Date: 2019-12-25 20:17:19 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 21104 192
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 0.962 | 0.984 | ** | |
| ATC:kmeans | 4 | 1.000 | 0.982 | 0.993 | ** | 2 |
| MAD:NMF | 2 | 0.989 | 0.953 | 0.981 | ** | |
| MAD:skmeans | 3 | 0.978 | 0.949 | 0.979 | ** | 2 |
| ATC:skmeans | 4 | 0.968 | 0.929 | 0.972 | ** | 2,3 |
| SD:kmeans | 2 | 0.957 | 0.945 | 0.975 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 0.957 | 0.949 | 0.980 | ** | |
| ATC:pam | 4 | 0.952 | 0.943 | 0.978 | ** | 2 |
| CV:kmeans | 3 | 0.948 | 0.949 | 0.977 | * | 2 |
| SD:NMF | 2 | 0.946 | 0.940 | 0.976 | * | |
| MAD:kmeans | 3 | 0.935 | 0.936 | 0.973 | * | 2 |
| CV:pam | 2 | 0.925 | 0.935 | 0.974 | * | |
| SD:skmeans | 3 | 0.920 | 0.934 | 0.972 | * | 2 |
| CV:skmeans | 3 | 0.912 | 0.936 | 0.972 | * | 2 |
| ATC:NMF | 3 | 0.901 | 0.907 | 0.956 | * | 2 |
| ATC:mclust | 3 | 0.830 | 0.886 | 0.942 | ||
| SD:pam | 2 | 0.786 | 0.923 | 0.958 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.662 | 0.897 | 0.940 | ||
| MAD:mclust | 3 | 0.563 | 0.832 | 0.879 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.510 | 0.866 | 0.921 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.506 | 0.666 | 0.850 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.487 | 0.719 | 0.848 | ||
| CV:mclust | 3 | 0.484 | 0.780 | 0.867 | ||
| MAD:hclust | 3 | 0.466 | 0.703 | 0.833 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.946 0.940 0.976 0.354 0.639 0.639
#> CV:NMF 2 1.000 0.962 0.984 0.372 0.623 0.623
#> MAD:NMF 2 0.989 0.953 0.981 0.399 0.598 0.598
#> ATC:NMF 2 0.978 0.955 0.981 0.428 0.572 0.572
#> SD:skmeans 2 1.000 0.971 0.988 0.489 0.508 0.508
#> CV:skmeans 2 1.000 0.985 0.993 0.495 0.505 0.505
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.979 0.991 0.495 0.507 0.507
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.980 0.992 0.489 0.511 0.511
#> SD:mclust 2 0.510 0.866 0.921 0.439 0.557 0.557
#> CV:mclust 2 0.376 0.594 0.829 0.436 0.498 0.498
#> MAD:mclust 2 0.307 0.791 0.838 0.433 0.517 0.517
#> ATC:mclust 2 0.516 0.902 0.900 0.440 0.557 0.557
#> SD:kmeans 2 0.957 0.945 0.975 0.415 0.564 0.564
#> CV:kmeans 2 1.000 0.991 0.996 0.441 0.557 0.557
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.983 0.992 0.465 0.537 0.537
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.999 0.999 0.428 0.572 0.572
#> SD:pam 2 0.786 0.923 0.958 0.438 0.540 0.540
#> CV:pam 2 0.925 0.935 0.974 0.480 0.519 0.519
#> MAD:pam 2 0.957 0.949 0.980 0.483 0.517 0.517
#> ATC:pam 2 1.000 0.975 0.990 0.455 0.546 0.546
#> SD:hclust 2 0.799 0.893 0.953 0.302 0.700 0.700
#> CV:hclust 2 0.563 0.814 0.911 0.355 0.675 0.675
#> MAD:hclust 2 0.530 0.785 0.900 0.382 0.634 0.634
#> ATC:hclust 2 0.662 0.897 0.940 0.367 0.603 0.603
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.632 0.828 0.905 0.733 0.645 0.485
#> CV:NMF 3 0.607 0.779 0.895 0.660 0.632 0.463
#> MAD:NMF 3 0.566 0.778 0.882 0.586 0.647 0.463
#> ATC:NMF 3 0.901 0.907 0.956 0.429 0.754 0.594
#> SD:skmeans 3 0.920 0.934 0.972 0.304 0.797 0.621
#> CV:skmeans 3 0.912 0.936 0.972 0.293 0.816 0.650
#> MAD:skmeans 3 0.978 0.949 0.979 0.285 0.826 0.666
#> ATC:skmeans 3 0.976 0.961 0.981 0.224 0.864 0.740
#> SD:mclust 3 0.481 0.132 0.625 0.393 0.682 0.572
#> CV:mclust 3 0.484 0.780 0.867 0.420 0.781 0.592
#> MAD:mclust 3 0.563 0.832 0.879 0.475 0.784 0.599
#> ATC:mclust 3 0.830 0.886 0.942 0.416 0.632 0.433
#> SD:kmeans 3 0.790 0.851 0.932 0.470 0.626 0.434
#> CV:kmeans 3 0.948 0.949 0.977 0.421 0.640 0.441
#> MAD:kmeans 3 0.935 0.936 0.973 0.372 0.649 0.439
#> ATC:kmeans 3 0.895 0.914 0.963 0.429 0.632 0.445
#> SD:pam 3 0.593 0.738 0.883 0.386 0.625 0.418
#> CV:pam 3 0.712 0.819 0.912 0.321 0.632 0.414
#> MAD:pam 3 0.872 0.896 0.951 0.374 0.705 0.486
#> ATC:pam 3 0.709 0.891 0.942 0.361 0.616 0.419
#> SD:hclust 3 0.506 0.666 0.850 0.849 0.701 0.582
#> CV:hclust 3 0.487 0.719 0.848 0.680 0.645 0.492
#> MAD:hclust 3 0.466 0.703 0.833 0.548 0.658 0.489
#> ATC:hclust 3 0.593 0.794 0.884 0.360 0.928 0.881
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.540 0.407 0.725 0.1717 0.777 0.495
#> CV:NMF 4 0.545 0.582 0.760 0.1786 0.779 0.489
#> MAD:NMF 4 0.554 0.573 0.757 0.1550 0.834 0.581
#> ATC:NMF 4 0.813 0.813 0.915 0.1236 0.876 0.705
#> SD:skmeans 4 0.777 0.748 0.874 0.1040 0.948 0.858
#> CV:skmeans 4 0.767 0.722 0.872 0.0968 0.951 0.867
#> MAD:skmeans 4 0.769 0.746 0.858 0.0975 0.899 0.732
#> ATC:skmeans 4 0.968 0.929 0.972 0.0649 0.959 0.898
#> SD:mclust 4 0.555 0.637 0.788 0.1455 0.571 0.357
#> CV:mclust 4 0.506 0.645 0.744 0.1443 0.887 0.700
#> MAD:mclust 4 0.652 0.731 0.823 0.1217 0.911 0.747
#> ATC:mclust 4 0.510 0.650 0.780 0.1134 0.832 0.591
#> SD:kmeans 4 0.823 0.907 0.930 0.1736 0.823 0.580
#> CV:kmeans 4 0.787 0.889 0.920 0.1456 0.829 0.585
#> MAD:kmeans 4 0.762 0.819 0.881 0.1324 0.828 0.572
#> ATC:kmeans 4 1.000 0.982 0.993 0.1693 0.801 0.542
#> SD:pam 4 0.660 0.828 0.890 0.1982 0.774 0.479
#> CV:pam 4 0.666 0.768 0.861 0.1510 0.772 0.472
#> MAD:pam 4 0.781 0.810 0.904 0.0917 0.791 0.487
#> ATC:pam 4 0.952 0.943 0.978 0.1618 0.792 0.528
#> SD:hclust 4 0.498 0.477 0.665 0.1210 0.689 0.404
#> CV:hclust 4 0.523 0.644 0.784 0.1345 0.898 0.738
#> MAD:hclust 4 0.553 0.703 0.800 0.1698 0.856 0.636
#> ATC:hclust 4 0.763 0.852 0.924 0.3969 0.737 0.522
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.608 0.674 0.800 0.0857 0.837 0.501
#> CV:NMF 5 0.641 0.644 0.814 0.0782 0.854 0.527
#> MAD:NMF 5 0.619 0.608 0.786 0.0798 0.825 0.457
#> ATC:NMF 5 0.740 0.706 0.817 0.0800 0.872 0.637
#> SD:skmeans 5 0.779 0.593 0.783 0.0768 0.828 0.529
#> CV:skmeans 5 0.797 0.752 0.872 0.0723 0.869 0.614
#> MAD:skmeans 5 0.759 0.742 0.856 0.0802 0.887 0.646
#> ATC:skmeans 5 0.866 0.845 0.902 0.0830 0.938 0.829
#> SD:mclust 5 0.620 0.614 0.799 0.0780 0.918 0.739
#> CV:mclust 5 0.612 0.607 0.769 0.0649 0.932 0.774
#> MAD:mclust 5 0.615 0.568 0.756 0.0389 0.875 0.617
#> ATC:mclust 5 0.537 0.533 0.690 0.0806 0.887 0.637
#> SD:kmeans 5 0.777 0.766 0.874 0.0733 0.917 0.726
#> CV:kmeans 5 0.755 0.736 0.857 0.0766 0.930 0.761
#> MAD:kmeans 5 0.738 0.695 0.840 0.0737 0.927 0.748
#> ATC:kmeans 5 0.765 0.751 0.844 0.0899 0.884 0.622
#> SD:pam 5 0.673 0.438 0.623 0.0766 0.809 0.430
#> CV:pam 5 0.725 0.751 0.836 0.0792 0.830 0.472
#> MAD:pam 5 0.698 0.414 0.701 0.0801 0.867 0.571
#> ATC:pam 5 0.829 0.813 0.868 0.0486 0.981 0.932
#> SD:hclust 5 0.553 0.630 0.770 0.1476 0.843 0.568
#> CV:hclust 5 0.582 0.639 0.784 0.0952 0.908 0.718
#> MAD:hclust 5 0.657 0.649 0.783 0.0655 0.959 0.863
#> ATC:hclust 5 0.734 0.771 0.872 0.0239 0.987 0.955
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.658 0.554 0.763 0.0516 0.862 0.487
#> CV:NMF 6 0.644 0.499 0.736 0.0474 0.867 0.503
#> MAD:NMF 6 0.679 0.579 0.773 0.0436 0.896 0.573
#> ATC:NMF 6 0.668 0.617 0.786 0.0478 0.954 0.831
#> SD:skmeans 6 0.767 0.772 0.856 0.0496 0.926 0.718
#> CV:skmeans 6 0.807 0.745 0.857 0.0475 0.965 0.851
#> MAD:skmeans 6 0.795 0.740 0.835 0.0484 0.947 0.785
#> ATC:skmeans 6 0.755 0.747 0.859 0.0549 0.977 0.927
#> SD:mclust 6 0.639 0.609 0.780 0.0312 0.918 0.706
#> CV:mclust 6 0.626 0.442 0.680 0.0485 0.871 0.563
#> MAD:mclust 6 0.646 0.596 0.774 0.0364 0.966 0.872
#> ATC:mclust 6 0.569 0.346 0.636 0.0488 0.856 0.502
#> SD:kmeans 6 0.720 0.657 0.786 0.0515 0.962 0.847
#> CV:kmeans 6 0.712 0.589 0.762 0.0524 0.945 0.777
#> MAD:kmeans 6 0.698 0.573 0.758 0.0484 0.939 0.755
#> ATC:kmeans 6 0.773 0.809 0.846 0.0511 0.882 0.529
#> SD:pam 6 0.753 0.789 0.861 0.0530 0.931 0.696
#> CV:pam 6 0.807 0.760 0.877 0.0532 0.926 0.671
#> MAD:pam 6 0.769 0.641 0.788 0.0598 0.885 0.543
#> ATC:pam 6 0.755 0.640 0.779 0.0658 0.914 0.694
#> SD:hclust 6 0.594 0.630 0.763 0.0458 0.982 0.933
#> CV:hclust 6 0.646 0.571 0.740 0.0466 0.970 0.885
#> MAD:hclust 6 0.699 0.658 0.767 0.0450 0.937 0.774
#> ATC:hclust 6 0.760 0.797 0.865 0.0230 0.989 0.962
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 186 4.23e-05 2
#> CV:NMF 189 3.31e-04 2
#> MAD:NMF 187 8.28e-04 2
#> ATC:NMF 186 2.34e-03 2
#> SD:skmeans 189 4.49e-04 2
#> CV:skmeans 191 3.53e-04 2
#> MAD:skmeans 191 8.29e-04 2
#> ATC:skmeans 190 1.17e-03 2
#> SD:mclust 191 4.24e-03 2
#> CV:mclust 138 2.28e-03 2
#> MAD:mclust 180 2.71e-04 2
#> ATC:mclust 188 2.24e-03 2
#> SD:kmeans 185 1.95e-03 2
#> CV:kmeans 191 2.70e-03 2
#> MAD:kmeans 192 2.93e-03 2
#> ATC:kmeans 192 2.50e-03 2
#> SD:pam 188 2.70e-03 2
#> CV:pam 185 1.08e-03 2
#> MAD:pam 187 7.68e-04 2
#> ATC:pam 189 2.92e-03 2
#> SD:hclust 184 1.73e-07 2
#> CV:hclust 179 3.77e-06 2
#> MAD:hclust 172 4.89e-05 2
#> ATC:hclust 190 1.09e-03 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 182 3.69e-08 3
#> CV:NMF 172 1.16e-09 3
#> MAD:NMF 176 2.84e-06 3
#> ATC:NMF 185 7.81e-08 3
#> SD:skmeans 186 5.26e-06 3
#> CV:skmeans 190 3.21e-06 3
#> MAD:skmeans 186 4.60e-05 3
#> ATC:skmeans 189 5.66e-03 3
#> SD:mclust 28 NA 3
#> CV:mclust 182 2.63e-09 3
#> MAD:mclust 182 6.77e-08 3
#> ATC:mclust 187 7.20e-08 3
#> SD:kmeans 182 2.40e-10 3
#> CV:kmeans 191 2.43e-09 3
#> MAD:kmeans 186 5.85e-10 3
#> ATC:kmeans 188 1.76e-10 3
#> SD:pam 175 1.47e-09 3
#> CV:pam 180 2.24e-09 3
#> MAD:pam 183 4.95e-04 3
#> ATC:pam 192 1.22e-11 3
#> SD:hclust 164 5.29e-09 3
#> CV:hclust 165 8.86e-09 3
#> MAD:hclust 165 2.21e-10 3
#> ATC:hclust 184 1.52e-08 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 83 1.70e-03 4
#> CV:NMF 150 2.38e-05 4
#> MAD:NMF 142 5.71e-05 4
#> ATC:NMF 173 4.12e-08 4
#> SD:skmeans 168 1.33e-06 4
#> CV:skmeans 160 1.88e-05 4
#> MAD:skmeans 162 1.23e-05 4
#> ATC:skmeans 185 1.68e-03 4
#> SD:mclust 145 1.20e-07 4
#> CV:mclust 156 3.61e-08 4
#> MAD:mclust 170 3.90e-07 4
#> ATC:mclust 159 6.74e-08 4
#> SD:kmeans 189 1.23e-07 4
#> CV:kmeans 187 3.84e-09 4
#> MAD:kmeans 183 9.98e-10 4
#> ATC:kmeans 192 1.01e-10 4
#> SD:pam 188 3.05e-08 4
#> CV:pam 182 4.12e-09 4
#> MAD:pam 180 2.06e-07 4
#> ATC:pam 186 2.08e-10 4
#> SD:hclust 134 2.16e-08 4
#> CV:hclust 149 1.10e-07 4
#> MAD:hclust 170 5.50e-09 4
#> ATC:hclust 184 2.16e-10 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 161 6.27e-07 5
#> CV:NMF 152 2.36e-06 5
#> MAD:NMF 140 1.70e-05 5
#> ATC:NMF 151 1.14e-06 5
#> SD:skmeans 124 1.65e-05 5
#> CV:skmeans 162 2.99e-05 5
#> MAD:skmeans 163 3.26e-05 5
#> ATC:skmeans 182 5.32e-06 5
#> SD:mclust 158 4.60e-07 5
#> CV:mclust 147 3.38e-05 5
#> MAD:mclust 132 2.41e-07 5
#> ATC:mclust 135 1.15e-04 5
#> SD:kmeans 168 5.59e-06 5
#> CV:kmeans 161 4.46e-07 5
#> MAD:kmeans 153 8.37e-07 5
#> ATC:kmeans 181 1.52e-08 5
#> SD:pam 81 1.90e-02 5
#> CV:pam 181 1.04e-07 5
#> MAD:pam 81 3.13e-04 5
#> ATC:pam 187 2.26e-08 5
#> SD:hclust 147 1.99e-05 5
#> CV:hclust 147 1.25e-05 5
#> MAD:hclust 148 7.53e-08 5
#> ATC:hclust 180 3.67e-11 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 136 1.04e-06 6
#> CV:NMF 113 4.69e-05 6
#> MAD:NMF 134 2.28e-06 6
#> ATC:NMF 141 1.55e-07 6
#> SD:skmeans 177 2.60e-07 6
#> CV:skmeans 166 2.71e-08 6
#> MAD:skmeans 160 1.03e-06 6
#> ATC:skmeans 162 2.55e-06 6
#> SD:mclust 146 8.74e-07 6
#> CV:mclust 100 6.40e-04 6
#> MAD:mclust 136 8.00e-06 6
#> ATC:mclust 57 2.70e-01 6
#> SD:kmeans 157 1.34e-06 6
#> CV:kmeans 146 1.66e-06 6
#> MAD:kmeans 135 1.66e-06 6
#> ATC:kmeans 183 7.27e-08 6
#> SD:pam 184 9.48e-06 6
#> CV:pam 165 6.06e-06 6
#> MAD:pam 148 7.74e-06 6
#> ATC:pam 142 1.10e-05 6
#> SD:hclust 146 1.70e-05 6
#> CV:hclust 118 3.53e-05 6
#> MAD:hclust 154 3.28e-07 6
#> ATC:hclust 182 6.43e-11 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.799 0.893 0.953 0.3023 0.700 0.700
#> 3 3 0.506 0.666 0.850 0.8490 0.701 0.582
#> 4 4 0.498 0.477 0.665 0.1210 0.689 0.404
#> 5 5 0.553 0.630 0.770 0.1476 0.843 0.568
#> 6 6 0.594 0.630 0.763 0.0458 0.982 0.933
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.1843 0.9456 0.972 0.028
#> GSM94079 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.1843 0.9456 0.972 0.028
#> GSM94083 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94084 1 0.8608 0.5937 0.716 0.284
#> GSM94085 1 0.4022 0.9013 0.920 0.080
#> GSM94086 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94089 1 0.8608 0.5937 0.716 0.284
#> GSM94090 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.1414 0.9513 0.980 0.020
#> GSM94092 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94096 1 0.1843 0.9456 0.972 0.028
#> GSM94097 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94100 1 0.4161 0.8978 0.916 0.084
#> GSM94101 1 0.8608 0.5937 0.716 0.284
#> GSM94102 1 0.1184 0.9538 0.984 0.016
#> GSM94103 1 0.2236 0.9396 0.964 0.036
#> GSM94104 1 0.4022 0.9013 0.920 0.080
#> GSM94105 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94106 1 0.7056 0.7613 0.808 0.192
#> GSM94107 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94108 1 0.8608 0.5937 0.716 0.284
#> GSM94109 1 0.4690 0.8814 0.900 0.100
#> GSM94110 1 0.1843 0.9456 0.972 0.028
#> GSM94111 1 0.5178 0.8640 0.884 0.116
#> GSM94112 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.2236 0.9396 0.964 0.036
#> GSM94114 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94118 1 0.4298 0.8932 0.912 0.088
#> GSM94119 2 0.7950 0.7035 0.240 0.760
#> GSM94120 1 0.2948 0.9269 0.948 0.052
#> GSM94121 1 0.2948 0.9269 0.948 0.052
#> GSM94122 2 0.9866 0.3339 0.432 0.568
#> GSM94123 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.1843 0.9456 0.972 0.028
#> GSM94125 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.1184 0.9538 0.984 0.016
#> GSM94129 1 0.1843 0.9456 0.972 0.028
#> GSM94130 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.2236 0.9396 0.964 0.036
#> GSM94136 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.9933 0.2766 0.452 0.548
#> GSM94140 1 0.1414 0.9513 0.980 0.020
#> GSM94141 1 0.4562 0.8852 0.904 0.096
#> GSM94142 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.7139 0.7519 0.804 0.196
#> GSM94144 1 0.1184 0.9535 0.984 0.016
#> GSM94145 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0376 0.9601 0.996 0.004
#> GSM94148 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.6247 0.8116 0.844 0.156
#> GSM98786 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0376 0.9601 0.996 0.004
#> GSM98788 1 0.0376 0.9602 0.996 0.004
#> GSM98789 1 0.1414 0.9513 0.980 0.020
#> GSM98790 1 0.5842 0.8338 0.860 0.140
#> GSM98791 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.1414 0.9510 0.980 0.020
#> GSM98793 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98797 1 0.6531 0.7976 0.832 0.168
#> GSM98798 1 0.9248 0.4497 0.660 0.340
#> GSM98799 2 0.7950 0.7035 0.240 0.760
#> GSM98800 1 0.6801 0.7766 0.820 0.180
#> GSM98801 1 0.4161 0.8978 0.916 0.084
#> GSM94019 1 0.2236 0.9401 0.964 0.036
#> GSM94020 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0938 0.9560 0.988 0.012
#> GSM94023 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94026 1 0.4161 0.8978 0.916 0.084
#> GSM94027 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.1184 0.9538 0.984 0.016
#> GSM94030 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94031 2 1.0000 0.1172 0.496 0.504
#> GSM94032 1 0.1184 0.9538 0.984 0.016
#> GSM94033 1 0.8861 0.5493 0.696 0.304
#> GSM94034 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94035 1 0.6438 0.8035 0.836 0.164
#> GSM94036 1 0.1184 0.9538 0.984 0.016
#> GSM94037 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.9635 0.4501 0.388 0.612
#> GSM94044 2 0.7815 0.7127 0.232 0.768
#> GSM94045 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.1184 0.8710 0.016 0.984
#> GSM94058 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0376 0.9601 0.996 0.004
#> GSM94064 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.7815 0.7127 0.232 0.768
#> GSM94164 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.9933 0.2766 0.452 0.548
#> GSM94168 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94173 1 0.9988 -0.0432 0.520 0.480
#> GSM94174 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94175 1 0.7219 0.7455 0.800 0.200
#> GSM94176 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.7815 0.7127 0.232 0.768
#> GSM98767 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.9635 0.4501 0.388 0.612
#> GSM98772 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0376 0.9602 0.996 0.004
#> GSM98775 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.6801 0.7766 0.820 0.180
#> GSM98778 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.1184 0.8710 0.016 0.984
#> GSM98874 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 1 0.5706 0.55360 0.680 0.000 0.320
#> GSM94078 1 0.6252 0.25866 0.556 0.000 0.444
#> GSM94079 1 0.5678 0.56079 0.684 0.000 0.316
#> GSM94080 2 0.1031 0.92357 0.000 0.976 0.024
#> GSM94081 1 0.5706 0.55360 0.680 0.000 0.320
#> GSM94082 1 0.6260 0.24611 0.552 0.000 0.448
#> GSM94083 1 0.5678 0.56079 0.684 0.000 0.316
#> GSM94084 3 0.3412 0.54134 0.000 0.124 0.876
#> GSM94085 3 0.3619 0.69547 0.136 0.000 0.864
#> GSM94086 3 0.6309 -0.00782 0.496 0.000 0.504
#> GSM94087 1 0.1031 0.83249 0.976 0.000 0.024
#> GSM94088 1 0.5678 0.56100 0.684 0.000 0.316
#> GSM94089 3 0.3412 0.54134 0.000 0.124 0.876
#> GSM94090 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.5650 0.53978 0.312 0.000 0.688
#> GSM94092 1 0.5591 0.58001 0.696 0.000 0.304
#> GSM94093 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.6308 0.00609 0.492 0.000 0.508
#> GSM94095 1 0.6244 0.24551 0.560 0.000 0.440
#> GSM94096 1 0.6252 0.25866 0.556 0.000 0.444
#> GSM94097 1 0.1031 0.83249 0.976 0.000 0.024
#> GSM94098 1 0.5678 0.56079 0.684 0.000 0.316
#> GSM94099 1 0.5678 0.56100 0.684 0.000 0.316
#> GSM94100 3 0.3030 0.68748 0.092 0.004 0.904
#> GSM94101 3 0.3412 0.54134 0.000 0.124 0.876
#> GSM94102 3 0.5431 0.58466 0.284 0.000 0.716
#> GSM94103 3 0.5760 0.51067 0.328 0.000 0.672
#> GSM94104 3 0.3686 0.69551 0.140 0.000 0.860
#> GSM94105 3 0.6309 -0.00782 0.496 0.000 0.504
#> GSM94106 3 0.2903 0.62256 0.028 0.048 0.924
#> GSM94107 1 0.5785 0.53279 0.668 0.000 0.332
#> GSM94108 3 0.3412 0.54134 0.000 0.124 0.876
#> GSM94109 3 0.3690 0.68927 0.100 0.016 0.884
#> GSM94110 1 0.6252 0.25866 0.556 0.000 0.444
#> GSM94111 3 0.3550 0.67800 0.080 0.024 0.896
#> GSM94112 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.5760 0.51067 0.328 0.000 0.672
#> GSM94114 3 0.6309 -0.00782 0.496 0.000 0.504
#> GSM94115 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 1 0.5529 0.59258 0.704 0.000 0.296
#> GSM94117 1 0.4121 0.73792 0.832 0.000 0.168
#> GSM94118 3 0.3425 0.69316 0.112 0.004 0.884
#> GSM94119 2 0.5810 0.60759 0.000 0.664 0.336
#> GSM94120 3 0.5650 0.53938 0.312 0.000 0.688
#> GSM94121 3 0.5650 0.53938 0.312 0.000 0.688
#> GSM94122 3 0.6192 -0.10081 0.000 0.420 0.580
#> GSM94123 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 1 0.6252 0.25866 0.556 0.000 0.444
#> GSM94125 2 0.0424 0.92717 0.000 0.992 0.008
#> GSM94126 1 0.0237 0.83844 0.996 0.000 0.004
#> GSM94127 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5431 0.58466 0.284 0.000 0.716
#> GSM94129 1 0.6215 0.30730 0.572 0.000 0.428
#> GSM94130 1 0.0237 0.83844 0.996 0.000 0.004
#> GSM94131 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.5926 0.46749 0.356 0.000 0.644
#> GSM94136 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 1 0.5678 0.56035 0.684 0.000 0.316
#> GSM94138 1 0.1753 0.82317 0.952 0.000 0.048
#> GSM94139 3 0.6192 0.00205 0.000 0.420 0.580
#> GSM94140 3 0.5706 0.52445 0.320 0.000 0.680
#> GSM94141 3 0.3695 0.69066 0.108 0.012 0.880
#> GSM94142 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.3993 0.64058 0.064 0.052 0.884
#> GSM94144 1 0.5835 0.52258 0.660 0.000 0.340
#> GSM94145 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0592 0.83647 0.988 0.000 0.012
#> GSM94147 1 0.4702 0.70848 0.788 0.000 0.212
#> GSM94148 1 0.1529 0.82666 0.960 0.000 0.040
#> GSM98785 3 0.4665 0.67056 0.100 0.048 0.852
#> GSM98786 1 0.5254 0.64983 0.736 0.000 0.264
#> GSM98787 3 0.6302 0.05428 0.480 0.000 0.520
#> GSM98788 1 0.5650 0.57159 0.688 0.000 0.312
#> GSM98789 3 0.5650 0.53978 0.312 0.000 0.688
#> GSM98790 3 0.2982 0.66262 0.056 0.024 0.920
#> GSM98791 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 1 0.6192 0.32672 0.580 0.000 0.420
#> GSM98793 1 0.1643 0.82483 0.956 0.000 0.044
#> GSM98794 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.4749 0.65721 0.076 0.072 0.852
#> GSM98798 3 0.7351 0.46575 0.068 0.268 0.664
#> GSM98799 2 0.5810 0.60759 0.000 0.664 0.336
#> GSM98800 3 0.3967 0.65321 0.072 0.044 0.884
#> GSM98801 3 0.3030 0.68748 0.092 0.004 0.904
#> GSM94019 3 0.4974 0.63591 0.236 0.000 0.764
#> GSM94020 2 0.0747 0.92619 0.000 0.984 0.016
#> GSM94021 1 0.0237 0.83844 0.996 0.000 0.004
#> GSM94022 3 0.5859 0.48499 0.344 0.000 0.656
#> GSM94023 1 0.5650 0.56696 0.688 0.000 0.312
#> GSM94024 3 0.6309 -0.01245 0.496 0.000 0.504
#> GSM94025 1 0.0237 0.83844 0.996 0.000 0.004
#> GSM94026 3 0.3030 0.68748 0.092 0.004 0.904
#> GSM94027 1 0.0237 0.83844 0.996 0.000 0.004
#> GSM94028 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.5591 0.55845 0.304 0.000 0.696
#> GSM94030 1 0.5327 0.63202 0.728 0.000 0.272
#> GSM94031 3 0.5835 0.10258 0.000 0.340 0.660
#> GSM94032 3 0.6026 0.46531 0.376 0.000 0.624
#> GSM94033 3 0.3752 0.51400 0.000 0.144 0.856
#> GSM94034 1 0.5650 0.56696 0.688 0.000 0.312
#> GSM94035 3 0.3039 0.64776 0.044 0.036 0.920
#> GSM94036 1 0.6307 -0.13874 0.512 0.000 0.488
#> GSM94037 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0237 0.83840 0.996 0.000 0.004
#> GSM94041 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.1163 0.92197 0.000 0.972 0.028
#> GSM94043 3 0.6305 -0.24097 0.000 0.484 0.516
#> GSM94044 2 0.5560 0.64759 0.000 0.700 0.300
#> GSM94045 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.4842 0.69379 0.776 0.000 0.224
#> GSM94048 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.3267 0.78421 0.884 0.000 0.116
#> GSM94050 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.3752 0.76561 0.856 0.000 0.144
#> GSM94052 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.3038 0.79327 0.896 0.000 0.104
#> GSM94057 2 0.3412 0.86369 0.000 0.876 0.124
#> GSM94058 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 1 0.5327 0.63921 0.728 0.000 0.272
#> GSM94064 2 0.0592 0.92682 0.000 0.988 0.012
#> GSM94065 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0747 0.92619 0.000 0.984 0.016
#> GSM94067 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0592 0.92682 0.000 0.988 0.012
#> GSM94069 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.4235 0.74062 0.824 0.000 0.176
#> GSM94074 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0237 0.83844 0.996 0.000 0.004
#> GSM94160 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.5397 0.62205 0.720 0.000 0.280
#> GSM94163 2 0.5560 0.64759 0.000 0.700 0.300
#> GSM94164 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.6192 0.00205 0.000 0.420 0.580
#> GSM94168 1 0.0237 0.83846 0.996 0.000 0.004
#> GSM94169 1 0.4974 0.68137 0.764 0.000 0.236
#> GSM94170 1 0.0237 0.83825 0.996 0.000 0.004
#> GSM94171 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 3 0.5706 0.16132 0.000 0.320 0.680
#> GSM94174 1 0.4121 0.74697 0.832 0.000 0.168
#> GSM94175 3 0.4095 0.63717 0.064 0.056 0.880
#> GSM94176 1 0.2878 0.79773 0.904 0.000 0.096
#> GSM94177 1 0.1753 0.82305 0.952 0.000 0.048
#> GSM94178 2 0.5560 0.64759 0.000 0.700 0.300
#> GSM98767 1 0.1529 0.82622 0.960 0.000 0.040
#> GSM98768 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.4062 0.74857 0.836 0.000 0.164
#> GSM98770 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 3 0.6305 -0.24097 0.000 0.484 0.516
#> GSM98772 1 0.1964 0.81918 0.944 0.000 0.056
#> GSM98773 1 0.6309 0.01243 0.504 0.000 0.496
#> GSM98774 1 0.5733 0.55055 0.676 0.000 0.324
#> GSM98775 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.2356 0.81093 0.928 0.000 0.072
#> GSM98777 3 0.3967 0.65321 0.072 0.044 0.884
#> GSM98778 1 0.6309 0.01243 0.504 0.000 0.496
#> GSM98779 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0592 0.83641 0.988 0.000 0.012
#> GSM98781 1 0.5138 0.65824 0.748 0.000 0.252
#> GSM98782 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.83898 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0747 0.92619 0.000 0.984 0.016
#> GSM98872 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.3412 0.86369 0.000 0.876 0.124
#> GSM98874 2 0.0000 0.92748 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1031 0.92357 0.000 0.976 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94077 3 0.0707 0.55263 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM94078 3 0.2943 0.58769 0.076 0.000 0.892 0.032
#> GSM94079 3 0.0817 0.55027 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94080 2 0.5268 0.63841 0.008 0.540 0.000 0.452
#> GSM94081 3 0.0707 0.55263 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM94082 3 0.3056 0.58779 0.072 0.000 0.888 0.040
#> GSM94083 3 0.0817 0.55027 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94084 4 0.7733 0.66875 0.248 0.012 0.220 0.520
#> GSM94085 3 0.7646 -0.39324 0.304 0.000 0.460 0.236
#> GSM94086 3 0.4010 0.55335 0.156 0.000 0.816 0.028
#> GSM94087 1 0.4996 0.76736 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM94088 3 0.0817 0.55026 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94089 4 0.7733 0.66875 0.248 0.012 0.220 0.520
#> GSM94090 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.6993 0.13272 0.296 0.000 0.556 0.148
#> GSM94092 3 0.1389 0.52869 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94093 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94094 3 0.3863 0.54315 0.144 0.000 0.828 0.028
#> GSM94095 3 0.2909 0.58625 0.092 0.000 0.888 0.020
#> GSM94096 3 0.2943 0.58769 0.076 0.000 0.892 0.032
#> GSM94097 1 0.4996 0.76736 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM94098 3 0.0817 0.55027 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94099 3 0.0817 0.55026 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94100 1 0.7569 -0.63019 0.436 0.000 0.368 0.196
#> GSM94101 4 0.7733 0.66875 0.248 0.012 0.220 0.520
#> GSM94102 3 0.6091 0.11399 0.344 0.000 0.596 0.060
#> GSM94103 3 0.6279 0.19638 0.156 0.000 0.664 0.180
#> GSM94104 3 0.7626 -0.38578 0.304 0.000 0.464 0.232
#> GSM94105 3 0.4010 0.55335 0.156 0.000 0.816 0.028
#> GSM94106 4 0.7956 0.62145 0.300 0.004 0.276 0.420
#> GSM94107 3 0.1302 0.55392 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM94108 4 0.7733 0.66875 0.248 0.012 0.220 0.520
#> GSM94109 1 0.7312 -0.62274 0.436 0.000 0.412 0.152
#> GSM94110 3 0.2943 0.58769 0.076 0.000 0.892 0.032
#> GSM94111 1 0.7674 -0.65217 0.436 0.000 0.340 0.224
#> GSM94112 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.6279 0.19638 0.156 0.000 0.664 0.180
#> GSM94114 3 0.4010 0.55335 0.156 0.000 0.816 0.028
#> GSM94115 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94116 3 0.1637 0.51442 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM94117 3 0.3726 0.17230 0.212 0.000 0.788 0.000
#> GSM94118 3 0.7717 -0.41079 0.304 0.000 0.444 0.252
#> GSM94119 4 0.3560 0.24983 0.012 0.140 0.004 0.844
#> GSM94120 3 0.6570 0.14889 0.164 0.000 0.632 0.204
#> GSM94121 3 0.6602 0.14004 0.164 0.000 0.628 0.208
#> GSM94122 4 0.5637 0.53083 0.140 0.060 0.040 0.760
#> GSM94123 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94124 3 0.2943 0.58769 0.076 0.000 0.892 0.032
#> GSM94125 2 0.3649 0.78893 0.000 0.796 0.000 0.204
#> GSM94126 1 0.5000 0.78735 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM94127 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94128 3 0.6091 0.11399 0.344 0.000 0.596 0.060
#> GSM94129 3 0.2699 0.58657 0.068 0.000 0.904 0.028
#> GSM94130 1 0.4989 0.81137 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM94131 1 0.4989 0.81834 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM94132 1 0.4985 0.82155 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.4992 0.81568 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94135 3 0.6401 0.24133 0.176 0.000 0.652 0.172
#> GSM94136 1 0.4992 0.81568 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94137 3 0.0817 0.55039 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94138 3 0.4948 -0.64265 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM94139 4 0.4627 0.56322 0.036 0.024 0.128 0.812
#> GSM94140 3 0.6956 0.15659 0.288 0.000 0.564 0.148
#> GSM94141 3 0.7823 -0.44775 0.368 0.000 0.376 0.256
#> GSM94142 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94143 4 0.7733 0.59884 0.256 0.000 0.304 0.440
#> GSM94144 3 0.5148 0.45799 0.208 0.000 0.736 0.056
#> GSM94145 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94146 3 0.4996 -0.73999 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM94147 3 0.5157 0.12588 0.284 0.000 0.688 0.028
#> GSM94148 3 0.4972 -0.68376 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM98785 4 0.7815 0.54550 0.256 0.000 0.352 0.392
#> GSM98786 3 0.3335 0.45469 0.120 0.000 0.860 0.020
#> GSM98787 3 0.4188 0.53514 0.148 0.000 0.812 0.040
#> GSM98788 3 0.2530 0.53827 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM98789 3 0.6993 0.13272 0.296 0.000 0.556 0.148
#> GSM98790 4 0.7902 0.55665 0.304 0.000 0.328 0.368
#> GSM98791 1 0.4985 0.82155 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM98792 3 0.2300 0.58665 0.064 0.000 0.920 0.016
#> GSM98793 3 0.4907 -0.59104 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM98794 1 0.4992 0.81571 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM98795 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98796 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98797 4 0.7990 0.58050 0.276 0.004 0.316 0.404
#> GSM98798 4 0.6902 0.62472 0.124 0.008 0.268 0.600
#> GSM98799 4 0.3560 0.24983 0.012 0.140 0.004 0.844
#> GSM98800 4 0.7771 0.58453 0.256 0.000 0.320 0.424
#> GSM98801 1 0.7569 -0.63019 0.436 0.000 0.368 0.196
#> GSM94019 3 0.6806 -0.00852 0.344 0.000 0.544 0.112
#> GSM94020 2 0.4790 0.70450 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM94021 1 0.5000 0.78735 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM94022 3 0.5742 0.26249 0.300 0.000 0.648 0.052
#> GSM94023 3 0.1867 0.52926 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM94024 3 0.3812 0.54794 0.140 0.000 0.832 0.028
#> GSM94025 1 0.5000 0.78735 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM94026 1 0.7569 -0.63019 0.436 0.000 0.368 0.196
#> GSM94027 1 0.5000 0.78735 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.6058 0.17345 0.336 0.000 0.604 0.060
#> GSM94030 3 0.2647 0.47103 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM94031 4 0.6229 0.55800 0.212 0.040 0.052 0.696
#> GSM94032 1 0.6396 -0.45631 0.468 0.000 0.468 0.064
#> GSM94033 4 0.7710 0.66498 0.244 0.016 0.204 0.536
#> GSM94034 3 0.1867 0.52926 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM94035 4 0.8049 0.57459 0.304 0.004 0.316 0.376
#> GSM94036 1 0.6028 -0.31491 0.584 0.000 0.364 0.052
#> GSM94037 1 0.4992 0.81568 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94038 2 0.2921 0.81038 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM94039 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.4998 0.80082 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM94041 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94042 2 0.5277 0.62922 0.008 0.532 0.000 0.460
#> GSM94043 4 0.3353 0.49969 0.036 0.020 0.056 0.888
#> GSM94044 4 0.4074 0.17914 0.004 0.196 0.008 0.792
#> GSM94045 1 0.4992 0.81568 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94046 1 0.4992 0.81568 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94047 3 0.3625 0.35923 0.160 0.000 0.828 0.012
#> GSM94048 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94049 3 0.4431 -0.20029 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM94050 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94051 3 0.4621 -0.13550 0.284 0.000 0.708 0.008
#> GSM94052 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94055 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94056 3 0.5138 -0.43312 0.392 0.000 0.600 0.008
#> GSM94057 4 0.5607 -0.49907 0.020 0.488 0.000 0.492
#> GSM94058 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94059 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.3552 0.45608 0.128 0.000 0.848 0.024
#> GSM94064 2 0.4040 0.76933 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM94065 1 0.4985 0.82155 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94066 2 0.5244 0.65554 0.008 0.556 0.000 0.436
#> GSM94067 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94068 2 0.4837 0.72179 0.004 0.648 0.000 0.348
#> GSM94069 1 0.4989 0.81877 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94072 1 0.4985 0.82032 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94073 3 0.4387 0.12600 0.236 0.000 0.752 0.012
#> GSM94074 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94075 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94155 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4989 0.81137 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM94160 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94161 1 0.4989 0.81881 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM94162 3 0.2675 0.48625 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94163 4 0.4074 0.17914 0.004 0.196 0.008 0.792
#> GSM94164 1 0.4985 0.82155 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94165 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94166 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94167 4 0.4627 0.56322 0.036 0.024 0.128 0.812
#> GSM94168 1 0.4992 0.81456 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94169 3 0.3428 0.39335 0.144 0.000 0.844 0.012
#> GSM94170 1 0.4985 0.81955 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94171 1 0.4985 0.82155 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94172 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94173 4 0.7441 0.56752 0.244 0.080 0.068 0.608
#> GSM94174 3 0.4420 0.10975 0.240 0.000 0.748 0.012
#> GSM94175 4 0.7722 0.60284 0.256 0.000 0.300 0.444
#> GSM94176 3 0.5093 -0.36833 0.348 0.000 0.640 0.012
#> GSM94177 3 0.4948 -0.64306 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM94178 4 0.4074 0.17914 0.004 0.196 0.008 0.792
#> GSM98767 3 0.4941 -0.63052 0.436 0.000 0.564 0.000
#> GSM98768 1 0.4994 0.81093 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM98769 3 0.4155 0.06440 0.240 0.000 0.756 0.004
#> GSM98770 1 0.4992 0.81568 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM98771 4 0.3353 0.49969 0.036 0.020 0.056 0.888
#> GSM98772 3 0.4877 -0.55894 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM98773 3 0.3962 0.55807 0.152 0.000 0.820 0.028
#> GSM98774 3 0.2334 0.54964 0.088 0.000 0.908 0.004
#> GSM98775 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98776 3 0.4804 -0.49063 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM98777 4 0.7771 0.58453 0.256 0.000 0.320 0.424
#> GSM98778 3 0.3962 0.55807 0.152 0.000 0.820 0.028
#> GSM98779 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98780 1 0.5000 0.78563 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM98781 3 0.3249 0.39853 0.140 0.000 0.852 0.008
#> GSM98782 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98783 1 0.4994 0.81212 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM98784 1 0.4981 0.82328 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98871 2 0.4804 0.70167 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM98872 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.5607 -0.49907 0.020 0.488 0.000 0.492
#> GSM98874 2 0.0000 0.83895 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.5273 0.63442 0.008 0.536 0.000 0.456
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0290 0.8986 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.2127 0.6999 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM94078 3 0.3868 0.6375 0.060 0.000 0.800 0.140 0.000
#> GSM94079 3 0.2179 0.7008 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM94080 5 0.4735 0.1424 0.000 0.460 0.000 0.016 0.524
#> GSM94081 3 0.2127 0.6999 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM94082 3 0.3975 0.6378 0.064 0.000 0.792 0.144 0.000
#> GSM94083 3 0.2179 0.7008 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.5006 0.5774 0.000 0.000 0.180 0.704 0.116
#> GSM94085 4 0.4367 0.3932 0.000 0.000 0.416 0.580 0.004
#> GSM94086 3 0.4167 0.6244 0.044 0.000 0.812 0.104 0.040
#> GSM94087 1 0.2532 0.8648 0.892 0.000 0.088 0.008 0.012
#> GSM94088 3 0.2522 0.7005 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> GSM94089 4 0.5006 0.5774 0.000 0.000 0.180 0.704 0.116
#> GSM94090 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 4 0.7412 0.3570 0.044 0.000 0.264 0.448 0.244
#> GSM94092 3 0.2818 0.7009 0.132 0.000 0.856 0.012 0.000
#> GSM94093 1 0.1243 0.8903 0.960 0.000 0.028 0.004 0.008
#> GSM94094 3 0.4185 0.6125 0.036 0.000 0.804 0.124 0.036
#> GSM94095 3 0.3455 0.6654 0.060 0.000 0.856 0.064 0.020
#> GSM94096 3 0.3911 0.6349 0.060 0.000 0.796 0.144 0.000
#> GSM94097 1 0.2532 0.8648 0.892 0.000 0.088 0.008 0.012
#> GSM94098 3 0.2179 0.7008 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM94099 3 0.2522 0.7005 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> GSM94100 4 0.5139 0.4154 0.000 0.000 0.060 0.624 0.316
#> GSM94101 4 0.5006 0.5774 0.000 0.000 0.180 0.704 0.116
#> GSM94102 3 0.6234 0.2548 0.016 0.000 0.596 0.232 0.156
#> GSM94103 3 0.4327 0.2384 0.008 0.000 0.632 0.360 0.000
#> GSM94104 4 0.4390 0.3785 0.000 0.000 0.428 0.568 0.004
#> GSM94105 3 0.4167 0.6244 0.044 0.000 0.812 0.104 0.040
#> GSM94106 4 0.4221 0.6227 0.000 0.000 0.236 0.732 0.032
#> GSM94107 3 0.3022 0.6980 0.136 0.000 0.848 0.012 0.004
#> GSM94108 4 0.5006 0.5774 0.000 0.000 0.180 0.704 0.116
#> GSM94109 3 0.6537 -0.3197 0.000 0.000 0.404 0.400 0.196
#> GSM94110 3 0.3868 0.6375 0.060 0.000 0.800 0.140 0.000
#> GSM94111 4 0.5265 0.4454 0.000 0.000 0.080 0.636 0.284
#> GSM94112 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4327 0.2384 0.008 0.000 0.632 0.360 0.000
#> GSM94114 3 0.4167 0.6244 0.044 0.000 0.812 0.104 0.040
#> GSM94115 1 0.0451 0.8988 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM94116 3 0.2953 0.6982 0.144 0.000 0.844 0.012 0.000
#> GSM94117 3 0.4430 0.1568 0.456 0.000 0.540 0.000 0.004
#> GSM94118 4 0.4375 0.3900 0.000 0.000 0.420 0.576 0.004
#> GSM94119 5 0.5097 0.5667 0.000 0.056 0.000 0.320 0.624
#> GSM94120 3 0.4582 0.1046 0.012 0.000 0.572 0.416 0.000
#> GSM94121 3 0.4582 0.1021 0.012 0.000 0.572 0.416 0.000
#> GSM94122 4 0.4858 -0.1299 0.000 0.012 0.008 0.556 0.424
#> GSM94123 1 0.0000 0.8972 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.3868 0.6375 0.060 0.000 0.800 0.140 0.000
#> GSM94125 2 0.3305 0.6124 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> GSM94126 1 0.2966 0.8136 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.6234 0.2548 0.016 0.000 0.596 0.232 0.156
#> GSM94129 3 0.3569 0.6606 0.068 0.000 0.828 0.104 0.000
#> GSM94130 1 0.1525 0.8867 0.948 0.000 0.036 0.004 0.012
#> GSM94131 1 0.1282 0.8968 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM94132 1 0.0671 0.8996 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> GSM94133 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2377 0.8570 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.4747 0.2808 0.028 0.000 0.620 0.352 0.000
#> GSM94136 1 0.2377 0.8570 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.2179 0.7007 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.3790 0.7099 0.744 0.000 0.248 0.004 0.004
#> GSM94139 4 0.5768 -0.0637 0.000 0.000 0.088 0.484 0.428
#> GSM94140 4 0.7447 0.3397 0.048 0.000 0.272 0.448 0.232
#> GSM94141 4 0.5528 0.5180 0.000 0.000 0.140 0.644 0.216
#> GSM94142 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.4404 0.6175 0.004 0.000 0.252 0.716 0.028
#> GSM94144 3 0.6662 0.5453 0.192 0.000 0.596 0.160 0.052
#> GSM94145 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.3317 0.7967 0.804 0.000 0.188 0.004 0.004
#> GSM94147 3 0.5928 0.5125 0.308 0.000 0.596 0.068 0.028
#> GSM94148 1 0.3521 0.7411 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> GSM98785 4 0.4428 0.6145 0.004 0.000 0.284 0.692 0.020
#> GSM98786 3 0.4668 0.6560 0.188 0.000 0.736 0.072 0.004
#> GSM98787 3 0.4729 0.6135 0.048 0.000 0.768 0.140 0.044
#> GSM98788 3 0.3953 0.6910 0.148 0.000 0.792 0.060 0.000
#> GSM98789 4 0.7412 0.3570 0.044 0.000 0.264 0.448 0.244
#> GSM98790 4 0.4152 0.6139 0.000 0.000 0.168 0.772 0.060
#> GSM98791 1 0.1043 0.8964 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.3504 0.6660 0.064 0.000 0.840 0.092 0.004
#> GSM98793 1 0.4111 0.6482 0.708 0.000 0.280 0.008 0.004
#> GSM98794 1 0.1502 0.8929 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> GSM98795 1 0.0960 0.8902 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> GSM98796 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.4238 0.5128 0.000 0.000 0.068 0.768 0.164
#> GSM98798 4 0.6067 0.3989 0.000 0.000 0.164 0.560 0.276
#> GSM98799 5 0.5097 0.5667 0.000 0.056 0.000 0.320 0.624
#> GSM98800 4 0.4219 0.6190 0.004 0.000 0.264 0.716 0.016
#> GSM98801 4 0.5139 0.4154 0.000 0.000 0.060 0.624 0.316
#> GSM94019 3 0.6447 0.0636 0.012 0.000 0.512 0.336 0.140
#> GSM94020 2 0.4383 0.1594 0.000 0.572 0.000 0.004 0.424
#> GSM94021 1 0.2966 0.8136 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.6134 0.4224 0.044 0.000 0.648 0.188 0.120
#> GSM94023 3 0.3320 0.6888 0.164 0.000 0.820 0.012 0.004
#> GSM94024 3 0.4017 0.6221 0.040 0.000 0.820 0.104 0.036
#> GSM94025 1 0.2966 0.8136 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.5139 0.4154 0.000 0.000 0.060 0.624 0.316
#> GSM94027 1 0.2966 0.8136 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.6338 0.3347 0.036 0.000 0.616 0.208 0.140
#> GSM94030 3 0.4042 0.6692 0.212 0.000 0.756 0.032 0.000
#> GSM94031 4 0.4482 0.0391 0.000 0.012 0.000 0.612 0.376
#> GSM94032 3 0.8186 0.1111 0.172 0.000 0.404 0.256 0.168
#> GSM94033 4 0.5086 0.5506 0.000 0.000 0.156 0.700 0.144
#> GSM94034 3 0.3320 0.6888 0.164 0.000 0.820 0.012 0.004
#> GSM94035 4 0.4325 0.6271 0.000 0.000 0.220 0.736 0.044
#> GSM94036 3 0.8132 0.2392 0.300 0.000 0.384 0.180 0.136
#> GSM94037 1 0.2377 0.8570 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.2813 0.6954 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM94039 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2471 0.8535 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0451 0.8988 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM94042 5 0.4807 0.1732 0.000 0.448 0.000 0.020 0.532
#> GSM94043 5 0.5046 0.2356 0.000 0.000 0.032 0.468 0.500
#> GSM94044 5 0.5691 0.6074 0.000 0.112 0.000 0.296 0.592
#> GSM94045 1 0.2377 0.8570 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.2377 0.8570 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.4468 0.6338 0.228 0.000 0.728 0.040 0.004
#> GSM94048 1 0.0451 0.8988 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM94049 1 0.4341 0.3530 0.592 0.000 0.404 0.000 0.004
#> GSM94050 1 0.0290 0.8986 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5126 0.2487 0.432 0.000 0.536 0.024 0.008
#> GSM94052 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0960 0.8902 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> GSM94055 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.5152 0.6328 0.708 0.000 0.212 0.048 0.032
#> GSM94057 5 0.6055 0.2264 0.000 0.408 0.000 0.120 0.472
#> GSM94058 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0960 0.8902 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> GSM94060 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0290 0.8986 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.4480 0.6644 0.180 0.000 0.752 0.064 0.004
#> GSM94064 2 0.3730 0.5003 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM94065 1 0.1197 0.8952 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM94066 5 0.4559 0.0700 0.000 0.480 0.000 0.008 0.512
#> GSM94067 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4455 0.2111 0.000 0.588 0.000 0.008 0.404
#> GSM94069 1 0.1908 0.8768 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0451 0.8984 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM94073 3 0.4794 0.5463 0.308 0.000 0.656 0.032 0.004
#> GSM94074 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0960 0.8902 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> GSM94156 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.1569 0.8894 0.944 0.000 0.044 0.004 0.008
#> GSM94160 1 0.0960 0.8902 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> GSM94161 1 0.1121 0.8963 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.4332 0.6486 0.236 0.000 0.732 0.024 0.008
#> GSM94163 5 0.5691 0.6074 0.000 0.112 0.000 0.296 0.592
#> GSM94164 1 0.0771 0.8998 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.0703 0.8996 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0960 0.8902 0.972 0.000 0.016 0.004 0.008
#> GSM94167 4 0.5768 -0.0637 0.000 0.000 0.088 0.484 0.428
#> GSM94168 1 0.1732 0.8841 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.4193 0.6500 0.212 0.000 0.748 0.040 0.000
#> GSM94170 1 0.1059 0.8897 0.968 0.000 0.020 0.004 0.008
#> GSM94171 1 0.0963 0.8973 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0404 0.8993 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.5163 0.1671 0.000 0.024 0.024 0.636 0.316
#> GSM94174 3 0.4717 0.5444 0.308 0.000 0.660 0.028 0.004
#> GSM94175 4 0.4456 0.6170 0.004 0.000 0.248 0.716 0.032
#> GSM94176 1 0.4759 0.3413 0.592 0.000 0.388 0.016 0.004
#> GSM94177 1 0.3676 0.7356 0.760 0.000 0.232 0.004 0.004
#> GSM94178 5 0.5691 0.6074 0.000 0.112 0.000 0.296 0.592
#> GSM98767 1 0.3706 0.7243 0.756 0.000 0.236 0.004 0.004
#> GSM98768 1 0.2719 0.8440 0.852 0.000 0.144 0.004 0.000
#> GSM98769 3 0.4769 0.3882 0.392 0.000 0.588 0.016 0.004
#> GSM98770 1 0.2329 0.8591 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM98771 5 0.5046 0.2356 0.000 0.000 0.032 0.468 0.500
#> GSM98772 1 0.4037 0.6343 0.704 0.000 0.288 0.004 0.004
#> GSM98773 3 0.4238 0.6290 0.048 0.000 0.808 0.104 0.040
#> GSM98774 3 0.4062 0.6924 0.132 0.000 0.796 0.068 0.004
#> GSM98775 1 0.0162 0.8974 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.4403 0.5177 0.648 0.000 0.340 0.008 0.004
#> GSM98777 4 0.4219 0.6190 0.004 0.000 0.264 0.716 0.016
#> GSM98778 3 0.4238 0.6290 0.048 0.000 0.808 0.104 0.040
#> GSM98779 1 0.0703 0.8996 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.2471 0.8562 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.4455 0.6078 0.284 0.000 0.692 0.016 0.008
#> GSM98782 1 0.0510 0.8993 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.2377 0.8578 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.4390 0.1460 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428
#> GSM98872 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 5 0.6055 0.2264 0.000 0.408 0.000 0.120 0.472
#> GSM98874 2 0.0000 0.8392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 5 0.4731 0.1529 0.000 0.456 0.000 0.016 0.528
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0405 0.8708 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM94077 3 0.0865 0.7052 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM94078 3 0.3234 0.6451 0.008 0.000 0.812 0.164 0.012 0.004
#> GSM94079 3 0.0937 0.7056 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM94080 6 0.4219 0.3307 0.000 0.388 0.000 0.020 0.000 0.592
#> GSM94081 3 0.0865 0.7052 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM94082 3 0.3324 0.6453 0.008 0.000 0.808 0.164 0.016 0.004
#> GSM94083 3 0.0937 0.7056 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.3678 0.6429 0.000 0.000 0.128 0.788 0.000 0.084
#> GSM94085 4 0.4115 0.4257 0.000 0.000 0.360 0.624 0.012 0.004
#> GSM94086 3 0.4047 0.6473 0.008 0.000 0.804 0.092 0.048 0.048
#> GSM94087 1 0.3292 0.8193 0.844 0.000 0.056 0.008 0.084 0.008
#> GSM94088 3 0.1225 0.7061 0.036 0.000 0.952 0.012 0.000 0.000
#> GSM94089 4 0.3678 0.6429 0.000 0.000 0.128 0.788 0.000 0.084
#> GSM94090 2 0.0146 0.8164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94091 5 0.5099 0.6849 0.008 0.000 0.196 0.116 0.672 0.008
#> GSM94092 3 0.1657 0.7056 0.056 0.000 0.928 0.016 0.000 0.000
#> GSM94093 1 0.2067 0.8435 0.912 0.000 0.016 0.004 0.064 0.004
#> GSM94094 3 0.4274 0.6342 0.000 0.000 0.772 0.124 0.056 0.048
#> GSM94095 3 0.2602 0.6837 0.004 0.000 0.892 0.052 0.032 0.020
#> GSM94096 3 0.3269 0.6426 0.008 0.000 0.808 0.168 0.012 0.004
#> GSM94097 1 0.3292 0.8193 0.844 0.000 0.056 0.008 0.084 0.008
#> GSM94098 3 0.0937 0.7056 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM94099 3 0.1225 0.7061 0.036 0.000 0.952 0.012 0.000 0.000
#> GSM94100 5 0.2848 0.7424 0.000 0.000 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM94101 4 0.3678 0.6429 0.000 0.000 0.128 0.788 0.000 0.084
#> GSM94102 3 0.6791 0.3173 0.000 0.000 0.512 0.212 0.152 0.124
#> GSM94103 3 0.4321 0.2271 0.000 0.000 0.580 0.400 0.012 0.008
#> GSM94104 4 0.4058 0.4128 0.000 0.000 0.372 0.616 0.008 0.004
#> GSM94105 3 0.4047 0.6473 0.008 0.000 0.804 0.092 0.048 0.048
#> GSM94106 4 0.3219 0.6236 0.000 0.000 0.168 0.808 0.008 0.016
#> GSM94107 3 0.2765 0.6960 0.080 0.000 0.876 0.028 0.008 0.008
#> GSM94108 4 0.3678 0.6429 0.000 0.000 0.128 0.788 0.000 0.084
#> GSM94109 4 0.7492 0.0109 0.000 0.000 0.312 0.324 0.216 0.148
#> GSM94110 3 0.3234 0.6451 0.008 0.000 0.812 0.164 0.012 0.004
#> GSM94111 5 0.3941 0.6836 0.000 0.000 0.024 0.244 0.724 0.008
#> GSM94112 2 0.0000 0.8169 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4321 0.2271 0.000 0.000 0.580 0.400 0.012 0.008
#> GSM94114 3 0.4047 0.6473 0.008 0.000 0.804 0.092 0.048 0.048
#> GSM94115 1 0.0924 0.8718 0.972 0.000 0.008 0.008 0.004 0.008
#> GSM94116 3 0.2006 0.7029 0.060 0.000 0.916 0.016 0.004 0.004
#> GSM94117 3 0.4049 0.1802 0.412 0.000 0.580 0.000 0.004 0.004
#> GSM94118 4 0.4345 0.4313 0.000 0.000 0.344 0.628 0.012 0.016
#> GSM94119 6 0.3912 0.4588 0.000 0.012 0.000 0.340 0.000 0.648
#> GSM94120 3 0.4521 0.0954 0.000 0.000 0.524 0.448 0.024 0.004
#> GSM94121 3 0.4456 0.0823 0.000 0.000 0.520 0.456 0.020 0.004
#> GSM94122 4 0.4346 0.1286 0.000 0.004 0.008 0.588 0.008 0.392
#> GSM94123 1 0.0260 0.8689 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94124 3 0.3234 0.6451 0.008 0.000 0.812 0.164 0.012 0.004
#> GSM94125 2 0.3265 0.5528 0.000 0.748 0.000 0.004 0.000 0.248
#> GSM94126 1 0.3134 0.7813 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004 0.000
#> GSM94127 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94128 3 0.6791 0.3173 0.000 0.000 0.512 0.212 0.152 0.124
#> GSM94129 3 0.2600 0.6738 0.008 0.000 0.860 0.124 0.008 0.000
#> GSM94130 1 0.2377 0.8327 0.892 0.000 0.008 0.008 0.084 0.008
#> GSM94131 1 0.1371 0.8713 0.948 0.000 0.040 0.004 0.004 0.004
#> GSM94132 1 0.0748 0.8728 0.976 0.000 0.016 0.000 0.004 0.004
#> GSM94133 2 0.0000 0.8169 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2833 0.8220 0.836 0.000 0.148 0.012 0.004 0.000
#> GSM94135 3 0.4545 0.2668 0.004 0.000 0.572 0.400 0.012 0.012
#> GSM94136 1 0.2833 0.8220 0.836 0.000 0.148 0.012 0.004 0.000
#> GSM94137 3 0.0937 0.7059 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.4671 0.6387 0.668 0.000 0.268 0.052 0.004 0.008
#> GSM94139 4 0.4838 0.2115 0.000 0.000 0.060 0.544 0.000 0.396
#> GSM94140 5 0.5074 0.6715 0.008 0.000 0.208 0.116 0.664 0.004
#> GSM94141 5 0.5626 0.4843 0.000 0.000 0.096 0.356 0.528 0.020
#> GSM94142 1 0.1219 0.8546 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000
#> GSM94143 4 0.3510 0.6246 0.000 0.000 0.204 0.772 0.008 0.016
#> GSM94144 3 0.6764 0.4370 0.108 0.000 0.564 0.124 0.184 0.020
#> GSM94145 1 0.0405 0.8691 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM94146 1 0.4637 0.7228 0.716 0.000 0.208 0.048 0.016 0.012
#> GSM94147 3 0.6528 0.4676 0.196 0.000 0.588 0.108 0.084 0.024
#> GSM94148 1 0.4160 0.6728 0.696 0.000 0.272 0.020 0.004 0.008
#> GSM98785 4 0.4050 0.5953 0.000 0.000 0.232 0.728 0.024 0.016
#> GSM98786 3 0.4840 0.6459 0.072 0.000 0.744 0.124 0.048 0.012
#> GSM98787 3 0.4513 0.6448 0.004 0.000 0.764 0.104 0.084 0.044
#> GSM98788 3 0.3727 0.6918 0.044 0.000 0.816 0.112 0.016 0.012
#> GSM98789 5 0.5099 0.6849 0.008 0.000 0.196 0.116 0.672 0.008
#> GSM98790 4 0.4449 0.5141 0.000 0.000 0.124 0.712 0.164 0.000
#> GSM98791 1 0.1010 0.8704 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> GSM98792 3 0.2746 0.6832 0.008 0.000 0.868 0.100 0.020 0.004
#> GSM98793 1 0.5139 0.5558 0.624 0.000 0.296 0.056 0.008 0.016
#> GSM98794 1 0.1686 0.8681 0.932 0.000 0.052 0.008 0.004 0.004
#> GSM98795 1 0.1818 0.8423 0.920 0.000 0.004 0.004 0.068 0.004
#> GSM98796 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM98797 4 0.5346 0.0819 0.000 0.000 0.032 0.572 0.340 0.056
#> GSM98798 4 0.6405 0.4417 0.000 0.000 0.100 0.544 0.108 0.248
#> GSM98799 6 0.3912 0.4588 0.000 0.012 0.000 0.340 0.000 0.648
#> GSM98800 4 0.3604 0.6191 0.000 0.000 0.216 0.760 0.012 0.012
#> GSM98801 5 0.2848 0.7424 0.000 0.000 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM94019 3 0.7014 0.1599 0.000 0.000 0.428 0.312 0.136 0.124
#> GSM94020 2 0.4179 -0.0237 0.000 0.516 0.000 0.012 0.000 0.472
#> GSM94021 1 0.3134 0.7813 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004 0.000
#> GSM94022 3 0.6363 0.4761 0.020 0.000 0.616 0.148 0.112 0.104
#> GSM94023 3 0.3034 0.6830 0.108 0.000 0.852 0.024 0.008 0.008
#> GSM94024 3 0.3665 0.6441 0.000 0.000 0.820 0.092 0.048 0.040
#> GSM94025 1 0.2994 0.7833 0.788 0.000 0.208 0.000 0.004 0.000
#> GSM94026 5 0.2848 0.7424 0.000 0.000 0.008 0.160 0.828 0.004
#> GSM94027 1 0.3134 0.7813 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004 0.000
#> GSM94028 2 0.0146 0.8164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94029 3 0.6739 0.4093 0.020 0.000 0.572 0.164 0.124 0.120
#> GSM94030 3 0.4480 0.6718 0.112 0.000 0.764 0.092 0.016 0.016
#> GSM94031 4 0.5052 0.1877 0.000 0.004 0.000 0.592 0.084 0.320
#> GSM94032 3 0.8625 0.0505 0.156 0.000 0.336 0.176 0.212 0.120
#> GSM94033 4 0.3888 0.6271 0.000 0.000 0.108 0.780 0.004 0.108
#> GSM94034 3 0.3034 0.6830 0.108 0.000 0.852 0.024 0.008 0.008
#> GSM94035 4 0.4044 0.5858 0.000 0.000 0.148 0.772 0.064 0.016
#> GSM94036 3 0.8524 0.1815 0.236 0.000 0.332 0.200 0.104 0.128
#> GSM94037 1 0.2925 0.8202 0.832 0.000 0.148 0.016 0.004 0.000
#> GSM94038 2 0.2871 0.6431 0.000 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> GSM94039 2 0.0000 0.8169 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2558 0.8236 0.840 0.000 0.156 0.000 0.004 0.000
#> GSM94041 1 0.0810 0.8717 0.976 0.000 0.008 0.008 0.004 0.004
#> GSM94042 6 0.4263 0.3527 0.000 0.376 0.000 0.024 0.000 0.600
#> GSM94043 4 0.4333 -0.0209 0.000 0.000 0.020 0.512 0.000 0.468
#> GSM94044 6 0.4552 0.5285 0.000 0.060 0.000 0.300 0.000 0.640
#> GSM94045 1 0.3035 0.8187 0.828 0.000 0.148 0.016 0.008 0.000
#> GSM94046 1 0.3035 0.8187 0.828 0.000 0.148 0.016 0.008 0.000
#> GSM94047 3 0.5042 0.6243 0.100 0.000 0.732 0.112 0.032 0.024
#> GSM94048 1 0.0810 0.8717 0.976 0.000 0.008 0.008 0.004 0.004
#> GSM94049 1 0.4420 0.2957 0.536 0.000 0.444 0.012 0.004 0.004
#> GSM94050 1 0.0291 0.8707 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5929 0.4170 0.296 0.000 0.576 0.076 0.032 0.020
#> GSM94052 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94053 2 0.0146 0.8164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94054 1 0.1759 0.8440 0.924 0.000 0.004 0.004 0.064 0.004
#> GSM94055 1 0.0405 0.8691 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM94056 1 0.5373 0.5998 0.648 0.000 0.188 0.016 0.144 0.004
#> GSM94057 6 0.6178 0.3034 0.000 0.272 0.000 0.120 0.060 0.548
#> GSM94058 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94059 1 0.1818 0.8423 0.920 0.000 0.004 0.004 0.068 0.004
#> GSM94060 2 0.0000 0.8169 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0291 0.8707 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0146 0.8164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94063 3 0.4961 0.6553 0.068 0.000 0.736 0.136 0.036 0.024
#> GSM94064 2 0.4302 0.3463 0.000 0.628 0.000 0.004 0.024 0.344
#> GSM94065 1 0.1364 0.8691 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004 0.000
#> GSM94066 6 0.4101 0.2740 0.000 0.408 0.000 0.012 0.000 0.580
#> GSM94067 1 0.1219 0.8546 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000
#> GSM94068 2 0.4222 -0.0221 0.000 0.516 0.000 0.008 0.004 0.472
#> GSM94069 1 0.2196 0.8468 0.884 0.000 0.108 0.004 0.004 0.000
#> GSM94070 2 0.0146 0.8164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94071 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94072 1 0.0551 0.8709 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> GSM94073 3 0.5464 0.5513 0.176 0.000 0.676 0.100 0.028 0.020
#> GSM94074 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94075 1 0.0291 0.8695 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94155 1 0.1818 0.8423 0.920 0.000 0.004 0.004 0.068 0.004
#> GSM94156 2 0.0000 0.8169 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.2492 0.8354 0.888 0.000 0.020 0.008 0.080 0.004
#> GSM94160 1 0.1759 0.8440 0.924 0.000 0.004 0.004 0.064 0.004
#> GSM94161 1 0.1082 0.8706 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004 0.000
#> GSM94162 3 0.4380 0.6460 0.136 0.000 0.772 0.044 0.032 0.016
#> GSM94163 6 0.4552 0.5285 0.000 0.060 0.000 0.300 0.000 0.640
#> GSM94164 1 0.1096 0.8733 0.964 0.000 0.020 0.008 0.004 0.004
#> GSM94165 1 0.0603 0.8729 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM94166 1 0.1818 0.8423 0.920 0.000 0.004 0.004 0.068 0.004
#> GSM94167 4 0.4838 0.2115 0.000 0.000 0.060 0.544 0.000 0.396
#> GSM94168 1 0.1806 0.8581 0.908 0.000 0.088 0.000 0.004 0.000
#> GSM94169 3 0.4694 0.6442 0.084 0.000 0.756 0.112 0.032 0.016
#> GSM94170 1 0.1985 0.8429 0.916 0.000 0.008 0.004 0.064 0.008
#> GSM94171 1 0.0935 0.8710 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004 0.000
#> GSM94172 1 0.0436 0.8714 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004 0.000
#> GSM94173 4 0.5331 0.2673 0.000 0.004 0.016 0.604 0.080 0.296
#> GSM94174 3 0.5421 0.5509 0.176 0.000 0.680 0.096 0.028 0.020
#> GSM94175 4 0.3594 0.6256 0.000 0.000 0.204 0.768 0.008 0.020
#> GSM94176 1 0.5663 0.1821 0.488 0.000 0.416 0.068 0.008 0.020
#> GSM94177 1 0.4691 0.6615 0.684 0.000 0.244 0.056 0.004 0.012
#> GSM94178 6 0.4552 0.5285 0.000 0.060 0.000 0.300 0.000 0.640
#> GSM98767 1 0.4827 0.6532 0.680 0.000 0.244 0.052 0.008 0.016
#> GSM98768 1 0.4014 0.7798 0.772 0.000 0.164 0.048 0.008 0.008
#> GSM98769 3 0.5626 0.4790 0.252 0.000 0.628 0.068 0.036 0.016
#> GSM98770 1 0.2584 0.8268 0.848 0.000 0.144 0.004 0.004 0.000
#> GSM98771 4 0.4333 -0.0209 0.000 0.000 0.020 0.512 0.000 0.468
#> GSM98772 1 0.5029 0.5495 0.620 0.000 0.308 0.052 0.004 0.016
#> GSM98773 3 0.3934 0.6519 0.008 0.000 0.812 0.088 0.048 0.044
#> GSM98774 3 0.3600 0.6934 0.036 0.000 0.828 0.100 0.028 0.008
#> GSM98775 1 0.0405 0.8691 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM98776 1 0.5530 0.3966 0.552 0.000 0.356 0.064 0.012 0.016
#> GSM98777 4 0.3604 0.6191 0.000 0.000 0.216 0.760 0.012 0.012
#> GSM98778 3 0.3983 0.6529 0.008 0.000 0.808 0.092 0.048 0.044
#> GSM98779 1 0.0603 0.8729 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> GSM98780 1 0.2558 0.8276 0.840 0.000 0.156 0.000 0.000 0.004
#> GSM98781 3 0.4660 0.6009 0.184 0.000 0.732 0.040 0.028 0.016
#> GSM98782 1 0.0551 0.8714 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004 0.000
#> GSM98783 1 0.2624 0.8257 0.844 0.000 0.148 0.004 0.004 0.000
#> GSM98784 1 0.1219 0.8546 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048 0.000
#> GSM98871 2 0.4181 -0.0391 0.000 0.512 0.000 0.012 0.000 0.476
#> GSM98872 2 0.0146 0.8164 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98873 6 0.6178 0.3034 0.000 0.272 0.000 0.120 0.060 0.548
#> GSM98874 2 0.0000 0.8169 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 6 0.4209 0.3385 0.000 0.384 0.000 0.020 0.000 0.596
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:hclust 184 1.73e-07 2
#> SD:hclust 164 5.29e-09 3
#> SD:hclust 134 2.16e-08 4
#> SD:hclust 147 1.99e-05 5
#> SD:hclust 146 1.70e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.957 0.945 0.975 0.4149 0.564 0.564
#> 3 3 0.790 0.851 0.932 0.4700 0.626 0.434
#> 4 4 0.823 0.907 0.930 0.1736 0.823 0.580
#> 5 5 0.777 0.766 0.874 0.0733 0.917 0.726
#> 6 6 0.720 0.657 0.786 0.0515 0.962 0.847
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.9732 0.442 0.404 0.596
#> GSM94097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.7602 0.734 0.220 0.780
#> GSM94101 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94104 2 0.9922 0.333 0.448 0.552
#> GSM94105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.9129 0.586 0.328 0.672
#> GSM94110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94111 2 0.7453 0.744 0.212 0.788
#> GSM94112 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.9922 0.333 0.448 0.552
#> GSM94119 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94121 2 0.9933 0.321 0.452 0.548
#> GSM94122 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.9732 0.442 0.404 0.596
#> GSM94125 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.9522 0.508 0.372 0.628
#> GSM94142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> GSM94144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.6343 0.796 0.160 0.840
#> GSM98798 2 0.7219 0.756 0.200 0.800
#> GSM98799 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.9710 0.451 0.400 0.600
#> GSM98801 2 0.9909 0.344 0.444 0.556
#> GSM94019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.9129 0.586 0.328 0.672
#> GSM94027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.918 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.4842 0.716 0.224 0.000 0.776
#> GSM94078 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.5926 0.586 0.356 0.000 0.644
#> GSM94082 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.1031 0.964 0.976 0.000 0.024
#> GSM94084 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.6008 0.561 0.372 0.000 0.628
#> GSM94087 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0747 0.817 0.016 0.000 0.984
#> GSM94089 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94092 3 0.5810 0.614 0.336 0.000 0.664
#> GSM94093 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.5810 0.614 0.336 0.000 0.664
#> GSM94096 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.6299 0.332 0.476 0.000 0.524
#> GSM94099 1 0.5905 0.296 0.648 0.000 0.352
#> GSM94100 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 3 0.3879 0.753 0.152 0.000 0.848
#> GSM94103 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.6309 0.273 0.496 0.000 0.504
#> GSM94106 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.5835 0.609 0.340 0.000 0.660
#> GSM94108 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.6008 0.561 0.372 0.000 0.628
#> GSM94115 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.5706 0.633 0.320 0.000 0.680
#> GSM94117 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94118 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 3 0.5968 0.274 0.000 0.364 0.636
#> GSM94120 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 3 0.6154 0.141 0.000 0.408 0.592
#> GSM94123 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.6204 0.458 0.424 0.000 0.576
#> GSM94138 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 3 0.5988 0.567 0.368 0.000 0.632
#> GSM94148 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.0892 0.816 0.020 0.000 0.980
#> GSM98787 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98788 3 0.5098 0.703 0.248 0.000 0.752
#> GSM98789 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98790 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 3 0.5988 0.263 0.000 0.368 0.632
#> GSM98800 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.5327 0.682 0.272 0.000 0.728
#> GSM94023 3 0.5591 0.651 0.304 0.000 0.696
#> GSM94024 3 0.2959 0.779 0.100 0.000 0.900
#> GSM94025 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.6026 0.554 0.376 0.000 0.624
#> GSM94030 3 0.5835 0.609 0.340 0.000 0.660
#> GSM94031 2 0.5650 0.619 0.000 0.688 0.312
#> GSM94032 3 0.5560 0.655 0.300 0.000 0.700
#> GSM94033 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.6307 0.298 0.488 0.000 0.512
#> GSM94035 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.6026 0.554 0.376 0.000 0.624
#> GSM94037 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 3 0.6008 0.252 0.000 0.372 0.628
#> GSM94045 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.0747 0.817 0.016 0.000 0.984
#> GSM94048 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5835 0.609 0.340 0.000 0.660
#> GSM94052 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.5948 0.580 0.360 0.000 0.640
#> GSM94074 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.5905 0.592 0.352 0.000 0.648
#> GSM94163 2 0.1964 0.916 0.000 0.944 0.056
#> GSM94164 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.5882 0.559 0.000 0.652 0.348
#> GSM94174 1 0.2878 0.868 0.904 0.000 0.096
#> GSM94175 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.5882 0.598 0.348 0.000 0.652
#> GSM98770 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.5835 0.609 0.340 0.000 0.660
#> GSM98774 3 0.2066 0.798 0.060 0.000 0.940
#> GSM98775 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 3 0.0000 0.823 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.6295 0.342 0.472 0.000 0.528
#> GSM98779 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.5988 0.568 0.368 0.000 0.632
#> GSM98782 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.5810 0.579 0.000 0.664 0.336
#> GSM98874 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94077 3 0.0817 0.919 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94078 3 0.3123 0.787 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM94079 3 0.2973 0.838 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0921 0.920 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM94082 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94083 3 0.2921 0.842 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM94084 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94085 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94086 3 0.1022 0.919 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM94087 1 0.3485 0.875 0.856 0.000 0.028 0.116
#> GSM94088 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94089 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94090 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.2530 0.874 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM94092 3 0.0707 0.920 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM94093 1 0.3485 0.875 0.856 0.000 0.028 0.116
#> GSM94094 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94095 3 0.0921 0.920 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM94096 4 0.3400 0.872 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM94097 3 0.6013 0.645 0.196 0.000 0.684 0.120
#> GSM94098 3 0.1389 0.914 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94099 3 0.2081 0.889 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM94100 4 0.1867 0.883 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM94101 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94102 3 0.1716 0.894 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM94103 3 0.1637 0.891 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM94104 4 0.4431 0.716 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM94105 3 0.1557 0.910 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM94106 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94107 3 0.0921 0.920 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM94108 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94109 4 0.4454 0.711 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM94110 3 0.2921 0.808 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM94111 4 0.1716 0.884 0.000 0.000 0.064 0.936
#> GSM94112 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.2814 0.818 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM94114 3 0.0921 0.920 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM94115 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94116 3 0.0188 0.917 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94117 3 0.3024 0.834 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM94118 4 0.4967 0.369 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM94119 4 0.3286 0.893 0.000 0.044 0.080 0.876
#> GSM94120 3 0.3074 0.792 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM94121 4 0.4040 0.800 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM94122 4 0.3301 0.890 0.000 0.048 0.076 0.876
#> GSM94123 1 0.1388 0.947 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM94124 4 0.3074 0.895 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM94125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94127 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94128 3 0.0921 0.912 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM94129 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94130 1 0.3384 0.877 0.860 0.000 0.024 0.116
#> GSM94131 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94132 1 0.0188 0.964 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94135 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94136 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94137 3 0.1211 0.916 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94138 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94139 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94140 3 0.2593 0.871 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM94141 4 0.1637 0.886 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM94142 1 0.2222 0.926 0.924 0.000 0.016 0.060
#> GSM94143 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94144 3 0.2408 0.875 0.000 0.000 0.896 0.104
#> GSM94145 1 0.0592 0.958 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94146 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94147 3 0.2546 0.875 0.008 0.000 0.900 0.092
#> GSM94148 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98785 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM98786 3 0.1118 0.910 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM98787 3 0.1211 0.909 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM98788 3 0.0817 0.920 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM98789 4 0.2081 0.836 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM98790 4 0.2589 0.910 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM98791 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM98792 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM98793 1 0.4643 0.448 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM98794 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98795 1 0.3441 0.874 0.856 0.000 0.024 0.120
#> GSM98796 1 0.1297 0.951 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM98797 4 0.1637 0.886 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM98798 4 0.2589 0.910 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM98799 4 0.3286 0.893 0.000 0.044 0.080 0.876
#> GSM98800 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM98801 4 0.1867 0.883 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM94019 3 0.1557 0.898 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM94020 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94022 3 0.0817 0.920 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94023 3 0.0817 0.920 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94024 3 0.0817 0.919 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94025 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94026 4 0.1867 0.883 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM94027 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94028 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2623 0.899 0.028 0.000 0.908 0.064
#> GSM94030 3 0.0817 0.920 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM94031 4 0.2647 0.819 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM94032 3 0.2987 0.863 0.016 0.000 0.880 0.104
#> GSM94033 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94034 3 0.1389 0.912 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94035 4 0.2589 0.910 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM94036 3 0.1109 0.920 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM94037 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94038 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94041 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94042 4 0.4304 0.620 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM94043 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94044 4 0.3286 0.893 0.000 0.044 0.080 0.876
#> GSM94045 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94046 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94047 3 0.1209 0.910 0.004 0.000 0.964 0.032
#> GSM94048 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94049 3 0.3123 0.826 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM94050 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94051 3 0.2334 0.879 0.004 0.000 0.908 0.088
#> GSM94052 1 0.1059 0.952 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM94053 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3143 0.891 0.876 0.000 0.024 0.100
#> GSM94055 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94056 1 0.5719 0.705 0.712 0.000 0.176 0.112
#> GSM94057 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94059 1 0.2443 0.922 0.916 0.000 0.024 0.060
#> GSM94060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.3024 0.798 0.000 0.000 0.852 0.148
#> GSM94064 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0921 0.954 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM94068 2 0.0817 0.974 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM94069 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94072 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94073 3 0.1004 0.920 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM94074 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94075 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94155 1 0.3384 0.877 0.860 0.000 0.024 0.116
#> GSM94156 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3384 0.877 0.860 0.000 0.024 0.116
#> GSM94160 1 0.1975 0.935 0.936 0.000 0.016 0.048
#> GSM94161 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94162 3 0.0921 0.920 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM94163 4 0.3942 0.691 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM94164 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94165 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94166 1 0.2443 0.922 0.916 0.000 0.024 0.060
#> GSM94167 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94168 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94169 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94170 1 0.2489 0.919 0.912 0.000 0.020 0.068
#> GSM94171 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94172 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94173 4 0.2859 0.828 0.000 0.112 0.008 0.880
#> GSM94174 3 0.2814 0.844 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM94175 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94176 3 0.3494 0.802 0.172 0.000 0.824 0.004
#> GSM94177 1 0.1022 0.957 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM94178 4 0.4250 0.632 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM98767 1 0.0921 0.959 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98768 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98769 3 0.2334 0.879 0.004 0.000 0.908 0.088
#> GSM98770 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM98771 4 0.2704 0.911 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM98772 1 0.0469 0.964 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98773 3 0.0921 0.920 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM98774 3 0.1022 0.909 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM98775 1 0.0336 0.964 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98776 3 0.4730 0.495 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM98777 4 0.3074 0.895 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM98778 3 0.1557 0.910 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM98779 1 0.0524 0.965 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM98780 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM98781 3 0.2334 0.879 0.004 0.000 0.908 0.088
#> GSM98782 1 0.0592 0.959 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM98783 1 0.0657 0.964 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM98784 1 0.0921 0.954 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM98871 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.4222 0.647 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM98874 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0290 0.8960 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94077 3 0.0771 0.8541 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> GSM94078 3 0.3420 0.7957 0.000 0.000 0.840 0.084 0.076
#> GSM94079 3 0.1310 0.8506 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM94080 2 0.2890 0.8473 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM94081 3 0.0798 0.8539 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> GSM94082 3 0.1430 0.8487 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM94083 3 0.1310 0.8506 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM94084 4 0.1251 0.8823 0.000 0.000 0.008 0.956 0.036
#> GSM94085 3 0.0963 0.8532 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94086 3 0.1444 0.8485 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> GSM94087 5 0.5029 0.4429 0.292 0.000 0.060 0.000 0.648
#> GSM94088 3 0.1197 0.8503 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM94089 4 0.1251 0.8822 0.000 0.000 0.008 0.956 0.036
#> GSM94090 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.3456 0.5013 0.000 0.000 0.184 0.016 0.800
#> GSM94092 3 0.1121 0.8505 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94093 5 0.4602 0.5170 0.240 0.000 0.052 0.000 0.708
#> GSM94094 3 0.0609 0.8527 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94095 3 0.1082 0.8511 0.008 0.000 0.964 0.000 0.028
#> GSM94096 4 0.5137 0.5903 0.000 0.000 0.228 0.676 0.096
#> GSM94097 5 0.4671 0.5863 0.116 0.000 0.144 0.000 0.740
#> GSM94098 3 0.1012 0.8526 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> GSM94099 3 0.1168 0.8524 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032
#> GSM94100 5 0.4904 -0.2902 0.000 0.000 0.024 0.472 0.504
#> GSM94101 4 0.1251 0.8823 0.000 0.000 0.008 0.956 0.036
#> GSM94102 3 0.4415 0.4392 0.000 0.000 0.604 0.008 0.388
#> GSM94103 3 0.2438 0.8335 0.000 0.000 0.900 0.040 0.060
#> GSM94104 3 0.5166 0.5713 0.000 0.000 0.680 0.212 0.108
#> GSM94105 3 0.1444 0.8485 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> GSM94106 4 0.2017 0.8710 0.000 0.000 0.008 0.912 0.080
#> GSM94107 3 0.1106 0.8524 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> GSM94108 4 0.0992 0.8830 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM94109 3 0.6729 -0.0141 0.000 0.000 0.408 0.328 0.264
#> GSM94110 3 0.3180 0.8077 0.000 0.000 0.856 0.068 0.076
#> GSM94111 4 0.4886 0.3764 0.000 0.000 0.024 0.528 0.448
#> GSM94112 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.3242 0.8069 0.000 0.000 0.852 0.072 0.076
#> GSM94114 3 0.1444 0.8485 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> GSM94115 1 0.0880 0.8978 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM94116 3 0.1965 0.8334 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM94117 3 0.1568 0.8481 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> GSM94118 3 0.4909 0.6656 0.000 0.000 0.716 0.164 0.120
#> GSM94119 4 0.0486 0.8801 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> GSM94120 3 0.4394 0.7417 0.000 0.000 0.764 0.100 0.136
#> GSM94121 3 0.5961 0.3614 0.000 0.000 0.552 0.316 0.132
#> GSM94122 4 0.0486 0.8801 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> GSM94123 1 0.2471 0.8185 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM94124 4 0.4269 0.7571 0.000 0.000 0.116 0.776 0.108
#> GSM94125 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2079 0.8777 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> GSM94127 1 0.0510 0.8956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94128 3 0.3861 0.6714 0.000 0.000 0.728 0.008 0.264
#> GSM94129 3 0.1571 0.8469 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM94130 5 0.4074 0.2921 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> GSM94131 1 0.1608 0.8859 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM94132 1 0.0510 0.8956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94133 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1671 0.8857 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM94135 3 0.2569 0.8306 0.000 0.000 0.892 0.040 0.068
#> GSM94136 1 0.1671 0.8857 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM94137 3 0.0807 0.8540 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> GSM94138 1 0.1608 0.8859 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM94139 4 0.0992 0.8835 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM94140 5 0.2825 0.5444 0.000 0.000 0.124 0.016 0.860
#> GSM94141 4 0.4666 0.4620 0.000 0.000 0.016 0.572 0.412
#> GSM94142 1 0.3932 0.5193 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM94143 4 0.2358 0.8627 0.000 0.000 0.008 0.888 0.104
#> GSM94144 5 0.4213 0.3012 0.000 0.000 0.308 0.012 0.680
#> GSM94145 1 0.1043 0.8888 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94146 1 0.2011 0.8807 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> GSM94147 5 0.4960 0.1626 0.020 0.000 0.388 0.008 0.584
#> GSM94148 1 0.1270 0.8916 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM98785 4 0.2411 0.8614 0.000 0.000 0.008 0.884 0.108
#> GSM98786 3 0.3582 0.7502 0.000 0.000 0.768 0.008 0.224
#> GSM98787 3 0.3551 0.7082 0.000 0.000 0.772 0.008 0.220
#> GSM98788 3 0.1121 0.8515 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM98789 5 0.3994 0.4318 0.000 0.000 0.068 0.140 0.792
#> GSM98790 4 0.2389 0.8546 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> GSM98791 1 0.0510 0.8971 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98792 3 0.1571 0.8469 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM98793 1 0.4930 0.5824 0.716 0.000 0.144 0.000 0.140
#> GSM98794 1 0.0609 0.8972 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98795 5 0.3957 0.4665 0.280 0.000 0.008 0.000 0.712
#> GSM98796 1 0.1671 0.8747 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM98797 4 0.4067 0.6701 0.000 0.000 0.008 0.692 0.300
#> GSM98798 4 0.2563 0.8517 0.000 0.000 0.008 0.872 0.120
#> GSM98799 4 0.0486 0.8801 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> GSM98800 4 0.3016 0.8409 0.000 0.000 0.020 0.848 0.132
#> GSM98801 5 0.4902 -0.2800 0.000 0.000 0.024 0.468 0.508
#> GSM94019 3 0.3663 0.7695 0.000 0.000 0.776 0.016 0.208
#> GSM94020 2 0.2890 0.8473 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM94021 1 0.1956 0.8825 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> GSM94022 3 0.0963 0.8515 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94023 3 0.0794 0.8535 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94024 3 0.0898 0.8524 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> GSM94025 1 0.0451 0.8954 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM94026 5 0.4902 -0.2800 0.000 0.000 0.024 0.468 0.508
#> GSM94027 1 0.1981 0.8805 0.920 0.000 0.016 0.000 0.064
#> GSM94028 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2681 0.8121 0.012 0.000 0.876 0.004 0.108
#> GSM94030 3 0.1357 0.8535 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> GSM94031 4 0.1331 0.8678 0.000 0.008 0.000 0.952 0.040
#> GSM94032 5 0.3488 0.5217 0.008 0.000 0.180 0.008 0.804
#> GSM94033 4 0.0290 0.8818 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM94034 3 0.2171 0.8380 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064
#> GSM94035 4 0.2719 0.8403 0.000 0.000 0.004 0.852 0.144
#> GSM94036 3 0.2189 0.8382 0.012 0.000 0.904 0.000 0.084
#> GSM94037 1 0.1732 0.8854 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM94038 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1410 0.8904 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM94041 1 0.0609 0.8977 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94042 4 0.1638 0.8418 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> GSM94043 4 0.0451 0.8808 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM94044 4 0.0486 0.8801 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> GSM94045 1 0.1732 0.8854 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM94046 1 0.1732 0.8854 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM94047 3 0.3409 0.8044 0.000 0.000 0.824 0.032 0.144
#> GSM94048 1 0.0880 0.8978 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM94049 3 0.4170 0.6886 0.140 0.000 0.780 0.000 0.080
#> GSM94050 1 0.0703 0.8971 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94051 5 0.4555 -0.0776 0.008 0.000 0.472 0.000 0.520
#> GSM94052 1 0.1544 0.8751 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM94053 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4297 0.2217 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM94055 1 0.0794 0.8927 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94056 5 0.4657 0.4499 0.296 0.000 0.036 0.000 0.668
#> GSM94057 2 0.0794 0.9475 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94058 1 0.0404 0.8960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94059 1 0.4161 0.4412 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> GSM94060 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0703 0.8984 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94062 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.4212 0.7663 0.000 0.000 0.776 0.080 0.144
#> GSM94064 2 0.0771 0.9499 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94065 1 0.0404 0.8987 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94066 2 0.1124 0.9399 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM94067 1 0.2561 0.8063 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> GSM94068 2 0.3550 0.7560 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM94069 1 0.0703 0.8981 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94070 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1270 0.8848 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM94072 1 0.0510 0.8956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94073 3 0.2852 0.7738 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM94074 1 0.0404 0.8960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94075 1 0.0404 0.8960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94155 5 0.4182 0.2150 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM94156 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.4088 0.2858 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM94160 1 0.3305 0.7348 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> GSM94161 1 0.0404 0.8962 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94162 3 0.1282 0.8529 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> GSM94163 4 0.0671 0.8745 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM94164 1 0.0609 0.8977 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94165 1 0.0510 0.8989 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94166 1 0.4015 0.5087 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM94167 4 0.0451 0.8825 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM94168 1 0.0000 0.8968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.3053 0.8067 0.000 0.000 0.828 0.008 0.164
#> GSM94170 1 0.4235 0.3611 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM94171 1 0.0162 0.8965 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94172 1 0.0609 0.8986 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94173 4 0.1124 0.8686 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM94174 3 0.4627 0.6638 0.080 0.000 0.732 0.000 0.188
#> GSM94175 4 0.2358 0.8627 0.000 0.000 0.008 0.888 0.104
#> GSM94176 3 0.6109 0.3201 0.220 0.000 0.568 0.000 0.212
#> GSM94177 1 0.3003 0.7790 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM94178 4 0.1357 0.8543 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> GSM98767 1 0.2929 0.7883 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> GSM98768 1 0.1671 0.8858 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM98769 3 0.4283 0.2334 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> GSM98770 1 0.1197 0.8943 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM98771 4 0.0451 0.8808 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM98772 1 0.1544 0.8863 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM98773 3 0.0807 0.8540 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> GSM98774 3 0.1544 0.8468 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM98775 1 0.0510 0.8956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98776 1 0.6120 0.1998 0.556 0.000 0.268 0.000 0.176
#> GSM98777 4 0.4312 0.7543 0.000 0.000 0.104 0.772 0.124
#> GSM98778 3 0.1444 0.8485 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> GSM98779 1 0.0510 0.8971 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98780 1 0.1792 0.8861 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM98781 3 0.3177 0.7442 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM98782 1 0.1121 0.8900 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM98783 1 0.1732 0.8833 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM98784 1 0.2424 0.8226 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM98871 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.4276 0.7267 0.000 0.168 0.000 0.764 0.068
#> GSM98874 2 0.0000 0.9602 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.2890 0.8473 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0363 0.7676 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94077 3 0.1349 0.7741 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM94078 3 0.4286 0.6747 0.000 0.000 0.712 0.060 0.004 0.224
#> GSM94079 3 0.0520 0.7721 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM94080 2 0.3828 0.7444 0.000 0.724 0.000 0.252 0.016 0.008
#> GSM94081 3 0.0405 0.7730 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM94082 3 0.2814 0.7481 0.000 0.000 0.820 0.000 0.008 0.172
#> GSM94083 3 0.0520 0.7721 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM94084 4 0.2378 0.7975 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM94085 3 0.2003 0.7672 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM94086 3 0.0632 0.7670 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94087 5 0.2883 0.5849 0.068 0.000 0.060 0.000 0.864 0.008
#> GSM94088 3 0.2070 0.7690 0.000 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM94089 4 0.2491 0.7929 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM94090 2 0.0260 0.9192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94091 5 0.4206 0.2760 0.000 0.000 0.024 0.000 0.620 0.356
#> GSM94092 3 0.2631 0.7537 0.000 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM94093 5 0.2736 0.5865 0.076 0.000 0.028 0.000 0.876 0.020
#> GSM94094 3 0.0632 0.7680 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94095 3 0.0458 0.7699 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94096 4 0.5953 0.2089 0.000 0.000 0.308 0.448 0.000 0.244
#> GSM94097 5 0.2545 0.5549 0.024 0.000 0.068 0.000 0.888 0.020
#> GSM94098 3 0.0405 0.7722 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM94099 3 0.1757 0.7720 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM94100 6 0.6051 0.4701 0.000 0.000 0.012 0.188 0.320 0.480
#> GSM94101 4 0.2340 0.7986 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM94102 6 0.5848 0.1967 0.000 0.000 0.380 0.000 0.192 0.428
#> GSM94103 3 0.3543 0.7141 0.000 0.000 0.764 0.020 0.004 0.212
#> GSM94104 3 0.4625 0.6196 0.000 0.000 0.684 0.072 0.008 0.236
#> GSM94105 3 0.0713 0.7662 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM94106 4 0.2772 0.7858 0.000 0.000 0.000 0.816 0.004 0.180
#> GSM94107 3 0.0458 0.7709 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94108 4 0.2003 0.8041 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM94109 3 0.6197 -0.1100 0.000 0.000 0.452 0.068 0.080 0.400
#> GSM94110 3 0.4112 0.6843 0.000 0.000 0.724 0.048 0.004 0.224
#> GSM94111 6 0.6088 0.4843 0.000 0.000 0.012 0.248 0.244 0.496
#> GSM94112 2 0.0000 0.9190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4001 0.6896 0.000 0.000 0.708 0.028 0.004 0.260
#> GSM94114 3 0.0632 0.7670 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94115 1 0.3155 0.7709 0.828 0.000 0.004 0.000 0.036 0.132
#> GSM94116 3 0.4107 0.6597 0.000 0.000 0.700 0.000 0.044 0.256
#> GSM94117 3 0.1983 0.7465 0.012 0.000 0.916 0.000 0.012 0.060
#> GSM94118 3 0.5036 0.5427 0.000 0.000 0.568 0.088 0.000 0.344
#> GSM94119 4 0.0146 0.7911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94120 3 0.4808 0.5708 0.000 0.000 0.576 0.064 0.000 0.360
#> GSM94121 3 0.5155 0.5098 0.000 0.000 0.556 0.100 0.000 0.344
#> GSM94122 4 0.0146 0.7911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94123 1 0.3136 0.5116 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228 0.004
#> GSM94124 4 0.5531 0.4240 0.000 0.000 0.184 0.552 0.000 0.264
#> GSM94125 2 0.0622 0.9151 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM94126 1 0.5486 0.7126 0.672 0.000 0.096 0.000 0.084 0.148
#> GSM94127 1 0.0260 0.7647 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94128 3 0.5061 0.1087 0.000 0.000 0.496 0.000 0.076 0.428
#> GSM94129 3 0.3043 0.7416 0.000 0.000 0.792 0.000 0.008 0.200
#> GSM94130 5 0.2581 0.5977 0.120 0.000 0.000 0.000 0.860 0.020
#> GSM94131 1 0.4503 0.7506 0.700 0.000 0.000 0.000 0.108 0.192
#> GSM94132 1 0.0622 0.7591 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM94133 2 0.0000 0.9190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.4558 0.7447 0.700 0.000 0.000 0.000 0.132 0.168
#> GSM94135 3 0.3780 0.7093 0.000 0.000 0.728 0.020 0.004 0.248
#> GSM94136 1 0.4716 0.7366 0.680 0.000 0.000 0.000 0.136 0.184
#> GSM94137 3 0.0603 0.7732 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94138 1 0.5125 0.7091 0.636 0.000 0.004 0.000 0.140 0.220
#> GSM94139 4 0.2300 0.7999 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM94140 5 0.3922 0.2850 0.000 0.000 0.016 0.000 0.664 0.320
#> GSM94141 6 0.5858 0.3981 0.000 0.000 0.000 0.300 0.224 0.476
#> GSM94142 1 0.3944 -0.0258 0.568 0.000 0.000 0.000 0.428 0.004
#> GSM94143 4 0.2912 0.7653 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM94144 5 0.4895 0.1461 0.000 0.000 0.060 0.000 0.496 0.444
#> GSM94145 1 0.1411 0.7239 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM94146 1 0.5071 0.7315 0.668 0.000 0.012 0.000 0.152 0.168
#> GSM94147 5 0.5461 0.2794 0.000 0.000 0.140 0.000 0.528 0.332
#> GSM94148 1 0.4545 0.7471 0.696 0.000 0.000 0.000 0.112 0.192
#> GSM98785 4 0.2793 0.7754 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM98786 3 0.5404 0.4416 0.000 0.000 0.480 0.000 0.116 0.404
#> GSM98787 3 0.4745 0.4425 0.000 0.000 0.644 0.000 0.088 0.268
#> GSM98788 3 0.2631 0.7551 0.000 0.000 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM98789 5 0.4234 0.2450 0.000 0.000 0.016 0.004 0.608 0.372
#> GSM98790 4 0.3593 0.7330 0.000 0.000 0.000 0.748 0.024 0.228
#> GSM98791 1 0.1088 0.7767 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM98792 3 0.3012 0.7391 0.000 0.000 0.796 0.000 0.008 0.196
#> GSM98793 1 0.6868 0.3909 0.424 0.000 0.076 0.000 0.176 0.324
#> GSM98794 1 0.3946 0.7690 0.752 0.000 0.004 0.000 0.052 0.192
#> GSM98795 5 0.2163 0.5903 0.092 0.000 0.000 0.000 0.892 0.016
#> GSM98796 1 0.2362 0.6619 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM98797 6 0.5523 0.2001 0.000 0.000 0.000 0.360 0.140 0.500
#> GSM98798 4 0.4249 0.6494 0.000 0.000 0.000 0.688 0.052 0.260
#> GSM98799 4 0.0146 0.7911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM98800 4 0.3528 0.6822 0.000 0.000 0.000 0.700 0.004 0.296
#> GSM98801 6 0.5998 0.4693 0.000 0.000 0.012 0.180 0.316 0.492
#> GSM94019 3 0.4080 0.5112 0.000 0.000 0.536 0.008 0.000 0.456
#> GSM94020 2 0.3828 0.7444 0.000 0.724 0.000 0.252 0.016 0.008
#> GSM94021 1 0.5577 0.7178 0.644 0.000 0.052 0.000 0.112 0.192
#> GSM94022 3 0.0632 0.7687 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94023 3 0.1007 0.7705 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM94024 3 0.0458 0.7699 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94025 1 0.3513 0.7664 0.824 0.000 0.056 0.000 0.020 0.100
#> GSM94026 6 0.6010 0.4746 0.000 0.000 0.012 0.184 0.312 0.492
#> GSM94027 1 0.5443 0.7174 0.676 0.000 0.088 0.000 0.088 0.148
#> GSM94028 2 0.0260 0.9192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94029 3 0.1549 0.7486 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> GSM94030 3 0.2774 0.7341 0.040 0.000 0.872 0.000 0.012 0.076
#> GSM94031 4 0.2261 0.7344 0.000 0.004 0.000 0.884 0.008 0.104
#> GSM94032 5 0.4718 0.1550 0.000 0.000 0.068 0.000 0.616 0.316
#> GSM94033 4 0.0865 0.8017 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94034 3 0.3795 0.6535 0.060 0.000 0.800 0.000 0.020 0.120
#> GSM94035 4 0.4101 0.6420 0.000 0.000 0.000 0.664 0.028 0.308
#> GSM94036 3 0.4107 0.6352 0.060 0.000 0.780 0.000 0.032 0.128
#> GSM94037 1 0.4595 0.7425 0.696 0.000 0.000 0.000 0.136 0.168
#> GSM94038 2 0.0984 0.9125 0.000 0.968 0.000 0.012 0.012 0.008
#> GSM94039 2 0.0000 0.9190 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.4190 0.7587 0.740 0.000 0.000 0.000 0.112 0.148
#> GSM94041 1 0.2512 0.7807 0.868 0.000 0.008 0.000 0.008 0.116
#> GSM94042 4 0.0976 0.7753 0.000 0.008 0.000 0.968 0.016 0.008
#> GSM94043 4 0.0458 0.7979 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94044 4 0.0146 0.7911 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94045 1 0.4595 0.7425 0.696 0.000 0.000 0.000 0.136 0.168
#> GSM94046 1 0.4595 0.7425 0.696 0.000 0.000 0.000 0.136 0.168
#> GSM94047 3 0.5138 0.5204 0.000 0.000 0.520 0.020 0.044 0.416
#> GSM94048 1 0.2573 0.7825 0.864 0.000 0.000 0.000 0.024 0.112
#> GSM94049 3 0.6468 0.2259 0.156 0.000 0.536 0.000 0.076 0.232
#> GSM94050 1 0.0891 0.7744 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM94051 5 0.5679 0.2429 0.000 0.000 0.176 0.000 0.500 0.324
#> GSM94052 1 0.2165 0.6796 0.884 0.000 0.000 0.000 0.108 0.008
#> GSM94053 2 0.0405 0.9190 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94054 5 0.3394 0.5418 0.236 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012
#> GSM94055 1 0.0603 0.7565 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM94056 5 0.3894 0.5700 0.088 0.000 0.008 0.000 0.784 0.120
#> GSM94057 2 0.2405 0.8651 0.000 0.880 0.000 0.100 0.004 0.016
#> GSM94058 1 0.0260 0.7647 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94059 5 0.3872 0.3196 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.004
#> GSM94060 2 0.0260 0.9192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94061 1 0.1719 0.7829 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.060
#> GSM94062 2 0.0405 0.9190 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94063 3 0.5038 0.5345 0.000 0.000 0.524 0.032 0.024 0.420
#> GSM94064 2 0.2063 0.8900 0.000 0.912 0.000 0.060 0.020 0.008
#> GSM94065 1 0.3394 0.7783 0.804 0.000 0.000 0.000 0.052 0.144
#> GSM94066 2 0.2658 0.8587 0.000 0.864 0.000 0.112 0.016 0.008
#> GSM94067 1 0.3265 0.4902 0.748 0.000 0.000 0.000 0.248 0.004
#> GSM94068 2 0.4404 0.4957 0.000 0.576 0.000 0.400 0.016 0.008
#> GSM94069 1 0.3681 0.7741 0.780 0.000 0.000 0.000 0.064 0.156
#> GSM94070 2 0.0405 0.9190 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94071 1 0.1471 0.7206 0.932 0.000 0.000 0.000 0.064 0.004
#> GSM94072 1 0.0458 0.7659 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94073 3 0.5206 0.5003 0.000 0.000 0.588 0.000 0.128 0.284
#> GSM94074 1 0.0260 0.7647 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94075 1 0.0260 0.7647 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94155 5 0.2762 0.5812 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> GSM94156 2 0.0260 0.9192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94157 5 0.2704 0.5904 0.140 0.000 0.000 0.000 0.844 0.016
#> GSM94160 1 0.3769 0.3870 0.640 0.000 0.000 0.000 0.356 0.004
#> GSM94161 1 0.0993 0.7733 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> GSM94162 3 0.2147 0.7669 0.000 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084
#> GSM94163 4 0.0717 0.7805 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM94164 1 0.3088 0.7808 0.808 0.000 0.000 0.000 0.020 0.172
#> GSM94165 1 0.1895 0.7857 0.912 0.000 0.000 0.000 0.016 0.072
#> GSM94166 5 0.3998 0.0844 0.492 0.000 0.000 0.000 0.504 0.004
#> GSM94167 4 0.1267 0.8041 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM94168 1 0.2750 0.7846 0.844 0.000 0.000 0.000 0.020 0.136
#> GSM94169 3 0.4508 0.5746 0.000 0.000 0.568 0.000 0.036 0.396
#> GSM94170 5 0.3898 0.3762 0.336 0.000 0.000 0.000 0.652 0.012
#> GSM94171 1 0.1349 0.7807 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM94172 1 0.1807 0.7855 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.060
#> GSM94173 4 0.1285 0.7719 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM94174 6 0.6587 -0.2212 0.064 0.000 0.400 0.000 0.136 0.400
#> GSM94175 4 0.2762 0.7773 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> GSM94176 6 0.7524 -0.1166 0.172 0.000 0.312 0.000 0.192 0.324
#> GSM94177 1 0.5879 0.5327 0.508 0.000 0.008 0.000 0.180 0.304
#> GSM94178 4 0.0976 0.7753 0.000 0.008 0.000 0.968 0.016 0.008
#> GSM98767 1 0.5902 0.5219 0.504 0.000 0.008 0.000 0.184 0.304
#> GSM98768 1 0.5158 0.7058 0.632 0.000 0.004 0.000 0.144 0.220
#> GSM98769 5 0.5875 0.1919 0.000 0.000 0.228 0.000 0.472 0.300
#> GSM98770 1 0.4085 0.7645 0.748 0.000 0.000 0.000 0.096 0.156
#> GSM98771 4 0.0363 0.7971 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM98772 1 0.5275 0.6992 0.624 0.000 0.008 0.000 0.140 0.228
#> GSM98773 3 0.0146 0.7727 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98774 3 0.3014 0.7443 0.000 0.000 0.804 0.000 0.012 0.184
#> GSM98775 1 0.0405 0.7631 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM98776 1 0.7125 0.3090 0.388 0.000 0.108 0.000 0.172 0.332
#> GSM98777 4 0.4615 0.5560 0.000 0.000 0.044 0.612 0.004 0.340
#> GSM98778 3 0.0632 0.7688 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM98779 1 0.0520 0.7691 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM98780 1 0.4595 0.7429 0.696 0.000 0.000 0.000 0.136 0.168
#> GSM98781 3 0.5348 0.4493 0.000 0.000 0.592 0.000 0.192 0.216
#> GSM98782 1 0.0603 0.7565 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> GSM98783 1 0.5619 0.7093 0.636 0.000 0.044 0.000 0.132 0.188
#> GSM98784 1 0.3109 0.5184 0.772 0.000 0.000 0.000 0.224 0.004
#> GSM98871 2 0.0984 0.9125 0.000 0.968 0.000 0.012 0.012 0.008
#> GSM98872 2 0.0405 0.9190 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM98873 4 0.6055 0.4143 0.000 0.152 0.000 0.576 0.048 0.224
#> GSM98874 2 0.0260 0.9192 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98875 2 0.3852 0.7402 0.000 0.720 0.000 0.256 0.016 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:kmeans 185 1.95e-03 2
#> SD:kmeans 182 2.40e-10 3
#> SD:kmeans 189 1.23e-07 4
#> SD:kmeans 168 5.59e-06 5
#> SD:kmeans 157 1.34e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.988 0.4891 0.508 0.508
#> 3 3 0.920 0.934 0.972 0.3038 0.797 0.621
#> 4 4 0.777 0.748 0.874 0.1040 0.948 0.858
#> 5 5 0.779 0.593 0.783 0.0768 0.828 0.529
#> 6 6 0.767 0.772 0.856 0.0496 0.926 0.718
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94082 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94086 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94091 2 0.706 0.769 0.192 0.808
#> GSM94092 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.971 0.369 0.400 0.600
#> GSM94095 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.971 0.369 0.400 0.600
#> GSM94103 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94104 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94114 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.722 0.758 0.200 0.800
#> GSM94129 2 0.714 0.763 0.196 0.804
#> GSM94130 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94140 2 0.722 0.758 0.200 0.800
#> GSM94141 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.529 0.859 0.880 0.120
#> GSM94145 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.163 0.973 0.976 0.024
#> GSM98787 2 0.295 0.927 0.052 0.948
#> GSM98788 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98789 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98790 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98792 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.456 0.890 0.904 0.096
#> GSM94025 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.163 0.974 0.976 0.024
#> GSM94048 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94063 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94169 2 0.985 0.291 0.428 0.572
#> GSM94170 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.000 0.974 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.000 0.974 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94078 3 0.5968 0.4544 0.000 0.364 0.636
#> GSM94079 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94085 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.4589 0.7672 0.820 0.172 0.008
#> GSM94092 3 0.0237 0.9226 0.004 0.000 0.996
#> GSM94093 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94099 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 3 0.8208 0.1149 0.072 0.452 0.476
#> GSM94103 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 2 0.5785 0.4957 0.000 0.668 0.332
#> GSM94105 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94109 2 0.4605 0.7331 0.000 0.796 0.204
#> GSM94110 3 0.0424 0.9199 0.000 0.008 0.992
#> GSM94111 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4504 0.7461 0.000 0.196 0.804
#> GSM94114 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.4555 0.7504 0.200 0.000 0.800
#> GSM94117 3 0.3412 0.8345 0.124 0.000 0.876
#> GSM94118 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94120 2 0.3340 0.8441 0.000 0.880 0.120
#> GSM94121 2 0.2711 0.8840 0.000 0.912 0.088
#> GSM94122 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.3038 0.8747 0.896 0.000 0.104
#> GSM94127 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.1163 0.9085 0.028 0.000 0.972
#> GSM94129 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.3482 0.8225 0.000 0.128 0.872
#> GSM94136 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94140 2 0.6215 0.2384 0.428 0.572 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94144 1 0.1643 0.9358 0.956 0.044 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98787 3 0.6305 0.0532 0.000 0.484 0.516
#> GSM98788 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM98789 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.1643 0.8945 0.000 0.044 0.956
#> GSM98793 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.1031 0.9113 0.024 0.000 0.976
#> GSM94023 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.3038 0.8747 0.896 0.000 0.104
#> GSM94026 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM94030 3 0.4555 0.7504 0.200 0.000 0.800
#> GSM94031 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 1 0.5138 0.6532 0.748 0.000 0.252
#> GSM94033 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94034 3 0.4555 0.7504 0.200 0.000 0.800
#> GSM94035 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94036 3 0.4555 0.7504 0.200 0.000 0.800
#> GSM94037 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0424 0.9737 0.992 0.008 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.3752 0.8241 0.856 0.000 0.144
#> GSM94163 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 1 0.6111 0.3471 0.604 0.396 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 1 0.4178 0.7859 0.828 0.000 0.172
#> GSM98775 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98778 3 0.0000 0.9245 0.000 0.000 1.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9796 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.3801 0.690 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM94078 3 0.7823 0.233 0.000 0.272 0.408 0.320
#> GSM94079 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94080 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94082 3 0.4222 0.667 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM94083 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94084 4 0.3486 0.747 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM94085 3 0.4193 0.668 0.000 0.268 0.732 0.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.4679 0.540 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.4222 0.667 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM94089 4 0.4222 0.655 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM94090 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94091 2 0.0336 0.485 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM94092 3 0.4088 0.688 0.004 0.232 0.764 0.000
#> GSM94093 1 0.4961 0.347 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94096 4 0.4401 0.650 0.000 0.272 0.004 0.724
#> GSM94097 1 0.4985 0.296 0.532 0.468 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94099 3 0.4508 0.690 0.036 0.184 0.780 0.000
#> GSM94100 2 0.4500 0.654 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM94101 4 0.3486 0.747 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM94102 2 0.4869 0.510 0.004 0.708 0.276 0.012
#> GSM94103 3 0.4539 0.663 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM94104 4 0.7344 0.234 0.000 0.188 0.300 0.512
#> GSM94105 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94106 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94108 4 0.3486 0.747 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM94109 3 0.7872 -0.273 0.000 0.280 0.376 0.344
#> GSM94110 3 0.4663 0.660 0.000 0.272 0.716 0.012
#> GSM94111 2 0.4977 0.353 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM94112 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94113 3 0.7382 0.421 0.000 0.276 0.516 0.208
#> GSM94114 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.4925 0.495 0.000 0.428 0.572 0.000
#> GSM94117 3 0.4800 0.378 0.340 0.004 0.656 0.000
#> GSM94118 4 0.4164 0.665 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM94119 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 4 0.4567 0.640 0.000 0.276 0.008 0.716
#> GSM94121 4 0.3486 0.747 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM94122 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.4222 0.655 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM94125 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.4250 0.567 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 2 0.4730 0.393 0.000 0.636 0.364 0.000
#> GSM94129 3 0.4222 0.667 0.000 0.272 0.728 0.000
#> GSM94130 1 0.4679 0.540 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.7008 0.493 0.000 0.276 0.564 0.160
#> GSM94136 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 2 0.4539 0.678 0.008 0.720 0.000 0.272
#> GSM94141 4 0.4776 0.203 0.000 0.376 0.000 0.624
#> GSM94142 1 0.1389 0.870 0.952 0.048 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 2 0.5477 0.554 0.180 0.728 0.000 0.092
#> GSM94145 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.4961 0.357 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0336 0.898 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM98786 1 0.4999 0.260 0.508 0.492 0.000 0.000
#> GSM98787 2 0.6442 0.257 0.000 0.492 0.440 0.068
#> GSM98788 3 0.2761 0.716 0.048 0.048 0.904 0.000
#> GSM98789 2 0.4250 0.678 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM98790 4 0.0469 0.896 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM98791 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.5169 0.644 0.000 0.272 0.696 0.032
#> GSM98793 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.4981 0.307 0.536 0.464 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.4746 0.230 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM98798 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 4 0.1940 0.847 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM98801 2 0.4500 0.654 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM94019 4 0.4999 0.176 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM94020 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.1398 0.866 0.956 0.004 0.040 0.000
#> GSM94022 3 0.4532 0.568 0.052 0.156 0.792 0.000
#> GSM94023 3 0.1042 0.724 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.3486 0.706 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM94026 2 0.4500 0.654 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM94027 1 0.3837 0.651 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM94028 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94029 3 0.3311 0.577 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM94030 3 0.4769 0.414 0.308 0.008 0.684 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94032 2 0.4635 0.507 0.012 0.720 0.268 0.000
#> GSM94033 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.4655 0.411 0.312 0.004 0.684 0.000
#> GSM94035 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.4655 0.411 0.312 0.004 0.684 0.000
#> GSM94037 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94038 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94039 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94043 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.4718 0.547 0.708 0.280 0.000 0.012
#> GSM94048 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.4776 0.499 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.4585 0.571 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.4605 0.565 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM94057 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.4356 0.625 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM94060 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94062 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94063 4 0.4428 0.645 0.000 0.276 0.004 0.720
#> GSM94064 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0188 0.896 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0336 0.895 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.4679 0.540 0.648 0.352 0.000 0.000
#> GSM94156 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.4624 0.559 0.660 0.340 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.1211 0.875 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.2408 0.816 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.2216 0.838 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 2 0.7030 0.140 0.408 0.472 0.000 0.120
#> GSM94170 1 0.2469 0.824 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0336 0.895 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94175 4 0.0336 0.898 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94176 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0336 0.896 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.4661 0.547 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.3271 0.776 0.856 0.012 0.132 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0336 0.895 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM98777 4 0.4222 0.655 0.000 0.272 0.000 0.728
#> GSM98778 3 0.3486 0.549 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.4543 0.583 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0188 0.897 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.898 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98872 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98873 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98874 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98875 4 0.0000 0.903 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.6360 -0.0294 0.000 0.164 0.448 0.388 0.000
#> GSM94078 4 0.2927 0.7179 0.000 0.060 0.068 0.872 0.000
#> GSM94079 3 0.5812 0.3793 0.000 0.432 0.476 0.092 0.000
#> GSM94080 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94081 3 0.5812 0.3793 0.000 0.432 0.476 0.092 0.000
#> GSM94082 4 0.2329 0.6880 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> GSM94083 3 0.5812 0.3793 0.000 0.432 0.476 0.092 0.000
#> GSM94084 4 0.5971 0.2846 0.000 0.396 0.000 0.492 0.112
#> GSM94085 4 0.5816 0.3744 0.000 0.132 0.280 0.588 0.000
#> GSM94086 3 0.5773 0.3801 0.000 0.436 0.476 0.088 0.000
#> GSM94087 3 0.6540 0.2139 0.300 0.000 0.472 0.000 0.228
#> GSM94088 4 0.2864 0.6725 0.000 0.012 0.136 0.852 0.000
#> GSM94089 4 0.3519 0.6812 0.000 0.216 0.000 0.776 0.008
#> GSM94090 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94091 5 0.4283 0.2656 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM94092 3 0.7998 0.0964 0.132 0.152 0.384 0.332 0.000
#> GSM94093 3 0.6571 0.1810 0.268 0.000 0.472 0.000 0.260
#> GSM94094 3 0.5773 0.3801 0.000 0.436 0.476 0.088 0.000
#> GSM94095 3 0.5773 0.3801 0.000 0.436 0.476 0.088 0.000
#> GSM94096 4 0.3519 0.6812 0.000 0.216 0.000 0.776 0.008
#> GSM94097 3 0.6565 0.1542 0.248 0.000 0.472 0.000 0.280
#> GSM94098 3 0.5812 0.3793 0.000 0.432 0.476 0.092 0.000
#> GSM94099 3 0.7990 0.2257 0.228 0.152 0.448 0.172 0.000
#> GSM94100 5 0.0000 0.3844 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 4 0.5717 0.3995 0.000 0.368 0.000 0.540 0.092
#> GSM94102 5 0.4867 0.0549 0.000 0.432 0.024 0.000 0.544
#> GSM94103 4 0.1341 0.7037 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM94104 4 0.6491 0.5828 0.000 0.172 0.116 0.632 0.080
#> GSM94105 3 0.5773 0.3801 0.000 0.436 0.476 0.088 0.000
#> GSM94106 2 0.4872 0.8121 0.000 0.540 0.000 0.024 0.436
#> GSM94107 3 0.6002 0.3560 0.000 0.436 0.452 0.112 0.000
#> GSM94108 4 0.5985 0.2526 0.000 0.408 0.000 0.480 0.112
#> GSM94109 5 0.7342 0.1777 0.000 0.364 0.140 0.064 0.432
#> GSM94110 4 0.2230 0.6921 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM94111 5 0.2179 0.1684 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM94112 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94113 4 0.1731 0.7194 0.000 0.060 0.004 0.932 0.004
#> GSM94114 3 0.5773 0.3801 0.000 0.436 0.476 0.088 0.000
#> GSM94115 1 0.1502 0.8906 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> GSM94116 4 0.7993 0.0390 0.004 0.144 0.356 0.380 0.116
#> GSM94117 1 0.6616 -0.0824 0.428 0.164 0.400 0.008 0.000
#> GSM94118 4 0.2616 0.7136 0.000 0.100 0.000 0.880 0.020
#> GSM94119 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM94120 4 0.2193 0.7184 0.000 0.092 0.000 0.900 0.008
#> GSM94121 4 0.5533 0.4840 0.000 0.336 0.000 0.580 0.084
#> GSM94122 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94123 1 0.1121 0.8757 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.3487 0.6834 0.000 0.212 0.000 0.780 0.008
#> GSM94125 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94126 1 0.6612 -0.0908 0.460 0.276 0.264 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0162 0.8991 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94128 5 0.6455 -0.0188 0.000 0.432 0.072 0.040 0.456
#> GSM94129 4 0.2280 0.6903 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM94130 3 0.6522 0.2151 0.300 0.000 0.476 0.000 0.224
#> GSM94131 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94134 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94135 4 0.1788 0.7181 0.000 0.056 0.008 0.932 0.004
#> GSM94136 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.5853 0.3772 0.000 0.432 0.472 0.096 0.000
#> GSM94138 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94140 5 0.4283 0.2656 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM94141 5 0.3336 -0.1806 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> GSM94142 1 0.4976 0.0360 0.504 0.000 0.468 0.000 0.028
#> GSM94143 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM94144 5 0.5106 0.2587 0.000 0.000 0.456 0.036 0.508
#> GSM94145 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0703 0.8931 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM94147 3 0.7215 0.1740 0.260 0.000 0.484 0.040 0.216
#> GSM94148 1 0.0162 0.8991 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.4774 0.8181 0.000 0.556 0.000 0.020 0.424
#> GSM98786 3 0.7890 0.0732 0.204 0.000 0.408 0.296 0.092
#> GSM98787 2 0.7357 -0.4528 0.000 0.412 0.140 0.064 0.384
#> GSM98788 3 0.8195 0.2176 0.260 0.164 0.400 0.176 0.000
#> GSM98789 5 0.4278 0.2674 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM98790 5 0.4641 -0.7086 0.000 0.456 0.000 0.012 0.532
#> GSM98791 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.2280 0.6905 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM98793 1 0.2124 0.8759 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> GSM98794 1 0.1197 0.8948 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.6562 0.1482 0.244 0.000 0.472 0.000 0.284
#> GSM98796 1 0.0510 0.8975 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM98797 5 0.3366 -0.1949 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM98798 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98799 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM98800 2 0.6175 0.6173 0.000 0.508 0.000 0.148 0.344
#> GSM98801 5 0.0000 0.3844 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 4 0.5535 0.4333 0.000 0.080 0.000 0.568 0.352
#> GSM94020 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94021 1 0.3491 0.6762 0.768 0.004 0.228 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.6329 0.3706 0.092 0.436 0.452 0.000 0.020
#> GSM94023 2 0.6493 -0.5405 0.008 0.436 0.412 0.144 0.000
#> GSM94024 3 0.5773 0.3801 0.000 0.436 0.476 0.088 0.000
#> GSM94025 1 0.3814 0.5121 0.720 0.004 0.276 0.000 0.000
#> GSM94026 5 0.0000 0.3844 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.4276 0.5291 0.724 0.032 0.244 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94029 3 0.6322 0.3795 0.048 0.436 0.476 0.020 0.020
#> GSM94030 2 0.7133 -0.5365 0.060 0.436 0.388 0.116 0.000
#> GSM94031 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94032 5 0.4622 0.2643 0.000 0.012 0.440 0.000 0.548
#> GSM94033 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94034 2 0.6590 -0.5297 0.160 0.436 0.396 0.008 0.000
#> GSM94035 2 0.4622 0.8231 0.000 0.548 0.000 0.012 0.440
#> GSM94036 2 0.6624 -0.5293 0.160 0.436 0.396 0.004 0.004
#> GSM94037 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94039 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94040 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.1357 0.8938 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> GSM94042 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94043 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM94044 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM94045 1 0.1197 0.8950 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0880 0.8983 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM94047 4 0.3373 0.6220 0.092 0.000 0.056 0.848 0.004
#> GSM94048 1 0.1430 0.8924 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.1121 0.8960 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.6671 0.2034 0.284 0.000 0.476 0.004 0.236
#> GSM94052 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94054 3 0.6525 0.2179 0.308 0.000 0.472 0.000 0.220
#> GSM94055 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94056 3 0.6647 0.2155 0.300 0.000 0.476 0.004 0.220
#> GSM94057 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94058 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 3 0.6507 0.2190 0.316 0.000 0.472 0.000 0.212
#> GSM94060 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94061 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94063 4 0.2116 0.7165 0.000 0.076 0.008 0.912 0.004
#> GSM94064 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94065 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94067 1 0.1908 0.8276 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94069 1 0.0794 0.8988 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94071 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.3323 0.8088 0.844 0.000 0.056 0.100 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 3 0.6533 0.2166 0.304 0.000 0.472 0.000 0.224
#> GSM94156 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94157 3 0.6533 0.2166 0.304 0.000 0.472 0.000 0.224
#> GSM94160 1 0.4610 0.1745 0.556 0.000 0.432 0.000 0.012
#> GSM94161 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.1732 0.8436 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> GSM94163 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM94164 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 3 0.5854 0.0703 0.436 0.000 0.468 0.000 0.096
#> GSM94167 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94168 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 4 0.3468 0.6644 0.040 0.004 0.056 0.864 0.036
#> GSM94170 1 0.5112 0.0128 0.496 0.000 0.468 0.000 0.036
#> GSM94171 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94174 1 0.3427 0.7999 0.836 0.000 0.056 0.108 0.000
#> GSM94175 2 0.4689 0.8228 0.000 0.560 0.000 0.016 0.424
#> GSM94176 1 0.1341 0.8924 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.1571 0.8899 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM94178 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98767 1 0.1697 0.8877 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000
#> GSM98768 1 0.1502 0.8906 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> GSM98769 3 0.6533 0.2166 0.304 0.000 0.472 0.000 0.224
#> GSM98770 1 0.0290 0.9001 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.4397 0.8360 0.000 0.564 0.000 0.004 0.432
#> GSM98772 1 0.1270 0.8938 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.6210 0.3805 0.048 0.436 0.472 0.044 0.000
#> GSM98774 1 0.2077 0.8518 0.920 0.000 0.040 0.040 0.000
#> GSM98775 1 0.0290 0.8981 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.2520 0.8603 0.896 0.000 0.056 0.048 0.000
#> GSM98777 4 0.3789 0.6708 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016
#> GSM98778 3 0.6114 0.3794 0.072 0.436 0.472 0.020 0.000
#> GSM98779 1 0.0162 0.8991 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.1121 0.8960 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.6447 0.2193 0.336 0.000 0.472 0.000 0.192
#> GSM98782 1 0.0162 0.8991 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.1121 0.8960 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0963 0.8819 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98872 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98873 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98874 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98875 2 0.4256 0.8390 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0260 0.87218 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94077 3 0.3948 0.64074 0.000 0.064 0.748 0.000 0.000 0.188
#> GSM94078 6 0.2894 0.74095 0.000 0.004 0.108 0.036 0.000 0.852
#> GSM94079 3 0.1462 0.80600 0.000 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> GSM94080 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1462 0.80600 0.000 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> GSM94082 6 0.2669 0.72141 0.000 0.008 0.156 0.000 0.000 0.836
#> GSM94083 3 0.1462 0.80600 0.000 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> GSM94084 4 0.3868 -0.09892 0.000 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM94085 6 0.5064 0.16720 0.000 0.076 0.432 0.000 0.000 0.492
#> GSM94086 3 0.0146 0.80459 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94087 5 0.1863 0.83748 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM94088 6 0.4228 0.61940 0.000 0.064 0.228 0.000 0.000 0.708
#> GSM94089 6 0.2562 0.68986 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM94090 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.2996 0.60695 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM94092 3 0.7217 0.52608 0.048 0.216 0.516 0.000 0.076 0.144
#> GSM94093 5 0.1910 0.83832 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM94094 3 0.0508 0.80496 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> GSM94095 3 0.1524 0.80578 0.000 0.060 0.932 0.000 0.000 0.008
#> GSM94096 6 0.2527 0.69327 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> GSM94097 5 0.2006 0.83729 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM94098 3 0.1462 0.80600 0.000 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> GSM94099 3 0.4909 0.70657 0.052 0.124 0.744 0.000 0.020 0.060
#> GSM94100 2 0.4389 0.72649 0.000 0.712 0.000 0.188 0.100 0.000
#> GSM94101 6 0.3828 0.27765 0.000 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> GSM94102 2 0.4418 0.63316 0.000 0.708 0.192 0.000 0.100 0.000
#> GSM94103 6 0.1644 0.73843 0.000 0.004 0.076 0.000 0.000 0.920
#> GSM94104 6 0.6458 0.52266 0.000 0.160 0.140 0.132 0.000 0.568
#> GSM94105 3 0.0146 0.80459 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.1398 0.90280 0.000 0.008 0.000 0.940 0.000 0.052
#> GSM94107 3 0.1429 0.79909 0.004 0.004 0.940 0.000 0.000 0.052
#> GSM94108 4 0.3854 0.00629 0.000 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM94109 2 0.4821 0.52215 0.000 0.600 0.336 0.060 0.000 0.004
#> GSM94110 6 0.2442 0.72770 0.000 0.004 0.144 0.000 0.000 0.852
#> GSM94111 2 0.3956 0.69438 0.000 0.712 0.000 0.252 0.036 0.000
#> GSM94112 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 6 0.0622 0.73584 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> GSM94114 3 0.0146 0.80459 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.4268 0.76487 0.756 0.144 0.000 0.000 0.084 0.016
#> GSM94116 3 0.7721 0.41234 0.020 0.212 0.416 0.000 0.176 0.176
#> GSM94117 3 0.5259 0.58332 0.212 0.112 0.656 0.000 0.008 0.012
#> GSM94118 6 0.1461 0.73222 0.000 0.016 0.000 0.044 0.000 0.940
#> GSM94119 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94120 6 0.0993 0.73392 0.000 0.012 0.000 0.024 0.000 0.964
#> GSM94121 6 0.3989 0.58169 0.000 0.044 0.000 0.236 0.000 0.720
#> GSM94122 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.2730 0.73297 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM94124 6 0.2558 0.70015 0.000 0.004 0.000 0.156 0.000 0.840
#> GSM94125 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.4086 0.04899 0.528 0.008 0.464 0.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0363 0.87017 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94128 2 0.4224 0.61814 0.000 0.736 0.204 0.000 0.040 0.020
#> GSM94129 6 0.2473 0.72933 0.000 0.008 0.136 0.000 0.000 0.856
#> GSM94130 5 0.1327 0.81523 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM94131 1 0.2043 0.86296 0.912 0.064 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM94132 1 0.1267 0.85273 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM94133 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2535 0.86504 0.888 0.064 0.000 0.000 0.036 0.012
#> GSM94135 6 0.0881 0.73409 0.000 0.008 0.008 0.012 0.000 0.972
#> GSM94136 1 0.2386 0.86472 0.896 0.064 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM94137 3 0.1524 0.80527 0.000 0.060 0.932 0.000 0.000 0.008
#> GSM94138 1 0.2501 0.85572 0.888 0.072 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM94139 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94140 5 0.3101 0.59499 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM94141 2 0.3699 0.62019 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004 0.000
#> GSM94142 5 0.2941 0.75097 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000
#> GSM94143 4 0.0291 0.94943 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM94144 5 0.4264 0.40652 0.000 0.352 0.000 0.000 0.620 0.028
#> GSM94145 1 0.1556 0.84348 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM94146 1 0.2170 0.84243 0.888 0.012 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM94147 5 0.4740 0.50391 0.040 0.228 0.000 0.000 0.692 0.040
#> GSM94148 1 0.0363 0.87017 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM98785 4 0.1588 0.88139 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.072
#> GSM98786 5 0.6109 0.35583 0.036 0.208 0.000 0.000 0.556 0.200
#> GSM98787 2 0.3769 0.48350 0.000 0.640 0.356 0.000 0.004 0.000
#> GSM98788 3 0.7065 0.54822 0.068 0.180 0.536 0.000 0.044 0.172
#> GSM98789 5 0.3175 0.57274 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM98790 4 0.3752 0.67659 0.000 0.164 0.000 0.772 0.000 0.064
#> GSM98791 1 0.1141 0.85854 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM98792 6 0.2631 0.72553 0.000 0.008 0.152 0.000 0.000 0.840
#> GSM98793 1 0.5024 0.68443 0.676 0.200 0.000 0.000 0.104 0.020
#> GSM98794 1 0.2224 0.86069 0.904 0.064 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM98795 5 0.2006 0.83729 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM98796 1 0.2664 0.81338 0.848 0.016 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM98797 2 0.3547 0.62425 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM98798 4 0.0458 0.94265 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM98799 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98800 4 0.2504 0.79727 0.000 0.004 0.000 0.856 0.004 0.136
#> GSM98801 2 0.4389 0.72649 0.000 0.712 0.000 0.188 0.100 0.000
#> GSM94019 2 0.3426 0.47266 0.000 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> GSM94020 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.4881 0.64927 0.688 0.064 0.224 0.000 0.012 0.012
#> GSM94022 3 0.5474 0.49633 0.080 0.212 0.648 0.000 0.060 0.000
#> GSM94023 3 0.3638 0.74913 0.020 0.068 0.828 0.000 0.008 0.076
#> GSM94024 3 0.0363 0.80308 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM94025 1 0.3563 0.45310 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 2 0.4389 0.72649 0.000 0.712 0.000 0.188 0.100 0.000
#> GSM94027 1 0.3446 0.51557 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> GSM94028 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3269 0.71988 0.052 0.108 0.832 0.000 0.008 0.000
#> GSM94030 3 0.4712 0.70123 0.064 0.104 0.756 0.000 0.008 0.068
#> GSM94031 4 0.0458 0.94308 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM94032 2 0.4432 0.37292 0.000 0.600 0.036 0.000 0.364 0.000
#> GSM94033 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94034 3 0.3995 0.69750 0.112 0.068 0.796 0.000 0.012 0.012
#> GSM94035 4 0.2618 0.82190 0.000 0.076 0.000 0.872 0.000 0.052
#> GSM94036 3 0.4257 0.70210 0.092 0.100 0.780 0.000 0.016 0.012
#> GSM94037 1 0.2605 0.86437 0.884 0.064 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM94038 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0632 0.86862 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94041 1 0.2758 0.84909 0.872 0.080 0.000 0.000 0.036 0.012
#> GSM94042 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94043 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94044 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94045 1 0.2535 0.86504 0.888 0.064 0.000 0.000 0.036 0.012
#> GSM94046 1 0.2213 0.86946 0.908 0.048 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM94047 6 0.5412 0.47723 0.052 0.180 0.000 0.000 0.104 0.664
#> GSM94048 1 0.3025 0.84017 0.856 0.080 0.000 0.000 0.052 0.012
#> GSM94049 1 0.0000 0.87195 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.1719 0.86810 0.928 0.056 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM94051 5 0.1036 0.76743 0.024 0.008 0.000 0.000 0.964 0.004
#> GSM94052 1 0.1714 0.83258 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM94053 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.1957 0.83787 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM94055 1 0.1075 0.86009 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM94056 5 0.1610 0.80960 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM94057 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.87195 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 5 0.1957 0.83787 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM94060 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.2043 0.86296 0.912 0.064 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM94062 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94063 6 0.4027 0.60341 0.000 0.156 0.000 0.012 0.064 0.768
#> GSM94064 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0520 0.87350 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94066 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.2969 0.68453 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.1844 0.87163 0.924 0.048 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM94070 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1610 0.84109 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM94072 1 0.0547 0.86853 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94073 1 0.5826 0.61087 0.620 0.204 0.000 0.000 0.108 0.068
#> GSM94074 1 0.0000 0.87195 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.87195 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 5 0.1910 0.83832 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM94156 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.1957 0.83787 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM94160 5 0.3330 0.66591 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM94161 1 0.0713 0.86608 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94162 1 0.2639 0.82977 0.880 0.008 0.048 0.000 0.064 0.000
#> GSM94163 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94164 1 0.2224 0.86069 0.904 0.064 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM94165 1 0.0858 0.87011 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94166 5 0.2178 0.82685 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> GSM94167 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94168 1 0.0000 0.87195 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 6 0.5568 0.42500 0.036 0.244 0.000 0.000 0.104 0.616
#> GSM94170 5 0.2883 0.75832 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.87195 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.1257 0.87196 0.952 0.020 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94173 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.6012 0.59174 0.604 0.204 0.000 0.000 0.108 0.084
#> GSM94175 4 0.1349 0.89842 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> GSM94176 1 0.3499 0.81766 0.816 0.128 0.000 0.000 0.036 0.020
#> GSM94177 1 0.4631 0.75250 0.724 0.140 0.000 0.000 0.120 0.016
#> GSM94178 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.5231 0.67062 0.656 0.196 0.000 0.000 0.128 0.020
#> GSM98768 1 0.3348 0.82601 0.832 0.096 0.000 0.000 0.060 0.012
#> GSM98769 5 0.1910 0.83851 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM98770 1 0.1864 0.87183 0.924 0.040 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM98771 4 0.0146 0.95168 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98772 1 0.2043 0.86296 0.912 0.064 0.000 0.000 0.012 0.012
#> GSM98773 3 0.1563 0.78868 0.056 0.012 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM98774 1 0.2669 0.83892 0.892 0.028 0.008 0.000 0.028 0.044
#> GSM98775 1 0.0790 0.86511 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM98776 1 0.5474 0.64399 0.640 0.216 0.000 0.000 0.104 0.040
#> GSM98777 6 0.3560 0.58239 0.000 0.008 0.000 0.256 0.004 0.732
#> GSM98778 3 0.1745 0.78338 0.068 0.012 0.920 0.000 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0937 0.86361 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM98780 1 0.2213 0.87003 0.908 0.048 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM98781 5 0.2402 0.82229 0.140 0.004 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM98782 1 0.0937 0.86626 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM98783 1 0.2402 0.86640 0.896 0.060 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM98784 1 0.2597 0.75297 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM98871 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 4 0.0146 0.95150 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.0458 0.94286 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM98874 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.0000 0.95281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:skmeans 189 4.49e-04 2
#> SD:skmeans 186 5.26e-06 3
#> SD:skmeans 168 1.33e-06 4
#> SD:skmeans 124 1.65e-05 5
#> SD:skmeans 177 2.60e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.786 0.923 0.958 0.4381 0.540 0.540
#> 3 3 0.593 0.738 0.883 0.3859 0.625 0.418
#> 4 4 0.660 0.828 0.890 0.1982 0.774 0.479
#> 5 5 0.673 0.438 0.623 0.0766 0.809 0.430
#> 6 6 0.753 0.789 0.861 0.0530 0.931 0.696
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94079 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM94083 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.1633 0.897 0.024 0.976
#> GSM94085 2 0.9427 0.582 0.360 0.640
#> GSM94086 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.1633 0.897 0.024 0.976
#> GSM94090 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.2236 0.944 0.964 0.036
#> GSM94095 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94097 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94101 2 0.1414 0.898 0.020 0.980
#> GSM94102 1 0.9286 0.381 0.656 0.344
#> GSM94103 1 0.8661 0.528 0.712 0.288
#> GSM94104 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94105 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.2778 0.890 0.048 0.952
#> GSM94107 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0376 0.901 0.004 0.996
#> GSM94109 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94110 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94111 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94112 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.7883 0.799 0.236 0.764
#> GSM94114 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.8016 0.789 0.244 0.756
#> GSM94119 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.7883 0.799 0.236 0.764
#> GSM94121 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94122 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94125 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.9580 0.271 0.620 0.380
#> GSM94129 1 0.2043 0.949 0.968 0.032
#> GSM94130 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.4161 0.886 0.916 0.084
#> GSM94136 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.5737 0.858 0.136 0.864
#> GSM94140 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94142 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94144 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM94145 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM98786 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.9323 0.371 0.652 0.348
#> GSM98788 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.9460 0.311 0.636 0.364
#> GSM98790 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM98791 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM98793 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM98798 2 0.7219 0.829 0.200 0.800
#> GSM98799 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM98801 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94019 2 0.7883 0.799 0.236 0.764
#> GSM94020 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM94025 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94027 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0376 0.901 0.004 0.996
#> GSM94034 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94036 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM94048 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM94064 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.1184 0.899 0.016 0.984
#> GSM94168 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0376 0.978 0.996 0.004
#> GSM94170 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM94176 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.7602 0.819 0.220 0.780
#> GSM98778 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0376 0.901 0.004 0.996
#> GSM98874 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.901 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.4887 0.73444 0.228 0.000 0.772
#> GSM94078 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 3 0.6168 0.42634 0.412 0.000 0.588
#> GSM94080 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.5465 0.67682 0.288 0.000 0.712
#> GSM94082 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.5591 0.65862 0.304 0.000 0.696
#> GSM94084 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM94085 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.5465 0.67682 0.288 0.000 0.712
#> GSM94087 1 0.3340 0.77238 0.880 0.000 0.120
#> GSM94088 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM94090 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94092 3 0.4887 0.73484 0.228 0.000 0.772
#> GSM94093 1 0.2625 0.81190 0.916 0.000 0.084
#> GSM94094 3 0.2959 0.79717 0.100 0.000 0.900
#> GSM94095 3 0.5327 0.69369 0.272 0.000 0.728
#> GSM94096 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.5948 0.34884 0.640 0.000 0.360
#> GSM94098 3 0.5529 0.66841 0.296 0.000 0.704
#> GSM94099 3 0.5465 0.67682 0.288 0.000 0.712
#> GSM94100 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 3 0.0592 0.79597 0.000 0.012 0.988
#> GSM94102 3 0.4291 0.76727 0.180 0.000 0.820
#> GSM94103 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.5650 0.64725 0.312 0.000 0.688
#> GSM94106 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM94107 3 0.5497 0.67461 0.292 0.000 0.708
#> GSM94108 3 0.6302 -0.37560 0.000 0.480 0.520
#> GSM94109 3 0.0424 0.80471 0.008 0.000 0.992
#> GSM94110 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.5465 0.67682 0.288 0.000 0.712
#> GSM94115 1 0.0424 0.89029 0.992 0.000 0.008
#> GSM94116 3 0.3551 0.78942 0.132 0.000 0.868
#> GSM94117 3 0.5968 0.55717 0.364 0.000 0.636
#> GSM94118 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.6168 0.58599 0.000 0.588 0.412
#> GSM94120 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.6168 0.58599 0.000 0.588 0.412
#> GSM94123 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.5760 0.39825 0.672 0.000 0.328
#> GSM94127 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.1860 0.80288 0.052 0.000 0.948
#> GSM94129 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0424 0.89029 0.992 0.000 0.008
#> GSM94131 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.6154 0.16337 0.592 0.000 0.408
#> GSM94135 3 0.0424 0.80482 0.008 0.000 0.992
#> GSM94136 1 0.6291 -0.06434 0.532 0.000 0.468
#> GSM94137 3 0.5465 0.67682 0.288 0.000 0.712
#> GSM94138 1 0.6302 -0.10480 0.520 0.000 0.480
#> GSM94139 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM94140 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM94144 3 0.0892 0.80391 0.020 0.000 0.980
#> GSM94145 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 3 0.5591 0.65265 0.304 0.000 0.696
#> GSM94148 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM98786 3 0.0424 0.80431 0.008 0.000 0.992
#> GSM98787 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM98788 3 0.4346 0.76519 0.184 0.000 0.816
#> GSM98789 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM98790 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM98791 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 3 0.6168 0.45075 0.412 0.000 0.588
#> GSM98794 1 0.5560 0.46773 0.700 0.000 0.300
#> GSM98795 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 3 0.4291 0.56651 0.000 0.180 0.820
#> GSM98799 2 0.6168 0.58599 0.000 0.588 0.412
#> GSM98800 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.6140 0.18200 0.596 0.000 0.404
#> GSM94022 3 0.4654 0.74972 0.208 0.000 0.792
#> GSM94023 3 0.5363 0.69079 0.276 0.000 0.724
#> GSM94024 3 0.4452 0.75973 0.192 0.000 0.808
#> GSM94025 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0747 0.88361 0.984 0.000 0.016
#> GSM94028 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.5560 0.66561 0.300 0.000 0.700
#> GSM94030 3 0.5650 0.64910 0.312 0.000 0.688
#> GSM94031 2 0.5058 0.75344 0.000 0.756 0.244
#> GSM94032 3 0.5363 0.69051 0.276 0.000 0.724
#> GSM94033 3 0.6308 -0.40678 0.000 0.492 0.508
#> GSM94034 3 0.5706 0.63573 0.320 0.000 0.680
#> GSM94035 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.5621 0.65364 0.308 0.000 0.692
#> GSM94037 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.4399 0.78656 0.000 0.812 0.188
#> GSM94043 2 0.6235 0.54653 0.000 0.564 0.436
#> GSM94044 2 0.6168 0.58599 0.000 0.588 0.412
#> GSM94045 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.3267 0.76079 0.116 0.000 0.884
#> GSM94048 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.6126 0.48030 0.400 0.000 0.600
#> GSM94050 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.4291 0.76444 0.180 0.000 0.820
#> GSM94052 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.1860 0.85348 0.948 0.000 0.052
#> GSM94057 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0424 0.80453 0.008 0.000 0.992
#> GSM94064 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.4399 0.75685 0.188 0.000 0.812
#> GSM94074 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.5138 0.71584 0.252 0.000 0.748
#> GSM94163 2 0.5465 0.72241 0.000 0.712 0.288
#> GSM94164 1 0.0237 0.89316 0.996 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.4291 0.58139 0.000 0.180 0.820
#> GSM94168 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.1643 0.79741 0.044 0.000 0.956
#> GSM94170 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.6235 0.54653 0.000 0.564 0.436
#> GSM94174 3 0.5497 0.66409 0.292 0.000 0.708
#> GSM94175 3 0.0424 0.79917 0.000 0.008 0.992
#> GSM94176 3 0.6026 0.53383 0.376 0.000 0.624
#> GSM94177 1 0.6267 0.00185 0.548 0.000 0.452
#> GSM94178 2 0.5465 0.72241 0.000 0.712 0.288
#> GSM98767 1 0.6302 -0.10480 0.520 0.000 0.480
#> GSM98768 1 0.6302 -0.10480 0.520 0.000 0.480
#> GSM98769 3 0.4974 0.73354 0.236 0.000 0.764
#> GSM98770 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.6180 0.57987 0.000 0.584 0.416
#> GSM98772 1 0.6302 -0.10480 0.520 0.000 0.480
#> GSM98773 3 0.5397 0.68616 0.280 0.000 0.720
#> GSM98774 3 0.4399 0.76302 0.188 0.000 0.812
#> GSM98775 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 3 0.5882 0.58163 0.348 0.000 0.652
#> GSM98777 3 0.0000 0.80399 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.5560 0.66393 0.300 0.000 0.700
#> GSM98779 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.5465 0.67939 0.288 0.000 0.712
#> GSM98782 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.6302 -0.10480 0.520 0.000 0.480
#> GSM98784 1 0.0000 0.89588 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.6235 0.54189 0.000 0.564 0.436
#> GSM98874 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.86990 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.3545 0.804 0.008 0.000 0.828 0.164
#> GSM94078 4 0.2704 0.842 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM94079 3 0.4499 0.808 0.072 0.000 0.804 0.124
#> GSM94080 2 0.0707 0.936 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94081 3 0.3853 0.805 0.020 0.000 0.820 0.160
#> GSM94082 4 0.3873 0.741 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM94083 3 0.4127 0.836 0.052 0.000 0.824 0.124
#> GSM94084 4 0.1211 0.861 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM94085 3 0.3688 0.765 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM94086 3 0.2704 0.826 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM94087 3 0.4827 0.817 0.092 0.000 0.784 0.124
#> GSM94088 3 0.3486 0.783 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM94089 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 4 0.2973 0.832 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94092 3 0.2888 0.827 0.004 0.000 0.872 0.124
#> GSM94093 1 0.2408 0.823 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM94094 3 0.3311 0.798 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM94095 3 0.3625 0.807 0.012 0.000 0.828 0.160
#> GSM94096 4 0.2081 0.853 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM94097 3 0.5332 0.784 0.128 0.000 0.748 0.124
#> GSM94098 3 0.3032 0.830 0.008 0.000 0.868 0.124
#> GSM94099 3 0.2714 0.831 0.004 0.000 0.884 0.112
#> GSM94100 4 0.2081 0.853 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM94101 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 3 0.2704 0.826 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM94103 3 0.3942 0.745 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM94104 3 0.4713 0.556 0.000 0.000 0.640 0.360
#> GSM94105 3 0.4700 0.832 0.084 0.000 0.792 0.124
#> GSM94106 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.3674 0.839 0.044 0.000 0.852 0.104
#> GSM94108 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 3 0.4382 0.671 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM94110 4 0.2921 0.833 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM94111 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.2408 0.853 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM94114 3 0.2704 0.826 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM94115 1 0.3726 0.798 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94116 3 0.2921 0.823 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM94117 3 0.2345 0.792 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM94118 4 0.1792 0.865 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM94119 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94120 4 0.2408 0.853 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM94121 4 0.1389 0.865 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM94122 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94123 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94124 4 0.2081 0.853 0.000 0.000 0.084 0.916
#> GSM94125 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4564 0.643 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.2973 0.817 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM94129 4 0.3074 0.827 0.000 0.000 0.152 0.848
#> GSM94130 1 0.3356 0.828 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM94131 1 0.3726 0.798 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM94135 4 0.2868 0.838 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM94136 3 0.3610 0.688 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM94137 3 0.2704 0.826 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM94138 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 4 0.3024 0.830 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM94141 4 0.0336 0.867 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM94142 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94143 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 4 0.4250 0.758 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM94145 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.4713 0.414 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM94147 4 0.6027 0.651 0.088 0.000 0.252 0.660
#> GSM94148 1 0.0336 0.922 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98785 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 4 0.4164 0.770 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM98787 4 0.3311 0.811 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM98788 3 0.1474 0.802 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM98789 4 0.2408 0.853 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM98790 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.3219 0.818 0.000 0.000 0.164 0.836
#> GSM98793 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM98794 3 0.2530 0.786 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.1302 0.865 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM98798 4 0.1867 0.858 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM98799 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM98800 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 4 0.1867 0.861 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM94019 4 0.2408 0.853 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM94020 2 0.2011 0.901 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM94021 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM94022 3 0.3653 0.824 0.028 0.000 0.844 0.128
#> GSM94023 3 0.3280 0.832 0.016 0.000 0.860 0.124
#> GSM94024 3 0.3172 0.807 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM94025 3 0.4713 0.588 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM94026 4 0.0336 0.867 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM94027 3 0.4679 0.601 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.4764 0.799 0.088 0.000 0.788 0.124
#> GSM94030 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM94031 2 0.4955 0.264 0.000 0.556 0.000 0.444
#> GSM94032 3 0.4568 0.808 0.076 0.000 0.800 0.124
#> GSM94033 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.3996 0.817 0.104 0.000 0.836 0.060
#> GSM94035 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.4948 0.829 0.100 0.000 0.776 0.124
#> GSM94037 1 0.4431 0.674 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3311 0.833 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM94041 1 0.3942 0.773 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM94042 2 0.4989 0.172 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM94043 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94044 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94045 1 0.2149 0.879 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM94046 1 0.1022 0.911 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM94047 4 0.5056 0.739 0.044 0.000 0.224 0.732
#> GSM94048 1 0.3837 0.787 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM94049 3 0.2408 0.790 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 4 0.5309 0.705 0.044 0.000 0.256 0.700
#> GSM94052 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.1940 0.854 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM94057 2 0.1716 0.912 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM94058 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.1302 0.905 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.3801 0.771 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM94064 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.3400 0.825 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94068 2 0.2408 0.880 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM94069 1 0.3726 0.798 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94073 4 0.5279 0.708 0.044 0.000 0.252 0.704
#> GSM94074 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3726 0.798 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.2760 0.861 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM94162 3 0.1557 0.815 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM94163 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94164 1 0.3726 0.798 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94168 1 0.3444 0.822 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM94169 4 0.5056 0.739 0.044 0.000 0.224 0.732
#> GSM94170 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94174 4 0.5279 0.708 0.044 0.000 0.252 0.704
#> GSM94175 4 0.0000 0.866 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM94177 1 0.4643 0.595 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM94178 4 0.3123 0.761 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM98767 3 0.4776 0.303 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM98768 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM98769 4 0.5649 0.675 0.052 0.000 0.284 0.664
#> GSM98770 1 0.0707 0.916 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM98771 4 0.2704 0.789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM98772 3 0.2589 0.782 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.812 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 4 0.4605 0.715 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM98775 1 0.0188 0.922 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98776 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM98777 4 0.0921 0.868 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM98778 3 0.0000 0.812 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.3649 0.805 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM98781 3 0.0000 0.812 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.2469 0.789 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.924 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.3569 0.715 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM98874 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1867 0.906 0.000 0.928 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.4291 -0.5963 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM94077 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94078 4 0.0162 0.4481 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94079 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94080 2 0.4392 0.2718 0.000 0.612 0.380 0.000 0.008
#> GSM94081 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94082 4 0.1341 0.4075 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM94083 3 0.4793 0.5405 0.020 0.000 0.544 0.436 0.000
#> GSM94084 2 0.3242 0.7189 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM94085 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94086 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94087 3 0.4533 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.448 0.008
#> GSM94088 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94089 2 0.4171 0.3877 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM94090 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94091 4 0.3579 0.5061 0.240 0.004 0.000 0.756 0.000
#> GSM94092 3 0.4718 0.5397 0.016 0.000 0.540 0.444 0.000
#> GSM94093 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94094 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94095 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94096 4 0.3452 0.3836 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM94097 3 0.5645 0.5141 0.000 0.000 0.540 0.376 0.084
#> GSM94098 3 0.6219 0.4608 0.196 0.000 0.544 0.260 0.000
#> GSM94099 3 0.4430 0.5390 0.004 0.000 0.540 0.456 0.000
#> GSM94100 2 0.4367 0.4235 0.000 0.580 0.004 0.416 0.000
#> GSM94101 2 0.3210 0.7200 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94102 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94103 3 0.4430 0.5343 0.000 0.004 0.540 0.456 0.000
#> GSM94104 4 0.6066 -0.0531 0.000 0.368 0.128 0.504 0.000
#> GSM94105 3 0.4425 0.5399 0.004 0.000 0.544 0.452 0.000
#> GSM94106 2 0.3210 0.7200 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94107 3 0.6240 0.4492 0.212 0.000 0.544 0.244 0.000
#> GSM94108 2 0.3177 0.7204 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM94109 2 0.6014 0.2727 0.000 0.576 0.172 0.252 0.000
#> GSM94110 4 0.0000 0.4466 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94111 2 0.3210 0.7200 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94112 3 0.6531 0.1432 0.000 0.208 0.456 0.000 0.336
#> GSM94113 4 0.0162 0.4481 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94114 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94115 1 0.0162 0.5088 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94116 3 0.6250 0.4561 0.204 0.000 0.540 0.256 0.000
#> GSM94117 3 0.6240 0.4484 0.212 0.000 0.544 0.244 0.000
#> GSM94118 4 0.4457 0.3667 0.092 0.152 0.000 0.756 0.000
#> GSM94119 4 0.4283 0.0638 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM94120 4 0.6135 0.3870 0.192 0.248 0.000 0.560 0.000
#> GSM94121 4 0.3612 0.3535 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM94122 2 0.3109 0.7206 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM94123 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94124 4 0.3452 0.3836 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM94125 3 0.6553 0.1378 0.000 0.216 0.456 0.000 0.328
#> GSM94126 3 0.6243 0.4071 0.000 0.000 0.544 0.240 0.216
#> GSM94127 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94128 3 0.6203 0.4659 0.188 0.000 0.544 0.268 0.000
#> GSM94129 4 0.0162 0.4481 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94130 1 0.3242 0.2536 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM94131 1 0.0000 0.5109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94133 3 0.6531 0.1432 0.000 0.208 0.456 0.000 0.336
#> GSM94134 1 0.5128 0.2352 0.604 0.000 0.344 0.052 0.000
#> GSM94135 4 0.3048 0.4629 0.176 0.004 0.000 0.820 0.000
#> GSM94136 1 0.3796 0.3762 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.6236 0.4527 0.208 0.000 0.544 0.248 0.000
#> GSM94138 1 0.3999 0.3212 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.3452 0.6865 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM94140 4 0.3452 0.3836 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM94141 4 0.4182 0.1683 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM94142 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94143 4 0.4283 0.0638 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM94144 4 0.4425 0.4922 0.452 0.004 0.000 0.544 0.000
#> GSM94145 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94146 3 0.8397 0.2481 0.204 0.000 0.364 0.240 0.192
#> GSM94147 4 0.4291 0.4871 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> GSM94148 1 0.4287 -0.5887 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM98785 4 0.4283 0.0638 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM98786 4 0.4425 0.4922 0.452 0.004 0.000 0.544 0.000
#> GSM98787 4 0.3579 0.3847 0.000 0.240 0.004 0.756 0.000
#> GSM98788 3 0.6265 0.4417 0.220 0.000 0.540 0.240 0.000
#> GSM98789 4 0.3579 0.5061 0.240 0.004 0.000 0.756 0.000
#> GSM98790 2 0.3242 0.7189 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM98791 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98792 4 0.0162 0.4478 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM98793 1 0.3999 0.3212 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.3999 0.3212 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM98795 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98796 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98797 4 0.3612 0.3613 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM98798 2 0.4242 0.4172 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM98799 2 0.4305 0.0885 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM98800 4 0.4278 0.0698 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM98801 2 0.4297 0.3314 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM94019 4 0.3607 0.3862 0.004 0.244 0.000 0.752 0.000
#> GSM94020 2 0.2230 0.4742 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.6680 -0.1911 0.412 0.000 0.348 0.240 0.000
#> GSM94022 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94023 3 0.6236 0.4527 0.208 0.000 0.544 0.248 0.000
#> GSM94024 3 0.4283 0.5393 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94025 3 0.8345 0.1998 0.168 0.000 0.372 0.240 0.220
#> GSM94026 2 0.3452 0.6982 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> GSM94027 3 0.6243 0.4071 0.000 0.000 0.544 0.240 0.216
#> GSM94028 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94029 3 0.6160 0.4488 0.000 0.000 0.544 0.284 0.172
#> GSM94030 3 0.6265 0.4417 0.220 0.000 0.540 0.240 0.000
#> GSM94031 2 0.2471 0.6813 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM94032 3 0.4937 0.5384 0.000 0.000 0.544 0.428 0.028
#> GSM94033 2 0.3177 0.7204 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM94034 3 0.6240 0.4492 0.212 0.000 0.544 0.244 0.000
#> GSM94035 2 0.3612 0.6577 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM94036 3 0.6236 0.4527 0.208 0.000 0.544 0.248 0.000
#> GSM94037 1 0.1121 0.5267 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM94038 3 0.6612 0.1192 0.000 0.240 0.452 0.000 0.308
#> GSM94039 3 0.6519 0.1440 0.000 0.204 0.456 0.000 0.340
#> GSM94040 1 0.2516 0.3161 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM94041 1 0.0162 0.5135 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.1410 0.6186 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM94043 2 0.3336 0.7046 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM94044 2 0.4305 0.0885 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM94045 1 0.3561 0.0321 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> GSM94046 1 0.4235 -0.5048 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM94047 4 0.4425 0.4922 0.452 0.004 0.000 0.544 0.000
#> GSM94048 1 0.0162 0.5135 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.4045 0.3033 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> GSM94050 5 0.4278 0.7857 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM94051 4 0.4287 0.4893 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM94052 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94053 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94054 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94055 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94056 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94057 2 0.6732 0.0483 0.000 0.400 0.260 0.000 0.340
#> GSM94058 1 0.4291 -0.5963 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM94059 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94060 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94061 1 0.4138 -0.3931 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM94062 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94063 4 0.4425 0.4922 0.452 0.004 0.000 0.544 0.000
#> GSM94064 3 0.6638 0.1171 0.000 0.236 0.436 0.000 0.328
#> GSM94065 1 0.1121 0.4696 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM94066 3 0.6550 0.1409 0.000 0.212 0.452 0.000 0.336
#> GSM94067 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94068 2 0.0162 0.5634 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0162 0.5083 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94070 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94071 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94072 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94073 4 0.4287 0.4893 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM94074 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94075 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94155 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94156 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM94157 1 0.3039 0.2965 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM94160 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94161 1 0.4171 -0.3414 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM94162 3 0.4538 0.5391 0.008 0.000 0.540 0.452 0.000
#> GSM94163 2 0.3109 0.7206 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.5109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.4297 -0.6168 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM94166 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94167 4 0.4283 0.0638 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM94168 1 0.1197 0.4706 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94169 4 0.4283 0.4910 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> GSM94170 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM94171 1 0.4291 -0.5963 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM94172 1 0.4291 -0.5963 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM94173 2 0.3177 0.7204 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM94174 4 0.4291 0.4871 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> GSM94175 4 0.4283 0.0638 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM94176 3 0.4291 0.0252 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0880 0.5239 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.3109 0.7206 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM98767 1 0.3074 0.4888 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.3999 0.3212 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM98769 4 0.4549 0.4836 0.464 0.000 0.008 0.528 0.000
#> GSM98770 1 0.4287 -0.5888 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM98771 2 0.3177 0.7204 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM98772 1 0.3983 0.3267 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.6263 0.4452 0.216 0.000 0.540 0.244 0.000
#> GSM98774 4 0.3612 0.5065 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM98775 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98776 1 0.3999 0.3212 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM98777 4 0.4273 0.0779 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM98778 3 0.6240 0.4484 0.212 0.000 0.544 0.244 0.000
#> GSM98779 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98780 1 0.0000 0.5109 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.4287 0.0328 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> GSM98782 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98783 1 0.3999 0.3212 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM98784 5 0.3999 0.9931 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98871 3 0.6531 0.1432 0.000 0.208 0.456 0.000 0.336
#> GSM98872 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM98873 2 0.3282 0.7159 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008
#> GSM98874 3 0.6506 0.1447 0.000 0.200 0.456 0.000 0.344
#> GSM98875 2 0.3274 0.3873 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.3390 0.665 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> GSM94077 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94078 5 0.3126 0.743 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM94079 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94080 4 0.3151 0.520 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94082 5 0.3531 0.684 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM94083 3 0.2164 0.844 0.032 0.000 0.900 0.000 0.068 0.000
#> GSM94084 4 0.3352 0.780 0.000 0.000 0.072 0.816 0.112 0.000
#> GSM94085 3 0.0632 0.819 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM94086 3 0.1327 0.837 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM94087 3 0.3156 0.831 0.080 0.000 0.852 0.000 0.044 0.024
#> GSM94088 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94089 4 0.4886 0.125 0.000 0.000 0.060 0.508 0.432 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.3050 0.746 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM94092 3 0.1921 0.846 0.032 0.000 0.916 0.000 0.052 0.000
#> GSM94093 6 0.0632 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94094 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94096 5 0.3323 0.745 0.000 0.000 0.240 0.008 0.752 0.000
#> GSM94097 3 0.2625 0.823 0.000 0.000 0.872 0.000 0.056 0.072
#> GSM94098 3 0.3745 0.825 0.116 0.000 0.784 0.000 0.100 0.000
#> GSM94099 3 0.0146 0.835 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94100 4 0.5034 0.624 0.000 0.000 0.240 0.628 0.132 0.000
#> GSM94101 4 0.2178 0.795 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM94102 3 0.1075 0.838 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM94103 3 0.1765 0.833 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM94104 4 0.4218 0.570 0.000 0.000 0.360 0.616 0.024 0.000
#> GSM94105 3 0.1398 0.844 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008 0.000
#> GSM94106 4 0.2527 0.783 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM94107 3 0.4279 0.800 0.140 0.000 0.732 0.000 0.128 0.000
#> GSM94108 4 0.2048 0.797 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM94109 4 0.4206 0.574 0.000 0.000 0.356 0.620 0.024 0.000
#> GSM94110 5 0.3266 0.730 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM94111 4 0.2664 0.781 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> GSM94112 2 0.1610 0.929 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM94113 5 0.2300 0.776 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM94114 3 0.0146 0.835 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94115 1 0.2333 0.831 0.884 0.000 0.000 0.000 0.024 0.092
#> GSM94116 3 0.3616 0.816 0.132 0.000 0.792 0.000 0.076 0.000
#> GSM94117 3 0.4127 0.799 0.172 0.000 0.740 0.000 0.088 0.000
#> GSM94118 5 0.4863 0.522 0.020 0.000 0.072 0.232 0.676 0.000
#> GSM94119 5 0.3409 0.627 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> GSM94120 5 0.1148 0.775 0.020 0.000 0.016 0.004 0.960 0.000
#> GSM94121 5 0.4095 0.699 0.000 0.000 0.100 0.152 0.748 0.000
#> GSM94122 4 0.0260 0.792 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94123 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94124 5 0.3189 0.746 0.000 0.000 0.236 0.004 0.760 0.000
#> GSM94125 2 0.2003 0.913 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4629 0.754 0.036 0.000 0.728 0.000 0.064 0.172
#> GSM94127 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94128 3 0.3464 0.828 0.108 0.000 0.808 0.000 0.084 0.000
#> GSM94129 5 0.3245 0.753 0.008 0.000 0.228 0.000 0.764 0.000
#> GSM94130 6 0.4085 0.678 0.192 0.000 0.000 0.000 0.072 0.736
#> GSM94131 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94133 2 0.1610 0.929 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0725 0.851 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM94135 5 0.1649 0.768 0.036 0.000 0.032 0.000 0.932 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.3748 0.825 0.108 0.000 0.784 0.000 0.108 0.000
#> GSM94138 1 0.0937 0.848 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94139 4 0.2730 0.748 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM94140 5 0.2730 0.758 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM94141 5 0.2404 0.751 0.000 0.000 0.016 0.112 0.872 0.000
#> GSM94142 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94143 5 0.2527 0.716 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM94144 5 0.1714 0.753 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM94145 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94146 3 0.6235 0.409 0.256 0.000 0.452 0.000 0.012 0.280
#> GSM94147 5 0.3198 0.628 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM94148 1 0.3330 0.679 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM98785 5 0.2830 0.736 0.000 0.000 0.020 0.144 0.836 0.000
#> GSM98786 5 0.1075 0.767 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM98787 5 0.2941 0.748 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM98788 3 0.4354 0.796 0.144 0.000 0.724 0.000 0.132 0.000
#> GSM98789 5 0.1910 0.773 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM98790 4 0.4095 0.741 0.000 0.000 0.064 0.728 0.208 0.000
#> GSM98791 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98792 5 0.2762 0.758 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM98793 1 0.1327 0.837 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM98794 1 0.0865 0.849 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM98795 6 0.1261 0.942 0.024 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952
#> GSM98796 6 0.1261 0.942 0.024 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952
#> GSM98797 5 0.3020 0.762 0.000 0.000 0.076 0.080 0.844 0.000
#> GSM98798 4 0.5272 0.534 0.000 0.000 0.140 0.584 0.276 0.000
#> GSM98799 5 0.3866 0.195 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM98800 5 0.2597 0.713 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM98801 4 0.5358 0.330 0.000 0.000 0.112 0.496 0.392 0.000
#> GSM94019 5 0.2234 0.775 0.004 0.000 0.124 0.000 0.872 0.000
#> GSM94020 4 0.1075 0.761 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.2624 0.770 0.856 0.000 0.124 0.000 0.020 0.000
#> GSM94022 3 0.0146 0.834 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94023 3 0.4279 0.800 0.140 0.000 0.732 0.000 0.128 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.834 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94025 1 0.5665 0.339 0.500 0.000 0.328 0.000 0.000 0.172
#> GSM94026 4 0.3797 0.688 0.000 0.000 0.016 0.692 0.292 0.000
#> GSM94027 3 0.3499 0.680 0.004 0.000 0.728 0.000 0.004 0.264
#> GSM94028 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2300 0.792 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM94030 3 0.4421 0.789 0.156 0.000 0.716 0.000 0.128 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94032 3 0.2209 0.837 0.004 0.000 0.900 0.000 0.072 0.024
#> GSM94033 4 0.2003 0.798 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM94034 3 0.4316 0.798 0.144 0.000 0.728 0.000 0.128 0.000
#> GSM94035 4 0.3747 0.458 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> GSM94036 3 0.4276 0.803 0.168 0.000 0.728 0.000 0.104 0.000
#> GSM94037 1 0.0146 0.851 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94038 2 0.2597 0.852 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0790 0.941 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2165 0.830 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108
#> GSM94041 1 0.0632 0.852 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94043 4 0.2219 0.776 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM94044 5 0.3866 0.195 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000
#> GSM94045 1 0.1549 0.839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM94046 1 0.2446 0.803 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.124
#> GSM94047 5 0.1501 0.760 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM94048 1 0.0632 0.852 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94049 1 0.3958 0.651 0.764 0.000 0.108 0.000 0.128 0.000
#> GSM94050 1 0.3868 0.249 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM94051 5 0.2491 0.707 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM94052 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 6 0.1261 0.942 0.024 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952
#> GSM94055 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94056 6 0.0865 0.941 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM94057 2 0.2941 0.700 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.3409 0.660 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM94059 6 0.1261 0.942 0.024 0.000 0.000 0.000 0.024 0.952
#> GSM94060 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.2793 0.760 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM94062 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.1141 0.766 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM94064 2 0.2048 0.913 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.2790 0.809 0.840 0.000 0.000 0.000 0.020 0.140
#> GSM94066 2 0.2048 0.913 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94067 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0260 0.852 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94070 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94072 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94073 5 0.2527 0.705 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM94074 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94075 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94155 6 0.0632 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94156 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 6 0.4214 0.567 0.276 0.000 0.000 0.000 0.044 0.680
#> GSM94160 6 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94161 6 0.1007 0.928 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM94162 3 0.3274 0.804 0.096 0.000 0.824 0.000 0.080 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0632 0.852 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94165 1 0.3672 0.548 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> GSM94166 6 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94167 5 0.3050 0.681 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> GSM94168 1 0.1245 0.854 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016
#> GSM94169 5 0.1910 0.745 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM94170 6 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94171 1 0.3428 0.655 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM94172 1 0.3288 0.676 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM94173 4 0.1610 0.800 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM94174 5 0.3266 0.620 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM94175 5 0.2597 0.713 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM94176 3 0.5190 0.657 0.272 0.000 0.596 0.000 0.132 0.000
#> GSM94177 1 0.1204 0.846 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 0.789 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.1327 0.837 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.851 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 5 0.3420 0.641 0.240 0.000 0.012 0.000 0.748 0.000
#> GSM98770 1 0.2454 0.779 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> GSM98771 4 0.1610 0.800 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM98772 1 0.1297 0.846 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040 0.000
#> GSM98773 3 0.3958 0.818 0.108 0.000 0.764 0.000 0.128 0.000
#> GSM98774 5 0.4604 0.706 0.152 0.000 0.152 0.000 0.696 0.000
#> GSM98775 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98776 1 0.1204 0.842 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM98777 5 0.1610 0.761 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM98778 3 0.4222 0.818 0.108 0.000 0.760 0.000 0.120 0.012
#> GSM98779 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98780 1 0.0891 0.854 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM98781 3 0.4697 0.766 0.172 0.000 0.684 0.000 0.144 0.000
#> GSM98782 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98783 1 0.1007 0.848 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM98784 6 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98871 2 0.1610 0.929 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.1610 0.776 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.945 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.1267 0.751 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:pam 188 2.70e-03 2
#> SD:pam 175 1.47e-09 3
#> SD:pam 188 3.05e-08 4
#> SD:pam 81 1.90e-02 5
#> SD:pam 184 9.48e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.510 0.866 0.921 0.4387 0.557 0.557
#> 3 3 0.481 0.132 0.625 0.3934 0.682 0.572
#> 4 4 0.555 0.637 0.788 0.1455 0.571 0.357
#> 5 5 0.620 0.614 0.799 0.0780 0.918 0.739
#> 6 6 0.639 0.609 0.780 0.0312 0.918 0.706
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.7602 0.809 0.780 0.220
#> GSM94078 2 0.5946 0.826 0.144 0.856
#> GSM94079 1 0.7056 0.835 0.808 0.192
#> GSM94080 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.7219 0.829 0.800 0.200
#> GSM94082 2 0.7950 0.709 0.240 0.760
#> GSM94083 1 0.7219 0.829 0.800 0.200
#> GSM94084 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.7815 0.795 0.768 0.232
#> GSM94086 1 0.7299 0.825 0.796 0.204
#> GSM94087 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94088 2 0.8861 0.584 0.304 0.696
#> GSM94089 2 0.2236 0.908 0.036 0.964
#> GSM94090 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.5294 0.872 0.880 0.120
#> GSM94092 1 0.7056 0.838 0.808 0.192
#> GSM94093 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.7602 0.809 0.780 0.220
#> GSM94095 1 0.7453 0.817 0.788 0.212
#> GSM94096 2 0.5737 0.833 0.136 0.864
#> GSM94097 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.7056 0.835 0.808 0.192
#> GSM94099 1 0.6887 0.841 0.816 0.184
#> GSM94100 1 0.7453 0.819 0.788 0.212
#> GSM94101 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94102 1 0.7453 0.819 0.788 0.212
#> GSM94103 2 0.8909 0.575 0.308 0.692
#> GSM94104 1 0.8861 0.694 0.696 0.304
#> GSM94105 1 0.7056 0.835 0.808 0.192
#> GSM94106 2 0.0672 0.924 0.008 0.992
#> GSM94107 1 0.7056 0.835 0.808 0.192
#> GSM94108 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94109 1 0.8555 0.734 0.720 0.280
#> GSM94110 2 0.6343 0.810 0.160 0.840
#> GSM94111 1 0.7453 0.819 0.788 0.212
#> GSM94112 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.7815 0.721 0.232 0.768
#> GSM94114 1 0.7139 0.832 0.804 0.196
#> GSM94115 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94117 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94118 2 0.8207 0.681 0.256 0.744
#> GSM94119 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.8661 0.618 0.288 0.712
#> GSM94121 1 0.9608 0.511 0.616 0.384
#> GSM94122 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.3114 0.896 0.056 0.944
#> GSM94125 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94127 1 0.0376 0.899 0.996 0.004
#> GSM94128 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94129 1 0.7674 0.803 0.776 0.224
#> GSM94130 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.7674 0.734 0.224 0.776
#> GSM94136 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94138 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.5408 0.870 0.876 0.124
#> GSM94141 1 0.7602 0.812 0.780 0.220
#> GSM94142 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.4298 0.873 0.088 0.912
#> GSM94144 1 0.5519 0.868 0.872 0.128
#> GSM94145 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.2236 0.896 0.964 0.036
#> GSM94148 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0376 0.926 0.004 0.996
#> GSM98786 1 0.5178 0.873 0.884 0.116
#> GSM98787 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM98788 1 0.6973 0.838 0.812 0.188
#> GSM98789 1 0.5737 0.865 0.864 0.136
#> GSM98790 2 0.7056 0.775 0.192 0.808
#> GSM98791 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.9993 0.184 0.516 0.484
#> GSM98793 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98797 1 0.7453 0.819 0.788 0.212
#> GSM98798 2 0.8267 0.661 0.260 0.740
#> GSM98799 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.6623 0.798 0.172 0.828
#> GSM98801 1 0.7453 0.819 0.788 0.212
#> GSM94019 1 0.6887 0.841 0.816 0.184
#> GSM94020 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.6887 0.841 0.816 0.184
#> GSM94022 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94023 1 0.7056 0.835 0.808 0.192
#> GSM94024 1 0.7453 0.817 0.788 0.212
#> GSM94025 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94026 1 0.7453 0.819 0.788 0.212
#> GSM94027 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94028 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94030 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94031 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.7219 0.830 0.800 0.200
#> GSM94033 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.6887 0.841 0.816 0.184
#> GSM94035 2 0.6623 0.798 0.172 0.828
#> GSM94036 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM94037 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0376 0.899 0.996 0.004
#> GSM94042 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94047 2 0.7883 0.718 0.236 0.764
#> GSM94048 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.1633 0.898 0.976 0.024
#> GSM94050 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.2603 0.894 0.956 0.044
#> GSM94052 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.1843 0.897 0.972 0.028
#> GSM94057 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94063 2 0.7528 0.743 0.216 0.784
#> GSM94064 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.2603 0.894 0.956 0.044
#> GSM94074 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4690 0.878 0.900 0.100
#> GSM94163 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.7376 0.823 0.792 0.208
#> GSM94170 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.2603 0.894 0.956 0.044
#> GSM94175 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.1633 0.898 0.976 0.024
#> GSM94177 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0376 0.899 0.996 0.004
#> GSM98769 1 0.2236 0.896 0.964 0.036
#> GSM98770 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.7299 0.826 0.796 0.204
#> GSM98774 1 0.4562 0.880 0.904 0.096
#> GSM98775 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.1633 0.898 0.976 0.024
#> GSM98777 2 0.5519 0.841 0.128 0.872
#> GSM98778 1 0.6801 0.843 0.820 0.180
#> GSM98779 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.2603 0.894 0.956 0.044
#> GSM98782 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.901 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.928 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94077 3 0.6809 0.26869 0.464 0.012 0.524
#> GSM94078 3 0.7292 0.26671 0.472 0.028 0.500
#> GSM94079 3 0.6309 0.25557 0.496 0.000 0.504
#> GSM94080 2 0.0237 0.86606 0.000 0.996 0.004
#> GSM94081 3 0.6676 0.26506 0.476 0.008 0.516
#> GSM94082 3 0.6950 0.26870 0.476 0.016 0.508
#> GSM94083 3 0.6521 0.25754 0.492 0.004 0.504
#> GSM94084 1 0.8070 -0.31765 0.468 0.064 0.468
#> GSM94085 3 0.6799 0.27021 0.456 0.012 0.532
#> GSM94086 3 0.6819 0.26456 0.476 0.012 0.512
#> GSM94087 3 0.5254 -0.10147 0.264 0.000 0.736
#> GSM94088 3 0.6813 0.27040 0.468 0.012 0.520
#> GSM94089 3 0.8826 0.25391 0.412 0.116 0.472
#> GSM94090 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.2804 0.11869 0.060 0.016 0.924
#> GSM94092 3 0.6280 0.26906 0.460 0.000 0.540
#> GSM94093 3 0.6295 -0.36600 0.472 0.000 0.528
#> GSM94094 3 0.6804 0.26934 0.460 0.012 0.528
#> GSM94095 3 0.6816 0.26619 0.472 0.012 0.516
#> GSM94096 3 0.7072 0.26711 0.476 0.020 0.504
#> GSM94097 3 0.3295 0.09386 0.096 0.008 0.896
#> GSM94098 3 0.6307 0.25910 0.488 0.000 0.512
#> GSM94099 3 0.6809 0.26869 0.464 0.012 0.524
#> GSM94100 3 0.8955 -0.05167 0.140 0.344 0.516
#> GSM94101 3 0.8889 0.25044 0.428 0.120 0.452
#> GSM94102 3 0.6513 0.26462 0.476 0.004 0.520
#> GSM94103 3 0.6505 0.26973 0.468 0.004 0.528
#> GSM94104 3 0.7059 0.27060 0.460 0.020 0.520
#> GSM94105 3 0.6308 0.25672 0.492 0.000 0.508
#> GSM94106 3 0.7841 0.25986 0.468 0.052 0.480
#> GSM94107 3 0.6500 0.26829 0.464 0.004 0.532
#> GSM94108 3 0.9743 0.10748 0.276 0.276 0.448
#> GSM94109 3 0.6936 0.26937 0.460 0.016 0.524
#> GSM94110 3 0.7074 0.26737 0.480 0.020 0.500
#> GSM94111 3 0.8731 0.24227 0.368 0.116 0.516
#> GSM94112 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.6676 0.26819 0.476 0.008 0.516
#> GSM94114 3 0.6813 0.26707 0.468 0.012 0.520
#> GSM94115 3 0.5706 -0.18404 0.320 0.000 0.680
#> GSM94116 3 0.6260 0.27087 0.448 0.000 0.552
#> GSM94117 3 0.6308 0.25607 0.492 0.000 0.508
#> GSM94118 3 0.6676 0.26819 0.476 0.008 0.516
#> GSM94119 2 0.6255 0.55968 0.012 0.668 0.320
#> GSM94120 3 0.6676 0.26819 0.476 0.008 0.516
#> GSM94121 3 0.6669 0.26831 0.468 0.008 0.524
#> GSM94122 2 0.8223 0.50067 0.108 0.604 0.288
#> GSM94123 1 0.6308 0.35684 0.508 0.000 0.492
#> GSM94124 3 0.7491 0.26398 0.472 0.036 0.492
#> GSM94125 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.5948 -0.17450 0.640 0.000 0.360
#> GSM94127 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94128 3 0.6267 0.27037 0.452 0.000 0.548
#> GSM94129 3 0.6678 0.26931 0.480 0.008 0.512
#> GSM94130 3 0.6215 -0.30094 0.428 0.000 0.572
#> GSM94131 3 0.6252 -0.32507 0.444 0.000 0.556
#> GSM94132 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94133 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 3 0.6295 -0.34442 0.472 0.000 0.528
#> GSM94135 3 0.6509 0.26917 0.472 0.004 0.524
#> GSM94136 3 0.6215 -0.30916 0.428 0.000 0.572
#> GSM94137 3 0.6516 0.26383 0.480 0.004 0.516
#> GSM94138 3 0.5859 -0.20720 0.344 0.000 0.656
#> GSM94139 3 0.8932 -0.16249 0.124 0.420 0.456
#> GSM94140 3 0.2804 0.11869 0.060 0.016 0.924
#> GSM94141 3 0.7724 -0.05565 0.060 0.352 0.588
#> GSM94142 1 0.6305 0.36502 0.516 0.000 0.484
#> GSM94143 3 0.7831 -0.13888 0.056 0.404 0.540
#> GSM94144 3 0.2550 0.12080 0.056 0.012 0.932
#> GSM94145 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94146 3 0.6079 0.02587 0.388 0.000 0.612
#> GSM94147 3 0.5698 -0.09705 0.252 0.012 0.736
#> GSM94148 3 0.6126 -0.28022 0.400 0.000 0.600
#> GSM98785 3 0.8173 -0.15845 0.072 0.420 0.508
#> GSM98786 3 0.0592 0.13398 0.012 0.000 0.988
#> GSM98787 3 0.6489 0.27040 0.456 0.004 0.540
#> GSM98788 3 0.6280 0.26860 0.460 0.000 0.540
#> GSM98789 3 0.6764 0.17224 0.060 0.224 0.716
#> GSM98790 3 0.9338 0.23032 0.360 0.172 0.468
#> GSM98791 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM98792 3 0.6819 0.26925 0.476 0.012 0.512
#> GSM98793 3 0.5327 -0.13161 0.272 0.000 0.728
#> GSM98794 3 0.5835 -0.20220 0.340 0.000 0.660
#> GSM98795 3 0.5560 -0.14469 0.300 0.000 0.700
#> GSM98796 3 0.6308 -0.36852 0.492 0.000 0.508
#> GSM98797 3 0.8688 -0.11073 0.112 0.372 0.516
#> GSM98798 3 0.8501 -0.17414 0.092 0.420 0.488
#> GSM98799 2 0.6994 0.47996 0.028 0.612 0.360
#> GSM98800 3 0.7820 -0.13165 0.056 0.400 0.544
#> GSM98801 3 0.8955 -0.05167 0.140 0.344 0.516
#> GSM94019 3 0.6483 0.27126 0.452 0.004 0.544
#> GSM94020 2 0.1031 0.85771 0.000 0.976 0.024
#> GSM94021 1 0.6225 -0.25416 0.568 0.000 0.432
#> GSM94022 3 0.6299 0.26494 0.476 0.000 0.524
#> GSM94023 3 0.6280 0.26860 0.460 0.000 0.540
#> GSM94024 3 0.6816 0.26619 0.472 0.012 0.516
#> GSM94025 1 0.5560 -0.13821 0.700 0.000 0.300
#> GSM94026 3 0.8772 0.24189 0.364 0.120 0.516
#> GSM94027 1 0.5905 -0.16900 0.648 0.000 0.352
#> GSM94028 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.6309 0.25550 0.496 0.000 0.504
#> GSM94030 3 0.6286 0.26779 0.464 0.000 0.536
#> GSM94031 2 0.9206 0.38057 0.188 0.524 0.288
#> GSM94032 3 0.6825 0.23628 0.488 0.012 0.500
#> GSM94033 3 0.9439 0.23859 0.376 0.180 0.444
#> GSM94034 3 0.6307 0.25837 0.488 0.000 0.512
#> GSM94035 3 0.7674 0.25997 0.472 0.044 0.484
#> GSM94036 3 0.6302 0.26225 0.480 0.000 0.520
#> GSM94037 3 0.6299 -0.34690 0.476 0.000 0.524
#> GSM94038 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 3 0.6235 -0.32659 0.436 0.000 0.564
#> GSM94041 3 0.5733 -0.18731 0.324 0.000 0.676
#> GSM94042 2 0.0747 0.86221 0.000 0.984 0.016
#> GSM94043 2 0.7883 0.30996 0.056 0.516 0.428
#> GSM94044 2 0.7190 0.47546 0.036 0.608 0.356
#> GSM94045 3 0.6299 -0.34690 0.476 0.000 0.524
#> GSM94046 3 0.6299 -0.34690 0.476 0.000 0.524
#> GSM94047 3 0.2749 0.15163 0.064 0.012 0.924
#> GSM94048 3 0.5948 -0.22777 0.360 0.000 0.640
#> GSM94049 3 0.2096 0.11317 0.052 0.004 0.944
#> GSM94050 3 0.6299 -0.34690 0.476 0.000 0.524
#> GSM94051 3 0.4602 0.00746 0.152 0.016 0.832
#> GSM94052 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94053 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 3 0.6308 -0.39227 0.492 0.000 0.508
#> GSM94055 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94056 3 0.6200 -0.15369 0.312 0.012 0.676
#> GSM94057 2 0.4413 0.78084 0.036 0.860 0.104
#> GSM94058 3 0.6299 -0.34883 0.476 0.000 0.524
#> GSM94059 1 0.6307 0.36081 0.512 0.000 0.488
#> GSM94060 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 3 0.6291 -0.34274 0.468 0.000 0.532
#> GSM94062 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.3337 0.15578 0.060 0.032 0.908
#> GSM94064 2 0.1031 0.85771 0.000 0.976 0.024
#> GSM94065 3 0.6302 -0.34832 0.480 0.000 0.520
#> GSM94066 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.6307 0.36160 0.512 0.000 0.488
#> GSM94068 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 3 0.6299 -0.34690 0.476 0.000 0.524
#> GSM94070 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94072 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94073 3 0.0592 0.12579 0.012 0.000 0.988
#> GSM94074 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94075 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94155 3 0.6308 -0.39227 0.492 0.000 0.508
#> GSM94156 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 3 0.6309 -0.39738 0.496 0.000 0.504
#> GSM94160 1 0.6305 0.36502 0.516 0.000 0.484
#> GSM94161 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM94162 3 0.2096 0.13313 0.052 0.004 0.944
#> GSM94163 2 0.1411 0.85046 0.000 0.964 0.036
#> GSM94164 3 0.6295 -0.34442 0.472 0.000 0.528
#> GSM94165 3 0.6299 -0.34883 0.476 0.000 0.524
#> GSM94166 1 0.6305 0.36218 0.516 0.000 0.484
#> GSM94167 3 0.8891 -0.18039 0.120 0.432 0.448
#> GSM94168 3 0.6302 -0.34832 0.480 0.000 0.520
#> GSM94169 3 0.2356 0.15460 0.072 0.000 0.928
#> GSM94170 1 0.6309 0.35609 0.504 0.000 0.496
#> GSM94171 3 0.6299 -0.34883 0.476 0.000 0.524
#> GSM94172 3 0.6299 -0.34883 0.476 0.000 0.524
#> GSM94173 2 0.6625 0.56259 0.024 0.660 0.316
#> GSM94174 3 0.2959 0.05548 0.100 0.000 0.900
#> GSM94175 3 0.8322 -0.17525 0.080 0.428 0.492
#> GSM94176 3 0.4887 -0.09683 0.228 0.000 0.772
#> GSM94177 3 0.5678 -0.18642 0.316 0.000 0.684
#> GSM94178 2 0.0892 0.85987 0.000 0.980 0.020
#> GSM98767 3 0.5650 -0.18215 0.312 0.000 0.688
#> GSM98768 3 0.5948 -0.22986 0.360 0.000 0.640
#> GSM98769 3 0.1585 0.12701 0.028 0.008 0.964
#> GSM98770 3 0.6299 -0.34690 0.476 0.000 0.524
#> GSM98771 2 0.7984 0.27142 0.060 0.496 0.444
#> GSM98772 3 0.5465 -0.14689 0.288 0.000 0.712
#> GSM98773 3 0.6816 0.26619 0.472 0.012 0.516
#> GSM98774 3 0.1832 0.14135 0.036 0.008 0.956
#> GSM98775 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM98776 3 0.5178 -0.12239 0.256 0.000 0.744
#> GSM98777 3 0.7866 -0.10498 0.060 0.388 0.552
#> GSM98778 3 0.6309 0.25557 0.496 0.000 0.504
#> GSM98779 3 0.6302 -0.35038 0.480 0.000 0.520
#> GSM98780 3 0.6299 -0.36980 0.476 0.000 0.524
#> GSM98781 3 0.1267 0.12563 0.024 0.004 0.972
#> GSM98782 3 0.6302 -0.35440 0.480 0.000 0.520
#> GSM98783 3 0.4002 0.10964 0.160 0.000 0.840
#> GSM98784 1 0.6305 0.36502 0.516 0.000 0.484
#> GSM98871 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 3 0.9140 -0.14136 0.144 0.404 0.452
#> GSM98874 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.86737 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.1584 0.81504 0.952 0.000 0.036 0.012
#> GSM94077 3 0.1489 0.76602 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM94078 3 0.4304 0.41881 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM94079 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94080 2 0.1389 0.90913 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM94081 3 0.1576 0.76578 0.048 0.000 0.948 0.004
#> GSM94082 3 0.2546 0.71358 0.008 0.000 0.900 0.092
#> GSM94083 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94084 3 0.5334 -0.11561 0.004 0.004 0.508 0.484
#> GSM94085 3 0.1936 0.76813 0.032 0.000 0.940 0.028
#> GSM94086 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94087 1 0.4104 0.76117 0.808 0.000 0.028 0.164
#> GSM94088 3 0.2635 0.74795 0.020 0.000 0.904 0.076
#> GSM94089 4 0.5335 0.14458 0.004 0.004 0.488 0.504
#> GSM94090 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 4 0.7709 -0.10136 0.352 0.004 0.196 0.448
#> GSM94092 3 0.3216 0.76128 0.076 0.000 0.880 0.044
#> GSM94093 1 0.4718 0.68476 0.708 0.000 0.012 0.280
#> GSM94094 3 0.1489 0.76695 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM94095 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94096 3 0.4817 0.12388 0.000 0.000 0.612 0.388
#> GSM94097 1 0.5565 0.67557 0.684 0.000 0.056 0.260
#> GSM94098 3 0.1576 0.76804 0.048 0.000 0.948 0.004
#> GSM94099 3 0.1824 0.76375 0.060 0.000 0.936 0.004
#> GSM94100 4 0.6432 0.45842 0.012 0.088 0.248 0.652
#> GSM94101 3 0.5463 -0.13322 0.008 0.004 0.500 0.488
#> GSM94102 3 0.6825 0.48595 0.052 0.060 0.648 0.240
#> GSM94103 3 0.3108 0.72078 0.016 0.000 0.872 0.112
#> GSM94104 3 0.2402 0.74219 0.012 0.000 0.912 0.076
#> GSM94105 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94106 3 0.5669 -0.06732 0.016 0.004 0.516 0.464
#> GSM94107 3 0.1722 0.76964 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM94108 4 0.5706 0.31662 0.004 0.020 0.420 0.556
#> GSM94109 3 0.5010 0.46692 0.024 0.000 0.700 0.276
#> GSM94110 3 0.2999 0.67677 0.004 0.000 0.864 0.132
#> GSM94111 4 0.5840 0.43889 0.004 0.060 0.264 0.672
#> GSM94112 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.3863 0.68324 0.028 0.000 0.828 0.144
#> GSM94114 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94115 1 0.3587 0.75146 0.860 0.000 0.088 0.052
#> GSM94116 3 0.4388 0.70091 0.132 0.000 0.808 0.060
#> GSM94117 3 0.2443 0.76697 0.060 0.000 0.916 0.024
#> GSM94118 3 0.3812 0.68862 0.028 0.000 0.832 0.140
#> GSM94119 4 0.6909 0.36300 0.000 0.364 0.116 0.520
#> GSM94120 3 0.3598 0.70411 0.028 0.000 0.848 0.124
#> GSM94121 3 0.3082 0.73346 0.032 0.000 0.884 0.084
#> GSM94122 4 0.7169 0.46975 0.000 0.312 0.160 0.528
#> GSM94123 1 0.3528 0.73929 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM94124 3 0.4776 0.24193 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM94125 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4697 0.40279 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM94127 1 0.2032 0.80913 0.936 0.000 0.028 0.036
#> GSM94128 3 0.3970 0.74056 0.076 0.000 0.840 0.084
#> GSM94129 3 0.3166 0.72203 0.016 0.000 0.868 0.116
#> GSM94130 1 0.5013 0.67516 0.688 0.000 0.020 0.292
#> GSM94131 1 0.0336 0.81421 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94132 1 0.1022 0.81533 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0524 0.81459 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM94135 3 0.3523 0.71227 0.032 0.000 0.856 0.112
#> GSM94136 1 0.0188 0.81360 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94137 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94138 1 0.2131 0.79563 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM94139 4 0.7035 0.56668 0.024 0.100 0.268 0.608
#> GSM94140 4 0.7556 -0.02208 0.304 0.004 0.192 0.500
#> GSM94141 4 0.5222 0.50462 0.056 0.092 0.056 0.796
#> GSM94142 1 0.4164 0.69729 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM94143 4 0.7394 0.60341 0.096 0.088 0.172 0.644
#> GSM94144 4 0.7759 -0.11584 0.372 0.004 0.200 0.424
#> GSM94145 1 0.2300 0.80771 0.924 0.000 0.028 0.048
#> GSM94146 1 0.3435 0.78610 0.864 0.000 0.036 0.100
#> GSM94147 1 0.7380 0.38781 0.512 0.000 0.200 0.288
#> GSM94148 1 0.0921 0.81595 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98785 4 0.7637 0.58951 0.060 0.104 0.244 0.592
#> GSM98786 1 0.7081 0.31917 0.536 0.004 0.336 0.124
#> GSM98787 3 0.3810 0.74529 0.060 0.000 0.848 0.092
#> GSM98788 3 0.2871 0.76270 0.072 0.000 0.896 0.032
#> GSM98789 4 0.7439 -0.00731 0.304 0.004 0.176 0.516
#> GSM98790 4 0.7274 0.53749 0.036 0.108 0.248 0.608
#> GSM98791 1 0.0817 0.81499 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM98792 3 0.3300 0.65720 0.008 0.000 0.848 0.144
#> GSM98793 1 0.4364 0.69775 0.808 0.000 0.136 0.056
#> GSM98794 1 0.2654 0.76880 0.888 0.000 0.108 0.004
#> GSM98795 1 0.4883 0.67258 0.696 0.000 0.016 0.288
#> GSM98796 1 0.1792 0.80858 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM98797 4 0.4542 0.55116 0.036 0.096 0.040 0.828
#> GSM98798 4 0.6735 0.60286 0.032 0.096 0.208 0.664
#> GSM98799 4 0.6961 0.38850 0.000 0.352 0.124 0.524
#> GSM98800 4 0.7374 0.60174 0.096 0.084 0.176 0.644
#> GSM98801 4 0.7315 0.44972 0.052 0.096 0.232 0.620
#> GSM94019 3 0.4245 0.72901 0.064 0.000 0.820 0.116
#> GSM94020 2 0.2868 0.83290 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM94021 3 0.5112 0.38399 0.384 0.000 0.608 0.008
#> GSM94022 3 0.3323 0.75840 0.064 0.000 0.876 0.060
#> GSM94023 3 0.3056 0.76051 0.072 0.000 0.888 0.040
#> GSM94024 3 0.1211 0.76681 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94025 3 0.4746 0.37118 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM94026 4 0.6270 0.38877 0.012 0.060 0.292 0.636
#> GSM94027 3 0.4713 0.39815 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3694 0.70689 0.124 0.000 0.844 0.032
#> GSM94030 3 0.3453 0.75280 0.080 0.000 0.868 0.052
#> GSM94031 4 0.7515 0.39796 0.000 0.364 0.188 0.448
#> GSM94032 3 0.7621 0.08820 0.060 0.060 0.480 0.400
#> GSM94033 3 0.6177 -0.18527 0.004 0.040 0.488 0.468
#> GSM94034 3 0.3286 0.75628 0.080 0.000 0.876 0.044
#> GSM94035 4 0.5843 0.17688 0.024 0.004 0.448 0.524
#> GSM94036 3 0.3903 0.74273 0.080 0.000 0.844 0.076
#> GSM94037 1 0.0657 0.81504 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94038 2 0.0336 0.92966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94039 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1356 0.81601 0.960 0.000 0.032 0.008
#> GSM94041 1 0.4361 0.69527 0.772 0.000 0.208 0.020
#> GSM94042 2 0.4857 0.50587 0.000 0.668 0.008 0.324
#> GSM94043 4 0.6881 0.60119 0.000 0.172 0.236 0.592
#> GSM94044 4 0.6991 0.39260 0.000 0.348 0.128 0.524
#> GSM94045 1 0.0376 0.81446 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM94046 1 0.0188 0.81360 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94047 1 0.7836 -0.02906 0.412 0.004 0.368 0.216
#> GSM94048 1 0.1677 0.80367 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM94049 1 0.5212 0.38970 0.572 0.000 0.420 0.008
#> GSM94050 1 0.1305 0.81070 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM94051 1 0.7450 0.41080 0.528 0.004 0.196 0.272
#> GSM94052 1 0.1807 0.81126 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM94053 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4483 0.68139 0.712 0.000 0.004 0.284
#> GSM94055 1 0.2300 0.80823 0.924 0.000 0.028 0.048
#> GSM94056 1 0.6042 0.55077 0.560 0.000 0.048 0.392
#> GSM94057 2 0.2647 0.81355 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM94058 1 0.1733 0.81278 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM94059 1 0.4401 0.68935 0.724 0.000 0.004 0.272
#> GSM94060 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.1305 0.81070 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM94062 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.8388 0.27120 0.160 0.044 0.376 0.420
#> GSM94064 2 0.0817 0.91503 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM94065 1 0.0469 0.81508 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94066 2 0.0921 0.91999 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94067 1 0.4353 0.71442 0.756 0.000 0.012 0.232
#> GSM94068 2 0.3074 0.81251 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM94069 1 0.0336 0.81461 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.2032 0.80913 0.936 0.000 0.028 0.036
#> GSM94072 1 0.0921 0.81441 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94073 1 0.6466 0.40295 0.588 0.000 0.320 0.092
#> GSM94074 1 0.1388 0.81311 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM94075 1 0.2032 0.80913 0.936 0.000 0.028 0.036
#> GSM94155 1 0.4401 0.68935 0.724 0.000 0.004 0.272
#> GSM94156 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4283 0.69911 0.740 0.000 0.004 0.256
#> GSM94160 1 0.4072 0.70204 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM94161 1 0.0921 0.81441 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94162 1 0.6354 0.27319 0.520 0.000 0.416 0.064
#> GSM94163 4 0.5696 -0.03065 0.000 0.484 0.024 0.492
#> GSM94164 1 0.0469 0.81423 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94165 1 0.0817 0.81499 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM94166 1 0.4193 0.69173 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM94167 4 0.7359 0.60948 0.024 0.160 0.216 0.600
#> GSM94168 1 0.0817 0.81499 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM94169 3 0.7888 0.03201 0.368 0.004 0.400 0.228
#> GSM94170 1 0.4220 0.70403 0.748 0.000 0.004 0.248
#> GSM94171 1 0.1022 0.81488 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM94172 1 0.0469 0.81508 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94173 4 0.5487 0.23978 0.000 0.400 0.020 0.580
#> GSM94174 1 0.6669 0.38297 0.572 0.000 0.320 0.108
#> GSM94175 4 0.7559 0.61296 0.036 0.160 0.208 0.596
#> GSM94176 1 0.6074 0.50040 0.648 0.000 0.268 0.084
#> GSM94177 1 0.2845 0.78227 0.896 0.000 0.028 0.076
#> GSM94178 2 0.5250 0.20090 0.000 0.552 0.008 0.440
#> GSM98767 1 0.2845 0.78376 0.896 0.000 0.028 0.076
#> GSM98768 1 0.1411 0.80787 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM98769 1 0.7093 0.44212 0.568 0.000 0.212 0.220
#> GSM98770 1 0.0469 0.81521 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98771 4 0.7230 0.60889 0.016 0.164 0.220 0.600
#> GSM98772 1 0.3764 0.73092 0.844 0.000 0.116 0.040
#> GSM98773 3 0.1389 0.76723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM98774 1 0.7063 0.28133 0.508 0.004 0.376 0.112
#> GSM98775 1 0.0921 0.81441 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98776 1 0.4964 0.65629 0.764 0.000 0.168 0.068
#> GSM98777 4 0.8139 0.46557 0.092 0.080 0.316 0.512
#> GSM98778 3 0.1867 0.75227 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM98779 1 0.0921 0.81441 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98780 1 0.0657 0.81548 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM98781 1 0.6869 0.38463 0.564 0.000 0.304 0.132
#> GSM98782 1 0.2987 0.79537 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM98783 1 0.5578 0.51456 0.648 0.000 0.312 0.040
#> GSM98784 1 0.4011 0.72710 0.784 0.000 0.008 0.208
#> GSM98871 2 0.0336 0.92966 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM98872 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.8072 0.55794 0.024 0.228 0.248 0.500
#> GSM98874 2 0.0000 0.93180 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1389 0.90784 0.000 0.952 0.000 0.048
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.2609 0.74787 0.896 0.000 0.052 0.004 0.048
#> GSM94077 3 0.1538 0.76189 0.008 0.000 0.948 0.036 0.008
#> GSM94078 4 0.4656 0.11392 0.000 0.000 0.480 0.508 0.012
#> GSM94079 3 0.0162 0.76456 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.2769 0.83772 0.000 0.876 0.000 0.092 0.032
#> GSM94081 3 0.0324 0.76489 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM94082 3 0.3402 0.67974 0.004 0.000 0.804 0.184 0.008
#> GSM94083 3 0.0162 0.76549 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.2193 0.71629 0.000 0.000 0.092 0.900 0.008
#> GSM94085 3 0.1280 0.76456 0.008 0.000 0.960 0.024 0.008
#> GSM94086 3 0.0000 0.76524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94087 1 0.2878 0.73753 0.880 0.000 0.024 0.012 0.084
#> GSM94088 3 0.3373 0.69257 0.008 0.000 0.816 0.168 0.008
#> GSM94089 4 0.2886 0.67811 0.000 0.000 0.148 0.844 0.008
#> GSM94090 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.7027 0.57110 0.196 0.000 0.208 0.052 0.544
#> GSM94092 3 0.5331 0.61390 0.008 0.000 0.692 0.176 0.124
#> GSM94093 1 0.4253 0.51316 0.700 0.000 0.008 0.008 0.284
#> GSM94094 3 0.0510 0.76629 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM94095 3 0.0162 0.76456 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94096 4 0.4622 0.24663 0.000 0.000 0.440 0.548 0.012
#> GSM94097 1 0.4118 0.64624 0.772 0.000 0.032 0.008 0.188
#> GSM94098 3 0.0162 0.76549 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94099 3 0.2193 0.75158 0.008 0.000 0.920 0.028 0.044
#> GSM94100 5 0.5199 0.51501 0.004 0.008 0.164 0.108 0.716
#> GSM94101 4 0.1697 0.72226 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM94102 3 0.6411 0.22178 0.016 0.004 0.540 0.112 0.328
#> GSM94103 3 0.3751 0.66060 0.004 0.000 0.772 0.212 0.012
#> GSM94104 3 0.2848 0.71599 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> GSM94105 3 0.0000 0.76524 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.3160 0.64373 0.000 0.000 0.188 0.808 0.004
#> GSM94107 3 0.0162 0.76549 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.1357 0.72272 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> GSM94109 3 0.5556 0.32573 0.000 0.000 0.616 0.108 0.276
#> GSM94110 3 0.3750 0.62504 0.000 0.000 0.756 0.232 0.012
#> GSM94111 5 0.5221 0.51409 0.004 0.004 0.180 0.108 0.704
#> GSM94112 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4194 0.61776 0.004 0.000 0.708 0.276 0.012
#> GSM94114 3 0.0162 0.76570 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94115 1 0.5945 0.53805 0.676 0.000 0.048 0.144 0.132
#> GSM94116 3 0.5777 0.58452 0.100 0.000 0.688 0.164 0.048
#> GSM94117 3 0.0798 0.76528 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> GSM94118 3 0.4565 0.52577 0.008 0.000 0.632 0.352 0.008
#> GSM94119 4 0.4735 0.36361 0.000 0.296 0.004 0.668 0.032
#> GSM94120 3 0.4453 0.56890 0.008 0.000 0.660 0.324 0.008
#> GSM94121 3 0.4353 0.56195 0.004 0.000 0.660 0.328 0.008
#> GSM94122 4 0.3669 0.60936 0.000 0.176 0.012 0.800 0.012
#> GSM94123 1 0.2377 0.69710 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM94124 4 0.4473 0.27332 0.000 0.000 0.412 0.580 0.008
#> GSM94125 2 0.0671 0.87739 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94126 3 0.4060 0.26620 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.1564 0.75783 0.948 0.000 0.024 0.004 0.024
#> GSM94128 3 0.3111 0.70549 0.012 0.000 0.840 0.144 0.004
#> GSM94129 3 0.3707 0.63683 0.004 0.000 0.768 0.220 0.008
#> GSM94130 1 0.4166 0.44670 0.648 0.000 0.000 0.004 0.348
#> GSM94131 1 0.1864 0.74581 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> GSM94132 1 0.1469 0.76031 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> GSM94133 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1618 0.75930 0.944 0.000 0.008 0.040 0.008
#> GSM94135 3 0.4137 0.64192 0.008 0.000 0.732 0.248 0.012
#> GSM94136 1 0.2116 0.74076 0.912 0.000 0.008 0.076 0.004
#> GSM94137 3 0.0162 0.76550 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.4135 0.66411 0.804 0.000 0.024 0.128 0.044
#> GSM94139 4 0.0566 0.71540 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> GSM94140 5 0.6511 0.60468 0.180 0.004 0.136 0.052 0.628
#> GSM94141 5 0.3835 0.49443 0.020 0.004 0.008 0.168 0.800
#> GSM94142 1 0.3707 0.52762 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM94143 4 0.1329 0.71056 0.004 0.000 0.008 0.956 0.032
#> GSM94144 5 0.7781 0.53860 0.196 0.004 0.240 0.088 0.472
#> GSM94145 1 0.0693 0.76065 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM94146 1 0.2026 0.75211 0.924 0.000 0.008 0.012 0.056
#> GSM94147 5 0.7399 0.26364 0.344 0.000 0.168 0.056 0.432
#> GSM94148 1 0.3666 0.69276 0.824 0.000 0.040 0.008 0.128
#> GSM98785 4 0.3715 0.67481 0.004 0.020 0.128 0.828 0.020
#> GSM98786 1 0.8184 -0.08687 0.392 0.000 0.268 0.200 0.140
#> GSM98787 3 0.2152 0.74104 0.032 0.000 0.920 0.044 0.004
#> GSM98788 3 0.2630 0.75142 0.016 0.000 0.892 0.080 0.012
#> GSM98789 5 0.6805 0.60696 0.176 0.004 0.124 0.084 0.612
#> GSM98790 4 0.3535 0.68298 0.000 0.000 0.088 0.832 0.080
#> GSM98791 1 0.0290 0.76121 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.3963 0.58623 0.008 0.000 0.732 0.256 0.004
#> GSM98793 1 0.6264 0.51137 0.656 0.000 0.072 0.144 0.128
#> GSM98794 1 0.5131 0.61524 0.740 0.000 0.140 0.036 0.084
#> GSM98795 1 0.3969 0.50994 0.692 0.000 0.004 0.000 0.304
#> GSM98796 1 0.0794 0.75881 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM98797 5 0.3989 0.35370 0.000 0.008 0.004 0.260 0.728
#> GSM98798 4 0.2908 0.68763 0.000 0.008 0.016 0.868 0.108
#> GSM98799 4 0.4347 0.48505 0.000 0.232 0.004 0.732 0.032
#> GSM98800 4 0.1630 0.71258 0.004 0.000 0.016 0.944 0.036
#> GSM98801 5 0.5206 0.52056 0.008 0.008 0.152 0.108 0.724
#> GSM94019 3 0.4014 0.69304 0.016 0.000 0.776 0.192 0.016
#> GSM94020 2 0.4163 0.72278 0.000 0.740 0.000 0.228 0.032
#> GSM94021 3 0.5733 0.34940 0.256 0.000 0.608 0.136 0.000
#> GSM94022 3 0.1202 0.75470 0.032 0.000 0.960 0.004 0.004
#> GSM94023 3 0.2818 0.71740 0.012 0.000 0.856 0.132 0.000
#> GSM94024 3 0.0162 0.76456 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94025 3 0.3999 0.29128 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM94026 5 0.5193 0.51360 0.004 0.004 0.188 0.100 0.704
#> GSM94027 3 0.4126 0.23464 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0162 0.88009 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94029 3 0.0613 0.76389 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> GSM94030 3 0.2909 0.70769 0.012 0.000 0.848 0.140 0.000
#> GSM94031 4 0.6403 0.56076 0.000 0.196 0.052 0.624 0.128
#> GSM94032 5 0.6247 0.52681 0.072 0.004 0.248 0.052 0.624
#> GSM94033 4 0.2172 0.72363 0.000 0.020 0.060 0.916 0.004
#> GSM94034 3 0.2818 0.71184 0.012 0.000 0.856 0.132 0.000
#> GSM94035 4 0.3256 0.65792 0.004 0.000 0.148 0.832 0.016
#> GSM94036 3 0.3111 0.70549 0.012 0.000 0.840 0.144 0.004
#> GSM94037 1 0.0854 0.76245 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> GSM94038 2 0.2172 0.85283 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> GSM94039 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1597 0.75892 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> GSM94041 1 0.5365 0.51150 0.664 0.000 0.204 0.000 0.132
#> GSM94042 2 0.4849 0.50335 0.000 0.608 0.000 0.360 0.032
#> GSM94043 4 0.4006 0.65510 0.000 0.116 0.040 0.816 0.028
#> GSM94044 4 0.4925 0.41180 0.000 0.272 0.016 0.680 0.032
#> GSM94045 1 0.0854 0.76245 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> GSM94046 1 0.0854 0.76245 0.976 0.000 0.008 0.012 0.004
#> GSM94047 4 0.6280 0.20289 0.160 0.000 0.272 0.560 0.008
#> GSM94048 1 0.5380 0.58286 0.712 0.000 0.024 0.132 0.132
#> GSM94049 1 0.6162 0.00829 0.440 0.000 0.428 0.000 0.132
#> GSM94050 1 0.1267 0.76168 0.960 0.000 0.004 0.012 0.024
#> GSM94051 5 0.7352 0.48686 0.236 0.000 0.256 0.044 0.464
#> GSM94052 1 0.1041 0.75808 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM94053 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3816 0.51302 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM94055 1 0.1106 0.75823 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM94056 5 0.5449 0.00546 0.412 0.000 0.052 0.004 0.532
#> GSM94057 2 0.4480 0.61349 0.000 0.732 0.004 0.220 0.044
#> GSM94058 1 0.1653 0.76095 0.944 0.000 0.024 0.004 0.028
#> GSM94059 1 0.3796 0.51831 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM94060 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.1808 0.75748 0.936 0.000 0.004 0.040 0.020
#> GSM94062 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.4332 0.50087 0.024 0.000 0.236 0.732 0.008
#> GSM94064 2 0.1800 0.85547 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM94065 1 0.0566 0.76178 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM94066 2 0.2511 0.84591 0.000 0.892 0.000 0.080 0.028
#> GSM94067 1 0.3074 0.63798 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM94068 2 0.4248 0.69498 0.000 0.728 0.000 0.240 0.032
#> GSM94069 1 0.0798 0.76374 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1012 0.75871 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> GSM94072 1 0.3689 0.69346 0.820 0.000 0.048 0.004 0.128
#> GSM94073 1 0.7853 0.04940 0.448 0.000 0.272 0.148 0.132
#> GSM94074 1 0.1372 0.75980 0.956 0.000 0.024 0.004 0.016
#> GSM94075 1 0.1653 0.75851 0.944 0.000 0.024 0.004 0.028
#> GSM94155 1 0.3796 0.51831 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> GSM94156 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3752 0.53003 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM94160 1 0.3636 0.54446 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM94161 1 0.3826 0.68779 0.812 0.000 0.056 0.004 0.128
#> GSM94162 3 0.6241 -0.13913 0.424 0.000 0.448 0.004 0.124
#> GSM94163 2 0.5048 0.21395 0.000 0.492 0.000 0.476 0.032
#> GSM94164 1 0.1913 0.75630 0.932 0.000 0.008 0.016 0.044
#> GSM94165 1 0.0671 0.76273 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> GSM94166 1 0.3752 0.52753 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM94167 4 0.1106 0.71381 0.000 0.000 0.012 0.964 0.024
#> GSM94168 1 0.1836 0.75996 0.936 0.000 0.016 0.008 0.040
#> GSM94169 4 0.8153 -0.13949 0.200 0.000 0.292 0.380 0.128
#> GSM94170 1 0.3636 0.54230 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> GSM94171 1 0.2609 0.74695 0.896 0.000 0.052 0.004 0.048
#> GSM94172 1 0.0693 0.76225 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM94173 4 0.5805 0.35134 0.000 0.308 0.004 0.584 0.104
#> GSM94174 1 0.7738 0.14503 0.484 0.000 0.228 0.156 0.132
#> GSM94175 4 0.1975 0.71517 0.004 0.016 0.020 0.936 0.024
#> GSM94176 1 0.7320 0.30647 0.552 0.000 0.168 0.136 0.144
#> GSM94177 1 0.5770 0.54808 0.688 0.000 0.040 0.136 0.136
#> GSM94178 2 0.4982 0.39500 0.000 0.556 0.000 0.412 0.032
#> GSM98767 1 0.5728 0.55106 0.692 0.000 0.040 0.140 0.128
#> GSM98768 1 0.1412 0.76057 0.952 0.000 0.008 0.036 0.004
#> GSM98769 1 0.7667 -0.15880 0.404 0.000 0.256 0.056 0.284
#> GSM98770 1 0.0960 0.76310 0.972 0.000 0.016 0.008 0.004
#> GSM98771 4 0.1267 0.71473 0.000 0.004 0.012 0.960 0.024
#> GSM98772 1 0.5989 0.54906 0.684 0.000 0.076 0.112 0.128
#> GSM98773 3 0.0162 0.76456 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM98774 3 0.7210 -0.18713 0.396 0.000 0.416 0.056 0.132
#> GSM98775 1 0.1278 0.76229 0.960 0.000 0.020 0.004 0.016
#> GSM98776 1 0.6821 0.43152 0.608 0.000 0.112 0.148 0.132
#> GSM98777 4 0.3607 0.63351 0.008 0.000 0.144 0.820 0.028
#> GSM98778 3 0.0290 0.76393 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0794 0.76022 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0566 0.76255 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM98781 1 0.7533 -0.01878 0.444 0.000 0.276 0.056 0.224
#> GSM98782 1 0.0865 0.75984 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98783 1 0.5235 0.24150 0.552 0.000 0.408 0.032 0.008
#> GSM98784 1 0.2471 0.69140 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM98871 2 0.1485 0.87014 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> GSM98872 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.5129 0.53259 0.000 0.052 0.016 0.684 0.248
#> GSM98874 2 0.0000 0.88081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3051 0.82020 0.000 0.852 0.000 0.120 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.2604 0.686581 0.872 0.000 0.096 0.000 0.028 0.004
#> GSM94077 3 0.1606 0.796987 0.000 0.000 0.932 0.056 0.008 0.004
#> GSM94078 4 0.4676 0.160790 0.000 0.000 0.412 0.552 0.020 0.016
#> GSM94079 3 0.0458 0.799188 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.4284 0.798141 0.000 0.768 0.000 0.028 0.092 0.112
#> GSM94081 3 0.0291 0.801199 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM94082 3 0.3419 0.718847 0.000 0.000 0.792 0.180 0.012 0.016
#> GSM94083 3 0.0000 0.801065 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.1320 0.714651 0.000 0.000 0.036 0.948 0.000 0.016
#> GSM94085 3 0.1370 0.800054 0.000 0.000 0.948 0.036 0.012 0.004
#> GSM94086 3 0.0146 0.800523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94087 1 0.4747 -0.067295 0.548 0.000 0.024 0.000 0.412 0.016
#> GSM94088 3 0.2518 0.780753 0.000 0.000 0.880 0.092 0.016 0.012
#> GSM94089 4 0.1003 0.723895 0.000 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> GSM94090 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.7685 0.352093 0.224 0.000 0.172 0.036 0.444 0.124
#> GSM94092 3 0.4082 0.747932 0.092 0.000 0.804 0.060 0.020 0.024
#> GSM94093 5 0.4034 0.665653 0.280 0.000 0.004 0.000 0.692 0.024
#> GSM94094 3 0.0551 0.802491 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> GSM94095 3 0.0436 0.801695 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> GSM94096 3 0.4576 0.141572 0.000 0.000 0.504 0.468 0.012 0.016
#> GSM94097 5 0.5028 0.349257 0.436 0.000 0.040 0.000 0.508 0.016
#> GSM94098 3 0.0146 0.801057 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94099 3 0.1429 0.797032 0.000 0.000 0.940 0.052 0.004 0.004
#> GSM94100 6 0.4406 0.732712 0.000 0.000 0.028 0.076 0.144 0.752
#> GSM94101 4 0.0622 0.726895 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> GSM94102 6 0.5574 0.533146 0.084 0.000 0.244 0.020 0.020 0.632
#> GSM94103 3 0.3209 0.742023 0.000 0.000 0.816 0.156 0.012 0.016
#> GSM94104 3 0.2673 0.748648 0.000 0.000 0.852 0.132 0.012 0.004
#> GSM94105 3 0.0520 0.799386 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM94106 4 0.3558 0.474092 0.000 0.000 0.248 0.736 0.000 0.016
#> GSM94107 3 0.0000 0.801065 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0363 0.727751 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94109 6 0.5342 0.264753 0.000 0.000 0.440 0.072 0.012 0.476
#> GSM94110 3 0.4135 0.586799 0.000 0.000 0.680 0.292 0.012 0.016
#> GSM94111 6 0.4431 0.733437 0.000 0.000 0.028 0.084 0.136 0.752
#> GSM94112 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4331 0.523320 0.000 0.000 0.632 0.340 0.012 0.016
#> GSM94114 3 0.0146 0.800523 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94115 1 0.2426 0.691678 0.896 0.000 0.044 0.000 0.048 0.012
#> GSM94116 3 0.3767 0.745625 0.108 0.000 0.816 0.044 0.020 0.012
#> GSM94117 3 0.0748 0.799719 0.016 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004
#> GSM94118 3 0.4591 0.559424 0.012 0.000 0.640 0.320 0.012 0.016
#> GSM94119 4 0.3353 0.674829 0.000 0.016 0.000 0.836 0.080 0.068
#> GSM94120 3 0.4521 0.613922 0.016 0.000 0.672 0.284 0.012 0.016
#> GSM94121 3 0.3832 0.674365 0.004 0.000 0.752 0.216 0.012 0.016
#> GSM94122 4 0.2604 0.696175 0.000 0.056 0.000 0.888 0.024 0.032
#> GSM94123 1 0.3871 0.542295 0.768 0.000 0.000 0.000 0.148 0.084
#> GSM94124 4 0.4517 0.110193 0.000 0.000 0.412 0.560 0.012 0.016
#> GSM94125 2 0.2333 0.841687 0.000 0.896 0.000 0.004 0.040 0.060
#> GSM94126 3 0.4370 0.418903 0.284 0.000 0.672 0.000 0.036 0.008
#> GSM94127 1 0.2538 0.704271 0.892 0.000 0.048 0.000 0.020 0.040
#> GSM94128 3 0.2814 0.756214 0.088 0.000 0.872 0.016 0.008 0.016
#> GSM94129 3 0.3110 0.758688 0.000 0.000 0.836 0.128 0.020 0.016
#> GSM94130 5 0.3076 0.665423 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> GSM94131 1 0.1353 0.710085 0.952 0.000 0.012 0.000 0.024 0.012
#> GSM94132 1 0.2206 0.705551 0.904 0.000 0.024 0.000 0.008 0.064
#> GSM94133 2 0.0146 0.857176 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94134 1 0.2342 0.685339 0.888 0.000 0.004 0.000 0.088 0.020
#> GSM94135 3 0.3965 0.672375 0.004 0.000 0.732 0.236 0.012 0.016
#> GSM94136 1 0.2002 0.702964 0.916 0.000 0.008 0.000 0.056 0.020
#> GSM94137 3 0.0436 0.802717 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004
#> GSM94138 1 0.1511 0.708969 0.944 0.000 0.012 0.000 0.032 0.012
#> GSM94139 4 0.0146 0.728854 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94140 5 0.6574 0.230946 0.076 0.000 0.112 0.036 0.596 0.180
#> GSM94141 5 0.6215 -0.113733 0.036 0.000 0.020 0.092 0.540 0.312
#> GSM94142 5 0.5136 0.474192 0.420 0.000 0.000 0.000 0.496 0.084
#> GSM94143 4 0.1858 0.717403 0.000 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> GSM94144 5 0.7252 0.245832 0.172 0.000 0.204 0.020 0.492 0.112
#> GSM94145 1 0.2019 0.696582 0.900 0.000 0.000 0.000 0.012 0.088
#> GSM94146 1 0.4835 0.083909 0.612 0.000 0.024 0.000 0.332 0.032
#> GSM94147 1 0.6683 0.019934 0.464 0.000 0.204 0.008 0.288 0.036
#> GSM94148 1 0.2274 0.720523 0.908 0.000 0.028 0.000 0.028 0.036
#> GSM98785 4 0.0820 0.730309 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM98786 1 0.6044 0.269495 0.568 0.000 0.292 0.032 0.088 0.020
#> GSM98787 3 0.1629 0.801873 0.012 0.000 0.944 0.020 0.012 0.012
#> GSM98788 3 0.2458 0.795597 0.028 0.000 0.900 0.052 0.012 0.008
#> GSM98789 5 0.6693 0.210962 0.072 0.000 0.120 0.044 0.588 0.176
#> GSM98790 4 0.2216 0.702623 0.000 0.000 0.016 0.908 0.024 0.052
#> GSM98791 1 0.2803 0.687790 0.864 0.000 0.004 0.000 0.048 0.084
#> GSM98792 3 0.3605 0.704281 0.000 0.000 0.776 0.192 0.016 0.016
#> GSM98793 1 0.3092 0.633156 0.840 0.000 0.120 0.000 0.028 0.012
#> GSM98794 1 0.2361 0.702783 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028 0.000
#> GSM98795 5 0.3329 0.647239 0.220 0.000 0.004 0.000 0.768 0.008
#> GSM98796 1 0.2672 0.694987 0.868 0.000 0.000 0.000 0.052 0.080
#> GSM98797 6 0.4857 0.659178 0.000 0.000 0.016 0.200 0.096 0.688
#> GSM98798 4 0.4113 0.472613 0.000 0.000 0.004 0.712 0.040 0.244
#> GSM98799 4 0.3262 0.676338 0.000 0.012 0.000 0.840 0.080 0.068
#> GSM98800 4 0.3123 0.693509 0.000 0.000 0.024 0.852 0.088 0.036
#> GSM98801 6 0.4334 0.725735 0.000 0.000 0.024 0.068 0.156 0.752
#> GSM94019 3 0.4745 0.719768 0.088 0.000 0.744 0.128 0.012 0.028
#> GSM94020 2 0.5661 0.717820 0.000 0.660 0.000 0.116 0.116 0.108
#> GSM94021 3 0.4672 0.276935 0.416 0.000 0.548 0.000 0.024 0.012
#> GSM94022 3 0.1820 0.787622 0.016 0.000 0.928 0.000 0.012 0.044
#> GSM94023 3 0.2265 0.764920 0.084 0.000 0.896 0.004 0.008 0.008
#> GSM94024 3 0.0405 0.801776 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM94025 3 0.4100 0.287890 0.388 0.000 0.600 0.000 0.008 0.004
#> GSM94026 6 0.4538 0.734651 0.000 0.000 0.040 0.076 0.136 0.748
#> GSM94027 3 0.4732 0.349085 0.324 0.000 0.624 0.000 0.032 0.020
#> GSM94028 2 0.0146 0.856847 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94029 3 0.3047 0.724654 0.080 0.000 0.852 0.000 0.008 0.060
#> GSM94030 3 0.2467 0.753400 0.088 0.000 0.884 0.000 0.012 0.016
#> GSM94031 4 0.5956 -0.013815 0.000 0.088 0.004 0.468 0.032 0.408
#> GSM94032 6 0.6231 0.566285 0.036 0.000 0.132 0.020 0.228 0.584
#> GSM94033 4 0.0972 0.723951 0.000 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> GSM94034 3 0.2467 0.753400 0.088 0.000 0.884 0.000 0.012 0.016
#> GSM94035 4 0.3533 0.541042 0.008 0.000 0.196 0.776 0.000 0.020
#> GSM94036 3 0.2467 0.753400 0.088 0.000 0.884 0.000 0.012 0.016
#> GSM94037 1 0.2624 0.663807 0.856 0.000 0.000 0.000 0.124 0.020
#> GSM94038 2 0.2939 0.835873 0.000 0.860 0.000 0.008 0.060 0.072
#> GSM94039 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3737 0.674404 0.816 0.000 0.064 0.000 0.084 0.036
#> GSM94041 1 0.3739 0.632660 0.776 0.000 0.176 0.000 0.040 0.008
#> GSM94042 2 0.6594 0.555718 0.000 0.532 0.000 0.228 0.116 0.124
#> GSM94043 4 0.1644 0.718131 0.000 0.000 0.000 0.932 0.040 0.028
#> GSM94044 4 0.3408 0.671283 0.000 0.016 0.000 0.832 0.080 0.072
#> GSM94045 1 0.2006 0.692884 0.904 0.000 0.000 0.000 0.080 0.016
#> GSM94046 1 0.2039 0.693017 0.904 0.000 0.000 0.000 0.076 0.020
#> GSM94047 4 0.7655 0.023795 0.252 0.000 0.292 0.344 0.092 0.020
#> GSM94048 1 0.1991 0.703288 0.920 0.000 0.024 0.000 0.044 0.012
#> GSM94049 1 0.4528 0.327210 0.564 0.000 0.404 0.000 0.028 0.004
#> GSM94050 1 0.0891 0.714698 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM94051 1 0.6414 0.094500 0.460 0.000 0.256 0.012 0.264 0.008
#> GSM94052 1 0.2230 0.694612 0.892 0.000 0.000 0.000 0.024 0.084
#> GSM94053 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.3298 0.656398 0.236 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008
#> GSM94055 1 0.2199 0.695143 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088
#> GSM94056 1 0.4900 0.085998 0.576 0.000 0.052 0.008 0.364 0.000
#> GSM94057 2 0.5914 0.411518 0.000 0.560 0.000 0.124 0.036 0.280
#> GSM94058 1 0.2589 0.699867 0.888 0.000 0.060 0.000 0.024 0.028
#> GSM94059 5 0.3421 0.662668 0.256 0.000 0.000 0.000 0.736 0.008
#> GSM94060 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.1074 0.713477 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> GSM94062 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.5959 0.324705 0.076 0.000 0.256 0.596 0.064 0.008
#> GSM94064 2 0.3364 0.826117 0.000 0.828 0.000 0.008 0.068 0.096
#> GSM94065 1 0.1401 0.716385 0.948 0.000 0.004 0.000 0.028 0.020
#> GSM94066 2 0.3907 0.809571 0.000 0.792 0.000 0.016 0.088 0.104
#> GSM94067 1 0.5128 -0.294371 0.504 0.000 0.000 0.000 0.412 0.084
#> GSM94068 2 0.6062 0.670059 0.000 0.616 0.000 0.144 0.116 0.124
#> GSM94069 1 0.2007 0.719883 0.920 0.000 0.036 0.000 0.032 0.012
#> GSM94070 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.2199 0.695143 0.892 0.000 0.000 0.000 0.020 0.088
#> GSM94072 1 0.2434 0.706454 0.896 0.000 0.056 0.000 0.016 0.032
#> GSM94073 1 0.5497 0.296979 0.580 0.000 0.312 0.008 0.088 0.012
#> GSM94074 1 0.2419 0.704224 0.896 0.000 0.060 0.000 0.016 0.028
#> GSM94075 1 0.2589 0.699867 0.888 0.000 0.060 0.000 0.024 0.028
#> GSM94155 5 0.3271 0.654241 0.232 0.000 0.000 0.000 0.760 0.008
#> GSM94156 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.3578 0.610306 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> GSM94160 5 0.5153 0.404060 0.452 0.000 0.000 0.000 0.464 0.084
#> GSM94161 1 0.2341 0.707480 0.900 0.000 0.056 0.000 0.012 0.032
#> GSM94162 3 0.4650 -0.004868 0.416 0.000 0.548 0.000 0.028 0.008
#> GSM94163 4 0.6009 0.461539 0.000 0.156 0.000 0.620 0.112 0.112
#> GSM94164 1 0.1251 0.712041 0.956 0.000 0.008 0.000 0.024 0.012
#> GSM94165 1 0.1851 0.717133 0.928 0.000 0.024 0.000 0.012 0.036
#> GSM94166 5 0.3857 0.414354 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM94167 4 0.0622 0.729066 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> GSM94168 1 0.1806 0.717105 0.928 0.000 0.044 0.000 0.008 0.020
#> GSM94169 1 0.7351 -0.000222 0.388 0.000 0.340 0.172 0.080 0.020
#> GSM94170 5 0.5136 0.464564 0.420 0.000 0.000 0.000 0.496 0.084
#> GSM94171 1 0.2306 0.694101 0.888 0.000 0.092 0.000 0.016 0.004
#> GSM94172 1 0.1794 0.711171 0.924 0.000 0.000 0.000 0.036 0.040
#> GSM94173 4 0.5695 0.440015 0.000 0.204 0.000 0.632 0.100 0.064
#> GSM94174 1 0.5448 0.331463 0.608 0.000 0.288 0.012 0.076 0.016
#> GSM94175 4 0.0725 0.730511 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM94176 1 0.5042 0.398829 0.644 0.000 0.252 0.000 0.092 0.012
#> GSM94177 1 0.2058 0.692353 0.908 0.000 0.008 0.000 0.072 0.012
#> GSM94178 2 0.6943 0.215529 0.000 0.384 0.000 0.376 0.116 0.124
#> GSM98767 1 0.2307 0.689399 0.900 0.000 0.024 0.000 0.064 0.012
#> GSM98768 1 0.2162 0.692224 0.896 0.000 0.004 0.000 0.088 0.012
#> GSM98769 1 0.6171 0.181891 0.508 0.000 0.288 0.008 0.184 0.012
#> GSM98770 1 0.2642 0.704509 0.884 0.000 0.032 0.000 0.064 0.020
#> GSM98771 4 0.1682 0.717759 0.000 0.000 0.000 0.928 0.052 0.020
#> GSM98772 1 0.2593 0.683444 0.884 0.000 0.068 0.000 0.036 0.012
#> GSM98773 3 0.0551 0.802787 0.004 0.000 0.984 0.004 0.008 0.000
#> GSM98774 1 0.5703 0.231955 0.488 0.000 0.404 0.012 0.088 0.008
#> GSM98775 1 0.2307 0.705169 0.900 0.000 0.024 0.000 0.012 0.064
#> GSM98776 1 0.3755 0.544983 0.768 0.000 0.192 0.000 0.028 0.012
#> GSM98777 4 0.3971 0.552591 0.000 0.000 0.156 0.772 0.060 0.012
#> GSM98778 3 0.1606 0.774952 0.056 0.000 0.932 0.000 0.004 0.008
#> GSM98779 1 0.2839 0.703846 0.876 0.000 0.040 0.000 0.032 0.052
#> GSM98780 1 0.2218 0.681326 0.884 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012
#> GSM98781 1 0.5307 0.291933 0.572 0.000 0.340 0.004 0.072 0.012
#> GSM98782 1 0.2527 0.691465 0.876 0.000 0.000 0.000 0.040 0.084
#> GSM98783 1 0.4415 0.489418 0.700 0.000 0.240 0.000 0.048 0.012
#> GSM98784 1 0.4639 0.281232 0.660 0.000 0.000 0.000 0.256 0.084
#> GSM98871 2 0.2944 0.834687 0.000 0.856 0.000 0.004 0.072 0.068
#> GSM98872 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 6 0.4057 0.327875 0.000 0.012 0.000 0.388 0.000 0.600
#> GSM98874 2 0.0000 0.857302 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4695 0.781881 0.000 0.744 0.000 0.056 0.092 0.108
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:mclust 191 4.24e-03 2
#> SD:mclust 28 NA 3
#> SD:mclust 145 1.20e-07 4
#> SD:mclust 158 4.60e-07 5
#> SD:mclust 146 8.74e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.946 0.940 0.976 0.3541 0.639 0.639
#> 3 3 0.632 0.828 0.905 0.7326 0.645 0.485
#> 4 4 0.540 0.407 0.725 0.1717 0.777 0.495
#> 5 5 0.608 0.674 0.800 0.0857 0.837 0.501
#> 6 6 0.658 0.554 0.763 0.0516 0.862 0.487
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.6623 0.7926 0.172 0.828
#> GSM94085 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.4431 0.8704 0.092 0.908
#> GSM94090 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94096 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94100 1 0.9993 -0.0538 0.516 0.484
#> GSM94101 2 0.6148 0.8146 0.152 0.848
#> GSM94102 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94103 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94104 1 0.0376 0.9828 0.996 0.004
#> GSM94105 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.9963 0.2198 0.464 0.536
#> GSM94107 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94109 1 0.7453 0.7046 0.788 0.212
#> GSM94110 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94111 1 0.9970 0.0122 0.532 0.468
#> GSM94112 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94118 1 0.4815 0.8668 0.896 0.104
#> GSM94119 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94121 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94129 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.9933 0.2583 0.452 0.548
#> GSM94140 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94141 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94144 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98788 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.2778 0.9034 0.048 0.952
#> GSM98791 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98797 1 0.8813 0.5297 0.700 0.300
#> GSM98798 2 0.9661 0.4231 0.392 0.608
#> GSM98799 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM98800 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98801 1 0.0376 0.9828 0.996 0.004
#> GSM94019 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94026 1 0.7056 0.7383 0.808 0.192
#> GSM94027 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.9686 0.4134 0.396 0.604
#> GSM94036 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.5178 0.8495 0.116 0.884
#> GSM94044 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.9358 0.5110 0.352 0.648
#> GSM94168 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94175 1 0.0376 0.9828 0.996 0.004
#> GSM94176 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.6623 0.7924 0.172 0.828
#> GSM98874 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9342 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 3 0.4121 0.7865 0.168 0.000 0.832
#> GSM94077 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM94078 3 0.0892 0.8930 0.020 0.000 0.980
#> GSM94079 3 0.6299 -0.0196 0.476 0.000 0.524
#> GSM94080 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.5431 0.5954 0.284 0.000 0.716
#> GSM94082 3 0.1031 0.8931 0.024 0.000 0.976
#> GSM94083 3 0.1411 0.8912 0.036 0.000 0.964
#> GSM94084 3 0.0892 0.8874 0.000 0.020 0.980
#> GSM94085 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM94086 1 0.6062 0.4817 0.616 0.000 0.384
#> GSM94087 1 0.0237 0.8789 0.996 0.000 0.004
#> GSM94088 3 0.1031 0.8931 0.024 0.000 0.976
#> GSM94089 3 0.1031 0.8856 0.000 0.024 0.976
#> GSM94090 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.5291 0.6339 0.732 0.000 0.268
#> GSM94092 3 0.1031 0.8931 0.024 0.000 0.976
#> GSM94093 1 0.0424 0.8774 0.992 0.000 0.008
#> GSM94094 3 0.5216 0.6423 0.260 0.000 0.740
#> GSM94095 3 0.2959 0.8536 0.100 0.000 0.900
#> GSM94096 3 0.0892 0.8930 0.020 0.000 0.980
#> GSM94097 1 0.0424 0.8778 0.992 0.000 0.008
#> GSM94098 3 0.2261 0.8756 0.068 0.000 0.932
#> GSM94099 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM94100 1 0.3370 0.8223 0.904 0.072 0.024
#> GSM94101 3 0.0592 0.8874 0.000 0.012 0.988
#> GSM94102 1 0.0424 0.8817 0.992 0.000 0.008
#> GSM94103 3 0.1031 0.8931 0.024 0.000 0.976
#> GSM94104 3 0.1399 0.8926 0.028 0.004 0.968
#> GSM94105 1 0.5591 0.6481 0.696 0.000 0.304
#> GSM94106 3 0.3454 0.8340 0.008 0.104 0.888
#> GSM94107 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM94108 3 0.1289 0.8799 0.000 0.032 0.968
#> GSM94109 1 0.6159 0.7701 0.756 0.048 0.196
#> GSM94110 3 0.0892 0.8930 0.020 0.000 0.980
#> GSM94111 1 0.5292 0.7025 0.800 0.172 0.028
#> GSM94112 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0892 0.8930 0.020 0.000 0.980
#> GSM94114 1 0.6111 0.4528 0.604 0.000 0.396
#> GSM94115 3 0.4178 0.7955 0.172 0.000 0.828
#> GSM94116 3 0.1529 0.8809 0.040 0.000 0.960
#> GSM94117 3 0.1529 0.8898 0.040 0.000 0.960
#> GSM94118 3 0.0424 0.8912 0.008 0.000 0.992
#> GSM94119 3 0.3116 0.8118 0.000 0.108 0.892
#> GSM94120 3 0.0424 0.8912 0.008 0.000 0.992
#> GSM94121 3 0.0892 0.8935 0.020 0.000 0.980
#> GSM94122 2 0.5254 0.6216 0.000 0.736 0.264
#> GSM94123 1 0.0592 0.8824 0.988 0.000 0.012
#> GSM94124 3 0.0424 0.8912 0.008 0.000 0.992
#> GSM94125 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.4399 0.8042 0.812 0.000 0.188
#> GSM94127 1 0.4796 0.7756 0.780 0.000 0.220
#> GSM94128 1 0.3412 0.8574 0.876 0.000 0.124
#> GSM94129 3 0.0747 0.8928 0.016 0.000 0.984
#> GSM94130 1 0.1163 0.8699 0.972 0.000 0.028
#> GSM94131 1 0.2261 0.8800 0.932 0.000 0.068
#> GSM94132 1 0.4887 0.7668 0.772 0.000 0.228
#> GSM94133 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1529 0.8841 0.960 0.000 0.040
#> GSM94135 3 0.0892 0.8930 0.020 0.000 0.980
#> GSM94136 1 0.1411 0.8841 0.964 0.000 0.036
#> GSM94137 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM94138 1 0.2066 0.8822 0.940 0.000 0.060
#> GSM94139 3 0.0661 0.8854 0.008 0.004 0.988
#> GSM94140 1 0.1163 0.8699 0.972 0.000 0.028
#> GSM94141 1 0.1163 0.8699 0.972 0.000 0.028
#> GSM94142 1 0.0747 0.8828 0.984 0.000 0.016
#> GSM94143 3 0.1860 0.8693 0.052 0.000 0.948
#> GSM94144 1 0.1163 0.8699 0.972 0.000 0.028
#> GSM94145 1 0.1964 0.8817 0.944 0.000 0.056
#> GSM94146 1 0.0237 0.8807 0.996 0.000 0.004
#> GSM94147 1 0.1163 0.8699 0.972 0.000 0.028
#> GSM94148 1 0.2878 0.8689 0.904 0.000 0.096
#> GSM98785 3 0.0000 0.8886 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.1643 0.8815 0.044 0.000 0.956
#> GSM98787 1 0.4750 0.7777 0.784 0.000 0.216
#> GSM98788 3 0.1289 0.8924 0.032 0.000 0.968
#> GSM98789 1 0.1753 0.8717 0.952 0.000 0.048
#> GSM98790 3 0.7140 0.4083 0.040 0.328 0.632
#> GSM98791 1 0.1753 0.8832 0.952 0.000 0.048
#> GSM98792 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM98793 3 0.4931 0.7240 0.232 0.000 0.768
#> GSM98794 3 0.5098 0.6745 0.248 0.000 0.752
#> GSM98795 1 0.0892 0.8728 0.980 0.000 0.020
#> GSM98796 1 0.0592 0.8824 0.988 0.000 0.012
#> GSM98797 1 0.5803 0.6493 0.760 0.212 0.028
#> GSM98798 2 0.5956 0.5439 0.324 0.672 0.004
#> GSM98799 3 0.3116 0.8104 0.000 0.108 0.892
#> GSM98800 3 0.1860 0.8659 0.052 0.000 0.948
#> GSM98801 1 0.1267 0.8700 0.972 0.004 0.024
#> GSM94019 3 0.0892 0.8832 0.020 0.000 0.980
#> GSM94020 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.4750 0.7754 0.784 0.000 0.216
#> GSM94022 1 0.3941 0.8334 0.844 0.000 0.156
#> GSM94023 3 0.1163 0.8926 0.028 0.000 0.972
#> GSM94024 3 0.1529 0.8897 0.040 0.000 0.960
#> GSM94025 3 0.5216 0.6429 0.260 0.000 0.740
#> GSM94026 1 0.2443 0.8530 0.940 0.032 0.028
#> GSM94027 1 0.4178 0.8170 0.828 0.000 0.172
#> GSM94028 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 1 0.3816 0.8364 0.852 0.000 0.148
#> GSM94030 3 0.3267 0.8477 0.116 0.000 0.884
#> GSM94031 2 0.0424 0.9579 0.000 0.992 0.008
#> GSM94032 1 0.0747 0.8745 0.984 0.000 0.016
#> GSM94033 3 0.2537 0.8434 0.000 0.080 0.920
#> GSM94034 1 0.5016 0.7489 0.760 0.000 0.240
#> GSM94035 3 0.6601 0.5389 0.028 0.296 0.676
#> GSM94036 1 0.1860 0.8841 0.948 0.000 0.052
#> GSM94037 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2796 0.8683 0.908 0.000 0.092
#> GSM94041 3 0.1411 0.8917 0.036 0.000 0.964
#> GSM94042 2 0.1877 0.9375 0.012 0.956 0.032
#> GSM94043 3 0.1289 0.8830 0.000 0.032 0.968
#> GSM94044 3 0.1529 0.8705 0.000 0.040 0.960
#> GSM94045 1 0.0424 0.8817 0.992 0.000 0.008
#> GSM94046 1 0.0592 0.8828 0.988 0.000 0.012
#> GSM94047 3 0.1163 0.8853 0.028 0.000 0.972
#> GSM94048 3 0.4121 0.8029 0.168 0.000 0.832
#> GSM94049 3 0.5835 0.4690 0.340 0.000 0.660
#> GSM94050 1 0.2066 0.8823 0.940 0.000 0.060
#> GSM94051 1 0.1753 0.8717 0.952 0.000 0.048
#> GSM94052 1 0.1643 0.8847 0.956 0.000 0.044
#> GSM94053 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0237 0.8785 0.996 0.000 0.004
#> GSM94055 1 0.2625 0.8728 0.916 0.000 0.084
#> GSM94056 1 0.1860 0.8712 0.948 0.000 0.052
#> GSM94057 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.5397 0.6916 0.720 0.000 0.280
#> GSM94059 1 0.0892 0.8728 0.980 0.000 0.020
#> GSM94060 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0592 0.8828 0.988 0.000 0.012
#> GSM94062 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0747 0.8828 0.016 0.000 0.984
#> GSM94064 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.1529 0.8841 0.960 0.000 0.040
#> GSM94066 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.1289 0.8841 0.968 0.000 0.032
#> GSM94068 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.2261 0.8782 0.932 0.000 0.068
#> GSM94070 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1860 0.8834 0.948 0.000 0.052
#> GSM94072 1 0.6299 0.1999 0.524 0.000 0.476
#> GSM94073 3 0.5733 0.5289 0.324 0.000 0.676
#> GSM94074 1 0.4654 0.7872 0.792 0.000 0.208
#> GSM94075 1 0.5254 0.7202 0.736 0.000 0.264
#> GSM94155 1 0.0892 0.8728 0.980 0.000 0.020
#> GSM94156 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0747 0.8745 0.984 0.000 0.016
#> GSM94160 1 0.0000 0.8796 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.5529 0.6687 0.704 0.000 0.296
#> GSM94162 1 0.6295 0.2246 0.528 0.000 0.472
#> GSM94163 3 0.4235 0.7335 0.000 0.176 0.824
#> GSM94164 1 0.6192 0.3459 0.580 0.000 0.420
#> GSM94165 1 0.2066 0.8812 0.940 0.000 0.060
#> GSM94166 1 0.0892 0.8728 0.980 0.000 0.020
#> GSM94167 3 0.1399 0.8743 0.004 0.028 0.968
#> GSM94168 1 0.3619 0.8460 0.864 0.000 0.136
#> GSM94169 3 0.2711 0.8546 0.088 0.000 0.912
#> GSM94170 1 0.0237 0.8807 0.996 0.000 0.004
#> GSM94171 3 0.6026 0.3670 0.376 0.000 0.624
#> GSM94172 1 0.1411 0.8841 0.964 0.000 0.036
#> GSM94173 2 0.2050 0.9335 0.020 0.952 0.028
#> GSM94174 3 0.3816 0.8066 0.148 0.000 0.852
#> GSM94175 3 0.0424 0.8863 0.008 0.000 0.992
#> GSM94176 1 0.1163 0.8856 0.972 0.000 0.028
#> GSM94177 1 0.3941 0.8061 0.844 0.000 0.156
#> GSM94178 2 0.2448 0.9073 0.000 0.924 0.076
#> GSM98767 1 0.5988 0.4240 0.632 0.000 0.368
#> GSM98768 1 0.0424 0.8778 0.992 0.000 0.008
#> GSM98769 1 0.1163 0.8752 0.972 0.000 0.028
#> GSM98770 1 0.2261 0.8782 0.932 0.000 0.068
#> GSM98771 3 0.4654 0.7044 0.000 0.208 0.792
#> GSM98772 1 0.4887 0.7572 0.772 0.000 0.228
#> GSM98773 3 0.4750 0.7197 0.216 0.000 0.784
#> GSM98774 3 0.1163 0.8933 0.028 0.000 0.972
#> GSM98775 1 0.4002 0.8299 0.840 0.000 0.160
#> GSM98776 3 0.5058 0.7107 0.244 0.000 0.756
#> GSM98777 3 0.0424 0.8863 0.008 0.000 0.992
#> GSM98778 1 0.5216 0.7199 0.740 0.000 0.260
#> GSM98779 1 0.3619 0.8436 0.864 0.000 0.136
#> GSM98780 1 0.0237 0.8807 0.996 0.000 0.004
#> GSM98781 1 0.0892 0.8842 0.980 0.000 0.020
#> GSM98782 1 0.1031 0.8839 0.976 0.000 0.024
#> GSM98783 1 0.3941 0.8307 0.844 0.000 0.156
#> GSM98784 1 0.1031 0.8839 0.976 0.000 0.024
#> GSM98871 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.5402 0.7180 0.028 0.792 0.180
#> GSM98874 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 4 0.6821 0.21019 0.256 0.000 0.152 0.592
#> GSM94077 4 0.3172 0.72219 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM94078 4 0.0336 0.76757 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM94079 1 0.4356 0.06271 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM94080 2 0.0469 0.91426 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94081 1 0.4605 -0.02718 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM94082 4 0.1211 0.76845 0.040 0.000 0.000 0.960
#> GSM94083 1 0.4888 -0.19125 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM94084 4 0.3486 0.68561 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM94085 4 0.4989 0.39346 0.472 0.000 0.000 0.528
#> GSM94086 1 0.3945 0.18847 0.780 0.000 0.004 0.216
#> GSM94087 3 0.4564 0.29456 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM94088 4 0.0817 0.76818 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM94089 4 0.0592 0.76826 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM94090 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.3681 0.48342 0.008 0.000 0.816 0.176
#> GSM94092 4 0.1109 0.76636 0.028 0.000 0.004 0.968
#> GSM94093 3 0.3356 0.48993 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM94094 1 0.4907 -0.21167 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM94095 1 0.4661 -0.05530 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM94096 4 0.2530 0.74199 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM94097 3 0.3610 0.47560 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM94098 1 0.4804 -0.13497 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM94099 4 0.1398 0.76445 0.040 0.000 0.004 0.956
#> GSM94100 3 0.4955 0.29424 0.344 0.008 0.648 0.000
#> GSM94101 4 0.2868 0.72245 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM94102 1 0.2281 0.24245 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM94103 4 0.4072 0.64472 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM94104 1 0.4996 -0.33942 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM94105 1 0.3539 0.24780 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM94106 4 0.5764 0.39868 0.452 0.028 0.000 0.520
#> GSM94107 1 0.4866 -0.18972 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM94108 4 0.1389 0.76404 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM94109 1 0.1388 0.28704 0.960 0.000 0.012 0.028
#> GSM94110 4 0.1940 0.75831 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM94111 3 0.5466 0.19818 0.436 0.016 0.548 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.1118 0.76817 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM94114 1 0.4483 0.06801 0.712 0.000 0.004 0.284
#> GSM94115 4 0.2670 0.74525 0.040 0.000 0.052 0.908
#> GSM94116 4 0.3090 0.76551 0.056 0.000 0.056 0.888
#> GSM94117 1 0.4925 -0.19990 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM94118 4 0.4941 0.43617 0.436 0.000 0.000 0.564
#> GSM94119 4 0.2593 0.73002 0.000 0.104 0.004 0.892
#> GSM94120 4 0.4916 0.44968 0.424 0.000 0.000 0.576
#> GSM94121 4 0.4994 0.38636 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM94122 2 0.5834 0.63930 0.124 0.704 0.000 0.172
#> GSM94123 3 0.4985 -0.04409 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM94124 4 0.4730 0.51843 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM94125 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.4655 0.20135 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM94127 1 0.6600 0.19748 0.520 0.000 0.396 0.084
#> GSM94128 1 0.6403 0.09635 0.628 0.000 0.260 0.112
#> GSM94129 4 0.1637 0.76401 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM94130 3 0.0188 0.60499 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94131 1 0.6549 0.19381 0.488 0.000 0.436 0.076
#> GSM94132 1 0.7871 0.19149 0.384 0.000 0.332 0.284
#> GSM94133 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.4961 0.17817 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM94135 4 0.1557 0.76731 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM94136 1 0.4967 0.18011 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM94137 1 0.4999 -0.33832 0.508 0.000 0.000 0.492
#> GSM94138 1 0.6741 0.19944 0.484 0.000 0.424 0.092
#> GSM94139 4 0.3333 0.73911 0.088 0.040 0.000 0.872
#> GSM94140 3 0.0469 0.60427 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94141 3 0.0469 0.60427 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94142 3 0.4843 0.13472 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM94143 4 0.4837 0.43840 0.004 0.000 0.348 0.648
#> GSM94144 3 0.0376 0.60353 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM94145 1 0.5000 0.08959 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM94146 1 0.4972 0.14827 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM94147 3 0.0524 0.60263 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM94148 1 0.7469 0.20395 0.432 0.000 0.392 0.176
#> GSM98785 4 0.0895 0.76749 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM98786 4 0.4295 0.61369 0.008 0.000 0.240 0.752
#> GSM98787 1 0.4940 0.23800 0.776 0.000 0.096 0.128
#> GSM98788 4 0.2542 0.74373 0.084 0.000 0.012 0.904
#> GSM98789 3 0.1716 0.57916 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM98790 3 0.7773 0.10041 0.392 0.036 0.468 0.104
#> GSM98791 1 0.4989 0.15457 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM98792 4 0.1305 0.76606 0.036 0.000 0.004 0.960
#> GSM98793 4 0.4292 0.65199 0.100 0.000 0.080 0.820
#> GSM98794 4 0.7146 0.00549 0.336 0.000 0.148 0.516
#> GSM98795 3 0.0592 0.60421 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM98796 1 0.5000 0.09374 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM98797 3 0.5827 -0.15057 0.036 0.396 0.568 0.000
#> GSM98798 2 0.2500 0.86767 0.040 0.916 0.044 0.000
#> GSM98799 4 0.2334 0.74399 0.000 0.088 0.004 0.908
#> GSM98800 4 0.4905 0.40983 0.004 0.000 0.364 0.632
#> GSM98801 3 0.1867 0.57216 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM94019 1 0.6755 -0.38323 0.460 0.000 0.092 0.448
#> GSM94020 2 0.0336 0.91575 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94021 1 0.7679 0.21561 0.408 0.000 0.376 0.216
#> GSM94022 1 0.1256 0.29149 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM94023 1 0.4941 -0.25920 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94024 1 0.4697 -0.07535 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM94025 1 0.7009 0.18838 0.488 0.000 0.120 0.392
#> GSM94026 3 0.4855 0.24242 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM94027 1 0.5070 0.19412 0.620 0.000 0.372 0.008
#> GSM94028 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 1 0.1109 0.28021 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM94030 1 0.4877 -0.18546 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM94031 2 0.5535 0.44251 0.420 0.560 0.000 0.020
#> GSM94032 3 0.3801 0.48327 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM94033 4 0.5959 0.46027 0.388 0.044 0.000 0.568
#> GSM94034 1 0.3217 0.30886 0.860 0.000 0.012 0.128
#> GSM94035 1 0.9011 -0.19072 0.424 0.076 0.280 0.220
#> GSM94036 1 0.1059 0.28755 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM94037 1 0.4985 0.14249 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.5147 0.17618 0.536 0.000 0.460 0.004
#> GSM94041 4 0.2662 0.73199 0.084 0.000 0.016 0.900
#> GSM94042 2 0.5535 0.59527 0.000 0.656 0.304 0.040
#> GSM94043 4 0.2888 0.72697 0.004 0.124 0.000 0.872
#> GSM94044 4 0.0657 0.76672 0.004 0.012 0.000 0.984
#> GSM94045 1 0.4985 0.15373 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94046 1 0.4972 0.15899 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM94047 4 0.2142 0.75577 0.016 0.000 0.056 0.928
#> GSM94048 4 0.3612 0.69253 0.100 0.000 0.044 0.856
#> GSM94049 4 0.7661 -0.25460 0.376 0.000 0.212 0.412
#> GSM94050 1 0.6242 0.17483 0.520 0.000 0.424 0.056
#> GSM94051 3 0.1722 0.58495 0.008 0.000 0.944 0.048
#> GSM94052 1 0.6145 0.10033 0.492 0.000 0.460 0.048
#> GSM94053 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 3 0.4898 0.13181 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM94055 1 0.5285 0.15376 0.524 0.000 0.468 0.008
#> GSM94056 3 0.2402 0.56626 0.012 0.000 0.912 0.076
#> GSM94057 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.7479 0.21995 0.480 0.000 0.324 0.196
#> GSM94059 3 0.1302 0.59545 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.5158 0.15077 0.524 0.000 0.472 0.004
#> GSM94062 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.2048 0.75416 0.008 0.000 0.064 0.928
#> GSM94064 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.5151 0.16514 0.532 0.000 0.464 0.004
#> GSM94066 2 0.0469 0.91426 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94067 1 0.5000 0.06413 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM94068 2 0.0469 0.91426 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94069 1 0.5132 0.18300 0.548 0.000 0.448 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.5163 0.13449 0.516 0.000 0.480 0.004
#> GSM94072 1 0.7904 0.18787 0.360 0.000 0.300 0.340
#> GSM94073 4 0.5337 0.51452 0.044 0.000 0.260 0.696
#> GSM94074 1 0.6163 0.20421 0.532 0.000 0.416 0.052
#> GSM94075 1 0.7566 0.21926 0.468 0.000 0.320 0.212
#> GSM94155 3 0.0469 0.60480 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 3 0.0921 0.60294 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM94160 3 0.4985 -0.01266 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM94161 1 0.7841 0.19620 0.396 0.000 0.332 0.272
#> GSM94162 1 0.7839 0.21024 0.384 0.000 0.264 0.352
#> GSM94163 4 0.5168 -0.01148 0.000 0.492 0.004 0.504
#> GSM94164 4 0.7614 -0.14418 0.232 0.000 0.300 0.468
#> GSM94165 1 0.5151 0.16517 0.532 0.000 0.464 0.004
#> GSM94166 3 0.1022 0.59611 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM94167 4 0.2466 0.74367 0.000 0.096 0.004 0.900
#> GSM94168 1 0.7235 0.21851 0.492 0.000 0.356 0.152
#> GSM94169 4 0.3266 0.72920 0.024 0.000 0.108 0.868
#> GSM94170 3 0.4830 0.16790 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM94171 1 0.7711 0.22830 0.444 0.000 0.248 0.308
#> GSM94172 1 0.4981 0.16721 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94173 2 0.5846 0.37425 0.000 0.516 0.452 0.032
#> GSM94174 4 0.3707 0.70815 0.028 0.000 0.132 0.840
#> GSM94175 4 0.1661 0.75913 0.004 0.000 0.052 0.944
#> GSM94176 3 0.6038 -0.07126 0.424 0.000 0.532 0.044
#> GSM94177 3 0.3529 0.49689 0.012 0.000 0.836 0.152
#> GSM94178 2 0.5003 0.73440 0.000 0.768 0.084 0.148
#> GSM98767 3 0.5387 0.14840 0.016 0.000 0.584 0.400
#> GSM98768 3 0.4964 0.12888 0.380 0.000 0.616 0.004
#> GSM98769 3 0.0336 0.60400 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM98770 1 0.4977 0.17229 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM98771 4 0.4632 0.49038 0.004 0.308 0.000 0.688
#> GSM98772 1 0.7846 0.22338 0.392 0.000 0.336 0.272
#> GSM98773 1 0.4872 -0.03334 0.640 0.000 0.004 0.356
#> GSM98774 4 0.2450 0.73963 0.072 0.000 0.016 0.912
#> GSM98775 1 0.6114 0.18499 0.524 0.000 0.428 0.048
#> GSM98776 4 0.4405 0.68540 0.048 0.000 0.152 0.800
#> GSM98777 4 0.0895 0.76520 0.004 0.000 0.020 0.976
#> GSM98778 1 0.2965 0.28861 0.892 0.000 0.072 0.036
#> GSM98779 1 0.5147 0.17633 0.536 0.000 0.460 0.004
#> GSM98780 3 0.4992 -0.06817 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM98781 3 0.4955 0.03691 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM98782 1 0.4998 0.12515 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM98783 1 0.5833 0.19936 0.528 0.000 0.440 0.032
#> GSM98784 3 0.4998 -0.09845 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.6411 0.51045 0.308 0.600 0.000 0.092
#> GSM98874 2 0.0000 0.91872 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0469 0.91426 0.000 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.4966 0.4510 0.564 0.000 0.032 0.404 0.000
#> GSM94077 4 0.5297 0.1357 0.048 0.000 0.476 0.476 0.000
#> GSM94078 4 0.3424 0.6087 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> GSM94079 3 0.6124 0.1899 0.412 0.000 0.460 0.128 0.000
#> GSM94080 2 0.0880 0.9152 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM94081 3 0.2522 0.7414 0.012 0.000 0.880 0.108 0.000
#> GSM94082 4 0.4003 0.5769 0.008 0.000 0.288 0.704 0.000
#> GSM94083 3 0.6424 0.3523 0.288 0.000 0.500 0.212 0.000
#> GSM94084 4 0.4291 0.0547 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM94085 3 0.1478 0.7116 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM94086 3 0.3355 0.7460 0.036 0.000 0.832 0.132 0.000
#> GSM94087 5 0.5213 0.6475 0.224 0.000 0.092 0.004 0.680
#> GSM94088 4 0.3724 0.6186 0.028 0.000 0.184 0.788 0.000
#> GSM94089 4 0.2813 0.6224 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.2304 0.8660 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> GSM94092 4 0.3002 0.6496 0.028 0.000 0.116 0.856 0.000
#> GSM94093 5 0.3090 0.8334 0.040 0.000 0.104 0.000 0.856
#> GSM94094 3 0.2648 0.7351 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> GSM94095 3 0.2513 0.7402 0.008 0.000 0.876 0.116 0.000
#> GSM94096 4 0.4287 0.3252 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM94097 5 0.3307 0.8213 0.104 0.000 0.052 0.000 0.844
#> GSM94098 3 0.5956 0.5330 0.196 0.000 0.592 0.212 0.000
#> GSM94099 4 0.4573 0.6135 0.092 0.000 0.164 0.744 0.000
#> GSM94100 5 0.3003 0.7687 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM94101 4 0.4238 0.3355 0.000 0.000 0.368 0.628 0.004
#> GSM94102 3 0.5216 0.5721 0.208 0.000 0.692 0.008 0.092
#> GSM94103 4 0.4547 0.2461 0.012 0.000 0.400 0.588 0.000
#> GSM94104 3 0.2561 0.7370 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM94105 3 0.4317 0.7201 0.116 0.000 0.772 0.112 0.000
#> GSM94106 3 0.2852 0.7277 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM94107 3 0.5037 0.6590 0.088 0.000 0.684 0.228 0.000
#> GSM94108 4 0.3366 0.5856 0.000 0.000 0.212 0.784 0.004
#> GSM94109 3 0.0963 0.7050 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM94110 4 0.3837 0.5051 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> GSM94111 5 0.2732 0.7890 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM94112 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.3081 0.6194 0.012 0.000 0.156 0.832 0.000
#> GSM94114 3 0.3011 0.7426 0.016 0.000 0.844 0.140 0.000
#> GSM94115 4 0.2773 0.5953 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM94116 4 0.4003 0.4977 0.008 0.000 0.244 0.740 0.008
#> GSM94117 3 0.6809 0.0742 0.320 0.000 0.368 0.312 0.000
#> GSM94118 3 0.4166 0.6060 0.004 0.000 0.648 0.348 0.000
#> GSM94119 4 0.4205 0.6010 0.004 0.124 0.084 0.788 0.000
#> GSM94120 3 0.3932 0.6398 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> GSM94121 3 0.3282 0.7314 0.008 0.000 0.804 0.188 0.000
#> GSM94122 3 0.6598 0.1561 0.000 0.320 0.476 0.200 0.004
#> GSM94123 1 0.5247 0.7169 0.728 0.000 0.120 0.028 0.124
#> GSM94124 3 0.3766 0.5291 0.000 0.000 0.728 0.268 0.004
#> GSM94125 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0912 0.8054 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> GSM94127 1 0.3454 0.8025 0.836 0.000 0.064 0.100 0.000
#> GSM94128 3 0.4204 0.7271 0.024 0.000 0.792 0.148 0.036
#> GSM94129 4 0.4135 0.5223 0.000 0.000 0.340 0.656 0.004
#> GSM94130 5 0.0000 0.8846 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94131 1 0.3607 0.7324 0.752 0.000 0.004 0.244 0.000
#> GSM94132 1 0.5843 0.6452 0.616 0.000 0.120 0.256 0.008
#> GSM94133 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1341 0.8042 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94135 4 0.3146 0.6285 0.028 0.000 0.128 0.844 0.000
#> GSM94136 1 0.1952 0.8031 0.912 0.000 0.004 0.084 0.000
#> GSM94137 3 0.5396 0.4630 0.072 0.000 0.588 0.340 0.000
#> GSM94138 1 0.3809 0.7244 0.736 0.000 0.008 0.256 0.000
#> GSM94139 4 0.4059 0.4099 0.000 0.004 0.292 0.700 0.004
#> GSM94140 5 0.0404 0.8867 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM94141 5 0.1908 0.8628 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM94142 1 0.6596 0.1951 0.480 0.000 0.140 0.016 0.364
#> GSM94143 4 0.4101 0.3199 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM94144 5 0.1518 0.8701 0.004 0.000 0.004 0.048 0.944
#> GSM94145 1 0.4191 0.7821 0.808 0.000 0.112 0.036 0.044
#> GSM94146 1 0.2331 0.7724 0.908 0.000 0.016 0.008 0.068
#> GSM94147 5 0.1960 0.8652 0.020 0.000 0.004 0.048 0.928
#> GSM94148 1 0.4284 0.7379 0.736 0.000 0.040 0.224 0.000
#> GSM98785 4 0.3724 0.6097 0.000 0.000 0.204 0.776 0.020
#> GSM98786 4 0.2470 0.6350 0.012 0.000 0.000 0.884 0.104
#> GSM98787 3 0.1329 0.6942 0.008 0.000 0.956 0.004 0.032
#> GSM98788 4 0.4519 0.5368 0.228 0.000 0.052 0.720 0.000
#> GSM98789 5 0.0609 0.8816 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM98790 5 0.5450 0.5417 0.000 0.000 0.216 0.132 0.652
#> GSM98791 1 0.1865 0.8076 0.936 0.000 0.032 0.024 0.008
#> GSM98792 4 0.5013 0.6127 0.084 0.000 0.232 0.684 0.000
#> GSM98793 4 0.4298 0.2358 0.352 0.000 0.008 0.640 0.000
#> GSM98794 1 0.4218 0.6273 0.660 0.000 0.008 0.332 0.000
#> GSM98795 5 0.0579 0.8871 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM98796 1 0.2196 0.7783 0.916 0.000 0.024 0.004 0.056
#> GSM98797 5 0.0162 0.8844 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM98798 2 0.3928 0.7772 0.020 0.820 0.128 0.024 0.008
#> GSM98799 4 0.4578 0.5398 0.000 0.244 0.040 0.712 0.004
#> GSM98800 4 0.4182 0.2572 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> GSM98801 5 0.0898 0.8852 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> GSM94019 3 0.3812 0.7275 0.000 0.000 0.772 0.204 0.024
#> GSM94020 2 0.0404 0.9282 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94021 1 0.3921 0.7255 0.784 0.000 0.044 0.172 0.000
#> GSM94022 3 0.1768 0.6895 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> GSM94023 3 0.3710 0.7245 0.024 0.000 0.784 0.192 0.000
#> GSM94024 3 0.1331 0.7148 0.008 0.000 0.952 0.040 0.000
#> GSM94025 1 0.4062 0.7348 0.764 0.000 0.040 0.196 0.000
#> GSM94026 5 0.2329 0.8237 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM94027 1 0.0912 0.8068 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2964 0.6535 0.152 0.000 0.840 0.004 0.004
#> GSM94030 3 0.4863 0.6310 0.048 0.000 0.656 0.296 0.000
#> GSM94031 3 0.2968 0.6681 0.000 0.092 0.872 0.008 0.028
#> GSM94032 5 0.3655 0.8086 0.036 0.000 0.160 0.000 0.804
#> GSM94033 3 0.4676 0.6348 0.000 0.072 0.720 0.208 0.000
#> GSM94034 3 0.5126 0.6756 0.152 0.000 0.696 0.152 0.000
#> GSM94035 3 0.5694 0.5729 0.000 0.004 0.636 0.136 0.224
#> GSM94036 3 0.4498 0.7055 0.112 0.000 0.756 0.132 0.000
#> GSM94037 1 0.2103 0.8013 0.920 0.000 0.004 0.056 0.020
#> GSM94038 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0451 0.8041 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> GSM94041 4 0.4169 0.5273 0.240 0.000 0.028 0.732 0.000
#> GSM94042 2 0.4328 0.7569 0.000 0.780 0.004 0.108 0.108
#> GSM94043 4 0.4047 0.4726 0.000 0.320 0.004 0.676 0.000
#> GSM94044 4 0.2548 0.6549 0.004 0.072 0.028 0.896 0.000
#> GSM94045 1 0.1668 0.8036 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028
#> GSM94046 1 0.0798 0.8050 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM94047 4 0.1341 0.6490 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> GSM94048 4 0.3884 0.4093 0.288 0.000 0.004 0.708 0.000
#> GSM94049 1 0.4223 0.7040 0.724 0.000 0.028 0.248 0.000
#> GSM94050 1 0.2471 0.7962 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM94051 5 0.0963 0.8810 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM94052 1 0.4526 0.7946 0.784 0.000 0.048 0.128 0.040
#> GSM94053 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.5174 0.0274 0.520 0.000 0.032 0.004 0.444
#> GSM94055 1 0.3669 0.7929 0.828 0.000 0.116 0.048 0.008
#> GSM94056 5 0.3191 0.8556 0.012 0.000 0.060 0.060 0.868
#> GSM94057 2 0.0451 0.9289 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM94058 1 0.2891 0.7758 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM94059 5 0.1281 0.8829 0.032 0.000 0.012 0.000 0.956
#> GSM94060 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.2629 0.7969 0.860 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM94062 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.1153 0.6550 0.024 0.000 0.008 0.964 0.004
#> GSM94064 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94065 1 0.1544 0.8094 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM94066 2 0.0162 0.9331 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94067 1 0.4300 0.7266 0.788 0.000 0.104 0.008 0.100
#> GSM94068 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0703 0.8089 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.2568 0.8069 0.904 0.000 0.048 0.032 0.016
#> GSM94072 1 0.5875 0.6169 0.592 0.000 0.152 0.256 0.000
#> GSM94073 4 0.4335 0.3090 0.324 0.000 0.008 0.664 0.004
#> GSM94074 1 0.1764 0.8106 0.928 0.000 0.008 0.064 0.000
#> GSM94075 1 0.3847 0.7699 0.784 0.000 0.036 0.180 0.000
#> GSM94155 5 0.0771 0.8864 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> GSM94156 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.0566 0.8873 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM94160 1 0.3961 0.6625 0.780 0.000 0.032 0.004 0.184
#> GSM94161 1 0.5729 0.6537 0.616 0.000 0.148 0.236 0.000
#> GSM94162 1 0.5478 0.6898 0.656 0.000 0.180 0.164 0.000
#> GSM94163 4 0.6567 0.1580 0.000 0.372 0.160 0.460 0.008
#> GSM94164 1 0.4510 0.4490 0.560 0.000 0.008 0.432 0.000
#> GSM94165 1 0.0510 0.8080 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94166 5 0.1716 0.8808 0.024 0.000 0.016 0.016 0.944
#> GSM94167 4 0.2654 0.6505 0.000 0.040 0.056 0.896 0.008
#> GSM94168 1 0.3210 0.7586 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM94169 4 0.2722 0.6217 0.120 0.000 0.008 0.868 0.004
#> GSM94170 1 0.5706 0.0202 0.484 0.000 0.060 0.008 0.448
#> GSM94171 1 0.3586 0.7608 0.792 0.000 0.020 0.188 0.000
#> GSM94172 1 0.0290 0.8066 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94173 2 0.4656 0.0725 0.000 0.508 0.000 0.012 0.480
#> GSM94174 4 0.3128 0.5916 0.168 0.000 0.004 0.824 0.004
#> GSM94175 4 0.2729 0.6487 0.004 0.000 0.028 0.884 0.084
#> GSM94176 1 0.4002 0.7685 0.780 0.000 0.008 0.184 0.028
#> GSM94177 5 0.6038 0.0117 0.100 0.000 0.004 0.444 0.452
#> GSM94178 2 0.3885 0.7473 0.000 0.784 0.000 0.176 0.040
#> GSM98767 4 0.5885 0.3718 0.264 0.000 0.008 0.608 0.120
#> GSM98768 1 0.3843 0.7645 0.788 0.000 0.012 0.184 0.016
#> GSM98769 5 0.0451 0.8867 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> GSM98770 1 0.0162 0.8060 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98771 4 0.5396 0.3326 0.000 0.376 0.064 0.560 0.000
#> GSM98772 1 0.4047 0.6537 0.676 0.000 0.004 0.320 0.000
#> GSM98773 1 0.6150 0.5133 0.560 0.000 0.204 0.236 0.000
#> GSM98774 4 0.3794 0.6226 0.048 0.000 0.152 0.800 0.000
#> GSM98775 1 0.3898 0.7912 0.804 0.000 0.116 0.080 0.000
#> GSM98776 4 0.4336 0.4221 0.280 0.000 0.012 0.700 0.008
#> GSM98777 4 0.0727 0.6575 0.004 0.000 0.012 0.980 0.004
#> GSM98778 1 0.3861 0.6624 0.712 0.000 0.284 0.004 0.000
#> GSM98779 1 0.1365 0.8041 0.952 0.000 0.040 0.004 0.004
#> GSM98780 1 0.2790 0.8019 0.880 0.000 0.000 0.052 0.068
#> GSM98781 1 0.5151 0.3897 0.592 0.000 0.040 0.004 0.364
#> GSM98782 1 0.1651 0.7979 0.944 0.000 0.012 0.008 0.036
#> GSM98783 1 0.1768 0.8034 0.924 0.000 0.004 0.072 0.000
#> GSM98784 1 0.4147 0.7401 0.804 0.000 0.092 0.012 0.092
#> GSM98871 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.6734 0.1621 0.032 0.528 0.300 0.140 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1216 0.9135 0.000 0.960 0.020 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 6 0.5164 0.15963 0.412 0.000 0.016 0.052 0.000 0.520
#> GSM94077 3 0.4727 0.18697 0.036 0.000 0.568 0.388 0.000 0.008
#> GSM94078 4 0.4565 0.40033 0.000 0.000 0.260 0.664 0.000 0.076
#> GSM94079 3 0.4426 0.22294 0.388 0.000 0.584 0.024 0.000 0.004
#> GSM94080 2 0.1814 0.78079 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0777 0.66754 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000
#> GSM94082 4 0.4615 0.12644 0.000 0.000 0.424 0.536 0.000 0.040
#> GSM94083 3 0.3385 0.58072 0.156 0.000 0.808 0.020 0.000 0.016
#> GSM94084 3 0.3729 0.40041 0.000 0.000 0.692 0.296 0.000 0.012
#> GSM94085 3 0.1141 0.65910 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM94086 3 0.0862 0.67091 0.008 0.000 0.972 0.016 0.000 0.004
#> GSM94087 1 0.6141 0.13775 0.500 0.000 0.096 0.056 0.348 0.000
#> GSM94088 6 0.6093 -0.25044 0.000 0.000 0.336 0.284 0.000 0.380
#> GSM94089 4 0.6184 0.27251 0.000 0.004 0.280 0.404 0.000 0.312
#> GSM94090 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.3807 0.59087 0.000 0.000 0.004 0.368 0.628 0.000
#> GSM94092 6 0.5858 -0.01552 0.000 0.000 0.272 0.244 0.000 0.484
#> GSM94093 5 0.6127 0.22671 0.328 0.000 0.004 0.248 0.420 0.000
#> GSM94094 3 0.0146 0.66851 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0508 0.66881 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM94096 3 0.4687 0.28753 0.000 0.000 0.604 0.336 0.000 0.060
#> GSM94097 5 0.5255 0.64736 0.204 0.000 0.048 0.080 0.668 0.000
#> GSM94098 3 0.3088 0.61414 0.048 0.000 0.832 0.000 0.000 0.120
#> GSM94099 4 0.6617 0.19335 0.028 0.000 0.348 0.364 0.000 0.260
#> GSM94100 5 0.2145 0.77299 0.000 0.000 0.072 0.028 0.900 0.000
#> GSM94101 3 0.4812 0.22652 0.000 0.000 0.588 0.344 0.000 0.068
#> GSM94102 3 0.5725 0.50114 0.132 0.000 0.672 0.084 0.100 0.012
#> GSM94103 3 0.4889 0.31054 0.000 0.000 0.604 0.084 0.000 0.312
#> GSM94104 3 0.0363 0.66792 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM94105 3 0.2731 0.65028 0.068 0.000 0.876 0.044 0.000 0.012
#> GSM94106 3 0.0363 0.66806 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM94107 3 0.4943 -0.05271 0.024 0.000 0.480 0.024 0.000 0.472
#> GSM94108 3 0.5880 -0.16648 0.000 0.008 0.428 0.412 0.000 0.152
#> GSM94109 3 0.1564 0.66186 0.024 0.000 0.936 0.040 0.000 0.000
#> GSM94110 3 0.4531 0.13813 0.000 0.000 0.556 0.408 0.000 0.036
#> GSM94111 5 0.1549 0.78227 0.000 0.000 0.044 0.020 0.936 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 6 0.5047 0.29844 0.000 0.000 0.236 0.136 0.000 0.628
#> GSM94114 3 0.0622 0.67003 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000
#> GSM94115 6 0.2847 0.65574 0.016 0.000 0.012 0.120 0.000 0.852
#> GSM94116 3 0.5821 0.20618 0.000 0.000 0.512 0.132 0.016 0.340
#> GSM94117 3 0.5907 -0.02040 0.132 0.000 0.456 0.016 0.000 0.396
#> GSM94118 6 0.3898 0.40926 0.000 0.000 0.336 0.012 0.000 0.652
#> GSM94119 4 0.5980 0.06933 0.000 0.396 0.004 0.408 0.000 0.192
#> GSM94120 3 0.4051 0.22679 0.000 0.000 0.560 0.008 0.000 0.432
#> GSM94121 3 0.0508 0.66932 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM94122 4 0.4476 0.32926 0.000 0.064 0.272 0.664 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.4199 0.55676 0.568 0.000 0.000 0.416 0.016 0.000
#> GSM94124 3 0.2994 0.53570 0.000 0.000 0.788 0.208 0.000 0.004
#> GSM94125 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2138 0.73625 0.908 0.000 0.004 0.036 0.000 0.052
#> GSM94127 1 0.3830 0.71524 0.744 0.000 0.000 0.212 0.000 0.044
#> GSM94128 3 0.3636 0.61869 0.004 0.000 0.824 0.076 0.076 0.020
#> GSM94129 3 0.5294 0.03445 0.000 0.000 0.464 0.436 0.000 0.100
#> GSM94130 5 0.0458 0.78832 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM94131 6 0.3714 0.55424 0.264 0.000 0.008 0.008 0.000 0.720
#> GSM94132 1 0.4566 0.53915 0.540 0.000 0.004 0.428 0.000 0.028
#> GSM94133 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.4198 0.63191 0.716 0.000 0.004 0.052 0.000 0.228
#> GSM94135 6 0.2801 0.62510 0.000 0.000 0.072 0.068 0.000 0.860
#> GSM94136 6 0.4855 0.16159 0.408 0.000 0.004 0.040 0.004 0.544
#> GSM94137 3 0.2265 0.65525 0.028 0.000 0.904 0.056 0.000 0.012
#> GSM94138 6 0.3201 0.66241 0.148 0.000 0.008 0.024 0.000 0.820
#> GSM94139 6 0.6295 0.15617 0.000 0.124 0.260 0.060 0.004 0.552
#> GSM94140 5 0.1349 0.78725 0.000 0.000 0.004 0.056 0.940 0.000
#> GSM94141 5 0.2980 0.73997 0.012 0.000 0.000 0.180 0.808 0.000
#> GSM94142 4 0.4882 -0.40523 0.428 0.000 0.000 0.512 0.060 0.000
#> GSM94143 5 0.5793 0.27193 0.000 0.000 0.004 0.204 0.524 0.268
#> GSM94144 5 0.1867 0.76667 0.000 0.000 0.000 0.020 0.916 0.064
#> GSM94145 1 0.3881 0.59046 0.600 0.000 0.000 0.396 0.004 0.000
#> GSM94146 1 0.2935 0.70660 0.872 0.000 0.008 0.072 0.020 0.028
#> GSM94147 5 0.3122 0.68099 0.000 0.000 0.000 0.020 0.804 0.176
#> GSM94148 6 0.4436 0.43284 0.312 0.000 0.000 0.048 0.000 0.640
#> GSM98785 4 0.3181 0.48347 0.000 0.000 0.044 0.852 0.028 0.076
#> GSM98786 6 0.4228 0.53995 0.000 0.000 0.012 0.144 0.088 0.756
#> GSM98787 3 0.1536 0.66600 0.020 0.000 0.944 0.024 0.012 0.000
#> GSM98788 6 0.2392 0.67909 0.048 0.000 0.048 0.008 0.000 0.896
#> GSM98789 5 0.1531 0.78556 0.000 0.000 0.004 0.068 0.928 0.000
#> GSM98790 5 0.4616 0.55807 0.000 0.000 0.236 0.080 0.680 0.004
#> GSM98791 1 0.2046 0.75543 0.908 0.000 0.000 0.032 0.000 0.060
#> GSM98792 4 0.6231 0.20604 0.016 0.000 0.192 0.404 0.000 0.388
#> GSM98793 6 0.1563 0.68403 0.056 0.000 0.012 0.000 0.000 0.932
#> GSM98794 6 0.3449 0.63506 0.196 0.000 0.016 0.008 0.000 0.780
#> GSM98795 5 0.1138 0.79325 0.024 0.000 0.004 0.012 0.960 0.000
#> GSM98796 1 0.1340 0.73853 0.948 0.000 0.000 0.040 0.004 0.008
#> GSM98797 5 0.0748 0.78812 0.000 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004
#> GSM98798 2 0.5187 0.50231 0.012 0.680 0.216 0.068 0.020 0.004
#> GSM98799 2 0.6492 -0.12751 0.000 0.424 0.040 0.364 0.000 0.172
#> GSM98800 5 0.5800 0.05174 0.000 0.000 0.000 0.396 0.424 0.180
#> GSM98801 5 0.1297 0.78710 0.000 0.000 0.012 0.040 0.948 0.000
#> GSM94019 3 0.4121 0.60329 0.000 0.000 0.788 0.040 0.088 0.084
#> GSM94020 2 0.0363 0.85061 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94021 6 0.6488 0.34587 0.320 0.000 0.156 0.052 0.000 0.472
#> GSM94022 3 0.3920 0.49200 0.048 0.000 0.736 0.216 0.000 0.000
#> GSM94023 3 0.3123 0.62797 0.012 0.000 0.840 0.032 0.000 0.116
#> GSM94024 3 0.2196 0.63715 0.004 0.000 0.884 0.108 0.000 0.004
#> GSM94025 1 0.4201 0.65586 0.748 0.000 0.048 0.020 0.000 0.184
#> GSM94026 5 0.1760 0.78020 0.000 0.000 0.048 0.020 0.928 0.004
#> GSM94027 1 0.0858 0.74726 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM94028 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3892 0.52376 0.212 0.000 0.740 0.048 0.000 0.000
#> GSM94030 6 0.4604 0.56446 0.032 0.000 0.200 0.052 0.000 0.716
#> GSM94031 3 0.3110 0.51379 0.000 0.196 0.792 0.012 0.000 0.000
#> GSM94032 5 0.4465 0.66778 0.040 0.000 0.188 0.040 0.732 0.000
#> GSM94033 3 0.2520 0.64168 0.000 0.032 0.888 0.068 0.000 0.012
#> GSM94034 3 0.6251 0.41116 0.136 0.000 0.592 0.080 0.004 0.188
#> GSM94035 6 0.6733 0.06793 0.000 0.000 0.268 0.040 0.288 0.404
#> GSM94036 3 0.5744 0.49816 0.168 0.000 0.664 0.080 0.016 0.072
#> GSM94037 1 0.5027 0.52701 0.628 0.000 0.004 0.072 0.008 0.288
#> GSM94038 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0891 0.74653 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM94041 6 0.4032 0.65761 0.092 0.000 0.032 0.084 0.000 0.792
#> GSM94042 2 0.4216 0.50792 0.000 0.676 0.000 0.292 0.020 0.012
#> GSM94043 2 0.5147 0.25208 0.000 0.568 0.000 0.328 0.000 0.104
#> GSM94044 6 0.5849 0.07692 0.000 0.284 0.004 0.204 0.000 0.508
#> GSM94045 1 0.2860 0.72260 0.852 0.000 0.000 0.048 0.000 0.100
#> GSM94046 1 0.2442 0.73158 0.884 0.000 0.000 0.048 0.000 0.068
#> GSM94047 6 0.1141 0.65406 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM94048 6 0.2605 0.68407 0.064 0.000 0.012 0.040 0.000 0.884
#> GSM94049 6 0.4207 0.48323 0.308 0.000 0.012 0.016 0.000 0.664
#> GSM94050 1 0.3629 0.61897 0.724 0.000 0.000 0.016 0.000 0.260
#> GSM94051 5 0.0692 0.78763 0.000 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM94052 1 0.3878 0.61144 0.644 0.000 0.000 0.348 0.004 0.004
#> GSM94053 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3566 0.53125 0.744 0.000 0.000 0.020 0.236 0.000
#> GSM94055 1 0.3782 0.62506 0.636 0.000 0.000 0.360 0.000 0.004
#> GSM94056 5 0.4775 0.42334 0.040 0.000 0.000 0.456 0.500 0.004
#> GSM94057 2 0.1793 0.81477 0.004 0.932 0.016 0.040 0.008 0.000
#> GSM94058 1 0.4060 0.57362 0.684 0.000 0.000 0.032 0.000 0.284
#> GSM94059 5 0.3017 0.75277 0.108 0.000 0.000 0.052 0.840 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.3923 0.32301 0.580 0.000 0.000 0.004 0.000 0.416
#> GSM94062 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94063 6 0.1625 0.64230 0.000 0.000 0.012 0.060 0.000 0.928
#> GSM94064 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.3728 0.49643 0.652 0.000 0.000 0.004 0.000 0.344
#> GSM94066 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.3634 0.66137 0.696 0.000 0.000 0.296 0.008 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.2664 0.71968 0.848 0.000 0.000 0.016 0.000 0.136
#> GSM94070 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.2445 0.73131 0.868 0.000 0.000 0.120 0.004 0.008
#> GSM94072 1 0.4882 0.54122 0.512 0.000 0.000 0.428 0.000 0.060
#> GSM94073 6 0.1409 0.68253 0.032 0.000 0.012 0.008 0.000 0.948
#> GSM94074 1 0.2230 0.75017 0.892 0.000 0.000 0.024 0.000 0.084
#> GSM94075 1 0.4721 0.66079 0.672 0.000 0.000 0.116 0.000 0.212
#> GSM94155 5 0.2956 0.76794 0.064 0.000 0.000 0.088 0.848 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.1232 0.79258 0.024 0.000 0.004 0.016 0.956 0.000
#> GSM94160 1 0.2568 0.71096 0.876 0.000 0.000 0.056 0.068 0.000
#> GSM94161 1 0.5361 0.57025 0.512 0.000 0.000 0.372 0.000 0.116
#> GSM94162 1 0.4049 0.56610 0.580 0.000 0.004 0.412 0.000 0.004
#> GSM94163 4 0.5441 0.00752 0.000 0.424 0.020 0.488 0.000 0.068
#> GSM94164 6 0.3163 0.66068 0.172 0.000 0.012 0.008 0.000 0.808
#> GSM94165 1 0.1285 0.75032 0.944 0.000 0.000 0.004 0.000 0.052
#> GSM94166 5 0.4490 0.67817 0.148 0.000 0.000 0.128 0.720 0.004
#> GSM94167 6 0.5218 0.46777 0.000 0.136 0.072 0.060 0.016 0.716
#> GSM94168 6 0.3741 0.46169 0.320 0.000 0.000 0.008 0.000 0.672
#> GSM94169 6 0.0912 0.67399 0.004 0.000 0.004 0.008 0.012 0.972
#> GSM94170 1 0.4941 0.52799 0.648 0.000 0.000 0.140 0.212 0.000
#> GSM94171 1 0.4388 0.30659 0.572 0.000 0.000 0.028 0.000 0.400
#> GSM94172 1 0.1411 0.74741 0.936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.060
#> GSM94173 2 0.4227 -0.01186 0.000 0.496 0.000 0.004 0.492 0.008
#> GSM94174 6 0.1116 0.66718 0.004 0.000 0.008 0.028 0.000 0.960
#> GSM94175 6 0.4428 0.39201 0.000 0.000 0.016 0.260 0.036 0.688
#> GSM94176 6 0.3615 0.66480 0.108 0.000 0.008 0.036 0.024 0.824
#> GSM94177 6 0.2652 0.63770 0.008 0.000 0.000 0.020 0.104 0.868
#> GSM94178 2 0.2501 0.75986 0.000 0.872 0.000 0.016 0.004 0.108
#> GSM98767 6 0.1777 0.68038 0.032 0.000 0.000 0.024 0.012 0.932
#> GSM98768 6 0.3928 0.65882 0.104 0.000 0.008 0.040 0.040 0.808
#> GSM98769 5 0.0520 0.79084 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM98770 1 0.2122 0.73845 0.900 0.000 0.000 0.024 0.000 0.076
#> GSM98771 2 0.6609 0.11145 0.000 0.512 0.104 0.264 0.000 0.120
#> GSM98772 6 0.3828 0.51942 0.288 0.000 0.012 0.004 0.000 0.696
#> GSM98773 6 0.6069 0.50994 0.212 0.000 0.072 0.124 0.000 0.592
#> GSM98774 4 0.3999 0.48598 0.072 0.000 0.024 0.788 0.000 0.116
#> GSM98775 1 0.3883 0.64643 0.656 0.000 0.000 0.332 0.000 0.012
#> GSM98776 6 0.1268 0.68270 0.036 0.000 0.008 0.004 0.000 0.952
#> GSM98777 6 0.2950 0.56611 0.000 0.000 0.024 0.148 0.000 0.828
#> GSM98778 1 0.5041 0.62404 0.688 0.000 0.128 0.160 0.000 0.024
#> GSM98779 1 0.0725 0.74657 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> GSM98780 1 0.4118 0.65733 0.740 0.000 0.000 0.020 0.032 0.208
#> GSM98781 5 0.5716 0.48839 0.288 0.000 0.012 0.080 0.592 0.028
#> GSM98782 1 0.1321 0.74842 0.952 0.000 0.000 0.020 0.004 0.024
#> GSM98783 1 0.3483 0.69141 0.808 0.000 0.012 0.036 0.000 0.144
#> GSM98784 1 0.3565 0.66036 0.692 0.000 0.000 0.304 0.004 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0146 0.85570 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.6002 0.15217 0.016 0.504 0.380 0.076 0.020 0.004
#> GSM98874 2 0.0000 0.85635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1444 0.80986 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> SD:NMF 186 4.23e-05 2
#> SD:NMF 182 3.69e-08 3
#> SD:NMF 83 1.70e-03 4
#> SD:NMF 161 6.27e-07 5
#> SD:NMF 136 1.04e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.563 0.814 0.911 0.3553 0.675 0.675
#> 3 3 0.487 0.719 0.848 0.6798 0.645 0.492
#> 4 4 0.523 0.644 0.784 0.1345 0.898 0.738
#> 5 5 0.582 0.639 0.784 0.0952 0.908 0.718
#> 6 6 0.646 0.571 0.740 0.0466 0.970 0.885
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94078 1 0.5842 0.8319 0.860 0.140
#> GSM94079 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94080 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94082 1 0.5737 0.8351 0.864 0.136
#> GSM94083 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94084 1 0.9833 0.3633 0.576 0.424
#> GSM94085 1 0.8955 0.6198 0.688 0.312
#> GSM94086 1 0.6148 0.8204 0.848 0.152
#> GSM94087 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94089 1 0.9833 0.3633 0.576 0.424
#> GSM94090 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.4161 0.8706 0.916 0.084
#> GSM94092 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94093 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.6148 0.8204 0.848 0.152
#> GSM94095 1 0.5737 0.8335 0.864 0.136
#> GSM94096 1 0.5842 0.8319 0.860 0.140
#> GSM94097 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94099 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94100 1 0.9209 0.5765 0.664 0.336
#> GSM94101 1 0.9833 0.3633 0.576 0.424
#> GSM94102 1 0.8016 0.7218 0.756 0.244
#> GSM94103 1 0.6247 0.8191 0.844 0.156
#> GSM94104 1 0.8955 0.6198 0.688 0.312
#> GSM94105 1 0.6148 0.8204 0.848 0.152
#> GSM94106 1 0.9754 0.4085 0.592 0.408
#> GSM94107 1 0.3114 0.8845 0.944 0.056
#> GSM94108 1 0.9833 0.3633 0.576 0.424
#> GSM94109 1 0.9044 0.6065 0.680 0.320
#> GSM94110 1 0.5842 0.8319 0.860 0.140
#> GSM94111 1 0.9248 0.5687 0.660 0.340
#> GSM94112 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.6247 0.8191 0.844 0.156
#> GSM94114 1 0.6148 0.8204 0.848 0.152
#> GSM94115 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94117 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94118 1 0.8713 0.6545 0.708 0.292
#> GSM94119 2 0.4562 0.8389 0.096 0.904
#> GSM94120 1 0.7950 0.7299 0.760 0.240
#> GSM94121 1 0.7950 0.7299 0.760 0.240
#> GSM94122 2 0.6712 0.7591 0.176 0.824
#> GSM94123 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.5842 0.8319 0.860 0.140
#> GSM94125 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.8016 0.7218 0.756 0.244
#> GSM94129 1 0.5408 0.8439 0.876 0.124
#> GSM94130 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.6343 0.8156 0.840 0.160
#> GSM94136 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.1184 0.8980 0.984 0.016
#> GSM94138 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.7745 0.6891 0.228 0.772
#> GSM94140 1 0.4022 0.8727 0.920 0.080
#> GSM94141 1 0.9815 0.3647 0.580 0.420
#> GSM94142 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.9129 0.5867 0.672 0.328
#> GSM94144 1 0.2948 0.8871 0.948 0.052
#> GSM94145 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.2236 0.8934 0.964 0.036
#> GSM94148 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.8555 0.6712 0.720 0.280
#> GSM98786 1 0.1843 0.8956 0.972 0.028
#> GSM98787 1 0.7528 0.7584 0.784 0.216
#> GSM98788 1 0.2603 0.8903 0.956 0.044
#> GSM98789 1 0.4161 0.8706 0.916 0.084
#> GSM98790 1 0.9608 0.4710 0.616 0.384
#> GSM98791 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.4022 0.8731 0.920 0.080
#> GSM98793 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.9998 -0.0718 0.492 0.508
#> GSM98798 2 0.9977 0.0215 0.472 0.528
#> GSM98799 2 0.4562 0.8389 0.096 0.904
#> GSM98800 1 0.8499 0.6771 0.724 0.276
#> GSM98801 1 0.9209 0.5765 0.664 0.336
#> GSM94019 1 0.8267 0.7003 0.740 0.260
#> GSM94020 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.7528 0.7567 0.784 0.216
#> GSM94023 1 0.3114 0.8845 0.944 0.056
#> GSM94024 1 0.6148 0.8204 0.848 0.152
#> GSM94025 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94026 1 0.9209 0.5765 0.664 0.336
#> GSM94027 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.7674 0.7471 0.776 0.224
#> GSM94030 1 0.3114 0.8845 0.944 0.056
#> GSM94031 2 0.6148 0.7870 0.152 0.848
#> GSM94032 1 0.7674 0.7470 0.776 0.224
#> GSM94033 2 0.9970 0.0271 0.468 0.532
#> GSM94034 1 0.3114 0.8845 0.944 0.056
#> GSM94035 1 0.9944 0.2593 0.544 0.456
#> GSM94036 1 0.7950 0.7270 0.760 0.240
#> GSM94037 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.1184 0.8781 0.016 0.984
#> GSM94043 2 0.9393 0.4250 0.356 0.644
#> GSM94044 2 0.4562 0.8389 0.096 0.904
#> GSM94045 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.1843 0.8956 0.972 0.028
#> GSM94048 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0672 0.8996 0.992 0.008
#> GSM94050 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.2423 0.8915 0.960 0.040
#> GSM94052 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.2236 0.8933 0.964 0.036
#> GSM94064 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0672 0.8811 0.008 0.992
#> GSM94069 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.2043 0.8947 0.968 0.032
#> GSM94074 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.2423 0.8916 0.960 0.040
#> GSM94163 2 0.4562 0.8389 0.096 0.904
#> GSM94164 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.7745 0.6891 0.228 0.772
#> GSM94168 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.1843 0.8956 0.972 0.028
#> GSM94170 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.8081 0.6573 0.248 0.752
#> GSM94174 1 0.1843 0.8956 0.972 0.028
#> GSM94175 1 0.9460 0.5092 0.636 0.364
#> GSM94176 1 0.0672 0.8991 0.992 0.008
#> GSM94177 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.4562 0.8389 0.096 0.904
#> GSM98767 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.2236 0.8929 0.964 0.036
#> GSM98770 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.9393 0.4250 0.356 0.644
#> GSM98772 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.4562 0.8630 0.904 0.096
#> GSM98774 1 0.2603 0.8903 0.956 0.044
#> GSM98775 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.8499 0.6771 0.724 0.276
#> GSM98778 1 0.4562 0.8630 0.904 0.096
#> GSM98779 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.2236 0.8929 0.964 0.036
#> GSM98782 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9001 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.8834 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0376 0.8824 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94078 3 0.4931 0.713 0.232 0.000 0.768
#> GSM94079 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94080 2 0.0237 0.910 0.000 0.996 0.004
#> GSM94081 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94082 3 0.5098 0.707 0.248 0.000 0.752
#> GSM94083 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94084 3 0.3192 0.540 0.000 0.112 0.888
#> GSM94085 3 0.1170 0.639 0.016 0.008 0.976
#> GSM94086 3 0.4842 0.713 0.224 0.000 0.776
#> GSM94087 1 0.2165 0.868 0.936 0.000 0.064
#> GSM94088 3 0.6307 0.435 0.488 0.000 0.512
#> GSM94089 3 0.3192 0.540 0.000 0.112 0.888
#> GSM94090 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.5882 0.633 0.348 0.000 0.652
#> GSM94092 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94093 1 0.1964 0.878 0.944 0.000 0.056
#> GSM94094 3 0.4702 0.716 0.212 0.000 0.788
#> GSM94095 3 0.5254 0.696 0.264 0.000 0.736
#> GSM94096 3 0.4931 0.713 0.232 0.000 0.768
#> GSM94097 1 0.2165 0.868 0.936 0.000 0.064
#> GSM94098 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94099 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94100 3 0.0747 0.619 0.000 0.016 0.984
#> GSM94101 3 0.3192 0.540 0.000 0.112 0.888
#> GSM94102 3 0.2537 0.689 0.080 0.000 0.920
#> GSM94103 3 0.4504 0.722 0.196 0.000 0.804
#> GSM94104 3 0.1170 0.639 0.016 0.008 0.976
#> GSM94105 3 0.4842 0.713 0.224 0.000 0.776
#> GSM94106 3 0.2711 0.563 0.000 0.088 0.912
#> GSM94107 3 0.6126 0.580 0.400 0.000 0.600
#> GSM94108 3 0.3192 0.540 0.000 0.112 0.888
#> GSM94109 3 0.0848 0.632 0.008 0.008 0.984
#> GSM94110 3 0.4931 0.713 0.232 0.000 0.768
#> GSM94111 3 0.0892 0.617 0.000 0.020 0.980
#> GSM94112 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4504 0.722 0.196 0.000 0.804
#> GSM94114 3 0.4842 0.713 0.224 0.000 0.776
#> GSM94115 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.6305 0.445 0.484 0.000 0.516
#> GSM94117 1 0.4235 0.697 0.824 0.000 0.176
#> GSM94118 3 0.1647 0.658 0.036 0.004 0.960
#> GSM94119 2 0.4555 0.789 0.000 0.800 0.200
#> GSM94120 3 0.3193 0.701 0.100 0.004 0.896
#> GSM94121 3 0.3193 0.701 0.100 0.004 0.896
#> GSM94122 2 0.6307 0.372 0.000 0.512 0.488
#> GSM94123 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.4931 0.713 0.232 0.000 0.768
#> GSM94125 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> GSM94127 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.2537 0.689 0.080 0.000 0.920
#> GSM94129 3 0.5327 0.695 0.272 0.000 0.728
#> GSM94130 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94132 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94135 3 0.4452 0.723 0.192 0.000 0.808
#> GSM94136 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94137 3 0.6308 0.427 0.492 0.000 0.508
#> GSM94138 1 0.4121 0.709 0.832 0.000 0.168
#> GSM94139 2 0.6008 0.539 0.000 0.628 0.372
#> GSM94140 3 0.5905 0.628 0.352 0.000 0.648
#> GSM94141 3 0.5285 0.557 0.040 0.148 0.812
#> GSM94142 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.5566 0.634 0.080 0.108 0.812
#> GSM94144 3 0.6192 0.556 0.420 0.000 0.580
#> GSM94145 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> GSM94147 3 0.6299 0.458 0.476 0.000 0.524
#> GSM94148 1 0.3116 0.810 0.892 0.000 0.108
#> GSM98785 3 0.4469 0.670 0.076 0.060 0.864
#> GSM98786 3 0.6260 0.511 0.448 0.000 0.552
#> GSM98787 3 0.3715 0.714 0.128 0.004 0.868
#> GSM98788 3 0.6192 0.559 0.420 0.000 0.580
#> GSM98789 3 0.5882 0.633 0.348 0.000 0.652
#> GSM98790 3 0.2165 0.587 0.000 0.064 0.936
#> GSM98791 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.5926 0.633 0.356 0.000 0.644
#> GSM98793 1 0.4178 0.701 0.828 0.000 0.172
#> GSM98794 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM98795 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.4842 0.420 0.000 0.224 0.776
#> GSM98798 3 0.6057 0.235 0.004 0.340 0.656
#> GSM98799 2 0.4555 0.789 0.000 0.800 0.200
#> GSM98800 3 0.4458 0.673 0.080 0.056 0.864
#> GSM98801 3 0.0747 0.619 0.000 0.016 0.984
#> GSM94019 3 0.2066 0.676 0.060 0.000 0.940
#> GSM94020 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> GSM94022 3 0.3686 0.715 0.140 0.000 0.860
#> GSM94023 3 0.6192 0.553 0.420 0.000 0.580
#> GSM94024 3 0.4702 0.716 0.212 0.000 0.788
#> GSM94025 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> GSM94026 3 0.0747 0.619 0.000 0.016 0.984
#> GSM94027 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> GSM94028 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3412 0.708 0.124 0.000 0.876
#> GSM94030 3 0.6180 0.559 0.416 0.000 0.584
#> GSM94031 2 0.6291 0.427 0.000 0.532 0.468
#> GSM94032 3 0.5363 0.622 0.276 0.000 0.724
#> GSM94033 3 0.4796 0.386 0.000 0.220 0.780
#> GSM94034 3 0.6244 0.522 0.440 0.000 0.560
#> GSM94035 3 0.3619 0.509 0.000 0.136 0.864
#> GSM94036 3 0.4504 0.687 0.196 0.000 0.804
#> GSM94037 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94038 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1031 0.913 0.976 0.000 0.024
#> GSM94041 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.1753 0.894 0.000 0.952 0.048
#> GSM94043 3 0.6274 -0.153 0.000 0.456 0.544
#> GSM94044 2 0.4654 0.783 0.000 0.792 0.208
#> GSM94045 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94046 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94047 3 0.6302 0.450 0.480 0.000 0.520
#> GSM94048 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.5529 0.386 0.704 0.000 0.296
#> GSM94050 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.6305 -0.371 0.516 0.000 0.484
#> GSM94052 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.3551 0.775 0.868 0.000 0.132
#> GSM94057 2 0.1031 0.904 0.000 0.976 0.024
#> GSM94058 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.6235 0.531 0.436 0.000 0.564
#> GSM94064 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0592 0.908 0.000 0.988 0.012
#> GSM94067 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.1411 0.900 0.000 0.964 0.036
#> GSM94069 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.6305 0.440 0.484 0.000 0.516
#> GSM94074 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.6267 0.512 0.452 0.000 0.548
#> GSM94163 2 0.4654 0.783 0.000 0.792 0.208
#> GSM94164 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.6008 0.539 0.000 0.628 0.372
#> GSM94168 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.6286 0.484 0.464 0.000 0.536
#> GSM94170 1 0.0237 0.929 0.996 0.000 0.004
#> GSM94171 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 3 0.6299 -0.299 0.000 0.476 0.524
#> GSM94174 3 0.6305 0.441 0.484 0.000 0.516
#> GSM94175 3 0.5507 0.596 0.056 0.136 0.808
#> GSM94176 1 0.6180 -0.140 0.584 0.000 0.416
#> GSM94177 1 0.4291 0.683 0.820 0.000 0.180
#> GSM94178 2 0.4654 0.783 0.000 0.792 0.208
#> GSM98767 1 0.4121 0.709 0.832 0.000 0.168
#> GSM98768 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM98769 1 0.6309 -0.413 0.504 0.000 0.496
#> GSM98770 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM98771 3 0.6274 -0.153 0.000 0.456 0.544
#> GSM98772 1 0.4178 0.701 0.828 0.000 0.172
#> GSM98773 3 0.5810 0.648 0.336 0.000 0.664
#> GSM98774 3 0.6204 0.554 0.424 0.000 0.576
#> GSM98775 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.4555 0.641 0.800 0.000 0.200
#> GSM98777 3 0.4458 0.673 0.080 0.056 0.864
#> GSM98778 3 0.5810 0.648 0.336 0.000 0.664
#> GSM98779 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0237 0.929 0.996 0.000 0.004
#> GSM98781 3 0.6274 0.505 0.456 0.000 0.544
#> GSM98782 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0237 0.930 0.996 0.000 0.004
#> GSM98784 1 0.0000 0.931 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.1031 0.904 0.000 0.976 0.024
#> GSM98874 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0747 0.907 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94078 3 0.4525 0.5638 0.080 0.000 0.804 0.116
#> GSM94079 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94080 2 0.2973 0.8452 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM94081 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94082 3 0.4426 0.5887 0.096 0.000 0.812 0.092
#> GSM94083 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94084 4 0.5838 0.4297 0.000 0.032 0.444 0.524
#> GSM94085 3 0.4746 0.0324 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM94086 3 0.4547 0.5753 0.092 0.000 0.804 0.104
#> GSM94087 1 0.2867 0.8432 0.884 0.000 0.104 0.012
#> GSM94088 3 0.4814 0.6174 0.316 0.000 0.676 0.008
#> GSM94089 4 0.5838 0.4297 0.000 0.032 0.444 0.524
#> GSM94090 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.7036 0.5434 0.208 0.000 0.576 0.216
#> GSM94092 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94093 1 0.2676 0.8551 0.896 0.000 0.092 0.012
#> GSM94094 3 0.4525 0.5702 0.080 0.000 0.804 0.116
#> GSM94095 3 0.4827 0.6061 0.124 0.000 0.784 0.092
#> GSM94096 3 0.4581 0.5623 0.080 0.000 0.800 0.120
#> GSM94097 1 0.2867 0.8432 0.884 0.000 0.104 0.012
#> GSM94098 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94099 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94100 3 0.4977 -0.1596 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94101 4 0.5838 0.4297 0.000 0.032 0.444 0.524
#> GSM94102 3 0.4353 0.3628 0.012 0.000 0.756 0.232
#> GSM94103 3 0.4388 0.5312 0.060 0.000 0.808 0.132
#> GSM94104 3 0.4761 0.0230 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM94105 3 0.4547 0.5753 0.092 0.000 0.804 0.104
#> GSM94106 4 0.5126 0.4043 0.000 0.004 0.444 0.552
#> GSM94107 3 0.4212 0.6448 0.216 0.000 0.772 0.012
#> GSM94108 4 0.5838 0.4297 0.000 0.032 0.444 0.524
#> GSM94109 3 0.4679 0.1062 0.000 0.000 0.648 0.352
#> GSM94110 3 0.4525 0.5638 0.080 0.000 0.804 0.116
#> GSM94111 3 0.4985 -0.1761 0.000 0.000 0.532 0.468
#> GSM94112 2 0.0592 0.9022 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94113 3 0.4388 0.5312 0.060 0.000 0.808 0.132
#> GSM94114 3 0.4547 0.5753 0.092 0.000 0.804 0.104
#> GSM94115 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.4632 0.6258 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM94117 1 0.4477 0.5168 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM94118 3 0.4277 0.2246 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM94119 4 0.5085 -0.0432 0.000 0.376 0.008 0.616
#> GSM94120 3 0.5130 0.2008 0.020 0.000 0.668 0.312
#> GSM94121 3 0.5130 0.2008 0.020 0.000 0.668 0.312
#> GSM94122 4 0.6049 0.4703 0.000 0.200 0.120 0.680
#> GSM94123 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.4581 0.5623 0.080 0.000 0.800 0.120
#> GSM94125 2 0.0817 0.9009 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM94126 1 0.2469 0.8576 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.4353 0.3628 0.012 0.000 0.756 0.232
#> GSM94129 3 0.4071 0.6066 0.104 0.000 0.832 0.064
#> GSM94130 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94131 1 0.0895 0.9204 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94132 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0592 0.9022 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94134 1 0.1209 0.9152 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM94135 3 0.4440 0.5282 0.060 0.000 0.804 0.136
#> GSM94136 1 0.1209 0.9152 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM94137 3 0.4500 0.6139 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM94138 1 0.4372 0.6045 0.728 0.000 0.268 0.004
#> GSM94139 4 0.4728 0.3692 0.000 0.216 0.032 0.752
#> GSM94140 3 0.7065 0.5443 0.212 0.000 0.572 0.216
#> GSM94141 4 0.5467 0.3821 0.024 0.000 0.364 0.612
#> GSM94142 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.5945 0.2056 0.028 0.004 0.468 0.500
#> GSM94144 3 0.5696 0.6319 0.232 0.000 0.692 0.076
#> GSM94145 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.1661 0.9033 0.944 0.000 0.052 0.004
#> GSM94147 3 0.5366 0.6266 0.276 0.000 0.684 0.040
#> GSM94148 1 0.3726 0.7113 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM98785 3 0.5685 -0.1118 0.024 0.000 0.516 0.460
#> GSM98786 3 0.6015 0.6336 0.268 0.000 0.652 0.080
#> GSM98787 3 0.4464 0.4285 0.024 0.000 0.768 0.208
#> GSM98788 3 0.5052 0.6493 0.244 0.000 0.720 0.036
#> GSM98789 3 0.7036 0.5434 0.208 0.000 0.576 0.216
#> GSM98790 4 0.4985 0.3501 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM98791 1 0.0188 0.9249 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98792 3 0.6229 0.6315 0.204 0.000 0.664 0.132
#> GSM98793 1 0.4456 0.5807 0.716 0.000 0.280 0.004
#> GSM98794 1 0.0895 0.9204 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM98795 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM98796 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.4331 0.5072 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM98798 4 0.6100 0.5213 0.000 0.084 0.272 0.644
#> GSM98799 4 0.5085 -0.0432 0.000 0.376 0.008 0.616
#> GSM98800 3 0.5768 -0.0967 0.028 0.000 0.516 0.456
#> GSM98801 3 0.4977 -0.1596 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94019 3 0.5143 0.1549 0.012 0.000 0.628 0.360
#> GSM94020 2 0.1118 0.8981 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94021 1 0.2469 0.8576 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM94022 3 0.4378 0.4674 0.040 0.000 0.796 0.164
#> GSM94023 3 0.4420 0.6411 0.240 0.000 0.748 0.012
#> GSM94024 3 0.4469 0.5705 0.080 0.000 0.808 0.112
#> GSM94025 1 0.2469 0.8576 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM94026 3 0.4977 -0.1596 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94027 1 0.2469 0.8576 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.4149 0.4431 0.028 0.000 0.804 0.168
#> GSM94030 3 0.4610 0.6466 0.236 0.000 0.744 0.020
#> GSM94031 4 0.6248 0.4152 0.000 0.224 0.120 0.656
#> GSM94032 3 0.6790 0.3339 0.192 0.000 0.608 0.200
#> GSM94033 4 0.6658 0.5155 0.000 0.092 0.376 0.532
#> GSM94034 3 0.4690 0.6362 0.260 0.000 0.724 0.016
#> GSM94035 4 0.4804 0.4668 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM94036 3 0.5850 0.3944 0.116 0.000 0.700 0.184
#> GSM94037 1 0.1209 0.9152 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM94038 2 0.0707 0.9017 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94039 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1557 0.9013 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.4543 0.6783 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM94043 4 0.5628 0.5531 0.000 0.132 0.144 0.724
#> GSM94044 4 0.5313 -0.0221 0.000 0.376 0.016 0.608
#> GSM94045 1 0.1209 0.9152 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM94046 1 0.1209 0.9152 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM94047 3 0.5272 0.6241 0.288 0.000 0.680 0.032
#> GSM94048 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.5132 0.0326 0.548 0.000 0.448 0.004
#> GSM94050 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5404 0.5876 0.328 0.000 0.644 0.028
#> GSM94052 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94055 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.3925 0.7302 0.808 0.000 0.176 0.016
#> GSM94057 2 0.4605 0.6518 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM94058 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94060 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.5810 0.6377 0.256 0.000 0.672 0.072
#> GSM94064 2 0.2921 0.8472 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM94065 1 0.0376 0.9245 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM94066 2 0.4134 0.7576 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM94067 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4331 0.7252 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM94069 1 0.0817 0.9196 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0336 0.9243 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94073 3 0.5297 0.6231 0.292 0.000 0.676 0.032
#> GSM94074 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94156 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94160 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94161 1 0.0188 0.9249 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94162 3 0.5169 0.6421 0.272 0.000 0.696 0.032
#> GSM94163 4 0.5313 -0.0221 0.000 0.376 0.016 0.608
#> GSM94164 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0657 0.9206 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM94167 4 0.4728 0.3692 0.000 0.216 0.032 0.752
#> GSM94168 1 0.1022 0.9158 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM94169 3 0.5222 0.6311 0.280 0.000 0.688 0.032
#> GSM94170 1 0.0937 0.9195 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM94171 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.5770 0.5150 0.000 0.148 0.140 0.712
#> GSM94174 3 0.5297 0.6219 0.292 0.000 0.676 0.032
#> GSM94175 4 0.5683 0.2988 0.012 0.008 0.452 0.528
#> GSM94176 3 0.5398 0.4413 0.404 0.000 0.580 0.016
#> GSM94177 1 0.4509 0.5606 0.708 0.000 0.288 0.004
#> GSM94178 4 0.5313 -0.0221 0.000 0.376 0.016 0.608
#> GSM98767 1 0.4401 0.5969 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM98768 1 0.1305 0.9133 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM98769 3 0.5291 0.6040 0.324 0.000 0.652 0.024
#> GSM98770 1 0.0921 0.9179 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98771 4 0.5628 0.5531 0.000 0.132 0.144 0.724
#> GSM98772 1 0.4428 0.5893 0.720 0.000 0.276 0.004
#> GSM98773 3 0.5132 0.6412 0.184 0.000 0.748 0.068
#> GSM98774 3 0.5550 0.6468 0.248 0.000 0.692 0.060
#> GSM98775 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.4677 0.4949 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM98777 3 0.5768 -0.0967 0.028 0.000 0.516 0.456
#> GSM98778 3 0.5132 0.6412 0.184 0.000 0.748 0.068
#> GSM98779 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.1256 0.9179 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM98781 3 0.5105 0.6397 0.276 0.000 0.696 0.028
#> GSM98782 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0921 0.9179 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9253 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.1211 0.8968 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM98872 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4605 0.6518 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM98874 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4134 0.7569 0.000 0.740 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.3234 0.674811 0.144 0.000 0.836 0.012 0.008
#> GSM94078 3 0.4958 0.328185 0.004 0.000 0.616 0.348 0.032
#> GSM94079 3 0.3234 0.674811 0.144 0.000 0.836 0.012 0.008
#> GSM94080 2 0.3480 0.666387 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> GSM94081 3 0.3234 0.674811 0.144 0.000 0.836 0.012 0.008
#> GSM94082 3 0.4717 0.403708 0.004 0.000 0.660 0.308 0.028
#> GSM94083 3 0.3234 0.674811 0.144 0.000 0.836 0.012 0.008
#> GSM94084 4 0.5350 0.554339 0.000 0.016 0.080 0.684 0.220
#> GSM94085 4 0.5091 0.618401 0.000 0.000 0.236 0.676 0.088
#> GSM94086 3 0.4940 0.348921 0.020 0.000 0.620 0.348 0.012
#> GSM94087 1 0.4397 0.777064 0.780 0.000 0.136 0.012 0.072
#> GSM94088 3 0.3308 0.675669 0.144 0.000 0.832 0.020 0.004
#> GSM94089 4 0.5350 0.554339 0.000 0.016 0.080 0.684 0.220
#> GSM94090 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.6386 0.137320 0.016 0.000 0.520 0.344 0.120
#> GSM94092 3 0.3344 0.674366 0.144 0.000 0.832 0.012 0.012
#> GSM94093 1 0.4263 0.789469 0.792 0.000 0.124 0.012 0.072
#> GSM94094 3 0.4710 0.326278 0.008 0.000 0.616 0.364 0.012
#> GSM94095 3 0.4433 0.475563 0.016 0.000 0.696 0.280 0.008
#> GSM94096 3 0.4999 0.307907 0.004 0.000 0.604 0.360 0.032
#> GSM94097 1 0.4397 0.777064 0.780 0.000 0.136 0.012 0.072
#> GSM94098 3 0.3234 0.674811 0.144 0.000 0.836 0.012 0.008
#> GSM94099 3 0.3234 0.674811 0.144 0.000 0.836 0.012 0.008
#> GSM94100 4 0.2797 0.538151 0.000 0.000 0.060 0.880 0.060
#> GSM94101 4 0.5350 0.554339 0.000 0.016 0.080 0.684 0.220
#> GSM94102 4 0.4891 0.439826 0.000 0.000 0.316 0.640 0.044
#> GSM94103 3 0.5422 0.219977 0.004 0.000 0.568 0.372 0.056
#> GSM94104 4 0.5037 0.622383 0.000 0.000 0.228 0.684 0.088
#> GSM94105 3 0.4940 0.348921 0.020 0.000 0.620 0.348 0.012
#> GSM94106 4 0.4810 0.581685 0.000 0.000 0.084 0.712 0.204
#> GSM94107 3 0.3866 0.658800 0.076 0.000 0.820 0.096 0.008
#> GSM94108 4 0.5350 0.554339 0.000 0.016 0.080 0.684 0.220
#> GSM94109 4 0.4125 0.589386 0.000 0.000 0.172 0.772 0.056
#> GSM94110 3 0.4972 0.322713 0.004 0.000 0.612 0.352 0.032
#> GSM94111 4 0.2797 0.538122 0.000 0.000 0.060 0.880 0.060
#> GSM94112 2 0.0963 0.857081 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM94113 3 0.5422 0.219977 0.004 0.000 0.568 0.372 0.056
#> GSM94114 3 0.4940 0.348921 0.020 0.000 0.620 0.348 0.012
#> GSM94115 1 0.0613 0.895678 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM94116 3 0.3599 0.678313 0.140 0.000 0.824 0.020 0.016
#> GSM94117 1 0.4522 0.248336 0.552 0.000 0.440 0.000 0.008
#> GSM94118 4 0.5498 0.440291 0.000 0.000 0.356 0.568 0.076
#> GSM94119 5 0.3885 0.624788 0.000 0.176 0.000 0.040 0.784
#> GSM94120 4 0.5272 0.523652 0.000 0.000 0.308 0.620 0.072
#> GSM94121 4 0.5272 0.523652 0.000 0.000 0.308 0.620 0.072
#> GSM94122 5 0.6177 0.457710 0.000 0.128 0.004 0.352 0.516
#> GSM94123 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.4999 0.307907 0.004 0.000 0.604 0.360 0.032
#> GSM94125 2 0.1341 0.850043 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM94126 1 0.3659 0.730006 0.768 0.000 0.220 0.000 0.012
#> GSM94127 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 4 0.4891 0.439826 0.000 0.000 0.316 0.640 0.044
#> GSM94129 3 0.4523 0.503136 0.008 0.000 0.712 0.252 0.028
#> GSM94130 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM94131 1 0.1564 0.891252 0.948 0.000 0.024 0.004 0.024
#> GSM94132 1 0.0162 0.895176 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94133 2 0.0963 0.857081 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM94134 1 0.1978 0.883468 0.928 0.000 0.044 0.004 0.024
#> GSM94135 3 0.5479 0.215226 0.004 0.000 0.564 0.372 0.060
#> GSM94136 1 0.1978 0.883468 0.928 0.000 0.044 0.004 0.024
#> GSM94137 3 0.3344 0.674794 0.144 0.000 0.832 0.012 0.012
#> GSM94138 1 0.4929 0.534005 0.648 0.000 0.312 0.008 0.032
#> GSM94139 5 0.4587 0.624116 0.000 0.068 0.000 0.204 0.728
#> GSM94140 3 0.6469 0.145691 0.020 0.000 0.516 0.344 0.120
#> GSM94141 4 0.5882 0.338915 0.000 0.000 0.148 0.588 0.264
#> GSM94142 1 0.0510 0.892263 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.6228 0.552580 0.004 0.000 0.200 0.568 0.228
#> GSM94144 3 0.4732 0.578253 0.024 0.000 0.768 0.116 0.092
#> GSM94145 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.2710 0.868746 0.892 0.000 0.064 0.008 0.036
#> GSM94147 3 0.4583 0.643250 0.072 0.000 0.792 0.056 0.080
#> GSM94148 1 0.4700 0.624489 0.692 0.000 0.268 0.008 0.032
#> GSM98785 4 0.5752 0.582732 0.000 0.000 0.208 0.620 0.172
#> GSM98786 3 0.5288 0.626668 0.072 0.000 0.736 0.132 0.060
#> GSM98787 4 0.5044 0.124964 0.000 0.000 0.464 0.504 0.032
#> GSM98788 3 0.4286 0.670951 0.076 0.000 0.808 0.080 0.036
#> GSM98789 3 0.6386 0.137320 0.016 0.000 0.520 0.344 0.120
#> GSM98790 4 0.4630 0.596675 0.000 0.000 0.088 0.736 0.176
#> GSM98791 1 0.0404 0.895345 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.5625 0.544216 0.068 0.000 0.656 0.248 0.028
#> GSM98793 1 0.5030 0.484086 0.624 0.000 0.336 0.008 0.032
#> GSM98794 1 0.1653 0.889984 0.944 0.000 0.028 0.004 0.024
#> GSM98795 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM98796 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.5263 0.170508 0.000 0.000 0.056 0.576 0.368
#> GSM98798 5 0.6614 0.040827 0.000 0.024 0.116 0.412 0.448
#> GSM98799 5 0.3885 0.624788 0.000 0.176 0.000 0.040 0.784
#> GSM98800 4 0.5843 0.581813 0.004 0.000 0.204 0.624 0.168
#> GSM98801 4 0.2797 0.538151 0.000 0.000 0.060 0.880 0.060
#> GSM94019 4 0.4119 0.610233 0.000 0.000 0.212 0.752 0.036
#> GSM94020 2 0.1908 0.829075 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM94021 1 0.3707 0.728751 0.768 0.000 0.220 0.004 0.008
#> GSM94022 4 0.5282 0.146960 0.008 0.000 0.440 0.520 0.032
#> GSM94023 3 0.4406 0.656780 0.096 0.000 0.788 0.100 0.016
#> GSM94024 3 0.4865 0.328979 0.008 0.000 0.616 0.356 0.020
#> GSM94025 1 0.3551 0.730816 0.772 0.000 0.220 0.000 0.008
#> GSM94026 4 0.2797 0.538151 0.000 0.000 0.060 0.880 0.060
#> GSM94027 1 0.3659 0.730006 0.768 0.000 0.220 0.000 0.012
#> GSM94028 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 4 0.5295 0.191364 0.012 0.000 0.428 0.532 0.028
#> GSM94030 3 0.4194 0.664164 0.084 0.000 0.800 0.104 0.012
#> GSM94031 5 0.6275 0.477230 0.000 0.156 0.000 0.364 0.480
#> GSM94032 4 0.7221 0.303225 0.108 0.000 0.268 0.524 0.100
#> GSM94033 4 0.6410 0.390543 0.000 0.056 0.076 0.580 0.288
#> GSM94034 3 0.4788 0.652912 0.112 0.000 0.764 0.100 0.024
#> GSM94035 4 0.5004 0.524295 0.000 0.000 0.072 0.672 0.256
#> GSM94036 4 0.6510 0.325653 0.080 0.000 0.300 0.564 0.056
#> GSM94037 1 0.1978 0.883468 0.928 0.000 0.044 0.004 0.024
#> GSM94038 2 0.1410 0.848304 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM94039 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1981 0.877351 0.920 0.000 0.064 0.000 0.016
#> GSM94041 1 0.0613 0.895678 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM94042 5 0.4451 -0.161208 0.000 0.492 0.000 0.004 0.504
#> GSM94043 5 0.5504 0.376183 0.000 0.028 0.028 0.368 0.576
#> GSM94044 5 0.4028 0.631570 0.000 0.176 0.000 0.048 0.776
#> GSM94045 1 0.1787 0.883828 0.936 0.000 0.044 0.004 0.016
#> GSM94046 1 0.1978 0.883468 0.928 0.000 0.044 0.004 0.024
#> GSM94047 3 0.4242 0.657747 0.080 0.000 0.812 0.040 0.068
#> GSM94048 1 0.0613 0.895678 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM94049 3 0.5014 0.279582 0.412 0.000 0.560 0.008 0.020
#> GSM94050 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5082 0.638806 0.148 0.000 0.744 0.052 0.056
#> GSM94052 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM94055 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.5344 0.664219 0.704 0.000 0.200 0.044 0.052
#> GSM94057 5 0.4291 0.000272 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM94058 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM94060 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.4892 0.646392 0.068 0.000 0.768 0.108 0.056
#> GSM94064 2 0.3684 0.612353 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM94065 1 0.1267 0.893930 0.960 0.000 0.012 0.004 0.024
#> GSM94066 2 0.4256 0.311039 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94067 1 0.0510 0.892263 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4283 0.246388 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM94069 1 0.0963 0.890572 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0798 0.894917 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> GSM94073 3 0.4686 0.646416 0.088 0.000 0.784 0.052 0.076
#> GSM94074 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM94156 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM94160 1 0.2747 0.855381 0.888 0.000 0.048 0.004 0.060
#> GSM94161 1 0.0404 0.895345 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.4830 0.669036 0.120 0.000 0.768 0.068 0.044
#> GSM94163 5 0.4028 0.631570 0.000 0.176 0.000 0.048 0.776
#> GSM94164 1 0.0613 0.895848 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM94165 1 0.0162 0.895176 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94166 1 0.2673 0.857874 0.892 0.000 0.044 0.004 0.060
#> GSM94167 5 0.4587 0.624116 0.000 0.068 0.000 0.204 0.728
#> GSM94168 1 0.1270 0.884714 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.4121 0.662947 0.076 0.000 0.820 0.040 0.064
#> GSM94170 1 0.2954 0.851813 0.876 0.000 0.056 0.004 0.064
#> GSM94171 1 0.0162 0.895608 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 5 0.6459 0.431181 0.000 0.100 0.028 0.356 0.516
#> GSM94174 3 0.4360 0.655368 0.084 0.000 0.804 0.040 0.072
#> GSM94175 4 0.6083 0.525483 0.000 0.000 0.176 0.564 0.260
#> GSM94176 3 0.5511 0.541509 0.252 0.000 0.660 0.024 0.064
#> GSM94177 1 0.4984 0.470297 0.620 0.000 0.344 0.008 0.028
#> GSM94178 5 0.4028 0.631570 0.000 0.176 0.000 0.048 0.776
#> GSM98767 1 0.4965 0.518604 0.640 0.000 0.320 0.008 0.032
#> GSM98768 1 0.2506 0.876099 0.904 0.000 0.052 0.008 0.036
#> GSM98769 3 0.4920 0.647259 0.152 0.000 0.752 0.044 0.052
#> GSM98770 1 0.1444 0.887751 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM98771 5 0.5504 0.376183 0.000 0.028 0.028 0.368 0.576
#> GSM98772 1 0.4982 0.509733 0.636 0.000 0.324 0.008 0.032
#> GSM98773 3 0.5343 0.596571 0.076 0.000 0.704 0.192 0.028
#> GSM98774 3 0.4666 0.662789 0.080 0.000 0.780 0.104 0.036
#> GSM98775 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.5161 0.382842 0.584 0.000 0.376 0.008 0.032
#> GSM98777 4 0.5843 0.581813 0.004 0.000 0.204 0.624 0.168
#> GSM98778 3 0.5343 0.596571 0.076 0.000 0.704 0.192 0.028
#> GSM98779 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.2679 0.873454 0.892 0.000 0.056 0.004 0.048
#> GSM98781 3 0.4743 0.669286 0.124 0.000 0.772 0.064 0.040
#> GSM98782 1 0.0000 0.895331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.1444 0.887751 0.948 0.000 0.040 0.000 0.012
#> GSM98784 1 0.0510 0.892263 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.1965 0.826333 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM98872 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 5 0.4291 0.000272 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM98874 2 0.0000 0.862682 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4262 0.297937 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.2147 0.5373 0.084 0.000 0.896 0.000 0.020 0.000
#> GSM94078 3 0.4923 0.3240 0.000 0.000 0.596 0.340 0.052 0.012
#> GSM94079 3 0.2060 0.5377 0.084 0.000 0.900 0.000 0.016 0.000
#> GSM94080 2 0.3741 0.5360 0.000 0.672 0.000 0.000 0.008 0.320
#> GSM94081 3 0.2147 0.5373 0.084 0.000 0.896 0.000 0.020 0.000
#> GSM94082 3 0.4775 0.3891 0.000 0.000 0.636 0.296 0.060 0.008
#> GSM94083 3 0.2060 0.5377 0.084 0.000 0.900 0.000 0.016 0.000
#> GSM94084 4 0.4526 0.5790 0.000 0.000 0.080 0.676 0.000 0.244
#> GSM94085 4 0.4494 0.5293 0.000 0.000 0.224 0.696 0.004 0.076
#> GSM94086 3 0.4917 0.4164 0.008 0.000 0.676 0.228 0.080 0.008
#> GSM94087 1 0.4756 0.7030 0.684 0.000 0.096 0.000 0.212 0.008
#> GSM94088 3 0.2315 0.5384 0.084 0.000 0.892 0.008 0.016 0.000
#> GSM94089 4 0.4526 0.5790 0.000 0.000 0.080 0.676 0.000 0.244
#> GSM94090 2 0.0146 0.9094 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94091 5 0.5437 0.6363 0.000 0.000 0.100 0.252 0.620 0.028
#> GSM94092 3 0.2309 0.5352 0.084 0.000 0.888 0.000 0.028 0.000
#> GSM94093 1 0.4640 0.7161 0.696 0.000 0.088 0.000 0.208 0.008
#> GSM94094 3 0.4620 0.4142 0.000 0.000 0.680 0.244 0.068 0.008
#> GSM94095 3 0.3841 0.4694 0.000 0.000 0.764 0.168 0.068 0.000
#> GSM94096 3 0.4959 0.3069 0.000 0.000 0.584 0.352 0.052 0.012
#> GSM94097 1 0.4756 0.7030 0.684 0.000 0.096 0.000 0.212 0.008
#> GSM94098 3 0.2060 0.5377 0.084 0.000 0.900 0.000 0.016 0.000
#> GSM94099 3 0.2147 0.5373 0.084 0.000 0.896 0.000 0.020 0.000
#> GSM94100 4 0.4527 0.2303 0.000 0.000 0.012 0.664 0.284 0.040
#> GSM94101 4 0.4526 0.5790 0.000 0.000 0.080 0.676 0.000 0.244
#> GSM94102 4 0.5853 0.2537 0.000 0.000 0.352 0.492 0.144 0.012
#> GSM94103 3 0.5261 0.2054 0.000 0.000 0.556 0.368 0.040 0.036
#> GSM94104 4 0.4443 0.5331 0.000 0.000 0.216 0.704 0.004 0.076
#> GSM94105 3 0.4917 0.4164 0.008 0.000 0.676 0.228 0.080 0.008
#> GSM94106 4 0.4496 0.5849 0.000 0.000 0.076 0.708 0.008 0.208
#> GSM94107 3 0.2216 0.5317 0.024 0.000 0.908 0.016 0.052 0.000
#> GSM94108 4 0.4526 0.5790 0.000 0.000 0.080 0.676 0.000 0.244
#> GSM94109 4 0.5573 0.3747 0.000 0.000 0.196 0.620 0.160 0.024
#> GSM94110 3 0.4935 0.3195 0.000 0.000 0.592 0.344 0.052 0.012
#> GSM94111 4 0.4448 0.2516 0.000 0.000 0.012 0.680 0.268 0.040
#> GSM94112 2 0.1461 0.8948 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> GSM94113 3 0.5261 0.2054 0.000 0.000 0.556 0.368 0.040 0.036
#> GSM94114 3 0.4917 0.4164 0.008 0.000 0.676 0.228 0.080 0.008
#> GSM94115 1 0.0725 0.8667 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM94116 3 0.2948 0.5352 0.084 0.000 0.860 0.012 0.044 0.000
#> GSM94117 1 0.4650 0.1977 0.488 0.000 0.472 0.000 0.040 0.000
#> GSM94118 4 0.5330 0.3802 0.000 0.000 0.356 0.556 0.020 0.068
#> GSM94119 6 0.2182 0.6481 0.000 0.068 0.000 0.020 0.008 0.904
#> GSM94120 4 0.5456 0.4520 0.000 0.000 0.276 0.612 0.048 0.064
#> GSM94121 4 0.5456 0.4520 0.000 0.000 0.276 0.612 0.048 0.064
#> GSM94122 6 0.5258 0.3577 0.000 0.044 0.008 0.312 0.028 0.608
#> GSM94123 1 0.0260 0.8649 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94124 3 0.4959 0.3069 0.000 0.000 0.584 0.352 0.052 0.012
#> GSM94125 2 0.1951 0.8778 0.000 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076
#> GSM94126 1 0.4158 0.6823 0.704 0.000 0.244 0.000 0.052 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 4 0.5853 0.2537 0.000 0.000 0.352 0.492 0.144 0.012
#> GSM94129 3 0.4462 0.4378 0.000 0.000 0.688 0.244 0.064 0.004
#> GSM94130 1 0.3023 0.7878 0.808 0.000 0.004 0.000 0.180 0.008
#> GSM94131 1 0.2066 0.8593 0.904 0.000 0.024 0.000 0.072 0.000
#> GSM94132 1 0.0520 0.8671 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> GSM94133 2 0.1461 0.8948 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> GSM94134 1 0.2474 0.8501 0.880 0.000 0.040 0.000 0.080 0.000
#> GSM94135 3 0.5428 0.1948 0.000 0.000 0.544 0.368 0.052 0.036
#> GSM94136 1 0.2527 0.8496 0.876 0.000 0.040 0.000 0.084 0.000
#> GSM94137 3 0.2373 0.5379 0.084 0.000 0.888 0.004 0.024 0.000
#> GSM94138 1 0.5187 0.5299 0.600 0.000 0.264 0.000 0.136 0.000
#> GSM94139 6 0.2946 0.5341 0.000 0.004 0.000 0.184 0.004 0.808
#> GSM94140 5 0.5571 0.6352 0.004 0.000 0.100 0.252 0.616 0.028
#> GSM94141 4 0.6189 0.2072 0.000 0.000 0.020 0.496 0.212 0.272
#> GSM94142 1 0.0713 0.8599 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94143 4 0.6149 0.4973 0.000 0.000 0.132 0.572 0.064 0.232
#> GSM94144 5 0.5616 0.1592 0.000 0.000 0.372 0.132 0.492 0.004
#> GSM94145 1 0.0260 0.8649 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94146 1 0.3168 0.8333 0.828 0.000 0.056 0.000 0.116 0.000
#> GSM94147 3 0.5837 -0.0163 0.032 0.000 0.456 0.088 0.424 0.000
#> GSM94148 1 0.5237 0.5884 0.624 0.000 0.212 0.004 0.160 0.000
#> GSM98785 4 0.5873 0.4970 0.000 0.000 0.136 0.620 0.064 0.180
#> GSM98786 3 0.6179 0.1093 0.024 0.000 0.496 0.180 0.300 0.000
#> GSM98787 3 0.5378 0.0222 0.000 0.000 0.476 0.440 0.068 0.016
#> GSM98788 3 0.5248 0.4431 0.040 0.000 0.672 0.100 0.188 0.000
#> GSM98789 5 0.5437 0.6363 0.000 0.000 0.100 0.252 0.620 0.028
#> GSM98790 4 0.4309 0.5837 0.000 0.000 0.080 0.736 0.008 0.176
#> GSM98791 1 0.0909 0.8659 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM98792 3 0.6104 0.3956 0.036 0.000 0.576 0.256 0.120 0.012
#> GSM98793 1 0.5320 0.4779 0.572 0.000 0.288 0.000 0.140 0.000
#> GSM98794 1 0.2009 0.8593 0.908 0.000 0.024 0.000 0.068 0.000
#> GSM98795 1 0.3023 0.7878 0.808 0.000 0.004 0.000 0.180 0.008
#> GSM98796 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.5931 0.1154 0.000 0.000 0.012 0.468 0.152 0.368
#> GSM98798 6 0.5754 -0.0166 0.000 0.000 0.064 0.412 0.044 0.480
#> GSM98799 6 0.2182 0.6481 0.000 0.068 0.000 0.020 0.008 0.904
#> GSM98800 4 0.5861 0.4922 0.000 0.000 0.132 0.624 0.068 0.176
#> GSM98801 4 0.4469 0.2414 0.000 0.000 0.012 0.676 0.272 0.040
#> GSM94019 4 0.5415 0.4477 0.000 0.000 0.256 0.620 0.096 0.028
#> GSM94020 2 0.2709 0.8260 0.000 0.848 0.000 0.000 0.020 0.132
#> GSM94021 1 0.4099 0.6830 0.708 0.000 0.244 0.000 0.048 0.000
#> GSM94022 3 0.5855 0.0584 0.004 0.000 0.476 0.380 0.132 0.008
#> GSM94023 3 0.2927 0.5202 0.040 0.000 0.872 0.020 0.064 0.004
#> GSM94024 3 0.4840 0.4127 0.000 0.000 0.672 0.232 0.084 0.012
#> GSM94025 1 0.4038 0.6850 0.712 0.000 0.244 0.000 0.044 0.000
#> GSM94026 4 0.4469 0.2414 0.000 0.000 0.012 0.676 0.272 0.040
#> GSM94027 1 0.4158 0.6823 0.704 0.000 0.244 0.000 0.052 0.000
#> GSM94028 2 0.0146 0.9094 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94029 3 0.5882 0.0186 0.008 0.000 0.468 0.396 0.120 0.008
#> GSM94030 3 0.2736 0.5277 0.028 0.000 0.876 0.020 0.076 0.000
#> GSM94031 6 0.5795 0.3838 0.000 0.072 0.004 0.320 0.044 0.560
#> GSM94032 5 0.7076 -0.1770 0.036 0.000 0.252 0.344 0.352 0.016
#> GSM94033 4 0.5343 0.4461 0.000 0.016 0.068 0.572 0.004 0.340
#> GSM94034 3 0.3402 0.5107 0.052 0.000 0.844 0.020 0.076 0.008
#> GSM94035 4 0.4750 0.5450 0.000 0.000 0.064 0.664 0.012 0.260
#> GSM94036 4 0.7063 0.1405 0.056 0.000 0.340 0.412 0.176 0.016
#> GSM94037 1 0.2527 0.8496 0.876 0.000 0.040 0.000 0.084 0.000
#> GSM94038 2 0.2112 0.8691 0.000 0.896 0.000 0.000 0.016 0.088
#> GSM94039 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2318 0.8483 0.892 0.000 0.064 0.000 0.044 0.000
#> GSM94041 1 0.0725 0.8667 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM94042 6 0.4100 0.2490 0.000 0.388 0.000 0.004 0.008 0.600
#> GSM94043 6 0.4127 0.2493 0.000 0.000 0.012 0.364 0.004 0.620
#> GSM94044 6 0.2231 0.6482 0.000 0.068 0.000 0.028 0.004 0.900
#> GSM94045 1 0.2420 0.8512 0.884 0.000 0.040 0.000 0.076 0.000
#> GSM94046 1 0.2579 0.8487 0.872 0.000 0.040 0.000 0.088 0.000
#> GSM94047 3 0.5551 0.1996 0.032 0.000 0.552 0.072 0.344 0.000
#> GSM94048 1 0.0725 0.8667 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> GSM94049 3 0.5811 0.1853 0.344 0.000 0.516 0.020 0.120 0.000
#> GSM94050 1 0.0146 0.8659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94051 3 0.6269 0.2268 0.088 0.000 0.512 0.080 0.320 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3023 0.7878 0.808 0.000 0.004 0.000 0.180 0.008
#> GSM94055 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.5808 0.5786 0.596 0.000 0.164 0.008 0.216 0.016
#> GSM94057 6 0.4196 0.3351 0.000 0.332 0.000 0.000 0.028 0.640
#> GSM94058 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.3023 0.7878 0.808 0.000 0.004 0.000 0.180 0.008
#> GSM94060 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0146 0.8659 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.6005 0.1634 0.024 0.000 0.512 0.144 0.320 0.000
#> GSM94064 2 0.4124 0.4749 0.000 0.644 0.000 0.000 0.024 0.332
#> GSM94065 1 0.1807 0.8624 0.920 0.000 0.020 0.000 0.060 0.000
#> GSM94066 6 0.3991 0.0149 0.000 0.472 0.000 0.000 0.004 0.524
#> GSM94067 1 0.0713 0.8599 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94068 6 0.3979 0.0683 0.000 0.456 0.000 0.000 0.004 0.540
#> GSM94069 1 0.1257 0.8630 0.952 0.000 0.028 0.000 0.020 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.1261 0.8655 0.952 0.000 0.024 0.000 0.024 0.000
#> GSM94073 3 0.5904 0.0807 0.044 0.000 0.484 0.080 0.392 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.3023 0.7878 0.808 0.000 0.004 0.000 0.180 0.008
#> GSM94156 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3089 0.7834 0.800 0.000 0.004 0.000 0.188 0.008
#> GSM94160 1 0.2989 0.7898 0.812 0.000 0.004 0.000 0.176 0.008
#> GSM94161 1 0.0909 0.8659 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM94162 3 0.5992 0.4121 0.080 0.000 0.608 0.088 0.220 0.004
#> GSM94163 6 0.2231 0.6482 0.000 0.068 0.000 0.028 0.004 0.900
#> GSM94164 1 0.0622 0.8672 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> GSM94165 1 0.0405 0.8665 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM94166 1 0.2955 0.7930 0.816 0.000 0.004 0.000 0.172 0.008
#> GSM94167 6 0.2946 0.5341 0.000 0.004 0.000 0.184 0.004 0.808
#> GSM94168 1 0.1657 0.8539 0.928 0.000 0.056 0.000 0.016 0.000
#> GSM94169 3 0.5551 0.2348 0.032 0.000 0.564 0.076 0.328 0.000
#> GSM94170 1 0.3264 0.7834 0.796 0.000 0.012 0.000 0.184 0.008
#> GSM94171 1 0.0458 0.8668 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 6 0.5697 0.3433 0.000 0.052 0.004 0.316 0.056 0.572
#> GSM94174 3 0.5614 0.1937 0.036 0.000 0.548 0.072 0.344 0.000
#> GSM94175 4 0.6023 0.5007 0.000 0.000 0.124 0.564 0.048 0.264
#> GSM94176 3 0.6657 0.1337 0.204 0.000 0.460 0.052 0.284 0.000
#> GSM94177 1 0.5513 0.4517 0.556 0.000 0.296 0.004 0.144 0.000
#> GSM94178 6 0.2231 0.6482 0.000 0.068 0.000 0.028 0.004 0.900
#> GSM98767 1 0.5240 0.5104 0.588 0.000 0.276 0.000 0.136 0.000
#> GSM98768 1 0.3227 0.8300 0.824 0.000 0.060 0.000 0.116 0.000
#> GSM98769 3 0.6270 0.3081 0.092 0.000 0.548 0.076 0.280 0.004
#> GSM98770 1 0.1865 0.8562 0.920 0.000 0.040 0.000 0.040 0.000
#> GSM98771 6 0.4127 0.2493 0.000 0.000 0.012 0.364 0.004 0.620
#> GSM98772 1 0.5240 0.5072 0.588 0.000 0.276 0.000 0.136 0.000
#> GSM98773 3 0.5348 0.4990 0.048 0.000 0.692 0.164 0.084 0.012
#> GSM98774 3 0.5502 0.4237 0.040 0.000 0.648 0.132 0.180 0.000
#> GSM98775 1 0.0146 0.8651 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98776 1 0.5607 0.3864 0.532 0.000 0.316 0.004 0.148 0.000
#> GSM98777 4 0.5861 0.4922 0.000 0.000 0.132 0.624 0.068 0.176
#> GSM98778 3 0.5348 0.4990 0.048 0.000 0.692 0.164 0.084 0.012
#> GSM98779 1 0.0291 0.8660 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM98780 1 0.3353 0.8127 0.808 0.000 0.028 0.000 0.156 0.008
#> GSM98781 3 0.5948 0.4086 0.080 0.000 0.612 0.084 0.220 0.004
#> GSM98782 1 0.0000 0.8654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.1865 0.8562 0.920 0.000 0.040 0.000 0.040 0.000
#> GSM98784 1 0.0713 0.8599 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM98871 2 0.2623 0.8252 0.000 0.852 0.000 0.000 0.016 0.132
#> GSM98872 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 6 0.4196 0.3351 0.000 0.332 0.000 0.000 0.028 0.640
#> GSM98874 2 0.0000 0.9105 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 6 0.4072 0.0746 0.000 0.448 0.000 0.000 0.008 0.544
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:hclust 179 3.77e-06 2
#> CV:hclust 165 8.86e-09 3
#> CV:hclust 149 1.10e-07 4
#> CV:hclust 147 1.25e-05 5
#> CV:hclust 118 3.53e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.4415 0.557 0.557
#> 3 3 0.948 0.949 0.977 0.4210 0.640 0.441
#> 4 4 0.787 0.889 0.920 0.1456 0.829 0.585
#> 5 5 0.755 0.736 0.857 0.0766 0.930 0.761
#> 6 6 0.712 0.589 0.762 0.0524 0.945 0.777
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> GSM94101 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94104 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> GSM94105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0672 0.983 0.008 0.992
#> GSM94110 1 0.1843 0.971 0.972 0.028
#> GSM94111 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.1633 0.968 0.024 0.976
#> GSM94119 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0938 0.979 0.012 0.988
#> GSM94121 2 0.0672 0.983 0.008 0.992
#> GSM94122 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> GSM94019 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> GSM94020 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0672 0.983 0.008 0.992
#> GSM94027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.9686 0.348 0.396 0.604
#> GSM98778 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94078 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.3038 0.860 0.896 0.000 0.104
#> GSM94080 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.2066 0.928 0.060 0.000 0.940
#> GSM94082 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.4974 0.681 0.764 0.000 0.236
#> GSM94084 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.2356 0.917 0.072 0.000 0.928
#> GSM94087 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94092 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94093 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94096 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.3038 0.860 0.896 0.000 0.104
#> GSM94098 3 0.3619 0.847 0.136 0.000 0.864
#> GSM94099 1 0.6280 0.135 0.540 0.000 0.460
#> GSM94100 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.5529 0.613 0.296 0.000 0.704
#> GSM94106 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94108 3 0.0892 0.952 0.000 0.020 0.980
#> GSM94109 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.2066 0.928 0.060 0.000 0.940
#> GSM94115 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94117 1 0.3619 0.820 0.864 0.000 0.136
#> GSM94118 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.3619 0.862 0.000 0.864 0.136
#> GSM94120 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.2066 0.941 0.000 0.940 0.060
#> GSM94123 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.2448 0.913 0.076 0.000 0.924
#> GSM94138 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 3 0.0892 0.952 0.000 0.020 0.980
#> GSM94140 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 3 0.3752 0.833 0.144 0.000 0.856
#> GSM94148 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98787 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98788 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98789 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98790 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.3551 0.867 0.000 0.868 0.132
#> GSM98800 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0892 0.956 0.020 0.000 0.980
#> GSM94023 3 0.0892 0.956 0.020 0.000 0.980
#> GSM94024 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2711 0.901 0.088 0.000 0.912
#> GSM94030 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94031 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.1289 0.950 0.032 0.000 0.968
#> GSM94033 3 0.4346 0.771 0.000 0.184 0.816
#> GSM94034 3 0.4555 0.765 0.200 0.000 0.800
#> GSM94035 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.3116 0.880 0.108 0.000 0.892
#> GSM94037 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 3 0.2165 0.915 0.000 0.064 0.936
#> GSM94044 2 0.3551 0.867 0.000 0.868 0.132
#> GSM94045 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0892 0.957 0.980 0.000 0.020
#> GSM94050 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.0892 0.956 0.020 0.000 0.980
#> GSM94052 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94074 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM94163 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.4796 0.718 0.000 0.220 0.780
#> GSM94168 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.1289 0.962 0.000 0.968 0.032
#> GSM94174 1 0.5733 0.521 0.676 0.000 0.324
#> GSM94175 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM98770 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 3 0.4931 0.699 0.000 0.232 0.768
#> GSM98772 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.1411 0.947 0.036 0.000 0.964
#> GSM98774 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 3 0.0000 0.964 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.2537 0.909 0.080 0.000 0.920
#> GSM98779 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.1529 0.944 0.040 0.000 0.960
#> GSM98782 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.2261 0.934 0.000 0.932 0.068
#> GSM98874 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.9268 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94078 3 0.3400 0.7429 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM94079 3 0.2589 0.8424 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0188 0.9269 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94082 3 0.0707 0.9209 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94083 3 0.2530 0.8461 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM94084 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94085 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94086 3 0.0376 0.9270 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM94087 1 0.4824 0.8313 0.780 0.000 0.076 0.144
#> GSM94088 3 0.0000 0.9268 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94089 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94090 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.2011 0.9038 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM94092 3 0.0000 0.9268 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.4614 0.8437 0.792 0.000 0.064 0.144
#> GSM94094 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94095 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94096 4 0.3172 0.8866 0.000 0.000 0.160 0.840
#> GSM94097 3 0.5314 0.7226 0.108 0.000 0.748 0.144
#> GSM94098 3 0.1389 0.9030 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94099 3 0.2408 0.8538 0.104 0.000 0.896 0.000
#> GSM94100 4 0.2530 0.8856 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM94101 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94102 3 0.1022 0.9199 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94103 3 0.1302 0.9067 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94104 4 0.3764 0.8419 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM94105 3 0.1211 0.9091 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94106 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94107 3 0.0376 0.9270 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM94108 4 0.3105 0.8949 0.000 0.004 0.140 0.856
#> GSM94109 4 0.3610 0.8595 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM94110 3 0.3356 0.7492 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM94111 4 0.2647 0.8893 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM94112 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.2149 0.8669 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM94114 3 0.0376 0.9270 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM94115 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.0000 0.9268 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94117 3 0.2704 0.8347 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM94118 4 0.4643 0.6410 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM94119 4 0.3196 0.7894 0.000 0.136 0.008 0.856
#> GSM94120 4 0.4994 0.2926 0.000 0.000 0.480 0.520
#> GSM94121 4 0.3649 0.8545 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM94122 4 0.3105 0.7850 0.000 0.140 0.004 0.856
#> GSM94123 1 0.2281 0.9203 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM94124 4 0.3356 0.8757 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94125 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2775 0.8888 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM94127 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94129 3 0.0707 0.9209 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94130 1 0.3157 0.8899 0.852 0.000 0.004 0.144
#> GSM94131 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94135 3 0.0921 0.9167 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM94136 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94137 3 0.0188 0.9269 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.3105 0.8949 0.000 0.004 0.140 0.856
#> GSM94140 3 0.3356 0.8156 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM94141 4 0.2530 0.8856 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM94142 1 0.2469 0.9141 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM94143 4 0.2921 0.8948 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM94144 3 0.3123 0.8357 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM94145 1 0.1302 0.9399 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM94146 1 0.1389 0.9400 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM94147 3 0.3697 0.8353 0.100 0.000 0.852 0.048
#> GSM94148 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM98786 3 0.1635 0.9162 0.008 0.000 0.948 0.044
#> GSM98787 3 0.0707 0.9209 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM98788 3 0.0000 0.9268 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98789 4 0.3400 0.8248 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM98790 4 0.2921 0.8948 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM98791 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.1211 0.9096 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM98793 1 0.3610 0.7359 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.3157 0.8899 0.852 0.000 0.004 0.144
#> GSM98796 1 0.2281 0.9203 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM98797 4 0.2530 0.8856 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM98798 4 0.3052 0.8949 0.000 0.004 0.136 0.860
#> GSM98799 4 0.3196 0.7894 0.000 0.136 0.008 0.856
#> GSM98800 4 0.2921 0.8948 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM98801 4 0.2530 0.8856 0.000 0.000 0.112 0.888
#> GSM94019 3 0.4356 0.5222 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM94020 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0469 0.9441 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94022 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94023 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94024 3 0.0188 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94025 1 0.1940 0.8952 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM94026 4 0.2647 0.8893 0.000 0.000 0.120 0.880
#> GSM94027 1 0.2775 0.8888 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM94028 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0657 0.9266 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM94030 3 0.0376 0.9270 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM94031 4 0.3444 0.7395 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM94032 3 0.1867 0.9008 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM94033 4 0.3335 0.8919 0.000 0.016 0.128 0.856
#> GSM94034 3 0.1211 0.9091 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94035 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94036 3 0.0657 0.9253 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM94037 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94038 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94041 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.4941 0.3014 0.000 0.436 0.000 0.564
#> GSM94043 4 0.3105 0.8949 0.000 0.004 0.140 0.856
#> GSM94044 4 0.3196 0.7894 0.000 0.136 0.008 0.856
#> GSM94045 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94046 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94047 3 0.1913 0.9128 0.020 0.000 0.940 0.040
#> GSM94048 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.3400 0.7782 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.1975 0.9056 0.016 0.000 0.936 0.048
#> GSM94052 1 0.1302 0.9388 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM94053 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.2647 0.9074 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM94055 1 0.1118 0.9415 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM94056 1 0.5480 0.7541 0.736 0.000 0.140 0.124
#> GSM94057 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.2530 0.9119 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM94060 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.2530 0.8405 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM94064 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.2281 0.9203 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM94068 2 0.0188 0.9956 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94069 1 0.0469 0.9480 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94070 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1211 0.9402 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94072 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.1297 0.9193 0.020 0.000 0.964 0.016
#> GSM94074 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.2760 0.9026 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM94156 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3105 0.8928 0.856 0.000 0.004 0.140
#> GSM94160 1 0.2469 0.9141 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM94161 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.0188 0.9267 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94163 4 0.4564 0.5406 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM94164 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94166 1 0.2530 0.9119 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM94167 4 0.3392 0.8903 0.000 0.020 0.124 0.856
#> GSM94168 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.1302 0.9101 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94170 1 0.2944 0.9012 0.868 0.000 0.004 0.128
#> GSM94171 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94173 4 0.3024 0.7761 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM94174 3 0.4372 0.6739 0.268 0.000 0.728 0.004
#> GSM94175 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94176 3 0.4472 0.7238 0.220 0.000 0.760 0.020
#> GSM94177 1 0.0188 0.9475 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94178 4 0.4855 0.3908 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM98767 1 0.0188 0.9475 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.1389 0.9097 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM98770 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM98771 4 0.3335 0.8919 0.000 0.016 0.128 0.856
#> GSM98772 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0188 0.9269 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM98774 3 0.0188 0.9267 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM98775 1 0.0000 0.9484 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.4989 0.0135 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM98777 4 0.2973 0.8947 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM98778 3 0.0188 0.9269 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM98779 1 0.0707 0.9472 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM98780 1 0.0921 0.9461 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM98781 3 0.1489 0.9113 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM98782 1 0.1557 0.9377 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM98783 1 0.0469 0.9480 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98784 1 0.2281 0.9203 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM98871 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.5163 0.1803 0.000 0.480 0.004 0.516
#> GSM98874 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9998 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94077 3 0.1121 0.8002 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94078 3 0.3569 0.7511 0.000 0.000 0.828 0.068 0.104
#> GSM94079 3 0.1121 0.8001 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94080 2 0.2574 0.8961 0.000 0.876 0.000 0.112 0.012
#> GSM94081 3 0.0703 0.8045 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM94082 3 0.2574 0.7815 0.000 0.000 0.876 0.012 0.112
#> GSM94083 3 0.0880 0.8022 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM94084 4 0.1121 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94085 3 0.1892 0.7833 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM94086 3 0.1043 0.7959 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM94087 5 0.5027 0.4149 0.304 0.000 0.056 0.000 0.640
#> GSM94088 3 0.1544 0.7975 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94089 4 0.1121 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94090 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.4029 0.2388 0.000 0.000 0.316 0.004 0.680
#> GSM94092 3 0.1671 0.7920 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM94093 5 0.4661 0.4010 0.312 0.000 0.032 0.000 0.656
#> GSM94094 3 0.0794 0.8011 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94095 3 0.0510 0.8011 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94096 4 0.3507 0.8225 0.000 0.000 0.052 0.828 0.120
#> GSM94097 5 0.4519 0.5265 0.052 0.000 0.228 0.000 0.720
#> GSM94098 3 0.0609 0.8038 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94099 3 0.1410 0.7966 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM94100 4 0.4654 0.6849 0.000 0.000 0.024 0.628 0.348
#> GSM94101 4 0.1121 0.8634 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94102 3 0.4084 0.5084 0.000 0.000 0.668 0.004 0.328
#> GSM94103 3 0.3164 0.7656 0.000 0.000 0.852 0.044 0.104
#> GSM94104 3 0.6190 -0.0792 0.000 0.000 0.444 0.420 0.136
#> GSM94105 3 0.1043 0.7959 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM94106 4 0.1478 0.8632 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM94107 3 0.0404 0.8020 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94108 4 0.0162 0.8600 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94109 4 0.6422 0.4287 0.000 0.000 0.316 0.488 0.196
#> GSM94110 3 0.3569 0.7511 0.000 0.000 0.828 0.068 0.104
#> GSM94111 4 0.4425 0.7377 0.000 0.000 0.024 0.680 0.296
#> GSM94112 2 0.0162 0.9708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94113 3 0.3375 0.7597 0.000 0.000 0.840 0.056 0.104
#> GSM94114 3 0.1043 0.7959 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM94115 1 0.0162 0.8753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94116 3 0.1965 0.7868 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM94117 3 0.1121 0.8001 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94118 3 0.6113 0.3175 0.000 0.000 0.524 0.332 0.144
#> GSM94119 4 0.0404 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94120 3 0.6155 0.3049 0.000 0.000 0.516 0.336 0.148
#> GSM94121 4 0.5867 0.5376 0.000 0.000 0.268 0.588 0.144
#> GSM94122 4 0.0162 0.8601 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94123 1 0.2020 0.8382 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM94124 4 0.4548 0.7480 0.000 0.000 0.128 0.752 0.120
#> GSM94125 2 0.0162 0.9708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94126 1 0.4444 0.7280 0.760 0.000 0.104 0.000 0.136
#> GSM94127 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94128 3 0.3980 0.5957 0.000 0.000 0.708 0.008 0.284
#> GSM94129 3 0.2522 0.7825 0.000 0.000 0.880 0.012 0.108
#> GSM94130 5 0.4101 0.2873 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM94131 1 0.1608 0.8601 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM94132 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94133 2 0.0162 0.9708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94134 1 0.2648 0.8285 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM94135 3 0.3164 0.7656 0.000 0.000 0.852 0.044 0.104
#> GSM94136 1 0.2773 0.8197 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM94137 3 0.0703 0.8026 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM94138 1 0.2329 0.8349 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM94139 4 0.0290 0.8598 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94140 5 0.4062 0.3905 0.000 0.000 0.196 0.040 0.764
#> GSM94141 4 0.3636 0.7771 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> GSM94142 1 0.2471 0.8073 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM94143 4 0.2020 0.8563 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94144 5 0.3508 0.3557 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> GSM94145 1 0.0703 0.8707 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94146 1 0.3196 0.7982 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> GSM94147 5 0.4213 0.3866 0.012 0.000 0.308 0.000 0.680
#> GSM94148 1 0.2329 0.8349 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM98785 4 0.2179 0.8524 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM98786 3 0.4367 0.4008 0.000 0.000 0.580 0.004 0.416
#> GSM98787 3 0.3728 0.6417 0.000 0.000 0.748 0.008 0.244
#> GSM98788 3 0.1478 0.7962 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM98789 5 0.4370 0.1795 0.000 0.000 0.040 0.236 0.724
#> GSM98790 4 0.2179 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM98791 1 0.0290 0.8759 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98792 3 0.2674 0.7778 0.000 0.000 0.868 0.012 0.120
#> GSM98793 1 0.6175 -0.0161 0.508 0.000 0.148 0.000 0.344
#> GSM98794 1 0.0404 0.8754 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98795 5 0.3895 0.3808 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM98796 1 0.1341 0.8634 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM98797 4 0.3586 0.7831 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM98798 4 0.2377 0.8541 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> GSM98799 4 0.0404 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM98800 4 0.2929 0.8356 0.000 0.000 0.008 0.840 0.152
#> GSM98801 4 0.4668 0.6801 0.000 0.000 0.024 0.624 0.352
#> GSM94019 3 0.6234 0.3674 0.000 0.000 0.528 0.176 0.296
#> GSM94020 2 0.2361 0.9088 0.000 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM94021 1 0.2304 0.8478 0.892 0.000 0.008 0.000 0.100
#> GSM94022 3 0.0794 0.7999 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94023 3 0.0404 0.8020 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94024 3 0.0609 0.8016 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94025 1 0.2448 0.7954 0.892 0.000 0.088 0.000 0.020
#> GSM94026 4 0.4668 0.6801 0.000 0.000 0.024 0.624 0.352
#> GSM94027 1 0.4444 0.7280 0.760 0.000 0.104 0.000 0.136
#> GSM94028 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1121 0.7951 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94030 3 0.0794 0.8031 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94031 4 0.1117 0.8549 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> GSM94032 5 0.4210 0.1477 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM94033 4 0.0162 0.8601 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94034 3 0.1205 0.7946 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> GSM94035 4 0.2424 0.8494 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM94036 3 0.1831 0.7806 0.004 0.000 0.920 0.000 0.076
#> GSM94037 1 0.2813 0.8169 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM94038 2 0.0162 0.9708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94039 2 0.0162 0.9708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94040 1 0.2605 0.8317 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM94041 1 0.0162 0.8753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94042 4 0.3419 0.7010 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016
#> GSM94043 4 0.0162 0.8596 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94044 4 0.0404 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94045 1 0.2424 0.8404 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> GSM94046 1 0.2813 0.8169 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM94047 3 0.4639 0.5081 0.000 0.000 0.632 0.024 0.344
#> GSM94048 1 0.0162 0.8753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94049 3 0.3910 0.6375 0.032 0.000 0.772 0.000 0.196
#> GSM94050 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94051 5 0.3999 0.3108 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM94052 1 0.0880 0.8676 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM94053 2 0.0162 0.9701 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94054 1 0.4294 0.2842 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM94055 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94056 5 0.4477 0.5089 0.252 0.000 0.040 0.000 0.708
#> GSM94057 2 0.0693 0.9658 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM94058 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.3876 0.6101 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM94060 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0162 0.9701 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94063 3 0.4801 0.6173 0.000 0.000 0.668 0.048 0.284
#> GSM94064 2 0.0912 0.9632 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> GSM94065 1 0.0510 0.8753 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94066 2 0.1195 0.9542 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM94067 1 0.2020 0.8382 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM94068 2 0.3304 0.8337 0.000 0.816 0.000 0.168 0.016
#> GSM94069 1 0.0609 0.8759 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94070 2 0.0290 0.9691 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94071 1 0.0703 0.8707 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94072 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94073 3 0.4045 0.4368 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM94074 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94075 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94155 1 0.4307 0.1377 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM94156 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.4101 0.2703 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> GSM94160 1 0.3074 0.7914 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM94161 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94162 3 0.2516 0.7508 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM94163 4 0.2233 0.8064 0.000 0.080 0.000 0.904 0.016
#> GSM94164 1 0.0162 0.8753 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.0510 0.8749 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94166 1 0.3395 0.7348 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM94167 4 0.0290 0.8598 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94168 1 0.0290 0.8752 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94169 3 0.4046 0.6409 0.000 0.000 0.696 0.008 0.296
#> GSM94170 5 0.4219 0.1232 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> GSM94171 1 0.0000 0.8748 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0609 0.8745 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94173 4 0.0880 0.8570 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94174 3 0.5686 0.2005 0.092 0.000 0.552 0.000 0.356
#> GSM94175 4 0.1908 0.8583 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM94176 3 0.5206 0.1153 0.044 0.000 0.528 0.000 0.428
#> GSM94177 1 0.4482 0.3649 0.612 0.000 0.012 0.000 0.376
#> GSM94178 4 0.2920 0.7576 0.000 0.132 0.000 0.852 0.016
#> GSM98767 1 0.4387 0.4294 0.640 0.000 0.012 0.000 0.348
#> GSM98768 1 0.2377 0.8330 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM98769 5 0.4268 0.0887 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM98770 1 0.1908 0.8589 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM98771 4 0.0162 0.8596 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM98772 1 0.3165 0.8163 0.848 0.000 0.036 0.000 0.116
#> GSM98773 3 0.0404 0.8046 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM98774 3 0.2929 0.7100 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM98775 1 0.0162 0.8751 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98776 5 0.6798 0.3351 0.292 0.000 0.340 0.000 0.368
#> GSM98777 4 0.3731 0.8094 0.000 0.000 0.040 0.800 0.160
#> GSM98778 3 0.1043 0.7959 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM98779 1 0.0794 0.8729 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM98780 1 0.2648 0.8266 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM98781 3 0.4045 0.4339 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM98782 1 0.0609 0.8745 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98783 1 0.3944 0.7757 0.788 0.000 0.052 0.000 0.160
#> GSM98784 1 0.2020 0.8382 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM98871 2 0.0162 0.9708 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98872 2 0.0290 0.9691 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM98873 4 0.4820 0.4536 0.000 0.332 0.000 0.632 0.036
#> GSM98874 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.2574 0.8961 0.000 0.876 0.000 0.112 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0260 0.734799 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94077 3 0.1807 0.743838 0.000 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060
#> GSM94078 3 0.5146 0.582103 0.000 0.000 0.672 0.104 0.028 0.196
#> GSM94079 3 0.1176 0.744063 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM94080 2 0.3418 0.799257 0.000 0.784 0.000 0.192 0.008 0.016
#> GSM94081 3 0.0508 0.747230 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94082 3 0.3482 0.697748 0.000 0.000 0.796 0.012 0.024 0.168
#> GSM94083 3 0.1092 0.744230 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM94084 4 0.2020 0.747354 0.000 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> GSM94085 3 0.2806 0.710754 0.000 0.000 0.844 0.004 0.016 0.136
#> GSM94086 3 0.1219 0.732684 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM94087 5 0.2509 0.558914 0.088 0.000 0.036 0.000 0.876 0.000
#> GSM94088 3 0.2432 0.733460 0.000 0.000 0.876 0.000 0.024 0.100
#> GSM94089 4 0.2257 0.739928 0.000 0.000 0.000 0.876 0.008 0.116
#> GSM94090 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.4983 0.121732 0.000 0.000 0.056 0.004 0.484 0.456
#> GSM94092 3 0.3254 0.713011 0.000 0.000 0.820 0.000 0.056 0.124
#> GSM94093 5 0.2566 0.558493 0.112 0.000 0.008 0.000 0.868 0.012
#> GSM94094 3 0.1080 0.739052 0.000 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> GSM94095 3 0.0692 0.740430 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM94096 4 0.4919 0.515043 0.000 0.000 0.092 0.676 0.016 0.216
#> GSM94097 5 0.2479 0.520741 0.028 0.000 0.064 0.000 0.892 0.016
#> GSM94098 3 0.0806 0.745498 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> GSM94099 3 0.2066 0.740264 0.000 0.000 0.904 0.000 0.024 0.072
#> GSM94100 6 0.5240 0.102155 0.000 0.000 0.016 0.440 0.056 0.488
#> GSM94101 4 0.2020 0.747354 0.000 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> GSM94102 6 0.5171 0.183515 0.000 0.000 0.448 0.008 0.064 0.480
#> GSM94103 3 0.4138 0.657925 0.000 0.000 0.752 0.044 0.020 0.184
#> GSM94104 3 0.6018 0.143422 0.000 0.000 0.512 0.252 0.012 0.224
#> GSM94105 3 0.1219 0.732684 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM94106 4 0.2191 0.740783 0.000 0.000 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM94107 3 0.0748 0.744992 0.000 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> GSM94108 4 0.1462 0.756130 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM94109 6 0.6308 0.351663 0.000 0.000 0.340 0.244 0.012 0.404
#> GSM94110 3 0.5087 0.586152 0.000 0.000 0.676 0.108 0.024 0.192
#> GSM94111 6 0.4985 0.036870 0.000 0.000 0.016 0.460 0.036 0.488
#> GSM94112 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.5187 0.584447 0.000 0.000 0.668 0.108 0.028 0.196
#> GSM94114 3 0.1219 0.732684 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM94115 1 0.2263 0.733582 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> GSM94116 3 0.3874 0.674464 0.000 0.000 0.760 0.000 0.068 0.172
#> GSM94117 3 0.1341 0.741681 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> GSM94118 3 0.6291 0.132581 0.000 0.000 0.468 0.288 0.020 0.224
#> GSM94119 4 0.0862 0.744683 0.000 0.004 0.000 0.972 0.008 0.016
#> GSM94120 3 0.6340 -0.000417 0.000 0.000 0.428 0.316 0.016 0.240
#> GSM94121 4 0.6236 -0.028706 0.000 0.000 0.296 0.448 0.012 0.244
#> GSM94122 4 0.0891 0.751679 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> GSM94123 1 0.2664 0.593050 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM94124 4 0.5472 0.389962 0.000 0.000 0.148 0.616 0.016 0.220
#> GSM94125 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.7155 0.419302 0.456 0.000 0.192 0.000 0.148 0.204
#> GSM94127 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 6 0.4631 0.111722 0.000 0.000 0.464 0.008 0.024 0.504
#> GSM94129 3 0.3583 0.692950 0.000 0.000 0.784 0.012 0.024 0.180
#> GSM94130 5 0.2146 0.568452 0.116 0.000 0.000 0.000 0.880 0.004
#> GSM94131 1 0.4996 0.644027 0.644 0.000 0.000 0.000 0.156 0.200
#> GSM94132 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.5546 0.575168 0.556 0.000 0.000 0.000 0.236 0.208
#> GSM94135 3 0.4217 0.661247 0.000 0.000 0.748 0.044 0.024 0.184
#> GSM94136 1 0.5771 0.557191 0.532 0.000 0.004 0.000 0.252 0.212
#> GSM94137 3 0.0725 0.747187 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM94138 1 0.5892 0.527011 0.524 0.000 0.008 0.000 0.216 0.252
#> GSM94139 4 0.0713 0.757893 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94140 6 0.4849 -0.227664 0.000 0.000 0.032 0.012 0.476 0.480
#> GSM94141 4 0.4705 -0.063427 0.000 0.000 0.000 0.484 0.044 0.472
#> GSM94142 1 0.3151 0.514575 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> GSM94143 4 0.2982 0.708675 0.000 0.000 0.004 0.820 0.012 0.164
#> GSM94144 5 0.5120 0.184617 0.000 0.000 0.068 0.004 0.468 0.460
#> GSM94145 1 0.1007 0.714057 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM94146 1 0.6366 0.455934 0.456 0.000 0.024 0.000 0.304 0.216
#> GSM94147 5 0.5034 0.395403 0.004 0.000 0.080 0.000 0.588 0.328
#> GSM94148 1 0.5871 0.531370 0.528 0.000 0.008 0.000 0.212 0.252
#> GSM98785 4 0.2778 0.705100 0.000 0.000 0.000 0.824 0.008 0.168
#> GSM98786 5 0.6340 0.014593 0.000 0.000 0.324 0.008 0.344 0.324
#> GSM98787 3 0.4440 0.122024 0.000 0.000 0.556 0.008 0.016 0.420
#> GSM98788 3 0.3408 0.700748 0.000 0.000 0.800 0.000 0.048 0.152
#> GSM98789 5 0.5070 0.090031 0.000 0.000 0.024 0.032 0.476 0.468
#> GSM98790 4 0.2664 0.705074 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM98791 1 0.2190 0.740512 0.900 0.000 0.000 0.000 0.040 0.060
#> GSM98792 3 0.4285 0.656597 0.000 0.000 0.736 0.032 0.032 0.200
#> GSM98793 5 0.6969 0.234234 0.248 0.000 0.060 0.000 0.356 0.336
#> GSM98794 1 0.3837 0.699068 0.752 0.000 0.000 0.000 0.052 0.196
#> GSM98795 5 0.2540 0.555171 0.104 0.000 0.004 0.000 0.872 0.020
#> GSM98796 1 0.1327 0.704646 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM98797 4 0.4531 0.012281 0.000 0.000 0.000 0.504 0.032 0.464
#> GSM98798 4 0.3136 0.642904 0.000 0.000 0.000 0.768 0.004 0.228
#> GSM98799 4 0.0862 0.744683 0.000 0.004 0.000 0.972 0.008 0.016
#> GSM98800 4 0.4078 0.577156 0.000 0.000 0.008 0.700 0.024 0.268
#> GSM98801 6 0.5276 0.142587 0.000 0.000 0.016 0.424 0.060 0.500
#> GSM94019 6 0.6012 0.127086 0.000 0.000 0.356 0.144 0.020 0.480
#> GSM94020 2 0.3219 0.821440 0.000 0.808 0.000 0.168 0.008 0.016
#> GSM94021 1 0.6235 0.582190 0.552 0.000 0.048 0.000 0.192 0.208
#> GSM94022 3 0.0935 0.737170 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> GSM94023 3 0.0837 0.743910 0.000 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020
#> GSM94024 3 0.0777 0.741060 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM94025 1 0.5783 0.560849 0.608 0.000 0.168 0.000 0.036 0.188
#> GSM94026 6 0.5276 0.142587 0.000 0.000 0.016 0.424 0.060 0.500
#> GSM94027 1 0.7155 0.419302 0.456 0.000 0.192 0.000 0.148 0.204
#> GSM94028 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1285 0.730931 0.000 0.000 0.944 0.004 0.000 0.052
#> GSM94030 3 0.1844 0.738095 0.000 0.000 0.924 0.004 0.024 0.048
#> GSM94031 4 0.2877 0.686773 0.000 0.020 0.000 0.848 0.008 0.124
#> GSM94032 6 0.5979 0.126080 0.000 0.000 0.192 0.004 0.392 0.412
#> GSM94033 4 0.0713 0.757536 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94034 3 0.2306 0.699267 0.000 0.000 0.888 0.004 0.016 0.092
#> GSM94035 4 0.3151 0.649828 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM94036 3 0.2964 0.672692 0.000 0.000 0.848 0.004 0.040 0.108
#> GSM94037 1 0.5565 0.571057 0.552 0.000 0.000 0.000 0.240 0.208
#> GSM94038 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.5700 0.583171 0.564 0.000 0.008 0.000 0.220 0.208
#> GSM94041 1 0.1908 0.737626 0.916 0.000 0.000 0.000 0.028 0.056
#> GSM94042 4 0.3254 0.571332 0.000 0.172 0.000 0.804 0.008 0.016
#> GSM94043 4 0.0146 0.753607 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94044 4 0.0862 0.744683 0.000 0.004 0.000 0.972 0.008 0.016
#> GSM94045 1 0.5546 0.576159 0.556 0.000 0.000 0.000 0.236 0.208
#> GSM94046 1 0.5546 0.576159 0.556 0.000 0.000 0.000 0.236 0.208
#> GSM94047 3 0.6637 0.196669 0.008 0.000 0.400 0.020 0.232 0.340
#> GSM94048 1 0.2058 0.737546 0.908 0.000 0.000 0.000 0.036 0.056
#> GSM94049 3 0.5739 0.373551 0.028 0.000 0.592 0.000 0.140 0.240
#> GSM94050 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 5 0.5266 0.376243 0.000 0.000 0.108 0.004 0.576 0.312
#> GSM94052 1 0.1075 0.711729 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM94053 2 0.0291 0.941154 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94054 5 0.3841 0.347561 0.244 0.000 0.000 0.000 0.724 0.032
#> GSM94055 1 0.0458 0.729015 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94056 5 0.4173 0.509396 0.060 0.000 0.012 0.000 0.748 0.180
#> GSM94057 2 0.1737 0.918256 0.000 0.932 0.000 0.040 0.020 0.008
#> GSM94058 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 5 0.3817 -0.019020 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0405 0.738218 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94062 2 0.0291 0.941154 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94063 3 0.6463 0.338883 0.000 0.000 0.460 0.096 0.084 0.360
#> GSM94064 2 0.2068 0.910031 0.000 0.916 0.000 0.048 0.020 0.016
#> GSM94065 1 0.3861 0.701802 0.756 0.000 0.000 0.000 0.060 0.184
#> GSM94066 2 0.2094 0.898696 0.000 0.908 0.000 0.068 0.008 0.016
#> GSM94067 1 0.3240 0.566072 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004
#> GSM94068 2 0.4154 0.654454 0.000 0.676 0.000 0.296 0.012 0.016
#> GSM94069 1 0.4008 0.698158 0.740 0.000 0.000 0.000 0.064 0.196
#> GSM94070 2 0.0405 0.940309 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94071 1 0.1075 0.711729 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM94072 1 0.0363 0.734254 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94073 3 0.6091 -0.013050 0.000 0.000 0.388 0.000 0.320 0.292
#> GSM94074 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 5 0.2730 0.500174 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.2278 0.566273 0.128 0.000 0.004 0.000 0.868 0.000
#> GSM94160 1 0.4494 0.352671 0.544 0.000 0.000 0.000 0.424 0.032
#> GSM94161 1 0.0909 0.738408 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM94162 3 0.3063 0.705948 0.000 0.000 0.840 0.000 0.068 0.092
#> GSM94163 4 0.1718 0.717073 0.000 0.044 0.000 0.932 0.008 0.016
#> GSM94164 1 0.2331 0.735955 0.888 0.000 0.000 0.000 0.032 0.080
#> GSM94165 1 0.2537 0.738715 0.872 0.000 0.000 0.000 0.032 0.096
#> GSM94166 1 0.3817 0.273532 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM94167 4 0.0405 0.751309 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM94168 1 0.3652 0.705276 0.768 0.000 0.000 0.000 0.044 0.188
#> GSM94169 3 0.6201 0.309627 0.000 0.000 0.444 0.024 0.160 0.372
#> GSM94170 5 0.2584 0.554704 0.144 0.000 0.004 0.000 0.848 0.004
#> GSM94171 1 0.0914 0.739072 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM94172 1 0.2145 0.740897 0.900 0.000 0.000 0.000 0.028 0.072
#> GSM94173 4 0.1845 0.718652 0.000 0.004 0.000 0.916 0.008 0.072
#> GSM94174 3 0.6725 -0.197349 0.032 0.000 0.328 0.000 0.320 0.320
#> GSM94175 4 0.2631 0.715967 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> GSM94176 5 0.6503 0.412134 0.036 0.000 0.188 0.000 0.424 0.352
#> GSM94177 5 0.6262 0.268082 0.252 0.000 0.012 0.000 0.440 0.296
#> GSM94178 4 0.2658 0.647907 0.000 0.112 0.000 0.864 0.008 0.016
#> GSM98767 5 0.6404 0.202267 0.292 0.000 0.016 0.000 0.412 0.280
#> GSM98768 1 0.5639 0.554979 0.536 0.000 0.000 0.000 0.252 0.212
#> GSM98769 5 0.5684 0.338329 0.000 0.000 0.244 0.000 0.528 0.228
#> GSM98770 1 0.5058 0.642663 0.636 0.000 0.000 0.000 0.164 0.200
#> GSM98771 4 0.0146 0.753607 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98772 1 0.6177 0.518674 0.516 0.000 0.024 0.000 0.224 0.236
#> GSM98773 3 0.0363 0.746990 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98774 3 0.4358 0.632434 0.000 0.000 0.716 0.000 0.100 0.184
#> GSM98775 1 0.0000 0.735087 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 5 0.7111 0.388109 0.160 0.000 0.112 0.000 0.368 0.360
#> GSM98777 4 0.4724 0.457030 0.000 0.000 0.024 0.628 0.028 0.320
#> GSM98778 3 0.1007 0.735548 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM98779 1 0.1492 0.740753 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024 0.036
#> GSM98780 1 0.5625 0.548566 0.532 0.000 0.000 0.000 0.276 0.192
#> GSM98781 5 0.5944 0.097646 0.000 0.000 0.384 0.000 0.400 0.216
#> GSM98782 1 0.0713 0.726895 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM98783 1 0.6577 0.509365 0.488 0.000 0.052 0.000 0.248 0.212
#> GSM98784 1 0.2730 0.588654 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0405 0.940309 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM98873 4 0.5355 0.413592 0.000 0.204 0.000 0.640 0.020 0.136
#> GSM98874 2 0.0000 0.943090 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3418 0.799257 0.000 0.784 0.000 0.192 0.008 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:kmeans 191 2.70e-03 2
#> CV:kmeans 191 2.43e-09 3
#> CV:kmeans 187 3.84e-09 4
#> CV:kmeans 161 4.46e-07 5
#> CV:kmeans 146 1.66e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.993 0.4947 0.505 0.505
#> 3 3 0.912 0.936 0.972 0.2931 0.816 0.650
#> 4 4 0.767 0.722 0.872 0.0968 0.951 0.867
#> 5 5 0.797 0.752 0.872 0.0723 0.869 0.614
#> 6 6 0.807 0.745 0.857 0.0475 0.965 0.851
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94082 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94091 2 0.0938 0.979 0.012 0.988
#> GSM94092 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.0938 0.979 0.012 0.988
#> GSM94095 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.7219 0.751 0.200 0.800
#> GSM94103 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94104 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94114 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94129 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94140 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94144 2 0.7602 0.721 0.220 0.780
#> GSM94145 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.7219 0.749 0.800 0.200
#> GSM98787 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98788 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98789 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98792 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.4690 0.888 0.900 0.100
#> GSM94023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94024 2 0.9686 0.353 0.396 0.604
#> GSM94025 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.4690 0.888 0.900 0.100
#> GSM94033 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> GSM94048 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94063 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94169 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94078 3 0.5178 0.657 0.000 0.256 0.744
#> GSM94079 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94085 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 2 0.7344 0.572 0.232 0.684 0.084
#> GSM94092 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94099 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 2 0.7493 0.560 0.092 0.676 0.232
#> GSM94103 3 0.0237 0.939 0.000 0.004 0.996
#> GSM94104 2 0.4931 0.713 0.000 0.768 0.232
#> GSM94105 3 0.0237 0.940 0.004 0.000 0.996
#> GSM94106 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94109 2 0.2959 0.879 0.000 0.900 0.100
#> GSM94110 3 0.3267 0.848 0.000 0.116 0.884
#> GSM94111 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4235 0.786 0.000 0.176 0.824
#> GSM94114 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.3482 0.847 0.128 0.000 0.872
#> GSM94117 3 0.2261 0.899 0.068 0.000 0.932
#> GSM94118 2 0.1411 0.942 0.000 0.964 0.036
#> GSM94119 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94120 2 0.4291 0.782 0.000 0.820 0.180
#> GSM94121 2 0.4235 0.788 0.000 0.824 0.176
#> GSM94122 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 2 0.2448 0.904 0.000 0.924 0.076
#> GSM94125 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.4235 0.773 0.824 0.000 0.176
#> GSM94127 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5327 0.629 0.000 0.272 0.728
#> GSM94129 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.3941 0.810 0.000 0.156 0.844
#> GSM94136 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94140 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94144 1 0.6244 0.207 0.560 0.440 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98786 1 0.3851 0.810 0.860 0.136 0.004
#> GSM98787 2 0.4235 0.797 0.000 0.824 0.176
#> GSM98788 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM98789 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 2 0.4796 0.731 0.000 0.780 0.220
#> GSM98793 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0237 0.940 0.004 0.000 0.996
#> GSM94023 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.4796 0.704 0.780 0.000 0.220
#> GSM94026 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94027 1 0.2796 0.883 0.908 0.000 0.092
#> GSM94028 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0237 0.940 0.004 0.000 0.996
#> GSM94030 3 0.3412 0.852 0.124 0.000 0.876
#> GSM94031 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.6225 0.274 0.432 0.000 0.568
#> GSM94033 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94034 3 0.3340 0.856 0.120 0.000 0.880
#> GSM94035 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94036 3 0.3412 0.852 0.124 0.000 0.876
#> GSM94037 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0237 0.975 0.996 0.000 0.004
#> GSM94048 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4842 0.712 0.776 0.000 0.224
#> GSM94163 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.941 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 1 0.5621 0.561 0.692 0.000 0.308
#> GSM98775 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98778 3 0.0424 0.938 0.008 0.000 0.992
#> GSM98779 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.2081 0.64551 0.000 0.084 0.916 0.000
#> GSM94078 3 0.4843 -0.08035 0.000 0.000 0.604 0.396
#> GSM94079 3 0.4761 0.75900 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM94080 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94081 3 0.4761 0.75900 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.59310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94083 3 0.4761 0.75900 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM94084 4 0.4605 0.54748 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM94085 3 0.0336 0.59806 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM94086 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94087 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.59310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94089 4 0.4761 0.50884 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM94090 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94091 2 0.4817 0.29887 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM94092 3 0.2011 0.64046 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM94093 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94095 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94096 4 0.4761 0.50884 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM94097 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.4761 0.75900 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM94099 3 0.4700 0.59939 0.124 0.084 0.792 0.000
#> GSM94100 4 0.4898 0.10081 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM94101 4 0.4605 0.54748 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM94102 2 0.3355 0.33339 0.004 0.836 0.000 0.160
#> GSM94103 3 0.1302 0.55489 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94104 4 0.5174 0.49903 0.000 0.012 0.368 0.620
#> GSM94105 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94106 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.4817 0.75801 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM94108 4 0.4605 0.54748 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM94109 4 0.4905 0.36331 0.000 0.364 0.004 0.632
#> GSM94110 3 0.3172 0.41608 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM94111 4 0.4843 0.15970 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM94112 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94113 3 0.3751 0.36306 0.000 0.004 0.800 0.196
#> GSM94114 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.3471 0.58900 0.060 0.072 0.868 0.000
#> GSM94117 3 0.6123 0.72017 0.056 0.372 0.572 0.000
#> GSM94118 4 0.5174 0.50047 0.000 0.012 0.368 0.620
#> GSM94119 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 4 0.5339 0.47365 0.000 0.016 0.384 0.600
#> GSM94121 4 0.5203 0.51878 0.000 0.016 0.348 0.636
#> GSM94122 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.4804 0.49376 0.000 0.000 0.384 0.616
#> GSM94125 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.4730 0.37841 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 2 0.4525 0.13058 0.000 0.804 0.080 0.116
#> GSM94129 3 0.0000 0.59310 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.3626 0.38140 0.000 0.004 0.812 0.184
#> GSM94136 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.4761 0.75900 0.000 0.372 0.628 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 2 0.4817 0.36363 0.000 0.612 0.000 0.388
#> GSM94141 4 0.4843 0.15970 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM94142 1 0.2216 0.86025 0.908 0.092 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 2 0.5903 0.43609 0.052 0.616 0.000 0.332
#> GSM94145 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94147 2 0.4989 -0.01488 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0469 0.82787 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM98786 2 0.5396 0.00659 0.464 0.524 0.012 0.000
#> GSM98787 2 0.5231 0.36208 0.000 0.676 0.028 0.296
#> GSM98788 3 0.5697 0.72267 0.052 0.292 0.656 0.000
#> GSM98789 2 0.5099 0.37200 0.000 0.612 0.008 0.380
#> GSM98790 4 0.3311 0.70132 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM98791 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.4898 0.44844 0.000 0.000 0.416 0.584
#> GSM98793 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.4843 0.15970 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM98798 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 4 0.1576 0.80086 0.000 0.004 0.048 0.948
#> GSM98801 4 0.4898 0.10081 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM94019 2 0.7792 0.26103 0.000 0.412 0.332 0.256
#> GSM94020 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.1118 0.89395 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94023 3 0.4817 0.75801 0.000 0.388 0.612 0.000
#> GSM94024 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM94025 1 0.5024 0.37027 0.632 0.360 0.008 0.000
#> GSM94026 4 0.4925 0.07101 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM94027 1 0.4730 0.37841 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM94028 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94029 3 0.4978 0.75732 0.004 0.384 0.612 0.000
#> GSM94030 3 0.7440 0.56925 0.172 0.388 0.440 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94032 2 0.0524 0.20848 0.008 0.988 0.004 0.000
#> GSM94033 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.7463 0.56514 0.176 0.384 0.440 0.000
#> GSM94035 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.7514 0.55225 0.184 0.384 0.432 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94039 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94043 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.3249 0.76798 0.852 0.008 0.140 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 2 0.4994 -0.04159 0.480 0.520 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.3764 0.74523 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM94057 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.3649 0.75822 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM94060 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94063 4 0.5112 0.48410 0.000 0.008 0.384 0.608
#> GSM94064 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0336 0.91918 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94156 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.1940 0.87259 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4059 0.67206 0.788 0.012 0.200 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.3486 0.77451 0.812 0.188 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 2 0.7683 0.16213 0.000 0.400 0.216 0.384
#> GSM94170 1 0.3649 0.75822 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0336 0.91918 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94175 4 0.0188 0.83305 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94176 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.4804 0.75892 0.000 0.384 0.616 0.000
#> GSM98774 1 0.4164 0.58434 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98777 4 0.4920 0.50950 0.000 0.004 0.368 0.628
#> GSM98778 3 0.5231 0.75267 0.012 0.384 0.604 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.3726 0.74972 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.92447 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98872 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98873 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98874 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98875 4 0.0000 0.83555 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.3906 0.553 0.000 0.000 0.704 0.292 0.004
#> GSM94078 4 0.2580 0.727 0.000 0.064 0.044 0.892 0.000
#> GSM94079 3 0.1502 0.808 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM94080 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1502 0.808 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM94082 4 0.2127 0.674 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> GSM94083 3 0.1502 0.808 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM94084 4 0.4307 0.288 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM94085 4 0.3661 0.487 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94087 5 0.4256 0.631 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM94088 4 0.2763 0.641 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> GSM94089 4 0.3039 0.734 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.0510 0.407 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM94092 3 0.5336 0.546 0.044 0.000 0.656 0.276 0.024
#> GSM94093 5 0.4256 0.632 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM94094 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94096 4 0.3039 0.734 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM94097 5 0.4227 0.640 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM94098 3 0.1502 0.808 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM94099 3 0.5090 0.617 0.172 0.000 0.708 0.116 0.004
#> GSM94100 2 0.5048 0.440 0.000 0.580 0.000 0.040 0.380
#> GSM94101 4 0.4304 0.331 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM94102 3 0.6586 0.292 0.000 0.084 0.444 0.040 0.432
#> GSM94103 4 0.2077 0.689 0.000 0.008 0.084 0.908 0.000
#> GSM94104 4 0.4679 0.610 0.000 0.316 0.032 0.652 0.000
#> GSM94105 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0162 0.921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94107 3 0.0880 0.815 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM94108 4 0.4307 0.299 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM94109 2 0.6455 0.386 0.000 0.584 0.252 0.032 0.132
#> GSM94110 4 0.2588 0.719 0.000 0.048 0.060 0.892 0.000
#> GSM94111 2 0.5014 0.457 0.000 0.592 0.000 0.040 0.368
#> GSM94112 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.1741 0.709 0.000 0.024 0.040 0.936 0.000
#> GSM94114 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0451 0.922 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94116 3 0.6485 0.335 0.064 0.000 0.500 0.384 0.052
#> GSM94117 3 0.2878 0.789 0.068 0.000 0.880 0.048 0.004
#> GSM94118 4 0.2513 0.741 0.000 0.116 0.008 0.876 0.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94120 4 0.3064 0.738 0.000 0.108 0.036 0.856 0.000
#> GSM94121 4 0.5271 0.396 0.000 0.432 0.048 0.520 0.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0510 0.921 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94124 4 0.2852 0.738 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4425 0.186 0.452 0.000 0.544 0.000 0.004
#> GSM94127 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5925 0.409 0.000 0.016 0.528 0.068 0.388
#> GSM94129 4 0.1410 0.688 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM94130 5 0.4227 0.638 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM94131 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94135 4 0.1549 0.704 0.000 0.016 0.040 0.944 0.000
#> GSM94136 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94137 3 0.1502 0.808 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> GSM94138 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94140 5 0.0798 0.408 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> GSM94141 2 0.4511 0.503 0.000 0.628 0.000 0.016 0.356
#> GSM94142 1 0.3857 0.241 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM94143 2 0.0510 0.911 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94144 5 0.1717 0.401 0.004 0.008 0.000 0.052 0.936
#> GSM94145 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94146 1 0.0609 0.918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94147 5 0.4152 0.572 0.168 0.000 0.000 0.060 0.772
#> GSM94148 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0609 0.905 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM98786 5 0.6001 0.421 0.176 0.000 0.000 0.244 0.580
#> GSM98787 5 0.7577 -0.153 0.000 0.320 0.288 0.040 0.352
#> GSM98788 3 0.5416 0.625 0.144 0.000 0.676 0.176 0.004
#> GSM98789 5 0.0807 0.406 0.000 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM98790 2 0.4496 0.632 0.000 0.752 0.000 0.156 0.092
#> GSM98791 1 0.0162 0.928 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98792 4 0.2848 0.740 0.000 0.104 0.028 0.868 0.000
#> GSM98793 1 0.0566 0.918 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM98794 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 5 0.4235 0.639 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM98796 1 0.0404 0.925 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98797 2 0.4511 0.503 0.000 0.628 0.000 0.016 0.356
#> GSM98798 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98800 2 0.2522 0.819 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> GSM98801 2 0.5048 0.440 0.000 0.580 0.000 0.040 0.380
#> GSM94019 4 0.6910 0.454 0.000 0.196 0.016 0.448 0.340
#> GSM94020 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.2548 0.760 0.876 0.000 0.116 0.004 0.004
#> GSM94022 3 0.1153 0.811 0.004 0.000 0.964 0.024 0.008
#> GSM94023 3 0.0609 0.818 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94025 1 0.4383 0.157 0.572 0.000 0.424 0.000 0.004
#> GSM94026 2 0.5588 0.409 0.000 0.560 0.020 0.040 0.380
#> GSM94027 3 0.4449 0.108 0.484 0.000 0.512 0.000 0.004
#> GSM94028 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0865 0.814 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> GSM94030 3 0.2278 0.794 0.032 0.000 0.908 0.060 0.000
#> GSM94031 2 0.0290 0.918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94032 5 0.4276 0.116 0.000 0.000 0.256 0.028 0.716
#> GSM94033 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94034 3 0.1892 0.780 0.080 0.000 0.916 0.004 0.000
#> GSM94035 2 0.0579 0.913 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM94036 3 0.2595 0.771 0.080 0.000 0.888 0.032 0.000
#> GSM94037 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94038 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94041 1 0.0162 0.927 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94046 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94047 4 0.5598 0.063 0.400 0.000 0.000 0.524 0.076
#> GSM94048 1 0.0162 0.927 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94049 1 0.0963 0.890 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 5 0.3224 0.581 0.160 0.000 0.000 0.016 0.824
#> GSM94052 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.4278 0.612 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM94055 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 5 0.4182 0.640 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> GSM94057 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 5 0.4278 0.612 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM94060 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.2694 0.698 0.000 0.040 0.000 0.884 0.076
#> GSM94064 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0703 0.914 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94068 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0162 0.928 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.3176 0.749 0.856 0.000 0.000 0.064 0.080
#> GSM94074 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 5 0.4268 0.624 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM94156 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.4273 0.619 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> GSM94160 1 0.3661 0.375 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM94161 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4201 0.385 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008
#> GSM94163 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94166 1 0.4297 -0.437 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM94167 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 4 0.5394 0.606 0.000 0.132 0.000 0.660 0.208
#> GSM94170 5 0.4278 0.612 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> GSM94171 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94173 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.3239 0.743 0.852 0.000 0.000 0.068 0.080
#> GSM94175 2 0.0404 0.913 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94176 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94177 1 0.0798 0.914 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94178 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0912 0.908 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM98768 1 0.0290 0.925 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM98769 5 0.4268 0.624 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM98770 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98771 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98772 1 0.0162 0.927 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.821 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98774 1 0.4840 0.429 0.688 0.000 0.248 0.064 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.929 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.1444 0.879 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM98777 4 0.4927 0.646 0.000 0.296 0.000 0.652 0.052
#> GSM98778 3 0.0290 0.820 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98780 1 0.0404 0.925 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98781 5 0.4273 0.619 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> GSM98782 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98783 1 0.0290 0.927 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98784 1 0.0510 0.921 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98871 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.924 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0146 0.8610 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94077 3 0.4264 0.6879 0.000 0.000 0.720 0.196 0.000 0.084
#> GSM94078 4 0.0914 0.7561 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> GSM94079 3 0.2126 0.8328 0.004 0.000 0.904 0.020 0.000 0.072
#> GSM94080 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1983 0.8333 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000 0.072
#> GSM94082 4 0.0790 0.7484 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM94083 3 0.2039 0.8322 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> GSM94084 4 0.3409 0.5325 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM94085 4 0.3083 0.6653 0.000 0.000 0.132 0.828 0.000 0.040
#> GSM94086 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94087 5 0.3606 0.7587 0.256 0.000 0.000 0.000 0.728 0.016
#> GSM94088 4 0.3718 0.6274 0.000 0.000 0.132 0.784 0.000 0.084
#> GSM94089 4 0.1610 0.7431 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.3531 0.2824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM94092 3 0.6677 0.5907 0.048 0.000 0.584 0.152 0.052 0.164
#> GSM94093 5 0.3266 0.7643 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM94094 3 0.0260 0.8407 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94095 3 0.1297 0.8410 0.000 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> GSM94096 4 0.1501 0.7470 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM94097 5 0.3468 0.7627 0.264 0.000 0.000 0.000 0.728 0.008
#> GSM94098 3 0.1983 0.8333 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000 0.072
#> GSM94099 3 0.5534 0.6859 0.108 0.000 0.688 0.096 0.008 0.100
#> GSM94100 6 0.3936 0.7273 0.000 0.288 0.000 0.000 0.024 0.688
#> GSM94101 4 0.3390 0.5382 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM94102 6 0.4482 0.5354 0.000 0.008 0.248 0.000 0.056 0.688
#> GSM94103 4 0.0790 0.7484 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM94104 4 0.3942 0.6672 0.000 0.120 0.012 0.784 0.000 0.084
#> GSM94105 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94106 2 0.1845 0.8876 0.000 0.920 0.000 0.052 0.000 0.028
#> GSM94107 3 0.0146 0.8427 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.3684 0.4246 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM94109 6 0.5998 0.5981 0.000 0.316 0.180 0.012 0.000 0.492
#> GSM94110 4 0.0909 0.7551 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> GSM94111 6 0.3464 0.7161 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM94112 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.0508 0.7522 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> GSM94114 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.1700 0.8194 0.928 0.000 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM94116 3 0.7866 0.2722 0.024 0.000 0.376 0.244 0.144 0.212
#> GSM94117 3 0.3086 0.8134 0.048 0.000 0.856 0.020 0.000 0.076
#> GSM94118 4 0.1699 0.7519 0.000 0.040 0.004 0.936 0.008 0.012
#> GSM94119 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94120 4 0.2001 0.7509 0.000 0.044 0.020 0.920 0.000 0.016
#> GSM94121 4 0.5734 0.4157 0.000 0.276 0.024 0.572 0.000 0.128
#> GSM94122 2 0.0146 0.9691 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.2454 0.7330 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM94124 4 0.1444 0.7494 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4260 0.0664 0.472 0.000 0.512 0.000 0.000 0.016
#> GSM94127 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 6 0.4062 0.5230 0.000 0.004 0.252 0.016 0.012 0.716
#> GSM94129 4 0.0547 0.7501 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM94130 5 0.2996 0.7452 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM94131 1 0.0146 0.8610 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94135 4 0.0520 0.7483 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> GSM94136 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94137 3 0.2201 0.8298 0.000 0.000 0.896 0.028 0.000 0.076
#> GSM94138 1 0.0790 0.8461 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94140 5 0.3782 0.1870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM94141 6 0.3833 0.5259 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM94142 1 0.3857 -0.1425 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000
#> GSM94143 2 0.0260 0.9657 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94144 5 0.4395 0.1564 0.000 0.000 0.000 0.028 0.568 0.404
#> GSM94145 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94146 1 0.2178 0.7683 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM94147 5 0.4701 0.3180 0.040 0.000 0.000 0.028 0.676 0.256
#> GSM94148 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.1531 0.8884 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> GSM98786 5 0.5969 0.2270 0.052 0.000 0.000 0.108 0.568 0.272
#> GSM98787 6 0.5168 0.6540 0.000 0.104 0.180 0.036 0.000 0.680
#> GSM98788 3 0.5701 0.6754 0.052 0.000 0.664 0.060 0.032 0.192
#> GSM98789 5 0.3634 0.2496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM98790 2 0.5176 0.2823 0.000 0.620 0.000 0.188 0.000 0.192
#> GSM98791 1 0.0363 0.8602 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM98792 4 0.1478 0.7571 0.000 0.032 0.020 0.944 0.000 0.004
#> GSM98793 1 0.4637 0.5569 0.704 0.000 0.000 0.004 0.140 0.152
#> GSM98794 1 0.0146 0.8610 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98795 5 0.3266 0.7643 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM98796 1 0.1141 0.8448 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM98797 6 0.3804 0.5669 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> GSM98798 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98800 2 0.3879 0.7176 0.000 0.808 0.000 0.072 0.076 0.044
#> GSM98801 6 0.3936 0.7273 0.000 0.288 0.000 0.000 0.024 0.688
#> GSM94019 6 0.4628 0.4144 0.000 0.052 0.012 0.268 0.000 0.668
#> GSM94020 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.3453 0.6465 0.788 0.000 0.180 0.000 0.004 0.028
#> GSM94022 3 0.2581 0.7462 0.000 0.000 0.860 0.000 0.020 0.120
#> GSM94023 3 0.0291 0.8436 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM94024 3 0.0146 0.8428 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94025 1 0.4456 0.0732 0.524 0.000 0.448 0.000 0.000 0.028
#> GSM94026 6 0.4334 0.7291 0.000 0.268 0.028 0.000 0.016 0.688
#> GSM94027 1 0.4262 0.0205 0.508 0.000 0.476 0.000 0.000 0.016
#> GSM94028 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1806 0.7865 0.000 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> GSM94030 3 0.4164 0.7101 0.020 0.000 0.796 0.024 0.104 0.056
#> GSM94031 2 0.0937 0.9309 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94032 6 0.4969 0.3799 0.000 0.000 0.104 0.000 0.280 0.616
#> GSM94033 2 0.0713 0.9439 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM94034 3 0.0937 0.8250 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM94035 2 0.1714 0.8626 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM94036 3 0.2625 0.7717 0.056 0.000 0.872 0.000 0.000 0.072
#> GSM94037 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94041 1 0.0717 0.8530 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94042 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94046 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94047 4 0.7700 0.0657 0.208 0.000 0.000 0.280 0.272 0.240
#> GSM94048 1 0.1391 0.8318 0.944 0.000 0.000 0.000 0.040 0.016
#> GSM94049 1 0.0260 0.8598 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 5 0.2062 0.4860 0.004 0.000 0.000 0.008 0.900 0.088
#> GSM94052 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.3266 0.7643 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 5 0.2964 0.6872 0.204 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004
#> GSM94057 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 5 0.3266 0.7643 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.5703 0.3928 0.000 0.000 0.000 0.524 0.240 0.236
#> GSM94064 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.2491 0.7275 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0363 0.8602 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.6498 0.1128 0.456 0.000 0.000 0.032 0.276 0.236
#> GSM94074 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 5 0.3266 0.7643 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.3266 0.7643 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM94160 1 0.3765 0.1390 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4648 0.3996 0.604 0.000 0.340 0.000 0.056 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0146 0.8610 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94165 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94166 5 0.3659 0.6153 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 4 0.6082 0.2019 0.000 0.000 0.000 0.372 0.272 0.356
#> GSM94170 5 0.3288 0.7611 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.6487 0.1217 0.460 0.000 0.000 0.032 0.272 0.236
#> GSM94175 2 0.1010 0.9296 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> GSM94176 1 0.3838 0.6639 0.784 0.000 0.000 0.004 0.116 0.096
#> GSM94177 1 0.2331 0.7940 0.888 0.000 0.000 0.000 0.080 0.032
#> GSM94178 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.4520 0.5747 0.716 0.000 0.000 0.004 0.124 0.156
#> GSM98768 1 0.1265 0.8333 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> GSM98769 5 0.3221 0.7641 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> GSM98770 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98772 1 0.0146 0.8610 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.8429 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98774 1 0.4818 0.5500 0.704 0.000 0.216 0.040 0.020 0.020
#> GSM98775 1 0.0000 0.8622 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.5720 0.3710 0.592 0.000 0.000 0.020 0.196 0.192
#> GSM98777 4 0.6055 0.4152 0.000 0.292 0.000 0.552 0.084 0.072
#> GSM98778 3 0.0260 0.8416 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM98780 1 0.1387 0.8328 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM98781 5 0.3221 0.7641 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> GSM98782 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM98783 1 0.0937 0.8516 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM98784 1 0.2454 0.7330 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9728 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:skmeans 191 3.53e-04 2
#> CV:skmeans 190 3.21e-06 3
#> CV:skmeans 160 1.88e-05 4
#> CV:skmeans 162 2.99e-05 5
#> CV:skmeans 166 2.71e-08 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.925 0.935 0.974 0.4801 0.519 0.519
#> 3 3 0.712 0.819 0.912 0.3207 0.632 0.414
#> 4 4 0.666 0.768 0.861 0.1510 0.772 0.472
#> 5 5 0.725 0.751 0.836 0.0792 0.830 0.472
#> 6 6 0.807 0.760 0.877 0.0532 0.926 0.671
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94082 2 0.9993 0.0706 0.484 0.516
#> GSM94083 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.5629 0.8403 0.868 0.132
#> GSM94092 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.9922 0.1992 0.448 0.552
#> GSM94095 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.9933 0.2034 0.452 0.548
#> GSM94103 2 0.4562 0.8713 0.096 0.904
#> GSM94104 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.2043 0.9369 0.032 0.968
#> GSM94114 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.7674 0.7023 0.224 0.776
#> GSM94129 2 0.9710 0.3422 0.400 0.600
#> GSM94130 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.9286 0.4796 0.344 0.656
#> GSM94136 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.6247 0.8100 0.844 0.156
#> GSM94141 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.5178 0.8590 0.884 0.116
#> GSM94145 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98787 2 0.2778 0.9218 0.048 0.952
#> GSM98788 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.9996 0.0390 0.512 0.488
#> GSM98790 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.9393 0.4504 0.644 0.356
#> GSM98793 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.0938 0.9547 0.012 0.988
#> GSM94020 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.7745 0.6935 0.772 0.228
#> GSM94023 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.8661 0.5843 0.712 0.288
#> GSM94025 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.8016 0.6671 0.756 0.244
#> GSM94033 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.5178 0.8590 0.884 0.116
#> GSM94048 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.6247 0.8100 0.844 0.156
#> GSM94064 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.6247 0.8100 0.844 0.156
#> GSM94170 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9776 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9648 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94078 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 3 0.4002 0.7835 0.160 0.000 0.840
#> GSM94080 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94082 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94084 3 0.5016 0.6879 0.000 0.240 0.760
#> GSM94085 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94087 1 0.5706 0.5359 0.680 0.000 0.320
#> GSM94088 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 3 0.5016 0.6879 0.000 0.240 0.760
#> GSM94090 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94092 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94093 1 0.1860 0.8837 0.948 0.000 0.052
#> GSM94094 3 0.0237 0.8504 0.004 0.000 0.996
#> GSM94095 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94096 3 0.3879 0.7843 0.000 0.152 0.848
#> GSM94097 3 0.6079 0.3688 0.388 0.000 0.612
#> GSM94098 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94099 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94100 3 0.3879 0.7843 0.000 0.152 0.848
#> GSM94101 3 0.5397 0.6233 0.000 0.280 0.720
#> GSM94102 3 0.1031 0.8531 0.024 0.000 0.976
#> GSM94103 3 0.0237 0.8495 0.000 0.004 0.996
#> GSM94104 3 0.2625 0.8264 0.000 0.084 0.916
#> GSM94105 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94106 3 0.5016 0.6879 0.000 0.240 0.760
#> GSM94107 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94108 2 0.6305 0.0556 0.000 0.516 0.484
#> GSM94109 3 0.3879 0.7843 0.000 0.152 0.848
#> GSM94110 3 0.0237 0.8495 0.000 0.004 0.996
#> GSM94111 3 0.3879 0.7843 0.000 0.152 0.848
#> GSM94112 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0237 0.8495 0.000 0.004 0.996
#> GSM94114 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94115 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.2066 0.8530 0.060 0.000 0.940
#> GSM94117 3 0.2625 0.8437 0.084 0.000 0.916
#> GSM94118 3 0.2448 0.8300 0.000 0.076 0.924
#> GSM94119 2 0.2625 0.9136 0.000 0.916 0.084
#> GSM94120 3 0.3412 0.8043 0.000 0.124 0.876
#> GSM94121 3 0.3752 0.7904 0.000 0.144 0.856
#> GSM94122 2 0.2878 0.9037 0.000 0.904 0.096
#> GSM94123 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.3879 0.7843 0.000 0.152 0.848
#> GSM94125 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.4750 0.7209 0.784 0.000 0.216
#> GSM94127 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.8495 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0237 0.9284 0.996 0.000 0.004
#> GSM94131 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.6062 0.3863 0.616 0.000 0.384
#> GSM94135 3 0.0237 0.8495 0.000 0.004 0.996
#> GSM94136 1 0.6192 0.2430 0.580 0.000 0.420
#> GSM94137 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94138 1 0.6309 0.0102 0.504 0.000 0.496
#> GSM94139 3 0.6168 0.3142 0.000 0.412 0.588
#> GSM94140 3 0.2356 0.8320 0.000 0.072 0.928
#> GSM94141 3 0.4346 0.7547 0.000 0.184 0.816
#> GSM94142 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.4750 0.7187 0.000 0.216 0.784
#> GSM94144 3 0.2496 0.8345 0.004 0.068 0.928
#> GSM94145 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.3412 0.8330 0.876 0.000 0.124
#> GSM94147 3 0.4974 0.6732 0.236 0.000 0.764
#> GSM94148 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.4974 0.6934 0.000 0.236 0.764
#> GSM98786 3 0.2165 0.8421 0.064 0.000 0.936
#> GSM98787 3 0.2261 0.8336 0.000 0.068 0.932
#> GSM98788 3 0.2165 0.8523 0.064 0.000 0.936
#> GSM98789 3 0.3349 0.8130 0.004 0.108 0.888
#> GSM98790 3 0.4887 0.7041 0.000 0.228 0.772
#> GSM98791 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0892 0.8476 0.000 0.020 0.980
#> GSM98793 3 0.6295 0.0753 0.472 0.000 0.528
#> GSM98794 1 0.1411 0.9050 0.964 0.000 0.036
#> GSM98795 1 0.0237 0.9284 0.996 0.000 0.004
#> GSM98796 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.4887 0.7041 0.000 0.228 0.772
#> GSM98798 3 0.4887 0.7091 0.000 0.228 0.772
#> GSM98799 2 0.2625 0.9136 0.000 0.916 0.084
#> GSM98800 3 0.3482 0.8023 0.000 0.128 0.872
#> GSM98801 3 0.3686 0.7934 0.000 0.140 0.860
#> GSM94019 3 0.3267 0.8088 0.000 0.116 0.884
#> GSM94020 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.4346 0.7658 0.816 0.000 0.184
#> GSM94022 3 0.1964 0.8536 0.056 0.000 0.944
#> GSM94023 3 0.2165 0.8523 0.064 0.000 0.936
#> GSM94024 3 0.1529 0.8540 0.040 0.000 0.960
#> GSM94025 1 0.3267 0.8401 0.884 0.000 0.116
#> GSM94026 3 0.3879 0.7843 0.000 0.152 0.848
#> GSM94027 1 0.3551 0.8251 0.868 0.000 0.132
#> GSM94028 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94030 3 0.2356 0.8501 0.072 0.000 0.928
#> GSM94031 2 0.1529 0.9350 0.000 0.960 0.040
#> GSM94032 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94033 2 0.5678 0.5603 0.000 0.684 0.316
#> GSM94034 3 0.2711 0.8410 0.088 0.000 0.912
#> GSM94035 3 0.4178 0.7661 0.000 0.172 0.828
#> GSM94036 3 0.2356 0.8496 0.072 0.000 0.928
#> GSM94037 1 0.0424 0.9256 0.992 0.000 0.008
#> GSM94038 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0237 0.9284 0.996 0.000 0.004
#> GSM94041 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0592 0.9439 0.000 0.988 0.012
#> GSM94043 2 0.3116 0.8924 0.000 0.892 0.108
#> GSM94044 2 0.2625 0.9136 0.000 0.916 0.084
#> GSM94045 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.3941 0.7604 0.156 0.000 0.844
#> GSM94048 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.5621 0.5493 0.308 0.000 0.692
#> GSM94050 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.1753 0.8503 0.048 0.000 0.952
#> GSM94052 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> GSM94057 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1529 0.8431 0.000 0.040 0.960
#> GSM94064 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.1964 0.8535 0.056 0.000 0.944
#> GSM94074 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0237 0.9284 0.996 0.000 0.004
#> GSM94160 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.2261 0.8514 0.068 0.000 0.932
#> GSM94163 2 0.1753 0.9318 0.000 0.952 0.048
#> GSM94164 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.2625 0.9136 0.000 0.916 0.084
#> GSM94168 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.2261 0.8336 0.000 0.068 0.932
#> GSM94170 1 0.0237 0.9284 0.996 0.000 0.004
#> GSM94171 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.2448 0.9182 0.000 0.924 0.076
#> GSM94174 3 0.5254 0.6306 0.264 0.000 0.736
#> GSM94175 3 0.5016 0.6879 0.000 0.240 0.760
#> GSM94176 3 0.5363 0.6114 0.276 0.000 0.724
#> GSM94177 1 0.6180 0.2363 0.584 0.000 0.416
#> GSM94178 2 0.1860 0.9301 0.000 0.948 0.052
#> GSM98767 1 0.6192 0.2253 0.580 0.000 0.420
#> GSM98768 3 0.6305 0.0271 0.484 0.000 0.516
#> GSM98769 3 0.2625 0.8441 0.084 0.000 0.916
#> GSM98770 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.3116 0.8924 0.000 0.892 0.108
#> GSM98772 1 0.6267 0.1407 0.548 0.000 0.452
#> GSM98773 3 0.2066 0.8532 0.060 0.000 0.940
#> GSM98774 3 0.1964 0.8535 0.056 0.000 0.944
#> GSM98775 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 3 0.5650 0.5392 0.312 0.000 0.688
#> GSM98777 3 0.3412 0.8044 0.000 0.124 0.876
#> GSM98778 3 0.2537 0.8459 0.080 0.000 0.920
#> GSM98779 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.2165 0.8523 0.064 0.000 0.936
#> GSM98782 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.6305 0.0271 0.484 0.000 0.516
#> GSM98784 1 0.0000 0.9305 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4062 0.8250 0.000 0.836 0.164
#> GSM98874 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.1867 0.748 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM94078 4 0.4406 0.767 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM94079 3 0.1929 0.768 0.024 0.000 0.940 0.036
#> GSM94080 2 0.0921 0.945 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94081 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94082 4 0.4500 0.755 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM94083 3 0.0707 0.779 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94084 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94085 3 0.2345 0.718 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94086 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94087 3 0.4372 0.599 0.268 0.000 0.728 0.004
#> GSM94088 3 0.2081 0.736 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM94089 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94090 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 4 0.4605 0.743 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM94092 3 0.0707 0.779 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94093 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.2281 0.723 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM94095 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94096 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94097 3 0.3217 0.727 0.128 0.000 0.860 0.012
#> GSM94098 3 0.0188 0.783 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94099 3 0.1867 0.783 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM94100 4 0.3486 0.811 0.000 0.000 0.188 0.812
#> GSM94101 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94102 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94103 3 0.3569 0.573 0.000 0.000 0.804 0.196
#> GSM94104 3 0.4996 -0.206 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM94105 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94106 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94107 3 0.0000 0.784 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94108 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94109 3 0.4996 -0.202 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM94110 4 0.4406 0.767 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM94111 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94112 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.4406 0.767 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM94114 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94115 1 0.4979 0.779 0.760 0.000 0.064 0.176
#> GSM94116 3 0.0188 0.783 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94117 3 0.2345 0.768 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94118 4 0.4564 0.743 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM94119 4 0.3726 0.651 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM94120 4 0.4331 0.775 0.000 0.000 0.288 0.712
#> GSM94121 4 0.3688 0.808 0.000 0.000 0.208 0.792
#> GSM94122 4 0.4356 0.550 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM94123 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94125 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4585 0.536 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.3649 0.554 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM94129 4 0.4888 0.628 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM94130 1 0.5204 0.772 0.752 0.000 0.088 0.160
#> GSM94131 1 0.5610 0.738 0.720 0.000 0.104 0.176
#> GSM94132 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 3 0.5050 0.721 0.068 0.000 0.756 0.176
#> GSM94135 4 0.4877 0.632 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM94136 3 0.6401 0.604 0.172 0.000 0.652 0.176
#> GSM94137 3 0.0188 0.783 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94138 3 0.4595 0.723 0.044 0.000 0.780 0.176
#> GSM94139 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94140 4 0.4585 0.747 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM94141 4 0.3649 0.809 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM94142 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94144 4 0.3528 0.626 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM94145 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.6383 0.399 0.356 0.000 0.568 0.076
#> GSM94147 4 0.3942 0.564 0.000 0.000 0.236 0.764
#> GSM94148 1 0.4199 0.813 0.804 0.000 0.032 0.164
#> GSM98785 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM98786 4 0.3569 0.622 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM98787 4 0.4585 0.747 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM98788 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98789 4 0.4585 0.747 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM98790 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM98791 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.4382 0.770 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM98793 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98794 3 0.7299 0.343 0.312 0.000 0.512 0.176
#> GSM98795 1 0.1118 0.898 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM98798 4 0.3494 0.812 0.000 0.004 0.172 0.824
#> GSM98799 4 0.3726 0.651 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM98800 4 0.3444 0.812 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM98801 4 0.4008 0.799 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM94019 4 0.4382 0.770 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM94020 2 0.0188 0.959 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94021 3 0.5719 0.676 0.112 0.000 0.712 0.176
#> GSM94022 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94023 3 0.0188 0.783 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94024 3 0.2011 0.741 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM94025 3 0.4843 0.417 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM94026 4 0.3726 0.805 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM94027 3 0.4713 0.483 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2032 0.763 0.028 0.000 0.936 0.036
#> GSM94030 3 0.2011 0.772 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM94031 2 0.4304 0.632 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM94032 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94033 4 0.3808 0.810 0.000 0.012 0.176 0.812
#> GSM94034 3 0.0000 0.784 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94035 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94036 3 0.0188 0.783 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94037 1 0.6034 0.689 0.688 0.000 0.148 0.164
#> GSM94038 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.5051 0.786 0.768 0.000 0.100 0.132
#> GSM94041 1 0.6240 0.663 0.668 0.000 0.156 0.176
#> GSM94042 2 0.4585 0.539 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM94043 4 0.3528 0.673 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM94044 4 0.3726 0.651 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM94045 1 0.1118 0.905 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94046 1 0.0469 0.915 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94047 4 0.3610 0.614 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM94048 1 0.5665 0.733 0.716 0.000 0.108 0.176
#> GSM94049 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM94050 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 4 0.3801 0.589 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM94052 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0707 0.911 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94057 2 0.0921 0.945 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94058 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.3123 0.656 0.000 0.000 0.156 0.844
#> GSM94064 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.4595 0.795 0.780 0.000 0.044 0.176
#> GSM94066 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.3172 0.820 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM94069 1 0.3763 0.833 0.832 0.000 0.024 0.144
#> GSM94070 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 4 0.3837 0.583 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM94074 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.5553 0.744 0.724 0.000 0.100 0.176
#> GSM94160 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.4595 0.795 0.780 0.000 0.044 0.176
#> GSM94162 3 0.1118 0.773 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94163 4 0.4356 0.543 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM94164 1 0.4979 0.779 0.760 0.000 0.064 0.176
#> GSM94165 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.3726 0.651 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM94168 1 0.4979 0.779 0.760 0.000 0.064 0.176
#> GSM94169 4 0.3528 0.626 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM94170 1 0.1118 0.898 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.3726 0.651 0.000 0.212 0.000 0.788
#> GSM94174 4 0.3837 0.583 0.000 0.000 0.224 0.776
#> GSM94175 4 0.3356 0.813 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94176 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM94177 3 0.7352 0.274 0.328 0.000 0.496 0.176
#> GSM94178 4 0.4164 0.587 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM98767 3 0.7254 0.349 0.300 0.000 0.524 0.176
#> GSM98768 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98769 4 0.4877 0.126 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM98770 1 0.0469 0.915 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98771 4 0.3528 0.673 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM98772 3 0.5923 0.667 0.128 0.000 0.696 0.176
#> GSM98773 3 0.3266 0.745 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM98774 4 0.3356 0.640 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM98775 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98777 4 0.4040 0.795 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM98778 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98779 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.4907 0.782 0.764 0.000 0.060 0.176
#> GSM98781 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98782 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.3356 0.742 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM98784 1 0.0000 0.920 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.4661 0.439 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM98874 2 0.0000 0.961 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1211 0.937 0.000 0.960 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0404 0.9698 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94077 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94078 3 0.5450 0.4461 0.000 0.000 0.652 0.132 0.216
#> GSM94079 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.3336 0.7577 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94082 3 0.4944 0.5090 0.000 0.000 0.700 0.092 0.208
#> GSM94083 3 0.2329 0.7375 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM94084 4 0.0703 0.8132 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94085 3 0.0162 0.7741 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94087 3 0.3388 0.6660 0.200 0.000 0.792 0.000 0.008
#> GSM94088 3 0.0510 0.7727 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94089 4 0.0898 0.8160 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> GSM94090 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.6084 0.0469 0.000 0.000 0.360 0.132 0.508
#> GSM94092 3 0.3109 0.6975 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM94093 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94096 4 0.6222 0.6198 0.000 0.000 0.236 0.548 0.216
#> GSM94097 3 0.3051 0.7451 0.060 0.000 0.864 0.000 0.076
#> GSM94098 3 0.3242 0.6723 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM94099 3 0.1608 0.7596 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94100 4 0.3452 0.7009 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> GSM94101 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 3 0.0162 0.7745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94103 3 0.1478 0.7510 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM94104 3 0.4283 -0.0291 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM94105 3 0.0290 0.7746 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94106 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94107 3 0.3661 0.6116 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM94108 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94109 4 0.3684 0.6649 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> GSM94110 3 0.5410 0.4516 0.000 0.000 0.656 0.128 0.216
#> GSM94111 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.5489 0.4410 0.000 0.000 0.648 0.136 0.216
#> GSM94114 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94115 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94116 3 0.3336 0.6730 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM94117 3 0.3586 0.6247 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM94118 4 0.5778 -0.0579 0.000 0.000 0.448 0.464 0.088
#> GSM94119 4 0.3242 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM94120 4 0.5773 0.6874 0.000 0.000 0.168 0.616 0.216
#> GSM94121 4 0.3958 0.7482 0.000 0.000 0.176 0.780 0.044
#> GSM94122 4 0.0162 0.8147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.5541 0.6702 0.000 0.000 0.236 0.636 0.128
#> GSM94125 2 0.1341 0.9105 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM94126 3 0.4065 0.6007 0.264 0.000 0.720 0.000 0.016
#> GSM94127 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.1106 0.7625 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> GSM94129 3 0.5115 0.5170 0.000 0.000 0.696 0.136 0.168
#> GSM94130 5 0.3612 0.7058 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> GSM94131 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94132 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 5 0.3774 0.5441 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM94135 3 0.4887 0.5459 0.000 0.000 0.720 0.132 0.148
#> GSM94136 5 0.4169 0.7356 0.100 0.000 0.116 0.000 0.784
#> GSM94137 3 0.3305 0.6669 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM94138 5 0.3690 0.6805 0.020 0.000 0.200 0.000 0.780
#> GSM94139 4 0.0162 0.8158 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94140 4 0.6245 0.6138 0.000 0.000 0.236 0.544 0.220
#> GSM94141 4 0.3993 0.7687 0.000 0.000 0.028 0.756 0.216
#> GSM94142 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.3242 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM94144 5 0.2583 0.6107 0.000 0.000 0.004 0.132 0.864
#> GSM94145 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.5394 0.5341 0.092 0.000 0.628 0.000 0.280
#> GSM94147 5 0.0451 0.7056 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM94148 5 0.3999 0.5840 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> GSM98785 4 0.3242 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM98786 5 0.2707 0.6076 0.000 0.000 0.008 0.132 0.860
#> GSM98787 4 0.6503 0.5505 0.000 0.000 0.300 0.480 0.220
#> GSM98788 3 0.3796 0.5822 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> GSM98789 5 0.5656 0.2660 0.000 0.000 0.236 0.140 0.624
#> GSM98790 4 0.0609 0.8142 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.6599 -0.2002 0.000 0.000 0.436 0.344 0.220
#> GSM98793 5 0.3242 0.6627 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM98794 5 0.4216 0.7345 0.100 0.000 0.120 0.000 0.780
#> GSM98795 1 0.0162 0.9729 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98796 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.3242 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM98798 4 0.3577 0.7618 0.000 0.000 0.160 0.808 0.032
#> GSM98799 4 0.2852 0.7899 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM98800 4 0.3242 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM98801 4 0.3454 0.7627 0.000 0.000 0.156 0.816 0.028
#> GSM94019 4 0.6245 0.6138 0.000 0.000 0.236 0.544 0.220
#> GSM94020 2 0.3966 0.5641 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM94021 3 0.4126 0.4521 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> GSM94022 3 0.0162 0.7745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94023 3 0.3039 0.6977 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM94024 3 0.0000 0.7748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94025 3 0.4318 0.5709 0.292 0.000 0.688 0.000 0.020
#> GSM94026 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94027 3 0.3910 0.5977 0.272 0.000 0.720 0.000 0.008
#> GSM94028 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0162 0.7745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94030 3 0.3837 0.5711 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM94031 4 0.2179 0.7114 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM94032 3 0.0324 0.7737 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM94033 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94034 3 0.3661 0.6116 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM94035 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94036 3 0.3336 0.6652 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM94037 5 0.3877 0.7477 0.212 0.000 0.024 0.000 0.764
#> GSM94038 2 0.1341 0.9105 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 5 0.4118 0.6025 0.336 0.000 0.004 0.000 0.660
#> GSM94041 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94042 4 0.2471 0.6802 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> GSM94043 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94044 4 0.2852 0.7899 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> GSM94045 1 0.2020 0.8582 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM94046 1 0.0609 0.9633 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94047 5 0.2304 0.6443 0.000 0.000 0.008 0.100 0.892
#> GSM94048 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94049 5 0.3336 0.6534 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM94050 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 5 0.0566 0.7041 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM94052 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0880 0.9458 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM94057 2 0.2690 0.8138 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM94058 1 0.0404 0.9698 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94059 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0404 0.9698 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94062 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.2674 0.6018 0.000 0.000 0.004 0.140 0.856
#> GSM94064 2 0.0963 0.9174 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94065 5 0.3452 0.7234 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM94066 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.3242 0.5961 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM94069 1 0.4307 -0.2075 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM94070 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 5 0.0566 0.7041 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM94074 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.3336 0.7407 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM94160 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 5 0.3636 0.7002 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> GSM94162 3 0.0162 0.7745 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94163 4 0.1043 0.7898 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94164 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94165 1 0.0404 0.9698 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94166 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.2648 0.7955 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM94168 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94169 5 0.2583 0.6107 0.000 0.000 0.004 0.132 0.864
#> GSM94170 1 0.0290 0.9709 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94171 1 0.0404 0.9698 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94172 1 0.0404 0.9698 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94173 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 5 0.0451 0.7056 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> GSM94175 4 0.3242 0.7766 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> GSM94176 5 0.3336 0.6534 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM94177 5 0.3921 0.7550 0.172 0.000 0.044 0.000 0.784
#> GSM94178 4 0.0703 0.8018 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM98767 5 0.3953 0.7545 0.168 0.000 0.048 0.000 0.784
#> GSM98768 5 0.3274 0.6607 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM98769 5 0.1205 0.7105 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> GSM98770 1 0.0609 0.9633 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98771 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98772 5 0.4215 0.7093 0.064 0.000 0.168 0.000 0.768
#> GSM98773 3 0.3480 0.6443 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM98774 5 0.5464 0.3113 0.000 0.000 0.224 0.128 0.648
#> GSM98775 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 5 0.3274 0.6607 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> GSM98777 4 0.4496 0.7553 0.000 0.000 0.056 0.728 0.216
#> GSM98778 3 0.3424 0.6499 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM98779 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 5 0.3274 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM98781 5 0.3336 0.6534 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM98782 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 5 0.3336 0.6548 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM98784 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.0000 0.8153 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9400 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3913 0.6259 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.1141 0.94610 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM94077 3 0.3756 0.48809 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> GSM94078 6 0.0632 0.67237 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM94079 3 0.0937 0.83062 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94080 2 0.3482 0.57712 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1814 0.81951 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM94082 6 0.2416 0.59008 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> GSM94083 3 0.0725 0.83294 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> GSM94084 4 0.3634 0.48198 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM94085 3 0.3789 0.45816 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM94086 3 0.0632 0.83162 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94087 3 0.4063 0.74654 0.148 0.000 0.768 0.000 0.012 0.072
#> GSM94088 3 0.3607 0.54183 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM94089 4 0.3672 0.46833 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM94090 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 6 0.0146 0.67526 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM94092 3 0.3885 0.77495 0.000 0.000 0.756 0.000 0.180 0.064
#> GSM94093 1 0.0146 0.96958 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.2135 0.80684 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM94095 3 0.1663 0.82287 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM94096 6 0.0717 0.67254 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000 0.976
#> GSM94097 3 0.4120 0.80590 0.044 0.000 0.788 0.000 0.068 0.100
#> GSM94098 3 0.0713 0.83247 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94099 3 0.2009 0.83087 0.000 0.000 0.908 0.000 0.024 0.068
#> GSM94100 4 0.2520 0.68852 0.000 0.000 0.004 0.844 0.000 0.152
#> GSM94101 4 0.3371 0.55114 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> GSM94102 3 0.2340 0.80733 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM94103 3 0.3851 0.35138 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM94104 4 0.5634 0.19035 0.000 0.000 0.148 0.436 0.000 0.416
#> GSM94105 3 0.0632 0.83137 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94106 4 0.0458 0.76614 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94107 3 0.3136 0.77128 0.000 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> GSM94108 4 0.3330 0.56158 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM94109 4 0.4595 0.52948 0.000 0.000 0.168 0.696 0.000 0.136
#> GSM94110 6 0.1204 0.66230 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM94111 4 0.0547 0.76596 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94112 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 6 0.0146 0.67560 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM94114 3 0.1444 0.82528 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM94115 5 0.0790 0.90947 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM94116 3 0.4614 0.74130 0.000 0.000 0.684 0.000 0.208 0.108
#> GSM94117 3 0.1765 0.81854 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM94118 6 0.3348 0.48848 0.000 0.000 0.016 0.216 0.000 0.768
#> GSM94119 4 0.3851 -0.11701 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM94120 6 0.1320 0.67225 0.000 0.000 0.016 0.036 0.000 0.948
#> GSM94121 6 0.3868 -0.06159 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM94122 4 0.2416 0.68828 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM94123 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 6 0.2191 0.59843 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000 0.876
#> GSM94125 2 0.1204 0.88430 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.2869 0.75543 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.3261 0.77029 0.000 0.000 0.780 0.000 0.016 0.204
#> GSM94129 6 0.1267 0.65334 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM94130 5 0.2517 0.86550 0.100 0.000 0.016 0.000 0.876 0.008
#> GSM94131 5 0.0458 0.91441 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 5 0.2300 0.82973 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM94135 6 0.2454 0.61381 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM94136 5 0.1204 0.89353 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM94137 3 0.1588 0.82990 0.000 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> GSM94138 5 0.0000 0.91737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94139 4 0.0458 0.76634 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94140 6 0.3426 0.51384 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000 0.720
#> GSM94141 6 0.3756 0.38054 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> GSM94142 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 6 0.3810 0.34186 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM94144 6 0.4184 0.30408 0.000 0.000 0.016 0.000 0.408 0.576
#> GSM94145 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.4853 0.52366 0.076 0.000 0.628 0.000 0.292 0.004
#> GSM94147 5 0.1838 0.88483 0.000 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> GSM94148 5 0.2300 0.81497 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM98785 6 0.2340 0.61184 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM98786 6 0.4168 0.32414 0.000 0.000 0.016 0.000 0.400 0.584
#> GSM98787 6 0.5315 0.47099 0.000 0.000 0.180 0.224 0.000 0.596
#> GSM98788 3 0.3290 0.75287 0.000 0.000 0.776 0.000 0.208 0.016
#> GSM98789 6 0.0260 0.67734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM98790 4 0.2941 0.65239 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM98791 1 0.0146 0.97022 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98792 6 0.2146 0.64336 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000 0.880
#> GSM98793 5 0.0458 0.91624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM98794 5 0.0000 0.91737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.1010 0.95589 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> GSM98796 1 0.0146 0.97031 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 6 0.3804 0.34634 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM98798 4 0.3547 0.46304 0.000 0.000 0.004 0.696 0.000 0.300
#> GSM98799 4 0.3175 0.48374 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM98800 6 0.3804 0.34636 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM98801 4 0.3634 0.33763 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM94019 6 0.3221 0.52794 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> GSM94020 2 0.3789 0.36425 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> GSM94021 3 0.3765 0.43321 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM94022 3 0.2135 0.80684 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM94023 3 0.2520 0.80100 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM94024 3 0.1501 0.82490 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM94025 3 0.3637 0.72684 0.164 0.000 0.780 0.000 0.056 0.000
#> GSM94026 4 0.2300 0.68596 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM94027 3 0.2814 0.74720 0.172 0.000 0.820 0.000 0.008 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0865 0.83098 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM94030 3 0.3315 0.75899 0.000 0.000 0.780 0.000 0.200 0.020
#> GSM94031 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94032 3 0.2416 0.80282 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM94033 4 0.0146 0.76758 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94034 3 0.2896 0.78133 0.000 0.000 0.824 0.000 0.160 0.016
#> GSM94035 4 0.1663 0.73076 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94036 3 0.1644 0.82083 0.000 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM94037 5 0.1829 0.88310 0.024 0.000 0.056 0.000 0.920 0.000
#> GSM94038 2 0.1204 0.88430 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 5 0.3481 0.76257 0.160 0.000 0.048 0.000 0.792 0.000
#> GSM94041 5 0.0146 0.91781 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94043 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94044 4 0.3151 0.49221 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM94045 1 0.3455 0.82382 0.800 0.000 0.056 0.000 0.144 0.000
#> GSM94046 1 0.2888 0.88126 0.852 0.000 0.056 0.000 0.092 0.000
#> GSM94047 5 0.4258 -0.00127 0.000 0.000 0.016 0.000 0.516 0.468
#> GSM94048 5 0.0000 0.91737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94049 5 0.1528 0.90333 0.000 0.000 0.048 0.000 0.936 0.016
#> GSM94050 1 0.0547 0.96417 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94051 5 0.1895 0.88171 0.000 0.000 0.016 0.000 0.912 0.072
#> GSM94052 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0777 0.96215 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.1334 0.94076 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM94057 2 0.2730 0.74521 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.1141 0.94610 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM94059 1 0.0458 0.96603 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.1657 0.93800 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 6 0.2494 0.63752 0.000 0.000 0.016 0.000 0.120 0.864
#> GSM94064 2 0.0937 0.89416 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM94065 5 0.1141 0.89976 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM94066 2 0.0363 0.91307 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.2135 0.69023 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM94069 5 0.4191 0.61997 0.240 0.000 0.056 0.000 0.704 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 5 0.1895 0.88171 0.000 0.000 0.016 0.000 0.912 0.072
#> GSM94074 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.1477 0.90392 0.048 0.000 0.004 0.000 0.940 0.008
#> GSM94160 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 5 0.2003 0.86004 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM94162 3 0.1625 0.83003 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> GSM94163 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94164 5 0.0000 0.91737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.2058 0.92648 0.908 0.000 0.056 0.000 0.036 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.2969 0.54364 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> GSM94168 5 0.0000 0.91737 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94169 6 0.4168 0.32414 0.000 0.000 0.016 0.000 0.400 0.584
#> GSM94170 1 0.0665 0.96567 0.980 0.000 0.008 0.000 0.008 0.004
#> GSM94171 1 0.1204 0.94428 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94172 1 0.2390 0.91278 0.888 0.000 0.056 0.000 0.056 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94174 5 0.1391 0.90104 0.000 0.000 0.016 0.000 0.944 0.040
#> GSM94175 6 0.3810 0.34186 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM94176 5 0.1408 0.90253 0.000 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020
#> GSM94177 5 0.0146 0.91779 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94178 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98767 5 0.0363 0.91707 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM98768 5 0.0458 0.91357 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM98769 5 0.1644 0.90042 0.000 0.000 0.040 0.000 0.932 0.028
#> GSM98770 1 0.2888 0.88126 0.852 0.000 0.056 0.000 0.092 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98772 5 0.0713 0.91323 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM98773 3 0.1686 0.82838 0.000 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> GSM98774 6 0.4209 0.35369 0.000 0.000 0.020 0.000 0.384 0.596
#> GSM98775 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 5 0.0146 0.91755 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM98777 6 0.2877 0.61618 0.000 0.000 0.012 0.168 0.000 0.820
#> GSM98778 3 0.0632 0.83243 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM98779 1 0.0146 0.97017 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 5 0.0405 0.91735 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> GSM98781 5 0.1867 0.88570 0.000 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020
#> GSM98782 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 5 0.1556 0.89641 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.97121 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.0000 0.76777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.91806 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3838 0.29286 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:pam 185 1.08e-03 2
#> CV:pam 180 2.24e-09 3
#> CV:pam 182 4.12e-09 4
#> CV:pam 181 1.04e-07 5
#> CV:pam 165 6.06e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.376 0.594 0.829 0.4358 0.498 0.498
#> 3 3 0.484 0.780 0.867 0.4202 0.781 0.592
#> 4 4 0.506 0.645 0.744 0.1443 0.887 0.700
#> 5 5 0.612 0.607 0.769 0.0649 0.932 0.774
#> 6 6 0.626 0.442 0.680 0.0485 0.871 0.563
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94077 2 0.8386 0.6736 0.268 0.732
#> GSM94078 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94079 2 0.9922 0.4155 0.448 0.552
#> GSM94080 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94081 2 0.9866 0.4508 0.432 0.568
#> GSM94082 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94083 2 0.9815 0.4738 0.420 0.580
#> GSM94084 2 0.4431 0.7379 0.092 0.908
#> GSM94085 2 0.9552 0.5449 0.376 0.624
#> GSM94086 2 0.9866 0.4508 0.432 0.568
#> GSM94087 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94088 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94089 2 0.7139 0.7224 0.196 0.804
#> GSM94090 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94091 1 0.9954 -0.1542 0.540 0.460
#> GSM94092 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94093 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.9833 0.4665 0.424 0.576
#> GSM94095 2 0.9833 0.4665 0.424 0.576
#> GSM94096 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94097 1 0.0376 0.8128 0.996 0.004
#> GSM94098 2 0.9833 0.4665 0.424 0.576
#> GSM94099 2 0.9954 0.3858 0.460 0.540
#> GSM94100 1 0.9988 -0.2247 0.520 0.480
#> GSM94101 2 0.4815 0.7378 0.104 0.896
#> GSM94102 1 0.9983 -0.2139 0.524 0.476
#> GSM94103 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94104 2 0.8713 0.6499 0.292 0.708
#> GSM94105 2 0.9909 0.4247 0.444 0.556
#> GSM94106 2 0.4298 0.7377 0.088 0.912
#> GSM94107 2 0.9427 0.5675 0.360 0.640
#> GSM94108 2 0.4161 0.7374 0.084 0.916
#> GSM94109 2 0.9963 0.3751 0.464 0.536
#> GSM94110 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94111 1 0.9993 -0.2317 0.516 0.484
#> GSM94112 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94113 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94114 2 0.9866 0.4508 0.432 0.568
#> GSM94115 1 0.0672 0.8086 0.992 0.008
#> GSM94116 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94117 2 0.9998 0.2921 0.492 0.508
#> GSM94118 2 0.6973 0.7255 0.188 0.812
#> GSM94119 2 0.3431 0.7321 0.064 0.936
#> GSM94120 2 0.6973 0.7255 0.188 0.812
#> GSM94121 2 0.8499 0.6655 0.276 0.724
#> GSM94122 2 0.0376 0.7153 0.004 0.996
#> GSM94123 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.6048 0.7341 0.148 0.852
#> GSM94125 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94126 2 0.9988 0.3293 0.480 0.520
#> GSM94127 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.9998 0.2921 0.492 0.508
#> GSM94129 2 0.8144 0.6871 0.252 0.748
#> GSM94130 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94134 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.7376 0.7179 0.208 0.792
#> GSM94136 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94137 2 0.9993 0.3172 0.484 0.516
#> GSM94138 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.4298 0.7360 0.088 0.912
#> GSM94140 1 0.9944 -0.1449 0.544 0.456
#> GSM94141 1 0.9996 -0.2403 0.512 0.488
#> GSM94142 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.6343 0.7333 0.160 0.840
#> GSM94144 1 0.9944 -0.1403 0.544 0.456
#> GSM94145 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.8955 0.3522 0.688 0.312
#> GSM94148 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.4690 0.7371 0.100 0.900
#> GSM98786 1 0.9922 -0.1135 0.552 0.448
#> GSM98787 1 1.0000 -0.2797 0.504 0.496
#> GSM98788 2 0.9933 0.4172 0.452 0.548
#> GSM98789 1 0.9970 -0.1697 0.532 0.468
#> GSM98790 2 0.7139 0.7239 0.196 0.804
#> GSM98791 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98792 2 0.8081 0.6990 0.248 0.752
#> GSM98793 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98797 1 0.9988 -0.2247 0.520 0.480
#> GSM98798 2 0.8661 0.6636 0.288 0.712
#> GSM98799 2 0.2603 0.7272 0.044 0.956
#> GSM98800 2 0.7376 0.7211 0.208 0.792
#> GSM98801 1 0.9988 -0.2247 0.520 0.480
#> GSM94019 2 0.9850 0.4546 0.428 0.572
#> GSM94020 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94021 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94022 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94023 2 0.9795 0.4808 0.416 0.584
#> GSM94024 2 0.9608 0.5329 0.384 0.616
#> GSM94025 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94026 1 0.9996 -0.2391 0.512 0.488
#> GSM94027 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94028 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94029 2 1.0000 0.2789 0.496 0.504
#> GSM94030 2 0.9963 0.3750 0.464 0.536
#> GSM94031 2 0.0376 0.7142 0.004 0.996
#> GSM94032 1 0.9983 -0.2139 0.524 0.476
#> GSM94033 2 0.3584 0.7355 0.068 0.932
#> GSM94034 2 0.9933 0.4058 0.452 0.548
#> GSM94035 2 0.6623 0.7298 0.172 0.828
#> GSM94036 2 0.9977 0.3527 0.472 0.528
#> GSM94037 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94039 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94040 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.1414 0.7198 0.020 0.980
#> GSM94043 2 0.4690 0.7373 0.100 0.900
#> GSM94044 2 0.2603 0.7272 0.044 0.956
#> GSM94045 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94047 2 0.9087 0.6120 0.324 0.676
#> GSM94048 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.5946 0.6628 0.856 0.144
#> GSM94050 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.9248 0.2755 0.660 0.340
#> GSM94052 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94054 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.8081 0.4912 0.752 0.248
#> GSM94057 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94058 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94061 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94063 2 0.7299 0.7226 0.204 0.796
#> GSM94064 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94065 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94067 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94069 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94071 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.9248 0.2673 0.660 0.340
#> GSM94074 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94157 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.9970 -0.1928 0.532 0.468
#> GSM94163 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM94164 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.3431 0.7321 0.064 0.936
#> GSM94168 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.9993 -0.2393 0.516 0.484
#> GSM94170 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.1414 0.7198 0.020 0.980
#> GSM94174 1 0.9087 0.3207 0.676 0.324
#> GSM94175 2 0.4690 0.7371 0.100 0.900
#> GSM94176 1 0.4939 0.7081 0.892 0.108
#> GSM94177 1 0.0376 0.8123 0.996 0.004
#> GSM94178 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM98767 1 0.0672 0.8086 0.992 0.008
#> GSM98768 1 0.0376 0.8123 0.996 0.004
#> GSM98769 1 0.8763 0.3844 0.704 0.296
#> GSM98770 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.3431 0.7321 0.064 0.936
#> GSM98772 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98773 2 0.9922 0.4156 0.448 0.552
#> GSM98774 1 0.9944 -0.1500 0.544 0.456
#> GSM98775 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.5059 0.7079 0.888 0.112
#> GSM98777 2 0.6887 0.7287 0.184 0.816
#> GSM98778 1 1.0000 -0.2870 0.500 0.500
#> GSM98779 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.9661 0.0936 0.608 0.392
#> GSM98782 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0938 0.8061 0.988 0.012
#> GSM98784 1 0.0000 0.8159 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM98872 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM98873 2 0.4562 0.7373 0.096 0.904
#> GSM98874 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
#> GSM98875 2 0.1184 0.7183 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94077 3 0.3482 0.843 0.128 0.000 0.872
#> GSM94078 3 0.2492 0.837 0.048 0.016 0.936
#> GSM94079 3 0.4796 0.796 0.220 0.000 0.780
#> GSM94080 2 0.3340 0.809 0.000 0.880 0.120
#> GSM94081 3 0.4504 0.814 0.196 0.000 0.804
#> GSM94082 3 0.2261 0.845 0.068 0.000 0.932
#> GSM94083 3 0.4654 0.805 0.208 0.000 0.792
#> GSM94084 3 0.1453 0.813 0.008 0.024 0.968
#> GSM94085 3 0.2537 0.846 0.080 0.000 0.920
#> GSM94086 3 0.4750 0.799 0.216 0.000 0.784
#> GSM94087 1 0.4062 0.838 0.836 0.000 0.164
#> GSM94088 3 0.2261 0.845 0.068 0.000 0.932
#> GSM94089 3 0.1636 0.818 0.016 0.020 0.964
#> GSM94090 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.5706 0.689 0.680 0.000 0.320
#> GSM94092 3 0.2625 0.846 0.084 0.000 0.916
#> GSM94093 1 0.3551 0.857 0.868 0.000 0.132
#> GSM94094 3 0.3482 0.843 0.128 0.000 0.872
#> GSM94095 3 0.4452 0.816 0.192 0.000 0.808
#> GSM94096 3 0.1267 0.828 0.024 0.004 0.972
#> GSM94097 1 0.4887 0.782 0.772 0.000 0.228
#> GSM94098 3 0.4235 0.825 0.176 0.000 0.824
#> GSM94099 3 0.3267 0.844 0.116 0.000 0.884
#> GSM94100 3 0.7492 0.157 0.052 0.340 0.608
#> GSM94101 3 0.1585 0.810 0.008 0.028 0.964
#> GSM94102 3 0.3771 0.832 0.112 0.012 0.876
#> GSM94103 3 0.2165 0.844 0.064 0.000 0.936
#> GSM94104 3 0.1529 0.837 0.040 0.000 0.960
#> GSM94105 3 0.4796 0.796 0.220 0.000 0.780
#> GSM94106 3 0.1163 0.805 0.000 0.028 0.972
#> GSM94107 3 0.3686 0.839 0.140 0.000 0.860
#> GSM94108 3 0.1643 0.796 0.000 0.044 0.956
#> GSM94109 3 0.2902 0.845 0.064 0.016 0.920
#> GSM94110 3 0.2066 0.843 0.060 0.000 0.940
#> GSM94111 3 0.2339 0.820 0.048 0.012 0.940
#> GSM94112 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.2301 0.843 0.060 0.004 0.936
#> GSM94114 3 0.4702 0.802 0.212 0.000 0.788
#> GSM94115 1 0.3752 0.836 0.856 0.000 0.144
#> GSM94116 3 0.1860 0.839 0.052 0.000 0.948
#> GSM94117 3 0.4555 0.812 0.200 0.000 0.800
#> GSM94118 3 0.1399 0.830 0.028 0.004 0.968
#> GSM94119 2 0.5560 0.701 0.000 0.700 0.300
#> GSM94120 3 0.1267 0.828 0.024 0.004 0.972
#> GSM94121 3 0.1529 0.837 0.040 0.000 0.960
#> GSM94122 3 0.2945 0.763 0.004 0.088 0.908
#> GSM94123 1 0.0747 0.887 0.984 0.000 0.016
#> GSM94124 3 0.1315 0.825 0.020 0.008 0.972
#> GSM94125 2 0.0237 0.818 0.000 0.996 0.004
#> GSM94126 3 0.4931 0.787 0.232 0.000 0.768
#> GSM94127 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94128 3 0.1860 0.836 0.052 0.000 0.948
#> GSM94129 3 0.1643 0.839 0.044 0.000 0.956
#> GSM94130 1 0.4399 0.812 0.812 0.000 0.188
#> GSM94131 1 0.0424 0.888 0.992 0.000 0.008
#> GSM94132 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94133 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1643 0.881 0.956 0.000 0.044
#> GSM94135 3 0.2165 0.844 0.064 0.000 0.936
#> GSM94136 1 0.1643 0.882 0.956 0.000 0.044
#> GSM94137 3 0.4121 0.829 0.168 0.000 0.832
#> GSM94138 1 0.1289 0.886 0.968 0.000 0.032
#> GSM94139 3 0.6451 -0.163 0.004 0.436 0.560
#> GSM94140 1 0.5706 0.689 0.680 0.000 0.320
#> GSM94141 2 0.9989 0.196 0.316 0.356 0.328
#> GSM94142 1 0.0747 0.887 0.984 0.000 0.016
#> GSM94143 2 0.6252 0.651 0.008 0.648 0.344
#> GSM94144 1 0.9487 0.322 0.476 0.204 0.320
#> GSM94145 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94146 1 0.4555 0.752 0.800 0.000 0.200
#> GSM94147 1 0.5363 0.745 0.724 0.000 0.276
#> GSM94148 1 0.0747 0.889 0.984 0.000 0.016
#> GSM98785 3 0.6516 -0.310 0.004 0.480 0.516
#> GSM98786 1 0.5733 0.674 0.676 0.000 0.324
#> GSM98787 3 0.1860 0.838 0.052 0.000 0.948
#> GSM98788 3 0.3038 0.846 0.104 0.000 0.896
#> GSM98789 1 0.6307 0.669 0.660 0.012 0.328
#> GSM98790 3 0.1170 0.810 0.008 0.016 0.976
#> GSM98791 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM98792 3 0.1031 0.828 0.024 0.000 0.976
#> GSM98793 1 0.3482 0.845 0.872 0.000 0.128
#> GSM98794 1 0.0592 0.889 0.988 0.000 0.012
#> GSM98795 1 0.4235 0.828 0.824 0.000 0.176
#> GSM98796 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.7311 0.568 0.036 0.580 0.384
#> GSM98798 2 0.6905 0.454 0.016 0.544 0.440
#> GSM98799 2 0.5560 0.701 0.000 0.700 0.300
#> GSM98800 2 0.9878 0.306 0.264 0.396 0.340
#> GSM98801 3 0.9804 -0.181 0.248 0.336 0.416
#> GSM94019 3 0.1989 0.837 0.048 0.004 0.948
#> GSM94020 2 0.3192 0.810 0.000 0.888 0.112
#> GSM94021 3 0.5327 0.743 0.272 0.000 0.728
#> GSM94022 3 0.4235 0.827 0.176 0.000 0.824
#> GSM94023 3 0.3412 0.843 0.124 0.000 0.876
#> GSM94024 3 0.4178 0.827 0.172 0.000 0.828
#> GSM94025 3 0.5254 0.753 0.264 0.000 0.736
#> GSM94026 3 0.2280 0.821 0.052 0.008 0.940
#> GSM94027 3 0.5058 0.775 0.244 0.000 0.756
#> GSM94028 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.4842 0.794 0.224 0.000 0.776
#> GSM94030 3 0.3412 0.844 0.124 0.000 0.876
#> GSM94031 3 0.3272 0.774 0.004 0.104 0.892
#> GSM94032 3 0.3851 0.817 0.136 0.004 0.860
#> GSM94033 3 0.1643 0.795 0.000 0.044 0.956
#> GSM94034 3 0.4796 0.797 0.220 0.000 0.780
#> GSM94035 3 0.1453 0.810 0.008 0.024 0.968
#> GSM94036 3 0.4654 0.807 0.208 0.000 0.792
#> GSM94037 1 0.1031 0.887 0.976 0.000 0.024
#> GSM94038 2 0.0747 0.820 0.000 0.984 0.016
#> GSM94039 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1860 0.877 0.948 0.000 0.052
#> GSM94041 1 0.2356 0.873 0.928 0.000 0.072
#> GSM94042 2 0.3686 0.802 0.000 0.860 0.140
#> GSM94043 2 0.5929 0.683 0.004 0.676 0.320
#> GSM94044 2 0.5529 0.704 0.000 0.704 0.296
#> GSM94045 1 0.0424 0.889 0.992 0.000 0.008
#> GSM94046 1 0.1031 0.887 0.976 0.000 0.024
#> GSM94047 1 0.7037 0.623 0.636 0.036 0.328
#> GSM94048 1 0.3038 0.858 0.896 0.000 0.104
#> GSM94049 1 0.4002 0.794 0.840 0.000 0.160
#> GSM94050 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94051 1 0.5706 0.689 0.680 0.000 0.320
#> GSM94052 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94053 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3267 0.861 0.884 0.000 0.116
#> GSM94055 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94056 1 0.4796 0.792 0.780 0.000 0.220
#> GSM94057 2 0.4351 0.774 0.004 0.828 0.168
#> GSM94058 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.2711 0.867 0.912 0.000 0.088
#> GSM94060 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0237 0.889 0.996 0.000 0.004
#> GSM94062 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.7188 0.471 0.280 0.056 0.664
#> GSM94064 2 0.1163 0.820 0.000 0.972 0.028
#> GSM94065 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94066 2 0.0892 0.820 0.000 0.980 0.020
#> GSM94067 1 0.0892 0.888 0.980 0.000 0.020
#> GSM94068 2 0.3116 0.811 0.000 0.892 0.108
#> GSM94069 1 0.0592 0.888 0.988 0.000 0.012
#> GSM94070 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94072 1 0.0424 0.888 0.992 0.000 0.008
#> GSM94073 1 0.5431 0.711 0.716 0.000 0.284
#> GSM94074 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94075 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94155 1 0.3267 0.864 0.884 0.000 0.116
#> GSM94156 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3116 0.866 0.892 0.000 0.108
#> GSM94160 1 0.1289 0.886 0.968 0.000 0.032
#> GSM94161 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94162 3 0.5431 0.710 0.284 0.000 0.716
#> GSM94163 2 0.3879 0.796 0.000 0.848 0.152
#> GSM94164 1 0.1031 0.888 0.976 0.000 0.024
#> GSM94165 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94166 1 0.2959 0.861 0.900 0.000 0.100
#> GSM94167 2 0.6104 0.653 0.004 0.648 0.348
#> GSM94168 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94169 1 0.6026 0.585 0.624 0.000 0.376
#> GSM94170 1 0.1964 0.883 0.944 0.000 0.056
#> GSM94171 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94172 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM94173 2 0.5785 0.707 0.004 0.696 0.300
#> GSM94174 1 0.5397 0.731 0.720 0.000 0.280
#> GSM94175 2 0.6228 0.617 0.004 0.624 0.372
#> GSM94176 1 0.3752 0.837 0.856 0.000 0.144
#> GSM94177 1 0.4178 0.819 0.828 0.000 0.172
#> GSM94178 2 0.3340 0.808 0.000 0.880 0.120
#> GSM98767 1 0.4121 0.821 0.832 0.000 0.168
#> GSM98768 1 0.2625 0.873 0.916 0.000 0.084
#> GSM98769 1 0.5291 0.734 0.732 0.000 0.268
#> GSM98770 1 0.0592 0.888 0.988 0.000 0.012
#> GSM98771 2 0.6081 0.658 0.004 0.652 0.344
#> GSM98772 1 0.1289 0.886 0.968 0.000 0.032
#> GSM98773 3 0.4235 0.825 0.176 0.000 0.824
#> GSM98774 1 0.5591 0.667 0.696 0.000 0.304
#> GSM98775 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM98776 1 0.4235 0.820 0.824 0.000 0.176
#> GSM98777 3 0.9687 -0.233 0.216 0.372 0.412
#> GSM98778 3 0.4796 0.797 0.220 0.000 0.780
#> GSM98779 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM98780 1 0.0892 0.886 0.980 0.000 0.020
#> GSM98781 1 0.5178 0.738 0.744 0.000 0.256
#> GSM98782 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> GSM98783 1 0.4062 0.787 0.836 0.000 0.164
#> GSM98784 1 0.0747 0.887 0.984 0.000 0.016
#> GSM98871 2 0.1031 0.820 0.000 0.976 0.024
#> GSM98872 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.6421 0.521 0.004 0.572 0.424
#> GSM98874 2 0.0000 0.817 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0892 0.820 0.000 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.1398 0.8230 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM94077 3 0.2751 0.7277 0.056 0.000 0.904 0.040
#> GSM94078 3 0.4018 0.5971 0.004 0.000 0.772 0.224
#> GSM94079 3 0.3105 0.7055 0.140 0.000 0.856 0.004
#> GSM94080 2 0.3335 0.8347 0.000 0.860 0.020 0.120
#> GSM94081 3 0.2999 0.7097 0.132 0.000 0.864 0.004
#> GSM94082 3 0.4100 0.6929 0.036 0.000 0.816 0.148
#> GSM94083 3 0.2999 0.7097 0.132 0.000 0.864 0.004
#> GSM94084 3 0.5040 0.4102 0.000 0.008 0.628 0.364
#> GSM94085 3 0.1624 0.7162 0.020 0.000 0.952 0.028
#> GSM94086 3 0.3052 0.7071 0.136 0.000 0.860 0.004
#> GSM94087 1 0.5170 0.7429 0.724 0.000 0.048 0.228
#> GSM94088 3 0.3731 0.7054 0.036 0.000 0.844 0.120
#> GSM94089 3 0.5237 0.3973 0.000 0.016 0.628 0.356
#> GSM94090 2 0.0188 0.8656 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94091 4 0.8009 0.4189 0.208 0.020 0.280 0.492
#> GSM94092 3 0.3117 0.7058 0.028 0.000 0.880 0.092
#> GSM94093 1 0.5249 0.7305 0.708 0.000 0.044 0.248
#> GSM94094 3 0.1722 0.7255 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM94095 3 0.2888 0.7137 0.124 0.000 0.872 0.004
#> GSM94096 3 0.4697 0.4345 0.000 0.000 0.644 0.356
#> GSM94097 1 0.5489 0.7251 0.700 0.000 0.060 0.240
#> GSM94098 3 0.2831 0.7153 0.120 0.000 0.876 0.004
#> GSM94099 3 0.2586 0.7235 0.040 0.000 0.912 0.048
#> GSM94100 4 0.7759 0.5674 0.056 0.196 0.152 0.596
#> GSM94101 3 0.5070 0.4000 0.000 0.008 0.620 0.372
#> GSM94102 3 0.6890 0.3297 0.128 0.012 0.620 0.240
#> GSM94103 3 0.4050 0.6964 0.036 0.000 0.820 0.144
#> GSM94104 3 0.3123 0.6385 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM94105 3 0.2973 0.7033 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM94106 3 0.5070 0.3991 0.000 0.008 0.620 0.372
#> GSM94107 3 0.1940 0.7253 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM94108 3 0.5085 0.3967 0.000 0.008 0.616 0.376
#> GSM94109 3 0.4335 0.6316 0.036 0.000 0.796 0.168
#> GSM94110 3 0.3743 0.6734 0.016 0.000 0.824 0.160
#> GSM94111 4 0.6498 0.2487 0.052 0.012 0.380 0.556
#> GSM94112 2 0.0188 0.8656 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94113 3 0.3946 0.6713 0.020 0.000 0.812 0.168
#> GSM94114 3 0.3052 0.7071 0.136 0.000 0.860 0.004
#> GSM94115 1 0.4332 0.7425 0.816 0.000 0.112 0.072
#> GSM94116 3 0.2861 0.7006 0.016 0.000 0.888 0.096
#> GSM94117 3 0.2999 0.7098 0.132 0.000 0.864 0.004
#> GSM94118 3 0.4088 0.5986 0.000 0.004 0.764 0.232
#> GSM94119 2 0.6764 0.2867 0.000 0.556 0.112 0.332
#> GSM94120 3 0.2921 0.6683 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM94121 3 0.3356 0.6271 0.000 0.000 0.824 0.176
#> GSM94122 4 0.5980 0.1109 0.000 0.044 0.396 0.560
#> GSM94123 1 0.1211 0.8298 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94124 3 0.4543 0.4908 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM94125 2 0.0707 0.8661 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94126 3 0.4543 0.5303 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM94127 1 0.1489 0.8213 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM94128 3 0.2125 0.6965 0.004 0.000 0.920 0.076
#> GSM94129 3 0.4050 0.6689 0.024 0.000 0.808 0.168
#> GSM94130 1 0.6277 0.5086 0.572 0.000 0.068 0.360
#> GSM94131 1 0.0707 0.8263 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94132 1 0.0707 0.8263 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94133 2 0.0188 0.8656 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94134 1 0.3377 0.8120 0.848 0.000 0.012 0.140
#> GSM94135 3 0.4104 0.6795 0.028 0.000 0.808 0.164
#> GSM94136 1 0.2921 0.8139 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM94137 3 0.2466 0.7217 0.096 0.000 0.900 0.004
#> GSM94138 1 0.1722 0.8302 0.944 0.000 0.008 0.048
#> GSM94139 4 0.6576 0.5635 0.000 0.220 0.152 0.628
#> GSM94140 4 0.8519 0.4441 0.208 0.068 0.212 0.512
#> GSM94141 4 0.7113 0.5714 0.072 0.200 0.076 0.652
#> GSM94142 1 0.3626 0.7454 0.812 0.000 0.004 0.184
#> GSM94143 4 0.6815 0.5714 0.008 0.240 0.132 0.620
#> GSM94144 4 0.9192 0.5441 0.172 0.152 0.212 0.464
#> GSM94145 1 0.0779 0.8263 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94146 1 0.3647 0.8059 0.832 0.000 0.016 0.152
#> GSM94147 4 0.8231 0.0552 0.364 0.020 0.212 0.404
#> GSM94148 1 0.2450 0.8248 0.912 0.000 0.016 0.072
#> GSM98785 4 0.6738 0.5826 0.004 0.208 0.160 0.628
#> GSM98786 4 0.8405 0.2884 0.352 0.020 0.264 0.364
#> GSM98787 3 0.4989 0.5343 0.072 0.000 0.764 0.164
#> GSM98788 3 0.3691 0.7151 0.068 0.000 0.856 0.076
#> GSM98789 4 0.8741 0.5618 0.184 0.140 0.152 0.524
#> GSM98790 4 0.5721 0.0748 0.004 0.020 0.428 0.548
#> GSM98791 1 0.1824 0.8278 0.936 0.000 0.004 0.060
#> GSM98792 3 0.3908 0.6031 0.004 0.000 0.784 0.212
#> GSM98793 1 0.4224 0.7563 0.824 0.000 0.100 0.076
#> GSM98794 1 0.1677 0.8291 0.948 0.000 0.012 0.040
#> GSM98795 1 0.6042 0.5656 0.580 0.000 0.052 0.368
#> GSM98796 1 0.1867 0.8292 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM98797 4 0.5837 0.5656 0.012 0.212 0.068 0.708
#> GSM98798 4 0.6839 0.5875 0.004 0.216 0.164 0.616
#> GSM98799 2 0.6698 0.3078 0.000 0.556 0.104 0.340
#> GSM98800 4 0.6882 0.6094 0.028 0.188 0.128 0.656
#> GSM98801 4 0.7860 0.5611 0.116 0.196 0.088 0.600
#> GSM94019 3 0.3494 0.6647 0.004 0.000 0.824 0.172
#> GSM94020 2 0.3392 0.8327 0.000 0.856 0.020 0.124
#> GSM94021 3 0.4605 0.5195 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM94022 3 0.3392 0.7144 0.124 0.000 0.856 0.020
#> GSM94023 3 0.1743 0.7244 0.056 0.000 0.940 0.004
#> GSM94024 3 0.2773 0.7166 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM94025 3 0.4522 0.5346 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM94026 4 0.6455 0.1916 0.052 0.008 0.412 0.528
#> GSM94027 3 0.4543 0.5303 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM94028 2 0.0336 0.8660 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94029 3 0.2973 0.7033 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM94030 3 0.2399 0.7194 0.048 0.000 0.920 0.032
#> GSM94031 4 0.6784 0.1838 0.000 0.104 0.368 0.528
#> GSM94032 3 0.7120 0.2342 0.136 0.008 0.572 0.284
#> GSM94033 3 0.5300 0.3494 0.000 0.012 0.580 0.408
#> GSM94034 3 0.3105 0.7055 0.140 0.000 0.856 0.004
#> GSM94035 3 0.5773 0.1131 0.004 0.020 0.500 0.476
#> GSM94036 3 0.3707 0.7160 0.132 0.000 0.840 0.028
#> GSM94037 1 0.2921 0.8139 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM94038 2 0.2081 0.8599 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM94039 2 0.0000 0.8652 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3377 0.8136 0.848 0.000 0.012 0.140
#> GSM94041 1 0.2830 0.8164 0.900 0.000 0.040 0.060
#> GSM94042 2 0.3862 0.8099 0.000 0.824 0.024 0.152
#> GSM94043 4 0.6514 0.5691 0.000 0.212 0.152 0.636
#> GSM94044 2 0.6543 0.3256 0.000 0.544 0.084 0.372
#> GSM94045 1 0.2868 0.8148 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM94046 1 0.2921 0.8139 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM94047 4 0.9154 0.5442 0.152 0.136 0.264 0.448
#> GSM94048 1 0.3833 0.7737 0.848 0.000 0.080 0.072
#> GSM94049 1 0.5944 0.6321 0.684 0.000 0.212 0.104
#> GSM94050 1 0.1302 0.8224 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM94051 4 0.8071 0.0662 0.380 0.012 0.216 0.392
#> GSM94052 1 0.1489 0.8233 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM94053 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94054 1 0.5496 0.6055 0.604 0.000 0.024 0.372
#> GSM94055 1 0.1305 0.8231 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM94056 1 0.6508 0.3988 0.568 0.000 0.088 0.344
#> GSM94057 2 0.5364 0.4794 0.000 0.652 0.028 0.320
#> GSM94058 1 0.1489 0.8213 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM94059 1 0.5869 0.5850 0.596 0.000 0.044 0.360
#> GSM94060 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94061 1 0.1211 0.8248 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94062 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94063 4 0.8385 0.5332 0.076 0.124 0.300 0.500
#> GSM94064 2 0.2197 0.8584 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM94065 1 0.0707 0.8290 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94066 2 0.2053 0.8605 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM94067 1 0.3448 0.8072 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM94068 2 0.3161 0.8367 0.000 0.864 0.012 0.124
#> GSM94069 1 0.2466 0.8218 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM94070 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94071 1 0.1118 0.8242 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM94072 1 0.1629 0.8244 0.952 0.000 0.024 0.024
#> GSM94073 1 0.7936 0.0499 0.460 0.008 0.272 0.260
#> GSM94074 1 0.1004 0.8250 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM94075 1 0.1489 0.8213 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM94155 1 0.5869 0.5850 0.596 0.000 0.044 0.360
#> GSM94156 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94157 1 0.5678 0.6572 0.640 0.000 0.044 0.316
#> GSM94160 1 0.3311 0.8053 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM94161 1 0.1520 0.8237 0.956 0.000 0.024 0.020
#> GSM94162 3 0.7386 0.0966 0.368 0.000 0.464 0.168
#> GSM94163 2 0.5311 0.5721 0.000 0.648 0.024 0.328
#> GSM94164 1 0.0817 0.8268 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94165 1 0.1661 0.8290 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM94166 1 0.5279 0.6301 0.704 0.000 0.044 0.252
#> GSM94167 4 0.6373 0.5155 0.000 0.248 0.116 0.636
#> GSM94168 1 0.1211 0.8293 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94169 4 0.8499 0.4833 0.136 0.072 0.316 0.476
#> GSM94170 1 0.4936 0.6770 0.672 0.000 0.012 0.316
#> GSM94171 1 0.0895 0.8255 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM94172 1 0.2266 0.8242 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM94173 4 0.5793 0.2394 0.000 0.360 0.040 0.600
#> GSM94174 1 0.8167 -0.1336 0.416 0.012 0.264 0.308
#> GSM94175 4 0.6768 0.5715 0.004 0.228 0.148 0.620
#> GSM94176 1 0.7034 0.4631 0.576 0.000 0.220 0.204
#> GSM94177 1 0.4827 0.7265 0.784 0.000 0.092 0.124
#> GSM94178 2 0.3900 0.8044 0.000 0.816 0.020 0.164
#> GSM98767 1 0.4549 0.7333 0.804 0.000 0.100 0.096
#> GSM98768 1 0.3617 0.7998 0.860 0.000 0.064 0.076
#> GSM98769 1 0.8003 0.1856 0.428 0.008 0.240 0.324
#> GSM98770 1 0.2888 0.8175 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM98771 4 0.6178 0.5147 0.000 0.228 0.112 0.660
#> GSM98772 1 0.2500 0.8210 0.916 0.000 0.040 0.044
#> GSM98773 3 0.3485 0.7197 0.116 0.000 0.856 0.028
#> GSM98774 3 0.8289 -0.3190 0.252 0.016 0.372 0.360
#> GSM98775 1 0.0895 0.8260 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM98776 1 0.6050 0.5442 0.668 0.000 0.232 0.100
#> GSM98777 4 0.7478 0.6190 0.036 0.176 0.180 0.608
#> GSM98778 3 0.2973 0.7033 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM98779 1 0.2530 0.8207 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM98780 1 0.2300 0.8314 0.920 0.000 0.016 0.064
#> GSM98781 1 0.7595 0.3806 0.508 0.004 0.264 0.224
#> GSM98782 1 0.1302 0.8283 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM98783 1 0.5266 0.7593 0.752 0.000 0.108 0.140
#> GSM98784 1 0.2888 0.8201 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM98871 2 0.2197 0.8590 0.000 0.916 0.004 0.080
#> GSM98872 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98873 4 0.6415 0.4734 0.000 0.288 0.100 0.612
#> GSM98874 2 0.0188 0.8645 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98875 2 0.2593 0.8529 0.000 0.892 0.004 0.104
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.3123 0.74588 0.812 0.000 0.004 0.000 0.184
#> GSM94077 3 0.2700 0.69856 0.004 0.000 0.884 0.088 0.024
#> GSM94078 4 0.4821 0.09551 0.000 0.000 0.464 0.516 0.020
#> GSM94079 3 0.1331 0.71283 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008
#> GSM94080 2 0.4133 0.80576 0.000 0.768 0.000 0.180 0.052
#> GSM94081 3 0.0798 0.72132 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM94082 3 0.4803 0.13687 0.000 0.000 0.536 0.444 0.020
#> GSM94083 3 0.0510 0.72332 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.3336 0.61643 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> GSM94085 3 0.2012 0.71175 0.000 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM94086 3 0.1408 0.71089 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> GSM94087 1 0.2574 0.77064 0.876 0.000 0.012 0.000 0.112
#> GSM94088 3 0.4686 0.30208 0.000 0.000 0.596 0.384 0.020
#> GSM94089 4 0.3274 0.62707 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> GSM94090 2 0.0290 0.86001 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94091 5 0.7917 0.55896 0.168 0.004 0.136 0.212 0.480
#> GSM94092 3 0.5619 0.46290 0.000 0.000 0.636 0.208 0.156
#> GSM94093 1 0.3088 0.72818 0.828 0.000 0.004 0.004 0.164
#> GSM94094 3 0.0404 0.72485 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM94095 3 0.0798 0.72132 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> GSM94096 4 0.4183 0.48906 0.000 0.000 0.324 0.668 0.008
#> GSM94097 1 0.2976 0.75793 0.852 0.000 0.012 0.004 0.132
#> GSM94098 3 0.0404 0.72392 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM94099 3 0.2595 0.70194 0.000 0.000 0.888 0.080 0.032
#> GSM94100 5 0.6305 0.44435 0.024 0.032 0.172 0.108 0.664
#> GSM94101 4 0.3210 0.62949 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM94102 3 0.6374 0.03800 0.028 0.000 0.508 0.088 0.376
#> GSM94103 3 0.4707 0.28131 0.000 0.000 0.588 0.392 0.020
#> GSM94104 3 0.3550 0.63547 0.000 0.000 0.796 0.184 0.020
#> GSM94105 3 0.2077 0.68279 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> GSM94106 4 0.3790 0.58118 0.000 0.000 0.272 0.724 0.004
#> GSM94107 3 0.0451 0.72527 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> GSM94108 4 0.3563 0.63136 0.000 0.000 0.208 0.780 0.012
#> GSM94109 3 0.5967 0.33747 0.024 0.000 0.616 0.092 0.268
#> GSM94110 3 0.4811 0.10959 0.000 0.000 0.528 0.452 0.020
#> GSM94111 5 0.6563 0.35260 0.016 0.000 0.260 0.180 0.544
#> GSM94112 2 0.0404 0.86043 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94113 3 0.4807 0.12401 0.000 0.000 0.532 0.448 0.020
#> GSM94114 3 0.1168 0.71678 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> GSM94115 1 0.6326 0.53196 0.612 0.000 0.116 0.040 0.232
#> GSM94116 3 0.3237 0.68402 0.000 0.000 0.848 0.104 0.048
#> GSM94117 3 0.1043 0.72120 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM94118 3 0.4798 0.14232 0.000 0.000 0.540 0.440 0.020
#> GSM94119 2 0.5091 0.60099 0.000 0.584 0.000 0.372 0.044
#> GSM94120 3 0.4675 0.29224 0.000 0.000 0.600 0.380 0.020
#> GSM94121 3 0.2561 0.69651 0.000 0.000 0.884 0.096 0.020
#> GSM94122 4 0.4256 0.62024 0.000 0.004 0.184 0.764 0.048
#> GSM94123 1 0.0865 0.80394 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM94124 4 0.4456 0.48313 0.000 0.000 0.320 0.660 0.020
#> GSM94125 2 0.0865 0.86145 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM94126 3 0.3966 0.36692 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.1965 0.79634 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM94128 3 0.1992 0.70885 0.000 0.000 0.924 0.044 0.032
#> GSM94129 3 0.4825 0.23411 0.000 0.000 0.568 0.408 0.024
#> GSM94130 1 0.4530 0.64306 0.752 0.000 0.020 0.036 0.192
#> GSM94131 1 0.1877 0.80239 0.924 0.000 0.012 0.000 0.064
#> GSM94132 1 0.2471 0.77715 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM94133 2 0.0510 0.86063 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94134 1 0.0703 0.80345 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94135 3 0.4736 0.25028 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> GSM94136 1 0.0992 0.80488 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM94137 3 0.0162 0.72416 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.4268 0.71594 0.772 0.000 0.048 0.008 0.172
#> GSM94139 4 0.3530 0.56597 0.000 0.024 0.028 0.844 0.104
#> GSM94140 5 0.6438 0.56543 0.104 0.020 0.036 0.196 0.644
#> GSM94141 5 0.5269 0.51096 0.024 0.032 0.016 0.224 0.704
#> GSM94142 1 0.1768 0.78670 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> GSM94143 4 0.4058 0.55405 0.000 0.048 0.036 0.820 0.096
#> GSM94144 5 0.7782 0.56268 0.104 0.024 0.136 0.200 0.536
#> GSM94145 1 0.0703 0.80591 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94146 1 0.1124 0.80282 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> GSM94147 5 0.7994 0.43887 0.292 0.000 0.116 0.184 0.408
#> GSM94148 1 0.4305 0.71082 0.760 0.000 0.040 0.008 0.192
#> GSM98785 4 0.3658 0.56974 0.000 0.028 0.044 0.844 0.084
#> GSM98786 5 0.8529 0.37815 0.192 0.000 0.232 0.284 0.292
#> GSM98787 3 0.1830 0.70536 0.000 0.000 0.924 0.068 0.008
#> GSM98788 3 0.3844 0.63054 0.004 0.000 0.788 0.180 0.028
#> GSM98789 5 0.7090 0.57487 0.096 0.024 0.076 0.204 0.600
#> GSM98790 4 0.4141 0.58993 0.000 0.000 0.248 0.728 0.024
#> GSM98791 1 0.0404 0.80599 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98792 4 0.4306 0.05119 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> GSM98793 1 0.6476 0.50137 0.596 0.000 0.144 0.036 0.224
#> GSM98794 1 0.3885 0.73410 0.784 0.000 0.040 0.000 0.176
#> GSM98795 1 0.3352 0.70089 0.800 0.000 0.004 0.004 0.192
#> GSM98796 1 0.0566 0.80511 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM98797 5 0.6021 0.23293 0.012 0.048 0.016 0.396 0.528
#> GSM98798 4 0.5298 0.49912 0.000 0.072 0.048 0.728 0.152
#> GSM98799 2 0.5195 0.51524 0.000 0.536 0.000 0.420 0.044
#> GSM98800 4 0.4330 0.52758 0.024 0.020 0.036 0.812 0.108
#> GSM98801 5 0.6210 0.45755 0.032 0.032 0.144 0.108 0.684
#> GSM94019 3 0.4576 0.52828 0.000 0.000 0.692 0.268 0.040
#> GSM94020 2 0.4096 0.80833 0.000 0.772 0.000 0.176 0.052
#> GSM94021 3 0.3932 0.37206 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.2234 0.71742 0.044 0.000 0.916 0.036 0.004
#> GSM94023 3 0.0609 0.72330 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM94024 3 0.0693 0.72204 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> GSM94025 3 0.3932 0.37750 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> GSM94026 5 0.6268 0.31650 0.024 0.000 0.344 0.092 0.540
#> GSM94027 3 0.3949 0.37222 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0404 0.86043 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94029 3 0.2660 0.65368 0.128 0.000 0.864 0.008 0.000
#> GSM94030 3 0.1043 0.71864 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM94031 4 0.6270 0.51283 0.000 0.056 0.112 0.640 0.192
#> GSM94032 5 0.7295 0.30240 0.108 0.000 0.352 0.084 0.456
#> GSM94033 4 0.4355 0.60350 0.000 0.000 0.224 0.732 0.044
#> GSM94034 3 0.1908 0.68379 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM94035 4 0.3992 0.57872 0.000 0.000 0.268 0.720 0.012
#> GSM94036 3 0.2517 0.67794 0.104 0.000 0.884 0.008 0.004
#> GSM94037 1 0.0865 0.80468 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94038 2 0.2735 0.85500 0.000 0.880 0.000 0.084 0.036
#> GSM94039 2 0.0162 0.85924 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94040 1 0.0992 0.80450 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM94041 1 0.6023 0.56878 0.636 0.000 0.128 0.024 0.212
#> GSM94042 2 0.4490 0.77095 0.000 0.724 0.000 0.224 0.052
#> GSM94043 4 0.4048 0.53001 0.000 0.064 0.016 0.812 0.108
#> GSM94044 2 0.5220 0.47248 0.000 0.516 0.000 0.440 0.044
#> GSM94045 1 0.0703 0.80345 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94046 1 0.0703 0.80345 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94047 4 0.7862 0.11897 0.096 0.020 0.232 0.508 0.144
#> GSM94048 1 0.5566 0.62290 0.672 0.000 0.092 0.020 0.216
#> GSM94049 1 0.6456 0.22021 0.500 0.000 0.320 0.004 0.176
#> GSM94050 1 0.1121 0.80490 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM94051 5 0.8021 0.54301 0.236 0.000 0.136 0.192 0.436
#> GSM94052 1 0.1341 0.80458 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM94053 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3006 0.73399 0.836 0.000 0.004 0.004 0.156
#> GSM94055 1 0.1197 0.80495 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94056 1 0.6950 -0.00716 0.424 0.000 0.020 0.180 0.376
#> GSM94057 2 0.5818 0.59210 0.000 0.628 0.004 0.172 0.196
#> GSM94058 1 0.1908 0.79615 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM94059 1 0.3047 0.72407 0.832 0.000 0.004 0.004 0.160
#> GSM94060 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0794 0.80439 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94062 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.6017 0.40873 0.016 0.016 0.260 0.632 0.076
#> GSM94064 2 0.2830 0.85076 0.000 0.876 0.000 0.044 0.080
#> GSM94065 1 0.0290 0.80555 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94066 2 0.2592 0.85513 0.000 0.892 0.000 0.056 0.052
#> GSM94067 1 0.1282 0.79736 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM94068 2 0.3507 0.83618 0.000 0.828 0.000 0.120 0.052
#> GSM94069 1 0.0162 0.80520 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0794 0.80439 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94072 1 0.4290 0.70561 0.756 0.000 0.044 0.004 0.196
#> GSM94073 1 0.8507 -0.35786 0.320 0.000 0.264 0.200 0.216
#> GSM94074 1 0.1544 0.80098 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM94075 1 0.2074 0.79414 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM94155 1 0.3128 0.71726 0.824 0.000 0.004 0.004 0.168
#> GSM94156 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3167 0.71995 0.820 0.000 0.004 0.004 0.172
#> GSM94160 1 0.1704 0.78332 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> GSM94161 1 0.4290 0.70561 0.756 0.000 0.044 0.004 0.196
#> GSM94162 3 0.7187 -0.19432 0.344 0.000 0.452 0.044 0.160
#> GSM94163 2 0.5128 0.63598 0.000 0.604 0.000 0.344 0.052
#> GSM94164 1 0.3399 0.75119 0.812 0.000 0.020 0.000 0.168
#> GSM94165 1 0.0290 0.80504 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94166 1 0.2964 0.73365 0.840 0.000 0.004 0.004 0.152
#> GSM94167 4 0.3590 0.53654 0.000 0.036 0.008 0.828 0.128
#> GSM94168 1 0.2179 0.78967 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM94169 4 0.8366 -0.17191 0.088 0.020 0.252 0.404 0.236
#> GSM94170 1 0.2339 0.76878 0.892 0.000 0.004 0.004 0.100
#> GSM94171 1 0.2813 0.75738 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM94172 1 0.0162 0.80471 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94173 4 0.5613 0.09865 0.000 0.308 0.000 0.592 0.100
#> GSM94174 5 0.8569 0.41939 0.256 0.000 0.216 0.232 0.296
#> GSM94175 4 0.3463 0.55697 0.000 0.040 0.020 0.852 0.088
#> GSM94176 1 0.6421 0.41148 0.592 0.000 0.188 0.024 0.196
#> GSM94177 1 0.5544 0.57159 0.628 0.000 0.032 0.040 0.300
#> GSM94178 2 0.4887 0.70585 0.000 0.660 0.000 0.288 0.052
#> GSM98767 1 0.5866 0.54661 0.612 0.000 0.048 0.044 0.296
#> GSM98768 1 0.2026 0.79844 0.928 0.000 0.016 0.012 0.044
#> GSM98769 1 0.7274 0.17909 0.488 0.000 0.184 0.052 0.276
#> GSM98770 1 0.0404 0.80455 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98771 4 0.3510 0.53722 0.000 0.032 0.008 0.832 0.128
#> GSM98772 1 0.4677 0.68532 0.732 0.000 0.068 0.004 0.196
#> GSM98773 3 0.1710 0.72525 0.012 0.000 0.944 0.024 0.020
#> GSM98774 1 0.8361 -0.27260 0.344 0.000 0.292 0.168 0.196
#> GSM98775 1 0.2179 0.78852 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM98776 1 0.6968 0.36686 0.540 0.000 0.188 0.044 0.228
#> GSM98777 4 0.5325 0.51220 0.020 0.020 0.112 0.744 0.104
#> GSM98778 3 0.2124 0.67309 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> GSM98779 1 0.0510 0.80383 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98780 1 0.0671 0.80711 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> GSM98781 1 0.7311 0.17773 0.484 0.000 0.236 0.048 0.232
#> GSM98782 1 0.0671 0.80385 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM98783 1 0.3993 0.63867 0.756 0.000 0.216 0.000 0.028
#> GSM98784 1 0.1124 0.79786 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM98871 2 0.2708 0.85567 0.000 0.884 0.000 0.072 0.044
#> GSM98872 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.6508 0.40422 0.000 0.132 0.020 0.528 0.320
#> GSM98874 2 0.0000 0.85853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3090 0.84999 0.000 0.860 0.000 0.088 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.2250 0.343252 0.888 0.000 0.020 0.000 0.092 0.000
#> GSM94077 3 0.2814 0.711125 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008 0.000
#> GSM94078 4 0.4900 0.561524 0.000 0.000 0.268 0.656 0.040 0.036
#> GSM94079 3 0.1003 0.812288 0.020 0.000 0.964 0.016 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.5121 0.771699 0.000 0.704 0.000 0.100 0.060 0.136
#> GSM94081 3 0.0508 0.812629 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000
#> GSM94082 4 0.5224 0.497461 0.000 0.000 0.316 0.600 0.048 0.036
#> GSM94083 3 0.1471 0.802908 0.004 0.000 0.932 0.064 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.1757 0.630195 0.000 0.000 0.076 0.916 0.000 0.008
#> GSM94085 3 0.3998 0.720602 0.000 0.000 0.784 0.132 0.060 0.024
#> GSM94086 3 0.0551 0.808112 0.008 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004
#> GSM94087 5 0.3717 0.603068 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM94088 4 0.5366 0.337230 0.000 0.000 0.396 0.524 0.048 0.032
#> GSM94089 4 0.1625 0.628496 0.000 0.000 0.060 0.928 0.000 0.012
#> GSM94090 2 0.0260 0.816025 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94091 1 0.7649 -0.120811 0.468 0.008 0.088 0.036 0.212 0.188
#> GSM94092 3 0.5527 0.499324 0.008 0.000 0.628 0.252 0.080 0.032
#> GSM94093 5 0.3547 0.664755 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668 0.000
#> GSM94094 3 0.0891 0.810324 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM94095 3 0.0291 0.810008 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM94096 4 0.4136 0.621236 0.000 0.000 0.156 0.768 0.040 0.036
#> GSM94097 5 0.3911 0.608993 0.368 0.000 0.008 0.000 0.624 0.000
#> GSM94098 3 0.0858 0.812715 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM94099 3 0.3499 0.744011 0.000 0.000 0.812 0.132 0.044 0.012
#> GSM94100 6 0.3752 0.692413 0.000 0.012 0.048 0.028 0.088 0.824
#> GSM94101 4 0.1285 0.624448 0.000 0.000 0.052 0.944 0.000 0.004
#> GSM94102 3 0.6012 0.045424 0.008 0.000 0.484 0.024 0.100 0.384
#> GSM94103 4 0.5232 0.445372 0.000 0.000 0.356 0.568 0.040 0.036
#> GSM94104 3 0.5051 0.294070 0.000 0.000 0.604 0.324 0.048 0.024
#> GSM94105 3 0.1226 0.791727 0.040 0.000 0.952 0.000 0.004 0.004
#> GSM94106 4 0.2308 0.630135 0.000 0.000 0.108 0.880 0.004 0.008
#> GSM94107 3 0.0291 0.811209 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94108 4 0.1141 0.623990 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM94109 3 0.5508 0.456597 0.004 0.000 0.620 0.028 0.092 0.256
#> GSM94110 4 0.5092 0.515485 0.000 0.000 0.312 0.612 0.040 0.036
#> GSM94111 6 0.4735 0.670381 0.000 0.000 0.128 0.048 0.088 0.736
#> GSM94112 2 0.1036 0.818434 0.000 0.964 0.000 0.024 0.008 0.004
#> GSM94113 4 0.5162 0.485193 0.000 0.000 0.332 0.592 0.040 0.036
#> GSM94114 3 0.0436 0.808619 0.004 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> GSM94115 1 0.3005 0.340522 0.848 0.000 0.036 0.000 0.108 0.008
#> GSM94116 3 0.4725 0.694935 0.012 0.000 0.740 0.144 0.080 0.024
#> GSM94117 3 0.1219 0.808507 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.5077 0.523649 0.000 0.000 0.308 0.616 0.040 0.036
#> GSM94119 2 0.6002 0.401404 0.000 0.448 0.000 0.420 0.044 0.088
#> GSM94120 4 0.5187 0.479754 0.000 0.000 0.340 0.584 0.040 0.036
#> GSM94121 3 0.4084 0.691841 0.000 0.000 0.776 0.144 0.048 0.032
#> GSM94122 4 0.2786 0.596494 0.000 0.000 0.056 0.860 0.000 0.084
#> GSM94123 1 0.3706 -0.113896 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> GSM94124 4 0.4399 0.616186 0.000 0.000 0.188 0.736 0.040 0.036
#> GSM94125 2 0.2188 0.821076 0.000 0.912 0.000 0.032 0.036 0.020
#> GSM94126 3 0.3916 0.527716 0.276 0.000 0.704 0.008 0.004 0.008
#> GSM94127 1 0.3266 0.152089 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272 0.000
#> GSM94128 3 0.3508 0.743388 0.000 0.000 0.832 0.032 0.072 0.064
#> GSM94129 4 0.5478 0.428337 0.000 0.000 0.352 0.552 0.064 0.032
#> GSM94130 5 0.3606 0.667961 0.256 0.000 0.000 0.000 0.728 0.016
#> GSM94131 1 0.3340 0.253916 0.784 0.000 0.016 0.000 0.196 0.004
#> GSM94132 1 0.2536 0.325190 0.864 0.000 0.020 0.000 0.116 0.000
#> GSM94133 2 0.1426 0.819543 0.000 0.948 0.000 0.028 0.016 0.008
#> GSM94134 1 0.4109 -0.166881 0.596 0.000 0.008 0.000 0.392 0.004
#> GSM94135 4 0.5174 0.482656 0.000 0.000 0.336 0.588 0.040 0.036
#> GSM94136 1 0.3819 -0.094440 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> GSM94137 3 0.1204 0.805082 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.2604 0.348833 0.872 0.000 0.028 0.000 0.096 0.004
#> GSM94139 4 0.3620 0.505372 0.000 0.028 0.000 0.816 0.044 0.112
#> GSM94140 6 0.7058 0.542230 0.196 0.012 0.012 0.032 0.324 0.424
#> GSM94141 6 0.5392 0.667566 0.028 0.028 0.000 0.044 0.252 0.648
#> GSM94142 5 0.3851 0.524838 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM94143 4 0.4431 0.491561 0.000 0.036 0.000 0.760 0.100 0.104
#> GSM94144 5 0.8308 -0.496749 0.284 0.028 0.084 0.032 0.316 0.256
#> GSM94145 1 0.3464 0.060804 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> GSM94146 5 0.3971 0.537419 0.448 0.000 0.004 0.000 0.548 0.000
#> GSM94147 1 0.7157 0.011108 0.488 0.008 0.080 0.016 0.272 0.136
#> GSM94148 1 0.2052 0.359182 0.912 0.000 0.028 0.000 0.056 0.004
#> GSM98785 4 0.3161 0.552126 0.000 0.020 0.000 0.852 0.060 0.068
#> GSM98786 1 0.6733 0.147533 0.596 0.008 0.136 0.048 0.164 0.048
#> GSM98787 3 0.3949 0.734642 0.000 0.000 0.800 0.056 0.100 0.044
#> GSM98788 3 0.5140 0.644964 0.044 0.000 0.712 0.172 0.032 0.040
#> GSM98789 6 0.7495 0.476762 0.308 0.024 0.008 0.040 0.280 0.340
#> GSM98790 4 0.3707 0.605850 0.000 0.000 0.080 0.820 0.048 0.052
#> GSM98791 1 0.3647 -0.045370 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM98792 4 0.5496 0.538561 0.008 0.000 0.272 0.620 0.064 0.036
#> GSM98793 1 0.3700 0.336965 0.800 0.000 0.116 0.000 0.076 0.008
#> GSM98794 1 0.2237 0.352044 0.896 0.000 0.036 0.000 0.068 0.000
#> GSM98795 5 0.3215 0.679519 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756 0.004
#> GSM98796 1 0.3737 -0.111807 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM98797 6 0.5094 0.640782 0.004 0.048 0.000 0.072 0.176 0.700
#> GSM98798 4 0.6450 0.002074 0.000 0.040 0.004 0.468 0.148 0.340
#> GSM98799 4 0.5998 -0.355926 0.000 0.412 0.000 0.456 0.044 0.088
#> GSM98800 4 0.4968 0.495835 0.000 0.028 0.004 0.712 0.132 0.124
#> GSM98801 6 0.3865 0.695041 0.008 0.012 0.024 0.028 0.112 0.816
#> GSM94019 4 0.5850 0.170639 0.000 0.000 0.428 0.456 0.072 0.044
#> GSM94020 2 0.5031 0.776033 0.000 0.712 0.000 0.092 0.060 0.136
#> GSM94021 3 0.3874 0.524738 0.268 0.000 0.712 0.008 0.008 0.004
#> GSM94022 3 0.2086 0.799583 0.008 0.000 0.920 0.008 0.036 0.028
#> GSM94023 3 0.0717 0.811816 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM94024 3 0.0291 0.810008 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM94025 3 0.3859 0.553922 0.252 0.000 0.724 0.016 0.004 0.004
#> GSM94026 6 0.5424 0.583969 0.000 0.000 0.216 0.048 0.088 0.648
#> GSM94027 3 0.3937 0.522196 0.280 0.000 0.700 0.008 0.004 0.008
#> GSM94028 2 0.0458 0.817033 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3340 0.742803 0.112 0.000 0.832 0.000 0.028 0.028
#> GSM94030 3 0.1844 0.795387 0.000 0.000 0.924 0.004 0.048 0.024
#> GSM94031 4 0.6294 0.412228 0.000 0.040 0.120 0.616 0.044 0.180
#> GSM94032 6 0.6506 0.427575 0.012 0.000 0.280 0.012 0.244 0.452
#> GSM94033 4 0.2350 0.623371 0.000 0.000 0.076 0.888 0.000 0.036
#> GSM94034 3 0.1003 0.803613 0.028 0.000 0.964 0.000 0.004 0.004
#> GSM94035 4 0.2933 0.628133 0.000 0.000 0.092 0.860 0.016 0.032
#> GSM94036 3 0.2361 0.784127 0.064 0.000 0.896 0.000 0.032 0.008
#> GSM94037 1 0.3955 -0.306455 0.560 0.000 0.000 0.000 0.436 0.004
#> GSM94038 2 0.4305 0.801738 0.000 0.776 0.000 0.076 0.052 0.096
#> GSM94039 2 0.0653 0.814027 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> GSM94040 1 0.4161 -0.130611 0.608 0.000 0.012 0.000 0.376 0.004
#> GSM94041 1 0.3279 0.349472 0.828 0.000 0.108 0.000 0.060 0.004
#> GSM94042 2 0.5934 0.708260 0.000 0.620 0.000 0.168 0.076 0.136
#> GSM94043 4 0.3989 0.483996 0.000 0.032 0.000 0.788 0.052 0.128
#> GSM94044 4 0.6311 -0.417029 0.000 0.412 0.000 0.416 0.044 0.128
#> GSM94045 1 0.3955 -0.269694 0.560 0.000 0.000 0.000 0.436 0.004
#> GSM94046 1 0.3961 -0.303701 0.556 0.000 0.000 0.000 0.440 0.004
#> GSM94047 1 0.8470 -0.250905 0.340 0.020 0.124 0.296 0.168 0.052
#> GSM94048 1 0.2176 0.350479 0.896 0.000 0.024 0.000 0.080 0.000
#> GSM94049 1 0.4203 0.252654 0.652 0.000 0.316 0.000 0.032 0.000
#> GSM94050 1 0.3464 0.084458 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> GSM94051 1 0.7073 0.045583 0.524 0.008 0.084 0.016 0.220 0.148
#> GSM94052 1 0.3531 0.050427 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> GSM94053 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94054 5 0.3360 0.688726 0.264 0.000 0.000 0.000 0.732 0.004
#> GSM94055 1 0.3499 0.068504 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM94056 1 0.4782 0.245774 0.704 0.000 0.016 0.004 0.196 0.080
#> GSM94057 2 0.4158 0.762516 0.000 0.768 0.000 0.032 0.048 0.152
#> GSM94058 1 0.2793 0.251213 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM94059 5 0.3240 0.681866 0.244 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004
#> GSM94060 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94061 1 0.3515 0.049453 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM94062 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94063 4 0.6098 0.539092 0.016 0.008 0.144 0.648 0.124 0.060
#> GSM94064 2 0.3582 0.803112 0.000 0.820 0.000 0.020 0.064 0.096
#> GSM94065 1 0.3592 -0.004676 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> GSM94066 2 0.4184 0.806424 0.000 0.784 0.000 0.048 0.068 0.100
#> GSM94067 5 0.3828 0.562192 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM94068 2 0.5371 0.754085 0.000 0.684 0.000 0.104 0.076 0.136
#> GSM94069 1 0.3819 -0.086918 0.624 0.000 0.000 0.000 0.372 0.004
#> GSM94070 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94071 1 0.3515 0.059590 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM94072 1 0.1867 0.364182 0.916 0.000 0.064 0.000 0.020 0.000
#> GSM94073 1 0.5822 0.261793 0.640 0.008 0.176 0.004 0.136 0.036
#> GSM94074 1 0.3221 0.146627 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> GSM94075 1 0.2664 0.269153 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM94155 5 0.3240 0.681866 0.244 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004
#> GSM94156 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94157 5 0.3468 0.689681 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> GSM94160 5 0.3659 0.642749 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> GSM94161 1 0.1225 0.365530 0.952 0.000 0.036 0.000 0.012 0.000
#> GSM94162 1 0.6199 -0.000419 0.472 0.008 0.408 0.056 0.044 0.012
#> GSM94163 2 0.6584 0.570389 0.000 0.496 0.000 0.288 0.080 0.136
#> GSM94164 1 0.2558 0.344020 0.868 0.000 0.028 0.000 0.104 0.000
#> GSM94165 1 0.3659 -0.054508 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM94166 5 0.3819 0.592471 0.372 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004
#> GSM94167 4 0.3864 0.493739 0.000 0.032 0.000 0.800 0.052 0.116
#> GSM94168 1 0.2178 0.300767 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM94169 1 0.8355 -0.272009 0.336 0.008 0.136 0.304 0.156 0.060
#> GSM94170 5 0.3695 0.658098 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM94171 1 0.2006 0.324920 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104 0.000
#> GSM94172 1 0.3706 -0.097848 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> GSM94173 2 0.6714 0.495206 0.000 0.464 0.000 0.312 0.084 0.140
#> GSM94174 1 0.5987 0.235536 0.628 0.004 0.168 0.008 0.148 0.044
#> GSM94175 4 0.3693 0.516080 0.000 0.020 0.000 0.812 0.072 0.096
#> GSM94176 1 0.4897 0.290919 0.700 0.000 0.152 0.000 0.128 0.020
#> GSM94177 1 0.2712 0.331370 0.864 0.000 0.012 0.000 0.108 0.016
#> GSM94178 2 0.6261 0.659761 0.000 0.572 0.000 0.212 0.080 0.136
#> GSM98767 1 0.2859 0.337620 0.856 0.000 0.028 0.000 0.108 0.008
#> GSM98768 1 0.4178 -0.136020 0.560 0.000 0.008 0.000 0.428 0.004
#> GSM98769 1 0.6349 0.188468 0.548 0.008 0.156 0.004 0.252 0.032
#> GSM98770 1 0.3881 -0.142876 0.600 0.000 0.000 0.000 0.396 0.004
#> GSM98771 4 0.4069 0.477412 0.000 0.032 0.000 0.780 0.052 0.136
#> GSM98772 1 0.2214 0.360135 0.888 0.000 0.096 0.000 0.016 0.000
#> GSM98773 3 0.2333 0.769993 0.004 0.000 0.872 0.120 0.004 0.000
#> GSM98774 1 0.6421 0.163744 0.576 0.008 0.256 0.032 0.096 0.032
#> GSM98775 1 0.2527 0.271282 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM98776 1 0.4632 0.302416 0.728 0.000 0.156 0.000 0.092 0.024
#> GSM98777 4 0.5747 0.513683 0.016 0.020 0.036 0.688 0.128 0.112
#> GSM98778 3 0.1194 0.802487 0.032 0.000 0.956 0.008 0.000 0.004
#> GSM98779 1 0.3717 -0.120986 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM98780 1 0.3862 -0.363226 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000
#> GSM98781 1 0.6064 0.211523 0.572 0.000 0.224 0.004 0.168 0.032
#> GSM98782 1 0.3747 -0.119571 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM98783 1 0.5475 0.029381 0.588 0.000 0.184 0.000 0.224 0.004
#> GSM98784 5 0.3868 0.433414 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000
#> GSM98871 2 0.4008 0.805372 0.000 0.796 0.000 0.044 0.060 0.100
#> GSM98872 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM98873 6 0.6037 0.002807 0.000 0.112 0.000 0.424 0.032 0.432
#> GSM98874 2 0.0458 0.810542 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM98875 2 0.4741 0.788138 0.000 0.740 0.000 0.068 0.072 0.120
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:mclust 138 2.28e-03 2
#> CV:mclust 182 2.63e-09 3
#> CV:mclust 156 3.61e-08 4
#> CV:mclust 147 3.38e-05 5
#> CV:mclust 100 6.40e-04 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.962 0.984 0.3718 0.623 0.623
#> 3 3 0.607 0.779 0.895 0.6602 0.632 0.463
#> 4 4 0.545 0.582 0.760 0.1786 0.779 0.489
#> 5 5 0.641 0.644 0.814 0.0782 0.854 0.527
#> 6 6 0.644 0.499 0.736 0.0474 0.867 0.503
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.1633 0.943 0.024 0.976
#> GSM94085 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.2236 0.935 0.036 0.964
#> GSM94090 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94096 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.8661 0.628 0.288 0.712
#> GSM94101 2 0.1184 0.948 0.016 0.984
#> GSM94102 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94103 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94104 1 0.1633 0.968 0.976 0.024
#> GSM94105 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.8081 0.693 0.248 0.752
#> GSM94107 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94109 1 0.9129 0.478 0.672 0.328
#> GSM94110 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94111 2 0.3584 0.908 0.068 0.932
#> GSM94112 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94118 1 0.6623 0.778 0.828 0.172
#> GSM94119 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94121 1 0.1633 0.968 0.976 0.024
#> GSM94122 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.0938 0.981 0.988 0.012
#> GSM94125 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94129 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.9087 0.560 0.324 0.676
#> GSM94140 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94141 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94144 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98788 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.9323 0.508 0.348 0.652
#> GSM98798 2 0.9909 0.256 0.444 0.556
#> GSM98799 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98800 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98801 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> GSM94019 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94026 1 0.9933 0.106 0.548 0.452
#> GSM94027 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.4690 0.878 0.100 0.900
#> GSM94044 2 0.0376 0.955 0.004 0.996
#> GSM94045 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.2236 0.935 0.036 0.964
#> GSM94168 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94175 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.3274 0.915 0.060 0.940
#> GSM98874 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 3 0.5785 0.56749 0.332 0.000 0.668
#> GSM94077 3 0.1163 0.85828 0.028 0.000 0.972
#> GSM94078 3 0.0892 0.85805 0.020 0.000 0.980
#> GSM94079 3 0.5431 0.66145 0.284 0.000 0.716
#> GSM94080 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.2878 0.83391 0.096 0.000 0.904
#> GSM94082 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94083 3 0.1643 0.85841 0.044 0.000 0.956
#> GSM94084 3 0.0592 0.85241 0.000 0.012 0.988
#> GSM94085 3 0.1289 0.85849 0.032 0.000 0.968
#> GSM94086 3 0.5988 0.41157 0.368 0.000 0.632
#> GSM94087 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94089 3 0.0892 0.84891 0.000 0.020 0.980
#> GSM94090 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.6180 0.30890 0.416 0.000 0.584
#> GSM94092 3 0.1163 0.85940 0.028 0.000 0.972
#> GSM94093 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.3267 0.82011 0.116 0.000 0.884
#> GSM94095 3 0.2625 0.84081 0.084 0.000 0.916
#> GSM94096 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94097 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.1753 0.85623 0.048 0.000 0.952
#> GSM94099 3 0.1163 0.85828 0.028 0.000 0.972
#> GSM94100 1 0.5508 0.67612 0.784 0.188 0.028
#> GSM94101 3 0.0424 0.85116 0.000 0.008 0.992
#> GSM94102 1 0.0592 0.87862 0.988 0.000 0.012
#> GSM94103 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94104 3 0.2564 0.84848 0.028 0.036 0.936
#> GSM94105 1 0.6307 0.03491 0.512 0.000 0.488
#> GSM94106 3 0.2625 0.81501 0.000 0.084 0.916
#> GSM94107 3 0.1529 0.85795 0.040 0.000 0.960
#> GSM94108 3 0.0592 0.84927 0.000 0.012 0.988
#> GSM94109 1 0.7402 0.47844 0.624 0.052 0.324
#> GSM94110 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94111 1 0.8468 0.33181 0.576 0.308 0.116
#> GSM94112 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94114 3 0.5560 0.56605 0.300 0.000 0.700
#> GSM94115 3 0.5591 0.60274 0.304 0.000 0.696
#> GSM94116 3 0.0000 0.85232 0.000 0.000 1.000
#> GSM94117 3 0.1643 0.85721 0.044 0.000 0.956
#> GSM94118 3 0.0000 0.85232 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 3 0.4062 0.74887 0.000 0.164 0.836
#> GSM94120 3 0.0000 0.85232 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.1337 0.85540 0.012 0.016 0.972
#> GSM94122 2 0.6126 0.33690 0.000 0.600 0.400
#> GSM94123 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0237 0.85395 0.004 0.000 0.996
#> GSM94125 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2448 0.85593 0.924 0.000 0.076
#> GSM94127 1 0.3192 0.82494 0.888 0.000 0.112
#> GSM94128 1 0.5678 0.58658 0.684 0.000 0.316
#> GSM94129 3 0.0592 0.85655 0.012 0.000 0.988
#> GSM94130 1 0.1163 0.86914 0.972 0.000 0.028
#> GSM94131 1 0.1411 0.87574 0.964 0.000 0.036
#> GSM94132 1 0.5760 0.50477 0.672 0.000 0.328
#> GSM94133 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0747 0.88064 0.984 0.000 0.016
#> GSM94135 3 0.1031 0.85850 0.024 0.000 0.976
#> GSM94136 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.1529 0.85795 0.040 0.000 0.960
#> GSM94138 1 0.1289 0.87721 0.968 0.000 0.032
#> GSM94139 3 0.0424 0.84923 0.000 0.008 0.992
#> GSM94140 1 0.1163 0.86914 0.972 0.000 0.028
#> GSM94141 1 0.1163 0.86914 0.972 0.000 0.028
#> GSM94142 1 0.0237 0.88036 0.996 0.000 0.004
#> GSM94143 3 0.3412 0.81305 0.124 0.000 0.876
#> GSM94144 1 0.1163 0.86914 0.972 0.000 0.028
#> GSM94145 1 0.0892 0.88025 0.980 0.000 0.020
#> GSM94146 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.1163 0.86914 0.972 0.000 0.028
#> GSM94148 1 0.2066 0.86309 0.940 0.000 0.060
#> GSM98785 3 0.0000 0.85232 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.4399 0.74921 0.188 0.000 0.812
#> GSM98787 1 0.6079 0.40217 0.612 0.000 0.388
#> GSM98788 3 0.3267 0.82983 0.116 0.000 0.884
#> GSM98789 1 0.3619 0.80515 0.864 0.000 0.136
#> GSM98790 3 0.5397 0.54526 0.000 0.280 0.720
#> GSM98791 1 0.0747 0.88064 0.984 0.000 0.016
#> GSM98792 3 0.1411 0.85943 0.036 0.000 0.964
#> GSM98793 3 0.6111 0.41816 0.396 0.000 0.604
#> GSM98794 3 0.6111 0.42291 0.396 0.000 0.604
#> GSM98795 1 0.1031 0.87056 0.976 0.000 0.024
#> GSM98796 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.7292 0.07448 0.472 0.500 0.028
#> GSM98798 2 0.6267 0.18306 0.452 0.548 0.000
#> GSM98799 3 0.3482 0.78148 0.000 0.128 0.872
#> GSM98800 3 0.2356 0.84222 0.072 0.000 0.928
#> GSM98801 1 0.3678 0.80968 0.892 0.080 0.028
#> GSM94019 3 0.0747 0.85313 0.016 0.000 0.984
#> GSM94020 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.5058 0.66263 0.756 0.000 0.244
#> GSM94022 1 0.5291 0.65138 0.732 0.000 0.268
#> GSM94023 3 0.1529 0.85795 0.040 0.000 0.960
#> GSM94024 3 0.1964 0.85354 0.056 0.000 0.944
#> GSM94025 3 0.4750 0.75467 0.216 0.000 0.784
#> GSM94026 1 0.6208 0.71052 0.776 0.088 0.136
#> GSM94027 1 0.2537 0.85319 0.920 0.000 0.080
#> GSM94028 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 1 0.3412 0.81709 0.876 0.000 0.124
#> GSM94030 3 0.3267 0.82839 0.116 0.000 0.884
#> GSM94031 2 0.3879 0.79415 0.000 0.848 0.152
#> GSM94032 1 0.1289 0.87249 0.968 0.000 0.032
#> GSM94033 3 0.3192 0.78459 0.000 0.112 0.888
#> GSM94034 1 0.6204 0.30626 0.576 0.000 0.424
#> GSM94035 3 0.5763 0.54814 0.008 0.276 0.716
#> GSM94036 1 0.4121 0.75689 0.832 0.000 0.168
#> GSM94037 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0892 0.88021 0.980 0.000 0.020
#> GSM94041 3 0.4504 0.76180 0.196 0.000 0.804
#> GSM94042 2 0.1163 0.91868 0.000 0.972 0.028
#> GSM94043 3 0.1453 0.85358 0.008 0.024 0.968
#> GSM94044 3 0.2878 0.80841 0.000 0.096 0.904
#> GSM94045 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.4062 0.77344 0.164 0.000 0.836
#> GSM94048 3 0.5810 0.55506 0.336 0.000 0.664
#> GSM94049 3 0.6244 0.32564 0.440 0.000 0.560
#> GSM94050 1 0.1163 0.87936 0.972 0.000 0.028
#> GSM94051 1 0.1643 0.86724 0.956 0.000 0.044
#> GSM94052 1 0.0892 0.88096 0.980 0.000 0.020
#> GSM94053 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0892 0.88025 0.980 0.000 0.020
#> GSM94056 1 0.2959 0.83748 0.900 0.000 0.100
#> GSM94057 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.5098 0.65695 0.752 0.000 0.248
#> GSM94059 1 0.0747 0.87443 0.984 0.000 0.016
#> GSM94060 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0892 0.85541 0.020 0.000 0.980
#> GSM94064 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0424 0.88063 0.992 0.000 0.008
#> GSM94066 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0424 0.88063 0.992 0.000 0.008
#> GSM94068 2 0.0592 0.92843 0.000 0.988 0.012
#> GSM94069 1 0.0892 0.88021 0.980 0.000 0.020
#> GSM94070 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0747 0.88064 0.984 0.000 0.016
#> GSM94072 1 0.6307 -0.02876 0.512 0.000 0.488
#> GSM94073 3 0.5968 0.45854 0.364 0.000 0.636
#> GSM94074 1 0.2356 0.85471 0.928 0.000 0.072
#> GSM94075 1 0.5178 0.64566 0.744 0.000 0.256
#> GSM94155 1 0.0892 0.87274 0.980 0.000 0.020
#> GSM94156 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.5760 0.50636 0.672 0.000 0.328
#> GSM94162 1 0.6291 0.00764 0.532 0.000 0.468
#> GSM94163 3 0.4121 0.74023 0.000 0.168 0.832
#> GSM94164 1 0.6225 0.19875 0.568 0.000 0.432
#> GSM94165 1 0.0747 0.88064 0.984 0.000 0.016
#> GSM94166 1 0.1163 0.86914 0.972 0.000 0.028
#> GSM94167 3 0.1289 0.84128 0.000 0.032 0.968
#> GSM94168 1 0.2959 0.83423 0.900 0.000 0.100
#> GSM94169 3 0.4750 0.72055 0.216 0.000 0.784
#> GSM94170 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 3 0.6192 0.36584 0.420 0.000 0.580
#> GSM94172 1 0.0424 0.88063 0.992 0.000 0.008
#> GSM94173 2 0.1585 0.91541 0.008 0.964 0.028
#> GSM94174 3 0.5098 0.67305 0.248 0.000 0.752
#> GSM94175 3 0.0000 0.85232 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0592 0.88160 0.988 0.000 0.012
#> GSM94177 1 0.4750 0.71714 0.784 0.000 0.216
#> GSM94178 2 0.1753 0.90564 0.000 0.952 0.048
#> GSM98767 1 0.6026 0.40529 0.624 0.000 0.376
#> GSM98768 1 0.0237 0.87898 0.996 0.000 0.004
#> GSM98769 1 0.0892 0.87371 0.980 0.000 0.020
#> GSM98770 1 0.0892 0.88021 0.980 0.000 0.020
#> GSM98771 3 0.2261 0.81903 0.000 0.068 0.932
#> GSM98772 1 0.4887 0.69010 0.772 0.000 0.228
#> GSM98773 3 0.3752 0.81899 0.144 0.000 0.856
#> GSM98774 3 0.4504 0.76259 0.196 0.000 0.804
#> GSM98775 1 0.2165 0.86026 0.936 0.000 0.064
#> GSM98776 3 0.5988 0.45553 0.368 0.000 0.632
#> GSM98777 3 0.1643 0.85111 0.044 0.000 0.956
#> GSM98778 1 0.5098 0.65822 0.752 0.000 0.248
#> GSM98779 1 0.1289 0.87598 0.968 0.000 0.032
#> GSM98780 1 0.0000 0.87976 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0592 0.88173 0.988 0.000 0.012
#> GSM98782 1 0.0424 0.88063 0.992 0.000 0.008
#> GSM98783 1 0.2261 0.85690 0.932 0.000 0.068
#> GSM98784 1 0.0237 0.88036 0.996 0.000 0.004
#> GSM98871 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4742 0.80693 0.104 0.848 0.048
#> GSM98874 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.93512 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 3 0.3172 0.6209 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM94077 3 0.4360 0.3020 0.008 0.000 0.744 0.248
#> GSM94078 3 0.1389 0.6369 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM94079 4 0.6770 0.6397 0.128 0.000 0.292 0.580
#> GSM94080 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94081 4 0.6261 0.6667 0.080 0.000 0.312 0.608
#> GSM94082 3 0.1637 0.6269 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM94083 4 0.5487 0.6581 0.020 0.000 0.400 0.580
#> GSM94084 4 0.4972 0.5777 0.000 0.000 0.456 0.544
#> GSM94085 4 0.5231 0.6719 0.012 0.000 0.384 0.604
#> GSM94086 4 0.6705 0.6317 0.148 0.000 0.244 0.608
#> GSM94087 1 0.2882 0.7710 0.892 0.084 0.000 0.024
#> GSM94088 3 0.1022 0.6470 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM94089 3 0.1637 0.6258 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM94090 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94091 3 0.6083 0.4230 0.044 0.372 0.580 0.004
#> GSM94092 3 0.0376 0.6639 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM94093 1 0.3853 0.7445 0.820 0.160 0.000 0.020
#> GSM94094 4 0.5313 0.6764 0.016 0.000 0.376 0.608
#> GSM94095 4 0.5882 0.6780 0.048 0.000 0.344 0.608
#> GSM94096 3 0.4804 -0.1797 0.000 0.000 0.616 0.384
#> GSM94097 1 0.4574 0.7182 0.756 0.220 0.000 0.024
#> GSM94098 4 0.5428 0.6745 0.020 0.000 0.380 0.600
#> GSM94099 3 0.0336 0.6602 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94100 1 0.7567 0.3661 0.412 0.396 0.000 0.192
#> GSM94101 3 0.4967 -0.3906 0.000 0.000 0.548 0.452
#> GSM94102 1 0.5851 0.4991 0.660 0.068 0.000 0.272
#> GSM94103 3 0.4999 -0.4896 0.000 0.000 0.508 0.492
#> GSM94104 4 0.5204 0.6759 0.012 0.000 0.376 0.612
#> GSM94105 4 0.6883 0.5968 0.192 0.000 0.212 0.596
#> GSM94106 4 0.5016 0.6576 0.000 0.004 0.396 0.600
#> GSM94107 4 0.5138 0.6701 0.008 0.000 0.392 0.600
#> GSM94108 3 0.4252 0.2769 0.000 0.004 0.744 0.252
#> GSM94109 4 0.5903 0.4953 0.332 0.000 0.052 0.616
#> GSM94110 3 0.4356 0.1679 0.000 0.000 0.708 0.292
#> GSM94111 4 0.5686 0.4486 0.032 0.376 0.000 0.592
#> GSM94112 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94113 3 0.1940 0.6109 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM94114 4 0.6436 0.6609 0.100 0.000 0.292 0.608
#> GSM94115 3 0.1022 0.6695 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM94116 3 0.3032 0.5561 0.000 0.008 0.868 0.124
#> GSM94117 4 0.6069 0.6641 0.056 0.000 0.356 0.588
#> GSM94118 4 0.4907 0.6337 0.000 0.000 0.420 0.580
#> GSM94119 3 0.3266 0.6293 0.000 0.040 0.876 0.084
#> GSM94120 4 0.4888 0.6428 0.000 0.000 0.412 0.588
#> GSM94121 4 0.4991 0.6679 0.004 0.000 0.388 0.608
#> GSM94122 4 0.4046 0.1577 0.000 0.124 0.048 0.828
#> GSM94123 1 0.0657 0.7853 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM94124 4 0.4933 0.6169 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM94125 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94126 1 0.2987 0.7220 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM94127 1 0.5028 0.3107 0.596 0.000 0.400 0.004
#> GSM94128 4 0.5922 0.4880 0.028 0.348 0.012 0.612
#> GSM94129 3 0.4304 0.2067 0.000 0.000 0.716 0.284
#> GSM94130 1 0.5393 0.6093 0.608 0.376 0.008 0.008
#> GSM94131 1 0.4511 0.5909 0.724 0.000 0.268 0.008
#> GSM94132 3 0.4543 0.4516 0.324 0.000 0.676 0.000
#> GSM94133 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94134 1 0.0927 0.7830 0.976 0.000 0.008 0.016
#> GSM94135 3 0.4454 0.1056 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM94136 1 0.1059 0.7835 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM94137 4 0.5376 0.6643 0.016 0.000 0.396 0.588
#> GSM94138 1 0.4222 0.5760 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM94139 3 0.7159 -0.0615 0.000 0.188 0.552 0.260
#> GSM94140 1 0.5313 0.6032 0.608 0.376 0.000 0.016
#> GSM94141 1 0.5204 0.6048 0.612 0.376 0.000 0.012
#> GSM94142 1 0.1174 0.7859 0.968 0.020 0.012 0.000
#> GSM94143 3 0.4946 0.5035 0.008 0.308 0.680 0.004
#> GSM94144 1 0.7191 0.5456 0.504 0.376 0.112 0.008
#> GSM94145 1 0.1474 0.7746 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM94146 1 0.0817 0.7802 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94147 1 0.7055 0.5577 0.516 0.376 0.100 0.008
#> GSM94148 1 0.5950 0.2395 0.544 0.040 0.416 0.000
#> GSM98785 3 0.1174 0.6642 0.000 0.020 0.968 0.012
#> GSM98786 3 0.3808 0.6166 0.012 0.160 0.824 0.004
#> GSM98787 4 0.7696 0.6251 0.112 0.092 0.176 0.620
#> GSM98788 3 0.0000 0.6632 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98789 2 0.8068 -0.3034 0.244 0.376 0.372 0.008
#> GSM98790 4 0.6135 0.4740 0.000 0.376 0.056 0.568
#> GSM98791 1 0.1004 0.7829 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM98792 3 0.1118 0.6464 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM98793 3 0.1716 0.6664 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM98794 3 0.3942 0.5736 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM98795 1 0.5298 0.6069 0.612 0.372 0.000 0.016
#> GSM98796 1 0.0469 0.7846 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98797 2 0.2142 0.5077 0.056 0.928 0.000 0.016
#> GSM98798 2 0.5746 0.7642 0.040 0.612 0.000 0.348
#> GSM98799 3 0.3674 0.5998 0.000 0.104 0.852 0.044
#> GSM98800 3 0.4946 0.5034 0.008 0.308 0.680 0.004
#> GSM98801 1 0.5923 0.5882 0.580 0.376 0.000 0.044
#> GSM94019 4 0.6846 0.5779 0.000 0.184 0.216 0.600
#> GSM94020 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94021 1 0.5657 0.5473 0.688 0.000 0.244 0.068
#> GSM94022 4 0.6089 0.5086 0.328 0.000 0.064 0.608
#> GSM94023 4 0.5125 0.6726 0.008 0.000 0.388 0.604
#> GSM94024 4 0.5482 0.6785 0.024 0.000 0.368 0.608
#> GSM94025 3 0.6924 0.2907 0.180 0.000 0.588 0.232
#> GSM94026 4 0.6979 0.3582 0.120 0.376 0.000 0.504
#> GSM94027 1 0.3525 0.7150 0.860 0.000 0.040 0.100
#> GSM94028 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94029 4 0.5435 0.3247 0.420 0.000 0.016 0.564
#> GSM94030 4 0.5268 0.6678 0.012 0.000 0.396 0.592
#> GSM94031 4 0.1388 0.3472 0.000 0.028 0.012 0.960
#> GSM94032 1 0.6887 0.5358 0.528 0.356 0.000 0.116
#> GSM94033 4 0.5306 0.6347 0.000 0.020 0.348 0.632
#> GSM94034 4 0.6758 0.5654 0.240 0.000 0.156 0.604
#> GSM94035 4 0.6338 0.5048 0.000 0.316 0.084 0.600
#> GSM94036 4 0.5269 0.4337 0.364 0.000 0.016 0.620
#> GSM94037 1 0.1082 0.7820 0.972 0.004 0.004 0.020
#> GSM94038 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94039 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94040 1 0.1059 0.7834 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM94041 3 0.1118 0.6693 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM94042 2 0.2281 0.6506 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM94043 3 0.3351 0.5671 0.000 0.148 0.844 0.008
#> GSM94044 3 0.1970 0.6470 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM94045 1 0.0779 0.7827 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94046 1 0.0779 0.7827 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94047 3 0.2060 0.6697 0.016 0.052 0.932 0.000
#> GSM94048 3 0.1389 0.6687 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM94049 3 0.4635 0.5360 0.268 0.000 0.720 0.012
#> GSM94050 1 0.4304 0.5368 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM94051 2 0.8080 -0.4483 0.368 0.376 0.248 0.008
#> GSM94052 1 0.4781 0.4362 0.660 0.004 0.336 0.000
#> GSM94053 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94054 1 0.1724 0.7782 0.948 0.032 0.000 0.020
#> GSM94055 1 0.2773 0.7360 0.880 0.000 0.116 0.004
#> GSM94056 3 0.7741 0.1312 0.196 0.376 0.424 0.004
#> GSM94057 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94058 3 0.4948 0.1710 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM94059 1 0.5018 0.6441 0.656 0.332 0.000 0.012
#> GSM94060 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94061 1 0.1389 0.7763 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM94062 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94063 3 0.1488 0.6715 0.012 0.032 0.956 0.000
#> GSM94064 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94065 1 0.1489 0.7769 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM94066 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94067 1 0.0592 0.7823 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94068 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94069 1 0.1256 0.7818 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM94070 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94071 1 0.1867 0.7653 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM94072 3 0.4164 0.5527 0.264 0.000 0.736 0.000
#> GSM94073 3 0.3919 0.6487 0.056 0.104 0.840 0.000
#> GSM94074 1 0.3810 0.6740 0.804 0.000 0.188 0.008
#> GSM94075 3 0.4898 0.2431 0.416 0.000 0.584 0.000
#> GSM94155 1 0.5313 0.6032 0.608 0.376 0.000 0.016
#> GSM94156 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM94157 1 0.5110 0.6471 0.656 0.328 0.000 0.016
#> GSM94160 1 0.0188 0.7838 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94161 3 0.4585 0.4371 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM94162 1 0.5590 0.1360 0.524 0.000 0.456 0.020
#> GSM94163 2 0.6912 0.6524 0.000 0.592 0.192 0.216
#> GSM94164 3 0.3400 0.6098 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM94165 1 0.1151 0.7828 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM94166 1 0.5174 0.6226 0.620 0.368 0.012 0.000
#> GSM94167 2 0.6209 -0.0450 0.000 0.492 0.456 0.052
#> GSM94168 1 0.5285 0.1202 0.524 0.000 0.468 0.008
#> GSM94169 3 0.3271 0.6386 0.012 0.132 0.856 0.000
#> GSM94170 1 0.2867 0.7683 0.884 0.104 0.000 0.012
#> GSM94171 3 0.4632 0.4744 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM94172 1 0.0927 0.7835 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM94173 2 0.0592 0.5699 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94174 3 0.2699 0.6674 0.028 0.068 0.904 0.000
#> GSM94175 3 0.3539 0.6036 0.000 0.176 0.820 0.004
#> GSM94176 1 0.5471 0.6837 0.740 0.088 0.168 0.004
#> GSM94177 3 0.7253 0.2650 0.152 0.364 0.484 0.000
#> GSM94178 2 0.3778 0.6584 0.000 0.848 0.052 0.100
#> GSM98767 3 0.6058 0.5007 0.072 0.296 0.632 0.000
#> GSM98768 1 0.4849 0.7334 0.772 0.164 0.064 0.000
#> GSM98769 1 0.5437 0.6289 0.624 0.356 0.008 0.012
#> GSM98770 1 0.0804 0.7837 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM98771 2 0.7380 0.4473 0.000 0.512 0.288 0.200
#> GSM98772 3 0.4624 0.4185 0.340 0.000 0.660 0.000
#> GSM98773 3 0.6276 -0.1580 0.064 0.000 0.556 0.380
#> GSM98774 3 0.0707 0.6683 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM98775 1 0.4313 0.5859 0.736 0.000 0.260 0.004
#> GSM98776 3 0.3071 0.6676 0.044 0.068 0.888 0.000
#> GSM98777 3 0.1339 0.6698 0.008 0.024 0.964 0.004
#> GSM98778 1 0.6587 0.3006 0.596 0.000 0.112 0.292
#> GSM98779 1 0.1151 0.7832 0.968 0.000 0.024 0.008
#> GSM98780 1 0.2101 0.7828 0.928 0.060 0.012 0.000
#> GSM98781 1 0.4282 0.7474 0.808 0.160 0.008 0.024
#> GSM98782 1 0.0592 0.7839 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM98783 1 0.2741 0.7546 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM98784 1 0.0469 0.7846 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98871 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM98872 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM98873 4 0.6215 -0.6675 0.036 0.444 0.008 0.512
#> GSM98874 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM98875 2 0.4776 0.8478 0.000 0.624 0.000 0.376
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 4 0.3988 0.44276 0.252 0.000 0.016 0.732 0.000
#> GSM94077 4 0.4747 0.00716 0.016 0.000 0.488 0.496 0.000
#> GSM94078 4 0.3661 0.52344 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> GSM94079 3 0.5227 0.06870 0.448 0.000 0.508 0.044 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1800 0.77186 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> GSM94082 4 0.4084 0.44746 0.004 0.000 0.328 0.668 0.000
#> GSM94083 3 0.6282 0.31864 0.216 0.000 0.536 0.248 0.000
#> GSM94084 3 0.3039 0.69419 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> GSM94085 3 0.0880 0.77202 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM94086 3 0.1981 0.77280 0.064 0.000 0.920 0.016 0.000
#> GSM94087 1 0.5378 0.10297 0.548 0.000 0.060 0.000 0.392
#> GSM94088 4 0.3671 0.55388 0.008 0.000 0.236 0.756 0.000
#> GSM94089 4 0.3561 0.51923 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.2284 0.86856 0.004 0.000 0.056 0.028 0.912
#> GSM94092 4 0.2930 0.61853 0.004 0.000 0.164 0.832 0.000
#> GSM94093 5 0.4294 0.76443 0.148 0.000 0.072 0.004 0.776
#> GSM94094 3 0.1205 0.77409 0.004 0.000 0.956 0.040 0.000
#> GSM94095 3 0.0992 0.77326 0.008 0.000 0.968 0.024 0.000
#> GSM94096 3 0.4182 0.32985 0.000 0.000 0.600 0.400 0.000
#> GSM94097 5 0.3875 0.79897 0.124 0.000 0.072 0.000 0.804
#> GSM94098 3 0.4734 0.67637 0.096 0.000 0.728 0.176 0.000
#> GSM94099 4 0.3789 0.57273 0.016 0.000 0.224 0.760 0.000
#> GSM94100 5 0.2505 0.85614 0.020 0.000 0.092 0.000 0.888
#> GSM94101 3 0.3774 0.56723 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM94102 3 0.5604 0.50135 0.240 0.000 0.628 0.000 0.132
#> GSM94103 3 0.4201 0.37261 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM94104 3 0.0794 0.77274 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM94105 3 0.4350 0.58542 0.268 0.000 0.704 0.028 0.000
#> GSM94106 3 0.1270 0.77261 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM94107 3 0.3530 0.72014 0.012 0.000 0.784 0.204 0.000
#> GSM94108 4 0.4504 0.11766 0.000 0.008 0.428 0.564 0.000
#> GSM94109 3 0.1557 0.76321 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008
#> GSM94110 3 0.4305 0.05206 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM94111 5 0.2690 0.79424 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM94112 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.3508 0.51558 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM94114 3 0.1579 0.77742 0.024 0.000 0.944 0.032 0.000
#> GSM94115 4 0.0880 0.68661 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM94116 4 0.4192 0.09526 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM94117 3 0.4291 0.71055 0.092 0.000 0.772 0.136 0.000
#> GSM94118 3 0.3480 0.69765 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> GSM94119 4 0.3596 0.57285 0.000 0.212 0.012 0.776 0.000
#> GSM94120 3 0.2813 0.74895 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> GSM94121 3 0.1671 0.77125 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM94122 3 0.4223 0.60010 0.000 0.248 0.724 0.028 0.000
#> GSM94123 1 0.2507 0.77268 0.908 0.000 0.028 0.044 0.020
#> GSM94124 3 0.1704 0.76505 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> GSM94125 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.1281 0.76586 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> GSM94127 1 0.4161 0.64498 0.704 0.000 0.016 0.280 0.000
#> GSM94128 3 0.2929 0.68885 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> GSM94129 3 0.4227 0.27613 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> GSM94130 5 0.0162 0.88270 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94131 1 0.4436 0.51746 0.596 0.000 0.008 0.396 0.000
#> GSM94132 4 0.4919 0.37454 0.304 0.000 0.040 0.652 0.004
#> GSM94133 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2193 0.76754 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> GSM94135 4 0.3774 0.41649 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM94136 1 0.2612 0.75530 0.868 0.000 0.008 0.124 0.000
#> GSM94137 3 0.3650 0.71482 0.028 0.000 0.796 0.176 0.000
#> GSM94138 1 0.4542 0.40192 0.536 0.000 0.008 0.456 0.000
#> GSM94139 3 0.5775 0.22625 0.000 0.088 0.472 0.440 0.000
#> GSM94140 5 0.0968 0.88498 0.012 0.000 0.012 0.004 0.972
#> GSM94141 5 0.0740 0.88468 0.008 0.000 0.008 0.004 0.980
#> GSM94142 1 0.3427 0.74890 0.860 0.000 0.048 0.028 0.064
#> GSM94143 4 0.4397 0.17018 0.000 0.000 0.004 0.564 0.432
#> GSM94144 5 0.1205 0.87687 0.000 0.000 0.004 0.040 0.956
#> GSM94145 1 0.3393 0.75985 0.848 0.000 0.044 0.100 0.008
#> GSM94146 1 0.1653 0.75336 0.944 0.000 0.024 0.004 0.028
#> GSM94147 5 0.1557 0.87117 0.000 0.000 0.008 0.052 0.940
#> GSM94148 4 0.4491 0.14518 0.364 0.000 0.008 0.624 0.004
#> GSM98785 4 0.3944 0.59378 0.000 0.000 0.200 0.768 0.032
#> GSM98786 4 0.1740 0.67668 0.000 0.000 0.012 0.932 0.056
#> GSM98787 3 0.2005 0.75869 0.016 0.000 0.924 0.004 0.056
#> GSM98788 4 0.3586 0.64990 0.076 0.000 0.096 0.828 0.000
#> GSM98789 5 0.0955 0.87972 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968
#> GSM98790 5 0.5032 0.16846 0.000 0.000 0.448 0.032 0.520
#> GSM98791 1 0.1892 0.77634 0.916 0.000 0.000 0.080 0.004
#> GSM98792 4 0.4206 0.51630 0.016 0.000 0.288 0.696 0.000
#> GSM98793 4 0.2358 0.64264 0.104 0.000 0.008 0.888 0.000
#> GSM98794 4 0.4298 0.19335 0.352 0.000 0.008 0.640 0.000
#> GSM98795 5 0.1281 0.88203 0.032 0.000 0.012 0.000 0.956
#> GSM98796 1 0.0566 0.76976 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM98797 5 0.0290 0.88227 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM98798 2 0.4488 0.68776 0.020 0.748 0.208 0.004 0.020
#> GSM98799 4 0.5446 0.44164 0.000 0.272 0.100 0.628 0.000
#> GSM98800 4 0.4505 0.28776 0.000 0.000 0.012 0.604 0.384
#> GSM98801 5 0.1012 0.88393 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> GSM94019 3 0.3593 0.74924 0.000 0.000 0.828 0.084 0.088
#> GSM94020 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.4297 0.69868 0.764 0.000 0.072 0.164 0.000
#> GSM94022 3 0.2228 0.74943 0.076 0.000 0.908 0.004 0.012
#> GSM94023 3 0.2536 0.76320 0.004 0.000 0.868 0.128 0.000
#> GSM94024 3 0.1082 0.77343 0.008 0.000 0.964 0.028 0.000
#> GSM94025 1 0.5255 0.55740 0.624 0.000 0.072 0.304 0.000
#> GSM94026 5 0.2732 0.78983 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM94027 1 0.0693 0.77281 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.4114 0.62227 0.244 0.000 0.732 0.000 0.024
#> GSM94030 3 0.3366 0.70773 0.004 0.000 0.784 0.212 0.000
#> GSM94031 3 0.3016 0.71560 0.000 0.132 0.848 0.000 0.020
#> GSM94032 5 0.4058 0.70448 0.024 0.000 0.236 0.000 0.740
#> GSM94033 3 0.2659 0.76394 0.000 0.052 0.888 0.060 0.000
#> GSM94034 3 0.4155 0.70238 0.076 0.000 0.780 0.144 0.000
#> GSM94035 3 0.4981 0.63200 0.000 0.000 0.704 0.108 0.188
#> GSM94036 3 0.4154 0.71472 0.124 0.000 0.796 0.072 0.008
#> GSM94037 1 0.2291 0.77287 0.908 0.000 0.008 0.072 0.012
#> GSM94038 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0404 0.77301 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94041 4 0.2408 0.65804 0.092 0.000 0.016 0.892 0.000
#> GSM94042 2 0.2625 0.82003 0.000 0.876 0.000 0.016 0.108
#> GSM94043 2 0.4894 0.12915 0.000 0.520 0.024 0.456 0.000
#> GSM94044 4 0.1981 0.66562 0.000 0.064 0.016 0.920 0.000
#> GSM94045 1 0.1153 0.77453 0.964 0.000 0.008 0.024 0.004
#> GSM94046 1 0.0981 0.77122 0.972 0.000 0.008 0.012 0.008
#> GSM94047 4 0.0960 0.68611 0.016 0.000 0.004 0.972 0.008
#> GSM94048 4 0.2124 0.65128 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> GSM94049 1 0.4560 0.31521 0.508 0.000 0.008 0.484 0.000
#> GSM94050 1 0.4470 0.51022 0.596 0.000 0.004 0.396 0.004
#> GSM94051 5 0.1124 0.87731 0.000 0.000 0.004 0.036 0.960
#> GSM94052 1 0.5299 0.35531 0.540 0.000 0.024 0.420 0.016
#> GSM94053 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3727 0.54838 0.768 0.000 0.016 0.000 0.216
#> GSM94055 1 0.2935 0.75985 0.860 0.000 0.016 0.120 0.004
#> GSM94056 5 0.3421 0.78731 0.008 0.000 0.016 0.152 0.824
#> GSM94057 2 0.0566 0.91705 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> GSM94058 1 0.4304 0.31829 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> GSM94059 5 0.1908 0.86083 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM94060 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.3844 0.69064 0.736 0.000 0.004 0.256 0.004
#> GSM94062 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.0609 0.68026 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.3585 0.71866 0.772 0.000 0.004 0.220 0.004
#> GSM94066 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.1471 0.76529 0.952 0.000 0.020 0.004 0.024
#> GSM94068 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.1697 0.77712 0.932 0.000 0.008 0.060 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.3147 0.76046 0.856 0.000 0.024 0.112 0.008
#> GSM94072 4 0.5160 0.22756 0.336 0.000 0.056 0.608 0.000
#> GSM94073 4 0.1364 0.68650 0.036 0.000 0.000 0.952 0.012
#> GSM94074 1 0.3003 0.73529 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM94075 1 0.4562 0.24491 0.500 0.000 0.008 0.492 0.000
#> GSM94155 5 0.0865 0.88440 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> GSM94156 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.1671 0.86825 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM94160 1 0.2037 0.74787 0.920 0.000 0.012 0.004 0.064
#> GSM94161 4 0.5113 0.26113 0.324 0.000 0.056 0.620 0.000
#> GSM94162 1 0.5821 0.48008 0.604 0.000 0.156 0.240 0.000
#> GSM94163 2 0.4702 0.68286 0.000 0.732 0.072 0.192 0.004
#> GSM94164 4 0.3684 0.37291 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM94165 1 0.0955 0.77687 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM94166 5 0.2313 0.86075 0.040 0.000 0.004 0.044 0.912
#> GSM94167 4 0.6686 0.26193 0.000 0.236 0.204 0.540 0.020
#> GSM94168 4 0.4307 -0.32759 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM94169 4 0.1026 0.68370 0.004 0.000 0.004 0.968 0.024
#> GSM94170 1 0.4973 -0.07868 0.496 0.000 0.020 0.004 0.480
#> GSM94171 1 0.4448 0.32045 0.516 0.000 0.004 0.480 0.000
#> GSM94172 1 0.0609 0.77546 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94173 5 0.4645 0.22989 0.000 0.424 0.004 0.008 0.564
#> GSM94174 4 0.0955 0.68740 0.028 0.000 0.004 0.968 0.000
#> GSM94175 4 0.4129 0.57405 0.000 0.000 0.040 0.756 0.204
#> GSM94176 1 0.4658 0.44389 0.556 0.000 0.008 0.432 0.004
#> GSM94177 4 0.3632 0.62244 0.020 0.000 0.004 0.800 0.176
#> GSM94178 2 0.3788 0.79519 0.000 0.820 0.004 0.104 0.072
#> GSM98767 4 0.1522 0.67972 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012
#> GSM98768 1 0.4608 0.60068 0.644 0.000 0.012 0.336 0.008
#> GSM98769 5 0.0771 0.88555 0.020 0.000 0.000 0.004 0.976
#> GSM98770 1 0.1082 0.77560 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM98771 2 0.5253 0.58329 0.000 0.676 0.124 0.200 0.000
#> GSM98772 4 0.4552 -0.24428 0.468 0.000 0.008 0.524 0.000
#> GSM98773 4 0.6519 0.10557 0.368 0.000 0.196 0.436 0.000
#> GSM98774 4 0.3308 0.65331 0.020 0.000 0.144 0.832 0.004
#> GSM98775 1 0.4242 0.69550 0.752 0.000 0.036 0.208 0.004
#> GSM98776 4 0.1740 0.67508 0.056 0.000 0.012 0.932 0.000
#> GSM98777 4 0.1106 0.67801 0.000 0.000 0.024 0.964 0.012
#> GSM98778 1 0.3123 0.67939 0.812 0.000 0.184 0.004 0.000
#> GSM98779 1 0.0162 0.77120 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98780 1 0.3154 0.77675 0.864 0.000 0.008 0.088 0.040
#> GSM98781 1 0.5203 0.38411 0.608 0.000 0.060 0.000 0.332
#> GSM98782 1 0.1331 0.77810 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
#> GSM98783 1 0.1877 0.77405 0.924 0.000 0.012 0.064 0.000
#> GSM98784 1 0.1612 0.76961 0.948 0.000 0.012 0.016 0.024
#> GSM98871 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4987 0.67267 0.024 0.732 0.192 0.048 0.004
#> GSM98874 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.92601 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 4 0.4524 0.40199 0.336 0.000 0.000 0.616 0.000 0.048
#> GSM94077 3 0.5723 0.53481 0.088 0.000 0.536 0.032 0.000 0.344
#> GSM94078 3 0.6989 0.37894 0.112 0.000 0.388 0.116 0.004 0.380
#> GSM94079 3 0.4761 0.04615 0.468 0.000 0.492 0.008 0.000 0.032
#> GSM94080 2 0.1728 0.87093 0.000 0.924 0.008 0.004 0.000 0.064
#> GSM94081 3 0.2932 0.69792 0.132 0.000 0.840 0.004 0.000 0.024
#> GSM94082 3 0.6232 0.50578 0.060 0.000 0.512 0.108 0.000 0.320
#> GSM94083 3 0.5290 0.59133 0.144 0.000 0.676 0.140 0.000 0.040
#> GSM94084 3 0.3550 0.70423 0.000 0.012 0.788 0.024 0.000 0.176
#> GSM94085 3 0.1219 0.73802 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM94086 3 0.2760 0.71919 0.024 0.000 0.856 0.004 0.000 0.116
#> GSM94087 1 0.6164 0.14904 0.568 0.000 0.052 0.000 0.172 0.208
#> GSM94088 4 0.5884 0.11235 0.008 0.000 0.324 0.496 0.000 0.172
#> GSM94089 3 0.6442 0.18967 0.004 0.004 0.372 0.348 0.004 0.268
#> GSM94090 2 0.0146 0.90030 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94091 5 0.6164 0.39290 0.296 0.000 0.008 0.000 0.448 0.248
#> GSM94092 4 0.5747 0.34837 0.016 0.000 0.228 0.576 0.000 0.180
#> GSM94093 1 0.5176 0.18263 0.620 0.000 0.004 0.000 0.248 0.128
#> GSM94094 3 0.0547 0.73453 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94095 3 0.0767 0.73969 0.004 0.000 0.976 0.008 0.000 0.012
#> GSM94096 3 0.4305 0.68951 0.004 0.000 0.744 0.088 0.004 0.160
#> GSM94097 5 0.5391 0.45082 0.344 0.000 0.020 0.000 0.560 0.076
#> GSM94098 3 0.5103 0.53218 0.040 0.000 0.660 0.240 0.000 0.060
#> GSM94099 4 0.7173 -0.13465 0.084 0.000 0.336 0.336 0.000 0.244
#> GSM94100 5 0.1980 0.76898 0.008 0.000 0.036 0.000 0.920 0.036
#> GSM94101 3 0.3943 0.69220 0.000 0.004 0.756 0.056 0.000 0.184
#> GSM94102 3 0.5918 0.47859 0.036 0.000 0.548 0.000 0.116 0.300
#> GSM94103 3 0.4330 0.46847 0.000 0.000 0.632 0.332 0.000 0.036
#> GSM94104 3 0.0632 0.73774 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94105 3 0.4697 0.59531 0.108 0.000 0.688 0.004 0.000 0.200
#> GSM94106 3 0.0520 0.73827 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM94107 4 0.5487 0.03257 0.004 0.000 0.432 0.456 0.000 0.108
#> GSM94108 3 0.5186 0.60713 0.000 0.012 0.624 0.100 0.000 0.264
#> GSM94109 3 0.1957 0.72385 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM94110 3 0.4494 0.65478 0.004 0.000 0.692 0.072 0.000 0.232
#> GSM94111 5 0.2258 0.75634 0.000 0.000 0.060 0.000 0.896 0.044
#> GSM94112 2 0.0363 0.89921 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94113 4 0.3602 0.59398 0.000 0.000 0.160 0.784 0.000 0.056
#> GSM94114 3 0.2051 0.72923 0.004 0.000 0.896 0.004 0.000 0.096
#> GSM94115 4 0.2937 0.68367 0.044 0.000 0.000 0.852 0.004 0.100
#> GSM94116 3 0.5009 0.36695 0.000 0.000 0.560 0.368 0.004 0.068
#> GSM94117 3 0.4629 0.63672 0.064 0.000 0.728 0.172 0.000 0.036
#> GSM94118 4 0.3912 0.39245 0.000 0.000 0.340 0.648 0.000 0.012
#> GSM94119 2 0.5792 0.54971 0.012 0.604 0.004 0.220 0.008 0.152
#> GSM94120 3 0.3695 0.57281 0.000 0.000 0.712 0.272 0.000 0.016
#> GSM94121 3 0.1265 0.73499 0.000 0.000 0.948 0.008 0.000 0.044
#> GSM94122 3 0.5983 0.56657 0.044 0.164 0.604 0.004 0.000 0.184
#> GSM94123 1 0.2302 0.35679 0.872 0.000 0.000 0.000 0.008 0.120
#> GSM94124 3 0.2642 0.72813 0.004 0.000 0.864 0.012 0.004 0.116
#> GSM94125 2 0.0363 0.89921 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94126 6 0.4961 0.22444 0.456 0.000 0.012 0.040 0.000 0.492
#> GSM94127 1 0.2625 0.36196 0.872 0.000 0.000 0.072 0.000 0.056
#> GSM94128 3 0.5037 0.59897 0.000 0.000 0.684 0.020 0.136 0.160
#> GSM94129 3 0.3618 0.71723 0.008 0.000 0.816 0.080 0.004 0.092
#> GSM94130 5 0.0547 0.77179 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM94131 4 0.3806 0.60783 0.152 0.000 0.000 0.772 0.000 0.076
#> GSM94132 1 0.4177 0.31186 0.724 0.000 0.000 0.056 0.004 0.216
#> GSM94133 2 0.0717 0.89608 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 0.016
#> GSM94134 1 0.5914 -0.26004 0.412 0.000 0.000 0.208 0.000 0.380
#> GSM94135 4 0.2830 0.65365 0.000 0.000 0.144 0.836 0.000 0.020
#> GSM94136 4 0.5961 -0.09672 0.312 0.000 0.000 0.444 0.000 0.244
#> GSM94137 3 0.2688 0.73927 0.024 0.000 0.884 0.048 0.000 0.044
#> GSM94138 4 0.2776 0.67402 0.052 0.000 0.000 0.860 0.000 0.088
#> GSM94139 4 0.6489 0.25508 0.000 0.100 0.276 0.548 0.044 0.032
#> GSM94140 5 0.1950 0.76639 0.064 0.000 0.000 0.000 0.912 0.024
#> GSM94141 5 0.2706 0.74720 0.124 0.000 0.000 0.000 0.852 0.024
#> GSM94142 1 0.3492 0.31942 0.796 0.000 0.004 0.000 0.040 0.160
#> GSM94143 5 0.5703 0.50359 0.020 0.000 0.004 0.248 0.596 0.132
#> GSM94144 5 0.1863 0.75961 0.000 0.004 0.000 0.060 0.920 0.016
#> GSM94145 1 0.1765 0.36934 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM94146 6 0.4385 0.21486 0.440 0.000 0.012 0.008 0.000 0.540
#> GSM94147 5 0.2667 0.72125 0.000 0.000 0.000 0.128 0.852 0.020
#> GSM94148 4 0.3641 0.57809 0.224 0.000 0.000 0.748 0.000 0.028
#> GSM98785 6 0.7837 -0.17665 0.308 0.000 0.116 0.128 0.056 0.392
#> GSM98786 4 0.4125 0.64301 0.060 0.000 0.008 0.788 0.024 0.120
#> GSM98787 3 0.2492 0.72366 0.004 0.000 0.876 0.000 0.020 0.100
#> GSM98788 4 0.1390 0.70691 0.004 0.000 0.016 0.948 0.000 0.032
#> GSM98789 5 0.2129 0.76610 0.056 0.000 0.000 0.000 0.904 0.040
#> GSM98790 3 0.5094 0.20252 0.016 0.000 0.536 0.000 0.400 0.048
#> GSM98791 1 0.4212 0.18193 0.688 0.000 0.000 0.048 0.000 0.264
#> GSM98792 4 0.5996 -0.04131 0.020 0.000 0.384 0.460 0.000 0.136
#> GSM98793 4 0.0951 0.70411 0.008 0.000 0.004 0.968 0.000 0.020
#> GSM98794 4 0.3261 0.65641 0.104 0.000 0.000 0.824 0.000 0.072
#> GSM98795 5 0.1616 0.77304 0.048 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020
#> GSM98796 1 0.3584 0.14366 0.688 0.000 0.000 0.004 0.000 0.308
#> GSM98797 5 0.1088 0.76998 0.000 0.016 0.000 0.000 0.960 0.024
#> GSM98798 2 0.5022 0.60890 0.000 0.680 0.188 0.000 0.020 0.112
#> GSM98799 2 0.6231 0.52965 0.000 0.560 0.032 0.188 0.008 0.212
#> GSM98800 5 0.6822 0.42267 0.056 0.000 0.004 0.204 0.456 0.280
#> GSM98801 5 0.1838 0.76387 0.000 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> GSM94019 3 0.5707 0.57153 0.000 0.000 0.644 0.088 0.176 0.092
#> GSM94020 2 0.0260 0.89982 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94021 4 0.5562 0.43942 0.188 0.000 0.020 0.616 0.000 0.176
#> GSM94022 3 0.2972 0.69641 0.128 0.000 0.836 0.000 0.000 0.036
#> GSM94023 3 0.3790 0.68774 0.000 0.000 0.780 0.116 0.000 0.104
#> GSM94024 3 0.0551 0.73853 0.004 0.000 0.984 0.008 0.000 0.004
#> GSM94025 1 0.5873 0.08161 0.480 0.000 0.012 0.364 0.000 0.144
#> GSM94026 5 0.2837 0.73551 0.000 0.000 0.088 0.000 0.856 0.056
#> GSM94027 1 0.4452 -0.18891 0.548 0.000 0.008 0.016 0.000 0.428
#> GSM94028 2 0.0260 0.89991 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94029 3 0.5145 0.49316 0.176 0.000 0.624 0.000 0.000 0.200
#> GSM94030 4 0.5578 0.37927 0.004 0.000 0.268 0.560 0.000 0.168
#> GSM94031 3 0.2686 0.70362 0.000 0.100 0.868 0.000 0.008 0.024
#> GSM94032 5 0.5201 0.64159 0.056 0.000 0.180 0.000 0.684 0.080
#> GSM94033 3 0.1821 0.73774 0.000 0.024 0.928 0.008 0.000 0.040
#> GSM94034 3 0.5667 0.50425 0.028 0.000 0.572 0.104 0.000 0.296
#> GSM94035 5 0.7085 0.06806 0.000 0.004 0.340 0.176 0.396 0.084
#> GSM94036 3 0.4556 0.55812 0.000 0.000 0.620 0.028 0.012 0.340
#> GSM94037 6 0.6068 0.10433 0.380 0.000 0.000 0.216 0.004 0.400
#> GSM94038 2 0.1124 0.88908 0.000 0.956 0.008 0.000 0.000 0.036
#> GSM94039 2 0.0146 0.90033 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94040 1 0.4464 -0.07172 0.580 0.000 0.008 0.020 0.000 0.392
#> GSM94041 4 0.3125 0.68499 0.084 0.000 0.000 0.836 0.000 0.080
#> GSM94042 2 0.3379 0.81308 0.008 0.832 0.004 0.004 0.036 0.116
#> GSM94043 2 0.4277 0.72769 0.000 0.740 0.008 0.080 0.000 0.172
#> GSM94044 4 0.5161 0.20380 0.000 0.376 0.000 0.540 0.004 0.080
#> GSM94045 6 0.4808 0.18968 0.472 0.000 0.000 0.052 0.000 0.476
#> GSM94046 1 0.4534 -0.31902 0.496 0.000 0.000 0.032 0.000 0.472
#> GSM94047 4 0.1615 0.69426 0.004 0.000 0.000 0.928 0.004 0.064
#> GSM94048 4 0.1649 0.70500 0.032 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036
#> GSM94049 4 0.4030 0.59243 0.172 0.000 0.000 0.748 0.000 0.080
#> GSM94050 1 0.5171 0.12904 0.560 0.000 0.000 0.336 0.000 0.104
#> GSM94051 5 0.0363 0.77183 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM94052 1 0.3056 0.34000 0.804 0.000 0.000 0.008 0.004 0.184
#> GSM94053 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94054 1 0.5625 0.04717 0.544 0.000 0.008 0.000 0.140 0.308
#> GSM94055 1 0.1701 0.38060 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> GSM94056 1 0.6206 -0.15377 0.436 0.000 0.000 0.008 0.288 0.268
#> GSM94057 2 0.0291 0.89902 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM94058 1 0.4823 0.14741 0.552 0.000 0.000 0.388 0.000 0.060
#> GSM94059 5 0.3834 0.65025 0.232 0.000 0.000 0.000 0.732 0.036
#> GSM94060 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94061 4 0.5360 -0.13867 0.436 0.000 0.000 0.456 0.000 0.108
#> GSM94062 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94063 4 0.1226 0.69722 0.000 0.000 0.004 0.952 0.004 0.040
#> GSM94064 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94065 1 0.5820 0.00291 0.416 0.000 0.000 0.400 0.000 0.184
#> GSM94066 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94067 1 0.1219 0.36523 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> GSM94068 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94069 1 0.5634 -0.14276 0.492 0.000 0.000 0.160 0.000 0.348
#> GSM94070 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94071 1 0.1003 0.37968 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> GSM94072 1 0.4575 0.31089 0.696 0.000 0.000 0.124 0.000 0.180
#> GSM94073 4 0.0665 0.70398 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 0.008
#> GSM94074 1 0.4633 0.18074 0.676 0.000 0.000 0.100 0.000 0.224
#> GSM94075 1 0.4151 0.25612 0.684 0.000 0.000 0.276 0.000 0.040
#> GSM94155 5 0.3907 0.62949 0.268 0.000 0.000 0.000 0.704 0.028
#> GSM94156 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94157 5 0.2221 0.76437 0.072 0.000 0.000 0.000 0.896 0.032
#> GSM94160 1 0.3712 0.24835 0.760 0.000 0.004 0.000 0.032 0.204
#> GSM94161 1 0.5036 0.26656 0.632 0.000 0.000 0.228 0.000 0.140
#> GSM94162 1 0.2776 0.36080 0.860 0.000 0.032 0.004 0.000 0.104
#> GSM94163 2 0.5584 0.66039 0.020 0.664 0.028 0.068 0.008 0.212
#> GSM94164 4 0.2647 0.68073 0.088 0.000 0.000 0.868 0.000 0.044
#> GSM94165 1 0.4319 0.04141 0.620 0.000 0.000 0.032 0.000 0.348
#> GSM94166 5 0.4788 0.46591 0.372 0.000 0.000 0.000 0.568 0.060
#> GSM94167 4 0.5725 0.49574 0.000 0.196 0.040 0.648 0.100 0.016
#> GSM94168 4 0.3752 0.61176 0.164 0.000 0.000 0.772 0.000 0.064
#> GSM94169 4 0.0964 0.70404 0.000 0.000 0.004 0.968 0.012 0.016
#> GSM94170 1 0.5230 0.17966 0.592 0.000 0.004 0.000 0.292 0.112
#> GSM94171 4 0.4972 0.16308 0.392 0.000 0.000 0.536 0.000 0.072
#> GSM94172 1 0.4747 -0.05467 0.568 0.000 0.000 0.056 0.000 0.376
#> GSM94173 5 0.3841 0.33835 0.000 0.380 0.000 0.000 0.616 0.004
#> GSM94174 4 0.0436 0.70357 0.004 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004
#> GSM94175 4 0.5668 0.29851 0.012 0.000 0.004 0.576 0.276 0.132
#> GSM94176 4 0.2540 0.67908 0.020 0.000 0.004 0.872 0.000 0.104
#> GSM94177 4 0.1493 0.69835 0.004 0.000 0.000 0.936 0.056 0.004
#> GSM94178 2 0.1924 0.86062 0.000 0.920 0.000 0.048 0.028 0.004
#> GSM98767 4 0.0964 0.70425 0.012 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> GSM98768 4 0.3691 0.64586 0.024 0.000 0.004 0.796 0.020 0.156
#> GSM98769 5 0.1007 0.77401 0.008 0.000 0.004 0.004 0.968 0.016
#> GSM98770 1 0.4916 -0.21195 0.520 0.000 0.000 0.064 0.000 0.416
#> GSM98771 2 0.5653 0.64441 0.000 0.668 0.120 0.084 0.004 0.124
#> GSM98772 4 0.3700 0.61621 0.152 0.000 0.000 0.780 0.000 0.068
#> GSM98773 4 0.5334 0.61629 0.100 0.000 0.108 0.692 0.000 0.100
#> GSM98774 1 0.6570 0.03336 0.428 0.000 0.052 0.120 0.008 0.392
#> GSM98775 1 0.2221 0.37980 0.896 0.000 0.000 0.032 0.000 0.072
#> GSM98776 4 0.1080 0.70227 0.004 0.000 0.004 0.960 0.000 0.032
#> GSM98777 4 0.2110 0.68332 0.000 0.000 0.004 0.900 0.012 0.084
#> GSM98778 1 0.5658 -0.21606 0.432 0.000 0.152 0.000 0.000 0.416
#> GSM98779 1 0.3898 0.09312 0.652 0.000 0.000 0.012 0.000 0.336
#> GSM98780 1 0.6522 -0.11128 0.452 0.000 0.000 0.192 0.040 0.316
#> GSM98781 5 0.6894 0.38577 0.216 0.000 0.024 0.040 0.492 0.228
#> GSM98782 1 0.3888 0.13233 0.672 0.000 0.000 0.016 0.000 0.312
#> GSM98783 1 0.5687 -0.26775 0.440 0.000 0.004 0.136 0.000 0.420
#> GSM98784 1 0.0632 0.37716 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM98871 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0146 0.90040 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98873 2 0.5678 0.47248 0.000 0.596 0.216 0.012 0.004 0.172
#> GSM98874 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1152 0.88484 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> CV:NMF 189 3.31e-04 2
#> CV:NMF 172 1.16e-09 3
#> CV:NMF 150 2.38e-05 4
#> CV:NMF 152 2.36e-06 5
#> CV:NMF 113 4.69e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.530 0.785 0.900 0.3823 0.634 0.634
#> 3 3 0.466 0.703 0.833 0.5475 0.658 0.489
#> 4 4 0.553 0.703 0.800 0.1698 0.856 0.636
#> 5 5 0.657 0.649 0.783 0.0655 0.959 0.863
#> 6 6 0.699 0.658 0.767 0.0450 0.937 0.774
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94078 1 0.6973 0.7903 0.812 0.188
#> GSM94079 1 0.4298 0.8648 0.912 0.088
#> GSM94080 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94082 1 0.7139 0.7816 0.804 0.196
#> GSM94083 1 0.4298 0.8648 0.912 0.088
#> GSM94084 2 0.9661 0.3720 0.392 0.608
#> GSM94085 1 0.9996 0.0860 0.512 0.488
#> GSM94086 1 0.5629 0.8403 0.868 0.132
#> GSM94087 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94089 2 0.9635 0.3841 0.388 0.612
#> GSM94090 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> GSM94092 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94093 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.5946 0.8311 0.856 0.144
#> GSM94095 1 0.5737 0.8372 0.864 0.136
#> GSM94096 1 0.6973 0.7903 0.812 0.188
#> GSM94097 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.4298 0.8648 0.912 0.088
#> GSM94099 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94100 1 0.9970 0.1762 0.532 0.468
#> GSM94101 2 0.9635 0.3841 0.388 0.612
#> GSM94102 1 0.7056 0.7854 0.808 0.192
#> GSM94103 1 0.7528 0.7551 0.784 0.216
#> GSM94104 1 0.9996 0.0860 0.512 0.488
#> GSM94105 1 0.5629 0.8403 0.868 0.132
#> GSM94106 2 0.9491 0.4380 0.368 0.632
#> GSM94107 1 0.5294 0.8488 0.880 0.120
#> GSM94108 2 0.9635 0.3841 0.388 0.612
#> GSM94109 1 0.9954 0.2041 0.540 0.460
#> GSM94110 1 0.6973 0.7903 0.812 0.188
#> GSM94111 1 0.9983 0.1444 0.524 0.476
#> GSM94112 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.7528 0.7551 0.784 0.216
#> GSM94114 1 0.5629 0.8403 0.868 0.132
#> GSM94115 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94117 1 0.2948 0.8782 0.948 0.052
#> GSM94118 1 0.9286 0.5364 0.656 0.344
#> GSM94119 2 0.0672 0.8623 0.008 0.992
#> GSM94120 1 0.9286 0.5372 0.656 0.344
#> GSM94121 1 0.9248 0.5460 0.660 0.340
#> GSM94122 2 0.2778 0.8402 0.048 0.952
#> GSM94123 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.6973 0.7903 0.812 0.188
#> GSM94125 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.7056 0.7854 0.808 0.192
#> GSM94129 1 0.6801 0.7987 0.820 0.180
#> GSM94130 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.7299 0.7701 0.796 0.204
#> GSM94136 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.4562 0.8615 0.904 0.096
#> GSM94138 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.8016 0.6633 0.244 0.756
#> GSM94140 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> GSM94141 1 0.9732 0.3616 0.596 0.404
#> GSM94142 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.9988 0.1270 0.520 0.480
#> GSM94144 1 0.3274 0.8764 0.940 0.060
#> GSM94145 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.3114 0.8777 0.944 0.056
#> GSM94148 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.9933 0.2366 0.548 0.452
#> GSM98786 1 0.3274 0.8761 0.940 0.060
#> GSM98787 1 0.5946 0.8317 0.856 0.144
#> GSM98788 1 0.5294 0.8493 0.880 0.120
#> GSM98789 1 0.4690 0.8615 0.900 0.100
#> GSM98790 2 0.9850 0.2506 0.428 0.572
#> GSM98791 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.5842 0.8347 0.860 0.140
#> GSM98793 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.9209 0.5088 0.336 0.664
#> GSM98798 2 0.9170 0.5175 0.332 0.668
#> GSM98799 2 0.0672 0.8623 0.008 0.992
#> GSM98800 1 0.9922 0.2488 0.552 0.448
#> GSM98801 1 0.9970 0.1762 0.532 0.468
#> GSM94019 1 0.9087 0.5798 0.676 0.324
#> GSM94020 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.6712 0.8014 0.824 0.176
#> GSM94023 1 0.5294 0.8485 0.880 0.120
#> GSM94024 1 0.5842 0.8341 0.860 0.140
#> GSM94025 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94026 1 0.9970 0.1762 0.532 0.468
#> GSM94027 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.6887 0.7942 0.816 0.184
#> GSM94030 1 0.5519 0.8435 0.872 0.128
#> GSM94031 2 0.1633 0.8543 0.024 0.976
#> GSM94032 1 0.6801 0.7974 0.820 0.180
#> GSM94033 2 0.9248 0.5001 0.340 0.660
#> GSM94034 1 0.5294 0.8485 0.880 0.120
#> GSM94035 2 0.9580 0.4064 0.380 0.620
#> GSM94036 1 0.6887 0.7937 0.816 0.184
#> GSM94037 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.7883 0.6741 0.236 0.764
#> GSM94044 2 0.0376 0.8638 0.004 0.996
#> GSM94045 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.3114 0.8768 0.944 0.056
#> GSM94048 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.1633 0.8841 0.976 0.024
#> GSM94052 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0376 0.8871 0.996 0.004
#> GSM94057 2 0.0376 0.8638 0.004 0.996
#> GSM94058 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.3274 0.8761 0.940 0.060
#> GSM94064 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.2236 0.8818 0.964 0.036
#> GSM94074 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.1843 0.8836 0.972 0.028
#> GSM94163 2 0.0376 0.8638 0.004 0.996
#> GSM94164 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.8016 0.6633 0.244 0.756
#> GSM94168 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.3274 0.8761 0.940 0.060
#> GSM94170 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.6148 0.7618 0.152 0.848
#> GSM94174 1 0.2423 0.8812 0.960 0.040
#> GSM94175 1 1.0000 0.0596 0.504 0.496
#> GSM94176 1 0.0938 0.8861 0.988 0.012
#> GSM94177 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0376 0.8638 0.004 0.996
#> GSM98767 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.1843 0.8836 0.972 0.028
#> GSM98770 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.7883 0.6741 0.236 0.764
#> GSM98772 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.5519 0.8432 0.872 0.128
#> GSM98774 1 0.5294 0.8493 0.880 0.120
#> GSM98775 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.9922 0.2488 0.552 0.448
#> GSM98778 1 0.5519 0.8432 0.872 0.128
#> GSM98779 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.1843 0.8836 0.972 0.028
#> GSM98782 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.8876 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0376 0.8638 0.004 0.996
#> GSM98874 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.8644 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.6045 0.63616 0.380 0.000 0.620
#> GSM94078 3 0.5058 0.72686 0.244 0.000 0.756
#> GSM94079 3 0.6235 0.55043 0.436 0.000 0.564
#> GSM94080 2 0.2356 0.87968 0.000 0.928 0.072
#> GSM94081 3 0.6045 0.63616 0.380 0.000 0.620
#> GSM94082 3 0.5016 0.72749 0.240 0.000 0.760
#> GSM94083 3 0.6235 0.55043 0.436 0.000 0.564
#> GSM94084 3 0.4605 0.32540 0.000 0.204 0.796
#> GSM94085 3 0.3207 0.51997 0.012 0.084 0.904
#> GSM94086 3 0.5968 0.66143 0.364 0.000 0.636
#> GSM94087 1 0.1643 0.86884 0.956 0.000 0.044
#> GSM94088 3 0.6045 0.63616 0.380 0.000 0.620
#> GSM94089 3 0.4654 0.31726 0.000 0.208 0.792
#> GSM94090 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.5926 0.66006 0.356 0.000 0.644
#> GSM94092 3 0.6045 0.63616 0.380 0.000 0.620
#> GSM94093 1 0.0424 0.89421 0.992 0.000 0.008
#> GSM94094 3 0.5431 0.71343 0.284 0.000 0.716
#> GSM94095 3 0.5706 0.69376 0.320 0.000 0.680
#> GSM94096 3 0.5058 0.72686 0.244 0.000 0.756
#> GSM94097 1 0.1643 0.86884 0.956 0.000 0.044
#> GSM94098 3 0.6235 0.55043 0.436 0.000 0.564
#> GSM94099 3 0.6045 0.63616 0.380 0.000 0.620
#> GSM94100 3 0.1860 0.53614 0.000 0.052 0.948
#> GSM94101 3 0.4654 0.31726 0.000 0.208 0.792
#> GSM94102 3 0.4931 0.72590 0.232 0.000 0.768
#> GSM94103 3 0.5061 0.72706 0.208 0.008 0.784
#> GSM94104 3 0.3207 0.51997 0.012 0.084 0.904
#> GSM94105 3 0.5968 0.66143 0.364 0.000 0.636
#> GSM94106 3 0.4750 0.29127 0.000 0.216 0.784
#> GSM94107 3 0.6045 0.63982 0.380 0.000 0.620
#> GSM94108 3 0.4654 0.31726 0.000 0.208 0.792
#> GSM94109 3 0.2280 0.54716 0.008 0.052 0.940
#> GSM94110 3 0.5058 0.72686 0.244 0.000 0.756
#> GSM94111 3 0.2066 0.52940 0.000 0.060 0.940
#> GSM94112 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.5061 0.72706 0.208 0.008 0.784
#> GSM94114 3 0.5968 0.66143 0.364 0.000 0.636
#> GSM94115 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.6140 0.60073 0.404 0.000 0.596
#> GSM94117 1 0.6045 0.09740 0.620 0.000 0.380
#> GSM94118 3 0.5207 0.67853 0.124 0.052 0.824
#> GSM94119 2 0.3686 0.86338 0.000 0.860 0.140
#> GSM94120 3 0.6699 0.68729 0.164 0.092 0.744
#> GSM94121 3 0.6622 0.68977 0.164 0.088 0.748
#> GSM94122 2 0.6180 0.62068 0.000 0.584 0.416
#> GSM94123 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.5058 0.72686 0.244 0.000 0.756
#> GSM94125 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.1411 0.87282 0.964 0.000 0.036
#> GSM94127 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.4931 0.72590 0.232 0.000 0.768
#> GSM94129 3 0.5529 0.71076 0.296 0.000 0.704
#> GSM94130 1 0.1031 0.88560 0.976 0.000 0.024
#> GSM94131 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.5024 0.72853 0.220 0.004 0.776
#> GSM94136 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.6095 0.62078 0.392 0.000 0.608
#> GSM94138 1 0.3116 0.79222 0.892 0.000 0.108
#> GSM94139 2 0.6168 0.52765 0.000 0.588 0.412
#> GSM94140 3 0.5926 0.66006 0.356 0.000 0.644
#> GSM94141 3 0.7327 0.62230 0.160 0.132 0.708
#> GSM94142 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.7548 0.52423 0.112 0.204 0.684
#> GSM94144 1 0.6299 -0.29552 0.524 0.000 0.476
#> GSM94145 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0424 0.89481 0.992 0.000 0.008
#> GSM94147 1 0.6274 -0.21886 0.544 0.000 0.456
#> GSM94148 1 0.2625 0.82197 0.916 0.000 0.084
#> GSM98785 3 0.7216 0.56249 0.112 0.176 0.712
#> GSM98786 3 0.6295 0.44531 0.472 0.000 0.528
#> GSM98787 3 0.5785 0.70925 0.300 0.004 0.696
#> GSM98788 3 0.6026 0.64414 0.376 0.000 0.624
#> GSM98789 3 0.5926 0.66006 0.356 0.000 0.644
#> GSM98790 3 0.3941 0.40333 0.000 0.156 0.844
#> GSM98791 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.5621 0.70605 0.308 0.000 0.692
#> GSM98793 1 0.3619 0.75476 0.864 0.000 0.136
#> GSM98794 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.5650 0.10306 0.000 0.312 0.688
#> GSM98798 3 0.5988 -0.04561 0.000 0.368 0.632
#> GSM98799 2 0.3686 0.86338 0.000 0.860 0.140
#> GSM98800 3 0.7165 0.56548 0.112 0.172 0.716
#> GSM98801 3 0.1860 0.53614 0.000 0.052 0.948
#> GSM94019 3 0.6705 0.70204 0.176 0.084 0.740
#> GSM94020 2 0.0237 0.88230 0.000 0.996 0.004
#> GSM94021 1 0.1031 0.88257 0.976 0.000 0.024
#> GSM94022 3 0.5706 0.68827 0.320 0.000 0.680
#> GSM94023 3 0.6095 0.62257 0.392 0.000 0.608
#> GSM94024 3 0.5497 0.70990 0.292 0.000 0.708
#> GSM94025 1 0.1411 0.87282 0.964 0.000 0.036
#> GSM94026 3 0.1860 0.53614 0.000 0.052 0.948
#> GSM94027 1 0.1411 0.87282 0.964 0.000 0.036
#> GSM94028 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.5098 0.72490 0.248 0.000 0.752
#> GSM94030 3 0.6045 0.64110 0.380 0.000 0.620
#> GSM94031 2 0.6168 0.62871 0.000 0.588 0.412
#> GSM94032 3 0.5733 0.68238 0.324 0.000 0.676
#> GSM94033 3 0.5216 0.19552 0.000 0.260 0.740
#> GSM94034 3 0.6095 0.62257 0.392 0.000 0.608
#> GSM94035 3 0.4605 0.31781 0.000 0.204 0.796
#> GSM94036 3 0.5650 0.69923 0.312 0.000 0.688
#> GSM94037 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0237 0.89705 0.996 0.000 0.004
#> GSM94041 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.3340 0.87044 0.000 0.880 0.120
#> GSM94043 2 0.6291 0.43184 0.000 0.532 0.468
#> GSM94044 2 0.3619 0.86481 0.000 0.864 0.136
#> GSM94045 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.6299 0.43525 0.476 0.000 0.524
#> GSM94048 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.4178 0.70215 0.828 0.000 0.172
#> GSM94050 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.5988 0.14610 0.632 0.000 0.368
#> GSM94052 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.4399 0.67782 0.812 0.000 0.188
#> GSM94057 2 0.3038 0.87231 0.000 0.896 0.104
#> GSM94058 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.6274 0.48544 0.456 0.000 0.544
#> GSM94064 2 0.1753 0.88126 0.000 0.952 0.048
#> GSM94065 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.3340 0.87044 0.000 0.880 0.120
#> GSM94067 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.3116 0.87343 0.000 0.892 0.108
#> GSM94069 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0424 0.89436 0.992 0.000 0.008
#> GSM94073 1 0.6168 -0.04925 0.588 0.000 0.412
#> GSM94074 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.1031 0.88560 0.976 0.000 0.024
#> GSM94160 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.6140 -0.02042 0.596 0.000 0.404
#> GSM94163 2 0.3619 0.86481 0.000 0.864 0.136
#> GSM94164 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.6168 0.52765 0.000 0.588 0.412
#> GSM94168 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.6302 0.42661 0.480 0.000 0.520
#> GSM94170 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.6305 0.46136 0.000 0.516 0.484
#> GSM94174 1 0.6204 -0.10205 0.576 0.000 0.424
#> GSM94175 3 0.7757 0.49555 0.112 0.224 0.664
#> GSM94176 1 0.5216 0.50478 0.740 0.000 0.260
#> GSM94177 1 0.3879 0.73132 0.848 0.000 0.152
#> GSM94178 2 0.3619 0.86481 0.000 0.864 0.136
#> GSM98767 1 0.3686 0.74978 0.860 0.000 0.140
#> GSM98768 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.6095 0.03218 0.608 0.000 0.392
#> GSM98770 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.6291 0.43184 0.000 0.532 0.468
#> GSM98772 1 0.3879 0.72815 0.848 0.000 0.152
#> GSM98773 3 0.5678 0.69895 0.316 0.000 0.684
#> GSM98774 3 0.6026 0.64414 0.376 0.000 0.624
#> GSM98775 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.4121 0.70444 0.832 0.000 0.168
#> GSM98777 3 0.7165 0.56548 0.112 0.172 0.716
#> GSM98778 3 0.5706 0.69726 0.320 0.000 0.680
#> GSM98779 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.6126 -0.00213 0.600 0.000 0.400
#> GSM98782 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.89951 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0237 0.88230 0.000 0.996 0.004
#> GSM98872 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.3038 0.87231 0.000 0.896 0.104
#> GSM98874 2 0.0000 0.88220 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3340 0.87044 0.000 0.880 0.120
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0188 0.9402 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94077 3 0.2714 0.7142 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM94078 3 0.4638 0.6048 0.044 0.000 0.776 0.180
#> GSM94079 3 0.3529 0.7047 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM94080 2 0.4164 0.7346 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM94081 3 0.2714 0.7142 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM94082 3 0.4290 0.6126 0.036 0.000 0.800 0.164
#> GSM94083 3 0.3529 0.7047 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM94084 4 0.5025 0.7064 0.000 0.032 0.252 0.716
#> GSM94085 4 0.5172 0.5505 0.008 0.000 0.404 0.588
#> GSM94086 3 0.5066 0.6795 0.112 0.000 0.768 0.120
#> GSM94087 1 0.1938 0.9112 0.936 0.000 0.052 0.012
#> GSM94088 3 0.2714 0.7142 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM94089 4 0.5113 0.7078 0.000 0.036 0.252 0.712
#> GSM94090 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.6723 0.5625 0.140 0.000 0.600 0.260
#> GSM94092 3 0.2714 0.7142 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM94093 1 0.0672 0.9380 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM94094 3 0.4590 0.6494 0.060 0.000 0.792 0.148
#> GSM94095 3 0.3081 0.6962 0.064 0.000 0.888 0.048
#> GSM94096 3 0.4638 0.6048 0.044 0.000 0.776 0.180
#> GSM94097 1 0.1938 0.9112 0.936 0.000 0.052 0.012
#> GSM94098 3 0.3529 0.7047 0.152 0.000 0.836 0.012
#> GSM94099 3 0.2714 0.7142 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM94100 4 0.4790 0.5545 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94101 4 0.5113 0.7078 0.000 0.036 0.252 0.712
#> GSM94102 3 0.5247 0.5398 0.052 0.000 0.720 0.228
#> GSM94103 3 0.4502 0.4825 0.016 0.000 0.748 0.236
#> GSM94104 4 0.5172 0.5505 0.008 0.000 0.404 0.588
#> GSM94105 3 0.5066 0.6795 0.112 0.000 0.768 0.120
#> GSM94106 4 0.4833 0.7104 0.000 0.032 0.228 0.740
#> GSM94107 3 0.3308 0.7105 0.092 0.000 0.872 0.036
#> GSM94108 4 0.5113 0.7078 0.000 0.036 0.252 0.712
#> GSM94109 3 0.5000 -0.3957 0.000 0.000 0.504 0.496
#> GSM94110 3 0.4638 0.6048 0.044 0.000 0.776 0.180
#> GSM94111 4 0.4761 0.5672 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM94112 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4502 0.4825 0.016 0.000 0.748 0.236
#> GSM94114 3 0.5066 0.6795 0.112 0.000 0.768 0.120
#> GSM94115 1 0.1174 0.9341 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM94116 3 0.3196 0.7136 0.136 0.000 0.856 0.008
#> GSM94117 3 0.5440 0.4674 0.384 0.000 0.596 0.020
#> GSM94118 3 0.4746 0.0962 0.000 0.000 0.632 0.368
#> GSM94119 2 0.4925 0.6233 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM94120 3 0.5402 -0.1941 0.012 0.000 0.516 0.472
#> GSM94121 3 0.5399 -0.1803 0.012 0.000 0.520 0.468
#> GSM94122 4 0.6714 0.0515 0.000 0.360 0.100 0.540
#> GSM94123 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.4638 0.6048 0.044 0.000 0.776 0.180
#> GSM94125 2 0.0188 0.8026 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94126 1 0.2987 0.8618 0.880 0.000 0.104 0.016
#> GSM94127 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5247 0.5398 0.052 0.000 0.720 0.228
#> GSM94129 3 0.3900 0.6841 0.072 0.000 0.844 0.084
#> GSM94130 1 0.1256 0.9264 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM94131 1 0.0804 0.9380 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM94132 1 0.0524 0.9393 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM94133 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0895 0.9368 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94135 3 0.4399 0.5277 0.020 0.000 0.768 0.212
#> GSM94136 1 0.0895 0.9368 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94137 3 0.2888 0.7156 0.124 0.000 0.872 0.004
#> GSM94138 1 0.4010 0.7874 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM94139 4 0.5392 0.2278 0.000 0.280 0.040 0.680
#> GSM94140 3 0.6698 0.5682 0.140 0.000 0.604 0.256
#> GSM94141 4 0.6253 0.3906 0.064 0.000 0.372 0.564
#> GSM94142 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.5030 0.5784 0.004 0.004 0.352 0.640
#> GSM94144 3 0.5235 0.6287 0.236 0.000 0.716 0.048
#> GSM94145 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.1305 0.9297 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM94147 3 0.5200 0.6052 0.264 0.000 0.700 0.036
#> GSM94148 1 0.3377 0.8126 0.848 0.000 0.140 0.012
#> GSM98785 4 0.5365 0.5145 0.004 0.008 0.412 0.576
#> GSM98786 3 0.5111 0.6688 0.204 0.000 0.740 0.056
#> GSM98787 3 0.4775 0.6742 0.076 0.000 0.784 0.140
#> GSM98788 3 0.3734 0.7094 0.108 0.000 0.848 0.044
#> GSM98789 3 0.6723 0.5625 0.140 0.000 0.600 0.260
#> GSM98790 4 0.4134 0.6938 0.000 0.000 0.260 0.740
#> GSM98791 1 0.0188 0.9405 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98792 3 0.3691 0.6959 0.076 0.000 0.856 0.068
#> GSM98793 1 0.4524 0.7176 0.768 0.000 0.204 0.028
#> GSM98794 1 0.0524 0.9401 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM98795 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98796 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.4829 0.6543 0.000 0.068 0.156 0.776
#> GSM98798 4 0.5110 0.6109 0.000 0.104 0.132 0.764
#> GSM98799 2 0.4925 0.6233 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM98800 4 0.5039 0.5217 0.004 0.000 0.404 0.592
#> GSM98801 4 0.4790 0.5545 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94019 3 0.6011 -0.1072 0.040 0.000 0.484 0.476
#> GSM94020 2 0.1637 0.7949 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM94021 1 0.2775 0.8778 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM94022 3 0.6435 0.5509 0.136 0.000 0.640 0.224
#> GSM94023 3 0.3978 0.7080 0.108 0.000 0.836 0.056
#> GSM94024 3 0.4188 0.6701 0.064 0.000 0.824 0.112
#> GSM94025 1 0.2987 0.8618 0.880 0.000 0.104 0.016
#> GSM94026 4 0.4790 0.5545 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94027 1 0.2987 0.8618 0.880 0.000 0.104 0.016
#> GSM94028 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.5221 0.5643 0.060 0.000 0.732 0.208
#> GSM94030 3 0.4332 0.7156 0.112 0.000 0.816 0.072
#> GSM94031 4 0.6773 0.0221 0.000 0.348 0.108 0.544
#> GSM94032 3 0.6479 0.5378 0.140 0.000 0.636 0.224
#> GSM94033 4 0.5727 0.7065 0.000 0.080 0.228 0.692
#> GSM94034 3 0.3978 0.7080 0.108 0.000 0.836 0.056
#> GSM94035 4 0.4472 0.7073 0.000 0.020 0.220 0.760
#> GSM94036 3 0.5947 0.5762 0.112 0.000 0.688 0.200
#> GSM94037 1 0.0895 0.9368 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94038 2 0.0188 0.8026 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94039 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0779 0.9384 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM94041 1 0.1059 0.9357 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM94042 2 0.4866 0.6534 0.000 0.596 0.000 0.404
#> GSM94043 4 0.5327 0.4162 0.000 0.220 0.060 0.720
#> GSM94044 2 0.4916 0.6302 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM94045 1 0.0895 0.9368 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94046 1 0.0895 0.9368 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM94047 3 0.5111 0.6685 0.204 0.000 0.740 0.056
#> GSM94048 1 0.1059 0.9357 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM94049 1 0.4535 0.6640 0.744 0.000 0.240 0.016
#> GSM94050 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5894 0.3294 0.428 0.000 0.536 0.036
#> GSM94052 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94055 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.5411 0.4463 0.656 0.000 0.312 0.032
#> GSM94057 2 0.5376 0.6437 0.000 0.588 0.016 0.396
#> GSM94058 1 0.0188 0.9402 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94060 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.5594 0.6702 0.192 0.000 0.716 0.092
#> GSM94064 2 0.4103 0.7404 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM94065 1 0.0188 0.9405 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94066 2 0.4877 0.6494 0.000 0.592 0.000 0.408
#> GSM94067 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4804 0.6674 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM94069 1 0.0779 0.9381 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.1109 0.9311 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM94073 3 0.5496 0.5684 0.312 0.000 0.652 0.036
#> GSM94074 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94156 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.1256 0.9264 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM94160 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94161 1 0.0336 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94162 3 0.5756 0.4153 0.400 0.000 0.568 0.032
#> GSM94163 2 0.4916 0.6302 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM94164 1 0.1059 0.9357 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM94165 1 0.0376 0.9403 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM94166 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94167 4 0.5392 0.2278 0.000 0.280 0.040 0.680
#> GSM94168 1 0.0188 0.9405 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94169 3 0.4877 0.6700 0.204 0.000 0.752 0.044
#> GSM94170 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94171 1 0.0376 0.9404 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM94172 1 0.0376 0.9403 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM94173 4 0.6219 0.3329 0.000 0.264 0.096 0.640
#> GSM94174 3 0.5442 0.5901 0.288 0.000 0.672 0.040
#> GSM94175 4 0.5464 0.5882 0.004 0.020 0.344 0.632
#> GSM94176 1 0.5842 -0.0053 0.520 0.000 0.448 0.032
#> GSM94177 1 0.4436 0.7063 0.764 0.000 0.216 0.020
#> GSM94178 2 0.4916 0.6302 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM98767 1 0.4464 0.7152 0.768 0.000 0.208 0.024
#> GSM98768 1 0.1388 0.9302 0.960 0.000 0.028 0.012
#> GSM98769 3 0.5708 0.3782 0.416 0.000 0.556 0.028
#> GSM98770 1 0.0657 0.9389 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM98771 4 0.5327 0.4162 0.000 0.220 0.060 0.720
#> GSM98772 1 0.4671 0.6924 0.752 0.000 0.220 0.028
#> GSM98773 3 0.4535 0.6869 0.084 0.000 0.804 0.112
#> GSM98774 3 0.3734 0.7094 0.108 0.000 0.848 0.044
#> GSM98775 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.5231 0.5236 0.676 0.000 0.296 0.028
#> GSM98777 4 0.5039 0.5217 0.004 0.000 0.404 0.592
#> GSM98778 3 0.4599 0.6885 0.088 0.000 0.800 0.112
#> GSM98779 1 0.0376 0.9403 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM98780 1 0.0188 0.9399 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98781 3 0.5766 0.4044 0.404 0.000 0.564 0.032
#> GSM98782 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0779 0.9384 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM98784 1 0.0000 0.9401 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.1637 0.7949 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM98872 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.5376 0.6437 0.000 0.588 0.016 0.396
#> GSM98874 2 0.0000 0.8027 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4843 0.6586 0.000 0.604 0.000 0.396
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0162 0.9321 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94077 3 0.1329 0.6877 0.032 0.000 0.956 0.008 0.004
#> GSM94078 3 0.4467 0.5553 0.000 0.000 0.752 0.084 0.164
#> GSM94079 3 0.2478 0.6864 0.060 0.000 0.904 0.028 0.008
#> GSM94080 2 0.4273 -0.0882 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM94081 3 0.1329 0.6877 0.032 0.000 0.956 0.008 0.004
#> GSM94082 3 0.4390 0.5689 0.000 0.000 0.760 0.084 0.156
#> GSM94083 3 0.2478 0.6864 0.060 0.000 0.904 0.028 0.008
#> GSM94084 5 0.6537 0.5879 0.000 0.016 0.156 0.296 0.532
#> GSM94085 5 0.6148 0.5684 0.000 0.000 0.304 0.160 0.536
#> GSM94086 3 0.5290 0.6224 0.040 0.000 0.732 0.104 0.124
#> GSM94087 1 0.2917 0.8822 0.888 0.000 0.052 0.028 0.032
#> GSM94088 3 0.1329 0.6877 0.032 0.000 0.956 0.008 0.004
#> GSM94089 5 0.6607 0.5872 0.000 0.020 0.156 0.292 0.532
#> GSM94090 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.6325 0.2812 0.052 0.000 0.460 0.048 0.440
#> GSM94092 3 0.1329 0.6877 0.032 0.000 0.956 0.008 0.004
#> GSM94093 1 0.1372 0.9242 0.956 0.000 0.004 0.016 0.024
#> GSM94094 3 0.4812 0.6038 0.004 0.000 0.736 0.108 0.152
#> GSM94095 3 0.3030 0.6627 0.004 0.000 0.868 0.040 0.088
#> GSM94096 3 0.4467 0.5553 0.000 0.000 0.752 0.084 0.164
#> GSM94097 1 0.2917 0.8822 0.888 0.000 0.052 0.028 0.032
#> GSM94098 3 0.2478 0.6864 0.060 0.000 0.904 0.028 0.008
#> GSM94099 3 0.1329 0.6877 0.032 0.000 0.956 0.008 0.004
#> GSM94100 5 0.1270 0.5295 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM94101 5 0.6607 0.5872 0.000 0.020 0.156 0.292 0.532
#> GSM94102 3 0.6057 0.4408 0.004 0.000 0.584 0.156 0.256
#> GSM94103 3 0.4767 0.4771 0.000 0.000 0.720 0.088 0.192
#> GSM94104 5 0.6148 0.5684 0.000 0.000 0.304 0.160 0.536
#> GSM94105 3 0.5290 0.6224 0.040 0.000 0.732 0.104 0.124
#> GSM94106 5 0.6178 0.5892 0.000 0.012 0.128 0.288 0.572
#> GSM94107 3 0.2721 0.6840 0.016 0.000 0.896 0.052 0.036
#> GSM94108 5 0.6607 0.5872 0.000 0.020 0.156 0.292 0.532
#> GSM94109 5 0.6158 0.3548 0.000 0.000 0.264 0.184 0.552
#> GSM94110 3 0.4467 0.5553 0.000 0.000 0.752 0.084 0.164
#> GSM94111 5 0.1628 0.5347 0.000 0.000 0.056 0.008 0.936
#> GSM94112 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4767 0.4771 0.000 0.000 0.720 0.088 0.192
#> GSM94114 3 0.5290 0.6224 0.040 0.000 0.732 0.104 0.124
#> GSM94115 1 0.1701 0.9196 0.944 0.000 0.016 0.028 0.012
#> GSM94116 3 0.1934 0.6886 0.040 0.000 0.932 0.020 0.008
#> GSM94117 3 0.4977 0.4747 0.300 0.000 0.656 0.032 0.012
#> GSM94118 3 0.6024 0.1039 0.000 0.000 0.556 0.148 0.296
#> GSM94119 4 0.4166 0.5311 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> GSM94120 3 0.6409 -0.1743 0.000 0.000 0.468 0.180 0.352
#> GSM94121 3 0.6385 -0.1614 0.000 0.000 0.472 0.176 0.352
#> GSM94122 4 0.7688 0.1982 0.000 0.296 0.048 0.332 0.324
#> GSM94123 1 0.0324 0.9310 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94124 3 0.4504 0.5522 0.000 0.000 0.748 0.084 0.168
#> GSM94125 2 0.0609 0.8933 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94126 1 0.3607 0.8083 0.820 0.000 0.144 0.028 0.008
#> GSM94127 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.6057 0.4408 0.004 0.000 0.584 0.156 0.256
#> GSM94129 3 0.3482 0.6454 0.008 0.000 0.844 0.052 0.096
#> GSM94130 1 0.2082 0.9062 0.928 0.000 0.024 0.016 0.032
#> GSM94131 1 0.1267 0.9261 0.960 0.000 0.004 0.024 0.012
#> GSM94132 1 0.0727 0.9309 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM94133 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1012 0.9284 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> GSM94135 3 0.4522 0.5155 0.000 0.000 0.744 0.080 0.176
#> GSM94136 1 0.1012 0.9284 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> GSM94137 3 0.1756 0.6901 0.036 0.000 0.940 0.016 0.008
#> GSM94138 1 0.4429 0.7622 0.772 0.000 0.160 0.052 0.016
#> GSM94139 4 0.5182 0.3101 0.000 0.072 0.020 0.708 0.200
#> GSM94140 3 0.6323 0.2911 0.052 0.000 0.464 0.048 0.436
#> GSM94141 5 0.6707 0.5000 0.028 0.000 0.264 0.164 0.544
#> GSM94142 1 0.0324 0.9310 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94143 4 0.6920 -0.4343 0.000 0.004 0.292 0.384 0.320
#> GSM94144 3 0.5682 0.6123 0.108 0.000 0.712 0.100 0.080
#> GSM94145 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.1597 0.9224 0.948 0.000 0.024 0.020 0.008
#> GSM94147 3 0.5781 0.5933 0.144 0.000 0.696 0.100 0.060
#> GSM94148 1 0.3806 0.7701 0.796 0.000 0.172 0.024 0.008
#> GSM98785 4 0.6955 -0.4457 0.000 0.004 0.312 0.344 0.340
#> GSM98786 3 0.5436 0.6334 0.092 0.000 0.732 0.096 0.080
#> GSM98787 3 0.4770 0.6279 0.012 0.000 0.752 0.096 0.140
#> GSM98788 3 0.3515 0.6776 0.032 0.000 0.856 0.060 0.052
#> GSM98789 3 0.6325 0.2812 0.052 0.000 0.460 0.048 0.440
#> GSM98790 5 0.5575 0.6076 0.000 0.000 0.148 0.212 0.640
#> GSM98791 1 0.0162 0.9317 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98792 3 0.3463 0.6589 0.020 0.000 0.852 0.040 0.088
#> GSM98793 1 0.5032 0.6640 0.704 0.000 0.224 0.056 0.016
#> GSM98794 1 0.0932 0.9301 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> GSM98795 1 0.0798 0.9268 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM98796 1 0.0162 0.9313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98797 5 0.5202 0.3940 0.000 0.000 0.056 0.348 0.596
#> GSM98798 5 0.5496 0.2355 0.000 0.004 0.052 0.468 0.476
#> GSM98799 4 0.4166 0.5311 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> GSM98800 5 0.6816 0.3956 0.000 0.000 0.308 0.340 0.352
#> GSM98801 5 0.1270 0.5295 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM94019 5 0.6637 0.1533 0.004 0.000 0.392 0.188 0.416
#> GSM94020 2 0.2074 0.7999 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM94021 1 0.3653 0.8211 0.828 0.000 0.124 0.036 0.012
#> GSM94022 3 0.7301 0.4169 0.080 0.000 0.516 0.148 0.256
#> GSM94023 3 0.3644 0.6784 0.032 0.000 0.848 0.052 0.068
#> GSM94024 3 0.4411 0.6196 0.004 0.000 0.772 0.096 0.128
#> GSM94025 1 0.3650 0.8031 0.816 0.000 0.148 0.028 0.008
#> GSM94026 5 0.1270 0.5295 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM94027 1 0.3607 0.8083 0.820 0.000 0.144 0.028 0.008
#> GSM94028 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.6235 0.4571 0.016 0.000 0.592 0.148 0.244
#> GSM94030 3 0.3846 0.6864 0.036 0.000 0.836 0.052 0.076
#> GSM94031 5 0.7158 -0.2183 0.000 0.300 0.020 0.256 0.424
#> GSM94032 3 0.7498 0.3840 0.088 0.000 0.488 0.156 0.268
#> GSM94033 5 0.7103 0.5434 0.000 0.056 0.140 0.300 0.504
#> GSM94034 3 0.3644 0.6784 0.032 0.000 0.848 0.052 0.068
#> GSM94035 5 0.5810 0.5915 0.000 0.000 0.124 0.296 0.580
#> GSM94036 3 0.6850 0.4730 0.056 0.000 0.568 0.148 0.228
#> GSM94037 1 0.1012 0.9284 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> GSM94038 2 0.0609 0.8933 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0807 0.9309 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> GSM94041 1 0.1596 0.9213 0.948 0.000 0.012 0.028 0.012
#> GSM94042 4 0.4101 0.5014 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM94043 4 0.5601 0.1371 0.000 0.052 0.032 0.644 0.272
#> GSM94044 4 0.4416 0.5278 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> GSM94045 1 0.1012 0.9284 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> GSM94046 1 0.1173 0.9272 0.964 0.000 0.012 0.020 0.004
#> GSM94047 3 0.4533 0.6459 0.088 0.000 0.784 0.104 0.024
#> GSM94048 1 0.1596 0.9213 0.948 0.000 0.012 0.028 0.012
#> GSM94049 1 0.4680 0.6120 0.688 0.000 0.272 0.036 0.004
#> GSM94050 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.6194 0.4352 0.312 0.000 0.572 0.088 0.028
#> GSM94052 1 0.0162 0.9313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0798 0.9268 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94055 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.6276 0.3509 0.576 0.000 0.308 0.052 0.064
#> GSM94057 4 0.5960 0.3691 0.000 0.368 0.000 0.516 0.116
#> GSM94058 1 0.0162 0.9321 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.0798 0.9268 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94060 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.5076 0.6410 0.088 0.000 0.756 0.100 0.056
#> GSM94064 2 0.4542 -0.1276 0.000 0.536 0.000 0.456 0.008
#> GSM94065 1 0.0290 0.9321 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94066 4 0.4101 0.5036 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM94067 1 0.0324 0.9310 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94068 4 0.4436 0.4584 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008
#> GSM94069 1 0.0693 0.9310 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0162 0.9313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94072 1 0.1243 0.9245 0.960 0.000 0.028 0.008 0.004
#> GSM94073 3 0.5658 0.5709 0.180 0.000 0.688 0.096 0.036
#> GSM94074 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0798 0.9268 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94156 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.2082 0.9062 0.928 0.000 0.024 0.016 0.032
#> GSM94160 1 0.0798 0.9268 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94161 1 0.0451 0.9328 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM94162 3 0.6015 0.4615 0.292 0.000 0.600 0.080 0.028
#> GSM94163 4 0.4416 0.5278 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> GSM94164 1 0.1596 0.9213 0.948 0.000 0.012 0.028 0.012
#> GSM94165 1 0.0324 0.9322 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM94166 1 0.0579 0.9295 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM94167 4 0.5182 0.3101 0.000 0.072 0.020 0.708 0.200
#> GSM94168 1 0.0324 0.9328 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM94169 3 0.4351 0.6527 0.092 0.000 0.800 0.080 0.028
#> GSM94170 1 0.0798 0.9268 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM94171 1 0.0324 0.9322 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94172 1 0.0324 0.9322 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM94173 5 0.7068 -0.0724 0.000 0.180 0.028 0.352 0.440
#> GSM94174 3 0.5445 0.5936 0.156 0.000 0.712 0.096 0.036
#> GSM94175 4 0.6887 -0.4178 0.000 0.004 0.284 0.404 0.308
#> GSM94176 3 0.6106 0.1705 0.424 0.000 0.484 0.072 0.020
#> GSM94177 1 0.4985 0.6516 0.700 0.000 0.236 0.048 0.016
#> GSM94178 4 0.4416 0.5278 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> GSM98767 1 0.4996 0.6610 0.704 0.000 0.228 0.052 0.016
#> GSM98768 1 0.1804 0.9175 0.940 0.000 0.024 0.024 0.012
#> GSM98769 3 0.6067 0.4482 0.304 0.000 0.588 0.080 0.028
#> GSM98770 1 0.0579 0.9314 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> GSM98771 4 0.5601 0.1371 0.000 0.052 0.032 0.644 0.272
#> GSM98772 1 0.5103 0.6328 0.688 0.000 0.244 0.052 0.016
#> GSM98773 3 0.4497 0.6384 0.016 0.000 0.780 0.088 0.116
#> GSM98774 3 0.3515 0.6776 0.032 0.000 0.856 0.060 0.052
#> GSM98775 1 0.0162 0.9313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98776 1 0.5697 0.4508 0.604 0.000 0.312 0.068 0.016
#> GSM98777 5 0.6816 0.3956 0.000 0.000 0.308 0.340 0.352
#> GSM98778 3 0.4590 0.6400 0.020 0.000 0.776 0.088 0.116
#> GSM98779 1 0.0324 0.9322 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM98780 1 0.0693 0.9314 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM98781 3 0.6033 0.4570 0.296 0.000 0.596 0.080 0.028
#> GSM98782 1 0.0000 0.9316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0912 0.9302 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> GSM98784 1 0.0324 0.9310 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM98871 2 0.2074 0.7999 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.5960 0.3691 0.000 0.368 0.000 0.516 0.116
#> GSM98874 2 0.0000 0.9062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.4126 0.4904 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0260 0.9112 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94077 3 0.3680 0.5966 0.020 0.000 0.756 0.008 0.216 0.000
#> GSM94078 3 0.6031 0.5144 0.000 0.000 0.536 0.216 0.228 0.020
#> GSM94079 3 0.4383 0.5755 0.048 0.000 0.712 0.008 0.228 0.004
#> GSM94080 6 0.3717 0.5187 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM94081 3 0.3680 0.5966 0.020 0.000 0.756 0.008 0.216 0.000
#> GSM94082 3 0.6100 0.5170 0.000 0.000 0.540 0.196 0.236 0.028
#> GSM94083 3 0.4383 0.5755 0.048 0.000 0.712 0.008 0.228 0.004
#> GSM94084 4 0.5804 0.6031 0.000 0.004 0.096 0.620 0.056 0.224
#> GSM94085 4 0.5792 0.5415 0.000 0.000 0.220 0.616 0.100 0.064
#> GSM94086 3 0.2263 0.6083 0.032 0.000 0.912 0.012 0.036 0.008
#> GSM94087 1 0.2892 0.8256 0.840 0.000 0.020 0.004 0.136 0.000
#> GSM94088 3 0.3680 0.5966 0.020 0.000 0.756 0.008 0.216 0.000
#> GSM94089 4 0.5772 0.6018 0.000 0.004 0.096 0.620 0.052 0.228
#> GSM94090 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.5358 0.2360 0.000 0.000 0.048 0.304 0.600 0.048
#> GSM94092 3 0.3680 0.5966 0.020 0.000 0.756 0.008 0.216 0.000
#> GSM94093 1 0.1700 0.8875 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000
#> GSM94094 3 0.1787 0.6282 0.000 0.000 0.920 0.068 0.008 0.004
#> GSM94095 3 0.2170 0.6392 0.000 0.000 0.888 0.012 0.100 0.000
#> GSM94096 3 0.6031 0.5144 0.000 0.000 0.536 0.216 0.228 0.020
#> GSM94097 1 0.2892 0.8256 0.840 0.000 0.020 0.004 0.136 0.000
#> GSM94098 3 0.4383 0.5755 0.048 0.000 0.712 0.008 0.228 0.004
#> GSM94099 3 0.3680 0.5966 0.020 0.000 0.756 0.008 0.216 0.000
#> GSM94100 4 0.4261 0.4372 0.000 0.000 0.064 0.780 0.096 0.060
#> GSM94101 4 0.5772 0.6018 0.000 0.004 0.096 0.620 0.052 0.228
#> GSM94102 3 0.4146 0.5241 0.000 0.000 0.776 0.120 0.080 0.024
#> GSM94103 3 0.6210 0.4644 0.000 0.000 0.540 0.240 0.180 0.040
#> GSM94104 4 0.5792 0.5415 0.000 0.000 0.220 0.616 0.100 0.064
#> GSM94105 3 0.2263 0.6083 0.032 0.000 0.912 0.012 0.036 0.008
#> GSM94106 4 0.5282 0.6002 0.000 0.004 0.100 0.672 0.032 0.192
#> GSM94107 3 0.3589 0.6136 0.004 0.000 0.776 0.016 0.196 0.008
#> GSM94108 4 0.5772 0.6018 0.000 0.004 0.096 0.620 0.052 0.228
#> GSM94109 3 0.5717 -0.1662 0.000 0.000 0.444 0.444 0.088 0.024
#> GSM94110 3 0.6031 0.5144 0.000 0.000 0.536 0.216 0.228 0.020
#> GSM94111 4 0.4203 0.4464 0.000 0.000 0.064 0.784 0.096 0.056
#> GSM94112 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.6210 0.4644 0.000 0.000 0.540 0.240 0.180 0.040
#> GSM94114 3 0.2263 0.6083 0.032 0.000 0.912 0.012 0.036 0.008
#> GSM94115 1 0.1542 0.8939 0.936 0.000 0.008 0.000 0.052 0.004
#> GSM94116 3 0.3934 0.5768 0.020 0.000 0.716 0.008 0.256 0.000
#> GSM94117 3 0.5954 0.0948 0.284 0.000 0.544 0.012 0.152 0.008
#> GSM94118 3 0.6595 0.1193 0.000 0.000 0.456 0.344 0.120 0.080
#> GSM94119 6 0.2743 0.7567 0.000 0.164 0.000 0.008 0.000 0.828
#> GSM94120 4 0.6790 0.1850 0.000 0.000 0.364 0.416 0.096 0.124
#> GSM94121 4 0.6765 0.1707 0.000 0.000 0.368 0.416 0.096 0.120
#> GSM94122 6 0.6425 0.1453 0.000 0.156 0.040 0.396 0.000 0.408
#> GSM94123 1 0.0363 0.9094 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94124 3 0.6051 0.5108 0.000 0.000 0.532 0.220 0.228 0.020
#> GSM94125 2 0.0547 0.9486 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94126 1 0.3842 0.7598 0.800 0.000 0.112 0.004 0.072 0.012
#> GSM94127 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.4146 0.5241 0.000 0.000 0.776 0.120 0.080 0.024
#> GSM94129 3 0.5360 0.5414 0.000 0.000 0.604 0.116 0.268 0.012
#> GSM94130 1 0.2062 0.8700 0.900 0.000 0.008 0.004 0.088 0.000
#> GSM94131 1 0.1007 0.9034 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM94132 1 0.0603 0.9099 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1370 0.9045 0.948 0.000 0.000 0.004 0.036 0.012
#> GSM94135 3 0.6236 0.4951 0.000 0.000 0.532 0.220 0.212 0.036
#> GSM94136 1 0.1370 0.9045 0.948 0.000 0.000 0.004 0.036 0.012
#> GSM94137 3 0.3788 0.5931 0.020 0.000 0.740 0.008 0.232 0.000
#> GSM94138 1 0.4117 0.6790 0.740 0.000 0.064 0.000 0.192 0.004
#> GSM94139 6 0.3571 0.3850 0.000 0.000 0.008 0.240 0.008 0.744
#> GSM94140 5 0.5398 0.2452 0.000 0.000 0.052 0.300 0.600 0.048
#> GSM94141 4 0.6068 0.4562 0.000 0.000 0.064 0.564 0.268 0.104
#> GSM94142 1 0.0603 0.9076 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM94143 4 0.7136 0.4997 0.000 0.000 0.184 0.392 0.104 0.320
#> GSM94144 5 0.3816 0.6006 0.024 0.000 0.160 0.032 0.784 0.000
#> GSM94145 1 0.0146 0.9107 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94146 1 0.2065 0.8933 0.916 0.000 0.012 0.004 0.056 0.012
#> GSM94147 5 0.4107 0.6217 0.056 0.000 0.168 0.016 0.760 0.000
#> GSM94148 1 0.4118 0.6682 0.748 0.000 0.076 0.000 0.172 0.004
#> GSM98785 4 0.7266 0.5057 0.000 0.000 0.204 0.396 0.120 0.280
#> GSM98786 5 0.5437 0.5542 0.036 0.000 0.232 0.076 0.648 0.008
#> GSM98787 3 0.3147 0.6117 0.000 0.000 0.844 0.044 0.100 0.012
#> GSM98788 3 0.5047 0.2809 0.004 0.000 0.516 0.064 0.416 0.000
#> GSM98789 5 0.5358 0.2360 0.000 0.000 0.048 0.304 0.600 0.048
#> GSM98790 4 0.5105 0.6141 0.000 0.000 0.096 0.700 0.052 0.152
#> GSM98791 1 0.0146 0.9106 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98792 3 0.5232 0.5051 0.004 0.000 0.604 0.100 0.288 0.004
#> GSM98793 1 0.4904 0.5251 0.652 0.000 0.088 0.000 0.252 0.008
#> GSM98794 1 0.0858 0.9077 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM98795 1 0.1082 0.8995 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM98796 1 0.0146 0.9103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98797 4 0.4811 0.3754 0.000 0.000 0.012 0.652 0.064 0.272
#> GSM98798 4 0.5701 0.2388 0.000 0.000 0.048 0.496 0.056 0.400
#> GSM98799 6 0.2743 0.7567 0.000 0.164 0.000 0.008 0.000 0.828
#> GSM98800 4 0.7216 0.5102 0.000 0.000 0.200 0.408 0.116 0.276
#> GSM98801 4 0.4261 0.4372 0.000 0.000 0.064 0.780 0.096 0.060
#> GSM94019 3 0.5656 -0.1268 0.000 0.000 0.488 0.396 0.016 0.100
#> GSM94020 2 0.2664 0.7230 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM94021 1 0.3914 0.7668 0.796 0.000 0.096 0.004 0.092 0.012
#> GSM94022 3 0.5459 0.4656 0.056 0.000 0.692 0.120 0.120 0.012
#> GSM94023 3 0.3434 0.6075 0.016 0.000 0.804 0.008 0.164 0.008
#> GSM94024 3 0.1148 0.6234 0.000 0.000 0.960 0.016 0.020 0.004
#> GSM94025 1 0.3885 0.7540 0.796 0.000 0.116 0.004 0.072 0.012
#> GSM94026 4 0.4261 0.4372 0.000 0.000 0.064 0.780 0.096 0.060
#> GSM94027 1 0.3842 0.7598 0.800 0.000 0.112 0.004 0.072 0.012
#> GSM94028 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.4266 0.5314 0.012 0.000 0.780 0.116 0.072 0.020
#> GSM94030 3 0.3880 0.5985 0.012 0.000 0.760 0.024 0.200 0.004
#> GSM94031 4 0.6145 -0.1769 0.000 0.160 0.008 0.488 0.012 0.332
#> GSM94032 3 0.5863 0.4328 0.064 0.000 0.652 0.140 0.132 0.012
#> GSM94033 4 0.5979 0.5641 0.000 0.020 0.092 0.600 0.036 0.252
#> GSM94034 3 0.3434 0.6075 0.016 0.000 0.804 0.008 0.164 0.008
#> GSM94035 4 0.5073 0.6027 0.000 0.000 0.104 0.676 0.024 0.196
#> GSM94036 3 0.4894 0.5138 0.028 0.000 0.740 0.104 0.108 0.020
#> GSM94037 1 0.1370 0.9045 0.948 0.000 0.000 0.004 0.036 0.012
#> GSM94038 2 0.0547 0.9486 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94039 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0951 0.9102 0.968 0.000 0.000 0.004 0.020 0.008
#> GSM94041 1 0.1429 0.8960 0.940 0.000 0.004 0.000 0.052 0.004
#> GSM94042 6 0.2730 0.7581 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> GSM94043 6 0.4588 0.1822 0.000 0.008 0.024 0.304 0.012 0.652
#> GSM94044 6 0.2848 0.7600 0.000 0.176 0.000 0.008 0.000 0.816
#> GSM94045 1 0.1370 0.9045 0.948 0.000 0.000 0.004 0.036 0.012
#> GSM94046 1 0.1442 0.9029 0.944 0.000 0.000 0.004 0.040 0.012
#> GSM94047 5 0.5128 0.5236 0.032 0.000 0.260 0.040 0.656 0.012
#> GSM94048 1 0.1429 0.8960 0.940 0.000 0.004 0.000 0.052 0.004
#> GSM94049 1 0.5131 0.4660 0.640 0.000 0.156 0.000 0.200 0.004
#> GSM94050 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 5 0.5409 0.5509 0.232 0.000 0.188 0.000 0.580 0.000
#> GSM94052 1 0.0146 0.9103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.1010 0.9007 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.5683 0.1223 0.516 0.000 0.092 0.024 0.368 0.000
#> GSM94057 6 0.5457 0.6207 0.000 0.192 0.000 0.140 0.028 0.640
#> GSM94058 1 0.0146 0.9109 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94059 1 0.1010 0.9007 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.5502 0.5075 0.032 0.000 0.232 0.072 0.648 0.016
#> GSM94064 6 0.4860 0.3900 0.000 0.436 0.000 0.040 0.008 0.516
#> GSM94065 1 0.0291 0.9110 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94066 6 0.2730 0.7586 0.000 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> GSM94067 1 0.0603 0.9076 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM94068 6 0.3571 0.7390 0.000 0.216 0.000 0.020 0.004 0.760
#> GSM94069 1 0.0862 0.9100 0.972 0.000 0.000 0.004 0.016 0.008
#> GSM94070 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0146 0.9103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94072 1 0.1265 0.8992 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044 0.000
#> GSM94073 5 0.4374 0.6238 0.088 0.000 0.172 0.008 0.732 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.1082 0.8995 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.2062 0.8700 0.900 0.000 0.008 0.004 0.088 0.000
#> GSM94160 1 0.1010 0.9007 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM94161 1 0.0405 0.9118 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94162 5 0.5609 0.5462 0.220 0.000 0.236 0.000 0.544 0.000
#> GSM94163 6 0.2848 0.7600 0.000 0.176 0.000 0.008 0.000 0.816
#> GSM94164 1 0.1429 0.8960 0.940 0.000 0.004 0.000 0.052 0.004
#> GSM94165 1 0.0405 0.9108 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94166 1 0.0777 0.9057 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024 0.000
#> GSM94167 6 0.3571 0.3850 0.000 0.000 0.008 0.240 0.008 0.744
#> GSM94168 1 0.0291 0.9116 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM94169 5 0.4795 0.5057 0.032 0.000 0.288 0.024 0.652 0.004
#> GSM94170 1 0.1010 0.9007 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> GSM94171 1 0.0291 0.9110 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94172 1 0.0405 0.9108 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94173 4 0.6303 -0.0311 0.000 0.124 0.012 0.512 0.032 0.320
#> GSM94174 5 0.4258 0.6089 0.068 0.000 0.204 0.004 0.724 0.000
#> GSM94175 4 0.7107 0.4818 0.000 0.000 0.180 0.380 0.100 0.340
#> GSM94176 5 0.5494 0.4251 0.360 0.000 0.136 0.000 0.504 0.000
#> GSM94177 1 0.5028 0.5152 0.648 0.000 0.108 0.000 0.236 0.008
#> GSM94178 6 0.2848 0.7600 0.000 0.176 0.000 0.008 0.000 0.816
#> GSM98767 1 0.4904 0.5407 0.660 0.000 0.096 0.000 0.236 0.008
#> GSM98768 1 0.1888 0.8846 0.916 0.000 0.004 0.000 0.068 0.012
#> GSM98769 5 0.5630 0.5409 0.232 0.000 0.228 0.000 0.540 0.000
#> GSM98770 1 0.0767 0.9102 0.976 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008
#> GSM98771 6 0.4588 0.1822 0.000 0.008 0.024 0.304 0.012 0.652
#> GSM98772 1 0.4719 0.4896 0.644 0.000 0.084 0.000 0.272 0.000
#> GSM98773 3 0.2398 0.6156 0.004 0.000 0.888 0.016 0.088 0.004
#> GSM98774 3 0.5047 0.2809 0.004 0.000 0.516 0.064 0.416 0.000
#> GSM98775 1 0.0146 0.9103 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98776 1 0.5389 0.2411 0.548 0.000 0.100 0.000 0.344 0.008
#> GSM98777 4 0.7216 0.5102 0.000 0.000 0.200 0.408 0.116 0.276
#> GSM98778 3 0.2510 0.6159 0.008 0.000 0.884 0.016 0.088 0.004
#> GSM98779 1 0.0405 0.9108 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM98780 1 0.0632 0.9101 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM98781 5 0.5590 0.5488 0.220 0.000 0.232 0.000 0.548 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.1180 0.9088 0.960 0.000 0.004 0.004 0.024 0.008
#> GSM98784 1 0.0603 0.9076 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM98871 2 0.2664 0.7230 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM98872 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 6 0.5457 0.6207 0.000 0.192 0.000 0.140 0.028 0.640
#> GSM98874 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 6 0.2793 0.7556 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:hclust 172 4.89e-05 2
#> MAD:hclust 165 2.21e-10 3
#> MAD:hclust 170 5.50e-09 4
#> MAD:hclust 148 7.53e-08 5
#> MAD:hclust 154 3.28e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.992 0.4652 0.537 0.537
#> 3 3 0.935 0.936 0.973 0.3717 0.649 0.439
#> 4 4 0.762 0.819 0.881 0.1324 0.828 0.572
#> 5 5 0.738 0.695 0.840 0.0737 0.927 0.748
#> 6 6 0.698 0.573 0.758 0.0484 0.939 0.755
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.4431 0.901 0.092 0.908
#> GSM94079 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0938 0.980 0.988 0.012
#> GSM94083 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.8144 0.666 0.748 0.252
#> GSM94086 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94102 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94103 2 0.4690 0.891 0.100 0.900
#> GSM94104 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.4022 0.914 0.080 0.920
#> GSM94114 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.9170 0.504 0.668 0.332
#> GSM94129 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.5294 0.867 0.120 0.880
#> GSM94136 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> GSM98788 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.7528 0.727 0.784 0.216
#> GSM98790 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.2948 0.939 0.948 0.052
#> GSM98793 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.7219 0.751 0.800 0.200
#> GSM94064 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94078 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.6286 0.099 0.536 0.000 0.464
#> GSM94080 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> GSM94082 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.1753 0.923 0.048 0.000 0.952
#> GSM94084 3 0.4121 0.786 0.000 0.168 0.832
#> GSM94085 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.1031 0.944 0.024 0.000 0.976
#> GSM94087 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 3 0.4121 0.786 0.000 0.168 0.832
#> GSM94090 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94092 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.5016 0.669 0.760 0.000 0.240
#> GSM94098 3 0.1529 0.930 0.040 0.000 0.960
#> GSM94099 3 0.0424 0.956 0.008 0.000 0.992
#> GSM94100 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 3 0.4121 0.786 0.000 0.168 0.832
#> GSM94102 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.4452 0.752 0.192 0.000 0.808
#> GSM94106 3 0.3482 0.836 0.000 0.128 0.872
#> GSM94107 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> GSM94108 3 0.6280 0.136 0.000 0.460 0.540
#> GSM94109 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.0592 0.953 0.012 0.000 0.988
#> GSM94115 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94117 3 0.5835 0.490 0.340 0.000 0.660
#> GSM94118 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.3267 0.874 0.000 0.884 0.116
#> GSM94120 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0592 0.953 0.012 0.000 0.988
#> GSM94138 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 3 0.6079 0.357 0.000 0.388 0.612
#> GSM94140 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 3 0.6192 0.262 0.420 0.000 0.580
#> GSM94148 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98787 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98788 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98789 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98790 3 0.0424 0.955 0.000 0.008 0.992
#> GSM98791 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.3267 0.874 0.000 0.884 0.116
#> GSM98800 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94023 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1643 0.926 0.044 0.000 0.956
#> GSM94030 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> GSM94031 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.0592 0.953 0.012 0.000 0.988
#> GSM94033 2 0.3941 0.831 0.000 0.844 0.156
#> GSM94034 3 0.1753 0.923 0.048 0.000 0.952
#> GSM94035 3 0.1031 0.943 0.000 0.024 0.976
#> GSM94036 3 0.1643 0.926 0.044 0.000 0.956
#> GSM94037 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.4605 0.769 0.000 0.796 0.204
#> GSM94044 2 0.1031 0.954 0.000 0.976 0.024
#> GSM94045 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> GSM94052 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.3116 0.856 0.892 0.000 0.108
#> GSM94057 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.0592 0.953 0.012 0.000 0.988
#> GSM94074 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.0424 0.956 0.008 0.000 0.992
#> GSM94163 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.4291 0.801 0.000 0.820 0.180
#> GSM94168 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 1 0.6008 0.414 0.628 0.000 0.372
#> GSM94175 3 0.1163 0.940 0.000 0.028 0.972
#> GSM94176 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.0892 0.947 0.020 0.000 0.980
#> GSM98770 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.4346 0.796 0.000 0.816 0.184
#> GSM98772 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0237 0.958 0.004 0.000 0.996
#> GSM98774 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 3 0.0000 0.960 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.1643 0.926 0.044 0.000 0.956
#> GSM98779 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.0592 0.953 0.012 0.000 0.988
#> GSM98782 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.981 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.1163 0.952 0.000 0.972 0.028
#> GSM98874 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94078 4 0.3444 0.6462 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM94079 3 0.5007 0.8073 0.068 0.000 0.760 0.172
#> GSM94080 2 0.0188 0.9365 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94081 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94082 3 0.4382 0.8017 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM94083 3 0.5007 0.8073 0.068 0.000 0.760 0.172
#> GSM94084 4 0.0779 0.8331 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM94085 3 0.4103 0.8365 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM94086 3 0.4155 0.8419 0.004 0.000 0.756 0.240
#> GSM94087 3 0.4761 0.1087 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM94088 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94089 4 0.0779 0.8331 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM94090 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.3219 0.7126 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM94092 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94093 3 0.4817 0.0522 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM94094 3 0.4040 0.8410 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM94095 3 0.4040 0.8410 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM94096 4 0.0188 0.8324 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94097 3 0.0336 0.7031 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM94098 3 0.4472 0.8376 0.020 0.000 0.760 0.220
#> GSM94099 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94100 4 0.3266 0.7764 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM94101 4 0.0779 0.8331 0.000 0.016 0.004 0.980
#> GSM94102 3 0.2868 0.7925 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM94103 4 0.3907 0.5584 0.000 0.000 0.232 0.768
#> GSM94104 4 0.2345 0.7685 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM94105 3 0.4507 0.8375 0.020 0.000 0.756 0.224
#> GSM94106 4 0.0188 0.8335 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM94107 3 0.4008 0.8418 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94108 4 0.1576 0.8221 0.000 0.048 0.004 0.948
#> GSM94109 4 0.4304 0.4357 0.000 0.000 0.284 0.716
#> GSM94110 4 0.3444 0.6462 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM94111 4 0.2760 0.7970 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM94112 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.3610 0.6185 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM94114 3 0.4155 0.8419 0.004 0.000 0.756 0.240
#> GSM94115 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94116 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94117 3 0.5033 0.8039 0.072 0.000 0.760 0.168
#> GSM94118 4 0.1211 0.8137 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM94119 4 0.4122 0.6121 0.000 0.236 0.004 0.760
#> GSM94120 4 0.1302 0.8109 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM94121 4 0.0817 0.8234 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94122 4 0.4250 0.5466 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM94123 1 0.1940 0.9315 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM94124 4 0.0188 0.8324 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94125 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2281 0.8929 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM94127 1 0.0188 0.9558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94128 3 0.4072 0.8411 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM94129 3 0.4382 0.8017 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM94130 1 0.3764 0.8211 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM94131 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94132 1 0.0592 0.9533 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94135 4 0.3873 0.5657 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM94136 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94137 3 0.4155 0.8429 0.004 0.000 0.756 0.240
#> GSM94138 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94139 4 0.1302 0.8239 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM94140 3 0.2814 0.7394 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM94141 4 0.3444 0.7629 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM94142 1 0.2530 0.9105 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM94143 4 0.0188 0.8324 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94144 3 0.2999 0.7424 0.004 0.000 0.864 0.132
#> GSM94145 1 0.1637 0.9391 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM94146 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94147 3 0.3652 0.6998 0.092 0.000 0.856 0.052
#> GSM94148 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98785 4 0.0188 0.8324 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM98786 3 0.3649 0.7734 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM98787 3 0.3610 0.8299 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM98788 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM98789 4 0.4250 0.7060 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM98790 4 0.0188 0.8333 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM98791 1 0.0469 0.9554 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98792 3 0.4431 0.7934 0.000 0.000 0.696 0.304
#> GSM98793 1 0.3837 0.6863 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM98794 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98795 1 0.3975 0.7942 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM98796 1 0.1867 0.9335 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM98797 4 0.2921 0.7877 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM98798 4 0.1109 0.8308 0.000 0.004 0.028 0.968
#> GSM98799 4 0.4122 0.6121 0.000 0.236 0.004 0.760
#> GSM98800 4 0.0336 0.8324 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM98801 4 0.3266 0.7764 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM94019 4 0.4008 0.5429 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM94020 2 0.0188 0.9365 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94021 1 0.0592 0.9510 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94022 3 0.4040 0.8410 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM94023 3 0.4040 0.8410 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM94024 3 0.4040 0.8410 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM94025 1 0.1940 0.9044 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM94026 4 0.2973 0.7898 0.000 0.000 0.144 0.856
#> GSM94027 1 0.2281 0.8929 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3306 0.8139 0.004 0.000 0.840 0.156
#> GSM94030 3 0.4008 0.8418 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM94031 2 0.4164 0.6505 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM94032 3 0.1940 0.7582 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM94033 4 0.3219 0.7124 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM94034 3 0.4434 0.8387 0.016 0.000 0.756 0.228
#> GSM94035 4 0.0000 0.8328 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.4434 0.8387 0.016 0.000 0.756 0.228
#> GSM94037 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94041 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94042 2 0.4331 0.6147 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM94043 4 0.2654 0.7733 0.000 0.108 0.004 0.888
#> GSM94044 4 0.4401 0.5582 0.000 0.272 0.004 0.724
#> GSM94045 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94046 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94047 3 0.5024 0.7086 0.008 0.000 0.632 0.360
#> GSM94048 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94049 3 0.4866 0.3799 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.2943 0.7499 0.032 0.000 0.892 0.076
#> GSM94052 1 0.1557 0.9391 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.2868 0.8935 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM94055 1 0.1302 0.9440 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94056 3 0.5070 0.0146 0.416 0.000 0.580 0.004
#> GSM94057 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.2530 0.9105 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.3873 0.5693 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM94064 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0188 0.9365 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94067 1 0.1940 0.9315 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM94068 2 0.1716 0.8883 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM94069 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1389 0.9424 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM94072 1 0.0188 0.9558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94073 3 0.3428 0.8083 0.012 0.000 0.844 0.144
#> GSM94074 1 0.0000 0.9558 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0188 0.9558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94155 1 0.3400 0.8561 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3764 0.8211 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM94160 1 0.2149 0.9250 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM94161 1 0.0188 0.9558 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94162 3 0.3975 0.8427 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM94163 2 0.4967 0.1993 0.000 0.548 0.000 0.452
#> GSM94164 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94165 1 0.0336 0.9558 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94166 1 0.2216 0.9230 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM94167 4 0.3172 0.7174 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM94168 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94169 3 0.4522 0.7736 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM94170 1 0.2921 0.8909 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM94171 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94172 1 0.0336 0.9558 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94173 4 0.4250 0.5466 0.000 0.276 0.000 0.724
#> GSM94174 3 0.5750 0.2721 0.440 0.000 0.532 0.028
#> GSM94175 4 0.0188 0.8324 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94176 3 0.4916 0.2965 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM94177 1 0.0817 0.9509 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM94178 2 0.4605 0.5192 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM98767 1 0.0707 0.9518 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM98768 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98769 3 0.1940 0.7633 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM98770 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98771 4 0.3257 0.7287 0.000 0.152 0.004 0.844
#> GSM98772 1 0.0188 0.9553 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98773 3 0.4008 0.8423 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM98774 3 0.3975 0.8427 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM98775 1 0.0592 0.9533 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM98776 1 0.4193 0.5996 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM98777 4 0.0336 0.8324 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM98778 3 0.4228 0.8420 0.008 0.000 0.760 0.232
#> GSM98779 1 0.0469 0.9554 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98780 1 0.0336 0.9558 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98781 3 0.2011 0.7662 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM98782 1 0.1557 0.9409 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM98783 1 0.0469 0.9558 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98784 1 0.1867 0.9335 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.4830 0.3281 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM98874 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0188 0.9365 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0404 0.873492 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94077 3 0.1792 0.764975 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM94078 4 0.5921 0.415487 0.000 0.000 0.296 0.568 0.136
#> GSM94079 3 0.1478 0.769051 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM94080 2 0.1740 0.933099 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM94081 3 0.0963 0.775292 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94082 3 0.3994 0.692815 0.000 0.000 0.792 0.068 0.140
#> GSM94083 3 0.1410 0.769372 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM94084 4 0.0290 0.781174 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94085 3 0.2362 0.730081 0.000 0.000 0.900 0.024 0.076
#> GSM94086 3 0.0451 0.772587 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM94087 5 0.5702 0.557368 0.192 0.000 0.180 0.000 0.628
#> GSM94088 3 0.2233 0.755169 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> GSM94089 4 0.0290 0.779460 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94090 2 0.0162 0.970733 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94091 5 0.4718 0.433242 0.000 0.000 0.180 0.092 0.728
#> GSM94092 3 0.2648 0.722977 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM94093 5 0.5484 0.520525 0.240 0.000 0.120 0.000 0.640
#> GSM94094 3 0.0865 0.767496 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM94095 3 0.0451 0.772540 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM94096 4 0.1768 0.776028 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> GSM94097 5 0.4161 0.483991 0.016 0.000 0.280 0.000 0.704
#> GSM94098 3 0.0963 0.775292 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94099 3 0.2424 0.735989 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM94100 4 0.5645 0.497050 0.000 0.000 0.084 0.540 0.376
#> GSM94101 4 0.0000 0.780490 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 3 0.3642 0.579806 0.000 0.000 0.760 0.008 0.232
#> GSM94103 3 0.5888 0.358025 0.000 0.000 0.560 0.316 0.124
#> GSM94104 4 0.5658 0.328694 0.000 0.000 0.408 0.512 0.080
#> GSM94105 3 0.0451 0.772587 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM94106 4 0.1043 0.781308 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM94107 3 0.0162 0.774025 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94108 4 0.0290 0.779460 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94109 3 0.6071 0.294935 0.000 0.000 0.572 0.236 0.192
#> GSM94110 4 0.5917 0.399724 0.000 0.000 0.304 0.564 0.132
#> GSM94111 4 0.5192 0.621403 0.000 0.000 0.076 0.644 0.280
#> GSM94112 2 0.0000 0.970708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.6099 0.270268 0.000 0.000 0.352 0.512 0.136
#> GSM94114 3 0.0451 0.772587 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM94115 1 0.1792 0.858676 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM94116 3 0.3210 0.672366 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM94117 3 0.1544 0.767763 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94118 4 0.5312 0.576550 0.000 0.000 0.256 0.648 0.096
#> GSM94119 4 0.0671 0.777204 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM94120 4 0.5137 0.609563 0.000 0.000 0.228 0.676 0.096
#> GSM94121 4 0.4752 0.668109 0.000 0.000 0.184 0.724 0.092
#> GSM94122 4 0.1251 0.766428 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> GSM94123 1 0.2280 0.818704 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM94124 4 0.1892 0.774225 0.000 0.000 0.004 0.916 0.080
#> GSM94125 2 0.0000 0.970708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.4284 0.594345 0.736 0.000 0.224 0.000 0.040
#> GSM94127 1 0.0162 0.873395 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94128 3 0.3318 0.654600 0.000 0.000 0.808 0.012 0.180
#> GSM94129 3 0.4294 0.675707 0.000 0.000 0.768 0.080 0.152
#> GSM94130 5 0.4138 0.178995 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM94131 1 0.1341 0.870854 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM94132 1 0.0703 0.870888 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94133 2 0.0000 0.970708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1732 0.864496 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM94135 3 0.6158 0.140655 0.000 0.000 0.480 0.384 0.136
#> GSM94136 1 0.1965 0.859532 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM94137 3 0.1341 0.770602 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM94138 1 0.2179 0.846875 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM94139 4 0.0162 0.780268 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94140 5 0.3994 0.488458 0.000 0.000 0.140 0.068 0.792
#> GSM94141 4 0.4264 0.579506 0.000 0.000 0.004 0.620 0.376
#> GSM94142 1 0.3452 0.671996 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> GSM94143 4 0.1768 0.777716 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> GSM94144 5 0.3690 0.480506 0.000 0.000 0.200 0.020 0.780
#> GSM94145 1 0.1544 0.852694 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM94146 1 0.1965 0.859164 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM94147 5 0.4541 0.457832 0.032 0.000 0.288 0.000 0.680
#> GSM94148 1 0.2179 0.846875 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> GSM98785 4 0.1544 0.778121 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM98786 5 0.5165 0.192089 0.000 0.000 0.376 0.048 0.576
#> GSM98787 3 0.4054 0.566083 0.000 0.000 0.732 0.020 0.248
#> GSM98788 3 0.2605 0.727367 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM98789 5 0.4329 0.246483 0.000 0.000 0.032 0.252 0.716
#> GSM98790 4 0.1671 0.775889 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM98791 1 0.0290 0.873426 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98792 3 0.4277 0.672500 0.000 0.000 0.768 0.076 0.156
#> GSM98793 1 0.5498 0.296021 0.580 0.000 0.080 0.000 0.340
#> GSM98794 1 0.1197 0.870913 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM98795 5 0.4060 0.260761 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> GSM98796 1 0.2020 0.839295 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM98797 4 0.3661 0.677908 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM98798 4 0.2773 0.748539 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM98799 4 0.0671 0.777204 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM98800 4 0.2179 0.770492 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> GSM98801 4 0.5663 0.485425 0.000 0.000 0.084 0.532 0.384
#> GSM94019 4 0.6469 0.357007 0.000 0.000 0.336 0.468 0.196
#> GSM94020 2 0.1670 0.935784 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> GSM94021 1 0.3242 0.811572 0.852 0.000 0.076 0.000 0.072
#> GSM94022 3 0.0865 0.767943 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM94023 3 0.0451 0.775041 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM94024 3 0.0566 0.771933 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM94025 1 0.3621 0.664278 0.788 0.000 0.192 0.000 0.020
#> GSM94026 4 0.5645 0.497050 0.000 0.000 0.084 0.540 0.376
#> GSM94027 1 0.4193 0.616267 0.748 0.000 0.212 0.000 0.040
#> GSM94028 2 0.0162 0.970733 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94029 3 0.1571 0.745024 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM94030 3 0.0671 0.775233 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM94031 4 0.4824 0.017683 0.000 0.468 0.000 0.512 0.020
#> GSM94032 5 0.4434 0.139309 0.000 0.000 0.460 0.004 0.536
#> GSM94033 4 0.0290 0.779460 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94034 3 0.0771 0.772682 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM94035 4 0.1608 0.779082 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM94036 3 0.1124 0.768508 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM94037 1 0.1851 0.861308 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM94038 2 0.0000 0.970708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.970708 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1544 0.868991 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM94041 1 0.1341 0.866060 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM94042 4 0.4525 0.324375 0.000 0.360 0.000 0.624 0.016
#> GSM94043 4 0.0510 0.778346 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM94044 4 0.1469 0.763900 0.000 0.036 0.000 0.948 0.016
#> GSM94045 1 0.1478 0.870469 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM94046 1 0.1478 0.870469 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM94047 3 0.6185 0.254548 0.004 0.000 0.500 0.124 0.372
#> GSM94048 1 0.1544 0.864992 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM94049 3 0.6396 -0.000653 0.280 0.000 0.508 0.000 0.212
#> GSM94050 1 0.0162 0.873395 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94051 5 0.4183 0.401858 0.008 0.000 0.324 0.000 0.668
#> GSM94052 1 0.1792 0.842003 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM94053 2 0.0290 0.970157 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94054 1 0.3966 0.588424 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM94055 1 0.1043 0.865209 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94056 5 0.4693 0.573048 0.196 0.000 0.080 0.000 0.724
#> GSM94057 2 0.0451 0.969008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM94058 1 0.0162 0.873395 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.3730 0.642573 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> GSM94060 2 0.0162 0.970733 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94061 1 0.0290 0.874420 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94062 2 0.0290 0.970157 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94063 4 0.6683 0.161422 0.000 0.000 0.308 0.432 0.260
#> GSM94064 2 0.0693 0.964339 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM94065 1 0.0510 0.874759 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94066 2 0.1740 0.933099 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> GSM94067 1 0.2329 0.815791 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM94068 2 0.3961 0.674253 0.000 0.736 0.000 0.248 0.016
#> GSM94069 1 0.0609 0.875010 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94070 2 0.0290 0.970157 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94071 1 0.1197 0.861737 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94072 1 0.0510 0.873630 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94073 3 0.4235 0.268796 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM94074 1 0.0162 0.873395 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94075 1 0.0162 0.873395 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94155 1 0.4283 0.266663 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> GSM94156 2 0.0162 0.970733 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94157 5 0.4210 0.101962 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> GSM94160 1 0.2852 0.787533 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> GSM94161 1 0.0794 0.873908 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94162 3 0.2852 0.703597 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM94163 4 0.3630 0.612217 0.000 0.204 0.000 0.780 0.016
#> GSM94164 1 0.0794 0.874130 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94165 1 0.0404 0.874236 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94166 1 0.3143 0.764998 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM94167 4 0.0404 0.778802 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94168 1 0.0880 0.872738 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM94169 3 0.5741 0.358815 0.000 0.000 0.544 0.096 0.360
#> GSM94170 1 0.4192 0.458151 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM94171 1 0.0404 0.873492 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94172 1 0.0404 0.874236 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94173 4 0.1818 0.767590 0.000 0.024 0.000 0.932 0.044
#> GSM94174 3 0.6738 -0.271282 0.256 0.000 0.376 0.000 0.368
#> GSM94175 4 0.0963 0.781190 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94176 5 0.6754 0.363199 0.324 0.000 0.276 0.000 0.400
#> GSM94177 1 0.4127 0.566884 0.680 0.000 0.008 0.000 0.312
#> GSM94178 4 0.4206 0.475222 0.000 0.288 0.000 0.696 0.016
#> GSM98767 1 0.3990 0.579660 0.688 0.000 0.004 0.000 0.308
#> GSM98768 1 0.2230 0.845577 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM98769 5 0.4045 0.347980 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM98770 1 0.0703 0.875168 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM98771 4 0.0510 0.778346 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM98772 1 0.2280 0.841193 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM98773 3 0.0880 0.775632 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM98774 3 0.3534 0.613037 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM98775 1 0.0404 0.873067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98776 1 0.6244 0.007664 0.496 0.000 0.156 0.000 0.348
#> GSM98777 4 0.2864 0.749878 0.000 0.000 0.012 0.852 0.136
#> GSM98778 3 0.0162 0.774363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98779 1 0.0404 0.873724 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98780 1 0.1851 0.861308 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM98781 3 0.4273 0.143975 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM98782 1 0.0963 0.867683 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM98783 1 0.2020 0.857935 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> GSM98784 1 0.2230 0.821952 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM98871 2 0.0162 0.969724 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98872 2 0.0290 0.970157 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM98873 4 0.4793 0.608999 0.000 0.216 0.000 0.708 0.076
#> GSM98874 2 0.0162 0.970733 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98875 2 0.1740 0.933099 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.3168 0.7529 0.804 0.000 0.000 0.000 0.024 0.172
#> GSM94077 3 0.2660 0.7402 0.000 0.000 0.868 0.000 0.084 0.048
#> GSM94078 4 0.6318 0.1646 0.000 0.000 0.344 0.480 0.052 0.124
#> GSM94079 3 0.1327 0.7578 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM94080 2 0.3620 0.8266 0.000 0.824 0.000 0.084 0.036 0.056
#> GSM94081 3 0.0865 0.7632 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94082 3 0.5284 0.6348 0.000 0.000 0.696 0.112 0.088 0.104
#> GSM94083 3 0.1531 0.7545 0.000 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> GSM94084 4 0.0458 0.6559 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94085 3 0.3413 0.6981 0.000 0.000 0.828 0.052 0.016 0.104
#> GSM94086 3 0.0622 0.7575 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM94087 5 0.5966 0.3934 0.080 0.000 0.092 0.000 0.596 0.232
#> GSM94088 3 0.3772 0.7075 0.000 0.000 0.792 0.008 0.128 0.072
#> GSM94089 4 0.0713 0.6562 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM94090 2 0.0405 0.9270 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94091 5 0.4716 -0.0766 0.000 0.000 0.020 0.016 0.520 0.444
#> GSM94092 3 0.3974 0.6382 0.000 0.000 0.728 0.000 0.224 0.048
#> GSM94093 5 0.6079 0.3754 0.140 0.000 0.044 0.000 0.556 0.260
#> GSM94094 3 0.0632 0.7575 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94095 3 0.0291 0.7607 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM94096 4 0.3060 0.5873 0.000 0.000 0.020 0.836 0.012 0.132
#> GSM94097 5 0.5760 0.3509 0.036 0.000 0.116 0.000 0.588 0.260
#> GSM94098 3 0.1007 0.7621 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94099 3 0.3054 0.7130 0.000 0.000 0.828 0.000 0.136 0.036
#> GSM94100 6 0.6559 0.7886 0.000 0.000 0.072 0.272 0.152 0.504
#> GSM94101 4 0.0363 0.6564 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94102 3 0.4743 0.1137 0.000 0.000 0.548 0.000 0.052 0.400
#> GSM94103 3 0.6006 0.4308 0.000 0.000 0.564 0.272 0.052 0.112
#> GSM94104 3 0.5689 0.2592 0.000 0.000 0.520 0.316 0.004 0.160
#> GSM94105 3 0.0622 0.7575 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM94106 4 0.1204 0.6414 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM94107 3 0.0146 0.7632 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94108 4 0.0547 0.6566 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94109 3 0.4747 0.2013 0.000 0.000 0.568 0.056 0.000 0.376
#> GSM94110 4 0.6359 0.0808 0.000 0.000 0.372 0.452 0.052 0.124
#> GSM94111 6 0.5890 0.6007 0.000 0.000 0.064 0.396 0.056 0.484
#> GSM94112 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.6583 0.0241 0.000 0.000 0.372 0.424 0.060 0.144
#> GSM94114 3 0.0622 0.7575 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM94115 1 0.3637 0.6846 0.780 0.000 0.000 0.000 0.164 0.056
#> GSM94116 3 0.4670 0.5359 0.000 0.000 0.636 0.000 0.292 0.072
#> GSM94117 3 0.1843 0.7505 0.004 0.000 0.912 0.000 0.080 0.004
#> GSM94118 4 0.6127 0.1899 0.000 0.000 0.316 0.496 0.024 0.164
#> GSM94119 4 0.1984 0.6300 0.000 0.000 0.000 0.912 0.032 0.056
#> GSM94120 4 0.5961 0.2310 0.000 0.000 0.284 0.532 0.020 0.164
#> GSM94121 4 0.5597 0.2267 0.000 0.000 0.260 0.560 0.004 0.176
#> GSM94122 4 0.2341 0.6254 0.000 0.012 0.000 0.900 0.032 0.056
#> GSM94123 1 0.5019 0.5904 0.604 0.000 0.000 0.000 0.104 0.292
#> GSM94124 4 0.3222 0.5773 0.000 0.000 0.024 0.824 0.012 0.140
#> GSM94125 2 0.0260 0.9262 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94126 1 0.4570 0.4572 0.696 0.000 0.232 0.000 0.056 0.016
#> GSM94127 1 0.2882 0.7497 0.812 0.000 0.000 0.000 0.008 0.180
#> GSM94128 3 0.4707 0.2661 0.000 0.000 0.588 0.012 0.032 0.368
#> GSM94129 3 0.6269 0.5414 0.000 0.000 0.592 0.124 0.136 0.148
#> GSM94130 5 0.5145 0.4269 0.176 0.000 0.000 0.000 0.624 0.200
#> GSM94131 1 0.2362 0.6957 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136 0.004
#> GSM94132 1 0.3168 0.7430 0.792 0.000 0.000 0.000 0.016 0.192
#> GSM94133 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2581 0.6910 0.856 0.000 0.000 0.000 0.128 0.016
#> GSM94135 3 0.6517 0.1768 0.000 0.000 0.448 0.352 0.056 0.144
#> GSM94136 1 0.2968 0.6676 0.816 0.000 0.000 0.000 0.168 0.016
#> GSM94137 3 0.1411 0.7563 0.000 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> GSM94138 1 0.3109 0.6117 0.772 0.000 0.000 0.000 0.224 0.004
#> GSM94139 4 0.0146 0.6556 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94140 5 0.4195 -0.0125 0.000 0.000 0.008 0.004 0.548 0.440
#> GSM94141 6 0.5616 0.6820 0.000 0.000 0.000 0.352 0.156 0.492
#> GSM94142 1 0.5609 0.4422 0.504 0.000 0.000 0.000 0.160 0.336
#> GSM94143 4 0.2039 0.6214 0.000 0.000 0.000 0.904 0.020 0.076
#> GSM94144 5 0.3819 0.2099 0.000 0.000 0.020 0.000 0.700 0.280
#> GSM94145 1 0.3481 0.7353 0.776 0.000 0.000 0.000 0.032 0.192
#> GSM94146 1 0.3394 0.6625 0.804 0.000 0.000 0.000 0.144 0.052
#> GSM94147 5 0.3724 0.4198 0.012 0.000 0.088 0.000 0.804 0.096
#> GSM94148 1 0.2941 0.6187 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM98785 4 0.1584 0.6325 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 0.064
#> GSM98786 5 0.5321 0.3187 0.004 0.000 0.160 0.024 0.668 0.144
#> GSM98787 3 0.4967 0.1358 0.000 0.000 0.528 0.020 0.032 0.420
#> GSM98788 3 0.3835 0.6586 0.000 0.000 0.748 0.000 0.204 0.048
#> GSM98789 5 0.4905 -0.1207 0.000 0.000 0.004 0.052 0.524 0.420
#> GSM98790 4 0.1910 0.6140 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM98791 1 0.2778 0.7547 0.824 0.000 0.000 0.000 0.008 0.168
#> GSM98792 3 0.5815 0.5982 0.000 0.000 0.644 0.112 0.124 0.120
#> GSM98793 5 0.4651 0.1867 0.448 0.000 0.032 0.000 0.516 0.004
#> GSM98794 1 0.1958 0.7140 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004
#> GSM98795 5 0.5522 0.3814 0.188 0.000 0.000 0.000 0.556 0.256
#> GSM98796 1 0.4357 0.6871 0.696 0.000 0.000 0.000 0.072 0.232
#> GSM98797 4 0.4856 -0.4774 0.000 0.000 0.000 0.480 0.056 0.464
#> GSM98798 4 0.4236 0.1680 0.000 0.000 0.000 0.656 0.036 0.308
#> GSM98799 4 0.1984 0.6300 0.000 0.000 0.000 0.912 0.032 0.056
#> GSM98800 4 0.3204 0.5792 0.000 0.000 0.004 0.832 0.052 0.112
#> GSM98801 6 0.6628 0.7830 0.000 0.000 0.072 0.244 0.180 0.504
#> GSM94019 3 0.7030 -0.2152 0.000 0.000 0.316 0.316 0.060 0.308
#> GSM94020 2 0.3620 0.8266 0.000 0.824 0.000 0.084 0.036 0.056
#> GSM94021 1 0.4527 0.5772 0.732 0.000 0.100 0.000 0.152 0.016
#> GSM94022 3 0.0603 0.7573 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94023 3 0.0508 0.7650 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM94024 3 0.0547 0.7601 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94025 1 0.4310 0.5514 0.740 0.000 0.188 0.000 0.048 0.024
#> GSM94026 6 0.6572 0.7897 0.000 0.000 0.072 0.268 0.156 0.504
#> GSM94027 1 0.4570 0.4572 0.696 0.000 0.232 0.000 0.056 0.016
#> GSM94028 2 0.0405 0.9270 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94029 3 0.1524 0.7308 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> GSM94030 3 0.1643 0.7493 0.000 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008
#> GSM94031 4 0.5886 0.2088 0.000 0.272 0.000 0.564 0.032 0.132
#> GSM94032 6 0.5833 0.3171 0.000 0.000 0.252 0.000 0.256 0.492
#> GSM94033 4 0.1257 0.6498 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> GSM94034 3 0.1409 0.7542 0.008 0.000 0.948 0.000 0.032 0.012
#> GSM94035 4 0.2491 0.5627 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> GSM94036 3 0.1726 0.7461 0.012 0.000 0.932 0.000 0.044 0.012
#> GSM94037 1 0.2581 0.6910 0.856 0.000 0.000 0.000 0.128 0.016
#> GSM94038 2 0.0146 0.9269 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9273 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2450 0.6998 0.868 0.000 0.000 0.000 0.116 0.016
#> GSM94041 1 0.3211 0.7183 0.824 0.000 0.000 0.000 0.120 0.056
#> GSM94042 4 0.5029 0.3434 0.000 0.248 0.000 0.660 0.036 0.056
#> GSM94043 4 0.1257 0.6486 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> GSM94044 4 0.1984 0.6300 0.000 0.000 0.000 0.912 0.032 0.056
#> GSM94045 1 0.2311 0.7086 0.880 0.000 0.000 0.000 0.104 0.016
#> GSM94046 1 0.2358 0.7069 0.876 0.000 0.000 0.000 0.108 0.016
#> GSM94047 5 0.7474 0.1689 0.060 0.000 0.252 0.100 0.480 0.108
#> GSM94048 1 0.3254 0.7175 0.820 0.000 0.000 0.000 0.124 0.056
#> GSM94049 3 0.6128 -0.2439 0.332 0.000 0.348 0.000 0.320 0.000
#> GSM94050 1 0.2778 0.7534 0.824 0.000 0.000 0.000 0.008 0.168
#> GSM94051 5 0.3670 0.4253 0.012 0.000 0.100 0.000 0.808 0.080
#> GSM94052 1 0.3924 0.7128 0.740 0.000 0.000 0.000 0.052 0.208
#> GSM94053 2 0.0820 0.9247 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM94054 1 0.5957 0.0552 0.400 0.000 0.000 0.000 0.380 0.220
#> GSM94055 1 0.3333 0.7394 0.784 0.000 0.000 0.000 0.024 0.192
#> GSM94056 5 0.3162 0.4598 0.064 0.000 0.020 0.000 0.852 0.064
#> GSM94057 2 0.1092 0.9211 0.000 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> GSM94058 1 0.2848 0.7509 0.816 0.000 0.000 0.000 0.008 0.176
#> GSM94059 1 0.5927 0.3633 0.448 0.000 0.000 0.000 0.228 0.324
#> GSM94060 2 0.0405 0.9270 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94061 1 0.2513 0.7593 0.852 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140
#> GSM94062 2 0.0820 0.9247 0.000 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM94063 4 0.7558 -0.1025 0.000 0.000 0.276 0.304 0.272 0.148
#> GSM94064 2 0.2328 0.8881 0.000 0.892 0.000 0.000 0.052 0.056
#> GSM94065 1 0.0692 0.7440 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM94066 2 0.3620 0.8266 0.000 0.824 0.000 0.084 0.036 0.056
#> GSM94067 1 0.5074 0.5826 0.596 0.000 0.000 0.000 0.108 0.296
#> GSM94068 2 0.5592 0.3225 0.000 0.524 0.000 0.376 0.036 0.064
#> GSM94069 1 0.0622 0.7454 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM94070 2 0.1003 0.9225 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM94071 1 0.3333 0.7394 0.784 0.000 0.000 0.000 0.024 0.192
#> GSM94072 1 0.3385 0.7508 0.788 0.000 0.000 0.000 0.032 0.180
#> GSM94073 5 0.5565 0.3159 0.064 0.000 0.276 0.000 0.604 0.056
#> GSM94074 1 0.2848 0.7509 0.816 0.000 0.000 0.000 0.008 0.176
#> GSM94075 1 0.2848 0.7509 0.816 0.000 0.000 0.000 0.008 0.176
#> GSM94155 5 0.5953 0.1670 0.308 0.000 0.000 0.000 0.448 0.244
#> GSM94156 2 0.0405 0.9270 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94157 5 0.5416 0.3915 0.224 0.000 0.000 0.000 0.580 0.196
#> GSM94160 1 0.5440 0.5359 0.552 0.000 0.000 0.000 0.152 0.296
#> GSM94161 1 0.3679 0.7512 0.772 0.000 0.000 0.000 0.052 0.176
#> GSM94162 3 0.3445 0.6239 0.000 0.000 0.744 0.000 0.244 0.012
#> GSM94163 4 0.4119 0.5081 0.000 0.128 0.000 0.780 0.036 0.056
#> GSM94164 1 0.2527 0.7339 0.876 0.000 0.000 0.000 0.084 0.040
#> GSM94165 1 0.2266 0.7612 0.880 0.000 0.000 0.000 0.012 0.108
#> GSM94166 1 0.5611 0.5238 0.528 0.000 0.000 0.000 0.180 0.292
#> GSM94167 4 0.1341 0.6459 0.000 0.000 0.000 0.948 0.028 0.024
#> GSM94168 1 0.1616 0.7385 0.932 0.000 0.000 0.000 0.048 0.020
#> GSM94169 5 0.6979 -0.1524 0.000 0.000 0.348 0.100 0.400 0.152
#> GSM94170 5 0.5871 0.1281 0.320 0.000 0.000 0.000 0.464 0.216
#> GSM94171 1 0.2088 0.7521 0.904 0.000 0.000 0.000 0.028 0.068
#> GSM94172 1 0.2531 0.7592 0.856 0.000 0.000 0.000 0.012 0.132
#> GSM94173 4 0.2579 0.6008 0.000 0.004 0.000 0.876 0.032 0.088
#> GSM94174 5 0.6057 0.4396 0.204 0.000 0.160 0.000 0.584 0.052
#> GSM94175 4 0.1010 0.6479 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM94176 5 0.5251 0.4630 0.288 0.000 0.116 0.000 0.592 0.004
#> GSM94177 5 0.3989 0.1274 0.468 0.000 0.004 0.000 0.528 0.000
#> GSM94178 4 0.4417 0.4663 0.000 0.160 0.000 0.748 0.036 0.056
#> GSM98767 5 0.3986 0.1358 0.464 0.000 0.004 0.000 0.532 0.000
#> GSM98768 1 0.3201 0.6238 0.780 0.000 0.000 0.000 0.208 0.012
#> GSM98769 5 0.3497 0.4379 0.008 0.000 0.156 0.000 0.800 0.036
#> GSM98770 1 0.0820 0.7452 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM98771 4 0.1257 0.6486 0.000 0.000 0.000 0.952 0.020 0.028
#> GSM98772 1 0.3109 0.6117 0.772 0.000 0.000 0.000 0.224 0.004
#> GSM98773 3 0.1007 0.7621 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM98774 3 0.4908 0.4379 0.000 0.000 0.584 0.004 0.348 0.064
#> GSM98775 1 0.2915 0.7486 0.808 0.000 0.000 0.000 0.008 0.184
#> GSM98776 5 0.4936 0.2783 0.408 0.000 0.048 0.000 0.536 0.008
#> GSM98777 4 0.3852 0.5357 0.000 0.000 0.008 0.784 0.072 0.136
#> GSM98778 3 0.0520 0.7587 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM98779 1 0.2768 0.7557 0.832 0.000 0.000 0.000 0.012 0.156
#> GSM98780 1 0.2538 0.6933 0.860 0.000 0.000 0.000 0.124 0.016
#> GSM98781 5 0.4045 0.3237 0.000 0.000 0.312 0.000 0.664 0.024
#> GSM98782 1 0.3364 0.7410 0.780 0.000 0.000 0.000 0.024 0.196
#> GSM98783 1 0.3136 0.6506 0.796 0.000 0.000 0.000 0.188 0.016
#> GSM98784 1 0.5019 0.5904 0.604 0.000 0.000 0.000 0.104 0.292
#> GSM98871 2 0.0717 0.9211 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM98872 2 0.1003 0.9225 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM98873 4 0.5714 0.1245 0.000 0.120 0.000 0.592 0.032 0.256
#> GSM98874 2 0.0260 0.9272 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98875 2 0.3620 0.8266 0.000 0.824 0.000 0.084 0.036 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:kmeans 192 2.93e-03 2
#> MAD:kmeans 186 5.85e-10 3
#> MAD:kmeans 183 9.98e-10 4
#> MAD:kmeans 153 8.37e-07 5
#> MAD:kmeans 135 1.66e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.979 0.991 0.4952 0.507 0.507
#> 3 3 0.978 0.949 0.979 0.2851 0.826 0.666
#> 4 4 0.769 0.746 0.858 0.0975 0.899 0.732
#> 5 5 0.759 0.742 0.856 0.0802 0.887 0.646
#> 6 6 0.795 0.740 0.835 0.0484 0.947 0.785
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94082 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94086 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.706 0.767 0.808 0.192
#> GSM94089 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94091 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94092 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94095 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.722 0.749 0.200 0.800
#> GSM94103 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94104 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94114 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94129 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94140 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94141 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.563 0.846 0.868 0.132
#> GSM94145 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> GSM98787 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98788 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98789 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98790 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98792 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.971 0.335 0.600 0.400
#> GSM94023 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94024 2 0.706 0.761 0.192 0.808
#> GSM94025 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.814 0.665 0.748 0.252
#> GSM94033 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.722 0.755 0.800 0.200
#> GSM94048 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94063 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94169 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.000 0.987 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.000 0.995 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94078 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94079 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94085 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94092 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94099 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.5216 0.639 0.000 0.260 0.740
#> GSM94104 2 0.3879 0.820 0.000 0.848 0.152
#> GSM94105 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94109 2 0.4750 0.725 0.000 0.784 0.216
#> GSM94110 2 0.0892 0.970 0.000 0.980 0.020
#> GSM94111 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 2 0.0892 0.970 0.000 0.980 0.020
#> GSM94114 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94117 3 0.1031 0.919 0.024 0.000 0.976
#> GSM94118 2 0.0747 0.973 0.000 0.984 0.016
#> GSM94119 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94120 2 0.0747 0.973 0.000 0.984 0.016
#> GSM94121 2 0.0747 0.973 0.000 0.984 0.016
#> GSM94122 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 3 0.6244 0.260 0.440 0.000 0.560
#> GSM94127 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.5835 0.488 0.000 0.340 0.660
#> GSM94130 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.6244 0.245 0.000 0.440 0.560
#> GSM94136 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94140 2 0.5968 0.425 0.364 0.636 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94144 1 0.0892 0.966 0.980 0.020 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98786 1 0.4555 0.722 0.800 0.200 0.000
#> GSM98787 2 0.2261 0.922 0.000 0.932 0.068
#> GSM98788 3 0.0592 0.926 0.012 0.000 0.988
#> GSM98789 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 2 0.0892 0.969 0.000 0.980 0.020
#> GSM98793 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94019 2 0.0747 0.973 0.000 0.984 0.016
#> GSM94020 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0424 0.981 0.992 0.000 0.008
#> GSM94022 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94023 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 3 0.6244 0.260 0.440 0.000 0.560
#> GSM94026 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94027 1 0.5948 0.388 0.640 0.000 0.360
#> GSM94028 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM94030 3 0.3340 0.835 0.120 0.000 0.880
#> GSM94031 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.4555 0.740 0.200 0.000 0.800
#> GSM94033 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94034 3 0.1411 0.911 0.036 0.000 0.964
#> GSM94035 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94036 3 0.1411 0.911 0.036 0.000 0.964
#> GSM94037 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.4399 0.740 0.812 0.188 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.932 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98778 3 0.0424 0.928 0.008 0.000 0.992
#> GSM98779 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.986 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 4 0.5000 -0.054509 0.000 0.000 0.500 0.500
#> GSM94078 4 0.0000 0.557401 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 3 0.0188 0.806650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94080 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94081 3 0.0188 0.806650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94082 4 0.4992 -0.000886 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM94083 3 0.0188 0.806650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94084 4 0.3172 0.209885 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM94085 4 0.4999 -0.035909 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM94086 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.3024 0.865796 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM94088 4 0.4992 -0.000886 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM94089 4 0.0592 0.544273 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM94090 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94091 4 0.4972 0.242948 0.000 0.456 0.000 0.544
#> GSM94092 4 0.5408 -0.045927 0.000 0.012 0.488 0.500
#> GSM94093 1 0.3528 0.829425 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94096 4 0.0707 0.539551 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM94097 1 0.3528 0.829425 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0188 0.806650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94099 3 0.5000 -0.000717 0.000 0.000 0.504 0.496
#> GSM94100 2 0.3208 0.462785 0.000 0.848 0.004 0.148
#> GSM94101 4 0.3123 0.222600 0.000 0.156 0.000 0.844
#> GSM94102 3 0.4564 0.618238 0.000 0.328 0.672 0.000
#> GSM94103 4 0.3266 0.568617 0.000 0.000 0.168 0.832
#> GSM94104 4 0.5304 0.412800 0.000 0.148 0.104 0.748
#> GSM94105 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94107 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94108 4 0.3172 0.209885 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM94109 3 0.6946 0.341290 0.000 0.252 0.580 0.168
#> GSM94110 4 0.0707 0.570240 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM94111 2 0.3448 0.488683 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM94112 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94113 4 0.0592 0.568550 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM94114 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0336 0.947741 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94116 4 0.6537 0.003205 0.000 0.076 0.424 0.500
#> GSM94117 3 0.2088 0.779048 0.064 0.004 0.928 0.004
#> GSM94118 4 0.0927 0.548550 0.000 0.016 0.008 0.976
#> GSM94119 2 0.4999 0.869333 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM94120 4 0.0804 0.552259 0.000 0.012 0.008 0.980
#> GSM94121 4 0.4483 -0.316512 0.000 0.284 0.004 0.712
#> GSM94122 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94123 1 0.0188 0.949115 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.0707 0.539551 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM94125 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94126 3 0.4907 0.359852 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.4431 0.633799 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM94129 4 0.3870 0.531150 0.000 0.004 0.208 0.788
#> GSM94130 1 0.3074 0.864215 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0188 0.948941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94134 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 4 0.2011 0.575426 0.000 0.000 0.080 0.920
#> GSM94136 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0188 0.806650 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94138 1 0.0336 0.947741 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94140 2 0.1406 0.244496 0.024 0.960 0.000 0.016
#> GSM94141 2 0.3266 0.493491 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM94142 1 0.2704 0.882947 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.4998 0.874580 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM94144 1 0.4977 0.454968 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.4477 0.692991 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.4999 0.869333 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM98786 1 0.6464 0.559136 0.596 0.308 0.000 0.096
#> GSM98787 3 0.7220 0.224896 0.000 0.420 0.440 0.140
#> GSM98788 3 0.5700 0.611670 0.144 0.016 0.744 0.096
#> GSM98789 2 0.1118 0.260163 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM98790 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM98791 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.1109 0.570315 0.000 0.004 0.028 0.968
#> GSM98793 1 0.0707 0.942244 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0188 0.948941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.3528 0.829425 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.3356 0.503080 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM98798 2 0.4981 0.874118 0.000 0.536 0.000 0.464
#> GSM98799 2 0.4998 0.874580 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM98800 4 0.4999 -0.854863 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM98801 2 0.3157 0.457539 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM94019 2 0.5158 -0.060728 0.000 0.524 0.004 0.472
#> GSM94020 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94021 1 0.1398 0.920813 0.956 0.004 0.040 0.000
#> GSM94022 3 0.1557 0.788255 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM94023 3 0.0188 0.806861 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94025 3 0.4730 0.489088 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM94026 2 0.3157 0.457539 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM94027 3 0.4994 0.185270 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM94028 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94029 3 0.1302 0.792869 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM94030 3 0.3160 0.741144 0.108 0.020 0.872 0.000
#> GSM94031 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94032 3 0.5764 0.507288 0.028 0.452 0.520 0.000
#> GSM94033 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94034 3 0.2266 0.767070 0.084 0.004 0.912 0.000
#> GSM94035 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94036 3 0.2266 0.767070 0.084 0.004 0.912 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94039 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94040 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0188 0.948941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94043 2 0.4998 0.874580 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM94044 2 0.4998 0.874580 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM94045 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 4 0.5643 0.129138 0.428 0.024 0.000 0.548
#> GSM94048 1 0.0336 0.947741 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.4008 0.777129 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94054 1 0.2760 0.880346 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.3074 0.863241 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94058 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.2704 0.882947 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94061 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94063 4 0.0707 0.565322 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM94064 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94065 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94067 1 0.0336 0.947780 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94069 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94071 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0817 0.940258 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.3024 0.865796 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94157 1 0.2868 0.874735 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.2704 0.882947 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0707 0.939549 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94163 2 0.4996 0.878981 0.000 0.516 0.000 0.484
#> GSM94164 1 0.0188 0.948941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.2704 0.882947 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94168 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 4 0.4304 0.197630 0.000 0.284 0.000 0.716
#> GSM94170 1 0.2704 0.882947 0.876 0.124 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM94174 1 0.0817 0.940258 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM94175 2 0.4999 0.869333 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM94176 1 0.0592 0.944266 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0336 0.947741 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM98767 1 0.0707 0.942244 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0336 0.947741 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.2814 0.877566 0.868 0.132 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.4994 0.883124 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM98772 1 0.0188 0.948941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.807516 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.1059 0.935002 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM98775 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0707 0.942244 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM98777 4 0.0707 0.538939 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM98778 3 0.0469 0.805403 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.2760 0.880346 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.950085 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0188 0.949115 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM98872 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM98873 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM98874 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
#> GSM98875 2 0.4992 0.887037 0.000 0.524 0.000 0.476
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.4287 0.0887 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> GSM94078 4 0.3171 0.7628 0.000 0.176 0.008 0.816 0.000
#> GSM94079 3 0.1341 0.7556 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1341 0.7556 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM94082 4 0.2966 0.6208 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> GSM94083 3 0.1341 0.7556 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM94084 2 0.4287 -0.1080 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM94085 4 0.3999 0.4093 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.7652 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94087 5 0.3966 0.7877 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> GSM94088 4 0.3305 0.5761 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM94089 4 0.3752 0.7018 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.0703 0.4731 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94092 3 0.4555 0.0961 0.008 0.000 0.520 0.472 0.000
#> GSM94093 5 0.3774 0.7846 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM94094 3 0.0162 0.7653 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94095 3 0.0880 0.7617 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM94096 4 0.3730 0.7060 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM94097 5 0.3752 0.7837 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM94098 3 0.1341 0.7556 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM94099 3 0.5740 0.3336 0.112 0.000 0.580 0.308 0.000
#> GSM94100 2 0.5512 0.4102 0.000 0.572 0.024 0.032 0.372
#> GSM94101 2 0.4300 -0.1685 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM94102 3 0.5750 0.4794 0.000 0.036 0.552 0.032 0.380
#> GSM94103 4 0.3506 0.6820 0.000 0.044 0.132 0.824 0.000
#> GSM94104 4 0.6090 0.5342 0.000 0.348 0.136 0.516 0.000
#> GSM94105 3 0.0000 0.7652 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94107 3 0.1043 0.7633 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM94108 2 0.4287 -0.1082 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM94109 3 0.7123 0.2590 0.000 0.264 0.440 0.020 0.276
#> GSM94110 4 0.3669 0.7468 0.000 0.128 0.056 0.816 0.000
#> GSM94111 2 0.5465 0.4315 0.000 0.588 0.024 0.032 0.356
#> GSM94112 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.3053 0.7619 0.000 0.164 0.008 0.828 0.000
#> GSM94114 3 0.0000 0.7652 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.1121 0.9019 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM94116 4 0.4565 0.2651 0.000 0.000 0.308 0.664 0.028
#> GSM94117 3 0.3958 0.6511 0.176 0.000 0.780 0.044 0.000
#> GSM94118 4 0.3424 0.7469 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> GSM94119 2 0.1121 0.8533 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94120 4 0.3814 0.7184 0.000 0.276 0.004 0.720 0.000
#> GSM94121 2 0.4599 0.1505 0.000 0.600 0.016 0.384 0.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.3109 0.6214 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM94124 4 0.4060 0.5940 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4201 0.3002 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0290 0.9254 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94128 3 0.5508 0.5291 0.000 0.024 0.608 0.040 0.328
#> GSM94129 4 0.3134 0.6768 0.000 0.032 0.120 0.848 0.000
#> GSM94130 5 0.4570 0.7835 0.348 0.000 0.000 0.020 0.632
#> GSM94131 1 0.0290 0.9258 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94132 1 0.0510 0.9210 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94133 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0451 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94135 4 0.3039 0.7592 0.000 0.152 0.012 0.836 0.000
#> GSM94136 1 0.0451 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94137 3 0.1410 0.7536 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM94138 1 0.0880 0.9112 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM94139 2 0.0162 0.8785 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94140 5 0.0609 0.4766 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM94141 2 0.4761 0.4674 0.000 0.616 0.000 0.028 0.356
#> GSM94142 5 0.4161 0.7585 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM94143 2 0.1282 0.8509 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM94144 5 0.3495 0.5247 0.032 0.000 0.000 0.152 0.816
#> GSM94145 1 0.0703 0.9163 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94146 1 0.0794 0.9133 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94147 5 0.5653 0.7086 0.208 0.000 0.000 0.160 0.632
#> GSM94148 1 0.0162 0.9268 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98785 2 0.1121 0.8533 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM98786 5 0.5987 0.5884 0.156 0.000 0.000 0.272 0.572
#> GSM98787 3 0.7464 0.2317 0.000 0.228 0.376 0.040 0.356
#> GSM98788 3 0.6674 0.2506 0.356 0.000 0.408 0.236 0.000
#> GSM98789 5 0.1117 0.4651 0.000 0.016 0.000 0.020 0.964
#> GSM98790 2 0.1300 0.8558 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> GSM98791 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98792 4 0.4270 0.7595 0.000 0.204 0.048 0.748 0.000
#> GSM98793 1 0.2424 0.7993 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM98794 1 0.0404 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM98795 5 0.3752 0.7837 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> GSM98796 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98797 2 0.4687 0.4923 0.000 0.636 0.000 0.028 0.336
#> GSM98798 2 0.0404 0.8721 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98799 2 0.1121 0.8533 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM98800 2 0.1830 0.8256 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008
#> GSM98801 2 0.5512 0.4102 0.000 0.572 0.024 0.032 0.372
#> GSM94019 2 0.6958 -0.0551 0.000 0.436 0.012 0.316 0.236
#> GSM94020 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.3039 0.7242 0.836 0.000 0.152 0.012 0.000
#> GSM94022 3 0.3475 0.6906 0.004 0.000 0.804 0.012 0.180
#> GSM94023 3 0.1282 0.7635 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> GSM94024 3 0.0290 0.7646 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94025 1 0.3837 0.4591 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> GSM94026 2 0.5512 0.4102 0.000 0.572 0.024 0.032 0.372
#> GSM94027 1 0.4235 0.1997 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1967 0.7535 0.020 0.000 0.932 0.012 0.036
#> GSM94030 3 0.3327 0.7026 0.028 0.000 0.828 0.144 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94032 5 0.3934 0.1134 0.004 0.000 0.236 0.012 0.748
#> GSM94033 2 0.0162 0.8785 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94034 3 0.2723 0.7033 0.124 0.000 0.864 0.012 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94036 3 0.3012 0.7003 0.124 0.000 0.852 0.024 0.000
#> GSM94037 1 0.0451 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94038 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0162 0.9268 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94041 1 0.0404 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94043 2 0.1121 0.8533 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94044 2 0.1121 0.8533 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94045 1 0.0451 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94046 1 0.0324 0.9272 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94047 4 0.4507 0.2131 0.340 0.004 0.000 0.644 0.012
#> GSM94048 1 0.0794 0.9141 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0162 0.9269 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94051 5 0.5403 0.7515 0.248 0.000 0.000 0.108 0.644
#> GSM94052 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94053 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.4114 0.7765 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM94055 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94056 5 0.4114 0.7752 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM94057 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 5 0.4138 0.7684 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> GSM94060 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0290 0.9258 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.2305 0.7168 0.000 0.092 0.000 0.896 0.012
#> GSM94064 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.3508 0.4771 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM94068 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0324 0.9272 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94072 1 0.0290 0.9254 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94073 1 0.3039 0.7565 0.836 0.000 0.000 0.152 0.012
#> GSM94074 1 0.0162 0.9268 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94075 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 5 0.4088 0.7813 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM94156 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.4088 0.7813 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM94160 5 0.4256 0.6798 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> GSM94161 1 0.0510 0.9210 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94162 1 0.1106 0.9121 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM94163 2 0.0963 0.8589 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94164 1 0.0404 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94165 1 0.0162 0.9268 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94166 5 0.4227 0.7128 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM94167 2 0.0290 0.8765 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 4 0.4125 0.6183 0.004 0.236 0.000 0.740 0.020
#> GSM94170 5 0.4161 0.7585 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> GSM94171 1 0.0000 0.9273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0162 0.9268 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94173 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.3039 0.7565 0.836 0.000 0.000 0.152 0.012
#> GSM94175 2 0.1121 0.8533 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM94176 1 0.2074 0.8353 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM94177 1 0.1197 0.8983 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.2329 0.8097 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM98768 1 0.0963 0.9081 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM98769 5 0.4341 0.7829 0.364 0.000 0.000 0.008 0.628
#> GSM98770 1 0.0324 0.9272 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM98771 2 0.0963 0.8589 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM98772 1 0.0404 0.9240 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM98773 3 0.0162 0.7653 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM98774 1 0.1893 0.8871 0.936 0.000 0.012 0.028 0.024
#> GSM98775 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98776 1 0.2648 0.7732 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM98777 4 0.4252 0.6297 0.000 0.340 0.000 0.652 0.008
#> GSM98778 3 0.2331 0.7297 0.080 0.000 0.900 0.000 0.020
#> GSM98779 1 0.0609 0.9195 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98780 1 0.0324 0.9272 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM98781 5 0.4354 0.7809 0.368 0.000 0.000 0.008 0.624
#> GSM98782 1 0.0162 0.9268 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98783 1 0.0451 0.9267 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM98784 1 0.2891 0.6756 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM98871 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.8804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0547 0.8727 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94077 6 0.4794 0.0444 0.000 0.052 0.440 0.000 0.000 0.508
#> GSM94078 6 0.1471 0.6958 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000 0.932
#> GSM94079 3 0.1594 0.7853 0.000 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM94080 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1594 0.7853 0.000 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM94082 6 0.1471 0.6696 0.000 0.004 0.064 0.000 0.000 0.932
#> GSM94083 3 0.1594 0.7853 0.000 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM94084 6 0.3854 0.2940 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM94085 6 0.3792 0.6067 0.000 0.112 0.108 0.000 0.000 0.780
#> GSM94086 3 0.0000 0.7876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94087 5 0.2902 0.8168 0.196 0.004 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM94088 6 0.2776 0.6459 0.000 0.052 0.088 0.000 0.000 0.860
#> GSM94089 6 0.2491 0.6594 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM94090 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.3725 0.4366 0.000 0.316 0.000 0.000 0.676 0.008
#> GSM94092 3 0.7316 0.0886 0.012 0.180 0.404 0.000 0.092 0.312
#> GSM94093 5 0.3136 0.8128 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM94094 3 0.1151 0.7737 0.000 0.032 0.956 0.000 0.000 0.012
#> GSM94095 3 0.1320 0.7879 0.000 0.036 0.948 0.000 0.000 0.016
#> GSM94096 6 0.2135 0.6799 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM94097 5 0.3136 0.8128 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM94098 3 0.1594 0.7853 0.000 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM94099 3 0.6640 0.3953 0.036 0.132 0.556 0.000 0.044 0.232
#> GSM94100 2 0.4048 0.7156 0.000 0.684 0.012 0.292 0.012 0.000
#> GSM94101 6 0.3810 0.3792 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> GSM94102 2 0.4183 0.4849 0.000 0.668 0.296 0.000 0.036 0.000
#> GSM94103 6 0.1410 0.6775 0.000 0.004 0.044 0.008 0.000 0.944
#> GSM94104 6 0.4927 0.5714 0.000 0.152 0.056 0.076 0.000 0.716
#> GSM94105 3 0.0000 0.7876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.0935 0.9379 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> GSM94107 3 0.0692 0.7898 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> GSM94108 6 0.3857 0.2824 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> GSM94109 2 0.5667 0.5412 0.000 0.596 0.276 0.068 0.000 0.060
#> GSM94110 6 0.1616 0.6944 0.000 0.000 0.020 0.048 0.000 0.932
#> GSM94111 2 0.3766 0.7083 0.000 0.684 0.012 0.304 0.000 0.000
#> GSM94112 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 6 0.1493 0.6958 0.000 0.004 0.004 0.056 0.000 0.936
#> GSM94114 3 0.0000 0.7876 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.3708 0.7345 0.800 0.080 0.000 0.000 0.112 0.008
#> GSM94116 6 0.7267 0.2031 0.000 0.236 0.228 0.000 0.124 0.412
#> GSM94117 3 0.3620 0.7161 0.108 0.052 0.820 0.000 0.008 0.012
#> GSM94118 6 0.3024 0.6711 0.000 0.032 0.000 0.116 0.008 0.844
#> GSM94119 4 0.0520 0.9587 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM94120 6 0.3168 0.6389 0.000 0.024 0.000 0.172 0.000 0.804
#> GSM94121 6 0.5938 0.1992 0.000 0.148 0.012 0.404 0.000 0.436
#> GSM94122 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.3175 0.5806 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> GSM94124 6 0.2706 0.6757 0.000 0.024 0.000 0.124 0.000 0.852
#> GSM94125 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.3899 0.3296 0.404 0.000 0.592 0.000 0.004 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 2 0.3684 0.4470 0.000 0.664 0.332 0.000 0.000 0.004
#> GSM94129 6 0.1003 0.6758 0.000 0.004 0.028 0.004 0.000 0.964
#> GSM94130 5 0.2730 0.8156 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM94131 1 0.0405 0.8777 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94132 1 0.0713 0.8721 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM94133 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0858 0.8783 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM94135 6 0.1793 0.6907 0.000 0.016 0.004 0.040 0.008 0.932
#> GSM94136 1 0.0777 0.8790 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM94137 3 0.1594 0.7853 0.000 0.052 0.932 0.000 0.000 0.016
#> GSM94138 1 0.1462 0.8530 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM94139 4 0.0291 0.9631 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM94140 5 0.3499 0.4427 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> GSM94141 2 0.3797 0.5558 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM94142 5 0.2996 0.8065 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM94143 4 0.0806 0.9498 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM94144 5 0.4550 0.3817 0.016 0.284 0.000 0.000 0.664 0.036
#> GSM94145 1 0.1204 0.8592 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94146 1 0.1814 0.8237 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM94147 5 0.4813 0.3817 0.032 0.264 0.000 0.000 0.664 0.040
#> GSM94148 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0909 0.9462 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> GSM98786 5 0.5872 0.3089 0.064 0.280 0.000 0.000 0.576 0.080
#> GSM98787 2 0.5250 0.6012 0.000 0.672 0.212 0.060 0.004 0.052
#> GSM98788 3 0.8335 0.2269 0.112 0.272 0.360 0.000 0.128 0.128
#> GSM98789 5 0.4493 0.3568 0.000 0.312 0.000 0.052 0.636 0.000
#> GSM98790 4 0.2527 0.8183 0.000 0.108 0.000 0.868 0.000 0.024
#> GSM98791 1 0.0713 0.8752 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM98792 6 0.2322 0.6926 0.000 0.024 0.008 0.072 0.000 0.896
#> GSM98793 1 0.5932 0.4147 0.564 0.216 0.000 0.000 0.196 0.024
#> GSM98794 1 0.1010 0.8661 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM98795 5 0.3136 0.8128 0.188 0.016 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM98796 1 0.1556 0.8443 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM98797 2 0.3782 0.5688 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> GSM98798 4 0.0458 0.9543 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM98799 4 0.0405 0.9610 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM98800 4 0.1636 0.9137 0.000 0.024 0.000 0.936 0.004 0.036
#> GSM98801 2 0.4048 0.7156 0.000 0.684 0.012 0.292 0.012 0.000
#> GSM94019 2 0.5308 0.5404 0.000 0.616 0.004 0.200 0.000 0.180
#> GSM94020 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.3946 0.5100 0.680 0.004 0.304 0.000 0.008 0.004
#> GSM94022 3 0.5119 0.0549 0.000 0.396 0.532 0.000 0.064 0.008
#> GSM94023 3 0.0858 0.7891 0.000 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM94024 3 0.1267 0.7736 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM94025 3 0.3998 0.0658 0.492 0.004 0.504 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 2 0.4048 0.7156 0.000 0.684 0.012 0.292 0.012 0.000
#> GSM94027 1 0.3989 0.0423 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004 0.000
#> GSM94028 4 0.0146 0.9635 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3075 0.6878 0.004 0.108 0.848 0.000 0.032 0.008
#> GSM94030 3 0.4113 0.6907 0.016 0.064 0.808 0.000 0.052 0.060
#> GSM94031 4 0.1501 0.8907 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM94032 2 0.4812 0.4263 0.000 0.640 0.096 0.000 0.264 0.000
#> GSM94033 4 0.0146 0.9644 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94034 3 0.1781 0.7585 0.060 0.000 0.924 0.000 0.008 0.008
#> GSM94035 4 0.1610 0.8808 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> GSM94036 3 0.2357 0.7539 0.052 0.028 0.904 0.000 0.008 0.008
#> GSM94037 1 0.0858 0.8783 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM94038 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0547 0.8773 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94041 1 0.2152 0.8309 0.904 0.024 0.000 0.000 0.068 0.004
#> GSM94042 4 0.0146 0.9646 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94043 4 0.0405 0.9610 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM94044 4 0.0520 0.9587 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> GSM94045 1 0.0858 0.8783 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM94046 1 0.0777 0.8781 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM94047 6 0.7535 0.2056 0.184 0.264 0.000 0.000 0.196 0.356
#> GSM94048 1 0.2322 0.8251 0.896 0.024 0.000 0.000 0.072 0.008
#> GSM94049 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0405 0.8777 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM94051 5 0.1552 0.6320 0.036 0.020 0.000 0.000 0.940 0.004
#> GSM94052 1 0.1075 0.8642 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM94053 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.2883 0.8144 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM94055 1 0.0865 0.8713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM94056 5 0.2793 0.8043 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM94057 4 0.1075 0.9233 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 5 0.2883 0.8144 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM94060 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0508 0.8787 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM94062 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 6 0.5753 0.4217 0.000 0.264 0.000 0.012 0.168 0.556
#> GSM94064 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0260 0.8796 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94066 4 0.0146 0.9646 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.3409 0.4765 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0777 0.8790 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM94070 4 0.0146 0.9635 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1007 0.8673 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM94072 1 0.0260 0.8791 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94073 1 0.6543 0.3108 0.496 0.244 0.000 0.000 0.208 0.052
#> GSM94074 1 0.0363 0.8792 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 5 0.2823 0.8173 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM94156 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.2823 0.8173 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM94160 5 0.3563 0.6685 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM94161 1 0.0458 0.8771 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94162 1 0.2275 0.8184 0.888 0.000 0.008 0.000 0.096 0.008
#> GSM94163 4 0.0405 0.9610 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM94164 1 0.1010 0.8661 0.960 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM94165 1 0.0632 0.8777 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94166 5 0.3428 0.7189 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> GSM94167 4 0.0291 0.9631 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM94168 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 6 0.7365 0.2961 0.024 0.284 0.000 0.072 0.196 0.424
#> GSM94170 5 0.2969 0.8086 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.8792 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0632 0.8777 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.6523 0.3185 0.500 0.244 0.000 0.000 0.204 0.052
#> GSM94175 4 0.0909 0.9462 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> GSM94176 1 0.3670 0.7426 0.808 0.080 0.000 0.000 0.100 0.012
#> GSM94177 1 0.3142 0.7841 0.840 0.044 0.000 0.000 0.108 0.008
#> GSM94178 4 0.0146 0.9646 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.5755 0.4347 0.576 0.220 0.000 0.000 0.188 0.016
#> GSM98768 1 0.1462 0.8530 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM98769 5 0.2823 0.8173 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM98770 1 0.0777 0.8781 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM98771 4 0.0405 0.9610 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM98772 1 0.0935 0.8682 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM98773 3 0.0520 0.7862 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008
#> GSM98774 1 0.4174 0.7308 0.784 0.044 0.000 0.000 0.100 0.072
#> GSM98775 1 0.0865 0.8713 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM98776 1 0.6397 0.3366 0.512 0.244 0.000 0.000 0.200 0.044
#> GSM98777 4 0.4687 -0.0928 0.000 0.028 0.000 0.516 0.008 0.448
#> GSM98778 3 0.1555 0.7729 0.040 0.000 0.940 0.000 0.012 0.008
#> GSM98779 1 0.0547 0.8773 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM98780 1 0.0777 0.8781 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM98781 5 0.2823 0.8173 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM98782 1 0.0632 0.8777 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM98783 1 0.0777 0.8790 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM98784 1 0.2912 0.6572 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM98871 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 4 0.0146 0.9635 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.1501 0.8890 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM98874 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.0000 0.9655 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:skmeans 191 8.29e-04 2
#> MAD:skmeans 186 4.60e-05 3
#> MAD:skmeans 162 1.23e-05 4
#> MAD:skmeans 163 3.26e-05 5
#> MAD:skmeans 160 1.03e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.957 0.949 0.980 0.4828 0.517 0.517
#> 3 3 0.872 0.896 0.951 0.3737 0.705 0.486
#> 4 4 0.781 0.810 0.904 0.0917 0.791 0.487
#> 5 5 0.698 0.414 0.701 0.0801 0.867 0.571
#> 6 6 0.769 0.641 0.788 0.0598 0.885 0.543
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94082 2 0.1414 0.9555 0.020 0.980
#> GSM94083 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0672 0.9755 0.992 0.008
#> GSM94089 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.6973 0.7657 0.812 0.188
#> GSM94092 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.9754 0.3184 0.408 0.592
#> GSM94095 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.9909 0.2152 0.444 0.556
#> GSM94103 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94104 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94114 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.7376 0.7327 0.208 0.792
#> GSM94129 2 0.7453 0.7268 0.212 0.788
#> GSM94130 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0376 0.9792 0.996 0.004
#> GSM94141 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98787 2 0.6438 0.7944 0.164 0.836
#> GSM98788 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.9998 0.0281 0.508 0.492
#> GSM98790 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.9323 0.4675 0.652 0.348
#> GSM98793 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.8267 0.6380 0.740 0.260
#> GSM94023 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94024 2 0.9993 0.0769 0.484 0.516
#> GSM94025 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.6712 0.7781 0.824 0.176
#> GSM94033 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.2603 0.9400 0.956 0.044
#> GSM94048 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.6887 0.7698 0.816 0.184
#> GSM94064 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.6887 0.7698 0.816 0.184
#> GSM94170 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9828 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94078 3 0.4178 0.7716 0.000 0.172 0.828
#> GSM94079 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94082 3 0.0237 0.9249 0.000 0.004 0.996
#> GSM94083 3 0.0237 0.9263 0.004 0.000 0.996
#> GSM94084 2 0.1163 0.9390 0.000 0.972 0.028
#> GSM94085 3 0.0237 0.9249 0.000 0.004 0.996
#> GSM94086 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.4062 0.8224 0.836 0.000 0.164
#> GSM94088 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94089 2 0.1163 0.9390 0.000 0.972 0.028
#> GSM94090 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94092 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94093 1 0.1411 0.9454 0.964 0.000 0.036
#> GSM94094 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 2 0.1964 0.9242 0.000 0.944 0.056
#> GSM94097 3 0.6274 0.1753 0.456 0.000 0.544
#> GSM94098 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94099 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94100 2 0.1964 0.9242 0.000 0.944 0.056
#> GSM94101 2 0.1163 0.9390 0.000 0.972 0.028
#> GSM94102 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.0237 0.9249 0.000 0.004 0.996
#> GSM94104 2 0.2066 0.9218 0.000 0.940 0.060
#> GSM94105 3 0.0892 0.9232 0.020 0.000 0.980
#> GSM94106 2 0.1163 0.9390 0.000 0.972 0.028
#> GSM94107 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 2 0.1031 0.9405 0.000 0.976 0.024
#> GSM94109 2 0.1964 0.9242 0.000 0.944 0.056
#> GSM94110 3 0.3412 0.8284 0.000 0.124 0.876
#> GSM94111 2 0.1411 0.9350 0.000 0.964 0.036
#> GSM94112 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.1529 0.9017 0.000 0.040 0.960
#> GSM94114 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.0424 0.9739 0.992 0.000 0.008
#> GSM94116 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94117 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94118 2 0.5254 0.6646 0.000 0.736 0.264
#> GSM94119 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> GSM94120 2 0.6307 0.0820 0.000 0.512 0.488
#> GSM94121 2 0.3412 0.8626 0.000 0.876 0.124
#> GSM94122 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> GSM94123 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 2 0.1964 0.9242 0.000 0.944 0.056
#> GSM94125 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 3 0.5706 0.5654 0.320 0.000 0.680
#> GSM94127 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94131 1 0.0424 0.9739 0.992 0.000 0.008
#> GSM94132 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.4002 0.8134 0.840 0.000 0.160
#> GSM94135 3 0.0592 0.9230 0.000 0.012 0.988
#> GSM94136 3 0.5216 0.6898 0.260 0.000 0.740
#> GSM94137 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94138 3 0.2165 0.9069 0.064 0.000 0.936
#> GSM94139 2 0.0747 0.9431 0.000 0.984 0.016
#> GSM94140 3 0.3349 0.8597 0.108 0.004 0.888
#> GSM94141 3 0.4702 0.7140 0.000 0.212 0.788
#> GSM94142 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.6140 0.3244 0.000 0.596 0.404
#> GSM94144 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.2356 0.9162 0.928 0.000 0.072
#> GSM94147 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94148 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.5859 0.4805 0.000 0.656 0.344
#> GSM98786 3 0.0592 0.9243 0.012 0.000 0.988
#> GSM98787 3 0.0237 0.9254 0.000 0.004 0.996
#> GSM98788 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM98789 3 0.4618 0.8009 0.024 0.136 0.840
#> GSM98790 2 0.1163 0.9390 0.000 0.972 0.028
#> GSM98791 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM98794 1 0.4555 0.7568 0.800 0.000 0.200
#> GSM98795 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.6204 0.2933 0.000 0.576 0.424
#> GSM98798 2 0.2066 0.9220 0.000 0.940 0.060
#> GSM98799 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> GSM98800 3 0.6204 0.2610 0.000 0.424 0.576
#> GSM98801 3 0.5733 0.4932 0.000 0.324 0.676
#> GSM94019 3 0.3482 0.8177 0.000 0.128 0.872
#> GSM94020 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 3 0.4887 0.7235 0.228 0.000 0.772
#> GSM94022 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94023 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.5905 0.4388 0.648 0.000 0.352
#> GSM94026 2 0.3412 0.8626 0.000 0.876 0.124
#> GSM94027 3 0.6309 0.0639 0.496 0.000 0.504
#> GSM94028 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2625 0.8820 0.084 0.000 0.916
#> GSM94030 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94031 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94033 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> GSM94034 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94035 2 0.1031 0.9408 0.000 0.976 0.024
#> GSM94036 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94037 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94038 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94041 1 0.2711 0.9003 0.912 0.000 0.088
#> GSM94042 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0592 0.9443 0.000 0.988 0.012
#> GSM94044 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94046 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94047 3 0.1643 0.9163 0.044 0.000 0.956
#> GSM94048 1 0.1411 0.9504 0.964 0.000 0.036
#> GSM94049 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94050 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.2261 0.9046 0.068 0.000 0.932
#> GSM94052 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.1289 0.9523 0.968 0.000 0.032
#> GSM94057 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94062 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1031 0.9183 0.000 0.024 0.976
#> GSM94064 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94070 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.0592 0.9253 0.012 0.000 0.988
#> GSM94074 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94160 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> GSM94168 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM94169 3 0.1989 0.9146 0.048 0.004 0.948
#> GSM94170 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94175 2 0.4796 0.7184 0.000 0.780 0.220
#> GSM94176 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM94177 3 0.4750 0.7539 0.216 0.000 0.784
#> GSM94178 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 3 0.3038 0.8780 0.104 0.000 0.896
#> GSM98768 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM98769 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM98770 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM98771 2 0.0237 0.9463 0.000 0.996 0.004
#> GSM98772 3 0.2448 0.8994 0.076 0.000 0.924
#> GSM98773 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM98777 3 0.5254 0.6413 0.000 0.264 0.736
#> GSM98778 3 0.0424 0.9259 0.008 0.000 0.992
#> GSM98779 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0237 0.9765 0.996 0.000 0.004
#> GSM98781 3 0.0000 0.9267 0.000 0.000 1.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.1753 0.9149 0.048 0.000 0.952
#> GSM98784 1 0.0000 0.9777 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.1163 0.9390 0.000 0.972 0.028
#> GSM98874 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94078 4 0.3610 0.7793 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM94079 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94080 2 0.3688 0.8047 0.000 0.792 0.000 0.208
#> GSM94081 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94082 4 0.4643 0.6868 0.000 0.000 0.344 0.656
#> GSM94083 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94084 4 0.0469 0.7778 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM94085 3 0.0592 0.9005 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM94086 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94087 3 0.4697 0.5555 0.296 0.000 0.696 0.008
#> GSM94088 3 0.0592 0.9005 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM94089 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 4 0.4477 0.7261 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM94092 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94093 1 0.0469 0.9344 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94094 3 0.0469 0.9038 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94095 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94096 4 0.0469 0.7778 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM94097 3 0.4482 0.6208 0.264 0.000 0.728 0.008
#> GSM94098 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94099 3 0.0188 0.9061 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94100 4 0.3610 0.6414 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM94101 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94103 3 0.0707 0.8975 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94104 3 0.4522 0.5250 0.000 0.000 0.680 0.320
#> GSM94105 3 0.0804 0.9044 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM94106 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94108 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 3 0.4500 0.5311 0.000 0.000 0.684 0.316
#> GSM94110 4 0.4040 0.7648 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM94111 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.4406 0.7326 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM94114 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94115 1 0.0707 0.9354 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94116 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94117 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94118 4 0.4697 0.5914 0.000 0.000 0.356 0.644
#> GSM94119 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94120 4 0.3801 0.7744 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM94121 4 0.1867 0.7874 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM94122 2 0.5126 0.4575 0.000 0.552 0.004 0.444
#> GSM94123 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.0469 0.7778 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM94125 2 0.1302 0.9057 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94126 3 0.3688 0.7190 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0592 0.9005 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM94129 4 0.4477 0.7261 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM94130 1 0.0469 0.9399 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94131 1 0.0707 0.9354 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.5000 -0.0161 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM94135 4 0.4406 0.7326 0.000 0.000 0.300 0.700
#> GSM94136 1 0.4866 0.3064 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM94137 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94138 3 0.3801 0.6916 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 4 0.4477 0.7261 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM94141 4 0.3726 0.7793 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM94142 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.1302 0.7877 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM94144 4 0.4454 0.7318 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM94145 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.4985 0.0644 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM94147 4 0.4500 0.7249 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM94148 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.1118 0.7868 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM98786 4 0.4454 0.7318 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM98787 4 0.4989 0.4498 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM98788 3 0.0469 0.9003 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM98789 4 0.4193 0.7530 0.000 0.000 0.268 0.732
#> GSM98790 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.4477 0.7261 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM98793 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM98794 3 0.4948 0.2142 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.1211 0.7873 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM98798 4 0.0592 0.7815 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM98799 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM98800 4 0.2345 0.7878 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM98801 4 0.4999 0.3110 0.000 0.000 0.492 0.508
#> GSM94019 4 0.4382 0.7357 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM94020 2 0.3873 0.7875 0.000 0.772 0.000 0.228
#> GSM94021 3 0.2814 0.7990 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM94022 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94023 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94024 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94025 3 0.4331 0.5861 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM94026 4 0.1792 0.7876 0.000 0.000 0.068 0.932
#> GSM94027 3 0.4304 0.5978 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2480 0.8427 0.088 0.000 0.904 0.008
#> GSM94030 3 0.0524 0.9026 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM94031 2 0.4804 0.5891 0.000 0.616 0.000 0.384
#> GSM94032 3 0.0336 0.9066 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94033 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.0657 0.9037 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM94035 4 0.0000 0.7779 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.0804 0.9044 0.012 0.000 0.980 0.008
#> GSM94037 1 0.0707 0.9354 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94038 2 0.1118 0.9087 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94039 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0469 0.9399 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94041 1 0.2868 0.8169 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM94042 4 0.4898 -0.0743 0.000 0.416 0.000 0.584
#> GSM94043 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94044 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94045 1 0.0336 0.9411 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94046 1 0.0336 0.9411 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94047 4 0.4454 0.7318 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM94048 1 0.2081 0.8726 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM94049 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 4 0.4500 0.7249 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM94052 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0707 0.9334 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94057 2 0.2408 0.8738 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM94058 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0336 0.9411 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.4454 0.7318 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM94064 2 0.3074 0.8468 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM94065 1 0.0336 0.9409 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.4356 0.3604 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM94069 1 0.0469 0.9399 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 4 0.4477 0.7286 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM94074 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0592 0.9379 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0336 0.9409 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94162 3 0.0188 0.9061 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94163 4 0.1389 0.7472 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM94164 1 0.0592 0.9379 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94168 1 0.0592 0.9379 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94169 4 0.4454 0.7318 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM94170 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94174 4 0.4500 0.7249 0.000 0.000 0.316 0.684
#> GSM94175 4 0.0592 0.7833 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM94176 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94177 1 0.4776 0.3676 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM94178 4 0.0469 0.7721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM98767 1 0.4998 0.0356 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM98768 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM98769 4 0.5300 0.5695 0.012 0.000 0.408 0.580
#> GSM98770 1 0.0336 0.9411 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98771 4 0.0336 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM98772 3 0.4746 0.3975 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.9050 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 4 0.4585 0.7125 0.000 0.000 0.332 0.668
#> GSM98775 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM98777 4 0.3311 0.7832 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM98778 3 0.0000 0.9050 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0592 0.9379 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM98781 3 0.0000 0.9050 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.0469 0.9023 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.0336 0.7780 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM98874 2 0.0000 0.9202 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4193 0.7476 0.000 0.732 0.000 0.268
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.4262 -0.1121 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM94077 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94078 4 0.4262 0.3248 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM94079 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94080 5 0.6377 -0.4255 0.000 0.380 0.000 0.168 0.452
#> GSM94081 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94082 4 0.4291 0.2920 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> GSM94083 3 0.0794 0.7765 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM94084 5 0.6032 -0.4472 0.000 0.000 0.116 0.424 0.460
#> GSM94085 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94087 3 0.1750 0.7591 0.036 0.000 0.936 0.000 0.028
#> GSM94088 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94089 4 0.4273 0.3927 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM94090 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 4 0.5645 0.3647 0.084 0.000 0.376 0.540 0.000
#> GSM94092 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94093 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94094 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94096 4 0.3895 0.4598 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> GSM94097 3 0.1121 0.7536 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94098 3 0.3752 0.6521 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> GSM94099 3 0.0290 0.7774 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM94100 5 0.6545 -0.3863 0.000 0.000 0.324 0.216 0.460
#> GSM94101 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94102 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94103 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94104 5 0.5931 -0.3180 0.000 0.000 0.436 0.104 0.460
#> GSM94105 3 0.0703 0.7751 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94107 3 0.3895 0.6268 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94109 5 0.6207 -0.3331 0.000 0.000 0.400 0.140 0.460
#> GSM94110 4 0.4278 0.3096 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM94111 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94112 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.4287 0.2993 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM94114 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0162 0.5628 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94116 3 0.0510 0.7773 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM94117 3 0.3895 0.6268 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM94118 5 0.6598 -0.4200 0.000 0.000 0.228 0.324 0.448
#> GSM94119 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94120 4 0.1043 0.5380 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM94121 4 0.5604 0.3844 0.000 0.000 0.072 0.472 0.456
#> GSM94122 4 0.5350 0.3237 0.000 0.052 0.000 0.488 0.460
#> GSM94123 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94124 5 0.6813 -0.4428 0.000 0.000 0.320 0.316 0.364
#> GSM94125 2 0.3857 0.6439 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM94126 3 0.4908 0.4413 0.044 0.000 0.636 0.000 0.320
#> GSM94127 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94128 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94129 4 0.4287 0.2993 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> GSM94130 1 0.2329 0.4993 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM94131 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94133 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.3586 0.2436 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> GSM94135 4 0.4192 0.3613 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> GSM94136 1 0.0794 0.5551 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.3586 0.6729 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.3452 0.2945 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.2179 0.5139 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> GSM94140 4 0.4225 0.4248 0.004 0.000 0.364 0.632 0.000
#> GSM94141 4 0.3242 0.5212 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM94142 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94143 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94144 4 0.5188 0.3479 0.416 0.000 0.044 0.540 0.000
#> GSM94145 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94146 3 0.6358 0.2172 0.180 0.000 0.492 0.000 0.328
#> GSM94147 4 0.5220 0.3167 0.440 0.000 0.044 0.516 0.000
#> GSM94148 1 0.3966 0.1580 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> GSM98785 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98786 4 0.5345 0.3575 0.404 0.000 0.056 0.540 0.000
#> GSM98787 3 0.4278 -0.1247 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM98788 3 0.3895 0.6268 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM98789 4 0.5558 0.3878 0.080 0.000 0.360 0.560 0.000
#> GSM98790 4 0.5109 0.3814 0.000 0.000 0.036 0.504 0.460
#> GSM98791 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98792 4 0.4171 0.3907 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM98793 1 0.4287 -0.3266 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.3612 0.2342 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> GSM98795 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98796 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98797 4 0.3109 0.5215 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM98798 4 0.3109 0.5215 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM98799 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98800 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98801 5 0.6618 -0.4321 0.000 0.000 0.244 0.304 0.452
#> GSM94019 4 0.4074 0.4261 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM94020 5 0.6511 -0.3843 0.000 0.336 0.000 0.204 0.460
#> GSM94021 3 0.4227 0.5087 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94023 3 0.2852 0.7275 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94025 3 0.5162 0.4338 0.064 0.000 0.628 0.000 0.308
#> GSM94026 5 0.6367 -0.4465 0.000 0.000 0.168 0.372 0.460
#> GSM94027 3 0.4482 0.4321 0.016 0.000 0.636 0.000 0.348
#> GSM94028 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0404 0.7724 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94030 3 0.3895 0.6268 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM94031 4 0.5650 0.2867 0.000 0.076 0.000 0.464 0.460
#> GSM94032 3 0.0000 0.7771 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94033 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94034 3 0.3895 0.6268 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM94035 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94036 3 0.3534 0.6791 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.3730 0.6708 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM94039 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3857 0.1964 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> GSM94041 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.5405 0.3178 0.000 0.056 0.000 0.484 0.460
#> GSM94043 4 0.2813 0.4970 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM94044 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94045 1 0.3949 0.1637 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> GSM94046 1 0.4192 -0.0252 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM94047 4 0.5188 0.3479 0.416 0.000 0.044 0.540 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.4302 0.4020 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.4307 -0.2673 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM94051 4 0.5188 0.3479 0.416 0.000 0.044 0.540 0.000
#> GSM94052 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94053 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94055 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94056 5 0.4297 0.3125 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> GSM94057 2 0.4084 0.5274 0.000 0.668 0.000 0.328 0.004
#> GSM94058 1 0.4262 -0.1121 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM94059 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94060 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.4242 -0.0804 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> GSM94062 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.5182 0.3519 0.412 0.000 0.044 0.544 0.000
#> GSM94064 2 0.6438 0.3462 0.000 0.500 0.000 0.280 0.220
#> GSM94065 1 0.1608 0.5284 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM94066 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94068 4 0.5725 0.3169 0.000 0.084 0.000 0.488 0.428
#> GSM94069 1 0.3395 0.3344 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM94070 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94072 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94073 4 0.5188 0.3479 0.416 0.000 0.044 0.540 0.000
#> GSM94074 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94075 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94155 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94156 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.2074 0.5077 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM94160 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94161 1 0.3816 0.2710 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> GSM94162 3 0.0794 0.7701 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM94163 4 0.4310 0.4126 0.000 0.004 0.000 0.604 0.392
#> GSM94164 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.4283 -0.1569 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> GSM94166 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94167 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 4 0.5188 0.3479 0.416 0.000 0.044 0.540 0.000
#> GSM94170 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM94171 1 0.4256 -0.1028 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM94172 1 0.4262 -0.1121 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM94173 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94174 4 0.5220 0.3167 0.440 0.000 0.044 0.516 0.000
#> GSM94175 4 0.0000 0.5378 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94176 3 0.4273 0.4540 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.5639 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.3586 0.4630 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM98767 1 0.0162 0.5632 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.4287 -0.3266 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> GSM98769 4 0.5396 0.2985 0.444 0.000 0.056 0.500 0.000
#> GSM98770 1 0.4192 -0.0252 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> GSM98771 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM98772 1 0.2020 0.5202 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.3857 0.6336 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> GSM98774 4 0.6387 0.3620 0.248 0.000 0.236 0.516 0.000
#> GSM98775 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98776 1 0.4287 -0.3266 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> GSM98777 4 0.0963 0.5395 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM98778 3 0.3895 0.6268 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM98779 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98780 1 0.0963 0.5504 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM98781 3 0.4227 0.4927 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> GSM98782 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98783 1 0.4287 -0.3266 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> GSM98784 5 0.4287 0.3457 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM98871 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.4287 0.3870 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM98874 2 0.0000 0.9116 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 5 0.6579 -0.3604 0.000 0.308 0.000 0.232 0.460
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.3828 0.35706 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM94077 3 0.3789 0.64180 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM94078 5 0.0291 0.56979 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM94079 3 0.3782 0.64371 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94080 4 0.3659 0.36683 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.3782 0.64371 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94082 5 0.0260 0.56684 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM94083 3 0.3003 0.65046 0.016 0.000 0.812 0.000 0.172 0.000
#> GSM94084 4 0.2697 0.66160 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> GSM94085 3 0.3789 0.64180 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM94086 3 0.1444 0.62660 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM94087 3 0.5294 0.60513 0.112 0.000 0.532 0.000 0.356 0.000
#> GSM94088 3 0.3782 0.64371 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94089 4 0.0937 0.76890 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.0146 0.56844 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94092 3 0.2883 0.64965 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM94093 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94094 3 0.3789 0.64180 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM94095 3 0.3782 0.64371 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94096 5 0.0405 0.56863 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM94097 3 0.4325 0.63607 0.016 0.000 0.568 0.000 0.412 0.004
#> GSM94098 3 0.0692 0.61986 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000
#> GSM94099 3 0.3782 0.64371 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94100 4 0.3930 0.39259 0.000 0.000 0.004 0.576 0.420 0.000
#> GSM94101 4 0.0146 0.77548 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94102 3 0.3789 0.64170 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM94103 3 0.1556 0.62466 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM94104 4 0.4025 0.39258 0.000 0.000 0.008 0.576 0.416 0.000
#> GSM94105 3 0.4349 0.65090 0.084 0.000 0.708 0.000 0.208 0.000
#> GSM94106 4 0.0146 0.77548 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94107 3 0.0146 0.61316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94109 4 0.4025 0.39258 0.000 0.000 0.008 0.576 0.416 0.000
#> GSM94110 5 0.0291 0.56979 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM94111 4 0.0146 0.77548 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 5 0.2805 0.59479 0.000 0.000 0.184 0.004 0.812 0.000
#> GSM94114 3 0.3841 0.65011 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380 0.000
#> GSM94115 1 0.3578 0.73713 0.784 0.000 0.052 0.000 0.000 0.164
#> GSM94116 3 0.3782 0.64144 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94117 3 0.0547 0.61566 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.5296 0.40458 0.000 0.000 0.260 0.588 0.152 0.000
#> GSM94119 5 0.3797 0.42305 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM94120 5 0.5343 0.53750 0.000 0.000 0.156 0.264 0.580 0.000
#> GSM94121 4 0.3270 0.67851 0.000 0.000 0.060 0.820 0.120 0.000
#> GSM94122 4 0.0146 0.77555 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94123 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94124 5 0.3923 -0.15813 0.000 0.000 0.004 0.416 0.580 0.000
#> GSM94125 2 0.3499 0.49785 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.4641 0.47988 0.240 0.000 0.668 0.000 0.000 0.092
#> GSM94127 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94128 3 0.3607 0.64979 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM94129 5 0.0146 0.56844 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94130 6 0.3947 0.64617 0.228 0.000 0.036 0.000 0.004 0.732
#> GSM94131 1 0.0000 0.81696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.81696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 5 0.3874 0.55884 0.000 0.000 0.356 0.008 0.636 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.81696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.1219 0.63115 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048 0.000
#> GSM94138 1 0.1267 0.81824 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.3706 0.08857 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> GSM94140 5 0.0260 0.57036 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM94141 5 0.3394 0.58222 0.000 0.000 0.024 0.200 0.776 0.000
#> GSM94142 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94143 5 0.3797 0.42305 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM94144 5 0.5087 0.48289 0.080 0.000 0.412 0.000 0.508 0.000
#> GSM94145 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94146 6 0.6041 0.02621 0.360 0.000 0.252 0.000 0.000 0.388
#> GSM94147 3 0.5886 -0.13644 0.388 0.000 0.412 0.000 0.200 0.000
#> GSM94148 1 0.3634 0.50924 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> GSM98785 5 0.3789 0.42633 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM98786 5 0.3915 0.53937 0.004 0.000 0.412 0.000 0.584 0.000
#> GSM98787 5 0.3607 0.24673 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM98788 3 0.0146 0.61316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM98789 5 0.0363 0.57481 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM98790 4 0.1957 0.72554 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM98791 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98792 5 0.3592 0.55761 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM98793 1 0.1444 0.81345 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.1141 0.81973 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 6 0.1267 0.87947 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> GSM98796 6 0.0937 0.89221 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM98797 5 0.2697 0.58005 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM98798 5 0.2871 0.57799 0.000 0.000 0.004 0.192 0.804 0.000
#> GSM98799 5 0.3817 0.40654 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM98800 5 0.3923 0.42682 0.000 0.000 0.004 0.416 0.580 0.000
#> GSM98801 4 0.4382 0.54630 0.000 0.000 0.076 0.696 0.228 0.000
#> GSM94019 5 0.0363 0.57481 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM94020 4 0.3371 0.50584 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.3765 0.19819 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.3797 0.64036 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM94023 3 0.0146 0.61316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94024 3 0.3782 0.64371 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94025 3 0.4694 0.28432 0.376 0.000 0.572 0.000 0.000 0.052
#> GSM94026 4 0.3213 0.66215 0.000 0.000 0.032 0.808 0.160 0.000
#> GSM94027 3 0.4747 0.36431 0.060 0.000 0.584 0.000 0.000 0.356
#> GSM94028 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3907 0.64434 0.004 0.000 0.588 0.000 0.408 0.000
#> GSM94030 3 0.0260 0.61151 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94032 3 0.3782 0.64330 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94033 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94034 3 0.0260 0.61412 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM94035 4 0.0547 0.76893 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM94036 3 0.1204 0.61375 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.81696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.3351 0.56053 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1970 0.80022 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092
#> GSM94041 1 0.1500 0.82086 0.936 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012
#> GSM94042 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94043 4 0.3464 0.30133 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> GSM94044 5 0.3823 0.39995 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM94045 1 0.2219 0.75343 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM94046 1 0.2260 0.75009 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM94047 5 0.3915 0.53937 0.004 0.000 0.412 0.000 0.584 0.000
#> GSM94048 1 0.1500 0.82086 0.936 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012
#> GSM94049 1 0.3810 0.30839 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 6 0.2854 0.65581 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> GSM94051 5 0.5657 0.41163 0.152 0.000 0.412 0.000 0.436 0.000
#> GSM94052 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 6 0.1327 0.87703 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> GSM94055 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94056 6 0.0964 0.89896 0.016 0.000 0.012 0.000 0.004 0.968
#> GSM94057 2 0.3747 0.29508 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.3833 0.34748 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> GSM94059 6 0.1141 0.88434 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948
#> GSM94060 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.3706 0.43058 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM94062 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.3915 0.53937 0.004 0.000 0.412 0.000 0.584 0.000
#> GSM94064 4 0.3851 0.07916 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.3911 0.63271 0.712 0.000 0.032 0.000 0.000 0.256
#> GSM94066 2 0.0146 0.92351 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94067 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94068 4 0.1575 0.75975 0.000 0.032 0.000 0.936 0.032 0.000
#> GSM94069 1 0.0713 0.81415 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94070 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94072 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94073 5 0.5583 0.42452 0.140 0.000 0.412 0.000 0.448 0.000
#> GSM94074 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94075 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94155 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 6 0.4549 0.23313 0.416 0.000 0.028 0.000 0.004 0.552
#> GSM94160 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94161 6 0.2320 0.77363 0.132 0.000 0.004 0.000 0.000 0.864
#> GSM94162 3 0.5113 0.45664 0.236 0.000 0.620 0.000 0.144 0.000
#> GSM94163 4 0.1387 0.72929 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM94164 1 0.1141 0.81973 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 6 0.3854 0.00647 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM94166 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94167 5 0.3797 0.42305 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM94168 1 0.1682 0.82147 0.928 0.000 0.052 0.000 0.000 0.020
#> GSM94169 5 0.3915 0.53937 0.004 0.000 0.412 0.000 0.584 0.000
#> GSM94170 6 0.0458 0.90734 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM94171 1 0.3782 0.42151 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> GSM94172 1 0.3727 0.41646 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> GSM94173 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94174 3 0.5914 -0.14572 0.380 0.000 0.412 0.000 0.208 0.000
#> GSM94175 5 0.3797 0.42305 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM94176 3 0.3955 -0.01597 0.436 0.000 0.560 0.000 0.004 0.000
#> GSM94177 1 0.1411 0.81739 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM94178 4 0.2762 0.55599 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM98767 1 0.1444 0.81345 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0146 0.81742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.5927 -0.14845 0.356 0.000 0.428 0.000 0.216 0.000
#> GSM98770 1 0.2260 0.75009 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM98771 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98772 1 0.1267 0.81824 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0146 0.61316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM98774 5 0.5957 0.33400 0.228 0.000 0.344 0.000 0.428 0.000
#> GSM98775 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98776 1 0.1387 0.81638 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM98777 5 0.4871 0.48657 0.000 0.000 0.072 0.348 0.580 0.000
#> GSM98778 3 0.0260 0.61412 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM98779 6 0.0146 0.91354 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM98780 1 0.2197 0.81006 0.900 0.000 0.044 0.000 0.000 0.056
#> GSM98781 3 0.2593 0.49225 0.148 0.000 0.844 0.000 0.008 0.000
#> GSM98782 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98783 1 0.0937 0.82081 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM98784 6 0.0000 0.91569 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.0000 0.77523 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.92663 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.3198 0.55352 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:pam 187 7.68e-04 2
#> MAD:pam 183 4.95e-04 3
#> MAD:pam 180 2.06e-07 4
#> MAD:pam 81 3.13e-04 5
#> MAD:pam 148 7.74e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.307 0.791 0.838 0.4328 0.517 0.517
#> 3 3 0.563 0.832 0.879 0.4755 0.784 0.599
#> 4 4 0.652 0.731 0.823 0.1217 0.911 0.747
#> 5 5 0.615 0.568 0.756 0.0389 0.875 0.617
#> 6 6 0.646 0.596 0.774 0.0364 0.966 0.872
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94077 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94078 2 0.7528 0.8447 0.216 0.784
#> GSM94079 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94080 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94081 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94082 2 0.7376 0.8377 0.208 0.792
#> GSM94083 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94084 2 0.5737 0.8379 0.136 0.864
#> GSM94085 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94086 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94087 1 0.8763 0.4871 0.704 0.296
#> GSM94088 2 0.7376 0.8377 0.208 0.792
#> GSM94089 2 0.6343 0.8435 0.160 0.840
#> GSM94090 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94091 2 0.9710 0.6385 0.400 0.600
#> GSM94092 2 0.7528 0.8341 0.216 0.784
#> GSM94093 1 0.3584 0.8426 0.932 0.068
#> GSM94094 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94095 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94096 2 0.6801 0.8426 0.180 0.820
#> GSM94097 1 0.9044 0.4198 0.680 0.320
#> GSM94098 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94099 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94100 2 0.9170 0.7513 0.332 0.668
#> GSM94101 2 0.5059 0.8311 0.112 0.888
#> GSM94102 2 0.8909 0.7681 0.308 0.692
#> GSM94103 2 0.7219 0.8400 0.200 0.800
#> GSM94104 2 0.6973 0.8419 0.188 0.812
#> GSM94105 2 0.7528 0.8341 0.216 0.784
#> GSM94106 2 0.6048 0.8413 0.148 0.852
#> GSM94107 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94108 2 0.4431 0.8195 0.092 0.908
#> GSM94109 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94110 2 0.6887 0.8422 0.184 0.816
#> GSM94111 2 0.8813 0.7805 0.300 0.700
#> GSM94112 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94113 2 0.6712 0.8427 0.176 0.824
#> GSM94114 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94115 1 0.1633 0.8772 0.976 0.024
#> GSM94116 2 0.7453 0.8365 0.212 0.788
#> GSM94117 2 0.7528 0.8341 0.216 0.784
#> GSM94118 2 0.6712 0.8427 0.176 0.824
#> GSM94119 2 0.4690 0.7995 0.100 0.900
#> GSM94120 2 0.6712 0.8427 0.176 0.824
#> GSM94121 2 0.6712 0.8427 0.176 0.824
#> GSM94122 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94123 1 0.0376 0.8846 0.996 0.004
#> GSM94124 2 0.6712 0.8427 0.176 0.824
#> GSM94125 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94126 2 0.7674 0.8297 0.224 0.776
#> GSM94127 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.7453 0.8365 0.212 0.788
#> GSM94129 2 0.7219 0.8395 0.200 0.800
#> GSM94130 1 0.0938 0.8800 0.988 0.012
#> GSM94131 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94134 1 0.5629 0.7632 0.868 0.132
#> GSM94135 2 0.6887 0.8425 0.184 0.816
#> GSM94136 1 0.0938 0.8823 0.988 0.012
#> GSM94137 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94138 1 0.1414 0.8793 0.980 0.020
#> GSM94139 2 0.5946 0.8158 0.144 0.856
#> GSM94140 1 0.9944 -0.1510 0.544 0.456
#> GSM94141 2 0.8713 0.7783 0.292 0.708
#> GSM94142 1 0.0376 0.8846 0.996 0.004
#> GSM94143 2 0.7602 0.8280 0.220 0.780
#> GSM94144 1 0.9608 0.1713 0.616 0.384
#> GSM94145 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.8327 0.5415 0.736 0.264
#> GSM94147 1 0.8861 0.4617 0.696 0.304
#> GSM94148 1 0.0938 0.8825 0.988 0.012
#> GSM98785 2 0.7602 0.8280 0.220 0.780
#> GSM98786 1 0.9775 0.0425 0.588 0.412
#> GSM98787 2 0.9209 0.7562 0.336 0.664
#> GSM98788 2 0.8016 0.8335 0.244 0.756
#> GSM98789 2 0.9522 0.6544 0.372 0.628
#> GSM98790 2 0.6973 0.8264 0.188 0.812
#> GSM98791 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98792 2 0.8763 0.8039 0.296 0.704
#> GSM98793 1 0.6247 0.7414 0.844 0.156
#> GSM98794 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0938 0.8800 0.988 0.012
#> GSM98796 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.8555 0.7851 0.280 0.720
#> GSM98798 2 0.8016 0.8243 0.244 0.756
#> GSM98799 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM98800 2 0.7602 0.8280 0.220 0.780
#> GSM98801 2 0.9170 0.7513 0.332 0.668
#> GSM94019 2 0.6712 0.8435 0.176 0.824
#> GSM94020 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94021 2 0.8081 0.8108 0.248 0.752
#> GSM94022 2 0.7745 0.8250 0.228 0.772
#> GSM94023 2 0.7453 0.8365 0.212 0.788
#> GSM94024 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM94025 2 0.7745 0.8270 0.228 0.772
#> GSM94026 2 0.9129 0.7552 0.328 0.672
#> GSM94027 2 0.8608 0.7692 0.284 0.716
#> GSM94028 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94029 2 0.7950 0.8152 0.240 0.760
#> GSM94030 2 0.7376 0.8378 0.208 0.792
#> GSM94031 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94032 2 0.9323 0.7353 0.348 0.652
#> GSM94033 2 0.2236 0.7831 0.036 0.964
#> GSM94034 2 0.7528 0.8341 0.216 0.784
#> GSM94035 2 0.6801 0.8469 0.180 0.820
#> GSM94036 2 0.7528 0.8341 0.216 0.784
#> GSM94037 1 0.0672 0.8841 0.992 0.008
#> GSM94038 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94039 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94040 1 0.6623 0.7106 0.828 0.172
#> GSM94041 1 0.0938 0.8825 0.988 0.012
#> GSM94042 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94043 2 0.7602 0.8290 0.220 0.780
#> GSM94044 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94045 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94047 2 0.9460 0.7130 0.364 0.636
#> GSM94048 1 0.1414 0.8793 0.980 0.020
#> GSM94049 1 0.8813 0.4597 0.700 0.300
#> GSM94050 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.9044 0.4283 0.680 0.320
#> GSM94052 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94054 1 0.0938 0.8800 0.988 0.012
#> GSM94055 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.7674 0.6391 0.776 0.224
#> GSM94057 2 0.4690 0.7994 0.100 0.900
#> GSM94058 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0938 0.8800 0.988 0.012
#> GSM94060 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94061 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94063 2 0.8661 0.8077 0.288 0.712
#> GSM94064 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94065 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94067 1 0.0376 0.8846 0.996 0.004
#> GSM94068 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94069 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94071 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0672 0.8842 0.992 0.008
#> GSM94073 1 0.9044 0.4146 0.680 0.320
#> GSM94074 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.1843 0.8755 0.972 0.028
#> GSM94156 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94157 1 0.0938 0.8800 0.988 0.012
#> GSM94160 1 0.0672 0.8827 0.992 0.008
#> GSM94161 1 0.0938 0.8825 0.988 0.012
#> GSM94162 2 0.9833 0.6012 0.424 0.576
#> GSM94163 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94164 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0672 0.8827 0.992 0.008
#> GSM94167 2 0.5629 0.8119 0.132 0.868
#> GSM94168 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94169 2 0.9323 0.7404 0.348 0.652
#> GSM94170 1 0.0672 0.8827 0.992 0.008
#> GSM94171 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM94174 1 0.8608 0.5177 0.716 0.284
#> GSM94175 2 0.7602 0.8280 0.220 0.780
#> GSM94176 1 0.8608 0.5130 0.716 0.284
#> GSM94177 1 0.1414 0.8792 0.980 0.020
#> GSM94178 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM98767 1 0.1843 0.8746 0.972 0.028
#> GSM98768 1 0.0672 0.8823 0.992 0.008
#> GSM98769 1 0.9044 0.4198 0.680 0.320
#> GSM98770 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.5408 0.8090 0.124 0.876
#> GSM98772 1 0.1184 0.8804 0.984 0.016
#> GSM98773 2 0.7453 0.8364 0.212 0.788
#> GSM98774 2 0.9998 0.4019 0.492 0.508
#> GSM98775 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.7139 0.6835 0.804 0.196
#> GSM98777 2 0.7815 0.8288 0.232 0.768
#> GSM98778 2 0.8386 0.7971 0.268 0.732
#> GSM98779 1 0.0672 0.8843 0.992 0.008
#> GSM98780 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.9522 0.2055 0.628 0.372
#> GSM98782 1 0.0000 0.8859 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.8608 0.5014 0.716 0.284
#> GSM98784 1 0.0376 0.8846 0.996 0.004
#> GSM98871 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM98872 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM98873 2 0.6801 0.8260 0.180 0.820
#> GSM98874 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
#> GSM98875 2 0.4298 0.7939 0.088 0.912
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.2625 0.924 0.916 0.000 0.084
#> GSM94077 3 0.1337 0.898 0.012 0.016 0.972
#> GSM94078 3 0.5884 0.796 0.064 0.148 0.788
#> GSM94079 3 0.1774 0.900 0.024 0.016 0.960
#> GSM94080 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1774 0.900 0.024 0.016 0.960
#> GSM94082 3 0.3918 0.853 0.012 0.120 0.868
#> GSM94083 3 0.1905 0.899 0.028 0.016 0.956
#> GSM94084 3 0.5465 0.656 0.000 0.288 0.712
#> GSM94085 3 0.1482 0.899 0.012 0.020 0.968
#> GSM94086 3 0.1751 0.899 0.028 0.012 0.960
#> GSM94087 1 0.2939 0.883 0.916 0.012 0.072
#> GSM94088 3 0.4045 0.870 0.024 0.104 0.872
#> GSM94089 3 0.6255 0.592 0.012 0.320 0.668
#> GSM94090 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.4232 0.858 0.872 0.044 0.084
#> GSM94092 3 0.3454 0.847 0.104 0.008 0.888
#> GSM94093 1 0.2339 0.892 0.940 0.012 0.048
#> GSM94094 3 0.1482 0.899 0.020 0.012 0.968
#> GSM94095 3 0.1636 0.900 0.020 0.016 0.964
#> GSM94096 3 0.4164 0.831 0.008 0.144 0.848
#> GSM94097 1 0.2804 0.887 0.924 0.016 0.060
#> GSM94098 3 0.1999 0.900 0.036 0.012 0.952
#> GSM94099 3 0.2902 0.890 0.064 0.016 0.920
#> GSM94100 2 0.8113 0.535 0.088 0.588 0.324
#> GSM94101 3 0.5882 0.541 0.000 0.348 0.652
#> GSM94102 3 0.8269 0.291 0.100 0.316 0.584
#> GSM94103 3 0.3141 0.885 0.020 0.068 0.912
#> GSM94104 3 0.1337 0.898 0.012 0.016 0.972
#> GSM94105 3 0.1832 0.899 0.036 0.008 0.956
#> GSM94106 3 0.4399 0.796 0.000 0.188 0.812
#> GSM94107 3 0.1620 0.900 0.024 0.012 0.964
#> GSM94108 2 0.6309 -0.117 0.000 0.500 0.500
#> GSM94109 3 0.2313 0.900 0.024 0.032 0.944
#> GSM94110 3 0.4261 0.835 0.012 0.140 0.848
#> GSM94111 2 0.8202 0.524 0.092 0.580 0.328
#> GSM94112 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.3989 0.844 0.012 0.124 0.864
#> GSM94114 3 0.1751 0.899 0.028 0.012 0.960
#> GSM94115 1 0.3989 0.914 0.864 0.012 0.124
#> GSM94116 3 0.2902 0.877 0.064 0.016 0.920
#> GSM94117 3 0.2173 0.896 0.048 0.008 0.944
#> GSM94118 3 0.3618 0.863 0.012 0.104 0.884
#> GSM94119 2 0.1411 0.859 0.000 0.964 0.036
#> GSM94120 3 0.3207 0.875 0.012 0.084 0.904
#> GSM94121 3 0.1905 0.898 0.016 0.028 0.956
#> GSM94122 2 0.1315 0.862 0.008 0.972 0.020
#> GSM94123 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM94124 3 0.4475 0.839 0.016 0.144 0.840
#> GSM94125 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 3 0.2711 0.877 0.088 0.000 0.912
#> GSM94127 1 0.3038 0.923 0.896 0.000 0.104
#> GSM94128 3 0.1636 0.895 0.020 0.016 0.964
#> GSM94129 3 0.3983 0.883 0.048 0.068 0.884
#> GSM94130 1 0.1163 0.894 0.972 0.000 0.028
#> GSM94131 1 0.2959 0.918 0.900 0.000 0.100
#> GSM94132 1 0.2625 0.923 0.916 0.000 0.084
#> GSM94133 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2796 0.920 0.908 0.000 0.092
#> GSM94135 3 0.4059 0.842 0.012 0.128 0.860
#> GSM94136 1 0.2878 0.919 0.904 0.000 0.096
#> GSM94137 3 0.2031 0.900 0.032 0.016 0.952
#> GSM94138 1 0.3267 0.917 0.884 0.000 0.116
#> GSM94139 2 0.2165 0.845 0.000 0.936 0.064
#> GSM94140 1 0.8403 -0.115 0.468 0.448 0.084
#> GSM94141 2 0.8202 0.390 0.376 0.544 0.080
#> GSM94142 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM94143 2 0.3918 0.806 0.012 0.868 0.120
#> GSM94144 1 0.8441 0.581 0.608 0.248 0.144
#> GSM94145 1 0.2711 0.923 0.912 0.000 0.088
#> GSM94146 1 0.3619 0.842 0.864 0.000 0.136
#> GSM94147 1 0.5159 0.891 0.820 0.040 0.140
#> GSM94148 1 0.3116 0.923 0.892 0.000 0.108
#> GSM98785 2 0.3690 0.808 0.016 0.884 0.100
#> GSM98786 1 0.5526 0.877 0.792 0.036 0.172
#> GSM98787 3 0.3434 0.873 0.032 0.064 0.904
#> GSM98788 3 0.1267 0.897 0.024 0.004 0.972
#> GSM98789 2 0.8270 0.385 0.376 0.540 0.084
#> GSM98790 2 0.5722 0.631 0.004 0.704 0.292
#> GSM98791 1 0.2625 0.923 0.916 0.000 0.084
#> GSM98792 3 0.3769 0.867 0.016 0.104 0.880
#> GSM98793 1 0.4345 0.905 0.848 0.016 0.136
#> GSM98794 1 0.2959 0.918 0.900 0.000 0.100
#> GSM98795 1 0.5467 0.706 0.792 0.176 0.032
#> GSM98796 1 0.2261 0.920 0.932 0.000 0.068
#> GSM98797 2 0.6875 0.714 0.080 0.724 0.196
#> GSM98798 2 0.6651 0.596 0.024 0.656 0.320
#> GSM98799 2 0.1163 0.861 0.000 0.972 0.028
#> GSM98800 2 0.4209 0.795 0.016 0.856 0.128
#> GSM98801 2 0.8572 0.550 0.132 0.580 0.288
#> GSM94019 3 0.2229 0.884 0.012 0.044 0.944
#> GSM94020 2 0.0592 0.864 0.000 0.988 0.012
#> GSM94021 3 0.2878 0.870 0.096 0.000 0.904
#> GSM94022 3 0.2703 0.892 0.056 0.016 0.928
#> GSM94023 3 0.1267 0.896 0.024 0.004 0.972
#> GSM94024 3 0.1337 0.898 0.012 0.016 0.972
#> GSM94025 3 0.2625 0.879 0.084 0.000 0.916
#> GSM94026 2 0.8314 0.476 0.092 0.556 0.352
#> GSM94027 3 0.2625 0.879 0.084 0.000 0.916
#> GSM94028 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3091 0.886 0.072 0.016 0.912
#> GSM94030 3 0.2031 0.895 0.032 0.016 0.952
#> GSM94031 2 0.1643 0.854 0.000 0.956 0.044
#> GSM94032 2 0.9189 0.200 0.148 0.436 0.416
#> GSM94033 3 0.6295 0.221 0.000 0.472 0.528
#> GSM94034 3 0.2063 0.895 0.044 0.008 0.948
#> GSM94035 3 0.5988 0.600 0.008 0.304 0.688
#> GSM94036 3 0.2383 0.895 0.044 0.016 0.940
#> GSM94037 1 0.2625 0.920 0.916 0.000 0.084
#> GSM94038 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2959 0.923 0.900 0.000 0.100
#> GSM94041 1 0.3551 0.917 0.868 0.000 0.132
#> GSM94042 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.3038 0.816 0.000 0.896 0.104
#> GSM94044 2 0.1643 0.856 0.000 0.956 0.044
#> GSM94045 1 0.2448 0.919 0.924 0.000 0.076
#> GSM94046 1 0.2356 0.922 0.928 0.000 0.072
#> GSM94047 1 0.9364 0.363 0.484 0.332 0.184
#> GSM94048 1 0.3038 0.919 0.896 0.000 0.104
#> GSM94049 1 0.4663 0.893 0.828 0.016 0.156
#> GSM94050 1 0.2711 0.922 0.912 0.000 0.088
#> GSM94051 1 0.4994 0.878 0.836 0.052 0.112
#> GSM94052 1 0.2537 0.923 0.920 0.000 0.080
#> GSM94053 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.1905 0.888 0.956 0.016 0.028
#> GSM94055 1 0.2711 0.923 0.912 0.000 0.088
#> GSM94056 1 0.3091 0.886 0.912 0.016 0.072
#> GSM94057 2 0.3412 0.798 0.000 0.876 0.124
#> GSM94058 1 0.2796 0.923 0.908 0.000 0.092
#> GSM94059 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM94060 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.2878 0.919 0.904 0.000 0.096
#> GSM94062 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 2 0.8845 0.454 0.184 0.576 0.240
#> GSM94064 2 0.0592 0.864 0.000 0.988 0.012
#> GSM94065 1 0.2448 0.923 0.924 0.000 0.076
#> GSM94066 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM94068 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.2878 0.919 0.904 0.000 0.096
#> GSM94070 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.2625 0.923 0.916 0.000 0.084
#> GSM94072 1 0.3192 0.921 0.888 0.000 0.112
#> GSM94073 1 0.5008 0.885 0.804 0.016 0.180
#> GSM94074 1 0.2878 0.923 0.904 0.000 0.096
#> GSM94075 1 0.2796 0.923 0.908 0.000 0.092
#> GSM94155 1 0.5455 0.695 0.788 0.184 0.028
#> GSM94156 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.1031 0.893 0.976 0.000 0.024
#> GSM94160 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM94161 1 0.3038 0.924 0.896 0.000 0.104
#> GSM94162 1 0.5331 0.869 0.792 0.024 0.184
#> GSM94163 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.2959 0.918 0.900 0.000 0.100
#> GSM94165 1 0.2537 0.923 0.920 0.000 0.080
#> GSM94166 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM94167 2 0.1753 0.854 0.000 0.952 0.048
#> GSM94168 1 0.2959 0.922 0.900 0.000 0.100
#> GSM94169 1 0.7248 0.799 0.708 0.108 0.184
#> GSM94170 1 0.1031 0.893 0.976 0.000 0.024
#> GSM94171 1 0.2878 0.923 0.904 0.000 0.096
#> GSM94172 1 0.2448 0.923 0.924 0.000 0.076
#> GSM94173 2 0.0237 0.865 0.000 0.996 0.004
#> GSM94174 1 0.4840 0.889 0.816 0.016 0.168
#> GSM94175 2 0.2711 0.829 0.000 0.912 0.088
#> GSM94176 1 0.4602 0.898 0.832 0.016 0.152
#> GSM94177 1 0.4209 0.911 0.856 0.016 0.128
#> GSM94178 2 0.0592 0.864 0.000 0.988 0.012
#> GSM98767 1 0.4209 0.909 0.856 0.016 0.128
#> GSM98768 1 0.3267 0.920 0.884 0.000 0.116
#> GSM98769 1 0.4618 0.899 0.840 0.024 0.136
#> GSM98770 1 0.2448 0.922 0.924 0.000 0.076
#> GSM98771 2 0.1753 0.854 0.000 0.952 0.048
#> GSM98772 1 0.4139 0.910 0.860 0.016 0.124
#> GSM98773 3 0.1491 0.899 0.016 0.016 0.968
#> GSM98774 1 0.5402 0.875 0.792 0.028 0.180
#> GSM98775 1 0.2711 0.923 0.912 0.000 0.088
#> GSM98776 1 0.4663 0.899 0.828 0.016 0.156
#> GSM98777 2 0.7165 0.650 0.112 0.716 0.172
#> GSM98778 3 0.1878 0.896 0.044 0.004 0.952
#> GSM98779 1 0.2959 0.924 0.900 0.000 0.100
#> GSM98780 1 0.2448 0.923 0.924 0.000 0.076
#> GSM98781 1 0.4615 0.899 0.836 0.020 0.144
#> GSM98782 1 0.2537 0.923 0.920 0.000 0.080
#> GSM98783 1 0.4002 0.889 0.840 0.000 0.160
#> GSM98784 1 0.0892 0.892 0.980 0.000 0.020
#> GSM98871 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.5678 0.617 0.000 0.684 0.316
#> GSM98874 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.865 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.1767 0.8445 0.944 0.012 0.044 0.000
#> GSM94077 3 0.0469 0.8738 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM94078 3 0.1938 0.8568 0.000 0.012 0.936 0.052
#> GSM94079 3 0.1284 0.8713 0.012 0.024 0.964 0.000
#> GSM94080 4 0.4040 0.7716 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM94081 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94082 3 0.1174 0.8704 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM94083 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94084 3 0.4718 0.6579 0.000 0.012 0.708 0.280
#> GSM94085 3 0.0336 0.8742 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM94086 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94087 1 0.4966 0.6038 0.768 0.156 0.076 0.000
#> GSM94088 3 0.0469 0.8738 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM94089 3 0.4546 0.6765 0.000 0.012 0.732 0.256
#> GSM94090 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94091 2 0.9911 0.4034 0.252 0.312 0.204 0.232
#> GSM94092 3 0.1854 0.8678 0.048 0.012 0.940 0.000
#> GSM94093 2 0.6965 0.4837 0.428 0.460 0.112 0.000
#> GSM94094 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94095 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94096 3 0.1938 0.8568 0.000 0.012 0.936 0.052
#> GSM94097 1 0.6747 0.1636 0.596 0.264 0.140 0.000
#> GSM94098 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94099 3 0.0469 0.8738 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM94100 4 0.7031 0.4284 0.000 0.224 0.200 0.576
#> GSM94101 3 0.4820 0.6442 0.000 0.012 0.692 0.296
#> GSM94102 4 0.7171 0.1949 0.008 0.104 0.424 0.464
#> GSM94103 3 0.0469 0.8738 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM94104 3 0.0657 0.8742 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM94105 3 0.1833 0.8598 0.032 0.024 0.944 0.000
#> GSM94106 3 0.4769 0.6335 0.000 0.008 0.684 0.308
#> GSM94107 3 0.1151 0.8744 0.008 0.024 0.968 0.000
#> GSM94108 3 0.5093 0.5677 0.000 0.012 0.640 0.348
#> GSM94109 3 0.1940 0.8489 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM94110 3 0.1388 0.8683 0.000 0.012 0.960 0.028
#> GSM94111 4 0.7062 0.4240 0.000 0.224 0.204 0.572
#> GSM94112 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94113 3 0.2049 0.8666 0.036 0.012 0.940 0.012
#> GSM94114 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94115 1 0.0657 0.8564 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM94116 3 0.3377 0.7914 0.140 0.012 0.848 0.000
#> GSM94117 3 0.2021 0.8680 0.040 0.024 0.936 0.000
#> GSM94118 3 0.2402 0.8641 0.052 0.012 0.924 0.012
#> GSM94119 4 0.0000 0.7834 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 3 0.2317 0.8652 0.048 0.012 0.928 0.012
#> GSM94121 3 0.2402 0.8645 0.052 0.012 0.924 0.012
#> GSM94122 4 0.0469 0.7816 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM94123 2 0.4989 0.5207 0.472 0.528 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.1854 0.8592 0.000 0.012 0.940 0.048
#> GSM94125 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94126 3 0.4182 0.6808 0.180 0.024 0.796 0.000
#> GSM94127 1 0.1722 0.8413 0.944 0.008 0.048 0.000
#> GSM94128 3 0.3205 0.8295 0.104 0.024 0.872 0.000
#> GSM94129 3 0.1721 0.8717 0.028 0.012 0.952 0.008
#> GSM94130 2 0.4868 0.7233 0.304 0.684 0.012 0.000
#> GSM94131 1 0.0336 0.8571 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.1584 0.8488 0.952 0.012 0.036 0.000
#> GSM94133 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94134 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.1917 0.8672 0.036 0.012 0.944 0.008
#> GSM94136 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94138 1 0.0188 0.8581 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94139 4 0.0672 0.7808 0.000 0.008 0.008 0.984
#> GSM94140 2 0.6446 0.5063 0.008 0.664 0.204 0.124
#> GSM94141 4 0.7608 0.0219 0.000 0.392 0.200 0.408
#> GSM94142 2 0.4522 0.7177 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.1297 0.7797 0.000 0.016 0.020 0.964
#> GSM94144 2 0.7489 0.5399 0.072 0.624 0.204 0.100
#> GSM94145 1 0.1411 0.8479 0.960 0.020 0.020 0.000
#> GSM94146 1 0.3694 0.7134 0.844 0.124 0.032 0.000
#> GSM94147 2 0.7417 0.6112 0.232 0.556 0.204 0.008
#> GSM94148 1 0.0657 0.8577 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM98785 4 0.0657 0.7807 0.000 0.012 0.004 0.984
#> GSM98786 1 0.6040 0.5016 0.708 0.044 0.208 0.040
#> GSM98787 3 0.6637 0.4498 0.132 0.000 0.608 0.260
#> GSM98788 3 0.2658 0.8493 0.080 0.012 0.904 0.004
#> GSM98789 2 0.7857 0.0908 0.008 0.440 0.200 0.352
#> GSM98790 4 0.3300 0.6699 0.000 0.008 0.144 0.848
#> GSM98791 1 0.1151 0.8538 0.968 0.008 0.024 0.000
#> GSM98792 3 0.1824 0.8547 0.000 0.004 0.936 0.060
#> GSM98793 1 0.2329 0.7948 0.916 0.012 0.072 0.000
#> GSM98794 1 0.0804 0.8552 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM98795 2 0.7003 0.6768 0.136 0.676 0.124 0.064
#> GSM98796 1 0.1211 0.8360 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.6080 0.5728 0.000 0.156 0.160 0.684
#> GSM98798 4 0.3681 0.6908 0.000 0.008 0.176 0.816
#> GSM98799 4 0.0188 0.7830 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM98800 4 0.4426 0.6651 0.004 0.020 0.196 0.780
#> GSM98801 4 0.7182 0.3846 0.000 0.248 0.200 0.552
#> GSM94019 3 0.3758 0.8270 0.096 0.016 0.860 0.028
#> GSM94020 4 0.3219 0.7840 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM94021 3 0.5228 0.5294 0.312 0.024 0.664 0.000
#> GSM94022 3 0.2797 0.8430 0.068 0.032 0.900 0.000
#> GSM94023 3 0.2021 0.8669 0.040 0.024 0.936 0.000
#> GSM94024 3 0.0817 0.8739 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM94025 3 0.4267 0.6563 0.188 0.024 0.788 0.000
#> GSM94026 4 0.7062 0.4240 0.000 0.224 0.204 0.572
#> GSM94027 3 0.4807 0.5952 0.248 0.024 0.728 0.000
#> GSM94028 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94029 3 0.1229 0.8746 0.008 0.020 0.968 0.004
#> GSM94030 3 0.3205 0.8295 0.104 0.024 0.872 0.000
#> GSM94031 4 0.0188 0.7826 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94032 4 0.7366 0.3468 0.000 0.252 0.224 0.524
#> GSM94033 3 0.5399 0.3220 0.000 0.012 0.520 0.468
#> GSM94034 3 0.3143 0.8330 0.100 0.024 0.876 0.000
#> GSM94035 3 0.6181 0.4094 0.036 0.008 0.536 0.420
#> GSM94036 3 0.3307 0.8283 0.104 0.028 0.868 0.000
#> GSM94037 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94038 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94039 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94040 1 0.1109 0.8537 0.968 0.004 0.028 0.000
#> GSM94041 1 0.2376 0.8191 0.916 0.016 0.068 0.000
#> GSM94042 4 0.1557 0.7862 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM94043 4 0.0927 0.7785 0.000 0.008 0.016 0.976
#> GSM94044 4 0.0336 0.7823 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94045 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94047 4 0.8470 -0.0352 0.368 0.032 0.212 0.388
#> GSM94048 1 0.0657 0.8563 0.984 0.012 0.004 0.000
#> GSM94049 1 0.4420 0.5889 0.748 0.012 0.240 0.000
#> GSM94050 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94051 2 0.8179 0.4498 0.352 0.424 0.204 0.020
#> GSM94052 1 0.1211 0.8360 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM94053 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94054 2 0.5432 0.7243 0.288 0.680 0.016 0.016
#> GSM94055 1 0.1305 0.8490 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM94056 2 0.7159 0.6144 0.244 0.556 0.200 0.000
#> GSM94057 4 0.1474 0.7867 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM94058 1 0.1284 0.8552 0.964 0.012 0.024 0.000
#> GSM94059 2 0.4522 0.7177 0.320 0.680 0.000 0.000
#> GSM94060 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94061 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94062 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94063 4 0.7391 0.3415 0.212 0.004 0.240 0.544
#> GSM94064 4 0.1557 0.7862 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM94065 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94066 4 0.2469 0.7879 0.000 0.108 0.000 0.892
#> GSM94067 2 0.4543 0.7158 0.324 0.676 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.1557 0.7862 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM94069 1 0.0376 0.8581 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94070 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94071 1 0.1356 0.8496 0.960 0.008 0.032 0.000
#> GSM94072 1 0.1305 0.8490 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM94073 1 0.4290 0.5908 0.772 0.016 0.212 0.000
#> GSM94074 1 0.1398 0.8469 0.956 0.004 0.040 0.000
#> GSM94075 1 0.1584 0.8488 0.952 0.012 0.036 0.000
#> GSM94155 2 0.6422 0.7135 0.228 0.676 0.036 0.060
#> GSM94156 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM94157 2 0.5277 0.5409 0.460 0.532 0.008 0.000
#> GSM94160 2 0.4543 0.7158 0.324 0.676 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.1584 0.8488 0.952 0.012 0.036 0.000
#> GSM94162 1 0.6170 0.4873 0.672 0.036 0.256 0.036
#> GSM94163 4 0.0707 0.7858 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM94164 1 0.0469 0.8563 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0524 0.8583 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM94166 2 0.4543 0.7158 0.324 0.676 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0524 0.7815 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM94168 1 0.0469 0.8563 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM94169 1 0.6768 0.4121 0.660 0.032 0.212 0.096
#> GSM94170 2 0.4804 0.6606 0.384 0.616 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.1854 0.8410 0.940 0.012 0.048 0.000
#> GSM94172 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0336 0.7848 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94174 1 0.5311 0.5484 0.736 0.040 0.212 0.012
#> GSM94175 4 0.0524 0.7815 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM94176 1 0.3569 0.6219 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM94177 1 0.0707 0.8550 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.1302 0.7869 0.000 0.044 0.000 0.956
#> GSM98767 1 0.0592 0.8561 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.8575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.6446 0.4424 0.664 0.124 0.204 0.008
#> GSM98770 1 0.0524 0.8583 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM98771 4 0.0524 0.7815 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM98772 1 0.0804 0.8552 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM98773 3 0.0707 0.8744 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM98774 1 0.6515 0.4706 0.660 0.044 0.248 0.048
#> GSM98775 1 0.1305 0.8490 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM98776 1 0.4019 0.6203 0.792 0.012 0.196 0.000
#> GSM98777 4 0.5997 0.5831 0.080 0.012 0.208 0.700
#> GSM98778 3 0.1406 0.8728 0.016 0.024 0.960 0.000
#> GSM98779 1 0.1305 0.8490 0.960 0.004 0.036 0.000
#> GSM98780 1 0.0188 0.8572 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.5256 0.5460 0.732 0.064 0.204 0.000
#> GSM98782 1 0.4925 -0.2138 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0927 0.8584 0.976 0.008 0.016 0.000
#> GSM98784 2 0.4564 0.7127 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM98871 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM98872 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM98873 4 0.2704 0.7073 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM98874 4 0.4103 0.7701 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM98875 4 0.2704 0.7875 0.000 0.124 0.000 0.876
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.1329 0.78423 0.956 0.000 0.032 0.004 0.008
#> GSM94077 3 0.4262 0.73160 0.000 0.000 0.776 0.124 0.100
#> GSM94078 3 0.4219 0.41322 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM94079 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94080 2 0.1410 0.83498 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM94081 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94082 3 0.3621 0.69992 0.000 0.000 0.788 0.192 0.020
#> GSM94083 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94084 4 0.4268 0.41553 0.000 0.024 0.268 0.708 0.000
#> GSM94085 3 0.2505 0.73827 0.000 0.000 0.888 0.092 0.020
#> GSM94086 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94087 1 0.3692 0.67784 0.812 0.000 0.028 0.008 0.152
#> GSM94088 3 0.3632 0.70844 0.004 0.000 0.800 0.176 0.020
#> GSM94089 4 0.3838 0.38665 0.000 0.004 0.280 0.716 0.000
#> GSM94090 2 0.0794 0.84202 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94091 1 0.8389 -0.15094 0.384 0.032 0.228 0.064 0.292
#> GSM94092 3 0.4385 0.72127 0.056 0.000 0.784 0.140 0.020
#> GSM94093 1 0.4252 0.51510 0.700 0.000 0.000 0.020 0.280
#> GSM94094 3 0.0000 0.74188 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94096 3 0.4746 0.23582 0.000 0.000 0.504 0.480 0.016
#> GSM94097 1 0.5060 0.59989 0.744 0.000 0.104 0.028 0.124
#> GSM94098 3 0.2011 0.73499 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> GSM94099 3 0.3555 0.73384 0.000 0.000 0.824 0.124 0.052
#> GSM94100 5 0.8346 0.05111 0.000 0.240 0.180 0.204 0.376
#> GSM94101 4 0.4451 0.45388 0.000 0.040 0.248 0.712 0.000
#> GSM94102 3 0.8038 0.05867 0.012 0.176 0.460 0.100 0.252
#> GSM94103 3 0.3812 0.70224 0.004 0.000 0.780 0.196 0.020
#> GSM94104 3 0.2561 0.73710 0.000 0.000 0.884 0.096 0.020
#> GSM94105 3 0.2011 0.73387 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> GSM94106 4 0.4552 0.42134 0.000 0.040 0.264 0.696 0.000
#> GSM94107 3 0.1857 0.74236 0.004 0.000 0.928 0.008 0.060
#> GSM94108 4 0.4364 0.50402 0.000 0.048 0.216 0.736 0.000
#> GSM94109 3 0.4607 0.62877 0.000 0.036 0.776 0.052 0.136
#> GSM94110 3 0.3970 0.67088 0.000 0.000 0.744 0.236 0.020
#> GSM94111 5 0.8441 0.03691 0.000 0.236 0.184 0.232 0.348
#> GSM94112 2 0.0794 0.84202 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94113 3 0.4265 0.68816 0.012 0.000 0.744 0.224 0.020
#> GSM94114 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94115 1 0.1106 0.78441 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM94116 3 0.5057 0.69910 0.100 0.000 0.740 0.136 0.024
#> GSM94117 3 0.3087 0.72756 0.064 0.000 0.868 0.004 0.064
#> GSM94118 3 0.5296 0.55966 0.028 0.000 0.600 0.352 0.020
#> GSM94119 4 0.4961 0.16867 0.000 0.448 0.000 0.524 0.028
#> GSM94120 3 0.5240 0.58059 0.028 0.000 0.616 0.336 0.020
#> GSM94121 3 0.5514 0.59237 0.032 0.012 0.640 0.296 0.020
#> GSM94122 4 0.5594 0.52333 0.000 0.284 0.108 0.608 0.000
#> GSM94123 1 0.4268 0.50894 0.708 0.000 0.000 0.024 0.268
#> GSM94124 3 0.4824 0.26403 0.000 0.000 0.512 0.468 0.020
#> GSM94125 2 0.0794 0.84202 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94126 3 0.4181 0.40564 0.316 0.000 0.676 0.004 0.004
#> GSM94127 1 0.1405 0.78524 0.956 0.000 0.020 0.016 0.008
#> GSM94128 3 0.2177 0.72777 0.080 0.000 0.908 0.008 0.004
#> GSM94129 3 0.3866 0.70046 0.004 0.000 0.780 0.192 0.024
#> GSM94130 5 0.4283 0.10427 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM94131 1 0.0579 0.78848 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM94132 1 0.1393 0.78549 0.956 0.000 0.012 0.024 0.008
#> GSM94133 2 0.0794 0.84202 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94134 1 0.0404 0.78932 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94135 3 0.4096 0.68731 0.004 0.000 0.744 0.232 0.020
#> GSM94136 1 0.0404 0.78932 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94137 3 0.1851 0.73500 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM94138 1 0.0955 0.78382 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM94139 4 0.4475 0.51308 0.000 0.276 0.000 0.692 0.032
#> GSM94140 5 0.6297 0.34397 0.076 0.040 0.192 0.028 0.664
#> GSM94141 5 0.7711 0.09743 0.004 0.256 0.180 0.084 0.476
#> GSM94142 5 0.4904 0.04462 0.472 0.000 0.000 0.024 0.504
#> GSM94143 4 0.6949 0.50780 0.000 0.264 0.096 0.552 0.088
#> GSM94144 5 0.7728 0.28752 0.156 0.016 0.288 0.064 0.476
#> GSM94145 1 0.1168 0.78442 0.960 0.000 0.008 0.032 0.000
#> GSM94146 1 0.3325 0.71733 0.852 0.000 0.032 0.012 0.104
#> GSM94147 1 0.7699 -0.05492 0.428 0.000 0.232 0.068 0.272
#> GSM94148 1 0.0968 0.79049 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> GSM98785 4 0.6382 0.53484 0.000 0.248 0.072 0.608 0.072
#> GSM98786 1 0.7313 0.15642 0.504 0.004 0.300 0.084 0.108
#> GSM98787 3 0.6340 0.52570 0.056 0.120 0.672 0.136 0.016
#> GSM98788 3 0.4899 0.69742 0.052 0.000 0.732 0.192 0.024
#> GSM98789 5 0.8012 0.30868 0.100 0.140 0.204 0.036 0.520
#> GSM98790 4 0.5336 0.51864 0.000 0.288 0.084 0.628 0.000
#> GSM98791 1 0.1082 0.78491 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> GSM98792 3 0.4805 0.50189 0.000 0.040 0.648 0.312 0.000
#> GSM98793 1 0.3114 0.72483 0.872 0.000 0.076 0.036 0.016
#> GSM98794 1 0.0740 0.78839 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM98795 5 0.5278 0.19455 0.408 0.016 0.000 0.024 0.552
#> GSM98796 1 0.1116 0.78448 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> GSM98797 5 0.8286 -0.21013 0.000 0.308 0.140 0.212 0.340
#> GSM98798 4 0.7796 0.41073 0.016 0.336 0.184 0.416 0.048
#> GSM98799 4 0.4908 0.37501 0.000 0.356 0.000 0.608 0.036
#> GSM98800 4 0.7827 0.46538 0.004 0.248 0.184 0.468 0.096
#> GSM98801 5 0.8200 0.07353 0.000 0.240 0.180 0.172 0.408
#> GSM94019 3 0.5337 0.64880 0.036 0.008 0.668 0.268 0.020
#> GSM94020 2 0.2732 0.78404 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM94021 3 0.4299 0.32443 0.388 0.000 0.608 0.004 0.000
#> GSM94022 3 0.2379 0.73425 0.048 0.000 0.912 0.028 0.012
#> GSM94023 3 0.3003 0.73597 0.040 0.000 0.880 0.016 0.064
#> GSM94024 3 0.1544 0.73996 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94025 3 0.3949 0.40887 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> GSM94026 5 0.8431 0.04595 0.000 0.236 0.184 0.228 0.352
#> GSM94027 3 0.4362 0.33848 0.360 0.000 0.632 0.004 0.004
#> GSM94028 2 0.0794 0.84202 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94029 3 0.1518 0.74249 0.016 0.000 0.952 0.020 0.012
#> GSM94030 3 0.3649 0.72615 0.056 0.000 0.848 0.032 0.064
#> GSM94031 2 0.5240 0.29453 0.000 0.572 0.020 0.388 0.020
#> GSM94032 5 0.8385 0.10227 0.012 0.212 0.320 0.104 0.352
#> GSM94033 4 0.4757 0.51538 0.000 0.080 0.204 0.716 0.000
#> GSM94034 3 0.3682 0.71332 0.096 0.000 0.832 0.008 0.064
#> GSM94035 4 0.5029 0.44165 0.032 0.036 0.224 0.708 0.000
#> GSM94036 3 0.2681 0.71873 0.108 0.000 0.876 0.004 0.012
#> GSM94037 1 0.0290 0.78984 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94038 2 0.1270 0.83448 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM94039 2 0.0290 0.84033 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94040 1 0.0960 0.79002 0.972 0.000 0.008 0.016 0.004
#> GSM94041 1 0.2131 0.77289 0.920 0.000 0.056 0.008 0.016
#> GSM94042 2 0.3336 0.70259 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM94043 4 0.4729 0.53883 0.000 0.236 0.004 0.708 0.052
#> GSM94044 4 0.4770 0.43198 0.000 0.320 0.000 0.644 0.036
#> GSM94045 1 0.0162 0.78999 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94046 1 0.0324 0.79035 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM94047 3 0.9558 -0.23079 0.260 0.136 0.304 0.196 0.104
#> GSM94048 1 0.1106 0.78441 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM94049 1 0.4121 0.53494 0.720 0.000 0.264 0.004 0.012
#> GSM94050 1 0.0162 0.79021 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94051 1 0.7313 0.00600 0.432 0.000 0.288 0.032 0.248
#> GSM94052 1 0.1442 0.78499 0.952 0.000 0.004 0.032 0.012
#> GSM94053 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.4291 0.08487 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> GSM94055 1 0.1195 0.78483 0.960 0.000 0.012 0.028 0.000
#> GSM94056 1 0.6605 0.30261 0.572 0.000 0.120 0.044 0.264
#> GSM94057 2 0.3177 0.72070 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM94058 1 0.1095 0.78894 0.968 0.000 0.012 0.012 0.008
#> GSM94059 5 0.4300 0.05966 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> GSM94060 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0404 0.78959 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.8661 0.20728 0.064 0.140 0.340 0.372 0.084
#> GSM94064 2 0.3336 0.70935 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.78964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.2377 0.78877 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM94067 1 0.4894 0.03425 0.520 0.000 0.000 0.024 0.456
#> GSM94068 2 0.3109 0.72130 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM94069 1 0.0162 0.78999 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1168 0.78442 0.960 0.000 0.008 0.032 0.000
#> GSM94072 1 0.1518 0.78549 0.952 0.000 0.020 0.016 0.012
#> GSM94073 1 0.5696 0.35270 0.612 0.000 0.304 0.064 0.020
#> GSM94074 1 0.1117 0.78541 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000
#> GSM94075 1 0.1503 0.78582 0.952 0.000 0.020 0.020 0.008
#> GSM94155 5 0.5278 0.19455 0.408 0.016 0.000 0.024 0.552
#> GSM94156 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4126 0.33379 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> GSM94160 5 0.4747 0.00247 0.488 0.000 0.000 0.016 0.496
#> GSM94161 1 0.1507 0.78579 0.952 0.000 0.012 0.024 0.012
#> GSM94162 1 0.5625 0.31367 0.576 0.000 0.356 0.052 0.016
#> GSM94163 2 0.4390 0.23700 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> GSM94164 1 0.0693 0.78775 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM94165 1 0.0566 0.78951 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM94166 1 0.4306 -0.04301 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM94167 4 0.4681 0.52378 0.000 0.252 0.000 0.696 0.052
#> GSM94168 1 0.0451 0.78922 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94169 1 0.8388 -0.23671 0.308 0.008 0.304 0.280 0.100
#> GSM94170 1 0.4861 0.15254 0.548 0.000 0.000 0.024 0.428
#> GSM94171 1 0.1412 0.78288 0.952 0.000 0.036 0.004 0.008
#> GSM94172 1 0.0162 0.79007 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.4686 0.35043 0.000 0.596 0.000 0.384 0.020
#> GSM94174 1 0.6251 0.34014 0.600 0.000 0.276 0.068 0.056
#> GSM94175 4 0.5203 0.50389 0.000 0.264 0.004 0.660 0.072
#> GSM94176 1 0.3443 0.68046 0.840 0.000 0.120 0.028 0.012
#> GSM94177 1 0.2555 0.74948 0.904 0.000 0.052 0.028 0.016
#> GSM94178 2 0.3966 0.49891 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM98767 1 0.2568 0.75099 0.904 0.000 0.048 0.032 0.016
#> GSM98768 1 0.0703 0.78567 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM98769 1 0.5968 0.34414 0.604 0.000 0.296 0.036 0.064
#> GSM98770 1 0.0324 0.79035 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM98771 4 0.4509 0.53859 0.000 0.236 0.000 0.716 0.048
#> GSM98772 1 0.1018 0.78649 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM98773 3 0.3631 0.74038 0.000 0.000 0.824 0.072 0.104
#> GSM98774 1 0.6076 0.29914 0.568 0.000 0.336 0.040 0.056
#> GSM98775 1 0.1106 0.78523 0.964 0.000 0.012 0.024 0.000
#> GSM98776 1 0.3940 0.65135 0.808 0.000 0.136 0.044 0.012
#> GSM98777 4 0.8159 0.38891 0.056 0.152 0.184 0.520 0.088
#> GSM98778 3 0.2295 0.73630 0.004 0.000 0.900 0.008 0.088
#> GSM98779 1 0.1195 0.78537 0.960 0.000 0.012 0.028 0.000
#> GSM98780 1 0.0162 0.79007 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.5005 0.41238 0.656 0.000 0.300 0.020 0.024
#> GSM98782 1 0.3730 0.62559 0.800 0.000 0.004 0.028 0.168
#> GSM98783 1 0.0854 0.79053 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008
#> GSM98784 1 0.4808 0.19585 0.576 0.000 0.000 0.024 0.400
#> GSM98871 2 0.0404 0.84109 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.6321 0.32656 0.000 0.344 0.004 0.504 0.148
#> GSM98874 2 0.0000 0.83884 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.2516 0.79655 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.1026 0.7977 0.968 0.000 0.012 0.008 0.004 0.008
#> GSM94077 3 0.1812 0.7214 0.000 0.000 0.912 0.080 0.000 0.008
#> GSM94078 4 0.6477 -0.1168 0.000 0.000 0.384 0.432 0.064 0.120
#> GSM94079 3 0.0405 0.7235 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM94080 2 0.3229 0.8035 0.000 0.804 0.000 0.172 0.020 0.004
#> GSM94081 3 0.0260 0.7242 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94082 3 0.6076 0.5079 0.000 0.000 0.564 0.264 0.060 0.112
#> GSM94083 3 0.0551 0.7249 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004
#> GSM94084 4 0.4017 0.5058 0.000 0.004 0.228 0.732 0.004 0.032
#> GSM94085 3 0.3344 0.7144 0.000 0.000 0.828 0.032 0.020 0.120
#> GSM94086 3 0.0405 0.7241 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM94087 1 0.4203 0.5352 0.700 0.000 0.012 0.000 0.260 0.028
#> GSM94088 3 0.5212 0.6552 0.004 0.000 0.688 0.156 0.032 0.120
#> GSM94089 4 0.3955 0.4908 0.000 0.000 0.240 0.724 0.004 0.032
#> GSM94090 2 0.1863 0.8181 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM94091 1 0.7399 -0.0903 0.400 0.008 0.056 0.016 0.216 0.304
#> GSM94092 3 0.5264 0.6930 0.060 0.000 0.712 0.120 0.012 0.096
#> GSM94093 1 0.4561 0.1069 0.536 0.000 0.000 0.000 0.428 0.036
#> GSM94094 3 0.2100 0.7194 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM94095 3 0.0260 0.7242 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94096 4 0.6283 0.1268 0.000 0.000 0.320 0.504 0.056 0.120
#> GSM94097 1 0.5178 0.4129 0.624 0.000 0.028 0.000 0.284 0.064
#> GSM94098 3 0.0653 0.7275 0.004 0.000 0.980 0.012 0.000 0.004
#> GSM94099 3 0.3147 0.7190 0.008 0.000 0.844 0.108 0.004 0.036
#> GSM94100 6 0.3522 0.7782 0.000 0.028 0.016 0.064 0.048 0.844
#> GSM94101 4 0.3844 0.5107 0.000 0.004 0.224 0.744 0.004 0.024
#> GSM94102 6 0.4654 0.6723 0.000 0.028 0.164 0.012 0.056 0.740
#> GSM94103 3 0.6192 0.5345 0.004 0.000 0.568 0.252 0.060 0.116
#> GSM94104 3 0.4981 0.6492 0.000 0.000 0.700 0.136 0.028 0.136
#> GSM94105 3 0.0665 0.7235 0.008 0.000 0.980 0.004 0.000 0.008
#> GSM94106 4 0.4495 0.4243 0.000 0.012 0.276 0.676 0.004 0.032
#> GSM94107 3 0.1390 0.7350 0.004 0.000 0.948 0.016 0.000 0.032
#> GSM94108 4 0.3817 0.5157 0.000 0.004 0.220 0.748 0.004 0.024
#> GSM94109 3 0.4746 0.5271 0.000 0.016 0.644 0.028 0.008 0.304
#> GSM94110 3 0.6374 0.3724 0.000 0.000 0.488 0.332 0.064 0.116
#> GSM94111 6 0.3457 0.7783 0.000 0.028 0.016 0.064 0.044 0.848
#> GSM94112 2 0.2003 0.8179 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.6569 0.3156 0.004 0.000 0.440 0.376 0.064 0.116
#> GSM94114 3 0.0405 0.7241 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM94115 1 0.1909 0.7844 0.920 0.000 0.000 0.004 0.024 0.052
#> GSM94116 3 0.5808 0.6696 0.048 0.000 0.664 0.120 0.024 0.144
#> GSM94117 3 0.1750 0.7172 0.056 0.000 0.928 0.008 0.004 0.004
#> GSM94118 3 0.6746 0.3151 0.012 0.000 0.436 0.372 0.064 0.116
#> GSM94119 4 0.4131 0.4159 0.000 0.156 0.000 0.752 0.088 0.004
#> GSM94120 3 0.6742 0.3300 0.012 0.000 0.440 0.368 0.064 0.116
#> GSM94121 3 0.6213 0.4765 0.004 0.004 0.544 0.280 0.032 0.136
#> GSM94122 4 0.5225 0.5028 0.000 0.120 0.160 0.688 0.012 0.020
#> GSM94123 1 0.2454 0.7142 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM94124 4 0.5768 0.0990 0.000 0.000 0.344 0.516 0.016 0.124
#> GSM94125 2 0.2445 0.8180 0.000 0.868 0.000 0.120 0.008 0.004
#> GSM94126 3 0.3894 0.4501 0.324 0.000 0.664 0.008 0.004 0.000
#> GSM94127 1 0.1408 0.7954 0.952 0.000 0.008 0.008 0.024 0.008
#> GSM94128 3 0.3883 0.7092 0.036 0.000 0.804 0.040 0.004 0.116
#> GSM94129 3 0.6097 0.4960 0.004 0.000 0.548 0.276 0.032 0.140
#> GSM94130 5 0.3874 0.6621 0.228 0.000 0.000 0.000 0.732 0.040
#> GSM94131 1 0.0692 0.7980 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM94132 1 0.1261 0.7957 0.956 0.000 0.004 0.004 0.028 0.008
#> GSM94133 2 0.2048 0.8176 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0692 0.7980 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM94135 3 0.6494 0.3846 0.004 0.000 0.468 0.352 0.060 0.116
#> GSM94136 1 0.0692 0.7980 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> GSM94137 3 0.0291 0.7263 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM94138 1 0.1693 0.7873 0.932 0.000 0.000 0.004 0.020 0.044
#> GSM94139 4 0.2222 0.5271 0.000 0.084 0.000 0.896 0.012 0.008
#> GSM94140 5 0.5688 0.1628 0.036 0.008 0.036 0.012 0.568 0.340
#> GSM94141 5 0.5349 -0.0390 0.000 0.032 0.016 0.024 0.560 0.368
#> GSM94142 5 0.3175 0.6407 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM94143 4 0.5499 0.4489 0.000 0.116 0.008 0.676 0.048 0.152
#> GSM94144 5 0.6446 0.1865 0.080 0.008 0.084 0.012 0.584 0.232
#> GSM94145 1 0.1152 0.7928 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000
#> GSM94146 1 0.3786 0.5949 0.736 0.004 0.016 0.000 0.240 0.004
#> GSM94147 1 0.6526 0.4041 0.572 0.000 0.096 0.012 0.112 0.208
#> GSM94148 1 0.0964 0.8012 0.968 0.000 0.004 0.000 0.016 0.012
#> GSM98785 4 0.4661 0.4875 0.000 0.092 0.000 0.744 0.048 0.116
#> GSM98786 1 0.6591 0.3996 0.568 0.000 0.112 0.016 0.092 0.212
#> GSM98787 3 0.5705 0.5855 0.016 0.028 0.632 0.044 0.020 0.260
#> GSM98788 3 0.5633 0.6699 0.024 0.000 0.672 0.132 0.032 0.140
#> GSM98789 5 0.5648 0.0416 0.008 0.024 0.032 0.024 0.576 0.336
#> GSM98790 4 0.4175 0.5385 0.000 0.052 0.140 0.776 0.004 0.028
#> GSM98791 1 0.1003 0.7950 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028 0.000
#> GSM98792 3 0.6757 0.2208 0.016 0.000 0.424 0.380 0.048 0.132
#> GSM98793 1 0.3350 0.7389 0.844 0.000 0.024 0.004 0.044 0.084
#> GSM98794 1 0.0547 0.7992 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM98795 5 0.4195 0.6466 0.188 0.008 0.000 0.000 0.740 0.064
#> GSM98796 1 0.1082 0.7946 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000
#> GSM98797 6 0.6943 0.5127 0.000 0.124 0.016 0.156 0.164 0.540
#> GSM98798 4 0.6129 0.3043 0.000 0.132 0.024 0.604 0.032 0.208
#> GSM98799 4 0.4279 0.4350 0.000 0.140 0.000 0.756 0.088 0.016
#> GSM98800 4 0.6527 0.3807 0.028 0.084 0.024 0.624 0.060 0.180
#> GSM98801 6 0.3201 0.7435 0.000 0.028 0.020 0.028 0.060 0.864
#> GSM94019 3 0.6483 0.4732 0.008 0.004 0.508 0.296 0.032 0.152
#> GSM94020 2 0.3875 0.7489 0.000 0.700 0.000 0.280 0.016 0.004
#> GSM94021 3 0.3975 0.3630 0.392 0.000 0.600 0.000 0.000 0.008
#> GSM94022 3 0.3329 0.7109 0.016 0.000 0.828 0.000 0.036 0.120
#> GSM94023 3 0.2224 0.7302 0.036 0.000 0.912 0.012 0.004 0.036
#> GSM94024 3 0.0603 0.7318 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM94025 3 0.3878 0.4420 0.320 0.000 0.668 0.004 0.008 0.000
#> GSM94026 6 0.3457 0.7783 0.000 0.028 0.016 0.064 0.044 0.848
#> GSM94027 3 0.3955 0.4306 0.340 0.000 0.648 0.008 0.004 0.000
#> GSM94028 2 0.1910 0.8183 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3193 0.7149 0.008 0.000 0.840 0.004 0.036 0.112
#> GSM94030 3 0.3239 0.7087 0.036 0.000 0.852 0.004 0.028 0.080
#> GSM94031 2 0.7750 -0.0793 0.000 0.336 0.136 0.240 0.012 0.276
#> GSM94032 6 0.4231 0.7069 0.004 0.028 0.100 0.004 0.076 0.788
#> GSM94033 4 0.4291 0.5290 0.000 0.028 0.212 0.732 0.004 0.024
#> GSM94034 3 0.2811 0.7039 0.076 0.000 0.872 0.000 0.020 0.032
#> GSM94035 4 0.4654 0.4781 0.004 0.016 0.240 0.696 0.004 0.040
#> GSM94036 3 0.4084 0.6973 0.072 0.000 0.792 0.004 0.028 0.104
#> GSM94037 1 0.0777 0.7974 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94038 2 0.2762 0.7895 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.1910 0.8183 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0837 0.8000 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020 0.000
#> GSM94041 1 0.1766 0.7951 0.936 0.000 0.028 0.004 0.016 0.016
#> GSM94042 2 0.5208 0.6421 0.000 0.596 0.000 0.300 0.096 0.008
#> GSM94043 4 0.3287 0.5284 0.000 0.056 0.004 0.852 0.060 0.028
#> GSM94044 4 0.4365 0.4415 0.000 0.132 0.000 0.756 0.088 0.024
#> GSM94045 1 0.0508 0.7992 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM94046 1 0.0436 0.8001 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> GSM94047 1 0.7951 0.2092 0.472 0.008 0.108 0.112 0.092 0.208
#> GSM94048 1 0.1477 0.7916 0.940 0.000 0.000 0.004 0.008 0.048
#> GSM94049 1 0.5192 0.5502 0.688 0.000 0.168 0.008 0.024 0.112
#> GSM94050 1 0.0405 0.8000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94051 1 0.6747 0.3740 0.552 0.000 0.112 0.012 0.128 0.196
#> GSM94052 1 0.1340 0.7950 0.948 0.000 0.004 0.000 0.040 0.008
#> GSM94053 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 5 0.4049 0.6616 0.208 0.008 0.000 0.000 0.740 0.044
#> GSM94055 1 0.1155 0.7939 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036 0.000
#> GSM94056 1 0.5757 0.5181 0.644 0.000 0.056 0.004 0.136 0.160
#> GSM94057 2 0.3557 0.7297 0.000 0.800 0.000 0.148 0.008 0.044
#> GSM94058 1 0.1026 0.7987 0.968 0.000 0.004 0.008 0.012 0.008
#> GSM94059 5 0.3668 0.6576 0.228 0.000 0.000 0.000 0.744 0.028
#> GSM94060 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0837 0.7985 0.972 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020
#> GSM94062 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.8271 0.0422 0.156 0.004 0.124 0.420 0.096 0.200
#> GSM94064 2 0.3993 0.7394 0.000 0.700 0.000 0.272 0.024 0.004
#> GSM94065 1 0.0146 0.7995 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94066 2 0.3700 0.7477 0.000 0.800 0.000 0.116 0.076 0.008
#> GSM94067 1 0.3868 -0.1715 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> GSM94068 2 0.4966 0.6429 0.000 0.640 0.000 0.264 0.088 0.008
#> GSM94069 1 0.0000 0.7996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.1155 0.7939 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036 0.000
#> GSM94072 1 0.1553 0.7974 0.944 0.000 0.012 0.004 0.032 0.008
#> GSM94073 1 0.6406 0.4187 0.576 0.000 0.136 0.008 0.076 0.204
#> GSM94074 1 0.0951 0.7966 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020 0.000
#> GSM94075 1 0.1210 0.7968 0.960 0.000 0.004 0.008 0.020 0.008
#> GSM94155 5 0.4114 0.6577 0.200 0.008 0.000 0.000 0.740 0.052
#> GSM94156 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4531 0.1213 0.556 0.000 0.000 0.000 0.408 0.036
#> GSM94160 5 0.3890 0.4271 0.400 0.000 0.000 0.000 0.596 0.004
#> GSM94161 1 0.1526 0.7973 0.944 0.000 0.008 0.004 0.036 0.008
#> GSM94162 1 0.6209 0.3953 0.576 0.000 0.232 0.008 0.048 0.136
#> GSM94163 4 0.5398 -0.2235 0.000 0.364 0.000 0.532 0.096 0.008
#> GSM94164 1 0.0713 0.7983 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94165 1 0.0748 0.7980 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016 0.000
#> GSM94166 5 0.4337 0.2657 0.480 0.000 0.000 0.000 0.500 0.020
#> GSM94167 4 0.3041 0.5221 0.000 0.088 0.000 0.856 0.036 0.020
#> GSM94168 1 0.0603 0.7998 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM94169 1 0.8400 0.0163 0.384 0.004 0.116 0.196 0.092 0.208
#> GSM94170 1 0.3782 0.2645 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM94171 1 0.1121 0.7963 0.964 0.000 0.016 0.008 0.004 0.008
#> GSM94172 1 0.0291 0.7997 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM94173 2 0.5400 0.4504 0.000 0.488 0.000 0.416 0.088 0.008
#> GSM94174 1 0.6365 0.4464 0.592 0.000 0.100 0.012 0.096 0.200
#> GSM94175 4 0.4191 0.4972 0.000 0.096 0.000 0.784 0.048 0.072
#> GSM94176 1 0.4791 0.6170 0.736 0.000 0.080 0.004 0.044 0.136
#> GSM94177 1 0.2263 0.7753 0.900 0.000 0.000 0.004 0.036 0.060
#> GSM94178 2 0.5443 0.4304 0.000 0.476 0.000 0.424 0.092 0.008
#> GSM98767 1 0.2465 0.7706 0.892 0.000 0.004 0.004 0.036 0.064
#> GSM98768 1 0.1410 0.7909 0.944 0.000 0.000 0.004 0.008 0.044
#> GSM98769 1 0.6709 0.3539 0.548 0.000 0.132 0.004 0.156 0.160
#> GSM98770 1 0.0000 0.7996 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.2714 0.5301 0.000 0.064 0.000 0.880 0.036 0.020
#> GSM98772 1 0.2100 0.7839 0.916 0.000 0.008 0.004 0.024 0.048
#> GSM98773 3 0.1500 0.7330 0.000 0.000 0.936 0.052 0.000 0.012
#> GSM98774 1 0.6333 0.3999 0.580 0.000 0.180 0.008 0.060 0.172
#> GSM98775 1 0.1080 0.7943 0.960 0.000 0.004 0.004 0.032 0.000
#> GSM98776 1 0.3869 0.7132 0.816 0.000 0.044 0.008 0.044 0.088
#> GSM98777 4 0.6215 0.3106 0.068 0.008 0.024 0.632 0.076 0.192
#> GSM98778 3 0.0551 0.7273 0.008 0.000 0.984 0.004 0.000 0.004
#> GSM98779 1 0.1080 0.7943 0.960 0.000 0.004 0.004 0.032 0.000
#> GSM98780 1 0.0798 0.8003 0.976 0.000 0.004 0.004 0.004 0.012
#> GSM98781 1 0.5517 0.5159 0.664 0.000 0.152 0.000 0.064 0.120
#> GSM98782 1 0.1152 0.7926 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044 0.000
#> GSM98783 1 0.0717 0.7998 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM98784 1 0.2854 0.6542 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> GSM98871 2 0.2544 0.8182 0.000 0.864 0.000 0.120 0.012 0.004
#> GSM98872 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 6 0.4955 0.2740 0.000 0.060 0.004 0.388 0.000 0.548
#> GSM98874 2 0.0000 0.7900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.3921 0.7766 0.000 0.736 0.000 0.224 0.036 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:mclust 180 2.71e-04 2
#> MAD:mclust 182 6.77e-08 3
#> MAD:mclust 170 3.90e-07 4
#> MAD:mclust 132 2.41e-07 5
#> MAD:mclust 136 8.00e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.989 0.953 0.981 0.3989 0.598 0.598
#> 3 3 0.566 0.778 0.882 0.5864 0.647 0.463
#> 4 4 0.554 0.573 0.757 0.1550 0.834 0.581
#> 5 5 0.619 0.608 0.786 0.0798 0.825 0.457
#> 6 6 0.679 0.579 0.773 0.0436 0.896 0.573
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94096 1 0.909 0.4960 0.676 0.324
#> GSM94097 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.343 0.9053 0.064 0.936
#> GSM94101 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94102 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94103 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94104 2 0.881 0.5936 0.300 0.700
#> GSM94105 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.971 0.3700 0.400 0.600
#> GSM94110 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94111 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94118 1 0.998 0.0304 0.524 0.476
#> GSM94119 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.850 0.5991 0.724 0.276
#> GSM94121 2 0.980 0.3269 0.416 0.584
#> GSM94122 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.388 0.8944 0.076 0.924
#> GSM94125 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94129 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94141 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94144 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.689 0.7607 0.816 0.184
#> GSM98786 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98788 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.966 0.3811 0.392 0.608
#> GSM98798 2 0.644 0.7976 0.164 0.836
#> GSM98799 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98800 1 0.141 0.9681 0.980 0.020
#> GSM98801 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94019 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.861 0.6221 0.284 0.716
#> GSM94027 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94175 1 0.788 0.6742 0.764 0.236
#> GSM94176 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.000 0.9884 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.000 0.9587 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 3 0.1643 0.85292 0.044 0.000 0.956
#> GSM94077 3 0.1031 0.85120 0.024 0.000 0.976
#> GSM94078 3 0.1031 0.85139 0.024 0.000 0.976
#> GSM94079 1 0.6286 0.25751 0.536 0.000 0.464
#> GSM94080 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94081 3 0.6307 -0.10145 0.488 0.000 0.512
#> GSM94082 3 0.0892 0.85052 0.020 0.000 0.980
#> GSM94083 3 0.3116 0.80896 0.108 0.000 0.892
#> GSM94084 3 0.3619 0.76000 0.000 0.136 0.864
#> GSM94085 3 0.1453 0.84790 0.024 0.008 0.968
#> GSM94086 1 0.5216 0.70286 0.740 0.000 0.260
#> GSM94087 1 0.0424 0.86707 0.992 0.000 0.008
#> GSM94088 3 0.1031 0.85139 0.024 0.000 0.976
#> GSM94089 3 0.3340 0.77901 0.000 0.120 0.880
#> GSM94090 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.6225 0.20056 0.568 0.000 0.432
#> GSM94092 3 0.1529 0.85265 0.040 0.000 0.960
#> GSM94093 1 0.0000 0.86619 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 1 0.6291 0.20539 0.532 0.000 0.468
#> GSM94095 3 0.6286 0.02453 0.464 0.000 0.536
#> GSM94096 3 0.1182 0.84493 0.012 0.012 0.976
#> GSM94097 1 0.0424 0.86490 0.992 0.000 0.008
#> GSM94098 3 0.5216 0.60260 0.260 0.000 0.740
#> GSM94099 3 0.1529 0.85265 0.040 0.000 0.960
#> GSM94100 1 0.2152 0.84879 0.948 0.016 0.036
#> GSM94101 3 0.3686 0.75787 0.000 0.140 0.860
#> GSM94102 1 0.1267 0.85822 0.972 0.004 0.024
#> GSM94103 3 0.0592 0.84790 0.012 0.000 0.988
#> GSM94104 2 0.6934 0.43820 0.028 0.624 0.348
#> GSM94105 1 0.4842 0.74854 0.776 0.000 0.224
#> GSM94106 2 0.5623 0.61392 0.004 0.716 0.280
#> GSM94107 3 0.2878 0.82358 0.096 0.000 0.904
#> GSM94108 3 0.4654 0.68924 0.000 0.208 0.792
#> GSM94109 1 0.6902 0.74036 0.736 0.116 0.148
#> GSM94110 3 0.0829 0.84658 0.012 0.004 0.984
#> GSM94111 1 0.6632 0.52344 0.692 0.272 0.036
#> GSM94112 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0747 0.84930 0.016 0.000 0.984
#> GSM94114 1 0.5016 0.73007 0.760 0.000 0.240
#> GSM94115 3 0.2165 0.85093 0.064 0.000 0.936
#> GSM94116 3 0.0747 0.85085 0.016 0.000 0.984
#> GSM94117 3 0.3941 0.76186 0.156 0.000 0.844
#> GSM94118 3 0.1585 0.83496 0.008 0.028 0.964
#> GSM94119 3 0.5016 0.64986 0.000 0.240 0.760
#> GSM94120 3 0.1337 0.84180 0.016 0.012 0.972
#> GSM94121 2 0.7112 0.23424 0.024 0.552 0.424
#> GSM94122 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94123 1 0.1163 0.87040 0.972 0.000 0.028
#> GSM94124 3 0.1525 0.83286 0.004 0.032 0.964
#> GSM94125 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94126 1 0.4346 0.78945 0.816 0.000 0.184
#> GSM94127 1 0.6192 0.36744 0.580 0.000 0.420
#> GSM94128 1 0.2261 0.86326 0.932 0.000 0.068
#> GSM94129 3 0.0747 0.84884 0.016 0.000 0.984
#> GSM94130 1 0.1289 0.86566 0.968 0.000 0.032
#> GSM94131 1 0.4121 0.80737 0.832 0.000 0.168
#> GSM94132 3 0.5810 0.50049 0.336 0.000 0.664
#> GSM94133 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94134 1 0.1860 0.86902 0.948 0.000 0.052
#> GSM94135 3 0.0592 0.84790 0.012 0.000 0.988
#> GSM94136 1 0.1643 0.87115 0.956 0.000 0.044
#> GSM94137 3 0.2537 0.83353 0.080 0.000 0.920
#> GSM94138 1 0.5178 0.68206 0.744 0.000 0.256
#> GSM94139 3 0.5327 0.60876 0.000 0.272 0.728
#> GSM94140 1 0.0892 0.86379 0.980 0.000 0.020
#> GSM94141 1 0.0892 0.86379 0.980 0.000 0.020
#> GSM94142 1 0.0892 0.86941 0.980 0.000 0.020
#> GSM94143 3 0.3412 0.81220 0.124 0.000 0.876
#> GSM94144 1 0.1643 0.86624 0.956 0.000 0.044
#> GSM94145 1 0.2448 0.86518 0.924 0.000 0.076
#> GSM94146 1 0.0592 0.86647 0.988 0.000 0.012
#> GSM94147 1 0.1753 0.86535 0.952 0.000 0.048
#> GSM94148 1 0.5529 0.62868 0.704 0.000 0.296
#> GSM98785 3 0.1860 0.82771 0.000 0.052 0.948
#> GSM98786 3 0.3551 0.81215 0.132 0.000 0.868
#> GSM98787 1 0.2959 0.84946 0.900 0.000 0.100
#> GSM98788 3 0.1529 0.85265 0.040 0.000 0.960
#> GSM98789 1 0.5835 0.46140 0.660 0.000 0.340
#> GSM98790 2 0.1647 0.91287 0.004 0.960 0.036
#> GSM98791 1 0.1964 0.86968 0.944 0.000 0.056
#> GSM98792 3 0.1411 0.85271 0.036 0.000 0.964
#> GSM98793 3 0.2537 0.84575 0.080 0.000 0.920
#> GSM98794 3 0.2356 0.84925 0.072 0.000 0.928
#> GSM98795 1 0.0592 0.86157 0.988 0.000 0.012
#> GSM98796 1 0.1163 0.87080 0.972 0.000 0.028
#> GSM98797 1 0.4128 0.77252 0.856 0.132 0.012
#> GSM98798 2 0.5905 0.46153 0.352 0.648 0.000
#> GSM98799 3 0.5363 0.59204 0.000 0.276 0.724
#> GSM98800 3 0.5416 0.76336 0.080 0.100 0.820
#> GSM98801 1 0.1647 0.85405 0.960 0.004 0.036
#> GSM94019 3 0.5319 0.77731 0.072 0.104 0.824
#> GSM94020 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94021 1 0.5529 0.66955 0.704 0.000 0.296
#> GSM94022 1 0.2066 0.86339 0.940 0.000 0.060
#> GSM94023 3 0.2261 0.84070 0.068 0.000 0.932
#> GSM94024 3 0.6026 0.33722 0.376 0.000 0.624
#> GSM94025 3 0.6274 0.00903 0.456 0.000 0.544
#> GSM94026 1 0.2152 0.84879 0.948 0.016 0.036
#> GSM94027 1 0.4062 0.81160 0.836 0.000 0.164
#> GSM94028 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 1 0.3116 0.84528 0.892 0.000 0.108
#> GSM94030 3 0.6026 0.33762 0.376 0.000 0.624
#> GSM94031 2 0.1453 0.91203 0.008 0.968 0.024
#> GSM94032 1 0.1411 0.85601 0.964 0.000 0.036
#> GSM94033 2 0.1163 0.91726 0.000 0.972 0.028
#> GSM94034 1 0.4346 0.79119 0.816 0.000 0.184
#> GSM94035 2 0.2173 0.90452 0.008 0.944 0.048
#> GSM94036 1 0.2066 0.86325 0.940 0.000 0.060
#> GSM94037 1 0.0747 0.87000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94038 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94039 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94040 1 0.2448 0.86260 0.924 0.000 0.076
#> GSM94041 3 0.1643 0.85292 0.044 0.000 0.956
#> GSM94042 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94043 3 0.4555 0.70438 0.000 0.200 0.800
#> GSM94044 3 0.4750 0.68200 0.000 0.216 0.784
#> GSM94045 1 0.0892 0.87043 0.980 0.000 0.020
#> GSM94046 1 0.0747 0.87000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94047 3 0.1163 0.85160 0.028 0.000 0.972
#> GSM94048 3 0.1860 0.85278 0.052 0.000 0.948
#> GSM94049 3 0.5254 0.63853 0.264 0.000 0.736
#> GSM94050 1 0.4504 0.78185 0.804 0.000 0.196
#> GSM94051 1 0.5254 0.63118 0.736 0.000 0.264
#> GSM94052 1 0.3752 0.81716 0.856 0.000 0.144
#> GSM94053 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0424 0.86784 0.992 0.000 0.008
#> GSM94055 1 0.3340 0.84558 0.880 0.000 0.120
#> GSM94056 1 0.6244 0.17585 0.560 0.000 0.440
#> GSM94057 2 0.0424 0.92561 0.008 0.992 0.000
#> GSM94058 3 0.4702 0.72889 0.212 0.000 0.788
#> GSM94059 1 0.1031 0.86455 0.976 0.000 0.024
#> GSM94060 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.1860 0.87018 0.948 0.000 0.052
#> GSM94062 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1163 0.85022 0.028 0.000 0.972
#> GSM94064 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.1964 0.86976 0.944 0.000 0.056
#> GSM94066 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94067 1 0.1031 0.87105 0.976 0.000 0.024
#> GSM94068 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM94069 1 0.3267 0.84656 0.884 0.000 0.116
#> GSM94070 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.2878 0.85766 0.904 0.000 0.096
#> GSM94072 3 0.2537 0.84650 0.080 0.000 0.920
#> GSM94073 3 0.4178 0.77355 0.172 0.000 0.828
#> GSM94074 1 0.5835 0.56320 0.660 0.000 0.340
#> GSM94075 3 0.4178 0.77757 0.172 0.000 0.828
#> GSM94155 1 0.1031 0.86455 0.976 0.000 0.024
#> GSM94156 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0892 0.86379 0.980 0.000 0.020
#> GSM94160 1 0.0592 0.86849 0.988 0.000 0.012
#> GSM94161 3 0.4178 0.78244 0.172 0.000 0.828
#> GSM94162 1 0.5733 0.60934 0.676 0.000 0.324
#> GSM94163 2 0.5178 0.63519 0.000 0.744 0.256
#> GSM94164 3 0.2537 0.84712 0.080 0.000 0.920
#> GSM94165 1 0.2537 0.86352 0.920 0.000 0.080
#> GSM94166 1 0.1529 0.86612 0.960 0.000 0.040
#> GSM94167 3 0.5254 0.60415 0.000 0.264 0.736
#> GSM94168 1 0.6008 0.46577 0.628 0.000 0.372
#> GSM94169 3 0.2165 0.84802 0.064 0.000 0.936
#> GSM94170 1 0.0424 0.86784 0.992 0.000 0.008
#> GSM94171 3 0.3192 0.82507 0.112 0.000 0.888
#> GSM94172 1 0.1643 0.87115 0.956 0.000 0.044
#> GSM94173 2 0.1170 0.91943 0.008 0.976 0.016
#> GSM94174 3 0.2711 0.83951 0.088 0.000 0.912
#> GSM94175 3 0.2063 0.83109 0.008 0.044 0.948
#> GSM94176 1 0.2878 0.85251 0.904 0.000 0.096
#> GSM94177 3 0.6168 0.35612 0.412 0.000 0.588
#> GSM94178 2 0.0892 0.92238 0.000 0.980 0.020
#> GSM98767 3 0.4796 0.72192 0.220 0.000 0.780
#> GSM98768 1 0.2066 0.86834 0.940 0.000 0.060
#> GSM98769 1 0.1411 0.86856 0.964 0.000 0.036
#> GSM98770 1 0.2448 0.86260 0.924 0.000 0.076
#> GSM98771 2 0.5650 0.52815 0.000 0.688 0.312
#> GSM98772 3 0.4887 0.71978 0.228 0.000 0.772
#> GSM98773 3 0.5465 0.54557 0.288 0.000 0.712
#> GSM98774 3 0.2066 0.85221 0.060 0.000 0.940
#> GSM98775 1 0.5178 0.71187 0.744 0.000 0.256
#> GSM98776 3 0.2711 0.83798 0.088 0.000 0.912
#> GSM98777 3 0.1163 0.85022 0.028 0.000 0.972
#> GSM98778 1 0.4555 0.77862 0.800 0.000 0.200
#> GSM98779 1 0.3551 0.83705 0.868 0.000 0.132
#> GSM98780 1 0.1163 0.87040 0.972 0.000 0.028
#> GSM98781 1 0.0892 0.87025 0.980 0.000 0.020
#> GSM98782 1 0.1411 0.87106 0.964 0.000 0.036
#> GSM98783 1 0.4291 0.80128 0.820 0.000 0.180
#> GSM98784 1 0.1411 0.87137 0.964 0.000 0.036
#> GSM98871 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
#> GSM98872 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.3989 0.81521 0.124 0.864 0.012
#> GSM98874 2 0.0000 0.92875 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0237 0.92881 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 4 0.3164 0.67795 0.052 0.000 0.064 0.884
#> GSM94077 4 0.3311 0.62103 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM94078 4 0.0817 0.71308 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94079 3 0.3494 0.64462 0.004 0.000 0.824 0.172
#> GSM94080 2 0.0188 0.90878 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94081 3 0.3402 0.64705 0.004 0.000 0.832 0.164
#> GSM94082 4 0.1557 0.70614 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM94083 3 0.4872 0.50277 0.004 0.000 0.640 0.356
#> GSM94084 4 0.6770 0.28906 0.000 0.140 0.268 0.592
#> GSM94085 3 0.5016 0.41715 0.000 0.004 0.600 0.396
#> GSM94086 3 0.1305 0.60645 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM94087 1 0.4761 0.70885 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM94088 4 0.1302 0.70944 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM94089 4 0.0927 0.71305 0.000 0.008 0.016 0.976
#> GSM94090 2 0.0336 0.90982 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94091 1 0.3751 0.38177 0.800 0.000 0.004 0.196
#> GSM94092 4 0.0817 0.71273 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94093 1 0.3873 0.68487 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM94094 3 0.3942 0.61291 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM94095 3 0.3266 0.64624 0.000 0.000 0.832 0.168
#> GSM94096 4 0.2760 0.65517 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM94097 1 0.4697 0.70922 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM94098 3 0.4872 0.49438 0.004 0.000 0.640 0.356
#> GSM94099 4 0.1557 0.70655 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM94100 1 0.5977 -0.19764 0.528 0.040 0.432 0.000
#> GSM94101 4 0.4636 0.58774 0.000 0.068 0.140 0.792
#> GSM94102 3 0.1867 0.51178 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM94103 4 0.4304 0.42954 0.000 0.000 0.284 0.716
#> GSM94104 3 0.6606 0.50139 0.000 0.224 0.624 0.152
#> GSM94105 3 0.1452 0.60624 0.008 0.000 0.956 0.036
#> GSM94106 3 0.7304 0.40536 0.000 0.260 0.532 0.208
#> GSM94107 3 0.4776 0.45662 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM94108 4 0.3554 0.65389 0.000 0.136 0.020 0.844
#> GSM94109 3 0.0937 0.57858 0.012 0.012 0.976 0.000
#> GSM94110 4 0.2149 0.68796 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM94111 3 0.6979 0.32406 0.404 0.100 0.492 0.004
#> GSM94112 2 0.0336 0.90982 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94113 4 0.1211 0.70901 0.000 0.000 0.040 0.960
#> GSM94114 3 0.1389 0.61699 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM94115 4 0.0657 0.71585 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM94116 4 0.1452 0.71397 0.008 0.000 0.036 0.956
#> GSM94117 3 0.4781 0.52386 0.004 0.000 0.660 0.336
#> GSM94118 4 0.5409 -0.22943 0.000 0.012 0.492 0.496
#> GSM94119 4 0.4399 0.60085 0.020 0.212 0.000 0.768
#> GSM94120 3 0.5163 0.24546 0.000 0.004 0.516 0.480
#> GSM94121 3 0.6686 0.47632 0.000 0.128 0.596 0.276
#> GSM94122 2 0.1398 0.88852 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM94123 1 0.4522 0.70767 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM94124 4 0.5294 -0.19768 0.000 0.008 0.484 0.508
#> GSM94125 2 0.0336 0.90982 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94126 3 0.4353 0.07814 0.232 0.000 0.756 0.012
#> GSM94127 1 0.7648 0.51980 0.436 0.000 0.348 0.216
#> GSM94128 3 0.3215 0.59218 0.092 0.000 0.876 0.032
#> GSM94129 4 0.2281 0.67935 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM94130 1 0.0336 0.57787 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94131 1 0.7558 0.51434 0.480 0.000 0.296 0.224
#> GSM94132 1 0.7789 0.34204 0.400 0.000 0.248 0.352
#> GSM94133 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94134 1 0.5151 0.67467 0.532 0.000 0.464 0.004
#> GSM94135 4 0.2149 0.68863 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM94136 1 0.5277 0.67290 0.532 0.000 0.460 0.008
#> GSM94137 3 0.4761 0.47394 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM94138 1 0.7261 0.37267 0.500 0.000 0.160 0.340
#> GSM94139 4 0.5097 0.24310 0.000 0.428 0.004 0.568
#> GSM94140 1 0.0188 0.58017 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94141 1 0.0376 0.57772 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94142 1 0.4040 0.69156 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM94143 4 0.5395 0.47969 0.352 0.016 0.004 0.628
#> GSM94144 1 0.1305 0.56854 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM94145 1 0.4855 0.70789 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM94146 1 0.4967 0.67891 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM94147 1 0.1305 0.56815 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM94148 1 0.7802 0.40914 0.420 0.000 0.276 0.304
#> GSM98785 4 0.3755 0.65745 0.144 0.008 0.012 0.836
#> GSM98786 4 0.5112 0.50246 0.340 0.004 0.008 0.648
#> GSM98787 3 0.1109 0.57425 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM98788 4 0.1940 0.69621 0.000 0.000 0.076 0.924
#> GSM98789 1 0.1930 0.54796 0.936 0.004 0.004 0.056
#> GSM98790 2 0.8596 0.20981 0.336 0.380 0.252 0.032
#> GSM98791 1 0.4925 0.69590 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM98792 4 0.2149 0.69063 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM98793 4 0.1510 0.71595 0.028 0.000 0.016 0.956
#> GSM98794 4 0.3497 0.66063 0.036 0.000 0.104 0.860
#> GSM98795 1 0.2647 0.64442 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM98796 1 0.4804 0.70840 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM98797 1 0.5281 -0.33948 0.528 0.464 0.000 0.008
#> GSM98798 2 0.1624 0.88729 0.028 0.952 0.020 0.000
#> GSM98799 4 0.5183 0.27492 0.008 0.408 0.000 0.584
#> GSM98800 4 0.5268 0.48429 0.348 0.012 0.004 0.636
#> GSM98801 1 0.2081 0.56389 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM94019 3 0.7082 0.38957 0.136 0.004 0.556 0.304
#> GSM94020 2 0.0000 0.90974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 3 0.6950 0.16394 0.272 0.000 0.572 0.156
#> GSM94022 3 0.1022 0.55996 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM94023 3 0.4730 0.47879 0.000 0.000 0.636 0.364
#> GSM94024 3 0.3837 0.61819 0.000 0.000 0.776 0.224
#> GSM94025 3 0.4855 0.47142 0.004 0.000 0.644 0.352
#> GSM94026 1 0.5938 -0.31638 0.484 0.036 0.480 0.000
#> GSM94027 3 0.4908 -0.15093 0.292 0.000 0.692 0.016
#> GSM94028 2 0.0336 0.90982 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94029 3 0.1118 0.55654 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM94030 3 0.4776 0.47418 0.000 0.000 0.624 0.376
#> GSM94031 2 0.4998 0.12178 0.000 0.512 0.488 0.000
#> GSM94032 3 0.4916 -0.38750 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM94033 2 0.5159 0.41324 0.000 0.624 0.364 0.012
#> GSM94034 3 0.1356 0.60143 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM94035 3 0.8518 0.14256 0.168 0.312 0.464 0.056
#> GSM94036 3 0.0895 0.57055 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM94037 1 0.5132 0.68336 0.548 0.000 0.448 0.004
#> GSM94038 2 0.0336 0.90982 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.90974 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.4981 0.67416 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM94041 4 0.1209 0.71373 0.004 0.000 0.032 0.964
#> GSM94042 2 0.3166 0.82432 0.116 0.868 0.000 0.016
#> GSM94043 4 0.5288 0.13672 0.000 0.472 0.008 0.520
#> GSM94044 4 0.4228 0.59302 0.008 0.232 0.000 0.760
#> GSM94045 1 0.4955 0.68712 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM94046 1 0.4972 0.67853 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM94047 4 0.0967 0.71468 0.016 0.004 0.004 0.976
#> GSM94048 4 0.1174 0.71566 0.012 0.000 0.020 0.968
#> GSM94049 4 0.6158 0.37358 0.088 0.000 0.272 0.640
#> GSM94050 1 0.7006 0.63912 0.528 0.000 0.340 0.132
#> GSM94051 1 0.1978 0.54792 0.928 0.000 0.004 0.068
#> GSM94052 1 0.5339 0.69277 0.688 0.000 0.272 0.040
#> GSM94053 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94054 1 0.4730 0.70886 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM94055 1 0.5080 0.70076 0.576 0.000 0.420 0.004
#> GSM94056 1 0.2831 0.49927 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM94057 2 0.0592 0.90621 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM94058 4 0.7544 0.03657 0.292 0.000 0.224 0.484
#> GSM94059 1 0.2081 0.63025 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM94060 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94061 1 0.5408 0.70169 0.576 0.000 0.408 0.016
#> GSM94062 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94063 4 0.0657 0.71508 0.012 0.000 0.004 0.984
#> GSM94064 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94065 1 0.5229 0.69500 0.564 0.000 0.428 0.008
#> GSM94066 2 0.0804 0.90279 0.008 0.980 0.000 0.012
#> GSM94067 1 0.4830 0.70764 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM94068 2 0.0804 0.90279 0.008 0.980 0.000 0.012
#> GSM94069 1 0.5147 0.67263 0.536 0.000 0.460 0.004
#> GSM94070 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94071 1 0.4855 0.70675 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM94072 4 0.6592 0.38638 0.260 0.000 0.128 0.612
#> GSM94073 4 0.3870 0.63752 0.208 0.000 0.004 0.788
#> GSM94074 1 0.6737 0.63665 0.488 0.000 0.420 0.092
#> GSM94075 4 0.7627 -0.00581 0.292 0.000 0.240 0.468
#> GSM94155 1 0.0921 0.59834 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94156 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94157 1 0.1792 0.62041 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM94160 1 0.4643 0.71030 0.656 0.000 0.344 0.000
#> GSM94161 4 0.7497 0.08805 0.280 0.000 0.224 0.496
#> GSM94162 3 0.7714 -0.27591 0.260 0.000 0.448 0.292
#> GSM94163 2 0.2271 0.85908 0.008 0.916 0.000 0.076
#> GSM94164 4 0.4388 0.61304 0.132 0.000 0.060 0.808
#> GSM94165 1 0.4948 0.69076 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM94166 1 0.0336 0.58327 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94167 4 0.5682 0.14177 0.024 0.456 0.000 0.520
#> GSM94168 4 0.7881 -0.27168 0.320 0.000 0.296 0.384
#> GSM94169 4 0.2048 0.70684 0.064 0.000 0.008 0.928
#> GSM94170 1 0.4661 0.70987 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM94171 4 0.6025 0.46425 0.140 0.000 0.172 0.688
#> GSM94172 1 0.4948 0.69076 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM94173 2 0.4868 0.63116 0.304 0.684 0.000 0.012
#> GSM94174 4 0.2053 0.70325 0.072 0.000 0.004 0.924
#> GSM94175 4 0.3632 0.64934 0.156 0.008 0.004 0.832
#> GSM94176 1 0.5681 0.63534 0.704 0.000 0.208 0.088
#> GSM94177 1 0.4632 0.16396 0.688 0.000 0.004 0.308
#> GSM94178 2 0.2699 0.85533 0.028 0.904 0.000 0.068
#> GSM98767 4 0.4978 0.48604 0.384 0.000 0.004 0.612
#> GSM98768 1 0.6523 0.59466 0.636 0.000 0.208 0.156
#> GSM98769 1 0.1398 0.60551 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM98770 1 0.4981 0.67416 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM98771 2 0.1716 0.87030 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM98772 4 0.6141 0.37617 0.300 0.000 0.076 0.624
#> GSM98773 3 0.4837 0.51183 0.004 0.000 0.648 0.348
#> GSM98774 4 0.2060 0.71114 0.016 0.000 0.052 0.932
#> GSM98775 1 0.6668 0.66040 0.528 0.000 0.380 0.092
#> GSM98776 4 0.1510 0.71697 0.028 0.000 0.016 0.956
#> GSM98777 4 0.1675 0.71006 0.044 0.004 0.004 0.948
#> GSM98778 3 0.1833 0.57459 0.032 0.000 0.944 0.024
#> GSM98779 1 0.5151 0.67128 0.532 0.000 0.464 0.004
#> GSM98780 1 0.4855 0.71265 0.644 0.000 0.352 0.004
#> GSM98781 1 0.4804 0.70169 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM98782 1 0.4866 0.70542 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM98783 1 0.5594 0.65321 0.520 0.000 0.460 0.020
#> GSM98784 1 0.4761 0.71018 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM98871 2 0.0188 0.90878 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98872 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM98873 2 0.4955 0.25664 0.000 0.556 0.444 0.000
#> GSM98874 2 0.0188 0.91045 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM98875 2 0.0188 0.90878 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 4 0.5043 0.20386 0.356 0.000 0.044 0.600 0.000
#> GSM94077 4 0.4367 0.34445 0.004 0.000 0.416 0.580 0.000
#> GSM94078 4 0.3849 0.55949 0.000 0.000 0.232 0.752 0.016
#> GSM94079 3 0.5510 0.24830 0.380 0.000 0.548 0.072 0.000
#> GSM94080 2 0.0609 0.92675 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94081 3 0.1753 0.78451 0.032 0.000 0.936 0.032 0.000
#> GSM94082 4 0.3999 0.48270 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM94083 4 0.6588 0.21716 0.208 0.000 0.396 0.396 0.000
#> GSM94084 3 0.5487 0.45413 0.000 0.100 0.620 0.280 0.000
#> GSM94085 3 0.0992 0.76994 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM94086 3 0.2573 0.78282 0.104 0.000 0.880 0.016 0.000
#> GSM94087 5 0.4823 0.56313 0.316 0.000 0.040 0.000 0.644
#> GSM94088 4 0.3381 0.59259 0.016 0.000 0.176 0.808 0.000
#> GSM94089 4 0.4126 0.56992 0.000 0.056 0.156 0.784 0.004
#> GSM94090 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.2813 0.76442 0.000 0.000 0.084 0.040 0.876
#> GSM94092 4 0.2563 0.61598 0.008 0.000 0.120 0.872 0.000
#> GSM94093 5 0.3749 0.75382 0.080 0.000 0.104 0.000 0.816
#> GSM94094 3 0.2519 0.77956 0.016 0.000 0.884 0.100 0.000
#> GSM94095 3 0.1800 0.78405 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> GSM94096 4 0.4273 0.26280 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM94097 5 0.3883 0.71686 0.184 0.000 0.036 0.000 0.780
#> GSM94098 3 0.5917 0.32306 0.132 0.000 0.564 0.304 0.000
#> GSM94099 4 0.4035 0.61495 0.060 0.000 0.156 0.784 0.000
#> GSM94100 5 0.4748 0.36984 0.016 0.004 0.384 0.000 0.596
#> GSM94101 3 0.5663 0.17358 0.000 0.080 0.508 0.412 0.000
#> GSM94102 3 0.4989 0.56407 0.296 0.000 0.648 0.000 0.056
#> GSM94103 4 0.4210 0.27432 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> GSM94104 3 0.2144 0.77039 0.000 0.068 0.912 0.020 0.000
#> GSM94105 3 0.3922 0.74331 0.180 0.000 0.780 0.040 0.000
#> GSM94106 3 0.2676 0.77886 0.000 0.036 0.884 0.080 0.000
#> GSM94107 3 0.4522 0.65872 0.044 0.000 0.708 0.248 0.000
#> GSM94108 4 0.6295 0.37036 0.000 0.164 0.248 0.576 0.012
#> GSM94109 3 0.2583 0.77023 0.132 0.004 0.864 0.000 0.000
#> GSM94110 4 0.4171 0.33246 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> GSM94111 5 0.4171 0.31403 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> GSM94112 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.2707 0.59845 0.008 0.000 0.132 0.860 0.000
#> GSM94114 3 0.2871 0.78816 0.088 0.000 0.872 0.040 0.000
#> GSM94115 4 0.2304 0.61405 0.100 0.000 0.008 0.892 0.000
#> GSM94116 4 0.4525 0.20451 0.000 0.000 0.360 0.624 0.016
#> GSM94117 4 0.6547 0.34691 0.232 0.000 0.296 0.472 0.000
#> GSM94118 3 0.3636 0.69785 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM94119 4 0.5225 -0.09262 0.000 0.456 0.028 0.508 0.008
#> GSM94120 3 0.3452 0.72318 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM94121 3 0.3163 0.76450 0.000 0.012 0.824 0.164 0.000
#> GSM94122 2 0.4666 0.56969 0.000 0.676 0.284 0.040 0.000
#> GSM94123 1 0.5823 0.43375 0.612 0.000 0.112 0.008 0.268
#> GSM94124 3 0.2179 0.72875 0.000 0.004 0.896 0.100 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0693 0.74979 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> GSM94127 1 0.4748 0.65204 0.728 0.000 0.100 0.172 0.000
#> GSM94128 3 0.4312 0.77345 0.048 0.000 0.804 0.104 0.044
#> GSM94129 4 0.4307 0.11026 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> GSM94130 5 0.0290 0.78497 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM94131 1 0.4276 0.48807 0.616 0.000 0.004 0.380 0.000
#> GSM94132 4 0.6886 0.00815 0.380 0.000 0.156 0.440 0.024
#> GSM94133 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1408 0.74901 0.948 0.000 0.008 0.044 0.000
#> GSM94135 4 0.2605 0.58606 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM94136 1 0.1697 0.74724 0.932 0.000 0.008 0.060 0.000
#> GSM94137 3 0.2719 0.75864 0.004 0.000 0.852 0.144 0.000
#> GSM94138 1 0.4359 0.43388 0.584 0.000 0.004 0.412 0.000
#> GSM94139 4 0.6150 0.31797 0.000 0.224 0.176 0.592 0.008
#> GSM94140 5 0.1012 0.78874 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> GSM94141 5 0.2110 0.78337 0.016 0.000 0.072 0.000 0.912
#> GSM94142 5 0.5839 0.40237 0.324 0.000 0.116 0.000 0.560
#> GSM94143 5 0.4242 0.24431 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM94144 5 0.1981 0.77771 0.028 0.000 0.000 0.048 0.924
#> GSM94145 1 0.4616 0.70118 0.776 0.000 0.128 0.028 0.068
#> GSM94146 1 0.1628 0.71800 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> GSM94147 5 0.2193 0.77336 0.028 0.000 0.000 0.060 0.912
#> GSM94148 1 0.5116 0.27259 0.508 0.000 0.028 0.460 0.004
#> GSM98785 4 0.6005 0.26881 0.000 0.000 0.156 0.568 0.276
#> GSM98786 4 0.4359 0.14967 0.000 0.000 0.004 0.584 0.412
#> GSM98787 3 0.1753 0.76257 0.032 0.000 0.936 0.000 0.032
#> GSM98788 4 0.3399 0.56802 0.168 0.000 0.020 0.812 0.000
#> GSM98789 5 0.0703 0.77735 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM98790 5 0.5709 0.29666 0.000 0.008 0.356 0.072 0.564
#> GSM98791 1 0.1419 0.75219 0.956 0.000 0.016 0.016 0.012
#> GSM98792 4 0.4670 0.61170 0.076 0.000 0.200 0.724 0.000
#> GSM98793 4 0.3010 0.55443 0.172 0.000 0.004 0.824 0.000
#> GSM98794 4 0.4390 -0.03261 0.428 0.000 0.004 0.568 0.000
#> GSM98795 5 0.2723 0.77083 0.124 0.000 0.012 0.000 0.864
#> GSM98796 1 0.1502 0.72216 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> GSM98797 5 0.0865 0.78295 0.004 0.024 0.000 0.000 0.972
#> GSM98798 2 0.1756 0.89971 0.016 0.940 0.036 0.000 0.008
#> GSM98799 2 0.4920 0.36296 0.000 0.568 0.016 0.408 0.008
#> GSM98800 5 0.4341 0.30713 0.000 0.000 0.004 0.404 0.592
#> GSM98801 5 0.2597 0.77570 0.040 0.004 0.060 0.000 0.896
#> GSM94019 3 0.4069 0.75129 0.000 0.000 0.792 0.112 0.096
#> GSM94020 2 0.0290 0.93096 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94021 1 0.4197 0.62203 0.728 0.000 0.028 0.244 0.000
#> GSM94022 3 0.1952 0.75956 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> GSM94023 3 0.3381 0.75381 0.016 0.000 0.808 0.176 0.000
#> GSM94024 3 0.1469 0.77796 0.016 0.000 0.948 0.036 0.000
#> GSM94025 1 0.5415 0.34487 0.552 0.000 0.064 0.384 0.000
#> GSM94026 5 0.3990 0.50597 0.004 0.000 0.308 0.000 0.688
#> GSM94027 1 0.0510 0.74860 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3789 0.68469 0.224 0.000 0.760 0.000 0.016
#> GSM94030 3 0.3849 0.71543 0.016 0.000 0.752 0.232 0.000
#> GSM94031 3 0.3715 0.63898 0.000 0.260 0.736 0.004 0.000
#> GSM94032 5 0.6208 0.28580 0.144 0.000 0.376 0.000 0.480
#> GSM94033 3 0.4119 0.67638 0.000 0.212 0.752 0.036 0.000
#> GSM94034 3 0.4587 0.71830 0.204 0.000 0.728 0.068 0.000
#> GSM94035 3 0.5157 0.69799 0.000 0.024 0.728 0.092 0.156
#> GSM94036 3 0.3812 0.73417 0.204 0.000 0.772 0.024 0.000
#> GSM94037 1 0.1682 0.74737 0.940 0.000 0.004 0.044 0.012
#> GSM94038 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0162 0.74900 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94041 4 0.3400 0.59698 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000
#> GSM94042 2 0.3142 0.85422 0.000 0.864 0.004 0.056 0.076
#> GSM94043 2 0.2605 0.82497 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM94044 4 0.4300 -0.10892 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM94045 1 0.0854 0.74836 0.976 0.000 0.004 0.008 0.012
#> GSM94046 1 0.0727 0.74742 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM94047 4 0.0955 0.63516 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> GSM94048 4 0.3010 0.55645 0.172 0.000 0.004 0.824 0.000
#> GSM94049 1 0.4787 0.33198 0.548 0.000 0.020 0.432 0.000
#> GSM94050 1 0.3662 0.63286 0.744 0.000 0.004 0.252 0.000
#> GSM94051 5 0.1205 0.77620 0.004 0.000 0.000 0.040 0.956
#> GSM94052 1 0.6957 0.56158 0.588 0.000 0.096 0.148 0.168
#> GSM94053 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4063 0.36897 0.708 0.000 0.012 0.000 0.280
#> GSM94055 1 0.3951 0.71546 0.812 0.000 0.128 0.044 0.016
#> GSM94056 5 0.3798 0.74378 0.008 0.000 0.100 0.068 0.824
#> GSM94057 2 0.0162 0.93136 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.4574 0.39456 0.576 0.000 0.012 0.412 0.000
#> GSM94059 5 0.2074 0.78413 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM94060 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.2891 0.70082 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.0290 0.62907 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94064 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.1270 0.75056 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> GSM94066 2 0.0510 0.92852 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94067 1 0.4194 0.62681 0.780 0.000 0.088 0.000 0.132
#> GSM94068 2 0.0162 0.93221 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94069 1 0.1205 0.74981 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.3113 0.74265 0.876 0.000 0.064 0.036 0.024
#> GSM94072 1 0.6531 0.15266 0.432 0.000 0.168 0.396 0.004
#> GSM94073 4 0.3370 0.58129 0.148 0.000 0.000 0.824 0.028
#> GSM94074 1 0.2358 0.73157 0.888 0.000 0.008 0.104 0.000
#> GSM94075 1 0.5375 0.41072 0.568 0.000 0.064 0.368 0.000
#> GSM94155 5 0.1914 0.79145 0.060 0.000 0.016 0.000 0.924
#> GSM94156 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 5 0.1671 0.78966 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> GSM94160 1 0.3970 0.50568 0.744 0.000 0.020 0.000 0.236
#> GSM94161 4 0.6562 -0.04578 0.392 0.000 0.156 0.444 0.008
#> GSM94162 1 0.6326 0.46423 0.572 0.000 0.168 0.248 0.012
#> GSM94163 2 0.3129 0.81783 0.000 0.832 0.008 0.156 0.004
#> GSM94164 4 0.4225 0.16533 0.364 0.000 0.004 0.632 0.000
#> GSM94165 1 0.0609 0.75128 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94166 5 0.2609 0.78288 0.068 0.000 0.028 0.008 0.896
#> GSM94167 4 0.5311 0.10512 0.000 0.396 0.012 0.560 0.032
#> GSM94168 1 0.4555 0.29411 0.520 0.000 0.008 0.472 0.000
#> GSM94169 4 0.2206 0.63038 0.068 0.000 0.004 0.912 0.016
#> GSM94170 1 0.5195 0.00662 0.536 0.000 0.044 0.000 0.420
#> GSM94171 1 0.5227 0.26186 0.508 0.000 0.044 0.448 0.000
#> GSM94172 1 0.0162 0.75021 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94173 2 0.3395 0.68398 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM94174 4 0.2411 0.60910 0.108 0.000 0.000 0.884 0.008
#> GSM94175 4 0.4106 0.43975 0.000 0.000 0.020 0.724 0.256
#> GSM94176 1 0.5002 0.50929 0.612 0.000 0.000 0.344 0.044
#> GSM94177 4 0.5689 0.09617 0.080 0.000 0.000 0.480 0.440
#> GSM94178 2 0.2390 0.88142 0.000 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM98767 4 0.4266 0.58314 0.120 0.000 0.000 0.776 0.104
#> GSM98768 1 0.4718 0.51553 0.628 0.000 0.000 0.344 0.028
#> GSM98769 5 0.1059 0.78847 0.020 0.000 0.004 0.008 0.968
#> GSM98770 1 0.0290 0.75088 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM98771 2 0.3086 0.78672 0.000 0.816 0.004 0.180 0.000
#> GSM98772 4 0.4451 -0.24945 0.492 0.000 0.004 0.504 0.000
#> GSM98773 4 0.6503 0.19980 0.332 0.000 0.204 0.464 0.000
#> GSM98774 4 0.4082 0.59930 0.036 0.000 0.164 0.788 0.012
#> GSM98775 1 0.4826 0.67078 0.736 0.000 0.144 0.116 0.004
#> GSM98776 4 0.3088 0.56558 0.164 0.000 0.004 0.828 0.004
#> GSM98777 4 0.1043 0.62310 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM98778 1 0.3336 0.64784 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0727 0.74945 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> GSM98780 1 0.1741 0.74577 0.936 0.000 0.000 0.024 0.040
#> GSM98781 5 0.5100 0.18698 0.448 0.000 0.036 0.000 0.516
#> GSM98782 1 0.0912 0.75113 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM98783 1 0.1502 0.74686 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> GSM98784 1 0.4049 0.64286 0.792 0.000 0.084 0.000 0.124
#> GSM98871 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.3584 0.79789 0.056 0.832 0.108 0.004 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.93328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0510 0.92852 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 4 0.5103 0.43392 0.276 0.000 0.000 0.604 0.000 0.120
#> GSM94077 6 0.5073 -0.22687 0.028 0.000 0.472 0.028 0.000 0.472
#> GSM94078 6 0.5231 0.20234 0.000 0.004 0.252 0.132 0.000 0.612
#> GSM94079 3 0.5188 0.01716 0.412 0.000 0.512 0.008 0.000 0.068
#> GSM94080 2 0.0713 0.91157 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94081 3 0.1268 0.73535 0.008 0.000 0.952 0.000 0.004 0.036
#> GSM94082 3 0.4758 0.17070 0.000 0.000 0.476 0.048 0.000 0.476
#> GSM94083 3 0.4209 0.64322 0.112 0.000 0.780 0.052 0.000 0.056
#> GSM94084 3 0.3535 0.62238 0.000 0.008 0.760 0.012 0.000 0.220
#> GSM94085 3 0.0937 0.73398 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94086 3 0.1988 0.73626 0.024 0.000 0.920 0.004 0.004 0.048
#> GSM94087 1 0.5630 0.10324 0.516 0.000 0.028 0.008 0.392 0.056
#> GSM94088 4 0.6192 0.11426 0.008 0.000 0.316 0.432 0.000 0.244
#> GSM94089 4 0.7227 -0.06592 0.000 0.088 0.260 0.328 0.000 0.324
#> GSM94090 2 0.0363 0.91645 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94091 5 0.3982 0.40284 0.000 0.000 0.004 0.000 0.536 0.460
#> GSM94092 4 0.5417 0.31698 0.000 0.000 0.244 0.576 0.000 0.180
#> GSM94093 5 0.6161 0.18292 0.216 0.000 0.004 0.004 0.436 0.340
#> GSM94094 3 0.0146 0.73704 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0508 0.73637 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM94096 3 0.4464 0.56195 0.000 0.004 0.676 0.056 0.000 0.264
#> GSM94097 5 0.5242 0.52923 0.284 0.000 0.024 0.008 0.628 0.056
#> GSM94098 3 0.3208 0.69911 0.040 0.000 0.832 0.120 0.000 0.008
#> GSM94099 6 0.6759 0.02164 0.036 0.000 0.296 0.312 0.000 0.356
#> GSM94100 5 0.3314 0.71763 0.000 0.000 0.112 0.008 0.828 0.052
#> GSM94101 3 0.4179 0.61059 0.000 0.012 0.736 0.048 0.000 0.204
#> GSM94102 3 0.6261 0.51368 0.188 0.000 0.600 0.008 0.084 0.120
#> GSM94103 3 0.4580 0.40484 0.004 0.000 0.608 0.348 0.000 0.040
#> GSM94104 3 0.0458 0.73611 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94105 3 0.3654 0.68955 0.100 0.000 0.808 0.004 0.004 0.084
#> GSM94106 3 0.0363 0.73637 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94107 3 0.4759 0.51934 0.028 0.000 0.656 0.280 0.000 0.036
#> GSM94108 3 0.6949 0.23018 0.000 0.136 0.440 0.116 0.000 0.308
#> GSM94109 3 0.1850 0.73228 0.000 0.000 0.924 0.008 0.016 0.052
#> GSM94110 3 0.4285 0.50452 0.000 0.000 0.644 0.036 0.000 0.320
#> GSM94111 5 0.3339 0.70074 0.000 0.000 0.144 0.012 0.816 0.028
#> GSM94112 2 0.0260 0.91659 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94113 4 0.3578 0.55872 0.000 0.000 0.164 0.784 0.000 0.052
#> GSM94114 3 0.1554 0.73659 0.008 0.000 0.940 0.004 0.004 0.044
#> GSM94115 4 0.2474 0.67296 0.040 0.000 0.000 0.880 0.000 0.080
#> GSM94116 3 0.4257 0.64163 0.000 0.000 0.728 0.204 0.008 0.060
#> GSM94117 3 0.5243 0.43809 0.092 0.000 0.616 0.276 0.000 0.016
#> GSM94118 3 0.4229 0.24333 0.000 0.000 0.548 0.436 0.000 0.016
#> GSM94119 2 0.4756 0.66060 0.000 0.672 0.000 0.128 0.000 0.200
#> GSM94120 3 0.3509 0.64220 0.000 0.000 0.744 0.240 0.000 0.016
#> GSM94121 3 0.0632 0.73753 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94122 2 0.5938 0.21526 0.000 0.460 0.280 0.000 0.000 0.260
#> GSM94123 6 0.4591 0.04868 0.464 0.000 0.000 0.000 0.036 0.500
#> GSM94124 3 0.2146 0.70588 0.000 0.000 0.880 0.004 0.000 0.116
#> GSM94125 2 0.0260 0.91659 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94126 1 0.2151 0.66619 0.904 0.000 0.008 0.016 0.000 0.072
#> GSM94127 1 0.4127 0.43549 0.680 0.000 0.000 0.036 0.000 0.284
#> GSM94128 3 0.3778 0.70383 0.008 0.000 0.812 0.020 0.048 0.112
#> GSM94129 3 0.3652 0.66798 0.000 0.000 0.768 0.044 0.000 0.188
#> GSM94130 5 0.1245 0.76029 0.000 0.000 0.000 0.016 0.952 0.032
#> GSM94131 4 0.4118 0.50211 0.312 0.000 0.000 0.660 0.000 0.028
#> GSM94132 6 0.4916 0.20663 0.396 0.000 0.000 0.048 0.008 0.548
#> GSM94133 2 0.0260 0.91659 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94134 1 0.2857 0.66441 0.856 0.000 0.000 0.072 0.000 0.072
#> GSM94135 4 0.2537 0.64719 0.000 0.000 0.096 0.872 0.000 0.032
#> GSM94136 1 0.4333 0.57029 0.720 0.000 0.000 0.200 0.004 0.076
#> GSM94137 3 0.1483 0.73539 0.012 0.000 0.944 0.008 0.000 0.036
#> GSM94138 4 0.3746 0.63341 0.192 0.000 0.000 0.760 0.000 0.048
#> GSM94139 4 0.6435 0.33345 0.000 0.184 0.200 0.560 0.016 0.040
#> GSM94140 5 0.1327 0.75656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM94141 5 0.3217 0.66800 0.008 0.000 0.000 0.000 0.768 0.224
#> GSM94142 6 0.4855 0.21103 0.380 0.000 0.000 0.000 0.064 0.556
#> GSM94143 5 0.5076 0.53554 0.000 0.000 0.000 0.248 0.620 0.132
#> GSM94144 5 0.1838 0.75056 0.000 0.000 0.000 0.068 0.916 0.016
#> GSM94145 1 0.4279 0.09786 0.548 0.000 0.000 0.004 0.012 0.436
#> GSM94146 1 0.3416 0.61305 0.836 0.000 0.008 0.020 0.032 0.104
#> GSM94147 5 0.2949 0.70787 0.000 0.000 0.000 0.140 0.832 0.028
#> GSM94148 4 0.4718 0.47147 0.292 0.000 0.000 0.632 0.000 0.076
#> GSM98785 6 0.3903 0.35014 0.000 0.000 0.060 0.072 0.060 0.808
#> GSM98786 4 0.5480 0.19025 0.000 0.000 0.000 0.540 0.308 0.152
#> GSM98787 3 0.2271 0.72944 0.004 0.000 0.904 0.004 0.032 0.056
#> GSM98788 4 0.2103 0.68997 0.056 0.000 0.012 0.912 0.000 0.020
#> GSM98789 5 0.1802 0.75446 0.000 0.000 0.000 0.012 0.916 0.072
#> GSM98790 5 0.5157 0.17671 0.000 0.000 0.420 0.024 0.516 0.040
#> GSM98791 1 0.1838 0.66813 0.916 0.000 0.000 0.016 0.000 0.068
#> GSM98792 6 0.6607 -0.00188 0.044 0.000 0.184 0.384 0.000 0.388
#> GSM98793 4 0.1152 0.68899 0.044 0.000 0.000 0.952 0.000 0.004
#> GSM98794 4 0.3320 0.63189 0.212 0.000 0.000 0.772 0.000 0.016
#> GSM98795 5 0.1434 0.76228 0.020 0.000 0.000 0.008 0.948 0.024
#> GSM98796 1 0.1594 0.66323 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.052
#> GSM98797 5 0.1515 0.75831 0.000 0.008 0.000 0.020 0.944 0.028
#> GSM98798 2 0.4187 0.79533 0.036 0.816 0.036 0.008 0.044 0.060
#> GSM98799 2 0.5132 0.65430 0.000 0.664 0.016 0.132 0.000 0.188
#> GSM98800 5 0.5662 0.44057 0.000 0.000 0.000 0.196 0.524 0.280
#> GSM98801 5 0.2492 0.74681 0.004 0.000 0.020 0.008 0.888 0.080
#> GSM94019 3 0.5015 0.59753 0.000 0.000 0.700 0.072 0.176 0.052
#> GSM94020 2 0.0520 0.91535 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM94021 4 0.5565 0.35099 0.364 0.000 0.020 0.528 0.000 0.088
#> GSM94022 3 0.3801 0.65172 0.036 0.000 0.800 0.004 0.024 0.136
#> GSM94023 3 0.2823 0.73134 0.016 0.000 0.872 0.044 0.000 0.068
#> GSM94024 3 0.1124 0.73627 0.008 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036
#> GSM94025 1 0.4795 0.47310 0.660 0.000 0.020 0.268 0.000 0.052
#> GSM94026 5 0.2685 0.73464 0.000 0.000 0.080 0.004 0.872 0.044
#> GSM94027 1 0.0777 0.68437 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94028 2 0.0363 0.91645 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94029 3 0.4239 0.63039 0.176 0.000 0.756 0.008 0.016 0.044
#> GSM94030 4 0.6190 0.05831 0.032 0.000 0.384 0.476 0.012 0.096
#> GSM94031 3 0.3081 0.60505 0.000 0.220 0.776 0.000 0.000 0.004
#> GSM94032 5 0.5592 0.36320 0.056 0.000 0.344 0.008 0.560 0.032
#> GSM94033 3 0.2129 0.72634 0.000 0.056 0.904 0.000 0.000 0.040
#> GSM94034 3 0.6128 0.49912 0.232 0.000 0.592 0.048 0.012 0.116
#> GSM94035 3 0.6742 0.14491 0.000 0.008 0.440 0.188 0.324 0.040
#> GSM94036 3 0.6358 0.51915 0.204 0.000 0.596 0.032 0.044 0.124
#> GSM94037 1 0.3850 0.63003 0.800 0.000 0.000 0.084 0.020 0.096
#> GSM94038 2 0.0547 0.91425 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM94039 2 0.0146 0.91679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94040 1 0.0260 0.68286 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94041 4 0.3782 0.63394 0.096 0.000 0.000 0.780 0.000 0.124
#> GSM94042 2 0.1897 0.87937 0.000 0.908 0.000 0.004 0.004 0.084
#> GSM94043 2 0.2771 0.84397 0.000 0.852 0.000 0.032 0.000 0.116
#> GSM94044 2 0.3506 0.78310 0.000 0.792 0.000 0.156 0.000 0.052
#> GSM94045 1 0.2563 0.66463 0.880 0.000 0.000 0.040 0.004 0.076
#> GSM94046 1 0.2147 0.66394 0.896 0.000 0.000 0.020 0.000 0.084
#> GSM94047 4 0.1003 0.67564 0.004 0.000 0.000 0.964 0.004 0.028
#> GSM94048 4 0.2509 0.67634 0.088 0.000 0.000 0.876 0.000 0.036
#> GSM94049 4 0.4184 0.32864 0.408 0.000 0.000 0.576 0.000 0.016
#> GSM94050 1 0.3896 0.59155 0.748 0.000 0.000 0.196 0.000 0.056
#> GSM94051 5 0.1334 0.75986 0.000 0.000 0.000 0.032 0.948 0.020
#> GSM94052 6 0.4644 0.10655 0.456 0.000 0.000 0.012 0.020 0.512
#> GSM94053 2 0.0260 0.91609 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94054 1 0.4082 0.49544 0.748 0.000 0.000 0.008 0.188 0.056
#> GSM94055 1 0.3915 0.18651 0.584 0.000 0.000 0.004 0.000 0.412
#> GSM94056 6 0.4606 0.14155 0.076 0.000 0.000 0.000 0.268 0.656
#> GSM94057 2 0.1003 0.90618 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM94058 1 0.5082 0.38844 0.572 0.000 0.000 0.332 0.000 0.096
#> GSM94059 5 0.3946 0.66088 0.164 0.000 0.000 0.004 0.764 0.068
#> GSM94060 2 0.0260 0.91636 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94061 1 0.3912 0.42614 0.648 0.000 0.000 0.340 0.000 0.012
#> GSM94062 2 0.0260 0.91609 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94063 4 0.1116 0.67269 0.000 0.000 0.004 0.960 0.008 0.028
#> GSM94064 2 0.0260 0.91609 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94065 1 0.3231 0.60208 0.784 0.000 0.000 0.200 0.000 0.016
#> GSM94066 2 0.0000 0.91681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.3907 0.45513 0.704 0.000 0.000 0.000 0.028 0.268
#> GSM94068 2 0.0000 0.91681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.1983 0.68293 0.908 0.000 0.000 0.072 0.000 0.020
#> GSM94070 2 0.0363 0.91513 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94071 1 0.3481 0.52788 0.756 0.000 0.000 0.012 0.004 0.228
#> GSM94072 6 0.4847 0.08270 0.444 0.000 0.000 0.056 0.000 0.500
#> GSM94073 4 0.1078 0.68436 0.016 0.000 0.000 0.964 0.012 0.008
#> GSM94074 1 0.2554 0.66370 0.876 0.000 0.000 0.048 0.000 0.076
#> GSM94075 1 0.5543 0.34363 0.556 0.000 0.000 0.204 0.000 0.240
#> GSM94155 5 0.3590 0.70405 0.076 0.000 0.000 0.004 0.804 0.116
#> GSM94156 2 0.0260 0.91609 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94157 5 0.1059 0.76313 0.016 0.000 0.000 0.004 0.964 0.016
#> GSM94160 1 0.3159 0.60955 0.840 0.000 0.000 0.004 0.084 0.072
#> GSM94161 6 0.5278 0.08008 0.412 0.000 0.000 0.100 0.000 0.488
#> GSM94162 1 0.4111 0.05801 0.536 0.000 0.004 0.004 0.000 0.456
#> GSM94163 2 0.2956 0.83569 0.000 0.840 0.000 0.040 0.000 0.120
#> GSM94164 4 0.3053 0.65107 0.168 0.000 0.000 0.812 0.000 0.020
#> GSM94165 1 0.1151 0.68765 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012
#> GSM94166 5 0.5229 0.48353 0.156 0.000 0.000 0.000 0.604 0.240
#> GSM94167 4 0.4643 0.39858 0.000 0.300 0.008 0.652 0.028 0.012
#> GSM94168 4 0.4026 0.45551 0.348 0.000 0.000 0.636 0.000 0.016
#> GSM94169 4 0.1053 0.67727 0.000 0.000 0.004 0.964 0.020 0.012
#> GSM94170 1 0.4809 0.38290 0.652 0.000 0.000 0.000 0.240 0.108
#> GSM94171 1 0.5034 -0.01007 0.468 0.000 0.000 0.460 0.000 0.072
#> GSM94172 1 0.1196 0.68821 0.952 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008
#> GSM94173 2 0.2544 0.81998 0.000 0.864 0.000 0.004 0.120 0.012
#> GSM94174 4 0.0665 0.68309 0.008 0.000 0.000 0.980 0.004 0.008
#> GSM94175 4 0.5008 0.44613 0.000 0.008 0.000 0.668 0.172 0.152
#> GSM94176 4 0.3988 0.64937 0.140 0.000 0.000 0.776 0.012 0.072
#> GSM94177 4 0.2416 0.60917 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> GSM94178 2 0.1152 0.90095 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM98767 4 0.0964 0.68503 0.016 0.000 0.000 0.968 0.012 0.004
#> GSM98768 4 0.4567 0.63313 0.152 0.000 0.000 0.740 0.036 0.072
#> GSM98769 5 0.0820 0.76194 0.000 0.000 0.000 0.012 0.972 0.016
#> GSM98770 1 0.1261 0.68548 0.952 0.000 0.000 0.024 0.000 0.024
#> GSM98771 2 0.3623 0.81135 0.000 0.808 0.008 0.100 0.000 0.084
#> GSM98772 4 0.3774 0.49475 0.328 0.000 0.000 0.664 0.000 0.008
#> GSM98773 4 0.7359 0.23728 0.184 0.000 0.232 0.412 0.000 0.172
#> GSM98774 6 0.4007 0.46013 0.128 0.000 0.004 0.088 0.004 0.776
#> GSM98775 1 0.4237 0.20818 0.584 0.000 0.000 0.020 0.000 0.396
#> GSM98776 4 0.1477 0.68857 0.048 0.000 0.000 0.940 0.004 0.008
#> GSM98777 4 0.1668 0.65984 0.000 0.004 0.000 0.928 0.008 0.060
#> GSM98778 1 0.4637 0.50431 0.712 0.000 0.136 0.000 0.008 0.144
#> GSM98779 1 0.0937 0.67480 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM98780 1 0.2870 0.66911 0.856 0.000 0.000 0.100 0.004 0.040
#> GSM98781 5 0.5502 0.58538 0.192 0.000 0.012 0.024 0.656 0.116
#> GSM98782 1 0.1398 0.67223 0.940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.052
#> GSM98783 1 0.2568 0.67271 0.876 0.000 0.000 0.068 0.000 0.056
#> GSM98784 1 0.4210 0.32890 0.636 0.000 0.000 0.000 0.028 0.336
#> GSM98871 2 0.0146 0.91679 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98872 2 0.0458 0.91412 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98873 2 0.5362 0.69335 0.036 0.724 0.092 0.012 0.024 0.112
#> GSM98874 2 0.0000 0.91681 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0713 0.91157 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> MAD:NMF 187 8.28e-04 2
#> MAD:NMF 176 2.84e-06 3
#> MAD:NMF 142 5.71e-05 4
#> MAD:NMF 140 1.70e-05 5
#> MAD:NMF 134 2.28e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.662 0.897 0.940 0.3668 0.603 0.603
#> 3 3 0.593 0.794 0.884 0.3598 0.928 0.881
#> 4 4 0.763 0.852 0.924 0.3969 0.737 0.522
#> 5 5 0.734 0.771 0.872 0.0239 0.987 0.955
#> 6 6 0.760 0.797 0.865 0.0230 0.989 0.962
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.1184 0.952 0.984 0.016
#> GSM94079 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.1843 0.942 0.972 0.028
#> GSM94083 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.8443 0.804 0.272 0.728
#> GSM94085 1 0.5059 0.855 0.888 0.112
#> GSM94086 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.8443 0.804 0.272 0.728
#> GSM94090 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM94092 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.1843 0.942 0.972 0.028
#> GSM94095 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM94096 1 0.7056 0.741 0.808 0.192
#> GSM94097 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM94101 2 0.8443 0.804 0.272 0.728
#> GSM94102 1 0.9988 -0.178 0.520 0.480
#> GSM94103 1 0.5059 0.855 0.888 0.112
#> GSM94104 1 0.9795 0.109 0.584 0.416
#> GSM94105 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM94107 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.8443 0.804 0.272 0.728
#> GSM94109 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM94110 1 0.5059 0.855 0.888 0.112
#> GSM94111 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM94112 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.5059 0.855 0.888 0.112
#> GSM94114 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM94115 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.8555 0.793 0.280 0.720
#> GSM94119 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM94120 1 0.6343 0.792 0.840 0.160
#> GSM94121 1 0.6048 0.810 0.852 0.148
#> GSM94122 2 0.8327 0.812 0.264 0.736
#> GSM94123 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.6343 0.792 0.840 0.160
#> GSM94125 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.8207 0.611 0.744 0.256
#> GSM94129 1 0.1414 0.949 0.980 0.020
#> GSM94130 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.1184 0.952 0.984 0.016
#> GSM94136 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM94140 1 0.3879 0.898 0.924 0.076
#> GSM94141 1 0.7950 0.649 0.760 0.240
#> GSM94142 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94143 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM94144 1 0.7139 0.734 0.804 0.196
#> GSM94145 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98785 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM98786 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.3879 0.898 0.924 0.076
#> GSM98788 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM98790 2 0.8608 0.787 0.284 0.716
#> GSM98791 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.2948 0.921 0.948 0.052
#> GSM98793 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM98798 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM98799 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM98800 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM98801 2 0.8555 0.793 0.280 0.720
#> GSM94019 1 0.7056 0.741 0.808 0.192
#> GSM94020 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM94023 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0376 0.962 0.996 0.004
#> GSM94025 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.8555 0.793 0.280 0.720
#> GSM94027 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.3431 0.911 0.936 0.064
#> GSM94030 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.2603 0.835 0.044 0.956
#> GSM94032 1 0.3431 0.911 0.936 0.064
#> GSM94033 2 0.8327 0.812 0.264 0.736
#> GSM94034 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.8386 0.809 0.268 0.732
#> GSM94036 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.8016 0.822 0.244 0.756
#> GSM94043 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM94044 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM94045 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.1184 0.952 0.984 0.016
#> GSM94064 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0938 0.836 0.012 0.988
#> GSM94069 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM94164 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM94168 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.2948 0.921 0.948 0.052
#> GSM94170 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.8081 0.821 0.248 0.752
#> GSM94174 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94175 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM94176 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.8016 0.822 0.244 0.756
#> GSM98767 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.8144 0.820 0.252 0.748
#> GSM98772 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.5946 0.815 0.856 0.144
#> GSM98778 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.964 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.836 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94078 1 0.5465 0.7428 0.712 0.000 0.288
#> GSM94079 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94080 2 0.1411 0.9544 0.000 0.964 0.036
#> GSM94081 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94082 1 0.5560 0.7301 0.700 0.000 0.300
#> GSM94083 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94084 3 0.0237 0.8866 0.000 0.004 0.996
#> GSM94085 1 0.6079 0.6072 0.612 0.000 0.388
#> GSM94086 1 0.5138 0.7745 0.748 0.000 0.252
#> GSM94087 1 0.2878 0.8249 0.904 0.000 0.096
#> GSM94088 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94089 3 0.0237 0.8866 0.000 0.004 0.996
#> GSM94090 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.5016 0.7829 0.760 0.000 0.240
#> GSM94092 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94093 1 0.2878 0.8249 0.904 0.000 0.096
#> GSM94094 1 0.5560 0.7301 0.700 0.000 0.300
#> GSM94095 1 0.5216 0.7687 0.740 0.000 0.260
#> GSM94096 1 0.6291 0.4374 0.532 0.000 0.468
#> GSM94097 1 0.2878 0.8249 0.904 0.000 0.096
#> GSM94098 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94099 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94100 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM94101 3 0.0237 0.8866 0.000 0.004 0.996
#> GSM94102 3 0.5058 0.5272 0.244 0.000 0.756
#> GSM94103 1 0.6079 0.6072 0.612 0.000 0.388
#> GSM94104 3 0.5621 0.3525 0.308 0.000 0.692
#> GSM94105 1 0.5138 0.7745 0.748 0.000 0.252
#> GSM94106 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM94107 1 0.5138 0.7745 0.748 0.000 0.252
#> GSM94108 3 0.0237 0.8866 0.000 0.004 0.996
#> GSM94109 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM94110 1 0.6079 0.6072 0.612 0.000 0.388
#> GSM94111 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM94112 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 1 0.6079 0.6072 0.612 0.000 0.388
#> GSM94114 1 0.5216 0.7687 0.740 0.000 0.260
#> GSM94115 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94117 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94118 3 0.0661 0.8813 0.008 0.004 0.988
#> GSM94119 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM94120 1 0.6235 0.5147 0.564 0.000 0.436
#> GSM94121 1 0.6204 0.5403 0.576 0.000 0.424
#> GSM94122 3 0.0592 0.8873 0.000 0.012 0.988
#> GSM94123 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 1 0.6235 0.5147 0.564 0.000 0.436
#> GSM94125 2 0.0592 0.9676 0.000 0.988 0.012
#> GSM94126 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.6291 -0.2630 0.468 0.000 0.532
#> GSM94129 1 0.5497 0.7387 0.708 0.000 0.292
#> GSM94130 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 1 0.5465 0.7428 0.712 0.000 0.288
#> GSM94136 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 1 0.4842 0.7919 0.776 0.000 0.224
#> GSM94138 1 0.0237 0.8358 0.996 0.000 0.004
#> GSM94139 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM94140 1 0.5882 0.6710 0.652 0.000 0.348
#> GSM94141 3 0.6305 -0.3203 0.484 0.000 0.516
#> GSM94142 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 1 0.6192 0.5485 0.580 0.000 0.420
#> GSM94144 1 0.6291 0.4376 0.532 0.000 0.468
#> GSM94145 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0237 0.8356 0.996 0.000 0.004
#> GSM94147 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM94148 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 1 0.6192 0.5485 0.580 0.000 0.420
#> GSM98786 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM98787 1 0.5882 0.6710 0.652 0.000 0.348
#> GSM98788 1 0.4796 0.7942 0.780 0.000 0.220
#> GSM98789 1 0.5138 0.7751 0.748 0.000 0.252
#> GSM98790 3 0.0829 0.8773 0.012 0.004 0.984
#> GSM98791 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 1 0.5733 0.7023 0.676 0.000 0.324
#> GSM98793 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.2796 0.8254 0.908 0.000 0.092
#> GSM98796 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM98798 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM98799 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM98800 1 0.6192 0.5485 0.580 0.000 0.420
#> GSM98801 3 0.0237 0.8816 0.004 0.000 0.996
#> GSM94019 1 0.6291 0.4374 0.532 0.000 0.468
#> GSM94020 2 0.1411 0.9544 0.000 0.964 0.036
#> GSM94021 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 1 0.5216 0.7687 0.740 0.000 0.260
#> GSM94023 1 0.5098 0.7774 0.752 0.000 0.248
#> GSM94024 1 0.5216 0.7687 0.740 0.000 0.260
#> GSM94025 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.0237 0.8816 0.004 0.000 0.996
#> GSM94027 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 1 0.5706 0.7120 0.680 0.000 0.320
#> GSM94030 1 0.5098 0.7774 0.752 0.000 0.248
#> GSM94031 2 0.6260 0.2764 0.000 0.552 0.448
#> GSM94032 1 0.5706 0.7120 0.680 0.000 0.320
#> GSM94033 3 0.0592 0.8873 0.000 0.012 0.988
#> GSM94034 1 0.5098 0.7774 0.752 0.000 0.248
#> GSM94035 3 0.0424 0.8879 0.000 0.008 0.992
#> GSM94036 1 0.5138 0.7745 0.748 0.000 0.252
#> GSM94037 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0592 0.9676 0.000 0.988 0.012
#> GSM94039 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0424 0.8356 0.992 0.000 0.008
#> GSM94041 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 3 0.1411 0.8738 0.000 0.036 0.964
#> GSM94043 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM94044 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM94045 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.4654 0.7987 0.792 0.000 0.208
#> GSM94048 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM94050 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM94052 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0237 0.8356 0.996 0.000 0.004
#> GSM94055 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0892 0.8347 0.980 0.000 0.020
#> GSM94057 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 1 0.5465 0.7428 0.712 0.000 0.288
#> GSM94064 2 0.0237 0.9704 0.000 0.996 0.004
#> GSM94065 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.1289 0.9571 0.000 0.968 0.032
#> GSM94067 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 3 0.6235 -0.0326 0.000 0.436 0.564
#> GSM94069 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0237 0.8356 0.996 0.000 0.004
#> GSM94073 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM94074 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0237 0.8356 0.996 0.000 0.004
#> GSM94160 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM94163 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM94164 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM94168 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 1 0.5733 0.7023 0.676 0.000 0.324
#> GSM94170 1 0.0424 0.8356 0.992 0.000 0.008
#> GSM94171 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 3 0.1163 0.8801 0.000 0.028 0.972
#> GSM94174 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM94175 1 0.6192 0.5485 0.580 0.000 0.420
#> GSM94176 1 0.4121 0.8100 0.832 0.000 0.168
#> GSM94177 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 3 0.1411 0.8734 0.000 0.036 0.964
#> GSM98767 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.4842 0.7924 0.776 0.000 0.224
#> GSM98770 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 3 0.1031 0.8827 0.000 0.024 0.976
#> GSM98772 1 0.0424 0.8357 0.992 0.000 0.008
#> GSM98773 1 0.5178 0.7716 0.744 0.000 0.256
#> GSM98774 1 0.4605 0.7999 0.796 0.000 0.204
#> GSM98775 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0424 0.8357 0.992 0.000 0.008
#> GSM98777 1 0.6192 0.5485 0.580 0.000 0.420
#> GSM98778 1 0.4796 0.7942 0.780 0.000 0.220
#> GSM98779 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.4796 0.7942 0.780 0.000 0.220
#> GSM98782 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0424 0.8356 0.992 0.000 0.008
#> GSM98784 1 0.0000 0.8356 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.1163 0.9595 0.000 0.972 0.028
#> GSM98872 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9715 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1411 0.9544 0.000 0.964 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.2216 0.8620 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM94078 3 0.1059 0.8605 0.016 0.000 0.972 0.012
#> GSM94079 3 0.2281 0.8617 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM94080 2 0.1489 0.9450 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM94081 3 0.2216 0.8620 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM94082 3 0.0657 0.8541 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM94083 3 0.2281 0.8617 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM94084 4 0.2281 0.8648 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM94085 3 0.2345 0.8156 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94086 3 0.1211 0.8683 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94087 3 0.4961 0.2797 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM94088 3 0.2216 0.8620 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM94089 4 0.2281 0.8648 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM94090 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.1637 0.8682 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM94092 3 0.2216 0.8620 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM94093 3 0.4961 0.2797 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM94094 3 0.0657 0.8541 0.004 0.000 0.984 0.012
#> GSM94095 3 0.1305 0.8680 0.036 0.000 0.960 0.004
#> GSM94096 3 0.3444 0.7399 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM94097 3 0.4961 0.2797 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM94098 3 0.2281 0.8617 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM94099 3 0.2216 0.8620 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM94100 4 0.0817 0.9048 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94101 4 0.2281 0.8648 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM94102 4 0.4961 0.2156 0.000 0.000 0.448 0.552
#> GSM94103 3 0.2345 0.8156 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94104 4 0.5000 0.0409 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM94105 3 0.1211 0.8683 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94106 4 0.0921 0.9043 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM94107 3 0.1211 0.8683 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94108 4 0.2281 0.8648 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM94109 4 0.0817 0.9049 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94110 3 0.2345 0.8156 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94111 4 0.0817 0.9049 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94112 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.2345 0.8156 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM94114 3 0.1305 0.8680 0.036 0.000 0.960 0.004
#> GSM94115 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.2216 0.8620 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.3024 0.8136 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM94119 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 3 0.3074 0.7757 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM94121 3 0.2921 0.7857 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM94122 4 0.0817 0.9047 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94123 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.3074 0.7757 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM94125 2 0.0895 0.9590 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM94126 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.4343 0.6289 0.004 0.000 0.732 0.264
#> GSM94129 3 0.0937 0.8586 0.012 0.000 0.976 0.012
#> GSM94130 1 0.2469 0.8535 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0188 0.9483 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94135 3 0.1059 0.8605 0.016 0.000 0.972 0.012
#> GSM94136 1 0.0188 0.9483 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94137 3 0.2281 0.8617 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM94138 1 0.0707 0.9359 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 3 0.1824 0.8389 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM94141 3 0.3873 0.6839 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM94142 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.2814 0.7915 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM94144 3 0.3583 0.7485 0.004 0.000 0.816 0.180
#> GSM94145 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.4406 0.5566 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM94147 3 0.3356 0.8092 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM94148 1 0.0188 0.9482 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98785 3 0.2814 0.7915 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM98786 3 0.3400 0.8054 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM98787 3 0.1824 0.8389 0.004 0.000 0.936 0.060
#> GSM98788 3 0.2530 0.8528 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM98789 3 0.1302 0.8694 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM98790 4 0.3356 0.7810 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM98791 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.1305 0.8486 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM98793 1 0.1118 0.9229 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.4992 0.1861 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0817 0.9048 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM98798 4 0.0817 0.9048 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM98799 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 3 0.2814 0.7915 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM98801 4 0.1474 0.8950 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM94019 3 0.3444 0.7399 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM94020 2 0.1489 0.9450 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM94021 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.1305 0.8680 0.036 0.000 0.960 0.004
#> GSM94023 3 0.1302 0.8687 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM94024 3 0.1305 0.8680 0.036 0.000 0.960 0.004
#> GSM94025 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.1474 0.8950 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM94027 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1677 0.8525 0.012 0.000 0.948 0.040
#> GSM94030 3 0.1302 0.8687 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM94031 2 0.5277 0.1449 0.000 0.532 0.008 0.460
#> GSM94032 3 0.1677 0.8525 0.012 0.000 0.948 0.040
#> GSM94033 4 0.0817 0.9047 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94034 3 0.1302 0.8687 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM94035 4 0.0921 0.9043 0.000 0.000 0.028 0.972
#> GSM94036 3 0.1211 0.8683 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0895 0.9590 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM94039 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3975 0.6721 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0524 0.8956 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM94043 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0188 0.9483 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94046 1 0.0188 0.9483 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94047 3 0.3311 0.8124 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.3219 0.8187 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.3172 0.8219 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4406 0.5566 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.4431 0.5431 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1059 0.8605 0.016 0.000 0.972 0.012
#> GSM94064 2 0.0376 0.9644 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM94065 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.1398 0.9478 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM94067 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.5060 0.2190 0.000 0.412 0.004 0.584
#> GSM94069 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.2973 0.8077 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM94073 3 0.3356 0.8092 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4406 0.5566 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0336 0.9456 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94162 3 0.3172 0.8219 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.1305 0.8486 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM94170 1 0.4431 0.5483 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0188 0.8986 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94174 3 0.3400 0.8054 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM94175 3 0.2814 0.7915 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM94176 3 0.4008 0.7350 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM94177 1 0.0336 0.9456 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94178 4 0.0524 0.8952 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM98767 1 0.0336 0.9456 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.2814 0.8413 0.132 0.000 0.868 0.000
#> GSM98770 1 0.0188 0.9483 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 0.9006 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.3266 0.7821 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM98773 3 0.1118 0.8676 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM98774 3 0.3172 0.8219 0.160 0.000 0.840 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.3266 0.7821 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM98777 3 0.2814 0.7915 0.000 0.000 0.868 0.132
#> GSM98778 3 0.2530 0.8528 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0188 0.9483 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98781 3 0.2530 0.8528 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.4356 0.5779 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.1305 0.9504 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM98872 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9664 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.1489 0.9450 0.000 0.952 0.004 0.044
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.1768 0.8528 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM94078 3 0.1153 0.8523 0.008 0.000 0.964 0.024 0.004
#> GSM94079 3 0.1831 0.8526 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM94080 2 0.4302 0.7203 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM94081 3 0.1768 0.8528 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM94082 3 0.0955 0.8470 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM94083 3 0.1831 0.8526 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM94084 4 0.1697 0.6243 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM94085 3 0.2563 0.8049 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008
#> GSM94086 3 0.0609 0.8585 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM94087 3 0.4397 0.2943 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> GSM94088 3 0.1768 0.8528 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM94089 4 0.1697 0.6243 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM94090 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.1644 0.8595 0.048 0.000 0.940 0.004 0.008
#> GSM94092 3 0.1768 0.8528 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM94093 3 0.4397 0.2943 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> GSM94094 3 0.0955 0.8470 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM94095 3 0.0671 0.8580 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM94096 3 0.3421 0.7318 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> GSM94097 3 0.4397 0.2943 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> GSM94098 3 0.1831 0.8526 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM94099 3 0.1768 0.8528 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM94100 4 0.1704 0.5920 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM94101 4 0.1697 0.6243 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM94102 4 0.4666 0.2223 0.000 0.000 0.412 0.572 0.016
#> GSM94103 3 0.2439 0.8072 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> GSM94104 4 0.4443 0.0618 0.000 0.000 0.472 0.524 0.004
#> GSM94105 3 0.0609 0.8585 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.0955 0.6148 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM94107 3 0.0609 0.8585 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.1697 0.6243 0.000 0.000 0.060 0.932 0.008
#> GSM94109 4 0.1124 0.6076 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM94110 3 0.2439 0.8072 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> GSM94111 4 0.1124 0.6076 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> GSM94112 2 0.0290 0.7988 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94113 3 0.2439 0.8072 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004
#> GSM94114 3 0.0671 0.8580 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.1768 0.8528 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> GSM94117 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.2179 0.5628 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> GSM94119 5 0.4305 0.7440 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM94120 3 0.3132 0.7671 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> GSM94121 3 0.3013 0.7761 0.000 0.000 0.832 0.160 0.008
#> GSM94122 4 0.3430 0.2214 0.000 0.000 0.004 0.776 0.220
#> GSM94123 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.3132 0.7671 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> GSM94125 2 0.4283 0.7326 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM94126 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.3861 0.6179 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004
#> GSM94129 3 0.1026 0.8503 0.004 0.000 0.968 0.024 0.004
#> GSM94130 1 0.2280 0.8383 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0290 0.7988 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94134 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.1153 0.8523 0.008 0.000 0.964 0.024 0.004
#> GSM94136 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.1831 0.8526 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM94138 1 0.0703 0.9299 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.4305 -0.7180 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM94140 3 0.2172 0.8289 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> GSM94141 3 0.4210 0.6837 0.000 0.000 0.740 0.224 0.036
#> GSM94142 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.3098 0.7832 0.000 0.000 0.836 0.148 0.016
#> GSM94144 3 0.3810 0.7447 0.000 0.000 0.788 0.176 0.036
#> GSM94145 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.4009 0.5407 0.684 0.000 0.312 0.000 0.004
#> GSM94147 3 0.2848 0.7964 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> GSM94148 1 0.0162 0.9434 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.3098 0.7832 0.000 0.000 0.836 0.148 0.016
#> GSM98786 3 0.2890 0.7923 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> GSM98787 3 0.2172 0.8289 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> GSM98788 3 0.2124 0.8437 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> GSM98789 3 0.1329 0.8605 0.032 0.000 0.956 0.004 0.008
#> GSM98790 4 0.2629 0.5257 0.000 0.000 0.136 0.860 0.004
#> GSM98791 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.1557 0.8396 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM98793 1 0.1043 0.9161 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.4434 0.2016 0.460 0.000 0.536 0.000 0.004
#> GSM98796 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.1704 0.5920 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM98798 4 0.1704 0.5920 0.000 0.000 0.004 0.928 0.068
#> GSM98799 5 0.4305 0.7440 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM98800 3 0.3098 0.7832 0.000 0.000 0.836 0.148 0.016
#> GSM98801 4 0.1216 0.6250 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> GSM94019 3 0.3421 0.7318 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> GSM94020 2 0.4302 0.7203 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM94021 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0671 0.8580 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM94023 3 0.0703 0.8590 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM94024 3 0.0671 0.8580 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> GSM94025 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.1117 0.6252 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> GSM94027 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1341 0.8425 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM94030 3 0.0703 0.8590 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM94031 5 0.6144 -0.0341 0.000 0.172 0.000 0.280 0.548
#> GSM94032 3 0.1341 0.8425 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM94033 4 0.3430 0.2214 0.000 0.000 0.004 0.776 0.220
#> GSM94034 3 0.0703 0.8590 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM94035 4 0.0955 0.6148 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM94036 3 0.0609 0.8585 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.4283 0.7326 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM94039 2 0.0290 0.7988 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94040 1 0.3534 0.6560 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 5 0.4278 0.7276 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM94043 5 0.4305 0.7440 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM94044 5 0.4304 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM94045 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.2806 0.7999 0.152 0.000 0.844 0.000 0.004
#> GSM94048 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.2719 0.8067 0.144 0.000 0.852 0.000 0.004
#> GSM94050 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.2674 0.8103 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM94052 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4009 0.5407 0.684 0.000 0.312 0.000 0.004
#> GSM94055 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.4009 0.5337 0.684 0.000 0.312 0.000 0.004
#> GSM94057 2 0.4256 0.7400 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM94058 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1153 0.8523 0.008 0.000 0.964 0.024 0.004
#> GSM94064 2 0.4268 0.7376 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM94065 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.4300 0.7231 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM94067 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 5 0.2104 0.3127 0.000 0.024 0.000 0.060 0.916
#> GSM94069 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.2763 0.8007 0.848 0.000 0.148 0.000 0.004
#> GSM94073 3 0.2848 0.7964 0.156 0.000 0.840 0.000 0.004
#> GSM94074 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4009 0.5407 0.684 0.000 0.312 0.000 0.004
#> GSM94160 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0404 0.9397 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.2674 0.8103 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM94163 5 0.4304 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.484 0.516
#> GSM94164 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.4305 -0.7180 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM94168 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.1557 0.8396 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM94170 1 0.4029 0.5324 0.680 0.000 0.316 0.000 0.004
#> GSM94171 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 5 0.4297 0.7439 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> GSM94174 3 0.2890 0.7923 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> GSM94175 3 0.3098 0.7832 0.000 0.000 0.836 0.148 0.016
#> GSM94176 3 0.3491 0.7175 0.228 0.000 0.768 0.000 0.004
#> GSM94177 1 0.0404 0.9397 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM94178 5 0.4440 0.7400 0.000 0.004 0.000 0.468 0.528
#> GSM98767 1 0.0404 0.9397 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.2513 0.8305 0.116 0.000 0.876 0.000 0.008
#> GSM98770 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM98771 5 0.4305 0.7440 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512
#> GSM98772 1 0.2891 0.7768 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0771 0.8581 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM98774 3 0.2674 0.8103 0.140 0.000 0.856 0.000 0.004
#> GSM98775 1 0.0162 0.9440 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.2891 0.7768 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM98777 3 0.3098 0.7832 0.000 0.000 0.836 0.148 0.016
#> GSM98778 3 0.2124 0.8437 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> GSM98779 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0290 0.9426 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.2124 0.8437 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> GSM98782 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.3837 0.5600 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9446 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.4297 0.7256 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472
#> GSM98872 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4256 0.7400 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM98874 2 0.0000 0.7985 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4302 0.7203 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.1760 0.82284 0.048 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020
#> GSM94078 3 0.1590 0.82255 0.000 0.000 0.936 0.008 0.048 0.008
#> GSM94079 3 0.1826 0.82296 0.052 0.000 0.924 0.000 0.004 0.020
#> GSM94080 6 0.3670 0.82402 0.000 0.240 0.000 0.000 0.024 0.736
#> GSM94081 3 0.1760 0.82284 0.048 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020
#> GSM94082 3 0.1757 0.82015 0.000 0.000 0.928 0.012 0.052 0.008
#> GSM94083 3 0.1826 0.82296 0.052 0.000 0.924 0.000 0.004 0.020
#> GSM94084 4 0.1950 0.69112 0.000 0.000 0.024 0.912 0.064 0.000
#> GSM94085 3 0.4045 0.74671 0.000 0.000 0.776 0.096 0.116 0.012
#> GSM94086 3 0.0146 0.82947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94087 3 0.4394 0.29379 0.408 0.000 0.568 0.000 0.004 0.020
#> GSM94088 3 0.1760 0.82284 0.048 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020
#> GSM94089 4 0.1950 0.69112 0.000 0.000 0.024 0.912 0.064 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.1802 0.83098 0.024 0.000 0.932 0.000 0.020 0.024
#> GSM94092 3 0.1760 0.82284 0.048 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020
#> GSM94093 3 0.4394 0.29379 0.408 0.000 0.568 0.000 0.004 0.020
#> GSM94094 3 0.1820 0.81892 0.000 0.000 0.924 0.012 0.056 0.008
#> GSM94095 3 0.0508 0.82970 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM94096 3 0.4819 0.66748 0.000 0.000 0.688 0.180 0.124 0.008
#> GSM94097 3 0.4394 0.29379 0.408 0.000 0.568 0.000 0.004 0.020
#> GSM94098 3 0.1826 0.82296 0.052 0.000 0.924 0.000 0.004 0.020
#> GSM94099 3 0.1760 0.82284 0.048 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020
#> GSM94100 4 0.1863 0.66038 0.000 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> GSM94101 4 0.1950 0.69112 0.000 0.000 0.024 0.912 0.064 0.000
#> GSM94102 4 0.5899 0.28439 0.000 0.000 0.324 0.528 0.120 0.028
#> GSM94103 3 0.3947 0.74951 0.000 0.000 0.780 0.096 0.116 0.008
#> GSM94104 4 0.5352 0.10333 0.000 0.000 0.408 0.500 0.084 0.008
#> GSM94105 3 0.0146 0.82947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94106 4 0.0909 0.68709 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM94107 3 0.0146 0.82947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94108 4 0.1950 0.69112 0.000 0.000 0.024 0.912 0.064 0.000
#> GSM94109 4 0.1564 0.66946 0.000 0.000 0.000 0.936 0.040 0.024
#> GSM94110 3 0.3947 0.74951 0.000 0.000 0.780 0.096 0.116 0.008
#> GSM94111 4 0.1564 0.66946 0.000 0.000 0.000 0.936 0.040 0.024
#> GSM94112 2 0.0363 0.98658 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94113 3 0.3947 0.74951 0.000 0.000 0.780 0.096 0.116 0.008
#> GSM94114 3 0.0508 0.82970 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.1760 0.82284 0.048 0.000 0.928 0.000 0.004 0.020
#> GSM94117 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.2733 0.63376 0.000 0.000 0.056 0.864 0.080 0.000
#> GSM94119 5 0.3797 0.89583 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM94120 3 0.4618 0.70663 0.000 0.000 0.720 0.144 0.124 0.012
#> GSM94121 3 0.4546 0.71025 0.000 0.000 0.728 0.132 0.128 0.012
#> GSM94122 4 0.3652 0.03685 0.000 0.000 0.000 0.720 0.264 0.016
#> GSM94123 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.4618 0.70663 0.000 0.000 0.720 0.144 0.124 0.012
#> GSM94125 6 0.3756 0.80704 0.000 0.268 0.000 0.000 0.020 0.712
#> GSM94126 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5406 0.53538 0.000 0.000 0.608 0.248 0.132 0.012
#> GSM94129 3 0.1719 0.82097 0.000 0.000 0.928 0.008 0.056 0.008
#> GSM94130 1 0.2633 0.82300 0.864 0.000 0.112 0.000 0.004 0.020
#> GSM94131 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0363 0.98658 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94134 1 0.0363 0.93712 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.1590 0.82255 0.000 0.000 0.936 0.008 0.048 0.008
#> GSM94136 1 0.0363 0.93712 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.1826 0.82296 0.052 0.000 0.924 0.000 0.004 0.020
#> GSM94138 1 0.0777 0.92589 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> GSM94139 5 0.3847 0.84357 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM94140 3 0.3351 0.78139 0.000 0.000 0.832 0.048 0.104 0.016
#> GSM94141 3 0.5487 0.60659 0.000 0.000 0.644 0.192 0.128 0.036
#> GSM94142 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.4517 0.71345 0.000 0.000 0.736 0.120 0.128 0.016
#> GSM94144 3 0.5153 0.66889 0.000 0.000 0.688 0.144 0.132 0.036
#> GSM94145 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.4058 0.51849 0.660 0.000 0.320 0.000 0.004 0.016
#> GSM94147 3 0.2851 0.77148 0.132 0.000 0.844 0.000 0.004 0.020
#> GSM94148 1 0.0260 0.93827 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.4517 0.71345 0.000 0.000 0.736 0.120 0.128 0.016
#> GSM98786 3 0.2892 0.76749 0.136 0.000 0.840 0.000 0.004 0.020
#> GSM98787 3 0.3351 0.78139 0.000 0.000 0.832 0.048 0.104 0.016
#> GSM98788 3 0.1946 0.82028 0.072 0.000 0.912 0.000 0.012 0.004
#> GSM98789 3 0.1434 0.83103 0.008 0.000 0.948 0.000 0.020 0.024
#> GSM98790 4 0.3214 0.59986 0.000 0.000 0.080 0.836 0.080 0.004
#> GSM98791 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.2790 0.79987 0.000 0.000 0.868 0.032 0.088 0.012
#> GSM98793 1 0.1082 0.91077 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> GSM98794 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.4437 0.20257 0.436 0.000 0.540 0.000 0.004 0.020
#> GSM98796 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.1863 0.66038 0.000 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> GSM98798 4 0.1863 0.66038 0.000 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> GSM98799 5 0.3797 0.89583 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM98800 3 0.4517 0.71345 0.000 0.000 0.736 0.120 0.128 0.016
#> GSM98801 4 0.1552 0.68903 0.000 0.000 0.004 0.940 0.036 0.020
#> GSM94019 3 0.4819 0.66748 0.000 0.000 0.688 0.180 0.124 0.008
#> GSM94020 6 0.3670 0.82402 0.000 0.240 0.000 0.000 0.024 0.736
#> GSM94021 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0508 0.82970 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM94023 3 0.0291 0.83020 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM94024 3 0.0508 0.82970 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM94025 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.1390 0.69109 0.000 0.000 0.004 0.948 0.032 0.016
#> GSM94027 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2251 0.81532 0.000 0.000 0.904 0.036 0.052 0.008
#> GSM94030 3 0.0291 0.83020 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM94031 6 0.5417 0.33783 0.000 0.000 0.000 0.244 0.180 0.576
#> GSM94032 3 0.2251 0.81532 0.000 0.000 0.904 0.036 0.052 0.008
#> GSM94033 4 0.3652 0.03685 0.000 0.000 0.000 0.720 0.264 0.016
#> GSM94034 3 0.0291 0.83020 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM94035 4 0.0909 0.68709 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> GSM94036 3 0.0146 0.82947 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94037 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 6 0.3674 0.80762 0.000 0.268 0.000 0.000 0.016 0.716
#> GSM94039 2 0.0260 0.99025 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94040 1 0.3702 0.63569 0.720 0.000 0.264 0.000 0.004 0.012
#> GSM94041 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 5 0.4419 0.86726 0.000 0.000 0.000 0.384 0.584 0.032
#> GSM94043 5 0.3797 0.89583 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM94044 5 0.3789 0.89535 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM94045 1 0.0363 0.93712 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0363 0.93712 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.2809 0.77509 0.128 0.000 0.848 0.000 0.004 0.020
#> GSM94048 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.2723 0.78003 0.120 0.000 0.856 0.000 0.004 0.020
#> GSM94050 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.2678 0.78338 0.116 0.000 0.860 0.000 0.004 0.020
#> GSM94052 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4058 0.51849 0.660 0.000 0.320 0.000 0.004 0.016
#> GSM94055 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.4088 0.53066 0.668 0.000 0.308 0.000 0.004 0.020
#> GSM94057 6 0.4639 0.63828 0.000 0.084 0.000 0.000 0.256 0.660
#> GSM94058 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1590 0.82255 0.000 0.000 0.936 0.008 0.048 0.008
#> GSM94064 6 0.2432 0.74963 0.000 0.100 0.000 0.000 0.024 0.876
#> GSM94065 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 6 0.3617 0.82291 0.000 0.244 0.000 0.000 0.020 0.736
#> GSM94067 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 5 0.3817 -0.00172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM94069 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.2971 0.78123 0.832 0.000 0.144 0.000 0.004 0.020
#> GSM94073 3 0.2851 0.77148 0.132 0.000 0.844 0.000 0.004 0.020
#> GSM94074 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4058 0.51849 0.660 0.000 0.320 0.000 0.004 0.016
#> GSM94160 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0508 0.93475 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM94162 3 0.2678 0.78338 0.116 0.000 0.860 0.000 0.004 0.020
#> GSM94163 5 0.3789 0.89535 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 5 0.3847 0.84357 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544 0.000
#> GSM94168 1 0.0146 0.93898 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.2790 0.79987 0.000 0.000 0.868 0.032 0.088 0.012
#> GSM94170 1 0.4074 0.51115 0.656 0.000 0.324 0.000 0.004 0.016
#> GSM94171 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 5 0.4176 0.88763 0.000 0.000 0.000 0.404 0.580 0.016
#> GSM94174 3 0.2892 0.76749 0.136 0.000 0.840 0.000 0.004 0.020
#> GSM94175 3 0.4517 0.71345 0.000 0.000 0.736 0.120 0.128 0.016
#> GSM94176 3 0.3485 0.69438 0.204 0.000 0.772 0.000 0.004 0.020
#> GSM94177 1 0.0508 0.93475 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM94178 5 0.4301 0.88345 0.000 0.004 0.000 0.400 0.580 0.016
#> GSM98767 1 0.0508 0.93475 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM98768 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.2505 0.80251 0.092 0.000 0.880 0.000 0.008 0.020
#> GSM98770 1 0.0363 0.93712 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 5 0.3797 0.89583 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM98772 1 0.2738 0.76779 0.820 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004
#> GSM98773 3 0.0260 0.82911 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98774 3 0.2678 0.78338 0.116 0.000 0.860 0.000 0.004 0.020
#> GSM98775 1 0.0260 0.93854 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.2738 0.76779 0.820 0.000 0.176 0.000 0.000 0.004
#> GSM98777 3 0.4517 0.71345 0.000 0.000 0.736 0.120 0.128 0.016
#> GSM98778 3 0.1946 0.82028 0.072 0.000 0.912 0.000 0.012 0.004
#> GSM98779 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0363 0.93712 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.1946 0.82028 0.072 0.000 0.912 0.000 0.012 0.004
#> GSM98782 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.3955 0.53958 0.668 0.000 0.316 0.000 0.004 0.012
#> GSM98784 1 0.0000 0.93922 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 6 0.3558 0.82087 0.000 0.248 0.000 0.000 0.016 0.736
#> GSM98872 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 6 0.4639 0.63828 0.000 0.084 0.000 0.000 0.256 0.660
#> GSM98874 2 0.0000 0.99619 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 6 0.3670 0.82402 0.000 0.240 0.000 0.000 0.024 0.736
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:hclust 190 1.09e-03 2
#> ATC:hclust 184 1.52e-08 3
#> ATC:hclust 184 2.16e-10 4
#> ATC:hclust 180 3.67e-11 5
#> ATC:hclust 182 6.43e-11 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.4280 0.572 0.572
#> 3 3 0.895 0.914 0.963 0.4293 0.632 0.445
#> 4 4 1.000 0.982 0.993 0.1693 0.801 0.542
#> 5 5 0.765 0.751 0.844 0.0899 0.884 0.622
#> 6 6 0.773 0.809 0.846 0.0511 0.882 0.529
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.3431 0.933 0.064 0.936
#> GSM94097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.1843 0.972 0.028 0.972
#> GSM94103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94104 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94111 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0672 0.991 0.008 0.992
#> GSM94144 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.2043 0.968 0.032 0.968
#> GSM98786 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.586 0.56560 0.344 0.000 0.656
#> GSM94078 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.470 0.73458 0.212 0.000 0.788
#> GSM94082 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94084 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.576 0.59508 0.328 0.000 0.672
#> GSM94089 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.254 0.84435 0.080 0.000 0.920
#> GSM94092 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94093 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.103 0.96297 0.976 0.000 0.024
#> GSM94098 3 0.618 0.40764 0.416 0.000 0.584
#> GSM94099 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94100 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.489 0.72063 0.228 0.000 0.772
#> GSM94106 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.614 0.43725 0.404 0.000 0.596
#> GSM94117 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94118 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 3 0.553 0.52658 0.000 0.296 0.704
#> GSM94123 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 3 0.559 0.63351 0.304 0.000 0.696
#> GSM94148 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.573 0.60211 0.324 0.000 0.676
#> GSM98787 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98788 3 0.559 0.63351 0.304 0.000 0.696
#> GSM98789 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98790 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94023 3 0.559 0.63351 0.304 0.000 0.696
#> GSM94024 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94030 3 0.489 0.72102 0.228 0.000 0.772
#> GSM94031 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94033 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.631 0.19787 0.488 0.000 0.512
#> GSM94035 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94037 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.129 0.96839 0.000 0.968 0.032
#> GSM94043 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.514 0.69836 0.252 0.000 0.748
#> GSM94048 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.571 0.60845 0.320 0.000 0.680
#> GSM94052 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.573 0.60211 0.324 0.000 0.676
#> GSM94074 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.562 0.62757 0.308 0.000 0.692
#> GSM94163 3 0.543 0.54953 0.000 0.284 0.716
#> GSM94164 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.141 0.96441 0.000 0.964 0.036
#> GSM94174 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94175 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.627 0.00625 0.544 0.000 0.456
#> GSM98770 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 1 0.319 0.85027 0.888 0.000 0.112
#> GSM98775 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 3 0.000 0.90460 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.565 0.62144 0.312 0.000 0.688
#> GSM98779 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.559 0.63351 0.304 0.000 0.696
#> GSM98782 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.000 0.99102 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.000 0.99740 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94078 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94079 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94083 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94084 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94086 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94087 3 0.0592 0.966 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94089 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94092 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94093 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94096 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94099 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94100 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94104 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94106 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94111 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94114 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 3 0.0817 0.961 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM94121 3 0.4543 0.527 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM94122 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.3975 0.685 0.000 0.000 0.760 0.240
#> GSM94125 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94141 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 3 0.0817 0.961 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM94145 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.3444 0.746 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM94147 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98787 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98788 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98789 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98790 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98801 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94023 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94030 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94032 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94033 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94035 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94043 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 3 0.4477 0.540 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4250 0.618 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM94069 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94174 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94175 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98777 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98778 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94077 3 0.3949 0.7557 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM94078 3 0.0000 0.8090 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94079 1 0.4030 -0.0807 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.3112 0.8912 0.100 0.856 0.000 0.044 0.000
#> GSM94081 3 0.3895 0.7647 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.8090 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94083 1 0.3424 0.2974 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.0579 0.8803 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM94085 3 0.0451 0.8053 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> GSM94086 3 0.2471 0.8142 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> GSM94087 1 0.2280 0.5454 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94088 3 0.3932 0.7583 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> GSM94089 4 0.0579 0.8803 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.3612 0.7847 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> GSM94092 3 0.4273 0.5930 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM94093 1 0.2280 0.5454 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.1364 0.7828 0.012 0.000 0.952 0.036 0.000
#> GSM94095 3 0.2852 0.8090 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM94096 4 0.4354 0.5779 0.008 0.000 0.368 0.624 0.000
#> GSM94097 3 0.4101 0.7191 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> GSM94098 3 0.3966 0.7556 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM94099 1 0.2329 0.5454 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM94100 4 0.0609 0.8821 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM94101 4 0.0290 0.8815 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM94102 4 0.4551 0.5778 0.016 0.000 0.368 0.616 0.000
#> GSM94103 3 0.0162 0.8076 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94104 4 0.4046 0.6800 0.008 0.000 0.296 0.696 0.000
#> GSM94105 3 0.3730 0.7762 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.0510 0.8822 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM94107 3 0.2732 0.8113 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0290 0.8815 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM94109 4 0.0609 0.8821 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM94110 3 0.0798 0.7966 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> GSM94111 4 0.0510 0.8814 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.8090 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94114 3 0.2377 0.8149 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM94115 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94116 3 0.3949 0.7557 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM94117 1 0.2536 0.6452 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128
#> GSM94118 4 0.3671 0.7324 0.008 0.000 0.236 0.756 0.000
#> GSM94119 4 0.1197 0.8766 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM94120 3 0.2522 0.7128 0.012 0.000 0.880 0.108 0.000
#> GSM94121 3 0.2522 0.7128 0.012 0.000 0.880 0.108 0.000
#> GSM94122 4 0.1608 0.8664 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM94123 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94124 3 0.2462 0.7095 0.008 0.000 0.880 0.112 0.000
#> GSM94125 2 0.1197 0.9510 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.3177 0.6432 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> GSM94127 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94128 3 0.2416 0.7213 0.012 0.000 0.888 0.100 0.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.8090 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94130 1 0.4262 0.5517 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM94131 1 0.4294 0.5134 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM94132 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.4235 0.5644 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM94135 3 0.0000 0.8090 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94136 1 0.4262 0.5517 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM94137 1 0.4210 -0.2790 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.2329 0.6444 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM94139 4 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94140 3 0.0510 0.8088 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM94141 4 0.3224 0.7905 0.016 0.000 0.160 0.824 0.000
#> GSM94142 5 0.0162 0.9380 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM94143 4 0.3910 0.7022 0.008 0.000 0.272 0.720 0.000
#> GSM94144 3 0.2669 0.7271 0.020 0.000 0.876 0.104 0.000
#> GSM94145 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94146 1 0.2830 0.6297 0.876 0.000 0.044 0.000 0.080
#> GSM94147 3 0.3999 0.7494 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.4256 0.5551 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM98785 4 0.4046 0.6795 0.008 0.000 0.296 0.696 0.000
#> GSM98786 3 0.3999 0.7494 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM98787 3 0.1626 0.7766 0.016 0.000 0.940 0.044 0.000
#> GSM98788 3 0.3949 0.7578 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> GSM98789 3 0.0703 0.8116 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM98790 4 0.1408 0.8660 0.008 0.000 0.044 0.948 0.000
#> GSM98791 1 0.4278 0.5383 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM98792 3 0.0162 0.8088 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM98793 1 0.2773 0.6471 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> GSM98794 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98795 1 0.2230 0.5464 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM98796 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98797 4 0.0404 0.8824 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM98798 4 0.1121 0.8789 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM98799 4 0.1270 0.8751 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM98800 3 0.1800 0.7759 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> GSM98801 4 0.0798 0.8802 0.016 0.000 0.008 0.976 0.000
#> GSM94019 3 0.2416 0.7213 0.012 0.000 0.888 0.100 0.000
#> GSM94020 2 0.2959 0.8984 0.100 0.864 0.000 0.036 0.000
#> GSM94021 1 0.4287 0.5273 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM94022 3 0.0162 0.8087 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94023 3 0.3774 0.7733 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM94024 3 0.0162 0.8087 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94025 5 0.2648 0.6863 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM94026 4 0.1774 0.8621 0.016 0.000 0.052 0.932 0.000
#> GSM94027 1 0.3932 0.6058 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> GSM94028 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0162 0.8087 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM94030 3 0.3586 0.7848 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM94031 4 0.2127 0.8487 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM94032 3 0.0290 0.8072 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM94033 4 0.1197 0.8765 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM94034 3 0.3774 0.7733 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM94035 4 0.0510 0.8814 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM94036 3 0.2690 0.8119 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM94037 1 0.4297 0.5058 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> GSM94038 2 0.1197 0.9510 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3395 0.6366 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM94041 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94042 4 0.2020 0.8499 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM94043 4 0.0794 0.8807 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM94044 4 0.1270 0.8751 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM94045 1 0.4307 0.4549 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> GSM94046 1 0.4294 0.5128 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM94047 3 0.3983 0.7524 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> GSM94048 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94049 1 0.2280 0.5462 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94050 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94051 3 0.4015 0.7457 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM94052 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.4235 0.5644 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM94055 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94056 1 0.2280 0.5462 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94059 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.1341 0.8171 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM94064 2 0.1197 0.9510 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 5 0.4307 -0.4742 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM94066 2 0.1965 0.9276 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.4307 0.4449 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM94068 4 0.5887 -0.0138 0.100 0.424 0.000 0.476 0.000
#> GSM94069 1 0.4304 0.4824 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM94070 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94072 1 0.4287 0.5281 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> GSM94073 3 0.3999 0.7494 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM94074 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94075 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94155 1 0.4305 0.4737 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> GSM94156 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.2648 0.6472 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM94160 5 0.4307 -0.4742 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM94161 1 0.4278 0.5383 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM94162 3 0.3999 0.7494 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM94163 4 0.1608 0.8664 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM94164 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94165 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94166 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94167 4 0.0963 0.8791 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM94168 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94169 3 0.0404 0.8099 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM94170 1 0.2329 0.6444 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM94171 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94172 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94173 4 0.2127 0.8487 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM94174 1 0.2280 0.5462 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM94175 4 0.3910 0.7022 0.008 0.000 0.272 0.720 0.000
#> GSM94176 1 0.2329 0.5406 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.4278 0.5383 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM94178 4 0.2020 0.8499 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM98767 1 0.4235 0.5642 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> GSM98768 1 0.4262 0.5517 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> GSM98769 3 0.4015 0.7457 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.4278 0.5383 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM98771 4 0.1197 0.8765 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM98772 1 0.3143 0.6435 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM98773 3 0.2773 0.8114 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> GSM98774 3 0.4015 0.7457 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM98775 1 0.4304 0.4824 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> GSM98776 1 0.2439 0.6434 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120
#> GSM98777 3 0.1117 0.7991 0.020 0.000 0.964 0.016 0.000
#> GSM98778 3 0.3966 0.7580 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM98779 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98780 1 0.4278 0.5383 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> GSM98781 3 0.3999 0.7494 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> GSM98782 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98783 1 0.2471 0.6460 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM98784 5 0.0000 0.9431 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98871 2 0.1197 0.9510 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.1608 0.9409 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9613 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.5446 0.5620 0.100 0.628 0.000 0.272 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94077 3 0.1267 0.844 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM94078 5 0.2948 0.783 0.000 0.000 0.188 0.000 0.804 0.008
#> GSM94079 3 0.1844 0.845 0.024 0.000 0.924 0.000 0.048 0.004
#> GSM94080 2 0.6074 0.668 0.000 0.592 0.008 0.172 0.036 0.192
#> GSM94081 3 0.1686 0.839 0.000 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> GSM94082 5 0.2945 0.793 0.000 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020
#> GSM94083 3 0.2201 0.833 0.056 0.000 0.904 0.000 0.036 0.004
#> GSM94084 4 0.2053 0.864 0.000 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> GSM94085 5 0.2006 0.815 0.000 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004
#> GSM94086 3 0.4300 0.550 0.000 0.000 0.640 0.000 0.324 0.036
#> GSM94087 3 0.3081 0.656 0.220 0.000 0.776 0.000 0.000 0.004
#> GSM94088 3 0.1471 0.844 0.000 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM94089 4 0.2003 0.859 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.2692 0.786 0.000 0.000 0.840 0.000 0.148 0.012
#> GSM94092 3 0.1367 0.846 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000
#> GSM94093 3 0.3023 0.668 0.212 0.000 0.784 0.000 0.000 0.004
#> GSM94094 5 0.2487 0.811 0.000 0.000 0.092 0.000 0.876 0.032
#> GSM94095 3 0.4079 0.618 0.000 0.000 0.680 0.000 0.288 0.032
#> GSM94096 5 0.2883 0.648 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM94097 3 0.1194 0.846 0.008 0.000 0.956 0.000 0.032 0.004
#> GSM94098 3 0.1462 0.843 0.000 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> GSM94099 3 0.1957 0.799 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> GSM94100 4 0.1594 0.886 0.000 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016
#> GSM94101 4 0.1387 0.885 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM94102 5 0.4024 0.627 0.000 0.000 0.004 0.220 0.732 0.044
#> GSM94103 5 0.2402 0.806 0.000 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> GSM94104 5 0.3940 0.429 0.000 0.000 0.000 0.348 0.640 0.012
#> GSM94105 3 0.3101 0.788 0.000 0.000 0.820 0.000 0.148 0.032
#> GSM94106 4 0.1657 0.885 0.000 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016
#> GSM94107 3 0.4186 0.580 0.000 0.000 0.656 0.000 0.312 0.032
#> GSM94108 4 0.1387 0.885 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM94109 4 0.1983 0.878 0.000 0.000 0.000 0.908 0.072 0.020
#> GSM94110 5 0.1957 0.816 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM94111 4 0.2122 0.874 0.000 0.000 0.000 0.900 0.076 0.024
#> GSM94112 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 5 0.2402 0.806 0.000 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> GSM94114 3 0.4330 0.532 0.000 0.000 0.632 0.000 0.332 0.036
#> GSM94115 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94116 3 0.1267 0.844 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM94117 1 0.3360 0.683 0.732 0.000 0.264 0.000 0.000 0.004
#> GSM94118 5 0.4176 0.288 0.000 0.000 0.000 0.404 0.580 0.016
#> GSM94119 4 0.1265 0.873 0.000 0.000 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM94120 5 0.1340 0.814 0.000 0.000 0.040 0.008 0.948 0.004
#> GSM94121 5 0.1503 0.811 0.000 0.000 0.032 0.016 0.944 0.008
#> GSM94122 4 0.1219 0.867 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM94123 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94124 5 0.1390 0.811 0.000 0.000 0.032 0.016 0.948 0.004
#> GSM94125 2 0.3423 0.865 0.000 0.808 0.008 0.000 0.036 0.148
#> GSM94126 1 0.2772 0.782 0.816 0.000 0.180 0.000 0.000 0.004
#> GSM94127 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94128 5 0.2101 0.809 0.000 0.000 0.052 0.008 0.912 0.028
#> GSM94129 5 0.2743 0.789 0.000 0.000 0.164 0.000 0.828 0.008
#> GSM94130 1 0.0713 0.850 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94133 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1141 0.844 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 5 0.2848 0.778 0.000 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> GSM94136 1 0.0458 0.851 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.1826 0.846 0.020 0.000 0.924 0.000 0.052 0.004
#> GSM94138 1 0.3323 0.708 0.752 0.000 0.240 0.000 0.000 0.008
#> GSM94139 4 0.1327 0.886 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM94140 5 0.3071 0.796 0.000 0.000 0.180 0.000 0.804 0.016
#> GSM94141 5 0.4250 0.130 0.000 0.000 0.000 0.456 0.528 0.016
#> GSM94142 6 0.4136 0.717 0.428 0.000 0.012 0.000 0.000 0.560
#> GSM94143 5 0.3938 0.491 0.000 0.000 0.012 0.312 0.672 0.004
#> GSM94144 5 0.4332 0.782 0.000 0.000 0.144 0.060 0.760 0.036
#> GSM94145 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94146 1 0.3314 0.686 0.740 0.000 0.256 0.000 0.000 0.004
#> GSM94147 3 0.1353 0.842 0.012 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012
#> GSM94148 1 0.0547 0.851 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 5 0.3109 0.633 0.000 0.000 0.000 0.224 0.772 0.004
#> GSM98786 3 0.1528 0.840 0.012 0.000 0.944 0.000 0.028 0.016
#> GSM98787 5 0.2201 0.815 0.000 0.000 0.076 0.000 0.896 0.028
#> GSM98788 3 0.1151 0.842 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM98789 5 0.3853 0.671 0.000 0.000 0.304 0.000 0.680 0.016
#> GSM98790 4 0.3231 0.753 0.000 0.000 0.000 0.784 0.200 0.016
#> GSM98791 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 5 0.2877 0.805 0.000 0.000 0.168 0.000 0.820 0.012
#> GSM98793 1 0.3050 0.723 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 6 0.3690 0.925 0.308 0.000 0.000 0.000 0.008 0.684
#> GSM98795 3 0.3420 0.628 0.240 0.000 0.748 0.000 0.000 0.012
#> GSM98796 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM98797 4 0.1594 0.886 0.000 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016
#> GSM98798 4 0.0820 0.888 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012
#> GSM98799 4 0.1152 0.872 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM98800 5 0.3018 0.801 0.000 0.000 0.168 0.004 0.816 0.012
#> GSM98801 4 0.2527 0.852 0.000 0.000 0.000 0.868 0.108 0.024
#> GSM94019 5 0.1340 0.814 0.000 0.000 0.040 0.008 0.948 0.004
#> GSM94020 2 0.5958 0.691 0.000 0.608 0.008 0.156 0.036 0.192
#> GSM94021 1 0.0146 0.847 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94022 5 0.3551 0.745 0.000 0.000 0.192 0.000 0.772 0.036
#> GSM94023 3 0.2869 0.795 0.000 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> GSM94024 5 0.3176 0.784 0.000 0.000 0.156 0.000 0.812 0.032
#> GSM94025 1 0.3534 0.249 0.716 0.000 0.000 0.000 0.008 0.276
#> GSM94026 4 0.3529 0.726 0.000 0.000 0.000 0.764 0.208 0.028
#> GSM94027 1 0.2100 0.817 0.884 0.000 0.112 0.000 0.000 0.004
#> GSM94028 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 5 0.3490 0.763 0.000 0.000 0.176 0.000 0.784 0.040
#> GSM94030 3 0.3454 0.736 0.000 0.000 0.768 0.000 0.208 0.024
#> GSM94031 4 0.3800 0.733 0.000 0.000 0.008 0.764 0.036 0.192
#> GSM94032 5 0.3041 0.798 0.000 0.000 0.128 0.000 0.832 0.040
#> GSM94033 4 0.0458 0.887 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM94034 3 0.2790 0.801 0.000 0.000 0.840 0.000 0.140 0.020
#> GSM94035 4 0.1895 0.879 0.000 0.000 0.000 0.912 0.072 0.016
#> GSM94036 3 0.4203 0.573 0.000 0.000 0.652 0.000 0.316 0.032
#> GSM94037 1 0.0363 0.841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94038 2 0.3423 0.865 0.000 0.808 0.008 0.000 0.036 0.148
#> GSM94039 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.2823 0.759 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94042 4 0.3800 0.733 0.000 0.000 0.008 0.764 0.036 0.192
#> GSM94043 4 0.0713 0.888 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM94044 4 0.1152 0.872 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> GSM94045 1 0.0363 0.841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94046 1 0.0363 0.841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94047 3 0.1679 0.838 0.012 0.000 0.936 0.000 0.036 0.016
#> GSM94048 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94049 3 0.2613 0.759 0.140 0.000 0.848 0.000 0.000 0.012
#> GSM94050 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94051 3 0.1353 0.842 0.012 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012
#> GSM94052 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94053 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.1387 0.841 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94056 3 0.3014 0.700 0.184 0.000 0.804 0.000 0.000 0.012
#> GSM94057 2 0.0146 0.916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94058 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94059 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94060 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94062 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.4131 0.268 0.000 0.000 0.600 0.000 0.384 0.016
#> GSM94064 2 0.3704 0.862 0.000 0.800 0.008 0.008 0.040 0.144
#> GSM94065 1 0.0363 0.841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94066 2 0.4917 0.801 0.000 0.708 0.008 0.056 0.036 0.192
#> GSM94067 1 0.0725 0.838 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM94068 4 0.6046 0.451 0.000 0.168 0.008 0.596 0.036 0.192
#> GSM94069 1 0.0363 0.841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM94070 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94072 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.1353 0.842 0.012 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012
#> GSM94074 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94075 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94155 1 0.0725 0.838 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM94156 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3101 0.724 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0725 0.838 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> GSM94161 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.1353 0.842 0.012 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012
#> GSM94163 4 0.1285 0.866 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> GSM94164 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94165 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94166 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94167 4 0.0632 0.888 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM94168 6 0.4097 0.588 0.488 0.000 0.000 0.000 0.008 0.504
#> GSM94169 5 0.3740 0.760 0.000 0.000 0.228 0.000 0.740 0.032
#> GSM94170 1 0.3398 0.704 0.740 0.000 0.252 0.000 0.000 0.008
#> GSM94171 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM94172 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM94173 4 0.2691 0.820 0.000 0.000 0.008 0.872 0.032 0.088
#> GSM94174 3 0.1802 0.816 0.072 0.000 0.916 0.000 0.000 0.012
#> GSM94175 5 0.3684 0.461 0.000 0.000 0.000 0.332 0.664 0.004
#> GSM94176 3 0.2730 0.748 0.152 0.000 0.836 0.000 0.000 0.012
#> GSM94177 1 0.0260 0.846 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94178 4 0.3800 0.733 0.000 0.000 0.008 0.764 0.036 0.192
#> GSM98767 1 0.0937 0.847 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0458 0.851 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.1353 0.842 0.012 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012
#> GSM98770 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.0458 0.887 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM98772 1 0.2912 0.746 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.4299 0.587 0.000 0.000 0.652 0.000 0.308 0.040
#> GSM98774 3 0.1353 0.842 0.012 0.000 0.952 0.000 0.024 0.012
#> GSM98775 1 0.0363 0.841 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98776 1 0.3323 0.708 0.752 0.000 0.240 0.000 0.000 0.008
#> GSM98777 5 0.2946 0.799 0.000 0.000 0.176 0.000 0.812 0.012
#> GSM98778 3 0.2450 0.817 0.000 0.000 0.868 0.000 0.116 0.016
#> GSM98779 6 0.3468 0.975 0.264 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728
#> GSM98780 1 0.0000 0.849 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.0984 0.843 0.008 0.000 0.968 0.000 0.012 0.012
#> GSM98782 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM98783 1 0.3050 0.722 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> GSM98784 6 0.3221 0.976 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM98871 2 0.3423 0.865 0.000 0.808 0.008 0.000 0.036 0.148
#> GSM98872 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4093 0.854 0.000 0.780 0.008 0.024 0.040 0.148
#> GSM98874 2 0.0000 0.917 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.6128 0.425 0.000 0.180 0.008 0.584 0.036 0.192
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:kmeans 192 2.50e-03 2
#> ATC:kmeans 188 1.76e-10 3
#> ATC:kmeans 192 1.01e-10 4
#> ATC:kmeans 181 1.52e-08 5
#> ATC:kmeans 183 7.27e-08 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.992 0.4887 0.511 0.511
#> 3 3 0.976 0.961 0.981 0.2238 0.864 0.740
#> 4 4 0.968 0.929 0.972 0.0649 0.959 0.898
#> 5 5 0.866 0.845 0.902 0.0830 0.938 0.829
#> 6 6 0.755 0.747 0.859 0.0549 0.977 0.927
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94078 2 0.6973 0.7665 0.188 0.812
#> GSM94079 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94082 2 0.6148 0.8173 0.152 0.848
#> GSM94083 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94095 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94103 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94104 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94111 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94114 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94129 1 0.9608 0.3682 0.616 0.384
#> GSM94130 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0938 0.9823 0.988 0.012
#> GSM94136 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94140 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94144 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98787 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98788 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.5294 0.8605 0.880 0.120
#> GSM98790 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98792 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94024 2 0.0938 0.9778 0.012 0.988
#> GSM94025 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.5946 0.8292 0.856 0.144
#> GSM94030 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94032 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94169 2 1.0000 0.0131 0.496 0.504
#> GSM94170 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9940 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9891 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94078 3 0.5455 0.741 0.184 0.028 0.788
#> GSM94079 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 1 0.2959 0.887 0.900 0.000 0.100
#> GSM94082 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94085 3 0.4796 0.743 0.000 0.220 0.780
#> GSM94086 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 1 0.2796 0.897 0.908 0.000 0.092
#> GSM94099 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94103 3 0.4702 0.751 0.000 0.212 0.788
#> GSM94104 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94105 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94110 3 0.6180 0.421 0.000 0.416 0.584
#> GSM94111 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.4974 0.725 0.000 0.236 0.764
#> GSM94114 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94120 3 0.6168 0.431 0.000 0.412 0.588
#> GSM94121 3 0.6168 0.431 0.000 0.412 0.588
#> GSM94122 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 2 0.2537 0.898 0.000 0.920 0.080
#> GSM94125 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5968 0.531 0.000 0.364 0.636
#> GSM94129 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94140 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94144 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98787 2 0.5529 0.507 0.000 0.704 0.296
#> GSM98788 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0424 0.987 0.992 0.008 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.3267 0.821 0.000 0.116 0.884
#> GSM98793 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98800 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98801 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94023 3 0.4062 0.764 0.164 0.000 0.836
#> GSM94024 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94030 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94034 3 0.0892 0.875 0.020 0.000 0.980
#> GSM94035 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94036 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.4291 0.789 0.008 0.152 0.840
#> GSM94170 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.3879 0.823 0.848 0.000 0.152
#> GSM98779 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 1 0.2831 0.8595 0.876 0.120 0.004 0.000
#> GSM94078 2 0.0188 0.8083 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94079 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94080 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.6961 0.0596 0.496 0.116 0.388 0.000
#> GSM94082 2 0.0921 0.7981 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM94083 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94084 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 2 0.0524 0.8072 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM94086 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94088 1 0.3355 0.8114 0.836 0.160 0.004 0.000
#> GSM94089 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.5088 0.3025 0.572 0.424 0.004 0.000
#> GSM94092 1 0.1004 0.9580 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM94093 1 0.0188 0.9773 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94095 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94096 4 0.0188 0.9881 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM94097 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94098 1 0.5193 0.2694 0.580 0.008 0.412 0.000
#> GSM94099 1 0.0524 0.9717 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM94100 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 2 0.0188 0.8083 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94104 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.0188 0.9030 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94106 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.0188 0.8083 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94111 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94113 2 0.0188 0.8083 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94114 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 1 0.2831 0.8595 0.876 0.120 0.004 0.000
#> GSM94117 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94118 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.6607 0.4627 0.000 0.536 0.088 0.376
#> GSM94121 2 0.6708 0.4558 0.000 0.528 0.096 0.376
#> GSM94122 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 2 0.4905 0.5246 0.000 0.632 0.004 0.364
#> GSM94125 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5028 0.2437 0.000 0.004 0.596 0.400
#> GSM94129 2 0.0188 0.8083 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 2 0.0188 0.8083 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0524 0.9717 0.988 0.008 0.004 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98787 4 0.4877 0.2823 0.000 0.000 0.408 0.592
#> GSM98788 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98789 2 0.0336 0.8028 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM98790 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 2 0.3037 0.7441 0.000 0.880 0.100 0.020
#> GSM98793 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.4477 0.5816 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM98801 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 4 0.0188 0.9879 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM94020 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94022 3 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94023 3 0.3933 0.6016 0.200 0.008 0.792 0.000
#> GSM94024 3 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94025 1 0.0188 0.9773 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.0188 0.9877 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM94027 1 0.0376 0.9746 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM94028 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94029 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94030 3 0.0336 0.8986 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94032 3 0.0188 0.9038 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94033 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.1661 0.8409 0.052 0.004 0.944 0.000
#> GSM94035 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94039 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94043 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0188 0.9769 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94057 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94063 2 0.0188 0.8060 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM94064 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 2 0.4500 0.6589 0.000 0.776 0.192 0.032
#> GSM94170 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94175 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.9055 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98777 2 0.3266 0.7057 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM98778 3 0.2973 0.7031 0.144 0.000 0.856 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9798 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98872 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98873 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98874 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98875 4 0.0000 0.9922 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 5 0.6675 0.743 0.312 0.000 0.020 0.156 0.512
#> GSM94078 4 0.0000 0.751 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94079 5 0.5111 0.766 0.464 0.000 0.036 0.000 0.500
#> GSM94080 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94081 5 0.7195 0.395 0.168 0.000 0.268 0.056 0.508
#> GSM94082 4 0.0992 0.744 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> GSM94083 5 0.5111 0.766 0.464 0.000 0.036 0.000 0.500
#> GSM94084 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94085 4 0.4210 0.641 0.000 0.004 0.036 0.756 0.204
#> GSM94086 3 0.0000 0.829 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94087 5 0.4747 0.725 0.488 0.000 0.016 0.000 0.496
#> GSM94088 5 0.6792 0.692 0.276 0.000 0.020 0.192 0.512
#> GSM94089 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94090 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.6542 0.658 0.264 0.000 0.004 0.224 0.508
#> GSM94092 5 0.5257 0.776 0.452 0.000 0.016 0.020 0.512
#> GSM94093 1 0.4562 -0.724 0.500 0.000 0.008 0.000 0.492
#> GSM94094 3 0.3814 0.648 0.000 0.000 0.720 0.004 0.276
#> GSM94095 3 0.2561 0.763 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM94096 2 0.1668 0.910 0.000 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM94097 5 0.4746 0.728 0.480 0.000 0.016 0.000 0.504
#> GSM94098 5 0.6194 0.233 0.148 0.000 0.352 0.000 0.500
#> GSM94099 5 0.5090 0.769 0.460 0.000 0.016 0.012 0.512
#> GSM94100 2 0.2732 0.818 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM94101 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94102 2 0.4503 0.652 0.000 0.704 0.040 0.000 0.256
#> GSM94103 4 0.0404 0.752 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94104 2 0.2280 0.858 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM94105 3 0.1043 0.823 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM94106 2 0.0703 0.932 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94107 3 0.1043 0.823 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM94108 2 0.0404 0.940 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94109 2 0.4054 0.691 0.000 0.732 0.020 0.000 0.248
#> GSM94110 4 0.0404 0.752 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94111 2 0.3452 0.722 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM94112 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 4 0.0404 0.752 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM94114 3 0.0000 0.829 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 5 0.6598 0.758 0.328 0.000 0.020 0.140 0.512
#> GSM94117 1 0.3565 0.544 0.800 0.000 0.024 0.000 0.176
#> GSM94118 2 0.0880 0.928 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM94119 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94120 4 0.7399 0.453 0.000 0.260 0.044 0.452 0.244
#> GSM94121 4 0.7484 0.446 0.000 0.252 0.048 0.440 0.260
#> GSM94122 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.6186 0.468 0.000 0.336 0.000 0.512 0.152
#> GSM94125 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2959 0.812 0.864 0.000 0.036 0.000 0.100
#> GSM94127 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.6323 0.389 0.000 0.184 0.544 0.004 0.268
#> GSM94129 4 0.0162 0.752 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94130 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94135 4 0.0162 0.752 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94136 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94137 5 0.5789 0.787 0.428 0.000 0.060 0.012 0.500
#> GSM94138 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94140 2 0.5170 0.405 0.000 0.552 0.028 0.008 0.412
#> GSM94141 2 0.1965 0.881 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM94142 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.1851 0.884 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM94144 2 0.3300 0.769 0.000 0.792 0.004 0.000 0.204
#> GSM94145 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94147 1 0.1043 0.910 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94148 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM98785 2 0.1908 0.881 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM98786 1 0.1502 0.885 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM98787 3 0.6369 0.343 0.000 0.148 0.480 0.004 0.368
#> GSM98788 1 0.1544 0.918 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM98789 4 0.4003 0.618 0.008 0.000 0.000 0.704 0.288
#> GSM98790 2 0.1671 0.902 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM98791 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 4 0.3563 0.692 0.000 0.000 0.012 0.780 0.208
#> GSM98793 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM98796 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0290 0.941 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM98798 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98799 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM98800 4 0.5751 0.467 0.000 0.364 0.000 0.540 0.096
#> GSM98801 2 0.3366 0.737 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM94019 2 0.4527 0.642 0.000 0.696 0.028 0.004 0.272
#> GSM94020 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.2625 0.749 0.876 0.000 0.016 0.000 0.108
#> GSM94022 3 0.0671 0.823 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM94023 3 0.4960 0.529 0.064 0.000 0.668 0.000 0.268
#> GSM94024 3 0.0865 0.820 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM94025 1 0.1168 0.902 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> GSM94026 2 0.4372 0.665 0.000 0.712 0.024 0.004 0.260
#> GSM94027 1 0.2448 0.861 0.892 0.000 0.020 0.000 0.088
#> GSM94028 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1041 0.818 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM94030 3 0.1331 0.821 0.008 0.000 0.952 0.000 0.040
#> GSM94031 2 0.0404 0.939 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94032 3 0.3550 0.681 0.000 0.000 0.760 0.004 0.236
#> GSM94033 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94034 3 0.2305 0.798 0.012 0.000 0.896 0.000 0.092
#> GSM94035 2 0.0703 0.932 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94036 3 0.0162 0.829 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94037 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94038 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94041 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94043 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94044 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94045 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94046 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94047 1 0.3692 0.631 0.812 0.000 0.000 0.136 0.052
#> GSM94048 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.1341 0.923 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM94050 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.1608 0.908 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM94052 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94055 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0162 0.941 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94057 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.0609 0.748 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94064 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.1043 0.933 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94068 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.1121 0.905 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM94074 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.1121 0.932 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM94156 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94160 1 0.1043 0.933 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94161 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.1478 0.915 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM94163 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94164 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.1043 0.933 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM94166 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94168 1 0.0880 0.936 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM94169 4 0.5665 0.595 0.000 0.008 0.124 0.648 0.220
#> GSM94170 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94171 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.1197 0.900 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94175 2 0.1908 0.881 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM94176 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM94177 1 0.0794 0.938 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94178 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.1478 0.915 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM98770 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM98771 2 0.0290 0.942 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM98772 1 0.0703 0.939 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM98773 3 0.0609 0.828 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM98774 1 0.1478 0.915 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM98775 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0510 0.941 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM98777 4 0.5073 0.613 0.000 0.212 0.000 0.688 0.100
#> GSM98778 3 0.4159 0.558 0.156 0.000 0.776 0.000 0.068
#> GSM98779 1 0.1043 0.933 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM98780 1 0.1043 0.933 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM98781 1 0.1341 0.923 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM98782 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.1197 0.929 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM98784 1 0.0000 0.943 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0162 0.942 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM98874 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.944 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 2 0.2920 0.8543 0.168 0.820 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94078 6 0.4878 0.0966 0.000 0.060 0.000 0.000 0.424 0.516
#> GSM94079 2 0.3420 0.8796 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM94080 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 2 0.3946 0.7237 0.088 0.772 0.136 0.000 0.000 0.004
#> GSM94082 6 0.5444 0.0483 0.000 0.068 0.020 0.000 0.428 0.484
#> GSM94083 2 0.3420 0.8796 0.240 0.748 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM94084 4 0.1204 0.8809 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM94085 6 0.2790 0.0727 0.000 0.020 0.008 0.000 0.116 0.856
#> GSM94086 3 0.0000 0.8460 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94087 2 0.3175 0.8647 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94088 2 0.3056 0.8457 0.160 0.820 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM94089 4 0.0865 0.8893 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94090 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 2 0.3450 0.8239 0.148 0.808 0.000 0.000 0.032 0.012
#> GSM94092 2 0.3052 0.8809 0.216 0.780 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94093 2 0.3266 0.8400 0.272 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.4853 0.3118 0.000 0.016 0.512 0.000 0.028 0.444
#> GSM94095 3 0.2320 0.7697 0.000 0.132 0.864 0.000 0.000 0.004
#> GSM94096 4 0.2597 0.7666 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM94097 2 0.3151 0.8659 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94098 2 0.4233 0.6855 0.080 0.736 0.180 0.000 0.000 0.004
#> GSM94099 2 0.3076 0.8782 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94100 4 0.3437 0.6776 0.000 0.008 0.000 0.752 0.004 0.236
#> GSM94101 4 0.0790 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM94102 4 0.4770 0.2672 0.000 0.008 0.020 0.528 0.008 0.436
#> GSM94103 6 0.4857 0.1067 0.000 0.060 0.000 0.000 0.408 0.532
#> GSM94104 4 0.3288 0.6437 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM94105 3 0.0713 0.8431 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM94106 4 0.1411 0.8708 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> GSM94107 3 0.0632 0.8440 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0865 0.8893 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94109 4 0.4564 0.3590 0.000 0.008 0.012 0.568 0.008 0.404
#> GSM94110 6 0.4831 0.1000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.392 0.548
#> GSM94111 4 0.4203 0.4192 0.000 0.008 0.000 0.596 0.008 0.388
#> GSM94112 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 6 0.4857 0.1067 0.000 0.060 0.000 0.000 0.408 0.532
#> GSM94114 3 0.0000 0.8460 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 2 0.2778 0.8553 0.168 0.824 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94117 1 0.2912 0.6271 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94118 4 0.1075 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM94119 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94120 6 0.3550 0.1120 0.000 0.000 0.020 0.156 0.024 0.800
#> GSM94121 6 0.3436 0.0991 0.000 0.000 0.020 0.136 0.028 0.816
#> GSM94122 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 6 0.4382 0.0699 0.000 0.000 0.000 0.228 0.076 0.696
#> GSM94125 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.3366 0.8435 0.832 0.100 0.016 0.000 0.052 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 6 0.6060 -0.1069 0.000 0.008 0.380 0.148 0.008 0.456
#> GSM94129 6 0.4882 0.0938 0.000 0.060 0.000 0.000 0.428 0.512
#> GSM94130 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.3552 0.8216 0.800 0.116 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM94135 6 0.4882 0.0938 0.000 0.060 0.000 0.000 0.428 0.512
#> GSM94136 1 0.3552 0.8216 0.800 0.116 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM94137 2 0.3753 0.8812 0.220 0.748 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM94138 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94140 5 0.6730 0.0962 0.000 0.056 0.012 0.128 0.444 0.360
#> GSM94141 4 0.3268 0.7616 0.000 0.000 0.000 0.812 0.144 0.044
#> GSM94142 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.3245 0.7391 0.000 0.000 0.000 0.800 0.172 0.028
#> GSM94144 4 0.5588 0.3362 0.000 0.024 0.000 0.572 0.304 0.100
#> GSM94145 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.3698 0.8130 0.788 0.116 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM94147 1 0.2709 0.7822 0.848 0.020 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM94148 1 0.2647 0.8611 0.868 0.088 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM98785 4 0.3284 0.7396 0.000 0.000 0.000 0.800 0.168 0.032
#> GSM98786 1 0.3053 0.7190 0.812 0.020 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM98787 6 0.6912 -0.0980 0.000 0.016 0.300 0.040 0.200 0.444
#> GSM98788 1 0.4104 0.7822 0.748 0.148 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM98789 5 0.4710 0.3610 0.004 0.208 0.000 0.000 0.684 0.104
#> GSM98790 4 0.2730 0.7630 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM98791 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 5 0.4151 0.3483 0.000 0.040 0.000 0.000 0.684 0.276
#> GSM98793 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.3698 0.8130 0.788 0.116 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0777 0.8909 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM98798 4 0.0260 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM98799 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM98800 4 0.5980 -0.2918 0.000 0.000 0.000 0.400 0.372 0.228
#> GSM98801 4 0.4088 0.4923 0.000 0.008 0.000 0.636 0.008 0.348
#> GSM94019 6 0.4615 -0.1734 0.000 0.008 0.016 0.460 0.004 0.512
#> GSM94020 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.2135 0.7746 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.0790 0.8375 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM94023 3 0.4016 0.5557 0.020 0.292 0.684 0.000 0.000 0.004
#> GSM94024 3 0.0937 0.8337 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM94025 1 0.0547 0.8871 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.4755 0.2968 0.000 0.008 0.020 0.540 0.008 0.424
#> GSM94027 1 0.3227 0.8502 0.840 0.096 0.012 0.000 0.052 0.000
#> GSM94028 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0865 0.8365 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM94030 3 0.0858 0.8424 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM94031 4 0.0547 0.8959 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM94032 3 0.3861 0.5366 0.000 0.008 0.672 0.000 0.004 0.316
#> GSM94033 4 0.0363 0.9008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94034 3 0.1707 0.8230 0.012 0.056 0.928 0.000 0.004 0.000
#> GSM94035 4 0.1471 0.8687 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> GSM94036 3 0.0146 0.8464 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM94037 1 0.2837 0.8550 0.856 0.088 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94038 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.3552 0.8216 0.800 0.116 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94043 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94044 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94045 1 0.2680 0.8611 0.868 0.076 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94046 1 0.3352 0.8322 0.816 0.112 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM94047 1 0.4300 0.3774 0.640 0.036 0.000 0.000 0.324 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.3787 0.8064 0.780 0.120 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.4499 0.7346 0.708 0.140 0.000 0.000 0.152 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.3602 0.8190 0.796 0.116 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0146 0.8960 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94057 4 0.0260 0.9003 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94058 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.4981 -0.1453 0.000 0.068 0.000 0.000 0.496 0.436
#> GSM94064 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.2250 0.8729 0.896 0.064 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94068 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.2278 0.7887 0.868 0.004 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.2474 0.8664 0.880 0.080 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94156 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.3602 0.8190 0.796 0.116 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM94160 1 0.1950 0.8791 0.912 0.064 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.4316 0.7547 0.728 0.144 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM94163 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94164 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.2106 0.8759 0.904 0.064 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94168 1 0.1398 0.8872 0.940 0.052 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94169 5 0.4021 0.4046 0.000 0.068 0.028 0.000 0.788 0.116
#> GSM94170 1 0.3602 0.8190 0.796 0.116 0.000 0.000 0.088 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.2431 0.7796 0.860 0.008 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM94175 4 0.3094 0.7700 0.000 0.000 0.000 0.824 0.140 0.036
#> GSM94176 1 0.3552 0.8216 0.800 0.116 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM94177 1 0.1398 0.8874 0.940 0.052 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.4354 0.7508 0.724 0.144 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM98770 1 0.3241 0.8370 0.824 0.112 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM98771 4 0.0458 0.8988 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM98772 1 0.0937 0.8917 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 3 0.0520 0.8462 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> GSM98774 1 0.4316 0.7547 0.728 0.144 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.1141 0.8895 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98777 5 0.5757 0.1364 0.000 0.000 0.000 0.180 0.468 0.352
#> GSM98778 3 0.6021 0.4064 0.112 0.148 0.620 0.000 0.120 0.000
#> GSM98779 1 0.2554 0.8646 0.876 0.076 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM98780 1 0.1625 0.8838 0.928 0.060 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM98781 1 0.4001 0.7882 0.760 0.128 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.3552 0.8216 0.800 0.116 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.8980 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 4 0.0458 0.8970 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM98874 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.0000 0.9027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:skmeans 190 1.17e-03 2
#> ATC:skmeans 189 5.66e-03 3
#> ATC:skmeans 185 1.68e-03 4
#> ATC:skmeans 182 5.32e-06 5
#> ATC:skmeans 162 2.55e-06 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.975 0.990 0.4547 0.546 0.546
#> 3 3 0.709 0.891 0.942 0.3612 0.616 0.419
#> 4 4 0.952 0.943 0.978 0.1618 0.792 0.528
#> 5 5 0.829 0.813 0.868 0.0486 0.981 0.932
#> 6 6 0.755 0.640 0.779 0.0658 0.914 0.694
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM94083 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.8016 0.6739 0.756 0.244
#> GSM94086 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94094 2 0.9710 0.3317 0.400 0.600
#> GSM94095 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94103 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM94104 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94105 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94110 2 0.9686 0.3426 0.396 0.604
#> GSM94111 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0672 0.9843 0.992 0.008
#> GSM94114 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94119 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94120 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94121 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94122 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94128 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94129 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM94141 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94144 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM94145 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98786 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.9977 0.0933 0.528 0.472
#> GSM98788 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM98793 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98800 1 0.6887 0.7711 0.816 0.184
#> GSM98801 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94019 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM94025 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.5059 0.8694 0.888 0.112
#> GSM94033 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM94170 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM94176 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.0376 0.9881 0.996 0.004
#> GSM98778 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9914 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9875 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM94078 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 3 0.304 0.837 0.104 0.000 0.896
#> GSM94080 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94082 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94083 3 0.355 0.809 0.132 0.000 0.868
#> GSM94084 3 0.455 0.788 0.000 0.200 0.800
#> GSM94085 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94086 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94087 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM94088 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM94089 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM94090 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM94092 3 0.319 0.829 0.112 0.000 0.888
#> GSM94093 1 0.470 0.772 0.788 0.000 0.212
#> GSM94094 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94095 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94096 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 3 0.129 0.887 0.032 0.000 0.968
#> GSM94098 3 0.129 0.887 0.032 0.000 0.968
#> GSM94099 3 0.440 0.742 0.188 0.000 0.812
#> GSM94100 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94101 3 0.465 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM94102 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94103 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM94105 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM94106 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94107 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94108 3 0.465 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM94109 3 0.465 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM94110 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.440 0.799 0.000 0.188 0.812
#> GSM94112 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94115 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM94117 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94118 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM94119 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94120 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94123 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94127 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94129 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94130 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94136 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.355 0.809 0.132 0.000 0.868
#> GSM94138 1 0.304 0.868 0.896 0.000 0.104
#> GSM94139 3 0.475 0.774 0.000 0.216 0.784
#> GSM94140 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94141 3 0.369 0.832 0.000 0.140 0.860
#> GSM94142 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.141 0.886 0.000 0.036 0.964
#> GSM94144 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM94147 3 0.312 0.833 0.108 0.000 0.892
#> GSM94148 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.312 0.833 0.108 0.000 0.892
#> GSM98787 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98788 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM98789 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98790 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM98791 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98793 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM98794 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.522 0.711 0.740 0.000 0.260
#> GSM98796 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM98798 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM98799 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM98800 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM94019 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94021 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94023 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM94024 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94025 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM94027 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94028 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94030 3 0.129 0.887 0.032 0.000 0.968
#> GSM94031 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94032 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94033 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94034 3 0.129 0.887 0.032 0.000 0.968
#> GSM94035 3 0.460 0.785 0.000 0.204 0.796
#> GSM94036 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94037 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.186 0.910 0.948 0.000 0.052
#> GSM94041 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.141 0.957 0.000 0.964 0.036
#> GSM94043 3 0.465 0.781 0.000 0.208 0.792
#> GSM94044 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94045 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.312 0.833 0.108 0.000 0.892
#> GSM94048 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.502 0.738 0.760 0.000 0.240
#> GSM94050 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.319 0.829 0.112 0.000 0.888
#> GSM94052 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM94057 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.327 0.825 0.116 0.000 0.884
#> GSM94074 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM94160 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.319 0.829 0.112 0.000 0.888
#> GSM94163 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94164 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM94168 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM94170 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM94171 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.450 0.726 0.000 0.804 0.196
#> GSM94174 1 0.540 0.683 0.720 0.000 0.280
#> GSM94175 3 0.418 0.811 0.000 0.172 0.828
#> GSM94176 3 0.568 0.509 0.316 0.000 0.684
#> GSM94177 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.116 0.965 0.000 0.972 0.028
#> GSM98767 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.319 0.829 0.112 0.000 0.888
#> GSM98770 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 3 0.480 0.770 0.000 0.220 0.780
#> GSM98772 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM98773 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98774 3 0.319 0.829 0.112 0.000 0.888
#> GSM98775 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM98777 3 0.000 0.898 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.207 0.870 0.060 0.000 0.940
#> GSM98779 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.116 0.889 0.028 0.000 0.972
#> GSM98782 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.465 0.776 0.792 0.000 0.208
#> GSM98784 1 0.000 0.949 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.000 0.989 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94078 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94079 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94081 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94082 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94083 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94084 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.3942 0.682 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM94086 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94087 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94088 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94089 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94092 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94093 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94094 3 0.0336 0.971 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94095 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94096 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94098 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94099 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94100 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94101 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94102 4 0.2281 0.851 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM94103 3 0.0592 0.964 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM94104 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94105 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94106 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94107 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94108 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94109 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94110 4 0.4746 0.424 0.000 0.000 0.368 0.632
#> GSM94111 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.1474 0.929 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM94114 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.2814 0.822 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM94118 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94119 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94120 4 0.3356 0.744 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM94121 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94126 1 0.2704 0.832 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94129 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94138 3 0.2530 0.853 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM94139 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94140 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94141 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94144 3 0.0336 0.971 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94145 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94147 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98787 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98788 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98789 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98790 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98793 3 0.3024 0.815 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98798 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98799 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98800 3 0.4761 0.400 0.000 0.000 0.628 0.372
#> GSM98801 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94019 4 0.4713 0.443 0.000 0.000 0.360 0.640
#> GSM94020 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94021 1 0.2647 0.837 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94022 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94023 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94024 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.2704 0.832 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94030 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94031 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94032 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94033 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94034 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94035 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94036 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.4967 0.163 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94043 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94044 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94047 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 3 0.0707 0.959 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.4925 0.268 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM94069 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94073 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 3 0.2704 0.844 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94162 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94163 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94170 3 0.2704 0.844 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94174 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94175 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94178 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98771 4 0.0000 0.966 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.4790 0.377 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM98773 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98774 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98777 3 0.2647 0.854 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM98778 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.0000 0.977 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.1022 0.947 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.980 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0336 0.973 0.000 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94078 3 0.5855 0.603 0.000 0.000 0.536 0.108 0.356
#> GSM94079 3 0.1732 0.848 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM94080 5 0.5404 0.630 0.000 0.292 0.000 0.088 0.620
#> GSM94081 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94082 3 0.4908 0.698 0.000 0.000 0.608 0.036 0.356
#> GSM94083 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM94084 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94085 3 0.6777 0.206 0.000 0.000 0.372 0.276 0.352
#> GSM94086 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94087 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM94088 3 0.1544 0.850 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94089 4 0.3508 0.760 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM94090 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.2230 0.820 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM94092 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM94093 3 0.1792 0.846 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM94094 3 0.4766 0.747 0.000 0.000 0.708 0.072 0.220
#> GSM94095 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94096 4 0.4109 0.735 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> GSM94097 3 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94098 3 0.1544 0.850 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94099 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM94100 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94101 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94102 4 0.4014 0.751 0.000 0.000 0.016 0.728 0.256
#> GSM94103 3 0.5498 0.649 0.000 0.000 0.568 0.076 0.356
#> GSM94104 4 0.3730 0.743 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM94105 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94106 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94107 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94108 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94109 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94110 4 0.5233 0.659 0.000 0.000 0.076 0.636 0.288
#> GSM94111 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 3 0.5855 0.603 0.000 0.000 0.536 0.108 0.356
#> GSM94114 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94115 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.1544 0.850 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94117 1 0.5394 0.505 0.628 0.000 0.280 0.000 0.092
#> GSM94118 4 0.3039 0.773 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM94119 4 0.1792 0.807 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM94120 4 0.4109 0.735 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> GSM94121 4 0.4109 0.735 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> GSM94122 4 0.2127 0.676 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM94123 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.4109 0.735 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> GSM94125 5 0.4161 0.526 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM94126 1 0.5394 0.505 0.628 0.000 0.280 0.000 0.092
#> GSM94127 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.5379 0.695 0.000 0.000 0.648 0.108 0.244
#> GSM94129 3 0.3756 0.785 0.000 0.000 0.744 0.008 0.248
#> GSM94130 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94131 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94132 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94135 3 0.3835 0.779 0.000 0.000 0.744 0.012 0.244
#> GSM94136 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94137 3 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM94138 3 0.1310 0.841 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM94139 4 0.0162 0.820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94140 3 0.4302 0.731 0.000 0.000 0.720 0.032 0.248
#> GSM94141 4 0.3534 0.758 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> GSM94142 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.3730 0.743 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM94144 3 0.4428 0.715 0.000 0.000 0.700 0.032 0.268
#> GSM94145 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94147 3 0.2329 0.820 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM94148 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98785 4 0.4109 0.735 0.000 0.000 0.012 0.700 0.288
#> GSM98786 3 0.2329 0.820 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> GSM98787 3 0.4302 0.731 0.000 0.000 0.720 0.032 0.248
#> GSM98788 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98789 3 0.4541 0.698 0.000 0.000 0.680 0.032 0.288
#> GSM98790 4 0.0404 0.822 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM98791 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98792 3 0.4541 0.698 0.000 0.000 0.680 0.032 0.288
#> GSM98793 3 0.3488 0.718 0.168 0.000 0.808 0.000 0.024
#> GSM98794 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM98796 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM98798 4 0.0162 0.820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM98799 4 0.0609 0.821 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM98800 3 0.6742 0.127 0.000 0.000 0.412 0.300 0.288
#> GSM98801 4 0.0162 0.822 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94019 4 0.5336 0.648 0.000 0.000 0.084 0.628 0.288
#> GSM94020 5 0.5433 0.633 0.000 0.288 0.000 0.092 0.620
#> GSM94021 1 0.3966 0.730 0.796 0.000 0.132 0.000 0.072
#> GSM94022 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94023 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94024 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94025 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94027 1 0.4417 0.701 0.760 0.000 0.148 0.000 0.092
#> GSM94028 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94030 3 0.1544 0.850 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94031 5 0.4126 0.689 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94032 3 0.0510 0.851 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94033 4 0.0162 0.820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94034 3 0.1544 0.850 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM94035 4 0.0000 0.822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94036 3 0.1608 0.850 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM94037 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94038 5 0.4171 0.520 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM94039 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.4825 0.250 0.568 0.000 0.408 0.000 0.024
#> GSM94041 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 5 0.4126 0.689 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94043 4 0.1792 0.807 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM94044 4 0.0290 0.816 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM94045 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94047 3 0.3480 0.754 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> GSM94048 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94050 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.3424 0.766 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> GSM94052 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94055 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 3 0.1211 0.841 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> GSM94057 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 3 0.3730 0.726 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> GSM94064 5 0.4138 0.537 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM94065 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94066 5 0.4126 0.542 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM94067 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94068 5 0.5156 0.700 0.000 0.060 0.000 0.320 0.620
#> GSM94069 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM94070 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0162 0.950 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94073 3 0.0963 0.847 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94074 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 3 0.4292 0.598 0.272 0.000 0.704 0.000 0.024
#> GSM94160 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94162 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94163 5 0.4126 0.689 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94164 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0162 0.820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM94168 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 3 0.3586 0.743 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM94170 3 0.3241 0.744 0.144 0.000 0.832 0.000 0.024
#> GSM94171 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 5 0.4126 0.689 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM94174 3 0.2471 0.818 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM94175 4 0.3730 0.743 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> GSM94176 3 0.0404 0.847 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94177 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94178 5 0.4126 0.689 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM98767 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98768 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98769 3 0.2966 0.799 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> GSM98770 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98771 4 0.0162 0.820 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM98772 1 0.4682 0.425 0.620 0.000 0.356 0.000 0.024
#> GSM98773 3 0.0162 0.849 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98774 3 0.1908 0.833 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM98775 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98776 3 0.0703 0.844 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM98777 3 0.5613 0.600 0.000 0.000 0.604 0.108 0.288
#> GSM98778 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0865 0.941 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM98781 3 0.0000 0.849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.1579 0.834 0.032 0.000 0.944 0.000 0.024
#> GSM98784 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 5 0.4138 0.537 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM98872 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.6436 -0.394 0.000 0.428 0.000 0.176 0.396
#> GSM98874 2 0.0000 0.946 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 5 0.5558 0.694 0.000 0.112 0.000 0.268 0.620
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.3244 0.5961 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM94078 5 0.3588 0.4445 0.000 0.000 0.180 0.044 0.776 0.000
#> GSM94079 3 0.3595 0.5913 0.000 0.000 0.704 0.000 0.288 0.008
#> GSM94080 6 0.2814 0.8119 0.000 0.172 0.000 0.008 0.000 0.820
#> GSM94081 3 0.3244 0.5961 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM94082 5 0.3652 0.3895 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672 0.000
#> GSM94083 3 0.5059 0.4708 0.000 0.000 0.528 0.000 0.392 0.080
#> GSM94084 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94085 5 0.4352 0.4445 0.000 0.000 0.280 0.052 0.668 0.000
#> GSM94086 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94087 3 0.5025 0.5000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.356 0.084
#> GSM94088 3 0.3244 0.5961 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM94089 4 0.2300 0.7848 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM94090 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.3838 0.1033 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> GSM94092 3 0.5059 0.4708 0.000 0.000 0.528 0.000 0.392 0.080
#> GSM94093 3 0.4767 0.5413 0.000 0.000 0.620 0.000 0.304 0.076
#> GSM94094 3 0.4045 0.4811 0.000 0.000 0.696 0.036 0.268 0.000
#> GSM94095 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94096 5 0.3838 0.1495 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM94097 3 0.0260 0.6353 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94098 3 0.3244 0.5961 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM94099 3 0.5224 0.4102 0.000 0.000 0.468 0.000 0.440 0.092
#> GSM94100 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94101 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94102 4 0.2738 0.7407 0.000 0.000 0.004 0.820 0.176 0.000
#> GSM94103 5 0.4253 0.4409 0.000 0.000 0.284 0.044 0.672 0.000
#> GSM94104 4 0.2631 0.7384 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM94105 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94106 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94107 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94108 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94109 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94110 5 0.5045 0.3368 0.000 0.000 0.084 0.364 0.552 0.000
#> GSM94111 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94112 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94113 5 0.3344 0.4325 0.000 0.000 0.152 0.044 0.804 0.000
#> GSM94114 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.3244 0.5961 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM94117 5 0.6524 -0.3201 0.044 0.000 0.332 0.000 0.448 0.176
#> GSM94118 4 0.2562 0.7497 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM94119 4 0.2278 0.7856 0.000 0.000 0.000 0.868 0.128 0.004
#> GSM94120 5 0.4294 0.1965 0.000 0.000 0.020 0.428 0.552 0.000
#> GSM94121 4 0.4318 0.0643 0.000 0.000 0.020 0.532 0.448 0.000
#> GSM94122 4 0.1007 0.8741 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM94123 1 0.1204 0.8332 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94124 4 0.3840 0.5280 0.000 0.000 0.020 0.696 0.284 0.000
#> GSM94125 6 0.2883 0.7828 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM94126 5 0.6478 -0.3280 0.044 0.000 0.344 0.000 0.448 0.164
#> GSM94127 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.4541 0.2871 0.000 0.000 0.596 0.044 0.360 0.000
#> GSM94129 5 0.3854 0.1111 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM94130 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM94131 1 0.4757 0.7331 0.676 0.000 0.000 0.000 0.180 0.144
#> GSM94132 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94134 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM94135 5 0.3862 -0.0217 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM94136 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM94137 3 0.5052 0.4745 0.000 0.000 0.532 0.000 0.388 0.080
#> GSM94138 3 0.5711 0.3398 0.000 0.000 0.492 0.000 0.328 0.180
#> GSM94139 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94140 3 0.3804 -0.1779 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM94141 5 0.3843 0.1390 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM94142 1 0.1462 0.8326 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM94143 5 0.3838 0.1495 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM94144 5 0.3868 0.3157 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.2250 0.6001 0.000 0.000 0.888 0.000 0.020 0.092
#> GSM94147 3 0.2520 0.5069 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM94148 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM98785 5 0.3838 0.1495 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM98786 3 0.4433 0.0279 0.000 0.000 0.616 0.000 0.344 0.040
#> GSM98787 3 0.3810 -0.1854 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM98788 3 0.0000 0.6338 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98789 5 0.3843 0.3885 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM98790 4 0.0260 0.9149 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM98791 1 0.4923 0.7240 0.656 0.000 0.000 0.000 0.168 0.176
#> GSM98792 5 0.3843 0.3885 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM98793 1 0.7426 0.3173 0.336 0.000 0.156 0.000 0.328 0.180
#> GSM98794 1 0.1657 0.8318 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016
#> GSM98795 3 0.1549 0.6258 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> GSM98796 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98798 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98799 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98800 5 0.5552 0.5199 0.000 0.000 0.252 0.196 0.552 0.000
#> GSM98801 4 0.0146 0.9177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM94019 5 0.4941 0.3136 0.000 0.000 0.072 0.376 0.552 0.000
#> GSM94020 6 0.2814 0.8119 0.000 0.172 0.000 0.008 0.000 0.820
#> GSM94021 1 0.5993 0.3313 0.500 0.000 0.164 0.000 0.320 0.016
#> GSM94022 3 0.1863 0.6471 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM94023 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94024 3 0.2092 0.6441 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94027 5 0.6715 -0.3154 0.060 0.000 0.332 0.000 0.432 0.176
#> GSM94028 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1610 0.6474 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM94030 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94031 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM94032 3 0.0146 0.6337 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94033 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94034 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94035 4 0.0000 0.9197 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94036 3 0.2048 0.6455 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM94037 1 0.2263 0.8252 0.896 0.000 0.000 0.000 0.056 0.048
#> GSM94038 6 0.2941 0.7749 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> GSM94039 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.7140 0.5162 0.464 0.000 0.176 0.000 0.180 0.180
#> GSM94041 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94042 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM94043 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94044 4 0.0260 0.9154 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94045 1 0.1745 0.8310 0.924 0.000 0.000 0.000 0.056 0.020
#> GSM94046 1 0.3869 0.7822 0.772 0.000 0.000 0.000 0.100 0.128
#> GSM94047 5 0.3742 0.3420 0.000 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> GSM94048 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94049 3 0.2094 0.6068 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020 0.080
#> GSM94050 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.4627 -0.0902 0.000 0.000 0.560 0.000 0.396 0.044
#> GSM94052 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.5011 0.7165 0.644 0.000 0.000 0.000 0.180 0.176
#> GSM94055 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 3 0.6083 0.3269 0.016 0.000 0.480 0.000 0.328 0.176
#> GSM94057 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.3843 0.3885 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM94064 6 0.2664 0.8042 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM94065 1 0.2404 0.8190 0.872 0.000 0.000 0.000 0.112 0.016
#> GSM94066 6 0.2631 0.8066 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> GSM94067 1 0.1204 0.8332 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94068 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM94069 1 0.3845 0.7820 0.772 0.000 0.000 0.000 0.140 0.088
#> GSM94070 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.2923 0.8118 0.848 0.000 0.000 0.000 0.100 0.052
#> GSM94073 3 0.1152 0.6243 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM94074 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.2390 0.8230 0.888 0.000 0.000 0.000 0.056 0.056
#> GSM94156 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.7514 0.2088 0.328 0.000 0.312 0.000 0.180 0.180
#> GSM94160 1 0.1462 0.8326 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM94161 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM94162 3 0.1267 0.6201 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM94163 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM94164 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM94168 1 0.1204 0.8332 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM94169 3 0.3843 -0.2438 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM94170 3 0.7497 -0.1143 0.288 0.000 0.352 0.000 0.180 0.180
#> GSM94171 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94173 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM94174 3 0.5501 0.2924 0.000 0.000 0.460 0.000 0.412 0.128
#> GSM94175 5 0.3838 0.1495 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM94176 3 0.1549 0.6242 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> GSM94177 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM94178 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM98767 1 0.5711 0.5697 0.492 0.000 0.000 0.000 0.328 0.180
#> GSM98768 1 0.5660 0.5929 0.512 0.000 0.000 0.000 0.308 0.180
#> GSM98769 3 0.4422 0.2711 0.000 0.000 0.680 0.000 0.252 0.068
#> GSM98770 1 0.4892 0.7263 0.660 0.000 0.000 0.000 0.164 0.176
#> GSM98771 4 0.0146 0.9187 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM98772 1 0.6430 0.5267 0.456 0.000 0.036 0.000 0.328 0.180
#> GSM98773 3 0.0000 0.6338 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98774 3 0.3707 0.4873 0.000 0.000 0.784 0.000 0.136 0.080
#> GSM98775 1 0.4356 0.7586 0.724 0.000 0.000 0.000 0.136 0.140
#> GSM98776 3 0.5720 0.3404 0.000 0.000 0.488 0.000 0.332 0.180
#> GSM98777 5 0.4641 0.4399 0.000 0.000 0.404 0.044 0.552 0.000
#> GSM98778 3 0.0000 0.6338 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.5039 0.7142 0.640 0.000 0.000 0.000 0.180 0.180
#> GSM98781 3 0.0000 0.6338 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 3 0.5749 0.3727 0.032 0.000 0.608 0.000 0.180 0.180
#> GSM98784 1 0.0000 0.8359 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 6 0.2664 0.8042 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> GSM98872 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 6 0.5784 0.2889 0.000 0.404 0.000 0.176 0.000 0.420
#> GSM98874 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 6 0.2631 0.8360 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:pam 189 2.92e-03 2
#> ATC:pam 192 1.22e-11 3
#> ATC:pam 186 2.08e-10 4
#> ATC:pam 187 2.26e-08 5
#> ATC:pam 142 1.10e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.516 0.902 0.900 0.4397 0.557 0.557
#> 3 3 0.830 0.886 0.942 0.4156 0.632 0.433
#> 4 4 0.510 0.650 0.780 0.1134 0.832 0.591
#> 5 5 0.537 0.533 0.690 0.0806 0.887 0.637
#> 6 6 0.569 0.346 0.636 0.0488 0.856 0.502
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94078 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94079 1 0.0938 0.9339 0.988 0.012
#> GSM94080 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94082 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94083 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94084 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94085 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94086 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94087 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94089 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94090 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94092 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94093 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94095 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94096 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94097 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94099 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94100 2 0.0672 0.9409 0.008 0.992
#> GSM94101 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94102 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94103 1 0.5946 0.8720 0.856 0.144
#> GSM94104 1 0.9491 0.4855 0.632 0.368
#> GSM94105 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94106 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94107 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94108 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94109 2 0.9983 0.0465 0.476 0.524
#> GSM94110 1 0.9993 0.1182 0.516 0.484
#> GSM94111 2 0.8955 0.5641 0.312 0.688
#> GSM94112 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.9998 0.0857 0.508 0.492
#> GSM94114 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94115 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94117 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94118 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94119 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94121 1 0.8813 0.6391 0.700 0.300
#> GSM94122 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94123 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94124 2 0.5519 0.8770 0.128 0.872
#> GSM94125 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94127 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94129 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94130 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94135 2 0.5408 0.8818 0.124 0.876
#> GSM94136 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94138 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94141 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94144 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.4431 0.9111 0.908 0.092
#> GSM94148 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM98786 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM98787 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM98788 1 0.1633 0.9313 0.976 0.024
#> GSM98789 1 0.7376 0.7937 0.792 0.208
#> GSM98790 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM98791 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM98793 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98800 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM98801 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94019 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94020 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94023 1 0.8608 0.6691 0.716 0.284
#> GSM94024 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94025 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94026 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94027 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94028 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94030 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94031 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94032 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94033 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94034 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94035 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94036 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94037 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.1633 0.9313 0.976 0.024
#> GSM94042 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.8608 0.6704 0.716 0.284
#> GSM94048 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.2236 0.9283 0.964 0.036
#> GSM94052 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0938 0.9338 0.988 0.012
#> GSM94057 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.7674 0.7706 0.776 0.224
#> GSM94064 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.1414 0.9322 0.980 0.020
#> GSM94074 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.1414 0.9322 0.980 0.020
#> GSM94163 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM94170 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.4815 0.9068 0.896 0.104
#> GSM94175 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM94176 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0672 0.9345 0.992 0.008
#> GSM98770 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.1633 0.9313 0.976 0.024
#> GSM98774 1 0.4939 0.9053 0.892 0.108
#> GSM98775 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98777 2 0.4939 0.8994 0.108 0.892
#> GSM98778 1 0.4161 0.9138 0.916 0.084
#> GSM98779 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94078 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94079 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94080 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94081 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94082 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94083 3 0.1643 0.9319 0.044 0.000 0.956
#> GSM94084 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94086 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94087 3 0.4750 0.7676 0.216 0.000 0.784
#> GSM94088 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94089 3 0.0892 0.9115 0.000 0.020 0.980
#> GSM94090 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94091 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94092 3 0.1643 0.9318 0.044 0.000 0.956
#> GSM94093 3 0.5431 0.6590 0.284 0.000 0.716
#> GSM94094 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94095 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94096 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 3 0.2261 0.9187 0.068 0.000 0.932
#> GSM94098 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94099 3 0.2959 0.8925 0.100 0.000 0.900
#> GSM94100 2 0.5327 0.6437 0.000 0.728 0.272
#> GSM94101 3 0.0424 0.9183 0.000 0.008 0.992
#> GSM94102 3 0.5138 0.6577 0.000 0.252 0.748
#> GSM94103 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94104 3 0.1647 0.9190 0.004 0.036 0.960
#> GSM94105 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94106 3 0.1529 0.9162 0.000 0.040 0.960
#> GSM94107 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94108 3 0.2261 0.8720 0.000 0.068 0.932
#> GSM94109 3 0.1711 0.9216 0.008 0.032 0.960
#> GSM94110 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94111 3 0.1529 0.9162 0.000 0.040 0.960
#> GSM94112 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94113 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94115 1 0.2448 0.8965 0.924 0.000 0.076
#> GSM94116 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94117 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94118 3 0.2066 0.9028 0.000 0.060 0.940
#> GSM94119 2 0.0424 0.9427 0.000 0.992 0.008
#> GSM94120 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.0237 0.9219 0.000 0.004 0.996
#> GSM94122 3 0.4235 0.7596 0.000 0.176 0.824
#> GSM94123 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94126 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94127 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94129 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94130 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94134 1 0.2959 0.8707 0.900 0.000 0.100
#> GSM94135 3 0.0237 0.9205 0.000 0.004 0.996
#> GSM94136 1 0.4504 0.7568 0.804 0.000 0.196
#> GSM94137 3 0.1411 0.9331 0.036 0.000 0.964
#> GSM94138 1 0.0892 0.9379 0.980 0.000 0.020
#> GSM94139 3 0.0892 0.9112 0.000 0.020 0.980
#> GSM94140 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94141 2 0.2261 0.8942 0.000 0.932 0.068
#> GSM94142 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 3 0.4452 0.7323 0.000 0.192 0.808
#> GSM94144 2 0.2165 0.8980 0.000 0.936 0.064
#> GSM94145 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94147 3 0.5254 0.6930 0.264 0.000 0.736
#> GSM94148 1 0.3038 0.8699 0.896 0.000 0.104
#> GSM98785 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM98786 3 0.5098 0.7134 0.248 0.000 0.752
#> GSM98787 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM98788 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM98789 3 0.2165 0.9190 0.064 0.000 0.936
#> GSM98790 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 3 0.0747 0.9281 0.016 0.000 0.984
#> GSM98793 1 0.2878 0.8785 0.904 0.000 0.096
#> GSM98794 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 3 0.6302 0.0914 0.480 0.000 0.520
#> GSM98796 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.1860 0.9084 0.000 0.948 0.052
#> GSM98798 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM98799 2 0.1529 0.9273 0.000 0.960 0.040
#> GSM98800 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM98801 2 0.6309 0.0458 0.000 0.504 0.496
#> GSM94019 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94020 2 0.0237 0.9445 0.000 0.996 0.004
#> GSM94021 3 0.5058 0.7283 0.244 0.000 0.756
#> GSM94022 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94023 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94024 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94025 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94026 3 0.1647 0.9329 0.036 0.004 0.960
#> GSM94027 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94028 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94029 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94030 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94031 3 0.1529 0.9162 0.000 0.040 0.960
#> GSM94032 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94033 3 0.0747 0.9137 0.000 0.016 0.984
#> GSM94034 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94035 3 0.1529 0.9162 0.000 0.040 0.960
#> GSM94036 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94037 3 0.1860 0.9280 0.052 0.000 0.948
#> GSM94038 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94040 1 0.1163 0.9336 0.972 0.000 0.028
#> GSM94041 1 0.4178 0.7866 0.828 0.000 0.172
#> GSM94042 2 0.1529 0.9273 0.000 0.960 0.040
#> GSM94043 2 0.6079 0.4459 0.000 0.612 0.388
#> GSM94044 2 0.1529 0.9273 0.000 0.960 0.040
#> GSM94045 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.4750 0.7278 0.784 0.000 0.216
#> GSM94047 3 0.5058 0.7194 0.244 0.000 0.756
#> GSM94048 1 0.1031 0.9362 0.976 0.000 0.024
#> GSM94049 3 0.5216 0.6984 0.260 0.000 0.740
#> GSM94050 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 3 0.5138 0.7074 0.252 0.000 0.748
#> GSM94052 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 3 0.5291 0.6867 0.268 0.000 0.732
#> GSM94057 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94063 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.1031 0.9360 0.976 0.000 0.024
#> GSM94073 3 0.5254 0.6930 0.264 0.000 0.736
#> GSM94074 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94157 1 0.4504 0.7603 0.804 0.000 0.196
#> GSM94160 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.1163 0.9342 0.972 0.000 0.028
#> GSM94162 3 0.0892 0.9293 0.020 0.000 0.980
#> GSM94163 2 0.1529 0.9273 0.000 0.960 0.040
#> GSM94164 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.5621 0.6120 0.000 0.692 0.308
#> GSM94168 1 0.1289 0.9311 0.968 0.000 0.032
#> GSM94169 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM94170 1 0.1411 0.9290 0.964 0.000 0.036
#> GSM94171 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM94174 3 0.5216 0.6958 0.260 0.000 0.740
#> GSM94175 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM94176 3 0.5254 0.6930 0.264 0.000 0.736
#> GSM94177 1 0.6295 0.0356 0.528 0.000 0.472
#> GSM94178 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.1860 0.9173 0.948 0.000 0.052
#> GSM98768 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 3 0.4605 0.7598 0.204 0.000 0.796
#> GSM98770 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.2066 0.9169 0.000 0.940 0.060
#> GSM98772 1 0.1753 0.9207 0.952 0.000 0.048
#> GSM98773 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM98774 3 0.0237 0.9235 0.004 0.000 0.996
#> GSM98775 1 0.1031 0.9363 0.976 0.000 0.024
#> GSM98776 1 0.6305 -0.0305 0.516 0.000 0.484
#> GSM98777 3 0.0000 0.9217 0.000 0.000 1.000
#> GSM98778 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM98779 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 3 0.1529 0.9333 0.040 0.000 0.960
#> GSM98782 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.2165 0.9064 0.936 0.000 0.064
#> GSM98784 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.9459 0.000 1.000 0.000
#> GSM98875 2 0.0237 0.9445 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94077 3 0.6324 0.4591 0.072 0.000 0.572 0.356
#> GSM94078 4 0.4040 0.7142 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM94079 3 0.4010 0.7266 0.100 0.000 0.836 0.064
#> GSM94080 2 0.4624 0.7008 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM94081 3 0.4010 0.7262 0.100 0.000 0.836 0.064
#> GSM94082 3 0.6337 0.4203 0.068 0.000 0.552 0.380
#> GSM94083 3 0.4071 0.7255 0.104 0.000 0.832 0.064
#> GSM94084 4 0.4454 0.6993 0.000 0.000 0.308 0.692
#> GSM94085 3 0.3071 0.7154 0.068 0.000 0.888 0.044
#> GSM94086 3 0.2675 0.7343 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94087 3 0.6189 0.5931 0.268 0.000 0.640 0.092
#> GSM94088 3 0.6426 0.3967 0.072 0.000 0.536 0.392
#> GSM94089 4 0.4008 0.7162 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM94090 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94091 3 0.6386 0.4253 0.072 0.000 0.552 0.376
#> GSM94092 3 0.6585 0.5234 0.104 0.000 0.584 0.312
#> GSM94093 3 0.6307 0.5697 0.288 0.000 0.620 0.092
#> GSM94094 3 0.2530 0.7348 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM94095 3 0.2530 0.7350 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM94096 4 0.4103 0.7177 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM94097 3 0.5186 0.6918 0.164 0.000 0.752 0.084
#> GSM94098 3 0.3037 0.7354 0.100 0.000 0.880 0.020
#> GSM94099 3 0.6664 0.5281 0.112 0.000 0.580 0.308
#> GSM94100 3 0.7743 -0.4003 0.000 0.368 0.400 0.232
#> GSM94101 4 0.4477 0.6963 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM94102 3 0.5974 0.1590 0.016 0.300 0.648 0.036
#> GSM94103 4 0.4477 0.6916 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM94104 3 0.2704 0.6177 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM94105 3 0.2530 0.7347 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM94106 3 0.3052 0.6106 0.004 0.000 0.860 0.136
#> GSM94107 3 0.2675 0.7350 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94108 4 0.4103 0.7177 0.000 0.000 0.256 0.744
#> GSM94109 3 0.2282 0.6916 0.052 0.000 0.924 0.024
#> GSM94110 4 0.4431 0.6995 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM94111 3 0.2521 0.7126 0.064 0.000 0.912 0.024
#> GSM94112 2 0.2408 0.8525 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM94113 4 0.4040 0.7142 0.000 0.000 0.248 0.752
#> GSM94114 3 0.2675 0.7350 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94115 1 0.5113 0.6449 0.684 0.000 0.292 0.024
#> GSM94116 3 0.5781 0.5966 0.072 0.000 0.676 0.252
#> GSM94117 3 0.3903 0.7208 0.076 0.000 0.844 0.080
#> GSM94118 3 0.4749 0.4970 0.004 0.076 0.796 0.124
#> GSM94119 2 0.4916 0.5948 0.000 0.576 0.000 0.424
#> GSM94120 3 0.4933 -0.2906 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM94121 3 0.4888 -0.2725 0.000 0.000 0.588 0.412
#> GSM94122 4 0.5339 0.6076 0.000 0.016 0.384 0.600
#> GSM94123 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.4925 0.5637 0.000 0.000 0.428 0.572
#> GSM94125 2 0.3123 0.8416 0.000 0.844 0.000 0.156
#> GSM94126 3 0.2345 0.7349 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.2530 0.7350 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM94129 3 0.6219 0.3507 0.068 0.000 0.588 0.344
#> GSM94130 1 0.0804 0.8292 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM94131 1 0.0336 0.8305 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94132 1 0.3933 0.7417 0.792 0.000 0.200 0.008
#> GSM94133 2 0.2921 0.8464 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM94134 1 0.4677 0.7380 0.768 0.000 0.192 0.040
#> GSM94135 4 0.4985 0.4844 0.000 0.000 0.468 0.532
#> GSM94136 1 0.5442 0.6490 0.672 0.000 0.288 0.040
#> GSM94137 3 0.3320 0.7171 0.068 0.000 0.876 0.056
#> GSM94138 1 0.2002 0.8185 0.936 0.000 0.044 0.020
#> GSM94139 4 0.3626 0.7080 0.000 0.004 0.184 0.812
#> GSM94140 3 0.6685 0.5756 0.124 0.000 0.592 0.284
#> GSM94141 2 0.6374 0.7515 0.000 0.644 0.128 0.228
#> GSM94142 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.3182 0.6495 0.000 0.028 0.096 0.876
#> GSM94144 2 0.6403 0.7491 0.000 0.640 0.128 0.232
#> GSM94145 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 3 0.4535 0.7167 0.112 0.000 0.804 0.084
#> GSM94147 1 0.7033 0.4131 0.528 0.000 0.336 0.136
#> GSM94148 1 0.5182 0.6576 0.684 0.000 0.288 0.028
#> GSM98785 4 0.4008 0.7162 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM98786 1 0.6894 0.3096 0.512 0.000 0.376 0.112
#> GSM98787 3 0.2530 0.7347 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM98788 3 0.6346 0.5994 0.116 0.000 0.640 0.244
#> GSM98789 3 0.6659 0.3396 0.084 0.000 0.468 0.448
#> GSM98790 4 0.4977 0.5066 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM98791 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98792 3 0.6082 0.1034 0.044 0.000 0.480 0.476
#> GSM98793 1 0.5038 0.6466 0.684 0.000 0.296 0.020
#> GSM98794 1 0.0336 0.8311 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM98795 3 0.6574 0.4434 0.384 0.000 0.532 0.084
#> GSM98796 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.6374 0.7515 0.000 0.644 0.128 0.228
#> GSM98798 2 0.6127 0.7720 0.000 0.664 0.108 0.228
#> GSM98799 4 0.4977 -0.3881 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM98800 4 0.3569 0.7129 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM98801 3 0.6202 0.0564 0.000 0.312 0.612 0.076
#> GSM94019 3 0.3229 0.7204 0.072 0.000 0.880 0.048
#> GSM94020 2 0.4925 0.5732 0.000 0.572 0.000 0.428
#> GSM94021 3 0.6316 0.5581 0.300 0.000 0.612 0.088
#> GSM94022 3 0.2530 0.7350 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM94023 3 0.4564 0.0883 0.000 0.000 0.672 0.328
#> GSM94024 3 0.2675 0.7350 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94025 3 0.4010 0.7262 0.100 0.000 0.836 0.064
#> GSM94026 3 0.3525 0.7201 0.100 0.000 0.860 0.040
#> GSM94027 3 0.2805 0.7358 0.100 0.000 0.888 0.012
#> GSM94028 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.2675 0.7343 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94030 3 0.2675 0.7350 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94031 3 0.4663 0.3032 0.000 0.012 0.716 0.272
#> GSM94032 3 0.2530 0.7348 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM94033 4 0.4967 0.5218 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM94034 3 0.2675 0.7350 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94035 3 0.2868 0.6048 0.000 0.000 0.864 0.136
#> GSM94036 3 0.2675 0.7350 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM94037 3 0.6599 0.3762 0.340 0.000 0.564 0.096
#> GSM94038 2 0.3610 0.8260 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM94039 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94040 1 0.4553 0.7460 0.780 0.000 0.180 0.040
#> GSM94041 1 0.5013 0.6489 0.688 0.000 0.292 0.020
#> GSM94042 2 0.4994 0.4673 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM94043 4 0.2363 0.6116 0.000 0.024 0.056 0.920
#> GSM94044 4 0.4916 -0.3159 0.000 0.424 0.000 0.576
#> GSM94045 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94046 1 0.5466 0.6456 0.668 0.000 0.292 0.040
#> GSM94047 3 0.7947 0.3041 0.248 0.004 0.400 0.348
#> GSM94048 1 0.4594 0.6723 0.712 0.000 0.280 0.008
#> GSM94049 1 0.5442 0.5773 0.636 0.000 0.336 0.028
#> GSM94050 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.6443 0.3894 0.548 0.000 0.376 0.076
#> GSM94052 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.0707 0.8296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94055 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.6123 0.5150 0.600 0.000 0.336 0.064
#> GSM94057 2 0.3182 0.8118 0.000 0.876 0.096 0.028
#> GSM94058 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0336 0.8305 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94060 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94063 4 0.4605 0.5578 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM94064 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94065 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94066 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0817 0.8285 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM94068 2 0.2814 0.8487 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM94069 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94070 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.1824 0.8129 0.936 0.000 0.060 0.004
#> GSM94073 1 0.6200 0.4672 0.580 0.000 0.356 0.064
#> GSM94074 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94156 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94157 1 0.6516 0.5321 0.592 0.000 0.308 0.100
#> GSM94160 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94161 1 0.4122 0.7171 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM94162 3 0.6383 0.4356 0.076 0.000 0.568 0.356
#> GSM94163 4 0.4999 -0.4511 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM94164 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.1474 0.8180 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 4 0.4700 0.5245 0.000 0.124 0.084 0.792
#> GSM94168 1 0.4194 0.7218 0.764 0.000 0.228 0.008
#> GSM94169 3 0.6911 0.4982 0.124 0.000 0.540 0.336
#> GSM94170 1 0.4335 0.7560 0.796 0.000 0.168 0.036
#> GSM94171 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94173 2 0.4599 0.8163 0.000 0.760 0.028 0.212
#> GSM94174 1 0.6702 0.4110 0.544 0.000 0.356 0.100
#> GSM94175 4 0.4008 0.7162 0.000 0.000 0.244 0.756
#> GSM94176 1 0.5367 0.6333 0.664 0.000 0.304 0.032
#> GSM94177 1 0.4836 0.6195 0.672 0.000 0.320 0.008
#> GSM94178 2 0.3172 0.8402 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM98767 1 0.4883 0.6591 0.696 0.000 0.288 0.016
#> GSM98768 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98769 3 0.7799 0.3319 0.272 0.000 0.420 0.308
#> GSM98770 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98771 4 0.3647 0.4986 0.000 0.108 0.040 0.852
#> GSM98772 1 0.4963 0.6619 0.696 0.000 0.284 0.020
#> GSM98773 3 0.4374 0.7206 0.120 0.000 0.812 0.068
#> GSM98774 4 0.4955 0.2069 0.000 0.000 0.444 0.556
#> GSM98775 1 0.2197 0.8059 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM98776 1 0.5108 0.6299 0.672 0.000 0.308 0.020
#> GSM98777 4 0.3649 0.7152 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM98778 3 0.3245 0.7350 0.100 0.000 0.872 0.028
#> GSM98779 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0469 0.8300 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98781 3 0.5859 0.6682 0.140 0.000 0.704 0.156
#> GSM98782 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.5256 0.6819 0.700 0.000 0.260 0.040
#> GSM98784 1 0.0000 0.8313 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.2921 0.8464 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM98872 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.3245 0.8099 0.000 0.872 0.100 0.028
#> GSM98874 2 0.0000 0.8565 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4933 0.5646 0.000 0.568 0.000 0.432
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94077 4 0.7005 0.2822 0.120 0.000 0.384 0.448 0.048
#> GSM94078 4 0.4039 0.5664 0.000 0.004 0.268 0.720 0.008
#> GSM94079 3 0.7220 -0.3131 0.188 0.000 0.464 0.040 0.308
#> GSM94080 2 0.3710 0.8105 0.000 0.808 0.000 0.144 0.048
#> GSM94081 3 0.5351 0.4547 0.132 0.000 0.724 0.108 0.036
#> GSM94082 3 0.6547 -0.2742 0.152 0.000 0.424 0.416 0.008
#> GSM94083 3 0.6742 0.2888 0.120 0.000 0.608 0.180 0.092
#> GSM94084 4 0.2561 0.5851 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM94085 3 0.1918 0.7001 0.036 0.000 0.928 0.036 0.000
#> GSM94086 3 0.0566 0.7220 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94087 5 0.7220 0.6736 0.300 0.000 0.172 0.048 0.480
#> GSM94088 4 0.6923 0.3035 0.112 0.000 0.372 0.468 0.048
#> GSM94089 4 0.2516 0.5861 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM94090 2 0.0404 0.8388 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94091 4 0.7084 0.2807 0.124 0.000 0.376 0.448 0.052
#> GSM94092 4 0.7771 0.1044 0.188 0.000 0.344 0.388 0.080
#> GSM94093 5 0.7346 0.6576 0.312 0.000 0.188 0.048 0.452
#> GSM94094 3 0.0404 0.7224 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM94095 3 0.0510 0.7220 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM94096 4 0.2773 0.5874 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM94097 5 0.7188 0.4996 0.200 0.000 0.384 0.028 0.388
#> GSM94098 3 0.2806 0.6699 0.052 0.000 0.888 0.008 0.052
#> GSM94099 4 0.7655 0.1205 0.188 0.000 0.356 0.388 0.068
#> GSM94100 3 0.7398 0.2920 0.000 0.088 0.516 0.232 0.164
#> GSM94101 4 0.2648 0.5820 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM94102 3 0.4989 0.5154 0.000 0.004 0.720 0.120 0.156
#> GSM94103 4 0.3980 0.5568 0.000 0.000 0.284 0.708 0.008
#> GSM94104 3 0.3250 0.6254 0.004 0.000 0.820 0.168 0.008
#> GSM94105 3 0.0566 0.7220 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94106 3 0.4355 0.5633 0.000 0.000 0.760 0.164 0.076
#> GSM94107 3 0.0671 0.7216 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM94108 4 0.2471 0.5859 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM94109 3 0.2935 0.6470 0.004 0.000 0.860 0.120 0.016
#> GSM94110 4 0.3928 0.5511 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004
#> GSM94111 3 0.2597 0.6502 0.004 0.000 0.872 0.120 0.004
#> GSM94112 2 0.1579 0.8386 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> GSM94113 4 0.3910 0.5630 0.000 0.000 0.272 0.720 0.008
#> GSM94114 3 0.0566 0.7226 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94115 1 0.5249 0.4683 0.736 0.000 0.136 0.048 0.080
#> GSM94116 4 0.6520 0.2711 0.084 0.000 0.420 0.460 0.036
#> GSM94117 3 0.4575 0.5415 0.028 0.000 0.772 0.148 0.052
#> GSM94118 3 0.5045 0.5249 0.000 0.004 0.712 0.172 0.112
#> GSM94119 4 0.5297 -0.4910 0.000 0.476 0.000 0.476 0.048
#> GSM94120 3 0.4150 0.1756 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> GSM94121 3 0.5236 0.1734 0.000 0.000 0.544 0.408 0.048
#> GSM94122 4 0.3109 0.5431 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> GSM94123 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94124 4 0.3876 0.4506 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> GSM94125 2 0.2932 0.8269 0.000 0.864 0.000 0.104 0.032
#> GSM94126 3 0.2393 0.6931 0.016 0.000 0.900 0.004 0.080
#> GSM94127 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94128 3 0.0566 0.7222 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> GSM94129 4 0.5253 0.4363 0.036 0.000 0.384 0.572 0.008
#> GSM94130 1 0.3128 0.6640 0.824 0.000 0.004 0.004 0.168
#> GSM94131 1 0.2280 0.6899 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> GSM94132 1 0.4006 0.5564 0.804 0.000 0.112 0.004 0.080
#> GSM94133 2 0.2260 0.8356 0.000 0.908 0.000 0.064 0.028
#> GSM94134 5 0.5711 0.7287 0.252 0.000 0.136 0.000 0.612
#> GSM94135 4 0.4256 0.3710 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM94136 5 0.5784 0.7274 0.252 0.000 0.144 0.000 0.604
#> GSM94137 3 0.2180 0.6971 0.032 0.000 0.924 0.024 0.020
#> GSM94138 1 0.3491 0.6196 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> GSM94139 4 0.3055 0.5846 0.000 0.000 0.144 0.840 0.016
#> GSM94140 3 0.8146 -0.1975 0.208 0.000 0.392 0.272 0.128
#> GSM94141 2 0.7258 0.5515 0.000 0.396 0.024 0.248 0.332
#> GSM94142 1 0.1965 0.6948 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM94143 4 0.4113 0.4437 0.000 0.120 0.048 0.808 0.024
#> GSM94144 2 0.7318 0.5537 0.004 0.396 0.020 0.244 0.336
#> GSM94145 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94146 5 0.6594 0.6850 0.188 0.000 0.276 0.012 0.524
#> GSM94147 1 0.7203 0.0761 0.540 0.000 0.216 0.076 0.168
#> GSM94148 1 0.6320 0.2891 0.580 0.000 0.136 0.020 0.264
#> GSM98785 4 0.2773 0.5872 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> GSM98786 1 0.7324 0.0338 0.532 0.000 0.232 0.112 0.124
#> GSM98787 3 0.0404 0.7224 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM98788 3 0.7905 -0.1266 0.204 0.000 0.400 0.304 0.092
#> GSM98789 4 0.7993 0.0439 0.196 0.000 0.280 0.412 0.112
#> GSM98790 4 0.4249 0.1499 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM98791 1 0.2966 0.6563 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM98792 4 0.6648 0.3803 0.172 0.000 0.324 0.492 0.012
#> GSM98793 1 0.5929 0.3874 0.636 0.000 0.136 0.016 0.212
#> GSM98794 1 0.2763 0.6756 0.848 0.000 0.004 0.000 0.148
#> GSM98795 5 0.7117 0.6448 0.320 0.000 0.256 0.016 0.408
#> GSM98796 1 0.0000 0.7042 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.7202 0.5465 0.000 0.392 0.020 0.252 0.336
#> GSM98798 2 0.7191 0.5545 0.000 0.396 0.020 0.248 0.336
#> GSM98799 4 0.5291 -0.4577 0.000 0.456 0.000 0.496 0.048
#> GSM98800 4 0.3696 0.5853 0.000 0.000 0.212 0.772 0.016
#> GSM98801 3 0.5159 0.5053 0.000 0.004 0.704 0.136 0.156
#> GSM94019 3 0.1648 0.7013 0.040 0.000 0.940 0.020 0.000
#> GSM94020 2 0.3991 0.7991 0.000 0.780 0.000 0.172 0.048
#> GSM94021 5 0.6286 0.5770 0.356 0.000 0.084 0.028 0.532
#> GSM94022 3 0.0671 0.7216 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM94023 3 0.3074 0.5137 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> GSM94024 3 0.0566 0.7226 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94025 3 0.6221 0.4675 0.052 0.000 0.644 0.116 0.188
#> GSM94026 3 0.3895 0.6215 0.012 0.000 0.812 0.132 0.044
#> GSM94027 3 0.3292 0.6496 0.016 0.000 0.836 0.008 0.140
#> GSM94028 2 0.0404 0.8388 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94029 3 0.0566 0.7220 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94030 3 0.0566 0.7226 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94031 3 0.5575 0.3767 0.000 0.000 0.612 0.280 0.108
#> GSM94032 3 0.0404 0.7224 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM94033 4 0.4126 0.2636 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> GSM94034 3 0.0566 0.7226 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94035 3 0.4412 0.5591 0.000 0.000 0.756 0.164 0.080
#> GSM94036 3 0.0566 0.7226 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM94037 5 0.6580 0.7259 0.204 0.000 0.192 0.028 0.576
#> GSM94038 2 0.3578 0.8144 0.000 0.820 0.000 0.132 0.048
#> GSM94039 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94040 5 0.5719 0.6971 0.284 0.000 0.120 0.000 0.596
#> GSM94041 1 0.5249 0.4683 0.736 0.000 0.136 0.048 0.080
#> GSM94042 2 0.4780 0.7227 0.000 0.672 0.000 0.280 0.048
#> GSM94043 4 0.1716 0.5251 0.000 0.016 0.016 0.944 0.024
#> GSM94044 4 0.5204 -0.3416 0.000 0.392 0.000 0.560 0.048
#> GSM94045 1 0.3074 0.6459 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM94046 5 0.5711 0.7287 0.252 0.000 0.136 0.000 0.612
#> GSM94047 4 0.9193 -0.1957 0.252 0.052 0.240 0.320 0.136
#> GSM94048 1 0.4662 0.5117 0.768 0.000 0.132 0.020 0.080
#> GSM94049 1 0.7351 -0.4518 0.408 0.000 0.240 0.032 0.320
#> GSM94050 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94051 1 0.7305 0.0325 0.532 0.000 0.236 0.108 0.124
#> GSM94052 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94053 2 0.0404 0.8388 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94054 5 0.4448 0.2447 0.480 0.000 0.004 0.000 0.516
#> GSM94055 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94056 1 0.6657 0.1744 0.588 0.000 0.232 0.056 0.124
#> GSM94057 2 0.3876 0.7124 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM94058 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.2516 0.6850 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM94060 2 0.0162 0.8388 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94061 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94062 2 0.0404 0.8388 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94063 4 0.3508 0.5720 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM94064 2 0.0510 0.8389 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94065 1 0.2891 0.6599 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM94066 2 0.0162 0.8387 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94067 1 0.4294 -0.1190 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> GSM94068 2 0.2189 0.8353 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> GSM94069 1 0.2891 0.6599 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM94070 2 0.0510 0.8389 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94071 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94072 1 0.2464 0.6948 0.888 0.000 0.000 0.016 0.096
#> GSM94073 1 0.7161 0.0718 0.540 0.000 0.228 0.072 0.160
#> GSM94074 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94075 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94155 1 0.2516 0.6825 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM94156 2 0.0290 0.8389 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM94157 5 0.6295 0.7242 0.252 0.000 0.140 0.020 0.588
#> GSM94160 1 0.2891 0.6599 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM94161 1 0.5185 0.5000 0.700 0.000 0.128 0.004 0.168
#> GSM94162 4 0.7108 0.3085 0.192 0.000 0.336 0.444 0.028
#> GSM94163 2 0.5291 0.4969 0.000 0.496 0.000 0.456 0.048
#> GSM94164 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.1282 0.6887 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> GSM94166 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94167 4 0.4254 0.5157 0.000 0.100 0.072 0.804 0.024
#> GSM94168 1 0.5731 0.4590 0.668 0.000 0.128 0.020 0.184
#> GSM94169 4 0.7707 0.0519 0.212 0.000 0.356 0.368 0.064
#> GSM94170 5 0.6015 0.5630 0.360 0.000 0.124 0.000 0.516
#> GSM94171 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94172 1 0.2516 0.6779 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> GSM94173 2 0.6975 0.6048 0.000 0.440 0.012 0.256 0.292
#> GSM94174 1 0.6730 0.1704 0.584 0.000 0.228 0.060 0.128
#> GSM94175 4 0.2516 0.5861 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM94176 1 0.6708 0.1337 0.560 0.000 0.232 0.032 0.176
#> GSM94177 1 0.6108 0.3532 0.620 0.000 0.140 0.020 0.220
#> GSM94178 2 0.3912 0.7687 0.000 0.752 0.000 0.228 0.020
#> GSM98767 1 0.5682 0.4547 0.668 0.000 0.132 0.016 0.184
#> GSM98768 1 0.2966 0.6570 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> GSM98769 4 0.7716 0.1839 0.220 0.000 0.264 0.440 0.076
#> GSM98770 1 0.3109 0.6472 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM98771 4 0.3073 0.3900 0.000 0.116 0.004 0.856 0.024
#> GSM98772 1 0.5890 0.3961 0.640 0.000 0.132 0.016 0.212
#> GSM98773 3 0.7152 -0.1735 0.192 0.000 0.512 0.048 0.248
#> GSM98774 4 0.5666 0.4982 0.084 0.000 0.280 0.624 0.012
#> GSM98775 1 0.2621 0.6950 0.876 0.000 0.008 0.004 0.112
#> GSM98776 1 0.6044 0.3718 0.628 0.000 0.136 0.020 0.216
#> GSM98777 4 0.3819 0.5812 0.000 0.000 0.228 0.756 0.016
#> GSM98778 3 0.1948 0.7011 0.036 0.000 0.932 0.008 0.024
#> GSM98779 1 0.1671 0.6835 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM98780 1 0.2605 0.6785 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM98781 5 0.7985 0.5818 0.208 0.000 0.300 0.100 0.392
#> GSM98782 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98783 5 0.6132 0.5705 0.352 0.000 0.140 0.000 0.508
#> GSM98784 1 0.0162 0.7040 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98871 2 0.2260 0.8356 0.000 0.908 0.000 0.064 0.028
#> GSM98872 2 0.0404 0.8388 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98873 2 0.3895 0.7129 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM98874 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98875 2 0.4028 0.7973 0.000 0.776 0.000 0.176 0.048
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94077 5 0.3504 0.35364 0.052 0.000 0.112 0.000 0.820 0.016
#> GSM94078 5 0.3950 0.25441 0.004 0.000 0.264 0.024 0.708 0.000
#> GSM94079 5 0.7067 0.16825 0.088 0.000 0.228 0.004 0.456 0.224
#> GSM94080 4 0.2772 0.43214 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004 0.000
#> GSM94081 5 0.5515 0.01462 0.064 0.000 0.368 0.004 0.540 0.024
#> GSM94082 5 0.4198 0.28565 0.052 0.000 0.228 0.000 0.716 0.004
#> GSM94083 5 0.5774 0.09919 0.056 0.000 0.308 0.004 0.572 0.060
#> GSM94084 5 0.5890 0.02324 0.000 0.000 0.360 0.136 0.488 0.016
#> GSM94085 3 0.4099 0.30323 0.016 0.000 0.612 0.000 0.372 0.000
#> GSM94086 3 0.4113 0.35709 0.016 0.000 0.668 0.000 0.308 0.008
#> GSM94087 6 0.7028 0.27866 0.220 0.000 0.060 0.004 0.348 0.368
#> GSM94088 5 0.3192 0.36614 0.048 0.000 0.084 0.000 0.848 0.020
#> GSM94089 5 0.5860 0.02399 0.000 0.000 0.356 0.144 0.488 0.012
#> GSM94090 2 0.0000 0.83730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94091 5 0.3243 0.37512 0.064 0.000 0.076 0.000 0.844 0.016
#> GSM94092 5 0.4109 0.38951 0.088 0.000 0.060 0.000 0.792 0.060
#> GSM94093 5 0.7014 -0.26319 0.216 0.000 0.060 0.004 0.376 0.344
#> GSM94094 3 0.3766 0.36357 0.012 0.000 0.684 0.000 0.304 0.000
#> GSM94095 3 0.3789 0.35438 0.008 0.000 0.660 0.000 0.332 0.000
#> GSM94096 5 0.4705 0.03885 0.000 0.000 0.472 0.044 0.484 0.000
#> GSM94097 5 0.7189 -0.05258 0.156 0.000 0.116 0.004 0.420 0.304
#> GSM94098 3 0.5601 0.11363 0.048 0.000 0.460 0.004 0.452 0.036
#> GSM94099 5 0.4250 0.37981 0.088 0.000 0.084 0.000 0.780 0.048
#> GSM94100 3 0.6796 0.22503 0.000 0.036 0.584 0.136 0.112 0.132
#> GSM94101 5 0.5890 0.02324 0.000 0.000 0.360 0.136 0.488 0.016
#> GSM94102 3 0.5496 0.32908 0.000 0.004 0.684 0.120 0.084 0.108
#> GSM94103 5 0.3853 0.24092 0.000 0.000 0.304 0.016 0.680 0.000
#> GSM94104 3 0.4475 0.36360 0.012 0.000 0.736 0.064 0.180 0.008
#> GSM94105 3 0.4497 0.31102 0.020 0.000 0.600 0.000 0.368 0.012
#> GSM94106 3 0.5522 0.35034 0.000 0.000 0.656 0.104 0.180 0.060
#> GSM94107 3 0.4147 0.35404 0.016 0.000 0.660 0.000 0.316 0.008
#> GSM94108 5 0.5880 0.02405 0.000 0.000 0.352 0.148 0.488 0.012
#> GSM94109 3 0.3860 0.41179 0.004 0.000 0.796 0.104 0.088 0.008
#> GSM94110 5 0.3835 0.24151 0.000 0.000 0.300 0.016 0.684 0.000
#> GSM94111 3 0.3798 0.41055 0.000 0.000 0.788 0.108 0.100 0.004
#> GSM94112 2 0.2562 0.75127 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> GSM94113 5 0.3652 0.25601 0.000 0.000 0.264 0.016 0.720 0.000
#> GSM94114 3 0.3933 0.36171 0.008 0.000 0.676 0.000 0.308 0.008
#> GSM94115 1 0.4003 0.44134 0.772 0.000 0.000 0.016 0.156 0.056
#> GSM94116 5 0.4075 0.27139 0.036 0.000 0.204 0.000 0.744 0.016
#> GSM94117 5 0.5409 0.00535 0.008 0.000 0.352 0.000 0.540 0.100
#> GSM94118 3 0.6130 0.28201 0.000 0.000 0.568 0.108 0.252 0.072
#> GSM94119 4 0.4512 0.57827 0.000 0.040 0.224 0.708 0.028 0.000
#> GSM94120 3 0.2988 0.33060 0.000 0.000 0.828 0.028 0.144 0.000
#> GSM94121 3 0.3966 0.35909 0.000 0.000 0.792 0.064 0.116 0.028
#> GSM94122 5 0.5992 0.00924 0.000 0.000 0.356 0.152 0.476 0.016
#> GSM94123 1 0.0458 0.64529 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM94124 3 0.4500 0.00654 0.000 0.000 0.572 0.036 0.392 0.000
#> GSM94125 4 0.3817 -0.13635 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> GSM94126 3 0.5794 0.17921 0.008 0.000 0.508 0.000 0.328 0.156
#> GSM94127 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94128 3 0.2118 0.41169 0.008 0.000 0.888 0.000 0.104 0.000
#> GSM94129 5 0.3684 0.21677 0.000 0.000 0.332 0.004 0.664 0.000
#> GSM94130 1 0.4178 0.44700 0.608 0.000 0.000 0.000 0.020 0.372
#> GSM94131 1 0.3782 0.47781 0.636 0.000 0.000 0.004 0.000 0.360
#> GSM94132 1 0.3008 0.54128 0.860 0.000 0.000 0.016 0.072 0.052
#> GSM94133 2 0.3101 0.65761 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> GSM94134 6 0.4775 0.74474 0.156 0.000 0.004 0.000 0.152 0.688
#> GSM94135 5 0.4343 0.15470 0.000 0.000 0.380 0.028 0.592 0.000
#> GSM94136 6 0.4881 0.74425 0.156 0.000 0.008 0.000 0.152 0.684
#> GSM94137 5 0.4649 -0.17753 0.012 0.000 0.464 0.000 0.504 0.020
#> GSM94138 1 0.4498 0.34330 0.544 0.000 0.000 0.004 0.024 0.428
#> GSM94139 5 0.6344 -0.05407 0.000 0.000 0.352 0.208 0.420 0.020
#> GSM94140 5 0.7208 0.33281 0.136 0.000 0.188 0.016 0.500 0.160
#> GSM94141 3 0.8757 -0.26346 0.000 0.204 0.288 0.204 0.112 0.192
#> GSM94142 1 0.3619 0.51450 0.680 0.000 0.000 0.000 0.004 0.316
#> GSM94143 3 0.6240 -0.15719 0.000 0.000 0.364 0.316 0.316 0.004
#> GSM94144 3 0.9074 -0.25279 0.008 0.200 0.256 0.200 0.140 0.196
#> GSM94145 1 0.0000 0.64477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 6 0.6799 0.40187 0.128 0.000 0.084 0.004 0.332 0.452
#> GSM94147 5 0.6035 0.04010 0.296 0.000 0.008 0.020 0.540 0.136
#> GSM94148 1 0.5979 0.00128 0.460 0.000 0.000 0.012 0.160 0.368
#> GSM98785 5 0.5145 0.03186 0.000 0.000 0.432 0.084 0.484 0.000
#> GSM98786 5 0.5610 0.10702 0.288 0.000 0.008 0.020 0.592 0.092
#> GSM98787 3 0.3707 0.36193 0.008 0.000 0.680 0.000 0.312 0.000
#> GSM98788 5 0.6132 0.34742 0.116 0.000 0.128 0.004 0.620 0.132
#> GSM98789 5 0.6345 0.35170 0.184 0.000 0.104 0.048 0.616 0.048
#> GSM98790 3 0.5494 0.09776 0.000 0.000 0.504 0.136 0.360 0.000
#> GSM98791 1 0.3930 0.40904 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> GSM98792 5 0.4437 0.25496 0.028 0.000 0.324 0.004 0.640 0.004
#> GSM98793 1 0.6070 0.05188 0.460 0.000 0.000 0.016 0.164 0.360
#> GSM98794 1 0.3601 0.52227 0.684 0.000 0.000 0.000 0.004 0.312
#> GSM98795 5 0.7146 -0.17988 0.212 0.000 0.080 0.004 0.404 0.300
#> GSM98796 1 0.0146 0.64460 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM98797 3 0.8749 -0.26341 0.000 0.204 0.288 0.216 0.112 0.180
#> GSM98798 3 0.8761 -0.27796 0.000 0.204 0.280 0.224 0.112 0.180
#> GSM98799 4 0.4512 0.57896 0.000 0.040 0.224 0.708 0.028 0.000
#> GSM98800 5 0.5498 0.12541 0.000 0.000 0.324 0.148 0.528 0.000
#> GSM98801 3 0.5660 0.31415 0.000 0.004 0.668 0.124 0.088 0.116
#> GSM94019 3 0.3460 0.36970 0.020 0.000 0.760 0.000 0.220 0.000
#> GSM94020 4 0.2773 0.46122 0.000 0.164 0.004 0.828 0.004 0.000
#> GSM94021 6 0.5109 0.59333 0.240 0.000 0.060 0.004 0.032 0.664
#> GSM94022 3 0.3789 0.35421 0.004 0.000 0.668 0.000 0.324 0.004
#> GSM94023 3 0.3907 0.22238 0.000 0.000 0.588 0.004 0.408 0.000
#> GSM94024 3 0.3690 0.36333 0.008 0.000 0.684 0.000 0.308 0.000
#> GSM94025 3 0.6439 -0.07505 0.008 0.000 0.368 0.004 0.292 0.328
#> GSM94026 3 0.3934 0.41382 0.004 0.000 0.800 0.100 0.076 0.020
#> GSM94027 3 0.6193 0.13950 0.008 0.000 0.472 0.004 0.292 0.224
#> GSM94028 2 0.0000 0.83730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94029 3 0.3972 0.36174 0.016 0.000 0.680 0.000 0.300 0.004
#> GSM94030 3 0.4172 0.31975 0.008 0.000 0.608 0.000 0.376 0.008
#> GSM94031 3 0.6861 0.15385 0.000 0.000 0.436 0.300 0.192 0.072
#> GSM94032 3 0.3766 0.36357 0.012 0.000 0.684 0.000 0.304 0.000
#> GSM94033 3 0.5913 0.04192 0.000 0.000 0.440 0.144 0.404 0.012
#> GSM94034 3 0.4193 0.31315 0.008 0.000 0.600 0.000 0.384 0.008
#> GSM94035 3 0.5546 0.34986 0.000 0.000 0.656 0.104 0.176 0.064
#> GSM94036 3 0.3933 0.36171 0.008 0.000 0.676 0.000 0.308 0.008
#> GSM94037 6 0.5817 0.70839 0.136 0.000 0.056 0.004 0.168 0.636
#> GSM94038 4 0.3189 0.35087 0.000 0.236 0.000 0.760 0.004 0.000
#> GSM94039 2 0.1714 0.81499 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> GSM94040 6 0.4865 0.73674 0.176 0.000 0.004 0.000 0.144 0.676
#> GSM94041 1 0.4003 0.44134 0.772 0.000 0.000 0.016 0.156 0.056
#> GSM94042 4 0.2546 0.55795 0.000 0.060 0.040 0.888 0.012 0.000
#> GSM94043 4 0.6311 0.18890 0.000 0.000 0.316 0.380 0.296 0.008
#> GSM94044 4 0.5153 0.56110 0.000 0.036 0.236 0.664 0.060 0.004
#> GSM94045 1 0.3955 0.37716 0.560 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436
#> GSM94046 6 0.4779 0.74240 0.144 0.000 0.008 0.000 0.152 0.696
#> GSM94047 5 0.5889 0.35018 0.144 0.000 0.032 0.108 0.664 0.052
#> GSM94048 1 0.3624 0.49983 0.812 0.000 0.000 0.016 0.112 0.060
#> GSM94049 5 0.5895 -0.12236 0.296 0.000 0.000 0.012 0.520 0.172
#> GSM94050 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94051 5 0.5496 0.10663 0.300 0.000 0.012 0.016 0.596 0.076
#> GSM94052 1 0.0000 0.64477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.83730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94054 6 0.4923 0.38408 0.368 0.000 0.000 0.000 0.072 0.560
#> GSM94055 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94056 5 0.5432 -0.00981 0.340 0.000 0.000 0.016 0.556 0.088
#> GSM94057 2 0.3175 0.74732 0.000 0.832 0.000 0.088 0.000 0.080
#> GSM94058 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94059 1 0.3240 0.56119 0.752 0.000 0.000 0.004 0.000 0.244
#> GSM94060 2 0.0790 0.83642 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM94061 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94062 2 0.0000 0.83730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.3141 0.28319 0.000 0.000 0.200 0.012 0.788 0.000
#> GSM94064 2 0.3215 0.68852 0.000 0.756 0.000 0.240 0.000 0.004
#> GSM94065 1 0.3930 0.40904 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> GSM94066 2 0.3607 0.58096 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM94067 6 0.3706 0.24216 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM94068 4 0.3997 -0.27749 0.000 0.488 0.000 0.508 0.000 0.004
#> GSM94069 1 0.3915 0.42171 0.584 0.000 0.000 0.004 0.000 0.412
#> GSM94070 2 0.0146 0.83649 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94071 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94072 1 0.3940 0.48677 0.640 0.000 0.000 0.000 0.012 0.348
#> GSM94073 5 0.5497 -0.01706 0.324 0.000 0.000 0.012 0.556 0.108
#> GSM94074 1 0.0000 0.64477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0405 0.64247 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM94155 1 0.3852 0.45483 0.612 0.000 0.000 0.004 0.000 0.384
#> GSM94156 2 0.0790 0.83641 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM94157 6 0.4978 0.74112 0.156 0.000 0.004 0.004 0.160 0.676
#> GSM94160 1 0.3930 0.40904 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> GSM94161 1 0.5596 0.23314 0.516 0.000 0.000 0.012 0.108 0.364
#> GSM94162 5 0.6087 0.31331 0.072 0.000 0.244 0.008 0.592 0.084
#> GSM94163 4 0.4713 0.57815 0.000 0.044 0.224 0.700 0.028 0.004
#> GSM94164 1 0.0146 0.64460 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.0914 0.63659 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> GSM94166 1 0.0146 0.64460 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94167 3 0.6547 -0.16252 0.000 0.000 0.352 0.308 0.320 0.020
#> GSM94168 1 0.5845 0.14000 0.496 0.000 0.000 0.012 0.144 0.348
#> GSM94169 5 0.6836 0.35764 0.140 0.000 0.168 0.012 0.548 0.132
#> GSM94170 6 0.5542 0.57815 0.280 0.000 0.004 0.000 0.156 0.560
#> GSM94171 1 0.0000 0.64477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.3290 0.55542 0.744 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252
#> GSM94173 4 0.6387 0.32207 0.000 0.204 0.024 0.584 0.044 0.144
#> GSM94174 5 0.5563 0.06723 0.296 0.000 0.000 0.020 0.576 0.108
#> GSM94175 5 0.5498 0.02223 0.000 0.000 0.380 0.132 0.488 0.000
#> GSM94176 5 0.5696 -0.17191 0.384 0.000 0.000 0.012 0.488 0.116
#> GSM94177 1 0.6262 -0.06708 0.424 0.000 0.000 0.016 0.204 0.356
#> GSM94178 4 0.3076 0.39055 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> GSM98767 1 0.5790 0.18338 0.492 0.000 0.000 0.016 0.120 0.372
#> GSM98768 1 0.3923 0.41707 0.580 0.000 0.000 0.004 0.000 0.416
#> GSM98769 5 0.6380 0.38856 0.120 0.000 0.124 0.016 0.612 0.128
#> GSM98770 1 0.4199 0.34456 0.544 0.000 0.000 0.004 0.008 0.444
#> GSM98771 4 0.6029 0.37484 0.000 0.004 0.264 0.516 0.208 0.008
#> GSM98772 1 0.5992 0.06024 0.464 0.000 0.000 0.012 0.164 0.360
#> GSM98773 5 0.7409 0.20888 0.128 0.000 0.252 0.004 0.404 0.212
#> GSM98774 5 0.3669 0.31182 0.028 0.000 0.208 0.004 0.760 0.000
#> GSM98775 1 0.3853 0.51915 0.680 0.000 0.000 0.000 0.016 0.304
#> GSM98776 1 0.6267 -0.04557 0.452 0.000 0.000 0.016 0.224 0.308
#> GSM98777 5 0.4973 0.22043 0.000 0.000 0.264 0.112 0.624 0.000
#> GSM98778 3 0.5118 0.25661 0.032 0.000 0.552 0.004 0.388 0.024
#> GSM98779 1 0.1444 0.61854 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> GSM98780 1 0.3862 0.45467 0.608 0.000 0.000 0.004 0.000 0.388
#> GSM98781 5 0.6447 0.04963 0.152 0.000 0.040 0.016 0.548 0.244
#> GSM98782 1 0.0146 0.64426 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM98783 6 0.5383 0.65091 0.244 0.000 0.004 0.000 0.156 0.596
#> GSM98784 1 0.0260 0.64553 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM98871 2 0.3868 0.26474 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.83730 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.4791 0.59421 0.000 0.652 0.000 0.244 0.000 0.104
#> GSM98874 2 0.1663 0.81695 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM98875 4 0.2146 0.51114 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:mclust 188 2.24e-03 2
#> ATC:mclust 187 7.20e-08 3
#> ATC:mclust 159 6.74e-08 4
#> ATC:mclust 135 1.15e-04 5
#> ATC:mclust 57 2.70e-01 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 21104 rows and 192 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.978 0.955 0.981 0.4276 0.572 0.572
#> 3 3 0.901 0.907 0.956 0.4287 0.754 0.594
#> 4 4 0.813 0.813 0.915 0.1236 0.876 0.705
#> 5 5 0.740 0.706 0.817 0.0800 0.872 0.637
#> 6 6 0.668 0.617 0.786 0.0478 0.954 0.831
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM93997 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94077 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94078 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94079 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94081 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94082 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94083 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94084 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94085 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94086 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94087 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94088 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94089 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94091 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94092 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94093 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94094 1 0.2236 0.951 0.964 0.036
#> GSM94095 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94096 2 0.9427 0.457 0.360 0.640
#> GSM94097 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94098 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94099 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94100 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94101 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94102 2 0.7376 0.740 0.208 0.792
#> GSM94103 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94104 2 0.3584 0.908 0.068 0.932
#> GSM94105 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94106 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94107 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94108 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94109 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94110 1 0.0672 0.978 0.992 0.008
#> GSM94111 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94112 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94113 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94114 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94115 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94116 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94117 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94118 2 0.1414 0.952 0.020 0.980
#> GSM94119 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94120 1 0.9286 0.463 0.656 0.344
#> GSM94121 1 0.9580 0.372 0.620 0.380
#> GSM94122 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94123 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94124 1 0.9608 0.361 0.616 0.384
#> GSM94125 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94126 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94128 1 0.8207 0.647 0.744 0.256
#> GSM94129 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94130 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94135 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94136 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94137 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94138 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94139 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94140 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94141 2 0.4815 0.871 0.104 0.896
#> GSM94142 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94143 2 0.9795 0.309 0.416 0.584
#> GSM94144 1 0.6531 0.790 0.832 0.168
#> GSM94145 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98785 2 0.9286 0.494 0.344 0.656
#> GSM98786 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98787 1 0.1843 0.959 0.972 0.028
#> GSM98788 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98789 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98790 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98792 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98793 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98797 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98799 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98800 1 0.1633 0.963 0.976 0.024
#> GSM98801 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94019 1 0.6887 0.766 0.816 0.184
#> GSM94020 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94021 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94022 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94023 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94024 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94025 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94026 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94027 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94028 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94029 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94030 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94031 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94032 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94033 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94034 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94035 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94036 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94037 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94039 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94040 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94043 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94044 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94045 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94048 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94054 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94058 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94063 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94064 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94065 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94157 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94163 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94164 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94167 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94168 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94170 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM94174 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94175 2 0.8144 0.671 0.252 0.748
#> GSM94176 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98771 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98772 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98773 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98774 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98775 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98777 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98778 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98779 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.986 1.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98872 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98874 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
#> GSM98875 2 0.0000 0.968 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM93997 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94077 1 0.5497 0.610 0.708 0.000 0.292
#> GSM94078 3 0.1964 0.905 0.056 0.000 0.944
#> GSM94079 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94080 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94081 1 0.6140 0.322 0.596 0.000 0.404
#> GSM94082 3 0.0592 0.933 0.012 0.000 0.988
#> GSM94083 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM94084 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM94085 3 0.0237 0.932 0.004 0.000 0.996
#> GSM94086 3 0.2356 0.901 0.072 0.000 0.928
#> GSM94087 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94088 1 0.5926 0.478 0.644 0.000 0.356
#> GSM94089 3 0.1529 0.914 0.000 0.040 0.960
#> GSM94090 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94091 1 0.5948 0.453 0.640 0.000 0.360
#> GSM94092 1 0.1163 0.941 0.972 0.000 0.028
#> GSM94093 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94094 3 0.1031 0.931 0.024 0.000 0.976
#> GSM94095 3 0.1411 0.926 0.036 0.000 0.964
#> GSM94096 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM94097 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94098 1 0.6286 0.115 0.536 0.000 0.464
#> GSM94099 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94100 2 0.3116 0.877 0.000 0.892 0.108
#> GSM94101 3 0.0237 0.931 0.000 0.004 0.996
#> GSM94102 3 0.2982 0.908 0.024 0.056 0.920
#> GSM94103 3 0.0592 0.932 0.012 0.000 0.988
#> GSM94104 3 0.0424 0.931 0.000 0.008 0.992
#> GSM94105 3 0.5733 0.543 0.324 0.000 0.676
#> GSM94106 3 0.0592 0.931 0.000 0.012 0.988
#> GSM94107 3 0.2537 0.894 0.080 0.000 0.920
#> GSM94108 3 0.1753 0.909 0.000 0.048 0.952
#> GSM94109 3 0.1964 0.910 0.000 0.056 0.944
#> GSM94110 3 0.0237 0.932 0.004 0.000 0.996
#> GSM94111 3 0.1753 0.915 0.000 0.048 0.952
#> GSM94112 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94113 3 0.1753 0.912 0.048 0.000 0.952
#> GSM94114 3 0.1753 0.920 0.048 0.000 0.952
#> GSM94115 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94116 3 0.4504 0.740 0.196 0.000 0.804
#> GSM94117 1 0.5678 0.540 0.684 0.000 0.316
#> GSM94118 3 0.0892 0.929 0.000 0.020 0.980
#> GSM94119 2 0.2066 0.926 0.000 0.940 0.060
#> GSM94120 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM94121 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM94122 3 0.1964 0.903 0.000 0.056 0.944
#> GSM94123 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94124 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM94125 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94126 1 0.3116 0.863 0.892 0.000 0.108
#> GSM94127 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.1031 0.931 0.024 0.000 0.976
#> GSM94129 3 0.0237 0.932 0.004 0.000 0.996
#> GSM94130 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94133 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94134 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94135 3 0.0237 0.932 0.004 0.000 0.996
#> GSM94136 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94137 3 0.4654 0.737 0.208 0.000 0.792
#> GSM94138 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94139 3 0.5706 0.476 0.000 0.320 0.680
#> GSM94140 1 0.1031 0.943 0.976 0.000 0.024
#> GSM94141 2 0.1643 0.933 0.000 0.956 0.044
#> GSM94142 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94143 2 0.4934 0.823 0.024 0.820 0.156
#> GSM94144 1 0.5733 0.521 0.676 0.324 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.0592 0.952 0.988 0.000 0.012
#> GSM94147 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98785 3 0.0747 0.927 0.000 0.016 0.984
#> GSM98786 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> GSM98787 3 0.2165 0.908 0.064 0.000 0.936
#> GSM98788 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> GSM98789 1 0.1411 0.933 0.964 0.000 0.036
#> GSM98790 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM98791 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98792 1 0.6204 0.278 0.576 0.000 0.424
#> GSM98793 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98794 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98795 1 0.0424 0.955 0.992 0.000 0.008
#> GSM98796 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.1529 0.939 0.000 0.960 0.040
#> GSM98798 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM98799 2 0.2165 0.923 0.000 0.936 0.064
#> GSM98800 1 0.5659 0.771 0.796 0.052 0.152
#> GSM98801 3 0.5138 0.679 0.000 0.252 0.748
#> GSM94019 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> GSM94020 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94021 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94022 3 0.1163 0.930 0.028 0.000 0.972
#> GSM94023 3 0.0747 0.933 0.016 0.000 0.984
#> GSM94024 3 0.1163 0.930 0.028 0.000 0.972
#> GSM94025 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.1289 0.924 0.000 0.032 0.968
#> GSM94027 1 0.1753 0.923 0.952 0.000 0.048
#> GSM94028 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94029 3 0.2448 0.897 0.076 0.000 0.924
#> GSM94030 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> GSM94031 3 0.4931 0.721 0.000 0.232 0.768
#> GSM94032 3 0.2066 0.911 0.060 0.000 0.940
#> GSM94033 3 0.0237 0.931 0.000 0.004 0.996
#> GSM94034 3 0.1964 0.915 0.056 0.000 0.944
#> GSM94035 3 0.0747 0.930 0.000 0.016 0.984
#> GSM94036 3 0.1964 0.915 0.056 0.000 0.944
#> GSM94037 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94038 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94039 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94040 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94041 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94042 2 0.0892 0.953 0.000 0.980 0.020
#> GSM94043 2 0.4796 0.758 0.000 0.780 0.220
#> GSM94044 2 0.2165 0.923 0.000 0.936 0.064
#> GSM94045 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94046 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94047 1 0.0983 0.947 0.980 0.004 0.016
#> GSM94048 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94049 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94050 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94051 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94052 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94053 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94054 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94057 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94058 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94059 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94060 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94061 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94063 1 0.2959 0.877 0.900 0.000 0.100
#> GSM94064 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94065 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94066 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM94067 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94068 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM94069 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94070 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94071 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94073 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94074 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94155 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94156 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94157 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94160 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94161 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94162 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94163 2 0.2165 0.926 0.000 0.936 0.064
#> GSM94164 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94165 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.6252 0.292 0.000 0.556 0.444
#> GSM94168 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94169 1 0.1289 0.936 0.968 0.000 0.032
#> GSM94170 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94173 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM94174 1 0.0237 0.958 0.996 0.004 0.000
#> GSM94175 3 0.0592 0.929 0.000 0.012 0.988
#> GSM94176 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94177 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM94178 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000
#> GSM98767 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98768 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98769 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98770 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98771 2 0.4504 0.792 0.000 0.804 0.196
#> GSM98772 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98773 1 0.2537 0.893 0.920 0.000 0.080
#> GSM98774 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> GSM98775 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98777 1 0.3715 0.845 0.868 0.004 0.128
#> GSM98778 1 0.2959 0.873 0.900 0.000 0.100
#> GSM98779 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98780 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98781 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98782 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98783 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM98872 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM98873 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM98874 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
#> GSM98875 2 0.0237 0.960 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM93997 1 0.0592 0.93636 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94077 4 0.2334 0.78111 0.088 0.000 0.004 0.908
#> GSM94078 4 0.0336 0.82006 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM94079 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94080 2 0.0592 0.92823 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM94081 1 0.7340 -0.18127 0.436 0.000 0.408 0.156
#> GSM94082 4 0.1411 0.81490 0.020 0.000 0.020 0.960
#> GSM94083 1 0.0188 0.94125 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94084 4 0.1022 0.81439 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM94085 3 0.4977 0.28776 0.000 0.000 0.540 0.460
#> GSM94086 3 0.0188 0.82675 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM94087 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94088 4 0.1637 0.79968 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM94089 4 0.0000 0.82055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94090 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94091 4 0.3870 0.61633 0.208 0.000 0.004 0.788
#> GSM94092 4 0.4955 0.15358 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM94093 1 0.0817 0.93306 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM94094 3 0.1302 0.83703 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94095 3 0.2281 0.82043 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM94096 4 0.1118 0.81261 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM94097 1 0.1474 0.91377 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM94098 3 0.6106 0.43199 0.332 0.000 0.604 0.064
#> GSM94099 1 0.4961 0.21571 0.552 0.000 0.000 0.448
#> GSM94100 3 0.2647 0.73606 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM94101 4 0.1209 0.81418 0.000 0.004 0.032 0.964
#> GSM94102 3 0.0336 0.82469 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM94103 4 0.0817 0.81716 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM94104 3 0.4040 0.69361 0.000 0.000 0.752 0.248
#> GSM94105 3 0.1867 0.77272 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM94106 3 0.2704 0.80531 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM94107 3 0.1557 0.83535 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM94108 4 0.0657 0.82016 0.000 0.004 0.012 0.984
#> GSM94109 3 0.0592 0.83279 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM94110 4 0.0592 0.81915 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM94111 3 0.1302 0.83703 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94112 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94113 4 0.0000 0.82055 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM94114 3 0.0921 0.83543 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM94115 1 0.2530 0.85796 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM94116 4 0.1398 0.81107 0.040 0.000 0.004 0.956
#> GSM94117 1 0.4827 0.73886 0.784 0.000 0.124 0.092
#> GSM94118 3 0.4584 0.61794 0.000 0.004 0.696 0.300
#> GSM94119 4 0.4679 0.42189 0.000 0.352 0.000 0.648
#> GSM94120 3 0.4961 0.31991 0.000 0.000 0.552 0.448
#> GSM94121 3 0.3123 0.78416 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM94122 4 0.5022 0.58422 0.000 0.264 0.028 0.708
#> GSM94123 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94124 4 0.2345 0.76418 0.000 0.000 0.100 0.900
#> GSM94125 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94126 1 0.4888 0.32427 0.588 0.000 0.412 0.000
#> GSM94127 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94128 3 0.1211 0.83692 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM94129 4 0.3105 0.72720 0.004 0.000 0.140 0.856
#> GSM94130 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94131 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94132 1 0.0707 0.93435 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94133 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94134 1 0.0921 0.93074 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94135 4 0.1637 0.79890 0.000 0.000 0.060 0.940
#> GSM94136 1 0.0469 0.93888 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94137 3 0.7506 0.32269 0.208 0.000 0.484 0.308
#> GSM94138 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94139 2 0.5576 0.13534 0.000 0.536 0.020 0.444
#> GSM94140 1 0.3626 0.77138 0.812 0.004 0.184 0.000
#> GSM94141 2 0.1211 0.90096 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM94142 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94143 4 0.5383 0.14929 0.012 0.452 0.000 0.536
#> GSM94144 1 0.4543 0.54872 0.676 0.324 0.000 0.000
#> GSM94145 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94146 1 0.3610 0.75570 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM94147 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94148 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98785 4 0.0524 0.82126 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM98786 1 0.3024 0.81923 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM98787 3 0.0188 0.82669 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM98788 1 0.0336 0.94020 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM98789 1 0.4948 0.23707 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM98790 4 0.3528 0.64992 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM98791 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98792 3 0.5137 0.49970 0.296 0.000 0.680 0.024
#> GSM98793 1 0.0592 0.93636 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM98794 1 0.0707 0.93435 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM98795 1 0.4040 0.68434 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM98796 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98797 2 0.2149 0.85688 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM98798 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98799 4 0.4977 0.12709 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM98800 4 0.2466 0.77423 0.096 0.004 0.000 0.900
#> GSM98801 3 0.0188 0.82669 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM94019 3 0.3528 0.75267 0.000 0.000 0.808 0.192
#> GSM94020 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94021 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94022 3 0.1716 0.83313 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM94023 3 0.3942 0.70821 0.000 0.000 0.764 0.236
#> GSM94024 3 0.1557 0.83535 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM94025 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94026 3 0.1118 0.83656 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM94027 1 0.2408 0.86271 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM94028 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94029 3 0.0336 0.82469 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM94030 3 0.1474 0.83601 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM94031 2 0.5432 0.44942 0.000 0.652 0.316 0.032
#> GSM94032 3 0.0000 0.82786 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM94033 4 0.4706 0.57917 0.000 0.028 0.224 0.748
#> GSM94034 3 0.1302 0.83703 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM94035 3 0.3074 0.78691 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM94036 3 0.0707 0.83399 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM94037 1 0.0336 0.94037 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94038 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM94039 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94040 1 0.0336 0.94037 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94041 1 0.2760 0.84110 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM94042 2 0.1118 0.91405 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM94043 4 0.2973 0.74535 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM94044 2 0.4746 0.40791 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM94045 1 0.0592 0.93715 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94046 1 0.0592 0.93715 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94047 1 0.4679 0.47770 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM94048 1 0.1302 0.91855 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM94049 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94050 1 0.0188 0.94092 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94051 1 0.0469 0.93883 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM94052 1 0.0707 0.93435 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94053 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94054 1 0.1211 0.92265 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM94055 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94056 1 0.1940 0.89222 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM94057 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94058 1 0.0188 0.94092 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94059 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94060 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94061 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94063 4 0.2408 0.76661 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM94064 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94065 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94066 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94067 1 0.0469 0.93888 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94068 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94069 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94072 1 0.0592 0.93636 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94073 1 0.0592 0.93636 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM94074 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94075 1 0.0188 0.94092 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94155 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94156 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM94157 1 0.0592 0.93715 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94160 1 0.0336 0.94037 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94161 1 0.0188 0.94092 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94162 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94163 2 0.4008 0.66016 0.000 0.756 0.000 0.244
#> GSM94164 1 0.0188 0.94092 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM94165 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94166 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94167 2 0.4905 0.40204 0.000 0.632 0.004 0.364
#> GSM94168 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94169 1 0.0707 0.93508 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94170 1 0.0469 0.93888 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM94171 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94172 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94173 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM94174 1 0.1792 0.89999 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM94175 4 0.0336 0.82098 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM94176 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94177 1 0.0707 0.93435 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM94178 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM98767 1 0.0921 0.92968 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM98768 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98769 1 0.0376 0.94120 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM98770 1 0.0921 0.93074 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98771 4 0.4134 0.60661 0.000 0.260 0.000 0.740
#> GSM98772 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98773 1 0.4500 0.56220 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM98774 1 0.3400 0.78000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM98775 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98776 1 0.0469 0.93811 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM98777 4 0.2345 0.77079 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM98778 3 0.4994 0.00219 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM98779 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98780 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98781 1 0.1022 0.92813 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM98782 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98783 1 0.0188 0.94154 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98784 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM98871 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM98872 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98873 2 0.0000 0.92841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM98874 2 0.0336 0.93113 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM98875 2 0.0469 0.93054 0.000 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM93997 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94077 4 0.5529 0.16199 0.420 0.000 0.000 0.512 0.068
#> GSM94078 4 0.4387 0.39255 0.012 0.000 0.000 0.640 0.348
#> GSM94079 1 0.1442 0.90828 0.952 0.000 0.012 0.032 0.004
#> GSM94080 2 0.0963 0.93228 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94081 1 0.4599 0.68248 0.752 0.000 0.088 0.156 0.004
#> GSM94082 4 0.4901 0.40818 0.016 0.000 0.016 0.632 0.336
#> GSM94083 1 0.1569 0.90291 0.944 0.000 0.008 0.044 0.004
#> GSM94084 4 0.3578 0.57487 0.000 0.004 0.008 0.784 0.204
#> GSM94085 4 0.3949 0.22403 0.000 0.004 0.300 0.696 0.000
#> GSM94086 3 0.1732 0.69833 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM94087 1 0.0932 0.92159 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> GSM94088 4 0.5618 0.41704 0.144 0.000 0.000 0.632 0.224
#> GSM94089 4 0.4571 0.42429 0.004 0.020 0.000 0.664 0.312
#> GSM94090 2 0.1124 0.93083 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM94091 4 0.6003 0.34101 0.192 0.000 0.000 0.584 0.224
#> GSM94092 1 0.3777 0.72513 0.784 0.000 0.004 0.192 0.020
#> GSM94093 1 0.0451 0.93136 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM94094 3 0.3143 0.68650 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM94095 3 0.4595 0.33034 0.004 0.000 0.504 0.488 0.004
#> GSM94096 4 0.3826 0.55019 0.000 0.004 0.008 0.752 0.236
#> GSM94097 1 0.1074 0.92736 0.968 0.000 0.016 0.012 0.004
#> GSM94098 1 0.4513 0.69835 0.764 0.000 0.128 0.104 0.004
#> GSM94099 1 0.2672 0.83805 0.872 0.000 0.004 0.116 0.008
#> GSM94100 3 0.3218 0.61060 0.000 0.128 0.844 0.024 0.004
#> GSM94101 4 0.3482 0.59183 0.000 0.012 0.008 0.812 0.168
#> GSM94102 3 0.0960 0.67267 0.004 0.000 0.972 0.016 0.008
#> GSM94103 4 0.3573 0.60489 0.016 0.000 0.012 0.816 0.156
#> GSM94104 4 0.4836 0.01340 0.000 0.032 0.356 0.612 0.000
#> GSM94105 3 0.2522 0.69425 0.024 0.000 0.896 0.076 0.004
#> GSM94106 3 0.3700 0.66871 0.000 0.000 0.752 0.240 0.008
#> GSM94107 3 0.4988 0.45671 0.024 0.000 0.556 0.416 0.004
#> GSM94108 4 0.4234 0.51531 0.000 0.020 0.004 0.724 0.252
#> GSM94109 3 0.2488 0.70034 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004
#> GSM94110 4 0.3596 0.58542 0.008 0.000 0.008 0.792 0.192
#> GSM94111 3 0.2848 0.69699 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> GSM94112 2 0.1205 0.92917 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM94113 4 0.3882 0.55102 0.020 0.000 0.000 0.756 0.224
#> GSM94114 3 0.3730 0.64327 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> GSM94115 1 0.0693 0.93082 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM94116 4 0.4660 0.45564 0.228 0.000 0.024 0.724 0.024
#> GSM94117 1 0.2179 0.87970 0.912 0.000 0.008 0.072 0.008
#> GSM94118 4 0.4697 0.12131 0.000 0.032 0.320 0.648 0.000
#> GSM94119 5 0.5958 0.47912 0.000 0.200 0.000 0.208 0.592
#> GSM94120 4 0.4280 0.18612 0.000 0.004 0.312 0.676 0.008
#> GSM94121 3 0.4644 0.39591 0.000 0.000 0.528 0.460 0.012
#> GSM94122 4 0.4455 0.17034 0.000 0.404 0.000 0.588 0.008
#> GSM94123 1 0.0566 0.93315 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM94124 4 0.3599 0.61161 0.000 0.004 0.060 0.832 0.104
#> GSM94125 2 0.0794 0.93447 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94126 1 0.1990 0.88863 0.920 0.000 0.068 0.008 0.004
#> GSM94127 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94128 3 0.3336 0.67692 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> GSM94129 4 0.4653 0.58356 0.004 0.000 0.112 0.752 0.132
#> GSM94130 1 0.0794 0.93161 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM94131 1 0.0727 0.93231 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM94132 1 0.0671 0.93243 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM94133 2 0.1205 0.92911 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM94134 1 0.3373 0.84347 0.848 0.000 0.092 0.004 0.056
#> GSM94135 4 0.3981 0.61417 0.004 0.000 0.060 0.800 0.136
#> GSM94136 1 0.3055 0.86103 0.864 0.000 0.064 0.000 0.072
#> GSM94137 4 0.6451 0.18100 0.388 0.000 0.156 0.452 0.004
#> GSM94138 1 0.0566 0.93298 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM94139 5 0.3256 0.59130 0.000 0.064 0.012 0.060 0.864
#> GSM94140 3 0.4996 0.01921 0.032 0.000 0.548 0.000 0.420
#> GSM94141 5 0.7080 0.36004 0.004 0.156 0.268 0.044 0.528
#> GSM94142 1 0.0703 0.93197 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM94143 5 0.1628 0.59580 0.000 0.008 0.000 0.056 0.936
#> GSM94144 5 0.8998 0.30487 0.176 0.252 0.156 0.044 0.372
#> GSM94145 1 0.0865 0.93108 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM94146 3 0.5600 0.22308 0.256 0.000 0.632 0.004 0.108
#> GSM94147 1 0.6126 0.55572 0.640 0.016 0.080 0.024 0.240
#> GSM94148 1 0.2707 0.87718 0.876 0.000 0.024 0.000 0.100
#> GSM98785 5 0.2439 0.58286 0.000 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM98786 5 0.5216 0.42322 0.248 0.000 0.000 0.092 0.660
#> GSM98787 3 0.2806 0.55386 0.004 0.000 0.844 0.000 0.152
#> GSM98788 1 0.6813 0.06773 0.476 0.000 0.152 0.024 0.348
#> GSM98789 5 0.4351 0.55361 0.100 0.000 0.000 0.132 0.768
#> GSM98790 4 0.3749 0.50658 0.000 0.052 0.108 0.828 0.012
#> GSM98791 1 0.0486 0.93219 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM98792 5 0.4574 0.21387 0.012 0.000 0.412 0.000 0.576
#> GSM98793 1 0.0771 0.93190 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM98794 1 0.0324 0.93095 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM98795 3 0.5494 0.30545 0.172 0.000 0.668 0.004 0.156
#> GSM98796 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98797 2 0.7191 0.17460 0.000 0.480 0.224 0.036 0.260
#> GSM98798 2 0.1082 0.92250 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM98799 5 0.6033 0.45743 0.000 0.200 0.000 0.220 0.580
#> GSM98800 5 0.3210 0.53590 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> GSM98801 3 0.2233 0.59928 0.000 0.004 0.892 0.000 0.104
#> GSM94019 3 0.4210 0.47222 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM94020 2 0.0963 0.93228 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM94021 1 0.0771 0.92214 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM94022 3 0.4192 0.50985 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> GSM94023 4 0.5131 -0.00214 0.048 0.000 0.364 0.588 0.000
#> GSM94024 3 0.4161 0.52971 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> GSM94025 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94026 3 0.2761 0.69953 0.000 0.000 0.872 0.104 0.024
#> GSM94027 1 0.0324 0.93110 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM94028 2 0.1041 0.93254 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM94029 3 0.1282 0.68813 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> GSM94030 3 0.4066 0.60849 0.000 0.000 0.672 0.324 0.004
#> GSM94031 2 0.4605 0.61852 0.000 0.708 0.040 0.248 0.004
#> GSM94032 3 0.1892 0.69822 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM94033 4 0.4480 0.49622 0.000 0.140 0.068 0.776 0.016
#> GSM94034 3 0.4511 0.56244 0.016 0.000 0.628 0.356 0.000
#> GSM94035 3 0.3884 0.64114 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004
#> GSM94036 3 0.3305 0.67930 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM94037 1 0.0854 0.93118 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> GSM94038 2 0.1638 0.91333 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM94039 2 0.0609 0.93583 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94040 1 0.3586 0.82618 0.828 0.000 0.096 0.000 0.076
#> GSM94041 1 0.0566 0.93134 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM94042 2 0.1485 0.91351 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> GSM94043 5 0.6282 0.29777 0.000 0.164 0.000 0.340 0.496
#> GSM94044 5 0.4210 0.57481 0.000 0.096 0.000 0.124 0.780
#> GSM94045 1 0.1822 0.91439 0.936 0.000 0.036 0.004 0.024
#> GSM94046 1 0.1377 0.92352 0.956 0.000 0.020 0.004 0.020
#> GSM94047 5 0.5450 0.44583 0.216 0.000 0.000 0.132 0.652
#> GSM94048 1 0.0451 0.93111 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94049 5 0.6494 0.29498 0.252 0.000 0.256 0.000 0.492
#> GSM94050 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94051 5 0.3053 0.57624 0.044 0.000 0.076 0.008 0.872
#> GSM94052 1 0.0451 0.93111 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94053 2 0.0162 0.93559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94054 1 0.4000 0.78991 0.800 0.000 0.132 0.004 0.064
#> GSM94055 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94056 1 0.0865 0.93179 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> GSM94057 2 0.0609 0.93029 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM94058 1 0.0451 0.93111 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM94059 1 0.0727 0.93166 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> GSM94060 2 0.0162 0.93669 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94061 1 0.0000 0.93160 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94062 2 0.0000 0.93630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94063 5 0.4283 0.36045 0.008 0.000 0.000 0.348 0.644
#> GSM94064 2 0.0162 0.93559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM94065 1 0.0324 0.93173 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM94066 2 0.0794 0.92663 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM94067 1 0.1377 0.92352 0.956 0.000 0.020 0.004 0.020
#> GSM94068 2 0.0510 0.93195 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM94069 1 0.0162 0.93159 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94070 2 0.0000 0.93630 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM94071 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94072 1 0.0955 0.93150 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM94073 1 0.0955 0.93144 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> GSM94074 1 0.0833 0.93238 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> GSM94075 1 0.0162 0.93104 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM94155 1 0.2139 0.90183 0.916 0.000 0.032 0.000 0.052
#> GSM94156 2 0.0290 0.93678 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM94157 1 0.4294 0.75608 0.768 0.000 0.152 0.000 0.080
#> GSM94160 1 0.1372 0.92461 0.956 0.000 0.016 0.004 0.024
#> GSM94161 1 0.1116 0.93140 0.964 0.000 0.004 0.004 0.028
#> GSM94162 5 0.5938 0.24658 0.112 0.000 0.376 0.000 0.512
#> GSM94163 5 0.5418 0.37375 0.000 0.364 0.000 0.068 0.568
#> GSM94164 1 0.0771 0.93190 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM94165 1 0.0955 0.93014 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> GSM94166 1 0.1041 0.92997 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM94167 5 0.5086 0.45655 0.000 0.304 0.000 0.060 0.636
#> GSM94168 1 0.0992 0.93043 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM94169 5 0.4380 0.40385 0.016 0.000 0.292 0.004 0.688
#> GSM94170 1 0.3749 0.81468 0.816 0.000 0.104 0.000 0.080
#> GSM94171 1 0.0771 0.93190 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM94172 1 0.0324 0.93173 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM94173 2 0.3317 0.80844 0.000 0.840 0.000 0.044 0.116
#> GSM94174 1 0.3319 0.78585 0.820 0.000 0.000 0.020 0.160
#> GSM94175 5 0.2605 0.57205 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM94176 1 0.4627 0.71044 0.732 0.000 0.080 0.000 0.188
#> GSM94177 1 0.1124 0.93068 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM94178 2 0.3216 0.81540 0.000 0.848 0.000 0.044 0.108
#> GSM98767 1 0.0566 0.93134 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM98768 1 0.0162 0.93159 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM98769 5 0.4820 0.47269 0.068 0.000 0.236 0.000 0.696
#> GSM98770 1 0.3012 0.86556 0.872 0.000 0.072 0.004 0.052
#> GSM98771 5 0.6422 0.33054 0.000 0.200 0.000 0.308 0.492
#> GSM98772 1 0.1041 0.92997 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> GSM98773 3 0.3495 0.50158 0.152 0.000 0.816 0.000 0.032
#> GSM98774 5 0.4313 0.55379 0.068 0.000 0.000 0.172 0.760
#> GSM98775 1 0.0404 0.93256 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM98776 1 0.1569 0.92552 0.944 0.000 0.008 0.004 0.044
#> GSM98777 5 0.3550 0.51518 0.000 0.004 0.000 0.236 0.760
#> GSM98778 3 0.3169 0.55129 0.016 0.000 0.840 0.004 0.140
#> GSM98779 1 0.0833 0.93116 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> GSM98780 1 0.1386 0.92400 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> GSM98781 1 0.5922 0.17072 0.476 0.000 0.420 0.000 0.104
#> GSM98782 1 0.0486 0.93219 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> GSM98783 1 0.1728 0.91675 0.940 0.000 0.020 0.004 0.036
#> GSM98784 1 0.0566 0.93307 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM98871 2 0.0794 0.93447 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM98872 2 0.0609 0.93029 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM98873 2 0.1281 0.91761 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> GSM98874 2 0.0162 0.93669 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM98875 2 0.0510 0.93629 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM93997 1 0.1845 0.80321 0.920 0.000 0.000 0.000 0.028 0.052
#> GSM94077 6 0.3698 0.51359 0.160 0.000 0.004 0.004 0.044 0.788
#> GSM94078 6 0.4482 0.35550 0.000 0.000 0.016 0.316 0.024 0.644
#> GSM94079 1 0.5904 0.32614 0.576 0.000 0.068 0.000 0.080 0.276
#> GSM94080 2 0.1168 0.90360 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM94081 6 0.6413 0.37523 0.208 0.000 0.196 0.000 0.060 0.536
#> GSM94082 6 0.7056 0.40978 0.036 0.000 0.164 0.208 0.068 0.524
#> GSM94083 1 0.5517 0.38605 0.600 0.000 0.040 0.000 0.076 0.284
#> GSM94084 6 0.4576 0.59409 0.000 0.020 0.068 0.100 0.040 0.772
#> GSM94085 6 0.4527 0.28003 0.000 0.008 0.360 0.000 0.028 0.604
#> GSM94086 3 0.2263 0.74184 0.000 0.000 0.884 0.000 0.100 0.016
#> GSM94087 1 0.5163 0.52299 0.652 0.000 0.012 0.000 0.200 0.136
#> GSM94088 6 0.4225 0.51111 0.144 0.000 0.000 0.024 0.068 0.764
#> GSM94089 6 0.4443 0.52666 0.000 0.040 0.008 0.148 0.044 0.760
#> GSM94090 2 0.1138 0.90408 0.000 0.960 0.000 0.004 0.024 0.012
#> GSM94091 6 0.6969 0.18885 0.188 0.000 0.004 0.108 0.204 0.496
#> GSM94092 6 0.4762 0.32520 0.272 0.000 0.004 0.000 0.076 0.648
#> GSM94093 1 0.3882 0.61575 0.716 0.000 0.012 0.000 0.260 0.012
#> GSM94094 3 0.2376 0.75286 0.000 0.000 0.888 0.000 0.044 0.068
#> GSM94095 3 0.3886 0.57043 0.000 0.000 0.708 0.000 0.028 0.264
#> GSM94096 6 0.4961 0.57566 0.000 0.004 0.096 0.156 0.032 0.712
#> GSM94097 1 0.6361 0.14329 0.508 0.000 0.080 0.000 0.312 0.100
#> GSM94098 1 0.7211 -0.27381 0.360 0.000 0.284 0.000 0.088 0.268
#> GSM94099 6 0.4991 0.10939 0.404 0.000 0.000 0.000 0.072 0.524
#> GSM94100 3 0.6146 0.35083 0.000 0.152 0.512 0.000 0.304 0.032
#> GSM94101 6 0.5372 0.57053 0.000 0.060 0.064 0.100 0.052 0.724
#> GSM94102 3 0.4087 0.61129 0.000 0.000 0.692 0.004 0.276 0.028
#> GSM94103 6 0.3909 0.61411 0.012 0.000 0.104 0.056 0.020 0.808
#> GSM94104 6 0.5270 -0.00771 0.000 0.016 0.440 0.004 0.048 0.492
#> GSM94105 3 0.3123 0.73892 0.012 0.000 0.840 0.000 0.116 0.032
#> GSM94106 3 0.2011 0.75505 0.000 0.004 0.912 0.000 0.020 0.064
#> GSM94107 3 0.5716 0.43383 0.060 0.000 0.604 0.000 0.080 0.256
#> GSM94108 6 0.4835 0.51601 0.000 0.044 0.016 0.172 0.040 0.728
#> GSM94109 3 0.1307 0.75293 0.000 0.000 0.952 0.008 0.032 0.008
#> GSM94110 6 0.3341 0.60136 0.000 0.000 0.048 0.096 0.020 0.836
#> GSM94111 3 0.2446 0.75644 0.000 0.008 0.900 0.008 0.040 0.044
#> GSM94112 2 0.1218 0.90219 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028 0.012
#> GSM94113 6 0.3136 0.58748 0.024 0.000 0.012 0.068 0.032 0.864
#> GSM94114 3 0.2587 0.73581 0.000 0.000 0.868 0.004 0.020 0.108
#> GSM94115 1 0.2420 0.78994 0.884 0.000 0.000 0.000 0.040 0.076
#> GSM94116 6 0.3259 0.58898 0.104 0.000 0.048 0.000 0.012 0.836
#> GSM94117 1 0.3050 0.76455 0.852 0.000 0.012 0.000 0.044 0.092
#> GSM94118 6 0.5049 -0.02247 0.004 0.008 0.440 0.000 0.044 0.504
#> GSM94119 4 0.6052 0.39632 0.000 0.340 0.000 0.492 0.024 0.144
#> GSM94120 3 0.5015 0.36324 0.000 0.004 0.600 0.004 0.068 0.324
#> GSM94121 3 0.4354 0.67218 0.000 0.000 0.756 0.028 0.072 0.144
#> GSM94122 2 0.5752 0.35382 0.000 0.572 0.036 0.008 0.072 0.312
#> GSM94123 1 0.2003 0.78546 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM94124 6 0.5563 0.52295 0.000 0.008 0.204 0.056 0.076 0.656
#> GSM94125 2 0.0891 0.90710 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM94126 1 0.2510 0.78741 0.884 0.000 0.080 0.000 0.028 0.008
#> GSM94127 1 0.0820 0.82009 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> GSM94128 3 0.1801 0.75612 0.000 0.000 0.924 0.004 0.016 0.056
#> GSM94129 6 0.5677 0.31314 0.000 0.000 0.356 0.056 0.052 0.536
#> GSM94130 1 0.2664 0.73668 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM94131 1 0.1341 0.81247 0.948 0.000 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM94132 1 0.1152 0.81726 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM94133 2 0.1138 0.90408 0.000 0.960 0.000 0.004 0.024 0.012
#> GSM94134 1 0.2163 0.79962 0.892 0.000 0.016 0.000 0.092 0.000
#> GSM94135 6 0.6264 0.36524 0.004 0.000 0.324 0.096 0.060 0.516
#> GSM94136 1 0.2202 0.81077 0.904 0.000 0.012 0.004 0.072 0.008
#> GSM94137 1 0.6236 -0.14382 0.420 0.000 0.264 0.000 0.008 0.308
#> GSM94138 1 0.2390 0.79177 0.888 0.000 0.000 0.000 0.056 0.056
#> GSM94139 4 0.2239 0.58951 0.000 0.040 0.004 0.912 0.028 0.016
#> GSM94140 5 0.6684 0.15301 0.072 0.000 0.160 0.256 0.508 0.004
#> GSM94141 4 0.6928 0.00770 0.000 0.088 0.064 0.412 0.400 0.036
#> GSM94142 1 0.2597 0.74415 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM94143 4 0.1930 0.59539 0.000 0.000 0.000 0.916 0.036 0.048
#> GSM94144 5 0.7834 0.25613 0.064 0.196 0.048 0.112 0.516 0.064
#> GSM94145 1 0.1556 0.80429 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM94146 1 0.6796 -0.25630 0.420 0.000 0.324 0.060 0.196 0.000
#> GSM94147 5 0.6990 0.28147 0.348 0.020 0.012 0.084 0.464 0.072
#> GSM94148 1 0.2407 0.79988 0.892 0.000 0.004 0.056 0.048 0.000
#> GSM98785 4 0.1564 0.59517 0.000 0.000 0.000 0.936 0.024 0.040
#> GSM98786 4 0.6109 0.33302 0.204 0.000 0.000 0.588 0.068 0.140
#> GSM98787 3 0.4871 0.50509 0.000 0.000 0.660 0.144 0.196 0.000
#> GSM98788 1 0.8201 -0.19221 0.412 0.000 0.096 0.200 0.172 0.120
#> GSM98789 4 0.6878 0.22470 0.124 0.000 0.000 0.476 0.268 0.132
#> GSM98790 6 0.5911 0.45569 0.000 0.044 0.232 0.020 0.084 0.620
#> GSM98791 1 0.0790 0.81943 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM98792 4 0.4222 0.41105 0.000 0.000 0.184 0.728 0.088 0.000
#> GSM98793 1 0.1863 0.80401 0.920 0.000 0.000 0.000 0.036 0.044
#> GSM98794 1 0.2070 0.79969 0.908 0.000 0.000 0.000 0.044 0.048
#> GSM98795 5 0.6750 0.27721 0.348 0.000 0.200 0.052 0.400 0.000
#> GSM98796 1 0.1075 0.81500 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM98797 5 0.6889 0.05955 0.000 0.380 0.060 0.068 0.440 0.052
#> GSM98798 2 0.2884 0.80987 0.000 0.848 0.008 0.004 0.128 0.012
#> GSM98799 4 0.5889 0.40494 0.000 0.344 0.000 0.500 0.016 0.140
#> GSM98800 4 0.2431 0.59237 0.000 0.000 0.000 0.860 0.008 0.132
#> GSM98801 3 0.4291 0.53422 0.000 0.000 0.664 0.044 0.292 0.000
#> GSM94019 3 0.4664 0.39868 0.000 0.000 0.584 0.000 0.052 0.364
#> GSM94020 2 0.0891 0.90701 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> GSM94021 1 0.2685 0.77512 0.868 0.000 0.000 0.000 0.060 0.072
#> GSM94022 3 0.3066 0.71553 0.000 0.000 0.832 0.000 0.044 0.124
#> GSM94023 3 0.5544 0.46915 0.064 0.000 0.628 0.000 0.068 0.240
#> GSM94024 3 0.3098 0.71534 0.000 0.000 0.836 0.004 0.040 0.120
#> GSM94025 1 0.2001 0.80215 0.912 0.000 0.000 0.000 0.048 0.040
#> GSM94026 3 0.3284 0.72971 0.000 0.000 0.844 0.052 0.080 0.024
#> GSM94027 1 0.1262 0.82127 0.956 0.000 0.020 0.000 0.016 0.008
#> GSM94028 2 0.0837 0.90778 0.000 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> GSM94029 3 0.2006 0.73745 0.000 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> GSM94030 3 0.3373 0.73399 0.020 0.000 0.848 0.012 0.044 0.076
#> GSM94031 2 0.5992 0.50055 0.000 0.636 0.176 0.012 0.080 0.096
#> GSM94032 3 0.3398 0.67219 0.000 0.000 0.768 0.004 0.216 0.012
#> GSM94033 6 0.6939 0.30771 0.000 0.316 0.148 0.004 0.088 0.444
#> GSM94034 3 0.3902 0.66538 0.100 0.000 0.800 0.004 0.016 0.080
#> GSM94035 3 0.3025 0.72895 0.000 0.016 0.844 0.000 0.020 0.120
#> GSM94036 3 0.1382 0.75761 0.000 0.000 0.948 0.008 0.008 0.036
#> GSM94037 1 0.1364 0.81530 0.944 0.000 0.004 0.000 0.048 0.004
#> GSM94038 2 0.1777 0.88766 0.000 0.928 0.000 0.004 0.044 0.024
#> GSM94039 2 0.0520 0.90862 0.000 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM94040 1 0.2841 0.76548 0.848 0.000 0.012 0.012 0.128 0.000
#> GSM94041 1 0.2258 0.79591 0.896 0.000 0.000 0.000 0.044 0.060
#> GSM94042 2 0.2687 0.83411 0.000 0.872 0.000 0.092 0.024 0.012
#> GSM94043 4 0.6251 0.37295 0.000 0.320 0.000 0.472 0.024 0.184
#> GSM94044 4 0.3478 0.58666 0.000 0.116 0.000 0.816 0.008 0.060
#> GSM94045 1 0.1555 0.81241 0.932 0.000 0.004 0.000 0.060 0.004
#> GSM94046 1 0.1555 0.81251 0.932 0.000 0.004 0.000 0.060 0.004
#> GSM94047 4 0.6809 0.26707 0.156 0.000 0.000 0.480 0.096 0.268
#> GSM94048 1 0.1794 0.80807 0.924 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036
#> GSM94049 4 0.6459 -0.15810 0.400 0.000 0.064 0.432 0.100 0.004
#> GSM94050 1 0.1549 0.81621 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> GSM94051 4 0.2791 0.54689 0.032 0.000 0.008 0.864 0.096 0.000
#> GSM94052 1 0.1408 0.82123 0.944 0.000 0.000 0.000 0.036 0.020
#> GSM94053 2 0.0363 0.90651 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM94054 1 0.3992 0.60175 0.708 0.000 0.012 0.016 0.264 0.000
#> GSM94055 1 0.1462 0.81641 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> GSM94056 1 0.4048 0.70814 0.764 0.000 0.000 0.004 0.132 0.100
#> GSM94057 2 0.1863 0.87136 0.000 0.920 0.000 0.004 0.060 0.016
#> GSM94058 1 0.1168 0.81708 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM94059 1 0.2219 0.77713 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM94060 2 0.0146 0.90880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94061 1 0.0622 0.81957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM94062 2 0.0260 0.90729 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM94063 4 0.3463 0.51208 0.004 0.000 0.000 0.748 0.008 0.240
#> GSM94064 2 0.0632 0.90280 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM94065 1 0.0993 0.81726 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 0.024
#> GSM94066 2 0.1426 0.89065 0.000 0.948 0.000 0.008 0.028 0.016
#> GSM94067 1 0.2762 0.72468 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM94068 2 0.0458 0.90532 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM94069 1 0.1492 0.81368 0.940 0.000 0.000 0.000 0.036 0.024
#> GSM94070 2 0.0547 0.90403 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM94071 1 0.1003 0.82026 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> GSM94072 1 0.3055 0.76044 0.840 0.000 0.000 0.000 0.064 0.096
#> GSM94073 1 0.5736 0.34246 0.580 0.000 0.000 0.016 0.212 0.192
#> GSM94074 1 0.0146 0.81949 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94075 1 0.1320 0.81638 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016 0.036
#> GSM94155 1 0.3468 0.63190 0.728 0.000 0.000 0.008 0.264 0.000
#> GSM94156 2 0.0146 0.90880 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM94157 1 0.4291 0.60086 0.708 0.000 0.012 0.040 0.240 0.000
#> GSM94160 1 0.2260 0.77260 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM94161 1 0.0937 0.81849 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM94162 4 0.6557 -0.00540 0.268 0.000 0.112 0.516 0.104 0.000
#> GSM94163 4 0.3897 0.48124 0.000 0.280 0.000 0.696 0.000 0.024
#> GSM94164 1 0.1633 0.81095 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> GSM94165 1 0.1327 0.81079 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM94166 1 0.2003 0.78690 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM94167 4 0.4353 0.49533 0.000 0.220 0.000 0.720 0.028 0.032
#> GSM94168 1 0.1296 0.81917 0.948 0.000 0.004 0.000 0.044 0.004
#> GSM94169 4 0.5038 0.40891 0.004 0.000 0.120 0.688 0.172 0.016
#> GSM94170 1 0.3801 0.65053 0.740 0.000 0.012 0.016 0.232 0.000
#> GSM94171 1 0.1297 0.81594 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM94172 1 0.0692 0.81882 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM94173 2 0.4051 0.74718 0.000 0.792 0.000 0.080 0.092 0.036
#> GSM94174 1 0.6493 0.20136 0.520 0.000 0.000 0.068 0.160 0.252
#> GSM94175 4 0.1391 0.59676 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> GSM94176 1 0.4428 0.66920 0.756 0.000 0.008 0.116 0.108 0.012
#> GSM94177 1 0.1642 0.81991 0.936 0.000 0.000 0.028 0.032 0.004
#> GSM94178 2 0.3571 0.76722 0.000 0.816 0.000 0.116 0.048 0.020
#> GSM98767 1 0.2889 0.76225 0.848 0.000 0.000 0.000 0.044 0.108
#> GSM98768 1 0.2568 0.78393 0.876 0.000 0.000 0.000 0.056 0.068
#> GSM98769 4 0.5248 0.36025 0.084 0.000 0.056 0.680 0.180 0.000
#> GSM98770 1 0.1757 0.80885 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076 0.000
#> GSM98771 4 0.5987 0.39915 0.000 0.328 0.000 0.496 0.016 0.160
#> GSM98772 1 0.0972 0.81922 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM98773 3 0.5416 0.45684 0.148 0.000 0.660 0.008 0.164 0.020
#> GSM98774 4 0.4008 0.50561 0.124 0.000 0.000 0.788 0.032 0.056
#> GSM98775 1 0.2119 0.80575 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060
#> GSM98776 1 0.2980 0.78581 0.864 0.000 0.000 0.024 0.072 0.040
#> GSM98777 4 0.2821 0.58515 0.000 0.000 0.000 0.832 0.016 0.152
#> GSM98778 3 0.5932 0.39039 0.076 0.000 0.616 0.120 0.188 0.000
#> GSM98779 1 0.1700 0.80475 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080 0.000
#> GSM98780 1 0.1267 0.81312 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM98781 1 0.6631 0.07199 0.516 0.000 0.184 0.080 0.220 0.000
#> GSM98782 1 0.1556 0.80586 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM98783 1 0.1787 0.81460 0.920 0.000 0.004 0.000 0.068 0.008
#> GSM98784 1 0.1957 0.78820 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM98871 2 0.0717 0.90839 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> GSM98872 2 0.0972 0.89786 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM98873 2 0.4192 0.66816 0.000 0.740 0.012 0.004 0.204 0.040
#> GSM98874 2 0.0291 0.90845 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM98875 2 0.0717 0.90838 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n disease.state(p) k
#> ATC:NMF 186 2.34e-03 2
#> ATC:NMF 185 7.81e-08 3
#> ATC:NMF 173 4.12e-08 4
#> ATC:NMF 151 1.14e-06 5
#> ATC:NMF 141 1.55e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0