Date: 2019-12-25 20:17:12 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4, anno = anno)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 22686 167
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, top_annotation = HeatmapAnnotation(df = get_anno(res_list),
col = get_anno_col(res_list)), ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 0.993 | 0.997 | ** | |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.967 | 0.987 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 0.950 | 0.936 | 0.975 | * | |
| ATC:kmeans | 4 | 0.947 | 0.911 | 0.963 | * | 2,3 |
| CV:kmeans | 2 | 0.890 | 0.929 | 0.971 | ||
| ATC:mclust | 2 | 0.796 | 0.899 | 0.921 | ||
| ATC:NMF | 2 | 0.666 | 0.832 | 0.926 | ||
| MAD:mclust | 6 | 0.653 | 0.673 | 0.782 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.611 | 0.916 | 0.939 | ||
| SD:skmeans | 3 | 0.598 | 0.771 | 0.860 | ||
| MAD:skmeans | 3 | 0.592 | 0.784 | 0.851 | ||
| CV:pam | 2 | 0.518 | 0.773 | 0.901 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.491 | 0.612 | 0.788 | ||
| SD:kmeans | 2 | 0.475 | 0.717 | 0.829 | ||
| MAD:pam | 2 | 0.463 | 0.708 | 0.878 | ||
| CV:mclust | 5 | 0.458 | 0.534 | 0.726 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.454 | 0.733 | 0.869 | ||
| SD:pam | 2 | 0.453 | 0.779 | 0.899 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.410 | 0.633 | 0.844 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.243 | 0.790 | 0.838 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.234 | 0.752 | 0.839 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.159 | 0.580 | 0.735 | ||
| CV:NMF | 2 | 0.156 | 0.554 | 0.754 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.142 | 0.294 | 0.701 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.454 0.733 0.869 0.492 0.498 0.498
#> CV:NMF 2 0.156 0.554 0.754 0.461 0.556 0.556
#> MAD:NMF 2 0.410 0.633 0.844 0.491 0.497 0.497
#> ATC:NMF 2 0.666 0.832 0.926 0.460 0.519 0.519
#> SD:skmeans 2 0.493 0.712 0.837 0.501 0.498 0.498
#> CV:skmeans 2 0.950 0.936 0.975 0.499 0.503 0.503
#> MAD:skmeans 2 0.504 0.709 0.835 0.500 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.499 0.501 0.501
#> SD:mclust 2 0.243 0.790 0.838 0.479 0.497 0.497
#> CV:mclust 2 0.108 0.251 0.709 0.387 0.826 0.826
#> MAD:mclust 2 0.225 0.680 0.763 0.458 0.497 0.497
#> ATC:mclust 2 0.796 0.899 0.921 0.468 0.500 0.500
#> SD:kmeans 2 0.475 0.717 0.829 0.493 0.498 0.498
#> CV:kmeans 2 0.890 0.929 0.971 0.483 0.514 0.514
#> MAD:kmeans 2 0.491 0.612 0.788 0.491 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.986 0.994 0.490 0.510 0.510
#> SD:pam 2 0.453 0.779 0.899 0.483 0.517 0.517
#> CV:pam 2 0.518 0.773 0.901 0.394 0.578 0.578
#> MAD:pam 2 0.463 0.708 0.878 0.480 0.519 0.519
#> ATC:pam 2 1.000 0.967 0.987 0.496 0.502 0.502
#> SD:hclust 2 0.151 0.433 0.743 0.416 0.573 0.573
#> CV:hclust 2 0.234 0.752 0.839 0.419 0.522 0.522
#> MAD:hclust 2 0.142 0.294 0.701 0.454 0.615 0.615
#> ATC:hclust 2 0.611 0.916 0.939 0.467 0.501 0.501
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.440 0.442 0.719 0.327 0.845 0.704
#> CV:NMF 3 0.297 0.464 0.730 0.362 0.671 0.476
#> MAD:NMF 3 0.407 0.643 0.769 0.329 0.706 0.481
#> ATC:NMF 3 0.450 0.659 0.787 0.304 0.796 0.640
#> SD:skmeans 3 0.598 0.771 0.860 0.312 0.710 0.481
#> CV:skmeans 3 0.661 0.767 0.872 0.241 0.895 0.793
#> MAD:skmeans 3 0.592 0.784 0.851 0.315 0.697 0.464
#> ATC:skmeans 3 0.872 0.863 0.940 0.122 0.956 0.912
#> SD:mclust 3 0.407 0.568 0.747 0.264 0.845 0.712
#> CV:mclust 3 0.178 0.313 0.660 0.443 0.497 0.435
#> MAD:mclust 3 0.325 0.572 0.747 0.320 0.819 0.669
#> ATC:mclust 3 0.446 0.744 0.780 0.202 0.942 0.890
#> SD:kmeans 3 0.535 0.684 0.750 0.317 0.703 0.474
#> CV:kmeans 3 0.591 0.783 0.895 0.307 0.660 0.440
#> MAD:kmeans 3 0.390 0.608 0.762 0.319 0.719 0.498
#> ATC:kmeans 3 0.948 0.957 0.982 0.242 0.798 0.636
#> SD:pam 3 0.514 0.627 0.805 0.285 0.773 0.598
#> CV:pam 3 0.725 0.773 0.899 0.266 0.814 0.705
#> MAD:pam 3 0.520 0.726 0.857 0.303 0.788 0.613
#> ATC:pam 3 0.654 0.581 0.761 0.272 0.646 0.406
#> SD:hclust 3 0.159 0.580 0.735 0.450 0.602 0.417
#> CV:hclust 3 0.295 0.671 0.805 0.306 0.873 0.765
#> MAD:hclust 3 0.177 0.512 0.664 0.331 0.583 0.419
#> ATC:hclust 3 0.735 0.882 0.937 0.276 0.910 0.820
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.461 0.323 0.657 0.0931 0.835 0.615
#> CV:NMF 4 0.350 0.390 0.630 0.1569 0.752 0.437
#> MAD:NMF 4 0.512 0.538 0.742 0.0879 0.887 0.704
#> ATC:NMF 4 0.428 0.576 0.762 0.1651 0.838 0.639
#> SD:skmeans 4 0.588 0.643 0.807 0.1274 0.865 0.625
#> CV:skmeans 4 0.571 0.563 0.787 0.1488 0.867 0.684
#> MAD:skmeans 4 0.603 0.722 0.815 0.1289 0.848 0.586
#> ATC:skmeans 4 0.794 0.728 0.900 0.0810 0.979 0.953
#> SD:mclust 4 0.517 0.566 0.740 0.1513 0.840 0.641
#> CV:mclust 4 0.300 0.407 0.618 0.1973 0.686 0.404
#> MAD:mclust 4 0.513 0.468 0.731 0.1705 0.782 0.519
#> ATC:mclust 4 0.717 0.736 0.857 0.1578 0.757 0.561
#> SD:kmeans 4 0.497 0.558 0.725 0.1276 0.858 0.614
#> CV:kmeans 4 0.542 0.677 0.777 0.1509 0.749 0.427
#> MAD:kmeans 4 0.520 0.615 0.759 0.1354 0.838 0.575
#> ATC:kmeans 4 0.947 0.911 0.963 0.2115 0.806 0.543
#> SD:pam 4 0.491 0.550 0.789 0.1064 0.919 0.802
#> CV:pam 4 0.567 0.676 0.871 0.2462 0.871 0.744
#> MAD:pam 4 0.599 0.695 0.851 0.0962 0.929 0.813
#> ATC:pam 4 0.893 0.899 0.959 0.1518 0.805 0.513
#> SD:hclust 4 0.288 0.364 0.619 0.1507 0.935 0.844
#> CV:hclust 4 0.259 0.417 0.703 0.1699 0.946 0.881
#> MAD:hclust 4 0.260 0.329 0.557 0.1570 0.897 0.755
#> ATC:hclust 4 0.722 0.787 0.887 0.2223 0.857 0.652
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.538 0.379 0.679 0.0722 0.842 0.569
#> CV:NMF 5 0.451 0.385 0.655 0.0749 0.865 0.558
#> MAD:NMF 5 0.552 0.564 0.751 0.0800 0.866 0.608
#> ATC:NMF 5 0.470 0.445 0.701 0.0869 0.841 0.560
#> SD:skmeans 5 0.622 0.512 0.703 0.0700 0.934 0.756
#> CV:skmeans 5 0.575 0.482 0.733 0.0612 0.942 0.818
#> MAD:skmeans 5 0.612 0.471 0.699 0.0712 0.925 0.723
#> ATC:skmeans 5 0.794 0.730 0.857 0.0634 0.917 0.812
#> SD:mclust 5 0.554 0.384 0.640 0.1003 0.861 0.597
#> CV:mclust 5 0.458 0.534 0.726 0.1088 0.850 0.565
#> MAD:mclust 5 0.584 0.541 0.737 0.0917 0.832 0.498
#> ATC:mclust 5 0.655 0.751 0.845 0.0633 0.900 0.747
#> SD:kmeans 5 0.545 0.490 0.679 0.0755 0.879 0.597
#> CV:kmeans 5 0.566 0.516 0.693 0.0708 0.938 0.777
#> MAD:kmeans 5 0.565 0.426 0.642 0.0707 0.904 0.672
#> ATC:kmeans 5 0.775 0.750 0.840 0.0721 0.845 0.505
#> SD:pam 5 0.548 0.542 0.769 0.0843 0.867 0.643
#> CV:pam 5 0.599 0.575 0.822 0.0974 0.917 0.793
#> MAD:pam 5 0.600 0.611 0.799 0.0964 0.916 0.748
#> ATC:pam 5 0.794 0.758 0.888 0.0472 0.973 0.900
#> SD:hclust 5 0.352 0.269 0.534 0.0708 0.831 0.595
#> CV:hclust 5 0.308 0.480 0.694 0.0820 0.894 0.755
#> MAD:hclust 5 0.337 0.300 0.553 0.0784 0.805 0.501
#> ATC:hclust 5 0.722 0.693 0.829 0.0584 0.944 0.796
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.610 0.517 0.726 0.0526 0.837 0.491
#> CV:NMF 6 0.507 0.341 0.591 0.0410 0.886 0.563
#> MAD:NMF 6 0.615 0.566 0.759 0.0533 0.812 0.402
#> ATC:NMF 6 0.490 0.410 0.666 0.0404 0.942 0.774
#> SD:skmeans 6 0.653 0.494 0.700 0.0447 0.918 0.653
#> CV:skmeans 6 0.593 0.448 0.691 0.0436 0.912 0.712
#> MAD:skmeans 6 0.667 0.589 0.737 0.0440 0.890 0.564
#> ATC:skmeans 6 0.711 0.767 0.872 0.0495 0.964 0.904
#> SD:mclust 6 0.638 0.563 0.728 0.0622 0.816 0.382
#> CV:mclust 6 0.498 0.314 0.617 0.0542 0.812 0.431
#> MAD:mclust 6 0.653 0.673 0.782 0.0519 0.895 0.586
#> ATC:mclust 6 0.615 0.652 0.770 0.0765 0.967 0.903
#> SD:kmeans 6 0.610 0.359 0.619 0.0468 0.861 0.468
#> CV:kmeans 6 0.614 0.554 0.636 0.0431 0.887 0.562
#> MAD:kmeans 6 0.616 0.469 0.643 0.0464 0.847 0.443
#> ATC:kmeans 6 0.787 0.720 0.832 0.0442 0.890 0.549
#> SD:pam 6 0.646 0.650 0.814 0.0531 0.908 0.678
#> CV:pam 6 0.615 0.580 0.813 0.0376 0.935 0.815
#> MAD:pam 6 0.657 0.594 0.797 0.0480 0.893 0.620
#> ATC:pam 6 0.884 0.794 0.921 0.0627 0.902 0.638
#> SD:hclust 6 0.409 0.317 0.548 0.0519 0.792 0.406
#> CV:hclust 6 0.373 0.457 0.663 0.0544 0.916 0.764
#> MAD:hclust 6 0.428 0.390 0.568 0.0513 0.931 0.736
#> ATC:hclust 6 0.699 0.314 0.633 0.0361 0.846 0.461
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res_list, k = 2)
#> n specimen(p) k
#> SD:NMF 152 3.51e-03 2
#> CV:NMF 132 6.30e-02 2
#> MAD:NMF 136 2.83e-03 2
#> ATC:NMF 150 1.20e-01 2
#> SD:skmeans 167 3.52e-02 2
#> CV:skmeans 160 5.13e-02 2
#> MAD:skmeans 167 3.52e-02 2
#> ATC:skmeans 166 9.67e-02 2
#> SD:mclust 159 4.93e-02 2
#> CV:mclust 16 NA 2
#> MAD:mclust 155 1.30e-02 2
#> ATC:mclust 160 1.50e-01 2
#> SD:kmeans 161 1.01e-02 2
#> CV:kmeans 162 4.41e-03 2
#> MAD:kmeans 142 5.04e-02 2
#> ATC:kmeans 166 2.68e-01 2
#> SD:pam 149 2.46e-05 2
#> CV:pam 145 1.19e-02 2
#> MAD:pam 140 1.33e-04 2
#> ATC:pam 165 1.20e-01 2
#> SD:hclust 70 3.64e-03 2
#> CV:hclust 156 4.78e-02 2
#> MAD:hclust 11 NA 2
#> ATC:hclust 166 9.87e-02 2
test_to_known_factors(res_list, k = 3)
#> n specimen(p) k
#> SD:NMF 99 3.30e-02 3
#> CV:NMF 92 4.37e-08 3
#> MAD:NMF 140 1.49e-01 3
#> ATC:NMF 146 5.99e-02 3
#> SD:skmeans 152 6.78e-02 3
#> CV:skmeans 153 5.37e-03 3
#> MAD:skmeans 159 4.22e-02 3
#> ATC:skmeans 159 4.98e-02 3
#> SD:mclust 131 5.09e-02 3
#> CV:mclust 48 NA 3
#> MAD:mclust 140 6.14e-03 3
#> ATC:mclust 159 8.27e-02 3
#> SD:kmeans 133 4.77e-02 3
#> CV:kmeans 151 3.07e-01 3
#> MAD:kmeans 127 3.60e-02 3
#> ATC:kmeans 167 1.75e-01 3
#> SD:pam 135 8.25e-04 3
#> CV:pam 145 1.04e-01 3
#> MAD:pam 143 7.35e-03 3
#> ATC:pam 126 9.63e-02 3
#> SD:hclust 124 2.32e-02 3
#> CV:hclust 144 1.29e-01 3
#> MAD:hclust 93 7.49e-02 3
#> ATC:hclust 165 1.96e-01 3
test_to_known_factors(res_list, k = 4)
#> n specimen(p) k
#> SD:NMF 63 5.83e-01 4
#> CV:NMF 65 1.84e-04 4
#> MAD:NMF 104 9.92e-02 4
#> ATC:NMF 128 1.29e-03 4
#> SD:skmeans 124 1.43e-02 4
#> CV:skmeans 116 1.39e-05 4
#> MAD:skmeans 148 1.18e-02 4
#> ATC:skmeans 134 2.38e-01 4
#> SD:mclust 132 2.39e-02 4
#> CV:mclust 81 3.39e-02 4
#> MAD:mclust 117 7.89e-04 4
#> ATC:mclust 145 6.44e-02 4
#> SD:kmeans 121 2.47e-04 4
#> CV:kmeans 144 1.91e-01 4
#> MAD:kmeans 135 1.69e-02 4
#> ATC:kmeans 162 5.40e-01 4
#> SD:pam 119 1.73e-03 4
#> CV:pam 135 2.06e-01 4
#> MAD:pam 146 1.50e-02 4
#> ATC:pam 154 4.67e-01 4
#> SD:hclust 45 1.75e-01 4
#> CV:hclust 75 5.83e-02 4
#> MAD:hclust 63 1.58e-01 4
#> ATC:hclust 152 3.91e-01 4
test_to_known_factors(res_list, k = 5)
#> n specimen(p) k
#> SD:NMF 69 1.13e-01 5
#> CV:NMF 56 5.69e-02 5
#> MAD:NMF 103 8.80e-03 5
#> ATC:NMF 90 2.54e-01 5
#> SD:skmeans 113 9.15e-06 5
#> CV:skmeans 99 8.67e-03 5
#> MAD:skmeans 85 4.77e-01 5
#> ATC:skmeans 133 1.52e-01 5
#> SD:mclust 70 8.15e-02 5
#> CV:mclust 115 4.13e-03 5
#> MAD:mclust 115 5.95e-03 5
#> ATC:mclust 149 3.13e-03 5
#> SD:kmeans 97 1.59e-01 5
#> CV:kmeans 104 4.80e-01 5
#> MAD:kmeans 86 2.67e-01 5
#> ATC:kmeans 154 4.30e-01 5
#> SD:pam 104 2.40e-04 5
#> CV:pam 119 2.04e-04 5
#> MAD:pam 122 6.36e-02 5
#> ATC:pam 150 7.06e-01 5
#> SD:hclust 29 2.90e-01 5
#> CV:hclust 102 1.35e-02 5
#> MAD:hclust 41 1.57e-02 5
#> ATC:hclust 138 2.11e-01 5
test_to_known_factors(res_list, k = 6)
#> n specimen(p) k
#> SD:NMF 101 1.86e-03 6
#> CV:NMF 49 2.13e-02 6
#> MAD:NMF 121 3.07e-03 6
#> ATC:NMF 79 3.07e-01 6
#> SD:skmeans 101 4.04e-03 6
#> CV:skmeans 88 1.30e-03 6
#> MAD:skmeans 122 3.99e-04 6
#> ATC:skmeans 149 1.96e-02 6
#> SD:mclust 118 2.17e-02 6
#> CV:mclust 55 1.74e-02 6
#> MAD:mclust 146 7.57e-03 6
#> ATC:mclust 139 5.20e-03 6
#> SD:kmeans 57 4.73e-01 6
#> CV:kmeans 123 1.82e-03 6
#> MAD:kmeans 90 4.60e-01 6
#> ATC:kmeans 143 3.86e-01 6
#> SD:pam 140 1.53e-05 6
#> CV:pam 115 2.86e-03 6
#> MAD:pam 117 2.36e-03 6
#> ATC:pam 150 4.83e-01 6
#> SD:hclust 44 1.15e-01 6
#> CV:hclust 92 4.84e-01 6
#> MAD:hclust 69 5.94e-02 6
#> ATC:hclust 69 7.65e-01 6
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.151 0.433 0.743 0.4162 0.573 0.573
#> 3 3 0.159 0.580 0.735 0.4505 0.602 0.417
#> 4 4 0.288 0.364 0.619 0.1507 0.935 0.844
#> 5 5 0.352 0.269 0.534 0.0708 0.831 0.595
#> 6 6 0.409 0.317 0.548 0.0519 0.792 0.406
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9635 0.3499 0.388 0.612
#> GSM30007 1 0.2948 0.5976 0.948 0.052
#> GSM30008 1 0.8861 0.5053 0.696 0.304
#> GSM30009 1 0.1184 0.6144 0.984 0.016
#> GSM30010 2 0.9393 0.3763 0.356 0.644
#> GSM30011 2 0.8327 0.4716 0.264 0.736
#> GSM30012 2 0.9087 0.4180 0.324 0.676
#> GSM30013 2 0.9996 -0.1183 0.488 0.512
#> GSM30014 2 0.9710 0.3418 0.400 0.600
#> GSM30015 1 0.2948 0.6273 0.948 0.052
#> GSM30016 2 0.9635 0.3499 0.388 0.612
#> GSM30017 1 0.1184 0.6230 0.984 0.016
#> GSM30018 2 1.0000 -0.1328 0.496 0.504
#> GSM30019 2 0.8267 0.4626 0.260 0.740
#> GSM30020 1 0.3733 0.6174 0.928 0.072
#> GSM30021 1 0.7950 0.3512 0.760 0.240
#> GSM30022 1 0.0938 0.6191 0.988 0.012
#> GSM30023 1 0.4431 0.6202 0.908 0.092
#> GSM30024 2 0.9608 0.3498 0.384 0.616
#> GSM30025 1 0.1633 0.6226 0.976 0.024
#> GSM30026 1 0.3879 0.6226 0.924 0.076
#> GSM30027 1 0.4431 0.6202 0.908 0.092
#> GSM30028 1 0.1633 0.6225 0.976 0.024
#> GSM30029 1 0.4161 0.6209 0.916 0.084
#> GSM30030 1 0.1633 0.6253 0.976 0.024
#> GSM30031 1 0.1184 0.6230 0.984 0.016
#> GSM30032 1 0.6531 0.4768 0.832 0.168
#> GSM30033 1 0.6801 0.4808 0.820 0.180
#> GSM30034 1 0.9580 0.4212 0.620 0.380
#> GSM30035 1 0.5842 0.5321 0.860 0.140
#> GSM30036 2 0.9988 -0.0919 0.480 0.520
#> GSM30037 1 0.0938 0.6165 0.988 0.012
#> GSM30038 1 0.9909 0.2858 0.556 0.444
#> GSM30039 2 0.9044 0.3733 0.320 0.680
#> GSM30040 2 0.8909 0.4222 0.308 0.692
#> GSM30041 2 0.7453 0.5217 0.212 0.788
#> GSM30042 2 0.9460 0.3363 0.364 0.636
#> GSM30043 2 0.9522 0.3613 0.372 0.628
#> GSM30044 1 0.1843 0.6117 0.972 0.028
#> GSM30045 1 0.2043 0.6103 0.968 0.032
#> GSM30046 1 0.9775 0.3812 0.588 0.412
#> GSM30047 1 0.9635 0.4068 0.612 0.388
#> GSM30048 1 0.9775 0.3812 0.588 0.412
#> GSM30049 2 0.6247 0.5161 0.156 0.844
#> GSM30050 2 0.9686 0.1762 0.396 0.604
#> GSM30051 2 0.3879 0.5322 0.076 0.924
#> GSM30052 1 0.0938 0.6143 0.988 0.012
#> GSM30053 2 0.8909 0.3988 0.308 0.692
#> GSM30054 2 0.3431 0.5298 0.064 0.936
#> GSM30055 1 0.9998 0.1532 0.508 0.492
#> GSM30056 2 0.8327 0.5159 0.264 0.736
#> GSM30057 2 0.9393 0.3763 0.356 0.644
#> GSM30058 2 0.8327 0.5159 0.264 0.736
#> GSM30059 1 0.9427 0.4408 0.640 0.360
#> GSM30060 1 0.9044 0.1771 0.680 0.320
#> GSM30061 1 0.9996 0.1790 0.512 0.488
#> GSM30062 1 0.9795 0.3731 0.584 0.416
#> GSM30063 2 0.8955 0.3950 0.312 0.688
#> GSM30064 1 0.8144 0.5323 0.748 0.252
#> GSM30065 2 0.8267 0.4919 0.260 0.740
#> GSM30066 2 0.9608 0.3498 0.384 0.616
#> GSM30067 1 0.2423 0.6267 0.960 0.040
#> GSM30068 2 0.9635 0.3471 0.388 0.612
#> GSM30069 2 0.9608 0.3498 0.384 0.616
#> GSM30070 1 0.9552 0.3627 0.624 0.376
#> GSM30071 1 0.9933 0.2866 0.548 0.452
#> GSM30072 1 0.2236 0.6083 0.964 0.036
#> GSM30073 2 0.9710 0.1648 0.400 0.600
#> GSM30074 1 0.5842 0.5597 0.860 0.140
#> GSM30075 1 0.9970 0.2381 0.532 0.468
#> GSM30076 1 0.9996 0.1873 0.512 0.488
#> GSM30077 1 0.9710 0.3913 0.600 0.400
#> GSM30078 1 0.9608 0.4110 0.616 0.384
#> GSM30079 1 0.0938 0.6191 0.988 0.012
#> GSM30080 1 0.9970 0.2465 0.532 0.468
#> GSM30081 2 0.3114 0.5278 0.056 0.944
#> GSM30086 1 0.9970 0.2465 0.532 0.468
#> GSM30087 1 0.9580 0.4192 0.620 0.380
#> GSM30088 1 0.9427 0.4415 0.640 0.360
#> GSM30089 1 0.2423 0.6075 0.960 0.040
#> GSM30090 2 0.8144 0.5209 0.252 0.748
#> GSM30091 2 0.3584 0.5302 0.068 0.932
#> GSM30092 1 0.9710 0.3913 0.600 0.400
#> GSM30093 2 0.8386 0.4643 0.268 0.732
#> GSM30094 2 0.4431 0.5365 0.092 0.908
#> GSM30095 2 0.9393 0.3749 0.356 0.644
#> GSM30096 1 0.2236 0.6181 0.964 0.036
#> GSM30097 1 0.9522 0.4271 0.628 0.372
#> GSM30098 1 0.0376 0.6189 0.996 0.004
#> GSM30099 1 0.9996 0.0457 0.512 0.488
#> GSM30100 2 0.9608 0.3498 0.384 0.616
#> GSM30101 2 0.4431 0.5365 0.092 0.908
#> GSM30102 2 0.9996 0.0954 0.488 0.512
#> GSM30103 1 0.6148 0.5259 0.848 0.152
#> GSM30104 1 0.9833 0.3566 0.576 0.424
#> GSM30105 1 0.2778 0.6238 0.952 0.048
#> GSM30106 1 0.9881 0.3187 0.564 0.436
#> GSM30107 1 0.9881 0.2908 0.564 0.436
#> GSM30108 1 0.2948 0.5976 0.948 0.052
#> GSM30109 1 0.0376 0.6189 0.996 0.004
#> GSM30110 1 0.8207 0.5327 0.744 0.256
#> GSM30111 1 0.9686 0.3804 0.604 0.396
#> GSM30112 1 0.2043 0.6105 0.968 0.032
#> GSM30113 2 0.9427 0.3719 0.360 0.640
#> GSM30114 2 0.9044 0.3733 0.320 0.680
#> GSM30115 2 0.9909 0.0364 0.444 0.556
#> GSM30116 1 0.8386 0.2896 0.732 0.268
#> GSM30117 1 0.6438 0.4742 0.836 0.164
#> GSM30118 1 0.1184 0.6164 0.984 0.016
#> GSM30119 1 0.9775 0.3320 0.588 0.412
#> GSM30120 1 0.9775 0.3320 0.588 0.412
#> GSM30121 1 0.2423 0.6271 0.960 0.040
#> GSM30122 1 0.3274 0.6126 0.940 0.060
#> GSM30123 2 0.9996 -0.0820 0.488 0.512
#> GSM30177 2 0.8081 0.5073 0.248 0.752
#> GSM30178 2 0.9988 -0.0919 0.480 0.520
#> GSM30179 1 0.4161 0.6230 0.916 0.084
#> GSM30180 1 0.0672 0.6187 0.992 0.008
#> GSM30181 1 0.9970 0.2630 0.532 0.468
#> GSM30182 1 0.9608 0.4077 0.616 0.384
#> GSM30183 1 0.3584 0.6244 0.932 0.068
#> GSM30184 2 0.5629 0.5383 0.132 0.868
#> GSM30185 1 0.5294 0.5313 0.880 0.120
#> GSM30186 1 0.8267 0.4980 0.740 0.260
#> GSM30187 1 0.9661 0.4018 0.608 0.392
#> GSM30188 1 0.9608 0.4077 0.616 0.384
#> GSM30189 1 0.7219 0.5715 0.800 0.200
#> GSM30190 2 0.7376 0.5266 0.208 0.792
#> GSM30191 1 0.9815 0.3585 0.580 0.420
#> GSM30192 1 0.9963 0.2726 0.536 0.464
#> GSM30193 1 0.9963 0.2726 0.536 0.464
#> GSM30194 2 0.7376 0.4718 0.208 0.792
#> GSM30195 1 0.9922 0.2795 0.552 0.448
#> GSM30196 1 0.2043 0.6103 0.968 0.032
#> GSM30197 1 0.9686 0.4057 0.604 0.396
#> GSM30198 1 0.9635 0.4189 0.612 0.388
#> GSM30199 1 0.5294 0.5304 0.880 0.120
#> GSM30200 1 0.9209 0.4734 0.664 0.336
#> GSM30201 1 0.9580 0.4212 0.620 0.380
#> GSM30202 1 0.1184 0.6224 0.984 0.016
#> GSM30203 1 0.9608 0.4110 0.616 0.384
#> GSM30204 1 0.9815 0.3023 0.580 0.420
#> GSM30205 1 0.8386 0.2886 0.732 0.268
#> GSM30206 1 0.9491 0.4300 0.632 0.368
#> GSM30207 1 0.9815 0.3023 0.580 0.420
#> GSM30208 1 0.8955 0.4879 0.688 0.312
#> GSM30209 2 0.9933 0.0876 0.452 0.548
#> GSM30210 1 0.0938 0.6227 0.988 0.012
#> GSM30211 1 0.9686 0.4011 0.604 0.396
#> GSM30212 1 0.0672 0.6187 0.992 0.008
#> GSM30213 1 0.0672 0.6187 0.992 0.008
#> GSM30214 1 0.0938 0.6172 0.988 0.012
#> GSM30215 1 0.3431 0.6262 0.936 0.064
#> GSM30216 1 0.0376 0.6189 0.996 0.004
#> GSM30217 1 0.0672 0.6226 0.992 0.008
#> GSM30218 1 0.9970 0.2091 0.532 0.468
#> GSM30219 1 0.8081 0.3190 0.752 0.248
#> GSM30220 1 0.0938 0.6143 0.988 0.012
#> GSM30221 1 0.9580 0.4212 0.620 0.380
#> GSM30222 1 0.9933 0.2756 0.548 0.452
#> GSM30223 1 0.1633 0.6163 0.976 0.024
#> GSM30224 1 0.9358 0.4507 0.648 0.352
#> GSM30225 1 0.1414 0.6230 0.980 0.020
#> GSM30226 1 0.8016 0.3275 0.756 0.244
#> GSM30227 1 0.1184 0.6224 0.984 0.016
#> GSM30228 2 0.8713 0.4437 0.292 0.708
#> GSM30229 2 0.9922 0.0278 0.448 0.552
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.809 0.4412 0.100 0.612 0.288
#> GSM30007 1 0.535 0.7407 0.808 0.040 0.152
#> GSM30008 1 0.781 0.2336 0.584 0.352 0.064
#> GSM30009 1 0.212 0.7831 0.948 0.012 0.040
#> GSM30010 3 0.590 0.6687 0.176 0.048 0.776
#> GSM30011 2 0.616 0.4375 0.016 0.696 0.288
#> GSM30012 2 0.550 0.4993 0.008 0.744 0.248
#> GSM30013 2 0.491 0.6682 0.068 0.844 0.088
#> GSM30014 3 0.558 0.6083 0.240 0.012 0.748
#> GSM30015 1 0.693 0.6221 0.688 0.260 0.052
#> GSM30016 2 0.809 0.4412 0.100 0.612 0.288
#> GSM30017 1 0.359 0.7841 0.900 0.052 0.048
#> GSM30018 2 0.492 0.6693 0.072 0.844 0.084
#> GSM30019 2 0.497 0.4765 0.000 0.764 0.236
#> GSM30020 1 0.722 0.7080 0.712 0.112 0.176
#> GSM30021 1 0.867 0.3402 0.508 0.108 0.384
#> GSM30022 1 0.171 0.7813 0.960 0.008 0.032
#> GSM30023 1 0.627 0.7273 0.768 0.156 0.076
#> GSM30024 3 0.527 0.6337 0.200 0.016 0.784
#> GSM30025 1 0.399 0.7846 0.884 0.064 0.052
#> GSM30026 1 0.590 0.7163 0.776 0.176 0.048
#> GSM30027 1 0.576 0.7542 0.800 0.124 0.076
#> GSM30028 1 0.471 0.7807 0.852 0.092 0.056
#> GSM30029 1 0.545 0.7582 0.816 0.116 0.068
#> GSM30030 1 0.477 0.7849 0.848 0.100 0.052
#> GSM30031 1 0.348 0.7839 0.904 0.048 0.048
#> GSM30032 1 0.784 0.6261 0.660 0.120 0.220
#> GSM30033 1 0.759 0.6452 0.688 0.136 0.176
#> GSM30034 2 0.595 0.6837 0.196 0.764 0.040
#> GSM30035 1 0.689 0.7008 0.736 0.112 0.152
#> GSM30036 2 0.658 0.6681 0.136 0.756 0.108
#> GSM30037 1 0.249 0.7856 0.936 0.016 0.048
#> GSM30038 2 0.804 0.5314 0.148 0.652 0.200
#> GSM30039 2 0.470 0.5507 0.008 0.812 0.180
#> GSM30040 3 0.715 0.6359 0.128 0.152 0.720
#> GSM30041 2 0.655 0.2685 0.012 0.616 0.372
#> GSM30042 2 0.601 0.5482 0.032 0.748 0.220
#> GSM30043 3 0.546 0.6598 0.184 0.028 0.788
#> GSM30044 1 0.412 0.7573 0.868 0.024 0.108
#> GSM30045 1 0.380 0.7615 0.884 0.024 0.092
#> GSM30046 2 0.524 0.6897 0.168 0.804 0.028
#> GSM30047 2 0.822 0.5385 0.332 0.576 0.092
#> GSM30048 2 0.509 0.6879 0.176 0.804 0.020
#> GSM30049 3 0.747 0.4374 0.052 0.336 0.612
#> GSM30050 2 0.478 0.6156 0.036 0.840 0.124
#> GSM30051 3 0.617 0.3274 0.000 0.412 0.588
#> GSM30052 1 0.238 0.7750 0.936 0.008 0.056
#> GSM30053 2 0.506 0.5410 0.008 0.784 0.208
#> GSM30054 3 0.617 0.3254 0.000 0.412 0.588
#> GSM30055 2 0.950 0.2427 0.372 0.440 0.188
#> GSM30056 2 0.769 0.1183 0.048 0.536 0.416
#> GSM30057 3 0.590 0.6687 0.176 0.048 0.776
#> GSM30058 2 0.769 0.1183 0.048 0.536 0.416
#> GSM30059 2 0.585 0.6758 0.216 0.756 0.028
#> GSM30060 3 0.813 -0.1302 0.440 0.068 0.492
#> GSM30061 2 0.914 0.3616 0.360 0.488 0.152
#> GSM30062 2 0.535 0.6916 0.176 0.796 0.028
#> GSM30063 2 0.507 0.5532 0.012 0.792 0.196
#> GSM30064 1 0.907 0.4753 0.540 0.176 0.284
#> GSM30065 2 0.650 0.3895 0.020 0.664 0.316
#> GSM30066 3 0.512 0.6476 0.188 0.016 0.796
#> GSM30067 1 0.369 0.7881 0.896 0.056 0.048
#> GSM30068 3 0.532 0.6416 0.204 0.016 0.780
#> GSM30069 3 0.541 0.6416 0.212 0.016 0.772
#> GSM30070 2 0.859 0.4181 0.148 0.592 0.260
#> GSM30071 2 0.699 0.6352 0.180 0.724 0.096
#> GSM30072 1 0.468 0.7566 0.848 0.040 0.112
#> GSM30073 2 0.568 0.6284 0.072 0.804 0.124
#> GSM30074 2 0.940 -0.1431 0.408 0.420 0.172
#> GSM30075 2 0.427 0.6572 0.052 0.872 0.076
#> GSM30076 2 0.425 0.6805 0.080 0.872 0.048
#> GSM30077 2 0.579 0.6875 0.192 0.772 0.036
#> GSM30078 2 0.544 0.6844 0.192 0.784 0.024
#> GSM30079 1 0.171 0.7813 0.960 0.008 0.032
#> GSM30080 2 0.419 0.6633 0.060 0.876 0.064
#> GSM30081 3 0.620 0.3005 0.000 0.424 0.576
#> GSM30086 2 0.419 0.6633 0.060 0.876 0.064
#> GSM30087 2 0.555 0.6760 0.224 0.760 0.016
#> GSM30088 2 0.599 0.6778 0.208 0.756 0.036
#> GSM30089 1 0.466 0.7822 0.856 0.068 0.076
#> GSM30090 2 0.750 0.1356 0.040 0.548 0.412
#> GSM30091 3 0.617 0.3294 0.000 0.412 0.588
#> GSM30092 2 0.579 0.6875 0.192 0.772 0.036
#> GSM30093 2 0.688 0.4384 0.036 0.660 0.304
#> GSM30094 3 0.621 0.2937 0.000 0.428 0.572
#> GSM30095 3 0.536 0.6683 0.168 0.032 0.800
#> GSM30096 1 0.518 0.7766 0.832 0.084 0.084
#> GSM30097 2 0.550 0.6792 0.208 0.772 0.020
#> GSM30098 1 0.255 0.7782 0.932 0.012 0.056
#> GSM30099 2 0.987 0.1767 0.348 0.392 0.260
#> GSM30100 3 0.522 0.6370 0.196 0.016 0.788
#> GSM30101 3 0.622 0.2866 0.000 0.432 0.568
#> GSM30102 2 0.970 0.2941 0.288 0.456 0.256
#> GSM30103 1 0.697 0.6950 0.732 0.120 0.148
#> GSM30104 2 0.629 0.6758 0.216 0.740 0.044
#> GSM30105 1 0.315 0.7917 0.916 0.040 0.044
#> GSM30106 2 0.533 0.6723 0.120 0.820 0.060
#> GSM30107 2 0.697 0.5780 0.080 0.716 0.204
#> GSM30108 1 0.535 0.7407 0.808 0.040 0.152
#> GSM30109 1 0.285 0.7795 0.924 0.020 0.056
#> GSM30110 2 0.828 0.1104 0.460 0.464 0.076
#> GSM30111 2 0.790 0.5582 0.232 0.652 0.116
#> GSM30112 1 0.532 0.7748 0.824 0.072 0.104
#> GSM30113 3 0.574 0.6648 0.188 0.036 0.776
#> GSM30114 2 0.475 0.5490 0.008 0.808 0.184
#> GSM30115 2 0.479 0.6487 0.056 0.848 0.096
#> GSM30116 1 0.848 0.3165 0.500 0.092 0.408
#> GSM30117 1 0.729 0.6553 0.696 0.092 0.212
#> GSM30118 1 0.701 0.6736 0.712 0.208 0.080
#> GSM30119 2 0.738 0.5889 0.164 0.704 0.132
#> GSM30120 2 0.738 0.5889 0.164 0.704 0.132
#> GSM30121 1 0.378 0.7872 0.892 0.064 0.044
#> GSM30122 1 0.529 0.7716 0.824 0.112 0.064
#> GSM30123 2 0.864 0.5656 0.188 0.600 0.212
#> GSM30177 2 0.661 0.3106 0.016 0.628 0.356
#> GSM30178 2 0.658 0.6681 0.136 0.756 0.108
#> GSM30179 1 0.645 0.6196 0.704 0.264 0.032
#> GSM30180 1 0.677 0.6794 0.724 0.208 0.068
#> GSM30181 2 0.397 0.6754 0.088 0.880 0.032
#> GSM30182 2 0.563 0.6841 0.188 0.780 0.032
#> GSM30183 1 0.463 0.7792 0.856 0.088 0.056
#> GSM30184 3 0.667 0.0957 0.008 0.472 0.520
#> GSM30185 1 0.677 0.7014 0.740 0.096 0.164
#> GSM30186 1 0.840 0.5742 0.620 0.220 0.160
#> GSM30187 2 0.506 0.6853 0.184 0.800 0.016
#> GSM30188 2 0.563 0.6841 0.188 0.780 0.032
#> GSM30189 1 0.737 0.4825 0.648 0.292 0.060
#> GSM30190 2 0.654 0.1901 0.008 0.584 0.408
#> GSM30191 2 0.621 0.6879 0.192 0.756 0.052
#> GSM30192 2 0.336 0.6767 0.084 0.900 0.016
#> GSM30193 2 0.336 0.6767 0.084 0.900 0.016
#> GSM30194 3 0.689 0.5833 0.076 0.204 0.720
#> GSM30195 2 0.800 0.5364 0.148 0.656 0.196
#> GSM30196 1 0.404 0.7573 0.872 0.024 0.104
#> GSM30197 2 0.585 0.6880 0.180 0.776 0.044
#> GSM30198 2 0.692 0.6567 0.200 0.720 0.080
#> GSM30199 1 0.649 0.7075 0.756 0.084 0.160
#> GSM30200 2 0.634 0.6508 0.240 0.724 0.036
#> GSM30201 2 0.635 0.6793 0.196 0.748 0.056
#> GSM30202 1 0.698 0.6643 0.708 0.220 0.072
#> GSM30203 2 0.531 0.6828 0.192 0.788 0.020
#> GSM30204 1 0.923 -0.1890 0.424 0.424 0.152
#> GSM30205 1 0.871 0.2636 0.488 0.108 0.404
#> GSM30206 2 0.724 0.3510 0.432 0.540 0.028
#> GSM30207 2 0.923 0.1659 0.424 0.424 0.152
#> GSM30208 1 0.695 -0.1043 0.512 0.472 0.016
#> GSM30209 2 0.962 0.3427 0.216 0.448 0.336
#> GSM30210 1 0.200 0.7823 0.952 0.012 0.036
#> GSM30211 2 0.533 0.6858 0.184 0.792 0.024
#> GSM30212 1 0.188 0.7828 0.956 0.012 0.032
#> GSM30213 1 0.188 0.7828 0.956 0.012 0.032
#> GSM30214 1 0.218 0.7880 0.948 0.020 0.032
#> GSM30215 1 0.480 0.7729 0.836 0.132 0.032
#> GSM30216 1 0.285 0.7795 0.924 0.020 0.056
#> GSM30217 1 0.175 0.7834 0.960 0.012 0.028
#> GSM30218 2 0.922 0.3067 0.376 0.468 0.156
#> GSM30219 1 0.794 0.5161 0.616 0.088 0.296
#> GSM30220 1 0.238 0.7750 0.936 0.008 0.056
#> GSM30221 2 0.595 0.6839 0.196 0.764 0.040
#> GSM30222 2 0.484 0.6630 0.080 0.848 0.072
#> GSM30223 1 0.305 0.7749 0.916 0.020 0.064
#> GSM30224 2 0.612 0.6729 0.220 0.744 0.036
#> GSM30225 1 0.707 0.6525 0.700 0.228 0.072
#> GSM30226 1 0.794 0.5249 0.616 0.088 0.296
#> GSM30227 1 0.547 0.7623 0.816 0.112 0.072
#> GSM30228 2 0.783 0.4455 0.088 0.632 0.280
#> GSM30229 2 0.916 0.4489 0.252 0.540 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 4 0.835 0.24837 0.032 0.236 0.264 0.468
#> GSM30007 1 0.726 0.40729 0.592 0.156 0.236 0.016
#> GSM30008 1 0.873 -0.04541 0.412 0.080 0.140 0.368
#> GSM30009 1 0.315 0.63074 0.896 0.056 0.032 0.016
#> GSM30010 2 0.290 0.51615 0.044 0.908 0.016 0.032
#> GSM30011 4 0.749 0.35541 0.004 0.220 0.248 0.528
#> GSM30012 4 0.699 0.38243 0.000 0.156 0.280 0.564
#> GSM30013 4 0.546 0.49868 0.028 0.036 0.192 0.744
#> GSM30014 2 0.317 0.50368 0.104 0.876 0.016 0.004
#> GSM30015 1 0.877 0.31159 0.448 0.108 0.116 0.328
#> GSM30016 4 0.835 0.24837 0.032 0.236 0.264 0.468
#> GSM30017 1 0.548 0.60707 0.776 0.064 0.044 0.116
#> GSM30018 4 0.539 0.50064 0.032 0.036 0.176 0.756
#> GSM30019 4 0.714 0.36061 0.000 0.152 0.324 0.524
#> GSM30020 1 0.879 0.41154 0.500 0.240 0.116 0.144
#> GSM30021 2 0.848 0.04077 0.304 0.464 0.184 0.048
#> GSM30022 1 0.242 0.62813 0.928 0.032 0.024 0.016
#> GSM30023 1 0.763 0.49563 0.616 0.104 0.080 0.200
#> GSM30024 2 0.322 0.46073 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM30025 1 0.584 0.60804 0.760 0.080 0.060 0.100
#> GSM30026 1 0.751 0.47246 0.592 0.092 0.056 0.260
#> GSM30027 1 0.714 0.54387 0.664 0.104 0.072 0.160
#> GSM30028 1 0.640 0.58755 0.720 0.072 0.072 0.136
#> GSM30029 1 0.669 0.54816 0.688 0.096 0.048 0.168
#> GSM30030 1 0.686 0.58826 0.676 0.108 0.048 0.168
#> GSM30031 1 0.543 0.60939 0.780 0.064 0.044 0.112
#> GSM30032 1 0.897 0.29245 0.420 0.296 0.212 0.072
#> GSM30033 1 0.868 0.34930 0.508 0.188 0.216 0.088
#> GSM30034 4 0.392 0.48770 0.092 0.004 0.056 0.848
#> GSM30035 1 0.833 0.41253 0.528 0.188 0.224 0.060
#> GSM30036 4 0.595 0.50014 0.056 0.052 0.152 0.740
#> GSM30037 1 0.350 0.61956 0.876 0.056 0.060 0.008
#> GSM30038 4 0.785 -0.12291 0.060 0.076 0.408 0.456
#> GSM30039 4 0.643 0.42140 0.000 0.108 0.272 0.620
#> GSM30040 2 0.570 0.46184 0.040 0.764 0.100 0.096
#> GSM30041 4 0.766 0.28136 0.000 0.276 0.260 0.464
#> GSM30042 4 0.718 0.38015 0.008 0.160 0.252 0.580
#> GSM30043 2 0.229 0.52077 0.060 0.924 0.012 0.004
#> GSM30044 1 0.634 0.49643 0.692 0.124 0.168 0.016
#> GSM30045 1 0.607 0.51087 0.712 0.100 0.172 0.016
#> GSM30046 4 0.417 0.47531 0.060 0.000 0.116 0.824
#> GSM30047 4 0.730 0.28971 0.236 0.032 0.124 0.608
#> GSM30048 4 0.420 0.47044 0.068 0.000 0.108 0.824
#> GSM30049 2 0.750 0.31176 0.016 0.564 0.180 0.240
#> GSM30050 4 0.578 0.45519 0.008 0.048 0.268 0.676
#> GSM30051 2 0.750 0.19522 0.000 0.488 0.212 0.300
#> GSM30052 1 0.322 0.59974 0.888 0.068 0.036 0.008
#> GSM30053 4 0.666 0.41370 0.000 0.128 0.272 0.600
#> GSM30054 2 0.751 0.21626 0.000 0.492 0.224 0.284
#> GSM30055 4 0.960 -0.12650 0.244 0.140 0.244 0.372
#> GSM30056 4 0.830 0.12893 0.016 0.340 0.260 0.384
#> GSM30057 2 0.290 0.51615 0.044 0.908 0.016 0.032
#> GSM30058 4 0.830 0.12893 0.016 0.340 0.260 0.384
#> GSM30059 4 0.395 0.47553 0.104 0.012 0.036 0.848
#> GSM30060 2 0.688 0.23808 0.216 0.612 0.168 0.004
#> GSM30061 4 0.922 -0.03898 0.224 0.108 0.236 0.432
#> GSM30062 4 0.432 0.48307 0.068 0.000 0.116 0.816
#> GSM30063 4 0.649 0.42644 0.000 0.128 0.244 0.628
#> GSM30064 3 0.856 -0.16927 0.380 0.092 0.424 0.104
#> GSM30065 4 0.770 0.33409 0.004 0.228 0.284 0.484
#> GSM30066 2 0.194 0.51919 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM30067 1 0.556 0.61513 0.776 0.084 0.048 0.092
#> GSM30068 2 0.265 0.51320 0.108 0.888 0.004 0.000
#> GSM30069 2 0.297 0.50233 0.144 0.856 0.000 0.000
#> GSM30070 3 0.789 0.07476 0.076 0.064 0.468 0.392
#> GSM30071 4 0.740 0.27801 0.088 0.044 0.288 0.580
#> GSM30072 1 0.681 0.44807 0.640 0.124 0.220 0.016
#> GSM30073 4 0.632 0.44326 0.020 0.056 0.276 0.648
#> GSM30074 4 0.992 -0.34160 0.232 0.236 0.216 0.316
#> GSM30075 4 0.549 0.41126 0.016 0.028 0.252 0.704
#> GSM30076 4 0.470 0.50876 0.028 0.024 0.148 0.800
#> GSM30077 4 0.406 0.49647 0.096 0.004 0.060 0.840
#> GSM30078 4 0.336 0.49178 0.084 0.004 0.036 0.876
#> GSM30079 1 0.242 0.62813 0.928 0.032 0.024 0.016
#> GSM30080 4 0.535 0.41391 0.016 0.020 0.260 0.704
#> GSM30081 2 0.753 0.17363 0.000 0.480 0.212 0.308
#> GSM30086 4 0.535 0.41391 0.016 0.020 0.260 0.704
#> GSM30087 4 0.401 0.47529 0.100 0.000 0.064 0.836
#> GSM30088 4 0.383 0.47441 0.096 0.012 0.036 0.856
#> GSM30089 1 0.688 0.51045 0.656 0.084 0.216 0.044
#> GSM30090 4 0.822 0.13901 0.012 0.332 0.268 0.388
#> GSM30091 2 0.750 0.19796 0.000 0.488 0.212 0.300
#> GSM30092 4 0.406 0.49647 0.096 0.004 0.060 0.840
#> GSM30093 4 0.714 0.35411 0.000 0.232 0.208 0.560
#> GSM30094 2 0.752 0.15571 0.000 0.476 0.204 0.320
#> GSM30095 2 0.303 0.51991 0.056 0.900 0.032 0.012
#> GSM30096 1 0.769 0.54891 0.616 0.168 0.072 0.144
#> GSM30097 4 0.343 0.48255 0.100 0.004 0.028 0.868
#> GSM30098 1 0.368 0.61160 0.876 0.048 0.040 0.036
#> GSM30099 4 0.992 -0.18059 0.196 0.244 0.260 0.300
#> GSM30100 2 0.317 0.46271 0.160 0.840 0.000 0.000
#> GSM30101 2 0.757 0.14766 0.000 0.468 0.212 0.320
#> GSM30102 4 0.980 -0.10061 0.200 0.236 0.212 0.352
#> GSM30103 1 0.810 0.39898 0.560 0.156 0.220 0.064
#> GSM30104 4 0.527 0.48161 0.116 0.028 0.072 0.784
#> GSM30105 1 0.424 0.63353 0.848 0.068 0.036 0.048
#> GSM30106 4 0.574 0.36823 0.036 0.008 0.300 0.656
#> GSM30107 4 0.638 -0.06415 0.028 0.020 0.464 0.488
#> GSM30108 1 0.723 0.41107 0.596 0.152 0.236 0.016
#> GSM30109 1 0.403 0.60984 0.860 0.048 0.048 0.044
#> GSM30110 4 0.832 0.03439 0.244 0.052 0.188 0.516
#> GSM30111 4 0.819 0.08136 0.108 0.068 0.324 0.500
#> GSM30112 1 0.803 0.49634 0.568 0.164 0.208 0.060
#> GSM30113 2 0.306 0.52362 0.088 0.888 0.008 0.016
#> GSM30114 4 0.647 0.41803 0.000 0.108 0.280 0.612
#> GSM30115 4 0.567 0.48736 0.024 0.040 0.216 0.720
#> GSM30116 2 0.808 0.11345 0.276 0.492 0.208 0.024
#> GSM30117 1 0.858 0.32640 0.436 0.288 0.236 0.040
#> GSM30118 1 0.908 0.34193 0.444 0.164 0.112 0.280
#> GSM30119 4 0.796 0.17209 0.064 0.100 0.304 0.532
#> GSM30120 4 0.796 0.17209 0.064 0.100 0.304 0.532
#> GSM30121 1 0.561 0.61264 0.772 0.080 0.048 0.100
#> GSM30122 1 0.755 0.53082 0.628 0.116 0.180 0.076
#> GSM30123 4 0.836 0.29043 0.092 0.136 0.228 0.544
#> GSM30177 4 0.759 0.29281 0.000 0.276 0.244 0.480
#> GSM30178 4 0.595 0.50014 0.056 0.052 0.152 0.740
#> GSM30179 1 0.720 0.37161 0.572 0.060 0.048 0.320
#> GSM30180 1 0.903 0.35279 0.452 0.152 0.116 0.280
#> GSM30181 4 0.487 0.44686 0.024 0.000 0.256 0.720
#> GSM30182 4 0.457 0.47514 0.076 0.000 0.124 0.800
#> GSM30183 1 0.612 0.59257 0.740 0.076 0.064 0.120
#> GSM30184 2 0.791 0.03493 0.004 0.416 0.240 0.340
#> GSM30185 1 0.851 0.39443 0.488 0.224 0.236 0.052
#> GSM30186 1 0.941 0.20860 0.416 0.160 0.260 0.164
#> GSM30187 4 0.361 0.49583 0.080 0.008 0.044 0.868
#> GSM30188 4 0.457 0.47514 0.076 0.000 0.124 0.800
#> GSM30189 1 0.823 0.22839 0.480 0.076 0.096 0.348
#> GSM30190 4 0.782 0.17276 0.000 0.312 0.276 0.412
#> GSM30191 4 0.484 0.49923 0.096 0.020 0.076 0.808
#> GSM30192 4 0.454 0.45305 0.020 0.000 0.228 0.752
#> GSM30193 4 0.451 0.45589 0.020 0.000 0.224 0.756
#> GSM30194 2 0.490 0.43579 0.016 0.784 0.040 0.160
#> GSM30195 4 0.780 -0.10889 0.060 0.072 0.408 0.460
#> GSM30196 1 0.633 0.49495 0.692 0.120 0.172 0.016
#> GSM30197 4 0.491 0.46721 0.068 0.008 0.136 0.788
#> GSM30198 4 0.563 0.36574 0.084 0.008 0.176 0.732
#> GSM30199 1 0.780 0.44213 0.568 0.188 0.208 0.036
#> GSM30200 4 0.603 0.39650 0.096 0.040 0.124 0.740
#> GSM30201 4 0.421 0.47117 0.092 0.004 0.072 0.832
#> GSM30202 1 0.906 0.33332 0.440 0.156 0.112 0.292
#> GSM30203 4 0.336 0.48998 0.084 0.004 0.036 0.876
#> GSM30204 4 0.956 -0.12307 0.252 0.132 0.240 0.376
#> GSM30205 2 0.821 0.09834 0.260 0.520 0.172 0.048
#> GSM30206 4 0.638 0.20120 0.312 0.000 0.088 0.600
#> GSM30207 4 0.956 -0.12307 0.252 0.132 0.240 0.376
#> GSM30208 4 0.660 0.05552 0.388 0.008 0.064 0.540
#> GSM30209 3 0.926 -0.00978 0.116 0.172 0.396 0.316
#> GSM30210 1 0.287 0.63010 0.908 0.052 0.020 0.020
#> GSM30211 4 0.444 0.46886 0.072 0.000 0.120 0.808
#> GSM30212 1 0.231 0.62956 0.932 0.032 0.020 0.016
#> GSM30213 1 0.231 0.62956 0.932 0.032 0.020 0.016
#> GSM30214 1 0.391 0.63989 0.860 0.080 0.032 0.028
#> GSM30215 1 0.601 0.58364 0.728 0.068 0.036 0.168
#> GSM30216 1 0.403 0.60984 0.860 0.048 0.048 0.044
#> GSM30217 1 0.352 0.63638 0.880 0.064 0.028 0.028
#> GSM30218 4 0.935 -0.06281 0.244 0.120 0.220 0.416
#> GSM30219 2 0.857 -0.18344 0.356 0.372 0.240 0.032
#> GSM30220 1 0.322 0.59974 0.888 0.068 0.036 0.008
#> GSM30221 4 0.399 0.48664 0.092 0.004 0.060 0.844
#> GSM30222 4 0.596 0.38341 0.032 0.028 0.264 0.676
#> GSM30223 1 0.455 0.60298 0.832 0.068 0.064 0.036
#> GSM30224 4 0.416 0.46422 0.104 0.016 0.040 0.840
#> GSM30225 1 0.924 0.30289 0.420 0.156 0.132 0.292
#> GSM30226 2 0.855 -0.18762 0.348 0.384 0.236 0.032
#> GSM30227 1 0.824 0.50264 0.572 0.156 0.100 0.172
#> GSM30228 4 0.827 0.32709 0.056 0.220 0.192 0.532
#> GSM30229 4 0.911 0.08911 0.140 0.136 0.280 0.444
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 4 0.770 0.35178 0.020 0.120 0.176 0.548 0.136
#> GSM30007 1 0.775 0.21721 0.420 0.348 0.100 0.004 0.128
#> GSM30008 1 0.929 -0.04215 0.336 0.160 0.060 0.204 0.240
#> GSM30009 1 0.325 0.54895 0.864 0.080 0.040 0.000 0.016
#> GSM30010 3 0.313 0.69976 0.036 0.032 0.888 0.020 0.024
#> GSM30011 4 0.589 0.41854 0.004 0.104 0.148 0.692 0.052
#> GSM30012 4 0.386 0.41369 0.000 0.036 0.092 0.832 0.040
#> GSM30013 4 0.459 0.35559 0.024 0.028 0.012 0.772 0.164
#> GSM30014 3 0.309 0.68705 0.076 0.044 0.872 0.004 0.004
#> GSM30015 5 0.947 0.03823 0.260 0.200 0.096 0.128 0.316
#> GSM30016 4 0.770 0.35178 0.020 0.120 0.176 0.548 0.136
#> GSM30017 1 0.640 0.48272 0.664 0.108 0.056 0.016 0.156
#> GSM30018 4 0.491 0.34715 0.024 0.028 0.016 0.744 0.188
#> GSM30019 4 0.502 0.38872 0.000 0.060 0.104 0.760 0.076
#> GSM30020 1 0.887 0.19708 0.404 0.188 0.224 0.044 0.140
#> GSM30021 3 0.796 0.04120 0.216 0.284 0.432 0.032 0.036
#> GSM30022 1 0.179 0.54502 0.936 0.044 0.016 0.000 0.004
#> GSM30023 1 0.809 0.33160 0.528 0.124 0.084 0.064 0.200
#> GSM30024 3 0.340 0.65580 0.144 0.024 0.828 0.004 0.000
#> GSM30025 1 0.634 0.46802 0.664 0.132 0.064 0.008 0.132
#> GSM30026 1 0.830 0.28743 0.500 0.112 0.092 0.072 0.224
#> GSM30027 1 0.746 0.39337 0.592 0.112 0.084 0.044 0.168
#> GSM30028 1 0.711 0.43780 0.604 0.144 0.056 0.028 0.168
#> GSM30029 1 0.727 0.41722 0.608 0.084 0.084 0.048 0.176
#> GSM30030 1 0.720 0.43525 0.616 0.088 0.108 0.036 0.152
#> GSM30031 1 0.630 0.48503 0.668 0.108 0.056 0.012 0.156
#> GSM30032 2 0.853 0.27559 0.308 0.340 0.236 0.020 0.096
#> GSM30033 1 0.837 -0.22190 0.376 0.360 0.132 0.036 0.096
#> GSM30034 4 0.609 0.18633 0.064 0.024 0.004 0.560 0.348
#> GSM30035 2 0.714 0.31439 0.380 0.460 0.112 0.028 0.020
#> GSM30036 4 0.582 0.33986 0.048 0.048 0.032 0.712 0.160
#> GSM30037 1 0.368 0.52612 0.840 0.096 0.032 0.000 0.032
#> GSM30038 4 0.810 0.04040 0.036 0.196 0.040 0.380 0.348
#> GSM30039 4 0.331 0.40956 0.000 0.032 0.052 0.868 0.048
#> GSM30040 3 0.587 0.55636 0.032 0.060 0.708 0.160 0.040
#> GSM30041 4 0.626 0.40819 0.000 0.084 0.204 0.640 0.072
#> GSM30042 4 0.651 0.37906 0.000 0.068 0.124 0.624 0.184
#> GSM30043 3 0.192 0.70618 0.044 0.012 0.932 0.012 0.000
#> GSM30044 1 0.676 0.37780 0.596 0.228 0.076 0.004 0.096
#> GSM30045 1 0.634 0.39042 0.636 0.212 0.056 0.004 0.092
#> GSM30046 5 0.564 -0.07615 0.048 0.012 0.000 0.460 0.480
#> GSM30047 4 0.832 0.01151 0.192 0.068 0.032 0.400 0.308
#> GSM30048 5 0.575 -0.06658 0.056 0.012 0.000 0.452 0.480
#> GSM30049 3 0.662 0.10849 0.012 0.052 0.504 0.384 0.048
#> GSM30050 4 0.298 0.39427 0.000 0.040 0.008 0.876 0.076
#> GSM30051 4 0.602 0.04431 0.000 0.048 0.436 0.484 0.032
#> GSM30052 1 0.305 0.53302 0.868 0.092 0.032 0.000 0.008
#> GSM30053 4 0.436 0.41633 0.000 0.032 0.100 0.800 0.068
#> GSM30054 4 0.638 0.02752 0.000 0.048 0.444 0.452 0.056
#> GSM30055 2 0.952 0.22650 0.164 0.300 0.096 0.280 0.160
#> GSM30056 4 0.704 0.34508 0.008 0.128 0.248 0.560 0.056
#> GSM30057 3 0.313 0.69976 0.036 0.032 0.888 0.020 0.024
#> GSM30058 4 0.704 0.34508 0.008 0.128 0.248 0.560 0.056
#> GSM30059 4 0.637 0.15076 0.072 0.020 0.012 0.528 0.368
#> GSM30060 3 0.614 0.13713 0.144 0.296 0.556 0.000 0.004
#> GSM30061 4 0.924 -0.15941 0.148 0.276 0.060 0.328 0.188
#> GSM30062 5 0.560 -0.08179 0.052 0.008 0.000 0.468 0.472
#> GSM30063 4 0.443 0.41779 0.000 0.024 0.092 0.792 0.092
#> GSM30064 5 0.807 -0.25061 0.252 0.328 0.040 0.024 0.356
#> GSM30065 4 0.559 0.41808 0.004 0.072 0.160 0.712 0.052
#> GSM30066 3 0.157 0.70884 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> GSM30067 1 0.629 0.43745 0.688 0.148 0.064 0.036 0.064
#> GSM30068 3 0.246 0.70707 0.092 0.012 0.892 0.004 0.000
#> GSM30069 3 0.265 0.69617 0.124 0.004 0.868 0.004 0.000
#> GSM30070 5 0.782 -0.00238 0.028 0.220 0.028 0.300 0.424
#> GSM30071 4 0.775 0.16974 0.044 0.148 0.036 0.488 0.284
#> GSM30072 1 0.723 0.28724 0.516 0.292 0.076 0.004 0.112
#> GSM30073 4 0.397 0.36019 0.000 0.028 0.008 0.784 0.180
#> GSM30074 4 0.993 -0.19712 0.152 0.184 0.228 0.236 0.200
#> GSM30075 4 0.615 0.25436 0.000 0.084 0.028 0.576 0.312
#> GSM30076 4 0.452 0.32633 0.020 0.020 0.004 0.744 0.212
#> GSM30077 4 0.581 0.18597 0.076 0.012 0.000 0.572 0.340
#> GSM30078 4 0.578 0.18152 0.064 0.016 0.000 0.568 0.352
#> GSM30079 1 0.179 0.54502 0.936 0.044 0.016 0.000 0.004
#> GSM30080 4 0.603 0.23738 0.000 0.080 0.020 0.564 0.336
#> GSM30081 4 0.596 0.07858 0.000 0.044 0.428 0.496 0.032
#> GSM30086 4 0.603 0.23738 0.000 0.080 0.020 0.564 0.336
#> GSM30087 4 0.578 0.09099 0.076 0.004 0.000 0.496 0.424
#> GSM30088 4 0.634 0.13689 0.068 0.024 0.008 0.512 0.388
#> GSM30089 1 0.743 0.33752 0.524 0.272 0.056 0.020 0.128
#> GSM30090 4 0.657 0.34735 0.004 0.128 0.240 0.592 0.036
#> GSM30091 4 0.602 0.05671 0.000 0.048 0.436 0.484 0.032
#> GSM30092 4 0.581 0.18597 0.076 0.012 0.000 0.572 0.340
#> GSM30093 4 0.649 0.40769 0.000 0.108 0.164 0.636 0.092
#> GSM30094 4 0.588 0.11018 0.000 0.044 0.420 0.508 0.028
#> GSM30095 3 0.244 0.70341 0.040 0.020 0.916 0.016 0.008
#> GSM30096 1 0.825 0.23006 0.496 0.208 0.140 0.040 0.116
#> GSM30097 4 0.613 0.15570 0.068 0.020 0.004 0.532 0.376
#> GSM30098 1 0.393 0.51733 0.804 0.152 0.008 0.004 0.032
#> GSM30099 2 0.940 0.24806 0.128 0.316 0.180 0.284 0.092
#> GSM30100 3 0.335 0.65820 0.140 0.024 0.832 0.004 0.000
#> GSM30101 4 0.594 0.12396 0.000 0.040 0.412 0.512 0.036
#> GSM30102 4 0.936 0.00987 0.136 0.224 0.152 0.376 0.112
#> GSM30103 1 0.736 -0.28733 0.432 0.408 0.084 0.040 0.036
#> GSM30104 4 0.706 0.20009 0.080 0.056 0.020 0.540 0.304
#> GSM30105 1 0.467 0.50833 0.796 0.104 0.048 0.024 0.028
#> GSM30106 4 0.625 0.11918 0.000 0.112 0.008 0.460 0.420
#> GSM30107 5 0.645 -0.09712 0.000 0.140 0.008 0.392 0.460
#> GSM30108 1 0.779 0.21334 0.412 0.352 0.104 0.004 0.128
#> GSM30109 1 0.432 0.52620 0.784 0.156 0.008 0.008 0.044
#> GSM30110 5 0.874 0.22332 0.100 0.188 0.044 0.284 0.384
#> GSM30111 4 0.843 0.01077 0.052 0.212 0.048 0.388 0.300
#> GSM30112 1 0.841 0.18005 0.428 0.212 0.168 0.012 0.180
#> GSM30113 3 0.277 0.71323 0.072 0.016 0.892 0.016 0.004
#> GSM30114 4 0.352 0.40610 0.000 0.032 0.056 0.856 0.056
#> GSM30115 4 0.378 0.37801 0.020 0.032 0.004 0.832 0.112
#> GSM30116 3 0.698 -0.13927 0.204 0.360 0.420 0.016 0.000
#> GSM30117 2 0.705 0.40661 0.296 0.480 0.200 0.020 0.004
#> GSM30118 5 0.964 0.00836 0.260 0.220 0.144 0.104 0.272
#> GSM30119 4 0.819 0.13462 0.036 0.152 0.076 0.452 0.284
#> GSM30120 4 0.819 0.13462 0.036 0.152 0.076 0.452 0.284
#> GSM30121 1 0.634 0.43715 0.684 0.148 0.064 0.036 0.068
#> GSM30122 1 0.736 -0.01200 0.472 0.364 0.088 0.036 0.040
#> GSM30123 4 0.847 0.19988 0.032 0.232 0.084 0.416 0.236
#> GSM30177 4 0.607 0.40113 0.000 0.112 0.200 0.648 0.040
#> GSM30178 4 0.582 0.33986 0.048 0.048 0.032 0.712 0.160
#> GSM30179 1 0.854 0.22651 0.472 0.124 0.052 0.152 0.200
#> GSM30180 5 0.961 -0.00659 0.268 0.220 0.136 0.104 0.272
#> GSM30181 4 0.600 0.18532 0.000 0.068 0.020 0.528 0.384
#> GSM30182 4 0.616 0.11699 0.048 0.020 0.016 0.536 0.380
#> GSM30183 1 0.682 0.42059 0.652 0.148 0.060 0.052 0.088
#> GSM30184 4 0.693 0.22503 0.004 0.064 0.356 0.496 0.080
#> GSM30185 2 0.723 0.35695 0.336 0.472 0.152 0.024 0.016
#> GSM30186 2 0.841 0.39826 0.276 0.456 0.084 0.116 0.068
#> GSM30187 4 0.565 0.20292 0.060 0.016 0.000 0.596 0.328
#> GSM30188 4 0.616 0.11699 0.048 0.020 0.016 0.536 0.380
#> GSM30189 1 0.912 0.04195 0.388 0.144 0.064 0.192 0.212
#> GSM30190 4 0.619 0.35575 0.000 0.124 0.232 0.616 0.028
#> GSM30191 4 0.662 0.20722 0.076 0.028 0.020 0.556 0.320
#> GSM30192 4 0.564 0.19095 0.000 0.060 0.008 0.536 0.396
#> GSM30193 4 0.563 0.19689 0.000 0.060 0.008 0.544 0.388
#> GSM30194 3 0.432 0.57224 0.012 0.032 0.780 0.168 0.008
#> GSM30195 4 0.808 0.04499 0.036 0.192 0.040 0.384 0.348
#> GSM30196 1 0.656 0.38188 0.612 0.228 0.064 0.004 0.092
#> GSM30197 4 0.625 0.00386 0.056 0.024 0.008 0.464 0.448
#> GSM30198 5 0.650 0.02505 0.056 0.044 0.008 0.372 0.520
#> GSM30199 2 0.657 0.23909 0.428 0.436 0.120 0.008 0.008
#> GSM30200 5 0.713 0.02094 0.076 0.028 0.040 0.388 0.468
#> GSM30201 4 0.611 0.13807 0.064 0.028 0.000 0.520 0.388
#> GSM30202 5 0.964 0.02042 0.260 0.216 0.140 0.108 0.276
#> GSM30203 4 0.586 0.17952 0.064 0.020 0.000 0.568 0.348
#> GSM30204 2 0.963 0.24598 0.172 0.268 0.088 0.256 0.216
#> GSM30205 3 0.771 -0.11121 0.176 0.292 0.468 0.036 0.028
#> GSM30206 5 0.750 0.10337 0.272 0.036 0.000 0.320 0.372
#> GSM30207 2 0.963 0.24598 0.172 0.268 0.088 0.256 0.216
#> GSM30208 5 0.811 0.17541 0.316 0.068 0.008 0.268 0.340
#> GSM30209 4 0.914 -0.01589 0.076 0.292 0.092 0.324 0.216
#> GSM30210 1 0.356 0.55016 0.844 0.100 0.028 0.000 0.028
#> GSM30211 5 0.560 -0.05214 0.052 0.008 0.000 0.448 0.492
#> GSM30212 1 0.172 0.54078 0.936 0.044 0.020 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.172 0.54078 0.936 0.044 0.020 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.402 0.53640 0.828 0.072 0.072 0.004 0.024
#> GSM30215 1 0.709 0.42919 0.632 0.116 0.056 0.060 0.136
#> GSM30216 1 0.432 0.52674 0.784 0.156 0.008 0.008 0.044
#> GSM30217 1 0.437 0.53154 0.812 0.088 0.056 0.008 0.036
#> GSM30218 4 0.937 -0.20018 0.160 0.268 0.080 0.332 0.160
#> GSM30219 2 0.693 0.43161 0.228 0.472 0.284 0.016 0.000
#> GSM30220 1 0.305 0.53302 0.868 0.092 0.032 0.000 0.008
#> GSM30221 4 0.602 0.18159 0.064 0.020 0.004 0.560 0.352
#> GSM30222 4 0.660 0.21477 0.012 0.092 0.024 0.536 0.336
#> GSM30223 1 0.395 0.53942 0.828 0.108 0.028 0.008 0.028
#> GSM30224 4 0.651 0.12149 0.076 0.028 0.008 0.500 0.388
#> GSM30225 5 0.958 0.05711 0.220 0.236 0.136 0.104 0.304
#> GSM30226 2 0.687 0.42814 0.224 0.464 0.300 0.012 0.000
#> GSM30227 1 0.867 0.20972 0.424 0.212 0.140 0.032 0.192
#> GSM30228 4 0.770 0.38190 0.032 0.108 0.152 0.564 0.144
#> GSM30229 4 0.868 0.16362 0.084 0.240 0.076 0.444 0.156
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 4 0.849 -0.32721 0.000 0.168 0.288 0.312 0.112 0.120
#> GSM30007 1 0.877 0.13909 0.264 0.128 0.232 0.004 0.112 0.260
#> GSM30008 4 0.848 -0.09475 0.268 0.144 0.040 0.324 0.016 0.208
#> GSM30009 1 0.415 0.55264 0.804 0.024 0.008 0.012 0.056 0.096
#> GSM30010 5 0.354 0.70814 0.012 0.012 0.008 0.032 0.836 0.100
#> GSM30011 3 0.730 0.50010 0.000 0.048 0.400 0.376 0.092 0.084
#> GSM30012 3 0.682 0.54538 0.000 0.164 0.464 0.304 0.060 0.008
#> GSM30013 4 0.505 0.21064 0.000 0.084 0.244 0.656 0.004 0.012
#> GSM30014 5 0.367 0.68395 0.044 0.008 0.008 0.004 0.816 0.120
#> GSM30015 4 0.811 -0.29578 0.096 0.044 0.112 0.364 0.032 0.352
#> GSM30016 4 0.849 -0.32721 0.000 0.168 0.288 0.312 0.112 0.120
#> GSM30017 1 0.707 0.44448 0.596 0.060 0.040 0.116 0.040 0.148
#> GSM30018 4 0.508 0.24720 0.000 0.088 0.228 0.664 0.004 0.016
#> GSM30019 3 0.651 0.52839 0.000 0.176 0.536 0.224 0.060 0.004
#> GSM30020 1 0.904 0.13357 0.300 0.120 0.036 0.104 0.160 0.280
#> GSM30021 5 0.799 0.03033 0.116 0.084 0.056 0.020 0.392 0.332
#> GSM30022 1 0.370 0.54929 0.836 0.008 0.036 0.012 0.028 0.080
#> GSM30023 1 0.797 0.28205 0.460 0.064 0.032 0.176 0.048 0.220
#> GSM30024 5 0.242 0.66464 0.096 0.008 0.008 0.000 0.884 0.004
#> GSM30025 1 0.678 0.43484 0.604 0.040 0.032 0.092 0.044 0.188
#> GSM30026 1 0.782 0.18063 0.392 0.036 0.024 0.252 0.040 0.256
#> GSM30027 1 0.730 0.35595 0.532 0.036 0.028 0.140 0.048 0.216
#> GSM30028 1 0.760 0.38874 0.532 0.076 0.040 0.124 0.040 0.188
#> GSM30029 1 0.726 0.37792 0.544 0.036 0.028 0.156 0.048 0.188
#> GSM30030 1 0.729 0.37412 0.520 0.028 0.016 0.168 0.064 0.204
#> GSM30031 1 0.704 0.44732 0.600 0.060 0.040 0.112 0.040 0.148
#> GSM30032 6 0.770 0.22515 0.252 0.032 0.036 0.056 0.152 0.472
#> GSM30033 6 0.789 0.12044 0.308 0.048 0.052 0.068 0.084 0.440
#> GSM30034 4 0.282 0.48429 0.016 0.036 0.060 0.880 0.000 0.008
#> GSM30035 6 0.542 0.32044 0.184 0.004 0.032 0.036 0.052 0.692
#> GSM30036 4 0.469 0.26026 0.012 0.016 0.260 0.684 0.004 0.024
#> GSM30037 1 0.444 0.53915 0.788 0.020 0.056 0.008 0.028 0.100
#> GSM30038 2 0.629 0.58174 0.020 0.632 0.044 0.200 0.032 0.072
#> GSM30039 3 0.633 0.46808 0.000 0.168 0.456 0.344 0.032 0.000
#> GSM30040 5 0.604 0.47710 0.012 0.004 0.208 0.056 0.624 0.096
#> GSM30041 3 0.756 0.61190 0.000 0.068 0.420 0.308 0.148 0.056
#> GSM30042 4 0.768 -0.23752 0.000 0.288 0.252 0.348 0.088 0.024
#> GSM30043 5 0.288 0.71233 0.024 0.000 0.012 0.004 0.864 0.096
#> GSM30044 1 0.763 0.34304 0.496 0.096 0.196 0.000 0.096 0.116
#> GSM30045 1 0.702 0.37025 0.556 0.068 0.188 0.000 0.064 0.124
#> GSM30046 4 0.509 0.23343 0.016 0.244 0.064 0.664 0.000 0.012
#> GSM30047 4 0.723 0.26405 0.152 0.084 0.064 0.576 0.016 0.108
#> GSM30048 4 0.508 0.22634 0.024 0.244 0.052 0.668 0.000 0.012
#> GSM30049 5 0.689 -0.29722 0.000 0.016 0.344 0.152 0.436 0.052
#> GSM30050 4 0.525 -0.27024 0.000 0.064 0.436 0.488 0.000 0.012
#> GSM30051 3 0.572 0.46239 0.000 0.000 0.444 0.164 0.392 0.000
#> GSM30052 1 0.418 0.52915 0.812 0.028 0.044 0.004 0.068 0.044
#> GSM30053 3 0.692 0.49436 0.000 0.188 0.412 0.324 0.076 0.000
#> GSM30054 5 0.652 -0.45840 0.000 0.036 0.376 0.188 0.400 0.000
#> GSM30055 6 0.842 0.08339 0.096 0.064 0.084 0.312 0.060 0.384
#> GSM30056 3 0.774 0.60225 0.000 0.032 0.408 0.268 0.172 0.120
#> GSM30057 5 0.354 0.70814 0.012 0.012 0.008 0.032 0.836 0.100
#> GSM30058 3 0.774 0.60225 0.000 0.032 0.408 0.268 0.172 0.120
#> GSM30059 4 0.197 0.47987 0.016 0.020 0.008 0.932 0.008 0.016
#> GSM30060 5 0.611 0.04591 0.080 0.012 0.020 0.008 0.456 0.424
#> GSM30061 4 0.835 -0.00715 0.080 0.092 0.100 0.360 0.032 0.336
#> GSM30062 4 0.502 0.25970 0.016 0.224 0.068 0.680 0.000 0.012
#> GSM30063 4 0.694 -0.39856 0.000 0.192 0.324 0.408 0.076 0.000
#> GSM30064 2 0.812 -0.17988 0.200 0.448 0.156 0.052 0.016 0.128
#> GSM30065 3 0.749 0.59904 0.000 0.108 0.444 0.296 0.104 0.048
#> GSM30066 5 0.216 0.71499 0.032 0.000 0.000 0.000 0.900 0.068
#> GSM30067 1 0.622 0.34009 0.532 0.008 0.028 0.084 0.016 0.332
#> GSM30068 5 0.255 0.71305 0.048 0.004 0.004 0.000 0.888 0.056
#> GSM30069 5 0.278 0.70465 0.072 0.004 0.004 0.000 0.872 0.048
#> GSM30070 2 0.418 0.50532 0.016 0.804 0.040 0.104 0.012 0.024
#> GSM30071 2 0.708 0.50061 0.024 0.496 0.068 0.304 0.016 0.092
#> GSM30072 1 0.822 0.22120 0.384 0.076 0.228 0.004 0.092 0.216
#> GSM30073 3 0.519 0.23969 0.000 0.088 0.472 0.440 0.000 0.000
#> GSM30074 2 0.825 0.16103 0.084 0.436 0.028 0.064 0.164 0.224
#> GSM30075 2 0.599 0.44728 0.000 0.500 0.108 0.364 0.016 0.012
#> GSM30076 4 0.428 0.32858 0.000 0.068 0.180 0.740 0.000 0.012
#> GSM30077 4 0.260 0.48867 0.020 0.020 0.060 0.892 0.000 0.008
#> GSM30078 4 0.184 0.48596 0.016 0.016 0.032 0.932 0.000 0.004
#> GSM30079 1 0.360 0.54834 0.840 0.008 0.036 0.008 0.028 0.080
#> GSM30080 2 0.581 0.45115 0.000 0.504 0.084 0.384 0.012 0.016
#> GSM30081 3 0.575 0.48610 0.000 0.000 0.444 0.172 0.384 0.000
#> GSM30086 2 0.581 0.45115 0.000 0.504 0.084 0.384 0.012 0.016
#> GSM30087 4 0.351 0.45741 0.032 0.072 0.036 0.844 0.000 0.016
#> GSM30088 4 0.230 0.47481 0.016 0.032 0.020 0.916 0.008 0.008
#> GSM30089 1 0.819 0.32241 0.452 0.140 0.148 0.020 0.056 0.184
#> GSM30090 3 0.759 0.62128 0.000 0.028 0.432 0.260 0.164 0.116
#> GSM30091 3 0.604 0.45958 0.000 0.008 0.416 0.184 0.392 0.000
#> GSM30092 4 0.260 0.48867 0.020 0.020 0.060 0.892 0.000 0.008
#> GSM30093 4 0.708 -0.43711 0.000 0.024 0.352 0.432 0.104 0.088
#> GSM30094 3 0.619 0.51260 0.000 0.004 0.424 0.192 0.372 0.008
#> GSM30095 5 0.390 0.70660 0.024 0.004 0.044 0.012 0.816 0.100
#> GSM30096 6 0.707 -0.07354 0.332 0.004 0.016 0.172 0.048 0.428
#> GSM30097 4 0.163 0.48286 0.016 0.016 0.012 0.944 0.000 0.012
#> GSM30098 1 0.543 0.45557 0.680 0.008 0.032 0.024 0.048 0.208
#> GSM30099 6 0.868 0.05755 0.072 0.032 0.176 0.212 0.120 0.388
#> GSM30100 5 0.237 0.66676 0.092 0.008 0.008 0.000 0.888 0.004
#> GSM30101 3 0.630 0.52187 0.000 0.008 0.424 0.196 0.364 0.008
#> GSM30102 4 0.915 -0.09092 0.072 0.084 0.184 0.288 0.088 0.284
#> GSM30103 6 0.656 0.24810 0.276 0.012 0.040 0.048 0.060 0.564
#> GSM30104 4 0.371 0.47729 0.032 0.024 0.056 0.836 0.000 0.052
#> GSM30105 1 0.546 0.47306 0.684 0.012 0.020 0.044 0.040 0.200
#> GSM30106 2 0.623 0.32125 0.008 0.436 0.116 0.416 0.004 0.020
#> GSM30107 2 0.471 0.48822 0.000 0.672 0.088 0.236 0.000 0.004
#> GSM30108 6 0.880 -0.19209 0.256 0.136 0.232 0.004 0.112 0.260
#> GSM30109 1 0.585 0.47030 0.668 0.020 0.044 0.028 0.048 0.192
#> GSM30110 4 0.662 0.17993 0.008 0.076 0.156 0.544 0.000 0.216
#> GSM30111 2 0.732 0.51579 0.036 0.504 0.056 0.232 0.012 0.160
#> GSM30112 1 0.906 0.07663 0.284 0.040 0.180 0.068 0.160 0.268
#> GSM30113 5 0.286 0.72213 0.032 0.000 0.024 0.008 0.880 0.056
#> GSM30114 3 0.631 0.47267 0.000 0.168 0.468 0.332 0.032 0.000
#> GSM30115 4 0.553 -0.03375 0.012 0.112 0.324 0.552 0.000 0.000
#> GSM30116 6 0.655 0.10999 0.100 0.004 0.048 0.012 0.368 0.468
#> GSM30117 6 0.517 0.37261 0.136 0.004 0.032 0.016 0.092 0.720
#> GSM30118 6 0.812 0.22530 0.076 0.040 0.112 0.324 0.052 0.396
#> GSM30119 2 0.717 0.56769 0.012 0.512 0.052 0.268 0.044 0.112
#> GSM30120 2 0.717 0.56769 0.012 0.512 0.052 0.268 0.044 0.112
#> GSM30121 1 0.621 0.33930 0.528 0.008 0.024 0.088 0.016 0.336
#> GSM30122 6 0.605 0.09839 0.304 0.004 0.028 0.072 0.024 0.568
#> GSM30123 4 0.671 0.23485 0.012 0.024 0.176 0.532 0.020 0.236
#> GSM30177 3 0.730 0.57809 0.000 0.028 0.420 0.336 0.128 0.088
#> GSM30178 4 0.469 0.26026 0.012 0.016 0.260 0.684 0.004 0.024
#> GSM30179 1 0.757 0.14547 0.396 0.032 0.024 0.340 0.036 0.172
#> GSM30180 6 0.804 0.22401 0.080 0.040 0.108 0.324 0.044 0.404
#> GSM30181 2 0.596 0.27541 0.000 0.424 0.152 0.412 0.000 0.012
#> GSM30182 4 0.361 0.42335 0.004 0.040 0.136 0.808 0.000 0.012
#> GSM30183 1 0.665 0.31703 0.512 0.020 0.028 0.108 0.016 0.316
#> GSM30184 3 0.746 0.55529 0.000 0.060 0.352 0.252 0.312 0.024
#> GSM30185 6 0.538 0.34936 0.164 0.004 0.032 0.036 0.060 0.704
#> GSM30186 6 0.619 0.36600 0.132 0.020 0.048 0.136 0.016 0.648
#> GSM30187 4 0.252 0.48790 0.016 0.008 0.080 0.888 0.000 0.008
#> GSM30188 4 0.361 0.42335 0.004 0.040 0.136 0.808 0.000 0.012
#> GSM30189 4 0.749 -0.17804 0.284 0.028 0.032 0.372 0.012 0.272
#> GSM30190 3 0.708 0.64612 0.000 0.016 0.492 0.236 0.168 0.088
#> GSM30191 4 0.338 0.48564 0.020 0.024 0.084 0.848 0.000 0.024
#> GSM30192 4 0.579 -0.31892 0.000 0.420 0.124 0.444 0.000 0.012
#> GSM30193 4 0.578 -0.30338 0.000 0.416 0.124 0.448 0.000 0.012
#> GSM30194 5 0.512 0.53341 0.004 0.000 0.120 0.096 0.716 0.064
#> GSM30195 2 0.632 0.58339 0.020 0.628 0.044 0.204 0.032 0.072
#> GSM30196 1 0.731 0.35814 0.528 0.072 0.192 0.000 0.084 0.124
#> GSM30197 4 0.571 0.21809 0.020 0.252 0.080 0.624 0.004 0.020
#> GSM30198 4 0.582 0.06692 0.024 0.328 0.044 0.572 0.012 0.020
#> GSM30199 6 0.584 0.25770 0.256 0.004 0.024 0.020 0.084 0.612
#> GSM30200 4 0.634 0.14157 0.036 0.252 0.044 0.592 0.008 0.068
#> GSM30201 4 0.300 0.47125 0.016 0.056 0.036 0.876 0.004 0.012
#> GSM30202 6 0.795 0.22648 0.068 0.036 0.104 0.336 0.052 0.404
#> GSM30203 4 0.193 0.48508 0.016 0.020 0.032 0.928 0.000 0.004
#> GSM30204 6 0.827 0.08648 0.100 0.096 0.068 0.328 0.032 0.376
#> GSM30205 6 0.738 0.08151 0.100 0.032 0.036 0.040 0.376 0.416
#> GSM30206 4 0.613 0.27402 0.240 0.028 0.072 0.604 0.000 0.056
#> GSM30207 6 0.827 0.08648 0.100 0.096 0.068 0.328 0.032 0.376
#> GSM30208 4 0.646 0.21078 0.292 0.028 0.044 0.548 0.004 0.084
#> GSM30209 4 0.911 -0.06328 0.056 0.168 0.200 0.268 0.048 0.260
#> GSM30210 1 0.389 0.55193 0.836 0.028 0.036 0.016 0.028 0.056
#> GSM30211 4 0.533 0.24328 0.020 0.216 0.084 0.664 0.000 0.016
#> GSM30212 1 0.317 0.54270 0.856 0.000 0.020 0.008 0.032 0.084
#> GSM30213 1 0.317 0.54270 0.856 0.000 0.020 0.008 0.032 0.084
#> GSM30214 1 0.470 0.53436 0.756 0.020 0.008 0.024 0.048 0.144
#> GSM30215 1 0.693 0.38525 0.560 0.020 0.024 0.176 0.044 0.176
#> GSM30216 1 0.576 0.47745 0.676 0.020 0.040 0.028 0.048 0.188
#> GSM30217 1 0.479 0.53361 0.772 0.020 0.032 0.028 0.040 0.108
#> GSM30218 6 0.848 0.00617 0.092 0.080 0.120 0.328 0.032 0.348
#> GSM30219 6 0.551 0.39031 0.092 0.004 0.048 0.012 0.156 0.688
#> GSM30220 1 0.404 0.52925 0.820 0.024 0.044 0.004 0.068 0.040
#> GSM30221 4 0.294 0.48068 0.016 0.044 0.052 0.876 0.000 0.012
#> GSM30222 2 0.621 0.49941 0.008 0.516 0.084 0.352 0.020 0.020
#> GSM30223 1 0.571 0.52978 0.720 0.048 0.076 0.024 0.052 0.080
#> GSM30224 4 0.257 0.46964 0.020 0.036 0.016 0.904 0.008 0.016
#> GSM30225 6 0.824 0.21950 0.060 0.056 0.124 0.332 0.052 0.376
#> GSM30226 6 0.579 0.38821 0.104 0.004 0.044 0.016 0.172 0.660
#> GSM30227 6 0.821 -0.01954 0.280 0.032 0.060 0.188 0.052 0.388
#> GSM30228 4 0.775 -0.28054 0.020 0.036 0.260 0.464 0.100 0.120
#> GSM30229 4 0.851 -0.02783 0.048 0.088 0.200 0.352 0.036 0.276
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> SD:hclust 70 0.00364 2
#> SD:hclust 124 0.02324 3
#> SD:hclust 45 0.17509 4
#> SD:hclust 29 0.28969 5
#> SD:hclust 44 0.11526 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.475 0.717 0.829 0.4926 0.498 0.498
#> 3 3 0.535 0.684 0.750 0.3171 0.703 0.474
#> 4 4 0.497 0.558 0.725 0.1276 0.858 0.614
#> 5 5 0.545 0.490 0.679 0.0755 0.879 0.597
#> 6 6 0.610 0.359 0.619 0.0468 0.861 0.468
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30007 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30008 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30009 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30010 1 0.4562 0.416 0.904 0.096
#> GSM30011 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30012 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30013 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30014 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30015 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30016 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30017 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30018 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30019 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30020 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30021 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30022 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30023 2 0.0938 0.693 0.012 0.988
#> GSM30024 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30025 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30026 1 0.9833 0.795 0.576 0.424
#> GSM30027 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30028 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30029 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30030 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30031 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30032 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30033 1 0.2423 0.586 0.960 0.040
#> GSM30034 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30035 1 0.9393 0.800 0.644 0.356
#> GSM30036 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30037 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30038 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30040 1 0.4939 0.392 0.892 0.108
#> GSM30041 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30042 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30043 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30045 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30046 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30047 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30048 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30049 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30050 2 0.7453 0.725 0.212 0.788
#> GSM30051 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30052 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30053 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30054 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30055 2 0.9661 0.720 0.392 0.608
#> GSM30056 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30057 1 0.3879 0.452 0.924 0.076
#> GSM30058 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30059 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30060 1 0.2423 0.586 0.960 0.040
#> GSM30061 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30062 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30063 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30064 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30065 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30066 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30068 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30069 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30070 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30071 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30072 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30073 2 0.9248 0.723 0.340 0.660
#> GSM30074 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30075 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30076 2 0.4161 0.721 0.084 0.916
#> GSM30077 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30078 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30079 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30080 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30081 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30086 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30087 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30088 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30089 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30090 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30091 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30092 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30093 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30094 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30095 1 0.3733 0.458 0.928 0.072
#> GSM30096 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30097 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30098 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30099 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30100 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30102 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30103 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30104 2 0.5178 0.724 0.116 0.884
#> GSM30105 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30106 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30107 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30108 1 0.5629 0.647 0.868 0.132
#> GSM30109 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30110 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30111 1 0.9850 0.791 0.572 0.428
#> GSM30112 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30113 1 0.4298 0.431 0.912 0.088
#> GSM30114 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30115 2 0.2778 0.716 0.048 0.952
#> GSM30116 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30117 1 0.9552 0.811 0.624 0.376
#> GSM30118 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30119 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30120 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30121 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30122 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30123 2 0.6887 0.725 0.184 0.816
#> GSM30177 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30178 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30179 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30180 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30181 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30182 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30183 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30184 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30185 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30186 1 0.9393 0.342 0.644 0.356
#> GSM30187 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30188 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30189 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30190 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30191 2 0.6247 0.726 0.156 0.844
#> GSM30192 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30193 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30194 2 0.9710 0.720 0.400 0.600
#> GSM30195 1 0.8327 0.599 0.736 0.264
#> GSM30196 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30197 2 0.2236 0.710 0.036 0.964
#> GSM30198 2 0.2603 0.620 0.044 0.956
#> GSM30199 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30200 2 0.2236 0.633 0.036 0.964
#> GSM30201 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30202 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30203 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30204 2 0.2603 0.620 0.044 0.956
#> GSM30205 1 0.0672 0.562 0.992 0.008
#> GSM30206 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30207 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30208 2 0.2603 0.620 0.044 0.956
#> GSM30209 2 0.4690 0.722 0.100 0.900
#> GSM30210 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30211 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30212 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30213 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30214 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30215 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30216 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30217 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30218 2 0.3114 0.716 0.056 0.944
#> GSM30219 1 0.0000 0.555 1.000 0.000
#> GSM30220 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30221 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30222 2 0.2603 0.715 0.044 0.956
#> GSM30223 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30224 2 0.0000 0.683 0.000 1.000
#> GSM30225 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30226 1 0.9686 0.824 0.604 0.396
#> GSM30227 1 0.9710 0.821 0.600 0.400
#> GSM30228 2 0.9686 0.721 0.396 0.604
#> GSM30229 2 0.5946 0.726 0.144 0.856
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.5882 0.5837 0.348 0.000 0.652
#> GSM30007 2 0.1031 0.8761 0.000 0.976 0.024
#> GSM30008 2 0.4634 0.8540 0.012 0.824 0.164
#> GSM30009 2 0.1529 0.8743 0.000 0.960 0.040
#> GSM30010 3 0.2860 0.5920 0.004 0.084 0.912
#> GSM30011 3 0.5835 0.5885 0.340 0.000 0.660
#> GSM30012 3 0.6062 0.5347 0.384 0.000 0.616
#> GSM30013 1 0.4235 0.7065 0.824 0.000 0.176
#> GSM30014 3 0.4452 0.5139 0.000 0.192 0.808
#> GSM30015 2 0.9602 0.2097 0.396 0.404 0.200
#> GSM30016 3 0.7156 0.3229 0.028 0.400 0.572
#> GSM30017 1 0.8727 0.3138 0.572 0.280 0.148
#> GSM30018 1 0.1905 0.8479 0.956 0.028 0.016
#> GSM30019 3 0.6140 0.5058 0.404 0.000 0.596
#> GSM30020 2 0.4663 0.8596 0.016 0.828 0.156
#> GSM30021 3 0.5497 0.4108 0.000 0.292 0.708
#> GSM30022 2 0.0892 0.8780 0.000 0.980 0.020
#> GSM30023 1 0.3456 0.8108 0.904 0.036 0.060
#> GSM30024 3 0.6235 0.2887 0.000 0.436 0.564
#> GSM30025 2 0.1753 0.8734 0.000 0.952 0.048
#> GSM30026 1 0.8587 0.4353 0.604 0.220 0.176
#> GSM30027 2 0.4874 0.8509 0.028 0.828 0.144
#> GSM30028 2 0.5435 0.8455 0.048 0.808 0.144
#> GSM30029 2 0.4609 0.8562 0.028 0.844 0.128
#> GSM30030 2 0.1289 0.8844 0.000 0.968 0.032
#> GSM30031 2 0.3983 0.8623 0.004 0.852 0.144
#> GSM30032 2 0.4755 0.8493 0.008 0.808 0.184
#> GSM30033 3 0.7121 0.0432 0.024 0.428 0.548
#> GSM30034 1 0.2681 0.8461 0.932 0.040 0.028
#> GSM30035 2 0.5455 0.8164 0.020 0.776 0.204
#> GSM30036 1 0.3112 0.8252 0.916 0.028 0.056
#> GSM30037 2 0.1031 0.8761 0.000 0.976 0.024
#> GSM30038 3 0.7043 0.3392 0.024 0.400 0.576
#> GSM30039 3 0.6168 0.4918 0.412 0.000 0.588
#> GSM30040 3 0.2866 0.5926 0.008 0.076 0.916
#> GSM30041 3 0.5968 0.5812 0.364 0.000 0.636
#> GSM30042 3 0.6045 0.5695 0.380 0.000 0.620
#> GSM30043 3 0.4002 0.5448 0.000 0.160 0.840
#> GSM30044 2 0.2056 0.8703 0.024 0.952 0.024
#> GSM30045 2 0.2434 0.8667 0.024 0.940 0.036
#> GSM30046 1 0.2297 0.8458 0.944 0.020 0.036
#> GSM30047 1 0.2031 0.8466 0.952 0.032 0.016
#> GSM30048 1 0.1919 0.8457 0.956 0.024 0.020
#> GSM30049 3 0.5397 0.6148 0.280 0.000 0.720
#> GSM30050 1 0.4994 0.7084 0.816 0.024 0.160
#> GSM30051 3 0.5621 0.6042 0.308 0.000 0.692
#> GSM30052 2 0.1163 0.8757 0.000 0.972 0.028
#> GSM30053 3 0.6180 0.4850 0.416 0.000 0.584
#> GSM30054 3 0.5859 0.5885 0.344 0.000 0.656
#> GSM30055 1 0.6641 -0.1396 0.544 0.008 0.448
#> GSM30056 3 0.6483 0.4324 0.452 0.004 0.544
#> GSM30057 3 0.3038 0.5831 0.000 0.104 0.896
#> GSM30058 3 0.5926 0.5837 0.356 0.000 0.644
#> GSM30059 1 0.1989 0.8483 0.948 0.048 0.004
#> GSM30060 3 0.6633 -0.0571 0.008 0.444 0.548
#> GSM30061 1 0.2056 0.8488 0.952 0.024 0.024
#> GSM30062 1 0.1170 0.8506 0.976 0.016 0.008
#> GSM30063 1 0.5529 0.4462 0.704 0.000 0.296
#> GSM30064 2 0.3461 0.8595 0.024 0.900 0.076
#> GSM30065 3 0.6192 0.4859 0.420 0.000 0.580
#> GSM30066 3 0.4931 0.4707 0.000 0.232 0.768
#> GSM30067 2 0.2959 0.8747 0.000 0.900 0.100
#> GSM30068 3 0.5016 0.4704 0.000 0.240 0.760
#> GSM30069 3 0.5835 0.4441 0.000 0.340 0.660
#> GSM30070 3 0.6193 0.5815 0.292 0.016 0.692
#> GSM30071 1 0.6045 0.1466 0.620 0.000 0.380
#> GSM30072 2 0.1525 0.8741 0.004 0.964 0.032
#> GSM30073 1 0.3816 0.7374 0.852 0.000 0.148
#> GSM30074 3 0.6180 0.4088 0.024 0.260 0.716
#> GSM30075 1 0.1163 0.8443 0.972 0.000 0.028
#> GSM30076 1 0.0848 0.8488 0.984 0.008 0.008
#> GSM30077 1 0.1751 0.8509 0.960 0.028 0.012
#> GSM30078 1 0.1620 0.8513 0.964 0.024 0.012
#> GSM30079 2 0.0892 0.8780 0.000 0.980 0.020
#> GSM30080 1 0.0892 0.8444 0.980 0.000 0.020
#> GSM30081 3 0.5835 0.5892 0.340 0.000 0.660
#> GSM30086 1 0.1031 0.8450 0.976 0.000 0.024
#> GSM30087 1 0.2050 0.8504 0.952 0.028 0.020
#> GSM30088 1 0.2414 0.8475 0.940 0.040 0.020
#> GSM30089 2 0.3045 0.8654 0.020 0.916 0.064
#> GSM30090 3 0.5905 0.5858 0.352 0.000 0.648
#> GSM30091 3 0.5706 0.6027 0.320 0.000 0.680
#> GSM30092 1 0.2564 0.8401 0.936 0.028 0.036
#> GSM30093 3 0.6235 0.4553 0.436 0.000 0.564
#> GSM30094 3 0.5859 0.5885 0.344 0.000 0.656
#> GSM30095 3 0.3043 0.5890 0.008 0.084 0.908
#> GSM30096 2 0.4291 0.8378 0.000 0.820 0.180
#> GSM30097 1 0.3148 0.8429 0.916 0.048 0.036
#> GSM30098 2 0.0892 0.8800 0.000 0.980 0.020
#> GSM30099 3 0.6148 0.5811 0.356 0.004 0.640
#> GSM30100 3 0.5926 0.4359 0.000 0.356 0.644
#> GSM30101 3 0.5835 0.5892 0.340 0.000 0.660
#> GSM30102 3 0.6291 0.4279 0.468 0.000 0.532
#> GSM30103 2 0.3272 0.8754 0.004 0.892 0.104
#> GSM30104 1 0.2443 0.8377 0.940 0.028 0.032
#> GSM30105 2 0.1411 0.8740 0.000 0.964 0.036
#> GSM30106 1 0.2564 0.8396 0.936 0.028 0.036
#> GSM30107 1 0.1491 0.8481 0.968 0.016 0.016
#> GSM30108 2 0.4270 0.7996 0.024 0.860 0.116
#> GSM30109 2 0.1453 0.8769 0.024 0.968 0.008
#> GSM30110 1 0.3722 0.8334 0.888 0.024 0.088
#> GSM30111 1 0.8408 0.4385 0.616 0.232 0.152
#> GSM30112 2 0.2550 0.8672 0.024 0.936 0.040
#> GSM30113 3 0.2772 0.5912 0.004 0.080 0.916
#> GSM30114 1 0.6299 -0.1895 0.524 0.000 0.476
#> GSM30115 1 0.2749 0.8316 0.924 0.012 0.064
#> GSM30116 3 0.6445 0.3598 0.020 0.308 0.672
#> GSM30117 2 0.5406 0.8114 0.020 0.780 0.200
#> GSM30118 3 0.5580 0.4254 0.008 0.256 0.736
#> GSM30119 3 0.5397 0.6115 0.280 0.000 0.720
#> GSM30120 1 0.3213 0.8275 0.900 0.008 0.092
#> GSM30121 2 0.3193 0.8749 0.004 0.896 0.100
#> GSM30122 2 0.3686 0.8592 0.000 0.860 0.140
#> GSM30123 1 0.2773 0.8310 0.928 0.024 0.048
#> GSM30177 1 0.6228 0.1958 0.624 0.004 0.372
#> GSM30178 1 0.2564 0.8368 0.936 0.028 0.036
#> GSM30179 2 0.7004 0.7525 0.112 0.728 0.160
#> GSM30180 2 0.4521 0.8396 0.004 0.816 0.180
#> GSM30181 1 0.1585 0.8469 0.964 0.008 0.028
#> GSM30182 1 0.2564 0.8464 0.936 0.028 0.036
#> GSM30183 2 0.3573 0.8683 0.004 0.876 0.120
#> GSM30184 3 0.5968 0.5812 0.364 0.000 0.636
#> GSM30185 2 0.4521 0.8360 0.004 0.816 0.180
#> GSM30186 3 0.7244 0.5355 0.092 0.208 0.700
#> GSM30187 1 0.2689 0.8387 0.932 0.032 0.036
#> GSM30188 1 0.2564 0.8464 0.936 0.028 0.036
#> GSM30189 1 0.3993 0.8347 0.884 0.064 0.052
#> GSM30190 3 0.5926 0.5793 0.356 0.000 0.644
#> GSM30191 1 0.3310 0.8189 0.908 0.028 0.064
#> GSM30192 1 0.0747 0.8460 0.984 0.000 0.016
#> GSM30193 1 0.1170 0.8496 0.976 0.016 0.008
#> GSM30194 3 0.4605 0.6258 0.204 0.000 0.796
#> GSM30195 3 0.9852 0.3168 0.272 0.312 0.416
#> GSM30196 2 0.2056 0.8703 0.024 0.952 0.024
#> GSM30197 1 0.1482 0.8505 0.968 0.020 0.012
#> GSM30198 1 0.4253 0.7827 0.872 0.080 0.048
#> GSM30199 2 0.4682 0.8360 0.004 0.804 0.192
#> GSM30200 1 0.3484 0.8133 0.904 0.048 0.048
#> GSM30201 1 0.1751 0.8478 0.960 0.028 0.012
#> GSM30202 2 0.8925 0.5116 0.256 0.564 0.180
#> GSM30203 1 0.1999 0.8414 0.952 0.012 0.036
#> GSM30204 1 0.5339 0.7298 0.824 0.080 0.096
#> GSM30205 3 0.5692 0.4019 0.008 0.268 0.724
#> GSM30206 1 0.3213 0.8340 0.912 0.060 0.028
#> GSM30207 1 0.5004 0.7700 0.840 0.072 0.088
#> GSM30208 1 0.5667 0.7199 0.800 0.140 0.060
#> GSM30209 1 0.9544 -0.0645 0.440 0.364 0.196
#> GSM30210 2 0.1529 0.8725 0.000 0.960 0.040
#> GSM30211 1 0.2681 0.8366 0.932 0.040 0.028
#> GSM30212 2 0.0424 0.8791 0.000 0.992 0.008
#> GSM30213 2 0.0592 0.8793 0.000 0.988 0.012
#> GSM30214 2 0.3482 0.8687 0.000 0.872 0.128
#> GSM30215 2 0.4002 0.8616 0.000 0.840 0.160
#> GSM30216 2 0.1267 0.8802 0.004 0.972 0.024
#> GSM30217 2 0.3752 0.8640 0.000 0.856 0.144
#> GSM30218 1 0.3530 0.8252 0.900 0.032 0.068
#> GSM30219 3 0.5551 0.4760 0.016 0.224 0.760
#> GSM30220 2 0.1031 0.8761 0.000 0.976 0.024
#> GSM30221 1 0.2318 0.8506 0.944 0.028 0.028
#> GSM30222 1 0.1620 0.8467 0.964 0.012 0.024
#> GSM30223 2 0.2056 0.8703 0.024 0.952 0.024
#> GSM30224 1 0.3112 0.8376 0.916 0.056 0.028
#> GSM30225 1 0.9464 -0.1888 0.416 0.404 0.180
#> GSM30226 2 0.4963 0.8290 0.008 0.792 0.200
#> GSM30227 2 0.8677 0.5128 0.288 0.572 0.140
#> GSM30228 3 0.6244 0.4473 0.440 0.000 0.560
#> GSM30229 1 0.1170 0.8461 0.976 0.008 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.1118 0.6745 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM30007 1 0.1489 0.7360 0.952 0.004 0.044 0.000
#> GSM30008 1 0.6697 0.6282 0.628 0.004 0.224 0.144
#> GSM30009 1 0.1543 0.7422 0.956 0.004 0.032 0.008
#> GSM30010 3 0.5364 0.4900 0.028 0.320 0.652 0.000
#> GSM30011 2 0.1118 0.6745 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM30012 2 0.4944 0.6205 0.000 0.768 0.160 0.072
#> GSM30013 2 0.7003 -0.1502 0.000 0.460 0.116 0.424
#> GSM30014 3 0.5753 0.5573 0.072 0.248 0.680 0.000
#> GSM30015 3 0.7253 0.2024 0.152 0.000 0.484 0.364
#> GSM30016 3 0.7783 0.3415 0.340 0.096 0.516 0.048
#> GSM30017 4 0.6084 0.4236 0.152 0.004 0.148 0.696
#> GSM30018 4 0.2928 0.8038 0.000 0.108 0.012 0.880
#> GSM30019 2 0.4982 0.6367 0.000 0.772 0.136 0.092
#> GSM30020 1 0.6273 0.6498 0.676 0.004 0.184 0.136
#> GSM30021 3 0.5874 0.5740 0.112 0.192 0.696 0.000
#> GSM30022 1 0.1302 0.7444 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM30023 4 0.3855 0.6599 0.004 0.012 0.164 0.820
#> GSM30024 1 0.7779 -0.3976 0.400 0.244 0.356 0.000
#> GSM30025 1 0.4364 0.7120 0.828 0.008 0.084 0.080
#> GSM30026 4 0.3727 0.6039 0.004 0.008 0.164 0.824
#> GSM30027 1 0.6181 0.6395 0.700 0.012 0.120 0.168
#> GSM30028 1 0.6614 0.5887 0.644 0.004 0.172 0.180
#> GSM30029 1 0.5691 0.6514 0.724 0.004 0.100 0.172
#> GSM30030 1 0.2443 0.7474 0.916 0.000 0.060 0.024
#> GSM30031 1 0.5848 0.6588 0.716 0.004 0.128 0.152
#> GSM30032 1 0.7311 0.5879 0.612 0.036 0.232 0.120
#> GSM30033 2 0.9584 -0.2210 0.264 0.380 0.208 0.148
#> GSM30034 4 0.3900 0.7926 0.000 0.164 0.020 0.816
#> GSM30035 3 0.7776 0.0369 0.340 0.248 0.412 0.000
#> GSM30036 2 0.5500 -0.0550 0.000 0.520 0.016 0.464
#> GSM30037 1 0.0336 0.7446 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30038 3 0.6976 0.3166 0.384 0.092 0.516 0.008
#> GSM30039 2 0.5517 0.6108 0.000 0.724 0.184 0.092
#> GSM30040 2 0.6475 -0.2595 0.008 0.516 0.424 0.052
#> GSM30041 2 0.2266 0.6656 0.000 0.912 0.004 0.084
#> GSM30042 2 0.6501 0.3814 0.000 0.588 0.316 0.096
#> GSM30043 3 0.5814 0.5284 0.056 0.300 0.644 0.000
#> GSM30044 1 0.2010 0.7309 0.932 0.004 0.060 0.004
#> GSM30045 1 0.2010 0.7309 0.932 0.004 0.060 0.004
#> GSM30046 4 0.4842 0.7831 0.000 0.192 0.048 0.760
#> GSM30047 4 0.3707 0.7973 0.000 0.132 0.028 0.840
#> GSM30048 4 0.4673 0.7959 0.000 0.132 0.076 0.792
#> GSM30049 2 0.0524 0.6423 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM30050 2 0.5152 0.4304 0.000 0.664 0.020 0.316
#> GSM30051 2 0.1610 0.6680 0.000 0.952 0.016 0.032
#> GSM30052 1 0.0524 0.7440 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM30053 2 0.5783 0.6036 0.000 0.704 0.188 0.108
#> GSM30054 2 0.1722 0.6729 0.000 0.944 0.008 0.048
#> GSM30055 4 0.7020 -0.0609 0.016 0.376 0.080 0.528
#> GSM30056 2 0.3790 0.6458 0.000 0.820 0.016 0.164
#> GSM30057 3 0.5453 0.5131 0.036 0.304 0.660 0.000
#> GSM30058 2 0.1305 0.6731 0.000 0.960 0.004 0.036
#> GSM30059 4 0.3836 0.7953 0.000 0.168 0.016 0.816
#> GSM30060 3 0.7206 0.4420 0.244 0.184 0.568 0.004
#> GSM30061 4 0.3325 0.8017 0.000 0.112 0.024 0.864
#> GSM30062 4 0.3636 0.8001 0.000 0.172 0.008 0.820
#> GSM30063 2 0.6477 0.3499 0.000 0.600 0.100 0.300
#> GSM30064 1 0.2839 0.7196 0.884 0.004 0.108 0.004
#> GSM30065 2 0.3919 0.6686 0.000 0.840 0.056 0.104
#> GSM30066 3 0.5910 0.5574 0.084 0.244 0.672 0.000
#> GSM30067 1 0.4382 0.6254 0.704 0.000 0.296 0.000
#> GSM30068 3 0.6084 0.5574 0.096 0.244 0.660 0.000
#> GSM30069 3 0.7480 0.5151 0.248 0.248 0.504 0.000
#> GSM30070 3 0.8449 0.2014 0.060 0.208 0.512 0.220
#> GSM30071 4 0.7242 0.3377 0.000 0.148 0.376 0.476
#> GSM30072 1 0.1661 0.7343 0.944 0.004 0.052 0.000
#> GSM30073 4 0.6659 0.2563 0.000 0.448 0.084 0.468
#> GSM30074 3 0.6949 0.5112 0.100 0.108 0.688 0.104
#> GSM30075 4 0.6449 0.6700 0.000 0.140 0.220 0.640
#> GSM30076 4 0.3529 0.8005 0.000 0.152 0.012 0.836
#> GSM30077 4 0.3356 0.7957 0.000 0.176 0.000 0.824
#> GSM30078 4 0.3311 0.7970 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM30079 1 0.1022 0.7457 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM30080 4 0.6672 0.6643 0.000 0.168 0.212 0.620
#> GSM30081 2 0.1798 0.6706 0.000 0.944 0.016 0.040
#> GSM30086 4 0.5432 0.7741 0.000 0.136 0.124 0.740
#> GSM30087 4 0.3498 0.7969 0.000 0.160 0.008 0.832
#> GSM30088 4 0.3232 0.8018 0.004 0.108 0.016 0.872
#> GSM30089 1 0.2520 0.7272 0.904 0.004 0.088 0.004
#> GSM30090 2 0.1118 0.6745 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM30091 2 0.1706 0.6675 0.000 0.948 0.016 0.036
#> GSM30092 4 0.4353 0.7555 0.000 0.232 0.012 0.756
#> GSM30093 2 0.3681 0.6389 0.000 0.816 0.008 0.176
#> GSM30094 2 0.1118 0.6745 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM30095 2 0.6899 -0.2687 0.020 0.508 0.412 0.060
#> GSM30096 1 0.4925 0.4888 0.572 0.000 0.428 0.000
#> GSM30097 4 0.4356 0.7759 0.004 0.200 0.016 0.780
#> GSM30098 1 0.2760 0.7193 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM30099 2 0.4020 0.6255 0.016 0.836 0.020 0.128
#> GSM30100 3 0.7823 0.4572 0.320 0.272 0.408 0.000
#> GSM30101 2 0.1576 0.6721 0.000 0.948 0.004 0.048
#> GSM30102 2 0.4123 0.6201 0.000 0.772 0.008 0.220
#> GSM30103 1 0.4283 0.6486 0.740 0.004 0.256 0.000
#> GSM30104 4 0.5399 0.2209 0.000 0.468 0.012 0.520
#> GSM30105 1 0.1975 0.7495 0.936 0.000 0.048 0.016
#> GSM30106 4 0.4667 0.7784 0.000 0.096 0.108 0.796
#> GSM30107 4 0.5110 0.7849 0.000 0.132 0.104 0.764
#> GSM30108 1 0.5334 0.1699 0.620 0.012 0.364 0.004
#> GSM30109 1 0.2647 0.7286 0.880 0.000 0.120 0.000
#> GSM30110 4 0.6830 0.6754 0.004 0.192 0.184 0.620
#> GSM30111 4 0.4771 0.6072 0.028 0.012 0.184 0.776
#> GSM30112 1 0.2714 0.7227 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM30113 3 0.6057 0.4936 0.032 0.312 0.636 0.020
#> GSM30114 2 0.7476 0.2741 0.000 0.504 0.236 0.260
#> GSM30115 4 0.5910 0.7351 0.000 0.236 0.088 0.676
#> GSM30116 2 0.7301 -0.3275 0.152 0.452 0.396 0.000
#> GSM30117 3 0.8392 0.1777 0.264 0.288 0.424 0.024
#> GSM30118 3 0.3652 0.5215 0.092 0.052 0.856 0.000
#> GSM30119 2 0.6425 0.2185 0.000 0.508 0.424 0.068
#> GSM30120 3 0.6709 -0.2269 0.004 0.076 0.492 0.428
#> GSM30121 1 0.4431 0.6229 0.696 0.000 0.304 0.000
#> GSM30122 1 0.4920 0.5585 0.628 0.000 0.368 0.004
#> GSM30123 2 0.5560 0.2298 0.000 0.584 0.024 0.392
#> GSM30177 2 0.4420 0.5538 0.000 0.748 0.012 0.240
#> GSM30178 4 0.4364 0.7598 0.000 0.220 0.016 0.764
#> GSM30179 1 0.7105 0.4976 0.568 0.004 0.152 0.276
#> GSM30180 1 0.4916 0.4996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> GSM30181 4 0.5167 0.7680 0.000 0.108 0.132 0.760
#> GSM30182 4 0.3933 0.7755 0.000 0.200 0.008 0.792
#> GSM30183 1 0.4837 0.5856 0.648 0.000 0.348 0.004
#> GSM30184 2 0.2530 0.6583 0.000 0.896 0.004 0.100
#> GSM30185 1 0.5080 0.4851 0.576 0.004 0.420 0.000
#> GSM30186 2 0.7630 -0.0931 0.068 0.464 0.416 0.052
#> GSM30187 4 0.4661 0.7201 0.000 0.256 0.016 0.728
#> GSM30188 4 0.3768 0.7850 0.000 0.184 0.008 0.808
#> GSM30189 4 0.5437 0.7568 0.004 0.144 0.104 0.748
#> GSM30190 2 0.1118 0.6745 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM30191 2 0.5406 -0.1135 0.000 0.508 0.012 0.480
#> GSM30192 4 0.5528 0.7677 0.000 0.144 0.124 0.732
#> GSM30193 4 0.5140 0.7832 0.000 0.144 0.096 0.760
#> GSM30194 2 0.5016 0.1146 0.000 0.600 0.396 0.004
#> GSM30195 3 0.8821 0.3718 0.208 0.080 0.476 0.236
#> GSM30196 1 0.2010 0.7309 0.932 0.004 0.060 0.004
#> GSM30197 4 0.4719 0.7938 0.000 0.180 0.048 0.772
#> GSM30198 4 0.2989 0.6926 0.012 0.004 0.100 0.884
#> GSM30199 1 0.4936 0.5297 0.624 0.004 0.372 0.000
#> GSM30200 4 0.2255 0.7295 0.000 0.012 0.068 0.920
#> GSM30201 4 0.2924 0.8009 0.000 0.100 0.016 0.884
#> GSM30202 3 0.7697 0.0372 0.316 0.000 0.444 0.240
#> GSM30203 4 0.4212 0.7655 0.000 0.216 0.012 0.772
#> GSM30204 4 0.3755 0.6514 0.012 0.008 0.144 0.836
#> GSM30205 3 0.8014 0.4564 0.084 0.264 0.556 0.096
#> GSM30206 4 0.3232 0.8005 0.004 0.108 0.016 0.872
#> GSM30207 4 0.3315 0.6639 0.008 0.016 0.104 0.872
#> GSM30208 4 0.3504 0.6597 0.036 0.008 0.084 0.872
#> GSM30209 2 0.8053 0.2972 0.112 0.488 0.052 0.348
#> GSM30210 1 0.2908 0.7377 0.896 0.000 0.064 0.040
#> GSM30211 4 0.3048 0.8026 0.000 0.108 0.016 0.876
#> GSM30212 1 0.0927 0.7485 0.976 0.000 0.016 0.008
#> GSM30213 1 0.1118 0.7465 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM30214 1 0.5880 0.6579 0.680 0.000 0.232 0.088
#> GSM30215 1 0.6352 0.6322 0.632 0.000 0.260 0.108
#> GSM30216 1 0.2973 0.7169 0.856 0.000 0.144 0.000
#> GSM30217 1 0.5803 0.6770 0.716 0.004 0.172 0.108
#> GSM30218 4 0.6834 0.4644 0.020 0.340 0.068 0.572
#> GSM30219 3 0.6447 0.2834 0.068 0.448 0.484 0.000
#> GSM30220 1 0.0524 0.7440 0.988 0.004 0.008 0.000
#> GSM30221 4 0.3718 0.7940 0.000 0.168 0.012 0.820
#> GSM30222 4 0.5012 0.7763 0.000 0.112 0.116 0.772
#> GSM30223 1 0.2010 0.7309 0.932 0.004 0.060 0.004
#> GSM30224 4 0.3403 0.8002 0.004 0.112 0.020 0.864
#> GSM30225 3 0.7293 0.2000 0.156 0.000 0.476 0.368
#> GSM30226 1 0.5229 0.4686 0.564 0.008 0.428 0.000
#> GSM30227 3 0.7726 0.1365 0.260 0.000 0.444 0.296
#> GSM30228 2 0.3249 0.6665 0.000 0.852 0.008 0.140
#> GSM30229 4 0.3658 0.8036 0.000 0.144 0.020 0.836
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.1205 0.79788 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM30007 1 0.0771 0.66952 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> GSM30008 2 0.5361 0.46733 0.284 0.644 0.000 0.060 0.012
#> GSM30009 1 0.2813 0.60413 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.3409 0.50310 0.008 0.008 0.156 0.004 0.824
#> GSM30011 3 0.1251 0.79858 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> GSM30012 3 0.5338 0.71059 0.000 0.128 0.732 0.052 0.088
#> GSM30013 3 0.7401 0.42383 0.000 0.164 0.504 0.252 0.080
#> GSM30014 5 0.3070 0.50708 0.016 0.012 0.112 0.000 0.860
#> GSM30015 5 0.8284 0.09073 0.084 0.288 0.012 0.248 0.368
#> GSM30016 5 0.7207 0.17509 0.392 0.136 0.008 0.036 0.428
#> GSM30017 2 0.6546 0.06056 0.112 0.484 0.000 0.380 0.024
#> GSM30018 4 0.1483 0.74087 0.000 0.028 0.012 0.952 0.008
#> GSM30019 3 0.5243 0.72760 0.000 0.112 0.744 0.068 0.076
#> GSM30020 2 0.5664 0.42863 0.384 0.548 0.000 0.056 0.012
#> GSM30021 5 0.3237 0.49725 0.076 0.012 0.048 0.000 0.864
#> GSM30022 1 0.3375 0.66010 0.852 0.096 0.012 0.000 0.040
#> GSM30023 2 0.4982 -0.24874 0.000 0.556 0.000 0.412 0.032
#> GSM30024 5 0.6769 0.30177 0.348 0.064 0.080 0.000 0.508
#> GSM30025 1 0.4294 -0.16250 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 4 0.4546 0.19178 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008
#> GSM30027 2 0.5942 0.45338 0.360 0.564 0.024 0.044 0.008
#> GSM30028 2 0.6331 0.42297 0.356 0.528 0.000 0.088 0.028
#> GSM30029 2 0.5479 0.34967 0.436 0.508 0.000 0.052 0.004
#> GSM30030 1 0.4232 0.33788 0.676 0.312 0.000 0.000 0.012
#> GSM30031 2 0.5502 0.39421 0.412 0.532 0.000 0.048 0.008
#> GSM30032 2 0.6379 0.44983 0.336 0.556 0.020 0.016 0.072
#> GSM30033 2 0.7523 0.32382 0.112 0.536 0.260 0.036 0.056
#> GSM30034 4 0.2949 0.72908 0.000 0.036 0.072 0.880 0.012
#> GSM30035 5 0.8061 0.13576 0.120 0.336 0.180 0.000 0.364
#> GSM30036 4 0.4940 0.17904 0.000 0.020 0.436 0.540 0.004
#> GSM30037 1 0.2462 0.65107 0.880 0.112 0.008 0.000 0.000
#> GSM30038 5 0.5979 0.17999 0.420 0.072 0.008 0.004 0.496
#> GSM30039 3 0.5671 0.70017 0.000 0.132 0.708 0.064 0.096
#> GSM30040 5 0.5500 0.34984 0.004 0.056 0.348 0.004 0.588
#> GSM30041 3 0.3265 0.74364 0.000 0.016 0.844 0.128 0.012
#> GSM30042 3 0.7228 0.53083 0.000 0.128 0.556 0.120 0.196
#> GSM30043 5 0.3459 0.50484 0.016 0.016 0.136 0.000 0.832
#> GSM30044 1 0.1211 0.66392 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024
#> GSM30045 1 0.1106 0.66476 0.964 0.012 0.000 0.000 0.024
#> GSM30046 4 0.4378 0.71652 0.000 0.064 0.120 0.792 0.024
#> GSM30047 4 0.3355 0.72003 0.000 0.084 0.048 0.856 0.012
#> GSM30048 4 0.4660 0.72403 0.000 0.136 0.060 0.772 0.032
#> GSM30049 3 0.2151 0.78258 0.000 0.016 0.924 0.020 0.040
#> GSM30050 3 0.4181 0.65819 0.000 0.020 0.732 0.244 0.004
#> GSM30051 3 0.2006 0.79479 0.000 0.020 0.932 0.024 0.024
#> GSM30052 1 0.1831 0.65930 0.920 0.076 0.000 0.000 0.004
#> GSM30053 3 0.5761 0.69668 0.000 0.136 0.700 0.064 0.100
#> GSM30054 3 0.2395 0.79319 0.000 0.024 0.912 0.048 0.016
#> GSM30055 4 0.7116 0.13008 0.000 0.328 0.252 0.404 0.016
#> GSM30056 3 0.2575 0.78285 0.000 0.012 0.884 0.100 0.004
#> GSM30057 5 0.2957 0.50860 0.012 0.008 0.120 0.000 0.860
#> GSM30058 3 0.1280 0.79823 0.000 0.008 0.960 0.024 0.008
#> GSM30059 4 0.3346 0.73001 0.000 0.036 0.108 0.848 0.008
#> GSM30060 5 0.6810 0.28307 0.112 0.232 0.076 0.000 0.580
#> GSM30061 4 0.2507 0.72930 0.000 0.072 0.012 0.900 0.016
#> GSM30062 4 0.3237 0.74351 0.000 0.048 0.076 0.864 0.012
#> GSM30063 3 0.6282 0.65216 0.000 0.136 0.656 0.132 0.076
#> GSM30064 1 0.1978 0.63497 0.928 0.044 0.000 0.004 0.024
#> GSM30065 3 0.3241 0.79297 0.000 0.036 0.872 0.052 0.040
#> GSM30066 5 0.3483 0.50453 0.052 0.012 0.088 0.000 0.848
#> GSM30067 1 0.6952 0.28176 0.500 0.248 0.024 0.000 0.228
#> GSM30068 5 0.3551 0.50536 0.056 0.012 0.088 0.000 0.844
#> GSM30069 5 0.5455 0.40258 0.272 0.004 0.088 0.000 0.636
#> GSM30070 5 0.8330 0.24366 0.160 0.136 0.020 0.232 0.452
#> GSM30071 4 0.7692 0.47614 0.032 0.220 0.040 0.508 0.200
#> GSM30072 1 0.0992 0.66677 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> GSM30073 3 0.7077 0.26952 0.000 0.156 0.492 0.308 0.044
#> GSM30074 5 0.5386 0.33581 0.088 0.240 0.008 0.000 0.664
#> GSM30075 4 0.6808 0.58992 0.000 0.192 0.072 0.592 0.144
#> GSM30076 4 0.2519 0.73860 0.000 0.036 0.060 0.900 0.004
#> GSM30077 4 0.2408 0.73227 0.000 0.004 0.096 0.892 0.008
#> GSM30078 4 0.2170 0.73525 0.000 0.004 0.088 0.904 0.004
#> GSM30079 1 0.3584 0.65630 0.836 0.112 0.012 0.000 0.040
#> GSM30080 4 0.7226 0.55875 0.000 0.180 0.120 0.560 0.140
#> GSM30081 3 0.2273 0.79320 0.000 0.024 0.920 0.032 0.024
#> GSM30086 4 0.6231 0.64228 0.000 0.180 0.076 0.652 0.092
#> GSM30087 4 0.1990 0.73391 0.000 0.008 0.068 0.920 0.004
#> GSM30088 4 0.1996 0.73110 0.000 0.048 0.012 0.928 0.012
#> GSM30089 1 0.2110 0.63860 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> GSM30090 3 0.0865 0.79803 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM30091 3 0.2006 0.79479 0.000 0.020 0.932 0.024 0.024
#> GSM30092 4 0.4215 0.65135 0.000 0.024 0.220 0.748 0.008
#> GSM30093 3 0.2170 0.78817 0.000 0.004 0.904 0.088 0.004
#> GSM30094 3 0.1331 0.79630 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> GSM30095 5 0.6000 0.33843 0.008 0.100 0.344 0.000 0.548
#> GSM30096 2 0.7070 0.07092 0.264 0.392 0.012 0.000 0.332
#> GSM30097 4 0.3712 0.70571 0.000 0.040 0.132 0.820 0.008
#> GSM30098 1 0.5723 0.50063 0.652 0.232 0.020 0.000 0.096
#> GSM30099 3 0.4956 0.66235 0.004 0.116 0.752 0.112 0.016
#> GSM30100 5 0.6036 0.35874 0.312 0.012 0.104 0.000 0.572
#> GSM30101 3 0.2374 0.79289 0.000 0.020 0.912 0.052 0.016
#> GSM30102 3 0.4111 0.71114 0.000 0.016 0.756 0.216 0.012
#> GSM30103 1 0.7285 0.14725 0.432 0.308 0.032 0.000 0.228
#> GSM30104 4 0.4893 0.33464 0.000 0.016 0.396 0.580 0.008
#> GSM30105 1 0.3807 0.61203 0.776 0.204 0.012 0.000 0.008
#> GSM30106 4 0.4441 0.65911 0.000 0.236 0.000 0.720 0.044
#> GSM30107 4 0.5441 0.66727 0.000 0.232 0.040 0.680 0.048
#> GSM30108 1 0.4339 0.22128 0.652 0.012 0.000 0.000 0.336
#> GSM30109 1 0.4230 0.61824 0.780 0.164 0.012 0.000 0.044
#> GSM30110 4 0.7435 0.46954 0.004 0.216 0.144 0.536 0.100
#> GSM30111 4 0.6183 0.58927 0.048 0.268 0.008 0.620 0.056
#> GSM30112 1 0.2951 0.63725 0.860 0.112 0.000 0.000 0.028
#> GSM30113 5 0.3730 0.50174 0.012 0.016 0.156 0.004 0.812
#> GSM30114 3 0.7149 0.57367 0.000 0.160 0.572 0.124 0.144
#> GSM30115 4 0.6982 0.49087 0.000 0.172 0.240 0.540 0.048
#> GSM30116 5 0.7404 0.28504 0.052 0.196 0.296 0.000 0.456
#> GSM30117 5 0.8150 0.17180 0.084 0.316 0.196 0.012 0.392
#> GSM30118 5 0.4011 0.43669 0.040 0.140 0.016 0.000 0.804
#> GSM30119 5 0.7506 -0.14994 0.000 0.104 0.368 0.108 0.420
#> GSM30120 5 0.8427 0.13351 0.056 0.312 0.036 0.244 0.352
#> GSM30121 1 0.6970 0.28078 0.496 0.252 0.024 0.000 0.228
#> GSM30122 2 0.7295 -0.03371 0.312 0.392 0.024 0.000 0.272
#> GSM30123 3 0.5625 0.30840 0.000 0.056 0.564 0.368 0.012
#> GSM30177 3 0.2629 0.77850 0.000 0.012 0.880 0.104 0.004
#> GSM30178 4 0.4001 0.64529 0.000 0.020 0.204 0.768 0.008
#> GSM30179 2 0.6263 0.47193 0.248 0.580 0.000 0.160 0.012
#> GSM30180 5 0.7060 -0.07134 0.344 0.256 0.012 0.000 0.388
#> GSM30181 4 0.4991 0.65120 0.000 0.180 0.008 0.720 0.092
#> GSM30182 4 0.2733 0.71680 0.000 0.012 0.112 0.872 0.004
#> GSM30183 1 0.7551 0.20659 0.444 0.256 0.024 0.016 0.260
#> GSM30184 3 0.3299 0.72198 0.000 0.016 0.828 0.152 0.004
#> GSM30185 5 0.7397 -0.01869 0.252 0.328 0.032 0.000 0.388
#> GSM30186 5 0.7773 0.21545 0.020 0.260 0.324 0.024 0.372
#> GSM30187 4 0.4288 0.60178 0.000 0.016 0.256 0.720 0.008
#> GSM30188 4 0.2615 0.73003 0.000 0.020 0.080 0.892 0.008
#> GSM30189 4 0.4604 0.64125 0.000 0.156 0.040 0.768 0.036
#> GSM30190 3 0.1082 0.79903 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000
#> GSM30191 4 0.5042 0.14111 0.000 0.024 0.460 0.512 0.004
#> GSM30192 4 0.5882 0.64251 0.000 0.180 0.052 0.676 0.092
#> GSM30193 4 0.5216 0.67174 0.000 0.184 0.048 0.720 0.048
#> GSM30194 5 0.4950 0.09250 0.000 0.016 0.424 0.008 0.552
#> GSM30195 5 0.8685 0.20456 0.232 0.172 0.012 0.224 0.360
#> GSM30196 1 0.1012 0.66362 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM30197 4 0.4901 0.71593 0.000 0.076 0.136 0.756 0.032
#> GSM30198 4 0.4032 0.66802 0.000 0.192 0.004 0.772 0.032
#> GSM30199 5 0.7335 -0.09346 0.300 0.304 0.024 0.000 0.372
#> GSM30200 4 0.3611 0.68950 0.000 0.156 0.004 0.812 0.028
#> GSM30201 4 0.2050 0.72851 0.000 0.064 0.008 0.920 0.008
#> GSM30202 5 0.8287 0.04163 0.212 0.292 0.012 0.096 0.388
#> GSM30203 4 0.3250 0.69122 0.000 0.008 0.168 0.820 0.004
#> GSM30204 4 0.4824 0.27701 0.000 0.468 0.000 0.512 0.020
#> GSM30205 2 0.7063 -0.00285 0.024 0.456 0.168 0.004 0.348
#> GSM30206 4 0.1299 0.73740 0.000 0.020 0.012 0.960 0.008
#> GSM30207 4 0.4675 0.24947 0.000 0.444 0.008 0.544 0.004
#> GSM30208 4 0.4507 0.30598 0.000 0.412 0.004 0.580 0.004
#> GSM30209 4 0.7655 -0.05444 0.032 0.180 0.380 0.388 0.020
#> GSM30210 1 0.4367 0.15146 0.620 0.372 0.008 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.2141 0.73314 0.000 0.064 0.016 0.916 0.004
#> GSM30212 1 0.3365 0.61648 0.808 0.180 0.008 0.000 0.004
#> GSM30213 1 0.3850 0.64338 0.816 0.128 0.012 0.000 0.044
#> GSM30214 2 0.5159 0.24499 0.400 0.556 0.000 0.000 0.044
#> GSM30215 2 0.4938 0.33931 0.324 0.636 0.000 0.004 0.036
#> GSM30216 1 0.5635 0.51231 0.668 0.212 0.020 0.000 0.100
#> GSM30217 2 0.5155 0.33932 0.428 0.536 0.000 0.004 0.032
#> GSM30218 4 0.7037 0.25329 0.000 0.224 0.300 0.456 0.020
#> GSM30219 5 0.6882 0.34236 0.020 0.200 0.288 0.000 0.492
#> GSM30220 1 0.1671 0.65697 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.2590 0.73787 0.000 0.028 0.060 0.900 0.012
#> GSM30222 4 0.5509 0.64977 0.000 0.208 0.020 0.680 0.092
#> GSM30223 1 0.1012 0.66577 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> GSM30224 4 0.2026 0.73077 0.000 0.044 0.016 0.928 0.012
#> GSM30225 5 0.8360 0.09182 0.092 0.292 0.012 0.248 0.356
#> GSM30226 5 0.7442 -0.01803 0.256 0.308 0.036 0.000 0.400
#> GSM30227 2 0.8507 -0.02219 0.240 0.328 0.012 0.112 0.308
#> GSM30228 3 0.1928 0.79345 0.000 0.004 0.920 0.072 0.004
#> GSM30229 4 0.3443 0.73579 0.000 0.060 0.076 0.852 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.1500 0.74364 0.000 0.012 0.936 0.052 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.0862 0.68826 0.972 0.000 0.000 0.016 0.008 0.004
#> GSM30008 6 0.4004 0.42993 0.116 0.032 0.000 0.052 0.004 0.796
#> GSM30009 1 0.3504 0.63680 0.776 0.004 0.000 0.024 0.000 0.196
#> GSM30010 5 0.2255 0.65789 0.004 0.028 0.036 0.020 0.912 0.000
#> GSM30011 3 0.1708 0.74381 0.000 0.024 0.932 0.040 0.004 0.000
#> GSM30012 3 0.4473 0.62585 0.000 0.252 0.696 0.012 0.032 0.008
#> GSM30013 3 0.5154 0.41684 0.000 0.440 0.504 0.028 0.020 0.008
#> GSM30014 5 0.1867 0.65450 0.004 0.016 0.020 0.012 0.936 0.012
#> GSM30015 4 0.8215 -0.24094 0.060 0.132 0.000 0.356 0.256 0.196
#> GSM30016 1 0.6895 -0.21486 0.340 0.296 0.000 0.024 0.328 0.012
#> GSM30017 6 0.6610 0.29274 0.092 0.268 0.000 0.116 0.004 0.520
#> GSM30018 2 0.4314 -0.19068 0.000 0.500 0.012 0.484 0.000 0.004
#> GSM30019 3 0.5114 0.65079 0.000 0.192 0.692 0.076 0.032 0.008
#> GSM30020 6 0.4949 0.38850 0.212 0.056 0.000 0.036 0.004 0.692
#> GSM30021 5 0.2855 0.63956 0.036 0.036 0.000 0.032 0.884 0.012
#> GSM30022 1 0.4481 0.64785 0.736 0.004 0.000 0.100 0.008 0.152
#> GSM30023 6 0.5232 0.11834 0.000 0.428 0.000 0.080 0.004 0.488
#> GSM30024 5 0.5508 0.46307 0.280 0.000 0.032 0.020 0.620 0.048
#> GSM30025 6 0.3163 0.35976 0.232 0.004 0.000 0.000 0.000 0.764
#> GSM30026 6 0.5622 0.04243 0.000 0.132 0.000 0.376 0.004 0.488
#> GSM30027 6 0.4016 0.41710 0.172 0.020 0.008 0.028 0.000 0.772
#> GSM30028 6 0.5868 0.35336 0.216 0.156 0.000 0.028 0.004 0.596
#> GSM30029 6 0.5036 0.28852 0.296 0.036 0.000 0.032 0.004 0.632
#> GSM30030 6 0.4555 -0.03092 0.440 0.000 0.000 0.012 0.016 0.532
#> GSM30031 6 0.4752 0.35691 0.252 0.036 0.000 0.028 0.004 0.680
#> GSM30032 6 0.4154 0.42561 0.140 0.012 0.008 0.024 0.028 0.788
#> GSM30033 6 0.5210 0.36792 0.032 0.008 0.196 0.044 0.020 0.700
#> GSM30034 4 0.4446 0.22056 0.000 0.424 0.016 0.552 0.000 0.008
#> GSM30035 6 0.7906 0.14498 0.032 0.008 0.096 0.288 0.192 0.384
#> GSM30036 4 0.5307 0.22379 0.000 0.108 0.380 0.512 0.000 0.000
#> GSM30037 1 0.3628 0.64367 0.776 0.004 0.000 0.036 0.000 0.184
#> GSM30038 5 0.6042 0.18679 0.408 0.132 0.000 0.016 0.440 0.004
#> GSM30039 3 0.4992 0.62356 0.000 0.252 0.668 0.040 0.032 0.008
#> GSM30040 5 0.5107 0.52089 0.000 0.004 0.260 0.032 0.652 0.052
#> GSM30041 3 0.3508 0.67454 0.000 0.152 0.808 0.020 0.012 0.008
#> GSM30042 3 0.6146 0.42835 0.000 0.376 0.480 0.040 0.100 0.004
#> GSM30043 5 0.1959 0.65261 0.000 0.000 0.032 0.024 0.924 0.020
#> GSM30044 1 0.0976 0.68667 0.968 0.000 0.000 0.016 0.008 0.008
#> GSM30045 1 0.0520 0.68946 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30046 2 0.5437 -0.08698 0.000 0.480 0.088 0.424 0.004 0.004
#> GSM30047 2 0.5680 -0.12316 0.000 0.464 0.048 0.436 0.000 0.052
#> GSM30048 2 0.5350 0.23843 0.000 0.628 0.056 0.272 0.004 0.040
#> GSM30049 3 0.2296 0.72391 0.000 0.012 0.908 0.020 0.052 0.008
#> GSM30050 3 0.4032 0.55454 0.000 0.012 0.696 0.280 0.008 0.004
#> GSM30051 3 0.1699 0.73231 0.000 0.008 0.936 0.012 0.040 0.004
#> GSM30052 1 0.2320 0.66636 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132
#> GSM30053 3 0.5311 0.61342 0.000 0.248 0.648 0.064 0.032 0.008
#> GSM30054 3 0.2476 0.72556 0.000 0.052 0.900 0.020 0.020 0.008
#> GSM30055 6 0.7317 0.15102 0.000 0.280 0.192 0.116 0.004 0.408
#> GSM30056 3 0.2945 0.72237 0.000 0.048 0.860 0.084 0.004 0.004
#> GSM30057 5 0.1604 0.65505 0.000 0.016 0.024 0.008 0.944 0.008
#> GSM30058 3 0.1590 0.74210 0.000 0.012 0.944 0.028 0.008 0.008
#> GSM30059 4 0.5328 0.18730 0.000 0.420 0.072 0.496 0.000 0.012
#> GSM30060 5 0.6076 0.21114 0.044 0.008 0.036 0.024 0.532 0.356
#> GSM30061 2 0.4816 0.04095 0.000 0.580 0.024 0.372 0.000 0.024
#> GSM30062 2 0.5468 -0.01332 0.000 0.520 0.068 0.388 0.000 0.024
#> GSM30063 3 0.4401 0.61735 0.000 0.280 0.680 0.012 0.020 0.008
#> GSM30064 1 0.1950 0.66369 0.924 0.004 0.000 0.020 0.008 0.044
#> GSM30065 3 0.2937 0.73308 0.000 0.052 0.872 0.056 0.012 0.008
#> GSM30066 5 0.1899 0.65029 0.004 0.000 0.028 0.032 0.928 0.008
#> GSM30067 1 0.7584 0.18102 0.324 0.016 0.000 0.312 0.088 0.260
#> GSM30068 5 0.2433 0.65394 0.012 0.016 0.020 0.040 0.908 0.004
#> GSM30069 5 0.4998 0.52042 0.216 0.020 0.020 0.036 0.700 0.008
#> GSM30070 2 0.6602 -0.24580 0.140 0.420 0.000 0.044 0.388 0.008
#> GSM30071 2 0.3784 0.42513 0.008 0.836 0.032 0.044 0.064 0.016
#> GSM30072 1 0.0748 0.68972 0.976 0.000 0.000 0.004 0.016 0.004
#> GSM30073 3 0.5864 0.34950 0.000 0.388 0.484 0.108 0.012 0.008
#> GSM30074 5 0.5178 0.47174 0.020 0.076 0.000 0.008 0.660 0.236
#> GSM30075 2 0.3023 0.43853 0.000 0.864 0.064 0.036 0.036 0.000
#> GSM30076 2 0.4760 -0.12813 0.000 0.520 0.040 0.436 0.004 0.000
#> GSM30077 4 0.5101 0.20417 0.000 0.424 0.068 0.504 0.000 0.004
#> GSM30078 2 0.5120 -0.19374 0.000 0.472 0.068 0.456 0.000 0.004
#> GSM30079 1 0.4471 0.65109 0.736 0.004 0.000 0.096 0.008 0.156
#> GSM30080 2 0.3222 0.43561 0.000 0.856 0.068 0.036 0.036 0.004
#> GSM30081 3 0.1937 0.73448 0.000 0.004 0.924 0.032 0.036 0.004
#> GSM30086 2 0.2881 0.43965 0.000 0.872 0.064 0.048 0.012 0.004
#> GSM30087 4 0.4743 0.25642 0.000 0.400 0.052 0.548 0.000 0.000
#> GSM30088 2 0.4453 -0.15729 0.000 0.524 0.020 0.452 0.000 0.004
#> GSM30089 1 0.2174 0.65247 0.896 0.000 0.000 0.008 0.008 0.088
#> GSM30090 3 0.1312 0.74160 0.000 0.012 0.956 0.020 0.004 0.008
#> GSM30091 3 0.1948 0.73076 0.000 0.012 0.924 0.008 0.048 0.008
#> GSM30092 4 0.5734 0.29687 0.000 0.276 0.188 0.532 0.000 0.004
#> GSM30093 3 0.1267 0.74121 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.1887 0.73131 0.000 0.024 0.932 0.016 0.020 0.008
#> GSM30095 5 0.5366 0.51846 0.000 0.000 0.252 0.024 0.624 0.100
#> GSM30096 6 0.6976 0.19377 0.080 0.000 0.000 0.228 0.256 0.436
#> GSM30097 4 0.5141 0.31955 0.000 0.316 0.084 0.592 0.000 0.008
#> GSM30098 1 0.6443 0.45543 0.508 0.008 0.000 0.204 0.028 0.252
#> GSM30099 3 0.5852 0.55510 0.000 0.108 0.656 0.076 0.012 0.148
#> GSM30100 5 0.4688 0.49198 0.268 0.000 0.036 0.020 0.672 0.004
#> GSM30101 3 0.2368 0.72789 0.000 0.036 0.908 0.020 0.028 0.008
#> GSM30102 3 0.4322 0.67394 0.000 0.128 0.748 0.116 0.004 0.004
#> GSM30103 6 0.7686 -0.01325 0.248 0.012 0.008 0.220 0.108 0.404
#> GSM30104 4 0.5834 0.23909 0.000 0.184 0.316 0.496 0.000 0.004
#> GSM30105 1 0.5633 0.56842 0.596 0.012 0.000 0.124 0.008 0.260
#> GSM30106 2 0.2819 0.43381 0.000 0.864 0.016 0.104 0.008 0.008
#> GSM30107 2 0.1860 0.45315 0.000 0.928 0.036 0.028 0.004 0.004
#> GSM30108 1 0.3570 0.44968 0.752 0.000 0.000 0.016 0.228 0.004
#> GSM30109 1 0.5080 0.60846 0.688 0.012 0.000 0.136 0.008 0.156
#> GSM30110 4 0.7133 0.04561 0.012 0.244 0.084 0.528 0.028 0.104
#> GSM30111 2 0.3620 0.40768 0.024 0.836 0.000 0.052 0.016 0.072
#> GSM30112 1 0.3694 0.64079 0.808 0.000 0.000 0.048 0.024 0.120
#> GSM30113 5 0.2516 0.65674 0.004 0.024 0.040 0.012 0.904 0.016
#> GSM30114 3 0.5989 0.43511 0.000 0.372 0.508 0.060 0.052 0.008
#> GSM30115 2 0.6162 0.16036 0.000 0.536 0.236 0.204 0.016 0.008
#> GSM30116 5 0.7458 0.20914 0.008 0.000 0.252 0.136 0.416 0.188
#> GSM30117 6 0.7621 0.09570 0.020 0.000 0.092 0.248 0.272 0.368
#> GSM30118 5 0.5365 0.45131 0.012 0.048 0.000 0.200 0.676 0.064
#> GSM30119 5 0.6805 0.14599 0.000 0.336 0.212 0.036 0.408 0.008
#> GSM30120 2 0.6908 0.01348 0.004 0.496 0.016 0.260 0.176 0.048
#> GSM30121 1 0.7634 0.18629 0.324 0.016 0.000 0.308 0.096 0.256
#> GSM30122 6 0.6743 0.18547 0.088 0.000 0.000 0.308 0.140 0.464
#> GSM30123 3 0.5679 0.26867 0.000 0.088 0.556 0.328 0.004 0.024
#> GSM30177 3 0.1908 0.73412 0.000 0.004 0.900 0.096 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.5383 0.32251 0.000 0.248 0.172 0.580 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.4394 0.44342 0.076 0.036 0.000 0.128 0.000 0.760
#> GSM30180 6 0.7647 0.10959 0.180 0.000 0.000 0.248 0.276 0.296
#> GSM30181 2 0.2610 0.43505 0.000 0.880 0.016 0.088 0.012 0.004
#> GSM30182 4 0.4899 0.26933 0.000 0.404 0.064 0.532 0.000 0.000
#> GSM30183 4 0.7669 -0.42552 0.240 0.020 0.000 0.376 0.104 0.260
#> GSM30184 3 0.3567 0.66729 0.000 0.152 0.804 0.028 0.008 0.008
#> GSM30185 6 0.7274 0.15861 0.068 0.000 0.016 0.228 0.268 0.420
#> GSM30186 3 0.7879 -0.20509 0.000 0.008 0.300 0.260 0.224 0.208
#> GSM30187 4 0.5587 0.32034 0.000 0.272 0.188 0.540 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.4615 0.24604 0.000 0.424 0.040 0.536 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.4223 0.21485 0.000 0.256 0.008 0.704 0.004 0.028
#> GSM30190 3 0.0777 0.74029 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> GSM30191 4 0.5516 0.21081 0.000 0.116 0.388 0.492 0.000 0.004
#> GSM30192 2 0.2831 0.43434 0.000 0.868 0.032 0.084 0.016 0.000
#> GSM30193 2 0.3050 0.41574 0.000 0.832 0.028 0.136 0.004 0.000
#> GSM30194 5 0.4296 0.45930 0.000 0.004 0.300 0.020 0.668 0.008
#> GSM30195 2 0.6532 -0.06792 0.204 0.508 0.000 0.044 0.240 0.004
#> GSM30196 1 0.0665 0.68890 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> GSM30197 2 0.5259 0.16663 0.000 0.600 0.088 0.300 0.004 0.008
#> GSM30198 2 0.4935 0.26002 0.004 0.660 0.000 0.236 0.004 0.096
#> GSM30199 6 0.7492 0.19669 0.104 0.004 0.008 0.224 0.248 0.412
#> GSM30200 2 0.4720 0.21386 0.000 0.628 0.000 0.308 0.004 0.060
#> GSM30201 2 0.4494 -0.16199 0.000 0.512 0.012 0.464 0.000 0.012
#> GSM30202 6 0.7824 0.09565 0.096 0.028 0.000 0.284 0.276 0.316
#> GSM30203 4 0.5538 0.30196 0.000 0.340 0.148 0.512 0.000 0.000
#> GSM30204 6 0.5857 0.10712 0.000 0.308 0.000 0.192 0.004 0.496
#> GSM30205 6 0.6133 0.21797 0.004 0.016 0.124 0.032 0.224 0.600
#> GSM30206 4 0.4533 0.21707 0.000 0.432 0.020 0.540 0.000 0.008
#> GSM30207 6 0.5659 0.08168 0.000 0.164 0.000 0.348 0.000 0.488
#> GSM30208 6 0.5376 0.00701 0.000 0.112 0.000 0.408 0.000 0.480
#> GSM30209 3 0.7528 0.13011 0.000 0.312 0.376 0.124 0.012 0.176
#> GSM30210 1 0.4467 0.15655 0.496 0.004 0.000 0.020 0.000 0.480
#> GSM30211 4 0.4892 0.12185 0.000 0.472 0.032 0.484 0.004 0.008
#> GSM30212 1 0.4677 0.61220 0.692 0.004 0.000 0.084 0.004 0.216
#> GSM30213 1 0.5087 0.61439 0.672 0.008 0.000 0.112 0.008 0.200
#> GSM30214 6 0.4319 0.33480 0.160 0.004 0.000 0.060 0.020 0.756
#> GSM30215 6 0.4036 0.35300 0.136 0.004 0.000 0.068 0.012 0.780
#> GSM30216 1 0.6363 0.48170 0.532 0.008 0.000 0.184 0.032 0.244
#> GSM30217 6 0.3074 0.38615 0.200 0.004 0.000 0.000 0.004 0.792
#> GSM30218 6 0.8087 0.01457 0.000 0.228 0.244 0.188 0.024 0.316
#> GSM30219 5 0.7812 0.15756 0.012 0.000 0.228 0.220 0.360 0.180
#> GSM30220 1 0.2320 0.66368 0.864 0.000 0.000 0.004 0.000 0.132
#> GSM30221 4 0.4600 0.16449 0.000 0.468 0.028 0.500 0.004 0.000
#> GSM30222 2 0.1223 0.45242 0.000 0.960 0.016 0.008 0.012 0.004
#> GSM30223 1 0.0767 0.68831 0.976 0.000 0.000 0.004 0.008 0.012
#> GSM30224 4 0.4649 0.16014 0.000 0.464 0.020 0.504 0.000 0.012
#> GSM30225 4 0.8329 -0.23790 0.072 0.136 0.000 0.344 0.260 0.188
#> GSM30226 6 0.7465 0.13469 0.068 0.000 0.028 0.208 0.300 0.396
#> GSM30227 5 0.8885 -0.06384 0.152 0.180 0.000 0.240 0.248 0.180
#> GSM30228 3 0.1471 0.74371 0.000 0.004 0.932 0.064 0.000 0.000
#> GSM30229 2 0.5143 -0.00748 0.000 0.560 0.064 0.364 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> SD:kmeans 161 0.010083 2
#> SD:kmeans 133 0.047719 3
#> SD:kmeans 121 0.000247 4
#> SD:kmeans 97 0.158713 5
#> SD:kmeans 57 0.473189 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.493 0.712 0.837 0.5012 0.498 0.498
#> 3 3 0.598 0.771 0.860 0.3119 0.710 0.481
#> 4 4 0.588 0.643 0.807 0.1274 0.865 0.625
#> 5 5 0.622 0.512 0.703 0.0700 0.934 0.756
#> 6 6 0.653 0.494 0.700 0.0447 0.918 0.653
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30007 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30008 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30009 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30010 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30011 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30012 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30013 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30014 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30015 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30016 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30017 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30018 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30019 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30020 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30021 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30022 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30023 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30024 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30025 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30026 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30027 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30028 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30029 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30030 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30031 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30032 1 0.9393 0.775 0.644 0.356
#> GSM30033 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30034 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30035 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30036 2 0.6247 0.689 0.156 0.844
#> GSM30037 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30038 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30040 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30042 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30043 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30045 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30046 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30047 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30048 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30049 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30050 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30051 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30052 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30053 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30054 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30055 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30056 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30057 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30058 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30059 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30060 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30061 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30062 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30063 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30064 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30065 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30066 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30068 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30069 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30070 2 0.9754 0.741 0.408 0.592
#> GSM30071 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30072 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30073 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30074 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30075 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30076 2 0.2948 0.664 0.052 0.948
#> GSM30077 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30078 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30079 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30080 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30081 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30086 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30087 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30088 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30089 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30090 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30091 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30092 2 0.2423 0.660 0.040 0.960
#> GSM30093 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30094 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30095 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30097 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30098 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30099 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30100 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30102 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30103 1 0.9358 0.774 0.648 0.352
#> GSM30104 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30105 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30106 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30107 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30108 1 0.0672 0.594 0.992 0.008
#> GSM30109 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30110 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30111 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30112 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30113 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30115 2 0.3431 0.667 0.064 0.936
#> GSM30116 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30117 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30118 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30119 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30120 2 0.9427 0.728 0.360 0.640
#> GSM30121 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30122 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30123 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30177 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30178 2 0.1843 0.657 0.028 0.972
#> GSM30179 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30180 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30181 2 0.7745 0.706 0.228 0.772
#> GSM30182 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30183 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30184 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30185 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30186 1 0.0376 0.585 0.996 0.004
#> GSM30187 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30188 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30189 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30190 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30191 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30192 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30193 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30194 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30195 1 0.0376 0.585 0.996 0.004
#> GSM30196 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30197 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30198 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30199 1 0.6623 0.680 0.828 0.172
#> GSM30200 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30201 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30202 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30203 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30204 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30205 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30206 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30207 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30208 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30209 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30210 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30211 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30212 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30213 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30214 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30215 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30216 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30217 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30218 2 0.9661 0.747 0.392 0.608
#> GSM30219 1 0.0000 0.590 1.000 0.000
#> GSM30220 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30221 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30222 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30223 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30224 2 0.0000 0.648 0.000 1.000
#> GSM30225 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30226 1 0.6887 0.687 0.816 0.184
#> GSM30227 1 0.9710 0.795 0.600 0.400
#> GSM30228 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
#> GSM30229 2 0.9710 0.748 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30007 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30008 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30009 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30010 3 0.3038 0.7172 0.000 0.104 0.896
#> GSM30011 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30012 3 0.4555 0.7751 0.200 0.000 0.800
#> GSM30013 3 0.4931 0.7434 0.232 0.000 0.768
#> GSM30014 3 0.5591 0.5145 0.000 0.304 0.696
#> GSM30015 2 0.7227 0.6653 0.200 0.704 0.096
#> GSM30016 3 0.6308 0.2473 0.000 0.492 0.508
#> GSM30017 1 0.6438 0.6944 0.764 0.136 0.100
#> GSM30018 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.4605 0.7725 0.204 0.000 0.796
#> GSM30020 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30021 3 0.6274 0.1581 0.000 0.456 0.544
#> GSM30022 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.2959 0.8430 0.900 0.000 0.100
#> GSM30024 2 0.6045 0.1858 0.000 0.620 0.380
#> GSM30025 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30026 1 0.5559 0.7294 0.780 0.028 0.192
#> GSM30027 2 0.3193 0.8617 0.004 0.896 0.100
#> GSM30028 2 0.3193 0.8617 0.004 0.896 0.100
#> GSM30029 2 0.3193 0.8617 0.004 0.896 0.100
#> GSM30030 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30031 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30032 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30033 2 0.6302 0.1243 0.000 0.520 0.480
#> GSM30034 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30035 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> GSM30036 1 0.4291 0.7539 0.820 0.000 0.180
#> GSM30037 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30038 3 0.6295 0.3033 0.000 0.472 0.528
#> GSM30039 3 0.4605 0.7725 0.204 0.000 0.796
#> GSM30040 3 0.2796 0.7216 0.000 0.092 0.908
#> GSM30041 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30042 3 0.4555 0.7762 0.200 0.000 0.800
#> GSM30043 3 0.5431 0.5429 0.000 0.284 0.716
#> GSM30044 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30045 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30047 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30050 1 0.4931 0.6803 0.768 0.000 0.232
#> GSM30051 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30052 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30053 3 0.4654 0.7690 0.208 0.000 0.792
#> GSM30054 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30055 3 0.5845 0.5173 0.308 0.004 0.688
#> GSM30056 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30057 3 0.3116 0.7151 0.000 0.108 0.892
#> GSM30058 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30059 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30060 2 0.5497 0.5623 0.000 0.708 0.292
#> GSM30061 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30062 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30063 3 0.5327 0.6889 0.272 0.000 0.728
#> GSM30064 2 0.2448 0.8758 0.000 0.924 0.076
#> GSM30065 3 0.4605 0.7725 0.204 0.000 0.796
#> GSM30066 3 0.5650 0.5021 0.000 0.312 0.688
#> GSM30067 2 0.1031 0.8984 0.000 0.976 0.024
#> GSM30068 3 0.5650 0.5021 0.000 0.312 0.688
#> GSM30069 3 0.6079 0.4585 0.000 0.388 0.612
#> GSM30070 3 0.5764 0.7606 0.124 0.076 0.800
#> GSM30071 3 0.4931 0.7485 0.232 0.000 0.768
#> GSM30072 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30073 1 0.4750 0.7049 0.784 0.000 0.216
#> GSM30074 3 0.6291 0.0488 0.000 0.468 0.532
#> GSM30075 1 0.2711 0.8409 0.912 0.000 0.088
#> GSM30076 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30079 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30080 1 0.2878 0.8325 0.904 0.000 0.096
#> GSM30081 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30086 1 0.2711 0.8409 0.912 0.000 0.088
#> GSM30087 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30090 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30091 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30092 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30093 3 0.4605 0.7725 0.204 0.000 0.796
#> GSM30094 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30095 3 0.2711 0.7252 0.000 0.088 0.912
#> GSM30096 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> GSM30097 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30098 2 0.1031 0.8984 0.000 0.976 0.024
#> GSM30099 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30100 3 0.6154 0.4483 0.000 0.408 0.592
#> GSM30101 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30102 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30103 2 0.1031 0.8984 0.000 0.976 0.024
#> GSM30104 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30105 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0237 0.9126 0.996 0.000 0.004
#> GSM30107 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30109 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.5431 0.6781 0.716 0.000 0.284
#> GSM30111 2 0.5378 0.6688 0.236 0.756 0.008
#> GSM30112 2 0.0892 0.8992 0.000 0.980 0.020
#> GSM30113 3 0.3116 0.7176 0.000 0.108 0.892
#> GSM30114 3 0.4654 0.7690 0.208 0.000 0.792
#> GSM30115 1 0.4399 0.7437 0.812 0.000 0.188
#> GSM30116 3 0.6308 0.0325 0.000 0.492 0.508
#> GSM30117 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30118 3 0.6305 0.0619 0.000 0.484 0.516
#> GSM30119 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30120 1 0.5835 0.5941 0.660 0.000 0.340
#> GSM30121 2 0.1031 0.8984 0.000 0.976 0.024
#> GSM30122 2 0.2796 0.8686 0.000 0.908 0.092
#> GSM30123 1 0.5591 0.4955 0.696 0.000 0.304
#> GSM30177 3 0.4974 0.7403 0.236 0.000 0.764
#> GSM30178 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30179 2 0.4217 0.8401 0.032 0.868 0.100
#> GSM30180 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> GSM30181 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30182 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30183 2 0.2796 0.8685 0.000 0.908 0.092
#> GSM30184 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30185 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> GSM30186 3 0.3879 0.6882 0.000 0.152 0.848
#> GSM30187 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30188 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30189 1 0.2625 0.8514 0.916 0.000 0.084
#> GSM30190 3 0.4504 0.7775 0.196 0.000 0.804
#> GSM30191 1 0.4399 0.7437 0.812 0.000 0.188
#> GSM30192 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30193 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30194 3 0.3340 0.7576 0.120 0.000 0.880
#> GSM30195 3 0.6126 0.4632 0.000 0.400 0.600
#> GSM30196 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.2959 0.8430 0.900 0.000 0.100
#> GSM30199 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> GSM30200 1 0.2878 0.8464 0.904 0.000 0.096
#> GSM30201 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30202 2 0.3295 0.8627 0.008 0.896 0.096
#> GSM30203 1 0.0237 0.9138 0.996 0.000 0.004
#> GSM30204 1 0.3832 0.8240 0.880 0.020 0.100
#> GSM30205 3 0.6111 0.1818 0.000 0.396 0.604
#> GSM30206 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30207 1 0.2959 0.8430 0.900 0.000 0.100
#> GSM30208 1 0.2959 0.8430 0.900 0.000 0.100
#> GSM30209 3 0.8683 0.6037 0.236 0.172 0.592
#> GSM30210 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30211 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30212 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30213 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30214 2 0.0237 0.9023 0.000 0.996 0.004
#> GSM30215 2 0.3192 0.8651 0.000 0.888 0.112
#> GSM30216 2 0.1031 0.8984 0.000 0.976 0.024
#> GSM30217 2 0.2959 0.8641 0.000 0.900 0.100
#> GSM30218 1 0.6204 0.1824 0.576 0.000 0.424
#> GSM30219 3 0.5650 0.5021 0.000 0.312 0.688
#> GSM30220 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.2165 0.8731 0.936 0.000 0.064
#> GSM30222 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30223 2 0.0000 0.9031 0.000 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
#> GSM30225 2 0.8477 0.3259 0.380 0.524 0.096
#> GSM30226 2 0.2878 0.8661 0.000 0.904 0.096
#> GSM30227 2 0.6299 0.7517 0.132 0.772 0.096
#> GSM30228 3 0.4605 0.7725 0.204 0.000 0.796
#> GSM30229 1 0.0000 0.9146 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.0817 0.8298 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM30008 1 0.3392 0.7812 0.856 0.000 0.020 0.124
#> GSM30009 1 0.0188 0.8313 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30010 3 0.1767 0.6478 0.012 0.044 0.944 0.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.4543 0.4926 0.000 0.676 0.324 0.000
#> GSM30013 2 0.4761 0.4827 0.000 0.664 0.332 0.004
#> GSM30014 3 0.0927 0.6577 0.016 0.008 0.976 0.000
#> GSM30015 3 0.7706 -0.0285 0.364 0.000 0.412 0.224
#> GSM30016 3 0.4991 0.4099 0.388 0.004 0.608 0.000
#> GSM30017 4 0.4538 0.5089 0.216 0.000 0.024 0.760
#> GSM30018 4 0.2704 0.8345 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM30019 2 0.4699 0.4962 0.000 0.676 0.320 0.004
#> GSM30020 1 0.3280 0.7817 0.860 0.000 0.016 0.124
#> GSM30021 3 0.1545 0.6603 0.040 0.008 0.952 0.000
#> GSM30022 1 0.0592 0.8314 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM30023 4 0.1510 0.7411 0.016 0.000 0.028 0.956
#> GSM30024 1 0.7398 -0.2876 0.424 0.164 0.412 0.000
#> GSM30025 1 0.0779 0.8272 0.980 0.000 0.016 0.004
#> GSM30026 4 0.1936 0.7272 0.028 0.000 0.032 0.940
#> GSM30027 1 0.3607 0.7781 0.852 0.008 0.016 0.124
#> GSM30028 1 0.3598 0.7774 0.848 0.000 0.028 0.124
#> GSM30029 1 0.3280 0.7817 0.860 0.000 0.016 0.124
#> GSM30030 1 0.0000 0.8321 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.3280 0.7817 0.860 0.000 0.016 0.124
#> GSM30032 1 0.5965 0.6967 0.748 0.072 0.056 0.124
#> GSM30033 1 0.8118 0.0895 0.432 0.400 0.044 0.124
#> GSM30034 4 0.3873 0.7753 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM30035 3 0.7830 0.2330 0.260 0.356 0.384 0.000
#> GSM30036 2 0.4304 0.4417 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM30037 1 0.0336 0.8325 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30038 3 0.4790 0.4208 0.380 0.000 0.620 0.000
#> GSM30039 2 0.4605 0.4746 0.000 0.664 0.336 0.000
#> GSM30040 3 0.5510 0.1821 0.016 0.480 0.504 0.000
#> GSM30041 2 0.0592 0.7756 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30042 2 0.6367 0.2931 0.000 0.540 0.392 0.068
#> GSM30043 3 0.3166 0.6207 0.016 0.116 0.868 0.000
#> GSM30044 1 0.0707 0.8309 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM30045 1 0.1302 0.8207 0.956 0.000 0.044 0.000
#> GSM30046 4 0.3583 0.8168 0.000 0.180 0.004 0.816
#> GSM30047 4 0.3172 0.8251 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM30048 4 0.3142 0.8343 0.000 0.132 0.008 0.860
#> GSM30049 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 2 0.2469 0.7184 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM30051 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0336 0.8325 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30053 2 0.4585 0.4810 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM30054 2 0.0188 0.7796 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30055 2 0.5584 0.3633 0.012 0.580 0.008 0.400
#> GSM30056 2 0.0188 0.7799 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30057 3 0.1059 0.6556 0.012 0.016 0.972 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.3266 0.8237 0.000 0.168 0.000 0.832
#> GSM30060 3 0.7153 0.3565 0.308 0.160 0.532 0.000
#> GSM30061 4 0.2760 0.8348 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM30062 4 0.2814 0.8346 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30063 2 0.3726 0.6250 0.000 0.788 0.212 0.000
#> GSM30064 1 0.0895 0.8304 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM30065 2 0.1940 0.7400 0.000 0.924 0.076 0.000
#> GSM30066 3 0.0927 0.6577 0.016 0.008 0.976 0.000
#> GSM30067 1 0.2149 0.8092 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM30068 3 0.0927 0.6577 0.016 0.008 0.976 0.000
#> GSM30069 3 0.3681 0.6250 0.176 0.008 0.816 0.000
#> GSM30070 3 0.7682 0.5111 0.180 0.108 0.620 0.092
#> GSM30071 3 0.6834 0.2858 0.000 0.240 0.596 0.164
#> GSM30072 1 0.1022 0.8263 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM30073 2 0.6567 0.2506 0.000 0.588 0.104 0.308
#> GSM30074 3 0.5751 0.5509 0.164 0.000 0.712 0.124
#> GSM30075 4 0.7171 0.3491 0.000 0.136 0.400 0.464
#> GSM30076 4 0.2760 0.8348 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM30077 4 0.2814 0.8346 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30078 4 0.2814 0.8346 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30079 1 0.0469 0.8321 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM30080 4 0.7240 0.3388 0.000 0.144 0.400 0.456
#> GSM30081 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 4 0.7091 0.4422 0.000 0.136 0.356 0.508
#> GSM30087 4 0.2814 0.8346 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30088 4 0.2704 0.8345 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM30089 1 0.0817 0.8283 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.4356 0.7098 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM30093 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.6486 0.1930 0.044 0.468 0.476 0.012
#> GSM30096 1 0.4776 0.4919 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM30097 4 0.3528 0.8089 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM30098 1 0.1792 0.8162 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM30099 2 0.0188 0.7799 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30100 3 0.6157 0.5891 0.232 0.108 0.660 0.000
#> GSM30101 2 0.0188 0.7796 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30102 2 0.0469 0.7773 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30103 1 0.1940 0.8151 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM30104 2 0.4961 -0.0759 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM30105 1 0.0000 0.8321 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.2976 0.8334 0.000 0.120 0.008 0.872
#> GSM30107 4 0.3392 0.8320 0.000 0.124 0.020 0.856
#> GSM30108 1 0.4730 0.2597 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM30109 1 0.0707 0.8318 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM30110 4 0.6895 0.4820 0.000 0.276 0.148 0.576
#> GSM30111 3 0.5936 0.4012 0.380 0.000 0.576 0.044
#> GSM30112 1 0.2216 0.8063 0.908 0.000 0.092 0.000
#> GSM30113 3 0.2111 0.6501 0.024 0.044 0.932 0.000
#> GSM30114 2 0.4877 0.3527 0.000 0.592 0.408 0.000
#> GSM30115 4 0.6554 0.4306 0.000 0.400 0.080 0.520
#> GSM30116 3 0.7369 0.2541 0.160 0.408 0.432 0.000
#> GSM30117 2 0.7717 -0.2585 0.224 0.392 0.384 0.000
#> GSM30118 3 0.0779 0.6573 0.016 0.004 0.980 0.000
#> GSM30119 3 0.5039 0.0864 0.000 0.404 0.592 0.004
#> GSM30120 3 0.1229 0.6510 0.004 0.020 0.968 0.008
#> GSM30121 1 0.2281 0.8059 0.904 0.000 0.096 0.000
#> GSM30122 1 0.3528 0.7312 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM30123 2 0.1637 0.7498 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30177 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.4697 0.6060 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM30179 1 0.3335 0.7798 0.856 0.000 0.016 0.128
#> GSM30180 1 0.4877 0.4504 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM30181 4 0.6979 0.4644 0.000 0.128 0.344 0.528
#> GSM30182 4 0.3444 0.8123 0.000 0.184 0.000 0.816
#> GSM30183 1 0.3610 0.7320 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30184 2 0.0592 0.7756 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30185 1 0.4790 0.4890 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM30186 2 0.5110 0.1942 0.012 0.636 0.352 0.000
#> GSM30187 4 0.4643 0.6333 0.000 0.344 0.000 0.656
#> GSM30188 4 0.3400 0.8146 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM30189 4 0.4547 0.7743 0.000 0.104 0.092 0.804
#> GSM30190 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30191 2 0.3486 0.6208 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM30192 4 0.7019 0.4646 0.000 0.132 0.344 0.524
#> GSM30193 4 0.3142 0.8346 0.000 0.132 0.008 0.860
#> GSM30194 3 0.3726 0.5019 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM30195 3 0.4957 0.4962 0.320 0.000 0.668 0.012
#> GSM30196 1 0.0707 0.8309 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM30197 4 0.3196 0.8342 0.000 0.136 0.008 0.856
#> GSM30198 4 0.0592 0.7552 0.000 0.000 0.016 0.984
#> GSM30199 1 0.4746 0.5085 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM30200 4 0.0469 0.7574 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM30201 4 0.2704 0.8345 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM30202 1 0.5775 0.4031 0.560 0.000 0.408 0.032
#> GSM30203 4 0.3569 0.8059 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM30204 4 0.1406 0.7421 0.016 0.000 0.024 0.960
#> GSM30205 3 0.6968 0.5152 0.084 0.228 0.644 0.044
#> GSM30206 4 0.2704 0.8345 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM30207 4 0.1369 0.7452 0.016 0.004 0.016 0.964
#> GSM30208 4 0.1182 0.7440 0.016 0.000 0.016 0.968
#> GSM30209 2 0.5691 0.3031 0.304 0.648 0.000 0.048
#> GSM30210 1 0.1297 0.8242 0.964 0.000 0.016 0.020
#> GSM30211 4 0.2760 0.8347 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM30212 1 0.0000 0.8321 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0469 0.8321 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM30214 1 0.0336 0.8325 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30215 1 0.3821 0.7806 0.840 0.000 0.040 0.120
#> GSM30216 1 0.2011 0.8127 0.920 0.000 0.080 0.000
#> GSM30217 1 0.3280 0.7817 0.860 0.000 0.016 0.124
#> GSM30218 2 0.3681 0.6492 0.004 0.848 0.124 0.024
#> GSM30219 3 0.5498 0.3074 0.020 0.404 0.576 0.000
#> GSM30220 1 0.0188 0.8323 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30221 4 0.4605 0.6402 0.000 0.336 0.000 0.664
#> GSM30222 4 0.6765 0.5413 0.000 0.124 0.300 0.576
#> GSM30223 1 0.0707 0.8309 0.980 0.000 0.020 0.000
#> GSM30224 4 0.2760 0.8348 0.000 0.128 0.000 0.872
#> GSM30225 3 0.7706 0.1477 0.224 0.000 0.412 0.364
#> GSM30226 1 0.4817 0.4781 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM30227 1 0.5815 0.5839 0.652 0.000 0.288 0.060
#> GSM30228 2 0.0000 0.7811 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.3486 0.8046 0.000 0.188 0.000 0.812
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.0703 0.7528 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM30007 1 0.1568 0.6065 0.944 0.020 0.000 0.000 0.036
#> GSM30008 2 0.4706 0.5535 0.492 0.496 0.000 0.008 0.004
#> GSM30009 1 0.2020 0.5609 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.2172 0.6262 0.020 0.004 0.060 0.000 0.916
#> GSM30011 3 0.0671 0.7518 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM30012 3 0.5634 0.5607 0.000 0.148 0.676 0.016 0.160
#> GSM30013 3 0.6763 0.5062 0.000 0.196 0.592 0.064 0.148
#> GSM30014 5 0.0579 0.6201 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM30015 5 0.8423 -0.0303 0.260 0.296 0.004 0.124 0.316
#> GSM30016 5 0.4371 0.4620 0.344 0.012 0.000 0.000 0.644
#> GSM30017 2 0.5608 0.4748 0.172 0.640 0.000 0.188 0.000
#> GSM30018 4 0.0912 0.7541 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000
#> GSM30019 3 0.5889 0.5760 0.000 0.140 0.676 0.040 0.144
#> GSM30020 2 0.4522 0.6057 0.440 0.552 0.000 0.008 0.000
#> GSM30021 5 0.2069 0.6153 0.076 0.012 0.000 0.000 0.912
#> GSM30022 1 0.0451 0.6187 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> GSM30023 2 0.3336 0.1314 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM30024 5 0.6428 0.4201 0.340 0.036 0.088 0.000 0.536
#> GSM30025 1 0.3999 -0.0780 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 4 0.4557 0.1286 0.008 0.476 0.000 0.516 0.000
#> GSM30027 2 0.4807 0.5895 0.464 0.520 0.008 0.008 0.000
#> GSM30028 2 0.4481 0.6024 0.416 0.576 0.000 0.008 0.000
#> GSM30029 2 0.4528 0.6055 0.444 0.548 0.000 0.008 0.000
#> GSM30030 1 0.2329 0.5328 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 2 0.4528 0.6055 0.444 0.548 0.000 0.008 0.000
#> GSM30032 2 0.5215 0.5811 0.452 0.516 0.020 0.004 0.008
#> GSM30033 2 0.6926 0.2389 0.152 0.444 0.376 0.000 0.028
#> GSM30034 4 0.1704 0.7523 0.000 0.004 0.068 0.928 0.000
#> GSM30035 5 0.8468 0.0974 0.220 0.180 0.280 0.000 0.320
#> GSM30036 3 0.4302 0.0468 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> GSM30037 1 0.1740 0.5981 0.932 0.056 0.000 0.000 0.012
#> GSM30038 5 0.4147 0.4906 0.316 0.008 0.000 0.000 0.676
#> GSM30039 3 0.5963 0.5509 0.000 0.160 0.656 0.028 0.156
#> GSM30040 5 0.5326 0.1252 0.012 0.028 0.464 0.000 0.496
#> GSM30041 3 0.2054 0.7363 0.000 0.008 0.916 0.072 0.004
#> GSM30042 3 0.7982 0.2351 0.000 0.148 0.420 0.144 0.288
#> GSM30043 5 0.2162 0.6168 0.012 0.008 0.064 0.000 0.916
#> GSM30044 1 0.2291 0.5950 0.908 0.056 0.000 0.000 0.036
#> GSM30045 1 0.2376 0.5933 0.904 0.052 0.000 0.000 0.044
#> GSM30046 4 0.3767 0.7433 0.000 0.120 0.068 0.812 0.000
#> GSM30047 4 0.3479 0.7250 0.000 0.080 0.084 0.836 0.000
#> GSM30048 4 0.4269 0.6883 0.000 0.232 0.036 0.732 0.000
#> GSM30049 3 0.0727 0.7484 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> GSM30050 3 0.3421 0.6401 0.000 0.008 0.788 0.204 0.000
#> GSM30051 3 0.0727 0.7533 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> GSM30052 1 0.1740 0.5988 0.932 0.056 0.000 0.000 0.012
#> GSM30053 3 0.6038 0.5494 0.000 0.164 0.652 0.032 0.152
#> GSM30054 3 0.1492 0.7486 0.000 0.008 0.948 0.040 0.004
#> GSM30055 3 0.6763 0.1970 0.000 0.296 0.472 0.224 0.008
#> GSM30056 3 0.0963 0.7521 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30057 5 0.0579 0.6201 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> GSM30058 3 0.1026 0.7528 0.000 0.004 0.968 0.024 0.004
#> GSM30059 4 0.1768 0.7533 0.000 0.004 0.072 0.924 0.000
#> GSM30060 5 0.6354 0.4680 0.112 0.144 0.092 0.000 0.652
#> GSM30061 4 0.2597 0.7402 0.000 0.092 0.024 0.884 0.000
#> GSM30062 4 0.3064 0.7443 0.000 0.108 0.036 0.856 0.000
#> GSM30063 3 0.6083 0.5855 0.000 0.164 0.668 0.068 0.100
#> GSM30064 1 0.3214 0.5257 0.844 0.120 0.000 0.000 0.036
#> GSM30065 3 0.1630 0.7435 0.000 0.004 0.944 0.016 0.036
#> GSM30066 5 0.0898 0.6191 0.020 0.008 0.000 0.000 0.972
#> GSM30067 1 0.4231 0.5464 0.784 0.148 0.008 0.000 0.060
#> GSM30068 5 0.0794 0.6196 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM30069 5 0.3774 0.5095 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> GSM30070 5 0.5764 0.5185 0.244 0.040 0.000 0.064 0.652
#> GSM30071 5 0.8372 0.1356 0.000 0.248 0.192 0.192 0.368
#> GSM30072 1 0.2153 0.5988 0.916 0.044 0.000 0.000 0.040
#> GSM30073 3 0.6690 0.4189 0.000 0.244 0.564 0.156 0.036
#> GSM30074 5 0.4453 0.4992 0.048 0.228 0.000 0.000 0.724
#> GSM30075 4 0.7379 0.4876 0.000 0.256 0.072 0.500 0.172
#> GSM30076 4 0.1907 0.7579 0.000 0.044 0.028 0.928 0.000
#> GSM30077 4 0.1121 0.7546 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> GSM30078 4 0.1043 0.7554 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM30079 1 0.0579 0.6184 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> GSM30080 4 0.7791 0.4450 0.000 0.256 0.112 0.460 0.172
#> GSM30081 3 0.0727 0.7533 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> GSM30086 4 0.7177 0.5158 0.000 0.252 0.064 0.524 0.160
#> GSM30087 4 0.0510 0.7528 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM30088 4 0.0579 0.7495 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM30089 1 0.3575 0.5170 0.824 0.120 0.000 0.000 0.056
#> GSM30090 3 0.0771 0.7537 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM30091 3 0.0833 0.7534 0.000 0.004 0.976 0.016 0.004
#> GSM30092 4 0.3816 0.5129 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> GSM30093 3 0.0510 0.7539 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30094 3 0.0727 0.7523 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> GSM30095 5 0.6054 0.2027 0.020 0.068 0.420 0.000 0.492
#> GSM30096 1 0.6566 0.3399 0.484 0.196 0.004 0.000 0.316
#> GSM30097 4 0.2124 0.7457 0.000 0.004 0.096 0.900 0.000
#> GSM30098 1 0.3165 0.5795 0.848 0.116 0.000 0.000 0.036
#> GSM30099 3 0.1673 0.7436 0.000 0.016 0.944 0.032 0.008
#> GSM30100 5 0.5294 0.4964 0.304 0.008 0.056 0.000 0.632
#> GSM30101 3 0.1202 0.7510 0.000 0.004 0.960 0.032 0.004
#> GSM30102 3 0.1851 0.7354 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> GSM30103 1 0.2446 0.6090 0.900 0.056 0.000 0.000 0.044
#> GSM30104 4 0.4249 0.2004 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> GSM30105 1 0.1544 0.5908 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.4306 0.6419 0.000 0.328 0.012 0.660 0.000
#> GSM30107 4 0.4735 0.6247 0.000 0.352 0.020 0.624 0.004
#> GSM30108 5 0.5106 0.2520 0.456 0.036 0.000 0.000 0.508
#> GSM30109 1 0.2249 0.6046 0.896 0.096 0.000 0.000 0.008
#> GSM30110 4 0.9104 0.1743 0.064 0.296 0.140 0.348 0.152
#> GSM30111 1 0.7602 -0.1435 0.364 0.348 0.000 0.048 0.240
#> GSM30112 1 0.3375 0.5954 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056
#> GSM30113 5 0.2172 0.6262 0.020 0.004 0.060 0.000 0.916
#> GSM30114 3 0.6821 0.4169 0.000 0.228 0.544 0.032 0.196
#> GSM30115 4 0.7425 0.1947 0.000 0.260 0.340 0.368 0.032
#> GSM30116 3 0.7632 -0.1861 0.128 0.100 0.388 0.000 0.384
#> GSM30117 3 0.8320 -0.1833 0.168 0.180 0.328 0.000 0.324
#> GSM30118 5 0.3722 0.5168 0.040 0.144 0.004 0.000 0.812
#> GSM30119 5 0.5805 0.2439 0.000 0.064 0.332 0.020 0.584
#> GSM30120 5 0.6624 0.3684 0.056 0.404 0.032 0.020 0.488
#> GSM30121 1 0.4593 0.5318 0.756 0.160 0.008 0.000 0.076
#> GSM30122 1 0.6332 0.3910 0.544 0.188 0.004 0.000 0.264
#> GSM30123 3 0.2561 0.6999 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM30177 3 0.0510 0.7536 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30178 4 0.3741 0.5712 0.000 0.004 0.264 0.732 0.000
#> GSM30179 2 0.4562 0.5695 0.492 0.500 0.000 0.008 0.000
#> GSM30180 1 0.6346 0.3595 0.516 0.160 0.004 0.000 0.320
#> GSM30181 4 0.6390 0.5318 0.000 0.268 0.016 0.564 0.152
#> GSM30182 4 0.1430 0.7544 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> GSM30183 1 0.6293 0.4177 0.588 0.172 0.008 0.004 0.228
#> GSM30184 3 0.2179 0.7214 0.000 0.004 0.896 0.100 0.000
#> GSM30185 1 0.6576 0.3429 0.480 0.196 0.004 0.000 0.320
#> GSM30186 3 0.7077 0.0536 0.044 0.156 0.492 0.000 0.308
#> GSM30187 4 0.3305 0.6423 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> GSM30188 4 0.1484 0.7544 0.000 0.008 0.048 0.944 0.000
#> GSM30189 4 0.6708 0.5175 0.032 0.148 0.080 0.656 0.084
#> GSM30190 3 0.0404 0.7533 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM30191 3 0.3949 0.4383 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM30192 4 0.6730 0.5366 0.000 0.252 0.036 0.556 0.156
#> GSM30193 4 0.4268 0.6774 0.000 0.268 0.024 0.708 0.000
#> GSM30194 5 0.4047 0.3511 0.000 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM30195 5 0.4769 0.5087 0.288 0.016 0.000 0.020 0.676
#> GSM30196 1 0.2291 0.5950 0.908 0.056 0.000 0.000 0.036
#> GSM30197 4 0.3688 0.7406 0.000 0.124 0.060 0.816 0.000
#> GSM30198 4 0.3876 0.6089 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM30199 1 0.5702 0.3797 0.576 0.104 0.000 0.000 0.320
#> GSM30200 4 0.3109 0.7004 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30201 4 0.0609 0.7503 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM30202 1 0.6952 0.3343 0.484 0.172 0.004 0.020 0.320
#> GSM30203 4 0.2674 0.7221 0.000 0.004 0.140 0.856 0.000
#> GSM30204 2 0.4088 -0.0195 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> GSM30205 5 0.6314 0.2648 0.012 0.368 0.116 0.000 0.504
#> GSM30206 4 0.0451 0.7501 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM30207 4 0.4278 0.1845 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM30208 4 0.4287 0.1634 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> GSM30209 3 0.6295 0.2869 0.296 0.040 0.580 0.084 0.000
#> GSM30210 1 0.4060 -0.1616 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.1740 0.7519 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> GSM30212 1 0.1732 0.5797 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0898 0.6159 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> GSM30214 1 0.4040 0.1563 0.712 0.276 0.000 0.000 0.012
#> GSM30215 1 0.4538 -0.3927 0.564 0.428 0.004 0.000 0.004
#> GSM30216 1 0.2770 0.5944 0.880 0.076 0.000 0.000 0.044
#> GSM30217 2 0.4452 0.5525 0.496 0.500 0.000 0.004 0.000
#> GSM30218 3 0.3890 0.6876 0.000 0.080 0.828 0.072 0.020
#> GSM30219 5 0.7398 0.1741 0.052 0.176 0.348 0.000 0.424
#> GSM30220 1 0.1877 0.5926 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> GSM30221 4 0.3081 0.6994 0.000 0.012 0.156 0.832 0.000
#> GSM30222 4 0.6114 0.5468 0.000 0.272 0.008 0.580 0.140
#> GSM30223 1 0.2149 0.5994 0.916 0.048 0.000 0.000 0.036
#> GSM30224 4 0.0693 0.7500 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM30225 5 0.8473 0.0306 0.224 0.312 0.004 0.144 0.316
#> GSM30226 1 0.6582 0.3370 0.472 0.192 0.004 0.000 0.332
#> GSM30227 1 0.7478 0.1729 0.360 0.320 0.004 0.024 0.292
#> GSM30228 3 0.0703 0.7543 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM30229 4 0.3389 0.7315 0.000 0.048 0.116 0.836 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.0909 0.7443 0.000 0.020 0.968 0.012 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.2517 0.6001 0.876 0.008 0.000 0.000 0.016 0.100
#> GSM30008 6 0.3803 0.6422 0.296 0.004 0.000 0.004 0.004 0.692
#> GSM30009 1 0.2378 0.5728 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> GSM30010 5 0.1458 0.6597 0.016 0.016 0.020 0.000 0.948 0.000
#> GSM30011 3 0.0692 0.7444 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> GSM30012 3 0.4602 0.4649 0.000 0.316 0.636 0.012 0.036 0.000
#> GSM30013 3 0.5491 0.2753 0.000 0.432 0.480 0.060 0.028 0.000
#> GSM30014 5 0.0692 0.6516 0.004 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30015 2 0.8423 0.0300 0.200 0.320 0.000 0.060 0.228 0.192
#> GSM30016 5 0.4246 0.3693 0.400 0.020 0.000 0.000 0.580 0.000
#> GSM30017 6 0.4512 0.6383 0.072 0.132 0.000 0.044 0.000 0.752
#> GSM30018 4 0.2340 0.7339 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.5233 0.4333 0.000 0.336 0.584 0.044 0.036 0.000
#> GSM30020 6 0.3183 0.6874 0.200 0.008 0.000 0.000 0.004 0.788
#> GSM30021 5 0.2510 0.6577 0.100 0.028 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM30022 1 0.1036 0.6247 0.964 0.024 0.000 0.000 0.004 0.008
#> GSM30023 6 0.3840 0.4789 0.000 0.284 0.000 0.020 0.000 0.696
#> GSM30024 5 0.4483 0.5270 0.284 0.020 0.004 0.000 0.672 0.020
#> GSM30025 6 0.4018 0.3742 0.412 0.008 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM30026 6 0.4224 0.3981 0.008 0.016 0.000 0.336 0.000 0.640
#> GSM30027 6 0.3161 0.6745 0.216 0.008 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM30028 6 0.3352 0.6904 0.180 0.016 0.000 0.004 0.004 0.796
#> GSM30029 6 0.3141 0.6897 0.200 0.012 0.000 0.000 0.000 0.788
#> GSM30030 1 0.2948 0.5333 0.804 0.000 0.000 0.000 0.008 0.188
#> GSM30031 6 0.3152 0.6885 0.196 0.008 0.000 0.000 0.004 0.792
#> GSM30032 6 0.3836 0.6538 0.204 0.016 0.004 0.000 0.016 0.760
#> GSM30033 6 0.6149 0.3707 0.072 0.020 0.304 0.000 0.048 0.556
#> GSM30034 4 0.2402 0.7360 0.000 0.140 0.004 0.856 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.8754 -0.1085 0.224 0.272 0.108 0.000 0.220 0.176
#> GSM30036 4 0.4524 0.2887 0.000 0.036 0.404 0.560 0.000 0.000
#> GSM30037 1 0.2726 0.5885 0.848 0.008 0.000 0.000 0.008 0.136
#> GSM30038 5 0.4302 0.4806 0.324 0.028 0.000 0.000 0.644 0.004
#> GSM30039 3 0.5097 0.4097 0.000 0.352 0.580 0.032 0.036 0.000
#> GSM30040 5 0.5094 0.2496 0.000 0.016 0.400 0.000 0.536 0.048
#> GSM30041 3 0.2822 0.6984 0.000 0.076 0.864 0.056 0.004 0.000
#> GSM30042 2 0.7271 -0.0612 0.000 0.376 0.344 0.128 0.148 0.004
#> GSM30043 5 0.0551 0.6527 0.000 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> GSM30044 1 0.2748 0.5904 0.856 0.008 0.000 0.000 0.016 0.120
#> GSM30045 1 0.3389 0.5811 0.824 0.008 0.000 0.000 0.060 0.108
#> GSM30046 4 0.4172 0.6297 0.000 0.224 0.052 0.720 0.000 0.004
#> GSM30047 4 0.3608 0.6998 0.000 0.072 0.016 0.816 0.000 0.096
#> GSM30048 4 0.5865 0.3801 0.000 0.224 0.028 0.580 0.000 0.168
#> GSM30049 3 0.0951 0.7416 0.000 0.004 0.968 0.008 0.020 0.000
#> GSM30050 3 0.4151 0.5110 0.000 0.044 0.692 0.264 0.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0260 0.7442 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30052 1 0.2420 0.5915 0.864 0.004 0.000 0.000 0.004 0.128
#> GSM30053 3 0.5210 0.4068 0.000 0.348 0.576 0.040 0.036 0.000
#> GSM30054 3 0.2220 0.7254 0.000 0.044 0.908 0.036 0.012 0.000
#> GSM30055 3 0.6975 0.0768 0.000 0.096 0.420 0.136 0.004 0.344
#> GSM30056 3 0.2056 0.7270 0.000 0.012 0.904 0.080 0.000 0.004
#> GSM30057 5 0.0858 0.6504 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968 0.000
#> GSM30058 3 0.1149 0.7420 0.000 0.008 0.960 0.024 0.008 0.000
#> GSM30059 4 0.2123 0.7467 0.000 0.020 0.064 0.908 0.000 0.008
#> GSM30060 5 0.4475 0.5939 0.112 0.024 0.000 0.000 0.748 0.116
#> GSM30061 4 0.3907 0.6624 0.000 0.152 0.000 0.764 0.000 0.084
#> GSM30062 4 0.4149 0.6562 0.000 0.136 0.024 0.772 0.000 0.068
#> GSM30063 3 0.4851 0.4469 0.000 0.340 0.604 0.036 0.020 0.000
#> GSM30064 1 0.3658 0.5192 0.776 0.016 0.000 0.000 0.020 0.188
#> GSM30065 3 0.1605 0.7345 0.000 0.044 0.936 0.016 0.004 0.000
#> GSM30066 5 0.0692 0.6508 0.004 0.020 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30067 1 0.4387 0.5566 0.736 0.152 0.000 0.000 0.008 0.104
#> GSM30068 5 0.1633 0.6557 0.024 0.044 0.000 0.000 0.932 0.000
#> GSM30069 5 0.3566 0.5817 0.236 0.020 0.000 0.000 0.744 0.000
#> GSM30070 5 0.6169 0.4885 0.160 0.220 0.004 0.044 0.572 0.000
#> GSM30071 2 0.7323 0.3487 0.008 0.516 0.120 0.168 0.168 0.020
#> GSM30072 1 0.2615 0.6007 0.876 0.008 0.000 0.000 0.028 0.088
#> GSM30073 3 0.5147 0.2085 0.000 0.436 0.480 0.084 0.000 0.000
#> GSM30074 5 0.4091 0.5493 0.016 0.032 0.000 0.000 0.736 0.216
#> GSM30075 2 0.5934 0.3017 0.000 0.536 0.048 0.352 0.044 0.020
#> GSM30076 4 0.2632 0.7120 0.000 0.164 0.004 0.832 0.000 0.000
#> GSM30077 4 0.1666 0.7480 0.000 0.020 0.036 0.936 0.000 0.008
#> GSM30078 4 0.1829 0.7493 0.000 0.036 0.028 0.928 0.000 0.008
#> GSM30079 1 0.1053 0.6239 0.964 0.020 0.000 0.000 0.004 0.012
#> GSM30080 2 0.6051 0.3078 0.000 0.532 0.068 0.340 0.048 0.012
#> GSM30081 3 0.0291 0.7445 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> GSM30086 2 0.5812 0.2917 0.000 0.528 0.048 0.368 0.044 0.012
#> GSM30087 4 0.1857 0.7556 0.000 0.044 0.028 0.924 0.000 0.004
#> GSM30088 4 0.1643 0.7444 0.000 0.068 0.000 0.924 0.000 0.008
#> GSM30089 1 0.4388 0.5027 0.732 0.008 0.000 0.000 0.092 0.168
#> GSM30090 3 0.0622 0.7446 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> GSM30091 3 0.0964 0.7423 0.000 0.004 0.968 0.012 0.016 0.000
#> GSM30092 4 0.3593 0.6196 0.000 0.024 0.208 0.764 0.000 0.004
#> GSM30093 3 0.0993 0.7415 0.000 0.012 0.964 0.024 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.1269 0.7405 0.000 0.012 0.956 0.012 0.020 0.000
#> GSM30095 5 0.5276 0.2192 0.008 0.008 0.412 0.000 0.516 0.056
#> GSM30096 1 0.7689 0.1926 0.308 0.232 0.000 0.000 0.232 0.228
#> GSM30097 4 0.2641 0.7469 0.000 0.048 0.072 0.876 0.000 0.004
#> GSM30098 1 0.3626 0.5956 0.812 0.084 0.000 0.000 0.012 0.092
#> GSM30099 3 0.3392 0.7058 0.000 0.036 0.856 0.048 0.024 0.036
#> GSM30100 5 0.3651 0.5744 0.248 0.008 0.004 0.000 0.736 0.004
#> GSM30101 3 0.1546 0.7369 0.000 0.020 0.944 0.016 0.020 0.000
#> GSM30102 3 0.2488 0.7208 0.000 0.044 0.880 0.076 0.000 0.000
#> GSM30103 1 0.4460 0.5741 0.756 0.076 0.000 0.000 0.040 0.128
#> GSM30104 4 0.4103 0.4945 0.000 0.020 0.288 0.684 0.000 0.008
#> GSM30105 1 0.2122 0.6054 0.900 0.024 0.000 0.000 0.000 0.076
#> GSM30106 2 0.4594 0.2210 0.000 0.608 0.000 0.340 0.000 0.052
#> GSM30107 2 0.4597 0.2454 0.000 0.584 0.004 0.376 0.000 0.036
#> GSM30108 1 0.4700 -0.1744 0.492 0.008 0.000 0.000 0.472 0.028
#> GSM30109 1 0.2930 0.6091 0.840 0.036 0.000 0.000 0.000 0.124
#> GSM30110 2 0.8557 0.1832 0.084 0.412 0.068 0.244 0.056 0.136
#> GSM30111 1 0.7923 0.0512 0.344 0.328 0.000 0.040 0.144 0.144
#> GSM30112 1 0.3719 0.6026 0.800 0.012 0.000 0.000 0.064 0.124
#> GSM30113 5 0.1686 0.6597 0.016 0.016 0.024 0.000 0.940 0.004
#> GSM30114 3 0.5603 0.1794 0.000 0.448 0.456 0.032 0.064 0.000
#> GSM30115 2 0.6073 0.2113 0.000 0.496 0.272 0.220 0.000 0.012
#> GSM30116 5 0.7736 0.2103 0.104 0.084 0.344 0.000 0.384 0.084
#> GSM30117 2 0.8876 -0.0174 0.152 0.256 0.180 0.000 0.236 0.176
#> GSM30118 5 0.4745 0.3948 0.012 0.232 0.000 0.000 0.680 0.076
#> GSM30119 5 0.6311 0.2508 0.000 0.244 0.248 0.024 0.484 0.000
#> GSM30120 2 0.5706 0.2307 0.024 0.660 0.016 0.016 0.204 0.080
#> GSM30121 1 0.5444 0.5087 0.656 0.184 0.000 0.000 0.044 0.116
#> GSM30122 1 0.7384 0.2976 0.392 0.260 0.000 0.000 0.152 0.196
#> GSM30123 3 0.3712 0.6172 0.000 0.052 0.768 0.180 0.000 0.000
#> GSM30177 3 0.1088 0.7438 0.000 0.016 0.960 0.024 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.3717 0.6689 0.000 0.064 0.160 0.776 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.3808 0.6336 0.284 0.000 0.000 0.012 0.004 0.700
#> GSM30180 1 0.7422 0.2085 0.380 0.244 0.000 0.000 0.232 0.144
#> GSM30181 2 0.4399 0.2790 0.000 0.616 0.000 0.352 0.028 0.004
#> GSM30182 4 0.2350 0.7469 0.000 0.076 0.036 0.888 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.7163 0.3105 0.464 0.284 0.004 0.008 0.120 0.120
#> GSM30184 3 0.3213 0.6795 0.000 0.084 0.836 0.076 0.004 0.000
#> GSM30185 1 0.7688 0.1775 0.296 0.264 0.000 0.000 0.232 0.208
#> GSM30186 3 0.7515 0.0265 0.020 0.252 0.416 0.000 0.216 0.096
#> GSM30187 4 0.3284 0.6898 0.000 0.032 0.168 0.800 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.2176 0.7461 0.000 0.080 0.024 0.896 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.5461 0.4426 0.004 0.276 0.032 0.628 0.048 0.012
#> GSM30190 3 0.0260 0.7439 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30191 3 0.4184 -0.0378 0.000 0.012 0.500 0.488 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.5175 0.2766 0.000 0.576 0.028 0.356 0.036 0.004
#> GSM30193 2 0.4444 0.1958 0.000 0.576 0.024 0.396 0.000 0.004
#> GSM30194 5 0.3586 0.5197 0.000 0.012 0.268 0.000 0.720 0.000
#> GSM30195 5 0.5626 0.5071 0.264 0.112 0.000 0.016 0.600 0.008
#> GSM30196 1 0.2834 0.5888 0.852 0.008 0.000 0.000 0.020 0.120
#> GSM30197 4 0.4673 0.5289 0.000 0.240 0.044 0.688 0.000 0.028
#> GSM30198 4 0.5927 0.2443 0.004 0.208 0.000 0.484 0.000 0.304
#> GSM30199 1 0.7031 0.3253 0.456 0.132 0.000 0.000 0.264 0.148
#> GSM30200 4 0.4937 0.4971 0.000 0.196 0.000 0.652 0.000 0.152
#> GSM30201 4 0.2121 0.7435 0.000 0.096 0.000 0.892 0.000 0.012
#> GSM30202 1 0.7682 0.1597 0.344 0.252 0.000 0.004 0.228 0.172
#> GSM30203 4 0.2875 0.7406 0.000 0.052 0.096 0.852 0.000 0.000
#> GSM30204 6 0.4531 0.5445 0.004 0.172 0.000 0.112 0.000 0.712
#> GSM30205 5 0.4821 0.3320 0.004 0.020 0.024 0.000 0.600 0.352
#> GSM30206 4 0.2365 0.7548 0.000 0.068 0.024 0.896 0.000 0.012
#> GSM30207 6 0.4461 0.2649 0.000 0.032 0.000 0.404 0.000 0.564
#> GSM30208 6 0.4109 0.2753 0.000 0.012 0.000 0.412 0.000 0.576
#> GSM30209 3 0.7103 0.2931 0.264 0.116 0.516 0.052 0.008 0.044
#> GSM30210 1 0.3986 -0.1322 0.532 0.004 0.000 0.000 0.000 0.464
#> GSM30211 4 0.3359 0.7081 0.000 0.136 0.020 0.820 0.000 0.024
#> GSM30212 1 0.2383 0.5994 0.880 0.024 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM30213 1 0.1788 0.6176 0.928 0.028 0.000 0.000 0.004 0.040
#> GSM30214 1 0.4782 0.2728 0.624 0.036 0.000 0.000 0.020 0.320
#> GSM30215 6 0.4636 0.3617 0.432 0.032 0.000 0.000 0.004 0.532
#> GSM30216 1 0.3666 0.5945 0.812 0.080 0.000 0.000 0.016 0.092
#> GSM30217 6 0.3499 0.6411 0.264 0.004 0.000 0.000 0.004 0.728
#> GSM30218 3 0.6410 0.5134 0.000 0.104 0.636 0.080 0.060 0.120
#> GSM30219 5 0.7667 0.1024 0.012 0.248 0.288 0.000 0.336 0.116
#> GSM30220 1 0.2573 0.5875 0.856 0.004 0.000 0.000 0.008 0.132
#> GSM30221 4 0.3285 0.7230 0.000 0.116 0.064 0.820 0.000 0.000
#> GSM30222 2 0.4507 0.2795 0.000 0.596 0.000 0.372 0.020 0.012
#> GSM30223 1 0.2748 0.5929 0.856 0.008 0.000 0.000 0.016 0.120
#> GSM30224 4 0.1542 0.7541 0.000 0.024 0.016 0.944 0.000 0.016
#> GSM30225 2 0.8331 0.0327 0.204 0.332 0.000 0.052 0.228 0.184
#> GSM30226 1 0.7685 0.1791 0.300 0.232 0.000 0.000 0.260 0.208
#> GSM30227 2 0.7575 -0.0744 0.264 0.344 0.000 0.000 0.204 0.188
#> GSM30228 3 0.1225 0.7437 0.000 0.012 0.952 0.036 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.4515 0.6385 0.000 0.192 0.072 0.720 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> SD:skmeans 167 3.52e-02 2
#> SD:skmeans 152 6.78e-02 3
#> SD:skmeans 124 1.43e-02 4
#> SD:skmeans 113 9.15e-06 5
#> SD:skmeans 101 4.04e-03 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.453 0.779 0.899 0.4828 0.517 0.517
#> 3 3 0.514 0.627 0.805 0.2854 0.773 0.598
#> 4 4 0.491 0.550 0.789 0.1064 0.919 0.802
#> 5 5 0.548 0.542 0.769 0.0843 0.867 0.643
#> 6 6 0.646 0.650 0.814 0.0531 0.908 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30010 1 0.7453 0.707 0.788 0.212
#> GSM30011 2 0.4298 0.805 0.088 0.912
#> GSM30012 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30014 1 0.6438 0.753 0.836 0.164
#> GSM30015 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30016 1 0.6343 0.757 0.840 0.160
#> GSM30017 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.6048 0.767 0.852 0.148
#> GSM30019 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30021 1 0.6438 0.754 0.836 0.164
#> GSM30022 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.4022 0.836 0.920 0.080
#> GSM30024 1 0.9881 0.274 0.564 0.436
#> GSM30025 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30027 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30032 1 0.0672 0.888 0.992 0.008
#> GSM30033 1 0.5737 0.774 0.864 0.136
#> GSM30034 1 0.9661 0.277 0.608 0.392
#> GSM30035 1 0.6973 0.729 0.812 0.188
#> GSM30036 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30038 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.9710 0.273 0.400 0.600
#> GSM30041 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.9833 0.200 0.424 0.576
#> GSM30044 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.9754 0.223 0.592 0.408
#> GSM30047 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30048 1 0.7299 0.693 0.796 0.204
#> GSM30049 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30056 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30059 2 0.7219 0.773 0.200 0.800
#> GSM30060 1 0.0938 0.885 0.988 0.012
#> GSM30061 2 0.7139 0.777 0.196 0.804
#> GSM30062 2 0.6973 0.783 0.188 0.812
#> GSM30063 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30066 1 0.9732 0.360 0.596 0.404
#> GSM30067 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30068 1 0.6343 0.757 0.840 0.160
#> GSM30069 1 0.6343 0.757 0.840 0.160
#> GSM30070 1 0.9170 0.574 0.668 0.332
#> GSM30071 1 0.7299 0.731 0.796 0.204
#> GSM30072 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.8499 0.585 0.276 0.724
#> GSM30074 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30075 1 0.9661 0.275 0.608 0.392
#> GSM30076 2 0.7219 0.773 0.200 0.800
#> GSM30077 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30078 2 0.7453 0.762 0.212 0.788
#> GSM30079 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.8955 0.626 0.312 0.688
#> GSM30081 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30087 2 0.9710 0.444 0.400 0.600
#> GSM30088 1 0.9710 0.250 0.600 0.400
#> GSM30089 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30093 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.4022 0.811 0.080 0.920
#> GSM30096 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30097 2 0.9710 0.444 0.400 0.600
#> GSM30098 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0376 0.853 0.004 0.996
#> GSM30100 1 0.9710 0.370 0.600 0.400
#> GSM30101 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.3274 0.825 0.060 0.940
#> GSM30103 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30104 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30105 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.5294 0.797 0.880 0.120
#> GSM30107 2 0.8144 0.716 0.252 0.748
#> GSM30108 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30113 1 0.6343 0.757 0.840 0.160
#> GSM30114 1 0.9686 0.442 0.604 0.396
#> GSM30115 1 0.7674 0.684 0.776 0.224
#> GSM30116 2 0.7219 0.683 0.200 0.800
#> GSM30117 1 0.6973 0.709 0.812 0.188
#> GSM30118 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30119 1 0.9795 0.371 0.584 0.416
#> GSM30120 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30178 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.9944 0.285 0.456 0.544
#> GSM30182 2 0.7674 0.749 0.224 0.776
#> GSM30183 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30186 2 0.7674 0.651 0.224 0.776
#> GSM30187 2 0.7219 0.773 0.200 0.800
#> GSM30188 2 0.9087 0.606 0.324 0.676
#> GSM30189 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30192 2 0.5178 0.822 0.116 0.884
#> GSM30193 1 0.9710 0.250 0.600 0.400
#> GSM30194 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.4298 0.828 0.912 0.088
#> GSM30196 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.7219 0.699 0.800 0.200
#> GSM30198 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30199 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30203 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
#> GSM30204 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30205 1 0.9393 0.349 0.644 0.356
#> GSM30206 2 0.9795 0.403 0.416 0.584
#> GSM30207 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.7139 0.706 0.804 0.196
#> GSM30209 2 0.6712 0.724 0.176 0.824
#> GSM30210 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.7219 0.699 0.800 0.200
#> GSM30212 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.7219 0.778 0.200 0.800
#> GSM30219 1 0.9710 0.370 0.600 0.400
#> GSM30220 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30221 2 0.9170 0.591 0.332 0.668
#> GSM30222 1 0.6048 0.767 0.852 0.148
#> GSM30223 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.6623 0.737 0.828 0.172
#> GSM30225 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30226 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.892 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.855 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.6343 0.802 0.160 0.840
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.1643 0.4217 0.000 0.956 0.044
#> GSM30007 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.4452 0.7436 0.808 0.192 0.000
#> GSM30010 3 0.7948 0.4984 0.080 0.320 0.600
#> GSM30011 2 0.7801 0.6969 0.088 0.636 0.276
#> GSM30012 3 0.1529 0.6201 0.000 0.040 0.960
#> GSM30013 3 0.3116 0.5123 0.000 0.108 0.892
#> GSM30014 1 0.6126 0.2268 0.600 0.000 0.400
#> GSM30015 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.5706 0.6556 0.680 0.320 0.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.7001 0.6161 0.628 0.340 0.032
#> GSM30019 3 0.1529 0.6401 0.000 0.040 0.960
#> GSM30020 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30021 1 0.6510 0.6170 0.624 0.364 0.012
#> GSM30022 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.6280 0.0739 0.540 0.000 0.460
#> GSM30024 2 0.4555 0.1312 0.200 0.800 0.000
#> GSM30025 1 0.0237 0.8130 0.996 0.004 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30027 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.4750 0.7338 0.784 0.216 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.1163 0.8101 0.972 0.028 0.000
#> GSM30033 1 0.5529 0.4778 0.704 0.296 0.000
#> GSM30034 1 0.7624 0.5574 0.580 0.368 0.052
#> GSM30035 1 0.3192 0.7288 0.888 0.112 0.000
#> GSM30036 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30037 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30038 1 0.6769 0.2287 0.592 0.016 0.392
#> GSM30039 3 0.1643 0.6384 0.000 0.044 0.956
#> GSM30040 2 0.6661 0.2831 0.400 0.588 0.012
#> GSM30041 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30042 3 0.0592 0.6401 0.000 0.012 0.988
#> GSM30043 2 0.6994 0.2456 0.424 0.556 0.020
#> GSM30044 1 0.6189 0.6236 0.632 0.364 0.004
#> GSM30045 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30046 3 0.1781 0.6479 0.020 0.020 0.960
#> GSM30047 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30048 1 0.4750 0.6391 0.784 0.000 0.216
#> GSM30049 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30050 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30051 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30052 1 0.5733 0.6625 0.676 0.324 0.000
#> GSM30053 3 0.1163 0.6314 0.000 0.028 0.972
#> GSM30054 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30055 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30056 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30057 2 0.6140 0.7683 0.000 0.596 0.404
#> GSM30058 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30059 2 0.9596 0.4847 0.200 0.416 0.384
#> GSM30060 1 0.1964 0.7990 0.944 0.056 0.000
#> GSM30061 2 0.9383 0.5397 0.172 0.444 0.384
#> GSM30062 2 0.9067 0.5948 0.140 0.476 0.384
#> GSM30063 3 0.6225 -0.4835 0.000 0.432 0.568
#> GSM30064 1 0.5902 0.6662 0.680 0.316 0.004
#> GSM30065 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30066 2 0.6881 -0.0155 0.388 0.592 0.020
#> GSM30067 1 0.4121 0.7548 0.832 0.168 0.000
#> GSM30068 1 0.8562 0.4825 0.608 0.184 0.208
#> GSM30069 3 0.9805 0.1727 0.240 0.364 0.396
#> GSM30070 3 0.7091 0.5127 0.040 0.320 0.640
#> GSM30071 3 0.6404 0.4109 0.344 0.012 0.644
#> GSM30072 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30073 3 0.2176 0.6454 0.020 0.032 0.948
#> GSM30074 1 0.1529 0.7936 0.960 0.000 0.040
#> GSM30075 3 0.0892 0.6496 0.020 0.000 0.980
#> GSM30076 3 0.1482 0.6383 0.012 0.020 0.968
#> GSM30077 2 0.6737 0.7685 0.016 0.600 0.384
#> GSM30078 3 0.8085 0.1738 0.204 0.148 0.648
#> GSM30079 1 0.4504 0.7464 0.804 0.196 0.000
#> GSM30080 3 0.1129 0.6382 0.004 0.020 0.976
#> GSM30081 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30086 3 0.1289 0.6282 0.000 0.032 0.968
#> GSM30087 1 0.9734 -0.2332 0.400 0.224 0.376
#> GSM30088 1 0.6330 0.3027 0.600 0.004 0.396
#> GSM30089 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30090 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30091 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30092 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30093 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30094 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30095 2 0.7749 0.7127 0.076 0.624 0.300
#> GSM30096 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.9786 -0.2499 0.400 0.236 0.364
#> GSM30098 1 0.5363 0.6977 0.724 0.276 0.000
#> GSM30099 2 0.6264 0.7788 0.004 0.616 0.380
#> GSM30100 2 0.5858 0.0655 0.240 0.740 0.020
#> GSM30101 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30102 2 0.7529 0.7331 0.060 0.624 0.316
#> GSM30103 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30104 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30105 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 3 0.7718 0.5113 0.068 0.320 0.612
#> GSM30107 3 0.4514 0.6182 0.012 0.156 0.832
#> GSM30108 1 0.1289 0.8085 0.968 0.032 0.000
#> GSM30109 1 0.6282 0.6561 0.664 0.324 0.012
#> GSM30110 1 0.1129 0.8049 0.976 0.020 0.004
#> GSM30111 1 0.2261 0.7987 0.932 0.068 0.000
#> GSM30112 1 0.1860 0.8034 0.948 0.052 0.000
#> GSM30113 3 0.6126 0.3067 0.400 0.000 0.600
#> GSM30114 3 0.4485 0.6112 0.136 0.020 0.844
#> GSM30115 1 0.5551 0.6252 0.768 0.020 0.212
#> GSM30116 2 0.1529 0.4057 0.000 0.960 0.040
#> GSM30117 1 0.5690 0.4895 0.708 0.288 0.004
#> GSM30118 1 0.0747 0.8074 0.984 0.000 0.016
#> GSM30119 3 0.6383 0.6022 0.104 0.128 0.768
#> GSM30120 1 0.4887 0.5820 0.772 0.000 0.228
#> GSM30121 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.1964 0.8025 0.944 0.056 0.000
#> GSM30123 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30177 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30178 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30179 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 3 0.4915 0.6030 0.012 0.184 0.804
#> GSM30182 2 0.9734 0.4116 0.224 0.400 0.376
#> GSM30183 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.5216 0.6657 0.000 0.740 0.260
#> GSM30185 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.8349 0.5271 0.220 0.624 0.156
#> GSM30187 2 0.9483 0.4994 0.188 0.448 0.364
#> GSM30188 3 0.9959 -0.2346 0.324 0.300 0.376
#> GSM30189 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30190 2 0.5968 0.7727 0.000 0.636 0.364
#> GSM30191 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30192 3 0.0592 0.6413 0.000 0.012 0.988
#> GSM30193 3 0.1781 0.6479 0.020 0.020 0.960
#> GSM30194 3 0.0892 0.6356 0.000 0.020 0.980
#> GSM30195 1 0.6445 0.6542 0.672 0.308 0.020
#> GSM30196 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30197 3 0.6529 0.3734 0.368 0.012 0.620
#> GSM30198 1 0.0592 0.8099 0.988 0.000 0.012
#> GSM30199 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0592 0.8099 0.988 0.000 0.012
#> GSM30201 1 0.4861 0.7489 0.808 0.180 0.012
#> GSM30202 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30203 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30204 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.6305 0.1367 0.484 0.516 0.000
#> GSM30206 1 0.9547 -0.1987 0.416 0.192 0.392
#> GSM30207 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.4504 0.6597 0.804 0.000 0.196
#> GSM30209 2 0.3091 0.4471 0.016 0.912 0.072
#> GSM30210 1 0.1163 0.8086 0.972 0.028 0.000
#> GSM30211 1 0.5551 0.6252 0.768 0.020 0.212
#> GSM30212 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.1411 0.8082 0.964 0.036 0.000
#> GSM30214 1 0.0237 0.8130 0.996 0.004 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.1289 0.8078 0.968 0.032 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.7251 0.7546 0.040 0.612 0.348
#> GSM30219 1 0.6126 0.2297 0.600 0.400 0.000
#> GSM30220 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30221 3 0.9952 -0.2400 0.332 0.292 0.376
#> GSM30222 3 0.5285 0.5557 0.244 0.004 0.752
#> GSM30223 1 0.5968 0.6265 0.636 0.364 0.000
#> GSM30224 1 0.4178 0.6864 0.828 0.000 0.172
#> GSM30225 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30226 1 0.0000 0.8131 1.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0237 0.8123 0.996 0.000 0.004
#> GSM30228 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
#> GSM30229 2 0.6062 0.7801 0.000 0.616 0.384
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.5998 0.53708 0.000 0.680 0.212 0.108
#> GSM30007 1 0.5138 0.49838 0.600 0.000 0.392 0.008
#> GSM30008 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.2675 0.71772 0.892 0.000 0.100 0.008
#> GSM30010 3 0.3808 0.60607 0.176 0.000 0.812 0.012
#> GSM30011 2 0.5157 0.57247 0.028 0.688 0.000 0.284
#> GSM30012 2 0.4998 -0.32773 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM30013 2 0.4977 -0.25703 0.000 0.540 0.000 0.460
#> GSM30014 3 0.4855 0.55617 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.4049 0.63969 0.780 0.000 0.212 0.008
#> GSM30017 1 0.0592 0.74111 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM30018 1 0.6387 0.36403 0.492 0.000 0.064 0.444
#> GSM30019 4 0.4839 0.48912 0.000 0.184 0.052 0.764
#> GSM30020 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 3 0.0336 0.54649 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30022 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.6337 -0.02733 0.476 0.060 0.000 0.464
#> GSM30024 3 0.5466 0.39261 0.060 0.200 0.732 0.008
#> GSM30025 1 0.0188 0.74440 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.2530 0.70698 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM30030 1 0.4011 0.66733 0.784 0.000 0.208 0.008
#> GSM30031 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.0992 0.74144 0.976 0.012 0.008 0.004
#> GSM30033 1 0.4382 0.35005 0.704 0.296 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.6480 0.44083 0.568 0.036 0.024 0.372
#> GSM30035 1 0.3108 0.64777 0.872 0.112 0.000 0.016
#> GSM30036 2 0.4624 0.54463 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM30037 1 0.0188 0.74439 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30038 1 0.5231 0.16253 0.604 0.000 0.012 0.384
#> GSM30039 4 0.3400 0.52416 0.000 0.180 0.000 0.820
#> GSM30040 3 0.4855 0.55617 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM30041 2 0.2408 0.70804 0.000 0.896 0.000 0.104
#> GSM30042 4 0.5497 0.38343 0.000 0.460 0.016 0.524
#> GSM30043 3 0.4855 0.55617 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM30044 1 0.6499 0.43738 0.524 0.000 0.400 0.076
#> GSM30045 1 0.4855 0.49851 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30046 4 0.0524 0.55143 0.004 0.008 0.000 0.988
#> GSM30047 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 1 0.6373 0.53682 0.652 0.148 0.000 0.200
#> GSM30049 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 2 0.4477 0.56647 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM30051 2 0.2760 0.69525 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM30052 1 0.4730 0.54096 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM30053 2 0.4999 -0.33701 0.000 0.508 0.000 0.492
#> GSM30054 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.4855 0.20480 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 2 0.4059 0.48747 0.200 0.788 0.000 0.012
#> GSM30060 1 0.3542 0.70367 0.852 0.028 0.120 0.000
#> GSM30061 2 0.3311 0.54247 0.172 0.828 0.000 0.000
#> GSM30062 2 0.3377 0.58666 0.140 0.848 0.000 0.012
#> GSM30063 2 0.3528 0.50794 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM30064 1 0.6652 0.51190 0.576 0.000 0.316 0.108
#> GSM30065 2 0.4277 0.59249 0.000 0.720 0.000 0.280
#> GSM30066 3 0.2704 0.60776 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM30067 1 0.2198 0.72840 0.920 0.000 0.072 0.008
#> GSM30068 3 0.4122 0.61072 0.236 0.000 0.760 0.004
#> GSM30069 3 0.0336 0.54649 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30070 4 0.7155 0.37938 0.048 0.056 0.324 0.572
#> GSM30071 4 0.5583 0.33785 0.296 0.036 0.004 0.664
#> GSM30072 1 0.4855 0.49851 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30073 4 0.1940 0.57416 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM30074 1 0.3610 0.51453 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30075 4 0.4877 0.57092 0.008 0.328 0.000 0.664
#> GSM30076 4 0.4761 0.52068 0.000 0.372 0.000 0.628
#> GSM30077 2 0.1975 0.70161 0.016 0.936 0.000 0.048
#> GSM30078 2 0.7373 -0.11647 0.204 0.516 0.000 0.280
#> GSM30079 1 0.4134 0.63560 0.740 0.000 0.260 0.000
#> GSM30080 4 0.4730 0.53895 0.000 0.364 0.000 0.636
#> GSM30081 2 0.1474 0.72655 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM30086 4 0.4967 0.39991 0.000 0.452 0.000 0.548
#> GSM30087 1 0.7762 0.01210 0.384 0.236 0.000 0.380
#> GSM30088 1 0.7325 0.22292 0.492 0.340 0.000 0.168
#> GSM30089 1 0.5099 0.51081 0.612 0.000 0.380 0.008
#> GSM30090 2 0.0188 0.73144 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30091 2 0.0336 0.73304 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30092 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 2 0.2647 0.69963 0.000 0.880 0.000 0.120
#> GSM30094 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 2 0.2311 0.69769 0.076 0.916 0.004 0.004
#> GSM30096 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.7610 -0.03152 0.400 0.400 0.000 0.200
#> GSM30098 1 0.4564 0.57779 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM30099 2 0.0188 0.73242 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0817 0.56451 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM30101 2 0.0188 0.73245 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30102 2 0.4212 0.65002 0.012 0.772 0.000 0.216
#> GSM30103 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30104 2 0.0921 0.72799 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM30105 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.6508 0.46377 0.072 0.040 0.204 0.684
#> GSM30107 4 0.6216 0.59403 0.000 0.220 0.120 0.660
#> GSM30108 1 0.2760 0.70964 0.872 0.000 0.128 0.000
#> GSM30109 1 0.6898 0.45355 0.524 0.000 0.360 0.116
#> GSM30110 1 0.4843 0.48210 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM30111 1 0.1305 0.74026 0.960 0.000 0.036 0.004
#> GSM30112 1 0.3528 0.67538 0.808 0.000 0.192 0.000
#> GSM30113 3 0.4855 0.55617 0.400 0.000 0.600 0.000
#> GSM30114 4 0.2101 0.53915 0.000 0.012 0.060 0.928
#> GSM30115 1 0.5620 0.42847 0.560 0.024 0.000 0.416
#> GSM30116 2 0.4857 0.47297 0.000 0.668 0.324 0.008
#> GSM30117 1 0.4356 0.37954 0.708 0.292 0.000 0.000
#> GSM30118 1 0.4996 -0.35023 0.516 0.000 0.484 0.000
#> GSM30119 4 0.8674 0.45713 0.104 0.172 0.204 0.520
#> GSM30120 1 0.4679 0.38805 0.648 0.000 0.000 0.352
#> GSM30121 1 0.1022 0.73678 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM30122 1 0.1256 0.74143 0.964 0.000 0.028 0.008
#> GSM30123 2 0.4477 0.56647 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM30177 2 0.4304 0.58881 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM30178 2 0.4543 0.55662 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM30179 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30181 4 0.5883 0.58533 0.000 0.172 0.128 0.700
#> GSM30182 4 0.7692 -0.03453 0.220 0.368 0.000 0.412
#> GSM30183 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.1970 0.71136 0.000 0.932 0.060 0.008
#> GSM30185 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.4671 0.53449 0.220 0.752 0.000 0.028
#> GSM30187 2 0.7388 0.29662 0.188 0.500 0.000 0.312
#> GSM30188 4 0.7577 0.09345 0.316 0.216 0.000 0.468
#> GSM30189 1 0.0336 0.74420 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30190 2 0.4193 0.60341 0.000 0.732 0.000 0.268
#> GSM30191 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30192 4 0.3649 0.62161 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM30193 4 0.3311 0.62107 0.000 0.172 0.000 0.828
#> GSM30194 3 0.4855 0.20480 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM30195 1 0.6791 0.58669 0.668 0.036 0.192 0.104
#> GSM30196 1 0.4855 0.49851 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30197 4 0.5878 0.32546 0.312 0.056 0.000 0.632
#> GSM30198 1 0.3266 0.67499 0.832 0.000 0.000 0.168
#> GSM30199 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.3123 0.68033 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM30201 1 0.5581 0.40547 0.532 0.000 0.020 0.448
#> GSM30202 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30203 2 0.0817 0.72905 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM30204 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.4996 0.07519 0.484 0.516 0.000 0.000
#> GSM30206 1 0.7860 0.00942 0.396 0.312 0.000 0.292
#> GSM30207 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.4244 0.65168 0.800 0.168 0.000 0.032
#> GSM30209 2 0.6645 0.52985 0.044 0.680 0.196 0.080
#> GSM30210 1 0.2081 0.72750 0.916 0.000 0.084 0.000
#> GSM30211 1 0.5292 0.35196 0.512 0.008 0.000 0.480
#> GSM30212 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.1004 0.74253 0.972 0.000 0.024 0.004
#> GSM30214 1 0.0188 0.74445 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.2868 0.70546 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.1211 0.72127 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30219 1 0.4855 0.13433 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.5138 0.49838 0.600 0.000 0.392 0.008
#> GSM30221 2 0.5736 0.20482 0.328 0.628 0.000 0.044
#> GSM30222 4 0.6027 0.49134 0.192 0.124 0.000 0.684
#> GSM30223 1 0.5161 0.49355 0.592 0.000 0.400 0.008
#> GSM30224 1 0.3910 0.66556 0.820 0.156 0.000 0.024
#> GSM30225 1 0.2469 0.69933 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM30226 1 0.0000 0.74426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.2530 0.69799 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM30228 2 0.0188 0.73245 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30229 2 0.0000 0.73236 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.5546 0.4779 0.000 0.000 0.648 0.180 0.172
#> GSM30007 1 0.5839 0.4463 0.568 0.056 0.000 0.024 0.352
#> GSM30008 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.2471 0.7083 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM30010 5 0.3574 0.6316 0.168 0.028 0.000 0.000 0.804
#> GSM30011 3 0.4549 0.1274 0.008 0.000 0.528 0.464 0.000
#> GSM30012 2 0.4150 0.5733 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM30013 2 0.4138 0.5722 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.4088 0.6284 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM30015 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.3010 0.6813 0.824 0.004 0.000 0.000 0.172
#> GSM30017 1 0.3661 0.4935 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM30018 4 0.4430 0.3311 0.024 0.088 0.000 0.792 0.096
#> GSM30019 2 0.6002 0.3567 0.000 0.540 0.036 0.376 0.048
#> GSM30020 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 5 0.0162 0.5442 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM30022 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 2 0.5921 0.3088 0.312 0.596 0.036 0.056 0.000
#> GSM30024 5 0.4028 0.3899 0.048 0.000 0.176 0.000 0.776
#> GSM30025 1 0.0162 0.7581 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30026 1 0.0404 0.7574 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.3682 0.6680 0.820 0.072 0.000 0.108 0.000
#> GSM30030 1 0.3388 0.6741 0.792 0.008 0.000 0.000 0.200
#> GSM30031 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.0912 0.7548 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> GSM30033 1 0.3774 0.3856 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> GSM30034 4 0.4747 0.2584 0.376 0.000 0.012 0.604 0.008
#> GSM30035 1 0.5232 0.3607 0.668 0.000 0.104 0.228 0.000
#> GSM30036 4 0.4359 0.1140 0.000 0.004 0.412 0.584 0.000
#> GSM30037 1 0.0162 0.7583 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30038 1 0.4640 0.1849 0.584 0.400 0.000 0.000 0.016
#> GSM30039 2 0.4270 0.5914 0.000 0.748 0.048 0.204 0.000
#> GSM30040 5 0.4126 0.6114 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM30041 3 0.2471 0.7204 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> GSM30042 2 0.3452 0.6912 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.4211 0.6339 0.360 0.004 0.000 0.000 0.636
#> GSM30044 4 0.8279 0.0786 0.220 0.148 0.000 0.376 0.256
#> GSM30045 1 0.6562 0.4432 0.564 0.148 0.000 0.028 0.260
#> GSM30046 4 0.0794 0.3582 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> GSM30047 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 4 0.7577 0.0576 0.380 0.104 0.116 0.400 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.4219 0.1096 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM30051 3 0.2891 0.6770 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> GSM30052 1 0.6522 0.4543 0.572 0.148 0.000 0.028 0.252
#> GSM30053 2 0.4192 0.5470 0.000 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30056 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.4088 0.3175 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM30058 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 3 0.3462 0.5369 0.196 0.000 0.792 0.012 0.000
#> GSM30060 1 0.4554 0.6787 0.792 0.100 0.028 0.004 0.076
#> GSM30061 3 0.2852 0.5920 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> GSM30062 3 0.3067 0.6380 0.140 0.012 0.844 0.004 0.000
#> GSM30063 3 0.3274 0.5340 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.7514 0.3316 0.480 0.104 0.000 0.128 0.288
#> GSM30065 4 0.4256 0.0753 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM30066 5 0.4520 0.6198 0.116 0.116 0.000 0.004 0.764
#> GSM30067 1 0.2230 0.7193 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> GSM30068 5 0.4090 0.6521 0.268 0.016 0.000 0.000 0.716
#> GSM30069 5 0.0162 0.5497 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30070 2 0.3550 0.5690 0.000 0.760 0.004 0.000 0.236
#> GSM30071 2 0.5253 0.4144 0.252 0.684 0.024 0.032 0.008
#> GSM30072 1 0.6562 0.4432 0.564 0.148 0.000 0.028 0.260
#> GSM30073 4 0.4867 -0.1742 0.000 0.432 0.024 0.544 0.000
#> GSM30074 1 0.3074 0.5511 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM30075 2 0.3805 0.7089 0.000 0.784 0.184 0.032 0.000
#> GSM30076 2 0.3929 0.7052 0.000 0.764 0.208 0.028 0.000
#> GSM30077 3 0.4356 0.2806 0.000 0.012 0.648 0.340 0.000
#> GSM30078 2 0.7219 0.2847 0.016 0.348 0.308 0.328 0.000
#> GSM30079 1 0.6100 0.5243 0.632 0.148 0.000 0.024 0.196
#> GSM30080 2 0.3819 0.7002 0.000 0.756 0.228 0.016 0.000
#> GSM30081 3 0.1341 0.7837 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM30086 2 0.3010 0.7065 0.000 0.824 0.172 0.004 0.000
#> GSM30087 4 0.3814 0.3114 0.000 0.068 0.124 0.808 0.000
#> GSM30088 4 0.7980 0.1671 0.232 0.092 0.288 0.388 0.000
#> GSM30089 1 0.5537 0.4853 0.600 0.040 0.000 0.024 0.336
#> GSM30090 3 0.0162 0.8051 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0290 0.8049 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30092 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.2732 0.6950 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.1956 0.7539 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> GSM30096 1 0.0162 0.7577 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 4 0.6674 0.2846 0.324 0.000 0.248 0.428 0.000
#> GSM30098 1 0.6277 0.4959 0.604 0.128 0.000 0.028 0.240
#> GSM30099 3 0.0162 0.8053 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM30100 5 0.3599 0.5852 0.060 0.104 0.000 0.004 0.832
#> GSM30101 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.3807 0.5990 0.000 0.012 0.748 0.240 0.000
#> GSM30103 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30104 3 0.0510 0.8008 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 2 0.7196 0.1525 0.040 0.412 0.000 0.384 0.164
#> GSM30107 2 0.4404 0.7058 0.000 0.748 0.204 0.040 0.008
#> GSM30108 1 0.3906 0.6822 0.812 0.104 0.000 0.004 0.080
#> GSM30109 4 0.8271 0.0901 0.220 0.152 0.000 0.384 0.244
#> GSM30110 4 0.4114 0.2477 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> GSM30111 1 0.1410 0.7454 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM30112 1 0.6150 0.5210 0.632 0.148 0.000 0.028 0.192
#> GSM30113 5 0.4088 0.6284 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> GSM30114 2 0.3910 0.5730 0.000 0.740 0.004 0.248 0.008
#> GSM30115 1 0.4814 0.2505 0.568 0.004 0.016 0.412 0.000
#> GSM30116 3 0.3534 0.5925 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30117 1 0.4658 0.3790 0.684 0.016 0.284 0.016 0.000
#> GSM30118 5 0.4740 0.4103 0.468 0.016 0.000 0.000 0.516
#> GSM30119 2 0.5097 0.6736 0.068 0.752 0.120 0.000 0.060
#> GSM30120 1 0.5923 0.2973 0.572 0.140 0.000 0.288 0.000
#> GSM30121 1 0.0865 0.7513 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> GSM30122 1 0.1121 0.7508 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> GSM30123 4 0.4219 0.1096 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM30177 4 0.4262 0.0637 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM30178 4 0.4227 0.1045 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0510 0.7567 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM30181 2 0.3730 0.6944 0.000 0.828 0.112 0.048 0.012
#> GSM30182 4 0.1671 0.3720 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> GSM30183 1 0.0162 0.7577 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM30184 3 0.1908 0.7567 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30185 1 0.0404 0.7571 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM30186 3 0.6233 0.2778 0.216 0.004 0.568 0.212 0.000
#> GSM30187 4 0.5971 0.3194 0.172 0.000 0.244 0.584 0.000
#> GSM30188 4 0.0794 0.3794 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM30189 1 0.1043 0.7508 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM30190 3 0.3983 0.4219 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> GSM30191 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.3427 0.6638 0.000 0.836 0.056 0.108 0.000
#> GSM30193 2 0.6028 0.2970 0.000 0.468 0.116 0.416 0.000
#> GSM30194 5 0.4088 0.3175 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> GSM30195 1 0.5555 0.6116 0.712 0.084 0.004 0.040 0.160
#> GSM30196 1 0.6562 0.4432 0.564 0.148 0.000 0.028 0.260
#> GSM30197 4 0.5914 -0.2476 0.036 0.460 0.036 0.468 0.000
#> GSM30198 1 0.5759 0.2065 0.520 0.092 0.000 0.388 0.000
#> GSM30199 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.5624 0.2280 0.532 0.080 0.000 0.388 0.000
#> GSM30201 4 0.5541 0.3445 0.164 0.092 0.000 0.704 0.040
#> GSM30202 1 0.0290 0.7576 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM30203 3 0.1270 0.7840 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 3 0.4304 0.0708 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM30206 4 0.7916 0.2729 0.236 0.092 0.256 0.416 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.4213 0.6489 0.792 0.076 0.124 0.008 0.000
#> GSM30209 3 0.4910 0.6051 0.004 0.072 0.740 0.012 0.172
#> GSM30210 1 0.2681 0.7274 0.892 0.052 0.000 0.004 0.052
#> GSM30211 4 0.4944 0.3382 0.208 0.092 0.000 0.700 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0880 0.7540 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM30214 1 0.0162 0.7583 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30215 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.4496 0.6560 0.772 0.116 0.000 0.008 0.104
#> GSM30217 1 0.0000 0.7578 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 3 0.1043 0.7866 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> GSM30219 1 0.4640 0.1639 0.584 0.016 0.400 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.6093 0.4435 0.564 0.080 0.000 0.024 0.332
#> GSM30221 4 0.5814 0.1123 0.092 0.000 0.436 0.472 0.000
#> GSM30222 2 0.3949 0.6791 0.036 0.828 0.088 0.048 0.000
#> GSM30223 1 0.8191 0.1475 0.372 0.124 0.000 0.224 0.280
#> GSM30224 1 0.3765 0.6709 0.820 0.064 0.112 0.004 0.000
#> GSM30225 1 0.4551 0.3494 0.616 0.016 0.000 0.368 0.000
#> GSM30226 1 0.0404 0.7571 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.4101 0.3562 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> GSM30228 3 0.0162 0.8052 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30229 3 0.0000 0.8061 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.5692 0.5075 0.004 0.072 0.636 0.216 0.072 0.000
#> GSM30007 1 0.5196 0.7461 0.680 0.064 0.000 0.000 0.064 0.192
#> GSM30008 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30009 6 0.2999 0.7164 0.004 0.072 0.000 0.000 0.072 0.852
#> GSM30010 5 0.2822 0.7253 0.004 0.076 0.000 0.000 0.864 0.056
#> GSM30011 4 0.3989 0.0184 0.000 0.000 0.468 0.528 0.000 0.004
#> GSM30012 2 0.3706 0.5731 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> GSM30013 2 0.3717 0.5605 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.2793 0.7241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM30015 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30016 6 0.3054 0.7147 0.004 0.076 0.000 0.000 0.072 0.848
#> GSM30017 6 0.3121 0.6628 0.180 0.004 0.000 0.012 0.000 0.804
#> GSM30018 4 0.5953 0.4351 0.192 0.200 0.000 0.576 0.032 0.000
#> GSM30019 2 0.4690 0.3204 0.000 0.552 0.000 0.400 0.048 0.000
#> GSM30020 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30021 5 0.2857 0.6942 0.072 0.072 0.000 0.000 0.856 0.000
#> GSM30022 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30023 2 0.4311 0.4006 0.000 0.668 0.024 0.012 0.000 0.296
#> GSM30024 5 0.6101 0.5438 0.060 0.072 0.176 0.000 0.644 0.048
#> GSM30025 6 0.0146 0.7933 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30026 6 0.0363 0.7932 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30027 6 0.0146 0.7934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30028 6 0.0146 0.7934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30029 6 0.3161 0.7318 0.040 0.092 0.000 0.020 0.000 0.848
#> GSM30030 6 0.4017 0.6704 0.064 0.064 0.000 0.000 0.072 0.800
#> GSM30031 6 0.0146 0.7934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30032 6 0.0870 0.7915 0.000 0.012 0.012 0.000 0.004 0.972
#> GSM30033 6 0.3390 0.4897 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> GSM30034 4 0.0937 0.6848 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM30035 4 0.3797 0.2448 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> GSM30036 4 0.0937 0.7025 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30037 6 0.0146 0.7933 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30038 6 0.4010 0.2711 0.000 0.408 0.000 0.000 0.008 0.584
#> GSM30039 2 0.3420 0.5946 0.000 0.748 0.012 0.240 0.000 0.000
#> GSM30040 5 0.3515 0.5814 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> GSM30041 3 0.2300 0.7627 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.2793 0.7296 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.2631 0.7337 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> GSM30044 1 0.0000 0.5926 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.2697 0.7873 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM30046 4 0.2697 0.5996 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000
#> GSM30047 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30048 6 0.7385 0.3468 0.188 0.180 0.084 0.048 0.000 0.500
#> GSM30049 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0937 0.7025 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30051 3 0.2664 0.7192 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.3023 0.7718 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> GSM30053 2 0.3737 0.5531 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30056 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.2854 0.6235 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> GSM30058 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30059 3 0.3354 0.6466 0.000 0.000 0.796 0.036 0.000 0.168
#> GSM30060 6 0.3626 0.6436 0.188 0.000 0.028 0.000 0.008 0.776
#> GSM30061 3 0.2562 0.6654 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM30062 3 0.3434 0.6894 0.000 0.048 0.808 0.004 0.000 0.140
#> GSM30063 3 0.2941 0.5839 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.5645 0.7032 0.652 0.116 0.000 0.000 0.072 0.160
#> GSM30065 4 0.1204 0.6992 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.1444 0.7040 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> GSM30067 6 0.2944 0.7201 0.004 0.072 0.000 0.000 0.068 0.856
#> GSM30068 5 0.1958 0.7430 0.000 0.004 0.000 0.000 0.896 0.100
#> GSM30069 5 0.2830 0.7024 0.064 0.068 0.000 0.000 0.864 0.004
#> GSM30070 2 0.2135 0.6379 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM30071 2 0.3315 0.5561 0.000 0.780 0.020 0.000 0.000 0.200
#> GSM30072 1 0.2697 0.7873 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM30073 4 0.3515 0.3192 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> GSM30074 6 0.2762 0.6413 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> GSM30075 2 0.2178 0.7422 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> GSM30076 2 0.3014 0.7340 0.000 0.804 0.184 0.012 0.000 0.000
#> GSM30077 3 0.4525 0.5846 0.188 0.048 0.728 0.036 0.000 0.000
#> GSM30078 2 0.6965 0.4769 0.188 0.440 0.312 0.024 0.000 0.036
#> GSM30079 1 0.3823 0.4488 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> GSM30080 2 0.2793 0.7301 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM30081 3 0.1267 0.8251 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.2219 0.7419 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> GSM30087 4 0.3367 0.5986 0.000 0.104 0.080 0.816 0.000 0.000
#> GSM30088 6 0.8090 0.1066 0.188 0.168 0.232 0.040 0.000 0.372
#> GSM30089 1 0.6196 0.4899 0.456 0.076 0.000 0.000 0.072 0.396
#> GSM30090 3 0.0260 0.8416 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0603 0.8390 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000
#> GSM30092 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.2527 0.7383 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.2002 0.7998 0.000 0.004 0.908 0.000 0.012 0.076
#> GSM30096 6 0.0632 0.7916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> GSM30097 4 0.3269 0.5912 0.000 0.000 0.184 0.792 0.000 0.024
#> GSM30098 1 0.4093 0.7228 0.680 0.024 0.000 0.000 0.004 0.292
#> GSM30099 3 0.0146 0.8429 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30100 5 0.2793 0.6564 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.3892 0.6580 0.000 0.048 0.740 0.212 0.000 0.000
#> GSM30103 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30104 3 0.0363 0.8404 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM30105 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30106 2 0.5379 0.5168 0.192 0.684 0.000 0.040 0.060 0.024
#> GSM30107 2 0.2980 0.7302 0.000 0.800 0.192 0.008 0.000 0.000
#> GSM30108 6 0.2762 0.6517 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> GSM30109 1 0.0520 0.5890 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM30110 4 0.5146 0.1376 0.088 0.000 0.000 0.516 0.000 0.396
#> GSM30111 6 0.1572 0.7751 0.000 0.036 0.000 0.000 0.028 0.936
#> GSM30112 1 0.2730 0.7858 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM30113 5 0.2854 0.7191 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> GSM30114 2 0.3175 0.5810 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM30115 6 0.4440 0.3389 0.000 0.016 0.012 0.376 0.000 0.596
#> GSM30116 3 0.3982 0.7244 0.044 0.072 0.800 0.000 0.084 0.000
#> GSM30117 6 0.6822 0.3635 0.000 0.008 0.176 0.152 0.124 0.540
#> GSM30118 5 0.3847 0.4036 0.000 0.008 0.000 0.000 0.644 0.348
#> GSM30119 2 0.4165 0.7036 0.000 0.784 0.108 0.000 0.052 0.056
#> GSM30120 6 0.5343 0.5443 0.112 0.184 0.000 0.040 0.000 0.664
#> GSM30121 6 0.0725 0.7923 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000 0.976
#> GSM30122 6 0.1370 0.7810 0.004 0.036 0.000 0.000 0.012 0.948
#> GSM30123 4 0.0937 0.7025 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30177 4 0.1714 0.6845 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.1007 0.7020 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30180 6 0.2389 0.7426 0.000 0.008 0.000 0.000 0.128 0.864
#> GSM30181 2 0.2264 0.7314 0.004 0.888 0.096 0.012 0.000 0.000
#> GSM30182 4 0.3416 0.6234 0.140 0.000 0.056 0.804 0.000 0.000
#> GSM30183 6 0.0260 0.7931 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> GSM30184 3 0.2471 0.7914 0.004 0.056 0.888 0.000 0.052 0.000
#> GSM30185 6 0.2135 0.7467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM30186 4 0.5820 0.3793 0.000 0.008 0.240 0.540 0.000 0.212
#> GSM30187 4 0.0937 0.7025 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.0458 0.6858 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM30189 6 0.1007 0.7851 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> GSM30190 3 0.3647 0.4270 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM30191 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.1930 0.7108 0.000 0.916 0.036 0.048 0.000 0.000
#> GSM30193 2 0.5626 0.5968 0.188 0.640 0.120 0.052 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.2793 0.6294 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30195 6 0.3945 0.6421 0.004 0.200 0.000 0.000 0.048 0.748
#> GSM30196 1 0.2697 0.7873 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM30197 2 0.5881 0.5262 0.188 0.648 0.032 0.092 0.000 0.040
#> GSM30198 6 0.5844 0.4748 0.188 0.168 0.000 0.040 0.000 0.604
#> GSM30199 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30200 6 0.5486 0.5247 0.188 0.124 0.000 0.040 0.000 0.648
#> GSM30201 4 0.7586 0.1234 0.188 0.200 0.000 0.328 0.000 0.284
#> GSM30202 6 0.1196 0.7858 0.000 0.008 0.000 0.000 0.040 0.952
#> GSM30203 3 0.3050 0.6257 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> GSM30204 6 0.0146 0.7934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30205 3 0.3995 0.0701 0.000 0.004 0.516 0.000 0.000 0.480
#> GSM30206 6 0.8245 -0.1195 0.044 0.168 0.228 0.228 0.000 0.332
#> GSM30207 6 0.0146 0.7934 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30208 6 0.3693 0.6676 0.000 0.092 0.120 0.000 0.000 0.788
#> GSM30209 3 0.4059 0.7182 0.004 0.124 0.784 0.016 0.072 0.000
#> GSM30210 6 0.2053 0.7401 0.108 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888
#> GSM30211 6 0.7503 -0.0602 0.188 0.172 0.000 0.296 0.000 0.344
#> GSM30212 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30213 6 0.1036 0.7872 0.004 0.024 0.000 0.000 0.008 0.964
#> GSM30214 6 0.0146 0.7935 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30215 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30216 6 0.3337 0.5442 0.260 0.000 0.000 0.000 0.004 0.736
#> GSM30217 6 0.0000 0.7931 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30218 3 0.1082 0.8266 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> GSM30219 6 0.5718 0.1591 0.000 0.008 0.400 0.000 0.128 0.464
#> GSM30220 1 0.4654 0.7666 0.720 0.048 0.000 0.000 0.044 0.188
#> GSM30221 4 0.3945 0.3379 0.000 0.000 0.380 0.612 0.000 0.008
#> GSM30222 2 0.1952 0.7218 0.000 0.920 0.052 0.012 0.000 0.016
#> GSM30223 1 0.1364 0.6211 0.952 0.012 0.000 0.000 0.016 0.020
#> GSM30224 6 0.3384 0.6867 0.000 0.068 0.120 0.000 0.000 0.812
#> GSM30225 6 0.5939 0.5081 0.216 0.008 0.000 0.040 0.128 0.608
#> GSM30226 6 0.2135 0.7467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> GSM30227 6 0.4401 0.4935 0.300 0.004 0.000 0.040 0.000 0.656
#> GSM30228 3 0.0146 0.8426 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30229 3 0.0000 0.8434 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> SD:pam 149 2.46e-05 2
#> SD:pam 135 8.25e-04 3
#> SD:pam 119 1.73e-03 4
#> SD:pam 104 2.40e-04 5
#> SD:pam 140 1.53e-05 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.243 0.790 0.838 0.4793 0.497 0.497
#> 3 3 0.407 0.568 0.747 0.2643 0.845 0.712
#> 4 4 0.517 0.566 0.740 0.1513 0.840 0.641
#> 5 5 0.554 0.384 0.640 0.1003 0.861 0.597
#> 6 6 0.638 0.563 0.728 0.0622 0.816 0.382
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30007 1 0.2236 0.851 0.964 0.036
#> GSM30008 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30009 1 0.0000 0.843 1.000 0.000
#> GSM30010 1 0.8443 0.781 0.728 0.272
#> GSM30011 2 0.6148 0.825 0.152 0.848
#> GSM30012 2 0.0000 0.789 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30014 1 0.8386 0.782 0.732 0.268
#> GSM30015 1 0.9977 0.316 0.528 0.472
#> GSM30016 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30017 1 0.9896 0.414 0.560 0.440
#> GSM30018 2 0.5519 0.842 0.128 0.872
#> GSM30019 2 0.0000 0.789 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30021 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30022 1 0.5737 0.831 0.864 0.136
#> GSM30023 2 0.4815 0.829 0.104 0.896
#> GSM30024 1 0.5294 0.794 0.880 0.120
#> GSM30025 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30026 1 0.9358 0.182 0.648 0.352
#> GSM30027 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30028 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30029 1 0.3114 0.849 0.944 0.056
#> GSM30030 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30031 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30032 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30033 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30034 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30035 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30036 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30037 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30038 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30039 2 0.0000 0.789 0.000 1.000
#> GSM30040 1 0.5408 0.793 0.876 0.124
#> GSM30041 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30042 2 0.0000 0.789 0.000 1.000
#> GSM30043 1 0.8327 0.784 0.736 0.264
#> GSM30044 1 0.6048 0.825 0.852 0.148
#> GSM30045 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30046 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30047 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30048 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30049 2 0.9087 0.615 0.324 0.676
#> GSM30050 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30051 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30052 1 0.0000 0.843 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.789 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.6247 0.824 0.156 0.844
#> GSM30055 2 0.8443 0.843 0.272 0.728
#> GSM30056 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30057 1 0.8443 0.781 0.728 0.272
#> GSM30058 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30059 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30060 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30061 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30062 2 0.4939 0.835 0.108 0.892
#> GSM30063 2 0.1184 0.800 0.016 0.984
#> GSM30064 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30065 2 0.4690 0.828 0.100 0.900
#> GSM30066 1 0.8386 0.782 0.732 0.268
#> GSM30067 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30068 1 0.8386 0.782 0.732 0.268
#> GSM30069 1 0.8386 0.782 0.732 0.268
#> GSM30070 2 0.9044 0.182 0.320 0.680
#> GSM30071 2 0.4939 0.827 0.108 0.892
#> GSM30072 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30073 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30074 1 0.7056 0.824 0.808 0.192
#> GSM30075 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30076 2 0.4815 0.833 0.104 0.896
#> GSM30077 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30078 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30079 1 0.0000 0.843 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.4431 0.830 0.092 0.908
#> GSM30081 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30086 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30087 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30088 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30089 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30090 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30091 2 0.6343 0.822 0.160 0.840
#> GSM30092 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30093 2 0.7674 0.855 0.224 0.776
#> GSM30094 2 0.6343 0.822 0.160 0.840
#> GSM30095 1 0.5408 0.793 0.876 0.124
#> GSM30096 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30097 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30098 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30099 1 0.9909 -0.257 0.556 0.444
#> GSM30100 1 0.8386 0.782 0.732 0.268
#> GSM30101 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30102 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30103 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30104 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30105 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30106 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30107 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30108 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30109 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30110 2 0.8207 0.622 0.256 0.744
#> GSM30111 1 0.7674 0.797 0.776 0.224
#> GSM30112 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30113 1 0.8443 0.781 0.728 0.272
#> GSM30114 2 0.1184 0.799 0.016 0.984
#> GSM30115 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30116 1 0.4298 0.817 0.912 0.088
#> GSM30117 1 0.1633 0.847 0.976 0.024
#> GSM30118 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30119 2 0.0938 0.786 0.012 0.988
#> GSM30120 2 0.8763 0.532 0.296 0.704
#> GSM30121 1 0.6531 0.830 0.832 0.168
#> GSM30122 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30123 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30177 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30178 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30179 1 0.5408 0.749 0.876 0.124
#> GSM30180 1 0.5059 0.845 0.888 0.112
#> GSM30181 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30182 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30183 1 0.8207 0.695 0.744 0.256
#> GSM30184 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30185 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30186 1 0.5059 0.765 0.888 0.112
#> GSM30187 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30188 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30189 2 0.8267 0.852 0.260 0.740
#> GSM30190 2 0.6048 0.826 0.148 0.852
#> GSM30191 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30192 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30193 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30194 2 0.9833 -0.242 0.424 0.576
#> GSM30195 1 0.6712 0.827 0.824 0.176
#> GSM30196 1 0.6048 0.825 0.852 0.148
#> GSM30197 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30198 2 0.5059 0.824 0.112 0.888
#> GSM30199 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30200 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30201 2 0.7674 0.860 0.224 0.776
#> GSM30202 1 0.8661 0.665 0.712 0.288
#> GSM30203 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30204 2 0.7139 0.732 0.196 0.804
#> GSM30205 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30206 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30207 2 0.8144 0.856 0.252 0.748
#> GSM30208 2 0.9896 0.574 0.440 0.560
#> GSM30209 1 0.9427 0.118 0.640 0.360
#> GSM30210 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30211 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30212 1 0.0376 0.845 0.996 0.004
#> GSM30213 1 0.0000 0.843 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30215 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30216 1 0.6048 0.825 0.852 0.148
#> GSM30217 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30218 2 0.8267 0.852 0.260 0.740
#> GSM30219 1 0.5294 0.794 0.880 0.120
#> GSM30220 1 0.0672 0.846 0.992 0.008
#> GSM30221 2 0.7815 0.860 0.232 0.768
#> GSM30222 2 0.4690 0.831 0.100 0.900
#> GSM30223 1 0.6048 0.825 0.852 0.148
#> GSM30224 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
#> GSM30225 1 0.9954 0.354 0.540 0.460
#> GSM30226 1 0.1414 0.849 0.980 0.020
#> GSM30227 1 0.8608 0.729 0.716 0.284
#> GSM30228 2 0.7056 0.846 0.192 0.808
#> GSM30229 2 0.8081 0.858 0.248 0.752
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 1 0.6008 0.622522 0.664 0.004 0.332
#> GSM30007 2 0.2711 0.662372 0.000 0.912 0.088
#> GSM30008 2 0.2280 0.694802 0.008 0.940 0.052
#> GSM30009 2 0.1163 0.694502 0.000 0.972 0.028
#> GSM30010 3 0.8081 0.611687 0.136 0.220 0.644
#> GSM30011 1 0.6473 0.610194 0.652 0.016 0.332
#> GSM30012 1 0.6095 0.626618 0.608 0.000 0.392
#> GSM30013 1 0.5810 0.676119 0.664 0.000 0.336
#> GSM30014 3 0.6018 0.603688 0.008 0.308 0.684
#> GSM30015 1 0.9281 0.046818 0.520 0.204 0.276
#> GSM30016 2 0.8082 0.000849 0.096 0.608 0.296
#> GSM30017 2 0.8248 0.082640 0.352 0.560 0.088
#> GSM30018 1 0.2774 0.728930 0.920 0.072 0.008
#> GSM30019 1 0.6062 0.631509 0.616 0.000 0.384
#> GSM30020 2 0.3129 0.676396 0.008 0.904 0.088
#> GSM30021 2 0.6379 0.187420 0.008 0.624 0.368
#> GSM30022 2 0.1411 0.695576 0.000 0.964 0.036
#> GSM30023 1 0.2448 0.731454 0.924 0.000 0.076
#> GSM30024 2 0.6737 0.054002 0.016 0.600 0.384
#> GSM30025 2 0.2681 0.694977 0.040 0.932 0.028
#> GSM30026 1 0.7653 0.377996 0.644 0.276 0.080
#> GSM30027 2 0.4745 0.637426 0.068 0.852 0.080
#> GSM30028 2 0.3293 0.676277 0.012 0.900 0.088
#> GSM30029 2 0.0892 0.699592 0.000 0.980 0.020
#> GSM30030 2 0.0424 0.699268 0.000 0.992 0.008
#> GSM30031 2 0.0892 0.699592 0.000 0.980 0.020
#> GSM30032 2 0.6208 0.495813 0.068 0.768 0.164
#> GSM30033 2 0.7062 0.304888 0.068 0.696 0.236
#> GSM30034 1 0.0829 0.737886 0.984 0.004 0.012
#> GSM30035 2 0.8107 0.079541 0.068 0.508 0.424
#> GSM30036 1 0.1765 0.739058 0.956 0.004 0.040
#> GSM30037 2 0.1163 0.694502 0.000 0.972 0.028
#> GSM30038 2 0.6625 -0.213720 0.008 0.552 0.440
#> GSM30039 1 0.6095 0.626618 0.608 0.000 0.392
#> GSM30040 3 0.8717 0.585365 0.188 0.220 0.592
#> GSM30041 1 0.6057 0.616987 0.656 0.004 0.340
#> GSM30042 1 0.5926 0.642301 0.644 0.000 0.356
#> GSM30043 3 0.6129 0.598245 0.008 0.324 0.668
#> GSM30044 2 0.4353 0.650884 0.008 0.836 0.156
#> GSM30045 2 0.4353 0.650884 0.008 0.836 0.156
#> GSM30046 1 0.2448 0.733174 0.924 0.000 0.076
#> GSM30047 1 0.0892 0.738651 0.980 0.020 0.000
#> GSM30048 1 0.2448 0.731454 0.924 0.000 0.076
#> GSM30049 3 0.6948 -0.314873 0.472 0.016 0.512
#> GSM30050 1 0.4409 0.721538 0.824 0.004 0.172
#> GSM30051 1 0.6451 0.487268 0.560 0.004 0.436
#> GSM30052 2 0.2625 0.662143 0.000 0.916 0.084
#> GSM30053 1 0.6095 0.626618 0.608 0.000 0.392
#> GSM30054 1 0.6432 0.501439 0.568 0.004 0.428
#> GSM30055 1 0.7213 0.601804 0.700 0.088 0.212
#> GSM30056 1 0.5873 0.632776 0.684 0.004 0.312
#> GSM30057 3 0.6811 0.619935 0.064 0.220 0.716
#> GSM30058 1 0.6148 0.602384 0.640 0.004 0.356
#> GSM30059 1 0.2165 0.734547 0.936 0.064 0.000
#> GSM30060 2 0.6161 0.327560 0.020 0.708 0.272
#> GSM30061 1 0.2448 0.731128 0.924 0.076 0.000
#> GSM30062 1 0.2793 0.735160 0.928 0.028 0.044
#> GSM30063 1 0.6169 0.655714 0.636 0.004 0.360
#> GSM30064 2 0.2866 0.676302 0.008 0.916 0.076
#> GSM30065 1 0.7797 0.649963 0.608 0.072 0.320
#> GSM30066 3 0.5831 0.601712 0.008 0.284 0.708
#> GSM30067 2 0.4121 0.645793 0.000 0.832 0.168
#> GSM30068 3 0.6075 0.602847 0.008 0.316 0.676
#> GSM30069 3 0.6513 0.525889 0.008 0.400 0.592
#> GSM30070 3 0.9048 0.402183 0.288 0.172 0.540
#> GSM30071 1 0.7394 0.600492 0.652 0.064 0.284
#> GSM30072 2 0.4353 0.650884 0.008 0.836 0.156
#> GSM30073 1 0.4654 0.729748 0.792 0.000 0.208
#> GSM30074 3 0.6659 0.374482 0.008 0.460 0.532
#> GSM30075 1 0.5291 0.682422 0.732 0.000 0.268
#> GSM30076 1 0.2939 0.732349 0.916 0.072 0.012
#> GSM30077 1 0.2356 0.730471 0.928 0.072 0.000
#> GSM30078 1 0.2774 0.732780 0.920 0.072 0.008
#> GSM30079 2 0.1163 0.694502 0.000 0.972 0.028
#> GSM30080 1 0.5650 0.669897 0.688 0.000 0.312
#> GSM30081 1 0.6421 0.508306 0.572 0.004 0.424
#> GSM30086 1 0.4346 0.723816 0.816 0.000 0.184
#> GSM30087 1 0.2590 0.729147 0.924 0.072 0.004
#> GSM30088 1 0.2590 0.729147 0.924 0.072 0.004
#> GSM30089 2 0.2866 0.676302 0.008 0.916 0.076
#> GSM30090 1 0.6081 0.613903 0.652 0.004 0.344
#> GSM30091 1 0.6451 0.487268 0.560 0.004 0.436
#> GSM30092 1 0.2356 0.732420 0.928 0.072 0.000
#> GSM30093 1 0.6008 0.623508 0.664 0.004 0.332
#> GSM30094 1 0.6228 0.584357 0.624 0.004 0.372
#> GSM30095 3 0.8065 0.572859 0.092 0.304 0.604
#> GSM30096 2 0.4605 0.615420 0.000 0.796 0.204
#> GSM30097 1 0.0592 0.738262 0.988 0.012 0.000
#> GSM30098 2 0.3619 0.657075 0.000 0.864 0.136
#> GSM30099 1 0.9272 0.181218 0.528 0.240 0.232
#> GSM30100 3 0.6318 0.499816 0.008 0.356 0.636
#> GSM30101 1 0.6169 0.598139 0.636 0.004 0.360
#> GSM30102 1 0.4912 0.691709 0.796 0.008 0.196
#> GSM30103 2 0.4475 0.671961 0.064 0.864 0.072
#> GSM30104 1 0.1267 0.738964 0.972 0.004 0.024
#> GSM30105 2 0.0747 0.698927 0.000 0.984 0.016
#> GSM30106 1 0.2448 0.731454 0.924 0.000 0.076
#> GSM30107 1 0.4357 0.721100 0.868 0.052 0.080
#> GSM30108 2 0.6540 0.141038 0.008 0.584 0.408
#> GSM30109 2 0.4291 0.666943 0.008 0.840 0.152
#> GSM30110 1 0.6625 0.632883 0.744 0.080 0.176
#> GSM30111 1 0.9574 0.003612 0.468 0.312 0.220
#> GSM30112 2 0.2866 0.676302 0.008 0.916 0.076
#> GSM30113 3 0.6282 0.601450 0.012 0.324 0.664
#> GSM30114 1 0.6095 0.626618 0.608 0.000 0.392
#> GSM30115 1 0.2796 0.735870 0.908 0.000 0.092
#> GSM30116 2 0.7764 0.182899 0.068 0.604 0.328
#> GSM30117 2 0.8249 0.048853 0.076 0.500 0.424
#> GSM30118 3 0.6641 0.087274 0.008 0.448 0.544
#> GSM30119 1 0.6672 0.504471 0.520 0.008 0.472
#> GSM30120 1 0.8841 0.378593 0.536 0.136 0.328
#> GSM30121 2 0.5692 0.596892 0.008 0.724 0.268
#> GSM30122 2 0.6719 0.590422 0.068 0.728 0.204
#> GSM30123 1 0.3784 0.726214 0.864 0.004 0.132
#> GSM30177 1 0.5873 0.641780 0.684 0.004 0.312
#> GSM30178 1 0.0747 0.738506 0.984 0.016 0.000
#> GSM30179 2 0.5681 0.381875 0.236 0.748 0.016
#> GSM30180 2 0.4887 0.616176 0.000 0.772 0.228
#> GSM30181 1 0.3116 0.737018 0.892 0.000 0.108
#> GSM30182 1 0.3091 0.733623 0.912 0.072 0.016
#> GSM30183 2 0.7568 0.489902 0.108 0.680 0.212
#> GSM30184 1 0.6033 0.619612 0.660 0.004 0.336
#> GSM30185 2 0.6854 0.579199 0.068 0.716 0.216
#> GSM30186 3 0.9822 0.371137 0.280 0.292 0.428
#> GSM30187 1 0.1647 0.739123 0.960 0.004 0.036
#> GSM30188 1 0.2590 0.731522 0.924 0.072 0.004
#> GSM30189 1 0.3644 0.701789 0.872 0.124 0.004
#> GSM30190 1 0.6081 0.613903 0.652 0.004 0.344
#> GSM30191 1 0.4733 0.714144 0.800 0.004 0.196
#> GSM30192 1 0.4235 0.726370 0.824 0.000 0.176
#> GSM30193 1 0.2448 0.731454 0.924 0.000 0.076
#> GSM30194 3 0.7749 0.226737 0.300 0.076 0.624
#> GSM30195 2 0.9698 -0.328834 0.256 0.456 0.288
#> GSM30196 2 0.4353 0.650884 0.008 0.836 0.156
#> GSM30197 1 0.2356 0.732324 0.928 0.000 0.072
#> GSM30198 1 0.4370 0.711232 0.868 0.056 0.076
#> GSM30199 2 0.6007 0.610608 0.048 0.768 0.184
#> GSM30200 1 0.2448 0.731454 0.924 0.000 0.076
#> GSM30201 1 0.2774 0.728930 0.920 0.072 0.008
#> GSM30202 2 0.9333 0.167303 0.268 0.516 0.216
#> GSM30203 1 0.3780 0.737785 0.892 0.064 0.044
#> GSM30204 1 0.5505 0.653457 0.816 0.096 0.088
#> GSM30205 2 0.5588 0.353439 0.004 0.720 0.276
#> GSM30206 1 0.2590 0.729147 0.924 0.072 0.004
#> GSM30207 1 0.2866 0.730365 0.916 0.076 0.008
#> GSM30208 1 0.4351 0.660753 0.828 0.168 0.004
#> GSM30209 1 0.9417 0.075102 0.504 0.272 0.224
#> GSM30210 2 0.0747 0.698927 0.000 0.984 0.016
#> GSM30211 1 0.2448 0.731454 0.924 0.000 0.076
#> GSM30212 2 0.1163 0.694502 0.000 0.972 0.028
#> GSM30213 2 0.0592 0.697771 0.000 0.988 0.012
#> GSM30214 2 0.3009 0.691053 0.052 0.920 0.028
#> GSM30215 2 0.5412 0.636951 0.032 0.796 0.172
#> GSM30216 2 0.5502 0.606151 0.008 0.744 0.248
#> GSM30217 2 0.1781 0.700785 0.020 0.960 0.020
#> GSM30218 1 0.7489 0.586560 0.664 0.080 0.256
#> GSM30219 3 0.8066 0.222137 0.068 0.404 0.528
#> GSM30220 2 0.2625 0.662143 0.000 0.916 0.084
#> GSM30221 1 0.3742 0.735954 0.892 0.072 0.036
#> GSM30222 1 0.2796 0.735255 0.908 0.000 0.092
#> GSM30223 2 0.4228 0.655909 0.008 0.844 0.148
#> GSM30224 1 0.2590 0.731364 0.924 0.072 0.004
#> GSM30225 1 0.9820 -0.218670 0.428 0.296 0.276
#> GSM30226 2 0.7786 0.347015 0.068 0.600 0.332
#> GSM30227 2 0.9046 0.282171 0.160 0.528 0.312
#> GSM30228 1 0.5623 0.659563 0.716 0.004 0.280
#> GSM30229 1 0.3406 0.737252 0.904 0.068 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.4304 0.8265 0.000 0.716 0.000 0.284
#> GSM30007 1 0.2408 0.6506 0.920 0.044 0.036 0.000
#> GSM30008 1 0.5748 0.6281 0.736 0.148 0.104 0.012
#> GSM30009 1 0.2124 0.6574 0.932 0.040 0.028 0.000
#> GSM30010 3 0.4338 0.6325 0.064 0.072 0.840 0.024
#> GSM30011 2 0.4844 0.8048 0.012 0.688 0.000 0.300
#> GSM30012 2 0.5288 0.5370 0.000 0.520 0.008 0.472
#> GSM30013 4 0.2921 0.6289 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM30014 3 0.2859 0.6288 0.112 0.008 0.880 0.000
#> GSM30015 4 0.7560 0.0804 0.056 0.064 0.368 0.512
#> GSM30016 1 0.7482 0.4534 0.632 0.096 0.188 0.084
#> GSM30017 4 0.6955 0.1307 0.296 0.144 0.000 0.560
#> GSM30018 4 0.2124 0.7152 0.008 0.068 0.000 0.924
#> GSM30019 2 0.5277 0.5625 0.000 0.532 0.008 0.460
#> GSM30020 1 0.5937 0.6136 0.728 0.136 0.120 0.016
#> GSM30021 3 0.4991 0.2818 0.316 0.004 0.672 0.008
#> GSM30022 1 0.2131 0.6679 0.932 0.036 0.032 0.000
#> GSM30023 4 0.1867 0.6726 0.000 0.072 0.000 0.928
#> GSM30024 1 0.5937 -0.0358 0.608 0.052 0.340 0.000
#> GSM30025 1 0.1182 0.6750 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM30026 4 0.7992 0.3693 0.088 0.320 0.072 0.520
#> GSM30027 1 0.3024 0.6573 0.852 0.148 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.6546 0.5595 0.668 0.144 0.176 0.012
#> GSM30029 1 0.5438 0.6338 0.760 0.132 0.096 0.012
#> GSM30030 1 0.1733 0.6812 0.948 0.028 0.024 0.000
#> GSM30031 1 0.4488 0.6527 0.808 0.096 0.096 0.000
#> GSM30032 1 0.3105 0.6600 0.856 0.140 0.004 0.000
#> GSM30033 1 0.3569 0.6329 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM30034 4 0.3972 0.6511 0.008 0.204 0.000 0.788
#> GSM30035 1 0.6013 0.5087 0.624 0.064 0.312 0.000
#> GSM30036 4 0.4452 0.6110 0.008 0.260 0.000 0.732
#> GSM30037 1 0.2124 0.6574 0.932 0.040 0.028 0.000
#> GSM30038 3 0.6523 0.4414 0.332 0.080 0.584 0.004
#> GSM30039 4 0.4990 0.0126 0.000 0.352 0.008 0.640
#> GSM30040 3 0.8265 0.3482 0.224 0.344 0.412 0.020
#> GSM30041 2 0.4164 0.8331 0.000 0.736 0.000 0.264
#> GSM30042 4 0.6389 -0.5122 0.000 0.448 0.064 0.488
#> GSM30043 3 0.3793 0.6285 0.112 0.044 0.844 0.000
#> GSM30044 1 0.5340 0.5498 0.728 0.044 0.220 0.008
#> GSM30045 1 0.5340 0.5498 0.728 0.044 0.220 0.008
#> GSM30046 4 0.1022 0.7080 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM30047 4 0.3852 0.6529 0.008 0.192 0.000 0.800
#> GSM30048 4 0.0336 0.7067 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM30049 2 0.6524 0.7081 0.120 0.616 0.000 0.264
#> GSM30050 4 0.4699 0.5307 0.004 0.320 0.000 0.676
#> GSM30051 2 0.4072 0.8372 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM30052 1 0.2408 0.6506 0.920 0.044 0.036 0.000
#> GSM30053 4 0.4086 0.5011 0.000 0.216 0.008 0.776
#> GSM30054 2 0.4103 0.8333 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30055 4 0.5686 0.3107 0.032 0.376 0.000 0.592
#> GSM30056 2 0.4500 0.7919 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM30057 3 0.2500 0.6189 0.040 0.044 0.916 0.000
#> GSM30058 2 0.4072 0.8379 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM30059 4 0.3933 0.6522 0.008 0.200 0.000 0.792
#> GSM30060 1 0.3448 0.6460 0.828 0.004 0.168 0.000
#> GSM30061 4 0.3852 0.6529 0.008 0.192 0.000 0.800
#> GSM30062 4 0.1389 0.7162 0.000 0.048 0.000 0.952
#> GSM30063 4 0.3942 0.4825 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM30064 1 0.4917 0.5682 0.768 0.040 0.184 0.008
#> GSM30065 2 0.4994 0.4551 0.000 0.520 0.000 0.480
#> GSM30066 3 0.2216 0.6245 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM30067 1 0.6170 0.5341 0.600 0.068 0.332 0.000
#> GSM30068 3 0.2530 0.6270 0.112 0.000 0.888 0.000
#> GSM30069 3 0.5025 0.5435 0.252 0.032 0.716 0.000
#> GSM30070 3 0.7307 0.1183 0.040 0.060 0.488 0.412
#> GSM30071 4 0.2040 0.6829 0.012 0.048 0.004 0.936
#> GSM30072 1 0.4176 0.6123 0.832 0.044 0.116 0.008
#> GSM30073 4 0.2921 0.6322 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM30074 3 0.6403 0.4799 0.260 0.112 0.628 0.000
#> GSM30075 4 0.0921 0.7071 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM30076 4 0.2011 0.7151 0.000 0.080 0.000 0.920
#> GSM30077 4 0.2546 0.7130 0.008 0.092 0.000 0.900
#> GSM30078 4 0.2918 0.7065 0.008 0.116 0.000 0.876
#> GSM30079 1 0.1706 0.6666 0.948 0.036 0.016 0.000
#> GSM30080 4 0.1940 0.6900 0.000 0.076 0.000 0.924
#> GSM30081 2 0.4072 0.8372 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM30086 4 0.0592 0.7072 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM30087 4 0.2737 0.7113 0.008 0.104 0.000 0.888
#> GSM30088 4 0.3768 0.6541 0.008 0.184 0.000 0.808
#> GSM30089 1 0.5041 0.5659 0.760 0.044 0.188 0.008
#> GSM30090 2 0.4134 0.8378 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM30091 2 0.4134 0.8305 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM30092 4 0.4086 0.6459 0.008 0.216 0.000 0.776
#> GSM30093 2 0.4134 0.8362 0.000 0.740 0.000 0.260
#> GSM30094 2 0.4103 0.8380 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30095 3 0.8157 0.3422 0.280 0.284 0.424 0.012
#> GSM30096 1 0.5807 0.5164 0.636 0.052 0.312 0.000
#> GSM30097 4 0.4123 0.6455 0.008 0.220 0.000 0.772
#> GSM30098 1 0.5288 0.5995 0.732 0.068 0.200 0.000
#> GSM30099 2 0.7330 0.5367 0.184 0.512 0.000 0.304
#> GSM30100 3 0.6016 0.3943 0.412 0.044 0.544 0.000
#> GSM30101 2 0.4072 0.8372 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM30102 4 0.4836 0.4284 0.008 0.320 0.000 0.672
#> GSM30103 1 0.3810 0.6384 0.804 0.008 0.188 0.000
#> GSM30104 4 0.4360 0.6203 0.008 0.248 0.000 0.744
#> GSM30105 1 0.2647 0.6670 0.880 0.120 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.0000 0.7085 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30107 4 0.0937 0.7058 0.012 0.012 0.000 0.976
#> GSM30108 1 0.5340 0.5368 0.728 0.044 0.220 0.008
#> GSM30109 1 0.6428 0.5601 0.648 0.084 0.256 0.012
#> GSM30110 4 0.4581 0.6145 0.028 0.076 0.068 0.828
#> GSM30111 4 0.8164 0.1998 0.248 0.084 0.116 0.552
#> GSM30112 1 0.4937 0.5617 0.700 0.008 0.284 0.008
#> GSM30113 3 0.4187 0.6330 0.092 0.056 0.840 0.012
#> GSM30114 4 0.3074 0.6168 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM30115 4 0.1211 0.7068 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM30116 1 0.6464 0.4437 0.596 0.096 0.308 0.000
#> GSM30117 1 0.6013 0.5088 0.624 0.064 0.312 0.000
#> GSM30118 3 0.4105 0.5191 0.100 0.052 0.840 0.008
#> GSM30119 4 0.7593 -0.2711 0.000 0.236 0.288 0.476
#> GSM30120 4 0.5238 0.5499 0.036 0.060 0.116 0.788
#> GSM30121 1 0.7314 0.4766 0.536 0.080 0.352 0.032
#> GSM30122 1 0.5744 0.5523 0.676 0.068 0.256 0.000
#> GSM30123 4 0.3837 0.6436 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM30177 2 0.4564 0.7650 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM30178 4 0.4086 0.6475 0.008 0.216 0.000 0.776
#> GSM30179 1 0.6618 0.4006 0.604 0.272 0.000 0.124
#> GSM30180 1 0.6345 0.4476 0.520 0.052 0.424 0.004
#> GSM30181 4 0.0592 0.7096 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM30182 4 0.2737 0.7114 0.008 0.104 0.000 0.888
#> GSM30183 1 0.7131 0.4335 0.512 0.060 0.396 0.032
#> GSM30184 2 0.4382 0.8190 0.000 0.704 0.000 0.296
#> GSM30185 1 0.5878 0.5137 0.632 0.056 0.312 0.000
#> GSM30186 2 0.7299 -0.1907 0.176 0.512 0.312 0.000
#> GSM30187 4 0.4360 0.6208 0.008 0.248 0.000 0.744
#> GSM30188 4 0.2799 0.7104 0.008 0.108 0.000 0.884
#> GSM30189 4 0.5178 0.6400 0.032 0.204 0.016 0.748
#> GSM30190 2 0.4072 0.8372 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM30191 4 0.4722 0.5600 0.008 0.300 0.000 0.692
#> GSM30192 4 0.0921 0.7087 0.000 0.028 0.000 0.972
#> GSM30193 4 0.0707 0.7094 0.000 0.020 0.000 0.980
#> GSM30194 3 0.7217 0.0844 0.016 0.132 0.584 0.268
#> GSM30195 4 0.8042 0.2250 0.236 0.056 0.152 0.556
#> GSM30196 1 0.5340 0.5498 0.728 0.044 0.220 0.008
#> GSM30197 4 0.1022 0.7080 0.000 0.032 0.000 0.968
#> GSM30198 4 0.1824 0.6780 0.004 0.060 0.000 0.936
#> GSM30199 1 0.4900 0.5916 0.732 0.032 0.236 0.000
#> GSM30200 4 0.1211 0.6930 0.000 0.040 0.000 0.960
#> GSM30201 4 0.2198 0.7147 0.008 0.072 0.000 0.920
#> GSM30202 3 0.8689 -0.1621 0.356 0.060 0.412 0.172
#> GSM30203 4 0.4482 0.6089 0.008 0.264 0.000 0.728
#> GSM30204 4 0.3377 0.5912 0.012 0.140 0.000 0.848
#> GSM30205 1 0.5327 0.6160 0.720 0.060 0.220 0.000
#> GSM30206 4 0.3972 0.6520 0.008 0.204 0.000 0.788
#> GSM30207 4 0.4319 0.6392 0.012 0.228 0.000 0.760
#> GSM30208 4 0.5920 0.4807 0.052 0.336 0.000 0.612
#> GSM30209 1 0.7648 -0.0543 0.436 0.216 0.000 0.348
#> GSM30210 1 0.2281 0.6719 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.0336 0.7095 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM30212 1 0.1624 0.6640 0.952 0.020 0.028 0.000
#> GSM30213 1 0.1182 0.6772 0.968 0.016 0.016 0.000
#> GSM30214 1 0.3370 0.6761 0.872 0.048 0.080 0.000
#> GSM30215 1 0.5834 0.5966 0.704 0.124 0.172 0.000
#> GSM30216 1 0.6507 0.3851 0.476 0.052 0.464 0.008
#> GSM30217 1 0.2281 0.6719 0.904 0.096 0.000 0.000
#> GSM30218 4 0.5810 0.5445 0.064 0.276 0.000 0.660
#> GSM30219 1 0.7650 0.2005 0.448 0.224 0.328 0.000
#> GSM30220 1 0.2408 0.6506 0.920 0.044 0.036 0.000
#> GSM30221 4 0.2737 0.7105 0.008 0.104 0.000 0.888
#> GSM30222 4 0.0336 0.7067 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM30223 1 0.5340 0.5498 0.728 0.044 0.220 0.008
#> GSM30224 4 0.3768 0.6541 0.008 0.184 0.000 0.808
#> GSM30225 4 0.7034 0.2050 0.048 0.052 0.312 0.588
#> GSM30226 1 0.5878 0.5137 0.632 0.056 0.312 0.000
#> GSM30227 3 0.8845 -0.1039 0.352 0.052 0.368 0.228
#> GSM30228 2 0.4730 0.7064 0.000 0.636 0.000 0.364
#> GSM30229 4 0.4158 0.6419 0.008 0.224 0.000 0.768
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.2377 0.6696 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> GSM30007 1 0.4015 0.3324 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> GSM30008 2 0.4637 -0.2340 0.452 0.536 0.000 0.012 0.000
#> GSM30009 1 0.4126 0.3191 0.620 0.380 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.0510 0.6743 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM30011 3 0.2179 0.6822 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> GSM30012 3 0.6272 0.3613 0.000 0.380 0.468 0.152 0.000
#> GSM30013 2 0.6672 -0.3616 0.000 0.392 0.376 0.232 0.000
#> GSM30014 5 0.0613 0.6720 0.008 0.004 0.004 0.000 0.984
#> GSM30015 4 0.8540 -0.0142 0.292 0.224 0.004 0.320 0.160
#> GSM30016 1 0.7364 0.3182 0.408 0.360 0.000 0.044 0.188
#> GSM30017 2 0.5979 -0.0397 0.192 0.588 0.000 0.220 0.000
#> GSM30018 4 0.1195 0.6604 0.000 0.028 0.012 0.960 0.000
#> GSM30019 3 0.6495 0.3504 0.000 0.388 0.424 0.188 0.000
#> GSM30020 1 0.5826 0.3288 0.500 0.404 0.000 0.000 0.096
#> GSM30021 5 0.3521 0.4952 0.232 0.004 0.000 0.000 0.764
#> GSM30022 1 0.4780 0.3746 0.692 0.248 0.000 0.000 0.060
#> GSM30023 4 0.3242 0.6036 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> GSM30024 5 0.6234 0.3149 0.332 0.160 0.000 0.000 0.508
#> GSM30025 1 0.4297 0.2443 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 4 0.5290 0.5220 0.000 0.184 0.140 0.676 0.000
#> GSM30027 2 0.4481 -0.2266 0.416 0.576 0.000 0.008 0.000
#> GSM30028 2 0.6360 -0.3621 0.420 0.436 0.000 0.004 0.140
#> GSM30029 1 0.5014 0.2993 0.560 0.412 0.000 0.008 0.020
#> GSM30030 1 0.4655 0.2362 0.512 0.476 0.000 0.000 0.012
#> GSM30031 1 0.4297 0.2523 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.4565 -0.2341 0.408 0.580 0.000 0.000 0.012
#> GSM30033 2 0.5317 -0.2349 0.356 0.588 0.052 0.004 0.000
#> GSM30034 4 0.2848 0.6578 0.000 0.004 0.156 0.840 0.000
#> GSM30035 1 0.6390 0.3307 0.596 0.200 0.024 0.000 0.180
#> GSM30036 4 0.3756 0.6040 0.000 0.008 0.248 0.744 0.000
#> GSM30037 1 0.4074 0.3272 0.636 0.364 0.000 0.000 0.000
#> GSM30038 5 0.5980 0.3262 0.176 0.240 0.000 0.000 0.584
#> GSM30039 3 0.6536 0.3363 0.000 0.392 0.412 0.196 0.000
#> GSM30040 5 0.7278 0.3213 0.052 0.156 0.348 0.000 0.444
#> GSM30041 3 0.2280 0.6708 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> GSM30042 2 0.6908 -0.3248 0.000 0.392 0.288 0.316 0.004
#> GSM30043 5 0.0000 0.6741 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.5867 0.3722 0.604 0.216 0.000 0.000 0.180
#> GSM30045 1 0.5925 0.3687 0.596 0.216 0.000 0.000 0.188
#> GSM30046 4 0.3954 0.6079 0.000 0.192 0.036 0.772 0.000
#> GSM30047 4 0.2848 0.6579 0.000 0.004 0.156 0.840 0.000
#> GSM30048 4 0.3690 0.6054 0.000 0.200 0.020 0.780 0.000
#> GSM30049 3 0.2913 0.6134 0.004 0.080 0.876 0.040 0.000
#> GSM30050 3 0.4542 0.0153 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000
#> GSM30051 3 0.0162 0.6866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30052 1 0.4030 0.3309 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 3 0.6571 0.3154 0.000 0.392 0.404 0.204 0.000
#> GSM30054 3 0.0290 0.6887 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30055 4 0.5419 0.4652 0.044 0.016 0.332 0.608 0.000
#> GSM30056 3 0.2753 0.6515 0.000 0.008 0.856 0.136 0.000
#> GSM30057 5 0.0609 0.6735 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> GSM30058 3 0.0880 0.6958 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM30059 4 0.2930 0.6574 0.000 0.004 0.164 0.832 0.000
#> GSM30060 1 0.6670 0.2644 0.420 0.196 0.004 0.000 0.380
#> GSM30061 4 0.2648 0.6584 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> GSM30062 4 0.3649 0.6265 0.000 0.152 0.040 0.808 0.000
#> GSM30063 3 0.6469 0.3532 0.000 0.380 0.436 0.184 0.000
#> GSM30064 1 0.6016 0.3707 0.580 0.236 0.000 0.000 0.184
#> GSM30065 3 0.5680 0.5026 0.000 0.228 0.624 0.148 0.000
#> GSM30066 5 0.0000 0.6741 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.5074 0.3360 0.660 0.268 0.000 0.000 0.072
#> GSM30068 5 0.0404 0.6738 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30069 5 0.2074 0.6368 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> GSM30070 4 0.6997 0.0861 0.020 0.188 0.000 0.396 0.396
#> GSM30071 4 0.4161 0.4410 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> GSM30072 1 0.5841 0.3732 0.608 0.212 0.000 0.000 0.180
#> GSM30073 3 0.6618 0.2825 0.000 0.388 0.396 0.216 0.000
#> GSM30074 5 0.4697 0.2997 0.020 0.388 0.000 0.000 0.592
#> GSM30075 4 0.4866 0.4366 0.000 0.392 0.028 0.580 0.000
#> GSM30076 4 0.2438 0.6535 0.000 0.060 0.040 0.900 0.000
#> GSM30077 4 0.2852 0.6600 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> GSM30078 4 0.3039 0.6508 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM30079 1 0.4264 0.3223 0.620 0.376 0.000 0.000 0.004
#> GSM30080 4 0.5849 0.3161 0.000 0.392 0.100 0.508 0.000
#> GSM30081 3 0.0162 0.6866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30086 4 0.4856 0.4415 0.000 0.388 0.028 0.584 0.000
#> GSM30087 4 0.2891 0.6581 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> GSM30088 4 0.2605 0.6583 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM30089 1 0.5871 0.3731 0.604 0.212 0.000 0.000 0.184
#> GSM30090 3 0.1608 0.6944 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM30091 3 0.0404 0.6904 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM30092 4 0.3003 0.6535 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM30093 3 0.1732 0.6833 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> GSM30094 3 0.0671 0.6813 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> GSM30095 5 0.7658 0.3235 0.092 0.156 0.308 0.000 0.444
#> GSM30096 1 0.5524 0.3495 0.664 0.152 0.004 0.000 0.180
#> GSM30097 4 0.3123 0.6536 0.000 0.004 0.184 0.812 0.000
#> GSM30098 1 0.4468 0.3407 0.716 0.240 0.000 0.000 0.044
#> GSM30099 3 0.6845 0.4154 0.052 0.188 0.572 0.188 0.000
#> GSM30100 5 0.3391 0.5763 0.188 0.012 0.000 0.000 0.800
#> GSM30101 3 0.0162 0.6866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30102 4 0.3966 0.5196 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> GSM30103 1 0.6274 0.3038 0.428 0.424 0.000 0.000 0.148
#> GSM30104 4 0.3421 0.6416 0.000 0.008 0.204 0.788 0.000
#> GSM30105 2 0.4302 -0.2564 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.3109 0.6056 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30107 4 0.4696 0.4720 0.000 0.360 0.024 0.616 0.000
#> GSM30108 1 0.6315 0.3336 0.528 0.212 0.000 0.000 0.260
#> GSM30109 1 0.6021 0.3244 0.476 0.408 0.000 0.000 0.116
#> GSM30110 4 0.8000 0.2037 0.192 0.200 0.156 0.452 0.000
#> GSM30111 4 0.7750 -0.0228 0.304 0.256 0.000 0.380 0.060
#> GSM30112 1 0.6485 0.3770 0.488 0.224 0.000 0.000 0.288
#> GSM30113 5 0.0510 0.6743 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM30114 2 0.6660 -0.3611 0.000 0.392 0.380 0.228 0.000
#> GSM30115 4 0.4495 0.5851 0.000 0.200 0.064 0.736 0.000
#> GSM30116 5 0.8032 -0.0483 0.292 0.192 0.116 0.000 0.400
#> GSM30117 1 0.7101 0.3042 0.552 0.212 0.072 0.000 0.164
#> GSM30118 5 0.4236 0.4683 0.328 0.004 0.004 0.000 0.664
#> GSM30119 2 0.8375 -0.3489 0.004 0.332 0.300 0.244 0.120
#> GSM30120 2 0.7931 -0.2112 0.200 0.392 0.068 0.332 0.008
#> GSM30121 1 0.5544 0.3195 0.648 0.184 0.000 0.000 0.168
#> GSM30122 1 0.5232 0.3353 0.648 0.268 0.000 0.000 0.084
#> GSM30123 4 0.3123 0.6502 0.000 0.004 0.184 0.812 0.000
#> GSM30177 3 0.3353 0.6096 0.000 0.008 0.796 0.196 0.000
#> GSM30178 4 0.3039 0.6522 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM30179 1 0.7507 0.1129 0.428 0.288 0.048 0.236 0.000
#> GSM30180 1 0.3768 0.3633 0.760 0.008 0.004 0.000 0.228
#> GSM30181 4 0.4114 0.4595 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> GSM30182 4 0.3039 0.6478 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> GSM30183 1 0.6606 0.2727 0.624 0.140 0.004 0.060 0.172
#> GSM30184 3 0.2732 0.6422 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> GSM30185 1 0.5852 0.3368 0.624 0.192 0.004 0.000 0.180
#> GSM30186 3 0.8185 -0.1566 0.264 0.172 0.400 0.000 0.164
#> GSM30187 4 0.3607 0.6105 0.000 0.004 0.244 0.752 0.000
#> GSM30188 4 0.3074 0.6513 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> GSM30189 4 0.3048 0.6523 0.000 0.004 0.176 0.820 0.000
#> GSM30190 3 0.0162 0.6866 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30191 4 0.4538 0.1694 0.000 0.008 0.452 0.540 0.000
#> GSM30192 4 0.5010 0.4327 0.000 0.392 0.036 0.572 0.000
#> GSM30193 4 0.3944 0.6043 0.000 0.200 0.032 0.768 0.000
#> GSM30194 5 0.4599 0.2688 0.000 0.000 0.356 0.020 0.624
#> GSM30195 2 0.8433 -0.0928 0.288 0.292 0.000 0.268 0.152
#> GSM30196 1 0.5867 0.3722 0.604 0.216 0.000 0.000 0.180
#> GSM30197 4 0.4168 0.6016 0.000 0.200 0.044 0.756 0.000
#> GSM30198 4 0.3109 0.6056 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30199 1 0.6080 0.3519 0.584 0.248 0.004 0.000 0.164
#> GSM30200 4 0.3109 0.6056 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30201 4 0.0404 0.6632 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM30202 1 0.7936 0.1388 0.484 0.164 0.004 0.160 0.188
#> GSM30203 4 0.3752 0.5612 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> GSM30204 4 0.3534 0.5861 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> GSM30205 2 0.6105 -0.3309 0.392 0.480 0.000 0.000 0.128
#> GSM30206 4 0.2561 0.6577 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM30207 4 0.2953 0.6554 0.000 0.012 0.144 0.844 0.000
#> GSM30208 4 0.3911 0.6340 0.000 0.060 0.144 0.796 0.000
#> GSM30209 4 0.7789 0.1937 0.104 0.196 0.208 0.488 0.004
#> GSM30210 2 0.4302 -0.2529 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.3003 0.6116 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> GSM30212 1 0.4182 0.3073 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.4415 0.2689 0.552 0.444 0.000 0.000 0.004
#> GSM30214 2 0.5346 -0.2710 0.452 0.496 0.000 0.000 0.052
#> GSM30215 1 0.4582 0.2677 0.572 0.416 0.000 0.000 0.012
#> GSM30216 1 0.5015 0.2670 0.652 0.048 0.004 0.000 0.296
#> GSM30217 2 0.4430 -0.2373 0.456 0.540 0.000 0.000 0.004
#> GSM30218 4 0.5552 0.3475 0.044 0.012 0.420 0.524 0.000
#> GSM30219 5 0.8483 0.0679 0.288 0.192 0.208 0.000 0.312
#> GSM30220 1 0.4030 0.3309 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.2482 0.6682 0.000 0.024 0.084 0.892 0.000
#> GSM30222 4 0.4150 0.4458 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> GSM30223 1 0.5867 0.3722 0.604 0.216 0.000 0.000 0.180
#> GSM30224 4 0.2763 0.6570 0.000 0.004 0.148 0.848 0.000
#> GSM30225 1 0.8569 -0.0497 0.320 0.204 0.004 0.292 0.180
#> GSM30226 1 0.5942 0.3359 0.612 0.192 0.004 0.000 0.192
#> GSM30227 1 0.7387 0.1817 0.532 0.180 0.004 0.076 0.208
#> GSM30228 3 0.3461 0.5706 0.000 0.004 0.772 0.224 0.000
#> GSM30229 4 0.3074 0.6495 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.2945 0.6961 0.000 0.020 0.824 0.156 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.3797 -0.3637 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> GSM30008 6 0.4764 0.5666 0.232 0.108 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM30009 6 0.3869 0.4732 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> GSM30010 5 0.0922 0.8232 0.004 0.004 0.000 0.000 0.968 0.024
#> GSM30011 3 0.2006 0.7317 0.000 0.004 0.892 0.104 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.3833 0.4128 0.000 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> GSM30013 2 0.4037 0.4777 0.000 0.608 0.380 0.012 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.0603 0.8212 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM30015 2 0.8239 0.2692 0.128 0.396 0.000 0.100 0.140 0.236
#> GSM30016 1 0.4707 0.5897 0.704 0.152 0.000 0.000 0.008 0.136
#> GSM30017 1 0.5575 0.4201 0.528 0.304 0.000 0.000 0.000 0.168
#> GSM30018 4 0.2631 0.7937 0.008 0.152 0.000 0.840 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.4913 0.5257 0.000 0.588 0.332 0.080 0.000 0.000
#> GSM30020 1 0.3409 0.5980 0.780 0.028 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM30021 5 0.1806 0.7812 0.088 0.000 0.000 0.000 0.908 0.004
#> GSM30022 1 0.1267 0.6323 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> GSM30023 2 0.4167 0.5275 0.008 0.636 0.000 0.344 0.000 0.012
#> GSM30024 6 0.5826 0.4124 0.212 0.000 0.000 0.000 0.308 0.480
#> GSM30025 6 0.3695 0.5569 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM30026 4 0.3463 0.6578 0.008 0.032 0.000 0.800 0.000 0.160
#> GSM30027 6 0.4209 0.5964 0.160 0.104 0.000 0.000 0.000 0.736
#> GSM30028 1 0.4586 0.5805 0.712 0.104 0.000 0.000 0.008 0.176
#> GSM30029 1 0.3865 0.5874 0.752 0.056 0.000 0.000 0.000 0.192
#> GSM30030 6 0.3992 0.5636 0.364 0.000 0.000 0.000 0.012 0.624
#> GSM30031 1 0.4180 0.3468 0.628 0.024 0.000 0.000 0.000 0.348
#> GSM30032 6 0.3976 0.6032 0.128 0.088 0.000 0.000 0.008 0.776
#> GSM30033 6 0.4170 0.5955 0.124 0.096 0.008 0.000 0.004 0.768
#> GSM30034 4 0.2346 0.8137 0.000 0.124 0.008 0.868 0.000 0.000
#> GSM30035 6 0.3037 0.5584 0.000 0.016 0.000 0.000 0.176 0.808
#> GSM30036 4 0.1625 0.8040 0.000 0.012 0.060 0.928 0.000 0.000
#> GSM30037 6 0.3864 0.4899 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> GSM30038 5 0.5720 0.4179 0.328 0.092 0.000 0.000 0.548 0.032
#> GSM30039 2 0.4700 0.5137 0.000 0.600 0.340 0.060 0.000 0.000
#> GSM30040 3 0.4608 0.2376 0.000 0.004 0.552 0.000 0.412 0.032
#> GSM30041 3 0.3055 0.7134 0.000 0.064 0.840 0.096 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.5119 0.5883 0.000 0.624 0.220 0.156 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.0146 0.8234 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30044 1 0.0520 0.6415 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30045 1 0.0520 0.6415 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30046 2 0.4475 0.4736 0.008 0.528 0.016 0.448 0.000 0.000
#> GSM30047 4 0.2378 0.7916 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> GSM30048 2 0.4126 0.5077 0.008 0.624 0.008 0.360 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.1124 0.7416 0.000 0.008 0.956 0.036 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.3841 0.3765 0.000 0.004 0.380 0.616 0.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0146 0.7378 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.3868 -0.4999 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM30053 2 0.4312 0.4897 0.000 0.604 0.368 0.028 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0458 0.7399 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.6631 0.1265 0.000 0.272 0.368 0.332 0.000 0.028
#> GSM30056 3 0.2896 0.6829 0.000 0.016 0.824 0.160 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.0692 0.8239 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> GSM30058 3 0.0972 0.7418 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.2234 0.8044 0.000 0.124 0.004 0.872 0.000 0.000
#> GSM30060 6 0.4389 0.4858 0.032 0.000 0.000 0.000 0.372 0.596
#> GSM30061 4 0.2631 0.7752 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> GSM30062 4 0.4303 0.0788 0.008 0.360 0.016 0.616 0.000 0.000
#> GSM30063 2 0.4084 0.4613 0.000 0.588 0.400 0.012 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.1970 0.6445 0.920 0.028 0.000 0.000 0.008 0.044
#> GSM30065 3 0.5963 -0.0451 0.000 0.240 0.440 0.320 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.0260 0.8240 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30067 6 0.3220 0.5927 0.108 0.004 0.000 0.000 0.056 0.832
#> GSM30068 5 0.0458 0.8243 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30069 5 0.1957 0.7741 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM30070 2 0.5392 -0.0642 0.008 0.548 0.000 0.084 0.356 0.004
#> GSM30071 2 0.2454 0.6120 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> GSM30072 1 0.0520 0.6415 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30073 2 0.3747 0.4624 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> GSM30074 5 0.5932 0.4366 0.164 0.048 0.000 0.000 0.600 0.188
#> GSM30075 2 0.3592 0.6205 0.000 0.740 0.020 0.240 0.000 0.000
#> GSM30076 4 0.3147 0.7993 0.008 0.160 0.016 0.816 0.000 0.000
#> GSM30077 4 0.1426 0.8182 0.008 0.028 0.016 0.948 0.000 0.000
#> GSM30078 4 0.1957 0.8211 0.008 0.048 0.024 0.920 0.000 0.000
#> GSM30079 6 0.3851 0.5058 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> GSM30080 2 0.4687 0.6415 0.000 0.684 0.136 0.180 0.000 0.000
#> GSM30081 3 0.0260 0.7380 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.3494 0.6152 0.000 0.736 0.012 0.252 0.000 0.000
#> GSM30087 4 0.1346 0.8144 0.008 0.024 0.016 0.952 0.000 0.000
#> GSM30088 4 0.1333 0.8194 0.008 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000
#> GSM30089 1 0.0520 0.6415 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30090 3 0.1471 0.7415 0.000 0.004 0.932 0.064 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0622 0.7417 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.2163 0.8149 0.000 0.092 0.016 0.892 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0858 0.7398 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0508 0.7392 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.4625 0.2127 0.000 0.004 0.540 0.000 0.424 0.032
#> GSM30096 6 0.4822 0.5576 0.100 0.024 0.000 0.000 0.168 0.708
#> GSM30097 4 0.0914 0.8129 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> GSM30098 6 0.3627 0.5909 0.156 0.020 0.000 0.000 0.028 0.796
#> GSM30099 3 0.6498 0.5242 0.000 0.192 0.568 0.124 0.004 0.112
#> GSM30100 5 0.2823 0.6981 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.7380 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30102 4 0.5411 0.1915 0.000 0.124 0.364 0.512 0.000 0.000
#> GSM30103 6 0.4704 0.6348 0.156 0.008 0.000 0.000 0.132 0.704
#> GSM30104 4 0.2799 0.7961 0.000 0.064 0.076 0.860 0.000 0.000
#> GSM30105 6 0.4265 0.5704 0.300 0.040 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM30106 2 0.3984 0.5057 0.008 0.596 0.000 0.396 0.000 0.000
#> GSM30107 2 0.3197 0.6152 0.008 0.804 0.012 0.176 0.000 0.000
#> GSM30108 1 0.3081 0.4510 0.776 0.000 0.000 0.000 0.220 0.004
#> GSM30109 1 0.2982 0.6188 0.828 0.012 0.000 0.000 0.008 0.152
#> GSM30110 2 0.7404 0.5340 0.008 0.464 0.144 0.180 0.004 0.200
#> GSM30111 1 0.5890 0.3401 0.480 0.400 0.000 0.052 0.000 0.068
#> GSM30112 1 0.2365 0.6339 0.888 0.000 0.000 0.000 0.072 0.040
#> GSM30113 5 0.0922 0.8232 0.004 0.004 0.000 0.000 0.968 0.024
#> GSM30114 2 0.4300 0.4917 0.000 0.608 0.364 0.028 0.000 0.000
#> GSM30115 2 0.4624 0.4969 0.008 0.516 0.024 0.452 0.000 0.000
#> GSM30116 6 0.4218 0.4421 0.004 0.000 0.012 0.000 0.400 0.584
#> GSM30117 6 0.3196 0.5557 0.000 0.020 0.008 0.000 0.156 0.816
#> GSM30118 5 0.4050 0.6177 0.024 0.024 0.000 0.000 0.744 0.208
#> GSM30119 2 0.5119 0.5696 0.000 0.628 0.244 0.124 0.004 0.000
#> GSM30120 2 0.6179 0.5847 0.000 0.600 0.032 0.144 0.024 0.200
#> GSM30121 1 0.5099 0.4967 0.588 0.016 0.000 0.000 0.060 0.336
#> GSM30122 6 0.3014 0.5977 0.056 0.016 0.000 0.000 0.068 0.860
#> GSM30123 4 0.0146 0.8166 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM30177 3 0.2669 0.6997 0.000 0.008 0.836 0.156 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0914 0.8129 0.000 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.5679 0.4646 0.064 0.208 0.000 0.096 0.000 0.632
#> GSM30180 1 0.5950 0.4204 0.552 0.024 0.000 0.000 0.168 0.256
#> GSM30181 2 0.3706 0.5885 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM30182 4 0.1515 0.8067 0.008 0.020 0.028 0.944 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.6203 0.4533 0.560 0.024 0.000 0.020 0.132 0.264
#> GSM30184 3 0.3274 0.7062 0.000 0.080 0.824 0.096 0.000 0.000
#> GSM30185 6 0.3168 0.5558 0.000 0.024 0.000 0.000 0.172 0.804
#> GSM30186 3 0.6119 0.2258 0.000 0.024 0.464 0.000 0.148 0.364
#> GSM30187 4 0.2179 0.8221 0.000 0.064 0.036 0.900 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.1262 0.8112 0.008 0.016 0.020 0.956 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.0508 0.8180 0.000 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> GSM30190 3 0.0146 0.7378 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30191 4 0.3421 0.5716 0.000 0.008 0.256 0.736 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.3738 0.6090 0.000 0.704 0.016 0.280 0.000 0.000
#> GSM30193 2 0.4471 0.4959 0.008 0.532 0.016 0.444 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.4506 0.3735 0.004 0.016 0.352 0.012 0.616 0.000
#> GSM30195 2 0.5612 -0.1922 0.408 0.504 0.000 0.048 0.008 0.032
#> GSM30196 1 0.0520 0.6415 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30197 2 0.4404 0.4989 0.008 0.576 0.016 0.400 0.000 0.000
#> GSM30198 2 0.4764 0.4901 0.080 0.628 0.000 0.292 0.000 0.000
#> GSM30199 6 0.4298 0.5913 0.068 0.024 0.000 0.000 0.152 0.756
#> GSM30200 2 0.4045 0.4880 0.008 0.564 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM30201 4 0.2473 0.8022 0.008 0.136 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.6718 0.4265 0.524 0.060 0.000 0.016 0.148 0.252
#> GSM30203 4 0.2357 0.7503 0.000 0.012 0.116 0.872 0.000 0.000
#> GSM30204 2 0.5361 0.5030 0.072 0.636 0.000 0.248 0.000 0.044
#> GSM30205 6 0.5334 0.6275 0.136 0.080 0.000 0.000 0.096 0.688
#> GSM30206 4 0.0891 0.8150 0.008 0.024 0.000 0.968 0.000 0.000
#> GSM30207 4 0.2302 0.8065 0.000 0.120 0.000 0.872 0.000 0.008
#> GSM30208 4 0.2197 0.7731 0.000 0.044 0.000 0.900 0.000 0.056
#> GSM30209 3 0.7374 0.3041 0.000 0.308 0.348 0.096 0.004 0.244
#> GSM30210 6 0.4049 0.5656 0.332 0.020 0.000 0.000 0.000 0.648
#> GSM30211 4 0.4089 -0.3955 0.008 0.468 0.000 0.524 0.000 0.000
#> GSM30212 6 0.3833 0.5182 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> GSM30213 6 0.4033 0.5449 0.404 0.004 0.000 0.000 0.004 0.588
#> GSM30214 6 0.4486 0.6070 0.292 0.004 0.000 0.000 0.048 0.656
#> GSM30215 6 0.2833 0.6100 0.148 0.012 0.000 0.000 0.004 0.836
#> GSM30216 1 0.5252 0.5111 0.628 0.028 0.000 0.000 0.076 0.268
#> GSM30217 6 0.3861 0.5680 0.316 0.008 0.000 0.000 0.004 0.672
#> GSM30218 3 0.7027 0.1701 0.000 0.156 0.396 0.344 0.000 0.104
#> GSM30219 6 0.5289 0.3494 0.000 0.000 0.124 0.000 0.316 0.560
#> GSM30220 1 0.3868 -0.4999 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> GSM30221 4 0.3133 0.7783 0.008 0.180 0.008 0.804 0.000 0.000
#> GSM30222 2 0.3215 0.6064 0.004 0.756 0.000 0.240 0.000 0.000
#> GSM30223 1 0.0520 0.6415 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> GSM30224 4 0.1444 0.8188 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM30225 2 0.7979 0.1545 0.192 0.396 0.000 0.036 0.168 0.208
#> GSM30226 6 0.2933 0.5619 0.004 0.000 0.000 0.000 0.200 0.796
#> GSM30227 1 0.6254 0.4521 0.556 0.068 0.000 0.000 0.132 0.244
#> GSM30228 3 0.2814 0.6825 0.000 0.008 0.820 0.172 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.3189 0.7853 0.000 0.184 0.020 0.796 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> SD:mclust 159 0.0493 2
#> SD:mclust 131 0.0509 3
#> SD:mclust 132 0.0239 4
#> SD:mclust 70 0.0815 5
#> SD:mclust 118 0.0217 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.454 0.733 0.869 0.4923 0.498 0.498
#> 3 3 0.440 0.442 0.719 0.3272 0.845 0.704
#> 4 4 0.461 0.323 0.657 0.0931 0.835 0.615
#> 5 5 0.538 0.379 0.679 0.0722 0.842 0.569
#> 6 6 0.610 0.517 0.726 0.0526 0.837 0.491
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.9460 0.2251 0.364 0.636
#> GSM30011 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30014 1 0.9710 0.4191 0.600 0.400
#> GSM30015 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30016 1 0.4161 0.8188 0.916 0.084
#> GSM30017 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30018 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30019 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30021 1 0.6801 0.7227 0.820 0.180
#> GSM30022 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30023 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30024 1 0.7219 0.7006 0.800 0.200
#> GSM30025 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.4690 0.7696 0.900 0.100
#> GSM30027 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30032 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30033 1 0.8499 0.6140 0.724 0.276
#> GSM30034 2 0.9393 0.6386 0.356 0.644
#> GSM30035 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30036 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30037 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30038 1 0.2948 0.8476 0.948 0.052
#> GSM30039 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.8081 0.5009 0.248 0.752
#> GSM30041 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30043 1 0.9710 0.4191 0.600 0.400
#> GSM30044 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30046 2 0.9608 0.6073 0.384 0.616
#> GSM30047 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30048 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30049 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.1633 0.7850 0.024 0.976
#> GSM30051 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30057 1 0.9993 0.2362 0.516 0.484
#> GSM30058 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30059 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30060 1 0.6343 0.7440 0.840 0.160
#> GSM30061 2 0.7602 0.7420 0.220 0.780
#> GSM30062 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30063 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30066 1 0.9686 0.4264 0.604 0.396
#> GSM30067 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30068 1 0.8608 0.6021 0.716 0.284
#> GSM30069 1 0.8763 0.5858 0.704 0.296
#> GSM30070 2 0.3274 0.7487 0.060 0.940
#> GSM30071 2 0.5629 0.7701 0.132 0.868
#> GSM30072 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30074 1 0.1414 0.8736 0.980 0.020
#> GSM30075 2 0.1184 0.7854 0.016 0.984
#> GSM30076 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30077 2 0.8861 0.6866 0.304 0.696
#> GSM30078 2 0.7376 0.7481 0.208 0.792
#> GSM30079 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30081 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.0672 0.7856 0.008 0.992
#> GSM30087 2 0.9552 0.6168 0.376 0.624
#> GSM30088 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30089 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30093 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30095 1 0.9993 0.2365 0.516 0.484
#> GSM30096 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30097 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30098 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30100 1 0.9580 0.4546 0.620 0.380
#> GSM30101 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30103 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30104 2 0.5629 0.7703 0.132 0.868
#> GSM30105 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30106 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30107 2 0.8861 0.6868 0.304 0.696
#> GSM30108 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30110 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30111 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.9993 -0.1647 0.484 0.516
#> GSM30114 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30115 2 0.9129 0.6657 0.328 0.672
#> GSM30116 1 0.8207 0.6382 0.744 0.256
#> GSM30117 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30118 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30120 2 0.9754 0.5727 0.408 0.592
#> GSM30121 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30178 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30179 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.8016 0.7281 0.244 0.756
#> GSM30182 2 0.8955 0.6801 0.312 0.688
#> GSM30183 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30186 2 0.4939 0.7093 0.108 0.892
#> GSM30187 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30188 2 0.9635 0.6023 0.388 0.612
#> GSM30189 2 0.9732 0.5797 0.404 0.596
#> GSM30190 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.6531 0.7616 0.168 0.832
#> GSM30192 2 0.2948 0.7825 0.052 0.948
#> GSM30193 2 0.8909 0.6834 0.308 0.692
#> GSM30194 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.0376 0.8851 0.996 0.004
#> GSM30196 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30197 2 0.9460 0.6302 0.364 0.636
#> GSM30198 1 0.9552 0.0741 0.624 0.376
#> GSM30199 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30200 1 0.9996 -0.3410 0.512 0.488
#> GSM30201 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30202 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30203 2 0.7219 0.7520 0.200 0.800
#> GSM30204 1 0.9000 0.2905 0.684 0.316
#> GSM30205 1 0.7056 0.7095 0.808 0.192
#> GSM30206 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30207 2 0.9944 0.4746 0.456 0.544
#> GSM30208 1 0.9686 -0.0106 0.604 0.396
#> GSM30209 2 0.9044 0.3507 0.320 0.680
#> GSM30210 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30211 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30212 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.9686 0.5922 0.396 0.604
#> GSM30219 1 0.9552 0.4616 0.624 0.376
#> GSM30220 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30221 2 0.9491 0.6260 0.368 0.632
#> GSM30222 2 0.9635 0.6023 0.388 0.612
#> GSM30223 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30224 2 0.9710 0.5862 0.400 0.600
#> GSM30225 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30226 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.8889 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.7854 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.0672 0.7856 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 1 0.6260 0.13855 0.552 0.000 0.448
#> GSM30007 2 0.0424 0.65912 0.000 0.992 0.008
#> GSM30008 2 0.7627 0.48264 0.044 0.528 0.428
#> GSM30009 2 0.1411 0.66994 0.000 0.964 0.036
#> GSM30010 3 0.7278 0.24725 0.028 0.456 0.516
#> GSM30011 1 0.6307 0.05611 0.512 0.000 0.488
#> GSM30012 1 0.2448 0.63026 0.924 0.000 0.076
#> GSM30013 1 0.1529 0.64935 0.960 0.000 0.040
#> GSM30014 3 0.6204 0.12042 0.000 0.424 0.576
#> GSM30015 3 0.9737 -0.25567 0.224 0.384 0.392
#> GSM30016 2 0.4589 0.49438 0.008 0.820 0.172
#> GSM30017 3 0.9541 -0.26488 0.192 0.384 0.424
#> GSM30018 1 0.3682 0.64877 0.876 0.008 0.116
#> GSM30019 1 0.4235 0.54827 0.824 0.000 0.176
#> GSM30020 2 0.7420 0.50451 0.036 0.544 0.420
#> GSM30021 2 0.2796 0.62175 0.000 0.908 0.092
#> GSM30022 2 0.3500 0.67679 0.004 0.880 0.116
#> GSM30023 1 0.7368 0.41479 0.604 0.044 0.352
#> GSM30024 2 0.5363 0.29306 0.000 0.724 0.276
#> GSM30025 2 0.2796 0.63925 0.000 0.908 0.092
#> GSM30026 3 0.9582 -0.11483 0.256 0.264 0.480
#> GSM30027 2 0.4834 0.63338 0.004 0.792 0.204
#> GSM30028 2 0.6108 0.60637 0.028 0.732 0.240
#> GSM30029 2 0.7757 0.48875 0.052 0.540 0.408
#> GSM30030 2 0.5070 0.64422 0.004 0.772 0.224
#> GSM30031 2 0.7069 0.52570 0.024 0.568 0.408
#> GSM30032 2 0.3500 0.62711 0.004 0.880 0.116
#> GSM30033 3 0.6309 0.03488 0.000 0.496 0.504
#> GSM30034 1 0.2383 0.66659 0.940 0.016 0.044
#> GSM30035 2 0.4700 0.65464 0.008 0.812 0.180
#> GSM30036 1 0.0424 0.66240 0.992 0.000 0.008
#> GSM30037 2 0.0237 0.65921 0.000 0.996 0.004
#> GSM30038 2 0.4063 0.57237 0.020 0.868 0.112
#> GSM30039 1 0.2625 0.62635 0.916 0.000 0.084
#> GSM30040 3 0.7475 0.30749 0.044 0.376 0.580
#> GSM30041 1 0.6309 0.02607 0.500 0.000 0.500
#> GSM30042 1 0.6215 0.18887 0.572 0.000 0.428
#> GSM30043 2 0.6307 -0.20047 0.000 0.512 0.488
#> GSM30044 2 0.1636 0.66903 0.016 0.964 0.020
#> GSM30045 2 0.1015 0.66469 0.012 0.980 0.008
#> GSM30046 1 0.3295 0.65588 0.896 0.008 0.096
#> GSM30047 1 0.1289 0.65723 0.968 0.000 0.032
#> GSM30048 1 0.5835 0.60215 0.784 0.052 0.164
#> GSM30049 3 0.6520 -0.05872 0.488 0.004 0.508
#> GSM30050 1 0.1031 0.65539 0.976 0.000 0.024
#> GSM30051 1 0.6309 0.03642 0.504 0.000 0.496
#> GSM30052 2 0.0237 0.66278 0.000 0.996 0.004
#> GSM30053 1 0.2261 0.63624 0.932 0.000 0.068
#> GSM30054 3 0.6309 -0.08225 0.500 0.000 0.500
#> GSM30055 3 0.7622 0.18728 0.332 0.060 0.608
#> GSM30056 1 0.6180 0.19541 0.584 0.000 0.416
#> GSM30057 3 0.6215 0.20683 0.000 0.428 0.572
#> GSM30058 1 0.6309 0.03642 0.504 0.000 0.496
#> GSM30059 1 0.3618 0.65227 0.884 0.012 0.104
#> GSM30060 2 0.2066 0.62273 0.000 0.940 0.060
#> GSM30061 1 0.1525 0.66491 0.964 0.004 0.032
#> GSM30062 1 0.4575 0.62138 0.812 0.004 0.184
#> GSM30063 1 0.2066 0.63876 0.940 0.000 0.060
#> GSM30064 2 0.1919 0.66635 0.020 0.956 0.024
#> GSM30065 1 0.4842 0.49401 0.776 0.000 0.224
#> GSM30066 2 0.6286 -0.05553 0.000 0.536 0.464
#> GSM30067 2 0.6062 0.62567 0.016 0.708 0.276
#> GSM30068 2 0.6235 0.00588 0.000 0.564 0.436
#> GSM30069 2 0.6154 -0.02244 0.000 0.592 0.408
#> GSM30070 3 0.9669 0.33133 0.212 0.380 0.408
#> GSM30071 1 0.3349 0.64006 0.888 0.004 0.108
#> GSM30072 2 0.0424 0.65785 0.000 0.992 0.008
#> GSM30073 1 0.0000 0.66189 1.000 0.000 0.000
#> GSM30074 2 0.5597 0.56453 0.020 0.764 0.216
#> GSM30075 1 0.3192 0.63271 0.888 0.000 0.112
#> GSM30076 1 0.0424 0.65999 0.992 0.000 0.008
#> GSM30077 1 0.3918 0.64289 0.856 0.004 0.140
#> GSM30078 1 0.2356 0.66370 0.928 0.000 0.072
#> GSM30079 2 0.2301 0.67678 0.004 0.936 0.060
#> GSM30080 1 0.1411 0.65942 0.964 0.000 0.036
#> GSM30081 1 0.6308 0.04642 0.508 0.000 0.492
#> GSM30086 1 0.2796 0.64259 0.908 0.000 0.092
#> GSM30087 1 0.4233 0.62845 0.836 0.004 0.160
#> GSM30088 1 0.5355 0.60683 0.800 0.032 0.168
#> GSM30089 2 0.0747 0.65474 0.000 0.984 0.016
#> GSM30090 1 0.6309 0.03642 0.504 0.000 0.496
#> GSM30091 3 0.6309 -0.07276 0.496 0.000 0.504
#> GSM30092 1 0.2448 0.66427 0.924 0.000 0.076
#> GSM30093 1 0.4931 0.48272 0.768 0.000 0.232
#> GSM30094 1 0.6307 0.04762 0.512 0.000 0.488
#> GSM30095 3 0.6079 0.25742 0.000 0.388 0.612
#> GSM30096 2 0.6633 0.52501 0.008 0.548 0.444
#> GSM30097 1 0.6027 0.52152 0.712 0.016 0.272
#> GSM30098 2 0.6318 0.57813 0.008 0.636 0.356
#> GSM30099 3 0.7883 0.05330 0.428 0.056 0.516
#> GSM30100 2 0.6225 -0.07798 0.000 0.568 0.432
#> GSM30101 1 0.6280 0.11694 0.540 0.000 0.460
#> GSM30102 1 0.6062 0.25227 0.616 0.000 0.384
#> GSM30103 2 0.1031 0.66343 0.000 0.976 0.024
#> GSM30104 1 0.0747 0.65805 0.984 0.000 0.016
#> GSM30105 2 0.4353 0.66462 0.008 0.836 0.156
#> GSM30106 1 0.6113 0.49601 0.688 0.012 0.300
#> GSM30107 1 0.2116 0.66506 0.948 0.012 0.040
#> GSM30108 2 0.0747 0.65474 0.000 0.984 0.016
#> GSM30109 2 0.6931 0.58599 0.032 0.640 0.328
#> GSM30110 1 0.7123 0.39159 0.604 0.032 0.364
#> GSM30111 2 0.4830 0.64641 0.068 0.848 0.084
#> GSM30112 2 0.2939 0.66907 0.012 0.916 0.072
#> GSM30113 3 0.6302 0.20747 0.000 0.480 0.520
#> GSM30114 1 0.0747 0.66188 0.984 0.000 0.016
#> GSM30115 1 0.5378 0.56676 0.756 0.008 0.236
#> GSM30116 2 0.6264 0.06292 0.004 0.616 0.380
#> GSM30117 2 0.6180 0.59774 0.008 0.660 0.332
#> GSM30118 2 0.6738 0.58335 0.020 0.624 0.356
#> GSM30119 1 0.6305 0.06397 0.516 0.000 0.484
#> GSM30120 1 0.7141 0.38538 0.600 0.032 0.368
#> GSM30121 2 0.7228 0.55070 0.036 0.600 0.364
#> GSM30122 2 0.6451 0.56105 0.008 0.608 0.384
#> GSM30123 1 0.5363 0.55370 0.724 0.000 0.276
#> GSM30177 1 0.4399 0.53520 0.812 0.000 0.188
#> GSM30178 1 0.1964 0.66573 0.944 0.000 0.056
#> GSM30179 2 0.8009 0.46467 0.064 0.524 0.412
#> GSM30180 2 0.6359 0.57356 0.008 0.628 0.364
#> GSM30181 1 0.5659 0.55501 0.740 0.012 0.248
#> GSM30182 1 0.4629 0.60987 0.808 0.004 0.188
#> GSM30183 2 0.8549 0.45058 0.100 0.516 0.384
#> GSM30184 1 0.6309 0.03642 0.504 0.000 0.496
#> GSM30185 2 0.6008 0.60183 0.004 0.664 0.332
#> GSM30186 3 0.7042 0.32940 0.140 0.132 0.728
#> GSM30187 1 0.0592 0.66305 0.988 0.000 0.012
#> GSM30188 1 0.4110 0.63308 0.844 0.004 0.152
#> GSM30189 1 0.8362 0.27674 0.528 0.088 0.384
#> GSM30190 1 0.6260 0.13440 0.552 0.000 0.448
#> GSM30191 1 0.1031 0.66569 0.976 0.000 0.024
#> GSM30192 1 0.0237 0.66180 0.996 0.000 0.004
#> GSM30193 1 0.4755 0.61254 0.808 0.008 0.184
#> GSM30194 3 0.6309 -0.07276 0.496 0.000 0.504
#> GSM30195 2 0.2793 0.64632 0.028 0.928 0.044
#> GSM30196 2 0.1636 0.66461 0.020 0.964 0.016
#> GSM30197 1 0.3755 0.64989 0.872 0.008 0.120
#> GSM30198 1 0.9088 0.18246 0.464 0.140 0.396
#> GSM30199 2 0.2796 0.67079 0.000 0.908 0.092
#> GSM30200 1 0.8149 0.28820 0.520 0.072 0.408
#> GSM30201 1 0.6044 0.59225 0.772 0.056 0.172
#> GSM30202 2 0.8488 0.45708 0.096 0.520 0.384
#> GSM30203 1 0.2625 0.66183 0.916 0.000 0.084
#> GSM30204 1 0.9226 0.13230 0.436 0.152 0.412
#> GSM30205 2 0.5948 0.29119 0.000 0.640 0.360
#> GSM30206 1 0.7065 0.41148 0.616 0.032 0.352
#> GSM30207 3 0.9599 -0.08437 0.388 0.200 0.412
#> GSM30208 3 0.9730 -0.01487 0.352 0.228 0.420
#> GSM30209 3 0.8619 0.30283 0.100 0.420 0.480
#> GSM30210 2 0.6498 0.55040 0.008 0.596 0.396
#> GSM30211 1 0.7379 0.38347 0.584 0.040 0.376
#> GSM30212 2 0.1411 0.67277 0.000 0.964 0.036
#> GSM30213 2 0.3482 0.67577 0.000 0.872 0.128
#> GSM30214 2 0.5016 0.64800 0.000 0.760 0.240
#> GSM30215 2 0.6809 0.50191 0.012 0.524 0.464
#> GSM30216 2 0.6129 0.60225 0.008 0.668 0.324
#> GSM30217 2 0.6168 0.54821 0.000 0.588 0.412
#> GSM30218 1 0.8203 0.29834 0.616 0.268 0.116
#> GSM30219 2 0.6308 -0.07817 0.000 0.508 0.492
#> GSM30220 2 0.0592 0.66112 0.000 0.988 0.012
#> GSM30221 1 0.3030 0.66170 0.904 0.004 0.092
#> GSM30222 1 0.3459 0.65742 0.892 0.012 0.096
#> GSM30223 2 0.3181 0.67248 0.024 0.912 0.064
#> GSM30224 1 0.7851 0.41305 0.616 0.080 0.304
#> GSM30225 3 0.9816 -0.02631 0.356 0.244 0.400
#> GSM30226 2 0.4521 0.65683 0.004 0.816 0.180
#> GSM30227 2 0.8887 0.41123 0.124 0.488 0.388
#> GSM30228 1 0.6095 0.23915 0.608 0.000 0.392
#> GSM30229 1 0.2711 0.62308 0.912 0.000 0.088
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 4 0.6552 0.02917 0.000 0.076 0.440 0.484
#> GSM30007 1 0.0188 0.57643 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30008 3 0.8029 -0.24592 0.404 0.096 0.444 0.056
#> GSM30009 1 0.2699 0.55784 0.904 0.028 0.068 0.000
#> GSM30010 1 0.5325 0.18481 0.524 0.004 0.468 0.004
#> GSM30011 3 0.6337 -0.02790 0.000 0.060 0.476 0.464
#> GSM30012 4 0.1978 0.63569 0.000 0.004 0.068 0.928
#> GSM30013 4 0.1474 0.64361 0.000 0.000 0.052 0.948
#> GSM30014 3 0.5371 -0.11585 0.364 0.020 0.616 0.000
#> GSM30015 2 0.8989 0.36944 0.252 0.448 0.084 0.216
#> GSM30016 1 0.3873 0.47557 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM30017 3 0.8023 -0.10303 0.360 0.020 0.444 0.176
#> GSM30018 4 0.2741 0.64448 0.012 0.000 0.096 0.892
#> GSM30019 4 0.3668 0.52740 0.000 0.004 0.188 0.808
#> GSM30020 1 0.6602 0.19722 0.496 0.040 0.444 0.020
#> GSM30021 1 0.5160 0.49203 0.748 0.072 0.180 0.000
#> GSM30022 1 0.3787 0.49770 0.840 0.124 0.036 0.000
#> GSM30023 4 0.5657 0.23436 0.024 0.000 0.436 0.540
#> GSM30024 1 0.4406 0.40557 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM30025 1 0.4507 0.46162 0.756 0.020 0.224 0.000
#> GSM30026 3 0.9355 -0.08436 0.204 0.124 0.416 0.256
#> GSM30027 1 0.6828 0.25590 0.528 0.092 0.376 0.004
#> GSM30028 1 0.6038 0.25652 0.548 0.012 0.416 0.024
#> GSM30029 1 0.6931 0.17821 0.484 0.036 0.440 0.040
#> GSM30030 1 0.6420 0.26178 0.640 0.228 0.132 0.000
#> GSM30031 1 0.6599 0.20283 0.500 0.040 0.440 0.020
#> GSM30032 1 0.7630 0.14710 0.428 0.208 0.364 0.000
#> GSM30033 3 0.6439 0.12376 0.180 0.172 0.648 0.000
#> GSM30034 4 0.4598 0.59472 0.004 0.160 0.044 0.792
#> GSM30035 2 0.2443 0.38089 0.060 0.916 0.024 0.000
#> GSM30036 4 0.3421 0.61454 0.000 0.088 0.044 0.868
#> GSM30037 1 0.0927 0.57609 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM30038 1 0.3907 0.47278 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM30039 4 0.1867 0.63455 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM30040 3 0.6468 -0.05826 0.396 0.028 0.548 0.028
#> GSM30041 3 0.5774 -0.00926 0.000 0.028 0.508 0.464
#> GSM30042 4 0.4933 0.12801 0.000 0.000 0.432 0.568
#> GSM30043 1 0.5161 0.18374 0.520 0.004 0.476 0.000
#> GSM30044 1 0.1059 0.57553 0.972 0.012 0.016 0.000
#> GSM30045 1 0.0336 0.57576 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30046 4 0.2149 0.65172 0.000 0.000 0.088 0.912
#> GSM30047 4 0.3894 0.61769 0.000 0.068 0.088 0.844
#> GSM30048 4 0.5025 0.51027 0.032 0.000 0.252 0.716
#> GSM30049 3 0.6445 -0.00368 0.000 0.068 0.488 0.444
#> GSM30050 4 0.2660 0.63347 0.000 0.056 0.036 0.908
#> GSM30051 4 0.6452 -0.01348 0.000 0.068 0.464 0.468
#> GSM30052 1 0.1118 0.57143 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30053 4 0.1302 0.64618 0.000 0.000 0.044 0.956
#> GSM30054 4 0.6755 -0.01205 0.000 0.092 0.452 0.456
#> GSM30055 3 0.5132 0.23570 0.032 0.072 0.796 0.100
#> GSM30056 4 0.7563 0.15396 0.000 0.280 0.236 0.484
#> GSM30057 3 0.7528 -0.06804 0.312 0.184 0.500 0.004
#> GSM30058 3 0.6452 -0.03501 0.000 0.068 0.468 0.464
#> GSM30059 4 0.5720 0.56132 0.032 0.048 0.184 0.736
#> GSM30060 1 0.2363 0.57311 0.920 0.024 0.056 0.000
#> GSM30061 4 0.2868 0.61878 0.000 0.000 0.136 0.864
#> GSM30062 4 0.4776 0.35582 0.000 0.000 0.376 0.624
#> GSM30063 4 0.1978 0.63663 0.000 0.004 0.068 0.928
#> GSM30064 1 0.1474 0.57494 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM30065 4 0.3852 0.52929 0.000 0.008 0.192 0.800
#> GSM30066 1 0.6683 0.23396 0.496 0.088 0.416 0.000
#> GSM30067 1 0.6549 -0.16200 0.488 0.436 0.076 0.000
#> GSM30068 1 0.6028 0.32672 0.584 0.052 0.364 0.000
#> GSM30069 1 0.5125 0.30072 0.604 0.008 0.388 0.000
#> GSM30070 1 0.4936 0.30962 0.624 0.000 0.372 0.004
#> GSM30071 4 0.5172 0.35927 0.008 0.000 0.404 0.588
#> GSM30072 1 0.0000 0.57632 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30073 4 0.0336 0.65437 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM30074 1 0.4972 0.38270 0.544 0.000 0.456 0.000
#> GSM30075 4 0.4072 0.50897 0.000 0.000 0.252 0.748
#> GSM30076 4 0.0000 0.65542 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30077 4 0.3528 0.59732 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM30078 4 0.1867 0.65598 0.000 0.000 0.072 0.928
#> GSM30079 1 0.2984 0.53556 0.888 0.084 0.028 0.000
#> GSM30080 4 0.0707 0.65790 0.000 0.000 0.020 0.980
#> GSM30081 3 0.6080 -0.02270 0.000 0.044 0.488 0.468
#> GSM30086 4 0.3024 0.60521 0.000 0.000 0.148 0.852
#> GSM30087 4 0.2408 0.64653 0.000 0.000 0.104 0.896
#> GSM30088 4 0.3301 0.64034 0.020 0.012 0.088 0.880
#> GSM30089 1 0.1211 0.57356 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM30090 4 0.6844 -0.00513 0.000 0.100 0.444 0.456
#> GSM30091 3 0.5856 -0.01051 0.000 0.032 0.504 0.464
#> GSM30092 4 0.3757 0.62916 0.000 0.020 0.152 0.828
#> GSM30093 4 0.6267 0.41231 0.000 0.148 0.188 0.664
#> GSM30094 4 0.7284 -0.01306 0.000 0.148 0.424 0.428
#> GSM30095 3 0.4706 0.07887 0.248 0.020 0.732 0.000
#> GSM30096 2 0.6999 0.26505 0.396 0.504 0.092 0.008
#> GSM30097 4 0.5788 0.56032 0.008 0.148 0.116 0.728
#> GSM30098 2 0.6653 0.21145 0.436 0.480 0.084 0.000
#> GSM30099 2 0.7784 -0.23414 0.004 0.416 0.204 0.376
#> GSM30100 1 0.4855 0.28207 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30101 3 0.6082 -0.03922 0.000 0.044 0.480 0.476
#> GSM30102 4 0.6324 0.24073 0.000 0.076 0.340 0.584
#> GSM30103 1 0.3836 0.49639 0.816 0.168 0.016 0.000
#> GSM30104 4 0.3071 0.62237 0.000 0.068 0.044 0.888
#> GSM30105 1 0.5220 0.45003 0.772 0.104 0.116 0.008
#> GSM30106 4 0.5270 0.53769 0.008 0.044 0.212 0.736
#> GSM30107 4 0.3123 0.60954 0.000 0.000 0.156 0.844
#> GSM30108 1 0.1211 0.57144 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM30109 1 0.7025 -0.14926 0.500 0.404 0.084 0.012
#> GSM30110 4 0.7092 -0.00597 0.016 0.416 0.080 0.488
#> GSM30111 1 0.3266 0.52704 0.876 0.000 0.040 0.084
#> GSM30112 1 0.3450 0.49184 0.836 0.156 0.008 0.000
#> GSM30113 1 0.4977 0.20030 0.540 0.000 0.460 0.000
#> GSM30114 4 0.0336 0.65554 0.000 0.000 0.008 0.992
#> GSM30115 4 0.3796 0.62393 0.000 0.056 0.096 0.848
#> GSM30116 2 0.6454 0.01430 0.344 0.572 0.084 0.000
#> GSM30117 2 0.1629 0.38512 0.024 0.952 0.024 0.000
#> GSM30118 1 0.7343 -0.07757 0.424 0.420 0.156 0.000
#> GSM30119 4 0.5399 0.04378 0.012 0.000 0.468 0.520
#> GSM30120 4 0.6873 0.08364 0.008 0.384 0.084 0.524
#> GSM30121 2 0.7206 0.19661 0.448 0.452 0.080 0.020
#> GSM30122 2 0.5599 0.35853 0.288 0.664 0.048 0.000
#> GSM30123 2 0.6503 -0.17474 0.000 0.480 0.072 0.448
#> GSM30177 4 0.6078 0.44336 0.000 0.164 0.152 0.684
#> GSM30178 4 0.1677 0.66033 0.000 0.012 0.040 0.948
#> GSM30179 3 0.8491 -0.20493 0.364 0.136 0.436 0.064
#> GSM30180 2 0.6602 0.20938 0.436 0.484 0.080 0.000
#> GSM30181 4 0.4344 0.59609 0.000 0.108 0.076 0.816
#> GSM30182 4 0.3732 0.62640 0.000 0.056 0.092 0.852
#> GSM30183 2 0.8314 0.31896 0.364 0.460 0.084 0.092
#> GSM30184 4 0.6507 -0.01709 0.000 0.072 0.464 0.464
#> GSM30185 2 0.5548 0.31571 0.340 0.628 0.032 0.000
#> GSM30186 2 0.2384 0.34209 0.004 0.916 0.072 0.008
#> GSM30187 4 0.0927 0.65486 0.000 0.016 0.008 0.976
#> GSM30188 4 0.2915 0.64779 0.000 0.028 0.080 0.892
#> GSM30189 2 0.8065 0.33522 0.088 0.540 0.088 0.284
#> GSM30190 4 0.7021 0.05535 0.000 0.120 0.400 0.480
#> GSM30191 4 0.3421 0.62705 0.000 0.088 0.044 0.868
#> GSM30192 4 0.0469 0.65710 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM30193 4 0.2466 0.64806 0.000 0.004 0.096 0.900
#> GSM30194 3 0.5378 0.02020 0.012 0.000 0.540 0.448
#> GSM30195 1 0.2958 0.53955 0.876 0.004 0.116 0.004
#> GSM30196 1 0.0469 0.57749 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM30197 4 0.3764 0.57423 0.000 0.000 0.216 0.784
#> GSM30198 3 0.7526 -0.00117 0.160 0.004 0.440 0.396
#> GSM30199 1 0.5057 0.23732 0.648 0.340 0.012 0.000
#> GSM30200 4 0.6615 0.17511 0.036 0.024 0.440 0.500
#> GSM30201 4 0.5291 0.49323 0.032 0.004 0.264 0.700
#> GSM30202 2 0.8400 0.35782 0.316 0.488 0.076 0.120
#> GSM30203 4 0.1743 0.65853 0.000 0.004 0.056 0.940
#> GSM30204 3 0.7368 -0.07952 0.112 0.012 0.444 0.432
#> GSM30205 3 0.5213 -0.13932 0.328 0.020 0.652 0.000
#> GSM30206 4 0.8150 0.09396 0.040 0.320 0.152 0.488
#> GSM30207 3 0.9024 -0.02412 0.124 0.136 0.444 0.296
#> GSM30208 3 0.9173 -0.04734 0.176 0.116 0.436 0.272
#> GSM30209 2 0.8542 0.04686 0.296 0.492 0.116 0.096
#> GSM30210 1 0.7211 0.12476 0.444 0.120 0.432 0.004
#> GSM30211 4 0.6584 0.22176 0.024 0.036 0.416 0.524
#> GSM30212 1 0.3754 0.52923 0.852 0.084 0.064 0.000
#> GSM30213 1 0.5249 0.32475 0.708 0.248 0.044 0.000
#> GSM30214 1 0.7722 0.07077 0.444 0.256 0.300 0.000
#> GSM30215 3 0.7909 -0.30459 0.340 0.304 0.356 0.000
#> GSM30216 1 0.6555 -0.18594 0.480 0.444 0.076 0.000
#> GSM30217 1 0.7399 0.10350 0.420 0.164 0.416 0.000
#> GSM30218 2 0.7012 -0.14766 0.012 0.528 0.088 0.372
#> GSM30219 2 0.6602 0.06832 0.080 0.484 0.436 0.000
#> GSM30220 1 0.0927 0.57609 0.976 0.016 0.008 0.000
#> GSM30221 4 0.1389 0.65900 0.000 0.000 0.048 0.952
#> GSM30222 4 0.1661 0.65716 0.004 0.000 0.052 0.944
#> GSM30223 1 0.1488 0.56828 0.956 0.012 0.032 0.000
#> GSM30224 4 0.8158 0.29202 0.088 0.100 0.272 0.540
#> GSM30225 2 0.8942 0.37036 0.184 0.452 0.088 0.276
#> GSM30226 2 0.4933 0.31998 0.296 0.688 0.016 0.000
#> GSM30227 2 0.8744 0.29644 0.380 0.404 0.092 0.124
#> GSM30228 4 0.6275 0.26374 0.000 0.076 0.328 0.596
#> GSM30229 4 0.2676 0.62313 0.000 0.012 0.092 0.896
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 4 0.5578 0.39761 0.000 0.112 0.272 0.616 0.000
#> GSM30007 5 0.2880 0.47818 0.108 0.004 0.020 0.000 0.868
#> GSM30008 3 0.6614 -0.15416 0.132 0.004 0.472 0.012 0.380
#> GSM30009 5 0.2206 0.47724 0.016 0.004 0.068 0.000 0.912
#> GSM30010 3 0.6369 -0.03767 0.012 0.124 0.504 0.000 0.360
#> GSM30011 4 0.6313 0.13344 0.008 0.120 0.416 0.456 0.000
#> GSM30012 4 0.2331 0.68132 0.000 0.080 0.020 0.900 0.000
#> GSM30013 4 0.0693 0.69062 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM30014 3 0.5764 -0.03494 0.040 0.124 0.688 0.000 0.148
#> GSM30015 1 0.1808 0.75035 0.936 0.044 0.008 0.012 0.000
#> GSM30016 5 0.4865 0.22670 0.032 0.004 0.324 0.000 0.640
#> GSM30017 5 0.5051 0.15934 0.004 0.000 0.484 0.024 0.488
#> GSM30018 4 0.2060 0.68738 0.052 0.008 0.016 0.924 0.000
#> GSM30019 4 0.1956 0.67534 0.000 0.008 0.076 0.916 0.000
#> GSM30020 5 0.5179 0.18190 0.020 0.000 0.472 0.012 0.496
#> GSM30021 5 0.7720 -0.12319 0.360 0.064 0.216 0.000 0.360
#> GSM30022 1 0.4866 0.49102 0.620 0.036 0.000 0.000 0.344
#> GSM30023 3 0.5888 -0.15275 0.004 0.004 0.472 0.072 0.448
#> GSM30024 5 0.4812 0.22999 0.004 0.032 0.312 0.000 0.652
#> GSM30025 5 0.4358 0.33612 0.008 0.012 0.284 0.000 0.696
#> GSM30026 3 0.7282 -0.06359 0.380 0.004 0.436 0.124 0.056
#> GSM30027 5 0.4798 0.18838 0.012 0.004 0.472 0.000 0.512
#> GSM30028 5 0.4944 0.17854 0.004 0.004 0.472 0.012 0.508
#> GSM30029 5 0.5000 0.17244 0.008 0.000 0.476 0.016 0.500
#> GSM30030 5 0.6643 0.29688 0.308 0.060 0.084 0.000 0.548
#> GSM30031 5 0.4702 0.18696 0.008 0.004 0.476 0.000 0.512
#> GSM30032 5 0.5042 0.19138 0.004 0.024 0.460 0.000 0.512
#> GSM30033 5 0.6561 0.16489 0.012 0.140 0.420 0.000 0.428
#> GSM30034 4 0.2825 0.67172 0.016 0.124 0.000 0.860 0.000
#> GSM30035 1 0.3786 0.67608 0.776 0.204 0.004 0.000 0.016
#> GSM30036 4 0.2448 0.68191 0.020 0.088 0.000 0.892 0.000
#> GSM30037 5 0.2196 0.49778 0.056 0.004 0.024 0.000 0.916
#> GSM30038 5 0.4405 0.28652 0.020 0.004 0.280 0.000 0.696
#> GSM30039 4 0.0898 0.68951 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> GSM30040 3 0.6648 -0.12198 0.000 0.268 0.504 0.008 0.220
#> GSM30041 4 0.5990 0.20918 0.000 0.116 0.384 0.500 0.000
#> GSM30042 4 0.4251 0.45995 0.000 0.012 0.316 0.672 0.000
#> GSM30043 3 0.6787 -0.13232 0.024 0.324 0.496 0.000 0.156
#> GSM30044 5 0.1638 0.49715 0.064 0.004 0.000 0.000 0.932
#> GSM30045 5 0.3795 0.43655 0.184 0.004 0.024 0.000 0.788
#> GSM30046 4 0.1538 0.69099 0.008 0.008 0.036 0.948 0.000
#> GSM30047 4 0.6210 0.47487 0.000 0.032 0.200 0.628 0.140
#> GSM30048 4 0.7001 -0.03573 0.004 0.004 0.252 0.384 0.356
#> GSM30049 3 0.6814 -0.24435 0.000 0.288 0.436 0.272 0.004
#> GSM30050 4 0.1731 0.68942 0.012 0.040 0.008 0.940 0.000
#> GSM30051 4 0.6459 0.05883 0.000 0.180 0.400 0.420 0.000
#> GSM30052 5 0.3300 0.49399 0.100 0.020 0.024 0.000 0.856
#> GSM30053 4 0.0798 0.69057 0.000 0.008 0.016 0.976 0.000
#> GSM30054 4 0.6494 0.11190 0.000 0.192 0.364 0.444 0.000
#> GSM30055 3 0.5527 -0.20936 0.000 0.040 0.476 0.012 0.472
#> GSM30056 4 0.5185 0.35075 0.004 0.376 0.040 0.580 0.000
#> GSM30057 3 0.7484 -0.15628 0.108 0.280 0.508 0.008 0.096
#> GSM30058 4 0.6434 0.09524 0.000 0.176 0.392 0.432 0.000
#> GSM30059 4 0.5869 0.54746 0.020 0.024 0.184 0.688 0.084
#> GSM30060 5 0.6215 0.28872 0.020 0.244 0.136 0.000 0.600
#> GSM30061 4 0.6944 0.28203 0.004 0.024 0.284 0.512 0.176
#> GSM30062 4 0.5538 0.22003 0.004 0.000 0.440 0.500 0.056
#> GSM30063 4 0.0898 0.69143 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000
#> GSM30064 5 0.1628 0.47924 0.008 0.000 0.056 0.000 0.936
#> GSM30065 4 0.2208 0.67430 0.000 0.020 0.072 0.908 0.000
#> GSM30066 3 0.7484 -0.10912 0.076 0.264 0.484 0.000 0.176
#> GSM30067 1 0.2797 0.74210 0.880 0.060 0.000 0.000 0.060
#> GSM30068 3 0.7186 -0.05268 0.108 0.072 0.452 0.000 0.368
#> GSM30069 5 0.5695 0.01532 0.040 0.020 0.464 0.000 0.476
#> GSM30070 5 0.5824 0.06527 0.012 0.008 0.392 0.048 0.540
#> GSM30071 4 0.5779 0.51858 0.000 0.016 0.160 0.660 0.164
#> GSM30072 5 0.4037 0.44695 0.152 0.012 0.040 0.000 0.796
#> GSM30073 4 0.0740 0.69177 0.008 0.008 0.004 0.980 0.000
#> GSM30074 3 0.5708 -0.15101 0.044 0.020 0.528 0.000 0.408
#> GSM30075 4 0.4941 0.47583 0.004 0.004 0.292 0.664 0.036
#> GSM30076 4 0.0451 0.69163 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM30077 4 0.2921 0.65226 0.004 0.000 0.148 0.844 0.004
#> GSM30078 4 0.3100 0.66132 0.004 0.008 0.128 0.852 0.008
#> GSM30079 1 0.4972 0.31330 0.536 0.016 0.008 0.000 0.440
#> GSM30080 4 0.2233 0.68011 0.000 0.004 0.104 0.892 0.000
#> GSM30081 4 0.5794 0.24175 0.000 0.096 0.384 0.520 0.000
#> GSM30086 4 0.2890 0.64814 0.000 0.004 0.160 0.836 0.000
#> GSM30087 4 0.1750 0.69003 0.036 0.000 0.028 0.936 0.000
#> GSM30088 4 0.3584 0.67243 0.076 0.008 0.036 0.856 0.024
#> GSM30089 5 0.1026 0.48646 0.004 0.004 0.024 0.000 0.968
#> GSM30090 4 0.6564 0.06267 0.000 0.204 0.376 0.420 0.000
#> GSM30091 3 0.6219 -0.25731 0.000 0.140 0.436 0.424 0.000
#> GSM30092 4 0.4322 0.56712 0.004 0.016 0.256 0.720 0.004
#> GSM30093 4 0.3476 0.62212 0.000 0.176 0.020 0.804 0.000
#> GSM30094 2 0.6595 0.27265 0.016 0.520 0.304 0.160 0.000
#> GSM30095 3 0.5010 -0.11545 0.000 0.248 0.676 0.000 0.076
#> GSM30096 1 0.3086 0.73472 0.876 0.060 0.048 0.000 0.016
#> GSM30097 4 0.6084 0.49237 0.196 0.116 0.040 0.648 0.000
#> GSM30098 1 0.1568 0.75193 0.944 0.036 0.000 0.000 0.020
#> GSM30099 2 0.5477 0.44327 0.008 0.704 0.072 0.192 0.024
#> GSM30100 5 0.5175 0.00438 0.000 0.040 0.464 0.000 0.496
#> GSM30101 4 0.6946 -0.13772 0.004 0.304 0.332 0.360 0.000
#> GSM30102 4 0.4848 0.55235 0.000 0.132 0.144 0.724 0.000
#> GSM30103 1 0.6976 0.34408 0.484 0.132 0.044 0.000 0.340
#> GSM30104 4 0.3209 0.68486 0.000 0.060 0.076 0.860 0.004
#> GSM30105 5 0.6049 0.30857 0.284 0.060 0.032 0.008 0.616
#> GSM30106 4 0.5015 0.62531 0.080 0.024 0.080 0.780 0.036
#> GSM30107 4 0.5404 0.39841 0.000 0.000 0.088 0.620 0.292
#> GSM30108 5 0.3248 0.47099 0.088 0.004 0.052 0.000 0.856
#> GSM30109 1 0.2729 0.73859 0.884 0.028 0.004 0.000 0.084
#> GSM30110 1 0.1942 0.72165 0.920 0.012 0.000 0.068 0.000
#> GSM30111 5 0.4459 0.45436 0.064 0.040 0.020 0.060 0.816
#> GSM30112 1 0.4880 0.55128 0.664 0.012 0.028 0.000 0.296
#> GSM30113 3 0.5942 -0.03183 0.008 0.084 0.512 0.000 0.396
#> GSM30114 4 0.0932 0.69299 0.020 0.004 0.004 0.972 0.000
#> GSM30115 4 0.3562 0.59473 0.196 0.016 0.000 0.788 0.000
#> GSM30116 2 0.5077 0.46029 0.040 0.748 0.084 0.000 0.128
#> GSM30117 1 0.3796 0.59058 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM30118 1 0.3344 0.72811 0.852 0.104 0.016 0.000 0.028
#> GSM30119 4 0.5845 0.14955 0.012 0.028 0.456 0.484 0.020
#> GSM30120 1 0.3790 0.71043 0.840 0.076 0.012 0.064 0.008
#> GSM30121 1 0.1914 0.75310 0.932 0.032 0.004 0.000 0.032
#> GSM30122 1 0.1026 0.74832 0.968 0.024 0.004 0.000 0.004
#> GSM30123 4 0.6859 0.13877 0.296 0.224 0.012 0.468 0.000
#> GSM30177 4 0.3777 0.61100 0.004 0.192 0.020 0.784 0.000
#> GSM30178 4 0.1965 0.68922 0.052 0.024 0.000 0.924 0.000
#> GSM30179 3 0.7339 -0.16412 0.136 0.028 0.412 0.020 0.404
#> GSM30180 1 0.1787 0.75409 0.936 0.044 0.004 0.000 0.016
#> GSM30181 4 0.3527 0.62438 0.148 0.028 0.004 0.820 0.000
#> GSM30182 4 0.2909 0.64296 0.140 0.012 0.000 0.848 0.000
#> GSM30183 1 0.1569 0.75070 0.948 0.032 0.000 0.012 0.008
#> GSM30184 4 0.6269 0.11104 0.000 0.148 0.408 0.444 0.000
#> GSM30185 1 0.2074 0.75383 0.920 0.060 0.004 0.000 0.016
#> GSM30186 2 0.4235 0.18258 0.336 0.656 0.000 0.008 0.000
#> GSM30187 4 0.0771 0.69162 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> GSM30188 4 0.3081 0.63271 0.156 0.012 0.000 0.832 0.000
#> GSM30189 1 0.4141 0.61625 0.800 0.088 0.008 0.104 0.000
#> GSM30190 4 0.6171 0.31642 0.000 0.204 0.240 0.556 0.000
#> GSM30191 4 0.4013 0.66200 0.004 0.108 0.084 0.804 0.000
#> GSM30192 4 0.0404 0.69164 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM30193 4 0.2363 0.68588 0.052 0.012 0.024 0.912 0.000
#> GSM30194 3 0.6864 -0.23245 0.000 0.288 0.484 0.212 0.016
#> GSM30195 5 0.7350 0.10425 0.232 0.020 0.252 0.016 0.480
#> GSM30196 5 0.1430 0.49635 0.052 0.000 0.004 0.000 0.944
#> GSM30197 4 0.3530 0.63437 0.008 0.004 0.168 0.812 0.008
#> GSM30198 3 0.5836 -0.14891 0.004 0.000 0.468 0.080 0.448
#> GSM30199 1 0.5687 0.61015 0.692 0.064 0.064 0.000 0.180
#> GSM30200 3 0.7228 -0.05973 0.088 0.000 0.432 0.388 0.092
#> GSM30201 4 0.4447 0.59879 0.000 0.008 0.080 0.772 0.140
#> GSM30202 1 0.1557 0.75215 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> GSM30203 4 0.2082 0.69637 0.024 0.032 0.016 0.928 0.000
#> GSM30204 3 0.5885 -0.14757 0.004 0.004 0.480 0.072 0.440
#> GSM30205 5 0.6169 0.19323 0.000 0.136 0.392 0.000 0.472
#> GSM30206 1 0.6186 0.15132 0.544 0.048 0.040 0.364 0.004
#> GSM30207 3 0.8105 0.00368 0.032 0.080 0.472 0.152 0.264
#> GSM30208 3 0.7871 -0.05303 0.076 0.024 0.444 0.120 0.336
#> GSM30209 2 0.5861 0.34047 0.008 0.580 0.012 0.060 0.340
#> GSM30210 5 0.6671 0.19156 0.120 0.028 0.368 0.000 0.484
#> GSM30211 4 0.7519 0.31444 0.124 0.032 0.276 0.520 0.048
#> GSM30212 5 0.4800 0.46795 0.136 0.036 0.064 0.000 0.764
#> GSM30213 1 0.5044 0.57178 0.672 0.044 0.012 0.000 0.272
#> GSM30214 1 0.7622 0.11103 0.432 0.068 0.304 0.000 0.196
#> GSM30215 3 0.8469 -0.09867 0.292 0.176 0.308 0.000 0.224
#> GSM30216 1 0.1828 0.75420 0.936 0.028 0.004 0.000 0.032
#> GSM30217 5 0.6034 0.16914 0.044 0.036 0.448 0.000 0.472
#> GSM30218 2 0.7335 0.21788 0.020 0.540 0.092 0.076 0.272
#> GSM30219 1 0.7359 0.08967 0.436 0.308 0.216 0.000 0.040
#> GSM30220 5 0.1483 0.48805 0.012 0.008 0.028 0.000 0.952
#> GSM30221 4 0.1701 0.69117 0.048 0.016 0.000 0.936 0.000
#> GSM30222 4 0.1569 0.69140 0.008 0.004 0.044 0.944 0.000
#> GSM30223 5 0.4419 0.16613 0.344 0.004 0.008 0.000 0.644
#> GSM30224 4 0.7883 0.23134 0.084 0.036 0.324 0.464 0.092
#> GSM30225 1 0.2429 0.74259 0.900 0.076 0.004 0.020 0.000
#> GSM30226 1 0.4443 0.59122 0.680 0.300 0.008 0.000 0.012
#> GSM30227 1 0.1706 0.75633 0.948 0.016 0.008 0.012 0.016
#> GSM30228 4 0.3849 0.62354 0.000 0.112 0.080 0.808 0.000
#> GSM30229 4 0.3318 0.63612 0.000 0.180 0.012 0.808 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 4 0.2511 0.68840 0.000 0.000 0.056 0.880 0.064 0.000
#> GSM30007 1 0.0291 0.76628 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30008 6 0.1838 0.71568 0.012 0.040 0.020 0.000 0.000 0.928
#> GSM30009 1 0.1616 0.75597 0.932 0.000 0.020 0.000 0.000 0.048
#> GSM30010 5 0.3957 0.49580 0.140 0.048 0.020 0.004 0.788 0.000
#> GSM30011 4 0.5655 0.51972 0.020 0.032 0.156 0.664 0.128 0.000
#> GSM30012 4 0.4082 0.61953 0.000 0.048 0.000 0.740 0.204 0.008
#> GSM30013 4 0.1410 0.71043 0.000 0.000 0.004 0.944 0.044 0.008
#> GSM30014 5 0.5015 0.44045 0.004 0.092 0.032 0.000 0.704 0.168
#> GSM30015 2 0.2630 0.68809 0.004 0.884 0.028 0.004 0.076 0.004
#> GSM30016 1 0.1149 0.76408 0.960 0.008 0.008 0.000 0.024 0.000
#> GSM30017 6 0.0748 0.71755 0.016 0.004 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM30018 4 0.2256 0.70963 0.020 0.020 0.016 0.920 0.008 0.016
#> GSM30019 4 0.0891 0.71099 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> GSM30020 6 0.0777 0.71495 0.024 0.004 0.000 0.000 0.000 0.972
#> GSM30021 1 0.6160 0.28907 0.488 0.280 0.016 0.000 0.216 0.000
#> GSM30022 1 0.5336 0.48613 0.616 0.248 0.124 0.000 0.012 0.000
#> GSM30023 6 0.0993 0.71825 0.024 0.000 0.000 0.012 0.000 0.964
#> GSM30024 1 0.3056 0.67417 0.820 0.000 0.012 0.000 0.160 0.008
#> GSM30025 1 0.4339 0.41455 0.648 0.000 0.032 0.000 0.004 0.316
#> GSM30026 6 0.3584 0.52897 0.000 0.244 0.004 0.012 0.000 0.740
#> GSM30027 6 0.2979 0.64088 0.116 0.000 0.044 0.000 0.000 0.840
#> GSM30028 6 0.1152 0.71161 0.044 0.000 0.004 0.000 0.000 0.952
#> GSM30029 6 0.1812 0.69482 0.080 0.000 0.008 0.000 0.000 0.912
#> GSM30030 1 0.7143 0.33852 0.528 0.196 0.116 0.000 0.032 0.128
#> GSM30031 6 0.1080 0.71209 0.032 0.004 0.004 0.000 0.000 0.960
#> GSM30032 6 0.3275 0.66154 0.040 0.000 0.072 0.000 0.040 0.848
#> GSM30033 6 0.6019 0.20871 0.032 0.000 0.172 0.000 0.236 0.560
#> GSM30034 4 0.2926 0.69874 0.012 0.012 0.104 0.860 0.012 0.000
#> GSM30035 3 0.5147 0.27918 0.080 0.252 0.644 0.000 0.024 0.000
#> GSM30036 4 0.2076 0.70717 0.000 0.012 0.060 0.912 0.016 0.000
#> GSM30037 1 0.0893 0.76660 0.972 0.004 0.004 0.000 0.004 0.016
#> GSM30038 1 0.1155 0.76223 0.956 0.000 0.004 0.000 0.036 0.004
#> GSM30039 4 0.1096 0.71138 0.000 0.004 0.008 0.964 0.020 0.004
#> GSM30040 5 0.4793 0.49943 0.056 0.000 0.100 0.016 0.756 0.072
#> GSM30041 4 0.3543 0.58866 0.000 0.000 0.016 0.756 0.224 0.004
#> GSM30042 4 0.4798 0.53944 0.000 0.000 0.004 0.664 0.236 0.096
#> GSM30043 5 0.2646 0.51606 0.060 0.024 0.008 0.004 0.892 0.012
#> GSM30044 1 0.1053 0.76641 0.964 0.004 0.000 0.000 0.012 0.020
#> GSM30045 1 0.0984 0.76765 0.968 0.012 0.000 0.000 0.012 0.008
#> GSM30046 4 0.2030 0.70589 0.000 0.016 0.004 0.920 0.012 0.048
#> GSM30047 6 0.4860 -0.02740 0.008 0.000 0.008 0.464 0.024 0.496
#> GSM30048 6 0.3996 0.57392 0.024 0.000 0.004 0.248 0.004 0.720
#> GSM30049 5 0.4281 0.47500 0.000 0.000 0.068 0.228 0.704 0.000
#> GSM30050 4 0.1268 0.71026 0.000 0.008 0.036 0.952 0.004 0.000
#> GSM30051 5 0.4366 0.10796 0.000 0.000 0.016 0.440 0.540 0.004
#> GSM30052 1 0.1396 0.76527 0.952 0.004 0.008 0.000 0.012 0.024
#> GSM30053 4 0.0806 0.71236 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> GSM30054 4 0.5165 0.11545 0.000 0.000 0.064 0.492 0.436 0.008
#> GSM30055 6 0.2039 0.70450 0.020 0.000 0.012 0.000 0.052 0.916
#> GSM30056 4 0.6149 0.28773 0.000 0.000 0.368 0.456 0.152 0.024
#> GSM30057 5 0.4685 0.46251 0.012 0.152 0.100 0.008 0.728 0.000
#> GSM30058 5 0.4467 0.26210 0.000 0.000 0.028 0.376 0.592 0.004
#> GSM30059 4 0.5396 0.04609 0.004 0.008 0.040 0.480 0.016 0.452
#> GSM30060 5 0.7032 -0.07865 0.096 0.028 0.080 0.000 0.412 0.384
#> GSM30061 6 0.3956 0.62433 0.000 0.000 0.008 0.136 0.080 0.776
#> GSM30062 6 0.1901 0.70521 0.000 0.008 0.004 0.076 0.000 0.912
#> GSM30063 4 0.1807 0.70994 0.000 0.000 0.000 0.920 0.060 0.020
#> GSM30064 1 0.1531 0.74520 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068
#> GSM30065 4 0.1176 0.70645 0.000 0.000 0.020 0.956 0.024 0.000
#> GSM30066 5 0.3725 0.47609 0.040 0.128 0.028 0.000 0.804 0.000
#> GSM30067 2 0.6502 0.10461 0.344 0.420 0.212 0.008 0.016 0.000
#> GSM30068 5 0.6667 0.26023 0.216 0.128 0.128 0.000 0.528 0.000
#> GSM30069 1 0.3867 0.68318 0.792 0.020 0.040 0.004 0.144 0.000
#> GSM30070 1 0.3170 0.70009 0.844 0.000 0.008 0.104 0.040 0.004
#> GSM30071 4 0.6280 0.42563 0.200 0.000 0.056 0.596 0.016 0.132
#> GSM30072 1 0.1007 0.76713 0.968 0.008 0.004 0.000 0.016 0.004
#> GSM30073 4 0.1180 0.71149 0.000 0.004 0.008 0.960 0.024 0.004
#> GSM30074 5 0.7941 0.01736 0.244 0.036 0.104 0.000 0.332 0.284
#> GSM30075 6 0.3731 0.58446 0.000 0.000 0.004 0.240 0.020 0.736
#> GSM30076 4 0.0870 0.71211 0.000 0.000 0.004 0.972 0.012 0.012
#> GSM30077 4 0.4379 0.25419 0.000 0.020 0.004 0.576 0.000 0.400
#> GSM30078 6 0.5595 0.13046 0.000 0.028 0.004 0.404 0.060 0.504
#> GSM30079 1 0.3522 0.65691 0.784 0.172 0.044 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 4 0.4223 0.38219 0.000 0.004 0.000 0.612 0.016 0.368
#> GSM30081 4 0.4012 0.39517 0.000 0.000 0.016 0.640 0.344 0.000
#> GSM30086 4 0.4138 0.38136 0.000 0.000 0.004 0.616 0.012 0.368
#> GSM30087 4 0.2503 0.70224 0.000 0.032 0.012 0.900 0.012 0.044
#> GSM30088 4 0.6106 0.51658 0.000 0.208 0.016 0.596 0.032 0.148
#> GSM30089 1 0.1471 0.74675 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> GSM30090 4 0.5120 0.00856 0.000 0.000 0.068 0.468 0.460 0.004
#> GSM30091 5 0.4456 0.07873 0.000 0.000 0.028 0.448 0.524 0.000
#> GSM30092 6 0.4361 0.17390 0.000 0.016 0.004 0.436 0.000 0.544
#> GSM30093 4 0.2999 0.68205 0.000 0.000 0.072 0.852 0.072 0.004
#> GSM30094 5 0.4004 0.48192 0.000 0.008 0.112 0.076 0.792 0.012
#> GSM30095 5 0.4809 0.41971 0.020 0.000 0.092 0.000 0.700 0.188
#> GSM30096 2 0.4426 0.60991 0.000 0.760 0.036 0.000 0.092 0.112
#> GSM30097 4 0.7536 -0.09681 0.008 0.268 0.280 0.360 0.008 0.076
#> GSM30098 2 0.4640 0.54023 0.128 0.728 0.124 0.000 0.020 0.000
#> GSM30099 3 0.5837 0.30241 0.008 0.000 0.640 0.136 0.164 0.052
#> GSM30100 1 0.4289 0.15552 0.540 0.000 0.012 0.000 0.444 0.004
#> GSM30101 5 0.3829 0.46831 0.000 0.004 0.008 0.260 0.720 0.008
#> GSM30102 4 0.3579 0.67518 0.008 0.008 0.108 0.828 0.040 0.008
#> GSM30103 1 0.5479 0.46990 0.592 0.116 0.276 0.000 0.016 0.000
#> GSM30104 4 0.4597 0.61502 0.000 0.004 0.020 0.708 0.048 0.220
#> GSM30105 1 0.4772 0.60032 0.704 0.088 0.192 0.000 0.008 0.008
#> GSM30106 4 0.7582 -0.05284 0.008 0.212 0.044 0.368 0.036 0.332
#> GSM30107 4 0.4930 0.21159 0.032 0.000 0.004 0.540 0.012 0.412
#> GSM30108 1 0.0924 0.76673 0.972 0.004 0.008 0.000 0.008 0.008
#> GSM30109 2 0.5354 0.33101 0.324 0.592 0.056 0.004 0.020 0.004
#> GSM30110 2 0.3416 0.64392 0.012 0.848 0.064 0.052 0.024 0.000
#> GSM30111 1 0.6591 0.48782 0.616 0.048 0.024 0.024 0.136 0.152
#> GSM30112 1 0.4734 0.22023 0.548 0.412 0.012 0.000 0.028 0.000
#> GSM30113 5 0.4146 0.47872 0.180 0.024 0.020 0.004 0.764 0.008
#> GSM30114 4 0.1223 0.71461 0.000 0.016 0.004 0.960 0.008 0.012
#> GSM30115 4 0.4926 0.12507 0.008 0.464 0.028 0.492 0.008 0.000
#> GSM30116 3 0.5541 0.34464 0.116 0.020 0.616 0.000 0.244 0.004
#> GSM30117 2 0.4380 0.59339 0.000 0.700 0.080 0.000 0.220 0.000
#> GSM30118 2 0.3927 0.62405 0.008 0.748 0.020 0.000 0.216 0.008
#> GSM30119 5 0.5385 0.41346 0.004 0.044 0.032 0.320 0.596 0.004
#> GSM30120 2 0.3459 0.67287 0.004 0.824 0.016 0.016 0.132 0.008
#> GSM30121 2 0.4312 0.56893 0.124 0.764 0.084 0.000 0.028 0.000
#> GSM30122 2 0.3032 0.63910 0.012 0.844 0.124 0.000 0.016 0.004
#> GSM30123 3 0.6809 0.11304 0.000 0.340 0.356 0.272 0.020 0.012
#> GSM30177 4 0.3218 0.68163 0.000 0.000 0.080 0.840 0.072 0.008
#> GSM30178 4 0.1924 0.71309 0.000 0.048 0.028 0.920 0.000 0.004
#> GSM30179 6 0.4760 0.60161 0.028 0.116 0.096 0.008 0.004 0.748
#> GSM30180 2 0.2844 0.68332 0.020 0.856 0.012 0.000 0.112 0.000
#> GSM30181 2 0.6594 0.03308 0.000 0.468 0.060 0.372 0.028 0.072
#> GSM30182 4 0.4929 0.33538 0.000 0.384 0.024 0.568 0.016 0.008
#> GSM30183 2 0.4097 0.60343 0.068 0.800 0.092 0.012 0.028 0.000
#> GSM30184 4 0.4521 0.27699 0.000 0.000 0.028 0.568 0.400 0.004
#> GSM30185 2 0.3093 0.68355 0.008 0.852 0.032 0.000 0.100 0.008
#> GSM30186 3 0.5195 0.43761 0.004 0.188 0.676 0.024 0.108 0.000
#> GSM30187 4 0.0767 0.71235 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> GSM30188 4 0.4644 0.44091 0.004 0.328 0.016 0.632 0.016 0.004
#> GSM30189 2 0.3893 0.63766 0.000 0.820 0.080 0.024 0.052 0.024
#> GSM30190 4 0.4011 0.58293 0.000 0.000 0.060 0.736 0.204 0.000
#> GSM30191 4 0.6769 0.48720 0.000 0.040 0.132 0.552 0.052 0.224
#> GSM30192 4 0.1723 0.70962 0.000 0.004 0.004 0.932 0.012 0.048
#> GSM30193 4 0.5604 0.53519 0.000 0.212 0.020 0.644 0.020 0.104
#> GSM30194 5 0.2513 0.53535 0.000 0.000 0.000 0.140 0.852 0.008
#> GSM30195 1 0.2786 0.74421 0.876 0.052 0.008 0.004 0.060 0.000
#> GSM30196 1 0.0458 0.76595 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30197 6 0.4862 0.13586 0.000 0.020 0.008 0.440 0.012 0.520
#> GSM30198 6 0.1786 0.71912 0.032 0.000 0.004 0.028 0.004 0.932
#> GSM30199 2 0.7263 0.22540 0.188 0.476 0.200 0.000 0.124 0.012
#> GSM30200 6 0.3976 0.63428 0.004 0.124 0.008 0.080 0.000 0.784
#> GSM30201 4 0.4191 0.66378 0.080 0.012 0.020 0.796 0.004 0.088
#> GSM30202 2 0.3164 0.68472 0.004 0.848 0.024 0.004 0.108 0.012
#> GSM30203 4 0.6110 0.56681 0.000 0.160 0.012 0.624 0.068 0.136
#> GSM30204 6 0.0551 0.71834 0.008 0.004 0.000 0.004 0.000 0.984
#> GSM30205 6 0.4257 0.53296 0.000 0.028 0.020 0.000 0.240 0.712
#> GSM30206 2 0.5613 0.42542 0.000 0.692 0.100 0.108 0.020 0.080
#> GSM30207 6 0.1180 0.71567 0.000 0.024 0.004 0.008 0.004 0.960
#> GSM30208 6 0.2294 0.71085 0.004 0.032 0.036 0.012 0.004 0.912
#> GSM30209 1 0.5296 0.09712 0.476 0.008 0.456 0.048 0.012 0.000
#> GSM30210 6 0.6772 0.28761 0.188 0.104 0.136 0.000 0.016 0.556
#> GSM30211 6 0.6587 0.38726 0.004 0.180 0.032 0.232 0.016 0.536
#> GSM30212 1 0.4364 0.66296 0.764 0.028 0.136 0.000 0.004 0.068
#> GSM30213 1 0.5967 0.32536 0.516 0.276 0.196 0.000 0.012 0.000
#> GSM30214 3 0.7505 0.33204 0.216 0.152 0.420 0.000 0.008 0.204
#> GSM30215 3 0.6460 0.27207 0.028 0.152 0.480 0.000 0.012 0.328
#> GSM30216 2 0.4277 0.57211 0.128 0.764 0.084 0.000 0.024 0.000
#> GSM30217 6 0.2933 0.67101 0.032 0.004 0.096 0.000 0.008 0.860
#> GSM30218 6 0.5618 0.38601 0.000 0.024 0.064 0.016 0.308 0.588
#> GSM30219 5 0.3866 0.38156 0.008 0.232 0.024 0.000 0.736 0.000
#> GSM30220 1 0.1370 0.76063 0.948 0.000 0.004 0.000 0.012 0.036
#> GSM30221 4 0.2001 0.71584 0.000 0.028 0.012 0.924 0.032 0.004
#> GSM30222 4 0.3243 0.67684 0.000 0.020 0.004 0.828 0.012 0.136
#> GSM30223 1 0.1667 0.76114 0.936 0.044 0.004 0.000 0.008 0.008
#> GSM30224 6 0.5299 0.60647 0.000 0.100 0.056 0.108 0.020 0.716
#> GSM30225 2 0.3389 0.67298 0.004 0.844 0.028 0.008 0.096 0.020
#> GSM30226 2 0.4852 0.55071 0.004 0.664 0.072 0.000 0.252 0.008
#> GSM30227 2 0.2838 0.67733 0.004 0.880 0.012 0.004 0.056 0.044
#> GSM30228 4 0.3503 0.63017 0.000 0.000 0.020 0.788 0.180 0.012
#> GSM30229 4 0.6670 0.27822 0.008 0.008 0.012 0.436 0.240 0.296
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> SD:NMF 152 0.00351 2
#> SD:NMF 99 0.03299 3
#> SD:NMF 63 0.58311 4
#> SD:NMF 69 0.11329 5
#> SD:NMF 101 0.00186 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.234 0.752 0.839 0.4191 0.522 0.522
#> 3 3 0.295 0.671 0.805 0.3056 0.873 0.765
#> 4 4 0.259 0.417 0.703 0.1699 0.946 0.881
#> 5 5 0.308 0.480 0.694 0.0820 0.894 0.755
#> 6 6 0.373 0.457 0.663 0.0544 0.916 0.764
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.7056 0.800 0.192 0.808
#> GSM30007 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM30008 1 0.7528 0.760 0.784 0.216
#> GSM30009 1 0.2778 0.856 0.952 0.048
#> GSM30010 2 0.1633 0.749 0.024 0.976
#> GSM30011 2 0.7219 0.800 0.200 0.800
#> GSM30012 2 0.8909 0.722 0.308 0.692
#> GSM30013 1 0.7745 0.745 0.772 0.228
#> GSM30014 2 0.5178 0.787 0.116 0.884
#> GSM30015 1 0.7299 0.777 0.796 0.204
#> GSM30016 1 0.9580 0.349 0.620 0.380
#> GSM30017 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.2423 0.855 0.960 0.040
#> GSM30019 2 0.7528 0.797 0.216 0.784
#> GSM30020 1 0.7528 0.760 0.784 0.216
#> GSM30021 2 0.9170 0.695 0.332 0.668
#> GSM30022 1 0.1184 0.851 0.984 0.016
#> GSM30023 1 0.7376 0.769 0.792 0.208
#> GSM30024 2 0.8386 0.771 0.268 0.732
#> GSM30025 1 0.5629 0.829 0.868 0.132
#> GSM30026 1 0.0938 0.849 0.988 0.012
#> GSM30027 1 0.5178 0.825 0.884 0.116
#> GSM30028 1 0.7376 0.769 0.792 0.208
#> GSM30029 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0938 0.849 0.988 0.012
#> GSM30031 1 0.2948 0.857 0.948 0.052
#> GSM30032 2 0.8608 0.760 0.284 0.716
#> GSM30033 2 0.8386 0.771 0.268 0.732
#> GSM30034 1 0.4161 0.850 0.916 0.084
#> GSM30035 2 0.9993 0.344 0.484 0.516
#> GSM30036 1 0.8608 0.605 0.716 0.284
#> GSM30037 1 0.2043 0.854 0.968 0.032
#> GSM30038 2 0.9909 0.458 0.444 0.556
#> GSM30039 2 0.8661 0.747 0.288 0.712
#> GSM30040 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.4815 0.785 0.104 0.896
#> GSM30042 2 0.5178 0.787 0.116 0.884
#> GSM30043 2 0.5519 0.789 0.128 0.872
#> GSM30044 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.1184 0.851 0.984 0.016
#> GSM30046 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.7674 0.750 0.776 0.224
#> GSM30048 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.5178 0.841 0.884 0.116
#> GSM30051 2 0.1843 0.752 0.028 0.972
#> GSM30052 1 0.1184 0.851 0.984 0.016
#> GSM30053 2 0.8955 0.722 0.312 0.688
#> GSM30054 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.8386 0.771 0.268 0.732
#> GSM30056 2 0.8955 0.719 0.312 0.688
#> GSM30057 2 0.2603 0.761 0.044 0.956
#> GSM30058 2 0.2603 0.761 0.044 0.956
#> GSM30059 1 0.5408 0.838 0.876 0.124
#> GSM30060 2 0.7299 0.799 0.204 0.796
#> GSM30061 1 0.7815 0.742 0.768 0.232
#> GSM30062 1 0.6343 0.819 0.840 0.160
#> GSM30063 2 0.7674 0.795 0.224 0.776
#> GSM30064 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM30065 2 0.8713 0.749 0.292 0.708
#> GSM30066 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.4298 0.850 0.912 0.088
#> GSM30068 2 0.2603 0.761 0.044 0.956
#> GSM30069 2 0.8144 0.781 0.252 0.748
#> GSM30070 2 0.9661 0.576 0.392 0.608
#> GSM30071 2 0.9944 0.433 0.456 0.544
#> GSM30072 1 0.5408 0.836 0.876 0.124
#> GSM30073 2 1.0000 0.263 0.496 0.504
#> GSM30074 2 0.9815 0.532 0.420 0.580
#> GSM30075 2 0.7056 0.800 0.192 0.808
#> GSM30076 1 0.7674 0.750 0.776 0.224
#> GSM30077 1 0.2236 0.855 0.964 0.036
#> GSM30078 1 0.3584 0.854 0.932 0.068
#> GSM30079 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30080 1 0.9129 0.541 0.672 0.328
#> GSM30081 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.8144 0.712 0.748 0.252
#> GSM30087 1 0.2778 0.856 0.952 0.048
#> GSM30088 1 0.2423 0.855 0.960 0.040
#> GSM30089 1 0.6343 0.789 0.840 0.160
#> GSM30090 2 0.6712 0.799 0.176 0.824
#> GSM30091 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.7745 0.746 0.772 0.228
#> GSM30093 2 0.7950 0.788 0.240 0.760
#> GSM30094 2 0.2948 0.764 0.052 0.948
#> GSM30095 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.2236 0.855 0.964 0.036
#> GSM30098 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.7453 0.796 0.212 0.788
#> GSM30100 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.2423 0.759 0.040 0.960
#> GSM30102 2 0.8661 0.748 0.288 0.712
#> GSM30103 2 0.9775 0.553 0.412 0.588
#> GSM30104 1 0.8608 0.662 0.716 0.284
#> GSM30105 1 0.2236 0.855 0.964 0.036
#> GSM30106 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.3584 0.856 0.932 0.068
#> GSM30108 1 0.9491 0.304 0.632 0.368
#> GSM30109 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.7528 0.759 0.784 0.216
#> GSM30112 1 0.8909 0.613 0.692 0.308
#> GSM30113 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.9552 0.608 0.376 0.624
#> GSM30115 1 0.8713 0.635 0.708 0.292
#> GSM30116 2 0.7376 0.799 0.208 0.792
#> GSM30117 2 0.9393 0.650 0.356 0.644
#> GSM30118 2 0.8909 0.740 0.308 0.692
#> GSM30119 2 0.7453 0.783 0.212 0.788
#> GSM30120 1 0.8955 0.600 0.688 0.312
#> GSM30121 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.6973 0.790 0.812 0.188
#> GSM30123 2 0.9909 0.512 0.444 0.556
#> GSM30177 2 0.7602 0.796 0.220 0.780
#> GSM30178 1 0.9522 0.388 0.628 0.372
#> GSM30179 1 0.4562 0.848 0.904 0.096
#> GSM30180 1 0.5946 0.826 0.856 0.144
#> GSM30181 1 0.9460 0.306 0.636 0.364
#> GSM30182 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.5178 0.788 0.116 0.884
#> GSM30185 1 0.8555 0.653 0.720 0.280
#> GSM30186 2 0.8909 0.729 0.308 0.692
#> GSM30187 1 0.5629 0.830 0.868 0.132
#> GSM30188 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.4690 0.846 0.900 0.100
#> GSM30190 2 0.3114 0.766 0.056 0.944
#> GSM30191 1 0.9552 0.375 0.624 0.376
#> GSM30192 1 0.8608 0.575 0.716 0.284
#> GSM30193 1 0.8608 0.575 0.716 0.284
#> GSM30194 2 0.0000 0.733 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.8763 0.631 0.704 0.296
#> GSM30196 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.5519 0.832 0.872 0.128
#> GSM30198 1 0.5178 0.839 0.884 0.116
#> GSM30199 2 0.8909 0.740 0.308 0.692
#> GSM30200 1 0.0938 0.849 0.988 0.012
#> GSM30201 1 0.2603 0.856 0.956 0.044
#> GSM30202 1 0.6438 0.814 0.836 0.164
#> GSM30203 1 0.6623 0.807 0.828 0.172
#> GSM30204 1 0.6531 0.808 0.832 0.168
#> GSM30205 1 0.9460 0.381 0.636 0.364
#> GSM30206 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.6531 0.808 0.832 0.168
#> GSM30208 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.9993 0.284 0.484 0.516
#> GSM30210 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.2778 0.856 0.952 0.048
#> GSM30213 1 0.2603 0.855 0.956 0.044
#> GSM30214 1 0.2948 0.856 0.948 0.052
#> GSM30215 1 0.1633 0.853 0.976 0.024
#> GSM30216 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.4022 0.850 0.920 0.080
#> GSM30218 2 0.7883 0.789 0.236 0.764
#> GSM30219 2 0.8386 0.770 0.268 0.732
#> GSM30220 1 0.2043 0.854 0.968 0.032
#> GSM30221 1 0.5629 0.834 0.868 0.132
#> GSM30222 1 0.8763 0.608 0.704 0.296
#> GSM30223 1 0.1184 0.851 0.984 0.016
#> GSM30224 1 0.4562 0.847 0.904 0.096
#> GSM30225 1 0.0000 0.844 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.8386 0.771 0.268 0.732
#> GSM30227 1 0.0376 0.846 0.996 0.004
#> GSM30228 2 0.7139 0.800 0.196 0.804
#> GSM30229 1 0.8207 0.710 0.744 0.256
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.4960 0.6478 0.040 0.832 0.128
#> GSM30007 1 0.2356 0.8145 0.928 0.072 0.000
#> GSM30008 1 0.5845 0.6715 0.688 0.308 0.004
#> GSM30009 1 0.2711 0.8153 0.912 0.088 0.000
#> GSM30010 3 0.5291 0.7212 0.000 0.268 0.732
#> GSM30011 2 0.4964 0.6685 0.048 0.836 0.116
#> GSM30012 2 0.4342 0.7460 0.120 0.856 0.024
#> GSM30013 1 0.6148 0.6099 0.640 0.356 0.004
#> GSM30014 3 0.7130 0.4528 0.024 0.432 0.544
#> GSM30015 1 0.5785 0.6446 0.668 0.332 0.000
#> GSM30016 2 0.6505 -0.0124 0.468 0.528 0.004
#> GSM30017 1 0.0424 0.7969 0.992 0.008 0.000
#> GSM30018 1 0.2959 0.8115 0.900 0.100 0.000
#> GSM30019 2 0.2773 0.6836 0.024 0.928 0.048
#> GSM30020 1 0.5845 0.6715 0.688 0.308 0.004
#> GSM30021 2 0.5111 0.7457 0.144 0.820 0.036
#> GSM30022 1 0.1289 0.8070 0.968 0.032 0.000
#> GSM30023 1 0.6033 0.6421 0.660 0.336 0.004
#> GSM30024 2 0.5319 0.7317 0.104 0.824 0.072
#> GSM30025 1 0.4605 0.7719 0.796 0.204 0.000
#> GSM30026 1 0.0892 0.8015 0.980 0.020 0.000
#> GSM30027 1 0.4235 0.7660 0.824 0.176 0.000
#> GSM30028 1 0.6033 0.6421 0.660 0.336 0.004
#> GSM30029 1 0.0424 0.7969 0.992 0.008 0.000
#> GSM30030 1 0.1031 0.8033 0.976 0.024 0.000
#> GSM30031 1 0.3116 0.8152 0.892 0.108 0.000
#> GSM30032 2 0.6025 0.7235 0.140 0.784 0.076
#> GSM30033 2 0.3293 0.7413 0.088 0.900 0.012
#> GSM30034 1 0.3879 0.8018 0.848 0.152 0.000
#> GSM30035 2 0.6497 0.5571 0.336 0.648 0.016
#> GSM30036 1 0.6111 0.4342 0.604 0.396 0.000
#> GSM30037 1 0.2625 0.8146 0.916 0.084 0.000
#> GSM30038 2 0.5517 0.6449 0.268 0.728 0.004
#> GSM30039 2 0.4526 0.7429 0.104 0.856 0.040
#> GSM30040 3 0.1411 0.7901 0.000 0.036 0.964
#> GSM30041 2 0.6008 0.0766 0.000 0.628 0.372
#> GSM30042 3 0.7130 0.4586 0.024 0.432 0.544
#> GSM30043 3 0.7584 0.2575 0.040 0.472 0.488
#> GSM30044 1 0.0424 0.7969 0.992 0.008 0.000
#> GSM30045 1 0.1753 0.8126 0.952 0.048 0.000
#> GSM30046 1 0.0424 0.7969 0.992 0.008 0.000
#> GSM30047 1 0.5902 0.6569 0.680 0.316 0.004
#> GSM30048 1 0.0424 0.7969 0.992 0.008 0.000
#> GSM30049 3 0.1411 0.7901 0.000 0.036 0.964
#> GSM30050 1 0.4750 0.7733 0.784 0.216 0.000
#> GSM30051 3 0.4931 0.7435 0.000 0.232 0.768
#> GSM30052 1 0.1643 0.8108 0.956 0.044 0.000
#> GSM30053 2 0.4779 0.7462 0.124 0.840 0.036
#> GSM30054 3 0.1289 0.7896 0.000 0.032 0.968
#> GSM30055 2 0.3293 0.7413 0.088 0.900 0.012
#> GSM30056 2 0.6677 0.7182 0.168 0.744 0.088
#> GSM30057 3 0.5733 0.6714 0.000 0.324 0.676
#> GSM30058 3 0.5692 0.7189 0.008 0.268 0.724
#> GSM30059 1 0.4346 0.7904 0.816 0.184 0.000
#> GSM30060 2 0.4479 0.6731 0.044 0.860 0.096
#> GSM30061 1 0.6205 0.6257 0.656 0.336 0.008
#> GSM30062 1 0.5138 0.7498 0.748 0.252 0.000
#> GSM30063 2 0.6372 0.6169 0.068 0.756 0.176
#> GSM30064 1 0.2537 0.8162 0.920 0.080 0.000
#> GSM30065 2 0.3771 0.7472 0.112 0.876 0.012
#> GSM30066 3 0.0000 0.7782 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.3752 0.8058 0.856 0.144 0.000
#> GSM30068 3 0.5733 0.6714 0.000 0.324 0.676
#> GSM30069 2 0.4925 0.7260 0.080 0.844 0.076
#> GSM30070 2 0.4605 0.7131 0.204 0.796 0.000
#> GSM30071 2 0.5656 0.6332 0.284 0.712 0.004
#> GSM30072 1 0.5244 0.7450 0.756 0.240 0.004
#> GSM30073 2 0.5706 0.5492 0.320 0.680 0.000
#> GSM30074 2 0.5938 0.6840 0.248 0.732 0.020
#> GSM30075 2 0.1620 0.6519 0.012 0.964 0.024
#> GSM30076 1 0.6104 0.6242 0.648 0.348 0.004
#> GSM30077 1 0.2448 0.8163 0.924 0.076 0.000
#> GSM30078 1 0.3816 0.8039 0.852 0.148 0.000
#> GSM30079 1 0.0892 0.7993 0.980 0.020 0.000
#> GSM30080 1 0.6521 0.2216 0.504 0.492 0.004
#> GSM30081 3 0.1964 0.7897 0.000 0.056 0.944
#> GSM30086 1 0.6314 0.5308 0.604 0.392 0.004
#> GSM30087 1 0.2625 0.8160 0.916 0.084 0.000
#> GSM30088 1 0.2261 0.8150 0.932 0.068 0.000
#> GSM30089 1 0.5016 0.7073 0.760 0.240 0.000
#> GSM30090 2 0.5467 0.5773 0.032 0.792 0.176
#> GSM30091 3 0.1411 0.7901 0.000 0.036 0.964
#> GSM30092 1 0.6057 0.6230 0.656 0.340 0.004
#> GSM30093 2 0.4379 0.7277 0.072 0.868 0.060
#> GSM30094 3 0.5926 0.5362 0.000 0.356 0.644
#> GSM30095 3 0.0000 0.7782 0.000 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.1163 0.8078 0.972 0.028 0.000
#> GSM30097 1 0.1964 0.8130 0.944 0.056 0.000
#> GSM30098 1 0.0592 0.7925 0.988 0.012 0.000
#> GSM30099 2 0.4443 0.6867 0.052 0.864 0.084
#> GSM30100 3 0.1411 0.7901 0.000 0.036 0.964
#> GSM30101 3 0.5678 0.6839 0.000 0.316 0.684
#> GSM30102 2 0.4249 0.7464 0.108 0.864 0.028
#> GSM30103 2 0.6195 0.6588 0.276 0.704 0.020
#> GSM30104 1 0.7158 0.4931 0.596 0.372 0.032
#> GSM30105 1 0.1964 0.8130 0.944 0.056 0.000
#> GSM30106 1 0.2711 0.7850 0.912 0.088 0.000
#> GSM30107 1 0.3619 0.8120 0.864 0.136 0.000
#> GSM30108 2 0.6521 0.0489 0.492 0.504 0.004
#> GSM30109 1 0.0424 0.7920 0.992 0.008 0.000
#> GSM30110 1 0.1031 0.8062 0.976 0.024 0.000
#> GSM30111 1 0.5956 0.6446 0.672 0.324 0.004
#> GSM30112 1 0.6516 0.2983 0.516 0.480 0.004
#> GSM30113 3 0.0424 0.7826 0.000 0.008 0.992
#> GSM30114 2 0.4700 0.7305 0.180 0.812 0.008
#> GSM30115 1 0.6460 0.4135 0.556 0.440 0.004
#> GSM30116 2 0.5852 0.6351 0.060 0.788 0.152
#> GSM30117 2 0.4953 0.7370 0.176 0.808 0.016
#> GSM30118 2 0.3995 0.7154 0.116 0.868 0.016
#> GSM30119 2 0.8549 0.0823 0.100 0.516 0.384
#> GSM30120 1 0.6500 0.3409 0.532 0.464 0.004
#> GSM30121 1 0.0424 0.7920 0.992 0.008 0.000
#> GSM30122 1 0.5722 0.6865 0.704 0.292 0.004
#> GSM30123 2 0.5831 0.6796 0.284 0.708 0.008
#> GSM30177 2 0.4887 0.7004 0.060 0.844 0.096
#> GSM30178 2 0.6520 -0.0949 0.488 0.508 0.004
#> GSM30179 1 0.4235 0.7923 0.824 0.176 0.000
#> GSM30180 1 0.5115 0.7551 0.768 0.228 0.004
#> GSM30181 2 0.6672 0.1455 0.472 0.520 0.008
#> GSM30182 1 0.1753 0.7879 0.952 0.048 0.000
#> GSM30183 1 0.0747 0.7998 0.984 0.016 0.000
#> GSM30184 2 0.5831 0.3334 0.008 0.708 0.284
#> GSM30185 1 0.6432 0.4084 0.568 0.428 0.004
#> GSM30186 2 0.4209 0.7506 0.128 0.856 0.016
#> GSM30187 1 0.4796 0.7636 0.780 0.220 0.000
#> GSM30188 1 0.0592 0.7925 0.988 0.012 0.000
#> GSM30189 1 0.4291 0.7898 0.820 0.180 0.000
#> GSM30190 3 0.5988 0.5225 0.000 0.368 0.632
#> GSM30191 2 0.6682 -0.0904 0.488 0.504 0.008
#> GSM30192 1 0.6468 0.2221 0.552 0.444 0.004
#> GSM30193 1 0.6460 0.2318 0.556 0.440 0.004
#> GSM30194 3 0.0424 0.7826 0.000 0.008 0.992
#> GSM30195 1 0.6468 0.3982 0.552 0.444 0.004
#> GSM30196 1 0.0747 0.8031 0.984 0.016 0.000
#> GSM30197 1 0.4654 0.7712 0.792 0.208 0.000
#> GSM30198 1 0.4399 0.7840 0.812 0.188 0.000
#> GSM30199 2 0.4068 0.7191 0.120 0.864 0.016
#> GSM30200 1 0.0892 0.7990 0.980 0.020 0.000
#> GSM30201 1 0.2796 0.8165 0.908 0.092 0.000
#> GSM30202 1 0.5098 0.7505 0.752 0.248 0.000
#> GSM30203 1 0.5327 0.7241 0.728 0.272 0.000
#> GSM30204 1 0.5480 0.7249 0.732 0.264 0.004
#> GSM30205 2 0.6500 0.0707 0.464 0.532 0.004
#> GSM30206 1 0.0592 0.7925 0.988 0.012 0.000
#> GSM30207 1 0.5517 0.7223 0.728 0.268 0.004
#> GSM30208 1 0.0592 0.8008 0.988 0.012 0.000
#> GSM30209 2 0.6473 0.5598 0.312 0.668 0.020
#> GSM30210 1 0.0592 0.7925 0.988 0.012 0.000
#> GSM30211 1 0.1753 0.7879 0.952 0.048 0.000
#> GSM30212 1 0.2711 0.8153 0.912 0.088 0.000
#> GSM30213 1 0.2625 0.8128 0.916 0.084 0.000
#> GSM30214 1 0.2878 0.8152 0.904 0.096 0.000
#> GSM30215 1 0.2356 0.8159 0.928 0.072 0.000
#> GSM30216 1 0.0424 0.7920 0.992 0.008 0.000
#> GSM30217 1 0.3816 0.8006 0.852 0.148 0.000
#> GSM30218 2 0.4475 0.7217 0.072 0.864 0.064
#> GSM30219 2 0.4479 0.7419 0.096 0.860 0.044
#> GSM30220 1 0.2066 0.8125 0.940 0.060 0.000
#> GSM30221 1 0.4750 0.7796 0.784 0.216 0.000
#> GSM30222 1 0.6495 0.3064 0.536 0.460 0.004
#> GSM30223 1 0.1289 0.8070 0.968 0.032 0.000
#> GSM30224 1 0.3941 0.8003 0.844 0.156 0.000
#> GSM30225 1 0.1753 0.7879 0.952 0.048 0.000
#> GSM30226 2 0.4399 0.7404 0.092 0.864 0.044
#> GSM30227 1 0.0592 0.7944 0.988 0.012 0.000
#> GSM30228 2 0.4665 0.6837 0.048 0.852 0.100
#> GSM30229 1 0.6339 0.5855 0.632 0.360 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.445 6.92e-01 0.040 0.820 0.124 0.016
#> GSM30007 1 0.289 4.62e-01 0.896 0.036 0.000 0.068
#> GSM30008 1 0.580 4.82e-01 0.668 0.264 0.000 0.068
#> GSM30009 1 0.357 4.39e-01 0.860 0.048 0.000 0.092
#> GSM30010 3 0.483 6.98e-01 0.008 0.252 0.728 0.012
#> GSM30011 2 0.445 7.08e-01 0.048 0.824 0.112 0.016
#> GSM30012 2 0.428 7.50e-01 0.124 0.828 0.020 0.028
#> GSM30013 1 0.601 4.59e-01 0.640 0.288 0.000 0.072
#> GSM30014 3 0.596 4.04e-01 0.012 0.424 0.544 0.020
#> GSM30015 1 0.621 4.62e-01 0.636 0.272 0.000 0.092
#> GSM30016 2 0.671 1.81e-02 0.456 0.456 0.000 0.088
#> GSM30017 1 0.472 -8.84e-02 0.672 0.004 0.000 0.324
#> GSM30018 1 0.588 1.37e-01 0.656 0.068 0.000 0.276
#> GSM30019 2 0.451 7.22e-01 0.048 0.836 0.056 0.060
#> GSM30020 1 0.580 4.82e-01 0.668 0.264 0.000 0.068
#> GSM30021 2 0.525 7.47e-01 0.128 0.784 0.036 0.052
#> GSM30022 1 0.472 -6.69e-05 0.692 0.008 0.000 0.300
#> GSM30023 1 0.599 4.69e-01 0.656 0.264 0.000 0.080
#> GSM30024 2 0.489 7.49e-01 0.116 0.800 0.068 0.016
#> GSM30025 1 0.459 5.06e-01 0.780 0.176 0.000 0.044
#> GSM30026 1 0.492 -1.20e-01 0.656 0.008 0.000 0.336
#> GSM30027 1 0.562 4.19e-01 0.724 0.152 0.000 0.124
#> GSM30028 1 0.599 4.69e-01 0.656 0.264 0.000 0.080
#> GSM30029 1 0.453 2.69e-02 0.704 0.004 0.000 0.292
#> GSM30030 1 0.481 -5.69e-02 0.676 0.008 0.000 0.316
#> GSM30031 1 0.347 4.91e-01 0.868 0.072 0.000 0.060
#> GSM30032 2 0.566 7.41e-01 0.132 0.760 0.072 0.036
#> GSM30033 2 0.524 7.04e-01 0.076 0.780 0.020 0.124
#> GSM30034 1 0.404 5.03e-01 0.832 0.112 0.000 0.056
#> GSM30035 2 0.653 5.23e-01 0.356 0.576 0.016 0.052
#> GSM30036 1 0.586 3.54e-01 0.612 0.340 0.000 0.048
#> GSM30037 1 0.350 4.49e-01 0.860 0.036 0.000 0.104
#> GSM30038 2 0.556 6.30e-01 0.260 0.684 0.000 0.056
#> GSM30039 2 0.448 7.52e-01 0.104 0.828 0.040 0.028
#> GSM30040 3 0.131 7.76e-01 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM30041 2 0.523 1.81e-01 0.004 0.620 0.368 0.008
#> GSM30042 3 0.605 4.15e-01 0.012 0.420 0.544 0.024
#> GSM30043 3 0.637 1.74e-01 0.044 0.464 0.484 0.008
#> GSM30044 1 0.440 8.11e-02 0.724 0.004 0.000 0.272
#> GSM30045 1 0.316 4.27e-01 0.872 0.020 0.000 0.108
#> GSM30046 1 0.468 -5.68e-02 0.680 0.004 0.000 0.316
#> GSM30047 1 0.617 4.61e-01 0.644 0.284 0.008 0.064
#> GSM30048 1 0.468 -5.68e-02 0.680 0.004 0.000 0.316
#> GSM30049 3 0.112 7.76e-01 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM30050 1 0.456 5.19e-01 0.796 0.140 0.000 0.064
#> GSM30051 3 0.443 7.22e-01 0.004 0.220 0.764 0.012
#> GSM30052 1 0.247 4.33e-01 0.908 0.012 0.000 0.080
#> GSM30053 2 0.477 7.50e-01 0.112 0.812 0.032 0.044
#> GSM30054 3 0.102 7.76e-01 0.000 0.032 0.968 0.000
#> GSM30055 2 0.524 7.04e-01 0.076 0.780 0.020 0.124
#> GSM30056 2 0.585 7.28e-01 0.164 0.732 0.084 0.020
#> GSM30057 3 0.508 6.41e-01 0.008 0.308 0.676 0.008
#> GSM30058 3 0.478 6.94e-01 0.004 0.264 0.720 0.012
#> GSM30059 1 0.379 5.15e-01 0.840 0.124 0.000 0.036
#> GSM30060 2 0.428 7.08e-01 0.044 0.840 0.092 0.024
#> GSM30061 1 0.584 4.66e-01 0.648 0.300 0.004 0.048
#> GSM30062 1 0.504 5.11e-01 0.744 0.204 0.000 0.052
#> GSM30063 2 0.605 6.46e-01 0.056 0.724 0.176 0.044
#> GSM30064 1 0.306 4.75e-01 0.888 0.040 0.000 0.072
#> GSM30065 2 0.551 7.21e-01 0.104 0.764 0.020 0.112
#> GSM30066 3 0.115 7.57e-01 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM30067 1 0.384 5.00e-01 0.844 0.104 0.000 0.052
#> GSM30068 3 0.508 6.41e-01 0.008 0.308 0.676 0.008
#> GSM30069 2 0.466 7.48e-01 0.096 0.816 0.072 0.016
#> GSM30070 2 0.504 6.99e-01 0.196 0.748 0.000 0.056
#> GSM30071 2 0.555 6.20e-01 0.280 0.672 0.000 0.048
#> GSM30072 1 0.538 4.82e-01 0.736 0.176 0.000 0.088
#> GSM30073 2 0.612 5.59e-01 0.308 0.620 0.000 0.072
#> GSM30074 2 0.585 6.66e-01 0.244 0.692 0.016 0.048
#> GSM30075 2 0.505 4.97e-01 0.004 0.724 0.028 0.244
#> GSM30076 1 0.594 4.67e-01 0.652 0.276 0.000 0.072
#> GSM30077 1 0.510 3.54e-01 0.748 0.064 0.000 0.188
#> GSM30078 1 0.459 5.06e-01 0.800 0.116 0.000 0.084
#> GSM30079 1 0.484 8.84e-03 0.688 0.012 0.000 0.300
#> GSM30080 1 0.648 2.02e-01 0.508 0.420 0.000 0.072
#> GSM30081 3 0.166 7.76e-01 0.000 0.052 0.944 0.004
#> GSM30086 1 0.614 4.27e-01 0.596 0.340 0.000 0.064
#> GSM30087 1 0.509 3.56e-01 0.752 0.068 0.000 0.180
#> GSM30088 1 0.536 2.59e-01 0.716 0.060 0.000 0.224
#> GSM30089 1 0.549 4.26e-01 0.720 0.200 0.000 0.080
#> GSM30090 2 0.485 6.34e-01 0.032 0.780 0.172 0.016
#> GSM30091 3 0.131 7.76e-01 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM30092 1 0.582 4.69e-01 0.652 0.288 0.000 0.060
#> GSM30093 2 0.392 7.51e-01 0.072 0.860 0.048 0.020
#> GSM30094 3 0.525 5.01e-01 0.000 0.336 0.644 0.020
#> GSM30095 3 0.115 7.56e-01 0.000 0.008 0.968 0.024
#> GSM30096 1 0.292 3.98e-01 0.876 0.008 0.000 0.116
#> GSM30097 1 0.395 3.04e-01 0.812 0.020 0.000 0.168
#> GSM30098 1 0.499 -5.23e-01 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM30099 2 0.406 7.17e-01 0.048 0.852 0.080 0.020
#> GSM30100 3 0.131 7.76e-01 0.000 0.036 0.960 0.004
#> GSM30101 3 0.505 6.57e-01 0.004 0.304 0.680 0.012
#> GSM30102 2 0.525 7.50e-01 0.112 0.784 0.024 0.080
#> GSM30103 2 0.656 6.59e-01 0.248 0.652 0.024 0.076
#> GSM30104 1 0.643 4.15e-01 0.604 0.332 0.032 0.032
#> GSM30105 1 0.395 3.04e-01 0.812 0.020 0.000 0.168
#> GSM30106 4 0.520 5.81e-01 0.416 0.008 0.000 0.576
#> GSM30107 1 0.390 4.84e-01 0.844 0.072 0.000 0.084
#> GSM30108 1 0.650 -1.17e-01 0.476 0.452 0.000 0.072
#> GSM30109 1 0.498 -4.95e-01 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM30110 1 0.303 3.94e-01 0.868 0.008 0.000 0.124
#> GSM30111 1 0.549 4.71e-01 0.664 0.296 0.000 0.040
#> GSM30112 1 0.729 2.75e-01 0.488 0.352 0.000 0.160
#> GSM30113 3 0.118 7.67e-01 0.000 0.016 0.968 0.016
#> GSM30114 2 0.534 7.18e-01 0.180 0.748 0.008 0.064
#> GSM30115 1 0.656 3.53e-01 0.552 0.360 0.000 0.088
#> GSM30116 2 0.528 6.70e-01 0.048 0.776 0.144 0.032
#> GSM30117 2 0.524 7.29e-01 0.180 0.756 0.012 0.052
#> GSM30118 2 0.559 6.75e-01 0.084 0.744 0.012 0.160
#> GSM30119 2 0.748 1.40e-01 0.080 0.496 0.388 0.036
#> GSM30120 1 0.662 2.95e-01 0.520 0.404 0.004 0.072
#> GSM30121 1 0.495 -4.39e-01 0.556 0.000 0.000 0.444
#> GSM30122 1 0.594 4.58e-01 0.684 0.212 0.000 0.104
#> GSM30123 2 0.635 6.62e-01 0.208 0.652 0.000 0.140
#> GSM30177 2 0.474 7.28e-01 0.056 0.820 0.088 0.036
#> GSM30178 1 0.644 8.54e-02 0.488 0.452 0.004 0.056
#> GSM30179 1 0.388 5.16e-01 0.836 0.124 0.000 0.040
#> GSM30180 1 0.532 4.80e-01 0.744 0.160 0.000 0.096
#> GSM30181 4 0.790 -3.71e-02 0.328 0.300 0.000 0.372
#> GSM30182 4 0.497 5.76e-01 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM30183 1 0.511 -2.20e-01 0.636 0.012 0.000 0.352
#> GSM30184 2 0.543 4.03e-01 0.012 0.680 0.288 0.020
#> GSM30185 1 0.734 2.88e-01 0.500 0.324 0.000 0.176
#> GSM30186 2 0.469 7.51e-01 0.132 0.804 0.012 0.052
#> GSM30187 1 0.451 5.14e-01 0.788 0.168 0.000 0.044
#> GSM30188 1 0.499 -5.56e-01 0.520 0.000 0.000 0.480
#> GSM30189 1 0.396 5.12e-01 0.832 0.124 0.000 0.044
#> GSM30190 3 0.531 4.85e-01 0.000 0.348 0.632 0.020
#> GSM30191 1 0.661 9.81e-02 0.496 0.440 0.012 0.052
#> GSM30192 1 0.776 -2.17e-02 0.432 0.264 0.000 0.304
#> GSM30193 1 0.774 -8.42e-03 0.440 0.264 0.000 0.296
#> GSM30194 3 0.118 7.67e-01 0.000 0.016 0.968 0.016
#> GSM30195 1 0.648 3.25e-01 0.540 0.392 0.004 0.064
#> GSM30196 1 0.380 2.29e-01 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM30197 1 0.485 5.13e-01 0.772 0.164 0.000 0.064
#> GSM30198 1 0.471 5.18e-01 0.784 0.152 0.000 0.064
#> GSM30199 2 0.550 6.82e-01 0.084 0.752 0.012 0.152
#> GSM30200 1 0.489 -2.02e-02 0.680 0.012 0.000 0.308
#> GSM30201 1 0.487 3.77e-01 0.764 0.056 0.000 0.180
#> GSM30202 1 0.479 5.15e-01 0.756 0.204 0.000 0.040
#> GSM30203 1 0.510 5.05e-01 0.732 0.220 0.000 0.048
#> GSM30204 1 0.525 5.00e-01 0.720 0.228 0.000 0.052
#> GSM30205 2 0.674 2.01e-01 0.420 0.488 0.000 0.092
#> GSM30206 1 0.498 -5.18e-01 0.540 0.000 0.000 0.460
#> GSM30207 1 0.525 4.98e-01 0.720 0.228 0.000 0.052
#> GSM30208 1 0.498 -2.99e-01 0.612 0.004 0.000 0.384
#> GSM30209 2 0.664 5.39e-01 0.292 0.612 0.012 0.084
#> GSM30210 1 0.497 -4.94e-01 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM30211 4 0.497 5.77e-01 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM30212 1 0.399 4.14e-01 0.832 0.048 0.000 0.120
#> GSM30213 1 0.511 3.14e-01 0.744 0.060 0.000 0.196
#> GSM30214 1 0.365 4.44e-01 0.856 0.052 0.000 0.092
#> GSM30215 1 0.340 4.37e-01 0.864 0.032 0.000 0.104
#> GSM30216 1 0.522 -4.05e-01 0.568 0.008 0.000 0.424
#> GSM30217 1 0.506 4.63e-01 0.768 0.128 0.000 0.104
#> GSM30218 2 0.393 7.43e-01 0.064 0.860 0.056 0.020
#> GSM30219 2 0.462 7.52e-01 0.096 0.824 0.032 0.048
#> GSM30220 1 0.264 4.46e-01 0.904 0.020 0.000 0.076
#> GSM30221 1 0.495 5.09e-01 0.772 0.144 0.000 0.084
#> GSM30222 1 0.717 2.20e-01 0.500 0.356 0.000 0.144
#> GSM30223 1 0.472 -6.69e-05 0.692 0.008 0.000 0.300
#> GSM30224 1 0.426 5.03e-01 0.820 0.112 0.000 0.068
#> GSM30225 1 0.491 -3.12e-01 0.580 0.000 0.000 0.420
#> GSM30226 2 0.464 7.50e-01 0.092 0.824 0.032 0.052
#> GSM30227 1 0.456 -9.53e-02 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM30228 2 0.414 7.21e-01 0.048 0.844 0.092 0.016
#> GSM30229 1 0.604 4.46e-01 0.620 0.324 0.004 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.3906 0.6762 0.000 0.032 0.128 0.024 0.816
#> GSM30007 4 0.3416 0.5172 0.096 0.020 0.000 0.852 0.032
#> GSM30008 4 0.4929 0.5566 0.028 0.024 0.000 0.692 0.256
#> GSM30009 4 0.4656 0.4626 0.156 0.028 0.000 0.764 0.052
#> GSM30010 3 0.4221 0.6890 0.000 0.032 0.732 0.000 0.236
#> GSM30011 5 0.3764 0.6832 0.000 0.032 0.116 0.024 0.828
#> GSM30012 5 0.4717 0.6591 0.008 0.084 0.020 0.108 0.780
#> GSM30013 4 0.5320 0.5192 0.036 0.028 0.000 0.652 0.284
#> GSM30014 3 0.5608 0.4386 0.004 0.056 0.548 0.004 0.388
#> GSM30015 4 0.5780 0.5056 0.084 0.016 0.000 0.616 0.284
#> GSM30016 4 0.5944 0.1004 0.052 0.024 0.000 0.468 0.456
#> GSM30017 4 0.4542 -0.3022 0.456 0.008 0.000 0.536 0.000
#> GSM30018 4 0.5745 0.0651 0.352 0.012 0.000 0.568 0.068
#> GSM30019 5 0.4380 0.6488 0.004 0.140 0.052 0.016 0.788
#> GSM30020 4 0.4929 0.5566 0.028 0.024 0.000 0.692 0.256
#> GSM30021 5 0.4958 0.6622 0.020 0.064 0.036 0.100 0.780
#> GSM30022 4 0.4645 -0.1980 0.424 0.008 0.000 0.564 0.004
#> GSM30023 4 0.5269 0.5307 0.044 0.024 0.000 0.668 0.264
#> GSM30024 5 0.4186 0.6991 0.008 0.032 0.072 0.064 0.824
#> GSM30025 4 0.4877 0.5762 0.056 0.020 0.000 0.732 0.192
#> GSM30026 1 0.4528 0.4349 0.548 0.000 0.000 0.444 0.008
#> GSM30027 4 0.6318 0.4393 0.104 0.072 0.000 0.644 0.180
#> GSM30028 4 0.5269 0.5307 0.044 0.024 0.000 0.668 0.264
#> GSM30029 4 0.4557 -0.1651 0.404 0.012 0.000 0.584 0.000
#> GSM30030 1 0.4559 0.3446 0.512 0.000 0.000 0.480 0.008
#> GSM30031 4 0.4233 0.5604 0.092 0.028 0.000 0.808 0.072
#> GSM30032 5 0.4579 0.6901 0.016 0.032 0.072 0.076 0.804
#> GSM30033 5 0.4901 0.6290 0.036 0.128 0.024 0.036 0.776
#> GSM30034 4 0.4520 0.5724 0.116 0.004 0.000 0.764 0.116
#> GSM30035 5 0.5989 0.3866 0.032 0.036 0.016 0.312 0.604
#> GSM30036 4 0.5904 0.3604 0.056 0.028 0.000 0.568 0.348
#> GSM30037 4 0.3915 0.5025 0.104 0.048 0.000 0.824 0.024
#> GSM30038 5 0.5615 0.5208 0.052 0.048 0.000 0.228 0.672
#> GSM30039 5 0.4811 0.6723 0.008 0.084 0.040 0.084 0.784
#> GSM30040 3 0.0955 0.7300 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM30041 5 0.5076 0.2346 0.000 0.028 0.372 0.008 0.592
#> GSM30042 3 0.5559 0.4383 0.004 0.052 0.548 0.004 0.392
#> GSM30043 3 0.5051 0.2083 0.000 0.024 0.488 0.004 0.484
#> GSM30044 4 0.4505 -0.0969 0.384 0.012 0.000 0.604 0.000
#> GSM30045 4 0.4021 0.4660 0.148 0.036 0.000 0.800 0.016
#> GSM30046 4 0.4538 -0.2768 0.452 0.008 0.000 0.540 0.000
#> GSM30047 4 0.5856 0.4995 0.016 0.068 0.008 0.620 0.288
#> GSM30048 4 0.4538 -0.2768 0.452 0.008 0.000 0.540 0.000
#> GSM30049 3 0.0794 0.7307 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM30050 4 0.4347 0.6078 0.076 0.008 0.000 0.780 0.136
#> GSM30051 3 0.3897 0.7040 0.000 0.028 0.768 0.000 0.204
#> GSM30052 4 0.3233 0.4823 0.112 0.028 0.000 0.852 0.008
#> GSM30053 5 0.4865 0.6643 0.016 0.080 0.032 0.088 0.784
#> GSM30054 3 0.0865 0.7289 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> GSM30055 5 0.4901 0.6290 0.036 0.128 0.024 0.036 0.776
#> GSM30056 5 0.5486 0.6380 0.008 0.036 0.084 0.148 0.724
#> GSM30057 3 0.4541 0.6453 0.000 0.032 0.680 0.000 0.288
#> GSM30058 3 0.4223 0.6868 0.000 0.028 0.724 0.000 0.248
#> GSM30059 4 0.4065 0.6029 0.056 0.016 0.000 0.808 0.120
#> GSM30060 5 0.3167 0.6805 0.004 0.036 0.092 0.004 0.864
#> GSM30061 4 0.5282 0.5344 0.028 0.024 0.004 0.652 0.292
#> GSM30062 4 0.4821 0.5973 0.040 0.032 0.000 0.740 0.188
#> GSM30063 5 0.5679 0.6144 0.004 0.080 0.172 0.044 0.700
#> GSM30064 4 0.3685 0.5313 0.112 0.016 0.000 0.832 0.040
#> GSM30065 5 0.5036 0.6391 0.028 0.112 0.024 0.064 0.772
#> GSM30066 3 0.1124 0.6990 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004
#> GSM30067 4 0.4377 0.5690 0.112 0.004 0.000 0.776 0.108
#> GSM30068 3 0.4541 0.6453 0.000 0.032 0.680 0.000 0.288
#> GSM30069 5 0.4011 0.6977 0.004 0.040 0.076 0.048 0.832
#> GSM30070 5 0.4998 0.5870 0.028 0.064 0.000 0.172 0.736
#> GSM30071 5 0.5630 0.4952 0.036 0.052 0.000 0.264 0.648
#> GSM30072 4 0.5073 0.5378 0.080 0.024 0.000 0.732 0.164
#> GSM30073 5 0.6076 0.3753 0.036 0.072 0.000 0.296 0.596
#> GSM30074 5 0.5852 0.5474 0.036 0.052 0.016 0.224 0.672
#> GSM30075 5 0.6024 0.2149 0.036 0.412 0.036 0.004 0.512
#> GSM30076 4 0.5326 0.5289 0.040 0.028 0.000 0.660 0.272
#> GSM30077 4 0.5196 0.2873 0.308 0.004 0.000 0.632 0.056
#> GSM30078 4 0.4496 0.5856 0.116 0.008 0.000 0.772 0.104
#> GSM30079 4 0.4899 -0.2834 0.456 0.012 0.000 0.524 0.008
#> GSM30080 4 0.6044 0.2974 0.032 0.052 0.000 0.512 0.404
#> GSM30081 3 0.1282 0.7329 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> GSM30086 4 0.5621 0.4649 0.028 0.044 0.000 0.608 0.320
#> GSM30087 4 0.5351 0.2959 0.304 0.004 0.000 0.624 0.068
#> GSM30088 4 0.5376 0.1033 0.356 0.004 0.000 0.584 0.056
#> GSM30089 4 0.5503 0.4611 0.088 0.028 0.000 0.692 0.192
#> GSM30090 5 0.4196 0.6321 0.000 0.036 0.176 0.012 0.776
#> GSM30091 3 0.0955 0.7302 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM30092 4 0.4873 0.5348 0.012 0.032 0.000 0.676 0.280
#> GSM30093 5 0.3245 0.7013 0.000 0.036 0.048 0.044 0.872
#> GSM30094 3 0.4570 0.4693 0.004 0.016 0.648 0.000 0.332
#> GSM30095 3 0.1205 0.6957 0.000 0.040 0.956 0.000 0.004
#> GSM30096 4 0.3759 0.4337 0.136 0.056 0.000 0.808 0.000
#> GSM30097 4 0.4796 0.2374 0.300 0.008 0.000 0.664 0.028
#> GSM30098 1 0.3530 0.7576 0.784 0.012 0.000 0.204 0.000
#> GSM30099 5 0.2954 0.6850 0.004 0.028 0.080 0.008 0.880
#> GSM30100 3 0.0955 0.7302 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> GSM30101 3 0.4464 0.6513 0.000 0.028 0.684 0.000 0.288
#> GSM30102 5 0.5906 0.6186 0.032 0.160 0.024 0.084 0.700
#> GSM30103 5 0.6007 0.5441 0.032 0.076 0.024 0.184 0.684
#> GSM30104 4 0.5775 0.4535 0.016 0.020 0.032 0.596 0.336
#> GSM30105 4 0.4796 0.2374 0.300 0.008 0.000 0.664 0.028
#> GSM30106 1 0.3736 0.6313 0.808 0.052 0.000 0.140 0.000
#> GSM30107 4 0.4375 0.5544 0.104 0.040 0.000 0.800 0.056
#> GSM30108 4 0.6238 -0.0778 0.076 0.024 0.000 0.452 0.448
#> GSM30109 1 0.3720 0.7593 0.760 0.012 0.000 0.228 0.000
#> GSM30110 4 0.3759 0.4286 0.136 0.056 0.000 0.808 0.000
#> GSM30111 4 0.4983 0.5355 0.028 0.020 0.000 0.672 0.280
#> GSM30112 4 0.7464 0.1951 0.076 0.152 0.000 0.464 0.308
#> GSM30113 3 0.1106 0.7116 0.000 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM30114 5 0.5217 0.6022 0.032 0.060 0.008 0.164 0.736
#> GSM30115 4 0.5865 0.4061 0.044 0.036 0.000 0.572 0.348
#> GSM30116 5 0.4256 0.6470 0.004 0.052 0.148 0.008 0.788
#> GSM30117 5 0.4610 0.6340 0.016 0.060 0.012 0.128 0.784
#> GSM30118 5 0.5980 0.4017 0.028 0.312 0.008 0.052 0.600
#> GSM30119 5 0.6689 0.0497 0.008 0.064 0.388 0.048 0.492
#> GSM30120 4 0.6260 0.3604 0.024 0.072 0.004 0.524 0.376
#> GSM30121 1 0.4193 0.7406 0.684 0.012 0.000 0.304 0.000
#> GSM30122 4 0.6163 0.4891 0.088 0.056 0.000 0.640 0.216
#> GSM30123 5 0.5407 0.4973 0.008 0.196 0.000 0.116 0.680
#> GSM30177 5 0.3945 0.6912 0.012 0.040 0.088 0.024 0.836
#> GSM30178 5 0.5924 -0.1432 0.028 0.036 0.004 0.460 0.472
#> GSM30179 4 0.3730 0.6041 0.040 0.020 0.000 0.832 0.108
#> GSM30180 4 0.5847 0.5559 0.132 0.040 0.000 0.680 0.148
#> GSM30181 2 0.5937 0.6678 0.072 0.688 0.000 0.124 0.116
#> GSM30182 1 0.3224 0.6817 0.824 0.016 0.000 0.160 0.000
#> GSM30183 1 0.5950 0.5228 0.468 0.072 0.000 0.448 0.012
#> GSM30184 5 0.4839 0.4160 0.004 0.040 0.288 0.000 0.668
#> GSM30185 4 0.7496 0.1810 0.100 0.120 0.000 0.460 0.320
#> GSM30186 5 0.4123 0.6770 0.016 0.068 0.012 0.080 0.824
#> GSM30187 4 0.4435 0.6023 0.056 0.012 0.000 0.768 0.164
#> GSM30188 1 0.4134 0.7469 0.744 0.032 0.000 0.224 0.000
#> GSM30189 4 0.4023 0.6013 0.048 0.020 0.000 0.812 0.120
#> GSM30190 3 0.4618 0.4539 0.004 0.016 0.636 0.000 0.344
#> GSM30191 4 0.6128 0.1299 0.028 0.036 0.012 0.468 0.456
#> GSM30192 2 0.7529 0.8170 0.096 0.496 0.000 0.248 0.160
#> GSM30193 2 0.7562 0.8088 0.096 0.488 0.000 0.256 0.160
#> GSM30194 3 0.1106 0.7116 0.000 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM30195 4 0.5894 0.3807 0.016 0.056 0.004 0.544 0.380
#> GSM30196 4 0.4817 0.1746 0.264 0.056 0.000 0.680 0.000
#> GSM30197 4 0.4312 0.6040 0.060 0.008 0.000 0.776 0.156
#> GSM30198 4 0.4498 0.6055 0.076 0.012 0.000 0.772 0.140
#> GSM30199 5 0.5892 0.4358 0.028 0.292 0.008 0.052 0.620
#> GSM30200 4 0.5000 -0.2863 0.460 0.012 0.000 0.516 0.012
#> GSM30201 4 0.5044 0.3882 0.240 0.012 0.000 0.692 0.056
#> GSM30202 4 0.4729 0.6022 0.044 0.024 0.000 0.744 0.188
#> GSM30203 4 0.4821 0.5874 0.040 0.024 0.000 0.728 0.208
#> GSM30204 4 0.4646 0.5801 0.032 0.020 0.000 0.732 0.216
#> GSM30205 5 0.6612 0.1078 0.068 0.056 0.000 0.400 0.476
#> GSM30206 1 0.4221 0.7570 0.732 0.032 0.000 0.236 0.000
#> GSM30207 4 0.4483 0.5767 0.024 0.020 0.000 0.740 0.216
#> GSM30208 1 0.5672 0.6286 0.520 0.060 0.000 0.412 0.008
#> GSM30209 5 0.5918 0.4297 0.020 0.076 0.012 0.244 0.648
#> GSM30210 1 0.4221 0.7570 0.732 0.032 0.000 0.236 0.000
#> GSM30211 1 0.3183 0.6887 0.828 0.016 0.000 0.156 0.000
#> GSM30212 4 0.5078 0.3991 0.204 0.028 0.000 0.716 0.052
#> GSM30213 4 0.5633 0.1312 0.340 0.016 0.000 0.588 0.056
#> GSM30214 4 0.4799 0.4673 0.164 0.028 0.000 0.752 0.056
#> GSM30215 4 0.4372 0.4847 0.128 0.048 0.000 0.792 0.032
#> GSM30216 1 0.5205 0.7247 0.632 0.048 0.000 0.312 0.008
#> GSM30217 4 0.6157 0.5083 0.108 0.080 0.000 0.668 0.144
#> GSM30218 5 0.2974 0.6997 0.004 0.028 0.056 0.024 0.888
#> GSM30219 5 0.3837 0.6900 0.012 0.060 0.032 0.048 0.848
#> GSM30220 4 0.3368 0.4903 0.120 0.020 0.000 0.844 0.016
#> GSM30221 4 0.4790 0.6030 0.080 0.028 0.000 0.764 0.128
#> GSM30222 4 0.7899 0.0584 0.128 0.208 0.000 0.460 0.204
#> GSM30223 4 0.4645 -0.1980 0.424 0.008 0.000 0.564 0.004
#> GSM30224 4 0.4706 0.5676 0.108 0.016 0.000 0.764 0.112
#> GSM30225 1 0.4327 0.5448 0.632 0.008 0.000 0.360 0.000
#> GSM30226 5 0.3982 0.6897 0.012 0.064 0.036 0.048 0.840
#> GSM30227 4 0.4659 -0.3807 0.492 0.012 0.000 0.496 0.000
#> GSM30228 5 0.3539 0.6912 0.000 0.032 0.092 0.028 0.848
#> GSM30229 4 0.5490 0.5054 0.020 0.036 0.004 0.616 0.324
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.340 0.5493 0.000 0.024 0.840 0.024 0.100 0.012
#> GSM30007 4 0.435 0.4685 0.160 0.012 0.020 0.760 0.000 0.048
#> GSM30008 4 0.485 0.6132 0.036 0.016 0.220 0.700 0.000 0.028
#> GSM30009 4 0.513 0.3163 0.268 0.000 0.036 0.640 0.000 0.056
#> GSM30010 5 0.395 0.6289 0.000 0.012 0.256 0.000 0.716 0.016
#> GSM30011 3 0.322 0.5603 0.000 0.020 0.852 0.024 0.092 0.012
#> GSM30012 3 0.470 0.5699 0.000 0.060 0.756 0.124 0.016 0.044
#> GSM30013 4 0.535 0.5861 0.036 0.028 0.232 0.664 0.000 0.040
#> GSM30014 5 0.537 0.3858 0.000 0.036 0.400 0.008 0.528 0.028
#> GSM30015 4 0.622 0.5353 0.068 0.012 0.236 0.588 0.000 0.096
#> GSM30016 4 0.601 0.2355 0.028 0.028 0.396 0.492 0.000 0.056
#> GSM30017 1 0.438 0.5425 0.588 0.008 0.000 0.388 0.000 0.016
#> GSM30018 1 0.556 0.2536 0.464 0.012 0.056 0.452 0.000 0.016
#> GSM30019 3 0.441 0.4947 0.000 0.104 0.784 0.024 0.040 0.048
#> GSM30020 4 0.485 0.6132 0.036 0.016 0.220 0.700 0.000 0.028
#> GSM30021 3 0.494 0.5730 0.000 0.056 0.748 0.116 0.032 0.048
#> GSM30022 1 0.438 0.4837 0.572 0.008 0.004 0.408 0.000 0.008
#> GSM30023 4 0.508 0.5958 0.028 0.024 0.212 0.692 0.000 0.044
#> GSM30024 3 0.428 0.5945 0.004 0.012 0.800 0.068 0.056 0.060
#> GSM30025 4 0.529 0.6051 0.060 0.024 0.164 0.704 0.000 0.048
#> GSM30026 1 0.402 0.5862 0.684 0.004 0.008 0.296 0.000 0.008
#> GSM30027 4 0.708 0.4534 0.104 0.080 0.156 0.568 0.000 0.092
#> GSM30028 4 0.508 0.5958 0.028 0.024 0.212 0.692 0.000 0.044
#> GSM30029 1 0.480 0.4615 0.524 0.008 0.000 0.432 0.000 0.036
#> GSM30030 1 0.393 0.5555 0.656 0.004 0.008 0.332 0.000 0.000
#> GSM30031 4 0.479 0.5292 0.112 0.024 0.040 0.756 0.000 0.068
#> GSM30032 3 0.450 0.5773 0.008 0.008 0.784 0.080 0.052 0.068
#> GSM30033 3 0.478 0.3580 0.008 0.008 0.692 0.040 0.012 0.240
#> GSM30034 4 0.476 0.5324 0.192 0.000 0.092 0.700 0.000 0.016
#> GSM30035 3 0.588 0.3742 0.056 0.012 0.600 0.280 0.008 0.044
#> GSM30036 4 0.575 0.4536 0.064 0.016 0.328 0.564 0.000 0.028
#> GSM30037 4 0.472 0.4445 0.128 0.032 0.012 0.748 0.000 0.080
#> GSM30038 3 0.576 0.4575 0.020 0.036 0.624 0.244 0.000 0.076
#> GSM30039 3 0.471 0.5740 0.000 0.060 0.768 0.096 0.032 0.044
#> GSM30040 5 0.130 0.7100 0.000 0.004 0.044 0.000 0.948 0.004
#> GSM30041 3 0.468 0.1521 0.000 0.008 0.612 0.012 0.348 0.020
#> GSM30042 5 0.537 0.3877 0.000 0.032 0.400 0.008 0.528 0.032
#> GSM30043 3 0.518 -0.2130 0.000 0.016 0.476 0.012 0.468 0.028
#> GSM30044 1 0.487 0.4068 0.496 0.008 0.000 0.456 0.000 0.040
#> GSM30045 4 0.501 0.3069 0.212 0.024 0.000 0.676 0.000 0.088
#> GSM30046 1 0.446 0.5274 0.580 0.008 0.000 0.392 0.000 0.020
#> GSM30047 4 0.579 0.5726 0.024 0.016 0.228 0.628 0.004 0.100
#> GSM30048 1 0.446 0.5274 0.580 0.008 0.000 0.392 0.000 0.020
#> GSM30049 5 0.122 0.7114 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948 0.000
#> GSM30050 4 0.465 0.6140 0.104 0.012 0.108 0.752 0.000 0.024
#> GSM30051 5 0.383 0.6498 0.000 0.012 0.224 0.000 0.744 0.020
#> GSM30052 4 0.425 0.4283 0.156 0.024 0.004 0.764 0.000 0.052
#> GSM30053 3 0.490 0.5713 0.000 0.068 0.752 0.104 0.028 0.048
#> GSM30054 5 0.162 0.7050 0.000 0.004 0.040 0.000 0.936 0.020
#> GSM30055 3 0.480 0.3488 0.008 0.008 0.688 0.040 0.012 0.244
#> GSM30056 3 0.494 0.5458 0.012 0.016 0.736 0.152 0.064 0.020
#> GSM30057 5 0.429 0.5753 0.000 0.012 0.308 0.000 0.660 0.020
#> GSM30058 5 0.421 0.6222 0.000 0.012 0.264 0.004 0.700 0.020
#> GSM30059 4 0.428 0.6070 0.092 0.008 0.096 0.780 0.000 0.024
#> GSM30060 3 0.324 0.5538 0.000 0.016 0.856 0.012 0.068 0.048
#> GSM30061 4 0.499 0.5948 0.032 0.008 0.264 0.660 0.000 0.036
#> GSM30062 4 0.473 0.6352 0.052 0.020 0.144 0.748 0.000 0.036
#> GSM30063 3 0.556 0.4379 0.000 0.068 0.692 0.056 0.152 0.032
#> GSM30064 4 0.432 0.4858 0.132 0.016 0.024 0.776 0.000 0.052
#> GSM30065 3 0.490 0.4173 0.008 0.004 0.696 0.068 0.012 0.212
#> GSM30066 5 0.189 0.6748 0.000 0.012 0.016 0.000 0.924 0.048
#> GSM30067 4 0.467 0.5277 0.192 0.000 0.092 0.704 0.000 0.012
#> GSM30068 5 0.429 0.5753 0.000 0.012 0.308 0.000 0.660 0.020
#> GSM30069 3 0.430 0.5951 0.000 0.020 0.796 0.068 0.068 0.048
#> GSM30070 3 0.514 0.5108 0.000 0.056 0.684 0.192 0.000 0.068
#> GSM30071 3 0.574 0.4443 0.012 0.044 0.608 0.268 0.000 0.068
#> GSM30072 4 0.530 0.5811 0.064 0.012 0.128 0.708 0.000 0.088
#> GSM30073 3 0.621 0.3621 0.012 0.068 0.532 0.324 0.000 0.064
#> GSM30074 3 0.594 0.4779 0.012 0.040 0.628 0.236 0.016 0.068
#> GSM30075 6 0.620 0.0000 0.000 0.156 0.340 0.000 0.028 0.476
#> GSM30076 4 0.531 0.5933 0.040 0.028 0.224 0.672 0.000 0.036
#> GSM30077 4 0.471 0.1478 0.364 0.000 0.028 0.592 0.000 0.016
#> GSM30078 4 0.445 0.5820 0.124 0.004 0.068 0.764 0.000 0.040
#> GSM30079 1 0.466 0.5207 0.588 0.016 0.000 0.372 0.000 0.024
#> GSM30080 4 0.577 0.3840 0.008 0.044 0.364 0.532 0.000 0.052
#> GSM30081 5 0.158 0.7117 0.000 0.008 0.064 0.000 0.928 0.000
#> GSM30086 4 0.553 0.5403 0.012 0.044 0.280 0.616 0.000 0.048
#> GSM30087 4 0.487 0.0965 0.384 0.000 0.040 0.564 0.000 0.012
#> GSM30088 4 0.478 -0.2144 0.456 0.000 0.028 0.504 0.000 0.012
#> GSM30089 4 0.587 0.5070 0.072 0.020 0.156 0.660 0.000 0.092
#> GSM30090 3 0.382 0.4949 0.000 0.016 0.792 0.020 0.156 0.016
#> GSM30091 5 0.115 0.7106 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952 0.000
#> GSM30092 4 0.476 0.5973 0.016 0.016 0.244 0.688 0.000 0.036
#> GSM30093 3 0.288 0.6020 0.000 0.016 0.880 0.056 0.032 0.016
#> GSM30094 5 0.432 0.2563 0.000 0.004 0.348 0.000 0.624 0.024
#> GSM30095 5 0.163 0.6463 0.000 0.012 0.000 0.000 0.928 0.060
#> GSM30096 4 0.539 0.2754 0.204 0.048 0.000 0.656 0.000 0.092
#> GSM30097 4 0.468 -0.0736 0.420 0.000 0.024 0.544 0.000 0.012
#> GSM30098 1 0.337 0.5086 0.820 0.004 0.000 0.060 0.000 0.116
#> GSM30099 3 0.306 0.5628 0.000 0.012 0.868 0.016 0.060 0.044
#> GSM30100 5 0.115 0.7106 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952 0.000
#> GSM30101 5 0.429 0.5782 0.000 0.012 0.308 0.000 0.660 0.020
#> GSM30102 3 0.590 0.4137 0.000 0.116 0.660 0.084 0.016 0.124
#> GSM30103 3 0.599 0.4368 0.024 0.020 0.644 0.184 0.016 0.112
#> GSM30104 4 0.527 0.5173 0.020 0.008 0.332 0.600 0.016 0.024
#> GSM30105 4 0.468 -0.0736 0.420 0.000 0.024 0.544 0.000 0.012
#> GSM30106 1 0.401 0.3726 0.728 0.004 0.000 0.040 0.000 0.228
#> GSM30107 4 0.525 0.5098 0.144 0.032 0.040 0.716 0.000 0.068
#> GSM30108 4 0.635 0.0209 0.048 0.012 0.396 0.456 0.000 0.088
#> GSM30109 1 0.364 0.5252 0.800 0.004 0.000 0.080 0.000 0.116
#> GSM30110 4 0.550 0.2513 0.204 0.056 0.000 0.648 0.000 0.092
#> GSM30111 4 0.514 0.6010 0.024 0.020 0.236 0.672 0.000 0.048
#> GSM30112 4 0.756 0.2585 0.032 0.168 0.256 0.440 0.000 0.104
#> GSM30113 5 0.181 0.6807 0.000 0.008 0.020 0.000 0.928 0.044
#> GSM30114 3 0.524 0.5284 0.000 0.052 0.692 0.180 0.008 0.068
#> GSM30115 4 0.570 0.4993 0.016 0.036 0.304 0.588 0.000 0.056
#> GSM30116 3 0.392 0.5113 0.000 0.016 0.800 0.016 0.128 0.040
#> GSM30117 3 0.427 0.5662 0.000 0.032 0.772 0.136 0.004 0.056
#> GSM30118 3 0.578 -0.1300 0.000 0.304 0.568 0.032 0.004 0.092
#> GSM30119 3 0.652 0.0701 0.000 0.060 0.468 0.064 0.380 0.028
#> GSM30120 4 0.581 0.4406 0.000 0.064 0.340 0.544 0.004 0.048
#> GSM30121 1 0.372 0.5733 0.792 0.004 0.000 0.128 0.000 0.076
#> GSM30122 4 0.676 0.5122 0.084 0.040 0.164 0.584 0.000 0.128
#> GSM30123 3 0.539 0.2897 0.000 0.256 0.628 0.076 0.000 0.040
#> GSM30177 3 0.354 0.5764 0.000 0.024 0.844 0.024 0.068 0.040
#> GSM30178 4 0.547 0.1701 0.024 0.024 0.448 0.480 0.000 0.024
#> GSM30179 4 0.433 0.6097 0.068 0.020 0.080 0.792 0.000 0.040
#> GSM30180 4 0.662 0.5187 0.156 0.036 0.108 0.600 0.000 0.100
#> GSM30181 2 0.246 0.3883 0.004 0.892 0.072 0.024 0.000 0.008
#> GSM30182 1 0.389 0.4199 0.768 0.008 0.000 0.052 0.000 0.172
#> GSM30183 1 0.640 0.4970 0.528 0.124 0.000 0.272 0.000 0.076
#> GSM30184 3 0.431 0.2679 0.000 0.016 0.692 0.000 0.264 0.028
#> GSM30185 4 0.789 0.2260 0.064 0.144 0.268 0.416 0.000 0.108
#> GSM30186 3 0.387 0.5897 0.000 0.036 0.812 0.088 0.004 0.060
#> GSM30187 4 0.446 0.6204 0.072 0.012 0.120 0.768 0.000 0.028
#> GSM30188 1 0.476 0.4725 0.736 0.060 0.000 0.076 0.000 0.128
#> GSM30189 4 0.451 0.6051 0.080 0.016 0.088 0.776 0.000 0.040
#> GSM30190 5 0.435 0.2428 0.000 0.004 0.360 0.000 0.612 0.024
#> GSM30191 4 0.554 0.1717 0.028 0.024 0.444 0.480 0.000 0.024
#> GSM30192 2 0.580 0.7159 0.040 0.656 0.112 0.168 0.000 0.024
#> GSM30193 2 0.592 0.7069 0.044 0.644 0.112 0.176 0.000 0.024
#> GSM30194 5 0.181 0.6807 0.000 0.008 0.020 0.000 0.928 0.044
#> GSM30195 4 0.555 0.4574 0.000 0.044 0.340 0.564 0.004 0.048
#> GSM30196 4 0.615 -0.1958 0.352 0.056 0.000 0.496 0.000 0.096
#> GSM30197 4 0.398 0.6144 0.076 0.004 0.104 0.796 0.000 0.020
#> GSM30198 4 0.415 0.6093 0.092 0.004 0.088 0.788 0.000 0.028
#> GSM30199 3 0.568 -0.0550 0.000 0.280 0.592 0.032 0.004 0.092
#> GSM30200 1 0.457 0.5237 0.596 0.008 0.008 0.372 0.000 0.016
#> GSM30201 4 0.519 0.1676 0.320 0.004 0.032 0.604 0.000 0.040
#> GSM30202 4 0.495 0.6321 0.068 0.020 0.136 0.736 0.000 0.040
#> GSM30203 4 0.459 0.6279 0.048 0.016 0.160 0.748 0.000 0.028
#> GSM30204 4 0.446 0.6287 0.044 0.012 0.172 0.748 0.000 0.024
#> GSM30205 3 0.683 -0.0294 0.036 0.028 0.404 0.396 0.000 0.136
#> GSM30206 1 0.473 0.4866 0.740 0.060 0.000 0.080 0.000 0.120
#> GSM30207 4 0.433 0.6259 0.036 0.012 0.172 0.756 0.000 0.024
#> GSM30208 1 0.623 0.5123 0.588 0.112 0.004 0.212 0.000 0.084
#> GSM30209 3 0.570 0.4355 0.000 0.056 0.624 0.244 0.008 0.068
#> GSM30210 1 0.468 0.4917 0.744 0.056 0.000 0.084 0.000 0.116
#> GSM30211 1 0.377 0.4308 0.780 0.008 0.000 0.048 0.000 0.164
#> GSM30212 4 0.526 0.1991 0.328 0.000 0.036 0.588 0.000 0.048
#> GSM30213 4 0.548 -0.1499 0.456 0.000 0.040 0.460 0.000 0.044
#> GSM30214 4 0.509 0.3848 0.248 0.000 0.040 0.656 0.000 0.056
#> GSM30215 4 0.557 0.4190 0.164 0.060 0.024 0.684 0.000 0.068
#> GSM30216 1 0.495 0.5726 0.716 0.076 0.000 0.148 0.000 0.060
#> GSM30217 4 0.696 0.4742 0.112 0.088 0.108 0.588 0.000 0.104
#> GSM30218 3 0.321 0.5883 0.000 0.012 0.864 0.040 0.040 0.044
#> GSM30219 3 0.340 0.5856 0.000 0.028 0.852 0.048 0.016 0.056
#> GSM30220 4 0.417 0.4086 0.184 0.012 0.004 0.752 0.000 0.048
#> GSM30221 4 0.485 0.6095 0.076 0.020 0.084 0.756 0.000 0.064
#> GSM30222 4 0.820 0.1244 0.092 0.172 0.152 0.420 0.000 0.164
#> GSM30223 1 0.438 0.4837 0.572 0.008 0.004 0.408 0.000 0.008
#> GSM30224 4 0.494 0.5153 0.192 0.008 0.080 0.700 0.000 0.020
#> GSM30225 1 0.539 0.4517 0.592 0.008 0.000 0.272 0.000 0.128
#> GSM30226 3 0.348 0.5859 0.000 0.032 0.848 0.048 0.016 0.056
#> GSM30227 1 0.414 0.5682 0.644 0.008 0.000 0.336 0.000 0.012
#> GSM30228 3 0.313 0.5750 0.000 0.020 0.864 0.036 0.068 0.012
#> GSM30229 4 0.536 0.5760 0.024 0.012 0.284 0.628 0.004 0.048
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> CV:hclust 156 0.0478 2
#> CV:hclust 144 0.1286 3
#> CV:hclust 75 0.0583 4
#> CV:hclust 102 0.0135 5
#> CV:hclust 92 0.4842 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.890 0.929 0.971 0.4835 0.514 0.514
#> 3 3 0.591 0.783 0.895 0.3067 0.660 0.440
#> 4 4 0.542 0.677 0.777 0.1509 0.749 0.427
#> 5 5 0.566 0.516 0.693 0.0708 0.938 0.777
#> 6 6 0.614 0.554 0.636 0.0431 0.887 0.562
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30013 1 0.730 0.7361 0.796 0.204
#> GSM30014 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30016 1 0.775 0.6984 0.772 0.228
#> GSM30017 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30021 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30024 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30025 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30027 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30033 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30034 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30036 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30037 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30038 2 0.730 0.7444 0.204 0.796
#> GSM30039 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30061 2 0.788 0.6993 0.236 0.764
#> GSM30062 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30066 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30070 2 0.821 0.6641 0.256 0.744
#> GSM30071 2 0.552 0.8378 0.128 0.872
#> GSM30072 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30073 1 0.987 0.1935 0.568 0.432
#> GSM30074 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30075 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30076 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30080 1 0.563 0.8375 0.868 0.132
#> GSM30081 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.260 0.9373 0.956 0.044
#> GSM30087 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30089 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30100 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30103 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30104 2 0.722 0.7485 0.200 0.800
#> GSM30105 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30108 2 0.987 0.2646 0.432 0.568
#> GSM30109 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.595 0.8221 0.856 0.144
#> GSM30112 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.975 0.3328 0.408 0.592
#> GSM30115 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30116 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.714 0.7539 0.196 0.804
#> GSM30118 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30119 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30120 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.615 0.8109 0.152 0.848
#> GSM30177 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30178 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30179 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30181 1 0.388 0.9040 0.924 0.076
#> GSM30182 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.224 0.9452 0.964 0.036
#> GSM30186 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30187 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.745 0.7320 0.212 0.788
#> GSM30192 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30193 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30200 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30205 2 1.000 0.0776 0.488 0.512
#> GSM30206 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.714 0.7485 0.804 0.196
#> GSM30208 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30209 1 0.973 0.2870 0.596 0.404
#> GSM30210 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30219 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30227 1 0.000 0.9784 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.000 0.9544 0.000 1.000
#> GSM30229 1 0.430 0.8903 0.912 0.088
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.5327 0.545 0.000 0.728 0.272
#> GSM30007 1 0.5926 0.511 0.644 0.356 0.000
#> GSM30008 2 0.6260 0.133 0.448 0.552 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.5621 0.472 0.000 0.692 0.308
#> GSM30012 2 0.5621 0.472 0.000 0.692 0.308
#> GSM30013 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30014 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30015 2 0.6140 0.288 0.404 0.596 0.000
#> GSM30016 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30017 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30019 3 0.5785 0.554 0.000 0.332 0.668
#> GSM30020 2 0.6008 0.378 0.372 0.628 0.000
#> GSM30021 2 0.1031 0.842 0.000 0.976 0.024
#> GSM30022 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.6126 0.399 0.600 0.400 0.000
#> GSM30024 2 0.1289 0.839 0.000 0.968 0.032
#> GSM30025 2 0.5216 0.641 0.260 0.740 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.4235 0.740 0.176 0.824 0.000
#> GSM30028 1 0.4555 0.775 0.800 0.200 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.3192 0.844 0.888 0.112 0.000
#> GSM30032 2 0.3038 0.786 0.000 0.896 0.104
#> GSM30033 2 0.1163 0.840 0.000 0.972 0.028
#> GSM30034 1 0.3192 0.845 0.888 0.112 0.000
#> GSM30035 2 0.0892 0.842 0.000 0.980 0.020
#> GSM30036 2 0.2959 0.819 0.100 0.900 0.000
#> GSM30037 1 0.5706 0.587 0.680 0.320 0.000
#> GSM30038 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30039 2 0.5591 0.481 0.000 0.696 0.304
#> GSM30040 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30041 3 0.2448 0.882 0.000 0.076 0.924
#> GSM30042 3 0.2537 0.881 0.000 0.080 0.920
#> GSM30043 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30047 2 0.5254 0.612 0.264 0.736 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.5058 0.727 0.756 0.244 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.5138 0.707 0.748 0.252 0.000
#> GSM30053 2 0.5650 0.476 0.000 0.688 0.312
#> GSM30054 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30055 2 0.1643 0.833 0.000 0.956 0.044
#> GSM30056 2 0.2261 0.820 0.000 0.932 0.068
#> GSM30057 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30058 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30059 2 0.4121 0.761 0.168 0.832 0.000
#> GSM30060 3 0.2625 0.879 0.000 0.084 0.916
#> GSM30061 2 0.0592 0.843 0.000 0.988 0.012
#> GSM30062 2 0.2625 0.823 0.084 0.916 0.000
#> GSM30063 3 0.1860 0.895 0.000 0.052 0.948
#> GSM30064 1 0.3192 0.844 0.888 0.112 0.000
#> GSM30065 2 0.1643 0.833 0.000 0.956 0.044
#> GSM30066 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.4178 0.803 0.828 0.172 0.000
#> GSM30068 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30069 2 0.6026 0.298 0.000 0.624 0.376
#> GSM30070 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30071 2 0.0848 0.844 0.008 0.984 0.008
#> GSM30072 1 0.4842 0.748 0.776 0.224 0.000
#> GSM30073 2 0.0747 0.845 0.016 0.984 0.000
#> GSM30074 2 0.1031 0.842 0.000 0.976 0.024
#> GSM30075 2 0.1529 0.833 0.000 0.960 0.040
#> GSM30076 2 0.6045 0.355 0.380 0.620 0.000
#> GSM30077 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30078 1 0.4235 0.769 0.824 0.176 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30081 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.0747 0.845 0.016 0.984 0.000
#> GSM30087 1 0.0592 0.890 0.988 0.012 0.000
#> GSM30088 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30089 2 0.2261 0.836 0.068 0.932 0.000
#> GSM30090 3 0.5254 0.691 0.000 0.264 0.736
#> GSM30091 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.3482 0.797 0.128 0.872 0.000
#> GSM30093 2 0.2537 0.809 0.000 0.920 0.080
#> GSM30094 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30095 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30096 1 0.4291 0.806 0.820 0.180 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30099 3 0.5016 0.729 0.000 0.240 0.760
#> GSM30100 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.1163 0.840 0.000 0.972 0.028
#> GSM30103 2 0.0892 0.842 0.000 0.980 0.020
#> GSM30104 2 0.0892 0.842 0.000 0.980 0.020
#> GSM30105 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30107 1 0.4291 0.798 0.820 0.180 0.000
#> GSM30108 2 0.1129 0.846 0.020 0.976 0.004
#> GSM30109 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30110 1 0.0592 0.892 0.988 0.012 0.000
#> GSM30111 2 0.1031 0.845 0.024 0.976 0.000
#> GSM30112 2 0.1529 0.842 0.040 0.960 0.000
#> GSM30113 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30114 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30115 2 0.3116 0.814 0.108 0.892 0.000
#> GSM30116 3 0.2537 0.882 0.000 0.080 0.920
#> GSM30117 2 0.0747 0.843 0.000 0.984 0.016
#> GSM30118 2 0.3038 0.791 0.000 0.896 0.104
#> GSM30119 3 0.5465 0.636 0.000 0.288 0.712
#> GSM30120 2 0.2796 0.822 0.092 0.908 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.5760 0.593 0.672 0.328 0.000
#> GSM30123 2 0.0424 0.843 0.000 0.992 0.008
#> GSM30177 2 0.3619 0.748 0.000 0.864 0.136
#> GSM30178 2 0.3340 0.801 0.120 0.880 0.000
#> GSM30179 2 0.6095 0.288 0.392 0.608 0.000
#> GSM30180 1 0.5254 0.648 0.736 0.264 0.000
#> GSM30181 2 0.4504 0.709 0.196 0.804 0.000
#> GSM30182 1 0.0747 0.889 0.984 0.016 0.000
#> GSM30183 1 0.0592 0.889 0.988 0.012 0.000
#> GSM30184 3 0.5254 0.695 0.000 0.264 0.736
#> GSM30185 2 0.1289 0.841 0.032 0.968 0.000
#> GSM30186 2 0.1163 0.840 0.000 0.972 0.028
#> GSM30187 2 0.5529 0.540 0.296 0.704 0.000
#> GSM30188 1 0.0747 0.889 0.984 0.016 0.000
#> GSM30189 1 0.6192 0.392 0.580 0.420 0.000
#> GSM30190 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30191 2 0.0747 0.843 0.000 0.984 0.016
#> GSM30192 2 0.4121 0.752 0.168 0.832 0.000
#> GSM30193 1 0.4062 0.780 0.836 0.164 0.000
#> GSM30194 3 0.0237 0.912 0.000 0.004 0.996
#> GSM30195 2 0.2625 0.826 0.084 0.916 0.000
#> GSM30196 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30197 2 0.6180 0.246 0.416 0.584 0.000
#> GSM30198 1 0.3482 0.837 0.872 0.128 0.000
#> GSM30199 2 0.3192 0.784 0.000 0.888 0.112
#> GSM30200 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30202 2 0.2878 0.820 0.096 0.904 0.000
#> GSM30203 2 0.3267 0.802 0.116 0.884 0.000
#> GSM30204 1 0.4062 0.809 0.836 0.164 0.000
#> GSM30205 2 0.0983 0.846 0.016 0.980 0.004
#> GSM30206 1 0.0747 0.889 0.984 0.016 0.000
#> GSM30207 2 0.2261 0.833 0.068 0.932 0.000
#> GSM30208 1 0.0592 0.889 0.988 0.012 0.000
#> GSM30209 2 0.0424 0.843 0.000 0.992 0.008
#> GSM30210 1 0.0592 0.889 0.988 0.012 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.1031 0.885 0.976 0.024 0.000
#> GSM30214 1 0.4504 0.779 0.804 0.196 0.000
#> GSM30215 1 0.4291 0.806 0.820 0.180 0.000
#> GSM30216 1 0.0592 0.889 0.988 0.012 0.000
#> GSM30217 1 0.6260 0.286 0.552 0.448 0.000
#> GSM30218 2 0.2959 0.790 0.000 0.900 0.100
#> GSM30219 3 0.5810 0.579 0.000 0.336 0.664
#> GSM30220 1 0.3192 0.844 0.888 0.112 0.000
#> GSM30221 2 0.5254 0.615 0.264 0.736 0.000
#> GSM30222 2 0.6225 0.288 0.432 0.568 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.5529 0.636 0.704 0.296 0.000
#> GSM30225 1 0.0237 0.892 0.996 0.004 0.000
#> GSM30226 2 0.2796 0.798 0.000 0.908 0.092
#> GSM30227 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000
#> GSM30228 3 0.6154 0.397 0.000 0.408 0.592
#> GSM30229 2 0.1964 0.837 0.056 0.944 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.2197 0.7605 0.000 0.916 0.080 0.004
#> GSM30007 4 0.5035 0.6756 0.196 0.056 0.000 0.748
#> GSM30008 4 0.4920 0.7236 0.088 0.136 0.000 0.776
#> GSM30009 1 0.3219 0.8243 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM30010 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30011 2 0.2593 0.7484 0.000 0.892 0.104 0.004
#> GSM30012 2 0.3149 0.7537 0.000 0.880 0.088 0.032
#> GSM30013 2 0.4998 -0.3467 0.000 0.512 0.000 0.488
#> GSM30014 3 0.3024 0.7790 0.000 0.148 0.852 0.000
#> GSM30015 4 0.5690 0.6729 0.060 0.268 0.000 0.672
#> GSM30016 2 0.2773 0.7450 0.000 0.880 0.004 0.116
#> GSM30017 1 0.2216 0.8696 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM30018 1 0.3486 0.8250 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM30019 2 0.3479 0.7092 0.000 0.840 0.148 0.012
#> GSM30020 4 0.4904 0.6979 0.040 0.216 0.000 0.744
#> GSM30021 2 0.2473 0.7656 0.000 0.908 0.012 0.080
#> GSM30022 1 0.2408 0.8657 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM30023 4 0.5784 0.6560 0.200 0.100 0.000 0.700
#> GSM30024 2 0.2125 0.7779 0.000 0.920 0.004 0.076
#> GSM30025 4 0.4804 0.6976 0.072 0.148 0.000 0.780
#> GSM30026 1 0.1637 0.8772 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM30027 4 0.4482 0.6953 0.068 0.128 0.000 0.804
#> GSM30028 4 0.5848 0.6367 0.228 0.088 0.000 0.684
#> GSM30029 1 0.2345 0.8665 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM30030 1 0.2408 0.8655 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM30031 4 0.5650 0.2772 0.432 0.024 0.000 0.544
#> GSM30032 2 0.3813 0.7669 0.000 0.828 0.024 0.148
#> GSM30033 2 0.3300 0.7644 0.000 0.848 0.008 0.144
#> GSM30034 4 0.5881 0.1803 0.420 0.036 0.000 0.544
#> GSM30035 2 0.3539 0.7457 0.000 0.820 0.004 0.176
#> GSM30036 4 0.4690 0.6373 0.012 0.276 0.000 0.712
#> GSM30037 4 0.5026 0.5349 0.312 0.016 0.000 0.672
#> GSM30038 2 0.2466 0.7578 0.000 0.900 0.004 0.096
#> GSM30039 2 0.3082 0.7564 0.000 0.884 0.084 0.032
#> GSM30040 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 3 0.4855 0.3093 0.000 0.400 0.600 0.000
#> GSM30042 2 0.5119 0.0715 0.000 0.556 0.440 0.004
#> GSM30043 3 0.0469 0.8826 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM30044 1 0.2469 0.8635 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM30045 4 0.4961 0.2553 0.448 0.000 0.000 0.552
#> GSM30046 1 0.1716 0.8777 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM30047 4 0.4483 0.6259 0.004 0.284 0.000 0.712
#> GSM30048 1 0.2345 0.8675 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM30049 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.6216 0.6493 0.240 0.108 0.000 0.652
#> GSM30051 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 4 0.4635 0.6521 0.216 0.028 0.000 0.756
#> GSM30053 2 0.3015 0.7532 0.000 0.884 0.092 0.024
#> GSM30054 3 0.0188 0.8853 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30055 2 0.2149 0.7790 0.000 0.912 0.000 0.088
#> GSM30056 2 0.3525 0.7764 0.000 0.860 0.040 0.100
#> GSM30057 3 0.1716 0.8530 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM30058 3 0.0469 0.8826 0.000 0.012 0.988 0.000
#> GSM30059 4 0.3821 0.7173 0.040 0.120 0.000 0.840
#> GSM30060 2 0.5126 0.1099 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM30061 2 0.4776 0.3268 0.000 0.624 0.000 0.376
#> GSM30062 4 0.3975 0.6401 0.000 0.240 0.000 0.760
#> GSM30063 3 0.3726 0.6803 0.000 0.212 0.788 0.000
#> GSM30064 4 0.5724 0.3005 0.424 0.028 0.000 0.548
#> GSM30065 2 0.0524 0.7804 0.000 0.988 0.004 0.008
#> GSM30066 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 4 0.5277 0.5485 0.304 0.028 0.000 0.668
#> GSM30068 3 0.1716 0.8530 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM30069 2 0.3384 0.7322 0.000 0.860 0.116 0.024
#> GSM30070 2 0.2773 0.7457 0.000 0.880 0.004 0.116
#> GSM30071 2 0.2831 0.7443 0.000 0.876 0.004 0.120
#> GSM30072 4 0.5988 0.6388 0.224 0.100 0.000 0.676
#> GSM30073 2 0.3610 0.7104 0.000 0.800 0.000 0.200
#> GSM30074 2 0.2611 0.7580 0.000 0.896 0.008 0.096
#> GSM30075 2 0.2714 0.7765 0.000 0.884 0.004 0.112
#> GSM30076 4 0.5321 0.6520 0.032 0.296 0.000 0.672
#> GSM30077 1 0.2345 0.8652 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM30078 4 0.5472 0.6139 0.280 0.044 0.000 0.676
#> GSM30079 1 0.2149 0.8714 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM30080 2 0.4961 -0.2035 0.000 0.552 0.000 0.448
#> GSM30081 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 4 0.4998 0.3671 0.000 0.488 0.000 0.512
#> GSM30087 1 0.2011 0.8607 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM30088 1 0.3074 0.8541 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM30089 4 0.5537 0.6709 0.056 0.256 0.000 0.688
#> GSM30090 3 0.5126 0.1892 0.000 0.444 0.552 0.004
#> GSM30091 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.4673 0.6341 0.008 0.292 0.000 0.700
#> GSM30093 2 0.3734 0.7734 0.000 0.848 0.044 0.108
#> GSM30094 3 0.0188 0.8853 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30095 3 0.0188 0.8853 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30096 4 0.3907 0.6085 0.232 0.000 0.000 0.768
#> GSM30097 1 0.2216 0.8791 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM30098 1 0.0469 0.8762 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30099 3 0.6082 0.0157 0.000 0.476 0.480 0.044
#> GSM30100 3 0.0000 0.8858 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 3 0.0707 0.8789 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM30102 2 0.2662 0.7837 0.000 0.900 0.016 0.084
#> GSM30103 2 0.3448 0.7559 0.000 0.828 0.004 0.168
#> GSM30104 2 0.3306 0.7535 0.000 0.840 0.004 0.156
#> GSM30105 1 0.2469 0.8663 0.892 0.000 0.000 0.108
#> GSM30106 1 0.2450 0.8468 0.912 0.016 0.000 0.072
#> GSM30107 4 0.5444 0.6039 0.264 0.048 0.000 0.688
#> GSM30108 2 0.3612 0.7225 0.012 0.840 0.004 0.144
#> GSM30109 1 0.0188 0.8746 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30110 1 0.4250 0.7263 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM30111 4 0.4866 0.4503 0.000 0.404 0.000 0.596
#> GSM30112 4 0.4277 0.6519 0.000 0.280 0.000 0.720
#> GSM30113 3 0.0188 0.8853 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30114 2 0.2469 0.7437 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM30115 4 0.5149 0.6110 0.016 0.336 0.000 0.648
#> GSM30116 2 0.5808 0.1539 0.000 0.544 0.424 0.032
#> GSM30117 2 0.3751 0.7340 0.000 0.800 0.004 0.196
#> GSM30118 2 0.4139 0.7622 0.000 0.800 0.024 0.176
#> GSM30119 2 0.3711 0.7150 0.000 0.836 0.140 0.024
#> GSM30120 4 0.4585 0.6100 0.000 0.332 0.000 0.668
#> GSM30121 1 0.0469 0.8762 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30122 4 0.3611 0.7022 0.060 0.080 0.000 0.860
#> GSM30123 2 0.4535 0.6677 0.000 0.704 0.004 0.292
#> GSM30177 2 0.4364 0.7638 0.000 0.808 0.056 0.136
#> GSM30178 4 0.4382 0.5991 0.000 0.296 0.000 0.704
#> GSM30179 4 0.2706 0.7080 0.020 0.080 0.000 0.900
#> GSM30180 4 0.4872 0.5035 0.356 0.004 0.000 0.640
#> GSM30181 4 0.5265 0.6573 0.092 0.160 0.000 0.748
#> GSM30182 1 0.1867 0.8577 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM30183 1 0.2921 0.8258 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM30184 3 0.5060 0.2806 0.000 0.412 0.584 0.004
#> GSM30185 4 0.4677 0.6358 0.040 0.192 0.000 0.768
#> GSM30186 2 0.4095 0.7405 0.000 0.792 0.016 0.192
#> GSM30187 4 0.4574 0.6661 0.024 0.220 0.000 0.756
#> GSM30188 1 0.2345 0.8431 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM30189 4 0.3764 0.7049 0.076 0.072 0.000 0.852
#> GSM30190 3 0.0188 0.8853 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30191 2 0.4830 0.3329 0.000 0.608 0.000 0.392
#> GSM30192 4 0.5558 0.6579 0.080 0.208 0.000 0.712
#> GSM30193 4 0.5720 0.5520 0.296 0.052 0.000 0.652
#> GSM30194 3 0.0188 0.8853 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30195 4 0.4790 0.5646 0.000 0.380 0.000 0.620
#> GSM30196 1 0.2345 0.8649 0.900 0.000 0.000 0.100
#> GSM30197 4 0.5520 0.6863 0.060 0.244 0.000 0.696
#> GSM30198 4 0.5865 0.2001 0.412 0.036 0.000 0.552
#> GSM30199 2 0.4245 0.7401 0.000 0.784 0.020 0.196
#> GSM30200 1 0.2081 0.8769 0.916 0.000 0.000 0.084
#> GSM30201 1 0.3123 0.8617 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM30202 4 0.4348 0.6718 0.024 0.196 0.000 0.780
#> GSM30203 4 0.4284 0.6685 0.020 0.200 0.000 0.780
#> GSM30204 4 0.5538 0.5440 0.320 0.036 0.000 0.644
#> GSM30205 2 0.2469 0.7520 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM30206 1 0.2408 0.8414 0.896 0.000 0.000 0.104
#> GSM30207 4 0.4877 0.4419 0.000 0.408 0.000 0.592
#> GSM30208 1 0.3123 0.8195 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM30209 4 0.4594 0.5558 0.000 0.280 0.008 0.712
#> GSM30210 1 0.1557 0.8626 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM30211 1 0.1211 0.8711 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30212 1 0.2921 0.8448 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM30213 1 0.4972 -0.1504 0.544 0.000 0.000 0.456
#> GSM30214 4 0.4776 0.6321 0.244 0.024 0.000 0.732
#> GSM30215 4 0.3688 0.6320 0.208 0.000 0.000 0.792
#> GSM30216 1 0.1474 0.8631 0.948 0.000 0.000 0.052
#> GSM30217 4 0.3471 0.6907 0.060 0.072 0.000 0.868
#> GSM30218 2 0.4012 0.7437 0.000 0.800 0.016 0.184
#> GSM30219 2 0.5393 0.5432 0.000 0.688 0.268 0.044
#> GSM30220 1 0.5685 0.0230 0.516 0.024 0.000 0.460
#> GSM30221 4 0.4711 0.6688 0.024 0.236 0.000 0.740
#> GSM30222 4 0.6122 0.6923 0.160 0.160 0.000 0.680
#> GSM30223 1 0.2868 0.8462 0.864 0.000 0.000 0.136
#> GSM30224 4 0.5807 0.3413 0.344 0.044 0.000 0.612
#> GSM30225 1 0.1389 0.8683 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM30226 2 0.4387 0.7387 0.000 0.776 0.024 0.200
#> GSM30227 1 0.0469 0.8780 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30228 2 0.4936 0.3627 0.000 0.624 0.372 0.004
#> GSM30229 4 0.4730 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 2 0.4640 0.05870 0.000 0.584 0.016 0.000 0.400
#> GSM30007 4 0.2848 0.61485 0.156 0.000 0.000 0.840 0.004
#> GSM30008 4 0.3595 0.63130 0.044 0.064 0.000 0.852 0.040
#> GSM30009 1 0.4060 0.53030 0.640 0.000 0.000 0.360 0.000
#> GSM30010 3 0.0290 0.88791 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30011 2 0.4779 0.07188 0.000 0.588 0.024 0.000 0.388
#> GSM30012 2 0.4867 -0.02092 0.000 0.544 0.024 0.000 0.432
#> GSM30013 5 0.6534 0.17441 0.000 0.200 0.000 0.364 0.436
#> GSM30014 3 0.5258 0.58436 0.000 0.104 0.664 0.000 0.232
#> GSM30015 4 0.5797 0.51994 0.036 0.092 0.000 0.668 0.204
#> GSM30016 5 0.5785 0.41885 0.000 0.404 0.000 0.092 0.504
#> GSM30017 1 0.1908 0.79781 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> GSM30018 1 0.3942 0.67402 0.728 0.000 0.000 0.260 0.012
#> GSM30019 2 0.5059 0.02620 0.000 0.548 0.036 0.000 0.416
#> GSM30020 4 0.4372 0.60256 0.032 0.048 0.000 0.792 0.128
#> GSM30021 2 0.4415 -0.07668 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> GSM30022 1 0.2471 0.78041 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM30023 4 0.4773 0.60506 0.156 0.012 0.000 0.748 0.084
#> GSM30024 2 0.4602 0.18928 0.000 0.656 0.000 0.028 0.316
#> GSM30025 4 0.3648 0.61537 0.096 0.044 0.000 0.840 0.020
#> GSM30026 1 0.1943 0.81044 0.924 0.000 0.000 0.056 0.020
#> GSM30027 4 0.4980 0.58124 0.068 0.068 0.000 0.764 0.100
#> GSM30028 4 0.4564 0.60369 0.176 0.004 0.000 0.748 0.072
#> GSM30029 1 0.2230 0.78879 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> GSM30030 1 0.2605 0.77456 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> GSM30031 4 0.4206 0.46851 0.272 0.000 0.000 0.708 0.020
#> GSM30032 2 0.2289 0.52909 0.000 0.904 0.004 0.080 0.012
#> GSM30033 2 0.2700 0.53304 0.000 0.884 0.004 0.024 0.088
#> GSM30034 4 0.4934 0.26747 0.352 0.008 0.000 0.616 0.024
#> GSM30035 2 0.2284 0.53510 0.000 0.912 0.004 0.056 0.028
#> GSM30036 4 0.5447 0.53561 0.004 0.200 0.000 0.668 0.128
#> GSM30037 4 0.3994 0.57276 0.188 0.000 0.000 0.772 0.040
#> GSM30038 5 0.5350 0.31046 0.000 0.460 0.000 0.052 0.488
#> GSM30039 2 0.4861 -0.01053 0.000 0.548 0.024 0.000 0.428
#> GSM30040 3 0.0162 0.88817 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30041 3 0.5589 0.22854 0.000 0.372 0.548 0.000 0.080
#> GSM30042 2 0.6767 0.08219 0.000 0.380 0.272 0.000 0.348
#> GSM30043 3 0.1386 0.87625 0.000 0.032 0.952 0.000 0.016
#> GSM30044 1 0.2732 0.76568 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM30045 4 0.4946 0.28007 0.368 0.000 0.000 0.596 0.036
#> GSM30046 1 0.1282 0.81241 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> GSM30047 4 0.3675 0.57593 0.000 0.188 0.000 0.788 0.024
#> GSM30048 1 0.2280 0.78798 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM30049 3 0.0162 0.88811 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.5678 0.60929 0.164 0.032 0.000 0.688 0.116
#> GSM30051 3 0.0324 0.88819 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM30052 4 0.3716 0.59555 0.172 0.008 0.000 0.800 0.020
#> GSM30053 2 0.4855 -0.00504 0.000 0.552 0.024 0.000 0.424
#> GSM30054 3 0.0579 0.88691 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> GSM30055 2 0.3513 0.44196 0.000 0.800 0.000 0.020 0.180
#> GSM30056 2 0.1743 0.52880 0.000 0.940 0.004 0.028 0.028
#> GSM30057 3 0.3953 0.75447 0.000 0.060 0.792 0.000 0.148
#> GSM30058 3 0.1845 0.86395 0.000 0.056 0.928 0.000 0.016
#> GSM30059 4 0.5365 0.58826 0.020 0.104 0.000 0.704 0.172
#> GSM30060 2 0.3551 0.46223 0.000 0.772 0.220 0.000 0.008
#> GSM30061 2 0.5886 0.06715 0.000 0.584 0.000 0.272 0.144
#> GSM30062 4 0.5632 0.52189 0.000 0.140 0.000 0.628 0.232
#> GSM30063 3 0.3863 0.64857 0.000 0.248 0.740 0.000 0.012
#> GSM30064 4 0.4315 0.46455 0.276 0.000 0.000 0.700 0.024
#> GSM30065 2 0.4425 -0.05561 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> GSM30066 3 0.0609 0.88691 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30067 4 0.3336 0.57666 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> GSM30068 3 0.3953 0.75447 0.000 0.060 0.792 0.000 0.148
#> GSM30069 2 0.4878 -0.04101 0.000 0.536 0.024 0.000 0.440
#> GSM30070 5 0.5631 0.40353 0.000 0.424 0.000 0.076 0.500
#> GSM30071 5 0.5631 0.40353 0.000 0.424 0.000 0.076 0.500
#> GSM30072 4 0.4656 0.58994 0.180 0.004 0.000 0.740 0.076
#> GSM30073 2 0.6605 -0.18480 0.000 0.460 0.000 0.252 0.288
#> GSM30074 5 0.5237 0.28887 0.000 0.468 0.000 0.044 0.488
#> GSM30075 2 0.3321 0.49379 0.000 0.832 0.000 0.032 0.136
#> GSM30076 4 0.5739 0.50773 0.028 0.084 0.000 0.656 0.232
#> GSM30077 1 0.2624 0.78767 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> GSM30078 4 0.6811 0.53447 0.184 0.048 0.000 0.572 0.196
#> GSM30079 1 0.1792 0.80094 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> GSM30080 5 0.6219 0.39189 0.000 0.260 0.000 0.196 0.544
#> GSM30081 3 0.0324 0.88819 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM30086 4 0.6545 0.11271 0.000 0.208 0.000 0.448 0.344
#> GSM30087 1 0.2813 0.79523 0.876 0.000 0.000 0.084 0.040
#> GSM30088 1 0.3132 0.76459 0.820 0.000 0.000 0.172 0.008
#> GSM30089 4 0.4861 0.57133 0.064 0.052 0.000 0.768 0.116
#> GSM30090 2 0.5915 0.10241 0.000 0.484 0.412 0.000 0.104
#> GSM30091 3 0.0324 0.88798 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM30092 4 0.5278 0.55738 0.008 0.136 0.000 0.700 0.156
#> GSM30093 2 0.1026 0.53928 0.000 0.968 0.004 0.024 0.004
#> GSM30094 3 0.0693 0.88560 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM30095 3 0.0771 0.88468 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM30096 4 0.4487 0.60270 0.124 0.008 0.000 0.772 0.096
#> GSM30097 1 0.1764 0.81093 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> GSM30098 1 0.1965 0.79984 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM30099 2 0.4015 0.41508 0.000 0.708 0.284 0.004 0.004
#> GSM30100 3 0.0162 0.88817 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30101 3 0.2388 0.84909 0.000 0.072 0.900 0.000 0.028
#> GSM30102 2 0.2172 0.53189 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> GSM30103 2 0.2554 0.52984 0.000 0.892 0.000 0.072 0.036
#> GSM30104 2 0.3043 0.48905 0.000 0.864 0.000 0.080 0.056
#> GSM30105 1 0.2471 0.77625 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> GSM30106 1 0.3845 0.77427 0.812 0.004 0.000 0.060 0.124
#> GSM30107 4 0.3710 0.59965 0.192 0.000 0.000 0.784 0.024
#> GSM30108 5 0.6285 0.34518 0.000 0.392 0.000 0.152 0.456
#> GSM30109 1 0.2179 0.79923 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> GSM30110 1 0.5337 0.28477 0.508 0.000 0.000 0.440 0.052
#> GSM30111 4 0.6510 0.18407 0.000 0.232 0.000 0.484 0.284
#> GSM30112 4 0.5798 0.38036 0.012 0.060 0.000 0.488 0.440
#> GSM30113 3 0.0566 0.88644 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM30114 5 0.5713 0.41276 0.000 0.416 0.000 0.084 0.500
#> GSM30115 4 0.5595 0.33937 0.000 0.084 0.000 0.560 0.356
#> GSM30116 2 0.3750 0.45411 0.000 0.756 0.232 0.000 0.012
#> GSM30117 2 0.4000 0.47650 0.000 0.800 0.004 0.064 0.132
#> GSM30118 2 0.4124 0.49220 0.000 0.792 0.008 0.056 0.144
#> GSM30119 2 0.5083 -0.00953 0.000 0.532 0.036 0.000 0.432
#> GSM30120 4 0.5439 0.43227 0.000 0.068 0.000 0.560 0.372
#> GSM30121 1 0.1792 0.80261 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> GSM30122 4 0.6225 0.54984 0.028 0.160 0.000 0.624 0.188
#> GSM30123 2 0.4937 0.41827 0.000 0.720 0.004 0.100 0.176
#> GSM30177 2 0.1618 0.53974 0.000 0.944 0.008 0.040 0.008
#> GSM30178 4 0.6010 0.47735 0.000 0.208 0.000 0.584 0.208
#> GSM30179 4 0.4609 0.59241 0.000 0.104 0.000 0.744 0.152
#> GSM30180 4 0.6887 0.49302 0.236 0.028 0.000 0.524 0.212
#> GSM30181 5 0.7433 -0.24352 0.052 0.196 0.000 0.308 0.444
#> GSM30182 1 0.4509 0.73662 0.752 0.000 0.000 0.096 0.152
#> GSM30183 1 0.5581 0.65575 0.636 0.000 0.000 0.140 0.224
#> GSM30184 3 0.4738 0.12284 0.000 0.464 0.520 0.000 0.016
#> GSM30185 5 0.7057 -0.24308 0.008 0.320 0.000 0.324 0.348
#> GSM30186 2 0.3342 0.51679 0.000 0.848 0.004 0.048 0.100
#> GSM30187 4 0.5347 0.56153 0.004 0.144 0.000 0.684 0.168
#> GSM30188 1 0.4119 0.75871 0.780 0.000 0.000 0.068 0.152
#> GSM30189 4 0.5944 0.54539 0.024 0.108 0.000 0.636 0.232
#> GSM30190 3 0.0693 0.88560 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> GSM30191 2 0.5268 0.26284 0.000 0.680 0.000 0.172 0.148
#> GSM30192 5 0.5945 -0.40751 0.024 0.052 0.000 0.460 0.464
#> GSM30193 4 0.7277 0.38195 0.200 0.036 0.000 0.428 0.336
#> GSM30194 3 0.0566 0.88644 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM30195 4 0.5904 0.34367 0.000 0.112 0.000 0.528 0.360
#> GSM30196 1 0.3236 0.76762 0.828 0.000 0.000 0.152 0.020
#> GSM30197 4 0.5460 0.56380 0.040 0.064 0.000 0.696 0.200
#> GSM30198 4 0.4550 0.41359 0.276 0.000 0.000 0.688 0.036
#> GSM30199 2 0.3570 0.50249 0.000 0.828 0.004 0.044 0.124
#> GSM30200 1 0.2189 0.80158 0.904 0.000 0.000 0.084 0.012
#> GSM30201 1 0.3160 0.76707 0.808 0.000 0.000 0.188 0.004
#> GSM30202 4 0.5764 0.54146 0.016 0.112 0.000 0.648 0.224
#> GSM30203 4 0.5886 0.52610 0.012 0.128 0.000 0.628 0.232
#> GSM30204 4 0.3659 0.57723 0.220 0.000 0.000 0.768 0.012
#> GSM30205 5 0.5810 0.40096 0.000 0.428 0.000 0.092 0.480
#> GSM30206 1 0.4199 0.75615 0.772 0.000 0.000 0.068 0.160
#> GSM30207 4 0.6032 0.31571 0.000 0.368 0.000 0.508 0.124
#> GSM30208 1 0.6119 0.59711 0.584 0.004 0.000 0.184 0.228
#> GSM30209 2 0.6571 0.07953 0.000 0.472 0.000 0.260 0.268
#> GSM30210 1 0.3489 0.78258 0.820 0.000 0.000 0.036 0.144
#> GSM30211 1 0.2769 0.79711 0.876 0.000 0.000 0.032 0.092
#> GSM30212 1 0.3612 0.66090 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> GSM30213 1 0.5568 -0.10170 0.516 0.000 0.000 0.412 0.072
#> GSM30214 4 0.4043 0.63628 0.160 0.012 0.000 0.792 0.036
#> GSM30215 4 0.4539 0.60286 0.124 0.008 0.000 0.768 0.100
#> GSM30216 1 0.3093 0.77838 0.824 0.000 0.000 0.008 0.168
#> GSM30217 4 0.5310 0.52481 0.008 0.164 0.000 0.696 0.132
#> GSM30218 2 0.3120 0.52440 0.000 0.864 0.004 0.048 0.084
#> GSM30219 2 0.3243 0.50944 0.000 0.848 0.116 0.004 0.032
#> GSM30220 4 0.4651 0.22302 0.372 0.000 0.000 0.608 0.020
#> GSM30221 4 0.5710 0.54475 0.016 0.112 0.000 0.656 0.216
#> GSM30222 4 0.7089 0.45265 0.120 0.064 0.000 0.500 0.316
#> GSM30223 1 0.3143 0.72559 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> GSM30224 4 0.5593 0.37216 0.296 0.032 0.000 0.628 0.044
#> GSM30225 1 0.3471 0.78046 0.836 0.000 0.000 0.072 0.092
#> GSM30226 2 0.3151 0.53035 0.000 0.864 0.004 0.068 0.064
#> GSM30227 1 0.0798 0.81177 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> GSM30228 2 0.6063 0.29119 0.000 0.568 0.256 0.000 0.176
#> GSM30229 4 0.6346 0.25640 0.000 0.404 0.000 0.436 0.160
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.1987 0.6616 0.004 0.080 0.908 0.000 0.004 0.004
#> GSM30007 1 0.4552 0.6520 0.664 0.012 0.004 0.288 0.000 0.032
#> GSM30008 4 0.5376 0.2106 0.308 0.028 0.036 0.608 0.000 0.020
#> GSM30009 1 0.4688 0.0831 0.616 0.004 0.000 0.052 0.000 0.328
#> GSM30010 5 0.0363 0.8478 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30011 3 0.1987 0.6616 0.004 0.080 0.908 0.000 0.004 0.004
#> GSM30012 3 0.1218 0.7077 0.000 0.028 0.956 0.004 0.012 0.000
#> GSM30013 4 0.4948 0.1461 0.064 0.000 0.464 0.472 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.4471 0.3503 0.016 0.008 0.444 0.000 0.532 0.000
#> GSM30015 4 0.4179 0.5554 0.064 0.004 0.116 0.784 0.000 0.032
#> GSM30016 3 0.4007 0.6648 0.036 0.020 0.760 0.184 0.000 0.000
#> GSM30017 6 0.3850 0.6356 0.340 0.004 0.000 0.004 0.000 0.652
#> GSM30018 6 0.5830 0.4718 0.252 0.004 0.000 0.224 0.000 0.520
#> GSM30019 3 0.2220 0.6895 0.016 0.060 0.908 0.000 0.012 0.004
#> GSM30020 4 0.4977 0.3655 0.232 0.004 0.084 0.668 0.000 0.012
#> GSM30021 3 0.1861 0.7228 0.016 0.020 0.928 0.036 0.000 0.000
#> GSM30022 6 0.3954 0.6067 0.372 0.004 0.000 0.004 0.000 0.620
#> GSM30023 1 0.5445 0.4868 0.516 0.004 0.048 0.404 0.000 0.028
#> GSM30024 3 0.3958 0.5949 0.060 0.136 0.784 0.020 0.000 0.000
#> GSM30025 1 0.4598 0.6209 0.652 0.020 0.008 0.304 0.000 0.016
#> GSM30026 6 0.2826 0.7081 0.128 0.000 0.000 0.028 0.000 0.844
#> GSM30027 1 0.5874 0.4721 0.580 0.144 0.024 0.248 0.000 0.004
#> GSM30028 1 0.5265 0.5446 0.552 0.000 0.044 0.372 0.000 0.032
#> GSM30029 6 0.3930 0.6194 0.364 0.004 0.000 0.004 0.000 0.628
#> GSM30030 6 0.4015 0.5853 0.396 0.004 0.000 0.004 0.000 0.596
#> GSM30031 1 0.3974 0.6637 0.752 0.004 0.000 0.188 0.000 0.056
#> GSM30032 2 0.5019 0.7204 0.016 0.572 0.364 0.048 0.000 0.000
#> GSM30033 2 0.5094 0.7105 0.020 0.640 0.280 0.052 0.000 0.008
#> GSM30034 1 0.6250 0.3008 0.436 0.012 0.000 0.316 0.000 0.236
#> GSM30035 2 0.4976 0.7300 0.012 0.592 0.340 0.056 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.4695 0.5628 0.080 0.072 0.060 0.768 0.000 0.020
#> GSM30037 1 0.4898 0.6691 0.684 0.020 0.012 0.236 0.000 0.048
#> GSM30038 3 0.3663 0.6938 0.032 0.020 0.796 0.152 0.000 0.000
#> GSM30039 3 0.1363 0.7062 0.004 0.028 0.952 0.004 0.012 0.000
#> GSM30040 5 0.0000 0.8471 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 5 0.5699 0.1759 0.008 0.108 0.408 0.000 0.472 0.004
#> GSM30042 3 0.3464 0.5751 0.016 0.032 0.812 0.000 0.140 0.000
#> GSM30043 5 0.2685 0.7946 0.008 0.008 0.132 0.000 0.852 0.000
#> GSM30044 6 0.3923 0.5644 0.416 0.004 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM30045 1 0.4853 0.6197 0.700 0.016 0.000 0.152 0.000 0.132
#> GSM30046 6 0.3419 0.7031 0.176 0.004 0.000 0.028 0.000 0.792
#> GSM30047 4 0.6236 -0.0435 0.372 0.108 0.052 0.468 0.000 0.000
#> GSM30048 6 0.3954 0.6116 0.372 0.004 0.000 0.004 0.000 0.620
#> GSM30049 5 0.0146 0.8473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM30050 4 0.5176 0.2517 0.236 0.004 0.016 0.652 0.000 0.092
#> GSM30051 5 0.0551 0.8479 0.000 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> GSM30052 1 0.4171 0.6696 0.716 0.008 0.000 0.236 0.000 0.040
#> GSM30053 3 0.1578 0.7116 0.004 0.028 0.944 0.012 0.012 0.000
#> GSM30054 5 0.0146 0.8461 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30055 2 0.5696 0.4659 0.036 0.468 0.440 0.048 0.000 0.008
#> GSM30056 2 0.4813 0.6797 0.004 0.536 0.420 0.036 0.000 0.004
#> GSM30057 5 0.3859 0.6432 0.008 0.008 0.292 0.000 0.692 0.000
#> GSM30058 5 0.3532 0.7759 0.016 0.024 0.148 0.000 0.808 0.004
#> GSM30059 4 0.3684 0.5304 0.112 0.048 0.000 0.812 0.000 0.028
#> GSM30060 2 0.5565 0.6309 0.020 0.528 0.364 0.000 0.088 0.000
#> GSM30061 4 0.5724 -0.0995 0.008 0.408 0.128 0.456 0.000 0.000
#> GSM30062 4 0.2345 0.5852 0.016 0.072 0.016 0.896 0.000 0.000
#> GSM30063 5 0.5426 0.5426 0.016 0.124 0.224 0.000 0.632 0.004
#> GSM30064 1 0.4062 0.6641 0.744 0.000 0.004 0.192 0.000 0.060
#> GSM30065 3 0.3975 0.6402 0.032 0.132 0.796 0.028 0.000 0.012
#> GSM30066 5 0.1802 0.8391 0.024 0.020 0.024 0.000 0.932 0.000
#> GSM30067 1 0.5372 0.5435 0.528 0.004 0.000 0.364 0.000 0.104
#> GSM30068 5 0.3859 0.6432 0.008 0.008 0.292 0.000 0.692 0.000
#> GSM30069 3 0.1715 0.7217 0.020 0.016 0.940 0.016 0.008 0.000
#> GSM30070 3 0.3663 0.6938 0.032 0.020 0.796 0.152 0.000 0.000
#> GSM30071 3 0.3700 0.6915 0.032 0.020 0.792 0.156 0.000 0.000
#> GSM30072 1 0.5169 0.6237 0.624 0.000 0.052 0.288 0.000 0.036
#> GSM30073 4 0.6509 0.0121 0.024 0.180 0.352 0.436 0.000 0.008
#> GSM30074 3 0.3089 0.7125 0.028 0.020 0.848 0.104 0.000 0.000
#> GSM30075 2 0.6008 0.6157 0.040 0.568 0.284 0.100 0.000 0.008
#> GSM30076 4 0.4720 0.5188 0.108 0.008 0.120 0.740 0.000 0.024
#> GSM30077 6 0.4799 0.6503 0.172 0.004 0.000 0.140 0.000 0.684
#> GSM30078 4 0.3833 0.5356 0.052 0.028 0.000 0.800 0.000 0.120
#> GSM30079 6 0.3626 0.6684 0.288 0.004 0.000 0.004 0.000 0.704
#> GSM30080 3 0.4675 0.2597 0.024 0.016 0.584 0.376 0.000 0.000
#> GSM30081 5 0.0551 0.8479 0.000 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> GSM30086 4 0.4382 0.5260 0.028 0.024 0.248 0.700 0.000 0.000
#> GSM30087 6 0.3862 0.6875 0.108 0.012 0.000 0.088 0.000 0.792
#> GSM30088 6 0.5408 0.5768 0.212 0.004 0.000 0.184 0.000 0.600
#> GSM30089 1 0.5602 0.4620 0.568 0.024 0.100 0.308 0.000 0.000
#> GSM30090 3 0.6176 -0.2317 0.008 0.292 0.476 0.000 0.220 0.004
#> GSM30091 5 0.0000 0.8471 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.4379 0.5436 0.104 0.020 0.084 0.776 0.000 0.016
#> GSM30093 2 0.4852 0.6875 0.000 0.528 0.420 0.048 0.000 0.004
#> GSM30094 5 0.1096 0.8427 0.008 0.004 0.020 0.000 0.964 0.004
#> GSM30095 5 0.1092 0.8382 0.020 0.020 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM30096 1 0.6105 0.4766 0.548 0.112 0.004 0.292 0.000 0.044
#> GSM30097 6 0.3758 0.6986 0.192 0.004 0.000 0.040 0.000 0.764
#> GSM30098 6 0.1713 0.6799 0.028 0.044 0.000 0.000 0.000 0.928
#> GSM30099 2 0.5711 0.6324 0.012 0.548 0.316 0.004 0.120 0.000
#> GSM30100 5 0.0000 0.8471 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 5 0.3610 0.7599 0.012 0.020 0.176 0.000 0.788 0.004
#> GSM30102 2 0.4493 0.7279 0.000 0.612 0.344 0.044 0.000 0.000
#> GSM30103 2 0.5040 0.7290 0.012 0.596 0.328 0.064 0.000 0.000
#> GSM30104 2 0.5521 0.6991 0.008 0.564 0.296 0.132 0.000 0.000
#> GSM30105 6 0.3997 0.6557 0.288 0.004 0.000 0.020 0.000 0.688
#> GSM30106 6 0.3113 0.6566 0.024 0.072 0.000 0.048 0.000 0.856
#> GSM30107 1 0.4973 0.5540 0.548 0.004 0.012 0.400 0.000 0.036
#> GSM30108 3 0.4773 0.6253 0.156 0.020 0.712 0.112 0.000 0.000
#> GSM30109 6 0.2003 0.6769 0.044 0.044 0.000 0.000 0.000 0.912
#> GSM30110 1 0.6168 0.1514 0.544 0.048 0.000 0.140 0.000 0.268
#> GSM30111 4 0.5730 0.4550 0.136 0.036 0.220 0.608 0.000 0.000
#> GSM30112 4 0.5695 0.5040 0.108 0.128 0.108 0.656 0.000 0.000
#> GSM30113 5 0.0291 0.8454 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30114 3 0.3560 0.6820 0.016 0.020 0.788 0.176 0.000 0.000
#> GSM30115 4 0.4280 0.5218 0.056 0.000 0.232 0.708 0.000 0.004
#> GSM30116 2 0.5528 0.6102 0.008 0.512 0.384 0.000 0.092 0.004
#> GSM30117 2 0.4998 0.7101 0.008 0.656 0.224 0.112 0.000 0.000
#> GSM30118 2 0.5882 0.6429 0.036 0.572 0.264 0.128 0.000 0.000
#> GSM30119 3 0.1722 0.7038 0.016 0.036 0.936 0.004 0.008 0.000
#> GSM30120 4 0.3526 0.5752 0.016 0.020 0.156 0.804 0.000 0.004
#> GSM30121 6 0.1418 0.6847 0.024 0.032 0.000 0.000 0.000 0.944
#> GSM30122 4 0.5579 0.3343 0.228 0.156 0.000 0.600 0.000 0.016
#> GSM30123 2 0.5254 0.5946 0.076 0.692 0.148 0.084 0.000 0.000
#> GSM30177 2 0.4694 0.7185 0.000 0.572 0.376 0.052 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.3588 0.5908 0.012 0.100 0.056 0.824 0.000 0.008
#> GSM30179 4 0.5227 0.3191 0.240 0.100 0.000 0.640 0.000 0.020
#> GSM30180 4 0.5248 0.4434 0.084 0.056 0.000 0.680 0.000 0.180
#> GSM30181 4 0.7085 0.2881 0.160 0.332 0.044 0.432 0.000 0.032
#> GSM30182 6 0.4111 0.6202 0.044 0.064 0.004 0.092 0.000 0.796
#> GSM30183 6 0.6505 0.4588 0.164 0.160 0.008 0.092 0.000 0.576
#> GSM30184 5 0.6138 0.0272 0.008 0.180 0.376 0.000 0.432 0.004
#> GSM30185 2 0.6317 -0.0281 0.152 0.492 0.020 0.324 0.000 0.012
#> GSM30186 2 0.4630 0.7376 0.008 0.660 0.276 0.056 0.000 0.000
#> GSM30187 4 0.3993 0.5794 0.060 0.068 0.036 0.816 0.000 0.020
#> GSM30188 6 0.4154 0.6207 0.060 0.064 0.004 0.076 0.000 0.796
#> GSM30189 4 0.4640 0.4648 0.128 0.124 0.000 0.728 0.000 0.020
#> GSM30190 5 0.1096 0.8427 0.008 0.004 0.020 0.000 0.964 0.004
#> GSM30191 2 0.5771 0.4288 0.012 0.520 0.140 0.328 0.000 0.000
#> GSM30192 4 0.5782 0.4994 0.088 0.144 0.100 0.660 0.000 0.008
#> GSM30193 4 0.6385 0.3751 0.116 0.088 0.012 0.592 0.000 0.192
#> GSM30194 5 0.0291 0.8454 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30195 4 0.3720 0.5364 0.028 0.000 0.236 0.736 0.000 0.000
#> GSM30196 6 0.4659 0.4882 0.460 0.032 0.000 0.004 0.000 0.504
#> GSM30197 4 0.3550 0.5744 0.060 0.008 0.072 0.836 0.000 0.024
#> GSM30198 4 0.5430 -0.2020 0.400 0.004 0.000 0.492 0.000 0.104
#> GSM30199 2 0.4959 0.7118 0.020 0.672 0.224 0.084 0.000 0.000
#> GSM30200 6 0.3651 0.7000 0.180 0.000 0.000 0.048 0.000 0.772
#> GSM30201 6 0.4972 0.6158 0.288 0.004 0.000 0.088 0.000 0.620
#> GSM30202 4 0.2820 0.5833 0.032 0.052 0.016 0.884 0.000 0.016
#> GSM30203 4 0.2645 0.5851 0.020 0.056 0.016 0.892 0.000 0.016
#> GSM30204 1 0.5595 0.5918 0.524 0.004 0.008 0.360 0.000 0.104
#> GSM30205 3 0.3906 0.6737 0.032 0.020 0.768 0.180 0.000 0.000
#> GSM30206 6 0.4261 0.6100 0.068 0.080 0.004 0.060 0.000 0.788
#> GSM30207 4 0.5190 0.5257 0.068 0.164 0.076 0.692 0.000 0.000
#> GSM30208 6 0.7090 0.3100 0.260 0.176 0.008 0.092 0.000 0.464
#> GSM30209 2 0.5877 0.3537 0.096 0.600 0.052 0.248 0.000 0.004
#> GSM30210 6 0.3938 0.6303 0.116 0.076 0.004 0.012 0.000 0.792
#> GSM30211 6 0.1313 0.6843 0.004 0.028 0.000 0.016 0.000 0.952
#> GSM30212 6 0.4529 0.4292 0.460 0.004 0.000 0.024 0.000 0.512
#> GSM30213 6 0.6335 -0.1099 0.248 0.016 0.000 0.300 0.000 0.436
#> GSM30214 4 0.5716 -0.3471 0.424 0.020 0.000 0.460 0.000 0.096
#> GSM30215 1 0.6125 0.4783 0.548 0.116 0.004 0.288 0.000 0.044
#> GSM30216 6 0.3972 0.6209 0.100 0.092 0.008 0.008 0.000 0.792
#> GSM30217 1 0.6133 0.2847 0.472 0.256 0.004 0.264 0.000 0.004
#> GSM30218 2 0.4916 0.7410 0.016 0.644 0.276 0.064 0.000 0.000
#> GSM30219 2 0.5235 0.5986 0.008 0.492 0.444 0.004 0.048 0.004
#> GSM30220 1 0.4419 0.5677 0.728 0.004 0.000 0.132 0.000 0.136
#> GSM30221 4 0.3062 0.5956 0.020 0.028 0.056 0.872 0.000 0.024
#> GSM30222 4 0.5714 0.5063 0.084 0.132 0.044 0.688 0.000 0.052
#> GSM30223 6 0.4467 0.5423 0.408 0.004 0.000 0.024 0.000 0.564
#> GSM30224 4 0.6863 -0.1680 0.324 0.068 0.000 0.416 0.000 0.192
#> GSM30225 6 0.1777 0.6792 0.004 0.024 0.000 0.044 0.000 0.928
#> GSM30226 2 0.4951 0.7322 0.016 0.596 0.340 0.048 0.000 0.000
#> GSM30227 6 0.2482 0.7077 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.848
#> GSM30228 3 0.5163 0.1460 0.008 0.216 0.652 0.000 0.120 0.004
#> GSM30229 4 0.4959 0.3544 0.012 0.352 0.052 0.584 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> CV:kmeans 162 0.00441 2
#> CV:kmeans 151 0.30717 3
#> CV:kmeans 144 0.19098 4
#> CV:kmeans 104 0.48026 5
#> CV:kmeans 123 0.00182 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.950 0.936 0.975 0.4990 0.503 0.503
#> 3 3 0.661 0.767 0.872 0.2414 0.895 0.793
#> 4 4 0.571 0.563 0.787 0.1488 0.867 0.684
#> 5 5 0.575 0.482 0.733 0.0612 0.942 0.818
#> 6 6 0.593 0.448 0.691 0.0436 0.912 0.712
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30013 1 0.9922 0.207 0.552 0.448
#> GSM30014 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0672 0.976 0.008 0.992
#> GSM30017 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30021 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30025 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30027 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30036 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30038 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30061 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30062 1 0.0376 0.963 0.996 0.004
#> GSM30063 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30066 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30071 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30072 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.3114 0.927 0.056 0.944
#> GSM30074 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30075 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30076 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.6438 0.790 0.164 0.836
#> GSM30081 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.9970 0.142 0.532 0.468
#> GSM30087 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30089 1 0.7528 0.726 0.784 0.216
#> GSM30090 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30100 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30103 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30104 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30111 2 0.9954 0.105 0.460 0.540
#> GSM30112 1 0.7219 0.747 0.800 0.200
#> GSM30113 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30115 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30116 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30118 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30120 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30178 1 0.4815 0.867 0.896 0.104
#> GSM30179 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30181 1 0.9710 0.356 0.600 0.400
#> GSM30182 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.9686 0.367 0.604 0.396
#> GSM30186 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30192 1 0.6801 0.770 0.820 0.180
#> GSM30193 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.7602 0.713 0.780 0.220
#> GSM30196 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30205 2 0.1843 0.958 0.028 0.972
#> GSM30206 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.9686 0.355 0.604 0.396
#> GSM30208 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30210 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30219 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.966 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.9710 0.297 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.2448 0.8606 0.000 0.924 0.076
#> GSM30007 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30008 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30009 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30010 2 0.3686 0.7973 0.000 0.860 0.140
#> GSM30011 2 0.1753 0.8824 0.000 0.952 0.048
#> GSM30012 2 0.4702 0.7062 0.000 0.788 0.212
#> GSM30013 3 0.5823 0.6906 0.144 0.064 0.792
#> GSM30014 2 0.4605 0.7184 0.000 0.796 0.204
#> GSM30015 1 0.6126 0.4349 0.600 0.000 0.400
#> GSM30016 3 0.6541 0.6191 0.024 0.304 0.672
#> GSM30017 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30018 1 0.2796 0.8399 0.908 0.000 0.092
#> GSM30019 2 0.4504 0.7299 0.000 0.804 0.196
#> GSM30020 1 0.4555 0.6650 0.800 0.000 0.200
#> GSM30021 2 0.5363 0.5847 0.000 0.724 0.276
#> GSM30022 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30023 1 0.5216 0.5698 0.740 0.000 0.260
#> GSM30024 2 0.3267 0.8242 0.000 0.884 0.116
#> GSM30025 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30026 1 0.1411 0.8546 0.964 0.000 0.036
#> GSM30027 1 0.2537 0.8274 0.920 0.000 0.080
#> GSM30028 1 0.5098 0.5907 0.752 0.000 0.248
#> GSM30029 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30030 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30031 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30032 2 0.0237 0.9090 0.000 0.996 0.004
#> GSM30033 2 0.0892 0.9034 0.000 0.980 0.020
#> GSM30034 1 0.1411 0.8535 0.964 0.000 0.036
#> GSM30035 2 0.0592 0.9068 0.000 0.988 0.012
#> GSM30036 1 0.4121 0.8006 0.832 0.000 0.168
#> GSM30037 1 0.0424 0.8529 0.992 0.000 0.008
#> GSM30038 3 0.6155 0.5904 0.008 0.328 0.664
#> GSM30039 2 0.4750 0.7004 0.000 0.784 0.216
#> GSM30040 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30042 2 0.4605 0.7184 0.000 0.796 0.204
#> GSM30043 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30045 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30046 1 0.2537 0.8440 0.920 0.000 0.080
#> GSM30047 1 0.0592 0.8518 0.988 0.000 0.012
#> GSM30048 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30049 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 1 0.3038 0.8362 0.896 0.000 0.104
#> GSM30051 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30053 2 0.4702 0.7062 0.000 0.788 0.212
#> GSM30054 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.2711 0.8484 0.000 0.912 0.088
#> GSM30056 2 0.0237 0.9090 0.000 0.996 0.004
#> GSM30057 2 0.3752 0.7931 0.000 0.856 0.144
#> GSM30058 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30059 1 0.4887 0.7644 0.772 0.000 0.228
#> GSM30060 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30061 2 0.1964 0.8759 0.000 0.944 0.056
#> GSM30062 1 0.6917 0.5970 0.608 0.024 0.368
#> GSM30063 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30064 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30065 2 0.4504 0.7365 0.000 0.804 0.196
#> GSM30066 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30068 2 0.4399 0.7397 0.000 0.812 0.188
#> GSM30069 2 0.5760 0.4807 0.000 0.672 0.328
#> GSM30070 3 0.5785 0.5835 0.000 0.332 0.668
#> GSM30071 3 0.5810 0.5777 0.000 0.336 0.664
#> GSM30072 1 0.6095 0.2390 0.608 0.000 0.392
#> GSM30073 3 0.6410 0.3928 0.004 0.420 0.576
#> GSM30074 3 0.5835 0.5706 0.000 0.340 0.660
#> GSM30075 2 0.1753 0.8919 0.000 0.952 0.048
#> GSM30076 1 0.5988 0.4806 0.632 0.000 0.368
#> GSM30077 1 0.3482 0.8336 0.872 0.000 0.128
#> GSM30078 1 0.5465 0.7250 0.712 0.000 0.288
#> GSM30079 1 0.0424 0.8544 0.992 0.000 0.008
#> GSM30080 3 0.4475 0.6869 0.016 0.144 0.840
#> GSM30081 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 3 0.3947 0.6899 0.076 0.040 0.884
#> GSM30087 1 0.3686 0.8316 0.860 0.000 0.140
#> GSM30088 1 0.2625 0.8426 0.916 0.000 0.084
#> GSM30089 3 0.6192 0.3682 0.420 0.000 0.580
#> GSM30090 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 1 0.5465 0.6335 0.712 0.000 0.288
#> GSM30093 2 0.0592 0.9068 0.000 0.988 0.012
#> GSM30094 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.2066 0.8481 0.940 0.000 0.060
#> GSM30097 1 0.1860 0.8517 0.948 0.000 0.052
#> GSM30098 1 0.2261 0.8470 0.932 0.000 0.068
#> GSM30099 2 0.0592 0.9068 0.000 0.988 0.012
#> GSM30100 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30102 2 0.0892 0.9034 0.000 0.980 0.020
#> GSM30103 2 0.0747 0.9052 0.000 0.984 0.016
#> GSM30104 2 0.0592 0.9068 0.000 0.988 0.012
#> GSM30105 1 0.0424 0.8544 0.992 0.000 0.008
#> GSM30106 1 0.3340 0.8391 0.880 0.000 0.120
#> GSM30107 1 0.1163 0.8486 0.972 0.000 0.028
#> GSM30108 3 0.7300 0.6406 0.064 0.272 0.664
#> GSM30109 1 0.1289 0.8548 0.968 0.000 0.032
#> GSM30110 1 0.0892 0.8557 0.980 0.000 0.020
#> GSM30111 3 0.7683 0.6106 0.280 0.080 0.640
#> GSM30112 3 0.7395 0.1501 0.380 0.040 0.580
#> GSM30113 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 3 0.5138 0.6550 0.000 0.252 0.748
#> GSM30115 3 0.5216 0.5180 0.260 0.000 0.740
#> GSM30116 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30117 2 0.1289 0.8967 0.000 0.968 0.032
#> GSM30118 2 0.1529 0.8914 0.000 0.960 0.040
#> GSM30119 2 0.4842 0.6870 0.000 0.776 0.224
#> GSM30120 3 0.3267 0.5908 0.116 0.000 0.884
#> GSM30121 1 0.1289 0.8548 0.968 0.000 0.032
#> GSM30122 1 0.3551 0.8223 0.868 0.000 0.132
#> GSM30123 2 0.2165 0.8669 0.000 0.936 0.064
#> GSM30177 2 0.0592 0.9068 0.000 0.988 0.012
#> GSM30178 1 0.9825 0.0855 0.388 0.244 0.368
#> GSM30179 1 0.3482 0.8263 0.872 0.000 0.128
#> GSM30180 1 0.5363 0.7406 0.724 0.000 0.276
#> GSM30181 1 0.9229 0.1286 0.424 0.152 0.424
#> GSM30182 1 0.4346 0.8099 0.816 0.000 0.184
#> GSM30183 1 0.3619 0.8310 0.864 0.000 0.136
#> GSM30184 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30185 1 0.9457 0.1275 0.468 0.340 0.192
#> GSM30186 2 0.1163 0.8991 0.000 0.972 0.028
#> GSM30187 1 0.5291 0.7420 0.732 0.000 0.268
#> GSM30188 1 0.4346 0.8102 0.816 0.000 0.184
#> GSM30189 1 0.5178 0.7595 0.744 0.000 0.256
#> GSM30190 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30191 2 0.4062 0.7421 0.000 0.836 0.164
#> GSM30192 3 0.5553 0.3115 0.272 0.004 0.724
#> GSM30193 1 0.5785 0.6830 0.668 0.000 0.332
#> GSM30194 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 3 0.4172 0.6259 0.156 0.004 0.840
#> GSM30196 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30197 1 0.6154 0.4827 0.592 0.000 0.408
#> GSM30198 1 0.2356 0.8462 0.928 0.000 0.072
#> GSM30199 2 0.1289 0.8970 0.000 0.968 0.032
#> GSM30200 1 0.2796 0.8399 0.908 0.000 0.092
#> GSM30201 1 0.0747 0.8553 0.984 0.000 0.016
#> GSM30202 1 0.5650 0.7046 0.688 0.000 0.312
#> GSM30203 1 0.5760 0.6894 0.672 0.000 0.328
#> GSM30204 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30205 3 0.7353 0.6042 0.052 0.316 0.632
#> GSM30206 1 0.4291 0.8125 0.820 0.000 0.180
#> GSM30207 1 0.9438 0.0869 0.504 0.244 0.252
#> GSM30208 1 0.2959 0.8358 0.900 0.000 0.100
#> GSM30209 2 0.3816 0.7584 0.000 0.852 0.148
#> GSM30210 1 0.2959 0.8358 0.900 0.000 0.100
#> GSM30211 1 0.2711 0.8464 0.912 0.000 0.088
#> GSM30212 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30213 1 0.2537 0.8432 0.920 0.000 0.080
#> GSM30214 1 0.1289 0.8555 0.968 0.000 0.032
#> GSM30215 1 0.1964 0.8491 0.944 0.000 0.056
#> GSM30216 1 0.2959 0.8358 0.900 0.000 0.100
#> GSM30217 1 0.2878 0.8365 0.904 0.000 0.096
#> GSM30218 2 0.1031 0.9018 0.000 0.976 0.024
#> GSM30219 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30220 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30221 1 0.5098 0.7401 0.752 0.000 0.248
#> GSM30222 1 0.6168 0.5427 0.588 0.000 0.412
#> GSM30223 1 0.0237 0.8533 0.996 0.000 0.004
#> GSM30224 1 0.2959 0.8429 0.900 0.000 0.100
#> GSM30225 1 0.4121 0.8186 0.832 0.000 0.168
#> GSM30226 2 0.0592 0.9068 0.000 0.988 0.012
#> GSM30227 1 0.1031 0.8553 0.976 0.000 0.024
#> GSM30228 2 0.0000 0.9099 0.000 1.000 0.000
#> GSM30229 2 0.8821 0.0450 0.304 0.552 0.144
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.4356 0.5303 0.000 0.708 0.292 0.000
#> GSM30007 1 0.0336 0.7236 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30008 1 0.1211 0.7265 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30009 1 0.0336 0.7248 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30010 2 0.4222 0.5584 0.000 0.728 0.272 0.000
#> GSM30011 2 0.4008 0.6018 0.000 0.756 0.244 0.000
#> GSM30012 2 0.4972 0.1525 0.000 0.544 0.456 0.000
#> GSM30013 3 0.3861 0.6590 0.056 0.008 0.856 0.080
#> GSM30014 2 0.4888 0.2817 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM30015 4 0.7670 0.3368 0.364 0.000 0.216 0.420
#> GSM30016 3 0.2647 0.7642 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM30017 1 0.0336 0.7242 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30018 1 0.4661 0.3078 0.652 0.000 0.000 0.348
#> GSM30019 2 0.4888 0.2819 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM30020 1 0.3760 0.6407 0.836 0.000 0.136 0.028
#> GSM30021 2 0.4992 0.0809 0.000 0.524 0.476 0.000
#> GSM30022 1 0.0336 0.7245 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30023 1 0.2944 0.6531 0.868 0.000 0.128 0.004
#> GSM30024 2 0.4304 0.5618 0.000 0.716 0.284 0.000
#> GSM30025 1 0.2610 0.6846 0.900 0.000 0.012 0.088
#> GSM30026 1 0.4103 0.5024 0.744 0.000 0.000 0.256
#> GSM30027 1 0.4677 0.5730 0.776 0.000 0.048 0.176
#> GSM30028 1 0.2714 0.6671 0.884 0.000 0.112 0.004
#> GSM30029 1 0.0188 0.7240 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30030 1 0.0188 0.7245 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30031 1 0.1867 0.7041 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM30032 2 0.1661 0.7884 0.000 0.944 0.052 0.004
#> GSM30033 2 0.3758 0.7462 0.000 0.848 0.104 0.048
#> GSM30034 1 0.3801 0.5525 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM30035 2 0.2882 0.7691 0.000 0.892 0.084 0.024
#> GSM30036 4 0.6315 0.2916 0.432 0.000 0.060 0.508
#> GSM30037 1 0.2329 0.6952 0.916 0.000 0.012 0.072
#> GSM30038 3 0.2647 0.7642 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM30039 2 0.4948 0.2029 0.000 0.560 0.440 0.000
#> GSM30040 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30041 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30042 2 0.4888 0.2817 0.000 0.588 0.412 0.000
#> GSM30043 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30044 1 0.0188 0.7240 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30045 1 0.1557 0.7130 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM30046 1 0.4585 0.3491 0.668 0.000 0.000 0.332
#> GSM30047 1 0.3099 0.6766 0.876 0.000 0.020 0.104
#> GSM30048 1 0.0188 0.7240 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30049 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30050 1 0.4855 0.2899 0.644 0.000 0.004 0.352
#> GSM30051 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30052 1 0.1940 0.6993 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM30053 2 0.4967 0.1655 0.000 0.548 0.452 0.000
#> GSM30054 2 0.0469 0.8003 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM30055 2 0.5309 0.6210 0.000 0.700 0.256 0.044
#> GSM30056 2 0.1022 0.7966 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM30057 2 0.4454 0.5006 0.000 0.692 0.308 0.000
#> GSM30058 2 0.0921 0.7993 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM30059 4 0.5649 0.5183 0.344 0.000 0.036 0.620
#> GSM30060 2 0.0707 0.7988 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM30061 2 0.3903 0.7422 0.000 0.844 0.076 0.080
#> GSM30062 4 0.2048 0.6021 0.064 0.000 0.008 0.928
#> GSM30063 2 0.1022 0.7986 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM30064 1 0.1743 0.7121 0.940 0.000 0.004 0.056
#> GSM30065 3 0.4941 0.1909 0.000 0.436 0.564 0.000
#> GSM30066 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30067 1 0.0469 0.7246 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30068 2 0.4585 0.4571 0.000 0.668 0.332 0.000
#> GSM30069 3 0.4985 0.0641 0.000 0.468 0.532 0.000
#> GSM30070 3 0.2647 0.7642 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM30071 3 0.2647 0.7642 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM30072 1 0.3831 0.5543 0.792 0.000 0.204 0.004
#> GSM30073 3 0.7692 0.4131 0.000 0.276 0.456 0.268
#> GSM30074 3 0.2921 0.7535 0.000 0.140 0.860 0.000
#> GSM30075 2 0.4710 0.7100 0.000 0.792 0.120 0.088
#> GSM30076 1 0.7640 -0.1987 0.432 0.000 0.212 0.356
#> GSM30077 1 0.4967 -0.0109 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM30078 4 0.4482 0.5953 0.264 0.000 0.008 0.728
#> GSM30079 1 0.1940 0.7043 0.924 0.000 0.000 0.076
#> GSM30080 3 0.3521 0.7145 0.000 0.052 0.864 0.084
#> GSM30081 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30086 3 0.5475 0.4792 0.036 0.000 0.656 0.308
#> GSM30087 1 0.4925 0.1062 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM30088 1 0.4746 0.2499 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM30089 1 0.5817 0.4043 0.676 0.000 0.248 0.076
#> GSM30090 2 0.0707 0.8001 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM30091 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30092 1 0.6792 0.0803 0.548 0.000 0.112 0.340
#> GSM30093 2 0.1398 0.7958 0.000 0.956 0.040 0.004
#> GSM30094 2 0.0592 0.8002 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30095 2 0.0707 0.8004 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM30096 1 0.3870 0.5933 0.788 0.000 0.004 0.208
#> GSM30097 1 0.4477 0.3851 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM30098 1 0.3219 0.6459 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM30099 2 0.2329 0.7781 0.000 0.916 0.072 0.012
#> GSM30100 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30101 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30102 2 0.2813 0.7708 0.000 0.896 0.080 0.024
#> GSM30103 2 0.3176 0.7640 0.000 0.880 0.084 0.036
#> GSM30104 2 0.3354 0.7600 0.000 0.872 0.084 0.044
#> GSM30105 1 0.1637 0.7118 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM30106 1 0.4699 0.3965 0.676 0.000 0.004 0.320
#> GSM30107 1 0.0779 0.7213 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM30108 3 0.3907 0.7501 0.044 0.120 0.836 0.000
#> GSM30109 1 0.2973 0.6648 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM30110 1 0.2973 0.7018 0.856 0.000 0.000 0.144
#> GSM30111 3 0.6457 0.4037 0.276 0.020 0.640 0.064
#> GSM30112 4 0.7913 0.2654 0.192 0.012 0.348 0.448
#> GSM30113 2 0.1022 0.7986 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM30114 3 0.3205 0.7562 0.000 0.104 0.872 0.024
#> GSM30115 3 0.6970 0.0989 0.168 0.000 0.576 0.256
#> GSM30116 2 0.1022 0.7967 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM30117 2 0.3858 0.7434 0.000 0.844 0.100 0.056
#> GSM30118 2 0.3398 0.7637 0.000 0.872 0.068 0.060
#> GSM30119 2 0.4916 0.2481 0.000 0.576 0.424 0.000
#> GSM30120 4 0.5847 0.0461 0.036 0.000 0.404 0.560
#> GSM30121 1 0.3074 0.6598 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM30122 1 0.5573 -0.1162 0.508 0.004 0.012 0.476
#> GSM30123 2 0.5995 0.5551 0.000 0.672 0.096 0.232
#> GSM30177 2 0.2882 0.7686 0.000 0.892 0.084 0.024
#> GSM30178 4 0.4375 0.6372 0.156 0.016 0.020 0.808
#> GSM30179 4 0.5277 0.0594 0.460 0.000 0.008 0.532
#> GSM30180 4 0.4331 0.5753 0.288 0.000 0.000 0.712
#> GSM30181 4 0.4720 0.4267 0.016 0.056 0.120 0.808
#> GSM30182 4 0.4967 0.2763 0.452 0.000 0.000 0.548
#> GSM30183 4 0.4999 -0.1063 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM30184 2 0.0469 0.8002 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM30185 4 0.7266 0.2703 0.068 0.236 0.072 0.624
#> GSM30186 2 0.3697 0.7475 0.000 0.852 0.100 0.048
#> GSM30187 4 0.4406 0.6231 0.192 0.000 0.028 0.780
#> GSM30188 4 0.4877 0.3526 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM30189 4 0.3172 0.6026 0.160 0.000 0.000 0.840
#> GSM30190 2 0.0469 0.8004 0.000 0.988 0.012 0.000
#> GSM30191 2 0.5867 0.5851 0.000 0.688 0.096 0.216
#> GSM30192 4 0.4849 0.5385 0.080 0.008 0.116 0.796
#> GSM30193 4 0.3311 0.6321 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM30194 2 0.0707 0.8004 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM30195 3 0.6596 0.4378 0.120 0.004 0.628 0.248
#> GSM30196 1 0.1557 0.7181 0.944 0.000 0.000 0.056
#> GSM30197 4 0.6928 0.5129 0.268 0.000 0.156 0.576
#> GSM30198 1 0.4522 0.3341 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM30199 2 0.3935 0.7412 0.000 0.840 0.100 0.060
#> GSM30200 1 0.4776 0.2374 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM30201 1 0.3528 0.5912 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM30202 4 0.2888 0.6319 0.124 0.000 0.004 0.872
#> GSM30203 4 0.3047 0.6306 0.116 0.000 0.012 0.872
#> GSM30204 1 0.0188 0.7240 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30205 3 0.4434 0.6942 0.016 0.208 0.772 0.004
#> GSM30206 4 0.4855 0.3677 0.400 0.000 0.000 0.600
#> GSM30207 4 0.9629 0.1900 0.316 0.232 0.132 0.320
#> GSM30208 1 0.4790 0.3891 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM30209 2 0.6568 0.3933 0.000 0.572 0.096 0.332
#> GSM30210 1 0.4522 0.4775 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM30211 1 0.4761 0.2656 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM30212 1 0.0188 0.7245 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30213 1 0.3726 0.5918 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM30214 1 0.1637 0.7127 0.940 0.000 0.000 0.060
#> GSM30215 1 0.3668 0.6049 0.808 0.000 0.004 0.188
#> GSM30216 1 0.4605 0.4553 0.664 0.000 0.000 0.336
#> GSM30217 1 0.4898 0.4931 0.716 0.000 0.024 0.260
#> GSM30218 2 0.3697 0.7486 0.000 0.852 0.100 0.048
#> GSM30219 2 0.0707 0.8006 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM30220 1 0.1867 0.7011 0.928 0.000 0.000 0.072
#> GSM30221 4 0.5599 0.5397 0.316 0.000 0.040 0.644
#> GSM30222 4 0.4881 0.6223 0.196 0.000 0.048 0.756
#> GSM30223 1 0.0592 0.7240 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM30224 4 0.4996 -0.0054 0.484 0.000 0.000 0.516
#> GSM30225 4 0.5000 0.1589 0.496 0.000 0.000 0.504
#> GSM30226 2 0.2300 0.7851 0.000 0.920 0.064 0.016
#> GSM30227 1 0.2921 0.6676 0.860 0.000 0.000 0.140
#> GSM30228 2 0.1118 0.7977 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30229 2 0.8836 0.0557 0.192 0.432 0.068 0.308
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.2286 0.68730 0.000 0.004 0.888 0.000 0.108
#> GSM30007 1 0.2079 0.65110 0.916 0.064 0.000 0.020 0.000
#> GSM30008 1 0.2595 0.66020 0.888 0.032 0.000 0.080 0.000
#> GSM30009 1 0.1399 0.66023 0.952 0.028 0.000 0.020 0.000
#> GSM30010 3 0.2020 0.69246 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> GSM30011 3 0.1732 0.70363 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM30012 3 0.3932 0.48943 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM30013 5 0.2353 0.75642 0.008 0.028 0.004 0.044 0.916
#> GSM30014 3 0.3534 0.56841 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30015 4 0.7506 0.20704 0.360 0.052 0.000 0.392 0.196
#> GSM30016 5 0.1638 0.78567 0.000 0.004 0.064 0.000 0.932
#> GSM30017 1 0.1281 0.66065 0.956 0.012 0.000 0.032 0.000
#> GSM30018 1 0.4734 0.33254 0.604 0.024 0.000 0.372 0.000
#> GSM30019 3 0.3210 0.60717 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM30020 1 0.4324 0.61911 0.804 0.036 0.000 0.064 0.096
#> GSM30021 3 0.4101 0.43204 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> GSM30022 1 0.1043 0.65885 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> GSM30023 1 0.4009 0.55672 0.792 0.040 0.000 0.008 0.160
#> GSM30024 3 0.4248 0.53912 0.000 0.032 0.728 0.000 0.240
#> GSM30025 1 0.4534 0.51503 0.732 0.224 0.000 0.028 0.016
#> GSM30026 1 0.4066 0.44716 0.672 0.004 0.000 0.324 0.000
#> GSM30027 1 0.6454 0.26624 0.536 0.344 0.000 0.064 0.056
#> GSM30028 1 0.3513 0.59134 0.828 0.036 0.000 0.004 0.132
#> GSM30029 1 0.0865 0.65656 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> GSM30030 1 0.0912 0.66131 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> GSM30031 1 0.2722 0.62412 0.868 0.120 0.000 0.008 0.004
#> GSM30032 3 0.3489 0.54039 0.000 0.208 0.784 0.004 0.004
#> GSM30033 2 0.4680 0.36940 0.000 0.540 0.448 0.008 0.004
#> GSM30034 1 0.4428 0.49185 0.700 0.032 0.000 0.268 0.000
#> GSM30035 3 0.4505 0.06205 0.000 0.384 0.604 0.012 0.000
#> GSM30036 4 0.7042 0.43656 0.244 0.252 0.000 0.480 0.024
#> GSM30037 1 0.3926 0.57009 0.792 0.172 0.000 0.016 0.020
#> GSM30038 5 0.1544 0.78352 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> GSM30039 3 0.3876 0.50389 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> GSM30040 3 0.0000 0.73320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30042 3 0.3534 0.56861 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30043 3 0.0451 0.73320 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> GSM30044 1 0.1282 0.64908 0.952 0.044 0.000 0.000 0.004
#> GSM30045 1 0.2228 0.64364 0.912 0.068 0.000 0.012 0.008
#> GSM30046 1 0.4108 0.45480 0.684 0.008 0.000 0.308 0.000
#> GSM30047 1 0.5550 0.38417 0.600 0.336 0.000 0.032 0.032
#> GSM30048 1 0.1012 0.65960 0.968 0.020 0.000 0.012 0.000
#> GSM30049 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30050 1 0.5662 0.23243 0.552 0.044 0.000 0.384 0.020
#> GSM30051 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30052 1 0.3340 0.59409 0.824 0.156 0.000 0.016 0.004
#> GSM30053 3 0.3857 0.50753 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> GSM30054 3 0.0404 0.72947 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.6693 -0.07764 0.000 0.272 0.520 0.016 0.192
#> GSM30056 3 0.1043 0.71646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.2516 0.66710 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM30058 3 0.0000 0.73320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.5969 0.52990 0.188 0.200 0.000 0.608 0.004
#> GSM30060 3 0.1671 0.69325 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> GSM30061 3 0.5574 0.19554 0.000 0.272 0.636 0.080 0.012
#> GSM30062 4 0.5192 0.45053 0.040 0.216 0.000 0.704 0.040
#> GSM30063 3 0.0510 0.72972 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.2520 0.62805 0.888 0.096 0.000 0.004 0.012
#> GSM30065 3 0.5344 0.14289 0.000 0.052 0.500 0.000 0.448
#> GSM30066 3 0.0290 0.73314 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30067 1 0.1872 0.66214 0.928 0.020 0.000 0.052 0.000
#> GSM30068 3 0.2929 0.63676 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> GSM30069 3 0.4297 0.21098 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> GSM30070 5 0.1341 0.78666 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM30071 5 0.1410 0.78641 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM30072 1 0.4538 0.46606 0.724 0.044 0.000 0.004 0.228
#> GSM30073 5 0.8366 0.18166 0.004 0.164 0.204 0.228 0.400
#> GSM30074 5 0.1908 0.76530 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM30075 2 0.7309 0.42044 0.000 0.412 0.400 0.096 0.092
#> GSM30076 1 0.7689 -0.21580 0.360 0.060 0.000 0.360 0.220
#> GSM30077 1 0.4446 0.16242 0.520 0.004 0.000 0.476 0.000
#> GSM30078 4 0.4803 0.53477 0.220 0.064 0.000 0.712 0.004
#> GSM30079 1 0.2127 0.64390 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> GSM30080 5 0.1569 0.76250 0.000 0.012 0.008 0.032 0.948
#> GSM30081 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30086 5 0.6462 0.40516 0.012 0.160 0.000 0.292 0.536
#> GSM30087 1 0.4826 0.14784 0.508 0.020 0.000 0.472 0.000
#> GSM30088 1 0.4649 0.29367 0.580 0.016 0.000 0.404 0.000
#> GSM30089 1 0.6772 0.23469 0.524 0.212 0.000 0.020 0.244
#> GSM30090 3 0.0451 0.73295 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> GSM30091 3 0.0000 0.73320 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 1 0.6971 -0.03171 0.448 0.064 0.000 0.396 0.092
#> GSM30093 3 0.1478 0.70228 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0404 0.72947 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.0162 0.73318 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30096 1 0.5949 0.40457 0.608 0.220 0.000 0.168 0.004
#> GSM30097 1 0.4470 0.35782 0.616 0.012 0.000 0.372 0.000
#> GSM30098 1 0.3551 0.57774 0.772 0.008 0.000 0.220 0.000
#> GSM30099 3 0.3430 0.50529 0.000 0.220 0.776 0.004 0.000
#> GSM30100 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30101 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30102 3 0.3741 0.42897 0.000 0.264 0.732 0.004 0.000
#> GSM30103 3 0.4567 -0.14669 0.000 0.448 0.544 0.004 0.004
#> GSM30104 3 0.5088 0.09048 0.000 0.352 0.608 0.032 0.008
#> GSM30105 1 0.2358 0.64458 0.888 0.008 0.000 0.104 0.000
#> GSM30106 1 0.5280 0.45582 0.648 0.024 0.000 0.292 0.036
#> GSM30107 1 0.3914 0.60835 0.832 0.080 0.000 0.044 0.044
#> GSM30108 5 0.2916 0.76883 0.032 0.008 0.072 0.004 0.884
#> GSM30109 1 0.3388 0.58958 0.792 0.008 0.000 0.200 0.000
#> GSM30110 1 0.3780 0.63630 0.808 0.060 0.000 0.132 0.000
#> GSM30111 5 0.7480 0.46017 0.192 0.152 0.012 0.092 0.552
#> GSM30112 4 0.8140 0.17715 0.132 0.184 0.000 0.372 0.312
#> GSM30113 3 0.0162 0.73318 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30114 5 0.1341 0.78666 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM30115 5 0.5739 0.37862 0.112 0.024 0.000 0.196 0.668
#> GSM30116 3 0.1908 0.67985 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> GSM30117 2 0.5009 0.41754 0.000 0.540 0.428 0.032 0.000
#> GSM30118 3 0.6067 -0.07965 0.000 0.332 0.560 0.092 0.016
#> GSM30119 3 0.4015 0.46660 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM30120 4 0.6441 -0.00218 0.032 0.084 0.000 0.480 0.404
#> GSM30121 1 0.3455 0.58436 0.784 0.008 0.000 0.208 0.000
#> GSM30122 4 0.5975 0.27692 0.344 0.124 0.000 0.532 0.000
#> GSM30123 2 0.5246 0.52829 0.000 0.596 0.344 0.060 0.000
#> GSM30177 3 0.4067 0.33666 0.000 0.300 0.692 0.008 0.000
#> GSM30178 4 0.5448 0.51872 0.092 0.212 0.000 0.680 0.016
#> GSM30179 4 0.6529 0.26765 0.296 0.228 0.000 0.476 0.000
#> GSM30180 4 0.5160 0.47373 0.256 0.064 0.000 0.672 0.008
#> GSM30181 4 0.5925 0.11894 0.000 0.388 0.016 0.528 0.068
#> GSM30182 4 0.4702 0.06162 0.432 0.016 0.000 0.552 0.000
#> GSM30183 1 0.6269 0.08378 0.444 0.148 0.000 0.408 0.000
#> GSM30184 3 0.0609 0.72794 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM30185 2 0.5973 0.03294 0.016 0.532 0.052 0.392 0.008
#> GSM30186 3 0.4827 -0.30376 0.000 0.476 0.504 0.020 0.000
#> GSM30187 4 0.5557 0.56006 0.160 0.140 0.000 0.684 0.016
#> GSM30188 4 0.5204 0.15969 0.392 0.048 0.000 0.560 0.000
#> GSM30189 4 0.4840 0.55457 0.124 0.152 0.000 0.724 0.000
#> GSM30190 3 0.0510 0.72888 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM30191 2 0.6597 0.58478 0.000 0.544 0.240 0.200 0.016
#> GSM30192 4 0.6594 0.32361 0.040 0.172 0.000 0.592 0.196
#> GSM30193 4 0.5474 0.56440 0.144 0.108 0.000 0.712 0.036
#> GSM30194 3 0.0162 0.73318 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30195 5 0.5988 0.56610 0.124 0.068 0.004 0.112 0.692
#> GSM30196 1 0.1331 0.65810 0.952 0.040 0.000 0.008 0.000
#> GSM30197 4 0.6572 0.52030 0.192 0.092 0.000 0.620 0.096
#> GSM30198 1 0.4360 0.44794 0.680 0.020 0.000 0.300 0.000
#> GSM30199 3 0.4886 -0.22559 0.000 0.448 0.528 0.024 0.000
#> GSM30200 1 0.4288 0.34726 0.612 0.004 0.000 0.384 0.000
#> GSM30201 1 0.3562 0.57191 0.788 0.016 0.000 0.196 0.000
#> GSM30202 4 0.3229 0.54823 0.044 0.088 0.000 0.860 0.008
#> GSM30203 4 0.2727 0.52422 0.020 0.080 0.000 0.888 0.012
#> GSM30204 1 0.1106 0.65939 0.964 0.024 0.000 0.012 0.000
#> GSM30205 5 0.5319 0.60676 0.028 0.040 0.200 0.016 0.716
#> GSM30206 4 0.5313 0.17918 0.388 0.056 0.000 0.556 0.000
#> GSM30207 4 0.8771 -0.03979 0.116 0.312 0.104 0.392 0.076
#> GSM30208 1 0.6398 0.22520 0.500 0.200 0.000 0.300 0.000
#> GSM30209 2 0.6120 0.53008 0.000 0.564 0.240 0.196 0.000
#> GSM30210 1 0.5449 0.42292 0.632 0.104 0.000 0.264 0.000
#> GSM30211 1 0.4392 0.35506 0.612 0.008 0.000 0.380 0.000
#> GSM30212 1 0.1485 0.66169 0.948 0.020 0.000 0.032 0.000
#> GSM30213 1 0.3878 0.56282 0.748 0.016 0.000 0.236 0.000
#> GSM30214 1 0.3276 0.64144 0.836 0.032 0.000 0.132 0.000
#> GSM30215 1 0.5555 0.42446 0.636 0.232 0.000 0.132 0.000
#> GSM30216 1 0.5470 0.39481 0.612 0.092 0.000 0.296 0.000
#> GSM30217 1 0.6481 0.16322 0.468 0.388 0.000 0.132 0.012
#> GSM30218 3 0.5403 -0.11285 0.000 0.388 0.556 0.052 0.004
#> GSM30219 3 0.0510 0.73004 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.2911 0.61081 0.852 0.136 0.000 0.008 0.004
#> GSM30221 4 0.6135 0.52444 0.216 0.096 0.000 0.640 0.048
#> GSM30222 4 0.6340 0.48737 0.104 0.176 0.000 0.644 0.076
#> GSM30223 1 0.1364 0.66082 0.952 0.012 0.000 0.036 0.000
#> GSM30224 4 0.6441 -0.02910 0.420 0.152 0.000 0.424 0.004
#> GSM30225 1 0.4560 0.13170 0.508 0.008 0.000 0.484 0.000
#> GSM30226 3 0.3519 0.52240 0.000 0.216 0.776 0.008 0.000
#> GSM30227 1 0.3353 0.59518 0.796 0.008 0.000 0.196 0.000
#> GSM30228 3 0.0162 0.73375 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30229 2 0.7585 0.32327 0.048 0.504 0.100 0.304 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 5 0.2266 0.711344 0.000 0.108 0.012 0.000 0.880 0.000
#> GSM30007 1 0.3835 0.210092 0.684 0.000 0.016 0.000 0.000 0.300
#> GSM30008 1 0.2611 0.523904 0.876 0.000 0.016 0.016 0.000 0.092
#> GSM30009 1 0.2737 0.463973 0.832 0.000 0.004 0.004 0.000 0.160
#> GSM30010 5 0.1910 0.711468 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> GSM30011 5 0.1563 0.739320 0.000 0.056 0.012 0.000 0.932 0.000
#> GSM30012 5 0.3728 0.492077 0.000 0.344 0.004 0.000 0.652 0.000
#> GSM30013 2 0.4101 0.646710 0.004 0.796 0.040 0.068 0.000 0.092
#> GSM30014 5 0.3330 0.569310 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> GSM30015 1 0.7915 -0.100548 0.404 0.180 0.076 0.264 0.000 0.076
#> GSM30016 2 0.1442 0.715513 0.004 0.944 0.000 0.000 0.040 0.012
#> GSM30017 1 0.2264 0.530540 0.888 0.000 0.004 0.012 0.000 0.096
#> GSM30018 1 0.3545 0.549160 0.748 0.000 0.008 0.236 0.000 0.008
#> GSM30019 5 0.3337 0.586675 0.000 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> GSM30020 1 0.5095 0.354161 0.708 0.072 0.016 0.032 0.000 0.172
#> GSM30021 5 0.3817 0.333422 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> GSM30022 1 0.1075 0.546648 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> GSM30023 1 0.5646 0.054787 0.580 0.116 0.016 0.004 0.000 0.284
#> GSM30024 5 0.5143 0.467990 0.000 0.240 0.068 0.000 0.656 0.036
#> GSM30025 6 0.4470 0.592192 0.356 0.000 0.040 0.000 0.000 0.604
#> GSM30026 1 0.2697 0.585902 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM30027 6 0.4726 0.614780 0.172 0.024 0.040 0.028 0.000 0.736
#> GSM30028 1 0.5240 0.068905 0.588 0.136 0.000 0.000 0.000 0.276
#> GSM30029 1 0.2697 0.432087 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> GSM30030 1 0.2165 0.520403 0.884 0.000 0.000 0.008 0.000 0.108
#> GSM30031 1 0.4010 -0.117911 0.584 0.000 0.008 0.000 0.000 0.408
#> GSM30032 5 0.4099 0.414914 0.000 0.000 0.244 0.000 0.708 0.048
#> GSM30033 3 0.4705 0.641032 0.000 0.004 0.680 0.008 0.244 0.064
#> GSM30034 1 0.5041 0.520192 0.696 0.000 0.040 0.172 0.000 0.092
#> GSM30035 5 0.4927 -0.283578 0.000 0.000 0.452 0.008 0.496 0.044
#> GSM30036 4 0.8062 0.398243 0.232 0.028 0.280 0.308 0.000 0.152
#> GSM30037 6 0.4446 0.423434 0.460 0.008 0.008 0.004 0.000 0.520
#> GSM30038 2 0.1363 0.719324 0.004 0.952 0.004 0.000 0.028 0.012
#> GSM30039 5 0.3619 0.528384 0.000 0.316 0.004 0.000 0.680 0.000
#> GSM30040 5 0.0291 0.754247 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30041 5 0.0603 0.753116 0.000 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> GSM30042 5 0.3309 0.573897 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> GSM30043 5 0.0820 0.752560 0.000 0.016 0.012 0.000 0.972 0.000
#> GSM30044 1 0.3151 0.328082 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> GSM30045 1 0.3867 0.146328 0.660 0.000 0.000 0.012 0.000 0.328
#> GSM30046 1 0.3243 0.574260 0.780 0.000 0.004 0.208 0.000 0.008
#> GSM30047 6 0.5603 0.575736 0.320 0.008 0.068 0.028 0.000 0.576
#> GSM30048 1 0.2773 0.475016 0.836 0.000 0.004 0.008 0.000 0.152
#> GSM30049 5 0.0146 0.754474 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30050 1 0.5917 0.377389 0.608 0.020 0.036 0.248 0.000 0.088
#> GSM30051 5 0.0146 0.754474 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30052 1 0.4396 -0.313836 0.520 0.000 0.024 0.000 0.000 0.456
#> GSM30053 5 0.3728 0.492216 0.000 0.344 0.004 0.000 0.652 0.000
#> GSM30054 5 0.0777 0.746907 0.000 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> GSM30055 3 0.7180 0.392683 0.000 0.104 0.388 0.016 0.376 0.116
#> GSM30056 5 0.1285 0.732036 0.000 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> GSM30057 5 0.2730 0.651720 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> GSM30058 5 0.0291 0.754804 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30059 4 0.7626 0.401129 0.220 0.008 0.236 0.384 0.000 0.152
#> GSM30060 5 0.2094 0.703081 0.000 0.000 0.080 0.000 0.900 0.020
#> GSM30061 5 0.6060 -0.272876 0.000 0.008 0.388 0.052 0.488 0.064
#> GSM30062 4 0.6105 0.473761 0.044 0.020 0.144 0.620 0.000 0.172
#> GSM30063 5 0.0692 0.749923 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM30064 1 0.3881 -0.059041 0.600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.396
#> GSM30065 5 0.5900 0.074918 0.000 0.408 0.096 0.000 0.464 0.032
#> GSM30066 5 0.0458 0.753767 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30067 1 0.2101 0.525371 0.892 0.000 0.004 0.004 0.000 0.100
#> GSM30068 5 0.2969 0.625096 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> GSM30069 2 0.3867 -0.175541 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> GSM30070 2 0.0692 0.717622 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM30071 2 0.0632 0.718456 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> GSM30072 1 0.5823 -0.233373 0.508 0.192 0.004 0.000 0.000 0.296
#> GSM30073 2 0.8374 0.113225 0.000 0.356 0.244 0.160 0.160 0.080
#> GSM30074 2 0.1327 0.700539 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> GSM30075 3 0.6410 0.538432 0.000 0.052 0.616 0.080 0.184 0.068
#> GSM30076 1 0.7868 -0.000431 0.432 0.120 0.080 0.260 0.000 0.108
#> GSM30077 1 0.4027 0.473574 0.672 0.000 0.008 0.308 0.000 0.012
#> GSM30078 4 0.5692 0.301960 0.344 0.008 0.064 0.552 0.000 0.032
#> GSM30079 1 0.1625 0.580664 0.928 0.000 0.000 0.060 0.000 0.012
#> GSM30080 2 0.2693 0.686348 0.000 0.884 0.036 0.028 0.000 0.052
#> GSM30081 5 0.0146 0.754474 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30086 2 0.7335 0.264619 0.020 0.456 0.220 0.216 0.000 0.088
#> GSM30087 1 0.4244 0.464186 0.652 0.000 0.008 0.320 0.000 0.020
#> GSM30088 1 0.3668 0.533229 0.728 0.000 0.008 0.256 0.000 0.008
#> GSM30089 6 0.5395 0.588598 0.216 0.164 0.008 0.000 0.000 0.612
#> GSM30090 5 0.0458 0.752478 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM30091 5 0.0291 0.754247 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30092 1 0.7222 0.148951 0.504 0.040 0.104 0.244 0.000 0.108
#> GSM30093 5 0.2006 0.687625 0.000 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004
#> GSM30094 5 0.0458 0.752178 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM30095 5 0.0692 0.748718 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM30096 6 0.6091 0.475730 0.376 0.000 0.020 0.152 0.000 0.452
#> GSM30097 1 0.3831 0.544279 0.744 0.000 0.012 0.224 0.000 0.020
#> GSM30098 1 0.2653 0.574809 0.844 0.000 0.000 0.144 0.000 0.012
#> GSM30099 5 0.3265 0.466727 0.000 0.000 0.248 0.000 0.748 0.004
#> GSM30100 5 0.0146 0.754474 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30101 5 0.0146 0.754474 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30102 5 0.4274 0.195893 0.000 0.004 0.336 0.012 0.640 0.008
#> GSM30103 3 0.5050 0.440193 0.000 0.000 0.508 0.000 0.416 0.076
#> GSM30104 5 0.5427 -0.329496 0.000 0.004 0.444 0.028 0.480 0.044
#> GSM30105 1 0.1909 0.576659 0.920 0.000 0.004 0.052 0.000 0.024
#> GSM30106 1 0.4864 0.566526 0.704 0.020 0.012 0.204 0.000 0.060
#> GSM30107 1 0.4860 0.208098 0.644 0.008 0.020 0.032 0.000 0.296
#> GSM30108 2 0.3181 0.670193 0.020 0.840 0.000 0.000 0.028 0.112
#> GSM30109 1 0.2135 0.577565 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.4183 0.451266 0.740 0.000 0.004 0.076 0.000 0.180
#> GSM30111 2 0.7891 0.285673 0.056 0.416 0.204 0.056 0.012 0.256
#> GSM30112 4 0.7661 0.299467 0.088 0.252 0.100 0.464 0.000 0.096
#> GSM30113 5 0.0837 0.750485 0.000 0.004 0.020 0.000 0.972 0.004
#> GSM30114 2 0.1710 0.713543 0.000 0.940 0.008 0.012 0.020 0.020
#> GSM30115 2 0.6115 0.359445 0.116 0.636 0.028 0.164 0.000 0.056
#> GSM30116 5 0.1765 0.701544 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM30117 3 0.4823 0.640700 0.000 0.000 0.668 0.028 0.256 0.048
#> GSM30118 5 0.6862 -0.443028 0.000 0.016 0.396 0.120 0.404 0.064
#> GSM30119 5 0.3807 0.466999 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000
#> GSM30120 4 0.6291 0.130616 0.056 0.352 0.020 0.508 0.000 0.064
#> GSM30121 1 0.2178 0.582116 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> GSM30122 4 0.6616 0.262357 0.360 0.000 0.080 0.440 0.000 0.120
#> GSM30123 3 0.6751 0.547710 0.000 0.000 0.468 0.064 0.252 0.216
#> GSM30177 5 0.3482 0.335631 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM30178 4 0.7211 0.501866 0.140 0.016 0.252 0.476 0.000 0.116
#> GSM30179 4 0.6991 0.091374 0.236 0.000 0.068 0.392 0.000 0.304
#> GSM30180 4 0.4862 0.349887 0.340 0.008 0.012 0.608 0.000 0.032
#> GSM30181 4 0.6170 0.295016 0.004 0.036 0.208 0.564 0.000 0.188
#> GSM30182 1 0.4057 0.293728 0.556 0.000 0.000 0.436 0.000 0.008
#> GSM30183 1 0.6016 0.053723 0.456 0.000 0.004 0.320 0.000 0.220
#> GSM30184 5 0.0632 0.749790 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM30185 4 0.6567 0.182487 0.016 0.004 0.292 0.460 0.008 0.220
#> GSM30186 3 0.5200 0.527449 0.000 0.000 0.556 0.028 0.372 0.044
#> GSM30187 4 0.7477 0.478838 0.180 0.012 0.204 0.444 0.000 0.160
#> GSM30188 1 0.4331 0.220451 0.516 0.000 0.000 0.464 0.000 0.020
#> GSM30189 4 0.6144 0.447889 0.200 0.000 0.052 0.572 0.000 0.176
#> GSM30190 5 0.0458 0.752178 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM30191 3 0.5051 0.514425 0.000 0.000 0.708 0.104 0.136 0.052
#> GSM30192 4 0.5732 0.442959 0.032 0.132 0.064 0.684 0.000 0.088
#> GSM30193 4 0.4276 0.522962 0.156 0.020 0.008 0.764 0.000 0.052
#> GSM30194 5 0.0748 0.752036 0.000 0.004 0.016 0.000 0.976 0.004
#> GSM30195 2 0.7065 0.390136 0.096 0.552 0.044 0.164 0.000 0.144
#> GSM30196 1 0.3650 0.287391 0.708 0.000 0.000 0.012 0.000 0.280
#> GSM30197 4 0.7734 0.459355 0.228 0.048 0.184 0.440 0.000 0.100
#> GSM30198 1 0.4866 0.540025 0.696 0.004 0.012 0.188 0.000 0.100
#> GSM30199 3 0.5092 0.527040 0.000 0.000 0.556 0.024 0.380 0.040
#> GSM30200 1 0.3354 0.550626 0.752 0.000 0.004 0.240 0.000 0.004
#> GSM30201 1 0.2760 0.584548 0.856 0.000 0.004 0.116 0.000 0.024
#> GSM30202 4 0.5360 0.567502 0.116 0.000 0.112 0.688 0.000 0.084
#> GSM30203 4 0.4872 0.542575 0.064 0.008 0.136 0.736 0.000 0.056
#> GSM30204 1 0.2865 0.482551 0.840 0.000 0.008 0.012 0.000 0.140
#> GSM30205 2 0.5838 0.583419 0.024 0.684 0.080 0.016 0.148 0.048
#> GSM30206 1 0.4651 0.139222 0.484 0.000 0.000 0.476 0.000 0.040
#> GSM30207 3 0.8272 -0.052154 0.072 0.048 0.444 0.224 0.056 0.156
#> GSM30208 1 0.6312 -0.204975 0.420 0.000 0.012 0.264 0.000 0.304
#> GSM30209 3 0.7464 0.242163 0.000 0.000 0.332 0.212 0.144 0.312
#> GSM30210 1 0.5041 0.350124 0.624 0.000 0.000 0.248 0.000 0.128
#> GSM30211 1 0.3248 0.560183 0.768 0.000 0.004 0.224 0.000 0.004
#> GSM30212 1 0.2243 0.508210 0.880 0.000 0.004 0.004 0.000 0.112
#> GSM30213 1 0.3804 0.527013 0.768 0.000 0.008 0.184 0.000 0.040
#> GSM30214 1 0.3410 0.551169 0.820 0.000 0.004 0.100 0.000 0.076
#> GSM30215 6 0.5804 0.536859 0.356 0.000 0.012 0.136 0.000 0.496
#> GSM30216 1 0.4855 0.342565 0.640 0.000 0.000 0.256 0.000 0.104
#> GSM30217 6 0.5989 0.504874 0.164 0.000 0.100 0.116 0.000 0.620
#> GSM30218 3 0.4864 0.485526 0.000 0.000 0.556 0.020 0.396 0.028
#> GSM30219 5 0.0632 0.750256 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> GSM30220 1 0.4045 -0.184156 0.564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.428
#> GSM30221 4 0.6962 0.481363 0.240 0.020 0.160 0.508 0.000 0.072
#> GSM30222 4 0.6633 0.499305 0.124 0.044 0.156 0.600 0.000 0.076
#> GSM30223 1 0.1765 0.521933 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> GSM30224 1 0.6546 0.209132 0.484 0.000 0.048 0.264 0.000 0.204
#> GSM30225 1 0.3864 0.440014 0.648 0.000 0.004 0.344 0.000 0.004
#> GSM30226 5 0.4524 0.444709 0.000 0.000 0.208 0.016 0.712 0.064
#> GSM30227 1 0.2278 0.584517 0.868 0.000 0.000 0.128 0.000 0.004
#> GSM30228 5 0.0291 0.754378 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30229 3 0.6128 0.212619 0.028 0.020 0.640 0.188 0.024 0.100
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> CV:skmeans 160 5.13e-02 2
#> CV:skmeans 153 5.37e-03 3
#> CV:skmeans 116 1.39e-05 4
#> CV:skmeans 99 8.67e-03 5
#> CV:skmeans 88 1.30e-03 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.518 0.773 0.901 0.3940 0.578 0.578
#> 3 3 0.725 0.773 0.899 0.2658 0.814 0.705
#> 4 4 0.567 0.676 0.871 0.2462 0.871 0.744
#> 5 5 0.599 0.575 0.822 0.0974 0.917 0.793
#> 6 6 0.615 0.580 0.813 0.0376 0.935 0.815
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30007 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30012 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30013 1 0.327 0.84987 0.940 0.060
#> GSM30014 2 0.697 0.78474 0.188 0.812
#> GSM30015 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30016 1 0.833 0.53362 0.736 0.264
#> GSM30017 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.814 0.76315 0.252 0.748
#> GSM30020 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30021 2 1.000 0.25968 0.492 0.508
#> GSM30022 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30024 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30025 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30027 1 0.184 0.88706 0.972 0.028
#> GSM30028 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30032 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30033 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30034 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.929 0.64657 0.344 0.656
#> GSM30036 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30037 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30038 2 0.921 0.66001 0.336 0.664
#> GSM30039 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30040 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.697 0.78474 0.188 0.812
#> GSM30043 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30054 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30055 1 0.909 0.40771 0.676 0.324
#> GSM30056 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30057 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30060 1 0.995 -0.08653 0.540 0.460
#> GSM30061 1 0.634 0.72771 0.840 0.160
#> GSM30062 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.595 0.79082 0.144 0.856
#> GSM30064 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.917 0.66648 0.332 0.668
#> GSM30066 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.827 0.75874 0.260 0.740
#> GSM30070 2 0.999 0.35327 0.480 0.520
#> GSM30071 2 0.999 0.34870 0.484 0.516
#> GSM30072 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30073 1 0.990 0.00663 0.560 0.440
#> GSM30074 2 0.999 0.35412 0.480 0.520
#> GSM30075 2 0.992 0.40763 0.448 0.552
#> GSM30076 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30080 1 0.767 0.61973 0.776 0.224
#> GSM30081 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30087 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30089 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.802 0.76695 0.244 0.756
#> GSM30091 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30094 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.563 0.78971 0.132 0.868
#> GSM30100 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.518 0.79217 0.116 0.884
#> GSM30102 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30103 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30104 1 0.781 0.61198 0.768 0.232
#> GSM30105 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30108 1 0.921 0.36819 0.664 0.336
#> GSM30109 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.995 0.41264 0.460 0.540
#> GSM30115 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30116 2 0.795 0.76877 0.240 0.760
#> GSM30117 1 0.929 0.35349 0.656 0.344
#> GSM30118 1 0.981 0.09616 0.580 0.420
#> GSM30119 2 0.722 0.78185 0.200 0.800
#> GSM30120 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30123 1 0.939 0.31900 0.644 0.356
#> GSM30177 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30178 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30179 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30181 1 0.224 0.87943 0.964 0.036
#> GSM30182 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.224 0.87943 0.964 0.036
#> GSM30186 1 0.996 -0.09433 0.536 0.464
#> GSM30187 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30191 1 0.494 0.79922 0.892 0.108
#> GSM30192 1 0.242 0.87563 0.960 0.040
#> GSM30193 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.000 0.78913 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30199 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30200 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30205 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30206 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30209 1 0.767 0.63194 0.776 0.224
#> GSM30210 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30218 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30219 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30220 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30226 1 0.971 0.17631 0.600 0.400
#> GSM30227 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.844 0.75116 0.272 0.728
#> GSM30229 1 0.000 0.91218 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0747 0.9420 0.000 0.016 0.984
#> GSM30011 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30012 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30013 1 0.3267 0.7989 0.884 0.116 0.000
#> GSM30014 2 0.6053 0.4068 0.020 0.720 0.260
#> GSM30015 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.2796 0.8246 0.908 0.092 0.000
#> GSM30017 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30021 2 0.6280 0.3165 0.460 0.540 0.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30024 2 0.5529 0.6780 0.296 0.704 0.000
#> GSM30025 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30026 1 0.2448 0.8622 0.924 0.076 0.000
#> GSM30027 1 0.4399 0.6889 0.812 0.188 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.6309 0.2517 0.496 0.504 0.000
#> GSM30033 2 0.5465 0.6833 0.288 0.712 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.6180 0.4276 0.416 0.584 0.000
#> GSM30036 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30038 2 0.6111 0.4654 0.396 0.604 0.000
#> GSM30039 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30040 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.2625 0.6743 0.000 0.916 0.084
#> GSM30042 2 0.3045 0.7060 0.020 0.916 0.064
#> GSM30043 3 0.6140 0.4397 0.000 0.404 0.596
#> GSM30044 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30045 1 0.1031 0.8954 0.976 0.024 0.000
#> GSM30046 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30047 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.0424 0.9033 0.992 0.008 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.5465 0.6833 0.288 0.712 0.000
#> GSM30056 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30057 2 0.5431 0.3421 0.000 0.716 0.284
#> GSM30058 2 0.2625 0.6743 0.000 0.916 0.084
#> GSM30059 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30060 2 0.5138 0.7039 0.252 0.748 0.000
#> GSM30061 1 0.6180 0.0871 0.584 0.416 0.000
#> GSM30062 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30063 2 0.3045 0.7060 0.020 0.916 0.064
#> GSM30064 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30066 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30068 3 0.5591 0.6316 0.000 0.304 0.696
#> GSM30069 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30070 1 0.6154 0.2073 0.592 0.408 0.000
#> GSM30071 1 0.5138 0.5860 0.748 0.252 0.000
#> GSM30072 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30073 1 0.6215 0.0496 0.572 0.428 0.000
#> GSM30074 1 0.6111 0.2466 0.604 0.396 0.000
#> GSM30075 2 0.6180 0.4732 0.416 0.584 0.000
#> GSM30076 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0747 0.8996 0.984 0.016 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.1031 0.8954 0.976 0.024 0.000
#> GSM30080 1 0.4796 0.6381 0.780 0.220 0.000
#> GSM30081 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30087 1 0.2066 0.8724 0.940 0.060 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30089 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30090 2 0.2866 0.7683 0.076 0.916 0.008
#> GSM30091 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30094 3 0.0592 0.9448 0.000 0.012 0.988
#> GSM30095 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.2066 0.8724 0.940 0.060 0.000
#> GSM30098 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30099 2 0.2998 0.7606 0.068 0.916 0.016
#> GSM30100 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.3045 0.7060 0.020 0.916 0.064
#> GSM30102 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30103 1 0.6126 0.1508 0.600 0.400 0.000
#> GSM30104 2 0.5431 0.6861 0.284 0.716 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.2066 0.8724 0.940 0.060 0.000
#> GSM30107 1 0.1031 0.8954 0.976 0.024 0.000
#> GSM30108 1 0.5529 0.4696 0.704 0.296 0.000
#> GSM30109 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30114 1 0.6140 0.2212 0.596 0.404 0.000
#> GSM30115 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30116 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30117 1 0.6111 0.1656 0.604 0.396 0.000
#> GSM30118 1 0.6204 0.0659 0.576 0.424 0.000
#> GSM30119 2 0.3045 0.7060 0.020 0.916 0.064
#> GSM30120 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30121 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.6308 0.2638 0.492 0.508 0.000
#> GSM30177 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30178 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 1 0.4504 0.6728 0.804 0.196 0.000
#> GSM30182 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30183 1 0.0424 0.9031 0.992 0.008 0.000
#> GSM30184 2 0.2878 0.6673 0.000 0.904 0.096
#> GSM30185 1 0.4178 0.7114 0.828 0.172 0.000
#> GSM30186 2 0.5254 0.6980 0.264 0.736 0.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30188 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30190 3 0.0237 0.9492 0.000 0.004 0.996
#> GSM30191 1 0.6308 -0.2320 0.508 0.492 0.000
#> GSM30192 1 0.4605 0.6596 0.796 0.204 0.000
#> GSM30193 1 0.0747 0.8995 0.984 0.016 0.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.9517 0.000 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30196 1 0.1031 0.8954 0.976 0.024 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30199 1 0.6126 0.1508 0.600 0.400 0.000
#> GSM30200 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 1 0.6126 0.1508 0.600 0.400 0.000
#> GSM30206 1 0.1643 0.8840 0.956 0.044 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.5560 0.6744 0.300 0.700 0.000
#> GSM30210 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30211 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.1031 0.8954 0.976 0.024 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.5497 0.6808 0.292 0.708 0.000
#> GSM30219 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30223 1 0.0892 0.8975 0.980 0.020 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.2625 0.8561 0.916 0.084 0.000
#> GSM30226 2 0.6295 0.3309 0.472 0.528 0.000
#> GSM30227 1 0.2537 0.8592 0.920 0.080 0.000
#> GSM30228 2 0.2625 0.7751 0.084 0.916 0.000
#> GSM30229 1 0.0000 0.9064 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30007 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0592 0.9228 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM30011 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30012 2 0.0707 0.7800 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30013 1 0.2918 0.7270 0.876 0.116 0.000 0.008
#> GSM30014 2 0.4549 0.5180 0.000 0.776 0.188 0.036
#> GSM30015 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.2412 0.7562 0.908 0.084 0.000 0.008
#> GSM30017 4 0.2814 0.7269 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM30018 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0469 0.7817 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30020 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 2 0.5288 0.0955 0.472 0.520 0.000 0.008
#> GSM30022 1 0.4776 0.2064 0.624 0.000 0.000 0.376
#> GSM30023 1 0.1118 0.8023 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM30024 2 0.3649 0.6637 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM30025 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 1 0.3219 0.6461 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM30027 1 0.3528 0.6598 0.808 0.192 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30029 4 0.3024 0.7303 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM30030 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.4981 0.1915 0.464 0.536 0.000 0.000
#> GSM30033 2 0.3486 0.6797 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.5244 0.2055 0.436 0.556 0.000 0.008
#> GSM30036 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30038 2 0.5203 0.2542 0.416 0.576 0.000 0.008
#> GSM30039 2 0.0707 0.7800 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30040 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30042 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30043 3 0.5000 0.1932 0.000 0.500 0.500 0.000
#> GSM30044 4 0.1389 0.6575 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM30045 1 0.4877 0.0243 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM30046 4 0.1716 0.6776 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM30047 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30048 4 0.2921 0.7295 0.140 0.000 0.000 0.860
#> GSM30049 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 1 0.0336 0.8223 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30051 3 0.0188 0.9314 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0707 0.7800 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30054 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.3486 0.6797 0.188 0.812 0.000 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 2 0.3610 0.5221 0.000 0.800 0.200 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30060 2 0.3074 0.7101 0.152 0.848 0.000 0.000
#> GSM30061 1 0.4898 0.2303 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM30062 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30063 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30064 1 0.4164 0.4650 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM30065 2 0.0469 0.7820 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30066 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30068 3 0.5343 0.5803 0.000 0.316 0.656 0.028
#> GSM30069 2 0.1389 0.7674 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM30070 1 0.6079 0.3087 0.568 0.380 0.000 0.052
#> GSM30071 1 0.5203 0.5242 0.720 0.232 0.000 0.048
#> GSM30072 1 0.4761 0.2188 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM30073 1 0.5628 0.1658 0.556 0.420 0.000 0.024
#> GSM30074 1 0.5971 0.3454 0.584 0.368 0.000 0.048
#> GSM30075 2 0.5150 0.3761 0.396 0.596 0.000 0.008
#> GSM30076 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.3219 0.6698 0.836 0.000 0.000 0.164
#> GSM30078 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.3801 0.5860 0.780 0.000 0.000 0.220
#> GSM30080 1 0.4327 0.6195 0.768 0.216 0.000 0.016
#> GSM30081 3 0.0188 0.9314 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30086 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30087 1 0.3172 0.6497 0.840 0.000 0.000 0.160
#> GSM30088 1 0.2011 0.7760 0.920 0.000 0.000 0.080
#> GSM30089 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0592 0.9240 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM30095 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.4164 0.4694 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM30098 4 0.3649 0.7419 0.204 0.000 0.000 0.796
#> GSM30099 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30103 1 0.5138 0.2784 0.600 0.392 0.000 0.008
#> GSM30104 2 0.3444 0.6842 0.184 0.816 0.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.4008 0.5134 0.756 0.000 0.000 0.244
#> GSM30107 1 0.2530 0.7318 0.888 0.000 0.000 0.112
#> GSM30108 1 0.5359 0.4911 0.676 0.288 0.000 0.036
#> GSM30109 4 0.1867 0.6883 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM30110 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30112 1 0.2281 0.7536 0.904 0.000 0.000 0.096
#> GSM30113 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 1 0.5997 0.3261 0.576 0.376 0.000 0.048
#> GSM30115 1 0.0469 0.8198 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30116 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30117 1 0.4843 0.2899 0.604 0.396 0.000 0.000
#> GSM30118 1 0.4916 0.2163 0.576 0.424 0.000 0.000
#> GSM30119 2 0.1302 0.7685 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM30120 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30121 4 0.3311 0.7442 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM30122 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.4992 0.1482 0.476 0.524 0.000 0.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30178 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30181 1 0.3751 0.6484 0.800 0.196 0.000 0.004
#> GSM30182 4 0.4730 0.5879 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM30183 1 0.1118 0.8051 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM30184 2 0.0927 0.7759 0.000 0.976 0.016 0.008
#> GSM30185 1 0.3311 0.6783 0.828 0.172 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.3219 0.7005 0.164 0.836 0.000 0.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.4730 0.5879 0.364 0.000 0.000 0.636
#> GSM30189 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30190 3 0.0336 0.9292 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30191 2 0.5000 0.0727 0.496 0.504 0.000 0.000
#> GSM30192 1 0.3649 0.6416 0.796 0.204 0.000 0.000
#> GSM30193 1 0.2149 0.7592 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM30194 3 0.0000 0.9325 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30196 4 0.4999 0.2521 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM30197 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30199 1 0.4866 0.2666 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM30200 4 0.3801 0.7428 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM30201 4 0.4999 0.2142 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM30202 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 1 0.4855 0.2782 0.600 0.400 0.000 0.000
#> GSM30206 1 0.4697 0.2113 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM30207 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.3569 0.6734 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM30210 4 0.4866 0.5142 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM30211 4 0.1389 0.6575 0.048 0.000 0.000 0.952
#> GSM30212 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.1211 0.7992 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30214 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 4 0.4999 0.2919 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM30217 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.3569 0.6718 0.196 0.804 0.000 0.000
#> GSM30219 2 0.0336 0.7823 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30220 1 0.4761 0.2188 0.628 0.000 0.000 0.372
#> GSM30221 1 0.0592 0.8176 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM30222 1 0.4730 0.2413 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM30223 1 0.4925 -0.0017 0.572 0.000 0.000 0.428
#> GSM30224 1 0.2216 0.7590 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM30225 4 0.2216 0.7061 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM30226 2 0.4817 0.4073 0.388 0.612 0.000 0.000
#> GSM30227 4 0.3311 0.7311 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM30228 2 0.0000 0.7825 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 1 0.0000 0.8270 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 2 0.3895 0.31969 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM30007 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30008 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30009 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0566 0.94845 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> GSM30011 2 0.3913 0.31407 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM30012 5 0.4088 0.43909 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM30013 4 0.3995 0.60866 0.000 0.044 0.000 0.776 0.180
#> GSM30014 2 0.4256 0.07984 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30015 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30016 4 0.4167 0.52772 0.000 0.024 0.000 0.724 0.252
#> GSM30017 1 0.2782 0.65323 0.880 0.000 0.000 0.072 0.048
#> GSM30018 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.4278 -0.04505 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM30020 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30021 4 0.6438 -0.05046 0.000 0.220 0.000 0.500 0.280
#> GSM30022 4 0.6542 -0.33205 0.372 0.000 0.000 0.428 0.200
#> GSM30023 4 0.1670 0.76299 0.052 0.000 0.000 0.936 0.012
#> GSM30024 2 0.2179 0.57580 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> GSM30025 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30026 4 0.2773 0.65996 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> GSM30027 4 0.3109 0.64919 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30028 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.2962 0.65402 0.868 0.000 0.000 0.084 0.048
#> GSM30030 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30031 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.4291 0.04152 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> GSM30033 2 0.1608 0.60363 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30034 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30035 4 0.6590 -0.20767 0.000 0.228 0.000 0.452 0.320
#> GSM30036 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30037 4 0.2561 0.67932 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM30038 4 0.6597 -0.22991 0.000 0.224 0.000 0.444 0.332
#> GSM30039 5 0.4088 0.43909 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> GSM30040 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 2 0.3913 0.31407 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> GSM30042 2 0.3857 0.34046 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> GSM30043 2 0.4420 0.05179 0.000 0.548 0.448 0.000 0.004
#> GSM30044 1 0.2471 0.60758 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> GSM30045 4 0.6554 -0.40850 0.392 0.000 0.000 0.408 0.200
#> GSM30046 1 0.1800 0.62661 0.932 0.000 0.000 0.020 0.048
#> GSM30047 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.2903 0.65413 0.872 0.000 0.000 0.080 0.048
#> GSM30049 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0290 0.79933 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30051 3 0.0290 0.95487 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30052 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30053 5 0.4101 0.43454 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM30054 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.1608 0.60363 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 2 0.3388 0.45382 0.000 0.792 0.200 0.000 0.008
#> GSM30058 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.1270 0.61303 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM30061 4 0.4242 0.28571 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> GSM30062 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.3774 0.36108 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM30064 4 0.6161 0.02308 0.248 0.000 0.000 0.556 0.196
#> GSM30065 2 0.4084 0.30883 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> GSM30066 3 0.0162 0.95716 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30067 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30068 3 0.5790 0.46364 0.000 0.184 0.616 0.000 0.200
#> GSM30069 5 0.4060 0.39529 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> GSM30070 5 0.4305 0.61543 0.000 0.052 0.000 0.200 0.748
#> GSM30071 5 0.4495 0.61673 0.000 0.064 0.000 0.200 0.736
#> GSM30072 4 0.6539 -0.32232 0.368 0.000 0.000 0.432 0.200
#> GSM30073 5 0.4604 0.22122 0.000 0.012 0.000 0.428 0.560
#> GSM30074 5 0.4527 0.61479 0.000 0.064 0.000 0.204 0.732
#> GSM30075 2 0.6458 0.00341 0.000 0.424 0.000 0.396 0.180
#> GSM30076 4 0.0290 0.79918 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30077 4 0.2891 0.65961 0.176 0.000 0.000 0.824 0.000
#> GSM30078 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30079 4 0.5646 0.28537 0.212 0.000 0.000 0.632 0.156
#> GSM30080 4 0.6055 -0.02076 0.000 0.120 0.000 0.472 0.408
#> GSM30081 3 0.0162 0.95703 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30086 4 0.0404 0.79706 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM30087 4 0.2813 0.65404 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> GSM30088 4 0.1732 0.75715 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> GSM30089 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.2249 0.85779 0.000 0.008 0.896 0.000 0.096
#> GSM30095 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30096 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30097 4 0.3661 0.50246 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> GSM30098 1 0.3039 0.66083 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30101 2 0.0703 0.61058 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30102 2 0.4066 0.31221 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324
#> GSM30103 4 0.5740 0.33322 0.000 0.272 0.000 0.600 0.128
#> GSM30104 2 0.1544 0.60637 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM30105 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30106 4 0.4777 0.41122 0.268 0.000 0.000 0.680 0.052
#> GSM30107 4 0.4317 0.57464 0.160 0.000 0.000 0.764 0.076
#> GSM30108 4 0.4557 0.01769 0.000 0.008 0.000 0.516 0.476
#> GSM30109 1 0.1701 0.63918 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> GSM30110 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30111 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30112 4 0.5274 0.32072 0.064 0.000 0.000 0.600 0.336
#> GSM30113 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 5 0.4305 0.61590 0.000 0.052 0.000 0.200 0.748
#> GSM30115 4 0.2561 0.69033 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> GSM30116 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30117 4 0.4171 0.36179 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> GSM30118 4 0.4565 0.31403 0.000 0.408 0.000 0.580 0.012
#> GSM30119 5 0.4297 0.09319 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> GSM30120 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.5339 0.66336 0.672 0.000 0.000 0.152 0.176
#> GSM30122 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.4150 0.17441 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.61896 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30179 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30180 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30181 4 0.3266 0.64149 0.004 0.200 0.000 0.796 0.000
#> GSM30182 1 0.4015 0.50930 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM30183 4 0.2149 0.75346 0.036 0.000 0.000 0.916 0.048
#> GSM30184 2 0.4558 0.28641 0.000 0.652 0.024 0.000 0.324
#> GSM30185 4 0.2891 0.66929 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> GSM30186 2 0.1478 0.60820 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM30187 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.4015 0.50930 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> GSM30189 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30190 3 0.1082 0.93444 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> GSM30191 2 0.4278 0.08958 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> GSM30192 4 0.3563 0.62968 0.000 0.208 0.000 0.780 0.012
#> GSM30193 4 0.2248 0.74206 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012
#> GSM30194 3 0.0000 0.95854 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30195 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.6410 0.54742 0.496 0.000 0.000 0.304 0.200
#> GSM30197 4 0.0162 0.80130 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30198 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30199 4 0.4201 0.33403 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> GSM30200 1 0.5653 0.65875 0.632 0.000 0.000 0.208 0.160
#> GSM30201 1 0.6357 0.55930 0.512 0.000 0.000 0.288 0.200
#> GSM30202 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30203 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30204 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30205 4 0.4331 0.34797 0.000 0.400 0.000 0.596 0.004
#> GSM30206 4 0.4045 0.31758 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> GSM30207 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30208 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.1608 0.60319 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30210 1 0.4171 0.41273 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000
#> GSM30211 1 0.0404 0.61503 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM30212 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30213 4 0.3521 0.63454 0.040 0.000 0.000 0.820 0.140
#> GSM30214 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30215 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.6343 0.55623 0.492 0.000 0.000 0.332 0.176
#> GSM30217 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.2020 0.57720 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> GSM30219 2 0.3109 0.48285 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM30220 4 0.6539 -0.32232 0.368 0.000 0.000 0.432 0.200
#> GSM30221 4 0.0703 0.79052 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30222 4 0.6544 -0.30291 0.356 0.000 0.000 0.440 0.204
#> GSM30223 1 0.6551 0.40157 0.416 0.000 0.000 0.384 0.200
#> GSM30224 4 0.1965 0.73778 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> GSM30225 1 0.2074 0.65691 0.920 0.000 0.000 0.036 0.044
#> GSM30226 2 0.4138 0.20464 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM30227 1 0.4982 0.63921 0.700 0.000 0.000 0.100 0.200
#> GSM30228 2 0.1197 0.60228 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> GSM30229 4 0.0000 0.80319 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.3050 0.58126 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> GSM30007 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30008 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.2544 0.84792 0.120 0.012 0.004 0.000 0.864 0.000
#> GSM30011 3 0.3076 0.57778 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.2996 0.56534 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> GSM30013 4 0.4289 0.45187 0.008 0.268 0.028 0.692 0.000 0.004
#> GSM30014 1 0.5978 -0.25062 0.444 0.296 0.260 0.000 0.000 0.000
#> GSM30015 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30016 4 0.2912 0.67464 0.000 0.172 0.012 0.816 0.000 0.000
#> GSM30017 6 0.0603 0.60876 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980
#> GSM30018 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.5975 0.28005 0.256 0.444 0.300 0.000 0.000 0.000
#> GSM30020 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30021 4 0.6111 0.08531 0.016 0.188 0.312 0.484 0.000 0.000
#> GSM30022 1 0.5543 0.39564 0.488 0.000 0.000 0.372 0.000 0.140
#> GSM30023 4 0.2006 0.74608 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> GSM30024 3 0.2688 0.64888 0.000 0.068 0.868 0.064 0.000 0.000
#> GSM30025 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30026 4 0.3044 0.68504 0.048 0.000 0.000 0.836 0.000 0.116
#> GSM30027 4 0.2823 0.65985 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> GSM30028 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30029 6 0.0458 0.60860 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM30030 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30031 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 3 0.3851 0.07262 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> GSM30033 3 0.0865 0.69532 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30034 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30035 4 0.5918 -0.00833 0.000 0.232 0.312 0.456 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30037 4 0.2300 0.69464 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> GSM30038 4 0.6163 -0.03474 0.008 0.240 0.308 0.444 0.000 0.000
#> GSM30039 2 0.3050 0.55634 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000 0.000
#> GSM30040 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 3 0.3076 0.57778 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> GSM30042 1 0.5684 -0.30232 0.448 0.136 0.412 0.000 0.000 0.004
#> GSM30043 3 0.5680 0.12447 0.440 0.084 0.452 0.000 0.024 0.000
#> GSM30044 6 0.2178 0.52275 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> GSM30045 1 0.5310 0.33890 0.536 0.000 0.000 0.348 0.000 0.116
#> GSM30046 6 0.0260 0.60320 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> GSM30047 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 6 0.0458 0.60860 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> GSM30049 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0260 0.82806 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30051 5 0.0520 0.94018 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000
#> GSM30052 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.2996 0.56534 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> GSM30054 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 3 0.0790 0.69657 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM30056 3 0.0000 0.69749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.5069 0.16226 0.440 0.076 0.484 0.000 0.000 0.000
#> GSM30058 3 0.3052 0.53831 0.216 0.004 0.780 0.000 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30060 3 0.0692 0.69880 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> GSM30061 4 0.3810 0.27193 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> GSM30062 4 0.0146 0.83002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30063 3 0.2969 0.59168 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> GSM30064 4 0.4407 -0.30642 0.480 0.000 0.000 0.496 0.000 0.024
#> GSM30065 3 0.3240 0.57620 0.000 0.244 0.752 0.004 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.5040 0.44369 0.408 0.076 0.000 0.000 0.516 0.000
#> GSM30067 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30068 1 0.6908 -0.24984 0.444 0.300 0.092 0.000 0.164 0.000
#> GSM30069 2 0.4781 0.43021 0.320 0.608 0.072 0.000 0.000 0.000
#> GSM30070 2 0.1606 0.63346 0.008 0.932 0.000 0.056 0.000 0.004
#> GSM30071 2 0.2443 0.64276 0.004 0.880 0.020 0.096 0.000 0.000
#> GSM30072 1 0.5543 0.39564 0.488 0.000 0.000 0.372 0.000 0.140
#> GSM30073 2 0.3955 0.41717 0.004 0.668 0.012 0.316 0.000 0.000
#> GSM30074 2 0.1769 0.63946 0.004 0.924 0.012 0.060 0.000 0.000
#> GSM30075 3 0.5765 0.17666 0.008 0.120 0.488 0.380 0.000 0.004
#> GSM30076 4 0.0665 0.82069 0.008 0.008 0.000 0.980 0.000 0.004
#> GSM30077 4 0.2562 0.68933 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> GSM30078 4 0.0405 0.82630 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> GSM30079 4 0.4972 0.25164 0.256 0.000 0.000 0.628 0.000 0.116
#> GSM30080 2 0.4952 0.37891 0.008 0.612 0.056 0.320 0.000 0.004
#> GSM30081 5 0.0146 0.94438 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM30086 4 0.0862 0.81598 0.008 0.016 0.000 0.972 0.000 0.004
#> GSM30087 4 0.2527 0.68022 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> GSM30088 4 0.1556 0.78213 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM30089 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30090 3 0.0146 0.69754 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30091 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0146 0.69754 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30094 5 0.1462 0.89458 0.000 0.056 0.008 0.000 0.936 0.000
#> GSM30095 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 4 0.3288 0.53799 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> GSM30098 6 0.5202 0.37305 0.192 0.000 0.000 0.192 0.000 0.616
#> GSM30099 3 0.0000 0.69749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30100 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 3 0.3862 0.30087 0.388 0.004 0.608 0.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.3189 0.58008 0.000 0.236 0.760 0.004 0.000 0.000
#> GSM30103 4 0.4738 0.35586 0.000 0.064 0.336 0.600 0.000 0.000
#> GSM30104 3 0.0790 0.69657 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM30105 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.4313 -0.05622 0.004 0.012 0.000 0.504 0.000 0.480
#> GSM30107 4 0.4481 0.13368 0.020 0.008 0.000 0.572 0.000 0.400
#> GSM30108 4 0.4303 0.06350 0.004 0.460 0.012 0.524 0.000 0.000
#> GSM30109 6 0.3975 0.37390 0.392 0.000 0.000 0.008 0.000 0.600
#> GSM30110 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30111 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30112 2 0.5144 0.23427 0.092 0.536 0.000 0.372 0.000 0.000
#> GSM30113 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.2754 0.62977 0.008 0.860 0.012 0.116 0.000 0.004
#> GSM30115 4 0.3126 0.54906 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM30116 3 0.0146 0.69754 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30117 4 0.3747 0.35107 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> GSM30118 4 0.4481 0.29518 0.008 0.020 0.400 0.572 0.000 0.000
#> GSM30119 1 0.5890 -0.29828 0.448 0.372 0.176 0.000 0.000 0.004
#> GSM30120 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30121 1 0.5383 -0.17358 0.472 0.000 0.000 0.112 0.000 0.416
#> GSM30122 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30123 3 0.3607 0.29524 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM30177 3 0.0000 0.69749 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0146 0.83002 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30179 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30180 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 4 0.3819 0.62306 0.004 0.040 0.200 0.756 0.000 0.000
#> GSM30182 6 0.4846 0.30651 0.056 0.008 0.000 0.328 0.000 0.608
#> GSM30183 4 0.1908 0.77704 0.056 0.000 0.000 0.916 0.000 0.028
#> GSM30184 3 0.3670 0.56236 0.000 0.240 0.736 0.000 0.024 0.000
#> GSM30185 4 0.2597 0.68648 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> GSM30186 3 0.0937 0.69372 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> GSM30187 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30188 6 0.4607 0.30833 0.056 0.000 0.000 0.328 0.000 0.616
#> GSM30189 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30190 5 0.0717 0.93297 0.000 0.016 0.008 0.000 0.976 0.000
#> GSM30191 3 0.3838 0.12996 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> GSM30192 4 0.3679 0.63014 0.008 0.016 0.208 0.764 0.000 0.004
#> GSM30193 4 0.2302 0.76751 0.032 0.008 0.000 0.900 0.000 0.060
#> GSM30194 5 0.0000 0.94625 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30196 1 0.5646 0.30417 0.536 0.000 0.000 0.244 0.000 0.220
#> GSM30197 4 0.0146 0.82997 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30198 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30199 4 0.3789 0.30604 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.5821 -0.15215 0.408 0.000 0.000 0.184 0.000 0.408
#> GSM30201 1 0.5839 0.25687 0.488 0.000 0.000 0.236 0.000 0.276
#> GSM30202 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30203 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30204 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 4 0.3993 0.32877 0.008 0.000 0.400 0.592 0.000 0.000
#> GSM30206 4 0.5098 0.31376 0.048 0.032 0.000 0.620 0.000 0.300
#> GSM30207 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30208 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30209 3 0.0790 0.69659 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> GSM30210 6 0.5462 0.19583 0.056 0.032 0.000 0.392 0.000 0.520
#> GSM30211 6 0.1387 0.59430 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> GSM30212 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 4 0.2664 0.63636 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000
#> GSM30214 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30215 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.5998 0.20763 0.436 0.000 0.000 0.300 0.000 0.264
#> GSM30217 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30218 3 0.1610 0.65765 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM30219 3 0.2664 0.62323 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.5543 0.39564 0.488 0.000 0.000 0.372 0.000 0.140
#> GSM30221 4 0.0632 0.81771 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM30222 1 0.5801 0.38991 0.484 0.012 0.000 0.372 0.000 0.132
#> GSM30223 1 0.5458 0.38208 0.536 0.000 0.000 0.320 0.000 0.144
#> GSM30224 4 0.1765 0.75973 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> GSM30225 6 0.4076 0.39682 0.364 0.000 0.000 0.016 0.000 0.620
#> GSM30226 3 0.3717 0.26948 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.4603 -0.17838 0.544 0.000 0.000 0.040 0.000 0.416
#> GSM30228 3 0.1387 0.68224 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.0000 0.83183 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> CV:pam 145 0.011900 2
#> CV:pam 145 0.103568 3
#> CV:pam 135 0.206221 4
#> CV:pam 119 0.000204 5
#> CV:pam 115 0.002859 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.108 0.251 0.709 0.3871 0.826 0.826
#> 3 3 0.178 0.313 0.660 0.4428 0.497 0.435
#> 4 4 0.300 0.407 0.618 0.1973 0.686 0.404
#> 5 5 0.458 0.534 0.726 0.1088 0.850 0.565
#> 6 6 0.498 0.314 0.617 0.0542 0.812 0.431
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 1 0.760 0.08859 0.780 0.220
#> GSM30007 1 0.973 0.40209 0.596 0.404
#> GSM30008 1 0.980 0.39416 0.584 0.416
#> GSM30009 1 0.988 0.38757 0.564 0.436
#> GSM30010 1 0.998 -0.78259 0.528 0.472
#> GSM30011 1 0.795 0.02382 0.760 0.240
#> GSM30012 1 0.760 0.12833 0.780 0.220
#> GSM30013 1 0.416 0.44878 0.916 0.084
#> GSM30014 1 0.886 -0.15104 0.696 0.304
#> GSM30015 1 0.204 0.47949 0.968 0.032
#> GSM30016 1 0.402 0.44564 0.920 0.080
#> GSM30017 1 0.891 0.43115 0.692 0.308
#> GSM30018 1 0.952 0.40031 0.628 0.372
#> GSM30019 1 0.996 -0.80974 0.536 0.464
#> GSM30020 1 0.973 0.38719 0.596 0.404
#> GSM30021 1 0.563 0.40139 0.868 0.132
#> GSM30022 1 0.971 0.38603 0.600 0.400
#> GSM30023 1 0.327 0.47095 0.940 0.060
#> GSM30024 1 0.388 0.44853 0.924 0.076
#> GSM30025 1 0.689 0.43598 0.816 0.184
#> GSM30026 1 0.469 0.47188 0.900 0.100
#> GSM30027 1 0.971 0.19512 0.600 0.400
#> GSM30028 1 0.482 0.48157 0.896 0.104
#> GSM30029 1 0.981 0.39431 0.580 0.420
#> GSM30030 1 0.983 0.39055 0.576 0.424
#> GSM30031 1 0.987 0.38612 0.568 0.432
#> GSM30032 1 0.615 0.35405 0.848 0.152
#> GSM30033 1 0.574 0.39391 0.864 0.136
#> GSM30034 1 0.904 0.43935 0.680 0.320
#> GSM30035 1 0.584 0.40192 0.860 0.140
#> GSM30036 1 0.985 0.39764 0.572 0.428
#> GSM30037 1 0.999 0.36914 0.520 0.480
#> GSM30038 1 0.402 0.44564 0.920 0.080
#> GSM30039 1 0.975 -0.65335 0.592 0.408
#> GSM30040 2 0.992 0.94225 0.448 0.552
#> GSM30041 1 0.904 -0.22148 0.680 0.320
#> GSM30042 1 0.886 -0.13140 0.696 0.304
#> GSM30043 1 0.866 -0.13880 0.712 0.288
#> GSM30044 1 0.978 0.37925 0.588 0.412
#> GSM30045 1 0.866 0.43012 0.712 0.288
#> GSM30046 1 0.224 0.47692 0.964 0.036
#> GSM30047 1 0.985 0.39193 0.572 0.428
#> GSM30048 1 0.388 0.48733 0.924 0.076
#> GSM30049 2 0.998 0.90252 0.472 0.528
#> GSM30050 1 0.861 0.44912 0.716 0.284
#> GSM30051 1 1.000 -0.86465 0.504 0.496
#> GSM30052 1 0.680 0.47121 0.820 0.180
#> GSM30053 1 0.981 -0.68094 0.580 0.420
#> GSM30054 2 0.988 0.93936 0.436 0.564
#> GSM30055 1 0.494 0.46273 0.892 0.108
#> GSM30056 1 0.802 0.10056 0.756 0.244
#> GSM30057 1 0.866 -0.13766 0.712 0.288
#> GSM30058 1 0.999 -0.80847 0.516 0.484
#> GSM30059 1 0.430 0.44223 0.912 0.088
#> GSM30060 2 0.996 0.92695 0.464 0.536
#> GSM30061 1 0.563 0.45834 0.868 0.132
#> GSM30062 1 0.881 0.00406 0.700 0.300
#> GSM30063 1 0.895 -0.21158 0.688 0.312
#> GSM30064 1 0.969 0.38803 0.604 0.396
#> GSM30065 1 0.388 0.44670 0.924 0.076
#> GSM30066 2 0.995 0.90903 0.460 0.540
#> GSM30067 1 0.985 0.39089 0.572 0.428
#> GSM30068 1 0.876 -0.13375 0.704 0.296
#> GSM30069 1 0.795 0.11329 0.760 0.240
#> GSM30070 1 0.443 0.43614 0.908 0.092
#> GSM30071 1 0.402 0.44564 0.920 0.080
#> GSM30072 1 0.402 0.48737 0.920 0.080
#> GSM30073 1 0.327 0.44104 0.940 0.060
#> GSM30074 1 0.634 0.32366 0.840 0.160
#> GSM30075 1 0.900 -0.23184 0.684 0.316
#> GSM30076 1 0.936 0.41538 0.648 0.352
#> GSM30077 1 0.224 0.47135 0.964 0.036
#> GSM30078 1 0.855 0.09186 0.720 0.280
#> GSM30079 1 0.987 0.38893 0.568 0.432
#> GSM30080 1 0.373 0.45053 0.928 0.072
#> GSM30081 1 0.999 -0.81582 0.516 0.484
#> GSM30086 1 0.224 0.45777 0.964 0.036
#> GSM30087 1 0.574 0.40991 0.864 0.136
#> GSM30088 1 0.980 0.39742 0.584 0.416
#> GSM30089 1 0.563 0.48686 0.868 0.132
#> GSM30090 2 0.996 0.92937 0.464 0.536
#> GSM30091 2 0.999 0.89274 0.480 0.520
#> GSM30092 1 0.985 0.39103 0.572 0.428
#> GSM30093 1 0.995 -0.68286 0.540 0.460
#> GSM30094 2 0.990 0.94115 0.440 0.560
#> GSM30095 2 0.988 0.93936 0.436 0.564
#> GSM30096 1 0.969 0.14838 0.604 0.396
#> GSM30097 1 0.625 0.47581 0.844 0.156
#> GSM30098 1 0.895 0.05617 0.688 0.312
#> GSM30099 2 0.993 0.90273 0.452 0.548
#> GSM30100 1 1.000 -0.82718 0.508 0.492
#> GSM30101 1 0.929 -0.30585 0.656 0.344
#> GSM30102 1 0.895 -0.16814 0.688 0.312
#> GSM30103 1 0.574 0.42103 0.864 0.136
#> GSM30104 1 0.541 0.46110 0.876 0.124
#> GSM30105 1 0.943 0.42288 0.640 0.360
#> GSM30106 1 0.753 0.23948 0.784 0.216
#> GSM30107 1 0.891 0.42841 0.692 0.308
#> GSM30108 1 0.327 0.47211 0.940 0.060
#> GSM30109 1 0.775 0.16670 0.772 0.228
#> GSM30110 1 0.971 0.36422 0.600 0.400
#> GSM30111 1 0.827 0.44971 0.740 0.260
#> GSM30112 1 0.714 0.20476 0.804 0.196
#> GSM30113 2 1.000 0.85937 0.500 0.500
#> GSM30114 1 0.443 0.43614 0.908 0.092
#> GSM30115 1 0.343 0.45588 0.936 0.064
#> GSM30116 2 0.985 0.92730 0.428 0.572
#> GSM30117 1 0.913 -0.06304 0.672 0.328
#> GSM30118 1 0.993 -0.64853 0.548 0.452
#> GSM30119 1 0.850 -0.10945 0.724 0.276
#> GSM30120 1 0.204 0.45536 0.968 0.032
#> GSM30121 1 0.242 0.47939 0.960 0.040
#> GSM30122 1 0.891 0.04637 0.692 0.308
#> GSM30123 1 0.921 -0.07299 0.664 0.336
#> GSM30177 1 0.996 -0.69833 0.536 0.464
#> GSM30178 1 0.881 0.11290 0.700 0.300
#> GSM30179 1 0.895 0.05457 0.688 0.312
#> GSM30180 1 0.850 0.09677 0.724 0.276
#> GSM30181 1 0.871 0.05506 0.708 0.292
#> GSM30182 1 0.871 0.07839 0.708 0.292
#> GSM30183 1 0.891 0.05798 0.692 0.308
#> GSM30184 2 0.990 0.93625 0.440 0.560
#> GSM30185 1 0.900 -0.02586 0.684 0.316
#> GSM30186 1 0.996 -0.66883 0.536 0.464
#> GSM30187 1 0.662 0.46846 0.828 0.172
#> GSM30188 1 0.895 0.04725 0.688 0.312
#> GSM30189 1 0.886 0.04506 0.696 0.304
#> GSM30190 2 0.988 0.93936 0.436 0.564
#> GSM30191 1 0.788 0.23281 0.764 0.236
#> GSM30192 1 0.788 0.11931 0.764 0.236
#> GSM30193 1 0.802 0.10835 0.756 0.244
#> GSM30194 2 0.991 0.94066 0.444 0.556
#> GSM30195 1 0.311 0.45760 0.944 0.056
#> GSM30196 1 0.998 0.35990 0.528 0.472
#> GSM30197 1 0.730 0.46496 0.796 0.204
#> GSM30198 1 0.961 0.39635 0.616 0.384
#> GSM30199 1 0.998 -0.71301 0.524 0.476
#> GSM30200 1 0.224 0.47885 0.964 0.036
#> GSM30201 1 0.978 0.39434 0.588 0.412
#> GSM30202 1 0.443 0.44327 0.908 0.092
#> GSM30203 1 0.871 0.07099 0.708 0.292
#> GSM30204 1 0.966 0.38899 0.608 0.392
#> GSM30205 1 0.402 0.44564 0.920 0.080
#> GSM30206 1 0.891 0.04913 0.692 0.308
#> GSM30207 1 0.850 0.45676 0.724 0.276
#> GSM30208 1 0.909 0.04141 0.676 0.324
#> GSM30209 1 0.929 -0.06692 0.656 0.344
#> GSM30210 1 0.913 0.03863 0.672 0.328
#> GSM30211 1 0.767 0.16721 0.776 0.224
#> GSM30212 1 0.680 0.47526 0.820 0.180
#> GSM30213 1 0.416 0.44998 0.916 0.084
#> GSM30214 1 0.634 0.47472 0.840 0.160
#> GSM30215 1 0.929 0.06475 0.656 0.344
#> GSM30216 1 0.855 0.10135 0.720 0.280
#> GSM30217 1 0.913 0.04963 0.672 0.328
#> GSM30218 1 0.895 -0.02536 0.688 0.312
#> GSM30219 2 0.997 0.92085 0.468 0.532
#> GSM30220 1 0.775 0.33590 0.772 0.228
#> GSM30221 1 0.518 0.48415 0.884 0.116
#> GSM30222 1 0.808 0.10433 0.752 0.248
#> GSM30223 1 0.969 0.38856 0.604 0.396
#> GSM30224 1 0.949 0.41988 0.632 0.368
#> GSM30225 1 0.775 0.13867 0.772 0.228
#> GSM30226 1 0.932 -0.08796 0.652 0.348
#> GSM30227 1 0.204 0.47693 0.968 0.032
#> GSM30228 1 1.000 -0.87121 0.500 0.500
#> GSM30229 1 0.625 0.45433 0.844 0.156
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.7912 0.2910 0.404 0.536 0.060
#> GSM30007 1 0.3764 0.6607 0.892 0.068 0.040
#> GSM30008 1 0.5122 0.5843 0.788 0.200 0.012
#> GSM30009 1 0.2902 0.6603 0.920 0.064 0.016
#> GSM30010 2 0.7969 -0.1393 0.060 0.508 0.432
#> GSM30011 2 0.7945 0.3082 0.388 0.548 0.064
#> GSM30012 2 0.7920 0.3310 0.360 0.572 0.068
#> GSM30013 1 0.8135 -0.1675 0.484 0.448 0.068
#> GSM30014 2 0.6264 0.1770 0.068 0.764 0.168
#> GSM30015 1 0.6940 0.4761 0.708 0.224 0.068
#> GSM30016 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30017 1 0.2384 0.6645 0.936 0.008 0.056
#> GSM30018 1 0.0661 0.6663 0.988 0.004 0.008
#> GSM30019 2 0.5780 0.3562 0.080 0.800 0.120
#> GSM30020 1 0.4605 0.4997 0.796 0.204 0.000
#> GSM30021 2 0.6298 0.3173 0.388 0.608 0.004
#> GSM30022 1 0.0848 0.6650 0.984 0.008 0.008
#> GSM30023 1 0.5075 0.6547 0.836 0.096 0.068
#> GSM30024 2 0.7169 0.3016 0.404 0.568 0.028
#> GSM30025 1 0.7271 0.4327 0.608 0.352 0.040
#> GSM30026 1 0.4399 0.6444 0.812 0.188 0.000
#> GSM30027 1 0.8691 0.3201 0.528 0.356 0.116
#> GSM30028 1 0.3875 0.6663 0.888 0.044 0.068
#> GSM30029 1 0.1453 0.6713 0.968 0.024 0.008
#> GSM30030 1 0.2846 0.6625 0.924 0.056 0.020
#> GSM30031 1 0.3009 0.6598 0.920 0.052 0.028
#> GSM30032 2 0.6688 0.2034 0.408 0.580 0.012
#> GSM30033 2 0.6688 0.2034 0.408 0.580 0.012
#> GSM30034 1 0.3856 0.6604 0.888 0.072 0.040
#> GSM30035 2 0.6950 0.2003 0.408 0.572 0.020
#> GSM30036 1 0.7163 0.3349 0.628 0.332 0.040
#> GSM30037 1 0.2050 0.6740 0.952 0.028 0.020
#> GSM30038 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30039 2 0.5325 0.4315 0.248 0.748 0.004
#> GSM30040 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30041 2 0.7389 -0.1391 0.036 0.556 0.408
#> GSM30042 2 0.5816 0.4096 0.156 0.788 0.056
#> GSM30043 2 0.7699 -0.1086 0.052 0.560 0.388
#> GSM30044 1 0.0424 0.6622 0.992 0.000 0.008
#> GSM30045 1 0.2176 0.6730 0.948 0.032 0.020
#> GSM30046 1 0.4087 0.6649 0.880 0.052 0.068
#> GSM30047 1 0.6647 0.0965 0.592 0.396 0.012
#> GSM30048 1 0.3875 0.6668 0.888 0.044 0.068
#> GSM30049 2 0.6432 -0.1521 0.004 0.568 0.428
#> GSM30050 1 0.1877 0.6702 0.956 0.012 0.032
#> GSM30051 2 0.7801 -0.1474 0.052 0.520 0.428
#> GSM30052 1 0.5514 0.6470 0.800 0.156 0.044
#> GSM30053 2 0.6703 0.4296 0.236 0.712 0.052
#> GSM30054 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30055 2 0.7979 0.1661 0.440 0.500 0.060
#> GSM30056 2 0.5988 0.3361 0.304 0.688 0.008
#> GSM30057 2 0.7553 -0.0299 0.060 0.620 0.320
#> GSM30058 2 0.6483 -0.1204 0.008 0.600 0.392
#> GSM30059 1 0.6653 0.5525 0.680 0.288 0.032
#> GSM30060 2 0.2866 0.3636 0.076 0.916 0.008
#> GSM30061 2 0.7181 0.1924 0.408 0.564 0.028
#> GSM30062 2 0.8212 0.2884 0.296 0.600 0.104
#> GSM30063 2 0.3112 0.3044 0.028 0.916 0.056
#> GSM30064 1 0.0592 0.6609 0.988 0.000 0.012
#> GSM30065 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30066 3 0.7004 0.1621 0.020 0.428 0.552
#> GSM30067 1 0.0424 0.6622 0.992 0.000 0.008
#> GSM30068 2 0.7962 -0.1361 0.060 0.512 0.428
#> GSM30069 2 0.7982 0.3143 0.376 0.556 0.068
#> GSM30070 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30071 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30072 1 0.3649 0.6679 0.896 0.036 0.068
#> GSM30073 2 0.6505 0.1933 0.468 0.528 0.004
#> GSM30074 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30075 2 0.8275 0.2870 0.296 0.596 0.108
#> GSM30076 1 0.6678 0.4549 0.728 0.208 0.064
#> GSM30077 1 0.3482 0.6582 0.872 0.128 0.000
#> GSM30078 1 0.7001 0.5305 0.716 0.200 0.084
#> GSM30079 1 0.0661 0.6638 0.988 0.004 0.008
#> GSM30080 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30081 2 0.7801 -0.1474 0.052 0.520 0.428
#> GSM30086 1 0.7995 -0.1742 0.480 0.460 0.060
#> GSM30087 1 0.4504 0.6379 0.804 0.196 0.000
#> GSM30088 1 0.3141 0.6641 0.912 0.068 0.020
#> GSM30089 2 0.6682 0.1684 0.488 0.504 0.008
#> GSM30090 2 0.3619 0.1872 0.000 0.864 0.136
#> GSM30091 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30092 1 0.5591 0.2966 0.696 0.304 0.000
#> GSM30093 2 0.4796 0.4040 0.220 0.780 0.000
#> GSM30094 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30095 3 0.6286 0.1439 0.000 0.464 0.536
#> GSM30096 1 0.8218 0.3749 0.640 0.176 0.184
#> GSM30097 1 0.5239 0.6494 0.808 0.160 0.032
#> GSM30098 1 0.9105 -0.2351 0.500 0.152 0.348
#> GSM30099 2 0.6892 0.2195 0.112 0.736 0.152
#> GSM30100 2 0.7004 -0.1508 0.020 0.552 0.428
#> GSM30101 2 0.7112 0.0429 0.060 0.680 0.260
#> GSM30102 2 0.6513 0.2183 0.400 0.592 0.008
#> GSM30103 2 0.7287 0.1905 0.408 0.560 0.032
#> GSM30104 2 0.7192 0.1904 0.412 0.560 0.028
#> GSM30105 1 0.3764 0.6597 0.892 0.068 0.040
#> GSM30106 1 0.5237 0.6266 0.824 0.120 0.056
#> GSM30107 1 0.2297 0.6729 0.944 0.020 0.036
#> GSM30108 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30109 1 0.7388 0.4313 0.704 0.136 0.160
#> GSM30110 1 0.1482 0.6652 0.968 0.012 0.020
#> GSM30111 1 0.7997 -0.1431 0.472 0.468 0.060
#> GSM30112 2 0.8546 0.2947 0.348 0.544 0.108
#> GSM30113 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30114 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30115 1 0.7644 0.2912 0.624 0.308 0.068
#> GSM30116 2 0.6746 0.1587 0.076 0.732 0.192
#> GSM30117 2 0.8159 0.2695 0.320 0.588 0.092
#> GSM30118 2 0.6260 0.1630 0.000 0.552 0.448
#> GSM30119 2 0.3845 0.3935 0.116 0.872 0.012
#> GSM30120 2 0.6291 0.1970 0.468 0.532 0.000
#> GSM30121 1 0.3412 0.6601 0.876 0.124 0.000
#> GSM30122 1 0.9760 -0.3013 0.420 0.236 0.344
#> GSM30123 2 0.7640 0.2358 0.052 0.576 0.372
#> GSM30177 2 0.5633 0.4033 0.208 0.768 0.024
#> GSM30178 2 0.7050 0.2414 0.372 0.600 0.028
#> GSM30179 2 0.9462 -0.1576 0.400 0.420 0.180
#> GSM30180 1 0.8616 0.1647 0.588 0.148 0.264
#> GSM30181 2 0.6267 0.1611 0.000 0.548 0.452
#> GSM30182 3 0.9191 0.4241 0.424 0.148 0.428
#> GSM30183 1 0.9252 -0.2923 0.480 0.164 0.356
#> GSM30184 3 0.8255 0.1598 0.076 0.428 0.496
#> GSM30185 2 0.6786 0.1532 0.012 0.540 0.448
#> GSM30186 2 0.8285 0.3094 0.112 0.600 0.288
#> GSM30187 1 0.7083 0.3768 0.592 0.380 0.028
#> GSM30188 3 0.9177 0.4769 0.400 0.148 0.452
#> GSM30189 1 0.9484 -0.2576 0.472 0.200 0.328
#> GSM30190 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30191 2 0.6783 0.2209 0.396 0.588 0.016
#> GSM30192 2 0.8875 0.2186 0.128 0.508 0.364
#> GSM30193 3 0.9177 0.4769 0.400 0.148 0.452
#> GSM30194 2 0.6215 -0.1527 0.000 0.572 0.428
#> GSM30195 1 0.7395 -0.1651 0.492 0.476 0.032
#> GSM30196 1 0.0747 0.6590 0.984 0.000 0.016
#> GSM30197 1 0.5823 0.5892 0.792 0.144 0.064
#> GSM30198 1 0.1031 0.6696 0.976 0.024 0.000
#> GSM30199 2 0.6204 0.1730 0.000 0.576 0.424
#> GSM30200 1 0.3752 0.6698 0.884 0.096 0.020
#> GSM30201 1 0.3213 0.6628 0.912 0.060 0.028
#> GSM30202 1 0.5905 0.4774 0.648 0.352 0.000
#> GSM30203 2 0.9125 -0.0572 0.392 0.464 0.144
#> GSM30204 1 0.1585 0.6667 0.964 0.028 0.008
#> GSM30205 2 0.8066 0.2878 0.404 0.528 0.068
#> GSM30206 3 0.9177 0.4769 0.400 0.148 0.452
#> GSM30207 1 0.7396 -0.1030 0.488 0.480 0.032
#> GSM30208 1 0.9449 -0.4119 0.436 0.180 0.384
#> GSM30209 2 0.8275 0.3036 0.108 0.596 0.296
#> GSM30210 3 0.9265 0.4357 0.416 0.156 0.428
#> GSM30211 1 0.7221 0.4582 0.716 0.136 0.148
#> GSM30212 1 0.5036 0.6610 0.832 0.120 0.048
#> GSM30213 1 0.4452 0.6408 0.808 0.192 0.000
#> GSM30214 1 0.5111 0.6471 0.808 0.168 0.024
#> GSM30215 1 0.8457 0.3074 0.616 0.168 0.216
#> GSM30216 1 0.8847 -0.0511 0.552 0.148 0.300
#> GSM30217 1 0.9571 0.2897 0.472 0.304 0.224
#> GSM30218 2 0.3192 0.3915 0.112 0.888 0.000
#> GSM30219 2 0.1015 0.3378 0.012 0.980 0.008
#> GSM30220 1 0.5514 0.6470 0.800 0.156 0.044
#> GSM30221 1 0.6577 0.3037 0.572 0.420 0.008
#> GSM30222 2 0.9234 0.1531 0.160 0.476 0.364
#> GSM30223 1 0.1860 0.6622 0.948 0.000 0.052
#> GSM30224 1 0.4035 0.6630 0.880 0.080 0.040
#> GSM30225 1 0.8890 -0.0281 0.544 0.148 0.308
#> GSM30226 2 0.6659 0.3832 0.132 0.752 0.116
#> GSM30227 1 0.3482 0.6582 0.872 0.128 0.000
#> GSM30228 2 0.3826 0.4359 0.124 0.868 0.008
#> GSM30229 2 0.7181 0.1924 0.408 0.564 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.6074 7.11e-01 0.340 0.600 0.060 0.000
#> GSM30007 1 0.5064 4.59e-01 0.632 0.004 0.004 0.360
#> GSM30008 1 0.5655 4.30e-01 0.604 0.024 0.004 0.368
#> GSM30009 1 0.4126 5.42e-01 0.776 0.004 0.004 0.216
#> GSM30010 3 0.2266 7.31e-01 0.000 0.084 0.912 0.004
#> GSM30011 2 0.6179 7.17e-01 0.324 0.612 0.060 0.004
#> GSM30012 2 0.5769 7.20e-01 0.264 0.676 0.056 0.004
#> GSM30013 2 0.6809 5.31e-01 0.360 0.532 0.000 0.108
#> GSM30014 3 0.5155 3.19e-01 0.000 0.468 0.528 0.004
#> GSM30015 1 0.6167 5.43e-01 0.652 0.100 0.000 0.248
#> GSM30016 2 0.5881 7.03e-01 0.296 0.652 0.008 0.044
#> GSM30017 1 0.1854 5.99e-01 0.940 0.048 0.000 0.012
#> GSM30018 1 0.1576 6.19e-01 0.948 0.004 0.000 0.048
#> GSM30019 2 0.7364 7.00e-02 0.004 0.548 0.240 0.208
#> GSM30020 1 0.5693 5.43e-01 0.688 0.072 0.000 0.240
#> GSM30021 2 0.7892 6.40e-01 0.240 0.564 0.148 0.048
#> GSM30022 1 0.0188 6.06e-01 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30023 1 0.5256 5.94e-01 0.732 0.064 0.000 0.204
#> GSM30024 2 0.7846 5.74e-01 0.384 0.468 0.036 0.112
#> GSM30025 4 0.6938 -4.64e-02 0.392 0.040 0.040 0.528
#> GSM30026 1 0.3463 5.81e-01 0.868 0.004 0.032 0.096
#> GSM30027 4 0.6235 1.08e-01 0.352 0.020 0.032 0.596
#> GSM30028 1 0.5184 5.95e-01 0.736 0.060 0.000 0.204
#> GSM30029 1 0.1109 6.05e-01 0.968 0.004 0.000 0.028
#> GSM30030 1 0.3441 5.43e-01 0.840 0.004 0.004 0.152
#> GSM30031 1 0.4997 5.32e-01 0.688 0.012 0.004 0.296
#> GSM30032 4 0.9565 -9.13e-02 0.228 0.316 0.124 0.332
#> GSM30033 4 0.9225 2.34e-02 0.216 0.300 0.092 0.392
#> GSM30034 1 0.4973 4.92e-01 0.692 0.004 0.012 0.292
#> GSM30035 4 0.8762 2.01e-01 0.208 0.216 0.084 0.492
#> GSM30036 1 0.6214 2.89e-01 0.524 0.044 0.004 0.428
#> GSM30037 1 0.6045 5.44e-01 0.664 0.064 0.008 0.264
#> GSM30038 2 0.4647 7.28e-01 0.288 0.704 0.008 0.000
#> GSM30039 2 0.7765 5.23e-01 0.164 0.568 0.232 0.036
#> GSM30040 3 0.0469 7.58e-01 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM30041 3 0.2918 7.24e-01 0.000 0.116 0.876 0.008
#> GSM30042 2 0.6198 3.86e-01 0.084 0.652 0.260 0.004
#> GSM30043 3 0.3306 7.09e-01 0.000 0.156 0.840 0.004
#> GSM30044 1 0.0672 6.04e-01 0.984 0.008 0.000 0.008
#> GSM30045 1 0.4912 6.03e-01 0.776 0.060 0.004 0.160
#> GSM30046 1 0.2443 5.96e-01 0.916 0.060 0.000 0.024
#> GSM30047 1 0.6014 4.13e-01 0.588 0.052 0.000 0.360
#> GSM30048 1 0.2021 5.99e-01 0.932 0.056 0.000 0.012
#> GSM30049 3 0.0524 7.58e-01 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM30050 1 0.4399 6.00e-01 0.768 0.020 0.000 0.212
#> GSM30051 3 0.0672 7.56e-01 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM30052 4 0.7388 -2.10e-01 0.448 0.064 0.040 0.448
#> GSM30053 2 0.8202 5.14e-01 0.156 0.560 0.208 0.076
#> GSM30054 3 0.0592 7.55e-01 0.000 0.000 0.984 0.016
#> GSM30055 2 0.7795 3.90e-01 0.328 0.448 0.004 0.220
#> GSM30056 4 0.9545 -6.85e-02 0.136 0.328 0.196 0.340
#> GSM30057 3 0.4889 5.24e-01 0.000 0.360 0.636 0.004
#> GSM30058 3 0.2480 7.39e-01 0.000 0.088 0.904 0.008
#> GSM30059 4 0.6360 6.15e-02 0.364 0.020 0.036 0.580
#> GSM30060 3 0.8138 1.93e-01 0.008 0.300 0.392 0.300
#> GSM30061 4 0.8631 1.98e-01 0.288 0.196 0.056 0.460
#> GSM30062 4 0.6634 3.17e-01 0.268 0.056 0.036 0.640
#> GSM30063 3 0.7241 3.28e-01 0.004 0.364 0.500 0.132
#> GSM30064 1 0.4426 6.04e-01 0.780 0.020 0.004 0.196
#> GSM30065 2 0.6640 6.55e-01 0.360 0.560 0.008 0.072
#> GSM30066 3 0.3052 6.73e-01 0.000 0.004 0.860 0.136
#> GSM30067 1 0.3726 5.99e-01 0.788 0.000 0.000 0.212
#> GSM30068 3 0.4837 5.40e-01 0.000 0.348 0.648 0.004
#> GSM30069 2 0.5247 7.29e-01 0.284 0.684 0.032 0.000
#> GSM30070 2 0.4621 7.26e-01 0.284 0.708 0.008 0.000
#> GSM30071 2 0.4792 7.26e-01 0.312 0.680 0.008 0.000
#> GSM30072 1 0.5148 5.95e-01 0.736 0.056 0.000 0.208
#> GSM30073 1 0.8795 -3.93e-01 0.388 0.344 0.052 0.216
#> GSM30074 2 0.4769 7.27e-01 0.308 0.684 0.008 0.000
#> GSM30075 2 0.8797 6.20e-02 0.180 0.392 0.064 0.364
#> GSM30076 1 0.6238 5.30e-01 0.652 0.112 0.000 0.236
#> GSM30077 1 0.3591 6.08e-01 0.872 0.016 0.032 0.080
#> GSM30078 4 0.6414 -6.54e-02 0.412 0.024 0.028 0.536
#> GSM30079 1 0.0592 6.05e-01 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM30080 2 0.6823 6.28e-01 0.288 0.596 0.008 0.108
#> GSM30081 3 0.0672 7.56e-01 0.000 0.008 0.984 0.008
#> GSM30086 1 0.7999 -1.90e-01 0.424 0.360 0.012 0.204
#> GSM30087 1 0.4540 5.39e-01 0.772 0.000 0.032 0.196
#> GSM30088 1 0.3208 5.90e-01 0.848 0.000 0.004 0.148
#> GSM30089 1 0.7346 4.81e-01 0.592 0.104 0.036 0.268
#> GSM30090 3 0.6868 4.57e-01 0.000 0.264 0.584 0.152
#> GSM30091 3 0.0524 7.58e-01 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM30092 1 0.5550 5.40e-01 0.692 0.060 0.000 0.248
#> GSM30093 4 0.8966 -4.63e-05 0.060 0.328 0.236 0.376
#> GSM30094 3 0.0707 7.56e-01 0.000 0.000 0.980 0.020
#> GSM30095 3 0.3074 6.63e-01 0.000 0.000 0.848 0.152
#> GSM30096 4 0.5511 2.43e-01 0.284 0.004 0.036 0.676
#> GSM30097 1 0.4835 4.53e-01 0.756 0.004 0.032 0.208
#> GSM30098 1 0.7401 -4.95e-02 0.476 0.148 0.004 0.372
#> GSM30099 3 0.8048 2.11e-01 0.008 0.240 0.396 0.356
#> GSM30100 3 0.0524 7.58e-01 0.000 0.004 0.988 0.008
#> GSM30101 3 0.3448 6.97e-01 0.000 0.168 0.828 0.004
#> GSM30102 4 0.9200 -5.04e-02 0.252 0.320 0.076 0.352
#> GSM30103 4 0.8518 2.53e-01 0.220 0.192 0.072 0.516
#> GSM30104 4 0.8942 1.06e-01 0.292 0.232 0.064 0.412
#> GSM30105 1 0.4303 5.21e-01 0.792 0.004 0.020 0.184
#> GSM30106 1 0.4760 5.02e-01 0.792 0.052 0.008 0.148
#> GSM30107 1 0.5085 5.96e-01 0.752 0.028 0.016 0.204
#> GSM30108 2 0.6723 5.87e-01 0.368 0.548 0.008 0.076
#> GSM30109 1 0.5125 3.46e-01 0.720 0.008 0.024 0.248
#> GSM30110 1 0.4041 6.11e-01 0.840 0.056 0.004 0.100
#> GSM30111 1 0.7450 1.80e-01 0.508 0.228 0.000 0.264
#> GSM30112 4 0.7640 2.51e-01 0.264 0.148 0.028 0.560
#> GSM30113 3 0.0469 7.58e-01 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM30114 2 0.4799 7.27e-01 0.284 0.704 0.008 0.004
#> GSM30115 1 0.6770 4.99e-01 0.604 0.160 0.000 0.236
#> GSM30116 4 0.8013 -1.82e-01 0.008 0.232 0.352 0.408
#> GSM30117 4 0.6618 4.20e-01 0.124 0.128 0.048 0.700
#> GSM30118 4 0.6032 1.61e-01 0.008 0.428 0.028 0.536
#> GSM30119 2 0.6012 -4.53e-02 0.024 0.560 0.404 0.012
#> GSM30120 1 0.8390 1.72e-01 0.428 0.224 0.028 0.320
#> GSM30121 1 0.2432 6.01e-01 0.928 0.020 0.024 0.028
#> GSM30122 4 0.3241 4.51e-01 0.072 0.040 0.004 0.884
#> GSM30123 4 0.4865 3.63e-01 0.032 0.184 0.012 0.772
#> GSM30177 4 0.8904 -3.69e-03 0.052 0.308 0.260 0.380
#> GSM30178 4 0.6995 3.12e-01 0.264 0.080 0.036 0.620
#> GSM30179 4 0.4871 3.74e-01 0.188 0.008 0.036 0.768
#> GSM30180 4 0.7881 2.02e-02 0.360 0.136 0.028 0.476
#> GSM30181 4 0.5430 3.83e-01 0.056 0.204 0.008 0.732
#> GSM30182 1 0.7694 -5.92e-02 0.456 0.196 0.004 0.344
#> GSM30183 4 0.7262 6.26e-02 0.424 0.072 0.028 0.476
#> GSM30184 3 0.6679 5.50e-01 0.004 0.148 0.632 0.216
#> GSM30185 4 0.4034 4.13e-01 0.012 0.180 0.004 0.804
#> GSM30186 4 0.5770 3.21e-01 0.040 0.228 0.024 0.708
#> GSM30187 4 0.6893 -7.24e-02 0.408 0.040 0.036 0.516
#> GSM30188 1 0.7577 -8.75e-02 0.440 0.168 0.004 0.388
#> GSM30189 4 0.4522 3.68e-01 0.164 0.032 0.008 0.796
#> GSM30190 3 0.0469 7.58e-01 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM30191 4 0.8060 3.29e-01 0.172 0.172 0.076 0.580
#> GSM30192 4 0.7451 2.62e-01 0.184 0.264 0.008 0.544
#> GSM30193 4 0.7431 1.51e-01 0.268 0.196 0.004 0.532
#> GSM30194 3 0.0469 7.56e-01 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM30195 1 0.7157 4.73e-01 0.620 0.140 0.024 0.216
#> GSM30196 1 0.1822 5.92e-01 0.944 0.044 0.004 0.008
#> GSM30197 1 0.5900 5.73e-01 0.684 0.096 0.000 0.220
#> GSM30198 1 0.2814 6.25e-01 0.868 0.000 0.000 0.132
#> GSM30199 4 0.5872 2.21e-01 0.000 0.384 0.040 0.576
#> GSM30200 1 0.2197 5.99e-01 0.928 0.048 0.000 0.024
#> GSM30201 1 0.2401 5.83e-01 0.904 0.000 0.004 0.092
#> GSM30202 4 0.6978 -9.04e-02 0.416 0.044 0.036 0.504
#> GSM30203 4 0.5533 3.22e-01 0.244 0.020 0.028 0.708
#> GSM30204 1 0.3688 5.99e-01 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM30205 2 0.6966 5.46e-01 0.360 0.536 0.008 0.096
#> GSM30206 4 0.7587 1.02e-01 0.404 0.168 0.004 0.424
#> GSM30207 4 0.7507 -8.53e-02 0.416 0.140 0.008 0.436
#> GSM30208 4 0.5857 1.98e-01 0.340 0.032 0.008 0.620
#> GSM30209 4 0.2917 4.68e-01 0.040 0.048 0.008 0.904
#> GSM30210 4 0.7477 1.10e-01 0.416 0.152 0.004 0.428
#> GSM30211 1 0.5392 3.38e-01 0.708 0.016 0.024 0.252
#> GSM30212 1 0.4669 5.13e-01 0.772 0.008 0.024 0.196
#> GSM30213 1 0.5681 3.63e-01 0.568 0.000 0.028 0.404
#> GSM30214 1 0.6086 2.80e-01 0.516 0.004 0.036 0.444
#> GSM30215 4 0.4872 3.29e-01 0.212 0.004 0.032 0.752
#> GSM30216 1 0.7162 5.17e-02 0.548 0.076 0.028 0.348
#> GSM30217 4 0.3128 4.54e-01 0.076 0.004 0.032 0.888
#> GSM30218 4 0.7688 8.72e-02 0.004 0.252 0.252 0.492
#> GSM30219 3 0.7706 2.66e-01 0.000 0.300 0.448 0.252
#> GSM30220 1 0.7313 2.25e-01 0.516 0.064 0.040 0.380
#> GSM30221 1 0.6853 3.63e-01 0.536 0.040 0.036 0.388
#> GSM30222 4 0.7349 1.71e-01 0.276 0.180 0.004 0.540
#> GSM30223 1 0.2313 6.18e-01 0.924 0.044 0.000 0.032
#> GSM30224 1 0.5154 4.61e-01 0.660 0.004 0.012 0.324
#> GSM30225 1 0.7656 2.98e-02 0.520 0.160 0.016 0.304
#> GSM30226 4 0.6545 2.88e-01 0.016 0.212 0.108 0.664
#> GSM30227 1 0.2883 5.93e-01 0.908 0.016 0.028 0.048
#> GSM30228 3 0.8750 5.36e-02 0.052 0.356 0.388 0.204
#> GSM30229 4 0.7539 2.51e-01 0.296 0.108 0.036 0.560
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.3361 0.72398 0.064 0.008 0.056 0.008 0.864
#> GSM30007 1 0.3127 0.66629 0.848 0.128 0.000 0.004 0.020
#> GSM30008 1 0.3584 0.67966 0.836 0.112 0.000 0.012 0.040
#> GSM30009 1 0.2729 0.68272 0.884 0.084 0.000 0.028 0.004
#> GSM30010 3 0.2439 0.77631 0.000 0.004 0.876 0.000 0.120
#> GSM30011 5 0.3279 0.72103 0.052 0.012 0.064 0.004 0.868
#> GSM30012 5 0.3100 0.71402 0.040 0.020 0.064 0.000 0.876
#> GSM30013 5 0.4830 0.16514 0.420 0.016 0.000 0.004 0.560
#> GSM30014 5 0.3628 0.56682 0.000 0.012 0.216 0.000 0.772
#> GSM30015 1 0.6392 0.53814 0.624 0.052 0.000 0.200 0.124
#> GSM30016 5 0.2429 0.72130 0.076 0.020 0.000 0.004 0.900
#> GSM30017 1 0.3403 0.63496 0.820 0.008 0.000 0.160 0.012
#> GSM30018 1 0.3835 0.63363 0.732 0.000 0.000 0.260 0.008
#> GSM30019 5 0.4110 0.56914 0.000 0.012 0.028 0.184 0.776
#> GSM30020 1 0.3801 0.67795 0.840 0.040 0.000 0.068 0.052
#> GSM30021 5 0.4621 0.69643 0.060 0.044 0.076 0.016 0.804
#> GSM30022 1 0.2464 0.66581 0.892 0.012 0.000 0.092 0.004
#> GSM30023 1 0.1630 0.68870 0.944 0.016 0.000 0.004 0.036
#> GSM30024 5 0.5521 0.50344 0.272 0.084 0.008 0.000 0.636
#> GSM30025 1 0.5087 0.37274 0.600 0.364 0.000 0.016 0.020
#> GSM30026 1 0.4817 0.60914 0.656 0.044 0.000 0.300 0.000
#> GSM30027 1 0.5949 0.41902 0.624 0.240 0.000 0.120 0.016
#> GSM30028 1 0.0727 0.68524 0.980 0.004 0.000 0.004 0.012
#> GSM30029 1 0.3203 0.63169 0.820 0.012 0.000 0.168 0.000
#> GSM30030 1 0.3392 0.68249 0.848 0.084 0.000 0.064 0.004
#> GSM30031 1 0.2645 0.67949 0.884 0.096 0.000 0.008 0.012
#> GSM30032 2 0.6713 0.54201 0.084 0.580 0.068 0.004 0.264
#> GSM30033 2 0.5262 0.60192 0.056 0.696 0.028 0.000 0.220
#> GSM30034 1 0.4677 0.63304 0.740 0.176 0.000 0.080 0.004
#> GSM30035 2 0.5252 0.62806 0.068 0.748 0.060 0.004 0.120
#> GSM30036 1 0.6438 0.54594 0.604 0.240 0.000 0.104 0.052
#> GSM30037 1 0.3527 0.66873 0.820 0.148 0.000 0.004 0.028
#> GSM30038 5 0.2166 0.72761 0.072 0.012 0.000 0.004 0.912
#> GSM30039 5 0.3490 0.66574 0.004 0.028 0.120 0.008 0.840
#> GSM30040 3 0.0290 0.85430 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30041 3 0.3163 0.74499 0.000 0.012 0.824 0.000 0.164
#> GSM30042 5 0.3071 0.70991 0.036 0.012 0.080 0.000 0.872
#> GSM30043 3 0.1894 0.82144 0.000 0.008 0.920 0.000 0.072
#> GSM30044 1 0.2753 0.65997 0.876 0.012 0.000 0.104 0.008
#> GSM30045 1 0.2178 0.67091 0.920 0.048 0.000 0.008 0.024
#> GSM30046 1 0.4422 0.57921 0.664 0.004 0.000 0.320 0.012
#> GSM30047 1 0.4442 0.65029 0.760 0.184 0.000 0.016 0.040
#> GSM30048 1 0.3145 0.64635 0.844 0.008 0.000 0.136 0.012
#> GSM30049 3 0.0290 0.85430 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30050 1 0.4328 0.62778 0.752 0.024 0.000 0.208 0.016
#> GSM30051 3 0.0162 0.85293 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.4956 0.51023 0.664 0.292 0.000 0.016 0.028
#> GSM30053 5 0.4322 0.65088 0.000 0.092 0.084 0.024 0.800
#> GSM30054 3 0.1074 0.84583 0.000 0.012 0.968 0.016 0.004
#> GSM30055 5 0.6757 -0.05312 0.388 0.216 0.000 0.004 0.392
#> GSM30056 2 0.6391 0.57409 0.032 0.612 0.124 0.004 0.228
#> GSM30057 3 0.4489 0.27166 0.000 0.008 0.572 0.000 0.420
#> GSM30058 3 0.1469 0.84114 0.000 0.016 0.948 0.000 0.036
#> GSM30059 2 0.6371 0.27596 0.304 0.564 0.000 0.100 0.032
#> GSM30060 2 0.6080 0.52646 0.000 0.572 0.228 0.000 0.200
#> GSM30061 2 0.6677 0.51535 0.176 0.584 0.024 0.008 0.208
#> GSM30062 1 0.7134 0.20317 0.436 0.280 0.000 0.264 0.020
#> GSM30063 3 0.6380 0.26841 0.000 0.204 0.508 0.000 0.288
#> GSM30064 1 0.0566 0.68325 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> GSM30065 5 0.3877 0.68981 0.056 0.016 0.008 0.084 0.836
#> GSM30066 3 0.3325 0.73130 0.000 0.032 0.852 0.104 0.012
#> GSM30067 1 0.1830 0.69211 0.932 0.052 0.000 0.012 0.004
#> GSM30068 5 0.4522 0.07377 0.000 0.008 0.440 0.000 0.552
#> GSM30069 5 0.2875 0.72272 0.056 0.008 0.052 0.000 0.884
#> GSM30070 5 0.1970 0.72631 0.060 0.012 0.000 0.004 0.924
#> GSM30071 5 0.2116 0.72790 0.076 0.008 0.000 0.004 0.912
#> GSM30072 1 0.1278 0.68571 0.960 0.020 0.000 0.004 0.016
#> GSM30073 5 0.7012 0.30606 0.252 0.052 0.000 0.160 0.536
#> GSM30074 5 0.1952 0.72773 0.084 0.000 0.000 0.004 0.912
#> GSM30075 5 0.6778 -0.12162 0.004 0.284 0.000 0.264 0.448
#> GSM30076 1 0.5858 0.57658 0.668 0.032 0.000 0.180 0.120
#> GSM30077 1 0.4366 0.59436 0.664 0.000 0.000 0.320 0.016
#> GSM30078 4 0.6489 -0.06612 0.408 0.120 0.000 0.456 0.016
#> GSM30079 1 0.3289 0.67880 0.844 0.048 0.000 0.108 0.000
#> GSM30080 5 0.2367 0.72079 0.072 0.020 0.000 0.004 0.904
#> GSM30081 3 0.0290 0.85430 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30086 5 0.7194 -0.07706 0.380 0.040 0.000 0.164 0.416
#> GSM30087 1 0.4456 0.59232 0.660 0.020 0.000 0.320 0.000
#> GSM30088 1 0.3988 0.64192 0.732 0.016 0.000 0.252 0.000
#> GSM30089 1 0.2478 0.68022 0.904 0.060 0.000 0.008 0.028
#> GSM30090 3 0.6113 0.18289 0.000 0.332 0.524 0.000 0.144
#> GSM30091 3 0.0290 0.85430 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30092 1 0.5207 0.63189 0.736 0.064 0.000 0.148 0.052
#> GSM30093 2 0.5301 0.59263 0.004 0.676 0.104 0.000 0.216
#> GSM30094 3 0.0671 0.85240 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM30095 3 0.1831 0.78968 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> GSM30096 1 0.6470 -0.00768 0.448 0.412 0.000 0.128 0.012
#> GSM30097 1 0.6150 0.56082 0.576 0.176 0.000 0.244 0.004
#> GSM30098 4 0.4577 0.50511 0.176 0.084 0.000 0.740 0.000
#> GSM30099 2 0.5522 0.45245 0.000 0.600 0.308 0.000 0.092
#> GSM30100 3 0.0290 0.85430 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30101 3 0.2771 0.76721 0.000 0.012 0.860 0.000 0.128
#> GSM30102 2 0.7639 0.41067 0.076 0.492 0.020 0.112 0.300
#> GSM30103 2 0.5870 0.61846 0.100 0.704 0.056 0.008 0.132
#> GSM30104 2 0.7211 0.47012 0.168 0.516 0.048 0.004 0.264
#> GSM30105 1 0.4191 0.65157 0.780 0.156 0.000 0.060 0.004
#> GSM30106 1 0.5124 0.31458 0.488 0.004 0.000 0.480 0.028
#> GSM30107 1 0.2922 0.68560 0.880 0.024 0.000 0.080 0.016
#> GSM30108 5 0.4759 0.41589 0.388 0.016 0.000 0.004 0.592
#> GSM30109 1 0.4402 0.38447 0.620 0.004 0.000 0.372 0.004
#> GSM30110 1 0.2492 0.67189 0.908 0.048 0.000 0.020 0.024
#> GSM30111 1 0.5976 0.30511 0.568 0.076 0.000 0.020 0.336
#> GSM30112 4 0.7863 0.42681 0.252 0.208 0.000 0.440 0.100
#> GSM30113 3 0.0290 0.85430 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30114 5 0.2141 0.72512 0.064 0.016 0.000 0.004 0.916
#> GSM30115 1 0.6813 0.44923 0.568 0.056 0.000 0.136 0.240
#> GSM30116 2 0.5911 0.48550 0.000 0.616 0.276 0.024 0.084
#> GSM30117 2 0.4098 0.59149 0.044 0.836 0.024 0.028 0.068
#> GSM30118 4 0.5675 0.21208 0.000 0.384 0.008 0.544 0.064
#> GSM30119 5 0.3651 0.63235 0.004 0.028 0.160 0.000 0.808
#> GSM30120 1 0.7597 0.39285 0.516 0.156 0.000 0.180 0.148
#> GSM30121 1 0.3475 0.62295 0.804 0.004 0.000 0.180 0.012
#> GSM30122 2 0.5642 0.29413 0.136 0.624 0.000 0.240 0.000
#> GSM30123 2 0.4288 0.43695 0.004 0.756 0.004 0.204 0.032
#> GSM30177 2 0.5367 0.59372 0.000 0.668 0.148 0.000 0.184
#> GSM30178 2 0.7702 -0.14723 0.356 0.392 0.000 0.172 0.080
#> GSM30179 2 0.6307 0.19531 0.284 0.540 0.000 0.172 0.004
#> GSM30180 4 0.4457 0.58840 0.208 0.048 0.000 0.740 0.004
#> GSM30181 4 0.4555 0.49748 0.012 0.292 0.004 0.684 0.008
#> GSM30182 4 0.0960 0.60368 0.016 0.004 0.000 0.972 0.008
#> GSM30183 1 0.5896 -0.09804 0.452 0.100 0.000 0.448 0.000
#> GSM30184 3 0.6643 0.25860 0.000 0.308 0.548 0.084 0.060
#> GSM30185 4 0.5371 0.28562 0.056 0.420 0.000 0.524 0.000
#> GSM30186 2 0.4505 0.50640 0.000 0.752 0.004 0.176 0.068
#> GSM30187 1 0.6938 0.27733 0.420 0.412 0.000 0.132 0.036
#> GSM30188 4 0.1399 0.60574 0.020 0.028 0.000 0.952 0.000
#> GSM30189 2 0.5825 0.12827 0.116 0.564 0.000 0.320 0.000
#> GSM30190 3 0.0671 0.85240 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> GSM30191 2 0.4464 0.60160 0.068 0.800 0.032 0.004 0.096
#> GSM30192 4 0.5381 0.60012 0.140 0.092 0.000 0.724 0.044
#> GSM30193 4 0.3909 0.62277 0.148 0.048 0.000 0.800 0.004
#> GSM30194 3 0.0510 0.84724 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30195 1 0.6635 0.51187 0.616 0.084 0.000 0.116 0.184
#> GSM30196 1 0.2861 0.66928 0.888 0.024 0.000 0.064 0.024
#> GSM30197 1 0.6518 0.51908 0.604 0.044 0.000 0.204 0.148
#> GSM30198 1 0.3967 0.63816 0.772 0.020 0.000 0.200 0.008
#> GSM30199 2 0.5053 0.37950 0.000 0.668 0.004 0.268 0.060
#> GSM30200 1 0.4474 0.57264 0.652 0.004 0.000 0.332 0.012
#> GSM30201 1 0.3812 0.67229 0.772 0.024 0.000 0.204 0.000
#> GSM30202 1 0.7492 0.19476 0.404 0.324 0.000 0.228 0.044
#> GSM30203 4 0.7026 0.17866 0.216 0.360 0.000 0.408 0.016
#> GSM30204 1 0.0912 0.69086 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> GSM30205 5 0.3523 0.67990 0.140 0.032 0.000 0.004 0.824
#> GSM30206 4 0.2006 0.59502 0.012 0.072 0.000 0.916 0.000
#> GSM30207 1 0.7160 0.17575 0.428 0.344 0.000 0.028 0.200
#> GSM30208 4 0.6779 0.18100 0.288 0.324 0.000 0.388 0.000
#> GSM30209 2 0.3768 0.47763 0.020 0.808 0.000 0.156 0.016
#> GSM30210 4 0.4636 0.48351 0.124 0.132 0.000 0.744 0.000
#> GSM30211 4 0.4436 -0.12137 0.396 0.000 0.000 0.596 0.008
#> GSM30212 1 0.3852 0.64123 0.796 0.168 0.000 0.028 0.008
#> GSM30213 1 0.4467 0.62306 0.752 0.164 0.000 0.084 0.000
#> GSM30214 1 0.4015 0.56220 0.724 0.264 0.000 0.008 0.004
#> GSM30215 2 0.6385 0.14351 0.368 0.496 0.000 0.124 0.012
#> GSM30216 1 0.5052 0.04620 0.552 0.036 0.000 0.412 0.000
#> GSM30217 2 0.6011 0.32804 0.240 0.612 0.000 0.136 0.012
#> GSM30218 2 0.4351 0.61066 0.000 0.768 0.132 0.000 0.100
#> GSM30219 2 0.6166 0.50420 0.000 0.556 0.244 0.000 0.200
#> GSM30220 1 0.5079 0.48698 0.640 0.316 0.000 0.020 0.024
#> GSM30221 1 0.7105 0.44602 0.536 0.192 0.000 0.216 0.056
#> GSM30222 4 0.5055 0.60392 0.128 0.100 0.000 0.744 0.028
#> GSM30223 1 0.1757 0.68108 0.936 0.004 0.000 0.048 0.012
#> GSM30224 1 0.5689 0.61511 0.676 0.184 0.000 0.116 0.024
#> GSM30225 4 0.1717 0.60996 0.052 0.004 0.000 0.936 0.008
#> GSM30226 2 0.4527 0.54444 0.000 0.780 0.020 0.120 0.080
#> GSM30227 1 0.3675 0.61903 0.772 0.004 0.000 0.216 0.008
#> GSM30228 2 0.6626 0.37405 0.000 0.456 0.272 0.000 0.272
#> GSM30229 2 0.5798 0.33901 0.300 0.596 0.000 0.008 0.096
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 2 0.3442 0.66310 0.000 0.836 0.068 0.076 0.016 0.004
#> GSM30007 4 0.4517 -0.25294 0.444 0.000 0.032 0.524 0.000 0.000
#> GSM30008 4 0.3831 0.06769 0.268 0.000 0.012 0.712 0.000 0.008
#> GSM30009 1 0.5027 0.34905 0.552 0.000 0.004 0.376 0.000 0.068
#> GSM30010 5 0.2135 0.76379 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> GSM30011 2 0.2867 0.67399 0.000 0.872 0.064 0.040 0.024 0.000
#> GSM30012 2 0.2520 0.67503 0.000 0.888 0.068 0.032 0.012 0.000
#> GSM30013 4 0.3937 0.06100 0.004 0.424 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30014 2 0.3983 0.54140 0.000 0.736 0.056 0.000 0.208 0.000
#> GSM30015 4 0.1888 0.33297 0.004 0.068 0.000 0.916 0.000 0.012
#> GSM30016 2 0.2805 0.65765 0.000 0.812 0.004 0.184 0.000 0.000
#> GSM30017 6 0.5945 0.20605 0.216 0.000 0.000 0.388 0.000 0.396
#> GSM30018 4 0.5655 -0.12945 0.200 0.000 0.000 0.528 0.000 0.272
#> GSM30019 2 0.3932 0.60619 0.016 0.796 0.072 0.000 0.004 0.112
#> GSM30020 4 0.3149 0.27738 0.076 0.020 0.000 0.852 0.000 0.052
#> GSM30021 2 0.4448 0.67484 0.000 0.772 0.072 0.108 0.040 0.008
#> GSM30022 4 0.6075 -0.17839 0.280 0.000 0.000 0.396 0.000 0.324
#> GSM30023 4 0.4734 0.08697 0.196 0.008 0.000 0.692 0.000 0.104
#> GSM30024 2 0.5908 0.54493 0.024 0.656 0.084 0.180 0.004 0.052
#> GSM30025 1 0.5623 0.26925 0.476 0.000 0.104 0.408 0.000 0.012
#> GSM30026 4 0.5955 -0.25821 0.232 0.000 0.000 0.436 0.000 0.332
#> GSM30027 1 0.5940 0.34460 0.500 0.000 0.116 0.356 0.000 0.028
#> GSM30028 4 0.5119 -0.08561 0.308 0.000 0.000 0.584 0.000 0.108
#> GSM30029 4 0.6108 -0.21755 0.320 0.000 0.000 0.376 0.000 0.304
#> GSM30030 1 0.5912 0.24987 0.456 0.000 0.004 0.356 0.000 0.184
#> GSM30031 1 0.4313 0.28393 0.504 0.000 0.004 0.480 0.000 0.012
#> GSM30032 3 0.5824 0.48146 0.044 0.312 0.568 0.068 0.008 0.000
#> GSM30033 3 0.5568 0.49116 0.024 0.200 0.620 0.156 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.5876 0.32753 0.476 0.000 0.044 0.404 0.000 0.076
#> GSM30035 3 0.4759 0.58692 0.028 0.056 0.740 0.160 0.012 0.004
#> GSM30036 4 0.4268 0.25399 0.108 0.020 0.108 0.764 0.000 0.000
#> GSM30037 4 0.4097 -0.29592 0.492 0.000 0.008 0.500 0.000 0.000
#> GSM30038 2 0.2527 0.67199 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM30039 2 0.3141 0.63280 0.000 0.848 0.072 0.004 0.072 0.004
#> GSM30040 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 5 0.5246 0.42592 0.000 0.256 0.148 0.000 0.596 0.000
#> GSM30042 2 0.2594 0.66902 0.000 0.884 0.072 0.028 0.016 0.000
#> GSM30043 5 0.3151 0.64457 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> GSM30044 4 0.6095 -0.19087 0.292 0.000 0.000 0.384 0.000 0.324
#> GSM30045 4 0.5233 -0.17222 0.404 0.000 0.000 0.500 0.000 0.096
#> GSM30046 6 0.5888 0.24389 0.200 0.000 0.000 0.400 0.000 0.400
#> GSM30047 4 0.3904 0.12144 0.232 0.004 0.032 0.732 0.000 0.000
#> GSM30048 4 0.6043 -0.24800 0.252 0.000 0.000 0.384 0.000 0.364
#> GSM30049 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.2501 0.25728 0.108 0.004 0.000 0.872 0.000 0.016
#> GSM30051 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.5115 0.36889 0.560 0.000 0.080 0.356 0.000 0.004
#> GSM30053 2 0.3590 0.63870 0.000 0.824 0.092 0.016 0.064 0.004
#> GSM30054 5 0.0692 0.85690 0.000 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> GSM30055 2 0.7187 -0.00591 0.084 0.380 0.204 0.328 0.000 0.004
#> GSM30056 3 0.6063 0.53718 0.032 0.272 0.592 0.028 0.072 0.004
#> GSM30057 2 0.3860 -0.02078 0.000 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> GSM30058 5 0.2446 0.77211 0.000 0.124 0.012 0.000 0.864 0.000
#> GSM30059 4 0.4892 0.13702 0.100 0.000 0.272 0.628 0.000 0.000
#> GSM30060 3 0.5165 0.55497 0.000 0.228 0.616 0.000 0.156 0.000
#> GSM30061 4 0.7205 -0.22213 0.072 0.200 0.356 0.364 0.004 0.004
#> GSM30062 4 0.4088 0.29353 0.064 0.020 0.076 0.808 0.000 0.032
#> GSM30063 2 0.6214 -0.14490 0.000 0.372 0.280 0.000 0.344 0.004
#> GSM30064 4 0.5135 -0.16352 0.368 0.000 0.000 0.540 0.000 0.092
#> GSM30065 2 0.3448 0.64784 0.004 0.808 0.004 0.156 0.004 0.024
#> GSM30066 5 0.3798 0.77227 0.052 0.104 0.004 0.000 0.812 0.028
#> GSM30067 4 0.4640 -0.15344 0.348 0.000 0.004 0.604 0.000 0.044
#> GSM30068 2 0.3659 0.30375 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> GSM30069 2 0.2527 0.67706 0.000 0.884 0.064 0.048 0.004 0.000
#> GSM30070 2 0.2595 0.66787 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000 0.000
#> GSM30071 2 0.2597 0.66907 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> GSM30072 4 0.4855 -0.09924 0.328 0.000 0.000 0.596 0.000 0.076
#> GSM30073 4 0.5728 -0.15920 0.020 0.400 0.044 0.508 0.000 0.028
#> GSM30074 2 0.2260 0.68277 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM30075 2 0.7476 0.05155 0.008 0.376 0.256 0.256 0.000 0.104
#> GSM30076 4 0.2164 0.32614 0.016 0.044 0.000 0.912 0.000 0.028
#> GSM30077 4 0.5587 -0.01978 0.176 0.008 0.000 0.580 0.000 0.236
#> GSM30078 4 0.5673 0.18523 0.164 0.000 0.028 0.612 0.000 0.196
#> GSM30079 4 0.6187 -0.16399 0.348 0.000 0.004 0.384 0.000 0.264
#> GSM30080 2 0.2902 0.64190 0.000 0.800 0.004 0.196 0.000 0.000
#> GSM30081 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 4 0.3622 0.28223 0.000 0.236 0.004 0.744 0.000 0.016
#> GSM30087 4 0.5816 -0.13062 0.212 0.000 0.000 0.484 0.000 0.304
#> GSM30088 4 0.5873 -0.10104 0.248 0.000 0.000 0.480 0.000 0.272
#> GSM30089 4 0.5080 -0.04992 0.292 0.004 0.004 0.616 0.000 0.084
#> GSM30090 3 0.6099 0.25758 0.000 0.228 0.408 0.000 0.360 0.004
#> GSM30091 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.1862 0.30973 0.044 0.008 0.004 0.928 0.000 0.016
#> GSM30093 3 0.5235 0.60943 0.000 0.192 0.680 0.040 0.084 0.004
#> GSM30094 5 0.0458 0.86052 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM30095 5 0.0837 0.84641 0.000 0.004 0.004 0.000 0.972 0.020
#> GSM30096 1 0.6150 0.36638 0.540 0.000 0.200 0.228 0.000 0.032
#> GSM30097 1 0.6675 0.03012 0.376 0.000 0.032 0.268 0.000 0.324
#> GSM30098 6 0.3737 0.43548 0.112 0.000 0.016 0.068 0.000 0.804
#> GSM30099 3 0.5354 0.60256 0.032 0.168 0.660 0.000 0.140 0.000
#> GSM30100 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 5 0.4537 0.51780 0.000 0.264 0.072 0.000 0.664 0.000
#> GSM30102 3 0.6353 0.35548 0.008 0.240 0.520 0.212 0.004 0.016
#> GSM30103 3 0.5616 0.55010 0.060 0.064 0.668 0.192 0.012 0.004
#> GSM30104 3 0.7473 0.24245 0.096 0.312 0.352 0.232 0.004 0.004
#> GSM30105 1 0.6279 0.34175 0.484 0.000 0.032 0.316 0.000 0.168
#> GSM30106 6 0.6080 0.31340 0.164 0.016 0.000 0.368 0.000 0.452
#> GSM30107 4 0.4141 0.17131 0.156 0.008 0.000 0.756 0.000 0.080
#> GSM30108 2 0.5766 0.46421 0.032 0.576 0.012 0.308 0.000 0.072
#> GSM30109 6 0.4544 0.40035 0.052 0.000 0.004 0.292 0.000 0.652
#> GSM30110 4 0.5838 -0.19715 0.400 0.000 0.000 0.412 0.000 0.188
#> GSM30111 4 0.4678 0.27357 0.040 0.184 0.000 0.720 0.000 0.056
#> GSM30112 4 0.6138 0.23027 0.096 0.052 0.036 0.632 0.000 0.184
#> GSM30113 5 0.0000 0.86600 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.2668 0.66583 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000 0.000
#> GSM30115 4 0.3381 0.31283 0.004 0.144 0.008 0.816 0.000 0.028
#> GSM30116 3 0.5152 0.58949 0.008 0.144 0.672 0.000 0.168 0.008
#> GSM30117 3 0.4344 0.60028 0.004 0.032 0.764 0.144 0.056 0.000
#> GSM30118 3 0.6966 0.49980 0.120 0.104 0.592 0.064 0.004 0.116
#> GSM30119 2 0.3214 0.62086 0.000 0.836 0.080 0.004 0.080 0.000
#> GSM30120 4 0.3284 0.32334 0.008 0.100 0.032 0.844 0.000 0.016
#> GSM30121 6 0.5944 0.21978 0.216 0.000 0.000 0.384 0.000 0.400
#> GSM30122 3 0.6597 0.03224 0.104 0.000 0.480 0.316 0.000 0.100
#> GSM30123 3 0.2207 0.57942 0.020 0.008 0.908 0.004 0.000 0.060
#> GSM30177 3 0.5001 0.61550 0.028 0.164 0.704 0.000 0.100 0.004
#> GSM30178 4 0.4681 0.27325 0.092 0.032 0.088 0.764 0.000 0.024
#> GSM30179 4 0.6398 -0.07396 0.232 0.000 0.268 0.472 0.000 0.028
#> GSM30180 4 0.5615 0.15455 0.144 0.008 0.000 0.552 0.000 0.296
#> GSM30181 3 0.7655 -0.02774 0.216 0.000 0.312 0.268 0.000 0.204
#> GSM30182 6 0.3183 0.44141 0.040 0.000 0.004 0.128 0.000 0.828
#> GSM30183 6 0.7511 -0.01591 0.268 0.000 0.176 0.196 0.000 0.360
#> GSM30184 5 0.6098 0.06736 0.000 0.140 0.344 0.000 0.488 0.028
#> GSM30185 3 0.6785 0.26823 0.116 0.000 0.512 0.164 0.000 0.208
#> GSM30186 3 0.4093 0.62398 0.016 0.096 0.812 0.020 0.016 0.040
#> GSM30187 4 0.4362 0.25615 0.100 0.016 0.120 0.760 0.000 0.004
#> GSM30188 6 0.3516 0.46725 0.004 0.000 0.088 0.096 0.000 0.812
#> GSM30189 4 0.6312 0.00869 0.092 0.000 0.416 0.424 0.000 0.068
#> GSM30190 5 0.0458 0.86052 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM30191 3 0.5943 0.51288 0.020 0.068 0.616 0.248 0.044 0.004
#> GSM30192 4 0.6540 0.05078 0.144 0.032 0.016 0.484 0.000 0.324
#> GSM30193 4 0.6680 -0.10107 0.236 0.004 0.028 0.392 0.000 0.340
#> GSM30194 5 0.0146 0.86379 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> GSM30195 4 0.2882 0.32479 0.008 0.064 0.016 0.876 0.000 0.036
#> GSM30196 1 0.6044 0.01902 0.380 0.000 0.000 0.368 0.000 0.252
#> GSM30197 4 0.2132 0.33082 0.004 0.052 0.004 0.912 0.000 0.028
#> GSM30198 4 0.4233 0.17438 0.168 0.004 0.000 0.740 0.000 0.088
#> GSM30199 3 0.4801 0.58015 0.088 0.104 0.744 0.004 0.000 0.060
#> GSM30200 4 0.5880 -0.30289 0.200 0.000 0.000 0.424 0.000 0.376
#> GSM30201 4 0.6041 -0.17174 0.272 0.000 0.000 0.416 0.000 0.312
#> GSM30202 4 0.4424 0.27336 0.084 0.020 0.108 0.772 0.000 0.016
#> GSM30203 4 0.5327 0.24022 0.040 0.012 0.140 0.696 0.000 0.112
#> GSM30204 4 0.5137 -0.06381 0.284 0.000 0.000 0.596 0.000 0.120
#> GSM30205 2 0.4032 0.57375 0.004 0.704 0.004 0.268 0.000 0.020
#> GSM30206 6 0.4326 0.45341 0.028 0.000 0.092 0.116 0.000 0.764
#> GSM30207 4 0.5359 0.23914 0.124 0.096 0.080 0.696 0.000 0.004
#> GSM30208 1 0.7186 -0.00696 0.372 0.000 0.204 0.100 0.000 0.324
#> GSM30209 3 0.3505 0.50197 0.016 0.000 0.804 0.152 0.000 0.028
#> GSM30210 6 0.4232 0.39377 0.168 0.000 0.100 0.000 0.000 0.732
#> GSM30211 6 0.3828 0.46096 0.012 0.000 0.004 0.288 0.000 0.696
#> GSM30212 1 0.5696 0.41365 0.576 0.000 0.048 0.300 0.000 0.076
#> GSM30213 4 0.5840 -0.34663 0.432 0.000 0.032 0.448 0.000 0.088
#> GSM30214 4 0.4872 -0.27383 0.452 0.000 0.040 0.500 0.000 0.008
#> GSM30215 1 0.6109 0.35028 0.540 0.000 0.224 0.208 0.000 0.028
#> GSM30216 6 0.6656 0.23207 0.268 0.000 0.080 0.156 0.000 0.496
#> GSM30217 1 0.6272 0.31410 0.500 0.000 0.268 0.204 0.000 0.028
#> GSM30218 3 0.3973 0.62597 0.004 0.120 0.780 0.004 0.092 0.000
#> GSM30219 3 0.5399 0.53541 0.000 0.208 0.584 0.000 0.208 0.000
#> GSM30220 1 0.5180 0.42474 0.612 0.000 0.080 0.292 0.000 0.016
#> GSM30221 4 0.4364 0.28762 0.088 0.044 0.048 0.792 0.000 0.028
#> GSM30222 4 0.6090 0.04797 0.128 0.004 0.024 0.492 0.000 0.352
#> GSM30223 4 0.6039 -0.14482 0.332 0.000 0.000 0.408 0.000 0.260
#> GSM30224 4 0.5865 -0.24223 0.408 0.000 0.040 0.472 0.000 0.080
#> GSM30225 6 0.3089 0.47794 0.060 0.000 0.004 0.092 0.000 0.844
#> GSM30226 3 0.4233 0.62199 0.080 0.108 0.780 0.004 0.000 0.028
#> GSM30227 6 0.5915 0.23235 0.208 0.000 0.000 0.384 0.000 0.408
#> GSM30228 3 0.6165 0.31236 0.004 0.324 0.408 0.000 0.264 0.000
#> GSM30229 4 0.5898 0.15280 0.100 0.044 0.268 0.584 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> CV:mclust 16 NA 2
#> CV:mclust 48 NA 3
#> CV:mclust 81 0.03386 4
#> CV:mclust 115 0.00413 5
#> CV:mclust 55 0.01737 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.156 0.554 0.754 0.4610 0.556 0.556
#> 3 3 0.297 0.464 0.730 0.3622 0.671 0.476
#> 4 4 0.350 0.390 0.630 0.1569 0.752 0.437
#> 5 5 0.451 0.385 0.655 0.0749 0.865 0.558
#> 6 6 0.507 0.341 0.591 0.0410 0.886 0.563
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9460 0.6087 0.364 0.636
#> GSM30007 1 0.7219 0.6878 0.800 0.200
#> GSM30008 1 0.4562 0.7083 0.904 0.096
#> GSM30009 1 0.7219 0.6968 0.800 0.200
#> GSM30010 2 0.9909 0.5371 0.444 0.556
#> GSM30011 2 0.9710 0.5798 0.400 0.600
#> GSM30012 2 0.9988 0.4958 0.480 0.520
#> GSM30013 1 0.5294 0.5691 0.880 0.120
#> GSM30014 2 0.9460 0.6101 0.364 0.636
#> GSM30015 1 0.1633 0.6694 0.976 0.024
#> GSM30016 1 0.7453 0.4218 0.788 0.212
#> GSM30017 1 0.0672 0.6827 0.992 0.008
#> GSM30018 1 0.1414 0.6919 0.980 0.020
#> GSM30019 2 0.8207 0.6349 0.256 0.744
#> GSM30020 1 0.0672 0.6792 0.992 0.008
#> GSM30021 2 0.9323 0.6204 0.348 0.652
#> GSM30022 1 0.1843 0.6891 0.972 0.028
#> GSM30023 1 0.4562 0.5993 0.904 0.096
#> GSM30024 2 0.9460 0.6078 0.364 0.636
#> GSM30025 1 0.7950 0.6616 0.760 0.240
#> GSM30026 1 0.8016 0.6762 0.756 0.244
#> GSM30027 1 0.8813 0.3510 0.700 0.300
#> GSM30028 1 0.5737 0.5458 0.864 0.136
#> GSM30029 1 0.4298 0.7071 0.912 0.088
#> GSM30030 1 0.7219 0.6885 0.800 0.200
#> GSM30031 1 0.6148 0.7088 0.848 0.152
#> GSM30032 2 0.9580 0.4419 0.380 0.620
#> GSM30033 2 0.9358 0.2804 0.352 0.648
#> GSM30034 1 0.7950 0.6734 0.760 0.240
#> GSM30035 2 0.8327 0.4181 0.264 0.736
#> GSM30036 1 0.7528 0.6840 0.784 0.216
#> GSM30037 1 0.8813 0.4934 0.700 0.300
#> GSM30038 1 0.9358 -0.0077 0.648 0.352
#> GSM30039 1 0.9993 -0.4622 0.516 0.484
#> GSM30040 2 0.3431 0.6245 0.064 0.936
#> GSM30041 2 0.9393 0.6124 0.356 0.644
#> GSM30042 2 0.9850 0.5531 0.428 0.572
#> GSM30043 2 0.9552 0.6027 0.376 0.624
#> GSM30044 1 0.1633 0.6691 0.976 0.024
#> GSM30045 1 0.3879 0.6302 0.924 0.076
#> GSM30046 1 0.0938 0.6767 0.988 0.012
#> GSM30047 1 0.8499 0.5040 0.724 0.276
#> GSM30048 1 0.2236 0.6597 0.964 0.036
#> GSM30049 2 0.8763 0.6356 0.296 0.704
#> GSM30050 1 0.4690 0.6239 0.900 0.100
#> GSM30051 2 0.9000 0.6290 0.316 0.684
#> GSM30052 1 0.7815 0.6803 0.768 0.232
#> GSM30053 2 0.9491 0.6055 0.368 0.632
#> GSM30054 2 0.4562 0.5721 0.096 0.904
#> GSM30055 1 0.9710 -0.0901 0.600 0.400
#> GSM30056 2 0.7139 0.6427 0.196 0.804
#> GSM30057 2 0.9393 0.6134 0.356 0.644
#> GSM30058 2 0.7602 0.6472 0.220 0.780
#> GSM30059 1 0.8813 0.6366 0.700 0.300
#> GSM30060 2 0.6438 0.5314 0.164 0.836
#> GSM30061 1 0.7883 0.6844 0.764 0.236
#> GSM30062 1 0.8207 0.6629 0.744 0.256
#> GSM30063 2 0.9970 0.3551 0.468 0.532
#> GSM30064 1 0.3274 0.6385 0.940 0.060
#> GSM30065 1 0.9427 -0.0353 0.640 0.360
#> GSM30066 2 0.7376 0.6357 0.208 0.792
#> GSM30067 1 0.4022 0.7035 0.920 0.080
#> GSM30068 2 0.9552 0.6006 0.376 0.624
#> GSM30069 2 0.9608 0.5941 0.384 0.616
#> GSM30070 1 0.9044 0.0909 0.680 0.320
#> GSM30071 1 0.8327 0.2479 0.736 0.264
#> GSM30072 1 0.4298 0.6091 0.912 0.088
#> GSM30073 1 0.9460 0.0633 0.636 0.364
#> GSM30074 1 0.9922 -0.3431 0.552 0.448
#> GSM30075 2 0.9732 0.3893 0.404 0.596
#> GSM30076 1 0.4298 0.6090 0.912 0.088
#> GSM30077 1 0.4431 0.7078 0.908 0.092
#> GSM30078 1 0.8861 0.6323 0.696 0.304
#> GSM30079 1 0.4298 0.7043 0.912 0.088
#> GSM30080 1 0.3431 0.6340 0.936 0.064
#> GSM30081 2 0.8499 0.6375 0.276 0.724
#> GSM30086 1 0.1184 0.6871 0.984 0.016
#> GSM30087 1 0.7376 0.6950 0.792 0.208
#> GSM30088 1 0.6438 0.7044 0.836 0.164
#> GSM30089 1 0.8207 0.3807 0.744 0.256
#> GSM30090 2 0.7950 0.6451 0.240 0.760
#> GSM30091 2 0.9044 0.6291 0.320 0.680
#> GSM30092 1 0.1414 0.6723 0.980 0.020
#> GSM30093 2 0.4562 0.5757 0.096 0.904
#> GSM30094 2 0.2778 0.5991 0.048 0.952
#> GSM30095 2 0.7139 0.5032 0.196 0.804
#> GSM30096 1 0.8386 0.6511 0.732 0.268
#> GSM30097 1 0.8016 0.6721 0.756 0.244
#> GSM30098 1 0.9358 0.5901 0.648 0.352
#> GSM30099 2 0.6247 0.6219 0.156 0.844
#> GSM30100 2 0.8955 0.6305 0.312 0.688
#> GSM30101 2 0.9087 0.6271 0.324 0.676
#> GSM30102 2 0.9754 0.0628 0.408 0.592
#> GSM30103 2 1.0000 -0.2213 0.500 0.500
#> GSM30104 1 0.8386 0.6456 0.732 0.268
#> GSM30105 1 0.7453 0.6803 0.788 0.212
#> GSM30106 1 0.2603 0.6528 0.956 0.044
#> GSM30107 1 0.1633 0.6863 0.976 0.024
#> GSM30108 1 0.9795 -0.1885 0.584 0.416
#> GSM30109 1 0.4161 0.6915 0.916 0.084
#> GSM30110 1 0.2043 0.6823 0.968 0.032
#> GSM30111 1 0.1184 0.6744 0.984 0.016
#> GSM30112 1 0.7056 0.6880 0.808 0.192
#> GSM30113 2 0.9358 0.4111 0.352 0.648
#> GSM30114 1 0.8327 0.2368 0.736 0.264
#> GSM30115 1 0.3584 0.6304 0.932 0.068
#> GSM30116 2 0.2423 0.6106 0.040 0.960
#> GSM30117 1 0.9944 0.4614 0.544 0.456
#> GSM30118 2 0.8016 0.4632 0.244 0.756
#> GSM30119 2 1.0000 0.4821 0.496 0.504
#> GSM30120 1 0.3879 0.6906 0.924 0.076
#> GSM30121 1 0.2778 0.6494 0.952 0.048
#> GSM30122 1 0.9833 0.5115 0.576 0.424
#> GSM30123 2 0.7602 0.4494 0.220 0.780
#> GSM30177 2 0.6887 0.5111 0.184 0.816
#> GSM30178 1 0.9323 0.5949 0.652 0.348
#> GSM30179 1 0.9552 0.5681 0.624 0.376
#> GSM30180 1 0.7745 0.6804 0.772 0.228
#> GSM30181 1 0.9393 0.5869 0.644 0.356
#> GSM30182 1 0.8909 0.6290 0.692 0.308
#> GSM30183 1 0.8555 0.6273 0.720 0.280
#> GSM30184 2 0.3114 0.5933 0.056 0.944
#> GSM30185 1 0.9896 0.4901 0.560 0.440
#> GSM30186 2 0.7299 0.4848 0.204 0.796
#> GSM30187 1 0.8861 0.6351 0.696 0.304
#> GSM30188 1 0.9129 0.6132 0.672 0.328
#> GSM30189 1 0.9460 0.5786 0.636 0.364
#> GSM30190 2 0.3879 0.5817 0.076 0.924
#> GSM30191 1 0.9427 0.5827 0.640 0.360
#> GSM30192 1 0.6887 0.6758 0.816 0.184
#> GSM30193 1 0.7376 0.6681 0.792 0.208
#> GSM30194 2 0.8386 0.4384 0.268 0.732
#> GSM30195 1 0.2603 0.6646 0.956 0.044
#> GSM30196 1 0.2948 0.6522 0.948 0.052
#> GSM30197 1 0.3879 0.7053 0.924 0.076
#> GSM30198 1 0.5408 0.7093 0.876 0.124
#> GSM30199 2 0.7453 0.4860 0.212 0.788
#> GSM30200 1 0.1414 0.6904 0.980 0.020
#> GSM30201 1 0.5408 0.7091 0.876 0.124
#> GSM30202 1 0.8016 0.6766 0.756 0.244
#> GSM30203 1 0.9170 0.6078 0.668 0.332
#> GSM30204 1 0.1184 0.6744 0.984 0.016
#> GSM30205 1 0.8813 0.1461 0.700 0.300
#> GSM30206 1 0.9580 0.5622 0.620 0.380
#> GSM30207 1 0.6148 0.7035 0.848 0.152
#> GSM30208 1 0.9686 0.5451 0.604 0.396
#> GSM30209 2 0.9944 -0.3465 0.456 0.544
#> GSM30210 1 0.9686 0.5447 0.604 0.396
#> GSM30211 1 0.5408 0.7092 0.876 0.124
#> GSM30212 1 0.7299 0.6850 0.796 0.204
#> GSM30213 1 0.7602 0.6912 0.780 0.220
#> GSM30214 1 0.8909 0.6349 0.692 0.308
#> GSM30215 1 0.9775 0.5264 0.588 0.412
#> GSM30216 1 0.7815 0.6054 0.768 0.232
#> GSM30217 1 0.9909 0.4839 0.556 0.444
#> GSM30218 2 0.8081 0.4553 0.248 0.752
#> GSM30219 2 0.2948 0.6159 0.052 0.948
#> GSM30220 1 0.8499 0.6564 0.724 0.276
#> GSM30221 1 0.6438 0.7052 0.836 0.164
#> GSM30222 1 0.8081 0.6694 0.752 0.248
#> GSM30223 1 0.2236 0.6597 0.964 0.036
#> GSM30224 1 0.8499 0.6584 0.724 0.276
#> GSM30225 1 0.6148 0.7045 0.848 0.152
#> GSM30226 2 0.5842 0.5454 0.140 0.860
#> GSM30227 1 0.1843 0.6870 0.972 0.028
#> GSM30228 2 0.8608 0.6370 0.284 0.716
#> GSM30229 1 0.8909 0.6310 0.692 0.308
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.1753 7.28e-01 0.048 0.000 0.952
#> GSM30007 1 0.5728 5.06e-01 0.720 0.272 0.008
#> GSM30008 1 0.4931 5.77e-01 0.784 0.212 0.004
#> GSM30009 1 0.6566 3.30e-01 0.612 0.376 0.012
#> GSM30010 3 0.6798 6.16e-01 0.256 0.048 0.696
#> GSM30011 3 0.4164 7.01e-01 0.144 0.008 0.848
#> GSM30012 3 0.6608 2.43e-01 0.432 0.008 0.560
#> GSM30013 1 0.4465 5.96e-01 0.820 0.004 0.176
#> GSM30014 3 0.1643 7.27e-01 0.044 0.000 0.956
#> GSM30015 1 0.1399 6.80e-01 0.968 0.004 0.028
#> GSM30016 1 0.6421 1.16e-01 0.572 0.004 0.424
#> GSM30017 1 0.0237 6.82e-01 0.996 0.000 0.004
#> GSM30018 1 0.2096 6.75e-01 0.944 0.052 0.004
#> GSM30019 3 0.4469 7.02e-01 0.120 0.028 0.852
#> GSM30020 1 0.0848 6.83e-01 0.984 0.008 0.008
#> GSM30021 3 0.1878 7.26e-01 0.044 0.004 0.952
#> GSM30022 1 0.2584 6.74e-01 0.928 0.064 0.008
#> GSM30023 1 0.4110 6.32e-01 0.844 0.004 0.152
#> GSM30024 3 0.4700 6.40e-01 0.180 0.008 0.812
#> GSM30025 1 0.7736 2.57e-01 0.548 0.400 0.052
#> GSM30026 1 0.6045 2.91e-01 0.620 0.380 0.000
#> GSM30027 3 0.8473 4.21e-01 0.208 0.176 0.616
#> GSM30028 1 0.5785 4.43e-01 0.696 0.004 0.300
#> GSM30029 1 0.4139 6.44e-01 0.860 0.124 0.016
#> GSM30030 1 0.5845 4.61e-01 0.688 0.308 0.004
#> GSM30031 1 0.5171 5.88e-01 0.784 0.204 0.012
#> GSM30032 1 0.9947 -1.15e-01 0.376 0.288 0.336
#> GSM30033 2 0.9527 1.80e-02 0.192 0.436 0.372
#> GSM30034 2 0.6252 1.65e-01 0.444 0.556 0.000
#> GSM30035 2 0.5687 3.93e-01 0.020 0.756 0.224
#> GSM30036 1 0.6386 2.46e-01 0.584 0.412 0.004
#> GSM30037 1 0.8976 3.48e-01 0.532 0.152 0.316
#> GSM30038 1 0.6247 2.59e-01 0.620 0.004 0.376
#> GSM30039 3 0.6476 1.64e-01 0.448 0.004 0.548
#> GSM30040 3 0.5058 6.27e-01 0.000 0.244 0.756
#> GSM30041 3 0.3692 7.32e-01 0.056 0.048 0.896
#> GSM30042 3 0.4682 6.67e-01 0.192 0.004 0.804
#> GSM30043 3 0.4121 7.28e-01 0.040 0.084 0.876
#> GSM30044 1 0.3141 6.75e-01 0.912 0.020 0.068
#> GSM30045 1 0.6570 4.68e-01 0.668 0.024 0.308
#> GSM30046 1 0.1031 6.81e-01 0.976 0.000 0.024
#> GSM30047 1 0.8728 3.97e-01 0.592 0.208 0.200
#> GSM30048 1 0.1170 6.83e-01 0.976 0.008 0.016
#> GSM30049 3 0.2711 7.17e-01 0.000 0.088 0.912
#> GSM30050 1 0.4539 6.35e-01 0.836 0.016 0.148
#> GSM30051 3 0.4725 7.25e-01 0.060 0.088 0.852
#> GSM30052 2 0.6825 -2.26e-02 0.488 0.500 0.012
#> GSM30053 3 0.7545 5.76e-01 0.172 0.136 0.692
#> GSM30054 2 0.5835 8.80e-02 0.000 0.660 0.340
#> GSM30055 3 0.6811 2.69e-01 0.404 0.016 0.580
#> GSM30056 3 0.6033 5.28e-01 0.004 0.336 0.660
#> GSM30057 3 0.2031 7.31e-01 0.032 0.016 0.952
#> GSM30058 3 0.5325 6.25e-01 0.004 0.248 0.748
#> GSM30059 2 0.6299 8.49e-02 0.476 0.524 0.000
#> GSM30060 2 0.6934 9.74e-02 0.028 0.624 0.348
#> GSM30061 1 0.8452 2.18e-01 0.556 0.340 0.104
#> GSM30062 1 0.6291 -1.29e-02 0.532 0.468 0.000
#> GSM30063 1 0.8159 2.22e-01 0.588 0.092 0.320
#> GSM30064 1 0.3769 6.64e-01 0.880 0.016 0.104
#> GSM30065 1 0.6432 7.91e-02 0.568 0.004 0.428
#> GSM30066 3 0.6111 4.36e-01 0.000 0.396 0.604
#> GSM30067 1 0.3213 6.61e-01 0.900 0.092 0.008
#> GSM30068 3 0.1267 7.27e-01 0.024 0.004 0.972
#> GSM30069 3 0.4293 6.71e-01 0.164 0.004 0.832
#> GSM30070 1 0.5896 4.08e-01 0.700 0.008 0.292
#> GSM30071 1 0.4351 6.04e-01 0.828 0.004 0.168
#> GSM30072 1 0.5656 5.10e-01 0.712 0.004 0.284
#> GSM30073 1 0.4658 6.14e-01 0.856 0.076 0.068
#> GSM30074 1 0.6505 5.77e-04 0.528 0.004 0.468
#> GSM30075 1 0.7762 4.06e-01 0.668 0.120 0.212
#> GSM30076 1 0.2400 6.70e-01 0.932 0.004 0.064
#> GSM30077 1 0.2200 6.77e-01 0.940 0.056 0.004
#> GSM30078 1 0.6180 1.88e-01 0.584 0.416 0.000
#> GSM30079 1 0.4353 6.24e-01 0.836 0.156 0.008
#> GSM30080 1 0.3965 6.32e-01 0.860 0.008 0.132
#> GSM30081 3 0.2066 7.24e-01 0.000 0.060 0.940
#> GSM30086 1 0.1129 6.81e-01 0.976 0.004 0.020
#> GSM30087 1 0.6079 2.53e-01 0.612 0.388 0.000
#> GSM30088 1 0.5291 4.90e-01 0.732 0.268 0.000
#> GSM30089 3 0.6553 4.00e-01 0.324 0.020 0.656
#> GSM30090 3 0.4473 6.89e-01 0.008 0.164 0.828
#> GSM30091 3 0.3038 7.12e-01 0.000 0.104 0.896
#> GSM30092 1 0.2414 6.84e-01 0.940 0.020 0.040
#> GSM30093 2 0.5902 1.89e-01 0.004 0.680 0.316
#> GSM30094 3 0.6309 2.58e-01 0.000 0.500 0.500
#> GSM30095 2 0.7091 1.71e-01 0.040 0.640 0.320
#> GSM30096 2 0.6284 4.68e-01 0.304 0.680 0.016
#> GSM30097 1 0.6308 -1.44e-02 0.508 0.492 0.000
#> GSM30098 2 0.5678 4.63e-01 0.316 0.684 0.000
#> GSM30099 3 0.6483 3.38e-01 0.004 0.452 0.544
#> GSM30100 3 0.2625 7.19e-01 0.000 0.084 0.916
#> GSM30101 3 0.2939 7.28e-01 0.012 0.072 0.916
#> GSM30102 2 0.9912 2.07e-01 0.300 0.400 0.300
#> GSM30103 2 0.7569 5.00e-01 0.116 0.684 0.200
#> GSM30104 1 0.8732 2.23e-01 0.552 0.316 0.132
#> GSM30105 1 0.6521 -8.41e-05 0.504 0.492 0.004
#> GSM30106 1 0.1711 6.77e-01 0.960 0.008 0.032
#> GSM30107 1 0.0424 6.82e-01 0.992 0.008 0.000
#> GSM30108 3 0.6318 3.64e-01 0.356 0.008 0.636
#> GSM30109 1 0.4883 5.73e-01 0.788 0.208 0.004
#> GSM30110 1 0.3091 6.78e-01 0.912 0.072 0.016
#> GSM30111 1 0.1015 6.84e-01 0.980 0.008 0.012
#> GSM30112 1 0.4235 5.97e-01 0.824 0.176 0.000
#> GSM30113 1 0.9167 1.28e-01 0.512 0.168 0.320
#> GSM30114 1 0.3965 6.32e-01 0.860 0.008 0.132
#> GSM30115 1 0.4228 6.23e-01 0.844 0.008 0.148
#> GSM30116 3 0.6168 4.23e-01 0.000 0.412 0.588
#> GSM30117 2 0.1860 6.19e-01 0.052 0.948 0.000
#> GSM30118 2 0.8668 3.97e-01 0.180 0.596 0.224
#> GSM30119 3 0.6172 5.19e-01 0.308 0.012 0.680
#> GSM30120 1 0.3921 6.72e-01 0.884 0.080 0.036
#> GSM30121 1 0.2383 6.81e-01 0.940 0.016 0.044
#> GSM30122 2 0.2959 6.20e-01 0.100 0.900 0.000
#> GSM30123 2 0.1170 5.78e-01 0.008 0.976 0.016
#> GSM30177 2 0.6108 3.45e-01 0.028 0.732 0.240
#> GSM30178 2 0.6330 3.43e-01 0.396 0.600 0.004
#> GSM30179 2 0.4555 5.87e-01 0.200 0.800 0.000
#> GSM30180 1 0.6168 1.87e-01 0.588 0.412 0.000
#> GSM30181 2 0.5098 5.53e-01 0.248 0.752 0.000
#> GSM30182 2 0.6154 3.46e-01 0.408 0.592 0.000
#> GSM30183 2 0.5560 5.05e-01 0.300 0.700 0.000
#> GSM30184 2 0.6421 -1.36e-01 0.004 0.572 0.424
#> GSM30185 2 0.2860 6.21e-01 0.084 0.912 0.004
#> GSM30186 2 0.0892 5.94e-01 0.020 0.980 0.000
#> GSM30187 2 0.6305 8.07e-02 0.484 0.516 0.000
#> GSM30188 2 0.5905 4.31e-01 0.352 0.648 0.000
#> GSM30189 2 0.4750 5.81e-01 0.216 0.784 0.000
#> GSM30190 2 0.5948 3.99e-02 0.000 0.640 0.360
#> GSM30191 2 0.4796 5.77e-01 0.220 0.780 0.000
#> GSM30192 1 0.7890 1.16e-01 0.544 0.396 0.060
#> GSM30193 2 0.6308 1.23e-01 0.492 0.508 0.000
#> GSM30194 2 0.8226 1.93e-01 0.096 0.584 0.320
#> GSM30195 1 0.3120 6.66e-01 0.908 0.012 0.080
#> GSM30196 1 0.3802 6.76e-01 0.888 0.032 0.080
#> GSM30197 1 0.0237 6.82e-01 0.996 0.004 0.000
#> GSM30198 1 0.1860 6.75e-01 0.948 0.052 0.000
#> GSM30199 2 0.4206 5.40e-01 0.040 0.872 0.088
#> GSM30200 1 0.0592 6.82e-01 0.988 0.012 0.000
#> GSM30201 1 0.5115 5.55e-01 0.768 0.228 0.004
#> GSM30202 1 0.6267 9.03e-02 0.548 0.452 0.000
#> GSM30203 2 0.6235 2.55e-01 0.436 0.564 0.000
#> GSM30204 1 0.1315 6.83e-01 0.972 0.020 0.008
#> GSM30205 1 0.6075 4.24e-01 0.676 0.008 0.316
#> GSM30206 2 0.4654 5.85e-01 0.208 0.792 0.000
#> GSM30207 1 0.4555 5.86e-01 0.800 0.200 0.000
#> GSM30208 2 0.3686 6.13e-01 0.140 0.860 0.000
#> GSM30209 2 0.4087 6.05e-01 0.068 0.880 0.052
#> GSM30210 2 0.3340 6.17e-01 0.120 0.880 0.000
#> GSM30211 1 0.2537 6.65e-01 0.920 0.080 0.000
#> GSM30212 1 0.6669 9.46e-02 0.524 0.468 0.008
#> GSM30213 1 0.6274 8.91e-02 0.544 0.456 0.000
#> GSM30214 2 0.6126 3.76e-01 0.352 0.644 0.004
#> GSM30215 2 0.4002 6.05e-01 0.160 0.840 0.000
#> GSM30216 2 0.9588 2.36e-01 0.324 0.460 0.216
#> GSM30217 2 0.3845 6.18e-01 0.116 0.872 0.012
#> GSM30218 2 0.7113 4.98e-01 0.112 0.720 0.168
#> GSM30219 3 0.6252 3.70e-01 0.000 0.444 0.556
#> GSM30220 2 0.6460 1.64e-01 0.440 0.556 0.004
#> GSM30221 1 0.5591 4.30e-01 0.696 0.304 0.000
#> GSM30222 1 0.5882 3.34e-01 0.652 0.348 0.000
#> GSM30223 1 0.1031 6.83e-01 0.976 0.000 0.024
#> GSM30224 1 0.6307 -8.19e-03 0.512 0.488 0.000
#> GSM30225 1 0.3267 6.46e-01 0.884 0.116 0.000
#> GSM30226 2 0.2866 5.33e-01 0.008 0.916 0.076
#> GSM30227 1 0.1337 6.84e-01 0.972 0.016 0.012
#> GSM30228 3 0.2625 7.21e-01 0.000 0.084 0.916
#> GSM30229 2 0.6280 1.41e-01 0.460 0.540 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.411 0.6746 0.008 0.788 0.004 0.200
#> GSM30007 1 0.345 0.6107 0.836 0.000 0.008 0.156
#> GSM30008 1 0.367 0.6062 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM30009 1 0.337 0.6180 0.872 0.008 0.020 0.100
#> GSM30010 2 0.647 0.5921 0.016 0.632 0.068 0.284
#> GSM30011 2 0.433 0.6547 0.000 0.748 0.008 0.244
#> GSM30012 2 0.561 0.2480 0.020 0.496 0.000 0.484
#> GSM30013 4 0.595 0.4679 0.124 0.184 0.000 0.692
#> GSM30014 2 0.363 0.6795 0.004 0.812 0.000 0.184
#> GSM30015 4 0.324 0.5438 0.136 0.004 0.004 0.856
#> GSM30016 4 0.650 -0.1126 0.072 0.452 0.000 0.476
#> GSM30017 1 0.470 0.4216 0.644 0.000 0.000 0.356
#> GSM30018 4 0.516 0.4153 0.284 0.000 0.028 0.688
#> GSM30019 2 0.660 0.5260 0.000 0.564 0.096 0.340
#> GSM30020 1 0.464 0.4482 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM30021 2 0.422 0.6734 0.040 0.832 0.012 0.116
#> GSM30022 1 0.409 0.5745 0.776 0.008 0.000 0.216
#> GSM30023 4 0.738 0.2059 0.348 0.172 0.000 0.480
#> GSM30024 2 0.568 0.4817 0.224 0.708 0.008 0.060
#> GSM30025 1 0.295 0.5750 0.904 0.056 0.020 0.020
#> GSM30026 1 0.610 0.5428 0.680 0.000 0.136 0.184
#> GSM30027 1 0.718 0.1663 0.548 0.352 0.044 0.056
#> GSM30028 4 0.807 0.1269 0.304 0.336 0.004 0.356
#> GSM30029 1 0.350 0.6040 0.832 0.008 0.000 0.160
#> GSM30030 1 0.353 0.6101 0.836 0.000 0.012 0.152
#> GSM30031 1 0.345 0.6147 0.852 0.004 0.012 0.132
#> GSM30032 1 0.777 0.3603 0.612 0.184 0.100 0.104
#> GSM30033 3 0.880 0.2137 0.072 0.272 0.460 0.196
#> GSM30034 1 0.496 0.5792 0.764 0.000 0.168 0.068
#> GSM30035 3 0.826 0.3772 0.272 0.200 0.492 0.036
#> GSM30036 4 0.813 0.1780 0.316 0.020 0.208 0.456
#> GSM30037 1 0.408 0.5401 0.828 0.132 0.004 0.036
#> GSM30038 4 0.678 -0.1241 0.080 0.452 0.004 0.464
#> GSM30039 4 0.585 -0.1436 0.004 0.404 0.028 0.564
#> GSM30040 2 0.564 0.3183 0.000 0.604 0.364 0.032
#> GSM30041 2 0.447 0.6794 0.000 0.784 0.036 0.180
#> GSM30042 2 0.443 0.6204 0.004 0.720 0.000 0.276
#> GSM30043 2 0.518 0.6105 0.064 0.800 0.080 0.056
#> GSM30044 1 0.403 0.5886 0.804 0.012 0.004 0.180
#> GSM30045 1 0.657 0.4586 0.656 0.192 0.008 0.144
#> GSM30046 4 0.462 0.3530 0.340 0.000 0.000 0.660
#> GSM30047 1 0.698 0.4661 0.680 0.148 0.088 0.084
#> GSM30048 1 0.486 0.4680 0.668 0.008 0.000 0.324
#> GSM30049 2 0.233 0.6506 0.024 0.932 0.024 0.020
#> GSM30050 4 0.580 0.4496 0.056 0.196 0.024 0.724
#> GSM30051 2 0.576 0.6286 0.000 0.712 0.128 0.160
#> GSM30052 1 0.171 0.6002 0.948 0.016 0.036 0.000
#> GSM30053 2 0.699 0.4658 0.004 0.536 0.112 0.348
#> GSM30054 3 0.589 0.2868 0.004 0.308 0.640 0.048
#> GSM30055 2 0.760 0.1520 0.260 0.524 0.008 0.208
#> GSM30056 2 0.649 0.3473 0.056 0.600 0.328 0.016
#> GSM30057 2 0.311 0.6868 0.012 0.876 0.004 0.108
#> GSM30058 2 0.594 0.4000 0.000 0.620 0.324 0.056
#> GSM30059 1 0.674 0.4956 0.620 0.008 0.256 0.116
#> GSM30060 1 0.861 -0.1657 0.396 0.360 0.200 0.044
#> GSM30061 1 0.883 0.3692 0.516 0.156 0.156 0.172
#> GSM30062 4 0.780 0.1821 0.252 0.000 0.348 0.400
#> GSM30063 4 0.841 0.2139 0.104 0.284 0.100 0.512
#> GSM30064 1 0.433 0.5948 0.808 0.028 0.008 0.156
#> GSM30065 4 0.529 -0.0492 0.012 0.404 0.000 0.584
#> GSM30066 2 0.662 0.2398 0.036 0.588 0.340 0.036
#> GSM30067 1 0.407 0.5506 0.748 0.000 0.000 0.252
#> GSM30068 2 0.264 0.6790 0.020 0.904 0.000 0.076
#> GSM30069 2 0.440 0.6526 0.044 0.816 0.008 0.132
#> GSM30070 4 0.587 0.1807 0.052 0.324 0.000 0.624
#> GSM30071 4 0.668 0.4348 0.240 0.148 0.000 0.612
#> GSM30072 1 0.688 0.4418 0.624 0.164 0.008 0.204
#> GSM30073 4 0.701 0.4631 0.196 0.076 0.068 0.660
#> GSM30074 2 0.693 0.3176 0.116 0.560 0.004 0.320
#> GSM30075 4 0.702 0.4456 0.100 0.088 0.132 0.680
#> GSM30076 4 0.487 0.5407 0.148 0.076 0.000 0.776
#> GSM30077 4 0.402 0.5483 0.096 0.000 0.068 0.836
#> GSM30078 4 0.658 0.4412 0.168 0.000 0.200 0.632
#> GSM30079 1 0.480 0.5255 0.704 0.008 0.004 0.284
#> GSM30080 4 0.375 0.5576 0.084 0.064 0.000 0.852
#> GSM30081 2 0.317 0.6812 0.004 0.888 0.040 0.068
#> GSM30086 4 0.316 0.5400 0.144 0.000 0.004 0.852
#> GSM30087 1 0.772 -0.0336 0.388 0.000 0.224 0.388
#> GSM30088 4 0.656 -0.0429 0.452 0.000 0.076 0.472
#> GSM30089 1 0.649 0.1116 0.500 0.440 0.008 0.052
#> GSM30090 2 0.569 0.5523 0.004 0.688 0.252 0.056
#> GSM30091 2 0.355 0.6313 0.000 0.860 0.096 0.044
#> GSM30092 4 0.479 0.2556 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM30093 3 0.537 0.3870 0.000 0.244 0.704 0.052
#> GSM30094 3 0.719 0.0420 0.048 0.416 0.492 0.044
#> GSM30095 3 0.608 0.3114 0.004 0.292 0.640 0.064
#> GSM30096 1 0.506 0.4756 0.756 0.024 0.200 0.020
#> GSM30097 1 0.648 0.5029 0.636 0.000 0.224 0.140
#> GSM30098 1 0.664 0.2273 0.520 0.000 0.392 0.088
#> GSM30099 1 0.897 -0.3012 0.344 0.292 0.312 0.052
#> GSM30100 2 0.252 0.6441 0.032 0.924 0.028 0.016
#> GSM30101 2 0.484 0.6648 0.000 0.784 0.104 0.112
#> GSM30102 4 0.811 -0.2004 0.024 0.172 0.392 0.412
#> GSM30103 1 0.747 0.2305 0.620 0.144 0.188 0.048
#> GSM30104 4 0.981 -0.0244 0.292 0.160 0.252 0.296
#> GSM30105 1 0.507 0.5921 0.768 0.000 0.120 0.112
#> GSM30106 4 0.270 0.5491 0.124 0.000 0.000 0.876
#> GSM30107 1 0.497 0.2139 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM30108 2 0.686 0.3511 0.268 0.604 0.008 0.120
#> GSM30109 1 0.633 0.4440 0.624 0.004 0.080 0.292
#> GSM30110 1 0.480 0.5168 0.704 0.004 0.008 0.284
#> GSM30111 1 0.492 0.4043 0.628 0.004 0.000 0.368
#> GSM30112 4 0.809 0.2145 0.312 0.012 0.240 0.436
#> GSM30113 4 0.936 0.0737 0.136 0.284 0.172 0.408
#> GSM30114 4 0.447 0.5406 0.080 0.112 0.000 0.808
#> GSM30115 4 0.495 0.5049 0.084 0.144 0.000 0.772
#> GSM30116 2 0.741 0.1048 0.100 0.484 0.396 0.020
#> GSM30117 3 0.321 0.5930 0.104 0.000 0.872 0.024
#> GSM30118 3 0.753 0.4451 0.044 0.172 0.612 0.172
#> GSM30119 2 0.596 0.4854 0.012 0.580 0.024 0.384
#> GSM30120 4 0.593 0.5354 0.140 0.016 0.116 0.728
#> GSM30121 4 0.446 0.5413 0.156 0.028 0.012 0.804
#> GSM30122 3 0.317 0.5915 0.104 0.004 0.876 0.016
#> GSM30123 3 0.347 0.5881 0.092 0.024 0.872 0.012
#> GSM30177 3 0.762 0.3292 0.132 0.260 0.572 0.036
#> GSM30178 4 0.653 0.0497 0.064 0.004 0.424 0.508
#> GSM30179 3 0.568 0.2051 0.404 0.000 0.568 0.028
#> GSM30180 4 0.650 0.4126 0.124 0.000 0.252 0.624
#> GSM30181 3 0.515 0.4893 0.060 0.000 0.740 0.200
#> GSM30182 4 0.583 0.0982 0.032 0.000 0.436 0.532
#> GSM30183 3 0.694 0.2767 0.344 0.000 0.532 0.124
#> GSM30184 3 0.554 0.1916 0.000 0.360 0.612 0.028
#> GSM30185 3 0.301 0.5922 0.080 0.000 0.888 0.032
#> GSM30186 3 0.242 0.5805 0.024 0.016 0.928 0.032
#> GSM30187 3 0.781 0.1109 0.344 0.000 0.400 0.256
#> GSM30188 3 0.668 0.3288 0.120 0.000 0.588 0.292
#> GSM30189 3 0.588 0.3255 0.344 0.000 0.608 0.048
#> GSM30190 3 0.586 0.2368 0.000 0.340 0.612 0.048
#> GSM30191 3 0.500 0.5654 0.084 0.000 0.768 0.148
#> GSM30192 4 0.550 0.2919 0.020 0.004 0.352 0.624
#> GSM30193 4 0.616 0.1432 0.052 0.000 0.416 0.532
#> GSM30194 3 0.789 0.2671 0.024 0.284 0.516 0.176
#> GSM30195 4 0.566 0.5219 0.180 0.092 0.004 0.724
#> GSM30196 1 0.369 0.6089 0.844 0.032 0.000 0.124
#> GSM30197 4 0.477 0.3892 0.308 0.000 0.008 0.684
#> GSM30198 1 0.479 0.3842 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM30199 3 0.483 0.5473 0.036 0.084 0.816 0.064
#> GSM30200 4 0.466 0.3307 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM30201 1 0.425 0.5756 0.768 0.000 0.012 0.220
#> GSM30202 1 0.771 0.2498 0.448 0.000 0.292 0.260
#> GSM30203 3 0.682 0.0620 0.100 0.000 0.488 0.412
#> GSM30204 1 0.413 0.5428 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM30205 4 0.601 0.2320 0.056 0.340 0.000 0.604
#> GSM30206 3 0.538 0.5249 0.116 0.000 0.744 0.140
#> GSM30207 1 0.509 0.5344 0.688 0.000 0.024 0.288
#> GSM30208 3 0.554 0.3852 0.340 0.004 0.632 0.024
#> GSM30209 3 0.537 0.5716 0.140 0.060 0.772 0.028
#> GSM30210 3 0.559 0.2652 0.404 0.008 0.576 0.012
#> GSM30211 4 0.514 0.3900 0.296 0.000 0.024 0.680
#> GSM30212 1 0.239 0.6123 0.928 0.012 0.024 0.036
#> GSM30213 1 0.684 0.4770 0.600 0.000 0.180 0.220
#> GSM30214 1 0.584 0.4440 0.672 0.004 0.264 0.060
#> GSM30215 1 0.556 0.4025 0.720 0.032 0.224 0.024
#> GSM30216 1 0.863 -0.0297 0.412 0.132 0.380 0.076
#> GSM30217 1 0.622 0.2518 0.640 0.044 0.296 0.020
#> GSM30218 1 0.870 -0.1719 0.404 0.164 0.368 0.064
#> GSM30219 2 0.644 0.1496 0.020 0.512 0.436 0.032
#> GSM30220 1 0.208 0.5999 0.932 0.008 0.056 0.004
#> GSM30221 4 0.630 0.4054 0.252 0.000 0.108 0.640
#> GSM30222 4 0.664 0.4513 0.152 0.000 0.228 0.620
#> GSM30223 1 0.486 0.4676 0.668 0.008 0.000 0.324
#> GSM30224 1 0.604 0.4992 0.672 0.000 0.224 0.104
#> GSM30225 4 0.600 0.4240 0.256 0.000 0.084 0.660
#> GSM30226 3 0.757 0.4055 0.344 0.136 0.504 0.016
#> GSM30227 4 0.513 0.1085 0.444 0.000 0.004 0.552
#> GSM30228 2 0.395 0.6785 0.004 0.848 0.072 0.076
#> GSM30229 3 0.803 -0.1107 0.280 0.004 0.368 0.348
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.5698 0.54267 0.000 0.004 0.148 0.208 0.640
#> GSM30007 1 0.3272 0.72238 0.876 0.052 0.024 0.040 0.008
#> GSM30008 1 0.2053 0.72774 0.924 0.024 0.004 0.048 0.000
#> GSM30009 1 0.1220 0.72685 0.964 0.020 0.004 0.004 0.008
#> GSM30010 5 0.6789 0.38654 0.000 0.012 0.280 0.220 0.488
#> GSM30011 5 0.5351 0.42622 0.000 0.004 0.056 0.348 0.592
#> GSM30012 5 0.4928 0.34042 0.008 0.020 0.000 0.376 0.596
#> GSM30013 4 0.5264 0.23718 0.052 0.004 0.000 0.604 0.340
#> GSM30014 5 0.2748 0.60533 0.000 0.008 0.016 0.096 0.880
#> GSM30015 4 0.3410 0.56398 0.064 0.024 0.000 0.860 0.052
#> GSM30016 5 0.4382 0.47607 0.024 0.000 0.000 0.288 0.688
#> GSM30017 1 0.3848 0.68009 0.800 0.028 0.004 0.164 0.004
#> GSM30018 4 0.4410 0.48452 0.276 0.016 0.000 0.700 0.008
#> GSM30019 5 0.6602 0.41859 0.000 0.084 0.056 0.312 0.548
#> GSM30020 1 0.3511 0.67730 0.800 0.004 0.000 0.184 0.012
#> GSM30021 5 0.2633 0.59814 0.012 0.024 0.000 0.068 0.896
#> GSM30022 1 0.1764 0.72948 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> GSM30023 1 0.6958 0.01338 0.396 0.008 0.000 0.252 0.344
#> GSM30024 5 0.3724 0.48202 0.184 0.000 0.028 0.000 0.788
#> GSM30025 1 0.3443 0.68965 0.860 0.012 0.032 0.012 0.084
#> GSM30026 1 0.4743 0.65656 0.744 0.116 0.004 0.136 0.000
#> GSM30027 5 0.7332 -0.09628 0.404 0.036 0.128 0.016 0.416
#> GSM30028 5 0.5765 0.21196 0.304 0.000 0.000 0.116 0.580
#> GSM30029 1 0.0727 0.72871 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> GSM30030 1 0.2165 0.72934 0.924 0.024 0.016 0.036 0.000
#> GSM30031 1 0.1173 0.72788 0.964 0.020 0.004 0.012 0.000
#> GSM30032 1 0.7194 0.16441 0.488 0.036 0.364 0.044 0.068
#> GSM30033 3 0.6194 0.26782 0.024 0.244 0.624 0.100 0.008
#> GSM30034 1 0.4799 0.62406 0.732 0.036 0.204 0.028 0.000
#> GSM30035 3 0.5121 0.46159 0.092 0.108 0.760 0.016 0.024
#> GSM30036 3 0.7771 0.24400 0.104 0.152 0.496 0.240 0.008
#> GSM30037 1 0.3597 0.64225 0.800 0.008 0.012 0.000 0.180
#> GSM30038 5 0.4477 0.48006 0.040 0.000 0.000 0.252 0.708
#> GSM30039 4 0.5760 -0.11105 0.000 0.036 0.028 0.508 0.428
#> GSM30040 3 0.5566 0.24829 0.000 0.088 0.580 0.000 0.332
#> GSM30041 5 0.6189 0.29696 0.000 0.000 0.384 0.140 0.476
#> GSM30042 5 0.3632 0.58715 0.000 0.004 0.020 0.176 0.800
#> GSM30043 5 0.6532 0.17847 0.060 0.076 0.304 0.000 0.560
#> GSM30044 1 0.2925 0.71765 0.884 0.024 0.000 0.024 0.068
#> GSM30045 1 0.5763 0.49504 0.608 0.032 0.004 0.040 0.316
#> GSM30046 4 0.4588 0.45231 0.308 0.012 0.000 0.668 0.012
#> GSM30047 1 0.5898 0.14440 0.528 0.012 0.400 0.008 0.052
#> GSM30048 1 0.4087 0.69215 0.800 0.028 0.000 0.144 0.028
#> GSM30049 5 0.3487 0.47907 0.008 0.000 0.212 0.000 0.780
#> GSM30050 4 0.6668 0.31519 0.016 0.028 0.216 0.604 0.136
#> GSM30051 5 0.6294 0.28118 0.000 0.012 0.404 0.108 0.476
#> GSM30052 1 0.1869 0.71774 0.936 0.028 0.028 0.008 0.000
#> GSM30053 5 0.6180 0.37059 0.004 0.112 0.008 0.316 0.560
#> GSM30054 3 0.4734 0.39379 0.000 0.188 0.724 0.000 0.088
#> GSM30055 5 0.8799 0.14340 0.232 0.024 0.148 0.228 0.368
#> GSM30056 3 0.4611 0.35386 0.008 0.016 0.704 0.008 0.264
#> GSM30057 5 0.2234 0.58649 0.000 0.004 0.044 0.036 0.916
#> GSM30058 3 0.4886 0.26416 0.000 0.008 0.668 0.036 0.288
#> GSM30059 1 0.5540 0.53030 0.644 0.020 0.272 0.064 0.000
#> GSM30060 3 0.8244 0.07493 0.312 0.144 0.352 0.000 0.192
#> GSM30061 1 0.6648 0.37119 0.564 0.020 0.308 0.076 0.032
#> GSM30062 2 0.6454 -0.02868 0.140 0.456 0.008 0.396 0.000
#> GSM30063 4 0.7164 0.19304 0.060 0.024 0.324 0.520 0.072
#> GSM30064 1 0.2767 0.71306 0.884 0.004 0.004 0.020 0.088
#> GSM30065 4 0.5639 -0.22231 0.004 0.004 0.052 0.472 0.468
#> GSM30066 5 0.7587 -0.04035 0.032 0.352 0.228 0.008 0.380
#> GSM30067 1 0.2339 0.72699 0.892 0.004 0.000 0.100 0.004
#> GSM30068 5 0.1708 0.58253 0.004 0.004 0.032 0.016 0.944
#> GSM30069 5 0.1485 0.58594 0.020 0.000 0.000 0.032 0.948
#> GSM30070 5 0.4852 0.35052 0.016 0.008 0.000 0.380 0.596
#> GSM30071 4 0.6584 0.07784 0.208 0.000 0.000 0.412 0.380
#> GSM30072 1 0.5309 0.46614 0.604 0.004 0.000 0.056 0.336
#> GSM30073 4 0.7176 0.31282 0.112 0.040 0.268 0.552 0.028
#> GSM30074 5 0.3471 0.55211 0.072 0.000 0.000 0.092 0.836
#> GSM30075 4 0.7452 0.12272 0.036 0.244 0.240 0.472 0.008
#> GSM30076 4 0.4128 0.51078 0.068 0.004 0.004 0.800 0.124
#> GSM30077 4 0.2624 0.54959 0.052 0.028 0.008 0.904 0.008
#> GSM30078 4 0.5576 0.43497 0.084 0.164 0.048 0.704 0.000
#> GSM30079 1 0.2777 0.72247 0.864 0.016 0.000 0.120 0.000
#> GSM30080 4 0.3926 0.49941 0.052 0.008 0.000 0.808 0.132
#> GSM30081 5 0.4743 0.52277 0.000 0.004 0.212 0.064 0.720
#> GSM30086 4 0.4523 0.52400 0.080 0.096 0.016 0.796 0.012
#> GSM30087 4 0.7055 0.09112 0.352 0.252 0.012 0.384 0.000
#> GSM30088 4 0.5741 0.03205 0.420 0.040 0.024 0.516 0.000
#> GSM30089 1 0.4557 0.28454 0.552 0.004 0.000 0.004 0.440
#> GSM30090 5 0.5319 0.16971 0.000 0.004 0.464 0.040 0.492
#> GSM30091 5 0.4888 0.07215 0.000 0.004 0.472 0.016 0.508
#> GSM30092 4 0.4696 0.36183 0.360 0.000 0.000 0.616 0.024
#> GSM30093 3 0.6667 0.36673 0.000 0.220 0.600 0.092 0.088
#> GSM30094 3 0.2488 0.49407 0.000 0.004 0.872 0.000 0.124
#> GSM30095 2 0.5981 0.06704 0.008 0.524 0.388 0.004 0.076
#> GSM30096 1 0.5329 0.56118 0.684 0.236 0.004 0.060 0.016
#> GSM30097 1 0.6590 0.56861 0.632 0.108 0.124 0.136 0.000
#> GSM30098 1 0.6255 0.37726 0.560 0.312 0.020 0.108 0.000
#> GSM30099 3 0.4491 0.42964 0.172 0.008 0.764 0.004 0.052
#> GSM30100 5 0.3812 0.45797 0.020 0.004 0.196 0.000 0.780
#> GSM30101 5 0.5957 0.36219 0.000 0.008 0.360 0.092 0.540
#> GSM30102 3 0.7276 0.02976 0.004 0.196 0.432 0.340 0.028
#> GSM30103 3 0.6636 -0.00244 0.432 0.080 0.452 0.016 0.020
#> GSM30104 3 0.4426 0.43370 0.128 0.028 0.788 0.056 0.000
#> GSM30105 1 0.4280 0.70160 0.812 0.056 0.072 0.060 0.000
#> GSM30106 4 0.4319 0.54171 0.080 0.060 0.008 0.816 0.036
#> GSM30107 1 0.6746 0.37742 0.552 0.176 0.012 0.248 0.012
#> GSM30108 5 0.3197 0.51074 0.152 0.000 0.004 0.012 0.832
#> GSM30109 1 0.5971 0.55979 0.640 0.200 0.000 0.140 0.020
#> GSM30110 1 0.5670 0.59207 0.684 0.116 0.000 0.172 0.028
#> GSM30111 1 0.4582 0.66572 0.764 0.040 0.004 0.172 0.020
#> GSM30112 2 0.7062 0.27625 0.076 0.592 0.212 0.104 0.016
#> GSM30113 2 0.7930 -0.00246 0.012 0.416 0.332 0.164 0.076
#> GSM30114 4 0.4823 0.37387 0.040 0.008 0.000 0.688 0.264
#> GSM30115 4 0.5088 0.37558 0.028 0.032 0.000 0.684 0.256
#> GSM30116 3 0.5063 0.41537 0.004 0.052 0.712 0.016 0.216
#> GSM30117 3 0.4880 0.38349 0.028 0.236 0.708 0.028 0.000
#> GSM30118 2 0.5444 0.13631 0.000 0.580 0.360 0.008 0.052
#> GSM30119 5 0.6058 0.47551 0.000 0.036 0.072 0.292 0.600
#> GSM30120 4 0.6073 0.43060 0.080 0.248 0.000 0.628 0.044
#> GSM30121 4 0.4453 0.54365 0.076 0.036 0.000 0.796 0.092
#> GSM30122 2 0.5022 0.23625 0.016 0.672 0.276 0.036 0.000
#> GSM30123 2 0.4921 -0.10055 0.004 0.536 0.444 0.004 0.012
#> GSM30177 3 0.2171 0.48988 0.008 0.020 0.924 0.004 0.044
#> GSM30178 4 0.6561 0.21351 0.004 0.248 0.180 0.556 0.012
#> GSM30179 2 0.5649 0.23887 0.356 0.572 0.012 0.060 0.000
#> GSM30180 4 0.5516 0.29711 0.040 0.364 0.012 0.580 0.004
#> GSM30181 2 0.3043 0.38904 0.000 0.864 0.056 0.080 0.000
#> GSM30182 4 0.5083 0.16992 0.000 0.432 0.036 0.532 0.000
#> GSM30183 2 0.7254 0.30290 0.284 0.508 0.044 0.156 0.008
#> GSM30184 3 0.6869 0.32854 0.000 0.256 0.504 0.020 0.220
#> GSM30185 2 0.3847 0.31581 0.000 0.784 0.180 0.036 0.000
#> GSM30186 3 0.4679 0.28416 0.004 0.376 0.608 0.008 0.004
#> GSM30187 3 0.8548 -0.12616 0.216 0.280 0.292 0.212 0.000
#> GSM30188 2 0.5428 0.19518 0.064 0.620 0.008 0.308 0.000
#> GSM30189 2 0.6873 0.18557 0.360 0.488 0.060 0.092 0.000
#> GSM30190 3 0.3409 0.47621 0.000 0.052 0.836 0.000 0.112
#> GSM30191 3 0.7110 0.18839 0.044 0.252 0.512 0.192 0.000
#> GSM30192 4 0.4892 0.27772 0.000 0.408 0.004 0.568 0.020
#> GSM30193 4 0.4798 0.14483 0.012 0.472 0.000 0.512 0.004
#> GSM30194 2 0.6855 0.04625 0.000 0.488 0.364 0.072 0.076
#> GSM30195 4 0.7232 0.32626 0.116 0.088 0.000 0.512 0.284
#> GSM30196 1 0.3845 0.69151 0.824 0.028 0.004 0.020 0.124
#> GSM30197 4 0.4122 0.43841 0.304 0.004 0.004 0.688 0.000
#> GSM30198 1 0.3686 0.66787 0.780 0.012 0.004 0.204 0.000
#> GSM30199 2 0.5623 0.11243 0.008 0.540 0.404 0.008 0.040
#> GSM30200 4 0.4280 0.43270 0.312 0.008 0.000 0.676 0.004
#> GSM30201 1 0.2518 0.72683 0.896 0.016 0.008 0.080 0.000
#> GSM30202 1 0.7940 0.17298 0.456 0.200 0.136 0.208 0.000
#> GSM30203 4 0.6694 0.26547 0.100 0.264 0.064 0.572 0.000
#> GSM30204 1 0.2228 0.72480 0.900 0.004 0.000 0.092 0.004
#> GSM30205 4 0.6095 -0.00320 0.040 0.024 0.012 0.504 0.420
#> GSM30206 2 0.3902 0.39406 0.016 0.824 0.068 0.092 0.000
#> GSM30207 1 0.4628 0.69894 0.772 0.020 0.084 0.124 0.000
#> GSM30208 2 0.6043 0.24138 0.348 0.556 0.072 0.024 0.000
#> GSM30209 3 0.5119 0.18020 0.016 0.440 0.532 0.008 0.004
#> GSM30210 2 0.5304 0.12503 0.408 0.548 0.036 0.008 0.000
#> GSM30211 4 0.5358 0.46999 0.216 0.076 0.020 0.688 0.000
#> GSM30212 1 0.2227 0.72244 0.924 0.028 0.032 0.004 0.012
#> GSM30213 1 0.5577 0.59242 0.672 0.188 0.012 0.128 0.000
#> GSM30214 1 0.4964 0.64316 0.748 0.132 0.096 0.024 0.000
#> GSM30215 1 0.5175 0.62130 0.736 0.176 0.040 0.036 0.012
#> GSM30216 2 0.7369 0.34656 0.208 0.540 0.004 0.084 0.164
#> GSM30217 1 0.6325 0.52949 0.656 0.176 0.116 0.016 0.036
#> GSM30218 3 0.7992 0.02060 0.296 0.208 0.420 0.060 0.016
#> GSM30219 3 0.3689 0.37141 0.000 0.004 0.740 0.000 0.256
#> GSM30220 1 0.2115 0.71785 0.928 0.032 0.028 0.008 0.004
#> GSM30221 4 0.4862 0.48252 0.228 0.016 0.044 0.712 0.000
#> GSM30222 4 0.5990 0.13996 0.024 0.392 0.060 0.524 0.000
#> GSM30223 1 0.3276 0.70542 0.836 0.000 0.000 0.132 0.032
#> GSM30224 1 0.6113 0.55071 0.660 0.180 0.064 0.096 0.000
#> GSM30225 4 0.4891 0.50378 0.196 0.064 0.008 0.728 0.004
#> GSM30226 3 0.8306 0.06175 0.316 0.244 0.352 0.020 0.068
#> GSM30227 1 0.5817 0.12122 0.516 0.064 0.000 0.408 0.012
#> GSM30228 5 0.5905 0.40819 0.000 0.036 0.308 0.056 0.600
#> GSM30229 4 0.8568 -0.03759 0.216 0.244 0.240 0.300 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.588 0.52465 0.000 0.156 0.640 0.080 0.004 0.120
#> GSM30007 1 0.517 0.52649 0.648 0.040 0.004 0.268 0.036 0.004
#> GSM30008 1 0.378 0.59836 0.792 0.032 0.000 0.028 0.000 0.148
#> GSM30009 1 0.204 0.63785 0.924 0.012 0.004 0.004 0.040 0.016
#> GSM30010 3 0.630 0.18893 0.000 0.000 0.444 0.028 0.360 0.168
#> GSM30011 3 0.629 0.49027 0.000 0.072 0.604 0.116 0.016 0.192
#> GSM30012 3 0.539 0.42756 0.008 0.000 0.612 0.104 0.008 0.268
#> GSM30013 3 0.641 0.16356 0.024 0.000 0.456 0.252 0.000 0.268
#> GSM30014 3 0.284 0.54035 0.000 0.000 0.856 0.000 0.088 0.056
#> GSM30015 4 0.585 0.29086 0.012 0.000 0.148 0.504 0.000 0.336
#> GSM30016 3 0.382 0.55961 0.016 0.000 0.800 0.092 0.000 0.092
#> GSM30017 1 0.474 0.52083 0.636 0.000 0.008 0.308 0.004 0.044
#> GSM30018 4 0.705 0.28760 0.180 0.012 0.052 0.436 0.004 0.316
#> GSM30019 3 0.653 0.49576 0.000 0.052 0.588 0.092 0.052 0.216
#> GSM30020 1 0.460 0.54172 0.712 0.000 0.004 0.100 0.004 0.180
#> GSM30021 3 0.323 0.52245 0.040 0.000 0.852 0.000 0.044 0.064
#> GSM30022 1 0.241 0.62165 0.880 0.000 0.000 0.028 0.000 0.092
#> GSM30023 1 0.669 0.18130 0.448 0.004 0.364 0.136 0.020 0.028
#> GSM30024 3 0.544 0.28494 0.260 0.024 0.644 0.004 0.036 0.032
#> GSM30025 1 0.449 0.58512 0.788 0.064 0.084 0.004 0.028 0.032
#> GSM30026 1 0.459 0.48753 0.664 0.016 0.000 0.040 0.000 0.280
#> GSM30027 1 0.681 0.11172 0.428 0.080 0.400 0.004 0.024 0.064
#> GSM30028 3 0.562 0.07579 0.372 0.000 0.536 0.044 0.008 0.040
#> GSM30029 1 0.141 0.63632 0.952 0.008 0.004 0.028 0.004 0.004
#> GSM30030 1 0.363 0.62580 0.808 0.052 0.000 0.128 0.004 0.008
#> GSM30031 1 0.177 0.63610 0.936 0.004 0.004 0.024 0.004 0.028
#> GSM30032 1 0.725 -0.02660 0.392 0.036 0.028 0.176 0.360 0.008
#> GSM30033 4 0.684 -0.11311 0.040 0.372 0.012 0.444 0.116 0.016
#> GSM30034 1 0.525 0.38429 0.528 0.408 0.000 0.032 0.008 0.024
#> GSM30035 2 0.115 0.59909 0.012 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000
#> GSM30036 2 0.260 0.59418 0.008 0.888 0.008 0.068 0.000 0.028
#> GSM30037 1 0.437 0.54977 0.768 0.012 0.152 0.004 0.024 0.040
#> GSM30038 3 0.384 0.55398 0.028 0.000 0.804 0.100 0.000 0.068
#> GSM30039 3 0.586 0.38167 0.000 0.000 0.544 0.164 0.016 0.276
#> GSM30040 5 0.548 0.29495 0.000 0.188 0.220 0.000 0.588 0.004
#> GSM30041 3 0.702 0.22022 0.000 0.332 0.452 0.096 0.100 0.020
#> GSM30042 3 0.427 0.56304 0.000 0.000 0.780 0.056 0.084 0.080
#> GSM30043 5 0.613 0.21953 0.108 0.000 0.372 0.008 0.484 0.028
#> GSM30044 1 0.347 0.59182 0.836 0.000 0.096 0.008 0.024 0.036
#> GSM30045 1 0.566 0.46175 0.616 0.000 0.248 0.008 0.028 0.100
#> GSM30046 4 0.666 0.27508 0.296 0.000 0.036 0.412 0.000 0.256
#> GSM30047 2 0.637 0.18000 0.352 0.496 0.092 0.048 0.008 0.004
#> GSM30048 1 0.371 0.55175 0.720 0.000 0.008 0.264 0.000 0.008
#> GSM30049 3 0.607 0.34869 0.044 0.140 0.636 0.000 0.152 0.028
#> GSM30050 4 0.758 0.00142 0.000 0.200 0.268 0.340 0.000 0.192
#> GSM30051 3 0.730 0.27876 0.000 0.264 0.452 0.020 0.176 0.088
#> GSM30052 1 0.219 0.63223 0.912 0.040 0.000 0.004 0.008 0.036
#> GSM30053 3 0.598 0.44571 0.000 0.000 0.524 0.072 0.064 0.340
#> GSM30054 5 0.525 -0.14507 0.000 0.440 0.012 0.024 0.500 0.024
#> GSM30055 4 0.785 0.03882 0.132 0.204 0.240 0.400 0.012 0.012
#> GSM30056 2 0.339 0.56931 0.000 0.800 0.164 0.004 0.032 0.000
#> GSM30057 3 0.293 0.47714 0.012 0.000 0.844 0.000 0.128 0.016
#> GSM30058 2 0.620 0.24429 0.000 0.460 0.236 0.000 0.292 0.012
#> GSM30059 1 0.703 0.46182 0.560 0.064 0.000 0.100 0.188 0.088
#> GSM30060 5 0.658 0.34919 0.272 0.024 0.108 0.016 0.552 0.028
#> GSM30061 1 0.659 0.29144 0.484 0.004 0.004 0.100 0.336 0.072
#> GSM30062 6 0.600 0.41575 0.156 0.004 0.008 0.128 0.064 0.640
#> GSM30063 5 0.744 -0.06869 0.068 0.000 0.028 0.212 0.412 0.280
#> GSM30064 1 0.260 0.60579 0.880 0.004 0.088 0.000 0.008 0.020
#> GSM30065 3 0.658 0.43611 0.000 0.136 0.536 0.220 0.000 0.108
#> GSM30066 5 0.481 0.47505 0.028 0.000 0.148 0.000 0.716 0.108
#> GSM30067 1 0.352 0.60480 0.812 0.004 0.000 0.052 0.004 0.128
#> GSM30068 3 0.363 0.44406 0.032 0.000 0.800 0.000 0.148 0.020
#> GSM30069 3 0.280 0.48544 0.056 0.000 0.876 0.000 0.048 0.020
#> GSM30070 3 0.443 0.53257 0.016 0.000 0.744 0.136 0.000 0.104
#> GSM30071 3 0.780 0.03285 0.260 0.000 0.356 0.188 0.012 0.184
#> GSM30072 1 0.493 0.39179 0.616 0.000 0.324 0.004 0.020 0.036
#> GSM30073 4 0.754 0.18900 0.096 0.000 0.016 0.376 0.296 0.216
#> GSM30074 3 0.365 0.49865 0.108 0.000 0.820 0.008 0.016 0.048
#> GSM30075 4 0.337 0.21834 0.004 0.016 0.000 0.780 0.200 0.000
#> GSM30076 4 0.695 0.28535 0.032 0.028 0.212 0.468 0.000 0.260
#> GSM30077 4 0.570 0.31011 0.008 0.008 0.108 0.572 0.004 0.300
#> GSM30078 4 0.245 0.35983 0.004 0.016 0.000 0.900 0.048 0.032
#> GSM30079 1 0.394 0.62124 0.796 0.008 0.004 0.128 0.008 0.056
#> GSM30080 4 0.578 0.27870 0.008 0.000 0.228 0.548 0.000 0.216
#> GSM30081 3 0.535 0.47792 0.000 0.164 0.676 0.000 0.104 0.056
#> GSM30086 4 0.242 0.39122 0.008 0.004 0.016 0.908 0.024 0.040
#> GSM30087 6 0.598 0.26746 0.232 0.020 0.004 0.180 0.000 0.564
#> GSM30088 4 0.662 0.11935 0.356 0.028 0.004 0.400 0.000 0.212
#> GSM30089 1 0.549 0.32610 0.568 0.012 0.352 0.004 0.028 0.036
#> GSM30090 3 0.531 0.05179 0.000 0.444 0.484 0.000 0.040 0.032
#> GSM30091 5 0.681 0.01942 0.020 0.272 0.344 0.000 0.352 0.012
#> GSM30092 4 0.753 0.28752 0.200 0.012 0.092 0.368 0.004 0.324
#> GSM30093 2 0.491 0.57230 0.000 0.752 0.092 0.044 0.028 0.084
#> GSM30094 2 0.470 0.33505 0.000 0.600 0.040 0.000 0.352 0.008
#> GSM30095 5 0.125 0.52255 0.000 0.000 0.012 0.008 0.956 0.024
#> GSM30096 1 0.412 0.33388 0.572 0.012 0.000 0.000 0.000 0.416
#> GSM30097 1 0.678 0.25321 0.408 0.388 0.000 0.112 0.004 0.088
#> GSM30098 1 0.740 0.30117 0.452 0.048 0.000 0.164 0.060 0.276
#> GSM30099 2 0.593 0.31223 0.132 0.560 0.004 0.008 0.284 0.012
#> GSM30100 3 0.599 0.11987 0.096 0.008 0.572 0.004 0.288 0.032
#> GSM30101 3 0.679 0.31870 0.000 0.252 0.512 0.024 0.168 0.044
#> GSM30102 4 0.627 -0.25955 0.000 0.120 0.012 0.452 0.392 0.024
#> GSM30103 2 0.368 0.39873 0.232 0.744 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM30104 2 0.225 0.59184 0.012 0.900 0.000 0.072 0.016 0.000
#> GSM30105 1 0.585 0.55365 0.620 0.212 0.000 0.124 0.012 0.032
#> GSM30106 4 0.333 0.38294 0.024 0.004 0.088 0.848 0.004 0.032
#> GSM30107 1 0.559 0.25349 0.452 0.000 0.004 0.448 0.084 0.012
#> GSM30108 3 0.465 0.35008 0.220 0.008 0.712 0.004 0.020 0.036
#> GSM30109 1 0.519 0.16848 0.484 0.000 0.016 0.024 0.016 0.460
#> GSM30110 1 0.467 0.34639 0.580 0.000 0.012 0.028 0.000 0.380
#> GSM30111 1 0.449 0.45915 0.620 0.000 0.012 0.348 0.016 0.004
#> GSM30112 5 0.451 0.38192 0.072 0.000 0.004 0.040 0.760 0.124
#> GSM30113 5 0.410 0.44201 0.000 0.000 0.012 0.304 0.672 0.012
#> GSM30114 3 0.666 0.03709 0.032 0.000 0.396 0.284 0.000 0.288
#> GSM30115 3 0.633 -0.05805 0.008 0.000 0.356 0.316 0.000 0.320
#> GSM30116 2 0.329 0.58341 0.004 0.828 0.128 0.000 0.032 0.008
#> GSM30117 2 0.262 0.59286 0.008 0.892 0.000 0.020 0.024 0.056
#> GSM30118 5 0.350 0.47416 0.000 0.004 0.012 0.012 0.788 0.184
#> GSM30119 3 0.636 0.43469 0.000 0.000 0.492 0.032 0.212 0.264
#> GSM30120 6 0.501 0.23492 0.056 0.000 0.112 0.104 0.004 0.724
#> GSM30121 6 0.706 -0.27299 0.060 0.004 0.232 0.348 0.000 0.356
#> GSM30122 5 0.618 -0.13426 0.012 0.144 0.000 0.012 0.472 0.360
#> GSM30123 6 0.583 -0.01394 0.008 0.380 0.000 0.000 0.148 0.464
#> GSM30177 2 0.373 0.51669 0.012 0.752 0.004 0.004 0.224 0.004
#> GSM30178 6 0.705 -0.07330 0.000 0.280 0.064 0.320 0.000 0.336
#> GSM30179 6 0.537 0.22478 0.332 0.016 0.000 0.000 0.084 0.568
#> GSM30180 6 0.658 0.22541 0.044 0.008 0.008 0.268 0.140 0.532
#> GSM30181 6 0.459 0.19143 0.000 0.032 0.000 0.004 0.400 0.564
#> GSM30182 6 0.679 0.14211 0.000 0.020 0.028 0.344 0.180 0.428
#> GSM30183 6 0.335 0.45152 0.164 0.024 0.000 0.000 0.008 0.804
#> GSM30184 2 0.727 0.18698 0.000 0.388 0.176 0.008 0.332 0.096
#> GSM30185 6 0.518 0.16576 0.000 0.080 0.000 0.004 0.384 0.532
#> GSM30186 2 0.431 0.54003 0.000 0.756 0.000 0.016 0.120 0.108
#> GSM30187 2 0.712 -0.25135 0.208 0.360 0.000 0.088 0.000 0.344
#> GSM30188 6 0.382 0.45865 0.096 0.020 0.000 0.024 0.040 0.820
#> GSM30189 6 0.510 0.34514 0.276 0.068 0.000 0.016 0.004 0.636
#> GSM30190 2 0.506 0.31391 0.000 0.572 0.036 0.004 0.368 0.020
#> GSM30191 2 0.446 0.52951 0.012 0.736 0.000 0.136 0.000 0.116
#> GSM30192 6 0.637 0.22010 0.000 0.004 0.068 0.272 0.116 0.540
#> GSM30193 6 0.439 0.39492 0.004 0.004 0.024 0.112 0.084 0.772
#> GSM30194 5 0.180 0.51922 0.000 0.000 0.012 0.072 0.916 0.000
#> GSM30195 6 0.668 -0.05094 0.112 0.000 0.324 0.100 0.000 0.464
#> GSM30196 1 0.436 0.56309 0.748 0.004 0.160 0.000 0.012 0.076
#> GSM30197 4 0.631 0.27515 0.236 0.000 0.016 0.484 0.004 0.260
#> GSM30198 1 0.451 0.56788 0.716 0.000 0.000 0.164 0.004 0.116
#> GSM30199 5 0.335 0.50972 0.000 0.016 0.008 0.028 0.836 0.112
#> GSM30200 4 0.664 0.20982 0.300 0.000 0.020 0.380 0.004 0.296
#> GSM30201 1 0.371 0.59347 0.792 0.008 0.000 0.040 0.004 0.156
#> GSM30202 6 0.668 0.04711 0.364 0.008 0.000 0.052 0.140 0.436
#> GSM30203 6 0.701 -0.04130 0.108 0.084 0.000 0.348 0.020 0.440
#> GSM30204 1 0.343 0.62112 0.816 0.004 0.000 0.116 0.000 0.064
#> GSM30205 3 0.549 0.31038 0.016 0.016 0.568 0.356 0.032 0.012
#> GSM30206 6 0.492 0.22285 0.000 0.040 0.000 0.016 0.372 0.572
#> GSM30207 1 0.623 0.51553 0.588 0.068 0.000 0.256 0.032 0.056
#> GSM30208 6 0.567 0.34146 0.256 0.072 0.000 0.000 0.064 0.608
#> GSM30209 2 0.320 0.54006 0.000 0.788 0.000 0.000 0.016 0.196
#> GSM30210 1 0.682 -0.11317 0.364 0.048 0.000 0.000 0.236 0.352
#> GSM30211 4 0.391 0.37571 0.132 0.004 0.004 0.796 0.012 0.052
#> GSM30212 1 0.373 0.62861 0.824 0.060 0.000 0.080 0.028 0.008
#> GSM30213 1 0.661 0.46775 0.536 0.004 0.004 0.116 0.256 0.084
#> GSM30214 1 0.617 0.53977 0.616 0.220 0.000 0.060 0.040 0.064
#> GSM30215 1 0.439 0.53720 0.700 0.064 0.000 0.000 0.004 0.232
#> GSM30216 6 0.631 0.37102 0.152 0.020 0.076 0.000 0.136 0.616
#> GSM30217 1 0.539 0.48472 0.648 0.132 0.000 0.000 0.028 0.192
#> GSM30218 5 0.670 0.27977 0.236 0.060 0.000 0.228 0.476 0.000
#> GSM30219 2 0.561 0.39367 0.000 0.580 0.196 0.000 0.216 0.008
#> GSM30220 1 0.245 0.63279 0.904 0.040 0.000 0.012 0.016 0.028
#> GSM30221 4 0.665 0.24885 0.208 0.012 0.004 0.472 0.020 0.284
#> GSM30222 4 0.442 0.15319 0.004 0.000 0.000 0.608 0.360 0.028
#> GSM30223 1 0.387 0.59882 0.792 0.000 0.012 0.056 0.004 0.136
#> GSM30224 1 0.633 0.37725 0.548 0.104 0.000 0.092 0.000 0.256
#> GSM30225 4 0.589 0.15930 0.172 0.000 0.004 0.428 0.000 0.396
#> GSM30226 1 0.809 0.06246 0.344 0.256 0.032 0.000 0.188 0.180
#> GSM30227 1 0.585 0.17212 0.480 0.000 0.008 0.132 0.004 0.376
#> GSM30228 3 0.640 0.32809 0.000 0.288 0.536 0.008 0.088 0.080
#> GSM30229 4 0.572 0.02358 0.088 0.048 0.000 0.592 0.272 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> CV:NMF 132 6.30e-02 2
#> CV:NMF 92 4.37e-08 3
#> CV:NMF 65 1.84e-04 4
#> CV:NMF 56 5.69e-02 5
#> CV:NMF 49 2.13e-02 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.142 0.294 0.701 0.4540 0.615 0.615
#> 3 3 0.177 0.512 0.664 0.3312 0.583 0.419
#> 4 4 0.260 0.329 0.557 0.1570 0.897 0.755
#> 5 5 0.337 0.300 0.553 0.0784 0.805 0.501
#> 6 6 0.428 0.390 0.568 0.0513 0.931 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9922 0.29131 0.448 0.552
#> GSM30007 1 0.9866 0.34512 0.568 0.432
#> GSM30008 1 0.9323 0.40497 0.652 0.348
#> GSM30009 1 0.9491 0.40340 0.632 0.368
#> GSM30010 2 0.3431 0.53078 0.064 0.936
#> GSM30011 1 1.0000 -0.19721 0.504 0.496
#> GSM30012 1 0.9977 -0.19456 0.528 0.472
#> GSM30013 1 0.4690 0.40024 0.900 0.100
#> GSM30014 2 0.2423 0.52926 0.040 0.960
#> GSM30015 1 0.9248 0.41979 0.660 0.340
#> GSM30016 2 0.9922 0.29131 0.448 0.552
#> GSM30017 1 0.9393 0.41378 0.644 0.356
#> GSM30018 1 0.4161 0.41826 0.916 0.084
#> GSM30019 1 0.9983 -0.20467 0.524 0.476
#> GSM30020 1 0.9358 0.40368 0.648 0.352
#> GSM30021 2 0.8081 0.34600 0.248 0.752
#> GSM30022 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30023 1 0.9209 0.40980 0.664 0.336
#> GSM30024 2 0.2236 0.52799 0.036 0.964
#> GSM30025 1 0.9661 0.37123 0.608 0.392
#> GSM30026 1 0.9044 0.42616 0.680 0.320
#> GSM30027 1 0.9393 0.38874 0.644 0.356
#> GSM30028 1 0.9635 0.38885 0.612 0.388
#> GSM30029 1 0.8813 0.43015 0.700 0.300
#> GSM30030 1 0.9358 0.41431 0.648 0.352
#> GSM30031 1 0.9427 0.41129 0.640 0.360
#> GSM30032 2 0.9732 0.03860 0.404 0.596
#> GSM30033 2 0.9732 0.07943 0.404 0.596
#> GSM30034 1 0.1414 0.45204 0.980 0.020
#> GSM30035 2 0.9129 0.25752 0.328 0.672
#> GSM30036 1 0.6973 0.30391 0.812 0.188
#> GSM30037 1 0.9608 0.39389 0.616 0.384
#> GSM30038 2 0.9977 0.15252 0.472 0.528
#> GSM30039 1 0.9922 -0.15553 0.552 0.448
#> GSM30040 2 0.8267 0.45242 0.260 0.740
#> GSM30041 1 0.9922 -0.16470 0.552 0.448
#> GSM30042 1 0.9996 -0.22969 0.512 0.488
#> GSM30043 2 0.2603 0.53035 0.044 0.956
#> GSM30044 1 0.9635 0.38765 0.612 0.388
#> GSM30045 1 0.9608 0.38987 0.616 0.384
#> GSM30046 1 0.4939 0.40076 0.892 0.108
#> GSM30047 1 0.5946 0.38666 0.856 0.144
#> GSM30048 1 0.5059 0.40273 0.888 0.112
#> GSM30049 2 0.9460 0.39270 0.364 0.636
#> GSM30050 1 0.7056 0.29693 0.808 0.192
#> GSM30051 2 0.9635 0.36803 0.388 0.612
#> GSM30052 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30053 1 0.9988 -0.22136 0.520 0.480
#> GSM30054 2 0.9635 0.36603 0.388 0.612
#> GSM30055 1 0.8813 0.13283 0.700 0.300
#> GSM30056 1 0.9963 -0.17773 0.536 0.464
#> GSM30057 2 0.3431 0.53078 0.064 0.936
#> GSM30058 1 0.9963 -0.17773 0.536 0.464
#> GSM30059 1 0.0672 0.45504 0.992 0.008
#> GSM30060 2 0.6531 0.44900 0.168 0.832
#> GSM30061 1 0.8081 0.23247 0.752 0.248
#> GSM30062 1 0.4815 0.40388 0.896 0.104
#> GSM30063 1 0.9983 -0.21508 0.524 0.476
#> GSM30064 1 0.8861 0.41568 0.696 0.304
#> GSM30065 1 0.9944 -0.18069 0.544 0.456
#> GSM30066 2 0.2236 0.52799 0.036 0.964
#> GSM30067 1 0.9393 0.41281 0.644 0.356
#> GSM30068 2 0.2236 0.52799 0.036 0.964
#> GSM30069 2 0.2236 0.52799 0.036 0.964
#> GSM30070 1 0.9954 -0.09093 0.540 0.460
#> GSM30071 1 0.9850 0.02126 0.572 0.428
#> GSM30072 1 0.9732 0.37630 0.596 0.404
#> GSM30073 1 0.8861 0.13064 0.696 0.304
#> GSM30074 2 0.9635 0.15767 0.388 0.612
#> GSM30075 1 0.9286 0.05006 0.656 0.344
#> GSM30076 1 0.3431 0.42681 0.936 0.064
#> GSM30077 1 0.1633 0.44744 0.976 0.024
#> GSM30078 1 0.0376 0.45396 0.996 0.004
#> GSM30079 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30080 1 0.9286 0.05006 0.656 0.344
#> GSM30081 2 0.9635 0.36603 0.388 0.612
#> GSM30086 1 0.9286 0.05006 0.656 0.344
#> GSM30087 1 0.0938 0.45222 0.988 0.012
#> GSM30088 1 0.0672 0.45504 0.992 0.008
#> GSM30089 1 0.9815 0.35088 0.580 0.420
#> GSM30090 1 0.9963 -0.17773 0.536 0.464
#> GSM30091 2 0.9635 0.36603 0.388 0.612
#> GSM30092 1 0.1633 0.44744 0.976 0.024
#> GSM30093 1 0.9323 -0.00455 0.652 0.348
#> GSM30094 2 0.9552 0.37870 0.376 0.624
#> GSM30095 2 0.2948 0.53135 0.052 0.948
#> GSM30096 1 0.9393 0.41399 0.644 0.356
#> GSM30097 1 0.0672 0.45504 0.992 0.008
#> GSM30098 1 0.9491 0.40379 0.632 0.368
#> GSM30099 1 0.9580 0.00786 0.620 0.380
#> GSM30100 2 0.2236 0.52799 0.036 0.964
#> GSM30101 2 0.9608 0.37360 0.384 0.616
#> GSM30102 1 0.9850 -0.09094 0.572 0.428
#> GSM30103 2 0.9323 0.18223 0.348 0.652
#> GSM30104 1 0.5629 0.36991 0.868 0.132
#> GSM30105 1 0.9170 0.41382 0.668 0.332
#> GSM30106 1 0.6623 0.38762 0.828 0.172
#> GSM30107 1 0.7674 0.25395 0.776 0.224
#> GSM30108 1 0.9881 0.34017 0.564 0.436
#> GSM30109 1 0.9427 0.41049 0.640 0.360
#> GSM30110 1 0.6148 0.44511 0.848 0.152
#> GSM30111 1 0.9866 0.01865 0.568 0.432
#> GSM30112 1 0.9635 0.38984 0.612 0.388
#> GSM30113 2 0.3274 0.53159 0.060 0.940
#> GSM30114 1 0.9909 -0.14943 0.556 0.444
#> GSM30115 1 0.8327 0.29233 0.736 0.264
#> GSM30116 2 0.8608 0.31429 0.284 0.716
#> GSM30117 2 0.9129 0.25580 0.328 0.672
#> GSM30118 1 0.9954 0.28850 0.540 0.460
#> GSM30119 2 1.0000 0.13462 0.496 0.504
#> GSM30120 2 1.0000 0.13462 0.496 0.504
#> GSM30121 1 0.9393 0.41281 0.644 0.356
#> GSM30122 1 0.9608 0.39059 0.616 0.384
#> GSM30123 1 0.9427 0.00111 0.640 0.360
#> GSM30177 1 0.9491 -0.03954 0.632 0.368
#> GSM30178 1 0.6973 0.30391 0.812 0.188
#> GSM30179 1 0.8555 0.42939 0.720 0.280
#> GSM30180 1 0.9393 0.41210 0.644 0.356
#> GSM30181 1 0.9323 0.05306 0.652 0.348
#> GSM30182 1 0.0672 0.45280 0.992 0.008
#> GSM30183 1 0.9209 0.42107 0.664 0.336
#> GSM30184 2 0.9661 0.36999 0.392 0.608
#> GSM30185 2 0.9087 0.24788 0.324 0.676
#> GSM30186 2 0.9710 0.22760 0.400 0.600
#> GSM30187 1 0.0938 0.45200 0.988 0.012
#> GSM30188 1 0.0672 0.45280 0.992 0.008
#> GSM30189 1 0.8267 0.43438 0.740 0.260
#> GSM30190 2 0.9909 0.31240 0.444 0.556
#> GSM30191 1 0.3733 0.41885 0.928 0.072
#> GSM30192 1 0.9286 0.05006 0.656 0.344
#> GSM30193 1 0.8267 0.19870 0.740 0.260
#> GSM30194 2 0.9044 0.40895 0.320 0.680
#> GSM30195 2 0.9996 0.13597 0.488 0.512
#> GSM30196 1 0.9608 0.38987 0.616 0.384
#> GSM30197 1 0.4815 0.40997 0.896 0.104
#> GSM30198 1 0.6247 0.41785 0.844 0.156
#> GSM30199 2 0.9087 0.24830 0.324 0.676
#> GSM30200 1 0.4815 0.40997 0.896 0.104
#> GSM30201 1 0.2236 0.45460 0.964 0.036
#> GSM30202 1 0.9358 0.41461 0.648 0.352
#> GSM30203 1 0.0376 0.45396 0.996 0.004
#> GSM30204 1 0.8955 0.29712 0.688 0.312
#> GSM30205 2 0.9323 0.21665 0.348 0.652
#> GSM30206 1 0.2236 0.45511 0.964 0.036
#> GSM30207 1 0.8955 0.29712 0.688 0.312
#> GSM30208 1 0.6343 0.44508 0.840 0.160
#> GSM30209 1 0.9795 -0.05829 0.584 0.416
#> GSM30210 1 0.9491 0.40382 0.632 0.368
#> GSM30211 1 0.4431 0.41617 0.908 0.092
#> GSM30212 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30213 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30214 1 0.9393 0.41251 0.644 0.356
#> GSM30215 1 0.9323 0.41655 0.652 0.348
#> GSM30216 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30217 1 0.9491 0.40382 0.632 0.368
#> GSM30218 1 0.8713 0.14606 0.708 0.292
#> GSM30219 2 0.8813 0.30399 0.300 0.700
#> GSM30220 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30221 1 0.1184 0.45333 0.984 0.016
#> GSM30222 1 0.9323 0.04892 0.652 0.348
#> GSM30223 1 0.9522 0.40039 0.628 0.372
#> GSM30224 1 0.0672 0.45504 0.992 0.008
#> GSM30225 1 0.9393 0.41210 0.644 0.356
#> GSM30226 2 0.8763 0.30316 0.296 0.704
#> GSM30227 1 0.9358 0.41461 0.648 0.352
#> GSM30228 1 0.9427 -0.01626 0.640 0.360
#> GSM30229 1 0.8813 0.11484 0.700 0.300
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.760 0.36477 0.056 0.600 0.344
#> GSM30007 1 0.657 0.66750 0.748 0.080 0.172
#> GSM30008 1 0.653 0.73498 0.760 0.120 0.120
#> GSM30009 1 0.240 0.77101 0.932 0.004 0.064
#> GSM30010 3 0.543 0.71204 0.144 0.048 0.808
#> GSM30011 2 0.862 0.43585 0.132 0.572 0.296
#> GSM30012 2 0.475 0.49687 0.008 0.808 0.184
#> GSM30013 2 0.715 0.55727 0.348 0.616 0.036
#> GSM30014 3 0.517 0.71640 0.172 0.024 0.804
#> GSM30015 1 0.559 0.71641 0.808 0.124 0.068
#> GSM30016 2 0.760 0.36477 0.056 0.600 0.344
#> GSM30017 1 0.304 0.77397 0.920 0.040 0.040
#> GSM30018 2 0.725 0.53785 0.368 0.596 0.036
#> GSM30019 2 0.412 0.49271 0.000 0.832 0.168
#> GSM30020 1 0.646 0.73810 0.764 0.116 0.120
#> GSM30021 3 0.885 0.37262 0.372 0.124 0.504
#> GSM30022 1 0.290 0.76801 0.920 0.016 0.064
#> GSM30023 1 0.518 0.74443 0.832 0.088 0.080
#> GSM30024 3 0.517 0.70704 0.192 0.016 0.792
#> GSM30025 1 0.482 0.75352 0.844 0.048 0.108
#> GSM30026 1 0.471 0.74918 0.852 0.092 0.056
#> GSM30027 1 0.524 0.74305 0.828 0.072 0.100
#> GSM30028 1 0.397 0.76466 0.884 0.044 0.072
#> GSM30029 1 0.406 0.75886 0.880 0.076 0.044
#> GSM30030 1 0.333 0.77846 0.904 0.020 0.076
#> GSM30031 1 0.315 0.77468 0.916 0.040 0.044
#> GSM30032 1 0.734 0.39363 0.652 0.060 0.288
#> GSM30033 1 0.790 0.33905 0.616 0.084 0.300
#> GSM30034 2 0.730 0.45968 0.412 0.556 0.032
#> GSM30035 1 0.806 -0.14540 0.488 0.064 0.448
#> GSM30036 2 0.843 0.59484 0.292 0.588 0.120
#> GSM30037 1 0.327 0.76584 0.904 0.016 0.080
#> GSM30038 2 0.812 0.31583 0.168 0.648 0.184
#> GSM30039 2 0.392 0.51154 0.004 0.856 0.140
#> GSM30040 3 0.800 0.21044 0.072 0.360 0.568
#> GSM30041 2 0.762 0.45117 0.072 0.636 0.292
#> GSM30042 2 0.502 0.47426 0.004 0.776 0.220
#> GSM30043 3 0.517 0.71843 0.172 0.024 0.804
#> GSM30044 1 0.524 0.73823 0.828 0.072 0.100
#> GSM30045 1 0.500 0.74135 0.840 0.072 0.088
#> GSM30046 2 0.685 0.55946 0.300 0.664 0.036
#> GSM30047 2 0.885 0.41630 0.396 0.484 0.120
#> GSM30048 2 0.654 0.54900 0.304 0.672 0.024
#> GSM30049 3 0.706 -0.10775 0.020 0.460 0.520
#> GSM30050 2 0.757 0.61131 0.256 0.660 0.084
#> GSM30051 2 0.630 0.16823 0.000 0.520 0.480
#> GSM30052 1 0.207 0.76747 0.940 0.000 0.060
#> GSM30053 2 0.537 0.48429 0.016 0.776 0.208
#> GSM30054 2 0.630 0.15678 0.000 0.516 0.484
#> GSM30055 2 0.974 0.32826 0.304 0.444 0.252
#> GSM30056 2 0.764 0.42388 0.068 0.624 0.308
#> GSM30057 3 0.543 0.71204 0.144 0.048 0.808
#> GSM30058 2 0.764 0.42388 0.068 0.624 0.308
#> GSM30059 2 0.710 0.45214 0.420 0.556 0.024
#> GSM30060 3 0.699 0.55249 0.320 0.036 0.644
#> GSM30061 2 0.954 0.36066 0.348 0.452 0.200
#> GSM30062 2 0.628 0.55263 0.304 0.680 0.016
#> GSM30063 2 0.546 0.48850 0.020 0.776 0.204
#> GSM30064 1 0.662 0.70975 0.744 0.080 0.176
#> GSM30065 2 0.700 0.48767 0.060 0.692 0.248
#> GSM30066 3 0.484 0.71575 0.168 0.016 0.816
#> GSM30067 1 0.466 0.76136 0.856 0.068 0.076
#> GSM30068 3 0.492 0.71521 0.164 0.020 0.816
#> GSM30069 3 0.484 0.71600 0.168 0.016 0.816
#> GSM30070 2 0.678 0.40392 0.088 0.736 0.176
#> GSM30071 2 0.756 0.44880 0.188 0.688 0.124
#> GSM30072 1 0.541 0.72564 0.820 0.076 0.104
#> GSM30073 2 0.662 0.59411 0.148 0.752 0.100
#> GSM30074 2 0.951 -0.04517 0.268 0.492 0.240
#> GSM30075 2 0.288 0.55072 0.024 0.924 0.052
#> GSM30076 2 0.699 0.53906 0.360 0.612 0.028
#> GSM30077 2 0.691 0.48956 0.396 0.584 0.020
#> GSM30078 2 0.696 0.47015 0.412 0.568 0.020
#> GSM30079 1 0.275 0.76659 0.924 0.012 0.064
#> GSM30080 2 0.288 0.55072 0.024 0.924 0.052
#> GSM30081 2 0.630 0.16699 0.000 0.520 0.480
#> GSM30086 2 0.288 0.55072 0.024 0.924 0.052
#> GSM30087 2 0.695 0.47088 0.408 0.572 0.020
#> GSM30088 2 0.710 0.45568 0.420 0.556 0.024
#> GSM30089 1 0.616 0.70530 0.780 0.092 0.128
#> GSM30090 2 0.764 0.42388 0.068 0.624 0.308
#> GSM30091 2 0.630 0.16001 0.000 0.516 0.484
#> GSM30092 2 0.690 0.49268 0.392 0.588 0.020
#> GSM30093 2 0.851 0.51294 0.160 0.608 0.232
#> GSM30094 3 0.652 -0.15670 0.004 0.488 0.508
#> GSM30095 3 0.580 0.71729 0.176 0.044 0.780
#> GSM30096 1 0.383 0.76414 0.888 0.036 0.076
#> GSM30097 2 0.710 0.45214 0.420 0.556 0.024
#> GSM30098 1 0.103 0.77150 0.976 0.000 0.024
#> GSM30099 2 0.991 0.17330 0.280 0.392 0.328
#> GSM30100 3 0.517 0.70704 0.192 0.016 0.792
#> GSM30101 2 0.652 0.13223 0.004 0.500 0.496
#> GSM30102 2 0.979 0.25328 0.244 0.416 0.340
#> GSM30103 1 0.777 0.16490 0.592 0.064 0.344
#> GSM30104 2 0.814 0.57477 0.316 0.592 0.092
#> GSM30105 1 0.531 0.75562 0.816 0.048 0.136
#> GSM30106 2 0.719 0.52282 0.336 0.624 0.040
#> GSM30107 2 0.664 0.55788 0.140 0.752 0.108
#> GSM30108 1 0.662 0.66220 0.744 0.080 0.176
#> GSM30109 1 0.256 0.77780 0.936 0.036 0.028
#> GSM30110 1 0.823 0.08075 0.564 0.348 0.088
#> GSM30111 2 0.765 0.43802 0.220 0.672 0.108
#> GSM30112 1 0.620 0.71646 0.760 0.056 0.184
#> GSM30113 3 0.617 0.70833 0.168 0.064 0.768
#> GSM30114 2 0.416 0.51388 0.008 0.848 0.144
#> GSM30115 2 0.826 0.57989 0.284 0.604 0.112
#> GSM30116 3 0.782 0.26436 0.444 0.052 0.504
#> GSM30117 1 0.792 -0.17030 0.480 0.056 0.464
#> GSM30118 1 0.689 0.67340 0.736 0.112 0.152
#> GSM30119 2 0.721 0.42731 0.128 0.716 0.156
#> GSM30120 2 0.721 0.42731 0.128 0.716 0.156
#> GSM30121 1 0.466 0.76136 0.856 0.068 0.076
#> GSM30122 1 0.527 0.73150 0.816 0.044 0.140
#> GSM30123 2 0.888 0.48706 0.176 0.568 0.256
#> GSM30177 2 0.836 0.50206 0.140 0.616 0.244
#> GSM30178 2 0.843 0.59484 0.292 0.588 0.120
#> GSM30179 1 0.579 0.69550 0.796 0.136 0.068
#> GSM30180 1 0.509 0.73876 0.836 0.092 0.072
#> GSM30181 2 0.334 0.55069 0.032 0.908 0.060
#> GSM30182 2 0.716 0.48287 0.400 0.572 0.028
#> GSM30183 1 0.526 0.74987 0.828 0.084 0.088
#> GSM30184 2 0.668 0.16518 0.008 0.516 0.476
#> GSM30185 1 0.774 -0.12304 0.504 0.048 0.448
#> GSM30186 3 0.888 0.16520 0.416 0.120 0.464
#> GSM30187 2 0.691 0.49193 0.396 0.584 0.020
#> GSM30188 2 0.716 0.48287 0.400 0.572 0.028
#> GSM30189 1 0.615 0.64961 0.776 0.148 0.076
#> GSM30190 2 0.678 0.30556 0.016 0.588 0.396
#> GSM30191 2 0.769 0.52888 0.364 0.580 0.056
#> GSM30192 2 0.298 0.54901 0.024 0.920 0.056
#> GSM30193 2 0.486 0.59056 0.116 0.840 0.044
#> GSM30194 3 0.603 0.19169 0.004 0.336 0.660
#> GSM30195 2 0.792 0.34606 0.152 0.664 0.184
#> GSM30196 1 0.500 0.74135 0.840 0.072 0.088
#> GSM30197 2 0.660 0.54865 0.312 0.664 0.024
#> GSM30198 2 0.770 0.41343 0.388 0.560 0.052
#> GSM30199 1 0.771 -0.07629 0.528 0.048 0.424
#> GSM30200 2 0.660 0.54865 0.312 0.664 0.024
#> GSM30201 2 0.733 0.42358 0.424 0.544 0.032
#> GSM30202 1 0.524 0.73664 0.828 0.100 0.072
#> GSM30203 2 0.696 0.47015 0.412 0.568 0.020
#> GSM30204 1 0.869 0.38236 0.588 0.248 0.164
#> GSM30205 1 0.834 -0.14373 0.460 0.080 0.460
#> GSM30206 1 0.692 0.00804 0.608 0.368 0.024
#> GSM30207 1 0.869 0.38236 0.588 0.248 0.164
#> GSM30208 1 0.564 0.51393 0.760 0.220 0.020
#> GSM30209 2 0.956 0.31492 0.220 0.472 0.308
#> GSM30210 1 0.176 0.77327 0.956 0.004 0.040
#> GSM30211 2 0.642 0.53715 0.324 0.660 0.016
#> GSM30212 1 0.196 0.76860 0.944 0.000 0.056
#> GSM30213 1 0.196 0.76860 0.944 0.000 0.056
#> GSM30214 1 0.312 0.77451 0.908 0.012 0.080
#> GSM30215 1 0.230 0.77797 0.944 0.036 0.020
#> GSM30216 1 0.244 0.77444 0.940 0.032 0.028
#> GSM30217 1 0.176 0.77327 0.956 0.004 0.040
#> GSM30218 2 0.968 0.36062 0.300 0.456 0.244
#> GSM30219 3 0.791 0.23550 0.448 0.056 0.496
#> GSM30220 1 0.207 0.76747 0.940 0.000 0.060
#> GSM30221 2 0.709 0.45451 0.416 0.560 0.024
#> GSM30222 2 0.290 0.55248 0.028 0.924 0.048
#> GSM30223 1 0.376 0.76767 0.892 0.040 0.068
#> GSM30224 2 0.710 0.45568 0.420 0.556 0.024
#> GSM30225 1 0.541 0.72790 0.820 0.104 0.076
#> GSM30226 3 0.783 0.23351 0.452 0.052 0.496
#> GSM30227 1 0.466 0.75574 0.856 0.076 0.068
#> GSM30228 2 0.836 0.51488 0.148 0.620 0.232
#> GSM30229 2 0.962 0.37656 0.276 0.472 0.252
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.693 0.412202 0.016 0.620 0.244 0.120
#> GSM30007 1 0.760 0.411269 0.552 0.024 0.144 0.280
#> GSM30008 1 0.827 0.568988 0.488 0.052 0.144 0.316
#> GSM30009 1 0.317 0.649951 0.884 0.000 0.056 0.060
#> GSM30010 3 0.303 0.675902 0.056 0.032 0.900 0.012
#> GSM30011 2 0.759 0.379897 0.036 0.588 0.228 0.148
#> GSM30012 2 0.387 0.405802 0.000 0.844 0.096 0.060
#> GSM30013 2 0.776 -0.503647 0.196 0.504 0.012 0.288
#> GSM30014 3 0.278 0.682381 0.072 0.008 0.904 0.016
#> GSM30015 1 0.796 0.412858 0.520 0.048 0.120 0.312
#> GSM30016 2 0.693 0.412202 0.016 0.620 0.244 0.120
#> GSM30017 1 0.626 0.641724 0.652 0.012 0.068 0.268
#> GSM30018 2 0.793 -0.556432 0.196 0.484 0.016 0.304
#> GSM30019 2 0.323 0.398022 0.000 0.880 0.072 0.048
#> GSM30020 1 0.824 0.570229 0.488 0.048 0.148 0.316
#> GSM30021 3 0.824 0.468437 0.252 0.088 0.544 0.116
#> GSM30022 1 0.376 0.633528 0.848 0.000 0.048 0.104
#> GSM30023 1 0.744 0.584705 0.544 0.036 0.088 0.332
#> GSM30024 3 0.331 0.647472 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM30025 1 0.715 0.578744 0.580 0.012 0.132 0.276
#> GSM30026 1 0.683 0.594756 0.652 0.040 0.080 0.228
#> GSM30027 1 0.750 0.576048 0.560 0.032 0.112 0.296
#> GSM30028 1 0.684 0.607415 0.604 0.016 0.092 0.288
#> GSM30029 1 0.673 0.634539 0.628 0.032 0.064 0.276
#> GSM30030 1 0.525 0.650859 0.752 0.000 0.100 0.148
#> GSM30031 1 0.623 0.642095 0.656 0.012 0.068 0.264
#> GSM30032 1 0.824 0.134914 0.444 0.020 0.292 0.244
#> GSM30033 1 0.863 0.099811 0.408 0.036 0.292 0.264
#> GSM30034 4 0.780 0.748125 0.208 0.376 0.004 0.412
#> GSM30035 3 0.833 0.413749 0.300 0.032 0.460 0.208
#> GSM30036 2 0.860 -0.213578 0.156 0.504 0.084 0.256
#> GSM30037 1 0.373 0.635947 0.860 0.004 0.076 0.060
#> GSM30038 2 0.801 0.271428 0.092 0.588 0.124 0.196
#> GSM30039 2 0.293 0.388765 0.000 0.896 0.056 0.048
#> GSM30040 3 0.716 0.069938 0.020 0.352 0.540 0.088
#> GSM30041 2 0.713 0.399714 0.024 0.624 0.212 0.140
#> GSM30042 2 0.523 0.415448 0.000 0.756 0.128 0.116
#> GSM30043 3 0.310 0.681722 0.084 0.008 0.888 0.020
#> GSM30044 1 0.646 0.547254 0.672 0.020 0.092 0.216
#> GSM30045 1 0.598 0.554785 0.712 0.020 0.072 0.196
#> GSM30046 2 0.692 -0.245048 0.100 0.524 0.004 0.372
#> GSM30047 4 0.911 0.349644 0.184 0.328 0.092 0.396
#> GSM30048 2 0.680 -0.260719 0.100 0.500 0.000 0.400
#> GSM30049 2 0.640 0.210761 0.000 0.468 0.468 0.064
#> GSM30050 2 0.678 -0.000927 0.144 0.664 0.024 0.168
#> GSM30051 2 0.595 0.302378 0.000 0.544 0.416 0.040
#> GSM30052 1 0.209 0.633955 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM30053 2 0.409 0.411680 0.000 0.828 0.116 0.056
#> GSM30054 2 0.618 0.293325 0.000 0.524 0.424 0.052
#> GSM30055 2 0.981 0.134851 0.184 0.324 0.204 0.288
#> GSM30056 2 0.681 0.393894 0.020 0.636 0.240 0.104
#> GSM30057 3 0.303 0.675902 0.056 0.032 0.900 0.012
#> GSM30058 2 0.681 0.393894 0.020 0.636 0.240 0.104
#> GSM30059 4 0.755 0.763636 0.192 0.376 0.000 0.432
#> GSM30060 3 0.645 0.599730 0.180 0.012 0.676 0.132
#> GSM30061 2 0.976 0.020311 0.224 0.320 0.160 0.296
#> GSM30062 2 0.680 -0.308213 0.100 0.500 0.000 0.400
#> GSM30063 2 0.422 0.410561 0.004 0.828 0.112 0.056
#> GSM30064 1 0.691 0.544514 0.584 0.016 0.088 0.312
#> GSM30065 2 0.583 0.404452 0.012 0.728 0.160 0.100
#> GSM30066 3 0.253 0.682528 0.100 0.000 0.896 0.004
#> GSM30067 1 0.673 0.629804 0.684 0.040 0.120 0.156
#> GSM30068 3 0.267 0.680170 0.100 0.008 0.892 0.000
#> GSM30069 3 0.277 0.681109 0.116 0.000 0.880 0.004
#> GSM30070 2 0.674 0.302336 0.036 0.648 0.072 0.244
#> GSM30071 2 0.785 0.204158 0.072 0.572 0.100 0.256
#> GSM30072 1 0.638 0.520914 0.680 0.024 0.080 0.216
#> GSM30073 2 0.573 0.223682 0.084 0.752 0.028 0.136
#> GSM30074 2 0.928 0.045273 0.104 0.408 0.268 0.220
#> GSM30075 2 0.321 0.322430 0.000 0.848 0.004 0.148
#> GSM30076 2 0.773 -0.619913 0.180 0.464 0.008 0.348
#> GSM30077 2 0.774 -0.732953 0.172 0.412 0.008 0.408
#> GSM30078 2 0.755 -0.754999 0.188 0.408 0.000 0.404
#> GSM30079 1 0.370 0.632082 0.852 0.000 0.048 0.100
#> GSM30080 2 0.321 0.322430 0.000 0.848 0.004 0.148
#> GSM30081 2 0.595 0.301199 0.000 0.544 0.416 0.040
#> GSM30086 2 0.321 0.322430 0.000 0.848 0.004 0.148
#> GSM30087 4 0.757 0.751391 0.192 0.400 0.000 0.408
#> GSM30088 4 0.758 0.763668 0.196 0.380 0.000 0.424
#> GSM30089 1 0.738 0.523366 0.616 0.044 0.120 0.220
#> GSM30090 2 0.681 0.393894 0.020 0.636 0.240 0.104
#> GSM30091 2 0.589 0.289680 0.000 0.540 0.424 0.036
#> GSM30092 4 0.774 0.704156 0.172 0.408 0.008 0.412
#> GSM30093 2 0.814 0.264035 0.052 0.544 0.180 0.224
#> GSM30094 2 0.613 0.253497 0.000 0.508 0.444 0.048
#> GSM30095 3 0.431 0.679472 0.088 0.028 0.840 0.044
#> GSM30096 1 0.691 0.602547 0.644 0.020 0.144 0.192
#> GSM30097 4 0.755 0.763636 0.192 0.376 0.000 0.432
#> GSM30098 1 0.217 0.647554 0.928 0.000 0.020 0.052
#> GSM30099 2 0.983 0.030360 0.180 0.324 0.276 0.220
#> GSM30100 3 0.331 0.647472 0.172 0.000 0.828 0.000
#> GSM30101 2 0.611 0.280430 0.000 0.524 0.428 0.048
#> GSM30102 2 0.958 0.226096 0.140 0.380 0.240 0.240
#> GSM30103 1 0.818 -0.149305 0.476 0.036 0.324 0.164
#> GSM30104 2 0.864 -0.457608 0.148 0.416 0.068 0.368
#> GSM30105 1 0.563 0.627735 0.768 0.040 0.104 0.088
#> GSM30106 2 0.760 -0.432736 0.176 0.456 0.004 0.364
#> GSM30107 2 0.571 0.233204 0.028 0.636 0.008 0.328
#> GSM30108 1 0.763 0.404158 0.548 0.024 0.148 0.280
#> GSM30109 1 0.382 0.660493 0.844 0.004 0.032 0.120
#> GSM30110 4 0.878 0.440441 0.308 0.212 0.056 0.424
#> GSM30111 2 0.817 0.139119 0.076 0.512 0.100 0.312
#> GSM30112 1 0.716 0.539727 0.588 0.008 0.232 0.172
#> GSM30113 3 0.448 0.674732 0.104 0.036 0.828 0.032
#> GSM30114 2 0.301 0.387738 0.000 0.892 0.056 0.052
#> GSM30115 2 0.799 -0.090903 0.128 0.568 0.068 0.236
#> GSM30116 3 0.789 0.496549 0.284 0.020 0.508 0.188
#> GSM30117 3 0.810 0.442510 0.260 0.028 0.504 0.208
#> GSM30118 1 0.877 0.429156 0.420 0.056 0.208 0.316
#> GSM30119 2 0.688 0.310174 0.032 0.664 0.164 0.140
#> GSM30120 2 0.688 0.310174 0.032 0.664 0.164 0.140
#> GSM30121 1 0.673 0.629804 0.684 0.040 0.120 0.156
#> GSM30122 1 0.722 0.533558 0.604 0.016 0.184 0.196
#> GSM30123 2 0.850 0.246349 0.060 0.500 0.192 0.248
#> GSM30177 2 0.793 0.296984 0.044 0.564 0.188 0.204
#> GSM30178 2 0.860 -0.213578 0.156 0.504 0.084 0.256
#> GSM30179 1 0.727 0.574661 0.612 0.064 0.068 0.256
#> GSM30180 1 0.768 0.456982 0.504 0.020 0.140 0.336
#> GSM30181 2 0.349 0.322674 0.004 0.836 0.004 0.156
#> GSM30182 2 0.771 -0.725527 0.188 0.416 0.004 0.392
#> GSM30183 1 0.710 0.611362 0.664 0.060 0.116 0.160
#> GSM30184 2 0.652 0.300213 0.004 0.520 0.412 0.064
#> GSM30185 3 0.798 0.418710 0.300 0.020 0.488 0.192
#> GSM30186 3 0.914 0.406463 0.256 0.100 0.436 0.208
#> GSM30187 2 0.771 -0.737910 0.188 0.412 0.004 0.396
#> GSM30188 2 0.771 -0.725527 0.188 0.416 0.004 0.392
#> GSM30189 1 0.800 0.434737 0.580 0.096 0.104 0.220
#> GSM30190 2 0.604 0.406163 0.000 0.628 0.304 0.068
#> GSM30191 2 0.840 -0.605643 0.160 0.404 0.044 0.392
#> GSM30192 2 0.326 0.322783 0.000 0.844 0.004 0.152
#> GSM30193 2 0.460 0.251586 0.040 0.776 0.000 0.184
#> GSM30194 3 0.531 0.126400 0.000 0.328 0.648 0.024
#> GSM30195 2 0.780 0.280466 0.072 0.600 0.128 0.200
#> GSM30196 1 0.604 0.553204 0.708 0.020 0.076 0.196
#> GSM30197 2 0.701 -0.307598 0.104 0.500 0.004 0.392
#> GSM30198 4 0.750 0.228194 0.156 0.400 0.004 0.440
#> GSM30199 3 0.805 0.371839 0.360 0.020 0.440 0.180
#> GSM30200 2 0.701 -0.307598 0.104 0.500 0.004 0.392
#> GSM30201 4 0.778 0.735878 0.212 0.340 0.004 0.444
#> GSM30202 1 0.780 0.448900 0.508 0.028 0.136 0.328
#> GSM30203 2 0.757 -0.758479 0.192 0.408 0.000 0.400
#> GSM30204 1 0.926 0.277601 0.420 0.160 0.132 0.288
#> GSM30205 3 0.829 0.351578 0.276 0.032 0.476 0.216
#> GSM30206 1 0.765 -0.367353 0.456 0.232 0.000 0.312
#> GSM30207 1 0.926 0.277601 0.420 0.160 0.132 0.288
#> GSM30208 1 0.694 0.315049 0.612 0.152 0.008 0.228
#> GSM30209 2 0.932 0.263847 0.112 0.412 0.216 0.260
#> GSM30210 1 0.309 0.657815 0.888 0.000 0.060 0.052
#> GSM30211 2 0.683 -0.366439 0.100 0.480 0.000 0.420
#> GSM30212 1 0.247 0.637538 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM30213 1 0.247 0.637538 0.916 0.000 0.056 0.028
#> GSM30214 1 0.436 0.648543 0.816 0.000 0.096 0.088
#> GSM30215 1 0.423 0.665338 0.824 0.016 0.024 0.136
#> GSM30216 1 0.299 0.654647 0.880 0.000 0.016 0.104
#> GSM30217 1 0.317 0.657086 0.884 0.000 0.060 0.056
#> GSM30218 2 0.975 0.127334 0.188 0.356 0.196 0.260
#> GSM30219 3 0.784 0.484351 0.248 0.024 0.536 0.192
#> GSM30220 1 0.209 0.633955 0.932 0.000 0.048 0.020
#> GSM30221 4 0.781 0.744071 0.208 0.384 0.004 0.404
#> GSM30222 2 0.326 0.322090 0.004 0.844 0.000 0.152
#> GSM30223 1 0.458 0.618241 0.788 0.000 0.052 0.160
#> GSM30224 4 0.758 0.763668 0.196 0.380 0.000 0.424
#> GSM30225 1 0.782 0.417717 0.492 0.024 0.144 0.340
#> GSM30226 3 0.782 0.482491 0.252 0.020 0.528 0.200
#> GSM30227 1 0.736 0.525698 0.560 0.016 0.136 0.288
#> GSM30228 2 0.825 0.252686 0.048 0.516 0.176 0.260
#> GSM30229 2 0.960 0.160824 0.156 0.384 0.204 0.256
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.785 0.44284 0.012 0.124 0.152 0.200 0.512
#> GSM30007 1 0.730 0.23004 0.484 0.332 0.116 0.008 0.060
#> GSM30008 1 0.859 0.23938 0.332 0.304 0.116 0.232 0.016
#> GSM30009 1 0.462 0.53837 0.784 0.092 0.036 0.088 0.000
#> GSM30010 3 0.238 0.51434 0.028 0.008 0.920 0.024 0.020
#> GSM30011 5 0.800 0.29585 0.004 0.112 0.156 0.320 0.408
#> GSM30012 5 0.552 0.50046 0.000 0.040 0.064 0.208 0.688
#> GSM30013 4 0.473 0.42426 0.040 0.012 0.004 0.732 0.212
#> GSM30014 3 0.221 0.51925 0.040 0.016 0.924 0.004 0.016
#> GSM30015 4 0.845 -0.18183 0.220 0.212 0.132 0.420 0.016
#> GSM30016 5 0.785 0.44284 0.012 0.124 0.152 0.200 0.512
#> GSM30017 1 0.749 0.40997 0.512 0.252 0.068 0.160 0.008
#> GSM30018 4 0.463 0.45144 0.040 0.016 0.004 0.752 0.188
#> GSM30019 5 0.446 0.49716 0.004 0.012 0.036 0.188 0.760
#> GSM30020 1 0.861 0.24123 0.332 0.304 0.120 0.228 0.016
#> GSM30021 3 0.770 0.23502 0.188 0.156 0.536 0.016 0.104
#> GSM30022 1 0.433 0.52671 0.812 0.088 0.052 0.044 0.004
#> GSM30023 1 0.779 0.25189 0.420 0.324 0.052 0.192 0.012
#> GSM30024 3 0.328 0.48286 0.184 0.004 0.808 0.000 0.004
#> GSM30025 1 0.723 0.26514 0.488 0.320 0.084 0.108 0.000
#> GSM30026 1 0.797 0.37510 0.440 0.224 0.080 0.248 0.008
#> GSM30027 1 0.757 0.24024 0.464 0.320 0.068 0.140 0.008
#> GSM30028 1 0.749 0.32278 0.468 0.316 0.072 0.140 0.004
#> GSM30029 1 0.747 0.39148 0.504 0.252 0.048 0.184 0.012
#> GSM30030 1 0.700 0.46845 0.596 0.168 0.096 0.136 0.004
#> GSM30031 1 0.746 0.41190 0.516 0.252 0.068 0.156 0.008
#> GSM30032 2 0.815 0.29856 0.344 0.348 0.224 0.072 0.012
#> GSM30033 2 0.837 0.36229 0.308 0.388 0.196 0.084 0.024
#> GSM30034 4 0.353 0.52227 0.036 0.032 0.000 0.852 0.080
#> GSM30035 3 0.849 -0.18616 0.176 0.336 0.372 0.072 0.044
#> GSM30036 4 0.610 0.30625 0.016 0.088 0.024 0.652 0.220
#> GSM30037 1 0.495 0.53765 0.768 0.072 0.080 0.080 0.000
#> GSM30038 5 0.829 0.35429 0.056 0.204 0.092 0.148 0.500
#> GSM30039 5 0.454 0.48351 0.000 0.016 0.024 0.236 0.724
#> GSM30040 3 0.785 -0.01988 0.016 0.112 0.444 0.096 0.332
#> GSM30041 5 0.799 0.35702 0.000 0.148 0.136 0.320 0.396
#> GSM30042 5 0.723 0.49626 0.012 0.084 0.100 0.248 0.556
#> GSM30043 3 0.280 0.51021 0.056 0.048 0.888 0.000 0.008
#> GSM30044 1 0.625 0.41523 0.652 0.216 0.064 0.016 0.052
#> GSM30045 1 0.534 0.43210 0.716 0.196 0.048 0.016 0.024
#> GSM30046 4 0.682 0.23883 0.052 0.160 0.000 0.572 0.216
#> GSM30047 4 0.703 0.39948 0.096 0.152 0.040 0.632 0.080
#> GSM30048 4 0.661 0.24896 0.052 0.164 0.000 0.604 0.180
#> GSM30049 3 0.800 -0.29041 0.008 0.088 0.372 0.168 0.364
#> GSM30050 4 0.563 0.08460 0.020 0.040 0.000 0.540 0.400
#> GSM30051 5 0.744 0.33434 0.004 0.056 0.344 0.152 0.444
#> GSM30052 1 0.345 0.52678 0.856 0.052 0.020 0.072 0.000
#> GSM30053 5 0.606 0.50446 0.008 0.032 0.088 0.220 0.652
#> GSM30054 5 0.755 0.33247 0.004 0.056 0.352 0.168 0.420
#> GSM30055 4 0.940 -0.20974 0.160 0.232 0.128 0.364 0.116
#> GSM30056 5 0.806 0.34916 0.000 0.148 0.152 0.300 0.400
#> GSM30057 3 0.238 0.51434 0.028 0.008 0.920 0.024 0.020
#> GSM30058 5 0.806 0.34916 0.000 0.148 0.152 0.300 0.400
#> GSM30059 4 0.165 0.52576 0.028 0.004 0.000 0.944 0.024
#> GSM30060 3 0.618 0.24641 0.136 0.244 0.604 0.004 0.012
#> GSM30061 4 0.916 -0.10261 0.176 0.208 0.104 0.404 0.108
#> GSM30062 4 0.627 0.29413 0.052 0.160 0.000 0.644 0.144
#> GSM30063 5 0.603 0.50286 0.008 0.032 0.084 0.224 0.652
#> GSM30064 1 0.798 0.37148 0.508 0.260 0.068 0.068 0.096
#> GSM30065 5 0.696 0.41677 0.000 0.088 0.092 0.276 0.544
#> GSM30066 3 0.211 0.52413 0.084 0.004 0.908 0.000 0.004
#> GSM30067 1 0.753 0.44661 0.548 0.100 0.144 0.196 0.012
#> GSM30068 3 0.229 0.52403 0.084 0.000 0.900 0.000 0.016
#> GSM30069 3 0.246 0.51988 0.100 0.008 0.888 0.000 0.004
#> GSM30070 5 0.708 0.38161 0.016 0.228 0.048 0.136 0.572
#> GSM30071 5 0.887 0.25820 0.076 0.180 0.076 0.292 0.376
#> GSM30072 1 0.568 0.38624 0.664 0.248 0.052 0.012 0.024
#> GSM30073 5 0.519 0.25747 0.000 0.032 0.008 0.388 0.572
#> GSM30074 5 0.930 0.04650 0.068 0.236 0.244 0.128 0.324
#> GSM30075 5 0.623 0.40086 0.004 0.136 0.000 0.344 0.516
#> GSM30076 4 0.376 0.47932 0.028 0.008 0.004 0.816 0.144
#> GSM30077 4 0.240 0.51728 0.024 0.016 0.004 0.916 0.040
#> GSM30078 4 0.224 0.51589 0.024 0.000 0.000 0.908 0.068
#> GSM30079 1 0.435 0.52902 0.812 0.080 0.052 0.052 0.004
#> GSM30080 5 0.623 0.40086 0.004 0.136 0.000 0.344 0.516
#> GSM30081 5 0.744 0.33301 0.004 0.056 0.344 0.152 0.444
#> GSM30086 5 0.623 0.40086 0.004 0.136 0.000 0.344 0.516
#> GSM30087 4 0.242 0.52310 0.032 0.016 0.000 0.912 0.040
#> GSM30088 4 0.174 0.52640 0.032 0.004 0.000 0.940 0.024
#> GSM30089 1 0.688 0.39386 0.616 0.204 0.092 0.024 0.064
#> GSM30090 5 0.806 0.34916 0.000 0.148 0.152 0.300 0.400
#> GSM30091 5 0.745 0.32301 0.004 0.056 0.352 0.152 0.436
#> GSM30092 4 0.248 0.51699 0.024 0.016 0.004 0.912 0.044
#> GSM30093 4 0.778 -0.06359 0.008 0.144 0.092 0.464 0.292
#> GSM30094 5 0.759 0.29186 0.004 0.068 0.368 0.148 0.412
#> GSM30095 3 0.445 0.49010 0.056 0.092 0.804 0.004 0.044
#> GSM30096 1 0.834 0.32723 0.424 0.196 0.156 0.216 0.008
#> GSM30097 4 0.165 0.52576 0.028 0.004 0.000 0.944 0.024
#> GSM30098 1 0.424 0.53402 0.816 0.040 0.048 0.092 0.004
#> GSM30099 2 0.969 0.20323 0.132 0.288 0.168 0.264 0.148
#> GSM30100 3 0.328 0.48286 0.184 0.004 0.808 0.000 0.004
#> GSM30101 5 0.760 0.31514 0.004 0.068 0.352 0.152 0.424
#> GSM30102 4 0.949 -0.19580 0.088 0.256 0.144 0.312 0.200
#> GSM30103 1 0.839 -0.34598 0.368 0.300 0.240 0.060 0.032
#> GSM30104 4 0.490 0.43820 0.020 0.080 0.024 0.780 0.096
#> GSM30105 1 0.651 0.46088 0.652 0.116 0.080 0.144 0.008
#> GSM30106 4 0.612 0.33734 0.032 0.128 0.000 0.636 0.204
#> GSM30107 5 0.758 0.26325 0.048 0.244 0.000 0.308 0.400
#> GSM30108 1 0.731 0.22230 0.480 0.336 0.116 0.008 0.060
#> GSM30109 1 0.541 0.54832 0.756 0.072 0.040 0.100 0.032
#> GSM30110 4 0.706 0.40829 0.092 0.112 0.048 0.640 0.108
#> GSM30111 5 0.875 0.17286 0.076 0.172 0.064 0.328 0.360
#> GSM30112 1 0.766 0.41762 0.528 0.092 0.248 0.108 0.024
#> GSM30113 3 0.393 0.51741 0.088 0.020 0.836 0.012 0.044
#> GSM30114 5 0.442 0.48415 0.000 0.016 0.024 0.220 0.740
#> GSM30115 4 0.707 0.15317 0.056 0.032 0.052 0.504 0.356
#> GSM30116 3 0.796 -0.05687 0.156 0.360 0.404 0.040 0.040
#> GSM30117 3 0.817 -0.13534 0.136 0.340 0.416 0.068 0.040
#> GSM30118 4 0.937 -0.19695 0.188 0.216 0.232 0.308 0.056
#> GSM30119 5 0.815 0.38807 0.016 0.144 0.148 0.216 0.476
#> GSM30120 5 0.815 0.38807 0.016 0.144 0.148 0.216 0.476
#> GSM30121 1 0.753 0.44661 0.548 0.100 0.144 0.196 0.012
#> GSM30122 1 0.816 0.23676 0.456 0.200 0.196 0.140 0.008
#> GSM30123 4 0.808 -0.03557 0.016 0.184 0.092 0.460 0.248
#> GSM30177 4 0.776 -0.10654 0.004 0.144 0.096 0.448 0.308
#> GSM30178 4 0.610 0.30625 0.016 0.088 0.024 0.652 0.220
#> GSM30179 1 0.772 0.30885 0.452 0.216 0.056 0.268 0.008
#> GSM30180 4 0.879 -0.26407 0.252 0.216 0.172 0.344 0.016
#> GSM30181 5 0.630 0.39572 0.004 0.148 0.000 0.336 0.512
#> GSM30182 4 0.271 0.50796 0.024 0.000 0.000 0.876 0.100
#> GSM30183 1 0.776 0.43130 0.536 0.108 0.124 0.208 0.024
#> GSM30184 5 0.769 0.34160 0.004 0.064 0.336 0.180 0.416
#> GSM30185 3 0.822 -0.14043 0.172 0.328 0.404 0.060 0.036
#> GSM30186 2 0.906 0.05627 0.152 0.332 0.328 0.116 0.072
#> GSM30187 4 0.260 0.51087 0.024 0.000 0.000 0.884 0.092
#> GSM30188 4 0.271 0.50796 0.024 0.000 0.000 0.876 0.100
#> GSM30189 1 0.822 0.23675 0.388 0.148 0.108 0.340 0.016
#> GSM30190 5 0.787 0.43575 0.004 0.108 0.216 0.196 0.476
#> GSM30191 4 0.389 0.48655 0.024 0.064 0.008 0.840 0.064
#> GSM30192 5 0.625 0.39862 0.004 0.140 0.000 0.340 0.516
#> GSM30193 5 0.692 0.28793 0.032 0.140 0.000 0.392 0.436
#> GSM30194 3 0.617 0.13406 0.000 0.040 0.628 0.104 0.228
#> GSM30195 5 0.815 0.36064 0.036 0.204 0.096 0.164 0.500
#> GSM30196 1 0.544 0.42837 0.708 0.200 0.052 0.016 0.024
#> GSM30197 4 0.634 0.29422 0.052 0.140 0.000 0.636 0.172
#> GSM30198 4 0.748 0.22837 0.092 0.192 0.000 0.512 0.204
#> GSM30199 3 0.835 -0.17572 0.252 0.312 0.352 0.048 0.036
#> GSM30200 4 0.634 0.29422 0.052 0.140 0.000 0.636 0.172
#> GSM30201 4 0.316 0.52006 0.040 0.032 0.000 0.876 0.052
#> GSM30202 4 0.872 -0.25551 0.256 0.224 0.152 0.352 0.016
#> GSM30203 4 0.232 0.51745 0.028 0.000 0.000 0.904 0.068
#> GSM30204 4 0.809 -0.35262 0.312 0.272 0.076 0.336 0.004
#> GSM30205 3 0.814 -0.27233 0.212 0.280 0.420 0.068 0.020
#> GSM30206 4 0.583 0.22648 0.332 0.072 0.000 0.580 0.016
#> GSM30207 4 0.809 -0.35262 0.312 0.272 0.076 0.336 0.004
#> GSM30208 1 0.652 0.18971 0.448 0.144 0.004 0.400 0.004
#> GSM30209 4 0.898 -0.10087 0.052 0.272 0.104 0.348 0.224
#> GSM30210 1 0.527 0.52681 0.736 0.132 0.052 0.080 0.000
#> GSM30211 4 0.600 0.32851 0.052 0.152 0.000 0.672 0.124
#> GSM30212 1 0.414 0.53146 0.816 0.032 0.068 0.084 0.000
#> GSM30213 1 0.414 0.53146 0.816 0.032 0.068 0.084 0.000
#> GSM30214 1 0.611 0.50343 0.676 0.128 0.096 0.100 0.000
#> GSM30215 1 0.620 0.49603 0.652 0.136 0.052 0.160 0.000
#> GSM30216 1 0.491 0.54921 0.784 0.064 0.044 0.092 0.016
#> GSM30217 1 0.532 0.52517 0.732 0.136 0.052 0.080 0.000
#> GSM30218 4 0.959 -0.15437 0.156 0.216 0.128 0.340 0.160
#> GSM30219 3 0.772 -0.10608 0.120 0.372 0.428 0.044 0.036
#> GSM30220 1 0.345 0.52678 0.856 0.052 0.020 0.072 0.000
#> GSM30221 4 0.359 0.51870 0.032 0.028 0.000 0.844 0.096
#> GSM30222 5 0.623 0.39919 0.004 0.136 0.000 0.344 0.516
#> GSM30223 1 0.501 0.50235 0.760 0.140 0.028 0.060 0.012
#> GSM30224 4 0.174 0.52640 0.032 0.004 0.000 0.940 0.024
#> GSM30225 4 0.861 -0.16270 0.200 0.212 0.172 0.400 0.016
#> GSM30226 3 0.764 -0.09694 0.116 0.380 0.428 0.040 0.036
#> GSM30227 1 0.875 0.27734 0.320 0.216 0.152 0.296 0.016
#> GSM30228 4 0.755 -0.00397 0.004 0.148 0.096 0.512 0.240
#> GSM30229 4 0.953 -0.05133 0.124 0.204 0.128 0.348 0.196
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.825 0.469458 0.000 0.192 0.392 0.168 0.072 0.176
#> GSM30007 1 0.813 0.232418 0.356 0.084 0.304 0.000 0.096 0.160
#> GSM30008 1 0.930 0.246770 0.260 0.040 0.156 0.232 0.100 0.212
#> GSM30009 1 0.415 0.517693 0.808 0.004 0.028 0.028 0.040 0.092
#> GSM30010 5 0.256 0.734931 0.012 0.012 0.016 0.016 0.904 0.040
#> GSM30011 3 0.839 0.419916 0.004 0.132 0.308 0.296 0.060 0.200
#> GSM30012 3 0.685 0.468027 0.000 0.300 0.464 0.176 0.044 0.016
#> GSM30013 4 0.458 0.462262 0.012 0.088 0.152 0.740 0.004 0.004
#> GSM30014 5 0.202 0.734494 0.020 0.012 0.008 0.000 0.924 0.036
#> GSM30015 4 0.836 -0.012513 0.120 0.028 0.112 0.412 0.068 0.260
#> GSM30016 3 0.825 0.469458 0.000 0.192 0.392 0.168 0.072 0.176
#> GSM30017 1 0.863 0.394786 0.400 0.020 0.156 0.156 0.088 0.180
#> GSM30018 4 0.440 0.489446 0.012 0.092 0.128 0.760 0.004 0.004
#> GSM30019 3 0.640 0.423559 0.000 0.328 0.480 0.156 0.028 0.008
#> GSM30020 1 0.928 0.248581 0.260 0.036 0.156 0.228 0.104 0.216
#> GSM30021 5 0.791 0.316954 0.128 0.100 0.100 0.008 0.488 0.176
#> GSM30022 1 0.489 0.504897 0.744 0.000 0.116 0.016 0.044 0.080
#> GSM30023 1 0.863 0.277752 0.324 0.020 0.176 0.188 0.044 0.248
#> GSM30024 5 0.307 0.704441 0.152 0.008 0.016 0.000 0.824 0.000
#> GSM30025 1 0.809 0.330799 0.404 0.012 0.160 0.092 0.056 0.276
#> GSM30026 1 0.817 0.351986 0.404 0.024 0.068 0.220 0.052 0.232
#> GSM30027 1 0.820 0.310705 0.384 0.012 0.168 0.124 0.044 0.268
#> GSM30028 1 0.874 0.323955 0.356 0.020 0.160 0.136 0.088 0.240
#> GSM30029 1 0.826 0.402657 0.420 0.016 0.172 0.176 0.044 0.172
#> GSM30030 1 0.688 0.452805 0.560 0.004 0.028 0.080 0.124 0.204
#> GSM30031 1 0.861 0.397746 0.404 0.020 0.156 0.152 0.088 0.180
#> GSM30032 6 0.798 0.132199 0.244 0.012 0.084 0.072 0.140 0.448
#> GSM30033 6 0.801 0.180230 0.224 0.020 0.112 0.084 0.088 0.472
#> GSM30034 4 0.279 0.550371 0.008 0.032 0.076 0.876 0.000 0.008
#> GSM30035 6 0.588 0.500198 0.096 0.008 0.032 0.048 0.136 0.680
#> GSM30036 4 0.568 0.281688 0.004 0.044 0.184 0.652 0.004 0.112
#> GSM30037 1 0.471 0.511007 0.760 0.000 0.040 0.020 0.068 0.112
#> GSM30038 2 0.582 0.597138 0.036 0.712 0.060 0.068 0.092 0.032
#> GSM30039 3 0.651 0.375181 0.000 0.336 0.436 0.200 0.020 0.008
#> GSM30040 5 0.763 -0.279013 0.004 0.044 0.356 0.064 0.368 0.164
#> GSM30041 3 0.824 0.518819 0.000 0.120 0.312 0.308 0.064 0.196
#> GSM30042 2 0.718 0.204562 0.000 0.492 0.200 0.204 0.080 0.024
#> GSM30043 5 0.197 0.718870 0.020 0.000 0.012 0.000 0.920 0.048
#> GSM30044 1 0.685 0.409775 0.544 0.076 0.260 0.004 0.048 0.068
#> GSM30045 1 0.618 0.424325 0.600 0.036 0.252 0.004 0.040 0.068
#> GSM30046 4 0.606 0.118884 0.008 0.296 0.176 0.512 0.000 0.008
#> GSM30047 4 0.649 0.396164 0.092 0.052 0.092 0.624 0.000 0.140
#> GSM30048 4 0.592 0.099696 0.008 0.300 0.140 0.540 0.000 0.012
#> GSM30049 3 0.785 0.517744 0.000 0.040 0.388 0.136 0.292 0.144
#> GSM30050 4 0.615 -0.005245 0.004 0.108 0.300 0.540 0.000 0.048
#> GSM30051 3 0.778 0.587631 0.000 0.060 0.420 0.132 0.284 0.104
#> GSM30052 1 0.308 0.502721 0.872 0.004 0.032 0.012 0.020 0.060
#> GSM30053 3 0.733 0.431235 0.000 0.332 0.400 0.180 0.056 0.032
#> GSM30054 3 0.791 0.576690 0.000 0.060 0.400 0.144 0.284 0.112
#> GSM30055 4 0.852 -0.115745 0.116 0.052 0.176 0.336 0.024 0.296
#> GSM30056 3 0.809 0.529513 0.000 0.088 0.344 0.276 0.064 0.228
#> GSM30057 5 0.256 0.734931 0.012 0.012 0.016 0.016 0.904 0.040
#> GSM30058 3 0.809 0.529513 0.000 0.088 0.344 0.276 0.064 0.228
#> GSM30059 4 0.127 0.559259 0.008 0.004 0.036 0.952 0.000 0.000
#> GSM30060 5 0.613 0.125883 0.064 0.008 0.072 0.000 0.544 0.312
#> GSM30061 4 0.839 -0.039559 0.136 0.052 0.164 0.380 0.016 0.252
#> GSM30062 4 0.561 0.182361 0.008 0.260 0.132 0.592 0.000 0.008
#> GSM30063 3 0.731 0.430277 0.000 0.328 0.400 0.188 0.052 0.032
#> GSM30064 1 0.823 0.376232 0.424 0.192 0.228 0.040 0.048 0.068
#> GSM30065 3 0.783 0.574859 0.000 0.168 0.408 0.252 0.036 0.136
#> GSM30066 5 0.224 0.744350 0.064 0.004 0.004 0.000 0.904 0.024
#> GSM30067 1 0.758 0.403723 0.528 0.020 0.080 0.152 0.052 0.168
#> GSM30068 5 0.248 0.743120 0.064 0.008 0.012 0.000 0.896 0.020
#> GSM30069 5 0.307 0.732758 0.088 0.004 0.012 0.000 0.856 0.040
#> GSM30070 2 0.335 0.618409 0.004 0.856 0.020 0.064 0.044 0.012
#> GSM30071 2 0.779 0.589509 0.028 0.496 0.100 0.232 0.068 0.076
#> GSM30072 1 0.650 0.377296 0.544 0.032 0.284 0.000 0.048 0.092
#> GSM30073 3 0.621 0.319381 0.000 0.212 0.428 0.348 0.000 0.012
#> GSM30074 2 0.821 0.372206 0.028 0.448 0.096 0.076 0.236 0.116
#> GSM30075 2 0.381 0.664355 0.000 0.712 0.024 0.264 0.000 0.000
#> GSM30076 4 0.357 0.513251 0.008 0.056 0.104 0.824 0.004 0.004
#> GSM30077 4 0.189 0.557553 0.008 0.016 0.024 0.932 0.000 0.020
#> GSM30078 4 0.184 0.552882 0.008 0.008 0.064 0.920 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.468 0.502604 0.760 0.000 0.096 0.012 0.044 0.088
#> GSM30080 2 0.381 0.664355 0.000 0.712 0.024 0.264 0.000 0.000
#> GSM30081 3 0.778 0.585948 0.000 0.060 0.420 0.132 0.284 0.104
#> GSM30086 2 0.381 0.664355 0.000 0.712 0.024 0.264 0.000 0.000
#> GSM30087 4 0.171 0.553749 0.004 0.028 0.028 0.936 0.000 0.004
#> GSM30088 4 0.146 0.558004 0.016 0.016 0.020 0.948 0.000 0.000
#> GSM30089 1 0.774 0.405215 0.492 0.092 0.216 0.008 0.088 0.104
#> GSM30090 3 0.809 0.529513 0.000 0.088 0.344 0.276 0.064 0.228
#> GSM30091 3 0.775 0.581256 0.000 0.052 0.420 0.132 0.284 0.112
#> GSM30092 4 0.197 0.557293 0.008 0.016 0.028 0.928 0.000 0.020
#> GSM30093 4 0.712 -0.170606 0.000 0.064 0.232 0.460 0.016 0.228
#> GSM30094 3 0.771 0.556596 0.000 0.048 0.412 0.124 0.300 0.116
#> GSM30095 5 0.406 0.632639 0.020 0.004 0.052 0.000 0.780 0.144
#> GSM30096 1 0.801 0.258177 0.384 0.028 0.044 0.164 0.060 0.320
#> GSM30097 4 0.127 0.559259 0.008 0.004 0.036 0.952 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.358 0.495250 0.812 0.004 0.012 0.028 0.004 0.140
#> GSM30099 6 0.853 0.171350 0.084 0.056 0.204 0.232 0.040 0.384
#> GSM30100 5 0.307 0.704441 0.152 0.008 0.016 0.000 0.824 0.000
#> GSM30101 3 0.778 0.573654 0.000 0.056 0.416 0.128 0.288 0.112
#> GSM30102 6 0.864 0.000352 0.044 0.104 0.164 0.284 0.052 0.352
#> GSM30103 6 0.639 0.331187 0.288 0.012 0.024 0.048 0.064 0.564
#> GSM30104 4 0.432 0.466506 0.004 0.020 0.108 0.776 0.004 0.088
#> GSM30105 1 0.635 0.432045 0.652 0.024 0.040 0.072 0.056 0.156
#> GSM30106 4 0.600 0.211567 0.016 0.268 0.124 0.572 0.000 0.020
#> GSM30107 2 0.545 0.562294 0.008 0.652 0.128 0.196 0.008 0.008
#> GSM30108 1 0.814 0.225132 0.352 0.084 0.304 0.000 0.096 0.164
#> GSM30109 1 0.492 0.521139 0.760 0.028 0.076 0.052 0.004 0.080
#> GSM30110 4 0.628 0.414242 0.032 0.044 0.184 0.640 0.020 0.080
#> GSM30111 2 0.767 0.520333 0.036 0.476 0.132 0.264 0.044 0.048
#> GSM30112 1 0.766 0.390261 0.500 0.028 0.120 0.060 0.236 0.056
#> GSM30113 5 0.366 0.732895 0.068 0.016 0.040 0.000 0.836 0.040
#> GSM30114 3 0.645 0.382369 0.000 0.340 0.448 0.184 0.020 0.008
#> GSM30115 4 0.682 0.177276 0.012 0.140 0.320 0.480 0.016 0.032
#> GSM30116 6 0.582 0.424972 0.064 0.012 0.024 0.028 0.232 0.640
#> GSM30117 6 0.511 0.487532 0.048 0.008 0.012 0.048 0.164 0.720
#> GSM30118 4 0.908 -0.078977 0.088 0.060 0.132 0.300 0.120 0.300
#> GSM30119 2 0.675 0.630318 0.004 0.612 0.092 0.132 0.096 0.064
#> GSM30120 2 0.675 0.630318 0.004 0.612 0.092 0.132 0.096 0.064
#> GSM30121 1 0.758 0.403723 0.528 0.020 0.080 0.152 0.052 0.168
#> GSM30122 1 0.758 0.143891 0.368 0.004 0.020 0.108 0.148 0.352
#> GSM30123 4 0.699 -0.135906 0.004 0.056 0.184 0.452 0.008 0.296
#> GSM30177 4 0.729 -0.219839 0.000 0.076 0.236 0.436 0.016 0.236
#> GSM30178 4 0.568 0.281688 0.004 0.044 0.184 0.652 0.004 0.112
#> GSM30179 1 0.781 0.291106 0.412 0.008 0.060 0.236 0.048 0.236
#> GSM30180 4 0.877 -0.144056 0.164 0.036 0.120 0.316 0.064 0.300
#> GSM30181 2 0.379 0.668370 0.000 0.716 0.024 0.260 0.000 0.000
#> GSM30182 4 0.220 0.543866 0.004 0.012 0.080 0.900 0.000 0.004
#> GSM30183 1 0.755 0.391215 0.516 0.024 0.092 0.168 0.028 0.172
#> GSM30184 3 0.803 0.587331 0.000 0.060 0.392 0.152 0.268 0.128
#> GSM30185 6 0.548 0.483120 0.084 0.004 0.008 0.040 0.192 0.672
#> GSM30186 6 0.662 0.504848 0.072 0.016 0.064 0.092 0.116 0.640
#> GSM30187 4 0.212 0.542899 0.008 0.008 0.084 0.900 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.220 0.543866 0.004 0.012 0.080 0.900 0.000 0.004
#> GSM30189 1 0.782 0.171283 0.360 0.012 0.044 0.296 0.044 0.244
#> GSM30190 3 0.823 0.634728 0.000 0.096 0.408 0.180 0.124 0.192
#> GSM30191 4 0.327 0.523865 0.008 0.024 0.036 0.852 0.000 0.080
#> GSM30192 2 0.416 0.651555 0.000 0.704 0.040 0.252 0.004 0.000
#> GSM30193 2 0.532 0.550555 0.004 0.568 0.112 0.316 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.581 0.202881 0.000 0.036 0.228 0.088 0.628 0.020
#> GSM30195 2 0.575 0.614678 0.024 0.712 0.056 0.084 0.092 0.032
#> GSM30196 1 0.621 0.422176 0.596 0.036 0.256 0.004 0.044 0.064
#> GSM30197 4 0.558 0.197585 0.008 0.268 0.136 0.584 0.000 0.004
#> GSM30198 4 0.685 0.016740 0.032 0.328 0.160 0.452 0.000 0.028
#> GSM30199 6 0.602 0.466179 0.152 0.004 0.012 0.028 0.192 0.612
#> GSM30200 4 0.558 0.197585 0.008 0.268 0.136 0.584 0.000 0.004
#> GSM30201 4 0.264 0.540143 0.012 0.020 0.068 0.888 0.000 0.012
#> GSM30202 4 0.875 -0.137066 0.168 0.036 0.128 0.324 0.056 0.288
#> GSM30203 4 0.194 0.554129 0.012 0.008 0.064 0.916 0.000 0.000
#> GSM30204 6 0.753 0.092377 0.240 0.020 0.076 0.324 0.000 0.340
#> GSM30205 6 0.802 0.287356 0.144 0.012 0.072 0.068 0.328 0.376
#> GSM30206 4 0.583 0.183478 0.340 0.012 0.016 0.536 0.000 0.096
#> GSM30207 6 0.753 0.092377 0.240 0.020 0.076 0.324 0.000 0.340
#> GSM30208 1 0.672 0.186552 0.420 0.016 0.028 0.360 0.000 0.176
#> GSM30209 6 0.795 -0.131491 0.016 0.128 0.164 0.316 0.016 0.360
#> GSM30210 1 0.497 0.506430 0.732 0.004 0.020 0.020 0.084 0.140
#> GSM30211 4 0.558 0.231826 0.008 0.236 0.132 0.612 0.000 0.012
#> GSM30212 1 0.373 0.495277 0.812 0.000 0.004 0.020 0.052 0.112
#> GSM30213 1 0.373 0.495277 0.812 0.000 0.004 0.020 0.052 0.112
#> GSM30214 1 0.578 0.479828 0.652 0.004 0.012 0.036 0.124 0.172
#> GSM30215 1 0.614 0.463936 0.608 0.004 0.024 0.120 0.028 0.216
#> GSM30216 1 0.457 0.523093 0.780 0.016 0.068 0.048 0.004 0.084
#> GSM30217 1 0.501 0.504970 0.728 0.004 0.020 0.020 0.084 0.144
#> GSM30218 4 0.850 -0.082749 0.108 0.052 0.208 0.320 0.020 0.292
#> GSM30219 6 0.468 0.480498 0.028 0.012 0.012 0.032 0.172 0.744
#> GSM30220 1 0.308 0.502721 0.872 0.004 0.032 0.012 0.020 0.060
#> GSM30221 4 0.289 0.551084 0.004 0.028 0.108 0.856 0.000 0.004
#> GSM30222 2 0.381 0.666282 0.000 0.712 0.024 0.264 0.000 0.000
#> GSM30223 1 0.567 0.474050 0.688 0.020 0.172 0.044 0.020 0.056
#> GSM30224 4 0.146 0.558004 0.016 0.016 0.020 0.948 0.000 0.000
#> GSM30225 4 0.844 0.002775 0.100 0.036 0.120 0.392 0.068 0.284
#> GSM30226 6 0.466 0.473011 0.024 0.016 0.012 0.028 0.176 0.744
#> GSM30227 6 0.886 -0.200702 0.244 0.036 0.120 0.272 0.056 0.272
#> GSM30228 4 0.704 -0.060393 0.000 0.072 0.192 0.488 0.016 0.232
#> GSM30229 4 0.833 -0.064465 0.084 0.048 0.228 0.340 0.020 0.280
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> MAD:hclust 11 NA 2
#> MAD:hclust 93 0.0749 3
#> MAD:hclust 63 0.1583 4
#> MAD:hclust 41 0.0157 5
#> MAD:hclust 69 0.0594 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.491 0.612 0.788 0.4914 0.499 0.499
#> 3 3 0.390 0.608 0.762 0.3192 0.719 0.498
#> 4 4 0.520 0.615 0.759 0.1354 0.838 0.575
#> 5 5 0.565 0.426 0.642 0.0707 0.904 0.672
#> 6 6 0.616 0.469 0.643 0.0464 0.847 0.443
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30007 1 0.9963 0.757 0.536 0.464
#> GSM30008 1 0.9977 0.757 0.528 0.472
#> GSM30009 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30010 1 0.4690 0.284 0.900 0.100
#> GSM30011 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30012 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30013 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30014 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30015 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30016 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30017 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30018 2 0.0672 0.579 0.008 0.992
#> GSM30019 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30020 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30021 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30022 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30023 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30024 1 0.0000 0.425 1.000 0.000
#> GSM30025 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30026 2 0.9988 -0.697 0.480 0.520
#> GSM30027 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30028 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30029 1 0.9977 0.757 0.528 0.472
#> GSM30030 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30031 1 0.9977 0.757 0.528 0.472
#> GSM30032 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30033 1 0.2423 0.438 0.960 0.040
#> GSM30034 2 0.1184 0.575 0.016 0.984
#> GSM30035 1 0.9954 0.754 0.540 0.460
#> GSM30036 2 0.0938 0.593 0.012 0.988
#> GSM30037 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30038 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30039 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30040 1 0.4690 0.283 0.900 0.100
#> GSM30041 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30042 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30043 1 0.1184 0.413 0.984 0.016
#> GSM30044 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30045 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30046 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30047 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30048 2 0.1414 0.569 0.020 0.980
#> GSM30049 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30050 2 0.8327 0.608 0.264 0.736
#> GSM30051 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30052 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30053 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30054 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30055 2 0.9896 0.623 0.440 0.560
#> GSM30056 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30057 1 0.2948 0.368 0.948 0.052
#> GSM30058 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30059 2 0.1414 0.569 0.020 0.980
#> GSM30060 1 0.2043 0.444 0.968 0.032
#> GSM30061 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30062 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30063 2 0.9963 0.624 0.464 0.536
#> GSM30064 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30065 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30066 1 0.1184 0.413 0.984 0.016
#> GSM30067 1 0.9977 0.757 0.528 0.472
#> GSM30068 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30069 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30070 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30071 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30072 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30073 2 0.9754 0.621 0.408 0.592
#> GSM30074 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30075 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30076 2 0.0672 0.593 0.008 0.992
#> GSM30077 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30078 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30079 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30080 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30081 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30086 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30087 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30088 2 0.1184 0.569 0.016 0.984
#> GSM30089 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30090 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30091 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30092 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30093 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30094 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30095 1 0.4431 0.299 0.908 0.092
#> GSM30096 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30097 2 0.1414 0.569 0.020 0.980
#> GSM30098 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30099 2 0.9922 0.624 0.448 0.552
#> GSM30100 1 0.1184 0.413 0.984 0.016
#> GSM30101 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30102 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30103 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30104 2 0.1184 0.594 0.016 0.984
#> GSM30105 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30106 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30107 2 0.0938 0.592 0.012 0.988
#> GSM30108 1 0.2423 0.450 0.960 0.040
#> GSM30109 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30110 2 0.0376 0.587 0.004 0.996
#> GSM30111 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30112 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30113 1 0.4562 0.292 0.904 0.096
#> GSM30114 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30115 2 0.0938 0.592 0.012 0.988
#> GSM30116 1 0.1184 0.422 0.984 0.016
#> GSM30117 1 0.9963 0.756 0.536 0.464
#> GSM30118 1 0.1414 0.413 0.980 0.020
#> GSM30119 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30120 2 0.6343 0.600 0.160 0.840
#> GSM30121 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30122 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30123 2 0.9896 0.623 0.440 0.560
#> GSM30177 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30178 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30179 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30180 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30181 2 0.7674 0.605 0.224 0.776
#> GSM30182 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30183 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30184 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30185 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30186 1 0.6247 0.274 0.844 0.156
#> GSM30187 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30188 2 0.0000 0.588 0.000 1.000
#> GSM30189 2 0.1633 0.564 0.024 0.976
#> GSM30190 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30191 2 0.3584 0.598 0.068 0.932
#> GSM30192 2 0.9970 0.623 0.468 0.532
#> GSM30193 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30194 2 0.9977 0.624 0.472 0.528
#> GSM30195 1 0.9000 0.566 0.684 0.316
#> GSM30196 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30197 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30198 2 0.2423 0.537 0.040 0.960
#> GSM30199 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30200 2 0.1843 0.557 0.028 0.972
#> GSM30201 2 0.1184 0.569 0.016 0.984
#> GSM30202 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30203 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30204 2 0.2778 0.523 0.048 0.952
#> GSM30205 1 0.1633 0.415 0.976 0.024
#> GSM30206 2 0.1414 0.569 0.020 0.980
#> GSM30207 2 0.1633 0.564 0.024 0.976
#> GSM30208 2 0.2423 0.538 0.040 0.960
#> GSM30209 2 0.2236 0.593 0.036 0.964
#> GSM30210 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30211 2 0.1414 0.569 0.020 0.980
#> GSM30212 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30213 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30214 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30215 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30216 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30217 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30218 2 0.0672 0.591 0.008 0.992
#> GSM30219 1 0.1414 0.412 0.980 0.020
#> GSM30220 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30221 2 0.0376 0.591 0.004 0.996
#> GSM30222 2 0.1414 0.594 0.020 0.980
#> GSM30223 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30224 2 0.1414 0.569 0.020 0.980
#> GSM30225 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30226 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30227 1 0.9970 0.757 0.532 0.468
#> GSM30228 2 0.9970 0.625 0.468 0.532
#> GSM30229 2 0.3431 0.598 0.064 0.936
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30007 2 0.3038 0.8676 0.000 0.896 0.104
#> GSM30008 2 0.3267 0.8351 0.000 0.884 0.116
#> GSM30009 2 0.0237 0.8538 0.000 0.996 0.004
#> GSM30010 3 0.1765 0.5949 0.004 0.040 0.956
#> GSM30011 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30012 3 0.6204 0.4786 0.424 0.000 0.576
#> GSM30013 1 0.3816 0.6441 0.852 0.000 0.148
#> GSM30014 3 0.3030 0.5539 0.004 0.092 0.904
#> GSM30015 1 0.9808 -0.1039 0.392 0.368 0.240
#> GSM30016 3 0.5803 0.5357 0.028 0.212 0.760
#> GSM30017 1 0.8624 0.2088 0.476 0.424 0.100
#> GSM30018 1 0.4196 0.7394 0.864 0.112 0.024
#> GSM30019 3 0.6225 0.4737 0.432 0.000 0.568
#> GSM30020 2 0.3987 0.8331 0.020 0.872 0.108
#> GSM30021 3 0.3412 0.5472 0.000 0.124 0.876
#> GSM30022 2 0.3112 0.8692 0.004 0.900 0.096
#> GSM30023 1 0.6258 0.6850 0.752 0.196 0.052
#> GSM30024 3 0.7337 0.3843 0.056 0.300 0.644
#> GSM30025 2 0.0592 0.8541 0.000 0.988 0.012
#> GSM30026 1 0.8844 0.2913 0.488 0.392 0.120
#> GSM30027 2 0.4887 0.8102 0.060 0.844 0.096
#> GSM30028 2 0.4369 0.8235 0.040 0.864 0.096
#> GSM30029 2 0.3528 0.8313 0.016 0.892 0.092
#> GSM30030 2 0.3116 0.8702 0.000 0.892 0.108
#> GSM30031 2 0.3112 0.8377 0.004 0.900 0.096
#> GSM30032 2 0.4527 0.8225 0.052 0.860 0.088
#> GSM30033 3 0.8844 0.1404 0.116 0.440 0.444
#> GSM30034 1 0.4136 0.7373 0.864 0.116 0.020
#> GSM30035 2 0.7814 0.7318 0.104 0.652 0.244
#> GSM30036 1 0.2187 0.6802 0.948 0.028 0.024
#> GSM30037 2 0.2878 0.8692 0.000 0.904 0.096
#> GSM30038 3 0.5680 0.5122 0.024 0.212 0.764
#> GSM30039 3 0.6215 0.4730 0.428 0.000 0.572
#> GSM30040 3 0.5662 0.6048 0.092 0.100 0.808
#> GSM30041 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30042 3 0.6126 0.4747 0.400 0.000 0.600
#> GSM30043 3 0.2590 0.5764 0.004 0.072 0.924
#> GSM30044 2 0.4172 0.8607 0.028 0.868 0.104
#> GSM30045 2 0.4874 0.8375 0.028 0.828 0.144
#> GSM30046 1 0.3832 0.7413 0.880 0.100 0.020
#> GSM30047 1 0.3637 0.7188 0.892 0.084 0.024
#> GSM30048 1 0.4999 0.7243 0.820 0.152 0.028
#> GSM30049 3 0.6274 0.5163 0.456 0.000 0.544
#> GSM30050 1 0.3499 0.6367 0.900 0.028 0.072
#> GSM30051 3 0.6299 0.5013 0.476 0.000 0.524
#> GSM30052 2 0.2711 0.8703 0.000 0.912 0.088
#> GSM30053 3 0.6204 0.4666 0.424 0.000 0.576
#> GSM30054 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30055 1 0.8314 -0.1132 0.556 0.092 0.352
#> GSM30056 1 0.6451 -0.3593 0.560 0.004 0.436
#> GSM30057 3 0.1878 0.5940 0.004 0.044 0.952
#> GSM30058 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30059 1 0.3983 0.7387 0.852 0.144 0.004
#> GSM30060 3 0.7600 0.1241 0.060 0.328 0.612
#> GSM30061 1 0.4121 0.7401 0.868 0.108 0.024
#> GSM30062 1 0.3272 0.7436 0.904 0.080 0.016
#> GSM30063 1 0.4121 0.6047 0.832 0.000 0.168
#> GSM30064 2 0.2443 0.8348 0.028 0.940 0.032
#> GSM30065 3 0.6307 0.4831 0.488 0.000 0.512
#> GSM30066 3 0.3116 0.5477 0.000 0.108 0.892
#> GSM30067 2 0.4178 0.8626 0.000 0.828 0.172
#> GSM30068 3 0.3879 0.5431 0.000 0.152 0.848
#> GSM30069 3 0.4235 0.5351 0.000 0.176 0.824
#> GSM30070 3 0.5016 0.5598 0.240 0.000 0.760
#> GSM30071 1 0.7460 -0.0272 0.524 0.036 0.440
#> GSM30072 2 0.3826 0.8597 0.008 0.868 0.124
#> GSM30073 1 0.3619 0.6556 0.864 0.000 0.136
#> GSM30074 3 0.5223 0.5307 0.024 0.176 0.800
#> GSM30075 1 0.3686 0.6872 0.860 0.000 0.140
#> GSM30076 1 0.2356 0.7404 0.928 0.072 0.000
#> GSM30077 1 0.3112 0.7431 0.900 0.096 0.004
#> GSM30078 1 0.2860 0.7420 0.912 0.084 0.004
#> GSM30079 2 0.2878 0.8692 0.000 0.904 0.096
#> GSM30080 1 0.3412 0.6823 0.876 0.000 0.124
#> GSM30081 3 0.6299 0.5013 0.476 0.000 0.524
#> GSM30086 1 0.3267 0.6988 0.884 0.000 0.116
#> GSM30087 1 0.3375 0.7428 0.892 0.100 0.008
#> GSM30088 1 0.5435 0.7066 0.784 0.192 0.024
#> GSM30089 2 0.3406 0.8497 0.028 0.904 0.068
#> GSM30090 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30091 3 0.6299 0.5013 0.476 0.000 0.524
#> GSM30092 1 0.3359 0.7374 0.900 0.084 0.016
#> GSM30093 1 0.6260 -0.3708 0.552 0.000 0.448
#> GSM30094 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30095 3 0.5811 0.6040 0.092 0.108 0.800
#> GSM30096 2 0.4291 0.8568 0.000 0.820 0.180
#> GSM30097 1 0.4741 0.7363 0.828 0.152 0.020
#> GSM30098 2 0.3116 0.8696 0.000 0.892 0.108
#> GSM30099 3 0.8277 0.4213 0.456 0.076 0.468
#> GSM30100 3 0.4978 0.5182 0.004 0.216 0.780
#> GSM30101 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30102 1 0.6489 -0.4313 0.540 0.004 0.456
#> GSM30103 2 0.5036 0.8445 0.048 0.832 0.120
#> GSM30104 1 0.1585 0.6877 0.964 0.028 0.008
#> GSM30105 2 0.0747 0.8559 0.000 0.984 0.016
#> GSM30106 1 0.4489 0.7381 0.856 0.108 0.036
#> GSM30107 1 0.4189 0.7372 0.876 0.068 0.056
#> GSM30108 2 0.6673 0.5937 0.020 0.636 0.344
#> GSM30109 2 0.4094 0.8656 0.028 0.872 0.100
#> GSM30110 1 0.5566 0.7239 0.812 0.108 0.080
#> GSM30111 1 0.9030 0.2302 0.476 0.388 0.136
#> GSM30112 2 0.5455 0.8201 0.028 0.788 0.184
#> GSM30113 3 0.1765 0.5949 0.004 0.040 0.956
#> GSM30114 1 0.6299 -0.1659 0.524 0.000 0.476
#> GSM30115 1 0.3993 0.7340 0.884 0.064 0.052
#> GSM30116 3 0.7935 0.3765 0.116 0.236 0.648
#> GSM30117 2 0.8076 0.7153 0.116 0.632 0.252
#> GSM30118 3 0.3038 0.5449 0.000 0.104 0.896
#> GSM30119 3 0.5058 0.5695 0.244 0.000 0.756
#> GSM30120 1 0.6357 0.4840 0.652 0.012 0.336
#> GSM30121 2 0.4521 0.8599 0.004 0.816 0.180
#> GSM30122 2 0.4351 0.8559 0.004 0.828 0.168
#> GSM30123 1 0.5277 0.4385 0.796 0.024 0.180
#> GSM30177 1 0.5553 0.2241 0.724 0.004 0.272
#> GSM30178 1 0.3370 0.7175 0.904 0.072 0.024
#> GSM30179 2 0.4892 0.7950 0.048 0.840 0.112
#> GSM30180 2 0.5244 0.8324 0.004 0.756 0.240
#> GSM30181 1 0.3482 0.6894 0.872 0.000 0.128
#> GSM30182 1 0.3752 0.7409 0.884 0.096 0.020
#> GSM30183 2 0.4682 0.8554 0.004 0.804 0.192
#> GSM30184 3 0.6305 0.4967 0.484 0.000 0.516
#> GSM30185 2 0.6723 0.7995 0.048 0.704 0.248
#> GSM30186 3 0.8513 0.5369 0.264 0.140 0.596
#> GSM30187 1 0.3966 0.7318 0.876 0.100 0.024
#> GSM30188 1 0.3832 0.7413 0.880 0.100 0.020
#> GSM30189 1 0.7584 0.6416 0.676 0.220 0.104
#> GSM30190 3 0.6307 0.4899 0.488 0.000 0.512
#> GSM30191 1 0.2187 0.6802 0.948 0.028 0.024
#> GSM30192 1 0.3038 0.6932 0.896 0.000 0.104
#> GSM30193 1 0.3713 0.7394 0.892 0.076 0.032
#> GSM30194 3 0.4842 0.5793 0.224 0.000 0.776
#> GSM30195 3 0.8487 0.2826 0.292 0.124 0.584
#> GSM30196 2 0.4172 0.8607 0.028 0.868 0.104
#> GSM30197 1 0.3539 0.7419 0.888 0.100 0.012
#> GSM30198 1 0.6539 0.6216 0.684 0.288 0.028
#> GSM30199 2 0.6646 0.8013 0.048 0.712 0.240
#> GSM30200 1 0.6379 0.6498 0.712 0.256 0.032
#> GSM30201 1 0.5331 0.7093 0.792 0.184 0.024
#> GSM30202 2 0.9436 0.4749 0.256 0.504 0.240
#> GSM30203 1 0.3502 0.7359 0.896 0.084 0.020
#> GSM30204 1 0.8148 0.5227 0.604 0.296 0.100
#> GSM30205 3 0.7295 0.5134 0.072 0.252 0.676
#> GSM30206 1 0.5680 0.6997 0.764 0.212 0.024
#> GSM30207 1 0.8028 0.5732 0.616 0.288 0.096
#> GSM30208 1 0.7163 0.5803 0.628 0.332 0.040
#> GSM30209 1 0.9356 -0.0470 0.512 0.272 0.216
#> GSM30210 2 0.0237 0.8538 0.000 0.996 0.004
#> GSM30211 1 0.5508 0.7032 0.784 0.188 0.028
#> GSM30212 2 0.2356 0.8709 0.000 0.928 0.072
#> GSM30213 2 0.2878 0.8692 0.000 0.904 0.096
#> GSM30214 2 0.2945 0.8507 0.004 0.908 0.088
#> GSM30215 2 0.2796 0.8467 0.000 0.908 0.092
#> GSM30216 2 0.3425 0.8682 0.004 0.884 0.112
#> GSM30217 2 0.2448 0.8487 0.000 0.924 0.076
#> GSM30218 1 0.3742 0.7122 0.892 0.072 0.036
#> GSM30219 3 0.6039 0.5619 0.108 0.104 0.788
#> GSM30220 2 0.2537 0.8709 0.000 0.920 0.080
#> GSM30221 1 0.3752 0.7409 0.884 0.096 0.020
#> GSM30222 1 0.4128 0.6958 0.856 0.012 0.132
#> GSM30223 2 0.4015 0.8634 0.028 0.876 0.096
#> GSM30224 1 0.5803 0.6995 0.760 0.212 0.028
#> GSM30225 1 0.9837 -0.1175 0.392 0.360 0.248
#> GSM30226 2 0.6742 0.7974 0.052 0.708 0.240
#> GSM30227 2 0.9598 0.2796 0.348 0.444 0.208
#> GSM30228 1 0.6260 -0.3708 0.552 0.000 0.448
#> GSM30229 1 0.1015 0.6947 0.980 0.008 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.2730 0.67366 0.000 0.896 0.016 0.088
#> GSM30007 1 0.2149 0.81213 0.912 0.000 0.088 0.000
#> GSM30008 1 0.5107 0.77466 0.804 0.072 0.052 0.072
#> GSM30009 1 0.0336 0.82016 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30010 3 0.4192 0.56712 0.008 0.208 0.780 0.004
#> GSM30011 2 0.2796 0.67385 0.000 0.892 0.016 0.092
#> GSM30012 2 0.6134 0.48236 0.000 0.660 0.236 0.104
#> GSM30013 4 0.6488 0.54838 0.000 0.292 0.104 0.604
#> GSM30014 3 0.3870 0.56641 0.004 0.208 0.788 0.000
#> GSM30015 3 0.7701 -0.00403 0.128 0.020 0.444 0.408
#> GSM30016 3 0.6664 0.52492 0.092 0.108 0.708 0.092
#> GSM30017 4 0.7111 0.56598 0.144 0.068 0.120 0.668
#> GSM30018 4 0.0895 0.81018 0.000 0.020 0.004 0.976
#> GSM30019 2 0.5705 0.55377 0.000 0.712 0.180 0.108
#> GSM30020 1 0.5266 0.76633 0.796 0.068 0.068 0.068
#> GSM30021 3 0.3925 0.57769 0.016 0.176 0.808 0.000
#> GSM30022 1 0.2480 0.81791 0.904 0.008 0.088 0.000
#> GSM30023 4 0.5260 0.70273 0.024 0.068 0.128 0.780
#> GSM30024 3 0.7494 0.38869 0.352 0.188 0.460 0.000
#> GSM30025 1 0.2631 0.80792 0.912 0.064 0.016 0.008
#> GSM30026 4 0.4928 0.68191 0.072 0.076 0.040 0.812
#> GSM30027 1 0.5390 0.73800 0.776 0.120 0.028 0.076
#> GSM30028 1 0.6774 0.64951 0.696 0.068 0.124 0.112
#> GSM30029 1 0.4607 0.77280 0.828 0.068 0.032 0.072
#> GSM30030 1 0.2463 0.82539 0.924 0.032 0.036 0.008
#> GSM30031 1 0.4555 0.77680 0.832 0.068 0.036 0.064
#> GSM30032 1 0.5279 0.75472 0.788 0.112 0.044 0.056
#> GSM30033 2 0.7396 0.17281 0.344 0.536 0.032 0.088
#> GSM30034 4 0.3219 0.77783 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM30035 2 0.8145 -0.10640 0.348 0.368 0.276 0.008
#> GSM30036 2 0.4948 0.19185 0.000 0.560 0.000 0.440
#> GSM30037 1 0.1022 0.82353 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM30038 3 0.5177 0.53855 0.200 0.052 0.744 0.004
#> GSM30039 2 0.6422 0.46874 0.000 0.632 0.248 0.120
#> GSM30040 2 0.5548 0.10252 0.024 0.588 0.388 0.000
#> GSM30041 2 0.3048 0.67366 0.000 0.876 0.016 0.108
#> GSM30042 2 0.7448 0.07928 0.000 0.428 0.400 0.172
#> GSM30043 3 0.4248 0.55764 0.012 0.220 0.768 0.000
#> GSM30044 1 0.2921 0.78910 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM30045 1 0.3266 0.76880 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM30046 4 0.4662 0.78453 0.000 0.112 0.092 0.796
#> GSM30047 4 0.2546 0.78653 0.000 0.092 0.008 0.900
#> GSM30048 4 0.2918 0.77489 0.008 0.000 0.116 0.876
#> GSM30049 2 0.2949 0.67033 0.000 0.888 0.024 0.088
#> GSM30050 2 0.4624 0.45139 0.000 0.660 0.000 0.340
#> GSM30051 2 0.3894 0.64871 0.000 0.844 0.068 0.088
#> GSM30052 1 0.0921 0.82371 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM30053 2 0.6549 0.44971 0.000 0.612 0.268 0.120
#> GSM30054 2 0.3037 0.67396 0.000 0.880 0.020 0.100
#> GSM30055 2 0.6268 0.16778 0.028 0.516 0.016 0.440
#> GSM30056 2 0.4188 0.62639 0.000 0.752 0.004 0.244
#> GSM30057 3 0.4011 0.56663 0.008 0.208 0.784 0.000
#> GSM30058 2 0.2909 0.67319 0.000 0.888 0.020 0.092
#> GSM30059 4 0.2839 0.79946 0.004 0.108 0.004 0.884
#> GSM30060 1 0.7693 0.01350 0.424 0.224 0.352 0.000
#> GSM30061 4 0.1584 0.80650 0.000 0.036 0.012 0.952
#> GSM30062 4 0.3088 0.81492 0.000 0.060 0.052 0.888
#> GSM30063 4 0.6478 0.49973 0.000 0.336 0.088 0.576
#> GSM30064 1 0.2773 0.78863 0.880 0.000 0.116 0.004
#> GSM30065 2 0.3550 0.66899 0.000 0.860 0.044 0.096
#> GSM30066 3 0.4137 0.56641 0.012 0.208 0.780 0.000
#> GSM30067 1 0.4661 0.74512 0.728 0.016 0.256 0.000
#> GSM30068 3 0.4019 0.57402 0.012 0.196 0.792 0.000
#> GSM30069 3 0.6123 0.55031 0.132 0.192 0.676 0.000
#> GSM30070 3 0.5809 0.44636 0.004 0.076 0.696 0.224
#> GSM30071 3 0.6447 0.04258 0.000 0.068 0.484 0.448
#> GSM30072 1 0.2530 0.80330 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM30073 4 0.6252 0.58318 0.000 0.288 0.088 0.624
#> GSM30074 3 0.4626 0.55758 0.064 0.120 0.808 0.008
#> GSM30075 4 0.4883 0.58481 0.000 0.016 0.288 0.696
#> GSM30076 4 0.2805 0.80536 0.000 0.100 0.012 0.888
#> GSM30077 4 0.2408 0.80068 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM30078 4 0.2408 0.80068 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM30079 1 0.1807 0.82370 0.940 0.008 0.052 0.000
#> GSM30080 4 0.6113 0.59381 0.000 0.080 0.284 0.636
#> GSM30081 2 0.3894 0.65054 0.000 0.844 0.068 0.088
#> GSM30086 4 0.3105 0.78265 0.000 0.012 0.120 0.868
#> GSM30087 4 0.2408 0.80068 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM30088 4 0.1191 0.80405 0.004 0.024 0.004 0.968
#> GSM30089 1 0.2589 0.78974 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM30090 2 0.2401 0.67490 0.000 0.904 0.004 0.092
#> GSM30091 2 0.3894 0.65054 0.000 0.844 0.068 0.088
#> GSM30092 4 0.2921 0.78930 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM30093 2 0.3801 0.63207 0.000 0.780 0.000 0.220
#> GSM30094 2 0.2480 0.67427 0.000 0.904 0.008 0.088
#> GSM30095 2 0.5807 0.11569 0.040 0.596 0.364 0.000
#> GSM30096 1 0.4948 0.72918 0.724 0.016 0.252 0.008
#> GSM30097 4 0.3391 0.78560 0.004 0.148 0.004 0.844
#> GSM30098 1 0.2987 0.81298 0.880 0.016 0.104 0.000
#> GSM30099 2 0.6304 0.56731 0.064 0.652 0.016 0.268
#> GSM30100 3 0.6879 0.51179 0.188 0.216 0.596 0.000
#> GSM30101 2 0.3176 0.66562 0.000 0.880 0.036 0.084
#> GSM30102 2 0.4072 0.62758 0.000 0.748 0.000 0.252
#> GSM30103 1 0.2909 0.81832 0.888 0.020 0.092 0.000
#> GSM30104 4 0.3837 0.70276 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM30105 1 0.1492 0.82638 0.956 0.004 0.036 0.004
#> GSM30106 4 0.2773 0.77668 0.000 0.004 0.116 0.880
#> GSM30107 4 0.4015 0.79145 0.000 0.052 0.116 0.832
#> GSM30108 3 0.4948 0.13585 0.440 0.000 0.560 0.000
#> GSM30109 1 0.3428 0.80326 0.844 0.012 0.144 0.000
#> GSM30110 4 0.6474 0.62091 0.000 0.120 0.256 0.624
#> GSM30111 4 0.6305 0.60690 0.036 0.076 0.184 0.704
#> GSM30112 1 0.4399 0.74479 0.760 0.016 0.224 0.000
#> GSM30113 3 0.3908 0.56523 0.000 0.212 0.784 0.004
#> GSM30114 2 0.7762 0.11266 0.000 0.384 0.380 0.236
#> GSM30115 4 0.5339 0.75505 0.000 0.156 0.100 0.744
#> GSM30116 2 0.7363 0.12120 0.200 0.516 0.284 0.000
#> GSM30117 2 0.8882 0.09234 0.224 0.412 0.304 0.060
#> GSM30118 3 0.3345 0.57760 0.012 0.124 0.860 0.004
#> GSM30119 3 0.6603 0.24315 0.000 0.328 0.572 0.100
#> GSM30120 3 0.5896 0.31776 0.004 0.052 0.648 0.296
#> GSM30121 1 0.4908 0.72834 0.692 0.016 0.292 0.000
#> GSM30122 1 0.5300 0.73077 0.720 0.024 0.240 0.016
#> GSM30123 2 0.4535 0.54060 0.000 0.704 0.004 0.292
#> GSM30177 2 0.4535 0.54060 0.000 0.704 0.004 0.292
#> GSM30178 4 0.3873 0.71741 0.000 0.228 0.000 0.772
#> GSM30179 1 0.5427 0.74753 0.780 0.072 0.040 0.108
#> GSM30180 1 0.5458 0.63328 0.612 0.016 0.368 0.004
#> GSM30181 4 0.4182 0.74208 0.000 0.024 0.180 0.796
#> GSM30182 4 0.3219 0.77584 0.000 0.164 0.000 0.836
#> GSM30183 1 0.5110 0.71988 0.684 0.016 0.296 0.004
#> GSM30184 2 0.2799 0.67425 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM30185 1 0.6079 0.66794 0.652 0.060 0.280 0.008
#> GSM30186 2 0.7711 0.38497 0.092 0.596 0.232 0.080
#> GSM30187 4 0.3649 0.74433 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM30188 4 0.3074 0.78189 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM30189 4 0.3670 0.78261 0.004 0.092 0.044 0.860
#> GSM30190 2 0.2546 0.67490 0.000 0.900 0.008 0.092
#> GSM30191 4 0.4999 0.03124 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM30192 4 0.5395 0.74728 0.000 0.092 0.172 0.736
#> GSM30193 4 0.4352 0.79142 0.000 0.080 0.104 0.816
#> GSM30194 3 0.6170 0.16689 0.000 0.420 0.528 0.052
#> GSM30195 3 0.6720 0.45277 0.076 0.024 0.628 0.272
#> GSM30196 1 0.2868 0.78969 0.864 0.000 0.136 0.000
#> GSM30197 4 0.4163 0.79388 0.000 0.076 0.096 0.828
#> GSM30198 4 0.5106 0.70988 0.036 0.056 0.112 0.796
#> GSM30199 1 0.4804 0.71364 0.708 0.016 0.276 0.000
#> GSM30200 4 0.4090 0.74627 0.008 0.040 0.116 0.836
#> GSM30201 4 0.0859 0.80637 0.008 0.008 0.004 0.980
#> GSM30202 3 0.8389 -0.09225 0.340 0.020 0.380 0.260
#> GSM30203 4 0.3172 0.77683 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM30204 4 0.5820 0.67805 0.052 0.068 0.124 0.756
#> GSM30205 2 0.7958 -0.24602 0.192 0.404 0.392 0.012
#> GSM30206 4 0.1492 0.80130 0.004 0.036 0.004 0.956
#> GSM30207 4 0.4182 0.73441 0.036 0.104 0.020 0.840
#> GSM30208 4 0.4540 0.71459 0.056 0.100 0.020 0.824
#> GSM30209 2 0.7047 0.51699 0.100 0.576 0.016 0.308
#> GSM30210 1 0.1786 0.81611 0.948 0.036 0.008 0.008
#> GSM30211 4 0.1807 0.80151 0.008 0.000 0.052 0.940
#> GSM30212 1 0.0921 0.82382 0.972 0.000 0.028 0.000
#> GSM30213 1 0.1807 0.82370 0.940 0.008 0.052 0.000
#> GSM30214 1 0.4549 0.79265 0.816 0.076 0.100 0.008
#> GSM30215 1 0.4736 0.78922 0.808 0.076 0.104 0.012
#> GSM30216 1 0.3335 0.80881 0.856 0.016 0.128 0.000
#> GSM30217 1 0.3777 0.79992 0.864 0.068 0.056 0.012
#> GSM30218 4 0.3720 0.75669 0.024 0.100 0.016 0.860
#> GSM30219 2 0.5942 0.08361 0.040 0.548 0.412 0.000
#> GSM30220 1 0.0817 0.82327 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM30221 4 0.2921 0.78851 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM30222 4 0.2976 0.77951 0.000 0.008 0.120 0.872
#> GSM30223 1 0.2921 0.78910 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM30224 4 0.1675 0.79880 0.004 0.044 0.004 0.948
#> GSM30225 3 0.7734 0.01475 0.132 0.020 0.444 0.404
#> GSM30226 1 0.6326 0.63392 0.624 0.068 0.300 0.008
#> GSM30227 3 0.8293 0.12047 0.244 0.020 0.424 0.312
#> GSM30228 2 0.2973 0.66483 0.000 0.856 0.000 0.144
#> GSM30229 4 0.2704 0.79278 0.000 0.124 0.000 0.876
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.173 0.68562 0.000 0.008 0.940 0.040 0.012
#> GSM30007 1 0.221 0.66145 0.916 0.052 0.004 0.000 0.028
#> GSM30008 2 0.546 -0.33217 0.460 0.492 0.000 0.036 0.012
#> GSM30009 1 0.239 0.65929 0.888 0.104 0.004 0.000 0.004
#> GSM30010 5 0.231 0.73557 0.012 0.008 0.056 0.008 0.916
#> GSM30011 3 0.148 0.68194 0.000 0.008 0.952 0.028 0.012
#> GSM30012 3 0.645 0.30852 0.000 0.008 0.536 0.272 0.184
#> GSM30013 4 0.586 0.14545 0.000 0.008 0.328 0.572 0.092
#> GSM30014 5 0.167 0.73401 0.008 0.016 0.032 0.000 0.944
#> GSM30015 2 0.865 0.17532 0.136 0.312 0.012 0.300 0.240
#> GSM30016 5 0.718 0.50420 0.088 0.052 0.020 0.332 0.508
#> GSM30017 2 0.540 0.16119 0.060 0.536 0.000 0.404 0.000
#> GSM30018 4 0.515 0.54111 0.000 0.336 0.028 0.620 0.016
#> GSM30019 3 0.585 0.41178 0.000 0.004 0.620 0.220 0.156
#> GSM30020 1 0.543 0.29408 0.476 0.476 0.000 0.040 0.008
#> GSM30021 5 0.240 0.73366 0.016 0.012 0.028 0.024 0.920
#> GSM30022 1 0.144 0.67507 0.948 0.044 0.004 0.000 0.004
#> GSM30023 4 0.440 0.07134 0.000 0.328 0.000 0.656 0.016
#> GSM30024 5 0.653 0.56661 0.252 0.060 0.096 0.000 0.592
#> GSM30025 1 0.477 0.41356 0.572 0.412 0.004 0.004 0.008
#> GSM30026 2 0.397 0.08443 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> GSM30027 2 0.618 -0.25047 0.432 0.488 0.040 0.028 0.012
#> GSM30028 2 0.656 -0.13966 0.364 0.468 0.000 0.160 0.008
#> GSM30029 1 0.525 0.32127 0.504 0.456 0.000 0.036 0.004
#> GSM30030 1 0.467 0.53317 0.656 0.316 0.004 0.000 0.024
#> GSM30031 1 0.530 0.30485 0.488 0.472 0.000 0.032 0.008
#> GSM30032 2 0.606 -0.26897 0.436 0.492 0.036 0.016 0.020
#> GSM30033 3 0.724 0.11722 0.088 0.408 0.436 0.020 0.048
#> GSM30034 4 0.588 0.52643 0.000 0.368 0.068 0.548 0.016
#> GSM30035 3 0.854 -0.06689 0.220 0.236 0.316 0.000 0.228
#> GSM30036 3 0.665 -0.15286 0.000 0.300 0.444 0.256 0.000
#> GSM30037 1 0.177 0.67121 0.924 0.072 0.000 0.000 0.004
#> GSM30038 5 0.611 0.63508 0.208 0.024 0.012 0.104 0.652
#> GSM30039 3 0.640 0.29813 0.000 0.004 0.524 0.288 0.184
#> GSM30040 3 0.600 -0.04348 0.000 0.112 0.456 0.000 0.432
#> GSM30041 3 0.340 0.64894 0.000 0.004 0.828 0.144 0.024
#> GSM30042 4 0.669 -0.13628 0.000 0.000 0.248 0.416 0.336
#> GSM30043 5 0.269 0.70826 0.016 0.012 0.084 0.000 0.888
#> GSM30044 1 0.282 0.64242 0.892 0.064 0.004 0.012 0.028
#> GSM30045 1 0.274 0.64045 0.892 0.064 0.000 0.012 0.032
#> GSM30046 4 0.475 0.54186 0.000 0.184 0.080 0.732 0.004
#> GSM30047 4 0.561 0.48115 0.000 0.360 0.072 0.564 0.004
#> GSM30048 4 0.366 0.47740 0.000 0.252 0.004 0.744 0.000
#> GSM30049 3 0.215 0.67283 0.000 0.004 0.920 0.032 0.044
#> GSM30050 3 0.444 0.55823 0.000 0.104 0.760 0.136 0.000
#> GSM30051 3 0.260 0.66507 0.000 0.004 0.896 0.040 0.060
#> GSM30052 1 0.205 0.67000 0.912 0.080 0.004 0.000 0.004
#> GSM30053 3 0.645 0.28317 0.000 0.004 0.512 0.300 0.184
#> GSM30054 3 0.279 0.68086 0.000 0.008 0.888 0.064 0.040
#> GSM30055 3 0.723 0.06853 0.004 0.300 0.388 0.296 0.012
#> GSM30056 3 0.324 0.67207 0.000 0.048 0.848 0.104 0.000
#> GSM30057 5 0.163 0.73357 0.016 0.004 0.036 0.000 0.944
#> GSM30058 3 0.168 0.68401 0.000 0.004 0.940 0.044 0.012
#> GSM30059 4 0.507 0.53187 0.000 0.364 0.044 0.592 0.000
#> GSM30060 5 0.765 0.17946 0.124 0.352 0.108 0.000 0.416
#> GSM30061 4 0.460 0.51929 0.000 0.340 0.016 0.640 0.004
#> GSM30062 4 0.493 0.53851 0.000 0.296 0.052 0.652 0.000
#> GSM30063 4 0.588 -0.01953 0.000 0.008 0.420 0.496 0.076
#> GSM30064 1 0.391 0.61496 0.816 0.136 0.008 0.012 0.028
#> GSM30065 3 0.313 0.65210 0.000 0.004 0.864 0.080 0.052
#> GSM30066 5 0.238 0.71825 0.016 0.012 0.064 0.000 0.908
#> GSM30067 1 0.565 0.57480 0.688 0.124 0.028 0.000 0.160
#> GSM30068 5 0.174 0.73698 0.024 0.004 0.032 0.000 0.940
#> GSM30069 5 0.427 0.68985 0.184 0.012 0.036 0.000 0.768
#> GSM30070 5 0.566 0.44272 0.020 0.016 0.020 0.376 0.568
#> GSM30071 4 0.439 0.27156 0.000 0.016 0.016 0.728 0.240
#> GSM30072 1 0.197 0.65486 0.924 0.052 0.000 0.000 0.024
#> GSM30073 4 0.547 0.18968 0.000 0.020 0.360 0.584 0.036
#> GSM30074 5 0.526 0.62163 0.016 0.188 0.004 0.080 0.712
#> GSM30075 4 0.388 0.38576 0.000 0.012 0.016 0.784 0.188
#> GSM30076 4 0.542 0.54976 0.000 0.332 0.044 0.608 0.016
#> GSM30077 4 0.555 0.54355 0.000 0.340 0.084 0.576 0.000
#> GSM30078 4 0.553 0.54459 0.000 0.336 0.084 0.580 0.000
#> GSM30079 1 0.120 0.67580 0.956 0.040 0.004 0.000 0.000
#> GSM30080 4 0.410 0.39695 0.000 0.000 0.048 0.768 0.184
#> GSM30081 3 0.267 0.66691 0.000 0.004 0.892 0.044 0.060
#> GSM30086 4 0.294 0.46337 0.000 0.012 0.024 0.876 0.088
#> GSM30087 4 0.543 0.54427 0.000 0.336 0.076 0.588 0.000
#> GSM30088 4 0.457 0.52615 0.000 0.348 0.020 0.632 0.000
#> GSM30089 1 0.408 0.62256 0.792 0.164 0.004 0.012 0.028
#> GSM30090 3 0.181 0.68522 0.000 0.012 0.936 0.044 0.008
#> GSM30091 3 0.267 0.66691 0.000 0.004 0.892 0.044 0.060
#> GSM30092 4 0.625 0.50580 0.000 0.364 0.152 0.484 0.000
#> GSM30093 3 0.205 0.68349 0.000 0.028 0.920 0.052 0.000
#> GSM30094 3 0.153 0.68447 0.000 0.004 0.948 0.036 0.012
#> GSM30095 3 0.627 -0.03823 0.004 0.128 0.448 0.000 0.420
#> GSM30096 1 0.679 0.46691 0.488 0.280 0.012 0.000 0.220
#> GSM30097 4 0.601 0.51245 0.000 0.376 0.120 0.504 0.000
#> GSM30098 1 0.241 0.66599 0.900 0.080 0.012 0.000 0.008
#> GSM30099 3 0.533 0.57678 0.004 0.096 0.696 0.196 0.008
#> GSM30100 5 0.524 0.66229 0.212 0.016 0.076 0.000 0.696
#> GSM30101 3 0.259 0.67673 0.000 0.008 0.900 0.048 0.044
#> GSM30102 3 0.410 0.60656 0.000 0.044 0.764 0.192 0.000
#> GSM30103 1 0.414 0.64824 0.768 0.196 0.020 0.000 0.016
#> GSM30104 4 0.644 0.47924 0.000 0.324 0.196 0.480 0.000
#> GSM30105 1 0.320 0.66724 0.832 0.152 0.012 0.000 0.004
#> GSM30106 4 0.175 0.46143 0.000 0.032 0.000 0.936 0.032
#> GSM30107 4 0.268 0.46291 0.000 0.040 0.020 0.900 0.040
#> GSM30108 5 0.550 0.25956 0.464 0.052 0.004 0.000 0.480
#> GSM30109 1 0.325 0.65233 0.856 0.112 0.008 0.012 0.012
#> GSM30110 4 0.807 0.23525 0.020 0.276 0.116 0.464 0.124
#> GSM30111 4 0.497 0.31491 0.036 0.144 0.016 0.764 0.040
#> GSM30112 1 0.366 0.63798 0.832 0.112 0.000 0.012 0.044
#> GSM30113 5 0.238 0.73471 0.008 0.012 0.060 0.008 0.912
#> GSM30114 4 0.676 -0.08689 0.000 0.004 0.360 0.416 0.220
#> GSM30115 4 0.444 0.43928 0.000 0.024 0.180 0.764 0.032
#> GSM30116 3 0.749 0.22318 0.084 0.164 0.488 0.000 0.264
#> GSM30117 3 0.863 -0.00138 0.184 0.256 0.316 0.004 0.240
#> GSM30118 5 0.359 0.68788 0.024 0.048 0.020 0.044 0.864
#> GSM30119 5 0.603 0.44603 0.000 0.012 0.096 0.336 0.556
#> GSM30120 4 0.679 -0.17579 0.016 0.056 0.048 0.472 0.408
#> GSM30121 1 0.563 0.57488 0.688 0.112 0.028 0.000 0.172
#> GSM30122 1 0.674 0.49333 0.520 0.276 0.020 0.000 0.184
#> GSM30123 3 0.354 0.65091 0.000 0.088 0.832 0.080 0.000
#> GSM30177 3 0.265 0.67792 0.000 0.048 0.888 0.064 0.000
#> GSM30178 4 0.660 0.46389 0.000 0.356 0.216 0.428 0.000
#> GSM30179 2 0.605 -0.17050 0.404 0.500 0.000 0.084 0.012
#> GSM30180 1 0.630 0.48899 0.572 0.160 0.012 0.000 0.256
#> GSM30181 4 0.326 0.43487 0.000 0.004 0.020 0.836 0.140
#> GSM30182 4 0.659 0.49401 0.000 0.336 0.192 0.468 0.004
#> GSM30183 1 0.595 0.55898 0.656 0.140 0.028 0.000 0.176
#> GSM30184 3 0.348 0.65168 0.000 0.008 0.828 0.140 0.024
#> GSM30185 1 0.757 0.39029 0.424 0.284 0.052 0.000 0.240
#> GSM30186 3 0.666 0.37444 0.036 0.160 0.592 0.004 0.208
#> GSM30187 4 0.648 0.50400 0.000 0.352 0.168 0.476 0.004
#> GSM30188 4 0.630 0.52292 0.000 0.336 0.148 0.512 0.004
#> GSM30189 2 0.604 -0.37558 0.000 0.484 0.060 0.432 0.024
#> GSM30190 3 0.133 0.68406 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> GSM30191 3 0.673 -0.23521 0.000 0.324 0.408 0.268 0.000
#> GSM30192 4 0.367 0.43906 0.000 0.000 0.048 0.812 0.140
#> GSM30193 4 0.192 0.48898 0.000 0.000 0.040 0.928 0.032
#> GSM30194 5 0.454 0.45190 0.000 0.008 0.320 0.012 0.660
#> GSM30195 4 0.679 -0.30630 0.052 0.040 0.024 0.464 0.420
#> GSM30196 1 0.257 0.64330 0.900 0.064 0.000 0.012 0.024
#> GSM30197 4 0.446 0.53746 0.000 0.196 0.064 0.740 0.000
#> GSM30198 4 0.412 0.40638 0.000 0.304 0.004 0.688 0.004
#> GSM30199 1 0.674 0.47237 0.504 0.240 0.012 0.000 0.244
#> GSM30200 4 0.364 0.44213 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> GSM30201 4 0.435 0.52092 0.000 0.356 0.004 0.636 0.004
#> GSM30202 1 0.789 0.27523 0.432 0.248 0.012 0.056 0.252
#> GSM30203 4 0.667 0.49016 0.000 0.360 0.180 0.452 0.008
#> GSM30204 2 0.430 -0.04583 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM30205 2 0.771 -0.13770 0.040 0.408 0.256 0.008 0.288
#> GSM30206 4 0.470 0.49569 0.000 0.388 0.020 0.592 0.000
#> GSM30207 2 0.400 0.08540 0.000 0.704 0.008 0.288 0.000
#> GSM30208 2 0.395 0.07381 0.004 0.696 0.000 0.300 0.000
#> GSM30209 3 0.633 0.53376 0.020 0.124 0.648 0.184 0.024
#> GSM30210 1 0.425 0.52801 0.688 0.300 0.004 0.004 0.004
#> GSM30211 4 0.408 0.52285 0.000 0.328 0.004 0.668 0.000
#> GSM30212 1 0.205 0.67288 0.912 0.080 0.004 0.000 0.004
#> GSM30213 1 0.150 0.67779 0.940 0.056 0.004 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.512 0.44164 0.540 0.428 0.008 0.000 0.024
#> GSM30215 1 0.511 0.39314 0.508 0.464 0.004 0.004 0.020
#> GSM30216 1 0.235 0.66701 0.900 0.084 0.004 0.000 0.012
#> GSM30217 1 0.506 0.35858 0.528 0.444 0.000 0.008 0.020
#> GSM30218 2 0.666 -0.16256 0.004 0.468 0.116 0.392 0.020
#> GSM30219 3 0.708 0.11977 0.052 0.128 0.468 0.000 0.352
#> GSM30220 1 0.211 0.67007 0.908 0.084 0.004 0.000 0.004
#> GSM30221 4 0.585 0.54531 0.000 0.340 0.072 0.572 0.016
#> GSM30222 4 0.269 0.45390 0.000 0.012 0.016 0.888 0.084
#> GSM30223 1 0.257 0.64330 0.900 0.064 0.000 0.012 0.024
#> GSM30224 4 0.464 0.48270 0.000 0.400 0.016 0.584 0.000
#> GSM30225 2 0.876 0.17001 0.164 0.308 0.012 0.276 0.240
#> GSM30226 1 0.757 0.39029 0.424 0.284 0.052 0.000 0.240
#> GSM30227 1 0.889 -0.02938 0.280 0.244 0.012 0.248 0.216
#> GSM30228 3 0.167 0.68544 0.000 0.012 0.936 0.052 0.000
#> GSM30229 4 0.601 0.51837 0.000 0.328 0.088 0.568 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.1003 0.73568 0.000 0.020 0.964 0.016 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.2159 0.65422 0.904 0.012 0.000 0.000 0.012 0.072
#> GSM30008 6 0.4399 0.43345 0.140 0.036 0.000 0.044 0.012 0.768
#> GSM30009 1 0.3615 0.51741 0.700 0.008 0.000 0.000 0.000 0.292
#> GSM30010 5 0.1176 0.74393 0.000 0.024 0.020 0.000 0.956 0.000
#> GSM30011 3 0.1194 0.73384 0.000 0.032 0.956 0.004 0.000 0.008
#> GSM30012 3 0.5353 0.20071 0.000 0.372 0.548 0.020 0.056 0.004
#> GSM30013 2 0.6241 0.31891 0.000 0.520 0.300 0.140 0.036 0.004
#> GSM30014 5 0.1363 0.74574 0.004 0.012 0.028 0.000 0.952 0.004
#> GSM30015 2 0.8716 -0.06231 0.148 0.356 0.004 0.156 0.164 0.172
#> GSM30016 2 0.6940 0.05350 0.088 0.448 0.004 0.088 0.356 0.016
#> GSM30017 6 0.7418 0.20954 0.164 0.200 0.000 0.168 0.012 0.456
#> GSM30018 4 0.1714 0.67876 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.4909 0.39342 0.000 0.280 0.648 0.016 0.052 0.004
#> GSM30020 6 0.5236 0.38569 0.284 0.044 0.000 0.028 0.012 0.632
#> GSM30021 5 0.2116 0.73624 0.024 0.036 0.024 0.000 0.916 0.000
#> GSM30022 1 0.3654 0.63946 0.792 0.060 0.000 0.000 0.004 0.144
#> GSM30023 2 0.6444 0.15808 0.032 0.424 0.000 0.140 0.008 0.396
#> GSM30024 5 0.6053 0.58360 0.192 0.024 0.048 0.000 0.628 0.108
#> GSM30025 6 0.3175 0.38381 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> GSM30026 4 0.5035 0.20547 0.004 0.036 0.000 0.488 0.012 0.460
#> GSM30027 6 0.4100 0.46107 0.152 0.032 0.020 0.016 0.000 0.780
#> GSM30028 6 0.6482 0.34760 0.252 0.152 0.000 0.040 0.016 0.540
#> GSM30029 6 0.5185 0.33839 0.328 0.040 0.000 0.024 0.008 0.600
#> GSM30030 6 0.4426 0.14874 0.376 0.020 0.000 0.000 0.008 0.596
#> GSM30031 6 0.5065 0.38050 0.288 0.032 0.000 0.028 0.012 0.640
#> GSM30032 6 0.3795 0.46315 0.132 0.032 0.012 0.008 0.008 0.808
#> GSM30033 6 0.5200 0.32458 0.028 0.032 0.288 0.012 0.004 0.636
#> GSM30034 4 0.3363 0.69682 0.000 0.088 0.040 0.844 0.008 0.020
#> GSM30035 6 0.7739 0.23840 0.048 0.240 0.144 0.000 0.124 0.444
#> GSM30036 4 0.4693 0.37890 0.000 0.024 0.384 0.576 0.000 0.016
#> GSM30037 1 0.3354 0.57142 0.752 0.004 0.000 0.000 0.004 0.240
#> GSM30038 5 0.5353 0.51973 0.264 0.124 0.004 0.000 0.604 0.004
#> GSM30039 3 0.5433 0.17379 0.000 0.376 0.540 0.024 0.056 0.004
#> GSM30040 5 0.5775 0.20872 0.000 0.020 0.408 0.000 0.468 0.104
#> GSM30041 3 0.3355 0.66187 0.000 0.064 0.828 0.100 0.008 0.000
#> GSM30042 2 0.7213 0.36515 0.000 0.460 0.220 0.136 0.180 0.004
#> GSM30043 5 0.1975 0.73733 0.008 0.008 0.044 0.000 0.924 0.016
#> GSM30044 1 0.0964 0.64926 0.968 0.016 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM30045 1 0.0806 0.64736 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000
#> GSM30046 4 0.5363 0.33180 0.000 0.268 0.080 0.624 0.004 0.024
#> GSM30047 4 0.3229 0.69043 0.000 0.044 0.040 0.852 0.000 0.064
#> GSM30048 4 0.5657 0.25791 0.052 0.240 0.004 0.636 0.008 0.060
#> GSM30049 3 0.1722 0.72516 0.000 0.016 0.936 0.008 0.036 0.004
#> GSM30050 3 0.4125 0.52266 0.000 0.024 0.716 0.244 0.000 0.016
#> GSM30051 3 0.1639 0.72110 0.000 0.008 0.940 0.008 0.036 0.008
#> GSM30052 1 0.3298 0.56939 0.756 0.008 0.000 0.000 0.000 0.236
#> GSM30053 3 0.5425 0.17821 0.000 0.372 0.544 0.024 0.056 0.004
#> GSM30054 3 0.2697 0.71304 0.000 0.064 0.884 0.032 0.016 0.004
#> GSM30055 6 0.6985 0.00598 0.000 0.060 0.280 0.288 0.000 0.372
#> GSM30056 3 0.3593 0.65793 0.000 0.016 0.784 0.180 0.000 0.020
#> GSM30057 5 0.1332 0.74512 0.008 0.012 0.028 0.000 0.952 0.000
#> GSM30058 3 0.1049 0.73476 0.000 0.008 0.960 0.032 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.1492 0.71778 0.000 0.000 0.036 0.940 0.000 0.024
#> GSM30060 6 0.6318 0.13930 0.040 0.040 0.056 0.000 0.360 0.504
#> GSM30061 4 0.2971 0.68294 0.000 0.072 0.020 0.868 0.004 0.036
#> GSM30062 4 0.3747 0.66399 0.000 0.096 0.060 0.816 0.004 0.024
#> GSM30063 3 0.5784 0.06920 0.000 0.400 0.488 0.084 0.024 0.004
#> GSM30064 1 0.2544 0.60188 0.888 0.028 0.004 0.000 0.008 0.072
#> GSM30065 3 0.2890 0.67464 0.000 0.096 0.864 0.016 0.020 0.004
#> GSM30066 5 0.1780 0.74080 0.008 0.008 0.044 0.000 0.932 0.008
#> GSM30067 1 0.7064 0.24788 0.416 0.260 0.000 0.000 0.084 0.240
#> GSM30068 5 0.1832 0.74603 0.008 0.032 0.032 0.000 0.928 0.000
#> GSM30069 5 0.3749 0.69976 0.124 0.044 0.028 0.000 0.804 0.000
#> GSM30070 5 0.6068 0.11196 0.024 0.376 0.004 0.120 0.476 0.000
#> GSM30071 2 0.5591 0.54982 0.004 0.564 0.004 0.308 0.116 0.004
#> GSM30072 1 0.1332 0.65736 0.952 0.008 0.000 0.000 0.012 0.028
#> GSM30073 2 0.6026 0.25635 0.000 0.480 0.364 0.136 0.016 0.004
#> GSM30074 5 0.4455 0.60800 0.016 0.072 0.000 0.000 0.728 0.184
#> GSM30075 2 0.5159 0.53114 0.000 0.548 0.004 0.376 0.068 0.004
#> GSM30076 4 0.2560 0.69352 0.000 0.092 0.036 0.872 0.000 0.000
#> GSM30077 4 0.1812 0.71879 0.000 0.008 0.080 0.912 0.000 0.000
#> GSM30078 4 0.1802 0.71970 0.000 0.012 0.072 0.916 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.3819 0.63314 0.768 0.052 0.000 0.000 0.004 0.176
#> GSM30080 2 0.5403 0.53086 0.000 0.552 0.024 0.356 0.068 0.000
#> GSM30081 3 0.1639 0.72160 0.000 0.008 0.940 0.008 0.036 0.008
#> GSM30086 2 0.4819 0.49160 0.000 0.532 0.004 0.424 0.036 0.004
#> GSM30087 4 0.2039 0.71857 0.000 0.020 0.076 0.904 0.000 0.000
#> GSM30088 4 0.1369 0.71185 0.000 0.016 0.016 0.952 0.000 0.016
#> GSM30089 1 0.2887 0.58795 0.856 0.020 0.004 0.000 0.008 0.112
#> GSM30090 3 0.0777 0.73492 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.1526 0.72283 0.000 0.008 0.944 0.008 0.036 0.004
#> GSM30092 4 0.2742 0.70479 0.000 0.012 0.128 0.852 0.000 0.008
#> GSM30093 3 0.1453 0.72872 0.000 0.008 0.944 0.040 0.000 0.008
#> GSM30094 3 0.1476 0.73150 0.000 0.028 0.948 0.008 0.012 0.004
#> GSM30095 5 0.5778 0.19108 0.000 0.020 0.412 0.000 0.464 0.104
#> GSM30096 6 0.7136 0.16729 0.176 0.196 0.004 0.000 0.144 0.480
#> GSM30097 4 0.2833 0.71677 0.000 0.012 0.104 0.860 0.000 0.024
#> GSM30098 1 0.5517 0.50460 0.596 0.148 0.000 0.000 0.012 0.244
#> GSM30099 3 0.6181 0.46543 0.000 0.048 0.556 0.232 0.000 0.164
#> GSM30100 5 0.4148 0.66247 0.180 0.008 0.048 0.000 0.756 0.008
#> GSM30101 3 0.2314 0.72420 0.000 0.048 0.908 0.012 0.024 0.008
#> GSM30102 3 0.4593 0.57954 0.000 0.036 0.688 0.248 0.000 0.028
#> GSM30103 6 0.6003 -0.07424 0.324 0.164 0.000 0.000 0.016 0.496
#> GSM30104 4 0.3147 0.69726 0.000 0.016 0.140 0.828 0.000 0.016
#> GSM30105 1 0.5278 0.39854 0.524 0.076 0.004 0.000 0.004 0.392
#> GSM30106 2 0.5027 0.49079 0.020 0.588 0.000 0.356 0.012 0.024
#> GSM30107 2 0.4701 0.50873 0.024 0.608 0.004 0.352 0.004 0.008
#> GSM30108 1 0.4161 0.12690 0.608 0.012 0.000 0.000 0.376 0.004
#> GSM30109 1 0.3266 0.62687 0.832 0.080 0.004 0.000 0.000 0.084
#> GSM30110 2 0.8336 0.09850 0.092 0.400 0.060 0.304 0.060 0.084
#> GSM30111 2 0.7054 0.41965 0.092 0.492 0.004 0.300 0.032 0.080
#> GSM30112 1 0.3019 0.64041 0.864 0.048 0.000 0.000 0.028 0.060
#> GSM30113 5 0.1495 0.74595 0.004 0.020 0.020 0.000 0.948 0.008
#> GSM30114 2 0.6282 0.27128 0.000 0.500 0.344 0.064 0.088 0.004
#> GSM30115 2 0.5862 0.44588 0.000 0.540 0.188 0.260 0.012 0.000
#> GSM30116 3 0.7906 -0.08565 0.020 0.148 0.332 0.000 0.220 0.280
#> GSM30117 6 0.7854 0.25673 0.032 0.208 0.160 0.004 0.160 0.436
#> GSM30118 5 0.4079 0.59559 0.020 0.168 0.012 0.000 0.772 0.028
#> GSM30119 5 0.5729 0.15367 0.000 0.356 0.016 0.116 0.512 0.000
#> GSM30120 2 0.5193 0.37473 0.016 0.692 0.008 0.068 0.200 0.016
#> GSM30121 1 0.7082 0.24747 0.420 0.272 0.000 0.000 0.092 0.216
#> GSM30122 6 0.6692 0.21728 0.136 0.216 0.004 0.000 0.108 0.536
#> GSM30123 3 0.3910 0.65643 0.000 0.024 0.784 0.148 0.000 0.044
#> GSM30177 3 0.2170 0.72080 0.000 0.016 0.908 0.060 0.000 0.016
#> GSM30178 4 0.3731 0.64262 0.000 0.024 0.212 0.756 0.000 0.008
#> GSM30179 6 0.4879 0.43268 0.092 0.028 0.000 0.160 0.004 0.716
#> GSM30180 1 0.7709 0.07488 0.332 0.228 0.004 0.000 0.176 0.260
#> GSM30181 2 0.4753 0.53720 0.000 0.596 0.000 0.348 0.052 0.004
#> GSM30182 4 0.3440 0.65674 0.000 0.028 0.196 0.776 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.7280 0.21825 0.396 0.284 0.000 0.004 0.096 0.220
#> GSM30184 3 0.3419 0.66210 0.000 0.072 0.824 0.096 0.008 0.000
#> GSM30185 6 0.6948 0.25386 0.100 0.200 0.012 0.000 0.168 0.520
#> GSM30186 3 0.7723 0.06964 0.004 0.212 0.400 0.016 0.120 0.248
#> GSM30187 4 0.3159 0.69181 0.000 0.020 0.152 0.820 0.000 0.008
#> GSM30188 4 0.2950 0.69478 0.000 0.024 0.148 0.828 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.4915 0.56411 0.000 0.184 0.032 0.716 0.016 0.052
#> GSM30190 3 0.0260 0.73188 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM30191 4 0.4546 0.43468 0.000 0.020 0.356 0.608 0.000 0.016
#> GSM30192 2 0.5201 0.53872 0.000 0.592 0.032 0.328 0.048 0.000
#> GSM30193 2 0.4486 0.48103 0.000 0.584 0.028 0.384 0.000 0.004
#> GSM30194 5 0.3884 0.61746 0.000 0.020 0.232 0.000 0.736 0.012
#> GSM30195 2 0.6929 0.28695 0.112 0.484 0.004 0.136 0.264 0.000
#> GSM30196 1 0.0767 0.65049 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM30197 4 0.5101 0.36171 0.000 0.252 0.052 0.660 0.008 0.028
#> GSM30198 4 0.6113 0.24257 0.056 0.244 0.004 0.600 0.012 0.084
#> GSM30199 6 0.6913 0.23624 0.128 0.152 0.004 0.000 0.204 0.512
#> GSM30200 4 0.5418 0.31320 0.040 0.232 0.004 0.660 0.012 0.052
#> GSM30201 4 0.2384 0.67558 0.000 0.056 0.004 0.900 0.008 0.032
#> GSM30202 6 0.8583 0.02738 0.220 0.256 0.004 0.060 0.180 0.280
#> GSM30203 4 0.3768 0.67125 0.000 0.044 0.168 0.780 0.004 0.004
#> GSM30204 6 0.7050 -0.01173 0.052 0.220 0.000 0.292 0.012 0.424
#> GSM30205 6 0.6060 0.31092 0.004 0.040 0.192 0.008 0.144 0.612
#> GSM30206 4 0.1321 0.71477 0.000 0.004 0.020 0.952 0.000 0.024
#> GSM30207 4 0.4487 0.29996 0.000 0.024 0.000 0.552 0.004 0.420
#> GSM30208 4 0.4513 0.34072 0.000 0.028 0.000 0.572 0.004 0.396
#> GSM30209 3 0.6730 0.46327 0.000 0.104 0.548 0.176 0.008 0.164
#> GSM30210 6 0.3797 0.12567 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> GSM30211 4 0.2700 0.64905 0.008 0.060 0.004 0.888 0.008 0.032
#> GSM30212 1 0.4306 0.50912 0.656 0.032 0.000 0.000 0.004 0.308
#> GSM30213 1 0.4431 0.58528 0.688 0.060 0.000 0.000 0.004 0.248
#> GSM30214 6 0.3084 0.40542 0.132 0.032 0.000 0.000 0.004 0.832
#> GSM30215 6 0.3879 0.37535 0.176 0.040 0.000 0.008 0.004 0.772
#> GSM30216 1 0.4436 0.59548 0.740 0.096 0.004 0.000 0.008 0.152
#> GSM30217 6 0.3161 0.41943 0.216 0.000 0.000 0.008 0.000 0.776
#> GSM30218 4 0.6801 0.24912 0.000 0.100 0.088 0.468 0.012 0.332
#> GSM30219 3 0.7967 -0.07788 0.016 0.208 0.328 0.000 0.208 0.240
#> GSM30220 1 0.3323 0.56564 0.752 0.008 0.000 0.000 0.000 0.240
#> GSM30221 4 0.3113 0.69517 0.000 0.100 0.048 0.844 0.008 0.000
#> GSM30222 2 0.4523 0.52438 0.000 0.592 0.000 0.372 0.032 0.004
#> GSM30223 1 0.0767 0.65054 0.976 0.012 0.000 0.000 0.008 0.004
#> GSM30224 4 0.1232 0.71434 0.000 0.004 0.016 0.956 0.000 0.024
#> GSM30225 2 0.8755 -0.07330 0.172 0.344 0.004 0.136 0.176 0.168
#> GSM30226 6 0.6952 0.25483 0.100 0.196 0.012 0.000 0.172 0.520
#> GSM30227 2 0.8135 -0.11171 0.288 0.360 0.004 0.044 0.164 0.140
#> GSM30228 3 0.1624 0.73004 0.000 0.008 0.936 0.044 0.000 0.012
#> GSM30229 4 0.3922 0.67497 0.000 0.100 0.056 0.808 0.008 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> MAD:kmeans 142 0.0504 2
#> MAD:kmeans 127 0.0360 3
#> MAD:kmeans 135 0.0169 4
#> MAD:kmeans 86 0.2674 5
#> MAD:kmeans 90 0.4595 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.504 0.709 0.835 0.5002 0.498 0.498
#> 3 3 0.592 0.784 0.851 0.3146 0.697 0.464
#> 4 4 0.603 0.722 0.815 0.1289 0.848 0.586
#> 5 5 0.612 0.471 0.699 0.0712 0.925 0.723
#> 6 6 0.667 0.589 0.737 0.0440 0.890 0.564
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30007 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30008 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30009 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30010 1 0.0376 0.576 0.996 0.004
#> GSM30011 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30012 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30013 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30014 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30015 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30016 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30017 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30018 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30019 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30020 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30021 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30022 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30023 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30024 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30025 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30026 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30027 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30028 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30029 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30030 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30031 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30032 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30033 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30034 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30035 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30036 2 0.1633 0.659 0.024 0.976
#> GSM30037 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30038 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30040 1 0.0376 0.576 0.996 0.004
#> GSM30041 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30042 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30043 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30045 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30046 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30047 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30048 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30049 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30050 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30051 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30052 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30053 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30054 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30055 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30056 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30057 1 0.0376 0.576 0.996 0.004
#> GSM30058 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30059 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30060 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30061 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30062 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30063 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30064 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30065 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30066 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30068 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30069 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30070 2 0.9732 0.734 0.404 0.596
#> GSM30071 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30072 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30073 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30074 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30075 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30076 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30077 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30078 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30079 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30080 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30081 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30086 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30087 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30088 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30089 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30090 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30091 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30092 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30093 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30094 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30095 1 0.0376 0.576 0.996 0.004
#> GSM30096 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30097 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30098 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30099 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30100 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30102 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30103 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30104 2 0.6801 0.689 0.180 0.820
#> GSM30105 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30106 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30107 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30108 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30109 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30110 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30111 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30112 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30113 1 0.0376 0.576 0.996 0.004
#> GSM30114 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30115 2 0.2603 0.663 0.044 0.956
#> GSM30116 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30117 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30118 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30119 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30120 2 0.9775 0.726 0.412 0.588
#> GSM30121 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30122 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30123 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30177 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30178 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30179 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30180 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30181 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30182 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30183 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30184 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30185 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30186 1 0.1184 0.559 0.984 0.016
#> GSM30187 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30188 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30189 2 0.0376 0.649 0.004 0.996
#> GSM30190 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30191 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30192 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30193 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30194 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30195 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30197 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30198 2 0.0672 0.643 0.008 0.992
#> GSM30199 1 0.7139 0.683 0.804 0.196
#> GSM30200 2 0.0376 0.649 0.004 0.996
#> GSM30201 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30202 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30203 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30204 2 0.1843 0.614 0.028 0.972
#> GSM30205 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30206 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30207 2 0.0376 0.649 0.004 0.996
#> GSM30208 2 0.0376 0.649 0.004 0.996
#> GSM30209 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30210 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30211 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30212 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30213 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30214 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30215 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30216 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30217 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30218 2 0.4815 0.674 0.104 0.896
#> GSM30219 1 0.0000 0.580 1.000 0.000
#> GSM30220 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30221 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30222 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30223 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30224 2 0.0000 0.654 0.000 1.000
#> GSM30225 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30226 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30227 1 0.9710 0.798 0.600 0.400
#> GSM30228 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
#> GSM30229 2 0.9710 0.737 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30007 2 0.0237 0.9019 0.000 0.996 0.004
#> GSM30008 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30009 2 0.1753 0.8888 0.048 0.952 0.000
#> GSM30010 3 0.4172 0.7170 0.004 0.156 0.840
#> GSM30011 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30012 3 0.1860 0.7766 0.052 0.000 0.948
#> GSM30013 3 0.3412 0.6967 0.124 0.000 0.876
#> GSM30014 3 0.6126 0.5337 0.004 0.352 0.644
#> GSM30015 2 0.7027 0.5510 0.296 0.660 0.044
#> GSM30016 3 0.7310 0.5230 0.040 0.360 0.600
#> GSM30017 1 0.3192 0.6936 0.888 0.112 0.000
#> GSM30018 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30019 3 0.1860 0.7766 0.052 0.000 0.948
#> GSM30020 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30021 3 0.6126 0.5337 0.004 0.352 0.644
#> GSM30022 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0000 0.8028 1.000 0.000 0.000
#> GSM30024 3 0.6309 0.2773 0.000 0.500 0.500
#> GSM30025 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30026 1 0.2173 0.7525 0.944 0.048 0.008
#> GSM30027 2 0.4110 0.8367 0.152 0.844 0.004
#> GSM30028 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30029 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30030 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30031 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30032 2 0.4110 0.8367 0.152 0.844 0.004
#> GSM30033 3 0.9118 0.3261 0.152 0.352 0.496
#> GSM30034 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30035 2 0.1753 0.8901 0.000 0.952 0.048
#> GSM30036 1 0.5591 0.7853 0.696 0.000 0.304
#> GSM30037 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30038 3 0.6330 0.5141 0.004 0.396 0.600
#> GSM30039 3 0.1860 0.7766 0.052 0.000 0.948
#> GSM30040 3 0.4602 0.7220 0.016 0.152 0.832
#> GSM30041 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30042 3 0.1964 0.7755 0.056 0.000 0.944
#> GSM30043 3 0.5873 0.5845 0.004 0.312 0.684
#> GSM30044 2 0.0237 0.9019 0.000 0.996 0.004
#> GSM30045 2 0.0237 0.9019 0.000 0.996 0.004
#> GSM30046 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30047 1 0.3941 0.9194 0.844 0.000 0.156
#> GSM30048 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30049 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30050 1 0.5968 0.7024 0.636 0.000 0.364
#> GSM30051 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30052 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30053 3 0.1860 0.7766 0.052 0.000 0.948
#> GSM30054 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30055 3 0.6483 0.5528 0.392 0.008 0.600
#> GSM30056 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30057 3 0.4172 0.7170 0.004 0.156 0.840
#> GSM30058 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30059 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30060 2 0.5760 0.3521 0.000 0.672 0.328
#> GSM30061 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30062 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30063 3 0.5497 0.3544 0.292 0.000 0.708
#> GSM30064 2 0.3918 0.8449 0.140 0.856 0.004
#> GSM30065 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30066 3 0.6126 0.5337 0.004 0.352 0.644
#> GSM30067 2 0.1031 0.8985 0.000 0.976 0.024
#> GSM30068 3 0.6126 0.5337 0.004 0.352 0.644
#> GSM30069 3 0.6209 0.5252 0.004 0.368 0.628
#> GSM30070 3 0.1989 0.7769 0.048 0.004 0.948
#> GSM30071 3 0.3752 0.7511 0.144 0.000 0.856
#> GSM30072 2 0.0237 0.9019 0.000 0.996 0.004
#> GSM30073 1 0.5905 0.7158 0.648 0.000 0.352
#> GSM30074 3 0.8536 0.5295 0.144 0.260 0.596
#> GSM30075 1 0.5650 0.7439 0.688 0.000 0.312
#> GSM30076 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30077 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30078 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30079 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30080 1 0.5733 0.7237 0.676 0.000 0.324
#> GSM30081 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30086 1 0.5431 0.7857 0.716 0.000 0.284
#> GSM30087 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30088 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30089 2 0.1878 0.8915 0.044 0.952 0.004
#> GSM30090 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30091 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30092 1 0.4002 0.9184 0.840 0.000 0.160
#> GSM30093 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30094 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30095 3 0.4531 0.7201 0.008 0.168 0.824
#> GSM30096 2 0.1643 0.8911 0.000 0.956 0.044
#> GSM30097 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30098 2 0.1031 0.8985 0.000 0.976 0.024
#> GSM30099 3 0.2165 0.7753 0.064 0.000 0.936
#> GSM30100 3 0.6330 0.5141 0.004 0.396 0.600
#> GSM30101 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30102 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30103 2 0.1031 0.8991 0.000 0.976 0.024
#> GSM30104 1 0.3941 0.9194 0.844 0.000 0.156
#> GSM30105 2 0.0424 0.9016 0.008 0.992 0.000
#> GSM30106 1 0.3879 0.9194 0.848 0.000 0.152
#> GSM30107 1 0.3879 0.9194 0.848 0.000 0.152
#> GSM30108 2 0.0475 0.9007 0.004 0.992 0.004
#> GSM30109 2 0.0592 0.9012 0.000 0.988 0.012
#> GSM30110 1 0.6189 0.7459 0.632 0.004 0.364
#> GSM30111 2 0.6359 0.4277 0.404 0.592 0.004
#> GSM30112 2 0.1399 0.8967 0.004 0.968 0.028
#> GSM30113 3 0.4172 0.7170 0.004 0.156 0.840
#> GSM30114 3 0.1860 0.7766 0.052 0.000 0.948
#> GSM30115 1 0.5733 0.7548 0.676 0.000 0.324
#> GSM30116 3 0.6286 0.2952 0.000 0.464 0.536
#> GSM30117 2 0.1753 0.8901 0.000 0.952 0.048
#> GSM30118 3 0.6126 0.5337 0.004 0.352 0.644
#> GSM30119 3 0.1753 0.7771 0.048 0.000 0.952
#> GSM30120 1 0.6948 0.5086 0.512 0.016 0.472
#> GSM30121 2 0.1163 0.8973 0.000 0.972 0.028
#> GSM30122 2 0.1411 0.8948 0.000 0.964 0.036
#> GSM30123 3 0.5216 0.4580 0.260 0.000 0.740
#> GSM30177 3 0.4887 0.5275 0.228 0.000 0.772
#> GSM30178 1 0.4002 0.9184 0.840 0.000 0.160
#> GSM30179 2 0.3941 0.8352 0.156 0.844 0.000
#> GSM30180 2 0.1643 0.8911 0.000 0.956 0.044
#> GSM30181 1 0.3879 0.9194 0.848 0.000 0.152
#> GSM30182 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30183 2 0.1643 0.8911 0.000 0.956 0.044
#> GSM30184 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30185 2 0.1753 0.8901 0.000 0.952 0.048
#> GSM30186 3 0.5254 0.6316 0.000 0.264 0.736
#> GSM30187 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30188 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30189 1 0.4755 0.8999 0.808 0.008 0.184
#> GSM30190 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30191 1 0.5098 0.8477 0.752 0.000 0.248
#> GSM30192 1 0.4121 0.9101 0.832 0.000 0.168
#> GSM30193 1 0.3879 0.9194 0.848 0.000 0.152
#> GSM30194 3 0.0592 0.7717 0.012 0.000 0.988
#> GSM30195 3 0.6298 0.5173 0.004 0.388 0.608
#> GSM30196 2 0.0237 0.9019 0.000 0.996 0.004
#> GSM30197 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30198 1 0.0592 0.7955 0.988 0.012 0.000
#> GSM30199 2 0.1753 0.8901 0.000 0.952 0.048
#> GSM30200 1 0.0237 0.8026 0.996 0.004 0.000
#> GSM30201 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30202 2 0.1878 0.8901 0.004 0.952 0.044
#> GSM30203 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30204 1 0.1643 0.7625 0.956 0.044 0.000
#> GSM30205 3 0.8392 0.5431 0.148 0.236 0.616
#> GSM30206 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30207 1 0.0747 0.7919 0.984 0.016 0.000
#> GSM30208 1 0.0592 0.7956 0.988 0.012 0.000
#> GSM30209 3 0.5207 0.7161 0.052 0.124 0.824
#> GSM30210 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30211 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30212 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30213 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30214 2 0.1289 0.8946 0.032 0.968 0.000
#> GSM30215 2 0.3619 0.8468 0.136 0.864 0.000
#> GSM30216 2 0.1031 0.8985 0.000 0.976 0.024
#> GSM30217 2 0.3879 0.8380 0.152 0.848 0.000
#> GSM30218 1 0.4605 0.8962 0.796 0.000 0.204
#> GSM30219 3 0.5905 0.5338 0.000 0.352 0.648
#> GSM30220 2 0.0000 0.9023 0.000 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.4172 0.9199 0.840 0.004 0.156
#> GSM30222 1 0.3879 0.9194 0.848 0.000 0.152
#> GSM30223 2 0.0237 0.9019 0.000 0.996 0.004
#> GSM30224 1 0.4110 0.9204 0.844 0.004 0.152
#> GSM30225 2 0.7674 0.0636 0.476 0.480 0.044
#> GSM30226 2 0.1753 0.8901 0.000 0.952 0.048
#> GSM30227 2 0.6546 0.6382 0.240 0.716 0.044
#> GSM30228 3 0.1753 0.7776 0.048 0.000 0.952
#> GSM30229 1 0.3941 0.9194 0.844 0.000 0.156
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.1389 0.8539 0.952 0.000 0.048 0.000
#> GSM30008 1 0.3052 0.8262 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM30009 1 0.0000 0.8597 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0188 0.7084 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30012 3 0.4898 0.4957 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM30013 3 0.5398 0.5022 0.000 0.404 0.580 0.016
#> GSM30014 3 0.0376 0.7077 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM30015 1 0.7892 0.1919 0.368 0.000 0.292 0.340
#> GSM30016 3 0.3610 0.6737 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30017 4 0.2654 0.6941 0.108 0.000 0.004 0.888
#> GSM30018 4 0.3024 0.8688 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM30019 3 0.4961 0.4408 0.000 0.448 0.552 0.000
#> GSM30020 1 0.3052 0.8262 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM30021 3 0.0524 0.7087 0.008 0.004 0.988 0.000
#> GSM30022 1 0.0592 0.8602 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM30023 4 0.2222 0.7372 0.016 0.000 0.060 0.924
#> GSM30024 1 0.7593 0.1748 0.472 0.300 0.228 0.000
#> GSM30025 1 0.1109 0.8576 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM30026 4 0.1489 0.7479 0.044 0.000 0.004 0.952
#> GSM30027 1 0.4696 0.7909 0.796 0.064 0.004 0.136
#> GSM30028 1 0.3196 0.8261 0.856 0.000 0.008 0.136
#> GSM30029 1 0.3052 0.8262 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM30030 1 0.0188 0.8603 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30031 1 0.3052 0.8262 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM30032 1 0.4038 0.8123 0.828 0.032 0.004 0.136
#> GSM30033 2 0.6854 0.4523 0.260 0.600 0.004 0.136
#> GSM30034 4 0.4040 0.8117 0.000 0.248 0.000 0.752
#> GSM30035 2 0.7036 0.4580 0.216 0.576 0.208 0.000
#> GSM30036 2 0.4697 0.1376 0.000 0.644 0.000 0.356
#> GSM30037 1 0.0592 0.8602 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM30038 3 0.3569 0.6763 0.196 0.000 0.804 0.000
#> GSM30039 3 0.4898 0.4957 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM30040 2 0.5169 0.5708 0.032 0.696 0.272 0.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30042 3 0.6299 0.5646 0.000 0.320 0.600 0.080
#> GSM30043 3 0.2773 0.6172 0.004 0.116 0.880 0.000
#> GSM30044 1 0.1867 0.8465 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30045 1 0.2589 0.8208 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM30046 4 0.3306 0.8673 0.000 0.156 0.004 0.840
#> GSM30047 4 0.3172 0.8628 0.000 0.160 0.000 0.840
#> GSM30048 4 0.2999 0.8689 0.000 0.132 0.004 0.864
#> GSM30049 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 2 0.1867 0.7553 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM30051 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0336 0.8604 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30053 3 0.4898 0.4957 0.000 0.416 0.584 0.000
#> GSM30054 2 0.0188 0.8091 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30055 2 0.5204 0.5103 0.012 0.612 0.000 0.376
#> GSM30056 2 0.0592 0.8047 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30057 3 0.0376 0.7077 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.2921 0.8699 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM30060 1 0.7310 0.4188 0.532 0.256 0.212 0.000
#> GSM30061 4 0.2814 0.8695 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30062 4 0.2868 0.8696 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM30063 2 0.7599 -0.2489 0.000 0.424 0.376 0.200
#> GSM30064 1 0.1022 0.8557 0.968 0.000 0.032 0.000
#> GSM30065 2 0.1867 0.7437 0.000 0.928 0.072 0.000
#> GSM30066 3 0.0524 0.7061 0.004 0.008 0.988 0.000
#> GSM30067 1 0.1792 0.8540 0.932 0.000 0.068 0.000
#> GSM30068 3 0.0376 0.7077 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM30069 3 0.3257 0.6932 0.152 0.004 0.844 0.000
#> GSM30070 3 0.4802 0.7031 0.132 0.016 0.800 0.052
#> GSM30071 3 0.5610 0.6675 0.000 0.104 0.720 0.176
#> GSM30072 1 0.1867 0.8465 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30073 4 0.7273 0.3930 0.000 0.400 0.148 0.452
#> GSM30074 3 0.4462 0.6747 0.064 0.000 0.804 0.132
#> GSM30075 3 0.6773 0.5088 0.000 0.136 0.588 0.276
#> GSM30076 4 0.3024 0.8688 0.000 0.148 0.000 0.852
#> GSM30077 4 0.2868 0.8696 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM30078 4 0.2868 0.8696 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM30079 1 0.0592 0.8602 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM30080 3 0.6773 0.5088 0.000 0.136 0.588 0.276
#> GSM30081 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 3 0.6794 0.5020 0.000 0.136 0.584 0.280
#> GSM30087 4 0.2868 0.8696 0.000 0.136 0.000 0.864
#> GSM30088 4 0.2814 0.8695 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30089 1 0.1211 0.8547 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.3649 0.8478 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM30093 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 2 0.5337 0.5731 0.044 0.696 0.260 0.000
#> GSM30096 1 0.3649 0.7902 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM30097 4 0.3486 0.8561 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM30098 1 0.1716 0.8546 0.936 0.000 0.064 0.000
#> GSM30099 2 0.1302 0.7873 0.000 0.956 0.000 0.044
#> GSM30100 3 0.6063 0.5966 0.196 0.124 0.680 0.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 2 0.0707 0.8012 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30103 1 0.1118 0.8605 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM30104 4 0.3837 0.8283 0.000 0.224 0.000 0.776
#> GSM30105 1 0.0188 0.8603 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30106 4 0.3659 0.8614 0.000 0.136 0.024 0.840
#> GSM30107 4 0.5092 0.7969 0.000 0.140 0.096 0.764
#> GSM30108 1 0.4992 0.1242 0.524 0.000 0.476 0.000
#> GSM30109 1 0.1474 0.8564 0.948 0.000 0.052 0.000
#> GSM30110 4 0.6697 0.5761 0.004 0.144 0.224 0.628
#> GSM30111 3 0.4706 0.6295 0.248 0.000 0.732 0.020
#> GSM30112 1 0.3266 0.7994 0.832 0.000 0.168 0.000
#> GSM30113 3 0.0336 0.7092 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30114 3 0.5016 0.5196 0.000 0.396 0.600 0.004
#> GSM30115 4 0.7039 0.5655 0.000 0.316 0.144 0.540
#> GSM30116 2 0.6834 0.4879 0.176 0.600 0.224 0.000
#> GSM30117 2 0.6846 0.4867 0.184 0.600 0.216 0.000
#> GSM30118 3 0.0188 0.7084 0.004 0.000 0.996 0.000
#> GSM30119 3 0.3688 0.6756 0.000 0.208 0.792 0.000
#> GSM30120 3 0.0336 0.7086 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30121 1 0.2589 0.8393 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM30122 1 0.3444 0.8012 0.816 0.000 0.184 0.000
#> GSM30123 2 0.0188 0.8090 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30177 2 0.0188 0.8090 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30178 4 0.4454 0.7404 0.000 0.308 0.000 0.692
#> GSM30179 1 0.3052 0.8262 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM30180 1 0.4356 0.7359 0.708 0.000 0.292 0.000
#> GSM30181 3 0.6851 0.5071 0.000 0.148 0.584 0.268
#> GSM30182 4 0.3649 0.8480 0.000 0.204 0.000 0.796
#> GSM30183 1 0.3873 0.7863 0.772 0.000 0.228 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30185 1 0.3726 0.7880 0.788 0.000 0.212 0.000
#> GSM30186 2 0.3978 0.6497 0.012 0.796 0.192 0.000
#> GSM30187 4 0.4103 0.8030 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM30188 4 0.3569 0.8518 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM30189 4 0.5178 0.7435 0.008 0.084 0.136 0.772
#> GSM30190 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30191 2 0.3486 0.6045 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM30192 3 0.6883 0.5110 0.000 0.156 0.584 0.260
#> GSM30193 4 0.3208 0.8685 0.000 0.148 0.004 0.848
#> GSM30194 3 0.3486 0.6536 0.000 0.188 0.812 0.000
#> GSM30195 3 0.3668 0.6823 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM30196 1 0.1867 0.8465 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30197 4 0.3052 0.8691 0.000 0.136 0.004 0.860
#> GSM30198 4 0.0188 0.7776 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM30199 1 0.3688 0.7904 0.792 0.000 0.208 0.000
#> GSM30200 4 0.0188 0.7776 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM30201 4 0.2814 0.8695 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30202 1 0.5297 0.7113 0.676 0.000 0.292 0.032
#> GSM30203 4 0.3688 0.8447 0.000 0.208 0.000 0.792
#> GSM30204 4 0.0927 0.7664 0.016 0.000 0.008 0.976
#> GSM30205 2 0.8862 0.2319 0.144 0.444 0.316 0.096
#> GSM30206 4 0.2814 0.8695 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30207 4 0.0779 0.7672 0.016 0.000 0.004 0.980
#> GSM30208 4 0.0779 0.7672 0.016 0.000 0.004 0.980
#> GSM30209 2 0.4499 0.6599 0.160 0.792 0.000 0.048
#> GSM30210 1 0.2125 0.8481 0.920 0.000 0.004 0.076
#> GSM30211 4 0.2814 0.8695 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30212 1 0.0188 0.8603 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30213 1 0.0592 0.8602 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM30214 1 0.2179 0.8517 0.924 0.000 0.012 0.064
#> GSM30215 1 0.2999 0.8276 0.864 0.000 0.004 0.132
#> GSM30216 1 0.1940 0.8529 0.924 0.000 0.076 0.000
#> GSM30217 1 0.3052 0.8262 0.860 0.000 0.004 0.136
#> GSM30218 2 0.2943 0.7607 0.000 0.892 0.032 0.076
#> GSM30219 2 0.5536 0.4331 0.024 0.592 0.384 0.000
#> GSM30220 1 0.0188 0.8603 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30221 4 0.3942 0.8229 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM30222 3 0.6815 0.4949 0.000 0.136 0.580 0.284
#> GSM30223 1 0.1867 0.8465 0.928 0.000 0.072 0.000
#> GSM30224 4 0.2814 0.8695 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30225 4 0.7784 0.0801 0.280 0.000 0.292 0.428
#> GSM30226 1 0.3764 0.7857 0.784 0.000 0.216 0.000
#> GSM30227 1 0.6058 0.6620 0.624 0.000 0.308 0.068
#> GSM30228 2 0.0000 0.8107 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.4500 0.6890 0.000 0.316 0.000 0.684
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.0290 0.7763 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30007 1 0.1836 0.6615 0.932 0.032 0.000 0.000 0.036
#> GSM30008 1 0.4114 0.3889 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.2127 0.6562 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.4288 0.3485 0.012 0.324 0.000 0.000 0.664
#> GSM30011 3 0.0000 0.7760 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30012 5 0.4576 0.1697 0.000 0.004 0.456 0.004 0.536
#> GSM30013 5 0.5543 0.2901 0.000 0.004 0.356 0.068 0.572
#> GSM30014 5 0.4235 0.3416 0.008 0.336 0.000 0.000 0.656
#> GSM30015 5 0.8502 -0.1417 0.292 0.232 0.004 0.148 0.324
#> GSM30016 5 0.6581 0.2440 0.228 0.316 0.000 0.000 0.456
#> GSM30017 2 0.7401 0.2461 0.176 0.532 0.000 0.188 0.104
#> GSM30018 4 0.0727 0.7832 0.000 0.004 0.012 0.980 0.004
#> GSM30019 3 0.4559 -0.0828 0.000 0.000 0.512 0.008 0.480
#> GSM30020 2 0.4305 -0.2265 0.488 0.512 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 5 0.5037 0.3318 0.048 0.336 0.000 0.000 0.616
#> GSM30022 1 0.0162 0.6755 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 2 0.6334 0.1031 0.004 0.520 0.000 0.160 0.316
#> GSM30024 2 0.8281 -0.0165 0.280 0.372 0.176 0.000 0.172
#> GSM30025 1 0.3913 0.4801 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 4 0.4299 0.4205 0.004 0.388 0.000 0.608 0.000
#> GSM30027 1 0.5492 0.2197 0.504 0.432 0.064 0.000 0.000
#> GSM30028 2 0.4767 -0.1115 0.420 0.560 0.000 0.000 0.020
#> GSM30029 2 0.4305 -0.2265 0.488 0.512 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.2358 0.6612 0.888 0.104 0.000 0.000 0.008
#> GSM30031 2 0.4306 -0.2331 0.492 0.508 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.4924 0.3041 0.552 0.420 0.028 0.000 0.000
#> GSM30033 3 0.5671 0.3130 0.096 0.336 0.568 0.000 0.000
#> GSM30034 4 0.2068 0.7664 0.000 0.004 0.092 0.904 0.000
#> GSM30035 3 0.8248 0.0639 0.304 0.136 0.352 0.000 0.208
#> GSM30036 4 0.4262 0.2695 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM30037 1 0.2079 0.6678 0.916 0.064 0.000 0.000 0.020
#> GSM30038 5 0.6545 0.2523 0.220 0.316 0.000 0.000 0.464
#> GSM30039 5 0.4545 0.2137 0.000 0.004 0.432 0.004 0.560
#> GSM30040 3 0.6226 0.4399 0.020 0.128 0.592 0.000 0.260
#> GSM30041 3 0.1124 0.7692 0.000 0.004 0.960 0.036 0.000
#> GSM30042 5 0.6921 0.4107 0.000 0.064 0.200 0.164 0.572
#> GSM30043 5 0.5993 0.2797 0.024 0.332 0.072 0.000 0.572
#> GSM30044 1 0.3667 0.5885 0.812 0.140 0.000 0.000 0.048
#> GSM30045 1 0.4424 0.4885 0.728 0.224 0.000 0.000 0.048
#> GSM30046 4 0.4848 0.6739 0.000 0.064 0.032 0.756 0.148
#> GSM30047 4 0.1907 0.7756 0.000 0.044 0.028 0.928 0.000
#> GSM30048 4 0.5319 0.5937 0.000 0.212 0.004 0.676 0.108
#> GSM30049 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30050 3 0.3305 0.5717 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> GSM30051 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30052 1 0.1894 0.6686 0.920 0.072 0.000 0.000 0.008
#> GSM30053 5 0.4383 0.2256 0.000 0.000 0.424 0.004 0.572
#> GSM30054 3 0.0865 0.7726 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> GSM30055 3 0.6052 0.4188 0.000 0.180 0.572 0.248 0.000
#> GSM30056 3 0.0963 0.7682 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> GSM30057 5 0.4270 0.3419 0.004 0.336 0.004 0.000 0.656
#> GSM30058 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30059 4 0.0955 0.7836 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> GSM30060 2 0.7858 0.0719 0.156 0.476 0.168 0.000 0.200
#> GSM30061 4 0.1502 0.7750 0.000 0.056 0.004 0.940 0.000
#> GSM30062 4 0.3186 0.7472 0.000 0.080 0.008 0.864 0.048
#> GSM30063 5 0.6380 0.2101 0.000 0.008 0.384 0.132 0.476
#> GSM30064 1 0.4204 0.5433 0.756 0.196 0.000 0.000 0.048
#> GSM30065 3 0.2017 0.7092 0.000 0.000 0.912 0.008 0.080
#> GSM30066 5 0.4491 0.3377 0.012 0.336 0.004 0.000 0.648
#> GSM30067 1 0.2813 0.6470 0.880 0.084 0.004 0.000 0.032
#> GSM30068 5 0.4524 0.3392 0.020 0.336 0.000 0.000 0.644
#> GSM30069 5 0.6503 0.2603 0.204 0.332 0.000 0.000 0.464
#> GSM30070 5 0.7018 0.3271 0.144 0.256 0.000 0.060 0.540
#> GSM30071 5 0.4004 0.3894 0.000 0.016 0.008 0.216 0.760
#> GSM30072 1 0.3075 0.6253 0.860 0.092 0.000 0.000 0.048
#> GSM30073 5 0.7128 0.1767 0.000 0.036 0.372 0.164 0.428
#> GSM30074 2 0.4977 -0.2833 0.028 0.500 0.000 0.000 0.472
#> GSM30075 5 0.5101 0.1983 0.000 0.032 0.008 0.356 0.604
#> GSM30076 4 0.0960 0.7817 0.000 0.004 0.008 0.972 0.016
#> GSM30077 4 0.0609 0.7830 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM30078 4 0.0510 0.7830 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM30079 1 0.0162 0.6755 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 5 0.5204 0.2061 0.000 0.024 0.020 0.348 0.608
#> GSM30081 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30086 5 0.5126 0.1830 0.000 0.032 0.008 0.364 0.596
#> GSM30087 4 0.0510 0.7824 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> GSM30088 4 0.0000 0.7799 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30089 1 0.4902 0.3671 0.648 0.304 0.000 0.000 0.048
#> GSM30090 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30091 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30092 4 0.2471 0.7469 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM30093 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30094 3 0.0451 0.7758 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM30095 3 0.6187 0.4459 0.020 0.124 0.596 0.000 0.260
#> GSM30096 1 0.5759 0.5022 0.620 0.180 0.000 0.000 0.200
#> GSM30097 4 0.1410 0.7793 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> GSM30098 1 0.2130 0.6553 0.908 0.080 0.000 0.000 0.012
#> GSM30099 3 0.3134 0.7030 0.000 0.032 0.848 0.120 0.000
#> GSM30100 5 0.7989 0.1652 0.208 0.336 0.096 0.000 0.360
#> GSM30101 3 0.0451 0.7758 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> GSM30102 3 0.2286 0.7186 0.000 0.004 0.888 0.108 0.000
#> GSM30103 1 0.1638 0.6721 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> GSM30104 4 0.2280 0.7562 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> GSM30105 1 0.1341 0.6729 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.6569 0.2462 0.000 0.184 0.004 0.464 0.348
#> GSM30107 4 0.6634 0.1495 0.000 0.188 0.004 0.424 0.384
#> GSM30108 2 0.6749 -0.0702 0.336 0.396 0.000 0.000 0.268
#> GSM30109 1 0.2798 0.6353 0.852 0.140 0.000 0.000 0.008
#> GSM30110 4 0.8917 0.1764 0.052 0.164 0.120 0.356 0.308
#> GSM30111 5 0.7249 -0.0186 0.268 0.292 0.000 0.024 0.416
#> GSM30112 1 0.4755 0.4666 0.696 0.244 0.000 0.000 0.060
#> GSM30113 5 0.4473 0.3470 0.020 0.324 0.000 0.000 0.656
#> GSM30114 5 0.4238 0.3027 0.000 0.000 0.368 0.004 0.628
#> GSM30115 5 0.7517 0.1224 0.000 0.048 0.292 0.236 0.424
#> GSM30116 3 0.7141 0.4317 0.136 0.112 0.568 0.000 0.184
#> GSM30117 3 0.8080 0.2314 0.220 0.140 0.428 0.000 0.212
#> GSM30118 5 0.5036 0.3045 0.036 0.404 0.000 0.000 0.560
#> GSM30119 5 0.6160 0.4047 0.000 0.184 0.216 0.008 0.592
#> GSM30120 5 0.3411 0.3563 0.036 0.072 0.032 0.000 0.860
#> GSM30121 1 0.3567 0.6288 0.836 0.092 0.004 0.000 0.068
#> GSM30122 1 0.5410 0.5438 0.676 0.140 0.004 0.000 0.180
#> GSM30123 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30177 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30178 4 0.3508 0.6229 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> GSM30179 1 0.4182 0.3754 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.5408 0.5035 0.668 0.116 0.004 0.000 0.212
#> GSM30181 5 0.5185 0.1907 0.000 0.036 0.008 0.360 0.596
#> GSM30182 4 0.2471 0.7421 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> GSM30183 1 0.4583 0.5797 0.756 0.096 0.004 0.000 0.144
#> GSM30184 3 0.1205 0.7675 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> GSM30185 1 0.5716 0.4927 0.636 0.144 0.004 0.000 0.216
#> GSM30186 3 0.5967 0.5269 0.052 0.084 0.660 0.000 0.204
#> GSM30187 4 0.2230 0.7569 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> GSM30188 4 0.1544 0.7775 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM30189 4 0.6022 0.6036 0.028 0.080 0.088 0.716 0.088
#> GSM30190 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30191 3 0.4302 -0.0726 0.000 0.000 0.520 0.480 0.000
#> GSM30192 5 0.5667 0.2092 0.000 0.028 0.044 0.332 0.596
#> GSM30193 4 0.5819 0.4055 0.000 0.064 0.020 0.580 0.336
#> GSM30194 5 0.6674 0.3566 0.000 0.304 0.260 0.000 0.436
#> GSM30195 5 0.6728 0.2691 0.204 0.320 0.000 0.008 0.468
#> GSM30196 1 0.3752 0.5811 0.804 0.148 0.000 0.000 0.048
#> GSM30197 4 0.3999 0.6974 0.000 0.068 0.008 0.808 0.116
#> GSM30198 4 0.5359 0.5627 0.000 0.256 0.000 0.644 0.100
#> GSM30199 1 0.5183 0.5321 0.692 0.104 0.004 0.000 0.200
#> GSM30200 4 0.4832 0.6335 0.000 0.176 0.000 0.720 0.104
#> GSM30201 4 0.0955 0.7802 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> GSM30202 1 0.6213 0.4687 0.628 0.132 0.004 0.024 0.212
#> GSM30203 4 0.2561 0.7359 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> GSM30204 2 0.6020 -0.1432 0.004 0.524 0.000 0.364 0.108
#> GSM30205 2 0.6067 0.1173 0.040 0.644 0.212 0.000 0.104
#> GSM30206 4 0.0324 0.7803 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM30207 4 0.4015 0.4688 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM30208 4 0.4151 0.4670 0.004 0.344 0.000 0.652 0.000
#> GSM30209 3 0.4872 0.6370 0.112 0.028 0.760 0.100 0.000
#> GSM30210 1 0.3966 0.4589 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.2396 0.7599 0.000 0.068 0.004 0.904 0.024
#> GSM30212 1 0.1478 0.6713 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0510 0.6768 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.3961 0.5504 0.736 0.248 0.000 0.000 0.016
#> GSM30215 1 0.3949 0.4872 0.696 0.300 0.000 0.000 0.004
#> GSM30216 1 0.1872 0.6661 0.928 0.052 0.000 0.000 0.020
#> GSM30217 1 0.4161 0.3793 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 3 0.4747 0.6160 0.000 0.080 0.732 0.184 0.004
#> GSM30219 3 0.7328 0.3732 0.080 0.164 0.520 0.000 0.236
#> GSM30220 1 0.1851 0.6653 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.2909 0.7322 0.000 0.000 0.140 0.848 0.012
#> GSM30222 5 0.5331 0.1455 0.000 0.060 0.000 0.372 0.568
#> GSM30223 1 0.3667 0.5885 0.812 0.140 0.000 0.000 0.048
#> GSM30224 4 0.0324 0.7807 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> GSM30225 5 0.8314 -0.1382 0.272 0.260 0.000 0.132 0.336
#> GSM30226 1 0.5726 0.4915 0.636 0.148 0.004 0.000 0.212
#> GSM30227 1 0.7197 0.0991 0.360 0.284 0.000 0.016 0.340
#> GSM30228 3 0.0162 0.7774 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30229 4 0.3007 0.7396 0.000 0.028 0.104 0.864 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.0632 0.809834 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.3681 0.543764 0.796 0.012 0.000 0.000 0.048 0.144
#> GSM30008 6 0.2823 0.612980 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM30009 1 0.3606 0.480987 0.728 0.016 0.000 0.000 0.000 0.256
#> GSM30010 5 0.0935 0.775307 0.004 0.032 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM30011 3 0.0146 0.810865 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.4988 0.549388 0.000 0.552 0.380 0.004 0.064 0.000
#> GSM30013 2 0.4856 0.668075 0.000 0.680 0.232 0.028 0.060 0.000
#> GSM30014 5 0.0260 0.774048 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30015 1 0.8238 0.282375 0.380 0.196 0.000 0.060 0.184 0.180
#> GSM30016 5 0.3694 0.695381 0.232 0.028 0.000 0.000 0.740 0.000
#> GSM30017 6 0.3312 0.593221 0.020 0.124 0.000 0.028 0.000 0.828
#> GSM30018 4 0.2053 0.768282 0.000 0.108 0.004 0.888 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.4994 0.497825 0.000 0.524 0.412 0.004 0.060 0.000
#> GSM30020 6 0.1858 0.652133 0.092 0.004 0.000 0.000 0.000 0.904
#> GSM30021 5 0.1151 0.779070 0.032 0.012 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM30022 1 0.1843 0.578543 0.912 0.004 0.000 0.000 0.004 0.080
#> GSM30023 6 0.3952 0.368882 0.000 0.308 0.000 0.020 0.000 0.672
#> GSM30024 5 0.4515 0.667972 0.240 0.012 0.016 0.000 0.704 0.028
#> GSM30025 6 0.3756 0.435480 0.352 0.004 0.000 0.000 0.000 0.644
#> GSM30026 6 0.4018 0.082903 0.008 0.000 0.000 0.412 0.000 0.580
#> GSM30027 6 0.3280 0.627223 0.160 0.004 0.028 0.000 0.000 0.808
#> GSM30028 6 0.2189 0.644371 0.060 0.032 0.000 0.000 0.004 0.904
#> GSM30029 6 0.1806 0.654844 0.088 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM30030 1 0.3840 0.429490 0.696 0.020 0.000 0.000 0.000 0.284
#> GSM30031 6 0.1806 0.654844 0.088 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908
#> GSM30032 6 0.3589 0.589587 0.208 0.008 0.004 0.000 0.012 0.768
#> GSM30033 3 0.4594 0.298989 0.016 0.004 0.536 0.000 0.008 0.436
#> GSM30034 4 0.2633 0.768039 0.000 0.104 0.032 0.864 0.000 0.000
#> GSM30035 1 0.8064 0.304520 0.428 0.120 0.196 0.000 0.176 0.080
#> GSM30036 4 0.3729 0.580023 0.000 0.012 0.296 0.692 0.000 0.000
#> GSM30037 1 0.3570 0.509566 0.752 0.016 0.000 0.000 0.004 0.228
#> GSM30038 5 0.3698 0.709779 0.212 0.028 0.000 0.000 0.756 0.004
#> GSM30039 2 0.4951 0.581694 0.000 0.568 0.364 0.004 0.064 0.000
#> GSM30040 3 0.4731 0.491448 0.008 0.004 0.612 0.000 0.340 0.036
#> GSM30041 3 0.2218 0.777446 0.000 0.104 0.884 0.012 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.5912 0.658854 0.000 0.628 0.092 0.120 0.160 0.000
#> GSM30043 5 0.0665 0.774915 0.004 0.008 0.008 0.000 0.980 0.000
#> GSM30044 1 0.4651 0.480754 0.692 0.020 0.000 0.000 0.056 0.232
#> GSM30045 1 0.5345 0.448480 0.640 0.020 0.000 0.000 0.132 0.208
#> GSM30046 4 0.5227 0.330388 0.000 0.356 0.044 0.568 0.000 0.032
#> GSM30047 4 0.3440 0.731324 0.000 0.028 0.036 0.828 0.000 0.108
#> GSM30048 4 0.6025 0.222504 0.000 0.200 0.008 0.472 0.000 0.320
#> GSM30049 3 0.0146 0.811326 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30050 3 0.3748 0.440230 0.000 0.012 0.688 0.300 0.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0146 0.811137 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.3516 0.513857 0.760 0.016 0.000 0.000 0.004 0.220
#> GSM30053 2 0.5185 0.605833 0.000 0.572 0.348 0.016 0.064 0.000
#> GSM30054 3 0.2112 0.782920 0.000 0.088 0.896 0.016 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.6266 0.416340 0.000 0.044 0.528 0.164 0.000 0.264
#> GSM30056 3 0.1444 0.791395 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.0260 0.774048 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30058 3 0.0363 0.811151 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.0891 0.785158 0.000 0.008 0.024 0.968 0.000 0.000
#> GSM30060 5 0.4497 0.659838 0.052 0.016 0.020 0.000 0.752 0.160
#> GSM30061 4 0.3464 0.708691 0.000 0.108 0.000 0.808 0.000 0.084
#> GSM30062 4 0.3894 0.666881 0.000 0.120 0.008 0.784 0.000 0.088
#> GSM30063 2 0.4836 0.665865 0.000 0.660 0.260 0.064 0.016 0.000
#> GSM30064 1 0.5241 0.219854 0.528 0.024 0.000 0.000 0.048 0.400
#> GSM30065 3 0.2408 0.706888 0.000 0.108 0.876 0.004 0.012 0.000
#> GSM30066 5 0.0405 0.775012 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30067 1 0.2727 0.577078 0.880 0.064 0.000 0.000 0.028 0.028
#> GSM30068 5 0.0692 0.778819 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30069 5 0.2882 0.736614 0.180 0.008 0.000 0.000 0.812 0.000
#> GSM30070 5 0.5249 0.543991 0.060 0.268 0.000 0.040 0.632 0.000
#> GSM30071 2 0.5104 0.643083 0.000 0.660 0.004 0.164 0.168 0.004
#> GSM30072 1 0.4165 0.534041 0.772 0.020 0.000 0.000 0.088 0.120
#> GSM30073 2 0.4672 0.671139 0.000 0.660 0.280 0.048 0.008 0.004
#> GSM30074 5 0.3309 0.704895 0.024 0.004 0.000 0.000 0.800 0.172
#> GSM30075 2 0.4061 0.673389 0.000 0.716 0.000 0.248 0.024 0.012
#> GSM30076 4 0.2738 0.716775 0.000 0.176 0.004 0.820 0.000 0.000
#> GSM30077 4 0.0405 0.781213 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> GSM30078 4 0.0603 0.781792 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.2100 0.567457 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.112
#> GSM30080 2 0.4039 0.675827 0.000 0.716 0.000 0.248 0.028 0.008
#> GSM30081 3 0.0146 0.810865 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.4318 0.665625 0.000 0.700 0.004 0.256 0.028 0.012
#> GSM30087 4 0.0405 0.781213 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> GSM30088 4 0.0260 0.780530 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30089 1 0.6283 0.259130 0.476 0.020 0.000 0.000 0.240 0.264
#> GSM30090 3 0.0146 0.810865 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.811006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.1863 0.767674 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0146 0.810865 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0922 0.807749 0.000 0.024 0.968 0.004 0.004 0.000
#> GSM30095 3 0.4898 0.506787 0.004 0.008 0.616 0.000 0.320 0.052
#> GSM30096 1 0.6530 0.423778 0.556 0.124 0.000 0.000 0.176 0.144
#> GSM30097 4 0.2201 0.777908 0.000 0.028 0.076 0.896 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.2164 0.582118 0.908 0.028 0.000 0.000 0.008 0.056
#> GSM30099 3 0.3214 0.744174 0.000 0.016 0.836 0.116 0.000 0.032
#> GSM30100 5 0.3296 0.730152 0.188 0.012 0.008 0.000 0.792 0.000
#> GSM30101 3 0.1333 0.800093 0.000 0.048 0.944 0.008 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.2309 0.766903 0.000 0.028 0.888 0.084 0.000 0.000
#> GSM30103 1 0.3226 0.551234 0.808 0.012 0.000 0.000 0.012 0.168
#> GSM30104 4 0.1075 0.783782 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> GSM30105 1 0.2738 0.533045 0.820 0.004 0.000 0.000 0.000 0.176
#> GSM30106 2 0.4313 0.637709 0.000 0.732 0.004 0.172 0.000 0.092
#> GSM30107 2 0.4031 0.661815 0.000 0.748 0.004 0.188 0.000 0.060
#> GSM30108 5 0.4562 0.568355 0.316 0.020 0.000 0.000 0.640 0.024
#> GSM30109 1 0.3018 0.541753 0.816 0.012 0.000 0.000 0.004 0.168
#> GSM30110 2 0.8860 0.176759 0.172 0.388 0.092 0.200 0.048 0.100
#> GSM30111 1 0.7642 0.000714 0.312 0.280 0.000 0.008 0.120 0.280
#> GSM30112 1 0.4596 0.514244 0.736 0.024 0.000 0.000 0.128 0.112
#> GSM30113 5 0.0858 0.776241 0.004 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM30114 2 0.5006 0.676646 0.000 0.644 0.264 0.016 0.076 0.000
#> GSM30115 2 0.4816 0.704125 0.000 0.692 0.212 0.080 0.008 0.008
#> GSM30116 3 0.7135 0.418102 0.120 0.052 0.520 0.000 0.236 0.072
#> GSM30117 1 0.8239 0.190253 0.352 0.128 0.272 0.000 0.180 0.068
#> GSM30118 5 0.3375 0.645562 0.056 0.112 0.000 0.000 0.824 0.008
#> GSM30119 5 0.5674 0.097573 0.000 0.356 0.144 0.004 0.496 0.000
#> GSM30120 2 0.4970 0.470510 0.052 0.696 0.024 0.000 0.212 0.016
#> GSM30121 1 0.3695 0.558003 0.820 0.084 0.000 0.000 0.044 0.052
#> GSM30122 1 0.6270 0.446646 0.592 0.124 0.000 0.000 0.140 0.144
#> GSM30123 3 0.0862 0.809039 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000 0.004
#> GSM30177 3 0.0291 0.810013 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.2896 0.726816 0.000 0.016 0.160 0.824 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.3215 0.597161 0.240 0.004 0.000 0.000 0.000 0.756
#> GSM30180 1 0.5858 0.462135 0.620 0.128 0.000 0.000 0.188 0.064
#> GSM30181 2 0.3516 0.696294 0.000 0.804 0.004 0.156 0.024 0.012
#> GSM30182 4 0.2752 0.760923 0.000 0.036 0.108 0.856 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.4975 0.514610 0.716 0.128 0.000 0.000 0.104 0.052
#> GSM30184 3 0.2218 0.777446 0.000 0.104 0.884 0.012 0.000 0.000
#> GSM30185 1 0.6642 0.427828 0.540 0.128 0.000 0.000 0.184 0.148
#> GSM30186 3 0.5988 0.584989 0.040 0.124 0.656 0.000 0.136 0.044
#> GSM30187 4 0.2384 0.774946 0.000 0.032 0.084 0.884 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.2554 0.774642 0.000 0.048 0.076 0.876 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.4564 0.661705 0.004 0.168 0.028 0.744 0.052 0.004
#> GSM30190 3 0.0146 0.810865 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30191 4 0.3547 0.542909 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.3732 0.697012 0.000 0.788 0.008 0.168 0.024 0.012
#> GSM30193 2 0.3398 0.666680 0.000 0.768 0.004 0.216 0.000 0.012
#> GSM30194 5 0.3816 0.586492 0.000 0.032 0.240 0.000 0.728 0.000
#> GSM30195 5 0.4629 0.691773 0.216 0.080 0.000 0.004 0.696 0.004
#> GSM30196 1 0.4675 0.480220 0.688 0.020 0.000 0.000 0.056 0.236
#> GSM30197 4 0.4585 0.400005 0.000 0.304 0.008 0.644 0.000 0.044
#> GSM30198 6 0.5871 -0.117037 0.004 0.168 0.000 0.408 0.000 0.420
#> GSM30199 1 0.6132 0.444161 0.568 0.048 0.000 0.000 0.212 0.172
#> GSM30200 4 0.5296 0.415217 0.000 0.184 0.000 0.600 0.000 0.216
#> GSM30201 4 0.1682 0.779521 0.000 0.052 0.000 0.928 0.000 0.020
#> GSM30202 1 0.6128 0.451384 0.596 0.132 0.000 0.000 0.188 0.084
#> GSM30203 4 0.3062 0.745933 0.000 0.052 0.112 0.836 0.000 0.000
#> GSM30204 6 0.4215 0.543521 0.008 0.148 0.000 0.092 0.000 0.752
#> GSM30205 5 0.4910 0.400103 0.000 0.008 0.052 0.000 0.572 0.368
#> GSM30206 4 0.0291 0.780871 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> GSM30207 4 0.3996 0.111369 0.000 0.004 0.000 0.512 0.000 0.484
#> GSM30208 4 0.3995 0.111896 0.000 0.004 0.000 0.516 0.000 0.480
#> GSM30209 3 0.5093 0.694290 0.064 0.108 0.740 0.052 0.000 0.036
#> GSM30210 6 0.3872 0.345838 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> GSM30211 4 0.3140 0.710714 0.000 0.092 0.008 0.844 0.000 0.056
#> GSM30212 1 0.2902 0.521528 0.800 0.004 0.000 0.000 0.000 0.196
#> GSM30213 1 0.2320 0.559078 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132
#> GSM30214 1 0.4226 0.139041 0.580 0.004 0.000 0.000 0.012 0.404
#> GSM30215 6 0.3975 0.226295 0.452 0.004 0.000 0.000 0.000 0.544
#> GSM30216 1 0.2147 0.584519 0.912 0.032 0.000 0.000 0.012 0.044
#> GSM30217 6 0.3314 0.578918 0.256 0.004 0.000 0.000 0.000 0.740
#> GSM30218 3 0.6468 0.553757 0.020 0.084 0.612 0.148 0.004 0.132
#> GSM30219 3 0.7426 0.300664 0.088 0.120 0.456 0.000 0.288 0.048
#> GSM30220 1 0.3596 0.503687 0.748 0.016 0.000 0.000 0.004 0.232
#> GSM30221 4 0.3241 0.751142 0.000 0.112 0.064 0.824 0.000 0.000
#> GSM30222 2 0.3799 0.686694 0.000 0.756 0.000 0.208 0.024 0.012
#> GSM30223 1 0.4675 0.484845 0.688 0.020 0.000 0.000 0.056 0.236
#> GSM30224 4 0.0291 0.782427 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM30225 1 0.8298 0.259128 0.356 0.208 0.000 0.056 0.188 0.192
#> GSM30226 1 0.6660 0.426549 0.536 0.128 0.000 0.000 0.192 0.144
#> GSM30227 1 0.7567 0.258523 0.356 0.220 0.000 0.000 0.188 0.236
#> GSM30228 3 0.0363 0.811151 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.4717 0.664634 0.000 0.132 0.128 0.720 0.000 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> MAD:skmeans 167 0.035208 2
#> MAD:skmeans 159 0.042232 3
#> MAD:skmeans 148 0.011823 4
#> MAD:skmeans 85 0.477250 5
#> MAD:skmeans 122 0.000399 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.463 0.708 0.878 0.4797 0.519 0.519
#> 3 3 0.520 0.726 0.857 0.3027 0.788 0.613
#> 4 4 0.599 0.695 0.851 0.0962 0.929 0.813
#> 5 5 0.600 0.611 0.799 0.0964 0.916 0.748
#> 6 6 0.657 0.594 0.797 0.0480 0.893 0.620
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30010 1 0.9393 0.4570 0.644 0.356
#> GSM30011 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30014 1 0.8555 0.5508 0.720 0.280
#> GSM30015 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30016 1 0.8555 0.5508 0.720 0.280
#> GSM30017 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.7139 0.6799 0.804 0.196
#> GSM30019 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30021 1 0.8608 0.5462 0.716 0.284
#> GSM30022 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.5842 0.7493 0.860 0.140
#> GSM30024 2 0.9775 0.2257 0.412 0.588
#> GSM30025 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30027 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30032 1 0.2778 0.8318 0.952 0.048
#> GSM30033 1 0.5408 0.7496 0.876 0.124
#> GSM30034 1 0.9580 0.2845 0.620 0.380
#> GSM30035 1 0.9209 0.4627 0.664 0.336
#> GSM30036 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30038 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.9635 0.2867 0.388 0.612
#> GSM30041 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.9710 0.2574 0.400 0.600
#> GSM30044 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.9580 0.2845 0.620 0.380
#> GSM30047 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30048 1 0.7219 0.6744 0.800 0.200
#> GSM30049 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.9427 0.5361 0.360 0.640
#> GSM30056 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.4161 0.7598 0.084 0.916
#> GSM30058 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30059 2 0.9580 0.4807 0.380 0.620
#> GSM30060 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30061 2 0.9358 0.5355 0.352 0.648
#> GSM30062 2 0.9393 0.5282 0.356 0.644
#> GSM30063 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30066 1 0.9922 0.2077 0.552 0.448
#> GSM30067 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30068 1 0.8555 0.5508 0.720 0.280
#> GSM30069 1 0.8555 0.5508 0.720 0.280
#> GSM30070 1 0.9970 0.2381 0.532 0.468
#> GSM30071 1 0.9393 0.4605 0.644 0.356
#> GSM30072 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.9000 0.4275 0.316 0.684
#> GSM30074 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30075 1 0.7602 0.6449 0.780 0.220
#> GSM30076 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30077 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30078 2 0.9087 0.5790 0.324 0.676
#> GSM30079 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.9896 0.3362 0.440 0.560
#> GSM30081 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.8813 0.6157 0.300 0.700
#> GSM30087 2 0.9970 0.2515 0.468 0.532
#> GSM30088 1 0.6801 0.6972 0.820 0.180
#> GSM30089 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30093 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.3733 0.7689 0.072 0.928
#> GSM30096 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.9977 -0.0511 0.528 0.472
#> GSM30098 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0376 0.8104 0.004 0.996
#> GSM30100 1 0.9954 0.1724 0.540 0.460
#> GSM30101 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30103 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30104 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30105 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.6973 0.6914 0.812 0.188
#> GSM30107 2 0.9710 0.4380 0.400 0.600
#> GSM30108 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.1414 0.8514 0.980 0.020
#> GSM30111 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30113 1 0.8555 0.5508 0.720 0.280
#> GSM30114 1 0.9996 0.1847 0.512 0.488
#> GSM30115 1 0.9393 0.4749 0.644 0.356
#> GSM30116 2 0.4562 0.7494 0.096 0.904
#> GSM30117 1 0.7883 0.5935 0.764 0.236
#> GSM30118 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30119 1 0.9983 0.2158 0.524 0.476
#> GSM30120 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30178 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30181 1 0.9710 0.2216 0.600 0.400
#> GSM30182 2 0.9000 0.5906 0.316 0.684
#> GSM30183 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30186 2 0.4690 0.7416 0.100 0.900
#> GSM30187 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30188 2 0.9710 0.4380 0.400 0.600
#> GSM30189 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30192 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30193 1 0.9710 0.2216 0.600 0.400
#> GSM30194 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.1184 0.8537 0.984 0.016
#> GSM30196 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.5842 0.7476 0.860 0.140
#> GSM30198 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30199 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.4022 0.8058 0.920 0.080
#> GSM30202 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30203 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
#> GSM30204 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30205 1 0.9323 0.3107 0.652 0.348
#> GSM30206 1 0.9993 -0.1024 0.516 0.484
#> GSM30207 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.5629 0.7556 0.868 0.132
#> GSM30209 2 0.2043 0.7950 0.032 0.968
#> GSM30210 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.7219 0.6744 0.800 0.200
#> GSM30212 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.8713 0.6232 0.292 0.708
#> GSM30219 2 0.9909 0.1317 0.444 0.556
#> GSM30220 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30221 2 0.9795 0.4000 0.416 0.584
#> GSM30222 1 0.6148 0.7369 0.848 0.152
#> GSM30223 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.5178 0.7726 0.884 0.116
#> GSM30225 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30226 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.8637 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.8117 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.8555 0.6349 0.280 0.720
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.3619 0.69800 0.000 0.864 0.136
#> GSM30007 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30008 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.3482 0.83631 0.872 0.000 0.128
#> GSM30010 3 0.2703 0.74654 0.056 0.016 0.928
#> GSM30011 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30012 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30013 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30014 3 0.6095 0.45930 0.392 0.000 0.608
#> GSM30015 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.3686 0.83219 0.860 0.000 0.140
#> GSM30017 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.6940 0.69583 0.708 0.068 0.224
#> GSM30019 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30020 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30021 1 0.4702 0.80162 0.788 0.000 0.212
#> GSM30022 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 3 0.6843 0.77820 0.116 0.144 0.740
#> GSM30024 2 0.8767 0.45017 0.204 0.588 0.208
#> GSM30025 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30027 1 0.3482 0.76400 0.872 0.128 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.4399 0.81466 0.812 0.000 0.188
#> GSM30031 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.4059 0.83307 0.860 0.012 0.128
#> GSM30033 1 0.6140 0.18868 0.596 0.404 0.000
#> GSM30034 1 0.8278 0.53001 0.620 0.248 0.132
#> GSM30035 1 0.5621 0.44879 0.692 0.308 0.000
#> GSM30036 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30038 3 0.6079 0.46262 0.388 0.000 0.612
#> GSM30039 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30040 2 0.6467 0.40765 0.388 0.604 0.008
#> GSM30041 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30042 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30043 2 0.7600 0.42886 0.344 0.600 0.056
#> GSM30044 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30045 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30046 3 0.7298 0.74362 0.100 0.200 0.700
#> GSM30047 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.6585 0.64238 0.736 0.200 0.064
#> GSM30049 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.4555 0.80845 0.800 0.000 0.200
#> GSM30053 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30054 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.1964 0.75805 0.056 0.944 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30057 2 0.7451 0.29199 0.060 0.636 0.304
#> GSM30058 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30059 2 0.6045 0.37410 0.380 0.620 0.000
#> GSM30060 1 0.6710 0.63977 0.732 0.196 0.072
#> GSM30061 2 0.5706 0.49052 0.320 0.680 0.000
#> GSM30062 2 0.5835 0.46219 0.340 0.660 0.000
#> GSM30063 3 0.4842 0.81223 0.000 0.224 0.776
#> GSM30064 1 0.3879 0.82874 0.848 0.000 0.152
#> GSM30065 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30066 2 0.9377 0.10582 0.380 0.448 0.172
#> GSM30067 1 0.3340 0.84000 0.880 0.000 0.120
#> GSM30068 3 0.6235 -0.00532 0.436 0.000 0.564
#> GSM30069 3 0.4504 0.55370 0.196 0.000 0.804
#> GSM30070 3 0.2496 0.77111 0.004 0.068 0.928
#> GSM30071 3 0.3181 0.74467 0.064 0.024 0.912
#> GSM30072 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30073 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30074 1 0.5138 0.55414 0.748 0.000 0.252
#> GSM30075 3 0.4555 0.82778 0.000 0.200 0.800
#> GSM30076 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30077 2 0.4555 0.62283 0.200 0.800 0.000
#> GSM30078 2 0.9754 0.04964 0.292 0.444 0.264
#> GSM30079 1 0.2448 0.85579 0.924 0.000 0.076
#> GSM30080 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30081 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 3 0.5072 0.82607 0.012 0.196 0.792
#> GSM30087 2 0.6291 0.11878 0.468 0.532 0.000
#> GSM30088 1 0.4555 0.71279 0.800 0.200 0.000
#> GSM30089 1 0.4452 0.81241 0.808 0.000 0.192
#> GSM30090 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30095 2 0.3472 0.74102 0.040 0.904 0.056
#> GSM30096 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.6295 0.08349 0.528 0.472 0.000
#> GSM30098 1 0.4555 0.80845 0.800 0.000 0.200
#> GSM30099 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30100 2 0.9556 0.17113 0.332 0.460 0.208
#> GSM30101 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30103 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30104 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 3 0.2496 0.77046 0.004 0.068 0.928
#> GSM30107 3 0.4555 0.82778 0.000 0.200 0.800
#> GSM30108 1 0.2356 0.85609 0.928 0.000 0.072
#> GSM30109 1 0.4605 0.80620 0.796 0.000 0.204
#> GSM30110 1 0.2339 0.86372 0.940 0.012 0.048
#> GSM30111 1 0.1031 0.87078 0.976 0.000 0.024
#> GSM30112 1 0.2537 0.85452 0.920 0.000 0.080
#> GSM30113 3 0.5058 0.67674 0.244 0.000 0.756
#> GSM30114 3 0.4784 0.82812 0.004 0.200 0.796
#> GSM30115 1 0.7298 0.58590 0.700 0.200 0.100
#> GSM30116 2 0.4733 0.65014 0.004 0.800 0.196
#> GSM30117 1 0.6308 -0.11280 0.508 0.492 0.000
#> GSM30118 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30119 3 0.3272 0.79208 0.004 0.104 0.892
#> GSM30120 3 0.5327 0.65642 0.272 0.000 0.728
#> GSM30121 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30178 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 3 0.4291 0.82374 0.000 0.180 0.820
#> GSM30182 2 0.5138 0.56742 0.252 0.748 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0747 0.78251 0.000 0.984 0.016
#> GSM30185 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.3267 0.71031 0.116 0.884 0.000
#> GSM30187 2 0.4555 0.62283 0.200 0.800 0.000
#> GSM30188 2 0.6126 0.32394 0.400 0.600 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30191 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30192 3 0.4555 0.82778 0.000 0.200 0.800
#> GSM30193 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30194 3 0.4654 0.82682 0.000 0.208 0.792
#> GSM30195 1 0.3851 0.83247 0.860 0.004 0.136
#> GSM30196 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30197 3 0.9217 0.30000 0.400 0.152 0.448
#> GSM30198 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30199 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.4848 0.82096 0.836 0.036 0.128
#> GSM30202 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30203 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.6490 0.45789 0.360 0.628 0.012
#> GSM30206 1 0.6308 0.00657 0.508 0.492 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.3816 0.77499 0.852 0.148 0.000
#> GSM30209 2 0.4277 0.69475 0.016 0.852 0.132
#> GSM30210 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.5660 0.68905 0.772 0.200 0.028
#> GSM30212 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.2356 0.85609 0.928 0.000 0.072
#> GSM30217 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0747 0.78420 0.016 0.984 0.000
#> GSM30219 2 0.6252 0.28832 0.444 0.556 0.000
#> GSM30220 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30221 2 0.6848 0.26454 0.416 0.568 0.016
#> GSM30222 3 0.5000 0.80799 0.044 0.124 0.832
#> GSM30223 1 0.4654 0.80384 0.792 0.000 0.208
#> GSM30224 1 0.3340 0.80228 0.880 0.120 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30226 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.87494 1.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
#> GSM30229 2 0.0000 0.79082 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.5168 0.4825 0.000 0.712 0.248 0.040
#> GSM30007 1 0.5138 0.5393 0.600 0.000 0.392 0.008
#> GSM30008 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.2494 0.7978 0.916 0.000 0.048 0.036
#> GSM30010 3 0.4230 0.7000 0.072 0.036 0.848 0.044
#> GSM30011 2 0.0469 0.8327 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30012 4 0.3528 0.7771 0.000 0.192 0.000 0.808
#> GSM30013 4 0.3074 0.8028 0.000 0.152 0.000 0.848
#> GSM30014 3 0.3649 0.6921 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 1 0.5168 0.6289 0.712 0.000 0.248 0.040
#> GSM30017 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.7026 0.5445 0.600 0.008 0.240 0.152
#> GSM30019 4 0.4595 0.7627 0.000 0.176 0.044 0.780
#> GSM30020 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 3 0.1118 0.6992 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM30022 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.3009 0.7669 0.056 0.052 0.000 0.892
#> GSM30024 3 0.5517 0.4315 0.000 0.316 0.648 0.036
#> GSM30025 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 1 0.2760 0.6972 0.872 0.128 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0188 0.8191 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30030 1 0.4100 0.7561 0.816 0.000 0.148 0.036
#> GSM30031 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.3589 0.7879 0.880 0.036 0.048 0.036
#> GSM30033 1 0.4866 0.1797 0.596 0.404 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.7876 0.5464 0.604 0.148 0.164 0.084
#> GSM30035 1 0.4454 0.3878 0.692 0.308 0.000 0.000
#> GSM30036 2 0.1474 0.8163 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM30037 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30038 4 0.6855 0.3811 0.200 0.000 0.200 0.600
#> GSM30039 4 0.2704 0.8089 0.000 0.124 0.000 0.876
#> GSM30040 3 0.5387 0.6563 0.256 0.048 0.696 0.000
#> GSM30041 2 0.0336 0.8339 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30042 4 0.2281 0.8070 0.000 0.096 0.000 0.904
#> GSM30043 3 0.4277 0.5989 0.280 0.000 0.720 0.000
#> GSM30044 1 0.4855 0.5394 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30045 1 0.4855 0.5394 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30046 4 0.4549 0.7258 0.100 0.096 0.000 0.804
#> GSM30047 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 1 0.5484 0.6703 0.732 0.104 0.000 0.164
#> GSM30049 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 2 0.0469 0.8327 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30051 2 0.0469 0.8327 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30052 1 0.3610 0.7427 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30053 4 0.3569 0.7758 0.000 0.196 0.000 0.804
#> GSM30054 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.2002 0.8029 0.020 0.936 0.000 0.044
#> GSM30056 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.6170 0.4185 0.068 0.332 0.600 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 2 0.4790 0.3315 0.380 0.620 0.000 0.000
#> GSM30060 1 0.6381 0.5175 0.652 0.196 0.152 0.000
#> GSM30061 2 0.5917 0.4274 0.320 0.624 0.000 0.056
#> GSM30062 2 0.6265 0.3722 0.340 0.588 0.000 0.072
#> GSM30063 4 0.3486 0.7820 0.000 0.188 0.000 0.812
#> GSM30064 1 0.5118 0.7052 0.752 0.000 0.176 0.072
#> GSM30065 2 0.0469 0.8327 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30066 3 0.0469 0.7042 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30067 1 0.2399 0.7993 0.920 0.000 0.048 0.032
#> GSM30068 3 0.1576 0.7189 0.048 0.000 0.948 0.004
#> GSM30069 3 0.1118 0.6992 0.000 0.000 0.964 0.036
#> GSM30070 4 0.4220 0.5220 0.000 0.004 0.248 0.748
#> GSM30071 4 0.5094 0.5052 0.024 0.008 0.244 0.724
#> GSM30072 1 0.4855 0.5394 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30073 4 0.2814 0.8055 0.000 0.132 0.000 0.868
#> GSM30074 1 0.5762 0.0872 0.608 0.000 0.352 0.040
#> GSM30075 4 0.1637 0.7972 0.000 0.060 0.000 0.940
#> GSM30076 4 0.2921 0.8074 0.000 0.140 0.000 0.860
#> GSM30077 2 0.5288 0.5912 0.200 0.732 0.000 0.068
#> GSM30078 4 0.7887 0.1099 0.292 0.332 0.000 0.376
#> GSM30079 1 0.3123 0.7641 0.844 0.000 0.156 0.000
#> GSM30080 4 0.2216 0.8067 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM30081 2 0.0336 0.8328 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30086 4 0.1557 0.7947 0.000 0.056 0.000 0.944
#> GSM30087 1 0.6452 0.0353 0.468 0.464 0.000 0.068
#> GSM30088 1 0.5352 0.6683 0.740 0.168 0.000 0.092
#> GSM30089 1 0.5558 0.5760 0.640 0.000 0.324 0.036
#> GSM30090 2 0.1389 0.8095 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM30091 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0336 0.8339 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30094 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 2 0.2725 0.7800 0.056 0.912 0.016 0.016
#> GSM30096 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.4989 0.1739 0.528 0.472 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.3751 0.7432 0.800 0.000 0.196 0.004
#> GSM30099 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 0.6974 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 2 0.1716 0.8072 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM30103 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30104 2 0.0921 0.8221 0.000 0.972 0.000 0.028
#> GSM30105 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.5404 0.5352 0.000 0.052 0.248 0.700
#> GSM30107 4 0.2973 0.8057 0.000 0.144 0.000 0.856
#> GSM30108 1 0.3074 0.7654 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM30109 1 0.4500 0.6463 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM30110 1 0.2761 0.8016 0.908 0.012 0.016 0.064
#> GSM30111 1 0.0524 0.8182 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30112 1 0.4164 0.6886 0.736 0.000 0.264 0.000
#> GSM30113 3 0.4011 0.6892 0.208 0.000 0.784 0.008
#> GSM30114 4 0.2345 0.8092 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM30115 1 0.5940 0.6088 0.692 0.120 0.000 0.188
#> GSM30116 2 0.4425 0.6508 0.004 0.800 0.160 0.036
#> GSM30117 2 0.5296 0.1025 0.496 0.496 0.000 0.008
#> GSM30118 3 0.5138 0.5033 0.392 0.000 0.600 0.008
#> GSM30119 4 0.1488 0.7810 0.000 0.032 0.012 0.956
#> GSM30120 4 0.3801 0.5657 0.220 0.000 0.000 0.780
#> GSM30121 1 0.0336 0.8182 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30122 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0469 0.8327 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30177 2 0.0469 0.8327 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30178 2 0.1557 0.8115 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM30179 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0336 0.8182 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30181 4 0.2345 0.8091 0.000 0.100 0.000 0.900
#> GSM30182 2 0.4516 0.5580 0.252 0.736 0.000 0.012
#> GSM30183 1 0.0336 0.8182 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30184 2 0.0524 0.8316 0.000 0.988 0.008 0.004
#> GSM30185 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.2675 0.7426 0.100 0.892 0.000 0.008
#> GSM30187 2 0.4059 0.6263 0.200 0.788 0.000 0.012
#> GSM30188 2 0.5279 0.2689 0.400 0.588 0.000 0.012
#> GSM30189 1 0.1211 0.8117 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30190 2 0.0188 0.8346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30191 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30192 4 0.2216 0.8109 0.000 0.092 0.000 0.908
#> GSM30193 4 0.2408 0.8112 0.000 0.104 0.000 0.896
#> GSM30194 3 0.6855 0.3074 0.000 0.200 0.600 0.200
#> GSM30195 1 0.6534 0.5696 0.624 0.000 0.244 0.132
#> GSM30196 1 0.4855 0.5394 0.600 0.000 0.400 0.000
#> GSM30197 4 0.5807 0.2977 0.344 0.044 0.000 0.612
#> GSM30198 1 0.1716 0.8045 0.936 0.000 0.000 0.064
#> GSM30199 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.1211 0.8109 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30201 1 0.4414 0.7647 0.824 0.020 0.036 0.120
#> GSM30202 1 0.0336 0.8182 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30203 2 0.0188 0.8338 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30204 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.4920 0.3462 0.368 0.628 0.004 0.000
#> GSM30206 1 0.6666 0.2195 0.508 0.404 0.000 0.088
#> GSM30207 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.3707 0.7443 0.840 0.132 0.000 0.028
#> GSM30209 2 0.3958 0.7196 0.000 0.836 0.052 0.112
#> GSM30210 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.4992 0.7098 0.772 0.096 0.000 0.132
#> GSM30212 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.3074 0.7654 0.848 0.000 0.152 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0592 0.8300 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM30219 2 0.5244 0.2234 0.436 0.556 0.000 0.008
#> GSM30220 1 0.5510 0.5381 0.600 0.000 0.376 0.024
#> GSM30221 2 0.5320 0.2106 0.416 0.572 0.000 0.012
#> GSM30222 4 0.1575 0.7804 0.012 0.028 0.004 0.956
#> GSM30223 1 0.4790 0.5680 0.620 0.000 0.380 0.000
#> GSM30224 1 0.3612 0.7617 0.856 0.100 0.000 0.044
#> GSM30225 1 0.0336 0.8182 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30226 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.8194 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.8349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 2 0.0188 0.8338 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.5524 0.50580 0.000 0.016 0.684 0.120 0.180
#> GSM30007 1 0.5294 0.49213 0.596 0.008 0.000 0.044 0.352
#> GSM30008 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.2677 0.72800 0.872 0.016 0.000 0.112 0.000
#> GSM30010 5 0.4191 0.67187 0.020 0.028 0.008 0.144 0.800
#> GSM30011 3 0.2929 0.71821 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> GSM30012 2 0.3196 0.75600 0.000 0.804 0.192 0.004 0.000
#> GSM30013 2 0.2850 0.81613 0.000 0.872 0.092 0.036 0.000
#> GSM30014 5 0.3143 0.64964 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> GSM30015 1 0.0510 0.77516 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM30016 1 0.5526 0.56067 0.688 0.020 0.000 0.112 0.180
#> GSM30017 1 0.4182 -0.05621 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> GSM30018 4 0.4238 0.46385 0.028 0.076 0.000 0.808 0.088
#> GSM30019 2 0.4306 0.75116 0.000 0.772 0.172 0.012 0.044
#> GSM30020 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 5 0.3146 0.67393 0.000 0.028 0.000 0.128 0.844
#> GSM30022 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 2 0.3716 0.74308 0.048 0.844 0.036 0.072 0.000
#> GSM30024 5 0.6339 0.35478 0.000 0.016 0.316 0.124 0.544
#> GSM30025 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 1 0.2377 0.65931 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.1341 0.74723 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> GSM30030 1 0.4098 0.70085 0.808 0.016 0.000 0.112 0.064
#> GSM30031 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 1 0.3269 0.72027 0.852 0.016 0.020 0.112 0.000
#> GSM30033 1 0.4192 0.18158 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.6105 0.16398 0.468 0.008 0.072 0.444 0.008
#> GSM30035 1 0.6827 -0.00535 0.468 0.004 0.288 0.236 0.004
#> GSM30036 3 0.4400 0.60797 0.000 0.020 0.672 0.308 0.000
#> GSM30037 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30038 2 0.6016 0.39520 0.216 0.600 0.000 0.004 0.180
#> GSM30039 2 0.2270 0.82055 0.000 0.904 0.076 0.020 0.000
#> GSM30040 5 0.4689 0.58361 0.264 0.000 0.048 0.000 0.688
#> GSM30041 3 0.0510 0.80155 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30042 2 0.1270 0.81997 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.3828 0.55115 0.220 0.008 0.000 0.008 0.764
#> GSM30044 4 0.6114 0.37299 0.132 0.000 0.000 0.492 0.376
#> GSM30045 1 0.4824 0.49088 0.596 0.000 0.000 0.028 0.376
#> GSM30046 4 0.4465 0.42397 0.000 0.204 0.060 0.736 0.000
#> GSM30047 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 4 0.7385 0.56469 0.252 0.116 0.116 0.516 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 3 0.3796 0.62485 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM30051 3 0.0510 0.80142 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> GSM30052 1 0.3829 0.67488 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> GSM30053 2 0.3074 0.75385 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.1800 0.77417 0.020 0.048 0.932 0.000 0.000
#> GSM30056 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.5330 0.45913 0.064 0.000 0.312 0.004 0.620
#> GSM30058 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 3 0.4126 0.26021 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM30060 1 0.5820 0.45842 0.612 0.000 0.196 0.000 0.192
#> GSM30061 3 0.5186 0.32756 0.320 0.052 0.624 0.004 0.000
#> GSM30062 3 0.7111 0.10072 0.284 0.056 0.512 0.148 0.000
#> GSM30063 2 0.2929 0.77219 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.5697 0.54388 0.656 0.020 0.000 0.228 0.096
#> GSM30065 3 0.3796 0.62485 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM30066 5 0.0807 0.66602 0.000 0.012 0.000 0.012 0.976
#> GSM30067 1 0.2573 0.73308 0.880 0.016 0.000 0.104 0.000
#> GSM30068 5 0.2523 0.69186 0.028 0.024 0.000 0.040 0.908
#> GSM30069 5 0.2677 0.66960 0.000 0.016 0.000 0.112 0.872
#> GSM30070 2 0.5050 0.53566 0.000 0.700 0.000 0.120 0.180
#> GSM30071 2 0.5436 0.53753 0.012 0.688 0.000 0.124 0.176
#> GSM30072 1 0.4824 0.49088 0.596 0.000 0.000 0.028 0.376
#> GSM30073 2 0.3019 0.80786 0.000 0.864 0.088 0.048 0.000
#> GSM30074 1 0.4963 0.16354 0.608 0.040 0.000 0.000 0.352
#> GSM30075 2 0.1386 0.81232 0.000 0.952 0.032 0.016 0.000
#> GSM30076 2 0.2020 0.82094 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> GSM30077 3 0.6078 -0.06363 0.020 0.072 0.508 0.400 0.000
#> GSM30078 2 0.7385 -0.21463 0.060 0.408 0.152 0.380 0.000
#> GSM30079 1 0.3562 0.68263 0.788 0.000 0.000 0.016 0.196
#> GSM30080 2 0.1357 0.81906 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> GSM30081 3 0.0290 0.80287 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30086 2 0.1399 0.80947 0.000 0.952 0.028 0.020 0.000
#> GSM30087 4 0.3970 0.47796 0.000 0.056 0.156 0.788 0.000
#> GSM30088 4 0.7182 0.55329 0.252 0.060 0.168 0.520 0.000
#> GSM30089 1 0.6057 0.50240 0.616 0.016 0.000 0.136 0.232
#> GSM30090 3 0.1270 0.77974 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0290 0.80338 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.2584 0.75401 0.040 0.008 0.900 0.052 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.6685 0.02776 0.436 0.000 0.284 0.280 0.000
#> GSM30098 1 0.3916 0.68071 0.780 0.004 0.000 0.028 0.188
#> GSM30099 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30100 5 0.0162 0.65600 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM30101 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.2124 0.77808 0.000 0.056 0.916 0.028 0.000
#> GSM30103 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30104 3 0.0963 0.79079 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.6474 0.35659 0.000 0.188 0.040 0.608 0.164
#> GSM30107 2 0.2074 0.81927 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> GSM30108 1 0.3353 0.68820 0.796 0.000 0.000 0.008 0.196
#> GSM30109 4 0.6404 0.44885 0.184 0.004 0.000 0.524 0.288
#> GSM30110 4 0.4309 0.52769 0.308 0.016 0.000 0.676 0.000
#> GSM30111 1 0.0510 0.77581 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> GSM30112 1 0.4404 0.59517 0.684 0.000 0.000 0.024 0.292
#> GSM30113 5 0.3455 0.64701 0.208 0.008 0.000 0.000 0.784
#> GSM30114 2 0.2079 0.81979 0.000 0.916 0.064 0.020 0.000
#> GSM30115 1 0.6915 0.35164 0.596 0.148 0.104 0.152 0.000
#> GSM30116 3 0.4245 0.65757 0.000 0.028 0.800 0.124 0.048
#> GSM30117 3 0.6507 0.15083 0.416 0.032 0.472 0.076 0.004
#> GSM30118 5 0.5676 0.47572 0.300 0.032 0.000 0.048 0.620
#> GSM30119 2 0.1364 0.80054 0.000 0.952 0.012 0.036 0.000
#> GSM30120 2 0.5700 0.43906 0.176 0.628 0.000 0.196 0.000
#> GSM30121 1 0.1568 0.76321 0.944 0.020 0.000 0.036 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 3 0.3796 0.62485 0.000 0.000 0.700 0.300 0.000
#> GSM30177 3 0.3774 0.62873 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM30178 3 0.4165 0.60455 0.000 0.008 0.672 0.320 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.2227 0.75422 0.916 0.032 0.000 0.048 0.004
#> GSM30181 2 0.1671 0.82377 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM30182 4 0.3242 0.44953 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> GSM30183 1 0.1568 0.76321 0.944 0.020 0.000 0.036 0.000
#> GSM30184 3 0.0566 0.80122 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> GSM30185 1 0.0968 0.77343 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004
#> GSM30186 3 0.5166 0.65046 0.088 0.020 0.720 0.172 0.000
#> GSM30187 3 0.6275 0.35743 0.180 0.000 0.520 0.300 0.000
#> GSM30188 4 0.3143 0.45515 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> GSM30189 1 0.1281 0.76922 0.956 0.012 0.000 0.032 0.000
#> GSM30190 3 0.1544 0.78396 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> GSM30191 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.1571 0.82414 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> GSM30193 4 0.5652 0.12649 0.000 0.404 0.080 0.516 0.000
#> GSM30194 5 0.5881 0.39381 0.000 0.180 0.196 0.004 0.620
#> GSM30195 1 0.6417 0.51196 0.620 0.044 0.000 0.160 0.176
#> GSM30196 1 0.4824 0.49088 0.596 0.000 0.000 0.028 0.376
#> GSM30197 4 0.5126 0.22171 0.024 0.432 0.008 0.536 0.000
#> GSM30198 4 0.5036 0.38569 0.452 0.032 0.000 0.516 0.000
#> GSM30199 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30200 4 0.4448 0.33764 0.480 0.004 0.000 0.516 0.000
#> GSM30201 4 0.4461 0.56673 0.184 0.036 0.020 0.760 0.000
#> GSM30202 1 0.1830 0.75989 0.932 0.028 0.000 0.040 0.000
#> GSM30203 3 0.1041 0.79650 0.000 0.004 0.964 0.032 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 3 0.4238 0.37657 0.368 0.000 0.628 0.004 0.000
#> GSM30206 1 0.6894 0.12782 0.488 0.056 0.356 0.100 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.3061 0.67811 0.844 0.000 0.136 0.020 0.000
#> GSM30209 3 0.4025 0.67804 0.000 0.060 0.796 0.140 0.004
#> GSM30210 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.6133 0.58303 0.184 0.060 0.100 0.656 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.3745 0.67709 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> GSM30217 1 0.0000 0.77778 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 3 0.0510 0.80038 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM30219 3 0.6040 0.28779 0.360 0.032 0.556 0.048 0.004
#> GSM30220 1 0.5824 0.49083 0.596 0.012 0.000 0.088 0.304
#> GSM30221 4 0.6654 0.23380 0.180 0.008 0.348 0.464 0.000
#> GSM30222 2 0.0898 0.80127 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> GSM30223 4 0.6736 0.29856 0.256 0.000 0.000 0.384 0.360
#> GSM30224 1 0.3056 0.69732 0.860 0.008 0.112 0.020 0.000
#> GSM30225 4 0.5149 0.38978 0.424 0.032 0.000 0.540 0.004
#> GSM30226 1 0.0968 0.77343 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004
#> GSM30227 1 0.4307 -0.34538 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> GSM30228 3 0.0000 0.80438 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 3 0.0162 0.80331 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.4809 0.48435 0.000 0.000 0.668 0.140 0.192 0.000
#> GSM30007 1 0.4353 0.35033 0.588 0.000 0.000 0.000 0.028 0.384
#> GSM30008 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30009 6 0.2730 0.65067 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> GSM30010 5 0.0260 0.73649 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30011 3 0.2941 0.54787 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.2915 0.73664 0.000 0.808 0.184 0.008 0.000 0.000
#> GSM30013 2 0.2625 0.80583 0.000 0.872 0.072 0.056 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.2902 0.69641 0.000 0.000 0.000 0.004 0.800 0.196
#> GSM30015 6 0.0972 0.77503 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000 0.964
#> GSM30016 6 0.2871 0.64836 0.000 0.004 0.000 0.000 0.192 0.804
#> GSM30017 6 0.4099 0.12233 0.372 0.000 0.000 0.016 0.000 0.612
#> GSM30018 4 0.6294 0.10252 0.384 0.024 0.000 0.416 0.176 0.000
#> GSM30019 2 0.3939 0.73197 0.000 0.776 0.160 0.020 0.044 0.000
#> GSM30020 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30021 5 0.0000 0.73585 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30022 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30023 2 0.3108 0.76303 0.000 0.860 0.036 0.052 0.000 0.052
#> GSM30024 5 0.5210 0.33577 0.068 0.000 0.316 0.000 0.596 0.020
#> GSM30025 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30026 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30027 6 0.2135 0.65061 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM30028 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30029 6 0.1511 0.74775 0.044 0.004 0.000 0.012 0.000 0.940
#> GSM30030 6 0.2871 0.64708 0.004 0.000 0.000 0.000 0.192 0.804
#> GSM30031 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30032 6 0.2664 0.65980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM30033 6 0.3765 0.17567 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM30034 4 0.3816 0.57569 0.000 0.000 0.024 0.784 0.160 0.032
#> GSM30035 4 0.3446 0.36400 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM30036 4 0.3454 0.75901 0.000 0.024 0.208 0.768 0.000 0.000
#> GSM30037 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30038 2 0.4255 0.31871 0.004 0.600 0.000 0.000 0.016 0.380
#> GSM30039 2 0.1908 0.80717 0.000 0.916 0.056 0.028 0.000 0.000
#> GSM30040 5 0.4664 0.42429 0.000 0.000 0.052 0.000 0.584 0.364
#> GSM30041 3 0.0713 0.79931 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.0937 0.81409 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.3820 0.75437 0.112 0.000 0.000 0.052 0.804 0.032
#> GSM30044 1 0.0000 0.27590 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.3717 0.35471 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM30046 1 0.6706 -0.16032 0.384 0.212 0.044 0.360 0.000 0.000
#> GSM30047 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30048 1 0.8028 0.26210 0.384 0.128 0.124 0.072 0.000 0.292
#> GSM30049 3 0.0146 0.81068 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.3136 0.75953 0.000 0.004 0.228 0.768 0.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0858 0.79714 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.3867 0.14788 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> GSM30053 2 0.2730 0.73029 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.1461 0.77885 0.000 0.044 0.940 0.000 0.000 0.016
#> GSM30056 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.3606 0.68163 0.000 0.000 0.140 0.008 0.800 0.052
#> GSM30058 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30059 3 0.3934 0.24055 0.000 0.000 0.616 0.008 0.000 0.376
#> GSM30060 6 0.5254 0.33256 0.196 0.000 0.196 0.000 0.000 0.608
#> GSM30061 3 0.4524 0.31942 0.000 0.052 0.628 0.000 0.000 0.320
#> GSM30062 3 0.6438 0.23423 0.072 0.064 0.548 0.028 0.000 0.288
#> GSM30063 2 0.2527 0.76037 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.5965 0.29571 0.436 0.004 0.000 0.000 0.192 0.368
#> GSM30065 4 0.3136 0.75953 0.000 0.004 0.228 0.768 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.3511 0.74424 0.124 0.004 0.000 0.064 0.808 0.000
#> GSM30067 6 0.2664 0.66023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> GSM30068 5 0.3159 0.76443 0.060 0.004 0.000 0.064 0.856 0.016
#> GSM30069 5 0.0260 0.73582 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30070 2 0.2454 0.73101 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> GSM30071 2 0.3523 0.72532 0.000 0.812 0.000 0.040 0.132 0.016
#> GSM30072 1 0.3717 0.35471 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM30073 2 0.2744 0.78444 0.000 0.864 0.064 0.072 0.000 0.000
#> GSM30074 6 0.4458 0.20514 0.000 0.040 0.000 0.000 0.352 0.608
#> GSM30075 2 0.0713 0.81209 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM30076 2 0.1610 0.80988 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM30077 3 0.5144 0.17965 0.384 0.068 0.540 0.008 0.000 0.000
#> GSM30078 2 0.7016 0.20066 0.336 0.424 0.172 0.020 0.000 0.048
#> GSM30079 6 0.3515 0.37365 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> GSM30080 2 0.0937 0.81307 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> GSM30081 3 0.0405 0.80894 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> GSM30086 2 0.0713 0.80953 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> GSM30087 4 0.5264 0.60959 0.112 0.064 0.132 0.692 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.7882 0.24062 0.384 0.068 0.176 0.076 0.000 0.296
#> GSM30089 6 0.5680 -0.00457 0.292 0.000 0.000 0.000 0.192 0.516
#> GSM30090 3 0.1075 0.78409 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0146 0.81068 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30092 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0632 0.80221 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.2176 0.74751 0.000 0.000 0.896 0.000 0.080 0.024
#> GSM30096 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30097 4 0.3780 0.74174 0.000 0.004 0.248 0.728 0.000 0.020
#> GSM30098 6 0.4436 0.15105 0.380 0.000 0.000 0.008 0.020 0.592
#> GSM30099 3 0.0146 0.81068 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30100 5 0.2793 0.71084 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> GSM30101 3 0.0146 0.81068 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.2134 0.76993 0.000 0.052 0.904 0.044 0.000 0.000
#> GSM30103 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30104 3 0.1007 0.78735 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM30105 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30106 1 0.6928 -0.20450 0.384 0.352 0.000 0.072 0.192 0.000
#> GSM30107 2 0.1663 0.80831 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> GSM30108 6 0.3126 0.53729 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> GSM30109 1 0.0260 0.27556 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM30110 1 0.6759 0.26582 0.360 0.012 0.000 0.320 0.016 0.292
#> GSM30111 6 0.0790 0.77623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> GSM30112 1 0.3717 0.35471 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM30113 5 0.2793 0.69307 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> GSM30114 2 0.2129 0.80408 0.000 0.904 0.056 0.040 0.000 0.000
#> GSM30115 6 0.5992 0.29660 0.000 0.152 0.092 0.136 0.000 0.620
#> GSM30116 3 0.2793 0.63840 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30117 4 0.6674 0.09394 0.000 0.024 0.244 0.428 0.008 0.296
#> GSM30118 5 0.4421 0.70395 0.000 0.024 0.000 0.160 0.744 0.072
#> GSM30119 2 0.2163 0.77585 0.000 0.892 0.004 0.096 0.008 0.000
#> GSM30120 2 0.4951 0.61542 0.020 0.692 0.000 0.168 0.000 0.120
#> GSM30121 6 0.2301 0.72914 0.000 0.020 0.000 0.096 0.000 0.884
#> GSM30122 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30123 4 0.3136 0.75953 0.000 0.004 0.228 0.768 0.000 0.000
#> GSM30177 4 0.3565 0.68697 0.000 0.004 0.304 0.692 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.3403 0.76038 0.000 0.020 0.212 0.768 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30180 6 0.3313 0.67139 0.000 0.024 0.000 0.160 0.008 0.808
#> GSM30181 2 0.1411 0.81231 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM30182 4 0.3121 0.73821 0.012 0.004 0.180 0.804 0.000 0.000
#> GSM30183 6 0.2301 0.72914 0.000 0.020 0.000 0.096 0.000 0.884
#> GSM30184 3 0.0692 0.80548 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> GSM30185 6 0.1728 0.75504 0.000 0.004 0.000 0.064 0.008 0.924
#> GSM30186 4 0.5411 0.16396 0.000 0.020 0.456 0.460 0.000 0.064
#> GSM30187 4 0.3136 0.75953 0.000 0.004 0.228 0.768 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.3166 0.72288 0.024 0.004 0.156 0.816 0.000 0.000
#> GSM30189 6 0.1789 0.75892 0.000 0.032 0.000 0.044 0.000 0.924
#> GSM30190 3 0.1663 0.74638 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> GSM30191 3 0.0000 0.81110 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.1075 0.81610 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> GSM30193 2 0.6144 0.31936 0.384 0.472 0.072 0.072 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.2980 0.61714 0.000 0.000 0.192 0.008 0.800 0.000
#> GSM30195 6 0.4297 0.63091 0.000 0.032 0.000 0.136 0.068 0.764
#> GSM30196 1 0.3717 0.35471 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> GSM30197 2 0.5845 0.26190 0.384 0.500 0.012 0.088 0.000 0.016
#> GSM30198 6 0.5754 -0.09717 0.384 0.040 0.000 0.072 0.000 0.504
#> GSM30199 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30200 6 0.5360 -0.05692 0.384 0.016 0.000 0.072 0.000 0.528
#> GSM30201 1 0.8200 0.20257 0.384 0.044 0.012 0.244 0.108 0.208
#> GSM30202 6 0.2851 0.70308 0.000 0.020 0.000 0.132 0.004 0.844
#> GSM30203 3 0.3684 0.22052 0.000 0.004 0.664 0.332 0.000 0.000
#> GSM30204 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30205 3 0.3979 0.34734 0.000 0.000 0.628 0.000 0.012 0.360
#> GSM30206 6 0.5911 0.04469 0.000 0.064 0.376 0.060 0.000 0.500
#> GSM30207 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30208 6 0.2692 0.64362 0.000 0.012 0.148 0.000 0.000 0.840
#> GSM30209 3 0.3393 0.62782 0.000 0.004 0.784 0.020 0.192 0.000
#> GSM30210 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30211 1 0.8083 0.13825 0.384 0.072 0.092 0.236 0.000 0.216
#> GSM30212 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30213 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30214 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30215 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30216 1 0.3838 0.24826 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> GSM30217 6 0.0000 0.78581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30218 3 0.0603 0.80579 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> GSM30219 3 0.6112 0.28843 0.000 0.024 0.556 0.160 0.008 0.252
#> GSM30220 1 0.5086 0.33042 0.532 0.000 0.000 0.000 0.084 0.384
#> GSM30221 4 0.5483 0.59274 0.020 0.008 0.328 0.592 0.024 0.028
#> GSM30222 2 0.0291 0.80118 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> GSM30223 1 0.0937 0.30443 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM30224 6 0.2581 0.67514 0.000 0.020 0.120 0.000 0.000 0.860
#> GSM30225 1 0.6676 0.25950 0.412 0.024 0.000 0.228 0.008 0.328
#> GSM30226 6 0.1728 0.75504 0.000 0.004 0.000 0.064 0.008 0.924
#> GSM30227 1 0.4949 0.29076 0.548 0.000 0.000 0.072 0.000 0.380
#> GSM30228 3 0.0146 0.81068 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30229 3 0.0146 0.81002 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> MAD:pam 140 0.000133 2
#> MAD:pam 143 0.007349 3
#> MAD:pam 146 0.015024 4
#> MAD:pam 122 0.063617 5
#> MAD:pam 117 0.002355 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.225 0.680 0.763 0.4582 0.497 0.497
#> 3 3 0.325 0.572 0.747 0.3203 0.819 0.669
#> 4 4 0.513 0.468 0.731 0.1705 0.782 0.519
#> 5 5 0.584 0.541 0.737 0.0917 0.832 0.498
#> 6 6 0.653 0.673 0.782 0.0519 0.895 0.586
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30007 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30009 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.9815 -0.3410 0.420 0.580
#> GSM30011 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30012 2 0.0000 0.6433 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.8081 0.7593 0.248 0.752
#> GSM30014 1 0.9754 0.5913 0.592 0.408
#> GSM30015 1 0.9393 0.4474 0.644 0.356
#> GSM30016 1 0.6343 0.7685 0.840 0.160
#> GSM30017 1 0.9209 0.5011 0.664 0.336
#> GSM30018 2 0.8327 0.7626 0.264 0.736
#> GSM30019 2 0.0000 0.6433 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30021 1 0.9635 0.6116 0.612 0.388
#> GSM30022 1 0.5059 0.7606 0.888 0.112
#> GSM30023 2 0.8267 0.7521 0.260 0.740
#> GSM30024 1 0.8713 0.5972 0.708 0.292
#> GSM30025 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.9358 0.0572 0.648 0.352
#> GSM30027 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30028 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30029 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30030 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.2778 0.7869 0.952 0.048
#> GSM30032 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30033 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30034 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30035 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30036 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30037 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30038 1 0.6887 0.7645 0.816 0.184
#> GSM30039 2 0.0000 0.6433 0.000 1.000
#> GSM30040 1 0.9909 0.3806 0.556 0.444
#> GSM30041 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30042 2 0.0000 0.6433 0.000 1.000
#> GSM30043 1 0.9635 0.5957 0.612 0.388
#> GSM30044 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30045 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30046 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30047 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30048 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30049 2 0.6801 0.6030 0.180 0.820
#> GSM30050 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30051 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30052 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.6433 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30055 2 0.9775 0.7132 0.412 0.588
#> GSM30056 2 0.9427 0.7659 0.360 0.640
#> GSM30057 1 0.9795 0.5860 0.584 0.416
#> GSM30058 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30059 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30060 1 0.5408 0.7490 0.876 0.124
#> GSM30061 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30062 2 0.8207 0.7602 0.256 0.744
#> GSM30063 2 0.3274 0.6844 0.060 0.940
#> GSM30064 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30065 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30066 1 0.9754 0.5913 0.592 0.408
#> GSM30067 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30068 1 0.9754 0.5913 0.592 0.408
#> GSM30069 1 0.9754 0.5913 0.592 0.408
#> GSM30070 2 0.8207 0.1959 0.256 0.744
#> GSM30071 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30072 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30073 2 0.8081 0.7593 0.248 0.752
#> GSM30074 1 0.9460 0.6345 0.636 0.364
#> GSM30075 2 0.8081 0.7593 0.248 0.752
#> GSM30076 2 0.8267 0.7615 0.260 0.740
#> GSM30077 2 0.9209 0.7700 0.336 0.664
#> GSM30078 2 0.9170 0.7701 0.332 0.668
#> GSM30079 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.7376 0.7546 0.208 0.792
#> GSM30081 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30086 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30087 2 0.9248 0.7695 0.340 0.660
#> GSM30088 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30089 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30090 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30091 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30092 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30093 2 0.7219 0.7155 0.200 0.800
#> GSM30094 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30095 1 0.8861 0.5878 0.696 0.304
#> GSM30096 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30097 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30098 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30099 1 0.9970 -0.4629 0.532 0.468
#> GSM30100 1 0.9129 0.5986 0.672 0.328
#> GSM30101 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30102 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30103 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30104 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30105 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30106 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30107 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30108 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30109 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30110 2 0.8713 0.7155 0.292 0.708
#> GSM30111 1 0.7299 0.7345 0.796 0.204
#> GSM30112 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30113 1 0.9866 0.5733 0.568 0.432
#> GSM30114 2 0.0376 0.6464 0.004 0.996
#> GSM30115 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30116 1 0.8207 0.6337 0.744 0.256
#> GSM30117 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30118 1 0.9170 0.6627 0.668 0.332
#> GSM30119 2 0.0000 0.6433 0.000 1.000
#> GSM30120 2 0.9170 0.6503 0.332 0.668
#> GSM30121 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30122 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30123 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30177 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30178 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30179 1 0.4690 0.7279 0.900 0.100
#> GSM30180 1 0.5519 0.7786 0.872 0.128
#> GSM30181 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30182 2 0.9209 0.7700 0.336 0.664
#> GSM30183 1 0.7602 0.7135 0.780 0.220
#> GSM30184 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30185 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30186 1 0.8386 0.3539 0.732 0.268
#> GSM30187 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30188 2 0.9427 0.7664 0.360 0.640
#> GSM30189 2 0.9491 0.7624 0.368 0.632
#> GSM30190 2 0.5059 0.6675 0.112 0.888
#> GSM30191 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30192 2 0.8081 0.7593 0.248 0.752
#> GSM30193 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30194 2 0.5629 0.4982 0.132 0.868
#> GSM30195 1 0.6623 0.7615 0.828 0.172
#> GSM30196 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30197 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30198 2 0.9393 0.6012 0.356 0.644
#> GSM30199 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30200 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30201 2 0.8327 0.7626 0.264 0.736
#> GSM30202 1 0.7674 0.7115 0.776 0.224
#> GSM30203 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30204 2 0.9933 0.3216 0.452 0.548
#> GSM30205 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30206 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30207 1 0.9881 -0.3451 0.564 0.436
#> GSM30208 1 0.9881 -0.3451 0.564 0.436
#> GSM30209 1 0.9460 -0.0576 0.636 0.364
#> GSM30210 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30211 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30212 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.5946 0.7696 0.856 0.144
#> GSM30217 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.9491 0.7625 0.368 0.632
#> GSM30219 1 0.8763 0.5929 0.704 0.296
#> GSM30220 1 0.0000 0.7778 1.000 0.000
#> GSM30221 2 0.8861 0.7690 0.304 0.696
#> GSM30222 2 0.8144 0.7585 0.252 0.748
#> GSM30223 1 0.6247 0.7701 0.844 0.156
#> GSM30224 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
#> GSM30225 1 0.9209 0.5009 0.664 0.336
#> GSM30226 1 0.2603 0.7779 0.956 0.044
#> GSM30227 1 0.6801 0.7553 0.820 0.180
#> GSM30228 2 0.6343 0.6948 0.160 0.840
#> GSM30229 2 0.9460 0.7655 0.364 0.636
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 1 0.6215 0.5779 0.572 0.000 0.428
#> GSM30007 2 0.3879 0.6270 0.000 0.848 0.152
#> GSM30008 2 0.4505 0.6479 0.092 0.860 0.048
#> GSM30009 2 0.3619 0.6379 0.000 0.864 0.136
#> GSM30010 3 0.7640 0.7513 0.096 0.240 0.664
#> GSM30011 1 0.7636 0.5630 0.556 0.048 0.396
#> GSM30012 1 0.5968 0.5646 0.636 0.000 0.364
#> GSM30013 1 0.4796 0.6754 0.780 0.000 0.220
#> GSM30014 3 0.7677 0.7507 0.096 0.244 0.660
#> GSM30015 1 0.7953 0.0456 0.564 0.368 0.068
#> GSM30016 2 0.9722 -0.2775 0.244 0.444 0.312
#> GSM30017 2 0.8518 0.0707 0.436 0.472 0.092
#> GSM30018 1 0.2414 0.7135 0.940 0.040 0.020
#> GSM30019 1 0.5968 0.5635 0.636 0.000 0.364
#> GSM30020 2 0.4920 0.6319 0.108 0.840 0.052
#> GSM30021 3 0.7085 0.7237 0.096 0.188 0.716
#> GSM30022 2 0.6372 0.6416 0.068 0.756 0.176
#> GSM30023 1 0.3213 0.6963 0.912 0.028 0.060
#> GSM30024 3 0.6432 0.0599 0.004 0.428 0.568
#> GSM30025 2 0.2772 0.6592 0.004 0.916 0.080
#> GSM30026 1 0.6483 0.1681 0.600 0.392 0.008
#> GSM30027 2 0.5734 0.5559 0.048 0.788 0.164
#> GSM30028 2 0.6093 0.5850 0.156 0.776 0.068
#> GSM30029 2 0.4165 0.6546 0.076 0.876 0.048
#> GSM30030 2 0.0237 0.6629 0.000 0.996 0.004
#> GSM30031 2 0.4058 0.6562 0.076 0.880 0.044
#> GSM30032 2 0.4934 0.5850 0.024 0.820 0.156
#> GSM30033 2 0.7406 0.0441 0.044 0.596 0.360
#> GSM30034 1 0.3528 0.7147 0.892 0.016 0.092
#> GSM30035 2 0.7116 0.2300 0.040 0.636 0.324
#> GSM30036 1 0.3682 0.7161 0.876 0.008 0.116
#> GSM30037 2 0.4291 0.6319 0.008 0.840 0.152
#> GSM30038 3 0.7815 0.6658 0.096 0.260 0.644
#> GSM30039 1 0.5926 0.5733 0.644 0.000 0.356
#> GSM30040 3 0.6897 0.5753 0.040 0.292 0.668
#> GSM30041 1 0.6235 0.5716 0.564 0.000 0.436
#> GSM30042 1 0.5706 0.5901 0.680 0.000 0.320
#> GSM30043 3 0.7677 0.7507 0.096 0.244 0.660
#> GSM30044 2 0.7814 0.5768 0.104 0.652 0.244
#> GSM30045 2 0.8075 0.5470 0.104 0.620 0.276
#> GSM30046 1 0.1950 0.7035 0.952 0.008 0.040
#> GSM30047 1 0.3678 0.7140 0.892 0.028 0.080
#> GSM30048 1 0.2383 0.7025 0.940 0.016 0.044
#> GSM30049 1 0.7466 0.5123 0.520 0.036 0.444
#> GSM30050 1 0.5016 0.7061 0.760 0.000 0.240
#> GSM30051 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30052 2 0.3879 0.6270 0.000 0.848 0.152
#> GSM30053 1 0.5859 0.5826 0.656 0.000 0.344
#> GSM30054 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30055 1 0.8599 0.5737 0.584 0.140 0.276
#> GSM30056 1 0.5948 0.6331 0.640 0.000 0.360
#> GSM30057 3 0.7677 0.7507 0.096 0.244 0.660
#> GSM30058 1 0.6274 0.5580 0.544 0.000 0.456
#> GSM30059 1 0.3967 0.7130 0.884 0.044 0.072
#> GSM30060 2 0.6667 0.0782 0.016 0.616 0.368
#> GSM30061 1 0.2297 0.7211 0.944 0.036 0.020
#> GSM30062 1 0.1905 0.7085 0.956 0.016 0.028
#> GSM30063 1 0.5098 0.6612 0.752 0.000 0.248
#> GSM30064 2 0.7179 0.5973 0.104 0.712 0.184
#> GSM30065 1 0.6742 0.6243 0.656 0.028 0.316
#> GSM30066 3 0.6605 0.7363 0.096 0.152 0.752
#> GSM30067 2 0.3589 0.6754 0.052 0.900 0.048
#> GSM30068 3 0.6605 0.7363 0.096 0.152 0.752
#> GSM30069 3 0.6775 0.7319 0.096 0.164 0.740
#> GSM30070 3 0.8763 0.4758 0.312 0.136 0.552
#> GSM30071 1 0.5681 0.6502 0.748 0.016 0.236
#> GSM30072 2 0.7814 0.5768 0.104 0.652 0.244
#> GSM30073 1 0.3192 0.7079 0.888 0.000 0.112
#> GSM30074 3 0.8132 0.7114 0.096 0.304 0.600
#> GSM30075 1 0.4842 0.6665 0.776 0.000 0.224
#> GSM30076 1 0.1411 0.7186 0.964 0.036 0.000
#> GSM30077 1 0.1529 0.7183 0.960 0.040 0.000
#> GSM30078 1 0.1647 0.7195 0.960 0.036 0.004
#> GSM30079 2 0.3686 0.6351 0.000 0.860 0.140
#> GSM30080 1 0.4974 0.6568 0.764 0.000 0.236
#> GSM30081 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30086 1 0.4465 0.6903 0.820 0.004 0.176
#> GSM30087 1 0.1765 0.7191 0.956 0.040 0.004
#> GSM30088 1 0.3039 0.7196 0.920 0.044 0.036
#> GSM30089 2 0.7664 0.5578 0.104 0.668 0.228
#> GSM30090 1 0.6274 0.5580 0.544 0.000 0.456
#> GSM30091 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30092 1 0.3649 0.7138 0.896 0.036 0.068
#> GSM30093 1 0.6045 0.6309 0.620 0.000 0.380
#> GSM30094 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30095 3 0.6867 0.5754 0.040 0.288 0.672
#> GSM30096 2 0.0829 0.6608 0.004 0.984 0.012
#> GSM30097 1 0.3713 0.7143 0.892 0.032 0.076
#> GSM30098 2 0.3644 0.6435 0.004 0.872 0.124
#> GSM30099 1 0.9527 0.2617 0.436 0.192 0.372
#> GSM30100 3 0.5815 0.6782 0.096 0.104 0.800
#> GSM30101 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30102 1 0.6407 0.6773 0.700 0.028 0.272
#> GSM30103 2 0.4059 0.6586 0.012 0.860 0.128
#> GSM30104 1 0.3375 0.7156 0.892 0.008 0.100
#> GSM30105 2 0.0592 0.6647 0.000 0.988 0.012
#> GSM30106 1 0.2173 0.7039 0.944 0.008 0.048
#> GSM30107 1 0.2680 0.7069 0.924 0.008 0.068
#> GSM30108 3 0.8465 0.1712 0.096 0.376 0.528
#> GSM30109 2 0.6920 0.6052 0.104 0.732 0.164
#> GSM30110 1 0.3589 0.6882 0.900 0.052 0.048
#> GSM30111 2 0.9507 -0.1582 0.380 0.432 0.188
#> GSM30112 2 0.8014 0.5498 0.104 0.628 0.268
#> GSM30113 3 0.7677 0.7507 0.096 0.244 0.660
#> GSM30114 1 0.5291 0.6468 0.732 0.000 0.268
#> GSM30115 1 0.2400 0.7054 0.932 0.004 0.064
#> GSM30116 2 0.7581 -0.0533 0.040 0.496 0.464
#> GSM30117 2 0.7876 0.1818 0.080 0.612 0.308
#> GSM30118 3 0.7941 0.7332 0.096 0.276 0.628
#> GSM30119 1 0.6985 0.4780 0.592 0.024 0.384
#> GSM30120 1 0.7935 0.4865 0.648 0.116 0.236
#> GSM30121 2 0.5449 0.6243 0.116 0.816 0.068
#> GSM30122 2 0.4505 0.6222 0.048 0.860 0.092
#> GSM30123 1 0.5864 0.6780 0.704 0.008 0.288
#> GSM30177 1 0.5785 0.6695 0.696 0.004 0.300
#> GSM30178 1 0.3590 0.7144 0.896 0.028 0.076
#> GSM30179 2 0.6001 0.5628 0.144 0.784 0.072
#> GSM30180 2 0.4458 0.6513 0.080 0.864 0.056
#> GSM30181 1 0.3879 0.6971 0.848 0.000 0.152
#> GSM30182 1 0.2443 0.7219 0.940 0.032 0.028
#> GSM30183 2 0.6588 0.5321 0.208 0.732 0.060
#> GSM30184 1 0.6274 0.5580 0.544 0.000 0.456
#> GSM30185 2 0.5677 0.5706 0.048 0.792 0.160
#> GSM30186 2 0.9882 -0.2448 0.280 0.408 0.312
#> GSM30187 1 0.3678 0.7148 0.892 0.028 0.080
#> GSM30188 1 0.2681 0.7220 0.932 0.040 0.028
#> GSM30189 1 0.5625 0.6776 0.808 0.116 0.076
#> GSM30190 1 0.6280 0.5531 0.540 0.000 0.460
#> GSM30191 1 0.4233 0.7205 0.836 0.004 0.160
#> GSM30192 1 0.4399 0.6829 0.812 0.000 0.188
#> GSM30193 1 0.1765 0.7035 0.956 0.004 0.040
#> GSM30194 3 0.6970 0.4831 0.276 0.048 0.676
#> GSM30195 1 0.9927 -0.3114 0.392 0.316 0.292
#> GSM30196 2 0.7814 0.5768 0.104 0.652 0.244
#> GSM30197 1 0.1765 0.7035 0.956 0.004 0.040
#> GSM30198 1 0.3797 0.6812 0.892 0.056 0.052
#> GSM30199 2 0.3425 0.6362 0.004 0.884 0.112
#> GSM30200 1 0.2599 0.7000 0.932 0.016 0.052
#> GSM30201 1 0.2663 0.7119 0.932 0.044 0.024
#> GSM30202 2 0.7250 0.3997 0.288 0.656 0.056
#> GSM30203 1 0.4015 0.7155 0.876 0.028 0.096
#> GSM30204 1 0.6159 0.4953 0.756 0.196 0.048
#> GSM30205 2 0.7306 0.0897 0.044 0.616 0.340
#> GSM30206 1 0.3875 0.7143 0.888 0.044 0.068
#> GSM30207 1 0.7446 0.4773 0.664 0.260 0.076
#> GSM30208 1 0.6543 0.6276 0.748 0.176 0.076
#> GSM30209 1 0.9837 0.1819 0.424 0.284 0.292
#> GSM30210 2 0.1647 0.6651 0.004 0.960 0.036
#> GSM30211 1 0.2383 0.7025 0.940 0.016 0.044
#> GSM30212 2 0.2878 0.6547 0.000 0.904 0.096
#> GSM30213 2 0.3619 0.6377 0.000 0.864 0.136
#> GSM30214 2 0.0424 0.6630 0.008 0.992 0.000
#> GSM30215 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM30216 2 0.6383 0.6388 0.104 0.768 0.128
#> GSM30217 2 0.0000 0.6620 0.000 1.000 0.000
#> GSM30218 1 0.8937 0.5221 0.564 0.184 0.252
#> GSM30219 3 0.7575 0.2994 0.040 0.456 0.504
#> GSM30220 2 0.3879 0.6270 0.000 0.848 0.152
#> GSM30221 1 0.2116 0.7203 0.948 0.040 0.012
#> GSM30222 1 0.3272 0.7068 0.892 0.004 0.104
#> GSM30223 2 0.7814 0.5768 0.104 0.652 0.244
#> GSM30224 1 0.4281 0.7113 0.872 0.056 0.072
#> GSM30225 1 0.8165 -0.1124 0.512 0.416 0.072
#> GSM30226 2 0.6302 0.5309 0.048 0.744 0.208
#> GSM30227 2 0.8568 0.3146 0.228 0.604 0.168
#> GSM30228 1 0.6045 0.6139 0.620 0.000 0.380
#> GSM30229 1 0.4174 0.7213 0.872 0.036 0.092
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0657 0.7052 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM30007 1 0.3907 0.6275 0.768 0.000 0.232 0.000
#> GSM30008 1 0.6166 0.5989 0.692 0.008 0.116 0.184
#> GSM30009 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30010 3 0.3831 0.5745 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM30011 2 0.0779 0.7027 0.004 0.980 0.000 0.016
#> GSM30012 2 0.5546 0.3640 0.000 0.664 0.044 0.292
#> GSM30013 4 0.5812 0.4523 0.000 0.328 0.048 0.624
#> GSM30014 3 0.3831 0.5745 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM30015 4 0.7153 -0.0365 0.440 0.020 0.076 0.464
#> GSM30016 3 0.7054 -0.0230 0.400 0.008 0.496 0.096
#> GSM30017 4 0.4405 0.3033 0.152 0.000 0.048 0.800
#> GSM30018 4 0.4999 0.5962 0.000 0.328 0.012 0.660
#> GSM30019 2 0.5546 0.3640 0.000 0.664 0.044 0.292
#> GSM30020 1 0.6511 0.5331 0.640 0.000 0.172 0.188
#> GSM30021 3 0.3751 0.5752 0.196 0.004 0.800 0.000
#> GSM30022 1 0.4522 0.5608 0.680 0.000 0.320 0.000
#> GSM30023 4 0.2161 0.4776 0.004 0.016 0.048 0.932
#> GSM30024 3 0.5097 -0.0755 0.428 0.004 0.568 0.000
#> GSM30025 1 0.3569 0.6545 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM30026 4 0.5036 0.3495 0.024 0.280 0.000 0.696
#> GSM30027 1 0.3583 0.6568 0.816 0.004 0.000 0.180
#> GSM30028 1 0.7380 0.2747 0.512 0.000 0.288 0.200
#> GSM30029 1 0.6027 0.5892 0.684 0.000 0.124 0.192
#> GSM30030 1 0.3400 0.6601 0.820 0.000 0.180 0.000
#> GSM30031 1 0.5989 0.6038 0.700 0.004 0.116 0.180
#> GSM30032 1 0.3583 0.6568 0.816 0.004 0.000 0.180
#> GSM30033 1 0.5863 0.5936 0.700 0.120 0.000 0.180
#> GSM30034 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30035 1 0.2081 0.6252 0.916 0.084 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30037 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30038 3 0.1305 0.5386 0.036 0.004 0.960 0.000
#> GSM30039 2 0.5897 0.2263 0.000 0.588 0.044 0.368
#> GSM30040 1 0.7385 -0.1201 0.484 0.176 0.340 0.000
#> GSM30041 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.6920 0.2591 0.000 0.552 0.132 0.316
#> GSM30043 3 0.3945 0.5686 0.216 0.004 0.780 0.000
#> GSM30044 3 0.4985 -0.0884 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM30045 3 0.4985 -0.0884 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM30046 4 0.4919 0.6107 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM30047 4 0.4989 0.5031 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM30048 4 0.4881 0.6108 0.000 0.196 0.048 0.756
#> GSM30049 2 0.2662 0.6536 0.084 0.900 0.000 0.016
#> GSM30050 2 0.4661 -0.0804 0.000 0.652 0.000 0.348
#> GSM30051 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30053 2 0.6235 0.0727 0.000 0.524 0.056 0.420
#> GSM30054 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.5157 0.2216 0.028 0.688 0.000 0.284
#> GSM30056 2 0.0895 0.6972 0.004 0.976 0.000 0.020
#> GSM30057 3 0.3831 0.5745 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM30058 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.4989 0.5031 0.000 0.472 0.000 0.528
#> GSM30060 1 0.1824 0.6493 0.936 0.004 0.060 0.000
#> GSM30061 4 0.5933 0.5153 0.000 0.464 0.036 0.500
#> GSM30062 4 0.5472 0.6092 0.000 0.280 0.044 0.676
#> GSM30063 4 0.6055 0.3548 0.000 0.436 0.044 0.520
#> GSM30064 3 0.5165 -0.1062 0.484 0.000 0.512 0.004
#> GSM30065 2 0.3354 0.6054 0.000 0.872 0.044 0.084
#> GSM30066 3 0.3668 0.5750 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM30067 1 0.2589 0.6407 0.884 0.000 0.116 0.000
#> GSM30068 3 0.3668 0.5750 0.188 0.004 0.808 0.000
#> GSM30069 3 0.1004 0.5425 0.024 0.004 0.972 0.000
#> GSM30070 3 0.5950 0.2695 0.008 0.184 0.708 0.100
#> GSM30071 4 0.5690 0.5070 0.000 0.268 0.060 0.672
#> GSM30072 1 0.4998 0.1577 0.512 0.000 0.488 0.000
#> GSM30073 4 0.5279 0.5818 0.000 0.252 0.044 0.704
#> GSM30074 3 0.4771 0.5603 0.148 0.004 0.788 0.060
#> GSM30075 4 0.5328 0.5663 0.000 0.248 0.048 0.704
#> GSM30076 4 0.5284 0.5868 0.000 0.368 0.016 0.616
#> GSM30077 4 0.4888 0.5613 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM30078 4 0.4888 0.5613 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM30079 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30080 4 0.5549 0.5289 0.000 0.280 0.048 0.672
#> GSM30081 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30086 4 0.4957 0.6087 0.000 0.204 0.048 0.748
#> GSM30087 4 0.4888 0.5613 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM30088 4 0.4981 0.5019 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM30089 3 0.5158 -0.0926 0.472 0.004 0.524 0.000
#> GSM30090 2 0.0376 0.7085 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM30091 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30093 2 0.0000 0.7070 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30094 2 0.0657 0.7052 0.004 0.984 0.000 0.012
#> GSM30095 1 0.7375 -0.1135 0.488 0.176 0.336 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.6635 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30098 1 0.3311 0.6639 0.828 0.000 0.172 0.000
#> GSM30099 2 0.5352 0.5531 0.168 0.740 0.000 0.092
#> GSM30100 3 0.2125 0.5015 0.076 0.004 0.920 0.000
#> GSM30101 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30102 2 0.3933 0.4614 0.008 0.792 0.000 0.200
#> GSM30103 1 0.2466 0.6800 0.900 0.004 0.096 0.000
#> GSM30104 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30105 1 0.4008 0.6688 0.820 0.000 0.148 0.032
#> GSM30106 4 0.4719 0.6088 0.000 0.180 0.048 0.772
#> GSM30107 4 0.4919 0.6107 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM30108 3 0.3052 0.4646 0.136 0.004 0.860 0.000
#> GSM30109 3 0.5165 -0.1061 0.484 0.000 0.512 0.004
#> GSM30110 4 0.5041 0.6115 0.008 0.188 0.044 0.760
#> GSM30111 4 0.9155 -0.2601 0.352 0.092 0.188 0.368
#> GSM30112 3 0.4994 -0.0950 0.480 0.000 0.520 0.000
#> GSM30113 3 0.3831 0.5745 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM30114 4 0.6061 0.2937 0.000 0.400 0.048 0.552
#> GSM30115 4 0.4842 0.6109 0.000 0.192 0.048 0.760
#> GSM30116 1 0.3257 0.5548 0.844 0.152 0.004 0.000
#> GSM30117 1 0.2973 0.6070 0.884 0.096 0.000 0.020
#> GSM30118 3 0.3831 0.5745 0.204 0.004 0.792 0.000
#> GSM30119 2 0.8030 0.1401 0.004 0.388 0.296 0.312
#> GSM30120 4 0.5084 0.6051 0.012 0.180 0.044 0.764
#> GSM30121 1 0.4010 0.5245 0.816 0.000 0.156 0.028
#> GSM30122 1 0.0000 0.6635 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.4843 -0.2395 0.000 0.604 0.000 0.396
#> GSM30177 2 0.3024 0.5300 0.000 0.852 0.000 0.148
#> GSM30178 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30179 1 0.5669 0.5805 0.708 0.092 0.000 0.200
#> GSM30180 1 0.2814 0.5909 0.868 0.000 0.132 0.000
#> GSM30181 4 0.4881 0.6093 0.000 0.196 0.048 0.756
#> GSM30182 4 0.4888 0.5613 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM30183 1 0.4954 0.4981 0.784 0.004 0.120 0.092
#> GSM30184 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30185 1 0.0188 0.6627 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.5167 0.3315 0.340 0.644 0.000 0.016
#> GSM30187 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30188 4 0.4888 0.5613 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM30189 4 0.5151 0.5018 0.004 0.464 0.000 0.532
#> GSM30190 2 0.0188 0.7096 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30191 4 0.5000 0.4833 0.000 0.496 0.000 0.504
#> GSM30192 4 0.4957 0.6087 0.000 0.204 0.048 0.748
#> GSM30193 4 0.4919 0.6107 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM30194 3 0.7164 0.0560 0.004 0.296 0.552 0.148
#> GSM30195 1 0.9769 -0.0355 0.340 0.164 0.236 0.260
#> GSM30196 3 0.4985 -0.0884 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM30197 4 0.4919 0.6107 0.000 0.200 0.048 0.752
#> GSM30198 4 0.2594 0.4981 0.004 0.036 0.044 0.916
#> GSM30199 1 0.0779 0.6651 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM30200 4 0.4145 0.5765 0.004 0.124 0.044 0.828
#> GSM30201 4 0.5460 0.5940 0.000 0.340 0.028 0.632
#> GSM30202 1 0.6039 0.3405 0.684 0.000 0.128 0.188
#> GSM30203 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
#> GSM30204 4 0.1635 0.4599 0.008 0.000 0.044 0.948
#> GSM30205 1 0.3978 0.6058 0.848 0.032 0.104 0.016
#> GSM30206 4 0.4981 0.5019 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM30207 4 0.4483 0.3578 0.004 0.284 0.000 0.712
#> GSM30208 4 0.4621 0.3566 0.008 0.284 0.000 0.708
#> GSM30209 2 0.7216 0.2475 0.284 0.536 0.000 0.180
#> GSM30210 1 0.4356 0.6640 0.804 0.000 0.048 0.148
#> GSM30211 4 0.4800 0.6120 0.000 0.196 0.044 0.760
#> GSM30212 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30213 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30214 1 0.0592 0.6696 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM30215 1 0.3356 0.6581 0.824 0.000 0.000 0.176
#> GSM30216 1 0.4730 0.1775 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM30217 1 0.3400 0.6560 0.820 0.000 0.000 0.180
#> GSM30218 2 0.5691 -0.4446 0.024 0.508 0.000 0.468
#> GSM30219 1 0.6346 0.2269 0.656 0.152 0.192 0.000
#> GSM30220 1 0.3610 0.6525 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30221 4 0.4905 0.5813 0.000 0.364 0.004 0.632
#> GSM30222 4 0.4719 0.6088 0.000 0.180 0.048 0.772
#> GSM30223 3 0.5155 -0.0928 0.468 0.000 0.528 0.004
#> GSM30224 4 0.4981 0.5019 0.000 0.464 0.000 0.536
#> GSM30225 4 0.6347 0.1169 0.384 0.000 0.068 0.548
#> GSM30226 1 0.0779 0.6651 0.980 0.004 0.016 0.000
#> GSM30227 1 0.7117 0.0455 0.564 0.000 0.228 0.208
#> GSM30228 2 0.1637 0.6577 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30229 4 0.4996 0.5022 0.000 0.484 0.000 0.516
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.3689 0.69554 0.000 0.004 0.740 0.256 0.000
#> GSM30007 1 0.0932 0.68818 0.972 0.020 0.004 0.004 0.000
#> GSM30008 1 0.4442 0.66412 0.728 0.004 0.012 0.016 0.240
#> GSM30009 1 0.0609 0.68973 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.3596 0.82593 0.000 0.200 0.016 0.000 0.784
#> GSM30011 3 0.3160 0.71802 0.000 0.004 0.808 0.188 0.000
#> GSM30012 2 0.4645 0.43288 0.000 0.564 0.424 0.008 0.004
#> GSM30013 2 0.4989 0.61318 0.000 0.708 0.168 0.124 0.000
#> GSM30014 5 0.3596 0.82593 0.000 0.200 0.016 0.000 0.784
#> GSM30015 2 0.6917 0.15451 0.264 0.520 0.016 0.192 0.008
#> GSM30016 1 0.8127 0.14707 0.432 0.132 0.016 0.116 0.304
#> GSM30017 2 0.8291 -0.03727 0.344 0.348 0.012 0.096 0.200
#> GSM30018 4 0.2286 0.68638 0.004 0.108 0.000 0.888 0.000
#> GSM30019 2 0.4745 0.43386 0.000 0.560 0.424 0.012 0.004
#> GSM30020 1 0.5517 0.54008 0.540 0.024 0.020 0.004 0.412
#> GSM30021 5 0.3496 0.81603 0.000 0.200 0.012 0.000 0.788
#> GSM30022 1 0.3367 0.65002 0.860 0.032 0.016 0.004 0.088
#> GSM30023 4 0.5764 0.10132 0.012 0.408 0.000 0.520 0.060
#> GSM30024 1 0.4937 0.12019 0.580 0.004 0.024 0.000 0.392
#> GSM30025 1 0.0609 0.68973 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM30026 4 0.3908 0.55751 0.016 0.004 0.004 0.776 0.200
#> GSM30027 1 0.4389 0.65993 0.752 0.024 0.020 0.000 0.204
#> GSM30028 1 0.5947 0.46581 0.476 0.040 0.020 0.008 0.456
#> GSM30029 1 0.5135 0.64642 0.668 0.028 0.020 0.004 0.280
#> GSM30030 1 0.0898 0.69046 0.972 0.008 0.020 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.4712 0.65915 0.708 0.020 0.016 0.004 0.252
#> GSM30032 1 0.4552 0.65713 0.744 0.032 0.020 0.000 0.204
#> GSM30033 1 0.7249 0.17442 0.416 0.032 0.348 0.000 0.204
#> GSM30034 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30035 1 0.6659 0.40669 0.504 0.232 0.256 0.000 0.008
#> GSM30036 4 0.0963 0.73099 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM30037 1 0.0609 0.68973 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM30038 5 0.4242 0.67733 0.208 0.036 0.004 0.000 0.752
#> GSM30039 2 0.4798 0.45860 0.000 0.576 0.404 0.016 0.004
#> GSM30040 3 0.7817 0.18454 0.116 0.200 0.468 0.000 0.216
#> GSM30041 3 0.3662 0.69268 0.000 0.004 0.744 0.252 0.000
#> GSM30042 2 0.4969 0.60674 0.000 0.712 0.064 0.212 0.012
#> GSM30043 5 0.3752 0.82400 0.004 0.200 0.016 0.000 0.780
#> GSM30044 1 0.5467 0.46711 0.660 0.052 0.020 0.004 0.264
#> GSM30045 1 0.5426 0.46567 0.660 0.048 0.020 0.004 0.268
#> GSM30046 4 0.4278 0.05386 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> GSM30047 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30048 4 0.4528 0.06581 0.008 0.444 0.000 0.548 0.000
#> GSM30049 3 0.3550 0.71117 0.020 0.000 0.796 0.184 0.000
#> GSM30050 4 0.4262 0.11892 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> GSM30051 3 0.1270 0.68944 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM30052 1 0.0609 0.68973 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.4633 0.51219 0.000 0.632 0.348 0.016 0.004
#> GSM30054 3 0.1908 0.70680 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> GSM30055 4 0.5523 -0.13785 0.024 0.020 0.416 0.536 0.004
#> GSM30056 3 0.3838 0.67267 0.000 0.004 0.716 0.280 0.000
#> GSM30057 5 0.3596 0.82593 0.000 0.200 0.016 0.000 0.784
#> GSM30058 3 0.2605 0.72057 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM30059 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30060 1 0.5173 0.62928 0.696 0.228 0.024 0.000 0.052
#> GSM30061 4 0.0579 0.74185 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> GSM30062 4 0.4015 0.32540 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM30063 2 0.6184 0.56416 0.000 0.576 0.208 0.212 0.004
#> GSM30064 1 0.5336 0.47431 0.668 0.044 0.020 0.004 0.264
#> GSM30065 3 0.5756 0.32094 0.000 0.176 0.620 0.204 0.000
#> GSM30066 5 0.3752 0.82400 0.004 0.200 0.016 0.000 0.780
#> GSM30067 1 0.3948 0.67147 0.788 0.180 0.008 0.004 0.020
#> GSM30068 5 0.3596 0.82593 0.000 0.200 0.016 0.000 0.784
#> GSM30069 5 0.4052 0.72255 0.176 0.024 0.016 0.000 0.784
#> GSM30070 5 0.6491 0.00448 0.000 0.336 0.000 0.200 0.464
#> GSM30071 2 0.4475 0.59279 0.000 0.692 0.000 0.276 0.032
#> GSM30072 1 0.5223 0.47969 0.676 0.044 0.016 0.004 0.260
#> GSM30073 2 0.5355 0.57687 0.000 0.624 0.292 0.084 0.000
#> GSM30074 5 0.2377 0.76237 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM30075 2 0.3838 0.59786 0.000 0.716 0.000 0.280 0.004
#> GSM30076 4 0.2377 0.67134 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM30077 4 0.1197 0.72787 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM30078 4 0.1270 0.72626 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM30079 1 0.0451 0.68996 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> GSM30080 2 0.3838 0.59786 0.000 0.716 0.000 0.280 0.004
#> GSM30081 3 0.1270 0.68944 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM30086 2 0.3707 0.59449 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM30087 4 0.1197 0.72787 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> GSM30088 4 0.0162 0.74093 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30089 1 0.5252 0.46719 0.660 0.044 0.020 0.000 0.276
#> GSM30090 3 0.2605 0.72068 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> GSM30091 3 0.3143 0.71433 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> GSM30092 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30093 3 0.2011 0.68324 0.000 0.004 0.908 0.088 0.000
#> GSM30094 3 0.1270 0.68944 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM30095 3 0.8152 0.13776 0.168 0.204 0.424 0.000 0.204
#> GSM30096 1 0.3643 0.65737 0.776 0.212 0.008 0.004 0.000
#> GSM30097 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30098 1 0.1568 0.69379 0.944 0.036 0.020 0.000 0.000
#> GSM30099 3 0.6792 0.51191 0.128 0.032 0.532 0.304 0.004
#> GSM30100 5 0.3789 0.69180 0.224 0.000 0.016 0.000 0.760
#> GSM30101 3 0.1341 0.68988 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> GSM30102 3 0.4446 0.32716 0.000 0.004 0.520 0.476 0.000
#> GSM30103 1 0.3264 0.67993 0.836 0.140 0.020 0.000 0.004
#> GSM30104 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30105 1 0.1630 0.69459 0.944 0.004 0.016 0.000 0.036
#> GSM30106 2 0.3966 0.52116 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> GSM30107 2 0.3707 0.59488 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM30108 5 0.5322 0.40473 0.360 0.028 0.020 0.000 0.592
#> GSM30109 1 0.5336 0.47431 0.668 0.044 0.020 0.004 0.264
#> GSM30110 4 0.6503 -0.02195 0.000 0.372 0.192 0.436 0.000
#> GSM30111 1 0.8753 -0.08548 0.352 0.216 0.020 0.268 0.144
#> GSM30112 1 0.5490 0.46597 0.656 0.052 0.020 0.004 0.268
#> GSM30113 5 0.3596 0.82593 0.000 0.200 0.016 0.000 0.784
#> GSM30114 2 0.4673 0.60154 0.000 0.716 0.228 0.052 0.004
#> GSM30115 2 0.5922 0.33655 0.000 0.520 0.112 0.368 0.000
#> GSM30116 1 0.6902 0.16557 0.408 0.232 0.352 0.000 0.008
#> GSM30117 1 0.6909 0.15602 0.400 0.232 0.360 0.000 0.008
#> GSM30118 5 0.3398 0.81632 0.000 0.216 0.004 0.000 0.780
#> GSM30119 2 0.6855 0.55025 0.000 0.596 0.088 0.140 0.176
#> GSM30120 2 0.3362 0.59458 0.000 0.844 0.076 0.080 0.000
#> GSM30121 1 0.6641 0.53426 0.552 0.272 0.020 0.004 0.152
#> GSM30122 1 0.3789 0.64900 0.768 0.212 0.020 0.000 0.000
#> GSM30123 4 0.4251 0.10195 0.000 0.004 0.372 0.624 0.000
#> GSM30177 3 0.4310 0.53971 0.000 0.004 0.604 0.392 0.000
#> GSM30178 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30179 1 0.4983 0.64410 0.720 0.004 0.008 0.068 0.200
#> GSM30180 1 0.5719 0.62364 0.668 0.216 0.020 0.004 0.092
#> GSM30181 2 0.3684 0.59787 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM30182 4 0.4133 0.57765 0.000 0.052 0.180 0.768 0.000
#> GSM30183 1 0.6489 0.47541 0.516 0.384 0.020 0.036 0.044
#> GSM30184 3 0.3508 0.69367 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> GSM30185 1 0.4096 0.64003 0.744 0.232 0.020 0.000 0.004
#> GSM30186 3 0.5927 0.46096 0.116 0.232 0.636 0.008 0.008
#> GSM30187 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30188 4 0.1484 0.72841 0.000 0.048 0.008 0.944 0.000
#> GSM30189 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30190 3 0.1270 0.68944 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> GSM30191 4 0.1478 0.71409 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> GSM30192 2 0.3684 0.59787 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> GSM30193 2 0.3932 0.53465 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM30194 5 0.4015 0.51445 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> GSM30195 2 0.8845 0.22452 0.184 0.356 0.020 0.224 0.216
#> GSM30196 1 0.5467 0.46711 0.660 0.052 0.020 0.004 0.264
#> GSM30197 4 0.4307 -0.11897 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> GSM30198 4 0.4759 0.19713 0.016 0.388 0.004 0.592 0.000
#> GSM30199 1 0.4007 0.64497 0.756 0.220 0.020 0.000 0.004
#> GSM30200 4 0.4138 0.24366 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> GSM30201 4 0.1831 0.70989 0.004 0.076 0.000 0.920 0.000
#> GSM30202 1 0.6883 0.40701 0.460 0.416 0.020 0.052 0.052
#> GSM30203 4 0.3039 0.62741 0.000 0.012 0.152 0.836 0.000
#> GSM30204 4 0.7258 0.06847 0.020 0.340 0.008 0.432 0.200
#> GSM30205 1 0.6067 0.63683 0.660 0.204 0.052 0.004 0.080
#> GSM30206 4 0.0162 0.74198 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30207 4 0.3388 0.57487 0.000 0.000 0.008 0.792 0.200
#> GSM30208 4 0.3388 0.57487 0.000 0.000 0.008 0.792 0.200
#> GSM30209 3 0.6720 0.39534 0.108 0.028 0.484 0.376 0.004
#> GSM30210 1 0.3742 0.67143 0.788 0.004 0.020 0.000 0.188
#> GSM30211 4 0.3999 0.33426 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM30212 1 0.0609 0.68973 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0324 0.69035 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> GSM30214 1 0.4573 0.67195 0.772 0.140 0.020 0.000 0.068
#> GSM30215 1 0.3846 0.66582 0.776 0.004 0.020 0.000 0.200
#> GSM30216 1 0.7026 0.42315 0.496 0.216 0.020 0.004 0.264
#> GSM30217 1 0.3690 0.66648 0.780 0.000 0.020 0.000 0.200
#> GSM30218 4 0.5009 0.37534 0.036 0.012 0.264 0.684 0.004
#> GSM30219 3 0.8344 0.05697 0.288 0.232 0.336 0.000 0.144
#> GSM30220 1 0.0609 0.68973 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.1270 0.72830 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> GSM30222 2 0.3707 0.59488 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> GSM30223 1 0.5467 0.46711 0.660 0.052 0.020 0.004 0.264
#> GSM30224 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30225 2 0.5863 0.03932 0.312 0.576 0.004 0.108 0.000
#> GSM30226 1 0.4096 0.64003 0.744 0.232 0.020 0.000 0.004
#> GSM30227 2 0.6738 -0.40654 0.400 0.468 0.016 0.016 0.100
#> GSM30228 3 0.3969 0.65451 0.000 0.004 0.692 0.304 0.000
#> GSM30229 4 0.0290 0.74270 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.3046 0.7478 0.000 0.012 0.800 0.188 0.000 0.000
#> GSM30007 6 0.2969 0.5928 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> GSM30008 6 0.3911 0.6411 0.368 0.008 0.000 0.000 0.000 0.624
#> GSM30009 6 0.2378 0.6775 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM30010 5 0.0363 0.8307 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30011 3 0.2053 0.7649 0.000 0.004 0.888 0.108 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.3747 0.5345 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000 0.000
#> GSM30013 2 0.3493 0.7091 0.000 0.800 0.136 0.064 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30015 2 0.7512 0.3027 0.168 0.492 0.000 0.064 0.196 0.080
#> GSM30016 1 0.5387 0.6005 0.624 0.284 0.000 0.020 0.024 0.048
#> GSM30017 1 0.3023 0.5572 0.784 0.212 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM30018 4 0.0777 0.8834 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.3810 0.4842 0.000 0.572 0.428 0.000 0.000 0.000
#> GSM30020 1 0.1812 0.6792 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM30021 5 0.0405 0.8313 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM30022 1 0.3126 0.7514 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> GSM30023 2 0.4664 0.6770 0.076 0.644 0.000 0.280 0.000 0.000
#> GSM30024 6 0.3445 0.4900 0.008 0.000 0.000 0.000 0.260 0.732
#> GSM30025 6 0.2378 0.6775 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM30026 4 0.3012 0.7001 0.196 0.008 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM30027 6 0.3615 0.6729 0.292 0.008 0.000 0.000 0.000 0.700
#> GSM30028 1 0.1269 0.7069 0.956 0.012 0.000 0.000 0.020 0.012
#> GSM30029 1 0.1918 0.6733 0.904 0.008 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM30030 6 0.2833 0.6872 0.148 0.004 0.000 0.000 0.012 0.836
#> GSM30031 1 0.3490 0.3629 0.724 0.008 0.000 0.000 0.000 0.268
#> GSM30032 6 0.3023 0.6663 0.212 0.004 0.000 0.000 0.000 0.784
#> GSM30033 6 0.5182 0.5242 0.208 0.004 0.156 0.000 0.000 0.632
#> GSM30034 4 0.0632 0.8864 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM30035 6 0.4288 0.6297 0.020 0.000 0.044 0.000 0.204 0.732
#> GSM30036 4 0.0508 0.8857 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> GSM30037 6 0.2454 0.6756 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM30038 5 0.5510 0.5577 0.164 0.028 0.000 0.000 0.636 0.172
#> GSM30039 2 0.3992 0.5618 0.000 0.624 0.364 0.012 0.000 0.000
#> GSM30040 3 0.4887 0.3900 0.020 0.012 0.592 0.000 0.360 0.016
#> GSM30041 3 0.3156 0.7492 0.000 0.020 0.800 0.180 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.2730 0.7641 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.3284 0.7735 0.784 0.000 0.000 0.000 0.020 0.196
#> GSM30045 1 0.3364 0.7734 0.780 0.000 0.000 0.000 0.024 0.196
#> GSM30046 2 0.3742 0.6616 0.004 0.648 0.000 0.348 0.000 0.000
#> GSM30047 4 0.0547 0.8862 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM30048 2 0.3684 0.6651 0.004 0.664 0.000 0.332 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.2613 0.7663 0.000 0.012 0.848 0.140 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.3934 0.3757 0.000 0.008 0.376 0.616 0.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.7163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30052 6 0.2454 0.6756 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM30053 2 0.3710 0.6192 0.000 0.696 0.292 0.012 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.1649 0.7409 0.000 0.032 0.932 0.036 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.4638 0.3310 0.000 0.020 0.520 0.448 0.000 0.012
#> GSM30056 3 0.3081 0.7384 0.000 0.004 0.776 0.220 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30058 3 0.2219 0.7666 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.0547 0.8862 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM30060 6 0.2823 0.6671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> GSM30061 4 0.0547 0.8862 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM30062 4 0.3866 -0.3772 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM30063 2 0.5027 0.6598 0.000 0.640 0.200 0.160 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.3502 0.7746 0.780 0.008 0.000 0.000 0.020 0.192
#> GSM30065 3 0.5952 -0.0163 0.000 0.228 0.432 0.340 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 6 0.5071 0.6833 0.152 0.012 0.000 0.000 0.168 0.668
#> GSM30068 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30069 5 0.2773 0.7355 0.008 0.004 0.000 0.000 0.836 0.152
#> GSM30070 5 0.4944 0.3073 0.000 0.448 0.000 0.064 0.488 0.000
#> GSM30071 2 0.2664 0.7640 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM30072 1 0.3364 0.7734 0.780 0.000 0.000 0.000 0.024 0.196
#> GSM30073 2 0.3499 0.6031 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> GSM30074 5 0.3243 0.7102 0.208 0.004 0.000 0.000 0.780 0.008
#> GSM30075 2 0.2730 0.7649 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM30076 4 0.0458 0.8862 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> GSM30077 4 0.0146 0.8871 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM30078 4 0.0363 0.8853 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM30079 6 0.2378 0.6775 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM30080 2 0.2823 0.7637 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM30081 3 0.0260 0.7163 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.2730 0.7649 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> GSM30087 4 0.0000 0.8873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30088 4 0.0547 0.8862 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM30089 1 0.3374 0.7725 0.772 0.000 0.000 0.000 0.020 0.208
#> GSM30090 3 0.1957 0.7656 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.2988 0.7637 0.000 0.024 0.824 0.152 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0260 0.8865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0547 0.7248 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 0.7163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.5480 0.4149 0.020 0.008 0.588 0.000 0.312 0.072
#> GSM30096 6 0.4828 0.6773 0.136 0.000 0.000 0.000 0.200 0.664
#> GSM30097 4 0.0000 0.8873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30098 6 0.3139 0.6901 0.152 0.000 0.000 0.000 0.032 0.816
#> GSM30099 3 0.6343 0.6117 0.020 0.020 0.548 0.196 0.000 0.216
#> GSM30100 5 0.2980 0.6948 0.008 0.000 0.000 0.000 0.800 0.192
#> GSM30101 3 0.0000 0.7163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.4199 0.4955 0.000 0.020 0.600 0.380 0.000 0.000
#> GSM30103 6 0.2165 0.6957 0.000 0.008 0.000 0.000 0.108 0.884
#> GSM30104 4 0.0260 0.8865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30105 6 0.3424 0.6906 0.204 0.024 0.000 0.000 0.000 0.772
#> GSM30106 2 0.2805 0.7640 0.004 0.812 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM30107 2 0.2772 0.7640 0.004 0.816 0.000 0.180 0.000 0.000
#> GSM30108 5 0.4877 0.5727 0.148 0.000 0.000 0.000 0.660 0.192
#> GSM30109 1 0.3374 0.7725 0.772 0.000 0.000 0.000 0.020 0.208
#> GSM30110 2 0.5821 0.5901 0.000 0.544 0.176 0.268 0.012 0.000
#> GSM30111 1 0.4714 0.6077 0.680 0.248 0.000 0.056 0.004 0.012
#> GSM30112 1 0.3394 0.7735 0.776 0.000 0.000 0.000 0.024 0.200
#> GSM30113 5 0.0363 0.8307 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30114 2 0.2793 0.6639 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> GSM30115 2 0.4581 0.7257 0.004 0.672 0.068 0.256 0.000 0.000
#> GSM30116 6 0.6185 0.3647 0.020 0.004 0.252 0.000 0.200 0.524
#> GSM30117 6 0.5636 0.4920 0.020 0.000 0.172 0.000 0.204 0.604
#> GSM30118 5 0.0000 0.8326 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30119 2 0.5137 0.6980 0.000 0.708 0.076 0.116 0.100 0.000
#> GSM30120 2 0.3645 0.6396 0.000 0.804 0.056 0.012 0.128 0.000
#> GSM30121 1 0.4714 0.6396 0.700 0.012 0.000 0.000 0.192 0.096
#> GSM30122 6 0.4170 0.6816 0.060 0.008 0.000 0.000 0.192 0.740
#> GSM30123 4 0.3373 0.5298 0.000 0.008 0.248 0.744 0.000 0.000
#> GSM30177 3 0.3394 0.7273 0.000 0.012 0.752 0.236 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0260 0.8865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30179 6 0.5479 0.5689 0.324 0.008 0.000 0.116 0.000 0.552
#> GSM30180 1 0.5501 0.4192 0.564 0.000 0.000 0.000 0.200 0.236
#> GSM30181 2 0.2664 0.7640 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM30182 4 0.2362 0.7626 0.000 0.004 0.136 0.860 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.6212 0.5809 0.616 0.048 0.000 0.028 0.188 0.120
#> GSM30184 3 0.3139 0.7588 0.000 0.028 0.812 0.160 0.000 0.000
#> GSM30185 6 0.3315 0.6599 0.020 0.000 0.000 0.000 0.200 0.780
#> GSM30186 3 0.6278 0.3798 0.020 0.012 0.536 0.000 0.192 0.240
#> GSM30187 4 0.0547 0.8877 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.0777 0.8775 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.0146 0.8878 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> GSM30190 3 0.0000 0.7163 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30191 4 0.0520 0.8844 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.2762 0.7641 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM30193 2 0.2964 0.7640 0.004 0.792 0.000 0.204 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.3464 0.5645 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM30195 2 0.5643 -0.2771 0.440 0.476 0.000 0.040 0.020 0.024
#> GSM30196 1 0.3284 0.7735 0.784 0.000 0.000 0.000 0.020 0.196
#> GSM30197 2 0.3360 0.7386 0.004 0.732 0.000 0.264 0.000 0.000
#> GSM30198 2 0.4037 0.5983 0.012 0.608 0.000 0.380 0.000 0.000
#> GSM30199 6 0.2793 0.6690 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> GSM30200 2 0.3944 0.5366 0.004 0.568 0.000 0.428 0.000 0.000
#> GSM30201 4 0.0692 0.8854 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.6327 0.5367 0.572 0.104 0.000 0.000 0.204 0.120
#> GSM30203 4 0.2006 0.8003 0.000 0.004 0.104 0.892 0.000 0.000
#> GSM30204 2 0.5569 0.5235 0.196 0.548 0.000 0.256 0.000 0.000
#> GSM30205 6 0.3702 0.6849 0.044 0.008 0.000 0.000 0.164 0.784
#> GSM30206 4 0.0260 0.8876 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30207 4 0.2980 0.7020 0.192 0.008 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM30208 4 0.2980 0.7020 0.192 0.008 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM30209 3 0.6846 0.5398 0.020 0.132 0.516 0.260 0.000 0.072
#> GSM30210 6 0.3499 0.6731 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> GSM30211 2 0.3975 0.4975 0.004 0.544 0.000 0.452 0.000 0.000
#> GSM30212 6 0.2378 0.6775 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM30213 6 0.2378 0.6775 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> GSM30214 6 0.4882 0.6990 0.204 0.004 0.000 0.000 0.124 0.668
#> GSM30215 6 0.3699 0.6663 0.336 0.004 0.000 0.000 0.000 0.660
#> GSM30216 1 0.3771 0.7084 0.764 0.000 0.000 0.000 0.180 0.056
#> GSM30217 6 0.3728 0.6629 0.344 0.004 0.000 0.000 0.000 0.652
#> GSM30218 4 0.5486 0.2130 0.000 0.020 0.296 0.584 0.000 0.100
#> GSM30219 6 0.6452 0.1047 0.020 0.000 0.320 0.000 0.252 0.408
#> GSM30220 6 0.2454 0.6756 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> GSM30221 4 0.0632 0.8864 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> GSM30222 2 0.2664 0.7640 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> GSM30223 1 0.3284 0.7735 0.784 0.000 0.000 0.000 0.020 0.196
#> GSM30224 4 0.0363 0.8873 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> GSM30225 2 0.6530 0.2408 0.248 0.508 0.000 0.008 0.200 0.036
#> GSM30226 6 0.3231 0.6621 0.016 0.000 0.000 0.000 0.200 0.784
#> GSM30227 1 0.3640 0.6759 0.764 0.028 0.000 0.000 0.204 0.004
#> GSM30228 3 0.2912 0.7410 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.0458 0.8869 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> MAD:mclust 155 0.012979 2
#> MAD:mclust 140 0.006141 3
#> MAD:mclust 117 0.000789 4
#> MAD:mclust 115 0.005952 5
#> MAD:mclust 146 0.007571 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.410 0.633 0.844 0.4907 0.497 0.497
#> 3 3 0.407 0.643 0.769 0.3293 0.706 0.481
#> 4 4 0.512 0.538 0.742 0.0879 0.887 0.704
#> 5 5 0.552 0.564 0.751 0.0800 0.866 0.608
#> 6 6 0.615 0.566 0.759 0.0533 0.812 0.402
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.8713 0.353083 0.292 0.708
#> GSM30011 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30014 1 0.9815 0.350167 0.580 0.420
#> GSM30015 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30016 1 0.8443 0.558550 0.728 0.272
#> GSM30017 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30018 2 0.9754 0.525326 0.408 0.592
#> GSM30019 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30021 1 0.8763 0.528428 0.704 0.296
#> GSM30022 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30023 2 0.9933 0.435046 0.452 0.548
#> GSM30024 1 0.9710 0.383983 0.600 0.400
#> GSM30025 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.3584 0.752615 0.932 0.068
#> GSM30027 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30032 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30033 1 0.9732 0.377737 0.596 0.404
#> GSM30034 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30035 1 0.4161 0.753969 0.916 0.084
#> GSM30036 2 0.7815 0.661561 0.232 0.768
#> GSM30037 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30038 1 0.7674 0.616634 0.776 0.224
#> GSM30039 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.8267 0.417820 0.260 0.740
#> GSM30041 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30043 1 0.9977 0.244778 0.528 0.472
#> GSM30044 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30046 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30047 2 0.9358 0.579461 0.352 0.648
#> GSM30048 1 0.9795 -0.031866 0.584 0.416
#> GSM30049 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.5059 0.717715 0.112 0.888
#> GSM30051 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0376 0.738415 0.004 0.996
#> GSM30056 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.9710 0.087447 0.400 0.600
#> GSM30058 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30059 2 0.9732 0.532094 0.404 0.596
#> GSM30060 1 0.7299 0.638551 0.796 0.204
#> GSM30061 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30062 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30063 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30066 1 0.9710 0.383983 0.600 0.400
#> GSM30067 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30068 1 0.9710 0.383983 0.600 0.400
#> GSM30069 1 0.9710 0.383983 0.600 0.400
#> GSM30070 2 0.0376 0.738415 0.004 0.996
#> GSM30071 2 0.5059 0.718466 0.112 0.888
#> GSM30072 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.7376 0.674893 0.208 0.792
#> GSM30074 1 0.7139 0.647056 0.804 0.196
#> GSM30075 2 0.4690 0.721284 0.100 0.900
#> GSM30076 2 0.9248 0.588695 0.340 0.660
#> GSM30077 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30078 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30079 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30081 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.4939 0.718994 0.108 0.892
#> GSM30087 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30088 1 0.9922 -0.153001 0.552 0.448
#> GSM30089 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30093 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.9635 0.120674 0.388 0.612
#> GSM30096 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30097 2 0.9881 0.470633 0.436 0.564
#> GSM30098 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30100 1 0.9710 0.383983 0.600 0.400
#> GSM30101 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30103 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30104 2 0.7219 0.678880 0.200 0.800
#> GSM30105 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30106 2 0.9795 0.510808 0.416 0.584
#> GSM30107 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30108 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30110 2 0.9983 0.375104 0.476 0.524
#> GSM30111 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.9686 0.098676 0.396 0.604
#> GSM30114 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30115 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30116 1 0.9710 0.383983 0.600 0.400
#> GSM30117 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30118 1 0.7139 0.646984 0.804 0.196
#> GSM30119 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30120 2 0.9795 0.510907 0.416 0.584
#> GSM30121 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30178 2 0.9608 0.553067 0.384 0.616
#> GSM30179 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30182 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30183 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30185 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30186 2 0.5519 0.626387 0.128 0.872
#> GSM30187 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30188 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30189 1 0.9775 -0.016170 0.588 0.412
#> GSM30190 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.6887 0.687140 0.184 0.816
#> GSM30192 2 0.2423 0.734641 0.040 0.960
#> GSM30193 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30194 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.0376 0.817516 0.996 0.004
#> GSM30196 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30197 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30198 1 0.7883 0.488789 0.764 0.236
#> GSM30199 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30200 1 0.9635 0.072547 0.612 0.388
#> GSM30201 1 0.9866 -0.093514 0.568 0.432
#> GSM30202 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30203 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30204 1 0.7602 0.521093 0.780 0.220
#> GSM30205 1 0.9522 0.424346 0.628 0.372
#> GSM30206 1 0.9866 -0.093514 0.568 0.432
#> GSM30207 1 0.9580 0.100218 0.620 0.380
#> GSM30208 1 0.9000 0.295793 0.684 0.316
#> GSM30209 2 0.4690 0.657716 0.100 0.900
#> GSM30210 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.9754 -0.000666 0.592 0.408
#> GSM30212 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.9970 0.396227 0.468 0.532
#> GSM30219 1 0.9732 0.377603 0.596 0.404
#> GSM30220 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30221 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30222 2 0.9710 0.538680 0.400 0.600
#> GSM30223 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.9775 -0.016170 0.588 0.412
#> GSM30225 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30226 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.820961 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.740744 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.5842 0.706975 0.140 0.860
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.5948 0.60826 0.360 0.000 0.640
#> GSM30007 2 0.3377 0.76302 0.012 0.896 0.092
#> GSM30008 2 0.7223 0.72328 0.144 0.716 0.140
#> GSM30009 2 0.2056 0.79699 0.024 0.952 0.024
#> GSM30010 3 0.5955 0.63111 0.048 0.180 0.772
#> GSM30011 3 0.5706 0.65512 0.320 0.000 0.680
#> GSM30012 1 0.4399 0.62672 0.812 0.000 0.188
#> GSM30013 1 0.3816 0.68326 0.852 0.000 0.148
#> GSM30014 3 0.5285 0.50060 0.004 0.244 0.752
#> GSM30015 2 0.8091 0.54855 0.320 0.592 0.088
#> GSM30016 2 0.7286 0.02936 0.028 0.508 0.464
#> GSM30017 2 0.8690 0.48327 0.308 0.560 0.132
#> GSM30018 1 0.1964 0.79029 0.944 0.056 0.000
#> GSM30019 1 0.6168 0.01807 0.588 0.000 0.412
#> GSM30020 2 0.6792 0.73685 0.124 0.744 0.132
#> GSM30021 2 0.6244 0.29569 0.000 0.560 0.440
#> GSM30022 2 0.4095 0.79699 0.056 0.880 0.064
#> GSM30023 1 0.6448 0.68107 0.764 0.104 0.132
#> GSM30024 3 0.6308 0.11746 0.000 0.492 0.508
#> GSM30025 2 0.3551 0.76929 0.000 0.868 0.132
#> GSM30026 2 0.9331 0.37789 0.344 0.480 0.176
#> GSM30027 2 0.4485 0.75749 0.020 0.844 0.136
#> GSM30028 2 0.6915 0.72931 0.140 0.736 0.124
#> GSM30029 2 0.7211 0.71555 0.156 0.716 0.128
#> GSM30030 2 0.1765 0.79747 0.040 0.956 0.004
#> GSM30031 2 0.6597 0.74012 0.120 0.756 0.124
#> GSM30032 2 0.4897 0.74404 0.016 0.812 0.172
#> GSM30033 3 0.5656 0.42110 0.004 0.284 0.712
#> GSM30034 1 0.4859 0.72356 0.840 0.116 0.044
#> GSM30035 2 0.5406 0.71044 0.020 0.780 0.200
#> GSM30036 1 0.3983 0.73185 0.884 0.048 0.068
#> GSM30037 2 0.2866 0.76962 0.008 0.916 0.076
#> GSM30038 2 0.7777 0.32963 0.060 0.576 0.364
#> GSM30039 1 0.4346 0.63257 0.816 0.000 0.184
#> GSM30040 3 0.5020 0.61794 0.012 0.192 0.796
#> GSM30041 3 0.5650 0.66085 0.312 0.000 0.688
#> GSM30042 3 0.6192 0.49131 0.420 0.000 0.580
#> GSM30043 3 0.5618 0.55276 0.008 0.260 0.732
#> GSM30044 2 0.4658 0.78227 0.068 0.856 0.076
#> GSM30045 2 0.4830 0.77888 0.068 0.848 0.084
#> GSM30046 1 0.0983 0.79720 0.980 0.016 0.004
#> GSM30047 1 0.2939 0.76946 0.916 0.012 0.072
#> GSM30048 1 0.4423 0.76069 0.864 0.088 0.048
#> GSM30049 3 0.5623 0.67106 0.280 0.004 0.716
#> GSM30050 1 0.4551 0.67776 0.844 0.024 0.132
#> GSM30051 3 0.5706 0.65512 0.320 0.000 0.680
#> GSM30052 2 0.2680 0.77356 0.008 0.924 0.068
#> GSM30053 1 0.4121 0.65556 0.832 0.000 0.168
#> GSM30054 3 0.5621 0.66295 0.308 0.000 0.692
#> GSM30055 3 0.5722 0.64248 0.132 0.068 0.800
#> GSM30056 3 0.6026 0.59188 0.376 0.000 0.624
#> GSM30057 3 0.4897 0.59762 0.016 0.172 0.812
#> GSM30058 3 0.5650 0.66072 0.312 0.000 0.688
#> GSM30059 1 0.4390 0.73027 0.840 0.148 0.012
#> GSM30060 2 0.4178 0.70169 0.000 0.828 0.172
#> GSM30061 1 0.1905 0.79907 0.956 0.016 0.028
#> GSM30062 1 0.3771 0.75944 0.876 0.012 0.112
#> GSM30063 1 0.3879 0.67740 0.848 0.000 0.152
#> GSM30064 2 0.5179 0.78392 0.080 0.832 0.088
#> GSM30065 1 0.6192 -0.00872 0.580 0.000 0.420
#> GSM30066 3 0.5480 0.50192 0.004 0.264 0.732
#> GSM30067 2 0.4475 0.79202 0.072 0.864 0.064
#> GSM30068 3 0.5902 0.42154 0.004 0.316 0.680
#> GSM30069 3 0.5929 0.46640 0.004 0.320 0.676
#> GSM30070 1 0.8675 -0.13011 0.476 0.104 0.420
#> GSM30071 1 0.4209 0.76916 0.860 0.020 0.120
#> GSM30072 2 0.4056 0.77154 0.032 0.876 0.092
#> GSM30073 1 0.2173 0.77881 0.944 0.008 0.048
#> GSM30074 2 0.8375 0.52821 0.092 0.540 0.368
#> GSM30075 1 0.4195 0.76045 0.852 0.012 0.136
#> GSM30076 1 0.1453 0.78947 0.968 0.008 0.024
#> GSM30077 1 0.1491 0.79843 0.968 0.016 0.016
#> GSM30078 1 0.1182 0.79674 0.976 0.012 0.012
#> GSM30079 2 0.2318 0.79691 0.028 0.944 0.028
#> GSM30080 1 0.2066 0.77665 0.940 0.000 0.060
#> GSM30081 3 0.5733 0.65126 0.324 0.000 0.676
#> GSM30086 1 0.3295 0.78378 0.896 0.008 0.096
#> GSM30087 1 0.1529 0.79509 0.960 0.040 0.000
#> GSM30088 1 0.3918 0.74300 0.856 0.140 0.004
#> GSM30089 2 0.4527 0.77674 0.052 0.860 0.088
#> GSM30090 3 0.5621 0.66295 0.308 0.000 0.692
#> GSM30091 3 0.5591 0.66495 0.304 0.000 0.696
#> GSM30092 1 0.1751 0.79826 0.960 0.012 0.028
#> GSM30093 3 0.6307 0.33563 0.488 0.000 0.512
#> GSM30094 3 0.5560 0.66509 0.300 0.000 0.700
#> GSM30095 3 0.3425 0.60280 0.004 0.112 0.884
#> GSM30096 2 0.5891 0.77073 0.052 0.780 0.168
#> GSM30097 1 0.4861 0.68706 0.800 0.192 0.008
#> GSM30098 2 0.3875 0.78939 0.044 0.888 0.068
#> GSM30099 3 0.7447 0.64480 0.280 0.068 0.652
#> GSM30100 3 0.6057 0.46277 0.004 0.340 0.656
#> GSM30101 3 0.5785 0.64371 0.332 0.000 0.668
#> GSM30102 3 0.6062 0.57114 0.384 0.000 0.616
#> GSM30103 2 0.3295 0.76308 0.008 0.896 0.096
#> GSM30104 1 0.3276 0.75186 0.908 0.024 0.068
#> GSM30105 2 0.1765 0.79815 0.040 0.956 0.004
#> GSM30106 1 0.2774 0.78422 0.920 0.072 0.008
#> GSM30107 1 0.1905 0.79597 0.956 0.016 0.028
#> GSM30108 2 0.4479 0.77286 0.044 0.860 0.096
#> GSM30109 2 0.5631 0.77330 0.132 0.804 0.064
#> GSM30110 1 0.5319 0.71697 0.824 0.104 0.072
#> GSM30111 2 0.7731 0.69618 0.228 0.664 0.108
#> GSM30112 2 0.5588 0.78001 0.068 0.808 0.124
#> GSM30113 3 0.6025 0.60158 0.028 0.232 0.740
#> GSM30114 1 0.1964 0.77547 0.944 0.000 0.056
#> GSM30115 1 0.1647 0.79658 0.960 0.036 0.004
#> GSM30116 3 0.6629 0.38314 0.016 0.360 0.624
#> GSM30117 2 0.5585 0.69622 0.024 0.772 0.204
#> GSM30118 2 0.7012 0.58550 0.040 0.652 0.308
#> GSM30119 3 0.5948 0.59409 0.360 0.000 0.640
#> GSM30120 1 0.4189 0.75708 0.876 0.056 0.068
#> GSM30121 2 0.5393 0.78173 0.108 0.820 0.072
#> GSM30122 2 0.4092 0.77770 0.036 0.876 0.088
#> GSM30123 1 0.6510 0.19486 0.624 0.012 0.364
#> GSM30177 1 0.6305 -0.27169 0.516 0.000 0.484
#> GSM30178 1 0.1031 0.79102 0.976 0.000 0.024
#> GSM30179 2 0.6975 0.72657 0.144 0.732 0.124
#> GSM30180 2 0.4749 0.78978 0.072 0.852 0.076
#> GSM30181 1 0.1315 0.79755 0.972 0.020 0.008
#> GSM30182 1 0.0747 0.79780 0.984 0.016 0.000
#> GSM30183 2 0.6490 0.74798 0.172 0.752 0.076
#> GSM30184 3 0.5591 0.66495 0.304 0.000 0.696
#> GSM30185 2 0.4045 0.77079 0.024 0.872 0.104
#> GSM30186 3 0.7265 0.57789 0.076 0.240 0.684
#> GSM30187 1 0.1289 0.78681 0.968 0.000 0.032
#> GSM30188 1 0.0892 0.79800 0.980 0.020 0.000
#> GSM30189 1 0.7851 0.39352 0.616 0.304 0.080
#> GSM30190 3 0.5882 0.62433 0.348 0.000 0.652
#> GSM30191 1 0.4339 0.73135 0.868 0.048 0.084
#> GSM30192 1 0.1753 0.77651 0.952 0.000 0.048
#> GSM30193 1 0.0983 0.79720 0.980 0.016 0.004
#> GSM30194 3 0.5497 0.66839 0.292 0.000 0.708
#> GSM30195 2 0.7232 0.71151 0.172 0.712 0.116
#> GSM30196 2 0.4745 0.78057 0.068 0.852 0.080
#> GSM30197 1 0.3253 0.78550 0.912 0.036 0.052
#> GSM30198 1 0.8559 0.31894 0.572 0.304 0.124
#> GSM30199 2 0.2878 0.77478 0.000 0.904 0.096
#> GSM30200 1 0.7319 0.60694 0.708 0.164 0.128
#> GSM30201 1 0.4848 0.73518 0.836 0.128 0.036
#> GSM30202 2 0.6324 0.75460 0.160 0.764 0.076
#> GSM30203 1 0.0661 0.79425 0.988 0.004 0.008
#> GSM30204 1 0.8712 0.27847 0.556 0.312 0.132
#> GSM30205 3 0.6282 0.20470 0.004 0.384 0.612
#> GSM30206 1 0.7058 0.63046 0.720 0.180 0.100
#> GSM30207 2 0.9110 0.16839 0.420 0.440 0.140
#> GSM30208 2 0.8995 0.32577 0.372 0.492 0.136
#> GSM30209 3 0.8410 0.65540 0.164 0.216 0.620
#> GSM30210 2 0.4786 0.76894 0.044 0.844 0.112
#> GSM30211 1 0.6455 0.67587 0.764 0.128 0.108
#> GSM30212 2 0.1170 0.79046 0.008 0.976 0.016
#> GSM30213 2 0.1170 0.79461 0.016 0.976 0.008
#> GSM30214 2 0.3445 0.78857 0.016 0.896 0.088
#> GSM30215 2 0.5637 0.76034 0.040 0.788 0.172
#> GSM30216 2 0.4189 0.79370 0.056 0.876 0.068
#> GSM30217 2 0.4551 0.75851 0.024 0.844 0.132
#> GSM30218 2 0.9457 0.15019 0.340 0.468 0.192
#> GSM30219 3 0.5754 0.45218 0.004 0.296 0.700
#> GSM30220 2 0.2584 0.77550 0.008 0.928 0.064
#> GSM30221 1 0.1015 0.79553 0.980 0.012 0.008
#> GSM30222 1 0.1453 0.79773 0.968 0.024 0.008
#> GSM30223 2 0.4737 0.78784 0.084 0.852 0.064
#> GSM30224 1 0.7034 0.51466 0.668 0.284 0.048
#> GSM30225 1 0.8608 0.03325 0.512 0.384 0.104
#> GSM30226 2 0.4209 0.76211 0.016 0.856 0.128
#> GSM30227 2 0.7983 0.63566 0.264 0.632 0.104
#> GSM30228 3 0.6168 0.51751 0.412 0.000 0.588
#> GSM30229 1 0.4172 0.67984 0.840 0.004 0.156
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.7366 0.3565 0.000 0.484 0.172 0.344
#> GSM30007 1 0.4817 0.6706 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.4095 0.6676 0.792 0.000 0.192 0.016
#> GSM30009 1 0.4585 0.7019 0.668 0.332 0.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0657 0.4316 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM30011 2 0.7138 0.4151 0.000 0.540 0.164 0.296
#> GSM30012 4 0.2797 0.7188 0.000 0.068 0.032 0.900
#> GSM30013 4 0.1356 0.7593 0.000 0.032 0.008 0.960
#> GSM30014 2 0.4957 0.3655 0.112 0.776 0.112 0.000
#> GSM30015 1 0.4746 0.3010 0.688 0.000 0.008 0.304
#> GSM30016 2 0.3123 0.3272 0.156 0.844 0.000 0.000
#> GSM30017 1 0.7227 0.5662 0.628 0.032 0.192 0.148
#> GSM30018 4 0.2011 0.7682 0.080 0.000 0.000 0.920
#> GSM30019 4 0.4891 0.3180 0.000 0.308 0.012 0.680
#> GSM30020 1 0.5081 0.6817 0.756 0.044 0.192 0.008
#> GSM30021 2 0.4008 0.1329 0.244 0.756 0.000 0.000
#> GSM30022 1 0.3873 0.7149 0.772 0.228 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.5977 0.5663 0.120 0.000 0.192 0.688
#> GSM30024 2 0.3105 0.3386 0.140 0.856 0.004 0.000
#> GSM30025 1 0.5453 0.7029 0.648 0.320 0.032 0.000
#> GSM30026 1 0.7416 0.2567 0.496 0.000 0.192 0.312
#> GSM30027 1 0.4857 0.6811 0.764 0.040 0.192 0.004
#> GSM30028 1 0.5791 0.6829 0.716 0.084 0.192 0.008
#> GSM30029 1 0.5077 0.6687 0.760 0.020 0.192 0.028
#> GSM30030 1 0.4245 0.7146 0.784 0.196 0.020 0.000
#> GSM30031 1 0.4652 0.6758 0.776 0.020 0.192 0.012
#> GSM30032 1 0.5411 0.6264 0.656 0.032 0.312 0.000
#> GSM30033 3 0.5771 -0.1270 0.028 0.460 0.512 0.000
#> GSM30034 4 0.3836 0.6729 0.016 0.000 0.168 0.816
#> GSM30035 3 0.4401 0.5746 0.272 0.004 0.724 0.000
#> GSM30036 4 0.2814 0.7033 0.000 0.000 0.132 0.868
#> GSM30037 1 0.4776 0.6801 0.624 0.376 0.000 0.000
#> GSM30038 2 0.3688 0.2370 0.208 0.792 0.000 0.000
#> GSM30039 4 0.2611 0.7081 0.000 0.096 0.008 0.896
#> GSM30040 2 0.2918 0.4133 0.000 0.876 0.116 0.008
#> GSM30041 2 0.6832 0.4284 0.000 0.572 0.132 0.296
#> GSM30042 2 0.5345 0.3375 0.000 0.560 0.012 0.428
#> GSM30043 2 0.2300 0.4234 0.016 0.920 0.064 0.000
#> GSM30044 1 0.4730 0.6885 0.636 0.364 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.4790 0.6776 0.620 0.380 0.000 0.000
#> GSM30046 4 0.1302 0.7794 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM30047 4 0.2469 0.7230 0.000 0.000 0.108 0.892
#> GSM30048 4 0.2714 0.7512 0.112 0.000 0.004 0.884
#> GSM30049 2 0.7073 0.4147 0.000 0.564 0.180 0.256
#> GSM30050 4 0.3161 0.6988 0.000 0.012 0.124 0.864
#> GSM30051 2 0.7205 0.4082 0.000 0.528 0.168 0.304
#> GSM30052 1 0.4643 0.6973 0.656 0.344 0.000 0.000
#> GSM30053 4 0.1807 0.7466 0.000 0.052 0.008 0.940
#> GSM30054 2 0.7407 0.3858 0.000 0.508 0.204 0.288
#> GSM30055 2 0.7039 0.2790 0.008 0.536 0.352 0.104
#> GSM30056 3 0.6980 0.2191 0.000 0.132 0.536 0.332
#> GSM30057 2 0.4920 0.3403 0.192 0.756 0.052 0.000
#> GSM30058 2 0.7222 0.4080 0.000 0.528 0.172 0.300
#> GSM30059 4 0.3554 0.7390 0.136 0.000 0.020 0.844
#> GSM30060 1 0.6147 0.6257 0.564 0.380 0.056 0.000
#> GSM30061 4 0.0895 0.7813 0.020 0.000 0.004 0.976
#> GSM30062 4 0.4801 0.6360 0.048 0.000 0.188 0.764
#> GSM30063 4 0.1174 0.7639 0.000 0.020 0.012 0.968
#> GSM30064 1 0.4713 0.6905 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM30065 4 0.4656 0.5780 0.000 0.160 0.056 0.784
#> GSM30066 2 0.4284 0.3545 0.200 0.780 0.020 0.000
#> GSM30067 1 0.2010 0.6842 0.932 0.060 0.004 0.004
#> GSM30068 2 0.4072 0.3293 0.252 0.748 0.000 0.000
#> GSM30069 2 0.1022 0.4138 0.032 0.968 0.000 0.000
#> GSM30070 2 0.1284 0.4198 0.024 0.964 0.000 0.012
#> GSM30071 4 0.6217 0.3762 0.016 0.288 0.052 0.644
#> GSM30072 1 0.4817 0.6706 0.612 0.388 0.000 0.000
#> GSM30073 4 0.0188 0.7743 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM30074 2 0.7402 -0.0943 0.308 0.500 0.192 0.000
#> GSM30075 4 0.3529 0.6959 0.012 0.000 0.152 0.836
#> GSM30076 4 0.0000 0.7756 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30077 4 0.1975 0.7763 0.048 0.000 0.016 0.936
#> GSM30078 4 0.0592 0.7793 0.016 0.000 0.000 0.984
#> GSM30079 1 0.4477 0.7080 0.688 0.312 0.000 0.000
#> GSM30080 4 0.0188 0.7767 0.000 0.000 0.004 0.996
#> GSM30081 2 0.7045 0.4169 0.000 0.544 0.148 0.308
#> GSM30086 4 0.1118 0.7774 0.000 0.000 0.036 0.964
#> GSM30087 4 0.1637 0.7756 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM30088 4 0.2973 0.7339 0.144 0.000 0.000 0.856
#> GSM30089 1 0.4925 0.6319 0.572 0.428 0.000 0.000
#> GSM30090 2 0.7557 0.3523 0.000 0.484 0.232 0.284
#> GSM30091 2 0.6936 0.4264 0.000 0.564 0.144 0.292
#> GSM30092 4 0.3081 0.7605 0.048 0.000 0.064 0.888
#> GSM30093 4 0.6586 0.1177 0.000 0.088 0.368 0.544
#> GSM30094 2 0.7677 0.2897 0.000 0.456 0.296 0.248
#> GSM30095 2 0.3498 0.4033 0.008 0.832 0.160 0.000
#> GSM30096 1 0.0895 0.6664 0.976 0.000 0.020 0.004
#> GSM30097 4 0.4979 0.6687 0.176 0.000 0.064 0.760
#> GSM30098 1 0.1059 0.6765 0.972 0.016 0.012 0.000
#> GSM30099 3 0.6570 0.3714 0.000 0.164 0.632 0.204
#> GSM30100 2 0.1635 0.4097 0.044 0.948 0.008 0.000
#> GSM30101 2 0.7218 0.4002 0.000 0.520 0.164 0.316
#> GSM30102 4 0.7399 -0.3589 0.000 0.416 0.164 0.420
#> GSM30103 1 0.4372 0.7056 0.728 0.268 0.004 0.000
#> GSM30104 4 0.2281 0.7358 0.000 0.000 0.096 0.904
#> GSM30105 1 0.3831 0.7161 0.792 0.204 0.000 0.004
#> GSM30106 4 0.2345 0.7584 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM30107 4 0.0817 0.7805 0.024 0.000 0.000 0.976
#> GSM30108 1 0.4972 0.5960 0.544 0.456 0.000 0.000
#> GSM30109 1 0.2859 0.7036 0.880 0.112 0.000 0.008
#> GSM30110 4 0.4973 0.4859 0.348 0.000 0.008 0.644
#> GSM30111 1 0.6136 0.6708 0.632 0.288 0.000 0.080
#> GSM30112 1 0.4431 0.6953 0.696 0.304 0.000 0.000
#> GSM30113 2 0.0000 0.4248 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 4 0.0000 0.7756 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30115 4 0.1557 0.7774 0.056 0.000 0.000 0.944
#> GSM30116 3 0.4741 0.5193 0.028 0.228 0.744 0.000
#> GSM30117 3 0.4193 0.5773 0.268 0.000 0.732 0.000
#> GSM30118 1 0.5150 0.2266 0.596 0.396 0.008 0.000
#> GSM30119 2 0.5055 0.3947 0.000 0.624 0.008 0.368
#> GSM30120 4 0.4718 0.5663 0.272 0.004 0.008 0.716
#> GSM30121 1 0.1994 0.6871 0.936 0.052 0.004 0.008
#> GSM30122 1 0.4406 0.3494 0.700 0.000 0.300 0.000
#> GSM30123 4 0.6071 0.3447 0.048 0.004 0.348 0.600
#> GSM30177 4 0.6058 0.3498 0.000 0.072 0.296 0.632
#> GSM30178 4 0.0927 0.7766 0.008 0.000 0.016 0.976
#> GSM30179 1 0.5109 0.6322 0.744 0.000 0.196 0.060
#> GSM30180 1 0.1724 0.6753 0.948 0.032 0.020 0.000
#> GSM30181 4 0.1118 0.7804 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM30182 4 0.1118 0.7806 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM30183 1 0.2164 0.6327 0.924 0.004 0.004 0.068
#> GSM30184 2 0.7265 0.4041 0.000 0.528 0.184 0.288
#> GSM30185 1 0.4040 0.4607 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM30186 3 0.3649 0.5872 0.204 0.000 0.796 0.000
#> GSM30187 4 0.0469 0.7734 0.000 0.000 0.012 0.988
#> GSM30188 4 0.1118 0.7806 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM30189 1 0.7362 -0.1870 0.444 0.000 0.160 0.396
#> GSM30190 2 0.7824 0.2532 0.000 0.404 0.268 0.328
#> GSM30191 4 0.3052 0.7152 0.004 0.000 0.136 0.860
#> GSM30192 4 0.0000 0.7756 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30193 4 0.1474 0.7777 0.052 0.000 0.000 0.948
#> GSM30194 2 0.6293 0.4371 0.000 0.628 0.096 0.276
#> GSM30195 2 0.5378 -0.4689 0.448 0.540 0.000 0.012
#> GSM30196 1 0.4746 0.6863 0.632 0.368 0.000 0.000
#> GSM30197 4 0.3754 0.7301 0.064 0.000 0.084 0.852
#> GSM30198 4 0.7778 0.1507 0.336 0.008 0.192 0.464
#> GSM30199 1 0.3074 0.6970 0.848 0.152 0.000 0.000
#> GSM30200 4 0.6303 0.5364 0.148 0.000 0.192 0.660
#> GSM30201 4 0.2773 0.7484 0.116 0.000 0.004 0.880
#> GSM30202 1 0.2255 0.6273 0.920 0.000 0.012 0.068
#> GSM30203 4 0.0376 0.7762 0.004 0.000 0.004 0.992
#> GSM30204 4 0.7540 0.0856 0.364 0.000 0.192 0.444
#> GSM30205 2 0.6672 0.2640 0.168 0.620 0.212 0.000
#> GSM30206 4 0.7091 0.4336 0.248 0.000 0.188 0.564
#> GSM30207 4 0.7775 0.0490 0.380 0.000 0.240 0.380
#> GSM30208 1 0.7550 0.1710 0.464 0.000 0.204 0.332
#> GSM30209 3 0.4018 0.5216 0.004 0.224 0.772 0.000
#> GSM30210 1 0.3991 0.6834 0.808 0.020 0.172 0.000
#> GSM30211 4 0.6075 0.5597 0.128 0.000 0.192 0.680
#> GSM30212 1 0.4072 0.7138 0.748 0.252 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.4164 0.7152 0.736 0.264 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.3837 0.6706 0.776 0.000 0.224 0.000
#> GSM30215 1 0.4040 0.6464 0.752 0.000 0.248 0.000
#> GSM30216 1 0.1940 0.6921 0.924 0.076 0.000 0.000
#> GSM30217 1 0.3610 0.6714 0.800 0.000 0.200 0.000
#> GSM30218 3 0.5315 0.5029 0.048 0.004 0.724 0.224
#> GSM30219 2 0.7120 0.1940 0.212 0.564 0.224 0.000
#> GSM30220 1 0.4713 0.6904 0.640 0.360 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.0336 0.7783 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM30222 4 0.1302 0.7796 0.044 0.000 0.000 0.956
#> GSM30223 1 0.4661 0.6958 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM30224 4 0.6739 0.4451 0.304 0.000 0.120 0.576
#> GSM30225 1 0.4955 0.2160 0.648 0.000 0.008 0.344
#> GSM30226 1 0.4661 0.2582 0.652 0.000 0.348 0.000
#> GSM30227 1 0.3411 0.6641 0.880 0.048 0.008 0.064
#> GSM30228 4 0.7494 -0.2379 0.000 0.352 0.188 0.460
#> GSM30229 4 0.2363 0.7423 0.000 0.024 0.056 0.920
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.5962 0.2733 0.000 0.000 0.468 0.424 0.108
#> GSM30007 1 0.7035 0.3330 0.416 0.264 0.308 0.000 0.012
#> GSM30008 1 0.3883 0.5815 0.800 0.160 0.000 0.028 0.012
#> GSM30009 1 0.5403 0.6046 0.680 0.084 0.220 0.000 0.016
#> GSM30010 3 0.2095 0.4681 0.000 0.012 0.920 0.008 0.060
#> GSM30011 3 0.5771 0.4212 0.000 0.008 0.588 0.316 0.088
#> GSM30012 4 0.3317 0.7433 0.000 0.000 0.044 0.840 0.116
#> GSM30013 4 0.1668 0.7961 0.000 0.000 0.028 0.940 0.032
#> GSM30014 3 0.4940 0.4236 0.112 0.068 0.764 0.000 0.056
#> GSM30015 2 0.1851 0.7706 0.004 0.940 0.008 0.024 0.024
#> GSM30016 3 0.4186 0.3408 0.128 0.064 0.796 0.000 0.012
#> GSM30017 1 0.1544 0.6305 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM30018 4 0.1612 0.8079 0.024 0.016 0.000 0.948 0.012
#> GSM30019 4 0.3194 0.6929 0.000 0.000 0.148 0.832 0.020
#> GSM30020 1 0.0898 0.6523 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000
#> GSM30021 3 0.5599 -0.2722 0.008 0.448 0.492 0.000 0.052
#> GSM30022 2 0.3451 0.7610 0.032 0.856 0.080 0.000 0.032
#> GSM30023 1 0.2329 0.5950 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> GSM30024 3 0.4185 0.2713 0.216 0.024 0.752 0.000 0.008
#> GSM30025 1 0.3626 0.6375 0.816 0.012 0.152 0.000 0.020
#> GSM30026 2 0.6936 0.0478 0.364 0.388 0.000 0.240 0.008
#> GSM30027 1 0.0566 0.6470 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> GSM30028 1 0.0960 0.6492 0.972 0.000 0.016 0.008 0.004
#> GSM30029 1 0.0671 0.6486 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> GSM30030 1 0.7535 0.2471 0.404 0.360 0.172 0.000 0.064
#> GSM30031 1 0.0613 0.6496 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> GSM30032 1 0.1661 0.6462 0.940 0.000 0.024 0.000 0.036
#> GSM30033 1 0.5848 0.3267 0.608 0.000 0.192 0.000 0.200
#> GSM30034 4 0.3808 0.7259 0.004 0.032 0.004 0.808 0.152
#> GSM30035 2 0.3492 0.7062 0.000 0.796 0.016 0.000 0.188
#> GSM30036 4 0.2844 0.7682 0.000 0.028 0.004 0.876 0.092
#> GSM30037 1 0.6044 0.5526 0.588 0.116 0.284 0.000 0.012
#> GSM30038 3 0.4288 0.2960 0.180 0.052 0.764 0.000 0.004
#> GSM30039 4 0.1670 0.7816 0.000 0.000 0.052 0.936 0.012
#> GSM30040 3 0.3167 0.4501 0.004 0.000 0.820 0.004 0.172
#> GSM30041 3 0.5719 0.4530 0.000 0.000 0.596 0.284 0.120
#> GSM30042 3 0.4912 0.2682 0.008 0.000 0.500 0.480 0.012
#> GSM30043 3 0.4500 0.4403 0.040 0.020 0.760 0.000 0.180
#> GSM30044 1 0.6247 0.5389 0.560 0.132 0.296 0.000 0.012
#> GSM30045 1 0.7135 0.1914 0.356 0.328 0.304 0.000 0.012
#> GSM30046 4 0.1243 0.8076 0.028 0.004 0.000 0.960 0.008
#> GSM30047 4 0.5338 0.4602 0.328 0.000 0.004 0.608 0.060
#> GSM30048 1 0.4354 0.3133 0.624 0.000 0.000 0.368 0.008
#> GSM30049 3 0.5909 0.4588 0.004 0.000 0.616 0.200 0.180
#> GSM30050 4 0.2547 0.7764 0.000 0.016 0.016 0.900 0.068
#> GSM30051 3 0.5870 0.4487 0.000 0.000 0.584 0.276 0.140
#> GSM30052 1 0.6235 0.5447 0.556 0.144 0.292 0.000 0.008
#> GSM30053 4 0.1043 0.7940 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM30054 3 0.6332 0.4226 0.004 0.000 0.544 0.264 0.188
#> GSM30055 1 0.2554 0.6234 0.896 0.000 0.020 0.008 0.076
#> GSM30056 5 0.5890 0.2343 0.004 0.000 0.092 0.380 0.524
#> GSM30057 3 0.3847 0.4139 0.000 0.180 0.784 0.000 0.036
#> GSM30058 3 0.5958 0.4320 0.000 0.000 0.568 0.288 0.144
#> GSM30059 4 0.4000 0.7193 0.180 0.020 0.000 0.784 0.016
#> GSM30060 1 0.5282 0.5667 0.700 0.008 0.148 0.000 0.144
#> GSM30061 4 0.5095 0.3687 0.400 0.000 0.000 0.560 0.040
#> GSM30062 4 0.4045 0.5155 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> GSM30063 4 0.1012 0.8026 0.000 0.000 0.012 0.968 0.020
#> GSM30064 1 0.4164 0.6074 0.728 0.012 0.252 0.000 0.008
#> GSM30065 4 0.3193 0.6956 0.000 0.000 0.132 0.840 0.028
#> GSM30066 3 0.4800 0.4089 0.012 0.148 0.748 0.000 0.092
#> GSM30067 2 0.2221 0.7785 0.000 0.912 0.052 0.000 0.036
#> GSM30068 3 0.4419 0.3378 0.012 0.276 0.700 0.000 0.012
#> GSM30069 3 0.2474 0.4138 0.012 0.084 0.896 0.000 0.008
#> GSM30070 3 0.3359 0.4267 0.052 0.028 0.872 0.040 0.008
#> GSM30071 4 0.6243 0.4696 0.140 0.000 0.216 0.616 0.028
#> GSM30072 1 0.6793 0.2549 0.376 0.292 0.332 0.000 0.000
#> GSM30073 4 0.0693 0.8039 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000
#> GSM30074 3 0.5789 0.2243 0.356 0.088 0.552 0.000 0.004
#> GSM30075 4 0.3452 0.6669 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> GSM30076 4 0.0854 0.8057 0.008 0.000 0.004 0.976 0.012
#> GSM30077 4 0.2074 0.7849 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> GSM30078 4 0.2554 0.7952 0.072 0.000 0.000 0.892 0.036
#> GSM30079 2 0.5081 0.6857 0.080 0.740 0.148 0.000 0.032
#> GSM30080 4 0.1124 0.8095 0.036 0.000 0.000 0.960 0.004
#> GSM30081 3 0.5523 0.4098 0.000 0.000 0.572 0.348 0.080
#> GSM30086 4 0.1830 0.8059 0.068 0.000 0.008 0.924 0.000
#> GSM30087 4 0.1471 0.8076 0.024 0.020 0.000 0.952 0.004
#> GSM30088 4 0.4147 0.7438 0.064 0.116 0.000 0.804 0.016
#> GSM30089 1 0.5054 0.5632 0.632 0.036 0.324 0.000 0.008
#> GSM30090 3 0.6301 0.4018 0.000 0.000 0.532 0.252 0.216
#> GSM30091 3 0.5790 0.4595 0.004 0.000 0.608 0.268 0.120
#> GSM30092 4 0.2439 0.7771 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> GSM30093 4 0.4370 0.6080 0.000 0.000 0.056 0.744 0.200
#> GSM30094 3 0.6369 0.2515 0.004 0.012 0.472 0.100 0.412
#> GSM30095 3 0.4525 0.4235 0.056 0.000 0.724 0.000 0.220
#> GSM30096 2 0.2520 0.7640 0.048 0.896 0.000 0.000 0.056
#> GSM30097 4 0.5684 0.6298 0.048 0.144 0.000 0.700 0.108
#> GSM30098 2 0.1082 0.7786 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> GSM30099 5 0.6134 0.4482 0.028 0.000 0.172 0.164 0.636
#> GSM30100 3 0.2420 0.4028 0.088 0.008 0.896 0.000 0.008
#> GSM30101 3 0.6177 0.4268 0.000 0.000 0.556 0.212 0.232
#> GSM30102 4 0.5873 0.0244 0.000 0.000 0.348 0.540 0.112
#> GSM30103 2 0.5911 0.6672 0.056 0.684 0.136 0.000 0.124
#> GSM30104 4 0.1668 0.8090 0.028 0.000 0.000 0.940 0.032
#> GSM30105 2 0.7158 -0.0376 0.368 0.456 0.100 0.000 0.076
#> GSM30106 4 0.3193 0.7744 0.112 0.004 0.000 0.852 0.032
#> GSM30107 1 0.4746 -0.0689 0.504 0.000 0.000 0.480 0.016
#> GSM30108 1 0.6830 0.4149 0.448 0.196 0.344 0.000 0.012
#> GSM30109 2 0.3022 0.7721 0.020 0.880 0.064 0.000 0.036
#> GSM30110 2 0.2408 0.7261 0.000 0.892 0.008 0.096 0.004
#> GSM30111 1 0.8149 0.2982 0.400 0.304 0.200 0.084 0.012
#> GSM30112 2 0.3697 0.7209 0.016 0.796 0.180 0.000 0.008
#> GSM30113 3 0.1788 0.4667 0.004 0.008 0.932 0.000 0.056
#> GSM30114 4 0.1299 0.8038 0.000 0.012 0.020 0.960 0.008
#> GSM30115 4 0.2833 0.7593 0.000 0.120 0.004 0.864 0.012
#> GSM30116 5 0.3907 0.5520 0.016 0.016 0.180 0.000 0.788
#> GSM30117 2 0.3990 0.5723 0.000 0.688 0.004 0.000 0.308
#> GSM30118 2 0.3323 0.7524 0.000 0.844 0.100 0.000 0.056
#> GSM30119 3 0.4423 0.4637 0.000 0.008 0.684 0.296 0.012
#> GSM30120 2 0.4078 0.7362 0.004 0.828 0.060 0.072 0.036
#> GSM30121 2 0.1914 0.7782 0.000 0.924 0.060 0.000 0.016
#> GSM30122 2 0.1981 0.7635 0.016 0.920 0.000 0.000 0.064
#> GSM30123 4 0.5812 0.4908 0.008 0.060 0.024 0.640 0.268
#> GSM30177 4 0.4168 0.6326 0.000 0.000 0.052 0.764 0.184
#> GSM30178 4 0.2209 0.7953 0.000 0.056 0.000 0.912 0.032
#> GSM30179 1 0.3247 0.6229 0.864 0.072 0.000 0.052 0.012
#> GSM30180 2 0.1300 0.7788 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> GSM30181 4 0.1209 0.8090 0.012 0.012 0.000 0.964 0.012
#> GSM30182 4 0.1331 0.8062 0.008 0.040 0.000 0.952 0.000
#> GSM30183 2 0.1891 0.7791 0.000 0.936 0.016 0.016 0.032
#> GSM30184 3 0.6034 0.4394 0.000 0.000 0.572 0.256 0.172
#> GSM30185 2 0.1768 0.7694 0.004 0.924 0.000 0.000 0.072
#> GSM30186 5 0.3659 0.4535 0.000 0.220 0.012 0.000 0.768
#> GSM30187 4 0.0451 0.8054 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM30188 4 0.1990 0.7980 0.008 0.068 0.000 0.920 0.004
#> GSM30189 2 0.5877 0.4357 0.016 0.648 0.000 0.156 0.180
#> GSM30190 3 0.6609 0.2351 0.000 0.000 0.416 0.368 0.216
#> GSM30191 4 0.2172 0.7932 0.016 0.000 0.000 0.908 0.076
#> GSM30192 4 0.0290 0.8048 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30193 4 0.1682 0.8090 0.032 0.012 0.000 0.944 0.012
#> GSM30194 3 0.5411 0.4742 0.000 0.000 0.664 0.160 0.176
#> GSM30195 3 0.5725 -0.2465 0.028 0.416 0.528 0.016 0.012
#> GSM30196 1 0.5971 0.5522 0.588 0.104 0.296 0.000 0.012
#> GSM30197 4 0.2228 0.7903 0.092 0.004 0.000 0.900 0.004
#> GSM30198 1 0.3006 0.5698 0.836 0.000 0.004 0.156 0.004
#> GSM30199 2 0.4552 0.7206 0.056 0.780 0.132 0.000 0.032
#> GSM30200 4 0.5331 0.4742 0.344 0.048 0.000 0.600 0.008
#> GSM30201 4 0.3632 0.7404 0.152 0.016 0.000 0.816 0.016
#> GSM30202 2 0.1573 0.7725 0.004 0.948 0.004 0.008 0.036
#> GSM30203 4 0.2026 0.8046 0.012 0.008 0.000 0.924 0.056
#> GSM30204 1 0.2280 0.5980 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> GSM30205 1 0.4307 0.5775 0.772 0.000 0.100 0.000 0.128
#> GSM30206 4 0.6253 0.4960 0.184 0.188 0.000 0.608 0.020
#> GSM30207 1 0.5103 0.4730 0.736 0.036 0.000 0.160 0.068
#> GSM30208 1 0.4054 0.5622 0.812 0.040 0.000 0.120 0.028
#> GSM30209 5 0.3727 0.5547 0.000 0.000 0.216 0.016 0.768
#> GSM30210 1 0.2445 0.6537 0.908 0.056 0.020 0.000 0.016
#> GSM30211 4 0.5433 0.6136 0.216 0.064 0.000 0.688 0.032
#> GSM30212 1 0.6820 0.5544 0.580 0.208 0.152 0.000 0.060
#> GSM30213 2 0.4837 0.7173 0.084 0.772 0.096 0.000 0.048
#> GSM30214 2 0.6050 0.4286 0.300 0.572 0.008 0.000 0.120
#> GSM30215 1 0.6272 0.1540 0.468 0.380 0.000 0.000 0.152
#> GSM30216 2 0.2363 0.7773 0.012 0.912 0.052 0.000 0.024
#> GSM30217 1 0.1399 0.6496 0.952 0.028 0.000 0.000 0.020
#> GSM30218 1 0.6722 0.1309 0.464 0.020 0.028 0.068 0.420
#> GSM30219 2 0.6147 0.3369 0.000 0.544 0.288 0.000 0.168
#> GSM30220 1 0.5135 0.5876 0.656 0.052 0.284 0.000 0.008
#> GSM30221 4 0.1710 0.8060 0.000 0.040 0.004 0.940 0.016
#> GSM30222 4 0.1329 0.8090 0.032 0.004 0.000 0.956 0.008
#> GSM30223 2 0.6012 0.5041 0.144 0.616 0.228 0.000 0.012
#> GSM30224 4 0.6565 0.4954 0.244 0.120 0.000 0.588 0.048
#> GSM30225 2 0.2632 0.7586 0.004 0.892 0.000 0.032 0.072
#> GSM30226 2 0.3774 0.7133 0.012 0.780 0.008 0.000 0.200
#> GSM30227 2 0.2848 0.7771 0.040 0.896 0.036 0.024 0.004
#> GSM30228 4 0.5559 0.3901 0.004 0.000 0.228 0.648 0.120
#> GSM30229 4 0.4103 0.7090 0.016 0.000 0.036 0.792 0.156
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 4 0.2711 0.71565 0.000 0.004 0.068 0.872 0.056 0.000
#> GSM30007 1 0.0692 0.76565 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30008 6 0.2601 0.71190 0.016 0.068 0.024 0.000 0.004 0.888
#> GSM30009 1 0.1549 0.75728 0.936 0.000 0.020 0.000 0.000 0.044
#> GSM30010 5 0.2812 0.60953 0.104 0.028 0.000 0.008 0.860 0.000
#> GSM30011 4 0.5675 0.48904 0.012 0.024 0.104 0.620 0.240 0.000
#> GSM30012 4 0.4779 0.60190 0.000 0.048 0.000 0.676 0.248 0.028
#> GSM30013 4 0.1555 0.74386 0.000 0.008 0.000 0.940 0.040 0.012
#> GSM30014 5 0.3915 0.57679 0.008 0.060 0.020 0.000 0.804 0.108
#> GSM30015 2 0.1399 0.74879 0.008 0.956 0.012 0.008 0.008 0.008
#> GSM30016 1 0.2045 0.75844 0.928 0.016 0.024 0.016 0.012 0.004
#> GSM30017 6 0.1299 0.71950 0.036 0.004 0.000 0.004 0.004 0.952
#> GSM30018 4 0.1844 0.74100 0.004 0.028 0.012 0.932 0.000 0.024
#> GSM30019 4 0.1636 0.73367 0.000 0.004 0.024 0.936 0.036 0.000
#> GSM30020 6 0.1628 0.71854 0.036 0.012 0.008 0.000 0.004 0.940
#> GSM30021 1 0.6261 0.19458 0.436 0.244 0.012 0.000 0.308 0.000
#> GSM30022 1 0.5186 0.28721 0.544 0.368 0.084 0.000 0.004 0.000
#> GSM30023 6 0.1666 0.72231 0.036 0.000 0.008 0.020 0.000 0.936
#> GSM30024 1 0.3751 0.63694 0.784 0.004 0.020 0.000 0.172 0.020
#> GSM30025 1 0.4586 0.42075 0.640 0.000 0.036 0.000 0.012 0.312
#> GSM30026 6 0.4371 0.51609 0.000 0.296 0.012 0.020 0.004 0.668
#> GSM30027 6 0.3712 0.58385 0.204 0.000 0.032 0.000 0.004 0.760
#> GSM30028 6 0.1644 0.70397 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> GSM30029 6 0.2402 0.68044 0.120 0.000 0.012 0.000 0.000 0.868
#> GSM30030 1 0.7135 0.30344 0.508 0.204 0.164 0.000 0.020 0.104
#> GSM30031 6 0.1411 0.70964 0.060 0.000 0.000 0.000 0.004 0.936
#> GSM30032 6 0.3916 0.64793 0.100 0.000 0.068 0.000 0.032 0.800
#> GSM30033 5 0.6932 -0.06554 0.052 0.000 0.292 0.000 0.356 0.300
#> GSM30034 4 0.2738 0.72772 0.016 0.020 0.084 0.876 0.004 0.000
#> GSM30035 3 0.5569 0.15859 0.056 0.316 0.584 0.008 0.036 0.000
#> GSM30036 4 0.2039 0.73549 0.000 0.020 0.052 0.916 0.012 0.000
#> GSM30037 1 0.1176 0.76544 0.956 0.000 0.020 0.000 0.000 0.024
#> GSM30038 1 0.2086 0.74433 0.912 0.008 0.004 0.000 0.064 0.012
#> GSM30039 4 0.2236 0.74369 0.000 0.008 0.016 0.912 0.048 0.016
#> GSM30040 5 0.1765 0.62456 0.024 0.000 0.052 0.000 0.924 0.000
#> GSM30041 4 0.4226 0.55064 0.000 0.000 0.040 0.692 0.264 0.004
#> GSM30042 4 0.5046 0.42233 0.000 0.000 0.008 0.592 0.328 0.072
#> GSM30043 5 0.2118 0.61548 0.036 0.016 0.008 0.000 0.920 0.020
#> GSM30044 1 0.0713 0.76319 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM30045 1 0.0891 0.76486 0.968 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM30046 4 0.1624 0.74030 0.000 0.008 0.012 0.936 0.000 0.044
#> GSM30047 6 0.5247 0.36068 0.012 0.000 0.032 0.360 0.024 0.572
#> GSM30048 6 0.4348 0.66114 0.056 0.004 0.012 0.192 0.000 0.736
#> GSM30049 5 0.3127 0.60600 0.000 0.000 0.056 0.100 0.840 0.004
#> GSM30050 4 0.1515 0.73794 0.000 0.020 0.028 0.944 0.008 0.000
#> GSM30051 5 0.4197 0.47876 0.000 0.000 0.032 0.284 0.680 0.004
#> GSM30052 1 0.1963 0.76142 0.928 0.012 0.016 0.000 0.012 0.032
#> GSM30053 4 0.1074 0.74386 0.000 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> GSM30054 5 0.4982 0.02471 0.000 0.000 0.048 0.456 0.488 0.008
#> GSM30055 6 0.3359 0.69054 0.056 0.000 0.036 0.008 0.048 0.852
#> GSM30056 3 0.5796 -0.10312 0.000 0.000 0.480 0.400 0.092 0.028
#> GSM30057 5 0.3414 0.59342 0.012 0.092 0.068 0.000 0.828 0.000
#> GSM30058 5 0.4028 0.53426 0.000 0.000 0.036 0.224 0.732 0.008
#> GSM30059 6 0.4789 0.14391 0.000 0.016 0.024 0.448 0.000 0.512
#> GSM30060 5 0.6346 -0.01324 0.092 0.012 0.044 0.000 0.428 0.424
#> GSM30061 6 0.3644 0.67860 0.004 0.016 0.000 0.144 0.032 0.804
#> GSM30062 6 0.2058 0.71703 0.000 0.036 0.000 0.056 0.000 0.908
#> GSM30063 4 0.1421 0.74388 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> GSM30064 1 0.1556 0.73966 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> GSM30065 4 0.1503 0.73447 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032 0.000
#> GSM30066 5 0.2757 0.59364 0.016 0.104 0.016 0.000 0.864 0.000
#> GSM30067 2 0.5873 0.39285 0.312 0.556 0.100 0.016 0.016 0.000
#> GSM30068 5 0.5660 0.43600 0.156 0.132 0.064 0.000 0.648 0.000
#> GSM30069 1 0.4238 0.57376 0.720 0.016 0.036 0.000 0.228 0.000
#> GSM30070 1 0.3375 0.66928 0.828 0.004 0.000 0.104 0.060 0.004
#> GSM30071 4 0.5194 0.57553 0.176 0.000 0.048 0.704 0.020 0.052
#> GSM30072 1 0.1010 0.76232 0.960 0.036 0.004 0.000 0.000 0.000
#> GSM30073 4 0.1036 0.74456 0.000 0.024 0.000 0.964 0.008 0.004
#> GSM30074 5 0.7312 0.16081 0.316 0.032 0.060 0.000 0.420 0.172
#> GSM30075 6 0.3888 0.63228 0.000 0.012 0.008 0.236 0.008 0.736
#> GSM30076 4 0.1036 0.74323 0.000 0.004 0.000 0.964 0.008 0.024
#> GSM30077 6 0.4661 0.11532 0.000 0.032 0.004 0.464 0.000 0.500
#> GSM30078 6 0.5354 0.45089 0.000 0.052 0.000 0.320 0.040 0.588
#> GSM30079 1 0.4112 0.62091 0.724 0.224 0.048 0.000 0.004 0.000
#> GSM30080 4 0.3089 0.69437 0.000 0.004 0.000 0.800 0.008 0.188
#> GSM30081 4 0.4486 0.33141 0.000 0.000 0.028 0.584 0.384 0.004
#> GSM30086 4 0.3221 0.67342 0.000 0.000 0.004 0.772 0.004 0.220
#> GSM30087 4 0.2375 0.73438 0.000 0.036 0.008 0.896 0.000 0.060
#> GSM30088 4 0.6269 0.32007 0.000 0.284 0.008 0.476 0.008 0.224
#> GSM30089 1 0.1745 0.74547 0.920 0.000 0.012 0.000 0.000 0.068
#> GSM30090 5 0.4800 0.45694 0.000 0.000 0.076 0.280 0.640 0.004
#> GSM30091 5 0.4452 0.47931 0.000 0.000 0.040 0.288 0.664 0.008
#> GSM30092 6 0.4853 0.39820 0.000 0.040 0.008 0.360 0.004 0.588
#> GSM30093 4 0.3489 0.70894 0.000 0.008 0.100 0.828 0.056 0.008
#> GSM30094 5 0.3552 0.59240 0.000 0.028 0.088 0.036 0.836 0.012
#> GSM30095 5 0.2411 0.61972 0.024 0.000 0.032 0.000 0.900 0.044
#> GSM30096 2 0.2965 0.69414 0.008 0.856 0.016 0.000 0.012 0.108
#> GSM30097 4 0.7105 0.00153 0.000 0.204 0.344 0.364 0.000 0.088
#> GSM30098 2 0.4573 0.65824 0.136 0.736 0.112 0.008 0.008 0.000
#> GSM30099 3 0.5071 0.43707 0.008 0.000 0.696 0.092 0.180 0.024
#> GSM30100 5 0.4381 0.11159 0.456 0.000 0.016 0.000 0.524 0.004
#> GSM30101 5 0.3315 0.59979 0.000 0.012 0.012 0.140 0.824 0.012
#> GSM30102 4 0.3153 0.70296 0.004 0.012 0.100 0.848 0.036 0.000
#> GSM30103 1 0.4887 0.62529 0.700 0.120 0.160 0.000 0.020 0.000
#> GSM30104 4 0.4433 0.52802 0.000 0.000 0.028 0.668 0.016 0.288
#> GSM30105 1 0.4357 0.66732 0.744 0.112 0.136 0.004 0.000 0.004
#> GSM30106 4 0.6137 0.12205 0.012 0.080 0.012 0.504 0.020 0.372
#> GSM30107 4 0.5139 0.08733 0.060 0.000 0.004 0.508 0.004 0.424
#> GSM30108 1 0.0924 0.76546 0.972 0.008 0.008 0.000 0.004 0.008
#> GSM30109 2 0.5045 0.47139 0.304 0.616 0.068 0.008 0.004 0.000
#> GSM30110 2 0.2910 0.73486 0.048 0.876 0.028 0.044 0.004 0.000
#> GSM30111 1 0.6895 0.41404 0.560 0.156 0.048 0.036 0.008 0.192
#> GSM30112 1 0.4453 0.12861 0.524 0.452 0.020 0.004 0.000 0.000
#> GSM30113 5 0.2554 0.61539 0.088 0.012 0.020 0.000 0.880 0.000
#> GSM30114 4 0.2489 0.74397 0.000 0.028 0.032 0.904 0.016 0.020
#> GSM30115 4 0.4325 0.35995 0.000 0.412 0.016 0.568 0.004 0.000
#> GSM30116 3 0.4701 0.50150 0.108 0.012 0.728 0.000 0.144 0.008
#> GSM30117 2 0.3376 0.69119 0.000 0.816 0.128 0.000 0.052 0.004
#> GSM30118 2 0.2754 0.69988 0.012 0.860 0.004 0.000 0.116 0.008
#> GSM30119 5 0.4579 0.46838 0.008 0.036 0.004 0.300 0.652 0.000
#> GSM30120 2 0.1844 0.73773 0.000 0.928 0.000 0.016 0.040 0.016
#> GSM30121 2 0.4361 0.67254 0.136 0.768 0.064 0.012 0.020 0.000
#> GSM30122 2 0.2988 0.71508 0.028 0.828 0.144 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 4 0.5838 0.17002 0.000 0.036 0.432 0.464 0.060 0.008
#> GSM30177 4 0.3675 0.68324 0.000 0.000 0.124 0.796 0.076 0.004
#> GSM30178 4 0.2812 0.72690 0.000 0.104 0.028 0.860 0.000 0.008
#> GSM30179 6 0.3434 0.70177 0.048 0.044 0.052 0.000 0.008 0.848
#> GSM30180 2 0.1268 0.74880 0.036 0.952 0.004 0.000 0.008 0.000
#> GSM30181 4 0.4156 0.68608 0.000 0.120 0.004 0.764 0.004 0.108
#> GSM30182 4 0.3640 0.66016 0.000 0.204 0.004 0.764 0.000 0.028
#> GSM30183 2 0.3997 0.70018 0.076 0.800 0.092 0.028 0.004 0.000
#> GSM30184 4 0.4500 0.31415 0.000 0.000 0.036 0.572 0.392 0.000
#> GSM30185 2 0.2350 0.74215 0.008 0.900 0.064 0.000 0.024 0.004
#> GSM30186 3 0.3853 0.50687 0.000 0.156 0.780 0.012 0.052 0.000
#> GSM30187 4 0.0951 0.74216 0.000 0.008 0.004 0.968 0.000 0.020
#> GSM30188 4 0.3354 0.68019 0.000 0.184 0.008 0.792 0.000 0.016
#> GSM30189 2 0.3426 0.69979 0.000 0.848 0.064 0.016 0.020 0.052
#> GSM30190 4 0.4739 0.52980 0.000 0.004 0.068 0.664 0.260 0.004
#> GSM30191 4 0.6712 0.37389 0.000 0.056 0.220 0.492 0.004 0.228
#> GSM30192 4 0.1750 0.74031 0.000 0.004 0.004 0.928 0.008 0.056
#> GSM30193 4 0.4293 0.66658 0.000 0.112 0.000 0.740 0.004 0.144
#> GSM30194 5 0.1493 0.63196 0.004 0.000 0.000 0.056 0.936 0.004
#> GSM30195 1 0.3055 0.73291 0.856 0.092 0.000 0.012 0.036 0.004
#> GSM30196 1 0.1082 0.76128 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000 0.040
#> GSM30197 6 0.5032 0.34604 0.000 0.060 0.008 0.376 0.000 0.556
#> GSM30198 6 0.2615 0.72561 0.044 0.008 0.012 0.044 0.000 0.892
#> GSM30199 2 0.7241 0.15883 0.216 0.428 0.272 0.000 0.068 0.016
#> GSM30200 6 0.4718 0.62702 0.000 0.176 0.020 0.092 0.000 0.712
#> GSM30201 4 0.3961 0.69391 0.048 0.012 0.016 0.796 0.000 0.128
#> GSM30202 2 0.0912 0.74945 0.004 0.972 0.004 0.000 0.008 0.012
#> GSM30203 4 0.5582 0.59425 0.000 0.156 0.000 0.636 0.036 0.172
#> GSM30204 6 0.1343 0.72451 0.012 0.004 0.004 0.020 0.004 0.956
#> GSM30205 6 0.4667 0.50306 0.004 0.036 0.020 0.000 0.264 0.676
#> GSM30206 2 0.6327 -0.02585 0.000 0.456 0.040 0.144 0.000 0.360
#> GSM30207 6 0.1964 0.71550 0.000 0.056 0.012 0.008 0.004 0.920
#> GSM30208 6 0.1873 0.71825 0.000 0.048 0.020 0.008 0.000 0.924
#> GSM30209 3 0.5072 0.17898 0.404 0.000 0.532 0.052 0.012 0.000
#> GSM30210 6 0.4857 0.47894 0.264 0.016 0.064 0.000 0.000 0.656
#> GSM30211 6 0.5489 0.59075 0.000 0.124 0.032 0.208 0.000 0.636
#> GSM30212 1 0.4198 0.69493 0.772 0.036 0.136 0.000 0.000 0.056
#> GSM30213 1 0.5182 0.53277 0.624 0.236 0.136 0.000 0.004 0.000
#> GSM30214 3 0.6652 0.41649 0.132 0.132 0.580 0.000 0.016 0.140
#> GSM30215 6 0.6598 0.04978 0.056 0.132 0.384 0.000 0.004 0.424
#> GSM30216 2 0.4451 0.63513 0.172 0.728 0.092 0.000 0.004 0.004
#> GSM30217 6 0.3040 0.68231 0.056 0.004 0.060 0.000 0.016 0.864
#> GSM30218 6 0.5674 0.56141 0.000 0.064 0.060 0.020 0.196 0.660
#> GSM30219 5 0.3991 0.41102 0.008 0.300 0.012 0.000 0.680 0.000
#> GSM30220 1 0.1285 0.75408 0.944 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052
#> GSM30221 4 0.2365 0.73691 0.008 0.084 0.000 0.892 0.004 0.012
#> GSM30222 4 0.3458 0.71581 0.008 0.048 0.000 0.828 0.008 0.108
#> GSM30223 1 0.2165 0.73201 0.884 0.108 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM30224 6 0.5383 0.63510 0.000 0.128 0.056 0.140 0.000 0.676
#> GSM30225 2 0.2832 0.71891 0.000 0.884 0.024 0.012 0.032 0.048
#> GSM30226 2 0.4014 0.67042 0.004 0.784 0.136 0.000 0.060 0.016
#> GSM30227 2 0.2232 0.73146 0.012 0.904 0.004 0.004 0.004 0.072
#> GSM30228 4 0.3986 0.60542 0.000 0.000 0.032 0.732 0.228 0.008
#> GSM30229 4 0.6633 0.19629 0.000 0.020 0.016 0.440 0.192 0.332
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> MAD:NMF 136 0.00283 2
#> MAD:NMF 140 0.14855 3
#> MAD:NMF 104 0.09923 4
#> MAD:NMF 103 0.00880 5
#> MAD:NMF 121 0.00307 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.611 0.916 0.939 0.4665 0.501 0.501
#> 3 3 0.735 0.882 0.937 0.2758 0.910 0.820
#> 4 4 0.722 0.787 0.887 0.2223 0.857 0.652
#> 5 5 0.722 0.693 0.829 0.0584 0.944 0.796
#> 6 6 0.699 0.314 0.633 0.0361 0.846 0.461
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.4815 0.899 0.104 0.896
#> GSM30007 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.4815 0.899 0.104 0.896
#> GSM30012 2 0.5059 0.900 0.112 0.888
#> GSM30013 1 0.4562 0.879 0.904 0.096
#> GSM30014 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.6343 0.895 0.160 0.840
#> GSM30017 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30021 2 0.5408 0.900 0.124 0.876
#> GSM30022 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> GSM30024 2 0.3431 0.894 0.064 0.936
#> GSM30025 1 0.4161 0.894 0.916 0.084
#> GSM30026 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30027 2 0.9686 0.545 0.396 0.604
#> GSM30028 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> GSM30029 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30033 2 0.6148 0.897 0.152 0.848
#> GSM30034 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30036 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> GSM30037 2 0.9686 0.545 0.396 0.604
#> GSM30038 2 0.6343 0.895 0.160 0.840
#> GSM30039 2 0.5059 0.900 0.112 0.888
#> GSM30040 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.2603 0.890 0.044 0.956
#> GSM30042 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> GSM30048 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.0672 0.976 0.992 0.008
#> GSM30051 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.5059 0.900 0.112 0.888
#> GSM30054 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30056 2 0.6343 0.895 0.160 0.840
#> GSM30057 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.6048 0.898 0.148 0.852
#> GSM30061 1 0.6712 0.754 0.824 0.176
#> GSM30062 1 0.1184 0.969 0.984 0.016
#> GSM30063 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30064 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.6247 0.896 0.156 0.844
#> GSM30066 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.3431 0.894 0.064 0.936
#> GSM30070 2 0.6048 0.898 0.148 0.852
#> GSM30071 2 0.6343 0.894 0.160 0.840
#> GSM30072 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30074 2 0.6247 0.896 0.156 0.844
#> GSM30075 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30076 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.9580 0.578 0.380 0.620
#> GSM30081 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.7950 0.631 0.760 0.240
#> GSM30087 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30089 2 0.9661 0.554 0.392 0.608
#> GSM30090 2 0.2603 0.890 0.044 0.956
#> GSM30091 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.5519 0.831 0.872 0.128
#> GSM30093 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30094 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.6048 0.898 0.148 0.852
#> GSM30100 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30103 2 0.9881 0.444 0.436 0.564
#> GSM30104 1 0.8661 0.514 0.712 0.288
#> GSM30105 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> GSM30108 2 0.6247 0.896 0.156 0.844
#> GSM30109 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.3274 0.923 0.940 0.060
#> GSM30113 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.6247 0.896 0.156 0.844
#> GSM30115 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> GSM30116 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.8144 0.797 0.252 0.748
#> GSM30118 2 0.6048 0.898 0.148 0.852
#> GSM30119 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30120 1 0.4161 0.894 0.916 0.084
#> GSM30121 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.6048 0.898 0.148 0.852
#> GSM30177 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30178 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> GSM30179 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30182 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.2603 0.890 0.044 0.956
#> GSM30185 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30186 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30187 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.9129 0.682 0.328 0.672
#> GSM30192 2 0.6438 0.893 0.164 0.836
#> GSM30193 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.877 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.3733 0.908 0.928 0.072
#> GSM30196 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.6048 0.898 0.148 0.852
#> GSM30200 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30205 2 0.6343 0.894 0.160 0.840
#> GSM30206 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30210 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0376 0.979 0.996 0.004
#> GSM30215 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.6623 0.887 0.172 0.828
#> GSM30219 2 0.2603 0.890 0.044 0.956
#> GSM30220 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.1633 0.961 0.976 0.024
#> GSM30223 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.6531 0.890 0.168 0.832
#> GSM30227 1 0.0000 0.982 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.4815 0.899 0.104 0.896
#> GSM30229 1 0.4022 0.900 0.920 0.080
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.4002 0.798 0.000 0.840 0.160
#> GSM30007 1 0.0747 0.939 0.984 0.016 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.4002 0.798 0.000 0.840 0.160
#> GSM30012 2 0.3752 0.811 0.000 0.856 0.144
#> GSM30013 1 0.5058 0.753 0.756 0.244 0.000
#> GSM30014 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30016 2 0.0829 0.890 0.004 0.984 0.012
#> GSM30017 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0892 0.938 0.980 0.020 0.000
#> GSM30021 2 0.3482 0.823 0.000 0.872 0.128
#> GSM30022 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.3619 0.878 0.864 0.136 0.000
#> GSM30024 2 0.5058 0.704 0.000 0.756 0.244
#> GSM30025 1 0.4504 0.816 0.804 0.196 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.4887 0.648 0.228 0.772 0.000
#> GSM30028 1 0.3619 0.878 0.864 0.136 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30033 2 0.0747 0.889 0.000 0.984 0.016
#> GSM30034 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30036 1 0.3482 0.884 0.872 0.128 0.000
#> GSM30037 2 0.4887 0.648 0.228 0.772 0.000
#> GSM30038 2 0.0829 0.890 0.004 0.984 0.012
#> GSM30039 2 0.3752 0.811 0.000 0.856 0.144
#> GSM30040 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.5882 0.534 0.000 0.652 0.348
#> GSM30042 3 0.1860 0.932 0.000 0.052 0.948
#> GSM30043 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0592 0.940 0.988 0.012 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30047 1 0.3619 0.878 0.864 0.136 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.3619 0.878 0.864 0.136 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.3752 0.811 0.000 0.856 0.144
#> GSM30054 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30056 2 0.0424 0.890 0.000 0.992 0.008
#> GSM30057 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30058 3 0.1860 0.932 0.000 0.052 0.948
#> GSM30059 1 0.2796 0.908 0.908 0.092 0.000
#> GSM30060 2 0.1031 0.887 0.000 0.976 0.024
#> GSM30061 1 0.5431 0.678 0.716 0.284 0.000
#> GSM30062 1 0.3412 0.886 0.876 0.124 0.000
#> GSM30063 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30064 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0592 0.889 0.000 0.988 0.012
#> GSM30066 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30068 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.5058 0.704 0.000 0.756 0.244
#> GSM30070 2 0.1643 0.878 0.000 0.956 0.044
#> GSM30071 2 0.0424 0.890 0.000 0.992 0.008
#> GSM30072 1 0.2711 0.910 0.912 0.088 0.000
#> GSM30073 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30074 2 0.0747 0.889 0.000 0.984 0.016
#> GSM30075 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30076 1 0.3340 0.890 0.880 0.120 0.000
#> GSM30077 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30078 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.5420 0.636 0.240 0.752 0.008
#> GSM30081 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.6045 0.494 0.620 0.380 0.000
#> GSM30087 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.4842 0.653 0.224 0.776 0.000
#> GSM30090 2 0.5882 0.534 0.000 0.652 0.348
#> GSM30091 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.5058 0.746 0.756 0.244 0.000
#> GSM30093 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30094 3 0.4346 0.783 0.000 0.184 0.816
#> GSM30095 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0892 0.888 0.000 0.980 0.020
#> GSM30100 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30101 3 0.0747 0.956 0.000 0.016 0.984
#> GSM30102 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30103 2 0.5291 0.592 0.268 0.732 0.000
#> GSM30104 1 0.6111 0.429 0.604 0.396 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0424 0.940 0.992 0.008 0.000
#> GSM30107 1 0.3192 0.895 0.888 0.112 0.000
#> GSM30108 2 0.0592 0.889 0.000 0.988 0.012
#> GSM30109 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30111 1 0.3038 0.900 0.896 0.104 0.000
#> GSM30112 1 0.4750 0.793 0.784 0.216 0.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0592 0.889 0.000 0.988 0.012
#> GSM30115 1 0.2959 0.903 0.900 0.100 0.000
#> GSM30116 3 0.4346 0.783 0.000 0.184 0.816
#> GSM30117 2 0.2625 0.818 0.084 0.916 0.000
#> GSM30118 2 0.0892 0.888 0.000 0.980 0.020
#> GSM30119 3 0.1860 0.932 0.000 0.052 0.948
#> GSM30120 1 0.4605 0.806 0.796 0.204 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.2711 0.910 0.912 0.088 0.000
#> GSM30123 2 0.0892 0.888 0.000 0.980 0.020
#> GSM30177 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30178 1 0.3412 0.887 0.876 0.124 0.000
#> GSM30179 1 0.0747 0.939 0.984 0.016 0.000
#> GSM30180 1 0.2796 0.908 0.908 0.092 0.000
#> GSM30181 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30182 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.5882 0.534 0.000 0.652 0.348
#> GSM30185 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30186 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30187 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30190 3 0.4346 0.783 0.000 0.184 0.816
#> GSM30191 2 0.4062 0.729 0.164 0.836 0.000
#> GSM30192 2 0.0237 0.890 0.000 0.996 0.004
#> GSM30193 1 0.1031 0.936 0.976 0.024 0.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.965 0.000 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.4605 0.805 0.796 0.204 0.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0892 0.888 0.000 0.980 0.020
#> GSM30200 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.2448 0.917 0.924 0.076 0.000
#> GSM30203 1 0.2625 0.912 0.916 0.084 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0424 0.890 0.000 0.992 0.008
#> GSM30206 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30207 1 0.2537 0.913 0.920 0.080 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30210 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.2711 0.910 0.912 0.088 0.000
#> GSM30214 1 0.3116 0.897 0.892 0.108 0.000
#> GSM30215 1 0.0424 0.941 0.992 0.008 0.000
#> GSM30216 1 0.0237 0.942 0.996 0.004 0.000
#> GSM30217 1 0.2625 0.912 0.916 0.084 0.000
#> GSM30218 2 0.0237 0.887 0.004 0.996 0.000
#> GSM30219 2 0.5905 0.526 0.000 0.648 0.352
#> GSM30220 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0424 0.941 0.992 0.008 0.000
#> GSM30222 1 0.3816 0.868 0.852 0.148 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0475 0.889 0.004 0.992 0.004
#> GSM30227 1 0.0000 0.942 1.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.4062 0.794 0.000 0.836 0.164
#> GSM30229 1 0.4504 0.818 0.804 0.196 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.3495 0.806 0.000 0.844 0.140 0.016
#> GSM30007 4 0.4790 0.328 0.380 0.000 0.000 0.620
#> GSM30008 1 0.3528 0.740 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM30009 1 0.3528 0.740 0.808 0.000 0.000 0.192
#> GSM30010 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30011 2 0.3495 0.806 0.000 0.844 0.140 0.016
#> GSM30012 2 0.3280 0.819 0.000 0.860 0.124 0.016
#> GSM30013 4 0.3224 0.803 0.016 0.120 0.000 0.864
#> GSM30014 3 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30015 1 0.4888 0.409 0.588 0.000 0.000 0.412
#> GSM30016 2 0.0592 0.887 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30017 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0817 0.842 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30019 3 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30020 4 0.4877 0.240 0.408 0.000 0.000 0.592
#> GSM30021 2 0.2988 0.829 0.000 0.876 0.112 0.012
#> GSM30022 1 0.0469 0.844 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30023 4 0.1488 0.858 0.032 0.012 0.000 0.956
#> GSM30024 2 0.4399 0.716 0.000 0.760 0.224 0.016
#> GSM30025 4 0.3634 0.829 0.048 0.096 0.000 0.856
#> GSM30026 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.4372 0.645 0.004 0.728 0.000 0.268
#> GSM30028 4 0.1488 0.858 0.032 0.012 0.000 0.956
#> GSM30029 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0817 0.842 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30032 2 0.2216 0.866 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30033 2 0.0469 0.884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30034 1 0.0921 0.841 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30035 2 0.0707 0.886 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30036 4 0.1545 0.860 0.040 0.008 0.000 0.952
#> GSM30037 2 0.4401 0.639 0.004 0.724 0.000 0.272
#> GSM30038 2 0.0469 0.887 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30039 2 0.3280 0.819 0.000 0.860 0.124 0.016
#> GSM30040 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30041 2 0.5110 0.559 0.000 0.656 0.328 0.016
#> GSM30042 3 0.1807 0.928 0.000 0.052 0.940 0.008
#> GSM30043 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30044 1 0.0188 0.844 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30045 4 0.4843 0.309 0.396 0.000 0.000 0.604
#> GSM30046 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30047 4 0.1488 0.858 0.032 0.012 0.000 0.956
#> GSM30048 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30050 4 0.1488 0.858 0.032 0.012 0.000 0.956
#> GSM30051 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30052 1 0.0817 0.842 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30053 2 0.3280 0.819 0.000 0.860 0.124 0.016
#> GSM30054 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30055 2 0.0592 0.886 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30056 2 0.0779 0.887 0.000 0.980 0.004 0.016
#> GSM30057 3 0.0188 0.959 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30058 3 0.1807 0.928 0.000 0.052 0.940 0.008
#> GSM30059 4 0.1940 0.856 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM30060 2 0.0657 0.883 0.000 0.984 0.004 0.012
#> GSM30061 4 0.4839 0.742 0.052 0.184 0.000 0.764
#> GSM30062 4 0.1938 0.862 0.052 0.012 0.000 0.936
#> GSM30063 2 0.1389 0.883 0.000 0.952 0.000 0.048
#> GSM30064 1 0.1792 0.822 0.932 0.000 0.000 0.068
#> GSM30065 2 0.0336 0.885 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30066 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30067 1 0.4746 0.509 0.632 0.000 0.000 0.368
#> GSM30068 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30069 2 0.4399 0.716 0.000 0.760 0.224 0.016
#> GSM30070 2 0.1356 0.879 0.000 0.960 0.032 0.008
#> GSM30071 2 0.0469 0.887 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30072 4 0.2081 0.854 0.084 0.000 0.000 0.916
#> GSM30073 2 0.2216 0.866 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30074 2 0.0376 0.885 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM30075 2 0.1792 0.873 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM30076 4 0.1743 0.862 0.056 0.004 0.000 0.940
#> GSM30077 1 0.4817 0.467 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM30078 1 0.4817 0.467 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM30079 1 0.0707 0.843 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM30080 2 0.4663 0.623 0.012 0.716 0.000 0.272
#> GSM30081 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30086 4 0.4621 0.559 0.008 0.284 0.000 0.708
#> GSM30087 1 0.0921 0.841 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30088 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.4313 0.657 0.004 0.736 0.000 0.260
#> GSM30090 2 0.5110 0.559 0.000 0.656 0.328 0.016
#> GSM30091 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30092 4 0.4070 0.797 0.044 0.132 0.000 0.824
#> GSM30093 2 0.0707 0.886 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30094 3 0.4012 0.769 0.000 0.184 0.800 0.016
#> GSM30095 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30096 1 0.4564 0.565 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM30097 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0469 0.884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30100 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30101 3 0.0895 0.950 0.000 0.020 0.976 0.004
#> GSM30102 2 0.0592 0.886 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30103 2 0.4643 0.520 0.000 0.656 0.000 0.344
#> GSM30104 4 0.5720 0.541 0.052 0.296 0.000 0.652
#> GSM30105 1 0.0817 0.842 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30106 1 0.4804 0.483 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM30107 4 0.1637 0.861 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM30108 2 0.0188 0.885 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30109 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.3123 0.765 0.844 0.000 0.000 0.156
#> GSM30111 4 0.1637 0.860 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM30112 4 0.2706 0.824 0.020 0.080 0.000 0.900
#> GSM30113 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30114 2 0.0188 0.885 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30115 4 0.2266 0.856 0.084 0.004 0.000 0.912
#> GSM30116 3 0.4012 0.769 0.000 0.184 0.800 0.016
#> GSM30117 2 0.3074 0.810 0.000 0.848 0.000 0.152
#> GSM30118 2 0.0469 0.884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30119 3 0.1807 0.928 0.000 0.052 0.940 0.008
#> GSM30120 4 0.3354 0.832 0.044 0.084 0.000 0.872
#> GSM30121 1 0.4522 0.589 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM30122 4 0.2589 0.833 0.116 0.000 0.000 0.884
#> GSM30123 2 0.0469 0.884 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30177 2 0.0707 0.886 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30178 4 0.1398 0.859 0.040 0.004 0.000 0.956
#> GSM30179 4 0.4999 -0.127 0.492 0.000 0.000 0.508
#> GSM30180 4 0.1940 0.857 0.076 0.000 0.000 0.924
#> GSM30181 2 0.1716 0.874 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM30182 1 0.3649 0.727 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM30183 1 0.3649 0.727 0.796 0.000 0.000 0.204
#> GSM30184 2 0.5110 0.559 0.000 0.656 0.328 0.016
#> GSM30185 2 0.1211 0.883 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM30186 2 0.0707 0.886 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30187 1 0.4877 0.423 0.592 0.000 0.000 0.408
#> GSM30188 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.4866 0.432 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM30190 3 0.4012 0.769 0.000 0.184 0.800 0.016
#> GSM30191 2 0.4122 0.709 0.004 0.760 0.000 0.236
#> GSM30192 2 0.0817 0.886 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM30193 1 0.5000 0.132 0.500 0.000 0.000 0.500
#> GSM30194 3 0.0336 0.960 0.000 0.000 0.992 0.008
#> GSM30195 4 0.2742 0.835 0.024 0.076 0.000 0.900
#> GSM30196 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.4790 0.484 0.620 0.000 0.000 0.380
#> GSM30198 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0592 0.885 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30200 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.2345 0.845 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM30203 4 0.2647 0.831 0.120 0.000 0.000 0.880
#> GSM30204 1 0.4830 0.460 0.608 0.000 0.000 0.392
#> GSM30205 2 0.0469 0.886 0.000 0.988 0.000 0.012
#> GSM30206 1 0.0707 0.843 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM30207 4 0.3444 0.763 0.184 0.000 0.000 0.816
#> GSM30208 1 0.1022 0.840 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM30209 2 0.1022 0.884 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM30210 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0469 0.844 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30213 4 0.2345 0.845 0.100 0.000 0.000 0.900
#> GSM30214 4 0.1716 0.860 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM30215 1 0.4981 0.245 0.536 0.000 0.000 0.464
#> GSM30216 1 0.3907 0.699 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM30217 4 0.2868 0.813 0.136 0.000 0.000 0.864
#> GSM30218 2 0.1792 0.873 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM30219 2 0.5130 0.551 0.000 0.652 0.332 0.016
#> GSM30220 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.4941 0.349 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30222 4 0.2565 0.853 0.056 0.032 0.000 0.912
#> GSM30223 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0336 0.844 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30226 2 0.1792 0.875 0.000 0.932 0.000 0.068
#> GSM30227 1 0.0000 0.844 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.3547 0.803 0.000 0.840 0.144 0.016
#> GSM30229 4 0.2943 0.835 0.032 0.076 0.000 0.892
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.4142 0.7178 0.000 0.308 0.004 0.004 0.684
#> GSM30007 4 0.4558 0.4276 0.324 0.000 0.000 0.652 0.024
#> GSM30008 1 0.3621 0.7156 0.788 0.000 0.000 0.192 0.020
#> GSM30009 1 0.3621 0.7156 0.788 0.000 0.000 0.192 0.020
#> GSM30010 3 0.0609 0.8960 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30011 5 0.4286 0.6915 0.000 0.340 0.004 0.004 0.652
#> GSM30012 5 0.4218 0.7103 0.000 0.324 0.004 0.004 0.668
#> GSM30013 4 0.2629 0.7631 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> GSM30014 3 0.1608 0.8825 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM30015 1 0.4867 0.3024 0.544 0.000 0.000 0.432 0.024
#> GSM30016 2 0.2513 0.6870 0.000 0.876 0.000 0.008 0.116
#> GSM30017 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30018 1 0.0955 0.8338 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM30019 3 0.2127 0.8675 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> GSM30020 4 0.4682 0.3463 0.356 0.000 0.000 0.620 0.024
#> GSM30021 5 0.4264 0.6401 0.000 0.376 0.000 0.004 0.620
#> GSM30022 1 0.0912 0.8379 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> GSM30023 4 0.1059 0.8385 0.008 0.020 0.000 0.968 0.004
#> GSM30024 5 0.3847 0.7065 0.000 0.180 0.036 0.000 0.784
#> GSM30025 4 0.2917 0.7922 0.012 0.108 0.000 0.868 0.012
#> GSM30026 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30027 2 0.4054 0.5176 0.000 0.732 0.000 0.248 0.020
#> GSM30028 4 0.1059 0.8385 0.008 0.020 0.000 0.968 0.004
#> GSM30029 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30030 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30031 1 0.0865 0.8344 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM30032 2 0.3595 0.6190 0.000 0.816 0.000 0.044 0.140
#> GSM30033 2 0.3837 0.4534 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> GSM30034 1 0.1041 0.8328 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> GSM30035 2 0.2329 0.6901 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM30036 4 0.0960 0.8396 0.008 0.016 0.000 0.972 0.004
#> GSM30037 2 0.4080 0.5137 0.000 0.728 0.000 0.252 0.020
#> GSM30038 2 0.3013 0.6572 0.000 0.832 0.000 0.008 0.160
#> GSM30039 5 0.4218 0.7103 0.000 0.324 0.004 0.004 0.668
#> GSM30040 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 5 0.4591 0.6605 0.000 0.120 0.132 0.000 0.748
#> GSM30042 3 0.3534 0.7740 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30043 3 0.0290 0.8977 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30044 1 0.0162 0.8380 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30045 4 0.4639 0.4036 0.344 0.000 0.000 0.632 0.024
#> GSM30046 1 0.0290 0.8383 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> GSM30047 4 0.1059 0.8385 0.008 0.020 0.000 0.968 0.004
#> GSM30048 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30049 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.1059 0.8385 0.008 0.020 0.000 0.968 0.004
#> GSM30051 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0865 0.8344 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> GSM30053 5 0.4218 0.7103 0.000 0.324 0.004 0.004 0.668
#> GSM30054 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.2377 0.6890 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM30056 2 0.3561 0.5073 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM30057 3 0.1608 0.8825 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> GSM30058 3 0.3534 0.7740 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30059 4 0.1043 0.8420 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM30060 5 0.4287 0.4358 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM30061 4 0.3848 0.7004 0.012 0.196 0.000 0.780 0.012
#> GSM30062 4 0.0912 0.8411 0.012 0.016 0.000 0.972 0.000
#> GSM30063 2 0.4562 0.4658 0.000 0.676 0.000 0.032 0.292
#> GSM30064 1 0.1942 0.8109 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012
#> GSM30065 2 0.3550 0.5825 0.000 0.760 0.000 0.004 0.236
#> GSM30066 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30067 1 0.4779 0.4207 0.588 0.000 0.000 0.388 0.024
#> GSM30068 3 0.0609 0.8960 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30069 5 0.3847 0.7065 0.000 0.180 0.036 0.000 0.784
#> GSM30070 2 0.3884 0.5130 0.000 0.708 0.000 0.004 0.288
#> GSM30071 2 0.1892 0.6964 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> GSM30072 4 0.1121 0.8422 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> GSM30073 2 0.3595 0.6190 0.000 0.816 0.000 0.044 0.140
#> GSM30074 2 0.3741 0.4807 0.000 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM30075 2 0.2723 0.6486 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> GSM30076 4 0.1153 0.8453 0.024 0.008 0.000 0.964 0.004
#> GSM30077 1 0.4833 0.3644 0.564 0.000 0.000 0.412 0.024
#> GSM30078 1 0.4833 0.3644 0.564 0.000 0.000 0.412 0.024
#> GSM30079 1 0.0771 0.8357 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> GSM30080 2 0.5018 0.4809 0.000 0.664 0.000 0.268 0.068
#> GSM30081 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 4 0.4687 0.4810 0.000 0.288 0.000 0.672 0.040
#> GSM30087 1 0.1082 0.8329 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> GSM30088 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30089 2 0.3999 0.5238 0.000 0.740 0.000 0.240 0.020
#> GSM30090 5 0.4591 0.6605 0.000 0.120 0.132 0.000 0.748
#> GSM30091 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.3300 0.7652 0.012 0.140 0.000 0.836 0.012
#> GSM30093 2 0.2377 0.6881 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM30094 3 0.4310 0.6008 0.000 0.004 0.604 0.000 0.392
#> GSM30095 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30096 1 0.4654 0.4880 0.628 0.000 0.000 0.348 0.024
#> GSM30097 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30098 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30099 5 0.4302 0.3805 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM30100 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30101 3 0.3210 0.8068 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM30102 2 0.2280 0.6915 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> GSM30103 2 0.4484 0.4424 0.000 0.668 0.000 0.308 0.024
#> GSM30104 4 0.4607 0.5058 0.012 0.312 0.000 0.664 0.012
#> GSM30105 1 0.0955 0.8338 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> GSM30106 1 0.4930 0.4047 0.580 0.000 0.000 0.388 0.032
#> GSM30107 4 0.0992 0.8455 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> GSM30108 2 0.3741 0.4879 0.000 0.732 0.000 0.004 0.264
#> GSM30109 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30110 1 0.3359 0.7368 0.816 0.000 0.000 0.164 0.020
#> GSM30111 4 0.0703 0.8436 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30112 4 0.2376 0.8012 0.000 0.044 0.000 0.904 0.052
#> GSM30113 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 2 0.2488 0.6794 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124
#> GSM30115 4 0.1408 0.8440 0.044 0.008 0.000 0.948 0.000
#> GSM30116 3 0.4310 0.6008 0.000 0.004 0.604 0.000 0.392
#> GSM30117 2 0.2915 0.6444 0.000 0.860 0.000 0.116 0.024
#> GSM30118 5 0.4287 0.4300 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> GSM30119 3 0.3534 0.7740 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> GSM30120 4 0.2470 0.7987 0.012 0.104 0.000 0.884 0.000
#> GSM30121 1 0.4624 0.5154 0.636 0.000 0.000 0.340 0.024
#> GSM30122 4 0.1894 0.8269 0.072 0.000 0.000 0.920 0.008
#> GSM30123 5 0.4302 0.3805 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> GSM30177 2 0.2329 0.6901 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> GSM30178 4 0.0854 0.8402 0.008 0.012 0.000 0.976 0.004
#> GSM30179 4 0.4878 0.0424 0.440 0.000 0.000 0.536 0.024
#> GSM30180 4 0.1043 0.8426 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM30181 2 0.2674 0.6539 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> GSM30182 1 0.3877 0.6908 0.764 0.000 0.000 0.212 0.024
#> GSM30183 1 0.3909 0.6857 0.760 0.000 0.000 0.216 0.024
#> GSM30184 5 0.4591 0.6605 0.000 0.120 0.132 0.000 0.748
#> GSM30185 2 0.0992 0.6966 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30186 2 0.2377 0.6881 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> GSM30187 1 0.4867 0.3111 0.544 0.000 0.000 0.432 0.024
#> GSM30188 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30189 1 0.4861 0.3218 0.548 0.000 0.000 0.428 0.024
#> GSM30190 3 0.4310 0.6008 0.000 0.004 0.604 0.000 0.392
#> GSM30191 2 0.3630 0.5634 0.000 0.780 0.000 0.204 0.016
#> GSM30192 2 0.2230 0.6968 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM30193 4 0.4735 -0.0433 0.460 0.000 0.000 0.524 0.016
#> GSM30194 3 0.0000 0.8982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30195 4 0.2295 0.8063 0.004 0.088 0.000 0.900 0.008
#> GSM30196 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30197 1 0.4817 0.3835 0.572 0.000 0.000 0.404 0.024
#> GSM30198 1 0.0404 0.8382 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM30199 2 0.4249 -0.1000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> GSM30200 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30201 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30202 4 0.1638 0.8341 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> GSM30203 4 0.1851 0.8198 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> GSM30204 1 0.4833 0.3636 0.564 0.000 0.000 0.412 0.024
#> GSM30205 2 0.3586 0.5029 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> GSM30206 1 0.1211 0.8341 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016
#> GSM30207 4 0.2971 0.7550 0.156 0.000 0.000 0.836 0.008
#> GSM30208 1 0.1124 0.8319 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> GSM30209 2 0.1851 0.6996 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> GSM30210 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30211 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30212 1 0.0566 0.8369 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> GSM30213 4 0.1628 0.8354 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008
#> GSM30214 4 0.0794 0.8450 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> GSM30215 4 0.4906 -0.1059 0.480 0.000 0.000 0.496 0.024
#> GSM30216 1 0.4141 0.6497 0.728 0.000 0.000 0.248 0.024
#> GSM30217 4 0.2351 0.8109 0.088 0.000 0.000 0.896 0.016
#> GSM30218 2 0.2723 0.6486 0.000 0.864 0.000 0.012 0.124
#> GSM30219 5 0.4588 0.6559 0.000 0.116 0.136 0.000 0.748
#> GSM30220 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30221 1 0.4897 0.2247 0.516 0.000 0.000 0.460 0.024
#> GSM30222 4 0.2523 0.8337 0.028 0.024 0.000 0.908 0.040
#> GSM30223 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30224 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30225 1 0.0693 0.8388 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> GSM30226 2 0.2331 0.6780 0.000 0.900 0.000 0.020 0.080
#> GSM30227 1 0.0609 0.8381 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30228 5 0.4122 0.7186 0.000 0.304 0.004 0.004 0.688
#> GSM30229 4 0.2570 0.7960 0.000 0.084 0.000 0.888 0.028
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.3886 0.6958 0.000 0.264 0.708 0.000 0.000 0.028
#> GSM30007 1 0.3398 0.2537 0.740 0.000 0.000 0.252 0.000 0.008
#> GSM30008 1 0.3109 0.4538 0.772 0.000 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM30009 1 0.3109 0.4538 0.772 0.000 0.000 0.224 0.000 0.004
#> GSM30010 5 0.0547 0.8851 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM30011 3 0.4101 0.6555 0.000 0.308 0.664 0.000 0.000 0.028
#> GSM30012 3 0.4060 0.6860 0.000 0.284 0.684 0.000 0.000 0.032
#> GSM30013 4 0.7223 -0.3570 0.232 0.100 0.000 0.384 0.000 0.284
#> GSM30014 5 0.1714 0.8654 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM30015 1 0.2311 0.5104 0.880 0.000 0.000 0.104 0.000 0.016
#> GSM30016 2 0.2936 0.6659 0.000 0.856 0.060 0.004 0.000 0.080
#> GSM30017 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.4062 0.2523 0.552 0.000 0.000 0.440 0.000 0.008
#> GSM30019 5 0.2135 0.8493 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> GSM30020 1 0.3712 0.3455 0.768 0.000 0.000 0.180 0.000 0.052
#> GSM30021 3 0.4319 0.6108 0.000 0.348 0.620 0.000 0.000 0.032
#> GSM30022 4 0.3838 -0.1041 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.6311 -0.2398 0.280 0.012 0.000 0.424 0.000 0.284
#> GSM30024 3 0.3196 0.7081 0.000 0.156 0.816 0.000 0.020 0.008
#> GSM30025 4 0.7289 -0.3571 0.264 0.072 0.008 0.368 0.000 0.288
#> GSM30026 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.5544 0.4294 0.068 0.672 0.008 0.172 0.000 0.080
#> GSM30028 4 0.6311 -0.2398 0.280 0.012 0.000 0.424 0.000 0.284
#> GSM30029 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30030 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.4051 0.2621 0.560 0.000 0.000 0.432 0.000 0.008
#> GSM30032 6 0.4976 -0.2200 0.000 0.400 0.060 0.004 0.000 0.536
#> GSM30033 2 0.3541 0.4975 0.000 0.728 0.260 0.000 0.000 0.012
#> GSM30034 1 0.4057 0.2563 0.556 0.000 0.000 0.436 0.000 0.008
#> GSM30035 2 0.2122 0.6725 0.000 0.900 0.076 0.000 0.000 0.024
#> GSM30036 4 0.6245 -0.2349 0.288 0.008 0.000 0.420 0.000 0.284
#> GSM30037 2 0.5591 0.4233 0.068 0.668 0.008 0.172 0.000 0.084
#> GSM30038 2 0.3347 0.6433 0.000 0.824 0.104 0.004 0.000 0.068
#> GSM30039 3 0.4060 0.6860 0.000 0.284 0.684 0.000 0.000 0.032
#> GSM30040 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 3 0.3759 0.6691 0.000 0.084 0.796 0.000 0.112 0.008
#> GSM30042 5 0.3490 0.7528 0.000 0.000 0.268 0.000 0.724 0.008
#> GSM30043 5 0.0363 0.8862 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30044 4 0.4096 -0.1729 0.484 0.000 0.000 0.508 0.000 0.008
#> GSM30045 1 0.4118 0.2619 0.628 0.000 0.000 0.352 0.000 0.020
#> GSM30046 4 0.4095 -0.1656 0.480 0.000 0.000 0.512 0.000 0.008
#> GSM30047 4 0.6311 -0.2398 0.280 0.012 0.000 0.424 0.000 0.284
#> GSM30048 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30049 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.6311 -0.2398 0.280 0.012 0.000 0.424 0.000 0.284
#> GSM30051 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.4051 0.2621 0.560 0.000 0.000 0.432 0.000 0.008
#> GSM30053 3 0.4060 0.6860 0.000 0.284 0.684 0.000 0.000 0.032
#> GSM30054 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.2255 0.6782 0.000 0.892 0.080 0.000 0.000 0.028
#> GSM30056 2 0.3645 0.4577 0.000 0.740 0.236 0.000 0.000 0.024
#> GSM30057 5 0.1714 0.8654 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> GSM30058 5 0.3490 0.7528 0.000 0.000 0.268 0.000 0.724 0.008
#> GSM30059 4 0.6007 -0.1964 0.356 0.000 0.000 0.404 0.000 0.240
#> GSM30060 3 0.5117 0.5450 0.000 0.288 0.596 0.000 0.000 0.116
#> GSM30061 4 0.7779 -0.4082 0.252 0.156 0.008 0.308 0.000 0.276
#> GSM30062 4 0.6305 -0.2304 0.300 0.012 0.000 0.424 0.000 0.264
#> GSM30063 6 0.5991 -0.3196 0.000 0.260 0.256 0.004 0.000 0.480
#> GSM30064 1 0.3934 0.3206 0.616 0.000 0.000 0.376 0.000 0.008
#> GSM30065 2 0.3385 0.5826 0.000 0.788 0.180 0.000 0.000 0.032
#> GSM30066 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.1958 0.5238 0.896 0.000 0.000 0.100 0.000 0.004
#> GSM30068 5 0.0547 0.8851 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> GSM30069 3 0.3196 0.7081 0.000 0.156 0.816 0.000 0.020 0.008
#> GSM30070 2 0.3541 0.5286 0.000 0.748 0.232 0.000 0.000 0.020
#> GSM30071 2 0.2747 0.6679 0.000 0.860 0.044 0.000 0.000 0.096
#> GSM30072 4 0.6029 -0.1999 0.356 0.000 0.000 0.396 0.000 0.248
#> GSM30073 6 0.4976 -0.2200 0.000 0.400 0.060 0.004 0.000 0.536
#> GSM30074 2 0.4301 0.4145 0.000 0.696 0.240 0.000 0.000 0.064
#> GSM30075 6 0.5392 -0.2549 0.000 0.440 0.112 0.000 0.000 0.448
#> GSM30076 4 0.6061 -0.2221 0.308 0.000 0.000 0.408 0.000 0.284
#> GSM30077 1 0.0622 0.5204 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM30078 1 0.0622 0.5204 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> GSM30079 1 0.4072 0.2381 0.544 0.000 0.000 0.448 0.000 0.008
#> GSM30080 2 0.6217 0.4086 0.096 0.636 0.040 0.164 0.000 0.064
#> GSM30081 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 6 0.7640 0.3318 0.128 0.236 0.012 0.244 0.000 0.380
#> GSM30087 1 0.4062 0.2539 0.552 0.000 0.000 0.440 0.000 0.008
#> GSM30088 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.5434 0.4418 0.068 0.684 0.008 0.164 0.000 0.076
#> GSM30090 3 0.3759 0.6691 0.000 0.084 0.796 0.000 0.112 0.008
#> GSM30091 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 6 0.7577 0.3001 0.248 0.112 0.008 0.312 0.000 0.320
#> GSM30093 2 0.2176 0.6706 0.000 0.896 0.080 0.000 0.000 0.024
#> GSM30094 5 0.4010 0.5751 0.000 0.000 0.408 0.000 0.584 0.008
#> GSM30095 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.3566 0.4990 0.752 0.000 0.000 0.224 0.000 0.024
#> GSM30097 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30098 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30099 3 0.5192 0.5161 0.000 0.308 0.576 0.000 0.000 0.116
#> GSM30100 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 5 0.3217 0.7863 0.000 0.000 0.224 0.000 0.768 0.008
#> GSM30102 2 0.2009 0.6757 0.000 0.908 0.068 0.000 0.000 0.024
#> GSM30103 2 0.6344 0.2751 0.052 0.568 0.008 0.164 0.000 0.208
#> GSM30104 4 0.7865 -0.4445 0.228 0.268 0.008 0.300 0.000 0.196
#> GSM30105 1 0.4062 0.2523 0.552 0.000 0.000 0.440 0.000 0.008
#> GSM30106 1 0.2613 0.5151 0.848 0.000 0.000 0.140 0.000 0.012
#> GSM30107 4 0.6078 -0.2384 0.336 0.000 0.000 0.388 0.000 0.276
#> GSM30108 2 0.4198 0.4319 0.000 0.708 0.232 0.000 0.000 0.060
#> GSM30109 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.3349 0.4367 0.748 0.000 0.000 0.244 0.000 0.008
#> GSM30111 4 0.6006 -0.2067 0.332 0.000 0.000 0.420 0.000 0.248
#> GSM30112 6 0.6240 0.3396 0.156 0.004 0.028 0.304 0.000 0.508
#> GSM30113 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.2965 0.6519 0.000 0.848 0.080 0.000 0.000 0.072
#> GSM30115 4 0.6183 -0.2081 0.332 0.004 0.000 0.396 0.000 0.268
#> GSM30116 5 0.4010 0.5751 0.000 0.000 0.408 0.000 0.584 0.008
#> GSM30117 2 0.4091 0.5956 0.012 0.736 0.012 0.016 0.000 0.224
#> GSM30118 3 0.5153 0.5418 0.000 0.288 0.592 0.000 0.000 0.120
#> GSM30119 5 0.3490 0.7528 0.000 0.000 0.268 0.000 0.724 0.008
#> GSM30120 4 0.7081 -0.3097 0.292 0.096 0.000 0.416 0.000 0.196
#> GSM30121 1 0.2553 0.5189 0.848 0.000 0.000 0.144 0.000 0.008
#> GSM30122 1 0.5624 -0.2354 0.456 0.000 0.000 0.396 0.000 0.148
#> GSM30123 3 0.5192 0.5161 0.000 0.308 0.576 0.000 0.000 0.116
#> GSM30177 2 0.2122 0.6725 0.000 0.900 0.076 0.000 0.000 0.024
#> GSM30178 4 0.6158 -0.2326 0.292 0.004 0.000 0.420 0.000 0.284
#> GSM30179 1 0.2888 0.4474 0.852 0.000 0.000 0.092 0.000 0.056
#> GSM30180 4 0.5995 -0.1984 0.356 0.000 0.000 0.408 0.000 0.236
#> GSM30181 2 0.5380 0.2296 0.000 0.500 0.116 0.000 0.000 0.384
#> GSM30182 1 0.2915 0.4752 0.808 0.000 0.000 0.184 0.000 0.008
#> GSM30183 1 0.2882 0.4781 0.812 0.000 0.000 0.180 0.000 0.008
#> GSM30184 3 0.3759 0.6691 0.000 0.084 0.796 0.000 0.112 0.008
#> GSM30185 2 0.2531 0.6614 0.000 0.856 0.012 0.000 0.000 0.132
#> GSM30186 2 0.2176 0.6706 0.000 0.896 0.080 0.000 0.000 0.024
#> GSM30187 1 0.1088 0.5145 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> GSM30188 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0993 0.5147 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012
#> GSM30190 5 0.4010 0.5751 0.000 0.000 0.408 0.000 0.584 0.008
#> GSM30191 2 0.5124 0.5055 0.036 0.672 0.012 0.044 0.000 0.236
#> GSM30192 2 0.1890 0.6816 0.000 0.916 0.060 0.000 0.000 0.024
#> GSM30193 1 0.3139 0.4158 0.812 0.000 0.000 0.028 0.000 0.160
#> GSM30194 5 0.0000 0.8870 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 6 0.7091 0.2918 0.244 0.076 0.000 0.308 0.000 0.372
#> GSM30196 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0806 0.5226 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> GSM30198 4 0.3838 -0.1003 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000
#> GSM30199 3 0.5445 0.2698 0.000 0.416 0.464 0.000 0.000 0.120
#> GSM30200 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30201 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.5945 -0.1999 0.388 0.000 0.000 0.396 0.000 0.216
#> GSM30203 1 0.5995 -0.2695 0.408 0.000 0.000 0.356 0.000 0.236
#> GSM30204 1 0.2402 0.5152 0.856 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004
#> GSM30205 2 0.3483 0.4538 0.000 0.748 0.236 0.000 0.000 0.016
#> GSM30206 1 0.3991 0.2040 0.524 0.000 0.000 0.472 0.000 0.004
#> GSM30207 1 0.5877 -0.1724 0.428 0.000 0.000 0.372 0.000 0.200
#> GSM30208 1 0.4057 0.2662 0.556 0.000 0.000 0.436 0.000 0.008
#> GSM30209 2 0.2136 0.6807 0.000 0.904 0.048 0.000 0.000 0.048
#> GSM30210 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.4093 0.1934 0.516 0.000 0.000 0.476 0.000 0.008
#> GSM30213 1 0.5722 -0.2624 0.432 0.000 0.000 0.404 0.000 0.164
#> GSM30214 4 0.5979 -0.2051 0.352 0.000 0.000 0.416 0.000 0.232
#> GSM30215 1 0.2882 0.4580 0.812 0.000 0.000 0.180 0.000 0.008
#> GSM30216 1 0.2743 0.4922 0.828 0.000 0.000 0.164 0.000 0.008
#> GSM30217 1 0.5330 -0.1966 0.496 0.000 0.000 0.396 0.000 0.108
#> GSM30218 2 0.5423 0.1436 0.000 0.444 0.116 0.000 0.000 0.440
#> GSM30219 3 0.3752 0.6649 0.000 0.080 0.796 0.000 0.116 0.008
#> GSM30220 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.1563 0.4959 0.932 0.000 0.000 0.056 0.000 0.012
#> GSM30222 6 0.6454 0.2445 0.304 0.008 0.004 0.336 0.000 0.348
#> GSM30223 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30224 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30225 4 0.3857 -0.1388 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.4476 0.5371 0.000 0.664 0.064 0.000 0.000 0.272
#> GSM30227 4 0.3810 -0.0686 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> GSM30228 3 0.3789 0.6978 0.000 0.260 0.716 0.000 0.000 0.024
#> GSM30229 4 0.7088 -0.3598 0.248 0.052 0.008 0.376 0.000 0.316
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> ATC:hclust 166 0.0987 2
#> ATC:hclust 165 0.1962 3
#> ATC:hclust 152 0.3913 4
#> ATC:hclust 138 0.2105 5
#> ATC:hclust 69 0.7648 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.986 0.994 0.4904 0.510 0.510
#> 3 3 0.948 0.957 0.982 0.2423 0.798 0.636
#> 4 4 0.947 0.911 0.963 0.2115 0.806 0.543
#> 5 5 0.775 0.750 0.840 0.0721 0.845 0.505
#> 6 6 0.787 0.720 0.832 0.0442 0.890 0.549
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30013 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30014 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30021 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30025 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30027 2 0.9661 0.345 0.392 0.608
#> GSM30028 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30036 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30037 1 0.4815 0.883 0.896 0.104
#> GSM30038 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30061 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30062 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30066 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30073 1 0.7139 0.759 0.804 0.196
#> GSM30074 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30075 2 0.0938 0.983 0.012 0.988
#> GSM30076 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30081 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30087 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30089 1 0.7139 0.759 0.804 0.196
#> GSM30090 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30103 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> GSM30104 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30115 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30116 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30117 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> GSM30118 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30120 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30178 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.0938 0.983 0.012 0.988
#> GSM30182 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30185 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30186 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30191 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30192 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> GSM30193 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> GSM30210 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> GSM30219 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30229 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30013 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30014 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30021 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.3941 0.811 0.844 0.156 0.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30025 2 0.4750 0.683 0.216 0.784 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30028 1 0.2959 0.874 0.900 0.100 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30036 1 0.3752 0.825 0.856 0.144 0.000
#> GSM30037 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30038 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30040 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.5678 0.543 0.000 0.684 0.316
#> GSM30042 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30043 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0237 0.971 0.996 0.004 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.5733 0.551 0.676 0.324 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> GSM30054 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30057 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30058 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30060 2 0.0237 0.974 0.000 0.996 0.004
#> GSM30061 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30062 1 0.3941 0.811 0.844 0.156 0.000
#> GSM30063 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30066 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30068 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.4235 0.783 0.000 0.824 0.176
#> GSM30070 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30071 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30072 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30073 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30074 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30075 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30076 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30081 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30087 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30090 2 0.0747 0.963 0.000 0.984 0.016
#> GSM30091 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.3941 0.811 0.844 0.156 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30095 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30101 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30103 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30104 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30112 1 0.5733 0.535 0.676 0.324 0.000
#> GSM30113 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30115 1 0.4555 0.756 0.800 0.200 0.000
#> GSM30116 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30118 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30119 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30120 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30178 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30182 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.4235 0.783 0.000 0.824 0.176
#> GSM30185 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30186 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30190 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30192 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30193 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30194 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.5431 0.617 0.716 0.284 0.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30210 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30219 2 0.0747 0.963 0.000 0.984 0.016
#> GSM30220 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0237 0.971 0.996 0.004 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.975 1.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.977 0.000 1.000 0.000
#> GSM30229 2 0.5098 0.631 0.248 0.752 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30007 4 0.1637 0.8770 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM30008 1 0.3907 0.7129 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM30009 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30013 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30014 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30015 4 0.1716 0.8741 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM30016 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30020 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30021 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30025 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.1557 0.9289 0.000 0.944 0.000 0.056
#> GSM30028 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0188 0.9707 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30033 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30037 4 0.5000 -0.0556 0.000 0.500 0.000 0.500
#> GSM30038 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30040 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30042 3 0.1211 0.9638 0.000 0.040 0.960 0.000
#> GSM30043 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30045 4 0.1637 0.8770 0.060 0.000 0.000 0.940
#> GSM30046 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30047 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30058 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30059 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30060 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30061 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30062 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30063 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30066 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 4 0.4972 0.1343 0.456 0.000 0.000 0.544
#> GSM30068 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30071 2 0.1211 0.9435 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM30072 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30073 4 0.4356 0.5447 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM30074 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30075 2 0.1637 0.9293 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30076 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30077 4 0.4564 0.4933 0.328 0.000 0.000 0.672
#> GSM30078 4 0.2216 0.8496 0.092 0.000 0.000 0.908
#> GSM30079 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.1211 0.9435 0.000 0.960 0.000 0.040
#> GSM30081 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 4 0.4356 0.5591 0.000 0.292 0.000 0.708
#> GSM30087 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30089 4 0.4830 0.3139 0.000 0.392 0.000 0.608
#> GSM30090 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0921 0.9733 0.000 0.028 0.972 0.000
#> GSM30095 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.4250 0.6385 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM30097 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30103 2 0.4605 0.5159 0.000 0.664 0.000 0.336
#> GSM30104 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.4304 0.5813 0.284 0.000 0.000 0.716
#> GSM30107 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30111 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30112 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30115 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30116 3 0.1118 0.9669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> GSM30117 2 0.4564 0.5333 0.000 0.672 0.000 0.328
#> GSM30118 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30119 3 0.1389 0.9562 0.000 0.048 0.952 0.000
#> GSM30120 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30122 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30179 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30180 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30181 2 0.1637 0.9293 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30182 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.3486 0.7763 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM30184 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30185 2 0.0817 0.9575 0.000 0.976 0.000 0.024
#> GSM30186 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30187 4 0.1716 0.8741 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM30188 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.3311 0.7953 0.828 0.000 0.000 0.172
#> GSM30190 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30191 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30192 2 0.1637 0.9293 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30193 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.9934 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.3486 0.7756 0.812 0.000 0.000 0.188
#> GSM30198 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30203 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30204 1 0.3688 0.7485 0.792 0.000 0.000 0.208
#> GSM30205 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30207 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.1637 0.9293 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30210 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30214 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30215 1 0.4250 0.6385 0.724 0.000 0.000 0.276
#> GSM30216 4 0.4661 0.4482 0.348 0.000 0.000 0.652
#> GSM30217 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30218 2 0.1637 0.9293 0.000 0.940 0.000 0.060
#> GSM30219 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.1716 0.8741 0.064 0.000 0.000 0.936
#> GSM30222 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.9605 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.9732 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.0000 0.9187 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30007 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30008 4 0.2732 0.6812 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM30009 1 0.3774 0.6777 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30011 5 0.1608 0.8118 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> GSM30012 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.3074 0.5179 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM30014 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30015 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.3999 0.5874 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> GSM30017 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.1732 0.9292 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM30020 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30021 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.4030 0.6311 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM30024 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30025 2 0.3074 0.5153 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.1894 0.7155 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> GSM30028 4 0.3966 0.6476 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.3707 0.6958 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> GSM30032 2 0.2648 0.7000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM30033 5 0.3586 0.5812 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM30034 1 0.1544 0.8935 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> GSM30035 2 0.3876 0.6070 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM30036 4 0.4015 0.6358 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM30037 2 0.0404 0.7070 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> GSM30038 2 0.4192 0.4740 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> GSM30039 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30040 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30042 5 0.3730 0.4832 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> GSM30043 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30045 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30047 4 0.3895 0.6613 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.4088 0.6101 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.3684 0.7018 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> GSM30053 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.3876 0.6070 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM30056 5 0.2179 0.7940 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM30057 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30058 3 0.1908 0.9188 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30059 4 0.1965 0.7752 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM30060 5 0.0794 0.8301 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM30061 2 0.2179 0.6340 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM30062 4 0.4030 0.6311 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> GSM30063 5 0.3395 0.6418 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> GSM30064 4 0.3876 0.4067 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> GSM30065 2 0.4278 0.3411 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> GSM30066 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30067 4 0.0510 0.7912 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30068 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30069 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30070 5 0.0963 0.8285 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM30071 2 0.2513 0.7089 0.000 0.876 0.000 0.008 0.116
#> GSM30072 4 0.3857 0.6679 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM30073 2 0.1043 0.6977 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> GSM30074 5 0.2179 0.7863 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM30075 2 0.3774 0.6304 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM30076 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30077 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30078 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.2966 0.8093 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM30080 2 0.2136 0.7144 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> GSM30081 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.0000 0.7091 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30087 1 0.2966 0.8089 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.0703 0.7040 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> GSM30090 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.3999 0.6399 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> GSM30093 5 0.4138 0.2791 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM30094 5 0.3932 0.4105 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> GSM30095 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30096 4 0.2732 0.6816 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30099 5 0.2179 0.7940 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM30100 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30101 3 0.1671 0.9323 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> GSM30102 2 0.3895 0.6011 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> GSM30103 2 0.0000 0.7091 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30104 2 0.2179 0.6340 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> GSM30105 1 0.3109 0.7940 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> GSM30106 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30107 4 0.3480 0.7083 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> GSM30108 5 0.2424 0.7673 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> GSM30109 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.3661 0.7075 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> GSM30111 4 0.3876 0.6645 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> GSM30112 4 0.4294 0.4209 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 2 0.3109 0.6870 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> GSM30115 4 0.4015 0.6358 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> GSM30116 5 0.3816 0.4613 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> GSM30117 2 0.0000 0.7091 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30118 5 0.0794 0.8301 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> GSM30119 5 0.3366 0.5878 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> GSM30120 2 0.3074 0.5179 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> GSM30121 4 0.3913 0.3814 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> GSM30122 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30123 5 0.2179 0.7940 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> GSM30177 2 0.3876 0.6070 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM30178 4 0.3508 0.7059 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM30179 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30180 4 0.3857 0.6676 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> GSM30181 2 0.3774 0.6304 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM30182 4 0.4294 -0.1016 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> GSM30183 4 0.2648 0.6897 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM30184 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30185 2 0.3774 0.6304 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM30186 5 0.4138 0.2791 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> GSM30187 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30189 4 0.2929 0.6563 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> GSM30190 3 0.1908 0.9188 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30191 2 0.0963 0.6991 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM30192 2 0.3774 0.6304 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM30193 4 0.0404 0.7960 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.9826 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30195 4 0.4192 0.5505 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30197 4 0.3003 0.6454 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30199 5 0.4294 -0.0354 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> GSM30200 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.0880 0.7921 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> GSM30203 4 0.1965 0.7752 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> GSM30204 4 0.2966 0.6510 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> GSM30205 5 0.1851 0.8026 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> GSM30206 1 0.3395 0.7388 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> GSM30207 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.3210 0.7820 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> GSM30209 2 0.3774 0.6304 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> GSM30210 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30214 4 0.3508 0.7059 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> GSM30215 4 0.2648 0.6907 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> GSM30216 4 0.0404 0.7929 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30217 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.3707 0.6381 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> GSM30219 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30222 4 0.4060 0.6133 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.3876 0.6070 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> GSM30227 1 0.0000 0.9314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30228 5 0.0000 0.8372 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.4138 -0.0658 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.0146 0.84284 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.2704 0.58713 0.844 0.016 0.000 0.140 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.2164 0.72358 0.908 0.020 0.000 0.012 0.000 0.060
#> GSM30009 1 0.4679 0.40666 0.604 0.028 0.000 0.016 0.000 0.352
#> GSM30010 5 0.0547 0.94266 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM30011 3 0.2795 0.79059 0.000 0.100 0.856 0.044 0.000 0.000
#> GSM30012 3 0.1049 0.83836 0.000 0.008 0.960 0.032 0.000 0.000
#> GSM30013 4 0.3663 0.73380 0.068 0.148 0.000 0.784 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.0547 0.94266 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> GSM30015 1 0.0622 0.70529 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM30016 2 0.3792 0.77435 0.000 0.780 0.108 0.112 0.000 0.000
#> GSM30017 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30018 6 0.1053 0.92828 0.012 0.020 0.000 0.004 0.000 0.964
#> GSM30019 5 0.3792 0.81171 0.000 0.000 0.112 0.108 0.780 0.000
#> GSM30020 1 0.1297 0.68276 0.948 0.012 0.000 0.040 0.000 0.000
#> GSM30021 3 0.1461 0.83251 0.000 0.016 0.940 0.044 0.000 0.000
#> GSM30022 6 0.0291 0.94228 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> GSM30023 4 0.3394 0.81831 0.200 0.024 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM30024 3 0.0858 0.84137 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000 0.000
#> GSM30025 4 0.3695 0.72452 0.060 0.164 0.000 0.776 0.000 0.000
#> GSM30026 6 0.0603 0.94363 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> GSM30027 2 0.3512 0.71072 0.000 0.720 0.008 0.272 0.000 0.000
#> GSM30028 4 0.3394 0.81652 0.236 0.012 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM30029 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30030 6 0.0806 0.93355 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.972
#> GSM30031 1 0.4548 0.40456 0.604 0.024 0.000 0.012 0.000 0.360
#> GSM30032 2 0.2199 0.79809 0.000 0.892 0.020 0.088 0.000 0.000
#> GSM30033 2 0.3843 0.09458 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000 0.000
#> GSM30034 6 0.4776 -0.00835 0.448 0.028 0.000 0.012 0.000 0.512
#> GSM30035 2 0.1610 0.78294 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.3690 0.78315 0.288 0.012 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM30037 2 0.3351 0.69223 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM30038 2 0.4340 0.70668 0.000 0.712 0.200 0.088 0.000 0.000
#> GSM30039 3 0.0146 0.84284 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30040 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 3 0.1141 0.83405 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> GSM30042 3 0.3078 0.76415 0.000 0.000 0.836 0.108 0.056 0.000
#> GSM30043 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 6 0.0964 0.92962 0.004 0.016 0.000 0.012 0.000 0.968
#> GSM30045 1 0.0820 0.70849 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000 0.000
#> GSM30046 6 0.0000 0.94376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30047 4 0.3592 0.81451 0.240 0.020 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM30048 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30049 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.3409 0.81676 0.192 0.028 0.000 0.780 0.000 0.000
#> GSM30051 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.4691 0.39855 0.600 0.028 0.000 0.016 0.000 0.356
#> GSM30053 3 0.0363 0.84277 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> GSM30054 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.2912 0.79322 0.000 0.852 0.076 0.072 0.000 0.000
#> GSM30056 3 0.3221 0.69011 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.1204 0.92604 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30058 5 0.4474 0.72511 0.000 0.000 0.188 0.108 0.704 0.000
#> GSM30059 4 0.4331 0.47746 0.464 0.020 0.000 0.516 0.000 0.000
#> GSM30060 3 0.1913 0.82155 0.000 0.080 0.908 0.012 0.000 0.000
#> GSM30061 4 0.3738 0.66288 0.040 0.208 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM30062 4 0.3432 0.81922 0.216 0.020 0.000 0.764 0.000 0.000
#> GSM30063 3 0.4246 0.27688 0.000 0.452 0.532 0.016 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.2737 0.71165 0.868 0.024 0.000 0.012 0.000 0.096
#> GSM30065 2 0.4444 0.63540 0.000 0.676 0.256 0.068 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0806 0.71106 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM30068 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30069 3 0.0865 0.83926 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30070 3 0.3715 0.69510 0.000 0.188 0.764 0.048 0.000 0.000
#> GSM30071 2 0.3445 0.72650 0.000 0.732 0.008 0.260 0.000 0.000
#> GSM30072 4 0.3198 0.79841 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM30073 2 0.3916 0.63384 0.020 0.680 0.000 0.300 0.000 0.000
#> GSM30074 3 0.4142 0.63240 0.000 0.232 0.712 0.056 0.000 0.000
#> GSM30075 2 0.2506 0.79534 0.000 0.880 0.068 0.052 0.000 0.000
#> GSM30076 1 0.3668 0.12046 0.668 0.004 0.000 0.328 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0405 0.70825 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0508 0.70462 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.4740 0.26939 0.544 0.028 0.000 0.012 0.000 0.416
#> GSM30080 2 0.3445 0.72806 0.000 0.732 0.008 0.260 0.000 0.000
#> GSM30081 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 2 0.3868 0.24564 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> GSM30087 1 0.4637 0.28644 0.556 0.028 0.000 0.008 0.000 0.408
#> GSM30088 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30089 2 0.3446 0.66565 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> GSM30090 3 0.0865 0.83926 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30091 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.3314 0.81854 0.224 0.012 0.000 0.764 0.000 0.000
#> GSM30093 2 0.3672 0.36677 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.3078 0.76415 0.000 0.000 0.836 0.108 0.056 0.000
#> GSM30095 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.2011 0.72450 0.912 0.020 0.000 0.004 0.000 0.064
#> GSM30097 6 0.0603 0.94363 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> GSM30098 6 0.0603 0.94363 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> GSM30099 3 0.3337 0.69091 0.000 0.260 0.736 0.004 0.000 0.000
#> GSM30100 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 5 0.3747 0.81499 0.000 0.000 0.112 0.104 0.784 0.000
#> GSM30102 2 0.2146 0.76017 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000 0.000
#> GSM30103 2 0.2378 0.78089 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> GSM30104 4 0.3738 0.66288 0.040 0.208 0.000 0.752 0.000 0.000
#> GSM30105 1 0.4776 0.17862 0.512 0.028 0.000 0.012 0.000 0.448
#> GSM30106 1 0.0806 0.71140 0.972 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM30107 4 0.3738 0.77749 0.280 0.016 0.000 0.704 0.000 0.000
#> GSM30108 3 0.4327 0.58035 0.000 0.264 0.680 0.056 0.000 0.000
#> GSM30109 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30110 1 0.4472 0.44044 0.628 0.024 0.000 0.012 0.000 0.336
#> GSM30111 4 0.3337 0.80130 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000 0.000
#> GSM30112 4 0.3595 0.78907 0.120 0.084 0.000 0.796 0.000 0.000
#> GSM30113 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.3593 0.75267 0.000 0.748 0.024 0.228 0.000 0.000
#> GSM30115 4 0.3470 0.81383 0.248 0.012 0.000 0.740 0.000 0.000
#> GSM30116 3 0.3078 0.76415 0.000 0.000 0.836 0.108 0.056 0.000
#> GSM30117 2 0.2048 0.78574 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> GSM30118 3 0.2593 0.79017 0.000 0.148 0.844 0.008 0.000 0.000
#> GSM30119 3 0.2752 0.78325 0.000 0.000 0.856 0.108 0.036 0.000
#> GSM30120 4 0.3907 0.70434 0.068 0.176 0.000 0.756 0.000 0.000
#> GSM30121 1 0.2282 0.71638 0.888 0.024 0.000 0.000 0.000 0.088
#> GSM30122 1 0.3840 0.25061 0.696 0.020 0.000 0.284 0.000 0.000
#> GSM30123 3 0.3314 0.69558 0.000 0.256 0.740 0.004 0.000 0.000
#> GSM30177 2 0.1501 0.78649 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.4037 0.66659 0.380 0.012 0.000 0.608 0.000 0.000
#> GSM30179 1 0.1225 0.68510 0.952 0.012 0.000 0.036 0.000 0.000
#> GSM30180 4 0.3940 0.71083 0.348 0.012 0.000 0.640 0.000 0.000
#> GSM30181 2 0.2563 0.79499 0.000 0.876 0.072 0.052 0.000 0.000
#> GSM30182 1 0.2783 0.68927 0.836 0.016 0.000 0.000 0.000 0.148
#> GSM30183 1 0.1779 0.72434 0.920 0.016 0.000 0.000 0.000 0.064
#> GSM30184 3 0.0865 0.83926 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30185 2 0.2365 0.79949 0.000 0.888 0.072 0.040 0.000 0.000
#> GSM30186 2 0.3672 0.36677 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> GSM30187 1 0.0622 0.70376 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000
#> GSM30188 6 0.0458 0.94294 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> GSM30189 1 0.1745 0.72462 0.920 0.012 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM30190 5 0.4414 0.73596 0.000 0.000 0.180 0.108 0.712 0.000
#> GSM30191 4 0.4264 0.32842 0.028 0.352 0.000 0.620 0.000 0.000
#> GSM30192 2 0.2563 0.80041 0.000 0.876 0.072 0.052 0.000 0.000
#> GSM30193 1 0.4179 -0.39380 0.516 0.012 0.000 0.472 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.0000 0.94931 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 4 0.3652 0.81518 0.188 0.044 0.000 0.768 0.000 0.000
#> GSM30196 6 0.0748 0.93367 0.004 0.016 0.000 0.004 0.000 0.976
#> GSM30197 1 0.1838 0.72398 0.916 0.016 0.000 0.000 0.000 0.068
#> GSM30198 6 0.0000 0.94376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30199 2 0.3168 0.67306 0.000 0.792 0.192 0.016 0.000 0.000
#> GSM30200 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30201 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30202 1 0.4246 -0.34151 0.532 0.016 0.000 0.452 0.000 0.000
#> GSM30203 4 0.4141 0.56466 0.432 0.012 0.000 0.556 0.000 0.000
#> GSM30204 1 0.2317 0.72236 0.900 0.020 0.000 0.016 0.000 0.064
#> GSM30205 3 0.3710 0.60007 0.000 0.292 0.696 0.012 0.000 0.000
#> GSM30206 6 0.4700 -0.07205 0.472 0.028 0.000 0.008 0.000 0.492
#> GSM30207 1 0.4118 0.02350 0.628 0.020 0.000 0.352 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.4751 0.24731 0.536 0.028 0.000 0.012 0.000 0.424
#> GSM30209 2 0.2294 0.79725 0.000 0.892 0.072 0.036 0.000 0.000
#> GSM30210 6 0.0717 0.94325 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> GSM30211 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30212 6 0.1857 0.89729 0.032 0.028 0.000 0.012 0.000 0.928
#> GSM30213 1 0.3487 0.40252 0.756 0.020 0.000 0.224 0.000 0.000
#> GSM30214 4 0.4230 0.67998 0.364 0.024 0.000 0.612 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.2400 0.72363 0.896 0.024 0.000 0.016 0.000 0.064
#> GSM30216 1 0.0508 0.70764 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM30217 1 0.3855 0.30513 0.704 0.024 0.000 0.272 0.000 0.000
#> GSM30218 2 0.2511 0.79595 0.000 0.880 0.064 0.056 0.000 0.000
#> GSM30219 3 0.0865 0.83926 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30220 6 0.1053 0.92881 0.004 0.020 0.000 0.012 0.000 0.964
#> GSM30221 1 0.0725 0.70125 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000 0.000
#> GSM30222 4 0.4034 0.70651 0.328 0.020 0.000 0.652 0.000 0.000
#> GSM30223 6 0.0000 0.94376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30224 6 0.0363 0.94433 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30225 6 0.0146 0.94324 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30226 2 0.1802 0.78641 0.000 0.916 0.072 0.012 0.000 0.000
#> GSM30227 6 0.0000 0.94376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30228 3 0.0260 0.84284 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.3717 0.74493 0.072 0.148 0.000 0.780 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> ATC:kmeans 166 0.268 2
#> ATC:kmeans 167 0.175 3
#> ATC:kmeans 162 0.540 4
#> ATC:kmeans 154 0.430 5
#> ATC:kmeans 143 0.386 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.4989 0.501 0.501
#> 3 3 0.872 0.863 0.940 0.1219 0.956 0.912
#> 4 4 0.794 0.728 0.900 0.0810 0.979 0.953
#> 5 5 0.794 0.730 0.857 0.0634 0.917 0.812
#> 6 6 0.711 0.767 0.872 0.0495 0.964 0.904
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30013 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30014 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30017 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30021 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30025 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30027 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30028 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30034 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30037 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30038 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30061 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> GSM30062 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30066 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30071 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.4161 0.905 0.084 0.916
#> GSM30074 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30075 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30076 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30081 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.9608 0.377 0.384 0.616
#> GSM30087 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30089 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30100 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30103 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30109 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30115 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30116 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30118 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30120 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30182 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30185 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30186 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30191 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> GSM30192 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30219 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> GSM30229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30012 2 0.3482 0.794 0.000 0.872 0.128
#> GSM30013 1 0.1643 0.951 0.956 0.000 0.044
#> GSM30014 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30016 2 0.3879 0.775 0.000 0.848 0.152
#> GSM30017 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30021 2 0.3482 0.794 0.000 0.872 0.128
#> GSM30022 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.1643 0.951 0.956 0.000 0.044
#> GSM30024 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30025 1 0.1529 0.953 0.960 0.000 0.040
#> GSM30026 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.4121 0.761 0.000 0.832 0.168
#> GSM30028 1 0.1643 0.951 0.956 0.000 0.044
#> GSM30029 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.5968 0.220 0.000 0.636 0.364
#> GSM30033 2 0.3482 0.764 0.000 0.872 0.128
#> GSM30034 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.4399 0.692 0.000 0.812 0.188
#> GSM30036 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30037 2 0.4399 0.741 0.000 0.812 0.188
#> GSM30038 2 0.3879 0.775 0.000 0.848 0.152
#> GSM30039 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0237 0.987 0.996 0.000 0.004
#> GSM30048 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 1 0.1643 0.951 0.956 0.000 0.044
#> GSM30051 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.1964 0.840 0.000 0.944 0.056
#> GSM30054 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.2878 0.816 0.000 0.904 0.096
#> GSM30056 2 0.0592 0.863 0.000 0.988 0.012
#> GSM30057 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30060 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30061 3 0.6225 0.163 0.432 0.000 0.568
#> GSM30062 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30063 2 0.5178 0.533 0.000 0.744 0.256
#> GSM30064 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.3879 0.775 0.000 0.848 0.152
#> GSM30066 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30070 2 0.3879 0.775 0.000 0.848 0.152
#> GSM30071 2 0.4178 0.758 0.000 0.828 0.172
#> GSM30072 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30073 3 0.6809 0.201 0.012 0.464 0.524
#> GSM30074 2 0.3941 0.772 0.000 0.844 0.156
#> GSM30075 3 0.4931 0.715 0.000 0.232 0.768
#> GSM30076 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.3879 0.775 0.000 0.848 0.152
#> GSM30081 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 2 0.9944 -0.297 0.284 0.372 0.344
#> GSM30087 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30089 2 0.4399 0.741 0.000 0.812 0.188
#> GSM30090 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 2 0.3192 0.781 0.000 0.888 0.112
#> GSM30094 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.4399 0.692 0.000 0.812 0.188
#> GSM30100 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30102 2 0.4346 0.698 0.000 0.816 0.184
#> GSM30103 3 0.5431 0.672 0.000 0.284 0.716
#> GSM30104 1 0.5760 0.487 0.672 0.000 0.328
#> GSM30105 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30108 2 0.3941 0.772 0.000 0.844 0.156
#> GSM30109 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0424 0.983 0.992 0.000 0.008
#> GSM30113 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.3941 0.772 0.000 0.844 0.156
#> GSM30115 1 0.1529 0.955 0.960 0.000 0.040
#> GSM30116 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30117 3 0.4974 0.714 0.000 0.236 0.764
#> GSM30118 2 0.3686 0.755 0.000 0.860 0.140
#> GSM30119 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30120 1 0.1529 0.955 0.960 0.000 0.040
#> GSM30121 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.1163 0.853 0.000 0.972 0.028
#> GSM30177 2 0.4399 0.692 0.000 0.812 0.188
#> GSM30178 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 3 0.5810 0.602 0.000 0.336 0.664
#> GSM30182 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30185 2 0.3412 0.774 0.000 0.876 0.124
#> GSM30186 2 0.4346 0.698 0.000 0.816 0.184
#> GSM30187 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30191 3 0.6827 0.614 0.192 0.080 0.728
#> GSM30192 2 0.5327 0.532 0.000 0.728 0.272
#> GSM30193 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 1 0.0747 0.977 0.984 0.000 0.016
#> GSM30196 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30199 2 0.6309 -0.236 0.000 0.504 0.496
#> GSM30200 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.6168 0.124 0.000 0.588 0.412
#> GSM30210 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30218 3 0.4555 0.710 0.000 0.200 0.800
#> GSM30219 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0237 0.987 0.996 0.000 0.004
#> GSM30223 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.6307 -0.208 0.000 0.512 0.488
#> GSM30227 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.869 0.000 1.000 0.000
#> GSM30229 1 0.4062 0.790 0.836 0.000 0.164
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0188 0.80807 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30011 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30012 2 0.2589 0.68710 0.000 0.884 0.116 0.000
#> GSM30013 1 0.5768 0.23414 0.516 0.000 0.456 0.028
#> GSM30014 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30015 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30016 2 0.4382 0.27150 0.000 0.704 0.296 0.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30019 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30020 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30021 2 0.2973 0.64278 0.000 0.856 0.144 0.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 1 0.5620 0.32334 0.560 0.000 0.416 0.024
#> GSM30024 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30025 1 0.6295 0.45275 0.656 0.000 0.132 0.212
#> GSM30026 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 2 0.5126 -0.33627 0.000 0.552 0.444 0.004
#> GSM30028 1 0.5708 0.33054 0.556 0.000 0.416 0.028
#> GSM30029 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.6944 -0.17244 0.000 0.484 0.112 0.404
#> GSM30033 2 0.2216 0.73537 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30034 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.2921 0.68426 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM30036 1 0.0657 0.94042 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM30037 3 0.5778 0.39516 0.000 0.472 0.500 0.028
#> GSM30038 2 0.4776 -0.03902 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM30039 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30047 1 0.2775 0.85391 0.896 0.000 0.084 0.020
#> GSM30048 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 1 0.5700 0.33952 0.560 0.000 0.412 0.028
#> GSM30051 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0921 0.79096 0.000 0.972 0.028 0.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.4769 0.19022 0.000 0.684 0.308 0.008
#> GSM30056 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 1 0.3004 0.85357 0.892 0.000 0.048 0.060
#> GSM30060 2 0.0188 0.80755 0.000 0.996 0.000 0.004
#> GSM30061 4 0.6240 0.44722 0.176 0.000 0.156 0.668
#> GSM30062 1 0.1733 0.90856 0.948 0.000 0.028 0.024
#> GSM30063 2 0.4057 0.61004 0.000 0.816 0.032 0.152
#> GSM30064 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.4746 -0.00475 0.000 0.632 0.368 0.000
#> GSM30066 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30069 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30070 2 0.4776 -0.03902 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM30071 2 0.5290 -0.43409 0.000 0.516 0.476 0.008
#> GSM30072 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30073 4 0.6739 0.38108 0.000 0.172 0.216 0.612
#> GSM30074 2 0.4776 -0.03902 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM30075 4 0.3249 0.55247 0.000 0.140 0.008 0.852
#> GSM30076 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30077 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30078 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30079 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.4991 -0.10977 0.000 0.608 0.388 0.004
#> GSM30081 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 3 0.6426 -0.29802 0.024 0.064 0.656 0.256
#> GSM30087 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30088 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30089 3 0.5685 0.41548 0.000 0.460 0.516 0.024
#> GSM30090 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 1 0.1059 0.93393 0.972 0.000 0.016 0.012
#> GSM30093 2 0.1474 0.77222 0.000 0.948 0.000 0.052
#> GSM30094 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30096 1 0.0336 0.94070 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30097 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.2921 0.68426 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM30100 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 2 0.2814 0.69461 0.000 0.868 0.000 0.132
#> GSM30103 4 0.4669 0.53695 0.000 0.168 0.052 0.780
#> GSM30104 4 0.7268 0.28541 0.372 0.000 0.152 0.476
#> GSM30105 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30107 1 0.0524 0.93748 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM30108 2 0.4776 -0.03902 0.000 0.624 0.376 0.000
#> GSM30109 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30110 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30111 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30112 1 0.3099 0.84471 0.876 0.000 0.104 0.020
#> GSM30113 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 2 0.4898 -0.19368 0.000 0.584 0.416 0.000
#> GSM30115 1 0.5599 0.46302 0.616 0.000 0.352 0.032
#> GSM30116 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30117 4 0.3942 0.47930 0.000 0.236 0.000 0.764
#> GSM30118 2 0.2216 0.73741 0.000 0.908 0.000 0.092
#> GSM30119 2 0.0336 0.80653 0.000 0.992 0.008 0.000
#> GSM30120 1 0.5827 0.36361 0.568 0.000 0.396 0.036
#> GSM30121 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30122 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0707 0.79774 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30177 2 0.2921 0.68424 0.000 0.860 0.000 0.140
#> GSM30178 1 0.0657 0.94042 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM30179 1 0.0336 0.94268 0.992 0.000 0.000 0.008
#> GSM30180 1 0.2131 0.90273 0.932 0.000 0.036 0.032
#> GSM30181 4 0.5093 0.26810 0.000 0.348 0.012 0.640
#> GSM30182 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30183 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30184 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30185 2 0.2589 0.71303 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM30186 2 0.2760 0.69828 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM30187 1 0.0657 0.94042 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM30188 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30189 1 0.0657 0.94042 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM30190 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30191 4 0.6727 0.41437 0.060 0.036 0.272 0.632
#> GSM30192 2 0.5130 0.31599 0.000 0.668 0.020 0.312
#> GSM30193 1 0.0779 0.93864 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM30194 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30195 1 0.5109 0.66714 0.736 0.000 0.212 0.052
#> GSM30196 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0657 0.94042 0.984 0.000 0.004 0.012
#> GSM30198 1 0.0188 0.94314 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30199 2 0.4679 0.30775 0.000 0.648 0.000 0.352
#> GSM30200 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30201 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30202 1 0.1833 0.91199 0.944 0.000 0.024 0.032
#> GSM30203 1 0.2224 0.89942 0.928 0.000 0.040 0.032
#> GSM30204 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30206 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30207 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.5372 0.05311 0.000 0.544 0.012 0.444
#> GSM30210 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0188 0.94221 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30214 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30217 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30218 4 0.1824 0.55458 0.000 0.060 0.004 0.936
#> GSM30219 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.94344 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30222 1 0.2060 0.89867 0.932 0.000 0.016 0.052
#> GSM30223 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30224 1 0.0188 0.94313 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30225 1 0.0524 0.94166 0.988 0.000 0.004 0.008
#> GSM30226 2 0.4585 0.34548 0.000 0.668 0.000 0.332
#> GSM30227 1 0.0376 0.94254 0.992 0.000 0.004 0.004
#> GSM30228 2 0.0000 0.80942 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 1 0.7046 0.11592 0.524 0.000 0.136 0.340
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30007 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30008 4 0.0162 0.9273 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30009 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30010 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30011 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30012 3 0.2230 0.7567 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> GSM30013 5 0.7709 -0.1690 0.060 0.272 0.000 0.264 0.404
#> GSM30014 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30015 4 0.1921 0.9084 0.044 0.012 0.000 0.932 0.012
#> GSM30016 3 0.3913 0.2416 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> GSM30017 4 0.0290 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30018 4 0.0451 0.9279 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM30019 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30020 4 0.1651 0.9150 0.036 0.012 0.000 0.944 0.008
#> GSM30021 3 0.3039 0.6203 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> GSM30022 4 0.0290 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30023 5 0.7543 -0.1700 0.040 0.272 0.000 0.312 0.376
#> GSM30024 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30025 1 0.4658 0.2124 0.556 0.004 0.000 0.432 0.008
#> GSM30026 4 0.0162 0.9273 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30027 5 0.4974 0.5039 0.016 0.016 0.356 0.000 0.612
#> GSM30028 5 0.7547 -0.1659 0.040 0.268 0.000 0.324 0.368
#> GSM30029 4 0.0290 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30030 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30031 4 0.0290 0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30032 1 0.6917 -0.2618 0.404 0.172 0.404 0.000 0.020
#> GSM30033 3 0.2286 0.8034 0.000 0.108 0.888 0.000 0.004
#> GSM30034 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30035 3 0.3266 0.6966 0.004 0.200 0.796 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.1651 0.9174 0.036 0.012 0.000 0.944 0.008
#> GSM30037 5 0.6063 0.4428 0.096 0.020 0.296 0.000 0.588
#> GSM30038 5 0.4287 0.4754 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM30039 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30040 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30042 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30043 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30044 4 0.0404 0.9273 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30045 4 0.0404 0.9276 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30046 4 0.0510 0.9270 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30047 4 0.4138 0.7322 0.016 0.092 0.000 0.808 0.084
#> GSM30048 4 0.0404 0.9273 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 5 0.7596 -0.1631 0.044 0.276 0.000 0.304 0.376
#> GSM30051 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30053 3 0.0880 0.8648 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM30054 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 3 0.4617 -0.2794 0.000 0.012 0.552 0.000 0.436
#> GSM30056 3 0.0290 0.8858 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30058 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30059 4 0.3579 0.6624 0.240 0.004 0.000 0.756 0.000
#> GSM30060 3 0.0290 0.8860 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30061 1 0.3159 0.1711 0.856 0.056 0.000 0.088 0.000
#> GSM30062 4 0.3357 0.8047 0.136 0.012 0.000 0.836 0.016
#> GSM30063 3 0.4897 0.5616 0.156 0.112 0.728 0.000 0.004
#> GSM30064 4 0.0404 0.9273 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30065 5 0.4306 0.4097 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM30066 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30067 4 0.0404 0.9273 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30068 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30069 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30070 5 0.4306 0.4096 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> GSM30071 5 0.5498 0.4967 0.080 0.000 0.340 0.000 0.580
#> GSM30072 4 0.0510 0.9277 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30073 1 0.5835 -0.1368 0.684 0.160 0.108 0.000 0.048
#> GSM30074 5 0.4287 0.4754 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> GSM30075 2 0.5458 0.4591 0.292 0.632 0.064 0.000 0.012
#> GSM30076 4 0.1596 0.9161 0.028 0.012 0.000 0.948 0.012
#> GSM30077 4 0.1525 0.9168 0.036 0.012 0.000 0.948 0.004
#> GSM30078 4 0.1442 0.9184 0.032 0.012 0.000 0.952 0.004
#> GSM30079 4 0.0162 0.9273 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30080 5 0.4765 0.5117 0.008 0.008 0.428 0.000 0.556
#> GSM30081 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.5552 0.1985 0.024 0.516 0.028 0.000 0.432
#> GSM30087 4 0.0898 0.9252 0.020 0.008 0.000 0.972 0.000
#> GSM30088 4 0.0162 0.9279 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30089 5 0.5684 0.4560 0.096 0.004 0.300 0.000 0.600
#> GSM30090 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.2170 0.9038 0.036 0.020 0.000 0.924 0.020
#> GSM30093 3 0.1341 0.8491 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> GSM30094 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30095 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30096 4 0.1197 0.9169 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> GSM30097 4 0.0510 0.9266 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30098 4 0.0290 0.9268 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30099 3 0.3353 0.6961 0.008 0.196 0.796 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30102 3 0.2890 0.7443 0.004 0.160 0.836 0.000 0.000
#> GSM30103 2 0.6703 0.3609 0.388 0.436 0.164 0.000 0.012
#> GSM30104 1 0.3476 0.2667 0.816 0.020 0.000 0.160 0.004
#> GSM30105 4 0.0404 0.9263 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30106 4 0.1356 0.9218 0.028 0.012 0.000 0.956 0.004
#> GSM30107 4 0.1492 0.9049 0.040 0.004 0.000 0.948 0.008
#> GSM30108 5 0.4273 0.4926 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> GSM30109 4 0.0510 0.9270 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30110 4 0.0912 0.9243 0.016 0.012 0.000 0.972 0.000
#> GSM30111 4 0.0671 0.9269 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM30112 4 0.4804 0.5741 0.244 0.012 0.000 0.704 0.040
#> GSM30113 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 5 0.5204 0.5169 0.052 0.000 0.368 0.000 0.580
#> GSM30115 4 0.7852 -0.0982 0.112 0.164 0.000 0.432 0.292
#> GSM30116 3 0.0162 0.8879 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30117 2 0.6132 0.4845 0.200 0.584 0.212 0.000 0.004
#> GSM30118 3 0.2124 0.8107 0.004 0.096 0.900 0.000 0.000
#> GSM30119 3 0.0290 0.8864 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30120 4 0.8058 -0.2235 0.124 0.176 0.000 0.380 0.320
#> GSM30121 4 0.1173 0.9223 0.020 0.012 0.000 0.964 0.004
#> GSM30122 4 0.0880 0.9221 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> GSM30123 3 0.0609 0.8777 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> GSM30177 3 0.3246 0.7116 0.008 0.184 0.808 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.1569 0.9167 0.032 0.012 0.000 0.948 0.008
#> GSM30179 4 0.1202 0.9255 0.032 0.004 0.000 0.960 0.004
#> GSM30180 4 0.3458 0.8289 0.120 0.016 0.000 0.840 0.024
#> GSM30181 2 0.5591 0.4918 0.112 0.652 0.228 0.000 0.008
#> GSM30182 4 0.1764 0.9128 0.036 0.012 0.000 0.940 0.012
#> GSM30183 4 0.1525 0.9168 0.036 0.012 0.000 0.948 0.004
#> GSM30184 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30185 3 0.3879 0.6821 0.012 0.188 0.784 0.000 0.016
#> GSM30186 3 0.2930 0.7393 0.004 0.164 0.832 0.000 0.000
#> GSM30187 4 0.1651 0.9160 0.036 0.012 0.000 0.944 0.008
#> GSM30188 4 0.1442 0.9183 0.032 0.012 0.000 0.952 0.004
#> GSM30189 4 0.1682 0.9159 0.044 0.012 0.000 0.940 0.004
#> GSM30190 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30191 2 0.6100 0.2513 0.276 0.592 0.000 0.016 0.116
#> GSM30192 3 0.5724 -0.0792 0.040 0.408 0.528 0.000 0.024
#> GSM30193 4 0.2208 0.8990 0.060 0.012 0.000 0.916 0.012
#> GSM30194 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30195 4 0.7271 0.0837 0.052 0.232 0.000 0.500 0.216
#> GSM30196 4 0.0290 0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30197 4 0.1764 0.9136 0.036 0.012 0.000 0.940 0.012
#> GSM30198 4 0.0451 0.9279 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM30199 3 0.5412 -0.0524 0.048 0.428 0.520 0.000 0.004
#> GSM30200 4 0.1106 0.9227 0.024 0.012 0.000 0.964 0.000
#> GSM30201 4 0.0290 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30202 4 0.2856 0.8622 0.104 0.016 0.000 0.872 0.008
#> GSM30203 4 0.3247 0.8281 0.136 0.016 0.000 0.840 0.008
#> GSM30204 4 0.0290 0.9269 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30205 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30206 4 0.1074 0.9233 0.016 0.012 0.000 0.968 0.004
#> GSM30207 4 0.0703 0.9226 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30208 4 0.0290 0.9268 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30209 2 0.5154 0.3347 0.020 0.576 0.388 0.000 0.016
#> GSM30210 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30211 4 0.0290 0.9278 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30212 4 0.0510 0.9254 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30213 4 0.1043 0.9182 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM30214 4 0.1043 0.9135 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM30215 4 0.0609 0.9239 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> GSM30216 4 0.1569 0.9174 0.032 0.012 0.000 0.948 0.008
#> GSM30217 4 0.0703 0.9230 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> GSM30218 2 0.4661 0.3918 0.356 0.624 0.016 0.000 0.004
#> GSM30219 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30220 4 0.0404 0.9262 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30221 4 0.0671 0.9273 0.016 0.004 0.000 0.980 0.000
#> GSM30222 4 0.3624 0.8010 0.084 0.052 0.000 0.844 0.020
#> GSM30223 4 0.0404 0.9274 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30224 4 0.0290 0.9283 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30225 4 0.1281 0.9202 0.032 0.012 0.000 0.956 0.000
#> GSM30226 3 0.5083 0.0100 0.028 0.428 0.540 0.000 0.004
#> GSM30227 4 0.0404 0.9274 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30228 3 0.0000 0.8896 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.7591 -0.3003 0.128 0.368 0.000 0.408 0.096
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30007 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30008 1 0.0363 0.9008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM30009 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30010 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30011 5 0.0363 0.8916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30012 5 0.2092 0.7565 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> GSM30013 4 0.2361 0.6158 0.088 0.000 0.028 0.884 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30015 1 0.2389 0.8596 0.864 0.000 0.000 0.128 0.000 0.008
#> GSM30016 5 0.3647 0.0628 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> GSM30017 1 0.0837 0.8994 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000 0.020
#> GSM30018 1 0.1225 0.9011 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> GSM30019 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30020 1 0.2723 0.8523 0.852 0.004 0.000 0.128 0.000 0.016
#> GSM30021 5 0.2730 0.6318 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> GSM30022 1 0.0458 0.9003 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30023 4 0.3657 0.6088 0.172 0.004 0.024 0.788 0.000 0.012
#> GSM30024 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30025 6 0.4177 0.2682 0.248 0.004 0.028 0.008 0.000 0.712
#> GSM30026 1 0.0717 0.9021 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> GSM30027 3 0.4686 0.7009 0.000 0.008 0.736 0.060 0.164 0.032
#> GSM30028 4 0.2846 0.6615 0.140 0.004 0.016 0.840 0.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30030 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30031 1 0.0653 0.9013 0.980 0.000 0.004 0.004 0.000 0.012
#> GSM30032 5 0.7140 -0.3893 0.000 0.200 0.060 0.012 0.372 0.356
#> GSM30033 5 0.2110 0.8262 0.000 0.084 0.012 0.004 0.900 0.000
#> GSM30034 1 0.0632 0.8986 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> GSM30035 5 0.3023 0.6890 0.000 0.212 0.000 0.004 0.784 0.000
#> GSM30036 1 0.2526 0.8787 0.876 0.004 0.000 0.096 0.000 0.024
#> GSM30037 3 0.4515 0.6473 0.000 0.004 0.760 0.052 0.128 0.056
#> GSM30038 3 0.3482 0.7986 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> GSM30039 5 0.0363 0.8916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30040 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30042 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30043 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0837 0.8994 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000 0.020
#> GSM30045 1 0.0862 0.9023 0.972 0.000 0.004 0.016 0.000 0.008
#> GSM30046 1 0.1333 0.8978 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM30047 1 0.3569 0.7522 0.816 0.004 0.020 0.128 0.000 0.032
#> GSM30048 1 0.0837 0.8994 0.972 0.000 0.004 0.004 0.000 0.020
#> GSM30049 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.2944 0.6650 0.148 0.012 0.008 0.832 0.000 0.000
#> GSM30051 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30053 5 0.0937 0.8670 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM30054 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 3 0.4814 0.6454 0.000 0.020 0.544 0.004 0.416 0.016
#> GSM30056 5 0.0363 0.8913 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> GSM30057 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30058 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30059 1 0.4622 0.3296 0.608 0.008 0.012 0.016 0.000 0.356
#> GSM30060 5 0.0260 0.8941 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30061 6 0.3104 0.5636 0.036 0.080 0.016 0.008 0.000 0.860
#> GSM30062 1 0.4743 0.6590 0.712 0.008 0.008 0.096 0.000 0.176
#> GSM30063 5 0.4793 0.5347 0.000 0.092 0.020 0.004 0.716 0.168
#> GSM30064 1 0.0922 0.8988 0.968 0.000 0.004 0.004 0.000 0.024
#> GSM30065 3 0.3695 0.7431 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> GSM30066 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0862 0.9011 0.972 0.000 0.004 0.008 0.000 0.016
#> GSM30068 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30069 5 0.0363 0.8916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> GSM30070 3 0.3659 0.7634 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> GSM30071 3 0.3867 0.7438 0.000 0.004 0.764 0.004 0.188 0.040
#> GSM30072 1 0.0976 0.9006 0.968 0.000 0.008 0.008 0.000 0.016
#> GSM30073 6 0.6704 0.2122 0.000 0.216 0.084 0.040 0.088 0.572
#> GSM30074 3 0.3578 0.7847 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> GSM30075 2 0.3931 0.4182 0.000 0.812 0.032 0.024 0.028 0.104
#> GSM30076 1 0.2212 0.8685 0.880 0.000 0.000 0.112 0.000 0.008
#> GSM30077 1 0.2113 0.8768 0.896 0.004 0.000 0.092 0.000 0.008
#> GSM30078 1 0.1812 0.8837 0.912 0.000 0.000 0.080 0.000 0.008
#> GSM30079 1 0.0363 0.9008 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM30080 3 0.4378 0.7876 0.000 0.008 0.700 0.032 0.252 0.008
#> GSM30081 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 4 0.6199 -0.0234 0.000 0.296 0.120 0.540 0.012 0.032
#> GSM30087 1 0.1333 0.8956 0.944 0.000 0.000 0.048 0.000 0.008
#> GSM30088 1 0.0508 0.9024 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> GSM30089 3 0.4185 0.6363 0.000 0.004 0.784 0.040 0.120 0.052
#> GSM30090 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30091 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 1 0.2806 0.8447 0.844 0.004 0.000 0.136 0.000 0.016
#> GSM30093 5 0.1219 0.8623 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> GSM30094 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30095 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.2180 0.8826 0.912 0.004 0.008 0.028 0.000 0.048
#> GSM30097 1 0.0458 0.9001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30098 1 0.0458 0.9001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30099 5 0.2902 0.7103 0.000 0.196 0.000 0.004 0.800 0.000
#> GSM30100 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30102 5 0.2402 0.7758 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856 0.000
#> GSM30103 2 0.6450 0.2723 0.000 0.524 0.048 0.012 0.124 0.292
#> GSM30104 6 0.3497 0.5715 0.044 0.044 0.048 0.016 0.000 0.848
#> GSM30105 1 0.0458 0.9001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30106 1 0.2313 0.8803 0.884 0.000 0.004 0.100 0.000 0.012
#> GSM30107 1 0.2505 0.8375 0.880 0.000 0.020 0.008 0.000 0.092
#> GSM30108 3 0.3531 0.7942 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> GSM30109 1 0.0891 0.9011 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> GSM30110 1 0.2070 0.8816 0.896 0.000 0.000 0.092 0.000 0.012
#> GSM30111 1 0.1078 0.9002 0.964 0.000 0.008 0.012 0.000 0.016
#> GSM30112 1 0.6107 0.4143 0.624 0.012 0.076 0.112 0.000 0.176
#> GSM30113 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 3 0.3655 0.7747 0.000 0.004 0.756 0.004 0.220 0.016
#> GSM30115 4 0.5033 0.5440 0.204 0.020 0.020 0.696 0.000 0.060
#> GSM30116 5 0.0146 0.8955 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> GSM30117 2 0.5127 0.4940 0.000 0.700 0.040 0.004 0.160 0.096
#> GSM30118 5 0.1610 0.8348 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> GSM30119 5 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> GSM30120 4 0.4857 0.5827 0.144 0.024 0.032 0.740 0.000 0.060
#> GSM30121 1 0.1958 0.8773 0.896 0.000 0.000 0.100 0.000 0.004
#> GSM30122 1 0.1929 0.8837 0.924 0.008 0.004 0.016 0.000 0.048
#> GSM30123 5 0.0937 0.8722 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> GSM30177 5 0.2871 0.7149 0.000 0.192 0.000 0.004 0.804 0.000
#> GSM30178 1 0.2766 0.8512 0.852 0.004 0.000 0.124 0.000 0.020
#> GSM30179 1 0.1951 0.8927 0.916 0.004 0.000 0.060 0.000 0.020
#> GSM30180 1 0.5084 0.6840 0.708 0.024 0.020 0.172 0.000 0.076
#> GSM30181 2 0.4004 0.5226 0.000 0.796 0.024 0.024 0.132 0.024
#> GSM30182 1 0.2588 0.8562 0.860 0.004 0.000 0.124 0.000 0.012
#> GSM30183 1 0.2500 0.8622 0.868 0.004 0.000 0.116 0.000 0.012
#> GSM30184 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30185 5 0.4375 0.6078 0.000 0.204 0.036 0.004 0.732 0.024
#> GSM30186 5 0.2632 0.7484 0.000 0.164 0.000 0.004 0.832 0.000
#> GSM30187 1 0.2622 0.8629 0.868 0.004 0.000 0.104 0.000 0.024
#> GSM30188 1 0.2062 0.8789 0.900 0.004 0.000 0.088 0.000 0.008
#> GSM30189 1 0.2474 0.8772 0.884 0.004 0.000 0.080 0.000 0.032
#> GSM30190 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30191 2 0.7051 0.1030 0.004 0.464 0.092 0.208 0.000 0.232
#> GSM30192 2 0.6161 0.2548 0.000 0.468 0.048 0.044 0.412 0.028
#> GSM30193 1 0.3166 0.8198 0.816 0.004 0.000 0.156 0.000 0.024
#> GSM30194 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 4 0.5455 0.3500 0.336 0.040 0.028 0.580 0.000 0.016
#> GSM30196 1 0.0551 0.9016 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> GSM30197 1 0.2547 0.8636 0.868 0.004 0.000 0.112 0.000 0.016
#> GSM30198 1 0.1124 0.8996 0.956 0.000 0.000 0.036 0.000 0.008
#> GSM30199 5 0.4564 0.0841 0.000 0.432 0.004 0.004 0.540 0.020
#> GSM30200 1 0.1531 0.8910 0.928 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004
#> GSM30201 1 0.0547 0.8997 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30202 1 0.4225 0.7758 0.772 0.012 0.012 0.140 0.000 0.064
#> GSM30203 1 0.5057 0.6260 0.684 0.008 0.012 0.108 0.000 0.188
#> GSM30204 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30205 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30206 1 0.1788 0.8869 0.916 0.004 0.000 0.076 0.000 0.004
#> GSM30207 1 0.0865 0.8961 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> GSM30208 1 0.0458 0.9001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30209 2 0.5073 0.4834 0.000 0.660 0.040 0.016 0.260 0.024
#> GSM30210 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30211 1 0.0692 0.9012 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> GSM30212 1 0.0458 0.9001 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30213 1 0.2063 0.8844 0.920 0.008 0.008 0.020 0.000 0.044
#> GSM30214 1 0.1788 0.8674 0.916 0.004 0.004 0.000 0.000 0.076
#> GSM30215 1 0.0777 0.8997 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> GSM30216 1 0.2592 0.8601 0.864 0.004 0.000 0.116 0.000 0.016
#> GSM30217 1 0.1488 0.8938 0.948 0.008 0.008 0.008 0.000 0.028
#> GSM30218 2 0.3023 0.3455 0.000 0.808 0.004 0.000 0.008 0.180
#> GSM30219 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30220 1 0.0777 0.8976 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> GSM30221 1 0.1285 0.8956 0.944 0.000 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM30222 1 0.4844 0.6964 0.760 0.056 0.028 0.076 0.000 0.080
#> GSM30223 1 0.0972 0.9012 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008
#> GSM30224 1 0.0777 0.9006 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> GSM30225 1 0.1967 0.8822 0.904 0.000 0.000 0.084 0.000 0.012
#> GSM30226 5 0.4256 -0.0156 0.000 0.464 0.000 0.000 0.520 0.016
#> GSM30227 1 0.0858 0.9012 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> GSM30228 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30229 1 0.8254 -0.5187 0.304 0.280 0.044 0.164 0.000 0.208
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> ATC:skmeans 166 0.0967 2
#> ATC:skmeans 159 0.0498 3
#> ATC:skmeans 134 0.2377 4
#> ATC:skmeans 133 0.1523 5
#> ATC:skmeans 149 0.0196 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.987 0.4963 0.502 0.502
#> 3 3 0.654 0.581 0.761 0.2720 0.646 0.406
#> 4 4 0.893 0.899 0.959 0.1518 0.805 0.513
#> 5 5 0.794 0.758 0.888 0.0472 0.973 0.900
#> 6 6 0.884 0.794 0.921 0.0627 0.902 0.638
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30013 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30014 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30021 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30023 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30025 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30027 2 0.8144 0.67950 0.252 0.748
#> GSM30028 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30036 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30037 2 0.8608 0.62408 0.284 0.716
#> GSM30038 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30046 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30047 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30050 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30051 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30060 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30061 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30062 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30066 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30071 2 0.0376 0.97311 0.004 0.996
#> GSM30072 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.9710 0.36574 0.400 0.600
#> GSM30074 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30075 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30076 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30077 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30081 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30086 1 0.9998 -0.00551 0.508 0.492
#> GSM30087 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30089 2 0.8267 0.66628 0.260 0.740
#> GSM30090 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30100 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30103 2 0.8144 0.67950 0.252 0.748
#> GSM30104 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30107 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30108 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30111 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30112 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30113 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30115 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30116 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.8144 0.67950 0.252 0.748
#> GSM30118 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30120 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30178 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30180 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30182 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30185 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30186 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30191 1 0.0672 0.98620 0.992 0.008
#> GSM30192 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30193 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30195 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30203 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30210 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30214 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30217 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30219 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.97660 0.000 1.000
#> GSM30229 1 0.0000 0.99437 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30007 2 0.4121 0.2985 0.168 0.832 0.000
#> GSM30008 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30009 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30011 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30012 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30013 2 0.0237 0.6193 0.004 0.996 0.000
#> GSM30014 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30016 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30017 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30018 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30019 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30020 2 0.0424 0.6083 0.008 0.992 0.000
#> GSM30021 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30022 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30023 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30024 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30025 2 0.0237 0.6193 0.004 0.996 0.000
#> GSM30026 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30027 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30028 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30030 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30031 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30032 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30033 1 0.9111 -0.6766 0.436 0.140 0.424
#> GSM30034 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30035 1 0.9527 -0.4319 0.436 0.372 0.192
#> GSM30036 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30037 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30038 1 0.9329 -0.6546 0.436 0.164 0.400
#> GSM30039 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30040 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30041 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30042 3 0.6225 0.7831 0.432 0.000 0.568
#> GSM30043 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30045 2 0.3686 0.3698 0.140 0.860 0.000
#> GSM30046 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30047 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30053 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30054 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.6451 0.4258 0.436 0.560 0.004
#> GSM30056 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30057 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30058 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30059 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30060 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30061 2 0.2066 0.6136 0.060 0.940 0.000
#> GSM30062 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30063 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30064 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30065 1 0.9111 -0.6766 0.436 0.140 0.424
#> GSM30066 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30068 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30069 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30070 3 0.7453 0.7420 0.436 0.036 0.528
#> GSM30071 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30072 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30073 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30074 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30075 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30076 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30077 2 0.6026 -0.3969 0.376 0.624 0.000
#> GSM30078 2 0.5785 -0.2698 0.332 0.668 0.000
#> GSM30079 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30080 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30081 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.6045 0.4754 0.380 0.620 0.000
#> GSM30087 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30088 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30089 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30090 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30091 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30093 1 0.9111 -0.6766 0.436 0.140 0.424
#> GSM30094 3 0.6225 0.7831 0.432 0.000 0.568
#> GSM30095 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30097 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30098 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30099 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30100 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30102 1 0.9684 -0.4671 0.436 0.340 0.224
#> GSM30103 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30104 2 0.2066 0.6136 0.060 0.940 0.000
#> GSM30105 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30106 2 0.6286 -0.6043 0.464 0.536 0.000
#> GSM30107 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30108 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30109 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30110 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30111 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30112 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30115 2 0.0237 0.6193 0.004 0.996 0.000
#> GSM30116 3 0.6225 0.7831 0.432 0.000 0.568
#> GSM30117 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30118 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30119 3 0.6225 0.7831 0.432 0.000 0.568
#> GSM30120 2 0.2066 0.6136 0.060 0.940 0.000
#> GSM30121 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30122 2 0.3686 0.3698 0.140 0.860 0.000
#> GSM30123 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30177 2 0.6763 0.4114 0.436 0.552 0.012
#> GSM30178 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30179 2 0.3340 0.4146 0.120 0.880 0.000
#> GSM30180 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30182 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30183 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30184 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30185 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30186 1 0.9111 -0.6766 0.436 0.140 0.424
#> GSM30187 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30188 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30189 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30190 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30192 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30193 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.7374 0.000 0.000 1.000
#> GSM30195 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30197 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30198 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30199 1 0.9111 -0.6766 0.436 0.140 0.424
#> GSM30200 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30201 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30202 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30203 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30205 1 0.9111 -0.6766 0.436 0.140 0.424
#> GSM30206 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30207 2 0.3619 0.3794 0.136 0.864 0.000
#> GSM30208 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30209 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30210 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30211 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30212 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30213 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30214 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.6244 0.7664 0.560 0.440 0.000
#> GSM30216 2 0.4974 0.0802 0.236 0.764 0.000
#> GSM30217 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30219 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30220 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30221 1 0.6302 0.7014 0.520 0.480 0.000
#> GSM30222 2 0.3482 0.3975 0.128 0.872 0.000
#> GSM30223 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30224 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30225 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30226 2 0.6235 0.4327 0.436 0.564 0.000
#> GSM30227 1 0.6235 0.7724 0.564 0.436 0.000
#> GSM30228 3 0.6235 0.7830 0.436 0.000 0.564
#> GSM30229 2 0.0000 0.6189 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.4843 0.266 0.604 0.000 0.000 0.396
#> GSM30008 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30013 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30014 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30019 3 0.0188 0.996 0.000 0.004 0.996 0.000
#> GSM30020 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30021 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30024 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30025 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30026 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30027 4 0.3610 0.683 0.000 0.200 0.000 0.800
#> GSM30028 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30029 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30031 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0592 0.963 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30033 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30037 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30038 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30040 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.1022 0.949 0.000 0.968 0.032 0.000
#> GSM30043 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30045 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30046 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30047 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30048 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30049 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30054 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30057 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30058 3 0.0336 0.992 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30059 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30060 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30061 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30062 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30063 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30066 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30068 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30071 2 0.3764 0.712 0.000 0.784 0.000 0.216
#> GSM30072 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30073 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30074 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30075 2 0.1022 0.948 0.000 0.968 0.000 0.032
#> GSM30076 4 0.3024 0.769 0.148 0.000 0.000 0.852
#> GSM30077 1 0.4804 0.347 0.616 0.000 0.000 0.384
#> GSM30078 1 0.4941 0.190 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30079 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 4 0.4697 0.405 0.000 0.356 0.000 0.644
#> GSM30081 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30087 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30089 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30091 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30094 2 0.0188 0.972 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30095 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30103 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30104 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.2589 0.836 0.884 0.000 0.000 0.116
#> GSM30107 4 0.1118 0.859 0.036 0.000 0.000 0.964
#> GSM30108 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30111 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30112 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 2 0.3172 0.798 0.000 0.840 0.000 0.160
#> GSM30115 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30116 2 0.0188 0.972 0.000 0.996 0.004 0.000
#> GSM30117 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30118 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30120 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30122 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30123 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30179 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30180 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30181 2 0.2760 0.847 0.000 0.872 0.000 0.128
#> GSM30182 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30185 2 0.3356 0.785 0.000 0.824 0.000 0.176
#> GSM30186 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30190 3 0.0336 0.992 0.000 0.008 0.992 0.000
#> GSM30191 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30192 2 0.0592 0.962 0.000 0.984 0.000 0.016
#> GSM30193 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30196 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.0336 0.879 0.008 0.000 0.000 0.992
#> GSM30203 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30207 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30208 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.3726 0.728 0.000 0.788 0.000 0.212
#> GSM30210 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 4 0.4776 0.460 0.376 0.000 0.000 0.624
#> GSM30214 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30215 1 0.0188 0.961 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30216 1 0.4564 0.456 0.672 0.000 0.000 0.328
#> GSM30217 4 0.4164 0.644 0.264 0.000 0.000 0.736
#> GSM30218 4 0.4888 0.256 0.000 0.412 0.000 0.588
#> GSM30219 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30221 1 0.1302 0.921 0.956 0.000 0.000 0.044
#> GSM30222 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30223 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.975 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.0000 0.884 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 2 0.4256 0.17560 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30007 1 0.4150 0.21095 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 3 0.3003 0.82069 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM30011 2 0.0794 0.80139 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30012 2 0.4256 0.17560 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30013 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30014 3 0.3003 0.82069 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM30015 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30017 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30018 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30019 5 0.3452 0.55698 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> GSM30020 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30021 2 0.1043 0.79578 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30022 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30024 2 0.3366 0.59466 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> GSM30025 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30026 1 0.3143 0.82464 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> GSM30027 4 0.3109 0.67330 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> GSM30028 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30029 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30030 1 0.0162 0.88263 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30031 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 2 0.0290 0.80079 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30035 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30037 4 0.1043 0.86508 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM30038 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30039 2 0.4256 0.17560 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30040 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30041 5 0.4192 0.33254 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> GSM30042 5 0.3242 0.69978 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM30043 3 0.1732 0.89484 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> GSM30044 1 0.0404 0.88113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM30045 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30046 1 0.0404 0.88113 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> GSM30047 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30048 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30049 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30051 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.4300 0.03398 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM30054 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30056 2 0.0794 0.80139 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30057 3 0.3837 0.66605 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> GSM30058 5 0.3242 0.59802 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM30059 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30060 2 0.1043 0.79578 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30061 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30062 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30063 2 0.0963 0.79786 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> GSM30064 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30066 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30068 3 0.3003 0.82069 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> GSM30069 2 0.4304 0.00181 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> GSM30070 2 0.4150 0.24904 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> GSM30071 2 0.4201 0.23736 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> GSM30072 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30073 4 0.1043 0.86508 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM30074 2 0.0794 0.80139 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30075 2 0.0510 0.79616 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> GSM30076 4 0.2690 0.77154 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> GSM30077 1 0.4114 0.33242 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> GSM30078 1 0.4242 0.17067 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 4 0.3305 0.64121 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> GSM30081 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30086 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30087 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30088 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30089 4 0.1043 0.86508 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> GSM30090 2 0.4300 0.03398 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> GSM30091 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30093 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30094 5 0.4101 0.42420 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> GSM30095 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30098 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30099 2 0.0794 0.80139 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30100 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30101 5 0.3534 0.53507 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> GSM30102 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30103 4 0.0510 0.88223 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> GSM30104 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.2179 0.78565 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM30107 4 0.0963 0.86965 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> GSM30108 2 0.0794 0.80139 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30109 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30110 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30111 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30112 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30113 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30114 2 0.3143 0.56026 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> GSM30115 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30116 5 0.3305 0.69226 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> GSM30117 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30118 2 0.1043 0.79578 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30119 5 0.3242 0.69978 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> GSM30120 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30122 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30123 2 0.0794 0.80139 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> GSM30177 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30179 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30180 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30181 2 0.0963 0.77906 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM30182 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30184 2 0.4262 0.16310 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> GSM30185 2 0.2516 0.64155 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> GSM30186 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30188 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30189 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30190 5 0.3242 0.59802 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> GSM30191 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30192 2 0.0162 0.80299 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30193 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30194 3 0.0000 0.93516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30195 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30196 1 0.0609 0.87955 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> GSM30197 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30198 1 0.3210 0.82266 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM30199 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30200 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30201 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30202 4 0.0290 0.88780 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> GSM30203 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 2 0.0162 0.80452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30206 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30207 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30209 2 0.0963 0.77902 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> GSM30210 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30211 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30212 1 0.0000 0.88307 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30213 4 0.4138 0.50219 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> GSM30214 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0162 0.88076 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> GSM30216 1 0.3895 0.41281 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> GSM30217 4 0.3612 0.65520 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> GSM30218 2 0.4138 0.25642 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> GSM30219 2 0.4256 0.17560 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> GSM30220 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30221 1 0.1121 0.85125 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> GSM30222 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30223 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30224 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30225 1 0.3242 0.82110 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> GSM30226 2 0.0000 0.80453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30227 1 0.3210 0.82266 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM30228 2 0.1043 0.79578 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> GSM30229 4 0.0000 0.89211 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.3860 -0.0403 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM30007 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30008 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.3647 0.6561 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> GSM30011 3 0.0865 0.8253 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM30012 3 0.3860 -0.0403 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM30013 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30014 5 0.3647 0.6561 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30016 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30017 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0865 0.6478 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> GSM30020 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30021 3 0.1075 0.8187 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM30022 6 0.3868 -0.0255 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> GSM30023 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30024 3 0.3198 0.5414 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> GSM30025 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30026 6 0.0363 0.9252 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> GSM30027 4 0.2793 0.7258 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> GSM30028 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30029 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30030 1 0.3817 0.2394 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> GSM30031 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30032 3 0.0260 0.8270 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> GSM30033 3 0.0260 0.8288 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30034 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30035 3 0.0146 0.8298 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30036 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30037 4 0.0937 0.9237 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30038 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30039 3 0.3860 -0.0403 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM30040 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30041 2 0.3647 0.4050 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.6832 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30043 5 0.1957 0.8398 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> GSM30044 1 0.2883 0.7154 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> GSM30045 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30046 1 0.3659 0.4296 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> GSM30047 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30048 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30049 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30050 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30051 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.3867 0.1000 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000 0.000
#> GSM30054 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30055 3 0.0000 0.8296 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30056 3 0.0713 0.8261 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.3864 0.4878 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> GSM30058 2 0.0260 0.6793 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM30059 1 0.3351 0.6057 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000
#> GSM30060 3 0.1075 0.8161 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM30061 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30062 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30063 3 0.1007 0.8213 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM30064 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30065 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30068 5 0.3647 0.6561 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> GSM30069 2 0.3860 0.1477 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> GSM30070 3 0.3804 0.0710 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000
#> GSM30071 3 0.4057 0.2326 0.000 0.008 0.556 0.436 0.000 0.000
#> GSM30072 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30073 4 0.0937 0.9237 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30074 3 0.0865 0.8253 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM30075 3 0.0458 0.8227 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> GSM30076 4 0.3244 0.6171 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000
#> GSM30077 1 0.2762 0.7156 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> GSM30078 1 0.2854 0.6991 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30080 4 0.2969 0.6944 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> GSM30081 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30086 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30087 1 0.0146 0.9356 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> GSM30088 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30089 4 0.0937 0.9237 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> GSM30090 2 0.3867 0.1177 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000 0.000
#> GSM30091 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30092 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30093 3 0.0000 0.8296 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30094 2 0.2597 0.6507 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> GSM30095 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30096 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30097 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30098 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30099 3 0.0713 0.8261 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM30100 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30101 2 0.1075 0.6322 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> GSM30102 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> GSM30103 4 0.0458 0.9414 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM30104 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30105 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30106 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30107 4 0.1444 0.8819 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> GSM30108 3 0.0865 0.8253 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> GSM30109 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30111 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30112 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30113 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30114 3 0.3271 0.5511 0.000 0.008 0.760 0.232 0.000 0.000
#> GSM30115 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30116 2 0.0547 0.6840 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> GSM30117 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30118 3 0.1075 0.8180 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.6832 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30120 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30121 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30122 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30123 3 0.0713 0.8261 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> GSM30177 3 0.0000 0.8296 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30178 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30179 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30180 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30181 3 0.0865 0.8061 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30182 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30184 3 0.3866 -0.0827 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> GSM30185 3 0.2513 0.6718 0.000 0.008 0.852 0.140 0.000 0.000
#> GSM30186 3 0.0000 0.8296 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30187 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30188 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30189 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30190 2 0.0260 0.6793 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> GSM30191 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30192 3 0.0146 0.8288 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> GSM30193 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30194 5 0.0000 0.8951 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> GSM30195 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30196 6 0.3706 0.3487 0.380 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620
#> GSM30197 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30198 6 0.0146 0.9322 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> GSM30199 3 0.0000 0.8296 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30200 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30201 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30202 4 0.0260 0.9454 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30203 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30204 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30205 3 0.0146 0.8302 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30206 1 0.2793 0.7306 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> GSM30207 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30208 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30209 3 0.0865 0.8061 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> GSM30210 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30211 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30212 1 0.3221 0.6320 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> GSM30213 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30214 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30215 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30216 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30217 4 0.3499 0.5282 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000
#> GSM30218 3 0.3607 0.3395 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> GSM30219 3 0.3860 -0.0603 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> GSM30220 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.9387 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30222 4 0.2793 0.7333 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> GSM30223 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30224 6 0.0000 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> GSM30225 6 0.0632 0.9140 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> GSM30226 3 0.0000 0.8296 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30227 6 0.0937 0.8965 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> GSM30228 3 0.1007 0.8197 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> GSM30229 4 0.0000 0.9517 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> ATC:pam 165 0.1199 2
#> ATC:pam 126 0.0963 3
#> ATC:pam 154 0.4675 4
#> ATC:pam 150 0.7065 5
#> ATC:pam 150 0.4832 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.796 0.899 0.921 0.4678 0.500 0.500
#> 3 3 0.446 0.744 0.780 0.2021 0.942 0.890
#> 4 4 0.717 0.736 0.857 0.1578 0.757 0.561
#> 5 5 0.655 0.751 0.845 0.0633 0.900 0.747
#> 6 6 0.615 0.652 0.770 0.0765 0.967 0.903
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30007 1 0.7528 0.7199 0.784 0.216
#> GSM30008 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30009 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30010 2 0.0376 0.9254 0.004 0.996
#> GSM30011 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30012 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30013 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30014 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30016 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30017 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30020 1 0.5946 0.8194 0.856 0.144
#> GSM30021 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30022 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30023 2 0.4562 0.9583 0.096 0.904
#> GSM30024 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30025 2 0.5519 0.9244 0.128 0.872
#> GSM30026 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30027 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30028 2 0.4022 0.9708 0.080 0.920
#> GSM30029 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.4298 0.8677 0.912 0.088
#> GSM30031 1 0.2236 0.9073 0.964 0.036
#> GSM30032 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30033 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30034 1 0.7453 0.7320 0.788 0.212
#> GSM30035 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30036 1 0.4939 0.8565 0.892 0.108
#> GSM30037 2 0.5294 0.9314 0.120 0.880
#> GSM30038 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30039 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30040 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30042 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30043 2 0.0376 0.9252 0.004 0.996
#> GSM30044 1 0.2236 0.9073 0.964 0.036
#> GSM30045 1 0.3431 0.8920 0.936 0.064
#> GSM30046 1 0.1633 0.9126 0.976 0.024
#> GSM30047 1 0.9983 0.0726 0.524 0.476
#> GSM30048 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.4815 0.9502 0.104 0.896
#> GSM30051 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30053 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30054 2 0.0376 0.9252 0.004 0.996
#> GSM30055 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30056 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30057 2 0.0376 0.9252 0.004 0.996
#> GSM30058 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30059 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30060 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30061 2 0.4431 0.9619 0.092 0.908
#> GSM30062 1 0.3431 0.8906 0.936 0.064
#> GSM30063 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30064 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30065 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30066 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30068 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30070 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30071 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30072 1 0.4298 0.8740 0.912 0.088
#> GSM30073 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30074 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30075 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30076 1 0.2948 0.8988 0.948 0.052
#> GSM30077 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30078 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30079 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30081 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30087 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30089 2 0.4298 0.9648 0.088 0.912
#> GSM30090 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30091 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30092 1 0.3733 0.8854 0.928 0.072
#> GSM30093 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30094 2 0.0672 0.9283 0.008 0.992
#> GSM30095 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.9998 0.0431 0.508 0.492
#> GSM30097 1 0.2043 0.9096 0.968 0.032
#> GSM30098 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30100 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0672 0.9283 0.008 0.992
#> GSM30102 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30103 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30104 1 0.9963 0.1491 0.536 0.464
#> GSM30105 1 0.4298 0.8700 0.912 0.088
#> GSM30106 1 0.9909 0.2383 0.556 0.444
#> GSM30107 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30108 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30109 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.2043 0.9092 0.968 0.032
#> GSM30111 1 0.3114 0.8952 0.944 0.056
#> GSM30112 2 0.4431 0.9623 0.092 0.908
#> GSM30113 2 0.1414 0.9367 0.020 0.980
#> GSM30114 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30115 2 0.4431 0.9615 0.092 0.908
#> GSM30116 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30117 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30118 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30119 2 0.3584 0.9685 0.068 0.932
#> GSM30120 2 0.4431 0.9615 0.092 0.908
#> GSM30121 1 0.4161 0.8779 0.916 0.084
#> GSM30122 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30123 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30177 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30178 1 0.0672 0.9181 0.992 0.008
#> GSM30179 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30180 2 0.7674 0.7881 0.224 0.776
#> GSM30181 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30182 1 0.3114 0.8966 0.944 0.056
#> GSM30183 1 0.3879 0.8802 0.924 0.076
#> GSM30184 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30185 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30186 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30187 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30188 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.0376 0.9193 0.996 0.004
#> GSM30190 2 0.0938 0.9312 0.012 0.988
#> GSM30191 2 0.4939 0.9462 0.108 0.892
#> GSM30192 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30193 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30194 2 0.0000 0.9219 0.000 1.000
#> GSM30195 2 0.7528 0.8039 0.216 0.784
#> GSM30196 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30198 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30200 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.9954 0.1572 0.540 0.460
#> GSM30203 1 0.9635 0.3978 0.612 0.388
#> GSM30204 1 0.1843 0.9110 0.972 0.028
#> GSM30205 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30206 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.0376 0.9193 0.996 0.004
#> GSM30208 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30209 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30210 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.9580 0.4049 0.620 0.380
#> GSM30214 1 0.8713 0.6034 0.708 0.292
#> GSM30215 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30216 1 0.8016 0.6896 0.756 0.244
#> GSM30217 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30218 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30219 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30220 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30222 1 0.7815 0.7016 0.768 0.232
#> GSM30223 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.4022 0.9711 0.080 0.920
#> GSM30227 1 0.0000 0.9205 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.3879 0.9728 0.076 0.924
#> GSM30229 2 0.4298 0.9654 0.088 0.912
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.1411 0.7960 0.000 0.964 NA
#> GSM30007 1 0.5012 0.6571 0.788 0.204 NA
#> GSM30008 1 0.4974 0.8327 0.764 0.000 NA
#> GSM30009 1 0.0661 0.8315 0.988 0.004 NA
#> GSM30010 2 0.6274 0.6462 0.000 0.544 NA
#> GSM30011 2 0.1163 0.7951 0.000 0.972 NA
#> GSM30012 2 0.3686 0.7671 0.000 0.860 NA
#> GSM30013 2 0.5884 0.7709 0.148 0.788 NA
#> GSM30014 2 0.6291 0.6427 0.000 0.532 NA
#> GSM30015 1 0.5363 0.8252 0.724 0.000 NA
#> GSM30016 2 0.2703 0.7932 0.016 0.928 NA
#> GSM30017 1 0.4346 0.8381 0.816 0.000 NA
#> GSM30018 1 0.3267 0.8429 0.884 0.000 NA
#> GSM30019 2 0.5327 0.7392 0.000 0.728 NA
#> GSM30020 1 0.6033 0.8069 0.660 0.004 NA
#> GSM30021 2 0.3686 0.7671 0.000 0.860 NA
#> GSM30022 1 0.0000 0.8340 1.000 0.000 NA
#> GSM30023 2 0.7146 0.6592 0.264 0.676 NA
#> GSM30024 2 0.1163 0.7966 0.000 0.972 NA
#> GSM30025 2 0.5956 0.5972 0.324 0.672 NA
#> GSM30026 1 0.0592 0.8324 0.988 0.012 NA
#> GSM30027 2 0.2434 0.8004 0.024 0.940 NA
#> GSM30028 2 0.7146 0.6592 0.264 0.676 NA
#> GSM30029 1 0.2959 0.8439 0.900 0.000 NA
#> GSM30030 1 0.1453 0.8268 0.968 0.024 NA
#> GSM30031 1 0.5810 0.8088 0.664 0.000 NA
#> GSM30032 2 0.4458 0.7988 0.080 0.864 NA
#> GSM30033 2 0.3472 0.8040 0.056 0.904 NA
#> GSM30034 1 0.1950 0.8204 0.952 0.040 NA
#> GSM30035 2 0.3325 0.8026 0.076 0.904 NA
#> GSM30036 1 0.4099 0.7356 0.852 0.140 NA
#> GSM30037 2 0.5292 0.6977 0.228 0.764 NA
#> GSM30038 2 0.2173 0.7922 0.008 0.944 NA
#> GSM30039 2 0.2261 0.7913 0.000 0.932 NA
#> GSM30040 2 0.6267 0.6406 0.000 0.548 NA
#> GSM30041 2 0.1919 0.8055 0.024 0.956 NA
#> GSM30042 2 0.3879 0.7819 0.000 0.848 NA
#> GSM30043 2 0.6260 0.6432 0.000 0.552 NA
#> GSM30044 1 0.5621 0.8180 0.692 0.000 NA
#> GSM30045 1 0.6527 0.8088 0.660 0.020 NA
#> GSM30046 1 0.5835 0.8069 0.660 0.000 NA
#> GSM30047 2 0.6777 0.4882 0.364 0.616 NA
#> GSM30048 1 0.5138 0.8299 0.748 0.000 NA
#> GSM30049 2 0.6267 0.6406 0.000 0.548 NA
#> GSM30050 2 0.6322 0.6481 0.276 0.700 NA
#> GSM30051 2 0.6260 0.6432 0.000 0.552 NA
#> GSM30052 1 0.2339 0.8390 0.940 0.012 NA
#> GSM30053 2 0.3340 0.7893 0.000 0.880 NA
#> GSM30054 2 0.6274 0.6404 0.000 0.544 NA
#> GSM30055 2 0.3623 0.8017 0.072 0.896 NA
#> GSM30056 2 0.2947 0.8048 0.060 0.920 NA
#> GSM30057 2 0.6244 0.6502 0.000 0.560 NA
#> GSM30058 2 0.6402 0.7710 0.056 0.744 NA
#> GSM30059 2 0.6965 0.6758 0.244 0.696 NA
#> GSM30060 2 0.4902 0.8067 0.064 0.844 NA
#> GSM30061 2 0.5443 0.6682 0.260 0.736 NA
#> GSM30062 1 0.7671 0.2802 0.568 0.380 NA
#> GSM30063 2 0.4475 0.8002 0.064 0.864 NA
#> GSM30064 1 0.5216 0.8282 0.740 0.000 NA
#> GSM30065 2 0.3764 0.7997 0.040 0.892 NA
#> GSM30066 2 0.6267 0.6406 0.000 0.548 NA
#> GSM30067 1 0.5706 0.8139 0.680 0.000 NA
#> GSM30068 2 0.6274 0.6458 0.000 0.544 NA
#> GSM30069 2 0.2261 0.7915 0.000 0.932 NA
#> GSM30070 2 0.1643 0.7903 0.000 0.956 NA
#> GSM30071 2 0.4921 0.8009 0.072 0.844 NA
#> GSM30072 1 0.7528 0.7862 0.648 0.072 NA
#> GSM30073 2 0.5891 0.7545 0.168 0.780 NA
#> GSM30074 2 0.3551 0.7672 0.000 0.868 NA
#> GSM30075 2 0.3678 0.8017 0.080 0.892 NA
#> GSM30076 1 0.6449 0.8191 0.740 0.056 NA
#> GSM30077 1 0.5024 0.8350 0.776 0.004 NA
#> GSM30078 1 0.1031 0.8390 0.976 0.000 NA
#> GSM30079 1 0.0424 0.8360 0.992 0.000 NA
#> GSM30080 2 0.3045 0.7923 0.020 0.916 NA
#> GSM30081 2 0.6267 0.6406 0.000 0.548 NA
#> GSM30086 2 0.3499 0.8024 0.072 0.900 NA
#> GSM30087 1 0.3551 0.8423 0.868 0.000 NA
#> GSM30088 1 0.0237 0.8331 0.996 0.000 NA
#> GSM30089 2 0.5253 0.7426 0.188 0.792 NA
#> GSM30090 2 0.1753 0.7987 0.000 0.952 NA
#> GSM30091 2 0.6291 0.6350 0.000 0.532 NA
#> GSM30092 1 0.8399 0.6382 0.620 0.220 NA
#> GSM30093 2 0.3237 0.8049 0.056 0.912 NA
#> GSM30094 2 0.5431 0.7463 0.000 0.716 NA
#> GSM30095 2 0.6274 0.6390 0.000 0.544 NA
#> GSM30096 1 0.7353 0.2378 0.568 0.396 NA
#> GSM30097 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30098 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30099 2 0.3406 0.8041 0.068 0.904 NA
#> GSM30100 2 0.6267 0.6406 0.000 0.548 NA
#> GSM30101 2 0.6204 0.6571 0.000 0.576 NA
#> GSM30102 2 0.3406 0.8029 0.068 0.904 NA
#> GSM30103 2 0.4473 0.7652 0.164 0.828 NA
#> GSM30104 2 0.5678 0.5780 0.316 0.684 NA
#> GSM30105 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30106 2 0.8342 0.0613 0.456 0.464 NA
#> GSM30107 1 0.0983 0.8303 0.980 0.016 NA
#> GSM30108 2 0.3340 0.7704 0.000 0.880 NA
#> GSM30109 1 0.5216 0.8282 0.740 0.000 NA
#> GSM30110 1 0.5835 0.8069 0.660 0.000 NA
#> GSM30111 1 0.6665 0.5512 0.688 0.276 NA
#> GSM30112 2 0.6967 0.6251 0.288 0.668 NA
#> GSM30113 2 0.6252 0.6510 0.000 0.556 NA
#> GSM30114 2 0.4658 0.8023 0.068 0.856 NA
#> GSM30115 2 0.7097 0.6461 0.280 0.668 NA
#> GSM30116 2 0.5891 0.7735 0.036 0.764 NA
#> GSM30117 2 0.4634 0.7647 0.164 0.824 NA
#> GSM30118 2 0.4290 0.8018 0.064 0.872 NA
#> GSM30119 2 0.5138 0.7580 0.000 0.748 NA
#> GSM30120 2 0.6375 0.6901 0.244 0.720 NA
#> GSM30121 1 0.7411 0.5847 0.668 0.256 NA
#> GSM30122 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30123 2 0.2651 0.8050 0.060 0.928 NA
#> GSM30177 2 0.3461 0.8027 0.076 0.900 NA
#> GSM30178 1 0.1129 0.8386 0.976 0.004 NA
#> GSM30179 1 0.4291 0.8401 0.820 0.000 NA
#> GSM30180 2 0.6386 0.3847 0.412 0.584 NA
#> GSM30181 2 0.3832 0.8006 0.076 0.888 NA
#> GSM30182 1 0.6624 0.8183 0.708 0.044 NA
#> GSM30183 1 0.5810 0.8083 0.664 0.000 NA
#> GSM30184 2 0.0983 0.7991 0.004 0.980 NA
#> GSM30185 2 0.3670 0.7988 0.092 0.888 NA
#> GSM30186 2 0.2947 0.8048 0.060 0.920 NA
#> GSM30187 1 0.1753 0.8415 0.952 0.000 NA
#> GSM30188 1 0.5216 0.8282 0.740 0.000 NA
#> GSM30189 1 0.4291 0.7388 0.840 0.152 NA
#> GSM30190 2 0.6045 0.6848 0.000 0.620 NA
#> GSM30191 2 0.4862 0.7653 0.160 0.820 NA
#> GSM30192 2 0.3802 0.7995 0.080 0.888 NA
#> GSM30193 1 0.5678 0.8155 0.684 0.000 NA
#> GSM30194 2 0.6274 0.6390 0.000 0.544 NA
#> GSM30195 2 0.6416 0.6110 0.304 0.676 NA
#> GSM30196 1 0.5216 0.8282 0.740 0.000 NA
#> GSM30197 1 0.5810 0.8083 0.664 0.000 NA
#> GSM30198 1 0.5810 0.8083 0.664 0.000 NA
#> GSM30199 2 0.4475 0.8002 0.064 0.864 NA
#> GSM30200 1 0.5785 0.8097 0.668 0.000 NA
#> GSM30201 1 0.0747 0.8375 0.984 0.000 NA
#> GSM30202 2 0.6822 0.1540 0.480 0.508 NA
#> GSM30203 1 0.6282 0.4102 0.664 0.324 NA
#> GSM30204 1 0.0237 0.8349 0.996 0.004 NA
#> GSM30205 2 0.3456 0.8036 0.060 0.904 NA
#> GSM30206 1 0.2774 0.8147 0.920 0.072 NA
#> GSM30207 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30208 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30209 2 0.3713 0.8010 0.076 0.892 NA
#> GSM30210 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30211 1 0.5216 0.8282 0.740 0.000 NA
#> GSM30212 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30213 2 0.6823 0.1527 0.484 0.504 NA
#> GSM30214 1 0.5202 0.6244 0.772 0.220 NA
#> GSM30215 1 0.1711 0.8254 0.960 0.032 NA
#> GSM30216 1 0.6890 0.7950 0.632 0.028 NA
#> GSM30217 1 0.1774 0.8350 0.960 0.016 NA
#> GSM30218 2 0.4475 0.8002 0.064 0.864 NA
#> GSM30219 2 0.4709 0.8023 0.056 0.852 NA
#> GSM30220 1 0.1315 0.8277 0.972 0.020 NA
#> GSM30221 1 0.0592 0.8332 0.988 0.000 NA
#> GSM30222 1 0.4796 0.6284 0.780 0.220 NA
#> GSM30223 1 0.5810 0.8083 0.664 0.000 NA
#> GSM30224 1 0.1163 0.8400 0.972 0.000 NA
#> GSM30225 1 0.5810 0.8083 0.664 0.000 NA
#> GSM30226 2 0.4384 0.8009 0.068 0.868 NA
#> GSM30227 1 0.5810 0.8083 0.664 0.000 NA
#> GSM30228 2 0.3899 0.8066 0.056 0.888 NA
#> GSM30229 2 0.6108 0.6961 0.240 0.732 NA
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.0895 0.71669 0.000 0.976 0.020 0.004
#> GSM30007 1 0.4273 0.76954 0.820 0.136 0.008 0.036
#> GSM30008 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30009 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30010 3 0.3505 0.82938 0.000 0.088 0.864 0.048
#> GSM30011 2 0.1109 0.71681 0.004 0.968 0.028 0.000
#> GSM30012 2 0.3693 0.61732 0.000 0.856 0.072 0.072
#> GSM30013 2 0.2635 0.69344 0.076 0.904 0.000 0.020
#> GSM30014 3 0.2011 0.86928 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM30015 1 0.1004 0.90479 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM30016 2 0.0188 0.71180 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30017 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30018 1 0.0707 0.90596 0.980 0.000 0.000 0.020
#> GSM30019 3 0.4967 0.29341 0.000 0.452 0.548 0.000
#> GSM30020 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30021 2 0.3805 0.61912 0.004 0.856 0.068 0.072
#> GSM30022 1 0.1209 0.90473 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM30023 2 0.5803 0.26654 0.328 0.632 0.008 0.032
#> GSM30024 2 0.2489 0.72138 0.000 0.912 0.020 0.068
#> GSM30025 1 0.7937 -0.10993 0.456 0.244 0.008 0.292
#> GSM30026 1 0.1356 0.90406 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM30027 2 0.1520 0.71971 0.000 0.956 0.020 0.024
#> GSM30028 2 0.5599 0.22808 0.352 0.616 0.000 0.032
#> GSM30029 1 0.0779 0.90634 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM30030 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30031 1 0.1004 0.90480 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM30032 4 0.3219 0.81157 0.000 0.112 0.020 0.868
#> GSM30033 2 0.4245 0.67965 0.000 0.784 0.020 0.196
#> GSM30034 1 0.1878 0.89948 0.944 0.008 0.008 0.040
#> GSM30035 2 0.5716 0.56734 0.016 0.644 0.020 0.320
#> GSM30036 1 0.3945 0.81600 0.852 0.076 0.008 0.064
#> GSM30037 2 0.3466 0.69108 0.084 0.876 0.020 0.020
#> GSM30038 2 0.1284 0.70046 0.012 0.964 0.024 0.000
#> GSM30039 2 0.1302 0.70010 0.000 0.956 0.044 0.000
#> GSM30040 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30041 2 0.2635 0.72178 0.000 0.904 0.020 0.076
#> GSM30042 2 0.1211 0.71211 0.000 0.960 0.040 0.000
#> GSM30043 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30044 1 0.1004 0.90480 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM30045 1 0.1022 0.90405 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM30046 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30047 1 0.4898 0.25208 0.584 0.416 0.000 0.000
#> GSM30048 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30049 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30050 2 0.5020 0.49482 0.232 0.736 0.020 0.012
#> GSM30051 3 0.1792 0.87158 0.000 0.068 0.932 0.000
#> GSM30052 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30053 2 0.2329 0.67822 0.000 0.916 0.072 0.012
#> GSM30054 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30055 2 0.3501 0.70948 0.000 0.848 0.020 0.132
#> GSM30056 2 0.5262 0.58879 0.004 0.672 0.020 0.304
#> GSM30057 3 0.2011 0.86928 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM30058 3 0.7254 0.20400 0.000 0.300 0.524 0.176
#> GSM30059 4 0.5456 0.73171 0.100 0.112 0.020 0.768
#> GSM30060 4 0.4088 0.78478 0.000 0.140 0.040 0.820
#> GSM30061 4 0.7628 0.24548 0.408 0.156 0.008 0.428
#> GSM30062 1 0.0592 0.90630 0.984 0.000 0.000 0.016
#> GSM30063 4 0.3219 0.81157 0.000 0.112 0.020 0.868
#> GSM30064 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30065 2 0.0376 0.71078 0.000 0.992 0.004 0.004
#> GSM30066 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30067 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30068 3 0.2011 0.86928 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM30069 2 0.0707 0.71571 0.000 0.980 0.020 0.000
#> GSM30070 2 0.0817 0.69827 0.000 0.976 0.024 0.000
#> GSM30071 2 0.3312 0.67046 0.028 0.892 0.044 0.036
#> GSM30072 1 0.1022 0.90407 0.968 0.000 0.000 0.032
#> GSM30073 4 0.5145 0.75111 0.080 0.112 0.020 0.788
#> GSM30074 2 0.3927 0.62135 0.012 0.856 0.060 0.072
#> GSM30075 2 0.6043 0.39508 0.016 0.552 0.020 0.412
#> GSM30076 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30077 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30078 1 0.0779 0.90639 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM30079 1 0.1209 0.90473 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM30080 2 0.0927 0.70469 0.008 0.976 0.016 0.000
#> GSM30081 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30086 2 0.2843 0.72081 0.000 0.892 0.020 0.088
#> GSM30087 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30088 1 0.1356 0.90406 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM30089 2 0.2635 0.69715 0.076 0.904 0.020 0.000
#> GSM30090 2 0.2489 0.72138 0.000 0.912 0.020 0.068
#> GSM30091 3 0.2198 0.86804 0.000 0.072 0.920 0.008
#> GSM30092 1 0.2197 0.87730 0.928 0.048 0.000 0.024
#> GSM30093 2 0.3658 0.70629 0.000 0.836 0.020 0.144
#> GSM30094 3 0.5944 0.59866 0.000 0.140 0.696 0.164
#> GSM30095 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30096 1 0.4730 0.45347 0.636 0.000 0.000 0.364
#> GSM30097 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30098 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30099 2 0.5955 0.39260 0.004 0.552 0.032 0.412
#> GSM30100 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30101 3 0.2011 0.86928 0.000 0.080 0.920 0.000
#> GSM30102 2 0.4770 0.67805 0.012 0.764 0.020 0.204
#> GSM30103 2 0.7077 0.47347 0.096 0.580 0.020 0.304
#> GSM30104 1 0.6206 0.36876 0.632 0.280 0.000 0.088
#> GSM30105 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30106 1 0.5392 0.59951 0.724 0.204 0.000 0.072
#> GSM30107 1 0.1209 0.90473 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM30108 2 0.3855 0.62589 0.012 0.860 0.060 0.068
#> GSM30109 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30110 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30111 1 0.0188 0.90704 0.996 0.000 0.000 0.004
#> GSM30112 1 0.7429 0.13036 0.532 0.116 0.020 0.332
#> GSM30113 3 0.3548 0.83112 0.000 0.068 0.864 0.068
#> GSM30114 2 0.3576 0.66094 0.028 0.880 0.044 0.048
#> GSM30115 1 0.7075 0.00289 0.476 0.440 0.040 0.044
#> GSM30116 3 0.7723 -0.04338 0.000 0.348 0.420 0.232
#> GSM30117 2 0.7194 0.41867 0.096 0.552 0.020 0.332
#> GSM30118 4 0.5383 0.45009 0.000 0.292 0.036 0.672
#> GSM30119 2 0.6316 0.37185 0.000 0.596 0.324 0.080
#> GSM30120 2 0.6365 0.08997 0.436 0.516 0.024 0.024
#> GSM30121 1 0.2742 0.85344 0.900 0.076 0.000 0.024
#> GSM30122 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30123 2 0.5628 0.56427 0.004 0.644 0.032 0.320
#> GSM30177 2 0.5696 0.57274 0.016 0.648 0.020 0.316
#> GSM30178 1 0.1109 0.90525 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM30179 1 0.1356 0.90406 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM30180 1 0.6490 0.52274 0.652 0.112 0.008 0.228
#> GSM30181 2 0.5736 0.56128 0.016 0.640 0.020 0.324
#> GSM30182 1 0.1406 0.90020 0.960 0.016 0.000 0.024
#> GSM30183 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30184 2 0.3149 0.71959 0.000 0.880 0.032 0.088
#> GSM30185 2 0.5654 0.64196 0.032 0.700 0.020 0.248
#> GSM30186 2 0.5450 0.60295 0.012 0.676 0.020 0.292
#> GSM30187 1 0.1356 0.90406 0.960 0.000 0.008 0.032
#> GSM30188 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30189 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30190 3 0.2737 0.84755 0.000 0.104 0.888 0.008
#> GSM30191 2 0.6035 0.62107 0.112 0.704 0.008 0.176
#> GSM30192 2 0.5130 0.57687 0.000 0.668 0.020 0.312
#> GSM30193 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30194 3 0.1557 0.87090 0.000 0.056 0.944 0.000
#> GSM30195 2 0.5414 0.25743 0.376 0.604 0.020 0.000
#> GSM30196 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30197 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30198 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30199 4 0.3219 0.81157 0.000 0.112 0.020 0.868
#> GSM30200 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30201 1 0.1209 0.90473 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM30202 1 0.4711 0.68358 0.740 0.024 0.000 0.236
#> GSM30203 1 0.5212 0.34639 0.572 0.000 0.008 0.420
#> GSM30204 1 0.1722 0.89852 0.944 0.000 0.008 0.048
#> GSM30205 2 0.4882 0.62051 0.000 0.708 0.020 0.272
#> GSM30206 1 0.1724 0.89994 0.948 0.020 0.000 0.032
#> GSM30207 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30208 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30209 2 0.5193 0.56343 0.000 0.656 0.020 0.324
#> GSM30210 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30211 1 0.0817 0.90533 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30212 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30213 1 0.5602 0.64931 0.720 0.040 0.020 0.220
#> GSM30214 1 0.2917 0.86674 0.904 0.048 0.008 0.040
#> GSM30215 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30216 1 0.1004 0.90479 0.972 0.000 0.004 0.024
#> GSM30217 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30218 4 0.3547 0.81262 0.008 0.112 0.020 0.860
#> GSM30219 2 0.5947 0.55853 0.000 0.628 0.060 0.312
#> GSM30220 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30221 1 0.1452 0.90339 0.956 0.000 0.008 0.036
#> GSM30222 1 0.2739 0.87556 0.912 0.044 0.008 0.036
#> GSM30223 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30224 1 0.1209 0.90473 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM30225 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30226 4 0.3902 0.80322 0.012 0.128 0.020 0.840
#> GSM30227 1 0.1151 0.90388 0.968 0.000 0.008 0.024
#> GSM30228 2 0.4037 0.71272 0.000 0.832 0.056 0.112
#> GSM30229 2 0.6170 0.57035 0.044 0.648 0.020 0.288
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 5 0.4242 0.359 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572
#> GSM30007 4 0.3531 0.842 0.016 0.152 0.000 0.820 0.012
#> GSM30008 4 0.0404 0.871 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> GSM30009 4 0.1588 0.873 0.016 0.028 0.000 0.948 0.008
#> GSM30010 3 0.1270 0.854 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> GSM30011 5 0.2813 0.806 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> GSM30012 5 0.2660 0.802 0.008 0.128 0.000 0.000 0.864
#> GSM30013 5 0.6655 0.392 0.020 0.176 0.000 0.268 0.536
#> GSM30014 3 0.1568 0.848 0.000 0.020 0.944 0.000 0.036
#> GSM30015 4 0.1278 0.871 0.016 0.004 0.000 0.960 0.020
#> GSM30016 5 0.2891 0.804 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM30017 4 0.0771 0.871 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> GSM30018 4 0.0740 0.875 0.004 0.008 0.000 0.980 0.008
#> GSM30019 3 0.4737 0.574 0.000 0.068 0.708 0.000 0.224
#> GSM30020 4 0.3396 0.842 0.028 0.004 0.000 0.832 0.136
#> GSM30021 5 0.2723 0.800 0.012 0.124 0.000 0.000 0.864
#> GSM30022 4 0.2312 0.872 0.016 0.060 0.000 0.912 0.012
#> GSM30023 4 0.6873 -0.157 0.020 0.164 0.000 0.412 0.404
#> GSM30024 2 0.3561 0.589 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> GSM30025 4 0.5202 0.510 0.032 0.392 0.000 0.568 0.008
#> GSM30026 4 0.1701 0.875 0.016 0.028 0.000 0.944 0.012
#> GSM30027 5 0.4430 0.286 0.004 0.456 0.000 0.000 0.540
#> GSM30028 4 0.6851 -0.156 0.020 0.160 0.000 0.412 0.408
#> GSM30029 4 0.1012 0.872 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020
#> GSM30030 4 0.2444 0.870 0.016 0.068 0.000 0.904 0.012
#> GSM30031 4 0.2786 0.856 0.020 0.012 0.000 0.884 0.084
#> GSM30032 1 0.1697 0.913 0.932 0.060 0.008 0.000 0.000
#> GSM30033 2 0.4130 0.666 0.020 0.776 0.020 0.000 0.184
#> GSM30034 4 0.2967 0.860 0.016 0.104 0.000 0.868 0.012
#> GSM30035 2 0.0451 0.763 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> GSM30036 4 0.3216 0.860 0.012 0.116 0.000 0.852 0.020
#> GSM30037 5 0.6869 0.222 0.004 0.328 0.000 0.264 0.404
#> GSM30038 5 0.2773 0.808 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM30039 5 0.2773 0.808 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM30040 3 0.0609 0.875 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30041 2 0.4658 0.195 0.000 0.576 0.016 0.000 0.408
#> GSM30042 5 0.2852 0.804 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> GSM30043 3 0.0162 0.877 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30044 4 0.1739 0.868 0.024 0.004 0.000 0.940 0.032
#> GSM30045 4 0.3531 0.845 0.040 0.016 0.000 0.844 0.100
#> GSM30046 4 0.2813 0.848 0.032 0.004 0.000 0.880 0.084
#> GSM30047 4 0.4810 0.708 0.008 0.160 0.000 0.740 0.092
#> GSM30048 4 0.0865 0.871 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM30049 3 0.0000 0.875 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> GSM30050 4 0.6561 0.191 0.004 0.292 0.000 0.496 0.208
#> GSM30051 3 0.0290 0.876 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> GSM30052 4 0.1525 0.874 0.012 0.036 0.000 0.948 0.004
#> GSM30053 5 0.2864 0.790 0.024 0.112 0.000 0.000 0.864
#> GSM30054 3 0.0290 0.876 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> GSM30055 2 0.4697 0.229 0.020 0.592 0.000 0.000 0.388
#> GSM30056 2 0.1186 0.766 0.008 0.964 0.020 0.000 0.008
#> GSM30057 3 0.0404 0.876 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM30058 3 0.6164 0.295 0.152 0.328 0.520 0.000 0.000
#> GSM30059 1 0.3013 0.809 0.876 0.028 0.008 0.084 0.004
#> GSM30060 1 0.2660 0.859 0.864 0.128 0.008 0.000 0.000
#> GSM30061 4 0.5897 0.676 0.152 0.200 0.000 0.636 0.012
#> GSM30062 4 0.2623 0.860 0.016 0.096 0.000 0.884 0.004
#> GSM30063 1 0.1557 0.910 0.940 0.052 0.008 0.000 0.000
#> GSM30064 4 0.0703 0.871 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> GSM30065 5 0.2891 0.804 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM30066 3 0.0162 0.877 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30067 4 0.1549 0.868 0.016 0.000 0.000 0.944 0.040
#> GSM30068 3 0.0404 0.876 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> GSM30069 5 0.3913 0.599 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> GSM30070 5 0.2773 0.808 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836
#> GSM30071 5 0.3273 0.777 0.036 0.112 0.000 0.004 0.848
#> GSM30072 4 0.2853 0.861 0.036 0.044 0.000 0.892 0.028
#> GSM30073 1 0.1243 0.894 0.960 0.028 0.008 0.004 0.000
#> GSM30074 5 0.2723 0.800 0.012 0.124 0.000 0.000 0.864
#> GSM30075 2 0.3826 0.568 0.236 0.752 0.008 0.000 0.004
#> GSM30076 4 0.2577 0.859 0.016 0.008 0.000 0.892 0.084
#> GSM30077 4 0.0671 0.872 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> GSM30078 4 0.0324 0.873 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> GSM30079 4 0.1740 0.874 0.012 0.056 0.000 0.932 0.000
#> GSM30080 5 0.2891 0.804 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> GSM30081 3 0.0162 0.877 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> GSM30086 2 0.3662 0.586 0.004 0.744 0.000 0.000 0.252
#> GSM30087 4 0.0451 0.872 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> GSM30088 4 0.1018 0.872 0.016 0.000 0.000 0.968 0.016
#> GSM30089 5 0.6594 0.387 0.012 0.188 0.000 0.276 0.524
#> GSM30090 2 0.4451 0.411 0.000 0.644 0.016 0.000 0.340
#> GSM30091 3 0.0290 0.875 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> GSM30092 4 0.3869 0.805 0.012 0.080 0.000 0.824 0.084
#> GSM30093 2 0.3476 0.679 0.000 0.804 0.020 0.000 0.176
#> GSM30094 3 0.4359 0.685 0.188 0.052 0.756 0.000 0.004
#> GSM30095 3 0.0609 0.875 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30096 4 0.5018 0.645 0.284 0.052 0.000 0.660 0.004
#> GSM30097 4 0.2962 0.861 0.016 0.096 0.000 0.872 0.016
#> GSM30098 4 0.2962 0.861 0.016 0.096 0.000 0.872 0.016
#> GSM30099 2 0.3455 0.628 0.208 0.784 0.008 0.000 0.000
#> GSM30100 3 0.0609 0.875 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30101 3 0.0510 0.874 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> GSM30102 2 0.1981 0.757 0.000 0.920 0.016 0.000 0.064
#> GSM30103 2 0.4461 0.436 0.028 0.756 0.000 0.192 0.024
#> GSM30104 4 0.4661 0.787 0.036 0.208 0.000 0.736 0.020
#> GSM30105 4 0.2859 0.860 0.016 0.096 0.000 0.876 0.012
#> GSM30106 4 0.5686 0.658 0.036 0.104 0.000 0.688 0.172
#> GSM30107 4 0.2645 0.863 0.012 0.096 0.000 0.884 0.008
#> GSM30108 5 0.2660 0.802 0.008 0.128 0.000 0.000 0.864
#> GSM30109 4 0.1310 0.869 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024
#> GSM30110 4 0.2813 0.848 0.032 0.004 0.000 0.880 0.084
#> GSM30111 4 0.2865 0.857 0.008 0.132 0.000 0.856 0.004
#> GSM30112 4 0.5679 0.607 0.300 0.052 0.008 0.624 0.016
#> GSM30113 3 0.2605 0.773 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> GSM30114 5 0.3051 0.788 0.028 0.120 0.000 0.000 0.852
#> GSM30115 4 0.6792 0.194 0.044 0.108 0.000 0.496 0.352
#> GSM30116 3 0.5988 0.192 0.100 0.388 0.508 0.000 0.004
#> GSM30117 2 0.2277 0.697 0.016 0.916 0.000 0.052 0.016
#> GSM30118 1 0.3980 0.653 0.708 0.284 0.008 0.000 0.000
#> GSM30119 3 0.6048 0.475 0.012 0.148 0.612 0.000 0.228
#> GSM30120 4 0.6632 0.144 0.032 0.108 0.000 0.492 0.368
#> GSM30121 4 0.3068 0.846 0.016 0.028 0.000 0.872 0.084
#> GSM30122 4 0.2689 0.865 0.016 0.084 0.000 0.888 0.012
#> GSM30123 2 0.1012 0.765 0.012 0.968 0.020 0.000 0.000
#> GSM30177 2 0.0404 0.760 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> GSM30178 4 0.2289 0.870 0.012 0.080 0.000 0.904 0.004
#> GSM30179 4 0.2082 0.877 0.016 0.024 0.000 0.928 0.032
#> GSM30180 4 0.5091 0.807 0.128 0.112 0.004 0.740 0.016
#> GSM30181 2 0.1869 0.763 0.036 0.936 0.016 0.000 0.012
#> GSM30182 4 0.2635 0.857 0.016 0.008 0.000 0.888 0.088
#> GSM30183 4 0.2522 0.854 0.024 0.004 0.000 0.896 0.076
#> GSM30184 2 0.4104 0.630 0.000 0.748 0.032 0.000 0.220
#> GSM30185 2 0.4443 0.688 0.116 0.796 0.004 0.028 0.056
#> GSM30186 2 0.1059 0.766 0.004 0.968 0.020 0.000 0.008
#> GSM30187 4 0.2116 0.871 0.008 0.076 0.000 0.912 0.004
#> GSM30188 4 0.0771 0.870 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> GSM30189 4 0.2748 0.865 0.016 0.096 0.000 0.880 0.008
#> GSM30190 3 0.1243 0.864 0.008 0.028 0.960 0.000 0.004
#> GSM30191 2 0.2522 0.699 0.004 0.896 0.000 0.076 0.024
#> GSM30192 2 0.1282 0.763 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> GSM30193 4 0.2270 0.868 0.020 0.012 0.000 0.916 0.052
#> GSM30194 3 0.0609 0.875 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> GSM30195 4 0.5365 0.675 0.020 0.152 0.000 0.708 0.120
#> GSM30196 4 0.0566 0.871 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> GSM30197 4 0.2110 0.859 0.016 0.000 0.000 0.912 0.072
#> GSM30198 4 0.2270 0.857 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076
#> GSM30199 1 0.1894 0.913 0.920 0.072 0.008 0.000 0.000
#> GSM30200 4 0.1310 0.869 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024
#> GSM30201 4 0.0798 0.872 0.016 0.000 0.000 0.976 0.008
#> GSM30202 4 0.4941 0.799 0.152 0.100 0.000 0.736 0.012
#> GSM30203 4 0.5598 0.633 0.268 0.092 0.000 0.632 0.008
#> GSM30204 4 0.1924 0.873 0.008 0.064 0.000 0.924 0.004
#> GSM30205 2 0.1894 0.755 0.008 0.920 0.000 0.000 0.072
#> GSM30206 4 0.1087 0.875 0.008 0.008 0.000 0.968 0.016
#> GSM30207 4 0.2859 0.860 0.016 0.096 0.000 0.876 0.012
#> GSM30208 4 0.2859 0.860 0.016 0.096 0.000 0.876 0.012
#> GSM30209 2 0.0898 0.763 0.008 0.972 0.020 0.000 0.000
#> GSM30210 4 0.2792 0.865 0.016 0.084 0.000 0.884 0.016
#> GSM30211 4 0.0865 0.871 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> GSM30212 4 0.2733 0.866 0.016 0.080 0.000 0.888 0.016
#> GSM30213 4 0.5108 0.795 0.132 0.108 0.008 0.740 0.012
#> GSM30214 4 0.3336 0.847 0.016 0.144 0.000 0.832 0.008
#> GSM30215 4 0.2645 0.862 0.012 0.096 0.000 0.884 0.008
#> GSM30216 4 0.3451 0.845 0.024 0.012 0.000 0.836 0.128
#> GSM30217 4 0.1836 0.874 0.016 0.040 0.000 0.936 0.008
#> GSM30218 1 0.1990 0.914 0.920 0.068 0.008 0.000 0.004
#> GSM30219 2 0.3400 0.702 0.136 0.828 0.036 0.000 0.000
#> GSM30220 4 0.1974 0.872 0.016 0.036 0.000 0.932 0.016
#> GSM30221 4 0.1764 0.874 0.012 0.036 0.000 0.940 0.012
#> GSM30222 4 0.3642 0.846 0.020 0.144 0.000 0.820 0.016
#> GSM30223 4 0.2110 0.859 0.016 0.000 0.000 0.912 0.072
#> GSM30224 4 0.1074 0.873 0.016 0.004 0.000 0.968 0.012
#> GSM30225 4 0.3410 0.865 0.016 0.052 0.000 0.856 0.076
#> GSM30226 1 0.2237 0.904 0.904 0.084 0.008 0.000 0.004
#> GSM30227 4 0.2331 0.856 0.020 0.000 0.000 0.900 0.080
#> GSM30228 2 0.5258 -0.158 0.004 0.488 0.036 0.000 0.472
#> GSM30229 2 0.2378 0.728 0.012 0.908 0.016 0.064 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 3 0.5057 0.24304 NA 0.352 0.560 0.000 0.000 0.000
#> GSM30007 4 0.5073 0.65640 NA 0.000 0.164 0.668 0.000 0.012
#> GSM30008 4 0.1003 0.76989 NA 0.004 0.004 0.964 0.000 0.000
#> GSM30009 4 0.2048 0.75374 NA 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM30010 5 0.2257 0.85279 NA 0.020 0.000 0.000 0.904 0.060
#> GSM30011 2 0.3043 0.76207 NA 0.796 0.196 0.000 0.004 0.000
#> GSM30012 2 0.1411 0.76271 NA 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM30013 2 0.7416 0.40283 NA 0.468 0.188 0.164 0.000 0.016
#> GSM30014 5 0.0692 0.89170 NA 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> GSM30015 4 0.2346 0.75856 NA 0.000 0.008 0.868 0.000 0.000
#> GSM30016 2 0.4117 0.72409 NA 0.716 0.228 0.000 0.000 0.000
#> GSM30017 4 0.2266 0.76161 NA 0.012 0.000 0.880 0.000 0.000
#> GSM30018 4 0.1753 0.76384 NA 0.004 0.000 0.912 0.000 0.000
#> GSM30019 5 0.3245 0.73075 NA 0.172 0.028 0.000 0.800 0.000
#> GSM30020 4 0.4582 0.60931 NA 0.032 0.000 0.604 0.000 0.008
#> GSM30021 2 0.1411 0.76271 NA 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM30022 4 0.2664 0.74895 NA 0.000 0.016 0.848 0.000 0.000
#> GSM30023 4 0.7967 -0.28562 NA 0.268 0.236 0.304 0.000 0.016
#> GSM30024 3 0.4546 0.53981 NA 0.204 0.692 0.000 0.000 0.000
#> GSM30025 3 0.6399 0.00591 NA 0.000 0.432 0.368 0.000 0.036
#> GSM30026 4 0.2613 0.74764 NA 0.000 0.012 0.848 0.000 0.000
#> GSM30027 3 0.5081 0.21309 NA 0.360 0.560 0.000 0.000 0.004
#> GSM30028 4 0.8025 -0.31821 NA 0.264 0.236 0.284 0.000 0.016
#> GSM30029 4 0.2742 0.75780 NA 0.012 0.000 0.852 0.000 0.008
#> GSM30030 4 0.3003 0.72948 NA 0.000 0.016 0.812 0.000 0.000
#> GSM30031 4 0.3728 0.65567 NA 0.000 0.000 0.652 0.000 0.004
#> GSM30032 6 0.1921 0.78875 NA 0.000 0.052 0.000 0.000 0.916
#> GSM30033 3 0.4640 0.57858 NA 0.160 0.720 0.000 0.000 0.016
#> GSM30034 4 0.3894 0.71731 NA 0.000 0.072 0.760 0.000 0.000
#> GSM30035 3 0.1863 0.68514 NA 0.000 0.920 0.000 0.000 0.036
#> GSM30036 4 0.2938 0.75411 NA 0.004 0.100 0.860 0.000 0.016
#> GSM30037 3 0.7616 -0.00801 NA 0.292 0.380 0.192 0.000 0.016
#> GSM30038 2 0.2902 0.76139 NA 0.800 0.196 0.000 0.000 0.000
#> GSM30039 2 0.2871 0.76366 NA 0.804 0.192 0.000 0.004 0.000
#> GSM30040 5 0.0458 0.89073 NA 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30041 3 0.4875 0.46766 NA 0.260 0.636 0.000 0.000 0.000
#> GSM30042 2 0.4182 0.71347 NA 0.712 0.244 0.000 0.032 0.000
#> GSM30043 5 0.0291 0.89382 NA 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30044 4 0.2624 0.76182 NA 0.000 0.004 0.844 0.000 0.004
#> GSM30045 4 0.3769 0.64308 NA 0.000 0.004 0.640 0.000 0.000
#> GSM30046 4 0.3881 0.61640 NA 0.000 0.000 0.600 0.000 0.004
#> GSM30047 4 0.6263 0.47162 NA 0.056 0.228 0.588 0.000 0.016
#> GSM30048 4 0.2169 0.77024 NA 0.008 0.000 0.900 0.000 0.012
#> GSM30049 5 0.0692 0.89170 NA 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> GSM30050 3 0.7017 0.24725 NA 0.196 0.504 0.204 0.000 0.016
#> GSM30051 5 0.0291 0.89382 NA 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30052 4 0.1807 0.77570 NA 0.000 0.020 0.920 0.000 0.000
#> GSM30053 2 0.1411 0.76271 NA 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM30054 5 0.0291 0.89382 NA 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30055 3 0.5342 0.40143 NA 0.264 0.608 0.000 0.000 0.012
#> GSM30056 3 0.0146 0.70295 NA 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30057 5 0.0935 0.88937 NA 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> GSM30058 5 0.5286 0.19347 NA 0.012 0.388 0.000 0.528 0.072
#> GSM30059 6 0.3800 0.74796 NA 0.000 0.020 0.052 0.000 0.796
#> GSM30060 6 0.3782 0.69442 NA 0.000 0.224 0.000 0.000 0.740
#> GSM30061 4 0.7271 0.14970 NA 0.000 0.232 0.428 0.000 0.188
#> GSM30062 4 0.4456 0.71001 NA 0.000 0.072 0.720 0.000 0.012
#> GSM30063 6 0.1921 0.78914 NA 0.000 0.052 0.000 0.000 0.916
#> GSM30064 4 0.1555 0.76723 NA 0.004 0.004 0.932 0.000 0.000
#> GSM30065 2 0.4749 0.66909 NA 0.648 0.260 0.000 0.000 0.000
#> GSM30066 5 0.0405 0.89338 NA 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> GSM30067 4 0.2442 0.75304 NA 0.000 0.004 0.852 0.000 0.000
#> GSM30068 5 0.0692 0.89170 NA 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> GSM30069 2 0.5155 0.44550 NA 0.556 0.344 0.000 0.000 0.000
#> GSM30070 2 0.4328 0.73388 NA 0.716 0.192 0.000 0.000 0.000
#> GSM30071 2 0.1988 0.76193 NA 0.912 0.072 0.000 0.004 0.004
#> GSM30072 4 0.4153 0.64883 NA 0.000 0.008 0.640 0.000 0.012
#> GSM30073 6 0.1863 0.78535 NA 0.000 0.044 0.000 0.000 0.920
#> GSM30074 2 0.1411 0.76271 NA 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM30075 3 0.3555 0.58517 NA 0.000 0.780 0.000 0.000 0.176
#> GSM30076 4 0.2940 0.76378 NA 0.036 0.008 0.872 0.000 0.016
#> GSM30077 4 0.1364 0.77055 NA 0.004 0.004 0.944 0.000 0.000
#> GSM30078 4 0.1082 0.77226 NA 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000
#> GSM30079 4 0.1951 0.76529 NA 0.000 0.016 0.908 0.000 0.000
#> GSM30080 2 0.4556 0.71180 NA 0.696 0.228 0.004 0.000 0.004
#> GSM30081 5 0.0291 0.89382 NA 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> GSM30086 3 0.4856 0.55087 NA 0.172 0.696 0.008 0.000 0.004
#> GSM30087 4 0.1411 0.76959 NA 0.004 0.000 0.936 0.000 0.000
#> GSM30088 4 0.2784 0.75178 NA 0.012 0.000 0.848 0.000 0.008
#> GSM30089 2 0.7039 0.39263 NA 0.496 0.224 0.176 0.000 0.012
#> GSM30090 3 0.4834 0.48423 NA 0.252 0.644 0.000 0.000 0.000
#> GSM30091 5 0.0405 0.89247 NA 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> GSM30092 4 0.5138 0.68155 NA 0.048 0.116 0.724 0.000 0.016
#> GSM30093 3 0.3065 0.62876 NA 0.152 0.820 0.000 0.000 0.000
#> GSM30094 5 0.4028 0.75074 NA 0.020 0.028 0.000 0.784 0.152
#> GSM30095 5 0.0458 0.89073 NA 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30096 4 0.5515 0.25134 NA 0.000 0.016 0.496 0.000 0.404
#> GSM30097 4 0.3245 0.72377 NA 0.000 0.016 0.796 0.000 0.004
#> GSM30098 4 0.3104 0.72451 NA 0.000 0.016 0.800 0.000 0.000
#> GSM30099 3 0.2842 0.66252 NA 0.000 0.852 0.000 0.000 0.104
#> GSM30100 5 0.0458 0.89073 NA 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30101 5 0.0935 0.88937 NA 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> GSM30102 3 0.2744 0.67845 NA 0.072 0.864 0.000 0.000 0.000
#> GSM30103 3 0.3439 0.63417 NA 0.000 0.832 0.020 0.000 0.068
#> GSM30104 4 0.5343 0.51081 NA 0.000 0.280 0.604 0.000 0.016
#> GSM30105 4 0.3037 0.72298 NA 0.000 0.016 0.808 0.000 0.000
#> GSM30106 4 0.7538 0.14872 NA 0.164 0.172 0.428 0.000 0.012
#> GSM30107 4 0.1974 0.76958 NA 0.000 0.020 0.920 0.000 0.012
#> GSM30108 2 0.1411 0.76271 NA 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> GSM30109 4 0.2473 0.77005 NA 0.008 0.000 0.876 0.000 0.012
#> GSM30110 4 0.3915 0.58601 NA 0.000 0.000 0.584 0.000 0.004
#> GSM30111 4 0.3252 0.75581 NA 0.000 0.032 0.828 0.000 0.012
#> GSM30112 6 0.6489 0.02339 NA 0.000 0.016 0.320 0.000 0.340
#> GSM30113 5 0.2796 0.82362 NA 0.020 0.000 0.000 0.864 0.100
#> GSM30114 2 0.1845 0.76278 NA 0.916 0.072 0.000 0.004 0.000
#> GSM30115 4 0.7974 0.03818 NA 0.232 0.044 0.320 0.000 0.096
#> GSM30116 5 0.5252 0.04606 NA 0.012 0.436 0.000 0.488 0.064
#> GSM30117 3 0.2461 0.67510 NA 0.000 0.888 0.004 0.000 0.044
#> GSM30118 6 0.4076 0.49275 NA 0.000 0.364 0.000 0.000 0.620
#> GSM30119 5 0.3746 0.71805 NA 0.192 0.048 0.000 0.760 0.000
#> GSM30120 4 0.7756 0.10608 NA 0.196 0.084 0.348 0.000 0.040
#> GSM30121 4 0.2974 0.76058 NA 0.048 0.016 0.868 0.000 0.004
#> GSM30122 4 0.2704 0.75691 NA 0.000 0.020 0.868 0.000 0.012
#> GSM30123 3 0.1168 0.69677 NA 0.000 0.956 0.000 0.000 0.016
#> GSM30177 3 0.1863 0.68514 NA 0.000 0.920 0.000 0.000 0.036
#> GSM30178 4 0.1167 0.77148 NA 0.000 0.020 0.960 0.000 0.012
#> GSM30179 4 0.3014 0.74345 NA 0.000 0.000 0.804 0.000 0.012
#> GSM30180 4 0.6206 0.42695 NA 0.000 0.024 0.500 0.000 0.196
#> GSM30181 3 0.0717 0.70329 NA 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> GSM30182 4 0.3005 0.75739 NA 0.036 0.008 0.856 0.000 0.004
#> GSM30183 4 0.4088 0.61977 NA 0.016 0.000 0.616 0.000 0.000
#> GSM30184 3 0.4599 0.54228 NA 0.212 0.684 0.000 0.000 0.000
#> GSM30185 3 0.4967 0.61644 NA 0.064 0.724 0.004 0.000 0.140
#> GSM30186 3 0.0363 0.70265 NA 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> GSM30187 4 0.1812 0.77076 NA 0.000 0.008 0.912 0.000 0.000
#> GSM30188 4 0.2169 0.77036 NA 0.008 0.000 0.900 0.000 0.012
#> GSM30189 4 0.3031 0.76729 NA 0.000 0.016 0.852 0.000 0.032
#> GSM30190 5 0.1297 0.86904 NA 0.012 0.040 0.000 0.948 0.000
#> GSM30191 3 0.2909 0.61147 NA 0.008 0.852 0.120 0.000 0.012
#> GSM30192 3 0.0146 0.70307 NA 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> GSM30193 4 0.3740 0.70671 NA 0.000 0.008 0.728 0.000 0.012
#> GSM30194 5 0.0458 0.89073 NA 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> GSM30195 4 0.6697 0.40292 NA 0.064 0.236 0.536 0.000 0.016
#> GSM30196 4 0.1588 0.77110 NA 0.004 0.000 0.924 0.000 0.000
#> GSM30197 4 0.3409 0.67657 NA 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> GSM30198 4 0.3615 0.69380 NA 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008
#> GSM30199 6 0.2135 0.78748 NA 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> GSM30200 4 0.3230 0.74317 NA 0.000 0.000 0.776 0.000 0.012
#> GSM30201 4 0.2656 0.75827 NA 0.012 0.000 0.860 0.000 0.008
#> GSM30202 4 0.5976 0.46935 NA 0.000 0.024 0.540 0.000 0.276
#> GSM30203 4 0.6948 0.06652 NA 0.000 0.132 0.412 0.000 0.344
#> GSM30204 4 0.1867 0.76760 NA 0.000 0.020 0.916 0.000 0.000
#> GSM30205 3 0.1398 0.69647 NA 0.008 0.940 0.000 0.000 0.000
#> GSM30206 4 0.2308 0.76671 NA 0.000 0.004 0.880 0.000 0.008
#> GSM30207 4 0.3101 0.74336 NA 0.000 0.020 0.832 0.000 0.012
#> GSM30208 4 0.2932 0.73089 NA 0.000 0.016 0.820 0.000 0.000
#> GSM30209 3 0.0291 0.70276 NA 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> GSM30210 4 0.3104 0.72451 NA 0.000 0.016 0.800 0.000 0.000
#> GSM30211 4 0.2225 0.76988 NA 0.008 0.000 0.892 0.000 0.008
#> GSM30212 4 0.3003 0.72595 NA 0.000 0.016 0.812 0.000 0.000
#> GSM30213 4 0.5264 0.55712 NA 0.000 0.024 0.620 0.000 0.276
#> GSM30214 4 0.4527 0.70442 NA 0.000 0.100 0.732 0.000 0.016
#> GSM30215 4 0.2809 0.74508 NA 0.000 0.020 0.848 0.000 0.004
#> GSM30216 4 0.4328 0.62391 NA 0.024 0.000 0.620 0.000 0.004
#> GSM30217 4 0.2631 0.77238 NA 0.000 0.004 0.856 0.000 0.012
#> GSM30218 6 0.2930 0.78010 NA 0.000 0.036 0.000 0.000 0.840
#> GSM30219 3 0.3116 0.67384 NA 0.012 0.856 0.000 0.008 0.088
#> GSM30220 4 0.3104 0.72589 NA 0.000 0.016 0.800 0.000 0.000
#> GSM30221 4 0.0692 0.77219 NA 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000
#> GSM30222 4 0.4866 0.69102 NA 0.000 0.140 0.704 0.000 0.020
#> GSM30223 4 0.3583 0.71140 NA 0.000 0.004 0.728 0.000 0.008
#> GSM30224 4 0.2476 0.76554 NA 0.012 0.000 0.880 0.000 0.012
#> GSM30225 4 0.3835 0.68564 NA 0.000 0.016 0.684 0.000 0.000
#> GSM30226 6 0.3134 0.77047 NA 0.000 0.144 0.000 0.000 0.820
#> GSM30227 4 0.3653 0.69360 NA 0.000 0.008 0.692 0.000 0.000
#> GSM30228 3 0.4958 0.25467 NA 0.392 0.556 0.000 0.004 0.012
#> GSM30229 3 0.1434 0.69076 NA 0.000 0.940 0.048 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> ATC:mclust 160 0.14964 2
#> ATC:mclust 159 0.08272 3
#> ATC:mclust 145 0.06441 4
#> ATC:mclust 149 0.00313 5
#> ATC:mclust 139 0.00520 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 22686 rows and 167 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.666 0.832 0.926 0.4600 0.519 0.519
#> 3 3 0.450 0.659 0.787 0.3044 0.796 0.640
#> 4 4 0.428 0.576 0.762 0.1651 0.838 0.639
#> 5 5 0.470 0.445 0.701 0.0869 0.841 0.560
#> 6 6 0.490 0.410 0.666 0.0404 0.942 0.774
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> GSM30006 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30007 1 0.9970 0.258 0.532 0.468
#> GSM30008 1 0.7219 0.778 0.800 0.200
#> GSM30009 1 0.1633 0.871 0.976 0.024
#> GSM30010 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30011 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30012 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30013 2 0.0376 0.936 0.004 0.996
#> GSM30014 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30015 1 0.8207 0.717 0.744 0.256
#> GSM30016 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30017 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30018 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30019 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30020 1 0.8861 0.648 0.696 0.304
#> GSM30021 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30022 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30023 2 0.7376 0.692 0.208 0.792
#> GSM30024 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30025 2 0.2043 0.911 0.032 0.968
#> GSM30026 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30027 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30028 2 0.9635 0.287 0.388 0.612
#> GSM30029 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30030 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30031 1 0.1184 0.873 0.984 0.016
#> GSM30032 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30033 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30034 1 0.0938 0.873 0.988 0.012
#> GSM30035 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30036 2 0.9170 0.442 0.332 0.668
#> GSM30037 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30038 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30039 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30040 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30041 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30042 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30043 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30044 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30045 1 0.7602 0.758 0.780 0.220
#> GSM30046 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30047 2 0.6712 0.741 0.176 0.824
#> GSM30048 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30049 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30050 2 0.2423 0.904 0.040 0.960
#> GSM30051 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30052 1 0.1843 0.869 0.972 0.028
#> GSM30053 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30054 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30055 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30056 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30057 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30058 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30059 1 0.9732 0.451 0.596 0.404
#> GSM30060 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30061 2 0.0376 0.936 0.004 0.996
#> GSM30062 2 0.7883 0.645 0.236 0.764
#> GSM30063 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30064 1 0.3733 0.852 0.928 0.072
#> GSM30065 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30066 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30067 1 0.7219 0.778 0.800 0.200
#> GSM30068 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30069 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30070 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30071 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30072 2 0.9754 0.221 0.408 0.592
#> GSM30073 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30074 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30075 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30076 1 0.9754 0.441 0.592 0.408
#> GSM30077 1 0.7219 0.778 0.800 0.200
#> GSM30078 1 0.8207 0.717 0.744 0.256
#> GSM30079 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30080 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30081 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30086 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30087 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30088 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30089 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30090 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30091 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30092 2 0.8499 0.569 0.276 0.724
#> GSM30093 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30094 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30095 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30096 1 0.7219 0.778 0.800 0.200
#> GSM30097 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30098 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30099 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30100 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30101 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30102 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30103 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30104 2 0.0376 0.936 0.004 0.996
#> GSM30105 1 0.1184 0.873 0.984 0.016
#> GSM30106 1 0.7219 0.778 0.800 0.200
#> GSM30107 2 0.9754 0.221 0.408 0.592
#> GSM30108 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30109 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30110 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30111 2 0.9635 0.287 0.388 0.612
#> GSM30112 2 0.3733 0.872 0.072 0.928
#> GSM30113 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30114 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30115 2 0.9710 0.248 0.400 0.600
#> GSM30116 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30117 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30118 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30119 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30120 2 0.3879 0.867 0.076 0.924
#> GSM30121 1 0.2043 0.868 0.968 0.032
#> GSM30122 1 0.9686 0.471 0.604 0.396
#> GSM30123 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30177 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30178 2 0.9710 0.248 0.400 0.600
#> GSM30179 1 0.8813 0.654 0.700 0.300
#> GSM30180 2 0.9686 0.261 0.396 0.604
#> GSM30181 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30182 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30183 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30184 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30185 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30186 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30187 1 0.7139 0.781 0.804 0.196
#> GSM30188 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30189 1 0.6973 0.787 0.812 0.188
#> GSM30190 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30191 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30192 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30193 1 0.9710 0.461 0.600 0.400
#> GSM30194 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30195 2 0.0672 0.932 0.008 0.992
#> GSM30196 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30197 1 0.4298 0.844 0.912 0.088
#> GSM30198 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30199 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30200 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30201 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30202 1 0.9635 0.489 0.612 0.388
#> GSM30203 2 0.9866 0.131 0.432 0.568
#> GSM30204 1 0.7139 0.781 0.804 0.196
#> GSM30205 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30206 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30207 1 0.9710 0.461 0.600 0.400
#> GSM30208 1 0.0672 0.874 0.992 0.008
#> GSM30209 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30210 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30211 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30212 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30213 1 0.7950 0.736 0.760 0.240
#> GSM30214 2 0.8386 0.585 0.268 0.732
#> GSM30215 1 0.7219 0.778 0.800 0.200
#> GSM30216 1 0.1633 0.871 0.976 0.024
#> GSM30217 1 0.9710 0.461 0.600 0.400
#> GSM30218 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30219 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30220 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30221 1 0.8555 0.684 0.720 0.280
#> GSM30222 2 0.5059 0.826 0.112 0.888
#> GSM30223 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30224 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30225 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30226 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30227 1 0.0000 0.875 1.000 0.000
#> GSM30228 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> GSM30229 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> GSM30006 2 0.4654 0.7486 0.000 0.792 0.208
#> GSM30007 1 0.6895 0.6502 0.708 0.228 0.064
#> GSM30008 1 0.4784 0.7033 0.796 0.200 0.004
#> GSM30009 1 0.0747 0.8202 0.984 0.000 0.016
#> GSM30010 2 0.4750 0.7467 0.000 0.784 0.216
#> GSM30011 2 0.4654 0.7486 0.000 0.792 0.208
#> GSM30012 2 0.0237 0.6875 0.000 0.996 0.004
#> GSM30013 2 0.2063 0.6471 0.044 0.948 0.008
#> GSM30014 2 0.4654 0.7486 0.000 0.792 0.208
#> GSM30015 1 0.5958 0.6314 0.692 0.300 0.008
#> GSM30016 2 0.2165 0.7167 0.000 0.936 0.064
#> GSM30017 1 0.0237 0.8223 0.996 0.000 0.004
#> GSM30018 1 0.0237 0.8226 0.996 0.000 0.004
#> GSM30019 2 0.4654 0.7486 0.000 0.792 0.208
#> GSM30020 2 0.6540 -0.0142 0.408 0.584 0.008
#> GSM30021 2 0.0424 0.6899 0.000 0.992 0.008
#> GSM30022 1 0.1031 0.8187 0.976 0.000 0.024
#> GSM30023 2 0.3295 0.5968 0.096 0.896 0.008
#> GSM30024 2 0.4654 0.7486 0.000 0.792 0.208
#> GSM30025 3 0.1636 0.7524 0.020 0.016 0.964
#> GSM30026 1 0.0424 0.8219 0.992 0.000 0.008
#> GSM30027 2 0.1860 0.7099 0.000 0.948 0.052
#> GSM30028 2 0.4473 0.5158 0.164 0.828 0.008
#> GSM30029 1 0.0592 0.8212 0.988 0.000 0.012
#> GSM30030 1 0.1860 0.8085 0.948 0.000 0.052
#> GSM30031 1 0.0661 0.8232 0.988 0.008 0.004
#> GSM30032 3 0.6008 0.2199 0.000 0.372 0.628
#> GSM30033 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30034 1 0.3267 0.7750 0.884 0.000 0.116
#> GSM30035 2 0.6299 0.3099 0.000 0.524 0.476
#> GSM30036 2 0.8066 0.2752 0.404 0.528 0.068
#> GSM30037 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30038 2 0.0000 0.6849 0.000 1.000 0.000
#> GSM30039 2 0.3192 0.7336 0.000 0.888 0.112
#> GSM30040 2 0.4842 0.7425 0.000 0.776 0.224
#> GSM30041 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30042 2 0.3752 0.7414 0.000 0.856 0.144
#> GSM30043 2 0.5098 0.7222 0.000 0.752 0.248
#> GSM30044 1 0.0237 0.8223 0.996 0.000 0.004
#> GSM30045 2 0.6678 -0.2829 0.480 0.512 0.008
#> GSM30046 1 0.0424 0.8222 0.992 0.000 0.008
#> GSM30047 2 0.4293 0.5922 0.164 0.832 0.004
#> GSM30048 1 0.0000 0.8226 1.000 0.000 0.000
#> GSM30049 2 0.4750 0.7467 0.000 0.784 0.216
#> GSM30050 2 0.2280 0.6410 0.052 0.940 0.008
#> GSM30051 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30052 1 0.1163 0.8166 0.972 0.000 0.028
#> GSM30053 2 0.3267 0.7343 0.000 0.884 0.116
#> GSM30054 2 0.5859 0.6134 0.000 0.656 0.344
#> GSM30055 2 0.3192 0.7303 0.000 0.888 0.112
#> GSM30056 2 0.5810 0.6274 0.000 0.664 0.336
#> GSM30057 2 0.4750 0.7467 0.000 0.784 0.216
#> GSM30058 2 0.6204 0.4210 0.000 0.576 0.424
#> GSM30059 3 0.4605 0.4640 0.204 0.000 0.796
#> GSM30060 3 0.5650 0.5405 0.000 0.312 0.688
#> GSM30061 3 0.5216 0.6413 0.000 0.260 0.740
#> GSM30062 2 0.7794 0.3599 0.368 0.572 0.060
#> GSM30063 3 0.3816 0.7495 0.000 0.148 0.852
#> GSM30064 1 0.5397 0.6575 0.720 0.280 0.000
#> GSM30065 2 0.0000 0.6849 0.000 1.000 0.000
#> GSM30066 2 0.4750 0.7467 0.000 0.784 0.216
#> GSM30067 1 0.4110 0.7464 0.844 0.152 0.004
#> GSM30068 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30069 2 0.1289 0.7023 0.000 0.968 0.032
#> GSM30070 2 0.0000 0.6849 0.000 1.000 0.000
#> GSM30071 2 0.0661 0.6769 0.004 0.988 0.008
#> GSM30072 2 0.6954 0.0347 0.484 0.500 0.016
#> GSM30073 3 0.6276 0.6889 0.040 0.224 0.736
#> GSM30074 2 0.0000 0.6849 0.000 1.000 0.000
#> GSM30075 3 0.3267 0.7623 0.000 0.116 0.884
#> GSM30076 2 0.6498 0.0421 0.396 0.596 0.008
#> GSM30077 1 0.6617 0.4685 0.556 0.436 0.008
#> GSM30078 1 0.4912 0.7044 0.796 0.196 0.008
#> GSM30079 1 0.0237 0.8223 0.996 0.000 0.004
#> GSM30080 2 0.0661 0.6769 0.004 0.988 0.008
#> GSM30081 2 0.4750 0.7467 0.000 0.784 0.216
#> GSM30086 2 0.0000 0.6849 0.000 1.000 0.000
#> GSM30087 1 0.0475 0.8230 0.992 0.004 0.004
#> GSM30088 1 0.0237 0.8223 0.996 0.000 0.004
#> GSM30089 2 0.2796 0.7259 0.000 0.908 0.092
#> GSM30090 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30091 2 0.4796 0.7450 0.000 0.780 0.220
#> GSM30092 2 0.5988 0.3977 0.304 0.688 0.008
#> GSM30093 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30094 2 0.5363 0.7002 0.000 0.724 0.276
#> GSM30095 2 0.4887 0.7406 0.000 0.772 0.228
#> GSM30096 1 0.5431 0.6700 0.716 0.000 0.284
#> GSM30097 1 0.3482 0.7690 0.872 0.000 0.128
#> GSM30098 1 0.3116 0.7806 0.892 0.000 0.108
#> GSM30099 3 0.2537 0.7657 0.000 0.080 0.920
#> GSM30100 2 0.4842 0.7425 0.000 0.776 0.224
#> GSM30101 2 0.4842 0.7418 0.000 0.776 0.224
#> GSM30102 2 0.4887 0.7422 0.000 0.772 0.228
#> GSM30103 2 0.5882 0.6338 0.000 0.652 0.348
#> GSM30104 2 0.7346 0.5544 0.040 0.592 0.368
#> GSM30105 1 0.4062 0.7494 0.836 0.000 0.164
#> GSM30106 2 0.6467 0.0375 0.388 0.604 0.008
#> GSM30107 1 0.7389 0.3787 0.556 0.036 0.408
#> GSM30108 2 0.0237 0.6873 0.000 0.996 0.004
#> GSM30109 1 0.0237 0.8226 0.996 0.000 0.004
#> GSM30110 1 0.3896 0.7537 0.864 0.128 0.008
#> GSM30111 1 0.7940 0.1418 0.524 0.416 0.060
#> GSM30112 2 0.6835 0.6409 0.088 0.732 0.180
#> GSM30113 2 0.5591 0.6615 0.000 0.696 0.304
#> GSM30114 2 0.0661 0.6769 0.004 0.988 0.008
#> GSM30115 2 0.4861 0.4814 0.192 0.800 0.008
#> GSM30116 2 0.5760 0.6402 0.000 0.672 0.328
#> GSM30117 2 0.6192 0.4795 0.000 0.580 0.420
#> GSM30118 3 0.5327 0.6299 0.000 0.272 0.728
#> GSM30119 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30120 2 0.2584 0.6288 0.064 0.928 0.008
#> GSM30121 1 0.6553 0.5146 0.580 0.412 0.008
#> GSM30122 1 0.7677 0.6661 0.676 0.120 0.204
#> GSM30123 2 0.6079 0.5298 0.000 0.612 0.388
#> GSM30177 2 0.5810 0.6318 0.000 0.664 0.336
#> GSM30178 1 0.7164 0.1253 0.524 0.452 0.024
#> GSM30179 1 0.5244 0.6752 0.756 0.240 0.004
#> GSM30180 1 0.8460 0.4741 0.608 0.244 0.148
#> GSM30181 3 0.5529 0.5909 0.000 0.296 0.704
#> GSM30182 1 0.6553 0.5146 0.580 0.412 0.008
#> GSM30183 1 0.6379 0.5645 0.624 0.368 0.008
#> GSM30184 2 0.4702 0.7481 0.000 0.788 0.212
#> GSM30185 2 0.4750 0.7470 0.000 0.784 0.216
#> GSM30186 2 0.5785 0.6381 0.000 0.668 0.332
#> GSM30187 1 0.3695 0.7773 0.880 0.108 0.012
#> GSM30188 1 0.0424 0.8222 0.992 0.000 0.008
#> GSM30189 1 0.4796 0.7257 0.780 0.000 0.220
#> GSM30190 2 0.4796 0.7450 0.000 0.780 0.220
#> GSM30191 2 0.5158 0.7407 0.004 0.764 0.232
#> GSM30192 2 0.4555 0.7077 0.000 0.800 0.200
#> GSM30193 2 0.6664 -0.1791 0.464 0.528 0.008
#> GSM30194 2 0.4887 0.7406 0.000 0.772 0.228
#> GSM30195 2 0.1950 0.6505 0.040 0.952 0.008
#> GSM30196 1 0.0475 0.8226 0.992 0.004 0.004
#> GSM30197 1 0.2173 0.8094 0.944 0.048 0.008
#> GSM30198 1 0.0424 0.8222 0.992 0.000 0.008
#> GSM30199 3 0.1031 0.7596 0.000 0.024 0.976
#> GSM30200 1 0.0424 0.8222 0.992 0.000 0.008
#> GSM30201 1 0.0424 0.8219 0.992 0.000 0.008
#> GSM30202 1 0.4605 0.7255 0.796 0.000 0.204
#> GSM30203 3 0.4452 0.5175 0.192 0.000 0.808
#> GSM30204 1 0.0983 0.8227 0.980 0.004 0.016
#> GSM30205 2 0.4974 0.7330 0.000 0.764 0.236
#> GSM30206 1 0.3682 0.7685 0.876 0.116 0.008
#> GSM30207 1 0.6777 0.5551 0.616 0.020 0.364
#> GSM30208 1 0.2537 0.7968 0.920 0.000 0.080
#> GSM30209 3 0.4796 0.6825 0.000 0.220 0.780
#> GSM30210 1 0.3038 0.7817 0.896 0.000 0.104
#> GSM30211 1 0.0237 0.8223 0.996 0.000 0.004
#> GSM30212 1 0.3482 0.7666 0.872 0.000 0.128
#> GSM30213 1 0.5397 0.6740 0.720 0.000 0.280
#> GSM30214 3 0.3644 0.6432 0.124 0.004 0.872
#> GSM30215 1 0.5968 0.5690 0.636 0.000 0.364
#> GSM30216 1 0.6672 0.3847 0.520 0.472 0.008
#> GSM30217 1 0.7851 0.5352 0.616 0.304 0.080
#> GSM30218 3 0.0424 0.7526 0.000 0.008 0.992
#> GSM30219 2 0.5733 0.6391 0.000 0.676 0.324
#> GSM30220 1 0.2356 0.7984 0.928 0.000 0.072
#> GSM30221 1 0.4413 0.7398 0.832 0.160 0.008
#> GSM30222 3 0.7930 0.6527 0.172 0.164 0.664
#> GSM30223 1 0.0237 0.8226 0.996 0.000 0.004
#> GSM30224 1 0.0237 0.8226 0.996 0.000 0.004
#> GSM30225 1 0.0424 0.8222 0.992 0.000 0.008
#> GSM30226 3 0.1031 0.7592 0.000 0.024 0.976
#> GSM30227 1 0.0237 0.8226 0.996 0.000 0.004
#> GSM30228 2 0.4750 0.7467 0.000 0.784 0.216
#> GSM30229 3 0.3482 0.7593 0.000 0.128 0.872
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> GSM30006 2 0.3088 0.7667 0.000 0.864 0.008 0.128
#> GSM30007 1 0.5616 0.5961 0.748 0.112 0.012 0.128
#> GSM30008 1 0.4482 0.6416 0.816 0.092 0.004 0.088
#> GSM30009 1 0.0524 0.7410 0.988 0.000 0.008 0.004
#> GSM30010 2 0.1635 0.7621 0.000 0.948 0.008 0.044
#> GSM30011 2 0.1716 0.7723 0.000 0.936 0.000 0.064
#> GSM30012 2 0.4633 0.7350 0.000 0.780 0.048 0.172
#> GSM30013 2 0.6294 0.3504 0.004 0.512 0.048 0.436
#> GSM30014 2 0.2124 0.7699 0.000 0.932 0.040 0.028
#> GSM30015 1 0.7045 -0.0776 0.456 0.092 0.008 0.444
#> GSM30016 2 0.2844 0.7603 0.000 0.900 0.048 0.052
#> GSM30017 1 0.1256 0.7367 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM30018 1 0.2831 0.6932 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM30019 2 0.2799 0.7681 0.000 0.884 0.008 0.108
#> GSM30020 4 0.5159 0.7297 0.156 0.088 0.000 0.756
#> GSM30021 2 0.4589 0.7376 0.000 0.784 0.048 0.168
#> GSM30022 1 0.1706 0.7360 0.948 0.000 0.016 0.036
#> GSM30023 2 0.6881 0.6146 0.088 0.672 0.056 0.184
#> GSM30024 2 0.2840 0.7641 0.000 0.900 0.044 0.056
#> GSM30025 3 0.8197 0.4344 0.240 0.284 0.456 0.020
#> GSM30026 1 0.1209 0.7423 0.964 0.000 0.004 0.032
#> GSM30027 2 0.4900 0.7369 0.004 0.768 0.048 0.180
#> GSM30028 4 0.6970 0.2927 0.040 0.332 0.052 0.576
#> GSM30029 1 0.1488 0.7351 0.956 0.000 0.012 0.032
#> GSM30030 1 0.1489 0.7382 0.952 0.000 0.004 0.044
#> GSM30031 1 0.4351 0.6659 0.832 0.100 0.016 0.052
#> GSM30032 2 0.5603 0.6118 0.024 0.744 0.176 0.056
#> GSM30033 2 0.3196 0.7489 0.000 0.856 0.008 0.136
#> GSM30034 1 0.4219 0.6973 0.844 0.056 0.020 0.080
#> GSM30035 2 0.5636 0.2021 0.000 0.552 0.424 0.024
#> GSM30036 2 0.9197 -0.0472 0.240 0.428 0.100 0.232
#> GSM30037 2 0.4020 0.7578 0.020 0.852 0.040 0.088
#> GSM30038 2 0.3716 0.7534 0.000 0.852 0.052 0.096
#> GSM30039 2 0.2949 0.7709 0.000 0.888 0.024 0.088
#> GSM30040 2 0.2021 0.7547 0.000 0.936 0.024 0.040
#> GSM30041 2 0.2198 0.7645 0.000 0.920 0.008 0.072
#> GSM30042 2 0.2300 0.7669 0.000 0.924 0.048 0.028
#> GSM30043 2 0.2494 0.7458 0.000 0.916 0.036 0.048
#> GSM30044 1 0.1796 0.7353 0.948 0.004 0.016 0.032
#> GSM30045 1 0.7537 0.4030 0.624 0.172 0.060 0.144
#> GSM30046 1 0.1256 0.7409 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM30047 2 0.7044 0.6029 0.164 0.664 0.052 0.120
#> GSM30048 1 0.1256 0.7367 0.964 0.000 0.008 0.028
#> GSM30049 2 0.2450 0.7665 0.000 0.912 0.016 0.072
#> GSM30050 2 0.6374 0.2120 0.008 0.484 0.044 0.464
#> GSM30051 2 0.1256 0.7683 0.000 0.964 0.008 0.028
#> GSM30052 1 0.1739 0.7418 0.952 0.016 0.008 0.024
#> GSM30053 2 0.2965 0.7697 0.000 0.892 0.036 0.072
#> GSM30054 2 0.4174 0.6869 0.000 0.816 0.140 0.044
#> GSM30055 2 0.4174 0.7464 0.000 0.816 0.044 0.140
#> GSM30056 2 0.4853 0.6343 0.000 0.744 0.220 0.036
#> GSM30057 2 0.1109 0.7652 0.000 0.968 0.004 0.028
#> GSM30058 2 0.4964 0.3498 0.000 0.616 0.380 0.004
#> GSM30059 3 0.2342 0.6034 0.080 0.000 0.912 0.008
#> GSM30060 3 0.5636 0.2448 0.000 0.424 0.552 0.024
#> GSM30061 3 0.4420 0.6291 0.000 0.240 0.748 0.012
#> GSM30062 2 0.7084 0.2316 0.340 0.520 0.000 0.140
#> GSM30063 3 0.5614 0.4770 0.000 0.336 0.628 0.036
#> GSM30064 1 0.5269 0.6296 0.788 0.112 0.040 0.060
#> GSM30065 2 0.4206 0.7422 0.000 0.816 0.048 0.136
#> GSM30066 2 0.1388 0.7607 0.000 0.960 0.012 0.028
#> GSM30067 1 0.4480 0.6713 0.820 0.100 0.008 0.072
#> GSM30068 2 0.1118 0.7614 0.000 0.964 0.000 0.036
#> GSM30069 2 0.3156 0.7649 0.000 0.884 0.048 0.068
#> GSM30070 2 0.3958 0.7494 0.000 0.836 0.052 0.112
#> GSM30071 2 0.3873 0.7601 0.000 0.844 0.060 0.096
#> GSM30072 2 0.8022 0.0960 0.396 0.452 0.056 0.096
#> GSM30073 2 0.7103 0.3193 0.048 0.584 0.312 0.056
#> GSM30074 2 0.3312 0.7599 0.000 0.876 0.052 0.072
#> GSM30075 2 0.6327 -0.0303 0.000 0.496 0.444 0.060
#> GSM30076 4 0.5834 0.7045 0.172 0.124 0.000 0.704
#> GSM30077 4 0.5321 0.7359 0.140 0.112 0.000 0.748
#> GSM30078 1 0.7046 -0.2387 0.452 0.092 0.008 0.448
#> GSM30079 1 0.0895 0.7395 0.976 0.000 0.004 0.020
#> GSM30080 2 0.5971 0.5226 0.000 0.584 0.048 0.368
#> GSM30081 2 0.1356 0.7617 0.000 0.960 0.008 0.032
#> GSM30086 2 0.5574 0.6239 0.000 0.668 0.048 0.284
#> GSM30087 1 0.5170 0.4208 0.660 0.008 0.008 0.324
#> GSM30088 1 0.1398 0.7353 0.956 0.000 0.004 0.040
#> GSM30089 2 0.4586 0.7552 0.016 0.816 0.052 0.116
#> GSM30090 2 0.3725 0.7409 0.000 0.812 0.008 0.180
#> GSM30091 2 0.1913 0.7546 0.000 0.940 0.020 0.040
#> GSM30092 4 0.5459 0.6629 0.072 0.192 0.004 0.732
#> GSM30093 2 0.3856 0.7504 0.000 0.832 0.032 0.136
#> GSM30094 2 0.2699 0.7470 0.000 0.904 0.068 0.028
#> GSM30095 2 0.2124 0.7537 0.000 0.932 0.028 0.040
#> GSM30096 3 0.8099 -0.0863 0.372 0.024 0.432 0.172
#> GSM30097 1 0.4964 0.5871 0.716 0.000 0.256 0.028
#> GSM30098 1 0.1888 0.7397 0.940 0.000 0.044 0.016
#> GSM30099 3 0.3945 0.6523 0.000 0.216 0.780 0.004
#> GSM30100 2 0.1929 0.7558 0.000 0.940 0.024 0.036
#> GSM30101 2 0.1520 0.7672 0.000 0.956 0.024 0.020
#> GSM30102 2 0.3370 0.7515 0.000 0.872 0.048 0.080
#> GSM30103 2 0.6303 0.6313 0.000 0.660 0.148 0.192
#> GSM30104 2 0.7774 0.0580 0.012 0.444 0.380 0.164
#> GSM30105 1 0.5713 0.4460 0.604 0.000 0.360 0.036
#> GSM30106 1 0.8715 0.0514 0.452 0.288 0.060 0.200
#> GSM30107 1 0.6859 0.5220 0.668 0.124 0.172 0.036
#> GSM30108 2 0.4713 0.7313 0.000 0.776 0.052 0.172
#> GSM30109 1 0.2831 0.6923 0.876 0.000 0.004 0.120
#> GSM30110 4 0.5607 0.1470 0.484 0.020 0.000 0.496
#> GSM30111 1 0.7630 0.2588 0.580 0.164 0.032 0.224
#> GSM30112 2 0.5991 0.6736 0.052 0.736 0.056 0.156
#> GSM30113 2 0.3383 0.7180 0.000 0.872 0.076 0.052
#> GSM30114 2 0.4798 0.7211 0.000 0.768 0.052 0.180
#> GSM30115 4 0.5245 0.6525 0.044 0.196 0.012 0.748
#> GSM30116 2 0.4956 0.6566 0.000 0.756 0.188 0.056
#> GSM30117 3 0.6142 0.5491 0.000 0.184 0.676 0.140
#> GSM30118 3 0.5253 0.4251 0.000 0.360 0.624 0.016
#> GSM30119 2 0.2124 0.7675 0.000 0.924 0.008 0.068
#> GSM30120 4 0.4822 0.5827 0.020 0.240 0.004 0.736
#> GSM30121 4 0.6591 0.6752 0.216 0.076 0.036 0.672
#> GSM30122 3 0.8970 -0.1711 0.316 0.056 0.368 0.260
#> GSM30123 2 0.5750 0.1554 0.000 0.532 0.440 0.028
#> GSM30177 2 0.6725 0.3180 0.000 0.548 0.348 0.104
#> GSM30178 4 0.4748 0.7341 0.100 0.088 0.008 0.804
#> GSM30179 4 0.5238 0.7270 0.132 0.076 0.016 0.776
#> GSM30180 4 0.8005 0.5982 0.208 0.076 0.136 0.580
#> GSM30181 3 0.5496 0.6131 0.000 0.108 0.732 0.160
#> GSM30182 4 0.5102 0.6840 0.220 0.048 0.000 0.732
#> GSM30183 4 0.5508 0.6647 0.252 0.056 0.000 0.692
#> GSM30184 2 0.2867 0.7676 0.000 0.884 0.012 0.104
#> GSM30185 2 0.5608 0.6527 0.000 0.684 0.060 0.256
#> GSM30186 2 0.6462 0.4045 0.000 0.580 0.332 0.088
#> GSM30187 4 0.6597 0.6070 0.268 0.028 0.064 0.640
#> GSM30188 1 0.5285 -0.1011 0.524 0.000 0.008 0.468
#> GSM30189 3 0.7863 -0.2467 0.276 0.000 0.380 0.344
#> GSM30190 2 0.1767 0.7689 0.000 0.944 0.012 0.044
#> GSM30191 4 0.5397 0.5254 0.000 0.212 0.068 0.720
#> GSM30192 2 0.7436 0.3979 0.000 0.512 0.236 0.252
#> GSM30193 4 0.5165 0.7311 0.168 0.080 0.000 0.752
#> GSM30194 2 0.2224 0.7534 0.000 0.928 0.032 0.040
#> GSM30195 2 0.6653 0.1668 0.016 0.480 0.048 0.456
#> GSM30196 1 0.3074 0.6646 0.848 0.000 0.000 0.152
#> GSM30197 1 0.5700 -0.1325 0.508 0.012 0.008 0.472
#> GSM30198 1 0.2216 0.7137 0.908 0.000 0.000 0.092
#> GSM30199 3 0.3554 0.6754 0.000 0.136 0.844 0.020
#> GSM30200 1 0.3257 0.6633 0.844 0.000 0.004 0.152
#> GSM30201 1 0.0000 0.7404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.7632 0.3935 0.208 0.004 0.296 0.492
#> GSM30203 3 0.4471 0.5640 0.052 0.016 0.824 0.108
#> GSM30204 1 0.4855 0.6737 0.808 0.064 0.024 0.104
#> GSM30205 2 0.3978 0.7507 0.000 0.836 0.056 0.108
#> GSM30206 4 0.4911 0.6111 0.280 0.008 0.008 0.704
#> GSM30207 1 0.6077 0.2218 0.496 0.000 0.460 0.044
#> GSM30208 1 0.1610 0.7423 0.952 0.000 0.032 0.016
#> GSM30209 3 0.2915 0.6650 0.000 0.080 0.892 0.028
#> GSM30210 1 0.0188 0.7408 0.996 0.000 0.004 0.000
#> GSM30211 1 0.1305 0.7365 0.960 0.000 0.004 0.036
#> GSM30212 1 0.5620 0.5648 0.708 0.000 0.208 0.084
#> GSM30213 1 0.7433 0.3225 0.500 0.016 0.368 0.116
#> GSM30214 3 0.3989 0.5997 0.076 0.020 0.856 0.048
#> GSM30215 1 0.5901 0.2982 0.532 0.000 0.432 0.036
#> GSM30216 4 0.5288 0.7349 0.112 0.096 0.016 0.776
#> GSM30217 1 0.7861 -0.1259 0.436 0.076 0.060 0.428
#> GSM30218 3 0.2271 0.6630 0.000 0.076 0.916 0.008
#> GSM30219 2 0.5200 0.5666 0.000 0.700 0.264 0.036
#> GSM30220 1 0.1109 0.7408 0.968 0.000 0.004 0.028
#> GSM30221 4 0.6810 0.5181 0.328 0.040 0.044 0.588
#> GSM30222 2 0.8514 -0.2118 0.040 0.396 0.372 0.192
#> GSM30223 1 0.0817 0.7405 0.976 0.000 0.000 0.024
#> GSM30224 1 0.4313 0.5166 0.736 0.000 0.004 0.260
#> GSM30225 1 0.3672 0.6435 0.824 0.000 0.012 0.164
#> GSM30226 3 0.2522 0.6624 0.000 0.076 0.908 0.016
#> GSM30227 1 0.0779 0.7415 0.980 0.000 0.004 0.016
#> GSM30228 2 0.3217 0.7570 0.000 0.860 0.012 0.128
#> GSM30229 3 0.4616 0.6559 0.004 0.216 0.760 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> GSM30006 3 0.5175 -0.1923 0.000 0.000 0.496 0.040 0.464
#> GSM30007 1 0.6820 0.4439 0.556 0.092 0.008 0.052 0.292
#> GSM30008 1 0.4153 0.6666 0.808 0.000 0.024 0.056 0.112
#> GSM30009 1 0.1153 0.7201 0.964 0.004 0.000 0.008 0.024
#> GSM30010 3 0.1369 0.6185 0.000 0.008 0.956 0.008 0.028
#> GSM30011 3 0.4425 0.4430 0.000 0.000 0.716 0.040 0.244
#> GSM30012 3 0.5240 0.4033 0.000 0.000 0.660 0.096 0.244
#> GSM30013 4 0.6700 -0.4363 0.000 0.000 0.244 0.400 0.356
#> GSM30014 3 0.2824 0.5891 0.000 0.000 0.864 0.020 0.116
#> GSM30015 4 0.6931 0.4539 0.260 0.000 0.016 0.476 0.248
#> GSM30016 3 0.4436 0.1522 0.000 0.000 0.596 0.008 0.396
#> GSM30017 1 0.0510 0.7202 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> GSM30018 1 0.3750 0.5587 0.756 0.000 0.000 0.232 0.012
#> GSM30019 3 0.4622 0.3999 0.000 0.000 0.684 0.040 0.276
#> GSM30020 4 0.4156 0.6352 0.168 0.000 0.020 0.784 0.028
#> GSM30021 3 0.4449 0.5296 0.000 0.000 0.752 0.080 0.168
#> GSM30022 1 0.0740 0.7231 0.980 0.008 0.004 0.000 0.008
#> GSM30023 5 0.7121 0.4739 0.060 0.000 0.352 0.120 0.468
#> GSM30024 3 0.4446 -0.1395 0.000 0.000 0.520 0.004 0.476
#> GSM30025 2 0.7437 0.2427 0.360 0.400 0.192 0.000 0.048
#> GSM30026 1 0.2915 0.7066 0.860 0.000 0.000 0.024 0.116
#> GSM30027 5 0.5819 0.5066 0.004 0.000 0.336 0.096 0.564
#> GSM30028 4 0.6927 -0.1572 0.024 0.000 0.168 0.456 0.352
#> GSM30029 1 0.0794 0.7192 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> GSM30030 1 0.2692 0.7074 0.884 0.016 0.000 0.008 0.092
#> GSM30031 1 0.4365 0.6422 0.776 0.000 0.164 0.036 0.024
#> GSM30032 3 0.5346 0.4827 0.044 0.064 0.752 0.020 0.120
#> GSM30033 5 0.5012 0.4557 0.000 0.004 0.364 0.032 0.600
#> GSM30034 1 0.5065 0.6016 0.704 0.044 0.008 0.012 0.232
#> GSM30035 3 0.6178 0.0036 0.000 0.432 0.448 0.004 0.116
#> GSM30036 5 0.8488 0.1297 0.100 0.176 0.052 0.200 0.472
#> GSM30037 5 0.6720 0.3020 0.152 0.000 0.400 0.016 0.432
#> GSM30038 5 0.4996 0.3627 0.000 0.000 0.420 0.032 0.548
#> GSM30039 3 0.4708 0.3751 0.000 0.000 0.668 0.040 0.292
#> GSM30040 3 0.1299 0.6188 0.000 0.020 0.960 0.008 0.012
#> GSM30041 3 0.4815 -0.1118 0.000 0.000 0.524 0.020 0.456
#> GSM30042 3 0.4290 0.3769 0.000 0.000 0.680 0.016 0.304
#> GSM30043 3 0.1836 0.6216 0.000 0.016 0.936 0.008 0.040
#> GSM30044 1 0.2962 0.7031 0.868 0.000 0.084 0.000 0.048
#> GSM30045 1 0.6655 0.4072 0.572 0.000 0.272 0.072 0.084
#> GSM30046 1 0.4463 0.6741 0.792 0.000 0.112 0.060 0.036
#> GSM30047 5 0.6641 0.5442 0.144 0.000 0.200 0.056 0.600
#> GSM30048 1 0.0880 0.7215 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> GSM30049 3 0.1996 0.6222 0.000 0.004 0.928 0.032 0.036
#> GSM30050 5 0.6368 0.3788 0.000 0.000 0.172 0.356 0.472
#> GSM30051 3 0.2505 0.6064 0.000 0.000 0.888 0.020 0.092
#> GSM30052 1 0.4161 0.6919 0.820 0.004 0.092 0.048 0.036
#> GSM30053 3 0.2813 0.6107 0.000 0.000 0.876 0.040 0.084
#> GSM30054 3 0.3064 0.5901 0.000 0.108 0.856 0.000 0.036
#> GSM30055 5 0.5104 0.5630 0.000 0.000 0.308 0.060 0.632
#> GSM30056 3 0.6874 0.0265 0.000 0.264 0.448 0.008 0.280
#> GSM30057 3 0.1628 0.6171 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> GSM30058 3 0.5113 0.2462 0.000 0.380 0.576 0.000 0.044
#> GSM30059 2 0.1708 0.5932 0.032 0.944 0.004 0.004 0.016
#> GSM30060 3 0.4811 0.0267 0.000 0.452 0.528 0.000 0.020
#> GSM30061 2 0.5357 0.4210 0.008 0.616 0.328 0.004 0.044
#> GSM30062 3 0.6105 0.0882 0.376 0.000 0.532 0.060 0.032
#> GSM30063 3 0.6036 0.0527 0.000 0.340 0.540 0.004 0.116
#> GSM30064 1 0.4075 0.6615 0.804 0.000 0.136 0.024 0.036
#> GSM30065 5 0.5066 0.5120 0.000 0.000 0.344 0.048 0.608
#> GSM30066 3 0.0324 0.6223 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> GSM30067 1 0.3649 0.6695 0.808 0.000 0.040 0.000 0.152
#> GSM30068 3 0.0771 0.6218 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> GSM30069 3 0.4770 0.2835 0.000 0.000 0.644 0.036 0.320
#> GSM30070 3 0.5143 -0.1049 0.000 0.000 0.532 0.040 0.428
#> GSM30071 3 0.3844 0.5705 0.004 0.000 0.788 0.028 0.180
#> GSM30072 1 0.6276 0.1411 0.448 0.000 0.436 0.012 0.104
#> GSM30073 3 0.6853 0.3286 0.028 0.128 0.640 0.068 0.136
#> GSM30074 3 0.4029 0.4725 0.000 0.000 0.744 0.024 0.232
#> GSM30075 2 0.6628 0.2745 0.000 0.456 0.196 0.004 0.344
#> GSM30076 4 0.6500 0.5374 0.176 0.000 0.036 0.600 0.188
#> GSM30077 4 0.3792 0.6572 0.068 0.000 0.056 0.840 0.036
#> GSM30078 4 0.7065 0.3461 0.344 0.008 0.068 0.500 0.080
#> GSM30079 1 0.1041 0.7186 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> GSM30080 5 0.6697 0.4312 0.000 0.000 0.240 0.376 0.384
#> GSM30081 3 0.1205 0.6218 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> GSM30086 5 0.6431 0.5600 0.000 0.000 0.284 0.216 0.500
#> GSM30087 4 0.5131 0.2068 0.420 0.000 0.000 0.540 0.040
#> GSM30088 1 0.2377 0.6740 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> GSM30089 3 0.6245 0.3861 0.088 0.000 0.648 0.076 0.188
#> GSM30090 3 0.6064 0.2251 0.000 0.004 0.580 0.152 0.264
#> GSM30091 3 0.1216 0.6190 0.000 0.020 0.960 0.000 0.020
#> GSM30092 4 0.5148 0.5183 0.048 0.000 0.100 0.748 0.104
#> GSM30093 3 0.5191 0.4661 0.000 0.008 0.700 0.100 0.192
#> GSM30094 3 0.2875 0.6133 0.000 0.056 0.884 0.008 0.052
#> GSM30095 3 0.1300 0.6179 0.000 0.028 0.956 0.000 0.016
#> GSM30096 1 0.7814 0.3397 0.468 0.312 0.056 0.132 0.032
#> GSM30097 1 0.6021 0.4012 0.536 0.364 0.000 0.088 0.012
#> GSM30098 1 0.3011 0.6914 0.844 0.140 0.000 0.016 0.000
#> GSM30099 2 0.4063 0.4955 0.000 0.708 0.280 0.000 0.012
#> GSM30100 3 0.0798 0.6224 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> GSM30101 3 0.3379 0.5719 0.000 0.008 0.828 0.016 0.148
#> GSM30102 5 0.5907 0.1423 0.000 0.056 0.428 0.020 0.496
#> GSM30103 3 0.8160 0.1136 0.020 0.196 0.476 0.108 0.200
#> GSM30104 2 0.8107 0.2346 0.016 0.388 0.352 0.156 0.088
#> GSM30105 2 0.5827 -0.0553 0.408 0.520 0.000 0.020 0.052
#> GSM30106 5 0.6504 0.1325 0.200 0.000 0.024 0.196 0.580
#> GSM30107 1 0.4831 0.5946 0.728 0.036 0.208 0.000 0.028
#> GSM30108 3 0.5513 0.3493 0.000 0.000 0.632 0.116 0.252
#> GSM30109 1 0.3074 0.6076 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> GSM30110 4 0.5099 -0.0117 0.484 0.000 0.012 0.488 0.016
#> GSM30111 1 0.6363 0.5160 0.648 0.036 0.056 0.220 0.040
#> GSM30112 3 0.5461 0.4539 0.040 0.020 0.732 0.052 0.156
#> GSM30113 3 0.3012 0.5875 0.000 0.060 0.876 0.008 0.056
#> GSM30114 3 0.5578 0.2898 0.000 0.000 0.616 0.112 0.272
#> GSM30115 4 0.3966 0.5805 0.028 0.000 0.096 0.824 0.052
#> GSM30116 3 0.4548 0.5430 0.000 0.180 0.756 0.016 0.048
#> GSM30117 2 0.5093 0.5578 0.000 0.732 0.100 0.148 0.020
#> GSM30118 2 0.5792 0.1737 0.000 0.468 0.452 0.004 0.076
#> GSM30119 3 0.2451 0.6174 0.000 0.004 0.904 0.036 0.056
#> GSM30120 4 0.3946 0.5624 0.020 0.000 0.108 0.820 0.052
#> GSM30121 4 0.5603 0.6386 0.132 0.000 0.020 0.684 0.164
#> GSM30122 2 0.8434 -0.0650 0.236 0.420 0.040 0.236 0.068
#> GSM30123 2 0.6110 0.1653 0.000 0.492 0.392 0.004 0.112
#> GSM30177 3 0.5886 0.1634 0.000 0.380 0.544 0.040 0.036
#> GSM30178 4 0.3361 0.6479 0.048 0.000 0.028 0.864 0.060
#> GSM30179 4 0.5542 0.6046 0.092 0.036 0.024 0.740 0.108
#> GSM30180 4 0.8342 0.3991 0.184 0.148 0.128 0.496 0.044
#> GSM30181 2 0.5993 0.5266 0.000 0.676 0.056 0.128 0.140
#> GSM30182 4 0.3631 0.6628 0.080 0.000 0.012 0.840 0.068
#> GSM30183 4 0.4441 0.5619 0.252 0.000 0.008 0.716 0.024
#> GSM30184 3 0.4302 0.4911 0.000 0.000 0.744 0.048 0.208
#> GSM30185 3 0.5505 0.4863 0.000 0.060 0.704 0.180 0.056
#> GSM30186 2 0.6506 0.1299 0.000 0.484 0.380 0.020 0.116
#> GSM30187 4 0.5139 0.6378 0.140 0.076 0.008 0.748 0.028
#> GSM30188 4 0.4310 0.3818 0.392 0.000 0.000 0.604 0.004
#> GSM30189 2 0.6908 -0.1741 0.236 0.412 0.000 0.344 0.008
#> GSM30190 3 0.3046 0.6204 0.000 0.028 0.876 0.020 0.076
#> GSM30191 4 0.5764 0.4788 0.000 0.148 0.040 0.688 0.124
#> GSM30192 5 0.8248 0.2545 0.000 0.224 0.144 0.248 0.384
#> GSM30193 4 0.3602 0.6735 0.104 0.000 0.020 0.840 0.036
#> GSM30194 3 0.1300 0.6179 0.000 0.028 0.956 0.000 0.016
#> GSM30195 4 0.6569 -0.1712 0.000 0.000 0.336 0.448 0.216
#> GSM30196 1 0.2763 0.6658 0.848 0.000 0.000 0.148 0.004
#> GSM30197 4 0.4875 0.4733 0.336 0.000 0.008 0.632 0.024
#> GSM30198 1 0.2719 0.6649 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> GSM30199 2 0.5090 0.5138 0.000 0.668 0.264 0.004 0.064
#> GSM30200 1 0.3305 0.5774 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> GSM30201 1 0.0324 0.7182 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> GSM30202 4 0.7033 0.3942 0.196 0.248 0.008 0.524 0.024
#> GSM30203 2 0.3282 0.5193 0.008 0.836 0.004 0.144 0.008
#> GSM30204 1 0.5168 0.5781 0.672 0.032 0.004 0.020 0.272
#> GSM30205 5 0.5033 0.5589 0.000 0.032 0.292 0.016 0.660
#> GSM30206 4 0.4015 0.6611 0.100 0.008 0.008 0.820 0.064
#> GSM30207 2 0.5184 0.3814 0.248 0.688 0.004 0.036 0.024
#> GSM30208 1 0.4205 0.6646 0.784 0.164 0.004 0.008 0.040
#> GSM30209 2 0.3387 0.5831 0.000 0.852 0.028 0.020 0.100
#> GSM30210 1 0.1569 0.7191 0.948 0.012 0.000 0.008 0.032
#> GSM30211 1 0.2179 0.6827 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> GSM30212 1 0.5822 0.4927 0.628 0.232 0.000 0.132 0.008
#> GSM30213 1 0.7942 0.2245 0.416 0.316 0.008 0.180 0.080
#> GSM30214 2 0.3223 0.5668 0.024 0.876 0.004 0.044 0.052
#> GSM30215 1 0.6772 0.1994 0.452 0.408 0.000 0.092 0.048
#> GSM30216 4 0.3480 0.6326 0.044 0.000 0.028 0.856 0.072
#> GSM30217 1 0.6012 0.1179 0.492 0.016 0.012 0.436 0.044
#> GSM30218 2 0.0912 0.5988 0.000 0.972 0.016 0.000 0.012
#> GSM30219 3 0.5009 0.4268 0.000 0.288 0.652 0.000 0.060
#> GSM30220 1 0.1911 0.7220 0.932 0.004 0.000 0.036 0.028
#> GSM30221 4 0.5483 0.5749 0.236 0.012 0.028 0.684 0.040
#> GSM30222 3 0.8546 -0.0717 0.028 0.196 0.440 0.196 0.140
#> GSM30223 1 0.2179 0.6906 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> GSM30224 1 0.4402 0.3284 0.636 0.000 0.000 0.352 0.012
#> GSM30225 1 0.5482 0.4074 0.648 0.020 0.000 0.272 0.060
#> GSM30226 2 0.2451 0.6095 0.004 0.904 0.072 0.008 0.012
#> GSM30227 1 0.2304 0.6895 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> GSM30228 3 0.2237 0.6196 0.000 0.004 0.916 0.040 0.040
#> GSM30229 2 0.4377 0.5675 0.016 0.796 0.072 0.004 0.112
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> GSM30006 5 0.4080 -0.049243 0.000 0.008 0.456 0.000 0.536 0.000
#> GSM30007 1 0.7225 0.371288 0.476 0.084 0.300 0.036 0.004 0.100
#> GSM30008 1 0.4250 0.621207 0.764 0.020 0.160 0.048 0.008 0.000
#> GSM30009 1 0.1989 0.661933 0.916 0.028 0.000 0.052 0.000 0.004
#> GSM30010 5 0.2988 0.511511 0.000 0.152 0.024 0.000 0.824 0.000
#> GSM30011 5 0.4061 0.418757 0.000 0.044 0.248 0.000 0.708 0.000
#> GSM30012 5 0.3659 0.524383 0.000 0.012 0.180 0.028 0.780 0.000
#> GSM30013 3 0.7180 0.477232 0.000 0.116 0.420 0.268 0.196 0.000
#> GSM30014 5 0.1806 0.610419 0.000 0.004 0.088 0.000 0.908 0.000
#> GSM30015 4 0.6586 0.497717 0.092 0.280 0.124 0.504 0.000 0.000
#> GSM30016 5 0.4583 0.120538 0.000 0.044 0.376 0.000 0.580 0.000
#> GSM30017 1 0.0260 0.660362 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> GSM30018 1 0.3897 0.468318 0.696 0.000 0.024 0.280 0.000 0.000
#> GSM30019 5 0.3646 0.387927 0.000 0.004 0.292 0.004 0.700 0.000
#> GSM30020 4 0.5245 0.577339 0.180 0.072 0.040 0.696 0.008 0.004
#> GSM30021 5 0.2666 0.598287 0.000 0.028 0.092 0.008 0.872 0.000
#> GSM30022 1 0.0881 0.662083 0.972 0.008 0.012 0.008 0.000 0.000
#> GSM30023 3 0.6939 0.537856 0.092 0.080 0.520 0.040 0.268 0.000
#> GSM30024 3 0.4184 0.156243 0.000 0.012 0.500 0.000 0.488 0.000
#> GSM30025 1 0.6474 0.027705 0.448 0.028 0.020 0.000 0.120 0.384
#> GSM30026 1 0.4390 0.611866 0.740 0.068 0.172 0.020 0.000 0.000
#> GSM30027 3 0.6971 0.408394 0.016 0.128 0.440 0.060 0.352 0.004
#> GSM30028 3 0.7471 0.435122 0.016 0.132 0.444 0.232 0.176 0.000
#> GSM30029 1 0.0993 0.658812 0.964 0.024 0.012 0.000 0.000 0.000
#> GSM30030 1 0.4547 0.602118 0.740 0.088 0.152 0.008 0.000 0.012
#> GSM30031 1 0.5135 0.578995 0.692 0.100 0.004 0.032 0.172 0.000
#> GSM30032 5 0.5540 -0.146250 0.064 0.360 0.012 0.000 0.548 0.016
#> GSM30033 3 0.4962 0.507842 0.000 0.064 0.628 0.004 0.296 0.008
#> GSM30034 1 0.5034 0.546972 0.660 0.032 0.260 0.008 0.000 0.040
#> GSM30035 6 0.5799 0.095843 0.000 0.020 0.108 0.004 0.328 0.540
#> GSM30036 3 0.8073 0.250212 0.032 0.072 0.476 0.164 0.068 0.188
#> GSM30037 3 0.6765 0.325894 0.180 0.060 0.396 0.000 0.364 0.000
#> GSM30038 3 0.5051 0.393559 0.000 0.068 0.540 0.004 0.388 0.000
#> GSM30039 5 0.4442 0.401237 0.000 0.032 0.260 0.020 0.688 0.000
#> GSM30040 5 0.2118 0.580514 0.000 0.104 0.008 0.000 0.888 0.000
#> GSM30041 3 0.3986 0.225493 0.000 0.004 0.532 0.000 0.464 0.000
#> GSM30042 5 0.3695 0.461256 0.000 0.024 0.244 0.000 0.732 0.000
#> GSM30043 5 0.2826 0.604242 0.000 0.092 0.052 0.000 0.856 0.000
#> GSM30044 1 0.3798 0.620670 0.788 0.068 0.008 0.000 0.136 0.000
#> GSM30045 1 0.5895 0.473419 0.608 0.112 0.024 0.020 0.236 0.000
#> GSM30046 1 0.4246 0.618782 0.764 0.028 0.000 0.064 0.144 0.000
#> GSM30047 3 0.7414 0.408672 0.236 0.088 0.472 0.036 0.168 0.000
#> GSM30048 1 0.0976 0.662826 0.968 0.016 0.008 0.008 0.000 0.000
#> GSM30049 5 0.1937 0.621380 0.000 0.036 0.032 0.004 0.924 0.004
#> GSM30050 3 0.6193 0.531101 0.000 0.052 0.564 0.204 0.180 0.000
#> GSM30051 5 0.1806 0.613175 0.000 0.004 0.088 0.000 0.908 0.000
#> GSM30052 1 0.5027 0.609009 0.716 0.108 0.000 0.064 0.112 0.000
#> GSM30053 5 0.1826 0.631458 0.000 0.020 0.052 0.004 0.924 0.000
#> GSM30054 5 0.3998 0.516973 0.000 0.128 0.048 0.000 0.788 0.036
#> GSM30055 3 0.5287 0.546896 0.000 0.084 0.608 0.020 0.288 0.000
#> GSM30056 5 0.6447 -0.143756 0.000 0.016 0.284 0.000 0.384 0.316
#> GSM30057 5 0.1124 0.629190 0.000 0.008 0.036 0.000 0.956 0.000
#> GSM30058 5 0.5596 0.072635 0.000 0.040 0.060 0.000 0.528 0.372
#> GSM30059 6 0.2402 0.477559 0.032 0.060 0.012 0.000 0.000 0.896
#> GSM30060 5 0.5811 -0.219253 0.000 0.092 0.028 0.000 0.460 0.420
#> GSM30061 6 0.5943 0.121205 0.020 0.140 0.012 0.000 0.244 0.584
#> GSM30062 5 0.6085 -0.073092 0.404 0.064 0.040 0.016 0.476 0.000
#> GSM30063 2 0.6377 0.460650 0.000 0.376 0.012 0.000 0.336 0.276
#> GSM30064 1 0.4240 0.610056 0.764 0.064 0.012 0.008 0.152 0.000
#> GSM30065 3 0.4286 0.552843 0.000 0.020 0.688 0.020 0.272 0.000
#> GSM30066 5 0.1524 0.602902 0.000 0.060 0.008 0.000 0.932 0.000
#> GSM30067 1 0.3904 0.633439 0.788 0.040 0.148 0.004 0.020 0.000
#> GSM30068 5 0.2112 0.592293 0.000 0.088 0.016 0.000 0.896 0.000
#> GSM30069 5 0.3746 0.428725 0.000 0.004 0.272 0.012 0.712 0.000
#> GSM30070 3 0.5366 0.206503 0.000 0.060 0.460 0.020 0.460 0.000
#> GSM30071 5 0.4264 0.480630 0.000 0.196 0.084 0.000 0.720 0.000
#> GSM30072 1 0.6356 0.000199 0.424 0.220 0.012 0.004 0.340 0.000
#> GSM30073 2 0.6303 0.608751 0.016 0.524 0.016 0.024 0.340 0.080
#> GSM30074 5 0.3388 0.543072 0.000 0.036 0.172 0.000 0.792 0.000
#> GSM30075 6 0.7387 -0.055628 0.000 0.360 0.144 0.024 0.092 0.380
#> GSM30076 4 0.6712 0.507664 0.156 0.032 0.212 0.552 0.048 0.000
#> GSM30077 4 0.4705 0.645791 0.048 0.124 0.032 0.760 0.036 0.000
#> GSM30078 4 0.7015 0.497706 0.172 0.236 0.020 0.512 0.052 0.008
#> GSM30079 1 0.4319 0.601454 0.764 0.052 0.008 0.152 0.000 0.024
#> GSM30080 3 0.7074 0.443091 0.000 0.104 0.428 0.284 0.184 0.000
#> GSM30081 5 0.1168 0.618197 0.000 0.028 0.016 0.000 0.956 0.000
#> GSM30086 3 0.6512 0.533755 0.000 0.116 0.556 0.144 0.184 0.000
#> GSM30087 4 0.4816 0.490135 0.264 0.036 0.028 0.668 0.000 0.004
#> GSM30088 1 0.2697 0.580458 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> GSM30089 5 0.5645 0.393796 0.104 0.044 0.160 0.020 0.672 0.000
#> GSM30090 5 0.4608 0.452222 0.000 0.036 0.208 0.044 0.712 0.000
#> GSM30091 5 0.2266 0.572614 0.000 0.108 0.012 0.000 0.880 0.000
#> GSM30092 4 0.7014 0.424796 0.092 0.044 0.088 0.564 0.204 0.008
#> GSM30093 5 0.5266 0.428865 0.000 0.028 0.208 0.044 0.684 0.036
#> GSM30094 5 0.3749 0.526753 0.000 0.124 0.044 0.000 0.804 0.028
#> GSM30095 5 0.2266 0.573403 0.000 0.108 0.012 0.000 0.880 0.000
#> GSM30096 1 0.7585 0.400374 0.488 0.056 0.004 0.152 0.084 0.216
#> GSM30097 1 0.5481 0.402904 0.520 0.000 0.000 0.140 0.000 0.340
#> GSM30098 1 0.4008 0.602584 0.740 0.000 0.000 0.064 0.000 0.196
#> GSM30099 6 0.4757 0.275535 0.000 0.076 0.016 0.000 0.220 0.688
#> GSM30100 5 0.1500 0.606641 0.000 0.052 0.012 0.000 0.936 0.000
#> GSM30101 5 0.2872 0.574951 0.000 0.004 0.152 0.000 0.832 0.012
#> GSM30102 3 0.6988 0.264259 0.000 0.272 0.372 0.008 0.308 0.040
#> GSM30103 5 0.7663 -0.057750 0.004 0.052 0.160 0.064 0.412 0.308
#> GSM30104 5 0.8190 -0.281730 0.020 0.096 0.040 0.172 0.344 0.328
#> GSM30105 6 0.5533 0.156193 0.324 0.016 0.028 0.048 0.000 0.584
#> GSM30106 3 0.6353 0.389392 0.096 0.076 0.640 0.128 0.060 0.000
#> GSM30107 1 0.4277 0.594049 0.748 0.012 0.012 0.000 0.188 0.040
#> GSM30108 5 0.4704 0.473515 0.000 0.108 0.136 0.028 0.728 0.000
#> GSM30109 1 0.3288 0.460466 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM30110 4 0.5503 0.002153 0.428 0.048 0.008 0.492 0.024 0.000
#> GSM30111 1 0.5975 0.465427 0.596 0.052 0.012 0.280 0.012 0.048
#> GSM30112 5 0.5192 -0.405170 0.016 0.460 0.016 0.024 0.484 0.000
#> GSM30113 5 0.4469 0.255911 0.000 0.272 0.040 0.000 0.676 0.012
#> GSM30114 5 0.6639 0.167190 0.000 0.192 0.160 0.112 0.536 0.000
#> GSM30115 4 0.5162 0.565355 0.016 0.056 0.072 0.720 0.136 0.000
#> GSM30116 5 0.3894 0.532475 0.000 0.020 0.044 0.004 0.792 0.140
#> GSM30117 6 0.5357 0.375647 0.000 0.060 0.020 0.220 0.032 0.668
#> GSM30118 6 0.6554 -0.355972 0.000 0.356 0.028 0.000 0.232 0.384
#> GSM30119 5 0.1857 0.630342 0.000 0.028 0.044 0.004 0.924 0.000
#> GSM30120 4 0.5430 0.547220 0.004 0.112 0.072 0.688 0.124 0.000
#> GSM30121 4 0.4667 0.632295 0.036 0.072 0.136 0.748 0.008 0.000
#> GSM30122 6 0.8282 -0.175417 0.144 0.152 0.020 0.268 0.036 0.380
#> GSM30123 6 0.5903 0.000593 0.000 0.020 0.120 0.000 0.412 0.448
#> GSM30177 5 0.5208 0.081891 0.000 0.044 0.016 0.008 0.564 0.368
#> GSM30178 4 0.3495 0.662553 0.012 0.068 0.048 0.848 0.016 0.008
#> GSM30179 4 0.7742 0.500122 0.120 0.120 0.044 0.548 0.064 0.104
#> GSM30180 4 0.7488 0.437868 0.088 0.232 0.008 0.508 0.064 0.100
#> GSM30181 6 0.7898 0.306366 0.000 0.132 0.196 0.176 0.056 0.440
#> GSM30182 4 0.3435 0.660303 0.040 0.032 0.084 0.840 0.004 0.000
#> GSM30183 4 0.5110 0.504778 0.244 0.044 0.024 0.672 0.008 0.008
#> GSM30184 5 0.4375 0.446603 0.000 0.068 0.192 0.012 0.728 0.000
#> GSM30185 5 0.5765 0.345430 0.000 0.104 0.068 0.144 0.668 0.016
#> GSM30186 6 0.5412 0.121414 0.000 0.020 0.080 0.000 0.336 0.564
#> GSM30187 4 0.4349 0.639149 0.052 0.040 0.012 0.780 0.000 0.116
#> GSM30188 4 0.3163 0.601678 0.212 0.004 0.000 0.780 0.000 0.004
#> GSM30189 6 0.6519 -0.203138 0.172 0.032 0.004 0.380 0.000 0.412
#> GSM30190 5 0.2046 0.632754 0.000 0.032 0.060 0.000 0.908 0.000
#> GSM30191 4 0.7091 0.400404 0.000 0.080 0.100 0.536 0.060 0.224
#> GSM30192 3 0.8383 0.021270 0.000 0.116 0.364 0.168 0.108 0.244
#> GSM30193 4 0.3467 0.664012 0.036 0.036 0.064 0.848 0.016 0.000
#> GSM30194 5 0.2346 0.563097 0.000 0.124 0.008 0.000 0.868 0.000
#> GSM30195 5 0.7408 -0.205086 0.008 0.104 0.196 0.332 0.360 0.000
#> GSM30196 1 0.3534 0.504820 0.716 0.008 0.000 0.276 0.000 0.000
#> GSM30197 4 0.5719 0.593945 0.204 0.112 0.040 0.636 0.008 0.000
#> GSM30198 1 0.3586 0.558427 0.756 0.028 0.000 0.216 0.000 0.000
#> GSM30199 6 0.5853 0.075605 0.000 0.304 0.004 0.016 0.132 0.544
#> GSM30200 1 0.5112 0.337617 0.608 0.084 0.004 0.300 0.004 0.000
#> GSM30201 1 0.0405 0.659694 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000
#> GSM30202 4 0.6032 0.512279 0.104 0.084 0.004 0.616 0.000 0.192
#> GSM30203 6 0.3564 0.435961 0.000 0.024 0.004 0.204 0.000 0.768
#> GSM30204 1 0.5235 0.476074 0.588 0.068 0.328 0.008 0.000 0.008
#> GSM30205 3 0.4657 0.581667 0.000 0.040 0.708 0.024 0.220 0.008
#> GSM30206 4 0.4931 0.621138 0.044 0.100 0.036 0.764 0.012 0.044
#> GSM30207 6 0.5658 0.405099 0.180 0.056 0.020 0.076 0.000 0.668
#> GSM30208 1 0.4286 0.621178 0.760 0.056 0.016 0.008 0.000 0.160
#> GSM30209 6 0.3674 0.479041 0.000 0.076 0.052 0.024 0.016 0.832
#> GSM30210 1 0.1768 0.657843 0.932 0.044 0.012 0.004 0.000 0.008
#> GSM30211 1 0.2416 0.603047 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000
#> GSM30212 1 0.6018 0.292243 0.484 0.004 0.004 0.196 0.000 0.312
#> GSM30213 1 0.7645 0.103595 0.356 0.132 0.004 0.220 0.004 0.284
#> GSM30214 6 0.2165 0.489997 0.008 0.024 0.004 0.052 0.000 0.912
#> GSM30215 1 0.7162 0.297342 0.448 0.080 0.012 0.188 0.000 0.272
#> GSM30216 4 0.4969 0.659692 0.064 0.092 0.032 0.764 0.024 0.024
#> GSM30217 4 0.7948 0.050822 0.348 0.120 0.040 0.384 0.032 0.076
#> GSM30218 6 0.2320 0.462305 0.000 0.080 0.024 0.000 0.004 0.892
#> GSM30219 5 0.4201 0.409375 0.000 0.008 0.036 0.000 0.704 0.252
#> GSM30220 1 0.2553 0.662584 0.888 0.044 0.000 0.056 0.000 0.012
#> GSM30221 4 0.5509 0.631942 0.100 0.160 0.008 0.688 0.020 0.024
#> GSM30222 2 0.7743 0.435389 0.008 0.456 0.028 0.188 0.200 0.120
#> GSM30223 1 0.2527 0.593499 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> GSM30224 1 0.5882 -0.065454 0.452 0.120 0.012 0.412 0.004 0.000
#> GSM30225 1 0.6967 -0.121016 0.404 0.228 0.008 0.320 0.004 0.036
#> GSM30226 6 0.2213 0.479865 0.000 0.004 0.004 0.020 0.068 0.904
#> GSM30227 1 0.1806 0.639501 0.908 0.004 0.000 0.088 0.000 0.000
#> GSM30228 5 0.2150 0.621593 0.000 0.036 0.044 0.004 0.912 0.004
#> GSM30229 6 0.5646 0.425695 0.016 0.064 0.200 0.004 0.052 0.664
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
Test correlation between subgroups and known annotations. If the known annotation is numeric, one-way ANOVA test is applied, and if the known annotation is discrete, chi-squared contingency table test is applied.
test_to_known_factors(res)
#> n specimen(p) k
#> ATC:NMF 150 0.12034 2
#> ATC:NMF 146 0.05988 3
#> ATC:NMF 128 0.00129 4
#> ATC:NMF 90 0.25419 5
#> ATC:NMF 79 0.30741 6
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0