282951 2 0.7151 -0.14998 0.420 0.448 0.000 0.132
#> GSM282952 1 0.7297 0.08134 0.536 0.244 0.000 0.220
#> GSM282953 2 0.7481 -0.01357 0.200 0.484 0.000 0.316
#> GSM282955 1 0.8313 -0.06780 0.488 0.120 0.068 0.324
#> GSM282956 3 0.7916 -0.33280 0.324 0.000 0.356 0.320
#> GSM282959 1 0.4991 0.26214 0.608 0.388 0.000 0.004
#> GSM282966 4 0.8139 0.02160 0.356 0.272 0.008 0.364
#> GSM282968 2 0.5220 0.48820 0.092 0.752 0.000 0.156
#> GSM282974 2 0.0336 0.67835 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM283016 3 0.2742 0.76533 0.076 0.000 0.900 0.024
#> GSM283021 3 0.0804 0.77852 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM283024 3 0.1411 0.77991 0.020 0.000 0.960 0.020
#> GSM283041 3 0.1938 0.77434 0.052 0.000 0.936 0.012
#> GSM283043 2 0.8329 0.27388 0.092 0.544 0.236 0.128
#> GSM282957 1 0.5921 0.13051 0.516 0.448 0.000 0.036
#> GSM282958 2 0.5250 0.10100 0.440 0.552 0.000 0.008
#> GSM282960 1 0.5070 0.20965 0.580 0.416 0.000 0.004
#> GSM282971 2 0.4019 0.52662 0.196 0.792 0.000 0.012
#> GSM283015 3 0.2843 0.76474 0.020 0.000 0.892 0.088
#> GSM282962 2 0.0592 0.67802 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM282963 2 0.3219 0.60984 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM282977 2 0.2149 0.65798 0.088 0.912 0.000 0.000
#> GSM282978 1 0.7109 0.18984 0.520 0.336 0.144 0.000
#> GSM282987 2 0.2011 0.65991 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM282988 2 0.2814 0.63403 0.132 0.868 0.000 0.000
#> GSM282989 2 0.2714 0.64329 0.112 0.884 0.000 0.004
#> GSM282990 2 0.3933 0.58101 0.200 0.792 0.008 0.000
#> GSM282991 2 0.1118 0.67443 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM282992 2 0.7199 0.20004 0.304 0.544 0.148 0.004
#> GSM282993 2 0.0817 0.67688 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM282994 2 0.5793 0.38260 0.324 0.628 0.048 0.000
#> GSM282995 2 0.0592 0.67802 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM283020 3 0.2060 0.77254 0.016 0.000 0.932 0.052
#> GSM283023 3 0.1256 0.78031 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM282931 2 0.0779 0.67893 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM282939 2 0.0000 0.67887 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.4586 0.74424 0.068 0.000 0.796 0.136
#> GSM282983 2 0.6067 0.31758 0.044 0.636 0.308 0.012
#> GSM282985 2 0.3176 0.64739 0.000 0.880 0.036 0.084
#> GSM283000 2 0.8017 0.34921 0.084 0.584 0.200 0.132
#> GSM283001 3 0.2469 0.75379 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM283002 2 0.8752 -0.01432 0.244 0.392 0.320 0.044
#> GSM283003 3 0.5087 0.72751 0.176 0.004 0.760 0.060
#> GSM283004 3 0.4401 0.69888 0.272 0.004 0.724 0.000
#> GSM283005 3 0.3764 0.72790 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM283006 3 0.1635 0.78028 0.044 0.000 0.948 0.008
#> GSM283007 3 0.4188 0.66507 0.000 0.004 0.752 0.244
#> GSM283008 3 0.5057 0.47143 0.012 0.000 0.648 0.340
#> GSM283009 3 0.4295 0.63302 0.008 0.000 0.752 0.240
#> GSM283010 3 0.3801 0.71095 0.000 0.000 0.780 0.220
#> GSM283011 3 0.2861 0.75845 0.016 0.000 0.888 0.096
#> GSM283022 3 0.3037 0.77892 0.036 0.000 0.888 0.076
#> GSM283034 2 0.7742 0.08608 0.008 0.472 0.188 0.332
#> GSM283049 1 0.5728 -0.02271 0.600 0.000 0.364 0.036
#> GSM283051 3 0.3300 0.74035 0.144 0.000 0.848 0.008
#> GSM282929 2 0.1807 0.66070 0.052 0.940 0.000 0.008
#> GSM282933 3 0.4972 0.44432 0.000 0.000 0.544 0.456
#> GSM282936 3 0.4989 0.41379 0.000 0.000 0.528 0.472
#> GSM282937 3 0.0657 0.77849 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM282942 2 0.1305 0.66944 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM282945 2 0.1902 0.65662 0.004 0.932 0.000 0.064
#> GSM282954 4 0.7953 0.08982 0.316 0.264 0.004 0.416
#> GSM282961 1 0.1970 0.26843 0.932 0.000 0.060 0.008
#> GSM282964 2 0.5166 0.48637 0.004 0.688 0.020 0.288
#> GSM282965 2 0.2197 0.65515 0.004 0.916 0.000 0.080
#> GSM282967 1 0.7398 -0.09963 0.528 0.008 0.152 0.312
#> GSM282969 4 0.7254 0.24171 0.300 0.000 0.176 0.524
#> GSM282970 4 0.5150 0.29621 0.180 0.024 0.032 0.764
#> GSM282972 2 0.7043 -0.15953 0.424 0.456 0.000 0.120
#> GSM282973 1 0.4060 0.21886 0.832 0.024 0.012 0.132
#> GSM282975 2 0.5296 -0.05920 0.496 0.496 0.000 0.008
#> GSM282996 3 0.1722 0.77298 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM282999 3 0.3172 0.75109 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM283014 3 0.1489 0.77377 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM283019 3 0.2796 0.75830 0.016 0.000 0.892 0.092
#> GSM283026 2 0.7046 -0.02525 0.000 0.448 0.432 0.120
#> GSM283029 3 0.2335 0.77025 0.060 0.000 0.920 0.020
#> GSM283030 3 0.3764 0.72787 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM283033 2 0.7281 -0.00673 0.004 0.448 0.128 0.420
#> GSM283035 3 0.5622 0.64342 0.008 0.036 0.676 0.280
#> GSM283036 3 0.5875 0.70658 0.204 0.024 0.716 0.056
#> GSM283038 2 0.7718 0.30525 0.016 0.524 0.180 0.280
#> GSM283046 3 0.3942 0.71721 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM283050 3 0.1820 0.77600 0.036 0.000 0.944 0.020
#> GSM283053 2 0.7087 0.19486 0.008 0.464 0.096 0.432
#> GSM283055 3 0.1256 0.78297 0.028 0.000 0.964 0.008
#> GSM283056 2 0.4468 0.55585 0.000 0.752 0.016 0.232
#> GSM282928 2 0.0188 0.67868 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM282930 2 0.2149 0.65745 0.088 0.912 0.000 0.000
#> GSM282932 3 0.5538 0.62875 0.320 0.000 0.644 0.036
#> GSM282934 3 0.0895 0.77735 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM282976 2 0.2216 0.65561 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM282979 2 0.1576 0.67469 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM282998 4 0.5517 -0.19622 0.000 0.020 0.412 0.568
#> GSM283013 3 0.2198 0.76601 0.008 0.000 0.920 0.072
#> GSM283017 3 0.4839 0.73733 0.184 0.000 0.764 0.052
#> GSM283018 3 0.6900 0.66564 0.184 0.080 0.672 0.064
#> GSM283025 2 0.7727 0.06798 0.004 0.416 0.192 0.388
#> GSM283028 2 0.7695 0.27621 0.016 0.496 0.152 0.336
#> GSM283032 4 0.7263 0.20715 0.004 0.224 0.208 0.564
#> GSM283037 2 0.4284 0.56422 0.000 0.764 0.012 0.224
#> GSM283040 3 0.3172 0.73386 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM283042 3 0.5353 0.73429 0.160 0.024 0.764 0.052
#> GSM283045 3 0.3978 0.73669 0.000 0.012 0.796 0.192
#> GSM283048 3 0.5550 0.67432 0.004 0.080 0.728 0.188
#> GSM283052 3 0.5165 0.60124 0.008 0.004 0.636 0.352
#> GSM283054 2 0.7698 -0.01860 0.000 0.420 0.356 0.224
#> GSM282980 3 0.1677 0.77956 0.040 0.000 0.948 0.012
#> GSM282982 3 0.4988 0.68285 0.288 0.000 0.692 0.020
#> GSM282984 3 0.4401 0.70730 0.272 0.000 0.724 0.004
#> GSM282986 3 0.3791 0.74153 0.004 0.000 0.796 0.200
#> GSM282997 3 0.1004 0.77822 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM283012 3 0.0804 0.77829 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM283027 2 0.4345 0.58423 0.012 0.792 0.012 0.184
#> GSM283031 4 0.5243 -0.13741 0.004 0.004 0.416 0.576
#> GSM283039 3 0.4332 0.74158 0.040 0.000 0.800 0.160
#> GSM283044 2 0.4732 0.56775 0.012 0.768 0.020 0.200
#> GSM283047 2 0.9455 0.08083 0.148 0.412 0.248 0.192
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM282855 2 0.0451 0.7897 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM282856 2 0.0324 0.7907 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM282857 2 0.0162 0.7916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM282858 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282859 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282860 2 0.0162 0.7916 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM282861 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282862 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282863 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282864 2 0.4382 0.4281 0.000 0.688 0.000 0.024 0.288
#> GSM282865 2 0.4560 -0.1879 0.000 0.508 0.000 0.008 0.484
#> GSM282866 5 0.4898 0.4827 0.000 0.376 0.000 0.032 0.592
#> GSM282867 2 0.2773 0.6531 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM282868 2 0.2970 0.6558 0.000 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM282869 5 0.2519 0.6369 0.036 0.000 0.004 0.060 0.900
#> GSM282870 5 0.3059 0.6280 0.028 0.004 0.000 0.108 0.860
#> GSM282871 2 0.4827 -0.1833 0.000 0.504 0.000 0.020 0.476
#> GSM282872 5 0.4904 0.6026 0.000 0.012 0.080 0.176 0.732
#> GSM282904 1 0.0807 0.7948 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM282910 2 0.5212 0.2155 0.000 0.540 0.420 0.036 0.004
#> GSM282913 3 0.4544 0.5598 0.024 0.080 0.796 0.092 0.008
#> GSM282915 2 0.5423 0.1486 0.012 0.532 0.420 0.036 0.000
#> GSM282921 1 0.3546 0.7334 0.840 0.024 0.024 0.112 0.000
#> GSM282927 3 0.3906 0.5940 0.080 0.000 0.812 0.104 0.004
#> GSM282873 5 0.5678 0.5547 0.008 0.000 0.216 0.128 0.648
#> GSM282874 5 0.6570 0.2818 0.000 0.428 0.048 0.072 0.452
#> GSM282875 5 0.5844 0.6642 0.008 0.084 0.080 0.116 0.712
#> GSM282905 4 0.7681 0.5188 0.152 0.076 0.228 0.524 0.020
#> GSM282914 1 0.5254 0.6507 0.680 0.000 0.236 0.072 0.012
#> GSM282918 1 0.5390 0.6208 0.676 0.000 0.212 0.104 0.008
#> GSM282876 1 0.4270 0.7284 0.772 0.004 0.164 0.060 0.000
#> GSM282877 2 0.1074 0.7914 0.000 0.968 0.012 0.016 0.004
#> GSM282878 2 0.1074 0.7914 0.000 0.968 0.012 0.016 0.004
#> GSM282879 2 0.1372 0.7895 0.000 0.956 0.024 0.016 0.004
#> GSM282880 2 0.1372 0.7895 0.000 0.956 0.024 0.016 0.004
#> GSM282881 1 0.4168 0.7437 0.796 0.012 0.132 0.060 0.000
#> GSM282882 1 0.1739 0.7939 0.940 0.000 0.032 0.024 0.004
#> GSM282883 2 0.1461 0.7895 0.000 0.952 0.028 0.016 0.004
#> GSM282884 1 0.1087 0.7937 0.968 0.000 0.008 0.016 0.008
#> GSM282885 2 0.3519 0.7204 0.000 0.828 0.136 0.028 0.008
#> GSM282886 3 0.6174 0.2471 0.028 0.328 0.580 0.048 0.016
#> GSM282887 1 0.3359 0.7674 0.840 0.000 0.108 0.052 0.000
#> GSM282888 2 0.9417 -0.0215 0.180 0.380 0.176 0.120 0.144
#> GSM282889 2 0.2141 0.7773 0.000 0.916 0.064 0.016 0.004
#> GSM282890 1 0.5157 0.7234 0.748 0.000 0.112 0.088 0.052
#> GSM282902 2 0.3924 0.6732 0.000 0.808 0.120 0.068 0.004
#> GSM282903 3 0.3377 0.5731 0.020 0.004 0.836 0.136 0.004
#> GSM282907 3 0.2430 0.5828 0.020 0.000 0.912 0.028 0.040
#> GSM282909 3 0.2930 0.5810 0.048 0.000 0.888 0.032 0.032
#> GSM282912 3 0.5452 0.2227 0.000 0.352 0.592 0.032 0.024
#> GSM282920 1 0.3051 0.7389 0.852 0.000 0.028 0.120 0.000
#> GSM282924 3 0.6398 0.1526 0.000 0.176 0.544 0.272 0.008
#> GSM282891 1 0.1106 0.7949 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> GSM282892 1 0.5137 0.7121 0.744 0.024 0.148 0.076 0.008
#> GSM282893 1 0.8412 -0.0610 0.360 0.144 0.356 0.116 0.024
#> GSM282894 1 0.2905 0.7774 0.868 0.000 0.096 0.036 0.000
#> GSM282895 3 0.4643 0.5429 0.016 0.124 0.768 0.092 0.000
#> GSM282896 1 0.5802 0.3958 0.596 0.312 0.076 0.016 0.000
#> GSM282897 3 0.3180 0.6038 0.040 0.052 0.880 0.020 0.008
#> GSM282898 3 0.4998 0.4445 0.244 0.004 0.700 0.032 0.020
#> GSM282899 1 0.5556 0.1626 0.476 0.000 0.456 0.068 0.000
#> GSM282900 1 0.6190 0.5418 0.656 0.120 0.060 0.164 0.000
#> GSM282901 3 0.4078 0.5716 0.068 0.000 0.784 0.148 0.000
#> GSM282906 3 0.1981 0.6111 0.048 0.000 0.924 0.028 0.000
#> GSM282908 1 0.0867 0.7943 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008
#> GSM282911 3 0.2514 0.5831 0.008 0.012 0.912 0.028 0.040
#> GSM282916 1 0.6787 -0.1148 0.380 0.000 0.288 0.332 0.000
#> GSM282919 3 0.6622 0.2261 0.036 0.132 0.560 0.272 0.000
#> GSM282923 3 0.4600 0.4675 0.220 0.000 0.728 0.044 0.008
#> GSM282917 3 0.5330 0.3549 0.068 0.008 0.648 0.276 0.000
#> GSM282922 3 0.5543 0.3638 0.312 0.000 0.604 0.080 0.004
#> GSM282926 4 0.5290 0.5031 0.048 0.004 0.324 0.620 0.004
#> GSM282925 3 0.5719 0.1997 0.096 0.000 0.552 0.352 0.000
#> GSM282935 3 0.5623 0.3627 0.080 0.020 0.652 0.248 0.000
#> GSM282938 2 0.6030 0.2110 0.000 0.584 0.264 0.148 0.004
#> GSM282940 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282941 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282943 1 0.3670 0.7135 0.820 0.000 0.000 0.068 0.112
#> GSM282944 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282946 2 0.0451 0.7897 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM282947 5 0.5525 0.4872 0.000 0.368 0.008 0.056 0.568
#> GSM282948 5 0.3080 0.6800 0.000 0.060 0.008 0.060 0.872
#> GSM282949 5 0.3446 0.6935 0.000 0.144 0.012 0.016 0.828
#> GSM282950 5 0.3752 0.6628 0.000 0.064 0.000 0.124 0.812
#> GSM282951 5 0.5051 0.4726 0.000 0.384 0.020 0.012 0.584
#> GSM282952 5 0.4524 0.6898 0.000 0.128 0.080 0.016 0.776
#> GSM282953 5 0.5026 0.4858 0.000 0.372 0.000 0.040 0.588
#> GSM282955 5 0.1710 0.6647 0.000 0.020 0.012 0.024 0.944
#> GSM282956 5 0.6029 -0.0572 0.400 0.000 0.020 0.068 0.512
#> GSM282959 5 0.7357 0.5113 0.000 0.256 0.224 0.048 0.472
#> GSM282966 5 0.3967 0.6887 0.000 0.124 0.008 0.060 0.808
#> GSM282968 2 0.4151 0.3106 0.000 0.652 0.000 0.004 0.344
#> GSM282974 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM283016 1 0.1179 0.7949 0.964 0.000 0.016 0.016 0.004
#> GSM283021 1 0.0613 0.7941 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> GSM283024 1 0.0290 0.7928 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM283041 1 0.1605 0.7936 0.944 0.000 0.040 0.012 0.004
#> GSM283043 3 0.5597 0.4862 0.020 0.128 0.684 0.168 0.000
#> GSM282957 5 0.6422 0.5304 0.000 0.308 0.048 0.080 0.564
#> GSM282958 2 0.5911 -0.0948 0.000 0.512 0.024 0.052 0.412
#> GSM282960 5 0.7305 0.4197 0.000 0.320 0.212 0.036 0.432
#> GSM282971 2 0.4703 0.4159 0.000 0.684 0.004 0.036 0.276
#> GSM283015 1 0.4326 0.7168 0.784 0.000 0.084 0.124 0.008
#> GSM282962 2 0.0798 0.7921 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM282963 2 0.3160 0.7385 0.000 0.852 0.116 0.028 0.004
#> GSM282977 2 0.1787 0.7852 0.000 0.936 0.044 0.016 0.004
#> GSM282978 3 0.5060 0.4573 0.032 0.164 0.748 0.044 0.012
#> GSM282987 2 0.1630 0.7876 0.000 0.944 0.036 0.016 0.004
#> GSM282988 2 0.3007 0.7463 0.000 0.864 0.104 0.028 0.004
#> GSM282989 2 0.1978 0.7832 0.000 0.928 0.044 0.024 0.004
#> GSM282990 2 0.3427 0.7265 0.000 0.836 0.128 0.028 0.008
#> GSM282991 2 0.1278 0.7904 0.000 0.960 0.020 0.016 0.004
#> GSM282992 2 0.5929 0.5769 0.040 0.676 0.212 0.052 0.020
#> GSM282993 2 0.1074 0.7914 0.000 0.968 0.012 0.016 0.004
#> GSM282994 2 0.5425 0.4960 0.020 0.628 0.316 0.028 0.008
#> GSM282995 2 0.0960 0.7916 0.000 0.972 0.008 0.016 0.004
#> GSM283020 1 0.0613 0.7925 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> GSM283023 1 0.0992 0.7950 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> GSM282931 2 0.0992 0.7892 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> GSM282939 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282981 3 0.4823 0.4453 0.072 0.000 0.700 0.228 0.000
#> GSM282983 2 0.5467 0.5112 0.052 0.660 0.264 0.020 0.004
#> GSM282985 2 0.3558 0.7161 0.004 0.844 0.072 0.076 0.004
#> GSM283000 3 0.6941 0.1996 0.044 0.244 0.540 0.172 0.000
#> GSM283001 1 0.1365 0.7818 0.952 0.000 0.004 0.040 0.004
#> GSM283002 3 0.3313 0.5953 0.024 0.028 0.860 0.088 0.000
#> GSM283003 3 0.3546 0.5790 0.048 0.004 0.832 0.116 0.000
#> GSM283004 1 0.5547 0.2780 0.520 0.004 0.428 0.040 0.008
#> GSM283005 1 0.5302 0.3591 0.536 0.000 0.412 0.052 0.000
#> GSM283006 1 0.2919 0.7751 0.868 0.000 0.104 0.024 0.004
#> GSM283007 1 0.5721 0.5427 0.648 0.016 0.060 0.264 0.012
#> GSM283008 1 0.5030 0.6368 0.696 0.000 0.004 0.220 0.080
#> GSM283009 1 0.3291 0.7657 0.856 0.000 0.016 0.100 0.028
#> GSM283010 1 0.6492 0.0231 0.468 0.000 0.168 0.360 0.004
#> GSM283011 1 0.2647 0.7895 0.892 0.000 0.076 0.024 0.008
#> GSM283022 1 0.5798 0.5023 0.608 0.000 0.236 0.156 0.000
#> GSM283034 2 0.7621 0.3098 0.092 0.544 0.032 0.236 0.096
#> GSM283049 3 0.5157 0.4986 0.052 0.000 0.748 0.088 0.112
#> GSM283051 1 0.3355 0.7575 0.832 0.000 0.132 0.036 0.000
#> GSM282929 2 0.1443 0.7720 0.000 0.948 0.004 0.004 0.044
#> GSM282933 4 0.5314 0.5867 0.136 0.000 0.192 0.672 0.000
#> GSM282936 4 0.5279 0.5918 0.124 0.000 0.184 0.688 0.004
#> GSM282937 1 0.0727 0.7944 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM282942 2 0.0566 0.7882 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM282945 2 0.1059 0.7840 0.004 0.968 0.000 0.008 0.020
#> GSM282954 5 0.4965 0.6620 0.000 0.112 0.012 0.140 0.736
#> GSM282961 5 0.5919 0.3247 0.008 0.000 0.412 0.080 0.500
#> GSM282964 2 0.3894 0.7063 0.064 0.836 0.004 0.072 0.024
#> GSM282965 2 0.1471 0.7765 0.000 0.952 0.004 0.020 0.024
#> GSM282967 5 0.1940 0.6606 0.004 0.008 0.028 0.024 0.936
#> GSM282969 5 0.2110 0.6440 0.016 0.000 0.000 0.072 0.912
#> GSM282970 5 0.5501 0.4269 0.028 0.004 0.024 0.344 0.600
#> GSM282972 5 0.5310 0.3636 0.000 0.428 0.016 0.024 0.532
#> GSM282973 5 0.5128 0.6048 0.004 0.008 0.204 0.076 0.708
#> GSM282975 2 0.6036 -0.2332 0.000 0.468 0.044 0.036 0.452
#> GSM282996 1 0.0579 0.7904 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM282999 1 0.2654 0.7560 0.884 0.000 0.032 0.084 0.000
#> GSM283014 1 0.0613 0.7936 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM283019 1 0.1082 0.7868 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM283026 2 0.5729 0.3211 0.360 0.576 0.020 0.036 0.008
#> GSM283029 1 0.1364 0.7937 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> GSM283030 3 0.6291 -0.0226 0.164 0.000 0.492 0.344 0.000
#> GSM283033 2 0.6482 0.4663 0.096 0.640 0.000 0.148 0.116
#> GSM283035 4 0.6022 0.5059 0.100 0.012 0.320 0.568 0.000
#> GSM283036 3 0.3805 0.6004 0.084 0.004 0.820 0.092 0.000
#> GSM283038 4 0.6400 0.4166 0.032 0.084 0.376 0.508 0.000
#> GSM283046 4 0.6674 0.1751 0.208 0.000 0.336 0.452 0.004
#> GSM283050 1 0.0854 0.7945 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004
#> GSM283053 4 0.6442 0.6001 0.032 0.096 0.208 0.640 0.024
#> GSM283055 1 0.4719 0.6291 0.696 0.000 0.248 0.056 0.000
#> GSM283056 4 0.6348 0.4001 0.000 0.384 0.128 0.480 0.008
#> GSM282928 2 0.0000 0.7925 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM282930 2 0.1728 0.7860 0.000 0.940 0.036 0.020 0.004
#> GSM282932 3 0.2153 0.6057 0.044 0.000 0.916 0.040 0.000
#> GSM282934 1 0.0486 0.7935 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM282976 2 0.1630 0.7878 0.000 0.944 0.036 0.016 0.004
#> GSM282979 2 0.2192 0.7824 0.004 0.920 0.052 0.020 0.004
#> GSM282998 4 0.5533 0.5901 0.144 0.008 0.176 0.672 0.000
#> GSM283013 1 0.1243 0.7868 0.960 0.000 0.004 0.028 0.008
#> GSM283017 3 0.3734 0.5661 0.060 0.000 0.812 0.128 0.000
#> GSM283018 3 0.4615 0.5604 0.080 0.024 0.776 0.120 0.000
#> GSM283025 4 0.6368 0.6159 0.060 0.092 0.192 0.648 0.008
#> GSM283028 4 0.6436 0.4611 0.032 0.092 0.352 0.524 0.000
#> GSM283032 4 0.7232 0.3150 0.028 0.308 0.044 0.524 0.096
#> GSM283037 4 0.6375 0.3708 0.000 0.412 0.128 0.452 0.008
#> GSM283040 1 0.4612 0.7012 0.740 0.000 0.196 0.056 0.008
#> GSM283042 3 0.6202 0.4269 0.244 0.028 0.620 0.104 0.004
#> GSM283045 1 0.6822 0.4372 0.576 0.040 0.172 0.208 0.004
#> GSM283048 1 0.8098 -0.3057 0.320 0.092 0.308 0.280 0.000
#> GSM283052 4 0.5552 0.3085 0.044 0.000 0.420 0.524 0.012
#> GSM283054 2 0.5908 0.3308 0.328 0.584 0.016 0.068 0.004
#> GSM282980 1 0.2351 0.7848 0.896 0.000 0.088 0.016 0.000
#> GSM282982 3 0.2136 0.6032 0.088 0.000 0.904 0.008 0.000
#> GSM282984 3 0.4905 0.3268 0.336 0.000 0.624 0.040 0.000
#> GSM282986 1 0.6677 0.0306 0.456 0.000 0.212 0.328 0.004
#> GSM282997 1 0.0740 0.7944 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> GSM283012 1 0.0968 0.7939 0.972 0.000 0.012 0.012 0.004
#> GSM283027 2 0.6787 -0.2505 0.000 0.444 0.260 0.292 0.004
#> GSM283031 4 0.5684 0.5256 0.028 0.008 0.144 0.704 0.116
#> GSM283039 3 0.5137 0.4728 0.096 0.000 0.676 0.228 0.000
#> GSM283044 3 0.6746 0.0848 0.000 0.220 0.500 0.268 0.012
#> GSM283047 3 0.4328 0.5055 0.004 0.028 0.756 0.204 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM282855 2 0.0713 0.73769 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM282856 2 0.0458 0.74195 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM282857 2 0.0458 0.74195 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM282858 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282859 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282860 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282861 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282862 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282863 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282864 2 0.3848 0.41459 0.000 0.692 0.000 0.012 0.292 0.004
#> GSM282865 2 0.4175 -0.08072 0.000 0.524 0.000 0.000 0.464 0.012
#> GSM282866 5 0.4102 0.32097 0.000 0.356 0.004 0.000 0.628 0.012
#> GSM282867 2 0.1663 0.69799 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM282868 2 0.2597 0.60674 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM282869 5 0.2065 0.53825 0.004 0.000 0.012 0.012 0.916 0.056
#> GSM282870 5 0.2718 0.54062 0.004 0.004 0.016 0.020 0.884 0.072
#> GSM282871 5 0.4086 0.17343 0.000 0.464 0.008 0.000 0.528 0.000
#> GSM282872 5 0.4370 0.50298 0.000 0.008 0.032 0.104 0.776 0.080
#> GSM282904 1 0.0603 0.80557 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM282910 2 0.5613 0.00377 0.000 0.452 0.444 0.084 0.000 0.020
#> GSM282913 4 0.6358 0.27991 0.000 0.028 0.344 0.444 0.000 0.184
#> GSM282915 2 0.5115 0.06240 0.000 0.480 0.460 0.040 0.020 0.000
#> GSM282921 1 0.4308 0.71734 0.748 0.020 0.004 0.180 0.000 0.048
#> GSM282927 3 0.3433 0.53112 0.020 0.000 0.808 0.152 0.020 0.000
#> GSM282873 6 0.4562 0.31226 0.000 0.000 0.052 0.004 0.296 0.648
#> GSM282874 6 0.6139 0.63854 0.000 0.284 0.020 0.008 0.156 0.532
#> GSM282875 6 0.4264 0.40733 0.000 0.012 0.020 0.020 0.212 0.736
#> GSM282905 4 0.5560 0.20458 0.008 0.004 0.028 0.520 0.040 0.400
#> GSM282914 1 0.5077 0.62721 0.660 0.000 0.260 0.020 0.020 0.040
#> GSM282918 1 0.7366 0.40537 0.472 0.000 0.152 0.208 0.016 0.152
#> GSM282876 1 0.3880 0.73845 0.788 0.012 0.164 0.016 0.008 0.012
#> GSM282877 2 0.1485 0.73627 0.000 0.944 0.028 0.004 0.000 0.024
#> GSM282878 2 0.1485 0.73627 0.000 0.944 0.028 0.004 0.000 0.024
#> GSM282879 2 0.1793 0.73090 0.000 0.928 0.036 0.004 0.000 0.032
#> GSM282880 2 0.1793 0.73006 0.000 0.928 0.032 0.004 0.000 0.036
#> GSM282881 1 0.5210 0.69707 0.716 0.016 0.164 0.016 0.064 0.024
#> GSM282882 1 0.2750 0.79421 0.888 0.000 0.048 0.012 0.032 0.020
#> GSM282883 2 0.1562 0.73574 0.000 0.940 0.032 0.004 0.000 0.024
#> GSM282884 1 0.0935 0.80420 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM282885 2 0.3930 0.60656 0.000 0.768 0.156 0.004 0.000 0.072
#> GSM282886 3 0.5744 0.08972 0.008 0.304 0.544 0.004 0.000 0.140
#> GSM282887 1 0.2001 0.79772 0.912 0.000 0.068 0.008 0.000 0.012
#> GSM282888 6 0.6908 0.46757 0.044 0.332 0.068 0.016 0.044 0.496
#> GSM282889 2 0.2714 0.70046 0.000 0.872 0.060 0.004 0.000 0.064
#> GSM282890 1 0.3500 0.77479 0.820 0.000 0.104 0.012 0.000 0.064
#> GSM282902 2 0.3243 0.66461 0.000 0.844 0.088 0.048 0.020 0.000
#> GSM282903 3 0.3983 0.50809 0.000 0.000 0.776 0.156 0.044 0.024
#> GSM282907 3 0.3566 0.53057 0.000 0.000 0.800 0.096 0.000 0.104
#> GSM282909 3 0.2747 0.56527 0.004 0.000 0.884 0.024 0.056 0.032
#> GSM282912 3 0.5060 0.20508 0.000 0.332 0.600 0.004 0.016 0.048
#> GSM282920 1 0.4467 0.67577 0.704 0.000 0.012 0.236 0.004 0.044
#> GSM282924 3 0.6321 -0.04065 0.000 0.140 0.460 0.364 0.032 0.004
#> GSM282891 1 0.1262 0.80517 0.956 0.000 0.020 0.000 0.008 0.016
#> GSM282892 1 0.6350 0.53643 0.592 0.056 0.260 0.020 0.028 0.044
#> GSM282893 3 0.7344 0.26379 0.276 0.112 0.488 0.012 0.080 0.032
#> GSM282894 1 0.2517 0.78830 0.876 0.000 0.100 0.000 0.016 0.008
#> GSM282895 3 0.3796 0.53892 0.000 0.052 0.812 0.108 0.020 0.008
#> GSM282896 1 0.6769 0.10531 0.444 0.388 0.092 0.008 0.044 0.024
#> GSM282897 3 0.2805 0.56507 0.000 0.036 0.884 0.048 0.024 0.008
#> GSM282898 3 0.4263 0.50332 0.132 0.004 0.780 0.012 0.056 0.016
#> GSM282899 3 0.4814 0.34104 0.304 0.000 0.616 0.080 0.000 0.000
#> GSM282900 1 0.6816 0.19868 0.432 0.248 0.020 0.280 0.000 0.020
#> GSM282901 3 0.3596 0.47057 0.000 0.000 0.748 0.232 0.016 0.004
#> GSM282906 3 0.3794 0.42214 0.000 0.000 0.724 0.248 0.000 0.028
#> GSM282908 1 0.0692 0.80475 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM282911 3 0.3036 0.56043 0.004 0.000 0.868 0.056 0.028 0.044
#> GSM282916 4 0.5331 0.48631 0.140 0.000 0.184 0.652 0.000 0.024
#> GSM282919 4 0.5023 0.43293 0.000 0.056 0.356 0.576 0.012 0.000
#> GSM282923 3 0.3716 0.53744 0.056 0.000 0.820 0.004 0.092 0.028
#> GSM282917 4 0.3954 0.48761 0.000 0.000 0.352 0.636 0.000 0.012
#> GSM282922 3 0.4756 0.51471 0.136 0.000 0.748 0.060 0.040 0.016
#> GSM282926 4 0.4367 0.58200 0.000 0.000 0.212 0.724 0.028 0.036
#> GSM282925 3 0.4953 -0.03554 0.016 0.000 0.520 0.436 0.012 0.016
#> GSM282935 4 0.4493 0.52308 0.000 0.000 0.312 0.636 0.000 0.052
#> GSM282938 2 0.6030 0.08785 0.000 0.508 0.220 0.260 0.012 0.000
#> GSM282940 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282941 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282943 1 0.4185 0.74257 0.784 0.000 0.008 0.028 0.124 0.056
#> GSM282944 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282946 2 0.0713 0.73769 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM282947 5 0.4718 0.23929 0.000 0.384 0.000 0.036 0.572 0.008
#> GSM282948 5 0.2507 0.57021 0.000 0.044 0.020 0.008 0.900 0.028
#> GSM282949 5 0.3611 0.50902 0.000 0.108 0.000 0.000 0.796 0.096
#> GSM282950 5 0.2865 0.56336 0.000 0.080 0.000 0.032 0.868 0.020
#> GSM282951 2 0.5249 -0.11012 0.000 0.492 0.012 0.000 0.432 0.064
#> GSM282952 5 0.5052 0.40818 0.000 0.096 0.036 0.000 0.692 0.176
#> GSM282953 5 0.4407 0.33608 0.000 0.344 0.008 0.012 0.628 0.008
#> GSM282955 5 0.1409 0.55169 0.000 0.012 0.008 0.000 0.948 0.032
#> GSM282956 5 0.6222 0.01546 0.360 0.000 0.032 0.024 0.504 0.080
#> GSM282959 6 0.6970 0.54073 0.000 0.348 0.072 0.000 0.204 0.376
#> GSM282966 5 0.4075 0.51039 0.000 0.072 0.000 0.028 0.784 0.116
#> GSM282968 2 0.3446 0.39211 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM282974 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM283016 1 0.0922 0.80516 0.968 0.000 0.024 0.000 0.004 0.004
#> GSM283021 1 0.0603 0.80527 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM283024 1 0.2123 0.79890 0.912 0.000 0.012 0.052 0.000 0.024
#> GSM283041 1 0.1049 0.80593 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008
#> GSM283043 3 0.4270 0.54260 0.000 0.052 0.788 0.112 0.028 0.020
#> GSM282957 6 0.5873 0.61714 0.000 0.208 0.012 0.020 0.156 0.604
#> GSM282958 6 0.6245 0.60782 0.000 0.344 0.020 0.008 0.148 0.480
#> GSM282960 2 0.6798 -0.13350 0.000 0.516 0.096 0.004 0.164 0.220
#> GSM282971 2 0.5906 -0.42885 0.000 0.472 0.008 0.004 0.140 0.376
#> GSM283015 1 0.6209 0.27579 0.408 0.000 0.008 0.236 0.000 0.348
#> GSM282962 2 0.1036 0.74011 0.000 0.964 0.024 0.004 0.000 0.008
#> GSM282963 2 0.3265 0.66654 0.000 0.828 0.112 0.004 0.000 0.056
#> GSM282977 2 0.2074 0.72466 0.000 0.912 0.048 0.004 0.000 0.036
#> GSM282978 3 0.4453 0.46261 0.004 0.124 0.756 0.012 0.004 0.100
#> GSM282987 2 0.1636 0.73434 0.000 0.936 0.036 0.004 0.000 0.024
#> GSM282988 2 0.3309 0.66241 0.000 0.824 0.116 0.004 0.000 0.056
#> GSM282989 2 0.2272 0.71832 0.000 0.900 0.056 0.004 0.000 0.040
#> GSM282990 2 0.3782 0.62275 0.000 0.784 0.140 0.004 0.000 0.072
#> GSM282991 2 0.1478 0.73636 0.000 0.944 0.032 0.004 0.000 0.020
#> GSM282992 2 0.5781 0.41488 0.028 0.632 0.200 0.008 0.004 0.128
#> GSM282993 2 0.1485 0.73687 0.000 0.944 0.028 0.004 0.000 0.024
#> GSM282994 2 0.4922 0.37342 0.000 0.616 0.312 0.004 0.004 0.064
#> GSM282995 2 0.1232 0.73881 0.000 0.956 0.024 0.004 0.000 0.016
#> GSM283020 1 0.2542 0.78014 0.876 0.000 0.000 0.080 0.000 0.044
#> GSM283023 1 0.0837 0.80705 0.972 0.000 0.020 0.004 0.000 0.004
#> GSM282931 2 0.1620 0.73566 0.000 0.940 0.024 0.024 0.012 0.000
#> GSM282939 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282981 4 0.3930 0.35641 0.000 0.000 0.420 0.576 0.000 0.004
#> GSM282983 2 0.4437 0.47502 0.016 0.684 0.276 0.004 0.012 0.008
#> GSM282985 2 0.2854 0.67608 0.000 0.860 0.048 0.088 0.004 0.000
#> GSM283000 4 0.5784 0.38857 0.000 0.100 0.348 0.524 0.000 0.028
#> GSM283001 1 0.3328 0.75221 0.816 0.000 0.000 0.120 0.000 0.064
#> GSM283002 3 0.4130 0.39878 0.000 0.008 0.700 0.264 0.000 0.028
#> GSM283003 3 0.4282 0.03784 0.000 0.000 0.560 0.420 0.000 0.020
#> GSM283004 3 0.5056 0.19813 0.360 0.004 0.584 0.012 0.032 0.008
#> GSM283005 3 0.3944 0.04307 0.428 0.000 0.568 0.000 0.000 0.004
#> GSM283006 1 0.3340 0.77963 0.840 0.000 0.100 0.004 0.032 0.024
#> GSM283007 1 0.6101 0.32274 0.492 0.004 0.064 0.392 0.024 0.024
#> GSM283008 1 0.6090 0.63850 0.640 0.000 0.020 0.124 0.144 0.072
#> GSM283009 1 0.3891 0.75567 0.808 0.000 0.028 0.008 0.108 0.048
#> GSM283010 4 0.4575 0.48838 0.052 0.000 0.032 0.720 0.000 0.196
#> GSM283011 1 0.3504 0.77354 0.828 0.000 0.108 0.004 0.036 0.024
#> GSM283022 1 0.6527 0.01349 0.388 0.000 0.204 0.376 0.000 0.032
#> GSM283034 5 0.9149 0.16221 0.176 0.232 0.116 0.068 0.332 0.076
#> GSM283049 3 0.4504 0.46419 0.004 0.000 0.704 0.012 0.232 0.048
#> GSM283051 1 0.3960 0.75089 0.800 0.000 0.128 0.020 0.028 0.024
#> GSM282929 2 0.1536 0.73230 0.000 0.940 0.004 0.000 0.040 0.016
#> GSM282933 4 0.2342 0.60717 0.000 0.000 0.088 0.888 0.004 0.020
#> GSM282936 4 0.2255 0.61001 0.000 0.000 0.088 0.892 0.004 0.016
#> GSM282937 1 0.0748 0.80559 0.976 0.000 0.004 0.004 0.000 0.016
#> GSM282942 2 0.0713 0.73769 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM282945 2 0.1226 0.73262 0.000 0.952 0.004 0.004 0.040 0.000
#> GSM282954 5 0.4361 0.55010 0.000 0.112 0.032 0.048 0.784 0.024
#> GSM282961 3 0.6007 0.05352 0.000 0.000 0.496 0.008 0.268 0.228
#> GSM282964 2 0.5288 0.15646 0.028 0.556 0.000 0.376 0.028 0.012
#> GSM282965 2 0.1984 0.71332 0.000 0.912 0.000 0.032 0.056 0.000
#> GSM282967 5 0.2213 0.53597 0.000 0.000 0.032 0.012 0.908 0.048
#> GSM282969 5 0.2066 0.53537 0.000 0.000 0.000 0.040 0.908 0.052
#> GSM282970 4 0.6707 -0.22749 0.024 0.008 0.000 0.388 0.348 0.232
#> GSM282972 2 0.6259 -0.57453 0.000 0.380 0.008 0.000 0.252 0.360
#> GSM282973 5 0.5472 0.27902 0.000 0.000 0.220 0.016 0.616 0.148
#> GSM282975 2 0.6193 -0.54630 0.000 0.416 0.020 0.000 0.168 0.396
#> GSM282996 1 0.1408 0.79989 0.944 0.000 0.000 0.020 0.000 0.036
#> GSM282999 1 0.4400 0.64827 0.684 0.000 0.000 0.248 0.000 0.068
#> GSM283014 1 0.1644 0.79713 0.932 0.000 0.000 0.028 0.000 0.040
#> GSM283019 1 0.3877 0.72217 0.764 0.000 0.000 0.160 0.000 0.076
#> GSM283026 2 0.4314 0.33408 0.316 0.656 0.004 0.004 0.016 0.004
#> GSM283029 1 0.0858 0.80492 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM283030 4 0.3867 0.54442 0.012 0.000 0.296 0.688 0.000 0.004
#> GSM283033 2 0.6511 0.20548 0.128 0.556 0.024 0.008 0.256 0.028
#> GSM283035 4 0.2845 0.61045 0.004 0.000 0.172 0.820 0.000 0.004
#> GSM283036 3 0.3046 0.51083 0.012 0.000 0.800 0.188 0.000 0.000
#> GSM283038 4 0.4257 0.57038 0.000 0.008 0.256 0.704 0.024 0.008
#> GSM283046 3 0.7067 0.03179 0.128 0.000 0.424 0.360 0.056 0.032
#> GSM283050 1 0.0622 0.80593 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM283053 4 0.4977 0.57712 0.000 0.020 0.148 0.728 0.072 0.032
#> GSM283055 1 0.5486 0.46963 0.592 0.000 0.320 0.032 0.036 0.020
#> GSM283056 4 0.5299 0.36311 0.000 0.304 0.036 0.612 0.040 0.008
#> GSM282928 2 0.0363 0.74302 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM282930 2 0.2325 0.72020 0.000 0.900 0.048 0.008 0.000 0.044
#> GSM282932 3 0.4938 0.16459 0.000 0.000 0.568 0.356 0.000 0.076
#> GSM282934 1 0.1865 0.79395 0.920 0.000 0.000 0.040 0.000 0.040
#> GSM282976 2 0.1708 0.73317 0.000 0.932 0.040 0.004 0.000 0.024
#> GSM282979 2 0.3467 0.67895 0.000 0.836 0.064 0.036 0.000 0.064
#> GSM282998 4 0.2461 0.58295 0.016 0.004 0.036 0.904 0.004 0.036
#> GSM283013 1 0.0777 0.80543 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM283017 3 0.4062 0.02891 0.000 0.000 0.552 0.440 0.000 0.008
#> GSM283018 4 0.5254 0.46461 0.000 0.000 0.316 0.564 0.000 0.120
#> GSM283025 4 0.3455 0.61557 0.000 0.024 0.112 0.832 0.020 0.012
#> GSM283028 4 0.4168 0.59639 0.000 0.020 0.212 0.740 0.020 0.008
#> GSM283032 5 0.8814 0.13213 0.060 0.296 0.068 0.216 0.296 0.064
#> GSM283037 4 0.5474 0.35576 0.000 0.316 0.052 0.588 0.040 0.004
#> GSM283040 1 0.5325 0.63538 0.664 0.000 0.228 0.016 0.060 0.032
#> GSM283042 3 0.4650 0.53226 0.080 0.008 0.780 0.036 0.072 0.024
#> GSM283045 1 0.6661 0.31194 0.496 0.028 0.188 0.272 0.008 0.008
#> GSM283048 4 0.7634 0.01916 0.264 0.088 0.300 0.332 0.012 0.004
#> GSM283052 4 0.5331 0.39951 0.000 0.000 0.340 0.572 0.060 0.028
#> GSM283054 2 0.4138 0.39780 0.276 0.692 0.000 0.020 0.012 0.000
#> GSM282980 1 0.2265 0.79529 0.900 0.000 0.068 0.008 0.000 0.024
#> GSM282982 3 0.3043 0.54408 0.008 0.000 0.836 0.132 0.000 0.024
#> GSM282984 3 0.3243 0.47782 0.208 0.000 0.780 0.004 0.008 0.000
#> GSM282986 4 0.4814 0.49396 0.124 0.000 0.056 0.732 0.000 0.088
#> GSM282997 1 0.0692 0.80475 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM283012 1 0.0291 0.80591 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM283027 2 0.6394 -0.30861 0.000 0.384 0.244 0.356 0.016 0.000
#> GSM283031 5 0.7609 0.08042 0.020 0.008 0.268 0.208 0.416 0.080
#> GSM283039 3 0.4192 0.51023 0.016 0.000 0.760 0.180 0.024 0.020
#> GSM283044 3 0.7031 0.23633 0.000 0.192 0.508 0.208 0.068 0.024
#> GSM283047 3 0.4614 0.36795 0.000 0.000 0.660 0.284 0.040 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) other(p) tissue(p) k
#> ATC:NMF 183 0.8601 0.003859 3.93e-05 2
#> ATC:NMF 160 0.0872 0.006030 7.50e-04 3
#> ATC:NMF 131 0.9209 0.032438 1.18e-03 4
#> ATC:NMF 138 0.3928 0.001083 9.14e-06 5
#> ATC:NMF 126 0.0637 0.000207 5.15e-13 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0