Date: 2019-12-25 20:17:13 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 11925 167
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 0.973 | 0.983 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.962 | 0.984 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.993 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.977 | 0.991 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.990 | 0.996 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.993 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.991 | 0.996 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 1.000 | 0.972 | 0.989 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 1.000 | 0.982 | 0.993 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.996 | 0.998 | ** | |
| CV:hclust | 2 | 0.972 | 0.962 | 0.961 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 0.938 | 0.929 | 0.972 | * | |
| ATC:skmeans | 4 | 0.914 | 0.901 | 0.959 | * | 2,3 |
| MAD:skmeans | 2 | 0.897 | 0.942 | 0.974 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.840 | 0.901 | 0.960 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.801 | 0.894 | 0.952 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.716 | 0.947 | 0.936 | ||
| SD:NMF | 4 | 0.552 | 0.614 | 0.792 | ||
| CV:NMF | 3 | 0.497 | 0.700 | 0.844 | ||
| ATC:hclust | 5 | 0.420 | 0.654 | 0.811 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.865 0.925 0.968 0.439 0.560 0.560
#> CV:NMF 2 0.854 0.917 0.964 0.423 0.573 0.573
#> MAD:NMF 2 0.840 0.901 0.960 0.446 0.556 0.556
#> ATC:NMF 2 0.938 0.929 0.972 0.386 0.604 0.604
#> SD:skmeans 2 1.000 0.962 0.984 0.484 0.519 0.519
#> CV:skmeans 2 0.801 0.894 0.952 0.486 0.512 0.512
#> MAD:skmeans 2 0.897 0.942 0.974 0.487 0.514 0.514
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.988 0.995 0.480 0.519 0.519
#> SD:mclust 2 1.000 0.977 0.991 0.303 0.696 0.696
#> CV:mclust 2 1.000 0.981 0.993 0.301 0.696 0.696
#> MAD:mclust 2 1.000 0.982 0.993 0.298 0.703 0.703
#> ATC:mclust 2 1.000 0.996 0.998 0.302 0.696 0.696
#> SD:kmeans 2 1.000 0.995 0.998 0.299 0.703 0.703
#> CV:kmeans 2 1.000 0.990 0.996 0.299 0.703 0.703
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.991 0.996 0.300 0.696 0.696
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.297 0.703 0.703
#> SD:pam 2 1.000 0.981 0.993 0.291 0.711 0.711
#> CV:pam 2 1.000 0.980 0.991 0.279 0.719 0.719
#> MAD:pam 2 1.000 0.972 0.989 0.293 0.719 0.719
#> ATC:pam 2 1.000 0.985 0.994 0.296 0.703 0.703
#> SD:hclust 2 1.000 0.973 0.983 0.298 0.719 0.719
#> CV:hclust 2 0.972 0.962 0.961 0.296 0.719 0.719
#> MAD:hclust 2 0.716 0.947 0.936 0.312 0.719 0.719
#> ATC:hclust 2 0.786 0.970 0.970 0.262 0.711 0.711
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.390 0.381 0.680 0.441 0.670 0.464
#> CV:NMF 3 0.497 0.700 0.844 0.488 0.701 0.511
#> MAD:NMF 3 0.416 0.621 0.804 0.427 0.691 0.492
#> ATC:NMF 3 0.801 0.873 0.942 0.640 0.656 0.476
#> SD:skmeans 3 0.466 0.630 0.811 0.348 0.715 0.506
#> CV:skmeans 3 0.601 0.783 0.891 0.360 0.668 0.436
#> MAD:skmeans 3 0.421 0.555 0.767 0.356 0.673 0.446
#> ATC:skmeans 3 0.974 0.953 0.980 0.366 0.697 0.480
#> SD:mclust 3 0.535 0.758 0.863 0.985 0.653 0.508
#> CV:mclust 3 0.588 0.720 0.874 1.020 0.669 0.530
#> MAD:mclust 3 0.528 0.642 0.854 1.080 0.663 0.525
#> ATC:mclust 3 0.661 0.828 0.908 0.998 0.682 0.550
#> SD:kmeans 3 0.779 0.894 0.932 1.060 0.654 0.512
#> CV:kmeans 3 0.543 0.769 0.872 1.086 0.654 0.512
#> MAD:kmeans 3 0.503 0.691 0.844 1.064 0.653 0.509
#> ATC:kmeans 3 0.833 0.889 0.925 1.040 0.654 0.512
#> SD:pam 3 0.369 0.598 0.801 1.120 0.652 0.513
#> CV:pam 3 0.367 0.645 0.816 1.015 0.698 0.581
#> MAD:pam 3 0.477 0.731 0.867 1.115 0.654 0.519
#> ATC:pam 3 0.522 0.816 0.803 0.703 0.702 0.580
#> SD:hclust 3 0.382 0.493 0.806 0.673 0.980 0.973
#> CV:hclust 3 0.408 0.780 0.872 0.468 0.978 0.970
#> MAD:hclust 3 0.374 0.692 0.834 0.515 0.978 0.970
#> ATC:hclust 3 0.767 0.910 0.934 0.343 0.996 0.995
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.552 0.614 0.792 0.1651 0.754 0.423
#> CV:NMF 4 0.504 0.583 0.761 0.1758 0.791 0.486
#> MAD:NMF 4 0.503 0.577 0.760 0.1614 0.788 0.482
#> ATC:NMF 4 0.697 0.723 0.868 0.0791 0.875 0.692
#> SD:skmeans 4 0.538 0.611 0.778 0.1428 0.817 0.535
#> CV:skmeans 4 0.492 0.566 0.766 0.1266 0.802 0.496
#> MAD:skmeans 4 0.490 0.548 0.752 0.1321 0.786 0.467
#> ATC:skmeans 4 0.914 0.901 0.959 0.1390 0.807 0.512
#> SD:mclust 4 0.606 0.687 0.842 0.1804 0.737 0.425
#> CV:mclust 4 0.513 0.643 0.799 0.1626 0.746 0.445
#> MAD:mclust 4 0.531 0.494 0.723 0.1717 0.746 0.435
#> ATC:mclust 4 0.585 0.599 0.794 0.1350 0.886 0.734
#> SD:kmeans 4 0.593 0.647 0.780 0.1709 0.773 0.476
#> CV:kmeans 4 0.539 0.561 0.703 0.1548 0.848 0.614
#> MAD:kmeans 4 0.551 0.530 0.735 0.1786 0.830 0.574
#> ATC:kmeans 4 0.670 0.683 0.793 0.1748 0.795 0.504
#> SD:pam 4 0.387 0.613 0.791 0.0438 0.946 0.861
#> CV:pam 4 0.434 0.660 0.836 0.0958 0.914 0.804
#> MAD:pam 4 0.491 0.731 0.860 0.0398 0.966 0.910
#> ATC:pam 4 0.640 0.880 0.916 0.1803 0.978 0.948
#> SD:hclust 4 0.361 0.474 0.733 0.1271 0.823 0.747
#> CV:hclust 4 0.356 0.631 0.812 0.1757 0.990 0.986
#> MAD:hclust 4 0.344 0.472 0.759 0.1870 0.900 0.857
#> ATC:hclust 4 0.490 0.802 0.829 0.2243 1.000 1.000
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.567 0.557 0.745 0.0658 0.918 0.716
#> CV:NMF 5 0.562 0.515 0.717 0.0705 0.901 0.652
#> MAD:NMF 5 0.602 0.562 0.755 0.0705 0.901 0.649
#> ATC:NMF 5 0.716 0.785 0.871 0.0481 0.951 0.852
#> SD:skmeans 5 0.567 0.505 0.716 0.0690 0.870 0.558
#> CV:skmeans 5 0.491 0.438 0.629 0.0685 0.878 0.574
#> MAD:skmeans 5 0.508 0.465 0.675 0.0656 0.889 0.608
#> ATC:skmeans 5 0.819 0.815 0.902 0.0514 0.917 0.701
#> SD:mclust 5 0.652 0.628 0.791 0.0637 0.897 0.683
#> CV:mclust 5 0.569 0.591 0.765 0.0579 0.876 0.618
#> MAD:mclust 5 0.626 0.540 0.739 0.0686 0.836 0.492
#> ATC:mclust 5 0.708 0.695 0.856 0.1003 0.777 0.454
#> SD:kmeans 5 0.609 0.604 0.772 0.0681 0.938 0.786
#> CV:kmeans 5 0.573 0.525 0.714 0.0692 0.914 0.704
#> MAD:kmeans 5 0.575 0.429 0.673 0.0689 0.919 0.727
#> ATC:kmeans 5 0.658 0.681 0.820 0.0595 0.934 0.767
#> SD:pam 5 0.426 0.518 0.734 0.0924 0.871 0.659
#> CV:pam 5 0.431 0.665 0.811 0.0427 0.965 0.911
#> MAD:pam 5 0.451 0.539 0.766 0.0892 0.960 0.891
#> ATC:pam 5 0.841 0.904 0.944 0.0278 0.994 0.985
#> SD:hclust 5 0.366 0.486 0.751 0.0621 0.866 0.759
#> CV:hclust 5 0.354 0.514 0.772 0.1015 0.924 0.891
#> MAD:hclust 5 0.347 0.403 0.704 0.0904 0.892 0.822
#> ATC:hclust 5 0.420 0.654 0.811 0.3213 0.675 0.540
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.587 0.478 0.659 0.0403 0.945 0.782
#> CV:NMF 6 0.570 0.451 0.650 0.0390 0.931 0.714
#> MAD:NMF 6 0.593 0.485 0.689 0.0418 0.940 0.731
#> ATC:NMF 6 0.618 0.513 0.742 0.0695 0.936 0.793
#> SD:skmeans 6 0.600 0.435 0.649 0.0379 0.938 0.722
#> CV:skmeans 6 0.532 0.350 0.543 0.0391 0.848 0.417
#> MAD:skmeans 6 0.545 0.410 0.597 0.0405 0.919 0.646
#> ATC:skmeans 6 0.788 0.637 0.803 0.0390 0.940 0.744
#> SD:mclust 6 0.717 0.618 0.803 0.0571 0.903 0.659
#> CV:mclust 6 0.670 0.584 0.737 0.0652 0.877 0.575
#> MAD:mclust 6 0.680 0.621 0.762 0.0447 0.869 0.502
#> ATC:mclust 6 0.696 0.723 0.855 0.0126 0.959 0.846
#> SD:kmeans 6 0.635 0.579 0.709 0.0437 0.882 0.570
#> CV:kmeans 6 0.597 0.551 0.705 0.0409 0.897 0.604
#> MAD:kmeans 6 0.611 0.460 0.645 0.0410 0.870 0.549
#> ATC:kmeans 6 0.717 0.625 0.804 0.0482 0.961 0.846
#> SD:pam 6 0.504 0.609 0.794 0.0758 0.876 0.613
#> CV:pam 6 0.429 0.508 0.750 0.1059 0.895 0.727
#> MAD:pam 6 0.497 0.589 0.763 0.0607 0.885 0.678
#> ATC:pam 6 0.732 0.844 0.921 0.1966 0.865 0.663
#> SD:hclust 6 0.390 0.522 0.736 0.0499 0.941 0.872
#> CV:hclust 6 0.358 0.550 0.750 0.0545 0.946 0.912
#> MAD:hclust 6 0.358 0.403 0.702 0.0472 0.899 0.805
#> ATC:hclust 6 0.386 0.667 0.764 0.0625 0.932 0.837
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 161 1.86e-16 2
#> CV:NMF 160 1.86e-17 2
#> MAD:NMF 160 2.74e-16 2
#> ATC:NMF 159 1.66e-20 2
#> SD:skmeans 163 7.87e-15 2
#> CV:skmeans 160 1.08e-15 2
#> MAD:skmeans 165 5.64e-15 2
#> ATC:skmeans 166 2.32e-15 2
#> SD:mclust 164 9.07e-30 2
#> CV:mclust 165 5.95e-30 2
#> MAD:mclust 165 5.95e-30 2
#> ATC:mclust 167 3.43e-28 2
#> SD:kmeans 167 3.29e-29 2
#> CV:kmeans 166 4.93e-29 2
#> MAD:kmeans 166 4.93e-29 2
#> ATC:kmeans 167 3.29e-29 2
#> SD:pam 165 3.65e-31 2
#> CV:pam 167 1.51e-31 2
#> MAD:pam 164 5.67e-31 2
#> ATC:pam 166 3.85e-30 2
#> SD:hclust 167 1.51e-31 2
#> CV:hclust 166 2.35e-31 2
#> MAD:hclust 166 2.35e-31 2
#> ATC:hclust 166 2.37e-31 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 46 1.69e-07 3
#> CV:NMF 143 1.37e-20 3
#> MAD:NMF 123 4.74e-18 3
#> ATC:NMF 161 5.19e-29 3
#> SD:skmeans 116 1.39e-17 3
#> CV:skmeans 149 2.57e-19 3
#> MAD:skmeans 116 6.82e-18 3
#> ATC:skmeans 165 5.73e-23 3
#> SD:mclust 152 1.43e-35 3
#> CV:mclust 135 1.97e-28 3
#> MAD:mclust 119 9.53e-26 3
#> ATC:mclust 159 6.05e-33 3
#> SD:kmeans 162 1.08e-33 3
#> CV:kmeans 152 5.74e-28 3
#> MAD:kmeans 142 1.33e-32 3
#> ATC:kmeans 160 5.76e-32 3
#> SD:pam 123 1.09e-24 3
#> CV:pam 134 1.18e-25 3
#> MAD:pam 145 3.00e-27 3
#> ATC:pam 159 1.15e-35 3
#> SD:hclust 106 7.47e-21 3
#> CV:hclust 154 4.85e-29 3
#> MAD:hclust 148 6.96e-28 3
#> ATC:hclust 164 7.74e-31 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 125 2.07e-21 4
#> CV:NMF 114 1.05e-18 4
#> MAD:NMF 116 1.40e-19 4
#> ATC:NMF 137 9.09e-26 4
#> SD:skmeans 127 4.34e-25 4
#> CV:skmeans 106 8.99e-20 4
#> MAD:skmeans 102 4.41e-19 4
#> ATC:skmeans 160 5.19e-25 4
#> SD:mclust 138 1.87e-26 4
#> CV:mclust 131 1.24e-27 4
#> MAD:mclust 61 2.66e-11 4
#> ATC:mclust 117 2.01e-23 4
#> SD:kmeans 135 1.14e-28 4
#> CV:kmeans 112 2.63e-23 4
#> MAD:kmeans 101 2.93e-21 4
#> ATC:kmeans 129 2.50e-28 4
#> SD:pam 127 4.73e-22 4
#> CV:pam 138 9.48e-24 4
#> MAD:pam 144 5.57e-23 4
#> ATC:pam 165 2.95e-34 4
#> SD:hclust 116 7.56e-23 4
#> CV:hclust 136 1.40e-25 4
#> MAD:hclust 91 3.16e-16 4
#> ATC:hclust 163 1.21e-30 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 111 1.53e-18 5
#> CV:NMF 93 4.47e-15 5
#> MAD:NMF 106 2.21e-18 5
#> ATC:NMF 154 2.88e-26 5
#> SD:skmeans 98 4.97e-19 5
#> CV:skmeans 59 8.89e-11 5
#> MAD:skmeans 73 5.97e-12 5
#> ATC:skmeans 151 2.49e-25 5
#> SD:mclust 133 1.29e-23 5
#> CV:mclust 126 1.17e-21 5
#> MAD:mclust 105 3.59e-18 5
#> ATC:mclust 138 9.45e-28 5
#> SD:kmeans 119 3.20e-26 5
#> CV:kmeans 106 6.85e-27 5
#> MAD:kmeans 58 1.74e-08 5
#> ATC:kmeans 143 1.92e-28 5
#> SD:pam 112 4.39e-21 5
#> CV:pam 136 4.26e-22 5
#> MAD:pam 112 9.32e-20 5
#> ATC:pam 163 3.60e-34 5
#> SD:hclust 116 1.79e-23 5
#> CV:hclust 127 9.18e-24 5
#> MAD:hclust 89 8.67e-17 5
#> ATC:hclust 143 6.88e-27 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 91 7.97e-16 6
#> CV:NMF 71 2.47e-13 6
#> MAD:NMF 83 1.55e-12 6
#> ATC:NMF 102 2.58e-16 6
#> SD:skmeans 73 2.18e-16 6
#> CV:skmeans 31 1.86e-07 6
#> MAD:skmeans 61 6.48e-14 6
#> ATC:skmeans 130 3.16e-24 6
#> SD:mclust 127 1.90e-24 6
#> CV:mclust 111 3.67e-22 6
#> MAD:mclust 123 2.68e-24 6
#> ATC:mclust 148 3.01e-30 6
#> SD:kmeans 120 2.75e-27 6
#> CV:kmeans 111 3.43e-26 6
#> MAD:kmeans 82 1.95e-15 6
#> ATC:kmeans 129 2.07e-25 6
#> SD:pam 126 2.24e-22 6
#> CV:pam 87 2.40e-10 6
#> MAD:pam 124 1.64e-19 6
#> ATC:pam 161 1.83e-33 6
#> SD:hclust 118 3.47e-27 6
#> CV:hclust 133 2.82e-25 6
#> MAD:hclust 95 3.72e-20 6
#> ATC:hclust 149 3.70e-27 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.983 0.2978 0.719 0.719
#> 3 3 0.382 0.493 0.806 0.6725 0.980 0.973
#> 4 4 0.361 0.474 0.733 0.1271 0.823 0.747
#> 5 5 0.366 0.486 0.751 0.0621 0.866 0.759
#> 6 6 0.390 0.522 0.736 0.0499 0.941 0.872
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152824 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152828 1 0.3114 0.953 0.944 0.056
#> GSM152829 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> GSM152830 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152835 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152838 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153178 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> GSM153179 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153181 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.2423 0.966 0.960 0.040
#> GSM153184 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153185 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153186 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153187 1 0.1633 0.973 0.976 0.024
#> GSM153188 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153189 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153190 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153191 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.2948 0.957 0.948 0.052
#> GSM153200 1 0.2423 0.966 0.960 0.040
#> GSM153201 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153202 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153203 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0376 0.980 0.996 0.004
#> GSM153205 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153206 1 0.2423 0.966 0.960 0.040
#> GSM153207 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153208 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.2948 0.957 0.948 0.052
#> GSM153214 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.1843 0.972 0.972 0.028
#> GSM153219 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153223 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153224 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153225 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153227 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153228 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153229 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153232 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153233 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153234 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.2778 0.960 0.952 0.048
#> GSM153236 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153237 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152992 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM152993 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.1414 0.976 0.980 0.020
#> GSM152996 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152997 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM152998 1 0.1184 0.978 0.984 0.016
#> GSM152999 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153000 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> GSM153001 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153002 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153003 1 0.4022 0.935 0.920 0.080
#> GSM153004 1 0.9323 0.513 0.652 0.348
#> GSM153005 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.2043 0.971 0.968 0.032
#> GSM153007 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153008 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153009 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.2948 0.957 0.948 0.052
#> GSM153011 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153015 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153016 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153017 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153018 1 0.0938 0.978 0.988 0.012
#> GSM153019 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.2423 0.965 0.960 0.040
#> GSM153021 1 0.4022 0.932 0.920 0.080
#> GSM153022 1 0.6048 0.853 0.852 0.148
#> GSM153023 1 0.2778 0.960 0.952 0.048
#> GSM153024 1 0.3879 0.936 0.924 0.076
#> GSM153025 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153030 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153031 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.2948 0.957 0.948 0.052
#> GSM153033 1 0.1633 0.974 0.976 0.024
#> GSM153034 1 0.2778 0.959 0.952 0.048
#> GSM153035 1 0.2043 0.970 0.968 0.032
#> GSM153036 1 0.1414 0.975 0.980 0.020
#> GSM153037 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.1633 0.973 0.976 0.024
#> GSM153039 1 0.2778 0.959 0.952 0.048
#> GSM153040 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153041 1 0.2603 0.963 0.956 0.044
#> GSM153042 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153043 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> GSM153045 1 0.2236 0.967 0.964 0.036
#> GSM153046 1 0.0672 0.980 0.992 0.008
#> GSM153047 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153048 1 0.2603 0.962 0.956 0.044
#> GSM153049 1 0.2948 0.957 0.948 0.052
#> GSM153050 1 0.0938 0.978 0.988 0.012
#> GSM153051 1 0.3733 0.940 0.928 0.072
#> GSM153052 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM153053 1 0.0376 0.981 0.996 0.004
#> GSM187528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM187531 1 0.8955 0.588 0.688 0.312
#> GSM152881 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152882 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152883 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152889 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152892 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152899 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152900 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152901 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152902 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152903 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152904 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
#> GSM152905 2 0.0376 0.998 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.3267 0.60224 0.884 0.000 0.116
#> GSM152823 1 0.6410 -0.46030 0.576 0.004 0.420
#> GSM152824 1 0.6299 -0.55011 0.524 0.000 0.476
#> GSM152825 1 0.3267 0.60224 0.884 0.000 0.116
#> GSM152826 1 0.3267 0.60224 0.884 0.000 0.116
#> GSM152827 1 0.6410 -0.46030 0.576 0.004 0.420
#> GSM152828 3 0.7013 0.70916 0.364 0.028 0.608
#> GSM152829 3 0.6683 0.65259 0.492 0.008 0.500
#> GSM152830 1 0.3267 0.60224 0.884 0.000 0.116
#> GSM152831 1 0.2878 0.54343 0.904 0.000 0.096
#> GSM152832 1 0.3267 0.60224 0.884 0.000 0.116
#> GSM152833 1 0.2066 0.60485 0.940 0.000 0.060
#> GSM152834 1 0.3715 0.50850 0.868 0.004 0.128
#> GSM152835 1 0.6302 -0.55503 0.520 0.000 0.480
#> GSM152836 1 0.6302 -0.55503 0.520 0.000 0.480
#> GSM152837 1 0.1989 0.58717 0.948 0.004 0.048
#> GSM152838 1 0.2945 0.56151 0.908 0.004 0.088
#> GSM153178 1 0.5560 0.46067 0.700 0.000 0.300
#> GSM153179 1 0.3267 0.52895 0.884 0.000 0.116
#> GSM153180 1 0.2496 0.57293 0.928 0.004 0.068
#> GSM153181 1 0.2165 0.60611 0.936 0.000 0.064
#> GSM153183 1 0.5754 0.46519 0.700 0.004 0.296
#> GSM153184 1 0.4465 0.47077 0.820 0.004 0.176
#> GSM153185 1 0.3030 0.55135 0.904 0.004 0.092
#> GSM153186 1 0.3112 0.60775 0.900 0.004 0.096
#> GSM153187 1 0.5098 0.51759 0.752 0.000 0.248
#> GSM153188 1 0.6008 0.36667 0.628 0.000 0.372
#> GSM153189 1 0.4575 0.41787 0.812 0.004 0.184
#> GSM153190 1 0.3112 0.60435 0.900 0.004 0.096
#> GSM153191 1 0.6111 -0.38707 0.604 0.000 0.396
#> GSM153192 1 0.1964 0.59213 0.944 0.000 0.056
#> GSM153193 1 0.5760 -0.16707 0.672 0.000 0.328
#> GSM153194 1 0.3816 0.51035 0.852 0.000 0.148
#> GSM153195 1 0.1964 0.57999 0.944 0.000 0.056
#> GSM153196 1 0.2165 0.60719 0.936 0.000 0.064
#> GSM153197 1 0.3267 0.53310 0.884 0.000 0.116
#> GSM153198 1 0.2711 0.60550 0.912 0.000 0.088
#> GSM153199 1 0.6154 0.29661 0.592 0.000 0.408
#> GSM153200 1 0.6330 0.28259 0.600 0.004 0.396
#> GSM153201 1 0.4235 0.57680 0.824 0.000 0.176
#> GSM153202 1 0.3030 0.55135 0.904 0.004 0.092
#> GSM153203 1 0.3038 0.53379 0.896 0.000 0.104
#> GSM153204 1 0.4291 0.57074 0.820 0.000 0.180
#> GSM153205 1 0.4682 0.34928 0.804 0.004 0.192
#> GSM153206 1 0.5754 0.46519 0.700 0.004 0.296
#> GSM153207 1 0.2400 0.60697 0.932 0.004 0.064
#> GSM153208 1 0.6267 -0.51439 0.548 0.000 0.452
#> GSM153209 1 0.1964 0.60313 0.944 0.000 0.056
#> GSM153210 1 0.3038 0.60900 0.896 0.000 0.104
#> GSM153211 1 0.2711 0.60443 0.912 0.000 0.088
#> GSM153212 1 0.1964 0.59715 0.944 0.000 0.056
#> GSM153213 1 0.6126 0.30929 0.600 0.000 0.400
#> GSM153214 1 0.2066 0.58927 0.940 0.000 0.060
#> GSM153215 1 0.2066 0.58135 0.940 0.000 0.060
#> GSM153216 1 0.1753 0.60391 0.952 0.000 0.048
#> GSM153217 1 0.4178 0.46611 0.828 0.000 0.172
#> GSM153218 1 0.6008 0.33334 0.628 0.000 0.372
#> GSM153219 1 0.5397 0.03341 0.720 0.000 0.280
#> GSM153220 1 0.6204 -0.51727 0.576 0.000 0.424
#> GSM153221 1 0.5621 -0.10080 0.692 0.000 0.308
#> GSM153222 1 0.5325 0.19461 0.748 0.004 0.248
#> GSM153223 1 0.3983 0.48455 0.852 0.004 0.144
#> GSM153224 1 0.3425 0.60331 0.884 0.004 0.112
#> GSM153225 1 0.3267 0.56037 0.884 0.000 0.116
#> GSM153226 1 0.4172 0.46630 0.840 0.004 0.156
#> GSM153227 1 0.2682 0.59883 0.920 0.004 0.076
#> GSM153228 1 0.3573 0.51688 0.876 0.004 0.120
#> GSM153229 1 0.3116 0.53544 0.892 0.000 0.108
#> GSM153230 1 0.3192 0.53078 0.888 0.000 0.112
#> GSM153231 1 0.3784 0.50005 0.864 0.004 0.132
#> GSM153232 1 0.3715 0.50599 0.868 0.004 0.128
#> GSM153233 1 0.3500 0.52582 0.880 0.004 0.116
#> GSM153234 1 0.3340 0.52870 0.880 0.000 0.120
#> GSM153235 1 0.4589 0.55924 0.820 0.008 0.172
#> GSM153236 1 0.3412 0.53040 0.876 0.000 0.124
#> GSM153237 1 0.2496 0.58155 0.928 0.004 0.068
#> GSM152992 1 0.5497 0.47576 0.708 0.000 0.292
#> GSM152993 1 0.2537 0.57298 0.920 0.000 0.080
#> GSM152994 1 0.3816 0.49896 0.852 0.000 0.148
#> GSM152995 1 0.6386 -0.27673 0.584 0.004 0.412
#> GSM152996 1 0.6359 -0.38042 0.592 0.004 0.404
#> GSM152997 1 0.5024 0.53305 0.776 0.004 0.220
#> GSM152998 1 0.4931 0.55492 0.784 0.004 0.212
#> GSM152999 1 0.5465 0.47969 0.712 0.000 0.288
#> GSM153000 1 0.6678 -0.62729 0.512 0.008 0.480
#> GSM153001 1 0.4172 0.52225 0.840 0.004 0.156
#> GSM153002 1 0.6026 0.35687 0.624 0.000 0.376
#> GSM153003 1 0.7075 0.00918 0.496 0.020 0.484
#> GSM153004 1 0.9937 -0.23170 0.388 0.296 0.316
#> GSM153005 1 0.3340 0.52870 0.880 0.000 0.120
#> GSM153006 1 0.6625 -0.21338 0.552 0.008 0.440
#> GSM153007 1 0.3030 0.55005 0.904 0.004 0.092
#> GSM153008 1 0.2261 0.60569 0.932 0.000 0.068
#> GSM153009 1 0.4002 0.59175 0.840 0.000 0.160
#> GSM153010 1 0.6398 0.34844 0.620 0.008 0.372
#> GSM153011 1 0.3267 0.60224 0.884 0.000 0.116
#> GSM153012 1 0.1411 0.59350 0.964 0.000 0.036
#> GSM153013 1 0.1753 0.59429 0.952 0.000 0.048
#> GSM153014 1 0.3941 0.58346 0.844 0.000 0.156
#> GSM153015 1 0.3272 0.60314 0.892 0.004 0.104
#> GSM153016 1 0.4682 0.56762 0.804 0.004 0.192
#> GSM153017 1 0.5706 0.43501 0.680 0.000 0.320
#> GSM153018 1 0.4931 0.53968 0.768 0.000 0.232
#> GSM153019 1 0.3116 0.60142 0.892 0.000 0.108
#> GSM153020 1 0.5618 0.49705 0.732 0.008 0.260
#> GSM153021 1 0.6881 0.29418 0.592 0.020 0.388
#> GSM153022 1 0.8527 0.06318 0.504 0.096 0.400
#> GSM153023 1 0.6129 0.38520 0.668 0.008 0.324
#> GSM153024 1 0.6848 0.23955 0.568 0.016 0.416
#> GSM153025 1 0.4842 0.26469 0.776 0.000 0.224
#> GSM153026 1 0.2625 0.60463 0.916 0.000 0.084
#> GSM153027 1 0.6302 -0.62406 0.520 0.000 0.480
#> GSM153028 1 0.2165 0.60577 0.936 0.000 0.064
#> GSM153029 1 0.5621 0.44947 0.692 0.000 0.308
#> GSM153030 1 0.3112 0.60946 0.900 0.004 0.096
#> GSM153031 1 0.2066 0.58130 0.940 0.000 0.060
#> GSM153032 1 0.6126 0.30977 0.600 0.000 0.400
#> GSM153033 1 0.5785 0.37477 0.668 0.000 0.332
#> GSM153034 1 0.5905 0.38982 0.648 0.000 0.352
#> GSM153035 1 0.6026 0.35023 0.624 0.000 0.376
#> GSM153036 1 0.4702 0.54930 0.788 0.000 0.212
#> GSM153037 1 0.4605 0.50945 0.796 0.000 0.204
#> GSM153038 1 0.5859 0.39558 0.656 0.000 0.344
#> GSM153039 1 0.5733 0.43555 0.676 0.000 0.324
#> GSM153040 1 0.5591 0.45988 0.696 0.000 0.304
#> GSM153041 1 0.5810 0.41781 0.664 0.000 0.336
#> GSM153042 1 0.3500 0.52138 0.880 0.004 0.116
#> GSM153043 1 0.3482 0.59718 0.872 0.000 0.128
#> GSM153044 1 0.5529 0.46888 0.704 0.000 0.296
#> GSM153045 1 0.5706 0.44801 0.680 0.000 0.320
#> GSM153046 1 0.4887 0.54699 0.772 0.000 0.228
#> GSM153047 1 0.5678 0.44669 0.684 0.000 0.316
#> GSM153048 1 0.5706 0.43501 0.680 0.000 0.320
#> GSM153049 1 0.6255 0.44351 0.684 0.016 0.300
#> GSM153050 1 0.3619 0.53182 0.864 0.000 0.136
#> GSM153051 1 0.6416 0.47082 0.708 0.032 0.260
#> GSM153052 1 0.3193 0.55028 0.896 0.004 0.100
#> GSM153053 1 0.2590 0.57902 0.924 0.004 0.072
#> GSM187528 2 0.0424 0.99265 0.000 0.992 0.008
#> GSM187529 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.1031 0.97710 0.000 0.976 0.024
#> GSM187531 1 0.9304 -0.06581 0.516 0.280 0.204
#> GSM152881 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152882 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152883 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0237 0.99566 0.000 0.996 0.004
#> GSM152885 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152889 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152892 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.99747 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152899 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152900 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152901 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152902 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152903 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152904 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
#> GSM152905 2 0.0237 0.99730 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.3266 0.57881 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM152823 4 0.5673 0.63317 0.448 0.000 0.024 0.528
#> GSM152824 4 0.5386 0.73910 0.368 0.000 0.020 0.612
#> GSM152825 1 0.3266 0.57881 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM152826 1 0.3266 0.57881 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM152827 4 0.5673 0.63317 0.448 0.000 0.024 0.528
#> GSM152828 4 0.7522 0.40306 0.120 0.020 0.348 0.512
#> GSM152829 4 0.7668 0.58627 0.252 0.004 0.248 0.496
#> GSM152830 1 0.3266 0.57881 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM152831 1 0.2675 0.62024 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM152832 1 0.3367 0.57868 0.864 0.000 0.108 0.028
#> GSM152833 1 0.2174 0.61967 0.928 0.000 0.052 0.020
#> GSM152834 1 0.3501 0.58134 0.848 0.000 0.020 0.132
#> GSM152835 4 0.5371 0.74026 0.364 0.000 0.020 0.616
#> GSM152836 4 0.5371 0.74026 0.364 0.000 0.020 0.616
#> GSM152837 1 0.1807 0.64418 0.940 0.000 0.008 0.052
#> GSM152838 1 0.2909 0.62892 0.888 0.000 0.020 0.092
#> GSM153178 1 0.5212 -0.34721 0.572 0.000 0.420 0.008
#> GSM153179 1 0.3577 0.57552 0.832 0.000 0.012 0.156
#> GSM153180 1 0.2593 0.64117 0.904 0.000 0.016 0.080
#> GSM153181 1 0.2002 0.62769 0.936 0.000 0.044 0.020
#> GSM153183 1 0.5835 -0.24108 0.588 0.000 0.372 0.040
#> GSM153184 1 0.5128 0.49859 0.760 0.000 0.092 0.148
#> GSM153185 1 0.3099 0.62086 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM153186 1 0.2973 0.59903 0.884 0.000 0.096 0.020
#> GSM153187 1 0.5069 0.07612 0.664 0.000 0.320 0.016
#> GSM153188 3 0.5167 0.61079 0.488 0.000 0.508 0.004
#> GSM153189 1 0.4485 0.48710 0.772 0.000 0.028 0.200
#> GSM153190 1 0.3219 0.58122 0.868 0.000 0.112 0.020
#> GSM153191 1 0.6712 -0.42897 0.552 0.000 0.104 0.344
#> GSM153192 1 0.1798 0.64146 0.944 0.000 0.016 0.040
#> GSM153193 1 0.5253 -0.18057 0.624 0.000 0.016 0.360
#> GSM153194 1 0.4307 0.58150 0.808 0.000 0.048 0.144
#> GSM153195 1 0.1890 0.64189 0.936 0.000 0.008 0.056
#> GSM153196 1 0.2313 0.62870 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM153197 1 0.3108 0.61100 0.872 0.000 0.016 0.112
#> GSM153198 1 0.2741 0.59473 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM153199 3 0.6134 0.71837 0.444 0.000 0.508 0.048
#> GSM153200 1 0.6867 -0.47138 0.484 0.000 0.412 0.104
#> GSM153201 1 0.4553 0.47608 0.780 0.000 0.180 0.040
#> GSM153202 1 0.3099 0.62086 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM153203 1 0.2799 0.61127 0.884 0.000 0.008 0.108
#> GSM153204 1 0.4175 0.44510 0.784 0.000 0.200 0.016
#> GSM153205 1 0.4360 0.40258 0.744 0.000 0.008 0.248
#> GSM153206 1 0.5835 -0.24108 0.588 0.000 0.372 0.040
#> GSM153207 1 0.2565 0.63053 0.912 0.000 0.056 0.032
#> GSM153208 4 0.5310 0.70335 0.412 0.000 0.012 0.576
#> GSM153209 1 0.2227 0.63348 0.928 0.000 0.036 0.036
#> GSM153210 1 0.3372 0.62323 0.868 0.000 0.096 0.036
#> GSM153211 1 0.2861 0.59693 0.888 0.000 0.096 0.016
#> GSM153212 1 0.2124 0.63933 0.932 0.000 0.028 0.040
#> GSM153213 3 0.5353 0.74034 0.432 0.000 0.556 0.012
#> GSM153214 1 0.1929 0.64149 0.940 0.000 0.024 0.036
#> GSM153215 1 0.1854 0.64214 0.940 0.000 0.012 0.048
#> GSM153216 1 0.1913 0.62610 0.940 0.000 0.040 0.020
#> GSM153217 1 0.3946 0.52996 0.812 0.000 0.020 0.168
#> GSM153218 1 0.7282 -0.38295 0.492 0.000 0.348 0.160
#> GSM153219 1 0.5392 0.09718 0.680 0.000 0.040 0.280
#> GSM153220 4 0.7008 0.62210 0.436 0.000 0.116 0.448
#> GSM153221 1 0.5306 -0.14073 0.632 0.000 0.020 0.348
#> GSM153222 1 0.4769 0.20425 0.684 0.000 0.008 0.308
#> GSM153223 1 0.3647 0.56146 0.832 0.000 0.016 0.152
#> GSM153224 1 0.3542 0.57880 0.852 0.000 0.120 0.028
#> GSM153225 1 0.3399 0.62435 0.868 0.000 0.040 0.092
#> GSM153226 1 0.3969 0.53126 0.804 0.000 0.016 0.180
#> GSM153227 1 0.2926 0.64159 0.896 0.000 0.048 0.056
#> GSM153228 1 0.3447 0.58847 0.852 0.000 0.020 0.128
#> GSM153229 1 0.3108 0.61128 0.872 0.000 0.016 0.112
#> GSM153230 1 0.2988 0.60901 0.876 0.000 0.012 0.112
#> GSM153231 1 0.3606 0.57640 0.840 0.000 0.020 0.140
#> GSM153232 1 0.3554 0.57960 0.844 0.000 0.020 0.136
#> GSM153233 1 0.3280 0.60475 0.860 0.000 0.016 0.124
#> GSM153234 1 0.3441 0.60721 0.856 0.000 0.024 0.120
#> GSM153235 1 0.4950 0.42747 0.760 0.008 0.196 0.036
#> GSM153236 1 0.3638 0.60367 0.848 0.000 0.032 0.120
#> GSM153237 1 0.2845 0.64123 0.896 0.000 0.028 0.076
#> GSM152992 1 0.5339 -0.23955 0.600 0.000 0.384 0.016
#> GSM152993 1 0.2742 0.64234 0.900 0.000 0.024 0.076
#> GSM152994 1 0.4237 0.56827 0.808 0.000 0.040 0.152
#> GSM152995 1 0.7726 -0.41208 0.444 0.000 0.296 0.260
#> GSM152996 1 0.7627 -0.46715 0.468 0.000 0.240 0.292
#> GSM152997 1 0.5363 0.40772 0.720 0.000 0.216 0.064
#> GSM152998 1 0.5598 0.40358 0.704 0.000 0.220 0.076
#> GSM152999 1 0.5414 -0.17310 0.604 0.000 0.376 0.020
#> GSM153000 4 0.7878 0.51370 0.340 0.000 0.284 0.376
#> GSM153001 1 0.4898 0.56690 0.780 0.000 0.104 0.116
#> GSM153002 1 0.6081 -0.66013 0.484 0.000 0.472 0.044
#> GSM153003 3 0.6657 0.54242 0.284 0.012 0.616 0.088
#> GSM153004 3 0.8262 0.38467 0.252 0.288 0.440 0.020
#> GSM153005 1 0.3497 0.60239 0.852 0.000 0.024 0.124
#> GSM153006 1 0.7770 -0.30701 0.396 0.000 0.364 0.240
#> GSM153007 1 0.2987 0.61965 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM153008 1 0.2844 0.63441 0.900 0.000 0.052 0.048
#> GSM153009 1 0.4307 0.48955 0.784 0.000 0.192 0.024
#> GSM153010 3 0.5463 0.62867 0.484 0.004 0.504 0.008
#> GSM153011 1 0.3266 0.57881 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM153012 1 0.1820 0.64043 0.944 0.000 0.020 0.036
#> GSM153013 1 0.2021 0.64139 0.936 0.000 0.024 0.040
#> GSM153014 1 0.4182 0.48730 0.796 0.000 0.180 0.024
#> GSM153015 1 0.3384 0.57529 0.860 0.000 0.116 0.024
#> GSM153016 1 0.4761 0.45691 0.764 0.000 0.192 0.044
#> GSM153017 1 0.5236 -0.41106 0.560 0.000 0.432 0.008
#> GSM153018 1 0.5889 0.38167 0.688 0.000 0.212 0.100
#> GSM153019 1 0.3443 0.55934 0.848 0.000 0.136 0.016
#> GSM153020 1 0.5290 -0.00424 0.656 0.008 0.324 0.012
#> GSM153021 3 0.5783 0.73324 0.440 0.012 0.536 0.012
#> GSM153022 3 0.7834 0.63540 0.312 0.092 0.536 0.060
#> GSM153023 1 0.6686 -0.23953 0.560 0.008 0.356 0.076
#> GSM153024 3 0.5646 0.73780 0.384 0.008 0.592 0.016
#> GSM153025 1 0.5111 0.30254 0.740 0.000 0.056 0.204
#> GSM153026 1 0.2741 0.59596 0.892 0.000 0.096 0.012
#> GSM153027 4 0.7629 0.58127 0.392 0.000 0.204 0.404
#> GSM153028 1 0.2174 0.62933 0.928 0.000 0.052 0.020
#> GSM153029 1 0.5268 -0.33563 0.592 0.000 0.396 0.012
#> GSM153030 1 0.3015 0.60684 0.884 0.000 0.092 0.024
#> GSM153031 1 0.1938 0.64194 0.936 0.000 0.012 0.052
#> GSM153032 3 0.5444 0.74297 0.424 0.000 0.560 0.016
#> GSM153033 1 0.6894 -0.22256 0.536 0.000 0.344 0.120
#> GSM153034 1 0.5402 -0.60135 0.516 0.000 0.472 0.012
#> GSM153035 3 0.5597 0.68563 0.464 0.000 0.516 0.020
#> GSM153036 1 0.4900 0.37743 0.732 0.000 0.236 0.032
#> GSM153037 1 0.5277 0.53076 0.752 0.000 0.116 0.132
#> GSM153038 1 0.6384 -0.46964 0.532 0.000 0.400 0.068
#> GSM153039 1 0.5070 -0.34775 0.580 0.000 0.416 0.004
#> GSM153040 1 0.5364 -0.29103 0.592 0.000 0.392 0.016
#> GSM153041 1 0.5673 -0.51414 0.528 0.000 0.448 0.024
#> GSM153042 1 0.3392 0.59269 0.856 0.000 0.020 0.124
#> GSM153043 1 0.3591 0.51447 0.824 0.000 0.168 0.008
#> GSM153044 1 0.5364 -0.27382 0.592 0.000 0.392 0.016
#> GSM153045 1 0.5543 -0.39047 0.556 0.000 0.424 0.020
#> GSM153046 1 0.5279 0.28607 0.704 0.000 0.252 0.044
#> GSM153047 1 0.5212 -0.36593 0.572 0.000 0.420 0.008
#> GSM153048 1 0.5236 -0.41106 0.560 0.000 0.432 0.008
#> GSM153049 1 0.5916 -0.37299 0.568 0.016 0.400 0.016
#> GSM153050 1 0.3991 0.60702 0.832 0.000 0.048 0.120
#> GSM153051 1 0.5922 -0.13042 0.628 0.032 0.328 0.012
#> GSM153052 1 0.3205 0.61941 0.872 0.000 0.024 0.104
#> GSM153053 1 0.2845 0.64195 0.896 0.000 0.028 0.076
#> GSM187528 2 0.0469 0.98830 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM187529 2 0.0376 0.99052 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM187530 2 0.1151 0.97156 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM187531 1 0.7948 -0.37301 0.476 0.280 0.232 0.012
#> GSM152881 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152882 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152883 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.1004 0.98243 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152885 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0188 0.99365 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152889 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152892 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.99389 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152899 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152900 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152901 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152902 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152903 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152904 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152905 2 0.0469 0.99316 0.000 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.3689 0.5637 0.820 0.000 0.140 0.024 0.016
#> GSM152823 1 0.6636 -0.4667 0.440 0.000 0.004 0.364 0.192
#> GSM152824 4 0.6579 0.2399 0.332 0.000 0.000 0.448 0.220
#> GSM152825 1 0.3689 0.5637 0.820 0.000 0.140 0.024 0.016
#> GSM152826 1 0.3689 0.5637 0.820 0.000 0.140 0.024 0.016
#> GSM152827 1 0.6636 -0.4667 0.440 0.000 0.004 0.364 0.192
#> GSM152828 4 0.3958 -0.1252 0.052 0.000 0.060 0.832 0.056
#> GSM152829 4 0.5232 0.0608 0.212 0.000 0.044 0.704 0.040
#> GSM152830 1 0.3689 0.5637 0.820 0.000 0.140 0.024 0.016
#> GSM152831 1 0.2331 0.6500 0.908 0.000 0.004 0.024 0.064
#> GSM152832 1 0.3774 0.5631 0.816 0.000 0.140 0.028 0.016
#> GSM152833 1 0.2789 0.6202 0.880 0.000 0.092 0.008 0.020
#> GSM152834 1 0.3154 0.6374 0.864 0.000 0.008 0.040 0.088
#> GSM152835 4 0.6572 0.2371 0.328 0.000 0.000 0.452 0.220
#> GSM152836 4 0.6572 0.2371 0.328 0.000 0.000 0.452 0.220
#> GSM152837 1 0.2420 0.6589 0.912 0.000 0.036 0.016 0.036
#> GSM152838 1 0.2610 0.6538 0.900 0.000 0.020 0.020 0.060
#> GSM153178 3 0.5097 0.5805 0.476 0.000 0.496 0.012 0.016
#> GSM153179 1 0.3561 0.6241 0.844 0.000 0.012 0.084 0.060
#> GSM153180 1 0.2701 0.6573 0.900 0.000 0.032 0.032 0.036
#> GSM153181 1 0.2700 0.6315 0.884 0.000 0.088 0.004 0.024
#> GSM153183 1 0.6117 -0.3828 0.516 0.000 0.392 0.064 0.028
#> GSM153184 1 0.4438 0.5487 0.768 0.000 0.016 0.168 0.048
#> GSM153185 1 0.3077 0.6503 0.872 0.000 0.020 0.024 0.084
#> GSM153186 1 0.3629 0.5857 0.824 0.000 0.136 0.028 0.012
#> GSM153187 1 0.5344 -0.2131 0.580 0.000 0.372 0.032 0.016
#> GSM153188 3 0.4985 0.6975 0.392 0.000 0.580 0.012 0.016
#> GSM153189 1 0.4220 0.5614 0.788 0.000 0.004 0.116 0.092
#> GSM153190 1 0.3674 0.5681 0.812 0.000 0.156 0.016 0.016
#> GSM153191 1 0.6820 -0.3072 0.516 0.000 0.020 0.232 0.232
#> GSM153192 1 0.1787 0.6532 0.940 0.000 0.032 0.012 0.016
#> GSM153193 1 0.5967 0.0352 0.608 0.000 0.004 0.184 0.204
#> GSM153194 1 0.4232 0.6170 0.804 0.000 0.032 0.048 0.116
#> GSM153195 1 0.1806 0.6566 0.940 0.000 0.016 0.016 0.028
#> GSM153196 1 0.2689 0.6299 0.888 0.000 0.084 0.016 0.012
#> GSM153197 1 0.2819 0.6438 0.884 0.000 0.012 0.024 0.080
#> GSM153198 1 0.3292 0.5795 0.836 0.000 0.140 0.008 0.016
#> GSM153199 3 0.5742 0.6866 0.352 0.000 0.576 0.032 0.040
#> GSM153200 1 0.7395 -0.4952 0.408 0.000 0.352 0.196 0.044
#> GSM153201 1 0.4910 0.4095 0.728 0.000 0.196 0.056 0.020
#> GSM153202 1 0.3077 0.6503 0.872 0.000 0.020 0.024 0.084
#> GSM153203 1 0.2490 0.6456 0.896 0.000 0.004 0.020 0.080
#> GSM153204 1 0.4311 0.3754 0.712 0.000 0.264 0.004 0.020
#> GSM153205 1 0.4610 0.5023 0.760 0.000 0.008 0.140 0.092
#> GSM153206 1 0.6117 -0.3828 0.516 0.000 0.392 0.064 0.028
#> GSM153207 1 0.2947 0.6347 0.876 0.000 0.088 0.020 0.016
#> GSM153208 1 0.6660 -0.5640 0.392 0.000 0.000 0.380 0.228
#> GSM153209 1 0.2340 0.6422 0.908 0.000 0.068 0.012 0.012
#> GSM153210 1 0.3010 0.6271 0.868 0.000 0.100 0.012 0.020
#> GSM153211 1 0.3387 0.5836 0.832 0.000 0.140 0.008 0.020
#> GSM153212 1 0.1862 0.6488 0.932 0.000 0.048 0.016 0.004
#> GSM153213 3 0.4991 0.7006 0.320 0.000 0.636 0.004 0.040
#> GSM153214 1 0.2060 0.6539 0.928 0.000 0.036 0.012 0.024
#> GSM153215 1 0.1701 0.6562 0.944 0.000 0.016 0.028 0.012
#> GSM153216 1 0.2554 0.6299 0.896 0.000 0.076 0.008 0.020
#> GSM153217 1 0.3694 0.6019 0.836 0.000 0.012 0.076 0.076
#> GSM153218 1 0.8028 -0.3461 0.420 0.000 0.236 0.228 0.116
#> GSM153219 1 0.5709 0.2416 0.660 0.000 0.020 0.104 0.216
#> GSM153220 4 0.5900 0.2755 0.376 0.000 0.000 0.516 0.108
#> GSM153221 1 0.6172 0.0805 0.600 0.000 0.012 0.172 0.216
#> GSM153222 1 0.5120 0.3483 0.696 0.000 0.000 0.164 0.140
#> GSM153223 1 0.3384 0.6146 0.848 0.000 0.004 0.060 0.088
#> GSM153224 1 0.4032 0.5582 0.792 0.000 0.164 0.024 0.020
#> GSM153225 1 0.2768 0.6534 0.896 0.000 0.024 0.040 0.040
#> GSM153226 1 0.3859 0.5848 0.816 0.000 0.004 0.084 0.096
#> GSM153227 1 0.2677 0.6522 0.896 0.000 0.064 0.020 0.020
#> GSM153228 1 0.3018 0.6362 0.872 0.000 0.008 0.036 0.084
#> GSM153229 1 0.2819 0.6451 0.884 0.000 0.012 0.024 0.080
#> GSM153230 1 0.2707 0.6435 0.888 0.000 0.008 0.024 0.080
#> GSM153231 1 0.3325 0.6266 0.856 0.000 0.008 0.056 0.080
#> GSM153232 1 0.3171 0.6316 0.864 0.000 0.008 0.044 0.084
#> GSM153233 1 0.2910 0.6461 0.884 0.000 0.012 0.044 0.060
#> GSM153234 1 0.3164 0.6408 0.868 0.000 0.020 0.028 0.084
#> GSM153235 1 0.4989 0.3522 0.708 0.008 0.236 0.024 0.024
#> GSM153236 1 0.3426 0.6393 0.856 0.000 0.032 0.028 0.084
#> GSM153237 1 0.2710 0.6559 0.896 0.000 0.032 0.016 0.056
#> GSM152992 1 0.5157 -0.5276 0.500 0.000 0.468 0.024 0.008
#> GSM152993 1 0.2829 0.6584 0.892 0.000 0.032 0.024 0.052
#> GSM152994 1 0.4302 0.6139 0.796 0.000 0.032 0.044 0.128
#> GSM152995 4 0.6922 0.2330 0.384 0.000 0.124 0.452 0.040
#> GSM152996 4 0.6015 0.2713 0.420 0.000 0.044 0.500 0.036
#> GSM152997 1 0.5888 0.3121 0.656 0.000 0.188 0.132 0.024
#> GSM152998 1 0.5687 0.3349 0.680 0.000 0.196 0.088 0.036
#> GSM152999 1 0.5196 -0.4026 0.536 0.000 0.428 0.028 0.008
#> GSM153000 4 0.5339 0.1521 0.280 0.000 0.048 0.652 0.020
#> GSM153001 1 0.4635 0.5567 0.776 0.000 0.064 0.128 0.032
#> GSM153002 3 0.5837 0.6815 0.388 0.000 0.540 0.036 0.036
#> GSM153003 3 0.7128 0.2175 0.164 0.008 0.576 0.184 0.068
#> GSM153004 3 0.7436 -0.0289 0.120 0.272 0.528 0.024 0.056
#> GSM153005 1 0.3197 0.6401 0.868 0.000 0.024 0.028 0.080
#> GSM153006 4 0.7293 0.1645 0.336 0.000 0.180 0.440 0.044
#> GSM153007 1 0.2688 0.6522 0.896 0.000 0.012 0.036 0.056
#> GSM153008 1 0.3052 0.6438 0.876 0.000 0.072 0.016 0.036
#> GSM153009 1 0.4485 0.4272 0.732 0.000 0.224 0.036 0.008
#> GSM153010 3 0.5406 0.6979 0.396 0.004 0.560 0.020 0.020
#> GSM153011 1 0.3689 0.5637 0.820 0.000 0.140 0.024 0.016
#> GSM153012 1 0.1686 0.6519 0.944 0.000 0.028 0.008 0.020
#> GSM153013 1 0.1869 0.6538 0.936 0.000 0.036 0.016 0.012
#> GSM153014 1 0.4268 0.4663 0.748 0.000 0.216 0.008 0.028
#> GSM153015 1 0.3809 0.5601 0.804 0.000 0.160 0.020 0.016
#> GSM153016 1 0.5234 0.3937 0.708 0.000 0.200 0.064 0.028
#> GSM153017 3 0.5090 0.6155 0.460 0.000 0.512 0.012 0.016
#> GSM153018 1 0.5958 0.3006 0.664 0.000 0.188 0.104 0.044
#> GSM153019 1 0.3684 0.5422 0.800 0.000 0.172 0.004 0.024
#> GSM153020 1 0.5406 -0.2846 0.572 0.008 0.384 0.020 0.016
#> GSM153021 3 0.5085 0.7099 0.324 0.012 0.632 0.000 0.032
#> GSM153022 3 0.8060 0.2301 0.180 0.084 0.544 0.104 0.088
#> GSM153023 1 0.7021 -0.3625 0.484 0.008 0.368 0.072 0.068
#> GSM153024 3 0.5209 0.6281 0.272 0.008 0.668 0.008 0.044
#> GSM153025 1 0.5203 0.4205 0.704 0.000 0.028 0.056 0.212
#> GSM153026 1 0.3247 0.5864 0.840 0.000 0.136 0.008 0.016
#> GSM153027 5 0.6389 0.0000 0.248 0.000 0.120 0.036 0.596
#> GSM153028 1 0.2692 0.6330 0.884 0.000 0.092 0.008 0.016
#> GSM153029 1 0.5001 -0.5472 0.496 0.000 0.480 0.008 0.016
#> GSM153030 1 0.3210 0.5983 0.844 0.000 0.132 0.012 0.012
#> GSM153031 1 0.1524 0.6567 0.952 0.000 0.016 0.016 0.016
#> GSM153032 3 0.4829 0.6723 0.300 0.000 0.660 0.004 0.036
#> GSM153033 1 0.6900 -0.4142 0.396 0.000 0.316 0.004 0.284
#> GSM153034 3 0.4473 0.6879 0.412 0.000 0.580 0.000 0.008
#> GSM153035 3 0.5132 0.6885 0.344 0.000 0.612 0.008 0.036
#> GSM153036 1 0.4653 0.2964 0.680 0.000 0.288 0.008 0.024
#> GSM153037 1 0.5590 0.5143 0.708 0.000 0.124 0.044 0.124
#> GSM153038 3 0.6376 0.5700 0.440 0.000 0.452 0.076 0.032
#> GSM153039 3 0.5099 0.5626 0.484 0.000 0.488 0.016 0.012
#> GSM153040 1 0.5447 -0.4995 0.512 0.000 0.440 0.036 0.012
#> GSM153041 3 0.5768 0.6041 0.436 0.000 0.500 0.028 0.036
#> GSM153042 1 0.2938 0.6376 0.876 0.000 0.008 0.032 0.084
#> GSM153043 1 0.3940 0.4707 0.768 0.000 0.208 0.008 0.016
#> GSM153044 1 0.5473 -0.5033 0.508 0.000 0.444 0.032 0.016
#> GSM153045 3 0.5418 0.5891 0.476 0.000 0.480 0.028 0.016
#> GSM153046 1 0.5382 0.1197 0.652 0.000 0.276 0.052 0.020
#> GSM153047 1 0.5329 -0.5688 0.488 0.000 0.472 0.028 0.012
#> GSM153048 3 0.5090 0.6155 0.460 0.000 0.512 0.012 0.016
#> GSM153049 3 0.5536 0.5857 0.472 0.016 0.484 0.012 0.016
#> GSM153050 1 0.3730 0.6330 0.840 0.000 0.048 0.028 0.084
#> GSM153051 1 0.5935 -0.3815 0.544 0.028 0.388 0.020 0.020
#> GSM153052 1 0.2897 0.6509 0.884 0.000 0.020 0.024 0.072
#> GSM153053 1 0.2818 0.6566 0.892 0.000 0.036 0.020 0.052
#> GSM187528 2 0.1074 0.9661 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> GSM187529 2 0.0451 0.9781 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> GSM187530 2 0.1372 0.9566 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> GSM187531 1 0.7494 -0.4081 0.420 0.276 0.272 0.016 0.016
#> GSM152881 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152882 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152883 2 0.0451 0.9792 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152884 2 0.3244 0.8794 0.000 0.860 0.084 0.008 0.048
#> GSM152885 2 0.0451 0.9792 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152886 2 0.0000 0.9815 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0451 0.9792 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.0324 0.9817 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM152889 2 0.0000 0.9815 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9815 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152892 2 0.0000 0.9815 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9815 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9815 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0451 0.9792 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152896 2 0.0451 0.9792 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152897 2 0.0451 0.9792 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152898 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152899 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152900 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152901 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152902 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152903 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152904 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM152905 2 0.0771 0.9810 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.3403 0.5902 0.816 0.000 0.144 0.012 0.024 0.004
#> GSM152823 4 0.4691 0.5714 0.340 0.000 0.004 0.616 0.028 0.012
#> GSM152824 4 0.3678 0.6543 0.220 0.000 0.000 0.752 0.024 0.004
#> GSM152825 1 0.3403 0.5902 0.816 0.000 0.144 0.012 0.024 0.004
#> GSM152826 1 0.3403 0.5902 0.816 0.000 0.144 0.012 0.024 0.004
#> GSM152827 4 0.4691 0.5714 0.340 0.000 0.004 0.616 0.028 0.012
#> GSM152828 5 0.4876 -0.0151 0.016 0.000 0.012 0.356 0.596 0.020
#> GSM152829 4 0.6261 -0.1244 0.152 0.000 0.012 0.436 0.388 0.012
#> GSM152830 1 0.3403 0.5902 0.816 0.000 0.144 0.012 0.024 0.004
#> GSM152831 1 0.2658 0.6723 0.864 0.000 0.016 0.112 0.000 0.008
#> GSM152832 1 0.3493 0.5892 0.812 0.000 0.144 0.016 0.024 0.004
#> GSM152833 1 0.2538 0.6448 0.888 0.000 0.076 0.012 0.020 0.004
#> GSM152834 1 0.2797 0.6551 0.844 0.000 0.004 0.140 0.008 0.004
#> GSM152835 4 0.3650 0.6516 0.216 0.000 0.000 0.756 0.024 0.004
#> GSM152836 4 0.3650 0.6516 0.216 0.000 0.000 0.756 0.024 0.004
#> GSM152837 1 0.2195 0.6840 0.908 0.000 0.028 0.056 0.004 0.004
#> GSM152838 1 0.2492 0.6764 0.876 0.000 0.020 0.100 0.004 0.000
#> GSM153178 3 0.4431 0.5594 0.456 0.000 0.524 0.004 0.012 0.004
#> GSM153179 1 0.3135 0.6349 0.816 0.000 0.008 0.164 0.008 0.004
#> GSM153180 1 0.2544 0.6821 0.888 0.000 0.028 0.072 0.008 0.004
#> GSM153181 1 0.2507 0.6568 0.892 0.000 0.072 0.016 0.012 0.008
#> GSM153183 1 0.5659 -0.3652 0.500 0.000 0.388 0.004 0.096 0.012
#> GSM153184 1 0.4402 0.5759 0.756 0.000 0.016 0.100 0.124 0.004
#> GSM153185 1 0.2853 0.6701 0.856 0.000 0.012 0.116 0.012 0.004
#> GSM153186 1 0.3454 0.6122 0.824 0.000 0.124 0.020 0.028 0.004
#> GSM153187 1 0.4598 -0.1830 0.576 0.000 0.388 0.008 0.028 0.000
#> GSM153188 3 0.4426 0.6611 0.356 0.000 0.616 0.004 0.016 0.008
#> GSM153189 1 0.3975 0.5814 0.760 0.000 0.008 0.188 0.040 0.004
#> GSM153190 1 0.3416 0.5943 0.816 0.000 0.140 0.008 0.032 0.004
#> GSM153191 1 0.6600 -0.5571 0.416 0.000 0.012 0.408 0.112 0.052
#> GSM153192 1 0.1788 0.6790 0.928 0.000 0.028 0.040 0.000 0.004
#> GSM153193 1 0.4668 -0.1654 0.544 0.000 0.004 0.424 0.016 0.012
#> GSM153194 1 0.4033 0.6227 0.788 0.000 0.024 0.144 0.028 0.016
#> GSM153195 1 0.1937 0.6815 0.924 0.000 0.012 0.048 0.004 0.012
#> GSM153196 1 0.2658 0.6570 0.884 0.000 0.072 0.016 0.024 0.004
#> GSM153197 1 0.2791 0.6641 0.852 0.000 0.016 0.124 0.000 0.008
#> GSM153198 1 0.2990 0.6073 0.844 0.000 0.124 0.004 0.024 0.004
#> GSM153199 3 0.6328 0.5076 0.320 0.000 0.524 0.028 0.100 0.028
#> GSM153200 1 0.6989 -0.4722 0.388 0.000 0.332 0.040 0.228 0.012
#> GSM153201 1 0.4689 0.4058 0.704 0.000 0.212 0.016 0.064 0.004
#> GSM153202 1 0.2853 0.6701 0.856 0.000 0.012 0.116 0.012 0.004
#> GSM153203 1 0.2656 0.6675 0.860 0.000 0.012 0.120 0.000 0.008
#> GSM153204 1 0.4187 0.3967 0.704 0.000 0.256 0.004 0.032 0.004
#> GSM153205 1 0.3606 0.4947 0.724 0.000 0.004 0.264 0.008 0.000
#> GSM153206 1 0.5690 -0.3642 0.500 0.000 0.384 0.004 0.100 0.012
#> GSM153207 1 0.2620 0.6614 0.884 0.000 0.076 0.012 0.024 0.004
#> GSM153208 4 0.4154 0.6355 0.296 0.000 0.000 0.676 0.016 0.012
#> GSM153209 1 0.2022 0.6685 0.916 0.000 0.052 0.024 0.008 0.000
#> GSM153210 1 0.3100 0.6564 0.848 0.000 0.108 0.028 0.012 0.004
#> GSM153211 1 0.3057 0.6140 0.844 0.000 0.120 0.008 0.024 0.004
#> GSM153212 1 0.1788 0.6744 0.928 0.000 0.040 0.028 0.004 0.000
#> GSM153213 3 0.5212 0.4870 0.268 0.000 0.648 0.024 0.032 0.028
#> GSM153214 1 0.2224 0.6794 0.912 0.000 0.036 0.036 0.004 0.012
#> GSM153215 1 0.1975 0.6817 0.924 0.000 0.016 0.044 0.008 0.008
#> GSM153216 1 0.2307 0.6547 0.904 0.000 0.060 0.012 0.020 0.004
#> GSM153217 1 0.3191 0.6368 0.812 0.000 0.012 0.164 0.000 0.012
#> GSM153218 1 0.7605 -0.4005 0.364 0.000 0.168 0.084 0.348 0.036
#> GSM153219 1 0.6056 -0.0764 0.556 0.000 0.036 0.320 0.048 0.040
#> GSM153220 4 0.6292 0.2433 0.304 0.000 0.004 0.460 0.220 0.012
#> GSM153221 1 0.5323 -0.1519 0.536 0.000 0.012 0.396 0.032 0.024
#> GSM153222 1 0.4241 0.2770 0.644 0.000 0.004 0.332 0.016 0.004
#> GSM153223 1 0.2989 0.6354 0.824 0.000 0.004 0.160 0.008 0.004
#> GSM153224 1 0.3699 0.5829 0.796 0.000 0.152 0.012 0.036 0.004
#> GSM153225 1 0.3017 0.6786 0.864 0.000 0.028 0.084 0.012 0.012
#> GSM153226 1 0.3293 0.5968 0.788 0.000 0.004 0.196 0.008 0.004
#> GSM153227 1 0.2614 0.6774 0.884 0.000 0.060 0.044 0.012 0.000
#> GSM153228 1 0.2908 0.6527 0.840 0.000 0.008 0.140 0.008 0.004
#> GSM153229 1 0.2791 0.6656 0.852 0.000 0.016 0.124 0.000 0.008
#> GSM153230 1 0.2791 0.6651 0.852 0.000 0.016 0.124 0.000 0.008
#> GSM153231 1 0.3062 0.6386 0.824 0.000 0.008 0.156 0.008 0.004
#> GSM153232 1 0.2948 0.6482 0.836 0.000 0.008 0.144 0.008 0.004
#> GSM153233 1 0.2730 0.6668 0.856 0.000 0.012 0.124 0.004 0.004
#> GSM153234 1 0.3043 0.6608 0.836 0.000 0.024 0.132 0.000 0.008
#> GSM153235 1 0.4472 0.3950 0.716 0.008 0.224 0.032 0.020 0.000
#> GSM153236 1 0.3255 0.6605 0.828 0.000 0.036 0.128 0.004 0.004
#> GSM153237 1 0.2463 0.6801 0.888 0.000 0.024 0.080 0.004 0.004
#> GSM152992 3 0.4622 0.4961 0.480 0.000 0.492 0.008 0.016 0.004
#> GSM152993 1 0.2686 0.6820 0.880 0.000 0.024 0.080 0.008 0.008
#> GSM152994 1 0.4054 0.6326 0.780 0.000 0.028 0.156 0.024 0.012
#> GSM152995 5 0.7645 0.3929 0.324 0.000 0.100 0.164 0.380 0.032
#> GSM152996 5 0.6771 0.2858 0.368 0.000 0.032 0.212 0.380 0.008
#> GSM152997 1 0.5819 0.3175 0.636 0.000 0.196 0.056 0.104 0.008
#> GSM152998 1 0.5580 0.3163 0.656 0.000 0.200 0.040 0.092 0.012
#> GSM152999 1 0.4647 -0.3882 0.516 0.000 0.452 0.016 0.016 0.000
#> GSM153000 5 0.6547 0.3485 0.236 0.000 0.024 0.236 0.492 0.012
#> GSM153001 1 0.4781 0.5715 0.756 0.000 0.064 0.084 0.084 0.012
#> GSM153002 3 0.6438 0.5701 0.356 0.000 0.492 0.028 0.084 0.040
#> GSM153003 3 0.6651 -0.2493 0.088 0.004 0.540 0.020 0.276 0.072
#> GSM153004 3 0.7457 -0.2885 0.072 0.244 0.524 0.036 0.068 0.056
#> GSM153005 1 0.3010 0.6603 0.836 0.000 0.028 0.132 0.000 0.004
#> GSM153006 5 0.6959 0.3732 0.300 0.000 0.140 0.116 0.444 0.000
#> GSM153007 1 0.2467 0.6751 0.880 0.000 0.008 0.100 0.008 0.004
#> GSM153008 1 0.2589 0.6689 0.892 0.000 0.056 0.028 0.020 0.004
#> GSM153009 1 0.4246 0.4472 0.724 0.000 0.228 0.020 0.024 0.004
#> GSM153010 3 0.4768 0.6610 0.360 0.004 0.600 0.008 0.016 0.012
#> GSM153011 1 0.3403 0.5902 0.816 0.000 0.144 0.012 0.024 0.004
#> GSM153012 1 0.1518 0.6767 0.944 0.000 0.024 0.024 0.000 0.008
#> GSM153013 1 0.1642 0.6791 0.936 0.000 0.028 0.032 0.004 0.000
#> GSM153014 1 0.4028 0.5013 0.752 0.000 0.204 0.008 0.020 0.016
#> GSM153015 1 0.3526 0.5863 0.808 0.000 0.144 0.008 0.036 0.004
#> GSM153016 1 0.4865 0.3907 0.692 0.000 0.208 0.016 0.080 0.004
#> GSM153017 3 0.4204 0.5907 0.448 0.000 0.540 0.004 0.008 0.000
#> GSM153018 1 0.5817 0.2792 0.644 0.000 0.188 0.056 0.100 0.012
#> GSM153019 1 0.3384 0.5729 0.808 0.000 0.156 0.004 0.028 0.004
#> GSM153020 1 0.4819 -0.2846 0.560 0.008 0.400 0.004 0.024 0.004
#> GSM153021 3 0.4814 0.5599 0.272 0.008 0.664 0.000 0.036 0.020
#> GSM153022 3 0.7727 -0.2343 0.108 0.072 0.492 0.028 0.244 0.056
#> GSM153023 1 0.7184 -0.3812 0.420 0.004 0.348 0.076 0.136 0.016
#> GSM153024 3 0.5257 0.3393 0.212 0.008 0.688 0.020 0.032 0.040
#> GSM153025 1 0.5637 0.2740 0.644 0.000 0.036 0.236 0.040 0.044
#> GSM153026 1 0.2902 0.6171 0.852 0.000 0.116 0.004 0.024 0.004
#> GSM153027 6 0.4785 0.1763 0.140 0.000 0.024 0.088 0.012 0.736
#> GSM153028 1 0.2742 0.6592 0.880 0.000 0.076 0.020 0.016 0.008
#> GSM153029 3 0.4708 0.5189 0.472 0.000 0.496 0.004 0.016 0.012
#> GSM153030 1 0.2968 0.6208 0.840 0.000 0.128 0.004 0.028 0.000
#> GSM153031 1 0.1785 0.6817 0.928 0.000 0.016 0.048 0.008 0.000
#> GSM153032 3 0.5260 0.4577 0.244 0.000 0.660 0.020 0.048 0.028
#> GSM153033 6 0.7605 0.1675 0.244 0.000 0.296 0.040 0.056 0.364
#> GSM153034 3 0.4636 0.6521 0.368 0.000 0.596 0.004 0.016 0.016
#> GSM153035 3 0.5695 0.4849 0.280 0.000 0.608 0.020 0.044 0.048
#> GSM153036 1 0.5008 0.3198 0.672 0.000 0.248 0.024 0.040 0.016
#> GSM153037 1 0.5901 0.4702 0.680 0.000 0.108 0.096 0.052 0.064
#> GSM153038 3 0.7053 0.4770 0.376 0.000 0.424 0.056 0.096 0.048
#> GSM153039 3 0.4217 0.5593 0.464 0.000 0.524 0.004 0.008 0.000
#> GSM153040 1 0.4650 -0.4966 0.500 0.000 0.468 0.012 0.020 0.000
#> GSM153041 3 0.5331 0.5612 0.428 0.000 0.484 0.000 0.080 0.008
#> GSM153042 1 0.2868 0.6562 0.844 0.000 0.008 0.136 0.008 0.004
#> GSM153043 1 0.3514 0.4950 0.768 0.000 0.208 0.000 0.020 0.004
#> GSM153044 1 0.4652 -0.5001 0.496 0.000 0.472 0.012 0.020 0.000
#> GSM153045 3 0.4722 0.5691 0.452 0.000 0.512 0.016 0.020 0.000
#> GSM153046 1 0.4926 0.1205 0.636 0.000 0.300 0.016 0.040 0.008
#> GSM153047 3 0.4490 0.5431 0.472 0.000 0.504 0.008 0.016 0.000
#> GSM153048 3 0.4204 0.5907 0.448 0.000 0.540 0.004 0.008 0.000
#> GSM153049 3 0.4887 0.5702 0.456 0.008 0.504 0.004 0.024 0.004
#> GSM153050 1 0.3546 0.6553 0.808 0.000 0.056 0.128 0.000 0.008
#> GSM153051 1 0.5214 -0.3633 0.536 0.028 0.404 0.004 0.024 0.004
#> GSM153052 1 0.2745 0.6726 0.860 0.000 0.020 0.112 0.008 0.000
#> GSM153053 1 0.2452 0.6809 0.884 0.000 0.028 0.084 0.004 0.000
#> GSM187528 2 0.1464 0.9482 0.000 0.944 0.004 0.000 0.036 0.016
#> GSM187529 2 0.1237 0.9553 0.000 0.956 0.004 0.000 0.020 0.020
#> GSM187530 2 0.1851 0.9362 0.000 0.928 0.024 0.000 0.036 0.012
#> GSM187531 1 0.6825 -0.4063 0.404 0.268 0.292 0.004 0.028 0.004
#> GSM152881 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152882 2 0.1313 0.9642 0.000 0.952 0.004 0.000 0.016 0.028
#> GSM152883 2 0.0551 0.9624 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM152884 2 0.4671 0.7805 0.000 0.776 0.068 0.036 0.060 0.060
#> GSM152885 2 0.0551 0.9624 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0551 0.9624 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM152888 2 0.0405 0.9664 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM152889 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152892 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9658 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0551 0.9624 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM152896 2 0.0551 0.9624 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM152897 2 0.0551 0.9624 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> GSM152898 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152899 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152900 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152901 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152902 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152903 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152904 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
#> GSM152905 2 0.1401 0.9637 0.000 0.948 0.004 0.000 0.020 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:hclust 167 1.51e-31 2
#> SD:hclust 106 7.47e-21 3
#> SD:hclust 116 7.56e-23 4
#> SD:hclust 116 1.79e-23 5
#> SD:hclust 118 3.47e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.2992 0.703 0.703
#> 3 3 0.779 0.894 0.932 1.0596 0.654 0.512
#> 4 4 0.593 0.647 0.780 0.1709 0.773 0.476
#> 5 5 0.609 0.604 0.772 0.0681 0.938 0.786
#> 6 6 0.635 0.579 0.709 0.0437 0.882 0.570
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152829 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153004 2 0.327 0.936 0.060 0.940
#> GSM153005 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.224 0.961 0.964 0.036
#> GSM153025 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153048 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153051 1 0.855 0.611 0.720 0.280
#> GSM153052 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.6309 0.224 0.500 0.000 0.500
#> GSM152823 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM152825 3 0.6079 0.533 0.388 0.000 0.612
#> GSM152826 3 0.6079 0.533 0.388 0.000 0.612
#> GSM152827 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM152828 3 0.2537 0.887 0.080 0.000 0.920
#> GSM152829 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM152830 3 0.6079 0.533 0.388 0.000 0.612
#> GSM152831 1 0.4702 0.695 0.788 0.000 0.212
#> GSM152832 3 0.6079 0.533 0.388 0.000 0.612
#> GSM152833 3 0.6126 0.506 0.400 0.000 0.600
#> GSM152834 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM152835 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM152836 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM152837 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM152838 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153178 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153179 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153180 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153181 1 0.1163 0.950 0.972 0.000 0.028
#> GSM153183 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153184 1 0.0592 0.957 0.988 0.000 0.012
#> GSM153185 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153186 1 0.4887 0.664 0.772 0.000 0.228
#> GSM153187 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153188 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153189 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM153190 3 0.4555 0.810 0.200 0.000 0.800
#> GSM153191 1 0.3038 0.865 0.896 0.000 0.104
#> GSM153192 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153193 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0747 0.955 0.984 0.000 0.016
#> GSM153195 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM153196 1 0.1163 0.950 0.972 0.000 0.028
#> GSM153197 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153198 3 0.3192 0.876 0.112 0.000 0.888
#> GSM153199 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153200 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153201 3 0.4555 0.809 0.200 0.000 0.800
#> GSM153202 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 3 0.6291 0.329 0.468 0.000 0.532
#> GSM153204 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153205 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM153206 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153207 1 0.5678 0.480 0.684 0.000 0.316
#> GSM153208 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM153209 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153210 1 0.4399 0.754 0.812 0.000 0.188
#> GSM153211 3 0.4931 0.772 0.232 0.000 0.768
#> GSM153212 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM153213 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153214 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM153215 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM153216 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153217 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM153218 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153219 1 0.1031 0.949 0.976 0.000 0.024
#> GSM153220 1 0.0892 0.952 0.980 0.000 0.020
#> GSM153221 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM153222 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153224 3 0.3340 0.871 0.120 0.000 0.880
#> GSM153225 1 0.0237 0.960 0.996 0.000 0.004
#> GSM153226 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153227 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153228 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153229 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153230 1 0.1163 0.950 0.972 0.000 0.028
#> GSM153231 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153233 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153234 1 0.0892 0.956 0.980 0.000 0.020
#> GSM153235 3 0.3192 0.875 0.112 0.000 0.888
#> GSM153236 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153237 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM152992 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM152993 1 0.0892 0.959 0.980 0.000 0.020
#> GSM152994 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM152995 3 0.2066 0.895 0.060 0.000 0.940
#> GSM152996 1 0.4178 0.778 0.828 0.000 0.172
#> GSM152997 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM152998 3 0.5016 0.769 0.240 0.000 0.760
#> GSM152999 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153000 3 0.3267 0.870 0.116 0.000 0.884
#> GSM153001 1 0.1163 0.946 0.972 0.000 0.028
#> GSM153002 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153003 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153004 3 0.5024 0.657 0.004 0.220 0.776
#> GSM153005 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153006 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153007 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153008 3 0.6305 0.276 0.484 0.000 0.516
#> GSM153009 3 0.5733 0.646 0.324 0.000 0.676
#> GSM153010 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153011 3 0.4452 0.818 0.192 0.000 0.808
#> GSM153012 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM153013 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM153014 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153015 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153016 3 0.3340 0.871 0.120 0.000 0.880
#> GSM153017 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153018 3 0.4178 0.837 0.172 0.000 0.828
#> GSM153019 3 0.4605 0.806 0.204 0.000 0.796
#> GSM153020 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153021 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153022 3 0.1643 0.896 0.044 0.000 0.956
#> GSM153023 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153024 3 0.1525 0.896 0.032 0.004 0.964
#> GSM153025 1 0.1860 0.924 0.948 0.000 0.052
#> GSM153026 3 0.5178 0.742 0.256 0.000 0.744
#> GSM153027 1 0.6140 0.268 0.596 0.000 0.404
#> GSM153028 1 0.1289 0.950 0.968 0.000 0.032
#> GSM153029 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153030 3 0.3412 0.869 0.124 0.000 0.876
#> GSM153031 1 0.0592 0.963 0.988 0.000 0.012
#> GSM153032 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153033 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153034 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153035 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153036 3 0.3412 0.861 0.124 0.000 0.876
#> GSM153037 1 0.2356 0.906 0.928 0.000 0.072
#> GSM153038 3 0.1753 0.898 0.048 0.000 0.952
#> GSM153039 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153040 3 0.1753 0.901 0.048 0.000 0.952
#> GSM153041 3 0.1529 0.901 0.040 0.000 0.960
#> GSM153042 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153043 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153044 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153045 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153046 3 0.2356 0.895 0.072 0.000 0.928
#> GSM153047 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153048 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153049 3 0.1643 0.901 0.044 0.000 0.956
#> GSM153050 3 0.4605 0.805 0.204 0.000 0.796
#> GSM153051 3 0.1877 0.892 0.032 0.012 0.956
#> GSM153052 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM153053 1 0.0424 0.963 0.992 0.000 0.008
#> GSM187528 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM187529 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM187530 2 0.0424 0.992 0.000 0.992 0.008
#> GSM187531 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152881 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152882 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152883 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152884 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152885 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152886 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152887 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152888 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152889 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152890 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152891 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152892 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152893 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152894 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> GSM152895 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152896 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152897 2 0.1031 0.987 0.000 0.976 0.024
#> GSM152898 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152899 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152900 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152901 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152902 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152903 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152904 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
#> GSM152905 2 0.0747 0.991 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.4220 0.59732 0.748 0.000 0.248 0.004
#> GSM152823 4 0.4679 0.67511 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM152824 4 0.4564 0.69334 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM152825 1 0.4699 0.50906 0.676 0.000 0.320 0.004
#> GSM152826 1 0.4699 0.50906 0.676 0.000 0.320 0.004
#> GSM152827 4 0.4564 0.69177 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM152828 4 0.5478 0.31972 0.028 0.000 0.344 0.628
#> GSM152829 4 0.4500 0.69504 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM152830 1 0.4699 0.50906 0.676 0.000 0.320 0.004
#> GSM152831 1 0.3528 0.61961 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM152832 1 0.4655 0.52046 0.684 0.000 0.312 0.004
#> GSM152833 1 0.5407 0.52974 0.668 0.000 0.296 0.036
#> GSM152834 1 0.4624 0.10787 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM152835 4 0.4564 0.69177 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM152836 4 0.4564 0.69177 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM152837 1 0.2216 0.57286 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM152838 1 0.0376 0.62870 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM153178 3 0.2281 0.80903 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM153179 1 0.4713 0.04654 0.640 0.000 0.000 0.360
#> GSM153180 1 0.2408 0.56401 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM153181 1 0.2542 0.64027 0.904 0.000 0.084 0.012
#> GSM153183 3 0.0895 0.83351 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM153184 4 0.4472 0.71445 0.220 0.000 0.020 0.760
#> GSM153185 1 0.4477 0.19276 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM153186 1 0.4467 0.62168 0.788 0.000 0.172 0.040
#> GSM153187 3 0.2334 0.81711 0.088 0.000 0.908 0.004
#> GSM153188 3 0.1174 0.83475 0.012 0.000 0.968 0.020
#> GSM153189 4 0.4817 0.65472 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM153190 1 0.5403 0.44829 0.628 0.000 0.348 0.024
#> GSM153191 4 0.4562 0.69076 0.152 0.000 0.056 0.792
#> GSM153192 1 0.2737 0.61700 0.888 0.000 0.008 0.104
#> GSM153193 4 0.4817 0.65313 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM153194 4 0.4840 0.69329 0.240 0.000 0.028 0.732
#> GSM153195 1 0.5165 -0.16947 0.512 0.000 0.004 0.484
#> GSM153196 1 0.2644 0.63934 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM153197 1 0.0336 0.63121 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM153198 1 0.5713 0.44855 0.620 0.000 0.340 0.040
#> GSM153199 3 0.3105 0.79471 0.004 0.000 0.856 0.140
#> GSM153200 3 0.2197 0.82279 0.004 0.000 0.916 0.080
#> GSM153201 1 0.5220 0.44498 0.632 0.000 0.352 0.016
#> GSM153202 1 0.4830 -0.08775 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM153203 1 0.4283 0.58987 0.740 0.000 0.256 0.004
#> GSM153204 3 0.6096 0.65159 0.184 0.000 0.680 0.136
#> GSM153205 4 0.4761 0.66566 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM153206 3 0.3156 0.81299 0.068 0.000 0.884 0.048
#> GSM153207 1 0.5382 0.59275 0.744 0.000 0.124 0.132
#> GSM153208 4 0.4605 0.68970 0.336 0.000 0.000 0.664
#> GSM153209 1 0.2741 0.62312 0.892 0.000 0.012 0.096
#> GSM153210 1 0.6027 0.50889 0.664 0.000 0.092 0.244
#> GSM153211 1 0.6206 0.50567 0.632 0.000 0.280 0.088
#> GSM153212 1 0.3099 0.62296 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM153213 3 0.2831 0.80550 0.004 0.000 0.876 0.120
#> GSM153214 1 0.5339 0.43284 0.688 0.000 0.040 0.272
#> GSM153215 1 0.4697 0.40730 0.696 0.000 0.008 0.296
#> GSM153216 1 0.2473 0.63001 0.908 0.000 0.012 0.080
#> GSM153217 4 0.3945 0.71425 0.216 0.000 0.004 0.780
#> GSM153218 3 0.4820 0.65006 0.012 0.000 0.692 0.296
#> GSM153219 4 0.4378 0.70078 0.164 0.000 0.040 0.796
#> GSM153220 4 0.3105 0.71165 0.140 0.000 0.004 0.856
#> GSM153221 4 0.3982 0.71375 0.220 0.000 0.004 0.776
#> GSM153222 4 0.4730 0.67018 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM153223 1 0.4776 -0.01971 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM153224 1 0.5253 0.43260 0.624 0.000 0.360 0.016
#> GSM153225 4 0.4502 0.70113 0.236 0.000 0.016 0.748
#> GSM153226 1 0.4898 -0.16673 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM153227 1 0.2924 0.58348 0.884 0.000 0.016 0.100
#> GSM153228 1 0.4643 0.09670 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM153229 1 0.0188 0.63010 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM153230 1 0.1557 0.63890 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM153231 4 0.4877 0.62729 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM153232 1 0.3024 0.51145 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM153233 1 0.4356 0.24348 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM153234 1 0.0921 0.63577 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM153235 3 0.4877 0.21343 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM153236 1 0.1406 0.62804 0.960 0.000 0.024 0.016
#> GSM153237 1 0.0376 0.62870 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM152992 3 0.2281 0.80903 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM152993 1 0.2773 0.62025 0.880 0.000 0.004 0.116
#> GSM152994 1 0.4720 0.34736 0.672 0.000 0.004 0.324
#> GSM152995 4 0.5167 -0.24439 0.004 0.000 0.488 0.508
#> GSM152996 4 0.4758 0.68543 0.156 0.000 0.064 0.780
#> GSM152997 3 0.3870 0.75444 0.004 0.000 0.788 0.208
#> GSM152998 4 0.7061 0.31251 0.148 0.000 0.312 0.540
#> GSM152999 3 0.1743 0.83165 0.056 0.000 0.940 0.004
#> GSM153000 4 0.4744 0.38483 0.012 0.000 0.284 0.704
#> GSM153001 4 0.4599 0.71264 0.212 0.000 0.028 0.760
#> GSM153002 3 0.3105 0.79471 0.004 0.000 0.856 0.140
#> GSM153003 3 0.2593 0.81043 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM153004 3 0.4786 0.73692 0.000 0.104 0.788 0.108
#> GSM153005 1 0.0895 0.62385 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM153006 3 0.4053 0.73579 0.004 0.000 0.768 0.228
#> GSM153007 1 0.4564 0.14547 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM153008 1 0.5337 0.57304 0.696 0.000 0.260 0.044
#> GSM153009 1 0.4936 0.51488 0.672 0.000 0.316 0.012
#> GSM153010 3 0.1545 0.83586 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM153011 1 0.4855 0.45437 0.644 0.000 0.352 0.004
#> GSM153012 1 0.4973 0.29264 0.644 0.000 0.008 0.348
#> GSM153013 1 0.4049 0.53421 0.780 0.000 0.008 0.212
#> GSM153014 3 0.6846 0.58558 0.216 0.000 0.600 0.184
#> GSM153015 3 0.5396 0.05740 0.464 0.000 0.524 0.012
#> GSM153016 3 0.5326 0.32492 0.380 0.000 0.604 0.016
#> GSM153017 3 0.1661 0.83280 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM153018 4 0.5414 0.29495 0.020 0.000 0.376 0.604
#> GSM153019 1 0.5658 0.47172 0.632 0.000 0.328 0.040
#> GSM153020 3 0.1722 0.83575 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM153021 3 0.1406 0.83465 0.016 0.000 0.960 0.024
#> GSM153022 3 0.3791 0.75732 0.004 0.000 0.796 0.200
#> GSM153023 3 0.3945 0.74455 0.004 0.000 0.780 0.216
#> GSM153024 3 0.1902 0.82415 0.000 0.004 0.932 0.064
#> GSM153025 4 0.4949 0.68100 0.180 0.000 0.060 0.760
#> GSM153026 1 0.6107 0.52154 0.648 0.000 0.264 0.088
#> GSM153027 4 0.5080 0.62051 0.092 0.000 0.144 0.764
#> GSM153028 1 0.2861 0.62702 0.888 0.000 0.016 0.096
#> GSM153029 3 0.1938 0.83673 0.052 0.000 0.936 0.012
#> GSM153030 1 0.6411 0.44690 0.600 0.000 0.308 0.092
#> GSM153031 1 0.4877 0.02082 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM153032 3 0.2944 0.80153 0.004 0.000 0.868 0.128
#> GSM153033 3 0.3831 0.75108 0.004 0.000 0.792 0.204
#> GSM153034 3 0.1489 0.82952 0.004 0.000 0.952 0.044
#> GSM153035 3 0.3157 0.79207 0.004 0.000 0.852 0.144
#> GSM153036 3 0.4238 0.75770 0.028 0.000 0.796 0.176
#> GSM153037 4 0.6337 0.07024 0.464 0.000 0.060 0.476
#> GSM153038 3 0.3870 0.74883 0.004 0.000 0.788 0.208
#> GSM153039 3 0.1854 0.83622 0.048 0.000 0.940 0.012
#> GSM153040 3 0.1576 0.83385 0.048 0.000 0.948 0.004
#> GSM153041 3 0.1059 0.83531 0.016 0.000 0.972 0.012
#> GSM153042 1 0.2281 0.56968 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM153043 3 0.4436 0.66413 0.216 0.000 0.764 0.020
#> GSM153044 3 0.1743 0.83165 0.056 0.000 0.940 0.004
#> GSM153045 3 0.1743 0.83165 0.056 0.000 0.940 0.004
#> GSM153046 3 0.3486 0.79398 0.044 0.000 0.864 0.092
#> GSM153047 3 0.1576 0.83385 0.048 0.000 0.948 0.004
#> GSM153048 3 0.1637 0.83031 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM153049 3 0.2081 0.81739 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM153050 3 0.4981 0.00549 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM153051 3 0.2553 0.83175 0.060 0.008 0.916 0.016
#> GSM153052 1 0.2408 0.56219 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM153053 1 0.2401 0.57969 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM187528 2 0.0817 0.96974 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM187529 2 0.0817 0.96974 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM187530 2 0.0817 0.96974 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM187531 2 0.1109 0.97182 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM152881 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152882 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152883 2 0.1716 0.96328 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152884 2 0.2011 0.95739 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM152885 2 0.1716 0.96328 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152886 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152887 2 0.1716 0.96328 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152888 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152889 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152890 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152891 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152892 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152893 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152894 2 0.1004 0.97298 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152895 2 0.1716 0.96328 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152896 2 0.1716 0.96328 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152897 2 0.1716 0.96328 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152898 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152899 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152900 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152901 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152902 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152903 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152904 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152905 2 0.1004 0.97295 0.000 0.972 0.004 0.024
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.337 0.6250 0.808 0.000 0.180 0.008 0.004
#> GSM152823 4 0.462 0.7392 0.096 0.000 0.000 0.740 0.164
#> GSM152824 4 0.417 0.7443 0.044 0.000 0.000 0.756 0.200
#> GSM152825 1 0.361 0.6125 0.780 0.000 0.208 0.004 0.008
#> GSM152826 1 0.361 0.6125 0.780 0.000 0.208 0.004 0.008
#> GSM152827 4 0.424 0.7475 0.052 0.000 0.000 0.756 0.192
#> GSM152828 4 0.611 0.2060 0.008 0.000 0.108 0.528 0.356
#> GSM152829 4 0.467 0.6840 0.044 0.000 0.004 0.704 0.248
#> GSM152830 1 0.361 0.6125 0.780 0.000 0.208 0.004 0.008
#> GSM152831 1 0.213 0.6465 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.361 0.6125 0.780 0.000 0.208 0.004 0.008
#> GSM152833 1 0.366 0.6268 0.800 0.000 0.168 0.000 0.032
#> GSM152834 1 0.586 0.2563 0.572 0.000 0.000 0.300 0.128
#> GSM152835 4 0.417 0.7443 0.044 0.000 0.000 0.756 0.200
#> GSM152836 4 0.417 0.7443 0.044 0.000 0.000 0.756 0.200
#> GSM152837 1 0.392 0.5527 0.776 0.000 0.000 0.188 0.036
#> GSM152838 1 0.283 0.6156 0.872 0.000 0.004 0.104 0.020
#> GSM153178 3 0.173 0.7509 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> GSM153179 1 0.590 0.1433 0.528 0.000 0.000 0.360 0.112
#> GSM153180 1 0.445 0.4869 0.712 0.000 0.000 0.248 0.040
#> GSM153181 1 0.152 0.6525 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> GSM153183 3 0.276 0.7459 0.024 0.000 0.872 0.000 0.104
#> GSM153184 5 0.448 0.4839 0.128 0.000 0.008 0.092 0.772
#> GSM153185 1 0.586 0.2228 0.560 0.000 0.000 0.320 0.120
#> GSM153186 1 0.295 0.6469 0.868 0.000 0.100 0.004 0.028
#> GSM153187 3 0.207 0.7578 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> GSM153188 3 0.120 0.7628 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM153189 4 0.670 0.4829 0.272 0.000 0.000 0.428 0.300
#> GSM153190 1 0.409 0.6026 0.756 0.000 0.208 0.000 0.036
#> GSM153191 5 0.295 0.6004 0.028 0.000 0.004 0.100 0.868
#> GSM153192 1 0.341 0.6167 0.816 0.000 0.000 0.024 0.160
#> GSM153193 4 0.615 0.6300 0.200 0.000 0.000 0.560 0.240
#> GSM153194 5 0.455 0.4871 0.132 0.000 0.000 0.116 0.752
#> GSM153195 1 0.617 0.2104 0.488 0.000 0.000 0.140 0.372
#> GSM153196 1 0.171 0.6500 0.940 0.000 0.004 0.016 0.040
#> GSM153197 1 0.189 0.6391 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024
#> GSM153198 1 0.424 0.6049 0.756 0.000 0.192 0.000 0.052
#> GSM153199 3 0.358 0.6800 0.008 0.000 0.784 0.004 0.204
#> GSM153200 3 0.527 0.3904 0.040 0.000 0.588 0.008 0.364
#> GSM153201 1 0.421 0.5878 0.744 0.000 0.224 0.004 0.028
#> GSM153202 1 0.607 0.1225 0.524 0.000 0.000 0.340 0.136
#> GSM153203 1 0.367 0.6256 0.792 0.000 0.188 0.012 0.008
#> GSM153204 3 0.676 0.0540 0.280 0.000 0.400 0.000 0.320
#> GSM153205 4 0.569 0.6925 0.164 0.000 0.000 0.628 0.208
#> GSM153206 3 0.566 0.3928 0.112 0.000 0.600 0.000 0.288
#> GSM153207 1 0.468 0.5400 0.696 0.000 0.040 0.004 0.260
#> GSM153208 4 0.417 0.7443 0.044 0.000 0.000 0.756 0.200
#> GSM153209 1 0.379 0.5898 0.760 0.000 0.000 0.016 0.224
#> GSM153210 1 0.548 0.2945 0.572 0.000 0.016 0.040 0.372
#> GSM153211 1 0.488 0.5849 0.716 0.000 0.176 0.000 0.108
#> GSM153212 1 0.360 0.5962 0.776 0.000 0.000 0.012 0.212
#> GSM153213 3 0.351 0.6857 0.008 0.000 0.792 0.004 0.196
#> GSM153214 1 0.515 0.1985 0.528 0.000 0.000 0.040 0.432
#> GSM153215 1 0.547 0.4330 0.604 0.000 0.000 0.088 0.308
#> GSM153216 1 0.214 0.6478 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088
#> GSM153217 5 0.497 0.4552 0.116 0.000 0.000 0.176 0.708
#> GSM153218 5 0.445 0.4816 0.036 0.000 0.236 0.004 0.724
#> GSM153219 5 0.340 0.5960 0.036 0.000 0.008 0.112 0.844
#> GSM153220 5 0.471 -0.0731 0.016 0.000 0.000 0.440 0.544
#> GSM153221 5 0.512 0.4290 0.104 0.000 0.000 0.212 0.684
#> GSM153222 4 0.557 0.7099 0.144 0.000 0.000 0.640 0.216
#> GSM153223 1 0.613 0.0720 0.508 0.000 0.000 0.352 0.140
#> GSM153224 1 0.408 0.5918 0.744 0.000 0.228 0.000 0.028
#> GSM153225 5 0.477 0.4860 0.132 0.000 0.000 0.136 0.732
#> GSM153226 4 0.619 0.2166 0.412 0.000 0.000 0.452 0.136
#> GSM153227 1 0.507 0.5497 0.712 0.000 0.048 0.212 0.028
#> GSM153228 1 0.590 0.2111 0.556 0.000 0.000 0.320 0.124
#> GSM153229 1 0.180 0.6394 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> GSM153230 1 0.217 0.6484 0.924 0.000 0.028 0.032 0.016
#> GSM153231 1 0.669 -0.3376 0.392 0.000 0.000 0.368 0.240
#> GSM153232 1 0.500 0.4332 0.672 0.000 0.000 0.256 0.072
#> GSM153233 1 0.568 0.2862 0.588 0.000 0.000 0.304 0.108
#> GSM153234 1 0.181 0.6426 0.936 0.000 0.004 0.040 0.020
#> GSM153235 3 0.403 0.3477 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> GSM153236 1 0.475 0.5793 0.772 0.000 0.060 0.124 0.044
#> GSM153237 1 0.233 0.6278 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> GSM152992 3 0.167 0.7531 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM152993 1 0.343 0.6125 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> GSM152994 1 0.560 0.4286 0.596 0.000 0.000 0.100 0.304
#> GSM152995 5 0.335 0.5992 0.004 0.000 0.132 0.028 0.836
#> GSM152996 5 0.263 0.6143 0.024 0.000 0.020 0.056 0.900
#> GSM152997 5 0.402 0.2341 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM152998 5 0.594 0.4943 0.096 0.000 0.160 0.064 0.680
#> GSM152999 3 0.231 0.7575 0.040 0.000 0.916 0.012 0.032
#> GSM153000 5 0.265 0.6148 0.000 0.000 0.048 0.064 0.888
#> GSM153001 5 0.452 0.4752 0.148 0.000 0.012 0.072 0.768
#> GSM153002 3 0.374 0.6617 0.008 0.000 0.764 0.004 0.224
#> GSM153003 3 0.342 0.6901 0.000 0.000 0.788 0.008 0.204
#> GSM153004 3 0.509 0.6586 0.004 0.040 0.740 0.048 0.168
#> GSM153005 1 0.411 0.5600 0.776 0.000 0.000 0.164 0.060
#> GSM153006 5 0.428 0.3047 0.004 0.000 0.312 0.008 0.676
#> GSM153007 1 0.579 0.2725 0.580 0.000 0.000 0.300 0.120
#> GSM153008 1 0.437 0.6233 0.760 0.000 0.160 0.000 0.080
#> GSM153009 1 0.349 0.6141 0.784 0.000 0.208 0.004 0.004
#> GSM153010 3 0.204 0.7632 0.028 0.000 0.928 0.008 0.036
#> GSM153011 1 0.374 0.5983 0.764 0.000 0.224 0.004 0.008
#> GSM153012 1 0.570 0.3626 0.560 0.000 0.000 0.096 0.344
#> GSM153013 1 0.472 0.5341 0.696 0.000 0.000 0.056 0.248
#> GSM153014 5 0.629 0.2852 0.168 0.000 0.288 0.004 0.540
#> GSM153015 1 0.502 0.3885 0.616 0.000 0.344 0.004 0.036
#> GSM153016 1 0.625 0.1266 0.484 0.000 0.400 0.012 0.104
#> GSM153017 3 0.215 0.7603 0.036 0.000 0.924 0.012 0.028
#> GSM153018 5 0.588 0.4775 0.028 0.000 0.204 0.112 0.656
#> GSM153019 1 0.423 0.6070 0.760 0.000 0.184 0.000 0.056
#> GSM153020 3 0.183 0.7693 0.040 0.000 0.932 0.000 0.028
#> GSM153021 3 0.112 0.7624 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM153022 3 0.501 0.5451 0.004 0.000 0.644 0.044 0.308
#> GSM153023 5 0.471 0.1625 0.016 0.000 0.372 0.004 0.608
#> GSM153024 3 0.305 0.7068 0.000 0.000 0.828 0.008 0.164
#> GSM153025 5 0.341 0.6085 0.052 0.000 0.016 0.076 0.856
#> GSM153026 1 0.436 0.6134 0.760 0.000 0.164 0.000 0.076
#> GSM153027 5 0.313 0.6050 0.004 0.000 0.052 0.080 0.864
#> GSM153028 1 0.189 0.6480 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM153029 3 0.166 0.7694 0.024 0.000 0.940 0.000 0.036
#> GSM153030 1 0.622 0.3856 0.540 0.000 0.188 0.000 0.272
#> GSM153031 1 0.643 0.2157 0.496 0.000 0.000 0.208 0.296
#> GSM153032 3 0.351 0.6850 0.008 0.000 0.792 0.004 0.196
#> GSM153033 3 0.490 0.2426 0.008 0.000 0.520 0.012 0.460
#> GSM153034 3 0.272 0.7214 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM153035 3 0.358 0.6787 0.008 0.000 0.784 0.004 0.204
#> GSM153036 3 0.506 0.2665 0.016 0.000 0.540 0.012 0.432
#> GSM153037 5 0.510 0.5295 0.204 0.000 0.040 0.040 0.716
#> GSM153038 3 0.491 0.1900 0.008 0.000 0.504 0.012 0.476
#> GSM153039 3 0.175 0.7700 0.028 0.000 0.936 0.000 0.036
#> GSM153040 3 0.223 0.7588 0.032 0.000 0.920 0.012 0.036
#> GSM153041 3 0.131 0.7684 0.020 0.000 0.956 0.000 0.024
#> GSM153042 1 0.443 0.5204 0.740 0.000 0.000 0.200 0.060
#> GSM153043 3 0.577 0.4057 0.296 0.000 0.584 0.000 0.120
#> GSM153044 3 0.223 0.7588 0.032 0.000 0.920 0.012 0.036
#> GSM153045 3 0.231 0.7575 0.040 0.000 0.916 0.012 0.032
#> GSM153046 3 0.467 0.6302 0.036 0.000 0.748 0.028 0.188
#> GSM153047 3 0.220 0.7614 0.032 0.000 0.920 0.008 0.040
#> GSM153048 3 0.127 0.7630 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.196 0.7439 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.431 0.2397 0.392 0.000 0.604 0.004 0.000
#> GSM153051 3 0.199 0.7688 0.044 0.000 0.924 0.000 0.032
#> GSM153052 1 0.462 0.4979 0.720 0.000 0.000 0.216 0.064
#> GSM153053 1 0.367 0.5621 0.788 0.000 0.000 0.188 0.024
#> GSM187528 2 0.183 0.9274 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008
#> GSM187529 2 0.156 0.9284 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> GSM187530 2 0.183 0.9274 0.000 0.924 0.000 0.068 0.008
#> GSM187531 2 0.157 0.9411 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> GSM152881 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152882 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152883 2 0.228 0.9246 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM152884 2 0.256 0.9112 0.000 0.872 0.000 0.120 0.008
#> GSM152885 2 0.228 0.9246 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM152886 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152887 2 0.228 0.9246 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM152888 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152889 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152890 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152891 2 0.154 0.9401 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM152892 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152893 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152894 2 0.137 0.9411 0.000 0.952 0.004 0.040 0.004
#> GSM152895 2 0.228 0.9246 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM152896 2 0.228 0.9246 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM152897 2 0.228 0.9246 0.000 0.896 0.004 0.096 0.004
#> GSM152898 2 0.154 0.9401 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM152899 2 0.154 0.9401 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM152900 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152901 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152902 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152903 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152904 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152905 2 0.148 0.9410 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.4014 0.65836 0.696 0.000 0.024 0.276 0.000 0.004
#> GSM152823 6 0.4026 0.87312 0.000 0.000 0.000 0.376 0.012 0.612
#> GSM152824 6 0.4371 0.89649 0.000 0.000 0.000 0.344 0.036 0.620
#> GSM152825 1 0.3950 0.66731 0.708 0.000 0.024 0.264 0.000 0.004
#> GSM152826 1 0.3950 0.66731 0.708 0.000 0.024 0.264 0.000 0.004
#> GSM152827 6 0.4155 0.88746 0.000 0.000 0.000 0.364 0.020 0.616
#> GSM152828 6 0.5764 0.38785 0.080 0.000 0.048 0.060 0.124 0.688
#> GSM152829 6 0.5513 0.82174 0.048 0.000 0.016 0.300 0.032 0.604
#> GSM152830 1 0.3872 0.66783 0.712 0.000 0.020 0.264 0.000 0.004
#> GSM152831 1 0.3965 0.50459 0.616 0.000 0.004 0.376 0.004 0.000
#> GSM152832 1 0.3872 0.66783 0.712 0.000 0.020 0.264 0.000 0.004
#> GSM152833 1 0.3678 0.66547 0.752 0.000 0.004 0.220 0.024 0.000
#> GSM152834 4 0.0806 0.55957 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM152835 6 0.4319 0.89863 0.000 0.000 0.000 0.348 0.032 0.620
#> GSM152836 6 0.4319 0.89863 0.000 0.000 0.000 0.348 0.032 0.620
#> GSM152837 4 0.2631 0.56664 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM152838 4 0.3221 0.46799 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.3534 0.73328 0.276 0.000 0.716 0.000 0.000 0.008
#> GSM153179 4 0.2971 0.45081 0.024 0.000 0.000 0.848 0.012 0.116
#> GSM153180 4 0.3037 0.56877 0.176 0.000 0.000 0.808 0.000 0.016
#> GSM153181 1 0.4348 0.34423 0.560 0.000 0.000 0.416 0.024 0.000
#> GSM153183 3 0.6737 0.48012 0.320 0.000 0.460 0.000 0.116 0.104
#> GSM153184 5 0.5450 0.55702 0.024 0.000 0.008 0.204 0.652 0.112
#> GSM153185 4 0.0405 0.57774 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM153186 1 0.4009 0.56730 0.684 0.000 0.000 0.288 0.028 0.000
#> GSM153187 3 0.3448 0.72811 0.280 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004
#> GSM153188 3 0.3020 0.76322 0.156 0.000 0.824 0.000 0.008 0.012
#> GSM153189 4 0.3610 0.30570 0.004 0.000 0.000 0.804 0.088 0.104
#> GSM153190 1 0.3452 0.68142 0.792 0.000 0.008 0.176 0.024 0.000
#> GSM153191 5 0.3379 0.63496 0.008 0.000 0.004 0.056 0.832 0.100
#> GSM153192 4 0.5633 0.34881 0.272 0.000 0.000 0.532 0.196 0.000
#> GSM153193 4 0.3679 0.10022 0.000 0.000 0.000 0.760 0.040 0.200
#> GSM153194 5 0.3996 0.61147 0.064 0.000 0.004 0.160 0.768 0.004
#> GSM153195 4 0.5668 0.32334 0.152 0.000 0.000 0.516 0.328 0.004
#> GSM153196 4 0.4778 0.13180 0.424 0.000 0.000 0.524 0.052 0.000
#> GSM153197 4 0.3515 0.37391 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.3870 0.66963 0.780 0.000 0.008 0.160 0.048 0.004
#> GSM153199 3 0.4252 0.59882 0.036 0.000 0.764 0.000 0.148 0.052
#> GSM153200 1 0.7510 -0.24812 0.356 0.000 0.192 0.000 0.276 0.176
#> GSM153201 1 0.3991 0.66967 0.724 0.000 0.028 0.240 0.000 0.008
#> GSM153202 4 0.0260 0.56697 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM153203 1 0.4385 0.59054 0.636 0.000 0.032 0.328 0.000 0.004
#> GSM153204 1 0.6541 -0.11426 0.432 0.000 0.220 0.004 0.320 0.024
#> GSM153205 4 0.3934 -0.19230 0.000 0.000 0.000 0.676 0.020 0.304
#> GSM153206 1 0.6894 -0.19149 0.444 0.000 0.288 0.000 0.188 0.080
#> GSM153207 5 0.6182 -0.10136 0.356 0.000 0.004 0.260 0.380 0.000
#> GSM153208 6 0.4319 0.89863 0.000 0.000 0.000 0.348 0.032 0.620
#> GSM153209 4 0.6021 0.12702 0.360 0.000 0.000 0.396 0.244 0.000
#> GSM153210 5 0.6214 0.09605 0.340 0.000 0.012 0.216 0.432 0.000
#> GSM153211 1 0.4702 0.61287 0.708 0.000 0.012 0.168 0.112 0.000
#> GSM153212 4 0.6033 0.18304 0.336 0.000 0.000 0.408 0.256 0.000
#> GSM153213 3 0.3103 0.65615 0.016 0.000 0.848 0.000 0.100 0.036
#> GSM153214 5 0.5637 0.29917 0.188 0.000 0.004 0.252 0.556 0.000
#> GSM153215 4 0.5818 0.29800 0.196 0.000 0.000 0.464 0.340 0.000
#> GSM153216 1 0.5300 0.17900 0.516 0.000 0.000 0.376 0.108 0.000
#> GSM153217 5 0.4540 0.58864 0.060 0.000 0.004 0.168 0.740 0.028
#> GSM153218 5 0.5130 0.60810 0.116 0.000 0.104 0.000 0.708 0.072
#> GSM153219 5 0.2949 0.64282 0.020 0.000 0.012 0.056 0.876 0.036
#> GSM153220 5 0.5739 0.26122 0.012 0.000 0.004 0.128 0.552 0.304
#> GSM153221 5 0.4950 0.56918 0.044 0.000 0.004 0.148 0.720 0.084
#> GSM153222 4 0.4110 -0.39548 0.000 0.000 0.000 0.608 0.016 0.376
#> GSM153223 4 0.1151 0.53237 0.000 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> GSM153224 1 0.3361 0.68376 0.788 0.000 0.020 0.188 0.000 0.004
#> GSM153225 5 0.4550 0.59657 0.104 0.000 0.004 0.144 0.736 0.012
#> GSM153226 4 0.2513 0.34050 0.000 0.000 0.000 0.852 0.008 0.140
#> GSM153227 4 0.4361 0.00358 0.424 0.000 0.000 0.552 0.000 0.024
#> GSM153228 4 0.0260 0.56667 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM153229 4 0.3563 0.34978 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000
#> GSM153230 4 0.3881 0.17930 0.396 0.000 0.000 0.600 0.000 0.004
#> GSM153231 4 0.1421 0.52308 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> GSM153232 4 0.1663 0.61332 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM153233 4 0.0260 0.58003 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153234 4 0.3659 0.28576 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM153235 3 0.5456 0.41854 0.340 0.000 0.536 0.120 0.000 0.004
#> GSM153236 4 0.3637 0.54925 0.124 0.000 0.084 0.792 0.000 0.000
#> GSM153237 4 0.3428 0.40764 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> GSM152992 3 0.3448 0.73091 0.280 0.000 0.716 0.000 0.000 0.004
#> GSM152993 4 0.6046 0.23911 0.328 0.000 0.004 0.444 0.224 0.000
#> GSM152994 4 0.6014 0.29065 0.248 0.000 0.004 0.472 0.276 0.000
#> GSM152995 5 0.4443 0.60188 0.044 0.000 0.064 0.000 0.756 0.136
#> GSM152996 5 0.4089 0.62929 0.032 0.000 0.016 0.044 0.800 0.108
#> GSM152997 5 0.4793 0.59948 0.048 0.000 0.100 0.000 0.732 0.120
#> GSM152998 5 0.6563 0.38363 0.336 0.000 0.024 0.020 0.468 0.152
#> GSM152999 3 0.4549 0.73581 0.264 0.000 0.676 0.000 0.012 0.048
#> GSM153000 5 0.4488 0.61258 0.036 0.000 0.032 0.024 0.764 0.144
#> GSM153001 5 0.5226 0.58220 0.016 0.000 0.016 0.192 0.680 0.096
#> GSM153002 3 0.4031 0.59031 0.028 0.000 0.768 0.000 0.168 0.036
#> GSM153003 3 0.4616 0.60760 0.040 0.000 0.744 0.000 0.124 0.092
#> GSM153004 3 0.4407 0.62552 0.040 0.016 0.784 0.000 0.084 0.076
#> GSM153005 4 0.2416 0.58265 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> GSM153006 5 0.5548 0.55865 0.080 0.000 0.100 0.000 0.664 0.156
#> GSM153007 4 0.0665 0.56893 0.004 0.000 0.000 0.980 0.008 0.008
#> GSM153008 1 0.4290 0.64388 0.736 0.000 0.008 0.180 0.076 0.000
#> GSM153009 1 0.4001 0.66696 0.708 0.000 0.028 0.260 0.000 0.004
#> GSM153010 3 0.4367 0.74567 0.248 0.000 0.696 0.000 0.008 0.048
#> GSM153011 1 0.3979 0.66920 0.712 0.000 0.028 0.256 0.000 0.004
#> GSM153012 4 0.5729 0.28142 0.176 0.000 0.000 0.476 0.348 0.000
#> GSM153013 4 0.5734 0.37087 0.228 0.000 0.000 0.516 0.256 0.000
#> GSM153014 5 0.6090 0.50842 0.232 0.000 0.168 0.012 0.568 0.020
#> GSM153015 1 0.3775 0.65448 0.800 0.000 0.068 0.120 0.008 0.004
#> GSM153016 1 0.5667 0.50546 0.704 0.000 0.084 0.072 0.060 0.080
#> GSM153017 3 0.4468 0.73893 0.260 0.000 0.684 0.000 0.012 0.044
#> GSM153018 5 0.7422 0.34932 0.288 0.000 0.072 0.024 0.408 0.208
#> GSM153019 1 0.3909 0.66395 0.772 0.000 0.008 0.160 0.060 0.000
#> GSM153020 3 0.3219 0.76583 0.192 0.000 0.792 0.000 0.004 0.012
#> GSM153021 3 0.2538 0.75345 0.124 0.000 0.860 0.000 0.000 0.016
#> GSM153022 3 0.5965 0.35793 0.056 0.000 0.588 0.000 0.236 0.120
#> GSM153023 5 0.5926 0.46720 0.068 0.000 0.228 0.000 0.600 0.104
#> GSM153024 3 0.2685 0.68252 0.016 0.000 0.880 0.000 0.068 0.036
#> GSM153025 5 0.3238 0.64113 0.060 0.000 0.020 0.056 0.856 0.008
#> GSM153026 1 0.4638 0.61313 0.712 0.000 0.012 0.176 0.100 0.000
#> GSM153027 5 0.3686 0.63037 0.008 0.000 0.064 0.028 0.828 0.072
#> GSM153028 1 0.5379 0.14967 0.508 0.000 0.004 0.388 0.100 0.000
#> GSM153029 3 0.2955 0.76286 0.172 0.000 0.816 0.000 0.004 0.008
#> GSM153030 1 0.5926 0.30748 0.492 0.000 0.012 0.160 0.336 0.000
#> GSM153031 4 0.4613 0.46719 0.080 0.000 0.000 0.660 0.260 0.000
#> GSM153032 3 0.3241 0.64993 0.016 0.000 0.836 0.000 0.112 0.036
#> GSM153033 3 0.5238 -0.05066 0.024 0.000 0.472 0.000 0.460 0.044
#> GSM153034 3 0.2704 0.69867 0.036 0.000 0.884 0.000 0.048 0.032
#> GSM153035 3 0.3440 0.64275 0.020 0.000 0.824 0.000 0.116 0.040
#> GSM153036 3 0.5123 0.08231 0.032 0.000 0.524 0.008 0.420 0.016
#> GSM153037 5 0.4303 0.62675 0.132 0.000 0.028 0.052 0.776 0.012
#> GSM153038 5 0.5415 0.03356 0.032 0.000 0.460 0.000 0.460 0.048
#> GSM153039 3 0.3212 0.76572 0.180 0.000 0.800 0.000 0.004 0.016
#> GSM153040 3 0.4794 0.73383 0.252 0.000 0.668 0.000 0.016 0.064
#> GSM153041 3 0.4198 0.74763 0.212 0.000 0.732 0.000 0.016 0.040
#> GSM153042 4 0.2003 0.60431 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.5561 0.31928 0.652 0.000 0.220 0.040 0.072 0.016
#> GSM153044 3 0.4719 0.73499 0.248 0.000 0.676 0.000 0.016 0.060
#> GSM153045 3 0.4586 0.73626 0.260 0.000 0.676 0.000 0.012 0.052
#> GSM153046 3 0.7247 0.56074 0.240 0.000 0.484 0.028 0.164 0.084
#> GSM153047 3 0.4561 0.74241 0.240 0.000 0.692 0.000 0.016 0.052
#> GSM153048 3 0.3470 0.74868 0.248 0.000 0.740 0.000 0.000 0.012
#> GSM153049 3 0.3748 0.71720 0.300 0.000 0.688 0.000 0.000 0.012
#> GSM153050 3 0.5666 0.37720 0.308 0.000 0.528 0.160 0.000 0.004
#> GSM153051 3 0.3219 0.76391 0.192 0.000 0.792 0.000 0.004 0.012
#> GSM153052 4 0.1910 0.60580 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> GSM153053 4 0.2631 0.56255 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.2321 0.89272 0.032 0.904 0.008 0.000 0.004 0.052
#> GSM187529 2 0.2847 0.89328 0.036 0.876 0.008 0.000 0.012 0.068
#> GSM187530 2 0.2132 0.89437 0.028 0.912 0.004 0.000 0.004 0.052
#> GSM187531 2 0.1604 0.91814 0.008 0.944 0.016 0.000 0.008 0.024
#> GSM152881 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152882 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152883 2 0.3624 0.89044 0.044 0.836 0.028 0.000 0.016 0.076
#> GSM152884 2 0.4326 0.85927 0.060 0.788 0.032 0.000 0.020 0.100
#> GSM152885 2 0.3624 0.89044 0.044 0.836 0.028 0.000 0.016 0.076
#> GSM152886 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152887 2 0.3624 0.89044 0.044 0.836 0.028 0.000 0.016 0.076
#> GSM152888 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152889 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152890 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152891 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152892 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152893 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152894 2 0.2057 0.91887 0.016 0.920 0.004 0.000 0.016 0.044
#> GSM152895 2 0.3624 0.89044 0.044 0.836 0.028 0.000 0.016 0.076
#> GSM152896 2 0.3624 0.89044 0.044 0.836 0.028 0.000 0.016 0.076
#> GSM152897 2 0.3624 0.89044 0.044 0.836 0.028 0.000 0.016 0.076
#> GSM152898 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152899 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152900 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152901 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152902 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152903 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152904 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
#> GSM152905 2 0.1540 0.91953 0.012 0.948 0.012 0.000 0.012 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:kmeans 167 3.29e-29 2
#> SD:kmeans 162 1.08e-33 3
#> SD:kmeans 135 1.14e-28 4
#> SD:kmeans 119 3.20e-26 5
#> SD:kmeans 120 2.75e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.962 0.984 0.4836 0.519 0.519
#> 3 3 0.466 0.630 0.811 0.3479 0.715 0.506
#> 4 4 0.538 0.611 0.778 0.1428 0.817 0.535
#> 5 5 0.567 0.505 0.716 0.0690 0.870 0.558
#> 6 6 0.600 0.435 0.649 0.0379 0.938 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152829 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153178 2 0.4431 0.896 0.092 0.908
#> GSM153179 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.2043 0.953 0.968 0.032
#> GSM153188 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> GSM153192 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153199 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153200 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0672 0.975 0.992 0.008
#> GSM153207 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153213 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.2236 0.956 0.036 0.964
#> GSM153236 1 0.1633 0.961 0.976 0.024
#> GSM153237 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152992 2 0.4939 0.877 0.108 0.892
#> GSM152993 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.9963 0.138 0.536 0.464
#> GSM152996 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152997 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM152999 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153000 2 0.9909 0.183 0.444 0.556
#> GSM153001 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153002 2 0.4022 0.910 0.080 0.920
#> GSM153003 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.1184 0.974 0.016 0.984
#> GSM153007 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0672 0.975 0.992 0.008
#> GSM153016 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153017 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153021 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153023 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153024 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.9248 0.491 0.660 0.340
#> GSM153028 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153032 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153033 2 0.0938 0.977 0.012 0.988
#> GSM153034 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153035 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153036 1 0.8267 0.650 0.740 0.260
#> GSM153037 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.7376 0.738 0.792 0.208
#> GSM153039 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153040 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153041 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.2423 0.945 0.960 0.040
#> GSM153044 2 0.1633 0.967 0.024 0.976
#> GSM153045 2 0.1843 0.963 0.028 0.972
#> GSM153046 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> GSM153047 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153048 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153049 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153050 1 0.9286 0.477 0.656 0.344
#> GSM153051 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.6204 0.1025 0.424 0.000 0.576
#> GSM152823 1 0.2261 0.8004 0.932 0.000 0.068
#> GSM152824 1 0.1753 0.7940 0.952 0.000 0.048
#> GSM152825 3 0.5621 0.4072 0.308 0.000 0.692
#> GSM152826 3 0.5678 0.3927 0.316 0.000 0.684
#> GSM152827 1 0.2165 0.8016 0.936 0.000 0.064
#> GSM152828 2 0.5536 0.7289 0.052 0.804 0.144
#> GSM152829 1 0.2878 0.7955 0.904 0.000 0.096
#> GSM152830 3 0.5678 0.3927 0.316 0.000 0.684
#> GSM152831 3 0.6291 -0.0584 0.468 0.000 0.532
#> GSM152832 3 0.5760 0.3682 0.328 0.000 0.672
#> GSM152833 3 0.5968 0.2636 0.364 0.000 0.636
#> GSM152834 1 0.2356 0.8013 0.928 0.000 0.072
#> GSM152835 1 0.1163 0.8002 0.972 0.000 0.028
#> GSM152836 1 0.0237 0.8037 0.996 0.000 0.004
#> GSM152837 1 0.3482 0.7858 0.872 0.000 0.128
#> GSM152838 1 0.5465 0.6410 0.712 0.000 0.288
#> GSM153178 3 0.3967 0.6380 0.072 0.044 0.884
#> GSM153179 1 0.1753 0.8077 0.952 0.000 0.048
#> GSM153180 1 0.3752 0.7768 0.856 0.000 0.144
#> GSM153181 1 0.6111 0.4620 0.604 0.000 0.396
#> GSM153183 2 0.6305 0.0734 0.000 0.516 0.484
#> GSM153184 1 0.2443 0.7921 0.940 0.028 0.032
#> GSM153185 1 0.2878 0.7941 0.904 0.000 0.096
#> GSM153186 1 0.6307 0.1855 0.512 0.000 0.488
#> GSM153187 3 0.2261 0.6340 0.068 0.000 0.932
#> GSM153188 3 0.5873 0.4021 0.004 0.312 0.684
#> GSM153189 1 0.1031 0.8065 0.976 0.000 0.024
#> GSM153190 3 0.4291 0.5543 0.180 0.000 0.820
#> GSM153191 1 0.4489 0.7329 0.856 0.036 0.108
#> GSM153192 1 0.3879 0.7884 0.848 0.000 0.152
#> GSM153193 1 0.0592 0.8058 0.988 0.000 0.012
#> GSM153194 1 0.2537 0.7805 0.920 0.000 0.080
#> GSM153195 1 0.1860 0.7931 0.948 0.000 0.052
#> GSM153196 1 0.5733 0.6061 0.676 0.000 0.324
#> GSM153197 1 0.5431 0.6471 0.716 0.000 0.284
#> GSM153198 3 0.3879 0.5971 0.152 0.000 0.848
#> GSM153199 3 0.7383 0.4780 0.084 0.236 0.680
#> GSM153200 3 0.6498 0.2386 0.008 0.396 0.596
#> GSM153201 3 0.5497 0.4316 0.292 0.000 0.708
#> GSM153202 1 0.2625 0.7974 0.916 0.000 0.084
#> GSM153203 3 0.6111 0.1962 0.396 0.000 0.604
#> GSM153204 3 0.2711 0.6225 0.088 0.000 0.912
#> GSM153205 1 0.0892 0.8057 0.980 0.000 0.020
#> GSM153206 3 0.4235 0.5870 0.176 0.000 0.824
#> GSM153207 1 0.5138 0.7057 0.748 0.000 0.252
#> GSM153208 1 0.0747 0.8020 0.984 0.000 0.016
#> GSM153209 1 0.3482 0.7945 0.872 0.000 0.128
#> GSM153210 1 0.4121 0.7571 0.832 0.000 0.168
#> GSM153211 3 0.5431 0.4591 0.284 0.000 0.716
#> GSM153212 1 0.3879 0.7902 0.848 0.000 0.152
#> GSM153213 3 0.7983 0.4639 0.108 0.256 0.636
#> GSM153214 1 0.2711 0.7869 0.912 0.000 0.088
#> GSM153215 1 0.2448 0.7959 0.924 0.000 0.076
#> GSM153216 1 0.4702 0.7503 0.788 0.000 0.212
#> GSM153217 1 0.2066 0.7889 0.940 0.000 0.060
#> GSM153218 3 0.6026 0.3706 0.376 0.000 0.624
#> GSM153219 1 0.2796 0.7719 0.908 0.000 0.092
#> GSM153220 1 0.2878 0.7692 0.904 0.000 0.096
#> GSM153221 1 0.2448 0.7805 0.924 0.000 0.076
#> GSM153222 1 0.0747 0.8049 0.984 0.000 0.016
#> GSM153223 1 0.2165 0.8018 0.936 0.000 0.064
#> GSM153224 3 0.3551 0.5955 0.132 0.000 0.868
#> GSM153225 1 0.2448 0.7810 0.924 0.000 0.076
#> GSM153226 1 0.2356 0.7997 0.928 0.000 0.072
#> GSM153227 1 0.4796 0.7206 0.780 0.000 0.220
#> GSM153228 1 0.2878 0.7942 0.904 0.000 0.096
#> GSM153229 1 0.5529 0.6310 0.704 0.000 0.296
#> GSM153230 1 0.6079 0.4677 0.612 0.000 0.388
#> GSM153231 1 0.1964 0.8022 0.944 0.000 0.056
#> GSM153232 1 0.3879 0.7709 0.848 0.000 0.152
#> GSM153233 1 0.3267 0.7873 0.884 0.000 0.116
#> GSM153234 1 0.5785 0.5749 0.668 0.000 0.332
#> GSM153235 3 0.8108 0.2987 0.072 0.392 0.536
#> GSM153236 1 0.5803 0.6790 0.736 0.016 0.248
#> GSM153237 1 0.5560 0.6253 0.700 0.000 0.300
#> GSM152992 3 0.3356 0.6395 0.056 0.036 0.908
#> GSM152993 1 0.3941 0.7827 0.844 0.000 0.156
#> GSM152994 1 0.2261 0.8013 0.932 0.000 0.068
#> GSM152995 3 0.8834 0.2171 0.420 0.116 0.464
#> GSM152996 1 0.3752 0.7305 0.856 0.000 0.144
#> GSM152997 2 0.6793 0.5265 0.036 0.672 0.292
#> GSM152998 1 0.6079 0.3261 0.612 0.000 0.388
#> GSM152999 3 0.3875 0.6333 0.044 0.068 0.888
#> GSM153000 1 0.9301 0.1156 0.520 0.212 0.268
#> GSM153001 1 0.1643 0.8017 0.956 0.000 0.044
#> GSM153002 3 0.7493 0.5408 0.136 0.168 0.696
#> GSM153003 2 0.6225 0.2462 0.000 0.568 0.432
#> GSM153004 2 0.0747 0.8993 0.000 0.984 0.016
#> GSM153005 1 0.4504 0.7408 0.804 0.000 0.196
#> GSM153006 3 0.8869 0.3875 0.160 0.280 0.560
#> GSM153007 1 0.2356 0.8036 0.928 0.000 0.072
#> GSM153008 1 0.6280 0.2664 0.540 0.000 0.460
#> GSM153009 3 0.5926 0.3044 0.356 0.000 0.644
#> GSM153010 3 0.6308 -0.0044 0.000 0.492 0.508
#> GSM153011 3 0.4931 0.5168 0.232 0.000 0.768
#> GSM153012 1 0.1860 0.7994 0.948 0.000 0.052
#> GSM153013 1 0.2537 0.8094 0.920 0.000 0.080
#> GSM153014 3 0.5678 0.4477 0.316 0.000 0.684
#> GSM153015 3 0.1860 0.6288 0.052 0.000 0.948
#> GSM153016 3 0.3482 0.6030 0.128 0.000 0.872
#> GSM153017 3 0.5480 0.4748 0.004 0.264 0.732
#> GSM153018 1 0.5926 0.3794 0.644 0.000 0.356
#> GSM153019 3 0.4750 0.5339 0.216 0.000 0.784
#> GSM153020 2 0.2261 0.8564 0.000 0.932 0.068
#> GSM153021 3 0.6215 0.1673 0.000 0.428 0.572
#> GSM153022 2 0.4110 0.7659 0.004 0.844 0.152
#> GSM153023 3 0.8573 0.2314 0.104 0.372 0.524
#> GSM153024 2 0.6225 0.2393 0.000 0.568 0.432
#> GSM153025 1 0.3116 0.7620 0.892 0.000 0.108
#> GSM153026 3 0.5621 0.4179 0.308 0.000 0.692
#> GSM153027 1 0.7032 0.4453 0.676 0.052 0.272
#> GSM153028 1 0.5431 0.6703 0.716 0.000 0.284
#> GSM153029 3 0.5810 0.3898 0.000 0.336 0.664
#> GSM153030 3 0.6154 0.1385 0.408 0.000 0.592
#> GSM153031 1 0.1289 0.8030 0.968 0.000 0.032
#> GSM153032 3 0.7276 0.1934 0.032 0.404 0.564
#> GSM153033 3 0.9359 0.4200 0.284 0.208 0.508
#> GSM153034 3 0.6843 0.3742 0.028 0.332 0.640
#> GSM153035 3 0.7517 0.1593 0.040 0.420 0.540
#> GSM153036 1 0.7410 0.2008 0.576 0.040 0.384
#> GSM153037 1 0.4002 0.7553 0.840 0.000 0.160
#> GSM153038 3 0.6359 0.3098 0.404 0.004 0.592
#> GSM153039 3 0.7378 0.2369 0.036 0.404 0.560
#> GSM153040 3 0.6225 0.1634 0.000 0.432 0.568
#> GSM153041 3 0.5529 0.4260 0.000 0.296 0.704
#> GSM153042 1 0.3752 0.7769 0.856 0.000 0.144
#> GSM153043 3 0.2261 0.6304 0.068 0.000 0.932
#> GSM153044 3 0.4748 0.5934 0.024 0.144 0.832
#> GSM153045 3 0.4165 0.6288 0.048 0.076 0.876
#> GSM153046 1 0.6598 0.1789 0.564 0.008 0.428
#> GSM153047 2 0.5785 0.4787 0.000 0.668 0.332
#> GSM153048 3 0.4164 0.5888 0.008 0.144 0.848
#> GSM153049 2 0.6305 0.0166 0.000 0.516 0.484
#> GSM153050 3 0.7181 0.4229 0.304 0.048 0.648
#> GSM153051 2 0.0237 0.9083 0.000 0.996 0.004
#> GSM153052 1 0.4291 0.7507 0.820 0.000 0.180
#> GSM153053 1 0.4796 0.7174 0.780 0.000 0.220
#> GSM187528 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9115 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.2610 0.7038 0.900 0.000 0.012 0.088
#> GSM152823 4 0.2589 0.6878 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM152824 4 0.1388 0.6977 0.012 0.000 0.028 0.960
#> GSM152825 1 0.1913 0.7018 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM152826 1 0.1913 0.7018 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM152827 4 0.1557 0.7003 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM152828 2 0.8278 0.0583 0.024 0.456 0.248 0.272
#> GSM152829 4 0.2466 0.7003 0.056 0.000 0.028 0.916
#> GSM152830 1 0.1913 0.7018 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM152831 1 0.2266 0.7037 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM152832 1 0.1854 0.7081 0.940 0.000 0.012 0.048
#> GSM152833 1 0.1610 0.7089 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM152834 4 0.3688 0.6404 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM152835 4 0.0927 0.7012 0.016 0.000 0.008 0.976
#> GSM152836 4 0.1151 0.7024 0.024 0.000 0.008 0.968
#> GSM152837 4 0.4948 0.1800 0.440 0.000 0.000 0.560
#> GSM152838 1 0.4643 0.4553 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM153178 3 0.5099 0.5290 0.380 0.008 0.612 0.000
#> GSM153179 4 0.3681 0.6639 0.176 0.000 0.008 0.816
#> GSM153180 4 0.4961 0.1636 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM153181 1 0.3539 0.6607 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM153183 3 0.6847 0.3403 0.092 0.384 0.520 0.004
#> GSM153184 4 0.2522 0.6971 0.016 0.012 0.052 0.920
#> GSM153185 4 0.3764 0.6299 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM153186 1 0.2546 0.7094 0.900 0.000 0.008 0.092
#> GSM153187 3 0.5386 0.5571 0.344 0.000 0.632 0.024
#> GSM153188 3 0.3161 0.7099 0.124 0.012 0.864 0.000
#> GSM153189 4 0.1716 0.7035 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM153190 1 0.2987 0.6421 0.880 0.000 0.104 0.016
#> GSM153191 4 0.5392 0.5778 0.052 0.004 0.224 0.720
#> GSM153192 4 0.5735 0.3624 0.392 0.000 0.032 0.576
#> GSM153193 4 0.1637 0.7019 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM153194 4 0.4070 0.6627 0.044 0.000 0.132 0.824
#> GSM153195 4 0.3958 0.6983 0.112 0.000 0.052 0.836
#> GSM153196 1 0.5219 0.5809 0.712 0.000 0.044 0.244
#> GSM153197 1 0.4920 0.4020 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM153198 1 0.4332 0.6201 0.792 0.000 0.176 0.032
#> GSM153199 3 0.1722 0.7041 0.048 0.000 0.944 0.008
#> GSM153200 3 0.7837 0.5996 0.156 0.220 0.576 0.048
#> GSM153201 1 0.4036 0.6762 0.836 0.000 0.088 0.076
#> GSM153202 4 0.3528 0.6522 0.192 0.000 0.000 0.808
#> GSM153203 1 0.2402 0.7062 0.912 0.000 0.012 0.076
#> GSM153204 3 0.6323 0.0798 0.440 0.000 0.500 0.060
#> GSM153205 4 0.1557 0.7017 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM153206 3 0.6613 0.4377 0.344 0.000 0.560 0.096
#> GSM153207 1 0.6933 0.4210 0.584 0.000 0.172 0.244
#> GSM153208 4 0.1256 0.7026 0.028 0.000 0.008 0.964
#> GSM153209 1 0.6425 0.0195 0.508 0.000 0.068 0.424
#> GSM153210 4 0.7366 0.2645 0.344 0.000 0.172 0.484
#> GSM153211 1 0.5458 0.5541 0.720 0.000 0.204 0.076
#> GSM153212 1 0.6650 -0.0182 0.484 0.000 0.084 0.432
#> GSM153213 3 0.2023 0.6980 0.028 0.004 0.940 0.028
#> GSM153214 4 0.6810 0.5163 0.248 0.000 0.156 0.596
#> GSM153215 4 0.6075 0.5618 0.288 0.000 0.076 0.636
#> GSM153216 1 0.5673 0.4570 0.660 0.000 0.052 0.288
#> GSM153217 4 0.3505 0.6684 0.048 0.000 0.088 0.864
#> GSM153218 3 0.7254 0.2821 0.176 0.000 0.524 0.300
#> GSM153219 4 0.4485 0.6320 0.052 0.000 0.152 0.796
#> GSM153220 4 0.4153 0.6456 0.048 0.000 0.132 0.820
#> GSM153221 4 0.3634 0.6661 0.048 0.000 0.096 0.856
#> GSM153222 4 0.1302 0.7037 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM153223 4 0.3172 0.6696 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM153224 1 0.2342 0.6426 0.912 0.000 0.080 0.008
#> GSM153225 4 0.4499 0.6461 0.072 0.000 0.124 0.804
#> GSM153226 4 0.3444 0.6558 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM153227 1 0.5137 0.1469 0.544 0.000 0.004 0.452
#> GSM153228 4 0.3649 0.6413 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM153229 1 0.4500 0.5048 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM153230 1 0.3688 0.6344 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM153231 4 0.2408 0.6910 0.104 0.000 0.000 0.896
#> GSM153232 4 0.4431 0.5186 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM153233 4 0.3907 0.6116 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM153234 1 0.4220 0.5939 0.748 0.000 0.004 0.248
#> GSM153235 1 0.7492 0.0746 0.552 0.180 0.256 0.012
#> GSM153236 4 0.7035 0.1221 0.416 0.032 0.052 0.500
#> GSM153237 1 0.4543 0.4898 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM152992 3 0.4964 0.5269 0.380 0.004 0.616 0.000
#> GSM152993 4 0.6967 0.0561 0.432 0.000 0.112 0.456
#> GSM152994 4 0.5247 0.6075 0.228 0.000 0.052 0.720
#> GSM152995 3 0.6161 0.1688 0.044 0.004 0.552 0.400
#> GSM152996 4 0.5656 0.5455 0.056 0.004 0.248 0.692
#> GSM152997 3 0.7089 0.5079 0.036 0.280 0.604 0.080
#> GSM152998 4 0.7079 0.3872 0.276 0.000 0.168 0.556
#> GSM152999 3 0.4431 0.6213 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM153000 4 0.7360 0.3352 0.044 0.076 0.316 0.564
#> GSM153001 4 0.4203 0.6891 0.068 0.000 0.108 0.824
#> GSM153002 3 0.1624 0.6958 0.028 0.000 0.952 0.020
#> GSM153003 3 0.3384 0.7105 0.024 0.116 0.860 0.000
#> GSM153004 2 0.2921 0.8002 0.000 0.860 0.140 0.000
#> GSM153005 4 0.4855 0.3237 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM153006 3 0.7204 0.5875 0.076 0.104 0.660 0.160
#> GSM153007 4 0.3801 0.6281 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM153008 1 0.4829 0.6737 0.776 0.000 0.068 0.156
#> GSM153009 1 0.3009 0.7021 0.892 0.000 0.052 0.056
#> GSM153010 3 0.5767 0.6847 0.152 0.136 0.712 0.000
#> GSM153011 1 0.2408 0.6880 0.920 0.000 0.044 0.036
#> GSM153012 4 0.4638 0.6829 0.152 0.000 0.060 0.788
#> GSM153013 4 0.5358 0.6042 0.252 0.000 0.048 0.700
#> GSM153014 3 0.7414 0.1268 0.340 0.000 0.480 0.180
#> GSM153015 1 0.3852 0.5049 0.800 0.000 0.192 0.008
#> GSM153016 1 0.5031 0.4782 0.740 0.000 0.212 0.048
#> GSM153017 3 0.4610 0.6679 0.236 0.020 0.744 0.000
#> GSM153018 4 0.6465 0.4745 0.136 0.000 0.228 0.636
#> GSM153019 1 0.3991 0.6328 0.832 0.000 0.120 0.048
#> GSM153020 2 0.5306 0.3708 0.020 0.632 0.348 0.000
#> GSM153021 3 0.4344 0.7117 0.108 0.076 0.816 0.000
#> GSM153022 2 0.5427 0.1484 0.004 0.544 0.444 0.008
#> GSM153023 3 0.5806 0.6487 0.072 0.076 0.764 0.088
#> GSM153024 3 0.3441 0.7087 0.024 0.120 0.856 0.000
#> GSM153025 4 0.5596 0.5595 0.068 0.000 0.236 0.696
#> GSM153026 1 0.4758 0.6140 0.780 0.000 0.156 0.064
#> GSM153027 4 0.6164 0.3951 0.056 0.004 0.336 0.604
#> GSM153028 1 0.6010 0.5344 0.676 0.000 0.104 0.220
#> GSM153029 3 0.5032 0.7038 0.152 0.072 0.772 0.004
#> GSM153030 1 0.7238 0.3846 0.524 0.000 0.304 0.172
#> GSM153031 4 0.3948 0.6957 0.136 0.000 0.036 0.828
#> GSM153032 3 0.1739 0.7099 0.024 0.016 0.952 0.008
#> GSM153033 3 0.3647 0.6538 0.040 0.000 0.852 0.108
#> GSM153034 3 0.3037 0.7203 0.076 0.036 0.888 0.000
#> GSM153035 3 0.2049 0.7047 0.012 0.036 0.940 0.012
#> GSM153036 3 0.6187 0.2840 0.052 0.004 0.584 0.360
#> GSM153037 4 0.7387 0.3923 0.224 0.000 0.256 0.520
#> GSM153038 3 0.4152 0.6286 0.032 0.000 0.808 0.160
#> GSM153039 3 0.4956 0.7151 0.116 0.072 0.796 0.016
#> GSM153040 3 0.5387 0.7022 0.144 0.076 0.764 0.016
#> GSM153041 3 0.3856 0.7143 0.136 0.032 0.832 0.000
#> GSM153042 4 0.4830 0.3382 0.392 0.000 0.000 0.608
#> GSM153043 1 0.6650 -0.0943 0.484 0.000 0.432 0.084
#> GSM153044 3 0.4508 0.6642 0.244 0.004 0.744 0.008
#> GSM153045 3 0.4331 0.6329 0.288 0.000 0.712 0.000
#> GSM153046 4 0.7156 0.1238 0.136 0.000 0.388 0.476
#> GSM153047 3 0.5900 0.6344 0.096 0.220 0.684 0.000
#> GSM153048 3 0.4677 0.6076 0.316 0.004 0.680 0.000
#> GSM153049 3 0.7894 0.3688 0.296 0.332 0.372 0.000
#> GSM153050 1 0.6396 0.1682 0.564 0.000 0.360 0.076
#> GSM153051 2 0.2714 0.8248 0.004 0.884 0.112 0.000
#> GSM153052 4 0.4697 0.4182 0.356 0.000 0.000 0.644
#> GSM153053 1 0.5158 0.1047 0.524 0.000 0.004 0.472
#> GSM187528 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.435 0.5820 0.760 0.000 0.056 0.180 0.004
#> GSM152823 4 0.273 0.5953 0.016 0.000 0.000 0.868 0.116
#> GSM152824 4 0.427 0.3119 0.008 0.000 0.000 0.648 0.344
#> GSM152825 1 0.335 0.6131 0.844 0.000 0.068 0.088 0.000
#> GSM152826 1 0.324 0.6100 0.852 0.000 0.076 0.072 0.000
#> GSM152827 4 0.367 0.5243 0.008 0.000 0.008 0.784 0.200
#> GSM152828 2 0.889 -0.2449 0.028 0.324 0.244 0.132 0.272
#> GSM152829 4 0.470 0.4776 0.016 0.000 0.040 0.728 0.216
#> GSM152830 1 0.317 0.6191 0.856 0.000 0.060 0.084 0.000
#> GSM152831 1 0.422 0.5746 0.760 0.000 0.032 0.200 0.008
#> GSM152832 1 0.356 0.6204 0.840 0.000 0.060 0.092 0.008
#> GSM152833 1 0.293 0.6302 0.880 0.000 0.008 0.044 0.068
#> GSM152834 4 0.260 0.6403 0.080 0.000 0.000 0.888 0.032
#> GSM152835 4 0.405 0.3920 0.008 0.000 0.000 0.696 0.296
#> GSM152836 4 0.381 0.4512 0.008 0.000 0.000 0.736 0.256
#> GSM152837 4 0.444 0.5649 0.236 0.000 0.000 0.720 0.044
#> GSM152838 4 0.439 0.1459 0.428 0.000 0.000 0.568 0.004
#> GSM153178 3 0.424 0.6191 0.248 0.000 0.728 0.008 0.016
#> GSM153179 4 0.420 0.5845 0.092 0.000 0.000 0.780 0.128
#> GSM153180 4 0.450 0.5445 0.256 0.000 0.000 0.704 0.040
#> GSM153181 1 0.509 0.4582 0.648 0.000 0.008 0.300 0.044
#> GSM153183 3 0.811 0.3144 0.128 0.248 0.408 0.000 0.216
#> GSM153184 4 0.573 0.0968 0.020 0.012 0.024 0.532 0.412
#> GSM153185 4 0.282 0.6401 0.096 0.000 0.000 0.872 0.032
#> GSM153186 1 0.444 0.6350 0.792 0.000 0.028 0.108 0.072
#> GSM153187 3 0.701 0.4736 0.252 0.000 0.552 0.084 0.112
#> GSM153188 3 0.280 0.6680 0.044 0.004 0.884 0.000 0.068
#> GSM153189 4 0.352 0.5237 0.004 0.000 0.004 0.780 0.212
#> GSM153190 1 0.403 0.6061 0.812 0.000 0.060 0.016 0.112
#> GSM153191 5 0.444 0.5362 0.008 0.004 0.032 0.208 0.748
#> GSM153192 4 0.656 0.2797 0.280 0.000 0.004 0.500 0.216
#> GSM153193 4 0.314 0.5616 0.016 0.000 0.000 0.832 0.152
#> GSM153194 5 0.582 0.2362 0.028 0.000 0.040 0.420 0.512
#> GSM153195 4 0.607 0.2900 0.124 0.000 0.008 0.572 0.296
#> GSM153196 1 0.602 0.4438 0.596 0.000 0.008 0.260 0.136
#> GSM153197 4 0.478 0.0773 0.452 0.000 0.004 0.532 0.012
#> GSM153198 1 0.506 0.5634 0.732 0.000 0.088 0.020 0.160
#> GSM153199 3 0.571 0.4153 0.072 0.004 0.576 0.004 0.344
#> GSM153200 3 0.852 0.1980 0.232 0.120 0.356 0.012 0.280
#> GSM153201 1 0.598 0.5953 0.676 0.000 0.080 0.168 0.076
#> GSM153202 4 0.327 0.6375 0.080 0.000 0.004 0.856 0.060
#> GSM153203 1 0.509 0.5170 0.676 0.000 0.088 0.236 0.000
#> GSM153204 1 0.644 0.0709 0.416 0.000 0.176 0.000 0.408
#> GSM153205 4 0.305 0.5473 0.008 0.000 0.000 0.828 0.164
#> GSM153206 1 0.739 0.1170 0.408 0.000 0.212 0.040 0.340
#> GSM153207 1 0.692 0.0914 0.412 0.000 0.028 0.148 0.412
#> GSM153208 4 0.389 0.4563 0.012 0.000 0.000 0.736 0.252
#> GSM153209 1 0.730 0.1585 0.392 0.000 0.024 0.292 0.292
#> GSM153210 5 0.767 0.1458 0.308 0.000 0.060 0.228 0.404
#> GSM153211 1 0.550 0.4949 0.656 0.000 0.060 0.024 0.260
#> GSM153212 1 0.702 0.0363 0.376 0.000 0.008 0.280 0.336
#> GSM153213 3 0.497 0.4868 0.040 0.000 0.640 0.004 0.316
#> GSM153214 5 0.684 0.3309 0.200 0.000 0.020 0.276 0.504
#> GSM153215 4 0.690 0.0177 0.240 0.000 0.008 0.424 0.328
#> GSM153216 1 0.635 0.4333 0.556 0.000 0.008 0.256 0.180
#> GSM153217 5 0.516 0.1764 0.040 0.000 0.000 0.444 0.516
#> GSM153218 5 0.599 0.4188 0.132 0.000 0.172 0.036 0.660
#> GSM153219 5 0.461 0.4360 0.012 0.000 0.012 0.312 0.664
#> GSM153220 5 0.466 0.2011 0.004 0.000 0.008 0.436 0.552
#> GSM153221 5 0.560 0.1638 0.052 0.000 0.008 0.448 0.492
#> GSM153222 4 0.305 0.5411 0.004 0.000 0.000 0.820 0.176
#> GSM153223 4 0.184 0.6320 0.036 0.000 0.000 0.932 0.032
#> GSM153224 1 0.355 0.6116 0.844 0.000 0.088 0.012 0.056
#> GSM153225 5 0.592 0.3564 0.088 0.000 0.008 0.364 0.540
#> GSM153226 4 0.238 0.6310 0.044 0.000 0.000 0.904 0.052
#> GSM153227 4 0.576 0.3270 0.352 0.000 0.020 0.572 0.056
#> GSM153228 4 0.233 0.6371 0.080 0.000 0.000 0.900 0.020
#> GSM153229 4 0.466 -0.0402 0.488 0.000 0.000 0.500 0.012
#> GSM153230 1 0.515 0.2656 0.560 0.000 0.028 0.404 0.008
#> GSM153231 4 0.235 0.6095 0.012 0.000 0.004 0.900 0.084
#> GSM153232 4 0.304 0.6138 0.152 0.000 0.000 0.836 0.012
#> GSM153233 4 0.229 0.6315 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> GSM153234 1 0.478 0.1890 0.548 0.000 0.008 0.436 0.008
#> GSM153235 3 0.761 0.2666 0.340 0.116 0.444 0.096 0.004
#> GSM153236 4 0.530 0.4748 0.204 0.008 0.080 0.700 0.008
#> GSM153237 4 0.444 0.0459 0.464 0.000 0.000 0.532 0.004
#> GSM152992 3 0.456 0.5730 0.292 0.000 0.680 0.004 0.024
#> GSM152993 1 0.720 0.0428 0.352 0.000 0.016 0.344 0.288
#> GSM152994 4 0.688 0.0820 0.288 0.000 0.008 0.444 0.260
#> GSM152995 5 0.470 0.4948 0.024 0.000 0.144 0.068 0.764
#> GSM152996 5 0.478 0.5561 0.020 0.000 0.048 0.196 0.736
#> GSM152997 5 0.781 0.0552 0.048 0.168 0.284 0.028 0.472
#> GSM152998 5 0.807 0.2421 0.296 0.000 0.096 0.248 0.360
#> GSM152999 3 0.370 0.6435 0.212 0.000 0.772 0.000 0.016
#> GSM153000 5 0.549 0.5505 0.008 0.016 0.112 0.156 0.708
#> GSM153001 4 0.616 -0.0774 0.032 0.000 0.060 0.500 0.408
#> GSM153002 3 0.521 0.3670 0.040 0.000 0.572 0.004 0.384
#> GSM153003 3 0.515 0.5875 0.012 0.108 0.716 0.000 0.164
#> GSM153004 2 0.361 0.7335 0.000 0.812 0.148 0.000 0.040
#> GSM153005 4 0.429 0.5233 0.240 0.000 0.012 0.732 0.016
#> GSM153006 5 0.646 0.1879 0.068 0.028 0.304 0.020 0.580
#> GSM153007 4 0.245 0.6365 0.076 0.000 0.000 0.896 0.028
#> GSM153008 1 0.565 0.5621 0.680 0.000 0.020 0.148 0.152
#> GSM153009 1 0.520 0.6074 0.732 0.000 0.072 0.156 0.040
#> GSM153010 3 0.484 0.6544 0.088 0.116 0.764 0.000 0.032
#> GSM153011 1 0.352 0.6084 0.840 0.000 0.076 0.080 0.004
#> GSM153012 4 0.638 0.0658 0.152 0.000 0.004 0.488 0.356
#> GSM153013 4 0.679 0.2879 0.220 0.000 0.012 0.488 0.280
#> GSM153014 5 0.668 0.1388 0.308 0.000 0.116 0.040 0.536
#> GSM153015 1 0.463 0.5432 0.752 0.000 0.144 0.004 0.100
#> GSM153016 1 0.579 0.4662 0.668 0.000 0.192 0.028 0.112
#> GSM153017 3 0.306 0.6668 0.136 0.000 0.844 0.000 0.020
#> GSM153018 5 0.806 0.2317 0.144 0.000 0.148 0.348 0.360
#> GSM153019 1 0.470 0.5760 0.764 0.000 0.068 0.024 0.144
#> GSM153020 2 0.615 0.0598 0.024 0.508 0.412 0.012 0.044
#> GSM153021 3 0.265 0.6680 0.020 0.028 0.900 0.000 0.052
#> GSM153022 2 0.680 -0.0574 0.008 0.448 0.328 0.000 0.216
#> GSM153023 5 0.621 0.1360 0.092 0.028 0.304 0.000 0.576
#> GSM153024 3 0.383 0.6473 0.012 0.060 0.824 0.000 0.104
#> GSM153025 5 0.558 0.5196 0.076 0.000 0.028 0.224 0.672
#> GSM153026 1 0.503 0.5472 0.720 0.000 0.040 0.036 0.204
#> GSM153027 5 0.417 0.5681 0.004 0.000 0.056 0.160 0.780
#> GSM153028 1 0.648 0.4501 0.580 0.000 0.032 0.132 0.256
#> GSM153029 3 0.523 0.6593 0.068 0.068 0.752 0.004 0.108
#> GSM153030 1 0.757 0.0934 0.400 0.000 0.120 0.100 0.380
#> GSM153031 4 0.478 0.5299 0.080 0.000 0.004 0.728 0.188
#> GSM153032 3 0.427 0.5404 0.024 0.000 0.708 0.000 0.268
#> GSM153033 5 0.490 -0.0906 0.008 0.000 0.452 0.012 0.528
#> GSM153034 3 0.361 0.6343 0.028 0.004 0.812 0.000 0.156
#> GSM153035 3 0.515 0.5241 0.028 0.024 0.652 0.000 0.296
#> GSM153036 3 0.738 -0.0455 0.064 0.000 0.408 0.144 0.384
#> GSM153037 5 0.646 0.4471 0.192 0.000 0.048 0.144 0.616
#> GSM153038 5 0.585 0.0657 0.020 0.000 0.388 0.056 0.536
#> GSM153039 3 0.450 0.6689 0.044 0.064 0.812 0.016 0.064
#> GSM153040 3 0.397 0.6646 0.068 0.024 0.840 0.016 0.052
#> GSM153041 3 0.529 0.6384 0.120 0.024 0.720 0.000 0.136
#> GSM153042 4 0.339 0.5852 0.188 0.000 0.000 0.800 0.012
#> GSM153043 1 0.758 0.2598 0.448 0.000 0.196 0.068 0.288
#> GSM153044 3 0.357 0.6673 0.108 0.000 0.840 0.032 0.020
#> GSM153045 3 0.373 0.6586 0.172 0.000 0.800 0.012 0.016
#> GSM153046 3 0.803 -0.0159 0.104 0.000 0.384 0.300 0.212
#> GSM153047 3 0.357 0.6472 0.032 0.124 0.832 0.000 0.012
#> GSM153048 3 0.312 0.6625 0.184 0.000 0.812 0.000 0.004
#> GSM153049 3 0.695 0.4198 0.196 0.320 0.464 0.000 0.020
#> GSM153050 3 0.673 0.1660 0.320 0.000 0.468 0.204 0.008
#> GSM153051 2 0.352 0.6452 0.000 0.764 0.232 0.000 0.004
#> GSM153052 4 0.339 0.5717 0.200 0.000 0.000 0.792 0.008
#> GSM153053 4 0.496 0.4281 0.320 0.000 0.008 0.640 0.032
#> GSM187528 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.000 0.9319 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.3307 0.59215 0.832 0.000 0.028 0.116 0.000 0.024
#> GSM152823 4 0.3212 0.57104 0.012 0.000 0.000 0.840 0.100 0.048
#> GSM152824 4 0.4901 0.29421 0.004 0.000 0.000 0.608 0.316 0.072
#> GSM152825 1 0.2002 0.59852 0.920 0.000 0.028 0.040 0.000 0.012
#> GSM152826 1 0.1933 0.59664 0.924 0.000 0.032 0.032 0.000 0.012
#> GSM152827 4 0.4116 0.49719 0.000 0.000 0.012 0.752 0.180 0.056
#> GSM152828 5 0.9037 -0.03940 0.012 0.224 0.220 0.116 0.264 0.164
#> GSM152829 4 0.5575 0.41430 0.012 0.000 0.036 0.660 0.184 0.108
#> GSM152830 1 0.1861 0.60116 0.928 0.000 0.020 0.036 0.000 0.016
#> GSM152831 1 0.3895 0.59253 0.796 0.000 0.012 0.128 0.008 0.056
#> GSM152832 1 0.2745 0.60038 0.884 0.000 0.020 0.040 0.004 0.052
#> GSM152833 1 0.4744 0.57525 0.744 0.000 0.020 0.048 0.036 0.152
#> GSM152834 4 0.2945 0.61828 0.064 0.000 0.004 0.872 0.028 0.032
#> GSM152835 4 0.4653 0.35887 0.000 0.000 0.004 0.644 0.292 0.060
#> GSM152836 4 0.4044 0.43088 0.000 0.000 0.000 0.704 0.256 0.040
#> GSM152837 4 0.5065 0.56532 0.168 0.000 0.000 0.700 0.060 0.072
#> GSM152838 4 0.5149 0.10200 0.428 0.000 0.000 0.496 0.004 0.072
#> GSM153178 3 0.4928 0.49388 0.252 0.000 0.668 0.008 0.016 0.056
#> GSM153179 4 0.4926 0.53633 0.056 0.000 0.000 0.712 0.164 0.068
#> GSM153180 4 0.5398 0.57179 0.188 0.000 0.008 0.676 0.076 0.052
#> GSM153181 1 0.6158 0.47096 0.564 0.000 0.004 0.264 0.056 0.112
#> GSM153183 6 0.8420 0.16166 0.104 0.244 0.232 0.000 0.096 0.324
#> GSM153184 5 0.6089 0.15045 0.012 0.000 0.004 0.408 0.424 0.152
#> GSM153185 4 0.2606 0.62133 0.048 0.000 0.000 0.888 0.044 0.020
#> GSM153186 1 0.5128 0.59205 0.732 0.000 0.024 0.100 0.048 0.096
#> GSM153187 3 0.8052 0.21572 0.152 0.000 0.448 0.096 0.140 0.164
#> GSM153188 3 0.3958 0.53959 0.032 0.004 0.788 0.000 0.032 0.144
#> GSM153189 4 0.3837 0.53109 0.008 0.000 0.000 0.768 0.180 0.044
#> GSM153190 1 0.5093 0.46631 0.684 0.000 0.048 0.008 0.044 0.216
#> GSM153191 5 0.3952 0.34891 0.000 0.000 0.016 0.108 0.788 0.088
#> GSM153192 4 0.7082 0.22022 0.168 0.000 0.000 0.460 0.236 0.136
#> GSM153193 4 0.2633 0.57160 0.004 0.000 0.000 0.864 0.112 0.020
#> GSM153194 5 0.6591 0.20129 0.016 0.000 0.028 0.392 0.416 0.148
#> GSM153195 4 0.6242 0.21768 0.048 0.000 0.004 0.532 0.296 0.120
#> GSM153196 1 0.7037 0.30775 0.452 0.000 0.004 0.292 0.112 0.140
#> GSM153197 4 0.6029 0.12767 0.384 0.000 0.008 0.488 0.032 0.088
#> GSM153198 1 0.6283 0.32956 0.548 0.000 0.044 0.024 0.084 0.300
#> GSM153199 6 0.6528 -0.09297 0.040 0.004 0.392 0.000 0.152 0.412
#> GSM153200 6 0.8472 0.32367 0.176 0.092 0.232 0.000 0.152 0.348
#> GSM153201 1 0.6510 0.47842 0.624 0.000 0.056 0.116 0.080 0.124
#> GSM153202 4 0.3704 0.61656 0.080 0.000 0.000 0.820 0.056 0.044
#> GSM153203 1 0.4564 0.55008 0.744 0.000 0.052 0.160 0.004 0.040
#> GSM153204 6 0.7147 0.23324 0.320 0.000 0.104 0.004 0.160 0.412
#> GSM153205 4 0.2815 0.55810 0.000 0.000 0.000 0.848 0.120 0.032
#> GSM153206 6 0.7730 0.36096 0.208 0.000 0.184 0.012 0.208 0.388
#> GSM153207 5 0.8159 0.06661 0.204 0.000 0.040 0.160 0.340 0.256
#> GSM153208 4 0.4038 0.44618 0.000 0.000 0.000 0.712 0.244 0.044
#> GSM153209 4 0.7635 -0.14379 0.192 0.000 0.000 0.308 0.284 0.216
#> GSM153210 5 0.8202 0.11285 0.172 0.000 0.036 0.216 0.304 0.272
#> GSM153211 1 0.6372 0.23391 0.508 0.000 0.028 0.016 0.132 0.316
#> GSM153212 5 0.8024 0.04058 0.264 0.000 0.016 0.260 0.268 0.192
#> GSM153213 3 0.6377 0.21203 0.024 0.012 0.492 0.000 0.152 0.320
#> GSM153214 5 0.6899 0.27319 0.108 0.000 0.000 0.192 0.488 0.212
#> GSM153215 5 0.7166 0.20904 0.100 0.000 0.000 0.336 0.368 0.196
#> GSM153216 1 0.7672 0.23542 0.352 0.000 0.008 0.288 0.160 0.192
#> GSM153217 5 0.5947 0.31459 0.020 0.000 0.008 0.320 0.536 0.116
#> GSM153218 5 0.6559 -0.12139 0.064 0.000 0.068 0.024 0.444 0.400
#> GSM153219 5 0.5181 0.40214 0.008 0.000 0.004 0.232 0.644 0.112
#> GSM153220 5 0.5348 0.16216 0.000 0.000 0.008 0.404 0.504 0.084
#> GSM153221 5 0.5971 0.22628 0.008 0.000 0.008 0.372 0.476 0.136
#> GSM153222 4 0.3656 0.52237 0.004 0.000 0.000 0.784 0.164 0.048
#> GSM153223 4 0.2763 0.61763 0.040 0.000 0.000 0.880 0.052 0.028
#> GSM153224 1 0.3981 0.52108 0.768 0.000 0.032 0.008 0.012 0.180
#> GSM153225 5 0.6329 0.38362 0.032 0.000 0.012 0.228 0.552 0.176
#> GSM153226 4 0.2262 0.61509 0.036 0.000 0.000 0.908 0.036 0.020
#> GSM153227 4 0.7042 0.37297 0.284 0.000 0.024 0.488 0.092 0.112
#> GSM153228 4 0.2528 0.61991 0.056 0.000 0.000 0.892 0.024 0.028
#> GSM153229 4 0.5420 0.04772 0.432 0.000 0.000 0.476 0.012 0.080
#> GSM153230 1 0.5524 0.25852 0.552 0.000 0.016 0.352 0.008 0.072
#> GSM153231 4 0.2666 0.61333 0.024 0.000 0.008 0.892 0.032 0.044
#> GSM153232 4 0.3688 0.61371 0.104 0.000 0.008 0.820 0.020 0.048
#> GSM153233 4 0.3065 0.60683 0.096 0.000 0.000 0.848 0.008 0.048
#> GSM153234 1 0.5679 0.18860 0.516 0.000 0.004 0.376 0.020 0.084
#> GSM153235 3 0.7251 0.26357 0.348 0.060 0.448 0.060 0.008 0.076
#> GSM153236 4 0.6366 0.41527 0.216 0.000 0.108 0.584 0.012 0.080
#> GSM153237 4 0.4833 0.14153 0.428 0.000 0.000 0.516 0.000 0.056
#> GSM152992 3 0.4204 0.49234 0.260 0.000 0.696 0.004 0.000 0.040
#> GSM152993 4 0.8247 -0.10997 0.260 0.000 0.040 0.304 0.228 0.168
#> GSM152994 4 0.7603 -0.00354 0.172 0.000 0.012 0.408 0.244 0.164
#> GSM152995 5 0.5413 0.08392 0.000 0.000 0.064 0.028 0.556 0.352
#> GSM152996 5 0.5175 0.31399 0.028 0.000 0.016 0.112 0.708 0.136
#> GSM152997 5 0.7980 -0.16026 0.028 0.164 0.152 0.008 0.408 0.240
#> GSM152998 6 0.8361 0.03264 0.232 0.000 0.064 0.132 0.280 0.292
#> GSM152999 3 0.4507 0.45940 0.280 0.000 0.668 0.004 0.004 0.044
#> GSM153000 5 0.5375 0.23231 0.004 0.008 0.064 0.060 0.692 0.172
#> GSM153001 5 0.7123 0.26435 0.040 0.000 0.056 0.360 0.424 0.120
#> GSM153002 3 0.6466 0.02275 0.024 0.004 0.416 0.000 0.188 0.368
#> GSM153003 3 0.6859 0.17771 0.004 0.124 0.484 0.000 0.108 0.280
#> GSM153004 2 0.5028 0.57515 0.008 0.700 0.144 0.000 0.016 0.132
#> GSM153005 4 0.5218 0.51761 0.192 0.000 0.016 0.684 0.020 0.088
#> GSM153006 5 0.6493 -0.16740 0.032 0.008 0.152 0.000 0.444 0.364
#> GSM153007 4 0.2699 0.61785 0.048 0.000 0.000 0.884 0.028 0.040
#> GSM153008 1 0.8040 0.10949 0.396 0.000 0.048 0.152 0.172 0.232
#> GSM153009 1 0.6142 0.52010 0.656 0.000 0.104 0.108 0.040 0.092
#> GSM153010 3 0.5770 0.48548 0.076 0.116 0.688 0.000 0.040 0.080
#> GSM153011 1 0.2274 0.59211 0.908 0.000 0.036 0.028 0.000 0.028
#> GSM153012 4 0.6569 -0.00697 0.052 0.000 0.004 0.436 0.372 0.136
#> GSM153013 4 0.7635 0.18585 0.148 0.000 0.028 0.432 0.252 0.140
#> GSM153014 6 0.7679 0.14591 0.144 0.000 0.112 0.036 0.320 0.388
#> GSM153015 1 0.5219 0.38822 0.660 0.000 0.084 0.000 0.036 0.220
#> GSM153016 1 0.6125 0.36827 0.624 0.000 0.112 0.012 0.080 0.172
#> GSM153017 3 0.3530 0.56641 0.092 0.012 0.832 0.000 0.012 0.052
#> GSM153018 5 0.8403 0.14838 0.112 0.000 0.084 0.244 0.316 0.244
#> GSM153019 1 0.5654 0.42241 0.632 0.000 0.044 0.008 0.084 0.232
#> GSM153020 2 0.6670 -0.10845 0.024 0.440 0.400 0.004 0.052 0.080
#> GSM153021 3 0.3441 0.54724 0.032 0.004 0.828 0.000 0.020 0.116
#> GSM153022 2 0.7541 -0.26446 0.004 0.384 0.216 0.000 0.152 0.244
#> GSM153023 6 0.6690 0.19190 0.028 0.020 0.156 0.000 0.364 0.432
#> GSM153024 3 0.4346 0.49045 0.004 0.036 0.736 0.000 0.024 0.200
#> GSM153025 5 0.5762 0.32664 0.024 0.000 0.012 0.136 0.624 0.204
#> GSM153026 1 0.7039 0.21959 0.472 0.000 0.040 0.040 0.156 0.292
#> GSM153027 5 0.5375 0.25429 0.000 0.000 0.040 0.088 0.644 0.228
#> GSM153028 1 0.7796 0.25214 0.380 0.000 0.016 0.172 0.196 0.236
#> GSM153029 3 0.6397 0.47031 0.068 0.056 0.636 0.008 0.064 0.168
#> GSM153030 5 0.8115 -0.13870 0.228 0.000 0.068 0.084 0.312 0.308
#> GSM153031 4 0.5515 0.41196 0.048 0.000 0.000 0.636 0.224 0.092
#> GSM153032 3 0.5881 0.24428 0.008 0.008 0.528 0.000 0.140 0.316
#> GSM153033 5 0.6186 -0.14758 0.000 0.000 0.284 0.004 0.404 0.308
#> GSM153034 3 0.4610 0.48469 0.028 0.000 0.704 0.000 0.048 0.220
#> GSM153035 3 0.6161 0.24028 0.020 0.012 0.500 0.000 0.124 0.344
#> GSM153036 5 0.8473 0.00667 0.056 0.004 0.284 0.156 0.288 0.212
#> GSM153037 5 0.6727 0.22989 0.088 0.000 0.024 0.108 0.556 0.224
#> GSM153038 5 0.6748 -0.13590 0.012 0.000 0.216 0.024 0.380 0.368
#> GSM153039 3 0.4775 0.56538 0.060 0.016 0.776 0.020 0.044 0.084
#> GSM153040 3 0.4655 0.55087 0.044 0.024 0.776 0.004 0.060 0.092
#> GSM153041 3 0.5706 0.32381 0.088 0.004 0.580 0.000 0.032 0.296
#> GSM153042 4 0.3633 0.59575 0.148 0.000 0.000 0.792 0.004 0.056
#> GSM153043 6 0.8362 0.24500 0.288 0.000 0.168 0.076 0.144 0.324
#> GSM153044 3 0.3858 0.56260 0.088 0.000 0.816 0.012 0.024 0.060
#> GSM153045 3 0.4312 0.55200 0.152 0.000 0.764 0.016 0.012 0.056
#> GSM153046 3 0.8463 -0.06414 0.100 0.000 0.344 0.252 0.164 0.140
#> GSM153047 3 0.3495 0.54824 0.048 0.088 0.836 0.000 0.008 0.020
#> GSM153048 3 0.3323 0.57045 0.128 0.000 0.824 0.000 0.012 0.036
#> GSM153049 3 0.7345 0.24683 0.200 0.216 0.460 0.004 0.008 0.112
#> GSM153050 3 0.7293 0.22408 0.272 0.000 0.448 0.164 0.016 0.100
#> GSM153051 2 0.4082 0.62711 0.012 0.728 0.228 0.000 0.000 0.032
#> GSM153052 4 0.3987 0.57710 0.176 0.000 0.000 0.760 0.008 0.056
#> GSM153053 4 0.5359 0.45886 0.304 0.000 0.004 0.604 0.032 0.056
#> GSM187528 2 0.0291 0.93183 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM187529 2 0.0260 0.93194 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM187530 2 0.0291 0.93146 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM187531 2 0.0837 0.92795 0.000 0.972 0.004 0.000 0.004 0.020
#> GSM152881 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152882 2 0.0603 0.93025 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM152883 2 0.0146 0.93144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152884 2 0.0291 0.92974 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM152885 2 0.0146 0.93144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152886 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0146 0.93144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152892 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.93214 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0146 0.93144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152896 2 0.0146 0.93144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152897 2 0.0146 0.93144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152898 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152899 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152900 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152901 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152902 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152903 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152904 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152905 2 0.0692 0.92964 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:skmeans 163 7.87e-15 2
#> SD:skmeans 116 1.39e-17 3
#> SD:skmeans 127 4.34e-25 4
#> SD:skmeans 98 4.97e-19 5
#> SD:skmeans 73 2.18e-16 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.993 0.2915 0.711 0.711
#> 3 3 0.369 0.598 0.801 1.1197 0.652 0.513
#> 4 4 0.387 0.613 0.791 0.0438 0.946 0.861
#> 5 5 0.426 0.518 0.734 0.0924 0.871 0.659
#> 6 6 0.504 0.609 0.794 0.0758 0.876 0.613
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152829 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.204 0.9630 0.968 0.032
#> GSM153004 2 0.932 0.4650 0.348 0.652
#> GSM153005 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.184 0.9671 0.972 0.028
#> GSM153022 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.671 0.7819 0.824 0.176
#> GSM153025 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.141 0.9753 0.980 0.020
#> GSM153048 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.118 0.9793 0.984 0.016
#> GSM153050 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153051 1 0.118 0.9791 0.984 0.016
#> GSM153052 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.000 0.9944 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM187531 1 0.997 0.0984 0.532 0.468
#> GSM152881 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.118 0.9689 0.016 0.984
#> GSM152883 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.518 0.8641 0.116 0.884
#> GSM152885 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.000 0.9827 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.5291 0.6589 0.268 0.000 0.732
#> GSM152823 3 0.5968 0.5784 0.364 0.000 0.636
#> GSM152824 1 0.5678 0.2879 0.684 0.000 0.316
#> GSM152825 3 0.5291 0.6589 0.268 0.000 0.732
#> GSM152826 3 0.5291 0.6589 0.268 0.000 0.732
#> GSM152827 3 0.5431 0.6531 0.284 0.000 0.716
#> GSM152828 3 0.3752 0.6778 0.144 0.000 0.856
#> GSM152829 3 0.4504 0.6835 0.196 0.000 0.804
#> GSM152830 3 0.5291 0.6589 0.268 0.000 0.732
#> GSM152831 1 0.3116 0.6838 0.892 0.000 0.108
#> GSM152832 3 0.5291 0.6589 0.268 0.000 0.732
#> GSM152833 3 0.6307 0.3148 0.488 0.000 0.512
#> GSM152834 1 0.4452 0.5759 0.808 0.000 0.192
#> GSM152835 3 0.5968 0.5915 0.364 0.000 0.636
#> GSM152836 1 0.6026 0.1229 0.624 0.000 0.376
#> GSM152837 1 0.5621 0.3955 0.692 0.000 0.308
#> GSM152838 1 0.0747 0.6945 0.984 0.000 0.016
#> GSM153178 3 0.5810 0.1190 0.336 0.000 0.664
#> GSM153179 1 0.5905 0.1907 0.648 0.000 0.352
#> GSM153180 1 0.1411 0.6995 0.964 0.000 0.036
#> GSM153181 3 0.6140 0.5121 0.404 0.000 0.596
#> GSM153183 3 0.4750 0.6804 0.216 0.000 0.784
#> GSM153184 1 0.5178 0.6221 0.744 0.000 0.256
#> GSM153185 1 0.5397 0.3488 0.720 0.000 0.280
#> GSM153186 3 0.5397 0.6545 0.280 0.000 0.720
#> GSM153187 3 0.6126 0.0127 0.400 0.000 0.600
#> GSM153188 3 0.0424 0.6248 0.008 0.000 0.992
#> GSM153189 1 0.6154 0.4581 0.592 0.000 0.408
#> GSM153190 1 0.5650 0.3921 0.688 0.000 0.312
#> GSM153191 1 0.3482 0.7039 0.872 0.000 0.128
#> GSM153192 1 0.4931 0.6578 0.768 0.000 0.232
#> GSM153193 1 0.0000 0.6888 1.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.4654 0.6192 0.792 0.000 0.208
#> GSM153195 1 0.5016 0.5005 0.760 0.000 0.240
#> GSM153196 1 0.2711 0.7102 0.912 0.000 0.088
#> GSM153197 1 0.2448 0.6949 0.924 0.000 0.076
#> GSM153198 1 0.4178 0.6449 0.828 0.000 0.172
#> GSM153199 3 0.1643 0.6468 0.044 0.000 0.956
#> GSM153200 3 0.4887 0.6769 0.228 0.000 0.772
#> GSM153201 1 0.6295 -0.1956 0.528 0.000 0.472
#> GSM153202 3 0.6180 0.4862 0.416 0.000 0.584
#> GSM153203 3 0.6299 0.3391 0.476 0.000 0.524
#> GSM153204 3 0.6168 0.4704 0.412 0.000 0.588
#> GSM153205 1 0.3619 0.6532 0.864 0.000 0.136
#> GSM153206 3 0.6267 0.3622 0.452 0.000 0.548
#> GSM153207 1 0.3816 0.6682 0.852 0.000 0.148
#> GSM153208 1 0.6295 -0.2707 0.528 0.000 0.472
#> GSM153209 1 0.4931 0.5160 0.768 0.000 0.232
#> GSM153210 1 0.4346 0.6470 0.816 0.000 0.184
#> GSM153211 1 0.3686 0.6869 0.860 0.000 0.140
#> GSM153212 1 0.6204 -0.0155 0.576 0.000 0.424
#> GSM153213 3 0.6225 -0.2224 0.432 0.000 0.568
#> GSM153214 1 0.3752 0.6965 0.856 0.000 0.144
#> GSM153215 1 0.1964 0.7056 0.944 0.000 0.056
#> GSM153216 1 0.3192 0.7022 0.888 0.000 0.112
#> GSM153217 3 0.6252 0.4535 0.444 0.000 0.556
#> GSM153218 3 0.5216 0.6639 0.260 0.000 0.740
#> GSM153219 1 0.0747 0.6955 0.984 0.000 0.016
#> GSM153220 3 0.6079 0.4425 0.388 0.000 0.612
#> GSM153221 3 0.6168 0.4447 0.412 0.000 0.588
#> GSM153222 3 0.6111 0.5306 0.396 0.000 0.604
#> GSM153223 1 0.2796 0.7053 0.908 0.000 0.092
#> GSM153224 3 0.5706 0.6263 0.320 0.000 0.680
#> GSM153225 1 0.3340 0.7040 0.880 0.000 0.120
#> GSM153226 1 0.1529 0.6911 0.960 0.000 0.040
#> GSM153227 3 0.6126 0.5166 0.400 0.000 0.600
#> GSM153228 1 0.0592 0.6937 0.988 0.000 0.012
#> GSM153229 1 0.0237 0.6903 0.996 0.000 0.004
#> GSM153230 1 0.2356 0.7007 0.928 0.000 0.072
#> GSM153231 1 0.0747 0.6917 0.984 0.000 0.016
#> GSM153232 1 0.2878 0.6902 0.904 0.000 0.096
#> GSM153233 1 0.3192 0.6763 0.888 0.000 0.112
#> GSM153234 1 0.4121 0.6740 0.832 0.000 0.168
#> GSM153235 3 0.6309 -0.3584 0.500 0.000 0.500
#> GSM153236 1 0.5254 0.5685 0.736 0.000 0.264
#> GSM153237 1 0.3686 0.6630 0.860 0.000 0.140
#> GSM152992 3 0.5948 -0.0184 0.360 0.000 0.640
#> GSM152993 1 0.2959 0.6870 0.900 0.000 0.100
#> GSM152994 1 0.6168 -0.0674 0.588 0.000 0.412
#> GSM152995 1 0.5810 0.4633 0.664 0.000 0.336
#> GSM152996 3 0.5397 0.6605 0.280 0.000 0.720
#> GSM152997 1 0.6305 0.3498 0.516 0.000 0.484
#> GSM152998 3 0.4291 0.6826 0.180 0.000 0.820
#> GSM152999 3 0.2796 0.6653 0.092 0.000 0.908
#> GSM153000 3 0.5431 0.6529 0.284 0.000 0.716
#> GSM153001 1 0.5138 0.6434 0.748 0.000 0.252
#> GSM153002 1 0.6280 0.3958 0.540 0.000 0.460
#> GSM153003 3 0.0424 0.6214 0.008 0.000 0.992
#> GSM153004 3 0.6286 0.0572 0.000 0.464 0.536
#> GSM153005 1 0.4887 0.6062 0.772 0.000 0.228
#> GSM153006 3 0.4062 0.6827 0.164 0.000 0.836
#> GSM153007 1 0.1964 0.6970 0.944 0.000 0.056
#> GSM153008 3 0.5678 0.6358 0.316 0.000 0.684
#> GSM153009 1 0.6308 -0.2414 0.508 0.000 0.492
#> GSM153010 3 0.0424 0.6252 0.008 0.000 0.992
#> GSM153011 3 0.5098 0.6696 0.248 0.000 0.752
#> GSM153012 1 0.5650 0.4631 0.688 0.000 0.312
#> GSM153013 1 0.3116 0.6973 0.892 0.000 0.108
#> GSM153014 1 0.3879 0.6898 0.848 0.000 0.152
#> GSM153015 3 0.4605 0.6821 0.204 0.000 0.796
#> GSM153016 3 0.5291 0.6589 0.268 0.000 0.732
#> GSM153017 3 0.3038 0.6692 0.104 0.000 0.896
#> GSM153018 3 0.5291 0.6610 0.268 0.000 0.732
#> GSM153019 1 0.5138 0.5269 0.748 0.000 0.252
#> GSM153020 1 0.6307 0.3556 0.512 0.000 0.488
#> GSM153021 3 0.0424 0.6254 0.008 0.000 0.992
#> GSM153022 3 0.5926 0.1764 0.356 0.000 0.644
#> GSM153023 3 0.4796 0.6241 0.220 0.000 0.780
#> GSM153024 3 0.6481 0.3466 0.224 0.048 0.728
#> GSM153025 1 0.1753 0.6988 0.952 0.000 0.048
#> GSM153026 1 0.3619 0.6650 0.864 0.000 0.136
#> GSM153027 1 0.6252 0.4256 0.556 0.000 0.444
#> GSM153028 1 0.3340 0.6986 0.880 0.000 0.120
#> GSM153029 3 0.4346 0.4571 0.184 0.000 0.816
#> GSM153030 1 0.5058 0.6477 0.756 0.000 0.244
#> GSM153031 1 0.2625 0.6883 0.916 0.000 0.084
#> GSM153032 3 0.4750 0.4151 0.216 0.000 0.784
#> GSM153033 3 0.5178 0.3448 0.256 0.000 0.744
#> GSM153034 3 0.4504 0.4433 0.196 0.000 0.804
#> GSM153035 1 0.6295 0.3958 0.528 0.000 0.472
#> GSM153036 1 0.5291 0.5676 0.732 0.000 0.268
#> GSM153037 1 0.4887 0.6623 0.772 0.000 0.228
#> GSM153038 1 0.6244 0.4262 0.560 0.000 0.440
#> GSM153039 1 0.6180 0.4821 0.584 0.000 0.416
#> GSM153040 3 0.1753 0.6488 0.048 0.000 0.952
#> GSM153041 3 0.0424 0.6248 0.008 0.000 0.992
#> GSM153042 1 0.2066 0.6876 0.940 0.000 0.060
#> GSM153043 1 0.6215 -0.0197 0.572 0.000 0.428
#> GSM153044 3 0.3551 0.6584 0.132 0.000 0.868
#> GSM153045 3 0.1031 0.6361 0.024 0.000 0.976
#> GSM153046 3 0.3686 0.6782 0.140 0.000 0.860
#> GSM153047 3 0.0237 0.6219 0.004 0.000 0.996
#> GSM153048 3 0.4702 0.4050 0.212 0.000 0.788
#> GSM153049 3 0.3038 0.5905 0.104 0.000 0.896
#> GSM153050 1 0.5291 0.5676 0.732 0.000 0.268
#> GSM153051 1 0.6026 0.5154 0.624 0.000 0.376
#> GSM153052 1 0.4887 0.5081 0.772 0.000 0.228
#> GSM153053 3 0.5363 0.6571 0.276 0.000 0.724
#> GSM187528 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM187529 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM187530 2 0.0592 0.9762 0.000 0.988 0.012
#> GSM187531 3 0.5929 0.3901 0.004 0.320 0.676
#> GSM152881 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152882 2 0.4810 0.8346 0.028 0.832 0.140
#> GSM152883 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.5223 0.7839 0.024 0.800 0.176
#> GSM152885 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152892 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152899 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152900 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152901 2 0.1860 0.9453 0.000 0.948 0.052
#> GSM152902 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152903 2 0.0424 0.9817 0.000 0.992 0.008
#> GSM152904 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
#> GSM152905 2 0.0237 0.9838 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.3610 0.6991 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM152823 3 0.4431 0.6261 0.304 0.000 0.696 0.000
#> GSM152824 1 0.4730 0.2272 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM152825 3 0.3610 0.6991 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM152826 3 0.3610 0.6991 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM152827 3 0.3764 0.6947 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM152828 3 0.2345 0.7046 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM152829 3 0.3074 0.7127 0.152 0.000 0.848 0.000
#> GSM152830 3 0.3610 0.6991 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM152831 1 0.2868 0.6897 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM152832 3 0.3610 0.6991 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM152833 3 0.4933 0.4062 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM152834 1 0.3975 0.5537 0.760 0.000 0.240 0.000
#> GSM152835 3 0.4564 0.6223 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM152836 1 0.4804 0.1192 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM152837 1 0.4713 0.3339 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM152838 1 0.1004 0.7048 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM153178 3 0.5970 0.1048 0.348 0.000 0.600 0.052
#> GSM153179 1 0.4730 0.2075 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM153180 1 0.0921 0.7083 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM153181 3 0.4761 0.5481 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM153183 3 0.3266 0.7112 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM153184 1 0.4212 0.6490 0.772 0.000 0.216 0.012
#> GSM153185 1 0.4406 0.3529 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM153186 3 0.3801 0.6950 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM153187 3 0.6079 0.0228 0.408 0.000 0.544 0.048
#> GSM153188 3 0.1938 0.6392 0.012 0.000 0.936 0.052
#> GSM153189 1 0.5778 0.4848 0.604 0.000 0.356 0.040
#> GSM153190 1 0.4661 0.3699 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM153191 1 0.2589 0.7135 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM153192 1 0.4540 0.6707 0.772 0.000 0.196 0.032
#> GSM153193 1 0.0469 0.6985 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153194 1 0.4088 0.6000 0.764 0.000 0.232 0.004
#> GSM153195 1 0.4103 0.5098 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM153196 1 0.2125 0.7206 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM153197 1 0.1557 0.7067 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM153198 1 0.3791 0.6421 0.796 0.000 0.200 0.004
#> GSM153199 3 0.2494 0.6637 0.036 0.000 0.916 0.048
#> GSM153200 3 0.3266 0.7101 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM153201 3 0.4994 0.2673 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM153202 3 0.4804 0.5222 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM153203 3 0.4981 0.3614 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM153204 3 0.4761 0.5308 0.372 0.000 0.628 0.000
#> GSM153205 1 0.3123 0.6605 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM153206 3 0.5203 0.4165 0.416 0.000 0.576 0.008
#> GSM153207 1 0.3402 0.6719 0.832 0.000 0.164 0.004
#> GSM153208 1 0.4999 -0.2863 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153209 1 0.4072 0.5188 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM153210 1 0.3837 0.6383 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM153211 1 0.3024 0.6937 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM153212 1 0.4977 -0.0861 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM153213 3 0.6257 -0.2321 0.436 0.000 0.508 0.056
#> GSM153214 1 0.2918 0.7143 0.876 0.000 0.116 0.008
#> GSM153215 1 0.1792 0.7148 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM153216 1 0.2197 0.7151 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM153217 3 0.5070 0.4814 0.416 0.000 0.580 0.004
#> GSM153218 3 0.3528 0.7030 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM153219 1 0.0817 0.7038 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM153220 3 0.5189 0.4714 0.372 0.000 0.616 0.012
#> GSM153221 3 0.4950 0.5042 0.376 0.000 0.620 0.004
#> GSM153222 3 0.4713 0.5662 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM153223 1 0.2149 0.7135 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM153224 3 0.4222 0.6667 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM153225 1 0.2675 0.7176 0.892 0.000 0.100 0.008
#> GSM153226 1 0.1637 0.7008 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM153227 3 0.4661 0.5738 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM153228 1 0.0817 0.7031 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM153229 1 0.0469 0.6985 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153230 1 0.2081 0.7103 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM153231 1 0.1022 0.7024 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM153232 1 0.2888 0.6872 0.872 0.000 0.124 0.004
#> GSM153233 1 0.2081 0.6911 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM153234 1 0.3280 0.6951 0.860 0.000 0.124 0.016
#> GSM153235 1 0.6252 0.3718 0.512 0.000 0.432 0.056
#> GSM153236 1 0.5073 0.5930 0.744 0.000 0.200 0.056
#> GSM153237 1 0.3172 0.6712 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM152992 3 0.6097 -0.0141 0.364 0.000 0.580 0.056
#> GSM152993 1 0.2593 0.6955 0.892 0.000 0.104 0.004
#> GSM152994 1 0.4955 -0.1163 0.556 0.000 0.444 0.000
#> GSM152995 1 0.4679 0.4633 0.648 0.000 0.352 0.000
#> GSM152996 3 0.4360 0.6879 0.248 0.000 0.744 0.008
#> GSM152997 1 0.6044 0.3818 0.528 0.000 0.428 0.044
#> GSM152998 3 0.2760 0.7108 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM152999 3 0.2983 0.6885 0.068 0.000 0.892 0.040
#> GSM153000 3 0.3801 0.6938 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM153001 1 0.4538 0.6640 0.760 0.000 0.216 0.024
#> GSM153002 1 0.6061 0.4244 0.552 0.000 0.400 0.048
#> GSM153003 3 0.2142 0.6363 0.016 0.000 0.928 0.056
#> GSM153004 4 0.3492 0.7699 0.004 0.036 0.092 0.868
#> GSM153005 1 0.4332 0.6323 0.792 0.000 0.176 0.032
#> GSM153006 3 0.2647 0.7105 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM153007 1 0.1389 0.7061 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM153008 3 0.4313 0.6798 0.260 0.000 0.736 0.004
#> GSM153009 3 0.4961 0.3375 0.448 0.000 0.552 0.000
#> GSM153010 3 0.2142 0.6406 0.016 0.000 0.928 0.056
#> GSM153011 3 0.3400 0.7070 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM153012 1 0.4454 0.4670 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM153013 1 0.2589 0.7085 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM153014 1 0.2999 0.6990 0.864 0.000 0.132 0.004
#> GSM153015 3 0.3024 0.7119 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM153016 3 0.3610 0.6991 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM153017 3 0.2845 0.6942 0.076 0.000 0.896 0.028
#> GSM153018 3 0.3610 0.7012 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM153019 1 0.4401 0.5247 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM153020 1 0.6242 0.3811 0.520 0.000 0.424 0.056
#> GSM153021 3 0.2021 0.6371 0.012 0.000 0.932 0.056
#> GSM153022 3 0.5762 0.1896 0.352 0.000 0.608 0.040
#> GSM153023 3 0.4692 0.6459 0.212 0.000 0.756 0.032
#> GSM153024 3 0.6420 0.3197 0.228 0.000 0.640 0.132
#> GSM153025 1 0.1302 0.7089 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM153026 1 0.3528 0.6533 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM153027 1 0.6090 0.4435 0.564 0.000 0.384 0.052
#> GSM153028 1 0.2737 0.7070 0.888 0.000 0.104 0.008
#> GSM153029 3 0.4996 0.4650 0.192 0.000 0.752 0.056
#> GSM153030 1 0.4361 0.6672 0.772 0.000 0.208 0.020
#> GSM153031 1 0.1792 0.6975 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM153032 3 0.5254 0.4287 0.220 0.000 0.724 0.056
#> GSM153033 3 0.5592 0.3474 0.264 0.000 0.680 0.056
#> GSM153034 3 0.5111 0.4509 0.204 0.000 0.740 0.056
#> GSM153035 1 0.6206 0.4254 0.540 0.000 0.404 0.056
#> GSM153036 1 0.5111 0.5920 0.740 0.000 0.204 0.056
#> GSM153037 1 0.4163 0.6843 0.792 0.000 0.188 0.020
#> GSM153038 1 0.6067 0.4426 0.572 0.000 0.376 0.052
#> GSM153039 1 0.6054 0.5051 0.592 0.000 0.352 0.056
#> GSM153040 3 0.2844 0.6683 0.052 0.000 0.900 0.048
#> GSM153041 3 0.1854 0.6415 0.012 0.000 0.940 0.048
#> GSM153042 1 0.1940 0.6978 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM153043 1 0.5151 -0.1263 0.532 0.000 0.464 0.004
#> GSM153044 3 0.3384 0.6871 0.116 0.000 0.860 0.024
#> GSM153045 3 0.2466 0.6496 0.028 0.000 0.916 0.056
#> GSM153046 3 0.2345 0.7054 0.100 0.000 0.900 0.000
#> GSM153047 3 0.2021 0.6371 0.012 0.000 0.932 0.056
#> GSM153048 3 0.5254 0.4123 0.220 0.000 0.724 0.056
#> GSM153049 3 0.3899 0.6035 0.108 0.000 0.840 0.052
#> GSM153050 1 0.5111 0.5920 0.740 0.000 0.204 0.056
#> GSM153051 1 0.5857 0.5401 0.636 0.000 0.308 0.056
#> GSM153052 1 0.4134 0.4891 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM153053 3 0.3764 0.6970 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM187528 4 0.2704 0.8853 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM187529 2 0.4103 0.6803 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM187530 4 0.4964 0.3764 0.000 0.380 0.004 0.616
#> GSM187531 4 0.0524 0.8890 0.000 0.008 0.004 0.988
#> GSM152881 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152882 4 0.0707 0.9068 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM152883 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.5196 0.6840 0.008 0.744 0.044 0.204
#> GSM152885 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.1211 0.9207 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM152887 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.1637 0.9191 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM152889 2 0.2149 0.9119 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM152890 2 0.2149 0.9120 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM152891 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152892 2 0.2216 0.9096 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM152893 2 0.2149 0.9121 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM152894 2 0.2345 0.9035 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM152895 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9179 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152899 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152900 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152901 4 0.1211 0.9268 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM152902 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152903 4 0.1474 0.9355 0.000 0.052 0.000 0.948
#> GSM152904 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM152905 4 0.1557 0.9377 0.000 0.056 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM152823 1 0.3305 0.5972 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM152824 4 0.4138 0.3275 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM152825 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM152826 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM152827 1 0.1341 0.6892 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM152828 1 0.0324 0.6931 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM152829 1 0.1121 0.6907 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM152830 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM152831 4 0.3995 0.6039 0.152 0.000 0.060 0.788 0.000
#> GSM152832 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM152833 1 0.4009 0.4429 0.684 0.000 0.004 0.312 0.000
#> GSM152834 4 0.4030 0.4950 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> GSM152835 1 0.3424 0.5963 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> GSM152836 4 0.4313 0.3427 0.356 0.000 0.008 0.636 0.000
#> GSM152837 1 0.4560 -0.1395 0.508 0.000 0.008 0.484 0.000
#> GSM152838 4 0.1549 0.6357 0.016 0.000 0.040 0.944 0.000
#> GSM153178 3 0.6553 0.5608 0.292 0.000 0.472 0.236 0.000
#> GSM153179 4 0.4147 0.4249 0.316 0.000 0.008 0.676 0.000
#> GSM153180 4 0.0703 0.6417 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM153181 1 0.4425 0.3882 0.600 0.000 0.008 0.392 0.000
#> GSM153183 1 0.1041 0.6955 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM153184 4 0.4819 0.3785 0.092 0.000 0.192 0.716 0.000
#> GSM153185 4 0.3586 0.5032 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> GSM153186 1 0.1478 0.6924 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM153187 4 0.6815 -0.2741 0.312 0.000 0.328 0.360 0.000
#> GSM153188 1 0.4397 0.2061 0.564 0.000 0.432 0.004 0.000
#> GSM153189 4 0.6041 -0.3132 0.128 0.000 0.356 0.516 0.000
#> GSM153190 1 0.5114 -0.1967 0.488 0.000 0.036 0.476 0.000
#> GSM153191 4 0.3794 0.6131 0.152 0.000 0.048 0.800 0.000
#> GSM153192 4 0.4855 0.5005 0.112 0.000 0.168 0.720 0.000
#> GSM153193 4 0.0404 0.6360 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM153194 4 0.5059 0.5047 0.256 0.000 0.076 0.668 0.000
#> GSM153195 4 0.3728 0.5807 0.244 0.000 0.008 0.748 0.000
#> GSM153196 4 0.3112 0.6181 0.044 0.000 0.100 0.856 0.000
#> GSM153197 4 0.1124 0.6311 0.004 0.000 0.036 0.960 0.000
#> GSM153198 4 0.4707 0.5705 0.228 0.000 0.064 0.708 0.000
#> GSM153199 1 0.3983 0.3970 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM153201 1 0.4620 0.3757 0.652 0.000 0.028 0.320 0.000
#> GSM153202 1 0.3876 0.4947 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM153203 1 0.4630 0.3115 0.588 0.000 0.016 0.396 0.000
#> GSM153204 1 0.4058 0.5545 0.740 0.000 0.024 0.236 0.000
#> GSM153205 4 0.3177 0.6123 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> GSM153206 1 0.5232 0.4899 0.668 0.000 0.104 0.228 0.000
#> GSM153207 4 0.5210 0.4828 0.264 0.000 0.084 0.652 0.000
#> GSM153208 4 0.4390 0.0574 0.428 0.000 0.004 0.568 0.000
#> GSM153209 4 0.3366 0.5847 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> GSM153210 4 0.5142 0.4606 0.348 0.000 0.052 0.600 0.000
#> GSM153211 4 0.3953 0.6056 0.148 0.000 0.060 0.792 0.000
#> GSM153212 1 0.4727 0.0288 0.532 0.000 0.016 0.452 0.000
#> GSM153213 3 0.6182 0.6430 0.156 0.000 0.520 0.324 0.000
#> GSM153214 4 0.4357 0.5676 0.104 0.000 0.128 0.768 0.000
#> GSM153215 4 0.3863 0.6185 0.152 0.000 0.052 0.796 0.000
#> GSM153216 4 0.2291 0.6443 0.036 0.000 0.056 0.908 0.000
#> GSM153217 1 0.4238 0.4269 0.628 0.000 0.004 0.368 0.000
#> GSM153218 1 0.0451 0.6941 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM153219 4 0.0579 0.6385 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> GSM153220 1 0.5381 0.2423 0.516 0.000 0.056 0.428 0.000
#> GSM153221 1 0.4546 0.4784 0.668 0.000 0.028 0.304 0.000
#> GSM153222 1 0.4118 0.4679 0.660 0.000 0.004 0.336 0.000
#> GSM153223 4 0.1942 0.6561 0.068 0.000 0.012 0.920 0.000
#> GSM153224 1 0.2338 0.6715 0.884 0.000 0.004 0.112 0.000
#> GSM153225 4 0.4170 0.6063 0.140 0.000 0.080 0.780 0.000
#> GSM153226 4 0.2411 0.6505 0.108 0.000 0.008 0.884 0.000
#> GSM153227 1 0.3333 0.6112 0.788 0.000 0.004 0.208 0.000
#> GSM153228 4 0.0162 0.6353 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM153229 4 0.0324 0.6359 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM153230 4 0.3037 0.6347 0.100 0.000 0.040 0.860 0.000
#> GSM153231 4 0.0963 0.6453 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM153232 4 0.3890 0.5793 0.252 0.000 0.012 0.736 0.000
#> GSM153233 4 0.0162 0.6331 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM153234 4 0.4301 0.3604 0.028 0.000 0.260 0.712 0.000
#> GSM153235 3 0.5942 0.6322 0.116 0.000 0.524 0.360 0.000
#> GSM153236 3 0.4452 0.4356 0.004 0.000 0.500 0.496 0.000
#> GSM153237 4 0.3805 0.6186 0.184 0.000 0.032 0.784 0.000
#> GSM152992 3 0.6327 0.6363 0.200 0.000 0.520 0.280 0.000
#> GSM152993 4 0.3921 0.6013 0.128 0.000 0.072 0.800 0.000
#> GSM152994 4 0.4262 0.1249 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> GSM152995 4 0.5530 0.3418 0.368 0.000 0.076 0.556 0.000
#> GSM152996 1 0.3224 0.6533 0.824 0.000 0.016 0.160 0.000
#> GSM152997 4 0.6700 -0.4688 0.244 0.000 0.356 0.400 0.000
#> GSM152998 1 0.0162 0.6931 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152999 1 0.2732 0.6135 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> GSM153000 1 0.1478 0.6931 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM153001 4 0.5423 0.2874 0.112 0.000 0.244 0.644 0.000
#> GSM153002 3 0.5901 0.5896 0.104 0.000 0.496 0.400 0.000
#> GSM153003 1 0.4437 0.1348 0.532 0.000 0.464 0.004 0.000
#> GSM153004 5 0.3891 0.7418 0.076 0.020 0.076 0.000 0.828
#> GSM153005 4 0.4341 -0.0183 0.008 0.000 0.364 0.628 0.000
#> GSM153006 1 0.0162 0.6919 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.0290 0.6345 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM153008 1 0.1628 0.6898 0.936 0.000 0.008 0.056 0.000
#> GSM153009 1 0.4113 0.4944 0.740 0.000 0.028 0.232 0.000
#> GSM153010 1 0.4443 0.1153 0.524 0.000 0.472 0.004 0.000
#> GSM153011 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM153012 4 0.4757 0.3722 0.380 0.000 0.024 0.596 0.000
#> GSM153013 4 0.3764 0.6244 0.156 0.000 0.044 0.800 0.000
#> GSM153014 4 0.3932 0.6047 0.140 0.000 0.064 0.796 0.000
#> GSM153015 1 0.0162 0.6931 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM153016 1 0.0290 0.6941 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM153017 1 0.2377 0.6397 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0794 0.6961 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM153019 4 0.4873 0.5072 0.312 0.000 0.044 0.644 0.000
#> GSM153020 3 0.5913 0.6295 0.112 0.000 0.524 0.364 0.000
#> GSM153021 1 0.4437 0.1391 0.532 0.000 0.464 0.004 0.000
#> GSM153022 1 0.6653 -0.2674 0.432 0.000 0.328 0.240 0.000
#> GSM153023 1 0.4869 0.5284 0.712 0.000 0.192 0.096 0.000
#> GSM153024 3 0.6736 0.5301 0.296 0.000 0.512 0.172 0.020
#> GSM153025 4 0.1403 0.6428 0.024 0.000 0.024 0.952 0.000
#> GSM153026 4 0.4965 0.5082 0.304 0.000 0.052 0.644 0.000
#> GSM153027 4 0.6066 -0.4545 0.120 0.000 0.424 0.456 0.000
#> GSM153028 4 0.3410 0.6179 0.092 0.000 0.068 0.840 0.000
#> GSM153029 3 0.6196 0.4564 0.340 0.000 0.508 0.152 0.000
#> GSM153030 4 0.5029 0.2149 0.060 0.000 0.292 0.648 0.000
#> GSM153031 4 0.0880 0.6337 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM153032 3 0.5996 0.3727 0.368 0.000 0.512 0.120 0.000
#> GSM153033 1 0.6346 -0.2588 0.436 0.000 0.404 0.160 0.000
#> GSM153034 3 0.6090 0.4219 0.348 0.000 0.516 0.136 0.000
#> GSM153035 3 0.5913 0.6300 0.112 0.000 0.524 0.364 0.000
#> GSM153036 3 0.4552 0.4727 0.008 0.000 0.524 0.468 0.000
#> GSM153037 4 0.4933 0.4152 0.080 0.000 0.228 0.692 0.000
#> GSM153038 3 0.6554 0.4611 0.200 0.000 0.408 0.392 0.000
#> GSM153039 3 0.5786 0.6110 0.096 0.000 0.524 0.380 0.000
#> GSM153040 1 0.3508 0.5211 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> GSM153041 1 0.4367 0.2424 0.580 0.000 0.416 0.004 0.000
#> GSM153042 4 0.1914 0.6553 0.060 0.000 0.016 0.924 0.000
#> GSM153043 1 0.5096 0.0597 0.520 0.000 0.036 0.444 0.000
#> GSM153044 1 0.4028 0.5797 0.768 0.000 0.192 0.040 0.000
#> GSM153045 1 0.4310 0.2954 0.604 0.000 0.392 0.004 0.000
#> GSM153046 1 0.0290 0.6917 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM153047 1 0.4449 0.0878 0.512 0.000 0.484 0.004 0.000
#> GSM153048 3 0.6284 0.5055 0.320 0.000 0.508 0.172 0.000
#> GSM153049 1 0.5605 -0.1075 0.464 0.000 0.464 0.072 0.000
#> GSM153050 3 0.4552 0.4727 0.008 0.000 0.524 0.468 0.000
#> GSM153051 3 0.5371 0.5545 0.056 0.000 0.524 0.420 0.000
#> GSM153052 4 0.3837 0.5303 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> GSM153053 1 0.2074 0.6801 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> GSM187528 5 0.4021 0.7160 0.000 0.052 0.168 0.000 0.780
#> GSM187529 2 0.3534 0.5608 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM187530 2 0.5353 -0.0863 0.000 0.476 0.052 0.000 0.472
#> GSM187531 5 0.1205 0.9112 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> GSM152881 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152882 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.4300 0.6920 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM152884 3 0.5715 -0.7145 0.000 0.384 0.536 0.004 0.076
#> GSM152885 2 0.4300 0.6920 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0609 0.7361 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM152887 2 0.4300 0.6920 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0963 0.7363 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM152889 2 0.1478 0.7318 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM152890 2 0.1478 0.7318 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM152891 5 0.0404 0.9491 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM152892 2 0.1544 0.7296 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM152893 2 0.1410 0.7332 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM152894 2 0.1608 0.7271 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM152895 2 0.4300 0.6920 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.4300 0.6920 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.4300 0.6920 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> GSM152898 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152899 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152900 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152901 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152902 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152903 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152904 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152905 5 0.0000 0.9577 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.3907 0.25139 0.588 0.000 0.000 0.408 0.004 0.000
#> GSM152824 4 0.3136 0.58528 0.228 0.000 0.000 0.768 0.004 0.000
#> GSM152825 1 0.0146 0.74278 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.1411 0.72802 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000
#> GSM152828 1 0.0405 0.74194 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000 0.000
#> GSM152829 1 0.1219 0.73265 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152831 4 0.5374 0.59367 0.168 0.000 0.252 0.580 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.4414 0.45030 0.676 0.000 0.064 0.260 0.000 0.000
#> GSM152834 4 0.3489 0.52052 0.288 0.000 0.000 0.708 0.004 0.000
#> GSM152835 1 0.3890 0.28363 0.596 0.000 0.000 0.400 0.004 0.000
#> GSM152836 4 0.3243 0.58799 0.208 0.000 0.008 0.780 0.004 0.000
#> GSM152837 1 0.4899 0.10882 0.532 0.000 0.064 0.404 0.000 0.000
#> GSM152838 4 0.3348 0.65482 0.016 0.000 0.216 0.768 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.2907 0.71060 0.152 0.000 0.828 0.020 0.000 0.000
#> GSM153179 4 0.2734 0.64909 0.148 0.000 0.008 0.840 0.004 0.000
#> GSM153180 4 0.0870 0.69389 0.012 0.000 0.012 0.972 0.004 0.000
#> GSM153181 1 0.4204 0.15512 0.540 0.000 0.008 0.448 0.004 0.000
#> GSM153183 1 0.0858 0.74238 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.5637 0.24787 0.132 0.000 0.388 0.476 0.004 0.000
#> GSM153185 4 0.1471 0.67749 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> GSM153186 1 0.1267 0.73372 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM153187 3 0.5271 0.39310 0.132 0.000 0.576 0.292 0.000 0.000
#> GSM153188 3 0.3804 0.36695 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000
#> GSM153189 3 0.5375 0.24533 0.096 0.000 0.484 0.416 0.004 0.000
#> GSM153190 1 0.5694 0.07388 0.508 0.000 0.188 0.304 0.000 0.000
#> GSM153191 4 0.4393 0.62937 0.172 0.000 0.112 0.716 0.000 0.000
#> GSM153192 4 0.5377 0.49854 0.124 0.000 0.348 0.528 0.000 0.000
#> GSM153193 4 0.0291 0.68727 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM153194 4 0.4535 0.57084 0.152 0.000 0.144 0.704 0.000 0.000
#> GSM153195 4 0.4250 0.66579 0.176 0.000 0.084 0.736 0.004 0.000
#> GSM153196 4 0.4683 0.57582 0.064 0.000 0.320 0.616 0.000 0.000
#> GSM153197 4 0.3109 0.65053 0.004 0.000 0.224 0.772 0.000 0.000
#> GSM153198 4 0.5708 0.55554 0.216 0.000 0.264 0.520 0.000 0.000
#> GSM153199 1 0.3797 0.08163 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.4809 0.46613 0.664 0.000 0.128 0.208 0.000 0.000
#> GSM153202 1 0.3881 0.30612 0.600 0.000 0.000 0.396 0.004 0.000
#> GSM153203 1 0.4711 0.38483 0.608 0.000 0.064 0.328 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.4377 0.56122 0.720 0.000 0.120 0.160 0.000 0.000
#> GSM153205 4 0.3103 0.60234 0.208 0.000 0.008 0.784 0.000 0.000
#> GSM153206 1 0.5219 0.45347 0.604 0.000 0.244 0.152 0.000 0.000
#> GSM153207 4 0.6095 0.33651 0.308 0.000 0.304 0.388 0.000 0.000
#> GSM153208 4 0.2504 0.64075 0.136 0.000 0.004 0.856 0.004 0.000
#> GSM153209 4 0.2389 0.68324 0.128 0.000 0.008 0.864 0.000 0.000
#> GSM153210 4 0.5585 0.31917 0.364 0.000 0.148 0.488 0.000 0.000
#> GSM153211 4 0.5279 0.59584 0.160 0.000 0.244 0.596 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.5260 -0.00887 0.504 0.000 0.100 0.396 0.000 0.000
#> GSM153213 3 0.0458 0.71894 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM153214 4 0.5347 0.54492 0.136 0.000 0.304 0.560 0.000 0.000
#> GSM153215 4 0.5458 0.59371 0.196 0.000 0.232 0.572 0.000 0.000
#> GSM153216 4 0.3610 0.68118 0.028 0.000 0.200 0.768 0.004 0.000
#> GSM153217 1 0.3979 0.18515 0.540 0.000 0.004 0.456 0.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0405 0.74411 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> GSM153219 4 0.1074 0.69903 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000 0.000
#> GSM153220 4 0.4491 0.49681 0.240 0.000 0.068 0.688 0.004 0.000
#> GSM153221 1 0.4807 0.21052 0.556 0.000 0.048 0.392 0.004 0.000
#> GSM153222 4 0.3971 0.12714 0.448 0.000 0.004 0.548 0.000 0.000
#> GSM153223 4 0.2499 0.71036 0.048 0.000 0.072 0.880 0.000 0.000
#> GSM153224 1 0.2308 0.71789 0.892 0.000 0.040 0.068 0.000 0.000
#> GSM153225 4 0.5473 0.58124 0.192 0.000 0.240 0.568 0.000 0.000
#> GSM153226 4 0.3885 0.70571 0.100 0.000 0.116 0.780 0.004 0.000
#> GSM153227 1 0.3668 0.56731 0.744 0.000 0.028 0.228 0.000 0.000
#> GSM153228 4 0.0291 0.68752 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> GSM153229 4 0.1226 0.69953 0.004 0.000 0.040 0.952 0.004 0.000
#> GSM153230 4 0.4764 0.63260 0.108 0.000 0.232 0.660 0.000 0.000
#> GSM153231 4 0.0837 0.68971 0.020 0.000 0.004 0.972 0.004 0.000
#> GSM153232 4 0.3507 0.59342 0.232 0.000 0.012 0.752 0.004 0.000
#> GSM153233 4 0.0146 0.68666 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM153234 3 0.4269 -0.04679 0.020 0.000 0.568 0.412 0.000 0.000
#> GSM153235 3 0.0363 0.71622 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM153236 3 0.2219 0.66469 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM153237 4 0.5148 0.61080 0.180 0.000 0.196 0.624 0.000 0.000
#> GSM152992 3 0.0632 0.71977 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM152993 4 0.5315 0.55872 0.132 0.000 0.304 0.564 0.000 0.000
#> GSM152994 4 0.3109 0.59247 0.224 0.000 0.000 0.772 0.004 0.000
#> GSM152995 1 0.5945 -0.08333 0.420 0.000 0.220 0.360 0.000 0.000
#> GSM152996 1 0.2859 0.67436 0.828 0.000 0.016 0.156 0.000 0.000
#> GSM152997 3 0.5027 0.38600 0.304 0.000 0.596 0.100 0.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152999 1 0.2491 0.62008 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000
#> GSM153000 1 0.1267 0.73478 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> GSM153001 3 0.5525 -0.04555 0.116 0.000 0.484 0.396 0.004 0.000
#> GSM153002 3 0.1327 0.68494 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> GSM153003 3 0.3563 0.52351 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> GSM153004 2 0.3958 0.62936 0.028 0.740 0.220 0.000 0.000 0.012
#> GSM153005 3 0.3584 0.39450 0.004 0.000 0.688 0.308 0.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0260 0.74168 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.0146 0.68666 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM153008 1 0.1341 0.73906 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.3746 0.60748 0.780 0.000 0.140 0.080 0.000 0.000
#> GSM153010 3 0.3499 0.55064 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153012 4 0.5159 0.24333 0.380 0.000 0.092 0.528 0.000 0.000
#> GSM153013 4 0.5370 0.59313 0.192 0.000 0.220 0.588 0.000 0.000
#> GSM153014 4 0.5445 0.57989 0.168 0.000 0.268 0.564 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.74283 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153017 1 0.2219 0.65450 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0547 0.74390 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM153019 4 0.5697 0.50673 0.272 0.000 0.208 0.520 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.0146 0.71295 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153021 3 0.3330 0.58846 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.4186 0.46021 0.312 0.000 0.656 0.032 0.000 0.000
#> GSM153023 1 0.4467 0.38201 0.632 0.000 0.320 0.048 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.1556 0.72346 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> GSM153025 4 0.1498 0.69568 0.028 0.000 0.032 0.940 0.000 0.000
#> GSM153026 4 0.5955 0.44050 0.316 0.000 0.240 0.444 0.000 0.000
#> GSM153027 3 0.3563 0.47056 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> GSM153028 4 0.4757 0.60076 0.084 0.000 0.280 0.636 0.000 0.000
#> GSM153029 3 0.2003 0.71391 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> GSM153030 3 0.4524 0.03130 0.040 0.000 0.584 0.376 0.000 0.000
#> GSM153031 4 0.1700 0.69905 0.004 0.000 0.080 0.916 0.000 0.000
#> GSM153032 3 0.2048 0.72301 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.4292 0.37025 0.388 0.000 0.588 0.024 0.000 0.000
#> GSM153034 3 0.1957 0.71711 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0260 0.71609 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153036 3 0.0603 0.71409 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM153037 4 0.4855 0.24663 0.056 0.000 0.460 0.484 0.000 0.000
#> GSM153038 3 0.4209 0.58393 0.160 0.000 0.736 0.104 0.000 0.000
#> GSM153039 3 0.0508 0.71737 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000 0.000
#> GSM153040 1 0.3390 0.41722 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> GSM153041 3 0.3851 0.28208 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000
#> GSM153042 4 0.3229 0.69775 0.044 0.000 0.140 0.816 0.000 0.000
#> GSM153043 4 0.5873 0.28738 0.368 0.000 0.200 0.432 0.000 0.000
#> GSM153044 1 0.4131 0.27757 0.624 0.000 0.356 0.020 0.000 0.000
#> GSM153045 1 0.3867 -0.16242 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0632 0.74054 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM153047 3 0.2941 0.63713 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000
#> GSM153048 3 0.2048 0.72245 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.2854 0.66182 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.0865 0.70407 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM153051 3 0.0146 0.71295 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153052 4 0.2902 0.62033 0.196 0.000 0.000 0.800 0.004 0.000
#> GSM153053 1 0.2100 0.70586 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004 0.000
#> GSM187528 2 0.4149 0.64951 0.000 0.720 0.000 0.000 0.216 0.064
#> GSM187529 6 0.4014 0.63902 0.000 0.240 0.000 0.000 0.044 0.716
#> GSM187530 6 0.5175 0.51991 0.000 0.196 0.184 0.000 0.000 0.620
#> GSM187531 2 0.2416 0.76253 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 5 0.0146 0.99757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152884 5 0.0260 0.98542 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM152885 5 0.0146 0.99757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152886 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152887 5 0.0146 0.99757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152888 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152889 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152890 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0632 0.91479 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM152892 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152893 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152894 6 0.0000 0.90804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152895 5 0.0146 0.99757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152896 5 0.0146 0.99757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152897 5 0.0146 0.99757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152898 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.93281 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:pam 165 3.65e-31 2
#> SD:pam 123 1.09e-24 3
#> SD:pam 127 4.73e-22 4
#> SD:pam 112 4.39e-21 5
#> SD:pam 126 2.24e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.991 0.3028 0.696 0.696
#> 3 3 0.535 0.758 0.863 0.9854 0.653 0.508
#> 4 4 0.606 0.687 0.842 0.1804 0.737 0.425
#> 5 5 0.652 0.628 0.791 0.0637 0.897 0.683
#> 6 6 0.717 0.618 0.803 0.0571 0.903 0.659
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.9993 0.0762 0.484 0.516
#> GSM152829 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153004 1 0.9686 0.3166 0.604 0.396
#> GSM153005 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.0938 0.9832 0.988 0.012
#> GSM153025 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.7056 0.7529 0.808 0.192
#> GSM153048 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.9522 0.4132 0.372 0.628
#> GSM153052 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9954 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9712 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.5733 0.6965 0.676 0.000 0.324
#> GSM152823 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM152824 1 0.1163 0.7494 0.972 0.000 0.028
#> GSM152825 1 0.6244 0.4853 0.560 0.000 0.440
#> GSM152826 1 0.6225 0.5037 0.568 0.000 0.432
#> GSM152827 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM152828 3 0.8445 0.2334 0.424 0.088 0.488
#> GSM152829 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM152830 1 0.6192 0.5303 0.580 0.000 0.420
#> GSM152831 1 0.5905 0.6542 0.648 0.000 0.352
#> GSM152832 1 0.5810 0.6776 0.664 0.000 0.336
#> GSM152833 3 0.5760 0.4118 0.328 0.000 0.672
#> GSM152834 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM152835 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM152836 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM152837 1 0.3267 0.7897 0.884 0.000 0.116
#> GSM152838 1 0.3816 0.7849 0.852 0.000 0.148
#> GSM153178 3 0.1643 0.8356 0.044 0.000 0.956
#> GSM153179 1 0.1643 0.7756 0.956 0.000 0.044
#> GSM153180 1 0.4796 0.7754 0.780 0.000 0.220
#> GSM153181 1 0.5291 0.7496 0.732 0.000 0.268
#> GSM153183 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.4504 0.6462 0.804 0.000 0.196
#> GSM153185 1 0.2066 0.7803 0.940 0.000 0.060
#> GSM153186 1 0.5678 0.7075 0.684 0.000 0.316
#> GSM153187 3 0.1529 0.8362 0.040 0.000 0.960
#> GSM153188 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM153190 3 0.3038 0.8029 0.104 0.000 0.896
#> GSM153191 3 0.5926 0.4769 0.356 0.000 0.644
#> GSM153192 1 0.5560 0.7297 0.700 0.000 0.300
#> GSM153193 1 0.0237 0.7536 0.996 0.000 0.004
#> GSM153194 3 0.6274 0.0256 0.456 0.000 0.544
#> GSM153195 1 0.5529 0.7330 0.704 0.000 0.296
#> GSM153196 1 0.5465 0.7335 0.712 0.000 0.288
#> GSM153197 1 0.4931 0.7698 0.768 0.000 0.232
#> GSM153198 3 0.2066 0.8280 0.060 0.000 0.940
#> GSM153199 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 3 0.5363 0.5414 0.276 0.000 0.724
#> GSM153202 1 0.2356 0.7835 0.928 0.000 0.072
#> GSM153203 1 0.5988 0.6281 0.632 0.000 0.368
#> GSM153204 3 0.0747 0.8407 0.016 0.000 0.984
#> GSM153205 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM153206 3 0.1860 0.8330 0.052 0.000 0.948
#> GSM153207 3 0.4842 0.6716 0.224 0.000 0.776
#> GSM153208 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM153209 1 0.6008 0.6171 0.628 0.000 0.372
#> GSM153210 3 0.5926 0.3709 0.356 0.000 0.644
#> GSM153211 3 0.3619 0.7799 0.136 0.000 0.864
#> GSM153212 1 0.5760 0.6961 0.672 0.000 0.328
#> GSM153213 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153214 3 0.6095 0.2315 0.392 0.000 0.608
#> GSM153215 1 0.5560 0.7289 0.700 0.000 0.300
#> GSM153216 1 0.5497 0.7346 0.708 0.000 0.292
#> GSM153217 1 0.5291 0.7501 0.732 0.000 0.268
#> GSM153218 3 0.3038 0.7933 0.104 0.000 0.896
#> GSM153219 3 0.6045 0.3953 0.380 0.000 0.620
#> GSM153220 1 0.2537 0.7398 0.920 0.000 0.080
#> GSM153221 1 0.5254 0.7485 0.736 0.000 0.264
#> GSM153222 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM153223 1 0.1643 0.7755 0.956 0.000 0.044
#> GSM153224 3 0.4002 0.7474 0.160 0.000 0.840
#> GSM153225 1 0.5948 0.6425 0.640 0.000 0.360
#> GSM153226 1 0.0000 0.7533 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.4842 0.7736 0.776 0.000 0.224
#> GSM153228 1 0.1031 0.7664 0.976 0.000 0.024
#> GSM153229 1 0.4931 0.7705 0.768 0.000 0.232
#> GSM153230 1 0.5397 0.7430 0.720 0.000 0.280
#> GSM153231 1 0.0424 0.7536 0.992 0.000 0.008
#> GSM153232 1 0.3941 0.7894 0.844 0.000 0.156
#> GSM153233 1 0.1753 0.7769 0.952 0.000 0.048
#> GSM153234 1 0.5254 0.7551 0.736 0.000 0.264
#> GSM153235 3 0.2356 0.8225 0.072 0.000 0.928
#> GSM153236 1 0.5016 0.7171 0.760 0.000 0.240
#> GSM153237 1 0.4931 0.7705 0.768 0.000 0.232
#> GSM152992 3 0.1163 0.8409 0.028 0.000 0.972
#> GSM152993 3 0.6252 0.0559 0.444 0.000 0.556
#> GSM152994 1 0.5678 0.7148 0.684 0.000 0.316
#> GSM152995 3 0.3412 0.7741 0.124 0.000 0.876
#> GSM152996 3 0.4750 0.6770 0.216 0.000 0.784
#> GSM152997 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM152998 1 0.6305 0.2982 0.516 0.000 0.484
#> GSM152999 3 0.1411 0.8364 0.036 0.000 0.964
#> GSM153000 3 0.5363 0.6099 0.276 0.000 0.724
#> GSM153001 1 0.5760 0.6350 0.672 0.000 0.328
#> GSM153002 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153004 3 0.1163 0.8293 0.000 0.028 0.972
#> GSM153005 1 0.3619 0.7905 0.864 0.000 0.136
#> GSM153006 3 0.0237 0.8406 0.004 0.000 0.996
#> GSM153007 1 0.1860 0.7782 0.948 0.000 0.052
#> GSM153008 1 0.6299 0.3183 0.524 0.000 0.476
#> GSM153009 3 0.6111 0.1467 0.396 0.000 0.604
#> GSM153010 3 0.1031 0.8378 0.024 0.000 0.976
#> GSM153011 3 0.5016 0.6111 0.240 0.000 0.760
#> GSM153012 1 0.5465 0.7378 0.712 0.000 0.288
#> GSM153013 1 0.5431 0.7415 0.716 0.000 0.284
#> GSM153014 3 0.2959 0.8087 0.100 0.000 0.900
#> GSM153015 3 0.1529 0.8388 0.040 0.000 0.960
#> GSM153016 3 0.2261 0.8287 0.068 0.000 0.932
#> GSM153017 3 0.1289 0.8362 0.032 0.000 0.968
#> GSM153018 3 0.6215 0.1315 0.428 0.000 0.572
#> GSM153019 3 0.2796 0.8133 0.092 0.000 0.908
#> GSM153020 3 0.1289 0.8362 0.032 0.000 0.968
#> GSM153021 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 3 0.4399 0.7077 0.188 0.000 0.812
#> GSM153026 3 0.3816 0.7674 0.148 0.000 0.852
#> GSM153027 3 0.5058 0.6552 0.244 0.000 0.756
#> GSM153028 1 0.6204 0.5046 0.576 0.000 0.424
#> GSM153029 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153030 3 0.2066 0.8304 0.060 0.000 0.940
#> GSM153031 1 0.4555 0.7832 0.800 0.000 0.200
#> GSM153032 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153033 3 0.0747 0.8402 0.016 0.000 0.984
#> GSM153034 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 3 0.1753 0.8306 0.048 0.000 0.952
#> GSM153037 3 0.4654 0.6937 0.208 0.000 0.792
#> GSM153038 3 0.2796 0.8014 0.092 0.000 0.908
#> GSM153039 3 0.0237 0.8404 0.004 0.000 0.996
#> GSM153040 3 0.1289 0.8362 0.032 0.000 0.968
#> GSM153041 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.3879 0.7897 0.848 0.000 0.152
#> GSM153043 3 0.0424 0.8407 0.008 0.000 0.992
#> GSM153044 3 0.1643 0.8357 0.044 0.000 0.956
#> GSM153045 3 0.1643 0.8354 0.044 0.000 0.956
#> GSM153046 3 0.6305 -0.2150 0.484 0.000 0.516
#> GSM153047 3 0.1751 0.8344 0.028 0.012 0.960
#> GSM153048 3 0.1411 0.8364 0.036 0.000 0.964
#> GSM153049 3 0.1289 0.8362 0.032 0.000 0.968
#> GSM153050 3 0.6204 -0.0142 0.424 0.000 0.576
#> GSM153051 3 0.3769 0.7636 0.016 0.104 0.880
#> GSM153052 1 0.2165 0.7815 0.936 0.000 0.064
#> GSM153053 1 0.3340 0.7897 0.880 0.000 0.120
#> GSM187528 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.1860 0.9426 0.000 0.948 0.052
#> GSM152881 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9980 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.4898 -0.1687 0.584 0.000 0.000 0.416
#> GSM152823 4 0.0937 0.7865 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM152824 4 0.2542 0.7335 0.084 0.000 0.012 0.904
#> GSM152825 1 0.1940 0.7161 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM152826 1 0.2081 0.7078 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM152827 4 0.0469 0.7801 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM152828 4 0.6511 0.3928 0.188 0.000 0.172 0.640
#> GSM152829 4 0.0469 0.7801 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM152830 1 0.1474 0.7364 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM152831 1 0.2408 0.6846 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM152832 1 0.1474 0.7363 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM152833 1 0.1305 0.7658 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM152834 4 0.1302 0.7992 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM152835 4 0.0469 0.7801 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM152836 4 0.0469 0.7801 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM152837 4 0.4500 0.7172 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM152838 4 0.4679 0.6877 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM153178 1 0.4843 0.2868 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM153179 4 0.2921 0.8018 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM153180 4 0.4817 0.6446 0.388 0.000 0.000 0.612
#> GSM153181 1 0.0817 0.7498 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM153183 3 0.0921 0.7852 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM153184 1 0.5636 0.3596 0.552 0.000 0.024 0.424
#> GSM153185 4 0.2814 0.8018 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM153186 1 0.1109 0.7649 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM153187 1 0.3837 0.6247 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM153188 3 0.1302 0.7909 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM153189 4 0.1109 0.7939 0.028 0.000 0.004 0.968
#> GSM153190 1 0.1557 0.7607 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM153191 1 0.7536 0.2398 0.492 0.000 0.264 0.244
#> GSM153192 1 0.1109 0.7649 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM153193 4 0.0672 0.7857 0.008 0.000 0.008 0.984
#> GSM153194 1 0.4844 0.6881 0.784 0.000 0.108 0.108
#> GSM153195 1 0.2300 0.7610 0.924 0.000 0.028 0.048
#> GSM153196 1 0.0817 0.7491 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM153197 4 0.4985 0.4896 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM153198 1 0.2921 0.7124 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM153199 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153200 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153201 1 0.1545 0.7661 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM153202 4 0.3356 0.7923 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM153203 1 0.4661 0.1029 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM153204 3 0.3024 0.7298 0.148 0.000 0.852 0.000
#> GSM153205 4 0.1059 0.7879 0.016 0.000 0.012 0.972
#> GSM153206 1 0.4941 0.1728 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM153207 1 0.1716 0.7610 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM153208 4 0.0469 0.7801 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM153209 1 0.1209 0.7652 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM153210 1 0.1792 0.7598 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM153211 1 0.1940 0.7565 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM153212 1 0.1022 0.7647 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM153213 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153214 1 0.2647 0.7292 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM153215 1 0.1510 0.7664 0.956 0.000 0.028 0.016
#> GSM153216 1 0.0707 0.7642 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM153217 1 0.4888 0.6364 0.740 0.000 0.036 0.224
#> GSM153218 3 0.4304 0.5675 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM153219 1 0.6139 0.5521 0.656 0.000 0.100 0.244
#> GSM153220 1 0.5406 0.2564 0.508 0.000 0.012 0.480
#> GSM153221 1 0.4900 0.6289 0.732 0.000 0.032 0.236
#> GSM153222 4 0.0804 0.7845 0.008 0.000 0.012 0.980
#> GSM153223 4 0.3266 0.7954 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM153224 1 0.1716 0.7593 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM153225 1 0.3858 0.7222 0.844 0.000 0.100 0.056
#> GSM153226 4 0.1716 0.8009 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM153227 1 0.4941 -0.2209 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM153228 4 0.2973 0.8009 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM153229 4 0.4898 0.6016 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM153230 1 0.4941 -0.2349 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM153231 4 0.1151 0.7926 0.024 0.000 0.008 0.968
#> GSM153232 4 0.4804 0.6521 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM153233 4 0.3356 0.7918 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM153234 1 0.4977 -0.3163 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM153235 1 0.4428 0.5229 0.720 0.000 0.276 0.004
#> GSM153236 4 0.5244 0.6377 0.388 0.000 0.012 0.600
#> GSM153237 4 0.4898 0.6016 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM152992 1 0.4948 0.1522 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM152993 1 0.1489 0.7644 0.952 0.000 0.044 0.004
#> GSM152994 1 0.1211 0.7659 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM152995 3 0.3688 0.6911 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM152996 1 0.6286 0.5198 0.660 0.000 0.200 0.140
#> GSM152997 3 0.3873 0.6738 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM152998 1 0.2466 0.7470 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM152999 1 0.4981 0.0333 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM153000 3 0.6952 0.3277 0.364 0.000 0.516 0.120
#> GSM153001 1 0.4775 0.6883 0.784 0.000 0.076 0.140
#> GSM153002 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153003 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153004 3 0.1936 0.7723 0.028 0.032 0.940 0.000
#> GSM153005 4 0.4776 0.6601 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM153006 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153007 4 0.2973 0.8011 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM153008 1 0.1118 0.7646 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM153009 1 0.0524 0.7584 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM153010 3 0.4564 0.5007 0.328 0.000 0.672 0.000
#> GSM153011 1 0.1724 0.7523 0.948 0.000 0.020 0.032
#> GSM153012 1 0.1488 0.7611 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM153013 1 0.0672 0.7595 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM153014 3 0.4998 0.0526 0.488 0.000 0.512 0.000
#> GSM153015 1 0.3528 0.6719 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM153016 1 0.1867 0.7563 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM153017 3 0.4981 0.1886 0.464 0.000 0.536 0.000
#> GSM153018 1 0.2179 0.7623 0.924 0.000 0.064 0.012
#> GSM153019 1 0.1867 0.7575 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM153020 3 0.4933 0.2966 0.432 0.000 0.568 0.000
#> GSM153021 3 0.1118 0.7900 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM153022 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153023 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153024 3 0.1118 0.7900 0.036 0.000 0.964 0.000
#> GSM153025 1 0.5657 0.4478 0.644 0.000 0.312 0.044
#> GSM153026 1 0.1867 0.7596 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM153027 3 0.5923 0.6136 0.176 0.000 0.696 0.128
#> GSM153028 1 0.1211 0.7641 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM153029 3 0.4008 0.6496 0.244 0.000 0.756 0.000
#> GSM153030 1 0.3311 0.6855 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM153031 1 0.4933 0.0746 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM153032 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153033 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153034 3 0.1302 0.7898 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM153035 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153036 1 0.4605 0.4172 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM153037 1 0.4277 0.5450 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM153038 3 0.3688 0.6856 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM153039 3 0.4967 0.2430 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM153040 1 0.4898 0.2175 0.584 0.000 0.416 0.000
#> GSM153041 3 0.1211 0.7917 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM153042 4 0.4804 0.6530 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM153043 1 0.4585 0.4285 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM153044 1 0.4406 0.5150 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM153045 1 0.4585 0.4419 0.668 0.000 0.332 0.000
#> GSM153046 1 0.2197 0.7631 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM153047 3 0.4679 0.4678 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM153048 3 0.4996 0.1400 0.484 0.000 0.516 0.000
#> GSM153049 3 0.4907 0.3338 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM153050 1 0.3611 0.7192 0.860 0.000 0.080 0.060
#> GSM153051 3 0.5755 0.4760 0.332 0.044 0.624 0.000
#> GSM153052 4 0.4477 0.7174 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM153053 4 0.4679 0.6881 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM187528 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.1211 0.9633 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0592 0.9850 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9982 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.6504 -0.1939 0.448 0.000 0.000 0.356 0.196
#> GSM152823 4 0.2329 0.6900 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM152824 4 0.5443 0.1872 0.060 0.000 0.000 0.504 0.436
#> GSM152825 1 0.4767 0.4639 0.720 0.000 0.000 0.088 0.192
#> GSM152826 1 0.4863 0.4486 0.708 0.000 0.000 0.088 0.204
#> GSM152827 4 0.2929 0.6619 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM152828 5 0.6159 0.3348 0.088 0.008 0.032 0.236 0.636
#> GSM152829 4 0.3143 0.6451 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> GSM152830 1 0.4417 0.5023 0.760 0.000 0.000 0.092 0.148
#> GSM152831 1 0.5091 0.4210 0.692 0.000 0.000 0.112 0.196
#> GSM152832 1 0.3593 0.5741 0.828 0.000 0.000 0.088 0.084
#> GSM152833 1 0.0693 0.6677 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> GSM152834 4 0.1043 0.7151 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM152835 4 0.3684 0.5819 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM152836 4 0.3366 0.6251 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> GSM152837 4 0.3922 0.6680 0.180 0.000 0.000 0.780 0.040
#> GSM152838 4 0.5341 0.6131 0.212 0.000 0.000 0.664 0.124
#> GSM153178 1 0.4254 0.5455 0.740 0.000 0.220 0.000 0.040
#> GSM153179 4 0.0609 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153180 4 0.4998 0.6366 0.196 0.000 0.000 0.700 0.104
#> GSM153181 1 0.2152 0.6510 0.920 0.000 0.004 0.044 0.032
#> GSM153183 3 0.1121 0.8108 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM153184 1 0.6728 -0.2200 0.488 0.000 0.008 0.240 0.264
#> GSM153185 4 0.0703 0.7201 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153186 1 0.1560 0.6595 0.948 0.000 0.004 0.020 0.028
#> GSM153187 1 0.2648 0.6097 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM153188 3 0.1121 0.8131 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.2536 0.6894 0.004 0.000 0.000 0.868 0.128
#> GSM153190 1 0.0451 0.6697 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM153191 5 0.6710 0.7208 0.248 0.000 0.156 0.036 0.560
#> GSM153192 1 0.3056 0.6320 0.876 0.000 0.012 0.056 0.056
#> GSM153193 4 0.2516 0.6832 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM153194 1 0.5949 -0.2567 0.540 0.000 0.036 0.044 0.380
#> GSM153195 1 0.4597 0.5255 0.772 0.000 0.016 0.092 0.120
#> GSM153196 1 0.1750 0.6533 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> GSM153197 4 0.6326 0.4620 0.300 0.000 0.000 0.512 0.188
#> GSM153198 1 0.1571 0.6634 0.936 0.000 0.060 0.000 0.004
#> GSM153199 3 0.0162 0.8229 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.0963 0.8173 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0451 0.6688 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153202 4 0.0609 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153203 1 0.6225 0.1250 0.544 0.000 0.000 0.256 0.200
#> GSM153204 3 0.2516 0.7315 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> GSM153205 4 0.2690 0.6751 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM153206 1 0.4590 0.1094 0.568 0.000 0.420 0.000 0.012
#> GSM153207 1 0.1074 0.6685 0.968 0.000 0.012 0.016 0.004
#> GSM153208 4 0.3336 0.6290 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM153209 1 0.2701 0.6460 0.896 0.000 0.012 0.048 0.044
#> GSM153210 1 0.2998 0.6372 0.884 0.000 0.028 0.036 0.052
#> GSM153211 1 0.0771 0.6695 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM153212 1 0.2395 0.6528 0.912 0.000 0.016 0.048 0.024
#> GSM153213 3 0.0162 0.8229 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153214 1 0.4504 0.5159 0.780 0.000 0.048 0.032 0.140
#> GSM153215 1 0.3561 0.6043 0.844 0.000 0.012 0.060 0.084
#> GSM153216 1 0.2086 0.6566 0.924 0.000 0.008 0.048 0.020
#> GSM153217 1 0.6285 -0.3916 0.496 0.000 0.016 0.100 0.388
#> GSM153218 3 0.5638 0.4238 0.144 0.000 0.668 0.012 0.176
#> GSM153219 5 0.6007 0.6959 0.352 0.000 0.048 0.040 0.560
#> GSM153220 5 0.5572 0.6613 0.248 0.000 0.000 0.124 0.628
#> GSM153221 5 0.6621 0.5309 0.428 0.000 0.028 0.108 0.436
#> GSM153222 4 0.2773 0.6706 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM153223 4 0.0609 0.7200 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153224 1 0.0290 0.6702 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM153225 1 0.5787 0.0374 0.608 0.000 0.040 0.044 0.308
#> GSM153226 4 0.0963 0.7176 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM153227 4 0.5942 0.4009 0.360 0.000 0.000 0.524 0.116
#> GSM153228 4 0.0404 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153229 4 0.6023 0.5461 0.248 0.000 0.000 0.576 0.176
#> GSM153230 1 0.6551 -0.2716 0.416 0.000 0.000 0.384 0.200
#> GSM153231 4 0.1197 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM153232 4 0.4587 0.6464 0.204 0.000 0.000 0.728 0.068
#> GSM153233 4 0.1668 0.7179 0.028 0.000 0.000 0.940 0.032
#> GSM153234 4 0.6548 0.3174 0.380 0.000 0.000 0.420 0.200
#> GSM153235 1 0.5496 0.5045 0.668 0.000 0.160 0.004 0.168
#> GSM153236 4 0.6541 0.5139 0.276 0.000 0.012 0.532 0.180
#> GSM153237 4 0.5887 0.5558 0.252 0.000 0.000 0.592 0.156
#> GSM152992 1 0.4313 0.5350 0.732 0.000 0.228 0.000 0.040
#> GSM152993 1 0.1836 0.6613 0.936 0.000 0.016 0.040 0.008
#> GSM152994 1 0.4160 0.5554 0.804 0.000 0.020 0.056 0.120
#> GSM152995 3 0.6292 -0.0476 0.112 0.000 0.500 0.012 0.376
#> GSM152996 5 0.6424 0.7129 0.328 0.000 0.104 0.028 0.540
#> GSM152997 3 0.3700 0.4830 0.240 0.000 0.752 0.000 0.008
#> GSM152998 1 0.4142 0.5660 0.812 0.000 0.044 0.036 0.108
#> GSM152999 1 0.4394 0.5333 0.732 0.000 0.220 0.000 0.048
#> GSM153000 5 0.6517 0.6433 0.220 0.000 0.220 0.012 0.548
#> GSM153001 1 0.4986 0.4781 0.736 0.000 0.020 0.080 0.164
#> GSM153002 3 0.0771 0.8216 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM153003 3 0.0451 0.8198 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> GSM153004 3 0.1082 0.7981 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> GSM153005 4 0.5918 0.5590 0.240 0.000 0.000 0.592 0.168
#> GSM153006 3 0.0404 0.8235 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.0510 0.7197 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM153008 1 0.1200 0.6672 0.964 0.000 0.008 0.016 0.012
#> GSM153009 1 0.1251 0.6669 0.956 0.000 0.008 0.000 0.036
#> GSM153010 1 0.5389 0.2182 0.508 0.000 0.436 0.000 0.056
#> GSM153011 1 0.2932 0.6243 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> GSM153012 1 0.3674 0.6068 0.840 0.000 0.016 0.076 0.068
#> GSM153013 1 0.2069 0.6568 0.924 0.000 0.012 0.052 0.012
#> GSM153014 3 0.4604 0.0957 0.428 0.000 0.560 0.000 0.012
#> GSM153015 1 0.1544 0.6604 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0290 0.6693 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM153017 1 0.4866 0.4620 0.664 0.000 0.284 0.000 0.052
#> GSM153018 1 0.3941 0.5860 0.824 0.000 0.036 0.036 0.104
#> GSM153019 1 0.0451 0.6698 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM153020 1 0.5008 0.4415 0.644 0.000 0.300 0.000 0.056
#> GSM153021 3 0.0510 0.8200 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.0162 0.8229 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0162 0.8229 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0451 0.8175 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM153025 5 0.7337 0.5996 0.360 0.000 0.208 0.036 0.396
#> GSM153026 1 0.0566 0.6699 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM153027 3 0.6240 -0.1939 0.100 0.000 0.444 0.012 0.444
#> GSM153028 1 0.0981 0.6692 0.972 0.000 0.012 0.008 0.008
#> GSM153029 3 0.4565 0.1471 0.408 0.000 0.580 0.000 0.012
#> GSM153030 1 0.2685 0.6389 0.880 0.000 0.092 0.000 0.028
#> GSM153031 4 0.5408 0.1139 0.356 0.000 0.012 0.588 0.044
#> GSM153032 3 0.0162 0.8229 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.1124 0.8007 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> GSM153034 3 0.1671 0.7862 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0162 0.8229 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153036 1 0.4924 0.4156 0.668 0.000 0.272 0.000 0.060
#> GSM153037 1 0.6654 -0.0719 0.564 0.000 0.216 0.028 0.192
#> GSM153038 3 0.4117 0.6268 0.116 0.000 0.788 0.000 0.096
#> GSM153039 1 0.5113 0.3208 0.576 0.000 0.380 0.000 0.044
#> GSM153040 1 0.4719 0.5014 0.696 0.000 0.248 0.000 0.056
#> GSM153041 3 0.1121 0.8099 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> GSM153042 4 0.4527 0.6477 0.204 0.000 0.000 0.732 0.064
#> GSM153043 1 0.3689 0.5162 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> GSM153044 1 0.3622 0.6011 0.816 0.000 0.136 0.000 0.048
#> GSM153045 1 0.4337 0.5503 0.744 0.000 0.204 0.000 0.052
#> GSM153046 1 0.1739 0.6725 0.940 0.000 0.024 0.032 0.004
#> GSM153047 1 0.5432 0.2788 0.544 0.000 0.392 0.000 0.064
#> GSM153048 1 0.4597 0.4948 0.696 0.000 0.260 0.000 0.044
#> GSM153049 1 0.5097 0.4087 0.624 0.000 0.320 0.000 0.056
#> GSM153050 1 0.4995 0.5198 0.728 0.000 0.048 0.032 0.192
#> GSM153051 1 0.5756 0.2903 0.548 0.012 0.376 0.000 0.064
#> GSM153052 4 0.3841 0.6659 0.188 0.000 0.000 0.780 0.032
#> GSM153053 4 0.4096 0.6575 0.200 0.000 0.000 0.760 0.040
#> GSM187528 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0162 0.9941 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM187531 2 0.1934 0.9315 0.008 0.932 0.020 0.000 0.040
#> GSM152881 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0404 0.9890 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152883 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0404 0.9890 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152885 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0290 0.9914 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152902 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9966 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 6 0.2738 0.5260 0.176 0.000 0.000 0.004 0.000 0.820
#> GSM152823 4 0.2389 0.6602 0.000 0.000 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM152824 4 0.3990 0.2898 0.004 0.000 0.000 0.676 0.304 0.016
#> GSM152825 6 0.4152 0.1122 0.440 0.000 0.000 0.012 0.000 0.548
#> GSM152826 6 0.4136 0.1498 0.428 0.000 0.000 0.012 0.000 0.560
#> GSM152827 4 0.1625 0.6596 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> GSM152828 5 0.3993 0.0430 0.000 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004
#> GSM152829 4 0.1625 0.6596 0.000 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> GSM152830 1 0.4183 0.0642 0.508 0.000 0.000 0.012 0.000 0.480
#> GSM152831 6 0.4109 0.1849 0.412 0.000 0.000 0.012 0.000 0.576
#> GSM152832 1 0.3728 0.4426 0.652 0.000 0.000 0.004 0.000 0.344
#> GSM152833 1 0.1349 0.7174 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> GSM152834 4 0.4057 0.5488 0.000 0.000 0.000 0.556 0.008 0.436
#> GSM152835 4 0.1644 0.6361 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028 0.040
#> GSM152836 4 0.1500 0.6545 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM152837 6 0.4203 -0.1260 0.008 0.000 0.000 0.388 0.008 0.596
#> GSM152838 6 0.1462 0.5164 0.008 0.000 0.000 0.056 0.000 0.936
#> GSM153178 1 0.3207 0.6946 0.856 0.000 0.076 0.020 0.040 0.008
#> GSM153179 4 0.3986 0.5272 0.000 0.000 0.000 0.532 0.004 0.464
#> GSM153180 6 0.3230 0.3598 0.008 0.000 0.000 0.192 0.008 0.792
#> GSM153181 1 0.2902 0.6488 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004 0.196
#> GSM153183 3 0.1957 0.8211 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> GSM153184 5 0.6841 0.3153 0.344 0.000 0.000 0.140 0.424 0.092
#> GSM153185 4 0.4097 0.4580 0.000 0.000 0.000 0.500 0.008 0.492
#> GSM153186 1 0.2709 0.6788 0.848 0.000 0.000 0.000 0.020 0.132
#> GSM153187 1 0.0858 0.7237 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> GSM153188 3 0.2092 0.8090 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.4118 0.5915 0.000 0.000 0.000 0.628 0.020 0.352
#> GSM153190 1 0.0622 0.7218 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM153191 5 0.1959 0.6684 0.032 0.000 0.024 0.020 0.924 0.000
#> GSM153192 1 0.4577 0.4408 0.656 0.000 0.000 0.000 0.272 0.072
#> GSM153193 4 0.1701 0.6632 0.000 0.000 0.000 0.920 0.008 0.072
#> GSM153194 5 0.3988 0.5097 0.324 0.000 0.000 0.004 0.660 0.012
#> GSM153195 1 0.4921 0.0560 0.516 0.000 0.000 0.000 0.420 0.064
#> GSM153196 1 0.3046 0.6531 0.800 0.000 0.000 0.000 0.012 0.188
#> GSM153197 6 0.0820 0.5392 0.012 0.000 0.000 0.016 0.000 0.972
#> GSM153198 1 0.0862 0.7228 0.972 0.000 0.016 0.000 0.004 0.008
#> GSM153199 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.1908 0.8307 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004 0.000
#> GSM153201 1 0.1268 0.7230 0.952 0.000 0.000 0.004 0.008 0.036
#> GSM153202 4 0.4089 0.5175 0.000 0.000 0.000 0.524 0.008 0.468
#> GSM153203 6 0.3464 0.4338 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> GSM153204 3 0.3244 0.6483 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000 0.000
#> GSM153205 4 0.1908 0.6640 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM153206 1 0.4573 0.4779 0.688 0.000 0.208 0.000 0.104 0.000
#> GSM153207 1 0.1387 0.7075 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM153208 4 0.1500 0.6545 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012 0.052
#> GSM153209 1 0.4008 0.5725 0.740 0.000 0.000 0.000 0.196 0.064
#> GSM153210 1 0.4028 0.4296 0.668 0.000 0.000 0.000 0.308 0.024
#> GSM153211 1 0.0935 0.7184 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> GSM153212 1 0.4223 0.5219 0.704 0.000 0.000 0.000 0.236 0.060
#> GSM153213 3 0.0291 0.8650 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> GSM153214 1 0.4336 0.1955 0.572 0.000 0.008 0.000 0.408 0.012
#> GSM153215 1 0.4727 0.2439 0.576 0.000 0.000 0.000 0.368 0.056
#> GSM153216 1 0.3522 0.6454 0.784 0.000 0.000 0.000 0.044 0.172
#> GSM153217 5 0.3972 0.5148 0.320 0.000 0.000 0.004 0.664 0.012
#> GSM153218 3 0.5045 0.1750 0.084 0.000 0.552 0.000 0.364 0.000
#> GSM153219 5 0.1657 0.6856 0.056 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000
#> GSM153220 5 0.3884 0.4839 0.036 0.000 0.000 0.240 0.724 0.000
#> GSM153221 5 0.3440 0.6564 0.196 0.000 0.000 0.000 0.776 0.028
#> GSM153222 4 0.1745 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.920 0.012 0.068
#> GSM153223 4 0.4086 0.5247 0.000 0.000 0.000 0.528 0.008 0.464
#> GSM153224 1 0.0508 0.7221 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM153225 5 0.3961 0.2209 0.440 0.000 0.000 0.000 0.556 0.004
#> GSM153226 4 0.4057 0.5540 0.000 0.000 0.000 0.556 0.008 0.436
#> GSM153227 6 0.3994 0.4496 0.140 0.000 0.000 0.080 0.008 0.772
#> GSM153228 4 0.4086 0.5247 0.000 0.000 0.000 0.528 0.008 0.464
#> GSM153229 6 0.0717 0.5369 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976
#> GSM153230 6 0.2362 0.5420 0.136 0.000 0.000 0.004 0.000 0.860
#> GSM153231 4 0.4025 0.5651 0.000 0.000 0.000 0.576 0.008 0.416
#> GSM153232 6 0.3827 0.1366 0.008 0.000 0.000 0.308 0.004 0.680
#> GSM153233 6 0.4300 -0.3201 0.008 0.000 0.000 0.444 0.008 0.540
#> GSM153234 6 0.1753 0.5503 0.084 0.000 0.000 0.004 0.000 0.912
#> GSM153235 1 0.5650 0.4433 0.632 0.000 0.044 0.028 0.044 0.252
#> GSM153236 6 0.2703 0.5449 0.116 0.000 0.000 0.016 0.008 0.860
#> GSM153237 6 0.0806 0.5358 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972
#> GSM152992 1 0.2430 0.7082 0.900 0.000 0.048 0.012 0.036 0.004
#> GSM152993 1 0.4091 0.5661 0.732 0.000 0.000 0.000 0.200 0.068
#> GSM152994 1 0.4739 0.0393 0.516 0.000 0.000 0.000 0.436 0.048
#> GSM152995 5 0.3979 0.5074 0.032 0.000 0.244 0.004 0.720 0.000
#> GSM152996 5 0.1594 0.6841 0.052 0.000 0.000 0.016 0.932 0.000
#> GSM152997 3 0.4463 0.2516 0.376 0.000 0.588 0.000 0.036 0.000
#> GSM152998 1 0.4123 0.1780 0.568 0.000 0.000 0.000 0.420 0.012
#> GSM152999 1 0.3379 0.6908 0.848 0.000 0.072 0.028 0.044 0.008
#> GSM153000 5 0.1861 0.6740 0.036 0.000 0.020 0.016 0.928 0.000
#> GSM153001 1 0.4169 0.0788 0.532 0.000 0.000 0.000 0.456 0.012
#> GSM153002 3 0.1549 0.8502 0.020 0.000 0.936 0.000 0.044 0.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153004 3 0.0146 0.8624 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153005 6 0.0951 0.5351 0.008 0.000 0.000 0.020 0.004 0.968
#> GSM153006 3 0.1082 0.8490 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000
#> GSM153007 4 0.4086 0.5247 0.000 0.000 0.000 0.528 0.008 0.464
#> GSM153008 1 0.2554 0.6977 0.876 0.000 0.000 0.000 0.048 0.076
#> GSM153009 1 0.1605 0.7216 0.940 0.000 0.000 0.012 0.016 0.032
#> GSM153010 1 0.4431 0.6186 0.740 0.000 0.184 0.028 0.044 0.004
#> GSM153011 1 0.3749 0.6245 0.776 0.000 0.000 0.016 0.028 0.180
#> GSM153012 1 0.5240 0.1898 0.544 0.000 0.000 0.000 0.348 0.108
#> GSM153013 1 0.4536 0.5340 0.700 0.000 0.000 0.000 0.180 0.120
#> GSM153014 1 0.5187 -0.0799 0.472 0.000 0.440 0.000 0.088 0.000
#> GSM153015 1 0.0653 0.7222 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> GSM153016 1 0.0891 0.7226 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> GSM153017 1 0.3658 0.6779 0.824 0.000 0.100 0.024 0.044 0.008
#> GSM153018 1 0.4246 0.0652 0.532 0.000 0.000 0.000 0.452 0.016
#> GSM153019 1 0.0993 0.7218 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM153020 1 0.3624 0.6765 0.824 0.000 0.100 0.028 0.044 0.004
#> GSM153021 3 0.0937 0.8583 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153025 5 0.4358 0.6598 0.184 0.000 0.100 0.000 0.716 0.000
#> GSM153026 1 0.0993 0.7218 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> GSM153027 5 0.3831 0.5176 0.012 0.000 0.224 0.020 0.744 0.000
#> GSM153028 1 0.2630 0.6966 0.872 0.000 0.000 0.000 0.064 0.064
#> GSM153029 1 0.4078 0.5214 0.676 0.000 0.300 0.008 0.016 0.000
#> GSM153030 1 0.1511 0.7181 0.940 0.000 0.012 0.000 0.044 0.004
#> GSM153031 6 0.7385 0.0493 0.240 0.000 0.000 0.204 0.156 0.400
#> GSM153032 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.1007 0.8419 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM153034 3 0.2260 0.7811 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.8650 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153036 1 0.4272 0.4712 0.668 0.000 0.044 0.000 0.288 0.000
#> GSM153037 5 0.5771 0.3439 0.372 0.000 0.140 0.000 0.480 0.008
#> GSM153038 3 0.4389 0.4376 0.052 0.000 0.660 0.000 0.288 0.000
#> GSM153039 1 0.4289 0.6407 0.756 0.000 0.168 0.024 0.048 0.004
#> GSM153040 1 0.3379 0.6925 0.848 0.000 0.072 0.028 0.044 0.008
#> GSM153041 3 0.1663 0.8378 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> GSM153042 6 0.3967 0.1142 0.008 0.000 0.000 0.316 0.008 0.668
#> GSM153043 1 0.1265 0.7228 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000
#> GSM153044 1 0.2351 0.7107 0.908 0.000 0.028 0.016 0.040 0.008
#> GSM153045 1 0.2749 0.7040 0.884 0.000 0.048 0.020 0.044 0.004
#> GSM153046 1 0.1701 0.7098 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008
#> GSM153047 1 0.4011 0.6538 0.788 0.000 0.136 0.028 0.044 0.004
#> GSM153048 1 0.3301 0.6923 0.852 0.000 0.072 0.024 0.044 0.008
#> GSM153049 1 0.3717 0.6707 0.816 0.000 0.108 0.028 0.044 0.004
#> GSM153050 1 0.5147 0.1853 0.556 0.000 0.008 0.028 0.024 0.384
#> GSM153051 1 0.4371 0.6565 0.784 0.020 0.120 0.028 0.044 0.004
#> GSM153052 6 0.3934 -0.0722 0.008 0.000 0.000 0.376 0.000 0.616
#> GSM153053 6 0.3911 -0.0401 0.008 0.000 0.000 0.368 0.000 0.624
#> GSM187528 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.1148 0.9599 0.004 0.960 0.000 0.016 0.020 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0291 0.9920 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0260 0.9920 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9981 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:mclust 164 9.07e-30 2
#> SD:mclust 152 1.43e-35 3
#> SD:mclust 138 1.87e-26 4
#> SD:mclust 133 1.29e-23 5
#> SD:mclust 127 1.90e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.865 0.925 0.968 0.4386 0.560 0.560
#> 3 3 0.390 0.381 0.680 0.4406 0.670 0.464
#> 4 4 0.552 0.614 0.792 0.1651 0.754 0.423
#> 5 5 0.567 0.557 0.745 0.0658 0.918 0.716
#> 6 6 0.587 0.478 0.659 0.0403 0.945 0.782
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0672 0.942 0.008 0.992
#> GSM152829 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.8081 0.662 0.752 0.248
#> GSM153179 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153188 2 0.8016 0.702 0.244 0.756
#> GSM153189 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.8443 0.619 0.728 0.272
#> GSM153200 2 0.1184 0.938 0.016 0.984
#> GSM153201 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.5946 0.821 0.856 0.144
#> GSM153214 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.7528 0.740 0.216 0.784
#> GSM153236 1 0.2603 0.935 0.956 0.044
#> GSM153237 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.3879 0.901 0.924 0.076
#> GSM152993 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.1633 0.954 0.976 0.024
#> GSM152996 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152997 2 0.6343 0.815 0.160 0.840
#> GSM152998 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.9552 0.371 0.624 0.376
#> GSM153000 1 0.8813 0.552 0.700 0.300
#> GSM153001 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.2043 0.946 0.968 0.032
#> GSM153003 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.9833 0.305 0.424 0.576
#> GSM153007 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153017 2 0.8081 0.696 0.248 0.752
#> GSM153018 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.0672 0.942 0.008 0.992
#> GSM153021 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153023 2 0.9815 0.320 0.420 0.580
#> GSM153024 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.5178 0.860 0.116 0.884
#> GSM153030 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153032 2 0.5737 0.840 0.136 0.864
#> GSM153033 1 0.5519 0.842 0.872 0.128
#> GSM153034 2 0.9732 0.360 0.404 0.596
#> GSM153035 2 0.5519 0.847 0.128 0.872
#> GSM153036 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.9732 0.294 0.596 0.404
#> GSM153040 2 0.5946 0.833 0.144 0.856
#> GSM153041 2 0.2778 0.915 0.048 0.952
#> GSM153042 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.2603 0.935 0.956 0.044
#> GSM153045 1 0.6623 0.782 0.828 0.172
#> GSM153046 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153047 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153048 1 0.9635 0.344 0.612 0.388
#> GSM153049 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153050 1 0.0672 0.968 0.992 0.008
#> GSM153051 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.947 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.5722 0.33738 0.292 0.004 0.704
#> GSM152823 1 0.6291 0.06263 0.532 0.000 0.468
#> GSM152824 1 0.2711 0.43086 0.912 0.000 0.088
#> GSM152825 3 0.1170 0.50898 0.016 0.008 0.976
#> GSM152826 3 0.1267 0.51193 0.024 0.004 0.972
#> GSM152827 1 0.6192 0.16148 0.580 0.000 0.420
#> GSM152828 1 0.6111 -0.09498 0.604 0.396 0.000
#> GSM152829 1 0.5760 0.29255 0.672 0.000 0.328
#> GSM152830 3 0.1289 0.51617 0.032 0.000 0.968
#> GSM152831 3 0.1964 0.52002 0.056 0.000 0.944
#> GSM152832 3 0.4121 0.49809 0.168 0.000 0.832
#> GSM152833 3 0.2711 0.52186 0.088 0.000 0.912
#> GSM152834 1 0.6307 0.01756 0.512 0.000 0.488
#> GSM152835 1 0.3816 0.42149 0.852 0.000 0.148
#> GSM152836 1 0.5216 0.36381 0.740 0.000 0.260
#> GSM152837 3 0.6308 0.00843 0.492 0.000 0.508
#> GSM152838 3 0.6180 0.25740 0.332 0.008 0.660
#> GSM153178 3 0.3272 0.46019 0.016 0.080 0.904
#> GSM153179 1 0.6280 0.08436 0.540 0.000 0.460
#> GSM153180 3 0.6286 0.08210 0.464 0.000 0.536
#> GSM153181 3 0.5291 0.42260 0.268 0.000 0.732
#> GSM153183 2 0.9941 0.27426 0.292 0.384 0.324
#> GSM153184 1 0.4654 0.39787 0.792 0.000 0.208
#> GSM153185 1 0.6307 0.02205 0.512 0.000 0.488
#> GSM153186 3 0.4346 0.49208 0.184 0.000 0.816
#> GSM153187 3 0.4504 0.47236 0.196 0.000 0.804
#> GSM153188 3 0.9326 0.00600 0.396 0.164 0.440
#> GSM153189 1 0.6126 0.20328 0.600 0.000 0.400
#> GSM153190 3 0.3482 0.50855 0.128 0.000 0.872
#> GSM153191 1 0.2229 0.40815 0.944 0.044 0.012
#> GSM153192 3 0.6225 0.16565 0.432 0.000 0.568
#> GSM153193 1 0.6062 0.23050 0.616 0.000 0.384
#> GSM153194 1 0.2796 0.43100 0.908 0.000 0.092
#> GSM153195 1 0.5988 0.24794 0.632 0.000 0.368
#> GSM153196 3 0.4974 0.45232 0.236 0.000 0.764
#> GSM153197 3 0.6045 0.24169 0.380 0.000 0.620
#> GSM153198 3 0.3340 0.50719 0.120 0.000 0.880
#> GSM153199 1 0.7499 0.12511 0.592 0.048 0.360
#> GSM153200 1 0.9641 -0.01104 0.464 0.240 0.296
#> GSM153201 3 0.4346 0.49116 0.184 0.000 0.816
#> GSM153202 1 0.6307 0.02243 0.512 0.000 0.488
#> GSM153203 3 0.2945 0.50800 0.088 0.004 0.908
#> GSM153204 1 0.6505 0.02396 0.528 0.004 0.468
#> GSM153205 1 0.6192 0.16803 0.580 0.000 0.420
#> GSM153206 3 0.6305 0.02426 0.484 0.000 0.516
#> GSM153207 3 0.5882 0.34442 0.348 0.000 0.652
#> GSM153208 1 0.5138 0.37333 0.748 0.000 0.252
#> GSM153209 3 0.6309 0.02582 0.496 0.000 0.504
#> GSM153210 1 0.6008 0.22312 0.628 0.000 0.372
#> GSM153211 3 0.4750 0.44937 0.216 0.000 0.784
#> GSM153212 3 0.6308 0.03184 0.492 0.000 0.508
#> GSM153213 1 0.7339 0.09922 0.572 0.036 0.392
#> GSM153214 1 0.5760 0.28304 0.672 0.000 0.328
#> GSM153215 1 0.6225 0.11541 0.568 0.000 0.432
#> GSM153216 3 0.6062 0.25830 0.384 0.000 0.616
#> GSM153217 1 0.3941 0.41961 0.844 0.000 0.156
#> GSM153218 1 0.5058 0.27871 0.756 0.000 0.244
#> GSM153219 1 0.0892 0.42364 0.980 0.000 0.020
#> GSM153220 1 0.1170 0.42220 0.976 0.008 0.016
#> GSM153221 1 0.3116 0.42929 0.892 0.000 0.108
#> GSM153222 1 0.5968 0.25416 0.636 0.000 0.364
#> GSM153223 1 0.6302 0.03831 0.520 0.000 0.480
#> GSM153224 3 0.2625 0.51618 0.084 0.000 0.916
#> GSM153225 1 0.3686 0.41972 0.860 0.000 0.140
#> GSM153226 1 0.6307 0.02108 0.512 0.000 0.488
#> GSM153227 3 0.6309 -0.00610 0.496 0.000 0.504
#> GSM153228 1 0.6309 -0.00289 0.504 0.000 0.496
#> GSM153229 3 0.5988 0.25516 0.368 0.000 0.632
#> GSM153230 3 0.4887 0.41771 0.228 0.000 0.772
#> GSM153231 1 0.6286 0.07179 0.536 0.000 0.464
#> GSM153232 3 0.6299 0.05160 0.476 0.000 0.524
#> GSM153233 3 0.6302 0.03966 0.480 0.000 0.520
#> GSM153234 3 0.5785 0.32278 0.300 0.004 0.696
#> GSM153235 3 0.6168 -0.12132 0.000 0.412 0.588
#> GSM153236 3 0.8375 0.22115 0.324 0.104 0.572
#> GSM153237 3 0.6079 0.23392 0.388 0.000 0.612
#> GSM152992 3 0.3148 0.48250 0.048 0.036 0.916
#> GSM152993 1 0.6225 0.12444 0.568 0.000 0.432
#> GSM152994 1 0.6026 0.23457 0.624 0.000 0.376
#> GSM152995 1 0.4075 0.38245 0.880 0.048 0.072
#> GSM152996 1 0.1170 0.41877 0.976 0.016 0.008
#> GSM152997 1 0.8920 -0.06296 0.532 0.324 0.144
#> GSM152998 1 0.4887 0.38618 0.772 0.000 0.228
#> GSM152999 3 0.5858 0.31542 0.020 0.240 0.740
#> GSM153000 1 0.2860 0.38853 0.912 0.084 0.004
#> GSM153001 1 0.5465 0.33822 0.712 0.000 0.288
#> GSM153002 1 0.6773 0.16231 0.636 0.024 0.340
#> GSM153003 1 0.9601 -0.28537 0.408 0.392 0.200
#> GSM153004 2 0.6049 0.73092 0.204 0.756 0.040
#> GSM153005 3 0.6282 0.19726 0.384 0.004 0.612
#> GSM153006 1 0.8609 0.21309 0.604 0.196 0.200
#> GSM153007 3 0.6309 -0.00250 0.496 0.000 0.504
#> GSM153008 3 0.5560 0.38260 0.300 0.000 0.700
#> GSM153009 3 0.3038 0.52091 0.104 0.000 0.896
#> GSM153010 2 0.7499 0.52229 0.048 0.592 0.360
#> GSM153011 3 0.2384 0.47990 0.008 0.056 0.936
#> GSM153012 1 0.5948 0.25308 0.640 0.000 0.360
#> GSM153013 1 0.6295 0.03262 0.528 0.000 0.472
#> GSM153014 3 0.6291 0.04923 0.468 0.000 0.532
#> GSM153015 3 0.3412 0.50061 0.124 0.000 0.876
#> GSM153016 3 0.4750 0.46036 0.216 0.000 0.784
#> GSM153017 3 0.7295 -0.05165 0.036 0.380 0.584
#> GSM153018 1 0.4555 0.40182 0.800 0.000 0.200
#> GSM153019 3 0.4346 0.47521 0.184 0.000 0.816
#> GSM153020 2 0.3045 0.84695 0.020 0.916 0.064
#> GSM153021 2 0.9843 0.27738 0.248 0.380 0.372
#> GSM153022 2 0.8260 0.38383 0.432 0.492 0.076
#> GSM153023 1 0.8548 0.15822 0.568 0.120 0.312
#> GSM153024 2 0.9324 0.46979 0.272 0.516 0.212
#> GSM153025 1 0.1529 0.41948 0.960 0.000 0.040
#> GSM153026 3 0.4291 0.48025 0.180 0.000 0.820
#> GSM153027 1 0.3406 0.39081 0.904 0.068 0.028
#> GSM153028 3 0.5178 0.45030 0.256 0.000 0.744
#> GSM153029 3 0.8264 -0.05267 0.088 0.356 0.556
#> GSM153030 3 0.4842 0.45690 0.224 0.000 0.776
#> GSM153031 1 0.6244 0.12157 0.560 0.000 0.440
#> GSM153032 1 0.9083 0.12977 0.520 0.160 0.320
#> GSM153033 1 0.7424 0.19945 0.648 0.064 0.288
#> GSM153034 3 0.8957 0.03357 0.400 0.128 0.472
#> GSM153035 1 0.9120 0.10691 0.504 0.156 0.340
#> GSM153036 1 0.6126 0.20016 0.644 0.004 0.352
#> GSM153037 1 0.5882 0.21177 0.652 0.000 0.348
#> GSM153038 1 0.6075 0.20218 0.676 0.008 0.316
#> GSM153039 3 0.8386 0.29360 0.224 0.156 0.620
#> GSM153040 2 0.8435 0.45844 0.124 0.592 0.284
#> GSM153041 3 0.9895 -0.09110 0.332 0.272 0.396
#> GSM153042 3 0.6280 0.09007 0.460 0.000 0.540
#> GSM153043 3 0.5363 0.37935 0.276 0.000 0.724
#> GSM153044 3 0.4195 0.51611 0.136 0.012 0.852
#> GSM153045 3 0.2550 0.49903 0.040 0.024 0.936
#> GSM153046 1 0.6126 0.17943 0.600 0.000 0.400
#> GSM153047 2 0.4465 0.78482 0.004 0.820 0.176
#> GSM153048 3 0.5756 0.34091 0.028 0.208 0.764
#> GSM153049 2 0.6680 0.36827 0.008 0.508 0.484
#> GSM153050 3 0.4357 0.46943 0.052 0.080 0.868
#> GSM153051 2 0.3192 0.83041 0.000 0.888 0.112
#> GSM153052 3 0.6260 0.10141 0.448 0.000 0.552
#> GSM153053 3 0.6286 0.07988 0.464 0.000 0.536
#> GSM187528 2 0.2796 0.84114 0.092 0.908 0.000
#> GSM187529 2 0.2066 0.86000 0.060 0.940 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.87742 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.2496 0.85173 0.004 0.928 0.068
#> GSM152881 2 0.0237 0.87700 0.000 0.996 0.004
#> GSM152882 2 0.0983 0.87546 0.016 0.980 0.004
#> GSM152883 2 0.0747 0.87637 0.016 0.984 0.000
#> GSM152884 2 0.5254 0.69580 0.264 0.736 0.000
#> GSM152885 2 0.0747 0.87637 0.016 0.984 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.87742 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.1289 0.87285 0.032 0.968 0.000
#> GSM152888 2 0.0424 0.87662 0.008 0.992 0.000
#> GSM152889 2 0.1163 0.87107 0.000 0.972 0.028
#> GSM152890 2 0.0237 0.87730 0.004 0.996 0.000
#> GSM152891 2 0.1411 0.87003 0.036 0.964 0.000
#> GSM152892 2 0.1647 0.86720 0.004 0.960 0.036
#> GSM152893 2 0.1860 0.86070 0.000 0.948 0.052
#> GSM152894 2 0.0892 0.87359 0.000 0.980 0.020
#> GSM152895 2 0.0424 0.87715 0.008 0.992 0.000
#> GSM152896 2 0.0424 0.87662 0.008 0.992 0.000
#> GSM152897 2 0.0747 0.87637 0.016 0.984 0.000
#> GSM152898 2 0.1031 0.87419 0.024 0.976 0.000
#> GSM152899 2 0.2165 0.85747 0.064 0.936 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.87742 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0424 0.87731 0.008 0.992 0.000
#> GSM152902 2 0.1031 0.87427 0.024 0.976 0.000
#> GSM152903 2 0.0747 0.87458 0.000 0.984 0.016
#> GSM152904 2 0.1529 0.86682 0.000 0.960 0.040
#> GSM152905 2 0.0475 0.87760 0.004 0.992 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.5210 0.5071 0.652 0.008 0.332 0.008
#> GSM152823 1 0.1022 0.7650 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM152824 1 0.4431 0.5781 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM152825 3 0.3102 0.6442 0.116 0.008 0.872 0.004
#> GSM152826 3 0.3289 0.6354 0.140 0.004 0.852 0.004
#> GSM152827 1 0.1792 0.7566 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM152828 1 0.7775 0.0448 0.404 0.244 0.000 0.352
#> GSM152829 1 0.2654 0.7403 0.888 0.004 0.000 0.108
#> GSM152830 3 0.2714 0.6505 0.112 0.000 0.884 0.004
#> GSM152831 3 0.3448 0.6204 0.168 0.000 0.828 0.004
#> GSM152832 3 0.4905 0.3156 0.364 0.000 0.632 0.004
#> GSM152833 3 0.1488 0.6905 0.012 0.000 0.956 0.032
#> GSM152834 1 0.0779 0.7684 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM152835 1 0.3972 0.6799 0.788 0.008 0.000 0.204
#> GSM152836 1 0.2921 0.7268 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM152837 1 0.1302 0.7657 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM152838 1 0.4684 0.6532 0.756 0.016 0.220 0.008
#> GSM153178 3 0.1584 0.6901 0.000 0.012 0.952 0.036
#> GSM153179 1 0.1284 0.7686 0.964 0.000 0.012 0.024
#> GSM153180 1 0.2530 0.7522 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM153181 1 0.5404 0.1644 0.512 0.000 0.476 0.012
#> GSM153183 3 0.5781 0.0696 0.000 0.028 0.492 0.480
#> GSM153184 1 0.4057 0.7024 0.816 0.032 0.000 0.152
#> GSM153185 1 0.0657 0.7697 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM153186 3 0.5298 0.5594 0.244 0.000 0.708 0.048
#> GSM153187 3 0.4008 0.5915 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM153188 3 0.5353 0.2440 0.000 0.012 0.556 0.432
#> GSM153189 1 0.2081 0.7525 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM153190 3 0.2281 0.6878 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM153191 4 0.5592 0.2995 0.300 0.044 0.000 0.656
#> GSM153192 1 0.5772 0.6052 0.672 0.000 0.260 0.068
#> GSM153193 1 0.2466 0.7504 0.900 0.000 0.004 0.096
#> GSM153194 1 0.5203 0.3816 0.576 0.008 0.000 0.416
#> GSM153195 1 0.4290 0.7150 0.800 0.000 0.036 0.164
#> GSM153196 3 0.4831 0.5115 0.280 0.000 0.704 0.016
#> GSM153197 1 0.4635 0.6159 0.720 0.000 0.268 0.012
#> GSM153198 3 0.2647 0.6805 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM153199 4 0.4621 0.4640 0.000 0.008 0.284 0.708
#> GSM153200 4 0.4617 0.5445 0.000 0.032 0.204 0.764
#> GSM153201 3 0.5231 0.4665 0.296 0.000 0.676 0.028
#> GSM153202 1 0.0804 0.7697 0.980 0.000 0.012 0.008
#> GSM153203 3 0.5012 0.3888 0.320 0.004 0.668 0.008
#> GSM153204 3 0.5126 0.2140 0.000 0.004 0.552 0.444
#> GSM153205 1 0.1637 0.7586 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM153206 4 0.5000 -0.0770 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM153207 3 0.6216 0.4851 0.120 0.000 0.660 0.220
#> GSM153208 1 0.3172 0.7164 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM153209 1 0.6711 0.4841 0.576 0.000 0.308 0.116
#> GSM153210 4 0.7629 0.0399 0.396 0.000 0.204 0.400
#> GSM153211 3 0.3726 0.6268 0.000 0.000 0.788 0.212
#> GSM153212 1 0.6428 0.5713 0.624 0.000 0.264 0.112
#> GSM153213 4 0.5085 0.2803 0.000 0.008 0.376 0.616
#> GSM153214 4 0.7669 0.3177 0.312 0.000 0.236 0.452
#> GSM153215 1 0.5767 0.6524 0.712 0.000 0.136 0.152
#> GSM153216 1 0.5686 0.4310 0.592 0.000 0.376 0.032
#> GSM153217 1 0.4500 0.5606 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM153218 4 0.2255 0.6272 0.012 0.000 0.068 0.920
#> GSM153219 4 0.5398 0.0528 0.404 0.016 0.000 0.580
#> GSM153220 1 0.5673 0.2747 0.528 0.024 0.000 0.448
#> GSM153221 1 0.4972 0.2988 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM153222 1 0.2216 0.7494 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM153223 1 0.0804 0.7695 0.980 0.000 0.008 0.012
#> GSM153224 3 0.2281 0.6877 0.000 0.000 0.904 0.096
#> GSM153225 4 0.5292 -0.1593 0.480 0.000 0.008 0.512
#> GSM153226 1 0.0779 0.7694 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM153227 1 0.1305 0.7672 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM153228 1 0.0707 0.7676 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM153229 1 0.4422 0.6258 0.736 0.000 0.256 0.008
#> GSM153230 1 0.5273 0.2526 0.536 0.000 0.456 0.008
#> GSM153231 1 0.1389 0.7617 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM153232 1 0.2266 0.7563 0.912 0.000 0.084 0.004
#> GSM153233 1 0.2156 0.7593 0.928 0.008 0.060 0.004
#> GSM153234 1 0.5024 0.4737 0.632 0.000 0.360 0.008
#> GSM153235 3 0.5858 0.4201 0.044 0.292 0.656 0.008
#> GSM153236 1 0.6959 0.5234 0.616 0.200 0.176 0.008
#> GSM153237 1 0.4283 0.6294 0.740 0.000 0.256 0.004
#> GSM152992 3 0.2011 0.6873 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM152993 1 0.7211 0.4231 0.548 0.000 0.248 0.204
#> GSM152994 1 0.6158 0.5478 0.640 0.000 0.088 0.272
#> GSM152995 4 0.2915 0.5965 0.080 0.028 0.000 0.892
#> GSM152996 4 0.5659 0.1471 0.368 0.032 0.000 0.600
#> GSM152997 4 0.2650 0.6193 0.008 0.040 0.036 0.916
#> GSM152998 1 0.5326 0.4346 0.604 0.000 0.016 0.380
#> GSM152999 3 0.3050 0.6830 0.012 0.044 0.900 0.044
#> GSM153000 4 0.5550 0.3942 0.248 0.060 0.000 0.692
#> GSM153001 1 0.3791 0.6906 0.796 0.000 0.004 0.200
#> GSM153002 4 0.4164 0.4980 0.000 0.000 0.264 0.736
#> GSM153003 4 0.4781 0.5322 0.000 0.036 0.212 0.752
#> GSM153004 4 0.6497 0.4515 0.000 0.200 0.160 0.640
#> GSM153005 1 0.3636 0.7093 0.820 0.000 0.172 0.008
#> GSM153006 4 0.1721 0.6237 0.008 0.012 0.028 0.952
#> GSM153007 1 0.1209 0.7696 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM153008 3 0.5815 0.4593 0.288 0.000 0.652 0.060
#> GSM153009 3 0.3528 0.6037 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM153010 3 0.6167 0.4676 0.000 0.096 0.648 0.256
#> GSM153011 3 0.2363 0.6655 0.056 0.024 0.920 0.000
#> GSM153012 1 0.3497 0.7414 0.852 0.000 0.024 0.124
#> GSM153013 1 0.3634 0.7562 0.856 0.000 0.096 0.048
#> GSM153014 4 0.4992 -0.0145 0.000 0.000 0.476 0.524
#> GSM153015 3 0.2469 0.6846 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM153016 3 0.3196 0.6768 0.008 0.000 0.856 0.136
#> GSM153017 3 0.4179 0.6538 0.004 0.060 0.832 0.104
#> GSM153018 1 0.4250 0.6161 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM153019 3 0.3219 0.6600 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM153020 2 0.3749 0.8318 0.000 0.840 0.128 0.032
#> GSM153021 3 0.5526 0.2710 0.000 0.020 0.564 0.416
#> GSM153022 4 0.3474 0.6052 0.000 0.064 0.068 0.868
#> GSM153023 4 0.2976 0.6079 0.000 0.008 0.120 0.872
#> GSM153024 4 0.5738 0.0974 0.000 0.028 0.432 0.540
#> GSM153025 4 0.4253 0.5084 0.208 0.000 0.016 0.776
#> GSM153026 3 0.3172 0.6622 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM153027 4 0.3638 0.5782 0.120 0.032 0.000 0.848
#> GSM153028 3 0.4581 0.6473 0.080 0.000 0.800 0.120
#> GSM153029 3 0.3768 0.6317 0.000 0.008 0.808 0.184
#> GSM153030 3 0.4387 0.6002 0.012 0.000 0.752 0.236
#> GSM153031 1 0.1938 0.7653 0.936 0.000 0.012 0.052
#> GSM153032 4 0.4420 0.5198 0.000 0.012 0.240 0.748
#> GSM153033 4 0.2334 0.6220 0.000 0.004 0.088 0.908
#> GSM153034 3 0.5281 0.1559 0.000 0.008 0.528 0.464
#> GSM153035 4 0.4820 0.4395 0.000 0.012 0.296 0.692
#> GSM153036 4 0.4716 0.5638 0.040 0.000 0.196 0.764
#> GSM153037 4 0.5564 0.5473 0.076 0.000 0.216 0.708
#> GSM153038 4 0.2480 0.6249 0.008 0.000 0.088 0.904
#> GSM153039 3 0.5244 0.3853 0.004 0.008 0.616 0.372
#> GSM153040 2 0.8942 0.2594 0.120 0.484 0.236 0.160
#> GSM153041 3 0.5290 0.3130 0.000 0.012 0.584 0.404
#> GSM153042 1 0.2654 0.7454 0.888 0.004 0.108 0.000
#> GSM153043 3 0.4790 0.3899 0.000 0.000 0.620 0.380
#> GSM153044 3 0.5309 0.6434 0.164 0.008 0.756 0.072
#> GSM153045 3 0.3583 0.6874 0.036 0.020 0.876 0.068
#> GSM153046 1 0.3324 0.7335 0.852 0.000 0.012 0.136
#> GSM153047 2 0.5740 0.6439 0.000 0.700 0.208 0.092
#> GSM153048 3 0.2222 0.6880 0.000 0.016 0.924 0.060
#> GSM153049 3 0.3962 0.6100 0.000 0.152 0.820 0.028
#> GSM153050 3 0.5599 0.5608 0.128 0.120 0.744 0.008
#> GSM153051 2 0.3271 0.8363 0.000 0.856 0.132 0.012
#> GSM153052 1 0.2810 0.7477 0.896 0.008 0.088 0.008
#> GSM153053 1 0.2266 0.7534 0.912 0.004 0.084 0.000
#> GSM187528 2 0.2973 0.8524 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM187529 2 0.3356 0.8212 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM187530 2 0.1059 0.9236 0.000 0.972 0.012 0.016
#> GSM187531 2 0.1822 0.9025 0.004 0.944 0.044 0.008
#> GSM152881 2 0.0779 0.9244 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM152882 2 0.0927 0.9190 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM152883 2 0.0817 0.9222 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM152884 2 0.5186 0.5713 0.016 0.640 0.000 0.344
#> GSM152885 2 0.0921 0.9223 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM152886 2 0.0524 0.9240 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM152887 2 0.1389 0.9164 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM152888 2 0.0469 0.9224 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152889 2 0.1042 0.9205 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM152890 2 0.0592 0.9241 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM152891 2 0.2281 0.8900 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM152892 2 0.0707 0.9188 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM152893 2 0.0921 0.9160 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152894 2 0.1042 0.9205 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM152895 2 0.0336 0.9230 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152896 2 0.0336 0.9225 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152897 2 0.0707 0.9223 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM152898 2 0.1716 0.9090 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM152899 2 0.3074 0.8480 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM152900 2 0.0469 0.9244 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM152901 2 0.0817 0.9234 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM152902 2 0.1743 0.9130 0.000 0.940 0.004 0.056
#> GSM152903 2 0.1520 0.9200 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM152904 2 0.1356 0.9159 0.000 0.960 0.032 0.008
#> GSM152905 2 0.0524 0.9240 0.000 0.988 0.004 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.6259 0.175880 0.540 0.000 0.000 0.248 0.212
#> GSM152823 4 0.3250 0.670335 0.004 0.000 0.008 0.820 0.168
#> GSM152824 4 0.5275 0.495571 0.000 0.000 0.276 0.640 0.084
#> GSM152825 1 0.2974 0.573516 0.868 0.000 0.000 0.052 0.080
#> GSM152826 1 0.3355 0.552836 0.832 0.000 0.000 0.036 0.132
#> GSM152827 4 0.4876 0.272559 0.000 0.000 0.028 0.576 0.396
#> GSM152828 5 0.6080 0.527241 0.008 0.084 0.088 0.128 0.692
#> GSM152829 5 0.5232 0.291104 0.004 0.004 0.036 0.364 0.592
#> GSM152830 1 0.2376 0.584220 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> GSM152831 1 0.3651 0.533003 0.812 0.000 0.004 0.152 0.032
#> GSM152832 1 0.4674 0.422950 0.708 0.000 0.000 0.060 0.232
#> GSM152833 1 0.1893 0.608038 0.936 0.000 0.028 0.024 0.012
#> GSM152834 4 0.0324 0.748664 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> GSM152835 4 0.5312 0.523973 0.000 0.000 0.116 0.664 0.220
#> GSM152836 4 0.3934 0.672276 0.000 0.000 0.076 0.800 0.124
#> GSM152837 4 0.1626 0.750371 0.044 0.000 0.000 0.940 0.016
#> GSM152838 4 0.4434 0.614096 0.208 0.000 0.000 0.736 0.056
#> GSM153178 1 0.3596 0.553926 0.784 0.000 0.016 0.000 0.200
#> GSM153179 4 0.1310 0.746811 0.000 0.000 0.024 0.956 0.020
#> GSM153180 4 0.2233 0.738988 0.080 0.000 0.000 0.904 0.016
#> GSM153181 1 0.4669 0.317864 0.628 0.000 0.008 0.352 0.012
#> GSM153183 1 0.6786 0.313711 0.520 0.020 0.208 0.000 0.252
#> GSM153184 4 0.3915 0.699499 0.000 0.004 0.088 0.812 0.096
#> GSM153185 4 0.1444 0.745816 0.012 0.000 0.000 0.948 0.040
#> GSM153186 1 0.3281 0.591387 0.864 0.000 0.032 0.080 0.024
#> GSM153187 1 0.5284 0.530336 0.668 0.000 0.216 0.000 0.116
#> GSM153188 1 0.6301 0.382872 0.516 0.000 0.300 0.000 0.184
#> GSM153189 4 0.2209 0.737865 0.000 0.000 0.056 0.912 0.032
#> GSM153190 1 0.2236 0.610867 0.908 0.000 0.068 0.000 0.024
#> GSM153191 3 0.4512 0.494453 0.000 0.016 0.752 0.192 0.040
#> GSM153192 4 0.5421 0.641713 0.168 0.000 0.120 0.696 0.016
#> GSM153193 4 0.1845 0.740403 0.000 0.000 0.056 0.928 0.016
#> GSM153194 3 0.5121 -0.016379 0.004 0.000 0.500 0.468 0.028
#> GSM153195 4 0.4037 0.622476 0.020 0.000 0.224 0.752 0.004
#> GSM153196 1 0.5662 0.259895 0.584 0.000 0.036 0.348 0.032
#> GSM153197 4 0.4061 0.622688 0.240 0.000 0.004 0.740 0.016
#> GSM153198 1 0.2241 0.612179 0.908 0.000 0.076 0.008 0.008
#> GSM153199 3 0.4204 0.515289 0.196 0.000 0.756 0.000 0.048
#> GSM153200 5 0.6887 0.347393 0.268 0.024 0.200 0.000 0.508
#> GSM153201 1 0.4394 0.464790 0.732 0.000 0.004 0.036 0.228
#> GSM153202 4 0.2411 0.714630 0.008 0.000 0.000 0.884 0.108
#> GSM153203 1 0.5308 0.440424 0.688 0.004 0.000 0.168 0.140
#> GSM153204 1 0.4727 0.170171 0.532 0.000 0.452 0.000 0.016
#> GSM153205 4 0.1741 0.741250 0.000 0.000 0.024 0.936 0.040
#> GSM153206 1 0.6192 0.361890 0.532 0.000 0.300 0.000 0.168
#> GSM153207 3 0.7050 0.067953 0.392 0.000 0.400 0.184 0.024
#> GSM153208 4 0.3844 0.685961 0.000 0.000 0.132 0.804 0.064
#> GSM153209 4 0.6181 0.449112 0.220 0.000 0.200 0.576 0.004
#> GSM153210 3 0.6350 0.359224 0.188 0.000 0.540 0.268 0.004
#> GSM153211 1 0.3387 0.579064 0.796 0.000 0.196 0.004 0.004
#> GSM153212 4 0.6172 0.525524 0.216 0.000 0.172 0.600 0.012
#> GSM153213 3 0.4656 0.527817 0.180 0.004 0.740 0.000 0.076
#> GSM153214 3 0.6129 0.303077 0.104 0.000 0.544 0.340 0.012
#> GSM153215 4 0.5656 0.530203 0.104 0.000 0.236 0.648 0.012
#> GSM153216 4 0.5807 0.514772 0.300 0.000 0.088 0.600 0.012
#> GSM153217 4 0.5300 0.416010 0.000 0.000 0.328 0.604 0.068
#> GSM153218 3 0.4403 0.535522 0.092 0.000 0.772 0.004 0.132
#> GSM153219 3 0.4834 0.416590 0.000 0.008 0.656 0.308 0.028
#> GSM153220 3 0.6601 0.152002 0.000 0.008 0.464 0.360 0.168
#> GSM153221 3 0.5159 -0.000659 0.008 0.000 0.496 0.472 0.024
#> GSM153222 4 0.2946 0.713321 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> GSM153223 4 0.1331 0.747447 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> GSM153224 1 0.1877 0.611415 0.924 0.000 0.064 0.000 0.012
#> GSM153225 3 0.4692 0.401653 0.004 0.000 0.652 0.320 0.024
#> GSM153226 4 0.0992 0.747196 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> GSM153227 4 0.5626 0.287368 0.092 0.000 0.000 0.572 0.336
#> GSM153228 4 0.1300 0.746590 0.016 0.000 0.000 0.956 0.028
#> GSM153229 4 0.4268 0.577298 0.268 0.000 0.000 0.708 0.024
#> GSM153230 1 0.5650 -0.054762 0.468 0.000 0.000 0.456 0.076
#> GSM153231 4 0.1892 0.735518 0.000 0.000 0.004 0.916 0.080
#> GSM153232 4 0.3648 0.709488 0.084 0.000 0.000 0.824 0.092
#> GSM153233 4 0.1168 0.745629 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM153234 4 0.5008 0.485049 0.324 0.000 0.004 0.632 0.040
#> GSM153235 1 0.7196 0.183592 0.488 0.280 0.000 0.044 0.188
#> GSM153236 4 0.7635 0.184251 0.116 0.292 0.000 0.464 0.128
#> GSM153237 4 0.4243 0.583810 0.264 0.000 0.000 0.712 0.024
#> GSM152992 1 0.4610 0.547161 0.740 0.004 0.068 0.000 0.188
#> GSM152993 4 0.6407 0.407563 0.112 0.000 0.300 0.560 0.028
#> GSM152994 4 0.5381 0.178990 0.056 0.000 0.428 0.516 0.000
#> GSM152995 3 0.4541 0.434301 0.008 0.004 0.728 0.028 0.232
#> GSM152996 3 0.6601 0.321979 0.008 0.016 0.576 0.172 0.228
#> GSM152997 3 0.3321 0.547566 0.032 0.000 0.832 0.000 0.136
#> GSM152998 5 0.6938 0.477098 0.104 0.000 0.200 0.112 0.584
#> GSM152999 1 0.5049 0.107175 0.500 0.000 0.024 0.004 0.472
#> GSM153000 3 0.6643 0.018979 0.008 0.020 0.464 0.100 0.408
#> GSM153001 4 0.3944 0.654482 0.000 0.000 0.200 0.768 0.032
#> GSM153002 3 0.4455 0.519969 0.188 0.000 0.744 0.000 0.068
#> GSM153003 3 0.6059 0.288376 0.220 0.000 0.576 0.000 0.204
#> GSM153004 3 0.6114 0.393886 0.048 0.188 0.652 0.000 0.112
#> GSM153005 4 0.3651 0.703517 0.108 0.000 0.004 0.828 0.060
#> GSM153006 3 0.3922 0.495182 0.040 0.000 0.780 0.000 0.180
#> GSM153007 4 0.1117 0.750189 0.020 0.000 0.016 0.964 0.000
#> GSM153008 1 0.3830 0.576171 0.824 0.000 0.040 0.116 0.020
#> GSM153009 1 0.2719 0.581255 0.884 0.000 0.000 0.048 0.068
#> GSM153010 1 0.6040 0.192245 0.496 0.004 0.104 0.000 0.396
#> GSM153011 1 0.2206 0.588271 0.912 0.004 0.000 0.016 0.068
#> GSM153012 4 0.4444 0.654774 0.072 0.000 0.180 0.748 0.000
#> GSM153013 4 0.4065 0.718612 0.084 0.000 0.080 0.816 0.020
#> GSM153014 3 0.3863 0.496665 0.248 0.000 0.740 0.000 0.012
#> GSM153015 1 0.3056 0.600214 0.864 0.000 0.068 0.000 0.068
#> GSM153016 1 0.5263 0.311676 0.616 0.000 0.056 0.004 0.324
#> GSM153017 5 0.5178 -0.086192 0.448 0.004 0.032 0.000 0.516
#> GSM153018 5 0.6410 0.516781 0.040 0.012 0.104 0.208 0.636
#> GSM153019 1 0.2956 0.599308 0.848 0.000 0.140 0.004 0.008
#> GSM153020 2 0.4644 0.760588 0.036 0.756 0.016 0.008 0.184
#> GSM153021 1 0.6188 0.404883 0.540 0.000 0.284 0.000 0.176
#> GSM153022 3 0.2359 0.588084 0.036 0.008 0.912 0.000 0.044
#> GSM153023 3 0.2193 0.592055 0.060 0.000 0.912 0.000 0.028
#> GSM153024 3 0.6117 0.036846 0.360 0.000 0.504 0.000 0.136
#> GSM153025 3 0.3497 0.571321 0.020 0.000 0.828 0.140 0.012
#> GSM153026 1 0.3807 0.573066 0.776 0.000 0.204 0.008 0.012
#> GSM153027 3 0.3218 0.561463 0.000 0.020 0.856 0.108 0.016
#> GSM153028 1 0.6651 0.207188 0.500 0.000 0.212 0.280 0.008
#> GSM153029 1 0.5506 0.533834 0.656 0.004 0.220 0.000 0.120
#> GSM153030 1 0.4737 0.563145 0.728 0.000 0.216 0.028 0.028
#> GSM153031 4 0.1597 0.747469 0.012 0.000 0.048 0.940 0.000
#> GSM153032 3 0.4263 0.524010 0.180 0.000 0.760 0.000 0.060
#> GSM153033 3 0.2450 0.590520 0.028 0.000 0.896 0.000 0.076
#> GSM153034 1 0.6160 0.188034 0.448 0.000 0.420 0.000 0.132
#> GSM153035 3 0.4167 0.550340 0.136 0.004 0.788 0.000 0.072
#> GSM153036 3 0.4600 0.581048 0.036 0.000 0.784 0.072 0.108
#> GSM153037 3 0.3963 0.594458 0.072 0.000 0.820 0.092 0.016
#> GSM153038 3 0.1670 0.594358 0.012 0.000 0.936 0.000 0.052
#> GSM153039 1 0.6432 0.400669 0.532 0.000 0.220 0.004 0.244
#> GSM153040 5 0.3766 0.550777 0.080 0.032 0.040 0.004 0.844
#> GSM153041 1 0.5791 0.446710 0.600 0.000 0.260 0.000 0.140
#> GSM153042 4 0.2450 0.731416 0.076 0.000 0.000 0.896 0.028
#> GSM153043 1 0.4275 0.519153 0.696 0.000 0.284 0.000 0.020
#> GSM153044 5 0.5125 0.266710 0.316 0.004 0.040 0.004 0.636
#> GSM153045 1 0.5181 0.170790 0.512 0.000 0.032 0.004 0.452
#> GSM153046 5 0.6278 0.491110 0.032 0.000 0.116 0.248 0.604
#> GSM153047 5 0.5459 0.437407 0.204 0.072 0.032 0.000 0.692
#> GSM153048 1 0.4375 0.514866 0.728 0.004 0.032 0.000 0.236
#> GSM153049 1 0.3890 0.543192 0.792 0.036 0.004 0.000 0.168
#> GSM153050 1 0.7652 0.293148 0.520 0.132 0.004 0.148 0.196
#> GSM153051 2 0.3831 0.794197 0.024 0.784 0.004 0.000 0.188
#> GSM153052 4 0.2676 0.730851 0.080 0.000 0.000 0.884 0.036
#> GSM153053 4 0.5365 0.430750 0.088 0.000 0.000 0.628 0.284
#> GSM187528 2 0.4627 0.746793 0.000 0.732 0.080 0.000 0.188
#> GSM187529 2 0.2843 0.864489 0.000 0.876 0.076 0.000 0.048
#> GSM187530 2 0.2411 0.890758 0.000 0.884 0.008 0.000 0.108
#> GSM187531 2 0.2677 0.889389 0.016 0.872 0.000 0.000 0.112
#> GSM152881 2 0.2660 0.881923 0.008 0.864 0.000 0.000 0.128
#> GSM152882 2 0.2233 0.896613 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> GSM152883 2 0.1608 0.885363 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM152884 2 0.5434 0.585899 0.000 0.656 0.208 0.000 0.136
#> GSM152885 2 0.1608 0.886461 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM152886 2 0.0898 0.896272 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152887 2 0.2136 0.877532 0.000 0.904 0.008 0.000 0.088
#> GSM152888 2 0.0794 0.895626 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM152889 2 0.1331 0.894905 0.008 0.952 0.000 0.000 0.040
#> GSM152890 2 0.0955 0.895651 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM152891 2 0.2233 0.897143 0.000 0.904 0.016 0.000 0.080
#> GSM152892 2 0.1106 0.895828 0.012 0.964 0.000 0.000 0.024
#> GSM152893 2 0.1281 0.895977 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032
#> GSM152894 2 0.1195 0.899302 0.012 0.960 0.000 0.000 0.028
#> GSM152895 2 0.1952 0.884189 0.004 0.912 0.000 0.000 0.084
#> GSM152896 2 0.1571 0.890371 0.004 0.936 0.000 0.000 0.060
#> GSM152897 2 0.1608 0.885605 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM152898 2 0.3155 0.879686 0.008 0.848 0.016 0.000 0.128
#> GSM152899 2 0.4179 0.825322 0.000 0.776 0.072 0.000 0.152
#> GSM152900 2 0.2462 0.890587 0.008 0.880 0.000 0.000 0.112
#> GSM152901 2 0.2865 0.886279 0.004 0.856 0.008 0.000 0.132
#> GSM152902 2 0.3563 0.872357 0.008 0.824 0.028 0.000 0.140
#> GSM152903 2 0.3197 0.873960 0.012 0.832 0.004 0.000 0.152
#> GSM152904 2 0.2873 0.882598 0.016 0.856 0.000 0.000 0.128
#> GSM152905 2 0.2411 0.887957 0.008 0.884 0.000 0.000 0.108
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.597 0.3194 0.580 0.000 0.000 0.140 NA 0.236
#> GSM152823 4 0.488 0.5622 0.008 0.000 0.004 0.676 NA 0.224
#> GSM152824 4 0.612 0.4914 0.000 0.000 0.208 0.592 NA 0.112
#> GSM152825 1 0.313 0.5320 0.856 0.000 0.000 0.032 NA 0.072
#> GSM152826 1 0.418 0.4890 0.772 0.000 0.000 0.036 NA 0.140
#> GSM152827 6 0.594 -0.1483 0.004 0.000 0.020 0.424 NA 0.444
#> GSM152828 6 0.500 0.4584 0.008 0.004 0.036 0.068 NA 0.720
#> GSM152829 6 0.537 0.3458 0.000 0.000 0.020 0.224 NA 0.632
#> GSM152830 1 0.212 0.5484 0.916 0.000 0.000 0.028 NA 0.032
#> GSM152831 1 0.393 0.5081 0.776 0.000 0.000 0.164 NA 0.028
#> GSM152832 1 0.470 0.4284 0.700 0.000 0.000 0.028 NA 0.216
#> GSM152833 1 0.210 0.5651 0.916 0.000 0.024 0.040 NA 0.000
#> GSM152834 4 0.123 0.7131 0.012 0.000 0.012 0.960 NA 0.012
#> GSM152835 4 0.639 0.4414 0.000 0.000 0.108 0.552 NA 0.236
#> GSM152836 4 0.556 0.5754 0.000 0.000 0.088 0.664 NA 0.152
#> GSM152837 4 0.375 0.7022 0.128 0.000 0.004 0.804 NA 0.016
#> GSM152838 4 0.478 0.5934 0.216 0.008 0.000 0.704 NA 0.032
#> GSM153178 1 0.647 0.0729 0.428 0.000 0.024 0.000 NA 0.300
#> GSM153179 4 0.384 0.7131 0.040 0.000 0.036 0.828 NA 0.028
#> GSM153180 4 0.471 0.6397 0.220 0.000 0.000 0.696 NA 0.024
#> GSM153181 1 0.392 0.4160 0.716 0.000 0.004 0.260 NA 0.008
#> GSM153183 1 0.659 0.3263 0.564 0.004 0.152 0.000 NA 0.132
#> GSM153184 4 0.678 0.5832 0.020 0.036 0.132 0.616 NA 0.080
#> GSM153185 4 0.281 0.7166 0.056 0.000 0.004 0.880 NA 0.040
#> GSM153186 1 0.230 0.5621 0.908 0.000 0.008 0.052 NA 0.016
#> GSM153187 1 0.770 0.0712 0.360 0.000 0.156 0.008 NA 0.244
#> GSM153188 6 0.738 0.0674 0.292 0.000 0.196 0.000 NA 0.372
#> GSM153189 4 0.310 0.6892 0.000 0.000 0.056 0.856 NA 0.068
#> GSM153190 1 0.208 0.5601 0.916 0.000 0.040 0.004 NA 0.004
#> GSM153191 3 0.542 0.5264 0.012 0.016 0.708 0.132 NA 0.032
#> GSM153192 4 0.545 0.5730 0.184 0.000 0.144 0.648 NA 0.008
#> GSM153193 4 0.283 0.6902 0.000 0.000 0.072 0.872 NA 0.036
#> GSM153194 3 0.543 0.0402 0.004 0.000 0.496 0.428 NA 0.036
#> GSM153195 4 0.418 0.6053 0.028 0.000 0.204 0.744 NA 0.016
#> GSM153196 1 0.519 0.2287 0.572 0.000 0.028 0.360 NA 0.004
#> GSM153197 4 0.420 0.5772 0.248 0.000 0.004 0.712 NA 0.012
#> GSM153198 1 0.284 0.5649 0.880 0.000 0.064 0.012 NA 0.020
#> GSM153199 3 0.479 0.5227 0.096 0.000 0.732 0.000 NA 0.048
#> GSM153200 1 0.746 -0.0521 0.364 0.000 0.176 0.000 NA 0.284
#> GSM153201 1 0.448 0.4551 0.724 0.000 0.004 0.028 NA 0.208
#> GSM153202 4 0.455 0.6321 0.040 0.000 0.000 0.736 NA 0.168
#> GSM153203 1 0.634 0.3046 0.552 0.000 0.000 0.128 NA 0.240
#> GSM153204 1 0.503 0.1246 0.508 0.000 0.436 0.000 NA 0.016
#> GSM153205 4 0.289 0.6966 0.000 0.000 0.028 0.872 NA 0.044
#> GSM153206 1 0.622 0.3553 0.572 0.000 0.232 0.000 NA 0.100
#> GSM153207 1 0.652 0.0491 0.408 0.000 0.340 0.224 NA 0.000
#> GSM153208 4 0.516 0.6178 0.000 0.000 0.104 0.708 NA 0.100
#> GSM153209 1 0.681 -0.0728 0.388 0.000 0.192 0.368 NA 0.004
#> GSM153210 3 0.652 0.2680 0.252 0.000 0.472 0.244 NA 0.004
#> GSM153211 1 0.363 0.5378 0.796 0.000 0.160 0.012 NA 0.004
#> GSM153212 4 0.592 0.4297 0.272 0.000 0.164 0.544 NA 0.000
#> GSM153213 3 0.641 0.4164 0.072 0.000 0.576 0.008 NA 0.148
#> GSM153214 3 0.632 0.2975 0.168 0.000 0.524 0.268 NA 0.004
#> GSM153215 4 0.538 0.5345 0.116 0.000 0.216 0.644 NA 0.004
#> GSM153216 1 0.519 -0.1102 0.488 0.000 0.036 0.452 NA 0.004
#> GSM153217 4 0.582 0.4538 0.000 0.000 0.260 0.588 NA 0.104
#> GSM153218 3 0.581 0.4769 0.140 0.000 0.652 0.004 NA 0.108
#> GSM153219 3 0.448 0.4426 0.000 0.000 0.680 0.268 NA 0.032
#> GSM153220 3 0.676 0.1570 0.000 0.000 0.436 0.312 NA 0.192
#> GSM153221 3 0.577 0.0487 0.004 0.000 0.488 0.408 NA 0.036
#> GSM153222 4 0.452 0.6421 0.004 0.000 0.036 0.760 NA 0.112
#> GSM153223 4 0.207 0.7034 0.000 0.000 0.008 0.904 NA 0.080
#> GSM153224 1 0.195 0.5541 0.924 0.000 0.020 0.000 NA 0.036
#> GSM153225 3 0.476 0.3949 0.008 0.000 0.648 0.296 NA 0.036
#> GSM153226 4 0.258 0.7000 0.000 0.000 0.008 0.884 NA 0.048
#> GSM153227 4 0.720 -0.0248 0.196 0.000 0.004 0.360 NA 0.352
#> GSM153228 4 0.174 0.7081 0.004 0.000 0.000 0.928 NA 0.052
#> GSM153229 4 0.464 0.5045 0.316 0.000 0.000 0.636 NA 0.024
#> GSM153230 4 0.600 0.1016 0.416 0.000 0.000 0.456 NA 0.064
#> GSM153231 4 0.288 0.6863 0.000 0.000 0.008 0.844 NA 0.132
#> GSM153232 4 0.358 0.6812 0.064 0.000 0.000 0.808 NA 0.120
#> GSM153233 4 0.151 0.7123 0.028 0.000 0.000 0.944 NA 0.020
#> GSM153234 4 0.499 0.3821 0.356 0.000 0.004 0.584 NA 0.012
#> GSM153235 1 0.837 -0.0238 0.296 0.160 0.000 0.056 NA 0.216
#> GSM153236 4 0.723 0.3356 0.048 0.200 0.004 0.536 NA 0.084
#> GSM153237 4 0.464 0.4704 0.336 0.000 0.000 0.620 NA 0.020
#> GSM152992 1 0.706 0.0970 0.428 0.004 0.056 0.004 NA 0.264
#> GSM152993 4 0.598 0.2796 0.112 0.000 0.348 0.512 NA 0.008
#> GSM152994 4 0.673 0.1342 0.168 0.000 0.376 0.408 NA 0.012
#> GSM152995 3 0.540 0.4671 0.012 0.004 0.672 0.016 NA 0.180
#> GSM152996 3 0.657 0.4621 0.040 0.004 0.620 0.084 NA 0.116
#> GSM152997 3 0.537 0.5367 0.056 0.008 0.720 0.016 NA 0.092
#> GSM152998 6 0.714 0.3599 0.156 0.000 0.108 0.032 NA 0.532
#> GSM152999 6 0.473 0.3950 0.280 0.000 0.004 0.004 NA 0.652
#> GSM153000 3 0.701 0.1963 0.008 0.004 0.432 0.064 NA 0.336
#> GSM153001 4 0.518 0.5522 0.000 0.000 0.188 0.680 NA 0.088
#> GSM153002 3 0.583 0.4762 0.072 0.000 0.644 0.004 NA 0.144
#> GSM153003 3 0.624 0.3282 0.124 0.000 0.564 0.000 NA 0.236
#> GSM153004 3 0.622 0.4174 0.016 0.048 0.580 0.000 NA 0.108
#> GSM153005 4 0.321 0.6946 0.088 0.000 0.004 0.848 NA 0.012
#> GSM153006 3 0.592 0.4771 0.080 0.004 0.648 0.004 NA 0.116
#> GSM153007 4 0.148 0.7077 0.020 0.000 0.032 0.944 NA 0.000
#> GSM153008 1 0.335 0.5573 0.852 0.000 0.040 0.064 NA 0.008
#> GSM153009 1 0.356 0.5335 0.828 0.000 0.000 0.060 NA 0.080
#> GSM153010 6 0.585 0.3947 0.244 0.000 0.076 0.000 NA 0.600
#> GSM153011 1 0.280 0.5377 0.872 0.000 0.000 0.012 NA 0.068
#> GSM153012 4 0.551 0.5645 0.136 0.000 0.196 0.640 NA 0.004
#> GSM153013 4 0.388 0.6708 0.092 0.000 0.092 0.800 NA 0.008
#> GSM153014 3 0.447 0.4858 0.212 0.000 0.724 0.024 NA 0.008
#> GSM153015 1 0.292 0.5420 0.872 0.000 0.040 0.000 NA 0.040
#> GSM153016 1 0.501 0.3565 0.652 0.000 0.028 0.000 NA 0.260
#> GSM153017 6 0.456 0.4950 0.184 0.000 0.024 0.000 NA 0.724
#> GSM153018 6 0.587 0.4276 0.028 0.000 0.052 0.084 NA 0.652
#> GSM153019 1 0.314 0.5453 0.832 0.000 0.124 0.000 NA 0.004
#> GSM153020 2 0.744 0.0843 0.004 0.380 0.052 0.032 NA 0.184
#> GSM153021 1 0.757 -0.0501 0.308 0.000 0.212 0.000 NA 0.308
#> GSM153022 3 0.426 0.5496 0.024 0.016 0.788 0.000 NA 0.072
#> GSM153023 3 0.404 0.5472 0.100 0.004 0.792 0.000 NA 0.020
#> GSM153024 3 0.743 0.1213 0.144 0.000 0.376 0.000 NA 0.240
#> GSM153025 3 0.427 0.5595 0.036 0.000 0.768 0.148 NA 0.004
#> GSM153026 1 0.357 0.5432 0.804 0.000 0.152 0.020 NA 0.004
#> GSM153027 3 0.363 0.5571 0.000 0.000 0.816 0.112 NA 0.040
#> GSM153028 1 0.599 0.2552 0.524 0.000 0.164 0.292 NA 0.000
#> GSM153029 1 0.763 0.1248 0.400 0.004 0.164 0.004 NA 0.204
#> GSM153030 1 0.522 0.4741 0.668 0.000 0.216 0.080 NA 0.004
#> GSM153031 4 0.286 0.6925 0.028 0.000 0.080 0.872 NA 0.008
#> GSM153032 3 0.520 0.4963 0.092 0.000 0.704 0.000 NA 0.112
#> GSM153033 3 0.472 0.5239 0.016 0.000 0.732 0.008 NA 0.112
#> GSM153034 3 0.767 0.0218 0.232 0.000 0.316 0.000 NA 0.232
#> GSM153035 3 0.576 0.4704 0.072 0.000 0.640 0.000 NA 0.128
#> GSM153036 3 0.668 0.3919 0.000 0.000 0.516 0.092 NA 0.176
#> GSM153037 3 0.328 0.5793 0.056 0.000 0.840 0.088 NA 0.000
#> GSM153038 3 0.508 0.5406 0.008 0.000 0.720 0.048 NA 0.120
#> GSM153039 6 0.790 0.2366 0.128 0.036 0.112 0.012 NA 0.376
#> GSM153040 6 0.225 0.5504 0.024 0.000 0.016 0.016 NA 0.916
#> GSM153041 1 0.663 0.2782 0.532 0.000 0.212 0.000 NA 0.148
#> GSM153042 4 0.268 0.7055 0.056 0.000 0.000 0.884 NA 0.028
#> GSM153043 1 0.516 0.4480 0.644 0.000 0.268 0.004 NA 0.040
#> GSM153044 6 0.424 0.5364 0.120 0.000 0.012 0.008 NA 0.772
#> GSM153045 6 0.501 0.4477 0.228 0.000 0.012 0.012 NA 0.676
#> GSM153046 6 0.457 0.4786 0.004 0.000 0.064 0.128 NA 0.756
#> GSM153047 6 0.412 0.5359 0.124 0.012 0.004 0.000 NA 0.776
#> GSM153048 1 0.647 0.0249 0.412 0.000 0.024 0.000 NA 0.336
#> GSM153049 1 0.604 0.3196 0.596 0.044 0.008 0.000 NA 0.128
#> GSM153050 1 0.875 -0.0296 0.268 0.116 0.004 0.120 NA 0.232
#> GSM153051 2 0.634 0.2653 0.004 0.468 0.008 0.008 NA 0.192
#> GSM153052 4 0.312 0.6957 0.088 0.000 0.000 0.852 NA 0.036
#> GSM153053 4 0.656 0.3254 0.184 0.000 0.000 0.492 NA 0.268
#> GSM187528 2 0.552 0.6933 0.000 0.648 0.056 0.000 NA 0.096
#> GSM187529 2 0.359 0.7336 0.000 0.804 0.056 0.000 NA 0.008
#> GSM187530 2 0.331 0.7674 0.000 0.800 0.004 0.000 NA 0.024
#> GSM187531 2 0.332 0.7647 0.000 0.752 0.000 0.000 NA 0.008
#> GSM152881 2 0.390 0.7460 0.000 0.680 0.004 0.000 NA 0.012
#> GSM152882 2 0.371 0.7665 0.000 0.748 0.004 0.004 NA 0.016
#> GSM152883 2 0.321 0.7192 0.000 0.804 0.000 0.000 NA 0.028
#> GSM152884 2 0.568 0.6012 0.000 0.632 0.120 0.000 NA 0.052
#> GSM152885 2 0.360 0.7111 0.000 0.784 0.008 0.000 NA 0.032
#> GSM152886 2 0.191 0.7527 0.000 0.900 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM152887 2 0.374 0.7073 0.000 0.772 0.008 0.000 NA 0.036
#> GSM152888 2 0.146 0.7810 0.000 0.936 0.000 0.000 NA 0.008
#> GSM152889 2 0.139 0.7793 0.000 0.932 0.000 0.000 NA 0.000
#> GSM152890 2 0.128 0.7642 0.000 0.944 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM152891 2 0.415 0.7530 0.000 0.676 0.016 0.000 NA 0.012
#> GSM152892 2 0.108 0.7780 0.000 0.956 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM152893 2 0.101 0.7722 0.000 0.960 0.000 0.000 NA 0.004
#> GSM152894 2 0.150 0.7783 0.000 0.936 0.000 0.000 NA 0.012
#> GSM152895 2 0.374 0.7047 0.000 0.780 0.008 0.000 NA 0.044
#> GSM152896 2 0.317 0.7192 0.000 0.808 0.000 0.000 NA 0.028
#> GSM152897 2 0.317 0.7193 0.000 0.808 0.000 0.000 NA 0.028
#> GSM152898 2 0.415 0.7361 0.000 0.640 0.008 0.000 NA 0.012
#> GSM152899 2 0.478 0.7107 0.000 0.592 0.028 0.000 NA 0.020
#> GSM152900 2 0.370 0.7486 0.000 0.688 0.004 0.000 NA 0.004
#> GSM152901 2 0.398 0.7323 0.000 0.640 0.008 0.000 NA 0.004
#> GSM152902 2 0.430 0.7225 0.000 0.620 0.012 0.000 NA 0.012
#> GSM152903 2 0.439 0.7030 0.004 0.600 0.000 0.000 NA 0.024
#> GSM152904 2 0.367 0.7478 0.000 0.688 0.000 0.000 NA 0.008
#> GSM152905 2 0.362 0.7515 0.000 0.700 0.000 0.000 NA 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> SD:NMF 161 1.86e-16 2
#> SD:NMF 46 1.69e-07 3
#> SD:NMF 125 2.07e-21 4
#> SD:NMF 111 1.53e-18 5
#> SD:NMF 91 7.97e-16 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.972 0.962 0.961 0.2961 0.719 0.719
#> 3 3 0.408 0.780 0.872 0.4681 0.978 0.970
#> 4 4 0.356 0.631 0.812 0.1757 0.990 0.986
#> 5 5 0.354 0.514 0.772 0.1015 0.924 0.891
#> 6 6 0.358 0.550 0.750 0.0545 0.946 0.912
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM152823 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> GSM152824 1 0.2043 0.959 0.968 0.032
#> GSM152825 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM152826 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM152827 1 0.1414 0.965 0.980 0.020
#> GSM152828 1 0.7376 0.775 0.792 0.208
#> GSM152829 1 0.5408 0.893 0.876 0.124
#> GSM152830 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM152831 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> GSM152832 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM152833 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM152834 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> GSM152835 1 0.2236 0.960 0.964 0.036
#> GSM152836 1 0.2043 0.959 0.968 0.032
#> GSM152837 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM152838 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> GSM153178 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> GSM153179 1 0.1633 0.970 0.976 0.024
#> GSM153180 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153181 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153183 1 0.2603 0.964 0.956 0.044
#> GSM153184 1 0.1843 0.971 0.972 0.028
#> GSM153185 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> GSM153186 1 0.1633 0.971 0.976 0.024
#> GSM153187 1 0.2043 0.969 0.968 0.032
#> GSM153188 1 0.2603 0.964 0.956 0.044
#> GSM153189 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153190 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM153191 1 0.4939 0.905 0.892 0.108
#> GSM153192 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153193 1 0.1184 0.970 0.984 0.016
#> GSM153194 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM153195 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM153196 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153197 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM153198 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> GSM153199 1 0.2603 0.965 0.956 0.044
#> GSM153200 1 0.3431 0.953 0.936 0.064
#> GSM153201 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153202 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> GSM153203 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> GSM153204 1 0.1843 0.969 0.972 0.028
#> GSM153205 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153206 1 0.2778 0.962 0.952 0.048
#> GSM153207 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153208 1 0.2236 0.957 0.964 0.036
#> GSM153209 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153210 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153211 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> GSM153212 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> GSM153213 1 0.3274 0.958 0.940 0.060
#> GSM153214 1 0.0672 0.971 0.992 0.008
#> GSM153215 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153216 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153217 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> GSM153218 1 0.3274 0.951 0.940 0.060
#> GSM153219 1 0.1633 0.968 0.976 0.024
#> GSM153220 1 0.2423 0.967 0.960 0.040
#> GSM153221 1 0.1414 0.967 0.980 0.020
#> GSM153222 1 0.1633 0.967 0.976 0.024
#> GSM153223 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> GSM153224 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM153225 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153226 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> GSM153227 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM153228 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> GSM153229 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM153230 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM153231 1 0.0938 0.968 0.988 0.012
#> GSM153232 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> GSM153233 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> GSM153234 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM153235 1 0.2948 0.958 0.948 0.052
#> GSM153236 1 0.1184 0.970 0.984 0.016
#> GSM153237 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> GSM152992 1 0.2043 0.969 0.968 0.032
#> GSM152993 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> GSM152994 1 0.1184 0.971 0.984 0.016
#> GSM152995 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> GSM152996 1 0.3733 0.952 0.928 0.072
#> GSM152997 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM152998 1 0.2603 0.967 0.956 0.044
#> GSM152999 1 0.1633 0.971 0.976 0.024
#> GSM153000 1 0.3274 0.960 0.940 0.060
#> GSM153001 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> GSM153002 1 0.2948 0.960 0.948 0.052
#> GSM153003 1 0.4562 0.923 0.904 0.096
#> GSM153004 1 0.9963 0.113 0.536 0.464
#> GSM153005 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> GSM153006 1 0.5842 0.883 0.860 0.140
#> GSM153007 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM153008 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153009 1 0.1633 0.971 0.976 0.024
#> GSM153010 1 0.3114 0.960 0.944 0.056
#> GSM153011 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM153012 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> GSM153013 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM153014 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM153015 1 0.1414 0.971 0.980 0.020
#> GSM153016 1 0.1633 0.971 0.976 0.024
#> GSM153017 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> GSM153018 1 0.2236 0.969 0.964 0.036
#> GSM153019 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM153020 1 0.2236 0.968 0.964 0.036
#> GSM153021 1 0.3431 0.951 0.936 0.064
#> GSM153022 1 0.7453 0.765 0.788 0.212
#> GSM153023 1 0.3114 0.962 0.944 0.056
#> GSM153024 1 0.4161 0.934 0.916 0.084
#> GSM153025 1 0.1633 0.968 0.976 0.024
#> GSM153026 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> GSM153027 1 0.3114 0.946 0.944 0.056
#> GSM153028 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> GSM153029 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> GSM153030 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM153031 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> GSM153032 1 0.3584 0.946 0.932 0.068
#> GSM153033 1 0.1184 0.968 0.984 0.016
#> GSM153034 1 0.2778 0.961 0.952 0.048
#> GSM153035 1 0.4690 0.916 0.900 0.100
#> GSM153036 1 0.2043 0.970 0.968 0.032
#> GSM153037 1 0.1414 0.966 0.980 0.020
#> GSM153038 1 0.2603 0.966 0.956 0.044
#> GSM153039 1 0.2603 0.964 0.956 0.044
#> GSM153040 1 0.2423 0.968 0.960 0.040
#> GSM153041 1 0.2778 0.962 0.952 0.048
#> GSM153042 1 0.0672 0.969 0.992 0.008
#> GSM153043 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> GSM153044 1 0.2043 0.970 0.968 0.032
#> GSM153045 1 0.2043 0.968 0.968 0.032
#> GSM153046 1 0.1843 0.971 0.972 0.028
#> GSM153047 1 0.2043 0.968 0.968 0.032
#> GSM153048 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> GSM153049 1 0.2948 0.958 0.948 0.052
#> GSM153050 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> GSM153051 1 0.3584 0.946 0.932 0.068
#> GSM153052 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> GSM153053 1 0.0672 0.970 0.992 0.008
#> GSM187528 2 0.3114 0.993 0.056 0.944
#> GSM187529 2 0.2778 0.988 0.048 0.952
#> GSM187530 2 0.3114 0.991 0.056 0.944
#> GSM187531 1 0.5629 0.874 0.868 0.132
#> GSM152881 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152882 2 0.3733 0.984 0.072 0.928
#> GSM152883 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152884 2 0.3879 0.973 0.076 0.924
#> GSM152885 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152886 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152887 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152888 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152889 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152890 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152891 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152892 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152893 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152894 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152895 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152896 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152897 2 0.3114 0.995 0.056 0.944
#> GSM152898 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152899 2 0.3431 0.992 0.064 0.936
#> GSM152900 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152901 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152902 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152903 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152904 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
#> GSM152905 2 0.3274 0.995 0.060 0.940
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.1832 0.840 0.956 0.008 0.036
#> GSM152823 1 0.3879 0.783 0.848 0.000 0.152
#> GSM152824 1 0.5988 0.352 0.632 0.000 0.368
#> GSM152825 1 0.1711 0.839 0.960 0.008 0.032
#> GSM152826 1 0.1711 0.839 0.960 0.008 0.032
#> GSM152827 1 0.3941 0.778 0.844 0.000 0.156
#> GSM152828 1 0.8689 0.252 0.596 0.204 0.200
#> GSM152829 1 0.7298 0.573 0.700 0.100 0.200
#> GSM152830 1 0.1711 0.839 0.960 0.008 0.032
#> GSM152831 1 0.2200 0.831 0.940 0.004 0.056
#> GSM152832 1 0.1832 0.839 0.956 0.008 0.036
#> GSM152833 1 0.2384 0.844 0.936 0.008 0.056
#> GSM152834 1 0.2261 0.827 0.932 0.000 0.068
#> GSM152835 1 0.6209 0.343 0.628 0.004 0.368
#> GSM152836 1 0.5988 0.352 0.632 0.000 0.368
#> GSM152837 1 0.2590 0.838 0.924 0.004 0.072
#> GSM152838 1 0.1964 0.835 0.944 0.000 0.056
#> GSM153178 1 0.4280 0.819 0.856 0.020 0.124
#> GSM153179 1 0.3644 0.817 0.872 0.004 0.124
#> GSM153180 1 0.2860 0.842 0.912 0.004 0.084
#> GSM153181 1 0.2584 0.846 0.928 0.008 0.064
#> GSM153183 1 0.5036 0.800 0.808 0.020 0.172
#> GSM153184 1 0.2804 0.846 0.924 0.016 0.060
#> GSM153185 1 0.2356 0.833 0.928 0.000 0.072
#> GSM153186 1 0.2703 0.846 0.928 0.016 0.056
#> GSM153187 1 0.3832 0.835 0.880 0.020 0.100
#> GSM153188 1 0.5778 0.741 0.768 0.032 0.200
#> GSM153189 1 0.3031 0.846 0.912 0.012 0.076
#> GSM153190 1 0.2550 0.844 0.932 0.012 0.056
#> GSM153191 1 0.8370 -0.271 0.500 0.084 0.416
#> GSM153192 1 0.2486 0.843 0.932 0.008 0.060
#> GSM153193 1 0.4047 0.804 0.848 0.004 0.148
#> GSM153194 1 0.3965 0.822 0.860 0.008 0.132
#> GSM153195 1 0.2496 0.846 0.928 0.004 0.068
#> GSM153196 1 0.2486 0.845 0.932 0.008 0.060
#> GSM153197 1 0.2590 0.824 0.924 0.004 0.072
#> GSM153198 1 0.2866 0.842 0.916 0.008 0.076
#> GSM153199 1 0.5731 0.708 0.752 0.020 0.228
#> GSM153200 1 0.6007 0.733 0.768 0.048 0.184
#> GSM153201 1 0.2680 0.845 0.924 0.008 0.068
#> GSM153202 1 0.2537 0.836 0.920 0.000 0.080
#> GSM153203 1 0.2774 0.830 0.920 0.008 0.072
#> GSM153204 1 0.4741 0.784 0.828 0.020 0.152
#> GSM153205 1 0.2945 0.828 0.908 0.004 0.088
#> GSM153206 1 0.5223 0.785 0.800 0.024 0.176
#> GSM153207 1 0.2486 0.848 0.932 0.008 0.060
#> GSM153208 1 0.6026 0.316 0.624 0.000 0.376
#> GSM153209 1 0.2384 0.844 0.936 0.008 0.056
#> GSM153210 1 0.3213 0.843 0.900 0.008 0.092
#> GSM153211 1 0.2866 0.843 0.916 0.008 0.076
#> GSM153212 1 0.2400 0.844 0.932 0.004 0.064
#> GSM153213 1 0.6633 0.621 0.700 0.040 0.260
#> GSM153214 1 0.2400 0.845 0.932 0.004 0.064
#> GSM153215 1 0.2448 0.846 0.924 0.000 0.076
#> GSM153216 1 0.2280 0.844 0.940 0.008 0.052
#> GSM153217 1 0.3551 0.813 0.868 0.000 0.132
#> GSM153218 1 0.5467 0.754 0.792 0.032 0.176
#> GSM153219 1 0.5953 0.584 0.708 0.012 0.280
#> GSM153220 1 0.5843 0.628 0.732 0.016 0.252
#> GSM153221 1 0.5058 0.671 0.756 0.000 0.244
#> GSM153222 1 0.3619 0.798 0.864 0.000 0.136
#> GSM153223 1 0.2356 0.824 0.928 0.000 0.072
#> GSM153224 1 0.2550 0.843 0.932 0.012 0.056
#> GSM153225 1 0.3412 0.831 0.876 0.000 0.124
#> GSM153226 1 0.2448 0.822 0.924 0.000 0.076
#> GSM153227 1 0.2448 0.844 0.924 0.000 0.076
#> GSM153228 1 0.2356 0.823 0.928 0.000 0.072
#> GSM153229 1 0.2496 0.826 0.928 0.004 0.068
#> GSM153230 1 0.2590 0.828 0.924 0.004 0.072
#> GSM153231 1 0.2537 0.822 0.920 0.000 0.080
#> GSM153232 1 0.2261 0.825 0.932 0.000 0.068
#> GSM153233 1 0.2356 0.823 0.928 0.000 0.072
#> GSM153234 1 0.2496 0.825 0.928 0.004 0.068
#> GSM153235 1 0.3967 0.835 0.884 0.044 0.072
#> GSM153236 1 0.2774 0.827 0.920 0.008 0.072
#> GSM153237 1 0.2066 0.834 0.940 0.000 0.060
#> GSM152992 1 0.3771 0.828 0.876 0.012 0.112
#> GSM152993 1 0.3573 0.841 0.876 0.004 0.120
#> GSM152994 1 0.3607 0.834 0.880 0.008 0.112
#> GSM152995 1 0.5858 0.656 0.740 0.020 0.240
#> GSM152996 1 0.6562 0.603 0.700 0.036 0.264
#> GSM152997 1 0.2939 0.848 0.916 0.012 0.072
#> GSM152998 1 0.3769 0.840 0.880 0.016 0.104
#> GSM152999 1 0.2651 0.841 0.928 0.012 0.060
#> GSM153000 1 0.6373 0.640 0.704 0.028 0.268
#> GSM153001 1 0.2845 0.847 0.920 0.012 0.068
#> GSM153002 1 0.5486 0.744 0.780 0.024 0.196
#> GSM153003 1 0.7433 0.524 0.660 0.072 0.268
#> GSM153004 2 0.9547 -0.354 0.320 0.468 0.212
#> GSM153005 1 0.2356 0.826 0.928 0.000 0.072
#> GSM153006 1 0.7703 0.495 0.664 0.104 0.232
#> GSM153007 1 0.2496 0.834 0.928 0.004 0.068
#> GSM153008 1 0.2945 0.845 0.908 0.004 0.088
#> GSM153009 1 0.2749 0.842 0.924 0.012 0.064
#> GSM153010 1 0.4563 0.818 0.852 0.036 0.112
#> GSM153011 1 0.1711 0.839 0.960 0.008 0.032
#> GSM153012 1 0.2096 0.845 0.944 0.004 0.052
#> GSM153013 1 0.2584 0.845 0.928 0.008 0.064
#> GSM153014 1 0.4453 0.802 0.836 0.012 0.152
#> GSM153015 1 0.2939 0.841 0.916 0.012 0.072
#> GSM153016 1 0.2939 0.843 0.916 0.012 0.072
#> GSM153017 1 0.3987 0.821 0.872 0.020 0.108
#> GSM153018 1 0.3771 0.842 0.876 0.012 0.112
#> GSM153019 1 0.3454 0.835 0.888 0.008 0.104
#> GSM153020 1 0.3670 0.834 0.888 0.020 0.092
#> GSM153021 1 0.6446 0.686 0.736 0.052 0.212
#> GSM153022 1 0.8996 0.134 0.560 0.196 0.244
#> GSM153023 1 0.6835 0.601 0.676 0.040 0.284
#> GSM153024 1 0.7277 0.531 0.660 0.060 0.280
#> GSM153025 1 0.5754 0.578 0.700 0.004 0.296
#> GSM153026 1 0.3618 0.841 0.884 0.012 0.104
#> GSM153027 3 0.5588 0.000 0.276 0.004 0.720
#> GSM153028 1 0.3043 0.844 0.908 0.008 0.084
#> GSM153029 1 0.4810 0.805 0.832 0.028 0.140
#> GSM153030 1 0.2590 0.850 0.924 0.004 0.072
#> GSM153031 1 0.3193 0.842 0.896 0.004 0.100
#> GSM153032 1 0.6820 0.632 0.700 0.052 0.248
#> GSM153033 1 0.6359 0.161 0.592 0.004 0.404
#> GSM153034 1 0.6124 0.712 0.744 0.036 0.220
#> GSM153035 1 0.7898 0.407 0.616 0.084 0.300
#> GSM153036 1 0.4465 0.805 0.820 0.004 0.176
#> GSM153037 1 0.5678 0.500 0.684 0.000 0.316
#> GSM153038 1 0.5986 0.691 0.736 0.024 0.240
#> GSM153039 1 0.4483 0.817 0.848 0.024 0.128
#> GSM153040 1 0.4136 0.827 0.864 0.020 0.116
#> GSM153041 1 0.5728 0.729 0.772 0.032 0.196
#> GSM153042 1 0.2448 0.823 0.924 0.000 0.076
#> GSM153043 1 0.3272 0.836 0.892 0.004 0.104
#> GSM153044 1 0.3921 0.829 0.872 0.016 0.112
#> GSM153045 1 0.3752 0.829 0.884 0.020 0.096
#> GSM153046 1 0.3607 0.839 0.880 0.008 0.112
#> GSM153047 1 0.3910 0.826 0.876 0.020 0.104
#> GSM153048 1 0.3910 0.823 0.876 0.020 0.104
#> GSM153049 1 0.4676 0.812 0.848 0.040 0.112
#> GSM153050 1 0.2590 0.828 0.924 0.004 0.072
#> GSM153051 1 0.4945 0.804 0.840 0.056 0.104
#> GSM153052 1 0.1964 0.835 0.944 0.000 0.056
#> GSM153053 1 0.1964 0.835 0.944 0.000 0.056
#> GSM187528 2 0.0829 0.960 0.004 0.984 0.012
#> GSM187529 2 0.0424 0.960 0.000 0.992 0.008
#> GSM187530 2 0.1015 0.954 0.008 0.980 0.012
#> GSM187531 1 0.6168 0.721 0.780 0.124 0.096
#> GSM152881 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152882 2 0.1031 0.937 0.024 0.976 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.2176 0.924 0.020 0.948 0.032
#> GSM152885 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0237 0.964 0.004 0.996 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.965 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152899 2 0.0592 0.955 0.012 0.988 0.000
#> GSM152900 2 0.0424 0.961 0.008 0.992 0.000
#> GSM152901 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152902 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152903 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152904 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
#> GSM152905 2 0.0237 0.965 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.1978 0.74881 0.928 0.000 0.004 0.068
#> GSM152823 1 0.4364 0.63547 0.764 0.000 0.016 0.220
#> GSM152824 1 0.6998 -0.27252 0.468 0.000 0.116 0.416
#> GSM152825 1 0.1902 0.74536 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM152826 1 0.1902 0.74536 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM152827 1 0.4434 0.62377 0.756 0.000 0.016 0.228
#> GSM152828 1 0.8500 -0.33357 0.432 0.184 0.044 0.340
#> GSM152829 1 0.7459 0.08476 0.544 0.084 0.040 0.332
#> GSM152830 1 0.1902 0.74536 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM152831 1 0.2611 0.72768 0.896 0.000 0.008 0.096
#> GSM152832 1 0.1792 0.74560 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM152833 1 0.2329 0.75101 0.916 0.000 0.012 0.072
#> GSM152834 1 0.2831 0.71062 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM152835 1 0.7001 -0.28740 0.464 0.000 0.116 0.420
#> GSM152836 1 0.6998 -0.27252 0.468 0.000 0.116 0.416
#> GSM152837 1 0.2704 0.73175 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM152838 1 0.2081 0.73270 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM153178 1 0.4195 0.71596 0.812 0.012 0.016 0.160
#> GSM153179 1 0.3810 0.69807 0.804 0.000 0.008 0.188
#> GSM153180 1 0.2918 0.74376 0.876 0.000 0.008 0.116
#> GSM153181 1 0.2011 0.75289 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM153183 1 0.4788 0.68105 0.744 0.008 0.016 0.232
#> GSM153184 1 0.3315 0.74950 0.872 0.008 0.016 0.104
#> GSM153185 1 0.2654 0.72620 0.888 0.000 0.004 0.108
#> GSM153186 1 0.2597 0.75329 0.904 0.008 0.004 0.084
#> GSM153187 1 0.3854 0.73461 0.828 0.008 0.012 0.152
#> GSM153188 1 0.5461 0.59319 0.688 0.016 0.020 0.276
#> GSM153189 1 0.2839 0.74741 0.884 0.004 0.004 0.108
#> GSM153190 1 0.2384 0.75049 0.916 0.004 0.008 0.072
#> GSM153191 4 0.8196 0.00000 0.276 0.024 0.228 0.472
#> GSM153192 1 0.2266 0.75311 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM153193 1 0.4675 0.61861 0.736 0.000 0.020 0.244
#> GSM153194 1 0.4504 0.69393 0.772 0.004 0.020 0.204
#> GSM153195 1 0.2480 0.75514 0.904 0.000 0.008 0.088
#> GSM153196 1 0.2675 0.75538 0.892 0.000 0.008 0.100
#> GSM153197 1 0.2831 0.70778 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM153198 1 0.2918 0.74781 0.876 0.000 0.008 0.116
#> GSM153199 1 0.6670 0.40686 0.608 0.008 0.096 0.288
#> GSM153200 1 0.6072 0.51733 0.664 0.020 0.044 0.272
#> GSM153201 1 0.3160 0.75126 0.868 0.004 0.008 0.120
#> GSM153202 1 0.2589 0.73206 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM153203 1 0.2859 0.72360 0.880 0.000 0.008 0.112
#> GSM153204 1 0.5261 0.64843 0.736 0.012 0.036 0.216
#> GSM153205 1 0.3498 0.70937 0.832 0.000 0.008 0.160
#> GSM153206 1 0.5208 0.67019 0.736 0.012 0.032 0.220
#> GSM153207 1 0.2401 0.75785 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM153208 1 0.7049 -0.22046 0.484 0.000 0.124 0.392
#> GSM153209 1 0.2402 0.75123 0.912 0.000 0.012 0.076
#> GSM153210 1 0.3377 0.74703 0.848 0.000 0.012 0.140
#> GSM153211 1 0.3462 0.74655 0.860 0.004 0.020 0.116
#> GSM153212 1 0.2281 0.75342 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM153213 1 0.7119 0.33315 0.572 0.024 0.088 0.316
#> GSM153214 1 0.2973 0.75360 0.884 0.000 0.020 0.096
#> GSM153215 1 0.3224 0.75156 0.864 0.000 0.016 0.120
#> GSM153216 1 0.2271 0.75058 0.916 0.000 0.008 0.076
#> GSM153217 1 0.4423 0.69814 0.792 0.000 0.040 0.168
#> GSM153218 1 0.6422 0.43212 0.628 0.008 0.080 0.284
#> GSM153219 1 0.7465 -0.21184 0.504 0.004 0.172 0.320
#> GSM153220 1 0.6371 0.16104 0.564 0.008 0.052 0.376
#> GSM153221 1 0.6544 0.30785 0.604 0.000 0.112 0.284
#> GSM153222 1 0.4175 0.65453 0.776 0.000 0.012 0.212
#> GSM153223 1 0.2921 0.70676 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM153224 1 0.2665 0.74941 0.900 0.004 0.008 0.088
#> GSM153225 1 0.4507 0.72594 0.788 0.000 0.044 0.168
#> GSM153226 1 0.3074 0.70315 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM153227 1 0.2799 0.74838 0.884 0.000 0.008 0.108
#> GSM153228 1 0.2831 0.70894 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM153229 1 0.2714 0.71321 0.884 0.000 0.004 0.112
#> GSM153230 1 0.3088 0.71301 0.864 0.000 0.008 0.128
#> GSM153231 1 0.2814 0.70842 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM153232 1 0.2814 0.71132 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM153233 1 0.2831 0.70894 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM153234 1 0.2888 0.70850 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM153235 1 0.4287 0.72537 0.808 0.032 0.004 0.156
#> GSM153236 1 0.2976 0.71021 0.872 0.008 0.000 0.120
#> GSM153237 1 0.2149 0.73112 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM152992 1 0.3662 0.73308 0.836 0.004 0.012 0.148
#> GSM152993 1 0.3647 0.74836 0.832 0.000 0.016 0.152
#> GSM152994 1 0.4462 0.70322 0.792 0.000 0.044 0.164
#> GSM152995 1 0.7153 0.00257 0.520 0.008 0.112 0.360
#> GSM152996 1 0.6895 0.01669 0.520 0.016 0.068 0.396
#> GSM152997 1 0.3712 0.74934 0.832 0.004 0.012 0.152
#> GSM152998 1 0.3780 0.74217 0.832 0.004 0.016 0.148
#> GSM152999 1 0.2466 0.74499 0.900 0.004 0.000 0.096
#> GSM153000 1 0.6782 0.06219 0.524 0.008 0.076 0.392
#> GSM153001 1 0.3575 0.75307 0.852 0.004 0.020 0.124
#> GSM153002 1 0.6310 0.47723 0.644 0.016 0.060 0.280
#> GSM153003 1 0.8029 -0.05886 0.488 0.048 0.116 0.348
#> GSM153004 2 0.9195 -0.23463 0.208 0.436 0.108 0.248
#> GSM153005 1 0.2647 0.71077 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM153006 1 0.8056 -0.14467 0.480 0.068 0.088 0.364
#> GSM153007 1 0.2773 0.72716 0.880 0.000 0.004 0.116
#> GSM153008 1 0.3047 0.75357 0.872 0.000 0.012 0.116
#> GSM153009 1 0.2665 0.74570 0.900 0.004 0.008 0.088
#> GSM153010 1 0.4229 0.71784 0.820 0.016 0.020 0.144
#> GSM153011 1 0.1902 0.74536 0.932 0.000 0.004 0.064
#> GSM153012 1 0.2412 0.75591 0.908 0.000 0.008 0.084
#> GSM153013 1 0.2530 0.75376 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM153014 1 0.4824 0.66962 0.744 0.004 0.024 0.228
#> GSM153015 1 0.2983 0.74878 0.880 0.004 0.008 0.108
#> GSM153016 1 0.3171 0.74687 0.876 0.004 0.016 0.104
#> GSM153017 1 0.3829 0.71790 0.828 0.004 0.016 0.152
#> GSM153018 1 0.3901 0.74402 0.816 0.004 0.012 0.168
#> GSM153019 1 0.3380 0.73917 0.852 0.004 0.008 0.136
#> GSM153020 1 0.3560 0.73706 0.844 0.004 0.012 0.140
#> GSM153021 1 0.6326 0.50748 0.648 0.036 0.036 0.280
#> GSM153022 1 0.8949 -0.27565 0.428 0.160 0.092 0.320
#> GSM153023 1 0.7643 0.21382 0.548 0.028 0.136 0.288
#> GSM153024 1 0.7769 0.14871 0.516 0.040 0.108 0.336
#> GSM153025 1 0.7191 -0.16053 0.500 0.000 0.148 0.352
#> GSM153026 1 0.4088 0.73440 0.824 0.008 0.024 0.144
#> GSM153027 3 0.6238 0.00000 0.112 0.000 0.652 0.236
#> GSM153028 1 0.3403 0.74600 0.864 0.004 0.020 0.112
#> GSM153029 1 0.4885 0.68556 0.760 0.016 0.020 0.204
#> GSM153030 1 0.3047 0.75946 0.872 0.000 0.012 0.116
#> GSM153031 1 0.3554 0.74349 0.844 0.000 0.020 0.136
#> GSM153032 1 0.7190 0.41835 0.592 0.044 0.072 0.292
#> GSM153033 1 0.7825 -0.53201 0.404 0.004 0.380 0.212
#> GSM153034 1 0.6460 0.49504 0.632 0.020 0.060 0.288
#> GSM153035 1 0.8355 0.05889 0.508 0.076 0.124 0.292
#> GSM153036 1 0.5198 0.63527 0.708 0.000 0.040 0.252
#> GSM153037 1 0.7450 -0.06697 0.508 0.000 0.228 0.264
#> GSM153038 1 0.6858 0.44572 0.628 0.016 0.116 0.240
#> GSM153039 1 0.4132 0.71162 0.804 0.008 0.012 0.176
#> GSM153040 1 0.4140 0.71765 0.812 0.004 0.024 0.160
#> GSM153041 1 0.5855 0.57670 0.688 0.020 0.040 0.252
#> GSM153042 1 0.3032 0.71054 0.868 0.000 0.008 0.124
#> GSM153043 1 0.3712 0.73640 0.832 0.004 0.012 0.152
#> GSM153044 1 0.3940 0.72368 0.824 0.004 0.020 0.152
#> GSM153045 1 0.3651 0.72884 0.844 0.008 0.012 0.136
#> GSM153046 1 0.3972 0.73426 0.816 0.004 0.016 0.164
#> GSM153047 1 0.3995 0.71811 0.824 0.004 0.024 0.148
#> GSM153048 1 0.3829 0.71813 0.828 0.004 0.016 0.152
#> GSM153049 1 0.4314 0.71282 0.812 0.024 0.012 0.152
#> GSM153050 1 0.2589 0.71322 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM153051 1 0.4735 0.70232 0.792 0.040 0.012 0.156
#> GSM153052 1 0.2081 0.73270 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM153053 1 0.2081 0.73270 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM187528 2 0.0859 0.95556 0.004 0.980 0.008 0.008
#> GSM187529 2 0.0657 0.95427 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM187530 2 0.1124 0.94784 0.004 0.972 0.012 0.012
#> GSM187531 1 0.5764 0.62455 0.736 0.112 0.012 0.140
#> GSM152881 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0817 0.93348 0.024 0.976 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.2996 0.86900 0.000 0.892 0.064 0.044
#> GSM152885 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0188 0.96218 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.96382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0524 0.95726 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM152900 2 0.0336 0.95896 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0188 0.96351 0.004 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.2585 0.6683 0.896 0.000 0.064 0.036 0.004
#> GSM152823 1 0.4291 0.4250 0.704 0.000 0.016 0.276 0.004
#> GSM152824 4 0.4841 0.7912 0.376 0.000 0.016 0.600 0.008
#> GSM152825 1 0.2396 0.6648 0.904 0.000 0.068 0.024 0.004
#> GSM152826 1 0.2396 0.6648 0.904 0.000 0.068 0.024 0.004
#> GSM152827 1 0.4337 0.4088 0.696 0.000 0.016 0.284 0.004
#> GSM152828 1 0.8855 -0.5622 0.308 0.176 0.224 0.276 0.016
#> GSM152829 1 0.8067 -0.4034 0.424 0.080 0.200 0.284 0.012
#> GSM152830 1 0.2396 0.6648 0.904 0.000 0.068 0.024 0.004
#> GSM152831 1 0.2694 0.6168 0.864 0.000 0.004 0.128 0.004
#> GSM152832 1 0.2300 0.6651 0.904 0.000 0.072 0.024 0.000
#> GSM152833 1 0.2464 0.6689 0.904 0.000 0.048 0.044 0.004
#> GSM152834 1 0.2890 0.5802 0.836 0.000 0.004 0.160 0.000
#> GSM152835 4 0.4829 0.7879 0.372 0.000 0.016 0.604 0.008
#> GSM152836 4 0.4841 0.7912 0.376 0.000 0.016 0.600 0.008
#> GSM152837 1 0.3016 0.6238 0.848 0.000 0.020 0.132 0.000
#> GSM152838 1 0.2358 0.6300 0.888 0.000 0.008 0.104 0.000
#> GSM153178 1 0.4419 0.5771 0.756 0.008 0.196 0.036 0.004
#> GSM153179 1 0.4033 0.5526 0.760 0.000 0.024 0.212 0.004
#> GSM153180 1 0.3170 0.6446 0.848 0.000 0.024 0.124 0.004
#> GSM153181 1 0.2376 0.6720 0.904 0.000 0.052 0.044 0.000
#> GSM153183 1 0.5213 0.4984 0.680 0.000 0.224 0.092 0.004
#> GSM153184 1 0.4227 0.6289 0.804 0.004 0.072 0.108 0.012
#> GSM153185 1 0.2818 0.6100 0.856 0.000 0.012 0.132 0.000
#> GSM153186 1 0.2787 0.6726 0.880 0.000 0.088 0.028 0.004
#> GSM153187 1 0.4448 0.6235 0.784 0.004 0.144 0.048 0.020
#> GSM153188 1 0.5438 0.2131 0.604 0.012 0.340 0.040 0.004
#> GSM153189 1 0.3289 0.6452 0.844 0.000 0.048 0.108 0.000
#> GSM153190 1 0.2867 0.6706 0.880 0.000 0.072 0.044 0.004
#> GSM153191 4 0.7951 -0.2014 0.196 0.008 0.156 0.492 0.148
#> GSM153192 1 0.2795 0.6636 0.880 0.000 0.056 0.064 0.000
#> GSM153193 1 0.5184 0.2989 0.660 0.000 0.044 0.280 0.016
#> GSM153194 1 0.5053 0.5240 0.728 0.000 0.092 0.164 0.016
#> GSM153195 1 0.3021 0.6628 0.872 0.000 0.060 0.064 0.004
#> GSM153196 1 0.2927 0.6735 0.872 0.000 0.068 0.060 0.000
#> GSM153197 1 0.2690 0.5832 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> GSM153198 1 0.3086 0.6647 0.864 0.000 0.092 0.040 0.004
#> GSM153199 1 0.6916 -0.4714 0.464 0.004 0.392 0.088 0.052
#> GSM153200 1 0.6707 0.0515 0.564 0.012 0.252 0.156 0.016
#> GSM153201 1 0.3635 0.6601 0.828 0.000 0.112 0.056 0.004
#> GSM153202 1 0.3016 0.6196 0.848 0.000 0.020 0.132 0.000
#> GSM153203 1 0.2707 0.6126 0.860 0.000 0.008 0.132 0.000
#> GSM153204 1 0.4899 0.4107 0.680 0.004 0.276 0.032 0.008
#> GSM153205 1 0.3745 0.5695 0.780 0.000 0.024 0.196 0.000
#> GSM153206 1 0.5477 0.4782 0.672 0.000 0.216 0.100 0.012
#> GSM153207 1 0.2992 0.6746 0.868 0.000 0.064 0.068 0.000
#> GSM153208 4 0.5128 0.7549 0.392 0.000 0.008 0.572 0.028
#> GSM153209 1 0.2538 0.6674 0.900 0.000 0.048 0.048 0.004
#> GSM153210 1 0.3619 0.6571 0.828 0.000 0.124 0.040 0.008
#> GSM153211 1 0.3427 0.6622 0.844 0.000 0.096 0.056 0.004
#> GSM153212 1 0.2708 0.6651 0.884 0.000 0.072 0.044 0.000
#> GSM153213 1 0.6721 -0.4442 0.476 0.016 0.404 0.076 0.028
#> GSM153214 1 0.3386 0.6589 0.856 0.000 0.068 0.064 0.012
#> GSM153215 1 0.3757 0.6465 0.828 0.000 0.076 0.088 0.008
#> GSM153216 1 0.2304 0.6676 0.908 0.000 0.048 0.044 0.000
#> GSM153217 1 0.4771 0.5679 0.752 0.000 0.052 0.168 0.028
#> GSM153218 1 0.7358 -0.3410 0.480 0.000 0.292 0.164 0.064
#> GSM153219 1 0.7667 -0.6433 0.400 0.000 0.112 0.368 0.120
#> GSM153220 1 0.6562 -0.5115 0.480 0.004 0.076 0.404 0.036
#> GSM153221 1 0.6908 -0.3450 0.520 0.000 0.068 0.316 0.096
#> GSM153222 1 0.4286 0.4705 0.716 0.000 0.020 0.260 0.004
#> GSM153223 1 0.3304 0.5725 0.816 0.000 0.016 0.168 0.000
#> GSM153224 1 0.3161 0.6661 0.860 0.000 0.092 0.044 0.004
#> GSM153225 1 0.5097 0.5756 0.728 0.000 0.108 0.148 0.016
#> GSM153226 1 0.3381 0.5694 0.808 0.000 0.016 0.176 0.000
#> GSM153227 1 0.3059 0.6545 0.860 0.000 0.028 0.108 0.004
#> GSM153228 1 0.3013 0.5807 0.832 0.000 0.008 0.160 0.000
#> GSM153229 1 0.2605 0.5904 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM153230 1 0.2971 0.5905 0.836 0.000 0.008 0.156 0.000
#> GSM153231 1 0.3163 0.5776 0.824 0.000 0.012 0.164 0.000
#> GSM153232 1 0.3224 0.5814 0.824 0.000 0.016 0.160 0.000
#> GSM153233 1 0.2773 0.5808 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> GSM153234 1 0.2732 0.5831 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM153235 1 0.4832 0.6098 0.772 0.032 0.076 0.116 0.004
#> GSM153236 1 0.3087 0.5859 0.836 0.008 0.004 0.152 0.000
#> GSM153237 1 0.2411 0.6275 0.884 0.000 0.008 0.108 0.000
#> GSM152992 1 0.3950 0.6260 0.796 0.004 0.152 0.048 0.000
#> GSM152993 1 0.4386 0.6343 0.788 0.000 0.080 0.116 0.016
#> GSM152994 1 0.5017 0.5399 0.744 0.000 0.060 0.156 0.040
#> GSM152995 1 0.7896 -0.4504 0.392 0.000 0.244 0.284 0.080
#> GSM152996 1 0.7594 -0.4205 0.396 0.004 0.232 0.328 0.040
#> GSM152997 1 0.4543 0.6389 0.768 0.000 0.120 0.104 0.008
#> GSM152998 1 0.4525 0.6357 0.772 0.000 0.132 0.084 0.012
#> GSM152999 1 0.2932 0.6568 0.864 0.000 0.104 0.032 0.000
#> GSM153000 1 0.7368 -0.4868 0.388 0.000 0.280 0.304 0.028
#> GSM153001 1 0.4085 0.6515 0.804 0.000 0.084 0.104 0.008
#> GSM153002 1 0.6631 -0.1823 0.544 0.004 0.316 0.100 0.036
#> GSM153003 3 0.7868 0.5184 0.316 0.028 0.456 0.140 0.060
#> GSM153004 2 0.7952 -0.1662 0.132 0.408 0.368 0.060 0.032
#> GSM153005 1 0.2806 0.5889 0.844 0.000 0.004 0.152 0.000
#> GSM153006 1 0.8696 -0.5794 0.348 0.036 0.268 0.264 0.084
#> GSM153007 1 0.3011 0.6136 0.844 0.000 0.016 0.140 0.000
#> GSM153008 1 0.3270 0.6647 0.852 0.000 0.044 0.100 0.004
#> GSM153009 1 0.2928 0.6619 0.872 0.000 0.092 0.032 0.004
#> GSM153010 1 0.4196 0.5958 0.776 0.012 0.176 0.036 0.000
#> GSM153011 1 0.2396 0.6648 0.904 0.000 0.068 0.024 0.004
#> GSM153012 1 0.2650 0.6680 0.892 0.000 0.036 0.068 0.004
#> GSM153013 1 0.2820 0.6662 0.884 0.000 0.056 0.056 0.004
#> GSM153014 1 0.5041 0.4844 0.700 0.004 0.236 0.048 0.012
#> GSM153015 1 0.3289 0.6605 0.844 0.000 0.108 0.048 0.000
#> GSM153016 1 0.3888 0.6483 0.816 0.000 0.112 0.064 0.008
#> GSM153017 1 0.4122 0.5935 0.780 0.004 0.176 0.036 0.004
#> GSM153018 1 0.4513 0.6442 0.764 0.000 0.104 0.128 0.004
#> GSM153019 1 0.3740 0.6456 0.820 0.000 0.128 0.044 0.008
#> GSM153020 1 0.4074 0.6322 0.800 0.004 0.144 0.044 0.008
#> GSM153021 1 0.5893 -0.0789 0.552 0.024 0.380 0.032 0.012
#> GSM153022 3 0.8242 0.4275 0.272 0.108 0.476 0.068 0.076
#> GSM153023 1 0.7831 -0.3917 0.464 0.012 0.300 0.120 0.104
#> GSM153024 3 0.6764 0.4995 0.396 0.028 0.488 0.056 0.032
#> GSM153025 1 0.7626 -0.5873 0.416 0.000 0.120 0.356 0.108
#> GSM153026 1 0.4123 0.6454 0.804 0.004 0.132 0.048 0.012
#> GSM153027 5 0.5119 0.3339 0.048 0.000 0.068 0.140 0.744
#> GSM153028 1 0.3520 0.6589 0.840 0.000 0.080 0.076 0.004
#> GSM153029 1 0.4895 0.5136 0.704 0.008 0.240 0.044 0.004
#> GSM153030 1 0.3459 0.6759 0.844 0.000 0.080 0.072 0.004
#> GSM153031 1 0.3845 0.6398 0.824 0.000 0.064 0.100 0.012
#> GSM153032 1 0.7029 -0.3413 0.488 0.032 0.364 0.096 0.020
#> GSM153033 5 0.8258 -0.1827 0.272 0.000 0.256 0.124 0.348
#> GSM153034 1 0.5923 -0.1704 0.536 0.012 0.392 0.048 0.012
#> GSM153035 1 0.7674 -0.6082 0.412 0.060 0.408 0.048 0.072
#> GSM153036 1 0.6028 0.3371 0.628 0.000 0.240 0.104 0.028
#> GSM153037 1 0.8124 -0.3894 0.416 0.000 0.140 0.208 0.236
#> GSM153038 1 0.7109 -0.2295 0.516 0.004 0.304 0.116 0.060
#> GSM153039 1 0.4795 0.5592 0.744 0.008 0.188 0.048 0.012
#> GSM153040 1 0.4525 0.5929 0.760 0.004 0.168 0.064 0.004
#> GSM153041 1 0.5427 0.1810 0.604 0.008 0.344 0.032 0.012
#> GSM153042 1 0.3088 0.5843 0.828 0.000 0.004 0.164 0.004
#> GSM153043 1 0.3918 0.6366 0.804 0.000 0.144 0.044 0.008
#> GSM153044 1 0.4322 0.6059 0.776 0.004 0.160 0.056 0.004
#> GSM153045 1 0.3934 0.6096 0.792 0.008 0.168 0.032 0.000
#> GSM153046 1 0.4582 0.6319 0.772 0.004 0.128 0.088 0.008
#> GSM153047 1 0.4303 0.5934 0.772 0.004 0.172 0.048 0.004
#> GSM153048 1 0.4122 0.5934 0.780 0.004 0.176 0.036 0.004
#> GSM153049 1 0.4400 0.5843 0.768 0.024 0.176 0.032 0.000
#> GSM153050 1 0.2763 0.5920 0.848 0.000 0.004 0.148 0.000
#> GSM153051 1 0.4799 0.5788 0.760 0.040 0.160 0.036 0.004
#> GSM153052 1 0.2358 0.6300 0.888 0.000 0.008 0.104 0.000
#> GSM153053 1 0.2358 0.6300 0.888 0.000 0.008 0.104 0.000
#> GSM187528 2 0.1235 0.9461 0.004 0.964 0.016 0.004 0.012
#> GSM187529 2 0.1518 0.9350 0.000 0.952 0.016 0.012 0.020
#> GSM187530 2 0.1679 0.9327 0.004 0.948 0.020 0.012 0.016
#> GSM187531 1 0.5598 0.4738 0.708 0.112 0.144 0.032 0.004
#> GSM152881 2 0.0162 0.9618 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0703 0.9361 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.4024 0.8074 0.000 0.828 0.060 0.052 0.060
#> GSM152885 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0162 0.9609 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0162 0.9618 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9624 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0324 0.9613 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM152899 2 0.0740 0.9542 0.008 0.980 0.008 0.000 0.004
#> GSM152900 2 0.0290 0.9578 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0324 0.9613 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM152902 2 0.0162 0.9618 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0324 0.9613 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> GSM152904 2 0.0162 0.9618 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0162 0.9618 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.2357 0.6808 0.872 0.000 0.012 0.116 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.4470 0.4640 0.684 0.000 0.008 0.256 0.000 0.052
#> GSM152824 4 0.6614 0.5685 0.312 0.000 0.024 0.336 0.000 0.328
#> GSM152825 1 0.2266 0.6768 0.880 0.000 0.012 0.108 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.2266 0.6768 0.880 0.000 0.012 0.108 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.4548 0.4496 0.676 0.000 0.008 0.260 0.000 0.056
#> GSM152828 3 0.7548 0.3762 0.240 0.176 0.408 0.168 0.000 0.008
#> GSM152829 3 0.7145 0.5003 0.364 0.080 0.388 0.156 0.000 0.012
#> GSM152830 1 0.2266 0.6768 0.880 0.000 0.012 0.108 0.000 0.000
#> GSM152831 1 0.2320 0.6406 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.2357 0.6768 0.872 0.000 0.012 0.116 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.2118 0.6823 0.888 0.000 0.008 0.104 0.000 0.000
#> GSM152834 1 0.2706 0.6141 0.832 0.000 0.000 0.160 0.000 0.008
#> GSM152835 4 0.6612 0.5554 0.308 0.000 0.024 0.336 0.000 0.332
#> GSM152836 4 0.6614 0.5685 0.312 0.000 0.024 0.336 0.000 0.328
#> GSM152837 1 0.2653 0.6503 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012
#> GSM152838 1 0.1957 0.6527 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM153178 1 0.4084 0.5979 0.724 0.008 0.020 0.240 0.008 0.000
#> GSM153179 1 0.4186 0.5757 0.744 0.000 0.008 0.180 0.000 0.068
#> GSM153180 1 0.3210 0.6642 0.832 0.000 0.012 0.124 0.000 0.032
#> GSM153181 1 0.2261 0.6872 0.884 0.000 0.008 0.104 0.000 0.004
#> GSM153183 1 0.4545 0.5332 0.660 0.000 0.044 0.288 0.004 0.004
#> GSM153184 1 0.3817 0.6461 0.796 0.004 0.060 0.132 0.004 0.004
#> GSM153185 1 0.2655 0.6338 0.848 0.000 0.004 0.140 0.000 0.008
#> GSM153186 1 0.2587 0.6856 0.868 0.000 0.020 0.108 0.000 0.004
#> GSM153187 1 0.4123 0.6354 0.748 0.004 0.028 0.204 0.012 0.004
#> GSM153188 1 0.5330 0.2939 0.556 0.008 0.056 0.368 0.004 0.008
#> GSM153189 1 0.2944 0.6652 0.832 0.000 0.008 0.148 0.000 0.012
#> GSM153190 1 0.2613 0.6820 0.848 0.000 0.012 0.140 0.000 0.000
#> GSM153191 6 0.8574 0.0000 0.164 0.004 0.216 0.204 0.076 0.336
#> GSM153192 1 0.2320 0.6791 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000 0.000
#> GSM153193 1 0.4917 0.3031 0.632 0.000 0.024 0.308 0.008 0.028
#> GSM153194 1 0.4621 0.5247 0.684 0.000 0.048 0.252 0.004 0.012
#> GSM153195 1 0.2933 0.6764 0.848 0.000 0.016 0.124 0.004 0.008
#> GSM153196 1 0.2673 0.6866 0.852 0.000 0.012 0.132 0.004 0.000
#> GSM153197 1 0.2520 0.6129 0.844 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004
#> GSM153198 1 0.2768 0.6725 0.832 0.000 0.012 0.156 0.000 0.000
#> GSM153199 1 0.7820 -0.4437 0.372 0.000 0.196 0.304 0.064 0.064
#> GSM153200 1 0.6017 -0.0347 0.516 0.008 0.200 0.272 0.004 0.000
#> GSM153201 1 0.3338 0.6722 0.800 0.000 0.020 0.172 0.000 0.008
#> GSM153202 1 0.2734 0.6421 0.840 0.000 0.008 0.148 0.000 0.004
#> GSM153203 1 0.2442 0.6422 0.852 0.000 0.004 0.144 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.5128 0.4574 0.644 0.000 0.044 0.276 0.012 0.024
#> GSM153205 1 0.3652 0.6004 0.768 0.000 0.004 0.196 0.000 0.032
#> GSM153206 1 0.4735 0.5033 0.644 0.000 0.056 0.292 0.004 0.004
#> GSM153207 1 0.2573 0.6898 0.856 0.000 0.008 0.132 0.000 0.004
#> GSM153208 4 0.6963 0.5293 0.328 0.000 0.016 0.340 0.024 0.292
#> GSM153209 1 0.2425 0.6829 0.880 0.000 0.008 0.100 0.000 0.012
#> GSM153210 1 0.3494 0.6613 0.788 0.000 0.016 0.184 0.004 0.008
#> GSM153211 1 0.3456 0.6623 0.800 0.000 0.028 0.164 0.004 0.004
#> GSM153212 1 0.2566 0.6772 0.868 0.000 0.012 0.112 0.000 0.008
#> GSM153213 1 0.7163 -0.2555 0.416 0.016 0.164 0.352 0.032 0.020
#> GSM153214 1 0.3220 0.6658 0.832 0.000 0.028 0.128 0.004 0.008
#> GSM153215 1 0.3757 0.6611 0.812 0.000 0.024 0.124 0.016 0.024
#> GSM153216 1 0.2101 0.6813 0.892 0.000 0.004 0.100 0.000 0.004
#> GSM153217 1 0.4863 0.5689 0.720 0.000 0.036 0.184 0.016 0.044
#> GSM153218 1 0.7480 -0.5316 0.392 0.000 0.324 0.176 0.028 0.080
#> GSM153219 1 0.8170 -0.6322 0.332 0.000 0.104 0.268 0.060 0.236
#> GSM153220 1 0.6986 -0.5576 0.420 0.004 0.092 0.376 0.012 0.096
#> GSM153221 1 0.7273 -0.3329 0.472 0.000 0.076 0.300 0.076 0.076
#> GSM153222 1 0.4296 0.5055 0.700 0.000 0.004 0.244 0.000 0.052
#> GSM153223 1 0.2955 0.6047 0.816 0.000 0.004 0.172 0.000 0.008
#> GSM153224 1 0.2768 0.6765 0.832 0.000 0.012 0.156 0.000 0.000
#> GSM153225 1 0.5195 0.5660 0.704 0.000 0.036 0.176 0.024 0.060
#> GSM153226 1 0.3023 0.6039 0.808 0.000 0.004 0.180 0.000 0.008
#> GSM153227 1 0.3058 0.6730 0.840 0.000 0.012 0.124 0.000 0.024
#> GSM153228 1 0.2632 0.6096 0.832 0.000 0.000 0.164 0.000 0.004
#> GSM153229 1 0.2340 0.6179 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.2595 0.6185 0.836 0.000 0.004 0.160 0.000 0.000
#> GSM153231 1 0.2946 0.6081 0.824 0.000 0.004 0.160 0.000 0.012
#> GSM153232 1 0.2809 0.6101 0.824 0.000 0.004 0.168 0.000 0.004
#> GSM153233 1 0.2669 0.6100 0.836 0.000 0.000 0.156 0.000 0.008
#> GSM153234 1 0.2558 0.6120 0.840 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004
#> GSM153235 1 0.4156 0.6300 0.756 0.032 0.024 0.184 0.000 0.004
#> GSM153236 1 0.2773 0.6140 0.836 0.008 0.000 0.152 0.000 0.004
#> GSM153237 1 0.2003 0.6508 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM152992 1 0.3329 0.6461 0.768 0.004 0.000 0.220 0.008 0.000
#> GSM152993 1 0.3948 0.6468 0.772 0.000 0.032 0.176 0.008 0.012
#> GSM152994 1 0.4807 0.5449 0.700 0.000 0.032 0.224 0.028 0.016
#> GSM152995 3 0.7571 0.4040 0.344 0.000 0.352 0.204 0.060 0.040
#> GSM152996 3 0.7032 0.4915 0.312 0.004 0.412 0.220 0.008 0.044
#> GSM152997 1 0.4062 0.6470 0.744 0.000 0.060 0.192 0.004 0.000
#> GSM152998 1 0.4233 0.6485 0.748 0.000 0.036 0.192 0.008 0.016
#> GSM152999 1 0.2653 0.6705 0.844 0.000 0.012 0.144 0.000 0.000
#> GSM153000 3 0.6520 0.5428 0.304 0.000 0.456 0.212 0.012 0.016
#> GSM153001 1 0.3632 0.6682 0.800 0.000 0.040 0.148 0.004 0.008
#> GSM153002 1 0.6977 -0.2371 0.460 0.000 0.216 0.264 0.028 0.032
#> GSM153003 3 0.7483 0.3732 0.228 0.020 0.420 0.272 0.040 0.020
#> GSM153004 2 0.9046 -0.3078 0.100 0.344 0.224 0.176 0.044 0.112
#> GSM153005 1 0.2520 0.6164 0.844 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004
#> GSM153006 3 0.6988 0.4949 0.276 0.028 0.496 0.160 0.016 0.024
#> GSM153007 1 0.2744 0.6394 0.840 0.000 0.000 0.144 0.000 0.016
#> GSM153008 1 0.3001 0.6836 0.840 0.000 0.008 0.128 0.000 0.024
#> GSM153009 1 0.2624 0.6753 0.856 0.000 0.020 0.124 0.000 0.000
#> GSM153010 1 0.4288 0.6111 0.736 0.012 0.028 0.212 0.004 0.008
#> GSM153011 1 0.2266 0.6768 0.880 0.000 0.012 0.108 0.000 0.000
#> GSM153012 1 0.2454 0.6832 0.884 0.000 0.020 0.088 0.000 0.008
#> GSM153013 1 0.2455 0.6810 0.872 0.000 0.012 0.112 0.000 0.004
#> GSM153014 1 0.4866 0.5043 0.656 0.000 0.036 0.280 0.012 0.016
#> GSM153015 1 0.3018 0.6725 0.816 0.000 0.012 0.168 0.000 0.004
#> GSM153016 1 0.3424 0.6645 0.796 0.000 0.032 0.168 0.000 0.004
#> GSM153017 1 0.4017 0.6006 0.732 0.004 0.032 0.228 0.000 0.004
#> GSM153018 1 0.3946 0.6591 0.748 0.000 0.032 0.208 0.000 0.012
#> GSM153019 1 0.3468 0.6453 0.784 0.000 0.012 0.192 0.004 0.008
#> GSM153020 1 0.3914 0.6456 0.772 0.004 0.032 0.180 0.004 0.008
#> GSM153021 1 0.5984 0.0847 0.504 0.020 0.072 0.384 0.012 0.008
#> GSM153022 3 0.8278 0.1674 0.200 0.080 0.420 0.216 0.032 0.052
#> GSM153023 1 0.7803 -0.3026 0.412 0.008 0.128 0.312 0.088 0.052
#> GSM153024 4 0.7756 -0.3370 0.336 0.024 0.208 0.360 0.036 0.036
#> GSM153025 1 0.7693 -0.5659 0.368 0.000 0.072 0.364 0.084 0.112
#> GSM153026 1 0.3832 0.6459 0.772 0.000 0.028 0.184 0.012 0.004
#> GSM153027 5 0.3781 0.2007 0.032 0.000 0.020 0.092 0.824 0.032
#> GSM153028 1 0.3344 0.6619 0.808 0.000 0.024 0.160 0.004 0.004
#> GSM153029 1 0.4865 0.5526 0.672 0.008 0.064 0.248 0.004 0.004
#> GSM153030 1 0.3248 0.6903 0.828 0.000 0.016 0.136 0.004 0.016
#> GSM153031 1 0.3373 0.6571 0.808 0.000 0.004 0.160 0.008 0.020
#> GSM153032 1 0.6778 -0.1035 0.448 0.028 0.092 0.388 0.024 0.020
#> GSM153033 5 0.8715 -0.0018 0.172 0.000 0.132 0.148 0.288 0.260
#> GSM153034 1 0.6322 0.0177 0.484 0.012 0.120 0.360 0.012 0.012
#> GSM153035 1 0.8281 -0.3926 0.364 0.040 0.124 0.336 0.084 0.052
#> GSM153036 1 0.6214 0.2954 0.576 0.000 0.088 0.268 0.028 0.040
#> GSM153037 1 0.7937 -0.4483 0.352 0.000 0.044 0.260 0.252 0.092
#> GSM153038 1 0.7350 -0.2046 0.468 0.004 0.164 0.268 0.056 0.040
#> GSM153039 1 0.4505 0.5797 0.704 0.008 0.028 0.244 0.008 0.008
#> GSM153040 1 0.4606 0.5741 0.696 0.004 0.076 0.220 0.000 0.004
#> GSM153041 1 0.5304 0.2833 0.564 0.004 0.048 0.364 0.012 0.008
#> GSM153042 1 0.2848 0.6121 0.828 0.000 0.004 0.160 0.000 0.008
#> GSM153043 1 0.3418 0.6599 0.784 0.000 0.016 0.192 0.000 0.008
#> GSM153044 1 0.4341 0.5981 0.716 0.004 0.056 0.220 0.000 0.004
#> GSM153045 1 0.3791 0.6248 0.756 0.008 0.020 0.212 0.000 0.004
#> GSM153046 1 0.4232 0.6366 0.732 0.004 0.056 0.204 0.000 0.004
#> GSM153047 1 0.4452 0.5844 0.708 0.004 0.064 0.220 0.000 0.004
#> GSM153048 1 0.3919 0.6072 0.740 0.004 0.028 0.224 0.000 0.004
#> GSM153049 1 0.4106 0.6061 0.736 0.024 0.024 0.216 0.000 0.000
#> GSM153050 1 0.2482 0.6191 0.848 0.000 0.000 0.148 0.000 0.004
#> GSM153051 1 0.4529 0.6015 0.728 0.040 0.032 0.196 0.000 0.004
#> GSM153052 1 0.1957 0.6527 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.1957 0.6527 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.1390 0.9286 0.000 0.948 0.032 0.000 0.004 0.016
#> GSM187529 2 0.2137 0.8965 0.000 0.912 0.048 0.000 0.012 0.028
#> GSM187530 2 0.2281 0.8938 0.000 0.908 0.048 0.004 0.012 0.028
#> GSM187531 1 0.5178 0.5168 0.680 0.112 0.024 0.180 0.000 0.004
#> GSM152881 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0692 0.9332 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152884 2 0.3949 0.7702 0.000 0.804 0.040 0.008 0.036 0.112
#> GSM152885 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152888 2 0.0146 0.9535 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9561 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152896 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152897 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152898 2 0.0363 0.9537 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0748 0.9467 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0291 0.9537 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0363 0.9537 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0260 0.9549 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0146 0.9557 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:hclust 166 2.35e-31 2
#> CV:hclust 154 4.85e-29 3
#> CV:hclust 136 1.40e-25 4
#> CV:hclust 127 9.18e-24 5
#> CV:hclust 133 2.82e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.2992 0.703 0.703
#> 3 3 0.543 0.769 0.872 1.0863 0.654 0.512
#> 4 4 0.539 0.561 0.703 0.1548 0.848 0.614
#> 5 5 0.573 0.525 0.714 0.0692 0.914 0.704
#> 6 6 0.597 0.551 0.705 0.0409 0.897 0.604
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.0376 0.993 0.996 0.004
#> GSM152829 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153004 2 0.7139 0.755 0.196 0.804
#> GSM153005 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153048 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153051 1 0.9933 0.164 0.548 0.452
#> GSM153052 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.2537 0.8263 0.920 0.000 0.080
#> GSM152823 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM152824 3 0.4842 0.7402 0.224 0.000 0.776
#> GSM152825 1 0.2959 0.8193 0.900 0.000 0.100
#> GSM152826 1 0.2959 0.8193 0.900 0.000 0.100
#> GSM152827 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM152828 1 0.6192 0.4514 0.580 0.000 0.420
#> GSM152829 1 0.1860 0.8288 0.948 0.000 0.052
#> GSM152830 1 0.2959 0.8193 0.900 0.000 0.100
#> GSM152831 1 0.0747 0.8409 0.984 0.000 0.016
#> GSM152832 1 0.2959 0.8193 0.900 0.000 0.100
#> GSM152833 1 0.3192 0.8168 0.888 0.000 0.112
#> GSM152834 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM152835 3 0.5497 0.6867 0.292 0.000 0.708
#> GSM152836 1 0.6140 -0.0113 0.596 0.000 0.404
#> GSM152837 1 0.0424 0.8388 0.992 0.000 0.008
#> GSM152838 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM153178 1 0.5178 0.7068 0.744 0.000 0.256
#> GSM153179 1 0.1031 0.8314 0.976 0.000 0.024
#> GSM153180 1 0.0237 0.8397 0.996 0.000 0.004
#> GSM153181 1 0.0747 0.8409 0.984 0.000 0.016
#> GSM153183 3 0.2711 0.7812 0.088 0.000 0.912
#> GSM153184 3 0.5058 0.7444 0.244 0.000 0.756
#> GSM153185 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153186 1 0.2261 0.8325 0.932 0.000 0.068
#> GSM153187 3 0.5706 0.5006 0.320 0.000 0.680
#> GSM153188 3 0.1411 0.8006 0.036 0.000 0.964
#> GSM153189 1 0.6126 -0.0670 0.600 0.000 0.400
#> GSM153190 1 0.4504 0.7611 0.804 0.000 0.196
#> GSM153191 3 0.3038 0.7929 0.104 0.000 0.896
#> GSM153192 3 0.6291 0.4647 0.468 0.000 0.532
#> GSM153193 3 0.6280 0.4768 0.460 0.000 0.540
#> GSM153194 3 0.3482 0.7870 0.128 0.000 0.872
#> GSM153195 3 0.6026 0.6090 0.376 0.000 0.624
#> GSM153196 1 0.0592 0.8401 0.988 0.000 0.012
#> GSM153197 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM153198 3 0.6309 0.0209 0.496 0.000 0.504
#> GSM153199 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153200 3 0.2066 0.7942 0.060 0.000 0.940
#> GSM153201 1 0.4605 0.7553 0.796 0.000 0.204
#> GSM153202 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153203 1 0.1964 0.8337 0.944 0.000 0.056
#> GSM153204 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153205 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153206 3 0.2796 0.7795 0.092 0.000 0.908
#> GSM153207 3 0.4702 0.7703 0.212 0.000 0.788
#> GSM153208 3 0.5859 0.6387 0.344 0.000 0.656
#> GSM153209 3 0.6286 0.4779 0.464 0.000 0.536
#> GSM153210 3 0.3879 0.7929 0.152 0.000 0.848
#> GSM153211 3 0.4931 0.7102 0.232 0.000 0.768
#> GSM153212 3 0.6244 0.5185 0.440 0.000 0.560
#> GSM153213 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153214 3 0.4555 0.7620 0.200 0.000 0.800
#> GSM153215 3 0.6168 0.5623 0.412 0.000 0.588
#> GSM153216 1 0.3752 0.6899 0.856 0.000 0.144
#> GSM153217 3 0.4887 0.7389 0.228 0.000 0.772
#> GSM153218 3 0.0747 0.8021 0.016 0.000 0.984
#> GSM153219 3 0.3267 0.7890 0.116 0.000 0.884
#> GSM153220 3 0.3267 0.7890 0.116 0.000 0.884
#> GSM153221 3 0.4504 0.7591 0.196 0.000 0.804
#> GSM153222 1 0.1031 0.8313 0.976 0.000 0.024
#> GSM153223 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153224 1 0.4654 0.7514 0.792 0.000 0.208
#> GSM153225 3 0.4002 0.7780 0.160 0.000 0.840
#> GSM153226 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153227 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153229 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0424 0.8409 0.992 0.000 0.008
#> GSM153231 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153232 1 0.0424 0.8388 0.992 0.000 0.008
#> GSM153233 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153234 1 0.0237 0.8406 0.996 0.000 0.004
#> GSM153235 1 0.2959 0.8193 0.900 0.000 0.100
#> GSM153236 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM152992 1 0.5216 0.7034 0.740 0.000 0.260
#> GSM152993 3 0.5560 0.6954 0.300 0.000 0.700
#> GSM152994 3 0.5859 0.6418 0.344 0.000 0.656
#> GSM152995 3 0.0892 0.8023 0.020 0.000 0.980
#> GSM152996 3 0.1289 0.8032 0.032 0.000 0.968
#> GSM152997 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM152998 3 0.5948 0.3385 0.360 0.000 0.640
#> GSM152999 1 0.5216 0.7029 0.740 0.000 0.260
#> GSM153000 3 0.0892 0.8023 0.020 0.000 0.980
#> GSM153001 3 0.3879 0.7890 0.152 0.000 0.848
#> GSM153002 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153003 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153004 3 0.1643 0.7852 0.000 0.044 0.956
#> GSM153005 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM153006 3 0.0892 0.8021 0.020 0.000 0.980
#> GSM153007 1 0.0592 0.8373 0.988 0.000 0.012
#> GSM153008 1 0.4702 0.7317 0.788 0.000 0.212
#> GSM153009 1 0.3038 0.8179 0.896 0.000 0.104
#> GSM153010 1 0.6180 0.4330 0.584 0.000 0.416
#> GSM153011 1 0.2959 0.8193 0.900 0.000 0.100
#> GSM153012 3 0.6244 0.5144 0.440 0.000 0.560
#> GSM153013 3 0.6305 0.4260 0.484 0.000 0.516
#> GSM153014 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153015 1 0.5216 0.7064 0.740 0.000 0.260
#> GSM153016 1 0.5431 0.6771 0.716 0.000 0.284
#> GSM153017 1 0.5465 0.6685 0.712 0.000 0.288
#> GSM153018 1 0.6274 0.3605 0.544 0.000 0.456
#> GSM153019 3 0.5178 0.6802 0.256 0.000 0.744
#> GSM153020 3 0.6168 0.1905 0.412 0.000 0.588
#> GSM153021 3 0.1643 0.7989 0.044 0.000 0.956
#> GSM153022 3 0.0892 0.8021 0.020 0.000 0.980
#> GSM153023 3 0.0892 0.8021 0.020 0.000 0.980
#> GSM153024 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153025 3 0.2959 0.7940 0.100 0.000 0.900
#> GSM153026 3 0.4887 0.7133 0.228 0.000 0.772
#> GSM153027 3 0.2356 0.8001 0.072 0.000 0.928
#> GSM153028 3 0.6204 0.5574 0.424 0.000 0.576
#> GSM153029 3 0.3412 0.7668 0.124 0.000 0.876
#> GSM153030 3 0.5098 0.6840 0.248 0.000 0.752
#> GSM153031 3 0.6274 0.4887 0.456 0.000 0.544
#> GSM153032 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153033 3 0.0747 0.8021 0.016 0.000 0.984
#> GSM153034 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153035 3 0.1163 0.8014 0.028 0.000 0.972
#> GSM153036 3 0.2537 0.7990 0.080 0.000 0.920
#> GSM153037 3 0.3752 0.7861 0.144 0.000 0.856
#> GSM153038 3 0.0747 0.8021 0.016 0.000 0.984
#> GSM153039 3 0.6180 0.1826 0.416 0.000 0.584
#> GSM153040 1 0.5560 0.6520 0.700 0.000 0.300
#> GSM153041 3 0.3267 0.7622 0.116 0.000 0.884
#> GSM153042 1 0.0424 0.8388 0.992 0.000 0.008
#> GSM153043 3 0.4842 0.6644 0.224 0.000 0.776
#> GSM153044 1 0.5431 0.6738 0.716 0.000 0.284
#> GSM153045 1 0.5216 0.7027 0.740 0.000 0.260
#> GSM153046 1 0.5465 0.6748 0.712 0.000 0.288
#> GSM153047 1 0.5529 0.6572 0.704 0.000 0.296
#> GSM153048 1 0.5098 0.7150 0.752 0.000 0.248
#> GSM153049 1 0.5138 0.7108 0.748 0.000 0.252
#> GSM153050 1 0.1163 0.8396 0.972 0.000 0.028
#> GSM153051 1 0.9645 0.2333 0.412 0.380 0.208
#> GSM153052 1 0.0424 0.8388 0.992 0.000 0.008
#> GSM153053 1 0.0000 0.8406 1.000 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0747 0.9932 0.000 0.984 0.016
#> GSM152884 2 0.0592 0.9946 0.000 0.988 0.012
#> GSM152885 2 0.0747 0.9932 0.000 0.984 0.016
#> GSM152886 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152887 2 0.0747 0.9932 0.000 0.984 0.016
#> GSM152888 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152889 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152890 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152891 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152893 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152894 2 0.0237 0.9969 0.000 0.996 0.004
#> GSM152895 2 0.0747 0.9932 0.000 0.984 0.016
#> GSM152896 2 0.0747 0.9932 0.000 0.984 0.016
#> GSM152897 2 0.0747 0.9932 0.000 0.984 0.016
#> GSM152898 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9972 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.4500 0.2521 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM152823 1 0.4464 0.5376 0.768 0.000 0.208 0.024
#> GSM152824 4 0.6885 0.4579 0.164 0.000 0.248 0.588
#> GSM152825 1 0.4500 0.2521 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM152826 1 0.4500 0.2521 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM152827 1 0.5977 0.4650 0.680 0.000 0.216 0.104
#> GSM152828 3 0.6923 0.4336 0.252 0.012 0.612 0.124
#> GSM152829 1 0.6613 0.3346 0.560 0.000 0.344 0.096
#> GSM152830 1 0.4500 0.2521 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM152831 1 0.3610 0.4616 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM152832 1 0.4543 0.2321 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM152833 1 0.4792 0.2744 0.680 0.000 0.312 0.008
#> GSM152834 1 0.2131 0.6338 0.932 0.000 0.032 0.036
#> GSM152835 4 0.7771 0.1729 0.328 0.000 0.252 0.420
#> GSM152836 1 0.7799 -0.0634 0.384 0.000 0.248 0.368
#> GSM152837 1 0.2861 0.6163 0.888 0.000 0.096 0.016
#> GSM152838 1 0.0592 0.6460 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM153178 3 0.5459 0.5333 0.432 0.000 0.552 0.016
#> GSM153179 1 0.6152 0.4688 0.668 0.000 0.212 0.120
#> GSM153180 1 0.3088 0.6025 0.864 0.000 0.128 0.008
#> GSM153181 1 0.2011 0.6041 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM153183 3 0.5167 0.3238 0.016 0.000 0.644 0.340
#> GSM153184 4 0.6301 0.5282 0.260 0.000 0.104 0.636
#> GSM153185 1 0.1174 0.6457 0.968 0.000 0.020 0.012
#> GSM153186 1 0.5252 0.2183 0.644 0.000 0.336 0.020
#> GSM153187 3 0.6845 0.5533 0.168 0.000 0.596 0.236
#> GSM153188 3 0.4936 0.3204 0.008 0.000 0.652 0.340
#> GSM153189 1 0.6773 0.1081 0.532 0.000 0.104 0.364
#> GSM153190 1 0.5444 -0.1667 0.560 0.000 0.424 0.016
#> GSM153191 4 0.1398 0.6761 0.004 0.000 0.040 0.956
#> GSM153192 1 0.6071 -0.1605 0.504 0.000 0.044 0.452
#> GSM153193 4 0.7545 0.1285 0.396 0.000 0.188 0.416
#> GSM153194 4 0.1970 0.6826 0.008 0.000 0.060 0.932
#> GSM153195 4 0.5986 0.4957 0.320 0.000 0.060 0.620
#> GSM153196 1 0.2775 0.6144 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM153197 1 0.0469 0.6473 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153198 3 0.7573 0.4018 0.372 0.000 0.432 0.196
#> GSM153199 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> GSM153200 3 0.5289 0.3239 0.020 0.000 0.636 0.344
#> GSM153201 1 0.5300 -0.1238 0.580 0.000 0.408 0.012
#> GSM153202 1 0.0672 0.6484 0.984 0.000 0.008 0.008
#> GSM153203 1 0.4454 0.2684 0.692 0.000 0.308 0.000
#> GSM153204 4 0.4250 0.6074 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM153205 1 0.7017 0.3695 0.576 0.000 0.236 0.188
#> GSM153206 3 0.5271 0.3307 0.020 0.000 0.640 0.340
#> GSM153207 4 0.5033 0.6138 0.168 0.000 0.072 0.760
#> GSM153208 4 0.7763 0.1708 0.332 0.000 0.248 0.420
#> GSM153209 4 0.6207 0.2566 0.452 0.000 0.052 0.496
#> GSM153210 4 0.4953 0.6457 0.104 0.000 0.120 0.776
#> GSM153211 4 0.7407 0.2059 0.204 0.000 0.288 0.508
#> GSM153212 4 0.6270 0.3580 0.404 0.000 0.060 0.536
#> GSM153213 4 0.4072 0.6150 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM153214 4 0.3842 0.6550 0.128 0.000 0.036 0.836
#> GSM153215 4 0.6111 0.3923 0.392 0.000 0.052 0.556
#> GSM153216 1 0.5361 0.4229 0.716 0.000 0.060 0.224
#> GSM153217 4 0.5470 0.5904 0.116 0.000 0.148 0.736
#> GSM153218 4 0.3024 0.6685 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM153219 4 0.1722 0.6744 0.008 0.000 0.048 0.944
#> GSM153220 4 0.2805 0.6600 0.012 0.000 0.100 0.888
#> GSM153221 4 0.2563 0.6659 0.020 0.000 0.072 0.908
#> GSM153222 1 0.7324 0.3003 0.532 0.000 0.240 0.228
#> GSM153223 1 0.1975 0.6367 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM153224 1 0.5682 -0.2904 0.520 0.000 0.456 0.024
#> GSM153225 4 0.2214 0.6739 0.028 0.000 0.044 0.928
#> GSM153226 1 0.3910 0.5789 0.820 0.000 0.156 0.024
#> GSM153227 1 0.3355 0.6081 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM153228 1 0.0524 0.6488 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM153229 1 0.0469 0.6473 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153230 1 0.2345 0.5860 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM153231 1 0.1059 0.6465 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM153232 1 0.0336 0.6490 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153233 1 0.0524 0.6488 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM153234 1 0.0592 0.6460 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM153235 1 0.4543 0.2332 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM153236 1 0.0592 0.6460 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM153237 1 0.0469 0.6473 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM152992 3 0.5636 0.5394 0.424 0.000 0.552 0.024
#> GSM152993 4 0.5072 0.6103 0.208 0.000 0.052 0.740
#> GSM152994 4 0.5815 0.5442 0.288 0.000 0.060 0.652
#> GSM152995 4 0.2814 0.6739 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM152996 4 0.2053 0.6804 0.004 0.000 0.072 0.924
#> GSM152997 4 0.4624 0.5401 0.000 0.000 0.340 0.660
#> GSM152998 3 0.6275 0.4691 0.136 0.000 0.660 0.204
#> GSM152999 3 0.5478 0.5185 0.444 0.000 0.540 0.016
#> GSM153000 4 0.2921 0.6709 0.000 0.000 0.140 0.860
#> GSM153001 4 0.4568 0.6429 0.124 0.000 0.076 0.800
#> GSM153002 4 0.3764 0.6358 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM153003 4 0.4661 0.5123 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM153004 4 0.5062 0.5735 0.000 0.020 0.300 0.680
#> GSM153005 1 0.0469 0.6473 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153006 4 0.3801 0.6377 0.000 0.000 0.220 0.780
#> GSM153007 1 0.5128 0.5354 0.760 0.000 0.148 0.092
#> GSM153008 1 0.6451 0.0934 0.476 0.000 0.456 0.068
#> GSM153009 1 0.4713 0.1246 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM153010 3 0.6074 0.6175 0.268 0.000 0.648 0.084
#> GSM153011 1 0.4564 0.2210 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM153012 4 0.6212 0.4061 0.380 0.000 0.060 0.560
#> GSM153013 4 0.6214 0.2116 0.468 0.000 0.052 0.480
#> GSM153014 4 0.3870 0.6486 0.004 0.000 0.208 0.788
#> GSM153015 3 0.5861 0.4283 0.476 0.000 0.492 0.032
#> GSM153016 3 0.5663 0.5105 0.440 0.000 0.536 0.024
#> GSM153017 3 0.5558 0.5367 0.432 0.000 0.548 0.020
#> GSM153018 3 0.6580 0.4094 0.196 0.000 0.632 0.172
#> GSM153019 3 0.7720 0.2397 0.228 0.000 0.412 0.360
#> GSM153020 3 0.6828 0.6171 0.264 0.000 0.588 0.148
#> GSM153021 3 0.5130 0.3407 0.016 0.000 0.652 0.332
#> GSM153022 4 0.4250 0.6070 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM153023 4 0.3975 0.6213 0.000 0.000 0.240 0.760
#> GSM153024 4 0.4543 0.5387 0.000 0.000 0.324 0.676
#> GSM153025 4 0.1004 0.6833 0.004 0.000 0.024 0.972
#> GSM153026 4 0.7035 0.3827 0.184 0.000 0.244 0.572
#> GSM153027 4 0.1557 0.6794 0.000 0.000 0.056 0.944
#> GSM153028 4 0.5848 0.4876 0.336 0.000 0.048 0.616
#> GSM153029 3 0.6293 0.4664 0.096 0.000 0.628 0.276
#> GSM153030 4 0.7503 0.2266 0.228 0.000 0.276 0.496
#> GSM153031 1 0.6546 -0.1435 0.492 0.000 0.076 0.432
#> GSM153032 4 0.4356 0.5768 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM153033 4 0.3356 0.6572 0.000 0.000 0.176 0.824
#> GSM153034 4 0.4790 0.4560 0.000 0.000 0.380 0.620
#> GSM153035 4 0.4250 0.5995 0.000 0.000 0.276 0.724
#> GSM153036 4 0.2704 0.6747 0.000 0.000 0.124 0.876
#> GSM153037 4 0.1109 0.6826 0.004 0.000 0.028 0.968
#> GSM153038 4 0.3311 0.6593 0.000 0.000 0.172 0.828
#> GSM153039 3 0.6595 0.6199 0.212 0.000 0.628 0.160
#> GSM153040 3 0.5700 0.5550 0.412 0.000 0.560 0.028
#> GSM153041 3 0.5517 0.3935 0.036 0.000 0.648 0.316
#> GSM153042 1 0.0376 0.6488 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM153043 3 0.6851 0.5117 0.148 0.000 0.584 0.268
#> GSM153044 3 0.5466 0.5284 0.436 0.000 0.548 0.016
#> GSM153045 3 0.5478 0.5185 0.444 0.000 0.540 0.016
#> GSM153046 3 0.5716 0.5438 0.420 0.000 0.552 0.028
#> GSM153047 3 0.5708 0.5530 0.416 0.000 0.556 0.028
#> GSM153048 3 0.5483 0.5130 0.448 0.000 0.536 0.016
#> GSM153049 3 0.5478 0.5182 0.444 0.000 0.540 0.016
#> GSM153050 1 0.3801 0.4330 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM153051 3 0.7472 0.5028 0.332 0.140 0.516 0.012
#> GSM153052 1 0.0524 0.6485 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM153053 1 0.0657 0.6481 0.984 0.000 0.012 0.004
#> GSM187528 2 0.0592 0.9780 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM187529 2 0.0592 0.9780 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM187530 2 0.0592 0.9780 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM187531 2 0.0707 0.9786 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM152881 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152882 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152883 2 0.1557 0.9719 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM152884 2 0.1302 0.9725 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM152885 2 0.1557 0.9719 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM152886 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152887 2 0.1557 0.9719 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM152888 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152889 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152890 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152891 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152892 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152893 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152894 2 0.0921 0.9793 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152895 2 0.1557 0.9719 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM152896 2 0.1557 0.9719 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM152897 2 0.1557 0.9719 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM152898 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152899 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152900 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152901 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152902 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152903 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152904 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM152905 2 0.0592 0.9803 0.000 0.984 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 4 0.3928 0.3055 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004
#> GSM152823 5 0.4546 0.5332 0.000 0.000 0.008 0.460 0.532
#> GSM152824 5 0.4289 0.5114 0.000 0.000 0.176 0.064 0.760
#> GSM152825 4 0.3928 0.3055 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004
#> GSM152826 4 0.3928 0.3055 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004
#> GSM152827 5 0.4747 0.6315 0.012 0.000 0.008 0.376 0.604
#> GSM152828 1 0.6927 0.1954 0.448 0.008 0.028 0.116 0.400
#> GSM152829 5 0.6898 0.4030 0.216 0.000 0.012 0.328 0.444
#> GSM152830 4 0.3928 0.3055 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004
#> GSM152831 4 0.2690 0.5221 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM152832 4 0.3990 0.2792 0.308 0.000 0.000 0.688 0.004
#> GSM152833 4 0.5266 0.3707 0.292 0.000 0.020 0.648 0.040
#> GSM152834 4 0.1830 0.5296 0.000 0.000 0.008 0.924 0.068
#> GSM152835 5 0.4535 0.6809 0.000 0.000 0.092 0.160 0.748
#> GSM152836 5 0.4571 0.7013 0.000 0.000 0.076 0.188 0.736
#> GSM152837 4 0.3124 0.4227 0.008 0.000 0.008 0.840 0.144
#> GSM152838 4 0.1117 0.5761 0.020 0.000 0.000 0.964 0.016
#> GSM153178 1 0.4642 0.6379 0.648 0.000 0.020 0.328 0.004
#> GSM153179 4 0.5499 -0.3697 0.012 0.000 0.040 0.520 0.428
#> GSM153180 4 0.3336 0.2739 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> GSM153181 4 0.2462 0.5800 0.112 0.000 0.000 0.880 0.008
#> GSM153183 1 0.4293 0.4891 0.788 0.000 0.132 0.012 0.068
#> GSM153184 3 0.8096 0.2790 0.176 0.000 0.412 0.144 0.268
#> GSM153185 4 0.1704 0.5367 0.004 0.000 0.000 0.928 0.068
#> GSM153186 4 0.5777 0.2944 0.328 0.000 0.028 0.592 0.052
#> GSM153187 1 0.4886 0.6387 0.744 0.000 0.124 0.120 0.012
#> GSM153188 1 0.3211 0.5265 0.824 0.000 0.164 0.004 0.008
#> GSM153189 4 0.6852 -0.1735 0.020 0.000 0.220 0.508 0.252
#> GSM153190 4 0.5623 -0.0675 0.432 0.000 0.024 0.512 0.032
#> GSM153191 3 0.4932 0.5320 0.048 0.000 0.668 0.004 0.280
#> GSM153192 4 0.7535 0.0697 0.084 0.000 0.292 0.468 0.156
#> GSM153193 5 0.7046 0.4934 0.028 0.000 0.196 0.300 0.476
#> GSM153194 3 0.5501 0.5225 0.052 0.000 0.704 0.064 0.180
#> GSM153195 3 0.7879 0.0965 0.080 0.000 0.376 0.324 0.220
#> GSM153196 4 0.3935 0.5313 0.068 0.000 0.060 0.832 0.040
#> GSM153197 4 0.0609 0.5804 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM153198 1 0.7478 0.1491 0.428 0.000 0.200 0.320 0.052
#> GSM153199 3 0.3940 0.5793 0.220 0.000 0.756 0.000 0.024
#> GSM153200 1 0.4624 0.4297 0.752 0.000 0.148 0.004 0.096
#> GSM153201 1 0.4450 0.3028 0.508 0.000 0.000 0.488 0.004
#> GSM153202 4 0.1341 0.5442 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM153203 4 0.3838 0.3338 0.280 0.000 0.000 0.716 0.004
#> GSM153204 3 0.4619 0.5964 0.212 0.000 0.728 0.004 0.056
#> GSM153205 5 0.4924 0.6157 0.000 0.000 0.028 0.420 0.552
#> GSM153206 1 0.4768 0.4214 0.724 0.000 0.180 0.000 0.096
#> GSM153207 3 0.7054 0.4152 0.096 0.000 0.572 0.196 0.136
#> GSM153208 5 0.4548 0.6755 0.000 0.000 0.096 0.156 0.748
#> GSM153209 4 0.7662 0.0180 0.084 0.000 0.312 0.436 0.168
#> GSM153210 3 0.6906 0.4545 0.120 0.000 0.600 0.140 0.140
#> GSM153211 3 0.8046 0.1052 0.296 0.000 0.360 0.252 0.092
#> GSM153212 4 0.7778 -0.0601 0.092 0.000 0.336 0.404 0.168
#> GSM153213 3 0.4221 0.5602 0.236 0.000 0.732 0.000 0.032
#> GSM153214 3 0.6816 0.4261 0.076 0.000 0.592 0.136 0.196
#> GSM153215 4 0.7815 -0.1591 0.072 0.000 0.352 0.356 0.220
#> GSM153216 4 0.6267 0.3194 0.096 0.000 0.172 0.652 0.080
#> GSM153217 3 0.6356 0.1742 0.020 0.000 0.472 0.096 0.412
#> GSM153218 3 0.4083 0.6055 0.132 0.000 0.788 0.000 0.080
#> GSM153219 3 0.4033 0.5532 0.024 0.000 0.760 0.004 0.212
#> GSM153220 3 0.5149 0.3754 0.032 0.000 0.540 0.004 0.424
#> GSM153221 3 0.4809 0.4579 0.008 0.000 0.648 0.024 0.320
#> GSM153222 5 0.4969 0.6696 0.000 0.000 0.036 0.376 0.588
#> GSM153223 4 0.2280 0.4736 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> GSM153224 1 0.5398 0.2218 0.484 0.000 0.032 0.472 0.012
#> GSM153225 3 0.5635 0.5011 0.064 0.000 0.672 0.040 0.224
#> GSM153226 4 0.3452 0.2327 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> GSM153227 4 0.4587 0.3652 0.068 0.000 0.000 0.728 0.204
#> GSM153228 4 0.1341 0.5433 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM153229 4 0.0955 0.5804 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> GSM153230 4 0.2230 0.5627 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM153231 4 0.1671 0.5262 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> GSM153232 4 0.1205 0.5573 0.004 0.000 0.000 0.956 0.040
#> GSM153233 4 0.1121 0.5520 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM153234 4 0.0794 0.5809 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM153235 4 0.3966 0.2282 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> GSM153236 4 0.1399 0.5770 0.028 0.000 0.000 0.952 0.020
#> GSM153237 4 0.0807 0.5754 0.012 0.000 0.000 0.976 0.012
#> GSM152992 1 0.4491 0.6354 0.652 0.000 0.020 0.328 0.000
#> GSM152993 3 0.7148 0.3541 0.068 0.000 0.540 0.224 0.168
#> GSM152994 3 0.7886 0.1318 0.084 0.000 0.400 0.292 0.224
#> GSM152995 3 0.5010 0.5666 0.148 0.000 0.708 0.000 0.144
#> GSM152996 3 0.5644 0.5433 0.144 0.000 0.628 0.000 0.228
#> GSM152997 3 0.5828 0.4299 0.380 0.000 0.520 0.000 0.100
#> GSM152998 1 0.6214 0.4043 0.592 0.000 0.060 0.056 0.292
#> GSM152999 1 0.3838 0.6744 0.716 0.000 0.000 0.280 0.004
#> GSM153000 3 0.5307 0.5578 0.168 0.000 0.676 0.000 0.156
#> GSM153001 3 0.7516 0.4159 0.160 0.000 0.520 0.120 0.200
#> GSM153002 3 0.3954 0.5917 0.192 0.000 0.772 0.000 0.036
#> GSM153003 3 0.5785 0.3685 0.404 0.000 0.504 0.000 0.092
#> GSM153004 3 0.4949 0.5044 0.288 0.000 0.656 0.000 0.056
#> GSM153005 4 0.0898 0.5717 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> GSM153006 3 0.5500 0.5415 0.236 0.000 0.640 0.000 0.124
#> GSM153007 4 0.4295 0.2057 0.004 0.000 0.028 0.732 0.236
#> GSM153008 4 0.7374 0.1486 0.332 0.000 0.052 0.440 0.176
#> GSM153009 4 0.4264 0.0893 0.376 0.000 0.000 0.620 0.004
#> GSM153010 1 0.3461 0.7009 0.812 0.000 0.016 0.168 0.004
#> GSM153011 4 0.4084 0.2285 0.328 0.000 0.000 0.668 0.004
#> GSM153012 4 0.7826 -0.1356 0.080 0.000 0.356 0.364 0.200
#> GSM153013 4 0.7577 0.0227 0.076 0.000 0.312 0.444 0.168
#> GSM153014 3 0.3997 0.6047 0.116 0.000 0.804 0.004 0.076
#> GSM153015 1 0.4639 0.5748 0.632 0.000 0.024 0.344 0.000
#> GSM153016 1 0.3883 0.6833 0.744 0.000 0.004 0.244 0.008
#> GSM153017 1 0.3766 0.6814 0.728 0.000 0.000 0.268 0.004
#> GSM153018 1 0.6390 0.3293 0.536 0.000 0.044 0.072 0.348
#> GSM153019 1 0.7863 0.0449 0.368 0.000 0.316 0.244 0.072
#> GSM153020 1 0.4571 0.7007 0.736 0.000 0.076 0.188 0.000
#> GSM153021 1 0.3289 0.5220 0.816 0.000 0.172 0.008 0.004
#> GSM153022 3 0.4779 0.5510 0.200 0.000 0.716 0.000 0.084
#> GSM153023 3 0.4119 0.5936 0.152 0.000 0.780 0.000 0.068
#> GSM153024 3 0.4880 0.4378 0.348 0.000 0.616 0.000 0.036
#> GSM153025 3 0.3573 0.5754 0.016 0.000 0.816 0.012 0.156
#> GSM153026 3 0.7950 0.2398 0.244 0.000 0.420 0.236 0.100
#> GSM153027 3 0.4058 0.5724 0.064 0.000 0.784 0.000 0.152
#> GSM153028 4 0.7593 -0.0933 0.096 0.000 0.372 0.404 0.128
#> GSM153029 1 0.4466 0.5891 0.748 0.000 0.176 0.076 0.000
#> GSM153030 3 0.7993 0.1124 0.228 0.000 0.376 0.304 0.092
#> GSM153031 4 0.7861 -0.0709 0.080 0.000 0.300 0.396 0.224
#> GSM153032 3 0.4315 0.5313 0.276 0.000 0.700 0.000 0.024
#> GSM153033 3 0.3075 0.5947 0.092 0.000 0.860 0.000 0.048
#> GSM153034 3 0.4874 0.4080 0.368 0.000 0.600 0.000 0.032
#> GSM153035 3 0.4058 0.5670 0.236 0.000 0.740 0.000 0.024
#> GSM153036 3 0.3142 0.6020 0.068 0.000 0.868 0.008 0.056
#> GSM153037 3 0.4082 0.5666 0.032 0.000 0.776 0.008 0.184
#> GSM153038 3 0.3339 0.5916 0.124 0.000 0.836 0.000 0.040
#> GSM153039 1 0.4194 0.6879 0.780 0.000 0.088 0.132 0.000
#> GSM153040 1 0.3835 0.6836 0.732 0.000 0.000 0.260 0.008
#> GSM153041 1 0.3587 0.5507 0.824 0.000 0.140 0.012 0.024
#> GSM153042 4 0.1041 0.5623 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> GSM153043 1 0.5430 0.5404 0.704 0.000 0.180 0.084 0.032
#> GSM153044 1 0.3766 0.6814 0.728 0.000 0.000 0.268 0.004
#> GSM153045 1 0.3861 0.6726 0.712 0.000 0.000 0.284 0.004
#> GSM153046 1 0.4016 0.6776 0.716 0.000 0.000 0.272 0.012
#> GSM153047 1 0.3689 0.6865 0.740 0.000 0.000 0.256 0.004
#> GSM153048 1 0.4465 0.6611 0.672 0.000 0.024 0.304 0.000
#> GSM153049 1 0.4491 0.6373 0.652 0.000 0.020 0.328 0.000
#> GSM153050 4 0.3210 0.4617 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> GSM153051 1 0.5840 0.6450 0.620 0.064 0.032 0.284 0.000
#> GSM153052 4 0.1331 0.5598 0.008 0.000 0.000 0.952 0.040
#> GSM153053 4 0.1386 0.5709 0.016 0.000 0.000 0.952 0.032
#> GSM187528 2 0.1915 0.9426 0.032 0.928 0.000 0.000 0.040
#> GSM187529 2 0.1997 0.9399 0.036 0.924 0.000 0.000 0.040
#> GSM187530 2 0.1668 0.9430 0.028 0.940 0.000 0.000 0.032
#> GSM187531 2 0.1074 0.9564 0.004 0.968 0.000 0.012 0.016
#> GSM152881 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152882 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152883 2 0.1981 0.9509 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048
#> GSM152884 2 0.2193 0.9382 0.028 0.912 0.000 0.000 0.060
#> GSM152885 2 0.1981 0.9509 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048
#> GSM152886 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152887 2 0.1981 0.9509 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048
#> GSM152888 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152889 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152890 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152891 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152892 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152893 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152894 2 0.1211 0.9605 0.016 0.960 0.000 0.000 0.024
#> GSM152895 2 0.1981 0.9509 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048
#> GSM152896 2 0.1981 0.9509 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048
#> GSM152897 2 0.1981 0.9509 0.028 0.924 0.000 0.000 0.048
#> GSM152898 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152899 2 0.1661 0.9500 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> GSM152900 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152901 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152902 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152903 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152904 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
#> GSM152905 2 0.0898 0.9608 0.008 0.972 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 4 0.4062 0.3282 0.012 0.000 0.344 0.640 0.000 0.004
#> GSM152823 6 0.4015 0.6223 0.012 0.000 0.000 0.372 0.000 0.616
#> GSM152824 6 0.3567 0.6293 0.156 0.000 0.004 0.032 0.008 0.800
#> GSM152825 4 0.4278 0.3022 0.016 0.000 0.352 0.624 0.000 0.008
#> GSM152826 4 0.4278 0.3022 0.016 0.000 0.352 0.624 0.000 0.008
#> GSM152827 6 0.3539 0.7200 0.024 0.000 0.000 0.220 0.000 0.756
#> GSM152828 3 0.7480 0.1844 0.048 0.012 0.436 0.068 0.100 0.336
#> GSM152829 6 0.6773 0.3211 0.032 0.000 0.276 0.208 0.016 0.468
#> GSM152830 4 0.4266 0.3108 0.016 0.000 0.348 0.628 0.000 0.008
#> GSM152831 4 0.2957 0.6318 0.016 0.000 0.140 0.836 0.000 0.008
#> GSM152832 4 0.4291 0.2919 0.016 0.000 0.356 0.620 0.000 0.008
#> GSM152833 4 0.6085 0.2220 0.244 0.000 0.272 0.476 0.000 0.008
#> GSM152834 4 0.1498 0.6598 0.032 0.000 0.000 0.940 0.000 0.028
#> GSM152835 6 0.3839 0.7016 0.112 0.000 0.004 0.088 0.004 0.792
#> GSM152836 6 0.3607 0.7053 0.112 0.000 0.000 0.092 0.000 0.796
#> GSM152837 4 0.2972 0.5173 0.036 0.000 0.000 0.836 0.000 0.128
#> GSM152838 4 0.0000 0.6905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.4001 0.6588 0.004 0.000 0.724 0.244 0.020 0.008
#> GSM153179 6 0.5292 0.4698 0.100 0.000 0.000 0.432 0.000 0.468
#> GSM153180 4 0.3245 0.3677 0.008 0.000 0.000 0.764 0.000 0.228
#> GSM153181 4 0.3030 0.6590 0.056 0.000 0.092 0.848 0.000 0.004
#> GSM153183 3 0.5547 0.4352 0.148 0.000 0.640 0.000 0.176 0.036
#> GSM153184 1 0.7108 0.2144 0.564 0.000 0.088 0.076 0.152 0.120
#> GSM153185 4 0.1485 0.6652 0.024 0.000 0.004 0.944 0.000 0.028
#> GSM153186 4 0.6282 0.0983 0.304 0.000 0.288 0.400 0.000 0.008
#> GSM153187 3 0.5097 0.6574 0.116 0.000 0.724 0.084 0.068 0.008
#> GSM153188 3 0.3459 0.5564 0.032 0.000 0.792 0.000 0.172 0.004
#> GSM153189 4 0.5807 -0.1810 0.360 0.000 0.008 0.484 0.000 0.148
#> GSM153190 3 0.6207 0.1872 0.176 0.000 0.440 0.368 0.008 0.008
#> GSM153191 1 0.5631 -0.0117 0.556 0.000 0.020 0.000 0.316 0.108
#> GSM153192 1 0.4755 0.5072 0.600 0.000 0.024 0.356 0.016 0.004
#> GSM153193 1 0.6411 -0.1984 0.356 0.000 0.000 0.312 0.012 0.320
#> GSM153194 1 0.5352 0.3029 0.664 0.000 0.012 0.056 0.224 0.044
#> GSM153195 1 0.5126 0.5330 0.640 0.000 0.016 0.284 0.024 0.036
#> GSM153196 4 0.4177 0.3772 0.280 0.000 0.032 0.684 0.000 0.004
#> GSM153197 4 0.0862 0.6916 0.008 0.000 0.016 0.972 0.000 0.004
#> GSM153198 1 0.6696 0.1180 0.412 0.000 0.340 0.212 0.028 0.008
#> GSM153199 5 0.4218 0.7254 0.156 0.000 0.108 0.000 0.736 0.000
#> GSM153200 3 0.5999 0.3826 0.168 0.000 0.608 0.000 0.156 0.068
#> GSM153201 3 0.4504 0.3903 0.028 0.000 0.576 0.392 0.000 0.004
#> GSM153202 4 0.1151 0.6699 0.012 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM153203 4 0.3867 0.4165 0.012 0.000 0.296 0.688 0.000 0.004
#> GSM153204 1 0.5498 -0.0181 0.504 0.000 0.116 0.000 0.376 0.004
#> GSM153205 6 0.4727 0.6427 0.056 0.000 0.000 0.368 0.000 0.576
#> GSM153206 3 0.6105 0.4019 0.208 0.000 0.580 0.000 0.156 0.056
#> GSM153207 1 0.5700 0.5176 0.660 0.000 0.060 0.156 0.116 0.008
#> GSM153208 6 0.3742 0.7003 0.116 0.000 0.000 0.088 0.004 0.792
#> GSM153209 1 0.4518 0.5122 0.612 0.000 0.036 0.348 0.004 0.000
#> GSM153210 1 0.5696 0.4855 0.668 0.000 0.076 0.112 0.136 0.008
#> GSM153211 1 0.6382 0.4510 0.556 0.000 0.220 0.168 0.048 0.008
#> GSM153212 1 0.4789 0.5302 0.620 0.000 0.024 0.332 0.012 0.012
#> GSM153213 5 0.4394 0.7258 0.148 0.000 0.108 0.000 0.736 0.008
#> GSM153214 1 0.4261 0.5109 0.748 0.000 0.000 0.148 0.096 0.008
#> GSM153215 1 0.4977 0.5318 0.636 0.000 0.012 0.300 0.024 0.028
#> GSM153216 1 0.5083 0.2464 0.472 0.000 0.056 0.464 0.000 0.008
#> GSM153217 1 0.5898 0.3657 0.612 0.000 0.008 0.060 0.084 0.236
#> GSM153218 5 0.5636 0.5421 0.296 0.000 0.088 0.000 0.580 0.036
#> GSM153219 1 0.5378 0.0681 0.592 0.000 0.020 0.000 0.300 0.088
#> GSM153220 1 0.6267 -0.0408 0.420 0.000 0.012 0.000 0.232 0.336
#> GSM153221 1 0.5759 0.1921 0.568 0.000 0.008 0.004 0.176 0.244
#> GSM153222 6 0.4712 0.6705 0.060 0.000 0.000 0.344 0.000 0.596
#> GSM153223 4 0.1890 0.6343 0.024 0.000 0.000 0.916 0.000 0.060
#> GSM153224 3 0.6038 0.3179 0.140 0.000 0.496 0.344 0.012 0.008
#> GSM153225 1 0.3923 0.3981 0.784 0.000 0.004 0.028 0.156 0.028
#> GSM153226 4 0.3541 0.2750 0.012 0.000 0.000 0.728 0.000 0.260
#> GSM153227 4 0.4755 0.3352 0.004 0.000 0.088 0.664 0.000 0.244
#> GSM153228 4 0.1074 0.6727 0.012 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028
#> GSM153229 4 0.0405 0.6916 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM153230 4 0.1946 0.6793 0.012 0.000 0.072 0.912 0.000 0.004
#> GSM153231 4 0.1151 0.6710 0.012 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032
#> GSM153232 4 0.0717 0.6824 0.008 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016
#> GSM153233 4 0.0909 0.6779 0.012 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020
#> GSM153234 4 0.1218 0.6894 0.012 0.000 0.028 0.956 0.000 0.004
#> GSM153235 4 0.4208 0.0185 0.004 0.000 0.452 0.536 0.000 0.008
#> GSM153236 4 0.0291 0.6913 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM153237 4 0.0260 0.6886 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152992 3 0.4049 0.6508 0.004 0.000 0.716 0.252 0.020 0.008
#> GSM152993 1 0.5371 0.5502 0.648 0.000 0.016 0.236 0.084 0.016
#> GSM152994 1 0.5242 0.5437 0.668 0.000 0.028 0.236 0.028 0.040
#> GSM152995 5 0.6430 0.4108 0.308 0.000 0.088 0.000 0.504 0.100
#> GSM152996 1 0.6314 -0.0928 0.508 0.000 0.068 0.000 0.316 0.108
#> GSM152997 1 0.6977 -0.2783 0.344 0.000 0.284 0.000 0.316 0.056
#> GSM152998 3 0.7111 0.2834 0.140 0.000 0.464 0.008 0.116 0.272
#> GSM152999 3 0.3141 0.6938 0.000 0.000 0.788 0.200 0.000 0.012
#> GSM153000 1 0.6746 -0.2765 0.400 0.000 0.096 0.000 0.388 0.116
#> GSM153001 1 0.6935 0.3307 0.588 0.000 0.080 0.116 0.124 0.092
#> GSM153002 5 0.4361 0.6883 0.204 0.000 0.076 0.000 0.716 0.004
#> GSM153003 5 0.4848 0.6398 0.076 0.000 0.180 0.000 0.708 0.036
#> GSM153004 5 0.4494 0.7008 0.064 0.004 0.148 0.000 0.752 0.032
#> GSM153005 4 0.0146 0.6901 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153006 5 0.6707 0.4409 0.272 0.000 0.144 0.000 0.492 0.092
#> GSM153007 4 0.3842 0.4010 0.076 0.000 0.000 0.768 0.000 0.156
#> GSM153008 3 0.7470 0.1255 0.232 0.000 0.364 0.256 0.000 0.148
#> GSM153009 4 0.4503 0.1082 0.020 0.000 0.412 0.560 0.000 0.008
#> GSM153010 3 0.3033 0.7057 0.004 0.000 0.856 0.096 0.032 0.012
#> GSM153011 4 0.4348 0.2338 0.016 0.000 0.376 0.600 0.000 0.008
#> GSM153012 1 0.5111 0.5198 0.616 0.000 0.028 0.316 0.012 0.028
#> GSM153013 1 0.4525 0.5108 0.616 0.000 0.012 0.352 0.008 0.012
#> GSM153014 1 0.4666 0.0429 0.564 0.000 0.048 0.000 0.388 0.000
#> GSM153015 3 0.5739 0.5398 0.116 0.000 0.604 0.248 0.024 0.008
#> GSM153016 3 0.4646 0.6828 0.056 0.000 0.736 0.172 0.024 0.012
#> GSM153017 3 0.3078 0.6972 0.000 0.000 0.796 0.192 0.000 0.012
#> GSM153018 3 0.6960 0.2682 0.100 0.000 0.476 0.016 0.104 0.304
#> GSM153019 1 0.6317 0.3691 0.536 0.000 0.268 0.152 0.036 0.008
#> GSM153020 3 0.4764 0.7027 0.032 0.000 0.732 0.144 0.088 0.004
#> GSM153021 3 0.3570 0.5102 0.016 0.000 0.752 0.004 0.228 0.000
#> GSM153022 5 0.2918 0.7057 0.064 0.000 0.048 0.000 0.868 0.020
#> GSM153023 5 0.5101 0.5821 0.264 0.000 0.060 0.000 0.644 0.032
#> GSM153024 5 0.4282 0.6949 0.072 0.000 0.200 0.000 0.724 0.004
#> GSM153025 1 0.5072 0.0340 0.604 0.000 0.020 0.000 0.320 0.056
#> GSM153026 1 0.6540 0.4529 0.560 0.000 0.196 0.160 0.076 0.008
#> GSM153027 5 0.5835 0.4716 0.328 0.000 0.032 0.000 0.536 0.104
#> GSM153028 1 0.5305 0.5374 0.608 0.000 0.052 0.304 0.032 0.004
#> GSM153029 3 0.5155 0.5855 0.064 0.000 0.700 0.052 0.176 0.008
#> GSM153030 1 0.6148 0.5002 0.592 0.000 0.148 0.208 0.040 0.012
#> GSM153031 1 0.5079 0.4844 0.600 0.000 0.012 0.332 0.008 0.048
#> GSM153032 5 0.4143 0.7354 0.120 0.000 0.120 0.000 0.756 0.004
#> GSM153033 5 0.4466 0.6942 0.176 0.000 0.060 0.000 0.736 0.028
#> GSM153034 5 0.4702 0.6420 0.076 0.000 0.260 0.000 0.660 0.004
#> GSM153035 5 0.4013 0.7370 0.124 0.000 0.104 0.000 0.768 0.004
#> GSM153036 5 0.5031 0.5060 0.344 0.000 0.056 0.004 0.588 0.008
#> GSM153037 1 0.4178 0.2395 0.700 0.000 0.008 0.000 0.260 0.032
#> GSM153038 5 0.3852 0.7337 0.136 0.000 0.072 0.000 0.784 0.008
#> GSM153039 3 0.4291 0.6807 0.020 0.000 0.776 0.096 0.100 0.008
#> GSM153040 3 0.3797 0.6972 0.008 0.000 0.768 0.192 0.004 0.028
#> GSM153041 3 0.3832 0.5621 0.104 0.000 0.776 0.000 0.120 0.000
#> GSM153042 4 0.0622 0.6844 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM153043 3 0.5517 0.5149 0.252 0.000 0.628 0.072 0.044 0.004
#> GSM153044 3 0.3449 0.6977 0.004 0.000 0.784 0.192 0.004 0.016
#> GSM153045 3 0.3168 0.6971 0.000 0.000 0.792 0.192 0.000 0.016
#> GSM153046 3 0.3877 0.6996 0.016 0.000 0.768 0.188 0.004 0.024
#> GSM153047 3 0.3417 0.6995 0.004 0.000 0.788 0.188 0.004 0.016
#> GSM153048 3 0.3915 0.6753 0.000 0.000 0.736 0.228 0.028 0.008
#> GSM153049 3 0.4030 0.6666 0.004 0.000 0.728 0.236 0.024 0.008
#> GSM153050 4 0.3463 0.5329 0.004 0.000 0.240 0.748 0.000 0.008
#> GSM153051 3 0.5923 0.6538 0.004 0.068 0.636 0.200 0.084 0.008
#> GSM153052 4 0.0622 0.6844 0.008 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM153053 4 0.0862 0.6878 0.004 0.000 0.016 0.972 0.000 0.008
#> GSM187528 2 0.3067 0.8848 0.016 0.872 0.024 0.000 0.040 0.048
#> GSM187529 2 0.3131 0.8818 0.016 0.868 0.024 0.000 0.052 0.040
#> GSM187530 2 0.3002 0.8839 0.016 0.876 0.024 0.000 0.044 0.040
#> GSM187531 2 0.1621 0.9208 0.012 0.944 0.016 0.008 0.000 0.020
#> GSM152881 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152882 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152883 2 0.3481 0.9002 0.040 0.852 0.040 0.000 0.036 0.032
#> GSM152884 2 0.4118 0.8618 0.044 0.812 0.036 0.000 0.068 0.040
#> GSM152885 2 0.3481 0.9002 0.040 0.852 0.040 0.000 0.036 0.032
#> GSM152886 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152887 2 0.3481 0.9002 0.040 0.852 0.040 0.000 0.036 0.032
#> GSM152888 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152889 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152890 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152891 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152892 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152893 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152894 2 0.2077 0.9261 0.024 0.924 0.020 0.000 0.012 0.020
#> GSM152895 2 0.3481 0.9002 0.040 0.852 0.040 0.000 0.036 0.032
#> GSM152896 2 0.3481 0.9002 0.040 0.852 0.040 0.000 0.036 0.032
#> GSM152897 2 0.3481 0.9002 0.040 0.852 0.040 0.000 0.036 0.032
#> GSM152898 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152899 2 0.2152 0.9144 0.012 0.920 0.016 0.000 0.024 0.028
#> GSM152900 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152901 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152902 2 0.1198 0.9273 0.012 0.960 0.004 0.000 0.004 0.020
#> GSM152903 2 0.1198 0.9273 0.012 0.960 0.004 0.000 0.004 0.020
#> GSM152904 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM152905 2 0.1053 0.9280 0.012 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:kmeans 166 4.93e-29 2
#> CV:kmeans 152 5.74e-28 3
#> CV:kmeans 112 2.63e-23 4
#> CV:kmeans 106 6.85e-27 5
#> CV:kmeans 111 3.43e-26 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.801 0.894 0.952 0.4863 0.512 0.512
#> 3 3 0.601 0.783 0.891 0.3600 0.668 0.436
#> 4 4 0.492 0.566 0.766 0.1266 0.802 0.496
#> 5 5 0.491 0.438 0.629 0.0685 0.878 0.574
#> 6 6 0.532 0.350 0.543 0.0391 0.848 0.417
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0672 0.955 0.992 0.008
#> GSM152825 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152829 1 0.0672 0.955 0.992 0.008
#> GSM152830 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.2236 0.936 0.964 0.036
#> GSM152836 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153178 2 0.9775 0.352 0.412 0.588
#> GSM153179 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM153184 1 0.8207 0.663 0.744 0.256
#> GSM153185 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.7056 0.772 0.808 0.192
#> GSM153188 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM153189 1 0.1843 0.943 0.972 0.028
#> GSM153190 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153191 2 0.9970 0.141 0.468 0.532
#> GSM153192 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.3114 0.920 0.944 0.056
#> GSM153195 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153199 2 0.2236 0.915 0.036 0.964
#> GSM153200 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.7883 0.700 0.764 0.236
#> GSM153205 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.6712 0.783 0.824 0.176
#> GSM153207 1 0.1184 0.951 0.984 0.016
#> GSM153208 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153213 2 0.4161 0.879 0.084 0.916
#> GSM153214 1 0.2236 0.936 0.964 0.036
#> GSM153215 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.7745 0.717 0.772 0.228
#> GSM153219 1 0.4431 0.885 0.908 0.092
#> GSM153220 1 0.6247 0.818 0.844 0.156
#> GSM153221 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.1184 0.950 0.984 0.016
#> GSM153226 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.9933 0.229 0.452 0.548
#> GSM153236 1 0.2043 0.938 0.968 0.032
#> GSM153237 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.9427 0.415 0.640 0.360
#> GSM152993 1 0.0376 0.958 0.996 0.004
#> GSM152994 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM152995 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM152996 1 0.8608 0.615 0.716 0.284
#> GSM152997 2 0.1184 0.926 0.016 0.984
#> GSM152998 1 0.0376 0.958 0.996 0.004
#> GSM152999 2 0.9323 0.515 0.348 0.652
#> GSM153000 2 0.5178 0.849 0.116 0.884
#> GSM153001 1 0.8144 0.680 0.748 0.252
#> GSM153002 2 0.8443 0.642 0.272 0.728
#> GSM153003 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.0672 0.930 0.008 0.992
#> GSM153007 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153011 1 0.0672 0.955 0.992 0.008
#> GSM153012 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.2423 0.933 0.960 0.040
#> GSM153015 1 0.3114 0.919 0.944 0.056
#> GSM153016 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153017 2 0.4298 0.874 0.088 0.912
#> GSM153018 1 0.2778 0.926 0.952 0.048
#> GSM153019 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153021 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153023 2 0.1633 0.921 0.024 0.976
#> GSM153024 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.7299 0.755 0.796 0.204
#> GSM153026 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153027 2 0.7139 0.755 0.196 0.804
#> GSM153028 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.0672 0.930 0.008 0.992
#> GSM153030 1 0.0376 0.958 0.996 0.004
#> GSM153031 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153032 2 0.0672 0.930 0.008 0.992
#> GSM153033 2 0.4022 0.882 0.080 0.920
#> GSM153034 2 0.0376 0.932 0.004 0.996
#> GSM153035 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153036 1 0.9881 0.220 0.564 0.436
#> GSM153037 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153038 2 0.9170 0.529 0.332 0.668
#> GSM153039 2 0.4022 0.883 0.080 0.920
#> GSM153040 2 0.4161 0.879 0.084 0.916
#> GSM153041 2 0.1414 0.924 0.020 0.980
#> GSM153042 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.6343 0.807 0.840 0.160
#> GSM153044 2 0.9661 0.412 0.392 0.608
#> GSM153045 2 0.9460 0.479 0.364 0.636
#> GSM153046 1 0.5519 0.844 0.872 0.128
#> GSM153047 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153048 2 0.7219 0.758 0.200 0.800
#> GSM153049 2 0.4022 0.881 0.080 0.920
#> GSM153050 1 0.3879 0.899 0.924 0.076
#> GSM153051 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.960 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.933 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.0237 0.8990 0.996 0.000 0.004
#> GSM152823 1 0.0747 0.9010 0.984 0.000 0.016
#> GSM152824 3 0.1163 0.8599 0.028 0.000 0.972
#> GSM152825 1 0.0237 0.8990 0.996 0.000 0.004
#> GSM152826 1 0.0237 0.8990 0.996 0.000 0.004
#> GSM152827 1 0.1163 0.8976 0.972 0.000 0.028
#> GSM152828 2 0.3155 0.8493 0.040 0.916 0.044
#> GSM152829 1 0.1411 0.8930 0.964 0.000 0.036
#> GSM152830 1 0.0237 0.8990 0.996 0.000 0.004
#> GSM152831 1 0.0237 0.9010 0.996 0.000 0.004
#> GSM152832 1 0.0237 0.8990 0.996 0.000 0.004
#> GSM152833 1 0.3038 0.8474 0.896 0.000 0.104
#> GSM152834 1 0.0892 0.9003 0.980 0.000 0.020
#> GSM152835 3 0.3038 0.8509 0.104 0.000 0.896
#> GSM152836 3 0.5254 0.6930 0.264 0.000 0.736
#> GSM152837 1 0.0592 0.9015 0.988 0.000 0.012
#> GSM152838 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153178 1 0.4063 0.8262 0.868 0.112 0.020
#> GSM153179 1 0.5363 0.6101 0.724 0.000 0.276
#> GSM153180 1 0.0747 0.9013 0.984 0.000 0.016
#> GSM153181 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153183 2 0.6553 0.5322 0.020 0.656 0.324
#> GSM153184 3 0.7843 0.6669 0.192 0.140 0.668
#> GSM153185 1 0.0892 0.9003 0.980 0.000 0.020
#> GSM153186 1 0.3619 0.8180 0.864 0.000 0.136
#> GSM153187 3 0.6280 0.2338 0.460 0.000 0.540
#> GSM153188 2 0.7466 0.2130 0.036 0.520 0.444
#> GSM153189 3 0.6598 0.3167 0.428 0.008 0.564
#> GSM153190 1 0.4062 0.7922 0.836 0.000 0.164
#> GSM153191 3 0.0592 0.8562 0.000 0.012 0.988
#> GSM153192 3 0.5560 0.6501 0.300 0.000 0.700
#> GSM153193 3 0.5216 0.7135 0.260 0.000 0.740
#> GSM153194 3 0.0892 0.8603 0.020 0.000 0.980
#> GSM153195 3 0.3482 0.8417 0.128 0.000 0.872
#> GSM153196 1 0.3941 0.7953 0.844 0.000 0.156
#> GSM153197 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153198 1 0.6451 0.1612 0.560 0.004 0.436
#> GSM153199 3 0.1129 0.8516 0.004 0.020 0.976
#> GSM153200 2 0.5737 0.6520 0.012 0.732 0.256
#> GSM153201 1 0.1643 0.8890 0.956 0.000 0.044
#> GSM153202 1 0.0892 0.9003 0.980 0.000 0.020
#> GSM153203 1 0.0000 0.9002 1.000 0.000 0.000
#> GSM153204 3 0.0661 0.8567 0.008 0.004 0.988
#> GSM153205 1 0.5178 0.6576 0.744 0.000 0.256
#> GSM153206 3 0.4172 0.8085 0.156 0.004 0.840
#> GSM153207 3 0.2878 0.8566 0.096 0.000 0.904
#> GSM153208 3 0.2959 0.8527 0.100 0.000 0.900
#> GSM153209 3 0.5016 0.7379 0.240 0.000 0.760
#> GSM153210 3 0.2165 0.8625 0.064 0.000 0.936
#> GSM153211 3 0.4121 0.8168 0.168 0.000 0.832
#> GSM153212 3 0.4178 0.8116 0.172 0.000 0.828
#> GSM153213 3 0.0747 0.8539 0.000 0.016 0.984
#> GSM153214 3 0.1031 0.8604 0.024 0.000 0.976
#> GSM153215 3 0.3412 0.8432 0.124 0.000 0.876
#> GSM153216 1 0.6126 0.3036 0.600 0.000 0.400
#> GSM153217 3 0.1289 0.8598 0.032 0.000 0.968
#> GSM153218 3 0.0424 0.8559 0.008 0.000 0.992
#> GSM153219 3 0.0237 0.8578 0.004 0.000 0.996
#> GSM153220 3 0.0424 0.8588 0.008 0.000 0.992
#> GSM153221 3 0.0747 0.8599 0.016 0.000 0.984
#> GSM153222 1 0.5905 0.4601 0.648 0.000 0.352
#> GSM153223 1 0.1163 0.8978 0.972 0.000 0.028
#> GSM153224 1 0.2625 0.8668 0.916 0.000 0.084
#> GSM153225 3 0.0592 0.8593 0.012 0.000 0.988
#> GSM153226 1 0.0747 0.9010 0.984 0.000 0.016
#> GSM153227 1 0.0592 0.9014 0.988 0.000 0.012
#> GSM153228 1 0.0747 0.9010 0.984 0.000 0.016
#> GSM153229 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153230 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153231 1 0.1163 0.8975 0.972 0.000 0.028
#> GSM153232 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153233 1 0.0747 0.9010 0.984 0.000 0.016
#> GSM153234 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153235 1 0.4047 0.7990 0.848 0.148 0.004
#> GSM153236 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153237 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM152992 1 0.3039 0.8717 0.920 0.044 0.036
#> GSM152993 3 0.3551 0.8398 0.132 0.000 0.868
#> GSM152994 3 0.2878 0.8561 0.096 0.000 0.904
#> GSM152995 3 0.0237 0.8569 0.004 0.000 0.996
#> GSM152996 3 0.0424 0.8579 0.008 0.000 0.992
#> GSM152997 3 0.5902 0.4920 0.004 0.316 0.680
#> GSM152998 3 0.6274 0.1938 0.456 0.000 0.544
#> GSM152999 1 0.3141 0.8591 0.912 0.068 0.020
#> GSM153000 3 0.2173 0.8419 0.008 0.048 0.944
#> GSM153001 3 0.5136 0.8197 0.132 0.044 0.824
#> GSM153002 3 0.0661 0.8562 0.004 0.008 0.988
#> GSM153003 2 0.6460 0.2733 0.004 0.556 0.440
#> GSM153004 2 0.4235 0.7444 0.000 0.824 0.176
#> GSM153005 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153006 3 0.2945 0.8140 0.004 0.088 0.908
#> GSM153007 1 0.2711 0.8608 0.912 0.000 0.088
#> GSM153008 1 0.5733 0.4958 0.676 0.000 0.324
#> GSM153009 1 0.0000 0.9002 1.000 0.000 0.000
#> GSM153010 2 0.4665 0.8016 0.100 0.852 0.048
#> GSM153011 1 0.0237 0.8990 0.996 0.000 0.004
#> GSM153012 3 0.3192 0.8487 0.112 0.000 0.888
#> GSM153013 3 0.5560 0.6525 0.300 0.000 0.700
#> GSM153014 3 0.0000 0.8574 0.000 0.000 1.000
#> GSM153015 1 0.4982 0.8014 0.828 0.036 0.136
#> GSM153016 1 0.2959 0.8551 0.900 0.000 0.100
#> GSM153017 2 0.7186 0.0504 0.476 0.500 0.024
#> GSM153018 1 0.6753 0.3601 0.596 0.016 0.388
#> GSM153019 3 0.4654 0.7751 0.208 0.000 0.792
#> GSM153020 2 0.3797 0.8306 0.052 0.892 0.056
#> GSM153021 2 0.3500 0.8156 0.004 0.880 0.116
#> GSM153022 3 0.5948 0.3982 0.000 0.360 0.640
#> GSM153023 3 0.1643 0.8431 0.000 0.044 0.956
#> GSM153024 2 0.6468 0.2651 0.004 0.552 0.444
#> GSM153025 3 0.0237 0.8579 0.000 0.004 0.996
#> GSM153026 3 0.3482 0.8397 0.128 0.000 0.872
#> GSM153027 3 0.0424 0.8565 0.000 0.008 0.992
#> GSM153028 3 0.4291 0.8047 0.180 0.000 0.820
#> GSM153029 2 0.8915 0.1497 0.124 0.472 0.404
#> GSM153030 3 0.5480 0.7045 0.264 0.004 0.732
#> GSM153031 3 0.4654 0.7783 0.208 0.000 0.792
#> GSM153032 3 0.2063 0.8419 0.008 0.044 0.948
#> GSM153033 3 0.0237 0.8569 0.000 0.004 0.996
#> GSM153034 3 0.6451 0.5191 0.024 0.292 0.684
#> GSM153035 3 0.2625 0.8214 0.000 0.084 0.916
#> GSM153036 3 0.0661 0.8597 0.008 0.004 0.988
#> GSM153037 3 0.0592 0.8593 0.012 0.000 0.988
#> GSM153038 3 0.0237 0.8569 0.004 0.000 0.996
#> GSM153039 2 0.9955 0.0922 0.304 0.380 0.316
#> GSM153040 1 0.7759 -0.0236 0.480 0.472 0.048
#> GSM153041 2 0.8155 0.4343 0.088 0.580 0.332
#> GSM153042 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM153043 3 0.7569 0.6312 0.248 0.088 0.664
#> GSM153044 1 0.4586 0.8234 0.856 0.096 0.048
#> GSM153045 1 0.3637 0.8455 0.892 0.084 0.024
#> GSM153046 1 0.6452 0.6421 0.712 0.036 0.252
#> GSM153047 2 0.1751 0.8694 0.028 0.960 0.012
#> GSM153048 1 0.4277 0.8034 0.852 0.132 0.016
#> GSM153049 2 0.5681 0.6491 0.236 0.748 0.016
#> GSM153050 1 0.0000 0.9002 1.000 0.000 0.000
#> GSM153051 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM153052 1 0.0592 0.9015 0.988 0.000 0.012
#> GSM153053 1 0.0424 0.9018 0.992 0.000 0.008
#> GSM187528 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.4992 0.05399 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM152823 1 0.1677 0.69517 0.948 0.000 0.040 0.012
#> GSM152824 4 0.4988 0.59311 0.288 0.000 0.020 0.692
#> GSM152825 3 0.4866 0.26023 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM152826 3 0.4830 0.28412 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM152827 1 0.2699 0.67446 0.904 0.000 0.068 0.028
#> GSM152828 2 0.7720 0.03875 0.056 0.480 0.392 0.072
#> GSM152829 1 0.5252 0.32750 0.644 0.000 0.336 0.020
#> GSM152830 3 0.4866 0.24672 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM152831 1 0.4830 0.31191 0.608 0.000 0.392 0.000
#> GSM152832 3 0.4730 0.33228 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM152833 1 0.6750 0.04966 0.472 0.000 0.436 0.092
#> GSM152834 1 0.2060 0.69896 0.932 0.000 0.052 0.016
#> GSM152835 1 0.5668 -0.06893 0.532 0.000 0.024 0.444
#> GSM152836 1 0.4988 0.40798 0.692 0.000 0.020 0.288
#> GSM152837 1 0.1545 0.69687 0.952 0.000 0.040 0.008
#> GSM152838 1 0.3123 0.66623 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM153178 3 0.3894 0.58012 0.140 0.024 0.832 0.004
#> GSM153179 1 0.2742 0.65809 0.900 0.000 0.024 0.076
#> GSM153180 1 0.2197 0.69469 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM153181 1 0.4343 0.55810 0.732 0.000 0.264 0.004
#> GSM153183 3 0.8065 0.21223 0.016 0.252 0.472 0.260
#> GSM153184 4 0.8753 0.28211 0.368 0.108 0.108 0.416
#> GSM153185 1 0.2198 0.69923 0.920 0.000 0.072 0.008
#> GSM153186 1 0.7210 0.11886 0.456 0.000 0.404 0.140
#> GSM153187 3 0.7314 0.11575 0.164 0.000 0.488 0.348
#> GSM153188 3 0.6261 0.24704 0.000 0.080 0.608 0.312
#> GSM153189 1 0.5429 0.46060 0.696 0.008 0.032 0.264
#> GSM153190 3 0.5910 0.45937 0.244 0.000 0.672 0.084
#> GSM153191 4 0.1909 0.71360 0.048 0.004 0.008 0.940
#> GSM153192 1 0.6677 0.12559 0.524 0.000 0.092 0.384
#> GSM153193 1 0.4647 0.42501 0.704 0.000 0.008 0.288
#> GSM153194 4 0.4446 0.67533 0.196 0.000 0.028 0.776
#> GSM153195 1 0.6214 -0.15990 0.480 0.000 0.052 0.468
#> GSM153196 1 0.6112 0.57484 0.676 0.000 0.196 0.128
#> GSM153197 1 0.3400 0.64865 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153198 3 0.7430 0.39873 0.228 0.000 0.512 0.260
#> GSM153199 4 0.3680 0.67216 0.004 0.008 0.160 0.828
#> GSM153200 3 0.8234 0.18791 0.016 0.320 0.416 0.248
#> GSM153201 3 0.6039 0.33404 0.348 0.000 0.596 0.056
#> GSM153202 1 0.3143 0.69879 0.876 0.000 0.100 0.024
#> GSM153203 1 0.4998 0.00873 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153204 4 0.3355 0.68283 0.004 0.000 0.160 0.836
#> GSM153205 1 0.2973 0.64245 0.884 0.000 0.020 0.096
#> GSM153206 3 0.6621 -0.01490 0.084 0.000 0.508 0.408
#> GSM153207 4 0.6123 0.62004 0.192 0.000 0.132 0.676
#> GSM153208 1 0.5290 0.10871 0.584 0.000 0.012 0.404
#> GSM153209 4 0.7046 0.14044 0.432 0.000 0.120 0.448
#> GSM153210 4 0.6634 0.56956 0.212 0.000 0.164 0.624
#> GSM153211 4 0.7254 0.35367 0.176 0.000 0.300 0.524
#> GSM153212 4 0.6974 0.28029 0.396 0.000 0.116 0.488
#> GSM153213 4 0.2860 0.70084 0.004 0.008 0.100 0.888
#> GSM153214 4 0.3674 0.71010 0.116 0.000 0.036 0.848
#> GSM153215 4 0.6102 0.31542 0.420 0.000 0.048 0.532
#> GSM153216 1 0.6678 0.47410 0.620 0.000 0.172 0.208
#> GSM153217 4 0.5193 0.53945 0.324 0.000 0.020 0.656
#> GSM153218 4 0.2342 0.70669 0.008 0.000 0.080 0.912
#> GSM153219 4 0.1902 0.71188 0.064 0.000 0.004 0.932
#> GSM153220 4 0.2530 0.71023 0.100 0.000 0.004 0.896
#> GSM153221 4 0.3048 0.70860 0.108 0.000 0.016 0.876
#> GSM153222 1 0.3862 0.60426 0.824 0.000 0.024 0.152
#> GSM153223 1 0.2224 0.69308 0.928 0.000 0.040 0.032
#> GSM153224 3 0.5533 0.51931 0.220 0.000 0.708 0.072
#> GSM153225 4 0.3280 0.70672 0.124 0.000 0.016 0.860
#> GSM153226 1 0.1888 0.69684 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM153227 1 0.3751 0.61416 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM153228 1 0.2401 0.69519 0.904 0.000 0.092 0.004
#> GSM153229 1 0.3311 0.65325 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM153230 1 0.4164 0.55862 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM153231 1 0.2845 0.69834 0.896 0.000 0.076 0.028
#> GSM153232 1 0.2530 0.69248 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM153233 1 0.2530 0.69074 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM153234 1 0.3726 0.61932 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM153235 3 0.7215 0.27961 0.348 0.152 0.500 0.000
#> GSM153236 1 0.3157 0.67545 0.852 0.004 0.144 0.000
#> GSM153237 1 0.2921 0.67411 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM152992 3 0.2926 0.59323 0.096 0.004 0.888 0.012
#> GSM152993 4 0.6124 0.57208 0.276 0.000 0.084 0.640
#> GSM152994 4 0.5894 0.40403 0.392 0.000 0.040 0.568
#> GSM152995 4 0.2635 0.70859 0.020 0.000 0.076 0.904
#> GSM152996 4 0.3354 0.71239 0.044 0.000 0.084 0.872
#> GSM152997 4 0.7037 0.48159 0.012 0.168 0.204 0.616
#> GSM152998 3 0.7519 0.25552 0.248 0.000 0.496 0.256
#> GSM152999 3 0.2466 0.59065 0.096 0.004 0.900 0.000
#> GSM153000 4 0.4576 0.67769 0.020 0.036 0.132 0.812
#> GSM153001 4 0.8103 0.42226 0.316 0.044 0.140 0.500
#> GSM153002 4 0.2342 0.70512 0.008 0.000 0.080 0.912
#> GSM153003 4 0.7182 0.36884 0.000 0.200 0.248 0.552
#> GSM153004 2 0.5407 0.47837 0.000 0.668 0.036 0.296
#> GSM153005 1 0.2760 0.68109 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM153006 4 0.4036 0.66028 0.004 0.020 0.160 0.816
#> GSM153007 1 0.1833 0.67940 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM153008 1 0.7140 0.00515 0.464 0.000 0.404 0.132
#> GSM153009 3 0.5183 0.24424 0.408 0.000 0.584 0.008
#> GSM153010 3 0.5968 0.42063 0.008 0.312 0.636 0.044
#> GSM153011 3 0.4697 0.34854 0.356 0.000 0.644 0.000
#> GSM153012 4 0.6371 0.30995 0.428 0.000 0.064 0.508
#> GSM153013 1 0.6607 -0.05851 0.476 0.000 0.080 0.444
#> GSM153014 4 0.2473 0.71072 0.012 0.000 0.080 0.908
#> GSM153015 3 0.4561 0.56396 0.172 0.004 0.788 0.036
#> GSM153016 3 0.3464 0.59332 0.108 0.000 0.860 0.032
#> GSM153017 3 0.4225 0.59769 0.052 0.108 0.832 0.008
#> GSM153018 3 0.7459 0.32129 0.328 0.004 0.500 0.168
#> GSM153019 4 0.7540 0.23731 0.204 0.000 0.328 0.468
#> GSM153020 2 0.7323 0.47989 0.044 0.632 0.180 0.144
#> GSM153021 3 0.7036 0.33367 0.000 0.208 0.576 0.216
#> GSM153022 4 0.5548 0.56527 0.000 0.200 0.084 0.716
#> GSM153023 4 0.2924 0.69328 0.000 0.016 0.100 0.884
#> GSM153024 4 0.7438 0.29310 0.000 0.244 0.244 0.512
#> GSM153025 4 0.1151 0.70869 0.024 0.000 0.008 0.968
#> GSM153026 4 0.6147 0.56834 0.112 0.000 0.224 0.664
#> GSM153027 4 0.0804 0.70727 0.012 0.000 0.008 0.980
#> GSM153028 4 0.6961 0.32059 0.352 0.000 0.124 0.524
#> GSM153029 3 0.7881 0.31859 0.044 0.136 0.548 0.272
#> GSM153030 4 0.7525 0.33120 0.276 0.000 0.232 0.492
#> GSM153031 1 0.5558 0.22065 0.608 0.000 0.028 0.364
#> GSM153032 4 0.3208 0.67431 0.000 0.004 0.148 0.848
#> GSM153033 4 0.1576 0.70701 0.004 0.000 0.048 0.948
#> GSM153034 4 0.6891 0.33512 0.008 0.092 0.352 0.548
#> GSM153035 4 0.4462 0.65398 0.000 0.064 0.132 0.804
#> GSM153036 4 0.3754 0.71429 0.092 0.004 0.048 0.856
#> GSM153037 4 0.2174 0.71389 0.052 0.000 0.020 0.928
#> GSM153038 4 0.1867 0.70502 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM153039 3 0.8410 0.34934 0.104 0.124 0.540 0.232
#> GSM153040 3 0.5843 0.58448 0.084 0.124 0.752 0.040
#> GSM153041 3 0.6270 0.40324 0.012 0.096 0.680 0.212
#> GSM153042 1 0.2589 0.68540 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM153043 4 0.7741 0.04854 0.132 0.020 0.420 0.428
#> GSM153044 3 0.3940 0.59467 0.116 0.012 0.844 0.028
#> GSM153045 3 0.2546 0.59406 0.092 0.008 0.900 0.000
#> GSM153046 3 0.7886 0.33261 0.324 0.020 0.488 0.168
#> GSM153047 3 0.5404 0.27111 0.004 0.384 0.600 0.012
#> GSM153048 3 0.2960 0.59753 0.084 0.020 0.892 0.004
#> GSM153049 3 0.4964 0.55684 0.032 0.244 0.724 0.000
#> GSM153050 1 0.4872 0.41737 0.640 0.004 0.356 0.000
#> GSM153051 2 0.1302 0.91548 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM153052 1 0.2408 0.68882 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM153053 1 0.3945 0.62315 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM187528 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.95773 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.5176 0.23359 0.560 0.000 0.004 0.400 0.036
#> GSM152823 4 0.2824 0.63151 0.032 0.000 0.000 0.872 0.096
#> GSM152824 5 0.6541 0.35890 0.012 0.000 0.180 0.276 0.532
#> GSM152825 1 0.5129 0.35719 0.616 0.000 0.000 0.328 0.056
#> GSM152826 1 0.5169 0.38197 0.640 0.000 0.008 0.304 0.048
#> GSM152827 4 0.5601 0.46630 0.100 0.000 0.016 0.664 0.220
#> GSM152828 1 0.9156 0.10831 0.368 0.260 0.152 0.068 0.152
#> GSM152829 4 0.7197 0.19994 0.256 0.000 0.044 0.496 0.204
#> GSM152830 1 0.5278 0.32269 0.600 0.000 0.004 0.344 0.052
#> GSM152831 4 0.5199 0.12787 0.412 0.000 0.004 0.548 0.036
#> GSM152832 1 0.5156 0.35371 0.620 0.000 0.004 0.328 0.048
#> GSM152833 1 0.7745 0.19625 0.380 0.000 0.060 0.308 0.252
#> GSM152834 4 0.3115 0.64013 0.036 0.000 0.000 0.852 0.112
#> GSM152835 5 0.6875 0.22074 0.040 0.000 0.116 0.412 0.432
#> GSM152836 4 0.5990 -0.01588 0.028 0.000 0.052 0.504 0.416
#> GSM152837 4 0.3912 0.64853 0.088 0.000 0.000 0.804 0.108
#> GSM152838 4 0.3093 0.61169 0.168 0.000 0.000 0.824 0.008
#> GSM153178 1 0.5813 0.54565 0.700 0.024 0.124 0.136 0.016
#> GSM153179 4 0.5545 0.39936 0.060 0.000 0.020 0.636 0.284
#> GSM153180 4 0.4605 0.63995 0.108 0.000 0.004 0.756 0.132
#> GSM153181 4 0.6443 0.30744 0.268 0.000 0.020 0.564 0.148
#> GSM153183 3 0.8530 0.23797 0.212 0.224 0.384 0.008 0.172
#> GSM153184 5 0.8695 0.23999 0.060 0.068 0.244 0.228 0.400
#> GSM153185 4 0.2989 0.65986 0.060 0.000 0.000 0.868 0.072
#> GSM153186 1 0.7609 0.18114 0.388 0.000 0.056 0.344 0.212
#> GSM153187 3 0.8230 -0.01560 0.316 0.000 0.356 0.168 0.160
#> GSM153188 3 0.7074 0.18063 0.356 0.072 0.484 0.004 0.084
#> GSM153189 4 0.6441 -0.08159 0.020 0.000 0.112 0.504 0.364
#> GSM153190 1 0.7636 0.33908 0.484 0.000 0.104 0.164 0.248
#> GSM153191 3 0.4798 0.21318 0.004 0.000 0.512 0.012 0.472
#> GSM153192 5 0.7844 0.33471 0.100 0.000 0.164 0.368 0.368
#> GSM153193 4 0.5766 0.14524 0.016 0.000 0.072 0.596 0.316
#> GSM153194 5 0.6922 0.07113 0.040 0.000 0.360 0.128 0.472
#> GSM153195 5 0.7377 0.43242 0.064 0.000 0.160 0.308 0.468
#> GSM153196 4 0.7421 0.28688 0.196 0.000 0.072 0.500 0.232
#> GSM153197 4 0.4101 0.58466 0.184 0.000 0.000 0.768 0.048
#> GSM153198 1 0.8396 -0.02672 0.332 0.000 0.232 0.156 0.280
#> GSM153199 3 0.4905 0.42603 0.040 0.012 0.688 0.000 0.260
#> GSM153200 3 0.8653 0.18880 0.272 0.172 0.332 0.008 0.216
#> GSM153201 1 0.7122 0.42943 0.536 0.000 0.076 0.256 0.132
#> GSM153202 4 0.4011 0.65137 0.112 0.000 0.008 0.808 0.072
#> GSM153203 4 0.5161 -0.07071 0.484 0.000 0.008 0.484 0.024
#> GSM153204 3 0.6036 0.27467 0.116 0.000 0.540 0.004 0.340
#> GSM153205 4 0.4857 0.45288 0.036 0.000 0.012 0.688 0.264
#> GSM153206 3 0.7353 0.11719 0.296 0.000 0.344 0.024 0.336
#> GSM153207 5 0.7663 0.21895 0.124 0.000 0.316 0.116 0.444
#> GSM153208 5 0.5996 0.15445 0.012 0.000 0.076 0.452 0.460
#> GSM153209 5 0.7774 0.41810 0.116 0.000 0.140 0.312 0.432
#> GSM153210 5 0.7902 0.23833 0.148 0.000 0.252 0.148 0.452
#> GSM153211 5 0.8237 0.15281 0.236 0.000 0.288 0.124 0.352
#> GSM153212 5 0.7615 0.40268 0.104 0.000 0.148 0.272 0.476
#> GSM153213 3 0.5152 0.38969 0.052 0.004 0.632 0.000 0.312
#> GSM153214 5 0.6578 0.19896 0.028 0.000 0.316 0.124 0.532
#> GSM153215 5 0.7230 0.44328 0.060 0.000 0.148 0.304 0.488
#> GSM153216 4 0.7815 -0.09432 0.156 0.000 0.104 0.404 0.336
#> GSM153217 5 0.6891 0.37591 0.032 0.000 0.204 0.232 0.532
#> GSM153218 3 0.5602 0.33882 0.060 0.000 0.556 0.008 0.376
#> GSM153219 5 0.5764 -0.03366 0.008 0.000 0.404 0.068 0.520
#> GSM153220 5 0.6363 0.00617 0.024 0.000 0.388 0.092 0.496
#> GSM153221 5 0.6433 0.26173 0.008 0.000 0.312 0.160 0.520
#> GSM153222 4 0.5527 0.31146 0.036 0.000 0.032 0.620 0.312
#> GSM153223 4 0.2720 0.63392 0.020 0.000 0.004 0.880 0.096
#> GSM153224 1 0.7018 0.45736 0.580 0.000 0.096 0.148 0.176
#> GSM153225 5 0.6102 0.11053 0.016 0.000 0.360 0.088 0.536
#> GSM153226 4 0.2929 0.61693 0.012 0.000 0.004 0.856 0.128
#> GSM153227 4 0.6104 0.43566 0.256 0.000 0.008 0.588 0.148
#> GSM153228 4 0.2504 0.66560 0.064 0.000 0.000 0.896 0.040
#> GSM153229 4 0.3399 0.59744 0.168 0.000 0.000 0.812 0.020
#> GSM153230 4 0.4404 0.43578 0.292 0.000 0.000 0.684 0.024
#> GSM153231 4 0.3527 0.63008 0.056 0.000 0.000 0.828 0.116
#> GSM153232 4 0.3924 0.65091 0.120 0.000 0.004 0.808 0.068
#> GSM153233 4 0.2370 0.66528 0.056 0.000 0.000 0.904 0.040
#> GSM153234 4 0.4054 0.52630 0.224 0.000 0.000 0.748 0.028
#> GSM153235 1 0.7212 0.25294 0.448 0.120 0.024 0.384 0.024
#> GSM153236 4 0.3348 0.61282 0.140 0.004 0.012 0.836 0.008
#> GSM153237 4 0.3326 0.61494 0.152 0.000 0.000 0.824 0.024
#> GSM152992 1 0.6006 0.51304 0.680 0.004 0.160 0.104 0.052
#> GSM152993 5 0.7749 0.29324 0.084 0.000 0.324 0.180 0.412
#> GSM152994 5 0.7158 0.42002 0.040 0.000 0.208 0.256 0.496
#> GSM152995 3 0.5558 0.34749 0.040 0.004 0.564 0.012 0.380
#> GSM152996 3 0.6373 0.22795 0.064 0.004 0.472 0.032 0.428
#> GSM152997 3 0.8014 0.35386 0.148 0.124 0.492 0.016 0.220
#> GSM152998 5 0.8401 0.06957 0.312 0.000 0.200 0.172 0.316
#> GSM152999 1 0.5082 0.55027 0.744 0.004 0.100 0.132 0.020
#> GSM153000 3 0.5660 0.35530 0.048 0.012 0.620 0.012 0.308
#> GSM153001 5 0.8699 0.21350 0.108 0.028 0.320 0.212 0.332
#> GSM153002 3 0.5056 0.36581 0.040 0.000 0.620 0.004 0.336
#> GSM153003 3 0.5741 0.45219 0.104 0.100 0.708 0.000 0.088
#> GSM153004 2 0.4909 0.17322 0.000 0.560 0.412 0.000 0.028
#> GSM153005 4 0.3304 0.63063 0.128 0.000 0.004 0.840 0.028
#> GSM153006 3 0.6117 0.41231 0.100 0.028 0.608 0.000 0.264
#> GSM153007 4 0.3326 0.59323 0.024 0.000 0.000 0.824 0.152
#> GSM153008 5 0.8045 0.02875 0.324 0.000 0.096 0.228 0.352
#> GSM153009 1 0.6393 0.36782 0.548 0.000 0.076 0.332 0.044
#> GSM153010 1 0.8159 0.20093 0.444 0.224 0.244 0.036 0.052
#> GSM153011 1 0.4735 0.41097 0.672 0.000 0.000 0.284 0.044
#> GSM153012 5 0.7361 0.43523 0.072 0.000 0.156 0.280 0.492
#> GSM153013 5 0.7690 0.42466 0.084 0.000 0.168 0.328 0.420
#> GSM153014 3 0.6021 0.27785 0.056 0.000 0.548 0.032 0.364
#> GSM153015 1 0.6851 0.46474 0.604 0.000 0.136 0.108 0.152
#> GSM153016 1 0.6147 0.50377 0.672 0.000 0.128 0.088 0.112
#> GSM153017 1 0.6157 0.47269 0.700 0.044 0.140 0.068 0.048
#> GSM153018 1 0.8273 0.02001 0.368 0.000 0.164 0.180 0.288
#> GSM153019 5 0.8245 0.15290 0.296 0.000 0.236 0.124 0.344
#> GSM153020 2 0.8789 0.03719 0.164 0.456 0.188 0.076 0.116
#> GSM153021 3 0.7462 0.02365 0.396 0.128 0.404 0.004 0.068
#> GSM153022 3 0.5916 0.41057 0.024 0.168 0.656 0.000 0.152
#> GSM153023 3 0.5519 0.43696 0.048 0.040 0.668 0.000 0.244
#> GSM153024 3 0.6007 0.41922 0.120 0.132 0.680 0.000 0.068
#> GSM153025 5 0.5329 -0.16482 0.012 0.000 0.472 0.028 0.488
#> GSM153026 5 0.7748 0.11849 0.212 0.000 0.288 0.076 0.424
#> GSM153027 3 0.4604 0.28669 0.004 0.000 0.584 0.008 0.404
#> GSM153028 5 0.8186 0.35768 0.136 0.000 0.224 0.244 0.396
#> GSM153029 3 0.8251 0.09858 0.344 0.140 0.364 0.008 0.144
#> GSM153030 5 0.8590 0.22898 0.180 0.004 0.292 0.212 0.312
#> GSM153031 4 0.6537 -0.02679 0.036 0.000 0.096 0.520 0.348
#> GSM153032 3 0.4999 0.45471 0.064 0.012 0.708 0.000 0.216
#> GSM153033 3 0.4025 0.40466 0.008 0.000 0.700 0.000 0.292
#> GSM153034 3 0.6570 0.40749 0.148 0.072 0.636 0.004 0.140
#> GSM153035 3 0.4900 0.45541 0.036 0.044 0.740 0.000 0.180
#> GSM153036 3 0.6748 0.02761 0.044 0.000 0.460 0.096 0.400
#> GSM153037 5 0.5623 -0.11421 0.020 0.000 0.444 0.036 0.500
#> GSM153038 3 0.4156 0.40463 0.008 0.000 0.700 0.004 0.288
#> GSM153039 1 0.8955 -0.02623 0.360 0.116 0.320 0.076 0.128
#> GSM153040 1 0.7855 0.41530 0.568 0.064 0.152 0.108 0.108
#> GSM153041 1 0.7757 -0.07801 0.388 0.076 0.384 0.008 0.144
#> GSM153042 4 0.3477 0.65901 0.112 0.000 0.000 0.832 0.056
#> GSM153043 1 0.8522 -0.21064 0.304 0.012 0.304 0.108 0.272
#> GSM153044 1 0.6614 0.49283 0.644 0.012 0.152 0.124 0.068
#> GSM153045 1 0.5520 0.52142 0.724 0.004 0.112 0.116 0.044
#> GSM153046 1 0.8524 0.19505 0.412 0.016 0.148 0.216 0.208
#> GSM153047 1 0.7721 0.27935 0.492 0.284 0.144 0.044 0.036
#> GSM153048 1 0.6124 0.51971 0.688 0.028 0.148 0.104 0.032
#> GSM153049 1 0.7575 0.42057 0.548 0.248 0.080 0.076 0.048
#> GSM153050 4 0.5966 0.25709 0.340 0.008 0.040 0.580 0.032
#> GSM153051 2 0.2095 0.89019 0.052 0.924 0.016 0.004 0.004
#> GSM153052 4 0.2685 0.65248 0.092 0.000 0.000 0.880 0.028
#> GSM153053 4 0.4532 0.51822 0.248 0.000 0.004 0.712 0.036
#> GSM187528 2 0.0162 0.95986 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM187529 2 0.0162 0.95951 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0324 0.95655 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0671 0.94559 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> GSM152885 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.96336 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.3852 0.46480 0.796 0.000 0.108 0.080 0.000 0.016
#> GSM152823 4 0.4792 0.43432 0.276 0.000 0.028 0.664 0.012 0.020
#> GSM152824 4 0.5993 -0.06845 0.000 0.000 0.016 0.500 0.320 0.164
#> GSM152825 1 0.3327 0.43270 0.832 0.000 0.112 0.020 0.000 0.036
#> GSM152826 1 0.3092 0.42257 0.840 0.000 0.120 0.012 0.000 0.028
#> GSM152827 4 0.5700 0.44909 0.160 0.000 0.108 0.668 0.024 0.040
#> GSM152828 3 0.8212 0.35775 0.092 0.212 0.476 0.088 0.052 0.080
#> GSM152829 4 0.7052 0.15030 0.168 0.000 0.304 0.448 0.016 0.064
#> GSM152830 1 0.3463 0.43499 0.828 0.000 0.104 0.028 0.000 0.040
#> GSM152831 1 0.3603 0.44334 0.804 0.000 0.016 0.140 0.000 0.040
#> GSM152832 1 0.4385 0.41197 0.756 0.000 0.148 0.048 0.000 0.048
#> GSM152833 1 0.7401 0.08861 0.472 0.000 0.092 0.128 0.044 0.264
#> GSM152834 4 0.5074 0.39883 0.292 0.000 0.028 0.632 0.004 0.044
#> GSM152835 4 0.5904 0.14492 0.008 0.000 0.048 0.608 0.236 0.100
#> GSM152836 4 0.5315 0.32514 0.024 0.000 0.028 0.696 0.164 0.088
#> GSM152837 4 0.5921 0.38434 0.348 0.000 0.016 0.532 0.024 0.080
#> GSM152838 1 0.4371 0.17274 0.620 0.000 0.012 0.352 0.000 0.016
#> GSM153178 1 0.6366 -0.23790 0.444 0.012 0.432 0.024 0.044 0.044
#> GSM153179 4 0.5905 0.44983 0.156 0.000 0.020 0.648 0.048 0.128
#> GSM153180 4 0.6147 0.32959 0.348 0.000 0.028 0.512 0.016 0.096
#> GSM153181 1 0.6771 0.26030 0.528 0.000 0.084 0.252 0.016 0.120
#> GSM153183 6 0.9154 -0.12797 0.084 0.156 0.236 0.036 0.204 0.284
#> GSM153184 4 0.9073 -0.24663 0.052 0.064 0.140 0.316 0.240 0.188
#> GSM153185 4 0.5125 0.37926 0.300 0.000 0.008 0.612 0.004 0.076
#> GSM153186 1 0.8052 0.04199 0.424 0.000 0.124 0.160 0.076 0.216
#> GSM153187 3 0.8691 -0.02229 0.192 0.000 0.328 0.132 0.188 0.160
#> GSM153188 3 0.8164 0.26428 0.096 0.052 0.448 0.028 0.216 0.160
#> GSM153189 4 0.6408 0.39768 0.108 0.000 0.068 0.636 0.120 0.068
#> GSM153190 1 0.7486 0.02594 0.436 0.000 0.200 0.048 0.056 0.260
#> GSM153191 5 0.5704 0.39537 0.004 0.000 0.052 0.140 0.648 0.156
#> GSM153192 6 0.8393 0.30179 0.180 0.000 0.060 0.280 0.180 0.300
#> GSM153193 4 0.5942 0.35086 0.076 0.000 0.016 0.648 0.164 0.096
#> GSM153194 5 0.7504 0.20323 0.028 0.000 0.092 0.256 0.436 0.188
#> GSM153195 4 0.7788 -0.31928 0.076 0.000 0.036 0.316 0.292 0.280
#> GSM153196 1 0.7921 0.03416 0.372 0.000 0.084 0.256 0.052 0.236
#> GSM153197 1 0.5130 0.21576 0.612 0.000 0.032 0.308 0.000 0.048
#> GSM153198 6 0.8172 0.24202 0.296 0.000 0.148 0.084 0.112 0.360
#> GSM153199 5 0.6335 0.36210 0.000 0.000 0.156 0.044 0.500 0.300
#> GSM153200 3 0.9016 0.10262 0.088 0.160 0.288 0.024 0.184 0.256
#> GSM153201 1 0.7379 0.19819 0.504 0.000 0.200 0.132 0.040 0.124
#> GSM153202 4 0.5458 0.24352 0.380 0.000 0.032 0.540 0.008 0.040
#> GSM153203 1 0.4527 0.47792 0.724 0.000 0.132 0.136 0.000 0.008
#> GSM153204 6 0.6587 -0.14377 0.044 0.000 0.116 0.016 0.372 0.452
#> GSM153205 4 0.4419 0.50050 0.100 0.000 0.028 0.780 0.020 0.072
#> GSM153206 6 0.8085 0.13500 0.100 0.000 0.212 0.092 0.176 0.420
#> GSM153207 6 0.7977 0.12718 0.116 0.000 0.048 0.172 0.312 0.352
#> GSM153208 4 0.5319 0.25309 0.012 0.000 0.028 0.684 0.168 0.108
#> GSM153209 6 0.8385 0.36015 0.180 0.000 0.076 0.244 0.152 0.348
#> GSM153210 6 0.8345 0.18980 0.112 0.000 0.092 0.188 0.256 0.352
#> GSM153211 6 0.7963 0.30772 0.176 0.000 0.100 0.092 0.184 0.448
#> GSM153212 6 0.8000 0.27314 0.104 0.000 0.060 0.200 0.236 0.400
#> GSM153213 5 0.6235 0.41042 0.012 0.000 0.160 0.052 0.596 0.180
#> GSM153214 5 0.6869 0.04864 0.028 0.000 0.028 0.164 0.404 0.376
#> GSM153215 6 0.7540 0.13997 0.056 0.000 0.032 0.296 0.264 0.352
#> GSM153216 6 0.8338 0.22583 0.244 0.000 0.064 0.280 0.124 0.288
#> GSM153217 4 0.7227 -0.27327 0.016 0.000 0.056 0.384 0.320 0.224
#> GSM153218 5 0.6753 0.35945 0.020 0.000 0.108 0.068 0.500 0.304
#> GSM153219 5 0.5776 0.35123 0.000 0.000 0.028 0.208 0.596 0.168
#> GSM153220 5 0.6761 0.30782 0.008 0.000 0.080 0.236 0.520 0.156
#> GSM153221 5 0.6456 0.18302 0.000 0.000 0.024 0.292 0.436 0.248
#> GSM153222 4 0.5139 0.44566 0.072 0.000 0.048 0.744 0.068 0.068
#> GSM153223 4 0.5343 0.45913 0.224 0.000 0.048 0.668 0.020 0.040
#> GSM153224 1 0.6564 0.10877 0.548 0.000 0.124 0.040 0.032 0.256
#> GSM153225 5 0.6918 0.17847 0.004 0.000 0.048 0.240 0.400 0.308
#> GSM153226 4 0.4289 0.42898 0.264 0.000 0.012 0.696 0.004 0.024
#> GSM153227 4 0.6447 0.25190 0.332 0.000 0.072 0.508 0.016 0.072
#> GSM153228 4 0.4191 0.28445 0.388 0.000 0.012 0.596 0.000 0.004
#> GSM153229 1 0.4522 0.18483 0.616 0.000 0.016 0.348 0.000 0.020
#> GSM153230 1 0.4860 0.33019 0.668 0.000 0.052 0.252 0.000 0.028
#> GSM153231 4 0.5020 0.37965 0.288 0.000 0.056 0.632 0.000 0.024
#> GSM153232 4 0.6020 0.22107 0.348 0.000 0.120 0.504 0.004 0.024
#> GSM153233 4 0.4494 0.23940 0.400 0.000 0.016 0.572 0.000 0.012
#> GSM153234 1 0.4729 0.25512 0.640 0.000 0.032 0.304 0.000 0.024
#> GSM153235 1 0.6881 0.23758 0.552 0.080 0.224 0.100 0.000 0.044
#> GSM153236 1 0.5680 0.00462 0.492 0.000 0.080 0.400 0.000 0.028
#> GSM153237 1 0.4428 0.06080 0.580 0.000 0.000 0.388 0.000 0.032
#> GSM152992 3 0.6802 0.25173 0.384 0.000 0.396 0.004 0.064 0.152
#> GSM152993 5 0.8179 -0.13691 0.120 0.000 0.060 0.188 0.320 0.312
#> GSM152994 4 0.7556 -0.30436 0.048 0.000 0.040 0.356 0.272 0.284
#> GSM152995 5 0.5931 0.40493 0.000 0.000 0.112 0.064 0.600 0.224
#> GSM152996 5 0.7069 0.31129 0.020 0.000 0.108 0.116 0.496 0.260
#> GSM152997 5 0.8497 0.21684 0.032 0.120 0.212 0.044 0.388 0.204
#> GSM152998 6 0.8897 0.02551 0.172 0.000 0.224 0.216 0.148 0.240
#> GSM152999 1 0.5490 -0.14677 0.496 0.000 0.416 0.016 0.004 0.068
#> GSM153000 5 0.7236 0.35763 0.004 0.040 0.188 0.068 0.520 0.180
#> GSM153001 5 0.8741 -0.01363 0.060 0.020 0.180 0.276 0.304 0.160
#> GSM153002 5 0.6045 0.38956 0.004 0.000 0.136 0.036 0.568 0.256
#> GSM153003 5 0.7348 0.22503 0.004 0.124 0.292 0.004 0.420 0.156
#> GSM153004 2 0.6672 0.15360 0.004 0.520 0.076 0.012 0.292 0.096
#> GSM153005 1 0.5355 -0.06823 0.488 0.000 0.032 0.444 0.008 0.028
#> GSM153006 5 0.7196 0.33028 0.004 0.048 0.196 0.032 0.484 0.236
#> GSM153007 4 0.5243 0.45423 0.248 0.000 0.016 0.656 0.024 0.056
#> GSM153008 1 0.8407 -0.25387 0.300 0.000 0.156 0.236 0.060 0.248
#> GSM153009 1 0.6193 0.39273 0.620 0.000 0.168 0.100 0.012 0.100
#> GSM153010 3 0.8347 0.41604 0.192 0.184 0.420 0.012 0.092 0.100
#> GSM153011 1 0.3346 0.41048 0.816 0.000 0.140 0.008 0.000 0.036
#> GSM153012 6 0.7802 0.25105 0.088 0.000 0.048 0.304 0.180 0.380
#> GSM153013 4 0.8694 -0.33591 0.188 0.000 0.096 0.268 0.192 0.256
#> GSM153014 5 0.6094 0.29624 0.012 0.000 0.072 0.044 0.508 0.364
#> GSM153015 1 0.7259 -0.00445 0.464 0.008 0.224 0.032 0.036 0.236
#> GSM153016 1 0.7075 -0.17790 0.408 0.000 0.348 0.028 0.040 0.176
#> GSM153017 3 0.6307 0.47548 0.260 0.036 0.596 0.020 0.036 0.052
#> GSM153018 3 0.8622 0.02527 0.160 0.000 0.308 0.256 0.108 0.168
#> GSM153019 6 0.7119 0.33641 0.220 0.000 0.048 0.068 0.140 0.524
#> GSM153020 2 0.9235 -0.36919 0.080 0.328 0.236 0.076 0.144 0.136
#> GSM153021 3 0.7780 0.33643 0.056 0.108 0.496 0.012 0.148 0.180
#> GSM153022 5 0.6998 0.35698 0.004 0.132 0.112 0.020 0.548 0.184
#> GSM153023 5 0.5873 0.42243 0.004 0.024 0.100 0.024 0.632 0.216
#> GSM153024 5 0.8017 0.20140 0.024 0.112 0.264 0.016 0.392 0.192
#> GSM153025 5 0.5590 0.40978 0.000 0.000 0.044 0.120 0.636 0.200
#> GSM153026 6 0.8091 0.28787 0.176 0.000 0.112 0.076 0.228 0.408
#> GSM153027 5 0.5115 0.43511 0.004 0.000 0.032 0.132 0.700 0.132
#> GSM153028 6 0.8200 0.32287 0.148 0.000 0.060 0.192 0.220 0.380
#> GSM153029 3 0.9052 0.13931 0.160 0.076 0.332 0.040 0.184 0.208
#> GSM153030 6 0.8774 0.28914 0.176 0.000 0.128 0.180 0.224 0.292
#> GSM153031 4 0.7459 0.08720 0.096 0.000 0.044 0.480 0.148 0.232
#> GSM153032 5 0.6310 0.38699 0.008 0.008 0.160 0.024 0.556 0.244
#> GSM153033 5 0.4308 0.45225 0.004 0.000 0.100 0.024 0.772 0.100
#> GSM153034 5 0.8214 0.18363 0.040 0.084 0.288 0.028 0.380 0.180
#> GSM153035 5 0.6347 0.38986 0.008 0.044 0.148 0.012 0.596 0.192
#> GSM153036 5 0.7071 0.31982 0.024 0.000 0.136 0.124 0.532 0.184
#> GSM153037 5 0.6050 0.30433 0.000 0.000 0.044 0.132 0.556 0.268
#> GSM153038 5 0.5472 0.44514 0.000 0.000 0.096 0.072 0.668 0.164
#> GSM153039 3 0.8333 0.27049 0.092 0.068 0.464 0.052 0.200 0.124
#> GSM153040 3 0.6696 0.47020 0.180 0.040 0.616 0.084 0.032 0.048
#> GSM153041 3 0.8228 0.27479 0.128 0.060 0.408 0.008 0.172 0.224
#> GSM153042 4 0.5190 0.13063 0.452 0.000 0.036 0.484 0.000 0.028
#> GSM153043 6 0.8912 0.11831 0.164 0.012 0.272 0.100 0.180 0.272
#> GSM153044 3 0.5529 0.45393 0.232 0.008 0.652 0.064 0.008 0.036
#> GSM153045 3 0.5206 0.38988 0.312 0.008 0.616 0.028 0.004 0.032
#> GSM153046 3 0.8531 0.13894 0.172 0.004 0.380 0.188 0.104 0.152
#> GSM153047 3 0.5327 0.45009 0.132 0.208 0.644 0.000 0.008 0.008
#> GSM153048 3 0.6139 0.32805 0.376 0.004 0.508 0.032 0.032 0.048
#> GSM153049 1 0.7334 -0.30987 0.364 0.208 0.356 0.012 0.012 0.048
#> GSM153050 1 0.5899 0.30038 0.568 0.000 0.140 0.260 0.000 0.032
#> GSM153051 2 0.4152 0.72579 0.028 0.792 0.132 0.008 0.012 0.028
#> GSM153052 1 0.4722 -0.14347 0.484 0.000 0.012 0.480 0.000 0.024
#> GSM153053 1 0.5292 0.19767 0.572 0.000 0.056 0.344 0.000 0.028
#> GSM187528 2 0.0862 0.93346 0.000 0.972 0.004 0.000 0.008 0.016
#> GSM187529 2 0.0767 0.93651 0.000 0.976 0.004 0.000 0.008 0.012
#> GSM187530 2 0.0603 0.93520 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> GSM187531 2 0.0653 0.93921 0.004 0.980 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM152881 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152882 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152883 2 0.0260 0.94393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152884 2 0.1509 0.90791 0.000 0.948 0.012 0.008 0.024 0.008
#> GSM152885 2 0.0260 0.94393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152886 2 0.0146 0.94451 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152887 2 0.0260 0.94393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152888 2 0.0000 0.94478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.94478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0146 0.94451 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152891 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152892 2 0.0146 0.94451 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152893 2 0.0000 0.94478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.94478 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0260 0.94393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152896 2 0.0260 0.94393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152897 2 0.0260 0.94393 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152898 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152899 2 0.0405 0.94449 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM152900 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152901 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152902 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152903 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152904 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152905 2 0.0291 0.94474 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:skmeans 160 1.08e-15 2
#> CV:skmeans 149 2.57e-19 3
#> CV:skmeans 106 8.99e-20 4
#> CV:skmeans 59 8.89e-11 5
#> CV:skmeans 31 1.86e-07 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.2788 0.719 0.719
#> 3 3 0.367 0.645 0.816 1.0152 0.698 0.581
#> 4 4 0.434 0.660 0.836 0.0958 0.914 0.804
#> 5 5 0.431 0.665 0.811 0.0427 0.965 0.911
#> 6 6 0.429 0.508 0.750 0.1059 0.895 0.727
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152829 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153004 1 0.8443 0.613 0.728 0.272
#> GSM153005 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.4161 0.903 0.916 0.084
#> GSM153025 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153048 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153051 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> GSM153052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.6148 0.836 0.152 0.848
#> GSM187529 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0376 0.964 0.004 0.996
#> GSM187531 1 0.8081 0.659 0.752 0.248
#> GSM152881 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.4161 0.904 0.084 0.916
#> GSM152883 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.8443 0.657 0.272 0.728
#> GSM152885 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.7602 0.747 0.220 0.780
#> GSM152896 2 0.2043 0.945 0.032 0.968
#> GSM152897 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0938 0.959 0.012 0.988
#> GSM152900 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.6048 0.841 0.148 0.852
#> GSM152902 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.966 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152823 3 0.1289 0.7613 0.032 0.000 0.968
#> GSM152824 1 0.6079 0.6648 0.612 0.000 0.388
#> GSM152825 3 0.0237 0.7696 0.004 0.000 0.996
#> GSM152826 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152827 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152828 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152829 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152830 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152831 3 0.5785 0.3429 0.332 0.000 0.668
#> GSM152832 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152833 3 0.1031 0.7686 0.024 0.000 0.976
#> GSM152834 3 0.6244 -0.2592 0.440 0.000 0.560
#> GSM152835 3 0.5497 0.3955 0.292 0.000 0.708
#> GSM152836 1 0.6267 0.5253 0.548 0.000 0.452
#> GSM152837 3 0.3879 0.6547 0.152 0.000 0.848
#> GSM152838 1 0.4974 0.7627 0.764 0.000 0.236
#> GSM153178 3 0.4178 0.6849 0.172 0.000 0.828
#> GSM153179 3 0.5363 0.3353 0.276 0.000 0.724
#> GSM153180 1 0.6062 0.6861 0.616 0.000 0.384
#> GSM153181 3 0.0892 0.7684 0.020 0.000 0.980
#> GSM153183 3 0.2878 0.7323 0.096 0.000 0.904
#> GSM153184 1 0.4504 0.7526 0.804 0.000 0.196
#> GSM153185 1 0.6235 0.5481 0.564 0.000 0.436
#> GSM153186 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153187 3 0.5968 0.2843 0.364 0.000 0.636
#> GSM153188 3 0.1643 0.7580 0.044 0.000 0.956
#> GSM153189 1 0.6079 0.6428 0.612 0.000 0.388
#> GSM153190 3 0.3619 0.7127 0.136 0.000 0.864
#> GSM153191 1 0.6045 0.6777 0.620 0.000 0.380
#> GSM153192 3 0.3038 0.7219 0.104 0.000 0.896
#> GSM153193 1 0.4062 0.7454 0.836 0.000 0.164
#> GSM153194 1 0.5706 0.7285 0.680 0.000 0.320
#> GSM153195 3 0.4931 0.5923 0.232 0.000 0.768
#> GSM153196 1 0.5431 0.7429 0.716 0.000 0.284
#> GSM153197 1 0.4654 0.7642 0.792 0.000 0.208
#> GSM153198 3 0.5016 0.5408 0.240 0.000 0.760
#> GSM153199 3 0.0592 0.7691 0.012 0.000 0.988
#> GSM153200 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 3 0.4842 0.6047 0.224 0.000 0.776
#> GSM153202 3 0.1964 0.7493 0.056 0.000 0.944
#> GSM153203 3 0.3686 0.7157 0.140 0.000 0.860
#> GSM153204 3 0.0424 0.7702 0.008 0.000 0.992
#> GSM153205 1 0.6267 0.5680 0.548 0.000 0.452
#> GSM153206 3 0.3038 0.7405 0.104 0.000 0.896
#> GSM153207 3 0.5905 0.2837 0.352 0.000 0.648
#> GSM153208 3 0.6225 -0.2746 0.432 0.000 0.568
#> GSM153209 3 0.6062 -0.0615 0.384 0.000 0.616
#> GSM153210 1 0.6154 0.6627 0.592 0.000 0.408
#> GSM153211 3 0.5560 0.4761 0.300 0.000 0.700
#> GSM153212 3 0.2261 0.7547 0.068 0.000 0.932
#> GSM153213 3 0.5016 0.5857 0.240 0.000 0.760
#> GSM153214 1 0.5216 0.7598 0.740 0.000 0.260
#> GSM153215 1 0.6235 0.5900 0.564 0.000 0.436
#> GSM153216 1 0.5178 0.7577 0.744 0.000 0.256
#> GSM153217 3 0.5905 0.2422 0.352 0.000 0.648
#> GSM153218 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153219 1 0.4121 0.7480 0.832 0.000 0.168
#> GSM153220 1 0.6204 0.5386 0.576 0.000 0.424
#> GSM153221 3 0.4062 0.6369 0.164 0.000 0.836
#> GSM153222 3 0.5859 0.0736 0.344 0.000 0.656
#> GSM153223 1 0.6008 0.6718 0.628 0.000 0.372
#> GSM153224 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153225 1 0.6215 0.5426 0.572 0.000 0.428
#> GSM153226 1 0.6307 0.4761 0.512 0.000 0.488
#> GSM153227 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153228 1 0.4605 0.7611 0.796 0.000 0.204
#> GSM153229 1 0.6045 0.6770 0.620 0.000 0.380
#> GSM153230 3 0.5431 0.4995 0.284 0.000 0.716
#> GSM153231 1 0.4842 0.7672 0.776 0.000 0.224
#> GSM153232 3 0.5988 0.0404 0.368 0.000 0.632
#> GSM153233 1 0.3816 0.7438 0.852 0.000 0.148
#> GSM153234 1 0.4452 0.7597 0.808 0.000 0.192
#> GSM153235 3 0.5560 0.4522 0.300 0.000 0.700
#> GSM153236 1 0.5016 0.7504 0.760 0.000 0.240
#> GSM153237 3 0.5905 0.2310 0.352 0.000 0.648
#> GSM152992 3 0.4504 0.6648 0.196 0.000 0.804
#> GSM152993 1 0.6235 0.4553 0.564 0.000 0.436
#> GSM152994 3 0.6299 -0.3925 0.476 0.000 0.524
#> GSM152995 1 0.6302 0.3433 0.520 0.000 0.480
#> GSM152996 3 0.2356 0.7437 0.072 0.000 0.928
#> GSM152997 3 0.3686 0.7062 0.140 0.000 0.860
#> GSM152998 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM152999 3 0.0424 0.7702 0.008 0.000 0.992
#> GSM153000 3 0.0237 0.7699 0.004 0.000 0.996
#> GSM153001 1 0.5988 0.5741 0.632 0.000 0.368
#> GSM153002 1 0.6140 0.4784 0.596 0.000 0.404
#> GSM153003 3 0.1964 0.7579 0.056 0.000 0.944
#> GSM153004 3 0.7474 0.4017 0.100 0.216 0.684
#> GSM153005 1 0.3412 0.7274 0.876 0.000 0.124
#> GSM153006 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153007 1 0.4654 0.7612 0.792 0.000 0.208
#> GSM153008 3 0.0424 0.7698 0.008 0.000 0.992
#> GSM153009 3 0.1643 0.7652 0.044 0.000 0.956
#> GSM153010 3 0.0892 0.7686 0.020 0.000 0.980
#> GSM153011 3 0.0237 0.7696 0.004 0.000 0.996
#> GSM153012 1 0.6267 0.4990 0.548 0.000 0.452
#> GSM153013 1 0.5988 0.6081 0.632 0.000 0.368
#> GSM153014 3 0.6180 0.1744 0.416 0.000 0.584
#> GSM153015 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153016 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153018 3 0.0000 0.7695 0.000 0.000 1.000
#> GSM153019 3 0.3941 0.6987 0.156 0.000 0.844
#> GSM153020 3 0.4121 0.6919 0.168 0.000 0.832
#> GSM153021 3 0.0424 0.7704 0.008 0.000 0.992
#> GSM153022 3 0.4399 0.6586 0.188 0.000 0.812
#> GSM153023 3 0.2537 0.7471 0.080 0.000 0.920
#> GSM153024 3 0.7420 0.0200 0.420 0.036 0.544
#> GSM153025 1 0.5138 0.7520 0.748 0.000 0.252
#> GSM153026 3 0.4887 0.5575 0.228 0.000 0.772
#> GSM153027 1 0.5098 0.7472 0.752 0.000 0.248
#> GSM153028 1 0.6260 0.4271 0.552 0.000 0.448
#> GSM153029 3 0.2165 0.7595 0.064 0.000 0.936
#> GSM153030 3 0.6305 -0.1834 0.484 0.000 0.516
#> GSM153031 1 0.3412 0.7283 0.876 0.000 0.124
#> GSM153032 3 0.3116 0.7387 0.108 0.000 0.892
#> GSM153033 3 0.5621 0.4640 0.308 0.000 0.692
#> GSM153034 3 0.1753 0.7615 0.048 0.000 0.952
#> GSM153035 3 0.6252 0.0985 0.444 0.000 0.556
#> GSM153036 1 0.3752 0.7409 0.856 0.000 0.144
#> GSM153037 1 0.4750 0.7569 0.784 0.000 0.216
#> GSM153038 3 0.5327 0.5515 0.272 0.000 0.728
#> GSM153039 1 0.6252 0.4577 0.556 0.000 0.444
#> GSM153040 3 0.1163 0.7700 0.028 0.000 0.972
#> GSM153041 3 0.2537 0.7502 0.080 0.000 0.920
#> GSM153042 3 0.6274 -0.2452 0.456 0.000 0.544
#> GSM153043 3 0.2711 0.7476 0.088 0.000 0.912
#> GSM153044 3 0.1163 0.7681 0.028 0.000 0.972
#> GSM153045 3 0.0237 0.7694 0.004 0.000 0.996
#> GSM153046 3 0.0237 0.7701 0.004 0.000 0.996
#> GSM153047 3 0.0747 0.7697 0.016 0.000 0.984
#> GSM153048 3 0.3116 0.7410 0.108 0.000 0.892
#> GSM153049 3 0.0747 0.7699 0.016 0.000 0.984
#> GSM153050 1 0.3879 0.7452 0.848 0.000 0.152
#> GSM153051 3 0.6513 -0.1375 0.476 0.004 0.520
#> GSM153052 3 0.6299 -0.3877 0.476 0.000 0.524
#> GSM153053 3 0.0747 0.7698 0.016 0.000 0.984
#> GSM187528 2 0.6438 0.8044 0.100 0.764 0.136
#> GSM187529 2 0.0592 0.9274 0.012 0.988 0.000
#> GSM187530 2 0.4409 0.8657 0.172 0.824 0.004
#> GSM187531 3 0.7772 0.4017 0.132 0.196 0.672
#> GSM152881 2 0.3116 0.9206 0.108 0.892 0.000
#> GSM152882 2 0.6099 0.8271 0.228 0.740 0.032
#> GSM152883 2 0.0592 0.9274 0.012 0.988 0.000
#> GSM152884 2 0.7584 0.6051 0.104 0.676 0.220
#> GSM152885 2 0.0592 0.9274 0.012 0.988 0.000
#> GSM152886 2 0.0424 0.9280 0.008 0.992 0.000
#> GSM152887 2 0.0592 0.9274 0.012 0.988 0.000
#> GSM152888 2 0.0424 0.9280 0.008 0.992 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9288 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0237 0.9288 0.004 0.996 0.000
#> GSM152891 2 0.2625 0.9236 0.084 0.916 0.000
#> GSM152892 2 0.0424 0.9280 0.008 0.992 0.000
#> GSM152893 2 0.0237 0.9285 0.004 0.996 0.000
#> GSM152894 2 0.0424 0.9288 0.008 0.992 0.000
#> GSM152895 2 0.5020 0.7235 0.012 0.796 0.192
#> GSM152896 2 0.1482 0.9181 0.012 0.968 0.020
#> GSM152897 2 0.0592 0.9274 0.012 0.988 0.000
#> GSM152898 2 0.3116 0.9206 0.108 0.892 0.000
#> GSM152899 2 0.3500 0.9182 0.116 0.880 0.004
#> GSM152900 2 0.3116 0.9206 0.108 0.892 0.000
#> GSM152901 2 0.6462 0.8201 0.116 0.764 0.120
#> GSM152902 2 0.3192 0.9200 0.112 0.888 0.000
#> GSM152903 2 0.3192 0.9198 0.112 0.888 0.000
#> GSM152904 2 0.3116 0.9206 0.108 0.892 0.000
#> GSM152905 2 0.3116 0.9206 0.108 0.892 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152823 3 0.1022 0.79467 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM152824 1 0.4543 0.64782 0.676 0.000 0.324 0.000
#> GSM152825 3 0.0188 0.80333 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152826 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152827 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152828 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152829 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152830 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152831 3 0.4920 0.28345 0.368 0.000 0.628 0.004
#> GSM152832 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152833 3 0.0921 0.80154 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM152834 3 0.5158 -0.26117 0.472 0.000 0.524 0.004
#> GSM152835 3 0.4585 0.35282 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM152836 1 0.5028 0.52131 0.596 0.000 0.400 0.004
#> GSM152837 3 0.3123 0.68486 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM152838 1 0.3157 0.72562 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM153178 3 0.3831 0.67724 0.204 0.000 0.792 0.004
#> GSM153179 3 0.4304 0.37895 0.284 0.000 0.716 0.000
#> GSM153180 1 0.4800 0.64488 0.656 0.000 0.340 0.004
#> GSM153181 3 0.0707 0.80200 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM153183 3 0.2647 0.74543 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM153184 1 0.2149 0.70428 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM153185 1 0.4964 0.53691 0.616 0.000 0.380 0.004
#> GSM153186 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153187 3 0.4877 0.23808 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM153188 3 0.1302 0.79226 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM153189 1 0.4624 0.60988 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM153190 3 0.3219 0.71912 0.164 0.000 0.836 0.000
#> GSM153191 1 0.4500 0.65597 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM153192 3 0.2530 0.74758 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM153193 1 0.1743 0.68648 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM153194 1 0.4283 0.69221 0.740 0.000 0.256 0.004
#> GSM153195 3 0.4252 0.59981 0.252 0.000 0.744 0.004
#> GSM153196 1 0.3528 0.71820 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM153197 1 0.2589 0.72683 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM153198 3 0.4072 0.55773 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM153199 3 0.0469 0.80276 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153201 3 0.4188 0.60441 0.244 0.000 0.752 0.004
#> GSM153202 3 0.1557 0.78271 0.056 0.000 0.944 0.000
#> GSM153203 3 0.3257 0.73415 0.152 0.000 0.844 0.004
#> GSM153204 3 0.0336 0.80379 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153205 1 0.4907 0.52043 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM153206 3 0.2647 0.76124 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM153207 3 0.4817 0.23525 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM153208 3 0.4985 -0.27217 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM153209 3 0.5039 -0.03621 0.404 0.000 0.592 0.004
#> GSM153210 1 0.4776 0.60979 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM153211 3 0.4781 0.43978 0.336 0.000 0.660 0.004
#> GSM153212 3 0.1792 0.78788 0.068 0.000 0.932 0.000
#> GSM153213 3 0.4103 0.60191 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM153214 1 0.3123 0.72526 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM153215 1 0.4790 0.58115 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM153216 1 0.3569 0.71563 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM153217 3 0.4888 0.14002 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM153218 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.1743 0.68600 0.940 0.000 0.056 0.004
#> GSM153220 1 0.4776 0.52531 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM153221 3 0.3444 0.65426 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM153222 3 0.4730 0.09781 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM153223 1 0.4483 0.67070 0.712 0.000 0.284 0.004
#> GSM153224 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.4713 0.56550 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM153226 1 0.4972 0.43688 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM153227 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.2408 0.71774 0.896 0.000 0.104 0.000
#> GSM153229 1 0.4720 0.64654 0.672 0.000 0.324 0.004
#> GSM153230 3 0.4632 0.49532 0.308 0.000 0.688 0.004
#> GSM153231 1 0.3105 0.72913 0.856 0.000 0.140 0.004
#> GSM153232 3 0.4877 -0.02220 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM153233 1 0.1211 0.67823 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM153234 1 0.2466 0.71635 0.900 0.000 0.096 0.004
#> GSM153235 3 0.4643 0.40285 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM153236 1 0.3402 0.71271 0.832 0.000 0.164 0.004
#> GSM153237 3 0.4936 0.22919 0.372 0.000 0.624 0.004
#> GSM152992 3 0.3873 0.66231 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM152993 1 0.4855 0.51063 0.644 0.000 0.352 0.004
#> GSM152994 1 0.4998 0.36549 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM152995 1 0.5016 0.43747 0.600 0.000 0.396 0.004
#> GSM152996 3 0.1867 0.77726 0.072 0.000 0.928 0.000
#> GSM152997 3 0.3266 0.71363 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM152998 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152999 3 0.0376 0.80396 0.004 0.000 0.992 0.004
#> GSM153000 3 0.0188 0.80357 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153001 1 0.4535 0.59109 0.704 0.000 0.292 0.004
#> GSM153002 1 0.4431 0.54636 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM153003 3 0.1716 0.78956 0.064 0.000 0.936 0.000
#> GSM153004 4 0.4382 0.43684 0.000 0.000 0.296 0.704
#> GSM153005 1 0.0469 0.65296 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153006 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.2760 0.72213 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM153008 3 0.0336 0.80352 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153009 3 0.1389 0.79723 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM153010 3 0.0779 0.80227 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM153011 3 0.0188 0.80333 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153012 1 0.4776 0.52289 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM153013 1 0.4193 0.62588 0.732 0.000 0.268 0.000
#> GSM153014 3 0.4985 0.06255 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM153015 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153016 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153018 3 0.0000 0.80330 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153019 3 0.3266 0.72199 0.168 0.000 0.832 0.000
#> GSM153020 3 0.3311 0.72082 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM153021 3 0.0469 0.80392 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153022 3 0.3801 0.65031 0.220 0.000 0.780 0.000
#> GSM153023 3 0.2216 0.77228 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM153024 3 0.6305 -0.00562 0.424 0.000 0.516 0.060
#> GSM153025 1 0.3311 0.71269 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM153026 3 0.3942 0.58216 0.236 0.000 0.764 0.000
#> GSM153027 1 0.3266 0.71252 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM153028 1 0.4920 0.47839 0.628 0.000 0.368 0.004
#> GSM153029 3 0.2011 0.78465 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM153030 1 0.4948 0.28113 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM153031 1 0.1118 0.67799 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM153032 3 0.2647 0.76334 0.120 0.000 0.880 0.000
#> GSM153033 3 0.4713 0.39080 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM153034 3 0.1474 0.79302 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM153035 1 0.4999 0.02343 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153036 1 0.1211 0.67927 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM153037 1 0.2868 0.72272 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM153038 3 0.4560 0.54086 0.296 0.000 0.700 0.004
#> GSM153039 1 0.4713 0.51136 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM153040 3 0.1004 0.80367 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM153041 3 0.2149 0.77816 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM153042 1 0.4999 0.29056 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153043 3 0.2216 0.77818 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM153044 3 0.1109 0.80161 0.028 0.000 0.968 0.004
#> GSM153045 3 0.0469 0.80278 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153046 3 0.0188 0.80378 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153047 3 0.0707 0.80262 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM153048 3 0.2469 0.77318 0.108 0.000 0.892 0.000
#> GSM153049 3 0.0779 0.80309 0.016 0.000 0.980 0.004
#> GSM153050 1 0.1716 0.69497 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM153051 1 0.5158 0.18480 0.524 0.004 0.472 0.000
#> GSM153052 1 0.5167 0.35418 0.508 0.000 0.488 0.004
#> GSM153053 3 0.0657 0.80347 0.012 0.000 0.984 0.004
#> GSM187528 4 0.1724 0.85341 0.000 0.020 0.032 0.948
#> GSM187529 2 0.2760 0.85362 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM187530 4 0.6993 0.16770 0.124 0.364 0.000 0.512
#> GSM187531 4 0.2480 0.77372 0.008 0.000 0.088 0.904
#> GSM152881 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152882 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152883 2 0.0188 0.91679 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.6542 0.61168 0.060 0.688 0.056 0.196
#> GSM152885 2 0.0188 0.91679 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0592 0.91835 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM152887 2 0.0188 0.91679 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.1474 0.91755 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM152889 2 0.1867 0.91227 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM152890 2 0.2469 0.88938 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM152891 4 0.2973 0.76384 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM152892 2 0.1637 0.91632 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM152893 2 0.1867 0.91212 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM152894 2 0.2281 0.89780 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM152895 2 0.2777 0.76822 0.004 0.888 0.104 0.004
#> GSM152896 2 0.0188 0.91679 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0188 0.91679 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152898 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152899 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152900 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152901 4 0.0188 0.88890 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM152902 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152903 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152904 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152905 4 0.0188 0.89250 0.000 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.1399 0.78621 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> GSM152824 4 0.5150 0.67642 0.272 0.000 0.000 0.652 0.076
#> GSM152825 1 0.0162 0.79622 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152828 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152829 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152831 1 0.4588 0.30525 0.604 0.000 0.000 0.380 0.016
#> GSM152832 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0794 0.79614 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM152834 4 0.5650 0.37979 0.456 0.000 0.000 0.468 0.076
#> GSM152835 1 0.4794 0.29479 0.624 0.000 0.000 0.344 0.032
#> GSM152836 4 0.5639 0.58104 0.340 0.000 0.000 0.568 0.092
#> GSM152837 1 0.3141 0.67507 0.832 0.000 0.000 0.152 0.016
#> GSM152838 4 0.3844 0.70274 0.132 0.000 0.000 0.804 0.064
#> GSM153178 1 0.4168 0.67560 0.756 0.000 0.000 0.200 0.044
#> GSM153179 1 0.3861 0.37500 0.712 0.000 0.000 0.284 0.004
#> GSM153180 4 0.5069 0.63882 0.328 0.000 0.000 0.620 0.052
#> GSM153181 1 0.0771 0.79629 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM153183 1 0.2536 0.74740 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> GSM153184 4 0.2450 0.67720 0.076 0.000 0.000 0.896 0.028
#> GSM153185 4 0.5359 0.60839 0.304 0.000 0.000 0.616 0.080
#> GSM153186 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153187 1 0.5215 0.28291 0.576 0.000 0.000 0.372 0.052
#> GSM153188 1 0.2351 0.76960 0.896 0.000 0.000 0.016 0.088
#> GSM153189 4 0.5759 0.63912 0.276 0.000 0.000 0.596 0.128
#> GSM153190 1 0.3318 0.70960 0.800 0.000 0.000 0.192 0.008
#> GSM153191 4 0.4445 0.65699 0.300 0.000 0.000 0.676 0.024
#> GSM153192 1 0.2624 0.74696 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> GSM153193 4 0.2144 0.64214 0.020 0.000 0.000 0.912 0.068
#> GSM153194 4 0.4974 0.69962 0.212 0.000 0.000 0.696 0.092
#> GSM153195 1 0.3934 0.59401 0.716 0.000 0.000 0.276 0.008
#> GSM153196 4 0.3183 0.70961 0.156 0.000 0.000 0.828 0.016
#> GSM153197 4 0.2505 0.69671 0.092 0.000 0.000 0.888 0.020
#> GSM153198 1 0.4707 0.55005 0.708 0.000 0.000 0.228 0.064
#> GSM153199 1 0.0703 0.79736 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM153200 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.4879 0.57677 0.696 0.000 0.000 0.228 0.076
#> GSM153202 1 0.1571 0.78054 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> GSM153203 1 0.3278 0.73329 0.824 0.000 0.000 0.156 0.020
#> GSM153204 1 0.0566 0.79723 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM153205 4 0.5418 0.58177 0.364 0.000 0.000 0.568 0.068
#> GSM153206 1 0.2771 0.76008 0.860 0.000 0.000 0.128 0.012
#> GSM153207 1 0.4639 0.31773 0.612 0.000 0.000 0.368 0.020
#> GSM153208 4 0.5352 0.38771 0.468 0.000 0.000 0.480 0.052
#> GSM153209 1 0.5352 -0.18990 0.536 0.000 0.000 0.408 0.056
#> GSM153210 4 0.4800 0.59676 0.368 0.000 0.000 0.604 0.028
#> GSM153211 1 0.4941 0.44342 0.628 0.000 0.000 0.328 0.044
#> GSM153212 1 0.2110 0.78296 0.912 0.000 0.000 0.072 0.016
#> GSM153213 1 0.5423 0.51742 0.652 0.000 0.000 0.224 0.124
#> GSM153214 4 0.3106 0.70466 0.132 0.000 0.000 0.844 0.024
#> GSM153215 4 0.4114 0.56288 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM153216 4 0.3280 0.71192 0.176 0.000 0.000 0.812 0.012
#> GSM153217 1 0.4489 0.14826 0.572 0.000 0.000 0.420 0.008
#> GSM153218 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153219 4 0.0992 0.64393 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM153220 4 0.5778 0.61213 0.280 0.000 0.000 0.592 0.128
#> GSM153221 1 0.3694 0.65383 0.796 0.000 0.000 0.172 0.032
#> GSM153222 1 0.4444 0.06576 0.624 0.000 0.000 0.364 0.012
#> GSM153223 4 0.4380 0.65873 0.260 0.000 0.000 0.708 0.032
#> GSM153224 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153225 4 0.4356 0.54535 0.340 0.000 0.000 0.648 0.012
#> GSM153226 4 0.5420 0.46401 0.416 0.000 0.000 0.524 0.060
#> GSM153227 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153228 4 0.2325 0.67856 0.068 0.000 0.000 0.904 0.028
#> GSM153229 4 0.4338 0.67529 0.280 0.000 0.000 0.696 0.024
#> GSM153230 1 0.4418 0.49017 0.652 0.000 0.000 0.332 0.016
#> GSM153231 4 0.3115 0.70491 0.112 0.000 0.000 0.852 0.036
#> GSM153232 1 0.4630 0.00269 0.588 0.000 0.000 0.396 0.016
#> GSM153233 4 0.2470 0.63475 0.012 0.000 0.000 0.884 0.104
#> GSM153234 4 0.2300 0.68060 0.072 0.000 0.000 0.904 0.024
#> GSM153235 1 0.4836 0.41772 0.628 0.000 0.000 0.336 0.036
#> GSM153236 4 0.4679 0.68630 0.124 0.000 0.000 0.740 0.136
#> GSM153237 1 0.5274 0.24140 0.600 0.000 0.000 0.336 0.064
#> GSM152992 1 0.4996 0.62322 0.708 0.000 0.000 0.164 0.128
#> GSM152993 4 0.4522 0.48667 0.316 0.000 0.000 0.660 0.024
#> GSM152994 4 0.5286 0.43349 0.448 0.000 0.000 0.504 0.048
#> GSM152995 4 0.4264 0.40463 0.376 0.000 0.000 0.620 0.004
#> GSM152996 1 0.1768 0.77531 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004
#> GSM152997 1 0.2891 0.72085 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0671 0.79762 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM153000 1 0.0162 0.79642 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM153001 4 0.5854 0.57869 0.252 0.000 0.000 0.596 0.152
#> GSM153002 4 0.5171 0.51526 0.276 0.000 0.000 0.648 0.076
#> GSM153003 1 0.2722 0.76318 0.872 0.000 0.000 0.020 0.108
#> GSM153004 2 0.3752 0.37994 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> GSM153005 4 0.1043 0.62656 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM153006 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.3075 0.68924 0.092 0.000 0.000 0.860 0.048
#> GSM153008 1 0.0290 0.79634 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM153009 1 0.1197 0.79389 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM153010 1 0.1282 0.79445 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> GSM153011 1 0.0162 0.79622 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM153012 4 0.5043 0.53713 0.356 0.000 0.000 0.600 0.044
#> GSM153013 4 0.3835 0.60934 0.244 0.000 0.000 0.744 0.012
#> GSM153014 1 0.4746 0.10228 0.504 0.000 0.000 0.480 0.016
#> GSM153015 1 0.0162 0.79584 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM153016 1 0.0000 0.79586 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0162 0.79584 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM153018 1 0.0162 0.79584 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM153019 1 0.3282 0.71873 0.804 0.000 0.000 0.188 0.008
#> GSM153020 1 0.4583 0.66350 0.748 0.000 0.000 0.140 0.112
#> GSM153021 1 0.0671 0.79763 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> GSM153022 1 0.3612 0.65948 0.764 0.000 0.000 0.228 0.008
#> GSM153023 1 0.2286 0.76937 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> GSM153024 1 0.7137 -0.01925 0.464 0.052 0.000 0.348 0.136
#> GSM153025 4 0.3723 0.70179 0.152 0.000 0.000 0.804 0.044
#> GSM153026 1 0.3452 0.59856 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> GSM153027 4 0.4569 0.69789 0.148 0.000 0.000 0.748 0.104
#> GSM153028 4 0.4384 0.46426 0.324 0.000 0.000 0.660 0.016
#> GSM153029 1 0.3216 0.74938 0.848 0.000 0.000 0.044 0.108
#> GSM153030 4 0.4949 0.26703 0.396 0.000 0.000 0.572 0.032
#> GSM153031 4 0.2848 0.65381 0.028 0.000 0.000 0.868 0.104
#> GSM153032 1 0.3861 0.71480 0.804 0.000 0.000 0.068 0.128
#> GSM153033 1 0.5458 0.41437 0.608 0.000 0.000 0.304 0.088
#> GSM153034 1 0.2482 0.77234 0.892 0.000 0.000 0.024 0.084
#> GSM153035 1 0.6214 0.08750 0.476 0.000 0.000 0.380 0.144
#> GSM153036 4 0.3060 0.64162 0.024 0.000 0.000 0.848 0.128
#> GSM153037 4 0.4316 0.69706 0.120 0.000 0.000 0.772 0.108
#> GSM153038 1 0.5260 0.51519 0.648 0.000 0.000 0.264 0.088
#> GSM153039 4 0.5684 0.46449 0.340 0.000 0.000 0.564 0.096
#> GSM153040 1 0.1300 0.79751 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> GSM153041 1 0.2659 0.77443 0.888 0.000 0.000 0.052 0.060
#> GSM153042 4 0.4440 0.26594 0.468 0.000 0.000 0.528 0.004
#> GSM153043 1 0.2286 0.77119 0.888 0.000 0.000 0.108 0.004
#> GSM153044 1 0.1444 0.79540 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM153045 1 0.0566 0.79698 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM153046 1 0.0324 0.79693 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM153047 1 0.1168 0.79604 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> GSM153048 1 0.3641 0.73248 0.820 0.000 0.000 0.060 0.120
#> GSM153049 1 0.1300 0.79587 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> GSM153050 4 0.3242 0.65366 0.040 0.000 0.000 0.844 0.116
#> GSM153051 4 0.6101 0.16817 0.432 0.000 0.000 0.444 0.124
#> GSM153052 4 0.5703 0.48542 0.408 0.000 0.000 0.508 0.084
#> GSM153053 1 0.1877 0.77986 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> GSM187528 2 0.2284 0.83938 0.028 0.912 0.056 0.000 0.004
#> GSM187529 5 0.4906 0.80596 0.000 0.076 0.232 0.000 0.692
#> GSM187530 5 0.6418 0.36911 0.000 0.308 0.016 0.136 0.540
#> GSM187531 2 0.3062 0.74773 0.080 0.868 0.000 0.004 0.048
#> GSM152881 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 3 0.0000 0.95371 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 3 0.2876 0.85331 0.020 0.032 0.896 0.044 0.008
#> GSM152885 3 0.0000 0.95371 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 5 0.3177 0.85729 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM152887 3 0.0000 0.95371 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 5 0.3586 0.87952 0.000 0.020 0.188 0.000 0.792
#> GSM152889 5 0.3810 0.88919 0.000 0.040 0.168 0.000 0.792
#> GSM152890 5 0.4058 0.87820 0.000 0.064 0.152 0.000 0.784
#> GSM152891 2 0.3649 0.68882 0.000 0.808 0.040 0.000 0.152
#> GSM152892 5 0.3687 0.88582 0.000 0.028 0.180 0.000 0.792
#> GSM152893 5 0.3810 0.88921 0.000 0.040 0.168 0.000 0.792
#> GSM152894 5 0.3904 0.88538 0.000 0.052 0.156 0.000 0.792
#> GSM152895 3 0.1282 0.87747 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> GSM152896 3 0.0000 0.95371 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 3 0.0000 0.95371 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.90765 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.1807 0.70705 0.920 0.000 0.020 0.060 0.000 0.000
#> GSM152824 4 0.5636 0.45015 0.176 0.000 0.308 0.516 0.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0972 0.71686 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0713 0.71659 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152828 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152829 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0713 0.71659 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM152831 1 0.5535 -0.22771 0.440 0.000 0.428 0.132 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0713 0.71659 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.1196 0.71706 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000 0.000
#> GSM152834 4 0.4711 0.43344 0.280 0.000 0.080 0.640 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.4648 0.15809 0.548 0.000 0.044 0.408 0.000 0.000
#> GSM152836 4 0.3679 0.51261 0.200 0.000 0.040 0.760 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.3351 0.59723 0.800 0.000 0.040 0.160 0.000 0.000
#> GSM152838 4 0.4570 0.35678 0.080 0.000 0.252 0.668 0.000 0.000
#> GSM153178 1 0.5113 0.35250 0.620 0.000 0.236 0.144 0.000 0.000
#> GSM153179 1 0.3699 0.33152 0.660 0.000 0.004 0.336 0.000 0.000
#> GSM153180 4 0.4972 0.48438 0.272 0.000 0.108 0.620 0.000 0.000
#> GSM153181 1 0.1003 0.72039 0.964 0.000 0.020 0.016 0.000 0.000
#> GSM153183 1 0.2624 0.64361 0.856 0.000 0.020 0.124 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.4533 0.39615 0.064 0.000 0.284 0.652 0.000 0.000
#> GSM153185 4 0.3227 0.51292 0.116 0.000 0.060 0.824 0.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153187 1 0.5983 -0.23790 0.432 0.000 0.324 0.244 0.000 0.000
#> GSM153188 1 0.2793 0.58146 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.5606 0.32124 0.164 0.000 0.324 0.512 0.000 0.000
#> GSM153190 1 0.4295 0.56024 0.728 0.000 0.160 0.112 0.000 0.000
#> GSM153191 4 0.5116 0.44068 0.256 0.000 0.132 0.612 0.000 0.000
#> GSM153192 1 0.3163 0.61690 0.820 0.000 0.140 0.040 0.000 0.000
#> GSM153193 4 0.1501 0.48755 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM153194 4 0.4798 0.47222 0.156 0.000 0.172 0.672 0.000 0.000
#> GSM153195 1 0.4618 0.46739 0.672 0.000 0.092 0.236 0.000 0.000
#> GSM153196 4 0.5449 0.22957 0.124 0.000 0.388 0.488 0.000 0.000
#> GSM153197 4 0.4978 0.28379 0.072 0.000 0.396 0.532 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.5750 -0.03651 0.480 0.000 0.336 0.184 0.000 0.000
#> GSM153199 1 0.1075 0.71380 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.5335 0.25485 0.568 0.000 0.140 0.292 0.000 0.000
#> GSM153202 1 0.1563 0.71032 0.932 0.000 0.012 0.056 0.000 0.000
#> GSM153203 1 0.3595 0.61681 0.796 0.000 0.120 0.084 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.1528 0.71740 0.936 0.000 0.048 0.016 0.000 0.000
#> GSM153205 4 0.4348 0.48714 0.248 0.000 0.064 0.688 0.000 0.000
#> GSM153206 1 0.3595 0.63832 0.796 0.000 0.120 0.084 0.000 0.000
#> GSM153207 1 0.5569 -0.01260 0.540 0.000 0.280 0.180 0.000 0.000
#> GSM153208 4 0.3789 0.43795 0.332 0.000 0.008 0.660 0.000 0.000
#> GSM153209 4 0.4627 0.32061 0.396 0.000 0.044 0.560 0.000 0.000
#> GSM153210 4 0.4957 0.41870 0.332 0.000 0.084 0.584 0.000 0.000
#> GSM153211 1 0.5720 -0.13373 0.472 0.000 0.356 0.172 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.2451 0.69580 0.884 0.000 0.056 0.060 0.000 0.000
#> GSM153213 3 0.4278 0.49609 0.336 0.000 0.632 0.032 0.000 0.000
#> GSM153214 4 0.5300 0.30380 0.116 0.000 0.344 0.540 0.000 0.000
#> GSM153215 1 0.6114 -0.44359 0.364 0.000 0.300 0.336 0.000 0.000
#> GSM153216 4 0.5506 0.47154 0.180 0.000 0.264 0.556 0.000 0.000
#> GSM153217 1 0.4488 0.11190 0.548 0.000 0.032 0.420 0.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153219 4 0.2980 0.45928 0.008 0.000 0.192 0.800 0.000 0.000
#> GSM153220 4 0.4281 0.49439 0.136 0.000 0.132 0.732 0.000 0.000
#> GSM153221 1 0.4226 0.54109 0.736 0.000 0.112 0.152 0.000 0.000
#> GSM153222 1 0.4076 -0.08755 0.540 0.000 0.008 0.452 0.000 0.000
#> GSM153223 4 0.5373 0.34850 0.196 0.000 0.216 0.588 0.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0937 0.71784 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM153225 4 0.6099 -0.03043 0.316 0.000 0.300 0.384 0.000 0.000
#> GSM153226 4 0.5680 0.19072 0.360 0.000 0.164 0.476 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0260 0.71787 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM153228 4 0.3739 0.49850 0.056 0.000 0.176 0.768 0.000 0.000
#> GSM153229 4 0.5454 0.49157 0.236 0.000 0.192 0.572 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.5624 0.10534 0.536 0.000 0.264 0.200 0.000 0.000
#> GSM153231 4 0.4283 0.53006 0.096 0.000 0.180 0.724 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.5345 -0.09913 0.520 0.000 0.116 0.364 0.000 0.000
#> GSM153233 4 0.3595 0.45079 0.008 0.000 0.288 0.704 0.000 0.000
#> GSM153234 4 0.4847 0.13091 0.056 0.000 0.444 0.500 0.000 0.000
#> GSM153235 3 0.5595 0.42266 0.392 0.000 0.464 0.144 0.000 0.000
#> GSM153236 4 0.5335 0.17274 0.108 0.000 0.400 0.492 0.000 0.000
#> GSM153237 1 0.5946 -0.12718 0.436 0.000 0.228 0.336 0.000 0.000
#> GSM152992 3 0.4341 0.30019 0.412 0.000 0.564 0.024 0.000 0.000
#> GSM152993 3 0.5862 0.15065 0.204 0.000 0.452 0.344 0.000 0.000
#> GSM152994 4 0.4393 0.44907 0.316 0.000 0.044 0.640 0.000 0.000
#> GSM152995 4 0.5979 -0.14740 0.352 0.000 0.232 0.416 0.000 0.000
#> GSM152996 1 0.1719 0.70562 0.924 0.000 0.016 0.060 0.000 0.000
#> GSM152997 1 0.3413 0.61679 0.812 0.000 0.080 0.108 0.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152999 1 0.1572 0.71639 0.936 0.000 0.036 0.028 0.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0146 0.71704 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM153001 3 0.5654 0.17396 0.152 0.000 0.444 0.404 0.000 0.000
#> GSM153002 3 0.4585 0.29268 0.068 0.000 0.648 0.284 0.000 0.000
#> GSM153003 1 0.3670 0.46810 0.704 0.000 0.284 0.012 0.000 0.000
#> GSM153004 2 0.4479 0.45466 0.236 0.684 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM153005 4 0.3531 0.37817 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.3928 0.52854 0.080 0.000 0.160 0.760 0.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0520 0.71942 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.1245 0.71947 0.952 0.000 0.032 0.016 0.000 0.000
#> GSM153010 1 0.2623 0.67787 0.852 0.000 0.132 0.016 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0692 0.71773 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000
#> GSM153012 4 0.5178 0.29838 0.304 0.000 0.116 0.580 0.000 0.000
#> GSM153013 4 0.5719 0.00561 0.168 0.000 0.372 0.460 0.000 0.000
#> GSM153014 1 0.6018 -0.31121 0.416 0.000 0.332 0.252 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0632 0.71806 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.71617 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0363 0.71683 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0260 0.71679 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM153019 1 0.4904 0.44478 0.644 0.000 0.236 0.120 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.4578 0.29191 0.444 0.000 0.520 0.036 0.000 0.000
#> GSM153021 1 0.1556 0.70524 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM153022 1 0.4499 0.46802 0.708 0.000 0.140 0.152 0.000 0.000
#> GSM153023 1 0.2897 0.66643 0.852 0.000 0.060 0.088 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.5735 0.46156 0.240 0.036 0.600 0.124 0.000 0.000
#> GSM153025 4 0.4983 0.52620 0.148 0.000 0.208 0.644 0.000 0.000
#> GSM153026 1 0.4795 0.24360 0.604 0.000 0.324 0.072 0.000 0.000
#> GSM153027 3 0.5115 -0.23331 0.080 0.000 0.464 0.456 0.000 0.000
#> GSM153028 3 0.5735 0.16995 0.176 0.000 0.472 0.352 0.000 0.000
#> GSM153029 1 0.3907 0.14532 0.588 0.000 0.408 0.004 0.000 0.000
#> GSM153030 3 0.5919 0.30837 0.248 0.000 0.464 0.288 0.000 0.000
#> GSM153031 4 0.3707 0.43114 0.008 0.000 0.312 0.680 0.000 0.000
#> GSM153032 1 0.4159 0.16241 0.588 0.000 0.396 0.016 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.5450 0.37274 0.428 0.000 0.452 0.120 0.000 0.000
#> GSM153034 1 0.3684 0.40058 0.664 0.000 0.332 0.004 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.4454 0.50439 0.224 0.000 0.692 0.084 0.000 0.000
#> GSM153036 3 0.3629 0.20412 0.012 0.000 0.712 0.276 0.000 0.000
#> GSM153037 4 0.5212 0.35123 0.100 0.000 0.368 0.532 0.000 0.000
#> GSM153038 3 0.5329 0.26999 0.448 0.000 0.448 0.104 0.000 0.000
#> GSM153039 3 0.5443 0.39092 0.184 0.000 0.572 0.244 0.000 0.000
#> GSM153040 1 0.1657 0.71608 0.928 0.000 0.056 0.016 0.000 0.000
#> GSM153041 1 0.2956 0.65858 0.840 0.000 0.120 0.040 0.000 0.000
#> GSM153042 1 0.6012 -0.24022 0.424 0.000 0.256 0.320 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.3532 0.63541 0.796 0.000 0.140 0.064 0.000 0.000
#> GSM153044 1 0.2201 0.70732 0.900 0.000 0.052 0.048 0.000 0.000
#> GSM153045 1 0.1765 0.69491 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0363 0.71844 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM153047 1 0.2883 0.58870 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> GSM153048 1 0.3828 0.11597 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000
#> GSM153049 1 0.3073 0.61086 0.788 0.000 0.204 0.008 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.3695 0.18992 0.016 0.000 0.712 0.272 0.000 0.000
#> GSM153051 3 0.4971 0.48096 0.212 0.000 0.656 0.128 0.004 0.000
#> GSM153052 4 0.4307 0.48361 0.224 0.000 0.072 0.704 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.4141 0.53246 0.740 0.000 0.092 0.168 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.2195 0.84860 0.028 0.908 0.000 0.004 0.004 0.056
#> GSM187529 5 0.2737 0.82150 0.000 0.084 0.004 0.000 0.868 0.044
#> GSM187530 5 0.6881 0.36229 0.000 0.252 0.108 0.140 0.496 0.004
#> GSM187531 2 0.3848 0.73113 0.068 0.812 0.060 0.060 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 6 0.0260 0.98062 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM152884 6 0.1672 0.92330 0.016 0.012 0.000 0.028 0.004 0.940
#> GSM152885 6 0.0000 0.98610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152886 5 0.0000 0.91888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 6 0.0000 0.98610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152888 5 0.0000 0.91888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 5 0.0000 0.91888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 5 0.0260 0.91389 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM152891 2 0.2912 0.67624 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM152892 5 0.0000 0.91888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 5 0.0000 0.91888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 5 0.0000 0.91888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 6 0.0000 0.98610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152896 6 0.0000 0.98610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152897 6 0.0000 0.98610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.91499 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:pam 167 1.51e-31 2
#> CV:pam 134 1.18e-25 3
#> CV:pam 138 9.48e-24 4
#> CV:pam 136 4.26e-22 5
#> CV:pam 87 2.40e-10 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.993 0.3011 0.696 0.696
#> 3 3 0.588 0.720 0.874 1.0199 0.669 0.530
#> 4 4 0.513 0.643 0.799 0.1626 0.746 0.445
#> 5 5 0.569 0.591 0.765 0.0579 0.876 0.618
#> 6 6 0.670 0.584 0.737 0.0652 0.877 0.575
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.9635 0.379 0.388 0.612
#> GSM152829 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153004 1 0.5629 0.843 0.868 0.132
#> GSM153005 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0672 0.989 0.992 0.008
#> GSM153021 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.7745 0.695 0.772 0.228
#> GSM153048 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.9922 0.204 0.448 0.552
#> GSM153052 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0672 0.965 0.008 0.992
#> GSM152881 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.6244 0.3837 0.440 0.000 0.560
#> GSM152823 1 0.0237 0.8257 0.996 0.000 0.004
#> GSM152824 1 0.1643 0.8112 0.956 0.000 0.044
#> GSM152825 3 0.5706 0.6102 0.320 0.000 0.680
#> GSM152826 3 0.5560 0.6368 0.300 0.000 0.700
#> GSM152827 1 0.0424 0.8255 0.992 0.000 0.008
#> GSM152828 1 0.9379 0.2467 0.472 0.180 0.348
#> GSM152829 1 0.0424 0.8255 0.992 0.000 0.008
#> GSM152830 3 0.5678 0.6152 0.316 0.000 0.684
#> GSM152831 3 0.6305 0.2462 0.484 0.000 0.516
#> GSM152832 3 0.6079 0.4972 0.388 0.000 0.612
#> GSM152833 3 0.5178 0.6832 0.256 0.000 0.744
#> GSM152834 1 0.0424 0.8255 0.992 0.000 0.008
#> GSM152835 1 0.0592 0.8248 0.988 0.000 0.012
#> GSM152836 1 0.0424 0.8255 0.992 0.000 0.008
#> GSM152837 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.1860 0.8055 0.948 0.000 0.052
#> GSM153178 3 0.1529 0.7971 0.040 0.000 0.960
#> GSM153179 1 0.0237 0.8257 0.996 0.000 0.004
#> GSM153180 1 0.0747 0.8238 0.984 0.000 0.016
#> GSM153181 1 0.6286 -0.0736 0.536 0.000 0.464
#> GSM153183 3 0.0237 0.7998 0.004 0.000 0.996
#> GSM153184 1 0.5650 0.5099 0.688 0.000 0.312
#> GSM153185 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153186 3 0.6299 0.2177 0.476 0.000 0.524
#> GSM153187 3 0.2448 0.7904 0.076 0.000 0.924
#> GSM153188 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.1529 0.8169 0.960 0.000 0.040
#> GSM153190 3 0.5058 0.6900 0.244 0.000 0.756
#> GSM153191 1 0.6079 0.4030 0.612 0.000 0.388
#> GSM153192 1 0.6308 -0.0934 0.508 0.000 0.492
#> GSM153193 1 0.0892 0.8224 0.980 0.000 0.020
#> GSM153194 1 0.5431 0.5839 0.716 0.000 0.284
#> GSM153195 1 0.5785 0.4573 0.668 0.000 0.332
#> GSM153196 3 0.6299 0.2219 0.476 0.000 0.524
#> GSM153197 1 0.5733 0.4167 0.676 0.000 0.324
#> GSM153198 3 0.4062 0.7486 0.164 0.000 0.836
#> GSM153199 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 3 0.5216 0.6852 0.260 0.000 0.740
#> GSM153202 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 3 0.6126 0.4733 0.400 0.000 0.600
#> GSM153204 3 0.0237 0.7999 0.004 0.000 0.996
#> GSM153205 1 0.0424 0.8255 0.992 0.000 0.008
#> GSM153206 3 0.0747 0.7996 0.016 0.000 0.984
#> GSM153207 3 0.4291 0.7350 0.180 0.000 0.820
#> GSM153208 1 0.0592 0.8248 0.988 0.000 0.012
#> GSM153209 3 0.6140 0.4158 0.404 0.000 0.596
#> GSM153210 3 0.5497 0.6237 0.292 0.000 0.708
#> GSM153211 3 0.4796 0.7076 0.220 0.000 0.780
#> GSM153212 1 0.6309 -0.1244 0.500 0.000 0.500
#> GSM153213 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153214 3 0.6008 0.4724 0.372 0.000 0.628
#> GSM153215 1 0.6095 0.3061 0.608 0.000 0.392
#> GSM153216 3 0.6307 0.1692 0.488 0.000 0.512
#> GSM153217 1 0.2066 0.8074 0.940 0.000 0.060
#> GSM153218 3 0.1289 0.8012 0.032 0.000 0.968
#> GSM153219 1 0.3752 0.7555 0.856 0.000 0.144
#> GSM153220 1 0.2165 0.8063 0.936 0.000 0.064
#> GSM153221 1 0.2796 0.7927 0.908 0.000 0.092
#> GSM153222 1 0.0424 0.8255 0.992 0.000 0.008
#> GSM153223 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.4796 0.7108 0.220 0.000 0.780
#> GSM153225 1 0.6079 0.3320 0.612 0.000 0.388
#> GSM153226 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0237 0.8259 0.996 0.000 0.004
#> GSM153228 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.1860 0.8066 0.948 0.000 0.052
#> GSM153230 3 0.6260 0.3538 0.448 0.000 0.552
#> GSM153231 1 0.0237 0.8257 0.996 0.000 0.004
#> GSM153232 1 0.0747 0.8243 0.984 0.000 0.016
#> GSM153233 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.6095 0.2251 0.608 0.000 0.392
#> GSM153235 3 0.1529 0.7959 0.040 0.000 0.960
#> GSM153236 1 0.5760 0.4514 0.672 0.000 0.328
#> GSM153237 1 0.1163 0.8197 0.972 0.000 0.028
#> GSM152992 3 0.1529 0.7982 0.040 0.000 0.960
#> GSM152993 3 0.5968 0.4952 0.364 0.000 0.636
#> GSM152994 1 0.5678 0.4959 0.684 0.000 0.316
#> GSM152995 3 0.2625 0.7666 0.084 0.000 0.916
#> GSM152996 3 0.6062 0.2884 0.384 0.000 0.616
#> GSM152997 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM152998 1 0.6235 0.1351 0.564 0.000 0.436
#> GSM152999 3 0.1643 0.7957 0.044 0.000 0.956
#> GSM153000 3 0.3752 0.6946 0.144 0.000 0.856
#> GSM153001 3 0.6192 0.3439 0.420 0.000 0.580
#> GSM153002 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153004 3 0.0237 0.7987 0.000 0.004 0.996
#> GSM153005 1 0.2711 0.7824 0.912 0.000 0.088
#> GSM153006 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153008 3 0.6308 0.1739 0.492 0.000 0.508
#> GSM153009 3 0.4931 0.7117 0.232 0.000 0.768
#> GSM153010 3 0.1163 0.7985 0.028 0.000 0.972
#> GSM153011 3 0.4452 0.7425 0.192 0.000 0.808
#> GSM153012 1 0.6095 0.3144 0.608 0.000 0.392
#> GSM153013 3 0.6309 0.1389 0.496 0.000 0.504
#> GSM153014 3 0.3192 0.7773 0.112 0.000 0.888
#> GSM153015 3 0.1031 0.8003 0.024 0.000 0.976
#> GSM153016 3 0.2796 0.7910 0.092 0.000 0.908
#> GSM153017 3 0.1643 0.7957 0.044 0.000 0.956
#> GSM153018 1 0.4931 0.6242 0.768 0.000 0.232
#> GSM153019 3 0.4702 0.7151 0.212 0.000 0.788
#> GSM153020 3 0.1411 0.7971 0.036 0.000 0.964
#> GSM153021 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 3 0.3412 0.7717 0.124 0.000 0.876
#> GSM153026 3 0.4750 0.7112 0.216 0.000 0.784
#> GSM153027 3 0.6235 0.0846 0.436 0.000 0.564
#> GSM153028 3 0.6062 0.4578 0.384 0.000 0.616
#> GSM153029 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153030 3 0.2448 0.7918 0.076 0.000 0.924
#> GSM153031 1 0.1643 0.8162 0.956 0.000 0.044
#> GSM153032 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153033 3 0.0237 0.7999 0.004 0.000 0.996
#> GSM153034 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 3 0.1753 0.7992 0.048 0.000 0.952
#> GSM153037 3 0.6192 0.3516 0.420 0.000 0.580
#> GSM153038 3 0.0424 0.8001 0.008 0.000 0.992
#> GSM153039 3 0.0892 0.7993 0.020 0.000 0.980
#> GSM153040 3 0.1529 0.7959 0.040 0.000 0.960
#> GSM153041 3 0.0000 0.7996 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.0237 0.8259 0.996 0.000 0.004
#> GSM153043 3 0.0592 0.8009 0.012 0.000 0.988
#> GSM153044 3 0.2066 0.7968 0.060 0.000 0.940
#> GSM153045 3 0.1753 0.7964 0.048 0.000 0.952
#> GSM153046 3 0.5733 0.6016 0.324 0.000 0.676
#> GSM153047 3 0.1529 0.7959 0.040 0.000 0.960
#> GSM153048 3 0.1643 0.7957 0.044 0.000 0.956
#> GSM153049 3 0.1643 0.7957 0.044 0.000 0.956
#> GSM153050 3 0.4796 0.7216 0.220 0.000 0.780
#> GSM153051 3 0.3253 0.7735 0.036 0.052 0.912
#> GSM153052 1 0.0000 0.8254 1.000 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0424 0.8258 0.992 0.000 0.008
#> GSM187528 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.4974 0.7231 0.000 0.764 0.236
#> GSM152881 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.3674 0.64692 0.852 0.000 0.044 0.104
#> GSM152823 4 0.0921 0.72288 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM152824 4 0.1938 0.68910 0.012 0.000 0.052 0.936
#> GSM152825 1 0.4549 0.67291 0.804 0.000 0.100 0.096
#> GSM152826 1 0.4426 0.67085 0.812 0.000 0.092 0.096
#> GSM152827 4 0.0336 0.71836 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM152828 4 0.7201 0.55861 0.176 0.088 0.080 0.656
#> GSM152829 4 0.1824 0.72328 0.060 0.000 0.004 0.936
#> GSM152830 1 0.4608 0.67593 0.800 0.000 0.104 0.096
#> GSM152831 1 0.4206 0.64037 0.816 0.000 0.048 0.136
#> GSM152832 1 0.4424 0.66849 0.812 0.000 0.088 0.100
#> GSM152833 1 0.3400 0.64932 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152834 4 0.4252 0.71468 0.252 0.000 0.004 0.744
#> GSM152835 4 0.0188 0.71563 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM152836 4 0.0000 0.71582 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152837 4 0.4994 0.43650 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM152838 1 0.4699 0.19334 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM153178 1 0.4994 0.00705 0.520 0.000 0.480 0.000
#> GSM153179 4 0.4134 0.68547 0.260 0.000 0.000 0.740
#> GSM153180 1 0.4500 0.29415 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM153181 1 0.3674 0.64704 0.848 0.000 0.036 0.116
#> GSM153183 3 0.2149 0.75304 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM153184 4 0.7001 0.34454 0.420 0.000 0.116 0.464
#> GSM153185 4 0.4522 0.68850 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM153186 1 0.3674 0.69736 0.852 0.000 0.104 0.044
#> GSM153187 1 0.4985 0.30085 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM153188 3 0.0592 0.77846 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM153189 4 0.5535 0.54203 0.420 0.000 0.020 0.560
#> GSM153190 1 0.3945 0.62127 0.780 0.000 0.216 0.004
#> GSM153191 3 0.6709 -0.10435 0.088 0.000 0.456 0.456
#> GSM153192 1 0.5090 0.66070 0.728 0.000 0.228 0.044
#> GSM153193 4 0.2494 0.72759 0.048 0.000 0.036 0.916
#> GSM153194 1 0.7603 0.23197 0.476 0.000 0.280 0.244
#> GSM153195 1 0.5072 0.64853 0.740 0.000 0.208 0.052
#> GSM153196 1 0.3399 0.69354 0.868 0.000 0.092 0.040
#> GSM153197 1 0.3658 0.60668 0.836 0.000 0.020 0.144
#> GSM153198 1 0.4661 0.47059 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM153199 3 0.0336 0.77847 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153200 3 0.1022 0.77461 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM153201 1 0.2921 0.67360 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM153202 4 0.4564 0.68358 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM153203 1 0.3919 0.65397 0.840 0.000 0.056 0.104
#> GSM153204 3 0.0707 0.77782 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM153205 4 0.0817 0.72323 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM153206 3 0.4343 0.55089 0.264 0.000 0.732 0.004
#> GSM153207 1 0.5080 0.43412 0.576 0.000 0.420 0.004
#> GSM153208 4 0.0000 0.71582 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153209 1 0.4464 0.68209 0.768 0.000 0.208 0.024
#> GSM153210 1 0.4746 0.60660 0.688 0.000 0.304 0.008
#> GSM153211 1 0.4843 0.46259 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM153212 1 0.5198 0.65404 0.708 0.000 0.252 0.040
#> GSM153213 3 0.0336 0.77847 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153214 1 0.4897 0.56772 0.660 0.000 0.332 0.008
#> GSM153215 1 0.5327 0.63717 0.720 0.000 0.220 0.060
#> GSM153216 1 0.3962 0.69868 0.832 0.000 0.124 0.044
#> GSM153217 4 0.7335 0.31779 0.344 0.000 0.168 0.488
#> GSM153218 3 0.3907 0.58944 0.232 0.000 0.768 0.000
#> GSM153219 4 0.7530 0.33810 0.212 0.000 0.308 0.480
#> GSM153220 4 0.5466 0.53833 0.068 0.000 0.220 0.712
#> GSM153221 4 0.7663 0.14591 0.380 0.000 0.212 0.408
#> GSM153222 4 0.0336 0.71836 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM153223 4 0.4624 0.66568 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM153224 1 0.4122 0.60766 0.760 0.000 0.236 0.004
#> GSM153225 1 0.5416 0.61397 0.692 0.000 0.260 0.048
#> GSM153226 4 0.3726 0.72340 0.212 0.000 0.000 0.788
#> GSM153227 1 0.4661 0.18199 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM153228 4 0.4522 0.68860 0.320 0.000 0.000 0.680
#> GSM153229 1 0.3401 0.58350 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM153230 1 0.4037 0.64888 0.832 0.000 0.056 0.112
#> GSM153231 4 0.4072 0.71765 0.252 0.000 0.000 0.748
#> GSM153232 1 0.4331 0.30329 0.712 0.000 0.000 0.288
#> GSM153233 4 0.4585 0.68353 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM153234 1 0.3105 0.60912 0.868 0.000 0.012 0.120
#> GSM153235 1 0.4761 0.33934 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM153236 1 0.4365 0.54580 0.784 0.000 0.028 0.188
#> GSM153237 1 0.3400 0.53746 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM152992 3 0.4999 0.08966 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM152993 1 0.4891 0.59989 0.680 0.000 0.308 0.012
#> GSM152994 1 0.5386 0.62431 0.708 0.000 0.236 0.056
#> GSM152995 3 0.3970 0.69393 0.084 0.000 0.840 0.076
#> GSM152996 3 0.7618 0.12668 0.284 0.000 0.472 0.244
#> GSM152997 3 0.0336 0.77817 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM152998 1 0.3266 0.69653 0.868 0.000 0.108 0.024
#> GSM152999 1 0.4866 0.24761 0.596 0.000 0.404 0.000
#> GSM153000 3 0.5332 0.58895 0.080 0.000 0.736 0.184
#> GSM153001 1 0.6164 0.57390 0.644 0.000 0.264 0.092
#> GSM153002 3 0.0921 0.77223 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.77788 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153004 3 0.0000 0.77788 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153005 1 0.4319 0.46196 0.760 0.000 0.012 0.228
#> GSM153006 3 0.0188 0.77703 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153007 4 0.4454 0.67977 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM153008 1 0.3463 0.69784 0.864 0.000 0.096 0.040
#> GSM153009 1 0.3123 0.66286 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM153010 3 0.3764 0.66192 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM153011 1 0.5397 0.64218 0.716 0.000 0.220 0.064
#> GSM153012 1 0.4679 0.65599 0.772 0.000 0.184 0.044
#> GSM153013 1 0.3557 0.68473 0.856 0.000 0.108 0.036
#> GSM153014 3 0.4522 0.31818 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM153015 3 0.4985 0.23741 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM153016 1 0.4134 0.56402 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM153017 3 0.4222 0.60514 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM153018 1 0.5056 0.57761 0.760 0.000 0.076 0.164
#> GSM153019 1 0.5212 0.40378 0.572 0.000 0.420 0.008
#> GSM153020 3 0.4134 0.64258 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM153021 3 0.0817 0.77658 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.77788 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0336 0.77676 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.77788 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153025 3 0.4830 0.17246 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM153026 1 0.5097 0.39961 0.568 0.000 0.428 0.004
#> GSM153027 3 0.6124 0.39764 0.084 0.000 0.640 0.276
#> GSM153028 1 0.5161 0.63032 0.676 0.000 0.300 0.024
#> GSM153029 3 0.2216 0.75247 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM153030 1 0.4936 0.46304 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM153031 1 0.7119 0.07467 0.508 0.000 0.140 0.352
#> GSM153032 3 0.0000 0.77788 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0921 0.76919 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM153034 3 0.0469 0.77861 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.77788 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153036 3 0.4843 0.10105 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM153037 1 0.5571 0.47013 0.580 0.000 0.396 0.024
#> GSM153038 3 0.3123 0.69233 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM153039 3 0.4134 0.62916 0.260 0.000 0.740 0.000
#> GSM153040 1 0.4925 0.14000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM153041 3 0.1302 0.77141 0.044 0.000 0.956 0.000
#> GSM153042 1 0.4804 -0.02958 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM153043 3 0.4605 0.39476 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM153044 1 0.4103 0.56615 0.744 0.000 0.256 0.000
#> GSM153045 1 0.4477 0.47799 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM153046 1 0.2589 0.69320 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM153047 3 0.4072 0.62196 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM153048 3 0.4500 0.55596 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM153049 3 0.4103 0.61787 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM153050 1 0.4364 0.69186 0.808 0.000 0.136 0.056
#> GSM153051 3 0.4574 0.63985 0.220 0.024 0.756 0.000
#> GSM153052 4 0.4877 0.60513 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM153053 4 0.4998 0.46868 0.488 0.000 0.000 0.512
#> GSM187528 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.4667 0.76441 0.096 0.796 0.108 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0188 0.98880 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.99241 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.4065 0.5682 0.760 0.000 0.020 0.212 0.008
#> GSM152823 4 0.2929 0.6103 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM152824 5 0.5573 -0.1164 0.056 0.000 0.008 0.388 0.548
#> GSM152825 1 0.3670 0.5947 0.796 0.000 0.020 0.180 0.004
#> GSM152826 1 0.3754 0.5948 0.796 0.000 0.020 0.176 0.008
#> GSM152827 4 0.3684 0.5407 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280
#> GSM152828 5 0.6833 0.3781 0.096 0.024 0.072 0.176 0.632
#> GSM152829 4 0.3278 0.6472 0.020 0.000 0.000 0.824 0.156
#> GSM152830 1 0.3706 0.5922 0.792 0.000 0.020 0.184 0.004
#> GSM152831 1 0.4188 0.5560 0.744 0.000 0.020 0.228 0.008
#> GSM152832 1 0.3792 0.5948 0.792 0.000 0.020 0.180 0.008
#> GSM152833 1 0.1568 0.6728 0.944 0.000 0.020 0.036 0.000
#> GSM152834 4 0.1750 0.6911 0.028 0.000 0.000 0.936 0.036
#> GSM152835 4 0.4449 0.2693 0.004 0.000 0.000 0.512 0.484
#> GSM152836 4 0.4262 0.3488 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> GSM152837 4 0.1732 0.7006 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM152838 4 0.3947 0.6002 0.236 0.000 0.008 0.748 0.008
#> GSM153178 1 0.4466 0.3886 0.728 0.000 0.232 0.008 0.032
#> GSM153179 4 0.2439 0.6388 0.004 0.000 0.000 0.876 0.120
#> GSM153180 4 0.4152 0.5157 0.296 0.000 0.000 0.692 0.012
#> GSM153181 1 0.3439 0.6314 0.800 0.000 0.004 0.188 0.008
#> GSM153183 3 0.3550 0.6080 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> GSM153184 5 0.7646 0.4477 0.160 0.000 0.120 0.224 0.496
#> GSM153185 4 0.1410 0.7035 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM153186 1 0.2568 0.6771 0.888 0.000 0.016 0.092 0.004
#> GSM153187 1 0.3628 0.6255 0.772 0.000 0.216 0.000 0.012
#> GSM153188 3 0.2605 0.6296 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.5229 0.5266 0.244 0.000 0.028 0.684 0.044
#> GSM153190 1 0.1854 0.6693 0.936 0.000 0.020 0.036 0.008
#> GSM153191 5 0.5005 0.5849 0.028 0.000 0.388 0.004 0.580
#> GSM153192 1 0.4832 0.6362 0.708 0.000 0.224 0.064 0.004
#> GSM153193 4 0.4030 0.5596 0.008 0.000 0.008 0.736 0.248
#> GSM153194 1 0.7175 0.0075 0.380 0.000 0.328 0.016 0.276
#> GSM153195 1 0.5771 0.6065 0.636 0.000 0.224 0.132 0.008
#> GSM153196 1 0.2361 0.6768 0.892 0.000 0.012 0.096 0.000
#> GSM153197 1 0.4880 0.3710 0.616 0.000 0.016 0.356 0.012
#> GSM153198 1 0.2179 0.6369 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> GSM153199 3 0.1893 0.5876 0.048 0.000 0.928 0.000 0.024
#> GSM153200 3 0.3491 0.6110 0.228 0.000 0.768 0.000 0.004
#> GSM153201 1 0.2201 0.6632 0.920 0.000 0.032 0.040 0.008
#> GSM153202 4 0.1638 0.7030 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM153203 1 0.4001 0.5740 0.768 0.000 0.020 0.204 0.008
#> GSM153204 3 0.3280 0.6098 0.176 0.000 0.812 0.000 0.012
#> GSM153205 4 0.3109 0.5960 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM153206 1 0.4960 0.4073 0.584 0.000 0.388 0.008 0.020
#> GSM153207 1 0.4397 0.5743 0.696 0.000 0.276 0.000 0.028
#> GSM153208 4 0.4235 0.3661 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> GSM153209 1 0.4233 0.6460 0.748 0.000 0.208 0.044 0.000
#> GSM153210 1 0.4157 0.5897 0.716 0.000 0.264 0.000 0.020
#> GSM153211 1 0.3353 0.6392 0.796 0.000 0.196 0.000 0.008
#> GSM153212 1 0.4875 0.6235 0.700 0.000 0.240 0.052 0.008
#> GSM153213 3 0.2079 0.6102 0.064 0.000 0.916 0.000 0.020
#> GSM153214 1 0.5576 0.4505 0.560 0.000 0.368 0.004 0.068
#> GSM153215 1 0.6084 0.5815 0.624 0.000 0.248 0.092 0.036
#> GSM153216 1 0.3281 0.6842 0.848 0.000 0.060 0.092 0.000
#> GSM153217 4 0.8132 -0.0582 0.272 0.000 0.136 0.400 0.192
#> GSM153218 3 0.5499 -0.0753 0.400 0.000 0.532 0.000 0.068
#> GSM153219 5 0.5947 0.5744 0.112 0.000 0.324 0.004 0.560
#> GSM153220 5 0.4722 0.5916 0.088 0.000 0.136 0.016 0.760
#> GSM153221 1 0.8430 -0.0763 0.356 0.000 0.236 0.196 0.212
#> GSM153222 4 0.3586 0.5499 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> GSM153223 4 0.1774 0.7023 0.052 0.000 0.000 0.932 0.016
#> GSM153224 1 0.1997 0.6673 0.924 0.000 0.040 0.036 0.000
#> GSM153225 1 0.6073 0.4684 0.560 0.000 0.336 0.020 0.084
#> GSM153226 4 0.1571 0.6710 0.004 0.000 0.000 0.936 0.060
#> GSM153227 4 0.4249 0.5073 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> GSM153228 4 0.1638 0.7037 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM153229 4 0.5007 0.0261 0.472 0.000 0.012 0.504 0.012
#> GSM153230 1 0.4188 0.5581 0.744 0.000 0.020 0.228 0.008
#> GSM153231 4 0.1628 0.7031 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008
#> GSM153232 4 0.3807 0.5884 0.240 0.000 0.000 0.748 0.012
#> GSM153233 4 0.1764 0.7034 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> GSM153234 1 0.4893 0.3639 0.612 0.000 0.016 0.360 0.012
#> GSM153235 1 0.4751 0.4464 0.740 0.000 0.188 0.016 0.056
#> GSM153236 1 0.4814 0.2446 0.568 0.000 0.004 0.412 0.016
#> GSM153237 4 0.4871 0.3111 0.384 0.000 0.012 0.592 0.012
#> GSM152992 1 0.3840 0.4789 0.772 0.000 0.208 0.008 0.012
#> GSM152993 1 0.5110 0.5393 0.644 0.000 0.308 0.016 0.032
#> GSM152994 1 0.5760 0.5307 0.600 0.000 0.320 0.048 0.032
#> GSM152995 3 0.5176 -0.4936 0.040 0.000 0.492 0.000 0.468
#> GSM152996 5 0.6078 0.4939 0.108 0.000 0.396 0.004 0.492
#> GSM152997 3 0.1851 0.6226 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM152998 1 0.5735 0.6257 0.660 0.000 0.196 0.128 0.016
#> GSM152999 1 0.3966 0.5518 0.808 0.000 0.132 0.012 0.048
#> GSM153000 5 0.5176 0.4736 0.040 0.000 0.468 0.000 0.492
#> GSM153001 1 0.6449 0.4635 0.564 0.000 0.300 0.040 0.096
#> GSM153002 3 0.2962 0.5290 0.084 0.000 0.868 0.000 0.048
#> GSM153003 3 0.1571 0.6194 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM153004 3 0.1697 0.6189 0.060 0.000 0.932 0.000 0.008
#> GSM153005 4 0.4804 0.0590 0.460 0.000 0.008 0.524 0.008
#> GSM153006 3 0.1943 0.6060 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> GSM153007 4 0.1626 0.6824 0.016 0.000 0.000 0.940 0.044
#> GSM153008 1 0.3238 0.6742 0.836 0.000 0.028 0.136 0.000
#> GSM153009 1 0.2283 0.6642 0.916 0.000 0.036 0.040 0.008
#> GSM153010 3 0.5243 0.4699 0.412 0.000 0.540 0.000 0.048
#> GSM153011 1 0.3423 0.6361 0.852 0.000 0.040 0.092 0.016
#> GSM153012 1 0.5683 0.5975 0.636 0.000 0.256 0.096 0.012
#> GSM153013 1 0.5347 0.6265 0.684 0.000 0.144 0.168 0.004
#> GSM153014 1 0.5014 0.3531 0.536 0.000 0.432 0.000 0.032
#> GSM153015 1 0.3742 0.5130 0.792 0.000 0.184 0.012 0.012
#> GSM153016 1 0.2115 0.6490 0.916 0.000 0.068 0.008 0.008
#> GSM153017 3 0.5701 0.3640 0.464 0.000 0.472 0.012 0.052
#> GSM153018 1 0.6461 0.5488 0.600 0.000 0.104 0.244 0.052
#> GSM153019 1 0.3209 0.6431 0.812 0.000 0.180 0.000 0.008
#> GSM153020 3 0.5053 0.5464 0.304 0.000 0.644 0.004 0.048
#> GSM153021 3 0.3635 0.5931 0.248 0.000 0.748 0.000 0.004
#> GSM153022 3 0.1774 0.6101 0.052 0.000 0.932 0.000 0.016
#> GSM153023 3 0.2149 0.5708 0.048 0.000 0.916 0.000 0.036
#> GSM153024 3 0.1571 0.6194 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM153025 3 0.5884 -0.2205 0.420 0.000 0.480 0.000 0.100
#> GSM153026 1 0.3720 0.6197 0.760 0.000 0.228 0.000 0.012
#> GSM153027 5 0.4825 0.5639 0.024 0.000 0.408 0.000 0.568
#> GSM153028 1 0.4318 0.6336 0.736 0.000 0.228 0.032 0.004
#> GSM153029 3 0.4182 0.5482 0.352 0.000 0.644 0.000 0.004
#> GSM153030 1 0.3427 0.6421 0.796 0.000 0.192 0.000 0.012
#> GSM153031 4 0.5937 0.3848 0.316 0.000 0.056 0.592 0.036
#> GSM153032 3 0.1965 0.6005 0.052 0.000 0.924 0.000 0.024
#> GSM153033 3 0.2438 0.5204 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060
#> GSM153034 3 0.2230 0.6296 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.1502 0.6154 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> GSM153036 1 0.5204 0.4503 0.580 0.000 0.368 0.000 0.052
#> GSM153037 1 0.5664 0.3853 0.516 0.000 0.412 0.004 0.068
#> GSM153038 3 0.5405 0.1139 0.328 0.000 0.596 0.000 0.076
#> GSM153039 3 0.4907 -0.0379 0.484 0.000 0.492 0.000 0.024
#> GSM153040 1 0.4651 0.4647 0.748 0.000 0.184 0.016 0.052
#> GSM153041 3 0.3928 0.5701 0.296 0.000 0.700 0.000 0.004
#> GSM153042 4 0.2818 0.6716 0.132 0.000 0.000 0.856 0.012
#> GSM153043 1 0.4268 0.3916 0.648 0.000 0.344 0.000 0.008
#> GSM153044 1 0.3237 0.6139 0.864 0.000 0.076 0.012 0.048
#> GSM153045 1 0.3468 0.6020 0.848 0.000 0.092 0.012 0.048
#> GSM153046 1 0.3715 0.6741 0.824 0.000 0.108 0.064 0.004
#> GSM153047 3 0.5828 0.4308 0.416 0.000 0.508 0.012 0.064
#> GSM153048 1 0.5262 -0.1018 0.580 0.000 0.376 0.012 0.032
#> GSM153049 3 0.5735 0.4275 0.428 0.000 0.504 0.012 0.056
#> GSM153050 1 0.3336 0.6358 0.832 0.000 0.016 0.144 0.008
#> GSM153051 3 0.6634 0.4319 0.352 0.068 0.516 0.000 0.064
#> GSM153052 4 0.1764 0.7034 0.064 0.000 0.000 0.928 0.008
#> GSM153053 4 0.2136 0.6961 0.088 0.000 0.000 0.904 0.008
#> GSM187528 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.5683 0.5859 0.080 0.704 0.148 0.000 0.068
#> GSM152881 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0404 0.9784 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152883 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0404 0.9782 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152885 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9878 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 6 0.5962 0.6892 0.236 0.000 0.000 0.328 0.000 0.436
#> GSM152823 4 0.3956 0.6349 0.000 0.000 0.000 0.760 0.088 0.152
#> GSM152824 5 0.5492 0.4567 0.044 0.000 0.008 0.040 0.584 0.324
#> GSM152825 6 0.5896 0.8072 0.344 0.000 0.000 0.212 0.000 0.444
#> GSM152826 6 0.5907 0.8089 0.340 0.000 0.000 0.216 0.000 0.444
#> GSM152827 4 0.5835 0.3072 0.000 0.000 0.000 0.488 0.232 0.280
#> GSM152828 5 0.6944 0.3970 0.044 0.024 0.008 0.156 0.516 0.252
#> GSM152829 4 0.4989 0.5081 0.000 0.000 0.000 0.640 0.220 0.140
#> GSM152830 6 0.5922 0.8087 0.340 0.000 0.000 0.220 0.000 0.440
#> GSM152831 6 0.5990 0.7842 0.296 0.000 0.000 0.264 0.000 0.440
#> GSM152832 6 0.5969 0.8030 0.332 0.000 0.000 0.236 0.000 0.432
#> GSM152833 1 0.2504 0.5822 0.880 0.000 0.004 0.028 0.000 0.088
#> GSM152834 4 0.1564 0.7335 0.000 0.000 0.000 0.936 0.040 0.024
#> GSM152835 5 0.5203 0.3873 0.004 0.000 0.000 0.096 0.572 0.328
#> GSM152836 5 0.5733 0.2694 0.000 0.000 0.000 0.184 0.488 0.328
#> GSM152837 4 0.0632 0.7443 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM152838 4 0.3428 0.4557 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> GSM153178 1 0.3993 0.2329 0.676 0.000 0.024 0.000 0.000 0.300
#> GSM153179 4 0.2794 0.7011 0.000 0.000 0.000 0.860 0.060 0.080
#> GSM153180 4 0.1196 0.7355 0.008 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040
#> GSM153181 1 0.5780 -0.3281 0.532 0.000 0.004 0.236 0.000 0.228
#> GSM153183 3 0.4473 0.1180 0.480 0.000 0.492 0.000 0.000 0.028
#> GSM153184 5 0.6883 0.4443 0.192 0.000 0.008 0.192 0.516 0.092
#> GSM153185 4 0.0458 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM153186 1 0.2474 0.5954 0.884 0.000 0.004 0.080 0.000 0.032
#> GSM153187 1 0.1410 0.6500 0.944 0.000 0.044 0.000 0.008 0.004
#> GSM153188 3 0.3950 0.2907 0.432 0.000 0.564 0.000 0.000 0.004
#> GSM153189 4 0.5378 0.4363 0.164 0.000 0.000 0.648 0.164 0.024
#> GSM153190 1 0.1989 0.6051 0.916 0.000 0.004 0.028 0.000 0.052
#> GSM153191 5 0.4078 0.4752 0.008 0.000 0.300 0.000 0.676 0.016
#> GSM153192 1 0.4189 0.6443 0.788 0.000 0.032 0.024 0.128 0.028
#> GSM153193 4 0.6250 0.2221 0.016 0.000 0.000 0.464 0.288 0.232
#> GSM153194 5 0.5522 0.2896 0.344 0.000 0.096 0.000 0.544 0.016
#> GSM153195 1 0.5281 0.5637 0.680 0.000 0.016 0.076 0.200 0.028
#> GSM153196 1 0.3210 0.5362 0.836 0.000 0.004 0.088 0.000 0.072
#> GSM153197 4 0.5531 -0.3969 0.132 0.000 0.000 0.452 0.000 0.416
#> GSM153198 1 0.1321 0.6337 0.952 0.000 0.020 0.000 0.004 0.024
#> GSM153199 3 0.1003 0.6949 0.020 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000
#> GSM153200 3 0.3803 0.5873 0.252 0.000 0.724 0.000 0.004 0.020
#> GSM153201 1 0.2250 0.5709 0.888 0.000 0.000 0.020 0.000 0.092
#> GSM153202 4 0.0632 0.7448 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM153203 6 0.5962 0.7914 0.300 0.000 0.000 0.252 0.000 0.448
#> GSM153204 3 0.3518 0.5983 0.256 0.000 0.732 0.000 0.012 0.000
#> GSM153205 4 0.5126 0.4950 0.000 0.000 0.000 0.624 0.160 0.216
#> GSM153206 1 0.3213 0.6274 0.808 0.000 0.160 0.000 0.032 0.000
#> GSM153207 1 0.3320 0.6582 0.844 0.000 0.044 0.004 0.088 0.020
#> GSM153208 5 0.5564 0.3152 0.000 0.000 0.000 0.156 0.516 0.328
#> GSM153209 1 0.3884 0.6516 0.816 0.000 0.032 0.024 0.100 0.028
#> GSM153210 1 0.3339 0.6588 0.848 0.000 0.028 0.016 0.088 0.020
#> GSM153211 1 0.1586 0.6500 0.940 0.000 0.040 0.004 0.012 0.004
#> GSM153212 1 0.4303 0.6384 0.772 0.000 0.032 0.020 0.148 0.028
#> GSM153213 3 0.1983 0.6923 0.072 0.000 0.908 0.000 0.020 0.000
#> GSM153214 1 0.5483 0.5030 0.636 0.000 0.116 0.004 0.220 0.024
#> GSM153215 1 0.4781 0.5760 0.704 0.000 0.016 0.032 0.220 0.028
#> GSM153216 1 0.2842 0.6353 0.876 0.000 0.004 0.068 0.020 0.032
#> GSM153217 5 0.5875 0.4294 0.272 0.000 0.052 0.076 0.592 0.008
#> GSM153218 3 0.5075 0.4437 0.132 0.000 0.672 0.000 0.180 0.016
#> GSM153219 5 0.4632 0.5112 0.060 0.000 0.248 0.000 0.680 0.012
#> GSM153220 5 0.5462 0.5387 0.052 0.000 0.156 0.000 0.664 0.128
#> GSM153221 5 0.6350 0.4217 0.268 0.000 0.108 0.036 0.560 0.028
#> GSM153222 4 0.5940 0.2530 0.000 0.000 0.000 0.460 0.268 0.272
#> GSM153223 4 0.0146 0.7455 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM153224 1 0.1719 0.5982 0.924 0.000 0.000 0.016 0.000 0.060
#> GSM153225 1 0.6045 0.3124 0.544 0.000 0.104 0.012 0.312 0.028
#> GSM153226 4 0.1713 0.7291 0.000 0.000 0.000 0.928 0.028 0.044
#> GSM153227 4 0.1010 0.7416 0.004 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036
#> GSM153228 4 0.0632 0.7454 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM153229 4 0.3728 0.3592 0.004 0.000 0.000 0.652 0.000 0.344
#> GSM153230 6 0.5973 0.7728 0.280 0.000 0.000 0.272 0.000 0.448
#> GSM153231 4 0.0603 0.7469 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM153232 4 0.1007 0.7376 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM153233 4 0.0790 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM153234 6 0.5587 0.4019 0.140 0.000 0.000 0.428 0.000 0.432
#> GSM153235 6 0.4374 0.4140 0.448 0.000 0.016 0.004 0.000 0.532
#> GSM153236 4 0.4976 0.1268 0.060 0.000 0.000 0.536 0.004 0.400
#> GSM153237 4 0.3215 0.5527 0.004 0.000 0.000 0.756 0.000 0.240
#> GSM152992 1 0.3457 0.3745 0.752 0.000 0.016 0.000 0.000 0.232
#> GSM152993 1 0.4507 0.6222 0.748 0.000 0.044 0.012 0.168 0.028
#> GSM152994 1 0.5403 0.5485 0.668 0.000 0.036 0.048 0.220 0.028
#> GSM152995 5 0.3899 0.3997 0.008 0.000 0.364 0.000 0.628 0.000
#> GSM152996 5 0.4455 0.4926 0.048 0.000 0.264 0.000 0.680 0.008
#> GSM152997 3 0.4332 0.4490 0.352 0.000 0.616 0.000 0.032 0.000
#> GSM152998 1 0.5397 0.5379 0.652 0.000 0.004 0.096 0.216 0.032
#> GSM152999 1 0.4191 -0.0228 0.596 0.000 0.012 0.004 0.000 0.388
#> GSM153000 5 0.4224 0.4440 0.008 0.000 0.336 0.000 0.640 0.016
#> GSM153001 1 0.5017 0.5636 0.680 0.000 0.036 0.016 0.236 0.032
#> GSM153002 3 0.3644 0.5845 0.088 0.000 0.792 0.000 0.120 0.000
#> GSM153003 3 0.0260 0.6889 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153004 3 0.0260 0.6889 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153005 4 0.3753 0.4625 0.008 0.000 0.000 0.696 0.004 0.292
#> GSM153006 3 0.1528 0.6741 0.016 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000
#> GSM153007 4 0.0909 0.7431 0.000 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> GSM153008 1 0.3031 0.6045 0.848 0.000 0.004 0.116 0.012 0.020
#> GSM153009 1 0.3978 0.2398 0.700 0.000 0.000 0.032 0.000 0.268
#> GSM153010 1 0.5088 0.4100 0.648 0.000 0.168 0.000 0.004 0.180
#> GSM153011 6 0.5529 0.6976 0.412 0.000 0.000 0.132 0.000 0.456
#> GSM153012 1 0.5195 0.5802 0.696 0.000 0.028 0.056 0.192 0.028
#> GSM153013 1 0.5063 0.6148 0.720 0.000 0.020 0.076 0.152 0.032
#> GSM153014 1 0.4995 0.0914 0.528 0.000 0.412 0.000 0.052 0.008
#> GSM153015 1 0.2146 0.5605 0.880 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116
#> GSM153016 1 0.1531 0.5996 0.928 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068
#> GSM153017 1 0.5057 0.1347 0.580 0.000 0.096 0.000 0.000 0.324
#> GSM153018 1 0.6266 0.3066 0.500 0.000 0.000 0.200 0.272 0.028
#> GSM153019 1 0.1484 0.6489 0.944 0.000 0.040 0.004 0.008 0.004
#> GSM153020 1 0.5639 0.4334 0.628 0.000 0.156 0.000 0.036 0.180
#> GSM153021 3 0.3954 0.5515 0.296 0.000 0.684 0.000 0.004 0.016
#> GSM153022 3 0.0146 0.6893 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0603 0.6951 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM153024 3 0.0458 0.6920 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM153025 3 0.5831 0.0749 0.108 0.000 0.528 0.004 0.340 0.020
#> GSM153026 1 0.1707 0.6527 0.928 0.000 0.056 0.000 0.012 0.004
#> GSM153027 5 0.4275 0.4473 0.008 0.000 0.328 0.000 0.644 0.020
#> GSM153028 1 0.3712 0.6540 0.824 0.000 0.036 0.016 0.100 0.024
#> GSM153029 1 0.4483 0.3461 0.636 0.000 0.320 0.000 0.004 0.040
#> GSM153030 1 0.1722 0.6505 0.936 0.000 0.036 0.008 0.016 0.004
#> GSM153031 4 0.6002 -0.1033 0.424 0.000 0.000 0.428 0.124 0.024
#> GSM153032 3 0.0603 0.6938 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000
#> GSM153033 3 0.2201 0.6537 0.028 0.000 0.896 0.000 0.076 0.000
#> GSM153034 3 0.3899 0.4434 0.364 0.000 0.628 0.000 0.000 0.008
#> GSM153035 3 0.0458 0.6941 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM153036 1 0.5932 0.3856 0.552 0.000 0.240 0.000 0.188 0.020
#> GSM153037 1 0.6423 0.0386 0.420 0.000 0.316 0.000 0.244 0.020
#> GSM153038 3 0.4800 0.4276 0.104 0.000 0.692 0.000 0.192 0.012
#> GSM153039 1 0.3653 0.6339 0.816 0.000 0.100 0.000 0.024 0.060
#> GSM153040 1 0.4273 0.3804 0.708 0.000 0.028 0.012 0.004 0.248
#> GSM153041 1 0.4204 0.0190 0.540 0.000 0.448 0.000 0.004 0.008
#> GSM153042 4 0.1075 0.7355 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM153043 1 0.1584 0.6509 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> GSM153044 1 0.3398 0.3938 0.740 0.000 0.008 0.000 0.000 0.252
#> GSM153045 1 0.3861 0.1256 0.640 0.000 0.008 0.000 0.000 0.352
#> GSM153046 1 0.4001 0.6549 0.812 0.000 0.012 0.044 0.076 0.056
#> GSM153047 1 0.5804 -0.1307 0.436 0.000 0.156 0.000 0.004 0.404
#> GSM153048 1 0.4829 0.0277 0.584 0.000 0.056 0.004 0.000 0.356
#> GSM153049 1 0.5508 -0.1093 0.480 0.000 0.132 0.000 0.000 0.388
#> GSM153050 6 0.5753 0.7463 0.384 0.000 0.000 0.172 0.000 0.444
#> GSM153051 6 0.7076 0.0947 0.352 0.080 0.180 0.000 0.004 0.384
#> GSM153052 4 0.0790 0.7437 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM153053 4 0.1141 0.7347 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM187528 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0146 0.9833 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM187531 2 0.5158 0.5491 0.016 0.648 0.048 0.000 0.020 0.268
#> GSM152881 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0146 0.9836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0717 0.9620 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:mclust 165 5.95e-30 2
#> CV:mclust 135 1.97e-28 3
#> CV:mclust 131 1.24e-27 4
#> CV:mclust 126 1.17e-21 5
#> CV:mclust 111 3.67e-22 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.854 0.917 0.964 0.4227 0.573 0.573
#> 3 3 0.497 0.700 0.844 0.4876 0.701 0.511
#> 4 4 0.504 0.583 0.761 0.1758 0.791 0.486
#> 5 5 0.562 0.515 0.717 0.0705 0.901 0.652
#> 6 6 0.570 0.451 0.650 0.0390 0.931 0.714
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152829 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.5059 0.866 0.888 0.112
#> GSM153179 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.6438 0.794 0.164 0.836
#> GSM153184 1 0.5294 0.853 0.880 0.120
#> GSM153185 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153188 2 0.9635 0.429 0.388 0.612
#> GSM153189 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.1633 0.957 0.976 0.024
#> GSM153200 2 0.1843 0.914 0.028 0.972
#> GSM153201 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> GSM153214 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.6801 0.775 0.180 0.820
#> GSM153236 1 0.4815 0.876 0.896 0.104
#> GSM153237 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0938 0.966 0.988 0.012
#> GSM152993 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.2423 0.942 0.960 0.040
#> GSM152996 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152997 2 0.9552 0.456 0.376 0.624
#> GSM152998 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.7528 0.716 0.784 0.216
#> GSM153000 1 0.9909 0.130 0.556 0.444
#> GSM153001 1 0.1633 0.957 0.976 0.024
#> GSM153002 1 0.2603 0.938 0.956 0.044
#> GSM153003 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.9000 0.576 0.316 0.684
#> GSM153007 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM153011 1 0.0938 0.966 0.988 0.012
#> GSM153012 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153017 2 0.7528 0.734 0.216 0.784
#> GSM153018 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.2423 0.906 0.040 0.960
#> GSM153021 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM153022 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM153023 1 0.9323 0.439 0.652 0.348
#> GSM153024 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.2236 0.946 0.964 0.036
#> GSM153026 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.9970 0.184 0.468 0.532
#> GSM153030 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.8207 0.640 0.744 0.256
#> GSM153033 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.9710 0.298 0.600 0.400
#> GSM153035 2 0.9000 0.578 0.316 0.684
#> GSM153036 1 0.1633 0.957 0.976 0.024
#> GSM153037 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0376 0.972 0.996 0.004
#> GSM153039 1 0.5737 0.836 0.864 0.136
#> GSM153040 2 0.9170 0.550 0.332 0.668
#> GSM153041 2 0.9866 0.309 0.432 0.568
#> GSM153042 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.2043 0.950 0.968 0.032
#> GSM153045 1 0.5519 0.846 0.872 0.128
#> GSM153046 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153047 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM153048 1 0.5408 0.851 0.876 0.124
#> GSM153049 2 0.0376 0.930 0.004 0.996
#> GSM153050 1 0.1414 0.960 0.980 0.020
#> GSM153051 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.975 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.932 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.1751 0.80253 0.960 0.028 0.012
#> GSM152823 1 0.1964 0.83417 0.944 0.000 0.056
#> GSM152824 3 0.3879 0.71314 0.152 0.000 0.848
#> GSM152825 1 0.1999 0.79740 0.952 0.036 0.012
#> GSM152826 1 0.1999 0.79742 0.952 0.036 0.012
#> GSM152827 1 0.2796 0.83095 0.908 0.000 0.092
#> GSM152828 2 0.5058 0.74793 0.000 0.756 0.244
#> GSM152829 1 0.2772 0.83550 0.916 0.004 0.080
#> GSM152830 1 0.1315 0.81009 0.972 0.020 0.008
#> GSM152831 1 0.0661 0.81817 0.988 0.004 0.008
#> GSM152832 1 0.0747 0.82346 0.984 0.000 0.016
#> GSM152833 1 0.2356 0.83598 0.928 0.000 0.072
#> GSM152834 1 0.1643 0.83365 0.956 0.000 0.044
#> GSM152835 3 0.5733 0.50461 0.324 0.000 0.676
#> GSM152836 1 0.5785 0.55549 0.668 0.000 0.332
#> GSM152837 1 0.1753 0.83359 0.952 0.000 0.048
#> GSM152838 1 0.2096 0.78841 0.944 0.052 0.004
#> GSM153178 1 0.4121 0.77413 0.876 0.084 0.040
#> GSM153179 1 0.3267 0.82065 0.884 0.000 0.116
#> GSM153180 1 0.2448 0.83438 0.924 0.000 0.076
#> GSM153181 1 0.2537 0.83527 0.920 0.000 0.080
#> GSM153183 3 0.4235 0.59562 0.000 0.176 0.824
#> GSM153184 1 0.7368 0.43460 0.604 0.044 0.352
#> GSM153185 1 0.2537 0.83354 0.920 0.000 0.080
#> GSM153186 1 0.3551 0.81556 0.868 0.000 0.132
#> GSM153187 3 0.6308 -0.06155 0.492 0.000 0.508
#> GSM153188 3 0.4371 0.70367 0.032 0.108 0.860
#> GSM153189 1 0.5016 0.71357 0.760 0.000 0.240
#> GSM153190 1 0.4291 0.78820 0.820 0.000 0.180
#> GSM153191 3 0.1491 0.74123 0.016 0.016 0.968
#> GSM153192 1 0.5178 0.69820 0.744 0.000 0.256
#> GSM153193 1 0.5098 0.70055 0.752 0.000 0.248
#> GSM153194 3 0.3192 0.73379 0.112 0.000 0.888
#> GSM153195 1 0.6307 0.08677 0.512 0.000 0.488
#> GSM153196 1 0.2625 0.83528 0.916 0.000 0.084
#> GSM153197 1 0.0892 0.82477 0.980 0.000 0.020
#> GSM153198 1 0.5497 0.65196 0.708 0.000 0.292
#> GSM153199 3 0.1267 0.73602 0.004 0.024 0.972
#> GSM153200 3 0.4452 0.56936 0.000 0.192 0.808
#> GSM153201 1 0.3482 0.82109 0.872 0.000 0.128
#> GSM153202 1 0.2537 0.83366 0.920 0.000 0.080
#> GSM153203 1 0.2229 0.79145 0.944 0.044 0.012
#> GSM153204 3 0.2165 0.74888 0.064 0.000 0.936
#> GSM153205 1 0.3551 0.81194 0.868 0.000 0.132
#> GSM153206 3 0.3752 0.71495 0.144 0.000 0.856
#> GSM153207 3 0.6305 0.00437 0.484 0.000 0.516
#> GSM153208 3 0.6280 0.12788 0.460 0.000 0.540
#> GSM153209 1 0.5650 0.60699 0.688 0.000 0.312
#> GSM153210 3 0.6225 0.21624 0.432 0.000 0.568
#> GSM153211 1 0.6307 0.11714 0.512 0.000 0.488
#> GSM153212 1 0.5363 0.66757 0.724 0.000 0.276
#> GSM153213 3 0.1989 0.75252 0.048 0.004 0.948
#> GSM153214 3 0.4796 0.64677 0.220 0.000 0.780
#> GSM153215 1 0.6260 0.24794 0.552 0.000 0.448
#> GSM153216 1 0.3551 0.81620 0.868 0.000 0.132
#> GSM153217 3 0.6180 0.30821 0.416 0.000 0.584
#> GSM153218 3 0.1529 0.75261 0.040 0.000 0.960
#> GSM153219 3 0.2448 0.74794 0.076 0.000 0.924
#> GSM153220 3 0.2066 0.75164 0.060 0.000 0.940
#> GSM153221 3 0.3752 0.71719 0.144 0.000 0.856
#> GSM153222 1 0.5529 0.63254 0.704 0.000 0.296
#> GSM153223 1 0.2878 0.82868 0.904 0.000 0.096
#> GSM153224 1 0.4062 0.80152 0.836 0.000 0.164
#> GSM153225 3 0.4452 0.67513 0.192 0.000 0.808
#> GSM153226 1 0.2261 0.83481 0.932 0.000 0.068
#> GSM153227 1 0.2448 0.83472 0.924 0.000 0.076
#> GSM153228 1 0.1753 0.83359 0.952 0.000 0.048
#> GSM153229 1 0.0424 0.82448 0.992 0.000 0.008
#> GSM153230 1 0.0829 0.81656 0.984 0.004 0.012
#> GSM153231 1 0.2261 0.83474 0.932 0.000 0.068
#> GSM153232 1 0.2356 0.83509 0.928 0.000 0.072
#> GSM153233 1 0.0000 0.82156 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.1267 0.80868 0.972 0.024 0.004
#> GSM153235 2 0.6713 0.35288 0.416 0.572 0.012
#> GSM153236 1 0.3896 0.71784 0.864 0.128 0.008
#> GSM153237 1 0.1031 0.82890 0.976 0.000 0.024
#> GSM152992 1 0.4413 0.78383 0.852 0.024 0.124
#> GSM152993 3 0.6309 -0.03989 0.496 0.000 0.504
#> GSM152994 3 0.6062 0.35915 0.384 0.000 0.616
#> GSM152995 3 0.2116 0.72777 0.012 0.040 0.948
#> GSM152996 3 0.1989 0.75357 0.048 0.004 0.948
#> GSM152997 3 0.2945 0.69555 0.004 0.088 0.908
#> GSM152998 3 0.6008 0.39545 0.372 0.000 0.628
#> GSM152999 1 0.4982 0.71268 0.828 0.136 0.036
#> GSM153000 3 0.2584 0.70774 0.008 0.064 0.928
#> GSM153001 3 0.6398 0.28849 0.416 0.004 0.580
#> GSM153002 3 0.1753 0.75336 0.048 0.000 0.952
#> GSM153003 3 0.4399 0.56244 0.000 0.188 0.812
#> GSM153004 3 0.6045 0.14114 0.000 0.380 0.620
#> GSM153005 1 0.1832 0.79890 0.956 0.036 0.008
#> GSM153006 3 0.2448 0.69779 0.000 0.076 0.924
#> GSM153007 1 0.2448 0.83391 0.924 0.000 0.076
#> GSM153008 1 0.4062 0.80174 0.836 0.000 0.164
#> GSM153009 1 0.0747 0.82390 0.984 0.000 0.016
#> GSM153010 2 0.4779 0.83432 0.036 0.840 0.124
#> GSM153011 1 0.3459 0.74859 0.892 0.096 0.012
#> GSM153012 1 0.6299 0.14195 0.524 0.000 0.476
#> GSM153013 1 0.5254 0.68846 0.736 0.000 0.264
#> GSM153014 3 0.3038 0.73491 0.104 0.000 0.896
#> GSM153015 1 0.4291 0.78929 0.820 0.000 0.180
#> GSM153016 1 0.5926 0.54107 0.644 0.000 0.356
#> GSM153017 2 0.8105 0.56282 0.196 0.648 0.156
#> GSM153018 3 0.6225 0.24476 0.432 0.000 0.568
#> GSM153019 3 0.6168 0.25769 0.412 0.000 0.588
#> GSM153020 2 0.4914 0.81521 0.088 0.844 0.068
#> GSM153021 3 0.5497 0.37188 0.000 0.292 0.708
#> GSM153022 3 0.4121 0.59388 0.000 0.168 0.832
#> GSM153023 3 0.2200 0.71485 0.004 0.056 0.940
#> GSM153024 3 0.4346 0.56840 0.000 0.184 0.816
#> GSM153025 3 0.1964 0.75206 0.056 0.000 0.944
#> GSM153026 3 0.6079 0.33467 0.388 0.000 0.612
#> GSM153027 3 0.1832 0.72725 0.008 0.036 0.956
#> GSM153028 1 0.5706 0.58913 0.680 0.000 0.320
#> GSM153029 3 0.9738 0.37411 0.264 0.288 0.448
#> GSM153030 1 0.5621 0.63508 0.692 0.000 0.308
#> GSM153031 1 0.4654 0.74707 0.792 0.000 0.208
#> GSM153032 3 0.1643 0.72012 0.000 0.044 0.956
#> GSM153033 3 0.1453 0.73426 0.008 0.024 0.968
#> GSM153034 3 0.3237 0.75493 0.056 0.032 0.912
#> GSM153035 3 0.2537 0.69385 0.000 0.080 0.920
#> GSM153036 3 0.3482 0.72675 0.128 0.000 0.872
#> GSM153037 3 0.4346 0.68934 0.184 0.000 0.816
#> GSM153038 3 0.1989 0.75285 0.048 0.004 0.948
#> GSM153039 3 0.8058 0.31330 0.376 0.072 0.552
#> GSM153040 2 0.8814 0.27626 0.312 0.548 0.140
#> GSM153041 3 0.4139 0.67141 0.016 0.124 0.860
#> GSM153042 1 0.1163 0.82977 0.972 0.000 0.028
#> GSM153043 3 0.5397 0.55639 0.280 0.000 0.720
#> GSM153044 1 0.4345 0.79712 0.848 0.016 0.136
#> GSM153045 1 0.5416 0.75004 0.820 0.080 0.100
#> GSM153046 1 0.6204 0.33200 0.576 0.000 0.424
#> GSM153047 2 0.2229 0.87630 0.044 0.944 0.012
#> GSM153048 1 0.4586 0.75782 0.856 0.096 0.048
#> GSM153049 2 0.5062 0.74980 0.184 0.800 0.016
#> GSM153050 1 0.3207 0.75921 0.904 0.084 0.012
#> GSM153051 2 0.2280 0.86824 0.052 0.940 0.008
#> GSM153052 1 0.1129 0.81033 0.976 0.020 0.004
#> GSM153053 1 0.0829 0.82224 0.984 0.004 0.012
#> GSM187528 2 0.3551 0.86333 0.000 0.868 0.132
#> GSM187529 2 0.4235 0.82741 0.000 0.824 0.176
#> GSM187530 2 0.1753 0.90568 0.000 0.952 0.048
#> GSM187531 2 0.2200 0.86711 0.056 0.940 0.004
#> GSM152881 2 0.1163 0.90718 0.000 0.972 0.028
#> GSM152882 2 0.0747 0.90538 0.000 0.984 0.016
#> GSM152883 2 0.1643 0.90575 0.000 0.956 0.044
#> GSM152884 2 0.5327 0.71103 0.000 0.728 0.272
#> GSM152885 2 0.1643 0.90595 0.000 0.956 0.044
#> GSM152886 2 0.1163 0.90718 0.000 0.972 0.028
#> GSM152887 2 0.2356 0.89737 0.000 0.928 0.072
#> GSM152888 2 0.0747 0.90538 0.000 0.984 0.016
#> GSM152889 2 0.0424 0.90302 0.000 0.992 0.008
#> GSM152890 2 0.1753 0.90524 0.000 0.952 0.048
#> GSM152891 2 0.2796 0.88875 0.000 0.908 0.092
#> GSM152892 2 0.0475 0.89697 0.004 0.992 0.004
#> GSM152893 2 0.0475 0.89697 0.004 0.992 0.004
#> GSM152894 2 0.0592 0.90437 0.000 0.988 0.012
#> GSM152895 2 0.1289 0.90710 0.000 0.968 0.032
#> GSM152896 2 0.1289 0.90710 0.000 0.968 0.032
#> GSM152897 2 0.1289 0.90710 0.000 0.968 0.032
#> GSM152898 2 0.2537 0.89453 0.000 0.920 0.080
#> GSM152899 2 0.3879 0.84845 0.000 0.848 0.152
#> GSM152900 2 0.1163 0.90722 0.000 0.972 0.028
#> GSM152901 2 0.1964 0.90369 0.000 0.944 0.056
#> GSM152902 2 0.2711 0.89083 0.000 0.912 0.088
#> GSM152903 2 0.1529 0.90713 0.000 0.960 0.040
#> GSM152904 2 0.0000 0.90023 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.1163 0.90718 0.000 0.972 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.5366 0.0378 0.440 0.012 0.548 0.000
#> GSM152823 1 0.1302 0.7250 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM152824 1 0.5159 0.4537 0.680 0.012 0.008 0.300
#> GSM152825 3 0.3047 0.6185 0.116 0.012 0.872 0.000
#> GSM152826 3 0.3217 0.6108 0.128 0.012 0.860 0.000
#> GSM152827 1 0.1394 0.7077 0.964 0.008 0.012 0.016
#> GSM152828 1 0.8379 0.0741 0.440 0.336 0.036 0.188
#> GSM152829 1 0.2484 0.6909 0.924 0.012 0.040 0.024
#> GSM152830 3 0.2401 0.6351 0.092 0.004 0.904 0.000
#> GSM152831 3 0.3538 0.5958 0.160 0.004 0.832 0.004
#> GSM152832 3 0.4406 0.4115 0.300 0.000 0.700 0.000
#> GSM152833 3 0.3168 0.6463 0.060 0.000 0.884 0.056
#> GSM152834 1 0.2773 0.7273 0.880 0.000 0.116 0.004
#> GSM152835 1 0.4077 0.6023 0.800 0.012 0.004 0.184
#> GSM152836 1 0.3160 0.6720 0.868 0.008 0.004 0.120
#> GSM152837 1 0.3157 0.7209 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM152838 1 0.5256 0.4153 0.596 0.012 0.392 0.000
#> GSM153178 3 0.3181 0.6179 0.004 0.044 0.888 0.064
#> GSM153179 1 0.2859 0.7292 0.880 0.000 0.112 0.008
#> GSM153180 1 0.3870 0.6805 0.788 0.000 0.208 0.004
#> GSM153181 3 0.5400 0.3054 0.372 0.000 0.608 0.020
#> GSM153183 4 0.5585 0.5162 0.012 0.020 0.316 0.652
#> GSM153184 1 0.4886 0.6174 0.788 0.052 0.012 0.148
#> GSM153185 1 0.3105 0.7226 0.856 0.000 0.140 0.004
#> GSM153186 3 0.4731 0.6167 0.160 0.000 0.780 0.060
#> GSM153187 3 0.5110 0.3097 0.012 0.000 0.636 0.352
#> GSM153188 4 0.5408 0.3046 0.004 0.008 0.432 0.556
#> GSM153189 1 0.4083 0.7266 0.832 0.000 0.100 0.068
#> GSM153190 3 0.4149 0.5972 0.036 0.000 0.812 0.152
#> GSM153191 4 0.5536 0.4820 0.252 0.048 0.004 0.696
#> GSM153192 3 0.6720 0.4196 0.300 0.000 0.580 0.120
#> GSM153193 1 0.3687 0.7269 0.856 0.000 0.080 0.064
#> GSM153194 4 0.5776 0.2238 0.388 0.012 0.016 0.584
#> GSM153195 1 0.7363 0.3189 0.492 0.000 0.176 0.332
#> GSM153196 3 0.4624 0.6121 0.164 0.000 0.784 0.052
#> GSM153197 3 0.5119 0.0437 0.440 0.000 0.556 0.004
#> GSM153198 3 0.4485 0.5531 0.028 0.000 0.772 0.200
#> GSM153199 4 0.3249 0.6727 0.000 0.008 0.140 0.852
#> GSM153200 4 0.6932 0.5847 0.072 0.092 0.156 0.680
#> GSM153201 3 0.5592 0.5207 0.264 0.000 0.680 0.056
#> GSM153202 1 0.3024 0.7179 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM153203 3 0.4955 0.4342 0.268 0.024 0.708 0.000
#> GSM153204 4 0.4605 0.4929 0.000 0.000 0.336 0.664
#> GSM153205 1 0.1975 0.7270 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM153206 4 0.5193 0.5117 0.020 0.000 0.324 0.656
#> GSM153207 3 0.6392 0.0315 0.064 0.000 0.484 0.452
#> GSM153208 1 0.4182 0.6527 0.796 0.000 0.024 0.180
#> GSM153209 3 0.7382 0.4161 0.260 0.000 0.520 0.220
#> GSM153210 4 0.7003 0.1998 0.124 0.000 0.368 0.508
#> GSM153211 3 0.5075 0.3336 0.012 0.000 0.644 0.344
#> GSM153212 3 0.7388 0.3080 0.312 0.000 0.500 0.188
#> GSM153213 4 0.4053 0.6219 0.000 0.004 0.228 0.768
#> GSM153214 4 0.4966 0.6518 0.076 0.000 0.156 0.768
#> GSM153215 1 0.7722 0.1937 0.444 0.000 0.300 0.256
#> GSM153216 3 0.6058 0.4412 0.296 0.000 0.632 0.072
#> GSM153217 1 0.4882 0.5370 0.708 0.000 0.020 0.272
#> GSM153218 4 0.1724 0.6851 0.020 0.000 0.032 0.948
#> GSM153219 4 0.4973 0.4407 0.292 0.012 0.004 0.692
#> GSM153220 4 0.5833 0.1358 0.440 0.024 0.004 0.532
#> GSM153221 4 0.5368 0.3639 0.340 0.000 0.024 0.636
#> GSM153222 1 0.2597 0.6931 0.904 0.004 0.008 0.084
#> GSM153223 1 0.3074 0.7205 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM153224 3 0.4004 0.5837 0.024 0.000 0.812 0.164
#> GSM153225 4 0.5374 0.5259 0.244 0.000 0.052 0.704
#> GSM153226 1 0.2773 0.7272 0.880 0.000 0.116 0.004
#> GSM153227 1 0.1940 0.7273 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM153228 1 0.3494 0.7107 0.824 0.000 0.172 0.004
#> GSM153229 1 0.5028 0.4058 0.596 0.000 0.400 0.004
#> GSM153230 3 0.4500 0.3713 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM153231 1 0.1637 0.7276 0.940 0.000 0.060 0.000
#> GSM153232 1 0.4155 0.6541 0.756 0.000 0.240 0.004
#> GSM153233 1 0.4053 0.6645 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM153234 3 0.5244 0.0326 0.436 0.008 0.556 0.000
#> GSM153235 3 0.6052 0.2131 0.048 0.396 0.556 0.000
#> GSM153236 1 0.7534 0.2333 0.448 0.192 0.360 0.000
#> GSM153237 1 0.4978 0.4422 0.612 0.000 0.384 0.004
#> GSM152992 3 0.3943 0.5965 0.008 0.036 0.844 0.112
#> GSM152993 4 0.7689 0.1610 0.248 0.000 0.300 0.452
#> GSM152994 4 0.7033 0.1671 0.364 0.000 0.128 0.508
#> GSM152995 4 0.4904 0.6160 0.140 0.052 0.016 0.792
#> GSM152996 4 0.5929 0.3937 0.316 0.048 0.004 0.632
#> GSM152997 4 0.4324 0.6679 0.008 0.036 0.140 0.816
#> GSM152998 1 0.6269 0.2180 0.576 0.004 0.056 0.364
#> GSM152999 3 0.4814 0.6125 0.056 0.072 0.820 0.052
#> GSM153000 4 0.6193 0.4888 0.240 0.076 0.012 0.672
#> GSM153001 1 0.7496 0.3639 0.512 0.016 0.128 0.344
#> GSM153002 4 0.3432 0.6764 0.008 0.004 0.140 0.848
#> GSM153003 4 0.4192 0.6606 0.004 0.028 0.156 0.812
#> GSM153004 4 0.4656 0.6316 0.000 0.136 0.072 0.792
#> GSM153005 1 0.5070 0.4772 0.620 0.008 0.372 0.000
#> GSM153006 4 0.2920 0.6715 0.020 0.040 0.032 0.908
#> GSM153007 1 0.3306 0.7151 0.840 0.000 0.156 0.004
#> GSM153008 3 0.5565 0.5402 0.260 0.000 0.684 0.056
#> GSM153009 3 0.3109 0.6413 0.100 0.004 0.880 0.016
#> GSM153010 3 0.7943 0.2597 0.024 0.252 0.520 0.204
#> GSM153011 3 0.3082 0.6285 0.032 0.084 0.884 0.000
#> GSM153012 1 0.7050 0.4629 0.552 0.000 0.156 0.292
#> GSM153013 1 0.6084 0.5986 0.656 0.000 0.252 0.092
#> GSM153014 4 0.4431 0.5416 0.000 0.000 0.304 0.696
#> GSM153015 3 0.4082 0.5835 0.020 0.008 0.820 0.152
#> GSM153016 3 0.4996 0.5402 0.056 0.000 0.752 0.192
#> GSM153017 3 0.7501 0.4057 0.052 0.244 0.600 0.104
#> GSM153018 1 0.5200 0.5453 0.748 0.012 0.040 0.200
#> GSM153019 3 0.4898 0.1619 0.000 0.000 0.584 0.416
#> GSM153020 2 0.5613 0.6782 0.004 0.724 0.188 0.084
#> GSM153021 4 0.5693 0.2133 0.000 0.024 0.472 0.504
#> GSM153022 4 0.2764 0.6728 0.004 0.052 0.036 0.908
#> GSM153023 4 0.1674 0.6840 0.004 0.012 0.032 0.952
#> GSM153024 4 0.4718 0.5738 0.000 0.012 0.280 0.708
#> GSM153025 4 0.1833 0.6802 0.032 0.000 0.024 0.944
#> GSM153026 3 0.5174 0.2741 0.012 0.000 0.620 0.368
#> GSM153027 4 0.3943 0.6330 0.112 0.036 0.008 0.844
#> GSM153028 3 0.6025 0.5095 0.096 0.000 0.668 0.236
#> GSM153029 3 0.5825 0.3845 0.000 0.068 0.664 0.268
#> GSM153030 3 0.5170 0.5313 0.048 0.000 0.724 0.228
#> GSM153031 1 0.4562 0.7121 0.792 0.000 0.152 0.056
#> GSM153032 4 0.2831 0.6771 0.000 0.004 0.120 0.876
#> GSM153033 4 0.1867 0.6851 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM153034 4 0.4991 0.4259 0.000 0.004 0.388 0.608
#> GSM153035 4 0.3681 0.6578 0.000 0.008 0.176 0.816
#> GSM153036 4 0.3749 0.6785 0.032 0.000 0.128 0.840
#> GSM153037 4 0.4307 0.6633 0.048 0.000 0.144 0.808
#> GSM153038 4 0.1994 0.6873 0.008 0.004 0.052 0.936
#> GSM153039 3 0.5961 0.0333 0.012 0.020 0.544 0.424
#> GSM153040 3 0.9461 0.1567 0.296 0.276 0.328 0.100
#> GSM153041 4 0.5236 0.3155 0.000 0.008 0.432 0.560
#> GSM153042 1 0.4677 0.5527 0.680 0.000 0.316 0.004
#> GSM153043 4 0.4866 0.3692 0.000 0.000 0.404 0.596
#> GSM153044 3 0.6205 0.5673 0.244 0.016 0.672 0.068
#> GSM153045 3 0.4492 0.6263 0.056 0.040 0.836 0.068
#> GSM153046 1 0.6426 0.4911 0.628 0.000 0.116 0.256
#> GSM153047 2 0.5261 0.7631 0.048 0.764 0.168 0.020
#> GSM153048 3 0.3717 0.6060 0.004 0.056 0.860 0.080
#> GSM153049 3 0.4647 0.4473 0.000 0.288 0.704 0.008
#> GSM153050 3 0.6170 0.4734 0.192 0.136 0.672 0.000
#> GSM153051 2 0.3172 0.8194 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM153052 1 0.4018 0.6686 0.772 0.004 0.224 0.000
#> GSM153053 1 0.3257 0.7027 0.844 0.004 0.152 0.000
#> GSM187528 2 0.5193 0.7735 0.076 0.768 0.008 0.148
#> GSM187529 2 0.3196 0.8567 0.000 0.856 0.008 0.136
#> GSM187530 2 0.1297 0.9300 0.000 0.964 0.016 0.020
#> GSM187531 2 0.1637 0.9086 0.000 0.940 0.060 0.000
#> GSM152881 2 0.0817 0.9289 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM152882 2 0.2287 0.9013 0.060 0.924 0.004 0.012
#> GSM152883 2 0.0992 0.9295 0.004 0.976 0.008 0.012
#> GSM152884 2 0.6448 0.5748 0.100 0.632 0.004 0.264
#> GSM152885 2 0.0592 0.9304 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM152886 2 0.0657 0.9318 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM152887 2 0.1732 0.9172 0.008 0.948 0.004 0.040
#> GSM152888 2 0.0336 0.9312 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152889 2 0.0817 0.9279 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM152890 2 0.0592 0.9306 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM152891 2 0.2452 0.8939 0.004 0.908 0.004 0.084
#> GSM152892 2 0.0921 0.9275 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152893 2 0.1211 0.9223 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM152894 2 0.0817 0.9289 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM152895 2 0.0524 0.9323 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152896 2 0.0188 0.9316 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152897 2 0.0672 0.9304 0.008 0.984 0.000 0.008
#> GSM152898 2 0.1888 0.9226 0.000 0.940 0.016 0.044
#> GSM152899 2 0.3662 0.8380 0.004 0.836 0.012 0.148
#> GSM152900 2 0.0336 0.9316 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM152901 2 0.0937 0.9321 0.000 0.976 0.012 0.012
#> GSM152902 2 0.1807 0.9192 0.000 0.940 0.008 0.052
#> GSM152903 2 0.0817 0.9289 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM152904 2 0.1211 0.9220 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM152905 2 0.0469 0.9311 0.000 0.988 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.6083 0.2510 0.576 0.004 0.000 0.152 0.268
#> GSM152823 4 0.3807 0.5685 0.012 0.000 0.000 0.748 0.240
#> GSM152824 4 0.5769 0.4484 0.000 0.004 0.236 0.624 0.136
#> GSM152825 1 0.3269 0.5253 0.848 0.000 0.000 0.056 0.096
#> GSM152826 1 0.4096 0.4741 0.772 0.000 0.000 0.052 0.176
#> GSM152827 4 0.4304 0.1753 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> GSM152828 5 0.4467 0.5915 0.016 0.100 0.020 0.060 0.804
#> GSM152829 5 0.4938 0.3418 0.028 0.012 0.000 0.308 0.652
#> GSM152830 1 0.2580 0.5440 0.892 0.000 0.000 0.044 0.064
#> GSM152831 1 0.4329 0.4642 0.740 0.000 0.008 0.224 0.028
#> GSM152832 1 0.5289 0.2491 0.596 0.000 0.000 0.064 0.340
#> GSM152833 1 0.3224 0.5491 0.864 0.000 0.044 0.080 0.012
#> GSM152834 4 0.0898 0.6821 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> GSM152835 4 0.5088 0.5364 0.000 0.000 0.092 0.680 0.228
#> GSM152836 4 0.4479 0.5864 0.000 0.000 0.072 0.744 0.184
#> GSM152837 4 0.1626 0.6823 0.044 0.000 0.000 0.940 0.016
#> GSM152838 4 0.4926 0.5373 0.276 0.012 0.000 0.676 0.036
#> GSM153178 1 0.4023 0.5256 0.808 0.012 0.040 0.004 0.136
#> GSM153179 4 0.2313 0.6742 0.004 0.000 0.044 0.912 0.040
#> GSM153180 4 0.3446 0.6687 0.108 0.000 0.004 0.840 0.048
#> GSM153181 1 0.5408 0.2171 0.584 0.000 0.020 0.364 0.032
#> GSM153183 5 0.7229 0.1018 0.316 0.020 0.272 0.000 0.392
#> GSM153184 4 0.6538 0.4634 0.008 0.052 0.084 0.604 0.252
#> GSM153185 4 0.2645 0.6763 0.044 0.000 0.000 0.888 0.068
#> GSM153186 1 0.4471 0.5598 0.800 0.000 0.072 0.068 0.060
#> GSM153187 1 0.5783 0.3342 0.540 0.000 0.360 0.000 0.100
#> GSM153188 1 0.6691 0.1580 0.400 0.000 0.360 0.000 0.240
#> GSM153189 4 0.4111 0.6530 0.000 0.016 0.108 0.808 0.068
#> GSM153190 1 0.3779 0.5537 0.812 0.000 0.136 0.004 0.048
#> GSM153191 3 0.5732 0.4794 0.000 0.024 0.672 0.184 0.120
#> GSM153192 4 0.7270 0.2688 0.304 0.000 0.244 0.424 0.028
#> GSM153193 4 0.3058 0.6598 0.000 0.000 0.096 0.860 0.044
#> GSM153194 3 0.6132 0.1605 0.000 0.008 0.504 0.384 0.104
#> GSM153195 4 0.5869 0.0231 0.052 0.000 0.460 0.468 0.020
#> GSM153196 1 0.5825 0.3847 0.632 0.000 0.076 0.264 0.028
#> GSM153197 4 0.5000 0.3697 0.388 0.000 0.000 0.576 0.036
#> GSM153198 1 0.4245 0.5431 0.768 0.000 0.188 0.016 0.028
#> GSM153199 3 0.3543 0.5765 0.112 0.000 0.828 0.000 0.060
#> GSM153200 5 0.6352 0.4727 0.172 0.028 0.192 0.000 0.608
#> GSM153201 1 0.5455 0.1674 0.548 0.000 0.040 0.012 0.400
#> GSM153202 4 0.4659 0.6174 0.084 0.000 0.004 0.744 0.168
#> GSM153203 1 0.5391 0.4168 0.688 0.008 0.000 0.140 0.164
#> GSM153204 3 0.5053 0.3401 0.324 0.000 0.624 0.000 0.052
#> GSM153205 4 0.2653 0.6550 0.000 0.000 0.024 0.880 0.096
#> GSM153206 3 0.6761 -0.1269 0.352 0.000 0.380 0.000 0.268
#> GSM153207 3 0.6697 0.4212 0.228 0.000 0.580 0.144 0.048
#> GSM153208 4 0.4548 0.5995 0.000 0.000 0.124 0.752 0.124
#> GSM153209 4 0.7190 0.0959 0.284 0.000 0.328 0.372 0.016
#> GSM153210 3 0.6200 0.4669 0.248 0.000 0.600 0.132 0.020
#> GSM153211 1 0.4451 0.3873 0.644 0.000 0.340 0.000 0.016
#> GSM153212 4 0.7186 0.2790 0.232 0.000 0.288 0.452 0.028
#> GSM153213 3 0.3413 0.6017 0.100 0.000 0.844 0.004 0.052
#> GSM153214 3 0.4561 0.5719 0.036 0.000 0.760 0.176 0.028
#> GSM153215 4 0.6424 0.3294 0.104 0.000 0.328 0.540 0.028
#> GSM153216 4 0.6329 0.1836 0.436 0.000 0.092 0.452 0.020
#> GSM153217 4 0.5312 0.5149 0.000 0.000 0.208 0.668 0.124
#> GSM153218 3 0.4893 0.4513 0.044 0.000 0.684 0.008 0.264
#> GSM153219 3 0.5604 0.4186 0.000 0.012 0.636 0.268 0.084
#> GSM153220 3 0.6477 0.2056 0.000 0.004 0.492 0.328 0.176
#> GSM153221 3 0.5474 0.3121 0.000 0.000 0.576 0.348 0.076
#> GSM153222 4 0.4049 0.6075 0.000 0.000 0.056 0.780 0.164
#> GSM153223 4 0.2673 0.6767 0.028 0.000 0.008 0.892 0.072
#> GSM153224 1 0.3368 0.5492 0.820 0.000 0.156 0.000 0.024
#> GSM153225 3 0.4877 0.5144 0.000 0.000 0.692 0.236 0.072
#> GSM153226 4 0.1299 0.6803 0.012 0.000 0.008 0.960 0.020
#> GSM153227 4 0.5996 0.0835 0.096 0.000 0.004 0.468 0.432
#> GSM153228 4 0.3116 0.6759 0.076 0.000 0.000 0.860 0.064
#> GSM153229 4 0.4638 0.4824 0.324 0.000 0.000 0.648 0.028
#> GSM153230 1 0.4891 0.2954 0.640 0.000 0.000 0.316 0.044
#> GSM153231 4 0.3080 0.6489 0.008 0.000 0.008 0.844 0.140
#> GSM153232 4 0.5316 0.5998 0.156 0.000 0.004 0.688 0.152
#> GSM153233 4 0.2921 0.6644 0.124 0.000 0.000 0.856 0.020
#> GSM153234 4 0.5071 0.2949 0.424 0.000 0.000 0.540 0.036
#> GSM153235 1 0.7123 0.2504 0.540 0.272 0.004 0.080 0.104
#> GSM153236 4 0.7288 0.4129 0.180 0.208 0.004 0.540 0.068
#> GSM153237 4 0.4350 0.5588 0.268 0.000 0.000 0.704 0.028
#> GSM152992 1 0.4350 0.5500 0.784 0.004 0.128 0.004 0.080
#> GSM152993 3 0.6265 0.2292 0.084 0.000 0.540 0.348 0.028
#> GSM152994 3 0.6166 0.2438 0.040 0.000 0.536 0.368 0.056
#> GSM152995 3 0.5982 0.2040 0.020 0.016 0.544 0.036 0.384
#> GSM152996 3 0.6831 0.1390 0.004 0.024 0.460 0.128 0.384
#> GSM152997 3 0.5257 0.4477 0.084 0.008 0.680 0.000 0.228
#> GSM152998 5 0.5664 0.6050 0.068 0.004 0.112 0.096 0.720
#> GSM152999 1 0.5179 0.0169 0.508 0.016 0.016 0.000 0.460
#> GSM153000 5 0.6368 0.1064 0.000 0.044 0.384 0.064 0.508
#> GSM153001 4 0.6645 0.3070 0.028 0.008 0.344 0.524 0.096
#> GSM153002 3 0.2700 0.6055 0.088 0.000 0.884 0.004 0.024
#> GSM153003 3 0.5883 0.3446 0.160 0.004 0.616 0.000 0.220
#> GSM153004 3 0.4947 0.4918 0.028 0.160 0.744 0.000 0.068
#> GSM153005 4 0.4799 0.6073 0.200 0.008 0.004 0.732 0.056
#> GSM153006 3 0.4792 0.4848 0.040 0.016 0.716 0.000 0.228
#> GSM153007 4 0.1949 0.6831 0.040 0.000 0.016 0.932 0.012
#> GSM153008 1 0.5380 0.5025 0.708 0.000 0.056 0.188 0.048
#> GSM153009 1 0.3507 0.5361 0.840 0.000 0.012 0.036 0.112
#> GSM153010 1 0.7183 -0.1043 0.408 0.056 0.128 0.000 0.408
#> GSM153011 1 0.3101 0.5289 0.864 0.012 0.000 0.024 0.100
#> GSM153012 4 0.6462 0.3271 0.064 0.000 0.328 0.548 0.060
#> GSM153013 4 0.5374 0.5980 0.072 0.004 0.184 0.712 0.028
#> GSM153014 3 0.3511 0.5653 0.184 0.000 0.800 0.004 0.012
#> GSM153015 1 0.4805 0.4957 0.728 0.000 0.128 0.000 0.144
#> GSM153016 1 0.6162 -0.0190 0.440 0.000 0.132 0.000 0.428
#> GSM153017 5 0.5640 0.3063 0.336 0.012 0.064 0.000 0.588
#> GSM153018 5 0.5081 0.5974 0.052 0.008 0.052 0.128 0.760
#> GSM153019 1 0.4862 0.3359 0.604 0.000 0.364 0.000 0.032
#> GSM153020 2 0.5964 0.6869 0.060 0.696 0.076 0.012 0.156
#> GSM153021 1 0.6347 0.2603 0.460 0.000 0.376 0.000 0.164
#> GSM153022 3 0.3164 0.5846 0.028 0.020 0.868 0.000 0.084
#> GSM153023 3 0.3446 0.5876 0.044 0.008 0.844 0.000 0.104
#> GSM153024 3 0.5177 0.4401 0.220 0.000 0.676 0.000 0.104
#> GSM153025 3 0.3304 0.5969 0.000 0.004 0.852 0.092 0.052
#> GSM153026 1 0.5095 0.3233 0.592 0.000 0.368 0.004 0.036
#> GSM153027 3 0.4543 0.5562 0.000 0.020 0.780 0.112 0.088
#> GSM153028 3 0.7460 0.1034 0.348 0.000 0.368 0.248 0.036
#> GSM153029 1 0.5411 0.4356 0.624 0.008 0.304 0.000 0.064
#> GSM153030 1 0.6645 0.3699 0.556 0.000 0.296 0.088 0.060
#> GSM153031 4 0.3491 0.6584 0.028 0.000 0.108 0.844 0.020
#> GSM153032 3 0.3810 0.5597 0.100 0.000 0.812 0.000 0.088
#> GSM153033 3 0.1568 0.6095 0.020 0.000 0.944 0.000 0.036
#> GSM153034 3 0.5182 0.3295 0.300 0.000 0.632 0.000 0.068
#> GSM153035 3 0.3085 0.6046 0.068 0.004 0.868 0.000 0.060
#> GSM153036 3 0.4495 0.6005 0.028 0.004 0.796 0.100 0.072
#> GSM153037 3 0.3701 0.6105 0.048 0.000 0.840 0.088 0.024
#> GSM153038 3 0.2005 0.6068 0.004 0.000 0.924 0.016 0.056
#> GSM153039 1 0.6973 0.1650 0.404 0.000 0.320 0.008 0.268
#> GSM153040 5 0.4746 0.5658 0.140 0.028 0.068 0.000 0.764
#> GSM153041 1 0.6461 0.2515 0.472 0.000 0.332 0.000 0.196
#> GSM153042 4 0.3612 0.6432 0.172 0.000 0.000 0.800 0.028
#> GSM153043 3 0.5854 -0.0527 0.436 0.000 0.468 0.000 0.096
#> GSM153044 5 0.5843 0.2836 0.336 0.012 0.068 0.004 0.580
#> GSM153045 1 0.5427 0.1422 0.544 0.008 0.044 0.000 0.404
#> GSM153046 5 0.6265 0.5632 0.068 0.004 0.152 0.112 0.664
#> GSM153047 5 0.5873 0.4629 0.204 0.136 0.016 0.000 0.644
#> GSM153048 1 0.4729 0.4963 0.752 0.012 0.060 0.004 0.172
#> GSM153049 1 0.3924 0.4965 0.808 0.068 0.004 0.000 0.120
#> GSM153050 1 0.7389 0.3182 0.540 0.124 0.004 0.224 0.108
#> GSM153051 2 0.4207 0.8088 0.056 0.800 0.020 0.000 0.124
#> GSM153052 4 0.3262 0.6571 0.124 0.000 0.000 0.840 0.036
#> GSM153053 4 0.6452 0.1969 0.164 0.004 0.000 0.480 0.352
#> GSM187528 2 0.5033 0.6836 0.008 0.692 0.064 0.000 0.236
#> GSM187529 2 0.2751 0.8878 0.004 0.888 0.056 0.000 0.052
#> GSM187530 2 0.2054 0.9098 0.004 0.916 0.008 0.000 0.072
#> GSM187531 2 0.2074 0.9059 0.036 0.920 0.000 0.000 0.044
#> GSM152881 2 0.1579 0.9237 0.032 0.944 0.000 0.000 0.024
#> GSM152882 2 0.2136 0.9052 0.008 0.904 0.000 0.000 0.088
#> GSM152883 2 0.1043 0.9229 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152884 2 0.5583 0.6608 0.000 0.692 0.144 0.024 0.140
#> GSM152885 2 0.1043 0.9252 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152886 2 0.0671 0.9256 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM152887 2 0.1697 0.9183 0.000 0.932 0.008 0.000 0.060
#> GSM152888 2 0.0404 0.9247 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152889 2 0.1408 0.9165 0.008 0.948 0.000 0.000 0.044
#> GSM152890 2 0.0609 0.9250 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM152891 2 0.2238 0.9104 0.004 0.912 0.020 0.000 0.064
#> GSM152892 2 0.1018 0.9212 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> GSM152893 2 0.1469 0.9166 0.016 0.948 0.000 0.000 0.036
#> GSM152894 2 0.1082 0.9236 0.028 0.964 0.000 0.000 0.008
#> GSM152895 2 0.1626 0.9228 0.016 0.940 0.000 0.000 0.044
#> GSM152896 2 0.0955 0.9252 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> GSM152897 2 0.1270 0.9210 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM152898 2 0.2789 0.8914 0.020 0.880 0.008 0.000 0.092
#> GSM152899 2 0.4077 0.8226 0.008 0.800 0.064 0.000 0.128
#> GSM152900 2 0.1195 0.9265 0.012 0.960 0.000 0.000 0.028
#> GSM152901 2 0.1124 0.9253 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM152902 2 0.1934 0.9194 0.004 0.928 0.016 0.000 0.052
#> GSM152903 2 0.1630 0.9242 0.016 0.944 0.004 0.000 0.036
#> GSM152904 2 0.1915 0.9189 0.040 0.928 0.000 0.000 0.032
#> GSM152905 2 0.1106 0.9271 0.012 0.964 0.000 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.578 0.3376 0.592 0.004 0.000 0.132 0.024 0.248
#> GSM152823 4 0.402 0.4479 0.012 0.000 0.000 0.652 0.004 0.332
#> GSM152824 4 0.598 0.4985 0.004 0.000 0.192 0.600 0.040 0.164
#> GSM152825 1 0.390 0.4581 0.808 0.000 0.000 0.060 0.056 0.076
#> GSM152826 1 0.445 0.4402 0.748 0.000 0.000 0.052 0.044 0.156
#> GSM152827 6 0.435 0.2598 0.004 0.000 0.008 0.332 0.016 0.640
#> GSM152828 6 0.297 0.5261 0.008 0.016 0.012 0.028 0.056 0.880
#> GSM152829 6 0.276 0.5197 0.004 0.000 0.000 0.116 0.024 0.856
#> GSM152830 1 0.300 0.4917 0.864 0.000 0.000 0.052 0.024 0.060
#> GSM152831 1 0.460 0.3845 0.696 0.000 0.000 0.228 0.060 0.016
#> GSM152832 1 0.465 0.3786 0.668 0.000 0.000 0.036 0.024 0.272
#> GSM152833 1 0.268 0.5157 0.880 0.000 0.052 0.056 0.012 0.000
#> GSM152834 4 0.146 0.6846 0.004 0.000 0.016 0.948 0.028 0.004
#> GSM152835 4 0.569 0.4454 0.000 0.000 0.096 0.580 0.036 0.288
#> GSM152836 4 0.497 0.5569 0.004 0.000 0.076 0.672 0.016 0.232
#> GSM152837 4 0.290 0.6798 0.056 0.000 0.008 0.872 0.008 0.056
#> GSM152838 4 0.528 0.5373 0.208 0.012 0.000 0.676 0.068 0.036
#> GSM153178 5 0.645 0.3155 0.420 0.008 0.032 0.016 0.436 0.088
#> GSM153179 4 0.347 0.6737 0.032 0.000 0.036 0.844 0.012 0.076
#> GSM153180 4 0.422 0.6402 0.144 0.000 0.004 0.760 0.008 0.084
#> GSM153181 1 0.473 0.4356 0.688 0.000 0.028 0.248 0.016 0.020
#> GSM153183 1 0.721 0.0928 0.428 0.008 0.184 0.000 0.092 0.288
#> GSM153184 4 0.822 0.0954 0.024 0.044 0.136 0.380 0.112 0.304
#> GSM153185 4 0.306 0.6774 0.052 0.000 0.012 0.864 0.008 0.064
#> GSM153186 1 0.311 0.5249 0.868 0.000 0.044 0.052 0.012 0.024
#> GSM153187 5 0.712 0.3754 0.304 0.000 0.252 0.004 0.376 0.064
#> GSM153188 1 0.764 -0.3559 0.300 0.000 0.256 0.000 0.268 0.176
#> GSM153189 4 0.444 0.6448 0.000 0.004 0.116 0.760 0.096 0.024
#> GSM153190 1 0.273 0.5142 0.880 0.000 0.076 0.008 0.024 0.012
#> GSM153191 3 0.642 0.4749 0.008 0.012 0.616 0.156 0.112 0.096
#> GSM153192 4 0.683 0.1753 0.324 0.000 0.208 0.420 0.040 0.008
#> GSM153193 4 0.304 0.6724 0.000 0.000 0.088 0.856 0.036 0.020
#> GSM153194 3 0.611 0.2747 0.000 0.000 0.532 0.312 0.092 0.064
#> GSM153195 4 0.551 0.1467 0.012 0.000 0.424 0.492 0.060 0.012
#> GSM153196 1 0.579 0.3580 0.600 0.000 0.056 0.264 0.076 0.004
#> GSM153197 4 0.494 0.4228 0.304 0.000 0.004 0.620 0.068 0.004
#> GSM153198 1 0.325 0.4849 0.840 0.000 0.100 0.008 0.048 0.004
#> GSM153199 3 0.458 0.5018 0.088 0.004 0.748 0.000 0.132 0.028
#> GSM153200 6 0.684 0.3161 0.224 0.012 0.140 0.000 0.096 0.528
#> GSM153201 1 0.518 0.3459 0.636 0.000 0.012 0.032 0.036 0.284
#> GSM153202 4 0.473 0.5687 0.072 0.000 0.008 0.716 0.016 0.188
#> GSM153203 1 0.663 0.2511 0.560 0.004 0.000 0.152 0.136 0.148
#> GSM153204 3 0.490 0.1300 0.416 0.000 0.536 0.000 0.028 0.020
#> GSM153205 4 0.321 0.6573 0.004 0.000 0.048 0.844 0.008 0.096
#> GSM153206 1 0.702 0.1586 0.432 0.004 0.304 0.000 0.080 0.180
#> GSM153207 3 0.647 0.2304 0.304 0.000 0.512 0.120 0.056 0.008
#> GSM153208 4 0.520 0.5843 0.004 0.000 0.104 0.680 0.028 0.184
#> GSM153209 1 0.681 0.0585 0.372 0.000 0.288 0.304 0.032 0.004
#> GSM153210 3 0.609 0.1591 0.340 0.000 0.496 0.132 0.032 0.000
#> GSM153211 1 0.402 0.4376 0.720 0.000 0.240 0.004 0.036 0.000
#> GSM153212 4 0.710 0.2099 0.244 0.000 0.264 0.416 0.072 0.004
#> GSM153213 3 0.435 0.4343 0.068 0.000 0.692 0.000 0.240 0.000
#> GSM153214 3 0.560 0.4823 0.104 0.000 0.644 0.204 0.044 0.004
#> GSM153215 4 0.614 0.3133 0.112 0.000 0.320 0.528 0.028 0.012
#> GSM153216 1 0.586 0.1967 0.528 0.000 0.088 0.348 0.032 0.004
#> GSM153217 4 0.555 0.5371 0.000 0.000 0.176 0.640 0.036 0.148
#> GSM153218 3 0.614 0.4326 0.096 0.000 0.584 0.008 0.064 0.248
#> GSM153219 3 0.583 0.3145 0.000 0.000 0.560 0.308 0.076 0.056
#> GSM153220 3 0.691 0.3028 0.000 0.000 0.472 0.244 0.096 0.188
#> GSM153221 3 0.592 0.2503 0.012 0.000 0.540 0.344 0.052 0.052
#> GSM153222 4 0.471 0.5765 0.004 0.000 0.060 0.696 0.016 0.224
#> GSM153223 4 0.335 0.6772 0.004 0.000 0.020 0.844 0.076 0.056
#> GSM153224 1 0.240 0.4980 0.896 0.000 0.064 0.000 0.016 0.024
#> GSM153225 3 0.611 0.4444 0.016 0.000 0.604 0.232 0.072 0.076
#> GSM153226 4 0.258 0.6777 0.000 0.000 0.008 0.884 0.048 0.060
#> GSM153227 6 0.527 0.3067 0.068 0.000 0.004 0.316 0.016 0.596
#> GSM153228 4 0.278 0.6736 0.020 0.000 0.000 0.876 0.040 0.064
#> GSM153229 4 0.494 0.4397 0.288 0.000 0.000 0.636 0.056 0.020
#> GSM153230 1 0.599 0.2269 0.524 0.004 0.000 0.336 0.104 0.032
#> GSM153231 4 0.357 0.6543 0.000 0.000 0.016 0.812 0.048 0.124
#> GSM153232 4 0.573 0.5079 0.064 0.000 0.000 0.624 0.096 0.216
#> GSM153233 4 0.273 0.6738 0.044 0.000 0.000 0.880 0.056 0.020
#> GSM153234 4 0.536 0.2674 0.360 0.000 0.000 0.544 0.084 0.012
#> GSM153235 5 0.729 0.3567 0.232 0.244 0.000 0.068 0.436 0.020
#> GSM153236 4 0.634 0.3701 0.052 0.152 0.000 0.564 0.224 0.008
#> GSM153237 4 0.494 0.5234 0.244 0.000 0.000 0.668 0.056 0.032
#> GSM152992 1 0.614 -0.3209 0.464 0.004 0.088 0.004 0.404 0.036
#> GSM152993 3 0.605 0.1894 0.068 0.000 0.508 0.352 0.072 0.000
#> GSM152994 3 0.680 0.1116 0.092 0.000 0.448 0.372 0.056 0.032
#> GSM152995 3 0.672 0.2829 0.040 0.008 0.504 0.016 0.128 0.304
#> GSM152996 3 0.782 0.2093 0.040 0.020 0.432 0.072 0.148 0.288
#> GSM152997 3 0.698 0.3974 0.096 0.008 0.544 0.012 0.176 0.164
#> GSM152998 6 0.609 0.4718 0.096 0.008 0.108 0.048 0.064 0.676
#> GSM152999 6 0.573 0.2304 0.360 0.004 0.004 0.000 0.132 0.500
#> GSM153000 6 0.676 0.0378 0.012 0.016 0.352 0.036 0.116 0.468
#> GSM153001 4 0.609 0.3639 0.000 0.000 0.268 0.532 0.172 0.028
#> GSM153002 3 0.462 0.4621 0.084 0.000 0.700 0.004 0.208 0.004
#> GSM153003 3 0.632 0.3448 0.148 0.000 0.584 0.000 0.112 0.156
#> GSM153004 3 0.519 0.4124 0.024 0.040 0.648 0.000 0.268 0.020
#> GSM153005 4 0.409 0.6470 0.064 0.004 0.004 0.788 0.124 0.016
#> GSM153006 3 0.648 0.4423 0.080 0.012 0.592 0.004 0.124 0.188
#> GSM153007 4 0.218 0.6881 0.024 0.000 0.036 0.916 0.020 0.004
#> GSM153008 1 0.517 0.4943 0.736 0.000 0.068 0.104 0.040 0.052
#> GSM153009 1 0.370 0.5009 0.820 0.000 0.004 0.044 0.032 0.100
#> GSM153010 6 0.695 0.1237 0.316 0.012 0.056 0.000 0.176 0.440
#> GSM153011 1 0.328 0.4748 0.848 0.004 0.000 0.024 0.040 0.084
#> GSM153012 4 0.726 0.1985 0.160 0.000 0.300 0.444 0.064 0.032
#> GSM153013 4 0.516 0.6068 0.056 0.000 0.184 0.696 0.056 0.008
#> GSM153014 3 0.409 0.4852 0.156 0.000 0.748 0.000 0.096 0.000
#> GSM153015 1 0.316 0.4971 0.856 0.000 0.060 0.000 0.032 0.052
#> GSM153016 1 0.500 0.3425 0.644 0.000 0.040 0.000 0.040 0.276
#> GSM153017 6 0.533 0.4129 0.136 0.000 0.016 0.004 0.192 0.652
#> GSM153018 6 0.421 0.5287 0.044 0.004 0.036 0.080 0.028 0.808
#> GSM153019 1 0.408 0.4415 0.728 0.000 0.228 0.000 0.032 0.012
#> GSM153020 5 0.692 0.3424 0.024 0.232 0.128 0.036 0.552 0.028
#> GSM153021 5 0.731 0.2662 0.264 0.000 0.296 0.000 0.340 0.100
#> GSM153022 3 0.407 0.5328 0.040 0.024 0.804 0.000 0.104 0.028
#> GSM153023 3 0.458 0.5322 0.076 0.008 0.768 0.000 0.088 0.060
#> GSM153024 3 0.602 0.0462 0.092 0.000 0.468 0.000 0.396 0.044
#> GSM153025 3 0.350 0.5638 0.024 0.004 0.848 0.056 0.056 0.012
#> GSM153026 1 0.418 0.3929 0.680 0.000 0.288 0.008 0.024 0.000
#> GSM153027 3 0.390 0.5499 0.000 0.004 0.808 0.036 0.100 0.052
#> GSM153028 1 0.669 0.1183 0.412 0.000 0.328 0.216 0.044 0.000
#> GSM153029 1 0.624 -0.2215 0.420 0.008 0.264 0.000 0.308 0.000
#> GSM153030 1 0.603 0.3173 0.584 0.000 0.256 0.064 0.092 0.004
#> GSM153031 4 0.289 0.6799 0.020 0.000 0.088 0.864 0.028 0.000
#> GSM153032 3 0.426 0.5021 0.096 0.000 0.768 0.000 0.112 0.024
#> GSM153033 3 0.388 0.4983 0.008 0.000 0.764 0.012 0.196 0.020
#> GSM153034 3 0.586 0.0523 0.156 0.000 0.472 0.000 0.364 0.008
#> GSM153035 3 0.450 0.4376 0.060 0.004 0.696 0.000 0.236 0.004
#> GSM153036 3 0.554 0.3188 0.008 0.000 0.560 0.056 0.348 0.028
#> GSM153037 3 0.393 0.5625 0.036 0.000 0.812 0.084 0.060 0.008
#> GSM153038 3 0.370 0.5048 0.004 0.000 0.776 0.004 0.184 0.032
#> GSM153039 5 0.685 0.3233 0.080 0.008 0.180 0.008 0.544 0.180
#> GSM153040 6 0.469 0.4419 0.036 0.000 0.020 0.012 0.232 0.700
#> GSM153041 1 0.677 0.1032 0.488 0.004 0.292 0.000 0.108 0.108
#> GSM153042 4 0.395 0.6376 0.120 0.000 0.000 0.792 0.060 0.028
#> GSM153043 1 0.567 0.1085 0.480 0.000 0.420 0.000 0.056 0.044
#> GSM153044 6 0.602 0.3122 0.100 0.000 0.016 0.024 0.312 0.548
#> GSM153045 6 0.649 0.1885 0.288 0.004 0.008 0.012 0.224 0.464
#> GSM153046 6 0.595 0.4363 0.016 0.000 0.116 0.068 0.152 0.648
#> GSM153047 6 0.592 0.3768 0.080 0.020 0.016 0.012 0.272 0.600
#> GSM153048 5 0.632 0.3303 0.412 0.004 0.028 0.004 0.428 0.124
#> GSM153049 1 0.560 0.0475 0.612 0.048 0.000 0.004 0.268 0.068
#> GSM153050 5 0.786 0.2748 0.224 0.128 0.008 0.232 0.392 0.016
#> GSM153051 2 0.458 0.3687 0.008 0.560 0.000 0.008 0.412 0.012
#> GSM153052 4 0.369 0.6486 0.064 0.004 0.000 0.828 0.052 0.052
#> GSM153053 6 0.602 0.1431 0.140 0.000 0.000 0.380 0.020 0.460
#> GSM187528 2 0.603 0.6278 0.004 0.624 0.080 0.000 0.152 0.140
#> GSM187529 2 0.483 0.6663 0.000 0.708 0.128 0.000 0.144 0.020
#> GSM187530 2 0.409 0.7499 0.000 0.736 0.016 0.000 0.216 0.032
#> GSM187531 2 0.285 0.7996 0.008 0.828 0.000 0.000 0.160 0.004
#> GSM152881 2 0.358 0.7638 0.008 0.728 0.000 0.000 0.260 0.004
#> GSM152882 2 0.341 0.8064 0.000 0.820 0.004 0.004 0.124 0.048
#> GSM152883 2 0.195 0.7929 0.000 0.904 0.004 0.000 0.088 0.004
#> GSM152884 2 0.575 0.6030 0.000 0.652 0.116 0.004 0.156 0.072
#> GSM152885 2 0.246 0.7844 0.004 0.880 0.004 0.000 0.100 0.012
#> GSM152886 2 0.108 0.8034 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> GSM152887 2 0.297 0.7755 0.004 0.852 0.008 0.000 0.112 0.024
#> GSM152888 2 0.179 0.8162 0.000 0.920 0.000 0.004 0.068 0.008
#> GSM152889 2 0.175 0.8116 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM152890 2 0.079 0.8095 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM152891 2 0.412 0.7818 0.004 0.748 0.032 0.000 0.200 0.016
#> GSM152892 2 0.101 0.8135 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM152893 2 0.101 0.8107 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM152894 2 0.079 0.8108 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM152895 2 0.249 0.7856 0.004 0.884 0.004 0.000 0.088 0.020
#> GSM152896 2 0.209 0.7918 0.004 0.904 0.000 0.000 0.076 0.016
#> GSM152897 2 0.190 0.7952 0.004 0.908 0.000 0.000 0.084 0.004
#> GSM152898 2 0.455 0.7368 0.008 0.668 0.008 0.000 0.284 0.032
#> GSM152899 2 0.645 0.5833 0.004 0.508 0.080 0.000 0.312 0.096
#> GSM152900 2 0.352 0.7657 0.004 0.724 0.000 0.000 0.268 0.004
#> GSM152901 2 0.411 0.7402 0.000 0.668 0.008 0.000 0.308 0.016
#> GSM152902 2 0.430 0.7384 0.008 0.672 0.016 0.000 0.296 0.008
#> GSM152903 2 0.430 0.6982 0.008 0.632 0.004 0.000 0.344 0.012
#> GSM152904 2 0.349 0.7684 0.012 0.736 0.000 0.000 0.252 0.000
#> GSM152905 2 0.287 0.7940 0.004 0.804 0.000 0.000 0.192 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> CV:NMF 160 1.86e-17 2
#> CV:NMF 143 1.37e-20 3
#> CV:NMF 114 1.05e-18 4
#> CV:NMF 93 4.47e-15 5
#> CV:NMF 71 2.47e-13 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.716 0.947 0.936 0.3121 0.719 0.719
#> 3 3 0.374 0.692 0.834 0.5150 0.978 0.970
#> 4 4 0.344 0.472 0.759 0.1870 0.900 0.857
#> 5 5 0.347 0.403 0.704 0.0904 0.892 0.822
#> 6 6 0.358 0.403 0.702 0.0472 0.899 0.805
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.2778 0.954 0.952 0.048
#> GSM152823 1 0.2423 0.952 0.960 0.040
#> GSM152824 1 0.3114 0.945 0.944 0.056
#> GSM152825 1 0.2603 0.954 0.956 0.044
#> GSM152826 1 0.2603 0.954 0.956 0.044
#> GSM152827 1 0.2423 0.952 0.960 0.040
#> GSM152828 1 0.5178 0.919 0.884 0.116
#> GSM152829 1 0.5059 0.920 0.888 0.112
#> GSM152830 1 0.2423 0.954 0.960 0.040
#> GSM152831 1 0.1843 0.956 0.972 0.028
#> GSM152832 1 0.2423 0.954 0.960 0.040
#> GSM152833 1 0.1414 0.955 0.980 0.020
#> GSM152834 1 0.1843 0.954 0.972 0.028
#> GSM152835 1 0.3114 0.945 0.944 0.056
#> GSM152836 1 0.3114 0.945 0.944 0.056
#> GSM152837 1 0.1184 0.954 0.984 0.016
#> GSM152838 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> GSM153178 1 0.4161 0.941 0.916 0.084
#> GSM153179 1 0.1414 0.954 0.980 0.020
#> GSM153180 1 0.2043 0.956 0.968 0.032
#> GSM153181 1 0.1633 0.956 0.976 0.024
#> GSM153183 1 0.3879 0.949 0.924 0.076
#> GSM153184 1 0.3584 0.953 0.932 0.068
#> GSM153185 1 0.2236 0.953 0.964 0.036
#> GSM153186 1 0.2603 0.954 0.956 0.044
#> GSM153187 1 0.3114 0.955 0.944 0.056
#> GSM153188 1 0.5178 0.923 0.884 0.116
#> GSM153189 1 0.2603 0.956 0.956 0.044
#> GSM153190 1 0.3114 0.951 0.944 0.056
#> GSM153191 1 0.4690 0.922 0.900 0.100
#> GSM153192 1 0.0938 0.955 0.988 0.012
#> GSM153193 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> GSM153194 1 0.2778 0.957 0.952 0.048
#> GSM153195 1 0.1633 0.955 0.976 0.024
#> GSM153196 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> GSM153197 1 0.1843 0.955 0.972 0.028
#> GSM153198 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> GSM153199 1 0.4431 0.939 0.908 0.092
#> GSM153200 1 0.3733 0.949 0.928 0.072
#> GSM153201 1 0.3274 0.950 0.940 0.060
#> GSM153202 1 0.2236 0.953 0.964 0.036
#> GSM153203 1 0.1633 0.954 0.976 0.024
#> GSM153204 1 0.2948 0.956 0.948 0.052
#> GSM153205 1 0.2043 0.952 0.968 0.032
#> GSM153206 1 0.3274 0.953 0.940 0.060
#> GSM153207 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> GSM153208 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> GSM153209 1 0.1184 0.956 0.984 0.016
#> GSM153210 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> GSM153211 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> GSM153212 1 0.0938 0.955 0.988 0.012
#> GSM153213 1 0.5059 0.928 0.888 0.112
#> GSM153214 1 0.1414 0.956 0.980 0.020
#> GSM153215 1 0.1843 0.955 0.972 0.028
#> GSM153216 1 0.0672 0.954 0.992 0.008
#> GSM153217 1 0.2778 0.956 0.952 0.048
#> GSM153218 1 0.3733 0.947 0.928 0.072
#> GSM153219 1 0.2603 0.946 0.956 0.044
#> GSM153220 1 0.3114 0.947 0.944 0.056
#> GSM153221 1 0.2778 0.949 0.952 0.048
#> GSM153222 1 0.2603 0.956 0.956 0.044
#> GSM153223 1 0.2043 0.953 0.968 0.032
#> GSM153224 1 0.2603 0.956 0.956 0.044
#> GSM153225 1 0.2778 0.954 0.952 0.048
#> GSM153226 1 0.1843 0.954 0.972 0.028
#> GSM153227 1 0.2948 0.958 0.948 0.052
#> GSM153228 1 0.2423 0.954 0.960 0.040
#> GSM153229 1 0.2236 0.954 0.964 0.036
#> GSM153230 1 0.1843 0.955 0.972 0.028
#> GSM153231 1 0.2043 0.953 0.968 0.032
#> GSM153232 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> GSM153233 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> GSM153234 1 0.1843 0.955 0.972 0.028
#> GSM153235 1 0.4161 0.942 0.916 0.084
#> GSM153236 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> GSM153237 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> GSM152992 1 0.4022 0.943 0.920 0.080
#> GSM152993 1 0.2423 0.957 0.960 0.040
#> GSM152994 1 0.1184 0.953 0.984 0.016
#> GSM152995 1 0.4815 0.930 0.896 0.104
#> GSM152996 1 0.4431 0.940 0.908 0.092
#> GSM152997 1 0.3431 0.956 0.936 0.064
#> GSM152998 1 0.3274 0.950 0.940 0.060
#> GSM152999 1 0.3584 0.948 0.932 0.068
#> GSM153000 1 0.4815 0.932 0.896 0.104
#> GSM153001 1 0.3431 0.956 0.936 0.064
#> GSM153002 1 0.3584 0.949 0.932 0.068
#> GSM153003 1 0.5842 0.900 0.860 0.140
#> GSM153004 1 0.9996 0.096 0.512 0.488
#> GSM153005 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> GSM153006 1 0.4939 0.924 0.892 0.108
#> GSM153007 1 0.2043 0.953 0.968 0.032
#> GSM153008 1 0.1414 0.956 0.980 0.020
#> GSM153009 1 0.3114 0.952 0.944 0.056
#> GSM153010 1 0.4690 0.929 0.900 0.100
#> GSM153011 1 0.2423 0.954 0.960 0.040
#> GSM153012 1 0.0938 0.955 0.988 0.012
#> GSM153013 1 0.1184 0.956 0.984 0.016
#> GSM153014 1 0.2423 0.957 0.960 0.040
#> GSM153015 1 0.3274 0.950 0.940 0.060
#> GSM153016 1 0.3274 0.950 0.940 0.060
#> GSM153017 1 0.3879 0.946 0.924 0.076
#> GSM153018 1 0.3114 0.953 0.944 0.056
#> GSM153019 1 0.2043 0.956 0.968 0.032
#> GSM153020 1 0.4431 0.942 0.908 0.092
#> GSM153021 1 0.5294 0.921 0.880 0.120
#> GSM153022 1 0.7883 0.765 0.764 0.236
#> GSM153023 1 0.4298 0.947 0.912 0.088
#> GSM153024 1 0.6623 0.869 0.828 0.172
#> GSM153025 1 0.2236 0.947 0.964 0.036
#> GSM153026 1 0.1843 0.957 0.972 0.028
#> GSM153027 1 0.5842 0.904 0.860 0.140
#> GSM153028 1 0.1414 0.954 0.980 0.020
#> GSM153029 1 0.4298 0.941 0.912 0.088
#> GSM153030 1 0.2043 0.957 0.968 0.032
#> GSM153031 1 0.0672 0.954 0.992 0.008
#> GSM153032 1 0.4298 0.939 0.912 0.088
#> GSM153033 1 0.5294 0.921 0.880 0.120
#> GSM153034 1 0.5408 0.917 0.876 0.124
#> GSM153035 1 0.4562 0.931 0.904 0.096
#> GSM153036 1 0.4939 0.922 0.892 0.108
#> GSM153037 1 0.2948 0.950 0.948 0.052
#> GSM153038 1 0.3879 0.945 0.924 0.076
#> GSM153039 1 0.4815 0.933 0.896 0.104
#> GSM153040 1 0.3584 0.952 0.932 0.068
#> GSM153041 1 0.4562 0.937 0.904 0.096
#> GSM153042 1 0.2603 0.955 0.956 0.044
#> GSM153043 1 0.2603 0.955 0.956 0.044
#> GSM153044 1 0.3584 0.952 0.932 0.068
#> GSM153045 1 0.3584 0.952 0.932 0.068
#> GSM153046 1 0.3431 0.954 0.936 0.064
#> GSM153047 1 0.3584 0.953 0.932 0.068
#> GSM153048 1 0.4298 0.940 0.912 0.088
#> GSM153049 1 0.3274 0.952 0.940 0.060
#> GSM153050 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> GSM153051 1 0.6712 0.840 0.824 0.176
#> GSM153052 1 0.2423 0.957 0.960 0.040
#> GSM153053 1 0.2236 0.956 0.964 0.036
#> GSM187528 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM187529 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM187530 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM187531 1 0.9393 0.502 0.644 0.356
#> GSM152881 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152882 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152883 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM152884 2 0.3733 0.996 0.072 0.928
#> GSM152885 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM152886 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152887 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM152888 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152889 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152890 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152891 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152892 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152893 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152894 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152895 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM152896 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM152897 2 0.3584 0.997 0.068 0.932
#> GSM152898 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152899 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152900 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152901 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152902 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152903 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152904 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
#> GSM152905 2 0.3733 0.998 0.072 0.928
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.4409 0.7443 0.824 0.004 0.172
#> GSM152823 1 0.5285 0.5380 0.752 0.004 0.244
#> GSM152824 1 0.6008 0.2512 0.664 0.004 0.332
#> GSM152825 1 0.4293 0.7397 0.832 0.004 0.164
#> GSM152826 1 0.4293 0.7397 0.832 0.004 0.164
#> GSM152827 1 0.5285 0.5380 0.752 0.004 0.244
#> GSM152828 1 0.7470 0.4002 0.612 0.052 0.336
#> GSM152829 1 0.7470 0.3918 0.612 0.052 0.336
#> GSM152830 1 0.4233 0.7406 0.836 0.004 0.160
#> GSM152831 1 0.2301 0.7470 0.936 0.004 0.060
#> GSM152832 1 0.4351 0.7406 0.828 0.004 0.168
#> GSM152833 1 0.2537 0.7596 0.920 0.000 0.080
#> GSM152834 1 0.2680 0.7351 0.924 0.008 0.068
#> GSM152835 1 0.6008 0.2518 0.664 0.004 0.332
#> GSM152836 1 0.5982 0.2689 0.668 0.004 0.328
#> GSM152837 1 0.2400 0.7430 0.932 0.004 0.064
#> GSM152838 1 0.3295 0.7489 0.896 0.008 0.096
#> GSM153178 1 0.6026 0.6719 0.732 0.024 0.244
#> GSM153179 1 0.2537 0.7548 0.920 0.000 0.080
#> GSM153180 1 0.2537 0.7558 0.920 0.000 0.080
#> GSM153181 1 0.3116 0.7646 0.892 0.000 0.108
#> GSM153183 1 0.6053 0.6620 0.720 0.020 0.260
#> GSM153184 1 0.5731 0.6496 0.752 0.020 0.228
#> GSM153185 1 0.2772 0.7404 0.916 0.004 0.080
#> GSM153186 1 0.3551 0.7536 0.868 0.000 0.132
#> GSM153187 1 0.4915 0.7310 0.804 0.012 0.184
#> GSM153188 1 0.6702 0.5257 0.648 0.024 0.328
#> GSM153189 1 0.4128 0.7352 0.856 0.012 0.132
#> GSM153190 1 0.3851 0.7516 0.860 0.004 0.136
#> GSM153191 1 0.7175 -0.1438 0.592 0.032 0.376
#> GSM153192 1 0.2400 0.7560 0.932 0.004 0.064
#> GSM153193 1 0.4605 0.6006 0.796 0.000 0.204
#> GSM153194 1 0.4228 0.7425 0.844 0.008 0.148
#> GSM153195 1 0.2261 0.7511 0.932 0.000 0.068
#> GSM153196 1 0.2200 0.7582 0.940 0.004 0.056
#> GSM153197 1 0.2384 0.7387 0.936 0.008 0.056
#> GSM153198 1 0.3425 0.7598 0.884 0.004 0.112
#> GSM153199 1 0.6200 0.5618 0.676 0.012 0.312
#> GSM153200 1 0.6730 0.5971 0.680 0.036 0.284
#> GSM153201 1 0.4589 0.7331 0.820 0.008 0.172
#> GSM153202 1 0.2772 0.7404 0.916 0.004 0.080
#> GSM153203 1 0.2682 0.7460 0.920 0.004 0.076
#> GSM153204 1 0.4805 0.7313 0.812 0.012 0.176
#> GSM153205 1 0.2860 0.7353 0.912 0.004 0.084
#> GSM153206 1 0.5843 0.6666 0.732 0.016 0.252
#> GSM153207 1 0.2945 0.7678 0.908 0.004 0.088
#> GSM153208 1 0.4931 0.5628 0.768 0.000 0.232
#> GSM153209 1 0.2301 0.7556 0.936 0.004 0.060
#> GSM153210 1 0.3267 0.7661 0.884 0.000 0.116
#> GSM153211 1 0.2945 0.7603 0.908 0.004 0.088
#> GSM153212 1 0.2496 0.7572 0.928 0.004 0.068
#> GSM153213 1 0.6726 0.4627 0.644 0.024 0.332
#> GSM153214 1 0.2096 0.7528 0.944 0.004 0.052
#> GSM153215 1 0.2448 0.7494 0.924 0.000 0.076
#> GSM153216 1 0.2356 0.7579 0.928 0.000 0.072
#> GSM153217 1 0.4121 0.7151 0.832 0.000 0.168
#> GSM153218 1 0.5698 0.6549 0.736 0.012 0.252
#> GSM153219 1 0.5291 0.4543 0.732 0.000 0.268
#> GSM153220 1 0.5958 0.3613 0.692 0.008 0.300
#> GSM153221 1 0.4887 0.5703 0.772 0.000 0.228
#> GSM153222 1 0.3500 0.7313 0.880 0.004 0.116
#> GSM153223 1 0.2680 0.7375 0.924 0.008 0.068
#> GSM153224 1 0.4033 0.7562 0.856 0.008 0.136
#> GSM153225 1 0.4178 0.7031 0.828 0.000 0.172
#> GSM153226 1 0.2680 0.7372 0.924 0.008 0.068
#> GSM153227 1 0.3644 0.7627 0.872 0.004 0.124
#> GSM153228 1 0.2680 0.7371 0.924 0.008 0.068
#> GSM153229 1 0.2774 0.7337 0.920 0.008 0.072
#> GSM153230 1 0.2584 0.7391 0.928 0.008 0.064
#> GSM153231 1 0.2772 0.7326 0.916 0.004 0.080
#> GSM153232 1 0.2772 0.7417 0.916 0.004 0.080
#> GSM153233 1 0.2866 0.7357 0.916 0.008 0.076
#> GSM153234 1 0.2584 0.7391 0.928 0.008 0.064
#> GSM153235 1 0.5202 0.7402 0.820 0.044 0.136
#> GSM153236 1 0.3120 0.7448 0.908 0.012 0.080
#> GSM153237 1 0.3295 0.7476 0.896 0.008 0.096
#> GSM152992 1 0.5817 0.6830 0.744 0.020 0.236
#> GSM152993 1 0.3532 0.7648 0.884 0.008 0.108
#> GSM152994 1 0.3038 0.7550 0.896 0.000 0.104
#> GSM152995 1 0.7112 0.5109 0.648 0.044 0.308
#> GSM152996 1 0.6482 0.5273 0.680 0.024 0.296
#> GSM152997 1 0.5360 0.7254 0.768 0.012 0.220
#> GSM152998 1 0.5315 0.7129 0.772 0.012 0.216
#> GSM152999 1 0.5202 0.7085 0.772 0.008 0.220
#> GSM153000 1 0.7065 0.4913 0.644 0.040 0.316
#> GSM153001 1 0.4521 0.7444 0.816 0.004 0.180
#> GSM153002 1 0.5864 0.6033 0.704 0.008 0.288
#> GSM153003 1 0.7549 0.1909 0.524 0.040 0.436
#> GSM153004 2 0.9874 -0.4045 0.304 0.412 0.284
#> GSM153005 1 0.3031 0.7436 0.912 0.012 0.076
#> GSM153006 1 0.7274 0.5066 0.644 0.052 0.304
#> GSM153007 1 0.2400 0.7400 0.932 0.004 0.064
#> GSM153008 1 0.3030 0.7636 0.904 0.004 0.092
#> GSM153009 1 0.4755 0.7369 0.808 0.008 0.184
#> GSM153010 1 0.6180 0.6527 0.716 0.024 0.260
#> GSM153011 1 0.4233 0.7406 0.836 0.004 0.160
#> GSM153012 1 0.1964 0.7531 0.944 0.000 0.056
#> GSM153013 1 0.2066 0.7574 0.940 0.000 0.060
#> GSM153014 1 0.4235 0.7417 0.824 0.000 0.176
#> GSM153015 1 0.4353 0.7429 0.836 0.008 0.156
#> GSM153016 1 0.5220 0.7193 0.780 0.012 0.208
#> GSM153017 1 0.5945 0.6874 0.740 0.024 0.236
#> GSM153018 1 0.5406 0.7213 0.764 0.012 0.224
#> GSM153019 1 0.2945 0.7598 0.908 0.004 0.088
#> GSM153020 1 0.5728 0.7133 0.772 0.032 0.196
#> GSM153021 1 0.6819 0.5169 0.644 0.028 0.328
#> GSM153022 1 0.9281 0.0325 0.520 0.204 0.276
#> GSM153023 1 0.6677 0.5121 0.652 0.024 0.324
#> GSM153024 1 0.7724 0.2160 0.552 0.052 0.396
#> GSM153025 1 0.5178 0.4738 0.744 0.000 0.256
#> GSM153026 1 0.2711 0.7598 0.912 0.000 0.088
#> GSM153027 3 0.5982 0.0000 0.328 0.004 0.668
#> GSM153028 1 0.2261 0.7578 0.932 0.000 0.068
#> GSM153029 1 0.5643 0.7059 0.760 0.020 0.220
#> GSM153030 1 0.3500 0.7653 0.880 0.004 0.116
#> GSM153031 1 0.2066 0.7484 0.940 0.000 0.060
#> GSM153032 1 0.6229 0.5836 0.700 0.020 0.280
#> GSM153033 1 0.6483 -0.0136 0.544 0.004 0.452
#> GSM153034 1 0.6819 0.5076 0.644 0.028 0.328
#> GSM153035 1 0.6744 0.4854 0.668 0.032 0.300
#> GSM153036 1 0.6407 0.6207 0.700 0.028 0.272
#> GSM153037 1 0.4931 0.6192 0.768 0.000 0.232
#> GSM153038 1 0.5797 0.6056 0.712 0.008 0.280
#> GSM153039 1 0.6224 0.6105 0.688 0.016 0.296
#> GSM153040 1 0.5360 0.7077 0.768 0.012 0.220
#> GSM153041 1 0.6475 0.5997 0.692 0.028 0.280
#> GSM153042 1 0.3043 0.7362 0.908 0.008 0.084
#> GSM153043 1 0.3715 0.7535 0.868 0.004 0.128
#> GSM153044 1 0.5292 0.7074 0.764 0.008 0.228
#> GSM153045 1 0.5461 0.7035 0.748 0.008 0.244
#> GSM153046 1 0.5109 0.7219 0.780 0.008 0.212
#> GSM153047 1 0.5619 0.6904 0.744 0.012 0.244
#> GSM153048 1 0.6105 0.6702 0.724 0.024 0.252
#> GSM153049 1 0.5360 0.7171 0.768 0.012 0.220
#> GSM153050 1 0.3445 0.7449 0.896 0.016 0.088
#> GSM153051 1 0.7860 0.5155 0.664 0.132 0.204
#> GSM153052 1 0.3459 0.7493 0.892 0.012 0.096
#> GSM153053 1 0.3295 0.7489 0.896 0.008 0.096
#> GSM187528 2 0.0829 0.9600 0.004 0.984 0.012
#> GSM187529 2 0.0592 0.9651 0.000 0.988 0.012
#> GSM187530 2 0.0829 0.9600 0.004 0.984 0.012
#> GSM187531 1 0.9074 -0.0988 0.516 0.328 0.156
#> GSM152881 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> GSM152884 2 0.1399 0.9490 0.004 0.968 0.028
#> GSM152885 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> GSM152886 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> GSM152888 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> GSM152896 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> GSM152897 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> GSM152898 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9709 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.4511 0.49682 0.724 0.000 0.268 0.008
#> GSM152823 1 0.6016 0.27451 0.680 0.000 0.112 0.208
#> GSM152824 1 0.6701 0.02763 0.564 0.000 0.108 0.328
#> GSM152825 1 0.4647 0.48040 0.704 0.000 0.288 0.008
#> GSM152826 1 0.4647 0.48040 0.704 0.000 0.288 0.008
#> GSM152827 1 0.6016 0.27451 0.680 0.000 0.112 0.208
#> GSM152828 3 0.7635 0.44587 0.328 0.012 0.500 0.160
#> GSM152829 3 0.7668 0.43788 0.328 0.012 0.496 0.164
#> GSM152830 1 0.4744 0.48562 0.704 0.000 0.284 0.012
#> GSM152831 1 0.2399 0.59456 0.920 0.000 0.048 0.032
#> GSM152832 1 0.4594 0.48838 0.712 0.000 0.280 0.008
#> GSM152833 1 0.4139 0.57845 0.816 0.000 0.144 0.040
#> GSM152834 1 0.2500 0.58342 0.916 0.000 0.040 0.044
#> GSM152835 1 0.6763 0.01948 0.564 0.000 0.116 0.320
#> GSM152836 1 0.6716 0.02965 0.568 0.000 0.112 0.320
#> GSM152837 1 0.2675 0.59649 0.908 0.000 0.048 0.044
#> GSM152838 1 0.3081 0.59259 0.888 0.000 0.064 0.048
#> GSM153178 1 0.5846 0.20847 0.556 0.012 0.416 0.016
#> GSM153179 1 0.3088 0.60181 0.888 0.000 0.060 0.052
#> GSM153180 1 0.2830 0.60262 0.900 0.000 0.060 0.040
#> GSM153181 1 0.4237 0.58632 0.808 0.000 0.152 0.040
#> GSM153183 1 0.6007 0.03059 0.520 0.004 0.444 0.032
#> GSM153184 1 0.6624 0.14627 0.612 0.004 0.276 0.108
#> GSM153185 1 0.2670 0.58561 0.908 0.000 0.052 0.040
#> GSM153186 1 0.4868 0.51840 0.720 0.000 0.256 0.024
#> GSM153187 1 0.5360 0.41821 0.660 0.008 0.316 0.016
#> GSM153188 1 0.6417 -0.16024 0.476 0.012 0.472 0.040
#> GSM153189 1 0.4261 0.53204 0.820 0.000 0.112 0.068
#> GSM153190 1 0.4767 0.51666 0.724 0.000 0.256 0.020
#> GSM153191 1 0.7425 -0.29748 0.460 0.004 0.148 0.388
#> GSM153192 1 0.2489 0.60223 0.912 0.000 0.068 0.020
#> GSM153193 1 0.5050 0.38903 0.756 0.000 0.068 0.176
#> GSM153194 1 0.4901 0.54890 0.780 0.000 0.112 0.108
#> GSM153195 1 0.3168 0.59814 0.884 0.000 0.060 0.056
#> GSM153196 1 0.2742 0.60135 0.900 0.000 0.076 0.024
#> GSM153197 1 0.2224 0.58788 0.928 0.000 0.040 0.032
#> GSM153198 1 0.4267 0.56700 0.788 0.000 0.188 0.024
#> GSM153199 1 0.6817 -0.19740 0.480 0.004 0.432 0.084
#> GSM153200 1 0.6921 -0.32691 0.456 0.004 0.448 0.092
#> GSM153201 1 0.5343 0.43171 0.656 0.000 0.316 0.028
#> GSM153202 1 0.2670 0.58561 0.908 0.000 0.052 0.040
#> GSM153203 1 0.2816 0.59961 0.900 0.000 0.064 0.036
#> GSM153204 1 0.5512 0.42565 0.660 0.000 0.300 0.040
#> GSM153205 1 0.2844 0.58907 0.900 0.000 0.052 0.048
#> GSM153206 1 0.5991 0.04732 0.532 0.004 0.432 0.032
#> GSM153207 1 0.3554 0.59897 0.844 0.000 0.136 0.020
#> GSM153208 1 0.5809 0.29805 0.692 0.000 0.092 0.216
#> GSM153209 1 0.3486 0.59927 0.864 0.000 0.092 0.044
#> GSM153210 1 0.4507 0.58307 0.788 0.000 0.168 0.044
#> GSM153211 1 0.4238 0.56985 0.796 0.000 0.176 0.028
#> GSM153212 1 0.2773 0.60322 0.900 0.000 0.072 0.028
#> GSM153213 3 0.7256 0.33619 0.428 0.008 0.452 0.112
#> GSM153214 1 0.3156 0.59829 0.884 0.000 0.068 0.048
#> GSM153215 1 0.3229 0.59774 0.880 0.000 0.072 0.048
#> GSM153216 1 0.3307 0.59681 0.868 0.000 0.104 0.028
#> GSM153217 1 0.5006 0.47952 0.772 0.000 0.104 0.124
#> GSM153218 1 0.6757 0.08140 0.572 0.000 0.308 0.120
#> GSM153219 1 0.6706 0.08519 0.588 0.000 0.124 0.288
#> GSM153220 1 0.6906 0.01775 0.580 0.000 0.156 0.264
#> GSM153221 1 0.5346 0.33382 0.732 0.000 0.076 0.192
#> GSM153222 1 0.3398 0.56627 0.872 0.000 0.060 0.068
#> GSM153223 1 0.2131 0.58233 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM153224 1 0.4993 0.51167 0.712 0.000 0.260 0.028
#> GSM153225 1 0.4834 0.47758 0.784 0.000 0.120 0.096
#> GSM153226 1 0.1929 0.58293 0.940 0.000 0.024 0.036
#> GSM153227 1 0.3674 0.60363 0.852 0.000 0.104 0.044
#> GSM153228 1 0.2408 0.57967 0.920 0.000 0.036 0.044
#> GSM153229 1 0.2313 0.58467 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM153230 1 0.2131 0.58911 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM153231 1 0.2494 0.57685 0.916 0.000 0.036 0.048
#> GSM153232 1 0.2759 0.58968 0.904 0.000 0.044 0.052
#> GSM153233 1 0.2131 0.58600 0.932 0.000 0.032 0.036
#> GSM153234 1 0.2313 0.58927 0.924 0.000 0.044 0.032
#> GSM153235 1 0.4932 0.54357 0.784 0.032 0.160 0.024
#> GSM153236 1 0.2549 0.59145 0.916 0.004 0.056 0.024
#> GSM153237 1 0.3004 0.59448 0.892 0.000 0.060 0.048
#> GSM152992 1 0.5702 0.24727 0.572 0.008 0.404 0.016
#> GSM152993 1 0.4305 0.59285 0.816 0.004 0.136 0.044
#> GSM152994 1 0.4359 0.58098 0.816 0.000 0.100 0.084
#> GSM152995 3 0.7559 0.52222 0.396 0.008 0.448 0.148
#> GSM152996 1 0.7375 -0.39143 0.452 0.004 0.404 0.140
#> GSM152997 1 0.6275 0.26808 0.620 0.004 0.304 0.072
#> GSM152998 1 0.5788 0.34608 0.608 0.004 0.356 0.032
#> GSM152999 1 0.5143 0.36224 0.628 0.000 0.360 0.012
#> GSM153000 3 0.7526 0.49931 0.396 0.004 0.440 0.160
#> GSM153001 1 0.5593 0.47752 0.708 0.000 0.212 0.080
#> GSM153002 1 0.6665 -0.00701 0.544 0.000 0.360 0.096
#> GSM153003 3 0.6628 0.41772 0.240 0.008 0.636 0.116
#> GSM153004 2 0.9207 -0.34821 0.196 0.388 0.320 0.096
#> GSM153005 1 0.2467 0.59045 0.920 0.004 0.052 0.024
#> GSM153006 3 0.7380 0.54164 0.372 0.012 0.496 0.120
#> GSM153007 1 0.1833 0.58810 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM153008 1 0.4232 0.58941 0.816 0.004 0.144 0.036
#> GSM153009 1 0.5291 0.42098 0.652 0.000 0.324 0.024
#> GSM153010 1 0.6140 0.14815 0.536 0.012 0.424 0.028
#> GSM153011 1 0.4621 0.48394 0.708 0.000 0.284 0.008
#> GSM153012 1 0.3144 0.60320 0.884 0.000 0.072 0.044
#> GSM153013 1 0.3367 0.60024 0.864 0.000 0.108 0.028
#> GSM153014 1 0.5636 0.46347 0.680 0.000 0.260 0.060
#> GSM153015 1 0.5013 0.47295 0.688 0.000 0.292 0.020
#> GSM153016 1 0.5617 0.38826 0.632 0.004 0.336 0.028
#> GSM153017 1 0.5809 0.24708 0.572 0.012 0.400 0.016
#> GSM153018 1 0.5964 0.34177 0.612 0.004 0.340 0.044
#> GSM153019 1 0.4104 0.57239 0.808 0.000 0.164 0.028
#> GSM153020 1 0.5581 0.36433 0.632 0.020 0.340 0.008
#> GSM153021 3 0.6361 0.15192 0.452 0.016 0.500 0.032
#> GSM153022 3 0.8938 0.43456 0.308 0.176 0.432 0.084
#> GSM153023 1 0.7502 -0.39435 0.436 0.004 0.404 0.156
#> GSM153024 3 0.7350 0.44197 0.356 0.028 0.528 0.088
#> GSM153025 1 0.6488 0.13432 0.604 0.000 0.104 0.292
#> GSM153026 1 0.3958 0.57615 0.816 0.000 0.160 0.024
#> GSM153027 4 0.6996 0.00000 0.196 0.004 0.200 0.600
#> GSM153028 1 0.3525 0.59557 0.860 0.000 0.100 0.040
#> GSM153029 1 0.5130 0.37180 0.644 0.008 0.344 0.004
#> GSM153030 1 0.4267 0.57467 0.788 0.000 0.188 0.024
#> GSM153031 1 0.2214 0.59803 0.928 0.000 0.044 0.028
#> GSM153032 1 0.6966 -0.15655 0.508 0.012 0.400 0.080
#> GSM153033 3 0.8076 0.20980 0.332 0.004 0.348 0.316
#> GSM153034 1 0.6680 -0.22336 0.472 0.012 0.460 0.056
#> GSM153035 1 0.7393 -0.27086 0.484 0.016 0.392 0.108
#> GSM153036 1 0.6466 0.23615 0.596 0.012 0.332 0.060
#> GSM153037 1 0.5938 0.30120 0.676 0.000 0.092 0.232
#> GSM153038 1 0.6911 0.01359 0.560 0.000 0.304 0.136
#> GSM153039 1 0.6309 0.12018 0.540 0.008 0.408 0.044
#> GSM153040 1 0.6007 0.22540 0.584 0.004 0.372 0.040
#> GSM153041 1 0.6222 -0.03729 0.504 0.008 0.452 0.036
#> GSM153042 1 0.2589 0.58116 0.912 0.000 0.044 0.044
#> GSM153043 1 0.4741 0.52822 0.744 0.000 0.228 0.028
#> GSM153044 1 0.5673 0.27682 0.596 0.000 0.372 0.032
#> GSM153045 1 0.5453 0.26617 0.592 0.000 0.388 0.020
#> GSM153046 1 0.5713 0.31402 0.620 0.000 0.340 0.040
#> GSM153047 1 0.5843 0.18732 0.568 0.004 0.400 0.028
#> GSM153048 1 0.5740 0.21936 0.560 0.012 0.416 0.012
#> GSM153049 1 0.5458 0.35010 0.612 0.004 0.368 0.016
#> GSM153050 1 0.3001 0.59105 0.896 0.008 0.072 0.024
#> GSM153051 1 0.7169 0.02778 0.544 0.124 0.324 0.008
#> GSM153052 1 0.3189 0.59375 0.888 0.004 0.060 0.048
#> GSM153053 1 0.3004 0.59412 0.892 0.000 0.060 0.048
#> GSM187528 2 0.0859 0.95290 0.004 0.980 0.008 0.008
#> GSM187529 2 0.0672 0.95896 0.000 0.984 0.008 0.008
#> GSM187530 2 0.0992 0.95063 0.004 0.976 0.008 0.012
#> GSM187531 1 0.7806 -0.29461 0.452 0.316 0.228 0.004
#> GSM152881 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0188 0.96618 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152884 2 0.1854 0.92562 0.008 0.948 0.020 0.024
#> GSM152885 2 0.0188 0.96618 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152886 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0188 0.96618 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0188 0.96618 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152896 2 0.0188 0.96618 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152897 2 0.0188 0.96618 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152898 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.96802 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.4485 0.351093 0.680 0.000 0.292 0.000 0.028
#> GSM152823 1 0.6063 0.075088 0.576 0.000 0.068 0.032 0.324
#> GSM152824 1 0.6210 -0.278834 0.460 0.000 0.040 0.052 0.448
#> GSM152825 1 0.4584 0.323924 0.660 0.000 0.312 0.000 0.028
#> GSM152826 1 0.4584 0.323924 0.660 0.000 0.312 0.000 0.028
#> GSM152827 1 0.6063 0.075088 0.576 0.000 0.068 0.032 0.324
#> GSM152828 5 0.6902 0.535922 0.172 0.008 0.384 0.008 0.428
#> GSM152829 5 0.6899 0.535863 0.172 0.008 0.380 0.008 0.432
#> GSM152830 1 0.4642 0.332588 0.660 0.000 0.308 0.000 0.032
#> GSM152831 1 0.2237 0.576199 0.916 0.000 0.040 0.004 0.040
#> GSM152832 1 0.4642 0.323965 0.660 0.000 0.308 0.000 0.032
#> GSM152833 1 0.3969 0.515014 0.796 0.000 0.156 0.008 0.040
#> GSM152834 1 0.2606 0.569998 0.900 0.000 0.032 0.012 0.056
#> GSM152835 1 0.6209 -0.279124 0.464 0.000 0.040 0.052 0.444
#> GSM152836 1 0.6208 -0.269877 0.468 0.000 0.040 0.052 0.440
#> GSM152837 1 0.2291 0.579205 0.908 0.000 0.036 0.000 0.056
#> GSM152838 1 0.2863 0.570118 0.876 0.000 0.060 0.000 0.064
#> GSM153178 3 0.5167 0.139861 0.484 0.012 0.488 0.008 0.008
#> GSM153179 1 0.3320 0.578742 0.860 0.000 0.060 0.012 0.068
#> GSM153180 1 0.2914 0.581699 0.872 0.000 0.076 0.000 0.052
#> GSM153181 1 0.4113 0.530111 0.788 0.000 0.156 0.008 0.048
#> GSM153183 3 0.6033 0.359949 0.428 0.004 0.484 0.008 0.076
#> GSM153184 1 0.6615 -0.068705 0.512 0.000 0.220 0.008 0.260
#> GSM153185 1 0.2734 0.572350 0.892 0.000 0.048 0.008 0.052
#> GSM153186 1 0.4897 0.400333 0.688 0.000 0.252 0.004 0.056
#> GSM153187 1 0.4938 0.178312 0.604 0.004 0.368 0.004 0.020
#> GSM153188 3 0.6043 0.487594 0.400 0.008 0.524 0.028 0.040
#> GSM153189 1 0.4509 0.501666 0.776 0.000 0.104 0.012 0.108
#> GSM153190 1 0.4843 0.388348 0.676 0.000 0.276 0.004 0.044
#> GSM153191 5 0.7260 0.157283 0.348 0.000 0.072 0.120 0.460
#> GSM153192 1 0.2795 0.570397 0.884 0.000 0.080 0.008 0.028
#> GSM153193 1 0.5061 0.330969 0.696 0.000 0.036 0.028 0.240
#> GSM153194 1 0.5439 0.481720 0.716 0.000 0.112 0.036 0.136
#> GSM153195 1 0.3064 0.576263 0.880 0.000 0.052 0.024 0.044
#> GSM153196 1 0.3047 0.563968 0.868 0.000 0.096 0.012 0.024
#> GSM153197 1 0.2142 0.571523 0.920 0.000 0.028 0.004 0.048
#> GSM153198 1 0.4245 0.498266 0.768 0.000 0.188 0.016 0.028
#> GSM153199 3 0.6881 0.517375 0.376 0.004 0.480 0.048 0.092
#> GSM153200 3 0.6801 0.137633 0.324 0.000 0.428 0.004 0.244
#> GSM153201 1 0.5489 0.172326 0.576 0.000 0.356 0.004 0.064
#> GSM153202 1 0.2734 0.572350 0.892 0.000 0.048 0.008 0.052
#> GSM153203 1 0.2609 0.578381 0.896 0.000 0.052 0.004 0.048
#> GSM153204 1 0.5468 0.186083 0.608 0.000 0.328 0.016 0.048
#> GSM153205 1 0.2804 0.576131 0.884 0.000 0.044 0.004 0.068
#> GSM153206 3 0.5931 0.343328 0.440 0.004 0.476 0.004 0.076
#> GSM153207 1 0.3759 0.559385 0.812 0.000 0.148 0.012 0.028
#> GSM153208 1 0.5928 0.157770 0.608 0.000 0.052 0.044 0.296
#> GSM153209 1 0.3720 0.560831 0.836 0.000 0.096 0.020 0.048
#> GSM153210 1 0.4738 0.519269 0.748 0.000 0.176 0.020 0.056
#> GSM153211 1 0.4226 0.495708 0.768 0.000 0.188 0.012 0.032
#> GSM153212 1 0.2960 0.574577 0.876 0.000 0.080 0.008 0.036
#> GSM153213 3 0.7192 0.469297 0.328 0.004 0.496 0.084 0.088
#> GSM153214 1 0.3390 0.568898 0.860 0.000 0.060 0.020 0.060
#> GSM153215 1 0.3323 0.571267 0.864 0.000 0.060 0.020 0.056
#> GSM153216 1 0.3317 0.552642 0.848 0.000 0.112 0.008 0.032
#> GSM153217 1 0.5173 0.459180 0.724 0.000 0.076 0.028 0.172
#> GSM153218 1 0.6970 -0.156378 0.480 0.000 0.272 0.020 0.228
#> GSM153219 1 0.6464 -0.225010 0.508 0.000 0.048 0.068 0.376
#> GSM153220 1 0.7100 -0.338620 0.464 0.000 0.116 0.060 0.360
#> GSM153221 1 0.5665 0.281066 0.672 0.000 0.040 0.068 0.220
#> GSM153222 1 0.3563 0.558042 0.840 0.000 0.060 0.008 0.092
#> GSM153223 1 0.2284 0.567744 0.912 0.000 0.028 0.004 0.056
#> GSM153224 1 0.5136 0.362450 0.660 0.000 0.284 0.016 0.040
#> GSM153225 1 0.5149 0.458186 0.732 0.000 0.088 0.028 0.152
#> GSM153226 1 0.2158 0.568270 0.920 0.000 0.020 0.008 0.052
#> GSM153227 1 0.3641 0.563576 0.820 0.000 0.120 0.000 0.060
#> GSM153228 1 0.2419 0.567775 0.904 0.000 0.028 0.004 0.064
#> GSM153229 1 0.2214 0.570128 0.916 0.000 0.028 0.004 0.052
#> GSM153230 1 0.1990 0.572315 0.928 0.000 0.028 0.004 0.040
#> GSM153231 1 0.2484 0.565725 0.900 0.000 0.028 0.004 0.068
#> GSM153232 1 0.2569 0.576142 0.892 0.000 0.040 0.000 0.068
#> GSM153233 1 0.1965 0.571524 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> GSM153234 1 0.2152 0.572476 0.920 0.000 0.032 0.004 0.044
#> GSM153235 1 0.4797 0.503080 0.756 0.032 0.168 0.004 0.040
#> GSM153236 1 0.2519 0.574444 0.908 0.004 0.044 0.008 0.036
#> GSM153237 1 0.2797 0.572469 0.880 0.000 0.060 0.000 0.060
#> GSM152992 1 0.5066 -0.137668 0.508 0.008 0.468 0.008 0.008
#> GSM152993 1 0.4366 0.561591 0.784 0.004 0.140 0.008 0.064
#> GSM152994 1 0.4354 0.536540 0.788 0.000 0.092 0.012 0.108
#> GSM152995 3 0.7512 -0.590163 0.268 0.004 0.368 0.028 0.332
#> GSM152996 5 0.7212 0.478940 0.316 0.000 0.308 0.016 0.360
#> GSM152997 1 0.6501 0.014170 0.532 0.004 0.316 0.012 0.136
#> GSM152998 1 0.5715 0.026959 0.536 0.004 0.384 0.000 0.076
#> GSM152999 1 0.4982 0.062915 0.556 0.000 0.412 0.000 0.032
#> GSM153000 5 0.7260 0.554539 0.252 0.000 0.324 0.024 0.400
#> GSM153001 1 0.5927 0.408776 0.652 0.000 0.188 0.024 0.136
#> GSM153002 1 0.6823 -0.328022 0.472 0.000 0.380 0.048 0.100
#> GSM153003 3 0.7458 -0.290681 0.140 0.008 0.524 0.080 0.248
#> GSM153004 2 0.8426 -0.316018 0.112 0.376 0.368 0.088 0.056
#> GSM153005 1 0.2443 0.573890 0.912 0.004 0.040 0.008 0.036
#> GSM153006 3 0.7180 -0.461457 0.252 0.008 0.408 0.008 0.324
#> GSM153007 1 0.1960 0.574392 0.928 0.000 0.020 0.004 0.048
#> GSM153008 1 0.4267 0.533125 0.788 0.004 0.152 0.012 0.044
#> GSM153009 1 0.5016 0.214742 0.608 0.000 0.348 0.000 0.044
#> GSM153010 1 0.5812 -0.241476 0.476 0.012 0.464 0.012 0.036
#> GSM153011 1 0.4565 0.329998 0.664 0.000 0.308 0.000 0.028
#> GSM153012 1 0.3222 0.576460 0.864 0.000 0.088 0.020 0.028
#> GSM153013 1 0.3206 0.562308 0.856 0.000 0.108 0.012 0.024
#> GSM153014 1 0.5826 0.282780 0.636 0.000 0.260 0.032 0.072
#> GSM153015 1 0.5247 0.278509 0.620 0.000 0.320 0.004 0.056
#> GSM153016 1 0.5596 0.083679 0.552 0.004 0.376 0.000 0.068
#> GSM153017 1 0.5429 -0.144015 0.500 0.012 0.460 0.008 0.020
#> GSM153018 1 0.5975 -0.000474 0.532 0.004 0.372 0.004 0.088
#> GSM153019 1 0.4081 0.504906 0.784 0.000 0.172 0.012 0.032
#> GSM153020 1 0.5358 0.100751 0.580 0.020 0.376 0.004 0.020
#> GSM153021 3 0.6035 0.533617 0.364 0.012 0.556 0.020 0.048
#> GSM153022 3 0.8663 0.068706 0.200 0.156 0.444 0.040 0.160
#> GSM153023 1 0.8071 -0.417242 0.360 0.004 0.348 0.096 0.192
#> GSM153024 3 0.7086 0.393581 0.256 0.016 0.568 0.080 0.080
#> GSM153025 1 0.6700 -0.179112 0.504 0.000 0.048 0.092 0.356
#> GSM153026 1 0.4052 0.505580 0.784 0.000 0.176 0.016 0.024
#> GSM153027 4 0.5148 0.139733 0.100 0.000 0.064 0.752 0.084
#> GSM153028 1 0.3429 0.557396 0.848 0.000 0.100 0.012 0.040
#> GSM153029 1 0.5217 0.072788 0.584 0.008 0.380 0.012 0.016
#> GSM153030 1 0.4177 0.504685 0.760 0.000 0.200 0.004 0.036
#> GSM153031 1 0.2584 0.573756 0.900 0.000 0.052 0.008 0.040
#> GSM153032 3 0.6861 0.517754 0.400 0.012 0.472 0.060 0.056
#> GSM153033 4 0.7916 -0.047196 0.248 0.000 0.320 0.356 0.076
#> GSM153034 3 0.6571 0.517837 0.380 0.008 0.508 0.056 0.048
#> GSM153035 3 0.7484 0.472866 0.384 0.016 0.436 0.092 0.072
#> GSM153036 1 0.6625 -0.042265 0.532 0.004 0.340 0.048 0.076
#> GSM153037 1 0.6531 0.269252 0.620 0.000 0.064 0.132 0.184
#> GSM153038 1 0.7365 -0.355849 0.452 0.000 0.348 0.088 0.112
#> GSM153039 1 0.5859 -0.275962 0.476 0.004 0.460 0.032 0.028
#> GSM153040 1 0.5869 -0.173658 0.500 0.004 0.420 0.004 0.072
#> GSM153041 3 0.6088 0.415042 0.420 0.008 0.496 0.012 0.064
#> GSM153042 1 0.2710 0.566589 0.892 0.000 0.036 0.008 0.064
#> GSM153043 1 0.4656 0.395375 0.692 0.000 0.268 0.004 0.036
#> GSM153044 1 0.5341 -0.144297 0.504 0.000 0.444 0.000 0.052
#> GSM153045 1 0.5171 -0.159035 0.504 0.000 0.456 0.000 0.040
#> GSM153046 1 0.5624 -0.067372 0.532 0.000 0.388 0.000 0.080
#> GSM153047 1 0.5741 -0.220688 0.484 0.004 0.448 0.004 0.060
#> GSM153048 1 0.5264 -0.195265 0.484 0.012 0.484 0.012 0.008
#> GSM153049 1 0.5142 0.007669 0.548 0.004 0.420 0.004 0.024
#> GSM153050 1 0.2803 0.573480 0.892 0.008 0.060 0.004 0.036
#> GSM153051 1 0.6618 -0.227814 0.488 0.124 0.368 0.004 0.016
#> GSM153052 1 0.2955 0.571010 0.876 0.004 0.060 0.000 0.060
#> GSM153053 1 0.2797 0.571171 0.880 0.000 0.060 0.000 0.060
#> GSM187528 2 0.1143 0.947979 0.004 0.968 0.008 0.012 0.008
#> GSM187529 2 0.0981 0.952150 0.000 0.972 0.008 0.012 0.008
#> GSM187530 2 0.1248 0.945207 0.004 0.964 0.008 0.016 0.008
#> GSM187531 1 0.7154 -0.278890 0.416 0.316 0.252 0.004 0.012
#> GSM152881 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0162 0.967102 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152884 2 0.1997 0.915145 0.000 0.932 0.024 0.016 0.028
#> GSM152885 2 0.0162 0.967102 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152886 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0162 0.967102 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0162 0.967102 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152896 2 0.0162 0.967102 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152897 2 0.0162 0.967102 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152898 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.968851 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.4467 0.1564 0.632 0.000 0.320 0.000 0.048 0.000
#> GSM152823 1 0.5954 -0.3724 0.560 0.000 0.060 0.292 0.088 0.000
#> GSM152824 4 0.6007 0.5585 0.428 0.000 0.032 0.432 0.108 0.000
#> GSM152825 1 0.4538 0.1165 0.612 0.000 0.340 0.000 0.048 0.000
#> GSM152826 1 0.4538 0.1165 0.612 0.000 0.340 0.000 0.048 0.000
#> GSM152827 1 0.5954 -0.3724 0.560 0.000 0.060 0.292 0.088 0.000
#> GSM152828 5 0.4903 0.5414 0.088 0.004 0.152 0.036 0.720 0.000
#> GSM152829 5 0.4868 0.5351 0.088 0.004 0.148 0.036 0.724 0.000
#> GSM152830 1 0.4497 0.1419 0.624 0.000 0.328 0.000 0.048 0.000
#> GSM152831 1 0.1738 0.5737 0.928 0.000 0.052 0.004 0.016 0.000
#> GSM152832 1 0.4594 0.1099 0.608 0.000 0.340 0.000 0.052 0.000
#> GSM152833 1 0.3992 0.4652 0.760 0.000 0.192 0.020 0.024 0.004
#> GSM152834 1 0.2259 0.5717 0.908 0.000 0.040 0.032 0.020 0.000
#> GSM152835 1 0.6095 -0.7952 0.432 0.000 0.032 0.416 0.120 0.000
#> GSM152836 1 0.6066 -0.7910 0.436 0.000 0.032 0.416 0.116 0.000
#> GSM152837 1 0.2459 0.5781 0.896 0.000 0.052 0.032 0.020 0.000
#> GSM152838 1 0.2755 0.5636 0.880 0.000 0.056 0.028 0.036 0.000
#> GSM153178 3 0.4704 0.5134 0.420 0.008 0.548 0.004 0.016 0.004
#> GSM153179 1 0.3256 0.5719 0.840 0.000 0.096 0.048 0.016 0.000
#> GSM153180 1 0.2637 0.5744 0.876 0.000 0.088 0.024 0.012 0.000
#> GSM153181 1 0.3976 0.4893 0.760 0.000 0.188 0.024 0.028 0.000
#> GSM153183 3 0.5855 0.5098 0.384 0.004 0.492 0.012 0.104 0.004
#> GSM153184 1 0.6698 -0.1589 0.472 0.000 0.128 0.076 0.320 0.004
#> GSM153185 1 0.2247 0.5724 0.904 0.000 0.060 0.024 0.012 0.000
#> GSM153186 1 0.4908 0.2143 0.628 0.000 0.296 0.004 0.068 0.004
#> GSM153187 1 0.4846 -0.2079 0.544 0.004 0.416 0.004 0.024 0.008
#> GSM153188 3 0.5378 0.6042 0.320 0.004 0.584 0.008 0.080 0.004
#> GSM153189 1 0.4880 0.4765 0.736 0.000 0.096 0.056 0.108 0.004
#> GSM153190 1 0.4665 0.2353 0.632 0.000 0.316 0.012 0.040 0.000
#> GSM153191 4 0.7401 0.4337 0.284 0.000 0.072 0.456 0.140 0.048
#> GSM153192 1 0.2981 0.5572 0.856 0.000 0.100 0.032 0.008 0.004
#> GSM153193 1 0.4563 0.0911 0.700 0.000 0.040 0.232 0.028 0.000
#> GSM153194 1 0.5630 0.4657 0.688 0.000 0.124 0.096 0.072 0.020
#> GSM153195 1 0.2873 0.5724 0.872 0.000 0.068 0.044 0.004 0.012
#> GSM153196 1 0.3277 0.5447 0.832 0.000 0.124 0.028 0.012 0.004
#> GSM153197 1 0.1675 0.5711 0.936 0.000 0.032 0.008 0.024 0.000
#> GSM153198 1 0.4271 0.4343 0.728 0.000 0.220 0.024 0.024 0.004
#> GSM153199 3 0.6601 0.4751 0.304 0.000 0.516 0.040 0.108 0.032
#> GSM153200 5 0.6223 0.2023 0.252 0.000 0.320 0.008 0.420 0.000
#> GSM153201 1 0.5214 -0.1948 0.516 0.000 0.408 0.004 0.068 0.004
#> GSM153202 1 0.2247 0.5724 0.904 0.000 0.060 0.024 0.012 0.000
#> GSM153203 1 0.2063 0.5732 0.912 0.000 0.060 0.008 0.020 0.000
#> GSM153204 1 0.5474 -0.0614 0.560 0.000 0.356 0.024 0.048 0.012
#> GSM153205 1 0.2507 0.5766 0.892 0.000 0.056 0.036 0.016 0.000
#> GSM153206 3 0.5803 0.5148 0.392 0.004 0.480 0.012 0.112 0.000
#> GSM153207 1 0.4167 0.5327 0.780 0.000 0.140 0.032 0.040 0.008
#> GSM153208 1 0.5675 -0.3092 0.584 0.000 0.052 0.292 0.072 0.000
#> GSM153209 1 0.3797 0.5401 0.804 0.000 0.124 0.048 0.020 0.004
#> GSM153210 1 0.4886 0.4532 0.692 0.000 0.220 0.048 0.036 0.004
#> GSM153211 1 0.4189 0.4328 0.724 0.000 0.232 0.016 0.024 0.004
#> GSM153212 1 0.3211 0.5642 0.848 0.000 0.096 0.032 0.020 0.004
#> GSM153213 3 0.7021 0.4019 0.260 0.004 0.524 0.040 0.104 0.068
#> GSM153214 1 0.3650 0.5581 0.824 0.000 0.092 0.060 0.012 0.012
#> GSM153215 1 0.3356 0.5636 0.836 0.000 0.084 0.068 0.008 0.004
#> GSM153216 1 0.3581 0.5255 0.812 0.000 0.136 0.024 0.024 0.004
#> GSM153217 1 0.5363 0.3576 0.688 0.000 0.072 0.168 0.064 0.008
#> GSM153218 1 0.7461 -0.1120 0.428 0.000 0.224 0.120 0.216 0.012
#> GSM153219 1 0.6604 -0.6572 0.468 0.000 0.052 0.356 0.108 0.016
#> GSM153220 1 0.7241 -0.6892 0.408 0.000 0.072 0.296 0.212 0.012
#> GSM153221 1 0.5398 -0.0599 0.640 0.000 0.036 0.264 0.032 0.028
#> GSM153222 1 0.3185 0.5578 0.848 0.000 0.076 0.060 0.016 0.000
#> GSM153223 1 0.1959 0.5672 0.924 0.000 0.032 0.024 0.020 0.000
#> GSM153224 1 0.5059 0.1725 0.608 0.000 0.328 0.024 0.032 0.008
#> GSM153225 1 0.5474 0.3884 0.700 0.000 0.088 0.136 0.048 0.028
#> GSM153226 1 0.1787 0.5689 0.932 0.000 0.032 0.016 0.020 0.000
#> GSM153227 1 0.3612 0.5447 0.800 0.000 0.148 0.036 0.016 0.000
#> GSM153228 1 0.2027 0.5687 0.920 0.000 0.032 0.032 0.016 0.000
#> GSM153229 1 0.1861 0.5707 0.928 0.000 0.036 0.016 0.020 0.000
#> GSM153230 1 0.1577 0.5722 0.940 0.000 0.036 0.008 0.016 0.000
#> GSM153231 1 0.2100 0.5668 0.916 0.000 0.032 0.036 0.016 0.000
#> GSM153232 1 0.2371 0.5754 0.900 0.000 0.052 0.032 0.016 0.000
#> GSM153233 1 0.1886 0.5736 0.928 0.000 0.024 0.024 0.024 0.000
#> GSM153234 1 0.1737 0.5723 0.932 0.000 0.040 0.008 0.020 0.000
#> GSM153235 1 0.4325 0.4658 0.752 0.032 0.184 0.008 0.020 0.004
#> GSM153236 1 0.2239 0.5729 0.912 0.004 0.052 0.012 0.016 0.004
#> GSM153237 1 0.2743 0.5649 0.880 0.000 0.060 0.028 0.032 0.000
#> GSM152992 3 0.4733 0.4751 0.444 0.004 0.524 0.008 0.016 0.004
#> GSM152993 1 0.4370 0.5444 0.768 0.004 0.144 0.044 0.036 0.004
#> GSM152994 1 0.4678 0.5175 0.756 0.000 0.108 0.080 0.048 0.008
#> GSM152995 5 0.6393 0.5966 0.184 0.000 0.168 0.032 0.584 0.032
#> GSM152996 5 0.6713 0.3669 0.252 0.000 0.168 0.084 0.496 0.000
#> GSM152997 1 0.6566 -0.1152 0.508 0.000 0.240 0.032 0.208 0.012
#> GSM152998 1 0.5537 -0.3179 0.472 0.004 0.408 0.000 0.116 0.000
#> GSM152999 1 0.4852 -0.3181 0.492 0.000 0.452 0.000 0.056 0.000
#> GSM153000 5 0.6227 0.5803 0.188 0.000 0.152 0.052 0.596 0.012
#> GSM153001 1 0.6122 0.3393 0.612 0.000 0.168 0.052 0.156 0.012
#> GSM153002 1 0.7124 -0.3963 0.396 0.000 0.392 0.080 0.100 0.032
#> GSM153003 5 0.6955 0.2909 0.088 0.004 0.312 0.012 0.476 0.108
#> GSM153004 3 0.7986 -0.3338 0.088 0.364 0.368 0.028 0.104 0.048
#> GSM153005 1 0.2174 0.5726 0.916 0.004 0.048 0.012 0.016 0.004
#> GSM153006 5 0.5408 0.6105 0.168 0.004 0.208 0.004 0.616 0.000
#> GSM153007 1 0.1950 0.5753 0.924 0.000 0.028 0.032 0.016 0.000
#> GSM153008 1 0.4260 0.4966 0.752 0.004 0.180 0.040 0.024 0.000
#> GSM153009 1 0.4970 -0.0960 0.560 0.000 0.372 0.000 0.064 0.004
#> GSM153010 3 0.5483 0.5425 0.404 0.008 0.508 0.004 0.072 0.004
#> GSM153011 1 0.4524 0.1259 0.616 0.000 0.336 0.000 0.048 0.000
#> GSM153012 1 0.3382 0.5643 0.832 0.000 0.108 0.044 0.012 0.004
#> GSM153013 1 0.3225 0.5410 0.828 0.000 0.136 0.024 0.008 0.004
#> GSM153014 1 0.5874 0.1075 0.588 0.000 0.284 0.052 0.064 0.012
#> GSM153015 1 0.4998 0.0152 0.568 0.000 0.372 0.008 0.048 0.004
#> GSM153016 1 0.5368 -0.2613 0.492 0.004 0.408 0.000 0.096 0.000
#> GSM153017 3 0.4924 0.5042 0.428 0.008 0.524 0.004 0.036 0.000
#> GSM153018 1 0.5899 -0.3508 0.456 0.004 0.396 0.008 0.136 0.000
#> GSM153019 1 0.4056 0.4519 0.748 0.000 0.208 0.016 0.020 0.008
#> GSM153020 1 0.5344 -0.2551 0.532 0.020 0.404 0.008 0.028 0.008
#> GSM153021 3 0.5603 0.5953 0.300 0.008 0.596 0.012 0.072 0.012
#> GSM153022 3 0.8083 -0.1852 0.160 0.140 0.404 0.028 0.252 0.016
#> GSM153023 1 0.8256 -0.3067 0.336 0.000 0.288 0.104 0.192 0.080
#> GSM153024 3 0.6372 0.2860 0.192 0.012 0.612 0.012 0.104 0.068
#> GSM153025 1 0.6478 -0.5985 0.464 0.000 0.048 0.392 0.048 0.048
#> GSM153026 1 0.4274 0.4410 0.732 0.000 0.216 0.020 0.024 0.008
#> GSM153027 6 0.5235 0.3659 0.040 0.000 0.032 0.304 0.008 0.616
#> GSM153028 1 0.3345 0.5386 0.832 0.000 0.120 0.028 0.012 0.008
#> GSM153029 1 0.5028 -0.2232 0.540 0.004 0.408 0.004 0.036 0.008
#> GSM153030 1 0.4194 0.4463 0.728 0.000 0.224 0.012 0.032 0.004
#> GSM153031 1 0.2910 0.5653 0.864 0.000 0.072 0.056 0.004 0.004
#> GSM153032 3 0.6816 0.5199 0.324 0.008 0.500 0.028 0.080 0.060
#> GSM153033 6 0.6538 0.2307 0.116 0.000 0.276 0.020 0.052 0.536
#> GSM153034 3 0.6185 0.5783 0.324 0.004 0.540 0.012 0.072 0.048
#> GSM153035 3 0.7797 0.4187 0.308 0.012 0.428 0.060 0.088 0.104
#> GSM153036 1 0.6778 -0.2040 0.488 0.000 0.336 0.052 0.068 0.056
#> GSM153037 1 0.6194 -0.0542 0.584 0.000 0.064 0.236 0.008 0.108
#> GSM153038 1 0.7848 -0.3847 0.364 0.000 0.340 0.060 0.132 0.104
#> GSM153039 3 0.5655 0.5336 0.412 0.000 0.496 0.008 0.056 0.028
#> GSM153040 3 0.5883 0.5038 0.416 0.004 0.448 0.012 0.120 0.000
#> GSM153041 3 0.5413 0.5822 0.348 0.004 0.552 0.008 0.088 0.000
#> GSM153042 1 0.2380 0.5681 0.900 0.000 0.048 0.036 0.016 0.000
#> GSM153043 1 0.4516 0.2594 0.648 0.000 0.312 0.012 0.024 0.004
#> GSM153044 3 0.5492 0.5033 0.424 0.000 0.476 0.012 0.088 0.000
#> GSM153045 3 0.5149 0.5159 0.428 0.000 0.496 0.004 0.072 0.000
#> GSM153046 1 0.6118 -0.4347 0.456 0.000 0.396 0.020 0.120 0.008
#> GSM153047 3 0.5628 0.5311 0.404 0.004 0.484 0.008 0.100 0.000
#> GSM153048 3 0.4920 0.5250 0.420 0.008 0.536 0.004 0.028 0.004
#> GSM153049 3 0.4783 0.3716 0.480 0.000 0.484 0.012 0.020 0.004
#> GSM153050 1 0.2550 0.5699 0.892 0.008 0.072 0.008 0.016 0.004
#> GSM153051 1 0.6337 -0.4233 0.440 0.120 0.400 0.000 0.028 0.012
#> GSM153052 1 0.2825 0.5640 0.880 0.004 0.056 0.028 0.032 0.000
#> GSM153053 1 0.2743 0.5632 0.880 0.000 0.060 0.028 0.032 0.000
#> GSM187528 2 0.1171 0.9658 0.004 0.964 0.004 0.008 0.008 0.012
#> GSM187529 2 0.0912 0.9728 0.000 0.972 0.012 0.004 0.004 0.008
#> GSM187530 2 0.1171 0.9658 0.004 0.964 0.008 0.008 0.004 0.012
#> GSM187531 1 0.6899 -0.2953 0.376 0.316 0.272 0.004 0.024 0.008
#> GSM152881 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0146 0.9893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.2722 0.8704 0.000 0.876 0.008 0.088 0.012 0.016
#> GSM152885 2 0.0146 0.9893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0146 0.9893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0146 0.9893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0146 0.9893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0146 0.9893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:hclust 166 2.35e-31 2
#> MAD:hclust 148 6.96e-28 3
#> MAD:hclust 91 3.16e-16 4
#> MAD:hclust 89 8.67e-17 5
#> MAD:hclust 95 3.72e-20 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.3002 0.696 0.696
#> 3 3 0.503 0.691 0.844 1.0642 0.653 0.509
#> 4 4 0.551 0.530 0.735 0.1786 0.830 0.574
#> 5 5 0.575 0.429 0.673 0.0689 0.919 0.727
#> 6 6 0.611 0.460 0.645 0.0410 0.870 0.549
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153004 2 0.730 0.744 0.204 0.796
#> GSM153005 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153048 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.973 0.334 0.404 0.596
#> GSM153052 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.000 0.980 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.000 0.980 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.6154 -0.03544 0.592 0.000 0.408
#> GSM152823 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.5254 0.64908 0.736 0.000 0.264
#> GSM152825 1 0.6168 -0.04997 0.588 0.000 0.412
#> GSM152826 1 0.6168 -0.04997 0.588 0.000 0.412
#> GSM152827 1 0.0592 0.76235 0.988 0.000 0.012
#> GSM152828 3 0.5138 0.70924 0.252 0.000 0.748
#> GSM152829 1 0.4654 0.58356 0.792 0.000 0.208
#> GSM152830 1 0.6126 -0.00583 0.600 0.000 0.400
#> GSM152831 1 0.4121 0.59452 0.832 0.000 0.168
#> GSM152832 1 0.6168 -0.04997 0.588 0.000 0.412
#> GSM152833 1 0.6299 -0.17133 0.524 0.000 0.476
#> GSM152834 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.4796 0.68694 0.780 0.000 0.220
#> GSM152836 1 0.2796 0.74637 0.908 0.000 0.092
#> GSM152837 1 0.0237 0.76245 0.996 0.000 0.004
#> GSM152838 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153178 3 0.5254 0.70611 0.264 0.000 0.736
#> GSM153179 1 0.1529 0.76012 0.960 0.000 0.040
#> GSM153180 1 0.0592 0.76060 0.988 0.000 0.012
#> GSM153181 1 0.1031 0.75938 0.976 0.000 0.024
#> GSM153183 3 0.1411 0.77612 0.036 0.000 0.964
#> GSM153184 1 0.5760 0.57063 0.672 0.000 0.328
#> GSM153185 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM153186 1 0.5785 0.23903 0.668 0.000 0.332
#> GSM153187 3 0.4291 0.75362 0.180 0.000 0.820
#> GSM153188 3 0.1753 0.77787 0.048 0.000 0.952
#> GSM153189 1 0.3551 0.73256 0.868 0.000 0.132
#> GSM153190 3 0.6111 0.51741 0.396 0.000 0.604
#> GSM153191 3 0.6309 -0.22916 0.496 0.000 0.504
#> GSM153192 1 0.4605 0.69436 0.796 0.000 0.204
#> GSM153193 1 0.2537 0.75064 0.920 0.000 0.080
#> GSM153194 1 0.5905 0.54555 0.648 0.000 0.352
#> GSM153195 1 0.5058 0.66803 0.756 0.000 0.244
#> GSM153196 1 0.1163 0.76085 0.972 0.000 0.028
#> GSM153197 1 0.0592 0.76060 0.988 0.000 0.012
#> GSM153198 3 0.5138 0.66017 0.252 0.000 0.748
#> GSM153199 3 0.1643 0.77510 0.044 0.000 0.956
#> GSM153200 3 0.1411 0.77612 0.036 0.000 0.964
#> GSM153201 3 0.6215 0.49262 0.428 0.000 0.572
#> GSM153202 1 0.0237 0.76227 0.996 0.000 0.004
#> GSM153203 1 0.5926 0.15007 0.644 0.000 0.356
#> GSM153204 3 0.1529 0.77683 0.040 0.000 0.960
#> GSM153205 1 0.0892 0.76261 0.980 0.000 0.020
#> GSM153206 3 0.1411 0.77612 0.036 0.000 0.964
#> GSM153207 1 0.6192 0.40651 0.580 0.000 0.420
#> GSM153208 1 0.4062 0.71878 0.836 0.000 0.164
#> GSM153209 1 0.5016 0.67024 0.760 0.000 0.240
#> GSM153210 3 0.6126 0.29057 0.400 0.000 0.600
#> GSM153211 3 0.5058 0.64120 0.244 0.000 0.756
#> GSM153212 1 0.4842 0.68090 0.776 0.000 0.224
#> GSM153213 3 0.1964 0.77072 0.056 0.000 0.944
#> GSM153214 1 0.5621 0.60249 0.692 0.000 0.308
#> GSM153215 1 0.4887 0.67928 0.772 0.000 0.228
#> GSM153216 1 0.3752 0.72615 0.856 0.000 0.144
#> GSM153217 1 0.5785 0.57401 0.668 0.000 0.332
#> GSM153218 3 0.1860 0.77256 0.052 0.000 0.948
#> GSM153219 1 0.6235 0.38459 0.564 0.000 0.436
#> GSM153220 1 0.6305 0.26745 0.516 0.000 0.484
#> GSM153221 1 0.5431 0.63033 0.716 0.000 0.284
#> GSM153222 1 0.0892 0.76297 0.980 0.000 0.020
#> GSM153223 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.6180 0.48335 0.416 0.000 0.584
#> GSM153225 1 0.6008 0.51480 0.628 0.000 0.372
#> GSM153226 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153228 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153230 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153231 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153233 1 0.0000 0.76282 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153235 3 0.6302 0.37435 0.480 0.000 0.520
#> GSM153236 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153237 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM152992 3 0.5497 0.68004 0.292 0.000 0.708
#> GSM152993 1 0.5178 0.66080 0.744 0.000 0.256
#> GSM152994 1 0.5098 0.66621 0.752 0.000 0.248
#> GSM152995 3 0.1964 0.77072 0.056 0.000 0.944
#> GSM152996 3 0.5497 0.42143 0.292 0.000 0.708
#> GSM152997 3 0.1964 0.77072 0.056 0.000 0.944
#> GSM152998 3 0.3038 0.77691 0.104 0.000 0.896
#> GSM152999 3 0.5529 0.67575 0.296 0.000 0.704
#> GSM153000 3 0.2066 0.76935 0.060 0.000 0.940
#> GSM153001 3 0.6309 -0.20078 0.500 0.000 0.500
#> GSM153002 3 0.1860 0.77256 0.052 0.000 0.948
#> GSM153003 3 0.1643 0.77301 0.044 0.000 0.956
#> GSM153004 3 0.2200 0.74417 0.004 0.056 0.940
#> GSM153005 1 0.0592 0.76060 0.988 0.000 0.012
#> GSM153006 3 0.1860 0.77256 0.052 0.000 0.948
#> GSM153007 1 0.0424 0.76314 0.992 0.000 0.008
#> GSM153008 3 0.6299 0.26123 0.476 0.000 0.524
#> GSM153009 3 0.6267 0.44207 0.452 0.000 0.548
#> GSM153010 3 0.3619 0.76388 0.136 0.000 0.864
#> GSM153011 3 0.6302 0.37513 0.480 0.000 0.520
#> GSM153012 1 0.4504 0.70183 0.804 0.000 0.196
#> GSM153013 1 0.4235 0.71288 0.824 0.000 0.176
#> GSM153014 3 0.2165 0.76855 0.064 0.000 0.936
#> GSM153015 3 0.5497 0.68059 0.292 0.000 0.708
#> GSM153016 3 0.5327 0.69853 0.272 0.000 0.728
#> GSM153017 3 0.5363 0.69221 0.276 0.000 0.724
#> GSM153018 3 0.5254 0.70826 0.264 0.000 0.736
#> GSM153019 3 0.5497 0.58776 0.292 0.000 0.708
#> GSM153020 3 0.3619 0.76997 0.136 0.000 0.864
#> GSM153021 3 0.1529 0.77708 0.040 0.000 0.960
#> GSM153022 3 0.1529 0.77417 0.040 0.000 0.960
#> GSM153023 3 0.1860 0.77256 0.052 0.000 0.948
#> GSM153024 3 0.1289 0.77525 0.032 0.000 0.968
#> GSM153025 1 0.6305 0.26299 0.516 0.000 0.484
#> GSM153026 3 0.5397 0.59663 0.280 0.000 0.720
#> GSM153027 3 0.6062 0.14427 0.384 0.000 0.616
#> GSM153028 1 0.4452 0.70936 0.808 0.000 0.192
#> GSM153029 3 0.2959 0.77471 0.100 0.000 0.900
#> GSM153030 3 0.4178 0.70561 0.172 0.000 0.828
#> GSM153031 1 0.4887 0.67824 0.772 0.000 0.228
#> GSM153032 3 0.1643 0.77482 0.044 0.000 0.956
#> GSM153033 3 0.1964 0.77072 0.056 0.000 0.944
#> GSM153034 3 0.1411 0.77612 0.036 0.000 0.964
#> GSM153035 3 0.1860 0.77256 0.052 0.000 0.948
#> GSM153036 3 0.2878 0.74157 0.096 0.000 0.904
#> GSM153037 1 0.6062 0.49324 0.616 0.000 0.384
#> GSM153038 3 0.1964 0.77072 0.056 0.000 0.944
#> GSM153039 3 0.4002 0.75958 0.160 0.000 0.840
#> GSM153040 3 0.5363 0.69096 0.276 0.000 0.724
#> GSM153041 3 0.2261 0.77821 0.068 0.000 0.932
#> GSM153042 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153043 3 0.3038 0.77440 0.104 0.000 0.896
#> GSM153044 3 0.5363 0.69221 0.276 0.000 0.724
#> GSM153045 3 0.5431 0.68652 0.284 0.000 0.716
#> GSM153046 3 0.5216 0.70890 0.260 0.000 0.740
#> GSM153047 3 0.5254 0.69766 0.264 0.000 0.736
#> GSM153048 3 0.5497 0.68004 0.292 0.000 0.708
#> GSM153049 3 0.5591 0.66867 0.304 0.000 0.696
#> GSM153050 1 0.5733 0.24778 0.676 0.000 0.324
#> GSM153051 3 0.7699 0.62092 0.116 0.212 0.672
#> GSM153052 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM153053 1 0.0892 0.75826 0.980 0.000 0.020
#> GSM187528 2 0.0237 0.99213 0.000 0.996 0.004
#> GSM187529 2 0.0237 0.99213 0.000 0.996 0.004
#> GSM187530 2 0.0237 0.99213 0.000 0.996 0.004
#> GSM187531 2 0.0424 0.99175 0.000 0.992 0.008
#> GSM152881 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152882 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152883 2 0.1289 0.98800 0.000 0.968 0.032
#> GSM152884 2 0.0892 0.98983 0.000 0.980 0.020
#> GSM152885 2 0.1289 0.98800 0.000 0.968 0.032
#> GSM152886 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152887 2 0.1289 0.98800 0.000 0.968 0.032
#> GSM152888 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152889 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152890 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152891 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152892 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152893 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152894 2 0.0747 0.99151 0.000 0.984 0.016
#> GSM152895 2 0.1289 0.98800 0.000 0.968 0.032
#> GSM152896 2 0.1289 0.98800 0.000 0.968 0.032
#> GSM152897 2 0.1289 0.98800 0.000 0.968 0.032
#> GSM152898 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152899 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152900 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152901 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152902 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152903 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152904 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
#> GSM152905 2 0.0237 0.99216 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.5000 -0.067662 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM152823 1 0.3852 0.618606 0.800 0.000 0.008 0.192
#> GSM152824 4 0.5372 -0.028668 0.444 0.000 0.012 0.544
#> GSM152825 3 0.5000 0.058905 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM152826 3 0.5000 0.058905 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM152827 1 0.4420 0.574980 0.748 0.000 0.012 0.240
#> GSM152828 3 0.5907 0.439501 0.080 0.000 0.668 0.252
#> GSM152829 1 0.7714 0.218772 0.448 0.000 0.292 0.260
#> GSM152830 1 0.4999 -0.057088 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM152831 1 0.4072 0.508474 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM152832 3 0.4999 0.069851 0.492 0.000 0.508 0.000
#> GSM152833 1 0.6799 -0.101440 0.464 0.000 0.440 0.096
#> GSM152834 1 0.2281 0.674895 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM152835 1 0.5409 0.139674 0.496 0.000 0.012 0.492
#> GSM152836 1 0.5080 0.328870 0.576 0.000 0.004 0.420
#> GSM152837 1 0.1022 0.687549 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM152838 1 0.2081 0.678350 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM153178 3 0.1854 0.648579 0.048 0.000 0.940 0.012
#> GSM153179 1 0.3610 0.600814 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM153180 1 0.0524 0.689138 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM153181 1 0.3024 0.642738 0.852 0.000 0.148 0.000
#> GSM153183 3 0.3123 0.586537 0.000 0.000 0.844 0.156
#> GSM153184 4 0.5227 0.457860 0.256 0.000 0.040 0.704
#> GSM153185 1 0.2149 0.677571 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM153186 1 0.5497 0.026321 0.524 0.000 0.460 0.016
#> GSM153187 3 0.1724 0.646950 0.020 0.000 0.948 0.032
#> GSM153188 3 0.2704 0.603520 0.000 0.000 0.876 0.124
#> GSM153189 1 0.5085 0.379510 0.616 0.000 0.008 0.376
#> GSM153190 3 0.5331 0.414320 0.332 0.000 0.644 0.024
#> GSM153191 4 0.3286 0.638875 0.080 0.000 0.044 0.876
#> GSM153192 1 0.5510 0.310449 0.600 0.000 0.024 0.376
#> GSM153193 1 0.4543 0.466616 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM153194 4 0.4387 0.566610 0.200 0.000 0.024 0.776
#> GSM153195 4 0.4994 -0.000734 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM153196 1 0.3266 0.662162 0.876 0.000 0.084 0.040
#> GSM153197 1 0.2480 0.679021 0.904 0.000 0.088 0.008
#> GSM153198 3 0.7640 0.272033 0.280 0.000 0.468 0.252
#> GSM153199 3 0.4916 0.128928 0.000 0.000 0.576 0.424
#> GSM153200 3 0.3444 0.566967 0.000 0.000 0.816 0.184
#> GSM153201 3 0.5099 0.335222 0.380 0.000 0.612 0.008
#> GSM153202 1 0.2530 0.674853 0.896 0.000 0.004 0.100
#> GSM153203 1 0.4967 0.066316 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM153204 3 0.5236 0.090922 0.008 0.000 0.560 0.432
#> GSM153205 1 0.4431 0.499392 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM153206 3 0.3172 0.586019 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM153207 4 0.6280 0.462917 0.304 0.000 0.084 0.612
#> GSM153208 1 0.5268 0.250304 0.540 0.000 0.008 0.452
#> GSM153209 4 0.5901 0.180873 0.432 0.000 0.036 0.532
#> GSM153210 4 0.6944 0.483668 0.216 0.000 0.196 0.588
#> GSM153211 3 0.7841 0.134491 0.276 0.000 0.400 0.324
#> GSM153212 4 0.6003 0.059478 0.456 0.000 0.040 0.504
#> GSM153213 3 0.4992 -0.017942 0.000 0.000 0.524 0.476
#> GSM153214 4 0.4644 0.553575 0.228 0.000 0.024 0.748
#> GSM153215 1 0.5168 0.003634 0.504 0.000 0.004 0.492
#> GSM153216 1 0.5799 0.427486 0.668 0.000 0.068 0.264
#> GSM153217 4 0.4446 0.560595 0.196 0.000 0.028 0.776
#> GSM153218 4 0.4477 0.422896 0.000 0.000 0.312 0.688
#> GSM153219 4 0.3333 0.635643 0.088 0.000 0.040 0.872
#> GSM153220 4 0.3749 0.602514 0.128 0.000 0.032 0.840
#> GSM153221 4 0.4079 0.575152 0.180 0.000 0.020 0.800
#> GSM153222 1 0.4356 0.514904 0.708 0.000 0.000 0.292
#> GSM153223 1 0.2401 0.677390 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM153224 3 0.5436 0.378736 0.356 0.000 0.620 0.024
#> GSM153225 4 0.3711 0.610901 0.140 0.000 0.024 0.836
#> GSM153226 1 0.2345 0.673334 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM153227 1 0.2589 0.658264 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM153228 1 0.2401 0.677645 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM153229 1 0.2345 0.671428 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM153230 1 0.2469 0.667494 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM153231 1 0.3539 0.626350 0.820 0.000 0.004 0.176
#> GSM153232 1 0.1913 0.690010 0.940 0.000 0.020 0.040
#> GSM153233 1 0.2266 0.679320 0.912 0.000 0.004 0.084
#> GSM153234 1 0.2345 0.671428 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM153235 3 0.5138 0.319379 0.392 0.000 0.600 0.008
#> GSM153236 1 0.2401 0.676892 0.904 0.000 0.092 0.004
#> GSM153237 1 0.2149 0.677076 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM152992 3 0.2021 0.647573 0.056 0.000 0.932 0.012
#> GSM152993 4 0.6315 0.155114 0.432 0.000 0.060 0.508
#> GSM152994 4 0.5478 0.132157 0.444 0.000 0.016 0.540
#> GSM152995 4 0.4522 0.392543 0.000 0.000 0.320 0.680
#> GSM152996 4 0.3216 0.634799 0.044 0.000 0.076 0.880
#> GSM152997 4 0.4843 0.268792 0.000 0.000 0.396 0.604
#> GSM152998 3 0.4343 0.503779 0.004 0.000 0.732 0.264
#> GSM152999 3 0.2021 0.645846 0.056 0.000 0.932 0.012
#> GSM153000 4 0.3873 0.509533 0.000 0.000 0.228 0.772
#> GSM153001 4 0.5063 0.620042 0.108 0.000 0.124 0.768
#> GSM153002 4 0.4967 0.183560 0.000 0.000 0.452 0.548
#> GSM153003 3 0.4585 0.367468 0.000 0.000 0.668 0.332
#> GSM153004 3 0.5478 0.054361 0.000 0.016 0.540 0.444
#> GSM153005 1 0.1970 0.685975 0.932 0.000 0.060 0.008
#> GSM153006 3 0.4998 -0.004901 0.000 0.000 0.512 0.488
#> GSM153007 1 0.2408 0.670846 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM153008 3 0.6672 0.181718 0.408 0.000 0.504 0.088
#> GSM153009 3 0.5097 0.233463 0.428 0.000 0.568 0.004
#> GSM153010 3 0.2101 0.637317 0.012 0.000 0.928 0.060
#> GSM153011 3 0.4916 0.244772 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM153012 1 0.4992 0.064817 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM153013 1 0.5620 0.209458 0.560 0.000 0.024 0.416
#> GSM153014 4 0.5212 0.253878 0.008 0.000 0.420 0.572
#> GSM153015 3 0.3626 0.592351 0.184 0.000 0.812 0.004
#> GSM153016 3 0.2730 0.637624 0.088 0.000 0.896 0.016
#> GSM153017 3 0.1624 0.647548 0.028 0.000 0.952 0.020
#> GSM153018 3 0.5694 0.473555 0.080 0.000 0.696 0.224
#> GSM153019 3 0.7531 0.313380 0.316 0.000 0.476 0.208
#> GSM153020 3 0.2988 0.619282 0.012 0.000 0.876 0.112
#> GSM153021 3 0.2944 0.603605 0.004 0.000 0.868 0.128
#> GSM153022 4 0.5000 0.050607 0.000 0.000 0.496 0.504
#> GSM153023 4 0.4933 0.208524 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM153024 3 0.4382 0.406111 0.000 0.000 0.704 0.296
#> GSM153025 4 0.3383 0.646414 0.076 0.000 0.052 0.872
#> GSM153026 3 0.7902 0.077585 0.300 0.000 0.364 0.336
#> GSM153027 4 0.3550 0.622507 0.044 0.000 0.096 0.860
#> GSM153028 1 0.6238 0.373210 0.632 0.000 0.092 0.276
#> GSM153029 3 0.2882 0.637146 0.024 0.000 0.892 0.084
#> GSM153030 4 0.7401 0.260445 0.196 0.000 0.300 0.504
#> GSM153031 1 0.4776 0.348646 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM153032 3 0.4933 0.104119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> GSM153033 4 0.4761 0.341489 0.000 0.000 0.372 0.628
#> GSM153034 3 0.4454 0.390390 0.000 0.000 0.692 0.308
#> GSM153035 3 0.4994 -0.026840 0.000 0.000 0.520 0.480
#> GSM153036 4 0.5193 0.277198 0.008 0.000 0.412 0.580
#> GSM153037 4 0.3764 0.636935 0.116 0.000 0.040 0.844
#> GSM153038 4 0.4356 0.453007 0.000 0.000 0.292 0.708
#> GSM153039 3 0.2662 0.632650 0.016 0.000 0.900 0.084
#> GSM153040 3 0.1820 0.647340 0.036 0.000 0.944 0.020
#> GSM153041 3 0.2593 0.619259 0.004 0.000 0.892 0.104
#> GSM153042 1 0.2032 0.691405 0.936 0.000 0.028 0.036
#> GSM153043 3 0.3991 0.553623 0.020 0.000 0.808 0.172
#> GSM153044 3 0.1724 0.647972 0.032 0.000 0.948 0.020
#> GSM153045 3 0.1888 0.647759 0.044 0.000 0.940 0.016
#> GSM153046 3 0.2675 0.637173 0.048 0.000 0.908 0.044
#> GSM153047 3 0.1733 0.647158 0.028 0.000 0.948 0.024
#> GSM153048 3 0.1938 0.648149 0.052 0.000 0.936 0.012
#> GSM153049 3 0.2741 0.636226 0.096 0.000 0.892 0.012
#> GSM153050 1 0.4955 0.321197 0.648 0.000 0.344 0.008
#> GSM153051 3 0.4115 0.602322 0.028 0.120 0.836 0.016
#> GSM153052 1 0.1452 0.689033 0.956 0.000 0.036 0.008
#> GSM153053 1 0.1474 0.686574 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM187528 2 0.0188 0.979760 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM187529 2 0.0336 0.980009 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM187530 2 0.0376 0.978916 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM187531 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152881 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152882 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152883 2 0.1994 0.969741 0.004 0.936 0.008 0.052
#> GSM152884 2 0.1118 0.976718 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM152885 2 0.1994 0.969741 0.004 0.936 0.008 0.052
#> GSM152886 2 0.1443 0.976880 0.004 0.960 0.008 0.028
#> GSM152887 2 0.1994 0.969741 0.004 0.936 0.008 0.052
#> GSM152888 2 0.1114 0.978838 0.004 0.972 0.008 0.016
#> GSM152889 2 0.1339 0.977736 0.004 0.964 0.008 0.024
#> GSM152890 2 0.1339 0.977736 0.004 0.964 0.008 0.024
#> GSM152891 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152892 2 0.1339 0.977736 0.004 0.964 0.008 0.024
#> GSM152893 2 0.1339 0.977736 0.004 0.964 0.008 0.024
#> GSM152894 2 0.1339 0.977736 0.004 0.964 0.008 0.024
#> GSM152895 2 0.1994 0.969741 0.004 0.936 0.008 0.052
#> GSM152896 2 0.1994 0.969741 0.004 0.936 0.008 0.052
#> GSM152897 2 0.1994 0.969741 0.004 0.936 0.008 0.052
#> GSM152898 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152899 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152900 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152901 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152902 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152903 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152904 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM152905 2 0.0524 0.979741 0.000 0.988 0.008 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 3 0.678 0.1580 0.004 0.000 0.408 0.364 0.224
#> GSM152823 4 0.516 0.0903 0.072 0.000 0.004 0.668 0.256
#> GSM152824 4 0.686 -0.2874 0.332 0.000 0.004 0.404 0.260
#> GSM152825 3 0.679 0.1718 0.004 0.000 0.412 0.356 0.228
#> GSM152826 3 0.679 0.1718 0.004 0.000 0.412 0.356 0.228
#> GSM152827 4 0.604 -0.1698 0.100 0.000 0.016 0.584 0.300
#> GSM152828 3 0.611 -0.1814 0.060 0.000 0.484 0.028 0.428
#> GSM152829 5 0.744 0.0000 0.048 0.000 0.200 0.328 0.424
#> GSM152830 3 0.680 0.1382 0.004 0.000 0.396 0.372 0.228
#> GSM152831 4 0.588 0.3624 0.008 0.000 0.172 0.632 0.188
#> GSM152832 3 0.679 0.1718 0.004 0.000 0.412 0.356 0.228
#> GSM152833 4 0.807 -0.0900 0.104 0.000 0.324 0.356 0.216
#> GSM152834 4 0.219 0.4862 0.060 0.000 0.000 0.912 0.028
#> GSM152835 4 0.684 -0.3093 0.288 0.000 0.004 0.428 0.280
#> GSM152836 4 0.654 -0.2460 0.252 0.000 0.000 0.480 0.268
#> GSM152837 4 0.108 0.5306 0.008 0.000 0.000 0.964 0.028
#> GSM152838 4 0.316 0.5159 0.000 0.000 0.044 0.852 0.104
#> GSM153178 3 0.188 0.5028 0.000 0.000 0.924 0.012 0.064
#> GSM153179 4 0.407 0.3564 0.188 0.000 0.000 0.768 0.044
#> GSM153180 4 0.154 0.5356 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> GSM153181 4 0.629 0.3881 0.052 0.000 0.104 0.628 0.216
#> GSM153183 3 0.523 0.4095 0.144 0.000 0.684 0.000 0.172
#> GSM153184 1 0.678 0.1439 0.532 0.000 0.028 0.268 0.172
#> GSM153185 4 0.236 0.4851 0.060 0.000 0.000 0.904 0.036
#> GSM153186 4 0.762 -0.0820 0.052 0.000 0.336 0.380 0.232
#> GSM153187 3 0.223 0.5055 0.012 0.000 0.912 0.008 0.068
#> GSM153188 3 0.292 0.4634 0.020 0.000 0.856 0.000 0.124
#> GSM153189 4 0.561 0.1270 0.236 0.000 0.004 0.640 0.120
#> GSM153190 3 0.716 0.3131 0.036 0.000 0.488 0.252 0.224
#> GSM153191 1 0.255 0.5332 0.892 0.000 0.004 0.020 0.084
#> GSM153192 4 0.598 0.0121 0.424 0.000 0.012 0.488 0.076
#> GSM153193 4 0.519 0.1817 0.236 0.000 0.000 0.668 0.096
#> GSM153194 1 0.321 0.5281 0.832 0.000 0.008 0.152 0.008
#> GSM153195 1 0.520 0.3123 0.592 0.000 0.004 0.360 0.044
#> GSM153196 4 0.556 0.4570 0.088 0.000 0.040 0.700 0.172
#> GSM153197 4 0.352 0.5119 0.004 0.000 0.032 0.824 0.140
#> GSM153198 3 0.857 0.0692 0.256 0.000 0.292 0.236 0.216
#> GSM153199 3 0.618 0.0364 0.360 0.000 0.496 0.000 0.144
#> GSM153200 3 0.559 0.3589 0.128 0.000 0.628 0.000 0.244
#> GSM153201 3 0.668 0.2820 0.004 0.000 0.472 0.292 0.232
#> GSM153202 4 0.267 0.4783 0.060 0.000 0.004 0.892 0.044
#> GSM153203 4 0.664 -0.0460 0.004 0.000 0.372 0.432 0.192
#> GSM153204 1 0.622 0.3208 0.528 0.000 0.300 0.000 0.172
#> GSM153205 4 0.488 0.2556 0.176 0.000 0.000 0.716 0.108
#> GSM153206 3 0.548 0.4044 0.172 0.000 0.656 0.000 0.172
#> GSM153207 1 0.550 0.5191 0.696 0.000 0.036 0.192 0.076
#> GSM153208 4 0.673 -0.2458 0.276 0.000 0.004 0.464 0.256
#> GSM153209 1 0.600 0.3441 0.556 0.000 0.012 0.340 0.092
#> GSM153210 1 0.620 0.5069 0.664 0.000 0.096 0.152 0.088
#> GSM153211 1 0.849 0.0227 0.332 0.000 0.256 0.208 0.204
#> GSM153212 1 0.608 0.3523 0.568 0.000 0.012 0.312 0.108
#> GSM153213 3 0.625 -0.1147 0.416 0.000 0.440 0.000 0.144
#> GSM153214 1 0.363 0.5521 0.832 0.000 0.012 0.116 0.040
#> GSM153215 1 0.561 0.3070 0.576 0.000 0.004 0.344 0.076
#> GSM153216 4 0.665 0.2037 0.288 0.000 0.016 0.520 0.176
#> GSM153217 1 0.357 0.5026 0.832 0.000 0.004 0.112 0.052
#> GSM153218 1 0.446 0.5275 0.756 0.000 0.152 0.000 0.092
#> GSM153219 1 0.231 0.5411 0.912 0.000 0.004 0.044 0.040
#> GSM153220 1 0.446 0.4254 0.744 0.000 0.004 0.052 0.200
#> GSM153221 1 0.271 0.5319 0.888 0.000 0.004 0.072 0.036
#> GSM153222 4 0.498 0.2374 0.172 0.000 0.000 0.708 0.120
#> GSM153223 4 0.259 0.4706 0.060 0.000 0.000 0.892 0.048
#> GSM153224 3 0.720 0.2844 0.036 0.000 0.472 0.280 0.212
#> GSM153225 1 0.284 0.5438 0.884 0.000 0.008 0.072 0.036
#> GSM153226 4 0.273 0.4622 0.060 0.000 0.000 0.884 0.056
#> GSM153227 4 0.509 0.3432 0.000 0.000 0.152 0.700 0.148
#> GSM153228 4 0.251 0.4734 0.060 0.000 0.000 0.896 0.044
#> GSM153229 4 0.400 0.4969 0.004 0.000 0.044 0.788 0.164
#> GSM153230 4 0.443 0.4794 0.004 0.000 0.068 0.760 0.168
#> GSM153231 4 0.358 0.4148 0.076 0.000 0.004 0.836 0.084
#> GSM153232 4 0.151 0.5222 0.012 0.000 0.012 0.952 0.024
#> GSM153233 4 0.219 0.4868 0.060 0.000 0.000 0.912 0.028
#> GSM153234 4 0.430 0.4891 0.008 0.000 0.052 0.772 0.168
#> GSM153235 3 0.563 0.2837 0.000 0.000 0.580 0.324 0.096
#> GSM153236 4 0.303 0.5026 0.000 0.000 0.084 0.864 0.052
#> GSM153237 4 0.366 0.5089 0.004 0.000 0.044 0.820 0.132
#> GSM152992 3 0.194 0.5021 0.000 0.000 0.920 0.012 0.068
#> GSM152993 1 0.661 0.3539 0.540 0.000 0.028 0.296 0.136
#> GSM152994 1 0.610 0.3410 0.560 0.000 0.008 0.312 0.120
#> GSM152995 1 0.576 0.3623 0.580 0.000 0.116 0.000 0.304
#> GSM152996 1 0.383 0.5013 0.796 0.000 0.020 0.012 0.172
#> GSM152997 1 0.609 0.3561 0.572 0.000 0.212 0.000 0.216
#> GSM152998 3 0.620 0.2659 0.164 0.000 0.560 0.004 0.272
#> GSM152999 3 0.282 0.4600 0.000 0.000 0.856 0.012 0.132
#> GSM153000 1 0.531 0.4026 0.656 0.000 0.104 0.000 0.240
#> GSM153001 1 0.594 0.4337 0.680 0.000 0.088 0.068 0.164
#> GSM153002 1 0.599 0.2531 0.516 0.000 0.364 0.000 0.120
#> GSM153003 3 0.648 0.1749 0.256 0.000 0.496 0.000 0.248
#> GSM153004 3 0.668 0.0834 0.308 0.012 0.496 0.000 0.184
#> GSM153005 4 0.210 0.5334 0.008 0.000 0.024 0.924 0.044
#> GSM153006 1 0.672 0.0986 0.412 0.000 0.324 0.000 0.264
#> GSM153007 4 0.228 0.4843 0.060 0.000 0.000 0.908 0.032
#> GSM153008 3 0.808 0.1207 0.112 0.000 0.352 0.336 0.200
#> GSM153009 3 0.676 0.2482 0.004 0.000 0.444 0.316 0.236
#> GSM153010 3 0.344 0.4486 0.012 0.000 0.808 0.004 0.176
#> GSM153011 3 0.671 0.2559 0.004 0.000 0.456 0.312 0.228
#> GSM153012 1 0.543 0.2853 0.564 0.000 0.004 0.376 0.056
#> GSM153013 1 0.588 0.2064 0.500 0.000 0.008 0.416 0.076
#> GSM153014 1 0.530 0.5130 0.700 0.000 0.176 0.012 0.112
#> GSM153015 3 0.598 0.3933 0.012 0.000 0.612 0.128 0.248
#> GSM153016 3 0.477 0.4111 0.008 0.000 0.688 0.036 0.268
#> GSM153017 3 0.244 0.4599 0.000 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM153018 3 0.651 0.1809 0.108 0.000 0.556 0.036 0.300
#> GSM153019 3 0.854 0.1431 0.228 0.000 0.312 0.252 0.208
#> GSM153020 3 0.368 0.4629 0.096 0.000 0.832 0.008 0.064
#> GSM153021 3 0.352 0.4424 0.040 0.000 0.820 0.000 0.140
#> GSM153022 3 0.666 -0.1127 0.384 0.000 0.388 0.000 0.228
#> GSM153023 1 0.589 0.4096 0.600 0.000 0.224 0.000 0.176
#> GSM153024 3 0.572 0.2638 0.228 0.000 0.620 0.000 0.152
#> GSM153025 1 0.131 0.5606 0.960 0.000 0.012 0.016 0.012
#> GSM153026 1 0.844 0.1128 0.356 0.000 0.216 0.220 0.208
#> GSM153027 1 0.356 0.5202 0.828 0.000 0.032 0.008 0.132
#> GSM153028 4 0.742 0.1337 0.300 0.000 0.056 0.456 0.188
#> GSM153029 3 0.361 0.4873 0.064 0.000 0.824 0.000 0.112
#> GSM153030 1 0.716 0.4426 0.568 0.000 0.156 0.164 0.112
#> GSM153031 1 0.512 0.0681 0.500 0.000 0.004 0.468 0.028
#> GSM153032 3 0.627 0.0102 0.360 0.000 0.484 0.000 0.156
#> GSM153033 1 0.570 0.3965 0.612 0.000 0.256 0.000 0.132
#> GSM153034 3 0.552 0.3082 0.204 0.000 0.648 0.000 0.148
#> GSM153035 1 0.627 0.1249 0.440 0.000 0.412 0.000 0.148
#> GSM153036 1 0.599 0.3061 0.536 0.000 0.352 0.004 0.108
#> GSM153037 1 0.226 0.5658 0.920 0.000 0.020 0.024 0.036
#> GSM153038 1 0.563 0.4266 0.628 0.000 0.232 0.000 0.140
#> GSM153039 3 0.314 0.4584 0.040 0.000 0.852 0.000 0.108
#> GSM153040 3 0.296 0.4394 0.004 0.000 0.840 0.004 0.152
#> GSM153041 3 0.281 0.4901 0.040 0.000 0.876 0.000 0.084
#> GSM153042 4 0.165 0.5294 0.004 0.000 0.024 0.944 0.028
#> GSM153043 3 0.626 0.4333 0.132 0.000 0.640 0.048 0.180
#> GSM153044 3 0.272 0.4469 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144
#> GSM153045 3 0.249 0.4562 0.000 0.000 0.872 0.004 0.124
#> GSM153046 3 0.367 0.4299 0.016 0.000 0.812 0.016 0.156
#> GSM153047 3 0.267 0.4477 0.000 0.000 0.856 0.004 0.140
#> GSM153048 3 0.125 0.4983 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> GSM153049 3 0.348 0.4821 0.000 0.000 0.832 0.056 0.112
#> GSM153050 4 0.569 0.1729 0.000 0.000 0.356 0.552 0.092
#> GSM153051 3 0.471 0.4397 0.024 0.092 0.784 0.008 0.092
#> GSM153052 4 0.190 0.5267 0.004 0.000 0.024 0.932 0.040
#> GSM153053 4 0.283 0.5057 0.000 0.000 0.044 0.876 0.080
#> GSM187528 2 0.112 0.9440 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> GSM187529 2 0.104 0.9444 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> GSM187530 2 0.163 0.9353 0.004 0.944 0.016 0.000 0.036
#> GSM187531 2 0.088 0.9502 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM152881 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152882 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152883 2 0.212 0.9331 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM152884 2 0.183 0.9377 0.008 0.924 0.000 0.000 0.068
#> GSM152885 2 0.212 0.9331 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM152886 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152887 2 0.212 0.9331 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM152888 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152889 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152890 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152891 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152892 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152893 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152894 2 0.148 0.9483 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> GSM152895 2 0.212 0.9331 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM152896 2 0.212 0.9331 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM152897 2 0.212 0.9331 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> GSM152898 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152899 2 0.127 0.9454 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM152900 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152901 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152902 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152903 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152904 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM152905 2 0.104 0.9493 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.293 0.4824 0.820 0.000 0.000 0.164 0.000 0.016
#> GSM152823 4 0.449 0.5131 0.008 0.000 0.004 0.688 0.044 0.256
#> GSM152824 4 0.620 0.1374 0.000 0.000 0.008 0.440 0.268 0.284
#> GSM152825 1 0.286 0.4860 0.828 0.000 0.000 0.156 0.000 0.016
#> GSM152826 1 0.282 0.4862 0.832 0.000 0.000 0.152 0.000 0.016
#> GSM152827 4 0.477 0.4823 0.008 0.000 0.004 0.656 0.056 0.276
#> GSM152828 6 0.622 0.3984 0.152 0.000 0.136 0.032 0.052 0.628
#> GSM152829 6 0.646 0.2722 0.088 0.000 0.036 0.256 0.052 0.568
#> GSM152830 1 0.267 0.4884 0.828 0.000 0.000 0.168 0.004 0.000
#> GSM152831 1 0.436 -0.0583 0.548 0.000 0.000 0.432 0.016 0.004
#> GSM152832 1 0.269 0.4872 0.840 0.000 0.000 0.148 0.000 0.012
#> GSM152833 1 0.481 0.4732 0.728 0.000 0.016 0.136 0.108 0.012
#> GSM152834 4 0.137 0.7185 0.044 0.000 0.000 0.944 0.012 0.000
#> GSM152835 4 0.600 0.2109 0.000 0.000 0.004 0.472 0.232 0.292
#> GSM152836 4 0.578 0.2993 0.000 0.000 0.004 0.520 0.192 0.284
#> GSM152837 4 0.281 0.6871 0.172 0.000 0.000 0.820 0.008 0.000
#> GSM152838 4 0.356 0.6013 0.276 0.000 0.000 0.716 0.004 0.004
#> GSM153178 1 0.501 -0.1064 0.508 0.000 0.420 0.000 0.000 0.072
#> GSM153179 4 0.382 0.6111 0.028 0.000 0.000 0.804 0.108 0.060
#> GSM153180 4 0.348 0.6272 0.236 0.000 0.000 0.748 0.016 0.000
#> GSM153181 1 0.515 0.1161 0.572 0.000 0.000 0.348 0.068 0.012
#> GSM153183 1 0.702 -0.2949 0.364 0.000 0.352 0.000 0.076 0.208
#> GSM153184 5 0.667 0.3961 0.020 0.000 0.048 0.196 0.540 0.196
#> GSM153185 4 0.135 0.7206 0.056 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004
#> GSM153186 1 0.373 0.4876 0.780 0.000 0.000 0.144 0.076 0.000
#> GSM153187 1 0.520 -0.1559 0.464 0.000 0.456 0.004 0.000 0.076
#> GSM153188 3 0.545 0.0535 0.284 0.000 0.556 0.000 0.000 0.160
#> GSM153189 4 0.359 0.5642 0.000 0.000 0.000 0.792 0.140 0.068
#> GSM153190 1 0.342 0.4874 0.844 0.000 0.016 0.076 0.052 0.012
#> GSM153191 5 0.365 0.5721 0.000 0.000 0.048 0.036 0.820 0.096
#> GSM153192 5 0.541 0.2554 0.100 0.000 0.004 0.420 0.476 0.000
#> GSM153193 4 0.323 0.5891 0.000 0.000 0.000 0.816 0.140 0.044
#> GSM153194 5 0.407 0.6313 0.016 0.000 0.032 0.168 0.772 0.012
#> GSM153195 5 0.499 0.4491 0.036 0.000 0.016 0.368 0.576 0.004
#> GSM153196 4 0.539 0.2603 0.400 0.000 0.000 0.496 0.100 0.004
#> GSM153197 4 0.406 0.4589 0.372 0.000 0.000 0.616 0.008 0.004
#> GSM153198 1 0.595 0.3208 0.612 0.000 0.080 0.060 0.236 0.012
#> GSM153199 3 0.309 0.6316 0.028 0.000 0.840 0.000 0.120 0.012
#> GSM153200 1 0.717 -0.3294 0.380 0.000 0.140 0.000 0.140 0.340
#> GSM153201 1 0.200 0.4702 0.912 0.000 0.012 0.068 0.000 0.008
#> GSM153202 4 0.161 0.7204 0.056 0.000 0.000 0.932 0.004 0.008
#> GSM153203 1 0.376 0.3425 0.700 0.000 0.000 0.284 0.000 0.016
#> GSM153204 5 0.660 0.1128 0.264 0.000 0.316 0.004 0.396 0.020
#> GSM153205 4 0.278 0.6244 0.000 0.000 0.000 0.860 0.088 0.052
#> GSM153206 1 0.726 -0.2601 0.408 0.000 0.248 0.000 0.120 0.224
#> GSM153207 5 0.529 0.5801 0.164 0.000 0.044 0.116 0.676 0.000
#> GSM153208 4 0.584 0.2732 0.000 0.000 0.004 0.512 0.208 0.276
#> GSM153209 5 0.577 0.5290 0.168 0.000 0.020 0.208 0.600 0.004
#> GSM153210 5 0.646 0.5131 0.196 0.000 0.080 0.132 0.580 0.012
#> GSM153211 1 0.601 0.2431 0.580 0.000 0.060 0.068 0.280 0.012
#> GSM153212 5 0.562 0.5126 0.152 0.000 0.016 0.216 0.612 0.004
#> GSM153213 3 0.292 0.6341 0.024 0.000 0.848 0.000 0.120 0.008
#> GSM153214 5 0.394 0.6315 0.036 0.000 0.032 0.124 0.800 0.008
#> GSM153215 5 0.551 0.5125 0.092 0.000 0.012 0.280 0.604 0.012
#> GSM153216 1 0.657 0.0193 0.428 0.000 0.012 0.252 0.296 0.012
#> GSM153217 5 0.313 0.6158 0.000 0.000 0.012 0.104 0.844 0.040
#> GSM153218 5 0.530 0.4513 0.056 0.000 0.220 0.004 0.664 0.056
#> GSM153219 5 0.304 0.5927 0.000 0.000 0.040 0.040 0.864 0.056
#> GSM153220 5 0.537 0.5052 0.000 0.000 0.052 0.100 0.668 0.180
#> GSM153221 5 0.349 0.6086 0.000 0.000 0.024 0.096 0.828 0.052
#> GSM153222 4 0.323 0.6056 0.000 0.000 0.000 0.828 0.092 0.080
#> GSM153223 4 0.127 0.7162 0.036 0.000 0.000 0.952 0.004 0.008
#> GSM153224 1 0.376 0.4913 0.824 0.000 0.028 0.084 0.052 0.012
#> GSM153225 5 0.324 0.6101 0.000 0.000 0.036 0.080 0.848 0.036
#> GSM153226 4 0.140 0.7077 0.024 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024
#> GSM153227 1 0.409 -0.1038 0.528 0.000 0.000 0.464 0.000 0.008
#> GSM153228 4 0.101 0.7175 0.036 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004
#> GSM153229 4 0.406 0.4648 0.372 0.000 0.000 0.616 0.008 0.004
#> GSM153230 4 0.402 0.4184 0.400 0.000 0.000 0.592 0.004 0.004
#> GSM153231 4 0.153 0.7081 0.028 0.000 0.000 0.944 0.012 0.016
#> GSM153232 4 0.205 0.7152 0.108 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004
#> GSM153233 4 0.128 0.7201 0.052 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004
#> GSM153234 4 0.411 0.4247 0.392 0.000 0.000 0.596 0.008 0.004
#> GSM153235 1 0.601 0.3026 0.600 0.000 0.208 0.140 0.004 0.048
#> GSM153236 4 0.337 0.6757 0.180 0.000 0.008 0.796 0.004 0.012
#> GSM153237 4 0.374 0.5572 0.312 0.000 0.000 0.680 0.004 0.004
#> GSM152992 1 0.496 -0.0971 0.516 0.000 0.416 0.000 0.000 0.068
#> GSM152993 5 0.620 0.5126 0.192 0.000 0.044 0.188 0.572 0.004
#> GSM152994 5 0.636 0.5024 0.160 0.000 0.024 0.272 0.528 0.016
#> GSM152995 5 0.643 0.1537 0.036 0.000 0.212 0.000 0.484 0.268
#> GSM152996 5 0.488 0.4996 0.024 0.000 0.056 0.020 0.720 0.180
#> GSM152997 5 0.637 0.2218 0.044 0.000 0.216 0.000 0.520 0.220
#> GSM152998 1 0.720 -0.3221 0.396 0.000 0.112 0.004 0.156 0.332
#> GSM152999 1 0.587 -0.3892 0.476 0.000 0.236 0.000 0.000 0.288
#> GSM153000 5 0.591 0.2972 0.036 0.000 0.100 0.008 0.580 0.276
#> GSM153001 5 0.629 0.4193 0.028 0.000 0.100 0.064 0.612 0.196
#> GSM153002 3 0.335 0.5800 0.016 0.000 0.768 0.000 0.216 0.000
#> GSM153003 3 0.535 0.3919 0.052 0.000 0.672 0.000 0.104 0.172
#> GSM153004 3 0.281 0.6195 0.024 0.000 0.876 0.000 0.056 0.044
#> GSM153005 4 0.284 0.6864 0.172 0.000 0.000 0.820 0.004 0.004
#> GSM153006 6 0.726 0.0110 0.092 0.000 0.268 0.000 0.320 0.320
#> GSM153007 4 0.139 0.7131 0.032 0.000 0.000 0.948 0.016 0.004
#> GSM153008 1 0.493 0.4636 0.716 0.000 0.016 0.112 0.144 0.012
#> GSM153009 1 0.256 0.4712 0.876 0.000 0.008 0.096 0.000 0.020
#> GSM153010 1 0.612 -0.4985 0.360 0.000 0.336 0.000 0.000 0.304
#> GSM153011 1 0.227 0.4709 0.892 0.000 0.008 0.088 0.000 0.012
#> GSM153012 5 0.520 0.5071 0.084 0.000 0.012 0.308 0.596 0.000
#> GSM153013 5 0.582 0.3876 0.124 0.000 0.008 0.340 0.520 0.008
#> GSM153014 5 0.551 0.2484 0.076 0.000 0.360 0.008 0.544 0.012
#> GSM153015 1 0.273 0.4290 0.884 0.000 0.068 0.016 0.020 0.012
#> GSM153016 1 0.489 0.0451 0.684 0.000 0.076 0.004 0.016 0.220
#> GSM153017 1 0.607 -0.4778 0.404 0.000 0.284 0.000 0.000 0.312
#> GSM153018 1 0.736 -0.3600 0.380 0.000 0.096 0.028 0.124 0.372
#> GSM153019 1 0.555 0.3831 0.664 0.000 0.048 0.072 0.200 0.016
#> GSM153020 3 0.518 0.3440 0.252 0.000 0.640 0.004 0.012 0.092
#> GSM153021 3 0.450 0.3801 0.204 0.000 0.696 0.000 0.000 0.100
#> GSM153022 3 0.459 0.5297 0.016 0.000 0.728 0.000 0.136 0.120
#> GSM153023 5 0.635 0.0644 0.032 0.000 0.372 0.000 0.432 0.164
#> GSM153024 3 0.245 0.6177 0.048 0.000 0.896 0.000 0.040 0.016
#> GSM153025 5 0.288 0.5926 0.008 0.000 0.080 0.020 0.872 0.020
#> GSM153026 1 0.621 0.2006 0.552 0.000 0.064 0.076 0.296 0.012
#> GSM153027 5 0.469 0.3910 0.000 0.000 0.248 0.000 0.660 0.092
#> GSM153028 1 0.701 0.0460 0.408 0.000 0.048 0.268 0.268 0.008
#> GSM153029 3 0.469 0.3864 0.280 0.000 0.656 0.000 0.012 0.052
#> GSM153030 5 0.604 0.3337 0.332 0.000 0.068 0.064 0.532 0.004
#> GSM153031 5 0.437 0.3578 0.024 0.000 0.000 0.428 0.548 0.000
#> GSM153032 3 0.278 0.6352 0.032 0.000 0.872 0.000 0.080 0.016
#> GSM153033 3 0.421 0.4105 0.004 0.000 0.652 0.000 0.320 0.024
#> GSM153034 3 0.267 0.6136 0.064 0.000 0.880 0.000 0.044 0.012
#> GSM153035 3 0.278 0.6336 0.028 0.000 0.848 0.000 0.124 0.000
#> GSM153036 3 0.411 0.5012 0.012 0.000 0.696 0.004 0.276 0.012
#> GSM153037 5 0.346 0.5964 0.020 0.000 0.108 0.032 0.832 0.008
#> GSM153038 3 0.409 0.3588 0.004 0.000 0.632 0.000 0.352 0.012
#> GSM153039 3 0.461 0.3830 0.212 0.000 0.692 0.000 0.004 0.092
#> GSM153040 6 0.624 0.4439 0.344 0.000 0.296 0.000 0.004 0.356
#> GSM153041 3 0.555 -0.0266 0.388 0.000 0.488 0.000 0.004 0.120
#> GSM153042 4 0.252 0.6982 0.152 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000
#> GSM153043 1 0.492 0.3511 0.704 0.000 0.156 0.000 0.112 0.028
#> GSM153044 1 0.624 -0.5516 0.356 0.000 0.296 0.000 0.004 0.344
#> GSM153045 1 0.609 -0.5023 0.388 0.000 0.288 0.000 0.000 0.324
#> GSM153046 6 0.624 0.4387 0.344 0.000 0.304 0.000 0.004 0.348
#> GSM153047 6 0.624 0.4362 0.340 0.000 0.304 0.000 0.004 0.352
#> GSM153048 1 0.533 -0.2079 0.452 0.000 0.444 0.000 0.000 0.104
#> GSM153049 1 0.437 0.1417 0.664 0.000 0.284 0.000 0.000 0.052
#> GSM153050 1 0.621 0.0374 0.428 0.000 0.136 0.408 0.004 0.024
#> GSM153051 3 0.520 0.3669 0.256 0.032 0.648 0.000 0.004 0.060
#> GSM153052 4 0.277 0.6933 0.164 0.000 0.000 0.828 0.004 0.004
#> GSM153053 4 0.335 0.6397 0.244 0.000 0.000 0.748 0.000 0.008
#> GSM187528 2 0.197 0.8943 0.012 0.920 0.020 0.000 0.000 0.048
#> GSM187529 2 0.228 0.8967 0.012 0.900 0.020 0.000 0.000 0.068
#> GSM187530 2 0.229 0.8855 0.012 0.904 0.036 0.000 0.000 0.048
#> GSM187531 2 0.141 0.9099 0.004 0.948 0.008 0.000 0.004 0.036
#> GSM152881 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152882 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152883 2 0.362 0.8844 0.012 0.808 0.016 0.004 0.012 0.148
#> GSM152884 2 0.343 0.8816 0.024 0.840 0.028 0.000 0.012 0.096
#> GSM152885 2 0.362 0.8844 0.012 0.808 0.016 0.004 0.012 0.148
#> GSM152886 2 0.262 0.9054 0.012 0.872 0.008 0.004 0.000 0.104
#> GSM152887 2 0.362 0.8844 0.012 0.808 0.016 0.004 0.012 0.148
#> GSM152888 2 0.231 0.9089 0.012 0.892 0.004 0.004 0.000 0.088
#> GSM152889 2 0.257 0.9060 0.012 0.876 0.008 0.004 0.000 0.100
#> GSM152890 2 0.262 0.9054 0.012 0.872 0.008 0.004 0.000 0.104
#> GSM152891 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152892 2 0.257 0.9060 0.012 0.876 0.008 0.004 0.000 0.100
#> GSM152893 2 0.257 0.9060 0.012 0.876 0.008 0.004 0.000 0.100
#> GSM152894 2 0.262 0.9054 0.012 0.872 0.008 0.004 0.000 0.104
#> GSM152895 2 0.362 0.8844 0.012 0.808 0.016 0.004 0.012 0.148
#> GSM152896 2 0.362 0.8844 0.012 0.808 0.016 0.004 0.012 0.148
#> GSM152897 2 0.362 0.8844 0.012 0.808 0.016 0.004 0.012 0.148
#> GSM152898 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152899 2 0.199 0.9006 0.008 0.920 0.016 0.000 0.004 0.052
#> GSM152900 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152901 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152902 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152903 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152904 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
#> GSM152905 2 0.145 0.9104 0.008 0.948 0.008 0.000 0.004 0.032
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:kmeans 166 4.93e-29 2
#> MAD:kmeans 142 1.33e-32 3
#> MAD:kmeans 101 2.93e-21 4
#> MAD:kmeans 58 1.74e-08 5
#> MAD:kmeans 82 1.95e-15 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.897 0.942 0.974 0.4868 0.514 0.514
#> 3 3 0.421 0.555 0.767 0.3562 0.673 0.446
#> 4 4 0.490 0.548 0.752 0.1321 0.786 0.467
#> 5 5 0.508 0.465 0.675 0.0656 0.889 0.608
#> 6 6 0.545 0.410 0.597 0.0405 0.919 0.646
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152829 1 0.6531 0.8015 0.832 0.168
#> GSM152830 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153178 2 0.4161 0.9035 0.084 0.916
#> GSM153179 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.2236 0.9466 0.036 0.964
#> GSM153184 1 0.2043 0.9507 0.968 0.032
#> GSM153185 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.4298 0.8973 0.912 0.088
#> GSM153188 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.1184 0.9636 0.984 0.016
#> GSM153192 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0938 0.9667 0.988 0.012
#> GSM153199 2 0.4431 0.8970 0.092 0.908
#> GSM153200 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.4690 0.8849 0.900 0.100
#> GSM153205 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.5059 0.8722 0.888 0.112
#> GSM153207 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153213 2 0.5519 0.8577 0.128 0.872
#> GSM153214 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0672 0.9695 0.992 0.008
#> GSM153219 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.0672 0.9657 0.008 0.992
#> GSM153236 1 0.6438 0.8089 0.836 0.164
#> GSM153237 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152992 2 0.4939 0.8795 0.108 0.892
#> GSM152993 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM152995 2 0.8016 0.6900 0.244 0.756
#> GSM152996 1 0.1414 0.9605 0.980 0.020
#> GSM152997 2 0.1414 0.9581 0.020 0.980
#> GSM152998 1 0.0376 0.9722 0.996 0.004
#> GSM152999 2 0.1414 0.9587 0.020 0.980
#> GSM153000 2 0.8909 0.5746 0.308 0.692
#> GSM153001 1 0.5294 0.8630 0.880 0.120
#> GSM153002 2 0.8207 0.6729 0.256 0.744
#> GSM153003 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.0672 0.9657 0.008 0.992
#> GSM153007 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0376 0.9722 0.996 0.004
#> GSM153010 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153011 1 0.2603 0.9402 0.956 0.044
#> GSM153012 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.2948 0.9321 0.948 0.052
#> GSM153016 1 0.0938 0.9667 0.988 0.012
#> GSM153017 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153018 1 0.0672 0.9695 0.992 0.008
#> GSM153019 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153021 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153023 2 0.3274 0.9266 0.060 0.940
#> GSM153024 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153027 2 0.9522 0.4232 0.372 0.628
#> GSM153028 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.0938 0.9636 0.012 0.988
#> GSM153030 1 0.0376 0.9722 0.996 0.004
#> GSM153031 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153032 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153033 2 0.5842 0.8441 0.140 0.860
#> GSM153034 2 0.0672 0.9658 0.008 0.992
#> GSM153035 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153036 1 0.9998 0.0268 0.508 0.492
#> GSM153037 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.7602 0.7214 0.780 0.220
#> GSM153039 2 0.0938 0.9637 0.012 0.988
#> GSM153040 2 0.0376 0.9676 0.004 0.996
#> GSM153041 2 0.1414 0.9587 0.020 0.980
#> GSM153042 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.7219 0.7578 0.800 0.200
#> GSM153044 2 0.1633 0.9559 0.024 0.976
#> GSM153045 2 0.2043 0.9498 0.032 0.968
#> GSM153046 1 0.7219 0.7562 0.800 0.200
#> GSM153047 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153048 2 0.0376 0.9676 0.004 0.996
#> GSM153049 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153050 1 0.9000 0.5433 0.684 0.316
#> GSM153051 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9694 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.4796 0.6089 0.780 0.000 0.220
#> GSM152823 1 0.0747 0.6849 0.984 0.000 0.016
#> GSM152824 3 0.6168 0.4852 0.412 0.000 0.588
#> GSM152825 1 0.5058 0.5897 0.756 0.000 0.244
#> GSM152826 1 0.5016 0.5930 0.760 0.000 0.240
#> GSM152827 1 0.1529 0.6844 0.960 0.000 0.040
#> GSM152828 2 0.6398 0.7093 0.060 0.748 0.192
#> GSM152829 1 0.4749 0.6506 0.844 0.040 0.116
#> GSM152830 1 0.4887 0.6023 0.772 0.000 0.228
#> GSM152831 1 0.3412 0.6602 0.876 0.000 0.124
#> GSM152832 1 0.4796 0.6085 0.780 0.000 0.220
#> GSM152833 1 0.6062 0.4175 0.616 0.000 0.384
#> GSM152834 1 0.1860 0.6630 0.948 0.000 0.052
#> GSM152835 3 0.6307 0.3385 0.488 0.000 0.512
#> GSM152836 1 0.5465 0.3319 0.712 0.000 0.288
#> GSM152837 1 0.1411 0.6722 0.964 0.000 0.036
#> GSM152838 1 0.0592 0.6870 0.988 0.000 0.012
#> GSM153178 1 0.9982 0.1112 0.348 0.304 0.348
#> GSM153179 1 0.5098 0.4123 0.752 0.000 0.248
#> GSM153180 1 0.1163 0.6809 0.972 0.000 0.028
#> GSM153181 1 0.3038 0.6785 0.896 0.000 0.104
#> GSM153183 3 0.6209 0.2019 0.004 0.368 0.628
#> GSM153184 1 0.8614 -0.2279 0.484 0.100 0.416
#> GSM153185 1 0.0592 0.6841 0.988 0.000 0.012
#> GSM153186 1 0.5178 0.5998 0.744 0.000 0.256
#> GSM153187 3 0.7138 -0.1529 0.436 0.024 0.540
#> GSM153188 3 0.6935 0.0795 0.024 0.372 0.604
#> GSM153189 1 0.4750 0.4846 0.784 0.000 0.216
#> GSM153190 3 0.6244 -0.1459 0.440 0.000 0.560
#> GSM153191 3 0.5623 0.6086 0.280 0.004 0.716
#> GSM153192 1 0.6235 -0.1394 0.564 0.000 0.436
#> GSM153193 1 0.5098 0.4120 0.752 0.000 0.248
#> GSM153194 3 0.5859 0.5698 0.344 0.000 0.656
#> GSM153195 3 0.6309 0.3169 0.496 0.000 0.504
#> GSM153196 1 0.4235 0.5989 0.824 0.000 0.176
#> GSM153197 1 0.1031 0.6871 0.976 0.000 0.024
#> GSM153198 3 0.5929 0.4310 0.320 0.004 0.676
#> GSM153199 3 0.2590 0.6111 0.004 0.072 0.924
#> GSM153200 3 0.6209 0.1659 0.004 0.368 0.628
#> GSM153201 1 0.4974 0.6033 0.764 0.000 0.236
#> GSM153202 1 0.0747 0.6849 0.984 0.000 0.016
#> GSM153203 1 0.4452 0.6261 0.808 0.000 0.192
#> GSM153204 3 0.1529 0.6098 0.040 0.000 0.960
#> GSM153205 1 0.4002 0.5562 0.840 0.000 0.160
#> GSM153206 3 0.1289 0.5893 0.032 0.000 0.968
#> GSM153207 3 0.5988 0.5480 0.368 0.000 0.632
#> GSM153208 1 0.6260 -0.1819 0.552 0.000 0.448
#> GSM153209 3 0.6126 0.4963 0.400 0.000 0.600
#> GSM153210 3 0.6008 0.5270 0.372 0.000 0.628
#> GSM153211 3 0.4842 0.5606 0.224 0.000 0.776
#> GSM153212 3 0.6235 0.4454 0.436 0.000 0.564
#> GSM153213 3 0.3987 0.6204 0.020 0.108 0.872
#> GSM153214 3 0.5706 0.5852 0.320 0.000 0.680
#> GSM153215 3 0.6215 0.4616 0.428 0.000 0.572
#> GSM153216 1 0.6286 -0.1322 0.536 0.000 0.464
#> GSM153217 3 0.5905 0.5590 0.352 0.000 0.648
#> GSM153218 3 0.1753 0.6221 0.048 0.000 0.952
#> GSM153219 3 0.5529 0.6013 0.296 0.000 0.704
#> GSM153220 3 0.5621 0.5944 0.308 0.000 0.692
#> GSM153221 3 0.5678 0.5878 0.316 0.000 0.684
#> GSM153222 1 0.4452 0.5140 0.808 0.000 0.192
#> GSM153223 1 0.0747 0.6827 0.984 0.000 0.016
#> GSM153224 1 0.6291 0.3366 0.532 0.000 0.468
#> GSM153225 3 0.5650 0.5901 0.312 0.000 0.688
#> GSM153226 1 0.1031 0.6791 0.976 0.000 0.024
#> GSM153227 1 0.3038 0.6708 0.896 0.000 0.104
#> GSM153228 1 0.0592 0.6835 0.988 0.000 0.012
#> GSM153229 1 0.1031 0.6869 0.976 0.000 0.024
#> GSM153230 1 0.2066 0.6824 0.940 0.000 0.060
#> GSM153231 1 0.0892 0.6810 0.980 0.000 0.020
#> GSM153232 1 0.0424 0.6846 0.992 0.000 0.008
#> GSM153233 1 0.0424 0.6847 0.992 0.000 0.008
#> GSM153234 1 0.1411 0.6862 0.964 0.000 0.036
#> GSM153235 2 0.7962 0.3191 0.352 0.576 0.072
#> GSM153236 1 0.2339 0.6774 0.940 0.048 0.012
#> GSM153237 1 0.0892 0.6870 0.980 0.000 0.020
#> GSM152992 1 0.9444 0.2553 0.440 0.180 0.380
#> GSM152993 1 0.6274 -0.1818 0.544 0.000 0.456
#> GSM152994 3 0.6286 0.3832 0.464 0.000 0.536
#> GSM152995 3 0.4179 0.6358 0.052 0.072 0.876
#> GSM152996 3 0.4842 0.6310 0.224 0.000 0.776
#> GSM152997 3 0.5591 0.4586 0.000 0.304 0.696
#> GSM152998 3 0.4605 0.4987 0.204 0.000 0.796
#> GSM152999 1 0.9653 0.2895 0.456 0.232 0.312
#> GSM153000 3 0.5625 0.6347 0.076 0.116 0.808
#> GSM153001 3 0.7839 0.3009 0.464 0.052 0.484
#> GSM153002 3 0.1999 0.6229 0.036 0.012 0.952
#> GSM153003 3 0.6274 -0.0639 0.000 0.456 0.544
#> GSM153004 2 0.1753 0.8629 0.000 0.952 0.048
#> GSM153005 1 0.0424 0.6851 0.992 0.000 0.008
#> GSM153006 3 0.4645 0.5629 0.008 0.176 0.816
#> GSM153007 1 0.2711 0.6344 0.912 0.000 0.088
#> GSM153008 3 0.6305 -0.0324 0.484 0.000 0.516
#> GSM153009 1 0.5291 0.5733 0.732 0.000 0.268
#> GSM153010 2 0.6027 0.6639 0.016 0.712 0.272
#> GSM153011 1 0.5919 0.5515 0.712 0.012 0.276
#> GSM153012 1 0.6307 -0.2966 0.512 0.000 0.488
#> GSM153013 1 0.6026 0.0656 0.624 0.000 0.376
#> GSM153014 3 0.4002 0.6383 0.160 0.000 0.840
#> GSM153015 1 0.6520 0.3096 0.508 0.004 0.488
#> GSM153016 1 0.6735 0.4016 0.564 0.012 0.424
#> GSM153017 2 0.9168 0.4208 0.184 0.528 0.288
#> GSM153018 1 0.6513 0.2648 0.520 0.004 0.476
#> GSM153019 3 0.5254 0.4534 0.264 0.000 0.736
#> GSM153020 2 0.2939 0.8428 0.012 0.916 0.072
#> GSM153021 2 0.5810 0.5927 0.000 0.664 0.336
#> GSM153022 2 0.6026 0.3812 0.000 0.624 0.376
#> GSM153023 3 0.4469 0.6236 0.028 0.120 0.852
#> GSM153024 2 0.5138 0.6819 0.000 0.748 0.252
#> GSM153025 3 0.5397 0.6104 0.280 0.000 0.720
#> GSM153026 3 0.5178 0.5712 0.256 0.000 0.744
#> GSM153027 3 0.6208 0.6350 0.192 0.052 0.756
#> GSM153028 1 0.6204 -0.0112 0.576 0.000 0.424
#> GSM153029 2 0.8401 0.1453 0.084 0.472 0.444
#> GSM153030 3 0.5216 0.5961 0.260 0.000 0.740
#> GSM153031 3 0.6302 0.3648 0.480 0.000 0.520
#> GSM153032 3 0.5178 0.4755 0.000 0.256 0.744
#> GSM153033 3 0.4708 0.6303 0.036 0.120 0.844
#> GSM153034 3 0.5109 0.5062 0.008 0.212 0.780
#> GSM153035 3 0.5541 0.5255 0.008 0.252 0.740
#> GSM153036 3 0.7884 0.5958 0.252 0.104 0.644
#> GSM153037 3 0.5560 0.5994 0.300 0.000 0.700
#> GSM153038 3 0.4748 0.6446 0.144 0.024 0.832
#> GSM153039 2 0.9367 0.0705 0.168 0.428 0.404
#> GSM153040 2 0.8472 0.5435 0.160 0.612 0.228
#> GSM153041 3 0.7104 0.1482 0.032 0.360 0.608
#> GSM153042 1 0.0592 0.6857 0.988 0.000 0.012
#> GSM153043 3 0.6578 0.5022 0.224 0.052 0.724
#> GSM153044 1 0.9911 0.1718 0.400 0.304 0.296
#> GSM153045 1 0.9735 0.2699 0.440 0.244 0.316
#> GSM153046 1 0.7442 0.2989 0.588 0.044 0.368
#> GSM153047 2 0.3983 0.7969 0.004 0.852 0.144
#> GSM153048 1 0.9895 0.2092 0.396 0.272 0.332
#> GSM153049 2 0.6119 0.7248 0.064 0.772 0.164
#> GSM153050 1 0.5657 0.6275 0.808 0.088 0.104
#> GSM153051 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM153052 1 0.0237 0.6855 0.996 0.000 0.004
#> GSM153053 1 0.1163 0.6876 0.972 0.000 0.028
#> GSM187528 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.8940 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.506 0.38250 0.368 0.000 0.624 0.008
#> GSM152823 1 0.264 0.71801 0.908 0.000 0.032 0.060
#> GSM152824 1 0.512 0.23972 0.556 0.000 0.004 0.440
#> GSM152825 3 0.488 0.49397 0.288 0.000 0.696 0.016
#> GSM152826 3 0.480 0.49077 0.292 0.000 0.696 0.012
#> GSM152827 1 0.448 0.68179 0.808 0.000 0.104 0.088
#> GSM152828 3 0.790 0.40757 0.068 0.324 0.524 0.084
#> GSM152829 1 0.695 0.18204 0.516 0.012 0.392 0.080
#> GSM152830 3 0.511 0.44107 0.328 0.000 0.656 0.016
#> GSM152831 1 0.514 0.42938 0.680 0.000 0.296 0.024
#> GSM152832 3 0.484 0.48223 0.300 0.000 0.688 0.012
#> GSM152833 3 0.767 0.22382 0.348 0.000 0.432 0.220
#> GSM152834 1 0.166 0.71822 0.944 0.000 0.004 0.052
#> GSM152835 1 0.529 0.32719 0.584 0.000 0.012 0.404
#> GSM152836 1 0.437 0.56375 0.728 0.000 0.004 0.268
#> GSM152837 1 0.194 0.72337 0.940 0.000 0.028 0.032
#> GSM152838 1 0.330 0.65094 0.848 0.000 0.144 0.008
#> GSM153178 3 0.391 0.58445 0.032 0.028 0.860 0.080
#> GSM153179 1 0.340 0.67351 0.840 0.000 0.008 0.152
#> GSM153180 1 0.200 0.71816 0.936 0.000 0.044 0.020
#> GSM153181 1 0.540 0.55509 0.720 0.000 0.212 0.068
#> GSM153183 3 0.767 0.28762 0.004 0.208 0.480 0.308
#> GSM153184 1 0.762 0.13812 0.480 0.056 0.064 0.400
#> GSM153185 1 0.213 0.72343 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM153186 3 0.704 0.31225 0.352 0.000 0.516 0.132
#> GSM153187 3 0.722 0.42026 0.192 0.004 0.568 0.236
#> GSM153188 3 0.578 0.41647 0.004 0.060 0.680 0.256
#> GSM153189 1 0.439 0.58118 0.740 0.000 0.008 0.252
#> GSM153190 3 0.611 0.53315 0.176 0.000 0.680 0.144
#> GSM153191 4 0.355 0.61630 0.144 0.000 0.016 0.840
#> GSM153192 1 0.542 0.38445 0.624 0.000 0.024 0.352
#> GSM153193 1 0.340 0.65246 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM153194 4 0.498 0.29606 0.384 0.000 0.004 0.612
#> GSM153195 1 0.551 0.03805 0.496 0.000 0.016 0.488
#> GSM153196 1 0.604 0.58632 0.688 0.000 0.156 0.156
#> GSM153197 1 0.333 0.67770 0.864 0.000 0.112 0.024
#> GSM153198 4 0.769 0.11931 0.192 0.004 0.352 0.452
#> GSM153199 4 0.486 0.44716 0.000 0.016 0.284 0.700
#> GSM153200 3 0.722 0.31994 0.004 0.156 0.548 0.292
#> GSM153201 3 0.537 0.47754 0.304 0.000 0.664 0.032
#> GSM153202 1 0.282 0.72071 0.900 0.000 0.064 0.036
#> GSM153203 1 0.541 -0.09378 0.496 0.000 0.492 0.012
#> GSM153204 4 0.514 0.49727 0.036 0.000 0.256 0.708
#> GSM153205 1 0.345 0.65631 0.828 0.000 0.004 0.168
#> GSM153206 3 0.591 0.11905 0.036 0.000 0.528 0.436
#> GSM153207 4 0.588 0.53617 0.248 0.000 0.080 0.672
#> GSM153208 1 0.477 0.50199 0.684 0.000 0.008 0.308
#> GSM153209 4 0.621 0.31892 0.360 0.000 0.064 0.576
#> GSM153210 4 0.700 0.44511 0.268 0.000 0.164 0.568
#> GSM153211 4 0.728 0.26323 0.172 0.000 0.316 0.512
#> GSM153212 4 0.649 0.08332 0.436 0.000 0.072 0.492
#> GSM153213 4 0.467 0.55008 0.012 0.024 0.184 0.780
#> GSM153214 4 0.454 0.56127 0.216 0.000 0.024 0.760
#> GSM153215 4 0.576 0.08276 0.448 0.000 0.028 0.524
#> GSM153216 1 0.688 0.24058 0.532 0.000 0.116 0.352
#> GSM153217 4 0.480 0.48436 0.276 0.000 0.016 0.708
#> GSM153218 4 0.370 0.58846 0.016 0.000 0.156 0.828
#> GSM153219 4 0.345 0.60297 0.168 0.000 0.004 0.828
#> GSM153220 4 0.421 0.55865 0.216 0.000 0.012 0.772
#> GSM153221 4 0.466 0.48950 0.272 0.000 0.012 0.716
#> GSM153222 1 0.330 0.67950 0.848 0.000 0.008 0.144
#> GSM153223 1 0.147 0.71559 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM153224 3 0.603 0.52325 0.236 0.000 0.668 0.096
#> GSM153225 4 0.433 0.56365 0.216 0.000 0.016 0.768
#> GSM153226 1 0.164 0.71466 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM153227 1 0.516 0.47140 0.688 0.000 0.284 0.028
#> GSM153228 1 0.164 0.71977 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM153229 1 0.322 0.66051 0.860 0.000 0.128 0.012
#> GSM153230 1 0.368 0.62022 0.816 0.000 0.176 0.008
#> GSM153231 1 0.212 0.71420 0.924 0.000 0.008 0.068
#> GSM153232 1 0.189 0.71895 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM153233 1 0.111 0.72059 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM153234 1 0.388 0.61823 0.812 0.000 0.172 0.016
#> GSM153235 2 0.821 -0.23356 0.232 0.404 0.348 0.016
#> GSM153236 1 0.366 0.69351 0.864 0.024 0.096 0.016
#> GSM153237 1 0.299 0.67153 0.876 0.000 0.112 0.012
#> GSM152992 3 0.347 0.58891 0.044 0.004 0.872 0.080
#> GSM152993 4 0.676 0.28180 0.376 0.000 0.100 0.524
#> GSM152994 4 0.644 0.28823 0.376 0.000 0.076 0.548
#> GSM152995 4 0.393 0.53742 0.004 0.004 0.196 0.796
#> GSM152996 4 0.428 0.62559 0.104 0.000 0.076 0.820
#> GSM152997 4 0.708 0.41344 0.016 0.168 0.196 0.620
#> GSM152998 3 0.675 0.41273 0.136 0.000 0.592 0.272
#> GSM152999 3 0.211 0.59260 0.024 0.004 0.936 0.036
#> GSM153000 4 0.613 0.54138 0.048 0.056 0.176 0.720
#> GSM153001 1 0.866 -0.09659 0.392 0.064 0.156 0.388
#> GSM153002 4 0.358 0.56233 0.004 0.000 0.180 0.816
#> GSM153003 4 0.781 -0.04530 0.000 0.256 0.344 0.400
#> GSM153004 2 0.456 0.72412 0.000 0.796 0.064 0.140
#> GSM153005 1 0.180 0.71737 0.944 0.000 0.040 0.016
#> GSM153006 4 0.715 0.18917 0.012 0.108 0.336 0.544
#> GSM153007 1 0.187 0.70955 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM153008 1 0.789 -0.06180 0.360 0.000 0.352 0.288
#> GSM153009 3 0.501 0.51498 0.276 0.000 0.700 0.024
#> GSM153010 3 0.606 0.48099 0.000 0.248 0.660 0.092
#> GSM153011 3 0.441 0.55028 0.232 0.004 0.756 0.008
#> GSM153012 1 0.591 0.11642 0.528 0.000 0.036 0.436
#> GSM153013 1 0.579 0.33816 0.580 0.000 0.036 0.384
#> GSM153014 4 0.389 0.61441 0.068 0.000 0.088 0.844
#> GSM153015 3 0.451 0.59024 0.120 0.000 0.804 0.076
#> GSM153016 3 0.365 0.60015 0.092 0.000 0.856 0.052
#> GSM153017 3 0.427 0.57257 0.008 0.096 0.832 0.064
#> GSM153018 3 0.709 0.43379 0.224 0.000 0.568 0.208
#> GSM153019 3 0.765 0.11671 0.212 0.000 0.424 0.364
#> GSM153020 2 0.684 0.53452 0.040 0.672 0.172 0.116
#> GSM153021 3 0.730 0.32973 0.000 0.236 0.536 0.228
#> GSM153022 4 0.704 0.12668 0.000 0.428 0.120 0.452
#> GSM153023 4 0.353 0.56922 0.000 0.012 0.152 0.836
#> GSM153024 4 0.782 -0.00181 0.000 0.360 0.256 0.384
#> GSM153025 4 0.310 0.63366 0.120 0.000 0.012 0.868
#> GSM153026 4 0.712 0.35327 0.180 0.000 0.264 0.556
#> GSM153027 4 0.296 0.62986 0.072 0.004 0.028 0.896
#> GSM153028 1 0.704 0.09581 0.464 0.000 0.120 0.416
#> GSM153029 3 0.859 0.09861 0.032 0.248 0.380 0.340
#> GSM153030 4 0.675 0.52156 0.212 0.000 0.176 0.612
#> GSM153031 1 0.498 0.46590 0.664 0.000 0.012 0.324
#> GSM153032 4 0.614 0.33896 0.000 0.072 0.312 0.616
#> GSM153033 4 0.277 0.59058 0.004 0.000 0.116 0.880
#> GSM153034 4 0.647 0.14226 0.000 0.072 0.416 0.512
#> GSM153035 4 0.527 0.50905 0.000 0.076 0.184 0.740
#> GSM153036 4 0.566 0.58989 0.076 0.016 0.168 0.740
#> GSM153037 4 0.371 0.63150 0.112 0.000 0.040 0.848
#> GSM153038 4 0.261 0.60627 0.008 0.000 0.096 0.896
#> GSM153039 3 0.892 0.26764 0.088 0.204 0.468 0.240
#> GSM153040 3 0.650 0.51842 0.044 0.168 0.700 0.088
#> GSM153041 3 0.587 0.47804 0.004 0.096 0.704 0.196
#> GSM153042 1 0.171 0.71890 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM153043 3 0.794 0.15356 0.192 0.012 0.432 0.364
#> GSM153044 3 0.524 0.55525 0.060 0.036 0.788 0.116
#> GSM153045 3 0.299 0.59267 0.036 0.016 0.904 0.044
#> GSM153046 3 0.810 0.20043 0.288 0.012 0.440 0.260
#> GSM153047 3 0.612 0.27970 0.000 0.396 0.552 0.052
#> GSM153048 3 0.308 0.58551 0.028 0.012 0.896 0.064
#> GSM153049 3 0.605 0.34973 0.016 0.380 0.580 0.024
#> GSM153050 1 0.620 0.43793 0.660 0.052 0.268 0.020
#> GSM153051 2 0.100 0.93502 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM153052 1 0.218 0.70610 0.924 0.000 0.064 0.012
#> GSM153053 1 0.385 0.62287 0.808 0.000 0.180 0.012
#> GSM187528 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.000 0.96113 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.514 0.4795 0.660 0.000 0.080 0.260 0.000
#> GSM152823 4 0.405 0.6525 0.080 0.000 0.040 0.824 0.056
#> GSM152824 5 0.603 0.1535 0.044 0.000 0.036 0.432 0.488
#> GSM152825 1 0.448 0.5005 0.744 0.000 0.072 0.184 0.000
#> GSM152826 1 0.450 0.4957 0.748 0.000 0.084 0.168 0.000
#> GSM152827 4 0.628 0.5302 0.144 0.000 0.076 0.656 0.124
#> GSM152828 3 0.847 0.3423 0.272 0.152 0.440 0.052 0.084
#> GSM152829 4 0.817 -0.0628 0.244 0.004 0.304 0.356 0.092
#> GSM152830 1 0.403 0.5187 0.772 0.000 0.032 0.192 0.004
#> GSM152831 4 0.498 0.1658 0.436 0.000 0.012 0.540 0.012
#> GSM152832 1 0.459 0.5105 0.756 0.000 0.076 0.160 0.008
#> GSM152833 1 0.643 0.4784 0.612 0.000 0.044 0.212 0.132
#> GSM152834 4 0.199 0.6746 0.028 0.000 0.004 0.928 0.040
#> GSM152835 4 0.654 -0.0537 0.040 0.000 0.080 0.448 0.432
#> GSM152836 4 0.560 0.3831 0.036 0.000 0.040 0.628 0.296
#> GSM152837 4 0.339 0.6731 0.128 0.000 0.004 0.836 0.032
#> GSM152838 4 0.328 0.6140 0.184 0.000 0.004 0.808 0.004
#> GSM153178 3 0.579 0.3459 0.380 0.008 0.556 0.032 0.024
#> GSM153179 4 0.580 0.4583 0.096 0.000 0.020 0.640 0.244
#> GSM153180 4 0.426 0.6454 0.164 0.000 0.008 0.776 0.052
#> GSM153181 4 0.607 0.2416 0.376 0.000 0.040 0.536 0.048
#> GSM153183 3 0.832 0.3300 0.296 0.140 0.372 0.004 0.188
#> GSM153184 5 0.850 0.2795 0.108 0.052 0.108 0.340 0.392
#> GSM153185 4 0.241 0.6790 0.044 0.000 0.016 0.912 0.028
#> GSM153186 1 0.658 0.5104 0.588 0.000 0.060 0.252 0.100
#> GSM153187 3 0.813 0.1322 0.276 0.000 0.400 0.140 0.184
#> GSM153188 3 0.523 0.5151 0.160 0.028 0.724 0.000 0.088
#> GSM153189 4 0.597 0.4106 0.044 0.000 0.064 0.624 0.268
#> GSM153190 1 0.556 0.4699 0.720 0.000 0.100 0.068 0.112
#> GSM153191 5 0.403 0.5521 0.016 0.000 0.080 0.088 0.816
#> GSM153192 4 0.647 0.1636 0.120 0.000 0.020 0.516 0.344
#> GSM153193 4 0.372 0.5673 0.004 0.000 0.012 0.776 0.208
#> GSM153194 5 0.632 0.4351 0.024 0.000 0.104 0.320 0.552
#> GSM153195 5 0.682 0.1551 0.076 0.000 0.064 0.424 0.436
#> GSM153196 4 0.645 0.4100 0.224 0.000 0.024 0.584 0.168
#> GSM153197 4 0.338 0.6233 0.160 0.000 0.004 0.820 0.016
#> GSM153198 1 0.790 0.2281 0.452 0.000 0.148 0.148 0.252
#> GSM153199 3 0.661 0.0409 0.160 0.004 0.448 0.004 0.384
#> GSM153200 3 0.794 0.3063 0.344 0.108 0.376 0.000 0.172
#> GSM153201 1 0.724 0.4070 0.544 0.000 0.184 0.188 0.084
#> GSM153202 4 0.368 0.6732 0.088 0.000 0.020 0.840 0.052
#> GSM153203 1 0.562 0.2405 0.540 0.000 0.068 0.388 0.004
#> GSM153204 5 0.703 0.0596 0.312 0.000 0.300 0.008 0.380
#> GSM153205 4 0.425 0.5726 0.020 0.000 0.024 0.768 0.188
#> GSM153206 1 0.719 -0.1707 0.356 0.000 0.352 0.016 0.276
#> GSM153207 5 0.731 0.4357 0.196 0.000 0.060 0.240 0.504
#> GSM153208 4 0.532 0.3562 0.024 0.000 0.032 0.628 0.316
#> GSM153209 5 0.736 0.3537 0.228 0.000 0.040 0.288 0.444
#> GSM153210 5 0.792 0.2785 0.280 0.000 0.116 0.176 0.428
#> GSM153211 1 0.730 0.1016 0.472 0.000 0.124 0.076 0.328
#> GSM153212 5 0.739 0.3306 0.184 0.000 0.052 0.316 0.448
#> GSM153213 5 0.604 0.0303 0.080 0.000 0.452 0.012 0.456
#> GSM153214 5 0.624 0.5398 0.124 0.000 0.052 0.180 0.644
#> GSM153215 5 0.669 0.3123 0.132 0.000 0.024 0.364 0.480
#> GSM153216 4 0.766 -0.0709 0.288 0.000 0.048 0.364 0.300
#> GSM153217 5 0.576 0.4882 0.032 0.000 0.060 0.280 0.628
#> GSM153218 5 0.631 0.3684 0.172 0.000 0.240 0.012 0.576
#> GSM153219 5 0.452 0.5681 0.016 0.000 0.060 0.156 0.768
#> GSM153220 5 0.557 0.5367 0.028 0.000 0.120 0.156 0.696
#> GSM153221 5 0.496 0.5536 0.040 0.000 0.028 0.216 0.716
#> GSM153222 4 0.514 0.5317 0.048 0.000 0.036 0.716 0.200
#> GSM153223 4 0.228 0.6692 0.016 0.000 0.016 0.916 0.052
#> GSM153224 1 0.539 0.4870 0.736 0.000 0.088 0.092 0.084
#> GSM153225 5 0.510 0.5825 0.040 0.000 0.056 0.172 0.732
#> GSM153226 4 0.190 0.6630 0.004 0.000 0.012 0.928 0.056
#> GSM153227 4 0.654 0.2359 0.360 0.000 0.072 0.516 0.052
#> GSM153228 4 0.188 0.6763 0.020 0.000 0.012 0.936 0.032
#> GSM153229 4 0.361 0.5881 0.208 0.000 0.004 0.780 0.008
#> GSM153230 4 0.422 0.5213 0.264 0.000 0.016 0.716 0.004
#> GSM153231 4 0.364 0.6631 0.032 0.000 0.052 0.848 0.068
#> GSM153232 4 0.332 0.6732 0.096 0.000 0.032 0.856 0.016
#> GSM153233 4 0.117 0.6753 0.032 0.000 0.000 0.960 0.008
#> GSM153234 4 0.406 0.5336 0.252 0.000 0.008 0.732 0.008
#> GSM153235 2 0.869 -0.3607 0.256 0.288 0.200 0.252 0.004
#> GSM153236 4 0.474 0.6196 0.116 0.028 0.060 0.784 0.012
#> GSM153237 4 0.361 0.5724 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004
#> GSM152992 3 0.548 0.2921 0.440 0.004 0.516 0.020 0.020
#> GSM152993 5 0.754 0.1600 0.148 0.000 0.076 0.384 0.392
#> GSM152994 5 0.787 0.3588 0.228 0.000 0.088 0.264 0.420
#> GSM152995 5 0.570 0.2893 0.072 0.000 0.324 0.012 0.592
#> GSM152996 5 0.629 0.4785 0.108 0.000 0.164 0.076 0.652
#> GSM152997 5 0.788 0.0893 0.100 0.152 0.280 0.008 0.460
#> GSM152998 1 0.767 -0.0600 0.412 0.000 0.292 0.060 0.236
#> GSM152999 3 0.489 0.2260 0.484 0.000 0.496 0.016 0.004
#> GSM153000 5 0.695 0.3225 0.088 0.024 0.292 0.040 0.556
#> GSM153001 5 0.872 0.3306 0.108 0.044 0.204 0.228 0.416
#> GSM153002 5 0.550 0.1779 0.068 0.000 0.400 0.000 0.532
#> GSM153003 3 0.721 0.4274 0.096 0.140 0.548 0.000 0.216
#> GSM153004 2 0.532 0.4739 0.004 0.668 0.232 0.000 0.096
#> GSM153005 4 0.251 0.6690 0.072 0.000 0.012 0.900 0.016
#> GSM153006 3 0.796 0.2211 0.160 0.104 0.408 0.004 0.324
#> GSM153007 4 0.267 0.6534 0.028 0.000 0.004 0.888 0.080
#> GSM153008 1 0.777 0.3073 0.484 0.000 0.128 0.196 0.192
#> GSM153009 1 0.642 0.4660 0.612 0.000 0.148 0.200 0.040
#> GSM153010 3 0.686 0.4567 0.240 0.192 0.536 0.000 0.032
#> GSM153011 1 0.408 0.4866 0.788 0.000 0.080 0.132 0.000
#> GSM153012 5 0.750 0.2934 0.152 0.000 0.072 0.356 0.420
#> GSM153013 4 0.723 -0.0744 0.124 0.000 0.064 0.444 0.368
#> GSM153014 5 0.681 0.3872 0.148 0.000 0.232 0.052 0.568
#> GSM153015 1 0.497 0.3764 0.740 0.000 0.172 0.040 0.048
#> GSM153016 1 0.518 0.2211 0.692 0.000 0.228 0.016 0.064
#> GSM153017 3 0.567 0.4435 0.320 0.052 0.608 0.008 0.012
#> GSM153018 1 0.824 -0.0490 0.376 0.004 0.316 0.140 0.164
#> GSM153019 1 0.730 0.2657 0.516 0.000 0.116 0.100 0.268
#> GSM153020 2 0.828 -0.0430 0.068 0.460 0.288 0.072 0.112
#> GSM153021 3 0.640 0.5198 0.108 0.148 0.648 0.000 0.096
#> GSM153022 2 0.754 -0.2664 0.024 0.380 0.316 0.008 0.272
#> GSM153023 5 0.629 0.3262 0.132 0.012 0.272 0.004 0.580
#> GSM153024 3 0.585 0.4383 0.024 0.188 0.660 0.000 0.128
#> GSM153025 5 0.499 0.5590 0.064 0.000 0.092 0.080 0.764
#> GSM153026 1 0.768 0.1112 0.448 0.000 0.128 0.116 0.308
#> GSM153027 5 0.426 0.5105 0.020 0.000 0.148 0.044 0.788
#> GSM153028 4 0.769 -0.1589 0.312 0.000 0.048 0.324 0.316
#> GSM153029 3 0.848 0.3270 0.264 0.108 0.420 0.028 0.180
#> GSM153030 5 0.800 0.3229 0.236 0.000 0.152 0.168 0.444
#> GSM153031 4 0.549 0.1612 0.060 0.000 0.004 0.560 0.376
#> GSM153032 3 0.641 0.2304 0.084 0.040 0.548 0.000 0.328
#> GSM153033 5 0.471 0.3324 0.032 0.000 0.324 0.000 0.644
#> GSM153034 3 0.632 0.3694 0.100 0.036 0.588 0.000 0.276
#> GSM153035 3 0.645 0.0184 0.052 0.060 0.496 0.000 0.392
#> GSM153036 5 0.723 0.3534 0.052 0.012 0.300 0.120 0.516
#> GSM153037 5 0.523 0.5589 0.084 0.000 0.084 0.084 0.748
#> GSM153038 5 0.527 0.3892 0.044 0.000 0.280 0.020 0.656
#> GSM153039 3 0.718 0.4944 0.100 0.092 0.636 0.068 0.104
#> GSM153040 3 0.632 0.4847 0.220 0.064 0.648 0.024 0.044
#> GSM153041 3 0.680 0.3980 0.320 0.040 0.516 0.000 0.124
#> GSM153042 4 0.319 0.6730 0.092 0.000 0.020 0.864 0.024
#> GSM153043 1 0.880 0.1276 0.368 0.028 0.240 0.132 0.232
#> GSM153044 3 0.612 0.4488 0.268 0.024 0.628 0.056 0.024
#> GSM153045 3 0.507 0.3706 0.384 0.004 0.584 0.024 0.004
#> GSM153046 3 0.798 0.2774 0.200 0.000 0.456 0.160 0.184
#> GSM153047 3 0.590 0.4576 0.156 0.228 0.612 0.000 0.004
#> GSM153048 3 0.491 0.4260 0.344 0.008 0.628 0.008 0.012
#> GSM153049 1 0.731 -0.2002 0.416 0.264 0.296 0.020 0.004
#> GSM153050 4 0.657 0.3572 0.212 0.012 0.180 0.584 0.012
#> GSM153051 2 0.302 0.7835 0.016 0.864 0.108 0.000 0.012
#> GSM153052 4 0.257 0.6605 0.108 0.000 0.004 0.880 0.008
#> GSM153053 4 0.504 0.5344 0.244 0.000 0.048 0.692 0.016
#> GSM187528 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.000 0.9231 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.4067 0.55653 0.792 0.000 0.056 0.120 0.008 0.024
#> GSM152823 4 0.5067 0.60380 0.116 0.000 0.024 0.724 0.112 0.024
#> GSM152824 4 0.6560 0.05043 0.012 0.000 0.024 0.408 0.388 0.168
#> GSM152825 1 0.2322 0.56383 0.896 0.000 0.036 0.064 0.000 0.004
#> GSM152826 1 0.2074 0.56082 0.912 0.000 0.036 0.048 0.000 0.004
#> GSM152827 4 0.6764 0.49023 0.124 0.000 0.068 0.580 0.180 0.048
#> GSM152828 3 0.8243 0.30980 0.192 0.116 0.440 0.052 0.176 0.024
#> GSM152829 4 0.8093 0.15336 0.172 0.000 0.248 0.356 0.188 0.036
#> GSM152830 1 0.2415 0.56960 0.888 0.000 0.012 0.084 0.000 0.016
#> GSM152831 1 0.5753 0.14639 0.524 0.000 0.028 0.364 0.004 0.080
#> GSM152832 1 0.4161 0.56134 0.804 0.000 0.060 0.072 0.016 0.048
#> GSM152833 1 0.6397 0.26103 0.564 0.000 0.028 0.104 0.044 0.260
#> GSM152834 4 0.3449 0.63926 0.060 0.000 0.016 0.848 0.052 0.024
#> GSM152835 4 0.7024 0.09600 0.040 0.000 0.056 0.404 0.396 0.104
#> GSM152836 4 0.6503 0.35005 0.024 0.000 0.044 0.520 0.308 0.104
#> GSM152837 4 0.5505 0.60975 0.132 0.000 0.020 0.692 0.048 0.108
#> GSM152838 4 0.4384 0.51624 0.296 0.000 0.012 0.664 0.000 0.028
#> GSM153178 3 0.6865 0.25346 0.360 0.028 0.472 0.024 0.032 0.084
#> GSM153179 4 0.6916 0.39093 0.112 0.000 0.012 0.532 0.164 0.180
#> GSM153180 4 0.5750 0.56638 0.188 0.000 0.008 0.644 0.052 0.108
#> GSM153181 4 0.7191 -0.01006 0.356 0.000 0.020 0.364 0.048 0.212
#> GSM153183 3 0.8593 0.23245 0.160 0.140 0.340 0.000 0.228 0.132
#> GSM153184 5 0.7893 0.10352 0.064 0.020 0.092 0.256 0.464 0.104
#> GSM153185 4 0.4232 0.64154 0.120 0.000 0.008 0.784 0.048 0.040
#> GSM153186 1 0.6499 0.35904 0.580 0.000 0.020 0.128 0.068 0.204
#> GSM153187 3 0.8318 0.27249 0.188 0.000 0.396 0.112 0.116 0.188
#> GSM153188 3 0.6664 0.45758 0.132 0.036 0.596 0.000 0.092 0.144
#> GSM153189 4 0.6491 0.34223 0.032 0.000 0.040 0.548 0.272 0.108
#> GSM153190 1 0.5845 0.38381 0.628 0.000 0.084 0.016 0.048 0.224
#> GSM153191 5 0.5243 0.30175 0.008 0.000 0.040 0.048 0.652 0.252
#> GSM153192 4 0.7293 -0.11418 0.080 0.000 0.024 0.432 0.156 0.308
#> GSM153193 4 0.4211 0.56410 0.004 0.000 0.008 0.764 0.128 0.096
#> GSM153194 5 0.7481 0.00484 0.024 0.000 0.060 0.276 0.348 0.292
#> GSM153195 6 0.7557 0.16163 0.052 0.000 0.040 0.300 0.240 0.368
#> GSM153196 4 0.7541 0.02248 0.240 0.000 0.036 0.408 0.064 0.252
#> GSM153197 4 0.5362 0.50073 0.216 0.000 0.024 0.656 0.008 0.096
#> GSM153198 6 0.7017 0.32345 0.280 0.000 0.092 0.056 0.064 0.508
#> GSM153199 3 0.7215 -0.06597 0.072 0.000 0.340 0.004 0.256 0.328
#> GSM153200 3 0.8878 0.21364 0.252 0.108 0.252 0.004 0.196 0.188
#> GSM153201 1 0.6801 0.43300 0.592 0.000 0.076 0.164 0.088 0.080
#> GSM153202 4 0.5134 0.63055 0.128 0.000 0.036 0.728 0.076 0.032
#> GSM153203 1 0.5067 0.34455 0.616 0.000 0.048 0.312 0.004 0.020
#> GSM153204 6 0.7242 0.14347 0.172 0.000 0.140 0.008 0.208 0.472
#> GSM153205 4 0.4680 0.55728 0.024 0.000 0.016 0.732 0.180 0.048
#> GSM153206 3 0.8007 0.14543 0.268 0.000 0.276 0.016 0.256 0.184
#> GSM153207 6 0.8151 0.25981 0.124 0.000 0.072 0.192 0.212 0.400
#> GSM153208 4 0.5773 0.40306 0.020 0.000 0.012 0.576 0.296 0.096
#> GSM153209 6 0.7445 0.31588 0.104 0.000 0.036 0.176 0.200 0.484
#> GSM153210 6 0.8359 0.25799 0.156 0.000 0.088 0.168 0.208 0.380
#> GSM153211 6 0.7496 0.27966 0.320 0.000 0.068 0.060 0.128 0.424
#> GSM153212 6 0.7569 0.30877 0.112 0.000 0.028 0.232 0.184 0.444
#> GSM153213 3 0.6759 -0.10325 0.024 0.000 0.384 0.008 0.260 0.324
#> GSM153214 6 0.6324 0.09708 0.032 0.000 0.024 0.108 0.296 0.540
#> GSM153215 6 0.7591 0.29322 0.080 0.000 0.036 0.248 0.212 0.424
#> GSM153216 6 0.7547 0.35794 0.240 0.000 0.020 0.236 0.096 0.408
#> GSM153217 5 0.7067 0.12863 0.024 0.000 0.056 0.216 0.484 0.220
#> GSM153218 5 0.7224 0.11328 0.088 0.000 0.144 0.016 0.388 0.364
#> GSM153219 5 0.6288 0.26614 0.012 0.000 0.044 0.132 0.564 0.248
#> GSM153220 5 0.6362 0.26944 0.008 0.000 0.084 0.152 0.592 0.164
#> GSM153221 5 0.6222 0.13580 0.008 0.000 0.028 0.136 0.516 0.312
#> GSM153222 4 0.5653 0.52071 0.044 0.000 0.020 0.664 0.184 0.088
#> GSM153223 4 0.2510 0.62975 0.020 0.000 0.004 0.896 0.056 0.024
#> GSM153224 1 0.6095 0.41728 0.624 0.000 0.084 0.064 0.024 0.204
#> GSM153225 5 0.7455 0.13624 0.036 0.000 0.076 0.160 0.420 0.308
#> GSM153226 4 0.3215 0.63495 0.040 0.000 0.008 0.860 0.060 0.032
#> GSM153227 4 0.7720 0.15266 0.340 0.000 0.084 0.388 0.112 0.076
#> GSM153228 4 0.2727 0.63728 0.044 0.000 0.008 0.888 0.040 0.020
#> GSM153229 4 0.4844 0.51225 0.252 0.000 0.012 0.668 0.004 0.064
#> GSM153230 4 0.4643 0.51042 0.256 0.000 0.012 0.680 0.004 0.048
#> GSM153231 4 0.3801 0.62530 0.028 0.000 0.048 0.828 0.072 0.024
#> GSM153232 4 0.4345 0.63528 0.092 0.000 0.068 0.788 0.020 0.032
#> GSM153233 4 0.2077 0.63050 0.040 0.000 0.008 0.920 0.008 0.024
#> GSM153234 4 0.5448 0.43254 0.288 0.000 0.032 0.608 0.004 0.068
#> GSM153235 1 0.8751 -0.00371 0.268 0.224 0.228 0.216 0.016 0.048
#> GSM153236 4 0.4943 0.59171 0.108 0.020 0.068 0.756 0.012 0.036
#> GSM153237 4 0.4605 0.53910 0.260 0.000 0.012 0.680 0.004 0.044
#> GSM152992 3 0.6600 0.18101 0.400 0.000 0.444 0.044 0.040 0.072
#> GSM152993 6 0.8088 0.20649 0.108 0.000 0.060 0.260 0.200 0.372
#> GSM152994 6 0.8163 0.24655 0.144 0.000 0.056 0.224 0.196 0.380
#> GSM152995 5 0.5829 0.36508 0.036 0.008 0.188 0.008 0.644 0.116
#> GSM152996 5 0.6181 0.30466 0.052 0.000 0.076 0.052 0.632 0.188
#> GSM152997 5 0.7296 0.30709 0.032 0.072 0.208 0.008 0.512 0.168
#> GSM152998 5 0.7983 -0.09555 0.300 0.000 0.212 0.052 0.344 0.092
#> GSM152999 1 0.4683 0.07763 0.592 0.004 0.368 0.000 0.028 0.008
#> GSM153000 5 0.6447 0.34405 0.024 0.036 0.152 0.028 0.628 0.132
#> GSM153001 5 0.8273 0.09477 0.084 0.008 0.156 0.196 0.428 0.128
#> GSM153002 6 0.6978 -0.19764 0.032 0.000 0.308 0.012 0.280 0.368
#> GSM153003 3 0.7617 0.19166 0.048 0.096 0.428 0.000 0.292 0.136
#> GSM153004 2 0.6180 0.36420 0.000 0.600 0.164 0.000 0.120 0.116
#> GSM153005 4 0.3639 0.60956 0.092 0.000 0.024 0.824 0.004 0.056
#> GSM153006 5 0.7787 0.10196 0.104 0.056 0.224 0.000 0.444 0.172
#> GSM153007 4 0.2917 0.62099 0.028 0.000 0.000 0.868 0.032 0.072
#> GSM153008 1 0.8305 -0.14108 0.344 0.000 0.084 0.164 0.124 0.284
#> GSM153009 1 0.5855 0.49392 0.680 0.000 0.096 0.120 0.052 0.052
#> GSM153010 3 0.7546 0.40039 0.256 0.140 0.472 0.004 0.060 0.068
#> GSM153011 1 0.2510 0.52912 0.884 0.000 0.080 0.028 0.000 0.008
#> GSM153012 6 0.7998 0.21489 0.120 0.000 0.036 0.232 0.268 0.344
#> GSM153013 6 0.8425 0.19617 0.124 0.000 0.080 0.268 0.220 0.308
#> GSM153014 6 0.7028 0.01956 0.064 0.000 0.124 0.040 0.264 0.508
#> GSM153015 1 0.5289 0.41097 0.692 0.000 0.132 0.008 0.036 0.132
#> GSM153016 1 0.5438 0.34088 0.692 0.000 0.160 0.024 0.084 0.040
#> GSM153017 3 0.5923 0.38175 0.284 0.036 0.600 0.008 0.032 0.040
#> GSM153018 1 0.8569 -0.06928 0.308 0.000 0.224 0.144 0.232 0.092
#> GSM153019 6 0.6374 0.27582 0.340 0.000 0.032 0.024 0.100 0.504
#> GSM153020 2 0.8538 -0.25833 0.028 0.380 0.264 0.064 0.136 0.128
#> GSM153021 3 0.6602 0.46269 0.088 0.104 0.620 0.000 0.068 0.120
#> GSM153022 2 0.7879 -0.38299 0.016 0.320 0.228 0.000 0.284 0.152
#> GSM153023 5 0.6854 0.26262 0.068 0.012 0.172 0.000 0.504 0.244
#> GSM153024 3 0.7477 0.28721 0.032 0.120 0.480 0.000 0.180 0.188
#> GSM153025 6 0.5933 -0.14114 0.020 0.000 0.048 0.036 0.448 0.448
#> GSM153026 6 0.6378 0.35489 0.300 0.000 0.040 0.036 0.080 0.544
#> GSM153027 5 0.6025 0.34506 0.008 0.008 0.120 0.032 0.608 0.224
#> GSM153028 6 0.7662 0.38427 0.232 0.000 0.036 0.192 0.104 0.436
#> GSM153029 3 0.8810 0.27565 0.168 0.144 0.360 0.020 0.096 0.212
#> GSM153030 6 0.8016 0.19796 0.120 0.000 0.112 0.096 0.252 0.420
#> GSM153031 4 0.6720 0.12185 0.040 0.000 0.012 0.488 0.200 0.260
#> GSM153032 3 0.7127 0.07378 0.036 0.028 0.432 0.000 0.252 0.252
#> GSM153033 5 0.6532 0.26574 0.012 0.000 0.204 0.016 0.440 0.328
#> GSM153034 3 0.7123 0.26493 0.072 0.012 0.500 0.008 0.204 0.204
#> GSM153035 5 0.7296 0.05241 0.032 0.032 0.328 0.000 0.332 0.276
#> GSM153036 5 0.8299 0.17262 0.040 0.008 0.260 0.120 0.304 0.268
#> GSM153037 5 0.6574 0.08404 0.012 0.000 0.064 0.092 0.428 0.404
#> GSM153038 5 0.6442 0.26610 0.008 0.000 0.216 0.016 0.460 0.300
#> GSM153039 3 0.8218 0.40318 0.100 0.088 0.508 0.064 0.112 0.128
#> GSM153040 3 0.5894 0.39903 0.212 0.020 0.648 0.028 0.072 0.020
#> GSM153041 3 0.8017 0.36409 0.224 0.052 0.388 0.000 0.112 0.224
#> GSM153042 4 0.3599 0.63291 0.080 0.000 0.024 0.836 0.016 0.044
#> GSM153043 6 0.8586 0.15086 0.220 0.012 0.164 0.096 0.128 0.380
#> GSM153044 3 0.6030 0.38634 0.248 0.016 0.620 0.040 0.052 0.024
#> GSM153045 3 0.5905 0.32028 0.324 0.016 0.572 0.028 0.020 0.040
#> GSM153046 3 0.8041 0.16793 0.140 0.000 0.436 0.208 0.128 0.088
#> GSM153047 3 0.5541 0.43052 0.128 0.180 0.656 0.000 0.016 0.020
#> GSM153048 3 0.5681 0.37321 0.304 0.000 0.588 0.020 0.024 0.064
#> GSM153049 1 0.7839 -0.16636 0.344 0.260 0.280 0.008 0.020 0.088
#> GSM153050 4 0.7384 0.11921 0.228 0.016 0.232 0.452 0.012 0.060
#> GSM153051 2 0.2685 0.78538 0.000 0.852 0.132 0.000 0.008 0.008
#> GSM153052 4 0.3138 0.62895 0.144 0.000 0.016 0.828 0.004 0.008
#> GSM153053 4 0.5728 0.42585 0.336 0.000 0.060 0.560 0.028 0.016
#> GSM187528 2 0.0000 0.93049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0260 0.93049 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0436 0.92883 0.004 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM187531 2 0.0551 0.92894 0.004 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM152881 2 0.0551 0.92903 0.004 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM152882 2 0.0405 0.93012 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM152883 2 0.0291 0.92929 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152884 2 0.0665 0.92528 0.000 0.980 0.008 0.000 0.008 0.004
#> GSM152885 2 0.0291 0.92929 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152886 2 0.0000 0.93049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0291 0.92929 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.0000 0.93049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0146 0.93020 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152890 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152891 2 0.0551 0.92903 0.004 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM152892 2 0.0146 0.93020 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152893 2 0.0146 0.93020 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152894 2 0.0000 0.93049 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0291 0.92929 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152896 2 0.0291 0.92929 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152897 2 0.0291 0.92929 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> GSM152898 2 0.0551 0.92903 0.004 0.984 0.008 0.000 0.000 0.004
#> GSM152899 2 0.0665 0.92861 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM152900 2 0.0665 0.92852 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM152901 2 0.0665 0.92852 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM152902 2 0.0665 0.92852 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM152903 2 0.0665 0.92852 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM152904 2 0.0665 0.92852 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM152905 2 0.0665 0.92852 0.004 0.980 0.008 0.000 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:skmeans 165 5.64e-15 2
#> MAD:skmeans 116 6.82e-18 3
#> MAD:skmeans 102 4.41e-19 4
#> MAD:skmeans 73 5.97e-12 5
#> MAD:skmeans 61 6.48e-14 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.972 0.989 0.2931 0.719 0.719
#> 3 3 0.477 0.731 0.867 1.1154 0.654 0.519
#> 4 4 0.491 0.731 0.860 0.0398 0.966 0.910
#> 5 5 0.451 0.539 0.766 0.0892 0.960 0.891
#> 6 6 0.497 0.589 0.763 0.0607 0.885 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.2948 0.9388 0.948 0.052
#> GSM152829 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.2236 0.9546 0.964 0.036
#> GSM153004 1 0.9993 0.0718 0.516 0.484
#> GSM153005 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.4562 0.8896 0.904 0.096
#> GSM153011 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.2778 0.9426 0.952 0.048
#> GSM153022 1 0.0938 0.9773 0.988 0.012
#> GSM153023 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.2603 0.9470 0.956 0.044
#> GSM153025 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.1843 0.9625 0.972 0.028
#> GSM153048 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.1843 0.9626 0.972 0.028
#> GSM153050 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153051 1 0.9686 0.3425 0.604 0.396
#> GSM153052 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.1414 0.9773 0.020 0.980
#> GSM187529 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.2778 0.9504 0.048 0.952
#> GSM187531 1 0.9896 0.2246 0.560 0.440
#> GSM152881 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0938 0.9841 0.012 0.988
#> GSM152883 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.4562 0.8950 0.096 0.904
#> GSM152885 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0376 0.9904 0.004 0.996
#> GSM152902 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9932 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152823 3 0.0892 0.81385 0.020 0.000 0.980
#> GSM152824 1 0.5216 0.63906 0.740 0.000 0.260
#> GSM152825 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152826 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152827 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152828 3 0.0000 0.81009 0.000 0.000 1.000
#> GSM152829 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152830 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152831 1 0.2448 0.80872 0.924 0.000 0.076
#> GSM152832 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152833 3 0.6280 0.01802 0.460 0.000 0.540
#> GSM152834 1 0.3879 0.78813 0.848 0.000 0.152
#> GSM152835 3 0.6062 0.36189 0.384 0.000 0.616
#> GSM152836 1 0.5591 0.57917 0.696 0.000 0.304
#> GSM152837 1 0.6295 0.18434 0.528 0.000 0.472
#> GSM152838 1 0.0424 0.80478 0.992 0.000 0.008
#> GSM153178 1 0.6302 0.15451 0.520 0.000 0.480
#> GSM153179 3 0.5882 0.45854 0.348 0.000 0.652
#> GSM153180 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153181 3 0.5859 0.50532 0.344 0.000 0.656
#> GSM153183 3 0.3482 0.77272 0.128 0.000 0.872
#> GSM153184 1 0.4178 0.74563 0.828 0.000 0.172
#> GSM153185 1 0.4887 0.68329 0.772 0.000 0.228
#> GSM153186 3 0.1031 0.81420 0.024 0.000 0.976
#> GSM153187 3 0.5058 0.63737 0.244 0.000 0.756
#> GSM153188 3 0.0000 0.81009 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.4346 0.74245 0.816 0.000 0.184
#> GSM153190 3 0.6192 0.24185 0.420 0.000 0.580
#> GSM153191 1 0.5363 0.62924 0.724 0.000 0.276
#> GSM153192 1 0.1643 0.81402 0.956 0.000 0.044
#> GSM153193 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.4178 0.76042 0.828 0.000 0.172
#> GSM153195 1 0.6062 0.39545 0.616 0.000 0.384
#> GSM153196 1 0.0424 0.80458 0.992 0.000 0.008
#> GSM153197 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.3816 0.78835 0.852 0.000 0.148
#> GSM153199 3 0.2448 0.80143 0.076 0.000 0.924
#> GSM153200 3 0.0747 0.81329 0.016 0.000 0.984
#> GSM153201 3 0.6302 0.02371 0.480 0.000 0.520
#> GSM153202 3 0.2878 0.79199 0.096 0.000 0.904
#> GSM153203 1 0.6225 0.34731 0.568 0.000 0.432
#> GSM153204 1 0.6267 0.27743 0.548 0.000 0.452
#> GSM153205 1 0.2878 0.80766 0.904 0.000 0.096
#> GSM153206 3 0.2165 0.80742 0.064 0.000 0.936
#> GSM153207 1 0.3038 0.80864 0.896 0.000 0.104
#> GSM153208 3 0.6309 0.06000 0.500 0.000 0.500
#> GSM153209 1 0.3941 0.74651 0.844 0.000 0.156
#> GSM153210 1 0.6192 0.33437 0.580 0.000 0.420
#> GSM153211 1 0.2261 0.80881 0.932 0.000 0.068
#> GSM153212 3 0.4452 0.69505 0.192 0.000 0.808
#> GSM153213 1 0.5706 0.59780 0.680 0.000 0.320
#> GSM153214 1 0.1163 0.81188 0.972 0.000 0.028
#> GSM153215 1 0.1964 0.81446 0.944 0.000 0.056
#> GSM153216 1 0.3340 0.77940 0.880 0.000 0.120
#> GSM153217 3 0.5926 0.48898 0.356 0.000 0.644
#> GSM153218 3 0.0892 0.81163 0.020 0.000 0.980
#> GSM153219 1 0.1163 0.81054 0.972 0.000 0.028
#> GSM153220 1 0.5431 0.61610 0.716 0.000 0.284
#> GSM153221 3 0.4399 0.69315 0.188 0.000 0.812
#> GSM153222 3 0.4504 0.71992 0.196 0.000 0.804
#> GSM153223 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.5785 0.46603 0.332 0.000 0.668
#> GSM153225 1 0.0747 0.80802 0.984 0.000 0.016
#> GSM153226 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 3 0.4887 0.68697 0.228 0.000 0.772
#> GSM153228 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.2165 0.80430 0.936 0.000 0.064
#> GSM153230 1 0.2878 0.81320 0.904 0.000 0.096
#> GSM153231 1 0.3116 0.77894 0.892 0.000 0.108
#> GSM153232 1 0.3619 0.77541 0.864 0.000 0.136
#> GSM153233 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0592 0.80568 0.988 0.000 0.012
#> GSM153235 1 0.5216 0.68575 0.740 0.000 0.260
#> GSM153236 1 0.0237 0.80086 0.996 0.000 0.004
#> GSM153237 1 0.3619 0.79803 0.864 0.000 0.136
#> GSM152992 3 0.6308 -0.12239 0.492 0.000 0.508
#> GSM152993 1 0.2448 0.80803 0.924 0.000 0.076
#> GSM152994 1 0.6154 0.35827 0.592 0.000 0.408
#> GSM152995 1 0.5529 0.64541 0.704 0.000 0.296
#> GSM152996 3 0.2165 0.80840 0.064 0.000 0.936
#> GSM152997 1 0.6192 0.40125 0.580 0.000 0.420
#> GSM152998 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM152999 3 0.0000 0.81009 0.000 0.000 1.000
#> GSM153000 3 0.0892 0.81373 0.020 0.000 0.980
#> GSM153001 1 0.4974 0.71586 0.764 0.000 0.236
#> GSM153002 1 0.5810 0.59073 0.664 0.000 0.336
#> GSM153003 3 0.1529 0.81307 0.040 0.000 0.960
#> GSM153004 3 0.6333 0.50588 0.012 0.332 0.656
#> GSM153005 1 0.1289 0.81072 0.968 0.000 0.032
#> GSM153006 3 0.3482 0.76888 0.128 0.000 0.872
#> GSM153007 1 0.0000 0.80064 1.000 0.000 0.000
#> GSM153008 3 0.2625 0.80027 0.084 0.000 0.916
#> GSM153009 1 0.6244 0.29701 0.560 0.000 0.440
#> GSM153010 3 0.4316 0.78036 0.088 0.044 0.868
#> GSM153011 3 0.0237 0.81161 0.004 0.000 0.996
#> GSM153012 3 0.6302 -0.00647 0.480 0.000 0.520
#> GSM153013 1 0.2711 0.80761 0.912 0.000 0.088
#> GSM153014 1 0.3941 0.78252 0.844 0.000 0.156
#> GSM153015 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM153016 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM153017 3 0.0000 0.81009 0.000 0.000 1.000
#> GSM153018 3 0.3551 0.76834 0.132 0.000 0.868
#> GSM153019 1 0.3482 0.80151 0.872 0.000 0.128
#> GSM153020 1 0.6140 0.41249 0.596 0.000 0.404
#> GSM153021 3 0.0237 0.81140 0.004 0.000 0.996
#> GSM153022 3 0.6813 0.01674 0.468 0.012 0.520
#> GSM153023 3 0.4887 0.68483 0.228 0.000 0.772
#> GSM153024 3 0.6475 0.54406 0.280 0.028 0.692
#> GSM153025 1 0.1289 0.80592 0.968 0.000 0.032
#> GSM153026 1 0.2448 0.80864 0.924 0.000 0.076
#> GSM153027 1 0.4346 0.75727 0.816 0.000 0.184
#> GSM153028 1 0.2356 0.80793 0.928 0.000 0.072
#> GSM153029 3 0.5529 0.52878 0.296 0.000 0.704
#> GSM153030 1 0.3192 0.80134 0.888 0.000 0.112
#> GSM153031 1 0.0747 0.80505 0.984 0.000 0.016
#> GSM153032 3 0.2448 0.80032 0.076 0.000 0.924
#> GSM153033 1 0.6225 0.33315 0.568 0.000 0.432
#> GSM153034 3 0.3412 0.77250 0.124 0.000 0.876
#> GSM153035 1 0.4062 0.77717 0.836 0.000 0.164
#> GSM153036 1 0.1031 0.80602 0.976 0.000 0.024
#> GSM153037 1 0.2878 0.79374 0.904 0.000 0.096
#> GSM153038 1 0.5327 0.67660 0.728 0.000 0.272
#> GSM153039 1 0.2261 0.81630 0.932 0.000 0.068
#> GSM153040 3 0.2537 0.79903 0.080 0.000 0.920
#> GSM153041 3 0.2959 0.79336 0.100 0.000 0.900
#> GSM153042 1 0.2796 0.81067 0.908 0.000 0.092
#> GSM153043 1 0.5591 0.62952 0.696 0.000 0.304
#> GSM153044 3 0.5497 0.57097 0.292 0.000 0.708
#> GSM153045 3 0.0000 0.81009 0.000 0.000 1.000
#> GSM153046 3 0.1163 0.81398 0.028 0.000 0.972
#> GSM153047 3 0.0000 0.81009 0.000 0.000 1.000
#> GSM153048 3 0.4750 0.68481 0.216 0.000 0.784
#> GSM153049 3 0.1643 0.80743 0.044 0.000 0.956
#> GSM153050 1 0.0424 0.80303 0.992 0.000 0.008
#> GSM153051 1 0.6291 0.71685 0.768 0.152 0.080
#> GSM153052 1 0.3816 0.77782 0.852 0.000 0.148
#> GSM153053 3 0.0592 0.81300 0.012 0.000 0.988
#> GSM187528 2 0.3551 0.85050 0.000 0.868 0.132
#> GSM187529 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.2050 0.94997 0.028 0.952 0.020
#> GSM187531 3 0.7396 0.53781 0.060 0.296 0.644
#> GSM152881 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0592 0.97821 0.000 0.988 0.012
#> GSM152883 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.3129 0.88702 0.088 0.904 0.008
#> GSM152885 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0592 0.97978 0.000 0.988 0.012
#> GSM152902 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0237 0.98556 0.000 0.996 0.004
#> GSM152904 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.98831 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152823 3 0.0592 0.82246 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM152824 1 0.4134 0.64119 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM152825 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152826 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152827 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152828 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152829 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152830 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.2125 0.80626 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM152832 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152833 3 0.4972 0.00767 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM152834 1 0.3257 0.78693 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM152835 3 0.4804 0.34831 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM152836 1 0.4431 0.58481 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM152837 1 0.4989 0.20971 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM152838 1 0.0524 0.80108 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM153178 1 0.5846 0.20864 0.516 0.000 0.452 0.032
#> GSM153179 3 0.4643 0.46834 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153181 3 0.4643 0.51292 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM153183 3 0.2760 0.77801 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM153184 1 0.3311 0.75076 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM153185 1 0.4053 0.68218 0.768 0.000 0.228 0.004
#> GSM153186 3 0.0707 0.82308 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM153187 3 0.4188 0.64546 0.244 0.000 0.752 0.004
#> GSM153188 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.3444 0.74724 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM153190 3 0.4907 0.22150 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM153191 1 0.4250 0.63371 0.724 0.000 0.276 0.000
#> GSM153192 1 0.1302 0.81087 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.3545 0.76160 0.828 0.000 0.164 0.008
#> GSM153195 1 0.4817 0.39051 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM153196 1 0.0524 0.80147 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM153197 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.3157 0.78863 0.852 0.000 0.144 0.004
#> GSM153199 3 0.1940 0.81008 0.076 0.000 0.924 0.000
#> GSM153200 3 0.0592 0.82250 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM153201 3 0.4994 -0.00254 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM153202 3 0.2281 0.80125 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM153203 1 0.5105 0.36870 0.564 0.000 0.432 0.004
#> GSM153204 1 0.4967 0.28848 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM153205 1 0.2281 0.80603 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM153206 3 0.1637 0.81616 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM153207 1 0.3182 0.80444 0.876 0.000 0.096 0.028
#> GSM153208 3 0.5296 0.07073 0.496 0.000 0.496 0.008
#> GSM153209 1 0.3257 0.74784 0.844 0.000 0.152 0.004
#> GSM153210 1 0.5070 0.35596 0.580 0.000 0.416 0.004
#> GSM153211 1 0.1792 0.80594 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM153212 3 0.3710 0.70299 0.192 0.000 0.804 0.004
#> GSM153213 1 0.5297 0.62170 0.676 0.000 0.292 0.032
#> GSM153214 1 0.0921 0.80838 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM153215 1 0.1557 0.81179 0.944 0.000 0.056 0.000
#> GSM153216 1 0.2647 0.77799 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM153217 3 0.4837 0.49655 0.348 0.000 0.648 0.004
#> GSM153218 3 0.0592 0.82063 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM153219 1 0.0921 0.80718 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM153220 1 0.4304 0.61875 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM153221 3 0.3444 0.70616 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM153222 3 0.3569 0.72732 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.4585 0.45494 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM153225 1 0.0592 0.80406 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153227 3 0.3873 0.69207 0.228 0.000 0.772 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.1902 0.80105 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM153230 1 0.2281 0.81086 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM153231 1 0.2469 0.77797 0.892 0.000 0.108 0.000
#> GSM153232 1 0.2868 0.77439 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0469 0.80176 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153235 1 0.4956 0.70103 0.732 0.000 0.232 0.036
#> GSM153236 1 0.1118 0.79886 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153237 1 0.3052 0.79635 0.860 0.000 0.136 0.004
#> GSM152992 1 0.5861 0.16332 0.488 0.000 0.480 0.032
#> GSM152993 1 0.1940 0.80529 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM152994 1 0.4877 0.36400 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM152995 1 0.4382 0.65492 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM152996 3 0.1637 0.81724 0.060 0.000 0.940 0.000
#> GSM152997 1 0.4907 0.42403 0.580 0.000 0.420 0.000
#> GSM152998 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152999 3 0.0188 0.81991 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153000 3 0.0592 0.82236 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM153001 1 0.3942 0.72287 0.764 0.000 0.236 0.000
#> GSM153002 1 0.5389 0.61602 0.660 0.000 0.308 0.032
#> GSM153003 3 0.1545 0.82172 0.040 0.000 0.952 0.008
#> GSM153004 4 0.5544 0.68497 0.012 0.168 0.076 0.744
#> GSM153005 1 0.1629 0.80573 0.952 0.000 0.024 0.024
#> GSM153006 3 0.2760 0.77626 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.79655 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153008 3 0.2011 0.80867 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM153009 1 0.4948 0.32149 0.560 0.000 0.440 0.000
#> GSM153010 3 0.4485 0.74382 0.052 0.000 0.796 0.152
#> GSM153011 3 0.0188 0.82089 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153012 3 0.4994 -0.03619 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM153013 1 0.2334 0.80550 0.908 0.000 0.088 0.004
#> GSM153014 1 0.3123 0.78272 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM153015 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153016 3 0.0000 0.81971 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153017 3 0.0336 0.81976 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153018 3 0.2760 0.77641 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM153019 1 0.2760 0.79989 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM153020 1 0.5686 0.44996 0.592 0.000 0.376 0.032
#> GSM153021 3 0.0895 0.81966 0.004 0.000 0.976 0.020
#> GSM153022 3 0.6008 -0.04842 0.464 0.000 0.496 0.040
#> GSM153023 3 0.4507 0.68671 0.224 0.000 0.756 0.020
#> GSM153024 3 0.7195 0.46734 0.232 0.004 0.572 0.192
#> GSM153025 1 0.1610 0.80430 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM153026 1 0.2125 0.80618 0.920 0.000 0.076 0.004
#> GSM153027 1 0.4244 0.75604 0.800 0.000 0.168 0.032
#> GSM153028 1 0.1867 0.80509 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM153029 3 0.5383 0.50181 0.292 0.000 0.672 0.036
#> GSM153030 1 0.2530 0.80074 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM153031 1 0.0779 0.80115 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM153032 3 0.2871 0.80293 0.072 0.000 0.896 0.032
#> GSM153033 1 0.5427 0.37003 0.568 0.000 0.416 0.016
#> GSM153034 3 0.3638 0.77118 0.120 0.000 0.848 0.032
#> GSM153035 1 0.4152 0.76582 0.808 0.000 0.160 0.032
#> GSM153036 1 0.1724 0.80405 0.948 0.000 0.020 0.032
#> GSM153037 1 0.2281 0.79184 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM153038 1 0.4720 0.68149 0.720 0.000 0.264 0.016
#> GSM153039 1 0.2644 0.81212 0.908 0.000 0.060 0.032
#> GSM153040 3 0.2473 0.80546 0.080 0.000 0.908 0.012
#> GSM153041 3 0.2675 0.79945 0.100 0.000 0.892 0.008
#> GSM153042 1 0.2216 0.80835 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM153043 1 0.4431 0.63319 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM153044 3 0.5272 0.55629 0.288 0.000 0.680 0.032
#> GSM153045 3 0.0188 0.81974 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153046 3 0.1388 0.82233 0.028 0.000 0.960 0.012
#> GSM153047 3 0.1022 0.81542 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM153048 3 0.4599 0.68107 0.212 0.000 0.760 0.028
#> GSM153049 3 0.2759 0.80318 0.044 0.000 0.904 0.052
#> GSM153050 1 0.1109 0.80069 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM153051 1 0.5629 0.72552 0.756 0.148 0.064 0.032
#> GSM153052 1 0.3351 0.77541 0.844 0.000 0.148 0.008
#> GSM153053 3 0.0524 0.82176 0.008 0.000 0.988 0.004
#> GSM187528 4 0.2831 0.87048 0.000 0.120 0.004 0.876
#> GSM187529 2 0.1474 0.92640 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM187530 2 0.4612 0.72441 0.016 0.764 0.008 0.212
#> GSM187531 4 0.0188 0.93473 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152881 4 0.1118 0.95871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM152882 4 0.1211 0.95758 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM152883 2 0.0000 0.95963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.4327 0.72512 0.016 0.768 0.000 0.216
#> GSM152885 2 0.0000 0.95963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.95963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0188 0.95976 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.0336 0.96121 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152889 2 0.0336 0.96121 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152890 2 0.0336 0.96121 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152891 4 0.1867 0.93652 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM152892 2 0.0336 0.96121 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152893 2 0.0336 0.96121 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152894 2 0.0336 0.96121 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152895 2 0.0707 0.95200 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM152896 2 0.0000 0.95963 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0336 0.95917 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM152898 4 0.1118 0.95871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM152899 4 0.1118 0.95871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM152900 4 0.1118 0.95871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM152901 4 0.0921 0.95433 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM152902 4 0.1118 0.95871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM152903 4 0.0336 0.93770 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM152904 4 0.1118 0.95871 0.000 0.036 0.000 0.964
#> GSM152905 4 0.1389 0.95364 0.000 0.048 0.000 0.952
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.1701 0.73405 0.936 0.000 0.048 0.016 0.000
#> GSM152824 4 0.5422 0.50774 0.196 0.000 0.144 0.660 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0880 0.73498 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> GSM152828 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152829 1 0.1197 0.73455 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0290 0.73405 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM152831 4 0.2144 0.63172 0.068 0.000 0.020 0.912 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.4410 0.06412 0.556 0.000 0.004 0.440 0.000
#> GSM152834 4 0.4723 0.60866 0.128 0.000 0.136 0.736 0.000
#> GSM152835 1 0.5014 0.32215 0.592 0.000 0.040 0.368 0.000
#> GSM152836 4 0.5915 0.42817 0.264 0.000 0.152 0.584 0.000
#> GSM152837 4 0.4965 0.21492 0.452 0.000 0.028 0.520 0.000
#> GSM152838 4 0.1124 0.63238 0.004 0.000 0.036 0.960 0.000
#> GSM153178 4 0.6756 -0.35184 0.264 0.000 0.364 0.372 0.000
#> GSM153179 1 0.5781 0.25566 0.576 0.000 0.116 0.308 0.000
#> GSM153180 4 0.2471 0.61562 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM153181 1 0.4416 0.41189 0.632 0.000 0.012 0.356 0.000
#> GSM153183 1 0.2536 0.69360 0.868 0.000 0.004 0.128 0.000
#> GSM153184 4 0.4133 0.55076 0.180 0.000 0.052 0.768 0.000
#> GSM153185 4 0.5435 0.51823 0.152 0.000 0.188 0.660 0.000
#> GSM153186 1 0.0609 0.73883 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM153187 1 0.5417 0.41822 0.648 0.000 0.116 0.236 0.000
#> GSM153188 1 0.1671 0.71960 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.5867 0.45192 0.180 0.000 0.216 0.604 0.000
#> GSM153190 1 0.4219 0.26193 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM153191 4 0.5040 0.50004 0.236 0.000 0.084 0.680 0.000
#> GSM153192 4 0.1997 0.64466 0.040 0.000 0.036 0.924 0.000
#> GSM153193 4 0.2605 0.61294 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM153194 4 0.5459 0.51215 0.120 0.000 0.236 0.644 0.000
#> GSM153195 4 0.5618 0.30942 0.348 0.000 0.088 0.564 0.000
#> GSM153196 4 0.1281 0.63046 0.012 0.000 0.032 0.956 0.000
#> GSM153197 4 0.0703 0.63002 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> GSM153198 4 0.3736 0.60518 0.140 0.000 0.052 0.808 0.000
#> GSM153199 1 0.2632 0.72064 0.888 0.000 0.040 0.072 0.000
#> GSM153200 1 0.0510 0.73753 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM153201 1 0.4968 0.06424 0.516 0.000 0.028 0.456 0.000
#> GSM153202 1 0.2793 0.70555 0.876 0.000 0.036 0.088 0.000
#> GSM153203 4 0.4787 0.24546 0.432 0.000 0.020 0.548 0.000
#> GSM153204 4 0.4425 0.23964 0.452 0.000 0.004 0.544 0.000
#> GSM153205 4 0.3346 0.64421 0.092 0.000 0.064 0.844 0.000
#> GSM153206 1 0.1410 0.73299 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> GSM153207 4 0.4163 0.45746 0.032 0.000 0.228 0.740 0.000
#> GSM153208 4 0.6448 0.17377 0.348 0.000 0.188 0.464 0.000
#> GSM153209 4 0.4487 0.57733 0.140 0.000 0.104 0.756 0.000
#> GSM153210 4 0.6264 0.17368 0.400 0.000 0.148 0.452 0.000
#> GSM153211 4 0.1894 0.63144 0.072 0.000 0.008 0.920 0.000
#> GSM153212 1 0.3300 0.59467 0.792 0.000 0.004 0.204 0.000
#> GSM153213 4 0.5884 -0.14240 0.100 0.000 0.420 0.480 0.000
#> GSM153214 4 0.2193 0.64515 0.028 0.000 0.060 0.912 0.000
#> GSM153215 4 0.1740 0.64584 0.056 0.000 0.012 0.932 0.000
#> GSM153216 4 0.3365 0.61946 0.120 0.000 0.044 0.836 0.000
#> GSM153217 1 0.5568 0.36531 0.596 0.000 0.096 0.308 0.000
#> GSM153218 1 0.0771 0.73723 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> GSM153219 4 0.2628 0.64002 0.028 0.000 0.088 0.884 0.000
#> GSM153220 4 0.6179 0.40103 0.216 0.000 0.228 0.556 0.000
#> GSM153221 1 0.3863 0.56862 0.772 0.000 0.028 0.200 0.000
#> GSM153222 1 0.5258 0.47367 0.680 0.000 0.140 0.180 0.000
#> GSM153223 4 0.0963 0.63176 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM153224 1 0.4101 0.40626 0.664 0.000 0.004 0.332 0.000
#> GSM153225 4 0.2561 0.64069 0.020 0.000 0.096 0.884 0.000
#> GSM153226 4 0.0404 0.62804 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM153227 1 0.3750 0.59417 0.756 0.000 0.012 0.232 0.000
#> GSM153228 4 0.2424 0.61917 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> GSM153229 4 0.4028 0.59983 0.048 0.000 0.176 0.776 0.000
#> GSM153230 4 0.2248 0.64384 0.088 0.000 0.012 0.900 0.000
#> GSM153231 4 0.3980 0.60885 0.076 0.000 0.128 0.796 0.000
#> GSM153232 4 0.4203 0.60859 0.092 0.000 0.128 0.780 0.000
#> GSM153233 4 0.2813 0.60854 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM153234 4 0.0912 0.63177 0.012 0.000 0.016 0.972 0.000
#> GSM153235 4 0.5467 0.03312 0.068 0.000 0.384 0.548 0.000
#> GSM153236 3 0.4249 -0.11179 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> GSM153237 4 0.3460 0.62199 0.128 0.000 0.044 0.828 0.000
#> GSM152992 3 0.6769 0.28769 0.272 0.000 0.376 0.352 0.000
#> GSM152993 4 0.2012 0.62927 0.060 0.000 0.020 0.920 0.000
#> GSM152994 4 0.4898 0.33363 0.376 0.000 0.032 0.592 0.000
#> GSM152995 4 0.4380 0.45830 0.304 0.000 0.020 0.676 0.000
#> GSM152996 1 0.1638 0.73347 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> GSM152997 4 0.4841 0.27444 0.416 0.000 0.024 0.560 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0963 0.73624 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM153000 1 0.1300 0.73770 0.956 0.000 0.028 0.016 0.000
#> GSM153001 4 0.5668 0.49382 0.232 0.000 0.144 0.624 0.000
#> GSM153002 4 0.5826 -0.07503 0.096 0.000 0.404 0.500 0.000
#> GSM153003 1 0.3419 0.65212 0.804 0.000 0.180 0.016 0.000
#> GSM153004 5 0.6884 0.27333 0.056 0.080 0.392 0.004 0.468
#> GSM153005 4 0.3934 0.48045 0.008 0.000 0.276 0.716 0.000
#> GSM153006 1 0.2536 0.69230 0.868 0.000 0.004 0.128 0.000
#> GSM153007 4 0.2690 0.60875 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> GSM153008 1 0.1831 0.72779 0.920 0.000 0.004 0.076 0.000
#> GSM153009 4 0.4268 0.23421 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> GSM153010 1 0.5283 0.55078 0.704 0.000 0.204 0.032 0.060
#> GSM153011 1 0.0404 0.73457 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM153012 1 0.5677 -0.05099 0.496 0.000 0.080 0.424 0.000
#> GSM153013 4 0.2193 0.62783 0.092 0.000 0.008 0.900 0.000
#> GSM153014 4 0.3093 0.59659 0.168 0.000 0.008 0.824 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.73256 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153017 1 0.2020 0.70635 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.2377 0.69417 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM153019 4 0.3269 0.62130 0.096 0.000 0.056 0.848 0.000
#> GSM153020 4 0.6343 -0.07574 0.176 0.000 0.332 0.492 0.000
#> GSM153021 1 0.3579 0.58023 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> GSM153022 4 0.6777 -0.00378 0.356 0.000 0.168 0.460 0.016
#> GSM153023 1 0.5502 0.44771 0.652 0.000 0.156 0.192 0.000
#> GSM153024 3 0.7344 0.33703 0.324 0.000 0.472 0.120 0.084
#> GSM153025 4 0.3106 0.62971 0.020 0.000 0.140 0.840 0.000
#> GSM153026 4 0.1981 0.63115 0.064 0.000 0.016 0.920 0.000
#> GSM153027 4 0.5576 0.19067 0.076 0.000 0.388 0.536 0.000
#> GSM153028 4 0.2036 0.62168 0.024 0.000 0.056 0.920 0.000
#> GSM153029 3 0.6603 0.30664 0.388 0.000 0.400 0.212 0.000
#> GSM153030 4 0.2574 0.62148 0.112 0.000 0.012 0.876 0.000
#> GSM153031 4 0.2864 0.62722 0.012 0.000 0.136 0.852 0.000
#> GSM153032 1 0.5019 0.11139 0.532 0.000 0.436 0.032 0.000
#> GSM153033 4 0.6433 0.05690 0.340 0.000 0.188 0.472 0.000
#> GSM153034 1 0.5550 0.06706 0.548 0.000 0.376 0.076 0.000
#> GSM153035 4 0.5215 0.10784 0.052 0.000 0.372 0.576 0.000
#> GSM153036 4 0.4689 0.03925 0.016 0.000 0.424 0.560 0.000
#> GSM153037 4 0.3994 0.61305 0.068 0.000 0.140 0.792 0.000
#> GSM153038 4 0.5930 0.29977 0.196 0.000 0.208 0.596 0.000
#> GSM153039 4 0.4894 0.29641 0.036 0.000 0.352 0.612 0.000
#> GSM153040 1 0.3930 0.65769 0.792 0.000 0.152 0.056 0.000
#> GSM153041 1 0.4238 0.62525 0.768 0.000 0.164 0.068 0.000
#> GSM153042 4 0.3806 0.63938 0.084 0.000 0.104 0.812 0.000
#> GSM153043 4 0.4520 0.47883 0.284 0.000 0.032 0.684 0.000
#> GSM153044 1 0.6477 0.03455 0.496 0.000 0.256 0.248 0.000
#> GSM153045 1 0.0510 0.73365 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM153046 1 0.1750 0.73535 0.936 0.000 0.036 0.028 0.000
#> GSM153047 1 0.4126 0.29453 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM153048 1 0.6066 0.03391 0.504 0.000 0.368 0.128 0.000
#> GSM153049 1 0.4704 0.43839 0.696 0.000 0.264 0.028 0.012
#> GSM153050 4 0.3999 0.30686 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> GSM153051 4 0.4882 -0.00636 0.012 0.008 0.440 0.540 0.000
#> GSM153052 4 0.4852 0.58066 0.100 0.000 0.184 0.716 0.000
#> GSM153053 1 0.1331 0.73619 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000
#> GSM187528 5 0.3495 0.75876 0.000 0.160 0.028 0.000 0.812
#> GSM187529 2 0.5606 0.77190 0.000 0.568 0.344 0.000 0.088
#> GSM187530 3 0.6245 -0.46052 0.008 0.248 0.604 0.012 0.128
#> GSM187531 5 0.1608 0.86599 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM152881 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152882 5 0.0162 0.92798 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152883 2 0.0000 0.78386 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.3205 0.61670 0.000 0.816 0.004 0.004 0.176
#> GSM152885 2 0.0000 0.78386 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.4415 0.81460 0.000 0.604 0.388 0.000 0.008
#> GSM152887 2 0.0162 0.78229 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152888 2 0.4517 0.81478 0.000 0.600 0.388 0.000 0.012
#> GSM152889 2 0.4610 0.81456 0.000 0.596 0.388 0.000 0.016
#> GSM152890 2 0.4610 0.81456 0.000 0.596 0.388 0.000 0.016
#> GSM152891 5 0.1485 0.89424 0.000 0.032 0.020 0.000 0.948
#> GSM152892 2 0.4610 0.81456 0.000 0.596 0.388 0.000 0.016
#> GSM152893 2 0.4610 0.81456 0.000 0.596 0.388 0.000 0.016
#> GSM152894 2 0.4610 0.81456 0.000 0.596 0.388 0.000 0.016
#> GSM152895 2 0.0324 0.78051 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM152896 2 0.0000 0.78386 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0162 0.78241 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152898 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152899 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152900 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152901 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152902 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152903 5 0.0162 0.92673 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> GSM152904 5 0.0000 0.92936 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152905 5 0.0451 0.92362 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.2322 0.7132 0.904 0.000 0.048 0.024 0.024 0.000
#> GSM152824 4 0.4820 0.5906 0.140 0.000 0.076 0.728 0.056 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.1148 0.7204 0.960 0.000 0.016 0.004 0.020 0.000
#> GSM152828 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152829 1 0.1938 0.7157 0.920 0.000 0.040 0.004 0.036 0.000
#> GSM152830 1 0.0260 0.7183 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152831 4 0.4049 0.6447 0.044 0.000 0.208 0.740 0.008 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.5325 0.1487 0.548 0.000 0.124 0.328 0.000 0.000
#> GSM152834 4 0.4854 0.6599 0.080 0.000 0.116 0.732 0.072 0.000
#> GSM152835 1 0.4546 0.3415 0.572 0.000 0.024 0.396 0.008 0.000
#> GSM152836 4 0.5543 0.5120 0.192 0.000 0.084 0.652 0.072 0.000
#> GSM152837 4 0.5700 0.1586 0.432 0.000 0.112 0.444 0.012 0.000
#> GSM152838 4 0.3809 0.6562 0.004 0.000 0.240 0.732 0.024 0.000
#> GSM153178 3 0.4662 0.6575 0.140 0.000 0.688 0.172 0.000 0.000
#> GSM153179 1 0.5754 0.1561 0.504 0.000 0.072 0.384 0.040 0.000
#> GSM153180 4 0.2826 0.6547 0.000 0.000 0.092 0.856 0.052 0.000
#> GSM153181 1 0.4332 0.2758 0.564 0.000 0.016 0.416 0.004 0.000
#> GSM153183 1 0.2547 0.6947 0.868 0.000 0.016 0.112 0.004 0.000
#> GSM153184 4 0.5877 0.4506 0.240 0.000 0.168 0.568 0.024 0.000
#> GSM153185 4 0.4707 0.5783 0.052 0.000 0.124 0.740 0.084 0.000
#> GSM153186 1 0.0547 0.7233 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM153187 1 0.5913 0.2099 0.500 0.000 0.184 0.308 0.008 0.000
#> GSM153188 1 0.2378 0.6623 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.6398 0.2112 0.232 0.000 0.268 0.472 0.028 0.000
#> GSM153190 1 0.4301 0.3268 0.584 0.000 0.024 0.392 0.000 0.000
#> GSM153191 4 0.4205 0.6005 0.180 0.000 0.056 0.748 0.016 0.000
#> GSM153192 4 0.3890 0.6551 0.036 0.000 0.204 0.752 0.008 0.000
#> GSM153193 4 0.2554 0.6440 0.000 0.000 0.076 0.876 0.048 0.000
#> GSM153194 4 0.5211 0.5157 0.076 0.000 0.196 0.676 0.052 0.000
#> GSM153195 4 0.5797 0.4464 0.308 0.000 0.088 0.560 0.044 0.000
#> GSM153196 4 0.3648 0.6244 0.016 0.000 0.240 0.740 0.004 0.000
#> GSM153197 4 0.3200 0.6619 0.000 0.000 0.196 0.788 0.016 0.000
#> GSM153198 4 0.5496 0.6205 0.108 0.000 0.248 0.616 0.028 0.000
#> GSM153199 1 0.2801 0.6956 0.860 0.000 0.068 0.072 0.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0458 0.7215 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.5527 0.2011 0.512 0.000 0.088 0.384 0.016 0.000
#> GSM153202 1 0.3161 0.6743 0.828 0.000 0.008 0.136 0.028 0.000
#> GSM153203 1 0.5986 -0.1339 0.424 0.000 0.156 0.408 0.012 0.000
#> GSM153204 4 0.5381 0.2598 0.424 0.000 0.096 0.476 0.004 0.000
#> GSM153205 4 0.4230 0.6742 0.084 0.000 0.116 0.772 0.028 0.000
#> GSM153206 1 0.1549 0.7224 0.936 0.000 0.020 0.044 0.000 0.000
#> GSM153207 3 0.4413 -0.1399 0.012 0.000 0.492 0.488 0.008 0.000
#> GSM153208 4 0.5744 0.4697 0.180 0.000 0.116 0.636 0.068 0.000
#> GSM153209 4 0.5091 0.6344 0.116 0.000 0.140 0.700 0.044 0.000
#> GSM153210 4 0.6065 0.0755 0.404 0.000 0.096 0.456 0.044 0.000
#> GSM153211 4 0.3752 0.6460 0.052 0.000 0.168 0.776 0.004 0.000
#> GSM153212 1 0.3571 0.5794 0.760 0.000 0.020 0.216 0.004 0.000
#> GSM153213 3 0.3293 0.6629 0.048 0.000 0.812 0.140 0.000 0.000
#> GSM153214 4 0.3837 0.6755 0.024 0.000 0.180 0.772 0.024 0.000
#> GSM153215 4 0.4413 0.6612 0.060 0.000 0.200 0.724 0.016 0.000
#> GSM153216 4 0.4368 0.6608 0.116 0.000 0.136 0.740 0.008 0.000
#> GSM153217 1 0.5628 0.3882 0.568 0.000 0.052 0.320 0.060 0.000
#> GSM153218 1 0.0806 0.7220 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000 0.000
#> GSM153219 4 0.2910 0.6773 0.020 0.000 0.068 0.868 0.044 0.000
#> GSM153220 4 0.5683 0.5033 0.100 0.000 0.180 0.644 0.076 0.000
#> GSM153221 1 0.3915 0.4777 0.696 0.000 0.008 0.284 0.012 0.000
#> GSM153222 1 0.5822 0.3520 0.564 0.000 0.072 0.304 0.060 0.000
#> GSM153223 4 0.2631 0.6679 0.000 0.000 0.152 0.840 0.008 0.000
#> GSM153224 1 0.4320 0.4707 0.664 0.000 0.036 0.296 0.004 0.000
#> GSM153225 4 0.3595 0.6794 0.024 0.000 0.144 0.804 0.028 0.000
#> GSM153226 4 0.2738 0.6534 0.000 0.000 0.176 0.820 0.004 0.000
#> GSM153227 1 0.3468 0.5628 0.712 0.000 0.000 0.284 0.004 0.000
#> GSM153228 4 0.2433 0.6658 0.000 0.000 0.072 0.884 0.044 0.000
#> GSM153229 4 0.4881 0.6292 0.044 0.000 0.156 0.716 0.084 0.000
#> GSM153230 4 0.4055 0.6609 0.088 0.000 0.136 0.768 0.008 0.000
#> GSM153231 4 0.3357 0.6409 0.052 0.000 0.064 0.844 0.040 0.000
#> GSM153232 4 0.3171 0.6540 0.060 0.000 0.044 0.856 0.040 0.000
#> GSM153233 4 0.3150 0.6251 0.000 0.000 0.104 0.832 0.064 0.000
#> GSM153234 4 0.3281 0.6431 0.012 0.000 0.200 0.784 0.004 0.000
#> GSM153235 3 0.3450 0.6350 0.032 0.000 0.780 0.188 0.000 0.000
#> GSM153236 3 0.2487 0.5602 0.000 0.000 0.876 0.092 0.032 0.000
#> GSM153237 4 0.5131 0.6427 0.100 0.000 0.200 0.672 0.028 0.000
#> GSM152992 3 0.4532 0.6528 0.196 0.000 0.696 0.108 0.000 0.000
#> GSM152993 4 0.4013 0.6345 0.040 0.000 0.212 0.740 0.008 0.000
#> GSM152994 4 0.4704 0.5145 0.304 0.000 0.060 0.632 0.004 0.000
#> GSM152995 4 0.5856 0.3701 0.340 0.000 0.148 0.500 0.012 0.000
#> GSM152996 1 0.1531 0.7227 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004 0.000
#> GSM152997 1 0.5840 -0.0781 0.444 0.000 0.164 0.388 0.004 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152999 1 0.1719 0.7155 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016 0.000
#> GSM153000 1 0.1536 0.7212 0.944 0.000 0.024 0.012 0.020 0.000
#> GSM153001 4 0.6891 0.3846 0.252 0.000 0.292 0.400 0.056 0.000
#> GSM153002 3 0.3494 0.6147 0.036 0.000 0.792 0.168 0.004 0.000
#> GSM153003 1 0.3812 0.5339 0.712 0.000 0.268 0.016 0.004 0.000
#> GSM153004 3 0.6192 0.1461 0.040 0.308 0.512 0.000 0.000 0.140
#> GSM153005 4 0.4535 0.1176 0.000 0.000 0.480 0.488 0.032 0.000
#> GSM153006 1 0.2278 0.6909 0.868 0.000 0.004 0.128 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.2905 0.6283 0.000 0.000 0.084 0.852 0.064 0.000
#> GSM153008 1 0.1644 0.7183 0.920 0.000 0.004 0.076 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.5520 -0.0873 0.444 0.000 0.112 0.440 0.004 0.000
#> GSM153010 1 0.4723 0.4197 0.628 0.040 0.320 0.008 0.004 0.000
#> GSM153011 1 0.0858 0.7193 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000
#> GSM153012 1 0.5867 0.1287 0.500 0.000 0.084 0.376 0.040 0.000
#> GSM153013 4 0.4294 0.6329 0.080 0.000 0.188 0.728 0.004 0.000
#> GSM153014 4 0.5124 0.5698 0.188 0.000 0.152 0.652 0.008 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.7168 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153017 1 0.2527 0.6454 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.2135 0.6921 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM153019 4 0.4470 0.6265 0.072 0.000 0.228 0.696 0.004 0.000
#> GSM153020 3 0.4729 0.5540 0.080 0.000 0.636 0.284 0.000 0.000
#> GSM153021 1 0.3795 0.3668 0.632 0.000 0.364 0.004 0.000 0.000
#> GSM153022 4 0.6546 -0.1722 0.268 0.016 0.320 0.392 0.004 0.000
#> GSM153023 1 0.5798 0.1442 0.516 0.000 0.288 0.192 0.004 0.000
#> GSM153024 3 0.4368 0.5942 0.184 0.040 0.740 0.036 0.000 0.000
#> GSM153025 4 0.3622 0.6536 0.020 0.000 0.164 0.792 0.024 0.000
#> GSM153026 4 0.3789 0.6434 0.040 0.000 0.196 0.760 0.004 0.000
#> GSM153027 3 0.5088 0.3094 0.024 0.000 0.528 0.412 0.036 0.000
#> GSM153028 4 0.3314 0.6270 0.000 0.000 0.224 0.764 0.012 0.000
#> GSM153029 3 0.4253 0.5557 0.284 0.000 0.672 0.044 0.000 0.000
#> GSM153030 4 0.4896 0.6085 0.120 0.000 0.196 0.676 0.008 0.000
#> GSM153031 4 0.2739 0.6634 0.012 0.000 0.084 0.872 0.032 0.000
#> GSM153032 3 0.3905 0.4732 0.316 0.000 0.668 0.016 0.000 0.000
#> GSM153033 4 0.6129 -0.0175 0.324 0.000 0.328 0.348 0.000 0.000
#> GSM153034 3 0.3965 0.3936 0.388 0.000 0.604 0.008 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.3678 0.5996 0.024 0.000 0.752 0.220 0.004 0.000
#> GSM153036 3 0.2631 0.6323 0.008 0.000 0.840 0.152 0.000 0.000
#> GSM153037 4 0.4018 0.6236 0.044 0.000 0.160 0.772 0.024 0.000
#> GSM153038 4 0.5533 0.0167 0.132 0.000 0.420 0.448 0.000 0.000
#> GSM153039 3 0.4191 0.4170 0.012 0.000 0.596 0.388 0.004 0.000
#> GSM153040 1 0.3980 0.5867 0.732 0.000 0.216 0.052 0.000 0.000
#> GSM153041 1 0.4110 0.5119 0.692 0.000 0.268 0.040 0.000 0.000
#> GSM153042 4 0.3508 0.6826 0.052 0.000 0.080 0.832 0.036 0.000
#> GSM153043 4 0.5372 0.5398 0.236 0.000 0.160 0.600 0.004 0.000
#> GSM153044 3 0.5974 0.3874 0.336 0.000 0.428 0.236 0.000 0.000
#> GSM153045 1 0.1075 0.7107 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM153046 1 0.1700 0.7172 0.928 0.000 0.048 0.024 0.000 0.000
#> GSM153047 3 0.3706 0.3778 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> GSM153048 3 0.4932 0.4910 0.312 0.000 0.600 0.088 0.000 0.000
#> GSM153049 1 0.3944 0.0482 0.568 0.000 0.428 0.004 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.3448 0.4407 0.000 0.000 0.716 0.280 0.004 0.000
#> GSM153051 3 0.2872 0.6383 0.004 0.000 0.832 0.152 0.000 0.012
#> GSM153052 4 0.4398 0.6053 0.040 0.000 0.144 0.756 0.060 0.000
#> GSM153053 1 0.2206 0.7113 0.904 0.000 0.064 0.008 0.024 0.000
#> GSM187528 2 0.4513 0.6086 0.000 0.700 0.012 0.000 0.228 0.060
#> GSM187529 6 0.1765 0.8086 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM187530 6 0.5756 0.3003 0.004 0.104 0.376 0.008 0.004 0.504
#> GSM187531 2 0.1957 0.8274 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0146 0.9536 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152883 5 0.1663 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM152884 5 0.3767 0.8115 0.000 0.128 0.000 0.004 0.788 0.080
#> GSM152885 5 0.1714 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM152886 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152887 5 0.1663 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM152888 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152889 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152890 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.1204 0.9133 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> GSM152892 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152893 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152894 6 0.0000 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152895 5 0.1663 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM152896 5 0.1663 0.9681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM152897 5 0.1753 0.9651 0.000 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084
#> GSM152898 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9556 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0458 0.9460 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:pam 164 5.67e-31 2
#> MAD:pam 145 3.00e-27 3
#> MAD:pam 144 5.57e-23 4
#> MAD:pam 112 9.32e-20 5
#> MAD:pam 124 1.64e-19 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.993 0.2976 0.703 0.703
#> 3 3 0.528 0.642 0.854 1.0802 0.663 0.525
#> 4 4 0.531 0.494 0.723 0.1717 0.746 0.435
#> 5 5 0.626 0.540 0.739 0.0686 0.836 0.492
#> 6 6 0.680 0.621 0.762 0.0447 0.869 0.502
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.9393 0.4345 0.644 0.356
#> GSM152829 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0672 0.9877 0.992 0.008
#> GSM153236 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153004 1 0.2603 0.9502 0.956 0.044
#> GSM153005 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.0672 0.9876 0.992 0.008
#> GSM153011 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.0376 0.9915 0.996 0.004
#> GSM153023 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.7219 0.7450 0.800 0.200
#> GSM153048 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.9988 0.0709 0.480 0.520
#> GSM153052 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9953 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.3879 0.9043 0.076 0.924
#> GSM152881 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9806 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.6192 0.10760 0.580 0.000 0.420
#> GSM152823 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.5560 0.45999 0.700 0.000 0.300
#> GSM152825 3 0.6307 0.17723 0.488 0.000 0.512
#> GSM152826 3 0.6307 0.17782 0.488 0.000 0.512
#> GSM152827 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152828 1 0.9648 0.22338 0.460 0.236 0.304
#> GSM152829 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152830 3 0.6308 0.16731 0.492 0.000 0.508
#> GSM152831 1 0.5948 0.28065 0.640 0.000 0.360
#> GSM152832 1 0.6291 -0.07033 0.532 0.000 0.468
#> GSM152833 3 0.3619 0.69319 0.136 0.000 0.864
#> GSM152834 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0592 0.76189 0.988 0.000 0.012
#> GSM153178 3 0.5465 0.52444 0.288 0.000 0.712
#> GSM153179 1 0.0592 0.76139 0.988 0.000 0.012
#> GSM153180 1 0.0424 0.76313 0.992 0.000 0.008
#> GSM153181 1 0.6244 0.05144 0.560 0.000 0.440
#> GSM153183 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.2066 0.73517 0.940 0.000 0.060
#> GSM153185 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153186 3 0.5397 0.56788 0.280 0.000 0.720
#> GSM153187 3 0.0237 0.74263 0.004 0.000 0.996
#> GSM153188 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153190 3 0.3267 0.69758 0.116 0.000 0.884
#> GSM153191 1 0.6286 0.17838 0.536 0.000 0.464
#> GSM153192 3 0.6267 0.09136 0.452 0.000 0.548
#> GSM153193 1 0.0592 0.76097 0.988 0.000 0.012
#> GSM153194 1 0.6274 0.18712 0.544 0.000 0.456
#> GSM153195 1 0.6302 0.11427 0.520 0.000 0.480
#> GSM153196 1 0.6267 0.08563 0.548 0.000 0.452
#> GSM153197 1 0.3551 0.67531 0.868 0.000 0.132
#> GSM153198 3 0.0592 0.74243 0.012 0.000 0.988
#> GSM153199 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 3 0.6111 0.39105 0.396 0.000 0.604
#> GSM153202 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 1 0.6168 0.13209 0.588 0.000 0.412
#> GSM153204 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153206 3 0.0237 0.74277 0.004 0.000 0.996
#> GSM153207 3 0.5138 0.55581 0.252 0.000 0.748
#> GSM153208 1 0.2796 0.70756 0.908 0.000 0.092
#> GSM153209 3 0.5760 0.42674 0.328 0.000 0.672
#> GSM153210 3 0.4235 0.65144 0.176 0.000 0.824
#> GSM153211 3 0.2878 0.71054 0.096 0.000 0.904
#> GSM153212 3 0.6140 0.23955 0.404 0.000 0.596
#> GSM153213 3 0.0237 0.74277 0.004 0.000 0.996
#> GSM153214 3 0.5810 0.40565 0.336 0.000 0.664
#> GSM153215 3 0.6302 -0.00752 0.480 0.000 0.520
#> GSM153216 3 0.5882 0.38093 0.348 0.000 0.652
#> GSM153217 1 0.5968 0.36716 0.636 0.000 0.364
#> GSM153218 3 0.1031 0.74043 0.024 0.000 0.976
#> GSM153219 1 0.6225 0.23666 0.568 0.000 0.432
#> GSM153220 1 0.5835 0.40009 0.660 0.000 0.340
#> GSM153221 1 0.6154 0.28789 0.592 0.000 0.408
#> GSM153222 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.2711 0.71747 0.088 0.000 0.912
#> GSM153225 1 0.6302 0.11229 0.520 0.000 0.480
#> GSM153226 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.1163 0.75617 0.972 0.000 0.028
#> GSM153228 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.2261 0.73088 0.932 0.000 0.068
#> GSM153230 1 0.4555 0.59574 0.800 0.000 0.200
#> GSM153231 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.4796 0.56747 0.780 0.000 0.220
#> GSM153235 3 0.5835 0.44977 0.340 0.000 0.660
#> GSM153236 1 0.4002 0.66059 0.840 0.000 0.160
#> GSM153237 1 0.1643 0.74698 0.956 0.000 0.044
#> GSM152992 3 0.4121 0.65383 0.168 0.000 0.832
#> GSM152993 3 0.5397 0.51321 0.280 0.000 0.720
#> GSM152994 3 0.5785 0.42136 0.332 0.000 0.668
#> GSM152995 3 0.1753 0.72884 0.048 0.000 0.952
#> GSM152996 3 0.6062 0.28404 0.384 0.000 0.616
#> GSM152997 3 0.0424 0.74256 0.008 0.000 0.992
#> GSM152998 3 0.4002 0.67840 0.160 0.000 0.840
#> GSM152999 3 0.5733 0.47616 0.324 0.000 0.676
#> GSM153000 3 0.5591 0.42872 0.304 0.000 0.696
#> GSM153001 1 0.5706 0.44167 0.680 0.000 0.320
#> GSM153002 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153004 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.1411 0.75156 0.964 0.000 0.036
#> GSM153006 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153008 3 0.4750 0.61937 0.216 0.000 0.784
#> GSM153009 3 0.6026 0.41358 0.376 0.000 0.624
#> GSM153010 3 0.5363 0.53908 0.276 0.000 0.724
#> GSM153011 3 0.5859 0.45586 0.344 0.000 0.656
#> GSM153012 3 0.6252 0.12715 0.444 0.000 0.556
#> GSM153013 1 0.6008 0.33779 0.628 0.000 0.372
#> GSM153014 3 0.0747 0.74201 0.016 0.000 0.984
#> GSM153015 3 0.0747 0.74069 0.016 0.000 0.984
#> GSM153016 3 0.4002 0.66120 0.160 0.000 0.840
#> GSM153017 3 0.5678 0.48763 0.316 0.000 0.684
#> GSM153018 1 0.5859 0.36414 0.656 0.000 0.344
#> GSM153019 3 0.1753 0.73284 0.048 0.000 0.952
#> GSM153020 3 0.5733 0.48277 0.324 0.000 0.676
#> GSM153021 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 3 0.5465 0.49484 0.288 0.000 0.712
#> GSM153026 3 0.2878 0.71019 0.096 0.000 0.904
#> GSM153027 3 0.5016 0.54452 0.240 0.000 0.760
#> GSM153028 3 0.4605 0.62015 0.204 0.000 0.796
#> GSM153029 3 0.0424 0.74230 0.008 0.000 0.992
#> GSM153030 3 0.1411 0.73769 0.036 0.000 0.964
#> GSM153031 1 0.5178 0.53236 0.744 0.000 0.256
#> GSM153032 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153033 3 0.0237 0.74277 0.004 0.000 0.996
#> GSM153034 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153037 3 0.5327 0.52838 0.272 0.000 0.728
#> GSM153038 3 0.1031 0.74065 0.024 0.000 0.976
#> GSM153039 3 0.4121 0.65259 0.168 0.000 0.832
#> GSM153040 3 0.6026 0.39331 0.376 0.000 0.624
#> GSM153041 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.0237 0.76411 0.996 0.000 0.004
#> GSM153043 3 0.0000 0.74284 0.000 0.000 1.000
#> GSM153044 3 0.5706 0.48257 0.320 0.000 0.680
#> GSM153045 3 0.5785 0.46291 0.332 0.000 0.668
#> GSM153046 1 0.6299 -0.06494 0.524 0.000 0.476
#> GSM153047 3 0.5706 0.48174 0.320 0.000 0.680
#> GSM153048 3 0.5529 0.51493 0.296 0.000 0.704
#> GSM153049 3 0.5621 0.49917 0.308 0.000 0.692
#> GSM153050 3 0.6295 0.18484 0.472 0.000 0.528
#> GSM153051 3 0.6541 0.48410 0.304 0.024 0.672
#> GSM153052 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.76489 1.000 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0237 0.99367 0.000 0.996 0.004
#> GSM187531 2 0.1964 0.93504 0.000 0.944 0.056
#> GSM152881 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.99760 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.7454 0.457438 0.376 0.000 0.448 0.176
#> GSM152823 4 0.0188 0.804881 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM152824 4 0.2921 0.708517 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM152825 3 0.7392 0.466549 0.372 0.000 0.460 0.168
#> GSM152826 3 0.7386 0.467891 0.368 0.000 0.464 0.168
#> GSM152827 4 0.0000 0.803799 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152828 4 0.6473 0.374248 0.084 0.004 0.308 0.604
#> GSM152829 4 0.0336 0.801876 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM152830 3 0.7386 0.467891 0.368 0.000 0.464 0.168
#> GSM152831 3 0.7673 0.407955 0.368 0.000 0.416 0.216
#> GSM152832 3 0.7414 0.466250 0.368 0.000 0.460 0.172
#> GSM152833 3 0.5151 0.432256 0.464 0.000 0.532 0.004
#> GSM152834 4 0.0657 0.806187 0.004 0.000 0.012 0.984
#> GSM152835 4 0.1792 0.775415 0.068 0.000 0.000 0.932
#> GSM152836 4 0.0592 0.800735 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM152837 4 0.4841 0.660113 0.080 0.000 0.140 0.780
#> GSM152838 4 0.7764 -0.122317 0.240 0.000 0.356 0.404
#> GSM153178 3 0.2589 0.454564 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM153179 4 0.2197 0.785165 0.048 0.000 0.024 0.928
#> GSM153180 4 0.7830 -0.185242 0.260 0.000 0.356 0.384
#> GSM153181 1 0.6607 -0.437580 0.476 0.000 0.444 0.080
#> GSM153183 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153184 4 0.5631 0.567101 0.224 0.000 0.076 0.700
#> GSM153185 4 0.0937 0.805696 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM153186 1 0.5244 -0.377028 0.556 0.000 0.436 0.008
#> GSM153187 3 0.4992 0.192941 0.476 0.000 0.524 0.000
#> GSM153188 1 0.4999 0.468929 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153189 4 0.2376 0.761139 0.068 0.000 0.016 0.916
#> GSM153190 1 0.4999 -0.411492 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153191 1 0.6423 0.392831 0.580 0.000 0.084 0.336
#> GSM153192 1 0.4938 0.380512 0.772 0.000 0.080 0.148
#> GSM153193 4 0.0469 0.802105 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM153194 1 0.5022 0.455960 0.708 0.000 0.028 0.264
#> GSM153195 1 0.3743 0.464179 0.824 0.000 0.016 0.160
#> GSM153196 1 0.6932 -0.381877 0.492 0.000 0.396 0.112
#> GSM153197 3 0.7852 0.258783 0.276 0.000 0.392 0.332
#> GSM153198 3 0.4888 0.331976 0.412 0.000 0.588 0.000
#> GSM153199 3 0.5000 -0.488364 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM153200 3 0.5000 -0.488364 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM153201 3 0.5097 0.453991 0.428 0.000 0.568 0.004
#> GSM153202 4 0.1042 0.804928 0.020 0.000 0.008 0.972
#> GSM153203 3 0.7506 0.447746 0.376 0.000 0.440 0.184
#> GSM153204 1 0.4989 0.475961 0.528 0.000 0.472 0.000
#> GSM153205 4 0.0336 0.804367 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM153206 1 0.4713 0.485688 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM153207 1 0.3667 0.461859 0.856 0.000 0.056 0.088
#> GSM153208 4 0.0707 0.799331 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM153209 1 0.3243 0.480879 0.876 0.000 0.036 0.088
#> GSM153210 1 0.2376 0.457548 0.916 0.000 0.068 0.016
#> GSM153211 1 0.3172 0.452361 0.840 0.000 0.160 0.000
#> GSM153212 1 0.3464 0.448253 0.860 0.000 0.032 0.108
#> GSM153213 1 0.4999 0.470850 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153214 1 0.3557 0.506279 0.856 0.000 0.036 0.108
#> GSM153215 1 0.3760 0.448681 0.836 0.000 0.028 0.136
#> GSM153216 1 0.6561 -0.237399 0.564 0.000 0.344 0.092
#> GSM153217 1 0.4920 0.331564 0.628 0.000 0.004 0.368
#> GSM153218 1 0.4605 0.504399 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM153219 1 0.5986 0.420287 0.620 0.000 0.060 0.320
#> GSM153220 4 0.4967 0.097929 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153221 1 0.4277 0.458934 0.720 0.000 0.000 0.280
#> GSM153222 4 0.0336 0.803178 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM153223 4 0.1297 0.802317 0.020 0.000 0.016 0.964
#> GSM153224 3 0.4948 0.435958 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM153225 1 0.3356 0.486302 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM153226 4 0.1042 0.804769 0.008 0.000 0.020 0.972
#> GSM153227 3 0.7909 0.258841 0.312 0.000 0.364 0.324
#> GSM153228 4 0.0804 0.805797 0.008 0.000 0.012 0.980
#> GSM153229 3 0.7878 0.256725 0.292 0.000 0.384 0.324
#> GSM153230 3 0.7862 0.323458 0.332 0.000 0.388 0.280
#> GSM153231 4 0.0188 0.804881 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM153232 4 0.6816 0.395766 0.184 0.000 0.212 0.604
#> GSM153233 4 0.0927 0.805607 0.008 0.000 0.016 0.976
#> GSM153234 3 0.7870 0.291870 0.304 0.000 0.392 0.304
#> GSM153235 3 0.2662 0.457673 0.084 0.000 0.900 0.016
#> GSM153236 3 0.7793 0.199274 0.248 0.000 0.396 0.356
#> GSM153237 3 0.7905 0.271136 0.320 0.000 0.368 0.312
#> GSM152992 3 0.2589 0.454849 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM152993 1 0.3149 0.479069 0.880 0.000 0.032 0.088
#> GSM152994 1 0.2565 0.466094 0.912 0.000 0.032 0.056
#> GSM152995 1 0.4941 0.488930 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM152996 1 0.4974 0.491461 0.736 0.000 0.040 0.224
#> GSM152997 1 0.4985 0.478861 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM152998 1 0.3355 0.451074 0.836 0.000 0.160 0.004
#> GSM152999 3 0.2888 0.460262 0.124 0.000 0.872 0.004
#> GSM153000 1 0.6916 0.487772 0.572 0.000 0.280 0.148
#> GSM153001 1 0.6648 0.351151 0.612 0.000 0.140 0.248
#> GSM153002 1 0.4998 0.473426 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153003 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153004 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153005 4 0.7693 -0.096635 0.224 0.000 0.352 0.424
#> GSM153006 1 0.4999 0.471826 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153007 4 0.1182 0.804328 0.016 0.000 0.016 0.968
#> GSM153008 1 0.6031 -0.344280 0.536 0.000 0.420 0.044
#> GSM153009 3 0.5097 0.453582 0.428 0.000 0.568 0.004
#> GSM153010 3 0.2589 0.379211 0.116 0.000 0.884 0.000
#> GSM153011 3 0.5334 0.486081 0.284 0.000 0.680 0.036
#> GSM153012 1 0.4379 0.457120 0.792 0.000 0.036 0.172
#> GSM153013 1 0.6780 -0.000612 0.604 0.000 0.232 0.164
#> GSM153014 1 0.4382 0.486008 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM153015 3 0.4222 0.437365 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM153016 3 0.4855 0.447332 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM153017 3 0.2216 0.439609 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM153018 1 0.6958 0.087331 0.584 0.000 0.184 0.232
#> GSM153019 1 0.4500 0.094062 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM153020 3 0.4741 -0.065080 0.328 0.000 0.668 0.004
#> GSM153021 3 0.5000 -0.488364 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM153022 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153023 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153024 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153025 1 0.5067 0.519270 0.768 0.000 0.116 0.116
#> GSM153026 1 0.4134 0.346084 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM153027 1 0.6639 0.500977 0.596 0.000 0.284 0.120
#> GSM153028 1 0.3638 0.355332 0.848 0.000 0.120 0.032
#> GSM153029 3 0.4382 0.030334 0.296 0.000 0.704 0.000
#> GSM153030 1 0.4501 0.471086 0.764 0.000 0.212 0.024
#> GSM153031 4 0.5326 0.378954 0.380 0.000 0.016 0.604
#> GSM153032 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153033 1 0.4985 0.478516 0.532 0.000 0.468 0.000
#> GSM153034 1 0.4999 0.468407 0.508 0.000 0.492 0.000
#> GSM153035 1 0.5000 0.470040 0.504 0.000 0.496 0.000
#> GSM153036 1 0.4477 0.486725 0.688 0.000 0.312 0.000
#> GSM153037 1 0.3453 0.506164 0.868 0.000 0.052 0.080
#> GSM153038 1 0.4964 0.503859 0.616 0.000 0.380 0.004
#> GSM153039 3 0.4907 -0.246077 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM153040 3 0.3335 0.452068 0.120 0.000 0.860 0.020
#> GSM153041 3 0.5000 -0.486083 0.496 0.000 0.504 0.000
#> GSM153042 4 0.6231 0.517205 0.184 0.000 0.148 0.668
#> GSM153043 3 0.5000 -0.259595 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM153044 3 0.3649 0.474273 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM153045 3 0.2921 0.468408 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM153046 1 0.5607 -0.320839 0.492 0.000 0.488 0.020
#> GSM153047 3 0.2081 0.433327 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM153048 3 0.2530 0.454029 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM153049 3 0.2081 0.439133 0.084 0.000 0.916 0.000
#> GSM153050 3 0.7172 0.468258 0.304 0.000 0.532 0.164
#> GSM153051 3 0.2542 0.431822 0.084 0.012 0.904 0.000
#> GSM153052 4 0.4784 0.677420 0.100 0.000 0.112 0.788
#> GSM153053 4 0.4374 0.705539 0.120 0.000 0.068 0.812
#> GSM187528 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0592 0.977278 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM187531 2 0.4227 0.788639 0.060 0.820 0.120 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.992636 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.3852 0.5447 0.760 0.000 0.000 0.220 0.020
#> GSM152823 4 0.0290 0.8039 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM152824 5 0.3814 0.3074 0.004 0.000 0.000 0.276 0.720
#> GSM152825 1 0.3509 0.5677 0.792 0.000 0.004 0.196 0.008
#> GSM152826 1 0.3578 0.5626 0.784 0.000 0.004 0.204 0.008
#> GSM152827 4 0.0510 0.8032 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM152828 4 0.8461 0.1520 0.236 0.008 0.152 0.392 0.212
#> GSM152829 4 0.1124 0.7981 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> GSM152830 1 0.3496 0.5621 0.788 0.000 0.000 0.200 0.012
#> GSM152831 1 0.4141 0.5134 0.728 0.000 0.000 0.248 0.024
#> GSM152832 1 0.3751 0.5558 0.772 0.000 0.004 0.212 0.012
#> GSM152833 1 0.4150 0.5566 0.748 0.000 0.036 0.000 0.216
#> GSM152834 4 0.0451 0.8042 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM152835 4 0.4196 0.5016 0.004 0.000 0.000 0.640 0.356
#> GSM152836 4 0.2806 0.7327 0.004 0.000 0.000 0.844 0.152
#> GSM152837 4 0.2069 0.7720 0.076 0.000 0.000 0.912 0.012
#> GSM152838 4 0.4900 0.0585 0.464 0.000 0.000 0.512 0.024
#> GSM153178 1 0.5197 0.5302 0.680 0.000 0.204 0.000 0.116
#> GSM153179 4 0.0865 0.8024 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> GSM153180 4 0.4767 0.2002 0.420 0.000 0.000 0.560 0.020
#> GSM153181 1 0.4653 0.6058 0.752 0.000 0.004 0.132 0.112
#> GSM153183 3 0.0566 0.5615 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM153184 4 0.6600 0.0683 0.100 0.000 0.032 0.468 0.400
#> GSM153185 4 0.1012 0.8006 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> GSM153186 1 0.3821 0.5576 0.764 0.000 0.020 0.000 0.216
#> GSM153187 3 0.6641 0.2307 0.368 0.000 0.408 0.000 0.224
#> GSM153188 3 0.0404 0.5616 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.2625 0.7377 0.016 0.000 0.000 0.876 0.108
#> GSM153190 1 0.5149 0.4868 0.680 0.000 0.104 0.000 0.216
#> GSM153191 5 0.3727 0.5244 0.000 0.000 0.216 0.016 0.768
#> GSM153192 5 0.7733 -0.1064 0.236 0.000 0.352 0.060 0.352
#> GSM153193 4 0.1768 0.7836 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072
#> GSM153194 5 0.4474 0.4957 0.016 0.000 0.216 0.028 0.740
#> GSM153195 5 0.7564 -0.0424 0.160 0.000 0.372 0.072 0.396
#> GSM153196 1 0.5334 0.5588 0.680 0.000 0.012 0.084 0.224
#> GSM153197 1 0.4861 0.2064 0.548 0.000 0.000 0.428 0.024
#> GSM153198 3 0.6598 0.2175 0.376 0.000 0.412 0.000 0.212
#> GSM153199 3 0.0451 0.5612 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> GSM153200 3 0.0290 0.5618 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.3850 0.5876 0.792 0.000 0.032 0.004 0.172
#> GSM153202 4 0.1211 0.7979 0.024 0.000 0.000 0.960 0.016
#> GSM153203 1 0.4086 0.5221 0.736 0.000 0.000 0.240 0.024
#> GSM153204 3 0.1571 0.5618 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> GSM153205 4 0.0771 0.8023 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> GSM153206 3 0.4117 0.5033 0.096 0.000 0.788 0.000 0.116
#> GSM153207 3 0.7251 0.1671 0.244 0.000 0.396 0.024 0.336
#> GSM153208 4 0.3741 0.6318 0.004 0.000 0.000 0.732 0.264
#> GSM153209 3 0.7314 0.1312 0.220 0.000 0.400 0.032 0.348
#> GSM153210 3 0.6810 0.2403 0.296 0.000 0.436 0.004 0.264
#> GSM153211 3 0.6564 0.3019 0.344 0.000 0.444 0.000 0.212
#> GSM153212 3 0.7464 0.0836 0.212 0.000 0.388 0.044 0.356
#> GSM153213 3 0.1502 0.5342 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> GSM153214 5 0.5628 0.0337 0.064 0.000 0.424 0.004 0.508
#> GSM153215 3 0.7632 0.0268 0.192 0.000 0.380 0.064 0.364
#> GSM153216 1 0.7384 0.1598 0.476 0.000 0.228 0.052 0.244
#> GSM153217 5 0.3831 0.5763 0.020 0.000 0.076 0.072 0.832
#> GSM153218 3 0.3667 0.4486 0.048 0.000 0.812 0.000 0.140
#> GSM153219 5 0.3805 0.5493 0.000 0.000 0.184 0.032 0.784
#> GSM153220 5 0.1668 0.5740 0.000 0.000 0.032 0.028 0.940
#> GSM153221 5 0.3494 0.5772 0.012 0.000 0.056 0.084 0.848
#> GSM153222 4 0.1282 0.7984 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> GSM153223 4 0.1117 0.8013 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020
#> GSM153224 1 0.4400 0.5622 0.736 0.000 0.052 0.000 0.212
#> GSM153225 5 0.3994 0.5015 0.040 0.000 0.188 0.000 0.772
#> GSM153226 4 0.0451 0.8043 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM153227 4 0.4774 0.1825 0.424 0.000 0.000 0.556 0.020
#> GSM153228 4 0.0162 0.8043 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153229 1 0.4848 0.1998 0.556 0.000 0.000 0.420 0.024
#> GSM153230 1 0.4639 0.3706 0.632 0.000 0.000 0.344 0.024
#> GSM153231 4 0.0290 0.8038 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153232 4 0.3438 0.6817 0.172 0.000 0.000 0.808 0.020
#> GSM153233 4 0.0671 0.8018 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> GSM153234 1 0.4613 0.3446 0.620 0.000 0.000 0.360 0.020
#> GSM153235 1 0.3003 0.5346 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM153236 1 0.4798 0.1475 0.540 0.000 0.000 0.440 0.020
#> GSM153237 1 0.4841 0.2081 0.560 0.000 0.000 0.416 0.024
#> GSM152992 1 0.5307 0.5443 0.676 0.000 0.168 0.000 0.156
#> GSM152993 3 0.7165 0.1540 0.216 0.000 0.412 0.024 0.348
#> GSM152994 3 0.7158 0.1352 0.236 0.000 0.404 0.020 0.340
#> GSM152995 5 0.4302 0.2725 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> GSM152996 5 0.2741 0.5795 0.004 0.000 0.132 0.004 0.860
#> GSM152997 3 0.2179 0.4815 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM152998 3 0.6598 0.2781 0.260 0.000 0.464 0.000 0.276
#> GSM152999 1 0.3048 0.5422 0.820 0.000 0.176 0.000 0.004
#> GSM153000 5 0.3715 0.5035 0.000 0.000 0.260 0.004 0.736
#> GSM153001 5 0.7018 0.2326 0.076 0.000 0.320 0.096 0.508
#> GSM153002 3 0.1628 0.5360 0.008 0.000 0.936 0.000 0.056
#> GSM153003 3 0.0290 0.5559 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM153004 3 0.0290 0.5559 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM153005 4 0.4696 0.1579 0.428 0.000 0.000 0.556 0.016
#> GSM153006 3 0.0609 0.5493 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM153007 4 0.0579 0.8042 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> GSM153008 1 0.6567 0.1500 0.524 0.000 0.240 0.008 0.228
#> GSM153009 1 0.3556 0.5940 0.808 0.000 0.020 0.004 0.168
#> GSM153010 3 0.4549 0.0650 0.464 0.000 0.528 0.000 0.008
#> GSM153011 1 0.4824 0.6209 0.764 0.000 0.100 0.108 0.028
#> GSM153012 3 0.7700 0.0613 0.188 0.000 0.376 0.072 0.364
#> GSM153013 1 0.8259 -0.1703 0.304 0.000 0.304 0.116 0.276
#> GSM153014 3 0.4595 0.4786 0.172 0.000 0.740 0.000 0.088
#> GSM153015 1 0.6274 0.2549 0.536 0.000 0.256 0.000 0.208
#> GSM153016 1 0.5631 0.4421 0.636 0.000 0.164 0.000 0.200
#> GSM153017 1 0.3671 0.4957 0.756 0.000 0.236 0.000 0.008
#> GSM153018 1 0.8529 -0.1236 0.304 0.000 0.212 0.208 0.276
#> GSM153019 3 0.6602 0.2708 0.384 0.000 0.404 0.000 0.212
#> GSM153020 3 0.4774 0.3750 0.360 0.000 0.612 0.000 0.028
#> GSM153021 3 0.0404 0.5616 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.0290 0.5559 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM153023 3 0.0290 0.5559 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM153024 3 0.0162 0.5604 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153025 3 0.4954 -0.1233 0.020 0.000 0.528 0.004 0.448
#> GSM153026 3 0.6557 0.3058 0.340 0.000 0.448 0.000 0.212
#> GSM153027 5 0.3884 0.4804 0.000 0.000 0.288 0.004 0.708
#> GSM153028 1 0.7196 -0.2666 0.372 0.000 0.364 0.020 0.244
#> GSM153029 3 0.4528 0.4770 0.212 0.000 0.728 0.000 0.060
#> GSM153030 3 0.6475 0.3018 0.212 0.000 0.484 0.000 0.304
#> GSM153031 4 0.6022 0.2933 0.036 0.000 0.072 0.608 0.284
#> GSM153032 3 0.0162 0.5582 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM153033 3 0.2732 0.4333 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM153034 3 0.0771 0.5644 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM153035 3 0.0162 0.5582 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM153036 3 0.4342 0.4395 0.040 0.000 0.728 0.000 0.232
#> GSM153037 5 0.5341 0.0164 0.052 0.000 0.444 0.000 0.504
#> GSM153038 3 0.4141 0.3263 0.028 0.000 0.736 0.000 0.236
#> GSM153039 3 0.5053 0.4108 0.324 0.000 0.624 0.000 0.052
#> GSM153040 1 0.5122 0.4825 0.696 0.000 0.228 0.060 0.016
#> GSM153041 3 0.1831 0.5485 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> GSM153042 4 0.3438 0.6826 0.172 0.000 0.000 0.808 0.020
#> GSM153043 3 0.6199 0.3773 0.236 0.000 0.552 0.000 0.212
#> GSM153044 1 0.3239 0.5603 0.828 0.000 0.156 0.004 0.012
#> GSM153045 1 0.2763 0.5619 0.848 0.000 0.148 0.000 0.004
#> GSM153046 1 0.7035 0.3394 0.576 0.000 0.196 0.116 0.112
#> GSM153047 1 0.3884 0.4457 0.708 0.000 0.288 0.000 0.004
#> GSM153048 1 0.3602 0.5441 0.796 0.000 0.180 0.000 0.024
#> GSM153049 1 0.3582 0.5033 0.768 0.000 0.224 0.000 0.008
#> GSM153050 1 0.3476 0.5781 0.816 0.000 0.004 0.160 0.020
#> GSM153051 1 0.4423 0.4263 0.684 0.012 0.296 0.000 0.008
#> GSM153052 4 0.2761 0.7447 0.104 0.000 0.000 0.872 0.024
#> GSM153053 4 0.3106 0.7221 0.132 0.000 0.000 0.844 0.024
#> GSM187528 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0510 0.9725 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.3779 0.7430 0.200 0.776 0.024 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0162 0.9882 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152885 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9912 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 6 0.3976 0.5536 0.028 0.000 0.000 0.188 0.024 0.760
#> GSM152823 4 0.1152 0.7874 0.000 0.000 0.004 0.952 0.044 0.000
#> GSM152824 5 0.4270 0.5553 0.092 0.000 0.032 0.092 0.780 0.004
#> GSM152825 6 0.3666 0.5793 0.024 0.000 0.000 0.160 0.024 0.792
#> GSM152826 6 0.3666 0.5793 0.024 0.000 0.000 0.160 0.024 0.792
#> GSM152827 4 0.2176 0.7714 0.000 0.000 0.024 0.896 0.080 0.000
#> GSM152828 4 0.8478 0.1332 0.140 0.004 0.096 0.368 0.240 0.152
#> GSM152829 4 0.3487 0.7284 0.008 0.000 0.036 0.812 0.140 0.004
#> GSM152830 6 0.3666 0.5793 0.024 0.000 0.000 0.160 0.024 0.792
#> GSM152831 6 0.4753 0.5040 0.040 0.000 0.000 0.220 0.044 0.696
#> GSM152832 6 0.3921 0.5789 0.036 0.000 0.000 0.164 0.024 0.776
#> GSM152833 1 0.3756 0.3392 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> GSM152834 4 0.1442 0.7896 0.000 0.000 0.004 0.944 0.040 0.012
#> GSM152835 5 0.5016 -0.2233 0.012 0.000 0.036 0.432 0.516 0.004
#> GSM152836 4 0.4436 0.5412 0.000 0.000 0.036 0.636 0.324 0.004
#> GSM152837 4 0.2038 0.7631 0.032 0.000 0.000 0.920 0.020 0.028
#> GSM152838 6 0.5368 0.0776 0.040 0.000 0.000 0.456 0.036 0.468
#> GSM153178 6 0.4346 0.3142 0.336 0.000 0.028 0.000 0.004 0.632
#> GSM153179 4 0.1155 0.7887 0.004 0.000 0.004 0.956 0.036 0.000
#> GSM153180 4 0.4771 0.4515 0.040 0.000 0.000 0.672 0.032 0.256
#> GSM153181 6 0.5789 0.2784 0.408 0.000 0.000 0.084 0.032 0.476
#> GSM153183 3 0.3171 0.7593 0.204 0.000 0.784 0.000 0.000 0.012
#> GSM153184 4 0.7361 -0.1891 0.272 0.000 0.008 0.376 0.260 0.084
#> GSM153185 4 0.1579 0.7747 0.024 0.000 0.004 0.944 0.008 0.020
#> GSM153186 1 0.3482 0.5347 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> GSM153187 1 0.3427 0.6745 0.804 0.000 0.032 0.000 0.008 0.156
#> GSM153188 3 0.3699 0.5824 0.336 0.000 0.660 0.000 0.000 0.004
#> GSM153189 4 0.3984 0.6598 0.028 0.000 0.012 0.752 0.204 0.004
#> GSM153190 1 0.3468 0.5729 0.712 0.000 0.004 0.000 0.000 0.284
#> GSM153191 5 0.4810 0.6758 0.120 0.000 0.184 0.008 0.688 0.000
#> GSM153192 1 0.2036 0.6498 0.912 0.000 0.000 0.016 0.064 0.008
#> GSM153193 4 0.4094 0.6287 0.000 0.000 0.036 0.708 0.252 0.004
#> GSM153194 1 0.4587 -0.2336 0.516 0.000 0.004 0.020 0.456 0.004
#> GSM153195 1 0.2561 0.6150 0.880 0.000 0.004 0.016 0.092 0.008
#> GSM153196 1 0.5291 0.4343 0.620 0.000 0.000 0.084 0.024 0.272
#> GSM153197 6 0.5365 0.1621 0.040 0.000 0.000 0.444 0.036 0.480
#> GSM153198 1 0.3658 0.6391 0.752 0.000 0.032 0.000 0.000 0.216
#> GSM153199 3 0.1957 0.8189 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.2135 0.8099 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.3854 0.1715 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM153202 4 0.2109 0.7648 0.028 0.000 0.004 0.920 0.024 0.024
#> GSM153203 6 0.4588 0.5237 0.040 0.000 0.000 0.196 0.044 0.720
#> GSM153204 3 0.3420 0.7231 0.240 0.000 0.748 0.000 0.000 0.012
#> GSM153205 4 0.2311 0.7648 0.000 0.000 0.016 0.880 0.104 0.000
#> GSM153206 1 0.4315 0.3480 0.624 0.000 0.348 0.000 0.004 0.024
#> GSM153207 1 0.2358 0.6840 0.900 0.000 0.016 0.000 0.056 0.028
#> GSM153208 4 0.4701 0.3556 0.000 0.000 0.036 0.524 0.436 0.004
#> GSM153209 1 0.1750 0.6634 0.928 0.000 0.008 0.004 0.056 0.004
#> GSM153210 1 0.1793 0.7030 0.928 0.000 0.012 0.000 0.012 0.048
#> GSM153211 1 0.3134 0.6834 0.820 0.000 0.036 0.000 0.000 0.144
#> GSM153212 1 0.2058 0.6524 0.916 0.000 0.004 0.016 0.056 0.008
#> GSM153213 3 0.2402 0.8135 0.120 0.000 0.868 0.000 0.012 0.000
#> GSM153214 1 0.2994 0.4960 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208 0.000
#> GSM153215 1 0.2365 0.6305 0.892 0.000 0.004 0.012 0.084 0.008
#> GSM153216 1 0.3412 0.6972 0.836 0.000 0.004 0.024 0.036 0.100
#> GSM153217 5 0.4564 0.3936 0.432 0.000 0.004 0.020 0.540 0.004
#> GSM153218 3 0.4325 0.6473 0.244 0.000 0.692 0.000 0.064 0.000
#> GSM153219 5 0.4946 0.6868 0.128 0.000 0.168 0.016 0.688 0.000
#> GSM153220 5 0.4196 0.6931 0.180 0.000 0.052 0.012 0.752 0.004
#> GSM153221 5 0.4163 0.5842 0.320 0.000 0.008 0.016 0.656 0.000
#> GSM153222 4 0.4044 0.6973 0.012 0.000 0.032 0.760 0.188 0.008
#> GSM153223 4 0.1570 0.7747 0.028 0.000 0.004 0.944 0.008 0.016
#> GSM153224 1 0.4095 0.1281 0.512 0.000 0.008 0.000 0.000 0.480
#> GSM153225 1 0.4032 -0.0652 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420 0.000
#> GSM153226 4 0.0862 0.7887 0.000 0.000 0.008 0.972 0.016 0.004
#> GSM153227 4 0.4683 0.5719 0.068 0.000 0.000 0.724 0.036 0.172
#> GSM153228 4 0.0748 0.7883 0.000 0.000 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM153229 6 0.5355 0.1712 0.040 0.000 0.000 0.428 0.036 0.496
#> GSM153230 6 0.5199 0.3316 0.040 0.000 0.000 0.344 0.036 0.580
#> GSM153231 4 0.1285 0.7862 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052 0.000
#> GSM153232 4 0.3293 0.7150 0.040 0.000 0.000 0.844 0.032 0.084
#> GSM153233 4 0.0993 0.7876 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> GSM153234 6 0.5338 0.2926 0.040 0.000 0.000 0.376 0.040 0.544
#> GSM153235 6 0.3198 0.5417 0.100 0.000 0.024 0.000 0.032 0.844
#> GSM153236 6 0.5303 0.1767 0.040 0.000 0.000 0.440 0.032 0.488
#> GSM153237 6 0.5368 0.0826 0.040 0.000 0.000 0.456 0.036 0.468
#> GSM152992 6 0.4269 0.1389 0.412 0.000 0.020 0.000 0.000 0.568
#> GSM152993 1 0.1296 0.6747 0.952 0.000 0.012 0.004 0.032 0.000
#> GSM152994 1 0.1952 0.6690 0.920 0.000 0.012 0.000 0.052 0.016
#> GSM152995 5 0.5438 0.4210 0.124 0.000 0.380 0.000 0.496 0.000
#> GSM152996 5 0.4882 0.6620 0.288 0.000 0.080 0.004 0.628 0.000
#> GSM152997 3 0.4085 0.7037 0.156 0.000 0.748 0.000 0.096 0.000
#> GSM152998 1 0.2274 0.6904 0.908 0.000 0.036 0.000 0.028 0.028
#> GSM152999 6 0.3786 0.4698 0.220 0.000 0.008 0.000 0.024 0.748
#> GSM153000 5 0.5013 0.6507 0.140 0.000 0.224 0.000 0.636 0.000
#> GSM153001 1 0.3886 0.5409 0.780 0.000 0.000 0.036 0.160 0.024
#> GSM153002 3 0.2859 0.7936 0.156 0.000 0.828 0.000 0.016 0.000
#> GSM153003 3 0.1152 0.8127 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> GSM153004 3 0.1152 0.8127 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> GSM153005 4 0.5173 0.0823 0.036 0.000 0.000 0.548 0.032 0.384
#> GSM153006 3 0.2250 0.8096 0.092 0.000 0.888 0.000 0.020 0.000
#> GSM153007 4 0.1149 0.7891 0.000 0.000 0.008 0.960 0.024 0.008
#> GSM153008 1 0.2573 0.6819 0.856 0.000 0.000 0.004 0.008 0.132
#> GSM153009 6 0.3828 0.1688 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> GSM153010 6 0.6437 0.0456 0.336 0.000 0.220 0.000 0.024 0.420
#> GSM153011 6 0.3560 0.6005 0.072 0.000 0.004 0.096 0.008 0.820
#> GSM153012 1 0.2862 0.6240 0.864 0.000 0.000 0.048 0.080 0.008
#> GSM153013 1 0.3075 0.6696 0.864 0.000 0.004 0.068 0.036 0.028
#> GSM153014 1 0.4871 0.2810 0.580 0.000 0.348 0.000 0.000 0.072
#> GSM153015 1 0.3774 0.5138 0.664 0.000 0.008 0.000 0.000 0.328
#> GSM153016 1 0.3684 0.5055 0.664 0.000 0.004 0.000 0.000 0.332
#> GSM153017 6 0.4382 0.4265 0.248 0.000 0.028 0.000 0.024 0.700
#> GSM153018 1 0.3300 0.6210 0.832 0.000 0.000 0.116 0.020 0.032
#> GSM153019 1 0.3352 0.6664 0.792 0.000 0.032 0.000 0.000 0.176
#> GSM153020 1 0.6011 0.3640 0.536 0.000 0.096 0.000 0.052 0.316
#> GSM153021 3 0.2113 0.8148 0.092 0.000 0.896 0.000 0.004 0.008
#> GSM153022 3 0.1152 0.8127 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> GSM153023 3 0.1152 0.8127 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> GSM153024 3 0.1219 0.8138 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000
#> GSM153025 5 0.5951 0.5007 0.272 0.000 0.272 0.000 0.456 0.000
#> GSM153026 1 0.3455 0.6787 0.800 0.000 0.056 0.000 0.000 0.144
#> GSM153027 5 0.5011 0.6080 0.116 0.000 0.264 0.000 0.620 0.000
#> GSM153028 1 0.2214 0.6969 0.892 0.000 0.012 0.000 0.004 0.092
#> GSM153029 1 0.5703 0.4226 0.524 0.000 0.232 0.000 0.000 0.244
#> GSM153030 1 0.3176 0.7000 0.856 0.000 0.040 0.000 0.048 0.056
#> GSM153031 1 0.5501 0.0283 0.516 0.000 0.000 0.360 0.120 0.004
#> GSM153032 3 0.1152 0.8127 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000
#> GSM153033 3 0.2660 0.7671 0.084 0.000 0.868 0.000 0.048 0.000
#> GSM153034 3 0.3927 0.5581 0.344 0.000 0.644 0.000 0.000 0.012
#> GSM153035 3 0.1007 0.8124 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM153036 1 0.3956 0.5451 0.716 0.000 0.252 0.000 0.028 0.004
#> GSM153037 1 0.3896 0.4491 0.748 0.000 0.056 0.000 0.196 0.000
#> GSM153038 3 0.5335 0.3525 0.292 0.000 0.568 0.000 0.140 0.000
#> GSM153039 1 0.5271 0.5080 0.620 0.000 0.100 0.000 0.016 0.264
#> GSM153040 6 0.6122 0.3730 0.248 0.000 0.040 0.088 0.028 0.596
#> GSM153041 3 0.4798 0.5577 0.300 0.000 0.620 0.000 0.000 0.080
#> GSM153042 4 0.3291 0.7211 0.056 0.000 0.000 0.848 0.036 0.060
#> GSM153043 1 0.3715 0.6558 0.764 0.000 0.048 0.000 0.000 0.188
#> GSM153044 6 0.4482 0.3190 0.316 0.000 0.016 0.000 0.024 0.644
#> GSM153045 6 0.3673 0.4876 0.204 0.000 0.008 0.000 0.024 0.764
#> GSM153046 1 0.5262 0.4523 0.632 0.000 0.004 0.100 0.012 0.252
#> GSM153047 6 0.5058 0.4304 0.220 0.000 0.076 0.000 0.032 0.672
#> GSM153048 6 0.3859 0.4325 0.256 0.000 0.012 0.000 0.012 0.720
#> GSM153049 6 0.3976 0.4965 0.188 0.000 0.028 0.000 0.024 0.760
#> GSM153050 6 0.4547 0.5765 0.076 0.000 0.000 0.160 0.028 0.736
#> GSM153051 6 0.5891 0.4326 0.196 0.032 0.100 0.000 0.032 0.640
#> GSM153052 4 0.3628 0.6973 0.040 0.000 0.000 0.816 0.032 0.112
#> GSM153053 4 0.3598 0.6990 0.040 0.000 0.000 0.816 0.028 0.116
#> GSM187528 2 0.0146 0.9876 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM187529 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0508 0.9775 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM187531 2 0.3602 0.7126 0.000 0.760 0.000 0.000 0.032 0.208
#> GSM152881 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0146 0.9876 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152883 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:mclust 165 5.95e-30 2
#> MAD:mclust 119 9.53e-26 3
#> MAD:mclust 61 2.66e-11 4
#> MAD:mclust 105 3.59e-18 5
#> MAD:mclust 123 2.68e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.840 0.901 0.960 0.4462 0.556 0.556
#> 3 3 0.416 0.621 0.804 0.4267 0.691 0.492
#> 4 4 0.503 0.577 0.760 0.1614 0.788 0.482
#> 5 5 0.602 0.562 0.755 0.0705 0.901 0.649
#> 6 6 0.593 0.485 0.689 0.0418 0.940 0.731
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152829 1 0.2948 0.9205 0.948 0.052
#> GSM152830 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.8909 0.5563 0.692 0.308
#> GSM153179 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.7299 0.7626 0.204 0.796
#> GSM153184 1 0.3879 0.8965 0.924 0.076
#> GSM153185 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153188 2 0.8207 0.6866 0.256 0.744
#> GSM153189 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.5059 0.8557 0.888 0.112
#> GSM153200 2 0.2603 0.9165 0.044 0.956
#> GSM153201 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.3584 0.9041 0.932 0.068
#> GSM153214 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.0672 0.9397 0.008 0.992
#> GSM153236 1 0.8713 0.5821 0.708 0.292
#> GSM153237 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.6148 0.8080 0.848 0.152
#> GSM152993 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.3114 0.9162 0.944 0.056
#> GSM152996 1 0.0672 0.9569 0.992 0.008
#> GSM152997 2 0.7299 0.7632 0.204 0.796
#> GSM152998 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM152999 2 0.6801 0.7912 0.180 0.820
#> GSM153000 1 0.9996 -0.0152 0.512 0.488
#> GSM153001 1 0.1843 0.9415 0.972 0.028
#> GSM153002 1 0.0376 0.9598 0.996 0.004
#> GSM153003 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.7219 0.7673 0.200 0.800
#> GSM153007 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153011 1 0.4939 0.8628 0.892 0.108
#> GSM153012 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0376 0.9598 0.996 0.004
#> GSM153016 1 0.0376 0.9598 0.996 0.004
#> GSM153017 2 0.1414 0.9325 0.020 0.980
#> GSM153018 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.1184 0.9351 0.016 0.984
#> GSM153021 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153023 1 0.9954 0.1132 0.540 0.460
#> GSM153024 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0938 0.9537 0.988 0.012
#> GSM153028 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.8267 0.6786 0.260 0.740
#> GSM153030 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153032 2 0.5178 0.8568 0.116 0.884
#> GSM153033 1 0.2603 0.9266 0.956 0.044
#> GSM153034 1 0.9977 0.0563 0.528 0.472
#> GSM153035 2 0.6973 0.7813 0.188 0.812
#> GSM153036 1 0.4562 0.8743 0.904 0.096
#> GSM153037 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153039 1 1.0000 -0.0489 0.504 0.496
#> GSM153040 2 0.2423 0.9193 0.040 0.960
#> GSM153041 2 0.8555 0.6445 0.280 0.720
#> GSM153042 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0672 0.9571 0.992 0.008
#> GSM153044 1 0.9635 0.3363 0.612 0.388
#> GSM153045 2 0.9522 0.4355 0.372 0.628
#> GSM153046 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153047 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153048 2 0.9998 0.0691 0.492 0.508
#> GSM153049 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153050 1 0.5737 0.8269 0.864 0.136
#> GSM153051 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.2599 0.7044 0.932 0.052 0.016
#> GSM152823 1 0.2448 0.7543 0.924 0.000 0.076
#> GSM152824 3 0.6140 0.2713 0.404 0.000 0.596
#> GSM152825 1 0.4087 0.6770 0.880 0.068 0.052
#> GSM152826 1 0.3356 0.6933 0.908 0.056 0.036
#> GSM152827 1 0.3755 0.7515 0.872 0.008 0.120
#> GSM152828 2 0.5505 0.8225 0.088 0.816 0.096
#> GSM152829 1 0.4845 0.7366 0.844 0.052 0.104
#> GSM152830 1 0.3112 0.7058 0.916 0.028 0.056
#> GSM152831 1 0.1765 0.7300 0.956 0.004 0.040
#> GSM152832 1 0.0983 0.7371 0.980 0.004 0.016
#> GSM152833 1 0.5216 0.6360 0.740 0.000 0.260
#> GSM152834 1 0.2537 0.7548 0.920 0.000 0.080
#> GSM152835 1 0.6291 0.1867 0.532 0.000 0.468
#> GSM152836 1 0.5327 0.6340 0.728 0.000 0.272
#> GSM152837 1 0.2711 0.7549 0.912 0.000 0.088
#> GSM152838 1 0.3359 0.6817 0.900 0.084 0.016
#> GSM153178 1 0.8608 0.3887 0.604 0.204 0.192
#> GSM153179 1 0.4555 0.7065 0.800 0.000 0.200
#> GSM153180 1 0.2796 0.7557 0.908 0.000 0.092
#> GSM153181 1 0.3879 0.7439 0.848 0.000 0.152
#> GSM153183 3 0.4953 0.5680 0.016 0.176 0.808
#> GSM153184 1 0.6798 0.3879 0.584 0.016 0.400
#> GSM153185 1 0.3551 0.7455 0.868 0.000 0.132
#> GSM153186 1 0.4002 0.7374 0.840 0.000 0.160
#> GSM153187 1 0.6308 0.1380 0.508 0.000 0.492
#> GSM153188 3 0.4779 0.6272 0.036 0.124 0.840
#> GSM153189 1 0.5138 0.6608 0.748 0.000 0.252
#> GSM153190 1 0.6140 0.4126 0.596 0.000 0.404
#> GSM153191 3 0.3846 0.6564 0.108 0.016 0.876
#> GSM153192 1 0.5988 0.4868 0.632 0.000 0.368
#> GSM153193 1 0.5016 0.6715 0.760 0.000 0.240
#> GSM153194 3 0.5706 0.4586 0.320 0.000 0.680
#> GSM153195 1 0.6260 0.2560 0.552 0.000 0.448
#> GSM153196 1 0.4002 0.7394 0.840 0.000 0.160
#> GSM153197 1 0.1643 0.7514 0.956 0.000 0.044
#> GSM153198 3 0.6309 -0.1074 0.496 0.000 0.504
#> GSM153199 3 0.2313 0.6782 0.032 0.024 0.944
#> GSM153200 3 0.5404 0.4301 0.004 0.256 0.740
#> GSM153201 1 0.2537 0.7543 0.920 0.000 0.080
#> GSM153202 1 0.3116 0.7520 0.892 0.000 0.108
#> GSM153203 1 0.2599 0.7039 0.932 0.052 0.016
#> GSM153204 3 0.2448 0.6723 0.076 0.000 0.924
#> GSM153205 1 0.3941 0.7344 0.844 0.000 0.156
#> GSM153206 3 0.3619 0.6513 0.136 0.000 0.864
#> GSM153207 3 0.5968 0.3132 0.364 0.000 0.636
#> GSM153208 1 0.5905 0.5005 0.648 0.000 0.352
#> GSM153209 3 0.6280 0.0435 0.460 0.000 0.540
#> GSM153210 3 0.6267 0.1054 0.452 0.000 0.548
#> GSM153211 3 0.6274 0.0616 0.456 0.000 0.544
#> GSM153212 1 0.6225 0.3155 0.568 0.000 0.432
#> GSM153213 3 0.1636 0.6795 0.020 0.016 0.964
#> GSM153214 3 0.5098 0.5427 0.248 0.000 0.752
#> GSM153215 1 0.6307 0.1288 0.512 0.000 0.488
#> GSM153216 1 0.5560 0.6138 0.700 0.000 0.300
#> GSM153217 3 0.6126 0.2846 0.400 0.000 0.600
#> GSM153218 3 0.2448 0.6682 0.076 0.000 0.924
#> GSM153219 3 0.3941 0.6337 0.156 0.000 0.844
#> GSM153220 3 0.5016 0.5599 0.240 0.000 0.760
#> GSM153221 3 0.5621 0.4753 0.308 0.000 0.692
#> GSM153222 1 0.4555 0.7063 0.800 0.000 0.200
#> GSM153223 1 0.3551 0.7455 0.868 0.000 0.132
#> GSM153224 1 0.5098 0.6324 0.752 0.000 0.248
#> GSM153225 3 0.5560 0.4870 0.300 0.000 0.700
#> GSM153226 1 0.2878 0.7544 0.904 0.000 0.096
#> GSM153227 1 0.2796 0.7578 0.908 0.000 0.092
#> GSM153228 1 0.2959 0.7535 0.900 0.000 0.100
#> GSM153229 1 0.0747 0.7448 0.984 0.000 0.016
#> GSM153230 1 0.1636 0.7241 0.964 0.020 0.016
#> GSM153231 1 0.3192 0.7513 0.888 0.000 0.112
#> GSM153232 1 0.1964 0.7531 0.944 0.000 0.056
#> GSM153233 1 0.2200 0.7508 0.940 0.004 0.056
#> GSM153234 1 0.0747 0.7404 0.984 0.000 0.016
#> GSM153235 2 0.6905 0.6083 0.280 0.676 0.044
#> GSM153236 1 0.5956 0.4819 0.720 0.264 0.016
#> GSM153237 1 0.0747 0.7448 0.984 0.000 0.016
#> GSM152992 1 0.6913 0.5394 0.696 0.056 0.248
#> GSM152993 3 0.6252 0.0914 0.444 0.000 0.556
#> GSM152994 3 0.6267 0.0879 0.452 0.000 0.548
#> GSM152995 3 0.2918 0.6778 0.032 0.044 0.924
#> GSM152996 3 0.4235 0.6212 0.176 0.000 0.824
#> GSM152997 3 0.3941 0.5993 0.000 0.156 0.844
#> GSM152998 3 0.6307 -0.0425 0.488 0.000 0.512
#> GSM152999 2 0.8188 0.3759 0.372 0.548 0.080
#> GSM153000 3 0.5608 0.6417 0.072 0.120 0.808
#> GSM153001 3 0.6225 0.1781 0.432 0.000 0.568
#> GSM153002 3 0.1031 0.6777 0.024 0.000 0.976
#> GSM153003 3 0.4931 0.4724 0.000 0.232 0.768
#> GSM153004 3 0.5948 0.1668 0.000 0.360 0.640
#> GSM153005 1 0.1751 0.7412 0.960 0.012 0.028
#> GSM153006 3 0.3192 0.6335 0.000 0.112 0.888
#> GSM153007 1 0.3482 0.7470 0.872 0.000 0.128
#> GSM153008 1 0.5733 0.5768 0.676 0.000 0.324
#> GSM153009 1 0.1753 0.7417 0.952 0.000 0.048
#> GSM153010 2 0.5826 0.7819 0.032 0.764 0.204
#> GSM153011 1 0.7344 0.4910 0.696 0.204 0.100
#> GSM153012 1 0.5948 0.4931 0.640 0.000 0.360
#> GSM153013 1 0.5363 0.6312 0.724 0.000 0.276
#> GSM153014 3 0.3686 0.6365 0.140 0.000 0.860
#> GSM153015 1 0.5926 0.4678 0.644 0.000 0.356
#> GSM153016 1 0.5560 0.5951 0.700 0.000 0.300
#> GSM153017 2 0.5791 0.7664 0.148 0.792 0.060
#> GSM153018 1 0.5835 0.5387 0.660 0.000 0.340
#> GSM153019 3 0.6168 0.2171 0.412 0.000 0.588
#> GSM153020 2 0.5000 0.8506 0.044 0.832 0.124
#> GSM153021 3 0.6193 0.3353 0.016 0.292 0.692
#> GSM153022 3 0.4974 0.4637 0.000 0.236 0.764
#> GSM153023 3 0.2537 0.6602 0.000 0.080 0.920
#> GSM153024 3 0.5588 0.3703 0.004 0.276 0.720
#> GSM153025 3 0.2448 0.6723 0.076 0.000 0.924
#> GSM153026 3 0.6079 0.2829 0.388 0.000 0.612
#> GSM153027 3 0.2903 0.6769 0.028 0.048 0.924
#> GSM153028 1 0.6244 0.3282 0.560 0.000 0.440
#> GSM153029 3 0.9292 0.4119 0.208 0.272 0.520
#> GSM153030 3 0.6008 0.3051 0.372 0.000 0.628
#> GSM153031 1 0.5706 0.5649 0.680 0.000 0.320
#> GSM153032 3 0.3412 0.6184 0.000 0.124 0.876
#> GSM153033 3 0.1765 0.6766 0.004 0.040 0.956
#> GSM153034 3 0.4469 0.6701 0.060 0.076 0.864
#> GSM153035 3 0.2959 0.6423 0.000 0.100 0.900
#> GSM153036 3 0.3295 0.6681 0.096 0.008 0.896
#> GSM153037 3 0.4702 0.5794 0.212 0.000 0.788
#> GSM153038 3 0.1529 0.6772 0.040 0.000 0.960
#> GSM153039 3 0.9006 0.4379 0.256 0.188 0.556
#> GSM153040 2 0.4931 0.7964 0.140 0.828 0.032
#> GSM153041 3 0.5371 0.6178 0.048 0.140 0.812
#> GSM153042 1 0.2448 0.7557 0.924 0.000 0.076
#> GSM153043 3 0.5650 0.4543 0.312 0.000 0.688
#> GSM153044 1 0.6710 0.5699 0.732 0.196 0.072
#> GSM153045 1 0.7660 0.1510 0.548 0.404 0.048
#> GSM153046 1 0.6008 0.4466 0.628 0.000 0.372
#> GSM153047 2 0.2339 0.8731 0.048 0.940 0.012
#> GSM153048 1 0.8907 0.3242 0.568 0.248 0.184
#> GSM153049 2 0.6644 0.7306 0.140 0.752 0.108
#> GSM153050 1 0.5413 0.5900 0.800 0.164 0.036
#> GSM153051 2 0.2806 0.8842 0.032 0.928 0.040
#> GSM153052 1 0.2434 0.7238 0.940 0.036 0.024
#> GSM153053 1 0.2434 0.7244 0.940 0.036 0.024
#> GSM187528 2 0.3267 0.8809 0.000 0.884 0.116
#> GSM187529 2 0.4062 0.8526 0.000 0.836 0.164
#> GSM187530 2 0.2356 0.8991 0.000 0.928 0.072
#> GSM187531 2 0.2280 0.8601 0.052 0.940 0.008
#> GSM152881 2 0.1411 0.9023 0.000 0.964 0.036
#> GSM152882 2 0.1031 0.9001 0.000 0.976 0.024
#> GSM152883 2 0.1964 0.9013 0.000 0.944 0.056
#> GSM152884 2 0.5397 0.7193 0.000 0.720 0.280
#> GSM152885 2 0.1860 0.9017 0.000 0.948 0.052
#> GSM152886 2 0.1753 0.9020 0.000 0.952 0.048
#> GSM152887 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> GSM152888 2 0.1411 0.9021 0.000 0.964 0.036
#> GSM152889 2 0.0892 0.8999 0.000 0.980 0.020
#> GSM152890 2 0.1964 0.9013 0.000 0.944 0.056
#> GSM152891 2 0.3879 0.8612 0.000 0.848 0.152
#> GSM152892 2 0.0237 0.8944 0.000 0.996 0.004
#> GSM152893 2 0.0424 0.8929 0.000 0.992 0.008
#> GSM152894 2 0.0747 0.8984 0.000 0.984 0.016
#> GSM152895 2 0.1031 0.9007 0.000 0.976 0.024
#> GSM152896 2 0.1163 0.9011 0.000 0.972 0.028
#> GSM152897 2 0.1411 0.9016 0.000 0.964 0.036
#> GSM152898 2 0.3752 0.8656 0.000 0.856 0.144
#> GSM152899 2 0.4452 0.8265 0.000 0.808 0.192
#> GSM152900 2 0.2356 0.8984 0.000 0.928 0.072
#> GSM152901 2 0.3816 0.8635 0.000 0.852 0.148
#> GSM152902 2 0.4002 0.8551 0.000 0.840 0.160
#> GSM152903 2 0.2878 0.8901 0.000 0.904 0.096
#> GSM152904 2 0.0892 0.8999 0.000 0.980 0.020
#> GSM152905 2 0.1529 0.9027 0.000 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.6086 0.11938 0.444 0.036 0.516 0.004
#> GSM152823 1 0.1902 0.70955 0.932 0.000 0.064 0.004
#> GSM152824 1 0.5881 0.50951 0.652 0.008 0.044 0.296
#> GSM152825 3 0.4448 0.62848 0.188 0.024 0.784 0.004
#> GSM152826 3 0.4646 0.61216 0.184 0.028 0.780 0.008
#> GSM152827 1 0.3674 0.68977 0.848 0.000 0.116 0.036
#> GSM152828 2 0.8770 0.37829 0.232 0.504 0.152 0.112
#> GSM152829 1 0.5942 0.63074 0.740 0.060 0.152 0.048
#> GSM152830 3 0.3831 0.62360 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM152831 3 0.4500 0.50186 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM152832 3 0.4730 0.34592 0.364 0.000 0.636 0.000
#> GSM152833 3 0.4514 0.64805 0.136 0.000 0.800 0.064
#> GSM152834 1 0.0657 0.71554 0.984 0.004 0.012 0.000
#> GSM152835 1 0.5911 0.60594 0.720 0.016 0.084 0.180
#> GSM152836 1 0.4100 0.68287 0.824 0.000 0.048 0.128
#> GSM152837 1 0.1716 0.70248 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM152838 1 0.5622 0.44911 0.676 0.036 0.280 0.008
#> GSM153178 3 0.4534 0.64935 0.072 0.032 0.832 0.064
#> GSM153179 1 0.1576 0.71807 0.948 0.000 0.004 0.048
#> GSM153180 1 0.2973 0.65337 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM153181 1 0.5404 -0.01535 0.512 0.000 0.476 0.012
#> GSM153183 4 0.5110 0.45546 0.000 0.012 0.352 0.636
#> GSM153184 1 0.6381 0.58844 0.696 0.036 0.076 0.192
#> GSM153185 1 0.0817 0.71349 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM153186 3 0.5636 0.51009 0.308 0.000 0.648 0.044
#> GSM153187 3 0.6300 0.49695 0.108 0.000 0.640 0.252
#> GSM153188 4 0.5288 0.17808 0.000 0.008 0.472 0.520
#> GSM153189 1 0.2805 0.70991 0.888 0.000 0.012 0.100
#> GSM153190 3 0.4869 0.62257 0.088 0.000 0.780 0.132
#> GSM153191 4 0.5801 0.41298 0.276 0.040 0.012 0.672
#> GSM153192 1 0.5375 0.64377 0.744 0.000 0.116 0.140
#> GSM153193 1 0.2401 0.71448 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM153194 1 0.5303 0.26444 0.544 0.004 0.004 0.448
#> GSM153195 1 0.5083 0.59653 0.716 0.000 0.036 0.248
#> GSM153196 1 0.5925 0.01270 0.512 0.000 0.452 0.036
#> GSM153197 1 0.4164 0.52229 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM153198 3 0.5763 0.55402 0.096 0.000 0.700 0.204
#> GSM153199 4 0.4072 0.58484 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM153200 4 0.5921 0.53082 0.004 0.056 0.288 0.652
#> GSM153201 3 0.5075 0.41190 0.344 0.000 0.644 0.012
#> GSM153202 1 0.1867 0.70382 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM153203 3 0.5769 0.42987 0.340 0.028 0.624 0.008
#> GSM153204 4 0.4661 0.45297 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM153205 1 0.1888 0.71727 0.940 0.000 0.016 0.044
#> GSM153206 4 0.4564 0.50911 0.000 0.000 0.328 0.672
#> GSM153207 4 0.7542 0.33399 0.280 0.000 0.232 0.488
#> GSM153208 1 0.3658 0.68641 0.836 0.000 0.020 0.144
#> GSM153209 1 0.7283 -0.02163 0.432 0.000 0.148 0.420
#> GSM153210 4 0.7129 0.39632 0.244 0.000 0.196 0.560
#> GSM153211 3 0.6078 0.40690 0.068 0.000 0.620 0.312
#> GSM153212 1 0.6248 0.59426 0.656 0.000 0.120 0.224
#> GSM153213 4 0.3972 0.62666 0.008 0.000 0.204 0.788
#> GSM153214 4 0.5417 0.54609 0.240 0.000 0.056 0.704
#> GSM153215 1 0.6336 0.48795 0.608 0.000 0.088 0.304
#> GSM153216 1 0.6383 0.27559 0.568 0.000 0.356 0.076
#> GSM153217 1 0.5582 0.34434 0.576 0.000 0.024 0.400
#> GSM153218 4 0.3161 0.67411 0.012 0.000 0.124 0.864
#> GSM153219 4 0.5194 0.32634 0.332 0.004 0.012 0.652
#> GSM153220 1 0.6873 0.14957 0.476 0.020 0.056 0.448
#> GSM153221 4 0.5263 0.01627 0.448 0.000 0.008 0.544
#> GSM153222 1 0.3182 0.70663 0.876 0.000 0.028 0.096
#> GSM153223 1 0.0921 0.71251 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM153224 3 0.4203 0.65116 0.108 0.000 0.824 0.068
#> GSM153225 4 0.5193 0.14763 0.412 0.000 0.008 0.580
#> GSM153226 1 0.0895 0.71524 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM153227 1 0.3052 0.68961 0.860 0.000 0.136 0.004
#> GSM153228 1 0.0592 0.71450 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM153229 1 0.4422 0.52199 0.736 0.000 0.256 0.008
#> GSM153230 1 0.5444 0.23700 0.592 0.008 0.392 0.008
#> GSM153231 1 0.2002 0.71328 0.936 0.000 0.044 0.020
#> GSM153232 1 0.2704 0.67655 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM153233 1 0.1489 0.70838 0.952 0.004 0.044 0.000
#> GSM153234 1 0.4897 0.38660 0.660 0.000 0.332 0.008
#> GSM153235 3 0.6181 0.17264 0.036 0.420 0.536 0.008
#> GSM153236 1 0.7630 0.21860 0.480 0.344 0.168 0.008
#> GSM153237 1 0.4401 0.50371 0.724 0.000 0.272 0.004
#> GSM152992 3 0.4491 0.64018 0.056 0.028 0.832 0.084
#> GSM152993 1 0.6961 0.20489 0.496 0.000 0.116 0.388
#> GSM152994 1 0.6837 0.08857 0.472 0.000 0.100 0.428
#> GSM152995 4 0.4608 0.62643 0.084 0.048 0.040 0.828
#> GSM152996 4 0.6668 0.18322 0.360 0.024 0.048 0.568
#> GSM152997 4 0.3622 0.65061 0.032 0.064 0.028 0.876
#> GSM152998 1 0.7871 0.08405 0.408 0.008 0.196 0.388
#> GSM152999 3 0.3521 0.61969 0.032 0.076 0.876 0.016
#> GSM153000 4 0.7537 0.40425 0.216 0.092 0.076 0.616
#> GSM153001 1 0.5959 0.45243 0.620 0.012 0.032 0.336
#> GSM153002 4 0.3157 0.66318 0.004 0.000 0.144 0.852
#> GSM153003 4 0.4446 0.62922 0.000 0.028 0.196 0.776
#> GSM153004 4 0.4487 0.63161 0.000 0.092 0.100 0.808
#> GSM153005 1 0.3703 0.65343 0.840 0.012 0.140 0.008
#> GSM153006 4 0.3424 0.66494 0.012 0.036 0.072 0.880
#> GSM153007 1 0.1109 0.71409 0.968 0.000 0.028 0.004
#> GSM153008 3 0.6466 0.47822 0.320 0.000 0.588 0.092
#> GSM153009 3 0.4088 0.60281 0.232 0.004 0.764 0.000
#> GSM153010 3 0.7347 0.28296 0.004 0.252 0.548 0.196
#> GSM153011 3 0.3771 0.65725 0.088 0.052 0.856 0.004
#> GSM153012 1 0.4452 0.68378 0.796 0.000 0.048 0.156
#> GSM153013 1 0.3820 0.70768 0.848 0.000 0.064 0.088
#> GSM153014 4 0.4857 0.54827 0.016 0.000 0.284 0.700
#> GSM153015 3 0.4514 0.61692 0.064 0.000 0.800 0.136
#> GSM153016 3 0.3821 0.60684 0.040 0.000 0.840 0.120
#> GSM153017 3 0.5942 0.49850 0.020 0.192 0.716 0.072
#> GSM153018 1 0.6460 0.58846 0.664 0.008 0.200 0.128
#> GSM153019 3 0.6158 0.43649 0.080 0.000 0.628 0.292
#> GSM153020 2 0.4352 0.87202 0.020 0.836 0.056 0.088
#> GSM153021 4 0.5657 0.24225 0.000 0.024 0.436 0.540
#> GSM153022 4 0.3088 0.65882 0.000 0.060 0.052 0.888
#> GSM153023 4 0.2542 0.67655 0.000 0.012 0.084 0.904
#> GSM153024 4 0.5453 0.48931 0.000 0.036 0.304 0.660
#> GSM153025 4 0.3519 0.64238 0.120 0.004 0.020 0.856
#> GSM153026 3 0.6123 0.35396 0.064 0.000 0.600 0.336
#> GSM153027 4 0.3754 0.62796 0.112 0.028 0.008 0.852
#> GSM153028 3 0.7036 0.48214 0.216 0.000 0.576 0.208
#> GSM153029 3 0.6407 0.50080 0.032 0.072 0.684 0.212
#> GSM153030 3 0.7273 0.10668 0.148 0.000 0.452 0.400
#> GSM153031 1 0.2775 0.71519 0.896 0.000 0.020 0.084
#> GSM153032 4 0.3577 0.65215 0.000 0.012 0.156 0.832
#> GSM153033 4 0.1994 0.67794 0.008 0.004 0.052 0.936
#> GSM153034 4 0.5060 0.32354 0.000 0.004 0.412 0.584
#> GSM153035 4 0.3479 0.65427 0.000 0.012 0.148 0.840
#> GSM153036 4 0.3583 0.67706 0.040 0.004 0.092 0.864
#> GSM153037 4 0.5011 0.62966 0.160 0.000 0.076 0.764
#> GSM153038 4 0.2310 0.67667 0.028 0.004 0.040 0.928
#> GSM153039 3 0.7498 0.00467 0.068 0.044 0.472 0.416
#> GSM153040 2 0.7850 0.48650 0.128 0.572 0.244 0.056
#> GSM153041 3 0.5408 -0.11424 0.000 0.012 0.500 0.488
#> GSM153042 1 0.2704 0.66968 0.876 0.000 0.124 0.000
#> GSM153043 3 0.6206 0.19386 0.056 0.000 0.540 0.404
#> GSM153044 3 0.7969 0.40846 0.244 0.116 0.568 0.072
#> GSM153045 3 0.5099 0.59955 0.068 0.116 0.792 0.024
#> GSM153046 1 0.6757 0.53293 0.612 0.000 0.192 0.196
#> GSM153047 2 0.5485 0.65664 0.004 0.680 0.280 0.036
#> GSM153048 3 0.3837 0.64759 0.044 0.056 0.868 0.032
#> GSM153049 3 0.4502 0.55688 0.000 0.236 0.748 0.016
#> GSM153050 3 0.7518 0.42583 0.244 0.208 0.540 0.008
#> GSM153051 2 0.3653 0.83790 0.000 0.844 0.128 0.028
#> GSM153052 1 0.3933 0.64645 0.836 0.024 0.132 0.008
#> GSM153053 1 0.4669 0.63015 0.772 0.024 0.196 0.008
#> GSM187528 2 0.4266 0.85503 0.004 0.828 0.068 0.100
#> GSM187529 2 0.2976 0.87641 0.000 0.872 0.008 0.120
#> GSM187530 2 0.2385 0.90452 0.000 0.920 0.028 0.052
#> GSM187531 2 0.1807 0.88598 0.000 0.940 0.052 0.008
#> GSM152881 2 0.1624 0.90866 0.000 0.952 0.020 0.028
#> GSM152882 2 0.1677 0.89607 0.000 0.948 0.040 0.012
#> GSM152883 2 0.1297 0.90584 0.000 0.964 0.020 0.016
#> GSM152884 2 0.6380 0.60421 0.012 0.624 0.064 0.300
#> GSM152885 2 0.1004 0.90759 0.000 0.972 0.004 0.024
#> GSM152886 2 0.1042 0.90775 0.000 0.972 0.008 0.020
#> GSM152887 2 0.2060 0.90301 0.000 0.932 0.016 0.052
#> GSM152888 2 0.0657 0.90670 0.000 0.984 0.012 0.004
#> GSM152889 2 0.1151 0.90372 0.000 0.968 0.024 0.008
#> GSM152890 2 0.1284 0.90860 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM152891 2 0.2987 0.88273 0.000 0.880 0.016 0.104
#> GSM152892 2 0.0921 0.90060 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM152893 2 0.1398 0.89796 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM152894 2 0.1109 0.90233 0.000 0.968 0.028 0.004
#> GSM152895 2 0.0779 0.90621 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM152896 2 0.0188 0.90553 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM152897 2 0.1042 0.90522 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM152898 2 0.2775 0.89110 0.000 0.896 0.020 0.084
#> GSM152899 2 0.3900 0.83223 0.000 0.816 0.020 0.164
#> GSM152900 2 0.1109 0.90827 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM152901 2 0.2053 0.89868 0.000 0.924 0.004 0.072
#> GSM152902 2 0.2676 0.89079 0.000 0.896 0.012 0.092
#> GSM152903 2 0.3004 0.89591 0.000 0.892 0.048 0.060
#> GSM152904 2 0.1722 0.89671 0.000 0.944 0.048 0.008
#> GSM152905 2 0.1297 0.90804 0.000 0.964 0.016 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 5 0.6116 0.3630 0.388 0.016 0.000 0.084 0.512
#> GSM152823 4 0.4219 0.5642 0.024 0.000 0.000 0.716 0.260
#> GSM152824 4 0.4986 0.5660 0.000 0.000 0.228 0.688 0.084
#> GSM152825 1 0.3594 0.4468 0.804 0.004 0.000 0.020 0.172
#> GSM152826 1 0.4625 0.2107 0.652 0.004 0.000 0.020 0.324
#> GSM152827 5 0.4851 0.1143 0.012 0.000 0.008 0.420 0.560
#> GSM152828 5 0.2776 0.6338 0.004 0.028 0.036 0.032 0.900
#> GSM152829 5 0.3734 0.5762 0.000 0.008 0.016 0.184 0.792
#> GSM152830 1 0.2676 0.5186 0.884 0.000 0.000 0.036 0.080
#> GSM152831 1 0.4258 0.4265 0.744 0.000 0.004 0.220 0.032
#> GSM152832 5 0.4588 0.4301 0.380 0.000 0.000 0.016 0.604
#> GSM152833 1 0.2585 0.6011 0.896 0.000 0.072 0.024 0.008
#> GSM152834 4 0.1116 0.7277 0.004 0.000 0.004 0.964 0.028
#> GSM152835 4 0.5691 0.5459 0.000 0.004 0.128 0.632 0.236
#> GSM152836 4 0.4317 0.6516 0.000 0.000 0.076 0.764 0.160
#> GSM152837 4 0.1701 0.7175 0.048 0.000 0.000 0.936 0.016
#> GSM152838 4 0.5597 0.4663 0.308 0.020 0.000 0.616 0.056
#> GSM153178 1 0.3102 0.5858 0.860 0.000 0.056 0.000 0.084
#> GSM153179 4 0.2074 0.7295 0.000 0.000 0.036 0.920 0.044
#> GSM153180 4 0.3815 0.6539 0.156 0.000 0.008 0.804 0.032
#> GSM153181 1 0.5104 0.3486 0.648 0.000 0.020 0.304 0.028
#> GSM153183 3 0.6581 -0.0171 0.324 0.000 0.452 0.000 0.224
#> GSM153184 4 0.5689 0.5924 0.000 0.016 0.136 0.668 0.180
#> GSM153185 4 0.1670 0.7193 0.012 0.000 0.000 0.936 0.052
#> GSM153186 1 0.4331 0.5438 0.800 0.000 0.036 0.052 0.112
#> GSM153187 1 0.5053 0.5680 0.688 0.000 0.216 0.000 0.096
#> GSM153188 1 0.6530 0.2669 0.440 0.000 0.360 0.000 0.200
#> GSM153189 4 0.3090 0.7086 0.000 0.000 0.052 0.860 0.088
#> GSM153190 1 0.4058 0.5925 0.784 0.000 0.152 0.000 0.064
#> GSM153191 3 0.4879 0.4928 0.000 0.000 0.696 0.228 0.076
#> GSM153192 4 0.5164 0.6248 0.084 0.000 0.168 0.724 0.024
#> GSM153193 4 0.2409 0.7207 0.000 0.000 0.068 0.900 0.032
#> GSM153194 4 0.5276 0.1713 0.000 0.000 0.436 0.516 0.048
#> GSM153195 4 0.4560 0.5483 0.012 0.000 0.268 0.700 0.020
#> GSM153196 1 0.5500 -0.1176 0.492 0.000 0.024 0.460 0.024
#> GSM153197 4 0.4089 0.6021 0.244 0.000 0.004 0.736 0.016
#> GSM153198 1 0.3123 0.6031 0.812 0.000 0.184 0.004 0.000
#> GSM153199 3 0.4086 0.4767 0.240 0.000 0.736 0.000 0.024
#> GSM153200 5 0.6203 0.3343 0.152 0.004 0.296 0.000 0.548
#> GSM153201 1 0.5268 -0.2241 0.488 0.000 0.020 0.016 0.476
#> GSM153202 4 0.4297 0.5714 0.036 0.000 0.000 0.728 0.236
#> GSM153203 1 0.5954 0.1984 0.620 0.016 0.000 0.116 0.248
#> GSM153204 3 0.4508 0.3170 0.332 0.000 0.648 0.000 0.020
#> GSM153205 4 0.1626 0.7237 0.000 0.000 0.016 0.940 0.044
#> GSM153206 3 0.6575 0.0758 0.300 0.000 0.464 0.000 0.236
#> GSM153207 3 0.6475 0.4351 0.156 0.000 0.548 0.280 0.016
#> GSM153208 4 0.4022 0.6787 0.000 0.000 0.100 0.796 0.104
#> GSM153209 3 0.6483 0.1636 0.120 0.000 0.464 0.400 0.016
#> GSM153210 3 0.5952 0.5523 0.188 0.000 0.660 0.116 0.036
#> GSM153211 1 0.4054 0.5599 0.732 0.000 0.248 0.000 0.020
#> GSM153212 4 0.5655 0.4939 0.084 0.000 0.260 0.640 0.016
#> GSM153213 3 0.3691 0.5765 0.164 0.000 0.804 0.004 0.028
#> GSM153214 3 0.5148 0.4711 0.028 0.000 0.664 0.280 0.028
#> GSM153215 4 0.5070 0.4424 0.028 0.000 0.316 0.640 0.016
#> GSM153216 4 0.6506 0.3100 0.360 0.000 0.120 0.500 0.020
#> GSM153217 4 0.6089 0.1267 0.000 0.000 0.408 0.468 0.124
#> GSM153218 3 0.3840 0.6072 0.076 0.000 0.808 0.000 0.116
#> GSM153219 3 0.5086 0.3805 0.000 0.000 0.636 0.304 0.060
#> GSM153220 3 0.6526 0.1412 0.000 0.000 0.452 0.344 0.204
#> GSM153221 3 0.5148 0.1094 0.000 0.000 0.528 0.432 0.040
#> GSM153222 4 0.3242 0.6950 0.000 0.000 0.040 0.844 0.116
#> GSM153223 4 0.1364 0.7230 0.012 0.000 0.000 0.952 0.036
#> GSM153224 1 0.2332 0.6052 0.904 0.000 0.076 0.004 0.016
#> GSM153225 3 0.5519 0.3101 0.000 0.000 0.584 0.332 0.084
#> GSM153226 4 0.0771 0.7259 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> GSM153227 5 0.5726 0.2968 0.092 0.000 0.000 0.372 0.536
#> GSM153228 4 0.1282 0.7225 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044
#> GSM153229 4 0.4608 0.5621 0.260 0.000 0.004 0.700 0.036
#> GSM153230 4 0.5591 0.2063 0.440 0.000 0.004 0.496 0.060
#> GSM153231 4 0.3003 0.6562 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> GSM153232 4 0.4390 0.6210 0.084 0.000 0.000 0.760 0.156
#> GSM153233 4 0.0992 0.7221 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM153234 4 0.5004 0.4626 0.340 0.004 0.004 0.624 0.028
#> GSM153235 1 0.6070 0.0722 0.500 0.416 0.000 0.036 0.048
#> GSM153236 4 0.6765 0.1617 0.104 0.400 0.000 0.456 0.040
#> GSM153237 4 0.4946 0.4907 0.300 0.000 0.000 0.648 0.052
#> GSM152992 1 0.3043 0.5980 0.864 0.000 0.080 0.000 0.056
#> GSM152993 4 0.6091 0.0675 0.064 0.000 0.432 0.480 0.024
#> GSM152994 3 0.6573 0.4281 0.084 0.000 0.556 0.304 0.056
#> GSM152995 3 0.4768 0.4988 0.004 0.000 0.672 0.036 0.288
#> GSM152996 3 0.6211 0.4011 0.000 0.000 0.544 0.192 0.264
#> GSM152997 3 0.3035 0.6247 0.008 0.008 0.848 0.000 0.136
#> GSM152998 5 0.4240 0.6052 0.048 0.000 0.148 0.016 0.788
#> GSM152999 5 0.4552 0.4585 0.352 0.012 0.004 0.000 0.632
#> GSM153000 3 0.6218 0.2346 0.000 0.012 0.484 0.100 0.404
#> GSM153001 4 0.5815 0.4240 0.000 0.004 0.300 0.588 0.108
#> GSM153002 3 0.2900 0.6080 0.108 0.000 0.864 0.000 0.028
#> GSM153003 3 0.5256 0.4584 0.116 0.000 0.672 0.000 0.212
#> GSM153004 3 0.4437 0.5439 0.044 0.148 0.780 0.000 0.028
#> GSM153005 4 0.3860 0.6744 0.124 0.024 0.000 0.820 0.032
#> GSM153006 3 0.4574 0.4822 0.016 0.004 0.676 0.004 0.300
#> GSM153007 4 0.1074 0.7278 0.004 0.000 0.016 0.968 0.012
#> GSM153008 1 0.5887 0.5410 0.676 0.000 0.136 0.148 0.040
#> GSM153009 1 0.4535 0.3377 0.696 0.004 0.004 0.020 0.276
#> GSM153010 5 0.5859 0.4214 0.284 0.008 0.108 0.000 0.600
#> GSM153011 1 0.3170 0.4817 0.828 0.008 0.000 0.004 0.160
#> GSM153012 4 0.4271 0.6367 0.024 0.000 0.180 0.772 0.024
#> GSM153013 4 0.3727 0.7022 0.036 0.000 0.100 0.836 0.028
#> GSM153014 3 0.4015 0.4654 0.264 0.000 0.724 0.004 0.008
#> GSM153015 1 0.5470 0.4197 0.636 0.000 0.112 0.000 0.252
#> GSM153016 5 0.5155 0.4340 0.352 0.000 0.052 0.000 0.596
#> GSM153017 5 0.4067 0.5934 0.228 0.020 0.004 0.000 0.748
#> GSM153018 5 0.3641 0.6322 0.020 0.000 0.076 0.060 0.844
#> GSM153019 1 0.4243 0.5403 0.712 0.000 0.264 0.000 0.024
#> GSM153020 2 0.3050 0.9006 0.008 0.884 0.040 0.012 0.056
#> GSM153021 1 0.6146 0.2416 0.468 0.000 0.400 0.000 0.132
#> GSM153022 3 0.2418 0.6362 0.020 0.024 0.912 0.000 0.044
#> GSM153023 3 0.2209 0.6365 0.032 0.000 0.912 0.000 0.056
#> GSM153024 3 0.5069 0.2889 0.328 0.000 0.620 0.000 0.052
#> GSM153025 3 0.3189 0.6365 0.004 0.004 0.852 0.120 0.020
#> GSM153026 1 0.3861 0.5158 0.712 0.000 0.284 0.000 0.004
#> GSM153027 3 0.3699 0.6195 0.000 0.012 0.824 0.128 0.036
#> GSM153028 1 0.6998 0.2182 0.488 0.000 0.224 0.264 0.024
#> GSM153029 1 0.3559 0.6038 0.800 0.004 0.184 0.004 0.008
#> GSM153030 1 0.5880 0.1005 0.488 0.008 0.448 0.036 0.020
#> GSM153031 4 0.2464 0.7114 0.000 0.000 0.096 0.888 0.016
#> GSM153032 3 0.3165 0.5922 0.116 0.000 0.848 0.000 0.036
#> GSM153033 3 0.1300 0.6379 0.028 0.000 0.956 0.000 0.016
#> GSM153034 3 0.5238 -0.0962 0.476 0.000 0.480 0.000 0.044
#> GSM153035 3 0.3059 0.6084 0.108 0.004 0.860 0.000 0.028
#> GSM153036 3 0.3553 0.6432 0.048 0.000 0.852 0.072 0.028
#> GSM153037 3 0.3602 0.6367 0.036 0.000 0.820 0.140 0.004
#> GSM153038 3 0.1507 0.6451 0.012 0.000 0.952 0.012 0.024
#> GSM153039 1 0.6647 0.2893 0.468 0.008 0.344 0.000 0.180
#> GSM153040 5 0.2523 0.6435 0.064 0.020 0.008 0.004 0.904
#> GSM153041 1 0.6101 0.3807 0.528 0.000 0.328 0.000 0.144
#> GSM153042 4 0.2597 0.7010 0.092 0.000 0.000 0.884 0.024
#> GSM153043 1 0.5285 0.4026 0.584 0.000 0.356 0.000 0.060
#> GSM153044 5 0.4123 0.6146 0.200 0.008 0.020 0.004 0.768
#> GSM153045 5 0.4217 0.5542 0.280 0.012 0.004 0.000 0.704
#> GSM153046 5 0.5053 0.6118 0.040 0.000 0.096 0.112 0.752
#> GSM153047 5 0.4000 0.6176 0.132 0.064 0.004 0.000 0.800
#> GSM153048 1 0.3925 0.5090 0.784 0.004 0.032 0.000 0.180
#> GSM153049 1 0.3022 0.5566 0.880 0.036 0.020 0.000 0.064
#> GSM153050 1 0.7100 0.2429 0.532 0.212 0.000 0.204 0.052
#> GSM153051 2 0.2464 0.9045 0.048 0.904 0.004 0.000 0.044
#> GSM153052 4 0.3732 0.6623 0.120 0.004 0.000 0.820 0.056
#> GSM153053 5 0.5922 0.2825 0.112 0.000 0.000 0.368 0.520
#> GSM187528 2 0.4193 0.7653 0.000 0.748 0.040 0.000 0.212
#> GSM187529 2 0.1907 0.9366 0.000 0.928 0.044 0.000 0.028
#> GSM187530 2 0.0510 0.9509 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM187531 2 0.1117 0.9448 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> GSM152881 2 0.1717 0.9400 0.008 0.936 0.004 0.000 0.052
#> GSM152882 2 0.1285 0.9513 0.004 0.956 0.004 0.000 0.036
#> GSM152883 2 0.0865 0.9535 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> GSM152884 2 0.4998 0.6942 0.000 0.700 0.196 0.000 0.104
#> GSM152885 2 0.0693 0.9549 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM152886 2 0.0162 0.9527 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.1661 0.9446 0.000 0.940 0.024 0.000 0.036
#> GSM152888 2 0.0290 0.9539 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152889 2 0.0290 0.9522 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152890 2 0.0324 0.9530 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM152891 2 0.1668 0.9431 0.000 0.940 0.032 0.000 0.028
#> GSM152892 2 0.0162 0.9527 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152893 2 0.0566 0.9519 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> GSM152894 2 0.0451 0.9526 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> GSM152895 2 0.1205 0.9488 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> GSM152896 2 0.0510 0.9535 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152897 2 0.0955 0.9524 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM152898 2 0.2067 0.9398 0.004 0.924 0.028 0.000 0.044
#> GSM152899 2 0.3327 0.8837 0.004 0.852 0.084 0.000 0.060
#> GSM152900 2 0.0162 0.9527 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.1300 0.9477 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> GSM152902 2 0.1493 0.9461 0.000 0.948 0.028 0.000 0.024
#> GSM152903 2 0.0727 0.9544 0.004 0.980 0.004 0.000 0.012
#> GSM152904 2 0.0912 0.9488 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> GSM152905 2 0.0932 0.9529 0.004 0.972 0.004 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.5679 -0.0808 0.456 0.000 0.024 0.084 0.000 0.436
#> GSM152823 4 0.4303 0.4948 0.016 0.000 0.000 0.640 0.012 0.332
#> GSM152824 4 0.5073 0.4618 0.000 0.008 0.012 0.632 0.288 0.060
#> GSM152825 1 0.4354 0.4882 0.756 0.000 0.072 0.028 0.000 0.144
#> GSM152826 1 0.4958 0.3656 0.656 0.000 0.056 0.028 0.000 0.260
#> GSM152827 6 0.4386 0.1317 0.000 0.000 0.004 0.372 0.024 0.600
#> GSM152828 6 0.1007 0.6197 0.000 0.008 0.004 0.004 0.016 0.968
#> GSM152829 6 0.2113 0.6045 0.000 0.000 0.004 0.092 0.008 0.896
#> GSM152830 1 0.2745 0.5849 0.884 0.004 0.020 0.040 0.000 0.052
#> GSM152831 1 0.4382 0.4955 0.724 0.000 0.076 0.192 0.000 0.008
#> GSM152832 6 0.4786 0.0542 0.468 0.000 0.012 0.028 0.000 0.492
#> GSM152833 1 0.2206 0.6201 0.904 0.000 0.008 0.024 0.064 0.000
#> GSM152834 4 0.1899 0.6899 0.008 0.000 0.028 0.928 0.004 0.032
#> GSM152835 4 0.5945 0.4848 0.000 0.008 0.016 0.560 0.148 0.268
#> GSM152836 4 0.4756 0.6057 0.000 0.000 0.016 0.700 0.092 0.192
#> GSM152837 4 0.2989 0.6900 0.084 0.000 0.004 0.864 0.024 0.024
#> GSM152838 4 0.5586 0.4309 0.300 0.004 0.048 0.592 0.000 0.056
#> GSM153178 3 0.5340 0.4227 0.308 0.000 0.600 0.008 0.016 0.068
#> GSM153179 4 0.3580 0.6729 0.048 0.000 0.000 0.828 0.080 0.044
#> GSM153180 4 0.4735 0.4368 0.348 0.000 0.004 0.608 0.020 0.020
#> GSM153181 1 0.3898 0.5586 0.768 0.000 0.004 0.176 0.048 0.004
#> GSM153183 1 0.7033 0.0948 0.380 0.012 0.060 0.000 0.376 0.172
#> GSM153184 4 0.7151 0.3682 0.024 0.060 0.008 0.496 0.260 0.152
#> GSM153185 4 0.3238 0.6888 0.056 0.000 0.000 0.848 0.024 0.072
#> GSM153186 1 0.2979 0.6087 0.868 0.000 0.000 0.036 0.052 0.044
#> GSM153187 3 0.6306 0.5417 0.204 0.000 0.584 0.004 0.116 0.092
#> GSM153188 3 0.7644 0.3265 0.204 0.004 0.372 0.000 0.212 0.208
#> GSM153189 4 0.4455 0.6477 0.000 0.000 0.048 0.760 0.072 0.120
#> GSM153190 1 0.3048 0.6105 0.844 0.000 0.012 0.000 0.116 0.028
#> GSM153191 5 0.4851 0.5001 0.004 0.020 0.020 0.176 0.728 0.052
#> GSM153192 4 0.4816 0.5843 0.084 0.000 0.032 0.712 0.172 0.000
#> GSM153193 4 0.2395 0.6797 0.000 0.000 0.012 0.892 0.076 0.020
#> GSM153194 4 0.5538 0.2098 0.008 0.008 0.040 0.512 0.412 0.020
#> GSM153195 4 0.5221 0.4470 0.036 0.000 0.036 0.620 0.300 0.008
#> GSM153196 1 0.5434 0.1182 0.508 0.000 0.052 0.408 0.032 0.000
#> GSM153197 4 0.4088 0.5586 0.240 0.000 0.040 0.716 0.000 0.004
#> GSM153198 1 0.3708 0.5665 0.800 0.000 0.080 0.008 0.112 0.000
#> GSM153199 5 0.5552 0.0175 0.108 0.000 0.344 0.000 0.536 0.012
#> GSM153200 6 0.6746 0.0929 0.220 0.012 0.024 0.000 0.340 0.404
#> GSM153201 1 0.5132 0.1918 0.576 0.000 0.016 0.024 0.020 0.364
#> GSM153202 4 0.4227 0.5992 0.044 0.000 0.000 0.724 0.012 0.220
#> GSM153203 1 0.6830 0.1137 0.472 0.000 0.148 0.100 0.000 0.280
#> GSM153204 5 0.4901 0.1647 0.388 0.000 0.048 0.000 0.556 0.008
#> GSM153205 4 0.2471 0.6774 0.000 0.000 0.004 0.888 0.056 0.052
#> GSM153206 5 0.6633 -0.0685 0.368 0.000 0.048 0.000 0.404 0.180
#> GSM153207 5 0.6672 0.3355 0.256 0.000 0.064 0.196 0.484 0.000
#> GSM153208 4 0.3955 0.6369 0.000 0.000 0.004 0.772 0.132 0.092
#> GSM153209 5 0.6543 0.2264 0.292 0.000 0.024 0.236 0.444 0.004
#> GSM153210 5 0.5956 0.2736 0.336 0.000 0.056 0.080 0.528 0.000
#> GSM153211 1 0.3533 0.5296 0.748 0.000 0.012 0.004 0.236 0.000
#> GSM153212 4 0.6446 0.1858 0.220 0.000 0.028 0.448 0.304 0.000
#> GSM153213 3 0.5000 0.2650 0.052 0.004 0.544 0.004 0.396 0.000
#> GSM153214 5 0.5507 0.4741 0.124 0.008 0.016 0.220 0.632 0.000
#> GSM153215 4 0.5883 0.3070 0.140 0.000 0.020 0.528 0.312 0.000
#> GSM153216 1 0.5611 0.3241 0.560 0.000 0.012 0.296 0.132 0.000
#> GSM153217 5 0.5724 -0.0495 0.004 0.000 0.012 0.416 0.468 0.100
#> GSM153218 5 0.5097 0.4727 0.180 0.004 0.044 0.004 0.704 0.064
#> GSM153219 5 0.4790 0.4392 0.004 0.012 0.016 0.240 0.692 0.036
#> GSM153220 5 0.6756 0.2011 0.000 0.008 0.048 0.284 0.472 0.188
#> GSM153221 5 0.5132 0.2261 0.016 0.000 0.020 0.364 0.576 0.024
#> GSM153222 4 0.3609 0.6647 0.004 0.000 0.004 0.812 0.088 0.092
#> GSM153223 4 0.3025 0.6769 0.008 0.000 0.040 0.856 0.004 0.092
#> GSM153224 1 0.2718 0.5940 0.876 0.000 0.072 0.004 0.044 0.004
#> GSM153225 5 0.5579 0.2861 0.004 0.000 0.032 0.324 0.572 0.068
#> GSM153226 4 0.1829 0.6901 0.008 0.000 0.036 0.928 0.000 0.028
#> GSM153227 6 0.5442 0.4493 0.152 0.000 0.000 0.224 0.012 0.612
#> GSM153228 4 0.1838 0.6861 0.016 0.000 0.000 0.916 0.000 0.068
#> GSM153229 4 0.4241 0.4176 0.348 0.000 0.004 0.628 0.000 0.020
#> GSM153230 4 0.6260 0.1988 0.352 0.000 0.144 0.468 0.000 0.036
#> GSM153231 4 0.4296 0.6002 0.004 0.000 0.020 0.716 0.024 0.236
#> GSM153232 4 0.4501 0.5827 0.044 0.000 0.024 0.708 0.000 0.224
#> GSM153233 4 0.2245 0.6854 0.036 0.000 0.016 0.908 0.000 0.040
#> GSM153234 4 0.4957 0.3579 0.356 0.004 0.048 0.584 0.000 0.008
#> GSM153235 3 0.6733 0.3563 0.192 0.216 0.524 0.052 0.000 0.016
#> GSM153236 4 0.6966 0.1787 0.036 0.232 0.264 0.448 0.000 0.020
#> GSM153237 4 0.4746 0.3963 0.352 0.000 0.016 0.600 0.000 0.032
#> GSM152992 3 0.4859 0.4325 0.324 0.000 0.616 0.000 0.020 0.040
#> GSM152993 4 0.6586 -0.0023 0.084 0.000 0.108 0.420 0.388 0.000
#> GSM152994 5 0.6292 0.3420 0.260 0.000 0.020 0.180 0.528 0.012
#> GSM152995 5 0.4765 0.4420 0.008 0.000 0.028 0.028 0.676 0.260
#> GSM152996 5 0.6825 0.4537 0.080 0.032 0.036 0.068 0.608 0.176
#> GSM152997 5 0.4159 0.5010 0.012 0.012 0.072 0.016 0.804 0.084
#> GSM152998 6 0.4957 0.5269 0.100 0.004 0.008 0.012 0.168 0.708
#> GSM152999 6 0.5117 0.5277 0.204 0.004 0.120 0.004 0.004 0.664
#> GSM153000 5 0.5797 0.3616 0.008 0.032 0.020 0.048 0.600 0.292
#> GSM153001 4 0.6846 0.2639 0.000 0.008 0.088 0.476 0.304 0.124
#> GSM153002 5 0.5052 0.0304 0.052 0.000 0.392 0.000 0.544 0.012
#> GSM153003 5 0.6697 0.1619 0.068 0.008 0.196 0.000 0.528 0.200
#> GSM153004 3 0.4698 0.2174 0.012 0.024 0.528 0.000 0.436 0.000
#> GSM153005 4 0.3631 0.6352 0.044 0.008 0.156 0.792 0.000 0.000
#> GSM153006 5 0.5270 0.4549 0.068 0.008 0.028 0.008 0.684 0.204
#> GSM153007 4 0.1426 0.6864 0.016 0.000 0.008 0.948 0.028 0.000
#> GSM153008 1 0.4735 0.5841 0.740 0.000 0.032 0.064 0.152 0.012
#> GSM153009 1 0.5025 0.4245 0.676 0.000 0.044 0.024 0.016 0.240
#> GSM153010 6 0.6464 0.4241 0.132 0.008 0.212 0.000 0.080 0.568
#> GSM153011 1 0.3739 0.5254 0.800 0.000 0.080 0.004 0.004 0.112
#> GSM153012 4 0.6126 0.2720 0.172 0.000 0.008 0.512 0.296 0.012
#> GSM153013 4 0.4225 0.6289 0.068 0.000 0.028 0.768 0.136 0.000
#> GSM153014 5 0.5534 0.3412 0.188 0.000 0.172 0.020 0.620 0.000
#> GSM153015 1 0.4411 0.5262 0.740 0.000 0.016 0.000 0.084 0.160
#> GSM153016 6 0.5318 0.0358 0.452 0.000 0.020 0.000 0.056 0.472
#> GSM153017 6 0.4913 0.5630 0.100 0.004 0.176 0.004 0.012 0.704
#> GSM153018 6 0.3096 0.6114 0.020 0.004 0.004 0.032 0.076 0.864
#> GSM153019 1 0.3627 0.5515 0.760 0.000 0.016 0.004 0.216 0.004
#> GSM153020 3 0.4972 0.4218 0.004 0.252 0.672 0.020 0.044 0.008
#> GSM153021 3 0.6529 0.4912 0.168 0.000 0.528 0.000 0.228 0.076
#> GSM153022 5 0.4061 0.3771 0.016 0.008 0.188 0.000 0.760 0.028
#> GSM153023 5 0.3991 0.4893 0.076 0.004 0.080 0.000 0.804 0.036
#> GSM153024 3 0.5610 0.4705 0.084 0.004 0.608 0.000 0.268 0.036
#> GSM153025 5 0.3387 0.5358 0.048 0.004 0.028 0.076 0.844 0.000
#> GSM153026 1 0.4091 0.5383 0.736 0.000 0.032 0.016 0.216 0.000
#> GSM153027 5 0.4432 0.4468 0.000 0.012 0.156 0.056 0.756 0.020
#> GSM153028 1 0.5530 0.3749 0.592 0.000 0.008 0.220 0.180 0.000
#> GSM153029 3 0.5325 0.4236 0.344 0.000 0.548 0.000 0.104 0.004
#> GSM153030 1 0.6086 0.1953 0.500 0.008 0.064 0.056 0.372 0.000
#> GSM153031 4 0.3134 0.6389 0.016 0.000 0.012 0.824 0.148 0.000
#> GSM153032 5 0.5282 0.0512 0.052 0.000 0.360 0.000 0.560 0.028
#> GSM153033 5 0.4327 -0.0151 0.004 0.004 0.440 0.000 0.544 0.008
#> GSM153034 3 0.5339 0.5102 0.132 0.000 0.632 0.000 0.220 0.016
#> GSM153035 3 0.4755 0.1767 0.024 0.004 0.512 0.000 0.452 0.008
#> GSM153036 3 0.5090 0.3538 0.020 0.008 0.644 0.028 0.288 0.012
#> GSM153037 5 0.4452 0.5119 0.032 0.000 0.092 0.108 0.764 0.004
#> GSM153038 5 0.4725 0.1047 0.004 0.000 0.376 0.012 0.584 0.024
#> GSM153039 3 0.5120 0.4977 0.040 0.016 0.744 0.016 0.076 0.108
#> GSM153040 6 0.3094 0.6047 0.004 0.008 0.124 0.008 0.012 0.844
#> GSM153041 1 0.7472 -0.0712 0.364 0.000 0.236 0.000 0.252 0.148
#> GSM153042 4 0.3176 0.6766 0.048 0.000 0.040 0.856 0.000 0.056
#> GSM153043 1 0.5627 0.2859 0.544 0.000 0.112 0.000 0.328 0.016
#> GSM153044 6 0.5163 0.4463 0.048 0.004 0.296 0.008 0.016 0.628
#> GSM153045 6 0.4776 0.5633 0.100 0.004 0.176 0.012 0.000 0.708
#> GSM153046 6 0.5405 0.5086 0.004 0.000 0.208 0.084 0.044 0.660
#> GSM153047 6 0.4181 0.5482 0.020 0.012 0.212 0.000 0.016 0.740
#> GSM153048 3 0.6081 0.2923 0.248 0.000 0.508 0.004 0.008 0.232
#> GSM153049 1 0.5663 0.2059 0.576 0.032 0.308 0.000 0.004 0.080
#> GSM153050 3 0.6992 0.2938 0.216 0.096 0.508 0.168 0.000 0.012
#> GSM153051 3 0.4394 -0.2100 0.016 0.484 0.496 0.000 0.000 0.004
#> GSM153052 4 0.4011 0.6481 0.100 0.008 0.016 0.796 0.000 0.080
#> GSM153053 6 0.5068 0.4466 0.136 0.000 0.000 0.240 0.000 0.624
#> GSM187528 2 0.4512 0.7743 0.004 0.752 0.068 0.000 0.032 0.144
#> GSM187529 2 0.3210 0.8651 0.000 0.832 0.124 0.000 0.032 0.012
#> GSM187530 2 0.3043 0.8435 0.000 0.792 0.200 0.000 0.008 0.000
#> GSM187531 2 0.3020 0.8618 0.012 0.824 0.156 0.000 0.000 0.008
#> GSM152881 2 0.2692 0.8710 0.000 0.840 0.148 0.000 0.000 0.012
#> GSM152882 2 0.1895 0.8857 0.000 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> GSM152883 2 0.2247 0.8635 0.000 0.904 0.060 0.000 0.012 0.024
#> GSM152884 2 0.4953 0.7007 0.000 0.716 0.064 0.004 0.164 0.052
#> GSM152885 2 0.2247 0.8635 0.000 0.904 0.060 0.000 0.012 0.024
#> GSM152886 2 0.1010 0.8783 0.000 0.960 0.036 0.000 0.000 0.004
#> GSM152887 2 0.2404 0.8612 0.000 0.896 0.064 0.000 0.020 0.020
#> GSM152888 2 0.0767 0.8860 0.000 0.976 0.012 0.000 0.004 0.008
#> GSM152889 2 0.1471 0.8840 0.000 0.932 0.064 0.000 0.000 0.004
#> GSM152890 2 0.0858 0.8795 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004 0.000
#> GSM152891 2 0.2760 0.8772 0.000 0.856 0.116 0.000 0.024 0.004
#> GSM152892 2 0.1082 0.8831 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.1265 0.8826 0.008 0.948 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.1364 0.8837 0.004 0.944 0.048 0.000 0.000 0.004
#> GSM152895 2 0.2361 0.8637 0.000 0.896 0.064 0.000 0.008 0.032
#> GSM152896 2 0.1938 0.8685 0.000 0.920 0.052 0.000 0.008 0.020
#> GSM152897 2 0.1938 0.8685 0.000 0.920 0.052 0.000 0.008 0.020
#> GSM152898 2 0.3304 0.8581 0.004 0.804 0.172 0.000 0.012 0.008
#> GSM152899 2 0.4626 0.8063 0.004 0.720 0.196 0.000 0.056 0.024
#> GSM152900 2 0.2703 0.8643 0.000 0.824 0.172 0.000 0.004 0.000
#> GSM152901 2 0.3213 0.8477 0.000 0.784 0.204 0.000 0.008 0.004
#> GSM152902 2 0.3217 0.8383 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008 0.000
#> GSM152903 2 0.3560 0.8086 0.008 0.732 0.256 0.000 0.004 0.000
#> GSM152904 2 0.2778 0.8657 0.008 0.824 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.2300 0.8736 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> MAD:NMF 160 2.74e-16 2
#> MAD:NMF 123 4.74e-18 3
#> MAD:NMF 116 1.40e-19 4
#> MAD:NMF 106 2.21e-18 5
#> MAD:NMF 83 1.55e-12 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.786 0.970 0.970 0.2618 0.711 0.711
#> 3 3 0.767 0.910 0.934 0.3427 0.996 0.995
#> 4 4 0.490 0.802 0.829 0.2243 1.000 1.000
#> 5 5 0.420 0.654 0.811 0.3213 0.675 0.540
#> 6 6 0.386 0.667 0.764 0.0625 0.932 0.837
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152828 2 1.0000 0.0958 0.496 0.504
#> GSM152829 1 0.7056 0.7489 0.808 0.192
#> GSM152830 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0672 0.9852 0.992 0.008
#> GSM153179 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153184 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> GSM153188 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> GSM153189 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> GSM153200 1 0.1414 0.9753 0.980 0.020
#> GSM153201 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.1184 0.9787 0.984 0.016
#> GSM153214 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> GSM153236 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0672 0.9852 0.992 0.008
#> GSM152993 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> GSM153000 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> GSM153003 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153004 1 0.7453 0.6920 0.788 0.212
#> GSM153005 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153011 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> GSM153018 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.1843 0.9681 0.972 0.028
#> GSM153021 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153022 1 0.3274 0.9315 0.940 0.060
#> GSM153023 1 0.1633 0.9716 0.976 0.024
#> GSM153024 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153025 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.1414 0.9752 0.980 0.020
#> GSM153030 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153033 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.1184 0.9787 0.984 0.016
#> GSM153035 1 0.1633 0.9716 0.976 0.024
#> GSM153036 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> GSM153040 1 0.0672 0.9853 0.992 0.008
#> GSM153041 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153042 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.1843 0.9679 0.972 0.028
#> GSM153048 1 0.0938 0.9821 0.988 0.012
#> GSM153049 1 0.1414 0.9752 0.980 0.020
#> GSM153050 1 0.0376 0.9880 0.996 0.004
#> GSM153051 1 0.1843 0.9681 0.972 0.028
#> GSM153052 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9906 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.4022 0.9291 0.080 0.920
#> GSM187529 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM187530 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM187531 1 0.6712 0.7593 0.824 0.176
#> GSM152881 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152882 2 0.6438 0.9288 0.164 0.836
#> GSM152883 2 0.3733 0.9225 0.072 0.928
#> GSM152884 2 0.5178 0.8833 0.116 0.884
#> GSM152885 2 0.3733 0.9225 0.072 0.928
#> GSM152886 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152887 2 0.3733 0.9225 0.072 0.928
#> GSM152888 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152889 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152890 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152891 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152892 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152893 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152894 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152895 2 0.3733 0.9225 0.072 0.928
#> GSM152896 2 0.3733 0.9225 0.072 0.928
#> GSM152897 2 0.3733 0.9225 0.072 0.928
#> GSM152898 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152899 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152900 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152901 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152902 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152903 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152904 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
#> GSM152905 2 0.5737 0.9578 0.136 0.864
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152823 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152824 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152825 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152826 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152827 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152828 3 0.0892 0.4862 0.020 0.000 0.980
#> GSM152829 1 0.5678 0.5739 0.684 0.000 0.316
#> GSM152830 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152831 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152832 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152833 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM152834 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152835 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152836 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152837 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM152838 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153178 1 0.3752 0.8796 0.856 0.000 0.144
#> GSM153179 1 0.1411 0.9371 0.964 0.000 0.036
#> GSM153180 1 0.1289 0.9378 0.968 0.000 0.032
#> GSM153181 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153183 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153184 1 0.1289 0.9392 0.968 0.000 0.032
#> GSM153185 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153186 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153187 1 0.2165 0.9266 0.936 0.000 0.064
#> GSM153188 1 0.3412 0.8937 0.876 0.000 0.124
#> GSM153189 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153190 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153191 1 0.1289 0.9401 0.968 0.000 0.032
#> GSM153192 1 0.1163 0.9383 0.972 0.000 0.028
#> GSM153193 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153194 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153195 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153196 1 0.0747 0.9408 0.984 0.000 0.016
#> GSM153197 1 0.1289 0.9378 0.968 0.000 0.032
#> GSM153198 1 0.1163 0.9391 0.972 0.000 0.028
#> GSM153199 1 0.2959 0.9088 0.900 0.000 0.100
#> GSM153200 1 0.3941 0.8702 0.844 0.000 0.156
#> GSM153201 1 0.1643 0.9392 0.956 0.000 0.044
#> GSM153202 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153203 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153204 1 0.1411 0.9361 0.964 0.000 0.036
#> GSM153205 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153206 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153207 1 0.1411 0.9407 0.964 0.000 0.036
#> GSM153208 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153209 1 0.0892 0.9404 0.980 0.000 0.020
#> GSM153210 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153211 1 0.1289 0.9398 0.968 0.000 0.032
#> GSM153212 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153213 1 0.3752 0.8794 0.856 0.000 0.144
#> GSM153214 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153215 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153216 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153217 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153218 1 0.2537 0.9191 0.920 0.000 0.080
#> GSM153219 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153220 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153221 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153222 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153223 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153224 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153225 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153226 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153227 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153228 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153229 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153230 1 0.1289 0.9398 0.968 0.000 0.032
#> GSM153231 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153232 1 0.1411 0.9372 0.964 0.000 0.036
#> GSM153233 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153234 1 0.0892 0.9404 0.980 0.000 0.020
#> GSM153235 1 0.1753 0.9333 0.952 0.000 0.048
#> GSM153236 1 0.1289 0.9413 0.968 0.000 0.032
#> GSM153237 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM152992 1 0.3752 0.8796 0.856 0.000 0.144
#> GSM152993 1 0.0592 0.9408 0.988 0.000 0.012
#> GSM152994 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM152995 1 0.1289 0.9392 0.968 0.000 0.032
#> GSM152996 1 0.1289 0.9392 0.968 0.000 0.032
#> GSM152997 1 0.1411 0.9385 0.964 0.000 0.036
#> GSM152998 1 0.1529 0.9406 0.960 0.000 0.040
#> GSM152999 1 0.3412 0.8937 0.876 0.000 0.124
#> GSM153000 1 0.1289 0.9392 0.968 0.000 0.032
#> GSM153001 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153002 1 0.3340 0.8962 0.880 0.000 0.120
#> GSM153003 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153004 1 0.8427 0.4886 0.612 0.240 0.148
#> GSM153005 1 0.1289 0.9378 0.968 0.000 0.032
#> GSM153006 1 0.1753 0.9330 0.952 0.000 0.048
#> GSM153007 1 0.1411 0.9371 0.964 0.000 0.036
#> GSM153008 1 0.1031 0.9408 0.976 0.000 0.024
#> GSM153009 1 0.1163 0.9381 0.972 0.000 0.028
#> GSM153010 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153011 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153012 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153013 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153014 1 0.0747 0.9397 0.984 0.000 0.016
#> GSM153015 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153016 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153017 1 0.3412 0.8937 0.876 0.000 0.124
#> GSM153018 1 0.1643 0.9369 0.956 0.000 0.044
#> GSM153019 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153020 1 0.4110 0.8710 0.844 0.004 0.152
#> GSM153021 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153022 1 0.5239 0.8351 0.808 0.032 0.160
#> GSM153023 1 0.4002 0.8667 0.840 0.000 0.160
#> GSM153024 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153025 1 0.1411 0.9369 0.964 0.000 0.036
#> GSM153026 1 0.1031 0.9384 0.976 0.000 0.024
#> GSM153027 1 0.1289 0.9392 0.968 0.000 0.032
#> GSM153028 1 0.1031 0.9390 0.976 0.000 0.024
#> GSM153029 1 0.3879 0.8732 0.848 0.000 0.152
#> GSM153030 1 0.1031 0.9405 0.976 0.000 0.024
#> GSM153031 1 0.1411 0.9371 0.964 0.000 0.036
#> GSM153032 1 0.4002 0.8666 0.840 0.000 0.160
#> GSM153033 1 0.2537 0.9191 0.920 0.000 0.080
#> GSM153034 1 0.3686 0.8826 0.860 0.000 0.140
#> GSM153035 1 0.3941 0.8701 0.844 0.000 0.156
#> GSM153036 1 0.1163 0.9406 0.972 0.000 0.028
#> GSM153037 1 0.1163 0.9383 0.972 0.000 0.028
#> GSM153038 1 0.1753 0.9326 0.952 0.000 0.048
#> GSM153039 1 0.2625 0.9169 0.916 0.000 0.084
#> GSM153040 1 0.3619 0.8855 0.864 0.000 0.136
#> GSM153041 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153042 1 0.1411 0.9372 0.964 0.000 0.036
#> GSM153043 1 0.1753 0.9355 0.952 0.000 0.048
#> GSM153044 1 0.2796 0.9125 0.908 0.000 0.092
#> GSM153045 1 0.2796 0.9125 0.908 0.000 0.092
#> GSM153046 1 0.2625 0.9169 0.916 0.000 0.084
#> GSM153047 1 0.4062 0.8629 0.836 0.000 0.164
#> GSM153048 1 0.3752 0.8795 0.856 0.000 0.144
#> GSM153049 1 0.3879 0.8732 0.848 0.000 0.152
#> GSM153050 1 0.1753 0.9333 0.952 0.000 0.048
#> GSM153051 1 0.4110 0.8710 0.844 0.004 0.152
#> GSM153052 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM153053 1 0.1529 0.9358 0.960 0.000 0.040
#> GSM187528 2 0.1964 0.9094 0.000 0.944 0.056
#> GSM187529 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9466 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 1 0.7319 0.6838 0.708 0.164 0.128
#> GSM152881 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152882 2 0.1289 0.8815 0.032 0.968 0.000
#> GSM152883 2 0.3340 0.8514 0.000 0.880 0.120
#> GSM152884 3 0.6260 0.0285 0.000 0.448 0.552
#> GSM152885 2 0.3340 0.8514 0.000 0.880 0.120
#> GSM152886 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152887 2 0.3340 0.8514 0.000 0.880 0.120
#> GSM152888 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152889 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152890 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152891 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152892 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152893 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152894 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152895 2 0.3340 0.8514 0.000 0.880 0.120
#> GSM152896 2 0.3340 0.8514 0.000 0.880 0.120
#> GSM152897 2 0.3340 0.8514 0.000 0.880 0.120
#> GSM152898 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152899 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152900 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152901 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152902 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152903 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152904 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
#> GSM152905 2 0.0237 0.9533 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.1389 0.848 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM152823 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM152824 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM152825 1 0.1389 0.848 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM152826 1 0.1389 0.848 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM152827 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM152828 4 0.4977 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> GSM152829 1 0.4985 0.385 0.532 0.000 0.000 0.468
#> GSM152830 1 0.1389 0.848 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM152831 1 0.1302 0.849 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM152832 1 0.1389 0.848 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM152833 1 0.1302 0.849 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM152834 1 0.3444 0.812 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM152835 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM152836 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM152837 1 0.3486 0.810 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM152838 1 0.2973 0.832 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM153178 1 0.4122 0.755 0.760 0.004 0.000 0.236
#> GSM153179 1 0.3356 0.817 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM153180 1 0.2814 0.835 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM153181 1 0.1716 0.851 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM153183 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153184 1 0.3400 0.825 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM153185 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153186 1 0.1118 0.850 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153187 1 0.2944 0.836 0.868 0.004 0.000 0.128
#> GSM153188 1 0.4018 0.764 0.772 0.004 0.000 0.224
#> GSM153189 1 0.3444 0.812 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM153190 1 0.1824 0.846 0.936 0.004 0.000 0.060
#> GSM153191 1 0.3400 0.824 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM153192 1 0.1940 0.849 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM153193 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153194 1 0.3266 0.821 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM153195 1 0.3024 0.829 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM153196 1 0.0592 0.854 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM153197 1 0.1792 0.852 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM153198 1 0.1389 0.850 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM153199 1 0.3668 0.789 0.808 0.004 0.000 0.188
#> GSM153200 1 0.4283 0.738 0.740 0.004 0.000 0.256
#> GSM153201 1 0.2466 0.845 0.900 0.004 0.000 0.096
#> GSM153202 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153203 1 0.1118 0.850 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153204 1 0.2011 0.841 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM153205 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153206 1 0.1824 0.846 0.936 0.004 0.000 0.060
#> GSM153207 1 0.1118 0.854 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153208 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153209 1 0.1557 0.854 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM153210 1 0.2281 0.845 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM153211 1 0.1474 0.851 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM153212 1 0.1118 0.853 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153213 1 0.4188 0.748 0.752 0.004 0.000 0.244
#> GSM153214 1 0.1389 0.852 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM153215 1 0.2081 0.848 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM153216 1 0.1637 0.852 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM153217 1 0.3024 0.829 0.852 0.000 0.000 0.148
#> GSM153218 1 0.2589 0.831 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM153219 1 0.3444 0.812 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM153220 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153221 1 0.3486 0.810 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM153222 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153223 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153224 1 0.1557 0.847 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM153225 1 0.2081 0.848 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM153226 1 0.3528 0.808 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM153227 1 0.2868 0.834 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM153228 1 0.3486 0.810 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM153229 1 0.1474 0.852 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM153230 1 0.1792 0.856 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM153231 1 0.3486 0.810 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM153232 1 0.3123 0.827 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM153233 1 0.3486 0.810 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM153234 1 0.1389 0.855 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM153235 1 0.2831 0.833 0.876 0.004 0.000 0.120
#> GSM153236 1 0.2345 0.856 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM153237 1 0.1474 0.852 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM152992 1 0.4122 0.755 0.760 0.004 0.000 0.236
#> GSM152993 1 0.1118 0.855 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM152994 1 0.1302 0.853 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM152995 1 0.3400 0.825 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM152996 1 0.3400 0.825 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM152997 1 0.3444 0.827 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM152998 1 0.3157 0.852 0.852 0.004 0.000 0.144
#> GSM152999 1 0.4018 0.764 0.772 0.004 0.000 0.224
#> GSM153000 1 0.3400 0.825 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM153001 1 0.3400 0.814 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM153002 1 0.3831 0.779 0.792 0.004 0.000 0.204
#> GSM153003 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153004 1 0.7371 0.368 0.524 0.244 0.000 0.232
#> GSM153005 1 0.2345 0.850 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM153006 1 0.3306 0.837 0.840 0.004 0.000 0.156
#> GSM153007 1 0.3444 0.813 0.816 0.000 0.000 0.184
#> GSM153008 1 0.0817 0.854 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM153009 1 0.1557 0.851 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM153010 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153011 1 0.1302 0.850 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM153012 1 0.2868 0.834 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM153013 1 0.2868 0.834 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM153014 1 0.1302 0.851 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM153015 1 0.1824 0.846 0.936 0.004 0.000 0.060
#> GSM153016 1 0.1716 0.845 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM153017 1 0.4018 0.764 0.772 0.004 0.000 0.224
#> GSM153018 1 0.3257 0.842 0.844 0.004 0.000 0.152
#> GSM153019 1 0.1474 0.848 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM153020 1 0.4295 0.751 0.752 0.008 0.000 0.240
#> GSM153021 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153022 1 0.5052 0.718 0.720 0.036 0.000 0.244
#> GSM153023 1 0.4343 0.730 0.732 0.004 0.000 0.264
#> GSM153024 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153025 1 0.3172 0.825 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM153026 1 0.1302 0.849 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM153027 1 0.3400 0.825 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM153028 1 0.1211 0.853 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM153029 1 0.4252 0.741 0.744 0.004 0.000 0.252
#> GSM153030 1 0.1118 0.854 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153031 1 0.3074 0.829 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM153032 1 0.4313 0.734 0.736 0.004 0.000 0.260
#> GSM153033 1 0.2647 0.829 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM153034 1 0.4155 0.752 0.756 0.004 0.000 0.240
#> GSM153035 1 0.4283 0.738 0.740 0.004 0.000 0.256
#> GSM153036 1 0.1792 0.855 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM153037 1 0.1118 0.854 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM153038 1 0.2530 0.834 0.896 0.004 0.000 0.100
#> GSM153039 1 0.3494 0.798 0.824 0.004 0.000 0.172
#> GSM153040 1 0.4053 0.761 0.768 0.004 0.000 0.228
#> GSM153041 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153042 1 0.3123 0.827 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM153043 1 0.2530 0.839 0.896 0.004 0.000 0.100
#> GSM153044 1 0.3539 0.800 0.820 0.004 0.000 0.176
#> GSM153045 1 0.3539 0.800 0.820 0.004 0.000 0.176
#> GSM153046 1 0.3448 0.804 0.828 0.004 0.000 0.168
#> GSM153047 1 0.4372 0.726 0.728 0.004 0.000 0.268
#> GSM153048 1 0.4188 0.748 0.752 0.004 0.000 0.244
#> GSM153049 1 0.4252 0.741 0.744 0.004 0.000 0.252
#> GSM153050 1 0.2647 0.835 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM153051 1 0.4295 0.751 0.752 0.008 0.000 0.240
#> GSM153052 1 0.3172 0.825 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM153053 1 0.3486 0.810 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM187528 2 0.2081 0.827 0.000 0.916 0.084 0.000
#> GSM187529 2 0.0707 0.889 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM187530 2 0.0707 0.889 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM187531 1 0.6640 0.603 0.624 0.168 0.000 0.208
#> GSM152881 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0921 0.824 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.3942 0.612 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM152884 3 0.4382 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> GSM152885 2 0.3942 0.612 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.3942 0.612 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.3942 0.612 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM152896 2 0.3942 0.612 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM152897 2 0.3942 0.612 0.000 0.764 0.236 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.903 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.3661 0.70491 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM152823 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152824 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.3661 0.70491 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM152826 1 0.3661 0.70491 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM152827 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152828 5 0.0000 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152829 4 0.3661 0.50856 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> GSM152830 1 0.3661 0.70491 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM152831 1 0.3816 0.68074 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM152832 1 0.3661 0.70491 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM152833 1 0.3752 0.69197 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> GSM152834 4 0.2732 0.76219 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM152835 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152836 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152837 4 0.2605 0.76395 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM152838 4 0.3913 0.53979 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM153178 1 0.0963 0.70549 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM153179 4 0.2648 0.76404 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM153180 4 0.4201 0.28600 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM153181 1 0.4273 0.36723 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> GSM153183 1 0.0162 0.67742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.3534 0.65738 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM153185 4 0.2230 0.76435 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> GSM153186 1 0.3876 0.66558 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> GSM153187 1 0.3395 0.70909 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM153188 1 0.1121 0.70924 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM153189 4 0.2852 0.75726 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM153190 1 0.3480 0.72073 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM153191 4 0.1270 0.68684 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM153192 4 0.4304 -0.11011 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM153193 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153194 4 0.3274 0.72396 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> GSM153195 4 0.3424 0.69906 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> GSM153196 1 0.4088 0.58065 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> GSM153197 1 0.4249 0.43036 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM153198 1 0.3816 0.68011 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM153199 1 0.1792 0.72211 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM153200 1 0.0404 0.69039 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM153201 1 0.3305 0.72709 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM153202 4 0.2127 0.76295 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM153203 1 0.3895 0.66195 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM153204 1 0.3210 0.73184 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM153205 4 0.2127 0.76232 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM153206 1 0.3366 0.72732 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> GSM153207 1 0.4088 0.58306 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> GSM153208 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.4249 0.42051 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> GSM153210 4 0.4287 0.04305 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> GSM153211 1 0.3837 0.67646 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> GSM153212 1 0.4210 0.48443 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM153213 1 0.0955 0.69904 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> GSM153214 1 0.4219 0.46963 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> GSM153215 4 0.4302 -0.07826 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM153216 1 0.4268 0.38196 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> GSM153217 4 0.3480 0.68925 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> GSM153218 1 0.3274 0.72902 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> GSM153219 4 0.0880 0.72657 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM153220 4 0.0000 0.69016 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153221 4 0.1908 0.75788 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM153222 4 0.2127 0.76307 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM153223 4 0.1792 0.75423 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM153224 1 0.3730 0.69656 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM153225 4 0.4294 -0.00331 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM153226 4 0.1965 0.75951 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM153227 4 0.4192 0.30178 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> GSM153228 4 0.2891 0.75562 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM153229 4 0.4305 -0.12251 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM153230 1 0.4297 0.27909 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM153231 4 0.2732 0.76215 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM153232 4 0.3336 0.71425 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM153233 4 0.2852 0.75774 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM153234 1 0.4101 0.58265 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> GSM153235 1 0.3039 0.72815 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM153236 1 0.4201 0.44845 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM153237 4 0.4305 -0.12251 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> GSM152992 1 0.0963 0.70549 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM152993 1 0.4210 0.48560 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> GSM152994 1 0.4201 0.49415 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM152995 4 0.3143 0.66625 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM152996 4 0.3109 0.67079 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM152997 4 0.3838 0.61726 0.280 0.000 0.004 0.716 0.000
#> GSM152998 1 0.4138 0.45739 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> GSM152999 1 0.1121 0.70924 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM153000 4 0.3109 0.67079 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM153001 4 0.2852 0.75748 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM153002 1 0.1608 0.71857 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> GSM153003 1 0.0162 0.67742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153004 1 0.3579 0.38912 0.756 0.240 0.004 0.000 0.000
#> GSM153005 1 0.4302 0.21380 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> GSM153006 1 0.3480 0.64809 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM153007 4 0.2891 0.75593 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM153008 1 0.4030 0.60995 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> GSM153009 1 0.3816 0.68150 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> GSM153010 1 0.0162 0.67742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.3730 0.69624 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM153012 4 0.3661 0.64453 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM153013 4 0.3661 0.64453 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM153014 1 0.3730 0.69834 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> GSM153015 1 0.3480 0.72073 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> GSM153016 1 0.3336 0.72827 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM153017 1 0.1121 0.70924 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM153018 1 0.3774 0.61513 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM153019 1 0.3707 0.69913 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM153020 1 0.1365 0.70235 0.952 0.004 0.004 0.040 0.000
#> GSM153021 1 0.0162 0.67742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153022 1 0.1041 0.66653 0.964 0.032 0.004 0.000 0.000
#> GSM153023 1 0.0324 0.68122 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> GSM153024 1 0.0162 0.67742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153025 4 0.3636 0.65450 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM153026 1 0.3752 0.69197 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> GSM153027 4 0.1410 0.68265 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM153028 1 0.4201 0.49211 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM153029 1 0.0771 0.69359 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> GSM153030 1 0.3966 0.63613 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> GSM153031 4 0.3730 0.62613 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> GSM153032 1 0.0451 0.68452 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> GSM153033 1 0.3242 0.72988 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> GSM153034 1 0.1041 0.70171 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> GSM153035 1 0.0566 0.68785 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> GSM153036 1 0.3796 0.68215 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> GSM153037 1 0.4161 0.53639 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> GSM153038 1 0.3336 0.72998 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> GSM153039 1 0.2127 0.72730 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM153040 1 0.1043 0.70751 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 0.68024 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153042 4 0.3336 0.71425 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM153043 1 0.3210 0.73165 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM153044 1 0.2280 0.72739 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM153045 1 0.2280 0.72739 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM153046 1 0.2377 0.72874 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM153047 1 0.0162 0.67742 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153048 1 0.0794 0.70095 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> GSM153049 1 0.0771 0.69359 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> GSM153050 1 0.3395 0.70737 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM153051 1 0.1365 0.70235 0.952 0.004 0.004 0.040 0.000
#> GSM153052 4 0.3242 0.72628 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> GSM153053 4 0.2605 0.76395 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> GSM187528 2 0.2230 0.83527 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.1270 0.87929 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.1121 0.88381 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM187531 1 0.3421 0.54322 0.816 0.164 0.004 0.016 0.000
#> GSM152881 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0955 0.87836 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> GSM152883 2 0.3895 0.64081 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM152884 3 0.0162 0.00000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.3895 0.64081 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.3895 0.64081 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.3895 0.64081 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.3895 0.64081 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.3895 0.64081 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0162 0.90750 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.2964 0.7188 0.792 0.000 0.000 0.204 0.004 0.000
#> GSM152823 4 0.1327 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM152824 4 0.1327 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM152825 1 0.2933 0.7189 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000
#> GSM152826 1 0.2933 0.7189 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000
#> GSM152827 4 0.1327 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM152828 6 0.0000 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152829 4 0.4443 0.4133 0.000 0.000 0.000 0.664 0.060 0.276
#> GSM152830 1 0.2933 0.7189 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000
#> GSM152831 1 0.3163 0.7020 0.764 0.000 0.000 0.232 0.004 0.000
#> GSM152832 1 0.2933 0.7189 0.796 0.000 0.000 0.200 0.004 0.000
#> GSM152833 1 0.3161 0.7114 0.776 0.000 0.000 0.216 0.008 0.000
#> GSM152834 4 0.2697 0.7566 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM152835 4 0.1327 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM152836 4 0.1327 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM152837 4 0.2703 0.7652 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM152838 4 0.3659 0.4378 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000
#> GSM153178 1 0.2019 0.6943 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088 0.000
#> GSM153179 4 0.2597 0.7639 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000
#> GSM153180 4 0.3986 0.0497 0.464 0.000 0.000 0.532 0.004 0.000
#> GSM153181 1 0.3872 0.4878 0.604 0.000 0.000 0.392 0.004 0.000
#> GSM153183 1 0.2219 0.6665 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM153184 4 0.4682 0.6206 0.284 0.000 0.000 0.640 0.076 0.000
#> GSM153185 4 0.2942 0.7717 0.132 0.000 0.000 0.836 0.032 0.000
#> GSM153186 1 0.3290 0.6898 0.744 0.000 0.000 0.252 0.004 0.000
#> GSM153187 1 0.3053 0.7168 0.812 0.000 0.000 0.168 0.020 0.000
#> GSM153188 1 0.1700 0.6933 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000
#> GSM153189 4 0.2933 0.7492 0.200 0.000 0.000 0.796 0.004 0.000
#> GSM153190 1 0.2946 0.7284 0.812 0.000 0.000 0.176 0.012 0.000
#> GSM153191 4 0.3159 0.6441 0.100 0.000 0.000 0.832 0.068 0.000
#> GSM153192 1 0.3986 0.2903 0.532 0.000 0.000 0.464 0.004 0.000
#> GSM153193 4 0.1204 0.6494 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM153194 4 0.3337 0.6917 0.260 0.000 0.000 0.736 0.004 0.000
#> GSM153195 4 0.3351 0.6453 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000
#> GSM153196 1 0.3672 0.6366 0.688 0.000 0.000 0.304 0.008 0.000
#> GSM153197 1 0.3852 0.5202 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004 0.000
#> GSM153198 1 0.3342 0.7062 0.760 0.000 0.000 0.228 0.012 0.000
#> GSM153199 1 0.1594 0.7098 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052 0.000
#> GSM153200 1 0.2234 0.6752 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> GSM153201 1 0.3229 0.7250 0.816 0.000 0.000 0.140 0.044 0.000
#> GSM153202 4 0.2740 0.7713 0.120 0.000 0.000 0.852 0.028 0.000
#> GSM153203 1 0.3314 0.6872 0.740 0.000 0.000 0.256 0.004 0.000
#> GSM153204 1 0.2750 0.7335 0.844 0.000 0.000 0.136 0.020 0.000
#> GSM153205 4 0.2302 0.7716 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008 0.000
#> GSM153206 1 0.2932 0.7324 0.820 0.000 0.000 0.164 0.016 0.000
#> GSM153207 1 0.3653 0.6426 0.692 0.000 0.000 0.300 0.008 0.000
#> GSM153208 4 0.1327 0.6453 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> GSM153209 1 0.3899 0.5353 0.628 0.000 0.000 0.364 0.008 0.000
#> GSM153210 1 0.3996 0.1838 0.512 0.000 0.000 0.484 0.004 0.000
#> GSM153211 1 0.3298 0.7029 0.756 0.000 0.000 0.236 0.008 0.000
#> GSM153212 1 0.3847 0.5771 0.644 0.000 0.000 0.348 0.008 0.000
#> GSM153213 1 0.2006 0.6864 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 0.000
#> GSM153214 1 0.3756 0.5639 0.644 0.000 0.000 0.352 0.004 0.000
#> GSM153215 1 0.3982 0.2815 0.536 0.000 0.000 0.460 0.004 0.000
#> GSM153216 1 0.3841 0.5083 0.616 0.000 0.000 0.380 0.004 0.000
#> GSM153217 4 0.3528 0.6267 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004 0.000
#> GSM153218 1 0.2843 0.7276 0.848 0.000 0.000 0.116 0.036 0.000
#> GSM153219 4 0.1838 0.7376 0.068 0.000 0.000 0.916 0.016 0.000
#> GSM153220 4 0.1588 0.6346 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072 0.000
#> GSM153221 4 0.2302 0.7713 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008 0.000
#> GSM153222 4 0.2696 0.7708 0.116 0.000 0.000 0.856 0.028 0.000
#> GSM153223 4 0.2586 0.7647 0.100 0.000 0.000 0.868 0.032 0.000
#> GSM153224 1 0.3259 0.7139 0.772 0.000 0.000 0.216 0.012 0.000
#> GSM153225 1 0.3989 0.2442 0.528 0.000 0.000 0.468 0.004 0.000
#> GSM153226 4 0.2618 0.7704 0.116 0.000 0.000 0.860 0.024 0.000
#> GSM153227 4 0.3982 0.0681 0.460 0.000 0.000 0.536 0.004 0.000
#> GSM153228 4 0.3253 0.7557 0.192 0.000 0.000 0.788 0.020 0.000
#> GSM153229 1 0.3851 0.3005 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.3782 0.4166 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> GSM153231 4 0.2882 0.7621 0.180 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000
#> GSM153232 4 0.3360 0.6806 0.264 0.000 0.000 0.732 0.004 0.000
#> GSM153233 4 0.3136 0.7564 0.188 0.000 0.000 0.796 0.016 0.000
#> GSM153234 1 0.3565 0.6364 0.692 0.000 0.000 0.304 0.004 0.000
#> GSM153235 1 0.2784 0.7283 0.848 0.000 0.000 0.124 0.028 0.000
#> GSM153236 1 0.3954 0.5211 0.636 0.000 0.000 0.352 0.012 0.000
#> GSM153237 1 0.3851 0.3005 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000
#> GSM152992 1 0.2019 0.6943 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088 0.000
#> GSM152993 1 0.3819 0.5764 0.652 0.000 0.000 0.340 0.008 0.000
#> GSM152994 1 0.3756 0.5723 0.644 0.000 0.000 0.352 0.004 0.000
#> GSM152995 4 0.4407 0.6374 0.232 0.000 0.000 0.692 0.076 0.000
#> GSM152996 4 0.4431 0.6398 0.228 0.000 0.000 0.692 0.080 0.000
#> GSM152997 4 0.4913 0.5786 0.296 0.000 0.000 0.612 0.092 0.000
#> GSM152998 1 0.4348 0.4889 0.640 0.000 0.000 0.320 0.040 0.000
#> GSM152999 1 0.1700 0.6933 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000
#> GSM153000 4 0.4431 0.6398 0.228 0.000 0.000 0.692 0.080 0.000
#> GSM153001 4 0.3043 0.7509 0.200 0.000 0.000 0.792 0.008 0.000
#> GSM153002 1 0.1890 0.7084 0.916 0.000 0.000 0.024 0.060 0.000
#> GSM153003 1 0.2527 0.6487 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> GSM153004 1 0.5449 0.2977 0.572 0.240 0.000 0.000 0.188 0.000
#> GSM153005 1 0.3828 0.3490 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> GSM153006 1 0.3946 0.6188 0.756 0.000 0.000 0.168 0.076 0.000
#> GSM153007 4 0.3168 0.7548 0.192 0.000 0.000 0.792 0.016 0.000
#> GSM153008 1 0.3595 0.6553 0.704 0.000 0.000 0.288 0.008 0.000
#> GSM153009 1 0.3271 0.7023 0.760 0.000 0.000 0.232 0.008 0.000
#> GSM153010 1 0.2260 0.6647 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM153011 1 0.3052 0.7122 0.780 0.000 0.000 0.216 0.004 0.000
#> GSM153012 4 0.3652 0.5611 0.324 0.000 0.000 0.672 0.004 0.000
#> GSM153013 4 0.3652 0.5611 0.324 0.000 0.000 0.672 0.004 0.000
#> GSM153014 1 0.3161 0.7165 0.776 0.000 0.000 0.216 0.008 0.000
#> GSM153015 1 0.2946 0.7284 0.812 0.000 0.000 0.176 0.012 0.000
#> GSM153016 1 0.2841 0.7316 0.824 0.000 0.000 0.164 0.012 0.000
#> GSM153017 1 0.1700 0.6933 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 0.000
#> GSM153018 1 0.4122 0.6025 0.724 0.000 0.000 0.212 0.064 0.000
#> GSM153019 1 0.3103 0.7157 0.784 0.000 0.000 0.208 0.008 0.000
#> GSM153020 1 0.2723 0.6837 0.852 0.004 0.000 0.016 0.128 0.000
#> GSM153021 1 0.2219 0.6665 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM153022 1 0.3572 0.6217 0.764 0.032 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM153023 1 0.2340 0.6600 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM153024 1 0.2178 0.6670 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> GSM153025 4 0.3707 0.5930 0.312 0.000 0.000 0.680 0.008 0.000
#> GSM153026 1 0.3161 0.7114 0.776 0.000 0.000 0.216 0.008 0.000
#> GSM153027 4 0.3745 0.6213 0.116 0.000 0.000 0.784 0.100 0.000
#> GSM153028 1 0.3728 0.5806 0.652 0.000 0.000 0.344 0.004 0.000
#> GSM153029 1 0.2191 0.6759 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000
#> GSM153030 1 0.3541 0.6813 0.728 0.000 0.000 0.260 0.012 0.000
#> GSM153031 4 0.3482 0.5767 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> GSM153032 1 0.2219 0.6668 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM153033 1 0.2798 0.7279 0.852 0.000 0.000 0.112 0.036 0.000
#> GSM153034 1 0.1908 0.6888 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> GSM153035 1 0.2135 0.6705 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM153036 1 0.3050 0.7024 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM153037 1 0.3668 0.6109 0.668 0.000 0.000 0.328 0.004 0.000
#> GSM153038 1 0.3344 0.7335 0.804 0.000 0.000 0.152 0.044 0.000
#> GSM153039 1 0.2129 0.7177 0.904 0.000 0.000 0.040 0.056 0.000
#> GSM153040 1 0.1858 0.6918 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000
#> GSM153041 1 0.2219 0.6652 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM153042 4 0.3360 0.6806 0.264 0.000 0.000 0.732 0.004 0.000
#> GSM153043 1 0.3054 0.7320 0.828 0.000 0.000 0.136 0.036 0.000
#> GSM153044 1 0.2511 0.7154 0.880 0.000 0.000 0.056 0.064 0.000
#> GSM153045 1 0.2511 0.7154 0.880 0.000 0.000 0.056 0.064 0.000
#> GSM153046 1 0.2630 0.7177 0.872 0.000 0.000 0.064 0.064 0.000
#> GSM153047 1 0.2260 0.6630 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> GSM153048 1 0.1908 0.6898 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> GSM153049 1 0.2191 0.6759 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000
#> GSM153050 1 0.3210 0.7132 0.804 0.000 0.000 0.168 0.028 0.000
#> GSM153051 1 0.2723 0.6837 0.852 0.004 0.000 0.016 0.128 0.000
#> GSM153052 4 0.3265 0.7009 0.248 0.000 0.000 0.748 0.004 0.000
#> GSM153053 4 0.2703 0.7652 0.172 0.000 0.000 0.824 0.004 0.000
#> GSM187528 3 0.5119 0.7314 0.000 0.308 0.584 0.000 0.108 0.000
#> GSM187529 3 0.5292 0.6488 0.000 0.372 0.520 0.000 0.108 0.000
#> GSM187530 2 0.5153 -0.5347 0.000 0.464 0.452 0.000 0.084 0.000
#> GSM187531 1 0.5006 0.5170 0.676 0.164 0.000 0.012 0.148 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0713 0.9100 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM152883 3 0.2883 0.8950 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 5 0.3864 0.0000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM152885 3 0.2883 0.8950 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 3 0.2883 0.8950 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0260 0.9512 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 3 0.2883 0.8950 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 3 0.2883 0.8950 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 3 0.2883 0.8950 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9530 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:hclust 166 2.37e-31 2
#> ATC:hclust 164 7.74e-31 3
#> ATC:hclust 163 1.21e-30 4
#> ATC:hclust 143 6.88e-27 5
#> ATC:hclust 149 3.70e-27 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.2972 0.703 0.703
#> 3 3 0.833 0.889 0.925 1.0398 0.654 0.512
#> 4 4 0.670 0.683 0.793 0.1748 0.795 0.504
#> 5 5 0.658 0.681 0.820 0.0595 0.934 0.767
#> 6 6 0.717 0.625 0.804 0.0482 0.961 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0 1 1 0
#> GSM152823 1 0 1 1 0
#> GSM152824 1 0 1 1 0
#> GSM152825 1 0 1 1 0
#> GSM152826 1 0 1 1 0
#> GSM152827 1 0 1 1 0
#> GSM152828 1 0 1 1 0
#> GSM152829 1 0 1 1 0
#> GSM152830 1 0 1 1 0
#> GSM152831 1 0 1 1 0
#> GSM152832 1 0 1 1 0
#> GSM152833 1 0 1 1 0
#> GSM152834 1 0 1 1 0
#> GSM152835 1 0 1 1 0
#> GSM152836 1 0 1 1 0
#> GSM152837 1 0 1 1 0
#> GSM152838 1 0 1 1 0
#> GSM153178 1 0 1 1 0
#> GSM153179 1 0 1 1 0
#> GSM153180 1 0 1 1 0
#> GSM153181 1 0 1 1 0
#> GSM153183 1 0 1 1 0
#> GSM153184 1 0 1 1 0
#> GSM153185 1 0 1 1 0
#> GSM153186 1 0 1 1 0
#> GSM153187 1 0 1 1 0
#> GSM153188 1 0 1 1 0
#> GSM153189 1 0 1 1 0
#> GSM153190 1 0 1 1 0
#> GSM153191 1 0 1 1 0
#> GSM153192 1 0 1 1 0
#> GSM153193 1 0 1 1 0
#> GSM153194 1 0 1 1 0
#> GSM153195 1 0 1 1 0
#> GSM153196 1 0 1 1 0
#> GSM153197 1 0 1 1 0
#> GSM153198 1 0 1 1 0
#> GSM153199 1 0 1 1 0
#> GSM153200 1 0 1 1 0
#> GSM153201 1 0 1 1 0
#> GSM153202 1 0 1 1 0
#> GSM153203 1 0 1 1 0
#> GSM153204 1 0 1 1 0
#> GSM153205 1 0 1 1 0
#> GSM153206 1 0 1 1 0
#> GSM153207 1 0 1 1 0
#> GSM153208 1 0 1 1 0
#> GSM153209 1 0 1 1 0
#> GSM153210 1 0 1 1 0
#> GSM153211 1 0 1 1 0
#> GSM153212 1 0 1 1 0
#> GSM153213 1 0 1 1 0
#> GSM153214 1 0 1 1 0
#> GSM153215 1 0 1 1 0
#> GSM153216 1 0 1 1 0
#> GSM153217 1 0 1 1 0
#> GSM153218 1 0 1 1 0
#> GSM153219 1 0 1 1 0
#> GSM153220 1 0 1 1 0
#> GSM153221 1 0 1 1 0
#> GSM153222 1 0 1 1 0
#> GSM153223 1 0 1 1 0
#> GSM153224 1 0 1 1 0
#> GSM153225 1 0 1 1 0
#> GSM153226 1 0 1 1 0
#> GSM153227 1 0 1 1 0
#> GSM153228 1 0 1 1 0
#> GSM153229 1 0 1 1 0
#> GSM153230 1 0 1 1 0
#> GSM153231 1 0 1 1 0
#> GSM153232 1 0 1 1 0
#> GSM153233 1 0 1 1 0
#> GSM153234 1 0 1 1 0
#> GSM153235 1 0 1 1 0
#> GSM153236 1 0 1 1 0
#> GSM153237 1 0 1 1 0
#> GSM152992 1 0 1 1 0
#> GSM152993 1 0 1 1 0
#> GSM152994 1 0 1 1 0
#> GSM152995 1 0 1 1 0
#> GSM152996 1 0 1 1 0
#> GSM152997 1 0 1 1 0
#> GSM152998 1 0 1 1 0
#> GSM152999 1 0 1 1 0
#> GSM153000 1 0 1 1 0
#> GSM153001 1 0 1 1 0
#> GSM153002 1 0 1 1 0
#> GSM153003 1 0 1 1 0
#> GSM153004 2 0 1 0 1
#> GSM153005 1 0 1 1 0
#> GSM153006 1 0 1 1 0
#> GSM153007 1 0 1 1 0
#> GSM153008 1 0 1 1 0
#> GSM153009 1 0 1 1 0
#> GSM153010 1 0 1 1 0
#> GSM153011 1 0 1 1 0
#> GSM153012 1 0 1 1 0
#> GSM153013 1 0 1 1 0
#> GSM153014 1 0 1 1 0
#> GSM153015 1 0 1 1 0
#> GSM153016 1 0 1 1 0
#> GSM153017 1 0 1 1 0
#> GSM153018 1 0 1 1 0
#> GSM153019 1 0 1 1 0
#> GSM153020 1 0 1 1 0
#> GSM153021 1 0 1 1 0
#> GSM153022 1 0 1 1 0
#> GSM153023 1 0 1 1 0
#> GSM153024 1 0 1 1 0
#> GSM153025 1 0 1 1 0
#> GSM153026 1 0 1 1 0
#> GSM153027 1 0 1 1 0
#> GSM153028 1 0 1 1 0
#> GSM153029 1 0 1 1 0
#> GSM153030 1 0 1 1 0
#> GSM153031 1 0 1 1 0
#> GSM153032 1 0 1 1 0
#> GSM153033 1 0 1 1 0
#> GSM153034 1 0 1 1 0
#> GSM153035 1 0 1 1 0
#> GSM153036 1 0 1 1 0
#> GSM153037 1 0 1 1 0
#> GSM153038 1 0 1 1 0
#> GSM153039 1 0 1 1 0
#> GSM153040 1 0 1 1 0
#> GSM153041 1 0 1 1 0
#> GSM153042 1 0 1 1 0
#> GSM153043 1 0 1 1 0
#> GSM153044 1 0 1 1 0
#> GSM153045 1 0 1 1 0
#> GSM153046 1 0 1 1 0
#> GSM153047 1 0 1 1 0
#> GSM153048 1 0 1 1 0
#> GSM153049 1 0 1 1 0
#> GSM153050 1 0 1 1 0
#> GSM153051 1 0 1 1 0
#> GSM153052 1 0 1 1 0
#> GSM153053 1 0 1 1 0
#> GSM187528 2 0 1 0 1
#> GSM187529 2 0 1 0 1
#> GSM187530 2 0 1 0 1
#> GSM187531 2 0 1 0 1
#> GSM152881 2 0 1 0 1
#> GSM152882 2 0 1 0 1
#> GSM152883 2 0 1 0 1
#> GSM152884 2 0 1 0 1
#> GSM152885 2 0 1 0 1
#> GSM152886 2 0 1 0 1
#> GSM152887 2 0 1 0 1
#> GSM152888 2 0 1 0 1
#> GSM152889 2 0 1 0 1
#> GSM152890 2 0 1 0 1
#> GSM152891 2 0 1 0 1
#> GSM152892 2 0 1 0 1
#> GSM152893 2 0 1 0 1
#> GSM152894 2 0 1 0 1
#> GSM152895 2 0 1 0 1
#> GSM152896 2 0 1 0 1
#> GSM152897 2 0 1 0 1
#> GSM152898 2 0 1 0 1
#> GSM152899 2 0 1 0 1
#> GSM152900 2 0 1 0 1
#> GSM152901 2 0 1 0 1
#> GSM152902 2 0 1 0 1
#> GSM152903 2 0 1 0 1
#> GSM152904 2 0 1 0 1
#> GSM152905 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.0424 0.975 0.008 0.000 0.992
#> GSM152823 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152824 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152825 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM152826 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM152827 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152828 1 0.4702 0.707 0.788 0.000 0.212
#> GSM152829 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152830 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> GSM152831 3 0.0424 0.975 0.008 0.000 0.992
#> GSM152832 3 0.2261 0.902 0.068 0.000 0.932
#> GSM152833 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> GSM152834 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152835 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152836 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152837 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152838 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153178 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153179 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153180 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153181 1 0.6305 0.351 0.516 0.000 0.484
#> GSM153183 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153185 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153186 3 0.4750 0.651 0.216 0.000 0.784
#> GSM153187 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153188 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153190 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153191 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153192 1 0.5650 0.688 0.688 0.000 0.312
#> GSM153193 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153194 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153195 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153196 1 0.6168 0.528 0.588 0.000 0.412
#> GSM153197 1 0.5905 0.636 0.648 0.000 0.352
#> GSM153198 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153199 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153202 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153203 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> GSM153204 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153205 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153206 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153207 3 0.0747 0.966 0.016 0.000 0.984
#> GSM153208 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153209 1 0.6026 0.597 0.624 0.000 0.376
#> GSM153210 1 0.2711 0.873 0.912 0.000 0.088
#> GSM153211 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> GSM153212 1 0.5810 0.658 0.664 0.000 0.336
#> GSM153213 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153214 1 0.5988 0.611 0.632 0.000 0.368
#> GSM153215 1 0.4235 0.821 0.824 0.000 0.176
#> GSM153216 1 0.5988 0.611 0.632 0.000 0.368
#> GSM153217 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153218 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153219 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153220 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153221 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153222 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153223 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153224 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153225 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153226 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153227 1 0.4931 0.774 0.768 0.000 0.232
#> GSM153228 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153229 1 0.5926 0.630 0.644 0.000 0.356
#> GSM153230 1 0.6280 0.417 0.540 0.000 0.460
#> GSM153231 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153232 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153233 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153234 1 0.6291 0.396 0.532 0.000 0.468
#> GSM153235 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153236 1 0.5529 0.706 0.704 0.000 0.296
#> GSM153237 1 0.5926 0.630 0.644 0.000 0.356
#> GSM152992 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM152993 1 0.6286 0.407 0.536 0.000 0.464
#> GSM152994 1 0.5988 0.611 0.632 0.000 0.368
#> GSM152995 1 0.3192 0.854 0.888 0.000 0.112
#> GSM152996 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM152997 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM152998 1 0.2878 0.869 0.904 0.000 0.096
#> GSM152999 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153000 1 0.2959 0.862 0.900 0.000 0.100
#> GSM153001 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153002 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153004 3 0.6282 0.488 0.012 0.324 0.664
#> GSM153005 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153006 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153007 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153008 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153009 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153010 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153011 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153012 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153013 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153014 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153015 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153016 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153018 3 0.5254 0.576 0.264 0.000 0.736
#> GSM153019 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153020 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153026 3 0.0237 0.978 0.004 0.000 0.996
#> GSM153027 1 0.2711 0.870 0.912 0.000 0.088
#> GSM153028 1 0.6095 0.568 0.608 0.000 0.392
#> GSM153029 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153030 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153031 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153032 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 3 0.3412 0.817 0.124 0.000 0.876
#> GSM153037 1 0.6305 0.351 0.516 0.000 0.484
#> GSM153038 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153039 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153040 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153041 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153043 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153044 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153045 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153046 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153047 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153048 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153050 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153051 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM153053 1 0.2066 0.886 0.940 0.000 0.060
#> GSM187528 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM187529 2 0.0424 0.970 0.008 0.992 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.6804 0.143 0.012 0.528 0.460
#> GSM152881 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152882 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152883 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152884 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152885 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152886 2 0.0424 0.970 0.008 0.992 0.000
#> GSM152887 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152888 2 0.0424 0.970 0.008 0.992 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0424 0.970 0.008 0.992 0.000
#> GSM152891 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152896 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152897 2 0.1643 0.962 0.044 0.956 0.000
#> GSM152898 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152899 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152900 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152901 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152902 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152903 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152904 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
#> GSM152905 2 0.0747 0.970 0.016 0.984 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM152823 4 0.4454 0.86365 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM152824 4 0.4431 0.86229 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM152825 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM152826 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM152827 4 0.4431 0.86229 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM152828 4 0.4010 0.47846 0.028 0.000 0.156 0.816
#> GSM152829 4 0.3266 0.77086 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM152830 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM152831 1 0.4804 0.43295 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM152832 1 0.4776 0.44490 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM152833 1 0.4925 0.37562 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM152834 4 0.4898 0.86453 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM152835 4 0.4431 0.86229 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM152836 4 0.4431 0.86229 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM152837 4 0.4961 0.85281 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM152838 1 0.3219 0.15796 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM153178 3 0.3649 0.62447 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM153179 4 0.4981 0.83803 0.464 0.000 0.000 0.536
#> GSM153180 1 0.3610 0.04514 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM153181 1 0.1792 0.56156 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM153183 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153184 4 0.3486 0.77838 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM153185 4 0.4907 0.86345 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM153186 1 0.3801 0.57760 0.780 0.000 0.220 0.000
#> GSM153187 3 0.3400 0.68498 0.180 0.000 0.820 0.000
#> GSM153188 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153189 4 0.4585 0.86958 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM153190 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153191 4 0.3486 0.77838 0.188 0.000 0.000 0.812
#> GSM153192 1 0.1209 0.52421 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM153193 4 0.4679 0.87151 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM153194 4 0.4955 0.85375 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM153195 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153196 1 0.1389 0.54422 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM153197 1 0.1209 0.52421 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM153198 1 0.4967 0.33647 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM153199 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153200 3 0.0592 0.86937 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM153201 3 0.4086 0.60563 0.216 0.000 0.776 0.008
#> GSM153202 4 0.4679 0.87130 0.352 0.000 0.000 0.648
#> GSM153203 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153204 3 0.4679 0.25453 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM153205 4 0.4624 0.87039 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM153206 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153207 1 0.4605 0.48314 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM153208 4 0.4454 0.86365 0.308 0.000 0.000 0.692
#> GSM153209 1 0.1302 0.54048 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM153210 1 0.4175 0.09429 0.784 0.000 0.016 0.200
#> GSM153211 1 0.4933 0.36986 0.568 0.000 0.432 0.000
#> GSM153212 1 0.1398 0.53482 0.956 0.000 0.040 0.004
#> GSM153213 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.1302 0.54048 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM153215 1 0.1297 0.49370 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM153216 1 0.1302 0.54048 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM153217 4 0.4955 0.85478 0.444 0.000 0.000 0.556
#> GSM153218 3 0.3681 0.67930 0.176 0.000 0.816 0.008
#> GSM153219 4 0.4431 0.85881 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM153220 4 0.3266 0.77086 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM153221 4 0.4713 0.87085 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM153222 4 0.4431 0.86229 0.304 0.000 0.000 0.696
#> GSM153223 4 0.4898 0.86417 0.416 0.000 0.000 0.584
#> GSM153224 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153225 1 0.3074 0.20781 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM153226 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153227 1 0.4199 0.21957 0.804 0.000 0.032 0.164
#> GSM153228 4 0.4961 0.85281 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM153229 1 0.1209 0.52421 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM153230 1 0.1940 0.56768 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM153231 4 0.4500 0.86608 0.316 0.000 0.000 0.684
#> GSM153232 4 0.4972 0.84686 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM153233 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153234 1 0.1940 0.56768 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM153235 3 0.2921 0.73053 0.140 0.000 0.860 0.000
#> GSM153236 1 0.4867 -0.09188 0.736 0.000 0.032 0.232
#> GSM153237 1 0.1209 0.52421 0.964 0.000 0.032 0.004
#> GSM152992 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.1940 0.56768 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM152994 1 0.1302 0.54048 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM152995 4 0.5582 0.55652 0.108 0.000 0.168 0.724
#> GSM152996 4 0.3311 0.76899 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM152997 3 0.3172 0.73800 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM152998 1 0.5244 -0.15640 0.600 0.000 0.012 0.388
#> GSM152999 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153000 4 0.3856 0.72432 0.136 0.000 0.032 0.832
#> GSM153001 4 0.4866 0.86677 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM153002 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153003 3 0.0469 0.87132 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153004 3 0.3380 0.73547 0.004 0.136 0.852 0.008
#> GSM153005 1 0.4193 -0.23574 0.732 0.000 0.000 0.268
#> GSM153006 3 0.3219 0.73360 0.000 0.000 0.836 0.164
#> GSM153007 4 0.4977 0.84277 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM153008 1 0.4941 0.36360 0.564 0.000 0.436 0.000
#> GSM153009 1 0.4996 0.27690 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM153010 3 0.0469 0.87132 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153011 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153012 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153013 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153014 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153015 3 0.4972 -0.12397 0.456 0.000 0.544 0.000
#> GSM153016 3 0.4916 -0.00256 0.424 0.000 0.576 0.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153018 3 0.5848 0.45265 0.048 0.000 0.616 0.336
#> GSM153019 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153020 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153022 3 0.1004 0.86192 0.004 0.000 0.972 0.024
#> GSM153023 3 0.0817 0.86443 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153024 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.4998 -0.77376 0.512 0.000 0.000 0.488
#> GSM153026 1 0.4817 0.42832 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM153027 4 0.4163 0.76450 0.188 0.000 0.020 0.792
#> GSM153028 1 0.1389 0.54422 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM153029 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.4998 0.26858 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM153031 4 0.4977 0.84277 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM153032 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.4697 0.45738 0.644 0.000 0.356 0.000
#> GSM153037 1 0.2216 0.57547 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM153038 3 0.2149 0.79874 0.088 0.000 0.912 0.000
#> GSM153039 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153040 3 0.2345 0.79932 0.000 0.000 0.900 0.100
#> GSM153041 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153042 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153043 3 0.2704 0.75630 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM153044 3 0.0592 0.86959 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM153045 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153046 3 0.0188 0.87562 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153047 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153048 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.87729 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153050 3 0.4907 0.02065 0.420 0.000 0.580 0.000
#> GSM153051 3 0.0188 0.87524 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153052 4 0.4967 0.85054 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM153053 4 0.4585 0.86969 0.332 0.000 0.000 0.668
#> GSM187528 2 0.2334 0.94129 0.004 0.908 0.000 0.088
#> GSM187529 2 0.0804 0.96102 0.008 0.980 0.000 0.012
#> GSM187530 2 0.0524 0.96209 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM187531 3 0.4392 0.63315 0.004 0.216 0.768 0.012
#> GSM152881 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152882 2 0.1305 0.96107 0.004 0.960 0.000 0.036
#> GSM152883 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152884 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152885 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152886 2 0.0524 0.96167 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM152887 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152888 2 0.0657 0.96113 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM152889 2 0.0000 0.96245 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0524 0.96167 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM152891 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152892 2 0.0000 0.96245 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.96245 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.96245 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152896 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152897 2 0.3427 0.92535 0.028 0.860 0.000 0.112
#> GSM152898 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152899 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152900 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152901 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152902 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152903 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152904 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
#> GSM152905 2 0.1209 0.96090 0.004 0.964 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM152823 4 0.3282 0.5216 0.008 0.000 0.000 0.804 0.188
#> GSM152824 4 0.3487 0.4896 0.008 0.000 0.000 0.780 0.212
#> GSM152825 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM152827 4 0.3551 0.4775 0.008 0.000 0.000 0.772 0.220
#> GSM152828 5 0.5405 0.6620 0.016 0.000 0.076 0.236 0.672
#> GSM152829 4 0.4585 0.0910 0.020 0.000 0.000 0.628 0.352
#> GSM152830 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM152831 1 0.3003 0.7746 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.3550 0.7761 0.796 0.000 0.184 0.020 0.000
#> GSM152833 1 0.3210 0.7671 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> GSM152834 4 0.1965 0.6884 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> GSM152835 4 0.3551 0.4775 0.008 0.000 0.000 0.772 0.220
#> GSM152836 4 0.3551 0.4775 0.008 0.000 0.000 0.772 0.220
#> GSM152837 4 0.1732 0.6862 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM152838 4 0.4227 0.2156 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM153178 3 0.3636 0.5530 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> GSM153179 4 0.1851 0.6805 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM153180 4 0.4291 0.0499 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> GSM153181 1 0.3639 0.7390 0.792 0.000 0.024 0.184 0.000
#> GSM153183 3 0.0510 0.8711 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.4900 -0.3938 0.020 0.000 0.004 0.564 0.412
#> GSM153185 4 0.1893 0.6904 0.048 0.000 0.000 0.928 0.024
#> GSM153186 1 0.3471 0.7701 0.836 0.000 0.092 0.072 0.000
#> GSM153187 3 0.3461 0.6572 0.224 0.000 0.772 0.000 0.004
#> GSM153188 3 0.0290 0.8713 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.1792 0.6332 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM153190 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM153191 4 0.4892 -0.3978 0.020 0.000 0.004 0.568 0.408
#> GSM153192 1 0.3835 0.6930 0.744 0.000 0.012 0.244 0.000
#> GSM153193 4 0.1410 0.6550 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> GSM153194 4 0.3644 0.6043 0.080 0.000 0.000 0.824 0.096
#> GSM153195 4 0.1732 0.6862 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM153196 1 0.3513 0.7396 0.800 0.000 0.020 0.180 0.000
#> GSM153197 1 0.3849 0.7089 0.752 0.000 0.016 0.232 0.000
#> GSM153198 1 0.3274 0.7634 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> GSM153199 3 0.0290 0.8713 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.2068 0.8234 0.004 0.000 0.904 0.000 0.092
#> GSM153201 3 0.5760 0.2072 0.368 0.000 0.536 0.000 0.096
#> GSM153202 4 0.1478 0.6523 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> GSM153203 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.3932 0.6277 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM153205 4 0.1792 0.6356 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM153206 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM153207 1 0.3365 0.7753 0.836 0.000 0.120 0.044 0.000
#> GSM153208 4 0.3093 0.5474 0.008 0.000 0.000 0.824 0.168
#> GSM153209 1 0.3621 0.7351 0.788 0.000 0.020 0.192 0.000
#> GSM153210 1 0.5643 0.1366 0.492 0.000 0.004 0.440 0.064
#> GSM153211 1 0.3242 0.7655 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.3759 0.7178 0.764 0.000 0.016 0.220 0.000
#> GSM153213 3 0.0609 0.8704 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM153214 1 0.3759 0.7178 0.764 0.000 0.016 0.220 0.000
#> GSM153215 1 0.3700 0.6914 0.752 0.000 0.008 0.240 0.000
#> GSM153216 1 0.3696 0.7237 0.772 0.000 0.016 0.212 0.000
#> GSM153217 4 0.1732 0.6862 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM153218 3 0.5799 0.3196 0.324 0.000 0.564 0.000 0.112
#> GSM153219 4 0.3343 0.5087 0.016 0.000 0.000 0.812 0.172
#> GSM153220 4 0.4341 0.0884 0.008 0.000 0.000 0.628 0.364
#> GSM153221 4 0.1444 0.6691 0.012 0.000 0.000 0.948 0.040
#> GSM153222 4 0.2358 0.6041 0.008 0.000 0.000 0.888 0.104
#> GSM153223 4 0.1830 0.6813 0.028 0.000 0.000 0.932 0.040
#> GSM153224 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM153225 1 0.4201 0.3653 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> GSM153226 4 0.2291 0.6903 0.056 0.000 0.000 0.908 0.036
#> GSM153227 1 0.4895 0.5061 0.632 0.000 0.012 0.336 0.020
#> GSM153228 4 0.2124 0.6912 0.056 0.000 0.000 0.916 0.028
#> GSM153229 1 0.3759 0.7204 0.764 0.000 0.016 0.220 0.000
#> GSM153230 1 0.3690 0.7333 0.780 0.000 0.020 0.200 0.000
#> GSM153231 4 0.1792 0.6332 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> GSM153232 4 0.1732 0.6852 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM153233 4 0.1809 0.6913 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> GSM153234 1 0.3586 0.7380 0.792 0.000 0.020 0.188 0.000
#> GSM153235 3 0.2286 0.8055 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004
#> GSM153236 4 0.4321 0.4500 0.252 0.000 0.004 0.720 0.024
#> GSM153237 1 0.3819 0.7130 0.756 0.000 0.016 0.228 0.000
#> GSM152992 3 0.0609 0.8704 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM152993 1 0.3724 0.7297 0.776 0.000 0.020 0.204 0.000
#> GSM152994 1 0.3456 0.7374 0.800 0.000 0.016 0.184 0.000
#> GSM152995 5 0.6621 0.6756 0.012 0.000 0.168 0.324 0.496
#> GSM152996 5 0.5185 0.5718 0.016 0.000 0.016 0.472 0.496
#> GSM152997 3 0.4341 0.3866 0.004 0.000 0.592 0.000 0.404
#> GSM152998 4 0.7345 -0.2219 0.340 0.000 0.024 0.348 0.288
#> GSM152999 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153000 5 0.4965 0.7072 0.004 0.000 0.024 0.404 0.568
#> GSM153001 4 0.3043 0.6464 0.056 0.000 0.000 0.864 0.080
#> GSM153002 3 0.0609 0.8704 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM153003 3 0.0609 0.8625 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM153004 3 0.2772 0.8075 0.032 0.044 0.896 0.000 0.028
#> GSM153005 4 0.3579 0.4856 0.240 0.000 0.000 0.756 0.004
#> GSM153006 3 0.4341 0.3855 0.004 0.000 0.592 0.000 0.404
#> GSM153007 4 0.2130 0.6889 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012
#> GSM153008 1 0.3242 0.7655 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.3550 0.7532 0.760 0.000 0.236 0.000 0.004
#> GSM153010 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153011 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM153012 4 0.1892 0.6847 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> GSM153013 4 0.3375 0.6277 0.104 0.000 0.000 0.840 0.056
#> GSM153014 1 0.3366 0.7568 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.3636 0.7134 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.3774 0.6862 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM153017 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153018 3 0.6561 0.0368 0.032 0.000 0.472 0.096 0.400
#> GSM153019 1 0.3424 0.7512 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.0898 0.8686 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> GSM153021 3 0.0510 0.8711 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.1872 0.8364 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> GSM153023 3 0.1965 0.8214 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM153024 3 0.0510 0.8711 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM153025 4 0.5365 0.3268 0.228 0.000 0.000 0.656 0.116
#> GSM153026 1 0.3003 0.7746 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM153027 4 0.5399 -0.5598 0.028 0.000 0.016 0.516 0.440
#> GSM153028 1 0.3724 0.7294 0.776 0.000 0.020 0.204 0.000
#> GSM153029 3 0.0609 0.8704 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM153030 1 0.3366 0.7568 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> GSM153031 4 0.1851 0.6805 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM153032 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153033 3 0.0671 0.8695 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM153034 3 0.0510 0.8711 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0404 0.8714 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153036 1 0.6704 0.3549 0.448 0.000 0.332 0.216 0.004
#> GSM153037 1 0.3639 0.7386 0.792 0.000 0.024 0.184 0.000
#> GSM153038 3 0.3194 0.7484 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020
#> GSM153039 3 0.0671 0.8695 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM153040 3 0.1965 0.8194 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM153041 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153042 4 0.1671 0.6866 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> GSM153043 3 0.4901 0.6135 0.216 0.000 0.700 0.000 0.084
#> GSM153044 3 0.1544 0.8396 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM153045 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153046 3 0.1830 0.8437 0.008 0.000 0.924 0.000 0.068
#> GSM153047 3 0.0324 0.8708 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> GSM153048 3 0.0609 0.8704 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.0609 0.8704 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.4390 0.0839 0.428 0.000 0.568 0.000 0.004
#> GSM153051 3 0.1399 0.8559 0.028 0.000 0.952 0.000 0.020
#> GSM153052 4 0.1831 0.6857 0.076 0.000 0.000 0.920 0.004
#> GSM153053 4 0.1670 0.6516 0.012 0.000 0.000 0.936 0.052
#> GSM187528 2 0.2905 0.8680 0.036 0.868 0.000 0.000 0.096
#> GSM187529 2 0.2450 0.8761 0.048 0.900 0.000 0.000 0.052
#> GSM187530 2 0.2228 0.8795 0.040 0.912 0.000 0.000 0.048
#> GSM187531 3 0.3542 0.7359 0.020 0.112 0.840 0.000 0.028
#> GSM152881 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152882 2 0.2511 0.8828 0.028 0.892 0.000 0.000 0.080
#> GSM152883 2 0.4587 0.7928 0.068 0.728 0.000 0.000 0.204
#> GSM152884 2 0.4665 0.7732 0.048 0.692 0.000 0.000 0.260
#> GSM152885 2 0.4587 0.7928 0.068 0.728 0.000 0.000 0.204
#> GSM152886 2 0.1310 0.8866 0.024 0.956 0.000 0.000 0.020
#> GSM152887 2 0.4587 0.7928 0.068 0.728 0.000 0.000 0.204
#> GSM152888 2 0.1661 0.8845 0.024 0.940 0.000 0.000 0.036
#> GSM152889 2 0.0771 0.8883 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM152890 2 0.1310 0.8866 0.024 0.956 0.000 0.000 0.020
#> GSM152891 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152892 2 0.0771 0.8883 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM152893 2 0.0771 0.8883 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM152894 2 0.0771 0.8883 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> GSM152895 2 0.4587 0.7928 0.068 0.728 0.000 0.000 0.204
#> GSM152896 2 0.4587 0.7928 0.068 0.728 0.000 0.000 0.204
#> GSM152897 2 0.4587 0.7928 0.068 0.728 0.000 0.000 0.204
#> GSM152898 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152899 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152900 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152901 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152902 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152903 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152904 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
#> GSM152905 2 0.2388 0.8809 0.028 0.900 0.000 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.1700 0.8226 0.916 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004
#> GSM152823 4 0.4827 -0.2635 0.000 0.000 0.000 0.620 0.084 0.296
#> GSM152824 4 0.4887 -0.2913 0.000 0.000 0.000 0.612 0.088 0.300
#> GSM152825 1 0.1753 0.8207 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM152826 1 0.1753 0.8207 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM152827 4 0.5104 -0.3735 0.000 0.000 0.000 0.588 0.108 0.304
#> GSM152828 5 0.4567 0.3904 0.000 0.000 0.032 0.044 0.712 0.212
#> GSM152829 6 0.5981 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.228 0.396
#> GSM152830 1 0.1753 0.8207 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM152831 1 0.1364 0.8297 0.944 0.000 0.048 0.004 0.000 0.004
#> GSM152832 1 0.1349 0.8294 0.940 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004
#> GSM152833 1 0.1349 0.8294 0.940 0.000 0.056 0.000 0.000 0.004
#> GSM152834 4 0.1802 0.5729 0.024 0.000 0.000 0.932 0.020 0.024
#> GSM152835 4 0.5104 -0.3735 0.000 0.000 0.000 0.588 0.108 0.304
#> GSM152836 4 0.5089 -0.3622 0.000 0.000 0.000 0.592 0.108 0.300
#> GSM152837 4 0.1196 0.5863 0.040 0.000 0.000 0.952 0.008 0.000
#> GSM152838 4 0.3861 0.2608 0.352 0.000 0.000 0.640 0.000 0.008
#> GSM153178 3 0.3852 0.4915 0.324 0.000 0.664 0.000 0.000 0.012
#> GSM153179 4 0.1265 0.5830 0.044 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008
#> GSM153180 4 0.3976 0.1905 0.380 0.000 0.000 0.612 0.004 0.004
#> GSM153181 1 0.2871 0.7917 0.804 0.000 0.000 0.192 0.000 0.004
#> GSM153183 3 0.1350 0.8317 0.020 0.000 0.952 0.000 0.008 0.020
#> GSM153184 5 0.4015 0.3970 0.008 0.000 0.000 0.328 0.656 0.008
#> GSM153185 4 0.2418 0.5273 0.016 0.000 0.000 0.884 0.008 0.092
#> GSM153186 1 0.1442 0.8230 0.944 0.000 0.012 0.040 0.000 0.004
#> GSM153187 3 0.3748 0.6267 0.224 0.000 0.748 0.000 0.016 0.012
#> GSM153188 3 0.1269 0.8308 0.012 0.000 0.956 0.000 0.012 0.020
#> GSM153189 4 0.3381 0.3454 0.000 0.000 0.000 0.800 0.044 0.156
#> GSM153190 1 0.1753 0.8193 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM153191 5 0.4004 0.3998 0.004 0.000 0.000 0.328 0.656 0.012
#> GSM153192 1 0.3707 0.6725 0.680 0.000 0.000 0.312 0.000 0.008
#> GSM153193 4 0.3175 0.3765 0.000 0.000 0.000 0.808 0.028 0.164
#> GSM153194 4 0.3969 0.3939 0.044 0.000 0.000 0.740 0.212 0.004
#> GSM153195 4 0.1340 0.5844 0.040 0.000 0.000 0.948 0.008 0.004
#> GSM153196 1 0.2743 0.8016 0.828 0.000 0.000 0.164 0.000 0.008
#> GSM153197 1 0.3490 0.7325 0.724 0.000 0.000 0.268 0.000 0.008
#> GSM153198 1 0.1327 0.8279 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM153199 3 0.1767 0.8257 0.012 0.000 0.932 0.000 0.020 0.036
#> GSM153200 3 0.4253 0.6002 0.000 0.000 0.704 0.000 0.232 0.064
#> GSM153201 3 0.6866 0.0629 0.312 0.000 0.388 0.000 0.248 0.052
#> GSM153202 4 0.3102 0.3892 0.000 0.000 0.000 0.816 0.028 0.156
#> GSM153203 1 0.1753 0.8207 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM153204 1 0.3196 0.7371 0.824 0.000 0.136 0.000 0.004 0.036
#> GSM153205 4 0.3487 0.3275 0.000 0.000 0.000 0.788 0.044 0.168
#> GSM153206 1 0.1753 0.8193 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM153207 1 0.2203 0.8195 0.896 0.000 0.016 0.084 0.000 0.004
#> GSM153208 4 0.4682 -0.1906 0.000 0.000 0.000 0.640 0.076 0.284
#> GSM153209 1 0.3103 0.7833 0.784 0.000 0.000 0.208 0.000 0.008
#> GSM153210 4 0.6203 -0.0597 0.368 0.000 0.000 0.428 0.188 0.016
#> GSM153211 1 0.1204 0.8296 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.3488 0.7550 0.744 0.000 0.000 0.244 0.004 0.008
#> GSM153213 3 0.0713 0.8296 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM153214 1 0.3583 0.7379 0.728 0.000 0.000 0.260 0.004 0.008
#> GSM153215 1 0.3693 0.7124 0.708 0.000 0.000 0.280 0.004 0.008
#> GSM153216 1 0.3109 0.7757 0.772 0.000 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM153217 4 0.1624 0.5804 0.040 0.000 0.000 0.936 0.020 0.004
#> GSM153218 3 0.6859 0.0697 0.288 0.000 0.400 0.000 0.260 0.052
#> GSM153219 4 0.4090 0.1796 0.004 0.000 0.000 0.652 0.328 0.016
#> GSM153220 4 0.5953 -0.8371 0.000 0.000 0.000 0.448 0.244 0.308
#> GSM153221 4 0.2680 0.4639 0.000 0.000 0.000 0.860 0.032 0.108
#> GSM153222 4 0.3715 0.2556 0.000 0.000 0.000 0.764 0.048 0.188
#> GSM153223 4 0.2921 0.4381 0.008 0.000 0.000 0.828 0.008 0.156
#> GSM153224 1 0.1753 0.8193 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM153225 1 0.4172 0.4289 0.564 0.000 0.000 0.424 0.004 0.008
#> GSM153226 4 0.2715 0.5196 0.024 0.000 0.000 0.860 0.004 0.112
#> GSM153227 1 0.4483 0.6680 0.668 0.000 0.000 0.284 0.032 0.016
#> GSM153228 4 0.2555 0.5276 0.020 0.000 0.000 0.876 0.008 0.096
#> GSM153229 1 0.3373 0.7551 0.744 0.000 0.000 0.248 0.000 0.008
#> GSM153230 1 0.3190 0.7785 0.772 0.000 0.000 0.220 0.000 0.008
#> GSM153231 4 0.3445 0.3459 0.000 0.000 0.000 0.796 0.048 0.156
#> GSM153232 4 0.1226 0.5854 0.040 0.000 0.000 0.952 0.004 0.004
#> GSM153233 4 0.1313 0.5811 0.028 0.000 0.000 0.952 0.004 0.016
#> GSM153234 1 0.2669 0.8040 0.836 0.000 0.000 0.156 0.000 0.008
#> GSM153235 3 0.2133 0.8041 0.052 0.000 0.912 0.000 0.016 0.020
#> GSM153236 4 0.4889 0.3957 0.152 0.000 0.048 0.736 0.040 0.024
#> GSM153237 1 0.3398 0.7510 0.740 0.000 0.000 0.252 0.000 0.008
#> GSM152992 3 0.0790 0.8289 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> GSM152993 1 0.3217 0.7756 0.768 0.000 0.000 0.224 0.000 0.008
#> GSM152994 1 0.2772 0.7964 0.816 0.000 0.000 0.180 0.000 0.004
#> GSM152995 5 0.3998 0.6136 0.004 0.000 0.084 0.104 0.792 0.016
#> GSM152996 5 0.3712 0.5863 0.004 0.000 0.024 0.168 0.788 0.016
#> GSM152997 5 0.3665 0.5181 0.000 0.000 0.296 0.004 0.696 0.004
#> GSM152998 5 0.6350 0.3808 0.204 0.000 0.016 0.240 0.524 0.016
#> GSM152999 3 0.1864 0.8172 0.004 0.000 0.924 0.000 0.032 0.040
#> GSM153000 5 0.3124 0.5816 0.000 0.000 0.024 0.100 0.848 0.028
#> GSM153001 4 0.2911 0.5011 0.024 0.000 0.000 0.832 0.144 0.000
#> GSM153002 3 0.1261 0.8313 0.024 0.000 0.952 0.000 0.000 0.024
#> GSM153003 3 0.1780 0.8149 0.000 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028
#> GSM153004 3 0.2077 0.8145 0.008 0.008 0.920 0.000 0.024 0.040
#> GSM153005 4 0.2810 0.4765 0.156 0.000 0.000 0.832 0.004 0.008
#> GSM153006 5 0.4065 0.4863 0.000 0.000 0.300 0.000 0.672 0.028
#> GSM153007 4 0.1713 0.5805 0.044 0.000 0.000 0.928 0.000 0.028
#> GSM153008 1 0.1204 0.8296 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.2149 0.8167 0.900 0.000 0.080 0.000 0.016 0.004
#> GSM153010 3 0.1092 0.8276 0.000 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> GSM153011 1 0.1753 0.8207 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> GSM153012 4 0.1708 0.5786 0.040 0.000 0.000 0.932 0.024 0.004
#> GSM153013 4 0.3493 0.4889 0.072 0.000 0.000 0.812 0.112 0.004
#> GSM153014 1 0.1610 0.8207 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.2110 0.8116 0.900 0.000 0.084 0.000 0.004 0.012
#> GSM153016 1 0.2994 0.7781 0.856 0.000 0.096 0.000 0.020 0.028
#> GSM153017 3 0.1857 0.8175 0.004 0.000 0.924 0.000 0.028 0.044
#> GSM153018 5 0.5917 0.5326 0.044 0.000 0.256 0.036 0.612 0.052
#> GSM153019 1 0.1610 0.8207 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.1458 0.8250 0.016 0.000 0.948 0.000 0.016 0.020
#> GSM153021 3 0.1088 0.8303 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016
#> GSM153022 3 0.3268 0.7335 0.000 0.000 0.812 0.000 0.144 0.044
#> GSM153023 3 0.4014 0.6020 0.000 0.000 0.716 0.000 0.240 0.044
#> GSM153024 3 0.0993 0.8301 0.024 0.000 0.964 0.000 0.000 0.012
#> GSM153025 4 0.5886 0.1726 0.172 0.000 0.000 0.556 0.252 0.020
#> GSM153026 1 0.1364 0.8297 0.944 0.000 0.048 0.004 0.000 0.004
#> GSM153027 5 0.3812 0.5224 0.000 0.000 0.012 0.248 0.728 0.012
#> GSM153028 1 0.3052 0.7803 0.780 0.000 0.000 0.216 0.000 0.004
#> GSM153029 3 0.1074 0.8294 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM153030 1 0.1956 0.8244 0.908 0.000 0.080 0.004 0.000 0.008
#> GSM153031 4 0.1364 0.5819 0.048 0.000 0.000 0.944 0.004 0.004
#> GSM153032 3 0.1313 0.8282 0.004 0.000 0.952 0.000 0.016 0.028
#> GSM153033 3 0.1851 0.8288 0.012 0.000 0.928 0.000 0.024 0.036
#> GSM153034 3 0.0632 0.8302 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0820 0.8308 0.016 0.000 0.972 0.000 0.000 0.012
#> GSM153036 3 0.7034 -0.0989 0.332 0.000 0.360 0.260 0.016 0.032
#> GSM153037 1 0.3152 0.7876 0.792 0.000 0.000 0.196 0.004 0.008
#> GSM153038 3 0.4093 0.6874 0.144 0.000 0.776 0.000 0.040 0.040
#> GSM153039 3 0.1434 0.8268 0.008 0.000 0.948 0.000 0.020 0.024
#> GSM153040 3 0.3276 0.7355 0.000 0.000 0.816 0.000 0.132 0.052
#> GSM153041 3 0.1777 0.8231 0.004 0.000 0.928 0.000 0.024 0.044
#> GSM153042 4 0.1082 0.5860 0.040 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000
#> GSM153043 3 0.6581 0.2826 0.232 0.000 0.496 0.000 0.216 0.056
#> GSM153044 3 0.3088 0.7507 0.000 0.000 0.832 0.000 0.120 0.048
#> GSM153045 3 0.1536 0.8244 0.004 0.000 0.940 0.000 0.016 0.040
#> GSM153046 3 0.3694 0.7430 0.020 0.000 0.808 0.000 0.116 0.056
#> GSM153047 3 0.0951 0.8297 0.004 0.000 0.968 0.000 0.008 0.020
#> GSM153048 3 0.0713 0.8296 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.1074 0.8294 0.028 0.000 0.960 0.000 0.000 0.012
#> GSM153050 3 0.4577 0.2732 0.400 0.000 0.568 0.016 0.000 0.016
#> GSM153051 3 0.1944 0.8191 0.016 0.000 0.924 0.000 0.024 0.036
#> GSM153052 4 0.1082 0.5860 0.040 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000
#> GSM153053 4 0.2527 0.4918 0.004 0.000 0.000 0.884 0.048 0.064
#> GSM187528 2 0.3434 0.8066 0.008 0.820 0.000 0.000 0.060 0.112
#> GSM187529 2 0.2687 0.8228 0.012 0.872 0.000 0.000 0.024 0.092
#> GSM187530 2 0.2811 0.8213 0.012 0.868 0.000 0.000 0.036 0.084
#> GSM187531 3 0.2259 0.8012 0.004 0.024 0.912 0.000 0.024 0.036
#> GSM152881 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152882 2 0.3518 0.8260 0.012 0.808 0.004 0.000 0.028 0.148
#> GSM152883 2 0.4029 0.7447 0.012 0.688 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM152884 2 0.5261 0.6893 0.020 0.600 0.000 0.000 0.076 0.304
#> GSM152885 2 0.4029 0.7447 0.012 0.688 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM152886 2 0.1471 0.8307 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM152887 2 0.4029 0.7447 0.012 0.688 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM152888 2 0.1644 0.8285 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> GSM152889 2 0.0260 0.8367 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152890 2 0.1471 0.8307 0.000 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM152891 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152892 2 0.0146 0.8369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152893 2 0.0146 0.8369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152894 2 0.0146 0.8369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152895 2 0.4029 0.7447 0.012 0.688 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM152896 2 0.4029 0.7447 0.012 0.688 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM152897 2 0.4029 0.7447 0.012 0.688 0.000 0.000 0.012 0.288
#> GSM152898 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152899 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152900 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152901 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152902 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152903 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152904 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
#> GSM152905 2 0.3682 0.8171 0.016 0.800 0.004 0.000 0.032 0.148
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:kmeans 167 3.29e-29 2
#> ATC:kmeans 160 5.76e-32 3
#> ATC:kmeans 129 2.50e-28 4
#> ATC:kmeans 143 1.92e-28 5
#> ATC:kmeans 129 2.07e-25 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.4803 0.519 0.519
#> 3 3 0.974 0.953 0.980 0.3657 0.697 0.480
#> 4 4 0.914 0.901 0.959 0.1390 0.807 0.512
#> 5 5 0.819 0.815 0.902 0.0514 0.917 0.701
#> 6 6 0.788 0.637 0.803 0.0390 0.940 0.744
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152829 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.224 0.961 0.964 0.036
#> GSM153179 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153188 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153199 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153200 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153201 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153213 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153214 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153235 2 0.625 0.813 0.156 0.844
#> GSM153236 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152992 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152993 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152995 2 0.988 0.232 0.436 0.564
#> GSM152996 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152997 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152998 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM152999 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153000 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153001 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.625 0.813 0.844 0.156
#> GSM153003 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153006 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153007 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153011 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153017 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153018 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153021 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153023 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153024 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153027 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153028 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153029 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153030 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153032 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153033 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153034 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153035 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153036 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153039 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153040 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153041 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153044 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153045 2 0.224 0.955 0.036 0.964
#> GSM153046 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153047 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153048 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153049 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153050 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.0592 0.959 0.012 0.000 0.988
#> GSM152823 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152825 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM152826 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152828 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152829 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152830 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM152831 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM152832 3 0.0424 0.963 0.008 0.000 0.992
#> GSM152833 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153183 3 0.1031 0.951 0.000 0.024 0.976
#> GSM153184 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153186 3 0.5327 0.637 0.272 0.000 0.728
#> GSM153187 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153188 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153190 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153197 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153198 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153199 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 3 0.4346 0.773 0.184 0.000 0.816
#> GSM153202 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153204 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153206 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153207 1 0.4178 0.787 0.828 0.000 0.172
#> GSM153208 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153210 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153211 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153213 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153217 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153218 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153230 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153231 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153235 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM152992 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM152993 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM152994 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM152995 1 0.5327 0.626 0.728 0.272 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152997 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM152999 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153000 2 0.0237 0.979 0.004 0.996 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153002 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.4750 0.732 0.000 0.216 0.784
#> GSM153004 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153006 2 0.6168 0.269 0.000 0.588 0.412
#> GSM153007 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153008 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153009 3 0.4504 0.758 0.196 0.000 0.804
#> GSM153010 3 0.5291 0.648 0.000 0.268 0.732
#> GSM153011 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153014 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153015 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153016 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153018 1 0.6225 0.206 0.568 0.000 0.432
#> GSM153019 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153020 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM153023 2 0.3116 0.868 0.000 0.892 0.108
#> GSM153024 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153026 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153027 2 0.2356 0.911 0.072 0.928 0.000
#> GSM153028 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153029 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153030 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153032 3 0.2356 0.907 0.000 0.072 0.928
#> GSM153033 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 1 0.3038 0.875 0.896 0.000 0.104
#> GSM153037 1 0.0237 0.981 0.996 0.000 0.004
#> GSM153038 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153039 3 0.1860 0.927 0.000 0.052 0.948
#> GSM153040 2 0.1411 0.949 0.000 0.964 0.036
#> GSM153041 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153043 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153044 3 0.0237 0.966 0.000 0.004 0.996
#> GSM153045 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153046 3 0.0237 0.966 0.004 0.000 0.996
#> GSM153047 3 0.5650 0.565 0.000 0.312 0.688
#> GSM153048 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153050 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000
#> GSM153051 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM152823 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152824 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152825 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM152826 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM152827 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152828 2 0.4741 0.503 0.000 0.668 0.004 0.328
#> GSM152829 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152830 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152834 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152835 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152836 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152837 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152838 4 0.4477 0.558 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM153178 1 0.4843 0.364 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM153179 4 0.0469 0.945 0.012 0.000 0.000 0.988
#> GSM153180 4 0.2081 0.884 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM153181 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153183 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153184 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153185 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153187 1 0.3486 0.756 0.812 0.000 0.188 0.000
#> GSM153188 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153189 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153190 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM153191 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153192 1 0.0921 0.924 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM153193 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153194 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153195 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153199 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153201 3 0.4877 0.353 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM153202 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153204 3 0.4955 0.252 0.444 0.000 0.556 0.000
#> GSM153205 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153206 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153208 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153210 4 0.0188 0.950 0.004 0.000 0.000 0.996
#> GSM153211 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153213 3 0.0188 0.937 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0188 0.946 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153216 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153217 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153218 3 0.4585 0.524 0.332 0.000 0.668 0.000
#> GSM153219 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153220 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153221 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153222 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153223 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153224 1 0.0469 0.942 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM153225 4 0.1557 0.911 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM153226 4 0.0336 0.948 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM153227 4 0.4933 0.247 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM153228 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153231 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153232 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153233 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153235 1 0.4843 0.359 0.604 0.000 0.396 0.000
#> GSM153236 4 0.4477 0.558 0.312 0.000 0.000 0.688
#> GSM153237 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152992 3 0.1022 0.916 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152995 4 0.2589 0.844 0.000 0.000 0.116 0.884
#> GSM152996 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152997 2 0.1474 0.928 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM152998 4 0.1022 0.929 0.032 0.000 0.000 0.968
#> GSM152999 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153000 4 0.2345 0.863 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM153001 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153002 3 0.0188 0.937 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153005 4 0.3907 0.698 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM153006 3 0.1302 0.904 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM153007 4 0.0336 0.948 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM153008 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM153010 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM153012 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153013 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153014 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM153015 1 0.2868 0.809 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM153016 1 0.4277 0.574 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153018 4 0.4661 0.458 0.000 0.000 0.348 0.652
#> GSM153019 1 0.0188 0.948 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM153020 2 0.3610 0.745 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153022 2 0.3311 0.783 0.000 0.828 0.172 0.000
#> GSM153023 3 0.1474 0.897 0.000 0.052 0.948 0.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153025 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153027 4 0.3649 0.729 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM153028 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153029 3 0.0188 0.937 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153030 1 0.0336 0.945 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM153031 4 0.0336 0.948 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM153032 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.5392 0.552 0.680 0.000 0.040 0.280
#> GSM153037 1 0.0000 0.949 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153038 3 0.3123 0.790 0.156 0.000 0.844 0.000
#> GSM153039 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153040 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153041 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153042 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153043 3 0.4643 0.500 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM153044 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153045 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153046 3 0.0336 0.933 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153047 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153048 3 0.0188 0.937 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.939 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.4072 0.653 0.748 0.000 0.252 0.000
#> GSM153051 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153052 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM153053 4 0.0000 0.952 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.0566 0.9042 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM152823 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM152824 4 0.0880 0.9098 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM152825 1 0.0566 0.9042 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM152826 1 0.0566 0.9042 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM152827 4 0.0880 0.9098 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM152828 5 0.3142 0.6707 0.000 0.068 0.008 0.056 0.868
#> GSM152829 4 0.2127 0.8600 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> GSM152830 1 0.0566 0.9042 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM152831 1 0.0162 0.9054 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152832 1 0.0566 0.9042 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM152833 1 0.0324 0.9052 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM152834 4 0.0162 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152835 4 0.0880 0.9098 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM152836 4 0.0794 0.9109 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM152837 4 0.0290 0.9149 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM152838 4 0.3631 0.7881 0.072 0.000 0.000 0.824 0.104
#> GSM153178 3 0.3720 0.5873 0.228 0.000 0.760 0.000 0.012
#> GSM153179 4 0.2179 0.8648 0.004 0.000 0.000 0.896 0.100
#> GSM153180 4 0.2482 0.8676 0.024 0.000 0.000 0.892 0.084
#> GSM153181 1 0.1831 0.8958 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> GSM153183 3 0.0955 0.8184 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> GSM153184 4 0.4235 0.2764 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> GSM153185 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0880 0.9039 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM153187 3 0.4708 0.2435 0.436 0.000 0.548 0.000 0.016
#> GSM153188 3 0.1478 0.8078 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM153189 4 0.0510 0.9135 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM153190 1 0.0451 0.9041 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153191 4 0.4268 0.2228 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> GSM153192 1 0.5177 0.6061 0.676 0.000 0.000 0.220 0.104
#> GSM153193 4 0.0162 0.9141 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153194 4 0.0963 0.9087 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM153195 4 0.1121 0.9111 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM153196 1 0.2074 0.8899 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM153197 1 0.3237 0.8587 0.848 0.000 0.000 0.048 0.104
#> GSM153198 1 0.0324 0.9049 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM153199 3 0.1341 0.8115 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM153200 5 0.4833 0.1651 0.024 0.000 0.412 0.000 0.564
#> GSM153201 5 0.5880 0.4858 0.304 0.000 0.128 0.000 0.568
#> GSM153202 4 0.0510 0.9134 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM153203 1 0.0451 0.9055 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153204 1 0.3339 0.7476 0.836 0.000 0.124 0.000 0.040
#> GSM153205 4 0.0609 0.9130 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153206 1 0.0579 0.9027 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> GSM153207 1 0.1851 0.8939 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM153208 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153209 1 0.2124 0.8902 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> GSM153210 4 0.3343 0.8187 0.016 0.000 0.000 0.812 0.172
#> GSM153211 1 0.0451 0.9041 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153212 1 0.2795 0.8758 0.872 0.000 0.000 0.028 0.100
#> GSM153213 3 0.0290 0.8174 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153214 1 0.3184 0.8592 0.852 0.000 0.000 0.048 0.100
#> GSM153215 1 0.4216 0.7708 0.780 0.000 0.000 0.120 0.100
#> GSM153216 1 0.2519 0.8829 0.884 0.000 0.000 0.016 0.100
#> GSM153217 4 0.0703 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153218 5 0.6102 0.4805 0.264 0.000 0.176 0.000 0.560
#> GSM153219 4 0.1908 0.8731 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> GSM153220 4 0.1851 0.8763 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> GSM153221 4 0.0609 0.9132 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153222 4 0.0880 0.9098 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM153223 4 0.0609 0.9116 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153224 1 0.0451 0.9041 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153225 4 0.3307 0.8276 0.052 0.000 0.000 0.844 0.104
#> GSM153226 4 0.1341 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> GSM153227 1 0.6710 -0.0120 0.424 0.000 0.000 0.272 0.304
#> GSM153228 4 0.0609 0.9116 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153229 1 0.2932 0.8727 0.864 0.000 0.000 0.032 0.104
#> GSM153230 1 0.2573 0.8834 0.880 0.000 0.000 0.016 0.104
#> GSM153231 4 0.0703 0.9118 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153232 4 0.1608 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM153233 4 0.0880 0.9080 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM153234 1 0.2074 0.8899 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> GSM153235 3 0.3795 0.6182 0.192 0.000 0.780 0.000 0.028
#> GSM153236 4 0.3305 0.8392 0.020 0.000 0.032 0.860 0.088
#> GSM153237 1 0.3164 0.8625 0.852 0.000 0.000 0.044 0.104
#> GSM152992 3 0.0771 0.8112 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> GSM152993 1 0.2573 0.8830 0.880 0.000 0.000 0.016 0.104
#> GSM152994 1 0.2011 0.8928 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> GSM152995 5 0.2727 0.6836 0.000 0.000 0.016 0.116 0.868
#> GSM152996 5 0.2929 0.6708 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> GSM152997 5 0.4348 0.4203 0.000 0.316 0.016 0.000 0.668
#> GSM152998 5 0.5018 0.5867 0.064 0.000 0.004 0.252 0.680
#> GSM152999 3 0.2852 0.7208 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM153000 5 0.2719 0.6831 0.000 0.004 0.000 0.144 0.852
#> GSM153001 4 0.0880 0.9104 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM153002 3 0.0404 0.8165 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153003 3 0.2230 0.7695 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM153004 2 0.2127 0.8644 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM153005 4 0.2519 0.8566 0.016 0.000 0.000 0.884 0.100
#> GSM153006 5 0.2961 0.6326 0.016 0.008 0.100 0.004 0.872
#> GSM153007 4 0.2124 0.8679 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> GSM153008 1 0.0451 0.9041 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153009 1 0.0510 0.9053 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM153010 3 0.1410 0.8066 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM153011 1 0.0566 0.9042 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM153012 4 0.0703 0.9151 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153013 4 0.0404 0.9135 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153014 1 0.0451 0.9043 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> GSM153015 1 0.0992 0.8932 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> GSM153016 1 0.3944 0.6450 0.768 0.000 0.032 0.000 0.200
#> GSM153017 3 0.2471 0.7598 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> GSM153018 5 0.3929 0.6587 0.000 0.000 0.028 0.208 0.764
#> GSM153019 1 0.0451 0.9041 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153020 3 0.4891 0.0112 0.004 0.480 0.500 0.000 0.016
#> GSM153021 3 0.0000 0.8179 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153022 2 0.3043 0.8487 0.000 0.864 0.056 0.000 0.080
#> GSM153023 5 0.5144 0.4132 0.000 0.064 0.304 0.000 0.632
#> GSM153024 3 0.0000 0.8179 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153025 4 0.2732 0.8291 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> GSM153026 1 0.0162 0.9054 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153027 5 0.5970 0.3127 0.000 0.120 0.000 0.356 0.524
#> GSM153028 1 0.2179 0.8882 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> GSM153029 3 0.0566 0.8154 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM153030 1 0.0451 0.9041 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> GSM153031 4 0.2179 0.8648 0.004 0.000 0.000 0.896 0.100
#> GSM153032 3 0.0880 0.8177 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM153033 3 0.1043 0.8154 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM153034 3 0.0162 0.8179 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.8179 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153036 4 0.6197 0.5786 0.092 0.000 0.128 0.668 0.112
#> GSM153037 1 0.2464 0.8858 0.888 0.000 0.000 0.016 0.096
#> GSM153038 3 0.4177 0.6519 0.124 0.000 0.800 0.016 0.060
#> GSM153039 3 0.0880 0.8169 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM153040 3 0.4249 0.2516 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> GSM153041 3 0.2605 0.7495 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM153042 4 0.0703 0.9107 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153043 5 0.6417 0.4131 0.280 0.000 0.216 0.000 0.504
#> GSM153044 3 0.4256 0.2399 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> GSM153045 3 0.1792 0.7965 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> GSM153046 3 0.4517 0.2273 0.000 0.000 0.556 0.008 0.436
#> GSM153047 3 0.0880 0.8166 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM153048 3 0.0404 0.8165 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.0404 0.8165 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.4706 0.4970 0.256 0.000 0.692 0.000 0.052
#> GSM153051 2 0.2971 0.7920 0.000 0.836 0.156 0.000 0.008
#> GSM153052 4 0.0794 0.9097 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> GSM153053 4 0.1121 0.9052 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> GSM187528 2 0.0404 0.9759 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM187529 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152884 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152885 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152886 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152888 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152896 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152897 2 0.0510 0.9741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152898 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9811 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.0363 0.7161 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM152823 4 0.0291 0.8382 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM152824 4 0.0547 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM152825 1 0.0260 0.7158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152826 1 0.0260 0.7158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM152827 4 0.0632 0.8325 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM152828 5 0.1503 0.6710 0.000 0.016 0.000 0.032 0.944 0.008
#> GSM152829 4 0.1714 0.7947 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM152830 1 0.0146 0.7162 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152831 1 0.1007 0.7040 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM152832 1 0.0000 0.7160 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0363 0.7162 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM152834 4 0.0935 0.8389 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> GSM152835 4 0.0632 0.8325 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM152836 4 0.0547 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM152837 4 0.0790 0.8431 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM152838 6 0.4534 -0.1960 0.032 0.000 0.000 0.476 0.000 0.492
#> GSM153178 3 0.5951 0.3688 0.268 0.000 0.532 0.000 0.016 0.184
#> GSM153179 4 0.3672 0.5339 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM153180 4 0.4022 0.6225 0.016 0.000 0.000 0.688 0.008 0.288
#> GSM153181 1 0.3805 0.1878 0.664 0.000 0.000 0.004 0.004 0.328
#> GSM153183 3 0.1536 0.8025 0.024 0.000 0.944 0.000 0.020 0.012
#> GSM153184 5 0.3782 0.4352 0.000 0.000 0.000 0.360 0.636 0.004
#> GSM153185 4 0.0937 0.8407 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM153186 1 0.1910 0.6481 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM153187 1 0.6583 -0.0758 0.368 0.000 0.328 0.000 0.024 0.280
#> GSM153188 3 0.2697 0.7907 0.000 0.000 0.864 0.000 0.044 0.092
#> GSM153189 4 0.0717 0.8363 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM153190 1 0.0260 0.7144 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM153191 5 0.3659 0.4343 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> GSM153192 6 0.5362 0.4138 0.356 0.000 0.000 0.120 0.000 0.524
#> GSM153193 4 0.0713 0.8395 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM153194 4 0.1633 0.8323 0.000 0.000 0.000 0.932 0.044 0.024
#> GSM153195 4 0.2302 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.872 0.008 0.120
#> GSM153196 1 0.3982 -0.2589 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 0.460
#> GSM153197 6 0.4325 0.3555 0.456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.524
#> GSM153198 1 0.0458 0.7158 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM153199 3 0.3316 0.7709 0.000 0.000 0.812 0.000 0.052 0.136
#> GSM153200 3 0.6555 0.0606 0.032 0.000 0.380 0.000 0.376 0.212
#> GSM153201 5 0.7437 0.2858 0.280 0.000 0.136 0.000 0.356 0.228
#> GSM153202 4 0.0000 0.8388 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 1 0.1141 0.6974 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM153204 1 0.3949 0.4856 0.772 0.000 0.068 0.000 0.008 0.152
#> GSM153205 4 0.0146 0.8377 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM153206 1 0.0146 0.7155 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM153207 1 0.3907 -0.0480 0.588 0.000 0.000 0.000 0.004 0.408
#> GSM153208 4 0.0146 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM153209 1 0.4261 -0.1102 0.568 0.000 0.000 0.008 0.008 0.416
#> GSM153210 4 0.5106 0.5991 0.020 0.000 0.000 0.636 0.076 0.268
#> GSM153211 1 0.0260 0.7161 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM153212 6 0.4394 0.2874 0.488 0.000 0.000 0.016 0.004 0.492
#> GSM153213 3 0.1515 0.7912 0.020 0.000 0.944 0.000 0.008 0.028
#> GSM153214 6 0.4536 0.3203 0.476 0.000 0.000 0.024 0.004 0.496
#> GSM153215 6 0.5022 0.3709 0.440 0.000 0.000 0.060 0.004 0.496
#> GSM153216 1 0.4308 -0.2969 0.516 0.000 0.000 0.012 0.004 0.468
#> GSM153217 4 0.2312 0.8140 0.000 0.000 0.000 0.876 0.012 0.112
#> GSM153218 5 0.7586 0.2226 0.208 0.000 0.204 0.000 0.352 0.236
#> GSM153219 4 0.2100 0.7749 0.000 0.000 0.000 0.884 0.112 0.004
#> GSM153220 4 0.2178 0.7535 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> GSM153221 4 0.1082 0.8399 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM153222 4 0.0632 0.8325 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM153223 4 0.0790 0.8421 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM153224 1 0.0603 0.7092 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> GSM153225 4 0.4532 0.5037 0.032 0.000 0.000 0.620 0.008 0.340
#> GSM153226 4 0.2527 0.7807 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM153227 4 0.7391 -0.2693 0.268 0.000 0.000 0.312 0.112 0.308
#> GSM153228 4 0.1556 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM153229 1 0.4338 -0.3588 0.496 0.000 0.000 0.020 0.000 0.484
#> GSM153230 6 0.4181 0.3225 0.476 0.000 0.000 0.012 0.000 0.512
#> GSM153231 4 0.0363 0.8357 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM153232 4 0.3081 0.7380 0.000 0.000 0.000 0.776 0.004 0.220
#> GSM153233 4 0.1863 0.8252 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM153234 6 0.3998 0.2755 0.492 0.000 0.000 0.004 0.000 0.504
#> GSM153235 3 0.5519 0.4632 0.096 0.000 0.584 0.000 0.024 0.296
#> GSM153236 6 0.4835 -0.1182 0.000 0.000 0.024 0.420 0.020 0.536
#> GSM153237 1 0.4407 -0.3648 0.496 0.000 0.000 0.024 0.000 0.480
#> GSM152992 3 0.2673 0.7620 0.044 0.000 0.880 0.000 0.012 0.064
#> GSM152993 6 0.4179 0.3267 0.472 0.000 0.000 0.012 0.000 0.516
#> GSM152994 1 0.3918 0.0972 0.632 0.000 0.000 0.004 0.004 0.360
#> GSM152995 5 0.1781 0.6789 0.000 0.000 0.008 0.060 0.924 0.008
#> GSM152996 5 0.2378 0.6815 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM152997 5 0.3172 0.5996 0.000 0.152 0.012 0.000 0.820 0.016
#> GSM152998 5 0.5393 0.5841 0.032 0.000 0.000 0.188 0.652 0.128
#> GSM152999 3 0.3908 0.7399 0.000 0.000 0.768 0.000 0.100 0.132
#> GSM153000 5 0.1714 0.6853 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> GSM153001 4 0.2201 0.8075 0.000 0.000 0.000 0.896 0.076 0.028
#> GSM153002 3 0.1972 0.8029 0.024 0.000 0.916 0.000 0.004 0.056
#> GSM153003 3 0.2384 0.7921 0.000 0.000 0.888 0.000 0.064 0.048
#> GSM153004 2 0.2951 0.8315 0.000 0.856 0.092 0.000 0.008 0.044
#> GSM153005 4 0.3996 0.2449 0.004 0.000 0.000 0.512 0.000 0.484
#> GSM153006 5 0.2258 0.6266 0.000 0.000 0.060 0.000 0.896 0.044
#> GSM153007 4 0.3563 0.5823 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM153008 1 0.0146 0.7165 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM153009 1 0.2135 0.6471 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> GSM153010 3 0.2058 0.8010 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> GSM153011 1 0.0260 0.7158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM153012 4 0.1958 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM153013 4 0.2302 0.8193 0.000 0.000 0.000 0.872 0.008 0.120
#> GSM153014 1 0.1542 0.6995 0.936 0.000 0.008 0.000 0.004 0.052
#> GSM153015 1 0.1313 0.6869 0.952 0.000 0.016 0.000 0.004 0.028
#> GSM153016 1 0.3370 0.5709 0.840 0.000 0.028 0.000 0.056 0.076
#> GSM153017 3 0.3862 0.7424 0.000 0.000 0.772 0.000 0.096 0.132
#> GSM153018 5 0.4478 0.6479 0.000 0.000 0.016 0.168 0.732 0.084
#> GSM153019 1 0.0260 0.7144 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM153020 2 0.6284 0.0942 0.000 0.440 0.344 0.000 0.020 0.196
#> GSM153021 3 0.0767 0.8027 0.004 0.000 0.976 0.000 0.008 0.012
#> GSM153022 2 0.3897 0.7805 0.000 0.800 0.100 0.000 0.072 0.028
#> GSM153023 5 0.5522 0.2984 0.000 0.056 0.304 0.000 0.588 0.052
#> GSM153024 3 0.0777 0.7980 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM153025 4 0.5237 0.5732 0.004 0.000 0.000 0.624 0.160 0.212
#> GSM153026 1 0.0632 0.7131 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM153027 5 0.4217 0.5861 0.000 0.016 0.000 0.260 0.700 0.024
#> GSM153028 1 0.4312 -0.3166 0.508 0.000 0.000 0.012 0.004 0.476
#> GSM153029 3 0.2224 0.7727 0.020 0.000 0.904 0.000 0.012 0.064
#> GSM153030 1 0.2367 0.6667 0.888 0.000 0.016 0.000 0.008 0.088
#> GSM153031 4 0.3862 0.5075 0.000 0.000 0.000 0.608 0.004 0.388
#> GSM153032 3 0.1633 0.8032 0.000 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> GSM153033 3 0.3488 0.7696 0.000 0.000 0.780 0.000 0.036 0.184
#> GSM153034 3 0.0603 0.8010 0.004 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM153035 3 0.0692 0.8019 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM153036 6 0.5752 0.2579 0.028 0.000 0.084 0.236 0.024 0.628
#> GSM153037 1 0.4158 -0.1049 0.572 0.000 0.000 0.004 0.008 0.416
#> GSM153038 3 0.5026 0.6442 0.044 0.000 0.676 0.004 0.044 0.232
#> GSM153039 3 0.4014 0.7011 0.000 0.000 0.716 0.000 0.044 0.240
#> GSM153040 3 0.5258 0.5437 0.000 0.000 0.596 0.000 0.252 0.152
#> GSM153041 3 0.3315 0.7675 0.000 0.000 0.820 0.000 0.076 0.104
#> GSM153042 4 0.1910 0.8239 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM153043 5 0.7647 0.1826 0.216 0.000 0.216 0.000 0.328 0.240
#> GSM153044 3 0.5428 0.5274 0.000 0.000 0.572 0.000 0.252 0.176
#> GSM153045 3 0.3354 0.7706 0.000 0.000 0.812 0.000 0.060 0.128
#> GSM153046 3 0.6491 0.3688 0.008 0.000 0.472 0.020 0.268 0.232
#> GSM153047 3 0.1564 0.8041 0.000 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> GSM153048 3 0.1599 0.7900 0.028 0.000 0.940 0.000 0.008 0.024
#> GSM153049 3 0.1478 0.7912 0.032 0.000 0.944 0.000 0.004 0.020
#> GSM153050 6 0.5945 -0.2219 0.116 0.000 0.424 0.000 0.024 0.436
#> GSM153051 2 0.4455 0.6967 0.000 0.740 0.100 0.000 0.016 0.144
#> GSM153052 4 0.2003 0.8199 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM153053 4 0.0777 0.8341 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> GSM187528 2 0.1176 0.9276 0.000 0.956 0.000 0.000 0.020 0.024
#> GSM187529 2 0.0458 0.9350 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM187530 2 0.0260 0.9361 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM187531 2 0.0935 0.9345 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> GSM152881 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152882 2 0.1265 0.9342 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> GSM152883 2 0.1341 0.9247 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM152884 2 0.1418 0.9227 0.000 0.944 0.000 0.000 0.032 0.024
#> GSM152885 2 0.1341 0.9247 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM152886 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.1341 0.9247 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM152888 2 0.0405 0.9360 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM152889 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152892 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9369 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.1341 0.9247 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM152896 2 0.1341 0.9247 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM152897 2 0.1341 0.9247 0.000 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> GSM152898 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152899 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152900 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152901 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152902 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152903 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152904 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> GSM152905 2 0.1010 0.9339 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:skmeans 166 2.32e-15 2
#> ATC:skmeans 165 5.73e-23 3
#> ATC:skmeans 160 5.19e-25 4
#> ATC:skmeans 151 2.49e-25 5
#> ATC:skmeans 130 3.16e-24 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.2962 0.703 0.703
#> 3 3 0.522 0.816 0.803 0.7027 0.702 0.580
#> 4 4 0.640 0.880 0.916 0.1803 0.978 0.948
#> 5 5 0.841 0.904 0.944 0.0278 0.994 0.985
#> 6 6 0.732 0.844 0.921 0.1966 0.865 0.663
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.891 0.5428 0.692 0.308
#> GSM152829 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153004 2 0.295 0.9305 0.052 0.948
#> GSM153005 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153023 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153048 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153051 1 0.506 0.8697 0.888 0.112
#> GSM153052 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.000 0.9968 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM187531 2 1.000 0.0425 0.488 0.512
#> GSM152881 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.000 0.9812 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152823 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152825 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152826 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152827 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152828 3 0.8675 -0.153 0.388 0.108 0.504
#> GSM152829 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152830 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152831 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152832 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152833 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152834 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153178 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153179 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153180 1 0.4452 0.822 0.808 0.000 0.192
#> GSM153181 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153183 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153184 1 0.3752 0.792 0.856 0.000 0.144
#> GSM153185 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153186 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153187 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153188 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153189 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153190 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153191 1 0.0892 0.759 0.980 0.000 0.020
#> GSM153192 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153193 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.1964 0.792 0.944 0.000 0.056
#> GSM153195 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153196 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153197 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153198 1 0.6026 0.372 0.624 0.000 0.376
#> GSM153199 3 0.5859 0.834 0.344 0.000 0.656
#> GSM153200 3 0.5621 0.906 0.308 0.000 0.692
#> GSM153201 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153202 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153204 1 0.5465 0.652 0.712 0.000 0.288
#> GSM153205 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153206 1 0.4796 0.788 0.780 0.000 0.220
#> GSM153207 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153208 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153209 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153210 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153211 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153212 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153213 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153214 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153215 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153216 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153217 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153218 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153219 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153225 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153226 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153228 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153230 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153231 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153235 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153236 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153237 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152992 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM152993 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152994 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152995 1 0.6079 0.321 0.612 0.000 0.388
#> GSM152996 1 0.1529 0.787 0.960 0.000 0.040
#> GSM152997 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM152998 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM152999 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153000 1 0.4555 0.432 0.800 0.000 0.200
#> GSM153001 1 0.2878 0.802 0.904 0.000 0.096
#> GSM153002 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153003 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153004 3 0.6307 -0.216 0.000 0.488 0.512
#> GSM153005 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153006 3 0.6244 0.555 0.440 0.000 0.560
#> GSM153007 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153008 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153009 1 0.4555 0.818 0.800 0.000 0.200
#> GSM153010 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153011 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153012 1 0.2356 0.796 0.928 0.000 0.072
#> GSM153013 1 0.4452 0.822 0.808 0.000 0.192
#> GSM153014 1 0.6008 0.389 0.628 0.000 0.372
#> GSM153015 1 0.6126 0.265 0.600 0.000 0.400
#> GSM153016 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153017 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153018 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153019 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153020 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153021 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153022 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153023 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153024 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153025 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153026 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153027 3 0.5591 0.914 0.304 0.000 0.696
#> GSM153028 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153029 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153030 1 0.6111 0.285 0.604 0.000 0.396
#> GSM153031 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153032 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153033 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153034 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153035 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153036 3 0.5529 0.927 0.296 0.000 0.704
#> GSM153037 1 0.4504 0.823 0.804 0.000 0.196
#> GSM153038 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153039 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153040 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153041 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153042 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.5254 0.707 0.736 0.000 0.264
#> GSM153044 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153045 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153046 3 0.5905 0.816 0.352 0.000 0.648
#> GSM153047 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153048 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153049 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153050 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153051 3 0.5497 0.933 0.292 0.000 0.708
#> GSM153052 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.773 1.000 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM187529 2 0.5178 0.892 0.000 0.744 0.256
#> GSM187530 2 0.3879 0.794 0.000 0.848 0.152
#> GSM187531 3 0.7782 0.622 0.124 0.208 0.668
#> GSM152881 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152884 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152885 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152886 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152887 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152888 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152889 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152891 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.5560 0.884 0.000 0.700 0.300
#> GSM152896 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152897 2 0.5497 0.888 0.000 0.708 0.292
#> GSM152898 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152825 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152826 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152828 4 0.6822 0.5207 0.192 0.000 0.204 0.604
#> GSM152829 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152830 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152831 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152832 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152833 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153178 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153180 1 0.3356 0.8929 0.824 0.000 0.176 0.000
#> GSM153181 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153183 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.2530 0.8707 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153186 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153187 3 0.0188 0.9388 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153188 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153190 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153191 1 0.0707 0.8427 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM153192 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.1474 0.8682 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM153195 1 0.0336 0.8532 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM153196 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153197 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153198 1 0.4713 0.6637 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM153199 3 0.3444 0.6880 0.184 0.000 0.816 0.000
#> GSM153200 3 0.2760 0.7718 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM153201 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153203 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153204 1 0.4222 0.7992 0.728 0.000 0.272 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153206 1 0.3649 0.8735 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM153207 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153209 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153210 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153211 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153212 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153213 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153215 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153216 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153218 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153224 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153225 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153230 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153235 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153236 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152992 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152994 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152995 1 0.4761 0.6413 0.628 0.000 0.372 0.000
#> GSM152996 1 0.0336 0.8532 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM152997 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM152999 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.3610 0.6659 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM153001 1 0.2081 0.8772 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM153002 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153004 3 0.3486 0.6607 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM153005 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153006 3 0.4866 0.0576 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153008 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153009 1 0.3444 0.8903 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM153010 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153012 1 0.1389 0.8670 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM153013 1 0.3311 0.8924 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM153014 1 0.4713 0.6642 0.640 0.000 0.360 0.000
#> GSM153015 1 0.4804 0.6174 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM153016 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153019 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153020 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153026 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153027 3 0.0469 0.9321 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153028 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153029 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.4790 0.6255 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153032 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153036 3 0.0469 0.9296 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153037 1 0.3400 0.8933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM153038 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153039 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153040 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153041 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.4040 0.8284 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM153044 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153045 3 0.0336 0.9343 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153046 3 0.3569 0.6701 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM153047 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153048 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153050 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153051 3 0.0000 0.9429 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187528 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM187529 4 0.2647 0.8391 0.000 0.120 0.000 0.880
#> GSM187530 3 0.5331 0.3705 0.000 0.332 0.644 0.024
#> GSM187531 3 0.3266 0.6934 0.000 0.168 0.832 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152883 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152884 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152885 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152886 4 0.0469 0.9359 0.000 0.012 0.000 0.988
#> GSM152887 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152888 4 0.0336 0.9382 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM152889 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 4 0.2408 0.8592 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM152891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152896 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152897 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152823 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152824 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152825 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152827 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152828 5 0.6974 0.34337 0.148 0.000 0.204 0.076 0.572
#> GSM152829 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152830 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152831 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152834 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152835 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152836 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.92806 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.92806 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153180 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153181 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153183 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153184 1 0.2694 0.89384 0.884 0.000 0.040 0.076 0.000
#> GSM153185 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153186 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153187 3 0.0162 0.94338 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153188 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153189 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153190 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153191 1 0.2331 0.89420 0.900 0.000 0.020 0.080 0.000
#> GSM153192 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153193 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153194 1 0.1626 0.92519 0.940 0.000 0.016 0.044 0.000
#> GSM153195 1 0.0162 0.92943 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153196 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153197 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.3305 0.74930 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM153199 3 0.3039 0.64835 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.2377 0.75779 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153202 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153203 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.2471 0.86094 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> GSM153205 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153206 1 0.1544 0.92472 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> GSM153207 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153208 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153209 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153210 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153211 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153213 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153214 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153215 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153216 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0609 0.92475 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM153218 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153219 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153220 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153221 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153222 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153223 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153224 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153225 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153226 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153227 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153228 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153229 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153231 1 0.1732 0.90370 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> GSM153232 1 0.0162 0.92760 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM153233 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153234 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153235 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153236 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153237 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152992 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152993 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152994 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152995 1 0.3550 0.73011 0.760 0.000 0.236 0.004 0.000
#> GSM152996 1 0.0510 0.92587 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM152997 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152998 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM152999 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153000 1 0.4725 0.68027 0.720 0.000 0.200 0.080 0.000
#> GSM153001 1 0.2595 0.91647 0.888 0.000 0.032 0.080 0.000
#> GSM153002 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153004 3 0.1408 0.88281 0.000 0.044 0.948 0.008 0.000
#> GSM153005 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153006 3 0.4291 0.00396 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> GSM153007 1 0.1121 0.91807 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM153008 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.1197 0.93774 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> GSM153010 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0671 0.92744 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> GSM153013 1 0.1043 0.93913 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM153014 1 0.3305 0.75131 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.3480 0.71386 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153017 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153019 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153025 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153026 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153027 3 0.0162 0.94340 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153028 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153029 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153030 1 0.3452 0.71990 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> GSM153031 1 0.1478 0.91066 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM153032 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153036 3 0.0404 0.93346 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153037 1 0.1121 0.93995 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> GSM153038 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153039 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153040 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153041 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.92806 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.2179 0.88624 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> GSM153044 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153045 3 0.0290 0.93849 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153046 3 0.3003 0.65501 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM153047 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153048 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153051 3 0.0000 0.94765 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM153052 1 0.1671 0.90555 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> GSM153053 1 0.1121 0.91841 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM187528 5 0.2471 0.75669 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM187529 5 0.4288 0.45049 0.000 0.012 0.000 0.324 0.664
#> GSM187530 3 0.4235 0.21217 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM187531 3 0.0794 0.91121 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0162 0.99564 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM152883 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152884 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152885 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152886 4 0.1732 0.91201 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM152887 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152888 4 0.1732 0.91201 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> GSM152889 4 0.1732 0.95247 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM152890 4 0.2074 0.93952 0.000 0.036 0.000 0.920 0.044
#> GSM152891 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 4 0.1732 0.95247 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM152893 4 0.1732 0.95247 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM152894 4 0.1732 0.95247 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> GSM152895 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152896 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152897 5 0.0000 0.86901 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.99957 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM152823 4 0.2969 0.819 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM152824 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM152825 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM152826 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM152827 4 0.0000 0.711 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152828 4 0.2762 0.501 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM152829 4 0.0000 0.711 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152830 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152832 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152834 4 0.2092 0.834 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> GSM152835 4 0.0146 0.717 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM152836 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0363 0.897 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153183 3 0.2003 0.863 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.3794 0.517 0.248 0.000 0.028 0.724 0.000 0.000
#> GSM153185 4 0.3126 0.807 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153187 3 0.0146 0.919 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153188 3 0.2003 0.863 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.1204 0.781 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153191 4 0.2300 0.829 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153193 4 0.2912 0.822 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.3050 0.604 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0713 0.887 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153198 1 0.2631 0.727 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> GSM153199 3 0.4556 0.613 0.188 0.000 0.696 0.116 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.3168 0.810 0.056 0.000 0.828 0.116 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM153202 4 0.3198 0.798 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.3277 0.778 0.824 0.000 0.092 0.084 0.000 0.000
#> GSM153205 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0891 0.888 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153208 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0260 0.899 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153213 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153217 1 0.2378 0.752 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM153218 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM153219 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153220 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153221 4 0.3221 0.795 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM153222 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153223 4 0.3198 0.798 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153226 4 0.3198 0.798 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153228 4 0.3175 0.802 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153231 4 0.2003 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000
#> GSM153232 1 0.1910 0.807 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> GSM153233 4 0.3101 0.810 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153235 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153236 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152992 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152995 1 0.5539 0.406 0.552 0.000 0.188 0.260 0.000 0.000
#> GSM152996 1 0.3531 0.571 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM152997 3 0.1910 0.868 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> GSM152998 1 0.1863 0.839 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> GSM152999 3 0.2003 0.863 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM153000 4 0.2664 0.518 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM153001 4 0.3101 0.808 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> GSM153002 3 0.2003 0.863 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM153003 3 0.2003 0.863 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM153004 3 0.0260 0.916 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153005 1 0.0458 0.895 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM153006 3 0.5443 0.211 0.384 0.000 0.492 0.124 0.000 0.000
#> GSM153007 1 0.3592 0.359 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0146 0.902 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM153010 3 0.0260 0.918 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153012 1 0.3288 0.500 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0146 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153014 1 0.2631 0.729 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.4668 0.592 0.680 0.000 0.204 0.116 0.000 0.000
#> GSM153016 1 0.2003 0.827 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000
#> GSM153017 3 0.2003 0.863 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.2048 0.825 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153025 1 0.0146 0.902 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153027 3 0.0603 0.910 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153029 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153030 1 0.2793 0.700 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM153031 1 0.3774 0.118 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000
#> GSM153032 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153036 3 0.0363 0.913 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.903 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153038 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153039 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153040 3 0.2883 0.779 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> GSM153041 3 0.0937 0.905 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM153042 1 0.1327 0.859 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.1387 0.856 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM153044 3 0.1007 0.895 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> GSM153045 3 0.2146 0.860 0.004 0.000 0.880 0.116 0.000 0.000
#> GSM153046 3 0.4267 0.697 0.116 0.000 0.732 0.152 0.000 0.000
#> GSM153047 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153048 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153050 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153051 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153052 4 0.3101 0.810 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.3797 0.179 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000
#> GSM187528 5 0.2260 0.823 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> GSM187529 5 0.3758 0.544 0.000 0.008 0.000 0.000 0.668 0.324
#> GSM187530 3 0.3828 0.151 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM187531 3 0.0000 0.921 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0146 0.996 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152883 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152887 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152889 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152890 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152893 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152894 6 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM152895 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 5 0.0000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:pam 166 3.85e-30 2
#> ATC:pam 159 1.15e-35 3
#> ATC:pam 165 2.95e-34 4
#> ATC:pam 163 3.60e-34 5
#> ATC:pam 161 1.83e-33 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.3024 0.696 0.696
#> 3 3 0.661 0.828 0.908 0.9977 0.682 0.550
#> 4 4 0.585 0.599 0.794 0.1350 0.886 0.734
#> 5 5 0.708 0.695 0.856 0.1003 0.777 0.454
#> 6 6 0.696 0.723 0.855 0.0126 0.959 0.846
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152828 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> GSM152829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153184 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152998 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153003 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153004 2 0.4161 0.911 0.084 0.916
#> GSM153005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153010 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153011 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153020 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153022 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> GSM153023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153028 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153030 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153041 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153042 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153049 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.6343 0.818 0.160 0.840
#> GSM153052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.4431 0.903 0.092 0.908
#> GSM152881 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 1 0.4931 0.757 0.768 0.000 0.232
#> GSM152823 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM152824 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM152825 1 0.5621 0.664 0.692 0.000 0.308
#> GSM152826 1 0.6252 0.355 0.556 0.000 0.444
#> GSM152827 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM152828 1 0.5560 0.657 0.700 0.000 0.300
#> GSM152829 1 0.0892 0.862 0.980 0.000 0.020
#> GSM152830 1 0.6291 0.273 0.532 0.000 0.468
#> GSM152831 1 0.4654 0.779 0.792 0.000 0.208
#> GSM152832 1 0.4842 0.765 0.776 0.000 0.224
#> GSM152833 1 0.5529 0.682 0.704 0.000 0.296
#> GSM152834 1 0.0592 0.867 0.988 0.000 0.012
#> GSM152835 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM152836 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM152837 1 0.0424 0.867 0.992 0.000 0.008
#> GSM152838 1 0.1163 0.871 0.972 0.000 0.028
#> GSM153178 3 0.2261 0.859 0.068 0.000 0.932
#> GSM153179 1 0.0424 0.867 0.992 0.000 0.008
#> GSM153180 1 0.1860 0.869 0.948 0.000 0.052
#> GSM153181 1 0.3482 0.836 0.872 0.000 0.128
#> GSM153183 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.1163 0.863 0.972 0.000 0.028
#> GSM153185 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153186 1 0.4291 0.802 0.820 0.000 0.180
#> GSM153187 3 0.3340 0.823 0.120 0.000 0.880
#> GSM153188 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153190 3 0.2878 0.843 0.096 0.000 0.904
#> GSM153191 1 0.1163 0.863 0.972 0.000 0.028
#> GSM153192 1 0.1860 0.869 0.948 0.000 0.052
#> GSM153193 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153194 1 0.0424 0.867 0.992 0.000 0.008
#> GSM153195 1 0.1289 0.871 0.968 0.000 0.032
#> GSM153196 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153197 1 0.2066 0.868 0.940 0.000 0.060
#> GSM153198 3 0.5291 0.624 0.268 0.000 0.732
#> GSM153199 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.4291 0.726 0.180 0.000 0.820
#> GSM153201 1 0.5397 0.713 0.720 0.000 0.280
#> GSM153202 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153203 1 0.5016 0.749 0.760 0.000 0.240
#> GSM153204 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153205 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153206 3 0.4504 0.739 0.196 0.000 0.804
#> GSM153207 1 0.4702 0.778 0.788 0.000 0.212
#> GSM153208 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153209 1 0.3192 0.844 0.888 0.000 0.112
#> GSM153210 1 0.4235 0.807 0.824 0.000 0.176
#> GSM153211 1 0.6045 0.519 0.620 0.000 0.380
#> GSM153212 1 0.1860 0.869 0.948 0.000 0.052
#> GSM153213 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153214 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153215 1 0.1860 0.869 0.948 0.000 0.052
#> GSM153216 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153217 1 0.1163 0.871 0.972 0.000 0.028
#> GSM153218 3 0.3752 0.775 0.144 0.000 0.856
#> GSM153219 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153220 1 0.0892 0.862 0.980 0.000 0.020
#> GSM153221 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153222 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153223 1 0.1163 0.871 0.972 0.000 0.028
#> GSM153224 3 0.2711 0.846 0.088 0.000 0.912
#> GSM153225 1 0.1860 0.869 0.948 0.000 0.052
#> GSM153226 1 0.0424 0.867 0.992 0.000 0.008
#> GSM153227 1 0.4842 0.768 0.776 0.000 0.224
#> GSM153228 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153229 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153230 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153231 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153232 1 0.1411 0.871 0.964 0.000 0.036
#> GSM153233 1 0.0424 0.867 0.992 0.000 0.008
#> GSM153234 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153235 3 0.2356 0.857 0.072 0.000 0.928
#> GSM153236 3 0.5733 0.588 0.324 0.000 0.676
#> GSM153237 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM152992 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM152993 1 0.2165 0.867 0.936 0.000 0.064
#> GSM152994 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM152995 1 0.5327 0.695 0.728 0.000 0.272
#> GSM152996 1 0.4002 0.805 0.840 0.000 0.160
#> GSM152997 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM152998 1 0.4555 0.786 0.800 0.000 0.200
#> GSM152999 3 0.1411 0.872 0.036 0.000 0.964
#> GSM153000 1 0.5431 0.679 0.716 0.000 0.284
#> GSM153001 1 0.0592 0.867 0.988 0.000 0.012
#> GSM153002 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153004 3 0.4931 0.620 0.000 0.232 0.768
#> GSM153005 3 0.6111 0.465 0.396 0.000 0.604
#> GSM153006 1 0.5905 0.622 0.648 0.000 0.352
#> GSM153007 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM153008 1 0.6192 0.414 0.580 0.000 0.420
#> GSM153009 3 0.3686 0.806 0.140 0.000 0.860
#> GSM153010 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153011 3 0.5948 0.391 0.360 0.000 0.640
#> GSM153012 1 0.1163 0.871 0.972 0.000 0.028
#> GSM153013 1 0.1289 0.871 0.968 0.000 0.032
#> GSM153014 1 0.6305 0.222 0.516 0.000 0.484
#> GSM153015 3 0.1529 0.874 0.040 0.000 0.960
#> GSM153016 3 0.5497 0.571 0.292 0.000 0.708
#> GSM153017 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153018 1 0.5216 0.733 0.740 0.000 0.260
#> GSM153019 3 0.5650 0.523 0.312 0.000 0.688
#> GSM153020 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153023 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.1643 0.870 0.956 0.000 0.044
#> GSM153026 1 0.4842 0.765 0.776 0.000 0.224
#> GSM153027 1 0.5785 0.456 0.668 0.000 0.332
#> GSM153028 1 0.1964 0.868 0.944 0.000 0.056
#> GSM153029 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153030 3 0.5785 0.456 0.332 0.000 0.668
#> GSM153031 1 0.1163 0.871 0.972 0.000 0.028
#> GSM153032 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 3 0.5706 0.574 0.320 0.000 0.680
#> GSM153037 1 0.4452 0.792 0.808 0.000 0.192
#> GSM153038 1 0.5363 0.717 0.724 0.000 0.276
#> GSM153039 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153040 1 0.5905 0.622 0.648 0.000 0.352
#> GSM153041 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.0592 0.868 0.988 0.000 0.012
#> GSM153043 1 0.6111 0.545 0.604 0.000 0.396
#> GSM153044 1 0.5926 0.620 0.644 0.000 0.356
#> GSM153045 3 0.0592 0.882 0.012 0.000 0.988
#> GSM153046 1 0.5926 0.620 0.644 0.000 0.356
#> GSM153047 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153048 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.886 0.000 0.000 1.000
#> GSM153050 3 0.3412 0.819 0.124 0.000 0.876
#> GSM153051 3 0.4121 0.707 0.000 0.168 0.832
#> GSM153052 1 0.0424 0.867 0.992 0.000 0.008
#> GSM153053 1 0.0237 0.866 0.996 0.000 0.004
#> GSM187528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM187531 3 0.5016 0.603 0.000 0.240 0.760
#> GSM152881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 1 0.4969 0.4443 0.772 0.000 0.140 0.088
#> GSM152823 1 0.4804 0.4966 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM152824 1 0.4941 0.4264 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM152825 1 0.5672 0.3840 0.712 0.000 0.188 0.100
#> GSM152826 1 0.5623 0.2977 0.660 0.000 0.292 0.048
#> GSM152827 1 0.4790 0.4973 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM152828 4 0.4821 0.3639 0.008 0.016 0.236 0.740
#> GSM152829 4 0.4907 -0.2207 0.420 0.000 0.000 0.580
#> GSM152830 1 0.5222 0.3292 0.688 0.000 0.280 0.032
#> GSM152831 1 0.4428 0.4742 0.808 0.000 0.124 0.068
#> GSM152832 1 0.4818 0.4049 0.748 0.000 0.216 0.036
#> GSM152833 1 0.4418 0.4392 0.784 0.000 0.184 0.032
#> GSM152834 1 0.4992 0.2144 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM152835 1 0.4907 0.4520 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM152836 1 0.4877 0.4587 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM152837 1 0.4500 0.5501 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM152838 1 0.4477 0.5539 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM153178 3 0.3448 0.7127 0.168 0.000 0.828 0.004
#> GSM153179 1 0.4454 0.5571 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM153180 1 0.3972 0.5723 0.788 0.000 0.008 0.204
#> GSM153181 1 0.2596 0.5181 0.908 0.000 0.024 0.068
#> GSM153183 3 0.0336 0.7710 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153184 4 0.6785 0.4201 0.352 0.000 0.108 0.540
#> GSM153185 1 0.4522 0.5466 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM153186 1 0.3464 0.4898 0.868 0.000 0.076 0.056
#> GSM153187 3 0.4391 0.6351 0.252 0.000 0.740 0.008
#> GSM153188 3 0.1406 0.7734 0.024 0.000 0.960 0.016
#> GSM153189 1 0.4522 0.5466 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM153190 3 0.5495 0.5253 0.348 0.000 0.624 0.028
#> GSM153191 4 0.6669 0.4618 0.320 0.000 0.108 0.572
#> GSM153192 1 0.4049 0.5707 0.780 0.000 0.008 0.212
#> GSM153193 1 0.4730 0.5125 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM153194 1 0.4564 0.5313 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM153195 1 0.4401 0.5690 0.724 0.000 0.004 0.272
#> GSM153196 1 0.1833 0.5549 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM153197 1 0.4697 0.5676 0.696 0.000 0.008 0.296
#> GSM153198 3 0.5755 0.3678 0.444 0.000 0.528 0.028
#> GSM153199 3 0.1767 0.7746 0.044 0.000 0.944 0.012
#> GSM153200 3 0.4562 0.6326 0.028 0.000 0.764 0.208
#> GSM153201 1 0.6852 0.1654 0.556 0.000 0.320 0.124
#> GSM153202 1 0.4454 0.5590 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM153203 1 0.5132 0.4170 0.748 0.000 0.184 0.068
#> GSM153204 3 0.4706 0.6555 0.224 0.000 0.748 0.028
#> GSM153205 1 0.4522 0.5466 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM153206 3 0.5460 0.5381 0.340 0.000 0.632 0.028
#> GSM153207 1 0.3245 0.4862 0.872 0.000 0.100 0.028
#> GSM153208 1 0.4955 0.4148 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM153209 1 0.2563 0.5180 0.908 0.000 0.020 0.072
#> GSM153210 1 0.3271 0.5133 0.856 0.000 0.012 0.132
#> GSM153211 1 0.5141 0.3438 0.700 0.000 0.268 0.032
#> GSM153212 1 0.1635 0.5592 0.948 0.000 0.008 0.044
#> GSM153213 3 0.1902 0.7676 0.064 0.000 0.932 0.004
#> GSM153214 1 0.1610 0.5571 0.952 0.000 0.016 0.032
#> GSM153215 1 0.3249 0.5720 0.852 0.000 0.008 0.140
#> GSM153216 1 0.1970 0.5607 0.932 0.000 0.008 0.060
#> GSM153217 1 0.4699 0.5653 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM153218 3 0.5206 0.4746 0.308 0.000 0.668 0.024
#> GSM153219 1 0.4624 0.5427 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM153220 4 0.4933 -0.2502 0.432 0.000 0.000 0.568
#> GSM153221 1 0.4406 0.5630 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM153222 1 0.4843 0.4925 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM153223 1 0.4431 0.5615 0.696 0.000 0.000 0.304
#> GSM153224 3 0.5771 0.3168 0.460 0.000 0.512 0.028
#> GSM153225 1 0.2101 0.5624 0.928 0.000 0.012 0.060
#> GSM153226 1 0.4406 0.5624 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM153227 1 0.4940 0.4519 0.776 0.000 0.096 0.128
#> GSM153228 1 0.4564 0.5414 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM153229 1 0.3808 0.5729 0.812 0.000 0.012 0.176
#> GSM153230 1 0.1042 0.5469 0.972 0.000 0.020 0.008
#> GSM153231 1 0.4661 0.5249 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM153232 1 0.4155 0.5687 0.756 0.000 0.004 0.240
#> GSM153233 1 0.4500 0.5501 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM153234 1 0.3404 0.5690 0.864 0.000 0.032 0.104
#> GSM153235 3 0.1767 0.7696 0.044 0.000 0.944 0.012
#> GSM153236 3 0.7222 -0.0809 0.172 0.000 0.528 0.300
#> GSM153237 1 0.3479 0.5733 0.840 0.000 0.012 0.148
#> GSM152992 3 0.1004 0.7752 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM152993 1 0.1733 0.5545 0.948 0.000 0.028 0.024
#> GSM152994 1 0.1305 0.5419 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM152995 4 0.7098 0.3570 0.152 0.000 0.312 0.536
#> GSM152996 4 0.7178 0.4975 0.324 0.000 0.156 0.520
#> GSM152997 3 0.4516 0.5657 0.012 0.000 0.736 0.252
#> GSM152998 1 0.5226 0.4476 0.744 0.000 0.076 0.180
#> GSM152999 3 0.2032 0.7674 0.028 0.000 0.936 0.036
#> GSM153000 4 0.5478 0.4314 0.056 0.000 0.248 0.696
#> GSM153001 1 0.4624 0.5240 0.660 0.000 0.000 0.340
#> GSM153002 3 0.4104 0.7036 0.164 0.000 0.808 0.028
#> GSM153003 3 0.3390 0.7088 0.016 0.000 0.852 0.132
#> GSM153004 3 0.2861 0.6798 0.000 0.096 0.888 0.016
#> GSM153005 1 0.4916 0.3579 0.576 0.000 0.000 0.424
#> GSM153006 3 0.5668 0.2276 0.024 0.000 0.532 0.444
#> GSM153007 1 0.4543 0.5465 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM153008 1 0.5442 0.2522 0.636 0.000 0.336 0.028
#> GSM153009 3 0.4746 0.5675 0.304 0.000 0.688 0.008
#> GSM153010 3 0.1059 0.7708 0.012 0.000 0.972 0.016
#> GSM153011 1 0.5511 0.2105 0.620 0.000 0.352 0.028
#> GSM153012 1 0.4454 0.5658 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM153013 1 0.4222 0.5701 0.728 0.000 0.000 0.272
#> GSM153014 1 0.5677 0.2479 0.628 0.000 0.332 0.040
#> GSM153015 3 0.4323 0.6813 0.204 0.000 0.776 0.020
#> GSM153016 3 0.5860 0.4761 0.380 0.000 0.580 0.040
#> GSM153017 3 0.1520 0.7722 0.020 0.000 0.956 0.024
#> GSM153018 1 0.7190 0.1458 0.548 0.000 0.260 0.192
#> GSM153019 1 0.5511 0.2224 0.620 0.000 0.352 0.028
#> GSM153020 3 0.0469 0.7628 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153021 3 0.0469 0.7724 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153022 3 0.1305 0.7580 0.004 0.000 0.960 0.036
#> GSM153023 3 0.2988 0.7234 0.012 0.000 0.876 0.112
#> GSM153024 3 0.0336 0.7710 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM153025 1 0.3355 0.5583 0.836 0.000 0.004 0.160
#> GSM153026 1 0.4982 0.4469 0.772 0.000 0.136 0.092
#> GSM153027 4 0.7692 0.5414 0.268 0.000 0.276 0.456
#> GSM153028 1 0.1520 0.5454 0.956 0.000 0.020 0.024
#> GSM153029 3 0.0188 0.7693 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153030 3 0.5442 0.5438 0.336 0.000 0.636 0.028
#> GSM153031 1 0.4406 0.5630 0.700 0.000 0.000 0.300
#> GSM153032 3 0.1724 0.7702 0.020 0.000 0.948 0.032
#> GSM153033 3 0.1151 0.7746 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM153034 3 0.1004 0.7750 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM153035 3 0.0469 0.7724 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM153036 3 0.5915 0.3062 0.400 0.000 0.560 0.040
#> GSM153037 1 0.3370 0.4965 0.872 0.000 0.048 0.080
#> GSM153038 1 0.6380 -0.1180 0.500 0.000 0.436 0.064
#> GSM153039 3 0.1151 0.7748 0.024 0.000 0.968 0.008
#> GSM153040 3 0.5768 0.2000 0.028 0.000 0.516 0.456
#> GSM153041 3 0.1629 0.7727 0.024 0.000 0.952 0.024
#> GSM153042 1 0.4477 0.5539 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM153043 3 0.7188 0.1270 0.428 0.000 0.436 0.136
#> GSM153044 3 0.5322 0.4917 0.028 0.000 0.660 0.312
#> GSM153045 3 0.2596 0.7680 0.068 0.000 0.908 0.024
#> GSM153046 1 0.7341 0.0114 0.476 0.000 0.360 0.164
#> GSM153047 3 0.0927 0.7691 0.008 0.000 0.976 0.016
#> GSM153048 3 0.1489 0.7736 0.044 0.000 0.952 0.004
#> GSM153049 3 0.0188 0.7693 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153050 3 0.3893 0.6865 0.196 0.000 0.796 0.008
#> GSM153051 3 0.2563 0.6950 0.000 0.072 0.908 0.020
#> GSM153052 1 0.4500 0.5501 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM153053 1 0.4804 0.5199 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM187528 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM187531 3 0.2973 0.6756 0.000 0.096 0.884 0.020
#> GSM152881 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.1022 0.9723 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM152883 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.1106 0.7968 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM152823 4 0.0404 0.8110 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM152824 4 0.0451 0.8081 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM152825 1 0.3409 0.7828 0.824 0.000 0.032 0.000 0.144
#> GSM152826 1 0.3241 0.7848 0.832 0.000 0.024 0.000 0.144
#> GSM152827 4 0.0404 0.8110 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM152828 5 0.5145 0.6297 0.000 0.012 0.140 0.128 0.720
#> GSM152829 4 0.3019 0.7499 0.088 0.000 0.000 0.864 0.048
#> GSM152830 1 0.3241 0.7848 0.832 0.000 0.024 0.000 0.144
#> GSM152831 1 0.3446 0.7899 0.840 0.000 0.008 0.036 0.116
#> GSM152832 1 0.2864 0.7879 0.852 0.000 0.012 0.000 0.136
#> GSM152833 1 0.3219 0.7895 0.840 0.000 0.020 0.004 0.136
#> GSM152834 4 0.0290 0.8080 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM152835 4 0.0510 0.8100 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM152836 4 0.0566 0.8108 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004
#> GSM152837 4 0.1410 0.8057 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> GSM152838 4 0.3857 0.5296 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> GSM153178 1 0.4278 0.2420 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> GSM153179 4 0.2020 0.7802 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> GSM153180 1 0.3741 0.5662 0.732 0.000 0.000 0.264 0.004
#> GSM153181 1 0.0771 0.7894 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM153183 3 0.0404 0.7206 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.5680 0.4815 0.160 0.000 0.008 0.656 0.176
#> GSM153185 4 0.0404 0.8110 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM153186 1 0.1673 0.7885 0.944 0.000 0.008 0.032 0.016
#> GSM153187 1 0.4898 0.4003 0.592 0.000 0.376 0.000 0.032
#> GSM153188 3 0.1205 0.7361 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> GSM153189 4 0.0880 0.8069 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM153190 1 0.4096 0.7639 0.784 0.000 0.072 0.000 0.144
#> GSM153191 4 0.5032 0.4605 0.092 0.000 0.000 0.688 0.220
#> GSM153192 1 0.4456 0.4155 0.660 0.000 0.000 0.320 0.020
#> GSM153193 4 0.0609 0.8129 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM153194 4 0.3395 0.6692 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> GSM153195 4 0.3424 0.6346 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> GSM153196 1 0.2390 0.7557 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM153197 4 0.4201 0.3037 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM153198 1 0.3489 0.7813 0.820 0.000 0.036 0.000 0.144
#> GSM153199 3 0.2249 0.7089 0.096 0.000 0.896 0.000 0.008
#> GSM153200 3 0.1270 0.7345 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM153201 3 0.4803 0.0344 0.488 0.000 0.496 0.004 0.012
#> GSM153202 4 0.0404 0.8110 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM153203 1 0.3111 0.7874 0.840 0.000 0.012 0.004 0.144
#> GSM153204 3 0.5068 0.3520 0.388 0.000 0.572 0.000 0.040
#> GSM153205 4 0.0290 0.8082 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM153206 1 0.4437 0.7446 0.760 0.000 0.100 0.000 0.140
#> GSM153207 1 0.0290 0.7939 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM153208 4 0.0771 0.8127 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> GSM153209 1 0.0771 0.7894 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM153210 1 0.1121 0.7892 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM153211 1 0.3151 0.7856 0.836 0.000 0.020 0.000 0.144
#> GSM153212 1 0.1485 0.7859 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM153213 3 0.3194 0.6520 0.148 0.000 0.832 0.000 0.020
#> GSM153214 1 0.1485 0.7874 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> GSM153215 1 0.3106 0.7115 0.840 0.000 0.000 0.140 0.020
#> GSM153216 1 0.2390 0.7565 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> GSM153217 4 0.3636 0.6331 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> GSM153218 3 0.4147 0.4908 0.316 0.000 0.676 0.000 0.008
#> GSM153219 4 0.1851 0.7702 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM153220 4 0.2889 0.7565 0.084 0.000 0.000 0.872 0.044
#> GSM153221 4 0.0510 0.8123 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM153222 4 0.0451 0.8081 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM153223 4 0.0404 0.8110 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM153224 1 0.3975 0.7688 0.792 0.000 0.064 0.000 0.144
#> GSM153225 1 0.1412 0.7909 0.952 0.000 0.004 0.036 0.008
#> GSM153226 4 0.0880 0.8122 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM153227 1 0.2060 0.7963 0.928 0.000 0.036 0.024 0.012
#> GSM153228 4 0.0703 0.8129 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM153229 1 0.3359 0.6850 0.816 0.000 0.000 0.164 0.020
#> GSM153230 1 0.1800 0.7774 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> GSM153231 4 0.0451 0.8081 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM153232 4 0.4201 0.4240 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> GSM153233 4 0.0703 0.8132 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM153234 1 0.3421 0.7152 0.824 0.000 0.008 0.152 0.016
#> GSM153235 1 0.6749 0.0139 0.408 0.000 0.288 0.000 0.304
#> GSM153236 4 0.7289 -0.1060 0.320 0.000 0.020 0.352 0.308
#> GSM153237 1 0.2880 0.7424 0.868 0.000 0.004 0.108 0.020
#> GSM152992 3 0.2068 0.7053 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004
#> GSM152993 1 0.1981 0.7787 0.920 0.000 0.000 0.064 0.016
#> GSM152994 1 0.2635 0.7594 0.888 0.000 0.008 0.088 0.016
#> GSM152995 3 0.4248 0.4319 0.032 0.000 0.784 0.160 0.024
#> GSM152996 4 0.6995 -0.2631 0.048 0.000 0.312 0.504 0.136
#> GSM152997 3 0.3530 0.4389 0.012 0.000 0.784 0.000 0.204
#> GSM152998 1 0.3256 0.7797 0.864 0.000 0.060 0.064 0.012
#> GSM152999 3 0.1764 0.7287 0.064 0.000 0.928 0.000 0.008
#> GSM153000 5 0.6481 0.5054 0.000 0.000 0.408 0.184 0.408
#> GSM153001 4 0.2852 0.7246 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> GSM153002 3 0.5580 0.3794 0.336 0.000 0.576 0.000 0.088
#> GSM153003 3 0.1124 0.7351 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> GSM153004 3 0.6405 -0.2953 0.000 0.176 0.460 0.000 0.364
#> GSM153005 4 0.3861 0.5757 0.264 0.000 0.000 0.728 0.008
#> GSM153006 3 0.1041 0.7342 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> GSM153007 4 0.1270 0.8058 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> GSM153008 1 0.3375 0.7701 0.840 0.000 0.104 0.000 0.056
#> GSM153009 1 0.4800 0.4214 0.604 0.000 0.368 0.000 0.028
#> GSM153010 3 0.0290 0.7173 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.3327 0.7840 0.828 0.000 0.028 0.000 0.144
#> GSM153012 4 0.3707 0.6418 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM153013 4 0.4060 0.5286 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> GSM153014 1 0.3409 0.7828 0.824 0.000 0.032 0.000 0.144
#> GSM153015 3 0.3942 0.5460 0.260 0.000 0.728 0.000 0.012
#> GSM153016 1 0.4689 0.2072 0.560 0.000 0.424 0.000 0.016
#> GSM153017 3 0.1357 0.7352 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> GSM153018 3 0.5566 0.2126 0.416 0.000 0.524 0.052 0.008
#> GSM153019 1 0.3911 0.7707 0.796 0.000 0.060 0.000 0.144
#> GSM153020 3 0.3949 0.2296 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM153021 3 0.0703 0.7297 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.3635 0.3419 0.004 0.000 0.748 0.000 0.248
#> GSM153023 3 0.0290 0.7173 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0290 0.7172 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153025 1 0.3612 0.5370 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM153026 1 0.3111 0.7874 0.840 0.000 0.012 0.004 0.144
#> GSM153027 3 0.6764 -0.5780 0.000 0.000 0.368 0.364 0.268
#> GSM153028 1 0.2331 0.7581 0.900 0.000 0.000 0.080 0.020
#> GSM153029 3 0.1628 0.7049 0.008 0.000 0.936 0.000 0.056
#> GSM153030 1 0.4040 0.5900 0.712 0.000 0.276 0.000 0.012
#> GSM153031 4 0.1792 0.7906 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM153032 3 0.0794 0.7322 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.1043 0.7358 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM153034 3 0.1484 0.7348 0.048 0.000 0.944 0.000 0.008
#> GSM153035 3 0.1124 0.7358 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> GSM153036 1 0.6507 0.4457 0.568 0.000 0.116 0.280 0.036
#> GSM153037 1 0.0932 0.7903 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> GSM153038 1 0.4523 0.4693 0.640 0.000 0.344 0.004 0.012
#> GSM153039 3 0.1106 0.7252 0.024 0.000 0.964 0.000 0.012
#> GSM153040 3 0.0693 0.7149 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> GSM153041 3 0.1197 0.7355 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> GSM153042 4 0.1478 0.8020 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> GSM153043 3 0.4306 0.4751 0.328 0.000 0.660 0.000 0.012
#> GSM153044 3 0.0963 0.7350 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM153045 3 0.2077 0.7179 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> GSM153046 3 0.4040 0.5314 0.276 0.000 0.712 0.000 0.012
#> GSM153047 3 0.0162 0.7129 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM153048 3 0.1894 0.7249 0.072 0.000 0.920 0.000 0.008
#> GSM153049 3 0.0290 0.7172 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM153050 1 0.6141 0.4346 0.560 0.000 0.244 0.000 0.196
#> GSM153051 3 0.5951 -0.1843 0.000 0.116 0.520 0.000 0.364
#> GSM153052 4 0.0703 0.8132 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM153053 4 0.1908 0.7712 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0404 0.9909 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM187531 3 0.6058 -0.2095 0.000 0.128 0.508 0.000 0.364
#> GSM152881 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152882 2 0.0510 0.9854 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152883 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0162 0.9942 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152885 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0404 0.9909 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152890 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152892 2 0.0404 0.9909 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152893 2 0.0404 0.9909 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152894 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152901 2 0.0404 0.9909 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152902 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152903 2 0.0404 0.9909 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152904 2 0.0290 0.9929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152905 2 0.0000 0.9965 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.0146 0.80442 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152823 4 0.0858 0.79080 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM152824 4 0.2176 0.78108 0.024 0.000 0.000 0.896 0.080 0.000
#> GSM152825 1 0.1555 0.80208 0.940 0.000 0.008 0.000 0.012 0.040
#> GSM152826 1 0.1511 0.80130 0.940 0.000 0.004 0.000 0.012 0.044
#> GSM152827 4 0.3377 0.73244 0.028 0.000 0.000 0.784 0.188 0.000
#> GSM152828 5 0.4090 0.06240 0.000 0.000 0.008 0.004 0.604 0.384
#> GSM152829 4 0.4810 0.60211 0.044 0.000 0.000 0.624 0.316 0.016
#> GSM152830 1 0.1511 0.80130 0.940 0.000 0.004 0.000 0.012 0.044
#> GSM152831 1 0.1608 0.80555 0.940 0.000 0.004 0.036 0.004 0.016
#> GSM152832 1 0.1442 0.80200 0.944 0.000 0.004 0.000 0.012 0.040
#> GSM152833 1 0.1297 0.80227 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> GSM152834 4 0.0622 0.77932 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012 0.000
#> GSM152835 4 0.3582 0.72615 0.036 0.000 0.000 0.768 0.196 0.000
#> GSM152836 4 0.0993 0.79010 0.024 0.000 0.000 0.964 0.012 0.000
#> GSM152837 4 0.2219 0.76653 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> GSM152838 4 0.3052 0.68447 0.216 0.000 0.000 0.780 0.004 0.000
#> GSM153178 1 0.3323 0.62969 0.752 0.000 0.240 0.000 0.000 0.008
#> GSM153179 4 0.1411 0.78746 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> GSM153180 1 0.4047 0.42545 0.604 0.000 0.000 0.384 0.012 0.000
#> GSM153181 1 0.1814 0.79311 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> GSM153183 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153184 4 0.5200 0.66212 0.108 0.000 0.004 0.660 0.212 0.016
#> GSM153185 4 0.0790 0.79147 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM153186 1 0.2265 0.79744 0.896 0.000 0.004 0.024 0.076 0.000
#> GSM153187 1 0.2346 0.75571 0.868 0.000 0.124 0.000 0.000 0.008
#> GSM153188 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153189 4 0.3578 0.73745 0.052 0.000 0.000 0.784 0.164 0.000
#> GSM153190 1 0.2492 0.78790 0.892 0.000 0.048 0.000 0.012 0.048
#> GSM153191 4 0.4884 0.65458 0.056 0.000 0.008 0.676 0.244 0.016
#> GSM153192 1 0.4980 0.52245 0.608 0.000 0.000 0.292 0.100 0.000
#> GSM153193 4 0.0858 0.79080 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM153194 4 0.4000 0.57097 0.324 0.000 0.000 0.660 0.008 0.008
#> GSM153195 4 0.3923 0.36101 0.372 0.000 0.000 0.620 0.008 0.000
#> GSM153196 1 0.4059 0.71757 0.752 0.000 0.000 0.148 0.100 0.000
#> GSM153197 4 0.4136 0.15159 0.428 0.000 0.000 0.560 0.012 0.000
#> GSM153198 1 0.1578 0.80068 0.936 0.000 0.004 0.000 0.012 0.048
#> GSM153199 3 0.0363 0.82370 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM153200 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153201 1 0.4244 0.50260 0.652 0.000 0.320 0.020 0.000 0.008
#> GSM153202 4 0.1320 0.79301 0.036 0.000 0.000 0.948 0.016 0.000
#> GSM153203 1 0.1442 0.80200 0.944 0.000 0.004 0.000 0.012 0.040
#> GSM153204 1 0.4291 0.21271 0.548 0.000 0.436 0.000 0.008 0.008
#> GSM153205 4 0.0632 0.79035 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM153206 1 0.2422 0.79013 0.896 0.000 0.052 0.000 0.012 0.040
#> GSM153207 1 0.0363 0.80411 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> GSM153208 4 0.0858 0.79080 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM153209 1 0.1765 0.79374 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000
#> GSM153210 1 0.2355 0.77213 0.876 0.000 0.000 0.112 0.004 0.008
#> GSM153211 1 0.1511 0.80130 0.940 0.000 0.004 0.000 0.012 0.044
#> GSM153212 1 0.3159 0.77280 0.832 0.000 0.000 0.068 0.100 0.000
#> GSM153213 3 0.2778 0.60367 0.168 0.000 0.824 0.000 0.000 0.008
#> GSM153214 1 0.2658 0.78519 0.864 0.000 0.000 0.036 0.100 0.000
#> GSM153215 1 0.4418 0.67292 0.708 0.000 0.000 0.192 0.100 0.000
#> GSM153216 1 0.4059 0.71931 0.752 0.000 0.000 0.148 0.100 0.000
#> GSM153217 1 0.4715 0.15170 0.536 0.000 0.000 0.416 0.048 0.000
#> GSM153218 3 0.3575 0.38381 0.284 0.000 0.708 0.000 0.000 0.008
#> GSM153219 4 0.3923 0.72064 0.060 0.000 0.000 0.748 0.192 0.000
#> GSM153220 4 0.4509 0.61263 0.036 0.000 0.000 0.640 0.316 0.008
#> GSM153221 4 0.1644 0.79331 0.040 0.000 0.000 0.932 0.028 0.000
#> GSM153222 4 0.3377 0.73244 0.028 0.000 0.000 0.784 0.188 0.000
#> GSM153223 4 0.1349 0.78836 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> GSM153224 1 0.2213 0.79423 0.908 0.000 0.032 0.000 0.012 0.048
#> GSM153225 1 0.2624 0.76821 0.856 0.000 0.000 0.124 0.020 0.000
#> GSM153226 4 0.1152 0.79068 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> GSM153227 1 0.2808 0.78237 0.868 0.000 0.028 0.092 0.004 0.008
#> GSM153228 4 0.0865 0.79179 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.4503 0.65944 0.696 0.000 0.000 0.204 0.100 0.000
#> GSM153230 1 0.3103 0.77360 0.836 0.000 0.000 0.064 0.100 0.000
#> GSM153231 4 0.3481 0.72894 0.032 0.000 0.000 0.776 0.192 0.000
#> GSM153232 1 0.4095 0.11426 0.512 0.000 0.000 0.480 0.008 0.000
#> GSM153233 4 0.0858 0.79143 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000
#> GSM153234 1 0.4232 0.69859 0.732 0.000 0.000 0.168 0.100 0.000
#> GSM153235 1 0.5767 0.22681 0.512 0.000 0.328 0.000 0.008 0.152
#> GSM153236 4 0.6631 0.30146 0.236 0.000 0.008 0.488 0.036 0.232
#> GSM153237 1 0.4475 0.66348 0.700 0.000 0.000 0.200 0.100 0.000
#> GSM152992 3 0.2882 0.58342 0.180 0.000 0.812 0.000 0.000 0.008
#> GSM152993 1 0.2436 0.79294 0.880 0.000 0.000 0.032 0.088 0.000
#> GSM152994 1 0.4131 0.71515 0.744 0.000 0.000 0.156 0.100 0.000
#> GSM152995 3 0.4505 0.38117 0.008 0.000 0.732 0.160 0.096 0.004
#> GSM152996 4 0.5833 -0.00625 0.008 0.000 0.384 0.496 0.096 0.016
#> GSM152997 3 0.1881 0.76063 0.004 0.000 0.928 0.020 0.008 0.040
#> GSM152998 1 0.3328 0.76922 0.832 0.000 0.044 0.112 0.004 0.008
#> GSM152999 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153000 5 0.6436 -0.29790 0.000 0.000 0.396 0.068 0.428 0.108
#> GSM153001 4 0.3409 0.60535 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM153002 3 0.4644 0.17477 0.400 0.000 0.564 0.000 0.012 0.024
#> GSM153003 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153004 6 0.4757 0.83738 0.000 0.084 0.280 0.000 0.000 0.636
#> GSM153005 4 0.2771 0.72890 0.116 0.000 0.000 0.852 0.032 0.000
#> GSM153006 3 0.0260 0.82657 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153007 4 0.1219 0.79039 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> GSM153008 1 0.1461 0.79948 0.940 0.000 0.044 0.000 0.000 0.016
#> GSM153009 1 0.2212 0.76375 0.880 0.000 0.112 0.000 0.000 0.008
#> GSM153010 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153011 1 0.1624 0.80052 0.936 0.000 0.008 0.000 0.012 0.044
#> GSM153012 4 0.3807 0.54294 0.368 0.000 0.000 0.628 0.004 0.000
#> GSM153013 4 0.3833 0.38140 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> GSM153014 1 0.1624 0.80107 0.936 0.000 0.008 0.000 0.012 0.044
#> GSM153015 3 0.3133 0.54305 0.212 0.000 0.780 0.000 0.000 0.008
#> GSM153016 1 0.3298 0.62740 0.756 0.000 0.236 0.000 0.000 0.008
#> GSM153017 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153018 1 0.5873 0.07923 0.440 0.000 0.440 0.096 0.016 0.008
#> GSM153019 1 0.1991 0.79756 0.920 0.000 0.024 0.000 0.012 0.044
#> GSM153020 3 0.4394 -0.16408 0.020 0.000 0.608 0.000 0.008 0.364
#> GSM153021 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153022 3 0.2100 0.69620 0.004 0.000 0.884 0.000 0.000 0.112
#> GSM153023 3 0.0260 0.82657 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153024 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153025 1 0.2520 0.73923 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004 0.000
#> GSM153026 1 0.1586 0.80279 0.940 0.000 0.004 0.004 0.012 0.040
#> GSM153027 3 0.6902 -0.35788 0.000 0.000 0.420 0.312 0.072 0.196
#> GSM153028 1 0.3985 0.72575 0.760 0.000 0.000 0.140 0.100 0.000
#> GSM153029 3 0.0260 0.82676 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153030 1 0.2212 0.76427 0.880 0.000 0.112 0.000 0.000 0.008
#> GSM153031 4 0.1411 0.78751 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004 0.000
#> GSM153032 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153033 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153034 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153035 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153036 1 0.3313 0.76444 0.836 0.000 0.068 0.084 0.000 0.012
#> GSM153037 1 0.1908 0.79342 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 0.000
#> GSM153038 1 0.3103 0.70058 0.784 0.000 0.208 0.000 0.000 0.008
#> GSM153039 3 0.0717 0.81760 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> GSM153040 3 0.0653 0.81792 0.004 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012
#> GSM153041 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153042 4 0.2191 0.76493 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004 0.000
#> GSM153043 3 0.2882 0.57938 0.180 0.000 0.812 0.000 0.000 0.008
#> GSM153044 3 0.0260 0.82657 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM153045 3 0.0405 0.82513 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> GSM153046 3 0.3445 0.44818 0.260 0.000 0.732 0.000 0.000 0.008
#> GSM153047 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153048 3 0.1866 0.73295 0.084 0.000 0.908 0.000 0.000 0.008
#> GSM153049 3 0.0146 0.82948 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM153050 1 0.2783 0.72845 0.836 0.000 0.148 0.000 0.000 0.016
#> GSM153051 6 0.4568 0.84651 0.004 0.040 0.344 0.000 0.000 0.612
#> GSM153052 4 0.0937 0.79322 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM153053 4 0.3865 0.71896 0.056 0.000 0.000 0.752 0.192 0.000
#> GSM187528 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM187529 2 0.0000 0.96577 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM187530 2 0.1910 0.90370 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> GSM187531 6 0.4548 0.89201 0.000 0.056 0.312 0.000 0.000 0.632
#> GSM152881 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152882 2 0.2877 0.83118 0.000 0.820 0.000 0.000 0.012 0.168
#> GSM152883 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152884 2 0.1858 0.92086 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 0.076
#> GSM152885 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152886 2 0.0000 0.96577 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM152887 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152888 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152889 2 0.1075 0.94712 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM152890 2 0.0146 0.96562 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM152891 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152892 2 0.1075 0.94712 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM152893 2 0.1141 0.94608 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> GSM152894 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152895 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152896 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152897 2 0.0692 0.96212 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> GSM152898 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152899 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152900 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152901 2 0.1714 0.91992 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM152902 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM152903 2 0.1714 0.91992 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> GSM152904 2 0.1007 0.95056 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM152905 2 0.0146 0.96594 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:mclust 167 3.43e-28 2
#> ATC:mclust 159 6.05e-33 3
#> ATC:mclust 117 2.01e-23 4
#> ATC:mclust 138 9.45e-28 5
#> ATC:mclust 148 3.01e-30 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 11925 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.938 0.929 0.972 0.3860 0.604 0.604
#> 3 3 0.801 0.873 0.942 0.6397 0.656 0.476
#> 4 4 0.697 0.723 0.868 0.0791 0.875 0.692
#> 5 5 0.716 0.785 0.871 0.0481 0.951 0.852
#> 6 6 0.618 0.513 0.742 0.0695 0.936 0.793
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM152822 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152823 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152825 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152826 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152827 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152828 2 0.7299 0.7504 0.204 0.796
#> GSM152829 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152830 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152831 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152832 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152833 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152834 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153178 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153181 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153183 2 0.5178 0.8406 0.116 0.884
#> GSM153184 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153186 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153187 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153188 1 0.1843 0.9570 0.972 0.028
#> GSM153189 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153190 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153191 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153192 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153193 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153196 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153197 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153198 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153199 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153200 1 0.7219 0.7212 0.800 0.200
#> GSM153201 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153202 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153203 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153204 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153205 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153206 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153207 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153208 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153209 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153210 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153211 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153212 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153213 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153214 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153215 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153216 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153217 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153218 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153219 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153224 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153225 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153226 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153227 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153228 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153229 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153230 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153231 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153234 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153235 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153236 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153237 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152992 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152993 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152994 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152995 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152996 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152997 2 0.9732 0.4013 0.404 0.596
#> GSM152998 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM152999 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153000 1 0.8955 0.4951 0.688 0.312
#> GSM153001 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153002 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153003 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM153004 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM153005 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153006 1 0.4161 0.8913 0.916 0.084
#> GSM153007 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153008 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153009 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153010 2 0.8144 0.6856 0.252 0.748
#> GSM153011 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153014 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153015 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153016 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153017 1 0.0938 0.9736 0.988 0.012
#> GSM153018 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153019 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153020 2 0.9775 0.3824 0.412 0.588
#> GSM153021 2 0.6712 0.7832 0.176 0.824
#> GSM153022 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM153023 2 0.9881 0.3176 0.436 0.564
#> GSM153024 2 0.2603 0.8972 0.044 0.956
#> GSM153025 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153026 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153027 1 0.1184 0.9696 0.984 0.016
#> GSM153028 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153029 1 0.9954 0.0296 0.540 0.460
#> GSM153030 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153031 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153032 1 0.9963 0.0120 0.536 0.464
#> GSM153033 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153034 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153035 1 0.1843 0.9571 0.972 0.028
#> GSM153036 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153037 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153038 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153039 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153040 2 0.9998 0.1351 0.492 0.508
#> GSM153041 2 0.9896 0.3058 0.440 0.560
#> GSM153042 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153043 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153044 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153045 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153046 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153047 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM153048 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153049 2 0.6712 0.7830 0.176 0.824
#> GSM153050 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153051 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM153052 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9854 1.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM187530 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM187531 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152881 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152882 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152886 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152887 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152889 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152890 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152891 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152892 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152893 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152894 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152895 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152898 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152899 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152900 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152901 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152902 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152903 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152904 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
#> GSM152905 2 0.0000 0.9260 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM152822 3 0.5529 0.5808 0.296 0.000 0.704
#> GSM152823 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM152824 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM152825 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM152826 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM152827 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM152828 1 0.6079 0.3715 0.612 0.388 0.000
#> GSM152829 1 0.0747 0.9131 0.984 0.016 0.000
#> GSM152830 3 0.0424 0.9355 0.008 0.000 0.992
#> GSM152831 3 0.0747 0.9307 0.016 0.000 0.984
#> GSM152832 3 0.2448 0.8831 0.076 0.000 0.924
#> GSM152833 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM152834 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM152835 1 0.0237 0.9193 0.996 0.004 0.000
#> GSM152836 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM152837 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM152838 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153178 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153179 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153180 1 0.0237 0.9203 0.996 0.000 0.004
#> GSM153181 1 0.4842 0.7344 0.776 0.000 0.224
#> GSM153183 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153184 1 0.0747 0.9131 0.984 0.016 0.000
#> GSM153185 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153186 3 0.5327 0.6288 0.272 0.000 0.728
#> GSM153187 3 0.2165 0.8930 0.064 0.000 0.936
#> GSM153188 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153189 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153190 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM153191 1 0.1031 0.9083 0.976 0.024 0.000
#> GSM153192 1 0.1643 0.9025 0.956 0.000 0.044
#> GSM153193 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153194 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153196 1 0.5835 0.5378 0.660 0.000 0.340
#> GSM153197 1 0.3482 0.8430 0.872 0.000 0.128
#> GSM153198 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM153199 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153200 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153201 1 0.5882 0.5207 0.652 0.000 0.348
#> GSM153202 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153203 3 0.0592 0.9336 0.012 0.000 0.988
#> GSM153204 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM153205 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153206 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM153207 3 0.5291 0.6364 0.268 0.000 0.732
#> GSM153208 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153209 1 0.3752 0.8273 0.856 0.000 0.144
#> GSM153210 1 0.0424 0.9190 0.992 0.000 0.008
#> GSM153211 3 0.1031 0.9257 0.024 0.000 0.976
#> GSM153212 1 0.1643 0.9024 0.956 0.000 0.044
#> GSM153213 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153214 1 0.2711 0.8752 0.912 0.000 0.088
#> GSM153215 1 0.1643 0.9025 0.956 0.000 0.044
#> GSM153216 1 0.3340 0.8497 0.880 0.000 0.120
#> GSM153217 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153218 3 0.3816 0.8134 0.148 0.000 0.852
#> GSM153219 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153220 1 0.0424 0.9173 0.992 0.008 0.000
#> GSM153221 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153222 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153223 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153224 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM153225 1 0.0892 0.9144 0.980 0.000 0.020
#> GSM153226 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153227 1 0.1031 0.9127 0.976 0.000 0.024
#> GSM153228 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153229 1 0.2537 0.8806 0.920 0.000 0.080
#> GSM153230 1 0.5138 0.6958 0.748 0.000 0.252
#> GSM153231 1 0.0237 0.9193 0.996 0.004 0.000
#> GSM153232 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153234 3 0.5650 0.5452 0.312 0.000 0.688
#> GSM153235 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153236 1 0.1031 0.9126 0.976 0.000 0.024
#> GSM153237 1 0.2625 0.8778 0.916 0.000 0.084
#> GSM152992 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM152993 1 0.5529 0.6241 0.704 0.000 0.296
#> GSM152994 1 0.3619 0.8352 0.864 0.000 0.136
#> GSM152995 1 0.0747 0.9131 0.984 0.016 0.000
#> GSM152996 1 0.0747 0.9131 0.984 0.016 0.000
#> GSM152997 1 0.6587 0.3191 0.568 0.424 0.008
#> GSM152998 1 0.0237 0.9203 0.996 0.000 0.004
#> GSM152999 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153000 1 0.3116 0.8358 0.892 0.108 0.000
#> GSM153001 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153002 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153003 3 0.0424 0.9315 0.000 0.008 0.992
#> GSM153004 3 0.5327 0.5676 0.000 0.272 0.728
#> GSM153005 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153006 1 0.5656 0.6415 0.712 0.004 0.284
#> GSM153007 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153008 3 0.1163 0.9229 0.028 0.000 0.972
#> GSM153009 3 0.4002 0.7983 0.160 0.000 0.840
#> GSM153010 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153011 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153012 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153014 3 0.0424 0.9355 0.008 0.000 0.992
#> GSM153015 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153016 3 0.0424 0.9355 0.008 0.000 0.992
#> GSM153017 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153018 1 0.0237 0.9203 0.996 0.000 0.004
#> GSM153019 3 0.0237 0.9372 0.004 0.000 0.996
#> GSM153020 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153021 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153022 2 0.6309 0.0627 0.000 0.500 0.500
#> GSM153023 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153024 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153025 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153026 3 0.0424 0.9355 0.008 0.000 0.992
#> GSM153027 1 0.1289 0.9026 0.968 0.032 0.000
#> GSM153028 1 0.5905 0.5123 0.648 0.000 0.352
#> GSM153029 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153030 3 0.1529 0.9142 0.040 0.000 0.960
#> GSM153031 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153032 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153033 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153034 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153035 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153036 1 0.5058 0.7079 0.756 0.000 0.244
#> GSM153037 1 0.5733 0.5709 0.676 0.000 0.324
#> GSM153038 3 0.5216 0.6509 0.260 0.000 0.740
#> GSM153039 3 0.2165 0.8931 0.064 0.000 0.936
#> GSM153040 3 0.9817 0.1795 0.300 0.272 0.428
#> GSM153041 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153042 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153043 3 0.3879 0.8091 0.152 0.000 0.848
#> GSM153044 1 0.6045 0.4344 0.620 0.000 0.380
#> GSM153045 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153046 1 0.4235 0.7932 0.824 0.000 0.176
#> GSM153047 3 0.1031 0.9167 0.000 0.024 0.976
#> GSM153048 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153049 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153050 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000
#> GSM153051 2 0.5988 0.4502 0.000 0.632 0.368
#> GSM153052 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM153053 1 0.0000 0.9212 1.000 0.000 0.000
#> GSM187528 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM187529 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM187530 2 0.0424 0.9583 0.000 0.992 0.008
#> GSM187531 2 0.1411 0.9448 0.000 0.964 0.036
#> GSM152881 2 0.1031 0.9534 0.000 0.976 0.024
#> GSM152882 2 0.0237 0.9560 0.004 0.996 0.000
#> GSM152883 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152884 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152885 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152886 2 0.0237 0.9583 0.000 0.996 0.004
#> GSM152887 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152888 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152889 2 0.0747 0.9575 0.000 0.984 0.016
#> GSM152890 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152891 2 0.0237 0.9583 0.000 0.996 0.004
#> GSM152892 2 0.0747 0.9575 0.000 0.984 0.016
#> GSM152893 2 0.0892 0.9558 0.000 0.980 0.020
#> GSM152894 2 0.0747 0.9575 0.000 0.984 0.016
#> GSM152895 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152896 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152897 2 0.0000 0.9579 0.000 1.000 0.000
#> GSM152898 2 0.0747 0.9575 0.000 0.984 0.016
#> GSM152899 2 0.0747 0.9575 0.000 0.984 0.016
#> GSM152900 2 0.0237 0.9583 0.000 0.996 0.004
#> GSM152901 2 0.0892 0.9558 0.000 0.980 0.020
#> GSM152902 2 0.0892 0.9558 0.000 0.980 0.020
#> GSM152903 2 0.3116 0.8758 0.000 0.892 0.108
#> GSM152904 2 0.1964 0.9281 0.000 0.944 0.056
#> GSM152905 2 0.0747 0.9575 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM152822 3 0.3355 0.754444 0.160 0.000 0.836 0.004
#> GSM152823 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152824 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152825 3 0.0895 0.893497 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM152826 3 0.0188 0.893935 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152827 1 0.0707 0.881139 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM152828 4 0.5549 0.381161 0.280 0.048 0.000 0.672
#> GSM152829 1 0.3942 0.636104 0.764 0.000 0.000 0.236
#> GSM152830 3 0.0895 0.893683 0.000 0.004 0.976 0.020
#> GSM152831 3 0.2049 0.885576 0.012 0.012 0.940 0.036
#> GSM152832 3 0.0707 0.893788 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM152833 3 0.1675 0.888823 0.004 0.004 0.948 0.044
#> GSM152834 1 0.0469 0.887511 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152835 1 0.0592 0.883290 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM152836 1 0.0469 0.885241 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM152837 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM152838 1 0.1297 0.875931 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM153178 3 0.1771 0.888521 0.004 0.012 0.948 0.036
#> GSM153179 1 0.0469 0.885850 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM153180 1 0.0000 0.887702 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153181 3 0.5400 0.382988 0.372 0.000 0.608 0.020
#> GSM153183 3 0.1059 0.890687 0.000 0.016 0.972 0.012
#> GSM153184 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153185 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153186 3 0.2742 0.847771 0.076 0.000 0.900 0.024
#> GSM153187 3 0.2075 0.884343 0.016 0.004 0.936 0.044
#> GSM153188 3 0.1151 0.890735 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM153189 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153190 3 0.0592 0.894469 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM153191 1 0.0895 0.881570 0.976 0.004 0.000 0.020
#> GSM153192 1 0.1837 0.864984 0.944 0.000 0.028 0.028
#> GSM153193 1 0.0469 0.887348 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM153194 1 0.0000 0.887702 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153195 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153196 1 0.5367 0.508657 0.664 0.000 0.304 0.032
#> GSM153197 1 0.2269 0.858895 0.932 0.008 0.032 0.028
#> GSM153198 3 0.1356 0.891382 0.008 0.000 0.960 0.032
#> GSM153199 3 0.1837 0.884127 0.000 0.028 0.944 0.028
#> GSM153200 3 0.3978 0.762314 0.000 0.012 0.796 0.192
#> GSM153201 3 0.5325 0.684450 0.160 0.000 0.744 0.096
#> GSM153202 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153203 3 0.1229 0.893439 0.008 0.004 0.968 0.020
#> GSM153204 3 0.0336 0.894272 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153205 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153206 3 0.0000 0.893490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM153207 3 0.4123 0.767839 0.136 0.000 0.820 0.044
#> GSM153208 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153209 3 0.5510 0.022503 0.480 0.000 0.504 0.016
#> GSM153210 1 0.2197 0.828986 0.916 0.000 0.080 0.004
#> GSM153211 3 0.1042 0.893392 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM153212 1 0.2924 0.806558 0.884 0.000 0.100 0.016
#> GSM153213 3 0.0804 0.893129 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM153214 1 0.3307 0.794453 0.868 0.000 0.104 0.028
#> GSM153215 1 0.1510 0.870573 0.956 0.000 0.028 0.016
#> GSM153216 1 0.4671 0.641923 0.752 0.000 0.220 0.028
#> GSM153217 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153218 3 0.3037 0.842367 0.020 0.000 0.880 0.100
#> GSM153219 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153220 1 0.2921 0.769055 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM153221 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153222 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153223 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153224 3 0.0188 0.893914 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM153225 1 0.0376 0.887118 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM153226 1 0.0707 0.884683 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM153227 1 0.7419 0.046416 0.436 0.000 0.396 0.168
#> GSM153228 1 0.0469 0.887348 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM153229 1 0.1975 0.857094 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM153230 1 0.4692 0.650658 0.756 0.000 0.212 0.032
#> GSM153231 1 0.0336 0.886711 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153232 1 0.0000 0.887702 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153233 1 0.0336 0.886913 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153234 1 0.6292 0.430235 0.608 0.016 0.332 0.044
#> GSM153235 3 0.3916 0.816944 0.004 0.092 0.848 0.056
#> GSM153236 1 0.3204 0.832077 0.892 0.028 0.016 0.064
#> GSM153237 1 0.1706 0.865980 0.948 0.000 0.036 0.016
#> GSM152992 3 0.2300 0.871198 0.000 0.048 0.924 0.028
#> GSM152993 1 0.6043 0.392131 0.592 0.004 0.360 0.044
#> GSM152994 1 0.4155 0.632352 0.756 0.000 0.240 0.004
#> GSM152995 4 0.6189 0.281886 0.364 0.008 0.044 0.584
#> GSM152996 4 0.5292 -0.006516 0.480 0.000 0.008 0.512
#> GSM152997 4 0.4856 0.371480 0.124 0.032 0.040 0.804
#> GSM152998 1 0.7790 -0.003222 0.420 0.000 0.264 0.316
#> GSM152999 3 0.1938 0.877879 0.000 0.012 0.936 0.052
#> GSM153000 4 0.4776 0.390349 0.272 0.016 0.000 0.712
#> GSM153001 1 0.0188 0.887200 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM153002 3 0.0188 0.893935 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM153003 3 0.2255 0.869482 0.000 0.012 0.920 0.068
#> GSM153004 2 0.4336 0.622316 0.000 0.812 0.128 0.060
#> GSM153005 1 0.1706 0.869144 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM153006 4 0.6708 0.000221 0.040 0.028 0.396 0.536
#> GSM153007 1 0.0592 0.884365 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM153008 3 0.1042 0.893431 0.008 0.000 0.972 0.020
#> GSM153009 3 0.2685 0.869291 0.044 0.004 0.912 0.040
#> GSM153010 3 0.1174 0.888481 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM153011 3 0.0967 0.893692 0.004 0.004 0.976 0.016
#> GSM153012 1 0.0000 0.887702 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153013 1 0.0000 0.887702 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM153014 3 0.0779 0.893791 0.004 0.000 0.980 0.016
#> GSM153015 3 0.0817 0.893909 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM153016 3 0.1022 0.890019 0.000 0.000 0.968 0.032
#> GSM153017 3 0.1767 0.881443 0.000 0.012 0.944 0.044
#> GSM153018 1 0.7307 0.046382 0.468 0.000 0.156 0.376
#> GSM153019 3 0.0524 0.893883 0.004 0.000 0.988 0.008
#> GSM153020 3 0.6422 0.399957 0.004 0.336 0.588 0.072
#> GSM153021 3 0.0804 0.892095 0.000 0.008 0.980 0.012
#> GSM153022 3 0.6007 0.262857 0.000 0.044 0.548 0.408
#> GSM153023 3 0.2234 0.882140 0.004 0.008 0.924 0.064
#> GSM153024 3 0.1929 0.883081 0.000 0.036 0.940 0.024
#> GSM153025 1 0.0376 0.887118 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM153026 3 0.1639 0.889076 0.008 0.004 0.952 0.036
#> GSM153027 1 0.1182 0.874925 0.968 0.016 0.000 0.016
#> GSM153028 1 0.5837 0.295930 0.564 0.000 0.400 0.036
#> GSM153029 3 0.1471 0.893108 0.004 0.012 0.960 0.024
#> GSM153030 3 0.1151 0.893510 0.008 0.000 0.968 0.024
#> GSM153031 1 0.0336 0.886913 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153032 3 0.1209 0.892563 0.000 0.004 0.964 0.032
#> GSM153033 3 0.0992 0.894405 0.004 0.008 0.976 0.012
#> GSM153034 3 0.0657 0.893760 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM153035 3 0.0469 0.894302 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153036 1 0.3146 0.835872 0.896 0.016 0.056 0.032
#> GSM153037 3 0.5543 0.405491 0.360 0.000 0.612 0.028
#> GSM153038 3 0.2412 0.846982 0.084 0.000 0.908 0.008
#> GSM153039 3 0.3521 0.841598 0.076 0.016 0.876 0.032
#> GSM153040 4 0.8845 0.247019 0.104 0.164 0.244 0.488
#> GSM153041 3 0.1174 0.888481 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM153042 1 0.0336 0.886913 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153043 3 0.2402 0.876594 0.012 0.000 0.912 0.076
#> GSM153044 3 0.6743 0.391111 0.080 0.008 0.556 0.356
#> GSM153045 3 0.1256 0.888383 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM153046 3 0.7357 0.230266 0.320 0.000 0.500 0.180
#> GSM153047 3 0.1629 0.884851 0.000 0.024 0.952 0.024
#> GSM153048 3 0.1629 0.886685 0.000 0.024 0.952 0.024
#> GSM153049 3 0.1733 0.886619 0.000 0.028 0.948 0.024
#> GSM153050 3 0.4821 0.783755 0.032 0.104 0.812 0.052
#> GSM153051 2 0.6752 0.417439 0.000 0.588 0.132 0.280
#> GSM153052 1 0.0336 0.886913 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM153053 1 0.1302 0.863997 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM187528 4 0.5000 -0.199695 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM187529 2 0.4985 0.250173 0.000 0.532 0.000 0.468
#> GSM187530 2 0.4746 0.510453 0.000 0.632 0.000 0.368
#> GSM187531 2 0.0707 0.788735 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM152881 2 0.1284 0.782223 0.000 0.964 0.012 0.024
#> GSM152882 2 0.3801 0.702138 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM152883 4 0.4955 -0.045248 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM152884 4 0.4477 0.141978 0.000 0.312 0.000 0.688
#> GSM152885 4 0.4955 -0.045248 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM152886 2 0.4304 0.635636 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM152887 4 0.4804 0.058000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> GSM152888 2 0.4661 0.535536 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM152889 2 0.2921 0.771956 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM152890 2 0.4477 0.590039 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM152891 2 0.2281 0.788627 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM152892 2 0.2469 0.784628 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM152893 2 0.2647 0.782333 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM152894 2 0.2530 0.784241 0.000 0.888 0.000 0.112
#> GSM152895 4 0.4961 -0.068750 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM152896 4 0.4967 -0.081988 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM152897 4 0.4955 -0.045248 0.000 0.444 0.000 0.556
#> GSM152898 2 0.1388 0.789256 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM152899 2 0.1576 0.791438 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM152900 2 0.1022 0.795270 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM152901 2 0.1356 0.775940 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM152902 2 0.0927 0.784419 0.000 0.976 0.008 0.016
#> GSM152903 2 0.2032 0.753444 0.000 0.936 0.028 0.036
#> GSM152904 2 0.1610 0.769154 0.000 0.952 0.016 0.032
#> GSM152905 2 0.0779 0.793101 0.000 0.980 0.004 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM152822 1 0.3564 0.8244 0.852 0.008 0.024 0.092 0.024
#> GSM152823 4 0.0992 0.8935 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM152824 4 0.0955 0.8930 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> GSM152825 1 0.2253 0.8777 0.920 0.028 0.016 0.000 0.036
#> GSM152826 1 0.1904 0.8788 0.936 0.028 0.016 0.000 0.020
#> GSM152827 4 0.1990 0.8702 0.000 0.004 0.008 0.920 0.068
#> GSM152828 5 0.3870 0.5851 0.000 0.008 0.092 0.080 0.820
#> GSM152829 5 0.4331 0.3576 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> GSM152830 1 0.2569 0.8763 0.908 0.044 0.016 0.004 0.028
#> GSM152831 1 0.3199 0.8432 0.872 0.008 0.008 0.040 0.072
#> GSM152832 1 0.2115 0.8754 0.928 0.004 0.008 0.028 0.032
#> GSM152833 1 0.2331 0.8603 0.908 0.000 0.008 0.016 0.068
#> GSM152834 4 0.0162 0.8973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM152835 4 0.1924 0.8730 0.000 0.004 0.008 0.924 0.064
#> GSM152836 4 0.1251 0.8895 0.000 0.000 0.008 0.956 0.036
#> GSM152837 4 0.0290 0.8973 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM152838 4 0.1026 0.8954 0.004 0.000 0.004 0.968 0.024
#> GSM153178 1 0.3532 0.8444 0.848 0.032 0.016 0.004 0.100
#> GSM153179 4 0.0833 0.8967 0.004 0.000 0.004 0.976 0.016
#> GSM153180 4 0.1059 0.8921 0.020 0.000 0.004 0.968 0.008
#> GSM153181 1 0.4235 0.6110 0.748 0.000 0.012 0.220 0.020
#> GSM153183 1 0.2417 0.8731 0.912 0.040 0.016 0.000 0.032
#> GSM153184 4 0.1357 0.8908 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> GSM153185 4 0.0451 0.8967 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM153186 1 0.2968 0.8169 0.872 0.000 0.008 0.092 0.028
#> GSM153187 1 0.2537 0.8720 0.904 0.000 0.024 0.016 0.056
#> GSM153188 1 0.2649 0.8663 0.900 0.036 0.016 0.000 0.048
#> GSM153189 4 0.1082 0.8924 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028
#> GSM153190 1 0.1356 0.8769 0.956 0.000 0.012 0.004 0.028
#> GSM153191 4 0.2451 0.8675 0.004 0.000 0.056 0.904 0.036
#> GSM153192 4 0.1673 0.8868 0.016 0.000 0.008 0.944 0.032
#> GSM153193 4 0.0566 0.8967 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM153194 4 0.1612 0.8884 0.016 0.000 0.012 0.948 0.024
#> GSM153195 4 0.0290 0.8976 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153196 4 0.4402 0.6828 0.172 0.000 0.008 0.764 0.056
#> GSM153197 4 0.2312 0.8734 0.016 0.000 0.012 0.912 0.060
#> GSM153198 1 0.1646 0.8715 0.944 0.000 0.020 0.004 0.032
#> GSM153199 1 0.2499 0.8707 0.908 0.036 0.016 0.000 0.040
#> GSM153200 1 0.2624 0.8387 0.872 0.000 0.012 0.000 0.116
#> GSM153201 1 0.3376 0.8253 0.848 0.000 0.012 0.032 0.108
#> GSM153202 4 0.1043 0.8893 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> GSM153203 1 0.2958 0.8696 0.888 0.032 0.012 0.008 0.060
#> GSM153204 1 0.1372 0.8764 0.956 0.000 0.016 0.004 0.024
#> GSM153205 4 0.0566 0.8965 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM153206 1 0.1153 0.8767 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> GSM153207 1 0.3876 0.7703 0.824 0.000 0.020 0.108 0.048
#> GSM153208 4 0.0671 0.8958 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> GSM153209 1 0.4727 0.5351 0.704 0.000 0.016 0.252 0.028
#> GSM153210 4 0.5033 0.3976 0.312 0.000 0.012 0.644 0.032
#> GSM153211 1 0.1372 0.8733 0.956 0.000 0.016 0.004 0.024
#> GSM153212 4 0.3443 0.7821 0.120 0.000 0.012 0.840 0.028
#> GSM153213 1 0.1682 0.8776 0.944 0.012 0.012 0.000 0.032
#> GSM153214 4 0.3079 0.8202 0.092 0.000 0.012 0.868 0.028
#> GSM153215 4 0.1588 0.8860 0.028 0.000 0.008 0.948 0.016
#> GSM153216 4 0.4479 0.6439 0.200 0.000 0.012 0.748 0.040
#> GSM153217 4 0.1365 0.8914 0.004 0.000 0.004 0.952 0.040
#> GSM153218 1 0.3492 0.7516 0.796 0.000 0.016 0.000 0.188
#> GSM153219 4 0.1522 0.8877 0.000 0.000 0.012 0.944 0.044
#> GSM153220 4 0.3508 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> GSM153221 4 0.0609 0.8954 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM153222 4 0.1270 0.8839 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> GSM153223 4 0.0798 0.8954 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM153224 1 0.0613 0.8777 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> GSM153225 4 0.0290 0.8983 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM153226 4 0.0798 0.8955 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> GSM153227 1 0.5657 0.5184 0.664 0.000 0.012 0.136 0.188
#> GSM153228 4 0.0566 0.8963 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM153229 4 0.1954 0.8778 0.032 0.000 0.008 0.932 0.028
#> GSM153230 4 0.3880 0.7755 0.116 0.000 0.016 0.820 0.048
#> GSM153231 4 0.1197 0.8858 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> GSM153232 4 0.0451 0.8976 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM153233 4 0.0324 0.8976 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM153234 4 0.4975 0.6771 0.136 0.000 0.016 0.740 0.108
#> GSM153235 1 0.5038 0.7493 0.760 0.016 0.044 0.036 0.144
#> GSM153236 4 0.4118 0.7704 0.008 0.004 0.072 0.808 0.108
#> GSM153237 4 0.1442 0.8870 0.032 0.000 0.004 0.952 0.012
#> GSM152992 1 0.4112 0.8152 0.808 0.116 0.020 0.000 0.056
#> GSM152993 4 0.6169 0.3713 0.284 0.000 0.028 0.592 0.096
#> GSM152994 4 0.4595 0.2471 0.400 0.000 0.004 0.588 0.008
#> GSM152995 5 0.4372 0.6347 0.044 0.000 0.068 0.084 0.804
#> GSM152996 5 0.5355 0.5734 0.028 0.000 0.064 0.216 0.692
#> GSM152997 5 0.7670 0.3878 0.208 0.000 0.300 0.068 0.424
#> GSM152998 5 0.6547 0.2372 0.420 0.000 0.008 0.152 0.420
#> GSM152999 1 0.2517 0.8579 0.884 0.008 0.004 0.000 0.104
#> GSM153000 5 0.4106 0.5570 0.000 0.004 0.136 0.068 0.792
#> GSM153001 4 0.0324 0.8980 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM153002 1 0.2072 0.8727 0.928 0.020 0.016 0.000 0.036
#> GSM153003 1 0.2645 0.8562 0.884 0.008 0.012 0.000 0.096
#> GSM153004 2 0.6352 0.4915 0.136 0.640 0.164 0.000 0.060
#> GSM153005 4 0.2429 0.8612 0.008 0.000 0.020 0.904 0.068
#> GSM153006 5 0.4163 0.6028 0.176 0.000 0.040 0.008 0.776
#> GSM153007 4 0.0451 0.8977 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM153008 1 0.1597 0.8719 0.948 0.000 0.020 0.008 0.024
#> GSM153009 1 0.3135 0.8323 0.876 0.000 0.028 0.060 0.036
#> GSM153010 1 0.1983 0.8744 0.924 0.008 0.008 0.000 0.060
#> GSM153011 1 0.1277 0.8777 0.960 0.004 0.004 0.004 0.028
#> GSM153012 4 0.0566 0.8982 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> GSM153013 4 0.1588 0.8850 0.028 0.000 0.008 0.948 0.016
#> GSM153014 1 0.1173 0.8743 0.964 0.000 0.012 0.004 0.020
#> GSM153015 1 0.1267 0.8756 0.960 0.000 0.012 0.004 0.024
#> GSM153016 1 0.1285 0.8775 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> GSM153017 1 0.3767 0.8139 0.820 0.032 0.016 0.000 0.132
#> GSM153018 5 0.4624 0.6500 0.096 0.000 0.004 0.148 0.752
#> GSM153019 1 0.1059 0.8747 0.968 0.000 0.008 0.004 0.020
#> GSM153020 1 0.6669 0.2730 0.540 0.012 0.316 0.020 0.112
#> GSM153021 1 0.1764 0.8744 0.940 0.012 0.012 0.000 0.036
#> GSM153022 3 0.5088 0.0503 0.392 0.004 0.572 0.000 0.032
#> GSM153023 1 0.2589 0.8598 0.900 0.000 0.044 0.008 0.048
#> GSM153024 1 0.3287 0.8526 0.864 0.068 0.016 0.000 0.052
#> GSM153025 4 0.2124 0.8715 0.044 0.000 0.012 0.924 0.020
#> GSM153026 1 0.2198 0.8652 0.920 0.000 0.020 0.012 0.048
#> GSM153027 4 0.2321 0.8686 0.000 0.008 0.056 0.912 0.024
#> GSM153028 4 0.5692 0.2870 0.352 0.000 0.012 0.572 0.064
#> GSM153029 1 0.1205 0.8788 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> GSM153030 1 0.1780 0.8703 0.940 0.000 0.028 0.008 0.024
#> GSM153031 4 0.0404 0.8974 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM153032 1 0.1648 0.8787 0.940 0.000 0.020 0.000 0.040
#> GSM153033 1 0.1588 0.8797 0.948 0.008 0.016 0.000 0.028
#> GSM153034 1 0.2338 0.8705 0.916 0.036 0.016 0.000 0.032
#> GSM153035 1 0.1106 0.8777 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> GSM153036 4 0.2403 0.8668 0.012 0.000 0.012 0.904 0.072
#> GSM153037 1 0.4292 0.6074 0.748 0.000 0.012 0.216 0.024
#> GSM153038 1 0.1569 0.8793 0.948 0.000 0.012 0.032 0.008
#> GSM153039 1 0.3394 0.8586 0.868 0.024 0.020 0.016 0.072
#> GSM153040 5 0.4057 0.6060 0.124 0.024 0.028 0.008 0.816
#> GSM153041 1 0.2060 0.8734 0.924 0.008 0.016 0.000 0.052
#> GSM153042 4 0.0324 0.8980 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> GSM153043 1 0.2291 0.8603 0.908 0.000 0.012 0.008 0.072
#> GSM153044 1 0.5083 -0.0225 0.496 0.000 0.020 0.008 0.476
#> GSM153045 1 0.2291 0.8703 0.908 0.008 0.012 0.000 0.072
#> GSM153046 5 0.5593 0.3384 0.384 0.016 0.004 0.036 0.560
#> GSM153047 1 0.3485 0.8442 0.852 0.060 0.016 0.000 0.072
#> GSM153048 1 0.3191 0.8527 0.868 0.076 0.016 0.000 0.040
#> GSM153049 1 0.3126 0.8549 0.868 0.088 0.016 0.000 0.028
#> GSM153050 1 0.5939 0.6766 0.704 0.028 0.032 0.092 0.144
#> GSM153051 3 0.4874 0.7214 0.028 0.108 0.760 0.000 0.104
#> GSM153052 4 0.0451 0.8974 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> GSM153053 4 0.1608 0.8697 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> GSM187528 3 0.5032 0.6956 0.000 0.220 0.688 0.000 0.092
#> GSM187529 3 0.2921 0.8027 0.000 0.124 0.856 0.000 0.020
#> GSM187530 3 0.3764 0.7752 0.000 0.156 0.800 0.000 0.044
#> GSM187531 2 0.1557 0.8532 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> GSM152881 2 0.0290 0.8411 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM152882 2 0.3789 0.7376 0.000 0.760 0.224 0.000 0.016
#> GSM152883 3 0.2077 0.8122 0.000 0.084 0.908 0.000 0.008
#> GSM152884 3 0.3201 0.8029 0.000 0.096 0.852 0.000 0.052
#> GSM152885 3 0.2130 0.8111 0.000 0.080 0.908 0.000 0.012
#> GSM152886 3 0.4127 0.6012 0.000 0.312 0.680 0.000 0.008
#> GSM152887 3 0.2712 0.8098 0.000 0.088 0.880 0.000 0.032
#> GSM152888 3 0.4161 0.6563 0.000 0.280 0.704 0.000 0.016
#> GSM152889 2 0.4127 0.5859 0.000 0.680 0.312 0.000 0.008
#> GSM152890 3 0.4494 0.4394 0.000 0.380 0.608 0.000 0.012
#> GSM152891 2 0.2825 0.8272 0.000 0.860 0.124 0.000 0.016
#> GSM152892 2 0.3242 0.7601 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM152893 2 0.3395 0.7292 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> GSM152894 2 0.3300 0.7679 0.000 0.792 0.204 0.000 0.004
#> GSM152895 3 0.2344 0.7952 0.000 0.064 0.904 0.000 0.032
#> GSM152896 3 0.1831 0.8099 0.000 0.076 0.920 0.000 0.004
#> GSM152897 3 0.2017 0.8122 0.000 0.080 0.912 0.000 0.008
#> GSM152898 2 0.1386 0.8541 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> GSM152899 2 0.1725 0.8530 0.000 0.936 0.044 0.000 0.020
#> GSM152900 2 0.2305 0.8420 0.000 0.896 0.092 0.000 0.012
#> GSM152901 2 0.0451 0.8472 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM152902 2 0.0671 0.8514 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> GSM152903 2 0.0807 0.8255 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> GSM152904 2 0.0693 0.8437 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> GSM152905 2 0.1018 0.8524 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM152822 1 0.5942 -0.11540 0.524 0.000 0.332 0.108 0.036 0.000
#> GSM152823 4 0.1528 0.80908 0.000 0.000 0.048 0.936 0.016 0.000
#> GSM152824 4 0.1341 0.81221 0.000 0.000 0.028 0.948 0.024 0.000
#> GSM152825 1 0.3954 0.26053 0.688 0.008 0.292 0.000 0.012 0.000
#> GSM152826 1 0.3298 0.37266 0.756 0.000 0.236 0.000 0.008 0.000
#> GSM152827 4 0.2747 0.76126 0.000 0.000 0.044 0.860 0.096 0.000
#> GSM152828 5 0.1391 0.58450 0.000 0.000 0.000 0.040 0.944 0.016
#> GSM152829 5 0.3645 0.50028 0.000 0.000 0.024 0.236 0.740 0.000
#> GSM152830 1 0.3366 0.45355 0.816 0.016 0.148 0.000 0.016 0.004
#> GSM152831 1 0.3780 0.40416 0.760 0.000 0.204 0.020 0.016 0.000
#> GSM152832 1 0.2631 0.48647 0.856 0.000 0.128 0.012 0.004 0.000
#> GSM152833 1 0.2525 0.50383 0.876 0.000 0.100 0.012 0.012 0.000
#> GSM152834 4 0.0891 0.81683 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008 0.000
#> GSM152835 4 0.1930 0.79875 0.000 0.000 0.036 0.916 0.048 0.000
#> GSM152836 4 0.1492 0.80839 0.000 0.000 0.036 0.940 0.024 0.000
#> GSM152837 4 0.2058 0.81190 0.036 0.000 0.056 0.908 0.000 0.000
#> GSM152838 4 0.1700 0.81920 0.024 0.000 0.028 0.936 0.012 0.000
#> GSM153178 3 0.4151 0.58206 0.412 0.004 0.576 0.000 0.000 0.008
#> GSM153179 4 0.1679 0.82129 0.036 0.000 0.016 0.936 0.012 0.000
#> GSM153180 4 0.2905 0.78830 0.084 0.000 0.064 0.852 0.000 0.000
#> GSM153181 1 0.3773 0.38799 0.752 0.000 0.044 0.204 0.000 0.000
#> GSM153183 1 0.3277 0.42314 0.812 0.024 0.156 0.000 0.008 0.000
#> GSM153184 4 0.3963 0.74229 0.076 0.000 0.132 0.780 0.012 0.000
#> GSM153185 4 0.0748 0.82056 0.004 0.000 0.016 0.976 0.004 0.000
#> GSM153186 1 0.3108 0.49029 0.844 0.000 0.076 0.076 0.004 0.000
#> GSM153187 1 0.4318 -0.27811 0.532 0.000 0.448 0.000 0.000 0.020
#> GSM153188 1 0.4665 -0.18963 0.552 0.012 0.412 0.000 0.024 0.000
#> GSM153189 4 0.1498 0.80898 0.000 0.000 0.032 0.940 0.028 0.000
#> GSM153190 1 0.0692 0.52296 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004 0.000
#> GSM153191 4 0.7468 0.28749 0.088 0.008 0.248 0.476 0.028 0.152
#> GSM153192 4 0.1700 0.82259 0.028 0.000 0.024 0.936 0.012 0.000
#> GSM153193 4 0.0972 0.81575 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> GSM153194 4 0.4835 0.66885 0.092 0.000 0.184 0.704 0.016 0.004
#> GSM153195 4 0.2094 0.81386 0.016 0.000 0.068 0.908 0.008 0.000
#> GSM153196 4 0.4878 0.54068 0.296 0.000 0.068 0.628 0.008 0.000
#> GSM153197 4 0.2742 0.80203 0.036 0.000 0.072 0.876 0.016 0.000
#> GSM153198 1 0.1245 0.52328 0.952 0.000 0.032 0.016 0.000 0.000
#> GSM153199 1 0.5095 -0.01062 0.584 0.024 0.352 0.000 0.036 0.004
#> GSM153200 1 0.3907 0.43868 0.764 0.000 0.152 0.000 0.084 0.000
#> GSM153201 1 0.4857 0.38755 0.684 0.000 0.180 0.008 0.128 0.000
#> GSM153202 4 0.1418 0.81066 0.000 0.000 0.032 0.944 0.024 0.000
#> GSM153203 1 0.4533 -0.36301 0.504 0.004 0.468 0.024 0.000 0.000
#> GSM153204 1 0.1219 0.52245 0.948 0.000 0.048 0.000 0.004 0.000
#> GSM153205 4 0.0891 0.81841 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008 0.000
#> GSM153206 1 0.1010 0.52006 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> GSM153207 1 0.3413 0.44613 0.812 0.000 0.080 0.108 0.000 0.000
#> GSM153208 4 0.1049 0.81450 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008 0.000
#> GSM153209 1 0.4334 0.39154 0.736 0.000 0.116 0.144 0.000 0.004
#> GSM153210 1 0.5608 -0.09051 0.480 0.000 0.128 0.388 0.004 0.000
#> GSM153211 1 0.1605 0.51600 0.936 0.000 0.044 0.016 0.004 0.000
#> GSM153212 4 0.5345 0.37163 0.364 0.000 0.116 0.520 0.000 0.000
#> GSM153213 1 0.3984 -0.05185 0.596 0.008 0.396 0.000 0.000 0.000
#> GSM153214 4 0.4805 0.63251 0.204 0.000 0.116 0.676 0.004 0.000
#> GSM153215 4 0.3513 0.76616 0.100 0.000 0.084 0.812 0.004 0.000
#> GSM153216 4 0.5449 0.24948 0.436 0.000 0.092 0.464 0.008 0.000
#> GSM153217 4 0.3662 0.77137 0.076 0.000 0.096 0.812 0.016 0.000
#> GSM153218 1 0.4361 0.41810 0.720 0.000 0.168 0.000 0.112 0.000
#> GSM153219 4 0.4546 0.69332 0.052 0.000 0.192 0.724 0.032 0.000
#> GSM153220 4 0.3982 0.68049 0.000 0.000 0.060 0.740 0.200 0.000
#> GSM153221 4 0.2485 0.80539 0.024 0.000 0.084 0.884 0.008 0.000
#> GSM153222 4 0.2058 0.81265 0.000 0.000 0.056 0.908 0.036 0.000
#> GSM153223 4 0.1418 0.81066 0.000 0.000 0.032 0.944 0.024 0.000
#> GSM153224 1 0.1753 0.50402 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004 0.000
#> GSM153225 4 0.2344 0.81234 0.048 0.000 0.052 0.896 0.004 0.000
#> GSM153226 4 0.1225 0.81444 0.000 0.000 0.036 0.952 0.012 0.000
#> GSM153227 1 0.4861 0.41923 0.732 0.000 0.084 0.072 0.112 0.000
#> GSM153228 4 0.1049 0.81450 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008 0.000
#> GSM153229 4 0.2307 0.81372 0.064 0.000 0.024 0.900 0.012 0.000
#> GSM153230 4 0.4426 0.66075 0.132 0.000 0.116 0.740 0.012 0.000
#> GSM153231 4 0.1572 0.81321 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028 0.000
#> GSM153232 4 0.1116 0.81857 0.004 0.000 0.028 0.960 0.008 0.000
#> GSM153233 4 0.0748 0.82091 0.004 0.000 0.016 0.976 0.004 0.000
#> GSM153234 4 0.4455 0.69369 0.144 0.000 0.100 0.740 0.016 0.000
#> GSM153235 3 0.5011 0.66045 0.328 0.004 0.604 0.004 0.004 0.056
#> GSM153236 4 0.5396 0.53348 0.004 0.000 0.200 0.652 0.024 0.120
#> GSM153237 4 0.1946 0.81493 0.072 0.000 0.012 0.912 0.004 0.000
#> GSM152992 3 0.4875 0.58393 0.400 0.052 0.544 0.000 0.004 0.000
#> GSM152993 4 0.5374 0.45292 0.332 0.000 0.080 0.572 0.012 0.004
#> GSM152994 4 0.4602 0.10045 0.484 0.000 0.028 0.484 0.004 0.000
#> GSM152995 5 0.5710 0.58470 0.092 0.004 0.148 0.040 0.684 0.032
#> GSM152996 5 0.8724 0.35339 0.228 0.008 0.216 0.176 0.300 0.072
#> GSM152997 1 0.7665 -0.14131 0.444 0.008 0.208 0.024 0.096 0.220
#> GSM152998 1 0.6090 0.20327 0.608 0.000 0.152 0.092 0.148 0.000
#> GSM152999 1 0.5767 -0.30380 0.484 0.000 0.324 0.000 0.192 0.000
#> GSM153000 5 0.5620 0.54662 0.024 0.008 0.152 0.032 0.688 0.096
#> GSM153001 4 0.0972 0.82225 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> GSM153002 1 0.4230 -0.09701 0.584 0.008 0.400 0.000 0.008 0.000
#> GSM153003 1 0.4839 0.27641 0.684 0.000 0.188 0.000 0.120 0.008
#> GSM153004 3 0.6846 0.41049 0.132 0.268 0.492 0.000 0.004 0.104
#> GSM153005 4 0.2201 0.81054 0.012 0.000 0.048 0.912 0.024 0.004
#> GSM153006 5 0.5849 0.27238 0.404 0.000 0.164 0.000 0.428 0.004
#> GSM153007 4 0.0881 0.82190 0.008 0.000 0.012 0.972 0.008 0.000
#> GSM153008 1 0.2152 0.50546 0.904 0.000 0.068 0.024 0.004 0.000
#> GSM153009 1 0.2737 0.51289 0.868 0.000 0.084 0.044 0.000 0.004
#> GSM153010 1 0.5472 -0.46896 0.468 0.000 0.448 0.000 0.036 0.048
#> GSM153011 1 0.2595 0.45258 0.836 0.000 0.160 0.000 0.004 0.000
#> GSM153012 4 0.2384 0.80228 0.032 0.000 0.084 0.884 0.000 0.000
#> GSM153013 4 0.3813 0.74936 0.092 0.000 0.108 0.792 0.008 0.000
#> GSM153014 1 0.2070 0.52128 0.892 0.000 0.100 0.008 0.000 0.000
#> GSM153015 1 0.1010 0.52260 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004 0.000
#> GSM153016 1 0.1802 0.50939 0.916 0.000 0.072 0.000 0.012 0.000
#> GSM153017 1 0.5988 -0.39102 0.440 0.004 0.356 0.000 0.200 0.000
#> GSM153018 5 0.3075 0.61148 0.016 0.000 0.040 0.092 0.852 0.000
#> GSM153019 1 0.1075 0.51651 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM153020 3 0.5858 0.39207 0.176 0.000 0.472 0.000 0.004 0.348
#> GSM153021 1 0.4217 -0.32141 0.524 0.000 0.464 0.000 0.008 0.004
#> GSM153022 6 0.5056 0.36442 0.220 0.000 0.132 0.000 0.004 0.644
#> GSM153023 1 0.3893 0.42596 0.752 0.000 0.212 0.004 0.016 0.016
#> GSM153024 3 0.4528 0.46910 0.452 0.012 0.524 0.000 0.008 0.004
#> GSM153025 4 0.6160 0.33807 0.264 0.000 0.228 0.492 0.016 0.000
#> GSM153026 1 0.1970 0.51946 0.920 0.000 0.044 0.028 0.008 0.000
#> GSM153027 4 0.7244 0.36740 0.064 0.068 0.260 0.520 0.012 0.076
#> GSM153028 1 0.5457 0.12265 0.544 0.000 0.124 0.328 0.004 0.000
#> GSM153029 1 0.3945 -0.00896 0.612 0.000 0.380 0.000 0.000 0.008
#> GSM153030 1 0.2586 0.49344 0.876 0.000 0.096 0.020 0.004 0.004
#> GSM153031 4 0.2046 0.81603 0.032 0.000 0.044 0.916 0.008 0.000
#> GSM153032 1 0.3774 0.20314 0.664 0.000 0.328 0.000 0.008 0.000
#> GSM153033 1 0.3998 -0.26047 0.504 0.004 0.492 0.000 0.000 0.000
#> GSM153034 1 0.4253 -0.11814 0.572 0.008 0.412 0.000 0.008 0.000
#> GSM153035 1 0.3819 0.05593 0.624 0.000 0.372 0.000 0.000 0.004
#> GSM153036 4 0.4022 0.53434 0.004 0.004 0.300 0.680 0.012 0.000
#> GSM153037 1 0.4894 0.34130 0.672 0.000 0.180 0.144 0.004 0.000
#> GSM153038 1 0.4131 0.02213 0.600 0.000 0.384 0.016 0.000 0.000
#> GSM153039 3 0.5381 0.63220 0.324 0.004 0.596 0.036 0.008 0.032
#> GSM153040 5 0.2312 0.57823 0.012 0.004 0.080 0.000 0.896 0.008
#> GSM153041 1 0.3529 0.39366 0.764 0.000 0.208 0.000 0.028 0.000
#> GSM153042 4 0.0547 0.82320 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM153043 1 0.3823 0.45931 0.764 0.000 0.184 0.004 0.048 0.000
#> GSM153044 5 0.4901 0.37239 0.164 0.000 0.136 0.000 0.688 0.012
#> GSM153045 1 0.5288 -0.39508 0.476 0.000 0.424 0.000 0.100 0.000
#> GSM153046 5 0.5210 0.32288 0.156 0.000 0.196 0.008 0.640 0.000
#> GSM153047 3 0.5583 0.61685 0.368 0.004 0.536 0.000 0.064 0.028
#> GSM153048 1 0.4932 -0.43792 0.480 0.044 0.468 0.000 0.008 0.000
#> GSM153049 1 0.4974 0.01669 0.612 0.072 0.308 0.000 0.008 0.000
#> GSM153050 3 0.6047 0.60374 0.300 0.004 0.572 0.060 0.016 0.048
#> GSM153051 6 0.5298 0.38905 0.004 0.072 0.372 0.000 0.008 0.544
#> GSM153052 4 0.1053 0.82296 0.012 0.000 0.020 0.964 0.004 0.000
#> GSM153053 4 0.2706 0.80832 0.016 0.000 0.060 0.880 0.044 0.000
#> GSM187528 6 0.5606 0.44092 0.000 0.336 0.068 0.000 0.040 0.556
#> GSM187529 6 0.3411 0.72895 0.000 0.120 0.060 0.000 0.004 0.816
#> GSM187530 6 0.4466 0.67896 0.000 0.176 0.116 0.000 0.000 0.708
#> GSM187531 2 0.2039 0.84376 0.000 0.904 0.076 0.000 0.000 0.020
#> GSM152881 2 0.1268 0.85156 0.000 0.952 0.036 0.000 0.008 0.004
#> GSM152882 2 0.2631 0.79199 0.000 0.840 0.008 0.000 0.000 0.152
#> GSM152883 6 0.0820 0.76286 0.000 0.012 0.016 0.000 0.000 0.972
#> GSM152884 6 0.2683 0.74510 0.000 0.056 0.052 0.000 0.012 0.880
#> GSM152885 6 0.0909 0.76243 0.000 0.012 0.020 0.000 0.000 0.968
#> GSM152886 6 0.3405 0.59220 0.000 0.272 0.004 0.000 0.000 0.724
#> GSM152887 6 0.0692 0.76165 0.000 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> GSM152888 6 0.3998 0.46888 0.000 0.340 0.016 0.000 0.000 0.644
#> GSM152889 2 0.4263 0.38805 0.000 0.600 0.024 0.000 0.000 0.376
#> GSM152890 6 0.4428 0.35846 0.000 0.388 0.032 0.000 0.000 0.580
#> GSM152891 2 0.2121 0.83215 0.000 0.892 0.012 0.000 0.000 0.096
#> GSM152892 2 0.3483 0.72751 0.000 0.764 0.024 0.000 0.000 0.212
#> GSM152893 2 0.4118 0.54436 0.000 0.660 0.028 0.000 0.000 0.312
#> GSM152894 2 0.3487 0.75659 0.000 0.788 0.044 0.000 0.000 0.168
#> GSM152895 6 0.1719 0.73481 0.000 0.000 0.060 0.000 0.016 0.924
#> GSM152896 6 0.1453 0.75396 0.000 0.008 0.040 0.000 0.008 0.944
#> GSM152897 6 0.0870 0.76298 0.000 0.012 0.012 0.000 0.004 0.972
#> GSM152898 2 0.0862 0.86032 0.000 0.972 0.008 0.000 0.004 0.016
#> GSM152899 2 0.0891 0.85919 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> GSM152900 2 0.1644 0.84411 0.000 0.920 0.004 0.000 0.000 0.076
#> GSM152901 2 0.1225 0.85056 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> GSM152902 2 0.0508 0.85952 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM152903 2 0.1605 0.84117 0.000 0.936 0.044 0.000 0.016 0.004
#> GSM152904 2 0.1340 0.85029 0.000 0.948 0.040 0.000 0.008 0.004
#> GSM152905 2 0.0622 0.86033 0.000 0.980 0.012 0.000 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n tissue(p) k
#> ATC:NMF 159 1.66e-20 2
#> ATC:NMF 161 5.19e-29 3
#> ATC:NMF 137 9.09e-26 4
#> ATC:NMF 154 2.88e-26 5
#> ATC:NMF 102 2.58e-16 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0