Date: 2019-12-25 20:38:48 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 51599 156
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.993 | ** | |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.970 | 0.988 | ** | |
| ATC:mclust | 3 | 0.992 | 0.944 | 0.964 | ** | |
| ATC:kmeans | 4 | 0.927 | 0.942 | 0.960 | * | 2,3 |
| ATC:NMF | 2 | 0.908 | 0.922 | 0.968 | * | |
| MAD:NMF | 3 | 0.827 | 0.884 | 0.950 | ||
| SD:NMF | 4 | 0.802 | 0.834 | 0.914 | ||
| MAD:pam | 3 | 0.731 | 0.795 | 0.906 | ||
| CV:NMF | 4 | 0.727 | 0.791 | 0.897 | ||
| MAD:skmeans | 3 | 0.716 | 0.837 | 0.915 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.666 | 0.776 | 0.893 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.662 | 0.799 | 0.900 | ||
| MAD:mclust | 5 | 0.640 | 0.693 | 0.808 | ||
| SD:hclust | 5 | 0.547 | 0.736 | 0.756 | ||
| CV:mclust | 5 | 0.521 | 0.627 | 0.784 | ||
| CV:pam | 3 | 0.501 | 0.787 | 0.865 | ||
| SD:pam | 2 | 0.486 | 0.820 | 0.878 | ||
| MAD:kmeans | 3 | 0.459 | 0.717 | 0.798 | ||
| SD:skmeans | 2 | 0.454 | 0.794 | 0.886 | ||
| SD:mclust | 5 | 0.415 | 0.598 | 0.754 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.383 | 0.550 | 0.756 | ||
| CV:kmeans | 2 | 0.377 | 0.838 | 0.876 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.372 | 0.724 | 0.851 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.273 | 0.798 | 0.872 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.3560 0.552 0.804 0.492 0.513 0.513
#> CV:NMF 2 0.4402 0.802 0.873 0.486 0.515 0.515
#> MAD:NMF 2 0.4606 0.815 0.868 0.497 0.499 0.499
#> ATC:NMF 2 0.9083 0.922 0.968 0.484 0.509 0.509
#> SD:skmeans 2 0.4544 0.794 0.886 0.499 0.509 0.509
#> CV:skmeans 2 0.6662 0.776 0.893 0.495 0.505 0.505
#> MAD:skmeans 2 0.4195 0.671 0.794 0.502 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.0000 0.981 0.993 0.503 0.498 0.498
#> SD:mclust 2 0.1096 0.344 0.611 0.373 0.518 0.518
#> CV:mclust 2 0.3102 0.791 0.850 0.405 0.581 0.581
#> MAD:mclust 2 0.0991 0.395 0.666 0.420 0.530 0.530
#> ATC:mclust 2 0.3802 0.897 0.842 0.464 0.497 0.497
#> SD:kmeans 2 0.3717 0.724 0.851 0.482 0.530 0.530
#> CV:kmeans 2 0.3775 0.838 0.876 0.430 0.581 0.581
#> MAD:kmeans 2 0.3016 0.538 0.788 0.483 0.557 0.557
#> ATC:kmeans 2 1.0000 0.980 0.992 0.502 0.498 0.498
#> SD:pam 2 0.4860 0.820 0.878 0.445 0.566 0.566
#> CV:pam 2 0.2022 0.495 0.763 0.428 0.581 0.581
#> MAD:pam 2 0.7978 0.914 0.950 0.439 0.553 0.553
#> ATC:pam 2 1.0000 0.970 0.988 0.504 0.497 0.497
#> SD:hclust 2 0.2874 0.653 0.747 0.440 0.524 0.524
#> CV:hclust 2 0.2734 0.798 0.872 0.390 0.629 0.629
#> MAD:hclust 2 0.2040 0.498 0.758 0.438 0.498 0.498
#> ATC:hclust 2 0.5218 0.677 0.870 0.459 0.505 0.505
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.712 0.821 0.918 0.334 0.714 0.502
#> CV:NMF 3 0.638 0.746 0.891 0.373 0.693 0.468
#> MAD:NMF 3 0.827 0.884 0.950 0.309 0.703 0.480
#> ATC:NMF 3 0.618 0.735 0.877 0.349 0.772 0.577
#> SD:skmeans 3 0.560 0.774 0.846 0.338 0.698 0.471
#> CV:skmeans 3 0.642 0.716 0.855 0.350 0.693 0.462
#> MAD:skmeans 3 0.716 0.837 0.915 0.320 0.780 0.584
#> ATC:skmeans 3 0.888 0.946 0.963 0.198 0.891 0.784
#> SD:mclust 3 0.104 0.527 0.692 0.469 0.618 0.402
#> CV:mclust 3 0.311 0.648 0.764 0.511 0.778 0.635
#> MAD:mclust 3 0.116 0.501 0.638 0.375 0.716 0.524
#> ATC:mclust 3 0.992 0.944 0.964 0.344 0.845 0.698
#> SD:kmeans 3 0.380 0.573 0.759 0.348 0.709 0.495
#> CV:kmeans 3 0.312 0.551 0.702 0.386 0.739 0.557
#> MAD:kmeans 3 0.459 0.717 0.798 0.346 0.692 0.490
#> ATC:kmeans 3 0.974 0.941 0.970 0.333 0.720 0.494
#> SD:pam 3 0.557 0.659 0.851 0.437 0.699 0.504
#> CV:pam 3 0.501 0.787 0.865 0.516 0.661 0.467
#> MAD:pam 3 0.731 0.795 0.906 0.461 0.772 0.601
#> ATC:pam 3 0.725 0.699 0.855 0.283 0.734 0.519
#> SD:hclust 3 0.398 0.663 0.768 0.449 0.812 0.642
#> CV:hclust 3 0.370 0.628 0.781 0.357 0.867 0.797
#> MAD:hclust 3 0.383 0.550 0.756 0.465 0.664 0.424
#> ATC:hclust 3 0.662 0.799 0.900 0.427 0.693 0.464
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.802 0.834 0.914 0.1401 0.827 0.553
#> CV:NMF 4 0.727 0.791 0.897 0.1197 0.775 0.445
#> MAD:NMF 4 0.729 0.805 0.889 0.1440 0.843 0.586
#> ATC:NMF 4 0.774 0.812 0.910 0.0832 0.828 0.575
#> SD:skmeans 4 0.554 0.649 0.781 0.1252 0.860 0.611
#> CV:skmeans 4 0.552 0.568 0.776 0.1196 0.828 0.542
#> MAD:skmeans 4 0.713 0.757 0.862 0.1310 0.861 0.617
#> ATC:skmeans 4 0.788 0.863 0.927 0.1351 0.911 0.781
#> SD:mclust 4 0.287 0.504 0.713 0.2459 0.729 0.407
#> CV:mclust 4 0.406 0.553 0.737 0.0941 0.839 0.642
#> MAD:mclust 4 0.336 0.532 0.712 0.1919 0.755 0.457
#> ATC:mclust 4 0.757 0.743 0.815 0.1354 0.882 0.683
#> SD:kmeans 4 0.406 0.378 0.651 0.1249 0.814 0.514
#> CV:kmeans 4 0.364 0.462 0.673 0.1444 0.885 0.697
#> MAD:kmeans 4 0.517 0.431 0.698 0.1246 0.944 0.849
#> ATC:kmeans 4 0.927 0.942 0.960 0.1176 0.765 0.423
#> SD:pam 4 0.620 0.556 0.779 0.1038 0.913 0.762
#> CV:pam 4 0.521 0.744 0.810 0.1201 0.870 0.653
#> MAD:pam 4 0.707 0.730 0.834 0.1218 0.905 0.743
#> ATC:pam 4 0.713 0.508 0.814 0.1420 0.778 0.459
#> SD:hclust 4 0.447 0.655 0.749 0.1020 0.936 0.814
#> CV:hclust 4 0.417 0.628 0.799 0.2488 0.738 0.533
#> MAD:hclust 4 0.506 0.501 0.716 0.1102 0.793 0.507
#> ATC:hclust 4 0.727 0.772 0.869 0.1187 0.901 0.717
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.714 0.644 0.826 0.0700 0.843 0.485
#> CV:NMF 5 0.714 0.688 0.845 0.0708 0.882 0.585
#> MAD:NMF 5 0.693 0.666 0.825 0.0724 0.869 0.550
#> ATC:NMF 5 0.694 0.726 0.845 0.0919 0.914 0.720
#> SD:skmeans 5 0.645 0.581 0.778 0.0657 0.854 0.510
#> CV:skmeans 5 0.630 0.588 0.747 0.0655 0.911 0.673
#> MAD:skmeans 5 0.722 0.713 0.827 0.0630 0.908 0.661
#> ATC:skmeans 5 0.778 0.474 0.765 0.0734 0.939 0.817
#> SD:mclust 5 0.415 0.598 0.754 0.0748 0.880 0.611
#> CV:mclust 5 0.521 0.627 0.784 0.1089 0.781 0.433
#> MAD:mclust 5 0.640 0.693 0.808 0.1139 0.875 0.596
#> ATC:mclust 5 0.801 0.594 0.810 0.0232 0.914 0.704
#> SD:kmeans 5 0.476 0.452 0.633 0.0653 0.882 0.584
#> CV:kmeans 5 0.392 0.385 0.566 0.0831 0.834 0.526
#> MAD:kmeans 5 0.533 0.482 0.667 0.0664 0.815 0.502
#> ATC:kmeans 5 0.776 0.614 0.741 0.0565 0.924 0.717
#> SD:pam 5 0.633 0.605 0.787 0.0745 0.867 0.592
#> CV:pam 5 0.623 0.719 0.822 0.0607 0.944 0.796
#> MAD:pam 5 0.756 0.662 0.850 0.0631 0.889 0.637
#> ATC:pam 5 0.886 0.894 0.949 0.0805 0.836 0.472
#> SD:hclust 5 0.547 0.736 0.756 0.0803 0.926 0.737
#> CV:hclust 5 0.467 0.553 0.731 0.0772 0.949 0.838
#> MAD:hclust 5 0.666 0.672 0.821 0.0841 0.821 0.481
#> ATC:hclust 5 0.752 0.709 0.830 0.0530 0.934 0.765
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.697 0.606 0.781 0.03681 0.924 0.660
#> CV:NMF 6 0.719 0.628 0.785 0.04007 0.898 0.564
#> MAD:NMF 6 0.692 0.613 0.783 0.03754 0.920 0.640
#> ATC:NMF 6 0.694 0.664 0.798 0.04220 0.947 0.778
#> SD:skmeans 6 0.684 0.516 0.705 0.03888 0.960 0.814
#> CV:skmeans 6 0.655 0.530 0.687 0.04134 0.939 0.724
#> MAD:skmeans 6 0.739 0.594 0.777 0.04056 0.951 0.770
#> ATC:skmeans 6 0.809 0.791 0.863 0.05104 0.877 0.610
#> SD:mclust 6 0.523 0.486 0.660 0.07106 0.883 0.551
#> CV:mclust 6 0.529 0.563 0.747 0.00859 0.862 0.565
#> MAD:mclust 6 0.582 0.499 0.686 0.04541 0.947 0.771
#> ATC:mclust 6 0.721 0.661 0.765 0.06145 0.856 0.541
#> SD:kmeans 6 0.543 0.449 0.608 0.04338 0.949 0.774
#> CV:kmeans 6 0.454 0.443 0.610 0.05143 0.874 0.556
#> MAD:kmeans 6 0.580 0.466 0.616 0.04106 0.894 0.562
#> ATC:kmeans 6 0.769 0.737 0.799 0.03875 0.877 0.507
#> SD:pam 6 0.688 0.699 0.792 0.04618 0.953 0.797
#> CV:pam 6 0.668 0.727 0.828 0.02018 0.989 0.949
#> MAD:pam 6 0.729 0.590 0.759 0.04055 0.946 0.770
#> ATC:pam 6 0.872 0.764 0.894 0.04341 0.946 0.744
#> SD:hclust 6 0.713 0.743 0.834 0.04382 0.981 0.910
#> CV:hclust 6 0.533 0.579 0.720 0.07180 0.880 0.605
#> MAD:hclust 6 0.714 0.630 0.813 0.02938 0.991 0.957
#> ATC:hclust 6 0.770 0.686 0.778 0.03056 0.939 0.754
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:NMF 114 0.07048 0.02137 2.65e-07 2
#> CV:NMF 146 0.32406 0.66135 5.53e-10 2
#> MAD:NMF 145 0.00643 0.01608 1.61e-08 2
#> ATC:NMF 152 0.22926 0.13926 2.04e-08 2
#> SD:skmeans 147 0.89102 0.14194 8.54e-10 2
#> CV:skmeans 139 0.43053 0.09798 2.62e-11 2
#> MAD:skmeans 153 0.06216 0.06216 6.51e-10 2
#> ATC:skmeans 155 0.17503 0.03021 1.04e-09 2
#> SD:mclust 40 NA NA NA 2
#> CV:mclust 151 1.00000 0.96037 4.09e-12 2
#> MAD:mclust 57 0.39662 0.58414 6.19e-06 2
#> ATC:mclust 154 0.14559 0.03614 1.12e-08 2
#> SD:kmeans 152 0.27567 0.13290 3.84e-10 2
#> CV:kmeans 156 0.70186 0.86062 2.66e-12 2
#> MAD:kmeans 110 0.04676 0.00914 1.61e-07 2
#> ATC:kmeans 156 0.15356 0.03712 8.30e-10 2
#> SD:pam 151 0.04213 0.00414 5.32e-07 2
#> CV:pam 86 0.65030 0.00818 4.60e-06 2
#> MAD:pam 153 0.05146 0.00282 1.57e-06 2
#> ATC:pam 153 0.08888 0.08979 4.47e-10 2
#> SD:hclust 146 0.18823 0.52026 8.06e-14 2
#> CV:hclust 144 0.34446 0.85003 1.29e-12 2
#> MAD:hclust 108 0.00111 0.32815 5.09e-10 2
#> ATC:hclust 127 0.00277 0.02980 6.48e-09 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:NMF 144 0.037563 0.04769 1.27e-14 3
#> CV:NMF 128 0.144486 0.45518 2.36e-16 3
#> MAD:NMF 149 0.023028 0.08059 5.53e-14 3
#> ATC:NMF 134 0.499819 0.05909 5.89e-11 3
#> SD:skmeans 149 0.115743 0.02335 1.17e-16 3
#> CV:skmeans 136 0.327706 0.69514 6.95e-20 3
#> MAD:skmeans 146 0.053570 0.03285 1.22e-16 3
#> ATC:skmeans 156 0.213011 0.05413 2.85e-12 3
#> SD:mclust 96 0.103107 0.59416 7.47e-14 3
#> CV:mclust 130 0.006191 0.28825 7.99e-19 3
#> MAD:mclust 103 0.047625 0.25267 1.57e-13 3
#> ATC:mclust 154 0.047734 0.01221 9.75e-20 3
#> SD:kmeans 114 0.112346 0.39872 1.41e-15 3
#> CV:kmeans 120 0.261015 0.66034 8.84e-18 3
#> MAD:kmeans 131 0.098227 0.17915 3.79e-14 3
#> ATC:kmeans 154 0.017854 0.00676 8.01e-12 3
#> SD:pam 120 0.003465 0.03030 1.14e-14 3
#> CV:pam 152 0.003283 0.51323 1.45e-18 3
#> MAD:pam 143 0.000256 0.00986 5.75e-15 3
#> ATC:pam 113 0.063312 0.03943 7.03e-12 3
#> SD:hclust 144 0.030974 0.74326 7.24e-26 3
#> CV:hclust 136 0.082500 0.92876 2.47e-24 3
#> MAD:hclust 110 0.010091 0.79780 4.10e-20 3
#> ATC:hclust 138 0.015723 0.00157 1.32e-12 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:NMF 146 1.93e-04 0.01198 3.15e-20 4
#> CV:NMF 144 8.79e-05 0.38999 1.73e-29 4
#> MAD:NMF 144 1.71e-05 0.07223 3.59e-23 4
#> ATC:NMF 145 7.03e-02 0.03442 1.01e-18 4
#> SD:skmeans 133 6.58e-02 0.04802 4.53e-25 4
#> CV:skmeans 109 1.49e-03 0.84768 7.90e-25 4
#> MAD:skmeans 146 6.55e-02 0.12732 1.34e-25 4
#> ATC:skmeans 152 9.12e-03 0.00642 1.82e-13 4
#> SD:mclust 106 1.26e-03 0.00982 3.15e-20 4
#> CV:mclust 119 1.80e-06 0.03197 1.67e-23 4
#> MAD:mclust 107 1.42e-03 0.15431 1.75e-19 4
#> ATC:mclust 142 1.17e-01 0.01010 3.76e-24 4
#> SD:kmeans 50 9.73e-01 0.59193 1.73e-04 4
#> CV:kmeans 82 4.64e-02 0.69668 9.59e-14 4
#> MAD:kmeans 71 3.20e-01 0.16343 4.66e-11 4
#> ATC:kmeans 155 1.48e-01 0.00553 2.67e-20 4
#> SD:pam 112 1.45e-03 0.04103 2.38e-20 4
#> CV:pam 145 4.71e-04 0.25202 5.05e-26 4
#> MAD:pam 143 2.75e-04 0.02716 2.72e-24 4
#> ATC:pam 102 2.69e-01 0.04987 2.36e-14 4
#> SD:hclust 144 6.89e-02 0.41477 6.91e-34 4
#> CV:hclust 126 6.17e-02 0.99481 3.46e-34 4
#> MAD:hclust 108 6.69e-02 0.10299 4.72e-24 4
#> ATC:hclust 145 1.28e-01 0.00956 1.91e-18 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:NMF 117 1.88e-03 0.031222 9.06e-27 5
#> CV:NMF 127 3.56e-04 0.172527 3.63e-33 5
#> MAD:NMF 123 3.97e-03 0.089178 9.02e-30 5
#> ATC:NMF 139 1.36e-02 0.025599 3.54e-18 5
#> SD:skmeans 111 6.11e-03 0.251906 2.12e-30 5
#> CV:skmeans 122 1.90e-03 0.332075 6.44e-35 5
#> MAD:skmeans 134 7.81e-03 0.076994 3.66e-34 5
#> ATC:skmeans 94 7.22e-03 0.088444 1.00e-11 5
#> SD:mclust 122 1.32e-04 0.046283 1.21e-34 5
#> CV:mclust 124 6.25e-07 0.140151 1.65e-34 5
#> MAD:mclust 136 4.68e-05 0.003552 1.24e-34 5
#> ATC:mclust 78 4.16e-02 0.207627 1.95e-12 5
#> SD:kmeans 80 2.90e-01 0.394045 7.89e-24 5
#> CV:kmeans 70 7.27e-02 0.542941 5.28e-16 5
#> MAD:kmeans 84 3.06e-01 0.524067 1.71e-18 5
#> ATC:kmeans 121 1.60e-01 0.001596 6.06e-15 5
#> SD:pam 123 6.44e-02 0.062028 1.51e-17 5
#> CV:pam 142 7.63e-04 0.210626 2.01e-37 5
#> MAD:pam 113 5.15e-04 0.063733 3.44e-22 5
#> ATC:pam 151 2.75e-02 0.000254 1.26e-27 5
#> SD:hclust 144 7.49e-02 0.691867 1.62e-49 5
#> CV:hclust 102 5.82e-02 0.647483 1.66e-27 5
#> MAD:hclust 124 8.00e-02 0.496475 7.68e-37 5
#> ATC:hclust 127 2.84e-02 0.021919 2.94e-22 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:NMF 116 2.20e-03 0.272162 1.00e-33 6
#> CV:NMF 111 8.57e-07 0.274447 1.16e-28 6
#> MAD:NMF 117 3.80e-05 0.666653 1.23e-32 6
#> ATC:NMF 126 6.00e-02 0.052112 2.05e-15 6
#> SD:skmeans 89 4.54e-03 0.426333 8.76e-32 6
#> CV:skmeans 107 2.53e-02 0.261863 8.43e-31 6
#> MAD:skmeans 113 6.34e-04 0.324763 1.29e-31 6
#> ATC:skmeans 141 3.49e-03 0.015320 5.06e-21 6
#> SD:mclust 86 3.08e-03 0.008442 7.48e-22 6
#> CV:mclust 98 3.85e-06 0.549267 4.28e-30 6
#> MAD:mclust 93 7.00e-03 0.033244 2.97e-23 6
#> ATC:mclust 127 9.71e-02 0.006233 3.08e-30 6
#> SD:kmeans 78 2.83e-01 0.159551 9.16e-18 6
#> CV:kmeans 74 2.06e-01 0.902669 2.09e-18 6
#> MAD:kmeans 75 2.98e-03 0.314877 2.52e-23 6
#> ATC:kmeans 139 8.19e-03 0.011660 4.38e-22 6
#> SD:pam 133 1.96e-04 0.058231 1.08e-34 6
#> CV:pam 146 2.01e-04 0.411924 1.27e-51 6
#> MAD:pam 101 2.45e-05 0.086460 1.19e-25 6
#> ATC:pam 132 1.62e-01 0.000229 1.05e-30 6
#> SD:hclust 148 1.30e-01 0.254350 5.86e-50 6
#> CV:hclust 106 8.66e-04 0.834195 1.42e-46 6
#> MAD:hclust 116 3.57e-03 0.643015 8.57e-45 6
#> ATC:hclust 130 2.78e-02 0.047292 1.23e-24 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.287 0.653 0.747 0.4397 0.524 0.524
#> 3 3 0.398 0.663 0.768 0.4495 0.812 0.642
#> 4 4 0.447 0.655 0.749 0.1020 0.936 0.814
#> 5 5 0.547 0.736 0.756 0.0803 0.926 0.737
#> 6 6 0.713 0.743 0.834 0.0438 0.981 0.910
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.9686 0.508 0.396 0.604
#> GSM82314 2 0.9686 0.508 0.396 0.604
#> GSM82331 1 0.9775 0.603 0.588 0.412
#> GSM82338 1 0.9775 0.603 0.588 0.412
#> GSM82315 2 0.8267 0.641 0.260 0.740
#> GSM82316 2 0.8267 0.641 0.260 0.740
#> GSM82350 1 0.9170 0.665 0.668 0.332
#> GSM82368 1 0.9170 0.665 0.668 0.332
#> GSM82328 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM82340 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM128565 1 0.0000 0.686 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.686 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.0376 0.768 0.004 0.996
#> GSM82341 2 0.0376 0.768 0.004 0.996
#> GSM128569 1 0.9248 0.660 0.660 0.340
#> GSM128570 1 0.9248 0.660 0.660 0.340
#> GSM128573 2 0.1184 0.764 0.016 0.984
#> GSM128574 2 0.1184 0.764 0.016 0.984
#> GSM82295 1 0.9754 0.609 0.592 0.408
#> GSM82296 1 0.9754 0.609 0.592 0.408
#> GSM82337 2 0.3431 0.744 0.064 0.936
#> GSM82379 2 0.3431 0.744 0.064 0.936
#> GSM82285 2 0.9460 0.434 0.364 0.636
#> GSM82286 2 0.9460 0.434 0.364 0.636
#> GSM82287 2 0.9608 0.398 0.384 0.616
#> GSM82288 2 0.9608 0.398 0.384 0.616
#> GSM82311 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM82312 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM82375 1 0.4431 0.690 0.908 0.092
#> GSM82376 1 0.4431 0.690 0.908 0.092
#> GSM82307 2 0.9209 0.592 0.336 0.664
#> GSM82308 2 0.9209 0.592 0.336 0.664
#> GSM128585 1 0.3431 0.696 0.936 0.064
#> GSM128586 1 0.3431 0.696 0.936 0.064
#> GSM128593 1 0.7056 0.606 0.808 0.192
#> GSM128594 1 0.7056 0.606 0.808 0.192
#> GSM128597 2 0.9000 0.528 0.316 0.684
#> GSM128598 2 0.9000 0.528 0.316 0.684
#> GSM128601 1 0.9922 0.537 0.552 0.448
#> GSM128602 1 0.9922 0.537 0.552 0.448
#> GSM82348 2 0.9686 0.508 0.396 0.604
#> GSM82366 2 0.9686 0.508 0.396 0.604
#> GSM82322 1 0.9775 0.603 0.588 0.412
#> GSM82352 1 0.9775 0.603 0.588 0.412
#> GSM82332 2 0.0672 0.769 0.008 0.992
#> GSM82357 2 0.0672 0.769 0.008 0.992
#> GSM82354 1 0.9170 0.665 0.668 0.332
#> GSM82372 1 0.9170 0.665 0.668 0.332
#> GSM82343 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM82362 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM128567 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM128568 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM82355 2 0.0376 0.768 0.004 0.996
#> GSM82358 2 0.0376 0.768 0.004 0.996
#> GSM128571 1 0.9248 0.660 0.660 0.340
#> GSM128572 1 0.9248 0.660 0.660 0.340
#> GSM128575 2 0.1184 0.764 0.016 0.984
#> GSM128576 2 0.1184 0.764 0.016 0.984
#> GSM82324 1 0.9754 0.609 0.592 0.408
#> GSM82326 1 0.9754 0.609 0.592 0.408
#> GSM82344 2 0.3431 0.744 0.064 0.936
#> GSM82363 2 0.3431 0.744 0.064 0.936
#> GSM82293 2 0.9460 0.434 0.364 0.636
#> GSM82294 2 0.9460 0.434 0.364 0.636
#> GSM82297 2 0.9608 0.398 0.384 0.616
#> GSM82298 2 0.9608 0.398 0.384 0.616
#> GSM82373 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM82374 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM82377 1 0.4431 0.690 0.908 0.092
#> GSM82378 1 0.4431 0.690 0.908 0.092
#> GSM82309 2 0.9209 0.592 0.336 0.664
#> GSM82310 2 0.9209 0.592 0.336 0.664
#> GSM128587 1 0.3431 0.696 0.936 0.064
#> GSM128588 1 0.3431 0.696 0.936 0.064
#> GSM128595 1 0.7056 0.606 0.808 0.192
#> GSM128596 1 0.7056 0.606 0.808 0.192
#> GSM128599 2 0.9000 0.528 0.316 0.684
#> GSM128600 2 0.9000 0.528 0.316 0.684
#> GSM128603 1 0.9922 0.537 0.552 0.448
#> GSM128604 1 0.9922 0.537 0.552 0.448
#> GSM82284 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.3114 0.746 0.056 0.944
#> GSM82361 2 0.3114 0.746 0.056 0.944
#> GSM82351 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82330 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM82336 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM128492 1 0.9170 0.663 0.668 0.332
#> GSM128493 1 0.9170 0.663 0.668 0.332
#> GSM82323 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM128496 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM128497 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM82319 2 0.2948 0.746 0.052 0.948
#> GSM82320 2 0.2948 0.746 0.052 0.948
#> GSM128504 1 0.0000 0.686 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.686 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.8443 0.456 0.272 0.728
#> GSM128510 2 0.8443 0.456 0.272 0.728
#> GSM82325 2 0.6887 0.648 0.184 0.816
#> GSM82327 2 0.6887 0.648 0.184 0.816
#> GSM82289 2 0.9552 0.538 0.376 0.624
#> GSM82291 2 0.9552 0.538 0.376 0.624
#> GSM82290 2 0.7745 0.670 0.228 0.772
#> GSM82292 2 0.7745 0.670 0.228 0.772
#> GSM128525 1 0.0938 0.694 0.988 0.012
#> GSM128526 1 0.0938 0.694 0.988 0.012
#> GSM128529 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM128530 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM128533 1 0.0938 0.694 0.988 0.012
#> GSM128534 1 0.0938 0.694 0.988 0.012
#> GSM128541 1 0.1184 0.695 0.984 0.016
#> GSM128542 1 0.1184 0.695 0.984 0.016
#> GSM128557 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.3114 0.746 0.056 0.944
#> GSM82364 2 0.3114 0.746 0.056 0.944
#> GSM82345 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82335 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM82339 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM128494 1 0.9170 0.663 0.668 0.332
#> GSM128495 1 0.9170 0.663 0.668 0.332
#> GSM82356 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM128499 1 0.9815 0.568 0.580 0.420
#> GSM82333 2 0.2948 0.746 0.052 0.948
#> GSM82369 2 0.2948 0.746 0.052 0.948
#> GSM128506 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM128507 2 0.2236 0.767 0.036 0.964
#> GSM128511 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.768 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.6887 0.648 0.184 0.816
#> GSM82370 2 0.6887 0.648 0.184 0.816
#> GSM82305 2 0.9552 0.538 0.376 0.624
#> GSM82306 2 0.9552 0.538 0.376 0.624
#> GSM82303 2 0.7745 0.670 0.228 0.772
#> GSM82304 2 0.7745 0.670 0.228 0.772
#> GSM128527 1 0.4562 0.689 0.904 0.096
#> GSM128528 1 0.4562 0.689 0.904 0.096
#> GSM128531 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM128532 2 0.9248 0.587 0.340 0.660
#> GSM128535 1 0.0938 0.694 0.988 0.012
#> GSM128536 1 0.0938 0.694 0.988 0.012
#> GSM128543 1 0.1184 0.695 0.984 0.016
#> GSM128544 1 0.1184 0.695 0.984 0.016
#> GSM128559 2 0.9552 0.538 0.376 0.624
#> GSM128560 2 0.9552 0.538 0.376 0.624
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.4931 0.763 0.232 0.768 0.000
#> GSM82314 2 0.4931 0.763 0.232 0.768 0.000
#> GSM82331 1 0.6398 0.624 0.580 0.004 0.416
#> GSM82338 1 0.6398 0.624 0.580 0.004 0.416
#> GSM82315 2 0.8494 0.615 0.156 0.608 0.236
#> GSM82316 2 0.8494 0.615 0.156 0.608 0.236
#> GSM82350 1 0.6033 0.673 0.660 0.004 0.336
#> GSM82368 1 0.6033 0.673 0.660 0.004 0.336
#> GSM82328 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM82340 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM128565 1 0.0424 0.678 0.992 0.008 0.000
#> GSM128566 1 0.0424 0.678 0.992 0.008 0.000
#> GSM82329 3 0.4233 0.766 0.004 0.160 0.836
#> GSM82341 3 0.4233 0.766 0.004 0.160 0.836
#> GSM128569 1 0.5882 0.666 0.652 0.000 0.348
#> GSM128570 1 0.5882 0.666 0.652 0.000 0.348
#> GSM128573 3 0.0424 0.764 0.008 0.000 0.992
#> GSM128574 3 0.0424 0.764 0.008 0.000 0.992
#> GSM82295 1 0.6910 0.635 0.584 0.020 0.396
#> GSM82296 1 0.6910 0.635 0.584 0.020 0.396
#> GSM82337 3 0.1964 0.754 0.056 0.000 0.944
#> GSM82379 3 0.1964 0.754 0.056 0.000 0.944
#> GSM82285 2 0.7504 0.570 0.312 0.628 0.060
#> GSM82286 2 0.7504 0.570 0.312 0.628 0.060
#> GSM82287 2 0.7262 0.562 0.332 0.624 0.044
#> GSM82288 2 0.7262 0.562 0.332 0.624 0.044
#> GSM82311 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM82312 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM82375 1 0.3998 0.657 0.884 0.056 0.060
#> GSM82376 1 0.3998 0.657 0.884 0.056 0.060
#> GSM82307 2 0.4121 0.780 0.168 0.832 0.000
#> GSM82308 2 0.4121 0.780 0.168 0.832 0.000
#> GSM128585 1 0.3237 0.678 0.912 0.032 0.056
#> GSM128586 1 0.3237 0.678 0.912 0.032 0.056
#> GSM128593 1 0.5285 0.383 0.752 0.244 0.004
#> GSM128594 1 0.5285 0.383 0.752 0.244 0.004
#> GSM128597 2 0.7184 0.650 0.240 0.688 0.072
#> GSM128598 2 0.7184 0.650 0.240 0.688 0.072
#> GSM128601 1 0.7411 0.594 0.548 0.036 0.416
#> GSM128602 1 0.7411 0.594 0.548 0.036 0.416
#> GSM82348 2 0.4931 0.763 0.232 0.768 0.000
#> GSM82366 2 0.4931 0.763 0.232 0.768 0.000
#> GSM82322 1 0.6398 0.624 0.580 0.004 0.416
#> GSM82352 1 0.6398 0.624 0.580 0.004 0.416
#> GSM82332 2 0.5785 0.407 0.000 0.668 0.332
#> GSM82357 2 0.5785 0.407 0.000 0.668 0.332
#> GSM82354 1 0.6033 0.673 0.660 0.004 0.336
#> GSM82372 1 0.6033 0.673 0.660 0.004 0.336
#> GSM82343 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM82362 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM128567 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM128568 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM82355 3 0.4233 0.766 0.004 0.160 0.836
#> GSM82358 3 0.4233 0.766 0.004 0.160 0.836
#> GSM128571 1 0.5882 0.666 0.652 0.000 0.348
#> GSM128572 1 0.5882 0.666 0.652 0.000 0.348
#> GSM128575 3 0.0424 0.764 0.008 0.000 0.992
#> GSM128576 3 0.0424 0.764 0.008 0.000 0.992
#> GSM82324 1 0.6910 0.635 0.584 0.020 0.396
#> GSM82326 1 0.6910 0.635 0.584 0.020 0.396
#> GSM82344 3 0.1964 0.754 0.056 0.000 0.944
#> GSM82363 3 0.1964 0.754 0.056 0.000 0.944
#> GSM82293 2 0.7504 0.570 0.312 0.628 0.060
#> GSM82294 2 0.7504 0.570 0.312 0.628 0.060
#> GSM82297 2 0.7262 0.562 0.332 0.624 0.044
#> GSM82298 2 0.7262 0.562 0.332 0.624 0.044
#> GSM82373 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM82374 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM82377 1 0.3998 0.657 0.884 0.056 0.060
#> GSM82378 1 0.3998 0.657 0.884 0.056 0.060
#> GSM82309 2 0.4121 0.780 0.168 0.832 0.000
#> GSM82310 2 0.4121 0.780 0.168 0.832 0.000
#> GSM128587 1 0.3237 0.678 0.912 0.032 0.056
#> GSM128588 1 0.3237 0.678 0.912 0.032 0.056
#> GSM128595 1 0.5285 0.383 0.752 0.244 0.004
#> GSM128596 1 0.5285 0.383 0.752 0.244 0.004
#> GSM128599 2 0.7184 0.650 0.240 0.688 0.072
#> GSM128600 2 0.7184 0.650 0.240 0.688 0.072
#> GSM128603 1 0.7411 0.594 0.548 0.036 0.416
#> GSM128604 1 0.7411 0.594 0.548 0.036 0.416
#> GSM82284 3 0.6225 0.296 0.000 0.432 0.568
#> GSM82321 3 0.6225 0.296 0.000 0.432 0.568
#> GSM82342 3 0.1753 0.758 0.048 0.000 0.952
#> GSM82361 3 0.1753 0.758 0.048 0.000 0.952
#> GSM82351 3 0.3816 0.771 0.000 0.148 0.852
#> GSM82371 3 0.3816 0.771 0.000 0.148 0.852
#> GSM82330 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM82336 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM128492 1 0.5835 0.675 0.660 0.000 0.340
#> GSM128493 1 0.5835 0.675 0.660 0.000 0.340
#> GSM82323 3 0.4796 0.723 0.000 0.220 0.780
#> GSM82353 3 0.4796 0.723 0.000 0.220 0.780
#> GSM82317 3 0.4974 0.706 0.000 0.236 0.764
#> GSM82318 3 0.4974 0.706 0.000 0.236 0.764
#> GSM128496 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM128497 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM82319 3 0.1643 0.759 0.044 0.000 0.956
#> GSM82320 3 0.1643 0.759 0.044 0.000 0.956
#> GSM128504 1 0.0424 0.678 0.992 0.008 0.000
#> GSM128505 1 0.0424 0.678 0.992 0.008 0.000
#> GSM128509 3 0.7673 0.359 0.260 0.088 0.652
#> GSM128510 3 0.7673 0.359 0.260 0.088 0.652
#> GSM82325 3 0.4235 0.621 0.176 0.000 0.824
#> GSM82327 3 0.4235 0.621 0.176 0.000 0.824
#> GSM82289 2 0.5365 0.763 0.252 0.744 0.004
#> GSM82291 2 0.5365 0.763 0.252 0.744 0.004
#> GSM82290 2 0.2066 0.763 0.060 0.940 0.000
#> GSM82292 2 0.2066 0.763 0.060 0.940 0.000
#> GSM128525 1 0.0661 0.686 0.988 0.004 0.008
#> GSM128526 1 0.0661 0.686 0.988 0.004 0.008
#> GSM128529 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM128530 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM128533 1 0.0661 0.686 0.988 0.004 0.008
#> GSM128534 1 0.0661 0.686 0.988 0.004 0.008
#> GSM128541 1 0.1585 0.676 0.964 0.028 0.008
#> GSM128542 1 0.1585 0.676 0.964 0.028 0.008
#> GSM128557 2 0.4178 0.649 0.000 0.828 0.172
#> GSM128558 2 0.4178 0.649 0.000 0.828 0.172
#> GSM82349 3 0.6252 0.266 0.000 0.444 0.556
#> GSM82367 3 0.6252 0.266 0.000 0.444 0.556
#> GSM82346 3 0.1753 0.758 0.048 0.000 0.952
#> GSM82364 3 0.1753 0.758 0.048 0.000 0.952
#> GSM82345 3 0.3816 0.771 0.000 0.148 0.852
#> GSM82360 3 0.3816 0.771 0.000 0.148 0.852
#> GSM82335 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM82339 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM128494 1 0.5835 0.675 0.660 0.000 0.340
#> GSM128495 1 0.5835 0.675 0.660 0.000 0.340
#> GSM82356 3 0.4796 0.723 0.000 0.220 0.780
#> GSM82359 3 0.4796 0.723 0.000 0.220 0.780
#> GSM82347 3 0.4974 0.706 0.000 0.236 0.764
#> GSM82365 3 0.4974 0.706 0.000 0.236 0.764
#> GSM128498 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM128499 1 0.6215 0.585 0.572 0.000 0.428
#> GSM82333 3 0.1643 0.759 0.044 0.000 0.956
#> GSM82369 3 0.1643 0.759 0.044 0.000 0.956
#> GSM128506 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM128507 2 0.3551 0.682 0.000 0.868 0.132
#> GSM128511 2 0.4178 0.649 0.000 0.828 0.172
#> GSM128512 2 0.4178 0.649 0.000 0.828 0.172
#> GSM82334 3 0.4235 0.621 0.176 0.000 0.824
#> GSM82370 3 0.4235 0.621 0.176 0.000 0.824
#> GSM82305 2 0.5365 0.763 0.252 0.744 0.004
#> GSM82306 2 0.5365 0.763 0.252 0.744 0.004
#> GSM82303 2 0.2066 0.763 0.060 0.940 0.000
#> GSM82304 2 0.2066 0.763 0.060 0.940 0.000
#> GSM128527 1 0.3356 0.672 0.908 0.036 0.056
#> GSM128528 1 0.3356 0.672 0.908 0.036 0.056
#> GSM128531 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM128532 2 0.4178 0.778 0.172 0.828 0.000
#> GSM128535 1 0.0661 0.686 0.988 0.004 0.008
#> GSM128536 1 0.0661 0.686 0.988 0.004 0.008
#> GSM128543 1 0.1585 0.676 0.964 0.028 0.008
#> GSM128544 1 0.1585 0.676 0.964 0.028 0.008
#> GSM128559 2 0.5365 0.763 0.252 0.744 0.004
#> GSM128560 2 0.5365 0.763 0.252 0.744 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.2489 0.735 0.068 0.020 0.000 0.912
#> GSM82314 4 0.2489 0.735 0.068 0.020 0.000 0.912
#> GSM82331 1 0.5068 0.654 0.676 0.012 0.308 0.004
#> GSM82338 1 0.5068 0.654 0.676 0.012 0.308 0.004
#> GSM82315 4 0.7155 0.280 0.020 0.184 0.176 0.620
#> GSM82316 4 0.7155 0.280 0.020 0.184 0.176 0.620
#> GSM82350 1 0.4639 0.689 0.752 0.012 0.228 0.008
#> GSM82368 1 0.4639 0.689 0.752 0.012 0.228 0.008
#> GSM82328 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM82340 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM128565 1 0.6134 0.528 0.668 0.216 0.000 0.116
#> GSM128566 1 0.6134 0.528 0.668 0.216 0.000 0.116
#> GSM82329 3 0.4638 0.719 0.000 0.152 0.788 0.060
#> GSM82341 3 0.4638 0.719 0.000 0.152 0.788 0.060
#> GSM128569 1 0.4744 0.677 0.736 0.024 0.240 0.000
#> GSM128570 1 0.4744 0.677 0.736 0.024 0.240 0.000
#> GSM128573 3 0.0817 0.789 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM128574 3 0.0817 0.789 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM82295 1 0.5425 0.663 0.680 0.012 0.288 0.020
#> GSM82296 1 0.5425 0.663 0.680 0.012 0.288 0.020
#> GSM82337 3 0.1637 0.788 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM82379 3 0.1637 0.788 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM82285 4 0.7808 0.545 0.256 0.112 0.060 0.572
#> GSM82286 4 0.7808 0.545 0.256 0.112 0.060 0.572
#> GSM82287 4 0.7772 0.552 0.252 0.136 0.044 0.568
#> GSM82288 4 0.7772 0.552 0.252 0.136 0.044 0.568
#> GSM82311 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM82312 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM82375 1 0.5440 0.609 0.744 0.016 0.052 0.188
#> GSM82376 1 0.5440 0.609 0.744 0.016 0.052 0.188
#> GSM82307 4 0.0188 0.746 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM82308 4 0.0188 0.746 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM128585 1 0.5108 0.631 0.772 0.016 0.048 0.164
#> GSM128586 1 0.5108 0.631 0.772 0.016 0.048 0.164
#> GSM128593 1 0.5259 0.334 0.612 0.008 0.004 0.376
#> GSM128594 1 0.5259 0.334 0.612 0.008 0.004 0.376
#> GSM128597 4 0.7423 0.576 0.196 0.100 0.072 0.632
#> GSM128598 4 0.7423 0.576 0.196 0.100 0.072 0.632
#> GSM128601 1 0.5743 0.637 0.644 0.008 0.316 0.032
#> GSM128602 1 0.5743 0.637 0.644 0.008 0.316 0.032
#> GSM82348 4 0.2489 0.735 0.068 0.020 0.000 0.912
#> GSM82366 4 0.2489 0.735 0.068 0.020 0.000 0.912
#> GSM82322 1 0.5068 0.654 0.676 0.012 0.308 0.004
#> GSM82352 1 0.5068 0.654 0.676 0.012 0.308 0.004
#> GSM82332 2 0.5719 0.687 0.000 0.712 0.176 0.112
#> GSM82357 2 0.5719 0.687 0.000 0.712 0.176 0.112
#> GSM82354 1 0.4639 0.689 0.752 0.012 0.228 0.008
#> GSM82372 1 0.4639 0.689 0.752 0.012 0.228 0.008
#> GSM82343 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM82362 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM128567 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM128568 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM82355 3 0.4638 0.719 0.000 0.152 0.788 0.060
#> GSM82358 3 0.4638 0.719 0.000 0.152 0.788 0.060
#> GSM128571 1 0.4744 0.677 0.736 0.024 0.240 0.000
#> GSM128572 1 0.4744 0.677 0.736 0.024 0.240 0.000
#> GSM128575 3 0.0817 0.789 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM128576 3 0.0817 0.789 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM82324 1 0.5425 0.663 0.680 0.012 0.288 0.020
#> GSM82326 1 0.5425 0.663 0.680 0.012 0.288 0.020
#> GSM82344 3 0.1637 0.788 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM82363 3 0.1637 0.788 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM82293 4 0.7808 0.545 0.256 0.112 0.060 0.572
#> GSM82294 4 0.7808 0.545 0.256 0.112 0.060 0.572
#> GSM82297 4 0.7772 0.552 0.252 0.136 0.044 0.568
#> GSM82298 4 0.7772 0.552 0.252 0.136 0.044 0.568
#> GSM82373 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM82374 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM82377 1 0.5440 0.609 0.744 0.016 0.052 0.188
#> GSM82378 1 0.5440 0.609 0.744 0.016 0.052 0.188
#> GSM82309 4 0.0188 0.746 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM82310 4 0.0188 0.746 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM128587 1 0.5108 0.631 0.772 0.016 0.048 0.164
#> GSM128588 1 0.5108 0.631 0.772 0.016 0.048 0.164
#> GSM128595 1 0.5259 0.334 0.612 0.008 0.004 0.376
#> GSM128596 1 0.5259 0.334 0.612 0.008 0.004 0.376
#> GSM128599 4 0.7423 0.576 0.196 0.100 0.072 0.632
#> GSM128600 4 0.7423 0.576 0.196 0.100 0.072 0.632
#> GSM128603 1 0.5743 0.637 0.644 0.008 0.316 0.032
#> GSM128604 1 0.5743 0.637 0.644 0.008 0.316 0.032
#> GSM82284 2 0.5881 0.310 0.000 0.544 0.420 0.036
#> GSM82321 2 0.5881 0.310 0.000 0.544 0.420 0.036
#> GSM82342 3 0.1389 0.791 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM82361 3 0.1389 0.791 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM82351 3 0.4100 0.733 0.000 0.148 0.816 0.036
#> GSM82371 3 0.4100 0.733 0.000 0.148 0.816 0.036
#> GSM82330 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM82336 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM128492 1 0.4756 0.684 0.744 0.020 0.232 0.004
#> GSM128493 1 0.4756 0.684 0.744 0.020 0.232 0.004
#> GSM82323 3 0.5633 0.656 0.000 0.184 0.716 0.100
#> GSM82353 3 0.5633 0.656 0.000 0.184 0.716 0.100
#> GSM82317 3 0.5783 0.640 0.000 0.188 0.704 0.108
#> GSM82318 3 0.5783 0.640 0.000 0.188 0.704 0.108
#> GSM128496 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM128497 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM82319 3 0.1302 0.792 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM82320 3 0.1302 0.792 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM128504 1 0.6366 0.507 0.640 0.240 0.000 0.120
#> GSM128505 1 0.6366 0.507 0.640 0.240 0.000 0.120
#> GSM128509 3 0.7138 0.367 0.292 0.064 0.596 0.048
#> GSM128510 3 0.7138 0.367 0.292 0.064 0.596 0.048
#> GSM82325 3 0.3836 0.699 0.168 0.016 0.816 0.000
#> GSM82327 3 0.3836 0.699 0.168 0.016 0.816 0.000
#> GSM82289 4 0.3102 0.724 0.116 0.008 0.004 0.872
#> GSM82291 4 0.3102 0.724 0.116 0.008 0.004 0.872
#> GSM82290 4 0.2408 0.654 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM82292 4 0.2408 0.654 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM128525 1 0.4037 0.637 0.832 0.056 0.000 0.112
#> GSM128526 1 0.4037 0.637 0.832 0.056 0.000 0.112
#> GSM128529 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM128530 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM128533 1 0.4037 0.637 0.832 0.056 0.000 0.112
#> GSM128534 1 0.4037 0.637 0.832 0.056 0.000 0.112
#> GSM128541 1 0.4499 0.622 0.792 0.048 0.000 0.160
#> GSM128542 1 0.4499 0.622 0.792 0.048 0.000 0.160
#> GSM128557 2 0.4744 0.785 0.000 0.736 0.024 0.240
#> GSM128558 2 0.4744 0.785 0.000 0.736 0.024 0.240
#> GSM82349 2 0.5856 0.344 0.000 0.556 0.408 0.036
#> GSM82367 2 0.5856 0.344 0.000 0.556 0.408 0.036
#> GSM82346 3 0.1389 0.791 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM82364 3 0.1389 0.791 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM82345 3 0.4100 0.733 0.000 0.148 0.816 0.036
#> GSM82360 3 0.4100 0.733 0.000 0.148 0.816 0.036
#> GSM82335 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM82339 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM128494 1 0.4756 0.684 0.744 0.020 0.232 0.004
#> GSM128495 1 0.4756 0.684 0.744 0.020 0.232 0.004
#> GSM82356 3 0.5633 0.656 0.000 0.184 0.716 0.100
#> GSM82359 3 0.5633 0.656 0.000 0.184 0.716 0.100
#> GSM82347 3 0.5783 0.640 0.000 0.188 0.704 0.108
#> GSM82365 3 0.5783 0.640 0.000 0.188 0.704 0.108
#> GSM128498 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM128499 1 0.5130 0.606 0.652 0.016 0.332 0.000
#> GSM82333 3 0.1302 0.792 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM82369 3 0.1302 0.792 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM128506 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM128507 2 0.4304 0.774 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM128511 2 0.4744 0.785 0.000 0.736 0.024 0.240
#> GSM128512 2 0.4744 0.785 0.000 0.736 0.024 0.240
#> GSM82334 3 0.3836 0.699 0.168 0.016 0.816 0.000
#> GSM82370 3 0.3836 0.699 0.168 0.016 0.816 0.000
#> GSM82305 4 0.3102 0.724 0.116 0.008 0.004 0.872
#> GSM82306 4 0.3102 0.724 0.116 0.008 0.004 0.872
#> GSM82303 4 0.2408 0.654 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM82304 4 0.2408 0.654 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM128527 1 0.4923 0.633 0.788 0.016 0.048 0.148
#> GSM128528 1 0.4923 0.633 0.788 0.016 0.048 0.148
#> GSM128531 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM128532 4 0.0895 0.749 0.020 0.004 0.000 0.976
#> GSM128535 1 0.4037 0.637 0.832 0.056 0.000 0.112
#> GSM128536 1 0.4037 0.637 0.832 0.056 0.000 0.112
#> GSM128543 1 0.4499 0.622 0.792 0.048 0.000 0.160
#> GSM128544 1 0.4499 0.622 0.792 0.048 0.000 0.160
#> GSM128559 4 0.3102 0.724 0.116 0.008 0.004 0.872
#> GSM128560 4 0.3102 0.724 0.116 0.008 0.004 0.872
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.3141 0.736 0.152 0.016 0.000 0.832 0.000
#> GSM82314 4 0.3141 0.736 0.152 0.016 0.000 0.832 0.000
#> GSM82331 5 0.1704 0.889 0.004 0.000 0.068 0.000 0.928
#> GSM82338 5 0.1704 0.889 0.004 0.000 0.068 0.000 0.928
#> GSM82315 4 0.7521 0.255 0.092 0.212 0.192 0.504 0.000
#> GSM82316 4 0.7521 0.255 0.092 0.212 0.192 0.504 0.000
#> GSM82350 5 0.2050 0.860 0.064 0.000 0.008 0.008 0.920
#> GSM82368 5 0.2050 0.860 0.064 0.000 0.008 0.008 0.920
#> GSM82328 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM82340 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM128565 1 0.5270 0.492 0.744 0.100 0.076 0.000 0.080
#> GSM128566 1 0.5270 0.492 0.744 0.100 0.076 0.000 0.080
#> GSM82329 3 0.3808 0.709 0.004 0.160 0.804 0.028 0.004
#> GSM82341 3 0.3808 0.709 0.004 0.160 0.804 0.028 0.004
#> GSM128569 5 0.0613 0.888 0.004 0.004 0.008 0.000 0.984
#> GSM128570 5 0.0613 0.888 0.004 0.004 0.008 0.000 0.984
#> GSM128573 3 0.2754 0.778 0.000 0.040 0.880 0.000 0.080
#> GSM128574 3 0.2754 0.778 0.000 0.040 0.880 0.000 0.080
#> GSM82295 5 0.2199 0.885 0.008 0.000 0.060 0.016 0.916
#> GSM82296 5 0.2199 0.885 0.008 0.000 0.060 0.016 0.916
#> GSM82337 3 0.3053 0.778 0.008 0.000 0.828 0.000 0.164
#> GSM82379 3 0.3053 0.778 0.008 0.000 0.828 0.000 0.164
#> GSM82285 4 0.5781 0.586 0.008 0.032 0.044 0.636 0.280
#> GSM82286 4 0.5781 0.586 0.008 0.032 0.044 0.636 0.280
#> GSM82287 4 0.6012 0.597 0.012 0.056 0.032 0.632 0.268
#> GSM82288 4 0.6012 0.597 0.012 0.056 0.032 0.632 0.268
#> GSM82311 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM82312 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM82375 1 0.6629 0.816 0.596 0.004 0.048 0.116 0.236
#> GSM82376 1 0.6629 0.816 0.596 0.004 0.048 0.116 0.236
#> GSM82307 4 0.1671 0.771 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM82308 4 0.1671 0.771 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM128585 1 0.6301 0.823 0.624 0.004 0.044 0.092 0.236
#> GSM128586 1 0.6301 0.823 0.624 0.004 0.044 0.092 0.236
#> GSM128593 1 0.6496 0.626 0.504 0.004 0.000 0.300 0.192
#> GSM128594 1 0.6496 0.626 0.504 0.004 0.000 0.300 0.192
#> GSM128597 4 0.5510 0.630 0.004 0.036 0.056 0.692 0.212
#> GSM128598 4 0.5510 0.630 0.004 0.036 0.056 0.692 0.212
#> GSM128601 5 0.3070 0.861 0.008 0.004 0.088 0.028 0.872
#> GSM128602 5 0.3070 0.861 0.008 0.004 0.088 0.028 0.872
#> GSM82348 4 0.3141 0.736 0.152 0.016 0.000 0.832 0.000
#> GSM82366 4 0.3141 0.736 0.152 0.016 0.000 0.832 0.000
#> GSM82322 5 0.1704 0.889 0.004 0.000 0.068 0.000 0.928
#> GSM82352 5 0.1704 0.889 0.004 0.000 0.068 0.000 0.928
#> GSM82332 2 0.4522 0.690 0.004 0.744 0.192 0.060 0.000
#> GSM82357 2 0.4522 0.690 0.004 0.744 0.192 0.060 0.000
#> GSM82354 5 0.2050 0.860 0.064 0.000 0.008 0.008 0.920
#> GSM82372 5 0.2050 0.860 0.064 0.000 0.008 0.008 0.920
#> GSM82343 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM82362 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM128567 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM128568 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM82355 3 0.3808 0.709 0.004 0.160 0.804 0.028 0.004
#> GSM82358 3 0.3808 0.709 0.004 0.160 0.804 0.028 0.004
#> GSM128571 5 0.0613 0.888 0.004 0.004 0.008 0.000 0.984
#> GSM128572 5 0.0613 0.888 0.004 0.004 0.008 0.000 0.984
#> GSM128575 3 0.2754 0.778 0.000 0.040 0.880 0.000 0.080
#> GSM128576 3 0.2754 0.778 0.000 0.040 0.880 0.000 0.080
#> GSM82324 5 0.2199 0.885 0.008 0.000 0.060 0.016 0.916
#> GSM82326 5 0.2199 0.885 0.008 0.000 0.060 0.016 0.916
#> GSM82344 3 0.3053 0.778 0.008 0.000 0.828 0.000 0.164
#> GSM82363 3 0.3053 0.778 0.008 0.000 0.828 0.000 0.164
#> GSM82293 4 0.5781 0.586 0.008 0.032 0.044 0.636 0.280
#> GSM82294 4 0.5781 0.586 0.008 0.032 0.044 0.636 0.280
#> GSM82297 4 0.6012 0.597 0.012 0.056 0.032 0.632 0.268
#> GSM82298 4 0.6012 0.597 0.012 0.056 0.032 0.632 0.268
#> GSM82373 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM82374 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM82377 1 0.6629 0.816 0.596 0.004 0.048 0.116 0.236
#> GSM82378 1 0.6629 0.816 0.596 0.004 0.048 0.116 0.236
#> GSM82309 4 0.1671 0.771 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM82310 4 0.1671 0.771 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM128587 1 0.6301 0.823 0.624 0.004 0.044 0.092 0.236
#> GSM128588 1 0.6301 0.823 0.624 0.004 0.044 0.092 0.236
#> GSM128595 1 0.6496 0.626 0.504 0.004 0.000 0.300 0.192
#> GSM128596 1 0.6496 0.626 0.504 0.004 0.000 0.300 0.192
#> GSM128599 4 0.5510 0.630 0.004 0.036 0.056 0.692 0.212
#> GSM128600 4 0.5510 0.630 0.004 0.036 0.056 0.692 0.212
#> GSM128603 5 0.3070 0.861 0.008 0.004 0.088 0.028 0.872
#> GSM128604 5 0.3070 0.861 0.008 0.004 0.088 0.028 0.872
#> GSM82284 2 0.4201 0.306 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.4201 0.306 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.2732 0.780 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM82361 3 0.2732 0.780 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM82351 3 0.3231 0.716 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM82371 3 0.3231 0.716 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM82330 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM82336 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM128492 5 0.1443 0.873 0.044 0.000 0.004 0.004 0.948
#> GSM128493 5 0.1443 0.873 0.044 0.000 0.004 0.004 0.948
#> GSM82323 3 0.4555 0.652 0.004 0.212 0.732 0.052 0.000
#> GSM82353 3 0.4555 0.652 0.004 0.212 0.732 0.052 0.000
#> GSM82317 3 0.4709 0.638 0.004 0.224 0.716 0.056 0.000
#> GSM82318 3 0.4709 0.638 0.004 0.224 0.716 0.056 0.000
#> GSM128496 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM128497 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM82319 3 0.2648 0.782 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM82320 3 0.2648 0.782 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM128504 1 0.4921 0.470 0.760 0.124 0.076 0.000 0.040
#> GSM128505 1 0.4921 0.470 0.760 0.124 0.076 0.000 0.040
#> GSM128509 3 0.6430 0.210 0.004 0.064 0.480 0.036 0.416
#> GSM128510 3 0.6430 0.210 0.004 0.064 0.480 0.036 0.416
#> GSM82325 3 0.4496 0.710 0.056 0.000 0.728 0.000 0.216
#> GSM82327 3 0.4496 0.710 0.056 0.000 0.728 0.000 0.216
#> GSM82289 4 0.3439 0.727 0.188 0.004 0.000 0.800 0.008
#> GSM82291 4 0.3439 0.727 0.188 0.004 0.000 0.800 0.008
#> GSM82290 4 0.0963 0.731 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM82292 4 0.0963 0.731 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128525 1 0.4698 0.809 0.708 0.008 0.000 0.040 0.244
#> GSM128526 1 0.4698 0.809 0.708 0.008 0.000 0.040 0.244
#> GSM128529 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM128530 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM128533 1 0.4698 0.809 0.708 0.008 0.000 0.040 0.244
#> GSM128534 1 0.4698 0.809 0.708 0.008 0.000 0.040 0.244
#> GSM128541 1 0.5117 0.826 0.672 0.000 0.000 0.088 0.240
#> GSM128542 1 0.5117 0.826 0.672 0.000 0.000 0.088 0.240
#> GSM128557 2 0.3182 0.820 0.000 0.844 0.032 0.124 0.000
#> GSM128558 2 0.3182 0.820 0.000 0.844 0.032 0.124 0.000
#> GSM82349 2 0.4171 0.340 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.4171 0.340 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.2732 0.780 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM82364 3 0.2732 0.780 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM82345 3 0.3231 0.716 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM82360 3 0.3231 0.716 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> GSM82335 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM82339 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM128494 5 0.1443 0.873 0.044 0.000 0.004 0.004 0.948
#> GSM128495 5 0.1443 0.873 0.044 0.000 0.004 0.004 0.948
#> GSM82356 3 0.4555 0.652 0.004 0.212 0.732 0.052 0.000
#> GSM82359 3 0.4555 0.652 0.004 0.212 0.732 0.052 0.000
#> GSM82347 3 0.4709 0.638 0.004 0.224 0.716 0.056 0.000
#> GSM82365 3 0.4709 0.638 0.004 0.224 0.716 0.056 0.000
#> GSM128498 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM128499 5 0.2753 0.838 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> GSM82333 3 0.2648 0.782 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM82369 3 0.2648 0.782 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM128506 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM128507 2 0.2929 0.812 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM128511 2 0.3182 0.820 0.000 0.844 0.032 0.124 0.000
#> GSM128512 2 0.3182 0.820 0.000 0.844 0.032 0.124 0.000
#> GSM82334 3 0.4496 0.710 0.056 0.000 0.728 0.000 0.216
#> GSM82370 3 0.4496 0.710 0.056 0.000 0.728 0.000 0.216
#> GSM82305 4 0.3439 0.727 0.188 0.004 0.000 0.800 0.008
#> GSM82306 4 0.3439 0.727 0.188 0.004 0.000 0.800 0.008
#> GSM82303 4 0.0963 0.731 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM82304 4 0.0963 0.731 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128527 1 0.6152 0.814 0.636 0.004 0.044 0.080 0.236
#> GSM128528 1 0.6152 0.814 0.636 0.004 0.044 0.080 0.236
#> GSM128531 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM128532 4 0.2011 0.770 0.088 0.004 0.000 0.908 0.000
#> GSM128535 1 0.4698 0.809 0.708 0.008 0.000 0.040 0.244
#> GSM128536 1 0.4698 0.809 0.708 0.008 0.000 0.040 0.244
#> GSM128543 1 0.5117 0.826 0.672 0.000 0.000 0.088 0.240
#> GSM128544 1 0.5117 0.826 0.672 0.000 0.000 0.088 0.240
#> GSM128559 4 0.3439 0.727 0.188 0.004 0.000 0.800 0.008
#> GSM128560 4 0.3439 0.727 0.188 0.004 0.000 0.800 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.3551 0.7099 0.192 0.036 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM82314 4 0.3551 0.7099 0.192 0.036 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM82331 5 0.1343 0.8499 0.004 0.004 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82338 5 0.1343 0.8499 0.004 0.004 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82315 4 0.7470 0.2832 0.124 0.248 0.132 0.464 0.032 0.000
#> GSM82316 4 0.7470 0.2832 0.124 0.248 0.132 0.464 0.032 0.000
#> GSM82350 5 0.2113 0.8329 0.092 0.000 0.000 0.008 0.896 0.004
#> GSM82368 5 0.2113 0.8329 0.092 0.000 0.000 0.008 0.896 0.004
#> GSM82328 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM128565 6 0.1934 0.9569 0.040 0.000 0.000 0.000 0.044 0.916
#> GSM128566 6 0.1934 0.9569 0.040 0.000 0.000 0.000 0.044 0.916
#> GSM82329 3 0.4124 0.7376 0.004 0.180 0.760 0.024 0.032 0.000
#> GSM82341 3 0.4124 0.7376 0.004 0.180 0.760 0.024 0.032 0.000
#> GSM128569 5 0.1049 0.8513 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM128570 5 0.1049 0.8513 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM128573 3 0.0458 0.7964 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM128574 3 0.0458 0.7964 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM82295 5 0.1685 0.8458 0.012 0.004 0.012 0.016 0.944 0.012
#> GSM82296 5 0.1685 0.8458 0.012 0.004 0.012 0.016 0.944 0.012
#> GSM82337 3 0.2119 0.7993 0.044 0.000 0.912 0.000 0.036 0.008
#> GSM82379 3 0.2119 0.7993 0.044 0.000 0.912 0.000 0.036 0.008
#> GSM82285 4 0.4647 0.5459 0.008 0.004 0.004 0.640 0.316 0.028
#> GSM82286 4 0.4647 0.5459 0.008 0.004 0.004 0.640 0.316 0.028
#> GSM82287 4 0.4775 0.5467 0.008 0.000 0.000 0.636 0.296 0.060
#> GSM82288 4 0.4775 0.5467 0.008 0.000 0.000 0.636 0.296 0.060
#> GSM82311 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM82375 1 0.2703 0.8797 0.876 0.000 0.052 0.064 0.000 0.008
#> GSM82376 1 0.2703 0.8797 0.876 0.000 0.052 0.064 0.000 0.008
#> GSM82307 4 0.1957 0.7558 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM82308 4 0.1957 0.7558 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM128585 1 0.2136 0.8841 0.904 0.000 0.048 0.048 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.2136 0.8841 0.904 0.000 0.048 0.048 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.3583 0.6898 0.728 0.004 0.000 0.260 0.000 0.008
#> GSM128594 1 0.3583 0.6898 0.728 0.004 0.000 0.260 0.000 0.008
#> GSM128597 4 0.4626 0.5957 0.004 0.012 0.016 0.696 0.248 0.024
#> GSM128598 4 0.4626 0.5957 0.004 0.012 0.016 0.696 0.248 0.024
#> GSM128601 5 0.2489 0.8293 0.008 0.008 0.040 0.032 0.904 0.008
#> GSM128602 5 0.2489 0.8293 0.008 0.008 0.040 0.032 0.904 0.008
#> GSM82348 4 0.3551 0.7099 0.192 0.036 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM82366 4 0.3551 0.7099 0.192 0.036 0.000 0.772 0.000 0.000
#> GSM82322 5 0.1343 0.8499 0.004 0.004 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82352 5 0.1343 0.8499 0.004 0.004 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82332 2 0.4169 0.6724 0.004 0.780 0.132 0.052 0.032 0.000
#> GSM82357 2 0.4169 0.6724 0.004 0.780 0.132 0.052 0.032 0.000
#> GSM82354 5 0.2113 0.8329 0.092 0.000 0.000 0.008 0.896 0.004
#> GSM82372 5 0.2113 0.8329 0.092 0.000 0.000 0.008 0.896 0.004
#> GSM82343 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.4124 0.7376 0.004 0.180 0.760 0.024 0.032 0.000
#> GSM82358 3 0.4124 0.7376 0.004 0.180 0.760 0.024 0.032 0.000
#> GSM128571 5 0.1049 0.8513 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM128572 5 0.1049 0.8513 0.032 0.000 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM128575 3 0.0458 0.7964 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0458 0.7964 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.1685 0.8458 0.012 0.004 0.012 0.016 0.944 0.012
#> GSM82326 5 0.1685 0.8458 0.012 0.004 0.012 0.016 0.944 0.012
#> GSM82344 3 0.2119 0.7993 0.044 0.000 0.912 0.000 0.036 0.008
#> GSM82363 3 0.2119 0.7993 0.044 0.000 0.912 0.000 0.036 0.008
#> GSM82293 4 0.4647 0.5459 0.008 0.004 0.004 0.640 0.316 0.028
#> GSM82294 4 0.4647 0.5459 0.008 0.004 0.004 0.640 0.316 0.028
#> GSM82297 4 0.4775 0.5467 0.008 0.000 0.000 0.636 0.296 0.060
#> GSM82298 4 0.4775 0.5467 0.008 0.000 0.000 0.636 0.296 0.060
#> GSM82373 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM82374 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM82377 1 0.2703 0.8797 0.876 0.000 0.052 0.064 0.000 0.008
#> GSM82378 1 0.2703 0.8797 0.876 0.000 0.052 0.064 0.000 0.008
#> GSM82309 4 0.1957 0.7558 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM82310 4 0.1957 0.7558 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM128587 1 0.2136 0.8841 0.904 0.000 0.048 0.048 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.2136 0.8841 0.904 0.000 0.048 0.048 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.3583 0.6898 0.728 0.004 0.000 0.260 0.000 0.008
#> GSM128596 1 0.3583 0.6898 0.728 0.004 0.000 0.260 0.000 0.008
#> GSM128599 4 0.4626 0.5957 0.004 0.012 0.016 0.696 0.248 0.024
#> GSM128600 4 0.4626 0.5957 0.004 0.012 0.016 0.696 0.248 0.024
#> GSM128603 5 0.2489 0.8293 0.008 0.008 0.040 0.032 0.904 0.008
#> GSM128604 5 0.2489 0.8293 0.008 0.008 0.040 0.032 0.904 0.008
#> GSM82284 2 0.3774 0.3305 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.3774 0.3305 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.1906 0.8007 0.032 0.000 0.924 0.000 0.036 0.008
#> GSM82361 3 0.1906 0.8007 0.032 0.000 0.924 0.000 0.036 0.008
#> GSM82351 3 0.2762 0.7423 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM82371 3 0.2762 0.7423 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM82330 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM82336 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM128492 5 0.2597 0.8373 0.088 0.000 0.008 0.004 0.880 0.020
#> GSM128493 5 0.2597 0.8373 0.088 0.000 0.008 0.004 0.880 0.020
#> GSM82323 3 0.4948 0.6738 0.004 0.252 0.668 0.044 0.032 0.000
#> GSM82353 3 0.4948 0.6738 0.004 0.252 0.668 0.044 0.032 0.000
#> GSM82317 3 0.4898 0.6631 0.004 0.280 0.652 0.032 0.032 0.000
#> GSM82318 3 0.4898 0.6631 0.004 0.280 0.652 0.032 0.032 0.000
#> GSM128496 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM128497 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM82319 3 0.1755 0.8023 0.032 0.000 0.932 0.000 0.028 0.008
#> GSM82320 3 0.1755 0.8023 0.032 0.000 0.932 0.000 0.028 0.008
#> GSM128504 6 0.1075 0.9569 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM128505 6 0.1075 0.9569 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> GSM128509 5 0.5815 -0.0993 0.004 0.072 0.444 0.032 0.448 0.000
#> GSM128510 5 0.5815 -0.0993 0.004 0.072 0.444 0.032 0.448 0.000
#> GSM82325 3 0.3817 0.7315 0.088 0.000 0.796 0.000 0.104 0.012
#> GSM82327 3 0.3817 0.7315 0.088 0.000 0.796 0.000 0.104 0.012
#> GSM82289 4 0.3493 0.7087 0.228 0.008 0.000 0.756 0.000 0.008
#> GSM82291 4 0.3493 0.7087 0.228 0.008 0.000 0.756 0.000 0.008
#> GSM82290 4 0.0291 0.7221 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82292 4 0.0291 0.7221 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM128525 1 0.0777 0.8576 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128526 1 0.0777 0.8576 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128529 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM128530 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0777 0.8576 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128534 1 0.0777 0.8576 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128541 1 0.1219 0.8824 0.948 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004
#> GSM128542 1 0.1219 0.8824 0.948 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004
#> GSM128557 2 0.0146 0.7779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0146 0.7779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.3747 0.3650 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.3747 0.3650 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.1906 0.8007 0.032 0.000 0.924 0.000 0.036 0.008
#> GSM82364 3 0.1906 0.8007 0.032 0.000 0.924 0.000 0.036 0.008
#> GSM82345 3 0.2762 0.7423 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM82360 3 0.2762 0.7423 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> GSM82335 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM82339 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM128494 5 0.2597 0.8373 0.088 0.000 0.008 0.004 0.880 0.020
#> GSM128495 5 0.2597 0.8373 0.088 0.000 0.008 0.004 0.880 0.020
#> GSM82356 3 0.4948 0.6738 0.004 0.252 0.668 0.044 0.032 0.000
#> GSM82359 3 0.4948 0.6738 0.004 0.252 0.668 0.044 0.032 0.000
#> GSM82347 3 0.4898 0.6631 0.004 0.280 0.652 0.032 0.032 0.000
#> GSM82365 3 0.4898 0.6631 0.004 0.280 0.652 0.032 0.032 0.000
#> GSM128498 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM128499 5 0.3182 0.8041 0.036 0.000 0.124 0.000 0.832 0.008
#> GSM82333 3 0.1755 0.8023 0.032 0.000 0.932 0.000 0.028 0.008
#> GSM82369 3 0.1755 0.8023 0.032 0.000 0.932 0.000 0.028 0.008
#> GSM128506 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.1267 0.7843 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0146 0.7779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0146 0.7779 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.3817 0.7315 0.088 0.000 0.796 0.000 0.104 0.012
#> GSM82370 3 0.3817 0.7315 0.088 0.000 0.796 0.000 0.104 0.012
#> GSM82305 4 0.3493 0.7087 0.228 0.008 0.000 0.756 0.000 0.008
#> GSM82306 4 0.3493 0.7087 0.228 0.008 0.000 0.756 0.000 0.008
#> GSM82303 4 0.0291 0.7221 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82304 4 0.0291 0.7221 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM128527 1 0.2036 0.8680 0.916 0.000 0.048 0.028 0.000 0.008
#> GSM128528 1 0.2036 0.8680 0.916 0.000 0.048 0.028 0.000 0.008
#> GSM128531 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM128532 4 0.2234 0.7547 0.124 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0777 0.8576 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128536 1 0.0777 0.8576 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128543 1 0.1219 0.8824 0.948 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004
#> GSM128544 1 0.1219 0.8824 0.948 0.000 0.000 0.048 0.000 0.004
#> GSM128559 4 0.3493 0.7087 0.228 0.008 0.000 0.756 0.000 0.008
#> GSM128560 4 0.3493 0.7087 0.228 0.008 0.000 0.756 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:hclust 146 0.1882 0.520 8.06e-14 2
#> SD:hclust 144 0.0310 0.743 7.24e-26 3
#> SD:hclust 144 0.0689 0.415 6.91e-34 4
#> SD:hclust 144 0.0749 0.692 1.62e-49 5
#> SD:hclust 148 0.1303 0.254 5.86e-50 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.372 0.724 0.851 0.4815 0.530 0.530
#> 3 3 0.380 0.573 0.759 0.3476 0.709 0.495
#> 4 4 0.406 0.378 0.651 0.1249 0.814 0.514
#> 5 5 0.476 0.452 0.633 0.0653 0.882 0.584
#> 6 6 0.543 0.449 0.608 0.0434 0.949 0.774
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.9580 0.594 0.380 0.620
#> GSM82314 2 0.9580 0.594 0.380 0.620
#> GSM82331 1 0.3431 0.814 0.936 0.064
#> GSM82338 1 0.3431 0.814 0.936 0.064
#> GSM82315 2 0.9552 0.577 0.376 0.624
#> GSM82316 2 0.9552 0.577 0.376 0.624
#> GSM82350 1 0.1184 0.809 0.984 0.016
#> GSM82368 1 0.1184 0.809 0.984 0.016
#> GSM82328 2 0.2948 0.815 0.052 0.948
#> GSM82340 2 0.2948 0.815 0.052 0.948
#> GSM128565 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128566 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM82329 1 0.9358 0.626 0.648 0.352
#> GSM82341 1 0.9580 0.585 0.620 0.380
#> GSM128569 1 0.4161 0.811 0.916 0.084
#> GSM128570 1 0.4161 0.811 0.916 0.084
#> GSM128573 1 0.9977 0.432 0.528 0.472
#> GSM128574 1 0.9977 0.432 0.528 0.472
#> GSM82295 1 0.4690 0.760 0.900 0.100
#> GSM82296 1 0.4690 0.760 0.900 0.100
#> GSM82337 1 0.5737 0.795 0.864 0.136
#> GSM82379 1 0.5737 0.795 0.864 0.136
#> GSM82285 1 0.4022 0.813 0.920 0.080
#> GSM82286 1 0.2236 0.816 0.964 0.036
#> GSM82287 1 0.5059 0.742 0.888 0.112
#> GSM82288 1 0.5059 0.742 0.888 0.112
#> GSM82311 2 0.9732 0.558 0.404 0.596
#> GSM82312 2 0.9732 0.558 0.404 0.596
#> GSM82375 1 0.6247 0.740 0.844 0.156
#> GSM82376 1 0.6247 0.740 0.844 0.156
#> GSM82307 2 0.9522 0.601 0.372 0.628
#> GSM82308 2 0.9522 0.601 0.372 0.628
#> GSM128585 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> GSM128586 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> GSM128593 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128594 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128597 1 0.3584 0.817 0.932 0.068
#> GSM128598 1 0.3584 0.817 0.932 0.068
#> GSM128601 1 0.6148 0.762 0.848 0.152
#> GSM128602 1 0.6148 0.762 0.848 0.152
#> GSM82348 2 0.3274 0.812 0.060 0.940
#> GSM82366 2 0.5519 0.781 0.128 0.872
#> GSM82322 1 0.7299 0.765 0.796 0.204
#> GSM82352 1 0.9393 0.625 0.644 0.356
#> GSM82332 2 0.1414 0.820 0.020 0.980
#> GSM82357 2 0.1414 0.820 0.020 0.980
#> GSM82354 1 0.4690 0.808 0.900 0.100
#> GSM82372 1 0.4161 0.813 0.916 0.084
#> GSM82343 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM82362 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM128567 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM128568 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM82355 2 0.2778 0.787 0.048 0.952
#> GSM82358 2 0.2778 0.787 0.048 0.952
#> GSM128571 2 0.2043 0.819 0.032 0.968
#> GSM128572 2 0.1843 0.818 0.028 0.972
#> GSM128575 1 0.9815 0.523 0.580 0.420
#> GSM128576 1 0.9815 0.523 0.580 0.420
#> GSM82324 1 0.5408 0.773 0.876 0.124
#> GSM82326 1 0.5408 0.773 0.876 0.124
#> GSM82344 1 0.8909 0.668 0.692 0.308
#> GSM82363 1 0.9044 0.656 0.680 0.320
#> GSM82293 1 0.3879 0.814 0.924 0.076
#> GSM82294 1 0.3879 0.814 0.924 0.076
#> GSM82297 1 0.2423 0.816 0.960 0.040
#> GSM82298 1 0.2423 0.816 0.960 0.040
#> GSM82373 2 0.9732 0.558 0.404 0.596
#> GSM82374 2 0.9732 0.558 0.404 0.596
#> GSM82377 1 0.2603 0.813 0.956 0.044
#> GSM82378 1 0.2603 0.813 0.956 0.044
#> GSM82309 1 0.8016 0.526 0.756 0.244
#> GSM82310 1 0.8016 0.526 0.756 0.244
#> GSM128587 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> GSM128588 1 0.1414 0.812 0.980 0.020
#> GSM128595 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128596 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128599 2 0.1843 0.821 0.028 0.972
#> GSM128600 2 0.1843 0.821 0.028 0.972
#> GSM128603 1 0.8016 0.649 0.756 0.244
#> GSM128604 1 0.8016 0.649 0.756 0.244
#> GSM82284 2 0.0672 0.810 0.008 0.992
#> GSM82321 2 0.0672 0.810 0.008 0.992
#> GSM82342 1 0.9129 0.649 0.672 0.328
#> GSM82361 1 0.9087 0.653 0.676 0.324
#> GSM82351 2 0.6148 0.653 0.152 0.848
#> GSM82371 2 0.6148 0.653 0.152 0.848
#> GSM82330 1 0.7950 0.729 0.760 0.240
#> GSM82336 1 0.8081 0.723 0.752 0.248
#> GSM128492 1 0.2948 0.814 0.948 0.052
#> GSM128493 1 0.2948 0.814 0.948 0.052
#> GSM82323 2 0.0672 0.810 0.008 0.992
#> GSM82353 2 0.0672 0.810 0.008 0.992
#> GSM82317 2 0.1414 0.820 0.020 0.980
#> GSM82318 2 0.1414 0.820 0.020 0.980
#> GSM128496 1 0.4939 0.803 0.892 0.108
#> GSM128497 1 0.8443 0.690 0.728 0.272
#> GSM82319 1 0.9358 0.630 0.648 0.352
#> GSM82320 1 0.9358 0.630 0.648 0.352
#> GSM128504 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128505 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128509 1 0.9754 0.566 0.592 0.408
#> GSM128510 1 0.9460 0.629 0.636 0.364
#> GSM82325 1 0.9170 0.643 0.668 0.332
#> GSM82327 1 0.9170 0.643 0.668 0.332
#> GSM82289 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM82291 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM82290 2 0.9393 0.615 0.356 0.644
#> GSM82292 2 0.9460 0.608 0.364 0.636
#> GSM128525 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128526 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128529 2 0.9710 0.562 0.400 0.600
#> GSM128530 2 0.9710 0.562 0.400 0.600
#> GSM128533 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128534 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128541 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128542 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128557 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM128558 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM82349 2 0.0672 0.810 0.008 0.992
#> GSM82367 2 0.0672 0.810 0.008 0.992
#> GSM82346 1 0.9286 0.630 0.656 0.344
#> GSM82364 1 0.9209 0.641 0.664 0.336
#> GSM82345 2 0.2603 0.790 0.044 0.956
#> GSM82360 2 0.2603 0.790 0.044 0.956
#> GSM82335 1 0.5519 0.798 0.872 0.128
#> GSM82339 1 0.8499 0.699 0.724 0.276
#> GSM128494 1 0.5519 0.798 0.872 0.128
#> GSM128495 1 0.5519 0.798 0.872 0.128
#> GSM82356 2 0.2948 0.783 0.052 0.948
#> GSM82359 2 0.2948 0.783 0.052 0.948
#> GSM82347 2 0.0938 0.813 0.012 0.988
#> GSM82365 2 0.1184 0.815 0.016 0.984
#> GSM128498 1 0.5408 0.799 0.876 0.124
#> GSM128499 1 0.3733 0.813 0.928 0.072
#> GSM82333 1 0.9286 0.630 0.656 0.344
#> GSM82369 1 0.9248 0.635 0.660 0.340
#> GSM128506 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM128507 2 0.2043 0.821 0.032 0.968
#> GSM128511 2 0.0672 0.813 0.008 0.992
#> GSM128512 2 0.0672 0.813 0.008 0.992
#> GSM82334 1 0.9170 0.643 0.668 0.332
#> GSM82370 1 0.9170 0.643 0.668 0.332
#> GSM82305 2 0.9286 0.632 0.344 0.656
#> GSM82306 2 0.9286 0.632 0.344 0.656
#> GSM82303 2 0.6247 0.768 0.156 0.844
#> GSM82304 2 0.6247 0.768 0.156 0.844
#> GSM128527 1 0.3584 0.781 0.932 0.068
#> GSM128528 1 0.3584 0.781 0.932 0.068
#> GSM128531 2 0.9710 0.562 0.400 0.600
#> GSM128532 2 0.9710 0.562 0.400 0.600
#> GSM128535 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128536 1 0.0376 0.808 0.996 0.004
#> GSM128543 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128544 1 0.0672 0.807 0.992 0.008
#> GSM128559 1 0.9998 -0.330 0.508 0.492
#> GSM128560 1 0.9998 -0.330 0.508 0.492
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.6521 0.5371 0.340 0.644 0.016
#> GSM82314 2 0.6521 0.5371 0.340 0.644 0.016
#> GSM82331 3 0.5178 0.5728 0.256 0.000 0.744
#> GSM82338 3 0.5178 0.5728 0.256 0.000 0.744
#> GSM82315 1 0.8547 0.0472 0.532 0.364 0.104
#> GSM82316 1 0.8547 0.0472 0.532 0.364 0.104
#> GSM82350 1 0.6509 0.0941 0.524 0.004 0.472
#> GSM82368 3 0.6509 0.1133 0.472 0.004 0.524
#> GSM82328 2 0.1399 0.7452 0.028 0.968 0.004
#> GSM82340 2 0.1399 0.7452 0.028 0.968 0.004
#> GSM128565 1 0.3619 0.7258 0.864 0.000 0.136
#> GSM128566 1 0.3619 0.7258 0.864 0.000 0.136
#> GSM82329 3 0.1751 0.7072 0.028 0.012 0.960
#> GSM82341 3 0.2318 0.7035 0.028 0.028 0.944
#> GSM128569 3 0.6126 0.4560 0.352 0.004 0.644
#> GSM128570 3 0.6126 0.4560 0.352 0.004 0.644
#> GSM128573 3 0.5939 0.5582 0.140 0.072 0.788
#> GSM128574 3 0.5939 0.5582 0.140 0.072 0.788
#> GSM82295 1 0.6511 0.6848 0.748 0.072 0.180
#> GSM82296 1 0.6511 0.6848 0.748 0.072 0.180
#> GSM82337 3 0.3686 0.6893 0.140 0.000 0.860
#> GSM82379 3 0.3686 0.6893 0.140 0.000 0.860
#> GSM82285 3 0.6148 0.4224 0.356 0.004 0.640
#> GSM82286 3 0.6476 0.1036 0.448 0.004 0.548
#> GSM82287 1 0.5506 0.6783 0.816 0.092 0.092
#> GSM82288 1 0.5506 0.6783 0.816 0.092 0.092
#> GSM82311 2 0.7674 0.2483 0.472 0.484 0.044
#> GSM82312 2 0.7674 0.2483 0.472 0.484 0.044
#> GSM82375 1 0.7353 0.6011 0.632 0.052 0.316
#> GSM82376 1 0.7353 0.6011 0.632 0.052 0.316
#> GSM82307 2 0.6357 0.5429 0.336 0.652 0.012
#> GSM82308 2 0.6357 0.5429 0.336 0.652 0.012
#> GSM128585 1 0.4842 0.7262 0.776 0.000 0.224
#> GSM128586 1 0.4842 0.7262 0.776 0.000 0.224
#> GSM128593 1 0.3412 0.7414 0.876 0.000 0.124
#> GSM128594 1 0.3412 0.7414 0.876 0.000 0.124
#> GSM128597 1 0.6286 0.3554 0.536 0.000 0.464
#> GSM128598 1 0.6286 0.3554 0.536 0.000 0.464
#> GSM128601 1 0.7363 0.5741 0.588 0.040 0.372
#> GSM128602 1 0.7363 0.5741 0.588 0.040 0.372
#> GSM82348 2 0.1765 0.7432 0.040 0.956 0.004
#> GSM82366 2 0.2096 0.7406 0.052 0.944 0.004
#> GSM82322 3 0.1711 0.7018 0.032 0.008 0.960
#> GSM82352 3 0.1482 0.7023 0.020 0.012 0.968
#> GSM82332 2 0.1031 0.7443 0.000 0.976 0.024
#> GSM82357 2 0.0892 0.7451 0.000 0.980 0.020
#> GSM82354 3 0.6410 0.2893 0.420 0.004 0.576
#> GSM82372 3 0.6421 0.2789 0.424 0.004 0.572
#> GSM82343 2 0.0747 0.7443 0.000 0.984 0.016
#> GSM82362 2 0.0747 0.7443 0.000 0.984 0.016
#> GSM128567 2 0.0892 0.7432 0.000 0.980 0.020
#> GSM128568 2 0.0892 0.7432 0.000 0.980 0.020
#> GSM82355 3 0.6018 0.4455 0.008 0.308 0.684
#> GSM82358 3 0.6018 0.4455 0.008 0.308 0.684
#> GSM128571 2 0.6859 0.2782 0.024 0.620 0.356
#> GSM128572 2 0.6859 0.2782 0.024 0.620 0.356
#> GSM128575 3 0.3120 0.6786 0.012 0.080 0.908
#> GSM128576 3 0.3120 0.6786 0.012 0.080 0.908
#> GSM82324 1 0.8211 0.1741 0.464 0.072 0.464
#> GSM82326 1 0.8210 0.1901 0.468 0.072 0.460
#> GSM82344 3 0.3375 0.7054 0.100 0.008 0.892
#> GSM82363 3 0.3375 0.7054 0.100 0.008 0.892
#> GSM82293 1 0.6513 0.4659 0.520 0.004 0.476
#> GSM82294 1 0.6513 0.4659 0.520 0.004 0.476
#> GSM82297 1 0.6244 0.3991 0.560 0.000 0.440
#> GSM82298 1 0.6244 0.3991 0.560 0.000 0.440
#> GSM82373 2 0.7674 0.2410 0.476 0.480 0.044
#> GSM82374 2 0.7674 0.2410 0.476 0.480 0.044
#> GSM82377 1 0.5325 0.6964 0.748 0.004 0.248
#> GSM82378 1 0.5325 0.6964 0.748 0.004 0.248
#> GSM82309 1 0.5792 0.5069 0.772 0.192 0.036
#> GSM82310 1 0.5792 0.5069 0.772 0.192 0.036
#> GSM128587 1 0.4399 0.7327 0.812 0.000 0.188
#> GSM128588 1 0.4399 0.7327 0.812 0.000 0.188
#> GSM128595 1 0.3686 0.7412 0.860 0.000 0.140
#> GSM128596 1 0.3686 0.7412 0.860 0.000 0.140
#> GSM128599 2 0.2537 0.7203 0.000 0.920 0.080
#> GSM128600 2 0.2537 0.7203 0.000 0.920 0.080
#> GSM128603 1 0.8179 0.5480 0.564 0.084 0.352
#> GSM128604 1 0.8179 0.5480 0.564 0.084 0.352
#> GSM82284 2 0.4887 0.6058 0.000 0.772 0.228
#> GSM82321 2 0.4887 0.6058 0.000 0.772 0.228
#> GSM82342 3 0.1711 0.7143 0.032 0.008 0.960
#> GSM82361 3 0.1711 0.7143 0.032 0.008 0.960
#> GSM82351 3 0.5929 0.4279 0.004 0.320 0.676
#> GSM82371 3 0.5929 0.4279 0.004 0.320 0.676
#> GSM82330 3 0.3879 0.6808 0.152 0.000 0.848
#> GSM82336 3 0.3879 0.6808 0.152 0.000 0.848
#> GSM128492 1 0.6204 0.4400 0.576 0.000 0.424
#> GSM128493 1 0.6204 0.4400 0.576 0.000 0.424
#> GSM82323 2 0.5098 0.5851 0.000 0.752 0.248
#> GSM82353 2 0.5098 0.5851 0.000 0.752 0.248
#> GSM82317 2 0.4654 0.6356 0.000 0.792 0.208
#> GSM82318 2 0.4654 0.6356 0.000 0.792 0.208
#> GSM128496 3 0.5431 0.5527 0.284 0.000 0.716
#> GSM128497 3 0.5335 0.6204 0.232 0.008 0.760
#> GSM82319 3 0.1129 0.7064 0.020 0.004 0.976
#> GSM82320 3 0.1129 0.7064 0.020 0.004 0.976
#> GSM128504 1 0.3532 0.7279 0.884 0.008 0.108
#> GSM128505 1 0.3532 0.7279 0.884 0.008 0.108
#> GSM128509 3 0.2152 0.6962 0.016 0.036 0.948
#> GSM128510 3 0.2313 0.6973 0.024 0.032 0.944
#> GSM82325 3 0.4099 0.6919 0.140 0.008 0.852
#> GSM82327 3 0.4099 0.6919 0.140 0.008 0.852
#> GSM82289 1 0.4504 0.7222 0.804 0.000 0.196
#> GSM82291 1 0.4504 0.7222 0.804 0.000 0.196
#> GSM82290 2 0.5737 0.6252 0.256 0.732 0.012
#> GSM82292 2 0.6143 0.5781 0.304 0.684 0.012
#> GSM128525 1 0.4346 0.7200 0.816 0.000 0.184
#> GSM128526 1 0.4346 0.7200 0.816 0.000 0.184
#> GSM128529 2 0.7672 0.2541 0.468 0.488 0.044
#> GSM128530 2 0.7672 0.2541 0.468 0.488 0.044
#> GSM128533 1 0.4235 0.7199 0.824 0.000 0.176
#> GSM128534 1 0.4235 0.7199 0.824 0.000 0.176
#> GSM128541 1 0.2959 0.7385 0.900 0.000 0.100
#> GSM128542 1 0.2959 0.7385 0.900 0.000 0.100
#> GSM128557 2 0.0592 0.7458 0.000 0.988 0.012
#> GSM128558 2 0.0592 0.7458 0.000 0.988 0.012
#> GSM82349 2 0.4702 0.6238 0.000 0.788 0.212
#> GSM82367 2 0.4702 0.6238 0.000 0.788 0.212
#> GSM82346 3 0.1832 0.7139 0.036 0.008 0.956
#> GSM82364 3 0.1832 0.7139 0.036 0.008 0.956
#> GSM82345 3 0.6095 0.2957 0.000 0.392 0.608
#> GSM82360 3 0.6095 0.2957 0.000 0.392 0.608
#> GSM82335 3 0.4002 0.6720 0.160 0.000 0.840
#> GSM82339 3 0.3551 0.6909 0.132 0.000 0.868
#> GSM128494 3 0.4974 0.6103 0.236 0.000 0.764
#> GSM128495 3 0.4974 0.6103 0.236 0.000 0.764
#> GSM82356 3 0.6298 0.3009 0.004 0.388 0.608
#> GSM82359 3 0.6314 0.2916 0.004 0.392 0.604
#> GSM82347 3 0.6299 0.0787 0.000 0.476 0.524
#> GSM82365 3 0.6302 0.0677 0.000 0.480 0.520
#> GSM128498 3 0.5431 0.5478 0.284 0.000 0.716
#> GSM128499 3 0.5431 0.5478 0.284 0.000 0.716
#> GSM82333 3 0.1170 0.7087 0.016 0.008 0.976
#> GSM82369 3 0.1170 0.7087 0.016 0.008 0.976
#> GSM128506 2 0.0747 0.7443 0.000 0.984 0.016
#> GSM128507 2 0.0747 0.7443 0.000 0.984 0.016
#> GSM128511 2 0.2796 0.7165 0.000 0.908 0.092
#> GSM128512 2 0.2796 0.7165 0.000 0.908 0.092
#> GSM82334 3 0.4099 0.6919 0.140 0.008 0.852
#> GSM82370 3 0.4099 0.6919 0.140 0.008 0.852
#> GSM82305 2 0.5763 0.6268 0.244 0.740 0.016
#> GSM82306 2 0.5763 0.6268 0.244 0.740 0.016
#> GSM82303 2 0.3349 0.7205 0.108 0.888 0.004
#> GSM82304 2 0.3349 0.7205 0.108 0.888 0.004
#> GSM128527 1 0.3816 0.7418 0.852 0.000 0.148
#> GSM128528 1 0.3816 0.7418 0.852 0.000 0.148
#> GSM128531 2 0.7672 0.2541 0.468 0.488 0.044
#> GSM128532 2 0.7672 0.2541 0.468 0.488 0.044
#> GSM128535 1 0.4346 0.7200 0.816 0.000 0.184
#> GSM128536 1 0.4346 0.7200 0.816 0.000 0.184
#> GSM128543 1 0.2959 0.7385 0.900 0.000 0.100
#> GSM128544 1 0.2959 0.7385 0.900 0.000 0.100
#> GSM128559 1 0.7364 0.3658 0.640 0.304 0.056
#> GSM128560 1 0.7364 0.3658 0.640 0.304 0.056
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.6147 0.2770 0.564 0.380 0.000 0.056
#> GSM82314 1 0.6147 0.2770 0.564 0.380 0.000 0.056
#> GSM82331 4 0.5760 0.0301 0.028 0.000 0.448 0.524
#> GSM82338 4 0.5760 0.0301 0.028 0.000 0.448 0.524
#> GSM82315 1 0.6858 0.4469 0.668 0.196 0.084 0.052
#> GSM82316 1 0.6858 0.4469 0.668 0.196 0.084 0.052
#> GSM82350 4 0.7328 0.2501 0.136 0.004 0.392 0.468
#> GSM82368 4 0.7333 0.2394 0.136 0.004 0.396 0.464
#> GSM82328 2 0.2610 0.7150 0.088 0.900 0.000 0.012
#> GSM82340 2 0.2610 0.7150 0.088 0.900 0.000 0.012
#> GSM128565 4 0.4934 0.3032 0.252 0.000 0.028 0.720
#> GSM128566 4 0.4934 0.3032 0.252 0.000 0.028 0.720
#> GSM82329 3 0.1985 0.6315 0.024 0.012 0.944 0.020
#> GSM82341 3 0.2107 0.6319 0.024 0.020 0.940 0.016
#> GSM128569 4 0.5756 0.1747 0.036 0.000 0.372 0.592
#> GSM128570 4 0.5756 0.1747 0.036 0.000 0.372 0.592
#> GSM128573 3 0.5716 0.4731 0.088 0.044 0.764 0.104
#> GSM128574 3 0.5716 0.4731 0.088 0.044 0.764 0.104
#> GSM82295 4 0.7133 0.1614 0.392 0.024 0.072 0.512
#> GSM82296 4 0.7133 0.1614 0.392 0.024 0.072 0.512
#> GSM82337 3 0.4274 0.5841 0.072 0.000 0.820 0.108
#> GSM82379 3 0.4274 0.5841 0.072 0.000 0.820 0.108
#> GSM82285 4 0.5467 0.2819 0.024 0.004 0.324 0.648
#> GSM82286 4 0.5623 0.3759 0.044 0.004 0.276 0.676
#> GSM82287 4 0.6437 0.0589 0.432 0.032 0.020 0.516
#> GSM82288 4 0.6437 0.0589 0.432 0.032 0.020 0.516
#> GSM82311 1 0.4222 0.4531 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM82312 1 0.4222 0.4531 0.728 0.272 0.000 0.000
#> GSM82375 1 0.8082 0.1833 0.520 0.032 0.220 0.228
#> GSM82376 1 0.8082 0.1833 0.520 0.032 0.220 0.228
#> GSM82307 1 0.5481 0.3271 0.628 0.348 0.004 0.020
#> GSM82308 1 0.5481 0.3271 0.628 0.348 0.004 0.020
#> GSM128585 1 0.7020 0.0173 0.500 0.000 0.124 0.376
#> GSM128586 1 0.7020 0.0173 0.500 0.000 0.124 0.376
#> GSM128593 1 0.6614 0.0879 0.544 0.004 0.076 0.376
#> GSM128594 1 0.6614 0.0879 0.544 0.004 0.076 0.376
#> GSM128597 4 0.8103 0.3869 0.292 0.008 0.292 0.408
#> GSM128598 4 0.8103 0.3869 0.292 0.008 0.292 0.408
#> GSM128601 1 0.8310 0.0566 0.444 0.024 0.240 0.292
#> GSM128602 1 0.8310 0.0566 0.444 0.024 0.240 0.292
#> GSM82348 2 0.3335 0.6770 0.128 0.856 0.000 0.016
#> GSM82366 2 0.3969 0.6185 0.180 0.804 0.000 0.016
#> GSM82322 3 0.4161 0.5773 0.020 0.012 0.820 0.148
#> GSM82352 3 0.3956 0.5888 0.020 0.012 0.836 0.132
#> GSM82332 2 0.0921 0.7742 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM82357 2 0.0921 0.7742 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM82354 4 0.7318 0.1494 0.132 0.004 0.428 0.436
#> GSM82372 4 0.7318 0.1494 0.132 0.004 0.428 0.436
#> GSM82343 2 0.0469 0.7678 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0469 0.7678 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0336 0.7690 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0336 0.7690 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.4996 0.4985 0.020 0.216 0.748 0.016
#> GSM82358 3 0.4996 0.4985 0.020 0.216 0.748 0.016
#> GSM128571 2 0.7657 0.4353 0.048 0.600 0.196 0.156
#> GSM128572 2 0.7657 0.4353 0.048 0.600 0.196 0.156
#> GSM128575 3 0.1743 0.6280 0.004 0.056 0.940 0.000
#> GSM128576 3 0.1743 0.6280 0.004 0.056 0.940 0.000
#> GSM82324 4 0.7892 0.3374 0.284 0.020 0.188 0.508
#> GSM82326 4 0.7862 0.3366 0.284 0.020 0.184 0.512
#> GSM82344 3 0.3979 0.6020 0.056 0.004 0.844 0.096
#> GSM82363 3 0.3979 0.6020 0.056 0.004 0.844 0.096
#> GSM82293 4 0.7715 0.3782 0.228 0.012 0.236 0.524
#> GSM82294 4 0.7715 0.3782 0.228 0.012 0.236 0.524
#> GSM82297 4 0.6484 0.4879 0.120 0.004 0.232 0.644
#> GSM82298 4 0.6484 0.4879 0.120 0.004 0.232 0.644
#> GSM82373 1 0.4164 0.4591 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM82374 1 0.4164 0.4591 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM82377 1 0.6829 0.2319 0.604 0.004 0.136 0.256
#> GSM82378 1 0.6829 0.2319 0.604 0.004 0.136 0.256
#> GSM82309 1 0.5548 0.4424 0.740 0.144 0.004 0.112
#> GSM82310 1 0.5548 0.4424 0.740 0.144 0.004 0.112
#> GSM128587 1 0.6844 0.0274 0.500 0.000 0.104 0.396
#> GSM128588 1 0.6844 0.0274 0.500 0.000 0.104 0.396
#> GSM128595 1 0.6783 0.0003 0.508 0.004 0.084 0.404
#> GSM128596 1 0.6783 0.0003 0.508 0.004 0.084 0.404
#> GSM128599 2 0.2837 0.7687 0.012 0.904 0.068 0.016
#> GSM128600 2 0.2837 0.7687 0.012 0.904 0.068 0.016
#> GSM128603 1 0.8633 0.0833 0.436 0.044 0.232 0.288
#> GSM128604 1 0.8633 0.0833 0.436 0.044 0.232 0.288
#> GSM82284 2 0.4123 0.6783 0.008 0.772 0.220 0.000
#> GSM82321 2 0.4123 0.6783 0.008 0.772 0.220 0.000
#> GSM82342 3 0.2654 0.6257 0.000 0.004 0.888 0.108
#> GSM82361 3 0.2654 0.6257 0.000 0.004 0.888 0.108
#> GSM82351 3 0.5060 0.3690 0.008 0.304 0.680 0.008
#> GSM82371 3 0.5060 0.3690 0.008 0.304 0.680 0.008
#> GSM82330 3 0.5024 0.3488 0.008 0.000 0.632 0.360
#> GSM82336 3 0.5024 0.3488 0.008 0.000 0.632 0.360
#> GSM128492 4 0.6317 0.4798 0.116 0.000 0.240 0.644
#> GSM128493 4 0.6317 0.4798 0.116 0.000 0.240 0.644
#> GSM82323 2 0.5035 0.5924 0.016 0.696 0.284 0.004
#> GSM82353 2 0.5035 0.5924 0.016 0.696 0.284 0.004
#> GSM82317 2 0.6010 0.6186 0.040 0.676 0.260 0.024
#> GSM82318 2 0.6010 0.6186 0.040 0.676 0.260 0.024
#> GSM128496 3 0.6290 0.2152 0.068 0.000 0.568 0.364
#> GSM128497 3 0.6214 0.2357 0.064 0.000 0.576 0.360
#> GSM82319 3 0.2438 0.6243 0.016 0.012 0.924 0.048
#> GSM82320 3 0.2438 0.6243 0.016 0.012 0.924 0.048
#> GSM128504 4 0.5202 0.2249 0.312 0.004 0.016 0.668
#> GSM128505 4 0.5202 0.2249 0.312 0.004 0.016 0.668
#> GSM128509 3 0.4078 0.5933 0.012 0.012 0.816 0.160
#> GSM128510 3 0.4124 0.5907 0.012 0.012 0.812 0.164
#> GSM82325 3 0.4677 0.5358 0.040 0.000 0.768 0.192
#> GSM82327 3 0.4677 0.5358 0.040 0.000 0.768 0.192
#> GSM82289 4 0.6797 0.0910 0.436 0.000 0.096 0.468
#> GSM82291 4 0.6797 0.0910 0.436 0.000 0.096 0.468
#> GSM82290 1 0.6178 -0.0260 0.480 0.476 0.004 0.040
#> GSM82292 1 0.6165 0.0690 0.508 0.448 0.004 0.040
#> GSM128525 4 0.6666 0.1526 0.404 0.000 0.088 0.508
#> GSM128526 4 0.6666 0.1526 0.404 0.000 0.088 0.508
#> GSM128529 1 0.4776 0.4514 0.712 0.272 0.000 0.016
#> GSM128530 1 0.4776 0.4514 0.712 0.272 0.000 0.016
#> GSM128533 4 0.6615 0.1633 0.404 0.000 0.084 0.512
#> GSM128534 4 0.6615 0.1633 0.404 0.000 0.084 0.512
#> GSM128541 1 0.5970 0.1636 0.600 0.000 0.052 0.348
#> GSM128542 1 0.5970 0.1636 0.600 0.000 0.052 0.348
#> GSM128557 2 0.0895 0.7741 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM128558 2 0.0895 0.7741 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM82349 2 0.4123 0.6783 0.008 0.772 0.220 0.000
#> GSM82367 2 0.4123 0.6783 0.008 0.772 0.220 0.000
#> GSM82346 3 0.2266 0.6320 0.000 0.004 0.912 0.084
#> GSM82364 3 0.2266 0.6320 0.000 0.004 0.912 0.084
#> GSM82345 3 0.5515 0.0974 0.008 0.420 0.564 0.008
#> GSM82360 3 0.5515 0.0974 0.008 0.420 0.564 0.008
#> GSM82335 3 0.4990 0.3619 0.008 0.000 0.640 0.352
#> GSM82339 3 0.4792 0.4336 0.008 0.000 0.680 0.312
#> GSM128494 3 0.5320 0.2416 0.012 0.000 0.572 0.416
#> GSM128495 3 0.5320 0.2416 0.012 0.000 0.572 0.416
#> GSM82356 3 0.5615 0.0793 0.016 0.424 0.556 0.004
#> GSM82359 3 0.5615 0.0793 0.016 0.424 0.556 0.004
#> GSM82347 3 0.5912 -0.0617 0.012 0.464 0.508 0.016
#> GSM82365 3 0.5916 -0.0873 0.012 0.472 0.500 0.016
#> GSM128498 3 0.6295 0.2419 0.072 0.000 0.580 0.348
#> GSM128499 3 0.6295 0.2419 0.072 0.000 0.580 0.348
#> GSM82333 3 0.0804 0.6379 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM82369 3 0.0804 0.6379 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM128506 2 0.1004 0.7680 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM128507 2 0.1004 0.7680 0.024 0.972 0.000 0.004
#> GSM128511 2 0.2530 0.7589 0.004 0.896 0.100 0.000
#> GSM128512 2 0.2530 0.7589 0.004 0.896 0.100 0.000
#> GSM82334 3 0.4720 0.5359 0.044 0.000 0.768 0.188
#> GSM82370 3 0.4720 0.5359 0.044 0.000 0.768 0.188
#> GSM82305 2 0.7225 0.1008 0.328 0.536 0.008 0.128
#> GSM82306 2 0.7225 0.1008 0.328 0.536 0.008 0.128
#> GSM82303 2 0.5669 0.3543 0.348 0.620 0.004 0.028
#> GSM82304 2 0.5669 0.3543 0.348 0.620 0.004 0.028
#> GSM128527 1 0.6437 0.2102 0.624 0.004 0.092 0.280
#> GSM128528 1 0.6437 0.2102 0.624 0.004 0.092 0.280
#> GSM128531 1 0.4776 0.4514 0.712 0.272 0.000 0.016
#> GSM128532 1 0.4776 0.4514 0.712 0.272 0.000 0.016
#> GSM128535 4 0.6607 0.1647 0.400 0.000 0.084 0.516
#> GSM128536 4 0.6607 0.1647 0.400 0.000 0.084 0.516
#> GSM128543 1 0.5970 0.1636 0.600 0.000 0.052 0.348
#> GSM128544 1 0.5970 0.1636 0.600 0.000 0.052 0.348
#> GSM128559 1 0.8181 0.3379 0.476 0.228 0.024 0.272
#> GSM128560 1 0.8181 0.3379 0.476 0.228 0.024 0.272
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.692 0.4882 0.200 0.276 0.000 0.500 0.024
#> GSM82314 4 0.692 0.4882 0.200 0.276 0.000 0.500 0.024
#> GSM82331 5 0.590 0.4305 0.044 0.000 0.256 0.064 0.636
#> GSM82338 5 0.590 0.4305 0.044 0.000 0.256 0.064 0.636
#> GSM82315 4 0.713 0.4933 0.172 0.108 0.044 0.616 0.060
#> GSM82316 4 0.713 0.4933 0.172 0.108 0.044 0.616 0.060
#> GSM82350 5 0.718 0.4221 0.284 0.000 0.204 0.036 0.476
#> GSM82368 5 0.718 0.4265 0.280 0.000 0.208 0.036 0.476
#> GSM82328 2 0.254 0.6849 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM82340 2 0.254 0.6849 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM128565 1 0.576 0.3289 0.548 0.000 0.000 0.100 0.352
#> GSM128566 1 0.576 0.3289 0.548 0.000 0.000 0.100 0.352
#> GSM82329 3 0.404 0.6029 0.024 0.028 0.840 0.044 0.064
#> GSM82341 3 0.404 0.6029 0.024 0.028 0.840 0.044 0.064
#> GSM128569 5 0.580 0.4704 0.084 0.000 0.168 0.060 0.688
#> GSM128570 5 0.580 0.4704 0.084 0.000 0.168 0.060 0.688
#> GSM128573 3 0.797 0.2882 0.100 0.052 0.548 0.144 0.156
#> GSM128574 3 0.797 0.2882 0.100 0.052 0.548 0.144 0.156
#> GSM82295 5 0.726 0.1944 0.152 0.008 0.040 0.316 0.484
#> GSM82296 5 0.726 0.1944 0.152 0.008 0.040 0.316 0.484
#> GSM82337 3 0.417 0.5381 0.092 0.000 0.792 0.004 0.112
#> GSM82379 3 0.417 0.5381 0.092 0.000 0.792 0.004 0.112
#> GSM82285 5 0.580 0.5200 0.144 0.000 0.092 0.068 0.696
#> GSM82286 5 0.570 0.5126 0.144 0.000 0.080 0.072 0.704
#> GSM82287 5 0.676 0.0137 0.236 0.004 0.000 0.320 0.440
#> GSM82288 5 0.676 0.0137 0.236 0.004 0.000 0.320 0.440
#> GSM82311 4 0.487 0.6173 0.124 0.128 0.000 0.740 0.008
#> GSM82312 4 0.487 0.6173 0.124 0.128 0.000 0.740 0.008
#> GSM82375 4 0.865 0.1277 0.216 0.032 0.128 0.420 0.204
#> GSM82376 4 0.865 0.1277 0.216 0.032 0.128 0.420 0.204
#> GSM82307 4 0.543 0.5768 0.096 0.232 0.000 0.664 0.008
#> GSM82308 4 0.543 0.5768 0.096 0.232 0.000 0.664 0.008
#> GSM128585 1 0.717 0.4518 0.512 0.000 0.048 0.224 0.216
#> GSM128586 1 0.717 0.4518 0.512 0.000 0.048 0.224 0.216
#> GSM128593 1 0.533 0.6370 0.684 0.000 0.004 0.180 0.132
#> GSM128594 1 0.533 0.6370 0.684 0.000 0.004 0.180 0.132
#> GSM128597 5 0.808 0.0223 0.320 0.000 0.100 0.232 0.348
#> GSM128598 5 0.808 0.0223 0.320 0.000 0.100 0.232 0.348
#> GSM128601 4 0.885 0.0401 0.232 0.028 0.128 0.336 0.276
#> GSM128602 4 0.885 0.0401 0.232 0.028 0.128 0.336 0.276
#> GSM82348 2 0.372 0.5959 0.004 0.784 0.000 0.196 0.016
#> GSM82366 2 0.400 0.5343 0.004 0.748 0.000 0.232 0.016
#> GSM82322 3 0.538 0.4443 0.004 0.016 0.664 0.052 0.264
#> GSM82352 3 0.518 0.4894 0.004 0.016 0.696 0.052 0.232
#> GSM82332 2 0.146 0.7500 0.000 0.952 0.008 0.032 0.008
#> GSM82357 2 0.146 0.7500 0.000 0.952 0.008 0.032 0.008
#> GSM82354 5 0.709 0.4258 0.276 0.000 0.220 0.028 0.476
#> GSM82372 5 0.709 0.4258 0.276 0.000 0.220 0.028 0.476
#> GSM82343 2 0.150 0.7377 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM82362 2 0.150 0.7377 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM128567 2 0.152 0.7455 0.000 0.944 0.004 0.048 0.004
#> GSM128568 2 0.152 0.7455 0.000 0.944 0.004 0.048 0.004
#> GSM82355 3 0.546 0.5691 0.012 0.156 0.728 0.040 0.064
#> GSM82358 3 0.546 0.5691 0.012 0.156 0.728 0.040 0.064
#> GSM128571 2 0.770 0.3126 0.004 0.464 0.120 0.112 0.300
#> GSM128572 2 0.770 0.3126 0.004 0.464 0.120 0.112 0.300
#> GSM128575 3 0.181 0.6171 0.004 0.028 0.940 0.004 0.024
#> GSM128576 3 0.181 0.6171 0.004 0.028 0.940 0.004 0.024
#> GSM82324 5 0.699 0.3662 0.076 0.008 0.084 0.276 0.556
#> GSM82326 5 0.699 0.3662 0.076 0.008 0.084 0.276 0.556
#> GSM82344 3 0.404 0.5483 0.076 0.000 0.800 0.004 0.120
#> GSM82363 3 0.404 0.5483 0.076 0.000 0.800 0.004 0.120
#> GSM82293 5 0.793 0.3410 0.184 0.012 0.112 0.196 0.496
#> GSM82294 5 0.793 0.3410 0.184 0.012 0.112 0.196 0.496
#> GSM82297 5 0.687 0.3840 0.240 0.000 0.084 0.104 0.572
#> GSM82298 5 0.687 0.3840 0.240 0.000 0.084 0.104 0.572
#> GSM82373 4 0.482 0.6166 0.124 0.124 0.000 0.744 0.008
#> GSM82374 4 0.482 0.6166 0.124 0.124 0.000 0.744 0.008
#> GSM82377 1 0.613 0.5439 0.644 0.004 0.060 0.228 0.064
#> GSM82378 1 0.613 0.5439 0.644 0.004 0.060 0.228 0.064
#> GSM82309 4 0.577 0.5234 0.164 0.064 0.000 0.692 0.080
#> GSM82310 4 0.577 0.5234 0.164 0.064 0.000 0.692 0.080
#> GSM128587 1 0.650 0.5611 0.608 0.000 0.044 0.196 0.152
#> GSM128588 1 0.650 0.5611 0.608 0.000 0.044 0.196 0.152
#> GSM128595 1 0.527 0.6310 0.692 0.000 0.004 0.164 0.140
#> GSM128596 1 0.527 0.6310 0.692 0.000 0.004 0.164 0.140
#> GSM128599 2 0.419 0.7246 0.012 0.828 0.072 0.044 0.044
#> GSM128600 2 0.419 0.7246 0.012 0.828 0.072 0.044 0.044
#> GSM128603 4 0.892 0.0466 0.232 0.032 0.132 0.336 0.268
#> GSM128604 4 0.892 0.0466 0.232 0.032 0.132 0.336 0.268
#> GSM82284 2 0.318 0.7046 0.000 0.828 0.156 0.000 0.016
#> GSM82321 2 0.318 0.7046 0.000 0.828 0.156 0.000 0.016
#> GSM82342 3 0.344 0.5538 0.012 0.000 0.808 0.004 0.176
#> GSM82361 3 0.344 0.5538 0.012 0.000 0.808 0.004 0.176
#> GSM82351 3 0.439 0.5214 0.000 0.244 0.724 0.008 0.024
#> GSM82371 3 0.439 0.5214 0.000 0.244 0.724 0.008 0.024
#> GSM82330 5 0.586 0.0800 0.072 0.000 0.456 0.008 0.464
#> GSM82336 5 0.586 0.0800 0.072 0.000 0.456 0.008 0.464
#> GSM128492 5 0.675 0.4600 0.200 0.000 0.116 0.084 0.600
#> GSM128493 5 0.675 0.4600 0.200 0.000 0.116 0.084 0.600
#> GSM82323 2 0.491 0.5819 0.000 0.704 0.240 0.028 0.028
#> GSM82353 2 0.491 0.5819 0.000 0.704 0.240 0.028 0.028
#> GSM82317 2 0.729 0.4346 0.020 0.544 0.272 0.092 0.072
#> GSM82318 2 0.729 0.4346 0.020 0.544 0.272 0.092 0.072
#> GSM128496 5 0.713 0.2502 0.224 0.000 0.356 0.020 0.400
#> GSM128497 3 0.696 -0.2097 0.180 0.000 0.400 0.020 0.400
#> GSM82319 3 0.413 0.5789 0.012 0.028 0.828 0.052 0.080
#> GSM82320 3 0.413 0.5789 0.012 0.028 0.828 0.052 0.080
#> GSM128504 1 0.609 0.3242 0.516 0.000 0.000 0.136 0.348
#> GSM128505 1 0.609 0.3242 0.516 0.000 0.000 0.136 0.348
#> GSM128509 3 0.600 0.4191 0.008 0.032 0.608 0.052 0.300
#> GSM128510 3 0.600 0.4191 0.008 0.032 0.608 0.052 0.300
#> GSM82325 3 0.524 0.4228 0.064 0.004 0.680 0.008 0.244
#> GSM82327 3 0.524 0.4228 0.064 0.004 0.680 0.008 0.244
#> GSM82289 1 0.495 0.5881 0.720 0.000 0.008 0.084 0.188
#> GSM82291 1 0.495 0.5881 0.720 0.000 0.008 0.084 0.188
#> GSM82290 4 0.516 0.4029 0.012 0.344 0.000 0.612 0.032
#> GSM82292 4 0.530 0.4285 0.020 0.332 0.000 0.616 0.032
#> GSM128525 1 0.236 0.6296 0.900 0.000 0.024 0.000 0.076
#> GSM128526 1 0.236 0.6296 0.900 0.000 0.024 0.000 0.076
#> GSM128529 4 0.504 0.6185 0.132 0.136 0.000 0.724 0.008
#> GSM128530 4 0.504 0.6185 0.132 0.136 0.000 0.724 0.008
#> GSM128533 1 0.257 0.6233 0.888 0.000 0.016 0.004 0.092
#> GSM128534 1 0.257 0.6233 0.888 0.000 0.016 0.004 0.092
#> GSM128541 1 0.383 0.6225 0.796 0.000 0.016 0.172 0.016
#> GSM128542 1 0.383 0.6225 0.796 0.000 0.016 0.172 0.016
#> GSM128557 2 0.170 0.7497 0.004 0.944 0.008 0.036 0.008
#> GSM128558 2 0.170 0.7497 0.004 0.944 0.008 0.036 0.008
#> GSM82349 2 0.304 0.7079 0.000 0.836 0.152 0.000 0.012
#> GSM82367 2 0.304 0.7079 0.000 0.836 0.152 0.000 0.012
#> GSM82346 3 0.324 0.5672 0.012 0.000 0.828 0.004 0.156
#> GSM82364 3 0.324 0.5672 0.012 0.000 0.828 0.004 0.156
#> GSM82345 3 0.483 0.3973 0.000 0.324 0.644 0.008 0.024
#> GSM82360 3 0.483 0.3973 0.000 0.324 0.644 0.008 0.024
#> GSM82335 5 0.590 0.1018 0.076 0.000 0.448 0.008 0.468
#> GSM82339 3 0.566 -0.0508 0.056 0.000 0.484 0.008 0.452
#> GSM128494 5 0.582 0.2095 0.056 0.000 0.420 0.016 0.508
#> GSM128495 5 0.582 0.2095 0.056 0.000 0.420 0.016 0.508
#> GSM82356 3 0.568 0.4088 0.000 0.300 0.620 0.036 0.044
#> GSM82359 3 0.568 0.4088 0.000 0.300 0.620 0.036 0.044
#> GSM82347 3 0.608 0.1134 0.008 0.408 0.512 0.020 0.052
#> GSM82365 3 0.618 0.1091 0.012 0.408 0.508 0.020 0.052
#> GSM128498 3 0.706 -0.2353 0.224 0.000 0.388 0.016 0.372
#> GSM128499 3 0.706 -0.2353 0.224 0.000 0.388 0.016 0.372
#> GSM82333 3 0.144 0.6135 0.008 0.004 0.956 0.008 0.024
#> GSM82369 3 0.144 0.6135 0.008 0.004 0.956 0.008 0.024
#> GSM128506 2 0.201 0.7355 0.000 0.920 0.000 0.060 0.020
#> GSM128507 2 0.201 0.7355 0.000 0.920 0.000 0.060 0.020
#> GSM128511 2 0.174 0.7432 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012
#> GSM128512 2 0.174 0.7432 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012
#> GSM82334 3 0.516 0.4516 0.068 0.004 0.696 0.008 0.224
#> GSM82370 3 0.516 0.4516 0.068 0.004 0.696 0.008 0.224
#> GSM82305 2 0.814 -0.1053 0.236 0.384 0.000 0.264 0.116
#> GSM82306 2 0.814 -0.1053 0.236 0.384 0.000 0.264 0.116
#> GSM82303 4 0.523 0.0976 0.008 0.468 0.000 0.496 0.028
#> GSM82304 4 0.523 0.0976 0.008 0.468 0.000 0.496 0.028
#> GSM128527 1 0.561 0.5924 0.664 0.000 0.028 0.236 0.072
#> GSM128528 1 0.561 0.5924 0.664 0.000 0.028 0.236 0.072
#> GSM128531 4 0.504 0.6185 0.132 0.136 0.000 0.724 0.008
#> GSM128532 4 0.504 0.6185 0.132 0.136 0.000 0.724 0.008
#> GSM128535 1 0.270 0.6219 0.884 0.000 0.024 0.004 0.088
#> GSM128536 1 0.270 0.6219 0.884 0.000 0.024 0.004 0.088
#> GSM128543 1 0.383 0.6225 0.796 0.000 0.016 0.172 0.016
#> GSM128544 1 0.383 0.6225 0.796 0.000 0.016 0.172 0.016
#> GSM128559 1 0.729 0.3343 0.536 0.116 0.000 0.232 0.116
#> GSM128560 1 0.729 0.3343 0.536 0.116 0.000 0.232 0.116
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.6839 0.51623 0.152 0.168 0.000 0.552 0.016 NA
#> GSM82314 4 0.6839 0.51623 0.152 0.168 0.000 0.552 0.016 NA
#> GSM82331 5 0.4274 0.45563 0.020 0.000 0.124 0.016 0.780 NA
#> GSM82338 5 0.4274 0.45563 0.020 0.000 0.124 0.016 0.780 NA
#> GSM82315 4 0.6792 0.51274 0.060 0.052 0.048 0.636 0.080 NA
#> GSM82316 4 0.6792 0.51274 0.060 0.052 0.048 0.636 0.080 NA
#> GSM82350 5 0.7263 0.37498 0.236 0.000 0.132 0.032 0.496 NA
#> GSM82368 5 0.7263 0.37498 0.236 0.000 0.132 0.032 0.496 NA
#> GSM82328 2 0.3227 0.63038 0.000 0.824 0.000 0.116 0.000 NA
#> GSM82340 2 0.3227 0.63038 0.000 0.824 0.000 0.116 0.000 NA
#> GSM128565 1 0.5886 0.32204 0.544 0.000 0.000 0.036 0.312 NA
#> GSM128566 1 0.5886 0.32204 0.544 0.000 0.000 0.036 0.312 NA
#> GSM82329 3 0.4541 0.58878 0.008 0.028 0.772 0.016 0.048 NA
#> GSM82341 3 0.4541 0.58878 0.008 0.028 0.772 0.016 0.048 NA
#> GSM128569 5 0.5154 0.44931 0.052 0.000 0.064 0.020 0.720 NA
#> GSM128570 5 0.5154 0.44931 0.052 0.000 0.064 0.020 0.720 NA
#> GSM128573 3 0.8184 0.31370 0.048 0.072 0.468 0.056 0.176 NA
#> GSM128574 3 0.8184 0.31370 0.048 0.072 0.468 0.056 0.176 NA
#> GSM82295 5 0.7038 0.28817 0.060 0.008 0.024 0.192 0.532 NA
#> GSM82296 5 0.7038 0.28817 0.060 0.008 0.024 0.192 0.532 NA
#> GSM82337 3 0.5267 0.50162 0.096 0.000 0.712 0.008 0.100 NA
#> GSM82379 3 0.5267 0.50162 0.096 0.000 0.712 0.008 0.100 NA
#> GSM82285 5 0.4379 0.48050 0.068 0.000 0.028 0.028 0.788 NA
#> GSM82286 5 0.4379 0.48050 0.068 0.000 0.028 0.028 0.788 NA
#> GSM82287 5 0.7121 0.18431 0.148 0.004 0.000 0.212 0.480 NA
#> GSM82288 5 0.7121 0.18431 0.148 0.004 0.000 0.212 0.480 NA
#> GSM82311 4 0.3294 0.70476 0.064 0.068 0.000 0.848 0.008 NA
#> GSM82312 4 0.3294 0.70476 0.064 0.068 0.000 0.848 0.008 NA
#> GSM82375 4 0.8756 0.00977 0.104 0.020 0.104 0.340 0.260 NA
#> GSM82376 4 0.8756 0.00977 0.104 0.020 0.104 0.340 0.260 NA
#> GSM82307 4 0.4329 0.68317 0.048 0.108 0.000 0.784 0.012 NA
#> GSM82308 4 0.4329 0.68317 0.048 0.108 0.000 0.784 0.012 NA
#> GSM128585 1 0.8290 0.32088 0.344 0.004 0.056 0.244 0.236 NA
#> GSM128586 1 0.8290 0.32088 0.344 0.004 0.056 0.244 0.236 NA
#> GSM128593 1 0.6364 0.58454 0.604 0.000 0.012 0.152 0.096 NA
#> GSM128594 1 0.6364 0.58454 0.604 0.000 0.012 0.152 0.096 NA
#> GSM128597 5 0.8348 0.17278 0.172 0.000 0.084 0.136 0.360 NA
#> GSM128598 5 0.8348 0.17278 0.172 0.000 0.084 0.136 0.360 NA
#> GSM128601 5 0.8708 0.10977 0.100 0.020 0.100 0.264 0.344 NA
#> GSM128602 5 0.8708 0.10977 0.100 0.020 0.100 0.264 0.344 NA
#> GSM82348 2 0.4428 0.48859 0.000 0.696 0.000 0.220 0.000 NA
#> GSM82366 2 0.4503 0.46764 0.000 0.684 0.000 0.232 0.000 NA
#> GSM82322 3 0.6167 0.30680 0.004 0.020 0.532 0.020 0.328 NA
#> GSM82352 3 0.6080 0.36027 0.004 0.020 0.560 0.020 0.300 NA
#> GSM82332 2 0.0914 0.70442 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM82357 2 0.0914 0.70442 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 NA
#> GSM82354 5 0.7321 0.37606 0.236 0.000 0.140 0.032 0.488 NA
#> GSM82372 5 0.7321 0.37606 0.236 0.000 0.140 0.032 0.488 NA
#> GSM82343 2 0.2119 0.68568 0.000 0.904 0.000 0.060 0.000 NA
#> GSM82362 2 0.2119 0.68568 0.000 0.904 0.000 0.060 0.000 NA
#> GSM128567 2 0.1492 0.69878 0.000 0.940 0.000 0.036 0.000 NA
#> GSM128568 2 0.1492 0.69878 0.000 0.940 0.000 0.036 0.000 NA
#> GSM82355 3 0.5317 0.57433 0.004 0.096 0.716 0.016 0.048 NA
#> GSM82358 3 0.5317 0.57433 0.004 0.096 0.716 0.016 0.048 NA
#> GSM128571 2 0.8017 0.14724 0.000 0.352 0.104 0.052 0.296 NA
#> GSM128572 2 0.8017 0.14724 0.000 0.352 0.104 0.052 0.296 NA
#> GSM128575 3 0.2095 0.60977 0.000 0.020 0.920 0.008 0.012 NA
#> GSM128576 3 0.2095 0.60977 0.000 0.020 0.920 0.008 0.012 NA
#> GSM82324 5 0.6679 0.35757 0.040 0.008 0.036 0.156 0.584 NA
#> GSM82326 5 0.6679 0.35757 0.040 0.008 0.036 0.156 0.584 NA
#> GSM82344 3 0.5059 0.50812 0.080 0.000 0.724 0.004 0.108 NA
#> GSM82363 3 0.5016 0.51133 0.080 0.000 0.728 0.004 0.104 NA
#> GSM82293 5 0.7310 0.37135 0.084 0.008 0.088 0.124 0.564 NA
#> GSM82294 5 0.7310 0.37135 0.084 0.008 0.088 0.124 0.564 NA
#> GSM82297 5 0.6467 0.36478 0.168 0.000 0.044 0.064 0.612 NA
#> GSM82298 5 0.6467 0.36478 0.168 0.000 0.044 0.064 0.612 NA
#> GSM82373 4 0.3386 0.70361 0.064 0.068 0.000 0.844 0.008 NA
#> GSM82374 4 0.3386 0.70361 0.064 0.068 0.000 0.844 0.008 NA
#> GSM82377 1 0.6936 0.52142 0.532 0.004 0.052 0.244 0.036 NA
#> GSM82378 1 0.6936 0.52142 0.532 0.004 0.052 0.244 0.036 NA
#> GSM82309 4 0.4190 0.66501 0.084 0.032 0.000 0.804 0.036 NA
#> GSM82310 4 0.4190 0.66501 0.084 0.032 0.000 0.804 0.036 NA
#> GSM128587 1 0.7507 0.51087 0.492 0.000 0.052 0.204 0.148 NA
#> GSM128588 1 0.7507 0.51087 0.492 0.000 0.052 0.204 0.148 NA
#> GSM128595 1 0.6325 0.57984 0.612 0.000 0.012 0.128 0.112 NA
#> GSM128596 1 0.6325 0.57984 0.612 0.000 0.012 0.128 0.112 NA
#> GSM128599 2 0.4421 0.65884 0.004 0.768 0.048 0.012 0.024 NA
#> GSM128600 2 0.4421 0.65884 0.004 0.768 0.048 0.012 0.024 NA
#> GSM128603 5 0.8709 0.10856 0.096 0.020 0.100 0.264 0.340 NA
#> GSM128604 5 0.8709 0.10856 0.096 0.020 0.100 0.264 0.340 NA
#> GSM82284 2 0.3164 0.65244 0.000 0.832 0.120 0.004 0.000 NA
#> GSM82321 2 0.3164 0.65244 0.000 0.832 0.120 0.004 0.000 NA
#> GSM82342 3 0.4055 0.51784 0.004 0.000 0.748 0.004 0.196 NA
#> GSM82361 3 0.4055 0.51784 0.004 0.000 0.748 0.004 0.196 NA
#> GSM82351 3 0.5141 0.42325 0.000 0.260 0.644 0.008 0.012 NA
#> GSM82371 3 0.5141 0.42325 0.000 0.260 0.644 0.008 0.012 NA
#> GSM82330 5 0.6180 0.25966 0.040 0.000 0.324 0.004 0.516 NA
#> GSM82336 5 0.6180 0.25966 0.040 0.000 0.324 0.004 0.516 NA
#> GSM128492 5 0.5094 0.45179 0.120 0.000 0.052 0.032 0.736 NA
#> GSM128493 5 0.5094 0.45179 0.120 0.000 0.052 0.032 0.736 NA
#> GSM82323 2 0.4880 0.49873 0.000 0.672 0.232 0.000 0.016 NA
#> GSM82353 2 0.4880 0.49873 0.000 0.672 0.232 0.000 0.016 NA
#> GSM82317 2 0.7488 0.24547 0.000 0.440 0.260 0.064 0.044 NA
#> GSM82318 2 0.7488 0.24547 0.000 0.440 0.260 0.064 0.044 NA
#> GSM128496 5 0.7116 0.29876 0.172 0.000 0.276 0.000 0.432 NA
#> GSM128497 5 0.7120 0.24937 0.160 0.000 0.308 0.000 0.412 NA
#> GSM82319 3 0.5025 0.55900 0.008 0.020 0.744 0.032 0.084 NA
#> GSM82320 3 0.5025 0.55900 0.008 0.020 0.744 0.032 0.084 NA
#> GSM128504 1 0.6853 0.30116 0.484 0.004 0.000 0.076 0.252 NA
#> GSM128505 1 0.6853 0.30116 0.484 0.004 0.000 0.076 0.252 NA
#> GSM128509 3 0.6515 0.29592 0.008 0.024 0.472 0.008 0.344 NA
#> GSM128510 3 0.6515 0.29592 0.008 0.024 0.472 0.008 0.344 NA
#> GSM82325 3 0.6407 0.28969 0.068 0.000 0.544 0.004 0.256 NA
#> GSM82327 3 0.6407 0.28969 0.068 0.000 0.544 0.004 0.256 NA
#> GSM82289 1 0.5982 0.52809 0.636 0.000 0.008 0.076 0.152 NA
#> GSM82291 1 0.5982 0.52809 0.636 0.000 0.008 0.076 0.152 NA
#> GSM82290 4 0.5412 0.58797 0.004 0.192 0.000 0.648 0.020 NA
#> GSM82292 4 0.5555 0.60115 0.012 0.184 0.000 0.648 0.020 NA
#> GSM128525 1 0.1711 0.60468 0.936 0.000 0.008 0.008 0.040 NA
#> GSM128526 1 0.1711 0.60468 0.936 0.000 0.008 0.008 0.040 NA
#> GSM128529 4 0.4253 0.69334 0.068 0.060 0.000 0.800 0.020 NA
#> GSM128530 4 0.4253 0.69334 0.068 0.060 0.000 0.800 0.020 NA
#> GSM128533 1 0.1862 0.60227 0.928 0.000 0.008 0.004 0.044 NA
#> GSM128534 1 0.1862 0.60227 0.928 0.000 0.008 0.004 0.044 NA
#> GSM128541 1 0.4657 0.58735 0.712 0.000 0.008 0.196 0.008 NA
#> GSM128542 1 0.4657 0.58735 0.712 0.000 0.008 0.196 0.008 NA
#> GSM128557 2 0.1176 0.70271 0.000 0.956 0.000 0.024 0.000 NA
#> GSM128558 2 0.1176 0.70271 0.000 0.956 0.000 0.024 0.000 NA
#> GSM82349 2 0.2964 0.66159 0.000 0.848 0.108 0.004 0.000 NA
#> GSM82367 2 0.2964 0.66159 0.000 0.848 0.108 0.004 0.000 NA
#> GSM82346 3 0.3900 0.52896 0.004 0.000 0.764 0.004 0.184 NA
#> GSM82364 3 0.3900 0.52896 0.004 0.000 0.764 0.004 0.184 NA
#> GSM82345 3 0.5532 0.20759 0.000 0.372 0.532 0.008 0.012 NA
#> GSM82360 3 0.5532 0.20759 0.000 0.372 0.532 0.008 0.012 NA
#> GSM82335 5 0.6135 0.27367 0.040 0.000 0.320 0.004 0.524 NA
#> GSM82339 5 0.6118 0.21801 0.036 0.000 0.352 0.004 0.500 NA
#> GSM128494 5 0.5902 0.29530 0.040 0.000 0.288 0.008 0.576 NA
#> GSM128495 5 0.5902 0.29530 0.040 0.000 0.288 0.008 0.576 NA
#> GSM82356 3 0.5725 0.20906 0.000 0.368 0.528 0.012 0.020 NA
#> GSM82359 3 0.5725 0.20906 0.000 0.368 0.528 0.012 0.020 NA
#> GSM82347 2 0.6519 -0.00945 0.000 0.400 0.400 0.004 0.036 NA
#> GSM82365 2 0.6519 -0.00945 0.000 0.400 0.400 0.004 0.036 NA
#> GSM128498 5 0.7081 0.25982 0.168 0.000 0.312 0.000 0.412 NA
#> GSM128499 5 0.7081 0.25982 0.168 0.000 0.312 0.000 0.412 NA
#> GSM82333 3 0.2076 0.60558 0.004 0.008 0.924 0.008 0.032 NA
#> GSM82369 3 0.2076 0.60558 0.004 0.008 0.924 0.008 0.032 NA
#> GSM128506 2 0.2591 0.68411 0.004 0.880 0.000 0.052 0.000 NA
#> GSM128507 2 0.2591 0.68411 0.004 0.880 0.000 0.052 0.000 NA
#> GSM128511 2 0.1245 0.70433 0.000 0.952 0.032 0.000 0.000 NA
#> GSM128512 2 0.1245 0.70433 0.000 0.952 0.032 0.000 0.000 NA
#> GSM82334 3 0.6373 0.30456 0.068 0.000 0.552 0.004 0.248 NA
#> GSM82370 3 0.6373 0.30456 0.068 0.000 0.552 0.004 0.248 NA
#> GSM82305 2 0.8630 -0.13931 0.228 0.280 0.000 0.200 0.080 NA
#> GSM82306 2 0.8630 -0.13931 0.228 0.280 0.000 0.200 0.080 NA
#> GSM82303 4 0.5792 0.42846 0.004 0.292 0.000 0.552 0.012 NA
#> GSM82304 4 0.5792 0.42846 0.004 0.292 0.000 0.552 0.012 NA
#> GSM128527 1 0.6728 0.54929 0.552 0.008 0.008 0.224 0.080 NA
#> GSM128528 1 0.6728 0.54929 0.552 0.008 0.008 0.224 0.080 NA
#> GSM128531 4 0.4253 0.69334 0.068 0.060 0.000 0.800 0.020 NA
#> GSM128532 4 0.4253 0.69334 0.068 0.060 0.000 0.800 0.020 NA
#> GSM128535 1 0.1862 0.60227 0.928 0.000 0.008 0.004 0.044 NA
#> GSM128536 1 0.1862 0.60227 0.928 0.000 0.008 0.004 0.044 NA
#> GSM128543 1 0.4657 0.58735 0.712 0.000 0.008 0.196 0.008 NA
#> GSM128544 1 0.4657 0.58735 0.712 0.000 0.008 0.196 0.008 NA
#> GSM128559 1 0.7582 0.35115 0.472 0.116 0.000 0.192 0.040 NA
#> GSM128560 1 0.7582 0.35115 0.472 0.116 0.000 0.192 0.040 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:kmeans 152 0.276 0.133 3.84e-10 2
#> SD:kmeans 114 0.112 0.399 1.41e-15 3
#> SD:kmeans 50 0.973 0.592 1.73e-04 4
#> SD:kmeans 80 0.290 0.394 7.89e-24 5
#> SD:kmeans 78 0.283 0.160 9.16e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.454 0.794 0.886 0.4986 0.509 0.509
#> 3 3 0.560 0.774 0.846 0.3378 0.698 0.471
#> 4 4 0.554 0.649 0.781 0.1252 0.860 0.611
#> 5 5 0.645 0.581 0.778 0.0657 0.854 0.510
#> 6 6 0.684 0.516 0.705 0.0389 0.960 0.814
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82314 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82331 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82338 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82315 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82316 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82350 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82368 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82329 1 0.9044 0.6842 0.680 0.320
#> GSM82341 1 0.9909 0.4601 0.556 0.444
#> GSM128569 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM128570 1 0.4431 0.8345 0.908 0.092
#> GSM128573 2 0.0376 0.8809 0.004 0.996
#> GSM128574 2 0.0376 0.8809 0.004 0.996
#> GSM82295 1 0.7219 0.6613 0.800 0.200
#> GSM82296 1 0.7219 0.6613 0.800 0.200
#> GSM82337 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM82379 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM82285 1 0.4690 0.8327 0.900 0.100
#> GSM82286 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.8713 0.4904 0.708 0.292
#> GSM82288 1 0.8713 0.4904 0.708 0.292
#> GSM82311 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82312 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82375 2 0.9896 0.3995 0.440 0.560
#> GSM82376 2 0.9896 0.3995 0.440 0.560
#> GSM82307 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82308 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128585 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.8608 0.5848 0.716 0.284
#> GSM128598 1 0.8608 0.5848 0.716 0.284
#> GSM128601 1 0.8713 0.4903 0.708 0.292
#> GSM128602 1 0.8713 0.4903 0.708 0.292
#> GSM82348 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82366 2 0.4298 0.8525 0.088 0.912
#> GSM82322 1 0.7376 0.7865 0.792 0.208
#> GSM82352 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82332 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.7376 0.7865 0.792 0.208
#> GSM82372 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM82343 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128575 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM128576 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82324 1 0.7219 0.6613 0.800 0.200
#> GSM82326 1 0.7219 0.6613 0.800 0.200
#> GSM82344 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82363 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82293 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82294 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82373 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82374 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM82377 1 0.6531 0.7042 0.832 0.168
#> GSM82378 1 0.6531 0.7042 0.832 0.168
#> GSM82309 1 0.9850 0.0652 0.572 0.428
#> GSM82310 1 0.9850 0.0652 0.572 0.428
#> GSM128587 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128603 2 0.7745 0.7901 0.228 0.772
#> GSM128604 2 0.7745 0.7901 0.228 0.772
#> GSM82284 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82342 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82361 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82351 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82330 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82336 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM128492 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128496 1 0.6438 0.8078 0.836 0.164
#> GSM128497 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82319 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82320 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM128504 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128509 1 0.9795 0.5487 0.584 0.416
#> GSM128510 1 0.9795 0.5487 0.584 0.416
#> GSM82325 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82327 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82289 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM82290 2 0.7453 0.8005 0.212 0.788
#> GSM82292 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128525 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128529 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128530 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128533 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82346 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82364 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82345 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82335 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM82339 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM128494 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM128495 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM82356 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.4298 0.8355 0.912 0.088
#> GSM128499 1 0.3879 0.8373 0.924 0.076
#> GSM82333 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82369 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM128506 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000
#> GSM82334 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82370 1 0.7674 0.7779 0.776 0.224
#> GSM82305 2 0.7528 0.7984 0.216 0.784
#> GSM82306 2 0.7453 0.8005 0.212 0.788
#> GSM82303 2 0.4298 0.8525 0.088 0.912
#> GSM82304 2 0.4298 0.8525 0.088 0.912
#> GSM128527 1 0.2948 0.8171 0.948 0.052
#> GSM128528 1 0.2948 0.8171 0.948 0.052
#> GSM128531 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128532 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128535 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8427 1.000 0.000
#> GSM128559 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
#> GSM128560 2 0.7674 0.7939 0.224 0.776
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.5785 0.698 0.668 0.332 0.000
#> GSM82314 1 0.5785 0.698 0.668 0.332 0.000
#> GSM82331 3 0.4555 0.844 0.200 0.000 0.800
#> GSM82338 3 0.4555 0.844 0.200 0.000 0.800
#> GSM82315 1 0.6662 0.769 0.736 0.192 0.072
#> GSM82316 1 0.6662 0.769 0.736 0.192 0.072
#> GSM82350 3 0.5216 0.814 0.260 0.000 0.740
#> GSM82368 3 0.5178 0.818 0.256 0.000 0.744
#> GSM82328 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.0424 0.809 0.992 0.000 0.008
#> GSM128566 1 0.0424 0.809 0.992 0.000 0.008
#> GSM82329 3 0.0829 0.779 0.004 0.012 0.984
#> GSM82341 3 0.0829 0.779 0.004 0.012 0.984
#> GSM128569 3 0.5058 0.825 0.244 0.000 0.756
#> GSM128570 3 0.5058 0.825 0.244 0.000 0.756
#> GSM128573 2 0.6630 0.752 0.028 0.672 0.300
#> GSM128574 2 0.6630 0.752 0.028 0.672 0.300
#> GSM82295 1 0.4326 0.816 0.844 0.144 0.012
#> GSM82296 1 0.4326 0.816 0.844 0.144 0.012
#> GSM82337 3 0.3340 0.840 0.120 0.000 0.880
#> GSM82379 3 0.3340 0.840 0.120 0.000 0.880
#> GSM82285 3 0.5098 0.822 0.248 0.000 0.752
#> GSM82286 3 0.5098 0.822 0.248 0.000 0.752
#> GSM82287 1 0.3816 0.816 0.852 0.148 0.000
#> GSM82288 1 0.3816 0.816 0.852 0.148 0.000
#> GSM82311 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM82312 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM82375 1 0.5220 0.741 0.780 0.012 0.208
#> GSM82376 1 0.5220 0.741 0.780 0.012 0.208
#> GSM82307 1 0.5810 0.693 0.664 0.336 0.000
#> GSM82308 1 0.5810 0.693 0.664 0.336 0.000
#> GSM128585 1 0.0424 0.811 0.992 0.000 0.008
#> GSM128586 1 0.0424 0.811 0.992 0.000 0.008
#> GSM128593 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.8839 0.267 0.572 0.256 0.172
#> GSM128598 1 0.8839 0.267 0.572 0.256 0.172
#> GSM128601 1 0.4702 0.741 0.788 0.000 0.212
#> GSM128602 1 0.4702 0.741 0.788 0.000 0.212
#> GSM82348 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.1031 0.854 0.000 0.976 0.024
#> GSM82357 2 0.1031 0.854 0.000 0.976 0.024
#> GSM82354 3 0.5098 0.823 0.248 0.000 0.752
#> GSM82372 3 0.5098 0.823 0.248 0.000 0.752
#> GSM82343 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.5785 0.731 0.000 0.668 0.332
#> GSM82358 2 0.5785 0.731 0.000 0.668 0.332
#> GSM128571 2 0.0424 0.851 0.000 0.992 0.008
#> GSM128572 2 0.0424 0.851 0.000 0.992 0.008
#> GSM128575 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 3 0.7853 0.660 0.188 0.144 0.668
#> GSM82326 3 0.7899 0.655 0.192 0.144 0.664
#> GSM82344 3 0.3619 0.843 0.136 0.000 0.864
#> GSM82363 3 0.3619 0.843 0.136 0.000 0.864
#> GSM82293 3 0.6235 0.030 0.436 0.000 0.564
#> GSM82294 3 0.6235 0.030 0.436 0.000 0.564
#> GSM82297 3 0.6280 0.529 0.460 0.000 0.540
#> GSM82298 3 0.6280 0.529 0.460 0.000 0.540
#> GSM82373 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM82374 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM82377 1 0.4504 0.751 0.804 0.000 0.196
#> GSM82378 1 0.4504 0.751 0.804 0.000 0.196
#> GSM82309 1 0.4654 0.792 0.792 0.208 0.000
#> GSM82310 1 0.4654 0.792 0.792 0.208 0.000
#> GSM128587 1 0.0424 0.811 0.992 0.000 0.008
#> GSM128588 1 0.0424 0.811 0.992 0.000 0.008
#> GSM128595 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.8190 0.606 0.640 0.156 0.204
#> GSM128604 1 0.8190 0.606 0.640 0.156 0.204
#> GSM82284 2 0.4605 0.832 0.000 0.796 0.204
#> GSM82321 2 0.4605 0.832 0.000 0.796 0.204
#> GSM82342 3 0.1163 0.804 0.028 0.000 0.972
#> GSM82361 3 0.1163 0.804 0.028 0.000 0.972
#> GSM82351 2 0.5905 0.703 0.000 0.648 0.352
#> GSM82371 2 0.5905 0.703 0.000 0.648 0.352
#> GSM82330 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM82336 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM128492 3 0.6307 0.460 0.488 0.000 0.512
#> GSM128493 3 0.6307 0.460 0.488 0.000 0.512
#> GSM82323 2 0.4750 0.825 0.000 0.784 0.216
#> GSM82353 2 0.4750 0.825 0.000 0.784 0.216
#> GSM82317 2 0.4062 0.844 0.000 0.836 0.164
#> GSM82318 2 0.4062 0.844 0.000 0.836 0.164
#> GSM128496 3 0.4750 0.838 0.216 0.000 0.784
#> GSM128497 3 0.4750 0.838 0.216 0.000 0.784
#> GSM82319 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM82327 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM82289 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM82291 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM82290 2 0.0747 0.842 0.016 0.984 0.000
#> GSM82292 2 0.5591 0.314 0.304 0.696 0.000
#> GSM128525 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM128526 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM128529 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM128530 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM128533 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM128534 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM128541 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.4555 0.833 0.000 0.800 0.200
#> GSM82367 2 0.4555 0.833 0.000 0.800 0.200
#> GSM82346 3 0.0747 0.797 0.016 0.000 0.984
#> GSM82364 3 0.0747 0.797 0.016 0.000 0.984
#> GSM82345 2 0.5560 0.763 0.000 0.700 0.300
#> GSM82360 2 0.5560 0.763 0.000 0.700 0.300
#> GSM82335 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM82339 3 0.4291 0.847 0.180 0.000 0.820
#> GSM128494 3 0.4504 0.844 0.196 0.000 0.804
#> GSM128495 3 0.4504 0.844 0.196 0.000 0.804
#> GSM82356 2 0.5431 0.777 0.000 0.716 0.284
#> GSM82359 2 0.5397 0.781 0.000 0.720 0.280
#> GSM82347 2 0.4504 0.837 0.000 0.804 0.196
#> GSM82365 2 0.4504 0.837 0.000 0.804 0.196
#> GSM128498 3 0.4750 0.838 0.216 0.000 0.784
#> GSM128499 3 0.4750 0.838 0.216 0.000 0.784
#> GSM82333 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.787 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.852 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.4062 0.844 0.000 0.836 0.164
#> GSM128512 2 0.4062 0.844 0.000 0.836 0.164
#> GSM82334 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM82370 3 0.4346 0.847 0.184 0.000 0.816
#> GSM82305 2 0.1411 0.825 0.036 0.964 0.000
#> GSM82306 2 0.1163 0.832 0.028 0.972 0.000
#> GSM82303 2 0.0237 0.850 0.004 0.996 0.000
#> GSM82304 2 0.0237 0.850 0.004 0.996 0.000
#> GSM128527 1 0.3587 0.824 0.892 0.088 0.020
#> GSM128528 1 0.3587 0.824 0.892 0.088 0.020
#> GSM128531 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM128532 1 0.5216 0.766 0.740 0.260 0.000
#> GSM128535 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM128536 1 0.0892 0.801 0.980 0.000 0.020
#> GSM128543 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.812 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.5591 0.731 0.696 0.304 0.000
#> GSM128560 1 0.5591 0.731 0.696 0.304 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.7181 0.196 0.512 0.152 0.000 0.336
#> GSM82314 1 0.7181 0.196 0.512 0.152 0.000 0.336
#> GSM82331 3 0.5383 0.679 0.100 0.000 0.740 0.160
#> GSM82338 3 0.5383 0.679 0.100 0.000 0.740 0.160
#> GSM82315 4 0.4898 0.668 0.104 0.116 0.000 0.780
#> GSM82316 4 0.4898 0.668 0.104 0.116 0.000 0.780
#> GSM82350 3 0.5836 0.603 0.304 0.000 0.640 0.056
#> GSM82368 3 0.5836 0.603 0.304 0.000 0.640 0.056
#> GSM82328 2 0.3764 0.708 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM82340 2 0.3764 0.708 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM128565 1 0.5948 0.578 0.696 0.000 0.160 0.144
#> GSM128566 1 0.5948 0.578 0.696 0.000 0.160 0.144
#> GSM82329 3 0.4238 0.736 0.028 0.176 0.796 0.000
#> GSM82341 3 0.4365 0.725 0.028 0.188 0.784 0.000
#> GSM128569 3 0.5714 0.659 0.128 0.000 0.716 0.156
#> GSM128570 3 0.5714 0.659 0.128 0.000 0.716 0.156
#> GSM128573 2 0.7368 0.350 0.180 0.536 0.280 0.004
#> GSM128574 2 0.7368 0.350 0.180 0.536 0.280 0.004
#> GSM82295 4 0.5942 0.484 0.132 0.004 0.156 0.708
#> GSM82296 4 0.5942 0.484 0.132 0.004 0.156 0.708
#> GSM82337 3 0.3821 0.761 0.120 0.040 0.840 0.000
#> GSM82379 3 0.3821 0.761 0.120 0.040 0.840 0.000
#> GSM82285 3 0.5993 0.634 0.148 0.000 0.692 0.160
#> GSM82286 3 0.6204 0.609 0.164 0.000 0.672 0.164
#> GSM82287 4 0.6731 0.376 0.236 0.000 0.156 0.608
#> GSM82288 4 0.6731 0.376 0.236 0.000 0.156 0.608
#> GSM82311 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM82312 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM82375 4 0.6701 0.554 0.132 0.184 0.020 0.664
#> GSM82376 4 0.6701 0.554 0.132 0.184 0.020 0.664
#> GSM82307 4 0.4982 0.646 0.092 0.136 0.000 0.772
#> GSM82308 4 0.4982 0.646 0.092 0.136 0.000 0.772
#> GSM128585 1 0.4800 0.678 0.760 0.000 0.044 0.196
#> GSM128586 1 0.4800 0.678 0.760 0.000 0.044 0.196
#> GSM128593 1 0.1743 0.750 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM128594 1 0.1743 0.750 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM128597 1 0.7368 0.532 0.616 0.040 0.216 0.128
#> GSM128598 1 0.7368 0.532 0.616 0.040 0.216 0.128
#> GSM128601 4 0.6761 0.523 0.144 0.176 0.020 0.660
#> GSM128602 4 0.6761 0.523 0.144 0.176 0.020 0.660
#> GSM82348 2 0.3942 0.688 0.000 0.764 0.000 0.236
#> GSM82366 2 0.4072 0.670 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM82322 3 0.5352 0.744 0.000 0.168 0.740 0.092
#> GSM82352 3 0.5100 0.746 0.000 0.168 0.756 0.076
#> GSM82332 2 0.3123 0.740 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM82357 2 0.3123 0.740 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM82354 3 0.5792 0.616 0.296 0.000 0.648 0.056
#> GSM82372 3 0.5792 0.616 0.296 0.000 0.648 0.056
#> GSM82343 2 0.3486 0.731 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM82362 2 0.3486 0.731 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM128567 2 0.3486 0.731 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM128568 2 0.3486 0.731 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM82355 2 0.4222 0.573 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM82358 2 0.4250 0.568 0.000 0.724 0.276 0.000
#> GSM128571 2 0.3569 0.731 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM128572 2 0.3569 0.731 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM128575 3 0.3400 0.741 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM128576 3 0.3400 0.741 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM82324 4 0.5458 0.492 0.052 0.004 0.232 0.712
#> GSM82326 4 0.5500 0.493 0.056 0.004 0.228 0.712
#> GSM82344 3 0.3821 0.761 0.120 0.040 0.840 0.000
#> GSM82363 3 0.3821 0.761 0.120 0.040 0.840 0.000
#> GSM82293 4 0.7696 0.227 0.224 0.004 0.288 0.484
#> GSM82294 4 0.7696 0.227 0.224 0.004 0.288 0.484
#> GSM82297 1 0.6823 0.483 0.596 0.000 0.244 0.160
#> GSM82298 1 0.6823 0.483 0.596 0.000 0.244 0.160
#> GSM82373 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM82374 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM82377 1 0.3632 0.696 0.832 0.008 0.004 0.156
#> GSM82378 1 0.3632 0.696 0.832 0.008 0.004 0.156
#> GSM82309 4 0.3812 0.661 0.140 0.028 0.000 0.832
#> GSM82310 4 0.3812 0.661 0.140 0.028 0.000 0.832
#> GSM128587 1 0.4139 0.698 0.800 0.000 0.024 0.176
#> GSM128588 1 0.4139 0.698 0.800 0.000 0.024 0.176
#> GSM128595 1 0.1004 0.755 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM128596 1 0.1004 0.755 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM128599 2 0.3400 0.735 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM128600 2 0.3400 0.735 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM128603 4 0.6715 0.526 0.136 0.192 0.016 0.656
#> GSM128604 4 0.6715 0.526 0.136 0.192 0.016 0.656
#> GSM82284 2 0.1118 0.746 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82321 2 0.1118 0.746 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82342 3 0.2081 0.782 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM82361 3 0.2011 0.783 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM82351 2 0.4134 0.591 0.000 0.740 0.260 0.000
#> GSM82371 2 0.4164 0.585 0.000 0.736 0.264 0.000
#> GSM82330 3 0.3004 0.766 0.060 0.000 0.892 0.048
#> GSM82336 3 0.3004 0.766 0.060 0.000 0.892 0.048
#> GSM128492 1 0.7423 0.263 0.476 0.000 0.344 0.180
#> GSM128493 1 0.7423 0.263 0.476 0.000 0.344 0.180
#> GSM82323 2 0.1557 0.740 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM82353 2 0.1557 0.740 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM82317 2 0.0657 0.752 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM82318 2 0.0657 0.752 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM128496 3 0.4867 0.716 0.232 0.000 0.736 0.032
#> GSM128497 3 0.4741 0.721 0.228 0.000 0.744 0.028
#> GSM82319 3 0.3400 0.741 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM82320 3 0.3400 0.741 0.000 0.180 0.820 0.000
#> GSM128504 1 0.5361 0.620 0.744 0.000 0.148 0.108
#> GSM128505 1 0.5361 0.620 0.744 0.000 0.148 0.108
#> GSM128509 3 0.4956 0.738 0.000 0.188 0.756 0.056
#> GSM128510 3 0.5030 0.739 0.000 0.188 0.752 0.060
#> GSM82325 3 0.2365 0.787 0.064 0.004 0.920 0.012
#> GSM82327 3 0.2365 0.787 0.064 0.004 0.920 0.012
#> GSM82289 1 0.0657 0.753 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM82291 1 0.0657 0.753 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM82290 4 0.4401 0.484 0.004 0.272 0.000 0.724
#> GSM82292 4 0.4630 0.514 0.016 0.252 0.000 0.732
#> GSM128525 1 0.0000 0.755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM128530 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM128533 1 0.0000 0.755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.2868 0.717 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM128542 1 0.2868 0.717 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM128557 2 0.3356 0.736 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM128558 2 0.3356 0.736 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM82349 2 0.1118 0.746 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82367 2 0.1118 0.746 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82346 3 0.2921 0.766 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM82364 3 0.2921 0.766 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM82345 2 0.3764 0.645 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM82360 2 0.3764 0.645 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM82335 3 0.3004 0.766 0.060 0.000 0.892 0.048
#> GSM82339 3 0.2675 0.771 0.044 0.000 0.908 0.048
#> GSM128494 3 0.4608 0.720 0.096 0.000 0.800 0.104
#> GSM128495 3 0.4608 0.720 0.096 0.000 0.800 0.104
#> GSM82356 2 0.3688 0.653 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM82359 2 0.3688 0.653 0.000 0.792 0.208 0.000
#> GSM82347 2 0.2546 0.728 0.000 0.900 0.092 0.008
#> GSM82365 2 0.2480 0.730 0.000 0.904 0.088 0.008
#> GSM128498 3 0.5025 0.710 0.252 0.000 0.716 0.032
#> GSM128499 3 0.5025 0.710 0.252 0.000 0.716 0.032
#> GSM82333 3 0.3266 0.749 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM82369 3 0.3266 0.749 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM128506 2 0.3486 0.731 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM128507 2 0.3486 0.731 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM128511 2 0.0895 0.752 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM128512 2 0.0895 0.752 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM82334 3 0.2311 0.786 0.076 0.004 0.916 0.004
#> GSM82370 3 0.2311 0.786 0.076 0.004 0.916 0.004
#> GSM82305 2 0.7625 0.268 0.276 0.472 0.000 0.252
#> GSM82306 2 0.7575 0.291 0.264 0.484 0.000 0.252
#> GSM82303 4 0.4605 0.362 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM82304 4 0.4605 0.362 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM128527 1 0.2760 0.721 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM128528 1 0.2760 0.721 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM128531 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM128532 4 0.3899 0.678 0.108 0.052 0.000 0.840
#> GSM128535 1 0.0000 0.755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.755 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.2868 0.717 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM128544 1 0.2868 0.717 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM128559 1 0.6063 0.480 0.680 0.124 0.000 0.196
#> GSM128560 1 0.6063 0.480 0.680 0.124 0.000 0.196
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.5690 0.56020 0.224 0.152 0.000 0.624 0.000
#> GSM82314 4 0.5690 0.56020 0.224 0.152 0.000 0.624 0.000
#> GSM82331 5 0.1831 0.63151 0.000 0.000 0.076 0.004 0.920
#> GSM82338 5 0.1831 0.63151 0.000 0.000 0.076 0.004 0.920
#> GSM82315 4 0.2910 0.74881 0.016 0.016 0.028 0.896 0.044
#> GSM82316 4 0.2910 0.74881 0.016 0.016 0.028 0.896 0.044
#> GSM82350 1 0.6971 0.08463 0.412 0.000 0.288 0.008 0.292
#> GSM82368 1 0.6971 0.08463 0.412 0.000 0.288 0.008 0.292
#> GSM82328 2 0.3395 0.64500 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM82340 2 0.3395 0.64500 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM128565 5 0.4874 0.06953 0.452 0.000 0.004 0.016 0.528
#> GSM128566 5 0.4874 0.06953 0.452 0.000 0.004 0.016 0.528
#> GSM82329 3 0.2237 0.67785 0.004 0.084 0.904 0.000 0.008
#> GSM82341 3 0.2295 0.67648 0.004 0.088 0.900 0.000 0.008
#> GSM128569 5 0.3783 0.47606 0.012 0.000 0.216 0.004 0.768
#> GSM128570 5 0.3783 0.47606 0.012 0.000 0.216 0.004 0.768
#> GSM128573 3 0.5829 0.47365 0.024 0.252 0.644 0.004 0.076
#> GSM128574 3 0.5701 0.47028 0.024 0.256 0.644 0.000 0.076
#> GSM82295 5 0.4558 0.54723 0.020 0.004 0.004 0.280 0.692
#> GSM82296 5 0.4558 0.54723 0.020 0.004 0.004 0.280 0.692
#> GSM82337 3 0.2054 0.67962 0.052 0.000 0.920 0.000 0.028
#> GSM82379 3 0.2054 0.67962 0.052 0.000 0.920 0.000 0.028
#> GSM82285 5 0.2297 0.63438 0.020 0.000 0.060 0.008 0.912
#> GSM82286 5 0.2158 0.63925 0.020 0.000 0.052 0.008 0.920
#> GSM82287 5 0.4513 0.54991 0.024 0.000 0.004 0.284 0.688
#> GSM82288 5 0.4513 0.54991 0.024 0.000 0.004 0.284 0.688
#> GSM82311 4 0.1106 0.83984 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> GSM82312 4 0.1106 0.83984 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> GSM82375 4 0.7137 0.11497 0.036 0.036 0.084 0.528 0.316
#> GSM82376 4 0.7137 0.11497 0.036 0.036 0.084 0.528 0.316
#> GSM82307 4 0.1914 0.82865 0.016 0.060 0.000 0.924 0.000
#> GSM82308 4 0.1914 0.82865 0.016 0.060 0.000 0.924 0.000
#> GSM128585 1 0.6289 0.49101 0.616 0.000 0.036 0.124 0.224
#> GSM128586 1 0.6289 0.49101 0.616 0.000 0.036 0.124 0.224
#> GSM128593 1 0.1186 0.77785 0.964 0.000 0.008 0.020 0.008
#> GSM128594 1 0.1186 0.77785 0.964 0.000 0.008 0.020 0.008
#> GSM128597 5 0.8858 0.09858 0.312 0.036 0.144 0.164 0.344
#> GSM128598 5 0.8858 0.09858 0.312 0.036 0.144 0.164 0.344
#> GSM128601 5 0.7032 0.40225 0.044 0.028 0.076 0.316 0.536
#> GSM128602 5 0.7032 0.40225 0.044 0.028 0.076 0.316 0.536
#> GSM82348 2 0.3612 0.59680 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM82366 2 0.3949 0.47581 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM82322 3 0.5592 0.14123 0.004 0.032 0.528 0.016 0.420
#> GSM82352 3 0.5503 0.23787 0.004 0.032 0.572 0.016 0.376
#> GSM82332 2 0.1544 0.79231 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM82357 2 0.1544 0.79231 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM82354 1 0.6985 0.05637 0.404 0.000 0.304 0.008 0.284
#> GSM82372 1 0.6985 0.05637 0.404 0.000 0.304 0.008 0.284
#> GSM82343 2 0.2127 0.77575 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM82362 2 0.2127 0.77575 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM128567 2 0.1732 0.78929 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM128568 2 0.1732 0.78929 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM82355 3 0.4436 0.22270 0.000 0.396 0.596 0.000 0.008
#> GSM82358 3 0.4415 0.24476 0.000 0.388 0.604 0.000 0.008
#> GSM128571 2 0.3390 0.76424 0.000 0.840 0.000 0.100 0.060
#> GSM128572 2 0.3390 0.76424 0.000 0.840 0.000 0.100 0.060
#> GSM128575 3 0.1892 0.67931 0.000 0.080 0.916 0.000 0.004
#> GSM128576 3 0.1892 0.67931 0.000 0.080 0.916 0.000 0.004
#> GSM82324 5 0.4224 0.56987 0.012 0.004 0.004 0.256 0.724
#> GSM82326 5 0.4224 0.56987 0.012 0.004 0.004 0.256 0.724
#> GSM82344 3 0.1907 0.68093 0.044 0.000 0.928 0.000 0.028
#> GSM82363 3 0.1907 0.68093 0.044 0.000 0.928 0.000 0.028
#> GSM82293 5 0.2770 0.67178 0.020 0.000 0.016 0.076 0.888
#> GSM82294 5 0.2770 0.67178 0.020 0.000 0.016 0.076 0.888
#> GSM82297 5 0.3307 0.64460 0.104 0.000 0.052 0.000 0.844
#> GSM82298 5 0.3307 0.64460 0.104 0.000 0.052 0.000 0.844
#> GSM82373 4 0.1106 0.83984 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> GSM82374 4 0.1106 0.83984 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> GSM82377 1 0.2934 0.75433 0.884 0.004 0.036 0.068 0.008
#> GSM82378 1 0.2934 0.75433 0.884 0.004 0.036 0.068 0.008
#> GSM82309 4 0.1471 0.83689 0.020 0.024 0.000 0.952 0.004
#> GSM82310 4 0.1471 0.83689 0.020 0.024 0.000 0.952 0.004
#> GSM128587 1 0.5766 0.58125 0.680 0.000 0.036 0.108 0.176
#> GSM128588 1 0.5766 0.58125 0.680 0.000 0.036 0.108 0.176
#> GSM128595 1 0.0854 0.77733 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> GSM128596 1 0.0854 0.77733 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> GSM128599 2 0.1740 0.79456 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM128600 2 0.1740 0.79456 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM128603 5 0.7197 0.40045 0.044 0.048 0.064 0.312 0.532
#> GSM128604 5 0.7197 0.40045 0.044 0.048 0.064 0.312 0.532
#> GSM82284 2 0.1478 0.78111 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.1478 0.78111 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.1830 0.68207 0.000 0.008 0.924 0.000 0.068
#> GSM82361 3 0.1830 0.68207 0.000 0.008 0.924 0.000 0.068
#> GSM82351 3 0.4304 -0.00254 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM82371 3 0.4304 -0.00254 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.4841 0.38319 0.016 0.000 0.600 0.008 0.376
#> GSM82336 3 0.4841 0.38319 0.016 0.000 0.600 0.008 0.376
#> GSM128492 5 0.2369 0.66155 0.056 0.000 0.032 0.004 0.908
#> GSM128493 5 0.2369 0.66155 0.056 0.000 0.032 0.004 0.908
#> GSM82323 2 0.2377 0.73750 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM82353 2 0.2377 0.73750 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM82317 2 0.1557 0.78579 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM82318 2 0.1557 0.78579 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM128496 3 0.6656 0.31459 0.228 0.000 0.504 0.008 0.260
#> GSM128497 3 0.6550 0.34074 0.208 0.000 0.524 0.008 0.260
#> GSM82319 3 0.2616 0.66908 0.000 0.076 0.888 0.000 0.036
#> GSM82320 3 0.2616 0.66908 0.000 0.076 0.888 0.000 0.036
#> GSM128504 1 0.5024 0.25306 0.572 0.000 0.004 0.028 0.396
#> GSM128505 1 0.5024 0.25306 0.572 0.000 0.004 0.028 0.396
#> GSM128509 3 0.4951 0.51949 0.000 0.064 0.704 0.008 0.224
#> GSM128510 3 0.5033 0.51185 0.000 0.064 0.692 0.008 0.236
#> GSM82325 3 0.3929 0.60949 0.036 0.000 0.788 0.004 0.172
#> GSM82327 3 0.3929 0.60949 0.036 0.000 0.788 0.004 0.172
#> GSM82289 1 0.1153 0.77046 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> GSM82291 1 0.1153 0.77046 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> GSM82290 4 0.2377 0.78263 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM82292 4 0.2230 0.79126 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM128525 1 0.0579 0.77756 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM128526 1 0.0579 0.77756 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM128529 4 0.0798 0.83735 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> GSM128530 4 0.0798 0.83735 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> GSM128533 1 0.0579 0.77756 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM128534 1 0.0579 0.77756 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM128541 1 0.1956 0.76624 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> GSM128542 1 0.1956 0.76624 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> GSM128557 2 0.1671 0.79026 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM128558 2 0.1671 0.79026 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM82349 2 0.1478 0.78111 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.1478 0.78111 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.1914 0.68500 0.000 0.016 0.924 0.000 0.060
#> GSM82364 3 0.1914 0.68500 0.000 0.016 0.924 0.000 0.060
#> GSM82345 2 0.4201 0.29034 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.4201 0.29034 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.4829 0.39062 0.016 0.000 0.604 0.008 0.372
#> GSM82339 3 0.4749 0.42678 0.016 0.000 0.628 0.008 0.348
#> GSM128494 5 0.4807 -0.10773 0.008 0.000 0.464 0.008 0.520
#> GSM128495 5 0.4807 -0.10773 0.008 0.000 0.464 0.008 0.520
#> GSM82356 2 0.4219 0.29128 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM82359 2 0.4192 0.32108 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM82347 2 0.3171 0.68020 0.000 0.816 0.176 0.000 0.008
#> GSM82365 2 0.3132 0.68513 0.000 0.820 0.172 0.000 0.008
#> GSM128498 3 0.6676 0.30881 0.232 0.000 0.500 0.008 0.260
#> GSM128499 3 0.6676 0.30881 0.232 0.000 0.500 0.008 0.260
#> GSM82333 3 0.1197 0.68358 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.1197 0.68358 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM128506 2 0.2127 0.77575 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM128507 2 0.2127 0.77575 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM128511 2 0.0703 0.79032 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0703 0.79032 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.3810 0.61344 0.040 0.000 0.792 0.000 0.168
#> GSM82370 3 0.3810 0.61344 0.040 0.000 0.792 0.000 0.168
#> GSM82305 2 0.7355 0.08421 0.280 0.420 0.000 0.268 0.032
#> GSM82306 2 0.7323 0.10892 0.268 0.432 0.000 0.268 0.032
#> GSM82303 4 0.3480 0.63954 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM82304 4 0.3480 0.63954 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM128527 1 0.2110 0.76687 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> GSM128528 1 0.2110 0.76687 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> GSM128531 4 0.0798 0.83735 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> GSM128532 4 0.0798 0.83735 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> GSM128535 1 0.0579 0.77756 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM128536 1 0.0579 0.77756 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM128543 1 0.1956 0.76624 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> GSM128544 1 0.1956 0.76624 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008
#> GSM128559 1 0.4171 0.63520 0.784 0.112 0.000 0.104 0.000
#> GSM128560 1 0.4171 0.63520 0.784 0.112 0.000 0.104 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.5402 0.5850 0.196 0.116 0.000 0.652 0.000 0.036
#> GSM82314 4 0.5402 0.5850 0.196 0.116 0.000 0.652 0.000 0.036
#> GSM82331 5 0.3874 0.4933 0.000 0.000 0.040 0.000 0.732 0.228
#> GSM82338 5 0.3874 0.4933 0.000 0.000 0.040 0.000 0.732 0.228
#> GSM82315 4 0.3817 0.7116 0.012 0.016 0.008 0.788 0.008 0.168
#> GSM82316 4 0.3817 0.7116 0.012 0.016 0.008 0.788 0.008 0.168
#> GSM82350 6 0.7639 0.6590 0.220 0.000 0.236 0.000 0.212 0.332
#> GSM82368 6 0.7639 0.6590 0.220 0.000 0.236 0.000 0.212 0.332
#> GSM82328 2 0.3073 0.6830 0.000 0.788 0.000 0.204 0.000 0.008
#> GSM82340 2 0.3073 0.6830 0.000 0.788 0.000 0.204 0.000 0.008
#> GSM128565 5 0.4560 0.3044 0.372 0.000 0.000 0.008 0.592 0.028
#> GSM128566 5 0.4560 0.3044 0.372 0.000 0.000 0.008 0.592 0.028
#> GSM82329 3 0.3449 0.4751 0.008 0.016 0.780 0.000 0.000 0.196
#> GSM82341 3 0.3533 0.4740 0.008 0.020 0.776 0.000 0.000 0.196
#> GSM128569 5 0.5173 0.1983 0.000 0.000 0.108 0.000 0.568 0.324
#> GSM128570 5 0.5173 0.1983 0.000 0.000 0.108 0.000 0.568 0.324
#> GSM128573 3 0.7525 0.3072 0.024 0.168 0.444 0.000 0.120 0.244
#> GSM128574 3 0.7525 0.3072 0.024 0.168 0.444 0.000 0.120 0.244
#> GSM82295 5 0.5309 0.5138 0.020 0.000 0.000 0.096 0.620 0.264
#> GSM82296 5 0.5309 0.5138 0.020 0.000 0.000 0.096 0.620 0.264
#> GSM82337 3 0.1642 0.4849 0.032 0.000 0.936 0.000 0.004 0.028
#> GSM82379 3 0.1642 0.4849 0.032 0.000 0.936 0.000 0.004 0.028
#> GSM82285 5 0.3053 0.4052 0.000 0.000 0.020 0.000 0.812 0.168
#> GSM82286 5 0.2968 0.4111 0.000 0.000 0.016 0.000 0.816 0.168
#> GSM82287 5 0.3350 0.5441 0.012 0.000 0.000 0.124 0.824 0.040
#> GSM82288 5 0.3350 0.5441 0.012 0.000 0.000 0.124 0.824 0.040
#> GSM82311 4 0.0551 0.8609 0.004 0.000 0.000 0.984 0.004 0.008
#> GSM82312 4 0.0551 0.8609 0.004 0.000 0.000 0.984 0.004 0.008
#> GSM82375 4 0.7521 -0.1512 0.032 0.016 0.024 0.336 0.256 0.336
#> GSM82376 6 0.7521 -0.3383 0.032 0.016 0.024 0.336 0.256 0.336
#> GSM82307 4 0.1010 0.8483 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> GSM82308 4 0.1010 0.8483 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> GSM128585 1 0.7442 0.3504 0.496 0.000 0.056 0.080 0.196 0.172
#> GSM128586 1 0.7442 0.3504 0.496 0.000 0.056 0.080 0.196 0.172
#> GSM128593 1 0.2263 0.7579 0.900 0.000 0.000 0.004 0.036 0.060
#> GSM128594 1 0.2263 0.7579 0.900 0.000 0.000 0.004 0.036 0.060
#> GSM128597 5 0.8116 -0.0108 0.220 0.028 0.040 0.056 0.340 0.316
#> GSM128598 5 0.8116 -0.0108 0.220 0.028 0.040 0.056 0.340 0.316
#> GSM128601 5 0.7216 0.3633 0.032 0.020 0.020 0.160 0.412 0.356
#> GSM128602 5 0.7216 0.3633 0.032 0.020 0.020 0.160 0.412 0.356
#> GSM82348 2 0.3373 0.6283 0.000 0.744 0.000 0.248 0.000 0.008
#> GSM82366 2 0.3867 0.4769 0.000 0.660 0.000 0.328 0.000 0.012
#> GSM82322 3 0.6508 -0.0279 0.000 0.020 0.368 0.000 0.268 0.344
#> GSM82352 3 0.6448 0.0499 0.000 0.020 0.400 0.000 0.244 0.336
#> GSM82332 2 0.0632 0.8123 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0632 0.8123 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM82354 6 0.7637 0.6568 0.216 0.000 0.240 0.000 0.212 0.332
#> GSM82372 6 0.7637 0.6568 0.216 0.000 0.240 0.000 0.212 0.332
#> GSM82343 2 0.1714 0.7897 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.1714 0.7897 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.1075 0.8072 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.1075 0.8072 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.5579 0.2165 0.000 0.264 0.544 0.000 0.000 0.192
#> GSM82358 3 0.5473 0.2701 0.000 0.240 0.568 0.000 0.000 0.192
#> GSM128571 2 0.5217 0.6666 0.000 0.672 0.000 0.092 0.040 0.196
#> GSM128572 2 0.5217 0.6666 0.000 0.672 0.000 0.092 0.040 0.196
#> GSM128575 3 0.2510 0.4995 0.000 0.028 0.872 0.000 0.000 0.100
#> GSM128576 3 0.2510 0.4995 0.000 0.028 0.872 0.000 0.000 0.100
#> GSM82324 5 0.5140 0.5044 0.008 0.000 0.000 0.088 0.600 0.304
#> GSM82326 5 0.5140 0.5044 0.008 0.000 0.000 0.088 0.600 0.304
#> GSM82344 3 0.1565 0.4867 0.028 0.000 0.940 0.000 0.004 0.028
#> GSM82363 3 0.1565 0.4867 0.028 0.000 0.940 0.000 0.004 0.028
#> GSM82293 5 0.2636 0.5486 0.000 0.000 0.004 0.016 0.860 0.120
#> GSM82294 5 0.2636 0.5486 0.000 0.000 0.004 0.016 0.860 0.120
#> GSM82297 5 0.2897 0.5250 0.052 0.000 0.028 0.000 0.872 0.048
#> GSM82298 5 0.2897 0.5250 0.052 0.000 0.028 0.000 0.872 0.048
#> GSM82373 4 0.0665 0.8604 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.008
#> GSM82374 4 0.0665 0.8604 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.008
#> GSM82377 1 0.3260 0.7526 0.848 0.000 0.036 0.040 0.000 0.076
#> GSM82378 1 0.3260 0.7526 0.848 0.000 0.036 0.040 0.000 0.076
#> GSM82309 4 0.0976 0.8556 0.008 0.000 0.000 0.968 0.016 0.008
#> GSM82310 4 0.0976 0.8556 0.008 0.000 0.000 0.968 0.016 0.008
#> GSM128587 1 0.7123 0.4247 0.540 0.000 0.056 0.068 0.172 0.164
#> GSM128588 1 0.7123 0.4247 0.540 0.000 0.056 0.068 0.172 0.164
#> GSM128595 1 0.2119 0.7569 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060
#> GSM128596 1 0.2119 0.7569 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060
#> GSM128599 2 0.2985 0.7987 0.004 0.868 0.000 0.040 0.020 0.068
#> GSM128600 2 0.2985 0.7987 0.004 0.868 0.000 0.040 0.020 0.068
#> GSM128603 5 0.7428 0.3622 0.032 0.036 0.020 0.156 0.408 0.348
#> GSM128604 5 0.7428 0.3622 0.032 0.036 0.020 0.156 0.408 0.348
#> GSM82284 2 0.1845 0.7979 0.000 0.920 0.028 0.000 0.000 0.052
#> GSM82321 2 0.1845 0.7979 0.000 0.920 0.028 0.000 0.000 0.052
#> GSM82342 3 0.2542 0.4703 0.000 0.000 0.876 0.000 0.044 0.080
#> GSM82361 3 0.2542 0.4703 0.000 0.000 0.876 0.000 0.044 0.080
#> GSM82351 3 0.5561 -0.1131 0.000 0.428 0.436 0.000 0.000 0.136
#> GSM82371 3 0.5560 -0.0888 0.000 0.420 0.444 0.000 0.000 0.136
#> GSM82330 3 0.6298 -0.0581 0.020 0.000 0.460 0.000 0.216 0.304
#> GSM82336 3 0.6298 -0.0581 0.020 0.000 0.460 0.000 0.216 0.304
#> GSM128492 5 0.1767 0.5496 0.020 0.000 0.012 0.000 0.932 0.036
#> GSM128493 5 0.1861 0.5486 0.020 0.000 0.016 0.000 0.928 0.036
#> GSM82323 2 0.3384 0.7405 0.000 0.812 0.068 0.000 0.000 0.120
#> GSM82353 2 0.3384 0.7405 0.000 0.812 0.068 0.000 0.000 0.120
#> GSM82317 2 0.3752 0.7396 0.000 0.776 0.052 0.004 0.000 0.168
#> GSM82318 2 0.3752 0.7396 0.000 0.776 0.052 0.004 0.000 0.168
#> GSM128496 3 0.6960 -0.2412 0.140 0.000 0.432 0.000 0.112 0.316
#> GSM128497 3 0.6881 -0.2117 0.128 0.000 0.444 0.000 0.112 0.316
#> GSM82319 3 0.4263 0.4312 0.000 0.008 0.684 0.000 0.032 0.276
#> GSM82320 3 0.4263 0.4312 0.000 0.008 0.684 0.000 0.032 0.276
#> GSM128504 5 0.4815 0.1902 0.424 0.000 0.000 0.012 0.532 0.032
#> GSM128505 5 0.4815 0.1902 0.424 0.000 0.000 0.012 0.532 0.032
#> GSM128509 3 0.6485 0.2452 0.000 0.048 0.480 0.000 0.172 0.300
#> GSM128510 3 0.6449 0.2460 0.000 0.048 0.484 0.000 0.164 0.304
#> GSM82325 3 0.5081 0.2942 0.020 0.000 0.676 0.000 0.124 0.180
#> GSM82327 3 0.5081 0.2942 0.020 0.000 0.676 0.000 0.124 0.180
#> GSM82289 1 0.2088 0.7428 0.904 0.000 0.000 0.000 0.028 0.068
#> GSM82291 1 0.2088 0.7428 0.904 0.000 0.000 0.000 0.028 0.068
#> GSM82290 4 0.2019 0.8177 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000 0.012
#> GSM82292 4 0.1913 0.8233 0.000 0.080 0.000 0.908 0.000 0.012
#> GSM128525 1 0.0837 0.7739 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> GSM128526 1 0.0837 0.7739 0.972 0.000 0.004 0.000 0.020 0.004
#> GSM128529 4 0.0748 0.8592 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM128530 4 0.0748 0.8592 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM128533 1 0.0922 0.7744 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> GSM128534 1 0.0922 0.7744 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> GSM128541 1 0.2628 0.7686 0.888 0.000 0.012 0.040 0.004 0.056
#> GSM128542 1 0.2628 0.7686 0.888 0.000 0.012 0.040 0.004 0.056
#> GSM128557 2 0.0713 0.8121 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0713 0.8121 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.1845 0.7979 0.000 0.920 0.028 0.000 0.000 0.052
#> GSM82367 2 0.1845 0.7979 0.000 0.920 0.028 0.000 0.000 0.052
#> GSM82346 3 0.2474 0.4736 0.000 0.000 0.880 0.000 0.040 0.080
#> GSM82364 3 0.2474 0.4736 0.000 0.000 0.880 0.000 0.040 0.080
#> GSM82345 2 0.5328 0.4029 0.000 0.560 0.308 0.000 0.000 0.132
#> GSM82360 2 0.5328 0.4029 0.000 0.560 0.308 0.000 0.000 0.132
#> GSM82335 3 0.6298 -0.0581 0.020 0.000 0.460 0.000 0.216 0.304
#> GSM82339 3 0.6281 -0.0519 0.020 0.000 0.464 0.000 0.212 0.304
#> GSM128494 3 0.6095 -0.1114 0.004 0.000 0.428 0.000 0.332 0.236
#> GSM128495 3 0.6095 -0.1114 0.004 0.000 0.428 0.000 0.332 0.236
#> GSM82356 2 0.5425 0.4094 0.000 0.552 0.300 0.000 0.000 0.148
#> GSM82359 2 0.5396 0.4261 0.000 0.560 0.292 0.000 0.000 0.148
#> GSM82347 2 0.4841 0.6361 0.000 0.680 0.156 0.004 0.000 0.160
#> GSM82365 2 0.4841 0.6361 0.000 0.680 0.156 0.004 0.000 0.160
#> GSM128498 3 0.6932 -0.2237 0.148 0.000 0.440 0.000 0.104 0.308
#> GSM128499 3 0.6932 -0.2237 0.148 0.000 0.440 0.000 0.104 0.308
#> GSM82333 3 0.1908 0.5000 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM82369 3 0.1908 0.5000 0.000 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM128506 2 0.1663 0.7919 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.1663 0.7919 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0865 0.8071 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM128512 2 0.0865 0.8071 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM82334 3 0.4853 0.3272 0.024 0.000 0.704 0.000 0.100 0.172
#> GSM82370 3 0.4853 0.3272 0.024 0.000 0.704 0.000 0.100 0.172
#> GSM82305 1 0.7443 0.0738 0.368 0.352 0.000 0.180 0.028 0.072
#> GSM82306 1 0.7443 0.0738 0.368 0.352 0.000 0.180 0.028 0.072
#> GSM82303 4 0.2531 0.7820 0.000 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> GSM82304 4 0.2531 0.7820 0.000 0.132 0.000 0.856 0.000 0.012
#> GSM128527 1 0.2933 0.7582 0.856 0.000 0.008 0.040 0.000 0.096
#> GSM128528 1 0.2933 0.7582 0.856 0.000 0.008 0.040 0.000 0.096
#> GSM128531 4 0.0748 0.8592 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM128532 4 0.0748 0.8592 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> GSM128535 1 0.0922 0.7744 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> GSM128536 1 0.0922 0.7744 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> GSM128543 1 0.2628 0.7686 0.888 0.000 0.012 0.040 0.004 0.056
#> GSM128544 1 0.2628 0.7686 0.888 0.000 0.012 0.040 0.004 0.056
#> GSM128559 1 0.4714 0.6318 0.756 0.116 0.000 0.060 0.012 0.056
#> GSM128560 1 0.4714 0.6318 0.756 0.116 0.000 0.060 0.012 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:skmeans 147 0.89102 0.1419 8.54e-10 2
#> SD:skmeans 149 0.11574 0.0234 1.17e-16 3
#> SD:skmeans 133 0.06581 0.0480 4.53e-25 4
#> SD:skmeans 111 0.00611 0.2519 2.12e-30 5
#> SD:skmeans 89 0.00454 0.4263 8.76e-32 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.486 0.820 0.878 0.4455 0.566 0.566
#> 3 3 0.557 0.659 0.851 0.4368 0.699 0.504
#> 4 4 0.620 0.556 0.779 0.1038 0.913 0.762
#> 5 5 0.633 0.605 0.787 0.0745 0.867 0.592
#> 6 6 0.688 0.699 0.792 0.0462 0.953 0.797
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.7674 0.7660 0.224 0.776
#> GSM82314 2 0.7674 0.7660 0.224 0.776
#> GSM82331 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82338 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82315 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82316 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82350 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82368 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.1184 0.8846 0.016 0.984
#> GSM82340 2 0.0376 0.8870 0.004 0.996
#> GSM128565 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82329 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82341 2 0.7299 0.6291 0.204 0.796
#> GSM128569 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128570 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128573 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128574 1 0.7745 0.8475 0.772 0.228
#> GSM82295 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82296 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82337 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82379 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82285 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.2043 0.8359 0.968 0.032
#> GSM82288 1 0.1633 0.8347 0.976 0.024
#> GSM82311 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82312 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82375 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82376 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82307 1 0.1414 0.8265 0.980 0.020
#> GSM82308 1 0.1414 0.8265 0.980 0.020
#> GSM128585 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128586 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128593 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128602 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82348 2 0.2423 0.8757 0.040 0.960
#> GSM82366 2 0.1633 0.8821 0.024 0.976
#> GSM82322 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82352 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82332 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82372 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.9170 0.2991 0.332 0.668
#> GSM82358 1 0.9998 0.3648 0.508 0.492
#> GSM128571 1 0.7883 0.8420 0.764 0.236
#> GSM128572 1 0.7883 0.8420 0.764 0.236
#> GSM128575 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM128576 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82324 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82326 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82344 1 0.3733 0.7735 0.928 0.072
#> GSM82363 2 0.8016 0.7656 0.244 0.756
#> GSM82293 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82294 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82297 1 0.2948 0.7923 0.948 0.052
#> GSM82298 1 0.6438 0.6478 0.836 0.164
#> GSM82373 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82374 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82377 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82378 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM82309 1 0.0376 0.8304 0.996 0.004
#> GSM82310 1 0.0376 0.8304 0.996 0.004
#> GSM128587 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128588 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128595 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.4022 0.8561 0.080 0.920
#> GSM128600 2 0.5059 0.8382 0.112 0.888
#> GSM128603 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128604 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82284 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.9996 0.3777 0.488 0.512
#> GSM82361 1 0.2603 0.8110 0.956 0.044
#> GSM82351 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82371 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82330 1 0.2778 0.7962 0.952 0.048
#> GSM82336 1 0.0376 0.8273 0.996 0.004
#> GSM128492 1 0.7139 0.8516 0.804 0.196
#> GSM128493 1 0.7299 0.8517 0.796 0.204
#> GSM82323 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82353 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82317 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82318 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128496 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128497 1 0.9686 -0.0166 0.604 0.396
#> GSM82319 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82320 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128504 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128509 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128510 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM82325 2 0.7883 0.7649 0.236 0.764
#> GSM82327 2 0.7883 0.7649 0.236 0.764
#> GSM82289 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82290 1 0.7815 0.8447 0.768 0.232
#> GSM82292 1 0.7815 0.8447 0.768 0.232
#> GSM128525 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128530 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128533 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.1633 0.8347 0.976 0.024
#> GSM128542 1 0.1633 0.8347 0.976 0.024
#> GSM128557 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.7883 0.7649 0.236 0.764
#> GSM82364 2 0.9661 0.5887 0.392 0.608
#> GSM82345 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82360 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82335 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82339 2 0.8144 0.7558 0.252 0.748
#> GSM128494 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128495 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82356 2 0.3274 0.8441 0.060 0.940
#> GSM82359 2 0.5408 0.7667 0.124 0.876
#> GSM82347 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM82365 2 0.0938 0.8849 0.012 0.988
#> GSM128498 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128499 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM82333 1 0.7745 0.8471 0.772 0.228
#> GSM82369 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128506 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8871 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.7883 0.7649 0.236 0.764
#> GSM82370 2 0.7883 0.7649 0.236 0.764
#> GSM82305 2 0.7674 0.7660 0.224 0.776
#> GSM82306 2 0.7674 0.7660 0.224 0.776
#> GSM82303 1 0.9983 0.4258 0.524 0.476
#> GSM82304 1 0.8144 0.8284 0.748 0.252
#> GSM128527 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128528 1 0.7602 0.8512 0.780 0.220
#> GSM128531 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128532 1 0.7674 0.8498 0.776 0.224
#> GSM128535 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8292 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.7139 0.8515 0.804 0.196
#> GSM128544 1 0.6973 0.8510 0.812 0.188
#> GSM128559 1 0.2236 0.8092 0.964 0.036
#> GSM128560 1 0.2423 0.8063 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.5919 0.5282 0.016 0.724 0.260
#> GSM82314 2 0.4702 0.6087 0.000 0.788 0.212
#> GSM82331 1 0.0237 0.8483 0.996 0.000 0.004
#> GSM82338 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82315 1 0.2448 0.8100 0.924 0.076 0.000
#> GSM82316 1 0.2537 0.8072 0.920 0.080 0.000
#> GSM82350 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82368 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM128566 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM82329 1 0.6225 0.1822 0.568 0.000 0.432
#> GSM82341 1 0.9301 0.0299 0.520 0.268 0.212
#> GSM128569 3 0.1411 0.7360 0.036 0.000 0.964
#> GSM128570 3 0.2796 0.7032 0.092 0.000 0.908
#> GSM128573 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128574 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82295 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82296 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82337 1 0.4931 0.5833 0.768 0.000 0.232
#> GSM82379 1 0.2711 0.7767 0.912 0.000 0.088
#> GSM82285 3 0.6291 0.2777 0.468 0.000 0.532
#> GSM82286 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM82287 1 0.5804 0.7114 0.800 0.112 0.088
#> GSM82288 1 0.5817 0.7072 0.800 0.100 0.100
#> GSM82311 1 0.4504 0.7275 0.804 0.196 0.000
#> GSM82312 1 0.4504 0.7275 0.804 0.196 0.000
#> GSM82375 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82376 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82307 1 0.7192 0.4528 0.588 0.380 0.032
#> GSM82308 1 0.7295 0.4481 0.584 0.380 0.036
#> GSM128585 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM128594 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM128597 3 0.6280 0.2975 0.460 0.000 0.540
#> GSM128598 3 0.6280 0.2975 0.460 0.000 0.540
#> GSM128601 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 2 0.1031 0.8103 0.024 0.976 0.000
#> GSM82366 2 0.1163 0.8092 0.028 0.972 0.000
#> GSM82322 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82352 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82332 2 0.1031 0.8171 0.024 0.976 0.000
#> GSM82357 2 0.0237 0.8150 0.004 0.996 0.000
#> GSM82354 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82372 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.6079 0.5106 0.388 0.612 0.000
#> GSM82358 1 0.6267 -0.0427 0.548 0.452 0.000
#> GSM128571 1 0.6215 0.3921 0.572 0.428 0.000
#> GSM128572 1 0.6225 0.3846 0.568 0.432 0.000
#> GSM128575 3 0.9274 0.0638 0.384 0.160 0.456
#> GSM128576 2 0.8549 0.4692 0.384 0.516 0.100
#> GSM82324 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82326 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82344 3 0.0592 0.7457 0.012 0.000 0.988
#> GSM82363 3 0.4799 0.6203 0.032 0.132 0.836
#> GSM82293 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82294 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82297 3 0.6286 0.2880 0.464 0.000 0.536
#> GSM82298 3 0.6654 0.2988 0.456 0.008 0.536
#> GSM82373 1 0.1031 0.8413 0.976 0.024 0.000
#> GSM82374 1 0.1289 0.8375 0.968 0.032 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82309 1 0.5956 0.3768 0.672 0.004 0.324
#> GSM82310 1 0.5845 0.4154 0.688 0.004 0.308
#> GSM128587 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM128596 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM128599 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 2 0.3412 0.8052 0.124 0.876 0.000
#> GSM82321 2 0.3619 0.8019 0.136 0.864 0.000
#> GSM82342 3 0.3028 0.7127 0.048 0.032 0.920
#> GSM82361 3 0.3267 0.6831 0.116 0.000 0.884
#> GSM82351 2 0.5443 0.7202 0.260 0.736 0.004
#> GSM82371 2 0.5517 0.7103 0.268 0.728 0.004
#> GSM82330 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.1163 0.8352 0.972 0.000 0.028
#> GSM128493 1 0.0892 0.8405 0.980 0.000 0.020
#> GSM82323 2 0.4750 0.7599 0.216 0.784 0.000
#> GSM82353 2 0.4750 0.7599 0.216 0.784 0.000
#> GSM82317 1 0.1031 0.8413 0.976 0.024 0.000
#> GSM82318 1 0.1031 0.8413 0.976 0.024 0.000
#> GSM128496 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM128497 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82319 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82320 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128504 1 0.6079 0.1893 0.612 0.000 0.388
#> GSM128505 1 0.6095 0.1768 0.608 0.000 0.392
#> GSM128509 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128510 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM82325 2 0.6280 0.1321 0.000 0.540 0.460
#> GSM82327 2 0.6280 0.1321 0.000 0.540 0.460
#> GSM82289 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM82291 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM82290 1 0.4750 0.6914 0.784 0.216 0.000
#> GSM82292 1 0.4750 0.6914 0.784 0.216 0.000
#> GSM128525 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM128526 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM128529 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM128534 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM128541 1 0.4555 0.6376 0.800 0.000 0.200
#> GSM128542 1 0.4555 0.6376 0.800 0.000 0.200
#> GSM128557 2 0.0747 0.8167 0.016 0.984 0.000
#> GSM128558 2 0.2261 0.8145 0.068 0.932 0.000
#> GSM82349 2 0.3412 0.8052 0.124 0.876 0.000
#> GSM82367 2 0.3412 0.8052 0.124 0.876 0.000
#> GSM82346 3 0.3551 0.6383 0.000 0.132 0.868
#> GSM82364 3 0.1643 0.7205 0.000 0.044 0.956
#> GSM82345 2 0.4750 0.7599 0.216 0.784 0.000
#> GSM82360 2 0.4750 0.7599 0.216 0.784 0.000
#> GSM82335 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82339 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM128494 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.6079 0.5538 0.388 0.612 0.000
#> GSM82359 2 0.6062 0.5609 0.384 0.616 0.000
#> GSM82347 2 0.4750 0.7599 0.216 0.784 0.000
#> GSM82365 2 0.5098 0.7326 0.248 0.752 0.000
#> GSM128498 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.7481 0.000 0.000 1.000
#> GSM82333 1 0.6274 0.1285 0.544 0.000 0.456
#> GSM82369 1 0.6274 0.1285 0.544 0.000 0.456
#> GSM128506 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8141 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 3 0.6244 0.1104 0.000 0.440 0.560
#> GSM82370 3 0.4346 0.5876 0.000 0.184 0.816
#> GSM82305 3 0.7671 0.1816 0.048 0.408 0.544
#> GSM82306 3 0.7671 0.1816 0.048 0.408 0.544
#> GSM82303 2 0.5905 0.3172 0.352 0.648 0.000
#> GSM82304 1 0.6235 0.3755 0.564 0.436 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.8503 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM128536 3 0.0237 0.7488 0.004 0.000 0.996
#> GSM128543 1 0.1031 0.8380 0.976 0.000 0.024
#> GSM128544 1 0.1289 0.8326 0.968 0.000 0.032
#> GSM128559 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
#> GSM128560 3 0.6274 0.3064 0.456 0.000 0.544
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 2 0.7798 0.3946 0.336 0.408 0.256 0.000
#> GSM82314 2 0.7720 0.4218 0.360 0.412 0.228 0.000
#> GSM82331 4 0.1109 0.7896 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM82338 4 0.0188 0.8138 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM82315 4 0.1940 0.7479 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM82316 4 0.1940 0.7479 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM82350 3 0.0000 0.6500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82368 3 0.0000 0.6500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM128565 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM128566 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM82329 4 0.7354 -0.0834 0.160 0.000 0.388 0.452
#> GSM82341 4 0.9510 -0.1480 0.160 0.240 0.192 0.408
#> GSM128569 3 0.3074 0.5987 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM128570 3 0.3498 0.5911 0.160 0.000 0.832 0.008
#> GSM128573 4 0.0188 0.8140 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM128574 4 0.0188 0.8140 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82295 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 4 0.6685 0.2293 0.160 0.000 0.224 0.616
#> GSM82379 4 0.5204 0.5007 0.160 0.000 0.088 0.752
#> GSM82285 3 0.4981 0.2773 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM82286 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM82287 4 0.4599 0.5885 0.112 0.000 0.088 0.800
#> GSM82288 4 0.4610 0.5869 0.100 0.000 0.100 0.800
#> GSM82311 1 0.4972 0.3418 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM82312 1 0.4972 0.3418 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM82375 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82307 1 0.4790 0.5046 0.800 0.032 0.028 0.140
#> GSM82308 1 0.4668 0.5048 0.800 0.036 0.016 0.148
#> GSM128585 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128586 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128593 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM128594 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM128597 3 0.4967 0.2956 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM128598 3 0.4961 0.3011 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM128601 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128602 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82348 2 0.4950 0.6644 0.376 0.620 0.000 0.004
#> GSM82366 2 0.5414 0.6476 0.376 0.604 0.000 0.020
#> GSM82322 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.4483 0.6965 0.284 0.712 0.000 0.004
#> GSM82357 2 0.4746 0.6712 0.368 0.632 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.0000 0.6500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82372 3 0.0000 0.6500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82343 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.5646 0.5105 0.088 0.708 0.000 0.204
#> GSM82358 2 0.7047 0.0346 0.120 0.444 0.000 0.436
#> GSM128571 4 0.7439 -0.0432 0.296 0.204 0.000 0.500
#> GSM128572 4 0.8371 -0.2069 0.348 0.228 0.024 0.400
#> GSM128575 3 0.8787 0.1502 0.164 0.320 0.440 0.076
#> GSM128576 2 0.6268 0.5129 0.164 0.716 0.044 0.076
#> GSM82324 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 3 0.3402 0.5906 0.164 0.004 0.832 0.000
#> GSM82363 3 0.5154 0.5529 0.164 0.040 0.772 0.024
#> GSM82293 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82294 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82297 3 0.4981 0.2776 0.000 0.000 0.536 0.464
#> GSM82298 3 0.5147 0.2805 0.000 0.004 0.536 0.460
#> GSM82373 4 0.4916 -0.0817 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM82374 4 0.4916 -0.0817 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM82377 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82378 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 1 0.7748 0.5206 0.428 0.000 0.248 0.324
#> GSM82310 1 0.7711 0.5089 0.428 0.000 0.232 0.340
#> GSM128587 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128588 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128595 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM128596 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM128599 2 0.3907 0.7055 0.232 0.768 0.000 0.000
#> GSM128600 2 0.4164 0.6983 0.264 0.736 0.000 0.000
#> GSM128603 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128604 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.4739 0.5651 0.164 0.036 0.788 0.012
#> GSM82361 3 0.5410 0.5316 0.164 0.016 0.756 0.064
#> GSM82351 2 0.1821 0.7047 0.012 0.948 0.008 0.032
#> GSM82371 2 0.2797 0.6817 0.056 0.908 0.008 0.028
#> GSM82330 3 0.0188 0.6501 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82336 3 0.0188 0.6501 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM128492 4 0.0921 0.7934 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM128493 4 0.0707 0.8012 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82323 2 0.0707 0.7238 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82353 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82317 4 0.0817 0.8002 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM82318 4 0.0817 0.8002 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM128496 3 0.0000 0.6500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128497 3 0.0707 0.6477 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82319 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.7824 0.4078 0.400 0.000 0.336 0.264
#> GSM128505 1 0.7816 0.4013 0.400 0.000 0.340 0.260
#> GSM128509 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.7248 0.1628 0.148 0.380 0.472 0.000
#> GSM82327 3 0.7287 0.1516 0.152 0.384 0.464 0.000
#> GSM82289 3 0.1118 0.6360 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM82291 3 0.1118 0.6360 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM82290 4 0.4948 0.0390 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM82292 4 0.4948 0.0397 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM128525 3 0.1118 0.6437 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128526 3 0.1118 0.6437 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128529 4 0.0921 0.7992 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128530 4 0.1211 0.7881 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM128533 3 0.1118 0.6437 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128534 3 0.1118 0.6437 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128541 4 0.4669 0.5040 0.036 0.000 0.200 0.764
#> GSM128542 4 0.4669 0.5040 0.036 0.000 0.200 0.764
#> GSM128557 2 0.1557 0.7291 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.1474 0.7293 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.4452 0.5702 0.156 0.048 0.796 0.000
#> GSM82364 3 0.2363 0.6306 0.056 0.024 0.920 0.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.7262 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.0188 0.6501 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82339 3 0.0188 0.6501 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM128494 3 0.2921 0.6048 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM128495 3 0.3219 0.5925 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM82356 2 0.4941 0.2122 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM82359 2 0.4961 0.1979 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM82347 2 0.2737 0.6670 0.104 0.888 0.000 0.008
#> GSM82365 2 0.3764 0.6456 0.072 0.852 0.000 0.076
#> GSM128498 3 0.0188 0.6501 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.6500 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82333 3 0.8255 0.0451 0.164 0.036 0.444 0.356
#> GSM82369 3 0.8255 0.0451 0.164 0.036 0.444 0.356
#> GSM128506 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.4776 0.6678 0.376 0.624 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.1118 0.7291 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.1118 0.7291 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.7304 0.2419 0.164 0.344 0.492 0.000
#> GSM82370 3 0.5056 0.5569 0.164 0.076 0.760 0.000
#> GSM82305 3 0.6140 0.1649 0.036 0.400 0.556 0.008
#> GSM82306 3 0.6140 0.1649 0.036 0.400 0.556 0.008
#> GSM82303 1 0.4679 0.2337 0.772 0.184 0.000 0.044
#> GSM82304 1 0.4919 0.3287 0.772 0.152 0.000 0.076
#> GSM128527 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128528 4 0.0000 0.8158 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128531 4 0.4661 0.1704 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM128532 4 0.4830 0.0199 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM128535 3 0.1118 0.6437 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128536 3 0.1118 0.6437 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM128543 4 0.1929 0.7749 0.036 0.000 0.024 0.940
#> GSM128544 4 0.2131 0.7683 0.036 0.000 0.032 0.932
#> GSM128559 3 0.4955 0.3066 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM128560 3 0.5244 0.3085 0.008 0.000 0.556 0.436
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.6568 -0.1107 0.276 0.220 0.000 0.500 0.004
#> GSM82314 4 0.6289 -0.1408 0.236 0.228 0.000 0.536 0.000
#> GSM82331 5 0.3274 0.5930 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM82338 5 0.2074 0.7597 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM82315 5 0.1671 0.7853 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM82316 5 0.1671 0.7853 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM82350 1 0.3480 0.6769 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM82368 1 0.3561 0.6697 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM82328 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM82340 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM128565 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM128566 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM82329 3 0.4030 0.4411 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM82341 3 0.5312 0.5245 0.000 0.124 0.668 0.000 0.208
#> GSM128569 3 0.2732 0.7183 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM128570 3 0.2605 0.7311 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM128573 5 0.0290 0.8414 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM128574 5 0.0290 0.8414 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM82295 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 3 0.4074 0.4136 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM82379 3 0.4161 0.3657 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM82285 1 0.4135 0.6240 0.656 0.000 0.004 0.000 0.340
#> GSM82286 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM82287 5 0.3962 0.6380 0.088 0.000 0.000 0.112 0.800
#> GSM82288 5 0.3971 0.6373 0.100 0.000 0.000 0.100 0.800
#> GSM82311 4 0.5320 0.3800 0.000 0.000 0.060 0.572 0.368
#> GSM82312 4 0.5320 0.3800 0.000 0.000 0.060 0.572 0.368
#> GSM82375 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82307 4 0.1341 0.3277 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM82308 4 0.1341 0.3277 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM128585 5 0.0404 0.8388 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM128586 5 0.0404 0.8388 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM128593 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM128594 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM128597 1 0.3861 0.7028 0.712 0.000 0.004 0.000 0.284
#> GSM128598 1 0.3612 0.7197 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM128601 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128602 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82348 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM82366 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM82322 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.4171 0.5929 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM82357 2 0.4302 0.5658 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM82354 1 0.3774 0.6398 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM82372 1 0.3612 0.6639 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM82362 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM128567 2 0.4304 0.5645 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM128568 2 0.4302 0.5664 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM82355 2 0.6443 0.1765 0.000 0.500 0.276 0.000 0.224
#> GSM82358 5 0.6817 -0.1939 0.000 0.332 0.312 0.000 0.356
#> GSM128571 5 0.6775 -0.2834 0.000 0.276 0.000 0.348 0.376
#> GSM128572 4 0.7624 -0.1678 0.000 0.296 0.084 0.452 0.168
#> GSM128575 3 0.3280 0.6813 0.000 0.176 0.812 0.000 0.012
#> GSM128576 3 0.4166 0.3905 0.000 0.348 0.648 0.000 0.004
#> GSM82324 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 3 0.1851 0.7674 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM82363 3 0.1410 0.7694 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> GSM82293 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82294 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82297 1 0.3796 0.6841 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM82298 1 0.3949 0.6819 0.696 0.004 0.000 0.000 0.300
#> GSM82373 4 0.5579 0.2902 0.000 0.000 0.072 0.508 0.420
#> GSM82374 4 0.5529 0.2921 0.000 0.000 0.068 0.512 0.420
#> GSM82377 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82378 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 4 0.7217 0.4532 0.168 0.000 0.060 0.512 0.260
#> GSM82310 4 0.7165 0.4446 0.152 0.000 0.060 0.512 0.276
#> GSM128587 5 0.1043 0.8258 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM128588 5 0.1197 0.8205 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM128595 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM128596 1 0.3480 0.7356 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM128599 2 0.3550 0.6497 0.000 0.760 0.004 0.236 0.000
#> GSM128600 2 0.3586 0.6410 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM128603 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128604 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82284 2 0.0162 0.6965 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0162 0.6965 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.1671 0.7703 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.1732 0.7694 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM82351 2 0.2448 0.6222 0.000 0.892 0.088 0.000 0.020
#> GSM82371 2 0.3596 0.4956 0.000 0.784 0.200 0.000 0.016
#> GSM82330 1 0.4060 0.5618 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> GSM82336 1 0.4060 0.5618 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> GSM128492 5 0.1872 0.8014 0.020 0.000 0.052 0.000 0.928
#> GSM128493 5 0.1914 0.7975 0.016 0.000 0.060 0.000 0.924
#> GSM82323 2 0.0771 0.6870 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM82353 2 0.0162 0.6965 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.0703 0.8312 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM82318 5 0.0703 0.8312 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM128496 1 0.3480 0.6769 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM128497 1 0.4219 0.4029 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM82319 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 4 0.7392 0.3780 0.260 0.000 0.060 0.484 0.196
#> GSM128505 4 0.7384 0.3711 0.264 0.000 0.060 0.484 0.192
#> GSM128509 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.5215 0.5851 0.240 0.096 0.664 0.000 0.000
#> GSM82327 3 0.4836 0.6628 0.188 0.096 0.716 0.000 0.000
#> GSM82289 1 0.4509 0.7413 0.752 0.000 0.096 0.000 0.152
#> GSM82291 1 0.4509 0.7413 0.752 0.000 0.096 0.000 0.152
#> GSM82290 4 0.4403 0.1846 0.000 0.004 0.000 0.560 0.436
#> GSM82292 4 0.4410 0.1776 0.000 0.004 0.000 0.556 0.440
#> GSM128525 1 0.0000 0.6789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.6789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 5 0.1697 0.7983 0.000 0.000 0.008 0.060 0.932
#> GSM128530 5 0.1768 0.7886 0.000 0.000 0.004 0.072 0.924
#> GSM128533 1 0.0000 0.6789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.6789 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 5 0.4617 0.2567 0.436 0.000 0.012 0.000 0.552
#> GSM128542 5 0.4617 0.2567 0.436 0.000 0.012 0.000 0.552
#> GSM128557 2 0.0000 0.6970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.6970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0162 0.6965 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0162 0.6965 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.1671 0.7701 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.4227 0.0591 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM82345 2 0.0290 0.6948 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0162 0.6965 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82335 1 0.4060 0.5618 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> GSM82339 1 0.4060 0.5618 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.2813 0.7072 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> GSM128495 3 0.2377 0.7440 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM82356 5 0.4375 0.1049 0.000 0.420 0.004 0.000 0.576
#> GSM82359 5 0.4227 0.1121 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM82347 2 0.3074 0.5326 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.3565 0.5483 0.000 0.816 0.144 0.000 0.040
#> GSM128498 1 0.3796 0.6347 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> GSM128499 1 0.3508 0.6748 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM82333 3 0.1478 0.7418 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM82369 3 0.1608 0.7384 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM128506 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM128507 2 0.4305 0.5623 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.6970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.6970 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.3301 0.7497 0.080 0.072 0.848 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.2130 0.7714 0.080 0.012 0.908 0.000 0.000
#> GSM82305 1 0.4510 0.6411 0.752 0.184 0.000 0.008 0.056
#> GSM82306 1 0.4510 0.6411 0.752 0.184 0.000 0.008 0.056
#> GSM82303 4 0.3274 -0.0414 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM82304 4 0.2929 0.0449 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM128527 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128528 5 0.0000 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128531 5 0.5334 -0.1485 0.000 0.000 0.052 0.436 0.512
#> GSM128532 4 0.5352 0.2040 0.000 0.000 0.052 0.480 0.468
#> GSM128535 1 0.1851 0.6977 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.1792 0.6974 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM128543 5 0.4016 0.5109 0.272 0.000 0.012 0.000 0.716
#> GSM128544 5 0.4063 0.5035 0.280 0.000 0.012 0.000 0.708
#> GSM128559 1 0.3336 0.7401 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> GSM128560 1 0.3109 0.7427 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 6 0.6353 0.362 0.316 0.120 0.000 0.052 0.004 0.508
#> GSM82314 6 0.6440 0.410 0.256 0.132 0.000 0.080 0.000 0.532
#> GSM82331 5 0.3405 0.609 0.004 0.000 0.272 0.000 0.724 0.000
#> GSM82338 5 0.2092 0.810 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM82315 5 0.1501 0.846 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM82316 5 0.1501 0.846 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM82350 1 0.2562 0.768 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> GSM82368 1 0.3050 0.734 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> GSM82328 6 0.3843 0.627 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM82340 6 0.3843 0.627 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM128565 1 0.2340 0.804 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM128566 1 0.2340 0.804 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM82329 3 0.5231 0.585 0.000 0.000 0.624 0.004 0.216 0.156
#> GSM82341 3 0.5587 0.591 0.000 0.020 0.628 0.004 0.172 0.176
#> GSM128569 3 0.4083 0.715 0.132 0.000 0.752 0.000 0.000 0.116
#> GSM128570 3 0.3962 0.728 0.116 0.000 0.764 0.000 0.000 0.120
#> GSM128573 5 0.0260 0.888 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM128574 5 0.0260 0.888 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM82295 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82296 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82337 3 0.3592 0.485 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM82379 3 0.3634 0.461 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM82285 1 0.3819 0.631 0.672 0.000 0.012 0.000 0.316 0.000
#> GSM82286 1 0.2738 0.790 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176 0.000
#> GSM82287 5 0.3558 0.739 0.088 0.000 0.000 0.000 0.800 0.112
#> GSM82288 5 0.3567 0.739 0.100 0.000 0.000 0.000 0.800 0.100
#> GSM82311 4 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM82312 4 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM82375 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82376 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82307 4 0.0547 0.939 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82308 4 0.0547 0.939 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM128585 5 0.0547 0.883 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM128586 5 0.0547 0.883 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM128593 1 0.2340 0.804 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM128594 1 0.2340 0.804 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM128597 1 0.2969 0.745 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM128598 1 0.2730 0.773 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM128601 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128602 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82348 6 0.3843 0.627 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM82366 6 0.3843 0.627 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM82322 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82352 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82332 2 0.3847 -0.495 0.000 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> GSM82357 6 0.3851 0.618 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM82354 1 0.3288 0.702 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000 0.000
#> GSM82372 1 0.3126 0.726 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> GSM82343 6 0.3843 0.627 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM82362 6 0.3843 0.627 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM128567 6 0.3867 0.579 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> GSM128568 6 0.3868 0.572 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM82355 2 0.7727 -0.164 0.000 0.304 0.292 0.004 0.224 0.176
#> GSM82358 3 0.7621 0.251 0.000 0.180 0.328 0.004 0.312 0.176
#> GSM128571 6 0.5774 0.317 0.000 0.216 0.000 0.004 0.248 0.532
#> GSM128572 6 0.5046 0.481 0.000 0.236 0.012 0.004 0.088 0.660
#> GSM128575 3 0.5300 0.577 0.000 0.156 0.652 0.004 0.012 0.176
#> GSM128576 3 0.5337 0.532 0.000 0.188 0.628 0.004 0.004 0.176
#> GSM82324 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82326 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82344 3 0.1196 0.759 0.040 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008
#> GSM82363 3 0.2446 0.727 0.012 0.000 0.864 0.000 0.000 0.124
#> GSM82293 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82294 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.3126 0.719 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM82298 1 0.3175 0.709 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> GSM82373 4 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM82374 4 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM82377 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82378 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82309 4 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM82310 4 0.0363 0.953 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM128587 5 0.1285 0.869 0.000 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM128588 5 0.1524 0.863 0.000 0.000 0.060 0.000 0.932 0.008
#> GSM128595 1 0.2340 0.804 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM128596 1 0.2340 0.804 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM128599 2 0.3126 0.269 0.000 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM128600 2 0.3266 0.169 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM128603 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128604 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.1007 0.757 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.1075 0.756 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM82351 2 0.2892 0.610 0.004 0.840 0.136 0.000 0.020 0.000
#> GSM82371 2 0.4229 0.524 0.004 0.732 0.216 0.000 0.016 0.032
#> GSM82330 1 0.3672 0.593 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> GSM82336 1 0.3672 0.593 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> GSM128492 5 0.1926 0.847 0.020 0.000 0.068 0.000 0.912 0.000
#> GSM128493 5 0.1951 0.844 0.016 0.000 0.076 0.000 0.908 0.000
#> GSM82323 2 0.0547 0.726 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.2911 0.764 0.000 0.024 0.000 0.000 0.832 0.144
#> GSM82318 5 0.2911 0.764 0.000 0.024 0.000 0.000 0.832 0.144
#> GSM128496 1 0.2793 0.756 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM128497 1 0.3782 0.452 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000
#> GSM82319 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82320 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128504 4 0.1367 0.920 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012 0.000
#> GSM128505 4 0.1511 0.919 0.044 0.000 0.004 0.940 0.012 0.000
#> GSM128509 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128510 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82325 3 0.3920 0.584 0.216 0.048 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM82327 3 0.3481 0.670 0.160 0.048 0.792 0.000 0.000 0.000
#> GSM82289 1 0.2822 0.810 0.852 0.000 0.040 0.000 0.108 0.000
#> GSM82291 1 0.2822 0.810 0.852 0.000 0.040 0.000 0.108 0.000
#> GSM82290 6 0.4788 0.310 0.000 0.000 0.000 0.060 0.372 0.568
#> GSM82292 6 0.4823 0.272 0.000 0.000 0.000 0.060 0.388 0.552
#> GSM128525 1 0.0146 0.774 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128526 1 0.0146 0.774 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128529 5 0.2950 0.773 0.000 0.000 0.000 0.148 0.828 0.024
#> GSM128530 5 0.2618 0.806 0.000 0.000 0.000 0.116 0.860 0.024
#> GSM128533 1 0.0865 0.766 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM128534 1 0.0865 0.766 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM128541 5 0.6731 0.336 0.260 0.000 0.032 0.008 0.448 0.252
#> GSM128542 5 0.6731 0.336 0.260 0.000 0.032 0.008 0.448 0.252
#> GSM128557 2 0.0363 0.735 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM128558 2 0.0260 0.739 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82349 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.1007 0.757 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.3854 -0.119 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000
#> GSM82345 2 0.0146 0.744 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82335 1 0.3672 0.593 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> GSM82339 1 0.3672 0.593 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.2260 0.690 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000
#> GSM128495 3 0.1814 0.727 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> GSM82356 5 0.3695 0.340 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM82359 5 0.3706 0.331 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> GSM82347 2 0.5255 0.409 0.000 0.624 0.196 0.004 0.000 0.176
#> GSM82365 2 0.5107 0.474 0.000 0.668 0.144 0.004 0.008 0.176
#> GSM128498 1 0.3330 0.693 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> GSM128499 1 0.2631 0.765 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> GSM82333 3 0.1562 0.747 0.000 0.000 0.940 0.004 0.024 0.032
#> GSM82369 3 0.1793 0.746 0.000 0.000 0.928 0.004 0.036 0.032
#> GSM128506 6 0.3684 0.604 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM128507 6 0.3684 0.604 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM128511 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.746 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.1720 0.754 0.040 0.032 0.928 0.000 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.1196 0.757 0.040 0.008 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM82305 1 0.3330 0.764 0.828 0.116 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM82306 1 0.3330 0.764 0.828 0.116 0.000 0.000 0.044 0.012
#> GSM82303 6 0.5449 0.542 0.000 0.240 0.000 0.188 0.000 0.572
#> GSM82304 6 0.5454 0.509 0.000 0.192 0.000 0.236 0.000 0.572
#> GSM128527 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128528 5 0.0000 0.890 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128531 4 0.3062 0.776 0.000 0.000 0.000 0.816 0.160 0.024
#> GSM128532 4 0.2282 0.875 0.000 0.000 0.000 0.888 0.088 0.024
#> GSM128535 1 0.1633 0.778 0.932 0.000 0.044 0.000 0.000 0.024
#> GSM128536 1 0.1633 0.778 0.932 0.000 0.044 0.000 0.000 0.024
#> GSM128543 5 0.6188 0.487 0.152 0.000 0.032 0.008 0.556 0.252
#> GSM128544 5 0.6217 0.482 0.156 0.000 0.032 0.008 0.552 0.252
#> GSM128559 1 0.2178 0.807 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM128560 1 0.2146 0.808 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:pam 151 0.042127 0.00414 5.32e-07 2
#> SD:pam 120 0.003465 0.03030 1.14e-14 3
#> SD:pam 112 0.001447 0.04103 2.38e-20 4
#> SD:pam 123 0.064376 0.06203 1.51e-17 5
#> SD:pam 133 0.000196 0.05823 1.08e-34 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.110 0.344 0.611 0.3732 0.518 0.518
#> 3 3 0.104 0.527 0.692 0.4688 0.618 0.402
#> 4 4 0.287 0.504 0.713 0.2459 0.729 0.407
#> 5 5 0.415 0.598 0.754 0.0748 0.880 0.611
#> 6 6 0.523 0.486 0.660 0.0711 0.883 0.551
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.506 0.3205 0.888 0.112
#> GSM82314 1 0.506 0.3205 0.888 0.112
#> GSM82331 2 0.998 -0.3126 0.476 0.524
#> GSM82338 2 0.998 -0.3126 0.476 0.524
#> GSM82315 1 1.000 -0.4160 0.508 0.492
#> GSM82316 1 1.000 -0.4046 0.512 0.488
#> GSM82350 1 0.966 0.4143 0.608 0.392
#> GSM82368 1 0.975 0.4075 0.592 0.408
#> GSM82328 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM82340 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM128565 1 0.990 0.3671 0.560 0.440
#> GSM128566 1 0.990 0.3671 0.560 0.440
#> GSM82329 1 0.900 0.4078 0.684 0.316
#> GSM82341 1 0.961 0.2865 0.616 0.384
#> GSM128569 1 1.000 0.3182 0.500 0.500
#> GSM128570 1 1.000 0.3182 0.500 0.500
#> GSM128573 1 0.992 -0.3229 0.552 0.448
#> GSM128574 1 0.993 -0.3368 0.548 0.452
#> GSM82295 1 1.000 0.3266 0.508 0.492
#> GSM82296 1 1.000 0.3266 0.508 0.492
#> GSM82337 1 0.850 0.4590 0.724 0.276
#> GSM82379 1 0.855 0.4563 0.720 0.280
#> GSM82285 2 1.000 -0.3370 0.496 0.504
#> GSM82286 1 1.000 0.3225 0.504 0.496
#> GSM82287 1 0.998 0.3342 0.528 0.472
#> GSM82288 1 0.998 0.3297 0.524 0.476
#> GSM82311 1 1.000 -0.4215 0.504 0.496
#> GSM82312 1 1.000 -0.4331 0.500 0.500
#> GSM82375 1 0.971 0.1571 0.600 0.400
#> GSM82376 1 0.973 0.1416 0.596 0.404
#> GSM82307 2 0.980 0.6091 0.416 0.584
#> GSM82308 2 0.980 0.6091 0.416 0.584
#> GSM128585 1 0.881 0.4015 0.700 0.300
#> GSM128586 1 0.881 0.4015 0.700 0.300
#> GSM128593 1 0.118 0.4416 0.984 0.016
#> GSM128594 1 0.118 0.4416 0.984 0.016
#> GSM128597 1 0.969 0.3096 0.604 0.396
#> GSM128598 1 0.943 0.3753 0.640 0.360
#> GSM128601 1 0.909 0.4017 0.676 0.324
#> GSM128602 1 0.909 0.4017 0.676 0.324
#> GSM82348 2 0.963 0.6366 0.388 0.612
#> GSM82366 2 0.978 0.6100 0.412 0.588
#> GSM82322 1 0.973 0.3912 0.596 0.404
#> GSM82352 1 0.987 0.3469 0.568 0.432
#> GSM82332 2 0.936 0.6405 0.352 0.648
#> GSM82357 2 0.939 0.6404 0.356 0.644
#> GSM82354 1 0.985 0.3789 0.572 0.428
#> GSM82372 1 0.952 0.4159 0.628 0.372
#> GSM82343 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM82362 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM128567 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM128568 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM82355 2 0.929 0.5903 0.344 0.656
#> GSM82358 2 0.913 0.5621 0.328 0.672
#> GSM128571 1 0.991 0.2949 0.556 0.444
#> GSM128572 1 0.992 0.2669 0.552 0.448
#> GSM128575 2 0.978 0.3578 0.412 0.588
#> GSM128576 2 0.969 0.3990 0.396 0.604
#> GSM82324 2 1.000 -0.3371 0.496 0.504
#> GSM82326 2 1.000 -0.3371 0.496 0.504
#> GSM82344 1 0.909 0.4087 0.676 0.324
#> GSM82363 1 0.917 0.3970 0.668 0.332
#> GSM82293 1 0.961 0.4176 0.616 0.384
#> GSM82294 1 0.961 0.4176 0.616 0.384
#> GSM82297 1 0.980 0.4040 0.584 0.416
#> GSM82298 1 0.990 0.3870 0.560 0.440
#> GSM82373 1 1.000 -0.4331 0.500 0.500
#> GSM82374 2 1.000 0.4176 0.500 0.500
#> GSM82377 1 0.118 0.4416 0.984 0.016
#> GSM82378 1 0.118 0.4416 0.984 0.016
#> GSM82309 1 0.921 0.3108 0.664 0.336
#> GSM82310 1 0.925 0.3007 0.660 0.340
#> GSM128587 1 0.795 0.4424 0.760 0.240
#> GSM128588 1 0.814 0.4382 0.748 0.252
#> GSM128595 1 0.000 0.4461 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.000 0.4461 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.955 0.6391 0.376 0.624
#> GSM128600 2 0.955 0.6391 0.376 0.624
#> GSM128603 1 0.998 -0.0431 0.528 0.472
#> GSM128604 1 0.993 0.0305 0.548 0.452
#> GSM82284 2 0.955 0.6391 0.376 0.624
#> GSM82321 2 0.969 0.6276 0.396 0.604
#> GSM82342 1 0.993 0.3273 0.548 0.452
#> GSM82361 1 0.980 0.3880 0.584 0.416
#> GSM82351 2 0.936 0.4860 0.352 0.648
#> GSM82371 2 0.946 0.4637 0.364 0.636
#> GSM82330 2 0.973 -0.2817 0.404 0.596
#> GSM82336 2 0.973 -0.2817 0.404 0.596
#> GSM128492 2 0.998 -0.3126 0.476 0.524
#> GSM128493 2 0.998 -0.3126 0.476 0.524
#> GSM82323 2 0.949 0.6344 0.368 0.632
#> GSM82353 2 0.936 0.6197 0.352 0.648
#> GSM82317 2 0.955 0.6348 0.376 0.624
#> GSM82318 2 0.955 0.6348 0.376 0.624
#> GSM128496 1 0.929 0.4283 0.656 0.344
#> GSM128497 1 0.987 0.3922 0.568 0.432
#> GSM82319 1 0.966 0.3511 0.608 0.392
#> GSM82320 1 0.963 0.3594 0.612 0.388
#> GSM128504 1 0.975 0.3947 0.592 0.408
#> GSM128505 1 0.973 0.3978 0.596 0.404
#> GSM128509 1 0.987 0.3562 0.568 0.432
#> GSM128510 1 0.988 0.3507 0.564 0.436
#> GSM82325 1 0.983 0.3782 0.576 0.424
#> GSM82327 1 0.994 0.3260 0.544 0.456
#> GSM82289 1 0.000 0.4461 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.000 0.4461 1.000 0.000
#> GSM82290 2 0.961 0.6283 0.384 0.616
#> GSM82292 2 0.971 0.6150 0.400 0.600
#> GSM128525 1 0.260 0.4197 0.956 0.044
#> GSM128526 1 0.260 0.4197 0.956 0.044
#> GSM128529 2 0.999 0.4618 0.484 0.516
#> GSM128530 2 1.000 0.4404 0.492 0.508
#> GSM128533 1 0.260 0.4197 0.956 0.044
#> GSM128534 1 0.260 0.4197 0.956 0.044
#> GSM128541 1 0.327 0.4174 0.940 0.060
#> GSM128542 1 0.327 0.4174 0.940 0.060
#> GSM128557 2 0.943 0.6384 0.360 0.640
#> GSM128558 2 0.943 0.6384 0.360 0.640
#> GSM82349 2 0.949 0.6433 0.368 0.632
#> GSM82367 2 0.949 0.6433 0.368 0.632
#> GSM82346 1 0.999 0.0551 0.520 0.480
#> GSM82364 1 0.952 0.3793 0.628 0.372
#> GSM82345 2 0.871 0.5565 0.292 0.708
#> GSM82360 2 0.871 0.5565 0.292 0.708
#> GSM82335 1 1.000 0.3546 0.504 0.496
#> GSM82339 2 0.998 -0.3288 0.476 0.524
#> GSM128494 2 0.975 -0.2773 0.408 0.592
#> GSM128495 2 0.973 -0.2749 0.404 0.596
#> GSM82356 2 0.929 0.6094 0.344 0.656
#> GSM82359 2 0.929 0.6094 0.344 0.656
#> GSM82347 2 0.909 0.5562 0.324 0.676
#> GSM82365 2 0.958 0.6062 0.380 0.620
#> GSM128498 1 0.881 0.4614 0.700 0.300
#> GSM128499 1 0.861 0.4695 0.716 0.284
#> GSM82333 2 1.000 0.0522 0.496 0.504
#> GSM82369 1 0.985 0.2139 0.572 0.428
#> GSM128506 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM128507 2 0.939 0.6388 0.356 0.644
#> GSM128511 2 0.943 0.6444 0.360 0.640
#> GSM128512 2 0.943 0.6444 0.360 0.640
#> GSM82334 1 0.955 0.3843 0.624 0.376
#> GSM82370 1 0.932 0.4175 0.652 0.348
#> GSM82305 1 0.775 0.0566 0.772 0.228
#> GSM82306 1 0.781 0.0531 0.768 0.232
#> GSM82303 2 0.958 0.6407 0.380 0.620
#> GSM82304 2 0.966 0.6310 0.392 0.608
#> GSM128527 1 0.295 0.4498 0.948 0.052
#> GSM128528 1 0.184 0.4453 0.972 0.028
#> GSM128531 2 0.999 0.4723 0.480 0.520
#> GSM128532 2 0.999 0.4723 0.480 0.520
#> GSM128535 1 0.260 0.4197 0.956 0.044
#> GSM128536 1 0.260 0.4197 0.956 0.044
#> GSM128543 1 0.327 0.4174 0.940 0.060
#> GSM128544 1 0.327 0.4174 0.940 0.060
#> GSM128559 1 0.518 0.3147 0.884 0.116
#> GSM128560 1 0.518 0.3147 0.884 0.116
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.782 0.7371 0.628 0.288 0.084
#> GSM82314 1 0.782 0.7371 0.628 0.288 0.084
#> GSM82331 3 0.280 0.6172 0.092 0.000 0.908
#> GSM82338 3 0.280 0.6172 0.092 0.000 0.908
#> GSM82315 2 0.867 0.3483 0.224 0.596 0.180
#> GSM82316 2 0.852 0.3785 0.208 0.612 0.180
#> GSM82350 3 0.572 0.6671 0.068 0.132 0.800
#> GSM82368 3 0.538 0.6787 0.068 0.112 0.820
#> GSM82328 2 0.512 0.4692 0.152 0.816 0.032
#> GSM82340 2 0.576 0.4857 0.152 0.792 0.056
#> GSM128565 3 0.484 0.6197 0.076 0.076 0.848
#> GSM128566 3 0.484 0.6197 0.076 0.076 0.848
#> GSM82329 3 0.860 0.3928 0.104 0.380 0.516
#> GSM82341 3 0.839 0.3093 0.084 0.428 0.488
#> GSM128569 3 0.263 0.6245 0.084 0.000 0.916
#> GSM128570 3 0.263 0.6245 0.084 0.000 0.916
#> GSM128573 2 0.862 -0.1695 0.100 0.476 0.424
#> GSM128574 2 0.862 -0.1695 0.100 0.476 0.424
#> GSM82295 3 0.312 0.6168 0.108 0.000 0.892
#> GSM82296 3 0.312 0.6168 0.108 0.000 0.892
#> GSM82337 3 0.856 0.4786 0.108 0.352 0.540
#> GSM82379 3 0.856 0.4786 0.108 0.352 0.540
#> GSM82285 3 0.240 0.6347 0.064 0.004 0.932
#> GSM82286 3 0.259 0.6331 0.072 0.004 0.924
#> GSM82287 3 0.558 0.5632 0.104 0.084 0.812
#> GSM82288 3 0.533 0.5747 0.100 0.076 0.824
#> GSM82311 2 0.825 0.3855 0.232 0.628 0.140
#> GSM82312 2 0.825 0.3855 0.232 0.628 0.140
#> GSM82375 2 0.879 -0.0952 0.112 0.460 0.428
#> GSM82376 2 0.902 -0.0588 0.132 0.456 0.412
#> GSM82307 2 0.841 0.2328 0.308 0.580 0.112
#> GSM82308 2 0.842 0.2510 0.300 0.584 0.116
#> GSM128585 3 0.911 0.4584 0.180 0.284 0.536
#> GSM128586 3 0.912 0.4549 0.184 0.280 0.536
#> GSM128593 1 0.819 0.7712 0.636 0.220 0.144
#> GSM128594 1 0.815 0.7738 0.640 0.216 0.144
#> GSM128597 3 0.825 0.4753 0.096 0.324 0.580
#> GSM128598 3 0.823 0.4894 0.096 0.320 0.584
#> GSM128601 3 0.707 0.6220 0.072 0.228 0.700
#> GSM128602 3 0.723 0.6170 0.080 0.228 0.692
#> GSM82348 2 0.552 0.4488 0.164 0.796 0.040
#> GSM82366 2 0.732 0.3132 0.264 0.668 0.068
#> GSM82322 3 0.509 0.6800 0.020 0.176 0.804
#> GSM82352 3 0.522 0.6791 0.016 0.196 0.788
#> GSM82332 2 0.277 0.5668 0.008 0.920 0.072
#> GSM82357 2 0.277 0.5668 0.008 0.920 0.072
#> GSM82354 3 0.568 0.6747 0.024 0.212 0.764
#> GSM82372 3 0.614 0.6752 0.040 0.212 0.748
#> GSM82343 2 0.585 0.4937 0.140 0.792 0.068
#> GSM82362 2 0.585 0.4937 0.140 0.792 0.068
#> GSM128567 2 0.579 0.4951 0.136 0.796 0.068
#> GSM128568 2 0.579 0.4951 0.136 0.796 0.068
#> GSM82355 2 0.698 0.0645 0.020 0.560 0.420
#> GSM82358 2 0.710 0.0566 0.024 0.556 0.420
#> GSM128571 3 0.547 0.6715 0.052 0.140 0.808
#> GSM128572 3 0.520 0.6753 0.044 0.136 0.820
#> GSM128575 3 0.757 0.5031 0.052 0.356 0.592
#> GSM128576 3 0.761 0.4859 0.052 0.364 0.584
#> GSM82324 3 0.254 0.6281 0.080 0.000 0.920
#> GSM82326 3 0.254 0.6281 0.080 0.000 0.920
#> GSM82344 3 0.836 0.4820 0.092 0.364 0.544
#> GSM82363 3 0.831 0.4810 0.088 0.368 0.544
#> GSM82293 3 0.627 0.6508 0.076 0.156 0.768
#> GSM82294 3 0.632 0.6479 0.076 0.160 0.764
#> GSM82297 3 0.591 0.6863 0.060 0.156 0.784
#> GSM82298 3 0.587 0.6860 0.056 0.160 0.784
#> GSM82373 2 0.867 0.3503 0.252 0.588 0.160
#> GSM82374 2 0.864 0.3576 0.248 0.592 0.160
#> GSM82377 1 0.752 0.7912 0.680 0.220 0.100
#> GSM82378 1 0.752 0.7912 0.680 0.220 0.100
#> GSM82309 2 0.959 0.2395 0.204 0.436 0.360
#> GSM82310 2 0.959 0.2443 0.204 0.440 0.356
#> GSM128587 3 0.952 0.3681 0.232 0.280 0.488
#> GSM128588 3 0.941 0.4029 0.220 0.276 0.504
#> GSM128595 1 0.831 0.7641 0.628 0.216 0.156
#> GSM128596 1 0.835 0.7610 0.624 0.220 0.156
#> GSM128599 2 0.500 0.5635 0.028 0.820 0.152
#> GSM128600 2 0.512 0.5633 0.028 0.812 0.160
#> GSM128603 3 0.830 0.2656 0.080 0.412 0.508
#> GSM128604 3 0.830 0.2785 0.080 0.412 0.508
#> GSM82284 2 0.383 0.5600 0.020 0.880 0.100
#> GSM82321 2 0.383 0.5600 0.020 0.880 0.100
#> GSM82342 3 0.522 0.6743 0.012 0.208 0.780
#> GSM82361 3 0.527 0.6732 0.012 0.212 0.776
#> GSM82351 3 0.690 0.3179 0.016 0.440 0.544
#> GSM82371 3 0.687 0.3523 0.016 0.424 0.560
#> GSM82330 3 0.162 0.6306 0.024 0.012 0.964
#> GSM82336 3 0.158 0.6271 0.028 0.008 0.964
#> GSM128492 3 0.338 0.6197 0.100 0.008 0.892
#> GSM128493 3 0.295 0.6260 0.088 0.004 0.908
#> GSM82323 2 0.596 0.4652 0.016 0.720 0.264
#> GSM82353 2 0.606 0.4546 0.016 0.708 0.276
#> GSM82317 2 0.681 0.5131 0.060 0.712 0.228
#> GSM82318 2 0.689 0.5066 0.060 0.704 0.236
#> GSM128496 3 0.601 0.6648 0.032 0.220 0.748
#> GSM128497 3 0.550 0.6729 0.020 0.208 0.772
#> GSM82319 3 0.805 0.5025 0.080 0.340 0.580
#> GSM82320 3 0.807 0.4954 0.080 0.344 0.576
#> GSM128504 3 0.475 0.6252 0.076 0.072 0.852
#> GSM128505 3 0.492 0.6217 0.076 0.080 0.844
#> GSM128509 3 0.517 0.6812 0.016 0.192 0.792
#> GSM128510 3 0.588 0.6484 0.016 0.256 0.728
#> GSM82325 3 0.661 0.6549 0.048 0.236 0.716
#> GSM82327 3 0.656 0.6573 0.048 0.232 0.720
#> GSM82289 1 0.813 0.7820 0.644 0.208 0.148
#> GSM82291 1 0.822 0.7766 0.636 0.212 0.152
#> GSM82290 2 0.826 0.4140 0.184 0.636 0.180
#> GSM82292 2 0.848 0.3855 0.204 0.616 0.180
#> GSM128525 1 0.567 0.7751 0.800 0.140 0.060
#> GSM128526 1 0.567 0.7751 0.800 0.140 0.060
#> GSM128529 2 0.843 0.3672 0.240 0.612 0.148
#> GSM128530 2 0.843 0.3672 0.240 0.612 0.148
#> GSM128533 1 0.576 0.7782 0.796 0.140 0.064
#> GSM128534 1 0.576 0.7782 0.796 0.140 0.064
#> GSM128541 1 0.535 0.7711 0.804 0.160 0.036
#> GSM128542 1 0.535 0.7711 0.804 0.160 0.036
#> GSM128557 2 0.290 0.5625 0.016 0.920 0.064
#> GSM128558 2 0.249 0.5583 0.016 0.936 0.048
#> GSM82349 2 0.338 0.5627 0.012 0.896 0.092
#> GSM82367 2 0.303 0.5651 0.004 0.904 0.092
#> GSM82346 3 0.690 0.6264 0.044 0.280 0.676
#> GSM82364 3 0.700 0.6241 0.048 0.280 0.672
#> GSM82345 2 0.694 -0.0949 0.016 0.516 0.468
#> GSM82360 2 0.695 -0.1066 0.016 0.512 0.472
#> GSM82335 3 0.439 0.6804 0.012 0.148 0.840
#> GSM82339 3 0.445 0.6792 0.012 0.152 0.836
#> GSM128494 3 0.409 0.6478 0.036 0.088 0.876
#> GSM128495 3 0.409 0.6478 0.036 0.088 0.876
#> GSM82356 2 0.684 0.1130 0.016 0.572 0.412
#> GSM82359 2 0.645 0.4056 0.020 0.672 0.308
#> GSM82347 2 0.684 0.0927 0.016 0.572 0.412
#> GSM82365 2 0.681 0.1322 0.016 0.580 0.404
#> GSM128498 3 0.719 0.6186 0.056 0.280 0.664
#> GSM128499 3 0.764 0.6183 0.076 0.284 0.640
#> GSM82333 3 0.748 0.5902 0.068 0.284 0.648
#> GSM82369 3 0.748 0.5902 0.068 0.284 0.648
#> GSM128506 2 0.597 0.4934 0.148 0.784 0.068
#> GSM128507 2 0.597 0.4934 0.148 0.784 0.068
#> GSM128511 2 0.259 0.5662 0.004 0.924 0.072
#> GSM128512 2 0.259 0.5662 0.004 0.924 0.072
#> GSM82334 3 0.725 0.6133 0.056 0.288 0.656
#> GSM82370 3 0.740 0.6022 0.060 0.296 0.644
#> GSM82305 1 0.851 0.6540 0.552 0.340 0.108
#> GSM82306 1 0.862 0.6058 0.524 0.368 0.108
#> GSM82303 2 0.774 0.4483 0.216 0.668 0.116
#> GSM82304 2 0.784 0.4473 0.220 0.660 0.120
#> GSM128527 1 0.923 0.5898 0.524 0.280 0.196
#> GSM128528 1 0.903 0.6291 0.548 0.272 0.180
#> GSM128531 2 0.843 0.3672 0.240 0.612 0.148
#> GSM128532 2 0.843 0.3672 0.240 0.612 0.148
#> GSM128535 1 0.585 0.7790 0.792 0.140 0.068
#> GSM128536 1 0.585 0.7790 0.792 0.140 0.068
#> GSM128543 1 0.535 0.7711 0.804 0.160 0.036
#> GSM128544 1 0.535 0.7711 0.804 0.160 0.036
#> GSM128559 1 0.835 0.7103 0.584 0.308 0.108
#> GSM128560 1 0.832 0.7121 0.588 0.304 0.108
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.630 0.7621 0.716 0.144 0.104 0.036
#> GSM82314 1 0.630 0.7621 0.716 0.144 0.104 0.036
#> GSM82331 4 0.348 0.5505 0.000 0.012 0.148 0.840
#> GSM82338 4 0.348 0.5505 0.000 0.012 0.148 0.840
#> GSM82315 4 0.907 0.1975 0.068 0.268 0.272 0.392
#> GSM82316 4 0.899 0.2264 0.064 0.236 0.308 0.392
#> GSM82350 4 0.492 0.5124 0.020 0.004 0.252 0.724
#> GSM82368 4 0.517 0.4865 0.020 0.004 0.288 0.688
#> GSM82328 2 0.331 0.7203 0.000 0.876 0.052 0.072
#> GSM82340 2 0.331 0.7203 0.000 0.876 0.052 0.072
#> GSM128565 4 0.406 0.5768 0.040 0.004 0.124 0.832
#> GSM128566 4 0.406 0.5768 0.040 0.004 0.124 0.832
#> GSM82329 3 0.580 0.6184 0.140 0.032 0.748 0.080
#> GSM82341 3 0.494 0.6527 0.100 0.052 0.808 0.040
#> GSM128569 4 0.348 0.5512 0.004 0.008 0.144 0.844
#> GSM128570 4 0.353 0.5486 0.004 0.008 0.148 0.840
#> GSM128573 3 0.329 0.6548 0.004 0.036 0.880 0.080
#> GSM128574 3 0.329 0.6548 0.004 0.036 0.880 0.080
#> GSM82295 4 0.371 0.5563 0.004 0.012 0.152 0.832
#> GSM82296 4 0.371 0.5563 0.004 0.012 0.152 0.832
#> GSM82337 3 0.409 0.6318 0.120 0.004 0.832 0.044
#> GSM82379 3 0.393 0.6305 0.128 0.004 0.836 0.032
#> GSM82285 4 0.376 0.5321 0.004 0.004 0.180 0.812
#> GSM82286 4 0.367 0.5347 0.004 0.000 0.188 0.808
#> GSM82287 4 0.334 0.5801 0.020 0.000 0.120 0.860
#> GSM82288 4 0.339 0.5796 0.020 0.000 0.124 0.856
#> GSM82311 4 0.784 0.0263 0.108 0.424 0.036 0.432
#> GSM82312 4 0.784 0.0263 0.108 0.424 0.036 0.432
#> GSM82375 3 0.731 -0.1431 0.036 0.064 0.472 0.428
#> GSM82376 3 0.742 -0.1516 0.036 0.072 0.464 0.428
#> GSM82307 2 0.826 0.4974 0.156 0.568 0.096 0.180
#> GSM82308 2 0.829 0.4900 0.156 0.564 0.096 0.184
#> GSM128585 4 0.762 0.1785 0.140 0.012 0.416 0.432
#> GSM128586 4 0.771 0.1730 0.140 0.016 0.416 0.428
#> GSM128593 1 0.508 0.8149 0.776 0.032 0.164 0.028
#> GSM128594 1 0.508 0.8149 0.776 0.032 0.164 0.028
#> GSM128597 4 0.705 0.3209 0.020 0.080 0.352 0.548
#> GSM128598 4 0.701 0.3341 0.020 0.080 0.340 0.560
#> GSM128601 3 0.586 -0.1978 0.024 0.004 0.492 0.480
#> GSM128602 3 0.586 -0.1978 0.024 0.004 0.492 0.480
#> GSM82348 2 0.587 0.6923 0.076 0.760 0.088 0.076
#> GSM82366 2 0.685 0.5595 0.184 0.672 0.096 0.048
#> GSM82322 4 0.517 0.0981 0.004 0.000 0.492 0.504
#> GSM82352 3 0.530 -0.0925 0.000 0.008 0.496 0.496
#> GSM82332 2 0.327 0.7346 0.012 0.856 0.132 0.000
#> GSM82357 2 0.415 0.7410 0.012 0.832 0.124 0.032
#> GSM82354 3 0.584 0.4760 0.012 0.032 0.644 0.312
#> GSM82372 3 0.620 0.3339 0.016 0.032 0.580 0.372
#> GSM82343 2 0.166 0.7313 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM82362 2 0.166 0.7313 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM128567 2 0.185 0.7311 0.004 0.940 0.052 0.004
#> GSM128568 2 0.185 0.7311 0.004 0.940 0.052 0.004
#> GSM82355 3 0.478 0.5891 0.020 0.148 0.796 0.036
#> GSM82358 3 0.454 0.6032 0.020 0.136 0.812 0.032
#> GSM128571 4 0.626 0.5090 0.008 0.160 0.144 0.688
#> GSM128572 4 0.643 0.5023 0.012 0.160 0.148 0.680
#> GSM128575 3 0.221 0.6667 0.004 0.012 0.928 0.056
#> GSM128576 3 0.267 0.6666 0.004 0.032 0.912 0.052
#> GSM82324 4 0.348 0.5525 0.000 0.012 0.148 0.840
#> GSM82326 4 0.348 0.5525 0.000 0.012 0.148 0.840
#> GSM82344 3 0.352 0.6369 0.120 0.004 0.856 0.020
#> GSM82363 3 0.355 0.6419 0.108 0.004 0.860 0.028
#> GSM82293 4 0.387 0.5338 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM82294 4 0.376 0.5407 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM82297 4 0.579 0.3047 0.004 0.032 0.356 0.608
#> GSM82298 4 0.598 0.1067 0.004 0.032 0.424 0.540
#> GSM82373 4 0.864 0.0639 0.084 0.364 0.124 0.428
#> GSM82374 4 0.864 0.0639 0.084 0.364 0.124 0.428
#> GSM82377 1 0.487 0.8201 0.788 0.036 0.156 0.020
#> GSM82378 1 0.492 0.8187 0.784 0.036 0.160 0.020
#> GSM82309 4 0.835 0.3006 0.052 0.332 0.148 0.468
#> GSM82310 4 0.835 0.3006 0.052 0.332 0.148 0.468
#> GSM128587 4 0.850 0.2524 0.268 0.028 0.292 0.412
#> GSM128588 4 0.849 0.2528 0.264 0.028 0.296 0.412
#> GSM128595 1 0.539 0.8010 0.756 0.032 0.176 0.036
#> GSM128596 1 0.543 0.7986 0.752 0.032 0.180 0.036
#> GSM128599 2 0.612 0.6024 0.020 0.672 0.256 0.052
#> GSM128600 2 0.606 0.6114 0.020 0.680 0.248 0.052
#> GSM128603 4 0.672 0.1456 0.016 0.052 0.460 0.472
#> GSM128604 4 0.652 0.1369 0.016 0.040 0.472 0.472
#> GSM82284 2 0.554 0.5359 0.000 0.612 0.360 0.028
#> GSM82321 2 0.585 0.5119 0.000 0.584 0.376 0.040
#> GSM82342 3 0.493 0.5844 0.000 0.024 0.712 0.264
#> GSM82361 3 0.483 0.5830 0.000 0.020 0.716 0.264
#> GSM82351 3 0.471 0.5893 0.000 0.152 0.784 0.064
#> GSM82371 3 0.478 0.5923 0.000 0.152 0.780 0.068
#> GSM82330 4 0.402 0.4766 0.000 0.004 0.224 0.772
#> GSM82336 4 0.393 0.4949 0.000 0.008 0.200 0.792
#> GSM128492 4 0.310 0.5759 0.008 0.004 0.116 0.872
#> GSM128493 4 0.302 0.5746 0.004 0.004 0.120 0.872
#> GSM82323 2 0.640 0.2497 0.000 0.472 0.464 0.064
#> GSM82353 2 0.640 0.2446 0.000 0.472 0.464 0.064
#> GSM82317 3 0.837 0.0134 0.024 0.324 0.416 0.236
#> GSM82318 3 0.838 0.0208 0.024 0.320 0.416 0.240
#> GSM128496 3 0.472 0.6155 0.004 0.032 0.768 0.196
#> GSM128497 3 0.487 0.6046 0.004 0.032 0.752 0.212
#> GSM82319 3 0.352 0.6623 0.028 0.028 0.880 0.064
#> GSM82320 3 0.352 0.6623 0.028 0.028 0.880 0.064
#> GSM128504 4 0.393 0.5775 0.032 0.004 0.128 0.836
#> GSM128505 4 0.393 0.5775 0.032 0.004 0.128 0.836
#> GSM128509 3 0.517 -0.0829 0.000 0.004 0.508 0.488
#> GSM128510 3 0.542 0.2436 0.000 0.024 0.624 0.352
#> GSM82325 3 0.364 0.6211 0.000 0.008 0.820 0.172
#> GSM82327 3 0.364 0.6211 0.000 0.008 0.820 0.172
#> GSM82289 1 0.556 0.8084 0.756 0.028 0.156 0.060
#> GSM82291 1 0.556 0.8084 0.756 0.028 0.156 0.060
#> GSM82290 2 0.762 -0.0517 0.028 0.472 0.104 0.396
#> GSM82292 2 0.760 -0.0743 0.028 0.456 0.100 0.416
#> GSM128525 1 0.271 0.8073 0.908 0.004 0.064 0.024
#> GSM128526 1 0.263 0.8078 0.912 0.004 0.060 0.024
#> GSM128529 4 0.791 0.0294 0.108 0.420 0.040 0.432
#> GSM128530 4 0.791 0.0294 0.108 0.420 0.040 0.432
#> GSM128533 1 0.286 0.8165 0.900 0.004 0.072 0.024
#> GSM128534 1 0.286 0.8165 0.900 0.004 0.072 0.024
#> GSM128541 1 0.202 0.7938 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM128542 1 0.202 0.7938 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM128557 2 0.444 0.7353 0.004 0.816 0.112 0.068
#> GSM128558 2 0.453 0.7344 0.008 0.816 0.108 0.068
#> GSM82349 2 0.476 0.5810 0.000 0.664 0.332 0.004
#> GSM82367 2 0.476 0.5810 0.000 0.664 0.332 0.004
#> GSM82346 3 0.247 0.6605 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM82364 3 0.247 0.6590 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM82345 3 0.486 0.5591 0.000 0.172 0.768 0.060
#> GSM82360 3 0.486 0.5591 0.000 0.172 0.768 0.060
#> GSM82335 3 0.511 0.3688 0.000 0.008 0.608 0.384
#> GSM82339 3 0.519 0.4672 0.000 0.016 0.640 0.344
#> GSM128494 3 0.515 0.2389 0.000 0.004 0.536 0.460
#> GSM128495 3 0.514 0.2516 0.000 0.004 0.540 0.456
#> GSM82356 3 0.496 0.5563 0.012 0.176 0.772 0.040
#> GSM82359 3 0.567 0.4205 0.012 0.256 0.692 0.040
#> GSM82347 3 0.443 0.5758 0.008 0.164 0.800 0.028
#> GSM82365 3 0.462 0.5742 0.016 0.168 0.792 0.024
#> GSM128498 3 0.377 0.6365 0.008 0.004 0.820 0.168
#> GSM128499 3 0.428 0.6266 0.016 0.004 0.788 0.192
#> GSM82333 3 0.293 0.6626 0.048 0.000 0.896 0.056
#> GSM82369 3 0.301 0.6620 0.052 0.000 0.892 0.056
#> GSM128506 2 0.166 0.7313 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM128507 2 0.166 0.7313 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM128511 2 0.440 0.6492 0.004 0.724 0.272 0.000
#> GSM128512 2 0.440 0.6492 0.004 0.724 0.272 0.000
#> GSM82334 3 0.283 0.6549 0.000 0.004 0.876 0.120
#> GSM82370 3 0.310 0.6566 0.008 0.004 0.872 0.116
#> GSM82305 1 0.808 0.4318 0.508 0.316 0.124 0.052
#> GSM82306 1 0.804 0.3942 0.496 0.336 0.120 0.048
#> GSM82303 2 0.419 0.7048 0.016 0.844 0.060 0.080
#> GSM82304 2 0.419 0.7014 0.016 0.844 0.060 0.080
#> GSM128527 1 0.602 0.7508 0.704 0.048 0.216 0.032
#> GSM128528 1 0.556 0.7682 0.728 0.032 0.212 0.028
#> GSM128531 4 0.784 0.0263 0.108 0.424 0.036 0.432
#> GSM128532 4 0.784 0.0263 0.108 0.424 0.036 0.432
#> GSM128535 1 0.307 0.8186 0.888 0.004 0.084 0.024
#> GSM128536 1 0.300 0.8192 0.892 0.004 0.080 0.024
#> GSM128543 1 0.202 0.7938 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM128544 1 0.202 0.7938 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM128559 1 0.805 0.5566 0.536 0.268 0.148 0.048
#> GSM128560 1 0.798 0.5617 0.540 0.268 0.148 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 1 0.7341 0.4505 0.532 0.168 0.092 0.208 0.000
#> GSM82314 1 0.7326 0.4452 0.532 0.172 0.088 0.208 0.000
#> GSM82331 5 0.0648 0.7386 0.004 0.004 0.004 0.004 0.984
#> GSM82338 5 0.0486 0.7391 0.000 0.004 0.004 0.004 0.988
#> GSM82315 5 0.9316 0.1125 0.060 0.164 0.204 0.244 0.328
#> GSM82316 5 0.9303 0.1220 0.060 0.160 0.208 0.240 0.332
#> GSM82350 5 0.2408 0.7505 0.016 0.000 0.092 0.000 0.892
#> GSM82368 5 0.2561 0.7489 0.020 0.000 0.096 0.000 0.884
#> GSM82328 2 0.2551 0.5941 0.004 0.884 0.004 0.104 0.004
#> GSM82340 2 0.2551 0.5941 0.004 0.884 0.004 0.104 0.004
#> GSM128565 5 0.1682 0.7528 0.012 0.004 0.044 0.000 0.940
#> GSM128566 5 0.1682 0.7528 0.012 0.004 0.044 0.000 0.940
#> GSM82329 3 0.6030 0.6921 0.112 0.068 0.688 0.004 0.128
#> GSM82341 3 0.5678 0.6990 0.096 0.060 0.716 0.004 0.124
#> GSM128569 5 0.0162 0.7380 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM128570 5 0.0162 0.7380 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM128573 3 0.6346 0.6406 0.072 0.180 0.656 0.008 0.084
#> GSM128574 3 0.6294 0.6363 0.080 0.180 0.660 0.008 0.072
#> GSM82295 5 0.0000 0.7394 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 5 0.0000 0.7394 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 3 0.2890 0.6779 0.104 0.004 0.872 0.004 0.016
#> GSM82379 3 0.2890 0.6779 0.104 0.004 0.872 0.004 0.016
#> GSM82285 5 0.1124 0.7495 0.004 0.000 0.036 0.000 0.960
#> GSM82286 5 0.1205 0.7496 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM82287 5 0.1502 0.7524 0.000 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM82288 5 0.1502 0.7524 0.000 0.000 0.056 0.004 0.940
#> GSM82311 4 0.0798 0.7719 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM82312 4 0.0798 0.7719 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM82375 5 0.6729 0.5615 0.052 0.092 0.220 0.020 0.616
#> GSM82376 5 0.6974 0.5566 0.056 0.092 0.212 0.032 0.608
#> GSM82307 4 0.6511 0.0510 0.072 0.424 0.044 0.460 0.000
#> GSM82308 4 0.6511 0.0510 0.072 0.424 0.044 0.460 0.000
#> GSM128585 5 0.5245 0.6594 0.092 0.004 0.192 0.008 0.704
#> GSM128586 5 0.5212 0.6628 0.092 0.004 0.188 0.008 0.708
#> GSM128593 1 0.5124 0.7372 0.760 0.024 0.124 0.020 0.072
#> GSM128594 1 0.4652 0.7414 0.784 0.020 0.112 0.008 0.076
#> GSM128597 5 0.5223 0.6892 0.036 0.028 0.176 0.024 0.736
#> GSM128598 5 0.5171 0.6875 0.036 0.028 0.180 0.020 0.736
#> GSM128601 5 0.4861 0.6769 0.024 0.016 0.228 0.012 0.720
#> GSM128602 5 0.4917 0.6697 0.024 0.016 0.236 0.012 0.712
#> GSM82348 2 0.5919 0.4602 0.044 0.636 0.052 0.264 0.004
#> GSM82366 2 0.6399 0.4218 0.068 0.604 0.060 0.264 0.004
#> GSM82322 5 0.5080 0.4435 0.000 0.012 0.396 0.020 0.572
#> GSM82352 5 0.5180 0.1673 0.000 0.012 0.476 0.020 0.492
#> GSM82332 2 0.3433 0.6795 0.004 0.832 0.132 0.032 0.000
#> GSM82357 2 0.3433 0.6795 0.004 0.832 0.132 0.032 0.000
#> GSM82354 5 0.5593 0.3102 0.020 0.012 0.384 0.020 0.564
#> GSM82372 5 0.5113 0.6279 0.024 0.012 0.252 0.020 0.692
#> GSM82343 2 0.2330 0.6062 0.004 0.900 0.004 0.088 0.004
#> GSM82362 2 0.2330 0.6062 0.004 0.900 0.004 0.088 0.004
#> GSM128567 2 0.2330 0.6062 0.004 0.900 0.004 0.088 0.004
#> GSM128568 2 0.2330 0.6062 0.004 0.900 0.004 0.088 0.004
#> GSM82355 3 0.6243 0.6288 0.016 0.208 0.624 0.008 0.144
#> GSM82358 3 0.6128 0.6458 0.016 0.192 0.640 0.008 0.144
#> GSM128571 5 0.4886 0.6925 0.004 0.048 0.116 0.060 0.772
#> GSM128572 5 0.5515 0.6451 0.008 0.096 0.116 0.048 0.732
#> GSM128575 3 0.1843 0.7165 0.012 0.032 0.940 0.004 0.012
#> GSM128576 3 0.1925 0.7163 0.012 0.036 0.936 0.004 0.012
#> GSM82324 5 0.0000 0.7394 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 5 0.0000 0.7394 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 3 0.2443 0.6768 0.096 0.004 0.892 0.004 0.004
#> GSM82363 3 0.2387 0.6806 0.092 0.004 0.896 0.004 0.004
#> GSM82293 5 0.2857 0.7436 0.000 0.008 0.112 0.012 0.868
#> GSM82294 5 0.2907 0.7423 0.000 0.008 0.116 0.012 0.864
#> GSM82297 5 0.4031 0.7256 0.020 0.012 0.144 0.016 0.808
#> GSM82298 5 0.4074 0.7204 0.016 0.012 0.148 0.020 0.804
#> GSM82373 4 0.4201 0.6857 0.024 0.072 0.076 0.820 0.008
#> GSM82374 4 0.4201 0.6857 0.024 0.072 0.076 0.820 0.008
#> GSM82377 1 0.4281 0.7310 0.800 0.080 0.100 0.000 0.020
#> GSM82378 1 0.4358 0.7215 0.788 0.100 0.100 0.000 0.012
#> GSM82309 5 0.7272 0.2760 0.016 0.032 0.132 0.368 0.452
#> GSM82310 5 0.7272 0.2760 0.016 0.032 0.132 0.368 0.452
#> GSM128587 5 0.6261 0.5517 0.272 0.016 0.108 0.008 0.596
#> GSM128588 5 0.6210 0.5601 0.256 0.012 0.120 0.008 0.604
#> GSM128595 1 0.4977 0.7312 0.756 0.016 0.120 0.008 0.100
#> GSM128596 1 0.4977 0.7312 0.756 0.016 0.120 0.008 0.100
#> GSM128599 2 0.5893 0.5792 0.020 0.668 0.192 0.008 0.112
#> GSM128600 2 0.5802 0.5875 0.020 0.676 0.192 0.008 0.104
#> GSM128603 5 0.6259 0.5845 0.028 0.092 0.240 0.012 0.628
#> GSM128604 5 0.6211 0.5898 0.028 0.088 0.240 0.012 0.632
#> GSM82284 2 0.3412 0.6715 0.000 0.812 0.172 0.008 0.008
#> GSM82321 2 0.4178 0.6546 0.020 0.780 0.180 0.008 0.012
#> GSM82342 3 0.4831 0.6003 0.008 0.016 0.704 0.020 0.252
#> GSM82361 3 0.4156 0.6540 0.008 0.012 0.776 0.016 0.188
#> GSM82351 3 0.5592 0.6565 0.000 0.188 0.664 0.008 0.140
#> GSM82371 3 0.5592 0.6565 0.000 0.188 0.664 0.008 0.140
#> GSM82330 5 0.1831 0.7403 0.000 0.004 0.076 0.000 0.920
#> GSM82336 5 0.1638 0.7419 0.000 0.004 0.064 0.000 0.932
#> GSM128492 5 0.1285 0.7496 0.000 0.004 0.036 0.004 0.956
#> GSM128493 5 0.1285 0.7496 0.000 0.004 0.036 0.004 0.956
#> GSM82323 2 0.6102 0.4765 0.008 0.620 0.228 0.008 0.136
#> GSM82353 2 0.6077 0.4817 0.008 0.624 0.224 0.008 0.136
#> GSM82317 2 0.7289 0.2847 0.024 0.492 0.236 0.012 0.236
#> GSM82318 2 0.7341 0.2625 0.024 0.480 0.236 0.012 0.248
#> GSM128496 3 0.5641 0.2533 0.020 0.016 0.544 0.016 0.404
#> GSM128497 3 0.5718 0.2945 0.020 0.016 0.544 0.020 0.400
#> GSM82319 3 0.5906 0.6062 0.036 0.060 0.664 0.012 0.228
#> GSM82320 3 0.6003 0.6003 0.040 0.060 0.656 0.012 0.232
#> GSM128504 5 0.1682 0.7528 0.012 0.004 0.044 0.000 0.940
#> GSM128505 5 0.1682 0.7528 0.012 0.004 0.044 0.000 0.940
#> GSM128509 5 0.5443 0.5436 0.000 0.044 0.316 0.020 0.620
#> GSM128510 5 0.6045 0.4138 0.000 0.068 0.368 0.024 0.540
#> GSM82325 3 0.3451 0.6743 0.012 0.008 0.844 0.016 0.120
#> GSM82327 3 0.3451 0.6743 0.012 0.008 0.844 0.016 0.120
#> GSM82289 1 0.5300 0.7185 0.728 0.016 0.132 0.008 0.116
#> GSM82291 1 0.5300 0.7185 0.728 0.016 0.132 0.008 0.116
#> GSM82290 2 0.7941 -0.0804 0.012 0.388 0.104 0.376 0.120
#> GSM82292 4 0.7748 0.2814 0.012 0.256 0.104 0.500 0.128
#> GSM128525 1 0.0833 0.7346 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> GSM128526 1 0.0833 0.7346 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> GSM128529 4 0.0807 0.7721 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> GSM128530 4 0.0807 0.7721 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> GSM128533 1 0.1200 0.7401 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> GSM128534 1 0.1200 0.7401 0.964 0.000 0.012 0.008 0.016
#> GSM128541 1 0.0671 0.7302 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM128542 1 0.0671 0.7302 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM128557 2 0.3622 0.6758 0.000 0.820 0.124 0.056 0.000
#> GSM128558 2 0.3622 0.6755 0.000 0.820 0.124 0.056 0.000
#> GSM82349 2 0.3482 0.6747 0.000 0.812 0.168 0.012 0.008
#> GSM82367 2 0.3482 0.6747 0.000 0.812 0.168 0.012 0.008
#> GSM82346 3 0.2108 0.7183 0.024 0.004 0.928 0.008 0.036
#> GSM82364 3 0.1900 0.7162 0.024 0.004 0.936 0.004 0.032
#> GSM82345 3 0.5870 0.5951 0.000 0.240 0.620 0.008 0.132
#> GSM82360 3 0.5847 0.6006 0.000 0.236 0.624 0.008 0.132
#> GSM82335 5 0.5323 0.0169 0.008 0.008 0.448 0.020 0.516
#> GSM82339 3 0.5229 0.3696 0.004 0.012 0.568 0.020 0.396
#> GSM128494 5 0.4741 -0.1498 0.004 0.004 0.492 0.004 0.496
#> GSM128495 3 0.4740 0.1451 0.004 0.004 0.504 0.004 0.484
#> GSM82356 3 0.6595 0.4865 0.012 0.292 0.544 0.008 0.144
#> GSM82359 3 0.6852 0.2117 0.012 0.392 0.440 0.008 0.148
#> GSM82347 3 0.5802 0.6287 0.004 0.212 0.648 0.008 0.128
#> GSM82365 3 0.6050 0.5787 0.004 0.252 0.608 0.008 0.128
#> GSM128498 3 0.3090 0.6952 0.020 0.004 0.860 0.004 0.112
#> GSM128499 3 0.3551 0.6671 0.020 0.004 0.820 0.004 0.152
#> GSM82333 3 0.2260 0.7132 0.048 0.012 0.920 0.004 0.016
#> GSM82369 3 0.2260 0.7132 0.048 0.012 0.920 0.004 0.016
#> GSM128506 2 0.2330 0.6062 0.004 0.900 0.004 0.088 0.004
#> GSM128507 2 0.2330 0.6062 0.004 0.900 0.004 0.088 0.004
#> GSM128511 2 0.3203 0.6762 0.000 0.820 0.168 0.012 0.000
#> GSM128512 2 0.3203 0.6762 0.000 0.820 0.168 0.012 0.000
#> GSM82334 3 0.2061 0.7186 0.024 0.004 0.928 0.004 0.040
#> GSM82370 3 0.2150 0.7181 0.028 0.004 0.924 0.004 0.040
#> GSM82305 1 0.8281 0.4241 0.488 0.192 0.108 0.176 0.036
#> GSM82306 1 0.8315 0.4191 0.484 0.196 0.112 0.172 0.036
#> GSM82303 2 0.5184 0.1719 0.016 0.612 0.020 0.348 0.004
#> GSM82304 2 0.5184 0.1719 0.016 0.612 0.020 0.348 0.004
#> GSM128527 1 0.5919 0.6882 0.692 0.044 0.152 0.008 0.104
#> GSM128528 1 0.5802 0.6989 0.704 0.044 0.140 0.008 0.104
#> GSM128531 4 0.0807 0.7721 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> GSM128532 4 0.0807 0.7721 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> GSM128535 1 0.1248 0.7390 0.964 0.004 0.008 0.008 0.016
#> GSM128536 1 0.1248 0.7390 0.964 0.004 0.008 0.008 0.016
#> GSM128543 1 0.0671 0.7302 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM128544 1 0.0671 0.7302 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM128559 1 0.8323 0.4788 0.504 0.144 0.116 0.184 0.052
#> GSM128560 1 0.8296 0.4759 0.504 0.148 0.116 0.184 0.048
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 1 0.7238 0.40786 0.504 0.184 0.040 0.200 0.000 0.072
#> GSM82314 1 0.7238 0.40786 0.504 0.184 0.040 0.200 0.000 0.072
#> GSM82331 5 0.2806 0.64375 0.004 0.000 0.016 0.000 0.844 0.136
#> GSM82338 5 0.3109 0.63315 0.004 0.000 0.016 0.000 0.812 0.168
#> GSM82315 4 0.9586 0.14649 0.108 0.236 0.124 0.272 0.100 0.160
#> GSM82316 4 0.9579 0.13699 0.104 0.240 0.124 0.268 0.100 0.164
#> GSM82350 6 0.5415 -0.01636 0.024 0.000 0.048 0.004 0.444 0.480
#> GSM82368 6 0.5449 0.05644 0.024 0.000 0.052 0.004 0.420 0.500
#> GSM82328 2 0.1265 0.70753 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> GSM82340 2 0.1265 0.70753 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> GSM128565 5 0.4777 0.53144 0.016 0.000 0.008 0.040 0.668 0.268
#> GSM128566 5 0.4777 0.53144 0.016 0.000 0.008 0.040 0.668 0.268
#> GSM82329 3 0.6258 0.48485 0.140 0.040 0.580 0.000 0.016 0.224
#> GSM82341 3 0.6232 0.47884 0.116 0.048 0.584 0.000 0.016 0.236
#> GSM128569 5 0.0405 0.66720 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM128570 5 0.0291 0.66771 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM128573 3 0.7138 0.37363 0.132 0.108 0.508 0.004 0.016 0.232
#> GSM128574 3 0.7138 0.37436 0.132 0.108 0.508 0.004 0.016 0.232
#> GSM82295 5 0.0696 0.66770 0.004 0.008 0.000 0.004 0.980 0.004
#> GSM82296 5 0.0696 0.66770 0.004 0.008 0.000 0.004 0.980 0.004
#> GSM82337 3 0.3017 0.60695 0.096 0.004 0.848 0.000 0.000 0.052
#> GSM82379 3 0.3017 0.60695 0.096 0.004 0.848 0.000 0.000 0.052
#> GSM82285 5 0.4460 0.51684 0.004 0.008 0.044 0.004 0.712 0.228
#> GSM82286 5 0.4243 0.53548 0.004 0.008 0.028 0.004 0.720 0.236
#> GSM82287 5 0.5459 0.55777 0.004 0.008 0.024 0.224 0.652 0.088
#> GSM82288 5 0.5414 0.55914 0.004 0.008 0.024 0.224 0.656 0.084
#> GSM82311 4 0.1007 0.65978 0.004 0.008 0.016 0.968 0.000 0.004
#> GSM82312 4 0.1007 0.65978 0.004 0.008 0.016 0.968 0.000 0.004
#> GSM82375 6 0.6722 0.45543 0.088 0.020 0.148 0.016 0.124 0.604
#> GSM82376 6 0.6839 0.45422 0.088 0.024 0.148 0.020 0.120 0.600
#> GSM82307 4 0.6296 0.25209 0.084 0.328 0.020 0.524 0.000 0.044
#> GSM82308 4 0.6296 0.25209 0.084 0.328 0.020 0.524 0.000 0.044
#> GSM128585 6 0.7500 0.33380 0.148 0.000 0.140 0.016 0.276 0.420
#> GSM128586 6 0.7523 0.32887 0.152 0.000 0.140 0.016 0.276 0.416
#> GSM128593 1 0.4563 0.75934 0.788 0.008 0.080 0.032 0.060 0.032
#> GSM128594 1 0.4340 0.76229 0.800 0.008 0.080 0.024 0.060 0.028
#> GSM128597 6 0.5339 0.44194 0.064 0.000 0.084 0.004 0.160 0.688
#> GSM128598 6 0.5371 0.43705 0.064 0.000 0.084 0.004 0.164 0.684
#> GSM128601 6 0.6087 0.38390 0.032 0.000 0.128 0.008 0.272 0.560
#> GSM128602 6 0.5896 0.41060 0.028 0.000 0.128 0.008 0.244 0.592
#> GSM82348 2 0.6424 0.51345 0.084 0.600 0.032 0.204 0.000 0.080
#> GSM82366 2 0.6799 0.43058 0.128 0.556 0.028 0.208 0.000 0.080
#> GSM82322 6 0.6039 0.33545 0.000 0.000 0.316 0.004 0.228 0.452
#> GSM82352 6 0.6267 0.24950 0.004 0.000 0.340 0.004 0.248 0.404
#> GSM82332 2 0.4099 0.74033 0.000 0.788 0.096 0.036 0.000 0.080
#> GSM82357 2 0.4145 0.73960 0.000 0.784 0.100 0.036 0.000 0.080
#> GSM82354 6 0.6304 0.37600 0.028 0.000 0.284 0.000 0.200 0.488
#> GSM82372 6 0.6406 0.40511 0.036 0.000 0.260 0.000 0.212 0.492
#> GSM82343 2 0.1124 0.71043 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> GSM82362 2 0.1124 0.71043 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> GSM128567 2 0.1452 0.71490 0.000 0.948 0.008 0.032 0.008 0.004
#> GSM128568 2 0.1338 0.71387 0.000 0.952 0.004 0.032 0.008 0.004
#> GSM82355 3 0.6343 0.15439 0.024 0.112 0.444 0.004 0.012 0.404
#> GSM82358 3 0.6367 0.19010 0.028 0.108 0.456 0.004 0.012 0.392
#> GSM128571 5 0.6034 0.35532 0.004 0.196 0.072 0.008 0.628 0.092
#> GSM128572 5 0.6040 0.34172 0.004 0.200 0.072 0.004 0.620 0.100
#> GSM128575 3 0.3575 0.62519 0.020 0.024 0.832 0.000 0.024 0.100
#> GSM128576 3 0.3575 0.62519 0.020 0.024 0.832 0.000 0.024 0.100
#> GSM82324 5 0.0696 0.66770 0.004 0.008 0.000 0.004 0.980 0.004
#> GSM82326 5 0.0696 0.66770 0.004 0.008 0.000 0.004 0.980 0.004
#> GSM82344 3 0.2826 0.60453 0.092 0.000 0.856 0.000 0.000 0.052
#> GSM82363 3 0.2618 0.60856 0.076 0.000 0.872 0.000 0.000 0.052
#> GSM82293 6 0.5011 0.36250 0.012 0.000 0.076 0.008 0.236 0.668
#> GSM82294 6 0.5011 0.36250 0.012 0.000 0.076 0.008 0.236 0.668
#> GSM82297 6 0.5872 0.35995 0.016 0.000 0.152 0.004 0.268 0.560
#> GSM82298 6 0.5894 0.41076 0.012 0.000 0.220 0.000 0.228 0.540
#> GSM82373 4 0.2831 0.64534 0.024 0.048 0.044 0.880 0.000 0.004
#> GSM82374 4 0.2815 0.64426 0.020 0.048 0.048 0.880 0.000 0.004
#> GSM82377 1 0.4384 0.70932 0.784 0.036 0.096 0.004 0.008 0.072
#> GSM82378 1 0.4384 0.70932 0.784 0.036 0.096 0.004 0.008 0.072
#> GSM82309 4 0.6539 0.15895 0.024 0.012 0.032 0.492 0.360 0.080
#> GSM82310 4 0.6539 0.15895 0.024 0.012 0.032 0.492 0.360 0.080
#> GSM128587 6 0.7396 0.21474 0.292 0.000 0.096 0.004 0.264 0.344
#> GSM128588 6 0.7466 0.22900 0.272 0.000 0.108 0.004 0.272 0.344
#> GSM128595 1 0.4105 0.76575 0.808 0.000 0.064 0.020 0.072 0.036
#> GSM128596 1 0.4169 0.76423 0.804 0.000 0.060 0.020 0.076 0.040
#> GSM128599 2 0.6106 0.58813 0.008 0.600 0.140 0.012 0.024 0.216
#> GSM128600 2 0.6106 0.58813 0.008 0.600 0.140 0.012 0.024 0.216
#> GSM128603 6 0.5426 0.47539 0.048 0.012 0.116 0.008 0.108 0.708
#> GSM128604 6 0.5429 0.47894 0.044 0.008 0.128 0.008 0.112 0.700
#> GSM82284 2 0.4804 0.68760 0.004 0.704 0.128 0.008 0.000 0.156
#> GSM82321 2 0.4842 0.68472 0.004 0.700 0.132 0.008 0.000 0.156
#> GSM82342 3 0.5088 0.51670 0.028 0.000 0.676 0.000 0.096 0.200
#> GSM82361 3 0.5088 0.52136 0.028 0.000 0.676 0.000 0.096 0.200
#> GSM82351 3 0.4883 0.52881 0.000 0.092 0.660 0.000 0.008 0.240
#> GSM82371 3 0.4815 0.53545 0.000 0.088 0.668 0.000 0.008 0.236
#> GSM82330 5 0.5873 -0.05902 0.000 0.000 0.208 0.000 0.452 0.340
#> GSM82336 5 0.5940 -0.00888 0.000 0.004 0.196 0.000 0.464 0.336
#> GSM128492 5 0.4227 0.48427 0.000 0.000 0.020 0.004 0.632 0.344
#> GSM128493 5 0.4587 0.46463 0.000 0.000 0.048 0.004 0.632 0.316
#> GSM82323 6 0.6472 0.02263 0.004 0.360 0.212 0.004 0.012 0.408
#> GSM82353 6 0.6378 0.05788 0.004 0.348 0.212 0.004 0.008 0.424
#> GSM82317 6 0.6487 0.06441 0.004 0.332 0.200 0.008 0.012 0.444
#> GSM82318 6 0.6473 0.08962 0.004 0.324 0.200 0.008 0.012 0.452
#> GSM128496 6 0.6513 0.20659 0.036 0.004 0.380 0.000 0.160 0.420
#> GSM128497 6 0.5892 0.09289 0.012 0.000 0.416 0.000 0.140 0.432
#> GSM82319 3 0.5930 0.12086 0.048 0.028 0.524 0.000 0.032 0.368
#> GSM82320 3 0.5982 0.12360 0.052 0.028 0.520 0.000 0.032 0.368
#> GSM128504 5 0.4500 0.61966 0.016 0.000 0.000 0.144 0.736 0.104
#> GSM128505 5 0.4640 0.61192 0.016 0.000 0.000 0.160 0.720 0.104
#> GSM128509 6 0.5884 0.33185 0.000 0.000 0.328 0.004 0.188 0.480
#> GSM128510 6 0.5530 0.26398 0.000 0.000 0.364 0.000 0.140 0.496
#> GSM82325 3 0.3518 0.58289 0.012 0.000 0.816 0.000 0.056 0.116
#> GSM82327 3 0.3518 0.58289 0.012 0.000 0.816 0.000 0.056 0.116
#> GSM82289 1 0.4351 0.75550 0.788 0.000 0.060 0.016 0.092 0.044
#> GSM82291 1 0.4351 0.75550 0.788 0.000 0.060 0.016 0.092 0.044
#> GSM82290 4 0.6937 0.21954 0.012 0.376 0.008 0.432 0.096 0.076
#> GSM82292 4 0.6601 0.33534 0.012 0.328 0.004 0.500 0.092 0.064
#> GSM128525 1 0.0725 0.77624 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM128526 1 0.0725 0.77624 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM128529 4 0.0582 0.65954 0.004 0.004 0.004 0.984 0.000 0.004
#> GSM128530 4 0.0582 0.65954 0.004 0.004 0.004 0.984 0.000 0.004
#> GSM128533 1 0.0909 0.77776 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM128534 1 0.0909 0.77776 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM128541 1 0.0436 0.77091 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM128542 1 0.0436 0.77091 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM128557 2 0.3904 0.74264 0.000 0.804 0.092 0.040 0.000 0.064
#> GSM128558 2 0.3904 0.74264 0.000 0.804 0.092 0.040 0.000 0.064
#> GSM82349 2 0.4502 0.70838 0.000 0.732 0.116 0.012 0.000 0.140
#> GSM82367 2 0.4502 0.70838 0.000 0.732 0.116 0.012 0.000 0.140
#> GSM82346 3 0.2515 0.62798 0.016 0.000 0.888 0.000 0.024 0.072
#> GSM82364 3 0.2458 0.62332 0.016 0.000 0.892 0.000 0.024 0.068
#> GSM82345 3 0.5897 0.38579 0.004 0.184 0.540 0.000 0.008 0.264
#> GSM82360 3 0.5831 0.40026 0.004 0.164 0.544 0.000 0.008 0.280
#> GSM82335 6 0.6297 0.30384 0.012 0.000 0.332 0.004 0.208 0.444
#> GSM82339 3 0.5984 -0.11451 0.008 0.000 0.420 0.000 0.172 0.400
#> GSM128494 3 0.5704 0.24169 0.000 0.000 0.500 0.000 0.316 0.184
#> GSM128495 3 0.5716 0.24272 0.000 0.000 0.500 0.000 0.312 0.188
#> GSM82356 6 0.6758 0.02865 0.020 0.240 0.316 0.004 0.008 0.412
#> GSM82359 6 0.6907 0.05512 0.028 0.260 0.296 0.004 0.008 0.404
#> GSM82347 3 0.6004 0.16859 0.000 0.136 0.436 0.008 0.008 0.412
#> GSM82365 6 0.6227 -0.14441 0.000 0.160 0.400 0.008 0.012 0.420
#> GSM128498 3 0.3884 0.60138 0.064 0.000 0.808 0.000 0.048 0.080
#> GSM128499 3 0.4171 0.59283 0.068 0.000 0.788 0.000 0.060 0.084
#> GSM82333 3 0.3136 0.63258 0.052 0.008 0.864 0.000 0.024 0.052
#> GSM82369 3 0.3213 0.63224 0.056 0.008 0.860 0.000 0.028 0.048
#> GSM128506 2 0.1484 0.71220 0.000 0.944 0.004 0.040 0.008 0.004
#> GSM128507 2 0.1554 0.71011 0.000 0.940 0.004 0.044 0.008 0.004
#> GSM128511 2 0.4516 0.72536 0.000 0.744 0.112 0.024 0.000 0.120
#> GSM128512 2 0.4516 0.72536 0.000 0.744 0.112 0.024 0.000 0.120
#> GSM82334 3 0.2685 0.62144 0.040 0.000 0.884 0.000 0.024 0.052
#> GSM82370 3 0.2688 0.62122 0.044 0.000 0.884 0.000 0.024 0.048
#> GSM82305 1 0.7834 0.32280 0.452 0.248 0.028 0.156 0.024 0.092
#> GSM82306 1 0.7896 0.30691 0.444 0.256 0.032 0.152 0.024 0.092
#> GSM82303 2 0.5197 0.21828 0.012 0.608 0.004 0.324 0.020 0.032
#> GSM82304 2 0.5211 0.20762 0.012 0.604 0.004 0.328 0.020 0.032
#> GSM128527 1 0.4549 0.73685 0.772 0.004 0.116 0.012 0.056 0.040
#> GSM128528 1 0.4489 0.74075 0.776 0.004 0.116 0.012 0.052 0.040
#> GSM128531 4 0.0696 0.65842 0.004 0.008 0.004 0.980 0.000 0.004
#> GSM128532 4 0.0696 0.65842 0.004 0.008 0.004 0.980 0.000 0.004
#> GSM128535 1 0.0909 0.77792 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM128536 1 0.0909 0.77792 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM128543 1 0.0436 0.77091 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM128544 1 0.0436 0.77091 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM128559 1 0.7498 0.49401 0.540 0.156 0.040 0.164 0.036 0.064
#> GSM128560 1 0.7471 0.50041 0.544 0.156 0.040 0.160 0.036 0.064
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:mclust 40 NA NA NA 2
#> SD:mclust 96 0.103107 0.59416 7.47e-14 3
#> SD:mclust 106 0.001259 0.00982 3.15e-20 4
#> SD:mclust 122 0.000132 0.04628 1.21e-34 5
#> SD:mclust 86 0.003083 0.00844 7.48e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.356 0.552 0.804 0.4917 0.513 0.513
#> 3 3 0.712 0.821 0.918 0.3342 0.714 0.502
#> 4 4 0.802 0.834 0.914 0.1401 0.827 0.553
#> 5 5 0.714 0.644 0.826 0.0700 0.843 0.485
#> 6 6 0.697 0.606 0.781 0.0368 0.924 0.660
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.9954 0.408 0.540 0.460
#> GSM82314 1 0.9993 0.368 0.516 0.484
#> GSM82331 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82338 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82315 1 0.9850 0.456 0.572 0.428
#> GSM82316 1 0.9909 0.435 0.556 0.444
#> GSM82350 1 0.2778 0.722 0.952 0.048
#> GSM82368 1 0.1633 0.727 0.976 0.024
#> GSM82328 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.9996 0.429 0.488 0.512
#> GSM82341 2 0.9732 0.549 0.404 0.596
#> GSM128569 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128570 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128573 2 0.9896 0.511 0.440 0.560
#> GSM128574 2 0.9881 0.516 0.436 0.564
#> GSM82295 1 0.9491 0.518 0.632 0.368
#> GSM82296 1 0.9491 0.518 0.632 0.368
#> GSM82337 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82379 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82285 1 0.4562 0.704 0.904 0.096
#> GSM82286 1 0.3879 0.713 0.924 0.076
#> GSM82287 1 0.9710 0.486 0.600 0.400
#> GSM82288 1 0.9710 0.486 0.600 0.400
#> GSM82311 1 0.9909 0.432 0.556 0.444
#> GSM82312 1 0.9977 0.388 0.528 0.472
#> GSM82375 1 0.3431 0.717 0.936 0.064
#> GSM82376 1 0.3584 0.716 0.932 0.068
#> GSM82307 2 0.9933 -0.258 0.452 0.548
#> GSM82308 2 0.9833 -0.194 0.424 0.576
#> GSM128585 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.8813 0.577 0.700 0.300
#> GSM128594 1 0.8327 0.603 0.736 0.264
#> GSM128597 1 0.7674 0.569 0.776 0.224
#> GSM128598 1 0.6887 0.629 0.816 0.184
#> GSM128601 1 0.0376 0.728 0.996 0.004
#> GSM128602 1 0.0376 0.728 0.996 0.004
#> GSM82348 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82322 1 0.9998 -0.400 0.508 0.492
#> GSM82352 2 0.9896 0.510 0.440 0.560
#> GSM82332 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.2236 0.715 0.964 0.036
#> GSM82372 1 0.0938 0.728 0.988 0.012
#> GSM82343 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.8813 0.611 0.300 0.700
#> GSM82358 2 0.9427 0.581 0.360 0.640
#> GSM128571 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.9732 0.549 0.404 0.596
#> GSM128576 2 0.9710 0.553 0.400 0.600
#> GSM82324 1 0.9170 0.554 0.668 0.332
#> GSM82326 1 0.8763 0.580 0.704 0.296
#> GSM82344 1 0.7453 0.413 0.788 0.212
#> GSM82363 1 0.9881 -0.265 0.564 0.436
#> GSM82293 1 0.0938 0.721 0.988 0.012
#> GSM82294 1 0.0376 0.726 0.996 0.004
#> GSM82297 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82373 1 0.9815 0.464 0.580 0.420
#> GSM82374 1 0.9850 0.454 0.572 0.428
#> GSM82377 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82309 1 0.9710 0.486 0.600 0.400
#> GSM82310 1 0.9710 0.486 0.600 0.400
#> GSM128587 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0938 0.728 0.988 0.012
#> GSM128596 1 0.1184 0.728 0.984 0.016
#> GSM128599 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128603 1 0.9635 0.484 0.612 0.388
#> GSM128604 1 0.9427 0.522 0.640 0.360
#> GSM82284 2 0.7453 0.649 0.212 0.788
#> GSM82321 2 0.7602 0.646 0.220 0.780
#> GSM82342 2 0.9977 0.461 0.472 0.528
#> GSM82361 1 0.9993 -0.382 0.516 0.484
#> GSM82351 2 0.9710 0.553 0.400 0.600
#> GSM82371 2 0.9710 0.553 0.400 0.600
#> GSM82330 1 1.0000 -0.411 0.504 0.496
#> GSM82336 2 0.9983 0.454 0.476 0.524
#> GSM128492 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.5946 0.668 0.144 0.856
#> GSM82353 2 0.6438 0.664 0.164 0.836
#> GSM82317 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128496 1 0.0672 0.723 0.992 0.008
#> GSM128497 1 0.9954 -0.326 0.540 0.460
#> GSM82319 1 0.9993 -0.382 0.516 0.484
#> GSM82320 1 0.9866 -0.254 0.568 0.432
#> GSM128504 1 0.8763 0.580 0.704 0.296
#> GSM128505 1 0.8813 0.577 0.700 0.300
#> GSM128509 2 0.9850 0.524 0.428 0.572
#> GSM128510 1 1.0000 -0.413 0.504 0.496
#> GSM82325 2 0.9963 0.474 0.464 0.536
#> GSM82327 2 0.9909 0.504 0.444 0.556
#> GSM82289 1 0.0376 0.728 0.996 0.004
#> GSM82291 1 0.0376 0.728 0.996 0.004
#> GSM82290 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82292 2 0.8267 0.277 0.260 0.740
#> GSM128525 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.9850 0.454 0.572 0.428
#> GSM128530 1 0.9850 0.454 0.572 0.428
#> GSM128533 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.2603 0.723 0.956 0.044
#> GSM128542 1 0.2948 0.721 0.948 0.052
#> GSM128557 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82349 2 0.6623 0.662 0.172 0.828
#> GSM82367 2 0.6247 0.666 0.156 0.844
#> GSM82346 2 0.9866 0.520 0.432 0.568
#> GSM82364 2 0.9970 0.468 0.468 0.532
#> GSM82345 2 0.9491 0.576 0.368 0.632
#> GSM82360 2 0.9552 0.571 0.376 0.624
#> GSM82335 1 0.1184 0.717 0.984 0.016
#> GSM82339 2 0.9970 0.468 0.468 0.532
#> GSM128494 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128495 1 0.0376 0.726 0.996 0.004
#> GSM82356 2 0.9608 0.566 0.384 0.616
#> GSM82359 2 0.9608 0.566 0.384 0.616
#> GSM82347 2 0.0938 0.686 0.012 0.988
#> GSM82365 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128499 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM82333 2 0.9933 0.493 0.452 0.548
#> GSM82369 2 0.9988 0.446 0.480 0.520
#> GSM128506 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.9996 0.429 0.488 0.512
#> GSM82370 1 0.9977 -0.355 0.528 0.472
#> GSM82305 2 0.8861 0.158 0.304 0.696
#> GSM82306 2 0.5842 0.521 0.140 0.860
#> GSM82303 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM82304 2 0.0000 0.687 0.000 1.000
#> GSM128527 1 0.4815 0.700 0.896 0.104
#> GSM128528 1 0.5178 0.694 0.884 0.116
#> GSM128531 1 0.9881 0.443 0.564 0.436
#> GSM128532 1 0.9866 0.449 0.568 0.432
#> GSM128535 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.728 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.5059 0.696 0.888 0.112
#> GSM128544 1 0.5408 0.690 0.876 0.124
#> GSM128559 1 0.9710 0.486 0.600 0.400
#> GSM128560 1 0.9710 0.486 0.600 0.400
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.4291 0.7319 0.820 0.180 0.000
#> GSM82314 1 0.5882 0.4266 0.652 0.348 0.000
#> GSM82331 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.4555 0.7760 0.800 0.200 0.000
#> GSM82316 1 0.4796 0.7585 0.780 0.220 0.000
#> GSM82350 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM82368 1 0.0237 0.8726 0.996 0.000 0.004
#> GSM82328 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82341 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128569 3 0.4504 0.7550 0.196 0.000 0.804
#> GSM128570 3 0.3551 0.8191 0.132 0.000 0.868
#> GSM128573 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128574 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82295 1 0.4178 0.7985 0.828 0.172 0.000
#> GSM82296 1 0.4178 0.7985 0.828 0.172 0.000
#> GSM82337 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82285 3 0.6111 0.7255 0.112 0.104 0.784
#> GSM82286 1 0.7474 0.7039 0.696 0.128 0.176
#> GSM82287 1 0.4452 0.7825 0.808 0.192 0.000
#> GSM82288 1 0.4452 0.7825 0.808 0.192 0.000
#> GSM82311 1 0.5363 0.6984 0.724 0.276 0.000
#> GSM82312 1 0.6045 0.5358 0.620 0.380 0.000
#> GSM82375 1 0.3482 0.8106 0.872 0.000 0.128
#> GSM82376 1 0.2878 0.8312 0.904 0.000 0.096
#> GSM82307 2 0.2261 0.8605 0.068 0.932 0.000
#> GSM82308 2 0.1411 0.8954 0.036 0.964 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.1765 0.8612 0.956 0.040 0.004
#> GSM128598 1 0.0592 0.8718 0.988 0.012 0.000
#> GSM128601 1 0.4629 0.7601 0.808 0.004 0.188
#> GSM128602 1 0.4733 0.7522 0.800 0.004 0.196
#> GSM82348 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.5529 0.5952 0.296 0.000 0.704
#> GSM82372 1 0.6286 0.0477 0.536 0.000 0.464
#> GSM82343 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0747 0.9262 0.000 0.016 0.984
#> GSM82358 3 0.0424 0.9323 0.000 0.008 0.992
#> GSM128571 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128572 2 0.0424 0.9219 0.000 0.992 0.008
#> GSM128575 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 1 0.7932 0.6706 0.660 0.200 0.140
#> GSM82326 1 0.6159 0.7568 0.756 0.196 0.048
#> GSM82344 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.6252 0.3070 0.556 0.000 0.444
#> GSM82294 1 0.6192 0.3711 0.580 0.000 0.420
#> GSM82297 1 0.5988 0.4902 0.632 0.000 0.368
#> GSM82298 3 0.6204 0.1417 0.424 0.000 0.576
#> GSM82373 1 0.3116 0.8362 0.892 0.108 0.000
#> GSM82374 1 0.3340 0.8309 0.880 0.120 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM82309 1 0.0892 0.8696 0.980 0.020 0.000
#> GSM82310 1 0.0892 0.8696 0.980 0.020 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.7577 0.5725 0.616 0.324 0.060
#> GSM128604 1 0.7718 0.5703 0.612 0.320 0.068
#> GSM82284 2 0.5785 0.5124 0.000 0.668 0.332
#> GSM82321 2 0.6079 0.3906 0.000 0.612 0.388
#> GSM82342 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82330 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.6192 0.3717 0.580 0.000 0.420
#> GSM128493 3 0.6302 -0.0801 0.480 0.000 0.520
#> GSM82323 2 0.6204 0.2973 0.000 0.576 0.424
#> GSM82353 3 0.6309 -0.0781 0.000 0.496 0.504
#> GSM82317 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128496 3 0.4346 0.7621 0.184 0.000 0.816
#> GSM128497 3 0.2261 0.8823 0.068 0.000 0.932
#> GSM82319 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82327 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM82290 2 0.0237 0.9240 0.004 0.996 0.000
#> GSM82292 2 0.0237 0.9240 0.004 0.996 0.000
#> GSM128525 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.3879 0.8114 0.848 0.152 0.000
#> GSM128530 1 0.4178 0.7982 0.828 0.172 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.4702 0.7045 0.000 0.788 0.212
#> GSM82367 2 0.4178 0.7558 0.000 0.828 0.172
#> GSM82346 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 3 0.0237 0.9350 0.000 0.004 0.996
#> GSM82360 3 0.0237 0.9350 0.000 0.004 0.996
#> GSM82335 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82339 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128494 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82356 3 0.0424 0.9323 0.000 0.008 0.992
#> GSM82359 3 0.0892 0.9231 0.000 0.020 0.980
#> GSM82347 3 0.4974 0.6460 0.000 0.236 0.764
#> GSM82365 2 0.6307 0.0540 0.000 0.512 0.488
#> GSM128498 3 0.0592 0.9292 0.012 0.000 0.988
#> GSM128499 3 0.1529 0.9069 0.040 0.000 0.960
#> GSM82333 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82370 3 0.0000 0.9374 0.000 0.000 1.000
#> GSM82305 2 0.2448 0.8605 0.076 0.924 0.000
#> GSM82306 2 0.0747 0.9165 0.016 0.984 0.000
#> GSM82303 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM82304 2 0.0000 0.9269 0.000 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.4702 0.7668 0.788 0.212 0.000
#> GSM128532 1 0.4452 0.7840 0.808 0.192 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0592 0.8715 0.988 0.012 0.000
#> GSM128560 1 0.0424 0.8722 0.992 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.0895 0.9034 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM82314 1 0.0895 0.9034 0.976 0.020 0.000 0.004
#> GSM82331 4 0.4741 0.5099 0.004 0.000 0.328 0.668
#> GSM82338 4 0.3583 0.7785 0.004 0.000 0.180 0.816
#> GSM82315 4 0.2399 0.9039 0.032 0.048 0.000 0.920
#> GSM82316 4 0.2546 0.8996 0.028 0.060 0.000 0.912
#> GSM82350 1 0.4356 0.6395 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM82368 1 0.4522 0.5869 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM82328 2 0.0188 0.9333 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0188 0.9333 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.1118 0.9156 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM128566 4 0.1118 0.9156 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM82329 3 0.1474 0.8660 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM82341 3 0.0188 0.8847 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM128569 4 0.0657 0.9215 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM128570 4 0.1388 0.9162 0.012 0.000 0.028 0.960
#> GSM128573 3 0.5000 0.0741 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM128574 3 0.4985 0.1730 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM82295 4 0.0188 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82296 4 0.0188 0.9220 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82337 3 0.4790 0.4240 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM82379 3 0.4643 0.5074 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM82285 4 0.1745 0.9166 0.020 0.008 0.020 0.952
#> GSM82286 4 0.1229 0.9192 0.020 0.004 0.008 0.968
#> GSM82287 4 0.1059 0.9212 0.012 0.016 0.000 0.972
#> GSM82288 4 0.0937 0.9215 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM82311 4 0.2586 0.9007 0.040 0.048 0.000 0.912
#> GSM82312 4 0.2670 0.8925 0.024 0.072 0.000 0.904
#> GSM82375 4 0.0336 0.9213 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM82376 4 0.0469 0.9207 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM82307 2 0.1913 0.9074 0.020 0.940 0.000 0.040
#> GSM82308 2 0.1610 0.9148 0.016 0.952 0.000 0.032
#> GSM128585 4 0.1716 0.8996 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM128586 4 0.1716 0.8996 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM128593 1 0.1022 0.9163 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM128594 1 0.1022 0.9163 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM128597 1 0.6620 0.4389 0.576 0.320 0.000 0.104
#> GSM128598 1 0.6049 0.6679 0.684 0.184 0.000 0.132
#> GSM128601 4 0.0376 0.9223 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM128602 4 0.0376 0.9223 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM82348 2 0.0592 0.9299 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0592 0.9299 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM82322 3 0.1211 0.8726 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM82352 3 0.0817 0.8793 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM82332 2 0.0469 0.9313 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0592 0.9299 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.5602 0.3366 0.408 0.000 0.568 0.024
#> GSM82372 1 0.4633 0.7180 0.780 0.000 0.172 0.048
#> GSM82343 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 4 0.5105 0.2546 0.000 0.432 0.004 0.564
#> GSM128572 2 0.4959 0.7097 0.000 0.752 0.052 0.196
#> GSM128575 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 4 0.0657 0.9223 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM82326 4 0.0524 0.9223 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM82344 3 0.1211 0.8718 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM82363 3 0.0592 0.8826 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82293 4 0.3464 0.8344 0.016 0.004 0.124 0.856
#> GSM82294 4 0.3292 0.8471 0.016 0.004 0.112 0.868
#> GSM82297 3 0.6457 0.5996 0.156 0.000 0.644 0.200
#> GSM82298 3 0.4046 0.7925 0.048 0.000 0.828 0.124
#> GSM82373 4 0.2741 0.8820 0.096 0.012 0.000 0.892
#> GSM82374 4 0.2861 0.8806 0.096 0.016 0.000 0.888
#> GSM82377 1 0.0469 0.9094 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82378 1 0.0469 0.9094 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82309 4 0.1913 0.9099 0.040 0.020 0.000 0.940
#> GSM82310 4 0.1913 0.9099 0.040 0.020 0.000 0.940
#> GSM128587 1 0.3400 0.8003 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM128588 1 0.3688 0.7663 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM128595 1 0.0817 0.9159 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM128596 1 0.0817 0.9159 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM128599 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128603 4 0.1369 0.9213 0.004 0.016 0.016 0.964
#> GSM128604 4 0.1484 0.9202 0.004 0.016 0.020 0.960
#> GSM82284 2 0.4088 0.7100 0.004 0.764 0.232 0.000
#> GSM82321 2 0.4295 0.6949 0.008 0.752 0.240 0.000
#> GSM82342 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 3 0.1824 0.8621 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM82336 3 0.1902 0.8597 0.004 0.000 0.932 0.064
#> GSM128492 4 0.2089 0.9005 0.020 0.000 0.048 0.932
#> GSM128493 4 0.2335 0.8919 0.020 0.000 0.060 0.920
#> GSM82323 3 0.4961 0.1481 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM82353 3 0.4543 0.4862 0.000 0.324 0.676 0.000
#> GSM82317 2 0.0592 0.9277 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82318 2 0.0592 0.9277 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM128496 3 0.5090 0.5338 0.324 0.000 0.660 0.016
#> GSM128497 3 0.4194 0.7398 0.172 0.000 0.800 0.028
#> GSM82319 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128504 4 0.0469 0.9212 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM128505 4 0.0592 0.9206 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM128509 3 0.1118 0.8743 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM128510 3 0.0592 0.8819 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM82325 3 0.0895 0.8821 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM82327 3 0.0779 0.8831 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM82289 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM82291 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM82290 2 0.3610 0.7268 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM82292 4 0.4431 0.6070 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM128525 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128526 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128529 4 0.1975 0.9094 0.016 0.048 0.000 0.936
#> GSM128530 4 0.1888 0.9108 0.016 0.044 0.000 0.940
#> GSM128533 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128534 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128541 1 0.1302 0.9123 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128542 1 0.1302 0.9123 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128557 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.3356 0.7835 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM82367 2 0.2888 0.8407 0.004 0.872 0.124 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82364 3 0.0188 0.8845 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82345 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82335 3 0.1854 0.8665 0.012 0.000 0.940 0.048
#> GSM82339 3 0.0469 0.8836 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM128494 3 0.2329 0.8521 0.012 0.000 0.916 0.072
#> GSM128495 3 0.2198 0.8539 0.008 0.000 0.920 0.072
#> GSM82356 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82359 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82347 3 0.4134 0.6194 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM82365 2 0.4855 0.3063 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM128498 3 0.4855 0.4986 0.352 0.000 0.644 0.004
#> GSM128499 1 0.4535 0.5254 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM82333 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.8851 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0707 0.8824 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82370 3 0.0817 0.8815 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM82305 1 0.1792 0.8732 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM82306 1 0.3266 0.7798 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM82303 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82304 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128527 1 0.1118 0.9156 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM128528 1 0.1118 0.9156 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM128531 4 0.1824 0.9063 0.004 0.060 0.000 0.936
#> GSM128532 4 0.1824 0.9063 0.004 0.060 0.000 0.936
#> GSM128535 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128536 1 0.0592 0.9166 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128543 1 0.1302 0.9123 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128544 1 0.1302 0.9123 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128559 1 0.0779 0.9163 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM128560 1 0.0779 0.9163 0.980 0.004 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 1 0.3423 0.7424 0.852 0.092 0.000 0.040 0.016
#> GSM82314 1 0.4407 0.6770 0.764 0.180 0.000 0.040 0.016
#> GSM82331 5 0.2864 0.6858 0.000 0.000 0.024 0.112 0.864
#> GSM82338 5 0.2616 0.6865 0.000 0.000 0.020 0.100 0.880
#> GSM82315 4 0.0932 0.7483 0.004 0.004 0.000 0.972 0.020
#> GSM82316 4 0.0960 0.7484 0.004 0.008 0.000 0.972 0.016
#> GSM82350 5 0.4582 0.0869 0.416 0.000 0.000 0.012 0.572
#> GSM82368 5 0.4482 0.1969 0.376 0.000 0.000 0.012 0.612
#> GSM82328 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9212 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128565 5 0.5284 0.6187 0.116 0.000 0.000 0.216 0.668
#> GSM128566 5 0.5555 0.5984 0.140 0.000 0.000 0.220 0.640
#> GSM82329 3 0.2293 0.8123 0.016 0.000 0.900 0.084 0.000
#> GSM82341 3 0.0671 0.8554 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> GSM128569 5 0.2179 0.6846 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM128570 5 0.2179 0.6844 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM128573 1 0.5003 0.2957 0.572 0.012 0.400 0.000 0.016
#> GSM128574 1 0.5047 0.3377 0.588 0.016 0.380 0.000 0.016
#> GSM82295 5 0.4101 0.5077 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM82296 5 0.4126 0.4969 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM82337 3 0.0963 0.8503 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM82379 3 0.0955 0.8520 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM82285 5 0.1256 0.6682 0.012 0.012 0.004 0.008 0.964
#> GSM82286 5 0.1588 0.6742 0.016 0.008 0.000 0.028 0.948
#> GSM82287 5 0.3177 0.6508 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM82288 5 0.3074 0.6571 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM82311 4 0.0955 0.7474 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM82312 4 0.0865 0.7479 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM82375 4 0.2179 0.6839 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM82376 4 0.1908 0.7053 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM82307 4 0.4504 0.2433 0.000 0.428 0.000 0.564 0.008
#> GSM82308 4 0.4538 0.1801 0.000 0.452 0.000 0.540 0.008
#> GSM128585 4 0.1522 0.7443 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> GSM128586 4 0.1522 0.7443 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> GSM128593 1 0.0963 0.7843 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM128594 1 0.0880 0.7851 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM128597 1 0.7622 0.2334 0.416 0.356 0.000 0.104 0.124
#> GSM128598 1 0.7197 0.4913 0.544 0.232 0.000 0.096 0.128
#> GSM128601 5 0.4227 0.4199 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM128602 5 0.4201 0.4415 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM82348 2 0.0912 0.9128 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM82366 2 0.1012 0.9113 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM82322 3 0.0566 0.8571 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM82352 3 0.0162 0.8593 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82332 2 0.0807 0.9151 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM82357 2 0.0807 0.9151 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM82354 1 0.4825 0.3367 0.568 0.000 0.024 0.000 0.408
#> GSM82372 1 0.4473 0.3503 0.580 0.000 0.008 0.000 0.412
#> GSM82343 2 0.0609 0.9205 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM82362 2 0.0404 0.9216 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128567 2 0.0510 0.9212 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128568 2 0.0510 0.9212 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM82355 3 0.0566 0.8570 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> GSM82358 3 0.0290 0.8585 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM128571 5 0.4059 0.5931 0.000 0.172 0.000 0.052 0.776
#> GSM128572 5 0.3771 0.6020 0.000 0.164 0.000 0.040 0.796
#> GSM128575 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.3452 0.6279 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM82326 5 0.3424 0.6307 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM82344 3 0.0162 0.8593 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82293 5 0.2786 0.6849 0.020 0.012 0.000 0.084 0.884
#> GSM82294 5 0.3154 0.6853 0.024 0.012 0.000 0.104 0.860
#> GSM82297 5 0.5262 -0.0546 0.460 0.004 0.004 0.028 0.504
#> GSM82298 5 0.5410 0.0840 0.408 0.004 0.028 0.012 0.548
#> GSM82373 4 0.0854 0.7458 0.004 0.012 0.000 0.976 0.008
#> GSM82374 4 0.0960 0.7448 0.004 0.016 0.000 0.972 0.008
#> GSM82377 1 0.3934 0.6043 0.748 0.004 0.000 0.236 0.012
#> GSM82378 1 0.4017 0.5885 0.736 0.004 0.000 0.248 0.012
#> GSM82309 4 0.3774 0.3603 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM82310 4 0.3730 0.3760 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM128587 4 0.2909 0.6814 0.140 0.000 0.000 0.848 0.012
#> GSM128588 4 0.2920 0.6861 0.132 0.000 0.000 0.852 0.016
#> GSM128595 1 0.0451 0.7907 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM128596 1 0.0451 0.7907 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM128599 2 0.0794 0.9186 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM128600 2 0.0794 0.9186 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM128603 5 0.4375 0.5075 0.000 0.004 0.004 0.364 0.628
#> GSM128604 5 0.4553 0.5435 0.000 0.016 0.004 0.328 0.652
#> GSM82284 2 0.1831 0.8698 0.000 0.920 0.076 0.000 0.004
#> GSM82321 2 0.1571 0.8847 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> GSM82342 3 0.0703 0.8538 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM82361 3 0.1043 0.8462 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM82351 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82330 5 0.3592 0.5761 0.012 0.012 0.168 0.000 0.808
#> GSM82336 5 0.3634 0.5596 0.012 0.008 0.184 0.000 0.796
#> GSM128492 5 0.2221 0.6773 0.036 0.000 0.000 0.052 0.912
#> GSM128493 5 0.2152 0.6766 0.032 0.000 0.004 0.044 0.920
#> GSM82323 2 0.4555 0.1038 0.000 0.520 0.472 0.000 0.008
#> GSM82353 3 0.4644 0.0527 0.000 0.460 0.528 0.000 0.012
#> GSM82317 4 0.5528 0.2995 0.004 0.396 0.036 0.552 0.012
#> GSM82318 4 0.5389 0.2907 0.000 0.400 0.036 0.552 0.012
#> GSM128496 1 0.5080 0.3950 0.588 0.000 0.044 0.000 0.368
#> GSM128497 3 0.6812 0.0250 0.312 0.000 0.364 0.000 0.324
#> GSM82319 3 0.1908 0.8079 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM82320 3 0.2179 0.7916 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM128504 5 0.4310 0.4644 0.004 0.000 0.000 0.392 0.604
#> GSM128505 5 0.4666 0.4208 0.016 0.000 0.000 0.412 0.572
#> GSM128509 3 0.2516 0.7613 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM128510 3 0.3932 0.4928 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM82325 3 0.6080 0.4336 0.168 0.000 0.560 0.000 0.272
#> GSM82327 3 0.5758 0.4899 0.132 0.000 0.600 0.000 0.268
#> GSM82289 1 0.1197 0.7793 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM82291 1 0.1270 0.7776 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM82290 2 0.6235 0.1320 0.000 0.500 0.000 0.156 0.344
#> GSM82292 4 0.6661 0.0303 0.000 0.232 0.000 0.412 0.356
#> GSM128525 1 0.0404 0.7890 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM128526 1 0.0404 0.7890 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM128529 4 0.1043 0.7445 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM128530 4 0.1121 0.7431 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM128533 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.4350 0.2887 0.588 0.000 0.000 0.408 0.004
#> GSM128542 1 0.4367 0.2678 0.580 0.000 0.000 0.416 0.004
#> GSM128557 2 0.0451 0.9216 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM128558 2 0.0451 0.9216 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM82349 2 0.3086 0.7558 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.1544 0.8793 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.0566 0.8575 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> GSM82364 3 0.2077 0.8319 0.040 0.000 0.920 0.000 0.040
#> GSM82345 3 0.0290 0.8581 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82335 5 0.5103 0.0707 0.040 0.000 0.404 0.000 0.556
#> GSM82339 3 0.4310 0.4179 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> GSM128494 5 0.4825 0.0818 0.024 0.000 0.408 0.000 0.568
#> GSM128495 5 0.4744 -0.1270 0.016 0.000 0.476 0.000 0.508
#> GSM82356 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82359 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82347 3 0.3381 0.7239 0.000 0.176 0.808 0.000 0.016
#> GSM82365 3 0.4630 0.2717 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> GSM128498 1 0.3919 0.6567 0.776 0.000 0.036 0.000 0.188
#> GSM128499 1 0.3456 0.6737 0.800 0.000 0.016 0.000 0.184
#> GSM82333 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.8597 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0794 0.9180 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM128507 2 0.0609 0.9205 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM128511 2 0.0162 0.9206 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128512 2 0.0162 0.9206 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM82334 3 0.4959 0.6394 0.128 0.000 0.712 0.000 0.160
#> GSM82370 3 0.5640 0.5483 0.188 0.000 0.636 0.000 0.176
#> GSM82305 1 0.3163 0.7179 0.824 0.164 0.000 0.000 0.012
#> GSM82306 1 0.3779 0.6544 0.752 0.236 0.000 0.000 0.012
#> GSM82303 2 0.1117 0.9097 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> GSM82304 2 0.1216 0.9073 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM128527 1 0.1792 0.7592 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM128528 1 0.1732 0.7618 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM128531 4 0.1121 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM128532 4 0.1121 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM128535 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.7906 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 4 0.4420 0.0700 0.448 0.000 0.000 0.548 0.004
#> GSM128544 4 0.4440 0.0130 0.468 0.000 0.000 0.528 0.004
#> GSM128559 1 0.0510 0.7899 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0404 0.7902 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 1 0.5459 0.5946 0.652 0.212 0.000 0.092 0.040 0.004
#> GSM82314 1 0.5895 0.4867 0.580 0.272 0.000 0.104 0.040 0.004
#> GSM82331 5 0.5498 0.0634 0.000 0.000 0.060 0.028 0.460 0.452
#> GSM82338 5 0.5131 0.0968 0.000 0.000 0.032 0.028 0.488 0.452
#> GSM82315 4 0.2288 0.7752 0.000 0.004 0.004 0.876 0.116 0.000
#> GSM82316 4 0.2288 0.7752 0.000 0.004 0.004 0.876 0.116 0.000
#> GSM82350 6 0.3637 0.5520 0.124 0.000 0.000 0.000 0.084 0.792
#> GSM82368 6 0.3699 0.5554 0.112 0.000 0.000 0.004 0.088 0.796
#> GSM82328 2 0.0964 0.8284 0.000 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> GSM82340 2 0.0725 0.8290 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM128565 5 0.6069 0.5209 0.120 0.000 0.000 0.136 0.616 0.128
#> GSM128566 5 0.6140 0.5168 0.128 0.000 0.000 0.136 0.608 0.128
#> GSM82329 3 0.3065 0.7690 0.008 0.008 0.868 0.076 0.028 0.012
#> GSM82341 3 0.1862 0.8014 0.000 0.008 0.928 0.044 0.016 0.004
#> GSM128569 6 0.2843 0.5773 0.000 0.000 0.000 0.036 0.116 0.848
#> GSM128570 6 0.2752 0.5802 0.000 0.000 0.000 0.036 0.108 0.856
#> GSM128573 5 0.7117 0.1696 0.232 0.080 0.344 0.000 0.344 0.000
#> GSM128574 5 0.7138 0.2054 0.244 0.080 0.324 0.000 0.352 0.000
#> GSM82295 6 0.5633 0.3372 0.000 0.000 0.000 0.272 0.196 0.532
#> GSM82296 6 0.5684 0.3201 0.000 0.000 0.000 0.280 0.200 0.520
#> GSM82337 3 0.0405 0.8273 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM82379 3 0.0551 0.8266 0.004 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004
#> GSM82285 5 0.4355 0.2852 0.008 0.008 0.000 0.004 0.584 0.396
#> GSM82286 5 0.4511 0.2909 0.016 0.004 0.000 0.008 0.584 0.388
#> GSM82287 5 0.3704 0.5735 0.012 0.000 0.000 0.140 0.796 0.052
#> GSM82288 5 0.3704 0.5748 0.012 0.000 0.000 0.140 0.796 0.052
#> GSM82311 4 0.1409 0.7610 0.000 0.012 0.000 0.948 0.032 0.008
#> GSM82312 4 0.1332 0.7599 0.000 0.012 0.000 0.952 0.028 0.008
#> GSM82375 4 0.3194 0.7521 0.000 0.000 0.004 0.808 0.168 0.020
#> GSM82376 4 0.3087 0.7514 0.000 0.000 0.004 0.808 0.176 0.012
#> GSM82307 4 0.4550 0.4497 0.000 0.276 0.000 0.668 0.044 0.012
#> GSM82308 4 0.4589 0.4347 0.000 0.284 0.000 0.660 0.044 0.012
#> GSM128585 4 0.4127 0.6630 0.008 0.000 0.012 0.708 0.260 0.012
#> GSM128586 4 0.4320 0.6362 0.016 0.000 0.008 0.684 0.280 0.012
#> GSM128593 1 0.3309 0.7096 0.800 0.000 0.004 0.024 0.172 0.000
#> GSM128594 1 0.2814 0.7098 0.820 0.000 0.000 0.008 0.172 0.000
#> GSM128597 5 0.5583 0.4919 0.180 0.092 0.000 0.064 0.660 0.004
#> GSM128598 5 0.5578 0.4886 0.192 0.084 0.000 0.064 0.656 0.004
#> GSM128601 5 0.4328 0.3847 0.000 0.000 0.004 0.284 0.672 0.040
#> GSM128602 5 0.4374 0.4076 0.000 0.000 0.008 0.272 0.680 0.040
#> GSM82348 2 0.2437 0.7984 0.000 0.888 0.000 0.072 0.036 0.004
#> GSM82366 2 0.2600 0.7914 0.000 0.876 0.000 0.084 0.036 0.004
#> GSM82322 3 0.1124 0.8200 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM82352 3 0.0632 0.8254 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM82332 2 0.1367 0.8208 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012 0.000
#> GSM82357 2 0.1719 0.8135 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016 0.000
#> GSM82354 6 0.4092 0.5159 0.196 0.000 0.004 0.000 0.060 0.740
#> GSM82372 6 0.4039 0.5109 0.208 0.000 0.000 0.000 0.060 0.732
#> GSM82343 2 0.0632 0.8323 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM82362 2 0.0632 0.8323 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM128567 2 0.0891 0.8315 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM128568 2 0.1124 0.8307 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM82355 3 0.1894 0.8068 0.000 0.016 0.928 0.012 0.004 0.040
#> GSM82358 3 0.1917 0.8083 0.000 0.016 0.928 0.016 0.004 0.036
#> GSM128571 6 0.3101 0.5793 0.000 0.044 0.000 0.036 0.060 0.860
#> GSM128572 6 0.2540 0.5798 0.000 0.044 0.000 0.020 0.044 0.892
#> GSM128575 3 0.0291 0.8265 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM128576 3 0.0405 0.8265 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM82324 6 0.4165 0.5510 0.000 0.000 0.000 0.160 0.100 0.740
#> GSM82326 6 0.4276 0.5444 0.000 0.000 0.000 0.168 0.104 0.728
#> GSM82344 3 0.0653 0.8270 0.004 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004
#> GSM82363 3 0.0653 0.8270 0.004 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004
#> GSM82293 5 0.2849 0.5876 0.016 0.000 0.004 0.044 0.876 0.060
#> GSM82294 5 0.2775 0.5900 0.016 0.000 0.000 0.056 0.876 0.052
#> GSM82297 5 0.3496 0.5691 0.132 0.000 0.004 0.004 0.812 0.048
#> GSM82298 5 0.3511 0.5723 0.120 0.004 0.004 0.004 0.820 0.048
#> GSM82373 4 0.1511 0.7319 0.000 0.032 0.000 0.944 0.012 0.012
#> GSM82374 4 0.1679 0.7266 0.000 0.036 0.000 0.936 0.016 0.012
#> GSM82377 1 0.3359 0.7667 0.832 0.004 0.004 0.112 0.044 0.004
#> GSM82378 1 0.3447 0.7632 0.824 0.004 0.004 0.120 0.044 0.004
#> GSM82309 4 0.4368 0.3591 0.000 0.012 0.000 0.640 0.020 0.328
#> GSM82310 4 0.4244 0.3783 0.000 0.008 0.000 0.652 0.020 0.320
#> GSM128587 4 0.4438 0.7034 0.056 0.000 0.020 0.748 0.168 0.008
#> GSM128588 4 0.4404 0.7124 0.048 0.000 0.028 0.756 0.160 0.008
#> GSM128595 1 0.2520 0.7292 0.844 0.000 0.000 0.004 0.152 0.000
#> GSM128596 1 0.2454 0.7230 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM128599 2 0.2944 0.8034 0.000 0.856 0.000 0.004 0.068 0.072
#> GSM128600 2 0.2999 0.8023 0.000 0.852 0.000 0.004 0.072 0.072
#> GSM128603 5 0.4425 0.5020 0.000 0.012 0.008 0.204 0.728 0.048
#> GSM128604 5 0.4412 0.5298 0.000 0.028 0.008 0.176 0.748 0.040
#> GSM82284 2 0.2311 0.7937 0.000 0.880 0.104 0.000 0.016 0.000
#> GSM82321 2 0.2060 0.8058 0.000 0.900 0.084 0.000 0.016 0.000
#> GSM82342 3 0.1285 0.8167 0.000 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM82361 3 0.1866 0.7939 0.000 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> GSM82351 3 0.0622 0.8274 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM82371 3 0.0622 0.8274 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012 0.000
#> GSM82330 5 0.5427 0.1108 0.000 0.004 0.088 0.004 0.492 0.412
#> GSM82336 5 0.5562 0.1915 0.000 0.000 0.132 0.004 0.520 0.344
#> GSM128492 5 0.3966 0.5608 0.048 0.000 0.000 0.020 0.776 0.156
#> GSM128493 5 0.4029 0.5571 0.044 0.000 0.004 0.016 0.772 0.164
#> GSM82323 2 0.4591 0.1223 0.000 0.500 0.464 0.000 0.036 0.000
#> GSM82353 3 0.4671 0.0728 0.000 0.424 0.532 0.000 0.044 0.000
#> GSM82317 2 0.7688 0.0978 0.008 0.404 0.088 0.348 0.072 0.080
#> GSM82318 2 0.7635 0.0879 0.004 0.400 0.088 0.352 0.076 0.080
#> GSM128496 1 0.5571 0.1233 0.516 0.000 0.004 0.000 0.132 0.348
#> GSM128497 6 0.7188 0.1870 0.296 0.000 0.184 0.000 0.116 0.404
#> GSM82319 3 0.0777 0.8198 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM82320 3 0.0858 0.8189 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000
#> GSM128504 6 0.4688 0.5202 0.008 0.004 0.000 0.224 0.072 0.692
#> GSM128505 6 0.4905 0.5005 0.008 0.004 0.000 0.244 0.080 0.664
#> GSM128509 3 0.3037 0.7086 0.000 0.000 0.808 0.000 0.016 0.176
#> GSM128510 6 0.4597 0.2553 0.000 0.000 0.376 0.004 0.036 0.584
#> GSM82325 3 0.7413 0.0727 0.176 0.000 0.396 0.000 0.184 0.244
#> GSM82327 3 0.7065 0.1868 0.096 0.000 0.460 0.004 0.188 0.252
#> GSM82289 1 0.0260 0.8078 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82291 1 0.0260 0.8078 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82290 2 0.6743 0.3435 0.000 0.524 0.000 0.188 0.124 0.164
#> GSM82292 4 0.6795 0.2116 0.000 0.348 0.000 0.396 0.200 0.056
#> GSM128525 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.2595 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM128530 4 0.2595 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> GSM128533 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.3543 0.6921 0.764 0.000 0.004 0.212 0.020 0.000
#> GSM128542 1 0.3571 0.6877 0.760 0.000 0.004 0.216 0.020 0.000
#> GSM128557 2 0.1418 0.8291 0.000 0.944 0.000 0.000 0.032 0.024
#> GSM128558 2 0.1334 0.8297 0.000 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM82349 2 0.3510 0.7053 0.000 0.772 0.204 0.000 0.008 0.016
#> GSM82367 2 0.2905 0.7628 0.000 0.836 0.144 0.000 0.008 0.012
#> GSM82346 3 0.1049 0.8222 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM82364 3 0.2137 0.8009 0.028 0.000 0.912 0.000 0.048 0.012
#> GSM82345 3 0.0837 0.8252 0.000 0.020 0.972 0.000 0.004 0.004
#> GSM82360 3 0.0951 0.8256 0.000 0.020 0.968 0.000 0.008 0.004
#> GSM82335 5 0.6477 0.1949 0.036 0.000 0.192 0.004 0.496 0.272
#> GSM82339 3 0.6155 0.0408 0.000 0.000 0.412 0.004 0.324 0.260
#> GSM128494 6 0.6245 -0.0701 0.004 0.000 0.308 0.000 0.340 0.348
#> GSM128495 3 0.6249 -0.1305 0.004 0.000 0.348 0.000 0.328 0.320
#> GSM82356 3 0.0260 0.8268 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82359 3 0.0260 0.8268 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82347 3 0.4750 0.5861 0.000 0.180 0.688 0.000 0.004 0.128
#> GSM82365 3 0.5744 0.3031 0.004 0.316 0.544 0.000 0.012 0.124
#> GSM128498 1 0.3725 0.6304 0.776 0.000 0.004 0.000 0.048 0.172
#> GSM128499 1 0.3278 0.6707 0.808 0.000 0.000 0.000 0.040 0.152
#> GSM82333 3 0.0146 0.8267 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM82369 3 0.0146 0.8267 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM128506 2 0.4022 0.5127 0.000 0.628 0.000 0.008 0.004 0.360
#> GSM128507 2 0.3650 0.6486 0.000 0.716 0.000 0.008 0.004 0.272
#> GSM128511 2 0.0405 0.8328 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM128512 2 0.0405 0.8328 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM82334 3 0.5974 0.4633 0.100 0.000 0.616 0.000 0.100 0.184
#> GSM82370 3 0.7068 0.2054 0.232 0.000 0.460 0.000 0.124 0.184
#> GSM82305 1 0.3078 0.6912 0.796 0.192 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM82306 1 0.3967 0.4326 0.632 0.356 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM82303 2 0.2854 0.7835 0.000 0.860 0.000 0.048 0.088 0.004
#> GSM82304 2 0.3079 0.7758 0.000 0.844 0.000 0.056 0.096 0.004
#> GSM128527 1 0.1605 0.8023 0.936 0.000 0.004 0.044 0.016 0.000
#> GSM128528 1 0.1672 0.8014 0.932 0.000 0.004 0.048 0.016 0.000
#> GSM128531 4 0.2734 0.7703 0.000 0.004 0.000 0.840 0.148 0.008
#> GSM128532 4 0.2695 0.7716 0.000 0.004 0.000 0.844 0.144 0.008
#> GSM128535 1 0.0000 0.8092 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0146 0.8091 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128543 1 0.4467 0.3650 0.564 0.000 0.004 0.408 0.024 0.000
#> GSM128544 1 0.4426 0.4052 0.584 0.000 0.004 0.388 0.024 0.000
#> GSM128559 1 0.0146 0.8093 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0146 0.8093 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> SD:NMF 114 0.070484 0.0214 2.65e-07 2
#> SD:NMF 144 0.037563 0.0477 1.27e-14 3
#> SD:NMF 146 0.000193 0.0120 3.15e-20 4
#> SD:NMF 117 0.001884 0.0312 9.06e-27 5
#> SD:NMF 116 0.002203 0.2722 1.00e-33 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.273 0.798 0.872 0.3904 0.629 0.629
#> 3 3 0.370 0.628 0.781 0.3575 0.867 0.797
#> 4 4 0.417 0.628 0.799 0.2488 0.738 0.533
#> 5 5 0.467 0.553 0.731 0.0772 0.949 0.838
#> 6 6 0.533 0.579 0.720 0.0718 0.880 0.605
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.3584 0.8903 0.068 0.932
#> GSM82314 2 0.3584 0.8903 0.068 0.932
#> GSM82331 1 0.5629 0.8126 0.868 0.132
#> GSM82338 1 0.5629 0.8126 0.868 0.132
#> GSM82315 2 0.7453 0.8329 0.212 0.788
#> GSM82316 2 0.7453 0.8329 0.212 0.788
#> GSM82350 1 0.0938 0.8592 0.988 0.012
#> GSM82368 1 0.0938 0.8592 0.988 0.012
#> GSM82328 2 0.3114 0.8850 0.056 0.944
#> GSM82340 2 0.3114 0.8850 0.056 0.944
#> GSM128565 1 0.1184 0.8584 0.984 0.016
#> GSM128566 1 0.1184 0.8584 0.984 0.016
#> GSM82329 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82341 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM128569 1 0.5059 0.8222 0.888 0.112
#> GSM128570 1 0.5059 0.8222 0.888 0.112
#> GSM128573 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM128574 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82295 1 0.7056 0.7512 0.808 0.192
#> GSM82296 1 0.7056 0.7512 0.808 0.192
#> GSM82337 1 0.5178 0.8416 0.884 0.116
#> GSM82379 1 0.5178 0.8416 0.884 0.116
#> GSM82285 1 0.1184 0.8602 0.984 0.016
#> GSM82286 1 0.1184 0.8602 0.984 0.016
#> GSM82287 1 0.1414 0.8595 0.980 0.020
#> GSM82288 1 0.1414 0.8595 0.980 0.020
#> GSM82311 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82312 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82375 1 0.9850 0.2405 0.572 0.428
#> GSM82376 1 0.9850 0.2405 0.572 0.428
#> GSM82307 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82308 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128585 1 0.1633 0.8585 0.976 0.024
#> GSM128586 1 0.1633 0.8585 0.976 0.024
#> GSM128593 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128594 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128597 1 0.4562 0.8474 0.904 0.096
#> GSM128598 1 0.4562 0.8474 0.904 0.096
#> GSM128601 1 0.9635 0.4504 0.612 0.388
#> GSM128602 1 0.9635 0.4504 0.612 0.388
#> GSM82348 2 0.3584 0.8903 0.068 0.932
#> GSM82366 2 0.3584 0.8903 0.068 0.932
#> GSM82322 1 0.5629 0.8126 0.868 0.132
#> GSM82352 1 0.5629 0.8126 0.868 0.132
#> GSM82332 2 0.5408 0.8923 0.124 0.876
#> GSM82357 2 0.5408 0.8923 0.124 0.876
#> GSM82354 1 0.0938 0.8592 0.988 0.012
#> GSM82372 1 0.0938 0.8592 0.988 0.012
#> GSM82343 2 0.3114 0.8850 0.056 0.944
#> GSM82362 2 0.3114 0.8850 0.056 0.944
#> GSM128567 2 0.2778 0.8754 0.048 0.952
#> GSM128568 2 0.2778 0.8754 0.048 0.952
#> GSM82355 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82358 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM128571 1 0.5059 0.8222 0.888 0.112
#> GSM128572 1 0.5059 0.8222 0.888 0.112
#> GSM128575 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM128576 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82324 1 0.7056 0.7512 0.808 0.192
#> GSM82326 1 0.7056 0.7512 0.808 0.192
#> GSM82344 1 0.5178 0.8416 0.884 0.116
#> GSM82363 1 0.5178 0.8416 0.884 0.116
#> GSM82293 1 0.1184 0.8602 0.984 0.016
#> GSM82294 1 0.1184 0.8602 0.984 0.016
#> GSM82297 1 0.1414 0.8595 0.980 0.020
#> GSM82298 1 0.1414 0.8595 0.980 0.020
#> GSM82373 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82374 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82377 1 0.9850 0.2405 0.572 0.428
#> GSM82378 1 0.9850 0.2405 0.572 0.428
#> GSM82309 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82310 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128587 1 0.1633 0.8585 0.976 0.024
#> GSM128588 1 0.1633 0.8585 0.976 0.024
#> GSM128595 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128596 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128599 1 0.4562 0.8474 0.904 0.096
#> GSM128600 1 0.4562 0.8474 0.904 0.096
#> GSM128603 1 0.9635 0.4504 0.612 0.388
#> GSM128604 1 0.9635 0.4504 0.612 0.388
#> GSM82284 2 0.7376 0.8182 0.208 0.792
#> GSM82321 2 0.7376 0.8182 0.208 0.792
#> GSM82342 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82361 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82351 1 0.7674 0.7575 0.776 0.224
#> GSM82371 1 0.7674 0.7575 0.776 0.224
#> GSM82330 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM82336 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM128492 1 0.0938 0.8591 0.988 0.012
#> GSM128493 1 0.0938 0.8591 0.988 0.012
#> GSM82323 1 0.9044 0.6493 0.680 0.320
#> GSM82353 1 0.9044 0.6493 0.680 0.320
#> GSM82317 1 1.0000 0.0255 0.504 0.496
#> GSM82318 1 1.0000 0.0255 0.504 0.496
#> GSM128496 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM128497 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM82319 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82320 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM128504 1 0.7528 0.7163 0.784 0.216
#> GSM128505 1 0.7528 0.7163 0.784 0.216
#> GSM128509 1 0.3431 0.8597 0.936 0.064
#> GSM128510 1 0.3431 0.8597 0.936 0.064
#> GSM82325 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> GSM82327 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> GSM82289 1 0.2236 0.8619 0.964 0.036
#> GSM82291 1 0.2236 0.8619 0.964 0.036
#> GSM82290 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82292 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128525 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128526 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128529 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128530 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128533 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128534 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128541 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128542 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128557 2 0.7219 0.8550 0.200 0.800
#> GSM128558 2 0.7219 0.8550 0.200 0.800
#> GSM82349 2 0.7376 0.8182 0.208 0.792
#> GSM82367 2 0.7376 0.8182 0.208 0.792
#> GSM82346 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82364 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82345 1 0.7674 0.7575 0.776 0.224
#> GSM82360 1 0.7674 0.7575 0.776 0.224
#> GSM82335 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM82339 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM128494 1 0.0938 0.8591 0.988 0.012
#> GSM128495 1 0.0938 0.8591 0.988 0.012
#> GSM82356 1 0.9044 0.6493 0.680 0.320
#> GSM82359 1 0.9044 0.6493 0.680 0.320
#> GSM82347 1 1.0000 0.0255 0.504 0.496
#> GSM82365 1 1.0000 0.0255 0.504 0.496
#> GSM128498 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM128499 1 0.4298 0.8539 0.912 0.088
#> GSM82333 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM82369 1 0.5408 0.8388 0.876 0.124
#> GSM128506 1 0.7528 0.7163 0.784 0.216
#> GSM128507 1 0.7528 0.7163 0.784 0.216
#> GSM128511 2 0.6531 0.8521 0.168 0.832
#> GSM128512 2 0.6531 0.8521 0.168 0.832
#> GSM82334 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> GSM82370 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> GSM82305 1 0.2236 0.8619 0.964 0.036
#> GSM82306 1 0.2236 0.8619 0.964 0.036
#> GSM82303 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM82304 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128527 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128528 1 0.1633 0.8598 0.976 0.024
#> GSM128531 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128532 2 0.5946 0.9123 0.144 0.856
#> GSM128535 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128536 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128543 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128544 1 0.0672 0.8572 0.992 0.008
#> GSM128559 1 0.1184 0.8585 0.984 0.016
#> GSM128560 1 0.1184 0.8585 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.3207 0.7645 0.084 0.904 0.012
#> GSM82314 2 0.3207 0.7645 0.084 0.904 0.012
#> GSM82331 3 0.6981 0.5884 0.132 0.136 0.732
#> GSM82338 3 0.6981 0.5884 0.132 0.136 0.732
#> GSM82315 2 0.3456 0.7480 0.060 0.904 0.036
#> GSM82316 2 0.3456 0.7480 0.060 0.904 0.036
#> GSM82350 3 0.1753 0.6863 0.048 0.000 0.952
#> GSM82368 3 0.1753 0.6863 0.048 0.000 0.952
#> GSM82328 2 0.2625 0.7616 0.084 0.916 0.000
#> GSM82340 2 0.2625 0.7616 0.084 0.916 0.000
#> GSM128565 3 0.1015 0.6652 0.008 0.012 0.980
#> GSM128566 3 0.1015 0.6652 0.008 0.012 0.980
#> GSM82329 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82341 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM128569 3 0.4676 0.6086 0.040 0.112 0.848
#> GSM128570 3 0.4676 0.6086 0.040 0.112 0.848
#> GSM128573 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM128574 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82295 3 0.5536 0.4937 0.024 0.200 0.776
#> GSM82296 3 0.5536 0.4937 0.024 0.200 0.776
#> GSM82337 3 0.6192 0.5951 0.420 0.000 0.580
#> GSM82379 3 0.6192 0.5951 0.420 0.000 0.580
#> GSM82285 3 0.3031 0.6939 0.076 0.012 0.912
#> GSM82286 3 0.3031 0.6939 0.076 0.012 0.912
#> GSM82287 3 0.1015 0.6732 0.008 0.012 0.980
#> GSM82288 3 0.1015 0.6732 0.008 0.012 0.980
#> GSM82311 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82312 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82375 2 0.8342 0.0387 0.080 0.464 0.456
#> GSM82376 2 0.8342 0.0387 0.080 0.464 0.456
#> GSM82307 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82308 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128585 3 0.1751 0.6628 0.012 0.028 0.960
#> GSM128586 3 0.1751 0.6628 0.012 0.028 0.960
#> GSM128593 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128594 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128597 3 0.4094 0.6461 0.028 0.100 0.872
#> GSM128598 3 0.4094 0.6461 0.028 0.100 0.872
#> GSM128601 3 0.8046 0.2780 0.068 0.396 0.536
#> GSM128602 3 0.8046 0.2780 0.068 0.396 0.536
#> GSM82348 2 0.3207 0.7645 0.084 0.904 0.012
#> GSM82366 2 0.3207 0.7645 0.084 0.904 0.012
#> GSM82322 3 0.6981 0.5884 0.132 0.136 0.732
#> GSM82352 3 0.6981 0.5884 0.132 0.136 0.732
#> GSM82332 2 0.5413 0.7394 0.164 0.800 0.036
#> GSM82357 2 0.5413 0.7394 0.164 0.800 0.036
#> GSM82354 3 0.1753 0.6863 0.048 0.000 0.952
#> GSM82372 3 0.1753 0.6863 0.048 0.000 0.952
#> GSM82343 2 0.2625 0.7616 0.084 0.916 0.000
#> GSM82362 2 0.2625 0.7616 0.084 0.916 0.000
#> GSM128567 2 0.3752 0.7512 0.144 0.856 0.000
#> GSM128568 2 0.3752 0.7512 0.144 0.856 0.000
#> GSM82355 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82358 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM128571 3 0.4676 0.6086 0.040 0.112 0.848
#> GSM128572 3 0.4676 0.6086 0.040 0.112 0.848
#> GSM128575 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM128576 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82324 3 0.5536 0.4937 0.024 0.200 0.776
#> GSM82326 3 0.5536 0.4937 0.024 0.200 0.776
#> GSM82344 3 0.6192 0.5951 0.420 0.000 0.580
#> GSM82363 3 0.6192 0.5951 0.420 0.000 0.580
#> GSM82293 3 0.3031 0.6939 0.076 0.012 0.912
#> GSM82294 3 0.3031 0.6939 0.076 0.012 0.912
#> GSM82297 3 0.1015 0.6732 0.008 0.012 0.980
#> GSM82298 3 0.1015 0.6732 0.008 0.012 0.980
#> GSM82373 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82374 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82377 2 0.8342 0.0387 0.080 0.464 0.456
#> GSM82378 2 0.8342 0.0387 0.080 0.464 0.456
#> GSM82309 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82310 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128587 3 0.1751 0.6628 0.012 0.028 0.960
#> GSM128588 3 0.1751 0.6628 0.012 0.028 0.960
#> GSM128595 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128596 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128599 3 0.4094 0.6461 0.028 0.100 0.872
#> GSM128600 3 0.4094 0.6461 0.028 0.100 0.872
#> GSM128603 3 0.8046 0.2780 0.068 0.396 0.536
#> GSM128604 3 0.8046 0.2780 0.068 0.396 0.536
#> GSM82284 2 0.7666 0.6320 0.148 0.684 0.168
#> GSM82321 2 0.7666 0.6320 0.148 0.684 0.168
#> GSM82342 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82361 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82351 3 0.9076 0.5045 0.368 0.144 0.488
#> GSM82371 3 0.9076 0.5045 0.368 0.144 0.488
#> GSM82330 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM82336 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM128492 3 0.2774 0.6922 0.072 0.008 0.920
#> GSM128493 3 0.2774 0.6922 0.072 0.008 0.920
#> GSM82323 3 0.9789 0.3854 0.368 0.236 0.396
#> GSM82353 3 0.9789 0.3854 0.368 0.236 0.396
#> GSM82317 2 0.8402 0.2476 0.092 0.532 0.376
#> GSM82318 2 0.8402 0.2476 0.092 0.532 0.376
#> GSM128496 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM128497 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM82319 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82320 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM128504 1 0.8445 1.0000 0.488 0.088 0.424
#> GSM128505 1 0.8445 1.0000 0.488 0.088 0.424
#> GSM128509 3 0.4964 0.6856 0.116 0.048 0.836
#> GSM128510 3 0.4964 0.6856 0.116 0.048 0.836
#> GSM82325 3 0.5431 0.6584 0.284 0.000 0.716
#> GSM82327 3 0.5431 0.6584 0.284 0.000 0.716
#> GSM82289 3 0.2229 0.6601 0.012 0.044 0.944
#> GSM82291 3 0.2229 0.6601 0.012 0.044 0.944
#> GSM82290 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82292 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128525 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128526 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128529 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128530 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128533 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128534 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128541 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128542 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128557 2 0.5981 0.7010 0.080 0.788 0.132
#> GSM128558 2 0.5981 0.7010 0.080 0.788 0.132
#> GSM82349 2 0.7666 0.6320 0.148 0.684 0.168
#> GSM82367 2 0.7666 0.6320 0.148 0.684 0.168
#> GSM82346 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82364 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82345 3 0.9076 0.5045 0.368 0.144 0.488
#> GSM82360 3 0.9076 0.5045 0.368 0.144 0.488
#> GSM82335 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM82339 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM128494 3 0.2774 0.6922 0.072 0.008 0.920
#> GSM128495 3 0.2774 0.6922 0.072 0.008 0.920
#> GSM82356 3 0.9789 0.3854 0.368 0.236 0.396
#> GSM82359 3 0.9789 0.3854 0.368 0.236 0.396
#> GSM82347 2 0.8402 0.2476 0.092 0.532 0.376
#> GSM82365 2 0.8402 0.2476 0.092 0.532 0.376
#> GSM128498 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM128499 3 0.5553 0.6640 0.272 0.004 0.724
#> GSM82333 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM82369 3 0.6215 0.5902 0.428 0.000 0.572
#> GSM128506 1 0.8445 1.0000 0.488 0.088 0.424
#> GSM128507 1 0.8445 1.0000 0.488 0.088 0.424
#> GSM128511 2 0.7097 0.6749 0.148 0.724 0.128
#> GSM128512 2 0.7097 0.6749 0.148 0.724 0.128
#> GSM82334 3 0.5431 0.6584 0.284 0.000 0.716
#> GSM82370 3 0.5431 0.6584 0.284 0.000 0.716
#> GSM82305 3 0.2229 0.6601 0.012 0.044 0.944
#> GSM82306 3 0.2229 0.6601 0.012 0.044 0.944
#> GSM82303 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM82304 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128527 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128528 3 0.1711 0.6585 0.008 0.032 0.960
#> GSM128531 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128532 2 0.0237 0.7683 0.004 0.996 0.000
#> GSM128535 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128536 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128543 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128544 3 0.0592 0.6673 0.012 0.000 0.988
#> GSM128559 3 0.0848 0.6676 0.008 0.008 0.984
#> GSM128560 3 0.0848 0.6676 0.008 0.008 0.984
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.1648 0.7404 0.012 0.016 0.016 0.956
#> GSM82314 4 0.1648 0.7404 0.012 0.016 0.016 0.956
#> GSM82331 3 0.7717 0.0180 0.412 0.024 0.444 0.120
#> GSM82338 3 0.7717 0.0180 0.412 0.024 0.444 0.120
#> GSM82315 4 0.4274 0.7312 0.000 0.072 0.108 0.820
#> GSM82316 4 0.4274 0.7312 0.000 0.072 0.108 0.820
#> GSM82350 1 0.3707 0.7519 0.840 0.028 0.132 0.000
#> GSM82368 1 0.3707 0.7519 0.840 0.028 0.132 0.000
#> GSM82328 4 0.1182 0.7388 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM82340 4 0.1182 0.7388 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM128565 1 0.2197 0.8074 0.936 0.028 0.024 0.012
#> GSM128566 1 0.2197 0.8074 0.936 0.028 0.024 0.012
#> GSM82329 3 0.0707 0.6719 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82341 3 0.0707 0.6719 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM128569 1 0.6597 0.6322 0.676 0.028 0.196 0.100
#> GSM128570 1 0.6597 0.6322 0.676 0.028 0.196 0.100
#> GSM128573 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM128574 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82295 1 0.7499 0.5187 0.600 0.032 0.184 0.184
#> GSM82296 1 0.7499 0.5187 0.600 0.032 0.184 0.184
#> GSM82337 3 0.3356 0.6538 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM82379 3 0.3356 0.6538 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM82285 1 0.5154 0.6542 0.728 0.024 0.236 0.012
#> GSM82286 1 0.5154 0.6542 0.728 0.024 0.236 0.012
#> GSM82287 1 0.3575 0.7903 0.868 0.028 0.092 0.012
#> GSM82288 1 0.3575 0.7903 0.868 0.028 0.092 0.012
#> GSM82311 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82312 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82375 4 0.7687 0.3612 0.312 0.000 0.240 0.448
#> GSM82376 4 0.7687 0.3612 0.312 0.000 0.240 0.448
#> GSM82307 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82308 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128585 1 0.4476 0.7586 0.828 0.040 0.104 0.028
#> GSM128586 1 0.4476 0.7586 0.828 0.040 0.104 0.028
#> GSM128593 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128594 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128597 1 0.4731 0.7362 0.800 0.004 0.096 0.100
#> GSM128598 1 0.4731 0.7362 0.800 0.004 0.096 0.100
#> GSM128601 4 0.8017 0.1535 0.336 0.004 0.276 0.384
#> GSM128602 4 0.8017 0.1535 0.336 0.004 0.276 0.384
#> GSM82348 4 0.1648 0.7404 0.012 0.016 0.016 0.956
#> GSM82366 4 0.1648 0.7404 0.012 0.016 0.016 0.956
#> GSM82322 3 0.7717 0.0180 0.412 0.024 0.444 0.120
#> GSM82352 3 0.7717 0.0180 0.412 0.024 0.444 0.120
#> GSM82332 4 0.3390 0.7221 0.000 0.016 0.132 0.852
#> GSM82357 4 0.3390 0.7221 0.000 0.016 0.132 0.852
#> GSM82354 1 0.3707 0.7519 0.840 0.028 0.132 0.000
#> GSM82372 1 0.3707 0.7519 0.840 0.028 0.132 0.000
#> GSM82343 4 0.1182 0.7388 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM82362 4 0.1182 0.7388 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM128567 4 0.2522 0.7312 0.000 0.016 0.076 0.908
#> GSM128568 4 0.2522 0.7312 0.000 0.016 0.076 0.908
#> GSM82355 3 0.0707 0.6719 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82358 3 0.0707 0.6719 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM128571 1 0.6597 0.6322 0.676 0.028 0.196 0.100
#> GSM128572 1 0.6597 0.6322 0.676 0.028 0.196 0.100
#> GSM128575 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM128576 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82324 1 0.7499 0.5187 0.600 0.032 0.184 0.184
#> GSM82326 1 0.7499 0.5187 0.600 0.032 0.184 0.184
#> GSM82344 3 0.3356 0.6538 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM82363 3 0.3356 0.6538 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM82293 1 0.5154 0.6542 0.728 0.024 0.236 0.012
#> GSM82294 1 0.5154 0.6542 0.728 0.024 0.236 0.012
#> GSM82297 1 0.3575 0.7903 0.868 0.028 0.092 0.012
#> GSM82298 1 0.3575 0.7903 0.868 0.028 0.092 0.012
#> GSM82373 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82374 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82377 4 0.7687 0.3612 0.312 0.000 0.240 0.448
#> GSM82378 4 0.7687 0.3612 0.312 0.000 0.240 0.448
#> GSM82309 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82310 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128587 1 0.4476 0.7586 0.828 0.040 0.104 0.028
#> GSM128588 1 0.4476 0.7586 0.828 0.040 0.104 0.028
#> GSM128595 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128596 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128599 1 0.4731 0.7362 0.800 0.004 0.096 0.100
#> GSM128600 1 0.4731 0.7362 0.800 0.004 0.096 0.100
#> GSM128603 4 0.8017 0.1535 0.336 0.004 0.276 0.384
#> GSM128604 4 0.8017 0.1535 0.336 0.004 0.276 0.384
#> GSM82284 4 0.4599 0.6459 0.000 0.016 0.248 0.736
#> GSM82321 4 0.4599 0.6459 0.000 0.016 0.248 0.736
#> GSM82342 3 0.0707 0.6716 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82361 3 0.0707 0.6716 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82351 3 0.2944 0.6041 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM82371 3 0.2944 0.6041 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM82330 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM82336 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM128492 1 0.5298 0.5893 0.696 0.024 0.272 0.008
#> GSM128493 1 0.5298 0.5893 0.696 0.024 0.272 0.008
#> GSM82323 3 0.4198 0.5316 0.004 0.004 0.768 0.224
#> GSM82353 3 0.4198 0.5316 0.004 0.004 0.768 0.224
#> GSM82317 4 0.7212 0.4397 0.160 0.000 0.324 0.516
#> GSM82318 4 0.7212 0.4397 0.160 0.000 0.324 0.516
#> GSM128496 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM128497 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM82319 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82320 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM128504 2 0.1798 1.0000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> GSM128505 2 0.1798 1.0000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> GSM128509 3 0.6432 0.0162 0.444 0.016 0.504 0.036
#> GSM128510 3 0.6432 0.0162 0.444 0.016 0.504 0.036
#> GSM82325 3 0.4776 0.4351 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM82327 3 0.4776 0.4351 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM82289 1 0.2675 0.8029 0.908 0.000 0.048 0.044
#> GSM82291 1 0.2675 0.8029 0.908 0.000 0.048 0.044
#> GSM82290 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82292 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128525 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128526 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128529 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128530 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128533 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128557 4 0.4202 0.7148 0.040 0.008 0.124 0.828
#> GSM128558 4 0.4202 0.7148 0.040 0.008 0.124 0.828
#> GSM82349 4 0.4599 0.6459 0.000 0.016 0.248 0.736
#> GSM82367 4 0.4599 0.6459 0.000 0.016 0.248 0.736
#> GSM82346 3 0.0707 0.6716 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82364 3 0.0707 0.6716 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM82345 3 0.2944 0.6041 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM82360 3 0.2944 0.6041 0.000 0.004 0.868 0.128
#> GSM82335 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM82339 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM128494 1 0.5298 0.5893 0.696 0.024 0.272 0.008
#> GSM128495 1 0.5298 0.5893 0.696 0.024 0.272 0.008
#> GSM82356 3 0.4198 0.5316 0.004 0.004 0.768 0.224
#> GSM82359 3 0.4198 0.5316 0.004 0.004 0.768 0.224
#> GSM82347 4 0.7212 0.4397 0.160 0.000 0.324 0.516
#> GSM82365 4 0.7212 0.4397 0.160 0.000 0.324 0.516
#> GSM128498 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM128499 3 0.5151 0.2411 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM82333 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82369 3 0.0592 0.6700 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM128506 2 0.1798 1.0000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> GSM128507 2 0.1798 1.0000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> GSM128511 4 0.4253 0.6722 0.000 0.016 0.208 0.776
#> GSM128512 4 0.4253 0.6722 0.000 0.016 0.208 0.776
#> GSM82334 3 0.4776 0.4351 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM82370 3 0.4776 0.4351 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM82305 1 0.2675 0.8029 0.908 0.000 0.048 0.044
#> GSM82306 1 0.2675 0.8029 0.908 0.000 0.048 0.044
#> GSM82303 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM82304 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128527 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128528 1 0.1833 0.8083 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM128531 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128532 4 0.1867 0.7397 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM128535 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.1211 0.7948 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.1545 0.7951 0.952 0.040 0.000 0.008
#> GSM128560 1 0.1545 0.7951 0.952 0.040 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 2 0.1444 0.7219 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> GSM82314 2 0.1444 0.7219 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> GSM82331 3 0.7690 0.0331 0.384 0.064 0.424 0.100 0.028
#> GSM82338 3 0.7690 0.0331 0.384 0.064 0.424 0.100 0.028
#> GSM82315 2 0.5631 -0.0856 0.000 0.500 0.076 0.424 0.000
#> GSM82316 2 0.5631 -0.0856 0.000 0.500 0.076 0.424 0.000
#> GSM82350 1 0.4774 0.6838 0.768 0.000 0.128 0.068 0.036
#> GSM82368 1 0.4774 0.6838 0.768 0.000 0.128 0.068 0.036
#> GSM82328 2 0.0609 0.7268 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM82340 2 0.0609 0.7268 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM128565 1 0.2484 0.7347 0.916 0.012 0.016 0.028 0.028
#> GSM128566 1 0.2484 0.7347 0.916 0.012 0.016 0.028 0.028
#> GSM82329 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82341 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM128569 1 0.6796 0.5634 0.640 0.060 0.176 0.088 0.036
#> GSM128570 1 0.6796 0.5634 0.640 0.060 0.176 0.088 0.036
#> GSM128573 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128574 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82295 1 0.7697 0.4761 0.560 0.076 0.156 0.168 0.040
#> GSM82296 1 0.7697 0.4761 0.560 0.076 0.156 0.168 0.040
#> GSM82337 3 0.3010 0.6454 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM82379 3 0.3010 0.6454 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM82285 1 0.5022 0.5926 0.712 0.012 0.228 0.016 0.032
#> GSM82286 1 0.5022 0.5926 0.712 0.012 0.228 0.016 0.032
#> GSM82287 1 0.3898 0.7130 0.840 0.012 0.084 0.028 0.036
#> GSM82288 1 0.3898 0.7130 0.840 0.012 0.084 0.028 0.036
#> GSM82311 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM82312 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM82375 4 0.8666 0.2724 0.260 0.220 0.208 0.308 0.004
#> GSM82376 4 0.8666 0.2724 0.260 0.220 0.208 0.308 0.004
#> GSM82307 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM82308 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM128585 1 0.6294 0.6317 0.664 0.020 0.108 0.172 0.036
#> GSM128586 1 0.6294 0.6317 0.664 0.020 0.108 0.172 0.036
#> GSM128593 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128594 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128597 1 0.4550 0.6774 0.784 0.016 0.084 0.112 0.004
#> GSM128598 1 0.4550 0.6774 0.784 0.016 0.084 0.112 0.004
#> GSM128601 4 0.8186 0.1997 0.292 0.092 0.256 0.356 0.004
#> GSM128602 4 0.8186 0.1997 0.292 0.092 0.256 0.356 0.004
#> GSM82348 2 0.1444 0.7219 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> GSM82366 2 0.1444 0.7219 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> GSM82322 3 0.7690 0.0331 0.384 0.064 0.424 0.100 0.028
#> GSM82352 3 0.7690 0.0331 0.384 0.064 0.424 0.100 0.028
#> GSM82332 2 0.3390 0.6971 0.000 0.840 0.100 0.060 0.000
#> GSM82357 2 0.3390 0.6971 0.000 0.840 0.100 0.060 0.000
#> GSM82354 1 0.4774 0.6838 0.768 0.000 0.128 0.068 0.036
#> GSM82372 1 0.4774 0.6838 0.768 0.000 0.128 0.068 0.036
#> GSM82343 2 0.0609 0.7268 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM82362 2 0.0609 0.7268 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM128567 2 0.1357 0.7349 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM128568 2 0.1357 0.7349 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM82355 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM128571 1 0.6796 0.5634 0.640 0.060 0.176 0.088 0.036
#> GSM128572 1 0.6796 0.5634 0.640 0.060 0.176 0.088 0.036
#> GSM128575 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 1 0.7697 0.4761 0.560 0.076 0.156 0.168 0.040
#> GSM82326 1 0.7697 0.4761 0.560 0.076 0.156 0.168 0.040
#> GSM82344 3 0.3010 0.6454 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM82363 3 0.3010 0.6454 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM82293 1 0.5022 0.5926 0.712 0.012 0.228 0.016 0.032
#> GSM82294 1 0.5022 0.5926 0.712 0.012 0.228 0.016 0.032
#> GSM82297 1 0.3898 0.7130 0.840 0.012 0.084 0.028 0.036
#> GSM82298 1 0.3898 0.7130 0.840 0.012 0.084 0.028 0.036
#> GSM82373 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM82374 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM82377 4 0.8666 0.2724 0.260 0.220 0.208 0.308 0.004
#> GSM82378 4 0.8666 0.2724 0.260 0.220 0.208 0.308 0.004
#> GSM82309 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM82310 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM128587 1 0.6294 0.6317 0.664 0.020 0.108 0.172 0.036
#> GSM128588 1 0.6294 0.6317 0.664 0.020 0.108 0.172 0.036
#> GSM128595 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128596 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128599 1 0.4550 0.6774 0.784 0.016 0.084 0.112 0.004
#> GSM128600 1 0.4550 0.6774 0.784 0.016 0.084 0.112 0.004
#> GSM128603 4 0.8186 0.1997 0.292 0.092 0.256 0.356 0.004
#> GSM128604 4 0.8186 0.1997 0.292 0.092 0.256 0.356 0.004
#> GSM82284 2 0.3398 0.6504 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM82321 2 0.3398 0.6504 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM82342 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82351 3 0.2890 0.6064 0.000 0.160 0.836 0.004 0.000
#> GSM82371 3 0.2890 0.6064 0.000 0.160 0.836 0.004 0.000
#> GSM82330 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM82336 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM128492 1 0.4829 0.5395 0.692 0.008 0.264 0.004 0.032
#> GSM128493 1 0.4829 0.5395 0.692 0.008 0.264 0.004 0.032
#> GSM82323 3 0.3906 0.5399 0.000 0.240 0.744 0.016 0.000
#> GSM82353 3 0.3906 0.5399 0.000 0.240 0.744 0.016 0.000
#> GSM82317 4 0.8458 0.2622 0.132 0.256 0.288 0.320 0.004
#> GSM82318 4 0.8458 0.2622 0.132 0.256 0.288 0.320 0.004
#> GSM128496 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM128497 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM82319 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128504 5 0.1386 1.0000 0.032 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM128505 5 0.1386 1.0000 0.032 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM128509 3 0.6417 0.0472 0.420 0.040 0.488 0.028 0.024
#> GSM128510 3 0.6417 0.0472 0.420 0.040 0.488 0.028 0.024
#> GSM82325 3 0.4389 0.4360 0.368 0.000 0.624 0.004 0.004
#> GSM82327 3 0.4389 0.4360 0.368 0.000 0.624 0.004 0.004
#> GSM82289 1 0.2551 0.7362 0.904 0.012 0.044 0.040 0.000
#> GSM82291 1 0.2551 0.7362 0.904 0.012 0.044 0.040 0.000
#> GSM82290 4 0.4060 0.4897 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM82292 4 0.4060 0.4897 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM128525 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128526 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128529 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM128530 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM128533 1 0.4192 0.6558 0.736 0.000 0.000 0.232 0.032
#> GSM128534 1 0.4192 0.6558 0.736 0.000 0.000 0.232 0.032
#> GSM128541 1 0.4269 0.6571 0.732 0.000 0.000 0.232 0.036
#> GSM128542 1 0.4269 0.6571 0.732 0.000 0.000 0.232 0.036
#> GSM128557 2 0.6366 0.3197 0.020 0.600 0.092 0.272 0.016
#> GSM128558 2 0.6366 0.3197 0.020 0.600 0.092 0.272 0.016
#> GSM82349 2 0.3398 0.6504 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM82367 2 0.3398 0.6504 0.000 0.780 0.216 0.004 0.000
#> GSM82346 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.0162 0.6785 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82345 3 0.2890 0.6064 0.000 0.160 0.836 0.004 0.000
#> GSM82360 3 0.2890 0.6064 0.000 0.160 0.836 0.004 0.000
#> GSM82335 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM82339 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM128494 1 0.4829 0.5395 0.692 0.008 0.264 0.004 0.032
#> GSM128495 1 0.4829 0.5395 0.692 0.008 0.264 0.004 0.032
#> GSM82356 3 0.3906 0.5399 0.000 0.240 0.744 0.016 0.000
#> GSM82359 3 0.3906 0.5399 0.000 0.240 0.744 0.016 0.000
#> GSM82347 4 0.8458 0.2622 0.132 0.256 0.288 0.320 0.004
#> GSM82365 4 0.8458 0.2622 0.132 0.256 0.288 0.320 0.004
#> GSM128498 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM128499 3 0.4583 0.2442 0.464 0.000 0.528 0.004 0.004
#> GSM82333 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.6770 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128506 5 0.1386 1.0000 0.032 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM128507 5 0.1386 1.0000 0.032 0.000 0.000 0.016 0.952
#> GSM128511 2 0.3048 0.6952 0.000 0.820 0.176 0.004 0.000
#> GSM128512 2 0.3048 0.6952 0.000 0.820 0.176 0.004 0.000
#> GSM82334 3 0.4389 0.4360 0.368 0.000 0.624 0.004 0.004
#> GSM82370 3 0.4389 0.4360 0.368 0.000 0.624 0.004 0.004
#> GSM82305 1 0.2551 0.7362 0.904 0.012 0.044 0.040 0.000
#> GSM82306 1 0.2551 0.7362 0.904 0.012 0.044 0.040 0.000
#> GSM82303 4 0.4060 0.4897 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM82304 4 0.4060 0.4897 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM128527 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128528 1 0.1701 0.7388 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> GSM128531 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM128532 4 0.4074 0.4953 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM128535 1 0.4192 0.6558 0.736 0.000 0.000 0.232 0.032
#> GSM128536 1 0.4192 0.6558 0.736 0.000 0.000 0.232 0.032
#> GSM128543 1 0.4269 0.6571 0.732 0.000 0.000 0.232 0.036
#> GSM128544 1 0.4269 0.6571 0.732 0.000 0.000 0.232 0.036
#> GSM128559 1 0.4675 0.6477 0.704 0.004 0.000 0.248 0.044
#> GSM128560 1 0.4675 0.6477 0.704 0.004 0.000 0.248 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 2 0.3354 0.78040 0.004 0.752 0.000 0.240 0.004 0
#> GSM82314 2 0.3354 0.78040 0.004 0.752 0.000 0.240 0.004 0
#> GSM82331 5 0.6650 0.25343 0.064 0.128 0.372 0.004 0.432 0
#> GSM82338 5 0.6650 0.25343 0.064 0.128 0.372 0.004 0.432 0
#> GSM82315 4 0.4781 0.23293 0.000 0.320 0.072 0.608 0.000 0
#> GSM82316 4 0.4781 0.23293 0.000 0.320 0.072 0.608 0.000 0
#> GSM82350 5 0.4569 0.53090 0.200 0.004 0.096 0.000 0.700 0
#> GSM82368 5 0.4569 0.53090 0.200 0.004 0.096 0.000 0.700 0
#> GSM82328 2 0.2883 0.79346 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0
#> GSM82340 2 0.2883 0.79346 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0
#> GSM128565 5 0.1528 0.59510 0.048 0.016 0.000 0.000 0.936 0
#> GSM128566 5 0.1528 0.59510 0.048 0.016 0.000 0.000 0.936 0
#> GSM82329 3 0.0405 0.72854 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0
#> GSM82341 3 0.0405 0.72854 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0
#> GSM128569 5 0.4861 0.59058 0.060 0.084 0.104 0.008 0.744 0
#> GSM128570 5 0.4861 0.59058 0.060 0.084 0.104 0.008 0.744 0
#> GSM128573 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM128574 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM82295 5 0.6314 0.51636 0.068 0.160 0.092 0.048 0.632 0
#> GSM82296 5 0.6314 0.51636 0.068 0.160 0.092 0.048 0.632 0
#> GSM82337 3 0.3098 0.65233 0.024 0.000 0.812 0.000 0.164 0
#> GSM82379 3 0.3098 0.65233 0.024 0.000 0.812 0.000 0.164 0
#> GSM82285 5 0.3061 0.58224 0.008 0.004 0.168 0.004 0.816 0
#> GSM82286 5 0.3061 0.58224 0.008 0.004 0.168 0.004 0.816 0
#> GSM82287 5 0.1426 0.61694 0.016 0.008 0.028 0.000 0.948 0
#> GSM82288 5 0.1426 0.61694 0.016 0.008 0.028 0.000 0.948 0
#> GSM82311 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM82312 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM82375 4 0.8602 0.28387 0.196 0.144 0.192 0.344 0.124 0
#> GSM82376 4 0.8602 0.28387 0.196 0.144 0.192 0.344 0.124 0
#> GSM82307 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM82308 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM128585 1 0.5202 0.76584 0.668 0.020 0.108 0.004 0.200 0
#> GSM128586 1 0.5202 0.76584 0.668 0.020 0.108 0.004 0.200 0
#> GSM128593 5 0.4313 0.46562 0.240 0.016 0.004 0.028 0.712 0
#> GSM128594 5 0.4313 0.46562 0.240 0.016 0.004 0.028 0.712 0
#> GSM128597 5 0.5811 0.49977 0.144 0.020 0.072 0.096 0.668 0
#> GSM128598 5 0.5811 0.49977 0.144 0.020 0.072 0.096 0.668 0
#> GSM128601 5 0.8598 0.00678 0.128 0.108 0.204 0.276 0.284 0
#> GSM128602 5 0.8598 0.00678 0.128 0.108 0.204 0.276 0.284 0
#> GSM82348 2 0.3354 0.78040 0.004 0.752 0.000 0.240 0.004 0
#> GSM82366 2 0.3354 0.78040 0.004 0.752 0.000 0.240 0.004 0
#> GSM82322 5 0.6650 0.25343 0.064 0.128 0.372 0.004 0.432 0
#> GSM82352 5 0.6650 0.25343 0.064 0.128 0.372 0.004 0.432 0
#> GSM82332 2 0.4414 0.73538 0.000 0.704 0.092 0.204 0.000 0
#> GSM82357 2 0.4414 0.73538 0.000 0.704 0.092 0.204 0.000 0
#> GSM82354 5 0.4569 0.53090 0.200 0.004 0.096 0.000 0.700 0
#> GSM82372 5 0.4569 0.53090 0.200 0.004 0.096 0.000 0.700 0
#> GSM82343 2 0.2883 0.79346 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0
#> GSM82362 2 0.2883 0.79346 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0
#> GSM128567 2 0.3098 0.80069 0.000 0.812 0.024 0.164 0.000 0
#> GSM128568 2 0.3098 0.80069 0.000 0.812 0.024 0.164 0.000 0
#> GSM82355 3 0.0405 0.72854 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0
#> GSM82358 3 0.0405 0.72854 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0
#> GSM128571 5 0.4861 0.59058 0.060 0.084 0.104 0.008 0.744 0
#> GSM128572 5 0.4861 0.59058 0.060 0.084 0.104 0.008 0.744 0
#> GSM128575 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM128576 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM82324 5 0.6314 0.51636 0.068 0.160 0.092 0.048 0.632 0
#> GSM82326 5 0.6314 0.51636 0.068 0.160 0.092 0.048 0.632 0
#> GSM82344 3 0.3098 0.65233 0.024 0.000 0.812 0.000 0.164 0
#> GSM82363 3 0.3098 0.65233 0.024 0.000 0.812 0.000 0.164 0
#> GSM82293 5 0.3061 0.58224 0.008 0.004 0.168 0.004 0.816 0
#> GSM82294 5 0.3061 0.58224 0.008 0.004 0.168 0.004 0.816 0
#> GSM82297 5 0.1426 0.61694 0.016 0.008 0.028 0.000 0.948 0
#> GSM82298 5 0.1426 0.61694 0.016 0.008 0.028 0.000 0.948 0
#> GSM82373 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM82374 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM82377 4 0.8602 0.28387 0.196 0.144 0.192 0.344 0.124 0
#> GSM82378 4 0.8602 0.28387 0.196 0.144 0.192 0.344 0.124 0
#> GSM82309 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM82310 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM128587 1 0.5202 0.76584 0.668 0.020 0.108 0.004 0.200 0
#> GSM128588 1 0.5202 0.76584 0.668 0.020 0.108 0.004 0.200 0
#> GSM128595 5 0.4313 0.46562 0.240 0.016 0.004 0.028 0.712 0
#> GSM128596 5 0.4313 0.46562 0.240 0.016 0.004 0.028 0.712 0
#> GSM128599 5 0.5811 0.49977 0.144 0.020 0.072 0.096 0.668 0
#> GSM128600 5 0.5811 0.49977 0.144 0.020 0.072 0.096 0.668 0
#> GSM128603 5 0.8598 0.00678 0.128 0.108 0.204 0.276 0.284 0
#> GSM128604 5 0.8598 0.00678 0.128 0.108 0.204 0.276 0.284 0
#> GSM82284 2 0.3078 0.72230 0.000 0.796 0.192 0.012 0.000 0
#> GSM82321 2 0.3078 0.72230 0.000 0.796 0.192 0.012 0.000 0
#> GSM82342 3 0.0146 0.73123 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> GSM82361 3 0.0146 0.73123 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> GSM82351 3 0.3121 0.63105 0.004 0.180 0.804 0.000 0.012 0
#> GSM82371 3 0.3121 0.63105 0.004 0.180 0.804 0.000 0.012 0
#> GSM82330 3 0.4262 0.22748 0.016 0.000 0.508 0.000 0.476 0
#> GSM82336 3 0.4262 0.22748 0.016 0.000 0.508 0.000 0.476 0
#> GSM128492 5 0.3245 0.52254 0.008 0.000 0.228 0.000 0.764 0
#> GSM128493 5 0.3245 0.52254 0.008 0.000 0.228 0.000 0.764 0
#> GSM82323 3 0.4337 0.55994 0.000 0.224 0.712 0.056 0.008 0
#> GSM82353 3 0.4337 0.55994 0.000 0.224 0.712 0.056 0.008 0
#> GSM82317 4 0.8052 0.30396 0.068 0.160 0.272 0.388 0.112 0
#> GSM82318 4 0.8052 0.30396 0.068 0.160 0.272 0.388 0.112 0
#> GSM128496 3 0.4183 0.22825 0.012 0.000 0.508 0.000 0.480 0
#> GSM128497 3 0.4183 0.22825 0.012 0.000 0.508 0.000 0.480 0
#> GSM82319 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM82320 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM128504 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> GSM128505 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> GSM128509 5 0.5064 0.17744 0.028 0.028 0.444 0.000 0.500 0
#> GSM128510 5 0.5064 0.17744 0.028 0.028 0.444 0.000 0.500 0
#> GSM82325 3 0.4241 0.42380 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368 0
#> GSM82327 3 0.4241 0.42380 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368 0
#> GSM82289 5 0.4718 0.49654 0.204 0.012 0.028 0.040 0.716 0
#> GSM82291 5 0.4718 0.49654 0.204 0.012 0.028 0.040 0.716 0
#> GSM82290 4 0.1082 0.67757 0.004 0.040 0.000 0.956 0.000 0
#> GSM82292 4 0.1082 0.67757 0.004 0.040 0.000 0.956 0.000 0
#> GSM128525 5 0.4288 0.47056 0.236 0.016 0.004 0.028 0.716 0
#> GSM128526 5 0.4288 0.47056 0.236 0.016 0.004 0.028 0.716 0
#> GSM128529 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM128530 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM128533 1 0.1863 0.86001 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0
#> GSM128534 1 0.1863 0.86001 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0
#> GSM128541 1 0.2260 0.87114 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0
#> GSM128542 1 0.2260 0.87114 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0
#> GSM128557 2 0.6090 0.30795 0.036 0.512 0.084 0.356 0.012 0
#> GSM128558 2 0.6090 0.30795 0.036 0.512 0.084 0.356 0.012 0
#> GSM82349 2 0.3078 0.72230 0.000 0.796 0.192 0.012 0.000 0
#> GSM82367 2 0.3078 0.72230 0.000 0.796 0.192 0.012 0.000 0
#> GSM82346 3 0.0146 0.73123 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> GSM82364 3 0.0146 0.73123 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> GSM82345 3 0.3121 0.63105 0.004 0.180 0.804 0.000 0.012 0
#> GSM82360 3 0.3121 0.63105 0.004 0.180 0.804 0.000 0.012 0
#> GSM82335 3 0.4262 0.22748 0.016 0.000 0.508 0.000 0.476 0
#> GSM82339 3 0.4262 0.22748 0.016 0.000 0.508 0.000 0.476 0
#> GSM128494 5 0.3245 0.52254 0.008 0.000 0.228 0.000 0.764 0
#> GSM128495 5 0.3245 0.52254 0.008 0.000 0.228 0.000 0.764 0
#> GSM82356 3 0.4337 0.55994 0.000 0.224 0.712 0.056 0.008 0
#> GSM82359 3 0.4337 0.55994 0.000 0.224 0.712 0.056 0.008 0
#> GSM82347 4 0.8052 0.30396 0.068 0.160 0.272 0.388 0.112 0
#> GSM82365 4 0.8052 0.30396 0.068 0.160 0.272 0.388 0.112 0
#> GSM128498 3 0.4183 0.22825 0.012 0.000 0.508 0.000 0.480 0
#> GSM128499 3 0.4183 0.22825 0.012 0.000 0.508 0.000 0.480 0
#> GSM82333 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM82369 3 0.0000 0.73036 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> GSM128506 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> GSM128507 6 0.0000 1.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> GSM128511 2 0.3700 0.76746 0.000 0.780 0.152 0.068 0.000 0
#> GSM128512 2 0.3700 0.76746 0.000 0.780 0.152 0.068 0.000 0
#> GSM82334 3 0.4241 0.42380 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368 0
#> GSM82370 3 0.4241 0.42380 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368 0
#> GSM82305 5 0.4718 0.49654 0.204 0.012 0.028 0.040 0.716 0
#> GSM82306 5 0.4718 0.49654 0.204 0.012 0.028 0.040 0.716 0
#> GSM82303 4 0.1082 0.67757 0.004 0.040 0.000 0.956 0.000 0
#> GSM82304 4 0.1082 0.67757 0.004 0.040 0.000 0.956 0.000 0
#> GSM128527 5 0.4288 0.47056 0.236 0.016 0.004 0.028 0.716 0
#> GSM128528 5 0.4288 0.47056 0.236 0.016 0.004 0.028 0.716 0
#> GSM128531 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM128532 4 0.0000 0.69545 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> GSM128535 1 0.1863 0.86001 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0
#> GSM128536 1 0.1863 0.86001 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0
#> GSM128543 1 0.2260 0.87114 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0
#> GSM128544 1 0.2260 0.87114 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0
#> GSM128559 1 0.1588 0.83555 0.924 0.004 0.000 0.000 0.072 0
#> GSM128560 1 0.1588 0.83555 0.924 0.004 0.000 0.000 0.072 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> CV:hclust 144 0.344465 0.850 1.29e-12 2
#> CV:hclust 136 0.082500 0.929 2.47e-24 3
#> CV:hclust 126 0.061737 0.995 3.46e-34 4
#> CV:hclust 102 0.058201 0.647 1.66e-27 5
#> CV:hclust 106 0.000866 0.834 1.42e-46 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.377 0.838 0.876 0.4304 0.581 0.581
#> 3 3 0.312 0.551 0.702 0.3861 0.739 0.557
#> 4 4 0.364 0.462 0.673 0.1444 0.885 0.697
#> 5 5 0.392 0.385 0.566 0.0831 0.834 0.526
#> 6 6 0.454 0.443 0.610 0.0514 0.874 0.556
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.1843 0.896 0.028 0.972
#> GSM82314 2 0.1843 0.896 0.028 0.972
#> GSM82331 1 0.0938 0.866 0.988 0.012
#> GSM82338 1 0.0938 0.866 0.988 0.012
#> GSM82315 2 0.2603 0.895 0.044 0.956
#> GSM82316 2 0.2603 0.895 0.044 0.956
#> GSM82350 1 0.2778 0.873 0.952 0.048
#> GSM82368 1 0.2778 0.873 0.952 0.048
#> GSM82328 2 0.4161 0.889 0.084 0.916
#> GSM82340 2 0.4161 0.889 0.084 0.916
#> GSM128565 1 0.6712 0.864 0.824 0.176
#> GSM128566 1 0.6712 0.864 0.824 0.176
#> GSM82329 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82341 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM128569 1 0.2603 0.872 0.956 0.044
#> GSM128570 1 0.2603 0.872 0.956 0.044
#> GSM128573 1 0.5294 0.874 0.880 0.120
#> GSM128574 1 0.5294 0.874 0.880 0.120
#> GSM82295 1 0.9686 0.594 0.604 0.396
#> GSM82296 1 0.9686 0.594 0.604 0.396
#> GSM82337 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> GSM82379 1 0.0376 0.861 0.996 0.004
#> GSM82285 1 0.5059 0.877 0.888 0.112
#> GSM82286 1 0.5059 0.877 0.888 0.112
#> GSM82287 1 0.6801 0.859 0.820 0.180
#> GSM82288 1 0.6801 0.859 0.820 0.180
#> GSM82311 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM82312 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM82375 1 0.9815 0.522 0.580 0.420
#> GSM82376 1 0.9815 0.522 0.580 0.420
#> GSM82307 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM82308 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM128585 1 0.6531 0.865 0.832 0.168
#> GSM128586 1 0.6531 0.865 0.832 0.168
#> GSM128593 1 0.6801 0.861 0.820 0.180
#> GSM128594 1 0.6801 0.861 0.820 0.180
#> GSM128597 1 0.6343 0.869 0.840 0.160
#> GSM128598 1 0.6343 0.869 0.840 0.160
#> GSM128601 1 0.8861 0.735 0.696 0.304
#> GSM128602 1 0.8861 0.735 0.696 0.304
#> GSM82348 2 0.1843 0.896 0.028 0.972
#> GSM82366 2 0.1843 0.896 0.028 0.972
#> GSM82322 1 0.3733 0.832 0.928 0.072
#> GSM82352 1 0.3733 0.832 0.928 0.072
#> GSM82332 2 0.5737 0.868 0.136 0.864
#> GSM82357 2 0.5737 0.868 0.136 0.864
#> GSM82354 1 0.2778 0.873 0.952 0.048
#> GSM82372 1 0.2778 0.873 0.952 0.048
#> GSM82343 2 0.5519 0.870 0.128 0.872
#> GSM82362 2 0.5519 0.870 0.128 0.872
#> GSM128567 2 0.6343 0.851 0.160 0.840
#> GSM128568 2 0.6343 0.851 0.160 0.840
#> GSM82355 1 0.3584 0.834 0.932 0.068
#> GSM82358 1 0.3584 0.834 0.932 0.068
#> GSM128571 1 0.8909 0.557 0.692 0.308
#> GSM128572 1 0.8861 0.561 0.696 0.304
#> GSM128575 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM128576 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82324 1 0.9248 0.626 0.660 0.340
#> GSM82326 1 0.9248 0.626 0.660 0.340
#> GSM82344 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82363 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82293 1 0.5178 0.877 0.884 0.116
#> GSM82294 1 0.5178 0.877 0.884 0.116
#> GSM82297 1 0.5737 0.873 0.864 0.136
#> GSM82298 1 0.5737 0.873 0.864 0.136
#> GSM82373 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM82374 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM82377 1 0.6712 0.866 0.824 0.176
#> GSM82378 1 0.6712 0.866 0.824 0.176
#> GSM82309 2 0.5178 0.827 0.116 0.884
#> GSM82310 2 0.5178 0.827 0.116 0.884
#> GSM128587 1 0.6623 0.864 0.828 0.172
#> GSM128588 1 0.6623 0.864 0.828 0.172
#> GSM128595 1 0.6801 0.861 0.820 0.180
#> GSM128596 1 0.6801 0.861 0.820 0.180
#> GSM128599 1 0.6247 0.872 0.844 0.156
#> GSM128600 1 0.6247 0.872 0.844 0.156
#> GSM128603 1 0.8861 0.735 0.696 0.304
#> GSM128604 1 0.8861 0.735 0.696 0.304
#> GSM82284 2 0.9686 0.629 0.396 0.604
#> GSM82321 2 0.9686 0.629 0.396 0.604
#> GSM82342 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82361 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82351 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82371 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82330 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM82336 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM128492 1 0.5059 0.876 0.888 0.112
#> GSM128493 1 0.5059 0.876 0.888 0.112
#> GSM82323 2 0.8861 0.761 0.304 0.696
#> GSM82353 2 0.8861 0.761 0.304 0.696
#> GSM82317 2 0.7528 0.731 0.216 0.784
#> GSM82318 2 0.7528 0.731 0.216 0.784
#> GSM128496 1 0.1633 0.869 0.976 0.024
#> GSM128497 1 0.1633 0.869 0.976 0.024
#> GSM82319 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> GSM82320 1 0.3584 0.874 0.932 0.068
#> GSM128504 1 0.9323 0.692 0.652 0.348
#> GSM128505 1 0.9323 0.692 0.652 0.348
#> GSM128509 1 0.2236 0.852 0.964 0.036
#> GSM128510 1 0.2778 0.846 0.952 0.048
#> GSM82325 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> GSM82327 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> GSM82289 1 0.6623 0.864 0.828 0.172
#> GSM82291 1 0.6623 0.864 0.828 0.172
#> GSM82290 2 0.2236 0.896 0.036 0.964
#> GSM82292 2 0.2236 0.896 0.036 0.964
#> GSM128525 1 0.6623 0.864 0.828 0.172
#> GSM128526 1 0.6623 0.864 0.828 0.172
#> GSM128529 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM128530 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM128533 1 0.6712 0.864 0.824 0.176
#> GSM128534 1 0.6712 0.864 0.824 0.176
#> GSM128541 1 0.6973 0.860 0.812 0.188
#> GSM128542 1 0.6973 0.860 0.812 0.188
#> GSM128557 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM128558 2 0.2043 0.895 0.032 0.968
#> GSM82349 2 0.8909 0.755 0.308 0.692
#> GSM82367 2 0.8909 0.755 0.308 0.692
#> GSM82346 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82364 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82345 1 0.2043 0.854 0.968 0.032
#> GSM82360 1 0.2043 0.854 0.968 0.032
#> GSM82335 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM82339 1 0.1414 0.867 0.980 0.020
#> GSM128494 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM128495 1 0.1184 0.868 0.984 0.016
#> GSM82356 2 0.8861 0.761 0.304 0.696
#> GSM82359 2 0.8861 0.761 0.304 0.696
#> GSM82347 1 0.5842 0.792 0.860 0.140
#> GSM82365 1 0.5842 0.792 0.860 0.140
#> GSM128498 1 0.1633 0.869 0.976 0.024
#> GSM128499 1 0.1633 0.869 0.976 0.024
#> GSM82333 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM82369 1 0.0672 0.860 0.992 0.008
#> GSM128506 2 0.4562 0.882 0.096 0.904
#> GSM128507 2 0.4562 0.882 0.096 0.904
#> GSM128511 2 0.7139 0.828 0.196 0.804
#> GSM128512 2 0.7139 0.828 0.196 0.804
#> GSM82334 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> GSM82370 1 0.0938 0.862 0.988 0.012
#> GSM82305 1 0.6801 0.860 0.820 0.180
#> GSM82306 1 0.6801 0.860 0.820 0.180
#> GSM82303 2 0.2236 0.896 0.036 0.964
#> GSM82304 2 0.2236 0.896 0.036 0.964
#> GSM128527 1 0.6801 0.861 0.820 0.180
#> GSM128528 1 0.6801 0.861 0.820 0.180
#> GSM128531 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM128532 2 0.2423 0.894 0.040 0.960
#> GSM128535 1 0.6712 0.864 0.824 0.176
#> GSM128536 1 0.6712 0.864 0.824 0.176
#> GSM128543 1 0.6973 0.860 0.812 0.188
#> GSM128544 1 0.6973 0.860 0.812 0.188
#> GSM128559 1 0.7299 0.852 0.796 0.204
#> GSM128560 1 0.7299 0.852 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.2903 0.825 0.048 0.924 0.028
#> GSM82314 2 0.2903 0.825 0.048 0.924 0.028
#> GSM82331 3 0.4700 0.619 0.180 0.008 0.812
#> GSM82338 3 0.4700 0.619 0.180 0.008 0.812
#> GSM82315 2 0.5147 0.787 0.180 0.800 0.020
#> GSM82316 2 0.5147 0.787 0.180 0.800 0.020
#> GSM82350 3 0.6339 0.284 0.360 0.008 0.632
#> GSM82368 3 0.6339 0.284 0.360 0.008 0.632
#> GSM82328 2 0.2434 0.824 0.024 0.940 0.036
#> GSM82340 2 0.2434 0.824 0.024 0.940 0.036
#> GSM128565 1 0.6451 0.658 0.684 0.024 0.292
#> GSM128566 1 0.6451 0.658 0.684 0.024 0.292
#> GSM82329 3 0.1015 0.658 0.008 0.012 0.980
#> GSM82341 3 0.1015 0.658 0.008 0.012 0.980
#> GSM128569 3 0.5956 0.461 0.324 0.004 0.672
#> GSM128570 3 0.5956 0.461 0.324 0.004 0.672
#> GSM128573 3 0.6388 0.035 0.284 0.024 0.692
#> GSM128574 3 0.6388 0.035 0.284 0.024 0.692
#> GSM82295 1 0.8803 0.455 0.580 0.180 0.240
#> GSM82296 1 0.8803 0.455 0.580 0.180 0.240
#> GSM82337 3 0.2711 0.653 0.088 0.000 0.912
#> GSM82379 3 0.2711 0.653 0.088 0.000 0.912
#> GSM82285 3 0.6948 -0.294 0.472 0.016 0.512
#> GSM82286 3 0.6948 -0.294 0.472 0.016 0.512
#> GSM82287 1 0.6962 0.610 0.648 0.036 0.316
#> GSM82288 1 0.6962 0.610 0.648 0.036 0.316
#> GSM82311 2 0.5597 0.766 0.216 0.764 0.020
#> GSM82312 2 0.5597 0.766 0.216 0.764 0.020
#> GSM82375 1 0.9653 0.300 0.424 0.212 0.364
#> GSM82376 1 0.9653 0.300 0.424 0.212 0.364
#> GSM82307 2 0.4663 0.804 0.156 0.828 0.016
#> GSM82308 2 0.4663 0.804 0.156 0.828 0.016
#> GSM128585 1 0.7293 0.518 0.496 0.028 0.476
#> GSM128586 1 0.7293 0.518 0.496 0.028 0.476
#> GSM128593 1 0.6855 0.680 0.652 0.032 0.316
#> GSM128594 1 0.6855 0.680 0.652 0.032 0.316
#> GSM128597 1 0.7080 0.584 0.564 0.024 0.412
#> GSM128598 1 0.7080 0.584 0.564 0.024 0.412
#> GSM128601 3 0.8938 -0.344 0.432 0.124 0.444
#> GSM128602 3 0.8938 -0.344 0.432 0.124 0.444
#> GSM82348 2 0.2918 0.825 0.044 0.924 0.032
#> GSM82366 2 0.2918 0.825 0.044 0.924 0.032
#> GSM82322 3 0.2773 0.635 0.048 0.024 0.928
#> GSM82352 3 0.2773 0.635 0.048 0.024 0.928
#> GSM82332 2 0.2165 0.819 0.000 0.936 0.064
#> GSM82357 2 0.2165 0.819 0.000 0.936 0.064
#> GSM82354 3 0.6339 0.284 0.360 0.008 0.632
#> GSM82372 3 0.6339 0.284 0.360 0.008 0.632
#> GSM82343 2 0.2651 0.819 0.012 0.928 0.060
#> GSM82362 2 0.2651 0.819 0.012 0.928 0.060
#> GSM128567 2 0.2680 0.817 0.008 0.924 0.068
#> GSM128568 2 0.2680 0.817 0.008 0.924 0.068
#> GSM82355 3 0.1999 0.644 0.012 0.036 0.952
#> GSM82358 3 0.1999 0.644 0.012 0.036 0.952
#> GSM128571 3 0.9014 0.297 0.208 0.232 0.560
#> GSM128572 3 0.8834 0.330 0.196 0.224 0.580
#> GSM128575 3 0.0661 0.657 0.008 0.004 0.988
#> GSM128576 3 0.0661 0.657 0.008 0.004 0.988
#> GSM82324 1 0.9383 0.181 0.444 0.172 0.384
#> GSM82326 1 0.9383 0.181 0.444 0.172 0.384
#> GSM82344 3 0.2711 0.653 0.088 0.000 0.912
#> GSM82363 3 0.2711 0.653 0.088 0.000 0.912
#> GSM82293 3 0.7049 -0.257 0.452 0.020 0.528
#> GSM82294 3 0.7049 -0.257 0.452 0.020 0.528
#> GSM82297 1 0.6912 0.491 0.540 0.016 0.444
#> GSM82298 1 0.6912 0.491 0.540 0.016 0.444
#> GSM82373 2 0.5597 0.766 0.216 0.764 0.020
#> GSM82374 2 0.5597 0.766 0.216 0.764 0.020
#> GSM82377 1 0.7526 0.561 0.536 0.040 0.424
#> GSM82378 1 0.7526 0.561 0.536 0.040 0.424
#> GSM82309 1 0.7295 -0.306 0.488 0.484 0.028
#> GSM82310 1 0.7295 -0.306 0.488 0.484 0.028
#> GSM128587 1 0.7268 0.569 0.524 0.028 0.448
#> GSM128588 1 0.7268 0.569 0.524 0.028 0.448
#> GSM128595 1 0.6855 0.680 0.652 0.032 0.316
#> GSM128596 1 0.6855 0.680 0.652 0.032 0.316
#> GSM128599 1 0.7591 0.576 0.544 0.044 0.412
#> GSM128600 1 0.7591 0.576 0.544 0.044 0.412
#> GSM128603 3 0.8984 -0.341 0.432 0.128 0.440
#> GSM128604 3 0.8984 -0.341 0.432 0.128 0.440
#> GSM82284 2 0.6045 0.561 0.000 0.620 0.380
#> GSM82321 2 0.6045 0.561 0.000 0.620 0.380
#> GSM82342 3 0.1267 0.662 0.024 0.004 0.972
#> GSM82361 3 0.1267 0.662 0.024 0.004 0.972
#> GSM82351 3 0.3234 0.616 0.020 0.072 0.908
#> GSM82371 3 0.3234 0.616 0.020 0.072 0.908
#> GSM82330 3 0.4399 0.604 0.188 0.000 0.812
#> GSM82336 3 0.4399 0.604 0.188 0.000 0.812
#> GSM128492 1 0.6954 0.387 0.500 0.016 0.484
#> GSM128493 1 0.6954 0.387 0.500 0.016 0.484
#> GSM82323 2 0.6057 0.615 0.004 0.656 0.340
#> GSM82353 2 0.6057 0.615 0.004 0.656 0.340
#> GSM82317 2 0.9501 0.387 0.224 0.488 0.288
#> GSM82318 2 0.9501 0.387 0.224 0.488 0.288
#> GSM128496 3 0.5138 0.507 0.252 0.000 0.748
#> GSM128497 3 0.5138 0.507 0.252 0.000 0.748
#> GSM82319 3 0.5455 0.357 0.204 0.020 0.776
#> GSM82320 3 0.5455 0.357 0.204 0.020 0.776
#> GSM128504 1 0.7562 0.507 0.692 0.148 0.160
#> GSM128505 1 0.7562 0.507 0.692 0.148 0.160
#> GSM128509 3 0.2383 0.642 0.044 0.016 0.940
#> GSM128510 3 0.2527 0.640 0.044 0.020 0.936
#> GSM82325 3 0.3941 0.621 0.156 0.000 0.844
#> GSM82327 3 0.3941 0.621 0.156 0.000 0.844
#> GSM82289 1 0.6584 0.631 0.608 0.012 0.380
#> GSM82291 1 0.6584 0.631 0.608 0.012 0.380
#> GSM82290 2 0.4345 0.811 0.136 0.848 0.016
#> GSM82292 2 0.4345 0.811 0.136 0.848 0.016
#> GSM128525 1 0.6228 0.636 0.624 0.004 0.372
#> GSM128526 1 0.6228 0.636 0.624 0.004 0.372
#> GSM128529 2 0.5723 0.750 0.240 0.744 0.016
#> GSM128530 2 0.5723 0.750 0.240 0.744 0.016
#> GSM128533 1 0.6205 0.635 0.656 0.008 0.336
#> GSM128534 1 0.6205 0.635 0.656 0.008 0.336
#> GSM128541 1 0.5737 0.652 0.732 0.012 0.256
#> GSM128542 1 0.5737 0.652 0.732 0.012 0.256
#> GSM128557 2 0.2443 0.825 0.028 0.940 0.032
#> GSM128558 2 0.2443 0.825 0.028 0.940 0.032
#> GSM82349 2 0.5810 0.627 0.000 0.664 0.336
#> GSM82367 2 0.5810 0.627 0.000 0.664 0.336
#> GSM82346 3 0.1267 0.662 0.024 0.004 0.972
#> GSM82364 3 0.1267 0.662 0.024 0.004 0.972
#> GSM82345 3 0.3832 0.589 0.020 0.100 0.880
#> GSM82360 3 0.3832 0.589 0.020 0.100 0.880
#> GSM82335 3 0.4346 0.608 0.184 0.000 0.816
#> GSM82339 3 0.4346 0.608 0.184 0.000 0.816
#> GSM128494 3 0.4399 0.610 0.188 0.000 0.812
#> GSM128495 3 0.4399 0.610 0.188 0.000 0.812
#> GSM82356 2 0.6442 0.462 0.004 0.564 0.432
#> GSM82359 2 0.6442 0.462 0.004 0.564 0.432
#> GSM82347 3 0.4349 0.571 0.020 0.128 0.852
#> GSM82365 3 0.4349 0.571 0.020 0.128 0.852
#> GSM128498 3 0.5138 0.507 0.252 0.000 0.748
#> GSM128499 3 0.5138 0.507 0.252 0.000 0.748
#> GSM82333 3 0.0848 0.657 0.008 0.008 0.984
#> GSM82369 3 0.0848 0.657 0.008 0.008 0.984
#> GSM128506 2 0.3683 0.811 0.060 0.896 0.044
#> GSM128507 2 0.3683 0.811 0.060 0.896 0.044
#> GSM128511 2 0.4346 0.770 0.000 0.816 0.184
#> GSM128512 2 0.4346 0.770 0.000 0.816 0.184
#> GSM82334 3 0.3941 0.621 0.156 0.000 0.844
#> GSM82370 3 0.3941 0.621 0.156 0.000 0.844
#> GSM82305 1 0.6717 0.662 0.628 0.020 0.352
#> GSM82306 1 0.6717 0.662 0.628 0.020 0.352
#> GSM82303 2 0.4345 0.811 0.136 0.848 0.016
#> GSM82304 2 0.4345 0.811 0.136 0.848 0.016
#> GSM128527 1 0.6890 0.673 0.632 0.028 0.340
#> GSM128528 1 0.6890 0.673 0.632 0.028 0.340
#> GSM128531 2 0.5723 0.750 0.240 0.744 0.016
#> GSM128532 2 0.5723 0.750 0.240 0.744 0.016
#> GSM128535 1 0.6205 0.635 0.656 0.008 0.336
#> GSM128536 1 0.6205 0.635 0.656 0.008 0.336
#> GSM128543 1 0.5737 0.652 0.732 0.012 0.256
#> GSM128544 1 0.5737 0.652 0.732 0.012 0.256
#> GSM128559 1 0.6229 0.666 0.700 0.020 0.280
#> GSM128560 1 0.6229 0.666 0.700 0.020 0.280
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 2 0.2433 0.662764 0.012 0.920 0.008 0.060
#> GSM82314 2 0.2433 0.662764 0.012 0.920 0.008 0.060
#> GSM82331 3 0.6769 0.497286 0.212 0.004 0.624 0.160
#> GSM82338 3 0.6769 0.497286 0.212 0.004 0.624 0.160
#> GSM82315 2 0.6353 0.528843 0.072 0.676 0.024 0.228
#> GSM82316 2 0.6353 0.528843 0.072 0.676 0.024 0.228
#> GSM82350 1 0.7287 0.051798 0.464 0.000 0.384 0.152
#> GSM82368 1 0.7287 0.051798 0.464 0.000 0.384 0.152
#> GSM82328 2 0.0672 0.665053 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM82340 2 0.0672 0.665053 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM128565 1 0.6178 0.486268 0.692 0.008 0.120 0.180
#> GSM128566 1 0.6178 0.486268 0.692 0.008 0.120 0.180
#> GSM82329 3 0.2944 0.668978 0.044 0.004 0.900 0.052
#> GSM82341 3 0.2944 0.668978 0.044 0.004 0.900 0.052
#> GSM128569 3 0.7947 0.104637 0.336 0.004 0.408 0.252
#> GSM128570 3 0.7947 0.104637 0.336 0.004 0.408 0.252
#> GSM128573 3 0.6747 0.000933 0.348 0.004 0.556 0.092
#> GSM128574 3 0.6747 0.000933 0.348 0.004 0.556 0.092
#> GSM82295 4 0.8959 0.402905 0.376 0.104 0.136 0.384
#> GSM82296 4 0.8959 0.402905 0.376 0.104 0.136 0.384
#> GSM82337 3 0.4140 0.665607 0.160 0.004 0.812 0.024
#> GSM82379 3 0.4140 0.665607 0.160 0.004 0.812 0.024
#> GSM82285 1 0.7105 0.445853 0.560 0.000 0.256 0.184
#> GSM82286 1 0.7105 0.445853 0.560 0.000 0.256 0.184
#> GSM82287 1 0.7072 0.403250 0.624 0.020 0.144 0.212
#> GSM82288 1 0.7072 0.403250 0.624 0.020 0.144 0.212
#> GSM82311 2 0.6607 0.464127 0.084 0.600 0.008 0.308
#> GSM82312 2 0.6607 0.464127 0.084 0.600 0.008 0.308
#> GSM82375 1 0.9662 -0.247268 0.308 0.128 0.292 0.272
#> GSM82376 1 0.9662 -0.247268 0.308 0.128 0.292 0.272
#> GSM82307 2 0.5105 0.561548 0.028 0.696 0.000 0.276
#> GSM82308 2 0.5105 0.561548 0.028 0.696 0.000 0.276
#> GSM128585 1 0.7102 0.505681 0.588 0.008 0.252 0.152
#> GSM128586 1 0.7102 0.505681 0.588 0.008 0.252 0.152
#> GSM128593 1 0.4282 0.585675 0.812 0.004 0.148 0.036
#> GSM128594 1 0.4282 0.585675 0.812 0.004 0.148 0.036
#> GSM128597 1 0.6323 0.554148 0.668 0.004 0.200 0.128
#> GSM128598 1 0.6323 0.554148 0.668 0.004 0.200 0.128
#> GSM128601 1 0.9246 -0.111797 0.332 0.076 0.312 0.280
#> GSM128602 1 0.9246 -0.111797 0.332 0.076 0.312 0.280
#> GSM82348 2 0.2271 0.662878 0.012 0.928 0.008 0.052
#> GSM82366 2 0.2271 0.662878 0.012 0.928 0.008 0.052
#> GSM82322 3 0.3455 0.662829 0.044 0.012 0.880 0.064
#> GSM82352 3 0.3455 0.662829 0.044 0.012 0.880 0.064
#> GSM82332 2 0.0712 0.665788 0.004 0.984 0.008 0.004
#> GSM82357 2 0.0712 0.665788 0.004 0.984 0.008 0.004
#> GSM82354 1 0.7287 0.051798 0.464 0.000 0.384 0.152
#> GSM82372 1 0.7287 0.051798 0.464 0.000 0.384 0.152
#> GSM82343 2 0.0672 0.665053 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM82362 2 0.0672 0.665053 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM128567 2 0.1690 0.662103 0.008 0.952 0.032 0.008
#> GSM128568 2 0.1690 0.662103 0.008 0.952 0.032 0.008
#> GSM82355 3 0.3379 0.655113 0.036 0.024 0.888 0.052
#> GSM82358 3 0.3379 0.655113 0.036 0.024 0.888 0.052
#> GSM128571 3 0.9597 -0.106686 0.184 0.172 0.388 0.256
#> GSM128572 3 0.9454 0.017008 0.172 0.172 0.420 0.236
#> GSM128575 3 0.1833 0.675488 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM128576 3 0.1833 0.675488 0.024 0.000 0.944 0.032
#> GSM82324 4 0.9338 0.438618 0.264 0.104 0.236 0.396
#> GSM82326 4 0.9338 0.438618 0.264 0.104 0.236 0.396
#> GSM82344 3 0.4140 0.665607 0.160 0.004 0.812 0.024
#> GSM82363 3 0.4140 0.665607 0.160 0.004 0.812 0.024
#> GSM82293 1 0.7401 0.369743 0.496 0.000 0.316 0.188
#> GSM82294 1 0.7401 0.369743 0.496 0.000 0.316 0.188
#> GSM82297 1 0.6565 0.496308 0.628 0.000 0.224 0.148
#> GSM82298 1 0.6565 0.496308 0.628 0.000 0.224 0.148
#> GSM82373 2 0.6607 0.464127 0.084 0.600 0.008 0.308
#> GSM82374 2 0.6607 0.464127 0.084 0.600 0.008 0.308
#> GSM82377 1 0.7620 0.376279 0.560 0.036 0.284 0.120
#> GSM82378 1 0.7620 0.376279 0.560 0.036 0.284 0.120
#> GSM82309 4 0.7923 0.186313 0.208 0.372 0.008 0.412
#> GSM82310 4 0.7923 0.186313 0.208 0.372 0.008 0.412
#> GSM128587 1 0.6986 0.513634 0.604 0.008 0.240 0.148
#> GSM128588 1 0.6986 0.513634 0.604 0.008 0.240 0.148
#> GSM128595 1 0.4188 0.585675 0.812 0.000 0.148 0.040
#> GSM128596 1 0.4188 0.585675 0.812 0.000 0.148 0.040
#> GSM128599 1 0.7069 0.532457 0.628 0.024 0.216 0.132
#> GSM128600 1 0.7069 0.532457 0.628 0.024 0.216 0.132
#> GSM128603 1 0.9246 -0.111797 0.332 0.076 0.312 0.280
#> GSM128604 1 0.9246 -0.111797 0.332 0.076 0.312 0.280
#> GSM82284 2 0.5797 0.432598 0.012 0.624 0.340 0.024
#> GSM82321 2 0.5797 0.432598 0.012 0.624 0.340 0.024
#> GSM82342 3 0.3367 0.684036 0.108 0.000 0.864 0.028
#> GSM82361 3 0.3367 0.684036 0.108 0.000 0.864 0.028
#> GSM82351 3 0.2456 0.654134 0.008 0.040 0.924 0.028
#> GSM82371 3 0.2456 0.654134 0.008 0.040 0.924 0.028
#> GSM82330 3 0.5785 0.545818 0.272 0.000 0.664 0.064
#> GSM82336 3 0.5785 0.545818 0.272 0.000 0.664 0.064
#> GSM128492 1 0.7138 0.459232 0.552 0.000 0.268 0.180
#> GSM128493 1 0.7138 0.459232 0.552 0.000 0.268 0.180
#> GSM82323 2 0.5891 0.425495 0.008 0.612 0.348 0.032
#> GSM82353 2 0.5891 0.425495 0.008 0.612 0.348 0.032
#> GSM82317 2 0.9821 -0.227045 0.236 0.332 0.256 0.176
#> GSM82318 2 0.9821 -0.227045 0.236 0.332 0.256 0.176
#> GSM128496 3 0.6140 0.426400 0.340 0.000 0.596 0.064
#> GSM128497 3 0.6140 0.426400 0.340 0.000 0.596 0.064
#> GSM82319 3 0.5809 0.359356 0.232 0.004 0.692 0.072
#> GSM82320 3 0.5809 0.359356 0.232 0.004 0.692 0.072
#> GSM128504 1 0.7721 -0.003229 0.548 0.096 0.052 0.304
#> GSM128505 1 0.7721 -0.003229 0.548 0.096 0.052 0.304
#> GSM128509 3 0.3272 0.661278 0.052 0.004 0.884 0.060
#> GSM128510 3 0.3272 0.661278 0.052 0.004 0.884 0.060
#> GSM82325 3 0.5397 0.616439 0.220 0.000 0.716 0.064
#> GSM82327 3 0.5397 0.616439 0.220 0.000 0.716 0.064
#> GSM82289 1 0.4893 0.587705 0.772 0.004 0.172 0.052
#> GSM82291 1 0.4893 0.587705 0.772 0.004 0.172 0.052
#> GSM82290 2 0.5204 0.574289 0.032 0.712 0.004 0.252
#> GSM82292 2 0.5204 0.574289 0.032 0.712 0.004 0.252
#> GSM128525 1 0.4634 0.578652 0.792 0.004 0.156 0.048
#> GSM128526 1 0.4634 0.578652 0.792 0.004 0.156 0.048
#> GSM128529 2 0.6618 0.452174 0.104 0.608 0.004 0.284
#> GSM128530 2 0.6618 0.452174 0.104 0.608 0.004 0.284
#> GSM128533 1 0.5641 0.494616 0.732 0.004 0.112 0.152
#> GSM128534 1 0.5641 0.494616 0.732 0.004 0.112 0.152
#> GSM128541 1 0.6291 0.409156 0.684 0.016 0.092 0.208
#> GSM128542 1 0.6291 0.409156 0.684 0.016 0.092 0.208
#> GSM128557 2 0.3031 0.652184 0.016 0.896 0.072 0.016
#> GSM128558 2 0.3031 0.652184 0.016 0.896 0.072 0.016
#> GSM82349 2 0.5715 0.446238 0.008 0.636 0.328 0.028
#> GSM82367 2 0.5715 0.446238 0.008 0.636 0.328 0.028
#> GSM82346 3 0.3367 0.684036 0.108 0.000 0.864 0.028
#> GSM82364 3 0.3367 0.684036 0.108 0.000 0.864 0.028
#> GSM82345 3 0.3169 0.615607 0.004 0.084 0.884 0.028
#> GSM82360 3 0.3169 0.615607 0.004 0.084 0.884 0.028
#> GSM82335 3 0.5785 0.545818 0.272 0.000 0.664 0.064
#> GSM82339 3 0.5732 0.557220 0.264 0.000 0.672 0.064
#> GSM128494 3 0.6100 0.539265 0.272 0.000 0.644 0.084
#> GSM128495 3 0.6100 0.539265 0.272 0.000 0.644 0.084
#> GSM82356 2 0.6156 0.257690 0.008 0.484 0.476 0.032
#> GSM82359 2 0.6156 0.257690 0.008 0.484 0.476 0.032
#> GSM82347 3 0.5491 0.590404 0.060 0.116 0.776 0.048
#> GSM82365 3 0.5491 0.590404 0.060 0.116 0.776 0.048
#> GSM128498 3 0.6156 0.418256 0.344 0.000 0.592 0.064
#> GSM128499 3 0.6156 0.418256 0.344 0.000 0.592 0.064
#> GSM82333 3 0.1811 0.677391 0.028 0.004 0.948 0.020
#> GSM82369 3 0.1811 0.677391 0.028 0.004 0.948 0.020
#> GSM128506 2 0.3082 0.635631 0.032 0.884 0.000 0.084
#> GSM128507 2 0.3082 0.635631 0.032 0.884 0.000 0.084
#> GSM128511 2 0.4281 0.580610 0.000 0.792 0.180 0.028
#> GSM128512 2 0.4281 0.580610 0.000 0.792 0.180 0.028
#> GSM82334 3 0.5327 0.618535 0.220 0.000 0.720 0.060
#> GSM82370 3 0.5327 0.618535 0.220 0.000 0.720 0.060
#> GSM82305 1 0.5007 0.587194 0.776 0.008 0.156 0.060
#> GSM82306 1 0.5007 0.587194 0.776 0.008 0.156 0.060
#> GSM82303 2 0.5204 0.574289 0.032 0.712 0.004 0.252
#> GSM82304 2 0.5204 0.574289 0.032 0.712 0.004 0.252
#> GSM128527 1 0.4473 0.582990 0.804 0.008 0.152 0.036
#> GSM128528 1 0.4473 0.582990 0.804 0.008 0.152 0.036
#> GSM128531 2 0.6618 0.452174 0.104 0.608 0.004 0.284
#> GSM128532 2 0.6618 0.452174 0.104 0.608 0.004 0.284
#> GSM128535 1 0.5641 0.494616 0.732 0.004 0.112 0.152
#> GSM128536 1 0.5641 0.494616 0.732 0.004 0.112 0.152
#> GSM128543 1 0.6291 0.409156 0.684 0.016 0.092 0.208
#> GSM128544 1 0.6291 0.409156 0.684 0.016 0.092 0.208
#> GSM128559 1 0.6140 0.450796 0.720 0.032 0.084 0.164
#> GSM128560 1 0.6140 0.450796 0.720 0.032 0.084 0.164
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.506 -0.2029 0.020 0.420 0.004 0.552 0.004
#> GSM82314 4 0.506 -0.2029 0.020 0.420 0.004 0.552 0.004
#> GSM82331 3 0.652 0.2312 0.048 0.068 0.460 0.000 0.424
#> GSM82338 3 0.652 0.2312 0.048 0.068 0.460 0.000 0.424
#> GSM82315 4 0.368 0.5543 0.012 0.120 0.004 0.832 0.032
#> GSM82316 4 0.368 0.5543 0.012 0.120 0.004 0.832 0.032
#> GSM82350 3 0.776 0.0797 0.252 0.060 0.360 0.000 0.328
#> GSM82368 3 0.776 0.0797 0.252 0.060 0.360 0.000 0.328
#> GSM82328 4 0.445 -0.3846 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> GSM82340 4 0.445 -0.3846 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> GSM128565 5 0.478 0.3212 0.132 0.012 0.068 0.016 0.772
#> GSM128566 5 0.478 0.3212 0.132 0.012 0.068 0.016 0.772
#> GSM82329 3 0.457 0.5983 0.044 0.096 0.796 0.004 0.060
#> GSM82341 3 0.457 0.5983 0.044 0.096 0.796 0.004 0.060
#> GSM128569 5 0.607 0.2707 0.056 0.048 0.248 0.008 0.640
#> GSM128570 5 0.607 0.2707 0.056 0.048 0.248 0.008 0.640
#> GSM128573 3 0.678 0.0947 0.072 0.036 0.568 0.028 0.296
#> GSM128574 3 0.678 0.0947 0.072 0.036 0.568 0.028 0.296
#> GSM82295 5 0.743 0.3527 0.100 0.060 0.056 0.200 0.584
#> GSM82296 5 0.743 0.3527 0.100 0.060 0.056 0.200 0.584
#> GSM82337 3 0.356 0.6158 0.060 0.008 0.840 0.000 0.092
#> GSM82379 3 0.356 0.6158 0.060 0.008 0.840 0.000 0.092
#> GSM82285 5 0.485 0.4207 0.028 0.020 0.192 0.016 0.744
#> GSM82286 5 0.485 0.4207 0.028 0.020 0.192 0.016 0.744
#> GSM82287 5 0.428 0.4238 0.036 0.000 0.088 0.068 0.808
#> GSM82288 5 0.428 0.4238 0.036 0.000 0.088 0.068 0.808
#> GSM82311 4 0.252 0.6027 0.028 0.024 0.000 0.908 0.040
#> GSM82312 4 0.252 0.6027 0.028 0.024 0.000 0.908 0.040
#> GSM82375 5 0.892 0.2706 0.068 0.092 0.220 0.220 0.400
#> GSM82376 5 0.892 0.2706 0.068 0.092 0.220 0.220 0.400
#> GSM82307 4 0.270 0.5913 0.012 0.072 0.000 0.892 0.024
#> GSM82308 4 0.270 0.5913 0.012 0.072 0.000 0.892 0.024
#> GSM128585 5 0.752 0.2390 0.176 0.032 0.196 0.048 0.548
#> GSM128586 5 0.752 0.2390 0.176 0.032 0.196 0.048 0.548
#> GSM128593 1 0.689 0.5975 0.484 0.040 0.076 0.016 0.384
#> GSM128594 1 0.689 0.5975 0.484 0.040 0.076 0.016 0.384
#> GSM128597 5 0.725 0.1131 0.220 0.052 0.144 0.020 0.564
#> GSM128598 5 0.725 0.1131 0.220 0.052 0.144 0.020 0.564
#> GSM128601 5 0.869 0.3301 0.084 0.092 0.216 0.148 0.460
#> GSM128602 5 0.869 0.3301 0.084 0.092 0.216 0.148 0.460
#> GSM82348 4 0.510 -0.2767 0.020 0.444 0.004 0.528 0.004
#> GSM82366 4 0.510 -0.2767 0.020 0.444 0.004 0.528 0.004
#> GSM82322 3 0.483 0.5631 0.012 0.108 0.748 0.000 0.132
#> GSM82352 3 0.483 0.5631 0.012 0.108 0.748 0.000 0.132
#> GSM82332 2 0.466 0.4220 0.000 0.508 0.012 0.480 0.000
#> GSM82357 2 0.466 0.4220 0.000 0.508 0.012 0.480 0.000
#> GSM82354 3 0.776 0.0797 0.252 0.060 0.360 0.000 0.328
#> GSM82372 3 0.776 0.0797 0.252 0.060 0.360 0.000 0.328
#> GSM82343 2 0.456 0.3899 0.000 0.500 0.008 0.492 0.000
#> GSM82362 2 0.456 0.3899 0.000 0.500 0.008 0.492 0.000
#> GSM128567 2 0.472 0.4694 0.000 0.540 0.016 0.444 0.000
#> GSM128568 2 0.472 0.4694 0.000 0.540 0.016 0.444 0.000
#> GSM82355 3 0.463 0.5845 0.040 0.112 0.788 0.004 0.056
#> GSM82358 3 0.463 0.5845 0.040 0.112 0.788 0.004 0.056
#> GSM128571 5 0.789 0.2442 0.056 0.088 0.232 0.092 0.532
#> GSM128572 5 0.808 0.1291 0.056 0.088 0.276 0.092 0.488
#> GSM128575 3 0.171 0.6214 0.016 0.040 0.940 0.000 0.004
#> GSM128576 3 0.171 0.6214 0.016 0.040 0.940 0.000 0.004
#> GSM82324 5 0.809 0.3594 0.088 0.068 0.116 0.196 0.532
#> GSM82326 5 0.809 0.3594 0.088 0.068 0.116 0.196 0.532
#> GSM82344 3 0.356 0.6158 0.060 0.008 0.840 0.000 0.092
#> GSM82363 3 0.356 0.6158 0.060 0.008 0.840 0.000 0.092
#> GSM82293 5 0.501 0.4470 0.012 0.020 0.236 0.024 0.708
#> GSM82294 5 0.501 0.4470 0.012 0.020 0.236 0.024 0.708
#> GSM82297 5 0.444 0.4014 0.060 0.000 0.148 0.016 0.776
#> GSM82298 5 0.444 0.4014 0.060 0.000 0.148 0.016 0.776
#> GSM82373 4 0.252 0.6027 0.028 0.024 0.000 0.908 0.040
#> GSM82374 4 0.252 0.6027 0.028 0.024 0.000 0.908 0.040
#> GSM82377 1 0.841 0.4571 0.404 0.040 0.204 0.064 0.288
#> GSM82378 1 0.841 0.4571 0.404 0.040 0.204 0.064 0.288
#> GSM82309 4 0.501 0.4749 0.040 0.044 0.000 0.732 0.184
#> GSM82310 4 0.501 0.4749 0.040 0.044 0.000 0.732 0.184
#> GSM128587 5 0.760 0.1436 0.216 0.032 0.188 0.040 0.524
#> GSM128588 5 0.760 0.1436 0.216 0.032 0.188 0.040 0.524
#> GSM128595 1 0.689 0.5975 0.484 0.040 0.076 0.016 0.384
#> GSM128596 1 0.689 0.5975 0.484 0.040 0.076 0.016 0.384
#> GSM128599 5 0.773 0.0901 0.220 0.096 0.136 0.020 0.528
#> GSM128600 5 0.773 0.0901 0.220 0.096 0.136 0.020 0.528
#> GSM128603 5 0.869 0.3301 0.084 0.092 0.216 0.148 0.460
#> GSM128604 5 0.869 0.3301 0.084 0.092 0.216 0.148 0.460
#> GSM82284 2 0.666 0.5492 0.004 0.512 0.296 0.180 0.008
#> GSM82321 2 0.666 0.5492 0.004 0.512 0.296 0.180 0.008
#> GSM82342 3 0.264 0.6305 0.032 0.016 0.900 0.000 0.052
#> GSM82361 3 0.264 0.6305 0.032 0.016 0.900 0.000 0.052
#> GSM82351 3 0.326 0.5899 0.004 0.140 0.836 0.000 0.020
#> GSM82371 3 0.326 0.5899 0.004 0.140 0.836 0.000 0.020
#> GSM82330 3 0.564 0.4377 0.048 0.024 0.600 0.000 0.328
#> GSM82336 3 0.564 0.4377 0.048 0.024 0.600 0.000 0.328
#> GSM128492 5 0.559 0.4076 0.052 0.020 0.232 0.016 0.680
#> GSM128493 5 0.559 0.4076 0.052 0.020 0.232 0.016 0.680
#> GSM82323 2 0.704 0.5166 0.008 0.496 0.296 0.180 0.020
#> GSM82353 2 0.704 0.5166 0.008 0.496 0.296 0.180 0.020
#> GSM82317 4 0.945 -0.1524 0.072 0.144 0.252 0.268 0.264
#> GSM82318 4 0.945 -0.1524 0.072 0.144 0.252 0.268 0.264
#> GSM128496 3 0.668 0.3077 0.164 0.016 0.496 0.000 0.324
#> GSM128497 3 0.668 0.3077 0.164 0.016 0.496 0.000 0.324
#> GSM82319 3 0.607 0.3540 0.036 0.068 0.668 0.020 0.208
#> GSM82320 3 0.607 0.3540 0.036 0.068 0.668 0.020 0.208
#> GSM128504 5 0.686 0.2429 0.184 0.072 0.016 0.108 0.620
#> GSM128505 5 0.686 0.2429 0.184 0.072 0.016 0.108 0.620
#> GSM128509 3 0.450 0.5871 0.016 0.092 0.780 0.000 0.112
#> GSM128510 3 0.450 0.5871 0.016 0.092 0.780 0.000 0.112
#> GSM82325 3 0.554 0.5452 0.096 0.028 0.692 0.000 0.184
#> GSM82327 3 0.554 0.5452 0.096 0.028 0.692 0.000 0.184
#> GSM82289 5 0.664 -0.3943 0.368 0.012 0.124 0.008 0.488
#> GSM82291 5 0.664 -0.3943 0.368 0.012 0.124 0.008 0.488
#> GSM82290 4 0.395 0.5413 0.032 0.140 0.000 0.808 0.020
#> GSM82292 4 0.395 0.5413 0.032 0.140 0.000 0.808 0.020
#> GSM128525 1 0.611 0.5936 0.496 0.004 0.096 0.004 0.400
#> GSM128526 1 0.611 0.5936 0.496 0.004 0.096 0.004 0.400
#> GSM128529 4 0.308 0.6021 0.048 0.028 0.000 0.880 0.044
#> GSM128530 4 0.308 0.6021 0.048 0.028 0.000 0.880 0.044
#> GSM128533 1 0.598 0.6592 0.620 0.028 0.088 0.000 0.264
#> GSM128534 1 0.598 0.6592 0.620 0.028 0.088 0.000 0.264
#> GSM128541 1 0.666 0.6833 0.592 0.028 0.060 0.044 0.276
#> GSM128542 1 0.666 0.6833 0.592 0.028 0.060 0.044 0.276
#> GSM128557 2 0.532 0.4246 0.012 0.504 0.020 0.460 0.004
#> GSM128558 2 0.532 0.4246 0.012 0.504 0.020 0.460 0.004
#> GSM82349 2 0.654 0.5605 0.004 0.528 0.272 0.192 0.004
#> GSM82367 2 0.654 0.5605 0.004 0.528 0.272 0.192 0.004
#> GSM82346 3 0.264 0.6305 0.032 0.016 0.900 0.000 0.052
#> GSM82364 3 0.264 0.6305 0.032 0.016 0.900 0.000 0.052
#> GSM82345 3 0.344 0.5782 0.004 0.156 0.820 0.000 0.020
#> GSM82360 3 0.344 0.5782 0.004 0.156 0.820 0.000 0.020
#> GSM82335 3 0.564 0.4377 0.048 0.024 0.600 0.000 0.328
#> GSM82339 3 0.561 0.4501 0.048 0.024 0.608 0.000 0.320
#> GSM128494 3 0.584 0.3781 0.048 0.028 0.556 0.000 0.368
#> GSM128495 3 0.584 0.3781 0.048 0.028 0.556 0.000 0.368
#> GSM82356 2 0.682 0.4126 0.008 0.444 0.408 0.120 0.020
#> GSM82359 2 0.682 0.4126 0.008 0.444 0.408 0.120 0.020
#> GSM82347 3 0.597 0.5345 0.032 0.144 0.708 0.044 0.072
#> GSM82365 3 0.597 0.5345 0.032 0.144 0.708 0.044 0.072
#> GSM128498 3 0.670 0.3135 0.172 0.016 0.500 0.000 0.312
#> GSM128499 3 0.670 0.3135 0.172 0.016 0.500 0.000 0.312
#> GSM82333 3 0.236 0.6179 0.008 0.064 0.908 0.000 0.020
#> GSM82369 3 0.236 0.6179 0.008 0.064 0.908 0.000 0.020
#> GSM128506 2 0.564 0.3531 0.024 0.504 0.004 0.444 0.024
#> GSM128507 2 0.564 0.3531 0.024 0.504 0.004 0.444 0.024
#> GSM128511 2 0.580 0.5514 0.000 0.564 0.112 0.324 0.000
#> GSM128512 2 0.580 0.5514 0.000 0.564 0.112 0.324 0.000
#> GSM82334 3 0.547 0.5508 0.096 0.028 0.700 0.000 0.176
#> GSM82370 3 0.547 0.5508 0.096 0.028 0.700 0.000 0.176
#> GSM82305 5 0.703 -0.3737 0.340 0.020 0.116 0.024 0.500
#> GSM82306 5 0.703 -0.3737 0.340 0.020 0.116 0.024 0.500
#> GSM82303 4 0.395 0.5413 0.032 0.140 0.000 0.808 0.020
#> GSM82304 4 0.395 0.5413 0.032 0.140 0.000 0.808 0.020
#> GSM128527 5 0.671 -0.5393 0.424 0.012 0.096 0.020 0.448
#> GSM128528 5 0.671 -0.5393 0.424 0.012 0.096 0.020 0.448
#> GSM128531 4 0.308 0.6021 0.048 0.028 0.000 0.880 0.044
#> GSM128532 4 0.308 0.6021 0.048 0.028 0.000 0.880 0.044
#> GSM128535 1 0.598 0.6592 0.620 0.028 0.088 0.000 0.264
#> GSM128536 1 0.598 0.6592 0.620 0.028 0.088 0.000 0.264
#> GSM128543 1 0.673 0.6833 0.588 0.032 0.060 0.044 0.276
#> GSM128544 1 0.673 0.6833 0.588 0.032 0.060 0.044 0.276
#> GSM128559 1 0.635 0.6905 0.588 0.028 0.060 0.020 0.304
#> GSM128560 1 0.635 0.6905 0.588 0.028 0.060 0.020 0.304
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 2 0.398 0.5300 0.000 0.780 0.000 0.144 0.020 NA
#> GSM82314 2 0.398 0.5300 0.000 0.780 0.000 0.144 0.020 NA
#> GSM82331 5 0.614 0.1446 0.076 0.000 0.344 0.020 0.524 NA
#> GSM82338 5 0.614 0.1446 0.076 0.000 0.344 0.020 0.524 NA
#> GSM82315 4 0.562 0.6783 0.016 0.368 0.020 0.552 0.028 NA
#> GSM82316 4 0.562 0.6783 0.016 0.368 0.020 0.552 0.028 NA
#> GSM82350 1 0.757 0.0812 0.412 0.000 0.268 0.016 0.156 NA
#> GSM82368 1 0.757 0.0812 0.412 0.000 0.268 0.016 0.156 NA
#> GSM82328 2 0.258 0.6078 0.000 0.880 0.000 0.084 0.012 NA
#> GSM82340 2 0.258 0.6078 0.000 0.880 0.000 0.084 0.012 NA
#> GSM128565 1 0.570 0.0345 0.504 0.000 0.024 0.032 0.408 NA
#> GSM128566 1 0.570 0.0345 0.504 0.000 0.024 0.032 0.408 NA
#> GSM82329 3 0.559 0.5253 0.028 0.040 0.728 0.048 0.088 NA
#> GSM82341 3 0.559 0.5253 0.028 0.040 0.728 0.048 0.088 NA
#> GSM128569 5 0.616 0.3952 0.120 0.004 0.188 0.040 0.624 NA
#> GSM128570 5 0.616 0.3952 0.120 0.004 0.188 0.040 0.624 NA
#> GSM128573 3 0.723 0.1092 0.312 0.012 0.476 0.036 0.100 NA
#> GSM128574 3 0.723 0.1092 0.312 0.012 0.476 0.036 0.100 NA
#> GSM82295 5 0.750 0.4314 0.096 0.020 0.068 0.248 0.508 NA
#> GSM82296 5 0.750 0.4314 0.096 0.020 0.068 0.248 0.508 NA
#> GSM82337 3 0.437 0.5814 0.168 0.000 0.752 0.004 0.032 NA
#> GSM82379 3 0.437 0.5814 0.168 0.000 0.752 0.004 0.032 NA
#> GSM82285 5 0.612 0.2384 0.368 0.004 0.120 0.004 0.484 NA
#> GSM82286 5 0.612 0.2384 0.368 0.004 0.120 0.004 0.484 NA
#> GSM82287 5 0.620 0.1504 0.392 0.000 0.036 0.068 0.480 NA
#> GSM82288 5 0.620 0.1504 0.392 0.000 0.036 0.068 0.480 NA
#> GSM82311 4 0.401 0.7942 0.016 0.220 0.004 0.744 0.008 NA
#> GSM82312 4 0.401 0.7942 0.016 0.220 0.004 0.744 0.008 NA
#> GSM82375 5 0.944 0.3227 0.152 0.088 0.176 0.200 0.304 NA
#> GSM82376 5 0.944 0.3227 0.152 0.088 0.176 0.200 0.304 NA
#> GSM82307 4 0.494 0.7517 0.004 0.296 0.016 0.640 0.004 NA
#> GSM82308 4 0.494 0.7517 0.004 0.296 0.016 0.640 0.004 NA
#> GSM128585 1 0.809 0.1045 0.420 0.004 0.132 0.120 0.248 NA
#> GSM128586 1 0.809 0.1045 0.420 0.004 0.132 0.120 0.248 NA
#> GSM128593 1 0.421 0.5460 0.808 0.000 0.040 0.056 0.048 NA
#> GSM128594 1 0.421 0.5460 0.808 0.000 0.040 0.056 0.048 NA
#> GSM128597 1 0.712 0.2864 0.520 0.004 0.104 0.040 0.252 NA
#> GSM128598 1 0.712 0.2864 0.520 0.004 0.104 0.040 0.252 NA
#> GSM128601 5 0.927 0.3229 0.180 0.048 0.132 0.156 0.336 NA
#> GSM128602 5 0.927 0.3229 0.180 0.048 0.132 0.156 0.336 NA
#> GSM82348 2 0.401 0.5304 0.000 0.776 0.000 0.144 0.016 NA
#> GSM82366 2 0.401 0.5304 0.000 0.776 0.000 0.144 0.016 NA
#> GSM82322 3 0.575 0.4274 0.012 0.028 0.644 0.012 0.220 NA
#> GSM82352 3 0.575 0.4274 0.012 0.028 0.644 0.012 0.220 NA
#> GSM82332 2 0.167 0.6399 0.000 0.928 0.008 0.060 0.000 NA
#> GSM82357 2 0.167 0.6399 0.000 0.928 0.008 0.060 0.000 NA
#> GSM82354 1 0.757 0.0812 0.412 0.000 0.268 0.016 0.156 NA
#> GSM82372 1 0.757 0.0812 0.412 0.000 0.268 0.016 0.156 NA
#> GSM82343 2 0.214 0.6265 0.000 0.908 0.000 0.064 0.012 NA
#> GSM82362 2 0.214 0.6265 0.000 0.908 0.000 0.064 0.012 NA
#> GSM128567 2 0.127 0.6563 0.000 0.956 0.000 0.016 0.016 NA
#> GSM128568 2 0.127 0.6563 0.000 0.956 0.000 0.016 0.016 NA
#> GSM82355 3 0.557 0.5177 0.020 0.048 0.728 0.048 0.088 NA
#> GSM82358 3 0.557 0.5177 0.020 0.048 0.728 0.048 0.088 NA
#> GSM128571 5 0.679 0.4202 0.064 0.040 0.176 0.076 0.612 NA
#> GSM128572 5 0.690 0.3818 0.060 0.040 0.200 0.076 0.592 NA
#> GSM128575 3 0.334 0.5797 0.056 0.024 0.856 0.004 0.008 NA
#> GSM128576 3 0.334 0.5797 0.056 0.024 0.856 0.004 0.008 NA
#> GSM82324 5 0.700 0.4485 0.048 0.020 0.096 0.216 0.568 NA
#> GSM82326 5 0.700 0.4485 0.048 0.020 0.096 0.216 0.568 NA
#> GSM82344 3 0.430 0.5814 0.168 0.000 0.756 0.004 0.028 NA
#> GSM82363 3 0.430 0.5814 0.168 0.000 0.756 0.004 0.028 NA
#> GSM82293 5 0.661 0.3088 0.328 0.008 0.128 0.024 0.492 NA
#> GSM82294 5 0.661 0.3088 0.328 0.008 0.128 0.024 0.492 NA
#> GSM82297 1 0.578 -0.1029 0.456 0.000 0.056 0.016 0.448 NA
#> GSM82298 1 0.578 -0.1029 0.456 0.000 0.056 0.016 0.448 NA
#> GSM82373 4 0.401 0.7942 0.016 0.220 0.004 0.744 0.008 NA
#> GSM82374 4 0.401 0.7942 0.016 0.220 0.004 0.744 0.008 NA
#> GSM82377 1 0.657 0.4123 0.636 0.020 0.152 0.080 0.052 NA
#> GSM82378 1 0.657 0.4123 0.636 0.020 0.152 0.080 0.052 NA
#> GSM82309 4 0.586 0.7180 0.048 0.140 0.016 0.692 0.052 NA
#> GSM82310 4 0.586 0.7180 0.048 0.140 0.016 0.692 0.052 NA
#> GSM128587 1 0.801 0.1502 0.440 0.004 0.128 0.120 0.232 NA
#> GSM128588 1 0.801 0.1502 0.440 0.004 0.128 0.120 0.232 NA
#> GSM128595 1 0.421 0.5460 0.808 0.000 0.040 0.056 0.048 NA
#> GSM128596 1 0.421 0.5460 0.808 0.000 0.040 0.056 0.048 NA
#> GSM128599 1 0.771 0.2571 0.492 0.032 0.100 0.040 0.244 NA
#> GSM128600 1 0.771 0.2571 0.492 0.032 0.100 0.040 0.244 NA
#> GSM128603 5 0.927 0.3229 0.180 0.048 0.132 0.156 0.336 NA
#> GSM128604 5 0.927 0.3229 0.180 0.048 0.132 0.156 0.336 NA
#> GSM82284 2 0.418 0.6246 0.012 0.768 0.172 0.004 0.020 NA
#> GSM82321 2 0.418 0.6246 0.012 0.768 0.172 0.004 0.020 NA
#> GSM82342 3 0.391 0.5899 0.108 0.004 0.808 0.004 0.024 NA
#> GSM82361 3 0.391 0.5899 0.108 0.004 0.808 0.004 0.024 NA
#> GSM82351 3 0.520 0.5170 0.028 0.132 0.724 0.000 0.060 NA
#> GSM82371 3 0.520 0.5170 0.028 0.132 0.724 0.000 0.060 NA
#> GSM82330 3 0.676 0.3524 0.248 0.008 0.472 0.004 0.236 NA
#> GSM82336 3 0.676 0.3524 0.248 0.008 0.472 0.004 0.236 NA
#> GSM128492 5 0.640 0.1812 0.384 0.000 0.112 0.016 0.456 NA
#> GSM128493 5 0.640 0.1812 0.384 0.000 0.112 0.016 0.456 NA
#> GSM82323 2 0.562 0.5458 0.000 0.652 0.216 0.016 0.060 NA
#> GSM82353 2 0.562 0.5458 0.000 0.652 0.216 0.016 0.060 NA
#> GSM82317 2 0.959 -0.0814 0.160 0.268 0.204 0.172 0.128 NA
#> GSM82318 2 0.959 -0.0814 0.160 0.268 0.204 0.172 0.128 NA
#> GSM128496 3 0.653 0.2609 0.372 0.000 0.416 0.004 0.176 NA
#> GSM128497 3 0.653 0.2609 0.372 0.000 0.416 0.004 0.176 NA
#> GSM82319 3 0.679 0.2597 0.144 0.016 0.604 0.036 0.136 NA
#> GSM82320 3 0.679 0.2597 0.144 0.016 0.604 0.036 0.136 NA
#> GSM128504 5 0.797 0.1837 0.264 0.036 0.008 0.184 0.400 NA
#> GSM128505 5 0.797 0.1837 0.264 0.036 0.008 0.184 0.400 NA
#> GSM128509 3 0.558 0.4662 0.020 0.052 0.664 0.004 0.212 NA
#> GSM128510 3 0.558 0.4662 0.020 0.052 0.664 0.004 0.212 NA
#> GSM82325 3 0.622 0.4930 0.252 0.012 0.568 0.000 0.128 NA
#> GSM82327 3 0.622 0.4930 0.252 0.012 0.568 0.000 0.128 NA
#> GSM82289 1 0.293 0.5312 0.864 0.000 0.064 0.000 0.060 NA
#> GSM82291 1 0.293 0.5312 0.864 0.000 0.064 0.000 0.060 NA
#> GSM82290 4 0.557 0.5975 0.004 0.408 0.004 0.496 0.008 NA
#> GSM82292 4 0.557 0.5975 0.004 0.408 0.004 0.496 0.008 NA
#> GSM128525 1 0.223 0.5577 0.912 0.000 0.048 0.012 0.020 NA
#> GSM128526 1 0.223 0.5577 0.912 0.000 0.048 0.012 0.020 NA
#> GSM128529 4 0.458 0.7903 0.020 0.212 0.000 0.720 0.016 NA
#> GSM128530 4 0.458 0.7903 0.020 0.212 0.000 0.720 0.016 NA
#> GSM128533 1 0.412 0.5069 0.752 0.000 0.036 0.000 0.024 NA
#> GSM128534 1 0.412 0.5069 0.752 0.000 0.036 0.000 0.024 NA
#> GSM128541 1 0.593 0.4395 0.620 0.004 0.024 0.108 0.020 NA
#> GSM128542 1 0.593 0.4395 0.620 0.004 0.024 0.108 0.020 NA
#> GSM128557 2 0.280 0.6357 0.000 0.880 0.020 0.060 0.004 NA
#> GSM128558 2 0.280 0.6357 0.000 0.880 0.020 0.060 0.004 NA
#> GSM82349 2 0.383 0.6322 0.000 0.780 0.172 0.004 0.020 NA
#> GSM82367 2 0.383 0.6322 0.000 0.780 0.172 0.004 0.020 NA
#> GSM82346 3 0.391 0.5899 0.108 0.004 0.808 0.004 0.024 NA
#> GSM82364 3 0.391 0.5899 0.108 0.004 0.808 0.004 0.024 NA
#> GSM82345 3 0.528 0.4853 0.012 0.172 0.696 0.000 0.064 NA
#> GSM82360 3 0.528 0.4853 0.012 0.172 0.696 0.000 0.064 NA
#> GSM82335 3 0.676 0.3524 0.248 0.008 0.472 0.004 0.236 NA
#> GSM82339 3 0.676 0.3524 0.248 0.008 0.472 0.004 0.236 NA
#> GSM128494 3 0.670 0.2759 0.220 0.000 0.452 0.004 0.284 NA
#> GSM128495 3 0.670 0.2759 0.220 0.000 0.452 0.004 0.284 NA
#> GSM82356 2 0.612 0.4455 0.000 0.548 0.316 0.016 0.064 NA
#> GSM82359 2 0.612 0.4455 0.000 0.548 0.316 0.016 0.064 NA
#> GSM82347 3 0.715 0.4018 0.036 0.184 0.580 0.052 0.092 NA
#> GSM82365 3 0.715 0.4018 0.036 0.184 0.580 0.052 0.092 NA
#> GSM128498 3 0.651 0.2632 0.372 0.000 0.420 0.004 0.172 NA
#> GSM128499 3 0.651 0.2632 0.372 0.000 0.420 0.004 0.172 NA
#> GSM82333 3 0.295 0.5755 0.024 0.020 0.884 0.004 0.036 NA
#> GSM82369 3 0.295 0.5755 0.024 0.020 0.884 0.004 0.036 NA
#> GSM128506 2 0.543 0.4632 0.004 0.688 0.000 0.136 0.084 NA
#> GSM128507 2 0.543 0.4632 0.004 0.688 0.000 0.136 0.084 NA
#> GSM128511 2 0.271 0.6564 0.000 0.864 0.112 0.004 0.008 NA
#> GSM128512 2 0.271 0.6564 0.000 0.864 0.112 0.004 0.008 NA
#> GSM82334 3 0.618 0.4997 0.244 0.012 0.576 0.000 0.128 NA
#> GSM82370 3 0.618 0.4997 0.244 0.012 0.576 0.000 0.128 NA
#> GSM82305 1 0.352 0.5282 0.836 0.000 0.060 0.004 0.072 NA
#> GSM82306 1 0.352 0.5282 0.836 0.000 0.060 0.004 0.072 NA
#> GSM82303 4 0.557 0.5975 0.004 0.408 0.004 0.496 0.008 NA
#> GSM82304 4 0.557 0.5975 0.004 0.408 0.004 0.496 0.008 NA
#> GSM128527 1 0.363 0.5494 0.840 0.000 0.052 0.044 0.048 NA
#> GSM128528 1 0.363 0.5494 0.840 0.000 0.052 0.044 0.048 NA
#> GSM128531 4 0.458 0.7903 0.020 0.212 0.000 0.720 0.016 NA
#> GSM128532 4 0.458 0.7903 0.020 0.212 0.000 0.720 0.016 NA
#> GSM128535 1 0.415 0.5050 0.748 0.000 0.036 0.000 0.024 NA
#> GSM128536 1 0.415 0.5050 0.748 0.000 0.036 0.000 0.024 NA
#> GSM128543 1 0.593 0.4395 0.620 0.004 0.024 0.108 0.020 NA
#> GSM128544 1 0.593 0.4395 0.620 0.004 0.024 0.108 0.020 NA
#> GSM128559 1 0.505 0.4848 0.688 0.020 0.004 0.032 0.028 NA
#> GSM128560 1 0.505 0.4848 0.688 0.020 0.004 0.032 0.028 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> CV:kmeans 156 0.7019 0.861 2.66e-12 2
#> CV:kmeans 120 0.2610 0.660 8.84e-18 3
#> CV:kmeans 82 0.0464 0.697 9.59e-14 4
#> CV:kmeans 70 0.0727 0.543 5.28e-16 5
#> CV:kmeans 74 0.2056 0.903 2.09e-18 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.666 0.776 0.893 0.4945 0.505 0.505
#> 3 3 0.642 0.716 0.855 0.3504 0.693 0.462
#> 4 4 0.552 0.568 0.776 0.1196 0.828 0.542
#> 5 5 0.630 0.588 0.747 0.0655 0.911 0.673
#> 6 6 0.655 0.530 0.687 0.0413 0.939 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82314 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82331 1 0.5178 0.8672 0.884 0.116
#> GSM82338 1 0.5178 0.8672 0.884 0.116
#> GSM82315 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82316 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82350 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82368 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82328 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82329 1 0.7056 0.7966 0.808 0.192
#> GSM82341 1 0.6973 0.8008 0.812 0.188
#> GSM128569 1 0.4562 0.8778 0.904 0.096
#> GSM128570 1 0.4562 0.8778 0.904 0.096
#> GSM128573 1 0.3431 0.8369 0.936 0.064
#> GSM128574 1 0.3431 0.8369 0.936 0.064
#> GSM82295 1 0.9833 0.0989 0.576 0.424
#> GSM82296 1 0.9833 0.0989 0.576 0.424
#> GSM82337 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82379 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82285 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.7453 0.6283 0.788 0.212
#> GSM82288 1 0.7453 0.6283 0.788 0.212
#> GSM82311 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82312 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82375 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82376 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82307 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82308 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128585 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128601 2 0.7219 0.7807 0.200 0.800
#> GSM128602 2 0.7219 0.7807 0.200 0.800
#> GSM82348 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82366 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82322 1 0.9710 0.4392 0.600 0.400
#> GSM82352 1 0.9686 0.4489 0.604 0.396
#> GSM82332 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82372 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82343 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.9661 0.2064 0.392 0.608
#> GSM82358 2 0.9661 0.2064 0.392 0.608
#> GSM128571 2 0.0376 0.8486 0.004 0.996
#> GSM128572 2 0.1633 0.8384 0.024 0.976
#> GSM128575 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128576 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82324 2 0.9996 -0.1281 0.488 0.512
#> GSM82326 2 0.9996 -0.1281 0.488 0.512
#> GSM82344 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82363 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82293 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82294 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82373 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82374 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82377 2 0.9393 0.5624 0.356 0.644
#> GSM82378 2 0.9393 0.5624 0.356 0.644
#> GSM82309 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82310 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128587 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.9970 0.3075 0.468 0.532
#> GSM128600 2 0.9970 0.3075 0.468 0.532
#> GSM128603 2 0.6801 0.7997 0.180 0.820
#> GSM128604 2 0.6801 0.7997 0.180 0.820
#> GSM82284 2 0.7139 0.6719 0.196 0.804
#> GSM82321 2 0.7139 0.6719 0.196 0.804
#> GSM82342 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82361 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82351 1 0.8327 0.7112 0.736 0.264
#> GSM82371 1 0.8327 0.7112 0.736 0.264
#> GSM82330 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82336 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128492 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82318 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128496 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128497 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82319 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82320 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128504 1 0.7453 0.6460 0.788 0.212
#> GSM128505 1 0.7453 0.6460 0.788 0.212
#> GSM128509 1 0.9427 0.5301 0.640 0.360
#> GSM128510 1 0.9963 0.2635 0.536 0.464
#> GSM82325 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82327 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82289 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM82290 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82292 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128525 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128529 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128530 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128533 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128557 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128558 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82349 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82346 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82364 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82345 2 0.9044 0.4180 0.320 0.680
#> GSM82360 2 0.9044 0.4180 0.320 0.680
#> GSM82335 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82339 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128494 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128495 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82356 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128499 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82333 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82369 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM128506 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8500 0.000 1.000
#> GSM82334 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82370 1 0.4298 0.8808 0.912 0.088
#> GSM82305 2 1.0000 0.2254 0.496 0.504
#> GSM82306 2 1.0000 0.2254 0.496 0.504
#> GSM82303 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM82304 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128527 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128531 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128532 2 0.4298 0.8625 0.088 0.912
#> GSM128535 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.9988 -0.1828 0.520 0.480
#> GSM128560 1 0.9988 -0.1828 0.520 0.480
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82314 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82331 3 0.4002 0.7047 0.160 0.000 0.840
#> GSM82338 3 0.4002 0.7047 0.160 0.000 0.840
#> GSM82315 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM82316 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM82350 3 0.6260 0.4977 0.448 0.000 0.552
#> GSM82368 3 0.6260 0.4977 0.448 0.000 0.552
#> GSM82328 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82341 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM128569 3 0.6215 0.5266 0.428 0.000 0.572
#> GSM128570 3 0.6215 0.5266 0.428 0.000 0.572
#> GSM128573 1 0.6786 0.3144 0.540 0.012 0.448
#> GSM128574 1 0.6786 0.3144 0.540 0.012 0.448
#> GSM82295 1 0.5988 0.4419 0.632 0.368 0.000
#> GSM82296 1 0.5988 0.4419 0.632 0.368 0.000
#> GSM82337 3 0.1964 0.7366 0.056 0.000 0.944
#> GSM82379 3 0.1964 0.7366 0.056 0.000 0.944
#> GSM82285 1 0.2356 0.8028 0.928 0.000 0.072
#> GSM82286 1 0.2356 0.8028 0.928 0.000 0.072
#> GSM82287 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM82288 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM82311 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM82312 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM82375 2 0.3682 0.8131 0.008 0.876 0.116
#> GSM82376 2 0.3682 0.8131 0.008 0.876 0.116
#> GSM82307 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM82308 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM128585 1 0.2537 0.8163 0.920 0.000 0.080
#> GSM128586 1 0.2537 0.8163 0.920 0.000 0.080
#> GSM128593 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128598 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128601 1 0.8703 0.3917 0.544 0.124 0.332
#> GSM128602 1 0.8703 0.3917 0.544 0.124 0.332
#> GSM82348 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.6260 0.4977 0.448 0.000 0.552
#> GSM82372 3 0.6260 0.4977 0.448 0.000 0.552
#> GSM82343 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0237 0.7364 0.000 0.004 0.996
#> GSM82358 3 0.0237 0.7364 0.000 0.004 0.996
#> GSM128571 3 0.6274 0.2637 0.000 0.456 0.544
#> GSM128572 3 0.6252 0.2923 0.000 0.444 0.556
#> GSM128575 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 3 0.8310 0.3893 0.088 0.368 0.544
#> GSM82326 3 0.8310 0.3893 0.088 0.368 0.544
#> GSM82344 3 0.2066 0.7360 0.060 0.000 0.940
#> GSM82363 3 0.2066 0.7360 0.060 0.000 0.940
#> GSM82293 1 0.5591 0.5633 0.696 0.000 0.304
#> GSM82294 1 0.5591 0.5633 0.696 0.000 0.304
#> GSM82297 1 0.0424 0.8578 0.992 0.000 0.008
#> GSM82298 1 0.0424 0.8578 0.992 0.000 0.008
#> GSM82373 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM82374 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM82377 2 0.7867 0.5759 0.068 0.584 0.348
#> GSM82378 2 0.7867 0.5759 0.068 0.584 0.348
#> GSM82309 2 0.5650 0.4545 0.312 0.688 0.000
#> GSM82310 2 0.5650 0.4545 0.312 0.688 0.000
#> GSM128587 1 0.2537 0.8163 0.920 0.000 0.080
#> GSM128588 1 0.2537 0.8163 0.920 0.000 0.080
#> GSM128595 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 1 0.2998 0.8196 0.916 0.068 0.016
#> GSM128600 1 0.2998 0.8196 0.916 0.068 0.016
#> GSM128603 1 0.8790 0.3885 0.540 0.132 0.328
#> GSM128604 1 0.8790 0.3885 0.540 0.132 0.328
#> GSM82284 2 0.5988 0.6092 0.000 0.632 0.368
#> GSM82321 2 0.5988 0.6092 0.000 0.632 0.368
#> GSM82342 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82351 3 0.0237 0.7364 0.000 0.004 0.996
#> GSM82371 3 0.0237 0.7364 0.000 0.004 0.996
#> GSM82330 3 0.5988 0.5976 0.368 0.000 0.632
#> GSM82336 3 0.5988 0.5976 0.368 0.000 0.632
#> GSM128492 1 0.1964 0.8301 0.944 0.000 0.056
#> GSM128493 1 0.1964 0.8301 0.944 0.000 0.056
#> GSM82323 2 0.5948 0.6182 0.000 0.640 0.360
#> GSM82353 2 0.5948 0.6182 0.000 0.640 0.360
#> GSM82317 2 0.5216 0.7122 0.000 0.740 0.260
#> GSM82318 2 0.5216 0.7122 0.000 0.740 0.260
#> GSM128496 3 0.6154 0.5565 0.408 0.000 0.592
#> GSM128497 3 0.6154 0.5565 0.408 0.000 0.592
#> GSM82319 3 0.6154 0.0252 0.408 0.000 0.592
#> GSM82320 3 0.6154 0.0252 0.408 0.000 0.592
#> GSM128504 1 0.5016 0.6541 0.760 0.240 0.000
#> GSM128505 1 0.5016 0.6541 0.760 0.240 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.5905 0.6110 0.352 0.000 0.648
#> GSM82327 3 0.5905 0.6110 0.352 0.000 0.648
#> GSM82289 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM82291 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM82290 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM82292 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM128525 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128526 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128529 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM128530 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM128533 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128534 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128541 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.5988 0.6092 0.000 0.632 0.368
#> GSM82367 2 0.5988 0.6092 0.000 0.632 0.368
#> GSM82346 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 3 0.0237 0.7364 0.000 0.004 0.996
#> GSM82360 3 0.0237 0.7364 0.000 0.004 0.996
#> GSM82335 3 0.5988 0.5976 0.368 0.000 0.632
#> GSM82339 3 0.5988 0.5976 0.368 0.000 0.632
#> GSM128494 3 0.5968 0.6005 0.364 0.000 0.636
#> GSM128495 3 0.5968 0.6005 0.364 0.000 0.636
#> GSM82356 2 0.6008 0.6041 0.000 0.628 0.372
#> GSM82359 2 0.6008 0.6041 0.000 0.628 0.372
#> GSM82347 3 0.3482 0.6466 0.000 0.128 0.872
#> GSM82365 3 0.3482 0.6466 0.000 0.128 0.872
#> GSM128498 3 0.6154 0.5565 0.408 0.000 0.592
#> GSM128499 3 0.6154 0.5565 0.408 0.000 0.592
#> GSM82333 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.7385 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.8693 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.5431 0.6926 0.000 0.716 0.284
#> GSM128512 2 0.5431 0.6926 0.000 0.716 0.284
#> GSM82334 3 0.5859 0.6161 0.344 0.000 0.656
#> GSM82370 3 0.5859 0.6161 0.344 0.000 0.656
#> GSM82305 1 0.0424 0.8587 0.992 0.008 0.000
#> GSM82306 1 0.0424 0.8587 0.992 0.008 0.000
#> GSM82303 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM82304 2 0.0237 0.8690 0.004 0.996 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM128532 2 0.0424 0.8676 0.008 0.992 0.000
#> GSM128535 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128536 1 0.0237 0.8602 0.996 0.000 0.004
#> GSM128543 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8608 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.1860 0.8340 0.948 0.052 0.000
#> GSM128560 1 0.1860 0.8340 0.948 0.052 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 2 0.0592 0.7434 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82314 2 0.0592 0.7434 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82331 4 0.5352 0.2293 0.016 0.000 0.388 0.596
#> GSM82338 4 0.5352 0.2293 0.016 0.000 0.388 0.596
#> GSM82315 2 0.4406 0.6572 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM82316 2 0.4406 0.6572 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM82350 1 0.6262 0.0296 0.540 0.000 0.400 0.060
#> GSM82368 1 0.6262 0.0296 0.540 0.000 0.400 0.060
#> GSM82328 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82340 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128565 4 0.4804 0.4113 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM128566 4 0.4804 0.4113 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM82329 3 0.1892 0.7249 0.004 0.036 0.944 0.016
#> GSM82341 3 0.1892 0.7249 0.004 0.036 0.944 0.016
#> GSM128569 4 0.5905 0.3592 0.060 0.000 0.304 0.636
#> GSM128570 4 0.5905 0.3592 0.060 0.000 0.304 0.636
#> GSM128573 3 0.5907 0.1780 0.392 0.004 0.572 0.032
#> GSM128574 3 0.5907 0.1780 0.392 0.004 0.572 0.032
#> GSM82295 4 0.3367 0.5603 0.028 0.108 0.000 0.864
#> GSM82296 4 0.3367 0.5603 0.028 0.108 0.000 0.864
#> GSM82337 3 0.3862 0.6949 0.152 0.000 0.824 0.024
#> GSM82379 3 0.3910 0.6931 0.156 0.000 0.820 0.024
#> GSM82285 4 0.6259 0.5325 0.232 0.000 0.116 0.652
#> GSM82286 4 0.6259 0.5325 0.232 0.000 0.116 0.652
#> GSM82287 4 0.3356 0.5925 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM82288 4 0.3356 0.5925 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM82311 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM82312 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM82375 4 0.6263 -0.0341 0.000 0.356 0.068 0.576
#> GSM82376 4 0.6263 -0.0341 0.000 0.356 0.068 0.576
#> GSM82307 2 0.4222 0.6739 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM82308 2 0.4222 0.6739 0.000 0.728 0.000 0.272
#> GSM128585 4 0.6211 0.0756 0.460 0.000 0.052 0.488
#> GSM128586 4 0.6211 0.0756 0.460 0.000 0.052 0.488
#> GSM128593 1 0.0188 0.7982 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128594 1 0.0188 0.7982 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128597 1 0.3870 0.5750 0.788 0.000 0.004 0.208
#> GSM128598 1 0.3870 0.5750 0.788 0.000 0.004 0.208
#> GSM128601 4 0.6233 0.5291 0.084 0.024 0.192 0.700
#> GSM128602 4 0.6233 0.5291 0.084 0.024 0.192 0.700
#> GSM82348 2 0.0592 0.7435 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82366 2 0.0592 0.7435 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82322 3 0.2081 0.6969 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM82352 3 0.2081 0.6969 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM82332 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82357 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82354 1 0.6262 0.0296 0.540 0.000 0.400 0.060
#> GSM82372 1 0.6262 0.0296 0.540 0.000 0.400 0.060
#> GSM82343 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82362 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128567 2 0.0336 0.7401 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128568 2 0.0336 0.7401 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82355 3 0.1706 0.7241 0.000 0.036 0.948 0.016
#> GSM82358 3 0.1706 0.7241 0.000 0.036 0.948 0.016
#> GSM128571 4 0.6583 0.5121 0.000 0.192 0.176 0.632
#> GSM128572 4 0.6840 0.4654 0.000 0.180 0.220 0.600
#> GSM128575 3 0.0000 0.7293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.7293 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 4 0.3344 0.5558 0.004 0.108 0.020 0.868
#> GSM82326 4 0.3344 0.5558 0.004 0.108 0.020 0.868
#> GSM82344 3 0.3910 0.6931 0.156 0.000 0.820 0.024
#> GSM82363 3 0.3910 0.6931 0.156 0.000 0.820 0.024
#> GSM82293 4 0.5665 0.5848 0.176 0.000 0.108 0.716
#> GSM82294 4 0.5665 0.5848 0.176 0.000 0.108 0.716
#> GSM82297 4 0.5289 0.4602 0.344 0.000 0.020 0.636
#> GSM82298 4 0.5289 0.4602 0.344 0.000 0.020 0.636
#> GSM82373 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM82374 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM82377 1 0.5679 0.6304 0.768 0.096 0.048 0.088
#> GSM82378 1 0.5679 0.6304 0.768 0.096 0.048 0.088
#> GSM82309 4 0.6200 -0.1918 0.052 0.444 0.000 0.504
#> GSM82310 4 0.6200 -0.1918 0.052 0.444 0.000 0.504
#> GSM128587 1 0.6214 -0.0606 0.480 0.000 0.052 0.468
#> GSM128588 1 0.6214 -0.0606 0.480 0.000 0.052 0.468
#> GSM128595 1 0.0188 0.7982 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128596 1 0.0188 0.7982 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128599 1 0.6480 0.4536 0.656 0.148 0.004 0.192
#> GSM128600 1 0.6480 0.4536 0.656 0.148 0.004 0.192
#> GSM128603 4 0.6233 0.5291 0.084 0.024 0.192 0.700
#> GSM128604 4 0.6233 0.5291 0.084 0.024 0.192 0.700
#> GSM82284 2 0.5127 0.4623 0.000 0.632 0.356 0.012
#> GSM82321 2 0.5127 0.4623 0.000 0.632 0.356 0.012
#> GSM82342 3 0.0336 0.7302 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82361 3 0.0336 0.7302 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82351 3 0.1767 0.7160 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM82371 3 0.1767 0.7160 0.000 0.044 0.944 0.012
#> GSM82330 3 0.6859 0.4763 0.156 0.000 0.588 0.256
#> GSM82336 3 0.6859 0.4763 0.156 0.000 0.588 0.256
#> GSM128492 4 0.6049 0.5201 0.264 0.000 0.084 0.652
#> GSM128493 4 0.6049 0.5201 0.264 0.000 0.084 0.652
#> GSM82323 2 0.5174 0.4533 0.000 0.620 0.368 0.012
#> GSM82353 2 0.5174 0.4533 0.000 0.620 0.368 0.012
#> GSM82317 2 0.6761 0.5997 0.000 0.608 0.224 0.168
#> GSM82318 2 0.6761 0.5997 0.000 0.608 0.224 0.168
#> GSM128496 3 0.6546 0.3478 0.396 0.000 0.524 0.080
#> GSM128497 3 0.6546 0.3478 0.396 0.000 0.524 0.080
#> GSM82319 3 0.5113 0.5322 0.152 0.000 0.760 0.088
#> GSM82320 3 0.5113 0.5322 0.152 0.000 0.760 0.088
#> GSM128504 4 0.6783 0.4948 0.304 0.124 0.000 0.572
#> GSM128505 4 0.6783 0.4948 0.304 0.124 0.000 0.572
#> GSM128509 3 0.1118 0.7212 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM128510 3 0.1118 0.7212 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM82325 3 0.6055 0.5892 0.240 0.000 0.664 0.096
#> GSM82327 3 0.6055 0.5892 0.240 0.000 0.664 0.096
#> GSM82289 1 0.0469 0.7961 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82291 1 0.0469 0.7961 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82290 2 0.4164 0.6774 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM82292 2 0.4164 0.6774 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM128525 1 0.0000 0.7984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.7984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM128530 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM128533 1 0.0336 0.7978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128534 1 0.0336 0.7978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128541 1 0.2197 0.7567 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM128542 1 0.2197 0.7567 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM128557 2 0.0188 0.7411 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128558 2 0.0188 0.7411 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82349 2 0.5024 0.4629 0.000 0.632 0.360 0.008
#> GSM82367 2 0.5024 0.4629 0.000 0.632 0.360 0.008
#> GSM82346 3 0.0336 0.7302 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82364 3 0.0336 0.7302 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82345 3 0.2542 0.6913 0.000 0.084 0.904 0.012
#> GSM82360 3 0.2542 0.6913 0.000 0.084 0.904 0.012
#> GSM82335 3 0.6784 0.4953 0.156 0.000 0.600 0.244
#> GSM82339 3 0.6784 0.4953 0.156 0.000 0.600 0.244
#> GSM128494 3 0.6263 0.3624 0.068 0.000 0.576 0.356
#> GSM128495 3 0.6263 0.3624 0.068 0.000 0.576 0.356
#> GSM82356 2 0.5256 0.4088 0.000 0.596 0.392 0.012
#> GSM82359 2 0.5256 0.4088 0.000 0.596 0.392 0.012
#> GSM82347 3 0.4663 0.4999 0.000 0.272 0.716 0.012
#> GSM82365 3 0.4663 0.4999 0.000 0.272 0.716 0.012
#> GSM128498 3 0.6546 0.3478 0.396 0.000 0.524 0.080
#> GSM128499 3 0.6546 0.3478 0.396 0.000 0.524 0.080
#> GSM82333 3 0.0336 0.7295 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82369 3 0.0336 0.7295 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM128506 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128507 2 0.0336 0.7438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128511 2 0.4175 0.6205 0.000 0.776 0.212 0.012
#> GSM128512 2 0.4212 0.6177 0.000 0.772 0.216 0.012
#> GSM82334 3 0.6055 0.5892 0.240 0.000 0.664 0.096
#> GSM82370 3 0.6055 0.5892 0.240 0.000 0.664 0.096
#> GSM82305 1 0.0469 0.7961 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82306 1 0.0469 0.7961 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82303 2 0.4164 0.6774 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM82304 2 0.4164 0.6774 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM128527 1 0.0592 0.7952 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128528 1 0.0592 0.7952 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128531 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM128532 2 0.4584 0.6550 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM128535 1 0.0336 0.7978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128536 1 0.0336 0.7978 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128543 1 0.2197 0.7567 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM128544 1 0.2197 0.7567 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM128559 1 0.0707 0.7916 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0707 0.7916 0.980 0.020 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 2 0.4306 0.52895 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM82314 2 0.4306 0.52895 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM82331 5 0.5579 0.45562 0.000 0.116 0.264 0.000 0.620
#> GSM82338 5 0.5579 0.45562 0.000 0.116 0.264 0.000 0.620
#> GSM82315 4 0.1205 0.73403 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> GSM82316 4 0.1205 0.73403 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> GSM82350 1 0.6896 0.14072 0.500 0.036 0.320 0.000 0.144
#> GSM82368 1 0.6896 0.14072 0.500 0.036 0.320 0.000 0.144
#> GSM82328 2 0.4045 0.71640 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM82340 2 0.4045 0.71640 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM128565 5 0.3359 0.68664 0.164 0.020 0.000 0.000 0.816
#> GSM128566 5 0.3359 0.68664 0.164 0.020 0.000 0.000 0.816
#> GSM82329 3 0.3180 0.71189 0.004 0.136 0.844 0.004 0.012
#> GSM82341 3 0.3180 0.71189 0.004 0.136 0.844 0.004 0.012
#> GSM128569 5 0.3570 0.69446 0.004 0.044 0.124 0.000 0.828
#> GSM128570 5 0.3570 0.69446 0.004 0.044 0.124 0.000 0.828
#> GSM128573 3 0.7805 0.34290 0.216 0.112 0.524 0.020 0.128
#> GSM128574 3 0.7805 0.34290 0.216 0.112 0.524 0.020 0.128
#> GSM82295 5 0.5930 0.51777 0.016 0.092 0.000 0.296 0.596
#> GSM82296 5 0.5930 0.51777 0.016 0.092 0.000 0.296 0.596
#> GSM82337 3 0.1978 0.70820 0.044 0.004 0.928 0.000 0.024
#> GSM82379 3 0.1978 0.70820 0.044 0.004 0.928 0.000 0.024
#> GSM82285 5 0.2095 0.75686 0.020 0.024 0.028 0.000 0.928
#> GSM82286 5 0.2095 0.75686 0.020 0.024 0.028 0.000 0.928
#> GSM82287 5 0.2876 0.75801 0.044 0.016 0.000 0.052 0.888
#> GSM82288 5 0.2876 0.75801 0.044 0.016 0.000 0.052 0.888
#> GSM82311 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82375 4 0.5226 0.56550 0.004 0.196 0.008 0.704 0.088
#> GSM82376 4 0.5226 0.56550 0.004 0.196 0.008 0.704 0.088
#> GSM82307 4 0.0794 0.73524 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM82308 4 0.0794 0.73524 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM128585 1 0.8634 0.10687 0.420 0.096 0.092 0.092 0.300
#> GSM128586 1 0.8634 0.10687 0.420 0.096 0.092 0.092 0.300
#> GSM128593 1 0.1280 0.75516 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024
#> GSM128594 1 0.1280 0.75516 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024
#> GSM128597 1 0.5849 0.18943 0.496 0.028 0.032 0.004 0.440
#> GSM128598 1 0.5849 0.18943 0.496 0.028 0.032 0.004 0.440
#> GSM128601 4 0.9157 -0.00784 0.100 0.212 0.072 0.316 0.300
#> GSM128602 4 0.9157 -0.00784 0.100 0.212 0.072 0.316 0.300
#> GSM82348 2 0.4268 0.61396 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM82366 2 0.4268 0.61396 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM82322 3 0.4682 0.66221 0.000 0.212 0.724 0.004 0.060
#> GSM82352 3 0.4682 0.66221 0.000 0.212 0.724 0.004 0.060
#> GSM82332 2 0.3966 0.72211 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM82357 2 0.3966 0.72211 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM82354 1 0.6896 0.14072 0.500 0.036 0.320 0.000 0.144
#> GSM82372 1 0.6896 0.14072 0.500 0.036 0.320 0.000 0.144
#> GSM82343 2 0.4015 0.72047 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM82362 2 0.4015 0.72047 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM128567 2 0.3999 0.72211 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM128568 2 0.3999 0.72211 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM82355 3 0.3312 0.70860 0.004 0.148 0.832 0.004 0.012
#> GSM82358 3 0.3312 0.70860 0.004 0.148 0.832 0.004 0.012
#> GSM128571 5 0.6187 0.64956 0.000 0.104 0.080 0.152 0.664
#> GSM128572 5 0.6367 0.64635 0.000 0.100 0.108 0.140 0.652
#> GSM128575 3 0.1732 0.71861 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.1732 0.71861 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.6122 0.54083 0.016 0.092 0.008 0.280 0.604
#> GSM82326 5 0.6122 0.54083 0.016 0.092 0.008 0.280 0.604
#> GSM82344 3 0.1978 0.70820 0.044 0.004 0.928 0.000 0.024
#> GSM82363 3 0.1978 0.70820 0.044 0.004 0.928 0.000 0.024
#> GSM82293 5 0.2492 0.76256 0.016 0.040 0.028 0.004 0.912
#> GSM82294 5 0.2492 0.76256 0.016 0.040 0.028 0.004 0.912
#> GSM82297 5 0.2644 0.75009 0.068 0.016 0.020 0.000 0.896
#> GSM82298 5 0.2644 0.75009 0.068 0.016 0.020 0.000 0.896
#> GSM82373 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.4055 0.68070 0.824 0.032 0.024 0.108 0.012
#> GSM82378 1 0.4055 0.68070 0.824 0.032 0.024 0.108 0.012
#> GSM82309 4 0.1800 0.72575 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048
#> GSM82310 4 0.1800 0.72575 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048
#> GSM128587 1 0.8577 0.13722 0.432 0.096 0.088 0.092 0.292
#> GSM128588 1 0.8577 0.13722 0.432 0.096 0.088 0.092 0.292
#> GSM128595 1 0.1280 0.75516 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024
#> GSM128596 1 0.1280 0.75516 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024
#> GSM128599 1 0.7695 0.11708 0.380 0.252 0.036 0.008 0.324
#> GSM128600 1 0.7695 0.11708 0.380 0.252 0.036 0.008 0.324
#> GSM128603 4 0.9157 -0.00784 0.100 0.212 0.072 0.316 0.300
#> GSM128604 4 0.9157 -0.00784 0.100 0.212 0.072 0.316 0.300
#> GSM82284 2 0.4393 0.66197 0.000 0.756 0.168 0.076 0.000
#> GSM82321 2 0.4393 0.66197 0.000 0.756 0.168 0.076 0.000
#> GSM82342 3 0.1357 0.72185 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM82361 3 0.1357 0.72185 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004
#> GSM82351 3 0.3398 0.65899 0.000 0.216 0.780 0.000 0.004
#> GSM82371 3 0.3398 0.65899 0.000 0.216 0.780 0.000 0.004
#> GSM82330 3 0.6231 0.45151 0.056 0.060 0.588 0.000 0.296
#> GSM82336 3 0.6231 0.45151 0.056 0.060 0.588 0.000 0.296
#> GSM128492 5 0.3733 0.73957 0.044 0.044 0.068 0.000 0.844
#> GSM128493 5 0.3733 0.73957 0.044 0.044 0.068 0.000 0.844
#> GSM82323 2 0.3828 0.65025 0.000 0.808 0.120 0.072 0.000
#> GSM82353 2 0.3828 0.65025 0.000 0.808 0.120 0.072 0.000
#> GSM82317 4 0.6062 0.03495 0.000 0.428 0.092 0.472 0.008
#> GSM82318 4 0.6062 0.03495 0.000 0.428 0.092 0.472 0.008
#> GSM128496 3 0.7172 0.27079 0.336 0.044 0.460 0.000 0.160
#> GSM128497 3 0.7172 0.27079 0.336 0.044 0.460 0.000 0.160
#> GSM82319 3 0.6983 0.52871 0.072 0.144 0.628 0.028 0.128
#> GSM82320 3 0.6983 0.52871 0.072 0.144 0.628 0.028 0.128
#> GSM128504 5 0.6138 0.64220 0.144 0.036 0.000 0.176 0.644
#> GSM128505 5 0.6138 0.64220 0.144 0.036 0.000 0.176 0.644
#> GSM128509 3 0.4168 0.67482 0.000 0.200 0.756 0.000 0.044
#> GSM128510 3 0.4168 0.67482 0.000 0.200 0.756 0.000 0.044
#> GSM82325 3 0.5611 0.60877 0.116 0.056 0.712 0.000 0.116
#> GSM82327 3 0.5611 0.60877 0.116 0.056 0.712 0.000 0.116
#> GSM82289 1 0.2630 0.73418 0.892 0.012 0.016 0.000 0.080
#> GSM82291 1 0.2630 0.73418 0.892 0.012 0.016 0.000 0.080
#> GSM82290 4 0.1430 0.71243 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM82292 4 0.1430 0.71243 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM128525 1 0.0992 0.75493 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM128526 1 0.0992 0.75493 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM128529 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128530 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.1493 0.75197 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> GSM128534 1 0.1493 0.75197 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> GSM128541 1 0.1748 0.74102 0.944 0.016 0.004 0.028 0.008
#> GSM128542 1 0.1748 0.74102 0.944 0.016 0.004 0.028 0.008
#> GSM128557 2 0.4060 0.70851 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM128558 2 0.4060 0.70851 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM82349 2 0.4355 0.66351 0.000 0.760 0.164 0.076 0.000
#> GSM82367 2 0.4355 0.66351 0.000 0.760 0.164 0.076 0.000
#> GSM82346 3 0.1282 0.72201 0.000 0.044 0.952 0.000 0.004
#> GSM82364 3 0.1282 0.72201 0.000 0.044 0.952 0.000 0.004
#> GSM82345 3 0.3766 0.59959 0.000 0.268 0.728 0.000 0.004
#> GSM82360 3 0.3766 0.59959 0.000 0.268 0.728 0.000 0.004
#> GSM82335 3 0.6214 0.45755 0.056 0.060 0.592 0.000 0.292
#> GSM82339 3 0.6177 0.46905 0.056 0.060 0.600 0.000 0.284
#> GSM128494 3 0.5702 0.34965 0.012 0.060 0.552 0.000 0.376
#> GSM128495 3 0.5702 0.34965 0.012 0.060 0.552 0.000 0.376
#> GSM82356 2 0.3723 0.62612 0.000 0.804 0.152 0.044 0.000
#> GSM82359 2 0.3723 0.62612 0.000 0.804 0.152 0.044 0.000
#> GSM82347 2 0.4865 0.02960 0.000 0.552 0.428 0.012 0.008
#> GSM82365 2 0.4865 0.02960 0.000 0.552 0.428 0.012 0.008
#> GSM128498 3 0.7172 0.27079 0.336 0.044 0.460 0.000 0.160
#> GSM128499 3 0.7172 0.27079 0.336 0.044 0.460 0.000 0.160
#> GSM82333 3 0.2127 0.71763 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.2127 0.71763 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> GSM128506 2 0.4088 0.70707 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM128507 2 0.4088 0.70707 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM128511 2 0.4114 0.69953 0.000 0.776 0.060 0.164 0.000
#> GSM128512 2 0.4114 0.69953 0.000 0.776 0.060 0.164 0.000
#> GSM82334 3 0.5547 0.61119 0.116 0.052 0.716 0.000 0.116
#> GSM82370 3 0.5547 0.61119 0.116 0.052 0.716 0.000 0.116
#> GSM82305 1 0.3003 0.72696 0.872 0.020 0.016 0.000 0.092
#> GSM82306 1 0.3003 0.72696 0.872 0.020 0.016 0.000 0.092
#> GSM82303 4 0.1502 0.70740 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> GSM82304 4 0.1502 0.70740 0.000 0.056 0.000 0.940 0.004
#> GSM128527 1 0.0324 0.75466 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM128528 1 0.0324 0.75466 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM128531 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128532 4 0.0000 0.75082 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.1493 0.75197 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> GSM128536 1 0.1493 0.75197 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> GSM128543 1 0.1748 0.74102 0.944 0.016 0.004 0.028 0.008
#> GSM128544 1 0.1748 0.74102 0.944 0.016 0.004 0.028 0.008
#> GSM128559 1 0.0671 0.75485 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM128560 1 0.0671 0.75485 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 2 0.4037 0.61662 0.000 0.608 0.000 0.380 0.000 0.012
#> GSM82314 2 0.4037 0.61662 0.000 0.608 0.000 0.380 0.000 0.012
#> GSM82331 5 0.6181 0.29732 0.000 0.024 0.128 0.008 0.492 0.348
#> GSM82338 5 0.6181 0.29732 0.000 0.024 0.128 0.008 0.492 0.348
#> GSM82315 4 0.2039 0.83014 0.000 0.076 0.000 0.904 0.000 0.020
#> GSM82316 4 0.2039 0.83014 0.000 0.076 0.000 0.904 0.000 0.020
#> GSM82350 1 0.6788 -0.13366 0.400 0.000 0.156 0.008 0.052 0.384
#> GSM82368 1 0.6788 -0.13366 0.400 0.000 0.156 0.008 0.052 0.384
#> GSM82328 2 0.3330 0.75148 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.3330 0.75148 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM128565 5 0.2146 0.60254 0.116 0.000 0.000 0.000 0.880 0.004
#> GSM128566 5 0.2146 0.60254 0.116 0.000 0.000 0.000 0.880 0.004
#> GSM82329 3 0.4305 0.58985 0.008 0.108 0.756 0.000 0.004 0.124
#> GSM82341 3 0.4305 0.58985 0.008 0.108 0.756 0.000 0.004 0.124
#> GSM128569 5 0.4436 0.54314 0.000 0.004 0.024 0.020 0.692 0.260
#> GSM128570 5 0.4436 0.54314 0.000 0.004 0.024 0.020 0.692 0.260
#> GSM128573 3 0.7381 0.33410 0.088 0.060 0.560 0.020 0.164 0.108
#> GSM128574 3 0.7381 0.33410 0.088 0.060 0.560 0.020 0.164 0.108
#> GSM82295 5 0.6659 0.44552 0.012 0.032 0.000 0.236 0.488 0.232
#> GSM82296 5 0.6659 0.44552 0.012 0.032 0.000 0.236 0.488 0.232
#> GSM82337 3 0.3200 0.55050 0.024 0.004 0.844 0.000 0.020 0.108
#> GSM82379 3 0.3200 0.55050 0.024 0.004 0.844 0.000 0.020 0.108
#> GSM82285 5 0.3037 0.58439 0.004 0.000 0.016 0.000 0.820 0.160
#> GSM82286 5 0.3037 0.58439 0.004 0.000 0.016 0.000 0.820 0.160
#> GSM82287 5 0.1148 0.62196 0.016 0.000 0.000 0.020 0.960 0.004
#> GSM82288 5 0.1148 0.62196 0.016 0.000 0.000 0.020 0.960 0.004
#> GSM82311 4 0.0820 0.85897 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM82312 4 0.0820 0.85897 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM82375 4 0.6092 0.49487 0.000 0.104 0.008 0.600 0.064 0.224
#> GSM82376 4 0.6092 0.49487 0.000 0.104 0.008 0.600 0.064 0.224
#> GSM82307 4 0.1500 0.85140 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> GSM82308 4 0.1500 0.85140 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> GSM128585 1 0.8436 -0.00959 0.324 0.032 0.072 0.048 0.248 0.276
#> GSM128586 1 0.8436 -0.00959 0.324 0.032 0.072 0.048 0.248 0.276
#> GSM128593 1 0.2663 0.71435 0.884 0.004 0.008 0.000 0.052 0.052
#> GSM128594 1 0.2663 0.71435 0.884 0.004 0.008 0.000 0.052 0.052
#> GSM128597 5 0.6494 0.09266 0.352 0.004 0.012 0.004 0.408 0.220
#> GSM128598 5 0.6494 0.09266 0.352 0.004 0.012 0.004 0.408 0.220
#> GSM128601 6 0.8844 -0.07850 0.068 0.084 0.052 0.192 0.300 0.304
#> GSM128602 6 0.8844 -0.07850 0.068 0.084 0.052 0.192 0.300 0.304
#> GSM82348 2 0.3967 0.66003 0.000 0.632 0.000 0.356 0.000 0.012
#> GSM82366 2 0.3967 0.66003 0.000 0.632 0.000 0.356 0.000 0.012
#> GSM82322 3 0.5490 0.49106 0.000 0.108 0.640 0.000 0.040 0.212
#> GSM82352 3 0.5490 0.49106 0.000 0.108 0.640 0.000 0.040 0.212
#> GSM82332 2 0.3198 0.76526 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.3198 0.76526 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> GSM82354 1 0.6788 -0.13366 0.400 0.000 0.156 0.008 0.052 0.384
#> GSM82372 1 0.6788 -0.13366 0.400 0.000 0.156 0.008 0.052 0.384
#> GSM82343 2 0.3244 0.76181 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.3244 0.76181 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.2980 0.77535 0.000 0.808 0.000 0.180 0.000 0.012
#> GSM128568 2 0.2980 0.77535 0.000 0.808 0.000 0.180 0.000 0.012
#> GSM82355 3 0.4431 0.58545 0.008 0.120 0.744 0.000 0.004 0.124
#> GSM82358 3 0.4431 0.58545 0.008 0.120 0.744 0.000 0.004 0.124
#> GSM128571 5 0.6379 0.50006 0.000 0.024 0.024 0.132 0.528 0.292
#> GSM128572 5 0.6386 0.49452 0.000 0.024 0.024 0.128 0.520 0.304
#> GSM128575 3 0.0937 0.62076 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0937 0.62076 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.6468 0.44087 0.000 0.032 0.000 0.220 0.460 0.288
#> GSM82326 5 0.6468 0.44087 0.000 0.032 0.000 0.220 0.460 0.288
#> GSM82344 3 0.3200 0.55050 0.024 0.004 0.844 0.000 0.020 0.108
#> GSM82363 3 0.3200 0.55050 0.024 0.004 0.844 0.000 0.020 0.108
#> GSM82293 5 0.3334 0.58633 0.004 0.020 0.016 0.000 0.824 0.136
#> GSM82294 5 0.3334 0.58633 0.004 0.020 0.016 0.000 0.824 0.136
#> GSM82297 5 0.1408 0.61616 0.036 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020
#> GSM82298 5 0.1408 0.61616 0.036 0.000 0.000 0.000 0.944 0.020
#> GSM82373 4 0.0820 0.85897 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM82374 4 0.0820 0.85897 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> GSM82377 1 0.3957 0.65439 0.816 0.028 0.020 0.060 0.000 0.076
#> GSM82378 1 0.3971 0.65498 0.816 0.032 0.020 0.056 0.000 0.076
#> GSM82309 4 0.1003 0.84500 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> GSM82310 4 0.1003 0.84500 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> GSM128587 1 0.8416 0.01986 0.336 0.032 0.072 0.048 0.236 0.276
#> GSM128588 1 0.8416 0.01986 0.336 0.032 0.072 0.048 0.236 0.276
#> GSM128595 1 0.2663 0.71435 0.884 0.004 0.008 0.000 0.052 0.052
#> GSM128596 1 0.2663 0.71435 0.884 0.004 0.008 0.000 0.052 0.052
#> GSM128599 5 0.8044 0.08243 0.292 0.172 0.016 0.004 0.304 0.212
#> GSM128600 5 0.8044 0.08243 0.292 0.172 0.016 0.004 0.304 0.212
#> GSM128603 6 0.8844 -0.07850 0.068 0.084 0.052 0.192 0.300 0.304
#> GSM128604 6 0.8844 -0.07850 0.068 0.084 0.052 0.192 0.300 0.304
#> GSM82284 2 0.3140 0.70660 0.000 0.840 0.116 0.016 0.000 0.028
#> GSM82321 2 0.3140 0.70660 0.000 0.840 0.116 0.016 0.000 0.028
#> GSM82342 3 0.1219 0.60625 0.000 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048
#> GSM82361 3 0.1219 0.60625 0.000 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048
#> GSM82351 3 0.4376 0.55176 0.000 0.248 0.692 0.000 0.004 0.056
#> GSM82371 3 0.4376 0.55176 0.000 0.248 0.692 0.000 0.004 0.056
#> GSM82330 6 0.6636 0.28587 0.036 0.004 0.360 0.000 0.188 0.412
#> GSM82336 6 0.6636 0.28587 0.036 0.004 0.360 0.000 0.188 0.412
#> GSM128492 5 0.3054 0.58554 0.012 0.004 0.028 0.000 0.852 0.104
#> GSM128493 5 0.3054 0.58554 0.012 0.004 0.028 0.000 0.852 0.104
#> GSM82323 2 0.2846 0.66676 0.000 0.856 0.084 0.000 0.000 0.060
#> GSM82353 2 0.2846 0.66676 0.000 0.856 0.084 0.000 0.000 0.060
#> GSM82317 4 0.7181 0.17427 0.008 0.340 0.108 0.420 0.004 0.120
#> GSM82318 4 0.7181 0.17427 0.008 0.340 0.108 0.420 0.004 0.120
#> GSM128496 6 0.7067 0.38231 0.296 0.000 0.276 0.000 0.068 0.360
#> GSM128497 6 0.7067 0.38231 0.296 0.000 0.276 0.000 0.068 0.360
#> GSM82319 3 0.6458 0.45673 0.028 0.076 0.624 0.012 0.084 0.176
#> GSM82320 3 0.6458 0.45673 0.028 0.076 0.624 0.012 0.084 0.176
#> GSM128504 5 0.5860 0.56449 0.092 0.008 0.000 0.148 0.652 0.100
#> GSM128505 5 0.5860 0.56449 0.092 0.008 0.000 0.148 0.652 0.100
#> GSM128509 3 0.5240 0.52704 0.000 0.100 0.668 0.000 0.036 0.196
#> GSM128510 3 0.5267 0.52491 0.000 0.100 0.664 0.000 0.036 0.200
#> GSM82325 3 0.6079 0.14279 0.068 0.008 0.560 0.000 0.068 0.296
#> GSM82327 3 0.6079 0.14279 0.068 0.008 0.560 0.000 0.068 0.296
#> GSM82289 1 0.3814 0.67161 0.800 0.004 0.008 0.000 0.100 0.088
#> GSM82291 1 0.3814 0.67161 0.800 0.004 0.008 0.000 0.100 0.088
#> GSM82290 4 0.1644 0.83933 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM82292 4 0.1644 0.83933 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM128525 1 0.1899 0.72120 0.928 0.004 0.008 0.000 0.032 0.028
#> GSM128526 1 0.1899 0.72120 0.928 0.004 0.008 0.000 0.032 0.028
#> GSM128529 4 0.0603 0.86043 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM128530 4 0.0603 0.86043 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM128533 1 0.1812 0.71070 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> GSM128534 1 0.1812 0.71070 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> GSM128541 1 0.2405 0.70623 0.892 0.016 0.000 0.008 0.004 0.080
#> GSM128542 1 0.2405 0.70623 0.892 0.016 0.000 0.008 0.004 0.080
#> GSM128557 2 0.3376 0.76936 0.000 0.764 0.000 0.220 0.000 0.016
#> GSM128558 2 0.3376 0.76936 0.000 0.764 0.000 0.220 0.000 0.016
#> GSM82349 2 0.3003 0.71035 0.000 0.852 0.104 0.016 0.000 0.028
#> GSM82367 2 0.3003 0.71035 0.000 0.852 0.104 0.016 0.000 0.028
#> GSM82346 3 0.1219 0.60625 0.000 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048
#> GSM82364 3 0.1219 0.60625 0.000 0.004 0.948 0.000 0.000 0.048
#> GSM82345 3 0.4532 0.50726 0.000 0.308 0.636 0.000 0.000 0.056
#> GSM82360 3 0.4532 0.50726 0.000 0.308 0.636 0.000 0.000 0.056
#> GSM82335 6 0.6636 0.28587 0.036 0.004 0.360 0.000 0.188 0.412
#> GSM82339 6 0.6622 0.27973 0.036 0.004 0.364 0.000 0.184 0.412
#> GSM128494 3 0.6515 -0.27386 0.012 0.004 0.360 0.000 0.284 0.340
#> GSM128495 3 0.6515 -0.27386 0.012 0.004 0.360 0.000 0.284 0.340
#> GSM82356 2 0.3336 0.61428 0.000 0.812 0.132 0.000 0.000 0.056
#> GSM82359 2 0.3336 0.61428 0.000 0.812 0.132 0.000 0.000 0.056
#> GSM82347 3 0.6283 0.23565 0.004 0.400 0.444 0.028 0.004 0.120
#> GSM82365 3 0.6283 0.23565 0.004 0.400 0.444 0.028 0.004 0.120
#> GSM128498 6 0.7067 0.38231 0.296 0.000 0.276 0.000 0.068 0.360
#> GSM128499 6 0.7067 0.38231 0.296 0.000 0.276 0.000 0.068 0.360
#> GSM82333 3 0.1890 0.61843 0.000 0.060 0.916 0.000 0.000 0.024
#> GSM82369 3 0.1890 0.61843 0.000 0.060 0.916 0.000 0.000 0.024
#> GSM128506 2 0.3871 0.73390 0.000 0.676 0.000 0.308 0.000 0.016
#> GSM128507 2 0.3871 0.73390 0.000 0.676 0.000 0.308 0.000 0.016
#> GSM128511 2 0.2724 0.74860 0.000 0.880 0.032 0.064 0.000 0.024
#> GSM128512 2 0.2724 0.74860 0.000 0.880 0.032 0.064 0.000 0.024
#> GSM82334 3 0.6002 0.17164 0.064 0.008 0.572 0.000 0.068 0.288
#> GSM82370 3 0.6002 0.17164 0.064 0.008 0.572 0.000 0.068 0.288
#> GSM82305 1 0.4160 0.66004 0.780 0.012 0.008 0.000 0.108 0.092
#> GSM82306 1 0.4160 0.66004 0.780 0.012 0.008 0.000 0.108 0.092
#> GSM82303 4 0.1644 0.83933 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM82304 4 0.1644 0.83933 0.000 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM128527 1 0.2375 0.72222 0.896 0.004 0.004 0.000 0.028 0.068
#> GSM128528 1 0.2375 0.72222 0.896 0.004 0.004 0.000 0.028 0.068
#> GSM128531 4 0.0603 0.86043 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM128532 4 0.0603 0.86043 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM128535 1 0.1812 0.71070 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> GSM128536 1 0.1812 0.71070 0.912 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080
#> GSM128543 1 0.2405 0.70623 0.892 0.016 0.000 0.008 0.004 0.080
#> GSM128544 1 0.2405 0.70623 0.892 0.016 0.000 0.008 0.004 0.080
#> GSM128559 1 0.1872 0.72030 0.920 0.004 0.000 0.008 0.004 0.064
#> GSM128560 1 0.1872 0.72030 0.920 0.004 0.000 0.008 0.004 0.064
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> CV:skmeans 139 0.43053 0.098 2.62e-11 2
#> CV:skmeans 136 0.32771 0.695 6.95e-20 3
#> CV:skmeans 109 0.00149 0.848 7.90e-25 4
#> CV:skmeans 122 0.00190 0.332 6.44e-35 5
#> CV:skmeans 107 0.02532 0.262 8.43e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.202 0.495 0.763 0.4277 0.581 0.581
#> 3 3 0.501 0.787 0.865 0.5161 0.661 0.467
#> 4 4 0.521 0.744 0.810 0.1201 0.870 0.653
#> 5 5 0.623 0.719 0.822 0.0607 0.944 0.796
#> 6 6 0.668 0.727 0.828 0.0202 0.989 0.949
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.9732 0.3355 0.404 0.596
#> GSM82314 2 0.9732 0.3355 0.404 0.596
#> GSM82331 1 0.9710 0.4388 0.600 0.400
#> GSM82338 1 0.9710 0.4388 0.600 0.400
#> GSM82315 2 0.8327 0.4487 0.264 0.736
#> GSM82316 2 0.7950 0.4750 0.240 0.760
#> GSM82350 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82368 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.6973 0.5846 0.188 0.812
#> GSM82340 2 0.6973 0.5846 0.188 0.812
#> GSM128565 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82329 1 0.7674 0.5733 0.776 0.224
#> GSM82341 1 0.7602 0.5767 0.780 0.220
#> GSM128569 1 0.5519 0.6312 0.872 0.128
#> GSM128570 1 0.6887 0.6002 0.816 0.184
#> GSM128573 1 0.7528 0.5764 0.784 0.216
#> GSM128574 1 0.7528 0.5764 0.784 0.216
#> GSM82295 1 0.9710 0.4388 0.600 0.400
#> GSM82296 1 0.9710 0.4388 0.600 0.400
#> GSM82337 1 0.9129 0.5094 0.672 0.328
#> GSM82379 1 0.9552 0.4657 0.624 0.376
#> GSM82285 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.6531 0.6084 0.832 0.168
#> GSM82288 1 0.6712 0.6035 0.824 0.176
#> GSM82311 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM82312 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM82375 1 0.9866 0.3766 0.568 0.432
#> GSM82376 1 0.9866 0.3766 0.568 0.432
#> GSM82307 2 0.9815 0.3716 0.420 0.580
#> GSM82308 2 0.9850 0.3612 0.428 0.572
#> GSM128585 1 0.9686 0.4439 0.604 0.396
#> GSM128586 1 0.9661 0.4486 0.608 0.392
#> GSM128593 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.9815 0.4030 0.580 0.420
#> GSM128602 1 0.9815 0.4030 0.580 0.420
#> GSM82348 2 0.7139 0.5785 0.196 0.804
#> GSM82366 2 0.7056 0.5824 0.192 0.808
#> GSM82322 1 0.9850 0.3860 0.572 0.428
#> GSM82352 1 0.9850 0.3860 0.572 0.428
#> GSM82332 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82372 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.6887 0.5871 0.184 0.816
#> GSM128568 2 0.6887 0.5871 0.184 0.816
#> GSM82355 1 0.9833 0.3947 0.576 0.424
#> GSM82358 1 0.9815 0.4031 0.580 0.420
#> GSM128571 1 0.8955 0.5051 0.688 0.312
#> GSM128572 1 0.8763 0.5239 0.704 0.296
#> GSM128575 1 0.9922 0.3069 0.552 0.448
#> GSM128576 2 0.9833 -0.0327 0.424 0.576
#> GSM82324 1 0.9732 0.4324 0.596 0.404
#> GSM82326 1 0.9732 0.4324 0.596 0.404
#> GSM82344 1 0.2423 0.6584 0.960 0.040
#> GSM82363 1 0.4022 0.6354 0.920 0.080
#> GSM82293 1 0.7883 0.5682 0.764 0.236
#> GSM82294 1 0.8499 0.5469 0.724 0.276
#> GSM82297 1 0.2043 0.6442 0.968 0.032
#> GSM82298 1 0.2948 0.6260 0.948 0.052
#> GSM82373 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM82374 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM82377 1 0.9686 0.4435 0.604 0.396
#> GSM82378 1 0.9686 0.4435 0.604 0.396
#> GSM82309 1 0.9393 0.4828 0.644 0.356
#> GSM82310 1 0.9427 0.4791 0.640 0.360
#> GSM128587 1 0.9580 0.4614 0.620 0.380
#> GSM128588 1 0.9661 0.4486 0.608 0.392
#> GSM128595 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128599 1 0.8327 0.3239 0.736 0.264
#> GSM128600 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM128603 1 0.9866 0.3766 0.568 0.432
#> GSM128604 1 0.9866 0.3766 0.568 0.432
#> GSM82284 2 0.9635 0.3565 0.388 0.612
#> GSM82321 2 0.9522 0.3771 0.372 0.628
#> GSM82342 1 0.1633 0.6540 0.976 0.024
#> GSM82361 1 0.1414 0.6566 0.980 0.020
#> GSM82351 1 1.0000 0.1278 0.504 0.496
#> GSM82371 1 0.9970 0.1703 0.532 0.468
#> GSM82330 1 0.2043 0.6442 0.968 0.032
#> GSM82336 1 0.2043 0.6442 0.968 0.032
#> GSM128492 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.9954 -0.0303 0.460 0.540
#> GSM82318 1 0.9998 0.1972 0.508 0.492
#> GSM128496 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128497 1 0.0938 0.6580 0.988 0.012
#> GSM82319 1 0.9775 0.4183 0.588 0.412
#> GSM82320 1 0.9775 0.4183 0.588 0.412
#> GSM128504 1 0.8813 0.5336 0.700 0.300
#> GSM128505 1 0.8763 0.5376 0.704 0.296
#> GSM128509 1 0.9710 0.4388 0.600 0.400
#> GSM128510 1 0.9795 0.4113 0.584 0.416
#> GSM82325 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82327 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82289 1 0.2043 0.6442 0.968 0.032
#> GSM82291 1 0.1414 0.6530 0.980 0.020
#> GSM82290 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM82292 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM128525 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128529 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM128530 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM128533 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0938 0.6631 0.988 0.012
#> GSM128542 1 0.0938 0.6631 0.988 0.012
#> GSM128557 2 0.6531 0.5937 0.168 0.832
#> GSM128558 2 0.7453 0.5854 0.212 0.788
#> GSM82349 2 0.6887 0.5871 0.184 0.816
#> GSM82367 2 0.6887 0.5871 0.184 0.816
#> GSM82346 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82364 1 0.7815 0.3830 0.768 0.232
#> GSM82345 2 0.6247 0.5132 0.156 0.844
#> GSM82360 2 0.6531 0.5004 0.168 0.832
#> GSM82335 1 0.2778 0.6300 0.952 0.048
#> GSM82339 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM128494 1 0.0376 0.6622 0.996 0.004
#> GSM128495 1 0.1843 0.6473 0.972 0.028
#> GSM82356 2 0.6887 0.5296 0.184 0.816
#> GSM82359 2 0.1633 0.6081 0.024 0.976
#> GSM82347 1 0.9608 0.2403 0.616 0.384
#> GSM82365 1 0.9491 0.2768 0.632 0.368
#> GSM128498 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128499 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM82333 1 0.9732 0.4324 0.596 0.404
#> GSM82369 1 0.9710 0.4388 0.600 0.400
#> GSM128506 2 0.6887 0.5875 0.184 0.816
#> GSM128507 2 0.6801 0.5896 0.180 0.820
#> GSM128511 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.6115 0.000 1.000
#> GSM82334 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82370 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82305 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82306 1 0.7950 0.3704 0.760 0.240
#> GSM82303 2 0.8081 0.4705 0.248 0.752
#> GSM82304 2 0.8861 0.3910 0.304 0.696
#> GSM128527 1 0.3733 0.6496 0.928 0.072
#> GSM128528 1 0.5842 0.6234 0.860 0.140
#> GSM128531 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM128532 2 0.9775 0.1660 0.412 0.588
#> GSM128535 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.8955 0.5197 0.688 0.312
#> GSM128544 1 0.7528 0.5785 0.784 0.216
#> GSM128559 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.6642 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.0829 0.862 0.004 0.984 0.012
#> GSM82314 2 0.0829 0.862 0.004 0.984 0.012
#> GSM82331 1 0.0747 0.828 0.984 0.000 0.016
#> GSM82338 1 0.0592 0.828 0.988 0.000 0.012
#> GSM82315 2 0.4452 0.804 0.192 0.808 0.000
#> GSM82316 2 0.4062 0.826 0.164 0.836 0.000
#> GSM82350 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM82368 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM82328 2 0.3340 0.839 0.000 0.880 0.120
#> GSM82340 2 0.2448 0.861 0.000 0.924 0.076
#> GSM128565 3 0.4452 0.797 0.192 0.000 0.808
#> GSM128566 3 0.3816 0.837 0.148 0.000 0.852
#> GSM82329 1 0.5153 0.795 0.832 0.100 0.068
#> GSM82341 1 0.5375 0.785 0.816 0.128 0.056
#> GSM128569 1 0.5397 0.636 0.720 0.000 0.280
#> GSM128570 1 0.4842 0.717 0.776 0.000 0.224
#> GSM128573 1 0.5618 0.782 0.796 0.156 0.048
#> GSM128574 1 0.5719 0.781 0.792 0.156 0.052
#> GSM82295 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM82296 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM82337 1 0.6587 0.766 0.752 0.156 0.092
#> GSM82379 1 0.5677 0.774 0.792 0.160 0.048
#> GSM82285 3 0.4452 0.724 0.192 0.000 0.808
#> GSM82286 3 0.1163 0.885 0.028 0.000 0.972
#> GSM82287 1 0.6045 0.537 0.620 0.000 0.380
#> GSM82288 1 0.6062 0.534 0.616 0.000 0.384
#> GSM82311 1 0.4702 0.695 0.788 0.212 0.000
#> GSM82312 1 0.4702 0.695 0.788 0.212 0.000
#> GSM82375 1 0.1529 0.821 0.960 0.040 0.000
#> GSM82376 1 0.1529 0.821 0.960 0.040 0.000
#> GSM82307 2 0.4228 0.821 0.008 0.844 0.148
#> GSM82308 2 0.4110 0.818 0.004 0.844 0.152
#> GSM128585 1 0.2384 0.824 0.936 0.056 0.008
#> GSM128586 1 0.2955 0.817 0.912 0.080 0.008
#> GSM128593 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM128594 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM128597 3 0.1753 0.884 0.048 0.000 0.952
#> GSM128598 3 0.1411 0.885 0.036 0.000 0.964
#> GSM128601 1 0.0000 0.827 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.827 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 2 0.4062 0.807 0.000 0.836 0.164
#> GSM82366 2 0.4233 0.811 0.004 0.836 0.160
#> GSM82322 1 0.0000 0.827 1.000 0.000 0.000
#> GSM82352 1 0.0000 0.827 1.000 0.000 0.000
#> GSM82332 2 0.4002 0.829 0.160 0.840 0.000
#> GSM82357 2 0.4002 0.829 0.160 0.840 0.000
#> GSM82354 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM82372 3 0.0237 0.884 0.004 0.000 0.996
#> GSM82343 2 0.4002 0.829 0.160 0.840 0.000
#> GSM82362 2 0.3941 0.831 0.156 0.844 0.000
#> GSM128567 2 0.0237 0.864 0.004 0.996 0.000
#> GSM128568 2 0.0237 0.864 0.004 0.996 0.000
#> GSM82355 1 0.0424 0.826 0.992 0.008 0.000
#> GSM82358 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM128571 1 0.4799 0.801 0.836 0.032 0.132
#> GSM128572 1 0.4748 0.797 0.832 0.024 0.144
#> GSM128575 1 0.5835 0.761 0.784 0.164 0.052
#> GSM128576 1 0.5734 0.762 0.788 0.164 0.048
#> GSM82324 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM82326 1 0.0237 0.827 0.996 0.000 0.004
#> GSM82344 3 0.9148 0.133 0.336 0.160 0.504
#> GSM82363 1 0.9172 0.309 0.488 0.156 0.356
#> GSM82293 1 0.6126 0.602 0.644 0.004 0.352
#> GSM82294 1 0.5621 0.661 0.692 0.000 0.308
#> GSM82297 3 0.2959 0.864 0.100 0.000 0.900
#> GSM82298 3 0.3192 0.857 0.112 0.000 0.888
#> GSM82373 1 0.4702 0.695 0.788 0.212 0.000
#> GSM82374 1 0.4702 0.695 0.788 0.212 0.000
#> GSM82377 1 0.4555 0.748 0.800 0.000 0.200
#> GSM82378 1 0.4555 0.748 0.800 0.000 0.200
#> GSM82309 1 0.1989 0.828 0.948 0.004 0.048
#> GSM82310 1 0.1765 0.828 0.956 0.004 0.040
#> GSM128587 1 0.2383 0.827 0.940 0.044 0.016
#> GSM128588 1 0.2063 0.826 0.948 0.044 0.008
#> GSM128595 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM128596 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM128599 3 0.6737 0.750 0.156 0.100 0.744
#> GSM128600 3 0.5497 0.798 0.148 0.048 0.804
#> GSM128603 1 0.0592 0.826 0.988 0.012 0.000
#> GSM128604 1 0.0424 0.826 0.992 0.008 0.000
#> GSM82284 2 0.1832 0.851 0.008 0.956 0.036
#> GSM82321 2 0.1832 0.851 0.008 0.956 0.036
#> GSM82342 3 0.8072 0.580 0.184 0.164 0.652
#> GSM82361 3 0.6775 0.724 0.096 0.164 0.740
#> GSM82351 1 0.4634 0.775 0.824 0.164 0.012
#> GSM82371 1 0.4634 0.775 0.824 0.164 0.012
#> GSM82330 3 0.1411 0.884 0.036 0.000 0.964
#> GSM82336 3 0.1643 0.882 0.044 0.000 0.956
#> GSM128492 3 0.5945 0.738 0.236 0.024 0.740
#> GSM128493 3 0.6341 0.713 0.252 0.032 0.716
#> GSM82323 2 0.0424 0.863 0.008 0.992 0.000
#> GSM82353 2 0.0424 0.863 0.008 0.992 0.000
#> GSM82317 1 0.4351 0.758 0.828 0.168 0.004
#> GSM82318 1 0.3425 0.804 0.884 0.112 0.004
#> GSM128496 3 0.0237 0.883 0.004 0.000 0.996
#> GSM128497 3 0.0237 0.883 0.004 0.000 0.996
#> GSM82319 1 0.0237 0.828 0.996 0.004 0.000
#> GSM82320 1 0.0424 0.828 0.992 0.008 0.000
#> GSM128504 1 0.4504 0.770 0.804 0.000 0.196
#> GSM128505 1 0.4346 0.778 0.816 0.000 0.184
#> GSM128509 1 0.0892 0.830 0.980 0.000 0.020
#> GSM128510 1 0.2703 0.823 0.928 0.016 0.056
#> GSM82325 3 0.2384 0.861 0.008 0.056 0.936
#> GSM82327 3 0.1765 0.871 0.004 0.040 0.956
#> GSM82289 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM82291 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM82290 1 0.4654 0.698 0.792 0.208 0.000
#> GSM82292 1 0.4654 0.698 0.792 0.208 0.000
#> GSM128525 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM128526 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM128529 1 0.4750 0.690 0.784 0.216 0.000
#> GSM128530 1 0.4702 0.695 0.788 0.212 0.000
#> GSM128533 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM128534 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM128541 3 0.4654 0.785 0.208 0.000 0.792
#> GSM128542 3 0.4887 0.762 0.228 0.000 0.772
#> GSM128557 2 0.1753 0.867 0.000 0.952 0.048
#> GSM128558 2 0.3377 0.857 0.012 0.896 0.092
#> GSM82349 2 0.0424 0.863 0.008 0.992 0.000
#> GSM82367 2 0.0424 0.863 0.008 0.992 0.000
#> GSM82346 3 0.4293 0.773 0.004 0.164 0.832
#> GSM82364 3 0.4293 0.773 0.004 0.164 0.832
#> GSM82345 2 0.5109 0.652 0.212 0.780 0.008
#> GSM82360 2 0.6229 0.417 0.340 0.652 0.008
#> GSM82335 3 0.4324 0.842 0.112 0.028 0.860
#> GSM82339 3 0.6388 0.751 0.184 0.064 0.752
#> GSM128494 3 0.3349 0.852 0.108 0.004 0.888
#> GSM128495 3 0.4465 0.794 0.176 0.004 0.820
#> GSM82356 2 0.4121 0.826 0.168 0.832 0.000
#> GSM82359 2 0.4121 0.826 0.168 0.832 0.000
#> GSM82347 1 0.7478 0.631 0.632 0.060 0.308
#> GSM82365 1 0.7536 0.634 0.632 0.064 0.304
#> GSM128498 3 0.0237 0.883 0.004 0.000 0.996
#> GSM128499 3 0.0237 0.883 0.004 0.000 0.996
#> GSM82333 1 0.5298 0.762 0.804 0.164 0.032
#> GSM82369 1 0.5239 0.765 0.808 0.160 0.032
#> GSM128506 2 0.4291 0.817 0.008 0.840 0.152
#> GSM128507 2 0.4390 0.820 0.012 0.840 0.148
#> GSM128511 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 3 0.4349 0.807 0.020 0.128 0.852
#> GSM82370 3 0.4514 0.780 0.012 0.156 0.832
#> GSM82305 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM82306 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM82303 2 0.4178 0.821 0.172 0.828 0.000
#> GSM82304 2 0.5678 0.616 0.316 0.684 0.000
#> GSM128527 1 0.5760 0.538 0.672 0.000 0.328
#> GSM128528 1 0.5178 0.674 0.744 0.000 0.256
#> GSM128531 1 0.4750 0.690 0.784 0.216 0.000
#> GSM128532 1 0.4750 0.690 0.784 0.216 0.000
#> GSM128535 3 0.0424 0.885 0.008 0.000 0.992
#> GSM128536 3 0.0661 0.885 0.008 0.004 0.988
#> GSM128543 1 0.5058 0.619 0.756 0.000 0.244
#> GSM128544 3 0.6302 0.269 0.480 0.000 0.520
#> GSM128559 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
#> GSM128560 3 0.1289 0.885 0.032 0.000 0.968
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 2 0.3519 0.8556 0.016 0.852 0.128 0.004
#> GSM82314 2 0.3519 0.8556 0.016 0.852 0.128 0.004
#> GSM82331 3 0.4977 0.2592 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM82338 4 0.2760 0.7786 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM82315 2 0.3356 0.8293 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM82316 2 0.3024 0.8492 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM82350 1 0.5161 -0.2120 0.520 0.000 0.476 0.004
#> GSM82368 3 0.4401 0.7172 0.272 0.000 0.724 0.004
#> GSM82328 2 0.3325 0.8500 0.112 0.864 0.024 0.000
#> GSM82340 2 0.3245 0.8697 0.064 0.880 0.056 0.000
#> GSM128565 1 0.6036 0.5517 0.636 0.000 0.072 0.292
#> GSM128566 1 0.5837 0.5954 0.668 0.000 0.072 0.260
#> GSM82329 4 0.3931 0.7754 0.040 0.000 0.128 0.832
#> GSM82341 4 0.4345 0.7464 0.020 0.004 0.188 0.788
#> GSM128569 4 0.6198 0.6100 0.176 0.000 0.152 0.672
#> GSM128570 4 0.6538 0.4563 0.108 0.000 0.292 0.600
#> GSM128573 4 0.5292 0.7531 0.060 0.036 0.120 0.784
#> GSM128574 4 0.5366 0.7519 0.064 0.036 0.120 0.780
#> GSM82295 4 0.0707 0.8107 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82296 4 0.0707 0.8107 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82337 4 0.5463 0.7169 0.032 0.020 0.224 0.724
#> GSM82379 4 0.4745 0.7354 0.008 0.036 0.176 0.780
#> GSM82285 1 0.4214 0.6573 0.780 0.000 0.016 0.204
#> GSM82286 1 0.3591 0.6898 0.824 0.000 0.008 0.168
#> GSM82287 4 0.5527 0.5240 0.356 0.000 0.028 0.616
#> GSM82288 4 0.5510 0.4915 0.376 0.000 0.024 0.600
#> GSM82311 4 0.5609 0.7399 0.000 0.200 0.088 0.712
#> GSM82312 4 0.5609 0.7379 0.000 0.200 0.088 0.712
#> GSM82375 4 0.1302 0.8100 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM82376 4 0.1302 0.8100 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM82307 2 0.3289 0.8394 0.120 0.864 0.012 0.004
#> GSM82308 2 0.3289 0.8394 0.120 0.864 0.012 0.004
#> GSM128585 4 0.5891 0.6533 0.168 0.000 0.132 0.700
#> GSM128586 4 0.6162 0.6363 0.168 0.000 0.156 0.676
#> GSM128593 1 0.0336 0.8265 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.2871 0.7797 0.896 0.000 0.072 0.032
#> GSM128598 1 0.2101 0.7946 0.928 0.000 0.060 0.012
#> GSM128601 4 0.0188 0.8112 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM128602 4 0.0336 0.8110 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82348 2 0.3024 0.8201 0.148 0.852 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.3157 0.8244 0.144 0.852 0.000 0.004
#> GSM82322 4 0.0376 0.8113 0.000 0.004 0.004 0.992
#> GSM82352 4 0.0336 0.8114 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82332 2 0.2921 0.8531 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM82357 2 0.2921 0.8531 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM82354 3 0.4522 0.6838 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM82372 3 0.4605 0.6634 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM82343 2 0.2921 0.8531 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM82362 2 0.3052 0.8548 0.000 0.860 0.004 0.136
#> GSM128567 2 0.2944 0.8589 0.000 0.868 0.128 0.004
#> GSM128568 2 0.2944 0.8589 0.000 0.868 0.128 0.004
#> GSM82355 4 0.0524 0.8125 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM82358 4 0.0895 0.8134 0.000 0.004 0.020 0.976
#> GSM128571 4 0.4505 0.7784 0.112 0.028 0.036 0.824
#> GSM128572 4 0.5054 0.7626 0.092 0.016 0.100 0.792
#> GSM128575 3 0.3853 0.7859 0.008 0.040 0.852 0.100
#> GSM128576 3 0.3612 0.7843 0.000 0.044 0.856 0.100
#> GSM82324 4 0.0469 0.8110 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM82326 4 0.0469 0.8110 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM82344 3 0.3763 0.7996 0.100 0.036 0.856 0.008
#> GSM82363 3 0.3763 0.8017 0.040 0.036 0.872 0.052
#> GSM82293 4 0.4722 0.6325 0.300 0.000 0.008 0.692
#> GSM82294 4 0.4576 0.6821 0.260 0.000 0.012 0.728
#> GSM82297 1 0.1118 0.8171 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM82298 1 0.1474 0.8089 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM82373 4 0.4775 0.7586 0.000 0.140 0.076 0.784
#> GSM82374 4 0.4964 0.7537 0.000 0.168 0.068 0.764
#> GSM82377 4 0.3625 0.7614 0.160 0.000 0.012 0.828
#> GSM82378 4 0.3625 0.7614 0.160 0.000 0.012 0.828
#> GSM82309 4 0.2895 0.8110 0.044 0.032 0.016 0.908
#> GSM82310 4 0.2686 0.8119 0.040 0.032 0.012 0.916
#> GSM128587 4 0.5553 0.6701 0.176 0.000 0.100 0.724
#> GSM128588 4 0.5582 0.6720 0.168 0.000 0.108 0.724
#> GSM128595 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 1 0.4400 0.7392 0.832 0.096 0.020 0.052
#> GSM128600 1 0.3777 0.7736 0.868 0.052 0.020 0.060
#> GSM128603 4 0.0592 0.8117 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM128604 4 0.0469 0.8115 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM82284 2 0.4552 0.8343 0.048 0.812 0.128 0.012
#> GSM82321 2 0.4552 0.8343 0.048 0.812 0.128 0.012
#> GSM82342 3 0.3633 0.8012 0.084 0.036 0.868 0.012
#> GSM82361 3 0.3684 0.8021 0.080 0.036 0.868 0.016
#> GSM82351 3 0.3486 0.7859 0.000 0.044 0.864 0.092
#> GSM82371 3 0.3486 0.7859 0.000 0.044 0.864 0.092
#> GSM82330 3 0.4011 0.7712 0.208 0.000 0.784 0.008
#> GSM82336 3 0.4175 0.7731 0.200 0.000 0.784 0.016
#> GSM128492 1 0.7640 0.3150 0.456 0.000 0.228 0.316
#> GSM128493 1 0.7740 0.2694 0.432 0.000 0.248 0.320
#> GSM82323 2 0.3335 0.8558 0.000 0.856 0.128 0.016
#> GSM82353 2 0.3335 0.8558 0.000 0.856 0.128 0.016
#> GSM82317 4 0.3542 0.7828 0.000 0.120 0.028 0.852
#> GSM82318 4 0.2965 0.8050 0.000 0.072 0.036 0.892
#> GSM128496 3 0.4053 0.7592 0.228 0.000 0.768 0.004
#> GSM128497 3 0.3908 0.7692 0.212 0.000 0.784 0.004
#> GSM82319 4 0.0469 0.8121 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM82320 4 0.0469 0.8121 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM128504 4 0.4632 0.6171 0.308 0.004 0.000 0.688
#> GSM128505 4 0.4857 0.5839 0.324 0.008 0.000 0.668
#> GSM128509 4 0.1792 0.8096 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM128510 4 0.2707 0.8078 0.016 0.008 0.068 0.908
#> GSM82325 3 0.4212 0.7807 0.216 0.012 0.772 0.000
#> GSM82327 3 0.4049 0.7803 0.212 0.008 0.780 0.000
#> GSM82289 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82290 4 0.3448 0.7477 0.000 0.168 0.004 0.828
#> GSM82292 4 0.4155 0.7725 0.000 0.100 0.072 0.828
#> GSM128525 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.5646 0.7381 0.000 0.204 0.088 0.708
#> GSM128530 4 0.5535 0.7447 0.000 0.192 0.088 0.720
#> GSM128533 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.2760 0.7598 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM128542 1 0.2973 0.7429 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM128557 2 0.2983 0.8720 0.040 0.892 0.068 0.000
#> GSM128558 2 0.3565 0.8670 0.080 0.872 0.036 0.012
#> GSM82349 2 0.3217 0.8572 0.000 0.860 0.128 0.012
#> GSM82367 2 0.3217 0.8572 0.000 0.860 0.128 0.012
#> GSM82346 3 0.4456 0.7792 0.148 0.044 0.804 0.004
#> GSM82364 3 0.6086 0.4192 0.400 0.040 0.556 0.004
#> GSM82345 3 0.5012 0.7370 0.000 0.116 0.772 0.112
#> GSM82360 3 0.6274 0.6164 0.000 0.184 0.664 0.152
#> GSM82335 3 0.4286 0.7944 0.136 0.000 0.812 0.052
#> GSM82339 3 0.4219 0.7893 0.076 0.004 0.832 0.088
#> GSM128494 3 0.4663 0.7791 0.148 0.000 0.788 0.064
#> GSM128495 3 0.4780 0.7677 0.116 0.000 0.788 0.096
#> GSM82356 2 0.3123 0.8500 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM82359 2 0.3074 0.8520 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM82347 4 0.5430 0.6256 0.300 0.036 0.000 0.664
#> GSM82365 4 0.5497 0.6320 0.296 0.032 0.004 0.668
#> GSM128498 3 0.3908 0.7692 0.212 0.000 0.784 0.004
#> GSM128499 3 0.4343 0.7249 0.264 0.000 0.732 0.004
#> GSM82333 3 0.3787 0.7782 0.000 0.036 0.840 0.124
#> GSM82369 3 0.3999 0.7741 0.000 0.036 0.824 0.140
#> GSM128506 2 0.2831 0.8422 0.120 0.876 0.000 0.004
#> GSM128507 2 0.2918 0.8445 0.116 0.876 0.000 0.008
#> GSM128511 2 0.2408 0.8663 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM128512 2 0.2408 0.8663 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM82334 3 0.4273 0.8027 0.136 0.036 0.820 0.008
#> GSM82370 3 0.4033 0.7968 0.116 0.044 0.836 0.004
#> GSM82305 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82306 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82303 2 0.4010 0.8344 0.000 0.816 0.028 0.156
#> GSM82304 2 0.5489 0.6137 0.000 0.664 0.040 0.296
#> GSM128527 1 0.4967 0.0709 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM128528 4 0.4985 0.2242 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM128531 4 0.5716 0.7339 0.000 0.212 0.088 0.700
#> GSM128532 4 0.5783 0.7292 0.000 0.220 0.088 0.692
#> GSM128535 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 4 0.4697 0.4213 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM128544 1 0.4925 0.2909 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM128559 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.8296 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 2 0.1697 0.828 0.008 0.932 0.060 0.000 0.000
#> GSM82314 2 0.1697 0.828 0.008 0.932 0.060 0.000 0.000
#> GSM82331 3 0.4126 0.352 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM82338 5 0.2966 0.715 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM82315 2 0.2971 0.778 0.000 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM82316 2 0.2660 0.805 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM82350 3 0.4546 0.249 0.460 0.000 0.532 0.000 0.008
#> GSM82368 3 0.3455 0.733 0.208 0.000 0.784 0.000 0.008
#> GSM82328 2 0.2304 0.811 0.100 0.892 0.000 0.008 0.000
#> GSM82340 2 0.2026 0.838 0.056 0.924 0.012 0.008 0.000
#> GSM128565 1 0.5758 0.506 0.592 0.000 0.124 0.000 0.284
#> GSM128566 1 0.5701 0.522 0.604 0.000 0.124 0.000 0.272
#> GSM82329 5 0.3718 0.752 0.028 0.028 0.112 0.000 0.832
#> GSM82341 5 0.4286 0.728 0.024 0.036 0.156 0.000 0.784
#> GSM128569 5 0.5369 0.614 0.124 0.000 0.216 0.000 0.660
#> GSM128570 5 0.5131 0.448 0.048 0.000 0.364 0.000 0.588
#> GSM128573 5 0.5400 0.690 0.068 0.116 0.084 0.000 0.732
#> GSM128574 5 0.5412 0.692 0.072 0.112 0.084 0.000 0.732
#> GSM82295 5 0.0162 0.781 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82296 5 0.0162 0.781 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82337 5 0.5261 0.670 0.016 0.100 0.176 0.000 0.708
#> GSM82379 5 0.4746 0.679 0.004 0.120 0.132 0.000 0.744
#> GSM82285 1 0.3630 0.654 0.780 0.000 0.016 0.000 0.204
#> GSM82286 1 0.3132 0.692 0.820 0.000 0.008 0.000 0.172
#> GSM82287 5 0.4894 0.523 0.352 0.000 0.036 0.000 0.612
#> GSM82288 5 0.4761 0.526 0.356 0.000 0.028 0.000 0.616
#> GSM82311 4 0.1800 0.772 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048
#> GSM82312 4 0.1981 0.772 0.000 0.028 0.000 0.924 0.048
#> GSM82375 5 0.1270 0.768 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM82376 5 0.1270 0.768 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM82307 4 0.5733 0.475 0.092 0.324 0.000 0.580 0.004
#> GSM82308 4 0.5718 0.482 0.092 0.320 0.000 0.584 0.004
#> GSM128585 5 0.5447 0.616 0.172 0.000 0.168 0.000 0.660
#> GSM128586 5 0.5514 0.608 0.172 0.000 0.176 0.000 0.652
#> GSM128593 1 0.0290 0.837 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.3214 0.748 0.844 0.000 0.120 0.000 0.036
#> GSM128598 1 0.2519 0.773 0.884 0.000 0.100 0.000 0.016
#> GSM128601 5 0.0162 0.781 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM128602 5 0.0162 0.781 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82348 2 0.2956 0.773 0.140 0.848 0.004 0.008 0.000
#> GSM82366 2 0.2911 0.777 0.136 0.852 0.000 0.008 0.004
#> GSM82322 5 0.0451 0.780 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM82352 5 0.0404 0.781 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM82332 2 0.2660 0.805 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM82357 2 0.2660 0.805 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM82354 3 0.3661 0.691 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.3774 0.667 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.2660 0.805 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM82362 2 0.2660 0.805 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM128567 2 0.1341 0.832 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.1341 0.832 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM82355 5 0.0693 0.779 0.000 0.012 0.008 0.000 0.980
#> GSM82358 5 0.0865 0.783 0.000 0.004 0.024 0.000 0.972
#> GSM128571 5 0.3907 0.765 0.108 0.028 0.040 0.000 0.824
#> GSM128572 5 0.4330 0.736 0.052 0.012 0.160 0.000 0.776
#> GSM128575 3 0.2833 0.798 0.012 0.120 0.864 0.000 0.004
#> GSM128576 3 0.2563 0.799 0.000 0.120 0.872 0.000 0.008
#> GSM82324 5 0.0000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 5 0.0000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 3 0.3292 0.808 0.032 0.120 0.844 0.000 0.004
#> GSM82363 3 0.2672 0.807 0.008 0.116 0.872 0.000 0.004
#> GSM82293 5 0.3980 0.655 0.284 0.000 0.008 0.000 0.708
#> GSM82294 5 0.3835 0.698 0.244 0.000 0.012 0.000 0.744
#> GSM82297 1 0.0880 0.829 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM82298 1 0.1121 0.823 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM82373 4 0.5082 0.707 0.000 0.096 0.000 0.684 0.220
#> GSM82374 4 0.4998 0.720 0.000 0.104 0.000 0.700 0.196
#> GSM82377 5 0.3061 0.748 0.136 0.000 0.020 0.000 0.844
#> GSM82378 5 0.3106 0.749 0.132 0.000 0.024 0.000 0.844
#> GSM82309 4 0.5419 0.535 0.028 0.016 0.004 0.580 0.372
#> GSM82310 4 0.5215 0.531 0.024 0.016 0.000 0.580 0.380
#> GSM128587 5 0.5109 0.643 0.172 0.000 0.132 0.000 0.696
#> GSM128588 5 0.5109 0.643 0.172 0.000 0.132 0.000 0.696
#> GSM128595 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 1 0.3684 0.746 0.840 0.092 0.024 0.000 0.044
#> GSM128600 1 0.3221 0.783 0.872 0.044 0.028 0.000 0.056
#> GSM128603 5 0.0510 0.778 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM128604 5 0.0404 0.779 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM82284 2 0.3021 0.785 0.060 0.872 0.064 0.000 0.004
#> GSM82321 2 0.3021 0.785 0.060 0.872 0.064 0.000 0.004
#> GSM82342 3 0.2280 0.801 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.2230 0.803 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> GSM82351 3 0.2674 0.801 0.000 0.120 0.868 0.000 0.012
#> GSM82371 3 0.2674 0.801 0.000 0.120 0.868 0.000 0.012
#> GSM82330 3 0.2249 0.799 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> GSM82336 3 0.2305 0.799 0.092 0.000 0.896 0.000 0.012
#> GSM128492 1 0.6769 0.251 0.396 0.000 0.288 0.000 0.316
#> GSM128493 1 0.6800 0.219 0.376 0.000 0.304 0.000 0.320
#> GSM82323 2 0.1571 0.829 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> GSM82353 2 0.1571 0.829 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> GSM82317 5 0.3299 0.731 0.004 0.108 0.040 0.000 0.848
#> GSM82318 5 0.2940 0.756 0.004 0.072 0.048 0.000 0.876
#> GSM128496 3 0.2798 0.782 0.140 0.000 0.852 0.000 0.008
#> GSM128497 3 0.2249 0.799 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> GSM82319 5 0.0566 0.782 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM82320 5 0.0566 0.782 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM128504 5 0.3949 0.623 0.300 0.000 0.000 0.004 0.696
#> GSM128505 5 0.4165 0.586 0.320 0.000 0.000 0.008 0.672
#> GSM128509 5 0.2424 0.749 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM128510 5 0.2753 0.743 0.000 0.008 0.136 0.000 0.856
#> GSM82325 3 0.3366 0.803 0.140 0.032 0.828 0.000 0.000
#> GSM82327 3 0.2909 0.800 0.140 0.012 0.848 0.000 0.000
#> GSM82289 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82290 5 0.2806 0.690 0.000 0.152 0.000 0.004 0.844
#> GSM82292 5 0.3346 0.712 0.000 0.064 0.000 0.092 0.844
#> GSM128525 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.1651 0.769 0.000 0.008 0.012 0.944 0.036
#> GSM128530 4 0.1651 0.769 0.000 0.008 0.012 0.944 0.036
#> GSM128533 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.3243 0.760 0.848 0.000 0.004 0.032 0.116
#> GSM128542 1 0.3433 0.744 0.832 0.000 0.004 0.032 0.132
#> GSM128557 2 0.1329 0.844 0.032 0.956 0.004 0.008 0.000
#> GSM128558 2 0.2395 0.831 0.072 0.904 0.000 0.008 0.016
#> GSM82349 2 0.1571 0.829 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.1571 0.829 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> GSM82346 3 0.4002 0.779 0.084 0.120 0.796 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.5970 0.419 0.356 0.120 0.524 0.000 0.000
#> GSM82345 3 0.4168 0.743 0.000 0.184 0.764 0.000 0.052
#> GSM82360 3 0.5264 0.621 0.000 0.256 0.652 0.000 0.092
#> GSM82335 3 0.2260 0.801 0.064 0.000 0.908 0.000 0.028
#> GSM82339 3 0.2313 0.796 0.040 0.004 0.912 0.000 0.044
#> GSM128494 3 0.2438 0.795 0.060 0.000 0.900 0.000 0.040
#> GSM128495 3 0.2450 0.790 0.048 0.000 0.900 0.000 0.052
#> GSM82356 2 0.2707 0.804 0.000 0.860 0.000 0.008 0.132
#> GSM82359 2 0.2707 0.804 0.000 0.860 0.000 0.008 0.132
#> GSM82347 5 0.4766 0.657 0.272 0.016 0.024 0.000 0.688
#> GSM82365 5 0.4766 0.657 0.272 0.024 0.016 0.000 0.688
#> GSM128498 3 0.2249 0.799 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> GSM128499 3 0.2886 0.775 0.148 0.000 0.844 0.000 0.008
#> GSM82333 3 0.3134 0.799 0.000 0.120 0.848 0.000 0.032
#> GSM82369 3 0.3641 0.794 0.000 0.120 0.820 0.000 0.060
#> GSM128506 2 0.2936 0.800 0.096 0.872 0.000 0.024 0.008
#> GSM128507 2 0.2992 0.803 0.092 0.872 0.000 0.024 0.012
#> GSM128511 2 0.0798 0.841 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM128512 2 0.0798 0.841 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM82334 3 0.3384 0.815 0.060 0.088 0.848 0.000 0.004
#> GSM82370 3 0.3267 0.809 0.044 0.112 0.844 0.000 0.000
#> GSM82305 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82306 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82303 2 0.6056 0.144 0.000 0.520 0.000 0.348 0.132
#> GSM82304 4 0.6219 0.131 0.000 0.420 0.000 0.440 0.140
#> GSM128527 1 0.4249 0.127 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM128528 5 0.4307 0.145 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> GSM128531 4 0.1651 0.769 0.000 0.008 0.012 0.944 0.036
#> GSM128532 4 0.1651 0.769 0.000 0.008 0.012 0.944 0.036
#> GSM128535 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 5 0.4944 0.392 0.344 0.000 0.004 0.032 0.620
#> GSM128544 1 0.5137 0.277 0.548 0.000 0.004 0.032 0.416
#> GSM128559 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.839 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 2 0.2153 0.837 0.004 0.912 0.040 0.000 0.004 0.040
#> GSM82314 2 0.2153 0.837 0.004 0.912 0.040 0.000 0.004 0.040
#> GSM82331 3 0.4122 0.393 0.004 0.000 0.660 0.000 0.316 0.020
#> GSM82338 5 0.3457 0.687 0.000 0.000 0.232 0.000 0.752 0.016
#> GSM82315 2 0.2260 0.803 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM82316 2 0.1957 0.828 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM82350 3 0.3986 0.186 0.464 0.000 0.532 0.000 0.000 0.004
#> GSM82368 3 0.2964 0.690 0.204 0.000 0.792 0.000 0.000 0.004
#> GSM82328 2 0.1610 0.833 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.1462 0.852 0.056 0.936 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM128565 1 0.5143 0.550 0.672 0.000 0.156 0.000 0.152 0.020
#> GSM128566 1 0.5005 0.570 0.688 0.000 0.156 0.000 0.136 0.020
#> GSM82329 5 0.3719 0.767 0.020 0.024 0.120 0.000 0.816 0.020
#> GSM82341 5 0.4314 0.730 0.024 0.028 0.176 0.000 0.756 0.016
#> GSM128569 5 0.5267 0.559 0.096 0.000 0.272 0.000 0.616 0.016
#> GSM128570 5 0.4754 0.400 0.024 0.000 0.416 0.000 0.544 0.016
#> GSM128573 5 0.5062 0.712 0.056 0.088 0.060 0.000 0.748 0.048
#> GSM128574 5 0.5057 0.714 0.060 0.088 0.060 0.000 0.748 0.044
#> GSM82295 5 0.0937 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM82296 5 0.0937 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM82337 5 0.5274 0.688 0.020 0.080 0.148 0.000 0.708 0.044
#> GSM82379 5 0.4776 0.696 0.004 0.092 0.108 0.000 0.744 0.052
#> GSM82285 1 0.3200 0.620 0.788 0.000 0.016 0.000 0.196 0.000
#> GSM82286 1 0.1866 0.760 0.908 0.000 0.008 0.000 0.084 0.000
#> GSM82287 5 0.4570 0.542 0.352 0.000 0.032 0.000 0.608 0.008
#> GSM82288 5 0.4353 0.541 0.360 0.000 0.024 0.000 0.612 0.004
#> GSM82311 4 0.0508 0.683 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM82312 4 0.0692 0.685 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004 0.000
#> GSM82375 5 0.1075 0.797 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM82376 5 0.1075 0.797 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM82307 4 0.4045 0.543 0.024 0.312 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM82308 4 0.4299 0.538 0.040 0.308 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM128585 5 0.4830 0.667 0.084 0.000 0.204 0.000 0.692 0.020
#> GSM128586 5 0.4934 0.649 0.084 0.000 0.220 0.000 0.676 0.020
#> GSM128593 1 0.0260 0.828 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.3134 0.687 0.824 0.000 0.148 0.000 0.016 0.012
#> GSM128598 1 0.2588 0.723 0.860 0.000 0.124 0.000 0.004 0.012
#> GSM128601 5 0.0405 0.805 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> GSM128602 5 0.0260 0.805 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM82348 2 0.1957 0.809 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.2053 0.812 0.108 0.888 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82322 5 0.0291 0.805 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM82352 5 0.0146 0.804 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82332 2 0.1814 0.833 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM82357 2 0.1814 0.833 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM82354 3 0.3266 0.656 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.3371 0.635 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.1814 0.833 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM82362 2 0.1814 0.833 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM128567 2 0.1642 0.846 0.000 0.936 0.032 0.000 0.004 0.028
#> GSM128568 2 0.1642 0.846 0.000 0.936 0.032 0.000 0.004 0.028
#> GSM82355 5 0.0551 0.805 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> GSM82358 5 0.0858 0.808 0.000 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM128571 5 0.3703 0.784 0.100 0.036 0.040 0.000 0.820 0.004
#> GSM128572 5 0.3807 0.745 0.032 0.004 0.184 0.000 0.772 0.008
#> GSM128575 3 0.3480 0.784 0.008 0.092 0.836 0.000 0.020 0.044
#> GSM128576 3 0.3309 0.784 0.000 0.092 0.840 0.000 0.024 0.044
#> GSM82324 5 0.0937 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM82326 5 0.0937 0.803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM82344 3 0.3602 0.795 0.032 0.092 0.828 0.000 0.004 0.044
#> GSM82363 3 0.2956 0.795 0.008 0.092 0.860 0.000 0.004 0.036
#> GSM82293 5 0.3398 0.694 0.252 0.000 0.008 0.000 0.740 0.000
#> GSM82294 5 0.3230 0.728 0.212 0.000 0.012 0.000 0.776 0.000
#> GSM82297 1 0.0909 0.817 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM82298 1 0.1168 0.809 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM82373 4 0.4039 0.630 0.000 0.092 0.000 0.752 0.156 0.000
#> GSM82374 4 0.3901 0.644 0.000 0.096 0.000 0.768 0.136 0.000
#> GSM82377 5 0.2361 0.783 0.104 0.000 0.012 0.000 0.880 0.004
#> GSM82378 5 0.2405 0.784 0.100 0.000 0.016 0.000 0.880 0.004
#> GSM82309 4 0.4452 0.520 0.020 0.004 0.004 0.700 0.252 0.020
#> GSM82310 4 0.4337 0.520 0.020 0.004 0.000 0.700 0.256 0.020
#> GSM128587 5 0.4493 0.707 0.084 0.000 0.160 0.000 0.736 0.020
#> GSM128588 5 0.4493 0.707 0.084 0.000 0.160 0.000 0.736 0.020
#> GSM128595 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 1 0.3999 0.671 0.804 0.092 0.028 0.000 0.068 0.008
#> GSM128600 1 0.3561 0.715 0.836 0.044 0.032 0.000 0.080 0.008
#> GSM128603 5 0.0547 0.803 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM128604 5 0.0458 0.803 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM82284 2 0.3369 0.794 0.052 0.852 0.044 0.000 0.008 0.044
#> GSM82321 2 0.3369 0.794 0.052 0.852 0.044 0.000 0.008 0.044
#> GSM82342 3 0.3075 0.787 0.000 0.092 0.852 0.000 0.016 0.040
#> GSM82361 3 0.2933 0.791 0.000 0.092 0.860 0.000 0.016 0.032
#> GSM82351 3 0.3075 0.789 0.000 0.092 0.852 0.000 0.016 0.040
#> GSM82371 3 0.3075 0.789 0.000 0.092 0.852 0.000 0.016 0.040
#> GSM82330 3 0.1471 0.776 0.064 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004
#> GSM82336 3 0.1471 0.776 0.064 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004
#> GSM128492 1 0.6221 0.220 0.456 0.000 0.340 0.000 0.184 0.020
#> GSM128493 1 0.6299 0.181 0.428 0.000 0.356 0.000 0.196 0.020
#> GSM82323 2 0.2222 0.834 0.000 0.908 0.040 0.000 0.012 0.040
#> GSM82353 2 0.2222 0.834 0.000 0.908 0.040 0.000 0.012 0.040
#> GSM82317 5 0.2605 0.781 0.004 0.064 0.032 0.000 0.888 0.012
#> GSM82318 5 0.2364 0.793 0.004 0.044 0.036 0.000 0.904 0.012
#> GSM128496 3 0.2053 0.759 0.108 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004
#> GSM128497 3 0.1471 0.776 0.064 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004
#> GSM82319 5 0.0837 0.804 0.004 0.000 0.004 0.000 0.972 0.020
#> GSM82320 5 0.0837 0.804 0.004 0.000 0.004 0.000 0.972 0.020
#> GSM128504 5 0.3189 0.707 0.236 0.000 0.000 0.004 0.760 0.000
#> GSM128505 5 0.3445 0.693 0.244 0.000 0.000 0.012 0.744 0.000
#> GSM128509 5 0.1806 0.789 0.000 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> GSM128510 5 0.2001 0.786 0.000 0.004 0.092 0.000 0.900 0.004
#> GSM82325 3 0.3124 0.772 0.140 0.024 0.828 0.000 0.000 0.008
#> GSM82327 3 0.2572 0.770 0.136 0.012 0.852 0.000 0.000 0.000
#> GSM82289 1 0.0146 0.830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82291 1 0.0146 0.829 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM82290 5 0.2445 0.751 0.000 0.120 0.000 0.004 0.868 0.008
#> GSM82292 5 0.3005 0.766 0.000 0.060 0.000 0.052 0.864 0.024
#> GSM128525 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.2325 0.672 0.000 0.008 0.008 0.884 0.000 0.100
#> GSM128530 4 0.2325 0.672 0.000 0.008 0.008 0.884 0.000 0.100
#> GSM128533 1 0.1444 0.786 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM128534 1 0.1007 0.808 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM128541 6 0.3315 0.832 0.156 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> GSM128542 6 0.3315 0.831 0.156 0.000 0.000 0.000 0.040 0.804
#> GSM128557 2 0.1382 0.858 0.036 0.948 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM128558 2 0.1829 0.848 0.064 0.920 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM82349 2 0.2122 0.836 0.000 0.912 0.040 0.000 0.008 0.040
#> GSM82367 2 0.2122 0.836 0.000 0.912 0.040 0.000 0.008 0.040
#> GSM82346 3 0.4581 0.753 0.092 0.092 0.764 0.000 0.008 0.044
#> GSM82364 3 0.6215 0.373 0.368 0.092 0.488 0.000 0.008 0.044
#> GSM82345 3 0.4367 0.729 0.000 0.160 0.752 0.000 0.044 0.044
#> GSM82360 3 0.5411 0.598 0.000 0.236 0.640 0.000 0.072 0.052
#> GSM82335 3 0.1464 0.777 0.036 0.000 0.944 0.000 0.016 0.004
#> GSM82339 3 0.1390 0.770 0.016 0.000 0.948 0.000 0.032 0.004
#> GSM128494 3 0.1624 0.773 0.040 0.000 0.936 0.000 0.020 0.004
#> GSM128495 3 0.1642 0.768 0.028 0.000 0.936 0.000 0.032 0.004
#> GSM82356 2 0.2048 0.828 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM82359 2 0.2048 0.828 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM82347 5 0.4025 0.688 0.248 0.008 0.020 0.000 0.720 0.004
#> GSM82365 5 0.4039 0.688 0.248 0.012 0.016 0.000 0.720 0.004
#> GSM128498 3 0.1471 0.776 0.064 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004
#> GSM128499 3 0.2442 0.726 0.144 0.000 0.852 0.000 0.000 0.004
#> GSM82333 3 0.3535 0.783 0.000 0.092 0.828 0.000 0.040 0.040
#> GSM82369 3 0.3854 0.780 0.000 0.092 0.808 0.000 0.056 0.044
#> GSM128506 2 0.2190 0.831 0.060 0.900 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.2272 0.832 0.056 0.900 0.000 0.040 0.004 0.000
#> GSM128511 2 0.0622 0.855 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM128512 2 0.0622 0.855 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
#> GSM82334 3 0.3462 0.795 0.068 0.060 0.840 0.000 0.004 0.028
#> GSM82370 3 0.3642 0.794 0.044 0.084 0.828 0.000 0.004 0.040
#> GSM82305 1 0.0146 0.830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82306 1 0.0146 0.830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82303 2 0.5450 0.157 0.000 0.544 0.000 0.348 0.096 0.012
#> GSM82304 4 0.5570 0.159 0.000 0.436 0.000 0.456 0.096 0.012
#> GSM128527 1 0.4263 -0.156 0.504 0.000 0.000 0.000 0.480 0.016
#> GSM128528 5 0.4229 0.358 0.436 0.000 0.000 0.000 0.548 0.016
#> GSM128531 4 0.2325 0.672 0.000 0.008 0.008 0.884 0.000 0.100
#> GSM128532 4 0.2325 0.672 0.000 0.008 0.008 0.884 0.000 0.100
#> GSM128535 1 0.0146 0.829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128536 1 0.0146 0.829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128543 6 0.3344 0.824 0.044 0.000 0.000 0.000 0.152 0.804
#> GSM128544 6 0.3370 0.829 0.048 0.000 0.000 0.000 0.148 0.804
#> GSM128559 1 0.0260 0.829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128560 1 0.0146 0.829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> CV:pam 86 0.650296 0.00818 4.60e-06 2
#> CV:pam 152 0.003283 0.51323 1.45e-18 3
#> CV:pam 145 0.000471 0.25202 5.05e-26 4
#> CV:pam 142 0.000763 0.21063 2.01e-37 5
#> CV:pam 146 0.000201 0.41192 1.27e-51 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.310 0.791 0.850 0.40466 0.581 0.581
#> 3 3 0.311 0.648 0.764 0.51085 0.778 0.635
#> 4 4 0.406 0.553 0.737 0.09407 0.839 0.642
#> 5 5 0.521 0.627 0.784 0.10892 0.781 0.433
#> 6 6 0.529 0.563 0.747 0.00859 0.862 0.565
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.3431 0.910 0.064 0.936
#> GSM82314 2 0.3431 0.910 0.064 0.936
#> GSM82331 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82338 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82315 2 0.4022 0.911 0.080 0.920
#> GSM82316 2 0.4022 0.911 0.080 0.920
#> GSM82350 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82368 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82340 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM128565 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82329 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82341 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128569 1 0.4161 0.827 0.916 0.084
#> GSM128570 1 0.3879 0.825 0.924 0.076
#> GSM128573 1 0.8909 0.712 0.692 0.308
#> GSM128574 1 0.8861 0.717 0.696 0.304
#> GSM82295 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82296 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82337 1 0.6801 0.833 0.820 0.180
#> GSM82379 1 0.6801 0.833 0.820 0.180
#> GSM82285 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.3879 0.825 0.924 0.076
#> GSM82288 1 0.3584 0.823 0.932 0.068
#> GSM82311 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM82312 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM82375 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82376 1 0.6973 0.830 0.812 0.188
#> GSM82307 2 0.4022 0.911 0.080 0.920
#> GSM82308 2 0.4022 0.911 0.080 0.920
#> GSM128585 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128586 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128593 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128594 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128597 1 0.1843 0.794 0.972 0.028
#> GSM128598 1 0.0672 0.797 0.992 0.008
#> GSM128601 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128602 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82348 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82366 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82322 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82352 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82332 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82357 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82354 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82372 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82343 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82362 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM128567 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM128568 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82355 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82358 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128571 1 0.7139 0.824 0.804 0.196
#> GSM128572 1 0.7139 0.824 0.804 0.196
#> GSM128575 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM128576 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82324 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82326 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82344 1 0.6801 0.833 0.820 0.180
#> GSM82363 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82293 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82294 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82297 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82373 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM82374 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM82377 1 0.9580 0.654 0.620 0.380
#> GSM82378 1 0.9580 0.654 0.620 0.380
#> GSM82309 2 0.9608 0.337 0.384 0.616
#> GSM82310 2 0.9087 0.502 0.324 0.676
#> GSM128587 1 0.7376 0.819 0.792 0.208
#> GSM128588 1 0.6973 0.831 0.812 0.188
#> GSM128595 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128596 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128599 1 0.8713 0.705 0.708 0.292
#> GSM128600 1 0.8443 0.712 0.728 0.272
#> GSM128603 1 0.7883 0.795 0.764 0.236
#> GSM128604 1 0.7139 0.827 0.804 0.196
#> GSM82284 2 0.5946 0.837 0.144 0.856
#> GSM82321 2 0.5408 0.862 0.124 0.876
#> GSM82342 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82361 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82351 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82371 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82330 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82336 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM128492 1 0.1843 0.810 0.972 0.028
#> GSM128493 1 0.2423 0.815 0.960 0.040
#> GSM82323 2 0.8555 0.639 0.280 0.720
#> GSM82353 2 0.8909 0.578 0.308 0.692
#> GSM82317 2 0.9661 0.273 0.392 0.608
#> GSM82318 2 0.9998 -0.211 0.492 0.508
#> GSM128496 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM128497 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82319 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82320 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128504 1 0.6343 0.835 0.840 0.160
#> GSM128505 1 0.6247 0.835 0.844 0.156
#> GSM128509 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128510 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82325 1 0.2778 0.815 0.952 0.048
#> GSM82327 1 0.2948 0.817 0.948 0.052
#> GSM82289 1 0.7139 0.677 0.804 0.196
#> GSM82291 1 0.6973 0.685 0.812 0.188
#> GSM82290 2 0.3879 0.912 0.076 0.924
#> GSM82292 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM128525 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128526 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128529 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM128530 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM128533 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128534 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128541 1 0.9754 0.642 0.592 0.408
#> GSM128542 1 0.9754 0.642 0.592 0.408
#> GSM128557 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM128558 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82349 2 0.3879 0.910 0.076 0.924
#> GSM82367 2 0.3879 0.910 0.076 0.924
#> GSM82346 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82364 1 0.6712 0.834 0.824 0.176
#> GSM82345 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82360 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82335 1 0.0672 0.802 0.992 0.008
#> GSM82339 1 0.1184 0.805 0.984 0.016
#> GSM128494 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM128495 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82356 2 0.9608 0.354 0.384 0.616
#> GSM82359 2 0.9552 0.382 0.376 0.624
#> GSM82347 1 0.7056 0.829 0.808 0.192
#> GSM82365 1 0.7219 0.825 0.800 0.200
#> GSM128498 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM128499 1 0.0000 0.798 1.000 0.000
#> GSM82333 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM82369 1 0.6887 0.832 0.816 0.184
#> GSM128506 2 0.3733 0.914 0.072 0.928
#> GSM128507 2 0.3733 0.914 0.072 0.928
#> GSM128511 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM128512 2 0.3584 0.913 0.068 0.932
#> GSM82334 1 0.4161 0.825 0.916 0.084
#> GSM82370 1 0.4022 0.825 0.920 0.080
#> GSM82305 1 0.7376 0.679 0.792 0.208
#> GSM82306 1 0.7453 0.681 0.788 0.212
#> GSM82303 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM82304 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM128527 1 0.8661 0.693 0.712 0.288
#> GSM128528 1 0.8713 0.690 0.708 0.292
#> GSM128531 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM128532 2 0.3733 0.911 0.072 0.928
#> GSM128535 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128536 1 0.7674 0.653 0.776 0.224
#> GSM128543 1 0.9754 0.642 0.592 0.408
#> GSM128544 1 0.9754 0.642 0.592 0.408
#> GSM128559 1 0.8555 0.670 0.720 0.280
#> GSM128560 1 0.8661 0.673 0.712 0.288
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.665 0.4623 0.396 0.592 0.012
#> GSM82314 2 0.665 0.4623 0.396 0.592 0.012
#> GSM82331 3 0.314 0.7397 0.068 0.020 0.912
#> GSM82338 3 0.305 0.7397 0.064 0.020 0.916
#> GSM82315 2 0.504 0.7009 0.060 0.836 0.104
#> GSM82316 2 0.504 0.7009 0.060 0.836 0.104
#> GSM82350 3 0.636 0.5968 0.364 0.008 0.628
#> GSM82368 3 0.613 0.6147 0.352 0.004 0.644
#> GSM82328 2 0.506 0.6983 0.184 0.800 0.016
#> GSM82340 2 0.506 0.6983 0.184 0.800 0.016
#> GSM128565 3 0.590 0.6873 0.244 0.020 0.736
#> GSM128566 3 0.590 0.6873 0.244 0.020 0.736
#> GSM82329 3 0.484 0.5800 0.224 0.000 0.776
#> GSM82341 3 0.489 0.6134 0.228 0.000 0.772
#> GSM128569 3 0.623 0.6940 0.220 0.040 0.740
#> GSM128570 3 0.610 0.6927 0.228 0.032 0.740
#> GSM128573 3 0.617 0.3599 0.360 0.004 0.636
#> GSM128574 3 0.615 0.3592 0.356 0.004 0.640
#> GSM82295 3 0.532 0.6366 0.016 0.204 0.780
#> GSM82296 3 0.532 0.6366 0.016 0.204 0.780
#> GSM82337 3 0.400 0.7285 0.160 0.000 0.840
#> GSM82379 3 0.400 0.7285 0.160 0.000 0.840
#> GSM82285 3 0.586 0.6921 0.240 0.020 0.740
#> GSM82286 3 0.586 0.6921 0.240 0.020 0.740
#> GSM82287 3 0.580 0.7004 0.184 0.040 0.776
#> GSM82288 3 0.549 0.6998 0.196 0.024 0.780
#> GSM82311 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM82312 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM82375 3 0.645 0.5711 0.032 0.264 0.704
#> GSM82376 3 0.670 0.5502 0.036 0.280 0.684
#> GSM82307 2 0.555 0.6400 0.212 0.768 0.020
#> GSM82308 2 0.555 0.6400 0.212 0.768 0.020
#> GSM128585 3 0.192 0.7288 0.024 0.020 0.956
#> GSM128586 3 0.192 0.7288 0.024 0.020 0.956
#> GSM128593 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128594 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128597 3 0.605 0.6766 0.292 0.012 0.696
#> GSM128598 3 0.603 0.6870 0.272 0.016 0.712
#> GSM128601 3 0.232 0.7204 0.028 0.028 0.944
#> GSM128602 3 0.219 0.7214 0.028 0.024 0.948
#> GSM82348 2 0.663 0.5300 0.360 0.624 0.016
#> GSM82366 2 0.642 0.5084 0.376 0.616 0.008
#> GSM82322 3 0.113 0.7262 0.020 0.004 0.976
#> GSM82352 3 0.113 0.7262 0.020 0.004 0.976
#> GSM82332 2 0.606 0.6934 0.188 0.764 0.048
#> GSM82357 2 0.596 0.6947 0.188 0.768 0.044
#> GSM82354 3 0.599 0.5865 0.368 0.000 0.632
#> GSM82372 3 0.599 0.5865 0.368 0.000 0.632
#> GSM82343 2 0.517 0.7012 0.172 0.804 0.024
#> GSM82362 2 0.517 0.7012 0.172 0.804 0.024
#> GSM128567 2 0.541 0.7010 0.172 0.796 0.032
#> GSM128568 2 0.541 0.7010 0.172 0.796 0.032
#> GSM82355 3 0.832 0.4199 0.228 0.148 0.624
#> GSM82358 3 0.832 0.4199 0.228 0.148 0.624
#> GSM128571 3 0.642 0.5339 0.016 0.324 0.660
#> GSM128572 3 0.653 0.5385 0.020 0.320 0.660
#> GSM128575 3 0.400 0.7265 0.160 0.000 0.840
#> GSM128576 3 0.394 0.7279 0.156 0.000 0.844
#> GSM82324 3 0.532 0.6366 0.016 0.204 0.780
#> GSM82326 3 0.532 0.6366 0.016 0.204 0.780
#> GSM82344 3 0.412 0.7260 0.168 0.000 0.832
#> GSM82363 3 0.412 0.7260 0.168 0.000 0.832
#> GSM82293 3 0.243 0.7346 0.036 0.024 0.940
#> GSM82294 3 0.243 0.7346 0.036 0.024 0.940
#> GSM82297 3 0.590 0.6924 0.244 0.020 0.736
#> GSM82298 3 0.590 0.6924 0.244 0.020 0.736
#> GSM82373 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM82374 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM82377 1 0.807 0.5988 0.620 0.104 0.276
#> GSM82378 1 0.804 0.6051 0.624 0.104 0.272
#> GSM82309 2 0.663 0.3773 0.020 0.644 0.336
#> GSM82310 2 0.650 0.4075 0.020 0.664 0.316
#> GSM128587 3 0.290 0.7384 0.064 0.016 0.920
#> GSM128588 3 0.295 0.7378 0.060 0.020 0.920
#> GSM128595 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128596 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128599 1 0.902 0.3873 0.496 0.140 0.364
#> GSM128600 1 0.873 0.3690 0.516 0.116 0.368
#> GSM128603 3 0.437 0.6751 0.032 0.108 0.860
#> GSM128604 3 0.406 0.6865 0.032 0.092 0.876
#> GSM82284 2 0.929 0.3672 0.188 0.508 0.304
#> GSM82321 2 0.923 0.3827 0.184 0.516 0.300
#> GSM82342 3 0.375 0.7318 0.144 0.000 0.856
#> GSM82361 3 0.375 0.7318 0.144 0.000 0.856
#> GSM82351 3 0.854 0.4190 0.236 0.160 0.604
#> GSM82371 3 0.854 0.4190 0.236 0.160 0.604
#> GSM82330 3 0.497 0.6987 0.236 0.000 0.764
#> GSM82336 3 0.497 0.6987 0.236 0.000 0.764
#> GSM128492 3 0.573 0.6981 0.228 0.020 0.752
#> GSM128493 3 0.550 0.7109 0.208 0.020 0.772
#> GSM82323 3 0.908 0.3157 0.240 0.208 0.552
#> GSM82353 3 0.905 0.3150 0.236 0.208 0.556
#> GSM82317 2 0.982 0.0102 0.244 0.396 0.360
#> GSM82318 2 0.980 0.0202 0.240 0.400 0.360
#> GSM128496 3 0.536 0.6822 0.276 0.000 0.724
#> GSM128497 3 0.533 0.6849 0.272 0.000 0.728
#> GSM82319 3 0.259 0.7278 0.072 0.004 0.924
#> GSM82320 3 0.296 0.7303 0.080 0.008 0.912
#> GSM128504 3 0.610 0.6562 0.056 0.176 0.768
#> GSM128505 3 0.610 0.6562 0.056 0.176 0.768
#> GSM128509 3 0.153 0.7275 0.040 0.000 0.960
#> GSM128510 3 0.308 0.7198 0.060 0.024 0.916
#> GSM82325 3 0.565 0.6857 0.312 0.000 0.688
#> GSM82327 3 0.568 0.6869 0.316 0.000 0.684
#> GSM82289 1 0.417 0.8423 0.872 0.036 0.092
#> GSM82291 1 0.441 0.8351 0.860 0.036 0.104
#> GSM82290 2 0.337 0.7258 0.052 0.908 0.040
#> GSM82292 2 0.337 0.7258 0.052 0.908 0.040
#> GSM128525 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128526 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128529 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM128530 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM128533 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128534 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128541 1 0.701 0.6315 0.712 0.208 0.080
#> GSM128542 1 0.701 0.6315 0.712 0.208 0.080
#> GSM128557 2 0.625 0.6651 0.268 0.708 0.024
#> GSM128558 2 0.639 0.6485 0.284 0.692 0.024
#> GSM82349 2 0.894 0.4823 0.184 0.564 0.252
#> GSM82367 2 0.894 0.4823 0.184 0.564 0.252
#> GSM82346 3 0.418 0.7245 0.172 0.000 0.828
#> GSM82364 3 0.418 0.7245 0.172 0.000 0.828
#> GSM82345 3 0.847 0.4151 0.228 0.160 0.612
#> GSM82360 3 0.847 0.4151 0.228 0.160 0.612
#> GSM82335 3 0.522 0.6912 0.260 0.000 0.740
#> GSM82339 3 0.529 0.7001 0.268 0.000 0.732
#> GSM128494 3 0.502 0.7026 0.240 0.000 0.760
#> GSM128495 3 0.506 0.7032 0.244 0.000 0.756
#> GSM82356 3 0.897 0.3277 0.236 0.200 0.564
#> GSM82359 3 0.897 0.3277 0.236 0.200 0.564
#> GSM82347 3 0.822 0.3915 0.248 0.128 0.624
#> GSM82365 3 0.837 0.3559 0.260 0.132 0.608
#> GSM128498 3 0.553 0.6833 0.296 0.000 0.704
#> GSM128499 3 0.553 0.6833 0.296 0.000 0.704
#> GSM82333 3 0.355 0.7318 0.132 0.000 0.868
#> GSM82369 3 0.355 0.7318 0.132 0.000 0.868
#> GSM128506 2 0.372 0.7264 0.088 0.888 0.024
#> GSM128507 2 0.375 0.7281 0.096 0.884 0.020
#> GSM128511 2 0.716 0.6579 0.188 0.712 0.100
#> GSM128512 2 0.718 0.6570 0.184 0.712 0.104
#> GSM82334 3 0.497 0.7204 0.236 0.000 0.764
#> GSM82370 3 0.489 0.7231 0.228 0.000 0.772
#> GSM82305 1 0.611 0.7993 0.784 0.100 0.116
#> GSM82306 1 0.596 0.8046 0.792 0.096 0.112
#> GSM82303 2 0.337 0.7258 0.052 0.908 0.040
#> GSM82304 2 0.337 0.7258 0.052 0.908 0.040
#> GSM128527 1 0.569 0.7869 0.780 0.036 0.184
#> GSM128528 1 0.564 0.7949 0.784 0.036 0.180
#> GSM128531 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM128532 2 0.358 0.7248 0.056 0.900 0.044
#> GSM128535 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128536 1 0.409 0.8439 0.876 0.036 0.088
#> GSM128543 1 0.709 0.6288 0.708 0.208 0.084
#> GSM128544 1 0.709 0.6288 0.708 0.208 0.084
#> GSM128559 1 0.625 0.7925 0.776 0.104 0.120
#> GSM128560 1 0.625 0.7925 0.776 0.104 0.120
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 2 0.5751 0.4387 0.308 0.652 0.016 0.024
#> GSM82314 2 0.5751 0.4387 0.308 0.652 0.016 0.024
#> GSM82331 4 0.1677 0.5960 0.012 0.000 0.040 0.948
#> GSM82338 4 0.1677 0.5960 0.012 0.000 0.040 0.948
#> GSM82315 2 0.5651 0.6007 0.004 0.652 0.036 0.308
#> GSM82316 2 0.5651 0.6007 0.004 0.652 0.036 0.308
#> GSM82350 4 0.5446 0.4185 0.340 0.004 0.020 0.636
#> GSM82368 4 0.5668 0.4234 0.328 0.004 0.032 0.636
#> GSM82328 2 0.1820 0.7477 0.020 0.944 0.036 0.000
#> GSM82340 2 0.1820 0.7477 0.020 0.944 0.036 0.000
#> GSM128565 4 0.4086 0.5478 0.216 0.000 0.008 0.776
#> GSM128566 4 0.4123 0.5472 0.220 0.000 0.008 0.772
#> GSM82329 4 0.3429 0.4827 0.028 0.004 0.100 0.868
#> GSM82341 4 0.4395 0.1968 0.016 0.004 0.204 0.776
#> GSM128569 4 0.4598 0.5831 0.160 0.004 0.044 0.792
#> GSM128570 4 0.4507 0.5805 0.168 0.000 0.044 0.788
#> GSM128573 4 0.3800 0.5700 0.112 0.004 0.036 0.848
#> GSM128574 4 0.3800 0.5700 0.112 0.004 0.036 0.848
#> GSM82295 4 0.4430 0.5665 0.016 0.056 0.100 0.828
#> GSM82296 4 0.4430 0.5665 0.016 0.056 0.100 0.828
#> GSM82337 3 0.6534 0.8084 0.064 0.004 0.508 0.424
#> GSM82379 3 0.6539 0.8057 0.064 0.004 0.504 0.428
#> GSM82285 4 0.4617 0.5405 0.204 0.000 0.032 0.764
#> GSM82286 4 0.4524 0.5395 0.204 0.000 0.028 0.768
#> GSM82287 4 0.3855 0.5837 0.164 0.004 0.012 0.820
#> GSM82288 4 0.3718 0.5827 0.168 0.000 0.012 0.820
#> GSM82311 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM82312 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM82375 4 0.0336 0.5933 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM82376 4 0.0804 0.5951 0.012 0.008 0.000 0.980
#> GSM82307 2 0.6342 0.6984 0.140 0.704 0.132 0.024
#> GSM82308 2 0.6295 0.7021 0.136 0.708 0.132 0.024
#> GSM128585 4 0.0000 0.5925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128586 4 0.0000 0.5925 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128593 1 0.0804 0.8391 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM128594 1 0.0804 0.8391 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM128597 4 0.4687 0.5366 0.224 0.004 0.020 0.752
#> GSM128598 4 0.4687 0.5366 0.224 0.004 0.020 0.752
#> GSM128601 4 0.0469 0.5910 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM128602 4 0.0469 0.5910 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM82348 2 0.4716 0.6885 0.152 0.796 0.016 0.036
#> GSM82366 2 0.5036 0.6457 0.192 0.760 0.012 0.036
#> GSM82322 4 0.1557 0.5734 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM82352 4 0.1557 0.5734 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM82332 2 0.3105 0.7506 0.008 0.888 0.020 0.084
#> GSM82357 2 0.3036 0.7514 0.008 0.892 0.020 0.080
#> GSM82354 4 0.6092 0.4105 0.320 0.004 0.056 0.620
#> GSM82372 4 0.5789 0.4106 0.336 0.004 0.036 0.624
#> GSM82343 2 0.1452 0.7500 0.008 0.956 0.036 0.000
#> GSM82362 2 0.1452 0.7500 0.008 0.956 0.036 0.000
#> GSM128567 2 0.1878 0.7500 0.008 0.944 0.040 0.008
#> GSM128568 2 0.1878 0.7500 0.008 0.944 0.040 0.008
#> GSM82355 4 0.4737 -0.0892 0.004 0.004 0.296 0.696
#> GSM82358 4 0.4737 -0.0892 0.004 0.004 0.296 0.696
#> GSM128571 4 0.4654 0.5626 0.016 0.100 0.068 0.816
#> GSM128572 4 0.4725 0.5609 0.016 0.100 0.072 0.812
#> GSM128575 3 0.6369 0.7885 0.052 0.004 0.500 0.444
#> GSM128576 3 0.6361 0.7858 0.052 0.004 0.508 0.436
#> GSM82324 4 0.4445 0.5665 0.016 0.060 0.096 0.828
#> GSM82326 4 0.4507 0.5645 0.016 0.060 0.100 0.824
#> GSM82344 3 0.6604 0.8100 0.072 0.004 0.528 0.396
#> GSM82363 3 0.6653 0.8101 0.076 0.004 0.528 0.392
#> GSM82293 4 0.2032 0.5908 0.036 0.000 0.028 0.936
#> GSM82294 4 0.2124 0.5920 0.040 0.000 0.028 0.932
#> GSM82297 4 0.4562 0.5366 0.208 0.000 0.028 0.764
#> GSM82298 4 0.4562 0.5366 0.208 0.000 0.028 0.764
#> GSM82373 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM82374 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM82377 1 0.5956 0.4540 0.608 0.024 0.016 0.352
#> GSM82378 1 0.6164 0.4373 0.596 0.028 0.020 0.356
#> GSM82309 2 0.7441 0.2591 0.016 0.476 0.112 0.396
#> GSM82310 2 0.7350 0.3836 0.016 0.520 0.112 0.352
#> GSM128587 4 0.0779 0.5982 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM128588 4 0.0779 0.5982 0.016 0.004 0.000 0.980
#> GSM128595 1 0.0000 0.8363 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0376 0.8389 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM128599 4 0.6954 0.4571 0.220 0.112 0.028 0.640
#> GSM128600 4 0.6774 0.4713 0.224 0.096 0.028 0.652
#> GSM128603 4 0.0469 0.5951 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM128604 4 0.0469 0.5951 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM82284 2 0.5947 0.5775 0.024 0.668 0.032 0.276
#> GSM82321 2 0.5722 0.6170 0.024 0.692 0.028 0.256
#> GSM82342 3 0.6421 0.7926 0.056 0.004 0.508 0.432
#> GSM82361 3 0.6425 0.7877 0.056 0.004 0.504 0.436
#> GSM82351 4 0.6144 -0.2145 0.028 0.016 0.380 0.576
#> GSM82371 4 0.6144 -0.2145 0.028 0.016 0.380 0.576
#> GSM82330 4 0.5784 0.5009 0.200 0.000 0.100 0.700
#> GSM82336 4 0.5947 0.4854 0.200 0.000 0.112 0.688
#> GSM128492 4 0.4578 0.5680 0.160 0.000 0.052 0.788
#> GSM128493 4 0.4387 0.5776 0.144 0.000 0.052 0.804
#> GSM82323 4 0.7520 -0.3099 0.000 0.192 0.352 0.456
#> GSM82353 4 0.7332 -0.3099 0.000 0.164 0.356 0.480
#> GSM82317 4 0.6306 0.1326 0.052 0.356 0.008 0.584
#> GSM82318 4 0.6156 0.1770 0.052 0.320 0.008 0.620
#> GSM128496 4 0.7711 -0.2145 0.224 0.004 0.292 0.480
#> GSM128497 4 0.7815 -0.3506 0.224 0.004 0.328 0.444
#> GSM82319 4 0.0657 0.5888 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM82320 4 0.0657 0.5888 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM128504 4 0.4708 0.5872 0.064 0.088 0.028 0.820
#> GSM128505 4 0.4803 0.5859 0.064 0.088 0.032 0.816
#> GSM128509 4 0.2999 0.4675 0.000 0.004 0.132 0.864
#> GSM128510 4 0.2593 0.4981 0.000 0.004 0.104 0.892
#> GSM82325 3 0.7435 0.7273 0.184 0.004 0.524 0.288
#> GSM82327 3 0.7417 0.7270 0.184 0.004 0.528 0.284
#> GSM82289 1 0.3790 0.7286 0.820 0.000 0.016 0.164
#> GSM82291 1 0.4809 0.5891 0.728 0.004 0.016 0.252
#> GSM82290 2 0.5362 0.7390 0.016 0.712 0.248 0.024
#> GSM82292 2 0.5556 0.7346 0.020 0.696 0.260 0.024
#> GSM128525 1 0.0469 0.8348 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128526 1 0.0592 0.8322 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM128529 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM128530 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM128533 1 0.0376 0.8380 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM128534 1 0.0376 0.8380 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM128541 1 0.4582 0.7445 0.832 0.044 0.060 0.064
#> GSM128542 1 0.4582 0.7445 0.832 0.044 0.060 0.064
#> GSM128557 2 0.4405 0.7372 0.048 0.800 0.000 0.152
#> GSM128558 2 0.4440 0.7384 0.060 0.804 0.000 0.136
#> GSM82349 2 0.4603 0.7132 0.012 0.796 0.032 0.160
#> GSM82367 2 0.4603 0.7132 0.012 0.796 0.032 0.160
#> GSM82346 3 0.6391 0.8034 0.056 0.004 0.528 0.412
#> GSM82364 3 0.6391 0.8034 0.056 0.004 0.528 0.412
#> GSM82345 4 0.6119 -0.1937 0.016 0.028 0.372 0.584
#> GSM82360 4 0.6119 -0.1937 0.016 0.028 0.372 0.584
#> GSM82335 4 0.7339 0.0338 0.192 0.004 0.256 0.548
#> GSM82339 4 0.7598 -0.2685 0.184 0.004 0.336 0.476
#> GSM128494 3 0.7554 0.5895 0.192 0.000 0.432 0.376
#> GSM128495 3 0.7520 0.6335 0.192 0.000 0.456 0.352
#> GSM82356 4 0.6602 -0.2451 0.000 0.092 0.356 0.552
#> GSM82359 4 0.6602 -0.2451 0.000 0.092 0.356 0.552
#> GSM82347 4 0.6846 0.0328 0.064 0.056 0.224 0.656
#> GSM82365 4 0.6260 0.3345 0.072 0.064 0.136 0.728
#> GSM128498 3 0.7689 0.6835 0.220 0.004 0.484 0.292
#> GSM128499 3 0.7751 0.6674 0.224 0.004 0.468 0.304
#> GSM82333 3 0.5459 0.7086 0.008 0.004 0.512 0.476
#> GSM82369 3 0.5459 0.7086 0.008 0.004 0.512 0.476
#> GSM128506 2 0.1739 0.7556 0.008 0.952 0.024 0.016
#> GSM128507 2 0.1854 0.7562 0.008 0.948 0.020 0.024
#> GSM128511 2 0.3719 0.7364 0.008 0.848 0.020 0.124
#> GSM128512 2 0.3719 0.7364 0.008 0.848 0.020 0.124
#> GSM82334 3 0.7224 0.7704 0.144 0.004 0.532 0.320
#> GSM82370 3 0.7186 0.7730 0.140 0.004 0.536 0.320
#> GSM82305 1 0.5151 0.6654 0.756 0.036 0.016 0.192
#> GSM82306 1 0.5215 0.6430 0.744 0.032 0.016 0.208
#> GSM82303 2 0.5342 0.7414 0.020 0.724 0.232 0.024
#> GSM82304 2 0.5342 0.7414 0.020 0.724 0.232 0.024
#> GSM128527 4 0.5898 0.2618 0.448 0.012 0.016 0.524
#> GSM128528 4 0.5916 0.2001 0.472 0.012 0.016 0.500
#> GSM128531 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM128532 2 0.5974 0.7152 0.020 0.624 0.332 0.024
#> GSM128535 1 0.0469 0.8371 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128536 1 0.0336 0.8367 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM128543 1 0.4655 0.7447 0.828 0.044 0.060 0.068
#> GSM128544 1 0.4655 0.7447 0.828 0.044 0.060 0.068
#> GSM128559 1 0.3450 0.8091 0.880 0.032 0.016 0.072
#> GSM128560 1 0.3402 0.8075 0.880 0.032 0.012 0.076
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 2 0.0992 0.7940 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000
#> GSM82314 2 0.0992 0.7940 0.008 0.968 0.000 0.024 0.000
#> GSM82331 5 0.1443 0.6951 0.004 0.004 0.044 0.000 0.948
#> GSM82338 5 0.1365 0.6967 0.004 0.004 0.040 0.000 0.952
#> GSM82315 5 0.7412 -0.2619 0.000 0.356 0.032 0.252 0.360
#> GSM82316 5 0.6952 -0.1709 0.000 0.392 0.032 0.144 0.432
#> GSM82350 1 0.6816 -0.2750 0.352 0.000 0.340 0.000 0.308
#> GSM82368 3 0.6800 0.2532 0.344 0.000 0.364 0.000 0.292
#> GSM82328 2 0.0000 0.7989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.7989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128565 5 0.3789 0.6397 0.224 0.000 0.016 0.000 0.760
#> GSM128566 5 0.3819 0.6354 0.228 0.000 0.016 0.000 0.756
#> GSM82329 3 0.4460 0.6214 0.004 0.004 0.600 0.000 0.392
#> GSM82341 3 0.4288 0.6246 0.004 0.000 0.612 0.000 0.384
#> GSM128569 5 0.3622 0.6791 0.172 0.000 0.016 0.008 0.804
#> GSM128570 5 0.3740 0.6808 0.168 0.004 0.016 0.008 0.804
#> GSM128573 3 0.4981 0.3329 0.012 0.012 0.536 0.000 0.440
#> GSM128574 3 0.4970 0.3555 0.012 0.012 0.544 0.000 0.432
#> GSM82295 5 0.3284 0.6806 0.000 0.024 0.000 0.148 0.828
#> GSM82296 5 0.3284 0.6806 0.000 0.024 0.000 0.148 0.828
#> GSM82337 3 0.2302 0.7114 0.008 0.008 0.904 0.000 0.080
#> GSM82379 3 0.2414 0.7125 0.012 0.008 0.900 0.000 0.080
#> GSM82285 5 0.3944 0.6574 0.200 0.000 0.032 0.000 0.768
#> GSM82286 5 0.3944 0.6574 0.200 0.000 0.032 0.000 0.768
#> GSM82287 5 0.3795 0.6760 0.184 0.004 0.024 0.000 0.788
#> GSM82288 5 0.3795 0.6760 0.184 0.004 0.024 0.000 0.788
#> GSM82311 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM82312 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM82375 5 0.1173 0.6993 0.000 0.004 0.020 0.012 0.964
#> GSM82376 5 0.1173 0.6993 0.000 0.004 0.020 0.012 0.964
#> GSM82307 2 0.4564 0.3221 0.004 0.600 0.008 0.388 0.000
#> GSM82308 2 0.4575 0.3111 0.004 0.596 0.008 0.392 0.000
#> GSM128585 5 0.0703 0.6987 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM128586 5 0.0703 0.6987 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM128593 1 0.0404 0.7823 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM128594 1 0.0290 0.7821 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128597 5 0.5819 0.4764 0.200 0.000 0.188 0.000 0.612
#> GSM128598 5 0.5728 0.4985 0.200 0.000 0.176 0.000 0.624
#> GSM128601 5 0.0609 0.6973 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM128602 5 0.0609 0.6973 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM82348 2 0.2403 0.7761 0.012 0.904 0.012 0.072 0.000
#> GSM82366 2 0.2466 0.7737 0.012 0.900 0.012 0.076 0.000
#> GSM82322 5 0.2605 0.5677 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM82352 5 0.3305 0.4127 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM82332 2 0.2060 0.8053 0.000 0.928 0.036 0.012 0.024
#> GSM82357 2 0.2060 0.8053 0.000 0.928 0.036 0.012 0.024
#> GSM82354 3 0.5865 0.5336 0.360 0.000 0.532 0.000 0.108
#> GSM82372 3 0.6717 0.3096 0.364 0.000 0.388 0.000 0.248
#> GSM82343 2 0.0000 0.7989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.7989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0451 0.8031 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM128568 2 0.0451 0.8031 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM82355 3 0.4219 0.5858 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM82358 3 0.4210 0.5923 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> GSM128571 5 0.4391 0.6891 0.008 0.072 0.020 0.096 0.804
#> GSM128572 5 0.4480 0.6901 0.008 0.072 0.024 0.096 0.800
#> GSM128575 3 0.3087 0.7097 0.004 0.008 0.836 0.000 0.152
#> GSM128576 3 0.3087 0.7097 0.004 0.008 0.836 0.000 0.152
#> GSM82324 5 0.3284 0.6806 0.000 0.024 0.000 0.148 0.828
#> GSM82326 5 0.3284 0.6806 0.000 0.024 0.000 0.148 0.828
#> GSM82344 3 0.2424 0.7088 0.032 0.008 0.908 0.000 0.052
#> GSM82363 3 0.2513 0.7102 0.040 0.008 0.904 0.000 0.048
#> GSM82293 5 0.3466 0.6989 0.100 0.008 0.048 0.000 0.844
#> GSM82294 5 0.3518 0.6978 0.104 0.008 0.048 0.000 0.840
#> GSM82297 5 0.6059 0.4120 0.204 0.000 0.220 0.000 0.576
#> GSM82298 5 0.6191 0.3548 0.204 0.000 0.244 0.000 0.552
#> GSM82373 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM82374 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM82377 1 0.5561 0.4892 0.596 0.028 0.036 0.000 0.340
#> GSM82378 1 0.5621 0.4849 0.596 0.032 0.036 0.000 0.336
#> GSM82309 5 0.4290 0.6581 0.000 0.044 0.004 0.196 0.756
#> GSM82310 5 0.4425 0.6491 0.000 0.048 0.004 0.204 0.744
#> GSM128587 5 0.0703 0.6987 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM128588 5 0.0703 0.6987 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM128595 1 0.0162 0.7810 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128596 1 0.0162 0.7810 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128599 5 0.8245 0.1928 0.164 0.244 0.196 0.000 0.396
#> GSM128600 5 0.8229 0.1647 0.164 0.208 0.224 0.000 0.404
#> GSM128603 5 0.0771 0.6973 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM128604 5 0.0771 0.6973 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM82284 2 0.4961 0.6984 0.004 0.724 0.132 0.000 0.140
#> GSM82321 2 0.4746 0.7172 0.004 0.744 0.132 0.000 0.120
#> GSM82342 3 0.2588 0.7167 0.008 0.008 0.884 0.000 0.100
#> GSM82361 3 0.2588 0.7167 0.008 0.008 0.884 0.000 0.100
#> GSM82351 3 0.4016 0.6584 0.000 0.012 0.716 0.000 0.272
#> GSM82371 3 0.4016 0.6584 0.000 0.012 0.716 0.000 0.272
#> GSM82330 3 0.6301 0.4712 0.184 0.000 0.516 0.000 0.300
#> GSM82336 3 0.6287 0.4689 0.184 0.000 0.520 0.000 0.296
#> GSM128492 5 0.3921 0.6731 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> GSM128493 5 0.3953 0.6737 0.168 0.000 0.048 0.000 0.784
#> GSM82323 2 0.5418 0.4555 0.000 0.568 0.068 0.000 0.364
#> GSM82353 2 0.5467 0.4089 0.000 0.548 0.068 0.000 0.384
#> GSM82317 5 0.5696 0.0956 0.000 0.400 0.056 0.012 0.532
#> GSM82318 5 0.5715 0.1186 0.000 0.392 0.052 0.016 0.540
#> GSM128496 3 0.5254 0.6577 0.272 0.000 0.644 0.000 0.084
#> GSM128497 3 0.5191 0.6729 0.252 0.000 0.660 0.000 0.088
#> GSM82319 5 0.4088 0.0334 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM82320 5 0.4088 0.0327 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM128504 5 0.4749 0.7017 0.080 0.068 0.020 0.036 0.796
#> GSM128505 5 0.4749 0.7017 0.080 0.068 0.020 0.036 0.796
#> GSM128509 5 0.4448 -0.3278 0.000 0.004 0.480 0.000 0.516
#> GSM128510 5 0.4397 -0.1951 0.000 0.004 0.432 0.000 0.564
#> GSM82325 3 0.3211 0.6780 0.164 0.008 0.824 0.000 0.004
#> GSM82327 3 0.3211 0.6780 0.164 0.008 0.824 0.000 0.004
#> GSM82289 1 0.3196 0.6908 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> GSM82291 1 0.3231 0.6865 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196
#> GSM82290 4 0.4331 0.6021 0.004 0.292 0.008 0.692 0.004
#> GSM82292 4 0.2463 0.8896 0.004 0.100 0.008 0.888 0.000
#> GSM128525 1 0.0162 0.7795 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0162 0.7795 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM128530 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM128533 1 0.0324 0.7792 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM128534 1 0.0324 0.7792 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM128541 1 0.4063 0.6406 0.816 0.000 0.044 0.108 0.032
#> GSM128542 1 0.4063 0.6406 0.816 0.000 0.044 0.108 0.032
#> GSM128557 2 0.2904 0.8004 0.008 0.896 0.032 0.032 0.032
#> GSM128558 2 0.2647 0.8017 0.008 0.908 0.024 0.032 0.028
#> GSM82349 2 0.4247 0.7417 0.000 0.776 0.132 0.000 0.092
#> GSM82367 2 0.4247 0.7416 0.000 0.776 0.132 0.000 0.092
#> GSM82346 3 0.2291 0.7073 0.012 0.008 0.908 0.000 0.072
#> GSM82364 3 0.2228 0.7047 0.012 0.008 0.912 0.000 0.068
#> GSM82345 3 0.4232 0.6126 0.000 0.012 0.676 0.000 0.312
#> GSM82360 3 0.4270 0.6009 0.000 0.012 0.668 0.000 0.320
#> GSM82335 3 0.5102 0.6891 0.176 0.000 0.696 0.000 0.128
#> GSM82339 3 0.5102 0.6891 0.176 0.000 0.696 0.000 0.128
#> GSM128494 3 0.5446 0.6705 0.176 0.000 0.660 0.000 0.164
#> GSM128495 3 0.5375 0.6768 0.176 0.000 0.668 0.000 0.156
#> GSM82356 2 0.5322 0.4146 0.000 0.552 0.056 0.000 0.392
#> GSM82359 2 0.5322 0.4146 0.000 0.552 0.056 0.000 0.392
#> GSM82347 3 0.5855 0.6601 0.060 0.036 0.620 0.000 0.284
#> GSM82365 3 0.6122 0.6477 0.068 0.044 0.600 0.000 0.288
#> GSM128498 3 0.3961 0.6742 0.212 0.000 0.760 0.000 0.028
#> GSM128499 3 0.4461 0.6770 0.220 0.000 0.728 0.000 0.052
#> GSM82333 3 0.3662 0.6923 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> GSM82369 3 0.3607 0.6939 0.000 0.004 0.752 0.000 0.244
#> GSM128506 2 0.0404 0.7967 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128507 2 0.0404 0.7967 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128511 2 0.3237 0.7756 0.000 0.848 0.104 0.000 0.048
#> GSM128512 2 0.3237 0.7756 0.000 0.848 0.104 0.000 0.048
#> GSM82334 3 0.3477 0.7009 0.140 0.008 0.828 0.000 0.024
#> GSM82370 3 0.3477 0.7009 0.140 0.008 0.828 0.000 0.024
#> GSM82305 1 0.4304 0.6427 0.736 0.024 0.008 0.000 0.232
#> GSM82306 1 0.4273 0.6344 0.732 0.020 0.008 0.000 0.240
#> GSM82303 4 0.2722 0.8768 0.004 0.120 0.008 0.868 0.000
#> GSM82304 4 0.2672 0.8798 0.004 0.116 0.008 0.872 0.000
#> GSM128527 1 0.5002 0.4409 0.636 0.000 0.052 0.000 0.312
#> GSM128528 1 0.4920 0.4609 0.644 0.000 0.048 0.000 0.308
#> GSM128531 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM128532 4 0.0404 0.9396 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM128535 1 0.0324 0.7795 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0324 0.7795 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.4289 0.6449 0.804 0.000 0.048 0.108 0.040
#> GSM128544 1 0.4218 0.6436 0.808 0.000 0.044 0.108 0.040
#> GSM128559 1 0.2095 0.7748 0.920 0.012 0.008 0.000 0.060
#> GSM128560 1 0.2162 0.7739 0.916 0.012 0.008 0.000 0.064
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 2 0.2052 0.77490 0.000 0.912 0.000 0.028 0.004 0.056
#> GSM82314 2 0.2052 0.77490 0.000 0.912 0.000 0.028 0.004 0.056
#> GSM82331 5 0.2316 0.64622 0.004 0.004 0.064 0.000 0.900 0.028
#> GSM82338 5 0.2082 0.64508 0.004 0.004 0.040 0.000 0.916 0.036
#> GSM82315 5 0.7254 -0.23831 0.000 0.272 0.056 0.316 0.344 0.012
#> GSM82316 5 0.7230 -0.13640 0.000 0.268 0.056 0.256 0.404 0.016
#> GSM82350 5 0.5733 0.49218 0.340 0.000 0.084 0.000 0.540 0.036
#> GSM82368 5 0.6069 0.49272 0.332 0.000 0.116 0.000 0.512 0.040
#> GSM82328 2 0.0146 0.79830 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82340 2 0.0146 0.79830 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128565 5 0.4081 0.64609 0.208 0.000 0.012 0.000 0.740 0.040
#> GSM128566 5 0.4081 0.64609 0.208 0.000 0.012 0.000 0.740 0.040
#> GSM82329 5 0.4390 0.48054 0.004 0.000 0.272 0.000 0.676 0.048
#> GSM82341 5 0.4449 0.47564 0.004 0.000 0.272 0.000 0.672 0.052
#> GSM128569 5 0.4360 0.65775 0.160 0.004 0.024 0.004 0.760 0.048
#> GSM128570 5 0.4360 0.65775 0.160 0.004 0.024 0.004 0.760 0.048
#> GSM128573 5 0.5238 0.38709 0.000 0.004 0.340 0.000 0.560 0.096
#> GSM128574 5 0.5238 0.38709 0.000 0.004 0.340 0.000 0.560 0.096
#> GSM82295 5 0.4174 0.61537 0.000 0.032 0.008 0.116 0.788 0.056
#> GSM82296 5 0.4174 0.61537 0.000 0.032 0.008 0.116 0.788 0.056
#> GSM82337 3 0.3652 0.44807 0.004 0.004 0.804 0.000 0.124 0.064
#> GSM82379 3 0.3633 0.45849 0.008 0.004 0.812 0.000 0.112 0.064
#> GSM82285 5 0.5059 0.62803 0.172 0.000 0.120 0.000 0.684 0.024
#> GSM82286 5 0.5059 0.62803 0.172 0.000 0.120 0.000 0.684 0.024
#> GSM82287 5 0.4180 0.65620 0.184 0.004 0.012 0.004 0.756 0.040
#> GSM82288 5 0.4237 0.65643 0.180 0.004 0.016 0.004 0.756 0.040
#> GSM82311 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82375 5 0.0909 0.64868 0.000 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> GSM82376 5 0.1003 0.64742 0.000 0.000 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM82307 4 0.4502 0.35250 0.000 0.428 0.012 0.548 0.004 0.008
#> GSM82308 4 0.4400 0.38151 0.000 0.420 0.008 0.560 0.004 0.008
#> GSM128585 5 0.1245 0.65297 0.000 0.000 0.016 0.000 0.952 0.032
#> GSM128586 5 0.1245 0.65297 0.000 0.000 0.016 0.000 0.952 0.032
#> GSM128593 1 0.0622 0.75058 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM128594 1 0.0405 0.75190 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM128597 5 0.5872 0.59120 0.184 0.000 0.152 0.000 0.612 0.052
#> GSM128598 5 0.5902 0.58844 0.184 0.000 0.156 0.000 0.608 0.052
#> GSM128601 5 0.0748 0.64677 0.000 0.004 0.004 0.000 0.976 0.016
#> GSM128602 5 0.0862 0.64557 0.000 0.004 0.008 0.000 0.972 0.016
#> GSM82348 2 0.3471 0.76376 0.008 0.844 0.016 0.064 0.004 0.064
#> GSM82366 2 0.3528 0.76008 0.008 0.840 0.016 0.068 0.004 0.064
#> GSM82322 5 0.2250 0.62707 0.000 0.000 0.092 0.000 0.888 0.020
#> GSM82352 5 0.2510 0.61726 0.000 0.000 0.100 0.000 0.872 0.028
#> GSM82332 2 0.2450 0.80834 0.004 0.900 0.048 0.000 0.032 0.016
#> GSM82357 2 0.2450 0.80834 0.004 0.900 0.048 0.000 0.032 0.016
#> GSM82354 5 0.6168 0.42545 0.340 0.000 0.188 0.000 0.456 0.016
#> GSM82372 5 0.6148 0.43204 0.340 0.000 0.184 0.000 0.460 0.016
#> GSM82343 2 0.0146 0.79830 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82362 2 0.0146 0.79830 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128567 2 0.0291 0.80031 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM128568 2 0.0291 0.80031 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM82355 5 0.5142 0.27205 0.000 0.000 0.224 0.000 0.620 0.156
#> GSM82358 5 0.5173 0.25890 0.000 0.000 0.224 0.000 0.616 0.160
#> GSM128571 5 0.4703 0.63221 0.012 0.076 0.020 0.064 0.780 0.048
#> GSM128572 5 0.4681 0.63618 0.016 0.080 0.024 0.056 0.784 0.040
#> GSM128575 3 0.3196 0.33087 0.000 0.004 0.836 0.000 0.096 0.064
#> GSM128576 3 0.3196 0.33087 0.000 0.004 0.836 0.000 0.096 0.064
#> GSM82324 5 0.4201 0.61546 0.000 0.036 0.008 0.112 0.788 0.056
#> GSM82326 5 0.4201 0.61546 0.000 0.036 0.008 0.112 0.788 0.056
#> GSM82344 3 0.2853 0.45413 0.012 0.000 0.868 0.000 0.048 0.072
#> GSM82363 3 0.2853 0.45413 0.012 0.000 0.868 0.000 0.048 0.072
#> GSM82293 5 0.3377 0.65349 0.036 0.004 0.104 0.000 0.836 0.020
#> GSM82294 5 0.3330 0.65385 0.036 0.004 0.100 0.000 0.840 0.020
#> GSM82297 5 0.5610 0.58286 0.176 0.000 0.184 0.000 0.616 0.024
#> GSM82298 5 0.5610 0.58286 0.176 0.000 0.184 0.000 0.616 0.024
#> GSM82373 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82377 5 0.7063 0.28965 0.288 0.036 0.060 0.000 0.484 0.132
#> GSM82378 5 0.7228 0.30302 0.276 0.044 0.068 0.000 0.480 0.132
#> GSM82309 5 0.5436 0.54507 0.004 0.060 0.004 0.220 0.660 0.052
#> GSM82310 5 0.5427 0.53946 0.004 0.060 0.004 0.228 0.656 0.048
#> GSM128587 5 0.1720 0.65294 0.000 0.000 0.032 0.000 0.928 0.040
#> GSM128588 5 0.1564 0.65247 0.000 0.000 0.024 0.000 0.936 0.040
#> GSM128595 1 0.0260 0.75246 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128596 1 0.0260 0.75246 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128599 5 0.7321 0.52433 0.100 0.072 0.196 0.000 0.528 0.104
#> GSM128600 5 0.7326 0.52859 0.108 0.068 0.192 0.000 0.528 0.104
#> GSM128603 5 0.0820 0.64707 0.000 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016
#> GSM128604 5 0.0725 0.64719 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> GSM82284 2 0.4328 0.71889 0.000 0.764 0.132 0.000 0.068 0.036
#> GSM82321 2 0.4029 0.73987 0.000 0.784 0.124 0.000 0.068 0.024
#> GSM82342 3 0.2393 0.40488 0.000 0.004 0.884 0.000 0.092 0.020
#> GSM82361 3 0.2492 0.39977 0.000 0.004 0.876 0.000 0.100 0.020
#> GSM82351 6 0.5740 0.98162 0.000 0.004 0.316 0.000 0.168 0.512
#> GSM82371 6 0.5740 0.98162 0.000 0.004 0.316 0.000 0.168 0.512
#> GSM82330 5 0.5666 0.47215 0.160 0.000 0.308 0.000 0.528 0.004
#> GSM82336 5 0.5674 0.45430 0.156 0.000 0.320 0.000 0.520 0.004
#> GSM128492 5 0.4375 0.66017 0.128 0.000 0.080 0.000 0.760 0.032
#> GSM128493 5 0.4344 0.66256 0.120 0.000 0.084 0.000 0.764 0.032
#> GSM82323 2 0.6730 0.33260 0.000 0.528 0.128 0.000 0.176 0.168
#> GSM82353 2 0.6887 0.26793 0.000 0.504 0.136 0.000 0.180 0.180
#> GSM82317 5 0.6251 0.38862 0.004 0.180 0.112 0.004 0.608 0.092
#> GSM82318 5 0.6212 0.40954 0.004 0.164 0.120 0.004 0.616 0.092
#> GSM128496 3 0.6079 0.00443 0.228 0.000 0.428 0.000 0.340 0.004
#> GSM128497 3 0.5900 0.23059 0.212 0.000 0.496 0.000 0.288 0.004
#> GSM82319 5 0.3245 0.58155 0.000 0.000 0.172 0.000 0.800 0.028
#> GSM82320 5 0.3053 0.59066 0.000 0.000 0.168 0.000 0.812 0.020
#> GSM128504 5 0.5122 0.64687 0.052 0.080 0.024 0.020 0.756 0.068
#> GSM128505 5 0.5122 0.64687 0.052 0.080 0.024 0.020 0.756 0.068
#> GSM128509 5 0.4426 0.48594 0.004 0.004 0.264 0.000 0.684 0.044
#> GSM128510 5 0.4337 0.49761 0.004 0.004 0.248 0.000 0.700 0.044
#> GSM82325 3 0.3603 0.46548 0.112 0.000 0.808 0.000 0.008 0.072
#> GSM82327 3 0.3603 0.46548 0.112 0.000 0.808 0.000 0.008 0.072
#> GSM82289 1 0.4077 0.27869 0.660 0.000 0.008 0.000 0.320 0.012
#> GSM82291 1 0.4418 0.10037 0.604 0.000 0.012 0.000 0.368 0.016
#> GSM82290 4 0.3879 0.76012 0.000 0.176 0.008 0.772 0.040 0.004
#> GSM82292 4 0.2631 0.82183 0.000 0.124 0.008 0.860 0.004 0.004
#> GSM128525 1 0.0260 0.75127 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0260 0.75127 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0146 0.75296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128534 1 0.0146 0.75296 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128541 1 0.4057 0.61309 0.772 0.000 0.004 0.048 0.016 0.160
#> GSM128542 1 0.4057 0.61309 0.772 0.000 0.004 0.048 0.016 0.160
#> GSM128557 2 0.4205 0.78912 0.008 0.812 0.048 0.020 0.048 0.064
#> GSM128558 2 0.4141 0.79036 0.008 0.816 0.044 0.020 0.048 0.064
#> GSM82349 2 0.3875 0.75238 0.000 0.796 0.120 0.000 0.060 0.024
#> GSM82367 2 0.3875 0.75238 0.000 0.796 0.120 0.000 0.060 0.024
#> GSM82346 3 0.2278 0.43320 0.000 0.004 0.900 0.000 0.052 0.044
#> GSM82364 3 0.2408 0.43349 0.000 0.004 0.892 0.000 0.052 0.052
#> GSM82345 6 0.5729 0.98186 0.000 0.004 0.312 0.000 0.168 0.516
#> GSM82360 6 0.5729 0.98186 0.000 0.004 0.312 0.000 0.168 0.516
#> GSM82335 5 0.5737 0.23923 0.144 0.000 0.416 0.000 0.436 0.004
#> GSM82339 3 0.5897 0.12443 0.136 0.000 0.516 0.000 0.328 0.020
#> GSM128494 3 0.5712 -0.17247 0.140 0.000 0.440 0.000 0.416 0.004
#> GSM128495 3 0.5536 0.23604 0.140 0.000 0.544 0.000 0.312 0.004
#> GSM82356 2 0.7094 0.13470 0.000 0.468 0.148 0.000 0.204 0.180
#> GSM82359 2 0.7081 0.14442 0.000 0.472 0.152 0.000 0.196 0.180
#> GSM82347 5 0.6181 0.41433 0.024 0.052 0.304 0.000 0.556 0.064
#> GSM82365 5 0.6339 0.42348 0.032 0.056 0.296 0.000 0.552 0.064
#> GSM128498 3 0.5611 0.33178 0.200 0.000 0.580 0.000 0.212 0.008
#> GSM128499 3 0.5990 0.24247 0.224 0.000 0.500 0.000 0.268 0.008
#> GSM82333 3 0.3930 0.22667 0.000 0.004 0.768 0.000 0.156 0.072
#> GSM82369 3 0.3930 0.22667 0.000 0.004 0.768 0.000 0.156 0.072
#> GSM128506 2 0.0717 0.79465 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM128507 2 0.0717 0.79465 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM128511 2 0.3380 0.77702 0.000 0.832 0.096 0.000 0.056 0.016
#> GSM128512 2 0.3380 0.77702 0.000 0.832 0.096 0.000 0.056 0.016
#> GSM82334 3 0.3369 0.47324 0.084 0.000 0.832 0.000 0.012 0.072
#> GSM82370 3 0.3419 0.47288 0.088 0.000 0.828 0.000 0.012 0.072
#> GSM82305 1 0.6320 -0.11835 0.452 0.020 0.020 0.000 0.392 0.116
#> GSM82306 1 0.6320 -0.11835 0.452 0.020 0.020 0.000 0.392 0.116
#> GSM82303 4 0.2989 0.80750 0.000 0.160 0.008 0.824 0.004 0.004
#> GSM82304 4 0.2989 0.80750 0.000 0.160 0.008 0.824 0.004 0.004
#> GSM128527 5 0.5451 0.32800 0.440 0.000 0.068 0.000 0.472 0.020
#> GSM128528 5 0.5408 0.32146 0.444 0.000 0.064 0.000 0.472 0.020
#> GSM128531 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 4 0.0000 0.85893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0260 0.75127 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0260 0.75127 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.4057 0.61309 0.772 0.000 0.004 0.048 0.016 0.160
#> GSM128544 1 0.4057 0.61309 0.772 0.000 0.004 0.048 0.016 0.160
#> GSM128559 1 0.4197 0.60628 0.764 0.008 0.008 0.000 0.152 0.068
#> GSM128560 1 0.4268 0.59730 0.756 0.008 0.008 0.000 0.160 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> CV:mclust 151 1.00e+00 0.960 4.09e-12 2
#> CV:mclust 130 6.19e-03 0.288 7.99e-19 3
#> CV:mclust 119 1.80e-06 0.032 1.67e-23 4
#> CV:mclust 124 6.25e-07 0.140 1.65e-34 5
#> CV:mclust 98 3.85e-06 0.549 4.28e-30 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.440 0.802 0.873 0.4858 0.515 0.515
#> 3 3 0.638 0.746 0.891 0.3729 0.693 0.468
#> 4 4 0.727 0.791 0.897 0.1197 0.775 0.445
#> 5 5 0.714 0.688 0.845 0.0708 0.882 0.585
#> 6 6 0.719 0.628 0.785 0.0401 0.898 0.564
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> GSM82314 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> GSM82331 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82338 2 0.0376 0.865 0.004 0.996
#> GSM82315 1 0.1184 0.871 0.984 0.016
#> GSM82316 1 0.1843 0.870 0.972 0.028
#> GSM82350 2 0.6148 0.850 0.152 0.848
#> GSM82368 2 0.6048 0.851 0.148 0.852
#> GSM82328 1 0.6048 0.831 0.852 0.148
#> GSM82340 1 0.6048 0.831 0.852 0.148
#> GSM128565 2 0.7139 0.833 0.196 0.804
#> GSM128566 2 0.7139 0.833 0.196 0.804
#> GSM82329 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82341 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM128569 2 0.9833 0.449 0.424 0.576
#> GSM128570 2 0.9393 0.566 0.356 0.644
#> GSM128573 2 0.4161 0.864 0.084 0.916
#> GSM128574 2 0.2423 0.867 0.040 0.960
#> GSM82295 1 0.0938 0.866 0.988 0.012
#> GSM82296 1 0.0938 0.866 0.988 0.012
#> GSM82337 2 0.1184 0.865 0.016 0.984
#> GSM82379 2 0.0672 0.865 0.008 0.992
#> GSM82285 2 0.6048 0.851 0.148 0.852
#> GSM82286 2 0.6438 0.847 0.164 0.836
#> GSM82287 1 0.0672 0.867 0.992 0.008
#> GSM82288 1 0.0672 0.867 0.992 0.008
#> GSM82311 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM82312 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM82375 1 0.0938 0.871 0.988 0.012
#> GSM82376 1 0.0672 0.869 0.992 0.008
#> GSM82307 1 0.0376 0.870 0.996 0.004
#> GSM82308 1 0.0376 0.870 0.996 0.004
#> GSM128585 2 0.7056 0.836 0.192 0.808
#> GSM128586 2 0.7056 0.836 0.192 0.808
#> GSM128593 2 0.8016 0.793 0.244 0.756
#> GSM128594 2 0.8144 0.785 0.252 0.748
#> GSM128597 2 0.7139 0.833 0.196 0.804
#> GSM128598 2 0.7139 0.833 0.196 0.804
#> GSM128601 2 0.8555 0.753 0.280 0.720
#> GSM128602 2 0.8499 0.758 0.276 0.724
#> GSM82348 1 0.5842 0.835 0.860 0.140
#> GSM82366 1 0.5294 0.844 0.880 0.120
#> GSM82322 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82352 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82332 1 0.6247 0.826 0.844 0.156
#> GSM82357 1 0.6247 0.826 0.844 0.156
#> GSM82354 2 0.2043 0.866 0.032 0.968
#> GSM82372 2 0.3879 0.863 0.076 0.924
#> GSM82343 1 0.6247 0.826 0.844 0.156
#> GSM82362 1 0.6148 0.829 0.848 0.152
#> GSM128567 1 0.6343 0.823 0.840 0.160
#> GSM128568 1 0.6343 0.823 0.840 0.160
#> GSM82355 2 0.0938 0.859 0.012 0.988
#> GSM82358 2 0.0938 0.859 0.012 0.988
#> GSM128571 1 0.6247 0.826 0.844 0.156
#> GSM128572 1 0.6887 0.806 0.816 0.184
#> GSM128575 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM128576 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82324 1 0.1414 0.863 0.980 0.020
#> GSM82326 1 0.1414 0.864 0.980 0.020
#> GSM82344 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82363 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82293 2 0.5946 0.855 0.144 0.856
#> GSM82294 2 0.6438 0.849 0.164 0.836
#> GSM82297 2 0.6623 0.845 0.172 0.828
#> GSM82298 2 0.6438 0.847 0.164 0.836
#> GSM82373 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM82374 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM82377 2 0.7602 0.817 0.220 0.780
#> GSM82378 2 0.7299 0.830 0.204 0.796
#> GSM82309 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM82310 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM128587 2 0.7139 0.833 0.196 0.804
#> GSM128588 2 0.7056 0.836 0.192 0.808
#> GSM128595 2 0.7056 0.836 0.192 0.808
#> GSM128596 2 0.7139 0.833 0.196 0.804
#> GSM128599 1 0.9209 0.577 0.664 0.336
#> GSM128600 1 0.9129 0.505 0.672 0.328
#> GSM128603 1 0.9661 0.190 0.608 0.392
#> GSM128604 1 0.8763 0.485 0.704 0.296
#> GSM82284 2 0.8909 0.400 0.308 0.692
#> GSM82321 2 0.8909 0.400 0.308 0.692
#> GSM82342 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82361 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82351 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> GSM82371 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> GSM82330 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82336 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM128492 2 0.6247 0.849 0.156 0.844
#> GSM128493 2 0.6247 0.849 0.156 0.844
#> GSM82323 1 0.9393 0.624 0.644 0.356
#> GSM82353 1 0.9491 0.605 0.632 0.368
#> GSM82317 1 0.2043 0.869 0.968 0.032
#> GSM82318 1 0.2236 0.869 0.964 0.036
#> GSM128496 2 0.0376 0.865 0.004 0.996
#> GSM128497 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82319 2 0.0938 0.865 0.012 0.988
#> GSM82320 2 0.2236 0.867 0.036 0.964
#> GSM128504 1 0.1184 0.865 0.984 0.016
#> GSM128505 1 0.1414 0.863 0.980 0.020
#> GSM128509 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM128510 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82325 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82327 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82289 2 0.6887 0.839 0.184 0.816
#> GSM82291 2 0.6438 0.847 0.164 0.836
#> GSM82290 1 0.3879 0.859 0.924 0.076
#> GSM82292 1 0.0938 0.871 0.988 0.012
#> GSM128525 2 0.6623 0.844 0.172 0.828
#> GSM128526 2 0.6623 0.844 0.172 0.828
#> GSM128529 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM128530 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM128533 2 0.6623 0.844 0.172 0.828
#> GSM128534 2 0.6623 0.844 0.172 0.828
#> GSM128541 2 0.7528 0.819 0.216 0.784
#> GSM128542 2 0.7528 0.819 0.216 0.784
#> GSM128557 1 0.5408 0.843 0.876 0.124
#> GSM128558 1 0.4815 0.850 0.896 0.104
#> GSM82349 1 0.9983 0.368 0.524 0.476
#> GSM82367 1 0.9833 0.495 0.576 0.424
#> GSM82346 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82364 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82345 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> GSM82360 2 0.0672 0.862 0.008 0.992
#> GSM82335 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82339 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM128494 2 0.0672 0.865 0.008 0.992
#> GSM128495 2 0.0376 0.865 0.004 0.996
#> GSM82356 2 0.9044 0.361 0.320 0.680
#> GSM82359 2 0.8327 0.511 0.264 0.736
#> GSM82347 2 0.9998 -0.284 0.492 0.508
#> GSM82365 1 0.9983 0.367 0.524 0.476
#> GSM128498 2 0.1843 0.866 0.028 0.972
#> GSM128499 2 0.2948 0.866 0.052 0.948
#> GSM82333 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82369 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM128506 1 0.6048 0.831 0.852 0.148
#> GSM128507 1 0.6048 0.831 0.852 0.148
#> GSM128511 1 0.6438 0.820 0.836 0.164
#> GSM128512 1 0.6801 0.811 0.820 0.180
#> GSM82334 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82370 2 0.0376 0.864 0.004 0.996
#> GSM82305 1 0.8144 0.582 0.748 0.252
#> GSM82306 1 0.8144 0.582 0.748 0.252
#> GSM82303 1 0.1414 0.871 0.980 0.020
#> GSM82304 1 0.1184 0.871 0.984 0.016
#> GSM128527 2 0.7376 0.825 0.208 0.792
#> GSM128528 2 0.7528 0.819 0.216 0.784
#> GSM128531 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM128532 1 0.0376 0.868 0.996 0.004
#> GSM128535 2 0.6343 0.848 0.160 0.840
#> GSM128536 2 0.6343 0.848 0.160 0.840
#> GSM128543 2 0.8386 0.768 0.268 0.732
#> GSM128544 2 0.8608 0.749 0.284 0.716
#> GSM128559 1 0.1414 0.863 0.980 0.020
#> GSM128560 1 0.1184 0.865 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82314 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82331 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82315 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82316 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82350 1 0.1860 0.8061 0.948 0.000 0.052
#> GSM82368 1 0.4605 0.6345 0.796 0.000 0.204
#> GSM82328 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82341 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128569 1 0.6495 0.6972 0.740 0.200 0.060
#> GSM128570 3 0.9484 0.1316 0.328 0.200 0.472
#> GSM128573 3 0.3192 0.7878 0.112 0.000 0.888
#> GSM128574 3 0.1289 0.8575 0.032 0.000 0.968
#> GSM82295 1 0.5988 0.4979 0.632 0.368 0.000
#> GSM82296 1 0.5988 0.4979 0.632 0.368 0.000
#> GSM82337 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82285 3 0.6215 0.3347 0.428 0.000 0.572
#> GSM82286 1 0.3267 0.7605 0.884 0.000 0.116
#> GSM82287 1 0.4887 0.6883 0.772 0.228 0.000
#> GSM82288 1 0.4842 0.6923 0.776 0.224 0.000
#> GSM82311 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82312 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82375 2 0.5465 0.4891 0.288 0.712 0.000
#> GSM82376 1 0.6267 0.3208 0.548 0.452 0.000
#> GSM82307 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82308 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.4702 0.6858 0.788 0.000 0.212
#> GSM128586 1 0.4605 0.6943 0.796 0.000 0.204
#> GSM128593 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.6330 0.3758 0.600 0.004 0.396
#> GSM128602 1 0.6330 0.3758 0.600 0.004 0.396
#> GSM82348 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 1 0.6307 -0.0988 0.512 0.000 0.488
#> GSM82372 1 0.6111 0.2125 0.604 0.000 0.396
#> GSM82343 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128572 2 0.3412 0.8062 0.000 0.876 0.124
#> GSM128575 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 1 0.6225 0.3710 0.568 0.432 0.000
#> GSM82326 1 0.6180 0.4068 0.584 0.416 0.000
#> GSM82344 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82293 3 0.3038 0.7962 0.104 0.000 0.896
#> GSM82294 3 0.4346 0.6989 0.184 0.000 0.816
#> GSM82297 1 0.0237 0.8382 0.996 0.000 0.004
#> GSM82298 1 0.1529 0.8202 0.960 0.000 0.040
#> GSM82373 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82374 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM82309 1 0.6180 0.4072 0.584 0.416 0.000
#> GSM82310 1 0.6180 0.4072 0.584 0.416 0.000
#> GSM128587 1 0.4555 0.6985 0.800 0.000 0.200
#> GSM128588 1 0.4555 0.6985 0.800 0.000 0.200
#> GSM128595 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.5269 0.6952 0.200 0.784 0.016
#> GSM128600 2 0.5977 0.6287 0.252 0.728 0.020
#> GSM128603 1 0.7896 0.4694 0.600 0.076 0.324
#> GSM128604 1 0.8518 0.3688 0.540 0.104 0.356
#> GSM82284 3 0.5988 0.3710 0.000 0.368 0.632
#> GSM82321 3 0.5988 0.3709 0.000 0.368 0.632
#> GSM82342 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82330 3 0.3267 0.7989 0.116 0.000 0.884
#> GSM82336 3 0.2261 0.8383 0.068 0.000 0.932
#> GSM128492 3 0.6302 -0.0287 0.480 0.000 0.520
#> GSM128493 3 0.6244 0.1170 0.440 0.000 0.560
#> GSM82323 2 0.6309 0.0258 0.000 0.504 0.496
#> GSM82353 3 0.6192 0.2302 0.000 0.420 0.580
#> GSM82317 2 0.3116 0.8240 0.000 0.892 0.108
#> GSM82318 2 0.1964 0.8690 0.000 0.944 0.056
#> GSM128496 3 0.6126 0.3860 0.400 0.000 0.600
#> GSM128497 3 0.5733 0.5333 0.324 0.000 0.676
#> GSM82319 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.4555 0.7143 0.800 0.200 0.000
#> GSM128505 1 0.4555 0.7143 0.800 0.200 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.3482 0.7867 0.128 0.000 0.872
#> GSM82327 3 0.2959 0.8127 0.100 0.000 0.900
#> GSM82289 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM82290 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82292 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128525 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128529 2 0.2959 0.8191 0.100 0.900 0.000
#> GSM128530 2 0.2796 0.8281 0.092 0.908 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.6291 0.1248 0.000 0.532 0.468
#> GSM82367 2 0.6252 0.1999 0.000 0.556 0.444
#> GSM82346 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82335 3 0.0424 0.8734 0.008 0.000 0.992
#> GSM82339 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128494 3 0.0237 0.8754 0.004 0.000 0.996
#> GSM128495 3 0.0237 0.8754 0.004 0.000 0.996
#> GSM82356 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82359 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82347 3 0.4931 0.6472 0.000 0.232 0.768
#> GSM82365 3 0.5733 0.4801 0.000 0.324 0.676
#> GSM128498 3 0.5859 0.4981 0.344 0.000 0.656
#> GSM128499 3 0.6062 0.4198 0.384 0.000 0.616
#> GSM82333 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.4555 0.7116 0.000 0.800 0.200
#> GSM128512 2 0.4605 0.7061 0.000 0.796 0.204
#> GSM82334 3 0.2066 0.8433 0.060 0.000 0.940
#> GSM82370 3 0.2448 0.8321 0.076 0.000 0.924
#> GSM82305 1 0.0237 0.8384 0.996 0.004 0.000
#> GSM82306 1 0.0747 0.8338 0.984 0.016 0.000
#> GSM82303 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM82304 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 2 0.3551 0.7781 0.132 0.868 0.000
#> GSM128532 2 0.2066 0.8601 0.060 0.940 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 2 0.0188 0.9104 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82314 2 0.0188 0.9104 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82331 3 0.3982 0.7070 0.004 0.000 0.776 0.220
#> GSM82338 3 0.4428 0.6116 0.004 0.000 0.720 0.276
#> GSM82315 4 0.4643 0.5498 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM82316 4 0.4996 0.2212 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM82350 1 0.4318 0.7701 0.816 0.000 0.116 0.068
#> GSM82368 1 0.4781 0.6759 0.752 0.000 0.212 0.036
#> GSM82328 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.3219 0.7458 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM128566 4 0.3400 0.7308 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM82329 3 0.0188 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82341 3 0.0188 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM128569 4 0.0376 0.8309 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM128570 4 0.0376 0.8309 0.004 0.004 0.000 0.992
#> GSM128573 1 0.4998 0.0178 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM128574 3 0.4961 0.1632 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM82295 4 0.0895 0.8320 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM82296 4 0.0779 0.8320 0.004 0.016 0.000 0.980
#> GSM82337 3 0.0592 0.9077 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82379 3 0.1637 0.8776 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM82285 4 0.5655 0.6989 0.144 0.004 0.120 0.732
#> GSM82286 4 0.4405 0.7410 0.152 0.000 0.048 0.800
#> GSM82287 4 0.0657 0.8315 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM82288 4 0.0657 0.8315 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM82311 4 0.1716 0.8258 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM82312 4 0.1716 0.8258 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM82375 4 0.1576 0.8297 0.000 0.048 0.004 0.948
#> GSM82376 4 0.1576 0.8292 0.004 0.048 0.000 0.948
#> GSM82307 2 0.1302 0.8911 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM82308 2 0.1389 0.8886 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM128585 4 0.3247 0.8148 0.060 0.000 0.060 0.880
#> GSM128586 4 0.3320 0.8124 0.068 0.000 0.056 0.876
#> GSM128593 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0188 0.9009 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128598 1 0.0188 0.9009 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128601 4 0.3217 0.8024 0.012 0.000 0.128 0.860
#> GSM128602 4 0.3271 0.8005 0.012 0.000 0.132 0.856
#> GSM82348 2 0.0188 0.9104 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82366 2 0.0188 0.9104 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82322 3 0.0707 0.9076 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM82352 3 0.0336 0.9123 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82332 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82354 1 0.4767 0.6181 0.724 0.000 0.256 0.020
#> GSM82372 1 0.4245 0.7079 0.784 0.000 0.196 0.020
#> GSM82343 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0336 0.9095 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128568 2 0.0336 0.9095 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82355 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 4 0.0817 0.8321 0.000 0.024 0.000 0.976
#> GSM128572 4 0.3862 0.7506 0.000 0.024 0.152 0.824
#> GSM128575 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 4 0.0707 0.8321 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM82326 4 0.0707 0.8321 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM82344 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82293 4 0.4872 0.5070 0.000 0.004 0.356 0.640
#> GSM82294 4 0.4741 0.5603 0.000 0.004 0.328 0.668
#> GSM82297 4 0.7067 0.4402 0.288 0.000 0.160 0.552
#> GSM82298 4 0.7530 0.3108 0.212 0.000 0.308 0.480
#> GSM82373 4 0.1637 0.8264 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM82374 4 0.1637 0.8264 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM82377 1 0.0336 0.8992 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82378 1 0.0336 0.8992 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82309 4 0.1661 0.8283 0.004 0.052 0.000 0.944
#> GSM82310 4 0.1661 0.8283 0.004 0.052 0.000 0.944
#> GSM128587 4 0.6078 0.5076 0.312 0.000 0.068 0.620
#> GSM128588 4 0.5951 0.5325 0.300 0.000 0.064 0.636
#> GSM128595 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.5326 0.3688 0.380 0.604 0.000 0.016
#> GSM128600 1 0.5409 -0.0702 0.496 0.492 0.000 0.012
#> GSM128603 4 0.4599 0.7621 0.032 0.004 0.184 0.780
#> GSM128604 4 0.4666 0.7485 0.028 0.004 0.200 0.768
#> GSM82284 2 0.4331 0.6347 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM82321 2 0.4072 0.6942 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM82342 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 3 0.3279 0.8312 0.096 0.000 0.872 0.032
#> GSM82336 3 0.2214 0.8791 0.044 0.000 0.928 0.028
#> GSM128492 4 0.4699 0.5675 0.004 0.000 0.320 0.676
#> GSM128493 4 0.4781 0.5385 0.004 0.000 0.336 0.660
#> GSM82323 3 0.4193 0.5822 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM82353 3 0.3219 0.7532 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM82317 2 0.1356 0.9007 0.000 0.960 0.032 0.008
#> GSM82318 2 0.1256 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.008
#> GSM128496 3 0.5273 0.1206 0.456 0.000 0.536 0.008
#> GSM128497 3 0.5268 0.3011 0.396 0.000 0.592 0.012
#> GSM82319 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128504 4 0.0895 0.8316 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM128505 4 0.0895 0.8316 0.004 0.020 0.000 0.976
#> GSM128509 3 0.0188 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM128510 3 0.0188 0.9134 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82325 3 0.3836 0.7513 0.168 0.000 0.816 0.016
#> GSM82327 3 0.3495 0.7873 0.140 0.000 0.844 0.016
#> GSM82289 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82290 2 0.3266 0.7381 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM82292 4 0.4866 0.4316 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM128525 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.2647 0.7974 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM128530 4 0.2647 0.7974 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM128533 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0336 0.8988 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128542 1 0.0336 0.8988 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128557 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9110 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.3907 0.7226 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM82367 2 0.3801 0.7380 0.000 0.780 0.220 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82345 3 0.0188 0.9135 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82360 3 0.0188 0.9135 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82335 3 0.0895 0.9064 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM82339 3 0.0895 0.9064 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM128494 3 0.1743 0.8857 0.004 0.000 0.940 0.056
#> GSM128495 3 0.1743 0.8857 0.004 0.000 0.940 0.056
#> GSM82356 3 0.0188 0.9128 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82359 3 0.0188 0.9128 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82347 2 0.4454 0.5705 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM82365 2 0.3764 0.7250 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM128498 1 0.5132 0.1755 0.548 0.000 0.448 0.004
#> GSM128499 1 0.4643 0.4683 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM82333 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.9142 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0707 0.9065 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM128507 2 0.0707 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM128511 2 0.0921 0.9010 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM128512 2 0.0921 0.9010 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM82334 3 0.3271 0.7996 0.132 0.000 0.856 0.012
#> GSM82370 3 0.3428 0.7857 0.144 0.000 0.844 0.012
#> GSM82305 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82306 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82303 2 0.0469 0.9070 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82304 2 0.0592 0.9048 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM128527 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128531 4 0.2760 0.7923 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM128532 4 0.2589 0.8003 0.000 0.116 0.000 0.884
#> GSM128535 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.1022 0.8808 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM128544 1 0.0921 0.8843 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM128559 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82314 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82331 5 0.3835 0.6785 0.000 0.000 0.156 0.048 0.796
#> GSM82338 5 0.3657 0.6957 0.000 0.000 0.116 0.064 0.820
#> GSM82315 4 0.2605 0.7975 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM82316 4 0.2929 0.7644 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM82350 5 0.4541 0.1605 0.380 0.000 0.008 0.004 0.608
#> GSM82368 5 0.4482 0.1741 0.376 0.000 0.012 0.000 0.612
#> GSM82328 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128565 5 0.3366 0.6491 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM128566 5 0.3480 0.6324 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM82329 3 0.1892 0.8174 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> GSM82341 3 0.1270 0.8384 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM128569 5 0.2020 0.7067 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM128570 5 0.1952 0.7099 0.000 0.000 0.004 0.084 0.912
#> GSM128573 3 0.4743 0.6794 0.120 0.000 0.764 0.096 0.020
#> GSM128574 3 0.4164 0.7255 0.100 0.000 0.808 0.072 0.020
#> GSM82295 5 0.4430 0.2558 0.000 0.004 0.000 0.456 0.540
#> GSM82296 5 0.4430 0.2558 0.000 0.004 0.000 0.456 0.540
#> GSM82337 3 0.0324 0.8575 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM82379 3 0.0566 0.8554 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM82285 5 0.0613 0.7071 0.004 0.000 0.004 0.008 0.984
#> GSM82286 5 0.0566 0.7072 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984
#> GSM82287 5 0.3730 0.5979 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM82288 5 0.3730 0.5979 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM82311 4 0.1357 0.8727 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM82312 4 0.1357 0.8727 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048
#> GSM82375 4 0.1518 0.8716 0.000 0.004 0.004 0.944 0.048
#> GSM82376 4 0.1202 0.8791 0.000 0.004 0.004 0.960 0.032
#> GSM82307 2 0.4126 0.4244 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM82308 2 0.4182 0.3823 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM128585 4 0.1012 0.8787 0.000 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM128586 4 0.1173 0.8780 0.004 0.000 0.020 0.964 0.012
#> GSM128593 1 0.2068 0.8257 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> GSM128594 1 0.2011 0.8276 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> GSM128597 1 0.4761 0.7145 0.728 0.000 0.000 0.168 0.104
#> GSM128598 1 0.4946 0.6997 0.712 0.000 0.000 0.168 0.120
#> GSM128601 4 0.3459 0.7972 0.000 0.000 0.116 0.832 0.052
#> GSM128602 4 0.3575 0.7886 0.000 0.000 0.120 0.824 0.056
#> GSM82348 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0579 0.8557 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM82352 3 0.0451 0.8569 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM82332 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82354 1 0.4811 0.2607 0.528 0.000 0.020 0.000 0.452
#> GSM82372 1 0.4727 0.2670 0.532 0.000 0.016 0.000 0.452
#> GSM82343 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0162 0.8295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128568 2 0.0162 0.8295 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM82355 3 0.0794 0.8511 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM82358 3 0.1043 0.8451 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM128571 5 0.3160 0.6623 0.000 0.004 0.000 0.188 0.808
#> GSM128572 5 0.2818 0.6956 0.000 0.004 0.008 0.128 0.860
#> GSM128575 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128576 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82324 5 0.4251 0.4523 0.000 0.004 0.000 0.372 0.624
#> GSM82326 5 0.4238 0.4575 0.000 0.004 0.000 0.368 0.628
#> GSM82344 3 0.0000 0.8574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.8574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82293 5 0.1704 0.7135 0.000 0.000 0.004 0.068 0.928
#> GSM82294 5 0.1952 0.7143 0.000 0.000 0.004 0.084 0.912
#> GSM82297 5 0.2408 0.7053 0.016 0.000 0.000 0.092 0.892
#> GSM82298 5 0.2304 0.7022 0.020 0.000 0.004 0.068 0.908
#> GSM82373 4 0.1818 0.8744 0.000 0.024 0.000 0.932 0.044
#> GSM82374 4 0.1818 0.8744 0.000 0.024 0.000 0.932 0.044
#> GSM82377 1 0.1270 0.8387 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM82378 1 0.1197 0.8396 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM82309 4 0.2929 0.7742 0.000 0.008 0.000 0.840 0.152
#> GSM82310 4 0.2753 0.7944 0.000 0.008 0.000 0.856 0.136
#> GSM128587 4 0.2548 0.8345 0.072 0.000 0.028 0.896 0.004
#> GSM128588 4 0.2419 0.8421 0.064 0.000 0.028 0.904 0.004
#> GSM128595 1 0.1282 0.8405 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM128596 1 0.1430 0.8391 0.944 0.000 0.000 0.052 0.004
#> GSM128599 2 0.5983 0.5080 0.240 0.632 0.000 0.028 0.100
#> GSM128600 2 0.6342 0.3415 0.320 0.556 0.000 0.032 0.092
#> GSM128603 4 0.4252 0.7128 0.000 0.000 0.172 0.764 0.064
#> GSM128604 4 0.4489 0.6846 0.000 0.000 0.192 0.740 0.068
#> GSM82284 2 0.3246 0.7176 0.000 0.808 0.184 0.000 0.008
#> GSM82321 2 0.3246 0.7176 0.000 0.808 0.184 0.000 0.008
#> GSM82342 3 0.0162 0.8577 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82361 3 0.0162 0.8577 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82351 3 0.0609 0.8519 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82371 3 0.0880 0.8465 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM82330 5 0.4584 0.4024 0.028 0.000 0.312 0.000 0.660
#> GSM82336 5 0.4663 0.2629 0.020 0.000 0.376 0.000 0.604
#> GSM128492 5 0.2127 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM128493 5 0.2127 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM82323 3 0.4030 0.4063 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> GSM82353 3 0.3395 0.6315 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> GSM82317 2 0.5283 0.1650 0.000 0.508 0.048 0.444 0.000
#> GSM82318 2 0.5096 0.1831 0.000 0.520 0.036 0.444 0.000
#> GSM128496 1 0.5959 0.2537 0.500 0.000 0.112 0.000 0.388
#> GSM128497 1 0.6482 0.1577 0.440 0.000 0.188 0.000 0.372
#> GSM82319 3 0.1851 0.8085 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM82320 3 0.1908 0.8050 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM128504 5 0.3876 0.5459 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM128505 5 0.3857 0.5495 0.000 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM128509 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128510 3 0.1792 0.8097 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM82325 3 0.6719 -0.0025 0.248 0.000 0.380 0.000 0.372
#> GSM82327 3 0.6482 0.1100 0.188 0.000 0.440 0.000 0.372
#> GSM82289 1 0.0451 0.8423 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM82291 1 0.0771 0.8398 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM82290 2 0.4593 0.6584 0.000 0.748 0.000 0.128 0.124
#> GSM82292 2 0.6315 -0.0226 0.000 0.448 0.000 0.396 0.156
#> GSM128525 1 0.0162 0.8423 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128526 1 0.0162 0.8423 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128529 4 0.0798 0.8826 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM128530 4 0.0798 0.8826 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> GSM128533 1 0.0162 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128534 1 0.0290 0.8419 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128541 1 0.2648 0.7783 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM128542 1 0.2648 0.7782 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.8306 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.3048 0.7282 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.3010 0.7323 0.000 0.824 0.172 0.000 0.004
#> GSM82346 3 0.0162 0.8577 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82364 3 0.0162 0.8577 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82345 3 0.1121 0.8397 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM82360 3 0.1341 0.8325 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM82335 5 0.4561 -0.0824 0.008 0.000 0.488 0.000 0.504
#> GSM82339 3 0.4219 0.3052 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> GSM128494 5 0.3814 0.4813 0.004 0.000 0.276 0.000 0.720
#> GSM128495 5 0.4101 0.2956 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM82356 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82359 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82347 3 0.4546 0.1210 0.000 0.460 0.532 0.008 0.000
#> GSM82365 2 0.4528 0.1471 0.000 0.548 0.444 0.008 0.000
#> GSM128498 1 0.4584 0.6104 0.716 0.000 0.056 0.000 0.228
#> GSM128499 1 0.3993 0.6542 0.756 0.000 0.028 0.000 0.216
#> GSM82333 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82369 3 0.0162 0.8576 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128506 2 0.2674 0.7594 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM128507 2 0.2719 0.7556 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> GSM128511 2 0.0162 0.8295 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0162 0.8295 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.5972 0.3854 0.152 0.000 0.572 0.000 0.276
#> GSM82370 3 0.6394 0.2725 0.204 0.000 0.504 0.000 0.292
#> GSM82305 1 0.0794 0.8380 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM82306 1 0.1041 0.8358 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> GSM82303 2 0.1638 0.8002 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM82304 2 0.2248 0.7826 0.000 0.900 0.000 0.088 0.012
#> GSM128527 1 0.1608 0.8341 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM128528 1 0.1732 0.8313 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM128531 4 0.0865 0.8828 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM128532 4 0.0703 0.8828 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM128535 1 0.0290 0.8419 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128536 1 0.0290 0.8419 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128543 1 0.3816 0.5761 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM128544 1 0.3796 0.5873 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM128559 1 0.0162 0.8425 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128560 1 0.0162 0.8425 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 2 0.0717 0.8352 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> GSM82314 2 0.0806 0.8334 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> GSM82331 6 0.4751 0.3047 0.000 0.000 0.048 0.024 0.256 0.672
#> GSM82338 6 0.4613 0.3015 0.000 0.000 0.032 0.028 0.264 0.676
#> GSM82315 4 0.4302 0.7285 0.000 0.156 0.000 0.728 0.116 0.000
#> GSM82316 4 0.4349 0.7006 0.000 0.208 0.000 0.708 0.084 0.000
#> GSM82350 6 0.4524 0.2559 0.312 0.000 0.004 0.036 0.004 0.644
#> GSM82368 6 0.4508 0.2635 0.308 0.000 0.004 0.036 0.004 0.648
#> GSM82328 2 0.0146 0.8397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82340 2 0.0146 0.8397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128565 5 0.2822 0.6820 0.000 0.000 0.000 0.040 0.852 0.108
#> GSM128566 5 0.2842 0.6831 0.000 0.000 0.000 0.044 0.852 0.104
#> GSM82329 3 0.1500 0.8720 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012 0.000
#> GSM82341 3 0.1196 0.8809 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> GSM128569 6 0.4745 0.3890 0.000 0.000 0.000 0.136 0.188 0.676
#> GSM128570 6 0.4444 0.3887 0.000 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> GSM128573 5 0.4872 0.5154 0.072 0.000 0.264 0.012 0.652 0.000
#> GSM128574 5 0.4900 0.4980 0.068 0.000 0.280 0.012 0.640 0.000
#> GSM82295 6 0.5611 0.2713 0.000 0.000 0.000 0.364 0.152 0.484
#> GSM82296 6 0.5597 0.2599 0.000 0.000 0.000 0.372 0.148 0.480
#> GSM82337 3 0.0000 0.8895 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82379 3 0.0146 0.8901 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM82285 6 0.3390 0.2481 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM82286 6 0.3371 0.2555 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM82287 5 0.3588 0.6610 0.000 0.000 0.000 0.044 0.776 0.180
#> GSM82288 5 0.3555 0.6627 0.000 0.000 0.000 0.044 0.780 0.176
#> GSM82311 4 0.0820 0.7825 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM82312 4 0.0820 0.7825 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM82375 4 0.2925 0.7742 0.000 0.000 0.060 0.864 0.064 0.012
#> GSM82376 4 0.2501 0.7903 0.000 0.000 0.028 0.888 0.072 0.012
#> GSM82307 4 0.3724 0.6177 0.000 0.268 0.000 0.716 0.012 0.004
#> GSM82308 4 0.3559 0.6552 0.000 0.240 0.000 0.744 0.012 0.004
#> GSM128585 4 0.4260 0.5548 0.008 0.000 0.012 0.644 0.332 0.004
#> GSM128586 4 0.4198 0.5368 0.004 0.000 0.012 0.636 0.344 0.004
#> GSM128593 1 0.4310 0.3379 0.580 0.000 0.000 0.024 0.396 0.000
#> GSM128594 1 0.4319 0.3288 0.576 0.000 0.000 0.024 0.400 0.000
#> GSM128597 5 0.3438 0.6189 0.184 0.000 0.000 0.020 0.788 0.008
#> GSM128598 5 0.3219 0.6311 0.168 0.000 0.000 0.016 0.808 0.008
#> GSM128601 5 0.3516 0.6650 0.004 0.000 0.056 0.112 0.820 0.008
#> GSM128602 5 0.3296 0.6671 0.000 0.000 0.048 0.116 0.828 0.008
#> GSM82348 2 0.0622 0.8365 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM82366 2 0.0717 0.8352 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> GSM82322 3 0.1536 0.8741 0.000 0.000 0.944 0.012 0.024 0.020
#> GSM82352 3 0.0870 0.8869 0.000 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012
#> GSM82332 2 0.0405 0.8394 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM82357 2 0.0551 0.8388 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> GSM82354 6 0.4679 0.0845 0.396 0.000 0.008 0.024 0.004 0.568
#> GSM82372 6 0.4687 0.0759 0.400 0.000 0.008 0.024 0.004 0.564
#> GSM82343 2 0.0146 0.8397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82362 2 0.0146 0.8397 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128567 2 0.0291 0.8393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM128568 2 0.0291 0.8393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM82355 3 0.0993 0.8866 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> GSM82358 3 0.0993 0.8866 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> GSM128571 6 0.4969 0.3910 0.000 0.000 0.000 0.196 0.156 0.648
#> GSM128572 6 0.4734 0.4009 0.000 0.000 0.000 0.168 0.152 0.680
#> GSM128575 3 0.0260 0.8902 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM128576 3 0.0260 0.8902 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82324 6 0.5279 0.3378 0.000 0.000 0.000 0.336 0.116 0.548
#> GSM82326 6 0.5279 0.3378 0.000 0.000 0.000 0.336 0.116 0.548
#> GSM82344 3 0.0146 0.8890 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM82363 3 0.0146 0.8890 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM82293 5 0.4034 0.4712 0.000 0.000 0.004 0.008 0.624 0.364
#> GSM82294 5 0.4062 0.5026 0.000 0.000 0.004 0.012 0.640 0.344
#> GSM82297 5 0.3641 0.6367 0.020 0.000 0.000 0.000 0.732 0.248
#> GSM82298 5 0.3790 0.6229 0.016 0.000 0.004 0.000 0.716 0.264
#> GSM82373 4 0.0862 0.7811 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> GSM82374 4 0.0862 0.7811 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> GSM82377 1 0.1562 0.7993 0.940 0.004 0.000 0.024 0.032 0.000
#> GSM82378 1 0.1485 0.7998 0.944 0.004 0.000 0.024 0.028 0.000
#> GSM82309 4 0.2002 0.7352 0.000 0.004 0.000 0.908 0.012 0.076
#> GSM82310 4 0.1946 0.7388 0.000 0.004 0.000 0.912 0.012 0.072
#> GSM128587 4 0.4875 0.6585 0.068 0.000 0.020 0.688 0.220 0.004
#> GSM128588 4 0.4989 0.6573 0.060 0.000 0.032 0.684 0.220 0.004
#> GSM128595 1 0.3975 0.3614 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392 0.000
#> GSM128596 1 0.4116 0.3032 0.572 0.000 0.000 0.012 0.416 0.000
#> GSM128599 5 0.5259 0.5450 0.076 0.212 0.000 0.000 0.664 0.048
#> GSM128600 5 0.5298 0.5621 0.096 0.184 0.000 0.000 0.672 0.048
#> GSM128603 5 0.3153 0.6853 0.004 0.000 0.036 0.100 0.848 0.012
#> GSM128604 5 0.3222 0.6845 0.004 0.000 0.040 0.100 0.844 0.012
#> GSM82284 2 0.3043 0.7494 0.000 0.832 0.140 0.000 0.008 0.020
#> GSM82321 2 0.2892 0.7534 0.000 0.840 0.136 0.000 0.004 0.020
#> GSM82342 3 0.1610 0.8585 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM82361 3 0.1610 0.8585 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM82351 3 0.2709 0.7719 0.000 0.000 0.848 0.000 0.020 0.132
#> GSM82371 3 0.3102 0.7320 0.000 0.000 0.816 0.000 0.028 0.156
#> GSM82330 6 0.5474 0.3951 0.044 0.000 0.200 0.000 0.108 0.648
#> GSM82336 6 0.5722 0.3793 0.036 0.000 0.268 0.000 0.108 0.588
#> GSM128492 5 0.4356 0.5184 0.000 0.000 0.012 0.012 0.600 0.376
#> GSM128493 5 0.4345 0.5248 0.000 0.000 0.012 0.012 0.604 0.372
#> GSM82323 2 0.4524 0.1790 0.000 0.520 0.452 0.000 0.024 0.004
#> GSM82353 3 0.4305 0.0932 0.000 0.436 0.544 0.000 0.020 0.000
#> GSM82317 2 0.6964 0.0262 0.004 0.432 0.084 0.324 0.156 0.000
#> GSM82318 2 0.6809 0.0816 0.004 0.456 0.072 0.316 0.152 0.000
#> GSM128496 1 0.4714 0.1541 0.508 0.000 0.024 0.000 0.012 0.456
#> GSM128497 1 0.5498 0.0613 0.464 0.000 0.088 0.000 0.012 0.436
#> GSM82319 3 0.0806 0.8872 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> GSM82320 3 0.0806 0.8872 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000
#> GSM128504 6 0.5627 0.3410 0.000 0.004 0.000 0.304 0.156 0.536
#> GSM128505 6 0.5627 0.3410 0.000 0.004 0.000 0.304 0.156 0.536
#> GSM128509 3 0.1285 0.8798 0.000 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM128510 3 0.3017 0.8035 0.000 0.000 0.844 0.000 0.072 0.084
#> GSM82325 6 0.6599 0.3396 0.236 0.000 0.240 0.000 0.048 0.476
#> GSM82327 6 0.6517 0.3667 0.188 0.000 0.280 0.000 0.048 0.484
#> GSM82289 1 0.0363 0.8024 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM82291 1 0.0692 0.8028 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM82290 2 0.5947 0.3243 0.000 0.556 0.000 0.280 0.036 0.128
#> GSM82292 4 0.5757 0.1608 0.000 0.416 0.000 0.476 0.044 0.064
#> GSM128525 1 0.0713 0.8014 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM128526 1 0.0713 0.8014 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM128529 4 0.2615 0.7828 0.000 0.008 0.000 0.852 0.136 0.004
#> GSM128530 4 0.2615 0.7828 0.000 0.008 0.000 0.852 0.136 0.004
#> GSM128533 1 0.0937 0.7960 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM128534 1 0.0937 0.7960 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM128541 1 0.2350 0.7726 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036 0.000
#> GSM128542 1 0.2350 0.7726 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036 0.000
#> GSM128557 2 0.0146 0.8393 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128558 2 0.0146 0.8393 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82349 2 0.2402 0.7617 0.000 0.856 0.140 0.000 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.2278 0.7695 0.000 0.868 0.128 0.000 0.000 0.004
#> GSM82346 3 0.1700 0.8580 0.004 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000
#> GSM82364 3 0.1700 0.8580 0.004 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000
#> GSM82345 3 0.2945 0.7444 0.000 0.000 0.824 0.000 0.020 0.156
#> GSM82360 3 0.3274 0.7195 0.000 0.004 0.804 0.000 0.024 0.168
#> GSM82335 6 0.5507 0.3304 0.024 0.000 0.344 0.000 0.080 0.552
#> GSM82339 6 0.5292 0.2428 0.012 0.000 0.392 0.000 0.072 0.524
#> GSM128494 6 0.5061 0.3607 0.000 0.000 0.252 0.000 0.128 0.620
#> GSM128495 6 0.5192 0.3446 0.000 0.000 0.308 0.000 0.116 0.576
#> GSM82356 3 0.0260 0.8903 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82359 3 0.0260 0.8903 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82347 3 0.4608 0.5540 0.000 0.288 0.656 0.012 0.044 0.000
#> GSM82365 3 0.4768 0.4997 0.000 0.312 0.628 0.012 0.048 0.000
#> GSM128498 1 0.3929 0.5204 0.700 0.000 0.028 0.000 0.000 0.272
#> GSM128499 1 0.3688 0.5569 0.724 0.000 0.020 0.000 0.000 0.256
#> GSM82333 3 0.0146 0.8902 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM82369 3 0.0146 0.8902 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM128506 2 0.6455 0.2949 0.000 0.500 0.000 0.080 0.112 0.308
#> GSM128507 2 0.6211 0.4202 0.000 0.564 0.000 0.076 0.116 0.244
#> GSM128511 2 0.0146 0.8396 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0146 0.8396 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM82334 6 0.6496 0.2293 0.184 0.000 0.364 0.000 0.036 0.416
#> GSM82370 6 0.6589 0.3053 0.244 0.000 0.304 0.000 0.032 0.420
#> GSM82305 1 0.1176 0.7984 0.956 0.024 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM82306 1 0.1633 0.7896 0.932 0.044 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM82303 2 0.2800 0.7577 0.000 0.860 0.000 0.100 0.036 0.004
#> GSM82304 2 0.3072 0.7342 0.000 0.836 0.000 0.124 0.036 0.004
#> GSM128527 1 0.1657 0.7923 0.928 0.000 0.000 0.016 0.056 0.000
#> GSM128528 1 0.1950 0.7871 0.912 0.000 0.000 0.024 0.064 0.000
#> GSM128531 4 0.2592 0.7908 0.000 0.016 0.000 0.864 0.116 0.004
#> GSM128532 4 0.2587 0.7928 0.000 0.020 0.000 0.868 0.108 0.004
#> GSM128535 1 0.1204 0.7893 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM128536 1 0.1204 0.7893 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM128543 1 0.3529 0.6936 0.788 0.000 0.000 0.172 0.036 0.004
#> GSM128544 1 0.3562 0.6905 0.784 0.000 0.000 0.176 0.036 0.004
#> GSM128559 1 0.0862 0.8029 0.972 0.008 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM128560 1 0.0767 0.8033 0.976 0.008 0.000 0.000 0.004 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> CV:NMF 146 3.24e-01 0.661 5.53e-10 2
#> CV:NMF 128 1.44e-01 0.455 2.36e-16 3
#> CV:NMF 144 8.79e-05 0.390 1.73e-29 4
#> CV:NMF 127 3.56e-04 0.173 3.63e-33 5
#> CV:NMF 111 8.57e-07 0.274 1.16e-28 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.204 0.498 0.758 0.4381 0.498 0.498
#> 3 3 0.383 0.550 0.756 0.4646 0.664 0.424
#> 4 4 0.506 0.501 0.716 0.1102 0.793 0.507
#> 5 5 0.666 0.672 0.821 0.0841 0.821 0.481
#> 6 6 0.714 0.630 0.813 0.0294 0.991 0.957
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM82314 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM82331 1 0.8713 0.6199 0.708 0.292
#> GSM82338 1 0.8713 0.6199 0.708 0.292
#> GSM82315 1 0.9988 0.2294 0.520 0.480
#> GSM82316 1 0.9988 0.2294 0.520 0.480
#> GSM82350 1 0.8443 0.6372 0.728 0.272
#> GSM82368 1 0.8443 0.6372 0.728 0.272
#> GSM82328 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.1414 0.7323 0.020 0.980
#> GSM82341 2 0.1414 0.7323 0.020 0.980
#> GSM128569 1 0.8386 0.6380 0.732 0.268
#> GSM128570 1 0.8386 0.6380 0.732 0.268
#> GSM128573 2 0.8861 0.3110 0.304 0.696
#> GSM128574 2 0.8861 0.3110 0.304 0.696
#> GSM82295 1 0.8207 0.6399 0.744 0.256
#> GSM82296 1 0.8207 0.6399 0.744 0.256
#> GSM82337 2 0.4022 0.7069 0.080 0.920
#> GSM82379 2 0.4022 0.7069 0.080 0.920
#> GSM82285 1 0.9775 0.5084 0.588 0.412
#> GSM82286 1 0.9775 0.5084 0.588 0.412
#> GSM82287 1 0.9686 0.5321 0.604 0.396
#> GSM82288 1 0.9686 0.5321 0.604 0.396
#> GSM82311 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM82312 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM82375 2 0.9954 -0.1743 0.460 0.540
#> GSM82376 2 0.9954 -0.1743 0.460 0.540
#> GSM82307 1 0.9998 0.1991 0.508 0.492
#> GSM82308 1 0.9998 0.1991 0.508 0.492
#> GSM128585 1 0.1184 0.6119 0.984 0.016
#> GSM128586 1 0.1184 0.6119 0.984 0.016
#> GSM128593 1 0.8555 0.5744 0.720 0.280
#> GSM128594 1 0.8555 0.5744 0.720 0.280
#> GSM128597 1 0.9933 0.4489 0.548 0.452
#> GSM128598 1 0.9933 0.4489 0.548 0.452
#> GSM128601 1 0.8955 0.6265 0.688 0.312
#> GSM128602 1 0.8955 0.6265 0.688 0.312
#> GSM82348 2 0.9933 -0.0612 0.452 0.548
#> GSM82366 2 0.9933 -0.0612 0.452 0.548
#> GSM82322 1 0.8713 0.6199 0.708 0.292
#> GSM82352 1 0.8713 0.6199 0.708 0.292
#> GSM82332 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.8443 0.6372 0.728 0.272
#> GSM82372 1 0.8443 0.6372 0.728 0.272
#> GSM82343 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.1414 0.7323 0.020 0.980
#> GSM82358 2 0.1414 0.7323 0.020 0.980
#> GSM128571 1 0.8386 0.6380 0.732 0.268
#> GSM128572 1 0.8386 0.6380 0.732 0.268
#> GSM128575 2 0.2423 0.7218 0.040 0.960
#> GSM128576 2 0.2423 0.7218 0.040 0.960
#> GSM82324 1 0.8207 0.6399 0.744 0.256
#> GSM82326 1 0.8207 0.6399 0.744 0.256
#> GSM82344 2 0.4022 0.7069 0.080 0.920
#> GSM82363 2 0.4022 0.7069 0.080 0.920
#> GSM82293 1 0.9775 0.5084 0.588 0.412
#> GSM82294 1 0.9775 0.5084 0.588 0.412
#> GSM82297 1 0.9686 0.5321 0.604 0.396
#> GSM82298 1 0.9686 0.5321 0.604 0.396
#> GSM82373 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM82374 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM82377 1 0.9909 0.3973 0.556 0.444
#> GSM82378 1 0.9909 0.3973 0.556 0.444
#> GSM82309 1 0.9998 0.1991 0.508 0.492
#> GSM82310 1 0.9998 0.1991 0.508 0.492
#> GSM128587 1 0.1184 0.6119 0.984 0.016
#> GSM128588 1 0.1184 0.6119 0.984 0.016
#> GSM128595 1 0.8555 0.5744 0.720 0.280
#> GSM128596 1 0.8555 0.5744 0.720 0.280
#> GSM128599 1 0.9933 0.4489 0.548 0.452
#> GSM128600 1 0.9933 0.4489 0.548 0.452
#> GSM128603 1 0.8955 0.6265 0.688 0.312
#> GSM128604 1 0.8955 0.6265 0.688 0.312
#> GSM82284 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.5059 0.6765 0.112 0.888
#> GSM82361 2 0.5059 0.6765 0.112 0.888
#> GSM82351 2 0.0938 0.7345 0.012 0.988
#> GSM82371 2 0.0938 0.7345 0.012 0.988
#> GSM82330 1 0.9963 0.3615 0.536 0.464
#> GSM82336 1 0.9963 0.3615 0.536 0.464
#> GSM128492 1 0.8144 0.6420 0.748 0.252
#> GSM128493 1 0.8144 0.6420 0.748 0.252
#> GSM82323 2 0.0376 0.7359 0.004 0.996
#> GSM82353 2 0.0376 0.7359 0.004 0.996
#> GSM82317 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128496 1 0.9881 0.4325 0.564 0.436
#> GSM128497 1 0.9881 0.4325 0.564 0.436
#> GSM82319 2 0.3733 0.7119 0.072 0.928
#> GSM82320 2 0.3733 0.7119 0.072 0.928
#> GSM128504 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.8909 0.3595 0.308 0.692
#> GSM128510 2 0.8909 0.3595 0.308 0.692
#> GSM82325 2 0.7453 0.5329 0.212 0.788
#> GSM82327 2 0.7453 0.5329 0.212 0.788
#> GSM82289 1 0.9998 0.1992 0.508 0.492
#> GSM82291 1 0.9998 0.1992 0.508 0.492
#> GSM82290 2 0.9635 0.0105 0.388 0.612
#> GSM82292 2 0.9635 0.0105 0.388 0.612
#> GSM128525 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128529 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM128530 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM128533 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128557 2 0.7219 0.5028 0.200 0.800
#> GSM128558 2 0.7219 0.5028 0.200 0.800
#> GSM82349 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.5059 0.6765 0.112 0.888
#> GSM82364 2 0.5059 0.6765 0.112 0.888
#> GSM82345 2 0.0938 0.7345 0.012 0.988
#> GSM82360 2 0.0938 0.7345 0.012 0.988
#> GSM82335 1 0.9963 0.3615 0.536 0.464
#> GSM82339 1 0.9963 0.3615 0.536 0.464
#> GSM128494 1 0.8144 0.6420 0.748 0.252
#> GSM128495 1 0.8144 0.6420 0.748 0.252
#> GSM82356 2 0.0376 0.7359 0.004 0.996
#> GSM82359 2 0.0376 0.7359 0.004 0.996
#> GSM82347 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.9881 0.4325 0.564 0.436
#> GSM128499 1 0.9881 0.4325 0.564 0.436
#> GSM82333 2 0.3733 0.7119 0.072 0.928
#> GSM82369 2 0.3733 0.7119 0.072 0.928
#> GSM128506 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.7359 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.7453 0.5329 0.212 0.788
#> GSM82370 2 0.7453 0.5329 0.212 0.788
#> GSM82305 1 0.9998 0.1992 0.508 0.492
#> GSM82306 1 0.9998 0.1992 0.508 0.492
#> GSM82303 2 0.9635 0.0105 0.388 0.612
#> GSM82304 2 0.9635 0.0105 0.388 0.612
#> GSM128527 1 0.8016 0.6007 0.756 0.244
#> GSM128528 1 0.8016 0.6007 0.756 0.244
#> GSM128531 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM128532 2 1.0000 -0.1803 0.496 0.504
#> GSM128535 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.6082 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.9996 0.2040 0.512 0.488
#> GSM128560 1 0.9996 0.2040 0.512 0.488
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM82314 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM82331 1 0.5956 0.6552 0.672 0.004 0.324
#> GSM82338 1 0.5956 0.6552 0.672 0.004 0.324
#> GSM82315 2 0.4277 0.6956 0.132 0.852 0.016
#> GSM82316 2 0.4277 0.6956 0.132 0.852 0.016
#> GSM82350 1 0.5785 0.6757 0.696 0.004 0.300
#> GSM82368 1 0.5785 0.6757 0.696 0.004 0.300
#> GSM82328 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM82340 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM128565 1 0.2261 0.6761 0.932 0.068 0.000
#> GSM128566 1 0.2261 0.6761 0.932 0.068 0.000
#> GSM82329 3 0.1399 0.7575 0.004 0.028 0.968
#> GSM82341 3 0.1399 0.7575 0.004 0.028 0.968
#> GSM128569 1 0.5591 0.6727 0.696 0.000 0.304
#> GSM128570 1 0.5591 0.6727 0.696 0.000 0.304
#> GSM128573 2 0.8109 0.3494 0.080 0.568 0.352
#> GSM128574 2 0.8109 0.3494 0.080 0.568 0.352
#> GSM82295 1 0.5690 0.6850 0.708 0.004 0.288
#> GSM82296 1 0.5690 0.6850 0.708 0.004 0.288
#> GSM82337 3 0.1643 0.7487 0.044 0.000 0.956
#> GSM82379 3 0.1643 0.7487 0.044 0.000 0.956
#> GSM82285 2 0.8227 0.2254 0.384 0.536 0.080
#> GSM82286 2 0.8227 0.2254 0.384 0.536 0.080
#> GSM82287 2 0.8261 0.1947 0.396 0.524 0.080
#> GSM82288 2 0.8261 0.1947 0.396 0.524 0.080
#> GSM82311 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM82312 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM82375 2 0.8024 0.5153 0.220 0.648 0.132
#> GSM82376 2 0.8024 0.5153 0.220 0.648 0.132
#> GSM82307 2 0.3340 0.7034 0.120 0.880 0.000
#> GSM82308 2 0.3340 0.7034 0.120 0.880 0.000
#> GSM128585 1 0.3207 0.6643 0.904 0.084 0.012
#> GSM128586 1 0.3207 0.6643 0.904 0.084 0.012
#> GSM128593 1 0.6204 0.0357 0.576 0.424 0.000
#> GSM128594 1 0.6204 0.0357 0.576 0.424 0.000
#> GSM128597 2 0.8592 0.3161 0.332 0.552 0.116
#> GSM128598 2 0.8592 0.3161 0.332 0.552 0.116
#> GSM128601 1 0.8132 0.6433 0.612 0.104 0.284
#> GSM128602 1 0.8132 0.6433 0.612 0.104 0.284
#> GSM82348 2 0.4335 0.7070 0.100 0.864 0.036
#> GSM82366 2 0.4335 0.7070 0.100 0.864 0.036
#> GSM82322 1 0.5956 0.6552 0.672 0.004 0.324
#> GSM82352 1 0.5956 0.6552 0.672 0.004 0.324
#> GSM82332 2 0.7190 0.3271 0.036 0.608 0.356
#> GSM82357 2 0.7190 0.3271 0.036 0.608 0.356
#> GSM82354 1 0.5785 0.6757 0.696 0.004 0.300
#> GSM82372 1 0.5785 0.6757 0.696 0.004 0.300
#> GSM82343 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM82362 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM128567 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM128568 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM82355 3 0.1399 0.7575 0.004 0.028 0.968
#> GSM82358 3 0.1399 0.7575 0.004 0.028 0.968
#> GSM128571 1 0.5591 0.6727 0.696 0.000 0.304
#> GSM128572 1 0.5591 0.6727 0.696 0.000 0.304
#> GSM128575 3 0.0237 0.7545 0.004 0.000 0.996
#> GSM128576 3 0.0237 0.7545 0.004 0.000 0.996
#> GSM82324 1 0.5690 0.6850 0.708 0.004 0.288
#> GSM82326 1 0.5690 0.6850 0.708 0.004 0.288
#> GSM82344 3 0.1643 0.7487 0.044 0.000 0.956
#> GSM82363 3 0.1643 0.7487 0.044 0.000 0.956
#> GSM82293 2 0.8227 0.2254 0.384 0.536 0.080
#> GSM82294 2 0.8227 0.2254 0.384 0.536 0.080
#> GSM82297 2 0.8261 0.1947 0.396 0.524 0.080
#> GSM82298 2 0.8261 0.1947 0.396 0.524 0.080
#> GSM82373 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM82374 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM82377 2 0.8570 0.3544 0.316 0.564 0.120
#> GSM82378 2 0.8570 0.3544 0.316 0.564 0.120
#> GSM82309 2 0.3340 0.7034 0.120 0.880 0.000
#> GSM82310 2 0.3340 0.7034 0.120 0.880 0.000
#> GSM128587 1 0.3207 0.6643 0.904 0.084 0.012
#> GSM128588 1 0.3207 0.6643 0.904 0.084 0.012
#> GSM128595 1 0.6204 0.0357 0.576 0.424 0.000
#> GSM128596 1 0.6204 0.0357 0.576 0.424 0.000
#> GSM128599 2 0.8592 0.3161 0.332 0.552 0.116
#> GSM128600 2 0.8592 0.3161 0.332 0.552 0.116
#> GSM128603 1 0.8132 0.6433 0.612 0.104 0.284
#> GSM128604 1 0.8132 0.6433 0.612 0.104 0.284
#> GSM82284 3 0.6284 0.5134 0.016 0.304 0.680
#> GSM82321 3 0.6284 0.5134 0.016 0.304 0.680
#> GSM82342 3 0.2448 0.7325 0.076 0.000 0.924
#> GSM82361 3 0.2448 0.7325 0.076 0.000 0.924
#> GSM82351 3 0.1753 0.7527 0.000 0.048 0.952
#> GSM82371 3 0.1753 0.7527 0.000 0.048 0.952
#> GSM82330 3 0.6309 -0.3111 0.500 0.000 0.500
#> GSM82336 3 0.6309 -0.3111 0.500 0.000 0.500
#> GSM128492 1 0.5431 0.6855 0.716 0.000 0.284
#> GSM128493 1 0.5431 0.6855 0.716 0.000 0.284
#> GSM82323 3 0.5404 0.5853 0.004 0.256 0.740
#> GSM82353 3 0.5404 0.5853 0.004 0.256 0.740
#> GSM82317 3 0.6416 0.5043 0.020 0.304 0.676
#> GSM82318 3 0.6416 0.5043 0.020 0.304 0.676
#> GSM128496 1 0.6295 0.3776 0.528 0.000 0.472
#> GSM128497 1 0.6295 0.3776 0.528 0.000 0.472
#> GSM82319 3 0.1411 0.7512 0.036 0.000 0.964
#> GSM82320 3 0.1411 0.7512 0.036 0.000 0.964
#> GSM128504 1 0.2261 0.6761 0.932 0.068 0.000
#> GSM128505 1 0.2261 0.6761 0.932 0.068 0.000
#> GSM128509 3 0.5728 0.4446 0.272 0.008 0.720
#> GSM128510 3 0.5728 0.4446 0.272 0.008 0.720
#> GSM82325 3 0.4235 0.6330 0.176 0.000 0.824
#> GSM82327 3 0.4235 0.6330 0.176 0.000 0.824
#> GSM82289 2 0.3551 0.7035 0.132 0.868 0.000
#> GSM82291 2 0.3551 0.7035 0.132 0.868 0.000
#> GSM82290 2 0.0475 0.6869 0.004 0.992 0.004
#> GSM82292 2 0.0475 0.6869 0.004 0.992 0.004
#> GSM128525 1 0.2066 0.6796 0.940 0.060 0.000
#> GSM128526 1 0.2066 0.6796 0.940 0.060 0.000
#> GSM128529 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM128530 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM128533 1 0.2066 0.6796 0.940 0.060 0.000
#> GSM128534 1 0.2066 0.6796 0.940 0.060 0.000
#> GSM128541 1 0.2537 0.6694 0.920 0.080 0.000
#> GSM128542 1 0.2537 0.6694 0.920 0.080 0.000
#> GSM128557 2 0.4629 0.5731 0.004 0.808 0.188
#> GSM128558 2 0.4629 0.5731 0.004 0.808 0.188
#> GSM82349 3 0.6828 0.4804 0.032 0.312 0.656
#> GSM82367 3 0.6828 0.4804 0.032 0.312 0.656
#> GSM82346 3 0.2448 0.7325 0.076 0.000 0.924
#> GSM82364 3 0.2448 0.7325 0.076 0.000 0.924
#> GSM82345 3 0.1753 0.7527 0.000 0.048 0.952
#> GSM82360 3 0.1753 0.7527 0.000 0.048 0.952
#> GSM82335 3 0.6309 -0.3111 0.500 0.000 0.500
#> GSM82339 3 0.6309 -0.3111 0.500 0.000 0.500
#> GSM128494 1 0.5431 0.6855 0.716 0.000 0.284
#> GSM128495 1 0.5431 0.6855 0.716 0.000 0.284
#> GSM82356 3 0.5404 0.5853 0.004 0.256 0.740
#> GSM82359 3 0.5404 0.5853 0.004 0.256 0.740
#> GSM82347 3 0.6416 0.5043 0.020 0.304 0.676
#> GSM82365 3 0.6416 0.5043 0.020 0.304 0.676
#> GSM128498 1 0.6295 0.3776 0.528 0.000 0.472
#> GSM128499 1 0.6295 0.3776 0.528 0.000 0.472
#> GSM82333 3 0.1411 0.7512 0.036 0.000 0.964
#> GSM82369 3 0.1411 0.7512 0.036 0.000 0.964
#> GSM128506 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM128507 2 0.7170 0.3344 0.036 0.612 0.352
#> GSM128511 2 0.7190 0.3271 0.036 0.608 0.356
#> GSM128512 2 0.7190 0.3271 0.036 0.608 0.356
#> GSM82334 3 0.4235 0.6330 0.176 0.000 0.824
#> GSM82370 3 0.4235 0.6330 0.176 0.000 0.824
#> GSM82305 2 0.3551 0.7035 0.132 0.868 0.000
#> GSM82306 2 0.3551 0.7035 0.132 0.868 0.000
#> GSM82303 2 0.0475 0.6869 0.004 0.992 0.004
#> GSM82304 2 0.0475 0.6869 0.004 0.992 0.004
#> GSM128527 1 0.6507 0.3727 0.688 0.284 0.028
#> GSM128528 1 0.6507 0.3727 0.688 0.284 0.028
#> GSM128531 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM128532 2 0.3116 0.7061 0.108 0.892 0.000
#> GSM128535 1 0.2066 0.6796 0.940 0.060 0.000
#> GSM128536 1 0.2066 0.6796 0.940 0.060 0.000
#> GSM128543 1 0.2537 0.6694 0.920 0.080 0.000
#> GSM128544 1 0.2537 0.6694 0.920 0.080 0.000
#> GSM128559 2 0.3619 0.7022 0.136 0.864 0.000
#> GSM128560 2 0.3619 0.7022 0.136 0.864 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM82314 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM82331 1 0.3024 0.5844 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM82338 1 0.3024 0.5844 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM82315 4 0.5537 0.8233 0.020 0.288 0.016 0.676
#> GSM82316 4 0.5537 0.8233 0.020 0.288 0.016 0.676
#> GSM82350 1 0.3380 0.5948 0.852 0.004 0.136 0.008
#> GSM82368 1 0.3380 0.5948 0.852 0.004 0.136 0.008
#> GSM82328 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82340 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128565 1 0.5376 0.5354 0.588 0.000 0.016 0.396
#> GSM128566 1 0.5376 0.5354 0.588 0.000 0.016 0.396
#> GSM82329 3 0.1474 0.7636 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM82341 3 0.1474 0.7636 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM128569 1 0.2868 0.5918 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128570 1 0.2868 0.5918 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128573 3 0.9169 -0.2746 0.068 0.320 0.324 0.288
#> GSM128574 3 0.9169 -0.2746 0.068 0.320 0.324 0.288
#> GSM82295 1 0.2799 0.6035 0.884 0.000 0.108 0.008
#> GSM82296 1 0.2799 0.6035 0.884 0.000 0.108 0.008
#> GSM82337 3 0.1022 0.7743 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM82379 3 0.1022 0.7743 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM82285 1 0.7760 -0.0640 0.436 0.288 0.000 0.276
#> GSM82286 1 0.7760 -0.0640 0.436 0.288 0.000 0.276
#> GSM82287 1 0.7732 -0.0398 0.444 0.268 0.000 0.288
#> GSM82288 1 0.7732 -0.0398 0.444 0.268 0.000 0.288
#> GSM82311 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM82312 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM82375 4 0.9265 0.1893 0.152 0.344 0.128 0.376
#> GSM82376 4 0.9265 0.1893 0.152 0.344 0.128 0.376
#> GSM82307 4 0.4699 0.8546 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM82308 4 0.4699 0.8546 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM128585 1 0.5302 0.5551 0.628 0.004 0.012 0.356
#> GSM128586 1 0.5302 0.5551 0.628 0.004 0.012 0.356
#> GSM128593 1 0.7706 0.1014 0.424 0.228 0.000 0.348
#> GSM128594 1 0.7706 0.1014 0.424 0.228 0.000 0.348
#> GSM128597 1 0.8693 -0.1708 0.384 0.288 0.036 0.292
#> GSM128598 1 0.8693 -0.1708 0.384 0.288 0.036 0.292
#> GSM128601 1 0.5491 0.5949 0.776 0.048 0.116 0.060
#> GSM128602 1 0.5491 0.5949 0.776 0.048 0.116 0.060
#> GSM82348 4 0.4776 0.8058 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM82366 4 0.4776 0.8058 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM82322 1 0.3024 0.5844 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM82352 1 0.3024 0.5844 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM82332 2 0.0188 0.6782 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82357 2 0.0188 0.6782 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82354 1 0.3380 0.5948 0.852 0.004 0.136 0.008
#> GSM82372 1 0.3380 0.5948 0.852 0.004 0.136 0.008
#> GSM82343 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82362 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128567 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128568 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82355 3 0.1474 0.7636 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM82358 3 0.1474 0.7636 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM128571 1 0.2868 0.5918 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128572 1 0.2868 0.5918 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128575 3 0.0817 0.7712 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM128576 3 0.0817 0.7712 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM82324 1 0.2799 0.6035 0.884 0.000 0.108 0.008
#> GSM82326 1 0.2799 0.6035 0.884 0.000 0.108 0.008
#> GSM82344 3 0.1022 0.7743 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM82363 3 0.1022 0.7743 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM82293 1 0.7760 -0.0640 0.436 0.288 0.000 0.276
#> GSM82294 1 0.7760 -0.0640 0.436 0.288 0.000 0.276
#> GSM82297 1 0.7732 -0.0398 0.444 0.268 0.000 0.288
#> GSM82298 1 0.7732 -0.0398 0.444 0.268 0.000 0.288
#> GSM82373 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM82374 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM82377 4 0.9182 0.1228 0.184 0.260 0.116 0.440
#> GSM82378 4 0.9182 0.1228 0.184 0.260 0.116 0.440
#> GSM82309 4 0.4699 0.8546 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM82310 4 0.4699 0.8546 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM128587 1 0.5302 0.5551 0.628 0.004 0.012 0.356
#> GSM128588 1 0.5302 0.5551 0.628 0.004 0.012 0.356
#> GSM128595 1 0.7706 0.1014 0.424 0.228 0.000 0.348
#> GSM128596 1 0.7706 0.1014 0.424 0.228 0.000 0.348
#> GSM128599 1 0.8693 -0.1708 0.384 0.288 0.036 0.292
#> GSM128600 1 0.8693 -0.1708 0.384 0.288 0.036 0.292
#> GSM128603 1 0.5491 0.5949 0.776 0.048 0.116 0.060
#> GSM128604 1 0.5491 0.5949 0.776 0.048 0.116 0.060
#> GSM82284 2 0.4830 0.0673 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM82321 2 0.4830 0.0673 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM82342 3 0.2081 0.7584 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM82361 3 0.2081 0.7584 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM82351 3 0.2216 0.7492 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM82371 3 0.2216 0.7492 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM82330 1 0.4713 0.3277 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM82336 1 0.4713 0.3277 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM128492 1 0.2714 0.6036 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM128493 1 0.2714 0.6036 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM82323 3 0.4454 0.5422 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM82353 3 0.4454 0.5422 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM82317 3 0.4981 0.2847 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM82318 3 0.4981 0.2847 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM128496 1 0.4605 0.3835 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM128497 1 0.4605 0.3835 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM82319 3 0.0817 0.7747 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM82320 3 0.0817 0.7747 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM128504 1 0.5427 0.5239 0.568 0.000 0.016 0.416
#> GSM128505 1 0.5427 0.5239 0.568 0.000 0.016 0.416
#> GSM128509 3 0.4991 0.3676 0.388 0.004 0.608 0.000
#> GSM128510 3 0.4991 0.3676 0.388 0.004 0.608 0.000
#> GSM82325 3 0.4040 0.5931 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM82327 3 0.4040 0.5931 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM82289 4 0.5047 0.8506 0.016 0.316 0.000 0.668
#> GSM82291 4 0.5047 0.8506 0.016 0.316 0.000 0.668
#> GSM82290 2 0.4998 -0.4887 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM82292 2 0.4998 -0.4887 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM128525 1 0.5110 0.5593 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM128526 1 0.5110 0.5593 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM128529 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM128530 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM128533 1 0.5110 0.5593 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM128534 1 0.5110 0.5593 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM128541 1 0.4817 0.5478 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM128542 1 0.4817 0.5478 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM128557 2 0.3982 0.3243 0.000 0.776 0.004 0.220
#> GSM128558 2 0.3982 0.3243 0.000 0.776 0.004 0.220
#> GSM82349 2 0.4477 0.2370 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM82367 2 0.4477 0.2370 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM82346 3 0.2081 0.7584 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM82364 3 0.2081 0.7584 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM82345 3 0.2216 0.7492 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM82360 3 0.2216 0.7492 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM82335 1 0.4713 0.3277 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM82339 1 0.4713 0.3277 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM128494 1 0.2714 0.6036 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM128495 1 0.2714 0.6036 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM82356 3 0.4454 0.5422 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM82359 3 0.4454 0.5422 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM82347 3 0.4981 0.2847 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM82365 3 0.4981 0.2847 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM128498 1 0.4605 0.3835 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM128499 1 0.4605 0.3835 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM82333 3 0.0817 0.7747 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM82369 3 0.0817 0.7747 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM128506 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128507 2 0.0188 0.6789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128511 2 0.0188 0.6782 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128512 2 0.0188 0.6782 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82334 3 0.4040 0.5931 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM82370 3 0.4040 0.5931 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM82305 4 0.5047 0.8506 0.016 0.316 0.000 0.668
#> GSM82306 4 0.5047 0.8506 0.016 0.316 0.000 0.668
#> GSM82303 2 0.4998 -0.4887 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM82304 2 0.4998 -0.4887 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM128527 1 0.7728 0.3906 0.560 0.176 0.028 0.236
#> GSM128528 1 0.7728 0.3906 0.560 0.176 0.028 0.236
#> GSM128531 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM128532 4 0.4564 0.8574 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM128535 1 0.5110 0.5593 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM128536 1 0.5110 0.5593 0.636 0.000 0.012 0.352
#> GSM128543 1 0.4817 0.5478 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM128544 1 0.4817 0.5478 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM128559 4 0.5026 0.8479 0.016 0.312 0.000 0.672
#> GSM128560 4 0.5026 0.8479 0.016 0.312 0.000 0.672
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM82314 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM82331 5 0.1197 0.861 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM82338 5 0.1197 0.861 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM82315 4 0.1518 0.722 0.012 0.000 0.016 0.952 0.020
#> GSM82316 4 0.1518 0.722 0.012 0.000 0.016 0.952 0.020
#> GSM82350 5 0.2003 0.868 0.008 0.008 0.052 0.004 0.928
#> GSM82368 5 0.2003 0.868 0.008 0.008 0.052 0.004 0.928
#> GSM82328 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM82340 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128565 1 0.3376 0.779 0.848 0.108 0.012 0.000 0.032
#> GSM128566 1 0.3376 0.779 0.848 0.108 0.012 0.000 0.032
#> GSM82329 3 0.1121 0.781 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM82341 3 0.1121 0.781 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM128569 5 0.1557 0.868 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940
#> GSM128570 5 0.1557 0.868 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940
#> GSM128573 4 0.7836 0.111 0.008 0.176 0.316 0.428 0.072
#> GSM128574 4 0.7836 0.111 0.008 0.176 0.316 0.428 0.072
#> GSM82295 5 0.0566 0.862 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM82296 5 0.0566 0.862 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM82337 3 0.1041 0.791 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM82379 3 0.1041 0.791 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM82285 4 0.4551 0.426 0.004 0.004 0.000 0.556 0.436
#> GSM82286 4 0.4551 0.426 0.004 0.004 0.000 0.556 0.436
#> GSM82287 4 0.4675 0.409 0.004 0.008 0.000 0.544 0.444
#> GSM82288 4 0.4675 0.409 0.004 0.008 0.000 0.544 0.444
#> GSM82311 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM82312 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM82375 4 0.8526 0.347 0.120 0.156 0.128 0.504 0.092
#> GSM82376 4 0.8526 0.347 0.120 0.156 0.128 0.504 0.092
#> GSM82307 4 0.0609 0.731 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM82308 4 0.0609 0.731 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM128585 1 0.2551 0.832 0.904 0.000 0.012 0.044 0.040
#> GSM128586 1 0.2551 0.832 0.904 0.000 0.012 0.044 0.040
#> GSM128593 1 0.5137 0.326 0.536 0.000 0.000 0.424 0.040
#> GSM128594 1 0.5137 0.326 0.536 0.000 0.000 0.424 0.040
#> GSM128597 4 0.5287 0.478 0.004 0.004 0.036 0.572 0.384
#> GSM128598 4 0.5287 0.478 0.004 0.004 0.036 0.572 0.384
#> GSM128601 5 0.3470 0.765 0.020 0.000 0.032 0.100 0.848
#> GSM128602 5 0.3470 0.765 0.020 0.000 0.032 0.100 0.848
#> GSM82348 4 0.1197 0.711 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM82366 4 0.1197 0.711 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM82322 5 0.1197 0.861 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM82352 5 0.1197 0.861 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM82332 2 0.2377 0.848 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM82357 2 0.2377 0.848 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM82354 5 0.2003 0.868 0.008 0.008 0.052 0.004 0.928
#> GSM82372 5 0.2003 0.868 0.008 0.008 0.052 0.004 0.928
#> GSM82343 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM82362 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128567 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128568 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM82355 3 0.1121 0.781 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM82358 3 0.1121 0.781 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM128571 5 0.1557 0.868 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940
#> GSM128572 5 0.1557 0.868 0.000 0.008 0.052 0.000 0.940
#> GSM128575 3 0.0912 0.788 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM128576 3 0.0912 0.788 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> GSM82324 5 0.0566 0.862 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM82326 5 0.0566 0.862 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM82344 3 0.1041 0.791 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM82363 3 0.1041 0.791 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> GSM82293 4 0.4551 0.426 0.004 0.004 0.000 0.556 0.436
#> GSM82294 4 0.4551 0.426 0.004 0.004 0.000 0.556 0.436
#> GSM82297 4 0.4675 0.409 0.004 0.008 0.000 0.544 0.444
#> GSM82298 4 0.4675 0.409 0.004 0.008 0.000 0.544 0.444
#> GSM82373 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM82374 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM82377 4 0.8959 0.248 0.228 0.160 0.112 0.420 0.080
#> GSM82378 4 0.8959 0.248 0.228 0.160 0.112 0.420 0.080
#> GSM82309 4 0.0609 0.731 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM82310 4 0.0609 0.731 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM128587 1 0.2551 0.832 0.904 0.000 0.012 0.044 0.040
#> GSM128588 1 0.2551 0.832 0.904 0.000 0.012 0.044 0.040
#> GSM128595 1 0.5137 0.326 0.536 0.000 0.000 0.424 0.040
#> GSM128596 1 0.5137 0.326 0.536 0.000 0.000 0.424 0.040
#> GSM128599 4 0.5287 0.478 0.004 0.004 0.036 0.572 0.384
#> GSM128600 4 0.5287 0.478 0.004 0.004 0.036 0.572 0.384
#> GSM128603 5 0.3470 0.765 0.020 0.000 0.032 0.100 0.848
#> GSM128604 5 0.3470 0.765 0.020 0.000 0.032 0.100 0.848
#> GSM82284 2 0.4321 0.307 0.000 0.600 0.396 0.004 0.000
#> GSM82321 2 0.4321 0.307 0.000 0.600 0.396 0.004 0.000
#> GSM82342 3 0.1952 0.773 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> GSM82361 3 0.1952 0.773 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> GSM82351 3 0.1892 0.763 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000
#> GSM82371 3 0.1892 0.763 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000
#> GSM82330 5 0.4108 0.647 0.000 0.008 0.308 0.000 0.684
#> GSM82336 5 0.4108 0.647 0.000 0.008 0.308 0.000 0.684
#> GSM128492 5 0.1216 0.864 0.020 0.000 0.020 0.000 0.960
#> GSM128493 5 0.1216 0.864 0.020 0.000 0.020 0.000 0.960
#> GSM82323 3 0.3949 0.511 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000
#> GSM82353 3 0.3949 0.511 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000
#> GSM82317 3 0.4872 0.196 0.000 0.436 0.540 0.024 0.000
#> GSM82318 3 0.4872 0.196 0.000 0.436 0.540 0.024 0.000
#> GSM128496 5 0.3980 0.687 0.000 0.008 0.284 0.000 0.708
#> GSM128497 5 0.3980 0.687 0.000 0.008 0.284 0.000 0.708
#> GSM82319 3 0.0865 0.791 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM82320 3 0.0865 0.791 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM128504 1 0.3067 0.779 0.856 0.120 0.012 0.000 0.012
#> GSM128505 1 0.3067 0.779 0.856 0.120 0.012 0.000 0.012
#> GSM128509 3 0.4425 0.156 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452
#> GSM128510 3 0.4425 0.156 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452
#> GSM82325 3 0.3783 0.558 0.000 0.008 0.740 0.000 0.252
#> GSM82327 3 0.3783 0.558 0.000 0.008 0.740 0.000 0.252
#> GSM82289 4 0.0992 0.731 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM82291 4 0.0992 0.731 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM82290 4 0.2929 0.596 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM82292 4 0.2929 0.596 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM128525 1 0.0955 0.828 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM128526 1 0.0955 0.828 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM128529 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM128530 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM128533 1 0.0955 0.828 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM128534 1 0.0955 0.828 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM128541 1 0.1648 0.835 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> GSM128542 1 0.1648 0.835 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> GSM128557 2 0.4045 0.518 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM128558 2 0.4045 0.518 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM82349 2 0.4029 0.478 0.000 0.680 0.316 0.004 0.000
#> GSM82367 2 0.4029 0.478 0.000 0.680 0.316 0.004 0.000
#> GSM82346 3 0.1952 0.773 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> GSM82364 3 0.1952 0.773 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> GSM82345 3 0.1892 0.763 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000
#> GSM82360 3 0.1892 0.763 0.000 0.080 0.916 0.004 0.000
#> GSM82335 5 0.4108 0.647 0.000 0.008 0.308 0.000 0.684
#> GSM82339 5 0.4108 0.647 0.000 0.008 0.308 0.000 0.684
#> GSM128494 5 0.1216 0.864 0.020 0.000 0.020 0.000 0.960
#> GSM128495 5 0.1216 0.864 0.020 0.000 0.020 0.000 0.960
#> GSM82356 3 0.3949 0.511 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000
#> GSM82359 3 0.3949 0.511 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000
#> GSM82347 3 0.4872 0.196 0.000 0.436 0.540 0.024 0.000
#> GSM82365 3 0.4872 0.196 0.000 0.436 0.540 0.024 0.000
#> GSM128498 5 0.3980 0.687 0.000 0.008 0.284 0.000 0.708
#> GSM128499 5 0.3980 0.687 0.000 0.008 0.284 0.000 0.708
#> GSM82333 3 0.0865 0.791 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM82369 3 0.0865 0.791 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> GSM128506 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128507 2 0.2471 0.850 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM128511 2 0.2377 0.848 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM128512 2 0.2377 0.848 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM82334 3 0.3783 0.558 0.000 0.008 0.740 0.000 0.252
#> GSM82370 3 0.3783 0.558 0.000 0.008 0.740 0.000 0.252
#> GSM82305 4 0.0992 0.731 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM82306 4 0.0992 0.731 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM82303 4 0.2929 0.596 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM82304 4 0.2929 0.596 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM128527 1 0.5465 0.614 0.664 0.004 0.024 0.260 0.048
#> GSM128528 1 0.5465 0.614 0.664 0.004 0.024 0.260 0.048
#> GSM128531 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM128532 4 0.0290 0.732 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM128535 1 0.0955 0.828 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM128536 1 0.0955 0.828 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> GSM128543 1 0.1648 0.835 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> GSM128544 1 0.1648 0.835 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> GSM128559 4 0.1082 0.730 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> GSM128560 4 0.1082 0.730 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82314 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82331 5 0.3719 0.581 0.012 0.000 0.048 0.000 0.792 0.148
#> GSM82338 5 0.3719 0.581 0.012 0.000 0.048 0.000 0.792 0.148
#> GSM82315 4 0.1439 0.734 0.012 0.000 0.016 0.952 0.012 0.008
#> GSM82316 4 0.1439 0.734 0.012 0.000 0.016 0.952 0.012 0.008
#> GSM82350 5 0.1312 0.655 0.008 0.000 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82368 5 0.1312 0.655 0.008 0.000 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82328 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM82340 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM128565 1 0.3936 0.643 0.736 0.024 0.000 0.000 0.012 0.228
#> GSM128566 1 0.3936 0.643 0.736 0.024 0.000 0.000 0.012 0.228
#> GSM82329 3 0.0713 0.793 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM82341 3 0.0713 0.793 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM128569 5 0.0806 0.657 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM128570 5 0.0806 0.657 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM128573 4 0.6990 0.172 0.012 0.160 0.344 0.428 0.004 0.052
#> GSM128574 4 0.6990 0.172 0.012 0.160 0.344 0.428 0.004 0.052
#> GSM82295 5 0.2805 0.585 0.012 0.000 0.000 0.000 0.828 0.160
#> GSM82296 5 0.2805 0.585 0.012 0.000 0.000 0.000 0.828 0.160
#> GSM82337 3 0.1074 0.790 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM82379 3 0.1074 0.790 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM82285 4 0.5096 0.418 0.012 0.000 0.000 0.544 0.388 0.056
#> GSM82286 4 0.5096 0.418 0.012 0.000 0.000 0.544 0.388 0.056
#> GSM82287 4 0.5240 0.406 0.012 0.000 0.000 0.532 0.388 0.068
#> GSM82288 4 0.5240 0.406 0.012 0.000 0.000 0.532 0.388 0.068
#> GSM82311 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82375 4 0.7820 0.394 0.140 0.156 0.128 0.504 0.016 0.056
#> GSM82376 4 0.7820 0.394 0.140 0.156 0.128 0.504 0.016 0.056
#> GSM82307 4 0.0622 0.743 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM82308 4 0.0622 0.743 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM128585 1 0.1983 0.783 0.924 0.000 0.012 0.044 0.012 0.008
#> GSM128586 1 0.1983 0.783 0.924 0.000 0.012 0.044 0.012 0.008
#> GSM128593 1 0.4289 0.323 0.556 0.000 0.000 0.424 0.020 0.000
#> GSM128594 1 0.4289 0.323 0.556 0.000 0.000 0.424 0.020 0.000
#> GSM128597 4 0.5388 0.453 0.012 0.000 0.036 0.560 0.364 0.028
#> GSM128598 4 0.5388 0.453 0.012 0.000 0.036 0.560 0.364 0.028
#> GSM128601 5 0.5803 0.397 0.024 0.000 0.032 0.100 0.640 0.204
#> GSM128602 5 0.5803 0.397 0.024 0.000 0.032 0.100 0.640 0.204
#> GSM82348 4 0.1075 0.732 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM82366 4 0.1075 0.732 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM82322 5 0.3719 0.581 0.012 0.000 0.048 0.000 0.792 0.148
#> GSM82352 5 0.3719 0.581 0.012 0.000 0.048 0.000 0.792 0.148
#> GSM82332 2 0.0632 0.827 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0632 0.827 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM82354 5 0.1312 0.655 0.008 0.000 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82372 5 0.1312 0.655 0.008 0.000 0.020 0.004 0.956 0.012
#> GSM82343 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM82362 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM128567 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM128568 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM82355 3 0.0713 0.793 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0713 0.793 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM128571 5 0.0806 0.657 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM128572 5 0.0806 0.657 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008
#> GSM128575 3 0.0000 0.793 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.793 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.2805 0.585 0.012 0.000 0.000 0.000 0.828 0.160
#> GSM82326 5 0.2805 0.585 0.012 0.000 0.000 0.000 0.828 0.160
#> GSM82344 3 0.1074 0.790 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM82363 3 0.1074 0.790 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM82293 4 0.5096 0.418 0.012 0.000 0.000 0.544 0.388 0.056
#> GSM82294 4 0.5096 0.418 0.012 0.000 0.000 0.544 0.388 0.056
#> GSM82297 4 0.5240 0.406 0.012 0.000 0.000 0.532 0.388 0.068
#> GSM82298 4 0.5240 0.406 0.012 0.000 0.000 0.532 0.388 0.068
#> GSM82373 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM82377 4 0.7958 0.239 0.252 0.160 0.112 0.420 0.004 0.052
#> GSM82378 4 0.7958 0.239 0.252 0.160 0.112 0.420 0.004 0.052
#> GSM82309 4 0.0622 0.743 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM82310 4 0.0622 0.743 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM128587 1 0.1983 0.783 0.924 0.000 0.012 0.044 0.012 0.008
#> GSM128588 1 0.1983 0.783 0.924 0.000 0.012 0.044 0.012 0.008
#> GSM128595 1 0.4289 0.323 0.556 0.000 0.000 0.424 0.020 0.000
#> GSM128596 1 0.4289 0.323 0.556 0.000 0.000 0.424 0.020 0.000
#> GSM128599 4 0.5388 0.453 0.012 0.000 0.036 0.560 0.364 0.028
#> GSM128600 4 0.5388 0.453 0.012 0.000 0.036 0.560 0.364 0.028
#> GSM128603 5 0.5803 0.397 0.024 0.000 0.032 0.100 0.640 0.204
#> GSM128604 5 0.5803 0.397 0.024 0.000 0.032 0.100 0.640 0.204
#> GSM82284 2 0.3782 0.303 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.3782 0.303 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.2058 0.770 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> GSM82361 3 0.2058 0.770 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> GSM82351 3 0.1387 0.777 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM82371 3 0.1387 0.777 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM82330 5 0.3758 0.491 0.000 0.000 0.284 0.000 0.700 0.016
#> GSM82336 5 0.3758 0.491 0.000 0.000 0.284 0.000 0.700 0.016
#> GSM128492 6 0.3809 1.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.240 0.732
#> GSM128493 6 0.3809 1.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.240 0.732
#> GSM82323 3 0.3351 0.531 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> GSM82353 3 0.3351 0.531 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> GSM82317 3 0.4218 0.222 0.000 0.428 0.556 0.016 0.000 0.000
#> GSM82318 3 0.4218 0.222 0.000 0.428 0.556 0.016 0.000 0.000
#> GSM128496 5 0.3629 0.523 0.000 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM128497 5 0.3629 0.523 0.000 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM82319 3 0.0891 0.792 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM82320 3 0.0891 0.792 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM128504 1 0.3619 0.647 0.744 0.024 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM128505 1 0.3619 0.647 0.744 0.024 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM128509 3 0.5623 0.169 0.008 0.000 0.544 0.004 0.328 0.116
#> GSM128510 3 0.5623 0.169 0.008 0.000 0.544 0.004 0.328 0.116
#> GSM82325 3 0.3592 0.572 0.000 0.000 0.740 0.000 0.240 0.020
#> GSM82327 3 0.3592 0.572 0.000 0.000 0.740 0.000 0.240 0.020
#> GSM82289 4 0.1074 0.741 0.028 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012
#> GSM82291 4 0.1074 0.741 0.028 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012
#> GSM82290 4 0.2631 0.648 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM82292 4 0.2631 0.648 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM128525 1 0.0260 0.777 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128526 1 0.0260 0.777 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128529 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM128530 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0260 0.777 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128534 1 0.0260 0.777 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128541 1 0.0937 0.788 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0937 0.788 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.3151 0.579 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.3151 0.579 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.3547 0.484 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.3547 0.484 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.2058 0.770 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> GSM82364 3 0.2058 0.770 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> GSM82345 3 0.1387 0.777 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM82360 3 0.1387 0.777 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM82335 5 0.3758 0.491 0.000 0.000 0.284 0.000 0.700 0.016
#> GSM82339 5 0.3758 0.491 0.000 0.000 0.284 0.000 0.700 0.016
#> GSM128494 6 0.3809 1.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.240 0.732
#> GSM128495 6 0.3809 1.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.240 0.732
#> GSM82356 3 0.3351 0.531 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> GSM82359 3 0.3351 0.531 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> GSM82347 3 0.4218 0.222 0.000 0.428 0.556 0.016 0.000 0.000
#> GSM82365 3 0.4218 0.222 0.000 0.428 0.556 0.016 0.000 0.000
#> GSM128498 5 0.3629 0.523 0.000 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM128499 5 0.3629 0.523 0.000 0.000 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM82333 3 0.0891 0.792 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM82369 3 0.0891 0.792 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM128506 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM128507 2 0.0972 0.830 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM128511 2 0.0632 0.827 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0632 0.827 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.3592 0.572 0.000 0.000 0.740 0.000 0.240 0.020
#> GSM82370 3 0.3592 0.572 0.000 0.000 0.740 0.000 0.240 0.020
#> GSM82305 4 0.1074 0.741 0.028 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012
#> GSM82306 4 0.1074 0.741 0.028 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012
#> GSM82303 4 0.2631 0.648 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM82304 4 0.2631 0.648 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM128527 1 0.4606 0.601 0.688 0.004 0.024 0.260 0.012 0.012
#> GSM128528 1 0.4606 0.601 0.688 0.004 0.024 0.260 0.012 0.012
#> GSM128531 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM128532 4 0.0260 0.744 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0260 0.777 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128536 1 0.0260 0.777 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128543 1 0.0937 0.788 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0937 0.788 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM128559 4 0.1151 0.739 0.032 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012
#> GSM128560 4 0.1151 0.739 0.032 0.000 0.000 0.956 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> MAD:hclust 108 0.00111 0.328 5.09e-10 2
#> MAD:hclust 110 0.01009 0.798 4.10e-20 3
#> MAD:hclust 108 0.06694 0.103 4.72e-24 4
#> MAD:hclust 124 0.07996 0.496 7.68e-37 5
#> MAD:hclust 116 0.00357 0.643 8.57e-45 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.302 0.538 0.788 0.4830 0.557 0.557
#> 3 3 0.459 0.717 0.798 0.3461 0.692 0.490
#> 4 4 0.517 0.431 0.698 0.1246 0.944 0.849
#> 5 5 0.533 0.482 0.667 0.0664 0.815 0.502
#> 6 6 0.580 0.466 0.616 0.0411 0.894 0.562
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.9993 0.256 0.484 0.516
#> GSM82314 2 0.9993 0.256 0.484 0.516
#> GSM82331 1 0.8327 0.608 0.736 0.264
#> GSM82338 1 0.8267 0.611 0.740 0.260
#> GSM82315 1 0.9977 -0.160 0.528 0.472
#> GSM82316 1 0.9977 -0.160 0.528 0.472
#> GSM82350 1 0.6438 0.645 0.836 0.164
#> GSM82368 1 0.8499 0.590 0.724 0.276
#> GSM82328 2 0.3431 0.776 0.064 0.936
#> GSM82340 2 0.3879 0.769 0.076 0.924
#> GSM128565 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM82329 1 1.0000 0.359 0.504 0.496
#> GSM82341 2 0.9815 -0.171 0.420 0.580
#> GSM128569 1 0.8955 0.577 0.688 0.312
#> GSM128570 1 0.8955 0.577 0.688 0.312
#> GSM128573 1 0.8763 0.528 0.704 0.296
#> GSM128574 1 0.8763 0.528 0.704 0.296
#> GSM82295 1 0.1633 0.672 0.976 0.024
#> GSM82296 1 0.1633 0.672 0.976 0.024
#> GSM82337 1 0.8955 0.577 0.688 0.312
#> GSM82379 1 0.9087 0.568 0.676 0.324
#> GSM82285 1 0.8144 0.613 0.748 0.252
#> GSM82286 1 0.3431 0.675 0.936 0.064
#> GSM82287 1 0.4022 0.637 0.920 0.080
#> GSM82288 1 0.4022 0.637 0.920 0.080
#> GSM82311 1 0.9977 -0.170 0.528 0.472
#> GSM82312 1 0.9977 -0.170 0.528 0.472
#> GSM82375 1 0.5408 0.621 0.876 0.124
#> GSM82376 1 0.5408 0.621 0.876 0.124
#> GSM82307 2 0.9993 0.256 0.484 0.516
#> GSM82308 2 0.9993 0.256 0.484 0.516
#> GSM128585 1 0.0938 0.676 0.988 0.012
#> GSM128586 1 0.0938 0.676 0.988 0.012
#> GSM128593 1 0.1184 0.670 0.984 0.016
#> GSM128594 1 0.1184 0.670 0.984 0.016
#> GSM128597 1 0.6148 0.654 0.848 0.152
#> GSM128598 1 0.6148 0.654 0.848 0.152
#> GSM128601 1 0.5178 0.654 0.884 0.116
#> GSM128602 1 0.5178 0.654 0.884 0.116
#> GSM82348 2 0.4022 0.766 0.080 0.920
#> GSM82366 2 0.6048 0.704 0.148 0.852
#> GSM82322 1 0.9552 0.523 0.624 0.376
#> GSM82352 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM82332 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM82357 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM82354 1 0.9686 0.483 0.604 0.396
#> GSM82372 1 0.8813 0.579 0.700 0.300
#> GSM82343 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM82362 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM128567 2 0.2948 0.779 0.052 0.948
#> GSM128568 2 0.2948 0.779 0.052 0.948
#> GSM82355 2 0.3114 0.729 0.056 0.944
#> GSM82358 2 0.3114 0.729 0.056 0.944
#> GSM128571 2 0.2948 0.734 0.052 0.948
#> GSM128572 2 0.2948 0.734 0.052 0.948
#> GSM128575 2 0.9993 -0.318 0.484 0.516
#> GSM128576 2 0.9993 -0.318 0.484 0.516
#> GSM82324 1 0.8443 0.609 0.728 0.272
#> GSM82326 1 0.7815 0.628 0.768 0.232
#> GSM82344 1 0.9881 0.446 0.564 0.436
#> GSM82363 1 0.9896 0.441 0.560 0.440
#> GSM82293 1 0.3431 0.677 0.936 0.064
#> GSM82294 1 0.3431 0.677 0.936 0.064
#> GSM82297 1 0.2603 0.677 0.956 0.044
#> GSM82298 1 0.2603 0.677 0.956 0.044
#> GSM82373 1 0.9977 -0.170 0.528 0.472
#> GSM82374 1 0.9977 -0.170 0.528 0.472
#> GSM82377 1 0.2603 0.660 0.956 0.044
#> GSM82378 1 0.2603 0.660 0.956 0.044
#> GSM82309 1 0.6247 0.546 0.844 0.156
#> GSM82310 1 0.6247 0.546 0.844 0.156
#> GSM128587 1 0.0938 0.676 0.988 0.012
#> GSM128588 1 0.0938 0.676 0.988 0.012
#> GSM128595 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM128596 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM128599 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM128600 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM128603 1 0.6973 0.590 0.812 0.188
#> GSM128604 1 0.6973 0.590 0.812 0.188
#> GSM82284 2 0.1184 0.773 0.016 0.984
#> GSM82321 2 0.1184 0.773 0.016 0.984
#> GSM82342 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM82361 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM82351 2 0.5946 0.599 0.144 0.856
#> GSM82371 2 0.5946 0.599 0.144 0.856
#> GSM82330 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM82336 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM128492 1 0.3431 0.675 0.936 0.064
#> GSM128493 1 0.3431 0.675 0.936 0.064
#> GSM82323 2 0.0376 0.766 0.004 0.996
#> GSM82353 2 0.0376 0.766 0.004 0.996
#> GSM82317 2 0.4431 0.757 0.092 0.908
#> GSM82318 2 0.4431 0.757 0.092 0.908
#> GSM128496 1 0.9635 0.510 0.612 0.388
#> GSM128497 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM82319 1 0.9661 0.503 0.608 0.392
#> GSM82320 1 0.9661 0.503 0.608 0.392
#> GSM128504 1 0.0376 0.674 0.996 0.004
#> GSM128505 1 0.0376 0.674 0.996 0.004
#> GSM128509 1 0.9944 0.427 0.544 0.456
#> GSM128510 1 0.9850 0.468 0.572 0.428
#> GSM82325 1 0.9977 0.394 0.528 0.472
#> GSM82327 1 0.9977 0.394 0.528 0.472
#> GSM82289 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM82291 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM82290 2 0.9795 0.363 0.416 0.584
#> GSM82292 2 0.9983 0.264 0.476 0.524
#> GSM128525 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.9988 -0.179 0.520 0.480
#> GSM128530 1 0.9988 -0.179 0.520 0.480
#> GSM128533 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM128542 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM128557 2 0.3274 0.778 0.060 0.940
#> GSM128558 2 0.3274 0.778 0.060 0.940
#> GSM82349 2 0.0376 0.766 0.004 0.996
#> GSM82367 2 0.1184 0.773 0.016 0.984
#> GSM82346 1 0.9933 0.430 0.548 0.452
#> GSM82364 1 0.9933 0.430 0.548 0.452
#> GSM82345 2 0.2236 0.746 0.036 0.964
#> GSM82360 2 0.2236 0.746 0.036 0.964
#> GSM82335 1 0.9323 0.551 0.652 0.348
#> GSM82339 1 0.9922 0.436 0.552 0.448
#> GSM128494 1 0.9129 0.567 0.672 0.328
#> GSM128495 1 0.9129 0.567 0.672 0.328
#> GSM82356 2 0.0672 0.760 0.008 0.992
#> GSM82359 2 0.0672 0.760 0.008 0.992
#> GSM82347 2 0.2948 0.734 0.052 0.948
#> GSM82365 2 0.3114 0.736 0.056 0.944
#> GSM128498 1 0.9087 0.568 0.676 0.324
#> GSM128499 1 0.8955 0.577 0.688 0.312
#> GSM82333 1 0.9977 0.394 0.528 0.472
#> GSM82369 1 0.9933 0.430 0.548 0.452
#> GSM128506 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM128507 2 0.3114 0.779 0.056 0.944
#> GSM128511 2 0.1633 0.775 0.024 0.976
#> GSM128512 2 0.1633 0.775 0.024 0.976
#> GSM82334 1 0.9977 0.394 0.528 0.472
#> GSM82370 1 0.9977 0.394 0.528 0.472
#> GSM82305 2 0.9970 0.278 0.468 0.532
#> GSM82306 2 0.9970 0.278 0.468 0.532
#> GSM82303 2 0.9286 0.468 0.344 0.656
#> GSM82304 2 0.9286 0.468 0.344 0.656
#> GSM128527 1 0.1184 0.671 0.984 0.016
#> GSM128528 1 0.1184 0.671 0.984 0.016
#> GSM128531 1 0.9988 -0.179 0.520 0.480
#> GSM128532 1 0.9988 -0.179 0.520 0.480
#> GSM128535 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.675 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM128544 1 0.0672 0.673 0.992 0.008
#> GSM128559 1 0.9393 0.148 0.644 0.356
#> GSM128560 1 0.9393 0.148 0.644 0.356
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.629 0.1193 0.464 0.536 0.000
#> GSM82314 2 0.629 0.1193 0.464 0.536 0.000
#> GSM82331 3 0.341 0.8312 0.124 0.000 0.876
#> GSM82338 3 0.341 0.8312 0.124 0.000 0.876
#> GSM82315 1 0.580 0.6954 0.776 0.184 0.040
#> GSM82316 1 0.580 0.6954 0.776 0.184 0.040
#> GSM82350 3 0.385 0.8178 0.136 0.004 0.860
#> GSM82368 3 0.378 0.8207 0.132 0.004 0.864
#> GSM82328 2 0.116 0.8045 0.028 0.972 0.000
#> GSM82340 2 0.116 0.8045 0.028 0.972 0.000
#> GSM128565 1 0.428 0.7995 0.852 0.016 0.132
#> GSM128566 1 0.428 0.7995 0.852 0.016 0.132
#> GSM82329 3 0.275 0.8223 0.012 0.064 0.924
#> GSM82341 3 0.285 0.8191 0.012 0.068 0.920
#> GSM128569 3 0.362 0.8285 0.136 0.000 0.864
#> GSM128570 3 0.362 0.8285 0.136 0.000 0.864
#> GSM128573 1 0.734 0.7403 0.688 0.088 0.224
#> GSM128574 1 0.734 0.7403 0.688 0.088 0.224
#> GSM82295 1 0.434 0.8175 0.856 0.024 0.120
#> GSM82296 1 0.434 0.8175 0.856 0.024 0.120
#> GSM82337 3 0.271 0.8451 0.088 0.000 0.912
#> GSM82379 3 0.271 0.8451 0.088 0.000 0.912
#> GSM82285 3 0.465 0.7580 0.208 0.000 0.792
#> GSM82286 3 0.630 0.0691 0.472 0.000 0.528
#> GSM82287 1 0.400 0.7953 0.884 0.060 0.056
#> GSM82288 1 0.400 0.7953 0.884 0.060 0.056
#> GSM82311 1 0.685 0.3887 0.600 0.380 0.020
#> GSM82312 1 0.685 0.3887 0.600 0.380 0.020
#> GSM82375 1 0.617 0.7848 0.776 0.080 0.144
#> GSM82376 1 0.617 0.7848 0.776 0.080 0.144
#> GSM82307 2 0.664 0.1441 0.448 0.544 0.008
#> GSM82308 2 0.664 0.1441 0.448 0.544 0.008
#> GSM128585 1 0.362 0.8221 0.864 0.000 0.136
#> GSM128586 1 0.362 0.8221 0.864 0.000 0.136
#> GSM128593 1 0.275 0.8177 0.924 0.012 0.064
#> GSM128594 1 0.275 0.8177 0.924 0.012 0.064
#> GSM128597 1 0.666 0.7783 0.716 0.052 0.232
#> GSM128598 1 0.666 0.7783 0.716 0.052 0.232
#> GSM128601 1 0.689 0.7687 0.708 0.064 0.228
#> GSM128602 1 0.689 0.7687 0.708 0.064 0.228
#> GSM82348 2 0.116 0.8045 0.028 0.972 0.000
#> GSM82366 2 0.116 0.8045 0.028 0.972 0.000
#> GSM82322 3 0.103 0.8517 0.024 0.000 0.976
#> GSM82352 3 0.113 0.8496 0.020 0.004 0.976
#> GSM82332 2 0.210 0.8147 0.004 0.944 0.052
#> GSM82357 2 0.210 0.8147 0.004 0.944 0.052
#> GSM82354 3 0.364 0.8271 0.124 0.004 0.872
#> GSM82372 3 0.378 0.8207 0.132 0.004 0.864
#> GSM82343 2 0.153 0.8161 0.000 0.960 0.040
#> GSM82362 2 0.153 0.8161 0.000 0.960 0.040
#> GSM128567 2 0.164 0.8155 0.000 0.956 0.044
#> GSM128568 2 0.164 0.8155 0.000 0.956 0.044
#> GSM82355 3 0.620 0.4932 0.008 0.336 0.656
#> GSM82358 3 0.618 0.5002 0.008 0.332 0.660
#> GSM128571 3 0.670 0.3660 0.012 0.412 0.576
#> GSM128572 3 0.670 0.3660 0.012 0.412 0.576
#> GSM128575 3 0.175 0.8423 0.012 0.028 0.960
#> GSM128576 3 0.175 0.8423 0.012 0.028 0.960
#> GSM82324 3 0.434 0.8245 0.120 0.024 0.856
#> GSM82326 3 0.441 0.8211 0.124 0.024 0.852
#> GSM82344 3 0.228 0.8558 0.052 0.008 0.940
#> GSM82363 3 0.245 0.8556 0.052 0.012 0.936
#> GSM82293 1 0.634 0.7802 0.736 0.044 0.220
#> GSM82294 1 0.634 0.7802 0.736 0.044 0.220
#> GSM82297 1 0.497 0.7360 0.764 0.000 0.236
#> GSM82298 1 0.497 0.7360 0.764 0.000 0.236
#> GSM82373 1 0.685 0.3887 0.600 0.380 0.020
#> GSM82374 1 0.685 0.3887 0.600 0.380 0.020
#> GSM82377 1 0.414 0.8149 0.860 0.016 0.124
#> GSM82378 1 0.414 0.8149 0.860 0.016 0.124
#> GSM82309 1 0.461 0.7478 0.844 0.128 0.028
#> GSM82310 1 0.461 0.7478 0.844 0.128 0.028
#> GSM128587 1 0.413 0.8187 0.856 0.012 0.132
#> GSM128588 1 0.413 0.8187 0.856 0.012 0.132
#> GSM128595 1 0.313 0.8222 0.904 0.008 0.088
#> GSM128596 1 0.313 0.8222 0.904 0.008 0.088
#> GSM128599 2 0.259 0.8077 0.004 0.924 0.072
#> GSM128600 2 0.259 0.8077 0.004 0.924 0.072
#> GSM128603 1 0.726 0.7600 0.696 0.088 0.216
#> GSM128604 1 0.726 0.7600 0.696 0.088 0.216
#> GSM82284 2 0.304 0.7903 0.000 0.896 0.104
#> GSM82321 2 0.304 0.7903 0.000 0.896 0.104
#> GSM82342 3 0.145 0.8568 0.024 0.008 0.968
#> GSM82361 3 0.145 0.8568 0.024 0.008 0.968
#> GSM82351 3 0.516 0.6754 0.008 0.216 0.776
#> GSM82371 3 0.516 0.6754 0.008 0.216 0.776
#> GSM82330 3 0.199 0.8563 0.048 0.004 0.948
#> GSM82336 3 0.199 0.8563 0.048 0.004 0.948
#> GSM128492 1 0.514 0.7237 0.748 0.000 0.252
#> GSM128493 1 0.514 0.7237 0.748 0.000 0.252
#> GSM82323 2 0.371 0.7662 0.004 0.868 0.128
#> GSM82353 2 0.371 0.7662 0.004 0.868 0.128
#> GSM82317 2 0.498 0.7773 0.096 0.840 0.064
#> GSM82318 2 0.498 0.7773 0.096 0.840 0.064
#> GSM128496 3 0.303 0.8438 0.092 0.004 0.904
#> GSM128497 3 0.285 0.8546 0.068 0.012 0.920
#> GSM82319 3 0.429 0.7443 0.152 0.008 0.840
#> GSM82320 3 0.429 0.7443 0.152 0.008 0.840
#> GSM128504 1 0.407 0.8012 0.864 0.016 0.120
#> GSM128505 1 0.407 0.8012 0.864 0.016 0.120
#> GSM128509 3 0.148 0.8434 0.012 0.020 0.968
#> GSM128510 3 0.149 0.8465 0.016 0.016 0.968
#> GSM82325 3 0.274 0.8574 0.052 0.020 0.928
#> GSM82327 3 0.274 0.8574 0.052 0.020 0.928
#> GSM82289 1 0.345 0.8232 0.888 0.008 0.104
#> GSM82291 1 0.345 0.8232 0.888 0.008 0.104
#> GSM82290 2 0.420 0.7293 0.136 0.852 0.012
#> GSM82292 2 0.662 0.2965 0.388 0.600 0.012
#> GSM128525 1 0.462 0.8042 0.836 0.020 0.144
#> GSM128526 1 0.462 0.8042 0.836 0.020 0.144
#> GSM128529 1 0.687 0.3812 0.596 0.384 0.020
#> GSM128530 1 0.687 0.3812 0.596 0.384 0.020
#> GSM128533 1 0.455 0.8039 0.840 0.020 0.140
#> GSM128534 1 0.455 0.8039 0.840 0.020 0.140
#> GSM128541 1 0.341 0.8188 0.900 0.020 0.080
#> GSM128542 1 0.341 0.8188 0.900 0.020 0.080
#> GSM128557 2 0.103 0.8070 0.024 0.976 0.000
#> GSM128558 2 0.103 0.8070 0.024 0.976 0.000
#> GSM82349 2 0.304 0.7903 0.000 0.896 0.104
#> GSM82367 2 0.304 0.7903 0.000 0.896 0.104
#> GSM82346 3 0.117 0.8502 0.008 0.016 0.976
#> GSM82364 3 0.101 0.8513 0.008 0.012 0.980
#> GSM82345 3 0.667 0.1858 0.008 0.468 0.524
#> GSM82360 3 0.667 0.1858 0.008 0.468 0.524
#> GSM82335 3 0.236 0.8485 0.072 0.000 0.928
#> GSM82339 3 0.188 0.8568 0.044 0.004 0.952
#> GSM128494 3 0.312 0.8356 0.108 0.000 0.892
#> GSM128495 3 0.312 0.8356 0.108 0.000 0.892
#> GSM82356 2 0.650 -0.0123 0.004 0.528 0.468
#> GSM82359 2 0.639 0.1978 0.004 0.584 0.412
#> GSM82347 3 0.623 0.4291 0.004 0.372 0.624
#> GSM82365 3 0.626 0.4133 0.004 0.380 0.616
#> GSM128498 3 0.296 0.8396 0.100 0.000 0.900
#> GSM128499 3 0.304 0.8372 0.104 0.000 0.896
#> GSM82333 3 0.148 0.8461 0.012 0.020 0.968
#> GSM82369 3 0.148 0.8461 0.012 0.020 0.968
#> GSM128506 2 0.153 0.8161 0.000 0.960 0.040
#> GSM128507 2 0.153 0.8161 0.000 0.960 0.040
#> GSM128511 2 0.216 0.8114 0.000 0.936 0.064
#> GSM128512 2 0.216 0.8114 0.000 0.936 0.064
#> GSM82334 3 0.274 0.8574 0.052 0.020 0.928
#> GSM82370 3 0.274 0.8574 0.052 0.020 0.928
#> GSM82305 2 0.621 0.2138 0.428 0.572 0.000
#> GSM82306 2 0.621 0.2138 0.428 0.572 0.000
#> GSM82303 2 0.403 0.7327 0.136 0.856 0.008
#> GSM82304 2 0.403 0.7327 0.136 0.856 0.008
#> GSM128527 1 0.303 0.8228 0.904 0.004 0.092
#> GSM128528 1 0.303 0.8228 0.904 0.004 0.092
#> GSM128531 1 0.687 0.3812 0.596 0.384 0.020
#> GSM128532 1 0.687 0.3812 0.596 0.384 0.020
#> GSM128535 1 0.462 0.8042 0.836 0.020 0.144
#> GSM128536 1 0.462 0.8042 0.836 0.020 0.144
#> GSM128543 1 0.341 0.8188 0.900 0.020 0.080
#> GSM128544 1 0.341 0.8188 0.900 0.020 0.080
#> GSM128559 1 0.603 0.6453 0.732 0.244 0.024
#> GSM128560 1 0.603 0.6453 0.732 0.244 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.7692 -0.751 0.272 0.272 0.000 0.456
#> GSM82314 4 0.7692 -0.751 0.272 0.272 0.000 0.456
#> GSM82331 3 0.4988 0.703 0.288 0.000 0.692 0.020
#> GSM82338 3 0.4988 0.703 0.288 0.000 0.692 0.020
#> GSM82315 4 0.7139 -0.304 0.372 0.120 0.004 0.504
#> GSM82316 4 0.7139 -0.304 0.372 0.120 0.004 0.504
#> GSM82350 3 0.5565 0.724 0.232 0.000 0.700 0.068
#> GSM82368 3 0.5532 0.726 0.228 0.000 0.704 0.068
#> GSM82328 2 0.0469 0.771 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0469 0.771 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.5460 0.459 0.340 0.000 0.028 0.632
#> GSM128566 4 0.5460 0.459 0.340 0.000 0.028 0.632
#> GSM82329 3 0.4199 0.742 0.128 0.044 0.824 0.004
#> GSM82341 3 0.4199 0.742 0.128 0.044 0.824 0.004
#> GSM128569 3 0.4820 0.712 0.296 0.000 0.692 0.012
#> GSM128570 3 0.4820 0.712 0.296 0.000 0.692 0.012
#> GSM128573 4 0.8342 0.284 0.236 0.056 0.188 0.520
#> GSM128574 4 0.8342 0.284 0.236 0.056 0.188 0.520
#> GSM82295 4 0.6022 0.383 0.460 0.004 0.032 0.504
#> GSM82296 4 0.6022 0.383 0.460 0.004 0.032 0.504
#> GSM82337 3 0.2408 0.793 0.044 0.000 0.920 0.036
#> GSM82379 3 0.2408 0.793 0.044 0.000 0.920 0.036
#> GSM82285 3 0.6974 0.473 0.396 0.000 0.488 0.116
#> GSM82286 3 0.7398 0.329 0.412 0.000 0.424 0.164
#> GSM82287 4 0.5683 0.360 0.452 0.012 0.008 0.528
#> GSM82288 4 0.5683 0.360 0.452 0.012 0.008 0.528
#> GSM82311 4 0.7460 -0.597 0.348 0.184 0.000 0.468
#> GSM82312 4 0.7460 -0.597 0.348 0.184 0.000 0.468
#> GSM82375 4 0.6724 0.326 0.332 0.028 0.052 0.588
#> GSM82376 4 0.6724 0.326 0.332 0.028 0.052 0.588
#> GSM82307 4 0.7891 -1.000 0.356 0.288 0.000 0.356
#> GSM82308 1 0.7891 0.000 0.356 0.288 0.000 0.356
#> GSM128585 4 0.4008 0.496 0.148 0.000 0.032 0.820
#> GSM128586 4 0.4008 0.496 0.148 0.000 0.032 0.820
#> GSM128593 4 0.1576 0.468 0.048 0.000 0.004 0.948
#> GSM128594 4 0.1576 0.468 0.048 0.000 0.004 0.948
#> GSM128597 4 0.7982 0.312 0.288 0.032 0.164 0.516
#> GSM128598 4 0.7982 0.312 0.288 0.032 0.164 0.516
#> GSM128601 4 0.7475 0.364 0.308 0.024 0.120 0.548
#> GSM128602 4 0.7475 0.364 0.308 0.024 0.120 0.548
#> GSM82348 2 0.1022 0.759 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.1302 0.747 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM82322 3 0.3591 0.792 0.168 0.000 0.824 0.008
#> GSM82352 3 0.3208 0.794 0.148 0.000 0.848 0.004
#> GSM82332 2 0.0188 0.780 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0188 0.780 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.5532 0.726 0.228 0.000 0.704 0.068
#> GSM82372 3 0.5532 0.726 0.228 0.000 0.704 0.068
#> GSM82343 2 0.0188 0.781 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82362 2 0.0188 0.781 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128567 2 0.0336 0.781 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM128568 2 0.0336 0.781 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82355 3 0.6945 0.415 0.132 0.284 0.580 0.004
#> GSM82358 3 0.6924 0.423 0.132 0.280 0.584 0.004
#> GSM128571 3 0.7562 0.203 0.164 0.412 0.420 0.004
#> GSM128572 3 0.7562 0.203 0.164 0.412 0.420 0.004
#> GSM128575 3 0.2676 0.768 0.092 0.012 0.896 0.000
#> GSM128576 3 0.2676 0.768 0.092 0.012 0.896 0.000
#> GSM82324 3 0.6318 0.555 0.408 0.004 0.536 0.052
#> GSM82326 3 0.6384 0.548 0.408 0.004 0.532 0.056
#> GSM82344 3 0.2021 0.792 0.040 0.000 0.936 0.024
#> GSM82363 3 0.2021 0.792 0.040 0.000 0.936 0.024
#> GSM82293 4 0.7324 0.374 0.380 0.008 0.124 0.488
#> GSM82294 4 0.7324 0.374 0.380 0.008 0.124 0.488
#> GSM82297 4 0.7121 0.418 0.292 0.000 0.164 0.544
#> GSM82298 4 0.7121 0.418 0.292 0.000 0.164 0.544
#> GSM82373 4 0.7395 -0.582 0.344 0.176 0.000 0.480
#> GSM82374 4 0.7395 -0.582 0.344 0.176 0.000 0.480
#> GSM82377 4 0.3088 0.428 0.128 0.000 0.008 0.864
#> GSM82378 4 0.3088 0.428 0.128 0.000 0.008 0.864
#> GSM82309 4 0.6330 -0.251 0.448 0.060 0.000 0.492
#> GSM82310 4 0.6330 -0.251 0.448 0.060 0.000 0.492
#> GSM128587 4 0.3711 0.502 0.140 0.000 0.024 0.836
#> GSM128588 4 0.3711 0.502 0.140 0.000 0.024 0.836
#> GSM128595 4 0.0895 0.484 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM128596 4 0.0895 0.484 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM128599 2 0.3168 0.755 0.068 0.888 0.040 0.004
#> GSM128600 2 0.3168 0.755 0.068 0.888 0.040 0.004
#> GSM128603 4 0.7681 0.358 0.300 0.040 0.112 0.548
#> GSM128604 4 0.7681 0.358 0.300 0.040 0.112 0.548
#> GSM82284 2 0.2313 0.768 0.032 0.924 0.044 0.000
#> GSM82321 2 0.2313 0.768 0.032 0.924 0.044 0.000
#> GSM82342 3 0.0336 0.800 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM82361 3 0.0336 0.800 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM82351 3 0.6475 0.489 0.108 0.252 0.636 0.004
#> GSM82371 3 0.6475 0.489 0.108 0.252 0.636 0.004
#> GSM82330 3 0.2773 0.797 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM82336 3 0.2773 0.797 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM128492 4 0.7363 0.387 0.332 0.000 0.176 0.492
#> GSM128493 4 0.7363 0.387 0.332 0.000 0.176 0.492
#> GSM82323 2 0.3471 0.741 0.072 0.868 0.060 0.000
#> GSM82353 2 0.3471 0.741 0.072 0.868 0.060 0.000
#> GSM82317 2 0.7913 0.322 0.224 0.576 0.060 0.140
#> GSM82318 2 0.7913 0.322 0.224 0.576 0.060 0.140
#> GSM128496 3 0.3099 0.795 0.104 0.000 0.876 0.020
#> GSM128497 3 0.2706 0.800 0.080 0.000 0.900 0.020
#> GSM82319 3 0.6767 0.568 0.200 0.008 0.636 0.156
#> GSM82320 3 0.6767 0.568 0.200 0.008 0.636 0.156
#> GSM128504 4 0.5331 0.449 0.332 0.000 0.024 0.644
#> GSM128505 4 0.5331 0.449 0.332 0.000 0.024 0.644
#> GSM128509 3 0.3632 0.795 0.156 0.008 0.832 0.004
#> GSM128510 3 0.3534 0.796 0.148 0.008 0.840 0.004
#> GSM82325 3 0.1635 0.803 0.044 0.000 0.948 0.008
#> GSM82327 3 0.1635 0.803 0.044 0.000 0.948 0.008
#> GSM82289 4 0.3552 0.471 0.128 0.000 0.024 0.848
#> GSM82291 4 0.3552 0.471 0.128 0.000 0.024 0.848
#> GSM82290 2 0.7002 -0.384 0.352 0.520 0.000 0.128
#> GSM82292 2 0.7692 -0.712 0.368 0.412 0.000 0.220
#> GSM128525 4 0.4552 0.465 0.172 0.000 0.044 0.784
#> GSM128526 4 0.4552 0.465 0.172 0.000 0.044 0.784
#> GSM128529 4 0.7451 -0.562 0.344 0.184 0.000 0.472
#> GSM128530 4 0.7451 -0.562 0.344 0.184 0.000 0.472
#> GSM128533 4 0.4720 0.463 0.188 0.000 0.044 0.768
#> GSM128534 4 0.4720 0.463 0.188 0.000 0.044 0.768
#> GSM128541 4 0.3217 0.457 0.128 0.000 0.012 0.860
#> GSM128542 4 0.3217 0.457 0.128 0.000 0.012 0.860
#> GSM128557 2 0.0188 0.777 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0188 0.777 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.2224 0.770 0.032 0.928 0.040 0.000
#> GSM82367 2 0.2224 0.770 0.032 0.928 0.040 0.000
#> GSM82346 3 0.0592 0.797 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82364 3 0.0592 0.797 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM82345 2 0.6855 0.343 0.104 0.556 0.336 0.004
#> GSM82360 2 0.6855 0.343 0.104 0.556 0.336 0.004
#> GSM82335 3 0.2773 0.797 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM82339 3 0.2714 0.797 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM128494 3 0.3450 0.780 0.156 0.000 0.836 0.008
#> GSM128495 3 0.3450 0.780 0.156 0.000 0.836 0.008
#> GSM82356 2 0.6298 0.493 0.100 0.632 0.268 0.000
#> GSM82359 2 0.6248 0.510 0.100 0.640 0.260 0.000
#> GSM82347 3 0.7034 0.297 0.116 0.348 0.532 0.004
#> GSM82365 3 0.7045 0.288 0.116 0.352 0.528 0.004
#> GSM128498 3 0.3182 0.793 0.096 0.000 0.876 0.028
#> GSM128499 3 0.3279 0.792 0.096 0.000 0.872 0.032
#> GSM82333 3 0.2216 0.777 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM82369 3 0.2216 0.777 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM128506 2 0.0188 0.781 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128507 2 0.0188 0.781 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128511 2 0.0927 0.781 0.016 0.976 0.008 0.000
#> GSM128512 2 0.0927 0.781 0.016 0.976 0.008 0.000
#> GSM82334 3 0.1545 0.802 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM82370 3 0.1545 0.802 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM82305 4 0.7700 -0.593 0.228 0.344 0.000 0.428
#> GSM82306 4 0.7700 -0.593 0.228 0.344 0.000 0.428
#> GSM82303 2 0.6669 -0.216 0.320 0.572 0.000 0.108
#> GSM82304 2 0.6669 -0.216 0.320 0.572 0.000 0.108
#> GSM128527 4 0.1209 0.478 0.032 0.000 0.004 0.964
#> GSM128528 4 0.1209 0.478 0.032 0.000 0.004 0.964
#> GSM128531 4 0.7451 -0.562 0.344 0.184 0.000 0.472
#> GSM128532 4 0.7451 -0.562 0.344 0.184 0.000 0.472
#> GSM128535 4 0.4720 0.463 0.188 0.000 0.044 0.768
#> GSM128536 4 0.4720 0.463 0.188 0.000 0.044 0.768
#> GSM128543 4 0.3217 0.457 0.128 0.000 0.012 0.860
#> GSM128544 4 0.3217 0.457 0.128 0.000 0.012 0.860
#> GSM128559 4 0.5731 0.194 0.172 0.116 0.000 0.712
#> GSM128560 4 0.5731 0.194 0.172 0.116 0.000 0.712
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.6840 0.4236 0.176 0.244 0.000 0.544 0.036
#> GSM82314 4 0.6840 0.4236 0.176 0.244 0.000 0.544 0.036
#> GSM82331 5 0.5333 0.1557 0.012 0.000 0.376 0.036 0.576
#> GSM82338 5 0.5333 0.1557 0.012 0.000 0.376 0.036 0.576
#> GSM82315 4 0.4939 0.4382 0.116 0.068 0.004 0.768 0.044
#> GSM82316 4 0.4939 0.4382 0.116 0.068 0.004 0.768 0.044
#> GSM82350 3 0.6643 0.3226 0.088 0.000 0.488 0.044 0.380
#> GSM82368 3 0.6643 0.3226 0.088 0.000 0.488 0.044 0.380
#> GSM82328 2 0.1522 0.8060 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM82340 2 0.1522 0.8060 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> GSM128565 1 0.6186 0.3189 0.552 0.000 0.012 0.116 0.320
#> GSM128566 1 0.6186 0.3189 0.552 0.000 0.012 0.116 0.320
#> GSM82329 3 0.4447 0.6080 0.004 0.016 0.784 0.056 0.140
#> GSM82341 3 0.4629 0.6033 0.004 0.024 0.776 0.056 0.140
#> GSM128569 5 0.4588 0.0381 0.000 0.000 0.380 0.016 0.604
#> GSM128570 5 0.4588 0.0381 0.000 0.000 0.380 0.016 0.604
#> GSM128573 4 0.9036 0.1770 0.192 0.044 0.208 0.380 0.176
#> GSM128574 4 0.9036 0.1770 0.192 0.044 0.208 0.380 0.176
#> GSM82295 5 0.6453 0.2625 0.148 0.000 0.012 0.316 0.524
#> GSM82296 5 0.6453 0.2625 0.148 0.000 0.012 0.316 0.524
#> GSM82337 3 0.2564 0.6784 0.052 0.000 0.904 0.020 0.024
#> GSM82379 3 0.2564 0.6784 0.052 0.000 0.904 0.020 0.024
#> GSM82285 5 0.5767 0.4447 0.048 0.000 0.200 0.076 0.676
#> GSM82286 5 0.5797 0.4888 0.060 0.000 0.156 0.092 0.692
#> GSM82287 4 0.6726 -0.0897 0.208 0.000 0.004 0.400 0.388
#> GSM82288 4 0.6726 -0.0897 0.208 0.000 0.004 0.400 0.388
#> GSM82311 4 0.5067 0.5073 0.108 0.136 0.000 0.736 0.020
#> GSM82312 4 0.5067 0.5073 0.108 0.136 0.000 0.736 0.020
#> GSM82375 4 0.7422 0.1561 0.228 0.024 0.024 0.504 0.220
#> GSM82376 4 0.7422 0.1561 0.228 0.024 0.024 0.504 0.220
#> GSM82307 4 0.5877 0.4822 0.080 0.264 0.000 0.628 0.028
#> GSM82308 4 0.5877 0.4822 0.080 0.264 0.000 0.628 0.028
#> GSM128585 1 0.6378 0.4397 0.512 0.000 0.016 0.356 0.116
#> GSM128586 1 0.6378 0.4397 0.512 0.000 0.016 0.356 0.116
#> GSM128593 1 0.5363 0.5758 0.612 0.000 0.004 0.320 0.064
#> GSM128594 1 0.5363 0.5758 0.612 0.000 0.004 0.320 0.064
#> GSM128597 4 0.8454 0.2112 0.164 0.024 0.144 0.444 0.224
#> GSM128598 4 0.8454 0.2112 0.164 0.024 0.144 0.444 0.224
#> GSM128601 4 0.7746 0.1133 0.240 0.024 0.024 0.416 0.296
#> GSM128602 4 0.7746 0.1133 0.240 0.024 0.024 0.416 0.296
#> GSM82348 2 0.1670 0.8028 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> GSM82366 2 0.1809 0.7947 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> GSM82322 3 0.5701 0.4362 0.004 0.008 0.584 0.064 0.340
#> GSM82352 3 0.5561 0.4668 0.004 0.008 0.620 0.064 0.304
#> GSM82332 2 0.0290 0.8222 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82357 2 0.0290 0.8222 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM82354 3 0.6643 0.3226 0.088 0.000 0.488 0.044 0.380
#> GSM82372 3 0.6643 0.3226 0.088 0.000 0.488 0.044 0.380
#> GSM82343 2 0.0880 0.8186 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM82362 2 0.0880 0.8186 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM128567 2 0.0609 0.8210 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM128568 2 0.0609 0.8210 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM82355 3 0.6286 0.4933 0.000 0.132 0.652 0.068 0.148
#> GSM82358 3 0.6286 0.4933 0.000 0.132 0.652 0.068 0.148
#> GSM128571 5 0.7588 -0.1886 0.000 0.260 0.328 0.044 0.368
#> GSM128572 5 0.7588 -0.1886 0.000 0.260 0.328 0.044 0.368
#> GSM128575 3 0.2409 0.6603 0.000 0.020 0.908 0.012 0.060
#> GSM128576 3 0.2409 0.6603 0.000 0.020 0.908 0.012 0.060
#> GSM82324 5 0.5421 0.4314 0.024 0.000 0.192 0.088 0.696
#> GSM82326 5 0.5421 0.4314 0.024 0.000 0.192 0.088 0.696
#> GSM82344 3 0.1799 0.6819 0.028 0.000 0.940 0.020 0.012
#> GSM82363 3 0.1799 0.6819 0.028 0.000 0.940 0.020 0.012
#> GSM82293 5 0.7002 0.1214 0.176 0.000 0.024 0.376 0.424
#> GSM82294 5 0.7002 0.1214 0.176 0.000 0.024 0.376 0.424
#> GSM82297 5 0.7445 0.2214 0.260 0.000 0.052 0.228 0.460
#> GSM82298 5 0.7445 0.2214 0.260 0.000 0.052 0.228 0.460
#> GSM82373 4 0.5072 0.5047 0.112 0.132 0.000 0.736 0.020
#> GSM82374 4 0.5072 0.5047 0.112 0.132 0.000 0.736 0.020
#> GSM82377 1 0.5176 0.5696 0.656 0.000 0.008 0.280 0.056
#> GSM82378 1 0.5176 0.5696 0.656 0.000 0.008 0.280 0.056
#> GSM82309 4 0.5416 0.3988 0.156 0.040 0.000 0.716 0.088
#> GSM82310 4 0.5416 0.3988 0.156 0.040 0.000 0.716 0.088
#> GSM128587 1 0.5961 0.5499 0.596 0.000 0.012 0.284 0.108
#> GSM128588 1 0.5961 0.5499 0.596 0.000 0.012 0.284 0.108
#> GSM128595 1 0.5458 0.5931 0.632 0.000 0.012 0.292 0.064
#> GSM128596 1 0.5458 0.5931 0.632 0.000 0.012 0.292 0.064
#> GSM128599 2 0.5777 0.6553 0.004 0.712 0.080 0.088 0.116
#> GSM128600 2 0.5777 0.6553 0.004 0.712 0.080 0.088 0.116
#> GSM128603 4 0.7755 0.1116 0.240 0.024 0.024 0.412 0.300
#> GSM128604 4 0.7755 0.1116 0.240 0.024 0.024 0.412 0.300
#> GSM82284 2 0.2492 0.7991 0.004 0.912 0.040 0.016 0.028
#> GSM82321 2 0.2492 0.7991 0.004 0.912 0.040 0.016 0.028
#> GSM82342 3 0.1952 0.6891 0.000 0.000 0.912 0.004 0.084
#> GSM82361 3 0.1952 0.6891 0.000 0.000 0.912 0.004 0.084
#> GSM82351 3 0.5535 0.5271 0.004 0.140 0.720 0.044 0.092
#> GSM82371 3 0.5535 0.5271 0.004 0.140 0.720 0.044 0.092
#> GSM82330 3 0.4164 0.6082 0.008 0.000 0.728 0.012 0.252
#> GSM82336 3 0.4164 0.6082 0.008 0.000 0.728 0.012 0.252
#> GSM128492 5 0.7443 0.2911 0.260 0.000 0.064 0.196 0.480
#> GSM128493 5 0.7443 0.2911 0.260 0.000 0.064 0.196 0.480
#> GSM82323 2 0.4600 0.7236 0.004 0.796 0.056 0.056 0.088
#> GSM82353 2 0.4600 0.7236 0.004 0.796 0.056 0.056 0.088
#> GSM82317 4 0.8418 0.1472 0.020 0.344 0.124 0.364 0.148
#> GSM82318 4 0.8418 0.1472 0.020 0.344 0.124 0.364 0.148
#> GSM128496 3 0.4763 0.6080 0.020 0.000 0.716 0.032 0.232
#> GSM128497 3 0.4443 0.6295 0.016 0.000 0.744 0.028 0.212
#> GSM82319 3 0.7231 0.2377 0.044 0.016 0.548 0.236 0.156
#> GSM82320 3 0.7231 0.2377 0.044 0.016 0.548 0.236 0.156
#> GSM128504 1 0.6269 0.2855 0.520 0.000 0.008 0.128 0.344
#> GSM128505 1 0.6269 0.2855 0.520 0.000 0.008 0.128 0.344
#> GSM128509 3 0.5070 0.5496 0.000 0.016 0.640 0.028 0.316
#> GSM128510 3 0.5128 0.5592 0.000 0.016 0.640 0.032 0.312
#> GSM82325 3 0.2803 0.6849 0.012 0.004 0.884 0.012 0.088
#> GSM82327 3 0.2803 0.6849 0.012 0.004 0.884 0.012 0.088
#> GSM82289 1 0.5093 0.6260 0.728 0.000 0.020 0.164 0.088
#> GSM82291 1 0.5093 0.6260 0.728 0.000 0.020 0.164 0.088
#> GSM82290 4 0.5094 0.2741 0.008 0.412 0.000 0.556 0.024
#> GSM82292 4 0.5169 0.4778 0.028 0.300 0.000 0.648 0.024
#> GSM128525 1 0.1300 0.6429 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM128526 1 0.1300 0.6429 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> GSM128529 4 0.4924 0.5052 0.112 0.136 0.000 0.740 0.012
#> GSM128530 4 0.4924 0.5052 0.112 0.136 0.000 0.740 0.012
#> GSM128533 1 0.1461 0.6433 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> GSM128534 1 0.1461 0.6433 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> GSM128541 1 0.2935 0.6530 0.860 0.000 0.004 0.120 0.016
#> GSM128542 1 0.2935 0.6530 0.860 0.000 0.004 0.120 0.016
#> GSM128557 2 0.1444 0.8090 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM128558 2 0.1444 0.8090 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM82349 2 0.2577 0.7975 0.004 0.908 0.040 0.016 0.032
#> GSM82367 2 0.2577 0.7975 0.004 0.908 0.040 0.016 0.032
#> GSM82346 3 0.1704 0.6909 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM82364 3 0.1704 0.6909 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> GSM82345 2 0.6822 0.1701 0.004 0.448 0.416 0.044 0.088
#> GSM82360 2 0.6822 0.1701 0.004 0.448 0.416 0.044 0.088
#> GSM82335 3 0.4190 0.6053 0.008 0.000 0.724 0.012 0.256
#> GSM82339 3 0.4110 0.6153 0.008 0.000 0.736 0.012 0.244
#> GSM128494 3 0.4747 0.4401 0.008 0.000 0.604 0.012 0.376
#> GSM128495 3 0.4747 0.4401 0.008 0.000 0.604 0.012 0.376
#> GSM82356 2 0.6960 0.3741 0.004 0.524 0.316 0.064 0.092
#> GSM82359 2 0.6947 0.3843 0.004 0.528 0.312 0.064 0.092
#> GSM82347 3 0.6561 0.4188 0.000 0.216 0.596 0.044 0.144
#> GSM82365 3 0.6586 0.4136 0.000 0.220 0.592 0.044 0.144
#> GSM128498 3 0.4567 0.6159 0.020 0.000 0.736 0.028 0.216
#> GSM128499 3 0.4567 0.6159 0.020 0.000 0.736 0.028 0.216
#> GSM82333 3 0.2158 0.6665 0.000 0.008 0.920 0.020 0.052
#> GSM82369 3 0.2158 0.6665 0.000 0.008 0.920 0.020 0.052
#> GSM128506 2 0.1205 0.8187 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM128507 2 0.1205 0.8187 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM128511 2 0.0290 0.8215 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0290 0.8215 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.2745 0.6853 0.012 0.004 0.888 0.012 0.084
#> GSM82370 3 0.2745 0.6853 0.012 0.004 0.888 0.012 0.084
#> GSM82305 4 0.7840 0.3298 0.220 0.324 0.000 0.380 0.076
#> GSM82306 4 0.7840 0.3298 0.220 0.324 0.000 0.380 0.076
#> GSM82303 4 0.4994 0.1553 0.008 0.464 0.000 0.512 0.016
#> GSM82304 4 0.4994 0.1553 0.008 0.464 0.000 0.512 0.016
#> GSM128527 1 0.5169 0.5813 0.640 0.000 0.008 0.304 0.048
#> GSM128528 1 0.5169 0.5813 0.640 0.000 0.008 0.304 0.048
#> GSM128531 4 0.4924 0.5052 0.112 0.136 0.000 0.740 0.012
#> GSM128532 4 0.4924 0.5052 0.112 0.136 0.000 0.740 0.012
#> GSM128535 1 0.1461 0.6433 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> GSM128536 1 0.1461 0.6433 0.952 0.000 0.016 0.004 0.028
#> GSM128543 1 0.2935 0.6530 0.860 0.000 0.004 0.120 0.016
#> GSM128544 1 0.2935 0.6530 0.860 0.000 0.004 0.120 0.016
#> GSM128559 1 0.7179 0.2596 0.520 0.124 0.004 0.288 0.064
#> GSM128560 1 0.7179 0.2596 0.520 0.124 0.004 0.288 0.064
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.6725 0.5016 0.152 0.152 0.040 0.584 0.072 0.000
#> GSM82314 4 0.6725 0.5016 0.152 0.152 0.040 0.584 0.072 0.000
#> GSM82331 6 0.4633 0.5084 0.004 0.000 0.048 0.008 0.272 0.668
#> GSM82338 6 0.4633 0.5084 0.004 0.000 0.048 0.008 0.272 0.668
#> GSM82315 4 0.5532 0.3065 0.124 0.028 0.016 0.668 0.164 0.000
#> GSM82316 4 0.5532 0.3065 0.124 0.028 0.016 0.668 0.164 0.000
#> GSM82350 6 0.5128 0.5376 0.088 0.000 0.064 0.024 0.088 0.736
#> GSM82368 6 0.5128 0.5376 0.088 0.000 0.064 0.024 0.088 0.736
#> GSM82328 2 0.1820 0.8325 0.000 0.928 0.012 0.044 0.016 0.000
#> GSM82340 2 0.1820 0.8325 0.000 0.928 0.012 0.044 0.016 0.000
#> GSM128565 1 0.6265 0.1673 0.528 0.000 0.008 0.060 0.316 0.088
#> GSM128566 1 0.6265 0.1673 0.528 0.000 0.008 0.060 0.316 0.088
#> GSM82329 3 0.3314 0.5020 0.000 0.000 0.816 0.008 0.032 0.144
#> GSM82341 3 0.3314 0.5020 0.000 0.000 0.816 0.008 0.032 0.144
#> GSM128569 6 0.4980 0.5159 0.004 0.004 0.076 0.016 0.212 0.688
#> GSM128570 6 0.4980 0.5159 0.004 0.004 0.076 0.016 0.212 0.688
#> GSM128573 5 0.8414 0.4309 0.124 0.016 0.232 0.256 0.332 0.040
#> GSM128574 5 0.8414 0.4309 0.124 0.016 0.232 0.256 0.332 0.040
#> GSM82295 5 0.7444 0.4726 0.116 0.000 0.024 0.236 0.460 0.164
#> GSM82296 5 0.7444 0.4726 0.116 0.000 0.024 0.236 0.460 0.164
#> GSM82337 3 0.5268 0.4229 0.060 0.000 0.572 0.004 0.016 0.348
#> GSM82379 3 0.5268 0.4229 0.060 0.000 0.572 0.004 0.016 0.348
#> GSM82285 6 0.5435 0.2365 0.056 0.000 0.008 0.016 0.404 0.516
#> GSM82286 6 0.5268 0.1927 0.060 0.000 0.000 0.016 0.416 0.508
#> GSM82287 5 0.6737 0.5329 0.184 0.004 0.000 0.244 0.500 0.068
#> GSM82288 5 0.6737 0.5329 0.184 0.004 0.000 0.244 0.500 0.068
#> GSM82311 4 0.3615 0.5889 0.112 0.056 0.004 0.816 0.012 0.000
#> GSM82312 4 0.3615 0.5889 0.112 0.056 0.004 0.816 0.012 0.000
#> GSM82375 4 0.7607 -0.4462 0.172 0.012 0.068 0.380 0.344 0.024
#> GSM82376 4 0.7607 -0.4462 0.172 0.012 0.068 0.380 0.344 0.024
#> GSM82307 4 0.4752 0.5732 0.044 0.160 0.020 0.740 0.036 0.000
#> GSM82308 4 0.4752 0.5732 0.044 0.160 0.020 0.740 0.036 0.000
#> GSM128585 1 0.6968 0.0828 0.384 0.000 0.040 0.304 0.264 0.008
#> GSM128586 1 0.6968 0.0828 0.384 0.000 0.040 0.304 0.264 0.008
#> GSM128593 1 0.5996 0.4990 0.576 0.000 0.020 0.216 0.180 0.008
#> GSM128594 1 0.5996 0.4990 0.576 0.000 0.020 0.216 0.180 0.008
#> GSM128597 5 0.8599 0.4029 0.136 0.008 0.172 0.236 0.356 0.092
#> GSM128598 5 0.8599 0.4029 0.136 0.008 0.172 0.236 0.356 0.092
#> GSM128601 5 0.7997 0.5334 0.152 0.012 0.084 0.316 0.384 0.052
#> GSM128602 5 0.7997 0.5334 0.152 0.012 0.084 0.316 0.384 0.052
#> GSM82348 2 0.2763 0.8048 0.000 0.876 0.028 0.072 0.024 0.000
#> GSM82366 2 0.2818 0.8011 0.000 0.872 0.028 0.076 0.024 0.000
#> GSM82322 6 0.6346 0.3254 0.004 0.008 0.284 0.016 0.180 0.508
#> GSM82352 6 0.6369 0.2216 0.004 0.008 0.340 0.016 0.160 0.472
#> GSM82332 2 0.0806 0.8494 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0806 0.8494 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> GSM82354 6 0.5128 0.5376 0.088 0.000 0.064 0.024 0.088 0.736
#> GSM82372 6 0.5128 0.5376 0.088 0.000 0.064 0.024 0.088 0.736
#> GSM82343 2 0.0858 0.8479 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> GSM82362 2 0.0858 0.8479 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> GSM128567 2 0.0777 0.8485 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM128568 2 0.0777 0.8485 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> GSM82355 3 0.4078 0.4880 0.000 0.072 0.800 0.008 0.032 0.088
#> GSM82358 3 0.4078 0.4880 0.000 0.072 0.800 0.008 0.032 0.088
#> GSM128571 6 0.7738 0.2294 0.000 0.188 0.220 0.028 0.140 0.424
#> GSM128572 6 0.7738 0.2294 0.000 0.188 0.220 0.028 0.140 0.424
#> GSM128575 3 0.3394 0.5169 0.000 0.000 0.752 0.000 0.012 0.236
#> GSM128576 3 0.3394 0.5169 0.000 0.000 0.752 0.000 0.012 0.236
#> GSM82324 6 0.6261 0.2342 0.008 0.000 0.048 0.096 0.344 0.504
#> GSM82326 6 0.6261 0.2342 0.008 0.000 0.048 0.096 0.344 0.504
#> GSM82344 3 0.4969 0.4375 0.044 0.000 0.592 0.004 0.012 0.348
#> GSM82363 3 0.4957 0.4422 0.044 0.000 0.596 0.004 0.012 0.344
#> GSM82293 5 0.7545 0.6073 0.144 0.004 0.044 0.192 0.500 0.116
#> GSM82294 5 0.7545 0.6073 0.144 0.004 0.044 0.192 0.500 0.116
#> GSM82297 5 0.7029 0.4956 0.232 0.000 0.012 0.124 0.504 0.128
#> GSM82298 5 0.7029 0.4956 0.232 0.000 0.012 0.124 0.504 0.128
#> GSM82373 4 0.3615 0.5889 0.112 0.056 0.004 0.816 0.012 0.000
#> GSM82374 4 0.3615 0.5889 0.112 0.056 0.004 0.816 0.012 0.000
#> GSM82377 1 0.6162 0.5057 0.564 0.000 0.032 0.240 0.156 0.008
#> GSM82378 1 0.6162 0.5057 0.564 0.000 0.032 0.240 0.156 0.008
#> GSM82309 4 0.4800 0.5382 0.120 0.024 0.008 0.760 0.060 0.028
#> GSM82310 4 0.4800 0.5382 0.120 0.024 0.008 0.760 0.060 0.028
#> GSM128587 1 0.6491 0.3144 0.484 0.000 0.032 0.276 0.204 0.004
#> GSM128588 1 0.6491 0.3144 0.484 0.000 0.032 0.276 0.204 0.004
#> GSM128595 1 0.5951 0.5036 0.584 0.000 0.020 0.208 0.180 0.008
#> GSM128596 1 0.5951 0.5036 0.584 0.000 0.020 0.208 0.180 0.008
#> GSM128599 2 0.6105 0.5692 0.004 0.628 0.140 0.064 0.156 0.008
#> GSM128600 2 0.6105 0.5692 0.004 0.628 0.140 0.064 0.156 0.008
#> GSM128603 5 0.8050 0.5360 0.148 0.016 0.084 0.316 0.384 0.052
#> GSM128604 5 0.8050 0.5360 0.148 0.016 0.084 0.316 0.384 0.052
#> GSM82284 2 0.2679 0.8157 0.000 0.876 0.088 0.008 0.024 0.004
#> GSM82321 2 0.2679 0.8157 0.000 0.876 0.088 0.008 0.024 0.004
#> GSM82342 3 0.4227 0.2199 0.000 0.000 0.496 0.004 0.008 0.492
#> GSM82361 3 0.4227 0.2199 0.000 0.000 0.496 0.004 0.008 0.492
#> GSM82351 3 0.5325 0.4786 0.000 0.120 0.696 0.008 0.048 0.128
#> GSM82371 3 0.5325 0.4786 0.000 0.120 0.696 0.008 0.048 0.128
#> GSM82330 6 0.3712 0.4632 0.000 0.000 0.204 0.004 0.032 0.760
#> GSM82336 6 0.3712 0.4632 0.000 0.000 0.204 0.004 0.032 0.760
#> GSM128492 5 0.7145 0.4735 0.192 0.000 0.012 0.080 0.456 0.260
#> GSM128493 5 0.7145 0.4735 0.192 0.000 0.012 0.080 0.456 0.260
#> GSM82323 2 0.4213 0.7218 0.000 0.752 0.184 0.020 0.040 0.004
#> GSM82353 2 0.4213 0.7218 0.000 0.752 0.184 0.020 0.040 0.004
#> GSM82317 3 0.8556 -0.2260 0.028 0.248 0.268 0.260 0.176 0.020
#> GSM82318 3 0.8556 -0.2260 0.028 0.248 0.268 0.260 0.176 0.020
#> GSM128496 6 0.4816 0.4342 0.056 0.000 0.224 0.004 0.024 0.692
#> GSM128497 6 0.4935 0.4021 0.056 0.000 0.244 0.004 0.024 0.672
#> GSM82319 3 0.7052 0.2751 0.016 0.012 0.552 0.132 0.180 0.108
#> GSM82320 3 0.7052 0.2751 0.016 0.012 0.552 0.132 0.180 0.108
#> GSM128504 1 0.6502 0.2427 0.532 0.008 0.008 0.084 0.300 0.068
#> GSM128505 1 0.6502 0.2427 0.532 0.008 0.008 0.084 0.300 0.068
#> GSM128509 6 0.5972 0.2135 0.000 0.008 0.380 0.020 0.104 0.488
#> GSM128510 6 0.5931 0.2254 0.000 0.008 0.376 0.020 0.100 0.496
#> GSM82325 3 0.5063 0.3195 0.028 0.000 0.496 0.004 0.020 0.452
#> GSM82327 3 0.5063 0.3195 0.028 0.000 0.496 0.004 0.020 0.452
#> GSM82289 1 0.5833 0.4782 0.640 0.000 0.024 0.108 0.196 0.032
#> GSM82291 1 0.5833 0.4782 0.640 0.000 0.024 0.108 0.196 0.032
#> GSM82290 4 0.5239 0.3914 0.000 0.344 0.028 0.576 0.052 0.000
#> GSM82292 4 0.4923 0.5198 0.000 0.264 0.028 0.656 0.052 0.000
#> GSM128525 1 0.1317 0.5631 0.956 0.000 0.004 0.008 0.016 0.016
#> GSM128526 1 0.1317 0.5631 0.956 0.000 0.004 0.008 0.016 0.016
#> GSM128529 4 0.4348 0.5655 0.108 0.060 0.008 0.780 0.044 0.000
#> GSM128530 4 0.4348 0.5655 0.108 0.060 0.008 0.780 0.044 0.000
#> GSM128533 1 0.1527 0.5584 0.948 0.000 0.012 0.008 0.012 0.020
#> GSM128534 1 0.1527 0.5584 0.948 0.000 0.012 0.008 0.012 0.020
#> GSM128541 1 0.3596 0.5834 0.796 0.000 0.004 0.156 0.040 0.004
#> GSM128542 1 0.3596 0.5834 0.796 0.000 0.004 0.156 0.040 0.004
#> GSM128557 2 0.2095 0.8330 0.000 0.916 0.016 0.052 0.012 0.004
#> GSM128558 2 0.2095 0.8330 0.000 0.916 0.016 0.052 0.012 0.004
#> GSM82349 2 0.2679 0.8157 0.000 0.876 0.088 0.008 0.024 0.004
#> GSM82367 2 0.2679 0.8157 0.000 0.876 0.088 0.008 0.024 0.004
#> GSM82346 3 0.4214 0.2958 0.000 0.000 0.528 0.004 0.008 0.460
#> GSM82364 3 0.4214 0.2958 0.000 0.000 0.528 0.004 0.008 0.460
#> GSM82345 3 0.5761 0.1722 0.000 0.360 0.536 0.008 0.048 0.048
#> GSM82360 3 0.5761 0.1722 0.000 0.360 0.536 0.008 0.048 0.048
#> GSM82335 6 0.3669 0.4598 0.000 0.000 0.208 0.004 0.028 0.760
#> GSM82339 6 0.3726 0.4495 0.000 0.000 0.216 0.004 0.028 0.752
#> GSM128494 6 0.4151 0.4962 0.012 0.000 0.152 0.000 0.076 0.760
#> GSM128495 6 0.4151 0.4962 0.012 0.000 0.152 0.000 0.076 0.760
#> GSM82356 2 0.5726 0.2823 0.000 0.512 0.396 0.024 0.044 0.024
#> GSM82359 2 0.5726 0.2823 0.000 0.512 0.396 0.024 0.044 0.024
#> GSM82347 3 0.5593 0.4366 0.000 0.140 0.684 0.016 0.064 0.096
#> GSM82365 3 0.5593 0.4366 0.000 0.140 0.684 0.016 0.064 0.096
#> GSM128498 6 0.4682 0.4199 0.056 0.000 0.228 0.004 0.016 0.696
#> GSM128499 6 0.4682 0.4199 0.056 0.000 0.228 0.004 0.016 0.696
#> GSM82333 3 0.3688 0.5090 0.000 0.000 0.724 0.000 0.020 0.256
#> GSM82369 3 0.3688 0.5090 0.000 0.000 0.724 0.000 0.020 0.256
#> GSM128506 2 0.1341 0.8455 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM128507 2 0.1341 0.8455 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> GSM128511 2 0.1149 0.8473 0.000 0.960 0.024 0.008 0.008 0.000
#> GSM128512 2 0.1149 0.8473 0.000 0.960 0.024 0.008 0.008 0.000
#> GSM82334 3 0.5063 0.3195 0.028 0.000 0.496 0.004 0.020 0.452
#> GSM82370 3 0.5063 0.3195 0.028 0.000 0.496 0.004 0.020 0.452
#> GSM82305 4 0.8513 0.2380 0.200 0.228 0.040 0.324 0.196 0.012
#> GSM82306 4 0.8513 0.2380 0.200 0.228 0.040 0.324 0.196 0.012
#> GSM82303 4 0.5240 0.3042 0.000 0.392 0.028 0.536 0.044 0.000
#> GSM82304 4 0.5240 0.3042 0.000 0.392 0.028 0.536 0.044 0.000
#> GSM128527 1 0.5861 0.4805 0.572 0.000 0.012 0.248 0.160 0.008
#> GSM128528 1 0.5861 0.4805 0.572 0.000 0.012 0.248 0.160 0.008
#> GSM128531 4 0.4348 0.5655 0.108 0.060 0.008 0.780 0.044 0.000
#> GSM128532 4 0.4348 0.5655 0.108 0.060 0.008 0.780 0.044 0.000
#> GSM128535 1 0.1527 0.5584 0.948 0.000 0.012 0.008 0.012 0.020
#> GSM128536 1 0.1527 0.5584 0.948 0.000 0.012 0.008 0.012 0.020
#> GSM128543 1 0.3596 0.5834 0.796 0.000 0.004 0.156 0.040 0.004
#> GSM128544 1 0.3596 0.5834 0.796 0.000 0.004 0.156 0.040 0.004
#> GSM128559 1 0.7463 0.3662 0.496 0.068 0.032 0.228 0.160 0.016
#> GSM128560 1 0.7463 0.3662 0.496 0.068 0.032 0.228 0.160 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> MAD:kmeans 110 0.04676 0.00914 1.61e-07 2
#> MAD:kmeans 131 0.09823 0.17915 3.79e-14 3
#> MAD:kmeans 71 0.31967 0.16343 4.66e-11 4
#> MAD:kmeans 84 0.30645 0.52407 1.71e-18 5
#> MAD:kmeans 75 0.00298 0.31488 2.52e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.419 0.671 0.794 0.5022 0.498 0.498
#> 3 3 0.716 0.837 0.915 0.3204 0.780 0.584
#> 4 4 0.713 0.757 0.862 0.1310 0.861 0.617
#> 5 5 0.722 0.713 0.827 0.0630 0.908 0.661
#> 6 6 0.739 0.594 0.777 0.0406 0.951 0.770
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82314 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82331 2 0.3584 0.6125 0.068 0.932
#> GSM82338 2 0.4815 0.5556 0.104 0.896
#> GSM82315 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82316 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82350 2 0.8909 -0.0372 0.308 0.692
#> GSM82368 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82340 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128565 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128566 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82329 2 0.6887 0.6803 0.184 0.816
#> GSM82341 2 0.6887 0.6803 0.184 0.816
#> GSM128569 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.2948 0.6053 0.948 0.052
#> GSM128574 1 0.2948 0.6053 0.948 0.052
#> GSM82295 1 0.9686 0.7108 0.604 0.396
#> GSM82296 1 0.9686 0.7108 0.604 0.396
#> GSM82337 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82379 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82285 2 0.4022 0.5978 0.080 0.920
#> GSM82286 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82287 1 0.7299 0.7139 0.796 0.204
#> GSM82288 1 0.7299 0.7139 0.796 0.204
#> GSM82311 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82312 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82375 1 0.2043 0.6770 0.968 0.032
#> GSM82376 1 0.2043 0.6770 0.968 0.032
#> GSM82307 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82308 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128586 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128593 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128594 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128597 1 0.7528 0.7143 0.784 0.216
#> GSM128598 1 0.7528 0.7143 0.784 0.216
#> GSM128601 1 0.7219 0.7154 0.800 0.200
#> GSM128602 1 0.7219 0.7154 0.800 0.200
#> GSM82348 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82366 1 0.6623 0.3878 0.828 0.172
#> GSM82322 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82352 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82357 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82354 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82372 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82362 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128567 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128568 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82355 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82358 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128571 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128572 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128575 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82324 2 0.4431 0.5848 0.092 0.908
#> GSM82326 2 0.8386 0.1378 0.268 0.732
#> GSM82344 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.9323 0.7154 0.652 0.348
#> GSM82294 1 0.9323 0.7154 0.652 0.348
#> GSM82297 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82298 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82373 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82374 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.7299 0.7075 0.796 0.204
#> GSM82378 1 0.7299 0.7075 0.796 0.204
#> GSM82309 1 0.5519 0.7013 0.872 0.128
#> GSM82310 1 0.5519 0.7013 0.872 0.128
#> GSM128587 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128588 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128595 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128596 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128599 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128600 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128603 1 0.0938 0.6706 0.988 0.012
#> GSM128604 1 0.0938 0.6706 0.988 0.012
#> GSM82284 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82321 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82342 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82371 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82330 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82336 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128493 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82323 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82353 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82317 2 1.0000 0.5388 0.500 0.500
#> GSM82318 2 1.0000 0.5388 0.500 0.500
#> GSM128496 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128497 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82319 2 0.4690 0.5660 0.100 0.900
#> GSM82320 2 0.4690 0.5660 0.100 0.900
#> GSM128504 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128505 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128509 2 0.0376 0.6931 0.004 0.996
#> GSM128510 2 0.2423 0.6917 0.040 0.960
#> GSM82325 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82291 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM82290 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82292 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128525 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128526 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128529 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128534 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128541 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128542 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128557 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128558 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82349 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82367 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82346 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82364 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82360 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82335 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82339 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128494 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128495 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82359 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82347 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82365 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128498 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128499 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82333 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128507 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128511 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM128512 2 0.9710 0.6686 0.400 0.600
#> GSM82334 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.0000 0.6933 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82306 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82303 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM82304 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.9460 0.7137 0.636 0.364
#> GSM128528 1 0.9460 0.7137 0.636 0.364
#> GSM128531 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128536 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128543 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128544 1 0.9710 0.7103 0.600 0.400
#> GSM128559 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.6658 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.5785 0.583 0.668 0.332 0.000
#> GSM82314 1 0.5785 0.583 0.668 0.332 0.000
#> GSM82331 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82338 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82315 1 0.2356 0.878 0.928 0.072 0.000
#> GSM82316 1 0.2356 0.878 0.928 0.072 0.000
#> GSM82350 3 0.2066 0.921 0.060 0.000 0.940
#> GSM82368 3 0.1964 0.924 0.056 0.000 0.944
#> GSM82328 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.1860 0.886 0.948 0.000 0.052
#> GSM128566 1 0.1860 0.886 0.948 0.000 0.052
#> GSM82329 3 0.3116 0.843 0.000 0.108 0.892
#> GSM82341 3 0.3116 0.843 0.000 0.108 0.892
#> GSM128569 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM128570 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM128573 1 0.6113 0.634 0.688 0.300 0.012
#> GSM128574 1 0.6113 0.634 0.688 0.300 0.012
#> GSM82295 1 0.0747 0.896 0.984 0.000 0.016
#> GSM82296 1 0.0747 0.896 0.984 0.000 0.016
#> GSM82337 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82379 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82285 3 0.1860 0.927 0.052 0.000 0.948
#> GSM82286 3 0.2711 0.892 0.088 0.000 0.912
#> GSM82287 1 0.0747 0.895 0.984 0.016 0.000
#> GSM82288 1 0.0747 0.895 0.984 0.016 0.000
#> GSM82311 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM82312 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM82375 1 0.2339 0.884 0.940 0.048 0.012
#> GSM82376 1 0.2339 0.884 0.940 0.048 0.012
#> GSM82307 1 0.6111 0.459 0.604 0.396 0.000
#> GSM82308 1 0.6111 0.459 0.604 0.396 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 2 0.5882 0.482 0.348 0.652 0.000
#> GSM128598 2 0.5882 0.482 0.348 0.652 0.000
#> GSM128601 1 0.4087 0.864 0.880 0.052 0.068
#> GSM128602 1 0.4087 0.864 0.880 0.052 0.068
#> GSM82348 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.1964 0.924 0.056 0.000 0.944
#> GSM82372 3 0.1964 0.924 0.056 0.000 0.944
#> GSM82343 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.6095 0.409 0.000 0.608 0.392
#> GSM82358 2 0.6111 0.400 0.000 0.604 0.396
#> GSM128571 2 0.5621 0.564 0.000 0.692 0.308
#> GSM128572 2 0.5621 0.564 0.000 0.692 0.308
#> GSM128575 3 0.0424 0.946 0.000 0.008 0.992
#> GSM128576 3 0.0424 0.946 0.000 0.008 0.992
#> GSM82324 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82326 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82344 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82363 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82293 1 0.4121 0.816 0.832 0.000 0.168
#> GSM82294 1 0.4062 0.819 0.836 0.000 0.164
#> GSM82297 1 0.3752 0.823 0.856 0.000 0.144
#> GSM82298 1 0.3752 0.823 0.856 0.000 0.144
#> GSM82373 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM82374 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM82377 1 0.0424 0.896 0.992 0.000 0.008
#> GSM82378 1 0.0424 0.896 0.992 0.000 0.008
#> GSM82309 1 0.1031 0.894 0.976 0.024 0.000
#> GSM82310 1 0.1031 0.894 0.976 0.024 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.4575 0.815 0.828 0.160 0.012
#> GSM128604 1 0.4575 0.815 0.828 0.160 0.012
#> GSM82284 2 0.0592 0.875 0.000 0.988 0.012
#> GSM82321 2 0.0592 0.875 0.000 0.988 0.012
#> GSM82342 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82351 3 0.5882 0.410 0.000 0.348 0.652
#> GSM82371 3 0.5882 0.410 0.000 0.348 0.652
#> GSM82330 3 0.0424 0.954 0.008 0.000 0.992
#> GSM82336 3 0.0424 0.954 0.008 0.000 0.992
#> GSM128492 1 0.4002 0.812 0.840 0.000 0.160
#> GSM128493 1 0.4002 0.812 0.840 0.000 0.160
#> GSM82323 2 0.0592 0.875 0.000 0.988 0.012
#> GSM82353 2 0.0592 0.875 0.000 0.988 0.012
#> GSM82317 2 0.0829 0.873 0.012 0.984 0.004
#> GSM82318 2 0.0829 0.873 0.012 0.984 0.004
#> GSM128496 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM128497 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82319 3 0.4842 0.718 0.224 0.000 0.776
#> GSM82320 3 0.4842 0.718 0.224 0.000 0.776
#> GSM128504 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 0.044
#> GSM128505 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 0.044
#> GSM128509 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0424 0.946 0.000 0.008 0.992
#> GSM82325 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82327 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82289 1 0.1529 0.891 0.960 0.000 0.040
#> GSM82291 1 0.1529 0.891 0.960 0.000 0.040
#> GSM82290 2 0.2261 0.835 0.068 0.932 0.000
#> GSM82292 2 0.3816 0.756 0.148 0.852 0.000
#> GSM128525 1 0.1529 0.891 0.960 0.000 0.040
#> GSM128526 1 0.1529 0.891 0.960 0.000 0.040
#> GSM128529 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM128530 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM128533 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 0.044
#> GSM128534 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 0.044
#> GSM128541 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0592 0.875 0.000 0.988 0.012
#> GSM82367 2 0.0592 0.875 0.000 0.988 0.012
#> GSM82346 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.5706 0.559 0.000 0.680 0.320
#> GSM82360 2 0.5706 0.559 0.000 0.680 0.320
#> GSM82335 3 0.0424 0.954 0.008 0.000 0.992
#> GSM82339 3 0.0424 0.954 0.008 0.000 0.992
#> GSM128494 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM128495 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82356 2 0.2356 0.841 0.000 0.928 0.072
#> GSM82359 2 0.2356 0.841 0.000 0.928 0.072
#> GSM82347 2 0.5678 0.561 0.000 0.684 0.316
#> GSM82365 2 0.5591 0.581 0.000 0.696 0.304
#> GSM128498 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM128499 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82333 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.877 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0424 0.876 0.000 0.992 0.008
#> GSM128512 2 0.0424 0.876 0.000 0.992 0.008
#> GSM82334 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82370 3 0.0592 0.955 0.012 0.000 0.988
#> GSM82305 2 0.6126 0.215 0.400 0.600 0.000
#> GSM82306 2 0.6111 0.229 0.396 0.604 0.000
#> GSM82303 2 0.2356 0.832 0.072 0.928 0.000
#> GSM82304 2 0.2356 0.832 0.072 0.928 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM128532 1 0.3752 0.837 0.856 0.144 0.000
#> GSM128535 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 0.044
#> GSM128536 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 0.044
#> GSM128543 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.5465 0.664 0.712 0.288 0.000
#> GSM128560 1 0.5465 0.664 0.712 0.288 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.6147 -0.0101 0.488 0.048 0.000 0.464
#> GSM82314 1 0.6147 -0.0101 0.488 0.048 0.000 0.464
#> GSM82331 3 0.3224 0.8569 0.016 0.000 0.864 0.120
#> GSM82338 3 0.3224 0.8569 0.016 0.000 0.864 0.120
#> GSM82315 4 0.3278 0.7137 0.116 0.020 0.000 0.864
#> GSM82316 4 0.3278 0.7137 0.116 0.020 0.000 0.864
#> GSM82350 3 0.2385 0.8997 0.052 0.000 0.920 0.028
#> GSM82368 3 0.2300 0.9018 0.048 0.000 0.924 0.028
#> GSM82328 2 0.1022 0.9292 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM82340 2 0.1022 0.9292 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM128565 1 0.3862 0.6825 0.824 0.000 0.024 0.152
#> GSM128566 1 0.3862 0.6825 0.824 0.000 0.024 0.152
#> GSM82329 3 0.3479 0.8039 0.000 0.148 0.840 0.012
#> GSM82341 3 0.3529 0.7995 0.000 0.152 0.836 0.012
#> GSM128569 3 0.2300 0.8943 0.016 0.000 0.920 0.064
#> GSM128570 3 0.2300 0.8943 0.016 0.000 0.920 0.064
#> GSM128573 1 0.7786 0.0232 0.460 0.112 0.032 0.396
#> GSM128574 1 0.7786 0.0232 0.460 0.112 0.032 0.396
#> GSM82295 4 0.5161 0.4942 0.300 0.000 0.024 0.676
#> GSM82296 4 0.5161 0.4942 0.300 0.000 0.024 0.676
#> GSM82337 3 0.1109 0.9144 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM82379 3 0.1109 0.9144 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM82285 3 0.5783 0.6922 0.108 0.000 0.704 0.188
#> GSM82286 3 0.5990 0.6692 0.124 0.000 0.688 0.188
#> GSM82287 4 0.4770 0.5416 0.288 0.000 0.012 0.700
#> GSM82288 4 0.4770 0.5416 0.288 0.000 0.012 0.700
#> GSM82311 4 0.4050 0.7022 0.168 0.024 0.000 0.808
#> GSM82312 4 0.4050 0.7022 0.168 0.024 0.000 0.808
#> GSM82375 4 0.4281 0.6347 0.180 0.028 0.000 0.792
#> GSM82376 4 0.4281 0.6347 0.180 0.028 0.000 0.792
#> GSM82307 4 0.4711 0.6909 0.152 0.064 0.000 0.784
#> GSM82308 4 0.4711 0.6909 0.152 0.064 0.000 0.784
#> GSM128585 1 0.3610 0.6998 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM128586 1 0.3610 0.6998 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM128593 1 0.1211 0.7664 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM128594 1 0.1211 0.7664 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM128597 4 0.7194 0.3806 0.332 0.096 0.020 0.552
#> GSM128598 4 0.7157 0.3788 0.336 0.092 0.020 0.552
#> GSM128601 4 0.5319 0.5220 0.268 0.032 0.004 0.696
#> GSM128602 4 0.5319 0.5220 0.268 0.032 0.004 0.696
#> GSM82348 2 0.1022 0.9292 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM82366 2 0.1211 0.9244 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM82322 3 0.2635 0.8992 0.000 0.020 0.904 0.076
#> GSM82352 3 0.2489 0.9005 0.000 0.020 0.912 0.068
#> GSM82332 2 0.0707 0.9334 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82357 2 0.0707 0.9334 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82354 3 0.2300 0.9018 0.048 0.000 0.924 0.028
#> GSM82372 3 0.2300 0.9018 0.048 0.000 0.924 0.028
#> GSM82343 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM82362 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128567 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128568 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM82355 2 0.3428 0.8332 0.000 0.844 0.144 0.012
#> GSM82358 2 0.3529 0.8246 0.000 0.836 0.152 0.012
#> GSM128571 2 0.2722 0.9058 0.000 0.904 0.064 0.032
#> GSM128572 2 0.2722 0.9058 0.000 0.904 0.064 0.032
#> GSM128575 3 0.1388 0.9084 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM128576 3 0.1388 0.9084 0.000 0.028 0.960 0.012
#> GSM82324 3 0.5152 0.6077 0.020 0.000 0.664 0.316
#> GSM82326 3 0.5271 0.5943 0.024 0.000 0.656 0.320
#> GSM82344 3 0.1109 0.9144 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM82363 3 0.1109 0.9144 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM82293 4 0.5485 0.5025 0.280 0.004 0.036 0.680
#> GSM82294 4 0.5485 0.5025 0.280 0.004 0.036 0.680
#> GSM82297 1 0.5035 0.6169 0.748 0.000 0.056 0.196
#> GSM82298 1 0.5035 0.6169 0.748 0.000 0.056 0.196
#> GSM82373 4 0.4035 0.6980 0.176 0.020 0.000 0.804
#> GSM82374 4 0.4035 0.6980 0.176 0.020 0.000 0.804
#> GSM82377 1 0.3356 0.6823 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM82378 1 0.3356 0.6823 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM82309 4 0.3852 0.6911 0.192 0.008 0.000 0.800
#> GSM82310 4 0.3852 0.6911 0.192 0.008 0.000 0.800
#> GSM128587 1 0.3356 0.7186 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM128588 1 0.3356 0.7186 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM128595 1 0.0817 0.7684 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM128596 1 0.0817 0.7684 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM128599 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128600 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128603 4 0.5490 0.5208 0.268 0.040 0.004 0.688
#> GSM128604 4 0.5490 0.5208 0.268 0.040 0.004 0.688
#> GSM82284 2 0.0336 0.9303 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82321 2 0.0336 0.9303 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82342 3 0.0376 0.9193 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM82361 3 0.0376 0.9193 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM82351 2 0.3978 0.7773 0.000 0.796 0.192 0.012
#> GSM82371 2 0.3978 0.7773 0.000 0.796 0.192 0.012
#> GSM82330 3 0.0469 0.9193 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM82336 3 0.0469 0.9193 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM128492 1 0.6397 0.5028 0.648 0.000 0.144 0.208
#> GSM128493 1 0.6397 0.5028 0.648 0.000 0.144 0.208
#> GSM82323 2 0.0672 0.9280 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM82353 2 0.0672 0.9280 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM82317 2 0.3172 0.7983 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM82318 2 0.3172 0.7983 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM128496 3 0.0804 0.9192 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM128497 3 0.0804 0.9192 0.008 0.000 0.980 0.012
#> GSM82319 3 0.6273 0.6139 0.060 0.024 0.672 0.244
#> GSM82320 3 0.6273 0.6139 0.060 0.024 0.672 0.244
#> GSM128504 1 0.2882 0.7321 0.892 0.000 0.024 0.084
#> GSM128505 1 0.2882 0.7321 0.892 0.000 0.024 0.084
#> GSM128509 3 0.1733 0.9125 0.000 0.024 0.948 0.028
#> GSM128510 3 0.1837 0.9124 0.000 0.028 0.944 0.028
#> GSM82325 3 0.0188 0.9198 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82327 3 0.0188 0.9198 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82289 1 0.1256 0.7668 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM82291 1 0.1256 0.7668 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM82290 4 0.4908 0.5534 0.016 0.292 0.000 0.692
#> GSM82292 4 0.4874 0.6433 0.056 0.180 0.000 0.764
#> GSM128525 1 0.0336 0.7691 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM128526 1 0.0336 0.7691 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM128529 4 0.3606 0.7139 0.140 0.020 0.000 0.840
#> GSM128530 4 0.3606 0.7139 0.140 0.020 0.000 0.840
#> GSM128533 1 0.0469 0.7689 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128534 1 0.0469 0.7689 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128541 1 0.2469 0.7397 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM128542 1 0.2469 0.7397 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM128557 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128558 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM82349 2 0.0336 0.9303 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82367 2 0.0336 0.9303 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82346 3 0.0657 0.9174 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM82364 3 0.0657 0.9174 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM82345 2 0.2329 0.8958 0.000 0.916 0.072 0.012
#> GSM82360 2 0.2329 0.8958 0.000 0.916 0.072 0.012
#> GSM82335 3 0.0469 0.9193 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM82339 3 0.0469 0.9193 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM128494 3 0.1305 0.9125 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM128495 3 0.1305 0.9125 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM82356 2 0.2021 0.9055 0.000 0.932 0.056 0.012
#> GSM82359 2 0.1938 0.9079 0.000 0.936 0.052 0.012
#> GSM82347 2 0.2530 0.8797 0.000 0.896 0.100 0.004
#> GSM82365 2 0.2401 0.8864 0.000 0.904 0.092 0.004
#> GSM128498 3 0.0937 0.9193 0.012 0.000 0.976 0.012
#> GSM128499 3 0.0937 0.9193 0.012 0.000 0.976 0.012
#> GSM82333 3 0.1174 0.9122 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM82369 3 0.1174 0.9122 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM128506 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128507 2 0.0817 0.9333 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM128511 2 0.0469 0.9333 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM128512 2 0.0469 0.9333 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82334 3 0.0376 0.9197 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM82370 3 0.0376 0.9197 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM82305 1 0.7421 0.0977 0.484 0.184 0.000 0.332
#> GSM82306 1 0.7421 0.0977 0.484 0.184 0.000 0.332
#> GSM82303 4 0.4980 0.5357 0.016 0.304 0.000 0.680
#> GSM82304 4 0.4980 0.5357 0.016 0.304 0.000 0.680
#> GSM128527 1 0.2408 0.7406 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM128528 1 0.2408 0.7406 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM128531 4 0.3606 0.7139 0.140 0.020 0.000 0.840
#> GSM128532 4 0.3606 0.7139 0.140 0.020 0.000 0.840
#> GSM128535 1 0.0469 0.7689 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128536 1 0.0469 0.7689 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128543 1 0.2469 0.7397 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM128544 1 0.2469 0.7397 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM128559 1 0.4127 0.6736 0.824 0.052 0.000 0.124
#> GSM128560 1 0.4127 0.6736 0.824 0.052 0.000 0.124
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.5088 0.582 0.280 0.044 0.000 0.664 0.012
#> GSM82314 4 0.5088 0.582 0.280 0.044 0.000 0.664 0.012
#> GSM82331 5 0.3966 0.193 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM82338 5 0.3949 0.205 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM82315 4 0.1831 0.752 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> GSM82316 4 0.1831 0.752 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> GSM82350 3 0.5147 0.721 0.096 0.000 0.692 0.004 0.208
#> GSM82368 3 0.5086 0.729 0.096 0.000 0.700 0.004 0.200
#> GSM82328 2 0.1484 0.878 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> GSM82340 2 0.1557 0.875 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM128565 1 0.4663 0.357 0.604 0.000 0.000 0.020 0.376
#> GSM128566 1 0.4663 0.357 0.604 0.000 0.000 0.020 0.376
#> GSM82329 3 0.2214 0.782 0.004 0.028 0.916 0.000 0.052
#> GSM82341 3 0.2214 0.782 0.004 0.028 0.916 0.000 0.052
#> GSM128569 3 0.4264 0.585 0.000 0.000 0.620 0.004 0.376
#> GSM128570 3 0.4264 0.585 0.000 0.000 0.620 0.004 0.376
#> GSM128573 5 0.9304 0.234 0.220 0.092 0.136 0.176 0.376
#> GSM128574 5 0.9304 0.234 0.220 0.092 0.136 0.176 0.376
#> GSM82295 5 0.4806 0.601 0.060 0.000 0.000 0.252 0.688
#> GSM82296 5 0.4806 0.601 0.060 0.000 0.000 0.252 0.688
#> GSM82337 3 0.1082 0.821 0.028 0.000 0.964 0.000 0.008
#> GSM82379 3 0.1082 0.821 0.028 0.000 0.964 0.000 0.008
#> GSM82285 5 0.4011 0.573 0.056 0.000 0.124 0.012 0.808
#> GSM82286 5 0.3883 0.588 0.060 0.000 0.108 0.012 0.820
#> GSM82287 5 0.5594 0.550 0.108 0.000 0.000 0.284 0.608
#> GSM82288 5 0.5594 0.550 0.108 0.000 0.000 0.284 0.608
#> GSM82311 4 0.0451 0.804 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM82312 4 0.0451 0.804 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM82375 5 0.5649 0.317 0.076 0.000 0.000 0.452 0.472
#> GSM82376 5 0.5649 0.317 0.076 0.000 0.000 0.452 0.472
#> GSM82307 4 0.1756 0.798 0.016 0.036 0.000 0.940 0.008
#> GSM82308 4 0.1756 0.798 0.016 0.036 0.000 0.940 0.008
#> GSM128585 1 0.5830 0.494 0.600 0.000 0.004 0.120 0.276
#> GSM128586 1 0.5830 0.494 0.600 0.000 0.004 0.120 0.276
#> GSM128593 1 0.0912 0.846 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM128594 1 0.0912 0.846 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM128597 4 0.7428 0.260 0.144 0.044 0.016 0.488 0.308
#> GSM128598 4 0.7428 0.260 0.144 0.044 0.016 0.488 0.308
#> GSM128601 5 0.5749 0.581 0.096 0.000 0.012 0.268 0.624
#> GSM128602 5 0.5749 0.581 0.096 0.000 0.012 0.268 0.624
#> GSM82348 2 0.1628 0.872 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> GSM82366 2 0.2136 0.846 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM82322 5 0.4562 -0.238 0.000 0.008 0.492 0.000 0.500
#> GSM82352 3 0.4510 0.332 0.000 0.008 0.560 0.000 0.432
#> GSM82332 2 0.0404 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM82357 2 0.0404 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM82354 3 0.5086 0.729 0.096 0.000 0.700 0.004 0.200
#> GSM82372 3 0.5086 0.729 0.096 0.000 0.700 0.004 0.200
#> GSM82343 2 0.0510 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM82362 2 0.0510 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM128567 2 0.0510 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM128568 2 0.0510 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM82355 2 0.5116 0.638 0.004 0.640 0.304 0.000 0.052
#> GSM82358 2 0.5219 0.595 0.004 0.616 0.328 0.000 0.052
#> GSM128571 2 0.3547 0.810 0.000 0.824 0.016 0.016 0.144
#> GSM128572 2 0.3547 0.810 0.000 0.824 0.016 0.016 0.144
#> GSM128575 3 0.1630 0.801 0.004 0.016 0.944 0.000 0.036
#> GSM128576 3 0.1630 0.801 0.004 0.016 0.944 0.000 0.036
#> GSM82324 5 0.4802 0.455 0.004 0.000 0.212 0.068 0.716
#> GSM82326 5 0.4802 0.455 0.004 0.000 0.212 0.068 0.716
#> GSM82344 3 0.0898 0.824 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM82363 3 0.0898 0.824 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM82293 5 0.4599 0.631 0.088 0.000 0.008 0.144 0.760
#> GSM82294 5 0.4599 0.631 0.088 0.000 0.008 0.144 0.760
#> GSM82297 5 0.5158 0.410 0.316 0.000 0.028 0.020 0.636
#> GSM82298 5 0.5158 0.410 0.316 0.000 0.028 0.020 0.636
#> GSM82373 4 0.0451 0.804 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM82374 4 0.0451 0.804 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM82377 1 0.2362 0.820 0.900 0.000 0.000 0.076 0.024
#> GSM82378 1 0.2362 0.820 0.900 0.000 0.000 0.076 0.024
#> GSM82309 4 0.1124 0.800 0.036 0.004 0.000 0.960 0.000
#> GSM82310 4 0.1124 0.800 0.036 0.004 0.000 0.960 0.000
#> GSM128587 1 0.5585 0.574 0.644 0.000 0.004 0.120 0.232
#> GSM128588 1 0.5585 0.574 0.644 0.000 0.004 0.120 0.232
#> GSM128595 1 0.0798 0.845 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM128596 1 0.0798 0.845 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM128599 2 0.1981 0.877 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> GSM128600 2 0.1981 0.877 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> GSM128603 5 0.5891 0.581 0.096 0.008 0.008 0.264 0.624
#> GSM128604 5 0.5891 0.581 0.096 0.008 0.008 0.264 0.624
#> GSM82284 2 0.0613 0.894 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> GSM82321 2 0.0613 0.894 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> GSM82342 3 0.1043 0.834 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM82361 3 0.1043 0.834 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM82351 2 0.4747 0.675 0.004 0.676 0.284 0.000 0.036
#> GSM82371 2 0.4768 0.670 0.004 0.672 0.288 0.000 0.036
#> GSM82330 3 0.2970 0.811 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM82336 3 0.2970 0.811 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM128492 5 0.4597 0.592 0.180 0.000 0.036 0.028 0.756
#> GSM128493 5 0.4597 0.592 0.180 0.000 0.036 0.028 0.756
#> GSM82323 2 0.1653 0.886 0.004 0.944 0.024 0.000 0.028
#> GSM82353 2 0.1653 0.886 0.004 0.944 0.024 0.000 0.028
#> GSM82317 2 0.3840 0.826 0.004 0.832 0.012 0.088 0.064
#> GSM82318 2 0.3840 0.826 0.004 0.832 0.012 0.088 0.064
#> GSM128496 3 0.3001 0.818 0.008 0.000 0.844 0.004 0.144
#> GSM128497 3 0.3001 0.818 0.008 0.000 0.844 0.004 0.144
#> GSM82319 3 0.5725 0.248 0.016 0.004 0.572 0.048 0.360
#> GSM82320 3 0.5725 0.248 0.016 0.004 0.572 0.048 0.360
#> GSM128504 1 0.4206 0.576 0.708 0.000 0.000 0.020 0.272
#> GSM128505 1 0.4206 0.576 0.708 0.000 0.000 0.020 0.272
#> GSM128509 3 0.3583 0.734 0.004 0.012 0.792 0.000 0.192
#> GSM128510 3 0.3883 0.749 0.004 0.016 0.764 0.000 0.216
#> GSM82325 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM82327 3 0.1043 0.833 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM82289 1 0.0671 0.840 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM82291 1 0.0671 0.840 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM82290 4 0.2563 0.750 0.000 0.120 0.000 0.872 0.008
#> GSM82292 4 0.2077 0.773 0.000 0.084 0.000 0.908 0.008
#> GSM128525 1 0.0324 0.845 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM128526 1 0.0324 0.845 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM128529 4 0.0960 0.798 0.008 0.004 0.000 0.972 0.016
#> GSM128530 4 0.0960 0.798 0.008 0.004 0.000 0.972 0.016
#> GSM128533 1 0.0162 0.845 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0162 0.845 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.1774 0.837 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> GSM128542 1 0.1774 0.837 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> GSM128557 2 0.0798 0.892 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM128558 2 0.0798 0.892 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM82349 2 0.0613 0.894 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.0613 0.894 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> GSM82346 3 0.0609 0.830 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82364 3 0.0609 0.830 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM82345 2 0.3513 0.827 0.004 0.828 0.132 0.000 0.036
#> GSM82360 2 0.3513 0.827 0.004 0.828 0.132 0.000 0.036
#> GSM82335 3 0.2970 0.811 0.000 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM82339 3 0.2930 0.813 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> GSM128494 3 0.3266 0.792 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> GSM128495 3 0.3266 0.792 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> GSM82356 2 0.2952 0.855 0.004 0.872 0.088 0.000 0.036
#> GSM82359 2 0.2835 0.859 0.004 0.880 0.080 0.000 0.036
#> GSM82347 2 0.3888 0.795 0.004 0.788 0.176 0.000 0.032
#> GSM82365 2 0.3888 0.795 0.004 0.788 0.176 0.000 0.032
#> GSM128498 3 0.3001 0.818 0.008 0.000 0.844 0.004 0.144
#> GSM128499 3 0.3044 0.816 0.008 0.000 0.840 0.004 0.148
#> GSM82333 3 0.1329 0.807 0.004 0.008 0.956 0.000 0.032
#> GSM82369 3 0.1329 0.807 0.004 0.008 0.956 0.000 0.032
#> GSM128506 2 0.0510 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM128507 2 0.0510 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM128511 2 0.0324 0.895 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM128512 2 0.0324 0.895 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM82334 3 0.0963 0.833 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM82370 3 0.0963 0.833 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM82305 4 0.7620 0.335 0.336 0.168 0.000 0.420 0.076
#> GSM82306 4 0.7667 0.349 0.324 0.180 0.000 0.420 0.076
#> GSM82303 4 0.2971 0.722 0.000 0.156 0.000 0.836 0.008
#> GSM82304 4 0.2971 0.722 0.000 0.156 0.000 0.836 0.008
#> GSM128527 1 0.2139 0.831 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> GSM128528 1 0.2139 0.831 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> GSM128531 4 0.0960 0.798 0.008 0.004 0.000 0.972 0.016
#> GSM128532 4 0.0960 0.798 0.008 0.004 0.000 0.972 0.016
#> GSM128535 1 0.0162 0.845 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0162 0.845 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.1774 0.837 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> GSM128544 1 0.1774 0.837 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> GSM128559 1 0.3605 0.756 0.848 0.072 0.000 0.056 0.024
#> GSM128560 1 0.3605 0.756 0.848 0.072 0.000 0.056 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.4746 0.6871 0.180 0.040 0.000 0.728 0.012 0.040
#> GSM82314 4 0.4746 0.6871 0.180 0.040 0.000 0.728 0.012 0.040
#> GSM82331 5 0.5347 0.3516 0.000 0.000 0.336 0.000 0.540 0.124
#> GSM82338 5 0.5347 0.3516 0.000 0.000 0.336 0.000 0.540 0.124
#> GSM82315 4 0.2515 0.7944 0.016 0.000 0.000 0.892 0.040 0.052
#> GSM82316 4 0.2515 0.7944 0.016 0.000 0.000 0.892 0.040 0.052
#> GSM82350 3 0.3704 0.5359 0.068 0.000 0.820 0.000 0.040 0.072
#> GSM82368 3 0.3704 0.5359 0.068 0.000 0.820 0.000 0.040 0.072
#> GSM82328 2 0.0972 0.8125 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM82340 2 0.0972 0.8125 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM128565 5 0.4630 0.0667 0.428 0.000 0.024 0.004 0.540 0.004
#> GSM128566 5 0.4630 0.0667 0.428 0.000 0.024 0.004 0.540 0.004
#> GSM82329 6 0.4262 -0.0624 0.004 0.012 0.424 0.000 0.000 0.560
#> GSM82341 6 0.4249 -0.0385 0.004 0.012 0.416 0.000 0.000 0.568
#> GSM128569 3 0.4983 0.3053 0.004 0.000 0.652 0.000 0.220 0.124
#> GSM128570 3 0.4983 0.3053 0.004 0.000 0.652 0.000 0.220 0.124
#> GSM128573 6 0.6230 0.0412 0.044 0.032 0.000 0.060 0.328 0.536
#> GSM128574 6 0.6230 0.0412 0.044 0.032 0.000 0.060 0.328 0.536
#> GSM82295 5 0.4505 0.6022 0.016 0.000 0.020 0.068 0.760 0.136
#> GSM82296 5 0.4505 0.6022 0.016 0.000 0.020 0.068 0.760 0.136
#> GSM82337 3 0.4551 0.4695 0.048 0.000 0.608 0.000 0.000 0.344
#> GSM82379 3 0.4551 0.4695 0.048 0.000 0.608 0.000 0.000 0.344
#> GSM82285 5 0.4625 0.4956 0.000 0.000 0.216 0.000 0.680 0.104
#> GSM82286 5 0.4441 0.5109 0.000 0.000 0.208 0.000 0.700 0.092
#> GSM82287 5 0.3721 0.5980 0.024 0.000 0.004 0.128 0.808 0.036
#> GSM82288 5 0.3721 0.5980 0.024 0.000 0.004 0.128 0.808 0.036
#> GSM82311 4 0.0405 0.8579 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM82312 4 0.0405 0.8579 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM82375 5 0.6289 0.4680 0.032 0.000 0.000 0.236 0.512 0.220
#> GSM82376 5 0.6289 0.4680 0.032 0.000 0.000 0.236 0.512 0.220
#> GSM82307 4 0.0767 0.8556 0.004 0.012 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM82308 4 0.0767 0.8556 0.004 0.012 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM128585 1 0.5791 0.5204 0.620 0.000 0.000 0.084 0.216 0.080
#> GSM128586 1 0.5791 0.5204 0.620 0.000 0.000 0.084 0.216 0.080
#> GSM128593 1 0.1495 0.8431 0.948 0.000 0.004 0.008 0.020 0.020
#> GSM128594 1 0.1495 0.8431 0.948 0.000 0.004 0.008 0.020 0.020
#> GSM128597 5 0.8493 0.2076 0.052 0.036 0.084 0.188 0.352 0.288
#> GSM128598 5 0.8493 0.2076 0.052 0.036 0.084 0.188 0.352 0.288
#> GSM128601 5 0.5533 0.5365 0.024 0.000 0.000 0.124 0.612 0.240
#> GSM128602 5 0.5533 0.5365 0.024 0.000 0.000 0.124 0.612 0.240
#> GSM82348 2 0.1151 0.8096 0.000 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM82366 2 0.1297 0.8052 0.000 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM82322 6 0.6235 0.0695 0.000 0.004 0.296 0.000 0.344 0.356
#> GSM82352 6 0.6174 0.1570 0.000 0.004 0.264 0.000 0.332 0.400
#> GSM82332 2 0.0146 0.8200 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0146 0.8200 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.3704 0.5359 0.068 0.000 0.820 0.000 0.040 0.072
#> GSM82372 3 0.3704 0.5359 0.068 0.000 0.820 0.000 0.040 0.072
#> GSM82343 2 0.0363 0.8200 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0363 0.8200 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0363 0.8200 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0363 0.8200 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM82355 6 0.5267 0.2410 0.000 0.320 0.120 0.000 0.000 0.560
#> GSM82358 6 0.5296 0.2703 0.000 0.308 0.128 0.000 0.000 0.564
#> GSM128571 2 0.5785 0.4734 0.000 0.612 0.188 0.004 0.028 0.168
#> GSM128572 2 0.5785 0.4734 0.000 0.612 0.188 0.004 0.028 0.168
#> GSM128575 3 0.4080 0.2769 0.000 0.008 0.536 0.000 0.000 0.456
#> GSM128576 3 0.4080 0.2769 0.000 0.008 0.536 0.000 0.000 0.456
#> GSM82324 5 0.5636 0.4980 0.000 0.000 0.176 0.032 0.624 0.168
#> GSM82326 5 0.5636 0.4980 0.000 0.000 0.176 0.032 0.624 0.168
#> GSM82344 3 0.4551 0.4695 0.048 0.000 0.608 0.000 0.000 0.344
#> GSM82363 3 0.4551 0.4695 0.048 0.000 0.608 0.000 0.000 0.344
#> GSM82293 5 0.3301 0.6053 0.008 0.000 0.028 0.012 0.836 0.116
#> GSM82294 5 0.3301 0.6053 0.008 0.000 0.028 0.012 0.836 0.116
#> GSM82297 5 0.4059 0.5664 0.132 0.000 0.020 0.004 0.784 0.060
#> GSM82298 5 0.4059 0.5664 0.132 0.000 0.020 0.004 0.784 0.060
#> GSM82373 4 0.0405 0.8579 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM82374 4 0.0405 0.8579 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM82377 1 0.2313 0.8338 0.904 0.000 0.000 0.036 0.016 0.044
#> GSM82378 1 0.2313 0.8338 0.904 0.000 0.000 0.036 0.016 0.044
#> GSM82309 4 0.0717 0.8542 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM82310 4 0.0717 0.8542 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM128587 1 0.5461 0.5915 0.664 0.000 0.000 0.080 0.180 0.076
#> GSM128588 1 0.5461 0.5915 0.664 0.000 0.000 0.080 0.180 0.076
#> GSM128595 1 0.1495 0.8431 0.948 0.000 0.004 0.008 0.020 0.020
#> GSM128596 1 0.1495 0.8431 0.948 0.000 0.004 0.008 0.020 0.020
#> GSM128599 2 0.3975 0.6733 0.004 0.760 0.000 0.008 0.040 0.188
#> GSM128600 2 0.3975 0.6733 0.004 0.760 0.000 0.008 0.040 0.188
#> GSM128603 5 0.5616 0.5350 0.024 0.004 0.000 0.116 0.612 0.244
#> GSM128604 5 0.5616 0.5350 0.024 0.004 0.000 0.116 0.612 0.244
#> GSM82284 2 0.0547 0.8176 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM82321 2 0.0547 0.8176 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM82342 3 0.3351 0.5564 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM82361 3 0.3330 0.5592 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM82351 2 0.5553 -0.0180 0.000 0.448 0.104 0.000 0.008 0.440
#> GSM82371 2 0.5585 -0.0325 0.000 0.444 0.108 0.000 0.008 0.440
#> GSM82330 3 0.0914 0.6339 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM82336 3 0.0914 0.6339 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM128492 5 0.2918 0.6201 0.056 0.000 0.052 0.004 0.872 0.016
#> GSM128493 5 0.2918 0.6201 0.056 0.000 0.052 0.004 0.872 0.016
#> GSM82323 2 0.2420 0.7694 0.000 0.876 0.008 0.000 0.008 0.108
#> GSM82353 2 0.2420 0.7694 0.000 0.876 0.008 0.000 0.008 0.108
#> GSM82317 2 0.5465 0.5159 0.000 0.600 0.000 0.108 0.020 0.272
#> GSM82318 2 0.5465 0.5159 0.000 0.600 0.000 0.108 0.020 0.272
#> GSM128496 3 0.0862 0.6400 0.016 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008
#> GSM128497 3 0.0964 0.6409 0.016 0.000 0.968 0.000 0.004 0.012
#> GSM82319 6 0.5254 0.4306 0.016 0.000 0.144 0.024 0.120 0.696
#> GSM82320 6 0.5254 0.4306 0.016 0.000 0.144 0.024 0.120 0.696
#> GSM128504 1 0.5063 0.2490 0.540 0.000 0.024 0.012 0.408 0.016
#> GSM128505 1 0.5063 0.2490 0.540 0.000 0.024 0.012 0.408 0.016
#> GSM128509 6 0.5928 0.1957 0.000 0.012 0.316 0.000 0.168 0.504
#> GSM128510 6 0.5894 0.1032 0.000 0.012 0.380 0.000 0.144 0.464
#> GSM82325 3 0.3161 0.6047 0.008 0.000 0.776 0.000 0.000 0.216
#> GSM82327 3 0.3161 0.6047 0.008 0.000 0.776 0.000 0.000 0.216
#> GSM82289 1 0.3118 0.7984 0.860 0.000 0.012 0.008 0.056 0.064
#> GSM82291 1 0.3118 0.7984 0.860 0.000 0.012 0.008 0.056 0.064
#> GSM82290 4 0.2356 0.8079 0.000 0.096 0.000 0.884 0.004 0.016
#> GSM82292 4 0.2203 0.8156 0.000 0.084 0.000 0.896 0.004 0.016
#> GSM128525 1 0.0767 0.8454 0.976 0.000 0.008 0.000 0.012 0.004
#> GSM128526 1 0.0767 0.8454 0.976 0.000 0.008 0.000 0.012 0.004
#> GSM128529 4 0.0767 0.8571 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> GSM128530 4 0.0767 0.8571 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> GSM128533 1 0.0881 0.8455 0.972 0.000 0.008 0.000 0.012 0.008
#> GSM128534 1 0.0881 0.8455 0.972 0.000 0.008 0.000 0.012 0.008
#> GSM128541 1 0.1442 0.8423 0.944 0.000 0.000 0.040 0.012 0.004
#> GSM128542 1 0.1442 0.8423 0.944 0.000 0.000 0.040 0.012 0.004
#> GSM128557 2 0.0508 0.8194 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM128558 2 0.0508 0.8194 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM82349 2 0.0547 0.8176 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM82367 2 0.0547 0.8176 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM82346 3 0.3390 0.5495 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM82364 3 0.3390 0.5495 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM82345 2 0.3838 0.6363 0.000 0.732 0.020 0.000 0.008 0.240
#> GSM82360 2 0.3838 0.6363 0.000 0.732 0.020 0.000 0.008 0.240
#> GSM82335 3 0.0914 0.6339 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> GSM82339 3 0.0820 0.6350 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM128494 3 0.2176 0.6064 0.000 0.000 0.896 0.000 0.080 0.024
#> GSM128495 3 0.2176 0.6064 0.000 0.000 0.896 0.000 0.080 0.024
#> GSM82356 2 0.3518 0.6985 0.000 0.784 0.024 0.000 0.008 0.184
#> GSM82359 2 0.3372 0.7102 0.000 0.796 0.020 0.000 0.008 0.176
#> GSM82347 2 0.4897 0.1460 0.000 0.492 0.060 0.000 0.000 0.448
#> GSM82365 2 0.4852 0.1504 0.000 0.492 0.056 0.000 0.000 0.452
#> GSM128498 3 0.0951 0.6400 0.020 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008
#> GSM128499 3 0.0951 0.6400 0.020 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008
#> GSM82333 3 0.3971 0.3061 0.000 0.004 0.548 0.000 0.000 0.448
#> GSM82369 3 0.3966 0.3151 0.000 0.004 0.552 0.000 0.000 0.444
#> GSM128506 2 0.0363 0.8200 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0363 0.8200 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0260 0.8189 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128512 2 0.0260 0.8189 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82334 3 0.3271 0.5959 0.008 0.000 0.760 0.000 0.000 0.232
#> GSM82370 3 0.3217 0.6009 0.008 0.000 0.768 0.000 0.000 0.224
#> GSM82305 4 0.8248 0.1444 0.320 0.168 0.004 0.328 0.064 0.116
#> GSM82306 4 0.8248 0.1444 0.320 0.168 0.004 0.328 0.064 0.116
#> GSM82303 4 0.2680 0.7862 0.000 0.124 0.000 0.856 0.004 0.016
#> GSM82304 4 0.2680 0.7862 0.000 0.124 0.000 0.856 0.004 0.016
#> GSM128527 1 0.1718 0.8381 0.932 0.000 0.000 0.044 0.008 0.016
#> GSM128528 1 0.1718 0.8381 0.932 0.000 0.000 0.044 0.008 0.016
#> GSM128531 4 0.0767 0.8571 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> GSM128532 4 0.0767 0.8571 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> GSM128535 1 0.0881 0.8455 0.972 0.000 0.008 0.000 0.012 0.008
#> GSM128536 1 0.0881 0.8455 0.972 0.000 0.008 0.000 0.012 0.008
#> GSM128543 1 0.1442 0.8423 0.944 0.000 0.000 0.040 0.012 0.004
#> GSM128544 1 0.1442 0.8423 0.944 0.000 0.000 0.040 0.012 0.004
#> GSM128559 1 0.4663 0.7133 0.772 0.076 0.004 0.076 0.012 0.060
#> GSM128560 1 0.4663 0.7133 0.772 0.076 0.004 0.076 0.012 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> MAD:skmeans 153 0.062163 0.0622 6.51e-10 2
#> MAD:skmeans 146 0.053570 0.0328 1.22e-16 3
#> MAD:skmeans 146 0.065498 0.1273 1.34e-25 4
#> MAD:skmeans 134 0.007807 0.0770 3.66e-34 5
#> MAD:skmeans 113 0.000634 0.3248 1.29e-31 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.798 0.914 0.950 0.4393 0.553 0.553
#> 3 3 0.731 0.795 0.906 0.4614 0.772 0.601
#> 4 4 0.707 0.730 0.834 0.1218 0.905 0.743
#> 5 5 0.756 0.662 0.850 0.0631 0.889 0.637
#> 6 6 0.729 0.590 0.759 0.0405 0.946 0.770
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 2 0.7139 0.829 0.196 0.804
#> GSM82314 2 0.6801 0.843 0.180 0.820
#> GSM82331 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82338 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82315 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82316 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82350 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82368 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82329 1 0.4939 0.896 0.892 0.108
#> GSM82341 2 0.6048 0.847 0.148 0.852
#> GSM128569 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128570 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128573 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128574 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82295 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82296 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82337 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82379 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82285 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82288 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82311 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82312 1 0.4298 0.916 0.912 0.088
#> GSM82375 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82376 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82307 1 0.7056 0.787 0.808 0.192
#> GSM82308 1 0.7056 0.787 0.808 0.192
#> GSM128585 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128586 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128593 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128602 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82348 2 0.0376 0.919 0.004 0.996
#> GSM82366 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82322 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82352 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82332 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82354 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82372 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.1184 0.916 0.016 0.984
#> GSM82358 2 0.2423 0.905 0.040 0.960
#> GSM128571 1 0.7674 0.749 0.776 0.224
#> GSM128572 1 0.9209 0.552 0.664 0.336
#> GSM128575 2 0.6343 0.837 0.160 0.840
#> GSM128576 2 0.6343 0.837 0.160 0.840
#> GSM82324 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82326 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82344 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> GSM82363 2 0.8386 0.743 0.268 0.732
#> GSM82293 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82294 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82297 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> GSM82373 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82374 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82377 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82378 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82309 1 0.0938 0.963 0.988 0.012
#> GSM82310 1 0.0938 0.963 0.988 0.012
#> GSM128587 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128588 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128595 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0672 0.917 0.008 0.992
#> GSM128600 2 0.0672 0.917 0.008 0.992
#> GSM128603 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128604 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82284 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.9922 0.365 0.448 0.552
#> GSM82361 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> GSM82351 2 0.3274 0.901 0.060 0.940
#> GSM82371 2 0.1184 0.917 0.016 0.984
#> GSM82330 1 0.6887 0.741 0.816 0.184
#> GSM82336 1 0.2236 0.937 0.964 0.036
#> GSM128492 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128493 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82323 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82317 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82318 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128496 1 0.0938 0.955 0.988 0.012
#> GSM128497 2 0.7453 0.813 0.212 0.788
#> GSM82319 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82320 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128504 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128509 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128510 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82325 2 0.7056 0.832 0.192 0.808
#> GSM82327 2 0.7056 0.832 0.192 0.808
#> GSM82289 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> GSM82291 1 0.0376 0.959 0.996 0.004
#> GSM82290 1 0.6438 0.825 0.836 0.164
#> GSM82292 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128525 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128530 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128533 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0938 0.963 0.988 0.012
#> GSM128542 1 0.1414 0.964 0.980 0.020
#> GSM128557 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.7056 0.832 0.192 0.808
#> GSM82364 1 0.9988 -0.120 0.520 0.480
#> GSM82345 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82335 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> GSM82339 2 0.7056 0.832 0.192 0.808
#> GSM128494 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128495 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82356 2 0.1414 0.916 0.020 0.980
#> GSM82359 2 0.2778 0.907 0.048 0.952
#> GSM82347 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128499 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM82333 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM82369 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128506 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.921 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.7056 0.832 0.192 0.808
#> GSM82370 2 0.7056 0.832 0.192 0.808
#> GSM82305 2 0.6048 0.865 0.148 0.852
#> GSM82306 2 0.4022 0.897 0.080 0.920
#> GSM82303 2 0.8327 0.648 0.264 0.736
#> GSM82304 2 0.9833 0.254 0.424 0.576
#> GSM128527 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128528 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128531 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128532 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128535 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128544 1 0.2043 0.966 0.968 0.032
#> GSM128559 1 0.1184 0.953 0.984 0.016
#> GSM128560 1 0.0938 0.955 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 2 0.8196 0.350 0.084 0.560 0.356
#> GSM82314 2 0.7824 0.379 0.064 0.580 0.356
#> GSM82331 1 0.1860 0.851 0.948 0.000 0.052
#> GSM82338 1 0.0592 0.880 0.988 0.000 0.012
#> GSM82315 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82316 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82350 3 0.0424 0.919 0.008 0.000 0.992
#> GSM82368 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM128566 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM82329 3 0.6228 0.450 0.372 0.004 0.624
#> GSM82341 2 0.7272 0.624 0.204 0.700 0.096
#> GSM128569 3 0.1031 0.916 0.024 0.000 0.976
#> GSM128570 3 0.1031 0.913 0.024 0.000 0.976
#> GSM128573 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128574 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82295 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82296 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82337 1 0.1753 0.855 0.952 0.000 0.048
#> GSM82379 1 0.2796 0.815 0.908 0.000 0.092
#> GSM82285 1 0.5859 0.570 0.656 0.000 0.344
#> GSM82286 1 0.5905 0.559 0.648 0.000 0.352
#> GSM82287 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82288 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82311 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82312 1 0.2261 0.847 0.932 0.068 0.000
#> GSM82375 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82376 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82307 1 0.5247 0.693 0.768 0.224 0.008
#> GSM82308 1 0.5450 0.686 0.760 0.228 0.012
#> GSM128585 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM128594 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM128597 1 0.5706 0.602 0.680 0.000 0.320
#> GSM128598 1 0.5733 0.597 0.676 0.000 0.324
#> GSM128601 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82352 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM82372 3 0.0237 0.919 0.004 0.000 0.996
#> GSM82343 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0424 0.868 0.000 0.992 0.008
#> GSM82358 2 0.0424 0.868 0.000 0.992 0.008
#> GSM128571 1 0.5706 0.548 0.680 0.320 0.000
#> GSM128572 2 0.9617 0.207 0.248 0.472 0.280
#> GSM128575 3 0.8098 0.520 0.216 0.140 0.644
#> GSM128576 2 0.8878 0.465 0.216 0.576 0.208
#> GSM82324 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82326 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82344 3 0.1289 0.907 0.032 0.000 0.968
#> GSM82363 3 0.2448 0.867 0.076 0.000 0.924
#> GSM82293 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82294 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82297 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM82298 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM82373 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82374 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82309 1 0.4062 0.774 0.836 0.000 0.164
#> GSM82310 1 0.3340 0.812 0.880 0.000 0.120
#> GSM128587 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM128596 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM128599 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82342 3 0.1031 0.913 0.024 0.000 0.976
#> GSM82361 3 0.1753 0.894 0.048 0.000 0.952
#> GSM82351 2 0.3234 0.815 0.072 0.908 0.020
#> GSM82371 2 0.1781 0.853 0.020 0.960 0.020
#> GSM82330 3 0.0424 0.919 0.008 0.000 0.992
#> GSM82336 3 0.0424 0.919 0.008 0.000 0.992
#> GSM128492 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82317 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82318 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128496 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM128497 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM82319 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82320 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128504 1 0.5835 0.576 0.660 0.000 0.340
#> GSM128505 1 0.5859 0.571 0.656 0.000 0.344
#> GSM128509 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128510 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM82325 2 0.6252 0.290 0.000 0.556 0.444
#> GSM82327 2 0.6252 0.290 0.000 0.556 0.444
#> GSM82289 3 0.3340 0.814 0.120 0.000 0.880
#> GSM82291 3 0.1529 0.903 0.040 0.000 0.960
#> GSM82290 1 0.4291 0.748 0.820 0.180 0.000
#> GSM82292 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128525 3 0.0892 0.916 0.020 0.000 0.980
#> GSM128526 3 0.0892 0.916 0.020 0.000 0.980
#> GSM128529 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 3 0.1163 0.912 0.028 0.000 0.972
#> GSM128534 3 0.1163 0.912 0.028 0.000 0.972
#> GSM128541 1 0.2261 0.850 0.932 0.000 0.068
#> GSM128542 1 0.1964 0.857 0.944 0.000 0.056
#> GSM128557 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82346 3 0.0237 0.917 0.000 0.004 0.996
#> GSM82364 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82335 3 0.0424 0.919 0.008 0.000 0.992
#> GSM82339 3 0.0237 0.918 0.000 0.004 0.996
#> GSM128494 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.0592 0.866 0.012 0.988 0.000
#> GSM82359 2 0.1964 0.836 0.056 0.944 0.000
#> GSM82347 2 0.0424 0.868 0.000 0.992 0.008
#> GSM82365 2 0.1832 0.848 0.036 0.956 0.008
#> GSM128498 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.918 0.000 0.000 1.000
#> GSM82333 3 0.5926 0.475 0.356 0.000 0.644
#> GSM82369 3 0.5926 0.475 0.356 0.000 0.644
#> GSM128506 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 2 0.6305 0.187 0.000 0.516 0.484
#> GSM82370 3 0.2448 0.853 0.000 0.076 0.924
#> GSM82305 2 0.8518 0.319 0.104 0.540 0.356
#> GSM82306 2 0.8196 0.350 0.084 0.560 0.356
#> GSM82303 2 0.5098 0.642 0.248 0.752 0.000
#> GSM82304 2 0.6095 0.338 0.392 0.608 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 3 0.1163 0.912 0.028 0.000 0.972
#> GSM128536 3 0.1163 0.912 0.028 0.000 0.972
#> GSM128543 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
#> GSM128560 1 0.5926 0.553 0.644 0.000 0.356
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.5102 0.363 0.780 0.116 0.096 0.008
#> GSM82314 1 0.6042 0.294 0.684 0.228 0.080 0.008
#> GSM82331 4 0.2647 0.738 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM82338 4 0.1867 0.783 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM82315 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82316 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82350 3 0.4164 0.801 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM82368 3 0.4008 0.810 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM82328 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0707 0.874 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.6273 0.540 0.264 0.000 0.100 0.636
#> GSM128566 4 0.6273 0.540 0.264 0.000 0.100 0.636
#> GSM82329 3 0.3945 0.563 0.000 0.004 0.780 0.216
#> GSM82341 2 0.7085 0.397 0.000 0.544 0.300 0.156
#> GSM128569 3 0.0592 0.771 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM128570 3 0.0188 0.772 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM128573 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128574 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82295 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 4 0.3907 0.621 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM82379 4 0.4222 0.565 0.000 0.000 0.272 0.728
#> GSM82285 4 0.6084 0.563 0.244 0.000 0.096 0.660
#> GSM82286 4 0.6248 0.544 0.260 0.000 0.100 0.640
#> GSM82287 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82311 1 0.4477 0.741 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM82312 1 0.5282 0.752 0.688 0.036 0.000 0.276
#> GSM82375 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82307 1 0.5897 0.710 0.700 0.164 0.000 0.136
#> GSM82308 1 0.5938 0.707 0.696 0.168 0.000 0.136
#> GSM128585 4 0.0921 0.817 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128586 4 0.0921 0.817 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128593 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM128594 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM128597 4 0.6140 0.567 0.252 0.000 0.096 0.652
#> GSM128598 4 0.6167 0.563 0.256 0.000 0.096 0.648
#> GSM128601 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128602 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82348 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0336 0.881 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM82322 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 4 0.0188 0.825 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82332 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.3837 0.815 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM82372 3 0.4040 0.808 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM82343 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0336 0.880 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82358 2 0.0469 0.878 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM128571 4 0.5024 0.367 0.008 0.360 0.000 0.632
#> GSM128572 2 0.7587 0.139 0.000 0.480 0.276 0.244
#> GSM128575 3 0.2742 0.688 0.000 0.024 0.900 0.076
#> GSM128576 2 0.6549 0.286 0.000 0.488 0.436 0.076
#> GSM82324 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 3 0.1109 0.759 0.004 0.000 0.968 0.028
#> GSM82363 3 0.1109 0.755 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM82293 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82294 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82297 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM82298 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM82373 1 0.4477 0.741 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM82374 1 0.4477 0.741 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM82377 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82378 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 1 0.3356 0.738 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM82310 1 0.3726 0.752 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM128587 4 0.0921 0.817 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128588 4 0.0921 0.817 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128595 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM128596 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM128599 2 0.0469 0.877 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0469 0.877 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM128603 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128604 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.0859 0.773 0.008 0.004 0.980 0.008
#> GSM82361 3 0.0992 0.771 0.008 0.004 0.976 0.012
#> GSM82351 2 0.3764 0.768 0.000 0.852 0.076 0.072
#> GSM82371 2 0.2867 0.801 0.000 0.884 0.104 0.012
#> GSM82330 3 0.3486 0.818 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM82336 3 0.3486 0.818 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM128492 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128493 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82317 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82318 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128496 3 0.4134 0.803 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM128497 3 0.3975 0.812 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM82319 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.2002 0.589 0.936 0.000 0.020 0.044
#> GSM128505 1 0.1820 0.577 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM128509 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 4 0.0000 0.826 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 2 0.5858 0.247 0.032 0.500 0.468 0.000
#> GSM82327 2 0.5511 0.250 0.016 0.500 0.484 0.000
#> GSM82289 3 0.6538 0.659 0.292 0.000 0.600 0.108
#> GSM82291 3 0.5013 0.770 0.292 0.000 0.688 0.020
#> GSM82290 4 0.5710 0.484 0.192 0.100 0.000 0.708
#> GSM82292 4 0.4431 0.338 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM128525 3 0.4454 0.781 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM128526 3 0.4454 0.781 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM128529 1 0.4972 0.534 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM128530 1 0.4961 0.553 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM128533 3 0.4454 0.781 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM128534 3 0.4454 0.781 0.308 0.000 0.692 0.000
#> GSM128541 4 0.2909 0.773 0.092 0.000 0.020 0.888
#> GSM128542 4 0.2706 0.781 0.080 0.000 0.020 0.900
#> GSM128557 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0188 0.881 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82349 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.0336 0.770 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM82364 3 0.3306 0.815 0.156 0.004 0.840 0.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.882 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.3610 0.818 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM82339 3 0.3539 0.817 0.176 0.004 0.820 0.000
#> GSM128494 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.774 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82356 2 0.0469 0.876 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82359 2 0.1557 0.836 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM82347 2 0.2081 0.828 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM82365 2 0.2300 0.835 0.000 0.920 0.064 0.016
#> GSM128498 3 0.3486 0.819 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM128499 3 0.3907 0.814 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM82333 3 0.2466 0.682 0.000 0.004 0.900 0.096
#> GSM82369 3 0.3052 0.652 0.000 0.004 0.860 0.136
#> GSM128506 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0188 0.882 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.5503 -0.197 0.016 0.468 0.516 0.000
#> GSM82370 3 0.2450 0.734 0.016 0.072 0.912 0.000
#> GSM82305 2 0.8643 0.205 0.300 0.480 0.100 0.120
#> GSM82306 2 0.8230 0.269 0.300 0.516 0.100 0.084
#> GSM82303 1 0.5619 0.605 0.688 0.248 0.000 0.064
#> GSM82304 1 0.5627 0.616 0.692 0.240 0.000 0.068
#> GSM128527 4 0.0921 0.817 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128528 4 0.0921 0.817 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM128531 1 0.4477 0.741 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM128532 1 0.4477 0.741 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM128535 3 0.4431 0.783 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM128536 3 0.4431 0.783 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM128543 4 0.1302 0.810 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM128544 4 0.1302 0.810 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM128559 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
#> GSM128560 4 0.6436 0.523 0.292 0.000 0.100 0.608
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.5591 0.2334 0.396 0.076 0.000 0.528 0.000
#> GSM82314 4 0.5831 0.4054 0.292 0.128 0.000 0.580 0.000
#> GSM82331 5 0.3242 0.5450 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM82338 5 0.1908 0.7392 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM82315 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82316 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82350 3 0.4297 0.4154 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> GSM82368 3 0.4283 0.4431 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.1478 0.8991 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM128565 1 0.4287 0.4832 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM128566 1 0.4287 0.4832 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM82329 3 0.4443 -0.0525 0.000 0.004 0.524 0.000 0.472
#> GSM82341 3 0.6519 0.1357 0.000 0.340 0.456 0.000 0.204
#> GSM128569 3 0.0510 0.6943 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM128570 3 0.0000 0.7006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128573 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128574 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82295 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 5 0.4074 0.3185 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM82379 5 0.4150 0.2771 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> GSM82285 5 0.4227 -0.2746 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM82286 5 0.4294 -0.4099 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> GSM82287 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82288 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82311 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82375 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82307 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82308 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128585 5 0.0609 0.8258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128586 5 0.0609 0.8258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128593 1 0.4307 0.4457 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM128594 1 0.4307 0.4457 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM128597 5 0.4489 -0.2658 0.420 0.000 0.008 0.000 0.572
#> GSM128598 5 0.4262 -0.3113 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> GSM128601 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128602 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82348 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82322 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.4249 0.4775 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.4283 0.4430 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.1121 0.9207 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM82358 2 0.1671 0.8937 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM128571 5 0.5878 0.0382 0.000 0.444 0.084 0.004 0.468
#> GSM128572 2 0.5701 0.2817 0.000 0.568 0.332 0.000 0.100
#> GSM128575 3 0.0162 0.7000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.3913 0.3390 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 3 0.0162 0.7006 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.7006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82293 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82294 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82297 1 0.4307 0.4457 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM82298 1 0.4307 0.4457 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM82373 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82377 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82378 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.8485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128587 5 0.0609 0.8258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128588 5 0.0609 0.8258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128595 1 0.4307 0.4457 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM128596 1 0.4307 0.4457 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM128599 2 0.0290 0.9447 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0404 0.9419 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM128603 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128604 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.0404 0.7012 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0510 0.7010 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM82351 2 0.4497 0.6500 0.000 0.732 0.208 0.000 0.060
#> GSM82371 2 0.3861 0.6240 0.000 0.728 0.264 0.000 0.008
#> GSM82330 3 0.4030 0.5528 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM82336 3 0.4030 0.5528 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM128492 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128493 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82318 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128496 3 0.4294 0.4230 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> GSM128497 3 0.4114 0.5323 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> GSM82319 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 4 0.2074 0.7996 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM128505 4 0.2020 0.8030 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM128509 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 5 0.0000 0.8423 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.4479 0.5811 0.072 0.184 0.744 0.000 0.000
#> GSM82327 3 0.4101 0.5844 0.048 0.184 0.768 0.000 0.000
#> GSM82289 1 0.6296 0.5040 0.504 0.000 0.172 0.000 0.324
#> GSM82291 1 0.6352 0.4817 0.504 0.000 0.188 0.000 0.308
#> GSM82290 5 0.4268 0.1909 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> GSM82292 4 0.4249 0.1536 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM128525 1 0.0000 0.4171 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.4171 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 4 0.3949 0.5049 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM128530 4 0.3999 0.4879 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> GSM128533 1 0.0000 0.4171 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.4171 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.4219 0.0881 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM128542 1 0.4242 0.0616 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> GSM128557 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.7006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.3949 0.5877 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> GSM82345 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.4171 0.5187 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> GSM82339 3 0.3949 0.5671 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.0000 0.7006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.7006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82356 2 0.0404 0.9411 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM82359 2 0.1341 0.8986 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM82347 2 0.2471 0.8318 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.3812 0.7774 0.000 0.812 0.096 0.000 0.092
#> GSM128498 3 0.4088 0.5494 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> GSM128499 3 0.4262 0.4675 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> GSM82333 3 0.0000 0.7006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.1410 0.6673 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM128506 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9498 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.4028 0.5912 0.048 0.176 0.776 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.1484 0.6925 0.048 0.008 0.944 0.000 0.000
#> GSM82305 1 0.6428 0.4335 0.504 0.272 0.000 0.000 0.224
#> GSM82306 1 0.6410 0.4184 0.504 0.284 0.000 0.000 0.212
#> GSM82303 4 0.1121 0.8244 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM82304 4 0.0510 0.8422 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM128527 5 0.0609 0.8258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128528 5 0.0609 0.8258 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128531 4 0.0609 0.8414 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM128532 4 0.0609 0.8414 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM128535 1 0.0404 0.4105 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0609 0.4054 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM128543 5 0.4287 0.1128 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM128544 5 0.4287 0.1128 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM128559 1 0.3774 0.5889 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM128560 1 0.3612 0.5873 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.6006 0.331580 0.328 0.052 0.000 0.528 0.000 0.092
#> GSM82314 4 0.5957 0.458262 0.240 0.072 0.000 0.592 0.000 0.096
#> GSM82331 5 0.3244 0.516001 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM82338 5 0.1958 0.775773 0.000 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM82315 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82316 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82350 1 0.4096 -0.368900 0.508 0.000 0.484 0.000 0.000 0.008
#> GSM82368 3 0.3993 0.483586 0.400 0.000 0.592 0.000 0.000 0.008
#> GSM82328 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82340 2 0.2658 0.798567 0.000 0.864 0.000 0.036 0.000 0.100
#> GSM128565 1 0.4634 0.465947 0.556 0.000 0.000 0.000 0.400 0.044
#> GSM128566 1 0.4634 0.465947 0.556 0.000 0.000 0.000 0.400 0.044
#> GSM82329 1 0.7312 -0.268603 0.396 0.004 0.308 0.000 0.124 0.168
#> GSM82341 1 0.7571 -0.266553 0.412 0.028 0.284 0.000 0.096 0.180
#> GSM128569 3 0.4863 0.466367 0.284 0.000 0.624 0.000 0.000 0.092
#> GSM128570 3 0.5027 0.447548 0.304 0.000 0.596 0.000 0.000 0.100
#> GSM128573 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128574 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82295 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82296 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82337 5 0.7008 -0.000489 0.112 0.000 0.292 0.000 0.440 0.156
#> GSM82379 5 0.7017 -0.009338 0.112 0.000 0.296 0.000 0.436 0.156
#> GSM82285 5 0.4151 -0.172356 0.412 0.000 0.004 0.000 0.576 0.008
#> GSM82286 1 0.4129 0.364525 0.496 0.000 0.004 0.000 0.496 0.004
#> GSM82287 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82288 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82311 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82375 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82376 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82307 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82308 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128585 5 0.0790 0.856099 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM128586 5 0.0790 0.856099 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM128593 1 0.3782 0.481798 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM128594 1 0.3782 0.481798 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM128597 5 0.4097 -0.343652 0.488 0.000 0.008 0.000 0.504 0.000
#> GSM128598 1 0.3868 0.331417 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> GSM128601 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128602 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82348 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82366 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82322 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82352 5 0.0146 0.879392 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82332 2 0.0713 0.832442 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM82357 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82354 3 0.3887 0.527358 0.360 0.000 0.632 0.000 0.000 0.008
#> GSM82372 3 0.4018 0.471149 0.412 0.000 0.580 0.000 0.000 0.008
#> GSM82343 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82362 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM128567 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM128568 2 0.1814 0.818791 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82355 2 0.5791 0.403061 0.380 0.504 0.040 0.000 0.000 0.076
#> GSM82358 2 0.6366 0.310913 0.400 0.444 0.072 0.000 0.004 0.080
#> GSM128571 2 0.7841 0.314746 0.292 0.396 0.032 0.004 0.132 0.144
#> GSM128572 2 0.7262 0.443122 0.292 0.464 0.072 0.000 0.040 0.132
#> GSM128575 1 0.6041 -0.352549 0.408 0.008 0.400 0.000 0.000 0.184
#> GSM128576 1 0.6329 -0.339170 0.412 0.024 0.380 0.000 0.000 0.184
#> GSM82324 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82326 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82344 3 0.5578 0.448245 0.276 0.000 0.540 0.000 0.000 0.184
#> GSM82363 1 0.6026 -0.358563 0.408 0.004 0.384 0.000 0.000 0.204
#> GSM82293 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82294 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.3804 0.474675 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM82298 1 0.3804 0.474675 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> GSM82373 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82377 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82378 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82309 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.819865 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128587 5 0.0935 0.853917 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> GSM128588 5 0.0935 0.853917 0.032 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004
#> GSM128595 1 0.3782 0.481798 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM128596 1 0.3782 0.481798 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM128599 2 0.1007 0.819608 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128600 2 0.1349 0.814882 0.056 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128603 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128604 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.832505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.832505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.1807 0.630274 0.060 0.000 0.920 0.000 0.000 0.020
#> GSM82361 3 0.0717 0.634344 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> GSM82351 2 0.4966 0.145139 0.000 0.516 0.432 0.000 0.036 0.016
#> GSM82371 2 0.4635 0.054445 0.008 0.488 0.480 0.000 0.000 0.024
#> GSM82330 3 0.3330 0.582255 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000
#> GSM82336 3 0.3330 0.582255 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000
#> GSM128492 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128493 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.832505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.832505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.3156 0.597027 0.180 0.000 0.000 0.000 0.800 0.020
#> GSM82318 5 0.3156 0.597027 0.180 0.000 0.000 0.000 0.800 0.020
#> GSM128496 3 0.3868 0.355171 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> GSM128497 3 0.3833 0.543878 0.344 0.000 0.648 0.000 0.000 0.008
#> GSM82319 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82320 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128504 4 0.2003 0.776081 0.044 0.000 0.000 0.912 0.000 0.044
#> GSM128505 4 0.2003 0.776121 0.044 0.000 0.000 0.912 0.000 0.044
#> GSM128509 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128510 5 0.0000 0.882617 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82325 3 0.2985 0.621776 0.040 0.048 0.868 0.000 0.000 0.044
#> GSM82327 3 0.2688 0.619111 0.024 0.048 0.884 0.000 0.000 0.044
#> GSM82289 1 0.4463 0.477471 0.588 0.000 0.036 0.000 0.376 0.000
#> GSM82291 1 0.4514 0.476239 0.588 0.000 0.040 0.000 0.372 0.000
#> GSM82290 5 0.5186 0.194551 0.000 0.000 0.000 0.356 0.544 0.100
#> GSM82292 4 0.5171 0.132876 0.000 0.000 0.000 0.496 0.416 0.088
#> GSM128525 1 0.3797 -0.115850 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM128526 1 0.3797 -0.115850 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM128529 4 0.3531 0.403475 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM128530 4 0.3592 0.374675 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> GSM128533 6 0.3695 0.376526 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM128534 6 0.3695 0.376798 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM128541 6 0.4466 0.703941 0.068 0.000 0.000 0.000 0.260 0.672
#> GSM128542 6 0.4402 0.705009 0.060 0.000 0.000 0.000 0.268 0.672
#> GSM128557 2 0.0363 0.833328 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM128558 2 0.0260 0.833199 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82349 2 0.0000 0.832505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.832505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.3041 0.591360 0.128 0.000 0.832 0.000 0.000 0.040
#> GSM82364 3 0.4186 0.573050 0.312 0.000 0.656 0.000 0.000 0.032
#> GSM82345 2 0.0260 0.831505 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82360 2 0.0260 0.831505 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82335 3 0.3952 0.569554 0.308 0.000 0.672 0.000 0.000 0.020
#> GSM82339 3 0.3221 0.591592 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.0865 0.634132 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM128495 3 0.0858 0.634466 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM82356 2 0.0547 0.825854 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM82359 2 0.1327 0.790418 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM82347 2 0.6563 0.248969 0.400 0.412 0.088 0.000 0.000 0.100
#> GSM82365 2 0.6343 0.321839 0.392 0.452 0.060 0.000 0.004 0.092
#> GSM128498 3 0.4378 0.561554 0.328 0.000 0.632 0.000 0.000 0.040
#> GSM128499 3 0.4328 0.405090 0.460 0.000 0.520 0.000 0.000 0.020
#> GSM82333 3 0.5307 0.479865 0.224 0.004 0.612 0.000 0.000 0.160
#> GSM82369 3 0.5987 0.453651 0.220 0.004 0.584 0.000 0.032 0.160
#> GSM128506 2 0.3103 0.793427 0.064 0.836 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM128507 2 0.2432 0.812662 0.024 0.876 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM128511 2 0.0146 0.832755 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128512 2 0.0146 0.832755 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82334 3 0.5381 0.550898 0.132 0.044 0.668 0.000 0.000 0.156
#> GSM82370 3 0.4597 0.567171 0.132 0.004 0.708 0.000 0.000 0.156
#> GSM82305 1 0.5184 0.416468 0.572 0.112 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM82306 1 0.5206 0.412610 0.572 0.116 0.000 0.000 0.312 0.000
#> GSM82303 4 0.2923 0.732972 0.000 0.052 0.000 0.848 0.000 0.100
#> GSM82304 4 0.2263 0.760454 0.000 0.016 0.000 0.884 0.000 0.100
#> GSM128527 5 0.0865 0.853247 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM128528 5 0.0865 0.853247 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM128531 4 0.0547 0.811952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM128532 4 0.0547 0.811963 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM128535 1 0.3979 -0.177113 0.540 0.000 0.004 0.000 0.000 0.456
#> GSM128536 1 0.3971 -0.160115 0.548 0.000 0.004 0.000 0.000 0.448
#> GSM128543 6 0.4306 0.670467 0.032 0.000 0.000 0.000 0.344 0.624
#> GSM128544 6 0.4306 0.670467 0.032 0.000 0.000 0.000 0.344 0.624
#> GSM128559 1 0.5357 0.303171 0.588 0.000 0.000 0.000 0.232 0.180
#> GSM128560 1 0.5375 0.257388 0.588 0.000 0.000 0.000 0.204 0.208
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> MAD:pam 153 5.15e-02 0.00282 1.57e-06 2
#> MAD:pam 143 2.56e-04 0.00986 5.75e-15 3
#> MAD:pam 143 2.75e-04 0.02716 2.72e-24 4
#> MAD:pam 113 5.15e-04 0.06373 3.44e-22 5
#> MAD:pam 101 2.45e-05 0.08646 1.19e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.0991 0.395 0.666 0.4196 0.530 0.530
#> 3 3 0.1162 0.501 0.638 0.3753 0.716 0.524
#> 4 4 0.3364 0.532 0.712 0.1919 0.755 0.457
#> 5 5 0.6397 0.693 0.808 0.1139 0.875 0.596
#> 6 6 0.5815 0.499 0.686 0.0454 0.947 0.771
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.7219 0.48214 0.800 0.200
#> GSM82314 1 0.7219 0.48214 0.800 0.200
#> GSM82331 2 0.9775 0.58166 0.412 0.588
#> GSM82338 2 0.9775 0.58166 0.412 0.588
#> GSM82315 1 0.0938 0.52154 0.988 0.012
#> GSM82316 1 0.0938 0.52154 0.988 0.012
#> GSM82350 2 0.9922 0.56277 0.448 0.552
#> GSM82368 2 0.9580 0.60831 0.380 0.620
#> GSM82328 1 0.8267 0.40473 0.740 0.260
#> GSM82340 1 0.8267 0.40473 0.740 0.260
#> GSM128565 1 0.9686 -0.22000 0.604 0.396
#> GSM128566 1 0.9686 -0.22000 0.604 0.396
#> GSM82329 2 0.9710 0.18659 0.400 0.600
#> GSM82341 2 0.9393 0.32371 0.356 0.644
#> GSM128569 2 0.9922 0.55364 0.448 0.552
#> GSM128570 2 0.9922 0.55364 0.448 0.552
#> GSM128573 1 0.9754 0.32587 0.592 0.408
#> GSM128574 1 0.9732 0.33011 0.596 0.404
#> GSM82295 1 0.9710 -0.23354 0.600 0.400
#> GSM82296 1 0.9710 -0.23354 0.600 0.400
#> GSM82337 2 0.9358 0.34616 0.352 0.648
#> GSM82379 2 0.9358 0.34616 0.352 0.648
#> GSM82285 2 0.9815 0.58631 0.420 0.580
#> GSM82286 2 0.9922 0.55627 0.448 0.552
#> GSM82287 1 0.9686 -0.22567 0.604 0.396
#> GSM82288 1 0.9686 -0.22567 0.604 0.396
#> GSM82311 1 0.0938 0.52147 0.988 0.012
#> GSM82312 1 0.1184 0.52038 0.984 0.016
#> GSM82375 1 0.6801 0.40416 0.820 0.180
#> GSM82376 1 0.6148 0.43989 0.848 0.152
#> GSM82307 1 0.3584 0.51810 0.932 0.068
#> GSM82308 1 0.3584 0.51810 0.932 0.068
#> GSM128585 1 0.7815 0.27018 0.768 0.232
#> GSM128586 1 0.7528 0.30201 0.784 0.216
#> GSM128593 1 0.7453 0.48094 0.788 0.212
#> GSM128594 1 0.7453 0.48094 0.788 0.212
#> GSM128597 1 0.9954 -0.32284 0.540 0.460
#> GSM128598 1 0.9963 -0.34280 0.536 0.464
#> GSM128601 1 0.9491 -0.19772 0.632 0.368
#> GSM128602 1 0.9491 -0.19353 0.632 0.368
#> GSM82348 1 0.8144 0.40824 0.748 0.252
#> GSM82366 1 0.5519 0.50069 0.872 0.128
#> GSM82322 2 0.9635 0.61909 0.388 0.612
#> GSM82352 2 0.9686 0.61333 0.396 0.604
#> GSM82332 1 0.8327 0.39422 0.736 0.264
#> GSM82357 1 0.8327 0.39422 0.736 0.264
#> GSM82354 2 0.8813 0.64874 0.300 0.700
#> GSM82372 2 0.9129 0.64527 0.328 0.672
#> GSM82343 1 0.8267 0.40473 0.740 0.260
#> GSM82362 1 0.8267 0.40473 0.740 0.260
#> GSM128567 1 0.8267 0.40473 0.740 0.260
#> GSM128568 1 0.8267 0.40473 0.740 0.260
#> GSM82355 1 0.9993 -0.25567 0.516 0.484
#> GSM82358 2 0.9993 0.30795 0.484 0.516
#> GSM128571 2 0.9909 0.55090 0.444 0.556
#> GSM128572 2 0.9933 0.53102 0.452 0.548
#> GSM128575 2 0.8813 0.44253 0.300 0.700
#> GSM128576 2 0.8861 0.43527 0.304 0.696
#> GSM82324 2 0.9909 0.55267 0.444 0.556
#> GSM82326 2 0.9896 0.55370 0.440 0.560
#> GSM82344 2 0.9129 0.39065 0.328 0.672
#> GSM82363 2 0.9087 0.39988 0.324 0.676
#> GSM82293 2 0.9983 0.54032 0.476 0.524
#> GSM82294 2 0.9993 0.52851 0.484 0.516
#> GSM82297 2 0.9896 0.57916 0.440 0.560
#> GSM82298 2 0.9635 0.60590 0.388 0.612
#> GSM82373 1 0.1414 0.52287 0.980 0.020
#> GSM82374 1 0.1633 0.52375 0.976 0.024
#> GSM82377 1 0.7376 0.47939 0.792 0.208
#> GSM82378 1 0.7376 0.47939 0.792 0.208
#> GSM82309 1 0.5946 0.37905 0.856 0.144
#> GSM82310 1 0.5842 0.38657 0.860 0.140
#> GSM128587 1 0.6148 0.46126 0.848 0.152
#> GSM128588 1 0.6531 0.44424 0.832 0.168
#> GSM128595 1 0.7528 0.47875 0.784 0.216
#> GSM128596 1 0.7528 0.47875 0.784 0.216
#> GSM128599 1 0.8207 0.38157 0.744 0.256
#> GSM128600 1 0.8144 0.38593 0.748 0.252
#> GSM128603 1 0.9248 -0.02437 0.660 0.340
#> GSM128604 1 0.9129 -0.00533 0.672 0.328
#> GSM82284 1 0.8443 0.38308 0.728 0.272
#> GSM82321 1 0.8555 0.38649 0.720 0.280
#> GSM82342 2 0.8386 0.64508 0.268 0.732
#> GSM82361 2 0.7950 0.63697 0.240 0.760
#> GSM82351 2 0.9944 0.51797 0.456 0.544
#> GSM82371 2 0.9896 0.54059 0.440 0.560
#> GSM82330 2 0.8763 0.62638 0.296 0.704
#> GSM82336 2 0.9000 0.62539 0.316 0.684
#> GSM128492 2 0.9954 0.51434 0.460 0.540
#> GSM128493 2 0.9866 0.55907 0.432 0.568
#> GSM82323 1 0.8713 0.33405 0.708 0.292
#> GSM82353 1 0.8955 0.25476 0.688 0.312
#> GSM82317 1 0.8207 0.36716 0.744 0.256
#> GSM82318 1 0.8207 0.36716 0.744 0.256
#> GSM128496 2 0.6048 0.57518 0.148 0.852
#> GSM128497 2 0.7950 0.63898 0.240 0.760
#> GSM82319 1 0.9881 -0.15869 0.564 0.436
#> GSM82320 1 0.9881 -0.15869 0.564 0.436
#> GSM128504 1 0.9608 -0.21150 0.616 0.384
#> GSM128505 1 0.9608 -0.21150 0.616 0.384
#> GSM128509 2 0.9710 0.60356 0.400 0.600
#> GSM128510 2 0.9608 0.62010 0.384 0.616
#> GSM82325 2 0.5946 0.56355 0.144 0.856
#> GSM82327 2 0.5946 0.56355 0.144 0.856
#> GSM82289 1 0.7674 0.47398 0.776 0.224
#> GSM82291 1 0.7815 0.47025 0.768 0.232
#> GSM82290 1 0.7528 0.43341 0.784 0.216
#> GSM82292 1 0.4562 0.50802 0.904 0.096
#> GSM128525 1 0.8555 0.43947 0.720 0.280
#> GSM128526 1 0.8555 0.43947 0.720 0.280
#> GSM128529 1 0.1633 0.51966 0.976 0.024
#> GSM128530 1 0.1414 0.51872 0.980 0.020
#> GSM128533 1 0.8608 0.43651 0.716 0.284
#> GSM128534 1 0.8608 0.43651 0.716 0.284
#> GSM128541 1 0.8386 0.44223 0.732 0.268
#> GSM128542 1 0.8386 0.44223 0.732 0.268
#> GSM128557 1 0.8144 0.40615 0.748 0.252
#> GSM128558 1 0.8144 0.40615 0.748 0.252
#> GSM82349 1 0.8443 0.38308 0.728 0.272
#> GSM82367 1 0.8386 0.38814 0.732 0.268
#> GSM82346 2 0.6438 0.57285 0.164 0.836
#> GSM82364 2 0.6531 0.56713 0.168 0.832
#> GSM82345 2 0.9998 0.45208 0.492 0.508
#> GSM82360 2 0.9977 0.49129 0.472 0.528
#> GSM82335 2 0.8608 0.64137 0.284 0.716
#> GSM82339 2 0.8813 0.63641 0.300 0.700
#> GSM128494 2 0.6343 0.59675 0.160 0.840
#> GSM128495 2 0.6343 0.59675 0.160 0.840
#> GSM82356 1 0.9580 -0.05810 0.620 0.380
#> GSM82359 1 0.8909 0.23353 0.692 0.308
#> GSM82347 2 0.9963 0.36052 0.464 0.536
#> GSM82365 1 0.9815 0.02941 0.580 0.420
#> GSM128498 2 0.7745 0.52169 0.228 0.772
#> GSM128499 2 0.8499 0.48690 0.276 0.724
#> GSM82333 2 0.9000 0.41519 0.316 0.684
#> GSM82369 2 0.9044 0.40804 0.320 0.680
#> GSM128506 1 0.8386 0.39616 0.732 0.268
#> GSM128507 1 0.8327 0.40134 0.736 0.264
#> GSM128511 1 0.8443 0.38308 0.728 0.272
#> GSM128512 1 0.8443 0.38308 0.728 0.272
#> GSM82334 2 0.6973 0.54370 0.188 0.812
#> GSM82370 2 0.7299 0.53739 0.204 0.796
#> GSM82305 1 0.7453 0.48221 0.788 0.212
#> GSM82306 1 0.7453 0.48221 0.788 0.212
#> GSM82303 1 0.7056 0.45712 0.808 0.192
#> GSM82304 1 0.6623 0.47223 0.828 0.172
#> GSM128527 1 0.7376 0.47939 0.792 0.208
#> GSM128528 1 0.7376 0.47939 0.792 0.208
#> GSM128531 1 0.1633 0.51966 0.976 0.024
#> GSM128532 1 0.1633 0.51966 0.976 0.024
#> GSM128535 1 0.8555 0.43947 0.720 0.280
#> GSM128536 1 0.8555 0.43947 0.720 0.280
#> GSM128543 1 0.8386 0.44223 0.732 0.268
#> GSM128544 1 0.8386 0.44223 0.732 0.268
#> GSM128559 1 0.7528 0.48042 0.784 0.216
#> GSM128560 1 0.7528 0.48042 0.784 0.216
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.506 0.6287 0.756 0.244 0.000
#> GSM82314 1 0.502 0.6292 0.760 0.240 0.000
#> GSM82331 3 0.486 0.4931 0.192 0.008 0.800
#> GSM82338 3 0.576 0.3746 0.276 0.008 0.716
#> GSM82315 1 0.304 0.6324 0.908 0.084 0.008
#> GSM82316 1 0.313 0.6305 0.904 0.088 0.008
#> GSM82350 3 0.597 0.2622 0.364 0.000 0.636
#> GSM82368 3 0.571 0.4187 0.320 0.000 0.680
#> GSM82328 2 0.760 0.7855 0.252 0.660 0.088
#> GSM82340 2 0.781 0.8126 0.236 0.656 0.108
#> GSM128565 3 0.651 -0.0785 0.476 0.004 0.520
#> GSM128566 3 0.651 -0.0785 0.476 0.004 0.520
#> GSM82329 3 0.901 0.3521 0.296 0.164 0.540
#> GSM82341 3 0.903 0.3532 0.300 0.164 0.536
#> GSM128569 3 0.586 0.3520 0.288 0.008 0.704
#> GSM128570 3 0.562 0.4018 0.260 0.008 0.732
#> GSM128573 1 0.902 0.0546 0.560 0.216 0.224
#> GSM128574 1 0.915 0.0289 0.544 0.228 0.228
#> GSM82295 3 0.682 -0.0801 0.476 0.012 0.512
#> GSM82296 3 0.682 -0.0801 0.476 0.012 0.512
#> GSM82337 3 0.915 0.3601 0.316 0.168 0.516
#> GSM82379 3 0.901 0.3643 0.288 0.168 0.544
#> GSM82285 3 0.548 0.3840 0.264 0.004 0.732
#> GSM82286 3 0.556 0.3121 0.300 0.000 0.700
#> GSM82287 1 0.727 0.1963 0.524 0.028 0.448
#> GSM82288 1 0.717 0.1803 0.520 0.024 0.456
#> GSM82311 1 0.383 0.6224 0.868 0.124 0.008
#> GSM82312 1 0.390 0.6197 0.864 0.128 0.008
#> GSM82375 1 0.534 0.5704 0.824 0.084 0.092
#> GSM82376 1 0.492 0.5935 0.844 0.080 0.076
#> GSM82307 1 0.375 0.6251 0.856 0.144 0.000
#> GSM82308 1 0.375 0.6251 0.856 0.144 0.000
#> GSM128585 1 0.441 0.5469 0.844 0.016 0.140
#> GSM128586 1 0.441 0.5469 0.844 0.016 0.140
#> GSM128593 1 0.463 0.6404 0.824 0.164 0.012
#> GSM128594 1 0.520 0.6291 0.796 0.184 0.020
#> GSM128597 1 0.810 0.0435 0.540 0.072 0.388
#> GSM128598 1 0.780 0.2410 0.608 0.072 0.320
#> GSM128601 1 0.734 0.2897 0.644 0.056 0.300
#> GSM128602 1 0.740 0.2870 0.644 0.060 0.296
#> GSM82348 2 0.696 0.6795 0.316 0.648 0.036
#> GSM82366 1 0.665 0.2546 0.620 0.364 0.016
#> GSM82322 3 0.560 0.6016 0.228 0.016 0.756
#> GSM82352 3 0.586 0.5990 0.228 0.024 0.748
#> GSM82332 2 0.818 0.8684 0.208 0.640 0.152
#> GSM82357 2 0.818 0.8684 0.208 0.640 0.152
#> GSM82354 3 0.412 0.6060 0.168 0.000 0.832
#> GSM82372 3 0.435 0.6064 0.184 0.000 0.816
#> GSM82343 2 0.798 0.8628 0.172 0.660 0.168
#> GSM82362 2 0.798 0.8628 0.172 0.660 0.168
#> GSM128567 2 0.798 0.8628 0.172 0.660 0.168
#> GSM128568 2 0.798 0.8628 0.172 0.660 0.168
#> GSM82355 3 0.934 0.2575 0.280 0.208 0.512
#> GSM82358 3 0.929 0.2740 0.284 0.200 0.516
#> GSM128571 3 0.788 0.4827 0.252 0.104 0.644
#> GSM128572 3 0.711 0.5440 0.184 0.100 0.716
#> GSM128575 3 0.654 0.5557 0.304 0.024 0.672
#> GSM128576 3 0.654 0.5557 0.304 0.024 0.672
#> GSM82324 3 0.610 0.2832 0.320 0.008 0.672
#> GSM82326 3 0.610 0.2832 0.320 0.008 0.672
#> GSM82344 3 0.896 0.3604 0.280 0.168 0.552
#> GSM82363 3 0.896 0.3604 0.280 0.168 0.552
#> GSM82293 1 0.687 0.1365 0.560 0.016 0.424
#> GSM82294 1 0.686 0.1404 0.564 0.016 0.420
#> GSM82297 1 0.681 -0.0223 0.520 0.012 0.468
#> GSM82298 3 0.641 0.2756 0.420 0.004 0.576
#> GSM82373 1 0.311 0.6340 0.900 0.096 0.004
#> GSM82374 1 0.311 0.6340 0.900 0.096 0.004
#> GSM82377 1 0.445 0.6188 0.808 0.192 0.000
#> GSM82378 1 0.440 0.6205 0.812 0.188 0.000
#> GSM82309 1 0.657 0.6053 0.756 0.140 0.104
#> GSM82310 1 0.663 0.6021 0.752 0.144 0.104
#> GSM128587 1 0.456 0.5868 0.856 0.044 0.100
#> GSM128588 1 0.453 0.5820 0.856 0.040 0.104
#> GSM128595 1 0.549 0.6236 0.780 0.196 0.024
#> GSM128596 1 0.544 0.6259 0.784 0.192 0.024
#> GSM128599 2 0.871 0.8116 0.224 0.592 0.184
#> GSM128600 2 0.891 0.7760 0.248 0.568 0.184
#> GSM128603 1 0.770 0.4030 0.680 0.140 0.180
#> GSM128604 1 0.770 0.4030 0.680 0.140 0.180
#> GSM82284 2 0.822 0.8663 0.212 0.636 0.152
#> GSM82321 2 0.826 0.8619 0.216 0.632 0.152
#> GSM82342 3 0.394 0.6063 0.156 0.000 0.844
#> GSM82361 3 0.394 0.6063 0.156 0.000 0.844
#> GSM82351 3 0.768 0.5105 0.252 0.092 0.656
#> GSM82371 3 0.757 0.5217 0.248 0.088 0.664
#> GSM82330 3 0.303 0.5737 0.092 0.004 0.904
#> GSM82336 3 0.259 0.5549 0.072 0.004 0.924
#> GSM128492 3 0.627 -0.0301 0.456 0.000 0.544
#> GSM128493 3 0.627 -0.0219 0.452 0.000 0.548
#> GSM82323 2 0.891 0.7851 0.208 0.572 0.220
#> GSM82353 2 0.898 0.7732 0.212 0.564 0.224
#> GSM82317 1 0.916 -0.0710 0.532 0.280 0.188
#> GSM82318 1 0.914 -0.0461 0.536 0.276 0.188
#> GSM128496 3 0.447 0.6059 0.176 0.004 0.820
#> GSM128497 3 0.412 0.6069 0.168 0.000 0.832
#> GSM82319 3 0.866 0.4126 0.312 0.128 0.560
#> GSM82320 3 0.873 0.4042 0.316 0.132 0.552
#> GSM128504 3 0.668 -0.0864 0.476 0.008 0.516
#> GSM128505 3 0.668 -0.0864 0.476 0.008 0.516
#> GSM128509 3 0.541 0.6065 0.172 0.032 0.796
#> GSM128510 3 0.612 0.5910 0.220 0.036 0.744
#> GSM82325 3 0.463 0.6009 0.164 0.012 0.824
#> GSM82327 3 0.463 0.6009 0.164 0.012 0.824
#> GSM82289 1 0.595 0.6273 0.772 0.180 0.048
#> GSM82291 1 0.605 0.6258 0.768 0.180 0.052
#> GSM82290 1 0.592 0.5644 0.756 0.212 0.032
#> GSM82292 1 0.536 0.6099 0.800 0.168 0.032
#> GSM128525 1 0.746 0.5227 0.600 0.352 0.048
#> GSM128526 1 0.746 0.5227 0.600 0.352 0.048
#> GSM128529 1 0.384 0.6266 0.872 0.116 0.012
#> GSM128530 1 0.384 0.6266 0.872 0.116 0.012
#> GSM128533 1 0.744 0.5255 0.604 0.348 0.048
#> GSM128534 1 0.744 0.5255 0.604 0.348 0.048
#> GSM128541 1 0.691 0.5220 0.628 0.344 0.028
#> GSM128542 1 0.691 0.5220 0.628 0.344 0.028
#> GSM128557 2 0.685 0.7256 0.316 0.652 0.032
#> GSM128558 2 0.638 0.6766 0.340 0.648 0.012
#> GSM82349 2 0.822 0.8663 0.212 0.636 0.152
#> GSM82367 2 0.822 0.8663 0.212 0.636 0.152
#> GSM82346 3 0.586 0.5937 0.228 0.024 0.748
#> GSM82364 3 0.586 0.5937 0.228 0.024 0.748
#> GSM82345 3 0.815 0.4635 0.240 0.128 0.632
#> GSM82360 3 0.810 0.4746 0.248 0.120 0.632
#> GSM82335 3 0.388 0.6053 0.152 0.000 0.848
#> GSM82339 3 0.388 0.6055 0.152 0.000 0.848
#> GSM128494 3 0.312 0.5875 0.108 0.000 0.892
#> GSM128495 3 0.319 0.5891 0.112 0.000 0.888
#> GSM82356 3 0.965 0.0419 0.260 0.272 0.468
#> GSM82359 2 0.985 0.4146 0.260 0.408 0.332
#> GSM82347 3 0.935 0.2190 0.252 0.232 0.516
#> GSM82365 3 0.943 0.2075 0.264 0.232 0.504
#> GSM128498 3 0.649 0.5769 0.256 0.036 0.708
#> GSM128499 3 0.703 0.5715 0.272 0.052 0.676
#> GSM82333 3 0.684 0.5518 0.284 0.040 0.676
#> GSM82369 3 0.713 0.5400 0.284 0.052 0.664
#> GSM128506 2 0.798 0.8628 0.172 0.660 0.168
#> GSM128507 2 0.798 0.8628 0.172 0.660 0.168
#> GSM128511 2 0.818 0.8684 0.208 0.640 0.152
#> GSM128512 2 0.818 0.8684 0.208 0.640 0.152
#> GSM82334 3 0.662 0.5684 0.248 0.044 0.708
#> GSM82370 3 0.734 0.5363 0.248 0.076 0.676
#> GSM82305 1 0.629 0.6158 0.704 0.272 0.024
#> GSM82306 1 0.629 0.6158 0.704 0.272 0.024
#> GSM82303 1 0.606 0.4785 0.708 0.276 0.016
#> GSM82304 1 0.572 0.5423 0.744 0.240 0.016
#> GSM128527 1 0.348 0.6412 0.872 0.128 0.000
#> GSM128528 1 0.400 0.6323 0.840 0.160 0.000
#> GSM128531 1 0.392 0.6245 0.868 0.120 0.012
#> GSM128532 1 0.392 0.6245 0.868 0.120 0.012
#> GSM128535 1 0.746 0.5227 0.600 0.352 0.048
#> GSM128536 1 0.746 0.5227 0.600 0.352 0.048
#> GSM128543 1 0.691 0.5220 0.628 0.344 0.028
#> GSM128544 1 0.691 0.5220 0.628 0.344 0.028
#> GSM128559 1 0.623 0.6243 0.720 0.252 0.028
#> GSM128560 1 0.610 0.6244 0.724 0.252 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.8203 0.42722 0.456 0.104 0.064 0.376
#> GSM82314 1 0.8203 0.42722 0.456 0.104 0.064 0.376
#> GSM82331 4 0.4605 0.08738 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM82338 4 0.4382 0.23643 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM82315 4 0.7939 0.33115 0.164 0.112 0.120 0.604
#> GSM82316 4 0.7939 0.33310 0.164 0.112 0.120 0.604
#> GSM82350 4 0.4086 0.46874 0.008 0.000 0.216 0.776
#> GSM82368 4 0.4877 0.19685 0.008 0.000 0.328 0.664
#> GSM82328 2 0.2944 0.72120 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM82340 2 0.2944 0.72120 0.000 0.868 0.004 0.128
#> GSM128565 4 0.4072 0.51520 0.120 0.000 0.052 0.828
#> GSM128566 4 0.4072 0.51520 0.120 0.000 0.052 0.828
#> GSM82329 3 0.5154 0.72775 0.040 0.060 0.796 0.104
#> GSM82341 3 0.6175 0.67104 0.024 0.168 0.712 0.096
#> GSM128569 4 0.4343 0.32283 0.004 0.000 0.264 0.732
#> GSM128570 4 0.4509 0.25028 0.004 0.000 0.288 0.708
#> GSM128573 4 0.6786 0.33664 0.008 0.072 0.432 0.488
#> GSM128574 4 0.6789 0.33246 0.008 0.072 0.436 0.484
#> GSM82295 4 0.4409 0.52210 0.024 0.012 0.160 0.804
#> GSM82296 4 0.4508 0.52180 0.028 0.012 0.160 0.800
#> GSM82337 3 0.5136 0.66462 0.128 0.012 0.780 0.080
#> GSM82379 3 0.4786 0.68061 0.128 0.012 0.800 0.060
#> GSM82285 4 0.4343 0.37650 0.004 0.000 0.264 0.732
#> GSM82286 4 0.4011 0.47858 0.008 0.000 0.208 0.784
#> GSM82287 4 0.2364 0.54377 0.036 0.008 0.028 0.928
#> GSM82288 4 0.2954 0.53763 0.064 0.008 0.028 0.900
#> GSM82311 4 0.7805 0.30705 0.196 0.172 0.048 0.584
#> GSM82312 4 0.7756 0.30179 0.200 0.180 0.040 0.580
#> GSM82375 4 0.6212 0.48617 0.036 0.068 0.188 0.708
#> GSM82376 4 0.6339 0.47893 0.048 0.068 0.176 0.708
#> GSM82307 4 0.7790 0.19753 0.236 0.208 0.020 0.536
#> GSM82308 4 0.7766 0.20587 0.232 0.208 0.020 0.540
#> GSM128585 4 0.7133 0.46111 0.148 0.044 0.156 0.652
#> GSM128586 4 0.7253 0.44420 0.168 0.044 0.148 0.640
#> GSM128593 1 0.7818 0.56630 0.540 0.052 0.104 0.304
#> GSM128594 1 0.7605 0.58972 0.564 0.044 0.104 0.288
#> GSM128597 4 0.5154 0.54848 0.012 0.072 0.140 0.776
#> GSM128598 4 0.5002 0.55127 0.012 0.072 0.128 0.788
#> GSM128601 4 0.5543 0.53627 0.008 0.040 0.256 0.696
#> GSM128602 4 0.5572 0.53504 0.008 0.040 0.260 0.692
#> GSM82348 2 0.4315 0.71900 0.012 0.816 0.028 0.144
#> GSM82366 2 0.6781 0.18159 0.048 0.556 0.028 0.368
#> GSM82322 3 0.5193 0.64402 0.000 0.020 0.656 0.324
#> GSM82352 3 0.5213 0.64217 0.000 0.020 0.652 0.328
#> GSM82332 2 0.2216 0.77832 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM82357 2 0.3399 0.77992 0.000 0.868 0.092 0.040
#> GSM82354 3 0.5344 0.70240 0.000 0.032 0.668 0.300
#> GSM82372 3 0.5411 0.69595 0.000 0.032 0.656 0.312
#> GSM82343 2 0.0376 0.77355 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM82362 2 0.0376 0.77355 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM128567 2 0.0376 0.77355 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM128568 2 0.0376 0.77355 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM82355 3 0.5070 0.61527 0.000 0.192 0.748 0.060
#> GSM82358 3 0.4990 0.62437 0.000 0.184 0.756 0.060
#> GSM128571 4 0.7370 0.26711 0.008 0.188 0.244 0.560
#> GSM128572 4 0.7613 0.00249 0.008 0.184 0.300 0.508
#> GSM128575 3 0.1362 0.73553 0.012 0.004 0.964 0.020
#> GSM128576 3 0.1362 0.73553 0.012 0.004 0.964 0.020
#> GSM82324 4 0.3721 0.51067 0.004 0.004 0.176 0.816
#> GSM82326 4 0.3721 0.51067 0.004 0.004 0.176 0.816
#> GSM82344 3 0.3366 0.70911 0.100 0.008 0.872 0.020
#> GSM82363 3 0.3190 0.71084 0.096 0.008 0.880 0.016
#> GSM82293 4 0.2706 0.56135 0.004 0.024 0.064 0.908
#> GSM82294 4 0.2443 0.55915 0.008 0.024 0.044 0.924
#> GSM82297 4 0.4608 0.55283 0.008 0.040 0.156 0.796
#> GSM82298 4 0.5137 0.49499 0.008 0.036 0.216 0.740
#> GSM82373 4 0.7821 0.30898 0.208 0.136 0.064 0.592
#> GSM82374 4 0.7821 0.30898 0.208 0.136 0.064 0.592
#> GSM82377 1 0.6753 0.59177 0.612 0.040 0.048 0.300
#> GSM82378 1 0.7204 0.57232 0.572 0.048 0.060 0.320
#> GSM82309 4 0.7402 0.38204 0.168 0.148 0.052 0.632
#> GSM82310 4 0.7402 0.38142 0.168 0.148 0.052 0.632
#> GSM128587 4 0.7488 0.19141 0.332 0.036 0.092 0.540
#> GSM128588 4 0.7557 0.26210 0.300 0.036 0.108 0.556
#> GSM128595 1 0.7361 0.60447 0.584 0.048 0.080 0.288
#> GSM128596 1 0.7417 0.60285 0.580 0.048 0.084 0.288
#> GSM128599 2 0.5613 0.67676 0.004 0.736 0.132 0.128
#> GSM128600 2 0.6471 0.52970 0.004 0.652 0.132 0.212
#> GSM128603 4 0.5451 0.52322 0.008 0.068 0.184 0.740
#> GSM128604 4 0.5411 0.52539 0.008 0.068 0.180 0.744
#> GSM82284 2 0.3351 0.75705 0.000 0.844 0.148 0.008
#> GSM82321 2 0.4274 0.75977 0.000 0.808 0.148 0.044
#> GSM82342 3 0.4917 0.68218 0.000 0.008 0.656 0.336
#> GSM82361 3 0.4936 0.67859 0.000 0.008 0.652 0.340
#> GSM82351 3 0.4104 0.64751 0.000 0.164 0.808 0.028
#> GSM82371 3 0.4290 0.65360 0.000 0.164 0.800 0.036
#> GSM82330 3 0.4933 0.56458 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM82336 3 0.4933 0.56458 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM128492 4 0.2922 0.55507 0.008 0.004 0.104 0.884
#> GSM128493 4 0.2922 0.55507 0.008 0.004 0.104 0.884
#> GSM82323 2 0.4857 0.62603 0.000 0.700 0.284 0.016
#> GSM82353 2 0.4957 0.60781 0.000 0.684 0.300 0.016
#> GSM82317 4 0.8339 0.30846 0.024 0.280 0.256 0.440
#> GSM82318 4 0.8268 0.30799 0.020 0.280 0.260 0.440
#> GSM128496 3 0.4964 0.72968 0.000 0.032 0.724 0.244
#> GSM128497 3 0.5085 0.72217 0.000 0.032 0.708 0.260
#> GSM82319 3 0.5774 0.70058 0.044 0.044 0.740 0.172
#> GSM82320 3 0.5812 0.69830 0.048 0.044 0.740 0.168
#> GSM128504 4 0.4123 0.50466 0.136 0.000 0.044 0.820
#> GSM128505 4 0.4123 0.50466 0.136 0.000 0.044 0.820
#> GSM128509 3 0.4990 0.62960 0.000 0.008 0.640 0.352
#> GSM128510 3 0.5113 0.67917 0.000 0.032 0.704 0.264
#> GSM82325 3 0.3681 0.74677 0.000 0.008 0.816 0.176
#> GSM82327 3 0.3808 0.74810 0.000 0.012 0.812 0.176
#> GSM82289 1 0.7626 0.52836 0.520 0.052 0.076 0.352
#> GSM82291 1 0.7744 0.46424 0.488 0.052 0.080 0.380
#> GSM82290 4 0.7493 0.28953 0.132 0.304 0.020 0.544
#> GSM82292 4 0.7529 0.27934 0.144 0.308 0.016 0.532
#> GSM128525 1 0.1674 0.61160 0.952 0.004 0.012 0.032
#> GSM128526 1 0.1674 0.61160 0.952 0.004 0.012 0.032
#> GSM128529 4 0.7769 0.30917 0.192 0.180 0.044 0.584
#> GSM128530 4 0.7769 0.30917 0.192 0.180 0.044 0.584
#> GSM128533 1 0.1796 0.61372 0.948 0.004 0.016 0.032
#> GSM128534 1 0.1796 0.61372 0.948 0.004 0.016 0.032
#> GSM128541 1 0.2891 0.63197 0.896 0.004 0.020 0.080
#> GSM128542 1 0.2891 0.63197 0.896 0.004 0.020 0.080
#> GSM128557 2 0.4046 0.73365 0.000 0.828 0.048 0.124
#> GSM128558 2 0.4205 0.73658 0.000 0.820 0.056 0.124
#> GSM82349 2 0.2760 0.76742 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM82367 2 0.2589 0.77210 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM82346 3 0.3925 0.75357 0.000 0.016 0.808 0.176
#> GSM82364 3 0.4012 0.75201 0.000 0.016 0.800 0.184
#> GSM82345 3 0.4464 0.59771 0.000 0.208 0.768 0.024
#> GSM82360 3 0.4225 0.62597 0.000 0.184 0.792 0.024
#> GSM82335 3 0.5203 0.66882 0.000 0.016 0.636 0.348
#> GSM82339 3 0.5311 0.68321 0.000 0.024 0.648 0.328
#> GSM128494 3 0.4964 0.64843 0.000 0.004 0.616 0.380
#> GSM128495 3 0.4936 0.64948 0.000 0.004 0.624 0.372
#> GSM82356 3 0.5565 0.35032 0.000 0.344 0.624 0.032
#> GSM82359 2 0.5850 0.14313 0.000 0.512 0.456 0.032
#> GSM82347 3 0.4916 0.62138 0.000 0.184 0.760 0.056
#> GSM82365 3 0.4956 0.61863 0.000 0.188 0.756 0.056
#> GSM128498 3 0.4773 0.74665 0.012 0.016 0.756 0.216
#> GSM128499 3 0.5331 0.73468 0.016 0.028 0.724 0.232
#> GSM82333 3 0.2561 0.71933 0.068 0.004 0.912 0.016
#> GSM82369 3 0.2707 0.71768 0.068 0.008 0.908 0.016
#> GSM128506 2 0.0524 0.77379 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM128507 2 0.0524 0.77379 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM128511 2 0.2216 0.77832 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM128512 2 0.2216 0.77832 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM82334 3 0.2831 0.74547 0.004 0.000 0.876 0.120
#> GSM82370 3 0.3047 0.74611 0.012 0.000 0.872 0.116
#> GSM82305 4 0.8776 -0.36199 0.368 0.176 0.064 0.392
#> GSM82306 4 0.8829 -0.33446 0.348 0.188 0.064 0.400
#> GSM82303 2 0.7613 -0.10578 0.128 0.440 0.016 0.416
#> GSM82304 2 0.7614 -0.11531 0.128 0.436 0.016 0.420
#> GSM128527 1 0.7815 0.58124 0.548 0.044 0.124 0.284
#> GSM128528 1 0.7727 0.58531 0.556 0.044 0.116 0.284
#> GSM128531 4 0.7727 0.30816 0.192 0.184 0.040 0.584
#> GSM128532 4 0.7727 0.30816 0.192 0.184 0.040 0.584
#> GSM128535 1 0.2057 0.61242 0.940 0.008 0.020 0.032
#> GSM128536 1 0.2057 0.61242 0.940 0.008 0.020 0.032
#> GSM128543 1 0.4260 0.64328 0.796 0.004 0.020 0.180
#> GSM128544 1 0.4260 0.64325 0.796 0.004 0.020 0.180
#> GSM128559 1 0.8704 0.37738 0.400 0.124 0.088 0.388
#> GSM128560 1 0.8737 0.37268 0.396 0.128 0.088 0.388
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 1 0.5105 0.4708 0.592 0.008 0.008 0.376 0.016
#> GSM82314 1 0.5105 0.4708 0.592 0.008 0.008 0.376 0.016
#> GSM82331 5 0.0671 0.8052 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980
#> GSM82338 5 0.0671 0.8052 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980
#> GSM82315 4 0.6352 0.6416 0.084 0.024 0.040 0.656 0.196
#> GSM82316 4 0.6332 0.6295 0.080 0.020 0.040 0.648 0.212
#> GSM82350 5 0.1461 0.8034 0.016 0.000 0.004 0.028 0.952
#> GSM82368 5 0.1455 0.8055 0.008 0.000 0.032 0.008 0.952
#> GSM82328 2 0.0613 0.8455 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> GSM82340 2 0.0613 0.8455 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> GSM128565 5 0.1739 0.7995 0.032 0.000 0.004 0.024 0.940
#> GSM128566 5 0.1739 0.7995 0.032 0.000 0.004 0.024 0.940
#> GSM82329 3 0.3995 0.7869 0.108 0.008 0.816 0.004 0.064
#> GSM82341 3 0.3949 0.7874 0.096 0.012 0.824 0.004 0.064
#> GSM128569 5 0.0510 0.8048 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM128570 5 0.0510 0.8048 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM128573 1 0.7432 0.1193 0.432 0.032 0.404 0.056 0.076
#> GSM128574 1 0.7557 0.0879 0.416 0.040 0.412 0.056 0.076
#> GSM82295 5 0.0912 0.8061 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> GSM82296 5 0.0912 0.8061 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> GSM82337 3 0.3163 0.7660 0.124 0.008 0.852 0.004 0.012
#> GSM82379 3 0.3004 0.7676 0.120 0.008 0.860 0.004 0.008
#> GSM82285 5 0.0404 0.8050 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM82286 5 0.0579 0.8039 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM82287 5 0.2455 0.7639 0.008 0.004 0.004 0.088 0.896
#> GSM82288 5 0.2150 0.7800 0.008 0.004 0.004 0.068 0.916
#> GSM82311 4 0.0854 0.7672 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM82312 4 0.0854 0.7672 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM82375 5 0.6204 0.6019 0.044 0.016 0.096 0.172 0.672
#> GSM82376 5 0.6409 0.5386 0.048 0.012 0.088 0.216 0.636
#> GSM82307 4 0.5370 0.6858 0.068 0.212 0.004 0.696 0.020
#> GSM82308 4 0.5370 0.6858 0.068 0.212 0.004 0.696 0.020
#> GSM128585 5 0.5286 0.6549 0.208 0.004 0.040 0.040 0.708
#> GSM128586 5 0.5286 0.6549 0.208 0.004 0.040 0.040 0.708
#> GSM128593 1 0.5251 0.6369 0.700 0.028 0.008 0.228 0.036
#> GSM128594 1 0.4140 0.7382 0.812 0.032 0.008 0.124 0.024
#> GSM128597 5 0.3630 0.7801 0.024 0.016 0.056 0.044 0.860
#> GSM128598 5 0.3399 0.7833 0.020 0.016 0.048 0.044 0.872
#> GSM128601 5 0.4567 0.7348 0.016 0.012 0.136 0.052 0.784
#> GSM128602 5 0.4610 0.7329 0.016 0.012 0.140 0.052 0.780
#> GSM82348 2 0.3177 0.8262 0.016 0.860 0.012 0.108 0.004
#> GSM82366 2 0.4782 0.5777 0.032 0.712 0.012 0.240 0.004
#> GSM82322 5 0.4943 0.2200 0.008 0.004 0.452 0.008 0.528
#> GSM82352 3 0.4961 -0.1047 0.008 0.004 0.492 0.008 0.488
#> GSM82332 2 0.2955 0.8769 0.004 0.876 0.060 0.060 0.000
#> GSM82357 2 0.2955 0.8769 0.004 0.876 0.060 0.060 0.000
#> GSM82354 3 0.4705 0.4626 0.004 0.000 0.580 0.012 0.404
#> GSM82372 5 0.4630 0.0693 0.004 0.000 0.416 0.008 0.572
#> GSM82343 2 0.0324 0.8469 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM82362 2 0.0486 0.8474 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM128567 2 0.0324 0.8469 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM128568 2 0.0324 0.8469 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM82355 3 0.5203 0.7530 0.024 0.044 0.768 0.068 0.096
#> GSM82358 3 0.5043 0.7589 0.024 0.044 0.780 0.068 0.084
#> GSM128571 5 0.3586 0.7727 0.008 0.092 0.052 0.004 0.844
#> GSM128572 5 0.4301 0.7474 0.008 0.096 0.096 0.004 0.796
#> GSM128575 3 0.2425 0.7857 0.040 0.008 0.916 0.024 0.012
#> GSM128576 3 0.2719 0.7872 0.040 0.008 0.904 0.024 0.024
#> GSM82324 5 0.0771 0.8054 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> GSM82326 5 0.0771 0.8054 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> GSM82344 3 0.2699 0.7743 0.100 0.012 0.880 0.000 0.008
#> GSM82363 3 0.2575 0.7748 0.100 0.012 0.884 0.000 0.004
#> GSM82293 5 0.2374 0.8014 0.004 0.004 0.052 0.028 0.912
#> GSM82294 5 0.2339 0.8010 0.008 0.000 0.052 0.028 0.912
#> GSM82297 5 0.1828 0.8047 0.004 0.000 0.032 0.028 0.936
#> GSM82298 5 0.1743 0.8051 0.004 0.000 0.028 0.028 0.940
#> GSM82373 4 0.2253 0.7690 0.020 0.012 0.008 0.924 0.036
#> GSM82374 4 0.2253 0.7690 0.020 0.012 0.008 0.924 0.036
#> GSM82377 1 0.2015 0.7827 0.932 0.004 0.036 0.008 0.020
#> GSM82378 1 0.2246 0.7800 0.920 0.004 0.048 0.008 0.020
#> GSM82309 4 0.6051 0.5353 0.016 0.048 0.024 0.596 0.316
#> GSM82310 4 0.6035 0.5426 0.016 0.048 0.024 0.600 0.312
#> GSM128587 5 0.5847 0.2603 0.452 0.000 0.036 0.032 0.480
#> GSM128588 5 0.5826 0.3352 0.424 0.000 0.036 0.032 0.508
#> GSM128595 1 0.2807 0.7818 0.900 0.008 0.028 0.040 0.024
#> GSM128596 1 0.2919 0.7814 0.896 0.012 0.028 0.040 0.024
#> GSM128599 2 0.4268 0.8190 0.012 0.824 0.068 0.048 0.048
#> GSM128600 2 0.4338 0.8145 0.012 0.820 0.068 0.048 0.052
#> GSM128603 5 0.4850 0.7167 0.008 0.020 0.152 0.060 0.760
#> GSM128604 5 0.4850 0.7167 0.008 0.020 0.152 0.060 0.760
#> GSM82284 2 0.3142 0.8722 0.008 0.868 0.068 0.056 0.000
#> GSM82321 2 0.3253 0.8711 0.012 0.864 0.068 0.056 0.000
#> GSM82342 3 0.3652 0.7531 0.004 0.000 0.784 0.012 0.200
#> GSM82361 3 0.3500 0.7619 0.004 0.000 0.808 0.016 0.172
#> GSM82351 3 0.3891 0.7748 0.004 0.044 0.840 0.044 0.068
#> GSM82371 3 0.3891 0.7748 0.004 0.044 0.840 0.044 0.068
#> GSM82330 5 0.3762 0.5538 0.004 0.000 0.244 0.004 0.748
#> GSM82336 5 0.2833 0.7040 0.004 0.000 0.140 0.004 0.852
#> GSM128492 5 0.1059 0.8038 0.008 0.000 0.004 0.020 0.968
#> GSM128493 5 0.1059 0.8038 0.008 0.000 0.004 0.020 0.968
#> GSM82323 2 0.5009 0.7818 0.004 0.764 0.116 0.048 0.068
#> GSM82353 2 0.5249 0.7532 0.004 0.744 0.128 0.044 0.080
#> GSM82317 5 0.8467 -0.1753 0.032 0.204 0.076 0.320 0.368
#> GSM82318 5 0.8452 -0.1670 0.032 0.200 0.076 0.320 0.372
#> GSM128496 3 0.3167 0.7585 0.004 0.000 0.820 0.004 0.172
#> GSM128497 3 0.3643 0.7370 0.004 0.000 0.776 0.008 0.212
#> GSM82319 3 0.6569 0.1426 0.084 0.008 0.460 0.024 0.424
#> GSM82320 3 0.6557 0.1840 0.084 0.008 0.476 0.024 0.408
#> GSM128504 5 0.1728 0.8002 0.036 0.000 0.004 0.020 0.940
#> GSM128505 5 0.1822 0.7989 0.036 0.000 0.004 0.024 0.936
#> GSM128509 5 0.4726 0.5769 0.008 0.008 0.284 0.016 0.684
#> GSM128510 5 0.5412 0.1243 0.008 0.008 0.468 0.024 0.492
#> GSM82325 3 0.2124 0.7770 0.004 0.000 0.900 0.000 0.096
#> GSM82327 3 0.2011 0.7798 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> GSM82289 1 0.3871 0.7476 0.840 0.008 0.032 0.036 0.084
#> GSM82291 1 0.4093 0.7393 0.828 0.012 0.032 0.036 0.092
#> GSM82290 4 0.6653 0.6889 0.028 0.228 0.008 0.588 0.148
#> GSM82292 4 0.6196 0.7143 0.028 0.156 0.008 0.652 0.156
#> GSM128525 1 0.0613 0.7869 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> GSM128526 1 0.0613 0.7869 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> GSM128529 4 0.0854 0.7672 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM128530 4 0.0854 0.7672 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM128533 1 0.0775 0.7876 0.980 0.004 0.004 0.004 0.008
#> GSM128534 1 0.0775 0.7876 0.980 0.004 0.004 0.004 0.008
#> GSM128541 1 0.1471 0.7867 0.952 0.000 0.020 0.024 0.004
#> GSM128542 1 0.1471 0.7867 0.952 0.000 0.020 0.024 0.004
#> GSM128557 2 0.3073 0.8737 0.008 0.872 0.052 0.068 0.000
#> GSM128558 2 0.3142 0.8736 0.008 0.868 0.056 0.068 0.000
#> GSM82349 2 0.3021 0.8757 0.004 0.872 0.060 0.064 0.000
#> GSM82367 2 0.3021 0.8757 0.004 0.872 0.060 0.064 0.000
#> GSM82346 3 0.1883 0.7914 0.008 0.000 0.932 0.012 0.048
#> GSM82364 3 0.2026 0.7907 0.008 0.000 0.924 0.012 0.056
#> GSM82345 3 0.4270 0.7651 0.004 0.052 0.816 0.044 0.084
#> GSM82360 3 0.4201 0.7672 0.004 0.048 0.820 0.044 0.084
#> GSM82335 3 0.4538 0.5616 0.004 0.000 0.636 0.012 0.348
#> GSM82339 3 0.3962 0.7166 0.004 0.000 0.744 0.012 0.240
#> GSM128494 3 0.4299 0.6376 0.004 0.000 0.672 0.008 0.316
#> GSM128495 3 0.4178 0.6713 0.004 0.000 0.696 0.008 0.292
#> GSM82356 3 0.7652 -0.0105 0.016 0.388 0.412 0.068 0.116
#> GSM82359 2 0.7077 0.5502 0.020 0.596 0.204 0.068 0.112
#> GSM82347 3 0.4718 0.7598 0.012 0.052 0.796 0.060 0.080
#> GSM82365 3 0.4632 0.7638 0.016 0.048 0.804 0.060 0.072
#> GSM128498 3 0.3218 0.7921 0.032 0.000 0.860 0.012 0.096
#> GSM128499 3 0.3282 0.7910 0.044 0.000 0.860 0.012 0.084
#> GSM82333 3 0.2804 0.7803 0.092 0.012 0.880 0.000 0.016
#> GSM82369 3 0.2464 0.7772 0.092 0.012 0.892 0.000 0.004
#> GSM128506 2 0.0727 0.8478 0.004 0.980 0.012 0.000 0.004
#> GSM128507 2 0.0613 0.8474 0.004 0.984 0.008 0.000 0.004
#> GSM128511 2 0.2955 0.8769 0.004 0.876 0.060 0.060 0.000
#> GSM128512 2 0.2955 0.8769 0.004 0.876 0.060 0.060 0.000
#> GSM82334 3 0.2416 0.7908 0.016 0.000 0.908 0.016 0.060
#> GSM82370 3 0.2277 0.7912 0.016 0.000 0.916 0.016 0.052
#> GSM82305 1 0.6577 0.4705 0.576 0.064 0.016 0.300 0.044
#> GSM82306 1 0.6830 0.4368 0.556 0.084 0.016 0.300 0.044
#> GSM82303 4 0.5777 0.5635 0.028 0.372 0.008 0.564 0.028
#> GSM82304 4 0.5744 0.5833 0.028 0.360 0.008 0.576 0.028
#> GSM128527 1 0.2756 0.7755 0.900 0.004 0.040 0.020 0.036
#> GSM128528 1 0.2422 0.7851 0.916 0.004 0.036 0.024 0.020
#> GSM128531 4 0.0854 0.7672 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM128532 4 0.0854 0.7672 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM128535 1 0.0613 0.7869 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> GSM128536 1 0.0613 0.7869 0.984 0.004 0.000 0.004 0.008
#> GSM128543 1 0.1597 0.7881 0.948 0.000 0.020 0.024 0.008
#> GSM128544 1 0.1597 0.7881 0.948 0.000 0.020 0.024 0.008
#> GSM128559 1 0.6430 0.4871 0.588 0.048 0.020 0.300 0.044
#> GSM128560 1 0.6491 0.4841 0.584 0.052 0.020 0.300 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 1 0.5701 0.5010 0.568 0.012 0.016 0.336 0.056 0.012
#> GSM82314 1 0.5701 0.5010 0.568 0.012 0.016 0.336 0.056 0.012
#> GSM82331 5 0.2507 0.5700 0.004 0.000 0.040 0.000 0.884 0.072
#> GSM82338 5 0.2507 0.5700 0.004 0.000 0.040 0.000 0.884 0.072
#> GSM82315 4 0.7641 0.5141 0.136 0.060 0.028 0.544 0.132 0.100
#> GSM82316 4 0.8010 0.4592 0.136 0.064 0.028 0.496 0.168 0.108
#> GSM82350 5 0.4079 0.5799 0.020 0.000 0.024 0.028 0.788 0.140
#> GSM82368 5 0.4321 0.5708 0.016 0.000 0.036 0.024 0.764 0.160
#> GSM82328 2 0.1049 0.8097 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.1049 0.8097 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128565 5 0.5607 0.4789 0.052 0.000 0.016 0.100 0.676 0.156
#> GSM128566 5 0.5664 0.4764 0.056 0.000 0.016 0.100 0.672 0.156
#> GSM82329 3 0.5023 0.4763 0.112 0.012 0.732 0.008 0.024 0.112
#> GSM82341 3 0.5223 0.3828 0.084 0.012 0.680 0.004 0.016 0.204
#> GSM128569 5 0.2398 0.5696 0.004 0.000 0.016 0.004 0.888 0.088
#> GSM128570 5 0.2398 0.5696 0.004 0.000 0.016 0.004 0.888 0.088
#> GSM128573 1 0.8462 0.2599 0.420 0.036 0.180 0.044 0.152 0.168
#> GSM128574 1 0.8534 0.2202 0.404 0.040 0.192 0.040 0.148 0.176
#> GSM82295 5 0.5133 0.4956 0.044 0.008 0.008 0.076 0.724 0.140
#> GSM82296 5 0.5133 0.4956 0.044 0.008 0.008 0.076 0.724 0.140
#> GSM82337 3 0.4013 0.5290 0.128 0.000 0.780 0.000 0.016 0.076
#> GSM82379 3 0.3829 0.5354 0.124 0.000 0.792 0.000 0.012 0.072
#> GSM82285 5 0.2536 0.5721 0.004 0.000 0.020 0.004 0.880 0.092
#> GSM82286 5 0.2401 0.5905 0.004 0.000 0.020 0.016 0.900 0.060
#> GSM82287 5 0.5889 0.4185 0.048 0.004 0.008 0.180 0.640 0.120
#> GSM82288 5 0.5889 0.4185 0.048 0.004 0.008 0.180 0.640 0.120
#> GSM82311 4 0.0146 0.7150 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0291 0.7156 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> GSM82375 5 0.7491 0.3269 0.108 0.004 0.028 0.112 0.396 0.352
#> GSM82376 5 0.7807 0.2950 0.116 0.008 0.028 0.140 0.364 0.344
#> GSM82307 4 0.5296 0.6256 0.132 0.192 0.004 0.656 0.016 0.000
#> GSM82308 4 0.5287 0.6280 0.128 0.196 0.004 0.656 0.016 0.000
#> GSM128585 5 0.7217 0.3916 0.260 0.000 0.032 0.060 0.468 0.180
#> GSM128586 5 0.7263 0.3791 0.268 0.000 0.032 0.060 0.456 0.184
#> GSM128593 1 0.5096 0.7192 0.744 0.012 0.016 0.112 0.068 0.048
#> GSM128594 1 0.4879 0.7358 0.768 0.012 0.024 0.080 0.072 0.044
#> GSM128597 5 0.6640 0.4566 0.032 0.028 0.032 0.056 0.516 0.336
#> GSM128598 5 0.6672 0.4653 0.040 0.024 0.032 0.056 0.520 0.328
#> GSM128601 5 0.6515 0.4806 0.080 0.004 0.044 0.044 0.572 0.256
#> GSM128602 5 0.6396 0.4802 0.068 0.004 0.044 0.044 0.580 0.260
#> GSM82348 2 0.4072 0.7802 0.016 0.812 0.016 0.100 0.020 0.036
#> GSM82366 2 0.5127 0.6054 0.028 0.708 0.016 0.196 0.020 0.032
#> GSM82322 5 0.6067 0.0415 0.000 0.004 0.216 0.000 0.404 0.376
#> GSM82352 5 0.6077 0.0744 0.000 0.004 0.220 0.000 0.408 0.368
#> GSM82332 2 0.3080 0.8414 0.008 0.848 0.024 0.008 0.000 0.112
#> GSM82357 2 0.3080 0.8414 0.008 0.848 0.024 0.008 0.000 0.112
#> GSM82354 5 0.6172 0.0126 0.004 0.000 0.304 0.000 0.412 0.280
#> GSM82372 5 0.5987 0.1516 0.004 0.000 0.244 0.000 0.480 0.272
#> GSM82343 2 0.0291 0.8216 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82362 2 0.0405 0.8216 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128567 2 0.0291 0.8218 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128568 2 0.0291 0.8218 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82355 6 0.6116 0.1363 0.028 0.060 0.436 0.012 0.012 0.452
#> GSM82358 3 0.6008 -0.2349 0.024 0.056 0.452 0.012 0.012 0.444
#> GSM128571 5 0.5180 0.4931 0.012 0.056 0.016 0.004 0.656 0.256
#> GSM128572 5 0.5201 0.4847 0.012 0.056 0.016 0.004 0.652 0.260
#> GSM128575 3 0.2989 0.5299 0.016 0.000 0.848 0.004 0.012 0.120
#> GSM128576 3 0.3025 0.5228 0.012 0.000 0.840 0.004 0.012 0.132
#> GSM82324 5 0.2628 0.5695 0.004 0.004 0.020 0.004 0.880 0.088
#> GSM82326 5 0.2646 0.5678 0.004 0.000 0.028 0.004 0.876 0.088
#> GSM82344 3 0.2547 0.5547 0.080 0.000 0.880 0.000 0.004 0.036
#> GSM82363 3 0.2563 0.5554 0.076 0.000 0.880 0.000 0.004 0.040
#> GSM82293 5 0.5572 0.5329 0.036 0.004 0.032 0.028 0.628 0.272
#> GSM82294 5 0.5743 0.5326 0.044 0.004 0.032 0.032 0.620 0.268
#> GSM82297 5 0.4882 0.5536 0.020 0.004 0.024 0.028 0.700 0.224
#> GSM82298 5 0.4812 0.5465 0.012 0.000 0.036 0.028 0.696 0.228
#> GSM82373 4 0.2730 0.7152 0.036 0.028 0.016 0.896 0.016 0.008
#> GSM82374 4 0.2730 0.7152 0.036 0.028 0.016 0.896 0.016 0.008
#> GSM82377 1 0.3429 0.7409 0.848 0.000 0.016 0.056 0.020 0.060
#> GSM82378 1 0.3429 0.7409 0.848 0.000 0.016 0.056 0.020 0.060
#> GSM82309 4 0.6644 0.2803 0.052 0.060 0.008 0.484 0.364 0.032
#> GSM82310 4 0.6644 0.2803 0.052 0.060 0.008 0.484 0.364 0.032
#> GSM128587 1 0.6581 -0.1191 0.452 0.000 0.020 0.036 0.372 0.120
#> GSM128588 1 0.6617 -0.1580 0.440 0.000 0.020 0.036 0.380 0.124
#> GSM128595 1 0.4708 0.7382 0.780 0.016 0.024 0.064 0.084 0.032
#> GSM128596 1 0.4757 0.7372 0.776 0.016 0.024 0.064 0.088 0.032
#> GSM128599 2 0.4847 0.7529 0.012 0.764 0.100 0.044 0.016 0.064
#> GSM128600 2 0.4754 0.7561 0.016 0.772 0.092 0.044 0.012 0.064
#> GSM128603 5 0.6608 0.3702 0.048 0.004 0.044 0.052 0.456 0.396
#> GSM128604 5 0.6660 0.3698 0.052 0.004 0.044 0.052 0.448 0.400
#> GSM82284 2 0.3653 0.8150 0.004 0.804 0.040 0.012 0.000 0.140
#> GSM82321 2 0.3763 0.8135 0.008 0.800 0.040 0.012 0.000 0.140
#> GSM82342 3 0.5153 0.3321 0.000 0.000 0.592 0.000 0.120 0.288
#> GSM82361 3 0.5301 0.3159 0.000 0.000 0.584 0.000 0.148 0.268
#> GSM82351 3 0.5604 -0.2332 0.000 0.060 0.460 0.012 0.016 0.452
#> GSM82371 3 0.5604 -0.2332 0.000 0.060 0.460 0.012 0.016 0.452
#> GSM82330 5 0.5192 0.3490 0.000 0.000 0.116 0.000 0.576 0.308
#> GSM82336 5 0.4827 0.4114 0.000 0.000 0.084 0.000 0.620 0.296
#> GSM128492 5 0.3702 0.5910 0.044 0.000 0.028 0.028 0.836 0.064
#> GSM128493 5 0.3659 0.5931 0.044 0.000 0.032 0.028 0.840 0.056
#> GSM82323 2 0.6136 0.4656 0.004 0.576 0.108 0.016 0.028 0.268
#> GSM82353 2 0.6190 0.4114 0.004 0.556 0.116 0.012 0.028 0.284
#> GSM82317 5 0.9454 -0.0314 0.072 0.180 0.080 0.176 0.268 0.224
#> GSM82318 5 0.9445 -0.0261 0.072 0.176 0.080 0.176 0.272 0.224
#> GSM128496 3 0.5591 0.2460 0.000 0.000 0.548 0.000 0.224 0.228
#> GSM128497 3 0.5964 0.1316 0.000 0.000 0.468 0.004 0.208 0.320
#> GSM82319 6 0.7359 0.1968 0.064 0.008 0.228 0.008 0.300 0.392
#> GSM82320 6 0.7365 0.2072 0.064 0.008 0.232 0.008 0.296 0.392
#> GSM128504 5 0.5627 0.4644 0.052 0.000 0.012 0.104 0.668 0.164
#> GSM128505 5 0.5627 0.4644 0.052 0.000 0.012 0.104 0.668 0.164
#> GSM128509 5 0.5673 0.1810 0.000 0.000 0.136 0.004 0.464 0.396
#> GSM128510 6 0.6272 0.0270 0.000 0.004 0.244 0.004 0.364 0.384
#> GSM82325 3 0.2145 0.5662 0.000 0.000 0.900 0.000 0.072 0.028
#> GSM82327 3 0.2201 0.5648 0.000 0.000 0.896 0.000 0.076 0.028
#> GSM82289 1 0.4831 0.7348 0.772 0.016 0.020 0.064 0.084 0.044
#> GSM82291 1 0.4885 0.7302 0.764 0.012 0.020 0.064 0.096 0.044
#> GSM82290 4 0.6786 0.6110 0.064 0.260 0.000 0.540 0.092 0.044
#> GSM82292 4 0.6350 0.6654 0.064 0.200 0.000 0.612 0.080 0.044
#> GSM128525 1 0.0806 0.7412 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> GSM128526 1 0.0806 0.7412 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> GSM128529 4 0.0405 0.7178 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM128530 4 0.0405 0.7178 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM128533 1 0.0806 0.7412 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> GSM128534 1 0.0806 0.7412 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> GSM128541 1 0.0964 0.7384 0.968 0.000 0.000 0.016 0.004 0.012
#> GSM128542 1 0.0964 0.7384 0.968 0.000 0.000 0.016 0.004 0.012
#> GSM128557 2 0.3809 0.8342 0.012 0.828 0.028 0.056 0.004 0.072
#> GSM128558 2 0.3966 0.8341 0.012 0.816 0.028 0.056 0.004 0.084
#> GSM82349 2 0.3342 0.8303 0.004 0.820 0.028 0.008 0.000 0.140
#> GSM82367 2 0.3331 0.8352 0.008 0.828 0.028 0.008 0.000 0.128
#> GSM82346 3 0.1899 0.5750 0.000 0.004 0.928 0.008 0.032 0.028
#> GSM82364 3 0.2000 0.5759 0.000 0.004 0.920 0.004 0.044 0.028
#> GSM82345 6 0.5850 0.1706 0.000 0.064 0.436 0.012 0.028 0.460
#> GSM82360 6 0.5849 0.1805 0.000 0.064 0.432 0.012 0.028 0.464
#> GSM82335 5 0.6198 -0.0452 0.000 0.000 0.356 0.004 0.372 0.268
#> GSM82339 3 0.6004 0.1428 0.000 0.000 0.468 0.004 0.228 0.300
#> GSM128494 3 0.5998 0.1676 0.000 0.000 0.456 0.004 0.328 0.212
#> GSM128495 3 0.5973 0.1912 0.000 0.000 0.472 0.004 0.308 0.216
#> GSM82356 6 0.7044 0.3399 0.020 0.236 0.244 0.012 0.024 0.464
#> GSM82359 6 0.6981 0.1661 0.020 0.332 0.172 0.012 0.024 0.440
#> GSM82347 3 0.6074 -0.1819 0.016 0.056 0.488 0.016 0.020 0.404
#> GSM82365 3 0.5985 -0.1480 0.016 0.056 0.500 0.012 0.020 0.396
#> GSM128498 3 0.3742 0.5470 0.048 0.004 0.824 0.000 0.052 0.072
#> GSM128499 3 0.3973 0.5398 0.048 0.004 0.808 0.000 0.064 0.076
#> GSM82333 3 0.3176 0.5467 0.052 0.000 0.840 0.000 0.008 0.100
#> GSM82369 3 0.2879 0.5583 0.056 0.000 0.864 0.000 0.008 0.072
#> GSM128506 2 0.1851 0.8147 0.004 0.924 0.056 0.004 0.000 0.012
#> GSM128507 2 0.1750 0.8160 0.004 0.928 0.056 0.004 0.000 0.008
#> GSM128511 2 0.3112 0.8409 0.008 0.848 0.028 0.008 0.000 0.108
#> GSM128512 2 0.3112 0.8409 0.008 0.848 0.028 0.008 0.000 0.108
#> GSM82334 3 0.1440 0.5777 0.004 0.004 0.948 0.000 0.032 0.012
#> GSM82370 3 0.1699 0.5781 0.008 0.004 0.936 0.000 0.040 0.012
#> GSM82305 1 0.6591 0.5400 0.596 0.092 0.016 0.216 0.048 0.032
#> GSM82306 1 0.6730 0.5137 0.580 0.112 0.016 0.216 0.044 0.032
#> GSM82303 4 0.5259 0.3647 0.016 0.444 0.000 0.496 0.020 0.024
#> GSM82304 4 0.5307 0.4283 0.020 0.416 0.000 0.520 0.020 0.024
#> GSM128527 1 0.4558 0.7296 0.780 0.000 0.028 0.044 0.072 0.076
#> GSM128528 1 0.4504 0.7310 0.784 0.000 0.028 0.044 0.068 0.076
#> GSM128531 4 0.0405 0.7178 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM128532 4 0.0405 0.7178 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM128535 1 0.0951 0.7408 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020 0.000
#> GSM128536 1 0.0951 0.7408 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020 0.000
#> GSM128543 1 0.1078 0.7409 0.964 0.000 0.000 0.016 0.008 0.012
#> GSM128544 1 0.1078 0.7409 0.964 0.000 0.000 0.016 0.008 0.012
#> GSM128559 1 0.6837 0.5542 0.576 0.060 0.016 0.220 0.092 0.036
#> GSM128560 1 0.6814 0.5563 0.576 0.060 0.016 0.220 0.096 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> MAD:mclust 57 3.97e-01 0.58414 6.19e-06 2
#> MAD:mclust 103 4.76e-02 0.25267 1.57e-13 3
#> MAD:mclust 107 1.42e-03 0.15431 1.75e-19 4
#> MAD:mclust 136 4.68e-05 0.00355 1.24e-34 5
#> MAD:mclust 93 7.00e-03 0.03324 2.97e-23 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.461 0.815 0.868 0.4974 0.499 0.499
#> 3 3 0.827 0.884 0.950 0.3095 0.703 0.480
#> 4 4 0.729 0.805 0.889 0.1440 0.843 0.586
#> 5 5 0.693 0.666 0.825 0.0724 0.869 0.550
#> 6 6 0.692 0.613 0.783 0.0375 0.920 0.640
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.6343 0.8347 0.840 0.160
#> GSM82314 1 0.6438 0.8323 0.836 0.164
#> GSM82331 1 0.3584 0.8503 0.932 0.068
#> GSM82338 1 0.2423 0.8685 0.960 0.040
#> GSM82315 1 0.6048 0.8421 0.852 0.148
#> GSM82316 1 0.6247 0.8416 0.844 0.156
#> GSM82350 1 0.0376 0.8825 0.996 0.004
#> GSM82368 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> GSM82328 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82340 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128565 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM82341 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM128569 1 0.1843 0.8744 0.972 0.028
#> GSM128570 1 0.1414 0.8775 0.980 0.020
#> GSM128573 2 0.9552 0.5720 0.376 0.624
#> GSM128574 2 0.9129 0.6634 0.328 0.672
#> GSM82295 1 0.4815 0.8607 0.896 0.104
#> GSM82296 1 0.4815 0.8607 0.896 0.104
#> GSM82337 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM82379 1 0.1184 0.8788 0.984 0.016
#> GSM82285 1 0.4690 0.8378 0.900 0.100
#> GSM82286 1 0.2778 0.8706 0.952 0.048
#> GSM82287 1 0.6148 0.8384 0.848 0.152
#> GSM82288 1 0.6148 0.8384 0.848 0.152
#> GSM82311 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
#> GSM82312 1 0.6531 0.8304 0.832 0.168
#> GSM82375 1 0.2236 0.8708 0.964 0.036
#> GSM82376 1 0.1184 0.8823 0.984 0.016
#> GSM82307 1 0.7602 0.7921 0.780 0.220
#> GSM82308 1 0.7745 0.7846 0.772 0.228
#> GSM128585 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128586 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128593 1 0.5178 0.8554 0.884 0.116
#> GSM128594 1 0.5178 0.8554 0.884 0.116
#> GSM128597 2 0.9710 0.1949 0.400 0.600
#> GSM128598 1 0.9977 0.2968 0.528 0.472
#> GSM128601 1 0.2778 0.8653 0.952 0.048
#> GSM128602 1 0.3114 0.8603 0.944 0.056
#> GSM82348 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82366 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82322 2 0.6438 0.8623 0.164 0.836
#> GSM82352 2 0.6343 0.8643 0.160 0.840
#> GSM82332 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82357 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82354 2 0.7139 0.8395 0.196 0.804
#> GSM82372 1 0.6531 0.7372 0.832 0.168
#> GSM82343 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82362 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128567 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128568 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82355 2 0.4298 0.8772 0.088 0.912
#> GSM82358 2 0.4562 0.8767 0.096 0.904
#> GSM128571 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128572 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128575 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM128576 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM82324 1 0.9491 0.3506 0.632 0.368
#> GSM82326 1 0.8555 0.5681 0.720 0.280
#> GSM82344 2 0.9209 0.6612 0.336 0.664
#> GSM82363 2 0.7815 0.8042 0.232 0.768
#> GSM82293 1 0.4690 0.8238 0.900 0.100
#> GSM82294 1 0.3114 0.8604 0.944 0.056
#> GSM82297 1 0.0672 0.8809 0.992 0.008
#> GSM82298 1 0.1843 0.8749 0.972 0.028
#> GSM82373 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
#> GSM82374 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
#> GSM82377 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM82378 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM82309 1 0.6148 0.8384 0.848 0.152
#> GSM82310 1 0.6148 0.8384 0.848 0.152
#> GSM128587 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128588 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128595 1 0.1633 0.8827 0.976 0.024
#> GSM128596 1 0.1633 0.8827 0.976 0.024
#> GSM128599 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128600 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128603 1 0.9710 0.3554 0.600 0.400
#> GSM128604 1 0.9552 0.4658 0.624 0.376
#> GSM82284 2 0.2236 0.8764 0.036 0.964
#> GSM82321 2 0.2778 0.8772 0.048 0.952
#> GSM82342 2 0.6531 0.8601 0.168 0.832
#> GSM82361 2 0.6531 0.8601 0.168 0.832
#> GSM82351 2 0.5629 0.8729 0.132 0.868
#> GSM82371 2 0.5629 0.8729 0.132 0.868
#> GSM82330 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM82336 2 0.6343 0.8643 0.160 0.840
#> GSM128492 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128493 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM82323 2 0.2423 0.8769 0.040 0.960
#> GSM82353 2 0.2423 0.8769 0.040 0.960
#> GSM82317 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82318 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128496 2 0.9993 0.2731 0.484 0.516
#> GSM128497 2 0.6712 0.8549 0.176 0.824
#> GSM82319 2 0.9522 0.5904 0.372 0.628
#> GSM82320 2 0.9896 0.4312 0.440 0.560
#> GSM128504 1 0.4298 0.8664 0.912 0.088
#> GSM128505 1 0.4298 0.8664 0.912 0.088
#> GSM128509 2 0.6343 0.8643 0.160 0.840
#> GSM128510 2 0.6712 0.8560 0.176 0.824
#> GSM82325 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM82327 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM82289 1 0.1633 0.8827 0.976 0.024
#> GSM82291 1 0.1633 0.8827 0.976 0.024
#> GSM82290 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82292 1 1.0000 0.2698 0.500 0.500
#> GSM128525 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.8820 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
#> GSM128530 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
#> GSM128533 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128534 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128541 1 0.1414 0.8826 0.980 0.020
#> GSM128542 1 0.1414 0.8826 0.980 0.020
#> GSM128557 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128558 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82349 2 0.1414 0.8735 0.020 0.980
#> GSM82367 2 0.0672 0.8722 0.008 0.992
#> GSM82346 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM82364 2 0.6531 0.8601 0.168 0.832
#> GSM82345 2 0.5408 0.8743 0.124 0.876
#> GSM82360 2 0.5408 0.8743 0.124 0.876
#> GSM82335 1 0.9909 0.0183 0.556 0.444
#> GSM82339 2 0.6148 0.8675 0.152 0.848
#> GSM128494 1 0.2603 0.8666 0.956 0.044
#> GSM128495 1 0.6247 0.7551 0.844 0.156
#> GSM82356 2 0.5408 0.8743 0.124 0.876
#> GSM82359 2 0.5408 0.8743 0.124 0.876
#> GSM82347 2 0.2423 0.8769 0.040 0.960
#> GSM82365 2 0.0000 0.8707 0.000 1.000
#> GSM128498 1 0.1843 0.8744 0.972 0.028
#> GSM128499 1 0.1184 0.8788 0.984 0.016
#> GSM82333 2 0.6343 0.8643 0.160 0.840
#> GSM82369 2 0.6531 0.8601 0.168 0.832
#> GSM128506 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128507 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128511 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128512 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82334 2 0.6438 0.8627 0.164 0.836
#> GSM82370 2 0.6623 0.8578 0.172 0.828
#> GSM82305 1 0.9954 0.3837 0.540 0.460
#> GSM82306 2 0.9635 0.1537 0.388 0.612
#> GSM82303 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM82304 2 0.0376 0.8703 0.004 0.996
#> GSM128527 1 0.2603 0.8798 0.956 0.044
#> GSM128528 1 0.2603 0.8798 0.956 0.044
#> GSM128531 1 0.6531 0.8304 0.832 0.168
#> GSM128532 1 0.6343 0.8350 0.840 0.160
#> GSM128535 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128536 1 0.0376 0.8812 0.996 0.004
#> GSM128543 1 0.1843 0.8823 0.972 0.028
#> GSM128544 1 0.2236 0.8812 0.964 0.036
#> GSM128559 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
#> GSM128560 1 0.6247 0.8365 0.844 0.156
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.3941 0.7873 0.844 0.156 0.000
#> GSM82314 1 0.5397 0.5920 0.720 0.280 0.000
#> GSM82331 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82316 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82350 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82368 3 0.6215 0.2690 0.428 0.000 0.572
#> GSM82328 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82341 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128569 3 0.0424 0.9366 0.008 0.000 0.992
#> GSM128570 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.6111 0.4008 0.604 0.000 0.396
#> GSM128574 3 0.6305 -0.0285 0.484 0.000 0.516
#> GSM82295 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82296 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82337 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82285 3 0.6095 0.3067 0.392 0.000 0.608
#> GSM82286 1 0.3267 0.8522 0.884 0.000 0.116
#> GSM82287 1 0.0237 0.9301 0.996 0.004 0.000
#> GSM82288 1 0.0424 0.9284 0.992 0.008 0.000
#> GSM82311 1 0.1163 0.9176 0.972 0.028 0.000
#> GSM82312 1 0.3412 0.8425 0.876 0.124 0.000
#> GSM82375 1 0.2066 0.8958 0.940 0.000 0.060
#> GSM82376 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82307 2 0.3340 0.8509 0.120 0.880 0.000
#> GSM82308 2 0.1753 0.9300 0.048 0.952 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.4842 0.7135 0.776 0.224 0.000
#> GSM128598 1 0.3038 0.8571 0.896 0.104 0.000
#> GSM128601 1 0.4842 0.7349 0.776 0.000 0.224
#> GSM128602 1 0.5216 0.6843 0.740 0.000 0.260
#> GSM82348 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.0237 0.9401 0.004 0.000 0.996
#> GSM82372 3 0.0747 0.9297 0.016 0.000 0.984
#> GSM82343 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0424 0.9374 0.000 0.008 0.992
#> GSM82358 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.3116 0.8707 0.000 0.892 0.108
#> GSM128572 3 0.6192 0.2497 0.000 0.420 0.580
#> GSM128575 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 3 0.5138 0.6267 0.252 0.000 0.748
#> GSM82326 3 0.6062 0.3269 0.384 0.000 0.616
#> GSM82344 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.5016 0.7128 0.760 0.000 0.240
#> GSM82294 1 0.4654 0.7547 0.792 0.000 0.208
#> GSM82297 1 0.2625 0.8786 0.916 0.000 0.084
#> GSM82298 1 0.4291 0.7875 0.820 0.000 0.180
#> GSM82373 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82374 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82309 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82310 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.6416 0.4468 0.616 0.008 0.376
#> GSM128604 1 0.6800 0.5696 0.660 0.032 0.308
#> GSM82284 2 0.0592 0.9587 0.000 0.988 0.012
#> GSM82321 2 0.2625 0.8943 0.000 0.916 0.084
#> GSM82342 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82330 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.4702 0.7501 0.788 0.000 0.212
#> GSM128493 1 0.5397 0.6516 0.720 0.000 0.280
#> GSM82323 2 0.4178 0.7851 0.000 0.828 0.172
#> GSM82353 2 0.4842 0.7081 0.000 0.776 0.224
#> GSM82317 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128496 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128497 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82319 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82325 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82327 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM82290 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82292 2 0.0424 0.9612 0.008 0.992 0.000
#> GSM128525 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0237 0.9301 0.996 0.004 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0237 0.9640 0.000 0.996 0.004
#> GSM82367 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82335 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82339 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128494 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82356 3 0.0237 0.9404 0.000 0.004 0.996
#> GSM82359 3 0.0892 0.9278 0.000 0.020 0.980
#> GSM82347 3 0.2711 0.8559 0.000 0.088 0.912
#> GSM82365 3 0.4796 0.6774 0.000 0.220 0.780
#> GSM128498 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82333 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82370 3 0.0000 0.9432 0.000 0.000 1.000
#> GSM82305 2 0.4887 0.6915 0.228 0.772 0.000
#> GSM82306 2 0.1643 0.9337 0.044 0.956 0.000
#> GSM82303 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM82304 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.1031 0.9200 0.976 0.024 0.000
#> GSM128532 1 0.0592 0.9264 0.988 0.012 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.9318 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.1289 0.9153 0.968 0.032 0.000
#> GSM128560 1 0.1289 0.9153 0.968 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.1118 0.8637 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM82314 1 0.1557 0.8511 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM82331 3 0.4872 0.5465 0.004 0.000 0.640 0.356
#> GSM82338 4 0.5155 -0.0793 0.004 0.000 0.468 0.528
#> GSM82315 4 0.3610 0.7750 0.200 0.000 0.000 0.800
#> GSM82316 4 0.3969 0.7860 0.180 0.016 0.000 0.804
#> GSM82350 4 0.4804 0.2479 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM82368 3 0.7506 0.2726 0.184 0.000 0.440 0.376
#> GSM82328 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.1940 0.8234 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM128566 4 0.2081 0.8219 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM82329 3 0.1118 0.8836 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM82341 3 0.0817 0.8882 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM128569 4 0.3105 0.7317 0.004 0.000 0.140 0.856
#> GSM128570 4 0.3208 0.7235 0.004 0.000 0.148 0.848
#> GSM128573 1 0.5160 0.6318 0.708 0.012 0.264 0.016
#> GSM128574 1 0.5517 0.6324 0.700 0.028 0.256 0.016
#> GSM82295 4 0.0000 0.8203 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.8203 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 1 0.4888 0.2714 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM82379 3 0.4948 0.2133 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM82285 4 0.1004 0.8151 0.004 0.024 0.000 0.972
#> GSM82286 4 0.0188 0.8201 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82287 4 0.0657 0.8229 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM82288 4 0.0657 0.8229 0.012 0.004 0.000 0.984
#> GSM82311 4 0.3837 0.7655 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM82312 4 0.4755 0.7722 0.200 0.040 0.000 0.760
#> GSM82375 4 0.2053 0.8255 0.072 0.000 0.004 0.924
#> GSM82376 4 0.2589 0.8160 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM82307 2 0.2563 0.9049 0.072 0.908 0.000 0.020
#> GSM82308 2 0.2300 0.9144 0.064 0.920 0.000 0.016
#> GSM128585 4 0.3873 0.7455 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM128586 4 0.3873 0.7455 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM128593 1 0.1792 0.8940 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM128594 1 0.1867 0.8944 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM128597 4 0.7221 0.2066 0.140 0.424 0.000 0.436
#> GSM128598 4 0.7329 0.4611 0.188 0.296 0.000 0.516
#> GSM128601 4 0.1059 0.8181 0.000 0.016 0.012 0.972
#> GSM128602 4 0.1182 0.8174 0.000 0.016 0.016 0.968
#> GSM82348 2 0.1118 0.9369 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.1211 0.9352 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM82322 3 0.3266 0.8176 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM82352 3 0.2714 0.8575 0.004 0.000 0.884 0.112
#> GSM82332 2 0.0336 0.9471 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0336 0.9471 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.4181 0.8074 0.128 0.000 0.820 0.052
#> GSM82372 3 0.6127 0.6481 0.228 0.000 0.664 0.108
#> GSM82343 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0592 0.8921 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82358 3 0.0336 0.8942 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM128571 2 0.7155 0.3610 0.004 0.544 0.140 0.312
#> GSM128572 3 0.7502 0.1495 0.004 0.404 0.436 0.156
#> GSM128575 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 4 0.2597 0.7956 0.004 0.040 0.040 0.916
#> GSM82326 4 0.2409 0.7999 0.004 0.032 0.040 0.924
#> GSM82344 3 0.2589 0.8242 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM82363 3 0.1474 0.8729 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM82293 4 0.1811 0.8136 0.004 0.020 0.028 0.948
#> GSM82294 4 0.1762 0.8246 0.020 0.012 0.016 0.952
#> GSM82297 4 0.3787 0.7973 0.124 0.000 0.036 0.840
#> GSM82298 4 0.5113 0.7186 0.088 0.000 0.152 0.760
#> GSM82373 4 0.4456 0.7349 0.280 0.004 0.000 0.716
#> GSM82374 4 0.4567 0.7371 0.276 0.008 0.000 0.716
#> GSM82377 1 0.0188 0.8749 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0376 0.8736 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM82309 4 0.3123 0.8027 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM82310 4 0.3123 0.8001 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM128587 1 0.4713 0.3753 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM128588 1 0.4776 0.3260 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM128595 1 0.1792 0.8981 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM128596 1 0.1867 0.8966 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM128599 2 0.0188 0.9478 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128600 2 0.0188 0.9478 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128603 4 0.2565 0.7959 0.000 0.032 0.056 0.912
#> GSM128604 4 0.2399 0.8005 0.000 0.032 0.048 0.920
#> GSM82284 2 0.1004 0.9368 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM82321 2 0.1389 0.9192 0.000 0.952 0.048 0.000
#> GSM82342 3 0.0592 0.8940 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM82361 3 0.1022 0.8908 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM82351 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 3 0.3257 0.8299 0.004 0.000 0.844 0.152
#> GSM82336 3 0.3668 0.7988 0.004 0.000 0.808 0.188
#> GSM128492 4 0.0895 0.8196 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM128493 4 0.1004 0.8189 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM82323 2 0.3668 0.7589 0.004 0.808 0.188 0.000
#> GSM82353 2 0.4535 0.5794 0.004 0.704 0.292 0.000
#> GSM82317 2 0.2408 0.9011 0.036 0.920 0.000 0.044
#> GSM82318 2 0.2399 0.9005 0.032 0.920 0.000 0.048
#> GSM128496 3 0.1807 0.8859 0.008 0.000 0.940 0.052
#> GSM128497 3 0.0921 0.8924 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM82319 3 0.0336 0.8944 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM82320 3 0.0336 0.8944 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM128504 4 0.2760 0.8104 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM128505 4 0.2921 0.8058 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM128509 3 0.3626 0.8011 0.004 0.000 0.812 0.184
#> GSM128510 3 0.2654 0.8603 0.004 0.000 0.888 0.108
#> GSM82325 3 0.0188 0.8948 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82327 3 0.0188 0.8948 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82289 1 0.1867 0.8957 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM82291 1 0.1867 0.8957 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM82290 2 0.1389 0.9204 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM82292 4 0.4996 0.1571 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM128525 1 0.1637 0.8990 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM128526 1 0.1637 0.8990 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM128529 4 0.3626 0.7821 0.184 0.004 0.000 0.812
#> GSM128530 4 0.3583 0.7852 0.180 0.004 0.000 0.816
#> GSM128533 1 0.1716 0.8987 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM128534 1 0.1792 0.8980 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM128541 1 0.1474 0.8985 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM128542 1 0.1474 0.8985 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM128557 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0707 0.9399 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM82367 2 0.0937 0.9424 0.012 0.976 0.012 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82364 3 0.0336 0.8938 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM82345 3 0.0376 0.8948 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM82360 3 0.0188 0.8948 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82335 3 0.2647 0.8564 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM82339 3 0.1474 0.8852 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM128494 3 0.2973 0.8390 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM128495 3 0.2647 0.8553 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM82356 3 0.0376 0.8948 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM82359 3 0.0188 0.8946 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82347 3 0.2944 0.8107 0.004 0.128 0.868 0.000
#> GSM82365 3 0.4426 0.7084 0.024 0.204 0.772 0.000
#> GSM128498 3 0.2149 0.8482 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM128499 3 0.4792 0.5237 0.312 0.000 0.680 0.008
#> GSM82333 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.8943 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0188 0.9478 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0188 0.9478 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9484 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0376 0.8946 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM82370 3 0.0779 0.8920 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM82305 1 0.2976 0.8055 0.872 0.120 0.000 0.008
#> GSM82306 1 0.3569 0.7104 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM82303 2 0.0469 0.9448 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82304 2 0.0469 0.9448 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM128527 1 0.1716 0.8963 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM128528 1 0.1716 0.8963 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM128531 4 0.4199 0.7860 0.164 0.032 0.000 0.804
#> GSM128532 4 0.3895 0.7800 0.184 0.012 0.000 0.804
#> GSM128535 1 0.1716 0.8987 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM128536 1 0.1792 0.8975 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM128543 1 0.1474 0.8985 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM128544 1 0.1557 0.8982 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM128559 1 0.1677 0.8895 0.948 0.012 0.000 0.040
#> GSM128560 1 0.1398 0.8903 0.956 0.004 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 1 0.3463 0.7948 0.852 0.088 0.000 0.020 0.040
#> GSM82314 1 0.4843 0.6868 0.728 0.204 0.000 0.020 0.048
#> GSM82331 5 0.3647 0.6383 0.000 0.000 0.132 0.052 0.816
#> GSM82338 5 0.3215 0.6441 0.000 0.000 0.092 0.056 0.852
#> GSM82315 4 0.0898 0.6967 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> GSM82316 4 0.0833 0.6960 0.004 0.004 0.000 0.976 0.016
#> GSM82350 5 0.3430 0.5783 0.220 0.000 0.000 0.004 0.776
#> GSM82368 5 0.3343 0.6045 0.172 0.000 0.016 0.000 0.812
#> GSM82328 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.5878 0.3975 0.116 0.000 0.000 0.548 0.336
#> GSM128566 4 0.5986 0.3702 0.124 0.000 0.000 0.528 0.348
#> GSM82329 3 0.1412 0.8551 0.008 0.000 0.952 0.036 0.004
#> GSM82341 3 0.1124 0.8574 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> GSM128569 5 0.2237 0.6262 0.004 0.000 0.008 0.084 0.904
#> GSM128570 5 0.2193 0.6230 0.000 0.000 0.008 0.092 0.900
#> GSM128573 1 0.6733 0.0929 0.444 0.052 0.436 0.060 0.008
#> GSM128574 1 0.6826 0.2567 0.492 0.072 0.376 0.052 0.008
#> GSM82295 4 0.4278 0.3507 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM82296 4 0.4262 0.3743 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM82337 3 0.2077 0.8280 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> GSM82379 3 0.1894 0.8365 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000
#> GSM82285 5 0.2570 0.6292 0.000 0.028 0.000 0.084 0.888
#> GSM82286 5 0.2689 0.6311 0.012 0.016 0.000 0.084 0.888
#> GSM82287 4 0.4430 0.2776 0.004 0.000 0.000 0.540 0.456
#> GSM82288 4 0.4304 0.2085 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM82311 4 0.1934 0.6863 0.016 0.004 0.000 0.928 0.052
#> GSM82312 4 0.1956 0.6858 0.008 0.012 0.000 0.928 0.052
#> GSM82375 4 0.2329 0.6722 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM82376 4 0.1792 0.6885 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM82307 2 0.4912 0.6365 0.008 0.688 0.000 0.256 0.048
#> GSM82308 2 0.4690 0.6670 0.004 0.708 0.000 0.240 0.048
#> GSM128585 4 0.1469 0.6977 0.016 0.000 0.000 0.948 0.036
#> GSM128586 4 0.1485 0.6970 0.020 0.000 0.000 0.948 0.032
#> GSM128593 1 0.3586 0.6741 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM128594 1 0.3003 0.7597 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM128597 4 0.6281 0.1703 0.032 0.432 0.000 0.468 0.068
#> GSM128598 4 0.6665 0.3726 0.068 0.344 0.000 0.520 0.068
#> GSM128601 4 0.4392 0.4198 0.000 0.000 0.008 0.612 0.380
#> GSM128602 4 0.4473 0.3628 0.000 0.000 0.008 0.580 0.412
#> GSM82348 2 0.1282 0.9129 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM82366 2 0.1408 0.9113 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM82322 3 0.1809 0.8433 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> GSM82352 3 0.0912 0.8624 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM82332 2 0.1168 0.9163 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM82357 2 0.1364 0.9133 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM82354 5 0.5931 0.4930 0.248 0.000 0.164 0.000 0.588
#> GSM82372 5 0.5215 0.3922 0.352 0.000 0.056 0.000 0.592
#> GSM82343 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.1605 0.8531 0.000 0.012 0.944 0.040 0.004
#> GSM82358 3 0.0609 0.8632 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM128571 5 0.3597 0.5688 0.000 0.180 0.008 0.012 0.800
#> GSM128572 5 0.3881 0.5757 0.000 0.180 0.024 0.008 0.788
#> GSM128575 3 0.0000 0.8639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.8639 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.2624 0.6057 0.000 0.000 0.012 0.116 0.872
#> GSM82326 5 0.2522 0.6113 0.000 0.000 0.012 0.108 0.880
#> GSM82344 3 0.0794 0.8615 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM82363 3 0.0404 0.8644 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM82293 5 0.4879 0.2856 0.012 0.020 0.000 0.332 0.636
#> GSM82294 5 0.4972 -0.0366 0.016 0.008 0.000 0.440 0.536
#> GSM82297 4 0.6727 0.0274 0.252 0.000 0.000 0.384 0.364
#> GSM82298 5 0.7192 -0.0155 0.220 0.000 0.024 0.364 0.392
#> GSM82373 4 0.1872 0.6790 0.020 0.000 0.000 0.928 0.052
#> GSM82374 4 0.1943 0.6776 0.020 0.000 0.000 0.924 0.056
#> GSM82377 1 0.3521 0.7857 0.820 0.000 0.000 0.140 0.040
#> GSM82378 1 0.3622 0.7847 0.816 0.000 0.000 0.136 0.048
#> GSM82309 4 0.4505 0.4127 0.012 0.000 0.000 0.604 0.384
#> GSM82310 4 0.4494 0.4205 0.012 0.000 0.000 0.608 0.380
#> GSM128587 4 0.2193 0.6618 0.092 0.000 0.000 0.900 0.008
#> GSM128588 4 0.2193 0.6618 0.092 0.000 0.000 0.900 0.008
#> GSM128595 1 0.0703 0.8272 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM128596 1 0.1270 0.8227 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM128599 2 0.0404 0.9222 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128600 2 0.0404 0.9222 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128603 5 0.5076 0.1861 0.000 0.008 0.028 0.372 0.592
#> GSM128604 5 0.4943 0.1779 0.000 0.012 0.016 0.376 0.596
#> GSM82284 2 0.0451 0.9236 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM82321 2 0.0566 0.9222 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM82342 3 0.1478 0.8460 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM82361 3 0.2020 0.8238 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM82351 3 0.0162 0.8641 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82371 3 0.0290 0.8643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM82330 5 0.3961 0.5498 0.000 0.016 0.248 0.000 0.736
#> GSM82336 5 0.3944 0.5832 0.000 0.016 0.224 0.004 0.756
#> GSM128492 5 0.3694 0.5781 0.032 0.000 0.000 0.172 0.796
#> GSM128493 5 0.3438 0.5804 0.020 0.000 0.000 0.172 0.808
#> GSM82323 2 0.3509 0.7397 0.000 0.792 0.196 0.008 0.004
#> GSM82353 2 0.4216 0.6362 0.000 0.720 0.260 0.012 0.008
#> GSM82317 4 0.4449 0.4501 0.004 0.288 0.020 0.688 0.000
#> GSM82318 4 0.4428 0.4575 0.004 0.284 0.020 0.692 0.000
#> GSM128496 5 0.5961 0.4265 0.160 0.000 0.260 0.000 0.580
#> GSM128497 3 0.5583 0.3787 0.072 0.004 0.572 0.000 0.352
#> GSM82319 3 0.3424 0.6574 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> GSM82320 3 0.3508 0.6407 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM128504 5 0.5459 -0.2747 0.060 0.000 0.000 0.468 0.472
#> GSM128505 4 0.5551 0.2908 0.068 0.000 0.000 0.488 0.444
#> GSM128509 3 0.3969 0.5026 0.000 0.000 0.692 0.004 0.304
#> GSM128510 5 0.4210 0.2919 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM82325 3 0.4678 0.6492 0.064 0.000 0.712 0.000 0.224
#> GSM82327 3 0.4284 0.6696 0.040 0.000 0.736 0.000 0.224
#> GSM82289 1 0.0290 0.8260 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82291 1 0.0290 0.8260 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM82290 2 0.4104 0.6797 0.000 0.748 0.000 0.032 0.220
#> GSM82292 2 0.5575 0.5002 0.000 0.640 0.000 0.148 0.212
#> GSM128525 1 0.0290 0.8291 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128526 1 0.0290 0.8291 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128529 4 0.1412 0.6994 0.004 0.008 0.000 0.952 0.036
#> GSM128530 4 0.1412 0.6994 0.004 0.008 0.000 0.952 0.036
#> GSM128533 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.3480 0.7182 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM128542 1 0.3480 0.7181 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM128557 2 0.0000 0.9243 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128558 2 0.0162 0.9244 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM82349 2 0.1205 0.9060 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.0898 0.9205 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> GSM82346 3 0.0963 0.8595 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM82364 3 0.2654 0.8310 0.064 0.000 0.888 0.000 0.048
#> GSM82345 3 0.0324 0.8647 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM82360 3 0.0451 0.8647 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM82335 5 0.5136 0.3722 0.036 0.004 0.336 0.004 0.620
#> GSM82339 3 0.4238 0.4517 0.004 0.000 0.628 0.000 0.368
#> GSM128494 5 0.5024 0.2322 0.028 0.000 0.396 0.004 0.572
#> GSM128495 3 0.4874 0.1826 0.016 0.000 0.528 0.004 0.452
#> GSM82356 3 0.0290 0.8636 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82359 3 0.0566 0.8638 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> GSM82347 3 0.2338 0.8017 0.000 0.112 0.884 0.000 0.004
#> GSM82365 3 0.3246 0.7263 0.000 0.184 0.808 0.000 0.008
#> GSM128498 1 0.5327 0.5066 0.664 0.000 0.216 0.000 0.120
#> GSM128499 1 0.3970 0.6832 0.800 0.000 0.096 0.000 0.104
#> GSM82333 3 0.0162 0.8639 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82369 3 0.0162 0.8639 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128506 2 0.0290 0.9235 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128507 2 0.0162 0.9238 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM128511 2 0.0404 0.9233 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128512 2 0.0510 0.9223 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM82334 3 0.4016 0.7576 0.112 0.000 0.796 0.000 0.092
#> GSM82370 3 0.4478 0.7177 0.144 0.000 0.756 0.000 0.100
#> GSM82305 1 0.2127 0.7905 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM82306 1 0.2471 0.7711 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM82303 2 0.1469 0.9006 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM82304 2 0.1568 0.8991 0.000 0.944 0.000 0.036 0.020
#> GSM128527 1 0.2732 0.7856 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM128528 1 0.2605 0.7920 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM128531 4 0.1569 0.6996 0.004 0.008 0.000 0.944 0.044
#> GSM128532 4 0.1569 0.6996 0.004 0.008 0.000 0.944 0.044
#> GSM128535 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8280 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.4323 0.6110 0.656 0.000 0.000 0.332 0.012
#> GSM128544 1 0.4066 0.6264 0.672 0.000 0.000 0.324 0.004
#> GSM128559 1 0.0510 0.8271 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0404 0.8273 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 1 0.4295 0.62564 0.708 0.236 0.000 0.048 0.008 0.000
#> GSM82314 1 0.4961 0.43132 0.584 0.348 0.000 0.060 0.008 0.000
#> GSM82331 6 0.5300 0.43700 0.000 0.000 0.096 0.012 0.300 0.592
#> GSM82338 6 0.4626 0.47319 0.000 0.000 0.044 0.012 0.292 0.652
#> GSM82315 4 0.3699 0.52574 0.004 0.000 0.000 0.660 0.336 0.000
#> GSM82316 4 0.3684 0.54464 0.004 0.004 0.000 0.692 0.300 0.000
#> GSM82350 6 0.2151 0.66894 0.072 0.000 0.000 0.016 0.008 0.904
#> GSM82368 6 0.1672 0.67229 0.048 0.000 0.000 0.016 0.004 0.932
#> GSM82328 2 0.0508 0.90581 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM82340 2 0.0405 0.90626 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM128565 5 0.4902 0.52858 0.144 0.000 0.000 0.136 0.700 0.020
#> GSM128566 5 0.4937 0.52470 0.148 0.000 0.000 0.136 0.696 0.020
#> GSM82329 3 0.4345 0.69918 0.016 0.004 0.752 0.160 0.000 0.068
#> GSM82341 3 0.3151 0.76214 0.004 0.004 0.840 0.112 0.000 0.040
#> GSM128569 6 0.1649 0.67544 0.000 0.000 0.000 0.032 0.036 0.932
#> GSM128570 6 0.1649 0.67584 0.000 0.000 0.000 0.036 0.032 0.932
#> GSM128573 5 0.6519 0.46548 0.160 0.068 0.168 0.020 0.584 0.000
#> GSM128574 5 0.6808 0.43880 0.172 0.084 0.172 0.020 0.552 0.000
#> GSM82295 6 0.5572 0.26416 0.000 0.000 0.000 0.188 0.268 0.544
#> GSM82296 6 0.5689 0.19264 0.000 0.000 0.000 0.196 0.288 0.516
#> GSM82337 3 0.1888 0.79814 0.068 0.000 0.916 0.012 0.004 0.000
#> GSM82379 3 0.1503 0.80863 0.032 0.000 0.944 0.016 0.008 0.000
#> GSM82285 5 0.4594 0.06678 0.008 0.004 0.000 0.016 0.536 0.436
#> GSM82286 5 0.4540 -0.04767 0.012 0.004 0.000 0.008 0.504 0.472
#> GSM82287 5 0.2723 0.63385 0.016 0.008 0.000 0.096 0.872 0.008
#> GSM82288 5 0.2673 0.63749 0.016 0.008 0.000 0.092 0.876 0.008
#> GSM82311 4 0.2909 0.56126 0.012 0.020 0.000 0.868 0.088 0.012
#> GSM82312 4 0.2792 0.55792 0.008 0.028 0.000 0.880 0.068 0.016
#> GSM82375 4 0.4540 0.47687 0.000 0.000 0.036 0.632 0.324 0.008
#> GSM82376 4 0.4246 0.42496 0.000 0.000 0.020 0.580 0.400 0.000
#> GSM82307 4 0.4714 -0.07750 0.008 0.460 0.000 0.508 0.008 0.016
#> GSM82308 4 0.4721 -0.13950 0.008 0.480 0.000 0.488 0.008 0.016
#> GSM128585 4 0.4453 0.37538 0.020 0.000 0.004 0.524 0.452 0.000
#> GSM128586 4 0.4466 0.33127 0.020 0.000 0.004 0.500 0.476 0.000
#> GSM128593 1 0.5490 0.42846 0.560 0.000 0.000 0.180 0.260 0.000
#> GSM128594 1 0.5202 0.49177 0.600 0.000 0.000 0.140 0.260 0.000
#> GSM128597 5 0.5150 0.47437 0.020 0.120 0.000 0.176 0.680 0.004
#> GSM128598 5 0.4989 0.50119 0.036 0.096 0.000 0.168 0.700 0.000
#> GSM128601 5 0.4497 0.57925 0.000 0.000 0.024 0.136 0.744 0.096
#> GSM128602 5 0.4572 0.58926 0.000 0.000 0.032 0.124 0.744 0.100
#> GSM82348 2 0.1524 0.88591 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000
#> GSM82366 2 0.1701 0.87960 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008 0.000
#> GSM82322 3 0.4036 0.71212 0.000 0.000 0.772 0.008 0.100 0.120
#> GSM82352 3 0.2250 0.79542 0.000 0.000 0.896 0.000 0.064 0.040
#> GSM82332 2 0.1007 0.89654 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.1204 0.89181 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM82354 6 0.3017 0.63745 0.132 0.000 0.016 0.008 0.004 0.840
#> GSM82372 6 0.3085 0.62741 0.148 0.000 0.012 0.008 0.004 0.828
#> GSM82343 2 0.0146 0.90616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82362 2 0.0146 0.90616 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128567 2 0.0291 0.90625 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM128568 2 0.0405 0.90605 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM82355 3 0.2896 0.77753 0.000 0.012 0.864 0.080 0.000 0.044
#> GSM82358 3 0.2706 0.78737 0.000 0.008 0.876 0.056 0.000 0.060
#> GSM128571 6 0.1624 0.67246 0.000 0.008 0.000 0.044 0.012 0.936
#> GSM128572 6 0.1624 0.67246 0.000 0.008 0.000 0.044 0.012 0.936
#> GSM128575 3 0.0260 0.81148 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.81059 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 6 0.2801 0.64580 0.000 0.000 0.000 0.072 0.068 0.860
#> GSM82326 6 0.2801 0.64998 0.000 0.000 0.000 0.068 0.072 0.860
#> GSM82344 3 0.0653 0.81237 0.012 0.000 0.980 0.004 0.000 0.004
#> GSM82363 3 0.0665 0.81237 0.008 0.000 0.980 0.004 0.000 0.008
#> GSM82293 5 0.2050 0.68101 0.008 0.008 0.004 0.016 0.924 0.040
#> GSM82294 5 0.1776 0.67710 0.008 0.008 0.000 0.024 0.936 0.024
#> GSM82297 5 0.3178 0.66440 0.084 0.000 0.008 0.028 0.856 0.024
#> GSM82298 5 0.3239 0.66425 0.080 0.000 0.016 0.024 0.856 0.024
#> GSM82373 4 0.1804 0.54557 0.020 0.016 0.000 0.936 0.020 0.008
#> GSM82374 4 0.1715 0.54387 0.020 0.016 0.000 0.940 0.016 0.008
#> GSM82377 1 0.2920 0.73913 0.820 0.004 0.000 0.168 0.008 0.000
#> GSM82378 1 0.3164 0.73104 0.804 0.004 0.004 0.180 0.008 0.000
#> GSM82309 4 0.5248 -0.03197 0.008 0.000 0.000 0.492 0.072 0.428
#> GSM82310 4 0.5275 0.01061 0.008 0.000 0.000 0.504 0.076 0.412
#> GSM128587 4 0.4382 0.52697 0.060 0.000 0.000 0.676 0.264 0.000
#> GSM128588 4 0.4607 0.53630 0.048 0.000 0.020 0.688 0.244 0.000
#> GSM128595 1 0.2859 0.72808 0.828 0.000 0.000 0.016 0.156 0.000
#> GSM128596 1 0.3520 0.68833 0.776 0.000 0.000 0.036 0.188 0.000
#> GSM128599 2 0.1793 0.88979 0.000 0.932 0.008 0.016 0.040 0.004
#> GSM128600 2 0.1793 0.88979 0.000 0.932 0.008 0.016 0.040 0.004
#> GSM128603 5 0.5181 0.53337 0.000 0.016 0.028 0.060 0.680 0.216
#> GSM128604 5 0.4945 0.57641 0.000 0.032 0.012 0.056 0.708 0.192
#> GSM82284 2 0.0551 0.90636 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM82321 2 0.0696 0.90575 0.000 0.980 0.008 0.004 0.004 0.004
#> GSM82342 3 0.3098 0.77432 0.000 0.000 0.852 0.012 0.068 0.068
#> GSM82361 3 0.3997 0.73245 0.004 0.000 0.788 0.012 0.112 0.084
#> GSM82351 3 0.1453 0.81135 0.000 0.000 0.944 0.008 0.040 0.008
#> GSM82371 3 0.1382 0.81069 0.000 0.000 0.948 0.008 0.036 0.008
#> GSM82330 6 0.5433 0.49865 0.004 0.000 0.124 0.024 0.200 0.648
#> GSM82336 6 0.6330 0.32968 0.004 0.000 0.188 0.024 0.292 0.492
#> GSM128492 5 0.3124 0.67198 0.032 0.000 0.000 0.016 0.844 0.108
#> GSM128493 5 0.3199 0.66438 0.024 0.000 0.004 0.012 0.836 0.124
#> GSM82323 2 0.3947 0.68394 0.000 0.744 0.212 0.008 0.036 0.000
#> GSM82353 2 0.4630 0.56587 0.000 0.660 0.280 0.012 0.048 0.000
#> GSM82317 4 0.6857 0.37105 0.004 0.264 0.060 0.460 0.212 0.000
#> GSM82318 4 0.6857 0.36886 0.004 0.264 0.060 0.460 0.212 0.000
#> GSM128496 6 0.5473 0.53497 0.208 0.000 0.060 0.020 0.044 0.668
#> GSM128497 6 0.6484 0.02375 0.100 0.000 0.364 0.028 0.032 0.476
#> GSM82319 3 0.1845 0.80023 0.000 0.000 0.920 0.052 0.028 0.000
#> GSM82320 3 0.1970 0.79672 0.000 0.000 0.912 0.060 0.028 0.000
#> GSM128504 6 0.5910 0.37981 0.040 0.000 0.000 0.160 0.208 0.592
#> GSM128505 6 0.6235 0.31369 0.048 0.000 0.000 0.172 0.232 0.548
#> GSM128509 3 0.4845 0.32258 0.000 0.000 0.580 0.008 0.048 0.364
#> GSM128510 6 0.3019 0.66192 0.000 0.000 0.092 0.020 0.032 0.856
#> GSM82325 3 0.6913 0.45812 0.168 0.000 0.536 0.024 0.076 0.196
#> GSM82327 3 0.6483 0.51569 0.096 0.000 0.584 0.024 0.080 0.216
#> GSM82289 1 0.0748 0.79829 0.976 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> GSM82291 1 0.0779 0.79531 0.976 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008
#> GSM82290 2 0.5204 0.58192 0.000 0.656 0.000 0.052 0.056 0.236
#> GSM82292 2 0.5361 0.53963 0.000 0.648 0.000 0.108 0.212 0.032
#> GSM128525 1 0.0291 0.80027 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM128526 1 0.0291 0.80027 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM128529 4 0.4219 0.46698 0.000 0.020 0.000 0.592 0.388 0.000
#> GSM128530 4 0.4292 0.46878 0.000 0.024 0.000 0.588 0.388 0.000
#> GSM128533 1 0.0146 0.80046 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128534 1 0.0146 0.80046 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128541 1 0.3607 0.52954 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.3607 0.52780 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.0436 0.90681 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM128558 2 0.0436 0.90681 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM82349 2 0.1615 0.87590 0.000 0.928 0.064 0.004 0.000 0.004
#> GSM82367 2 0.0508 0.90502 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.2948 0.78542 0.008 0.004 0.880 0.024 0.036 0.048
#> GSM82364 3 0.4977 0.70500 0.132 0.004 0.740 0.016 0.064 0.044
#> GSM82345 3 0.1223 0.81197 0.000 0.016 0.960 0.008 0.012 0.004
#> GSM82360 3 0.1337 0.81254 0.000 0.012 0.956 0.008 0.016 0.008
#> GSM82335 3 0.6987 0.02541 0.020 0.000 0.376 0.024 0.268 0.312
#> GSM82339 3 0.6038 0.43536 0.004 0.000 0.556 0.024 0.164 0.252
#> GSM128494 6 0.6759 -0.00231 0.016 0.000 0.368 0.020 0.216 0.380
#> GSM128495 3 0.6307 0.19329 0.004 0.000 0.460 0.020 0.176 0.340
#> GSM82356 3 0.0891 0.80971 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> GSM82359 3 0.0993 0.80987 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024 0.000
#> GSM82347 3 0.4004 0.71516 0.000 0.108 0.780 0.012 0.000 0.100
#> GSM82365 3 0.4972 0.63069 0.004 0.188 0.704 0.024 0.004 0.076
#> GSM128498 1 0.4667 0.58820 0.736 0.000 0.068 0.012 0.020 0.164
#> GSM128499 1 0.4009 0.65611 0.792 0.000 0.036 0.012 0.024 0.136
#> GSM82333 3 0.0291 0.81063 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM82369 3 0.0405 0.81038 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM128506 2 0.3323 0.74565 0.000 0.784 0.004 0.008 0.004 0.200
#> GSM128507 2 0.2497 0.83688 0.000 0.872 0.004 0.008 0.004 0.112
#> GSM128511 2 0.0291 0.90615 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM128512 2 0.0146 0.90605 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.5454 0.63636 0.176 0.000 0.680 0.024 0.028 0.092
#> GSM82370 3 0.5943 0.49399 0.292 0.000 0.572 0.016 0.028 0.092
#> GSM82305 1 0.3570 0.65668 0.752 0.228 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM82306 1 0.3788 0.60182 0.704 0.280 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM82303 2 0.2230 0.85268 0.000 0.892 0.000 0.024 0.084 0.000
#> GSM82304 2 0.2558 0.83478 0.000 0.868 0.000 0.028 0.104 0.000
#> GSM128527 1 0.3344 0.72347 0.804 0.000 0.000 0.152 0.044 0.000
#> GSM128528 1 0.3172 0.73040 0.816 0.000 0.000 0.148 0.036 0.000
#> GSM128531 4 0.4193 0.50243 0.000 0.024 0.000 0.624 0.352 0.000
#> GSM128532 4 0.4241 0.48891 0.000 0.024 0.000 0.608 0.368 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.80014 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0146 0.79989 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128543 4 0.3854 -0.18323 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM128544 4 0.3862 -0.19349 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0653 0.79987 0.980 0.012 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM128560 1 0.0653 0.79987 0.980 0.012 0.000 0.004 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> MAD:NMF 145 6.43e-03 0.0161 1.61e-08 2
#> MAD:NMF 149 2.30e-02 0.0806 5.53e-14 3
#> MAD:NMF 144 1.71e-05 0.0722 3.59e-23 4
#> MAD:NMF 123 3.97e-03 0.0892 9.02e-30 5
#> MAD:NMF 117 3.80e-05 0.6667 1.23e-32 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.522 0.677 0.870 0.4589 0.505 0.505
#> 3 3 0.662 0.799 0.900 0.4266 0.693 0.464
#> 4 4 0.727 0.772 0.869 0.1187 0.901 0.717
#> 5 5 0.752 0.709 0.830 0.0530 0.934 0.765
#> 6 6 0.770 0.686 0.778 0.0306 0.939 0.754
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82314 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82331 2 1.000 -0.07412 0.492 0.508
#> GSM82338 2 1.000 -0.07412 0.492 0.508
#> GSM82315 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82316 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82350 2 0.988 0.14819 0.436 0.564
#> GSM82368 2 0.988 0.14819 0.436 0.564
#> GSM82328 1 0.995 0.24443 0.540 0.460
#> GSM82340 1 0.995 0.24443 0.540 0.460
#> GSM128565 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.760 0.65503 0.220 0.780
#> GSM82341 2 0.343 0.82342 0.064 0.936
#> GSM128569 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.943 0.50932 0.640 0.360
#> GSM128574 1 0.943 0.50932 0.640 0.360
#> GSM82295 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82296 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82337 2 1.000 -0.07412 0.492 0.508
#> GSM82379 2 1.000 -0.07412 0.492 0.508
#> GSM82285 1 0.949 0.49575 0.632 0.368
#> GSM82286 1 0.949 0.49575 0.632 0.368
#> GSM82287 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82288 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82311 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82312 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82375 1 0.946 0.50307 0.636 0.364
#> GSM82376 1 0.946 0.50307 0.636 0.364
#> GSM82307 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82308 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128602 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82348 2 1.000 -0.07233 0.488 0.512
#> GSM82366 1 0.995 0.24443 0.540 0.460
#> GSM82322 2 0.998 -0.00862 0.476 0.524
#> GSM82352 2 0.966 0.27785 0.392 0.608
#> GSM82332 2 0.358 0.82131 0.068 0.932
#> GSM82357 2 0.358 0.82131 0.068 0.932
#> GSM82354 2 0.988 0.14819 0.436 0.564
#> GSM82372 2 0.988 0.14819 0.436 0.564
#> GSM82343 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82324 1 0.995 0.24443 0.540 0.460
#> GSM82326 1 0.995 0.24443 0.540 0.460
#> GSM82344 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.946 0.50307 0.636 0.364
#> GSM82294 1 0.946 0.50307 0.636 0.364
#> GSM82297 1 0.946 0.50302 0.636 0.364
#> GSM82298 1 0.946 0.50302 0.636 0.364
#> GSM82373 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82374 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.917 0.54831 0.668 0.332
#> GSM82378 1 0.917 0.54831 0.668 0.332
#> GSM82309 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82310 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128599 1 0.895 0.57285 0.688 0.312
#> GSM128600 1 0.895 0.57285 0.688 0.312
#> GSM128603 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128604 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.552 0.77336 0.128 0.872
#> GSM82321 2 0.644 0.73348 0.164 0.836
#> GSM82342 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82330 2 0.388 0.81687 0.076 0.924
#> GSM82336 2 0.388 0.81687 0.076 0.924
#> GSM128492 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.634 0.73843 0.160 0.840
#> GSM82353 2 0.552 0.77336 0.128 0.872
#> GSM82317 1 0.949 0.49575 0.632 0.368
#> GSM82318 1 0.949 0.49575 0.632 0.368
#> GSM128496 2 0.388 0.81687 0.076 0.924
#> GSM128497 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82319 1 0.949 0.49575 0.632 0.368
#> GSM82320 1 0.949 0.49575 0.632 0.368
#> GSM128504 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128510 1 0.999 0.17127 0.520 0.480
#> GSM82325 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.963 0.45169 0.612 0.388
#> GSM82291 1 0.963 0.45169 0.612 0.388
#> GSM82290 1 0.969 0.43231 0.604 0.396
#> GSM82292 1 0.969 0.43231 0.604 0.396
#> GSM128525 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128530 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128557 1 0.895 0.57285 0.688 0.312
#> GSM128558 1 0.895 0.57285 0.688 0.312
#> GSM82349 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.295 0.82874 0.052 0.948
#> GSM82364 2 0.295 0.82874 0.052 0.948
#> GSM82345 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82335 2 1.000 -0.07412 0.492 0.508
#> GSM82339 2 1.000 -0.07412 0.492 0.508
#> GSM128494 2 0.416 0.81124 0.084 0.916
#> GSM128495 2 0.416 0.81124 0.084 0.916
#> GSM82356 2 0.343 0.82339 0.064 0.936
#> GSM82359 2 0.343 0.82339 0.064 0.936
#> GSM82347 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128498 2 0.595 0.75768 0.144 0.856
#> GSM128499 2 0.595 0.75768 0.144 0.856
#> GSM82333 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.000 0.84428 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.595 0.72512 0.856 0.144
#> GSM82306 1 0.595 0.72512 0.856 0.144
#> GSM82303 1 0.946 0.50302 0.636 0.364
#> GSM82304 1 0.946 0.50302 0.636 0.364
#> GSM128527 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128528 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128531 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128532 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.000 0.81247 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.2625 0.9087 0.916 0.000 0.084
#> GSM82314 1 0.2625 0.9087 0.916 0.000 0.084
#> GSM82331 3 0.0747 0.7953 0.000 0.016 0.984
#> GSM82338 3 0.0747 0.7953 0.000 0.016 0.984
#> GSM82315 1 0.2356 0.9154 0.928 0.000 0.072
#> GSM82316 1 0.2356 0.9154 0.928 0.000 0.072
#> GSM82350 3 0.2356 0.7706 0.000 0.072 0.928
#> GSM82368 3 0.2356 0.7706 0.000 0.072 0.928
#> GSM82328 3 0.1289 0.8090 0.032 0.000 0.968
#> GSM82340 3 0.1289 0.8090 0.032 0.000 0.968
#> GSM128565 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128566 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM82329 3 0.5465 0.5324 0.000 0.288 0.712
#> GSM82341 2 0.6280 0.0848 0.000 0.540 0.460
#> GSM128569 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128573 3 0.3619 0.7967 0.136 0.000 0.864
#> GSM128574 3 0.3619 0.7967 0.136 0.000 0.864
#> GSM82295 1 0.2356 0.9154 0.928 0.000 0.072
#> GSM82296 1 0.2356 0.9154 0.928 0.000 0.072
#> GSM82337 3 0.0747 0.7953 0.000 0.016 0.984
#> GSM82379 3 0.0747 0.7953 0.000 0.016 0.984
#> GSM82285 3 0.3412 0.8029 0.124 0.000 0.876
#> GSM82286 3 0.3412 0.8029 0.124 0.000 0.876
#> GSM82287 1 0.3752 0.8615 0.856 0.000 0.144
#> GSM82288 1 0.3752 0.8615 0.856 0.000 0.144
#> GSM82311 1 0.3340 0.8843 0.880 0.000 0.120
#> GSM82312 1 0.3340 0.8843 0.880 0.000 0.120
#> GSM82375 3 0.3619 0.7967 0.136 0.000 0.864
#> GSM82376 3 0.3619 0.7967 0.136 0.000 0.864
#> GSM82307 1 0.3412 0.8812 0.876 0.000 0.124
#> GSM82308 1 0.3412 0.8812 0.876 0.000 0.124
#> GSM128585 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128586 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128593 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.3192 0.8572 0.888 0.000 0.112
#> GSM128598 1 0.3192 0.8572 0.888 0.000 0.112
#> GSM128601 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.3134 0.7984 0.032 0.052 0.916
#> GSM82366 3 0.1289 0.8090 0.032 0.000 0.968
#> GSM82322 3 0.1289 0.7890 0.000 0.032 0.968
#> GSM82352 3 0.3267 0.7394 0.000 0.116 0.884
#> GSM82332 2 0.6309 -0.0603 0.000 0.500 0.500
#> GSM82357 3 0.6309 0.0205 0.000 0.500 0.500
#> GSM82354 3 0.2356 0.7706 0.000 0.072 0.928
#> GSM82372 3 0.2356 0.7706 0.000 0.072 0.928
#> GSM82343 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 3 0.1289 0.8090 0.032 0.000 0.968
#> GSM82326 3 0.1289 0.8090 0.032 0.000 0.968
#> GSM82344 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82293 3 0.3619 0.7967 0.136 0.000 0.864
#> GSM82294 3 0.3619 0.7967 0.136 0.000 0.864
#> GSM82297 3 0.3482 0.8009 0.128 0.000 0.872
#> GSM82298 3 0.3482 0.8009 0.128 0.000 0.872
#> GSM82373 1 0.3879 0.8526 0.848 0.000 0.152
#> GSM82374 1 0.3879 0.8526 0.848 0.000 0.152
#> GSM82377 3 0.4235 0.7591 0.176 0.000 0.824
#> GSM82378 3 0.4235 0.7591 0.176 0.000 0.824
#> GSM82309 1 0.3412 0.8812 0.876 0.000 0.124
#> GSM82310 1 0.3412 0.8812 0.876 0.000 0.124
#> GSM128587 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 3 0.4291 0.7534 0.180 0.000 0.820
#> GSM128600 3 0.4291 0.7534 0.180 0.000 0.820
#> GSM128603 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.6095 0.3466 0.000 0.392 0.608
#> GSM82321 3 0.5905 0.4293 0.000 0.352 0.648
#> GSM82342 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82361 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 3 0.6280 0.1594 0.000 0.460 0.540
#> GSM82336 3 0.6280 0.1594 0.000 0.460 0.540
#> GSM128492 1 0.2356 0.9154 0.928 0.000 0.072
#> GSM128493 1 0.2356 0.9154 0.928 0.000 0.072
#> GSM82323 3 0.5926 0.4217 0.000 0.356 0.644
#> GSM82353 3 0.6079 0.3527 0.000 0.388 0.612
#> GSM82317 3 0.3412 0.8029 0.124 0.000 0.876
#> GSM82318 3 0.3412 0.8029 0.124 0.000 0.876
#> GSM128496 3 0.6280 0.1594 0.000 0.460 0.540
#> GSM128497 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82319 3 0.3412 0.8029 0.124 0.000 0.876
#> GSM82320 3 0.3412 0.8029 0.124 0.000 0.876
#> GSM128504 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128505 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128509 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128510 3 0.2176 0.8074 0.032 0.020 0.948
#> GSM82325 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82327 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82289 3 0.3038 0.8091 0.104 0.000 0.896
#> GSM82291 3 0.3038 0.8091 0.104 0.000 0.896
#> GSM82290 3 0.2878 0.8106 0.096 0.000 0.904
#> GSM82292 3 0.2878 0.8106 0.096 0.000 0.904
#> GSM128525 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128526 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128529 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 3 0.4291 0.7534 0.180 0.000 0.820
#> GSM128558 3 0.4291 0.7534 0.180 0.000 0.820
#> GSM82349 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82346 2 0.4654 0.6845 0.000 0.792 0.208
#> GSM82364 2 0.4654 0.6845 0.000 0.792 0.208
#> GSM82345 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82335 3 0.0747 0.7953 0.000 0.016 0.984
#> GSM82339 3 0.0747 0.7953 0.000 0.016 0.984
#> GSM128494 3 0.6260 0.1951 0.000 0.448 0.552
#> GSM128495 3 0.6260 0.1951 0.000 0.448 0.552
#> GSM82356 2 0.6286 0.0798 0.000 0.536 0.464
#> GSM82359 2 0.6286 0.0798 0.000 0.536 0.464
#> GSM82347 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128498 3 0.5988 0.3934 0.000 0.368 0.632
#> GSM128499 3 0.5988 0.3934 0.000 0.368 0.632
#> GSM82333 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82370 2 0.0000 0.9340 0.000 1.000 0.000
#> GSM82305 1 0.6252 0.2295 0.556 0.000 0.444
#> GSM82306 1 0.6252 0.2295 0.556 0.000 0.444
#> GSM82303 3 0.3482 0.8009 0.128 0.000 0.872
#> GSM82304 3 0.3482 0.8009 0.128 0.000 0.872
#> GSM128527 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128528 1 0.0424 0.9384 0.992 0.000 0.008
#> GSM128531 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.9383 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.2859 0.883 0.880 0.000 0.008 0.112
#> GSM82314 1 0.2859 0.883 0.880 0.000 0.008 0.112
#> GSM82331 3 0.4830 0.357 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM82338 3 0.4830 0.357 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM82315 1 0.2675 0.890 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM82316 1 0.2675 0.890 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM82350 3 0.4431 0.505 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM82368 3 0.4431 0.505 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM82328 4 0.3907 0.735 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM82340 4 0.3907 0.735 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM128565 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128566 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM82329 3 0.2334 0.685 0.000 0.004 0.908 0.088
#> GSM82341 3 0.3837 0.502 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM128569 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM128570 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM128573 4 0.0336 0.886 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM128574 4 0.0336 0.886 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM82295 1 0.2675 0.890 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM82296 1 0.2675 0.890 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM82337 3 0.4830 0.357 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM82379 3 0.4830 0.357 0.000 0.000 0.608 0.392
#> GSM82285 4 0.0336 0.888 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82286 4 0.0336 0.888 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82287 1 0.3768 0.825 0.808 0.000 0.008 0.184
#> GSM82288 1 0.3768 0.825 0.808 0.000 0.008 0.184
#> GSM82311 1 0.3401 0.854 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM82312 1 0.3401 0.854 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM82375 4 0.1635 0.874 0.044 0.000 0.008 0.948
#> GSM82376 4 0.1635 0.874 0.044 0.000 0.008 0.948
#> GSM82307 1 0.3450 0.851 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM82308 1 0.3450 0.851 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM128585 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128586 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128593 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128594 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128597 1 0.3751 0.761 0.800 0.000 0.004 0.196
#> GSM128598 1 0.3751 0.761 0.800 0.000 0.004 0.196
#> GSM128601 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128602 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM82348 4 0.4456 0.679 0.000 0.004 0.280 0.716
#> GSM82366 4 0.3873 0.739 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM82322 3 0.4624 0.442 0.000 0.000 0.660 0.340
#> GSM82352 3 0.5222 0.533 0.000 0.032 0.688 0.280
#> GSM82332 3 0.3444 0.569 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM82357 3 0.3444 0.569 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM82354 3 0.4431 0.505 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM82372 3 0.4431 0.505 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM82343 2 0.1637 0.839 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM82362 2 0.1637 0.839 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.2216 0.839 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM82358 2 0.2216 0.839 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM128571 2 0.3610 0.822 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM128572 2 0.3610 0.822 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 4 0.3942 0.730 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM82326 4 0.3942 0.730 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM82344 2 0.4304 0.794 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM82363 2 0.4304 0.794 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM82293 4 0.1635 0.874 0.044 0.000 0.008 0.948
#> GSM82294 4 0.1635 0.874 0.044 0.000 0.008 0.948
#> GSM82297 4 0.0188 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM82298 4 0.0188 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM82373 1 0.3852 0.816 0.800 0.000 0.008 0.192
#> GSM82374 1 0.3852 0.816 0.800 0.000 0.008 0.192
#> GSM82377 4 0.1940 0.840 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM82378 4 0.1940 0.840 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM82309 1 0.3450 0.851 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM82310 1 0.3450 0.851 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM128587 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128588 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128595 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128596 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128599 4 0.1545 0.864 0.040 0.000 0.008 0.952
#> GSM128600 4 0.1545 0.864 0.040 0.000 0.008 0.952
#> GSM128603 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128604 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM82284 3 0.2282 0.677 0.000 0.052 0.924 0.024
#> GSM82321 3 0.2197 0.689 0.000 0.024 0.928 0.048
#> GSM82342 2 0.4477 0.778 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM82361 2 0.4477 0.778 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM82351 2 0.0188 0.829 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82371 2 0.0188 0.829 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82330 3 0.2647 0.630 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM82336 3 0.2647 0.630 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM128492 1 0.2675 0.890 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM128493 1 0.2675 0.890 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM82323 3 0.2021 0.688 0.000 0.024 0.936 0.040
#> GSM82353 3 0.2197 0.678 0.000 0.048 0.928 0.024
#> GSM82317 4 0.0336 0.888 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82318 4 0.0336 0.888 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM128496 3 0.2647 0.630 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM128497 2 0.1022 0.837 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM82319 4 0.0336 0.888 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82320 4 0.0336 0.888 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM128504 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128505 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128509 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM128510 4 0.4356 0.653 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM82325 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM82327 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM82289 4 0.2814 0.831 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM82291 4 0.2814 0.831 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM82290 4 0.3074 0.816 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM82292 4 0.3074 0.816 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM128525 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128526 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128529 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128530 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128533 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128534 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128541 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128542 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128557 4 0.1545 0.864 0.040 0.000 0.008 0.952
#> GSM128558 4 0.1545 0.864 0.040 0.000 0.008 0.952
#> GSM82349 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.5396 -0.360 0.000 0.464 0.524 0.012
#> GSM82364 3 0.5396 -0.360 0.000 0.464 0.524 0.012
#> GSM82345 2 0.0188 0.829 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82360 2 0.0188 0.829 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82335 3 0.4817 0.363 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM82339 3 0.4817 0.363 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM128494 3 0.2530 0.640 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM128495 3 0.2530 0.640 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM82356 3 0.3837 0.510 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM82359 3 0.3837 0.510 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM82347 2 0.1022 0.837 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM82365 2 0.1022 0.837 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM128498 3 0.2227 0.685 0.000 0.036 0.928 0.036
#> GSM128499 3 0.2227 0.685 0.000 0.036 0.928 0.036
#> GSM82333 2 0.4304 0.794 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM82369 2 0.4304 0.794 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM128506 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM128507 2 0.4454 0.780 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.829 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 2 0.4304 0.794 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM82370 2 0.4304 0.794 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM82305 1 0.4998 0.209 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM82306 1 0.4998 0.209 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM82303 4 0.0188 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM82304 4 0.0188 0.887 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM128527 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128528 1 0.0927 0.917 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM128531 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128532 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128535 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128536 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128543 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128544 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128559 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM128560 1 0.0469 0.918 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 1 0.2561 0.8726 0.884 0.000 0.000 0.096 0.020
#> GSM82314 1 0.2561 0.8726 0.884 0.000 0.000 0.096 0.020
#> GSM82331 3 0.1732 0.6068 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM82338 3 0.1732 0.6068 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM82315 1 0.2390 0.8785 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM82316 1 0.2390 0.8785 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM82350 3 0.1168 0.6181 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM82368 3 0.1168 0.6181 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM82328 3 0.4430 -0.1044 0.000 0.000 0.540 0.456 0.004
#> GSM82340 3 0.4430 -0.1044 0.000 0.000 0.540 0.456 0.004
#> GSM128565 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128566 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM82329 3 0.3662 0.5505 0.000 0.000 0.744 0.004 0.252
#> GSM82341 3 0.6195 0.2293 0.000 0.144 0.488 0.000 0.368
#> GSM128569 5 0.2516 0.8098 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM128570 5 0.2516 0.8098 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM128573 4 0.0693 0.8758 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> GSM128574 4 0.0693 0.8758 0.008 0.000 0.012 0.980 0.000
#> GSM82295 1 0.2390 0.8785 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM82296 1 0.2390 0.8785 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM82337 3 0.1732 0.6068 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM82379 3 0.1732 0.6068 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM82285 4 0.0609 0.8758 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82286 4 0.0609 0.8758 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82287 1 0.3399 0.8190 0.812 0.000 0.000 0.168 0.020
#> GSM82288 1 0.3399 0.8190 0.812 0.000 0.000 0.168 0.020
#> GSM82311 1 0.3061 0.8460 0.844 0.000 0.000 0.136 0.020
#> GSM82312 1 0.3061 0.8460 0.844 0.000 0.000 0.136 0.020
#> GSM82375 4 0.2302 0.8566 0.048 0.000 0.020 0.916 0.016
#> GSM82376 4 0.2302 0.8566 0.048 0.000 0.020 0.916 0.016
#> GSM82307 1 0.3106 0.8431 0.840 0.000 0.000 0.140 0.020
#> GSM82308 1 0.3106 0.8431 0.840 0.000 0.000 0.140 0.020
#> GSM128585 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128586 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128593 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128594 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128597 1 0.4062 0.7448 0.764 0.000 0.000 0.196 0.040
#> GSM128598 1 0.4062 0.7448 0.764 0.000 0.000 0.196 0.040
#> GSM128601 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128602 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM82348 3 0.5396 -0.0839 0.000 0.000 0.500 0.444 0.056
#> GSM82366 3 0.4434 -0.1143 0.000 0.000 0.536 0.460 0.004
#> GSM82322 3 0.1106 0.6159 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> GSM82352 3 0.2824 0.6099 0.000 0.008 0.880 0.024 0.088
#> GSM82332 3 0.6000 0.3228 0.000 0.128 0.532 0.000 0.340
#> GSM82357 3 0.6000 0.3228 0.000 0.128 0.532 0.000 0.340
#> GSM82354 3 0.1168 0.6181 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM82372 3 0.1168 0.6181 0.000 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM82343 2 0.3336 0.6433 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM82362 2 0.3336 0.6433 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> GSM128567 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.4074 0.3434 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM82358 2 0.4074 0.3434 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM128571 5 0.4242 0.3452 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM128572 5 0.4242 0.3452 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM128575 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 3 0.4425 -0.0931 0.000 0.000 0.544 0.452 0.004
#> GSM82326 3 0.4425 -0.0931 0.000 0.000 0.544 0.452 0.004
#> GSM82344 5 0.3720 0.7841 0.000 0.228 0.012 0.000 0.760
#> GSM82363 5 0.3720 0.7841 0.000 0.228 0.012 0.000 0.760
#> GSM82293 4 0.2302 0.8566 0.048 0.000 0.020 0.916 0.016
#> GSM82294 4 0.2302 0.8566 0.048 0.000 0.020 0.916 0.016
#> GSM82297 4 0.0510 0.8762 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82298 4 0.0510 0.8762 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82373 1 0.3476 0.8105 0.804 0.000 0.000 0.176 0.020
#> GSM82374 1 0.3476 0.8105 0.804 0.000 0.000 0.176 0.020
#> GSM82377 4 0.2615 0.8276 0.080 0.000 0.008 0.892 0.020
#> GSM82378 4 0.2615 0.8276 0.080 0.000 0.008 0.892 0.020
#> GSM82309 1 0.3106 0.8431 0.840 0.000 0.000 0.140 0.020
#> GSM82310 1 0.3106 0.8431 0.840 0.000 0.000 0.140 0.020
#> GSM128587 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128588 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128595 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128596 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128599 4 0.1648 0.8503 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020
#> GSM128600 4 0.1648 0.8503 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020
#> GSM128603 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128604 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM82284 3 0.4523 0.4919 0.000 0.012 0.640 0.004 0.344
#> GSM82321 3 0.4147 0.5219 0.000 0.000 0.676 0.008 0.316
#> GSM82342 5 0.3496 0.8027 0.000 0.200 0.012 0.000 0.788
#> GSM82361 5 0.3496 0.8027 0.000 0.200 0.012 0.000 0.788
#> GSM82351 2 0.0290 0.8610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82371 2 0.0290 0.8610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82330 3 0.5215 0.4208 0.000 0.052 0.576 0.000 0.372
#> GSM82336 3 0.5215 0.4208 0.000 0.052 0.576 0.000 0.372
#> GSM128492 1 0.2390 0.8785 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM128493 1 0.2390 0.8785 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM82323 3 0.4047 0.5195 0.000 0.000 0.676 0.004 0.320
#> GSM82353 3 0.4419 0.4958 0.000 0.008 0.644 0.004 0.344
#> GSM82317 4 0.0609 0.8758 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82318 4 0.0609 0.8758 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM128496 3 0.5215 0.4208 0.000 0.052 0.576 0.000 0.372
#> GSM128497 2 0.3003 0.7185 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM82319 4 0.0609 0.8758 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82320 4 0.0609 0.8758 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM128504 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128505 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128509 5 0.2516 0.8098 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM128510 3 0.4620 0.0379 0.000 0.000 0.592 0.392 0.016
#> GSM82325 5 0.2516 0.8098 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM82327 5 0.2516 0.8098 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM82289 4 0.4499 0.3908 0.004 0.000 0.408 0.584 0.004
#> GSM82291 4 0.4499 0.3908 0.004 0.000 0.408 0.584 0.004
#> GSM82290 4 0.4434 0.2889 0.000 0.000 0.460 0.536 0.004
#> GSM82292 4 0.4434 0.2889 0.000 0.000 0.460 0.536 0.004
#> GSM128525 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128526 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128529 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128530 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128533 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128534 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128541 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128542 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128557 4 0.1648 0.8503 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020
#> GSM128558 4 0.1648 0.8503 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020
#> GSM82349 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 5 0.4490 0.5647 0.000 0.052 0.224 0.000 0.724
#> GSM82364 5 0.4490 0.5647 0.000 0.052 0.224 0.000 0.724
#> GSM82345 2 0.0290 0.8610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82360 2 0.0290 0.8610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82335 3 0.1671 0.6083 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM82339 3 0.1671 0.6083 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM128494 3 0.5181 0.4346 0.000 0.052 0.588 0.000 0.360
#> GSM128495 3 0.5181 0.4346 0.000 0.052 0.588 0.000 0.360
#> GSM82356 3 0.6244 0.2521 0.000 0.156 0.496 0.000 0.348
#> GSM82359 3 0.6244 0.2521 0.000 0.156 0.496 0.000 0.348
#> GSM82347 2 0.3003 0.7185 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM82365 2 0.3003 0.7185 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM128498 3 0.3949 0.5088 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM128499 3 0.3949 0.5088 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM82333 5 0.3690 0.7874 0.000 0.224 0.012 0.000 0.764
#> GSM82369 5 0.3690 0.7874 0.000 0.224 0.012 0.000 0.764
#> GSM128506 5 0.2561 0.8083 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM128507 5 0.2561 0.8083 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM128511 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8632 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 5 0.2929 0.8031 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM82370 5 0.2929 0.8031 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM82305 1 0.4826 0.2110 0.508 0.000 0.000 0.472 0.020
#> GSM82306 1 0.4826 0.2110 0.508 0.000 0.000 0.472 0.020
#> GSM82303 4 0.0510 0.8762 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82304 4 0.0510 0.8762 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM128527 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128528 1 0.0609 0.9039 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM128531 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128532 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128535 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128536 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128543 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128544 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128559 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> GSM128560 1 0.1282 0.9054 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 1 0.3455 0.84735 0.776 0.000 0.004 0.000 0.200 0.020
#> GSM82314 1 0.3455 0.84735 0.776 0.000 0.004 0.000 0.200 0.020
#> GSM82331 4 0.3993 0.19898 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004 0.000
#> GSM82338 4 0.3993 0.19898 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004 0.000
#> GSM82315 1 0.3361 0.85409 0.788 0.000 0.004 0.000 0.188 0.020
#> GSM82316 1 0.3361 0.85409 0.788 0.000 0.004 0.000 0.188 0.020
#> GSM82350 3 0.3789 0.12760 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM82368 3 0.3789 0.12760 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM82328 4 0.1858 0.69705 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM82340 4 0.1858 0.69705 0.000 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> GSM128565 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128566 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM82329 3 0.2730 0.56798 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM82341 3 0.3492 0.60729 0.000 0.040 0.796 0.004 0.000 0.160
#> GSM128569 6 0.1225 0.72681 0.000 0.012 0.036 0.000 0.000 0.952
#> GSM128570 6 0.1225 0.72681 0.000 0.012 0.036 0.000 0.000 0.952
#> GSM128573 5 0.3607 0.85904 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> GSM128574 5 0.3607 0.85904 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> GSM82295 1 0.3361 0.85409 0.788 0.000 0.004 0.000 0.188 0.020
#> GSM82296 1 0.3361 0.85409 0.788 0.000 0.004 0.000 0.188 0.020
#> GSM82337 4 0.3993 0.19898 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004 0.000
#> GSM82379 4 0.3993 0.19898 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004 0.000
#> GSM82285 5 0.3659 0.85596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM82286 5 0.3659 0.85596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM82287 1 0.3915 0.78655 0.704 0.000 0.004 0.000 0.272 0.020
#> GSM82288 1 0.3915 0.78655 0.704 0.000 0.004 0.000 0.272 0.020
#> GSM82311 1 0.3731 0.81727 0.736 0.000 0.004 0.000 0.240 0.020
#> GSM82312 1 0.3731 0.81727 0.736 0.000 0.004 0.000 0.240 0.020
#> GSM82375 5 0.3690 0.83815 0.008 0.000 0.000 0.308 0.684 0.000
#> GSM82376 5 0.3690 0.83815 0.008 0.000 0.000 0.308 0.684 0.000
#> GSM82307 1 0.3755 0.81396 0.732 0.000 0.004 0.000 0.244 0.020
#> GSM82308 1 0.3755 0.81396 0.732 0.000 0.004 0.000 0.244 0.020
#> GSM128585 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128586 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128593 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128594 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128597 1 0.3522 0.73116 0.800 0.000 0.000 0.072 0.128 0.000
#> GSM128598 1 0.3522 0.73116 0.800 0.000 0.000 0.072 0.128 0.000
#> GSM128601 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128602 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82348 4 0.2831 0.66028 0.000 0.000 0.136 0.840 0.000 0.024
#> GSM82366 4 0.1970 0.69615 0.000 0.000 0.092 0.900 0.008 0.000
#> GSM82322 3 0.3838 0.00338 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM82352 3 0.4769 0.18603 0.000 0.000 0.576 0.364 0.000 0.060
#> GSM82332 3 0.1418 0.62690 0.000 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> GSM82357 3 0.1418 0.62690 0.000 0.024 0.944 0.000 0.000 0.032
#> GSM82354 3 0.3789 0.12760 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.3789 0.12760 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.4228 0.61805 0.000 0.716 0.000 0.000 0.072 0.212
#> GSM82362 2 0.4228 0.61805 0.000 0.716 0.000 0.000 0.072 0.212
#> GSM128567 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.5934 0.41708 0.000 0.572 0.000 0.060 0.092 0.276
#> GSM82358 2 0.5934 0.41708 0.000 0.572 0.000 0.060 0.092 0.276
#> GSM128571 6 0.6737 0.27157 0.000 0.312 0.032 0.060 0.092 0.504
#> GSM128572 6 0.6737 0.27157 0.000 0.312 0.032 0.060 0.092 0.504
#> GSM128575 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 4 0.1908 0.69648 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> GSM82326 4 0.1908 0.69648 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> GSM82344 6 0.7273 0.47834 0.000 0.016 0.348 0.060 0.220 0.356
#> GSM82363 6 0.7273 0.47834 0.000 0.016 0.348 0.060 0.220 0.356
#> GSM82293 5 0.3690 0.83815 0.008 0.000 0.000 0.308 0.684 0.000
#> GSM82294 5 0.3690 0.83815 0.008 0.000 0.000 0.308 0.684 0.000
#> GSM82297 5 0.3647 0.85748 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM82298 5 0.3647 0.85748 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM82373 1 0.3957 0.77679 0.696 0.000 0.004 0.000 0.280 0.020
#> GSM82374 1 0.3957 0.77679 0.696 0.000 0.004 0.000 0.280 0.020
#> GSM82377 5 0.3606 0.81469 0.008 0.000 0.000 0.264 0.724 0.004
#> GSM82378 5 0.3606 0.81469 0.008 0.000 0.000 0.264 0.724 0.004
#> GSM82309 1 0.3755 0.81396 0.732 0.000 0.004 0.000 0.244 0.020
#> GSM82310 1 0.3755 0.81396 0.732 0.000 0.004 0.000 0.244 0.020
#> GSM128587 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128588 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128595 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128596 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128599 5 0.3288 0.83777 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM128600 5 0.3288 0.83777 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM128603 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128604 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM82284 3 0.3006 0.64576 0.000 0.000 0.844 0.092 0.000 0.064
#> GSM82321 3 0.2868 0.62751 0.000 0.000 0.840 0.132 0.000 0.028
#> GSM82342 3 0.7272 -0.52218 0.000 0.016 0.360 0.060 0.220 0.344
#> GSM82361 3 0.7272 -0.52218 0.000 0.016 0.360 0.060 0.220 0.344
#> GSM82351 2 0.0909 0.85427 0.000 0.968 0.020 0.000 0.000 0.012
#> GSM82371 2 0.0909 0.85427 0.000 0.968 0.020 0.000 0.000 0.012
#> GSM82330 3 0.3167 0.64822 0.000 0.012 0.836 0.032 0.000 0.120
#> GSM82336 3 0.3167 0.64822 0.000 0.012 0.836 0.032 0.000 0.120
#> GSM128492 1 0.3361 0.85409 0.788 0.000 0.004 0.000 0.188 0.020
#> GSM128493 1 0.3361 0.85409 0.788 0.000 0.004 0.000 0.188 0.020
#> GSM82323 3 0.2784 0.63107 0.000 0.000 0.848 0.124 0.000 0.028
#> GSM82353 3 0.2948 0.64426 0.000 0.000 0.848 0.092 0.000 0.060
#> GSM82317 5 0.3659 0.85596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM82318 5 0.3659 0.85596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM128496 3 0.3167 0.64822 0.000 0.012 0.836 0.032 0.000 0.120
#> GSM128497 2 0.3928 0.76110 0.000 0.804 0.000 0.060 0.048 0.088
#> GSM82319 5 0.3659 0.85596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM82320 5 0.3659 0.85596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM128504 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128505 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128509 6 0.1225 0.72681 0.000 0.012 0.036 0.000 0.000 0.952
#> GSM128510 4 0.2562 0.64119 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM82325 6 0.1297 0.72731 0.000 0.012 0.040 0.000 0.000 0.948
#> GSM82327 6 0.1297 0.72731 0.000 0.012 0.040 0.000 0.000 0.948
#> GSM82289 4 0.2196 0.51527 0.004 0.000 0.004 0.884 0.108 0.000
#> GSM82291 4 0.2196 0.51527 0.004 0.000 0.004 0.884 0.108 0.000
#> GSM82290 4 0.1625 0.59870 0.000 0.000 0.012 0.928 0.060 0.000
#> GSM82292 4 0.1625 0.59870 0.000 0.000 0.012 0.928 0.060 0.000
#> GSM128525 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128526 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128529 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128530 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128533 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128534 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128541 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128542 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128557 5 0.3288 0.83777 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM128558 5 0.3288 0.83777 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.6443 0.02641 0.000 0.000 0.560 0.096 0.160 0.184
#> GSM82364 3 0.6443 0.02641 0.000 0.000 0.560 0.096 0.160 0.184
#> GSM82345 2 0.0909 0.85427 0.000 0.968 0.020 0.000 0.000 0.012
#> GSM82360 2 0.0909 0.85427 0.000 0.968 0.020 0.000 0.000 0.012
#> GSM82335 4 0.3866 0.17388 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM82339 4 0.3866 0.17388 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.3330 0.64751 0.000 0.012 0.828 0.044 0.000 0.116
#> GSM128495 3 0.3330 0.64751 0.000 0.012 0.828 0.044 0.000 0.116
#> GSM82356 3 0.2240 0.60862 0.000 0.016 0.908 0.000 0.032 0.044
#> GSM82359 3 0.2240 0.60862 0.000 0.016 0.908 0.000 0.032 0.044
#> GSM82347 2 0.3928 0.76110 0.000 0.804 0.000 0.060 0.048 0.088
#> GSM82365 2 0.3928 0.76110 0.000 0.804 0.000 0.060 0.048 0.088
#> GSM128498 3 0.2053 0.63748 0.000 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM128499 3 0.2053 0.63748 0.000 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> GSM82333 6 0.7272 0.48017 0.000 0.016 0.344 0.060 0.220 0.360
#> GSM82369 6 0.7272 0.48017 0.000 0.016 0.344 0.060 0.220 0.360
#> GSM128506 6 0.1320 0.72463 0.000 0.016 0.036 0.000 0.000 0.948
#> GSM128507 6 0.1320 0.72463 0.000 0.016 0.036 0.000 0.000 0.948
#> GSM128511 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.86238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 6 0.3277 0.68587 0.000 0.016 0.188 0.000 0.004 0.792
#> GSM82370 6 0.3277 0.68587 0.000 0.016 0.188 0.000 0.004 0.792
#> GSM82305 5 0.5799 -0.09538 0.408 0.000 0.004 0.092 0.476 0.020
#> GSM82306 5 0.5799 -0.09538 0.408 0.000 0.004 0.092 0.476 0.020
#> GSM82303 5 0.3647 0.85748 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM82304 5 0.3647 0.85748 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> GSM128527 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128528 1 0.2540 0.88294 0.872 0.000 0.004 0.000 0.104 0.020
#> GSM128531 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128532 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128535 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128536 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128543 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128544 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128559 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128560 1 0.0146 0.88481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> ATC:hclust 127 0.00277 0.02980 6.48e-09 2
#> ATC:hclust 138 0.01572 0.00157 1.32e-12 3
#> ATC:hclust 145 0.12848 0.00956 1.91e-18 4
#> ATC:hclust 127 0.02841 0.02192 2.94e-22 5
#> ATC:hclust 130 0.02782 0.04729 1.23e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.992 0.5021 0.498 0.498
#> 3 3 0.974 0.941 0.970 0.3328 0.720 0.494
#> 4 4 0.927 0.942 0.960 0.1176 0.765 0.423
#> 5 5 0.776 0.614 0.741 0.0565 0.924 0.717
#> 6 6 0.769 0.737 0.799 0.0387 0.877 0.507
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82314 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82331 2 0.8386 0.635 0.268 0.732
#> GSM82338 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82316 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82350 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82368 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.8861 0.565 0.304 0.696
#> GSM82340 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82341 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128569 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128574 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82295 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82296 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82337 2 0.4298 0.898 0.088 0.912
#> GSM82379 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> GSM82285 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82288 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82311 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82312 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82375 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82376 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82307 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82308 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82348 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82366 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82322 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82352 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82354 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82372 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82324 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82326 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82344 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82294 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82373 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82374 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82309 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82310 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128599 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128600 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82330 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82336 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82317 1 0.7883 0.694 0.764 0.236
#> GSM82318 1 0.7883 0.694 0.764 0.236
#> GSM128496 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128497 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82319 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82320 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128510 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82325 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82290 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82292 1 0.6801 0.780 0.820 0.180
#> GSM128525 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128557 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128558 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82364 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82335 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82339 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128494 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128495 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128498 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128499 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82333 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82306 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82303 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM82304 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM82314 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM82331 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.2165 0.944 0.936 0.000 0.064
#> GSM82316 1 0.2959 0.921 0.900 0.000 0.100
#> GSM82350 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82368 3 0.2711 0.883 0.000 0.088 0.912
#> GSM82328 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82340 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.5098 0.691 0.000 0.248 0.752
#> GSM82341 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128569 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128573 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM128574 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82295 1 0.2711 0.931 0.912 0.000 0.088
#> GSM82296 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM82337 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82285 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82286 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82287 1 0.2878 0.925 0.904 0.000 0.096
#> GSM82288 1 0.2711 0.931 0.912 0.000 0.088
#> GSM82311 1 0.0747 0.964 0.984 0.000 0.016
#> GSM82312 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM82375 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82307 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM82308 1 0.3686 0.880 0.860 0.000 0.140
#> GSM128585 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82366 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82322 3 0.0237 0.945 0.000 0.004 0.996
#> GSM82352 3 0.5397 0.639 0.000 0.280 0.720
#> GSM82332 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.5835 0.523 0.000 0.340 0.660
#> GSM82372 3 0.0892 0.936 0.000 0.020 0.980
#> GSM82343 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82326 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82344 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82363 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82293 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82294 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82297 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82298 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82373 1 0.2878 0.925 0.904 0.000 0.096
#> GSM82374 3 0.5810 0.447 0.336 0.000 0.664
#> GSM82377 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82378 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82309 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM82310 1 0.2537 0.937 0.920 0.000 0.080
#> GSM128587 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM128600 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM128603 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82321 3 0.2711 0.883 0.000 0.088 0.912
#> GSM82342 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82361 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82351 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82336 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM128492 1 0.2711 0.931 0.912 0.000 0.088
#> GSM128493 1 0.2711 0.931 0.912 0.000 0.088
#> GSM82323 3 0.2625 0.886 0.000 0.084 0.916
#> GSM82353 2 0.1289 0.962 0.000 0.968 0.032
#> GSM82317 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82318 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM128496 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM128497 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82319 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128509 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128510 3 0.2165 0.903 0.000 0.064 0.936
#> GSM82325 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82327 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82289 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82291 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82290 3 0.1529 0.922 0.000 0.040 0.960
#> GSM82292 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM128525 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 3 0.1411 0.922 0.036 0.000 0.964
#> GSM128558 3 0.5678 0.510 0.316 0.000 0.684
#> GSM82349 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82346 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82364 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82345 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82335 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> GSM82339 3 0.2711 0.883 0.000 0.088 0.912
#> GSM128494 2 0.6026 0.351 0.000 0.624 0.376
#> GSM128495 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82356 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82359 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82347 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128498 3 0.5431 0.632 0.000 0.284 0.716
#> GSM128499 3 0.3551 0.840 0.000 0.132 0.868
#> GSM82333 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM82370 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> GSM82305 1 0.4235 0.835 0.824 0.000 0.176
#> GSM82306 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82303 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM82304 3 0.0424 0.944 0.008 0.000 0.992
#> GSM128527 1 0.1643 0.953 0.956 0.000 0.044
#> GSM128528 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.3444 0.819 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM82314 4 0.3444 0.819 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM82331 3 0.1557 0.924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM82338 3 0.1474 0.926 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM82315 4 0.3444 0.819 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM82316 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82350 3 0.1474 0.926 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM82368 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82328 3 0.1557 0.924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM82340 3 0.1557 0.924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM128565 1 0.1302 0.956 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128566 1 0.0707 0.972 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM82329 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82341 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM128569 2 0.1211 0.969 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM128570 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM128573 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM128574 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM82295 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82296 4 0.1474 0.928 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM82337 3 0.1557 0.924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM82379 3 0.0817 0.940 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM82285 4 0.1792 0.920 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM82286 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM82287 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82288 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82311 4 0.3528 0.810 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM82312 4 0.3444 0.819 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM82375 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82376 4 0.1792 0.917 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM82307 4 0.3400 0.824 0.180 0.000 0.000 0.820
#> GSM82308 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM128585 1 0.1118 0.962 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM128586 1 0.1302 0.956 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128593 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.2060 0.955 0.932 0.000 0.016 0.052
#> GSM128598 1 0.2060 0.955 0.932 0.000 0.016 0.052
#> GSM128601 1 0.1297 0.965 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM128602 1 0.1297 0.965 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM82348 3 0.0707 0.942 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM82366 3 0.4761 0.415 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM82322 3 0.0707 0.942 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM82352 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82332 2 0.0817 0.979 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM82357 3 0.3837 0.751 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM82354 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82372 3 0.0779 0.943 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM82343 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128571 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 3 0.1557 0.924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM82326 3 0.3873 0.714 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM82344 3 0.2345 0.902 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82293 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82294 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82297 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82298 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82373 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82374 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82377 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82378 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82309 4 0.3074 0.852 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM82310 4 0.3074 0.852 0.152 0.000 0.000 0.848
#> GSM128587 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 4 0.0707 0.936 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM128600 4 0.0707 0.936 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM128603 1 0.1297 0.965 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM128604 1 0.1297 0.965 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM82284 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82321 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82342 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82361 3 0.1474 0.938 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82336 3 0.2345 0.902 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM128492 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM128493 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82323 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82353 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82317 4 0.1792 0.920 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM82318 4 0.1792 0.920 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM128496 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM128497 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82319 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM82320 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM128504 1 0.1302 0.956 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM128505 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128509 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM128510 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82325 3 0.1557 0.935 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM82327 3 0.1557 0.935 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM82289 4 0.0707 0.946 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82291 4 0.2216 0.897 0.000 0.000 0.092 0.908
#> GSM82290 3 0.0779 0.943 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM82292 4 0.2011 0.907 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM128525 1 0.0469 0.976 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128526 1 0.1118 0.962 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM128529 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 4 0.0707 0.936 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM128558 4 0.0707 0.936 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82349 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82364 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.0817 0.940 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM82339 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM128494 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM128495 3 0.1211 0.943 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82356 3 0.2216 0.909 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM82359 3 0.2345 0.902 0.000 0.100 0.900 0.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM128499 3 0.0707 0.948 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82333 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82369 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.1118 0.973 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 2 0.0817 0.979 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM82370 3 0.2408 0.898 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM82305 4 0.0707 0.944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82306 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM82303 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM82304 4 0.0817 0.946 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM128527 4 0.3444 0.819 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM128528 1 0.3266 0.798 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM128531 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.1792 0.6911 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM82314 4 0.1792 0.6911 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM82331 5 0.0798 0.6940 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> GSM82338 5 0.0798 0.6940 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> GSM82315 4 0.1732 0.6953 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM82316 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82350 5 0.0798 0.6948 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> GSM82368 5 0.1792 0.6838 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> GSM82328 5 0.2563 0.6267 0.000 0.120 0.000 0.008 0.872
#> GSM82340 5 0.2193 0.6477 0.000 0.092 0.000 0.008 0.900
#> GSM128565 1 0.4276 0.6086 0.616 0.004 0.000 0.380 0.000
#> GSM128566 1 0.4276 0.6086 0.616 0.004 0.000 0.380 0.000
#> GSM82329 5 0.2124 0.6787 0.000 0.004 0.096 0.000 0.900
#> GSM82341 3 0.1121 0.4352 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM128569 3 0.1282 0.4373 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM128570 3 0.0162 0.3779 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM128573 4 0.4616 0.7726 0.000 0.288 0.000 0.676 0.036
#> GSM128574 4 0.4616 0.7726 0.000 0.288 0.000 0.676 0.036
#> GSM82295 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82337 5 0.0898 0.6921 0.000 0.020 0.000 0.008 0.972
#> GSM82379 5 0.0290 0.6981 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82285 4 0.6072 0.6927 0.000 0.292 0.000 0.552 0.156
#> GSM82286 4 0.5316 0.7547 0.000 0.284 0.000 0.632 0.084
#> GSM82287 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82311 4 0.1908 0.6834 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM82312 4 0.1792 0.6911 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM82375 4 0.5316 0.7547 0.000 0.284 0.000 0.632 0.084
#> GSM82376 4 0.6431 0.6278 0.000 0.284 0.000 0.500 0.216
#> GSM82307 4 0.1732 0.6953 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM82308 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.4126 0.6096 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> GSM128586 1 0.4150 0.5980 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.5689 0.7001 0.644 0.160 0.000 0.192 0.004
#> GSM128598 1 0.5689 0.7001 0.644 0.160 0.000 0.192 0.004
#> GSM128601 1 0.2513 0.8159 0.876 0.116 0.000 0.000 0.008
#> GSM128602 1 0.2513 0.8159 0.876 0.116 0.000 0.000 0.008
#> GSM82348 5 0.1673 0.6951 0.000 0.032 0.016 0.008 0.944
#> GSM82366 5 0.4238 0.5272 0.000 0.164 0.000 0.068 0.768
#> GSM82322 5 0.1412 0.6998 0.000 0.004 0.036 0.008 0.952
#> GSM82352 5 0.4242 0.2461 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM82332 3 0.3039 -0.0480 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> GSM82357 3 0.4278 0.0245 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM82354 5 0.3790 0.5094 0.000 0.004 0.272 0.000 0.724
#> GSM82372 5 0.1365 0.6993 0.000 0.004 0.040 0.004 0.952
#> GSM82343 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.4305 0.9592 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM82358 2 0.4305 0.9592 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> GSM128571 3 0.1410 0.2778 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> GSM128572 2 0.4304 0.9644 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> GSM128575 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.2612 0.6234 0.000 0.124 0.000 0.008 0.868
#> GSM82326 5 0.3495 0.5719 0.000 0.160 0.000 0.028 0.812
#> GSM82344 3 0.4307 -0.0861 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM82363 3 0.2966 -0.0680 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM82293 4 0.5010 0.7695 0.000 0.248 0.000 0.676 0.076
#> GSM82294 4 0.4955 0.7710 0.000 0.248 0.000 0.680 0.072
#> GSM82297 4 0.4822 0.7699 0.000 0.288 0.000 0.664 0.048
#> GSM82298 4 0.5067 0.7641 0.000 0.288 0.000 0.648 0.064
#> GSM82373 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0162 0.7525 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82377 4 0.4204 0.7782 0.000 0.196 0.000 0.756 0.048
#> GSM82378 4 0.4980 0.7700 0.000 0.252 0.000 0.676 0.072
#> GSM82309 4 0.1671 0.6991 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM82310 4 0.1671 0.6991 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 4 0.5346 0.6821 0.000 0.452 0.000 0.496 0.052
#> GSM128600 4 0.5346 0.6821 0.000 0.452 0.000 0.496 0.052
#> GSM128603 1 0.2798 0.8036 0.852 0.140 0.000 0.000 0.008
#> GSM128604 1 0.2798 0.8036 0.852 0.140 0.000 0.000 0.008
#> GSM82284 5 0.4440 0.1526 0.000 0.004 0.468 0.000 0.528
#> GSM82321 5 0.1571 0.6948 0.000 0.004 0.060 0.000 0.936
#> GSM82342 3 0.0992 0.4117 0.000 0.008 0.968 0.000 0.024
#> GSM82361 3 0.4307 -0.1117 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM82351 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82330 5 0.4219 0.2721 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM82336 3 0.4294 -0.0223 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM128492 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128493 4 0.0000 0.7514 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82323 5 0.1410 0.6945 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM82353 5 0.4210 0.2800 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM82317 4 0.5480 0.7438 0.000 0.288 0.000 0.616 0.096
#> GSM82318 4 0.5480 0.7438 0.000 0.288 0.000 0.616 0.096
#> GSM128496 5 0.4302 0.1146 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM128497 3 0.4171 -0.7404 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM82319 4 0.5233 0.7576 0.000 0.288 0.000 0.636 0.076
#> GSM82320 4 0.5124 0.7616 0.000 0.288 0.000 0.644 0.068
#> GSM128504 1 0.4299 0.5967 0.608 0.004 0.000 0.388 0.000
#> GSM128505 1 0.4182 0.6393 0.644 0.004 0.000 0.352 0.000
#> GSM128509 3 0.0451 0.3907 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM128510 5 0.1282 0.6986 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM82325 3 0.4415 -0.0165 0.000 0.004 0.552 0.000 0.444
#> GSM82327 3 0.4415 -0.0165 0.000 0.004 0.552 0.000 0.444
#> GSM82289 4 0.5726 0.7300 0.000 0.248 0.000 0.612 0.140
#> GSM82291 5 0.6460 -0.0739 0.000 0.252 0.000 0.248 0.500
#> GSM82290 5 0.1591 0.6971 0.000 0.004 0.052 0.004 0.940
#> GSM82292 5 0.6647 -0.2042 0.000 0.288 0.000 0.264 0.448
#> GSM128525 1 0.4251 0.6183 0.624 0.004 0.000 0.372 0.000
#> GSM128526 1 0.4276 0.6086 0.616 0.004 0.000 0.380 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 4 0.5344 0.6832 0.000 0.448 0.000 0.500 0.052
#> GSM128558 4 0.5096 0.6904 0.000 0.444 0.000 0.520 0.036
#> GSM82349 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82346 5 0.4302 0.1146 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM82364 5 0.4302 0.1146 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM82345 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.4294 0.9825 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> GSM82335 5 0.0579 0.6993 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM82339 5 0.2020 0.6759 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM128494 5 0.4171 0.3106 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM128495 5 0.4302 0.1146 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM82356 3 0.4307 -0.0861 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM82359 3 0.4307 -0.0861 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> GSM82347 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM128498 5 0.3177 0.5846 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM128499 5 0.2179 0.6684 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> GSM82333 3 0.2648 0.0618 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.2927 0.4035 0.000 0.068 0.872 0.000 0.060
#> GSM128506 3 0.4297 -0.9046 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM128507 3 0.2966 -0.1044 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.4287 0.9921 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0162 0.3779 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.4294 -0.0223 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM82305 4 0.0162 0.7525 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM82306 4 0.4801 0.7705 0.000 0.284 0.000 0.668 0.048
#> GSM82303 4 0.4949 0.7672 0.000 0.288 0.000 0.656 0.056
#> GSM82304 4 0.4822 0.7699 0.000 0.288 0.000 0.664 0.048
#> GSM128527 4 0.1792 0.6911 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM128528 4 0.4300 -0.3332 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.8723 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0162 0.8719 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0290 0.8700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128560 1 0.0290 0.8700 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.0405 0.748 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82314 4 0.0405 0.748 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82331 6 0.3773 0.853 0.000 0.000 0.204 0.000 0.044 0.752
#> GSM82338 6 0.3773 0.853 0.000 0.000 0.204 0.000 0.044 0.752
#> GSM82315 4 0.0405 0.748 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82316 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82350 6 0.3954 0.853 0.000 0.000 0.204 0.000 0.056 0.740
#> GSM82368 6 0.3738 0.810 0.000 0.000 0.280 0.000 0.016 0.704
#> GSM82328 6 0.4316 0.815 0.000 0.000 0.144 0.000 0.128 0.728
#> GSM82340 6 0.4316 0.815 0.000 0.000 0.144 0.000 0.128 0.728
#> GSM128565 4 0.4367 0.446 0.364 0.000 0.000 0.604 0.000 0.032
#> GSM128566 4 0.4378 0.439 0.368 0.000 0.000 0.600 0.000 0.032
#> GSM82329 6 0.4155 0.698 0.000 0.000 0.364 0.000 0.020 0.616
#> GSM82341 3 0.3875 0.618 0.000 0.196 0.760 0.000 0.016 0.028
#> GSM128569 3 0.5491 0.555 0.000 0.192 0.636 0.000 0.144 0.028
#> GSM128570 3 0.5649 0.526 0.000 0.212 0.612 0.000 0.148 0.028
#> GSM128573 5 0.3706 0.864 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM128574 5 0.3706 0.864 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM82295 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82296 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82337 6 0.3865 0.850 0.000 0.000 0.192 0.000 0.056 0.752
#> GSM82379 6 0.3614 0.852 0.000 0.000 0.220 0.000 0.028 0.752
#> GSM82285 5 0.4854 0.809 0.000 0.000 0.000 0.264 0.636 0.100
#> GSM82286 5 0.4406 0.860 0.000 0.000 0.000 0.336 0.624 0.040
#> GSM82287 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82288 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82311 4 0.0405 0.749 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82312 4 0.0405 0.749 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82375 5 0.4982 0.838 0.000 0.000 0.000 0.340 0.576 0.084
#> GSM82376 5 0.5468 0.742 0.000 0.000 0.000 0.244 0.568 0.188
#> GSM82307 4 0.0405 0.749 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82308 4 0.0146 0.745 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128585 4 0.4627 0.434 0.364 0.000 0.004 0.592 0.000 0.040
#> GSM128586 4 0.4593 0.456 0.352 0.000 0.004 0.604 0.000 0.040
#> GSM128593 1 0.0547 0.937 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM128594 1 0.0547 0.937 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM128597 1 0.6660 0.517 0.548 0.000 0.004 0.184 0.108 0.156
#> GSM128598 1 0.6660 0.517 0.548 0.000 0.004 0.184 0.108 0.156
#> GSM128601 1 0.3159 0.852 0.840 0.000 0.004 0.000 0.072 0.084
#> GSM128602 1 0.3159 0.852 0.840 0.000 0.004 0.000 0.072 0.084
#> GSM82348 6 0.3982 0.849 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.740
#> GSM82366 6 0.4199 0.772 0.000 0.000 0.100 0.000 0.164 0.736
#> GSM82322 6 0.3349 0.841 0.000 0.000 0.244 0.000 0.008 0.748
#> GSM82352 3 0.3062 0.599 0.000 0.000 0.816 0.000 0.024 0.160
#> GSM82332 3 0.4970 0.338 0.000 0.396 0.540 0.000 0.060 0.004
#> GSM82357 3 0.3643 0.707 0.000 0.052 0.824 0.000 0.080 0.044
#> GSM82354 3 0.3952 0.255 0.000 0.000 0.672 0.000 0.020 0.308
#> GSM82372 6 0.3582 0.834 0.000 0.000 0.252 0.000 0.016 0.732
#> GSM82343 2 0.0363 0.927 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM82362 2 0.0146 0.928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128567 2 0.0146 0.928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128568 2 0.0146 0.928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82355 2 0.2318 0.874 0.000 0.892 0.064 0.000 0.044 0.000
#> GSM82358 2 0.2318 0.874 0.000 0.892 0.064 0.000 0.044 0.000
#> GSM128571 3 0.5975 0.417 0.000 0.280 0.544 0.000 0.148 0.028
#> GSM128572 2 0.1700 0.898 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024 0.000
#> GSM128575 2 0.0508 0.927 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM128576 2 0.0508 0.927 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> GSM82324 6 0.4319 0.808 0.000 0.000 0.136 0.000 0.136 0.728
#> GSM82326 6 0.4209 0.777 0.000 0.000 0.104 0.000 0.160 0.736
#> GSM82344 3 0.2371 0.708 0.000 0.016 0.900 0.000 0.052 0.032
#> GSM82363 3 0.4939 0.163 0.000 0.440 0.496 0.000 0.064 0.000
#> GSM82293 5 0.4978 0.811 0.000 0.000 0.000 0.396 0.532 0.072
#> GSM82294 5 0.4899 0.810 0.000 0.000 0.000 0.404 0.532 0.064
#> GSM82297 5 0.3841 0.866 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM82298 5 0.4015 0.868 0.000 0.000 0.000 0.372 0.616 0.012
#> GSM82373 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82374 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82377 4 0.4176 -0.525 0.000 0.000 0.000 0.580 0.404 0.016
#> GSM82378 5 0.4946 0.808 0.000 0.000 0.000 0.404 0.528 0.068
#> GSM82309 4 0.0405 0.749 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM82310 4 0.0405 0.749 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM128587 1 0.0717 0.936 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM128588 1 0.0717 0.936 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM128595 1 0.0547 0.937 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM128596 1 0.0547 0.937 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM128599 5 0.5240 0.706 0.000 0.000 0.000 0.276 0.588 0.136
#> GSM128600 5 0.5240 0.706 0.000 0.000 0.000 0.276 0.588 0.136
#> GSM128603 1 0.3456 0.836 0.816 0.000 0.004 0.000 0.076 0.104
#> GSM128604 1 0.3456 0.836 0.816 0.000 0.004 0.000 0.076 0.104
#> GSM82284 3 0.2776 0.661 0.000 0.004 0.860 0.000 0.032 0.104
#> GSM82321 6 0.3652 0.827 0.000 0.000 0.264 0.000 0.016 0.720
#> GSM82342 3 0.4235 0.607 0.000 0.212 0.728 0.000 0.048 0.012
#> GSM82361 3 0.1980 0.708 0.000 0.008 0.920 0.000 0.036 0.036
#> GSM82351 2 0.0458 0.926 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM82371 2 0.0458 0.926 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM82330 3 0.3098 0.588 0.000 0.000 0.812 0.000 0.024 0.164
#> GSM82336 3 0.0909 0.712 0.000 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> GSM128492 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128493 4 0.0146 0.744 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82323 6 0.3812 0.824 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024 0.712
#> GSM82353 3 0.3279 0.571 0.000 0.000 0.796 0.000 0.028 0.176
#> GSM82317 5 0.4277 0.867 0.000 0.000 0.000 0.356 0.616 0.028
#> GSM82318 5 0.4277 0.867 0.000 0.000 0.000 0.356 0.616 0.028
#> GSM128496 3 0.2393 0.673 0.000 0.004 0.884 0.000 0.020 0.092
#> GSM128497 2 0.3487 0.745 0.000 0.788 0.168 0.000 0.044 0.000
#> GSM82319 5 0.4155 0.868 0.000 0.000 0.000 0.364 0.616 0.020
#> GSM82320 5 0.3934 0.867 0.000 0.000 0.000 0.376 0.616 0.008
#> GSM128504 4 0.4344 0.461 0.356 0.000 0.000 0.612 0.000 0.032
#> GSM128505 4 0.4513 0.432 0.368 0.000 0.004 0.596 0.000 0.032
#> GSM128509 3 0.5617 0.529 0.000 0.212 0.616 0.000 0.144 0.028
#> GSM128510 6 0.3470 0.838 0.000 0.000 0.248 0.000 0.012 0.740
#> GSM82325 3 0.3306 0.668 0.000 0.008 0.820 0.000 0.136 0.036
#> GSM82327 3 0.3306 0.668 0.000 0.008 0.820 0.000 0.136 0.036
#> GSM82289 5 0.6099 0.534 0.000 0.000 0.000 0.300 0.384 0.316
#> GSM82291 6 0.4045 0.563 0.000 0.000 0.000 0.036 0.268 0.696
#> GSM82290 6 0.3617 0.840 0.000 0.000 0.244 0.000 0.020 0.736
#> GSM82292 6 0.4737 0.271 0.000 0.000 0.000 0.056 0.372 0.572
#> GSM128525 4 0.4563 0.429 0.368 0.000 0.000 0.588 0.000 0.044
#> GSM128526 4 0.4563 0.429 0.368 0.000 0.000 0.588 0.000 0.044
#> GSM128529 1 0.0458 0.937 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM128530 1 0.0458 0.937 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM128533 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM128534 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM128541 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 5 0.5257 0.703 0.000 0.000 0.000 0.280 0.584 0.136
#> GSM128558 5 0.5333 0.680 0.000 0.000 0.000 0.300 0.564 0.136
#> GSM82349 2 0.0146 0.928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82367 2 0.0260 0.927 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82346 3 0.2461 0.693 0.000 0.004 0.888 0.000 0.044 0.064
#> GSM82364 3 0.2519 0.691 0.000 0.004 0.884 0.000 0.044 0.068
#> GSM82345 2 0.1082 0.917 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040 0.000
#> GSM82360 2 0.1890 0.895 0.000 0.916 0.024 0.000 0.060 0.000
#> GSM82335 6 0.3755 0.851 0.000 0.000 0.220 0.000 0.036 0.744
#> GSM82339 6 0.4084 0.642 0.000 0.000 0.400 0.000 0.012 0.588
#> GSM128494 3 0.3333 0.541 0.000 0.000 0.784 0.000 0.024 0.192
#> GSM128495 3 0.1668 0.696 0.000 0.004 0.928 0.000 0.008 0.060
#> GSM82356 3 0.2579 0.702 0.000 0.008 0.884 0.000 0.060 0.048
#> GSM82359 3 0.2731 0.702 0.000 0.012 0.876 0.000 0.068 0.044
#> GSM82347 2 0.0405 0.927 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM82365 2 0.0405 0.927 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM128498 3 0.4269 -0.148 0.000 0.000 0.568 0.000 0.020 0.412
#> GSM128499 6 0.4246 0.634 0.000 0.000 0.400 0.000 0.020 0.580
#> GSM82333 3 0.4786 0.398 0.000 0.352 0.584 0.000 0.064 0.000
#> GSM82369 3 0.4147 0.608 0.000 0.224 0.716 0.000 0.060 0.000
#> GSM128506 2 0.3871 0.763 0.000 0.792 0.044 0.000 0.136 0.028
#> GSM128507 2 0.6335 -0.153 0.000 0.420 0.388 0.000 0.160 0.032
#> GSM128511 2 0.0146 0.928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM128512 2 0.0146 0.928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82334 3 0.5540 0.533 0.000 0.216 0.624 0.000 0.132 0.028
#> GSM82370 3 0.1679 0.713 0.000 0.016 0.936 0.000 0.036 0.012
#> GSM82305 4 0.0458 0.732 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM82306 5 0.3841 0.866 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM82303 5 0.3841 0.866 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM82304 5 0.3841 0.866 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> GSM128527 4 0.1340 0.730 0.008 0.000 0.000 0.948 0.004 0.040
#> GSM128528 4 0.3933 0.622 0.216 0.000 0.000 0.740 0.004 0.040
#> GSM128531 1 0.0458 0.937 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM128532 1 0.0458 0.937 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM128535 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM128536 1 0.0405 0.936 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM128543 1 0.0146 0.937 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0291 0.937 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM128559 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM128560 1 0.0260 0.936 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> ATC:kmeans 156 0.15356 0.03712 8.30e-10 2
#> ATC:kmeans 154 0.01785 0.00676 8.01e-12 3
#> ATC:kmeans 155 0.14825 0.00553 2.67e-20 4
#> ATC:kmeans 121 0.16003 0.00160 6.06e-15 5
#> ATC:kmeans 139 0.00819 0.01166 4.38e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.993 0.5030 0.498 0.498
#> 3 3 0.888 0.946 0.963 0.1985 0.891 0.784
#> 4 4 0.788 0.863 0.927 0.1351 0.911 0.781
#> 5 5 0.778 0.474 0.765 0.0734 0.939 0.817
#> 6 6 0.809 0.791 0.863 0.0510 0.877 0.610
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82314 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82331 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82338 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82316 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82350 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82368 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82341 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128569 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128574 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82295 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82296 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82337 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82379 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82285 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82286 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82288 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82311 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82312 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82375 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82376 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82307 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82308 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128602 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82348 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82366 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82322 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82352 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82354 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82372 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82324 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82326 2 0.985 0.248 0.428 0.572
#> GSM82344 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82294 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82373 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82374 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82378 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82309 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82310 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128599 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128600 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128604 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82330 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82336 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82317 1 0.844 0.632 0.728 0.272
#> GSM82318 1 0.814 0.668 0.748 0.252
#> GSM128496 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128497 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82319 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82320 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128504 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128510 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82325 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82290 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82292 1 0.753 0.727 0.784 0.216
#> GSM128525 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128530 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128557 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128558 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82364 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82335 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82339 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128494 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128495 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128498 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128499 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82333 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82306 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82303 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM82304 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128528 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128531 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128532 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.000 0.991 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.3752 0.887 0.856 0.144 0.000
#> GSM82314 1 0.3752 0.887 0.856 0.144 0.000
#> GSM82331 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82338 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82315 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82316 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82350 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82368 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82328 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82340 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM128565 1 0.3482 0.894 0.872 0.128 0.000
#> GSM128566 1 0.2165 0.913 0.936 0.064 0.000
#> GSM82329 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM82341 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128569 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128570 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128573 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM128574 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM82295 1 0.3941 0.877 0.844 0.156 0.000
#> GSM82296 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82337 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82379 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82285 2 0.0747 0.925 0.000 0.984 0.016
#> GSM82286 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM82287 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82288 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82311 1 0.3619 0.891 0.864 0.136 0.000
#> GSM82312 1 0.3619 0.891 0.864 0.136 0.000
#> GSM82375 2 0.4654 0.732 0.208 0.792 0.000
#> GSM82376 2 0.2878 0.877 0.096 0.904 0.000
#> GSM82307 1 0.3619 0.891 0.864 0.136 0.000
#> GSM82308 1 0.3752 0.887 0.856 0.144 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> GSM82366 1 0.0592 0.919 0.988 0.012 0.000
#> GSM82322 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82352 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82332 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82357 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82354 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82372 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82343 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82362 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128567 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128568 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82355 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128571 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128572 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128575 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> GSM82326 1 0.1905 0.892 0.956 0.016 0.028
#> GSM82344 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82363 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.3941 0.877 0.844 0.156 0.000
#> GSM82294 1 0.3941 0.877 0.844 0.156 0.000
#> GSM82297 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM82298 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM82373 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82374 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82377 1 0.4062 0.870 0.836 0.164 0.000
#> GSM82378 1 0.5098 0.762 0.752 0.248 0.000
#> GSM82309 1 0.3619 0.891 0.864 0.136 0.000
#> GSM82310 1 0.3619 0.891 0.864 0.136 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.5706 0.653 0.320 0.680 0.000
#> GSM128600 2 0.5706 0.653 0.320 0.680 0.000
#> GSM128603 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82321 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM82342 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82330 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> GSM82336 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM128493 1 0.3816 0.884 0.852 0.148 0.000
#> GSM82323 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM82353 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.0747 0.925 0.000 0.984 0.016
#> GSM82318 2 0.0747 0.925 0.000 0.984 0.016
#> GSM128496 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> GSM128497 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82319 2 0.0829 0.934 0.012 0.984 0.004
#> GSM82320 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM128504 1 0.3619 0.891 0.864 0.136 0.000
#> GSM128505 1 0.3482 0.894 0.872 0.128 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128510 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM82325 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82327 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.0592 0.926 0.988 0.012 0.000
#> GSM82291 1 0.0424 0.922 0.992 0.008 0.000
#> GSM82290 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM82292 2 0.3377 0.878 0.092 0.896 0.012
#> GSM128525 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 1 0.1163 0.910 0.972 0.028 0.000
#> GSM128558 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM82349 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82367 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82346 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82364 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82345 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82335 3 0.0747 0.990 0.000 0.016 0.984
#> GSM82339 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM128494 3 0.0424 0.994 0.000 0.008 0.992
#> GSM128495 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82356 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82359 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82347 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82365 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128498 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM128499 3 0.0592 0.992 0.000 0.012 0.988
#> GSM82333 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82369 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM128506 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128507 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128511 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM128512 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82334 3 0.0000 0.996 0.000 0.000 1.000
#> GSM82370 3 0.0237 0.995 0.000 0.004 0.996
#> GSM82305 1 0.3752 0.887 0.856 0.144 0.000
#> GSM82306 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM82303 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM82304 2 0.0747 0.937 0.016 0.984 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.928 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 1 0.3760 0.87196 0.836 0.028 0.000 0.136
#> GSM82314 1 0.3760 0.87196 0.836 0.028 0.000 0.136
#> GSM82331 2 0.1118 0.82014 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82338 2 0.1118 0.82014 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82315 1 0.3812 0.86959 0.832 0.028 0.000 0.140
#> GSM82316 1 0.3962 0.86101 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM82350 2 0.1118 0.82014 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82368 2 0.1118 0.82014 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82328 2 0.1489 0.81902 0.004 0.952 0.044 0.000
#> GSM82340 2 0.4843 0.54197 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM128565 1 0.3051 0.89121 0.884 0.028 0.000 0.088
#> GSM128566 1 0.2124 0.90352 0.932 0.028 0.000 0.040
#> GSM82329 3 0.4981 -0.02637 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM82341 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128569 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128570 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128573 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128574 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82295 1 0.3962 0.86101 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM82296 1 0.3913 0.86394 0.824 0.028 0.000 0.148
#> GSM82337 2 0.2469 0.80992 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM82379 2 0.1118 0.82014 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82285 4 0.0336 0.87659 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82286 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82287 1 0.3962 0.86101 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM82288 1 0.3962 0.86101 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM82311 1 0.3598 0.87822 0.848 0.028 0.000 0.124
#> GSM82312 1 0.3598 0.87822 0.848 0.028 0.000 0.124
#> GSM82375 4 0.5475 0.46872 0.308 0.036 0.000 0.656
#> GSM82376 4 0.3999 0.74443 0.140 0.036 0.000 0.824
#> GSM82307 1 0.3542 0.88005 0.852 0.028 0.000 0.120
#> GSM82308 1 0.3812 0.86959 0.832 0.028 0.000 0.140
#> GSM128585 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82348 2 0.4382 0.70326 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM82366 2 0.3311 0.63532 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM82322 2 0.2530 0.81810 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM82352 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82332 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82357 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.2081 0.87367 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM82372 2 0.2973 0.80701 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM82343 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128572 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128575 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 2 0.4817 0.52403 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM82326 2 0.1211 0.75903 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM82344 3 0.0707 0.93571 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82363 3 0.0188 0.94684 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82293 1 0.4244 0.84853 0.804 0.036 0.000 0.160
#> GSM82294 1 0.4244 0.84853 0.804 0.036 0.000 0.160
#> GSM82297 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82298 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82373 1 0.3962 0.86101 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM82374 1 0.3962 0.86101 0.820 0.028 0.000 0.152
#> GSM82377 1 0.4335 0.84052 0.796 0.036 0.000 0.168
#> GSM82378 1 0.5113 0.72525 0.712 0.036 0.000 0.252
#> GSM82309 1 0.3542 0.88005 0.852 0.028 0.000 0.120
#> GSM82310 1 0.3542 0.88005 0.852 0.028 0.000 0.120
#> GSM128587 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 4 0.4477 0.60527 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM128600 4 0.4454 0.60923 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM128603 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82321 2 0.3837 0.76453 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM82342 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0188 0.94684 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82351 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 3 0.2868 0.81230 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128492 1 0.3812 0.86959 0.832 0.028 0.000 0.140
#> GSM128493 1 0.3812 0.86959 0.832 0.028 0.000 0.140
#> GSM82323 2 0.4746 0.58888 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM82353 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82317 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82318 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128496 3 0.2868 0.81230 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM128497 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82319 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 1 0.3485 0.88166 0.856 0.028 0.000 0.116
#> GSM128505 1 0.3117 0.88999 0.880 0.028 0.000 0.092
#> GSM128509 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128510 3 0.4972 0.00381 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM82325 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82327 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82289 1 0.2032 0.90501 0.936 0.036 0.000 0.028
#> GSM82291 1 0.3266 0.79667 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM82290 3 0.4730 0.34774 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM82292 4 0.6422 0.66972 0.132 0.124 0.036 0.708
#> GSM128525 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 1 0.0921 0.89662 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM128558 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82349 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82367 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82346 3 0.1022 0.92745 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM82364 3 0.1118 0.92437 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM82345 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82335 2 0.1118 0.82014 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM82339 2 0.3172 0.79317 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM128494 3 0.2868 0.81230 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM128495 3 0.0592 0.93830 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82356 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82359 3 0.1389 0.91094 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM82347 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82365 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128498 3 0.3610 0.72707 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM128499 3 0.4164 0.61379 0.000 0.264 0.736 0.000
#> GSM82333 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0336 0.94472 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM128506 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0000 0.94941 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82370 3 0.0336 0.94472 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM82305 1 0.3812 0.86959 0.832 0.028 0.000 0.140
#> GSM82306 4 0.1256 0.86462 0.008 0.028 0.000 0.964
#> GSM82303 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82304 4 0.0000 0.88574 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.91508 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82314 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82331 5 0.0162 0.7796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82338 5 0.0162 0.7796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82315 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82316 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82350 5 0.0162 0.7796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82368 5 0.0162 0.7796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82328 5 0.3618 0.7434 0.000 0.196 0.012 0.004 0.788
#> GSM82340 5 0.6550 0.5730 0.000 0.188 0.328 0.004 0.480
#> GSM128565 1 0.0162 0.4466 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0404 0.4383 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.5684 -0.0407 0.000 0.080 0.488 0.000 0.432
#> GSM82341 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128569 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128570 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128573 4 0.0671 0.9006 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM128574 4 0.0671 0.9006 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM82295 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82296 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82337 5 0.0609 0.7772 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM82379 5 0.0162 0.7796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82285 4 0.0162 0.8893 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82286 4 0.1399 0.8695 0.020 0.028 0.000 0.952 0.000
#> GSM82287 1 0.0451 0.4539 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM82288 1 0.0451 0.4539 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM82311 1 0.0162 0.4524 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82312 1 0.0162 0.4524 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM82375 1 0.6083 0.1273 0.576 0.268 0.000 0.152 0.004
#> GSM82376 1 0.6537 -0.0097 0.524 0.268 0.000 0.200 0.008
#> GSM82307 1 0.0000 0.4499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82308 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128585 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 2 0.4294 0.9762 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM128598 2 0.4294 0.9762 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM128601 2 0.4294 0.9762 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM128602 2 0.4294 0.9762 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM82348 5 0.6455 0.6271 0.000 0.192 0.288 0.004 0.516
#> GSM82366 5 0.4604 0.6134 0.008 0.404 0.000 0.004 0.584
#> GSM82322 5 0.4368 0.7641 0.000 0.144 0.080 0.004 0.772
#> GSM82352 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82332 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82357 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.2690 0.8054 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM82372 5 0.4123 0.7583 0.000 0.104 0.108 0.000 0.788
#> GSM82343 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82362 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128571 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128572 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128575 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.6613 0.5147 0.000 0.192 0.348 0.004 0.456
#> GSM82326 5 0.3521 0.7245 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> GSM82344 3 0.2230 0.8496 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM82363 3 0.0404 0.9213 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82293 1 0.4335 0.3570 0.708 0.268 0.000 0.020 0.004
#> GSM82294 1 0.4335 0.3570 0.708 0.268 0.000 0.020 0.004
#> GSM82297 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM82298 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM82373 1 0.0451 0.4539 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM82374 1 0.0579 0.4526 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM82377 1 0.4244 0.3572 0.712 0.268 0.000 0.016 0.004
#> GSM82378 1 0.4798 0.3330 0.684 0.268 0.000 0.044 0.004
#> GSM82309 1 0.0000 0.4499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82310 1 0.0000 0.4499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128587 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 4 0.4587 0.6491 0.068 0.204 0.000 0.728 0.000
#> GSM128600 4 0.4555 0.6538 0.068 0.200 0.000 0.732 0.000
#> GSM128603 2 0.4294 0.9762 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM128604 2 0.4294 0.9762 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82321 5 0.5665 0.7123 0.000 0.172 0.176 0.004 0.648
#> GSM82342 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0404 0.9213 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82351 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.3003 0.7668 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM82336 3 0.0404 0.9212 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM128492 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128493 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82323 5 0.4436 0.4525 0.000 0.008 0.396 0.000 0.596
#> GSM82353 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82317 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM82318 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM128496 3 0.3039 0.7622 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM128497 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82319 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM82320 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.4499 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0162 0.4466 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM128509 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128510 3 0.6535 -0.1491 0.000 0.176 0.464 0.004 0.356
#> GSM82325 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82327 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82289 1 0.4194 0.3545 0.708 0.276 0.000 0.012 0.004
#> GSM82291 1 0.5162 0.1067 0.528 0.440 0.000 0.016 0.016
#> GSM82290 3 0.6256 0.2240 0.000 0.188 0.560 0.004 0.248
#> GSM82292 1 0.5893 -0.0202 0.464 0.460 0.000 0.060 0.016
#> GSM128525 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.4538 0.9413 0.452 0.540 0.000 0.008 0.000
#> GSM128558 2 0.4287 0.9612 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000
#> GSM82349 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.2471 0.8309 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM82364 3 0.2773 0.8026 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM82345 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82335 5 0.0162 0.7796 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM82339 5 0.0880 0.7749 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM128494 3 0.2966 0.7722 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM128495 3 0.2020 0.8594 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM82356 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82359 3 0.2690 0.8052 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM82347 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82365 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.3949 0.5450 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM128499 3 0.4060 0.4842 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> GSM82333 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.1270 0.8960 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM128506 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128507 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128511 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0000 0.9274 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.1197 0.8988 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM82305 1 0.0290 0.4544 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM82306 4 0.4452 0.3191 0.496 0.004 0.000 0.500 0.000
#> GSM82303 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM82304 4 0.0510 0.9020 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM128527 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.4306 -0.8856 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 2 0.4306 0.9271 0.492 0.508 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 2 0.4306 0.9271 0.492 0.508 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82314 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82331 6 0.0891 0.778 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968
#> GSM82338 6 0.0806 0.781 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.972
#> GSM82315 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82316 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82350 6 0.0891 0.780 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968
#> GSM82368 6 0.0363 0.770 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM82328 2 0.3136 0.615 0.000 0.768 0.004 0.000 0.000 0.228
#> GSM82340 2 0.3985 0.670 0.000 0.760 0.140 0.000 0.000 0.100
#> GSM128565 4 0.3464 0.849 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM128566 4 0.3464 0.849 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.5820 -0.164 0.000 0.184 0.416 0.000 0.000 0.400
#> GSM82341 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128569 3 0.0520 0.872 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM128570 3 0.0405 0.873 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM128573 5 0.0717 0.891 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000
#> GSM128574 5 0.0717 0.891 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000
#> GSM82295 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82296 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82337 6 0.0806 0.781 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.972
#> GSM82379 6 0.0806 0.781 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.972
#> GSM82285 5 0.0291 0.891 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM82286 5 0.2605 0.787 0.000 0.028 0.000 0.108 0.864 0.000
#> GSM82287 4 0.3351 0.847 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM82288 4 0.3351 0.847 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM82311 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82375 4 0.3344 0.524 0.020 0.120 0.000 0.828 0.032 0.000
#> GSM82376 4 0.3270 0.473 0.000 0.120 0.000 0.820 0.060 0.000
#> GSM82307 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82308 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM128585 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.1334 0.936 0.948 0.020 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.1334 0.936 0.948 0.020 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.1245 0.938 0.952 0.016 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.1245 0.938 0.952 0.016 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM82348 2 0.3835 0.683 0.000 0.776 0.112 0.000 0.000 0.112
#> GSM82366 2 0.4201 0.607 0.044 0.760 0.000 0.032 0.000 0.164
#> GSM82322 2 0.4509 0.361 0.000 0.532 0.032 0.000 0.000 0.436
#> GSM82352 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82332 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82357 3 0.1500 0.872 0.000 0.052 0.936 0.000 0.000 0.012
#> GSM82354 3 0.3652 0.548 0.000 0.004 0.672 0.000 0.000 0.324
#> GSM82372 6 0.4117 0.417 0.000 0.228 0.056 0.000 0.000 0.716
#> GSM82343 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.0547 0.871 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM82358 3 0.0547 0.871 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM128571 3 0.0458 0.875 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM128572 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128575 3 0.0363 0.875 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.0363 0.875 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 2 0.3727 0.677 0.000 0.784 0.128 0.000 0.000 0.088
#> GSM82326 2 0.3240 0.600 0.000 0.752 0.000 0.004 0.000 0.244
#> GSM82344 3 0.3620 0.501 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM82363 3 0.0713 0.868 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM82293 4 0.3229 0.562 0.048 0.120 0.000 0.828 0.004 0.000
#> GSM82294 4 0.3229 0.562 0.048 0.120 0.000 0.828 0.004 0.000
#> GSM82297 5 0.0937 0.868 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM82298 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82373 4 0.3330 0.846 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000
#> GSM82374 4 0.3288 0.842 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM82377 4 0.1219 0.646 0.048 0.004 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM82378 4 0.1528 0.639 0.048 0.016 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM82309 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82310 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128599 5 0.5845 0.435 0.316 0.096 0.000 0.040 0.548 0.000
#> GSM128600 5 0.5793 0.456 0.300 0.096 0.000 0.040 0.564 0.000
#> GSM128603 1 0.1245 0.938 0.952 0.016 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.1245 0.938 0.952 0.016 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.4358 0.651 0.000 0.712 0.092 0.000 0.000 0.196
#> GSM82342 3 0.0458 0.872 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM82361 3 0.0790 0.866 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM82351 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82371 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.3690 0.573 0.000 0.008 0.684 0.000 0.000 0.308
#> GSM82336 3 0.1501 0.840 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM128492 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM128493 4 0.3446 0.852 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82323 3 0.5812 0.130 0.000 0.268 0.496 0.000 0.000 0.236
#> GSM82353 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82318 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM128496 3 0.3668 0.540 0.000 0.004 0.668 0.000 0.000 0.328
#> GSM128497 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82319 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82320 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM128504 4 0.3464 0.849 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM128505 4 0.3464 0.849 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM128509 3 0.0458 0.875 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM128510 2 0.5046 0.522 0.000 0.632 0.224 0.000 0.000 0.144
#> GSM82325 3 0.0520 0.872 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM82327 3 0.0520 0.872 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM82289 4 0.3314 0.557 0.048 0.128 0.000 0.820 0.004 0.000
#> GSM82291 4 0.4303 -0.199 0.012 0.460 0.000 0.524 0.004 0.000
#> GSM82290 2 0.5523 0.301 0.000 0.500 0.360 0.000 0.000 0.140
#> GSM82292 2 0.4032 0.348 0.000 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> GSM128525 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128557 1 0.3028 0.838 0.848 0.104 0.000 0.040 0.008 0.000
#> GSM128558 1 0.2775 0.848 0.856 0.104 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM82349 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.3634 0.493 0.000 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM82364 3 0.3695 0.449 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM82345 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82360 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82335 6 0.0717 0.782 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> GSM82339 6 0.0260 0.769 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM128494 3 0.3619 0.556 0.000 0.004 0.680 0.000 0.000 0.316
#> GSM128495 3 0.3489 0.605 0.000 0.004 0.708 0.000 0.000 0.288
#> GSM82356 3 0.1594 0.871 0.000 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM82359 3 0.4247 0.597 0.000 0.040 0.664 0.000 0.000 0.296
#> GSM82347 3 0.0363 0.875 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM82365 3 0.0363 0.875 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM128498 6 0.3807 0.321 0.000 0.004 0.368 0.000 0.000 0.628
#> GSM128499 6 0.3742 0.344 0.000 0.004 0.348 0.000 0.000 0.648
#> GSM82333 3 0.0632 0.869 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM82369 3 0.2597 0.752 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM128506 3 0.1204 0.871 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM128507 3 0.1204 0.871 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM128511 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 3 0.1141 0.872 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.0260 0.873 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM82370 3 0.2838 0.736 0.000 0.004 0.808 0.000 0.000 0.188
#> GSM82305 4 0.3565 0.851 0.304 0.004 0.000 0.692 0.000 0.000
#> GSM82306 4 0.3878 0.439 0.004 0.008 0.000 0.668 0.320 0.000
#> GSM82303 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82304 5 0.0146 0.897 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM128527 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0146 0.976 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0146 0.971 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0146 0.971 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> ATC:skmeans 155 0.17503 0.03021 1.04e-09 2
#> ATC:skmeans 156 0.21301 0.05413 2.85e-12 3
#> ATC:skmeans 152 0.00912 0.00642 1.82e-13 4
#> ATC:skmeans 94 0.00722 0.08844 1.00e-11 5
#> ATC:skmeans 141 0.00349 0.01532 5.06e-21 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.970 0.988 0.5037 0.497 0.497
#> 3 3 0.725 0.699 0.855 0.2826 0.734 0.519
#> 4 4 0.713 0.508 0.814 0.1420 0.778 0.459
#> 5 5 0.886 0.894 0.949 0.0805 0.836 0.472
#> 6 6 0.872 0.764 0.894 0.0434 0.946 0.744
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82314 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82331 2 0.0672 0.976 0.008 0.992
#> GSM82338 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82316 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82350 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82368 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82341 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128569 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128574 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82295 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82296 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82337 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82379 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82285 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82286 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82288 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82311 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82312 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82375 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82376 1 0.9393 0.435 0.644 0.356
#> GSM82307 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82308 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82348 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82366 1 0.6973 0.762 0.812 0.188
#> GSM82322 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82352 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82354 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82372 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82324 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82326 2 0.9129 0.513 0.328 0.672
#> GSM82344 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82294 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82297 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82298 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82373 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82374 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82377 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82378 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82309 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82310 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128599 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128600 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82330 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82336 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82318 2 0.0376 0.980 0.004 0.996
#> GSM128496 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128497 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82319 2 0.9970 0.126 0.468 0.532
#> GSM82320 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128504 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128510 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82325 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82291 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82290 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82292 2 0.9909 0.205 0.444 0.556
#> GSM128525 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128557 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128558 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82364 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82335 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82339 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128494 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128498 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128499 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82333 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82306 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82303 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM82304 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82314 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82331 3 0.5591 0.293582 0.000 0.304 0.696
#> GSM82338 3 0.6062 0.090313 0.000 0.384 0.616
#> GSM82315 1 0.6260 0.050214 0.552 0.000 0.448
#> GSM82316 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82350 3 0.5733 0.245761 0.000 0.324 0.676
#> GSM82368 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82328 3 0.5529 0.306144 0.000 0.296 0.704
#> GSM82340 3 0.6140 0.027536 0.000 0.404 0.596
#> GSM128565 1 0.4750 0.679328 0.784 0.000 0.216
#> GSM128566 1 0.4346 0.726589 0.816 0.000 0.184
#> GSM82329 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82341 2 0.0424 0.935062 0.000 0.992 0.008
#> GSM128569 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128573 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM128574 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82295 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82296 3 0.6225 0.345636 0.432 0.000 0.568
#> GSM82337 3 0.5016 0.418505 0.000 0.240 0.760
#> GSM82379 3 0.6154 0.013709 0.000 0.408 0.592
#> GSM82285 3 0.5465 0.322120 0.000 0.288 0.712
#> GSM82286 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82287 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82288 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82311 1 0.6225 0.108986 0.568 0.000 0.432
#> GSM82312 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82375 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82376 3 0.0424 0.600627 0.008 0.000 0.992
#> GSM82307 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82308 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM128585 1 0.4399 0.721170 0.812 0.000 0.188
#> GSM128586 1 0.4702 0.685755 0.788 0.000 0.212
#> GSM128593 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 2 0.6267 0.392846 0.000 0.548 0.452
#> GSM82366 3 0.5581 0.531031 0.036 0.176 0.788
#> GSM82322 2 0.6204 0.458215 0.000 0.576 0.424
#> GSM82352 2 0.2356 0.927591 0.000 0.928 0.072
#> GSM82332 2 0.1753 0.933443 0.000 0.952 0.048
#> GSM82357 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82354 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82372 3 0.6244 -0.099139 0.000 0.440 0.560
#> GSM82343 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82324 3 0.6062 0.090313 0.000 0.384 0.616
#> GSM82326 3 0.0237 0.596140 0.000 0.004 0.996
#> GSM82344 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82363 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82293 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82294 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82297 3 0.6140 0.391712 0.404 0.000 0.596
#> GSM82298 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82373 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82374 3 0.6168 0.384262 0.412 0.000 0.588
#> GSM82377 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82378 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82309 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82310 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM128587 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 3 0.2537 0.615570 0.080 0.000 0.920
#> GSM128600 3 0.2537 0.615570 0.080 0.000 0.920
#> GSM128603 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82321 2 0.3412 0.885494 0.000 0.876 0.124
#> GSM82342 2 0.1964 0.932855 0.000 0.944 0.056
#> GSM82361 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82351 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82330 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82336 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM128492 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM128493 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82323 2 0.6192 0.466831 0.000 0.580 0.420
#> GSM82353 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82317 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82318 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM128496 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM128497 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82319 3 0.2066 0.619777 0.060 0.000 0.940
#> GSM82320 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM128504 1 0.5497 0.534275 0.708 0.000 0.292
#> GSM128505 1 0.3752 0.775154 0.856 0.000 0.144
#> GSM128509 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128510 3 0.6168 -0.000571 0.000 0.412 0.588
#> GSM82325 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82327 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82289 3 0.2165 0.620710 0.064 0.000 0.936
#> GSM82291 3 0.2066 0.619783 0.060 0.000 0.940
#> GSM82290 2 0.6192 0.466831 0.000 0.580 0.420
#> GSM82292 3 0.5631 0.565352 0.064 0.132 0.804
#> GSM128525 1 0.1643 0.871579 0.956 0.000 0.044
#> GSM128526 1 0.2711 0.833571 0.912 0.000 0.088
#> GSM128529 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 3 0.5431 0.495127 0.284 0.000 0.716
#> GSM128558 3 0.6180 0.380588 0.416 0.000 0.584
#> GSM82349 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82346 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82364 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82345 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82335 3 0.6111 0.053600 0.000 0.396 0.604
#> GSM82339 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM128494 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM128495 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82356 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82359 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82347 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128498 2 0.3686 0.869497 0.000 0.860 0.140
#> GSM128499 2 0.6192 0.466831 0.000 0.580 0.420
#> GSM82333 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM128506 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82334 2 0.0000 0.935157 0.000 1.000 0.000
#> GSM82370 2 0.2165 0.931986 0.000 0.936 0.064
#> GSM82305 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82306 3 0.6126 0.396286 0.400 0.000 0.600
#> GSM82303 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM82304 3 0.6192 0.375843 0.420 0.000 0.580
#> GSM128527 3 0.6286 0.262302 0.464 0.000 0.536
#> GSM128528 1 0.5431 0.551647 0.716 0.000 0.284
#> GSM128531 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.903706 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82314 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82331 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82315 4 0.2469 0.6972 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM82316 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82350 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82368 3 0.5000 -0.3847 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM82328 3 0.4134 0.3258 0.000 0.000 0.740 0.260
#> GSM82340 3 0.3837 0.3654 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM128565 4 0.4643 0.3625 0.344 0.000 0.000 0.656
#> GSM128566 4 0.4776 0.2909 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM82329 2 0.5000 0.3624 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82341 2 0.4008 0.6922 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM128569 2 0.3444 0.7365 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM128570 2 0.2408 0.7791 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM128573 4 0.5000 0.0307 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM128574 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82295 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 4 0.0336 0.7466 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM82337 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82285 4 0.5000 0.0307 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82286 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82287 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82311 4 0.2973 0.6619 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM82312 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82375 4 0.5000 0.0307 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82376 3 0.5000 -0.0677 0.000 0.000 0.504 0.496
#> GSM82307 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82308 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128585 4 0.4761 0.3006 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM128586 4 0.4661 0.3543 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM128593 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.4855 0.3259 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM128598 1 0.4981 0.1598 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM128601 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82366 3 0.4790 0.1665 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM82322 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82352 3 0.4999 -0.3785 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM82332 2 0.2469 0.7682 0.000 0.892 0.108 0.000
#> GSM82357 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82354 2 0.5000 0.3624 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82372 3 0.0707 0.5008 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128571 2 0.2408 0.7791 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82324 3 0.3942 0.3549 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM82326 3 0.4522 0.2513 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM82344 2 0.5000 0.3624 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82293 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82294 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82297 4 0.0707 0.7373 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM82298 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82373 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82377 4 0.5000 0.0307 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82378 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82309 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 4 0.5000 0.0395 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM128600 4 0.5000 0.0395 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM128603 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82284 2 0.4697 0.5848 0.000 0.644 0.356 0.000
#> GSM82321 3 0.4941 -0.2776 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM82342 2 0.4624 0.6054 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM82361 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82330 2 0.5000 0.3624 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82336 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM128492 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128493 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82323 3 0.0469 0.5076 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM82353 2 0.4977 0.4304 0.000 0.540 0.460 0.000
#> GSM82317 4 0.5000 0.0307 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82318 4 0.5000 0.0307 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM128496 2 0.5000 0.3624 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM128497 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82319 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82320 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM128504 4 0.4134 0.5128 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM128505 4 0.4877 0.2064 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM128509 2 0.3444 0.7350 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM128510 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82325 2 0.4585 0.6132 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM82327 2 0.4585 0.6132 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM82289 3 0.5000 -0.0753 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM82291 3 0.4955 0.0391 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM82290 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82292 3 0.4992 -0.0275 0.000 0.000 0.524 0.476
#> GSM128525 4 0.4977 0.0363 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM128526 4 0.4941 0.1201 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM128529 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 4 0.3266 0.5956 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM128558 4 0.0188 0.7473 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM82349 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82364 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.0000 0.5165 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82339 3 0.5000 -0.3847 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM128494 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM128495 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82356 2 0.4998 0.3842 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM82359 3 0.5000 -0.3914 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.4898 -0.2372 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM128499 3 0.0707 0.5008 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM82333 2 0.0188 0.8118 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82369 2 0.4585 0.6132 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8130 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 2 0.2408 0.7791 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM82370 2 0.4898 0.5054 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM82305 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82306 4 0.1118 0.7261 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM82303 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82304 4 0.0000 0.7494 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128527 4 0.1557 0.7255 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM128528 4 0.4103 0.5189 0.256 0.000 0.000 0.744
#> GSM128531 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82314 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82331 3 0.1908 0.872 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM82338 3 0.1908 0.872 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM82315 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82316 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82350 3 0.1908 0.872 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM82368 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82328 3 0.4182 0.327 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> GSM82340 3 0.4161 0.348 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM128565 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128566 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82329 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82341 2 0.4283 0.252 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM128569 2 0.3837 0.628 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM128570 2 0.3274 0.758 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM128573 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128574 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82295 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82337 3 0.2966 0.786 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM82379 3 0.1908 0.872 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM82285 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82286 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82287 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82311 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82375 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82307 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82308 4 0.2020 0.873 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM128585 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128586 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 4 0.2329 0.860 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> GSM128598 4 0.1197 0.944 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.3003 0.768 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM82366 5 0.1740 0.873 0.000 0.000 0.056 0.012 0.932
#> GSM82322 3 0.1608 0.886 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM82352 3 0.0162 0.908 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM82332 3 0.4291 0.133 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM82357 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.0510 0.905 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82343 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.0510 0.918 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM82358 2 0.0510 0.918 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM128571 2 0.3274 0.758 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM128572 2 0.0510 0.918 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.3876 0.472 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> GSM82326 5 0.3612 0.572 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> GSM82344 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82363 2 0.0510 0.918 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM82293 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82294 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82297 5 0.1732 0.872 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM82298 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82373 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82377 5 0.3039 0.756 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM82378 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128600 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128603 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.2377 0.818 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM82321 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.2471 0.809 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128492 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128493 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82323 3 0.0510 0.905 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82353 3 0.1671 0.864 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82318 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128496 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128497 2 0.0510 0.918 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM82319 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128505 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.3816 0.629 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM128510 3 0.3003 0.766 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM82325 3 0.2561 0.800 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM82327 3 0.2561 0.800 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM82289 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82291 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82290 3 0.1478 0.888 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM82292 5 0.0000 0.919 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128525 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128526 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 5 0.1121 0.896 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM128558 5 0.2329 0.835 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM82349 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.0162 0.920 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.1908 0.872 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM82339 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128495 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82356 3 0.0404 0.904 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM82359 3 0.0000 0.909 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.0404 0.907 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM128499 3 0.1478 0.888 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM82333 2 0.2377 0.834 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.2561 0.800 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM128506 2 0.1965 0.874 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM128507 2 0.1965 0.874 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.921 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 2 0.3274 0.758 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.0963 0.892 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM82305 5 0.3876 0.580 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM82306 5 0.2020 0.857 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM82303 5 0.3876 0.580 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM82304 5 0.3876 0.580 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM128527 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128528 4 0.0000 0.990 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82314 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82331 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82315 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82316 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82350 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82368 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82328 3 0.4982 0.3785 0.000 0.000 0.648 0.000 0.172 0.180
#> GSM82340 6 0.3966 0.1497 0.000 0.000 0.444 0.000 0.004 0.552
#> GSM128565 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128566 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82329 3 0.1267 0.7608 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM82341 6 0.0547 0.6130 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128569 6 0.1713 0.5965 0.000 0.044 0.028 0.000 0.000 0.928
#> GSM128570 6 0.1610 0.5581 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM128573 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128574 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82295 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82337 3 0.1814 0.6807 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82285 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82286 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82287 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82311 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82375 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82376 5 0.2491 0.7787 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM82307 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82308 4 0.1814 0.8778 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> GSM128585 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128586 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 4 0.2092 0.8576 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM128598 4 0.1075 0.9426 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82348 6 0.5503 0.2533 0.000 0.000 0.276 0.000 0.172 0.552
#> GSM82366 5 0.4460 0.5870 0.000 0.000 0.292 0.024 0.664 0.020
#> GSM82322 3 0.0806 0.7622 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM82352 6 0.3823 0.1877 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM82332 6 0.3823 0.2036 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM82357 6 0.3833 0.1790 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM82354 3 0.3309 0.5902 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM82372 3 0.0547 0.7663 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM82343 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.3838 0.4967 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM82358 2 0.3838 0.4967 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM128571 6 0.1610 0.5581 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM128572 2 0.3833 0.5007 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM128575 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82324 5 0.5903 -0.0347 0.000 0.000 0.396 0.000 0.400 0.204
#> GSM82326 5 0.4294 0.2991 0.000 0.000 0.428 0.000 0.552 0.020
#> GSM82344 3 0.2969 0.6555 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM82363 2 0.3838 0.4967 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM82293 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82294 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82297 5 0.0458 0.8854 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82298 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82373 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82377 5 0.3221 0.6340 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> GSM82378 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82309 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128600 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128603 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82284 6 0.3789 0.2123 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM82321 6 0.3838 0.1437 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM82342 6 0.0547 0.6130 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM82361 3 0.3023 0.6483 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM82351 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.2664 0.6886 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM82336 3 0.3126 0.6318 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM128492 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128493 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82323 3 0.3756 0.1788 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM82353 6 0.3843 0.1632 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM82317 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82318 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128496 3 0.3050 0.6448 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM128497 2 0.3838 0.4967 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM82319 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82320 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128504 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128505 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128509 6 0.0547 0.6130 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM128510 3 0.4556 0.5320 0.000 0.000 0.696 0.000 0.188 0.116
#> GSM82325 6 0.0547 0.6130 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM82327 6 0.0547 0.6130 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> GSM82289 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82291 5 0.3432 0.7138 0.000 0.000 0.216 0.000 0.764 0.020
#> GSM82290 3 0.2883 0.6735 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM82292 5 0.0547 0.8835 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM128525 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128526 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 5 0.0000 0.8930 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128558 5 0.0713 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0937 0.8047 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM82346 3 0.2969 0.6555 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM82364 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82345 2 0.0458 0.8219 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM82360 2 0.1814 0.7471 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM82335 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82339 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.3578 0.4574 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM128495 3 0.3515 0.5055 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM82356 6 0.3823 0.1956 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM82359 3 0.3782 0.2754 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM82347 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.7759 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82333 2 0.3862 0.4650 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> GSM82369 6 0.4328 0.0295 0.000 0.020 0.460 0.000 0.000 0.520
#> GSM128506 2 0.3782 0.1450 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM128507 6 0.3789 0.2345 0.000 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM128511 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.8320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM82334 6 0.1141 0.5930 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM82370 6 0.3883 0.2697 0.000 0.012 0.332 0.000 0.000 0.656
#> GSM82305 5 0.3050 0.6819 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM82306 5 0.0458 0.8855 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82303 5 0.3050 0.6819 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM82304 5 0.3050 0.6819 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM128527 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128528 4 0.0000 0.9897 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> ATC:pam 153 0.0889 0.089786 4.47e-10 2
#> ATC:pam 113 0.0633 0.039426 7.03e-12 3
#> ATC:pam 102 0.2690 0.049870 2.36e-14 4
#> ATC:pam 151 0.0275 0.000254 1.26e-27 5
#> ATC:pam 132 0.1622 0.000229 1.05e-30 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.380 0.897 0.842 0.4638 0.497 0.497
#> 3 3 0.992 0.944 0.964 0.3445 0.845 0.698
#> 4 4 0.757 0.743 0.815 0.1354 0.882 0.683
#> 5 5 0.801 0.594 0.810 0.0232 0.914 0.704
#> 6 6 0.721 0.661 0.765 0.0615 0.856 0.541
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82314 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82331 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82338 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82316 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82350 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82368 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128566 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82329 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82341 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128569 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128574 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82295 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82296 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82337 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82379 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82285 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82286 1 0.482 0.8741 0.896 0.104
#> GSM82287 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82288 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82311 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82312 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82375 1 0.563 0.8568 0.868 0.132
#> GSM82376 2 0.833 0.5022 0.264 0.736
#> GSM82307 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82308 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128585 1 0.689 0.8489 0.816 0.184
#> GSM128586 1 0.653 0.8560 0.832 0.168
#> GSM128593 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128594 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128597 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128598 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128601 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128602 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM82348 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82366 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82322 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82352 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82354 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82372 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82324 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82326 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82344 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82293 2 0.993 -0.2120 0.452 0.548
#> GSM82294 1 0.891 0.7269 0.692 0.308
#> GSM82297 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82298 1 0.482 0.8741 0.896 0.104
#> GSM82373 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82374 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82377 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82378 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82309 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82310 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128587 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128588 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128595 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128596 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128599 1 0.760 0.8034 0.780 0.220
#> GSM128600 1 0.760 0.8034 0.780 0.220
#> GSM128603 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128604 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM82284 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82330 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82336 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128493 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82323 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82317 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82318 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128496 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128497 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82319 1 0.482 0.8741 0.896 0.104
#> GSM82320 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128504 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128505 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128509 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128510 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82325 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82289 2 0.343 0.8975 0.064 0.936
#> GSM82291 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82290 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82292 2 0.975 -0.0262 0.408 0.592
#> GSM128525 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128526 1 0.615 0.8624 0.848 0.152
#> GSM128529 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128530 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128533 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128534 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128541 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128542 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128557 1 0.760 0.8034 0.780 0.220
#> GSM128558 1 0.760 0.8034 0.780 0.220
#> GSM82349 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82364 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82335 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82339 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128494 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128495 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128498 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128499 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82333 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.000 0.9807 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82306 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82303 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM82304 1 0.469 0.8760 0.900 0.100
#> GSM128527 1 0.634 0.8596 0.840 0.160
#> GSM128528 1 0.866 0.7823 0.712 0.288
#> GSM128531 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128532 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128535 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128536 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128543 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128544 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128559 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
#> GSM128560 1 0.745 0.8114 0.788 0.212
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82314 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82331 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82338 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82315 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82316 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82350 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82368 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82328 3 0.0475 0.965 0.004 0.004 0.992
#> GSM82340 3 0.0424 0.965 0.008 0.000 0.992
#> GSM128565 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128566 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82329 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82341 3 0.1163 0.968 0.028 0.000 0.972
#> GSM128569 3 0.3879 0.855 0.152 0.000 0.848
#> GSM128570 3 0.5365 0.708 0.252 0.004 0.744
#> GSM128573 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128574 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82295 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82296 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82337 3 0.5098 0.719 0.248 0.000 0.752
#> GSM82379 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82285 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82286 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82287 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82288 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82311 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82312 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82375 1 0.0892 0.936 0.980 0.000 0.020
#> GSM82376 1 0.2682 0.879 0.920 0.004 0.076
#> GSM82307 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82308 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128585 1 0.3045 0.885 0.916 0.020 0.064
#> GSM128586 1 0.1711 0.925 0.960 0.008 0.032
#> GSM128593 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128594 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128597 2 0.2384 0.954 0.008 0.936 0.056
#> GSM128598 2 0.2384 0.954 0.008 0.936 0.056
#> GSM128601 2 0.2173 0.959 0.008 0.944 0.048
#> GSM128602 2 0.2173 0.959 0.008 0.944 0.048
#> GSM82348 3 0.0237 0.968 0.004 0.000 0.996
#> GSM82366 3 0.0475 0.965 0.004 0.004 0.992
#> GSM82322 3 0.0747 0.968 0.016 0.000 0.984
#> GSM82352 3 0.1753 0.958 0.048 0.000 0.952
#> GSM82332 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82357 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82354 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82372 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82343 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82362 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128567 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128568 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82355 3 0.0424 0.968 0.008 0.000 0.992
#> GSM82358 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128571 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128572 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128575 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128576 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82324 3 0.2682 0.908 0.076 0.004 0.920
#> GSM82326 3 0.1267 0.954 0.024 0.004 0.972
#> GSM82344 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82363 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82293 1 0.2096 0.906 0.944 0.004 0.052
#> GSM82294 1 0.1525 0.926 0.964 0.004 0.032
#> GSM82297 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82298 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82373 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82374 1 0.1129 0.953 0.976 0.020 0.004
#> GSM82377 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82378 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82309 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82310 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128587 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128588 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128595 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128596 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.2384 0.954 0.008 0.936 0.056
#> GSM128600 2 0.2384 0.954 0.008 0.936 0.056
#> GSM128603 2 0.2173 0.959 0.008 0.944 0.048
#> GSM128604 2 0.2173 0.959 0.008 0.944 0.048
#> GSM82284 3 0.0747 0.968 0.016 0.000 0.984
#> GSM82321 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82342 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82361 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82351 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82371 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82330 3 0.1031 0.968 0.024 0.000 0.976
#> GSM82336 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM128492 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM128493 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82323 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82353 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82317 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82318 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128496 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM128497 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82319 1 0.0237 0.946 0.996 0.000 0.004
#> GSM82320 1 0.0475 0.947 0.992 0.004 0.004
#> GSM128504 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128505 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128509 3 0.5365 0.708 0.252 0.004 0.744
#> GSM128510 3 0.0747 0.968 0.016 0.000 0.984
#> GSM82325 3 0.2711 0.923 0.088 0.000 0.912
#> GSM82327 3 0.4796 0.763 0.220 0.000 0.780
#> GSM82289 1 0.6247 0.351 0.620 0.004 0.376
#> GSM82291 3 0.1753 0.958 0.048 0.000 0.952
#> GSM82290 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82292 1 0.6410 0.216 0.576 0.004 0.420
#> GSM128525 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128526 1 0.1399 0.929 0.968 0.004 0.028
#> GSM128529 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128530 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128533 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128534 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128541 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128542 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128557 2 0.2384 0.954 0.008 0.936 0.056
#> GSM128558 2 0.2384 0.954 0.008 0.936 0.056
#> GSM82349 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82367 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0424 0.968 0.008 0.000 0.992
#> GSM82345 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82360 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82335 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82339 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM128494 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM128495 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82356 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82359 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82347 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82365 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128498 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM128499 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82333 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82369 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM128506 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM128507 3 0.0475 0.965 0.004 0.004 0.992
#> GSM128511 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM128512 3 0.0000 0.967 0.000 0.000 1.000
#> GSM82334 3 0.2625 0.927 0.084 0.000 0.916
#> GSM82370 3 0.1289 0.967 0.032 0.000 0.968
#> GSM82305 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82306 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82303 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM82304 1 0.1525 0.956 0.964 0.032 0.004
#> GSM128527 1 0.2689 0.939 0.932 0.036 0.032
#> GSM128528 1 0.2806 0.937 0.928 0.040 0.032
#> GSM128531 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128532 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128535 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128536 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128543 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128544 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM128559 2 0.2173 0.959 0.008 0.944 0.048
#> GSM128560 2 0.2173 0.959 0.008 0.944 0.048
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82314 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82331 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82338 3 0.4643 0.8371 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM82315 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82316 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82350 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82368 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82328 2 0.3907 0.6197 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM82340 2 0.3873 0.6219 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM128565 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128566 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82329 2 0.4605 0.2809 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM82341 3 0.4994 0.6536 0.000 0.480 0.520 0.000
#> GSM128569 2 0.5000 -0.4966 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM128570 3 0.4992 0.4438 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM128573 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128574 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82295 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82296 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82337 3 0.5161 0.6012 0.000 0.476 0.520 0.004
#> GSM82379 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82285 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82286 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82287 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82311 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82375 4 0.1635 0.9232 0.000 0.008 0.044 0.948
#> GSM82376 4 0.5428 0.7227 0.000 0.140 0.120 0.740
#> GSM82307 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82308 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128585 4 0.3016 0.8736 0.004 0.004 0.120 0.872
#> GSM128586 4 0.2831 0.8761 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM128593 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.5404 0.8297 0.644 0.028 0.328 0.000
#> GSM128598 1 0.5404 0.8297 0.644 0.028 0.328 0.000
#> GSM128601 1 0.5311 0.8314 0.648 0.024 0.328 0.000
#> GSM128602 1 0.5311 0.8314 0.648 0.024 0.328 0.000
#> GSM82348 2 0.3400 0.6291 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM82366 2 0.3907 0.6177 0.000 0.768 0.232 0.000
#> GSM82322 2 0.5000 -0.4522 0.000 0.504 0.496 0.000
#> GSM82352 2 0.4996 -0.5403 0.000 0.516 0.484 0.000
#> GSM82332 2 0.2408 0.6673 0.000 0.896 0.104 0.000
#> GSM82357 2 0.3266 0.6257 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM82354 3 0.4977 0.6871 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM82372 3 0.4961 0.6799 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM82343 2 0.0188 0.6888 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.5000 0.6119 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM82358 2 0.4992 -0.5452 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM128571 2 0.0188 0.6892 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128572 2 0.0188 0.6888 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128575 2 0.4008 0.2860 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM128576 2 0.4585 -0.0956 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM82324 2 0.4088 0.6177 0.000 0.764 0.232 0.004
#> GSM82326 2 0.4295 0.6090 0.000 0.752 0.240 0.008
#> GSM82344 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82363 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82293 4 0.4374 0.8117 0.000 0.068 0.120 0.812
#> GSM82294 4 0.2737 0.8849 0.000 0.008 0.104 0.888
#> GSM82297 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82298 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82373 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82377 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82378 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 1 0.5423 0.8283 0.640 0.028 0.332 0.000
#> GSM128600 1 0.5423 0.8283 0.640 0.028 0.332 0.000
#> GSM128603 1 0.5331 0.8303 0.644 0.024 0.332 0.000
#> GSM128604 1 0.5331 0.8303 0.644 0.024 0.332 0.000
#> GSM82284 2 0.2973 0.6543 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM82321 2 0.3400 0.6127 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM82342 3 0.4977 0.6901 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM82361 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82351 2 0.0592 0.6885 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.4624 0.8647 0.000 0.340 0.660 0.000
#> GSM82336 3 0.4605 0.8680 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM128492 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128493 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82323 2 0.3266 0.6269 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM82353 2 0.2814 0.6608 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM82317 4 0.0336 0.9559 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82318 4 0.0188 0.9585 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM128496 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM128497 2 0.4985 -0.5452 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM82319 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82320 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128504 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128505 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128509 3 0.4992 0.4438 0.000 0.476 0.524 0.000
#> GSM128510 2 0.3528 0.6164 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM82325 2 0.4992 -0.5074 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM82327 3 0.4998 0.4568 0.000 0.488 0.512 0.000
#> GSM82289 4 0.5948 0.6532 0.000 0.160 0.144 0.696
#> GSM82291 3 0.4985 0.6306 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM82290 2 0.3764 0.5769 0.000 0.784 0.216 0.000
#> GSM82292 4 0.6324 0.5913 0.000 0.172 0.168 0.660
#> GSM128525 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128526 4 0.2593 0.8901 0.000 0.004 0.104 0.892
#> GSM128529 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 1 0.5423 0.8283 0.640 0.028 0.332 0.000
#> GSM128558 1 0.5423 0.8283 0.640 0.028 0.332 0.000
#> GSM82349 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0188 0.6888 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82346 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82364 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82345 2 0.4961 -0.4588 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM82360 2 0.3528 0.5707 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM82335 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82339 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM128494 3 0.4605 0.8680 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM128495 3 0.4605 0.8680 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM82356 3 0.4948 0.7251 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM82359 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM128499 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82333 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82369 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM128506 2 0.0927 0.6780 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM128507 2 0.0927 0.6780 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM128511 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82334 2 0.4981 -0.5183 0.000 0.536 0.464 0.000
#> GSM82370 3 0.4585 0.8713 0.000 0.332 0.668 0.000
#> GSM82305 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82306 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82303 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82304 4 0.0000 0.9609 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128527 4 0.2988 0.8766 0.000 0.012 0.112 0.876
#> GSM128528 4 0.3043 0.8775 0.004 0.008 0.112 0.876
#> GSM128531 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0188 0.8934 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM128543 1 0.0188 0.8934 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.5311 0.8314 0.648 0.024 0.328 0.000
#> GSM128560 1 0.5291 0.8324 0.652 0.024 0.324 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82314 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82331 3 0.4367 -0.0658 0.000 0.416 0.580 0.000 0.004
#> GSM82338 3 0.4443 -0.1181 0.000 0.472 0.524 0.000 0.004
#> GSM82315 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82316 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82350 3 0.4425 -0.1142 0.000 0.452 0.544 0.000 0.004
#> GSM82368 3 0.2970 0.3878 0.000 0.168 0.828 0.000 0.004
#> GSM82328 3 0.4562 -0.1864 0.008 0.492 0.500 0.000 0.000
#> GSM82340 2 0.4307 0.1457 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM128565 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128566 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.4171 0.3870 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM82341 2 0.4278 0.2847 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> GSM128569 3 0.4449 -0.1428 0.000 0.484 0.512 0.004 0.000
#> GSM128570 3 0.4449 -0.1428 0.000 0.484 0.512 0.004 0.000
#> GSM128573 4 0.0451 0.9656 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM128574 4 0.0451 0.9656 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM82295 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82296 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82337 3 0.4591 -0.1248 0.000 0.476 0.516 0.004 0.004
#> GSM82379 3 0.3048 0.3612 0.000 0.176 0.820 0.000 0.004
#> GSM82285 4 0.0404 0.9661 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM82286 4 0.0162 0.9677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82287 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82288 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82311 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82312 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82375 4 0.0451 0.9643 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM82376 4 0.2570 0.8512 0.000 0.004 0.108 0.880 0.008
#> GSM82307 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82308 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM128585 4 0.1857 0.9110 0.000 0.004 0.060 0.928 0.008
#> GSM128586 4 0.1412 0.9340 0.000 0.004 0.036 0.952 0.008
#> GSM128593 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 5 0.0963 0.9904 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM128598 5 0.0963 0.9904 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM128601 5 0.0880 0.9916 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM128602 5 0.0880 0.9916 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM82348 2 0.4307 0.1457 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM82366 2 0.4748 0.1573 0.016 0.492 0.492 0.000 0.000
#> GSM82322 2 0.4300 0.2421 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM82352 3 0.4446 -0.1236 0.000 0.476 0.520 0.004 0.000
#> GSM82332 2 0.4074 0.4302 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM82357 2 0.4126 0.4071 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.4297 -0.1336 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.4297 -0.1184 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.2773 0.4401 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82355 2 0.4060 0.4376 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM82358 2 0.3895 0.4622 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM128571 2 0.4300 0.2255 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM128572 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM128575 2 0.4088 0.4303 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM128576 2 0.4126 0.4179 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM82324 3 0.4307 -0.1774 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM82326 3 0.4306 -0.1644 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM82344 3 0.2629 0.3817 0.000 0.136 0.860 0.000 0.004
#> GSM82363 3 0.4304 -0.1120 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM82293 4 0.0960 0.9530 0.000 0.004 0.016 0.972 0.008
#> GSM82294 4 0.0613 0.9622 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> GSM82297 4 0.0404 0.9661 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM82298 4 0.0404 0.9661 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM82373 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82374 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82377 4 0.0162 0.9677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82378 4 0.0290 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82309 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82310 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 5 0.0510 0.9861 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM128600 5 0.0510 0.9861 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM128603 5 0.0880 0.9916 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM128604 5 0.0880 0.9916 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> GSM82284 3 0.4306 -0.1646 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> GSM82321 2 0.4302 0.2121 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.4291 -0.0265 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.2719 0.3976 0.000 0.144 0.852 0.000 0.004
#> GSM82351 2 0.3661 0.4727 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.3661 0.4696 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.3796 0.2705 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> GSM82336 3 0.2813 0.3952 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> GSM128492 4 0.0162 0.9677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM128493 4 0.0162 0.9677 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82323 2 0.4219 0.3559 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM82353 3 0.4307 -0.1908 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> GSM82317 4 0.0451 0.9656 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM82318 4 0.0451 0.9656 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM128496 3 0.2377 0.3810 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM128497 2 0.4192 0.3688 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM82319 4 0.0404 0.9661 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM82320 4 0.0404 0.9661 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM128504 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128505 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128509 3 0.4449 -0.1428 0.000 0.484 0.512 0.004 0.000
#> GSM128510 3 0.4304 -0.1401 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM82325 3 0.4448 -0.1317 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> GSM82327 3 0.4448 -0.1317 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> GSM82289 4 0.5016 0.3683 0.000 0.344 0.036 0.616 0.004
#> GSM82291 3 0.4448 -0.1305 0.000 0.480 0.516 0.000 0.004
#> GSM82290 3 0.4300 -0.1256 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM82292 4 0.5887 0.1903 0.000 0.344 0.100 0.552 0.004
#> GSM128525 4 0.0000 0.9684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128526 4 0.0613 0.9622 0.000 0.004 0.004 0.984 0.008
#> GSM128529 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 5 0.0510 0.9861 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM128558 5 0.0510 0.9861 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM82349 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.2773 0.3816 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.2377 0.3810 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> GSM82345 2 0.3837 0.4655 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM82360 2 0.4030 0.4431 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.2583 0.3633 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004
#> GSM82339 3 0.1768 0.3901 0.000 0.072 0.924 0.000 0.004
#> GSM128494 3 0.2020 0.3790 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> GSM128495 3 0.1544 0.3861 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> GSM82356 3 0.2516 0.3826 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> GSM82359 3 0.3461 0.3646 0.000 0.224 0.772 0.000 0.004
#> GSM82347 2 0.3932 0.4639 0.000 0.672 0.328 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.3039 0.4502 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.2233 0.3859 0.000 0.104 0.892 0.000 0.004
#> GSM128499 3 0.2338 0.3839 0.000 0.112 0.884 0.000 0.004
#> GSM82333 3 0.4015 0.2295 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.3305 0.3597 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM128506 2 0.4449 0.1906 0.000 0.512 0.484 0.000 0.004
#> GSM128507 2 0.4449 0.1906 0.000 0.512 0.484 0.000 0.004
#> GSM128511 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.0162 0.3921 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.4450 -0.1511 0.000 0.488 0.508 0.004 0.000
#> GSM82370 3 0.2583 0.3771 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004
#> GSM82305 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82306 4 0.0162 0.9674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM82303 4 0.0451 0.9656 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM82304 4 0.0451 0.9656 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM128527 4 0.0613 0.9626 0.004 0.004 0.008 0.984 0.000
#> GSM128528 4 0.0613 0.9629 0.008 0.004 0.004 0.984 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0162 0.9958 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM128544 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 5 0.0963 0.9904 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> GSM128560 5 0.1121 0.9838 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82314 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82331 3 0.2135 0.6566 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> GSM82338 3 0.0291 0.6831 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM82315 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82316 4 0.3774 0.7914 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM82350 3 0.1910 0.6683 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000 0.000
#> GSM82368 3 0.5054 0.5011 0.000 0.336 0.572 0.092 0.000 0.000
#> GSM82328 3 0.4129 0.5394 0.000 0.052 0.784 0.032 0.004 0.128
#> GSM82340 3 0.2138 0.6508 0.000 0.052 0.908 0.036 0.004 0.000
#> GSM128565 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM128566 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82329 3 0.3023 0.6521 0.000 0.120 0.836 0.044 0.000 0.000
#> GSM82341 3 0.1501 0.6686 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000
#> GSM128569 3 0.1226 0.6755 0.000 0.040 0.952 0.004 0.004 0.000
#> GSM128570 3 0.2272 0.6686 0.000 0.040 0.900 0.056 0.004 0.000
#> GSM128573 5 0.1863 0.6428 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> GSM128574 5 0.2135 0.6188 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> GSM82295 4 0.3838 0.7413 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> GSM82296 4 0.3843 0.7345 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM82337 3 0.1500 0.6765 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012 0.000
#> GSM82379 3 0.2378 0.6524 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> GSM82285 5 0.0363 0.6787 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM82286 5 0.3797 -0.0863 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM82287 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82288 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82311 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82312 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82375 4 0.3774 0.2634 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM82376 4 0.5737 -0.0635 0.000 0.000 0.196 0.500 0.304 0.000
#> GSM82307 4 0.3782 0.7881 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM82308 4 0.3804 0.7764 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM128585 4 0.3876 0.4691 0.000 0.000 0.024 0.700 0.276 0.000
#> GSM128586 4 0.3710 0.4939 0.000 0.000 0.012 0.696 0.292 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128597 6 0.1007 0.9548 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM128598 6 0.1610 0.9147 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> GSM128601 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128602 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82348 3 0.2138 0.6508 0.000 0.052 0.908 0.036 0.004 0.000
#> GSM82366 3 0.4385 0.5364 0.000 0.052 0.776 0.032 0.016 0.124
#> GSM82322 3 0.2537 0.6574 0.000 0.096 0.872 0.032 0.000 0.000
#> GSM82352 3 0.0551 0.6829 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> GSM82332 3 0.3653 0.3942 0.000 0.300 0.692 0.008 0.000 0.000
#> GSM82357 3 0.4386 0.5460 0.000 0.200 0.708 0.092 0.000 0.000
#> GSM82354 3 0.0146 0.6836 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM82372 3 0.0458 0.6859 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM82343 2 0.3778 0.9382 0.000 0.708 0.272 0.020 0.000 0.000
#> GSM82362 2 0.3547 0.9265 0.000 0.696 0.300 0.004 0.000 0.000
#> GSM128567 2 0.3855 0.9370 0.000 0.704 0.272 0.024 0.000 0.000
#> GSM128568 2 0.3695 0.9384 0.000 0.712 0.272 0.016 0.000 0.000
#> GSM82355 3 0.5241 0.3698 0.000 0.312 0.568 0.120 0.000 0.000
#> GSM82358 3 0.5156 0.3718 0.000 0.308 0.580 0.112 0.000 0.000
#> GSM128571 3 0.3647 -0.0501 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000 0.000
#> GSM128572 2 0.3799 0.9392 0.000 0.704 0.276 0.020 0.000 0.000
#> GSM128575 3 0.3997 -0.5698 0.000 0.488 0.508 0.004 0.000 0.000
#> GSM128576 3 0.3966 -0.4243 0.000 0.444 0.552 0.004 0.000 0.000
#> GSM82324 3 0.2614 0.6389 0.000 0.052 0.888 0.036 0.024 0.000
#> GSM82326 3 0.2614 0.6389 0.000 0.052 0.888 0.036 0.024 0.000
#> GSM82344 3 0.5241 0.4945 0.000 0.312 0.568 0.120 0.000 0.000
#> GSM82363 3 0.5029 0.5117 0.000 0.260 0.620 0.120 0.000 0.000
#> GSM82293 4 0.3945 0.2727 0.000 0.000 0.008 0.612 0.380 0.000
#> GSM82294 4 0.3945 0.2727 0.000 0.000 0.008 0.612 0.380 0.000
#> GSM82297 5 0.3482 0.0667 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM82298 5 0.2762 0.4960 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM82373 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82374 4 0.3804 0.7770 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM82377 5 0.3838 -0.4961 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM82378 4 0.3804 0.2944 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM82309 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM82310 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128599 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128600 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128603 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128604 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82284 3 0.2106 0.6513 0.000 0.064 0.904 0.032 0.000 0.000
#> GSM82321 3 0.2106 0.6558 0.000 0.064 0.904 0.032 0.000 0.000
#> GSM82342 3 0.2954 0.6422 0.000 0.108 0.844 0.048 0.000 0.000
#> GSM82361 3 0.2145 0.6780 0.000 0.072 0.900 0.028 0.000 0.000
#> GSM82351 2 0.3807 0.8392 0.000 0.628 0.368 0.004 0.000 0.000
#> GSM82371 2 0.3728 0.8802 0.000 0.652 0.344 0.004 0.000 0.000
#> GSM82330 3 0.3110 0.6471 0.000 0.196 0.792 0.012 0.000 0.000
#> GSM82336 3 0.2679 0.6688 0.000 0.096 0.864 0.040 0.000 0.000
#> GSM128492 4 0.3782 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM128493 4 0.3782 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM82323 3 0.2537 0.6574 0.000 0.096 0.872 0.032 0.000 0.000
#> GSM82353 3 0.1921 0.6528 0.000 0.052 0.916 0.032 0.000 0.000
#> GSM82317 5 0.0000 0.6742 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82318 5 0.0000 0.6742 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128496 3 0.4747 0.5192 0.000 0.356 0.584 0.060 0.000 0.000
#> GSM128497 3 0.2398 0.6509 0.000 0.104 0.876 0.020 0.000 0.000
#> GSM82319 5 0.0458 0.6790 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM82320 5 0.1075 0.6730 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM128504 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM128505 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM128509 3 0.2272 0.6686 0.000 0.040 0.900 0.056 0.004 0.000
#> GSM128510 3 0.1995 0.6526 0.000 0.052 0.912 0.036 0.000 0.000
#> GSM82325 3 0.1155 0.6765 0.000 0.036 0.956 0.004 0.004 0.000
#> GSM82327 3 0.1226 0.6755 0.000 0.040 0.952 0.004 0.004 0.000
#> GSM82289 4 0.5564 -0.0155 0.000 0.000 0.148 0.500 0.352 0.000
#> GSM82291 3 0.1492 0.6751 0.000 0.000 0.940 0.036 0.024 0.000
#> GSM82290 3 0.1921 0.6528 0.000 0.052 0.916 0.032 0.000 0.000
#> GSM82292 3 0.6034 0.0886 0.004 0.000 0.464 0.244 0.288 0.000
#> GSM128525 4 0.3765 0.7934 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM128526 4 0.3915 0.7352 0.000 0.000 0.004 0.584 0.412 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128557 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128558 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82349 2 0.3855 0.9370 0.000 0.704 0.272 0.024 0.000 0.000
#> GSM82367 2 0.3778 0.9382 0.000 0.708 0.272 0.020 0.000 0.000
#> GSM82346 3 0.5371 0.4628 0.000 0.360 0.520 0.120 0.000 0.000
#> GSM82364 3 0.5393 0.4527 0.000 0.372 0.508 0.120 0.000 0.000
#> GSM82345 3 0.5245 0.2760 0.000 0.324 0.560 0.116 0.000 0.000
#> GSM82360 3 0.4357 0.4648 0.000 0.224 0.700 0.076 0.000 0.000
#> GSM82335 3 0.2260 0.6509 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> GSM82339 3 0.3287 0.6243 0.000 0.220 0.768 0.012 0.000 0.000
#> GSM128494 3 0.2669 0.6486 0.000 0.156 0.836 0.008 0.000 0.000
#> GSM128495 3 0.2667 0.6717 0.000 0.128 0.852 0.020 0.000 0.000
#> GSM82356 3 0.5170 0.5029 0.000 0.312 0.576 0.112 0.000 0.000
#> GSM82359 3 0.5103 0.5123 0.000 0.276 0.604 0.120 0.000 0.000
#> GSM82347 2 0.3841 0.8199 0.000 0.616 0.380 0.004 0.000 0.000
#> GSM82365 2 0.3584 0.9146 0.000 0.688 0.308 0.004 0.000 0.000
#> GSM128498 3 0.4344 0.5642 0.000 0.304 0.652 0.044 0.000 0.000
#> GSM128499 3 0.4635 0.5347 0.000 0.336 0.608 0.056 0.000 0.000
#> GSM82333 3 0.5048 0.5091 0.000 0.264 0.616 0.120 0.000 0.000
#> GSM82369 3 0.5067 0.5094 0.000 0.268 0.612 0.120 0.000 0.000
#> GSM128506 3 0.3769 -0.0484 0.000 0.356 0.640 0.004 0.000 0.000
#> GSM128507 3 0.3636 0.0886 0.000 0.320 0.676 0.004 0.000 0.000
#> GSM128511 2 0.3634 0.9303 0.000 0.696 0.296 0.008 0.000 0.000
#> GSM128512 2 0.3778 0.9382 0.000 0.708 0.272 0.020 0.000 0.000
#> GSM82334 3 0.2001 0.6734 0.000 0.048 0.912 0.040 0.000 0.000
#> GSM82370 3 0.5406 0.4525 0.000 0.380 0.500 0.120 0.000 0.000
#> GSM82305 5 0.3851 -0.5530 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM82306 5 0.3198 0.3231 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM82303 5 0.0000 0.6742 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82304 5 0.0000 0.6742 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128527 4 0.3955 0.7079 0.000 0.000 0.004 0.560 0.436 0.000
#> GSM128528 4 0.3955 0.7079 0.000 0.000 0.004 0.560 0.436 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128559 6 0.0000 0.9877 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM128560 6 0.0260 0.9828 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> ATC:mclust 154 0.1456 0.03614 1.12e-08 2
#> ATC:mclust 154 0.0477 0.01221 9.75e-20 3
#> ATC:mclust 142 0.1167 0.01010 3.76e-24 4
#> ATC:mclust 78 0.0416 0.20763 1.95e-12 5
#> ATC:mclust 127 0.0971 0.00623 3.08e-30 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 51599 rows and 156 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.908 0.922 0.968 0.4845 0.509 0.509
#> 3 3 0.618 0.735 0.877 0.3492 0.772 0.577
#> 4 4 0.774 0.812 0.910 0.0832 0.828 0.575
#> 5 5 0.694 0.726 0.845 0.0919 0.914 0.720
#> 6 6 0.694 0.664 0.798 0.0422 0.947 0.778
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM82313 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82314 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82331 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82338 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82316 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82350 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82368 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82328 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82340 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128565 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128566 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82329 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82341 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128569 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128570 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128573 1 0.8813 0.6105 0.700 0.300
#> GSM128574 1 0.9044 0.5755 0.680 0.320
#> GSM82295 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82296 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82337 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82379 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82285 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82286 2 0.4431 0.8816 0.092 0.908
#> GSM82287 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82288 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82311 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82312 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82375 2 0.1414 0.9627 0.020 0.980
#> GSM82376 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82307 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82308 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128585 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128586 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82348 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82366 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82322 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82352 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82332 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82357 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82354 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82372 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82343 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82362 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128567 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128568 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82355 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82358 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128571 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128572 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128575 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128576 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82324 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82326 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82344 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82363 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82293 1 0.9815 0.3425 0.580 0.420
#> GSM82294 1 0.9209 0.5440 0.664 0.336
#> GSM82297 1 0.7219 0.7510 0.800 0.200
#> GSM82298 2 0.9944 0.0771 0.456 0.544
#> GSM82373 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82374 1 0.0672 0.9371 0.992 0.008
#> GSM82377 1 0.9000 0.5829 0.684 0.316
#> GSM82378 2 0.8207 0.6280 0.256 0.744
#> GSM82309 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82310 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128599 2 0.0376 0.9779 0.004 0.996
#> GSM128600 2 0.0672 0.9742 0.008 0.992
#> GSM128603 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82284 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82321 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82342 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82361 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82351 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82371 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82330 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82336 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128493 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM82323 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82353 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82317 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128496 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128497 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82319 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82320 2 0.1414 0.9627 0.020 0.980
#> GSM128504 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128505 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128509 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128510 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82325 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82327 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82289 1 0.8955 0.5899 0.688 0.312
#> GSM82291 2 0.9248 0.4427 0.340 0.660
#> GSM82290 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82292 2 0.1633 0.9587 0.024 0.976
#> GSM128525 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128526 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128557 2 0.8713 0.5549 0.292 0.708
#> GSM128558 1 0.9944 0.2341 0.544 0.456
#> GSM82349 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82367 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82346 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82364 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82345 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82360 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82335 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82339 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128494 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128495 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82356 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82359 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82365 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128498 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128499 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82333 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82369 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128507 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128511 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM128512 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82334 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82370 2 0.0000 0.9814 0.000 1.000
#> GSM82305 1 0.0376 0.9401 0.996 0.004
#> GSM82306 1 0.8763 0.6169 0.704 0.296
#> GSM82303 1 0.9129 0.5601 0.672 0.328
#> GSM82304 1 0.7815 0.7105 0.768 0.232
#> GSM128527 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128528 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.9430 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM82313 1 0.4504 0.8137 0.804 0.196 0.000
#> GSM82314 1 0.4842 0.7929 0.776 0.224 0.000
#> GSM82331 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82338 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82315 1 0.4842 0.7931 0.776 0.224 0.000
#> GSM82316 2 0.5835 0.2615 0.340 0.660 0.000
#> GSM82350 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82368 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82328 3 0.2066 0.8390 0.000 0.060 0.940
#> GSM82340 2 0.4974 0.6159 0.000 0.764 0.236
#> GSM128565 1 0.4062 0.8322 0.836 0.164 0.000
#> GSM128566 1 0.3551 0.8478 0.868 0.132 0.000
#> GSM82329 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82341 3 0.1643 0.8484 0.000 0.044 0.956
#> GSM128569 3 0.5905 0.4896 0.000 0.352 0.648
#> GSM128570 3 0.6126 0.3940 0.000 0.400 0.600
#> GSM128573 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM128574 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82295 2 0.5431 0.4085 0.284 0.716 0.000
#> GSM82296 1 0.4974 0.7831 0.764 0.236 0.000
#> GSM82337 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82379 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82285 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82286 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82287 1 0.5882 0.6395 0.652 0.348 0.000
#> GSM82288 1 0.5968 0.6145 0.636 0.364 0.000
#> GSM82311 1 0.4504 0.8135 0.804 0.196 0.000
#> GSM82312 1 0.5016 0.7791 0.760 0.240 0.000
#> GSM82375 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82376 2 0.4810 0.6838 0.140 0.832 0.028
#> GSM82307 1 0.5465 0.7257 0.712 0.288 0.000
#> GSM82308 2 0.5431 0.4122 0.284 0.716 0.000
#> GSM128585 1 0.0237 0.8863 0.996 0.004 0.000
#> GSM128586 1 0.0237 0.8863 0.996 0.004 0.000
#> GSM128593 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0237 0.8863 0.996 0.004 0.000
#> GSM128597 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.6295 0.1948 0.000 0.472 0.528
#> GSM82366 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82352 3 0.5859 0.5205 0.000 0.344 0.656
#> GSM82332 3 0.4796 0.7051 0.000 0.220 0.780
#> GSM82357 3 0.0424 0.8627 0.000 0.008 0.992
#> GSM82354 3 0.0747 0.8601 0.000 0.016 0.984
#> GSM82372 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82343 3 0.4002 0.7643 0.000 0.160 0.840
#> GSM82362 2 0.6062 0.3138 0.000 0.616 0.384
#> GSM128567 2 0.6180 0.2165 0.000 0.584 0.416
#> GSM128568 2 0.6180 0.2159 0.000 0.584 0.416
#> GSM82355 3 0.0892 0.8588 0.000 0.020 0.980
#> GSM82358 3 0.0424 0.8627 0.000 0.008 0.992
#> GSM128571 3 0.5988 0.4654 0.000 0.368 0.632
#> GSM128572 3 0.0892 0.8589 0.000 0.020 0.980
#> GSM128575 3 0.6307 0.1170 0.000 0.488 0.512
#> GSM128576 2 0.5591 0.4969 0.000 0.696 0.304
#> GSM82324 2 0.5016 0.6129 0.000 0.760 0.240
#> GSM82326 3 0.5291 0.6171 0.000 0.268 0.732
#> GSM82344 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82363 3 0.0237 0.8633 0.000 0.004 0.996
#> GSM82293 1 0.7164 0.3340 0.524 0.452 0.024
#> GSM82294 1 0.6295 0.3387 0.528 0.472 0.000
#> GSM82297 2 0.1163 0.7672 0.028 0.972 0.000
#> GSM82298 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82373 2 0.5098 0.4902 0.248 0.752 0.000
#> GSM82374 2 0.3941 0.6424 0.156 0.844 0.000
#> GSM82377 2 0.4346 0.6106 0.184 0.816 0.000
#> GSM82378 2 0.0237 0.7830 0.004 0.996 0.000
#> GSM82309 1 0.6045 0.5827 0.620 0.380 0.000
#> GSM82310 1 0.5905 0.6329 0.648 0.352 0.000
#> GSM128587 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.4121 0.6933 0.000 0.832 0.168
#> GSM128600 2 0.4121 0.6933 0.000 0.832 0.168
#> GSM128603 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.6244 0.2970 0.000 0.440 0.560
#> GSM82321 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82342 3 0.0424 0.8627 0.000 0.008 0.992
#> GSM82361 3 0.0237 0.8633 0.000 0.004 0.996
#> GSM82351 3 0.5560 0.5960 0.000 0.300 0.700
#> GSM82371 3 0.5363 0.6307 0.000 0.276 0.724
#> GSM82330 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM128492 1 0.4346 0.8209 0.816 0.184 0.000
#> GSM128493 1 0.5178 0.7615 0.744 0.256 0.000
#> GSM82323 3 0.0424 0.8627 0.000 0.008 0.992
#> GSM82353 2 0.6302 -0.0307 0.000 0.520 0.480
#> GSM82317 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82318 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM128496 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM128497 3 0.2165 0.8381 0.000 0.064 0.936
#> GSM82319 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82320 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM128504 1 0.4291 0.8232 0.820 0.180 0.000
#> GSM128505 1 0.3752 0.8423 0.856 0.144 0.000
#> GSM128509 2 0.4654 0.6519 0.000 0.792 0.208
#> GSM128510 3 0.2959 0.8064 0.000 0.100 0.900
#> GSM82325 3 0.6095 0.3978 0.000 0.392 0.608
#> GSM82327 3 0.6235 0.2719 0.000 0.436 0.564
#> GSM82289 1 0.4290 0.7963 0.872 0.064 0.064
#> GSM82291 3 0.3038 0.7613 0.104 0.000 0.896
#> GSM82290 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82292 2 0.5173 0.6910 0.148 0.816 0.036
#> GSM128525 1 0.2796 0.8628 0.908 0.092 0.000
#> GSM128526 1 0.0237 0.8863 0.996 0.004 0.000
#> GSM128529 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128530 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128533 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128534 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128541 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128542 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128557 2 0.5060 0.7241 0.064 0.836 0.100
#> GSM128558 2 0.4934 0.7118 0.156 0.820 0.024
#> GSM82349 3 0.6307 0.1261 0.000 0.488 0.512
#> GSM82367 3 0.5706 0.5645 0.000 0.320 0.680
#> GSM82346 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82345 3 0.2537 0.8273 0.000 0.080 0.920
#> GSM82360 3 0.3340 0.7985 0.000 0.120 0.880
#> GSM82335 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82339 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM128494 3 0.0424 0.8621 0.000 0.008 0.992
#> GSM128495 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82356 3 0.0237 0.8633 0.000 0.004 0.996
#> GSM82359 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82347 2 0.6267 0.0866 0.000 0.548 0.452
#> GSM82365 3 0.5968 0.4829 0.000 0.364 0.636
#> GSM128498 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82333 3 0.0237 0.8633 0.000 0.004 0.996
#> GSM82369 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM128506 2 0.4291 0.6813 0.000 0.820 0.180
#> GSM128507 2 0.4235 0.6855 0.000 0.824 0.176
#> GSM128511 2 0.4931 0.6204 0.000 0.768 0.232
#> GSM128512 3 0.5905 0.5064 0.000 0.352 0.648
#> GSM82334 3 0.2959 0.8146 0.000 0.100 0.900
#> GSM82370 3 0.0000 0.8636 0.000 0.000 1.000
#> GSM82305 2 0.4235 0.6126 0.176 0.824 0.000
#> GSM82306 2 0.0237 0.7821 0.004 0.996 0.000
#> GSM82303 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM82304 2 0.0000 0.7845 0.000 1.000 0.000
#> GSM128527 1 0.3412 0.8510 0.876 0.124 0.000
#> GSM128528 1 0.3038 0.8587 0.896 0.104 0.000
#> GSM128531 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128532 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128535 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128536 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128559 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0000 0.8867 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM82313 4 0.0921 0.9175 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM82314 4 0.1118 0.9159 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM82331 3 0.0188 0.8919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82338 3 0.1209 0.8792 0.000 0.004 0.964 0.032
#> GSM82315 4 0.2216 0.8867 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM82316 4 0.0592 0.9175 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM82350 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82368 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82328 3 0.4190 0.7313 0.032 0.148 0.816 0.004
#> GSM82340 2 0.7028 0.5789 0.000 0.576 0.196 0.228
#> GSM128565 4 0.4134 0.6763 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM128566 4 0.4776 0.4314 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM82329 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82341 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128569 3 0.5977 0.5957 0.000 0.192 0.688 0.120
#> GSM128570 3 0.4008 0.6607 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM128573 4 0.1978 0.8980 0.004 0.068 0.000 0.928
#> GSM128574 4 0.1792 0.8979 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM82295 4 0.2469 0.8734 0.108 0.000 0.000 0.892
#> GSM82296 4 0.3907 0.7202 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM82337 3 0.1824 0.8622 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM82379 3 0.0188 0.8919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82285 4 0.1716 0.8860 0.000 0.064 0.000 0.936
#> GSM82286 4 0.0336 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM82287 4 0.0707 0.9177 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82288 4 0.0707 0.9177 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM82311 4 0.2149 0.8898 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM82312 4 0.1389 0.9123 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM82375 4 0.0000 0.9136 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82376 4 0.0336 0.9090 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM82307 4 0.1716 0.9053 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM82308 4 0.0707 0.9178 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM128585 1 0.2704 0.8324 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM128586 1 0.3907 0.7038 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM128593 1 0.0817 0.9087 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM128594 1 0.1211 0.9004 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM128597 1 0.2281 0.8356 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM128598 1 0.1211 0.8848 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM128601 1 0.0188 0.9051 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM128602 1 0.0188 0.9051 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM82348 3 0.5855 0.5989 0.000 0.100 0.692 0.208
#> GSM82366 3 0.3074 0.7373 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM82322 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82352 3 0.2921 0.7915 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM82332 3 0.1151 0.8808 0.000 0.024 0.968 0.008
#> GSM82357 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82354 3 0.0188 0.8925 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82372 3 0.0336 0.8912 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82343 3 0.1867 0.8469 0.000 0.072 0.928 0.000
#> GSM82362 2 0.3306 0.7744 0.000 0.840 0.156 0.004
#> GSM128567 2 0.1902 0.8010 0.000 0.932 0.064 0.004
#> GSM128568 2 0.2593 0.7963 0.000 0.892 0.104 0.004
#> GSM82355 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82358 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128571 2 0.2081 0.7980 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM128572 3 0.3074 0.7710 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM128575 3 0.4950 0.3599 0.000 0.376 0.620 0.004
#> GSM128576 3 0.5482 0.3483 0.000 0.368 0.608 0.024
#> GSM82324 3 0.7768 -0.0663 0.000 0.312 0.428 0.260
#> GSM82326 3 0.4821 0.6497 0.016 0.008 0.740 0.236
#> GSM82344 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82293 4 0.0524 0.9157 0.008 0.004 0.000 0.988
#> GSM82294 4 0.0336 0.9156 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM82297 4 0.0188 0.9150 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM82298 4 0.0000 0.9136 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82373 4 0.0336 0.9156 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM82374 4 0.0188 0.9150 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM82377 4 0.0000 0.9136 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82378 4 0.0000 0.9136 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM82309 4 0.1867 0.9011 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM82310 4 0.1940 0.8985 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM128587 1 0.0921 0.9069 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM128588 1 0.1211 0.9004 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM128595 1 0.0469 0.9112 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128596 1 0.0707 0.9101 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM128599 2 0.0188 0.7901 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128600 2 0.0188 0.7901 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM128603 1 0.2973 0.7839 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM128604 1 0.3266 0.7539 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM82284 3 0.2987 0.8204 0.000 0.016 0.880 0.104
#> GSM82321 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82342 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82361 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82351 3 0.3726 0.6960 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM82371 3 0.3908 0.6900 0.000 0.212 0.784 0.004
#> GSM82330 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82336 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128492 4 0.1302 0.9142 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM128493 4 0.1022 0.9167 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM82323 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82353 3 0.5074 0.6264 0.000 0.236 0.724 0.040
#> GSM82317 4 0.4072 0.7105 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM82318 4 0.3942 0.7323 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM128496 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128497 3 0.0592 0.8889 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM82319 4 0.1474 0.8989 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM82320 4 0.0592 0.9129 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM128504 4 0.2704 0.8581 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM128505 4 0.4356 0.6202 0.292 0.000 0.000 0.708
#> GSM128509 3 0.5050 0.3677 0.000 0.004 0.588 0.408
#> GSM128510 3 0.2266 0.8415 0.000 0.004 0.912 0.084
#> GSM82325 3 0.4916 0.6912 0.000 0.056 0.760 0.184
#> GSM82327 3 0.5328 0.6016 0.000 0.048 0.704 0.248
#> GSM82289 4 0.5305 0.4371 0.332 0.004 0.016 0.648
#> GSM82291 3 0.1396 0.8777 0.004 0.004 0.960 0.032
#> GSM82290 3 0.0707 0.8864 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM82292 4 0.1510 0.9047 0.016 0.028 0.000 0.956
#> GSM128525 1 0.4977 0.1204 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM128526 1 0.4040 0.6775 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM128529 1 0.0336 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128530 1 0.0469 0.9112 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128533 1 0.0592 0.9110 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128534 1 0.0707 0.9100 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM128541 1 0.0469 0.9112 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128542 1 0.0469 0.9112 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128557 2 0.0524 0.7871 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM128558 2 0.1305 0.7752 0.036 0.960 0.004 0.000
#> GSM82349 2 0.4948 0.3146 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM82367 2 0.4985 0.2508 0.000 0.532 0.468 0.000
#> GSM82346 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82364 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82345 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82360 3 0.0336 0.8915 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM82335 3 0.0188 0.8919 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM82339 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128494 3 0.0592 0.8881 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM128495 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82356 3 0.0188 0.8925 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM82359 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82347 2 0.4252 0.6611 0.000 0.744 0.252 0.004
#> GSM82365 2 0.5155 0.2062 0.000 0.528 0.468 0.004
#> GSM128498 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128499 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82333 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82369 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM128506 2 0.0376 0.7902 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM128507 2 0.0376 0.7902 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM128511 2 0.0779 0.7954 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM128512 3 0.4072 0.6215 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM82334 3 0.1211 0.8766 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM82370 3 0.0000 0.8933 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM82305 4 0.1724 0.9142 0.032 0.020 0.000 0.948
#> GSM82306 4 0.1305 0.9107 0.004 0.036 0.000 0.960
#> GSM82303 4 0.1557 0.8995 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM82304 4 0.1489 0.9072 0.004 0.044 0.000 0.952
#> GSM128527 1 0.4697 0.4510 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM128528 1 0.3569 0.7555 0.804 0.000 0.000 0.196
#> GSM128531 1 0.0336 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128532 1 0.0336 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM128535 1 0.0592 0.9110 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM128536 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128543 1 0.0000 0.9069 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM128544 1 0.0469 0.9112 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM128559 1 0.0188 0.9051 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM128560 1 0.0188 0.9051 0.996 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM82313 4 0.2362 0.8164 0.076 0.000 0.000 0.900 0.024
#> GSM82314 4 0.2446 0.8140 0.044 0.000 0.000 0.900 0.056
#> GSM82331 3 0.0324 0.8496 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM82338 3 0.0798 0.8486 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM82315 4 0.3171 0.7734 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008
#> GSM82316 4 0.2052 0.8120 0.080 0.004 0.000 0.912 0.004
#> GSM82350 3 0.3730 0.5523 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM82368 3 0.2179 0.7976 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM82328 5 0.3694 0.6517 0.052 0.024 0.072 0.004 0.848
#> GSM82340 2 0.8133 -0.1183 0.000 0.336 0.100 0.260 0.304
#> GSM128565 4 0.4268 0.5506 0.344 0.000 0.000 0.648 0.008
#> GSM128566 4 0.4410 0.3240 0.440 0.000 0.000 0.556 0.004
#> GSM82329 5 0.3890 0.6194 0.000 0.012 0.252 0.000 0.736
#> GSM82341 3 0.1205 0.8444 0.000 0.004 0.956 0.000 0.040
#> GSM128569 5 0.2731 0.7079 0.000 0.004 0.016 0.104 0.876
#> GSM128570 5 0.6191 0.6010 0.000 0.000 0.172 0.292 0.536
#> GSM128573 4 0.4211 0.7474 0.044 0.152 0.000 0.788 0.016
#> GSM128574 4 0.4011 0.7608 0.040 0.140 0.000 0.804 0.016
#> GSM82295 4 0.3544 0.7495 0.200 0.004 0.000 0.788 0.008
#> GSM82296 4 0.4283 0.5424 0.348 0.000 0.000 0.644 0.008
#> GSM82337 3 0.1800 0.8326 0.000 0.000 0.932 0.048 0.020
#> GSM82379 3 0.0162 0.8489 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82285 4 0.3934 0.6145 0.000 0.016 0.000 0.740 0.244
#> GSM82286 4 0.3421 0.6968 0.000 0.008 0.000 0.788 0.204
#> GSM82287 4 0.1981 0.8191 0.048 0.000 0.000 0.924 0.028
#> GSM82288 4 0.2153 0.8143 0.040 0.000 0.000 0.916 0.044
#> GSM82311 4 0.3053 0.7818 0.164 0.000 0.000 0.828 0.008
#> GSM82312 4 0.2573 0.8093 0.104 0.000 0.000 0.880 0.016
#> GSM82375 4 0.2074 0.7809 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM82376 4 0.1662 0.8022 0.004 0.000 0.004 0.936 0.056
#> GSM82307 4 0.4528 0.7061 0.060 0.000 0.000 0.728 0.212
#> GSM82308 4 0.3353 0.7154 0.008 0.000 0.000 0.796 0.196
#> GSM128585 1 0.2462 0.8506 0.880 0.000 0.000 0.112 0.008
#> GSM128586 1 0.2843 0.8134 0.848 0.000 0.000 0.144 0.008
#> GSM128593 1 0.1251 0.8997 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM128594 1 0.1408 0.8967 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM128597 1 0.2754 0.8430 0.880 0.040 0.000 0.000 0.080
#> GSM128598 1 0.1915 0.8744 0.928 0.032 0.000 0.000 0.040
#> GSM128601 1 0.2674 0.8311 0.868 0.012 0.000 0.000 0.120
#> GSM128602 1 0.3055 0.8078 0.840 0.016 0.000 0.000 0.144
#> GSM82348 5 0.6001 0.6727 0.000 0.064 0.104 0.156 0.676
#> GSM82366 5 0.4347 0.6161 0.108 0.004 0.088 0.008 0.792
#> GSM82322 3 0.4299 0.2944 0.000 0.004 0.608 0.000 0.388
#> GSM82352 3 0.2295 0.8080 0.000 0.004 0.900 0.088 0.008
#> GSM82332 3 0.1885 0.8368 0.000 0.044 0.932 0.004 0.020
#> GSM82357 3 0.0510 0.8482 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82354 3 0.4126 0.3456 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM82372 5 0.3970 0.6477 0.000 0.000 0.236 0.020 0.744
#> GSM82343 3 0.1956 0.8169 0.000 0.076 0.916 0.008 0.000
#> GSM82362 2 0.4260 0.6293 0.000 0.720 0.256 0.020 0.004
#> GSM128567 2 0.3513 0.7076 0.000 0.800 0.180 0.020 0.000
#> GSM128568 2 0.3550 0.7040 0.000 0.796 0.184 0.020 0.000
#> GSM82355 3 0.0162 0.8486 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM82358 3 0.0794 0.8473 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM128571 2 0.4489 0.2098 0.000 0.572 0.008 0.000 0.420
#> GSM128572 3 0.4964 0.6571 0.000 0.132 0.712 0.000 0.156
#> GSM128575 3 0.6309 0.2089 0.000 0.380 0.516 0.044 0.060
#> GSM128576 3 0.5508 0.4360 0.000 0.316 0.612 0.060 0.012
#> GSM82324 5 0.4338 0.6026 0.000 0.016 0.008 0.264 0.712
#> GSM82326 5 0.3579 0.7040 0.016 0.000 0.032 0.116 0.836
#> GSM82344 3 0.0290 0.8482 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82363 3 0.0000 0.8483 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM82293 4 0.1877 0.8038 0.012 0.000 0.000 0.924 0.064
#> GSM82294 4 0.2017 0.7998 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> GSM82297 4 0.0798 0.8159 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM82298 4 0.1393 0.8167 0.024 0.012 0.000 0.956 0.008
#> GSM82373 4 0.2020 0.7904 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM82374 4 0.2773 0.7495 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM82377 4 0.2074 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM82378 4 0.2127 0.7814 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM82309 4 0.4535 0.7543 0.092 0.000 0.000 0.748 0.160
#> GSM82310 4 0.4701 0.7178 0.076 0.000 0.000 0.720 0.204
#> GSM128587 1 0.1331 0.8981 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM128588 1 0.1557 0.8925 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> GSM128595 1 0.0404 0.9059 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM128596 1 0.1251 0.8997 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> GSM128599 2 0.0693 0.7637 0.012 0.980 0.000 0.008 0.000
#> GSM128600 2 0.0727 0.7631 0.012 0.980 0.000 0.004 0.004
#> GSM128603 1 0.4686 0.6972 0.736 0.104 0.000 0.000 0.160
#> GSM128604 1 0.4624 0.7063 0.744 0.112 0.000 0.000 0.144
#> GSM82284 3 0.4089 0.7161 0.000 0.008 0.804 0.088 0.100
#> GSM82321 3 0.4436 0.2842 0.000 0.008 0.596 0.000 0.396
#> GSM82342 3 0.0451 0.8488 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM82361 3 0.0798 0.8492 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM82351 3 0.3496 0.7531 0.000 0.124 0.832 0.040 0.004
#> GSM82371 3 0.4609 0.5967 0.000 0.260 0.704 0.020 0.016
#> GSM82330 5 0.3612 0.6403 0.000 0.008 0.228 0.000 0.764
#> GSM82336 3 0.0880 0.8457 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM128492 4 0.3171 0.7748 0.176 0.000 0.000 0.816 0.008
#> GSM128493 4 0.2660 0.8008 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> GSM82323 3 0.0510 0.8482 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM82353 3 0.4337 0.6552 0.000 0.204 0.744 0.052 0.000
#> GSM82317 4 0.4256 0.3538 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM82318 4 0.4182 0.4345 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM128496 5 0.4434 0.1754 0.000 0.004 0.460 0.000 0.536
#> GSM128497 3 0.1082 0.8470 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM82319 4 0.2994 0.7772 0.004 0.112 0.004 0.864 0.016
#> GSM82320 4 0.2625 0.8066 0.028 0.056 0.000 0.900 0.016
#> GSM128504 4 0.3550 0.7226 0.236 0.000 0.000 0.760 0.004
#> GSM128505 4 0.4403 0.4670 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> GSM128509 3 0.5982 0.0926 0.000 0.012 0.488 0.424 0.076
#> GSM128510 5 0.1809 0.7047 0.000 0.000 0.012 0.060 0.928
#> GSM82325 5 0.6880 0.5833 0.000 0.028 0.192 0.260 0.520
#> GSM82327 5 0.5867 0.6261 0.000 0.000 0.144 0.268 0.588
#> GSM82289 5 0.2719 0.6915 0.004 0.000 0.000 0.144 0.852
#> GSM82291 5 0.2082 0.6964 0.016 0.000 0.024 0.032 0.928
#> GSM82290 5 0.2990 0.6996 0.008 0.000 0.100 0.024 0.868
#> GSM82292 5 0.2970 0.6790 0.000 0.004 0.000 0.168 0.828
#> GSM128525 1 0.4436 0.2277 0.596 0.000 0.000 0.396 0.008
#> GSM128526 1 0.2563 0.8404 0.872 0.000 0.000 0.120 0.008
#> GSM128529 1 0.0671 0.9055 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM128530 1 0.0771 0.9048 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM128533 1 0.0324 0.9041 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM128534 1 0.0671 0.9061 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM128541 1 0.0324 0.9042 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM128542 1 0.0290 0.9057 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128557 2 0.0613 0.7628 0.008 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM128558 2 0.1485 0.7446 0.020 0.948 0.000 0.000 0.032
#> GSM82349 3 0.4808 0.3889 0.000 0.348 0.620 0.032 0.000
#> GSM82367 3 0.5049 0.1830 0.000 0.424 0.548 0.012 0.016
#> GSM82346 3 0.0404 0.8494 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82364 3 0.0404 0.8494 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82345 3 0.0162 0.8483 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM82360 3 0.0671 0.8488 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM82335 3 0.0963 0.8448 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM82339 3 0.0162 0.8493 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM128494 5 0.4989 0.5859 0.000 0.000 0.296 0.056 0.648
#> GSM128495 3 0.1251 0.8440 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM82356 3 0.0703 0.8473 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM82359 3 0.0404 0.8486 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM82347 2 0.3935 0.7280 0.000 0.828 0.084 0.028 0.060
#> GSM82365 2 0.5426 0.2310 0.000 0.544 0.408 0.016 0.032
#> GSM128498 3 0.2280 0.7921 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM128499 3 0.2813 0.7434 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM82333 3 0.0290 0.8482 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM82369 3 0.0290 0.8494 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM128506 2 0.1444 0.7563 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> GSM128507 2 0.0798 0.7628 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM128511 2 0.1862 0.7646 0.000 0.932 0.048 0.016 0.004
#> GSM128512 3 0.3777 0.6925 0.000 0.192 0.784 0.020 0.004
#> GSM82334 3 0.2983 0.8076 0.000 0.004 0.868 0.032 0.096
#> GSM82370 3 0.1608 0.8296 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM82305 4 0.3275 0.8190 0.064 0.008 0.000 0.860 0.068
#> GSM82306 4 0.2067 0.8026 0.000 0.032 0.000 0.920 0.048
#> GSM82303 4 0.2363 0.8130 0.024 0.052 0.000 0.912 0.012
#> GSM82304 4 0.1764 0.8133 0.012 0.036 0.000 0.940 0.012
#> GSM128527 1 0.3318 0.7412 0.800 0.000 0.000 0.192 0.008
#> GSM128528 1 0.2077 0.8722 0.908 0.000 0.000 0.084 0.008
#> GSM128531 1 0.0290 0.9057 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128532 1 0.0290 0.9057 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM128535 1 0.0566 0.9058 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM128536 1 0.0963 0.8901 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM128543 1 0.0794 0.8937 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM128544 1 0.0510 0.9057 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM128559 1 0.1831 0.8659 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> GSM128560 1 0.2629 0.8254 0.860 0.004 0.000 0.000 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM82313 4 0.2794 0.8103 0.080 0.000 0.000 0.860 0.000 0.060
#> GSM82314 4 0.2742 0.8054 0.044 0.000 0.000 0.872 0.008 0.076
#> GSM82331 3 0.0405 0.8199 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM82338 3 0.0881 0.8233 0.000 0.000 0.972 0.008 0.008 0.012
#> GSM82315 4 0.2562 0.7779 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM82316 4 0.1757 0.8091 0.076 0.000 0.000 0.916 0.008 0.000
#> GSM82350 3 0.4604 0.5447 0.000 0.000 0.696 0.000 0.152 0.152
#> GSM82368 3 0.2134 0.8057 0.000 0.000 0.904 0.000 0.044 0.052
#> GSM82328 6 0.4106 0.6337 0.012 0.080 0.024 0.060 0.012 0.812
#> GSM82340 6 0.6878 0.3675 0.000 0.252 0.056 0.196 0.012 0.484
#> GSM128565 4 0.3288 0.6899 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> GSM128566 4 0.3601 0.6453 0.312 0.000 0.000 0.684 0.000 0.004
#> GSM82329 6 0.5806 0.1557 0.000 0.000 0.192 0.000 0.344 0.464
#> GSM82341 5 0.3869 0.0787 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM128569 5 0.4659 0.0330 0.000 0.004 0.008 0.040 0.644 0.304
#> GSM128570 5 0.4907 0.3849 0.000 0.000 0.068 0.108 0.728 0.096
#> GSM128573 4 0.4236 0.7694 0.048 0.072 0.000 0.788 0.088 0.004
#> GSM128574 4 0.4155 0.7682 0.040 0.072 0.000 0.792 0.092 0.004
#> GSM82295 4 0.2955 0.7701 0.172 0.008 0.000 0.816 0.004 0.000
#> GSM82296 4 0.3489 0.6762 0.288 0.004 0.000 0.708 0.000 0.000
#> GSM82337 3 0.3029 0.7415 0.000 0.000 0.840 0.036 0.120 0.004
#> GSM82379 3 0.0508 0.8222 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM82285 5 0.4935 -0.0386 0.000 0.020 0.000 0.456 0.496 0.028
#> GSM82286 4 0.3867 0.6927 0.000 0.000 0.000 0.748 0.200 0.052
#> GSM82287 4 0.1977 0.8127 0.040 0.000 0.000 0.920 0.008 0.032
#> GSM82288 4 0.2186 0.8097 0.036 0.000 0.000 0.908 0.008 0.048
#> GSM82311 4 0.3400 0.7930 0.132 0.000 0.000 0.816 0.008 0.044
#> GSM82312 4 0.3321 0.7983 0.088 0.000 0.000 0.832 0.008 0.072
#> GSM82375 4 0.2499 0.7827 0.000 0.000 0.000 0.880 0.072 0.048
#> GSM82376 4 0.2565 0.7974 0.004 0.004 0.012 0.896 0.052 0.032
#> GSM82307 4 0.4831 0.4393 0.040 0.000 0.000 0.580 0.012 0.368
#> GSM82308 4 0.4257 0.5636 0.012 0.000 0.000 0.652 0.016 0.320
#> GSM128585 1 0.1267 0.8901 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM128586 1 0.1444 0.8818 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM128593 1 0.0790 0.9027 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128594 1 0.0865 0.9015 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM128597 1 0.4267 0.7274 0.728 0.012 0.000 0.000 0.208 0.052
#> GSM128598 1 0.3635 0.7741 0.780 0.008 0.000 0.000 0.180 0.032
#> GSM128601 1 0.3466 0.8238 0.820 0.008 0.000 0.000 0.072 0.100
#> GSM128602 1 0.4235 0.7877 0.776 0.036 0.000 0.000 0.080 0.108
#> GSM82348 6 0.4609 0.6049 0.000 0.104 0.020 0.132 0.004 0.740
#> GSM82366 6 0.3622 0.6297 0.016 0.056 0.044 0.044 0.000 0.840
#> GSM82322 3 0.5722 0.3132 0.000 0.028 0.556 0.000 0.104 0.312
#> GSM82352 3 0.3734 0.7423 0.000 0.032 0.828 0.076 0.052 0.012
#> GSM82332 3 0.4305 0.6185 0.000 0.228 0.712 0.008 0.000 0.052
#> GSM82357 3 0.2146 0.8013 0.000 0.044 0.908 0.004 0.000 0.044
#> GSM82354 5 0.5461 0.3685 0.000 0.000 0.332 0.000 0.528 0.140
#> GSM82372 6 0.5702 0.2979 0.000 0.000 0.140 0.008 0.336 0.516
#> GSM82343 3 0.2556 0.7672 0.000 0.120 0.864 0.000 0.008 0.008
#> GSM82362 2 0.4311 0.5137 0.000 0.692 0.268 0.004 0.012 0.024
#> GSM128567 2 0.2339 0.6781 0.000 0.880 0.108 0.004 0.004 0.004
#> GSM128568 2 0.2531 0.6658 0.000 0.860 0.128 0.008 0.004 0.000
#> GSM82355 3 0.1010 0.8216 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> GSM82358 3 0.1765 0.8139 0.000 0.000 0.924 0.000 0.052 0.024
#> GSM128571 5 0.4926 0.3218 0.000 0.240 0.008 0.000 0.656 0.096
#> GSM128572 5 0.5260 0.4228 0.000 0.096 0.348 0.000 0.552 0.004
#> GSM128575 5 0.5961 0.2931 0.000 0.264 0.156 0.020 0.556 0.004
#> GSM128576 5 0.6465 0.2319 0.000 0.272 0.248 0.020 0.456 0.004
#> GSM82324 6 0.5148 0.5510 0.000 0.016 0.000 0.256 0.092 0.636
#> GSM82326 6 0.3618 0.6472 0.004 0.000 0.004 0.132 0.056 0.804
#> GSM82344 3 0.0858 0.8201 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM82363 3 0.0603 0.8212 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM82293 4 0.2905 0.7990 0.016 0.004 0.008 0.880 0.056 0.036
#> GSM82294 4 0.2307 0.8013 0.016 0.000 0.000 0.904 0.048 0.032
#> GSM82297 4 0.1297 0.8118 0.040 0.000 0.000 0.948 0.012 0.000
#> GSM82298 4 0.1881 0.8110 0.040 0.000 0.008 0.928 0.020 0.004
#> GSM82373 4 0.2905 0.7613 0.008 0.000 0.000 0.836 0.012 0.144
#> GSM82374 4 0.3535 0.6936 0.008 0.000 0.000 0.760 0.012 0.220
#> GSM82377 4 0.1845 0.7918 0.000 0.000 0.000 0.920 0.028 0.052
#> GSM82378 4 0.2164 0.7867 0.000 0.000 0.000 0.900 0.032 0.068
#> GSM82309 4 0.5102 0.6453 0.072 0.000 0.000 0.652 0.028 0.248
#> GSM82310 4 0.4810 0.6302 0.056 0.000 0.000 0.664 0.020 0.260
#> GSM128587 1 0.0865 0.9015 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM128588 1 0.0937 0.9000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM128595 1 0.0146 0.9068 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM128596 1 0.0790 0.9027 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM128599 2 0.3544 0.6152 0.080 0.800 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM128600 2 0.3622 0.6173 0.072 0.800 0.000 0.000 0.124 0.004
#> GSM128603 1 0.5554 0.6615 0.668 0.136 0.000 0.000 0.088 0.108
#> GSM128604 1 0.5346 0.6795 0.684 0.148 0.000 0.000 0.076 0.092
#> GSM82284 3 0.5499 0.5732 0.000 0.100 0.676 0.116 0.000 0.108
#> GSM82321 3 0.5257 0.4037 0.000 0.044 0.592 0.008 0.024 0.332
#> GSM82342 3 0.0935 0.8196 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM82361 3 0.1219 0.8166 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> GSM82351 3 0.4425 0.6467 0.000 0.168 0.748 0.028 0.052 0.004
#> GSM82371 3 0.5647 0.0962 0.000 0.392 0.508 0.016 0.076 0.008
#> GSM82330 6 0.5530 0.2420 0.000 0.000 0.140 0.000 0.364 0.496
#> GSM82336 3 0.1625 0.8104 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> GSM128492 4 0.3086 0.7822 0.156 0.000 0.000 0.820 0.020 0.004
#> GSM128493 4 0.2804 0.7968 0.120 0.000 0.000 0.852 0.024 0.004
#> GSM82323 3 0.3091 0.7769 0.000 0.084 0.856 0.004 0.012 0.044
#> GSM82353 3 0.4989 0.2893 0.000 0.380 0.568 0.028 0.008 0.016
#> GSM82317 4 0.5350 0.4848 0.000 0.296 0.000 0.564 0.140 0.000
#> GSM82318 4 0.5100 0.5420 0.000 0.284 0.000 0.600 0.116 0.000
#> GSM128496 5 0.6122 0.0712 0.000 0.000 0.324 0.000 0.360 0.316
#> GSM128497 3 0.3288 0.5392 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM82319 4 0.3779 0.6962 0.000 0.028 0.004 0.760 0.204 0.004
#> GSM82320 4 0.3479 0.7557 0.024 0.012 0.000 0.808 0.152 0.004
#> GSM128504 4 0.3163 0.7319 0.232 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004
#> GSM128505 4 0.3547 0.6630 0.300 0.000 0.000 0.696 0.000 0.004
#> GSM128509 5 0.7124 0.3119 0.000 0.040 0.284 0.280 0.380 0.016
#> GSM128510 6 0.4428 0.5291 0.000 0.000 0.008 0.032 0.312 0.648
#> GSM82325 5 0.4571 0.4186 0.000 0.016 0.056 0.100 0.772 0.056
#> GSM82327 5 0.4590 0.3956 0.000 0.012 0.048 0.096 0.768 0.076
#> GSM82289 6 0.4800 0.6271 0.008 0.000 0.000 0.116 0.188 0.688
#> GSM82291 6 0.3930 0.5981 0.012 0.000 0.000 0.028 0.216 0.744
#> GSM82290 6 0.3260 0.6605 0.008 0.000 0.024 0.056 0.056 0.856
#> GSM82292 6 0.3767 0.6543 0.000 0.000 0.000 0.132 0.088 0.780
#> GSM128525 1 0.3595 0.5245 0.704 0.000 0.000 0.288 0.008 0.000
#> GSM128526 1 0.1863 0.8563 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM128529 1 0.0725 0.9067 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> GSM128530 1 0.0909 0.9064 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012
#> GSM128533 1 0.1275 0.9058 0.956 0.000 0.000 0.012 0.016 0.016
#> GSM128534 1 0.1180 0.9063 0.960 0.000 0.000 0.012 0.012 0.016
#> GSM128541 1 0.0551 0.9069 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM128542 1 0.0653 0.9067 0.980 0.000 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM128557 2 0.1313 0.6873 0.016 0.952 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM128558 2 0.2123 0.6694 0.052 0.912 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM82349 2 0.4451 0.0908 0.000 0.512 0.468 0.008 0.004 0.008
#> GSM82367 2 0.4913 0.4082 0.000 0.608 0.336 0.008 0.012 0.036
#> GSM82346 3 0.1049 0.8192 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM82364 3 0.0858 0.8210 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM82345 3 0.0748 0.8172 0.000 0.016 0.976 0.004 0.000 0.004
#> GSM82360 3 0.2113 0.8087 0.000 0.028 0.920 0.012 0.008 0.032
#> GSM82335 3 0.1225 0.8221 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> GSM82339 3 0.0405 0.8201 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM128494 5 0.6149 -0.1584 0.000 0.000 0.160 0.020 0.428 0.392
#> GSM128495 3 0.2315 0.7941 0.000 0.000 0.892 0.008 0.084 0.016
#> GSM82356 3 0.2034 0.8084 0.000 0.024 0.920 0.004 0.008 0.044
#> GSM82359 3 0.1405 0.8137 0.000 0.024 0.948 0.000 0.004 0.024
#> GSM82347 5 0.4326 0.0509 0.000 0.404 0.024 0.000 0.572 0.000
#> GSM82365 2 0.6116 -0.0667 0.000 0.396 0.232 0.000 0.368 0.004
#> GSM128498 3 0.3717 0.6907 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> GSM128499 3 0.4033 0.6797 0.000 0.004 0.760 0.000 0.156 0.080
#> GSM82333 3 0.1010 0.8187 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM82369 3 0.0603 0.8205 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM128506 2 0.1644 0.6790 0.000 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> GSM128507 2 0.1555 0.6856 0.000 0.932 0.000 0.004 0.060 0.004
#> GSM128511 2 0.1592 0.6884 0.000 0.944 0.024 0.012 0.004 0.016
#> GSM128512 3 0.4227 0.4179 0.000 0.344 0.632 0.004 0.000 0.020
#> GSM82334 5 0.4139 0.4586 0.000 0.008 0.336 0.012 0.644 0.000
#> GSM82370 3 0.3555 0.6894 0.000 0.000 0.776 0.000 0.184 0.040
#> GSM82305 4 0.3269 0.7962 0.052 0.000 0.000 0.832 0.008 0.108
#> GSM82306 4 0.2358 0.7979 0.012 0.004 0.000 0.896 0.012 0.076
#> GSM82303 4 0.2870 0.8040 0.040 0.016 0.000 0.880 0.012 0.052
#> GSM82304 4 0.2359 0.8017 0.020 0.008 0.000 0.904 0.012 0.056
#> GSM128527 1 0.1444 0.8800 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> GSM128528 1 0.1007 0.8982 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM128531 1 0.0777 0.9039 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM128532 1 0.0692 0.9049 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM128535 1 0.1528 0.9037 0.944 0.000 0.000 0.012 0.028 0.016
#> GSM128536 1 0.1863 0.8880 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> GSM128543 1 0.1719 0.8856 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.060
#> GSM128544 1 0.0436 0.9070 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM128559 1 0.2265 0.8690 0.896 0.004 0.000 0.000 0.024 0.076
#> GSM128560 1 0.3000 0.8351 0.840 0.004 0.000 0.000 0.032 0.124
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n agent(p) protocol(p) individual(p) k
#> ATC:NMF 152 0.2293 0.1393 2.04e-08 2
#> ATC:NMF 134 0.4998 0.0591 5.89e-11 3
#> ATC:NMF 145 0.0703 0.0344 1.01e-18 4
#> ATC:NMF 139 0.0136 0.0256 3.54e-18 5
#> ATC:NMF 126 0.0600 0.0521 2.05e-15 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0